JP7720102B2 - 活性ベースのプローブ化合物、組成物、および使用方法 - Google Patents
活性ベースのプローブ化合物、組成物、および使用方法Info
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Description
本願は、2016年12月23日に出願された米国仮出願第62/438,959号の利益を主張し、その開示の全体が、参照によって本明細書中に組み込まれる。
本発明は、国立衛生研究所によって授与された、契約EB005011のもとの政府支援により行われた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
Cysteine Cathepsins in Extracellular Proteolysis. Biology of Extracellular Matrix 2巻、23~51頁。加えて、システインカテプシンファミリーのメンバーは、いくつかの種類のがんの発生および進行における主要なプレーヤーであることが示されている。MohamedおよびSloane(2006年)Nat. Rev. Cancer(2006年)6巻:764~75頁;PalermoおよびJoyce(2008年)Trends Pharmacol. Sci. 29巻:22~8頁。さらに、カテプシンの内因性阻害因子であるシスタチンの発現の変化が、がんにおいて観察されている。Cox(2009年)Cystatins and cancer. Front. Biosci. 14巻:463~74頁。これらの観察は、細胞内および細胞外の環境における潜在的な変化と組み合わせると、天然の腫瘍の微小環境の状況におけるこれらのプロテアーゼの活性の直接評価を可能にするツールの重要性を強く主張する。システインカテプシンファミリーを標的とするいくつかのABPが合成されている。Edgingtonら(2011年)Curr. Opin. Chem. Biol. 15巻:798~805頁。特に、蛍光的にクエンチされたABP(qABP)は、がんの非侵襲的光学的画像化、およびその後の組織学的な細胞およびタンパク質レベルでの標的カテプシンのキャラクタリゼーションのための強力なツールであることが証明されている。Blumら(2007年)Nat. Chem. Biol. 3巻:668~77頁;Verdoesら(2012年)Chem. Biol. 19巻:619~28頁。
しかしながら、より高い細胞取り込みを有し、より広範囲のシステインプロテアーゼ活性を標的とし、高い検出感度およびより低いバックグラウンドシグナルを提供する、システインプロテアーゼの新規な活性ベース蛍光プローブに対する必要性が、当該分野において依然としてある。
本発明は、動物プロテアーゼを標的とする化合物、組成物、ならびにその化合物および組成物の使用方法を提供することによって上記およびその他の必要性に対処する。
特に、本発明の一態様によれば、構造式(II):
L1はリンカーであり;
AA1はアミノ酸側鎖であり;
UはO、NHまたはSであり;
R1は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、ヘテロアラルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキルまたは保護基であり、1~3個のA基で任意選択で置換されており;
各Aは、独立にアルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルカノイル、アルキルアミノ、アリール、アリールオキシ、アリールアミノ、アラルキル、アラルコキシ、アラルカノイル、アラルカミノ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアミノ、ヘテロアラルキル、ヘテロアラルコキシ、ヘテロアラルカノイル、ヘテロアラルカミノ、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、シクロアルコキシ、シクロアルカノイル、シクロアルカミノ、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロシクリルアミノ、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルコキシ、ヘテロシクリルアルカノイル、ヘテロシクリルアルカミノ、ヒドロキシル、チオ、アミノ、アルカノイルアミノ、アロイルアミノ、アラルカノイルアミノ、アルキルカルボキシ、カルボネート、カルバメート、グアニジニル、尿素、ハロ、トリハロメチル、シアノ、ニトロ、ホスホリル、スルホニル、スルホンアミド、またはアジドであり、
L3はリンカーであり、
Qはクエンチャーを含む)
によって表される通りの化合物が提供される。
R2は、スルホネートまたはカーボネートで必要に応じて置換されたC2~C8アルキル基であり;
各R3は、独立に、C1~C6アルキル基であり;
L4は必要に応じて置換されたアルキルリンカーであり、各炭素原子はヘテロ原子で必要に応じて置き換えられている)
を有する。
nは1~8の整数である)
である。より具体的には、QSYクエンチャーは親水性QSYクエンチャーであってもよいし、スルホ-QSYクエンチャーであってもよい。いくつかの実施形態では、QC-1クエンチャーは、構造:
mおよびnは独立に、1~8の整数であり、R1、AA1およびDは、上で定義される通りである)
を有する。
本開示の組成物を動物に投与するステップ
を含む方法を提供する。
本開示の組成物を動物に投与するステップ;および
動物において、組成物のカテプシンシステインプロテアーゼとの反応から発生した検出可能なシグナルを測定するステップ
を含み、検出可能なシグナルが動物における腫瘍と関係している、
方法をなおさらに提供する。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
式(II)
(式中、Dはベンゾインドール色素を含み;
L1はリンカーであり;
AA1はアミノ酸側鎖であり;
UはO、NHまたはSであり;
R1は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、ヘテロアラルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキルまたは保護基であり、1~3個のA基で任意選択で置換されており;
各Aは、独立にアルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルカノイル、アルキルアミノ、アリール、アリールオキシ、アリールアミノ、アラルキル、アラルコキシ、アラルカノイル、アラルカミノ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアミノ、ヘテロアラルキル、ヘテロアラルコキシ、ヘテロアラルカノイル、ヘテロアラルカミノ、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、シクロアルコキシ、シクロアルカノイル、シクロアルカミノ、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロシクリルアミノ、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルコキシ、ヘテロシクリルアルカノイル、ヘテロシクリルアルカミノ、ヒドロキシル、チオ、アミノ、アルカノイルアミノ、アロイルアミノ、アラルカノイルアミノ、アルキルカルボキシ、カルボネート、カルバメート、グアニジニル、尿素、ハロ、トリハロメチル、シアノ、ニトロ、ホスホリル、スルホニル、スルホンアミド、またはアジドであり、
L3はリンカーであり、
Qはクエンチャーを含む)
を有する、プロテアーゼの標識化において使用するための化合物。
(項目2)
前記ベンゾインドール色素が、構造:
(式中、oは1~4の整数であり;
R2は、スルホネートまたはカーボネートで必要に応じて置換されたC2~C8アルキル基であり;
各R3は、独立に、C1~C6アルキル基であり;
L4は必要に応じて置換されたアルキルリンカーであり、各炭素原子はヘテロ原子で必要に応じて置き換えられている)
を有する、項目1に記載の化合物。
(項目3)
前記ベンゾインドール色素が、構造:
を有する、項目2に記載の化合物。
(項目4)
L1が、任意選択で置換されたアルキルリンカーであり、各炭素原子はヘテロ原子で任意選択で置き換えられている、項目1に記載の化合物。
(項目5)
AA1が、1~3個のA基で任意選択で置換された、アラルキルアミノ酸側鎖である、項目1に記載の化合物。
(項目6)
UがOである、項目1に記載の化合物。
(項目7)
L3が必要に応じて置換されたアルキルリンカーであり、各炭素原子はヘテロ原子で必要に応じて置き換えられている、項目1に記載の化合物。
(項目8)
L3-Qが、
(式中、RはQSYクエンチャーまたはQC-1クエンチャーを含み;
nは1~8の整数である)
である、項目1に記載の化合物。
(項目9)
前記QSYクエンチャーが親水性QSYクエンチャーである、項目8に記載の化合物。(項目10)
前記親水性QSYクエンチャーがスルホ-QSYクエンチャーである、項目9に記載の化合物。
(項目11)
前記QC-1クエンチャーが、構造:
を有する、項目8に記載の化合物。
(項目12)
式(III):
(式中、RはQSYクエンチャーまたはQC-1クエンチャーを含み;
mおよびnは独立に、1~8の整数である)
を有する、項目1に記載の化合物。
(項目13)
Rが
であり、
Dが
である、項目12に記載の化合物。
(項目14)
構造:
を有する、項目13に記載の化合物。
(項目15)
項目1~14のいずれか一項に記載の化合物および薬学的に許容される担体を含む、動物におけるプロテアーゼの標識化において使用するための組成物。
(項目16)
動物におけるプロテアーゼを標識化する方法であって、
項目15に記載の組成物を前記動物に投与するステップ
を含む方法。
(項目17)
動物における腫瘍を可視化する方法であって、
項目15に記載の組成物を前記動物に投与するステップ;および
前記動物において、前記組成物のカテプシンシステインプロテアーゼとの反応から発生した検出可能なシグナルを測定するステップ
を含み、前記検出可能なシグナルが前記動物における腫瘍と関係している、
方法。
(項目18)
前記検出可能なシグナルが蛍光シグナルである、項目17に記載の方法。
(項目19)
前記蛍光シグナルが腫瘍周辺で発生する、項目18に記載の方法。
化合物
Lは、エーテル結合脱離要素であり;
Tは、標的要素であり;
Dは、検出可能な要素である)
の化合物であり得る。
L1はリンカーであり;
AA1はアミノ酸側鎖であり;
UはO、NまたはSであり;
R1は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、ヘテロアラルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキルまたは保護基であり、1~3個のA基で任意選択で置換されており;
各Aは、独立にアルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルカノイル、アルキルアミノ、アリール、アリールオキシ、アリールアミノ、アラルキル、アラルコキシ、アラルカノイル、アラルカミノ、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアミノ、ヘテロアラルキル、ヘテロアラルコキシ、ヘテロアラルカノイル、ヘテロアラルカミノ、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、シクロアルコキシ、シクロアルカノイル、シクロアルカミノ、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロシクリルアミノ、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルコキシ、ヘテロシクリルアルカノイル、ヘテロシクリルアルカミノ、ヒドロキシル、チオ、アミノ、アルカノイルアミノ、アロイルアミノ、アラルカノイルアミノ、アルキルカルボキシ、カルボネート、カルバメート、グアニジニル、尿素、ハロ、トリハロメチル、シアノ、ニトロ、ホスホリル、スルホニル、スルホンアミド、またはアジドである)
である。
を指す。
によって表すことができる部分を指す。
を指す。
によって表すことができる。
」という用語は、置換または非置換の非芳香族環構造、ある特定の実施形態では3~10員環、より具体的には3~7員環を指し、それらの環構造は、少なくとも1個のヘテロ原子、いくつかの実施形態では1~4個のヘテロ原子、より具体的な実施形態では1または2個のヘテロ原子を含む。「ヘテロシクリル」および「複素環式」という用語は、2つまたはそれ超の環状環を有する多環式環系であって、2つまたはそれ超の炭素が、2つの隣接環で共有されており、その環のうちの少なくとも1つが複素環式であり、例えばその他の環状環がシクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、アリール、ヘテロアリールおよび/またはヘテロシクリルであり得る、多環式環系も含む。ヘテロシクリル基には、例えばピペリジン、ピペラジン、ピロリジン、モルホリン、ラクトン、ラクタムなどが含まれる。
ルキニルまたはアルコキシなどの化学的部分と一緒に使用される場合、その置換基中に10個またはそれ未満、ある特定の実施形態では、6個またはそれ未満の非水素原子がある基を含むことを意味する。「低級アルキル」は、例えば10個またはそれ未満の炭素原子、特定の実施形態では、6個またはそれ未満の炭素原子を含むアルキル基を指す。ある特定の実施形態では、本明細書で定義されるアシル、アシルオキシ、アルキル、アルケニル、アルキニルおよびアルコキシ置換基は、それらが単独で現れても、または、ヒドロキシアルキルおよびアラルキルといった記載などの他の置換基との組合せで現れても(その場合、例えば、アルキル置換基中の炭素原子をカウントする場合、アリール基中の原子はカウントされない)、それぞれ、低級アシル、低級アシルオキシ、低級アルキル、低級アルケニル、低級アルキニルおよび低級アルコキシである。
語は、2個またはそれ超の原子が2つの隣接環と共有されている2つまたはそれ超の環(例えば、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、アリール、ヘテロアリールおよび/またはヘテロシクリル)を指し、例えば、その環は「縮合環」である。多環の環のそれぞれは、置換されていても置換されていなくてもよい。ある特定の実施形態では、多環のそれぞれの環は、その環中に3~10個、より具体的には5~7個の原子を含む。
水素を置き換える置換基を有する部分を指す。「置換」または「~で置換された(substituted with)」とは、このような置換が、置換される原子および置換基の許容される原
子価に従っており、その置換が、安定な化合物、例えばその化合物が使用されることになる条件下で転位、環化、脱離等などによって自発的に変換を受けない化合物をもたらすという暗黙の条件を含むことが理解される。本明細書で使用する場合、「置換された(substituted)」という用語は、有機化合物のすべての許容される置換基を含むものと考えら
れる。広い態様では、許容される置換基は、有機化合物の非環式および環式、分枝状および非分枝状、炭素環式および複素環式、芳香族および非芳香族置換基を含む。許容される置換基は、適切な有機化合物について、1つであっても複数であっても、また、同じであっても異なっていてもよい。本発明の目的のため、窒素などのヘテロ原子は、水素置換基および/またはヘテロ原子の原子価を充足する本明細書で説明する有機化合物の任意の許容される置換基を有することができる。置換基は、本明細書で説明する任意の置換基、例えばハロゲン、ヒドロキシル、カルボニル(ケト、カルボキシ、アルコキシカルボニル、ホルミルまたはアシルなど)、チオカルボニル(チオエステル、チオアセテートまたはチオホルメートなど)、アルコキシル、ホスホリル、ホスフェート、ホスホネート、ホスフィネート、アミノ、アミド、アミジン、イミン、シアノ、ニトロ、アジド、スルフヒドリル、アルキルチオ、サルフェート、スルホネート、スルファモイル、スルホンアミド、スルホニル、ヘテロシクリル、アラルキルまたは芳香族もしくはヘテロ芳香族部分を含むことができる。炭化水素鎖上で置換されている部分は、適切な場合、それら自体置換されていてよいことを当業者は理解する。
によって表される基を指す。
によって表され得る。
Publishers、1989年);Organic Reactions、1~81巻(Wiley、2013年);ならびにLarock’s Comprehensive Organic Transformations(VCH Publishers Inc.、1989年)(これらのすべてが、それらの全体について参照により組み込まれる)に記載されている。これらの化合物は、通常、一般に商業的供給業者から入手できるか、または当業者に周知の方法を使用して容易に調製される出発材料を使用して合成される。例えば、Fiesers’ Reagents for Organic Synthesis、1~27巻(Wiley、2013年)、または補足を含むBeilsteins Handbuch
der organischen Chemie、第4版、Springer-Verlag、Berlinを参照されたい。
Guide to Fluorescent Probes and Labeling Technologiesを参照されたい。
れたい。
R2は、スルホネートまたはカーボネートで必要に応じて置換されたC2~C8アルキル基であり;
各R3は、独立に、C1~C6アルキル基であり;
L4は必要に応じて置換されたアルキルリンカーであり、各炭素原子はヘテロ原子で必要に応じて置き換えられている)
を有するベンゾインドール色素を含む。
であり得る。このような化合物において、各Yは独立に、ハロゲンまたは水素であり得る。具体的な化合物において、L基は、例えば、
である。具体的な実施形態では、QSYクエンチャーは、例えば、スルホ-QSYクエンチャーなどの親水性クエンチャーである。
nは1~16の整数である)
である。より具体的には、QSYクエンチャーは、例えば、スルホ-QSYクエンチャーなどの親水性クエンチャーである。
R=スルホ-QSY21およびn=6;
R=QSY21およびn=2;
R=スルホ-QSY21およびn=2)
を含む。
別の態様では、本発明は、本発明の化合物および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。このような組成物は、例えば、動物における組織の画像化において有用であり、動物における酵素、例えばプロテアーゼ酵素の活性を評価するのにさらに有用である。特に、カテプシンを標識する本発明の化合物について、医薬組成物は、がん細胞の非侵襲的な光学的画像化用のツールとしての役目を有用に果たし得る。
Gennaro編)、2000年を参照されたい。
別の態様では、本発明は、本発明の組成物を動物に投与するステップを含む、動物における腫瘍を可視化する方法を提供する。
本研究の目標は、がんの非侵襲的光学的画像化のために使用することができる既存のqABPと比較して、全体的に改善されたin vivo特性を有するqABPを開発することであった。したがって、プローブの3つの主要な要素である、クエンチャー、リンカーおよび求電子「弾頭部」を最適化することを決定した。これまでに報告されたシステインカテプシンqABPの最も大きな欠点の1つは、比較的劣った水溶解度である。したがって、プローブの水溶性を改善し、それによってプローブの生体内分布を改善するために、スルホネート基をQSY21クエンチャー(Xingら(2005年)J. Am. Chem. Soc. 127巻:4158~9頁)に導入した。求電子試薬およびクエンチャーをつなぐスペーサーの長さを、qABPの親油性を減少させるためにも変化させた。最後に、新たな求電子試薬を、可能性があるカテプシン標的の範囲を増加させるために、探索した。システインカテプシンファミリーのいくつかのメンバーは、様々ながんにおいて上方調節されるので(MohamedおよびSloane(2006年)Nat.
Rev. Cancer(2006年)6巻:764~75頁)、プローブが広範囲のシステインカテプシン活性を標的にする場合、腫瘍中のより明るい蛍光シグナルが予想される。より汎反応性プローブを得るために、求電子試薬のサイズを減少させ、反応性を増加させた。2,3,5,6-テトラフルオロ置換フェノキシメチルケトン(PMK)求電子試薬が、2,6-ジメチル安息香酸誘導化アシルオキシメチルケトン(AOMK)と比較して、システインジペプチジルアミノペプチダーゼに対するより大きな反応性を有することが以前に示されている。Deuら(2010年)Chem. Biol. 17巻:808~819頁。より小さなサイズのPMKは、システインカテプシンの一部の結合溝が、立体的に制限されるので、汎反応性を増加させることもできる。Blumら(2005年)Nat. Chem. Biol. 1巻:203~9頁;Blumら(2007年)Nat. Chem. Biol. 3巻:668~77頁;PaulickおよびBogyo(2011年)ACS Chem. Biol. 6巻:563~72頁。さらに、フェノールエーテルは、エステラーゼによって分解され得るエステル結合を含むAOMK求電子試薬と比較して、in vivoでより安定であると予想される。
一般
すべての樹脂および試薬は、商業的供給業者から購入し、さらに精製することなく使用した。全ての使用した溶媒はUPLCグレードであった。試薬グレードの溶媒を、すべての非水系抽出のために使用した。すべての水分感受性反応は、アルゴン陽圧下、無水溶媒中で実施した。反応物は、API 150EXシングル四重極質量分析計(Applied Biosystems)を使用したLC-MSにより分析した。C18カラムを使用して、ÅKTA explorer 100(Amersham Pharmacia Biotech)を用いた逆相HPLCを実施した。NMRスペクトルは、パルス磁場勾配アクセサリーを備えたVarian 400MHz(400/100)、Varian
500MHz(500/125)またはVarian Inova 600MHz(600/150MHz)で記録した。化学シフトは、内部標準としてのテトラメチルシランに対して、ppm(δ)で与えられる。カップリング定数はHzで与えられる。蛍光ゲルは、Typhoon 9400フラットベッドレーザースキャナー(GE Healthcare)使用してスキャンした。ゲル中での標識化強度は、Image Jソフトウェアを使用して定量した。統計解析は、Microsoft Excelを使用して行い、s.e.m.は、s.d.をnの平方根で割ることによって計算した。蛍光顕微鏡検査画像は、10倍、40倍および63倍の対物レンズを備えたZeiss共焦点LSM 710およびZeiss Axiovert 200M倒立顕微鏡(Carl Zeiss)で取得した。Slidebookソフトウェアを、顕微鏡およびカメラを制御するため、およびデータ解析のために、使用した(Intelligent Imaging Innovations)。
qABP合成
1.43 (s, 9H), 1.45 - 1.25 (m, 4H).
1.41 (s, 9H), 1.46 - 1.20 (m, 4H).
0.1%TFA、20分かけて20:80から80:20;5mL/分)により精製し、続いて、凍結乾燥した。Boc保護基を除去するために、得られた暗青色粉末をTFA/DCM(1/1)に溶解し、30分間反応させた後、トルエンとの共蒸発(3回)を行い、1.06mgの相当するTFA塩(0.66μmol、2ステップで55%)を得た。アミンをDMSO(50μl)に溶解し、Cy5-NHS(0.55mg、0.73μmol、1.1当量)およびDiPEA(0.64μl、3.65μmol、5当量)を添加した。1時間後、HPLC(分取逆相C18カラム、CH3CN/H2O 0.1%TFA、20分かけて15:85から50:50;5mL/分)による精製、続いて、凍結乾燥して、プローブ4を暗青色粉末(0.63mg、0.3μmol、45%)として得た。
0.1%TFA、20分かけて30:70から70:30;5mL/分)による精製、続いて、凍結乾燥して、プローブ7を暗青色粉末(0.95mg、0.48μmol、2ステップで49%)として得た。
Hz, 1H), 7.69 (dd, J = 8.3, 1.2 Hz, 1H), 7.66 (s, 2H), 7.62 - 7.57 (m, 2H), 7.51 (dd, J = 8.4, 5.1 Hz, 2H), 7.46 (d, J = 9.4 Hz, 2H), 7.41 - 7.35 (m, 3H), 7.24
(s, 1H), 7.22 (s, 1H), 7.21 - 7.14 (m, 6H), 7.13 - 7.09 (m, 6H), 7.05 (dd, J = 8.8, 4.6 Hz, 1H), 6.39 (t, J = 12.8 Hz, 1H), 6.11 (t, J = 12.6 Hz, 1H), 4.87 (q,
J = 12.7 Hz, 2H), 4.83 (dd, J = 39.7, 14.1 Hz, 2H), 4.23 - 4.12 (m, 4H), 3.93 (q, J = 7.2 Hz, 2H), 3.86 (t, J = 7.4 Hz,
2H), 3.34 (dd, J = 6.7, 4.1 Hz, 2H), 3.28 - 3.15 (m, 9H), 3.04 - 2.92 (m, 3H), 2.80 - 2.74 (m, 1H), 2.45 (t, J = 11.9 Hz, 2H), 2.15 - 2.09 (m, 1H), 2.09 - 2.03
(m, 2H), 1.74 - 1.58 (m, 7H), 1.57 (s, 6H), 1.55 (s, 6H), 1.49 (dd, J = 15.1, 7.4 Hz, 4H), 1.35 - 1.22 (m, 7H), 1.20 (t, J = 7.3 Hz, 3H), 1.16 - 1.12 (m, 4H).
細胞培養ならびに生細胞および細胞溶解物の標識化
動物モデル
Gold Mounting Medium(Invitrogen)にマウントした。次いで、組織をZeiss Axiovert 200M顕微鏡を使用して可視化した。
インドシアニングリーン標識化された画像化プローブの合成およびキャラクタリゼーション
Claims (2)
- 動物におけるプロテアーゼ酵素の活性の評価における使用のための組成物であって、前記組成物は、以下の式:
(式中、スルホネートは、-SO3の基を指す)
に従う構造を有する化合物を含む、組成物。 - 以下の式:
(式中、スルホネートは、-SO3の基を指す)
に従う構造を有する化合物を含む組成物。
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