JP7724203B2 - Ｔ細胞受容体を識別する方法 - Google Patents

Ｔ細胞受容体を識別する方法

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宗秀 中津川
勇毅 山下
謙治 菅田
ムハメッド アーシク ラフマン，
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Description

関連出願の相互参照
本ＰＣＴ出願は、２０１９年７月３０日に出願の米国特許仮出願番号第６２／８８０，４９２号及び２０２０年５月２２日に出願の米国特許仮出願番号第６３／０２９，１０３号の利益を請求し、それぞれの内容の全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ＥＦＳ－ＷＥＢを介して電子的に提出された配列表への言及
電子的に提出された配列表の内容（名称：４２８５．００９ＰＣ０２＿ＳＬ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ， サイズ： ２９１，７９４バイト；及び作成日：２０２０年７月２８日）は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、ＭＨＣクラスＩＩ特異的Ｔ細胞受容体（「ＴＣＲ」）を識別する方法を提供する。
免疫療法は、がんを含む様々な疾患との戦いにおいて重要なツールとして出現した。Ｔ細胞療法は、免疫療法の開発の最前線にあり、抗腫瘍Ｔ細胞の養子移入により、がん患者における臨床応答が誘発されることが明らかにされてきた。多くのＴ細胞療法は、変異腫瘍抗原を標的とするが、新生抗原の大部分は共通しておらず、各患者に固有なものである。
潜在的な非変異抗原は、変異抗原の数を数桁上回っている。共通する抗原に由来するＴ細胞エピトープの解明は、がん患者のより大きなコホートにすぐに利用できる効果的で安全な養子Ｔ細胞療法の強固な進歩を促進する可能性がある。しかし、非変異抗原の数が非常に多く、ＨＬＡ遺伝子の多型性が高いことにより、非変異抗原に対する抗腫瘍Ｔ細胞応答の特異性の包括的な分析が妨げられる場合がある。
本開示の特定の態様は、ＭＨＣクラスＩＩ特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を識別する方法に関し、該方法は、Ｔ細胞をＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体と接触させることを含み、ここで、該Ｔ細胞は、ＣＤ４及び１つ以上のＴＣＲを発現し、該ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、該ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子がＣＤ４に対して有している親和性よりも、ＣＤ４に対して高い親和性を有し、かつ、該ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体に特異的に結合する。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型ベータ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型アルファ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、１つ以上の突然変異は、置換突然変異を含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、またはＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子、またはこれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様において、（ｉ）ＨＬＡクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子であるか、（ｉｉ）ＨＬＡクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子であるか、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方である。いくつかの態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＤＰ１、ＤＰ２、ＤＰ３、ＤＰ４、ＤＰ５、ＤＰ６、ＤＰ８、またはＤＰ９対立遺伝子である。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＤＰＢ１＊０１、ＤＰＢ１＊０２、ＤＰＢ１＊０３、ＤＰＢ１＊０４、ＤＰＢ１＊０５、ＤＰＢ１＊０６、ＤＰＢ１＊０８、ＤＰＢ１＊０９、ＤＰＢ１＊１０、ＤＰＢ１＊１００、ＤＰＢ１＊１０１、ＤＰＢ１＊１０２、ＤＰＢ１＊１０３、ＤＰＢ１＊１０４、ＤＰＢ１＊１０５、ＤＰＢ１＊１０６、ＤＰＢ１＊１０７、ＤＰＢ１＊１０８、ＤＰＢ１＊１０９、ＤＰＢ１＊１１０、ＤＰＢ１＊１１１、ＤＰＢ１＊１１２、ＤＰＢ１＊１１３、ＤＰＢ１＊１１４、ＤＰＢ１＊１１５、ＤＰＢ１＊１１６、ＤＰＢ１＊１１７、ＤＰＢ１＊１１８、ＤＰＢ１＊１１９、ＤＰＢ１＊１１、ＤＰＢ１＊１２０、ＤＰＢ１＊１２１、ＤＰＢ１＊１２２、ＤＰＢ１＊１２３、ＤＰＢ１＊１２４、ＤＰＢ１＊１２５、ＤＰＢ１＊１２６、ＤＰＢ１＊１２７、ＤＰＢ１＊１２８、ＤＰＢ１＊１２９、ＤＰＢ１＊１３０、ＤＰＢ１＊１３１、ＤＰＢ１＊１３２、ＤＰＢ１＊１３３、ＤＰＢ１＊１３４、ＤＰＢ１＊１３５、ＤＰＢ１＊１３６、ＤＰＢ１＊１３７、ＤＰＢ１＊１３８、ＤＰＢ１＊１３９、ＤＰＢ１＊１３、ＤＰＢ１＊１４０、ＤＰＢ１＊１４１、ＤＰＢ１＊１４２、ＤＰＢ１＊１４３、ＤＰＢ１＊１４４、ＤＰＢ１＊１４５、ＤＰＢ１＊１４６、ＤＰＢ１＊１４７、ＤＰＢ１＊１４８、ＤＰＢ１＊１４９、ＤＰＢ１＊１４、ＤＰＢ１＊１５０、ＤＰＢ１＊１５１、ＤＰＢ１＊１５２、ＤＰＢ１＊１５３、ＤＰＢ１＊１５４、ＤＰＢ１＊１５５、ＤＰＢ１＊１５６、ＤＰＢ１＊１５７、ＤＰＢ１＊１５８、ＤＰＢ１＊１５９、ＤＰＢ１＊１５、ＤＰＢ１＊１６０、ＤＰＢ１＊１６１、ＤＰＢ１＊１６２、ＤＰＢ１＊１６３、ＤＰＢ１＊１６４、ＤＰＢ１＊１６５、ＤＰＢ１＊１６６、ＤＰＢ１＊１６７、ＤＰＢ１＊１６８、ＤＰＢ１＊１６９、ＤＰＢ１＊１６、ＤＰＢ１＊１７０、ＤＰＢ１＊１７１、ＤＰＢ１＊１７２、ＤＰＢ１＊１７３、ＤＰＢ１＊１７４、ＤＰＢ１＊１７５、ＤＰＢ１＊１７６、ＤＰＢ１＊１７７、ＤＰＢ１＊１７８、ＤＰＢ１＊１７９、ＤＰＢ１＊１７、ＤＰＢ１＊１８０、ＤＰＢ１＊１８１、ＤＰＢ１＊１８２、ＤＰＢ１＊１８３、ＤＰＢ１＊１８４、ＤＰＢ１＊１８５、ＤＰＢ１＊１８６、ＤＰＢ１＊１８７、ＤＰＢ１＊１８８、ＤＰＢ１＊１８９、ＤＰＢ１＊１８、ＤＰＢ１＊１９０、ＤＰＢ１＊１９１、ＤＰＢ１＊１９２、ＤＰＢ１＊１９３、ＤＰＢ１＊１９４、ＤＰＢ１＊１９５、ＤＰＢ１＊１９６、ＤＰＢ１＊１９７、ＤＰＢ１＊１９８、ＤＰＢ１＊１９９、ＤＰＢ１＊１９、ＤＰＢ１＊２００、ＤＰＢ１＊２０１、ＤＰＢ１＊２０２、ＤＰＢ１＊２０３、ＤＰＢ１＊２０４、ＤＰＢ１＊２０５、ＤＰＢ１＊２０６、ＤＰＢ１＊２０７、ＤＰＢ１＊２０８、ＤＰＢ１＊２０９、ＤＰＢ１＊２０、ＤＰＢ１＊２１０、ＤＰＢ１＊２１１、ＤＰＢ１＊２１２、ＤＰＢ１＊２１３、ＤＰＢ１＊２１４、ＤＰＢ１＊２１５、ＤＰＢ１＊２１６、ＤＰＢ１＊２１７、ＤＰＢ１＊２１８、ＤＰＢ１＊２１９、ＤＰＢ１＊２１、ＤＰＢ１＊２２０、ＤＰＢ１＊２２１、ＤＰＢ１＊２２２、ＤＰＢ１＊２２３、ＤＰＢ１＊２２４、ＤＰＢ１＊２２５、ＤＰＢ１＊２２６、ＤＰＢ１＊２２７、ＤＰＢ１＊２２８、ＤＰＢ１＊２２９、ＤＰＢ１＊２２、ＤＰＢ１＊２３０、ＤＰＢ１＊２３１、ＤＰＢ１＊２３２、ＤＰＢ１＊２３３、ＤＰＢ１＊２３４、ＤＰＢ１＊２３５、ＤＰＢ１＊２３６、ＤＰＢ１＊２３７、ＤＰＢ１＊２３８、ＤＰＢ１＊２３９、ＤＰＢ１＊２３、ＤＰＢ１＊２４０、ＤＰＢ１＊２４１、ＤＰＢ１＊２４２、ＤＰＢ１＊２４３、ＤＰＢ１＊２４４、ＤＰＢ１＊２４５、ＤＰＢ１＊２４６、ＤＰＢ１＊２４７、ＤＰＢ１＊２４８、ＤＰＢ１＊２４９、ＤＰＢ１＊２４、ＤＰＢ１＊２５０、ＤＰＢ１＊２５１、ＤＰＢ１＊２５２、ＤＰＢ１＊２５３、ＤＰＢ１＊２５４、ＤＰＢ１＊２５５、ＤＰＢ１＊２５６、ＤＰＢ１＊２５７、ＤＰＢ１＊２５８、ＤＰＢ１＊２５９、ＤＰＢ１＊２５、ＤＰＢ１＊２６０、ＤＰＢ１＊２６１、ＤＰＢ１＊２６２、ＤＰＢ１＊２６３、ＤＰＢ１＊２６４、ＤＰＢ１＊２６５、ＤＰＢ１＊２６６、ＤＰＢ１＊２６７、ＤＰＢ１＊２６８、ＤＰＢ１＊２６９、ＤＰＢ１＊２６、ＤＰＢ１＊２７０、ＤＰＢ１＊２７１、ＤＰＢ１＊２７２、ＤＰＢ１＊２７３、ＤＰＢ１＊２７４、ＤＰＢ１＊２７５、ＤＰＢ１＊２７６、ＤＰＢ１＊２７７、ＤＰＢ１＊２７８、ＤＰＢ１＊２７９、ＤＰＢ１＊２７、ＤＰＢ１＊２８０、ＤＰＢ１＊２８１、ＤＰＢ１＊２８２、ＤＰＢ１＊２８３、ＤＰＢ１＊２８４、ＤＰＢ１＊２８５、ＤＰＢ１＊２８６、ＤＰＢ１＊２８７、ＤＰＢ１＊２８８、ＤＰＢ１＊２８９、ＤＰＢ１＊２８、ＤＰＢ１＊２９０、ＤＰＢ１＊２９１、ＤＰＢ１＊２９２、ＤＰＢ１＊２９３、ＤＰＢ１＊２９４、ＤＰＢ１＊２９５、ＤＰＢ１＊２９６、ＤＰＢ１＊２９７、ＤＰＢ１＊２９８、ＤＰＢ１＊２９９、ＤＰＢ１＊２９、ＤＰＢ１＊３００、ＤＰＢ１＊３０１、ＤＰＢ１＊３０２、ＤＰＢ１＊３０３、ＤＰＢ１＊３０４、ＤＰＢ１＊３０５、ＤＰＢ１＊３０６、ＤＰＢ１＊３０７、ＤＰＢ１＊３０８、ＤＰＢ１＊３０９、ＤＰＢ１＊３０、ＤＰＢ１＊３１０、ＤＰＢ１＊３１１、ＤＰＢ１＊３１２、ＤＰＢ１＊３１３、ＤＰＢ１＊３１４、ＤＰＢ１＊３１５、ＤＰＢ１＊３１６、ＤＰＢ１＊３１７、ＤＰＢ１＊３１８、ＤＰＢ１＊３１９、ＤＰＢ１＊３１、ＤＰＢ１＊３２０、ＤＰＢ１＊３２１、ＤＰＢ１＊３２２、ＤＰＢ１＊３２３、ＤＰＢ１＊３２４、ＤＰＢ１＊３２５、ＤＰＢ１＊３２６、ＤＰＢ１＊３２７、ＤＰＢ１＊３２８、ＤＰＢ１＊３２９、ＤＰＢ１＊３２、ＤＰＢ１＊３３０、ＤＰＢ１＊３３１、ＤＰＢ１＊３３２、ＤＰＢ１＊３３３、ＤＰＢ１＊３３４、ＤＰＢ１＊３３５、ＤＰＢ１＊３３６、ＤＰＢ１＊３３７、ＤＰＢ１＊３３８、ＤＰＢ１＊３３９、ＤＰＢ１＊３３、ＤＰＢ１＊３４０、ＤＰＢ１＊３４１、ＤＰＢ１＊３４２、ＤＰＢ１＊３４３、ＤＰＢ１＊３４４、ＤＰＢ１＊３４５、ＤＰＢ１＊３４６、ＤＰＢ１＊３４７、ＤＰＢ１＊３４８、ＤＰＢ１＊３４９、ＤＰＢ１＊３４、ＤＰＢ１＊３５０、ＤＰＢ１＊３５１、ＤＰＢ１＊３５２、ＤＰＢ１＊３５３、ＤＰＢ１＊３５４、ＤＰＢ１＊３５５、ＤＰＢ１＊３５６、ＤＰＢ１＊３５７、ＤＰＢ１＊３５８、ＤＰＢ１＊３５９、ＤＰＢ１＊３５、ＤＰＢ１＊３６０、ＤＰＢ１＊３６１、ＤＰＢ１＊３６２、ＤＰＢ１＊３６３、ＤＰＢ１＊３６４、ＤＰＢ１＊３６５、ＤＰＢ１＊３６６、ＤＰＢ１＊３６７、ＤＰＢ１＊３６８、ＤＰＢ１＊３６９、ＤＰＢ１＊３６、ＤＰＢ１＊３７０、ＤＰＢ１＊３７１、ＤＰＢ１＊３７２、ＤＰＢ１＊３７３、ＤＰＢ１＊３７４、ＤＰＢ１＊３７５、ＤＰＢ１＊３７６、ＤＰＢ１＊３７７、ＤＰＢ１＊３７８、ＤＰＢ１＊３７９、ＤＰＢ１＊３７、ＤＰＢ１＊３８０、ＤＰＢ１＊３８１、ＤＰＢ１＊３８２、ＤＰＢ１＊３８３、ＤＰＢ１＊３８４、ＤＰＢ１＊３８５、ＤＰＢ１＊３８６、ＤＰＢ１＊３８７、ＤＰＢ１＊３８８、ＤＰＢ１＊３８９、ＤＰＢ１＊３８、ＤＰＢ１＊３９０、ＤＰＢ１＊３９１、ＤＰＢ１＊３９２、ＤＰＢ１＊３９３、ＤＰＢ１＊３９４、ＤＰＢ１＊３９５、ＤＰＢ１＊３９６、ＤＰＢ１＊３９７、ＤＰＢ１＊３９８、ＤＰＢ１＊３９９、ＤＰＢ１＊３９、ＤＰＢ１＊４００、ＤＰＢ１＊４０１、ＤＰＢ１＊４０２、ＤＰＢ１＊４０３、ＤＰＢ１＊４０４、ＤＰＢ１＊４０５、ＤＰＢ１＊４０６、ＤＰＢ１＊４０７、ＤＰＢ１＊４０８、ＤＰＢ１＊４０９、ＤＰＢ１＊４０、ＤＰＢ１＊４１０、ＤＰＢ１＊４１１、ＤＰＢ１＊４１２、ＤＰＢ１＊４１３、ＤＰＢ１＊４１４、ＤＰＢ１＊４１５、ＤＰＢ１＊４１６、ＤＰＢ１＊４１７、ＤＰＢ１＊４１８、ＤＰＢ１＊４１９、ＤＰＢ１＊４１、ＤＰＢ１＊４２０、ＤＰＢ１＊４２１、ＤＰＢ１＊４２２、ＤＰＢ１＊４２３、ＤＰＢ１＊４２４、ＤＰＢ１＊４２５、ＤＰＢ１＊４２６、ＤＰＢ１＊４２７、ＤＰＢ１＊４２８、ＤＰＢ１＊４２９、ＤＰＢ１＊４３０、ＤＰＢ１＊４３１、ＤＰＢ１＊４３２、ＤＰＢ１＊４３３、ＤＰＢ１＊４３４、ＤＰＢ１＊４３５、ＤＰＢ１＊４３６、ＤＰＢ１＊４３７、ＤＰＢ１＊４３８、ＤＰＢ１＊４３９、ＤＰＢ１＊４４０、ＤＰＢ１＊４４１、ＤＰＢ１＊４４２、ＤＰＢ１＊４４３、ＤＰＢ１＊４４４、ＤＰＢ１＊４４５、ＤＰＢ１＊４４６、ＤＰＢ１＊４４７、ＤＰＢ１＊４４８、ＤＰＢ１＊４４９、ＤＰＢ１＊４４、ＤＰＢ１＊４５０、ＤＰＢ１＊４５１、ＤＰＢ１＊４５２、ＤＰＢ１＊４５３、ＤＰＢ１＊４５４、ＤＰＢ１＊４５５、ＤＰＢ１＊４５６、ＤＰＢ１＊４５７、ＤＰＢ１＊４５８、ＤＰＢ１＊４５９、ＤＰＢ１＊４５、ＤＰＢ１＊４６０、ＤＰＢ１＊４６１、ＤＰＢ１＊４６２、ＤＰＢ１＊４６３、ＤＰＢ１＊４６４、ＤＰＢ１＊４６５、ＤＰＢ１＊４６６、ＤＰＢ１＊４６７、ＤＰＢ１＊４６８、ＤＰＢ１＊４６９、ＤＰＢ１＊４６、ＤＰＢ１＊４７０、ＤＰＢ１＊４７１、ＤＰＢ１＊４７２、ＤＰＢ１＊４７３、ＤＰＢ１＊４７４、ＤＰＢ１＊４７５、ＤＰＢ１＊４７６、ＤＰＢ１＊４７７、ＤＰＢ１＊４７８、ＤＰＢ１＊４７９、ＤＰＢ１＊４７、ＤＰＢ１＊４８０、ＤＰＢ１＊４８１、ＤＰＢ１＊４８２、ＤＰＢ１＊４８３、ＤＰＢ１＊４８４、ＤＰＢ１＊４８５、ＤＰＢ１＊４８６、ＤＰＢ１＊４８７、ＤＰＢ１＊４８８、ＤＰＢ１＊４８９、ＤＰＢ１＊４８、ＤＰＢ１＊４９０、ＤＰＢ１＊４９１、ＤＰＢ１＊４９２、ＤＰＢ１＊４９３、ＤＰＢ１＊４９４、ＤＰＢ１＊４９５、ＤＰＢ１＊４９６、ＤＰＢ１＊４９７、ＤＰＢ１＊４９８、ＤＰＢ１＊４９９、ＤＰＢ１＊４９、ＤＰＢ１＊５００、ＤＰＢ１＊５０１、ＤＰＢ１＊５０２、ＤＰＢ１＊５０３、ＤＰＢ１＊５０４、ＤＰＢ１＊５０５、ＤＰＢ１＊５０６、ＤＰＢ１＊５０７、ＤＰＢ１＊５０８、ＤＰＢ１＊５０９、ＤＰＢ１＊５０、ＤＰＢ１＊５１０、ＤＰＢ１＊５１１、ＤＰＢ１＊５１２、ＤＰＢ１＊５１３、ＤＰＢ１＊５１４、ＤＰＢ１＊５１５、ＤＰＢ１＊５１６、ＤＰＢ１＊５１７、ＤＰＢ１＊５１８、ＤＰＢ１＊５１９、ＤＰＢ１＊５１、ＤＰＢ１＊５２０、ＤＰＢ１＊５２１、ＤＰＢ１＊５２２、ＤＰＢ１＊５２３、ＤＰＢ１＊５２４、ＤＰＢ１＊５２５、ＤＰＢ１＊５２６、ＤＰＢ１＊５２７、ＤＰＢ１＊５２８、ＤＰＢ１＊５２９、ＤＰＢ１＊５２、ＤＰＢ１＊５３０、ＤＰＢ１＊５３１、ＤＰＢ１＊５３２、ＤＰＢ１＊５３３、ＤＰＢ１＊５３４、ＤＰＢ１＊５３５、ＤＰＢ１＊５３６、ＤＰＢ１＊５３７、ＤＰＢ１＊５３８、ＤＰＢ１＊５３９、ＤＰＢ１＊５３、ＤＰＢ１＊５４０、ＤＰＢ１＊５４１、ＤＰＢ１＊５４２、ＤＰＢ１＊５４３、ＤＰＢ１＊５４４、ＤＰＢ１＊５４５、ＤＰＢ１＊５４６、ＤＰＢ１＊５４７、ＤＰＢ１＊５４８、ＤＰＢ１＊５４９、ＤＰＢ１＊５４、ＤＰＢ１＊５５０、ＤＰＢ１＊５５１、ＤＰＢ１＊５５２、ＤＰＢ１＊５５３、ＤＰＢ１＊５５４、ＤＰＢ１＊５５５、ＤＰＢ１＊５５６、ＤＰＢ１＊５５７、ＤＰＢ１＊５５８、ＤＰＢ１＊５５９、ＤＰＢ１＊５５、ＤＰＢ１＊５６０、ＤＰＢ１＊５６１、ＤＰＢ１＊５６２、ＤＰＢ１＊５６３、ＤＰＢ１＊５６４、ＤＰＢ１＊５６５、ＤＰＢ１＊５６６、ＤＰＢ１＊５６７、ＤＰＢ１＊５６８、ＤＰＢ１＊５６９、ＤＰＢ１＊５６、ＤＰＢ１＊５７０、ＤＰＢ１＊５７１、ＤＰＢ１＊５７２、ＤＰＢ１＊５７３、ＤＰＢ１＊５７４、ＤＰＢ１＊５７５、ＤＰＢ１＊５７６、ＤＰＢ１＊５７７、ＤＰＢ１＊５７８、ＤＰＢ１＊５７９、ＤＰＢ１＊５７、ＤＰＢ１＊５８０、ＤＰＢ１＊５８１、ＤＰＢ１＊５８２、ＤＰＢ１＊５８３、ＤＰＢ１＊５８４、ＤＰＢ１＊５８５、ＤＰＢ１＊５８６、ＤＰＢ１＊５８７、ＤＰＢ１＊５８８、ＤＰＢ１＊５８９、ＤＰＢ１＊５８、ＤＰＢ１＊５９０、ＤＰＢ１＊５９１、ＤＰＢ１＊５９２、ＤＰＢ１＊５９３、ＤＰＢ１＊５９４、ＤＰＢ１＊５９５、ＤＰＢ１＊５９６、ＤＰＢ１＊５９７、ＤＰＢ１＊５９８、ＤＰＢ１＊５９９、ＤＰＢ１＊５９、ＤＰＢ１＊６００、ＤＰＢ１＊６０１、ＤＰＢ１＊６０２、ＤＰＢ１＊６０３、ＤＰＢ１＊６０４、ＤＰＢ１＊６０５、ＤＰＢ１＊６０６、ＤＰＢ１＊６０７、ＤＰＢ１＊６０８、ＤＰＢ１＊６０９、ＤＰＢ１＊６０、ＤＰＢ１＊６１０、ＤＰＢ１＊６１１、ＤＰＢ１＊６１２、ＤＰＢ１＊６１３、ＤＰＢ１＊６１４、ＤＰＢ１＊６１５
、ＤＰＢ１＊６１６、ＤＰＢ１＊６１７、ＤＰＢ１＊６１８、ＤＰＢ１＊６１９、ＤＰＢ１＊６１、ＤＰＢ１＊６２０、ＤＰＢ１＊６２１、ＤＰＢ１＊６２２、ＤＰＢ１＊６２３、ＤＰＢ１＊６２４、ＤＰＢ１＊６２５、ＤＰＢ１＊６２６、ＤＰＢ１＊６２７、ＤＰＢ１＊６２８、ＤＰＢ１＊６２９、ＤＰＢ１＊６２、ＤＰＢ１＊６３０、ＤＰＢ１＊６３１、ＤＰＢ１＊６３２、ＤＰＢ１＊６３３、ＤＰＢ１＊６３４、ＤＰＢ１＊６３５、ＤＰＢ１＊６３６、ＤＰＢ１＊６３７、ＤＰＢ１＊６３８、ＤＰＢ１＊６３９、ＤＰＢ１＊６３、ＤＰＢ１＊６４０、ＤＰＢ１＊６４１、ＤＰＢ１＊６４２、ＤＰＢ１＊６４３、ＤＰＢ１＊６４４、ＤＰＢ１＊６４５、ＤＰＢ１＊６４６、ＤＰＢ１＊６４７、ＤＰＢ１＊６４８、ＤＰＢ１＊６４９、ＤＰＢ１＊６４、ＤＰＢ１＊６５０、ＤＰＢ１＊６５１、ＤＰＢ１＊６５２、ＤＰＢ１＊６５３、ＤＰＢ１＊６５４、ＤＰＢ１＊６５５、ＤＰＢ１＊６５６、ＤＰＢ１＊６５７、ＤＰＢ１＊６５８、ＤＰＢ１＊６５９、ＤＰＢ１＊６５、ＤＰＢ１＊６６０、ＤＰＢ１＊６６１、ＤＰＢ１＊６６２、ＤＰＢ１＊６６３、ＤＰＢ１＊６６４、ＤＰＢ１＊６６５、ＤＰＢ１＊６６６、ＤＰＢ１＊６６７、ＤＰＢ１＊６６８、ＤＰＢ１＊６６９、ＤＰＢ１＊６６、ＤＰＢ１＊６７０、ＤＰＢ１＊６７１、ＤＰＢ１＊６７２、ＤＰＢ１＊６７３、ＤＰＢ１＊６７４、ＤＰＢ１＊６７５、ＤＰＢ１＊６７６、ＤＰＢ１＊６７７、ＤＰＢ１＊６７８、ＤＰＢ１＊６７９、ＤＰＢ１＊６７、ＤＰＢ１＊６８０、ＤＰＢ１＊６８１、ＤＰＢ１＊６８２、ＤＰＢ１＊６８３、ＤＰＢ１＊６８４、ＤＰＢ１＊６８５、ＤＰＢ１＊６８６、ＤＰＢ１＊６８７、ＤＰＢ１＊６８８、ＤＰＢ１＊６８９、ＤＰＢ１＊６８、ＤＰＢ１＊６９０、ＤＰＢ１＊６９１、ＤＰＢ１＊６９２、ＤＰＢ１＊６９３、ＤＰＢ１＊６９４、ＤＰＢ１＊６９５、ＤＰＢ１＊６９６、ＤＰＢ１＊６９７、ＤＰＢ１＊６９８、ＤＰＢ１＊６９９、ＤＰＢ１＊６９、ＤＰＢ１＊７００、ＤＰＢ１＊７０１、ＤＰＢ１＊７０２、ＤＰＢ１＊７０３、ＤＰＢ１＊７０４、ＤＰＢ１＊７０５、ＤＰＢ１＊７０６、ＤＰＢ１＊７０７、ＤＰＢ１＊７０８、ＤＰＢ１＊７０９、ＤＰＢ１＊７０、ＤＰＢ１＊７１０、ＤＰＢ１＊７１１、ＤＰＢ１＊７１２、ＤＰＢ１＊７１３、ＤＰＢ１＊７１４、ＤＰＢ１＊７１５、ＤＰＢ１＊７１６、ＤＰＢ１＊７１７、ＤＰＢ１＊７１８、ＤＰＢ１＊７１９、ＤＰＢ１＊７１、ＤＰＢ１＊７２０、ＤＰＢ１＊７２１、ＤＰＢ１＊７２２、ＤＰＢ１＊７２３、ＤＰＢ１＊７２４、ＤＰＢ１＊７２５、ＤＰＢ１＊７２６、ＤＰＢ１＊７２７、ＤＰＢ１＊７２８、ＤＰＢ１＊７２９、ＤＰＢ１＊７２、ＤＰＢ１＊７３０、ＤＰＢ１＊７３１、ＤＰＢ１＊７３２、ＤＰＢ１＊７３３、ＤＰＢ１＊７３４、ＤＰＢ１＊７３５、ＤＰＢ１＊７３６、ＤＰＢ１＊７３７、ＤＰＢ１＊７３８、ＤＰＢ１＊７３９、ＤＰＢ１＊７３、ＤＰＢ１＊７４０、ＤＰＢ１＊７４１、ＤＰＢ１＊７４２、ＤＰＢ１＊７４３、ＤＰＢ１＊７４４、ＤＰＢ１＊７４５、ＤＰＢ１＊７４６、ＤＰＢ１＊７４７、ＤＰＢ１＊７４８、ＤＰＢ１＊７４９、ＤＰＢ１＊７４、ＤＰＢ１＊７５０、ＤＰＢ１＊７５１、ＤＰＢ１＊７５２、ＤＰＢ１＊７５３、ＤＰＢ１＊７５４、ＤＰＢ１＊７５５、ＤＰＢ１＊７５６、ＤＰＢ１＊７５７、ＤＰＢ１＊７５８、ＤＰＢ１＊７５９、ＤＰＢ１＊７５、ＤＰＢ１＊７６０、ＤＰＢ１＊７６１、ＤＰＢ１＊７６２、ＤＰＢ１＊７６３、ＤＰＢ１＊７６４、ＤＰＢ１＊７６５、ＤＰＢ１＊７６６、ＤＰＢ１＊７６７、ＤＰＢ１＊７６８、ＤＰＢ１＊７６９、ＤＰＢ１＊７６、ＤＰＢ１＊７７０、ＤＰＢ１＊７７１、ＤＰＢ１＊７７２、ＤＰＢ１＊７７３、ＤＰＢ１＊７７４、ＤＰＢ１＊７７５、ＤＰＢ１＊７７６、ＤＰＢ１＊７７７、ＤＰＢ１＊７７８、ＤＰＢ１＊７７９、ＤＰＢ１＊７７、ＤＰＢ１＊７８０、ＤＰＢ１＊７８１、ＤＰＢ１＊７８２、ＤＰＢ１＊７８３、ＤＰＢ１＊７８４、ＤＰＢ１＊７８５、ＤＰＢ１＊７８６、ＤＰＢ１＊７８７、ＤＰＢ１＊７８８、ＤＰＢ１＊７８９、ＤＰＢ１＊７８、ＤＰＢ１＊７９０、ＤＰＢ１＊７９１、ＤＰＢ１＊７９２、ＤＰＢ１＊７９４、ＤＰＢ１＊７９５、ＤＰＢ１＊７９６、ＤＰＢ１＊７９７、ＤＰＢ１＊７９８、ＤＰＢ１＊７９９、ＤＰＢ１＊７９、ＤＰＢ１＊８００、ＤＰＢ１＊８０１、ＤＰＢ１＊８０２、ＤＰＢ１＊８０３、ＤＰＢ１＊８０４、ＤＰＢ１＊８０５、ＤＰＢ１＊８０６、ＤＰＢ１＊８０７、ＤＰＢ１＊８０８、ＤＰＢ１＊８０９、ＤＰＢ１＊８０、ＤＰＢ１＊８１０、ＤＰＢ１＊８１１、ＤＰＢ１＊８１２、ＤＰＢ１＊８１３、ＤＰＢ１＊８１４、ＤＰＢ１＊８１５、ＤＰＢ１＊８１６、ＤＰＢ１＊８１７、ＤＰＢ１＊８１８、ＤＰＢ１＊８１９、ＤＰＢ１＊８１、ＤＰＢ１＊８２０、ＤＰＢ１＊８２１、ＤＰＢ１＊８２２、ＤＰＢ１＊８２３、ＤＰＢ１＊８２４、ＤＰＢ１＊８２５、ＤＰＢ１＊８２６、ＤＰＢ１＊８２７、ＤＰＢ１＊８２８、ＤＰＢ１＊８２９、ＤＰＢ１＊８２、ＤＰＢ１＊８３０、ＤＰＢ１＊８３１、ＤＰＢ１＊８３２、ＤＰＢ１＊８３３、ＤＰＢ１＊８３４、ＤＰＢ１＊８３５、ＤＰＢ１＊８３６、ＤＰＢ１＊８３７、ＤＰＢ１＊８３８、ＤＰＢ１＊８３９、ＤＰＢ１＊８３、ＤＰＢ１＊８４０、ＤＰＢ１＊８４１、ＤＰＢ１＊８４２、ＤＰＢ１＊８４３、ＤＰＢ１＊８４４、ＤＰＢ１＊８４５、ＤＰＢ１＊８４６、ＤＰＢ１＊８４７、ＤＰＢ１＊８４８、ＤＰＢ１＊８４９、ＤＰＢ１＊８４、ＤＰＢ１＊８５０、ＤＰＢ１＊８５１、ＤＰＢ１＊８５２、ＤＰＢ１＊８５３、ＤＰＢ１＊８５４、ＤＰＢ１＊８５５、ＤＰＢ１＊８５６、ＤＰＢ１＊８５７、ＤＰＢ１＊８５８、ＤＰＢ１＊８５９、ＤＰＢ１＊８５、ＤＰＢ１＊８６０、ＤＰＢ１＊８６１、ＤＰＢ１＊８６２、ＤＰＢ１＊８６３、ＤＰＢ１＊８６４、ＤＰＢ１＊８６５、ＤＰＢ１＊８６６、ＤＰＢ１＊８６７、ＤＰＢ１＊８６８、ＤＰＢ１＊８６９、ＤＰＢ１＊８６、ＤＰＢ１＊８７０、ＤＰＢ１＊８７１、ＤＰＢ１＊８７２、ＤＰＢ１＊８７３、ＤＰＢ１＊８７４、ＤＰＢ１＊８７５、ＤＰＢ１＊８７６、ＤＰＢ１＊８７７、ＤＰＢ１＊８７８、ＤＰＢ１＊８７９、ＤＰＢ１＊８７、ＤＰＢ１＊８８０、ＤＰＢ１＊８８１、ＤＰＢ１＊８８２、ＤＰＢ１＊８８３、ＤＰＢ１＊８８４、ＤＰＢ１＊８８５、ＤＰＢ１＊８８６、ＤＰＢ１＊８８７、ＤＰＢ１＊８８８、ＤＰＢ１＊８８９、ＤＰＢ１＊８８、ＤＰＢ１＊８９０、ＤＰＢ１＊８９１、ＤＰＢ１＊８９２、ＤＰＢ１＊８９３、ＤＰＢ１＊８９４、ＤＰＢ１＊８９５、ＤＰＢ１＊８９６、ＤＰＢ１＊８９７、ＤＰＢ１＊８９８、ＤＰＢ１＊８９９、ＤＰＢ１＊８９、ＤＰＢ１＊９００、ＤＰＢ１＊９０１、ＤＰＢ１＊９０２、ＤＰＢ１＊９０３、ＤＰＢ１＊９０４、ＤＰＢ１＊９０５、ＤＰＢ１＊９０６、ＤＰＢ１＊９０７、ＤＰＢ１＊９０８、ＤＰＢ１＊９０９、ＤＰＢ１＊９０、ＤＰＢ１＊９１０、ＤＰＢ１＊９１１、ＤＰＢ１＊９１２、ＤＰＢ１＊９１３、ＤＰＢ１＊９１４、ＤＰＢ１＊９１５、ＤＰＢ１＊９１６、ＤＰＢ１＊９１７、ＤＰＢ１＊９１８、ＤＰＢ１＊９１９、ＤＰＢ１＊９１、ＤＰＢ１＊９２０、ＤＰＢ１＊９２１、ＤＰＢ１＊９２２、ＤＰＢ１＊９２３、ＤＰＢ１＊９２４、ＤＰＢ１＊９２５、ＤＰＢ１＊９２６、ＤＰＢ１＊９２７、ＤＰＢ１＊９２８、ＤＰＢ１＊９２９、ＤＰＢ１＊９２、ＤＰＢ１＊９３０、ＤＰＢ１＊９３１、ＤＰＢ１＊９３２、ＤＰＢ１＊９３３、ＤＰＢ１＊９３４、ＤＰＢ１＊９３５、ＤＰＢ１＊９３６、ＤＰＢ１＊９３７、ＤＰＢ１＊９３８、ＤＰＢ１＊９３９、ＤＰＢ１＊９３、ＤＰＢ１＊９４０、ＤＰＢ１＊９４１、ＤＰＢ１＊９４２、ＤＰＢ１＊９４３、ＤＰＢ１＊９４４、ＤＰＢ１＊９４５、ＤＰＢ１＊９４６、ＤＰＢ１＊９４７、ＤＰＢ１＊９４８、ＤＰＢ１＊９４９、ＤＰＢ１＊９４、ＤＰＢ１＊９５０、ＤＰＢ１＊９５１、ＤＰＢ１＊９５２、ＤＰＢ１＊９５３、ＤＰＢ１＊９５４、ＤＰＢ１＊９５５、ＤＰＢ１＊９５６、ＤＰＢ１＊９５７、ＤＰＢ１＊９５８、ＤＰＢ１＊９５９、ＤＰＢ１＊９５、ＤＰＢ１＊９６０、ＤＰＢ１＊９６１、ＤＰＢ１＊９６２、ＤＰＢ１＊９６３、ＤＰＢ１＊９６４、ＤＰＢ１＊９６５、ＤＰＢ１＊９６、ＤＰＢ１＊９７、ＤＰＢ１＊９８、及びＤＰＢ１＊９９対立遺伝子からなる群から選択されるＨＬＡ対立遺伝子を含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０３、またはＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０４対立遺伝子を含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。
本開示の特定の態様は、ＭＨＣクラスＩＩ特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を識別する方法に関し、該方法は、Ｔ細胞をＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体と接触させることを含み、ここで、該Ｔ細胞は、ＣＤ４及び１つ以上のＴＣＲを発現し、該ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、該ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方を含み、かつ、該ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体に特異的に結合する。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子がＣＤ４に対して有している親和性よりも、ＣＤ４に対して高い親和性を有する。
いくつかの態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される。いくつかの態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。
いくつかの態様において、（ｉ）ＨＬＡクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子であるか、（ｉｉ）ＨＬＡクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子であるか、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方である。いくつかの態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＤＱ２、ＤＱ３、ＤＱ４、ＤＱ５またはＤＱ６対立遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０５またはＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０６対立遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０５またはＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０６対立遺伝子を含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、（ａ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、及び（ｃ）（ｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸のうちの少なくとも３つを含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、（ａ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、（ｄ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、（ｅ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び（ｆ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される。いくつかの態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン及びグルタミンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、（ｉ）ＨＬＡクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子であるか、（ｉｉ）ＨＬＡクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子であるか、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方である。
いくつかの態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＤＲ２、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ５、ＤＲ６、ＤＲ７、ＤＲ８、ＤＲ９、ＤＲ１０、ＤＲ１１、ＤＲ１２、ＤＲ１３、ＤＲ１４、ＤＲ１５、またはＤＲ１６対立遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＤＲＢ１＊０１、ＤＲＢ１＊０３、ＤＲＢ１＊０４、ＤＲＢ１＊０７、ＤＲＢ１＊０８、ＤＲＢ１＊０９、ＤＲＢ１＊１０、ＤＲＢ１＊１１、ＤＲＢ１＊１２、ＤＲＢ１＊１３、ＤＲＢ１＊１４、ＤＲＢ１＊１５、及びＤＲＢ１＊１６からなる群から選択されるＨＬＡ対立遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲＡ１＊０１対立遺伝子を含む。
いくつかの態様において、ベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、及び（ｃ）（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうちの少なくとも２つを含む。
いくつかの態様において、ベータ鎖は、（ｃ）（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうちの少なくとも３つを含む。
いくつかの態様において、ベータ鎖は、（ｃ）（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、及び（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうちの少なくとも４つを含む。
いくつかの態様において、ベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、ベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｄ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｅ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｆ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｇ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、及び（ｈ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、スレオニンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、メチオニンである。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択される。いくつかの態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、スレオニンである。
いくつかの態様において、ベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む。
いくつかの態様において、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子は、（ａ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基、または配列番号１１もしくは１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、（ｂ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基、または配列番号１１もしくは１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン、または（ｃ）（ａ）及び（ｂ）の両方を含む。
いくつかの態様において、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子は、（ａ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基、または配列番号１１もしくは１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、（ｂ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基、または配列番号１１もしくは１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン、（ｃ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン、（ｄ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン、（ｅ）配列番号１１もしくは１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン、（ｆ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン、（ｇ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン、（ｈ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン、（ｉ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン、（ｊ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン、（ｋ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン、あるいは（ｌ）（ａ）～（ｋ）の任意の組み合わせを含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、二量体である。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、三量体である。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、四量体である。いくつかの態様において、ペプチドは、タンパク質のフラグメントを含む。いくつかの態様において、タンパク質は、罹患細胞で発現している。いくつかの態様において、タンパク質は、腫瘍細胞で発現している。
いくつかの態様において、ペプチドは、少なくとも約１０個のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、約１０～約１００個のアミノ酸、約１０～約９０個のアミノ酸、約１０～約８０個のアミノ酸、約１０～約７０個のアミノ酸、約１０～約６０個のアミノ酸、約１０～約５０個のアミノ酸、約１０～約４０個のアミノ酸、約１０～約３０個のアミノ酸、約１０～約２５個のアミノ酸、約１０～約２０個のアミノ酸、約１０～約１５個のアミノ酸、約１５～約１００個のアミノ酸、２０～約１００個のアミノ酸、２５～約１００個のアミノ酸、３０～約１００個のアミノ酸、３５～約１００個のアミノ酸、４０～約１００個のアミノ酸、５０～約１００個のアミノ酸、６０～約１００個のアミノ酸、７０～約１００個のアミノ酸、８０～約１００個のアミノ酸または９０～約１００個のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、ペプチドは、約１０個のアミノ酸、約１１個のアミノ酸、約１２個のアミノ酸、約１３個のアミノ酸、約１４個のアミノ酸、約１５個のアミノ酸、約１６個のアミノ酸、約１７個のアミノ酸、約１８個のアミノ酸、約１９個のアミノ酸、約２０個のアミノ酸、約２５個のアミノ酸、約３０個のアミノ酸を含む、約３５個のアミノ酸、約４０個のアミノ酸、約４５個のアミノ酸、約５０個のアミノ酸、約５５個のアミノ酸、約６０個のアミノ酸、約６５個のアミノ酸、約７０個のアミノ酸、約７５個のアミノ酸、約８０個のアミノ酸、約８５個のアミノ酸、約９０個のアミノ酸、約９５個のアミノ酸または約１００個のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、抗原提示細胞の表面に発現している。
いくつかの態様において、Ｔ細胞は、ヒト対象から得られる。いくつかの態様において、Ｔ細胞は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する結合親和性よりも、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約６０倍、少なくとも約７０倍、少なくとも約８０倍、少なくとも約９０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約３００倍、少なくとも約４００倍、少なくとも約５００倍、または少なくとも約１００倍高いＣＤ４に対する親和性を有する。
いくつかの態様において、方法は、ＭＨＣクラスＩＩ分子によって結合されるＴ細胞を選択することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合しているＴＣＲを単離することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、ＴＣＲを配列決定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、ＴＣＲをクローニングすることをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、宿主細胞でＴＣＲを組換え的に発現させることをさらに含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、約１００μＭ未満、約５０μＭ未満、約２０μＭ未満、または約１０μＭ未満のＫＤでＣＤ４と結合する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、約１４μＭ以下のＫＤでＣＤ４と結合する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、約８．９μＭ以下のＫＤでＣＤ４と結合する。
［図１Ａ～１Ｆ］親和性成熟ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ分子が、強化されたＣＤ４結合能力を呈することを示すデータのグラフ表示である。野生型ＤＰα鎖（ＤＰＡ１＊０１：０３）を安定して発現するＨＬＡクラスＩＩヌルＫ５６２細胞に、ブランク、野生型、またはＬ１１２Ｗ、Ｖ１１４Ｍ、Ｖ１４１Ｍ、及びＭ１５８Ｉ置換（ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１１４Ｍ／Ｖ１４１Ｍ／Ｍ１５８Ｉ）のある変異体ＤＰβ鎖（ＤＰＢ１＊０４：０１）を形質導入して、抗クラスＩＩｍＡｂ及び可溶性ＣＤ４（ｓＣＤ４）で染色した結果を示すヒストグラムである。 ［図１Ｇ］親和性成熟ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ分子が、強化されたＣＤ４結合能力を呈することを示すデータのグラフ表示である。図１Ａ～１Ｆと同様に発現させて、ｓＣＤ４で染色した全ての可能なＤＰ４復帰変異体のｓＣＤ４に対する結合親和性を要約した棒グラフである（ＭＦＩ；Ｙ軸）。 ［図１Ｈ］親和性成熟ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ分子が、強化されたＣＤ４結合能力を呈することを示すデータのグラフ表示である。定常状態分析によって定量化した、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭとＣＤ４との間の親和性を示す。 ［図１Ｉ］親和性成熟ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ分子が、強化されたＣＤ４結合能力を呈することを示すデータのグラフ表示である。野生型ＤＰ４発現ａＡＰＣ、または勾配濃度のＤＰ４／ＷＴ１ペプチドをパルスしたＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ発現ａＡＰＣによって刺激された、ＤＰ４／ＷＴ１ ＴＣＲ・クローン９形質導入済みＪｕｒｋａｔ７６及びＪｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４細胞のＩＬ－２ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイの結果を示す。 ［図１Ｊ～１Ｗ］親和性成熟ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ分子が、強化されたＣＤ４結合能力を呈することを示すデータのグラフ表示である。ＤＰＬ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ対立遺伝子（図示したような）を発現するＫ５６２細胞の抗クラスＩＩｍＡｂ及びｓＣＤ４による染色を表したヒストグラムである。オープンヒストグラムは、副基準対照染色を表している。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満である。バー及びエラーバーは、３回の実験の結果の平均±ＳＤを表している。少なくとも２回の独立した実験を行った。 ［図１Ｘ～１ＡＡ］図示した抗ＨＬＡクラスＩＩ抗体を用いて検出された、Ｋ５６２細胞の表面上の野生型ＤＰ４及びＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ分子を示すヒストグラムである。クラスＩＩ発現を欠いた対照細胞の染色は、灰色で示す。 ［図１ＡＢ～１ＢＨ］図示した濃度のｓＣＤ４で染色した、図示したＤＰ４を発現するａＡＰＣ、またはクラスＩＩ親細胞を示すヒストグラムである。 ［図１ＢＩ］図示した濃度で野生型ＤＰ４またはＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを発現するａＡＰＣを定量化したものを示す。エラーバーは、３回行った実験の平均±標準偏差を表している。図１ＢＪ及び１ＢＩの実験は、並行して行った。 ［図１ＢＪ］ある濃度範囲にわたるビオチン化野生型ＤＰ４（リガンド）とｓＣＤ４（分析物）との相互作用を示すバイオレイヤー干渉測定センサーグラムである。図１ＢＪ及び１ＢＩの実験は、並行して行った。 ［図１ＢＫ］ある濃度範囲にわたるビオチン化ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ（リガンド）とｓＣＤ４（分析物）との相互作用を示すバイオレイヤー干渉測定センサーグラムである。全てのデータは、２つの独立した実験を表すものである。 ［図２Ａ～２Ｂ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ及びヒトＣＤ４複合体のモデル構造のリボン図である。図示したようなＤＰＡ１＊０１：０３、ＤＰＢ１＊０４：０１、及びＣＤ４の３成分複合体モデル構造の２つの配置である。破線の四角で囲まれている箇所が、ＤＰＢ１＊０４：０１－ＣＤ４結合境界面である（図２Ｂ）。 ［図２Ｃ～２Ｄ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ及びヒトＣＤ４複合体のモデル構造のリボン図である。野生型ＤＰ４（図２Ｃ）及びＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ（図２Ｄ）のＣＤ４結合境界面の拡大図を示す。相互作用する残基の側鎖は、球棒表現で示している（図２Ｃ～２Ｄ）。 ［図３Ａ～３Ｐ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体によるヒト初代ＣＤ４＋Ｔ細胞に発現している同族ＴＣＲの染色を示すデータのグラフ表示である。初代Ｔ細胞に、ＤＰ４／ＭＡＧＥ－Ａ３２４３－２５８（Ｒ１２Ｃ９；図３Ｅ～３Ｈ）、ＤＰ４／ＷＴ１３２８－３４８（クローン９；図３Ｉ～３Ｌ）、またはＤＰ４／ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１７０（５Ｂ８；図３Ｍ～３Ｐ）ＴＣＲを形質導入し、図示したＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した（図３Ｂ～３Ｄ、３Ｆ～３Ｈ、３Ｊ～３Ｌ、及び３Ｎ～３Ｐ）。 ［図４Ａ～４Ｄ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体及び抗Ｖβ２２ｍＡｂで染色した、Ｒ１２Ｃ９形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞の共染色を示す散布図である。Ｒ１２Ｃ９はＶβ２２を発現することに留意されたい。 ［図４Ｅ～４Ｈ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体及び抗ＮＧＦＲｍＡｂで二重染色したクローン９形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞の共染色を示す散布図である。クローン９及びΔＮＧＦＲ遺伝子は、Ｐ２Ａによって融合されていることに留意されたい。 ［図５Ａ～５Ｐ］５μｇ／ｍｌの従来の野生型ＤＰ４四量体及びＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した、クローン９形質導入済み初代Ｔ細胞（図５Ａ～５Ｈ）及び５Ｂ８形質導入済み初代Ｔ細胞（図５Ｉ～５Ｐ）の共染色を示す散布図である。少なくとも２回の独立した実験を行った。 ［図６Ａ～６Ｆ］一連の新規のＤＰ４制限腫瘍関連抗原を認識したＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体を用いた広範囲のスクリーニングの結果を示す棒グラフである。６人のＤＰ４＋黒色腫患者から末梢ＣＤ４＋Ｔ細胞を精製し、腫瘍関連抗原由来の１９６の異なるペプチドを個別にパルスしたＤＰ４発現ａＡＰＣで刺激し、同族ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した。最も陽性値の高かった３０のペプチドを用いた結果を図６Ａ～６Ｂに示す。残りの１６６のペプチドの結果を図６Ｃ～６Ｆに示す。各ゲーティングは、対照二量体染色が０．２％未満の陽性を示すように設定した。陽性二量体染色は、破線で示すような（０．６％超）対照二量体染色を３標準偏差分超える染色として定義した。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 ［図７Ａ～７Ｌ］黒色腫患者由来のペプチド特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞のＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体染色のグラフ表示である。６人のＤＰ４＋黒色腫患者から初代ＣＤ４＋Ｔ細胞を精製し、腫瘍関連抗原由来の１９６の異なるペプチドを個別にパルスしたＤＰ４発現ａＡＰＣで刺激し、図６Ａ～６Ｆで示した同族ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した。ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体染色の例を示す。詳細は定めていないが、＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満であり、ｎ．ｓ．、有意ではない。少なくとも２回の独立した実験を行った。 同上。 ［図８Ａ～８Ｘ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体－陽性細胞から単離して、ヒトＴＣＲ欠損ＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成したＤＰ４制限ＴＣＲが、ＤＰ４制限的及び抗原特異的に機能することを示すデータのグラフ表示である。０３－ＣＣＮＤ１２１９－２３８（図８Ａ～８Ｄ）、０５－ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４及び０９－ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４（図８Ｅ～８Ｊ）、０５－ＬＧＳＮ２９６－３１５（図８Ｋ～８Ｎ）、０３－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７及び０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７（図８Ｏ－８Ｔ）、ならびに０５－ＭＵＣ５ＡＣ４９２２－４９４１（図８Ｕ～８Ｘ）を、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体－陽性細胞からクローニングし、ＴＣＲ欠損Ｊｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４細胞で再構成し、かつ対応するＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体によって染色した。 同上。 ［図９Ａ～９Ｇ］ＩＬ－２ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイでの、対応するペプチドをパルスしたａＡＰＣによって刺激した、０３－ＣＣＮＤ１２１９－２３８（図９Ａ）、０５－ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４（図９Ｂ）、０９－ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４（図９Ｃ）、０５－ＬＧＳＮ２９６－３１５（図９Ｄ）、０３－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７（図９Ｅ）、０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７（図９Ｆ）、及び０５－ＭＵＣ５ＡＣ４９２２－４９４１（図９Ｇ）のＩＬ－２ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイの結果を示す棒グラフである。ＤＰ４／ＷＴ１（クローン９）ＴＣＲを、陰性対照として使用した。少なくとも２回の独立した実験を行った。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満である。バー及びエラーバーは、３回の実験の結果の平均±ＳＤを表している。 ［図１０Ａ～１０Ｑ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体－陽性細胞から単離して、ヒト初代ＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成したＤＰ４制限ＴＣＲが、ＤＰ４制限的及び抗原特異的に機能することを示すデータのグラフ表示である。０３－ＣＣＮＤ１２１９－２３８（図１０Ａ～１０Ｄ及び１０Ｏ）、０３－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７及び０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７（図１０Ｅ～１０Ｊ及び１０Ｐ）、ならびに０５－ＭＵＣ５ＡＣ４９２２－４９４１（図１０Ｋ～１０Ｎ及び１０Ｑ）を、ヒト初代ＣＤ４＋Ｔ細胞にレトロウイルスを介して形質導入し、対応するＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体（図１０Ａ～１０Ｎ）で染色した。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満であり、ｎ．ｓ．、有意ではない。少なくとも２回の独立した実験を行った。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満である。バー及びエラーバーは、３回の実験の結果の平均±ＳＤを表している。 同上。 同上。 同上。 ［図１１Ａ～１１Ｂ］黒色腫患者からクローニングしたＤＰ４制限ＴＣＲが、Ｋ５６２ベースのａＡＰＣによって内因的に処理され提示されたペプチドを認識したことを表したデータを示す。Ｋ５６２由来ａＡＰＣ細胞に内因的に発現しているＣＣＤＮ１（図１１Ａ）及びＭＡＧＥ－Ａ２（図１１Ｂ）を示すゲルクロマトグラフィーの画像である。 ［図１１Ｃ～１１Ｄ］黒色腫患者からクローニングしたＤＰ４制限ＴＣＲが、Ｋ５６２ベースのａＡＰＣによって内因的に処理され提示されたペプチドを認識したことを表したデータを示す。０３－ＣＣＮＤ１２１９－２３８（図１１Ｃ）または０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７（図１１Ｄ）をレトロウイルスを介して形質導入し、かつペプチドをパルスしていないＨＬＡヌルまたはＤＰ４ａＡＰＣで刺激した（図１１Ｃ～１１Ｄ）、ヒト初代Ｔ細胞のＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイの結果を示す棒グラフである。 ［図１１Ｅ］黒色腫患者からクローニングしたＤＰ４制限ＴＣＲが、Ｋ５６２ベースのａＡＰＣによって内因的に処理され提示されたペプチドを認識したことを表したデータを示す。０５－ＭＵＣ５ＡＣ４９２２－４９４１ ＴＣＲをレトロウイルスを介して形質導入し、かつＭＵＣ５ＡＣ４９１４－４９４９ミニ遺伝子形質導入済み及びペプチドをパルスしていないＨＬＡヌルまたはＤＰ４ａＡＰＣで刺激したヒト初代Ｔ細胞のＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイの結果を示す棒グラフである。少なくとも２回の独立した実験を行った。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満である。バー及びエラーバーは、３回の実験の結果の平均±ＳＤを表している。 ［図１２Ａ］０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７ＴＣＲが、ＤＰ４及びＭＡＧＥ－Ａ２に依存して黒色腫細胞株を認識することを表したデータを示す。Ｋ５６２細胞の内因性ＭＡＧＥ－Ａ２発現及び図示した黒色腫細胞株を示すウエスタンブロットの画像である。 ［図１２Ｂ～１２Ｅ］０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７ＴＣＲが、ＤＰ４及びＭＡＧＥ－Ａ２に依存して黒色腫細胞株を認識することを表したデータを示す。０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７ＴＣＲを形質導入し、かつＤＰ４を形質導入したＳＫ－ＭＥＬ－２１（ＤＰ４＋ＭＡＧＥ－Ａ２－；図１２Ｂ）またはＳＫ－ＭＥＬ－３７（ＤＰ４＋ＭＡＧＥ－Ａ２＋；図１２Ｃ）、ならびにＳＫ－ＭＥＬ－２８（ＤＰ４－ＭＡＧＥ－Ａ２＋；図１２Ｄ）及びＭｅ２７５（ＤＰ４－ＭＡＧＥ－Ａ２＋；図１２Ｅ）で刺激した、初代ヒトＴ細胞のＩＦＮ－γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによるデータを示す棒グラフである。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満である。バー及びエラーバーは、３回の実験の結果の平均±ＳＤを表している。少なくとも２回の独立した実験を行った。 ［図１３Ａ～１３Ｑ］抗ＨＬＡクラスＩＩｍＡｂクローン９～４９で染色したＫ５６２細胞の、野生型ＨＬＡＤＰ＊０４：０１及びその誘導体の発現レベルを比較したヒストグラムである。オープンヒストグラムは、副基準対照染色を表している。 ［図１４Ａ］改変されたＤＱ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。ＤＰＢ１＊０４：０１、ＤＱＢ１＊０５：０１、及びＤＱＢ１＊０５：０１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓのアミノ酸配列を比較した表であり、変異のあるアミノ酸には下線が引かれている。 ［図１４Ｂ］改変されたＤＱ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。野生型ＤＱ５（ＤＱＡ１＊０１：０１／ＤＱＢ１＊０５：０１）、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ、野生型ＤＰ４またはＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを安定して発現するクラスＩＩ欠損Ｋ５６２細胞を、図１４Ａに示したようなｓＣＤ４で染色したデータのグラフ表示である。 ［図１４Ｃ］改変されたＤＱ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。野生型ＤＱ５（ＤＱＡ１＊０１：０１／ＤＱＢ１＊０５：０１）、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ、野生型ＤＰ４またはＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを安定して発現するクラスＩＩ欠損Ｋ５６２細胞を、図１４Ａに示したようなｓＣＤ４で染色したデータのグラフ表示である。 ［図１４Ｄ］改変されたＤＱ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。ｓＣＤ４で同じように染色した、４つの位置のうち１つで単一のアミノ酸反転があるＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ変異体を個別に発現する一連のＫ５６２誘導体のＣＤ４結合能力を示す。 ［図１４Ｅ］改変されたＤＱ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。ＤＰＢ１＊０４：０１、ＤＱＢ１＊０２：０１、ＤＱＢ１＊０４：０２、及びＤＱＢ１＊０６：０１のアミノ酸配列を一覧にした表であり、置換のあるアミノ酸には下線が引かれている。ＤＱＢ１＊０５：０１とは異なり、１１４の位置にＶａｌをコードするＤＰＢ１＊０４：０１と同じように、ＤＱＢ１＊０２：０１、ＤＱＢ１＊０４：０２、及びＤＱＢ１＊０６：０１は、１１６の位置にＶａｌをコードする。 ［図１４Ｆ］改変されたＤＱ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。β鎖におけるＬ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋３ｒｅｐｓ置換が、ＣＤ４へのＤＱ２、ＤＱ４、及びＤＱ６の結合を強化したことを示すデータのグラフ表示を表している。少なくとも２回の独立した実験を行った。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満である。バー及びエラーバーは、３回の実験の結果の平均±ＳＤを表している。 ［図１５Ａ～１５Ｂ］親和性成熟ＤＱ二量体が、ヒト初代ＣＤ４＋Ｔ細胞に発現している同族ＴＣＲを認識したことを示すグラフ表示である。ＤＱ５（ＤＱＡ１＊０１：０１－ＤＱＢ１＊０５：０１）制限ＤＤＸ３Ｙ特異的ＴＣＲ（Ｅ６）（図１５Ａ）及びＤＱ６（ＤＱＡ１＊０１：０２－ＤＱＢ１＊０６：０２）制限インフルエンザウイルスＨＡ特異的ＴＣＲ（ＤＭ２）（図１５Ｂ）を、ヒト初代ＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成し、それぞれ、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ及びＤＱ６Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋３ｒｅｐｓ二量体によって染色した。少なくとも２回の独立した実験を行った。 ［図１６Ａ～１６Ｑ］各ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子の発現レベルの比較を示すヒストグラムのグラフ表示である。ＨＬＡ－ＤＱ及びそれらの誘導体を、Ｋ５６２細胞で再構成し、抗ＨＬＡクラスＩＩモノクローナル抗体で染色した。ＤＱ２、ＤＱ５、及びＤＱ６対立遺伝子のそれぞれの表面発現を、抗ＨＬＡクラスＩＩモノクローナル抗体クローン９～４９（Ｉ３）（ＤＱ５及びＤＱ６）または抗クラスＩＩモノクローナル抗体クローンＴｕ３９（ＤＱ２及びＤＱ４）を用いて検出した。オープンヒストグラムは、副基準対照染色を表している。 ［図１７Ａ］改変されたＤＲ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。ＤＰＢ１＊０４：０１、ＤＲＢ１＊０１：０１、及びＤＲＢ１＊０１：０１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓのアミノ酸配列を比較した表であり、変異のあるアミノ酸には下線が引かれている。 ［図１７Ｂ］改変されたＤＲ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。野生型ＤＲ１（ＤＲＡ１＊０１：０１／ＤＲＢ１＊０１：０１）、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ、野生型ＤＰ４またはＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを安定して形質導入し、ｓＣＤ４で染色したクラスＩＩ欠損Ｋ５６２細胞のデータのグラフ表示である。 ［図１７Ｃ］改変されたＤＲ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。野生型ＤＲ１（ＤＲＡ１＊０１：０１／ＤＲＢ１＊０１：０１）、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ、野生型ＤＰ４またはＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを安定して形質導入し、ｓＣＤ４で染色したクラスＩＩ欠損Ｋ５６２細胞のデータのグラフ表示である。 ［図１７Ｄ～１７Ｅ］改変されたＤＲ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。同様にｓＣＤ４で染色した、６つの位置のうち１つで単一のアミノ酸反転があるＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ変異体（図１７Ｄ）、及びＬ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍと共にＳ１１８Ｈ及びＴ１５７Ｉ置換があるＤＲＢ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ（図１７Ｅ）を個別に発現する一連のＫ５６２誘導体のＣＤ４結合能力を示す。 同上。 ［図１７Ｆ］改変されたＤＲ分子の強化されたＣＤ４結合能力を表したデータを示す。ＤＲＢ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ及びＤＲＢ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓのアミノ酸配列との比較と共に、ＤＰＢ１＊０４：０１、ならびに、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ７、ＤＲ１０、ＤＲ１１、及びＤＲ１３のＤＲＢ１対立遺伝子のアミノ酸配列を一覧にした表であり、変異のあるアミノ酸には下線が引かれている。 ［図１７Ｇ～１７Ｌ］Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ突然変異が、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ突然変異よりもより良好にＣＤ４へのＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ７、ＤＲ１０、ＤＲ１１及びＤＲ１３の結合を強化したことを示すデータのグラフ表示である。少なくとも２回の独立した実験を行った。＊、スチューデントのｔ検定によるＰ値は０．０５未満である。バー及びエラーバーは、３回の実験の結果の平均±ＳＤを表している。 ［図１７Ｍ～１７Ｎ］ある濃度範囲にわたるビオチン化ＨＬＡ－ＤＲ１（リガンド）と可溶性ＣＤ４（分析物）との相互作用を示すバイオレイヤー干渉測定センサーグラムである。野生型ＤＲ１（図１７Ｍ）及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ（図１７Ｎ）の結合実験を並行して行ったが、野生型ＤＲ１（図１７Ｍ）では結合が検出されなかった。 ［図１７Ｏ］定常状態分析によって定量化した、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓとＣＤ４との間の親和性を示すグラフである。全てのデータは、２つの独立した実験を表すものである。 ［図１８Ａ～１８Ｄ］親和性成熟ＤＲ二量体が、ヒト初代ＣＤ４＋Ｔ細胞に発現している同族ＴＣＲを認識したことを示すグラフ表示である。ＤＲ１制限ＴＣＲ（ＨＡ１．７及びＳＢ９５）（図１８Ａ）、ＤＲ７制限ＴＣＲ（ＳＤ３３４）（図１８Ｂ）、及びＤＲ１１制限ＴＣＲ（Ｆ２４）（図１８Ｃ）を、初代ヒトＴ細胞で再構成し、かつ対応するＤＲＬ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体で染色した。ＤＲ１１制限Ｆ２４形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＤＲ１１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体及び抗Ｖβ２２ｍＡｂで染色した（図１８Ｄ）。Ｆ２４はＶβ２２を発現することに留意されたい。少なくとも２回の独立した実験を行った。 ［図１９Ａ］ＨＬＡ－ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ及びヒトＣＤ４複合体のモデル構造の図面である。図示したようなＤＲＡ１＊０１：０１、ＤＲＢ１＊０１：０１、及びＣＤ４の３成分複合体モデル構造の概要リボンモデルを示す。 ［図１９Ｂ～１９Ｄ］ＨＬＡ－ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ及びヒトＣＤ４複合体のモデル構造の図面である。球棒表現を用いて図示されているように、野生型ＤＲ１（左側）及び変異したＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ（右側）における４つの変異した残基：Ｌ１１４Ｗ及びＶ１４３Ｍ（図１９Ｂ）、Ｓ１１８Ｈ（図１９Ｃ）及びＴ１５７Ｉ（図１９Ｄ）の拡大図を示す。 ［図２０Ａ～２０ＩＩ］各ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子の発現レベルの比較を示すヒストグラムのグラフ表示である。ＨＬＡ－ＤＲ及びそれらの誘導体を、Ｋ５６２細胞で再構成し、抗ＨＬＡクラスＩＩモノクローナル抗体で染色した。全てのＤＲ対立遺伝子の表面発現を、抗ＨＬＡクラスＩＩモノクローナル抗体クローン９～４９（Ｉ３）を用いて検出した。オープンヒストグラムは、副基準対照染色を表している。 同上。 同上。 ［図２１Ａ～２１Ｄ］内因性ＴＲＰＣ１５７８－５９７特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の染色に対するＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体及びデキストラマーの比較を示すデータのグラフ表示である。内因性（非形質導入）ＴＲＰＣ１５７８－５９７特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ペプチドをパルスし、かつ照射したＤＰ４＋人工ＡＰＣで刺激することによって黒色腫患者から増殖させ、さらにＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＴＲＰＣ１５７８－５９７二量体（図２１Ｂ）、またはＴＲＰＣ１５７８－５９７デキストラマー（図２１Ｄ）で染色した。対応するＣＬＩＰ多量体を、対照として使用した（図２１Ａ及び２１Ｃ）。 ［図２２Ａ～２２Ｆ］内因性ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１７０特異的Ｔ細胞の染色に対するＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体、ならびに従来のＤＰ４四量体及びデキストラマーの比較を示すデータのグラフ表示である。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＤＰ４＋健康なドナー番号４から精製し、ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１７０をパルスし、かつ照射したＤＰ４＋人工ＡＰＣで一回刺激した。増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を、３つの異なるＤＰ４多量体（ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体（図２２Ｂ）、ＤＰ４四量体（図２２Ｄ）、またはＤＰ４デキストラマー（図２２Ｆ））によって、図示したように個別に染色した。 ［図２３Ａ～２３Ｙ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体によるエクスビボ染色に供した病原体特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を示すデータのグラフ表示である。メモリーＣＤ４＋Ｔ細胞を、５人のＤＰ４＋ドナーから精製し、ＴＴ９４８－９６８（図２３Ｆ～２３Ｊ）、ＨＳＶ－２－ＵＬ２１２８３－３０２（図２３Ｋ～２３Ｏ）、Ｆｌｕ－ＨＡ５２７－５４６（図２３Ｐ～２３Ｔ）、及びＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５（図２３Ｕ～２３Ｙ）の病原体関連ペプチドに対して、インビトロ刺激なしで、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体によるエクスビボ染色に供した。ＣＬＩＰペプチドを陰性対照として使用した（図２３Ａ～２３Ｅ）。 ［図２４Ａ～２４Ｖ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体＋細胞から正常に構築された内因性ＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを示すデータのグラフ表示である。メモリーＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＤＰ４＋ドナー番号０６から精製して、インビトロ刺激なしで、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５二量体によるエクスビボ染色に供した。次に、二量体＋ＣＤ４＋Ｔ細胞を限界希釈によってクローニングした。１０個の二量体陽性及び１個の二量体陰性単細胞クローンの代表的二量体染色データのグラフ表示である。８４個のうち７７個のクローン（９１．７％）が、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５二量体によって正常に染色された。 同上。 ［図２４Ｗ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体＋細胞から正常に構築された内因性ＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを示すデータのグラフ表示である。メモリーＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＤＰ４＋ドナー番号０６から精製して、インビトロ刺激なしで、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５二量体によるエクスビボ染色に供した。次に、二量体＋ＣＤ４＋Ｔ細胞を限界希釈によってクローニングした。ＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５二量体＋単細胞クローンにおける抗原特異的ＩＬ－２生成を示す棒グラフである。 ［図２５Ａ～２５Ｒ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体＋細胞から正常に構築された内因性ＤＰ４ ＴＴ９４８－９６８特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを示すデータのグラフ表示である。メモリーＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＤＰ４＋ドナー番号０４から精製して、インビトロ刺激なしで、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＴＴ９４８－９６８二量体によるエクスビボ染色に供した。次に、二量体＋ＣＤ４＋Ｔ細胞を限界希釈によってクローニングした。８個の二量体陽性及び１個の二量体陰性単細胞クローンの代表的二量体染色データのグラフ表示である。２９個のうち２６個のクローン（８９．７％）が、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＴＴ９４８－９６８二量体によって正常に染色された。 同上。 ［図２５Ｓ］ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体＋細胞から正常に構築された内因性ＤＰ４ ＴＴ９４８－９６８特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを示すデータのグラフ表示である。メモリーＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＤＰ４＋ドナー番号０４から精製して、インビトロ刺激なしで、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＴＴ９４８－９６８二量体によるエクスビボ染色に供した。次に、二量体＋ＣＤ４＋Ｔ細胞を限界希釈によってクローニングした。ＴＴ９４８－９６８二量体＋単細胞クローンにおける抗原特異的ＩＬ－２生成を示す棒グラフである。 ［図２６Ａ～２６ＮＮ］ＲＳＶ－ＧＰ（図２６Ａ～２６Ｐ）及びＴＴ（図２６Ｑ～２６ＮＮ）二量体＋単細胞クローンのＤＰ４多量体染色のグラフ表示である。ＲＳＶ－ＧＰ二量体＋単細胞クローン（ｃ６、ｃ１２、ｃ２６、及びｃ３９）を、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５二量体（図２６Ｂ、２６Ｄ、２６Ｆ、及び２６Ｈ）または野生型ＤＰ４デキストラマー（図２６Ｊ、２６Ｌ、２６Ｎ、及び２６Ｐ）で染色した。ＴＴ二量体＋単細胞クローン（ｃ２、ｃ４、ｃ６、及びｃ９）を、３つの異なるＤＰ４ＴＴ９４８－９６８多量体（ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体（図２６Ｒ、２６Ｔ、２６Ｖ、及び２６Ｘ）、野生型ＤＰ４四量体（図２６Ｚ、２６ＢＢ、２６ＤＤ、及び２６ＦＦ）、ならびに野生型ＤＰ４デキストラマー（図２６ＨＨ、２６ＪＪ、２６ＬＬ、及び２６ＮＮ））によって個別に染色した。 同上。 同上。 同上。 ［図２７Ａ～２７Ｌ］ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体が、Ｅ６形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞を強力に染色したことを示すグラフ表示である。Ｅ６を、ＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成し、次に、そのＴ細胞を、野生型ＤＱ５（図２７Ｄ及び２７Ｊ）、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ（図２７Ｅ及び２７Ｋ）、及びＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ（図２７Ｆ及び２７Ｌ）、ＣＬＩＰ対照二量体（図２７Ａ～２７Ｆ）、及びＤＤＸ３Ｙ１７１－１９０に特異的な二量体（図２７Ｇ～２７Ｌ）で染色した。ＴＣＲを形質導入していない対照細胞については、図２７Ａ～２７Ｃ及び２７Ｇ～２７Ｉに示す。 ［図２８Ａ～２８Ｆ］親和性成熟二量体を用いたＤＱ５制限ＴＣＲのクローニングを示すグラフ表示である。初代ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＤＱ５．１＋黒色腫患者から精製し、照射しＧＰＣ３１３８－１５７をパルスしたＤＱ５．１を発現するａＡＰＣによって刺激した。２週間後、刺激したＣＤ４＋Ｔ細胞を、同族ＧＰＣ３１３８－１５７－ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体（図２８Ａ～２８Ｂ）で染色した。ＧＰＣ３特異的ＴＣＲを、ＴＣＲ欠損Ｊｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４細胞で再構成し、対応するＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体（図２８Ｃ（Ｅ６／対照）；図２８Ｄ（Ｅ６／ＧＰＣ３１３８－１５７）；図２８Ｅ（ＤＱ５－０６－ＧＰＣ３１３８－１５７／対照）；及び図２８Ｆ（ＤＱ５－０６－ＧＰＣ３１３８－１５７／ＧＰＣ３１３８－１５７））によって染色した。 同上。 ［図２８Ｇ］ＩＬ－２ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにて、ＧＰＣ３特異的ＴＣＲを発現するＪｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４細胞を、対応するペプチドをパルスしたＤＱ５－Ｋ５６２細胞によって刺激した結果を示す。 ［図２９Ａ～２９Ｌ］ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体によるエクスビボ染色に供したインフルエンザウイルス血球凝集素特異的末梢ＣＤ４＋Ｔ細胞を示すグラフ表示である。メモリーＣＤ４＋Ｔ細胞を、２人のＤＲ１＋ドナー（番号０７（図２９Ａ～２９Ｆ）及び番号０８（図２９Ｇ～２９Ｌ））から精製し、インビトロ刺激なしで、Ｆｌｕ－ＨＡ５－２４（図２９Ｂ及び２９Ｈ）、Ｆｌｕ－ＨＡ１１７－１３６（図２９Ｃ及び２９Ｉ）、Ｆｌｕ－ＨＡ２３２－２５１（図２９Ｄ及び２９Ｊ）、Ｆｌｕ－ＨＡ２６８－２８７（図２９Ｅ及び２９Ｋ）、ならびにＦｌｕ－ＨＡ３０６－３１８（図２９Ｆ及び２９Ｌ）インフルエンザウイルス血球凝集素（Ｆｌｕ－ＨＡ）ペプチドに特異的なＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体で染色した。ＣＬＩＰペプチドを陰性対照として使用した（図２９Ａ及び２９Ｇ）。 ［図３０Ａ～３０Ｘ］ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体が、ＨＡ１．７形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞を強力に染色したことを示すグラフ表示である。ＨＡ１．７を、初代ＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成し、次に、ＴＣＲの形質導入なしで（図３０Ｉ～３０Ｌ）、及びＨＡ１．７ＴＣＲを形質導入して（図３０Ｍ～３０Ｐ）、そのＴ細胞を、野生型ＤＲ１（図３０Ｉ及び３０Ｍ）、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ（図３０Ｊ及び３０Ｎ）、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ（図３０Ｋ及び３０Ｏ）、ならびにＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ（図３０Ｌ及び３０Ｐ）二量体で染色し、さらに、ＣＬＩＰ二量体を陰性対照として使用した（図３０Ａ～３０Ｈ）。加えて、ＨＡ１．７を、初代ＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成し、次に、Ｆｌｕ－ＨＡ３０６－３１８に特異的なＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体（図３０Ｑ～３０Ｔ）または野生型ＤＲ１デキストラマー（図３０Ｕ～３０Ｘ）で染色した。 同上。 同上。 ［図３１Ａ～３１Ｍ］親和性成熟二量体を用いたＤＲ１制限ＴＣＲのクローニングに関するデータを示すグラフ表示である。初代ＣＤ４＋Ｔ細胞を、２人のＤＲ１＋黒色腫患者から精製し、照射しＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４をパルスしたＤＲ１を発現するａＡＰＣ（図３１Ｂ）及びＬＹ６Ｋ９９－１１８をパルスしたＤＲ１を発現するａＡＰＣ（図３１Ｄ）によって刺激した。２週間後、刺激したＣＤ４＋Ｔ細胞を、同族ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体で染色した（図３１Ａ～３１Ｄ）。ＤＲ１制限ＴＣＲを、初代ＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成し、対応する二量体によって染色した（図３１Ｅ～３１Ｍ）。 同上。 ［図３１Ｎ～３１Ｏ］ＩＬ－２ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにて、ＤＲ１制限ＤＲ１－０７－ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４ＴＣＲ（図３１Ｎ）及びＤＲ１－０８－ＬＹ６Ｋ９９－１１８ＴＣＲ（図３１Ｏ）を発現する初代ＣＤ４＋Ｔ細胞を、それぞれ、ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４ペプチド（図３１Ｎ）及びＬＹ６Ｋ９９－１１８ペプチド（図３１Ｏ）をパルスしたＤＲ１－Ｋ５６２細胞によって刺激した結果を示す。
本開示は、ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲを識別する方法に関し、該方法は、Ｔ細胞をＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体と接触させることを含み、ここで、該ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子がＣＤ４に対して有している親和性よりも、ＣＤ４に対して高い親和性を有する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、ここで、該ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型ベータ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む。
Ｉ．用語
本開示をより容易に理解し得るようにするために、特定の用語を最初に定義する。本出願で使用するとき、本明細書に別段に明記されない限り、次の用語の各々は、下記に示す意味を有するものとする。追加の定義は、本出願全体を通して記載される。
用語「ａ」または「ａｎ」の実体は、その実体の１つ以上を指し、例えば、「ヌクレオチド配列（ａ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」は、１つ以上のヌクレオチド配列を表すと理解されることに留意されたい。したがって、「ａ」（または「ａｎ」）、「１つ以上」、及び「少なくとも１つ」という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
さらに、「及び／または」は、本明細書で使用する場合、２つの特定の特徴または構成要素の各々の具体的な開示として解釈され、他方の有無を問わないものとする。したがって、本明細書で「Ａ及び／またはＢ」などの語句で使用される「及び／または」という用語は、「Ａ及びＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、及び「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、及び／またはＣ」などの語句で使用される「及び／または」という用語は、次の態様：Ａ、Ｂ、及びＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）の各々を包含することが意図される。
「約」という用語は、本明細書では、およそ、大体、おおよそ、またはその範囲内の意味で使用される。「約」という用語を数値範囲と併せて使用する場合、その用語は、示されている数値の前後まで、その境界を広げることによって、その範囲を修飾する。概して、「約」という用語は、本明細書では、示されている値のプラスマイナス（上下）１０パーセントの幅で、数値を修飾する目的で使用する。
本明細書において「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という言葉で態様が説明されている場合は常に、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」及び／または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」という用語で説明されている他の類似の態様も提供されることを理解されたい。
別段に定義しない限り、本明細書において使用する全ての技術用語及び科学用語は、本開示が関連する技術分野における当業者により一般に理解されるものと同一の意味を有する。例えば、ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｕｏ，Ｐｅｉ－Ｓｈｏｗ，２ｎｄ ｅｄ．，２００２，ＣＲＣＰｒｅｓｓ、Ｔｈｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ ｅｄ．，１９９９，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、及びｔｈｅ Ｏｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ Ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｒｅｖｉｓｅｄ，２０００，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓは、本開示で使用される用語の多くの一般的な辞書を当業者に提供する。
単位、接頭辞、及び記号は、それらの国際単位系（ＳＩ）で承認された形式で示される。数値範囲はその範囲を定義する数を含む。別段に示さない限り、ヌクレオチド配列は５’から３’の方向で左から右に書かれている。アミノ酸配列は、アミノからカルボキシの方向で左から右に書かれている。本明細書において提供する見出しは、本明細書全体を参照することにより得ることができる本開示の様々な態様を限定するものではない。したがって、直下で定義する用語は、本明細書全体を参照することによって、より十分に定義される。
「投与すること」とは、当業者に周知の様々な方法及び送達系のいずれかを用いて、薬剤を対象に物理的に導入することを指す。本明細書にて開示される製剤の投与経路の例としては、例えば注射または注入による静脈内投与経路、筋肉内投与経路、皮下投与経路、腹腔内投与経路、脊髄投与経路またはその他の非経口投与経路が挙げられる。「非経口投与」という語句は、本明細書で使用する場合、経腸投与及び局所投与以外の、通常は注射による投与方法を意味し、これには、限定するものではないが、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ管内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外及び胸骨内の注射及び注入、ならびにインビボの電気穿孔法が挙げられる。いくつかの態様において、この製剤は、非経口ではない経路、例えば、経口的に投与される。他の非経口ではない経路としては、局所、上皮、または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内に、膣内に、直腸に、舌下で、または局所的に、が挙げられる。また、投与は、例えば１回、複数回、及び／または１以上の長い期間にわたって行うことができる。
本明細書で使用される「Ｔ細胞受容体」（ＴＣＲ）という用語は、標的抗原と特異的に相互作用し得るヘテロマー細胞表面受容体を指す。本明細書で使用される場合、「ＴＣＲ」という用語は、限定されないが、天然に存在するＴＣＲ及び天然に存在しないＴＣＲ、完全長ＴＣＲ及びその抗原結合部分、キメラＴＣＲ、ＴＣＲ融合構築物、ならびに合成ＴＣＲを含む。ヒトでは、ＴＣＲはＴ細胞の表面に発現し、Ｔ細胞の認識及び抗原提示細胞の標的化を担っている。抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ、本明細書においては、ＨＬＡ分子、例えばＨＬＡクラスＩＩ分子と複合体を形成するものも指す）と複合体を形成する外来タンパク質（抗原）のフラグメントを提示する。ＴＣＲは、ペプチド：ＨＬＡ複合体を認識して結合し、ＣＤ８（ＭＨＣクラスＩ分子の場合）またはＣＤ４（ＭＨＣクラスＩＩ分子の場合）を動員し、これによりＴＣＲが活性化される。活性化されたＴＣＲは、ＥＰＣの破壊を含む下流のシグナル伝達及び免疫応答を開始する。
一般に、ＴＣＲは、ジスルフィド結合によって相互接続された２つの鎖、アルファ鎖及びベータ鎖（またはより一般的ではないがガンマ鎖及びデルタ鎖）を含み得る。各鎖は、可変ドメイン（アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメイン）及び定常領域（アルファ鎖定常領域及びベータ鎖定常領域）を含む。可変ドメインは、細胞膜の遠位に位置し、可変ドメインは抗原と相互作用する。定常領域は細胞膜の近位に位置している。ＴＣＲは、膜貫通領域及び短い細胞質尾部をさらに含み得る。本明細書で使用される場合、「定常領域」という用語は、存在する場合、膜貫通領域及び細胞質尾部、ならびに従来の「定常領域」を包含する。
可変ドメインは、フレームワーク領域（ＦＲ）と称される、より保存されている領域が挟み込まれる、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される超可変性の領域に、さらに細分化され得る。各アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメインは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲ（ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４）を含む。各可変ドメインには、抗原と相互作用する結合ドメインが含まれている。各鎖の３つのＣＤＲの全ては、抗原結合に関与しているが、ＣＤＲ３は、主要な抗原結合領域であると考えられており、ＣＤＲ１及びＣＤＲ２は、主にＨＬＡ分子を認識すると考えられている。
明示的に述べられていない場合、及び文脈が別段の指示をしない限り、「ＴＣＲ」という用語はまた、本明細書にて開示される任意のＴＣＲの抗原結合フラグメントまたは抗原結合部分を含み、一価及び二価のフラグメントまたは部分、及び一本鎖ＴＣＲを含む。「ＴＣＲ」という用語は、Ｔ細胞の表面に結合した天然に存在するＴＣＲに限定されない。本明細書で使用される場合、「ＴＣＲ」という用語はさらに、Ｔ細胞以外の細胞（例えば、本明細書に記載のように、ＣＤ４を自然に発現するかまたは発現するように改変される細胞）の表面に発現される本明細書に記載のＴＣＲ、または細胞膜から遊離した本明細書に記載のＴＣＲ（例えば、単離されたＴＣＲまたは可溶性ＴＣＲ）を指す。
「抗原結合分子」、「ＴＣＲの一部」、または「ＴＣＲフラグメント」とは、ＴＣＲ全体よりも小さいＴＣＲの任意の部分を指す。抗原結合分子は、抗原のＣＤＲを含む場合がある。
「抗原」とは、免疫応答を誘発するか、またはＴＣＲによって結合され得る任意の分子、例えば、ペプチドを指す。本明細書で使用される「エピトープ」とは、免疫応答を誘発するか、またはＴＣＲによって結合され得るポリペプチドの一部を指す。免疫応答には、抗体産生、もしくは特定の免疫学的コンピテント細胞の活性化、またはその両方が含まれ得る。当業者は、事実上全てのタンパク質またはペプチドを含む任意の高分子が抗原として機能し得ることを容易に理解するであろう。抗原及び／またはエピトープは、内因的に発現され得る、すなわち、ゲノムＤＮＡによって発現されるか、または組換え発現され得る。抗原及び／またはエピトープは、罹患細胞、例えばがん細胞などの特定の組織に特異的であるか、または広範に発現している場合がある。さらに、より大きな分子のフラグメントが抗原として機能する場合がある。一態様において、抗原は、腫瘍抗原である。エピトープは、より長いポリペプチド中（例えばタンパク質中）に存在することがあるか、または、エピトープは、より長いポリペプチドのフラグメントとして存在する場合がある。いくつかの態様において、エピトープは、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ、本明細書においては、ＨＬＡ分子、例えばＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成するものも指す）と複合体を形成する。
「自己由来」という用語は、それが後に再導入される同じ個体に由来する任意の材料を指す。例えば、自己Ｔ細胞療法は、同じ対象から単離されたＴ細胞を対象に投与することを含む。「同種異系」という用語は、ある固体に由来し、さらに同じ種の別の固体に導入される任意の材料を指す。例えば、同種異系Ｔ細胞移植は、対象以外のドナーから得られたＴ細胞を対象に投与することを含む。
本発明で使用される場合、「ＣＣＮＤ１」、「Ｇ１／Ｓ特異的サイクリンＤ１」、「Ｂ細胞リンパ腫１タンパク質」、「ＢＣＬ－１」または「ＰＲＡＤ１」とは、ＲＢ１を含む網膜芽細胞腫（ＲＢ）タンパク質ファミリーのメンバーをリン酸化及び阻害し、かつＧ１／Ｓ移行中に細胞周期を制御するサイクリンＤ１－ＣＤＫ４（ＤＣ）複合体のヒト調節成分を指す。ＲＢ１のリン酸化により、ＲＢ／Ｅ２Ｆ複合体からの転写因子Ｅ２Ｆの解離、及びＧ１期の進行を担うＥ２Ｆ標的遺伝子のその後の転写が可能になる。ＣＣＮＤ１は、Ｇ１期初期のＲＢ１の低リン酸化にも関与している。サイクリンＤ－ＣＤＫ４複合体は、様々な有糸分裂誘発シグナル及び抗有糸分裂シグナルの主要なインテグレーターである。ＣＣＮＤ１はまた、ＳＭＡＤ３の基質であり、細胞周期に依存してＳＭＡＤ３をリン酸化し、その転写活性を抑制する。ＣＣＮＤ１はまた、サイクリンＤ－ＣＤＫ４複合体の核転座及び活性に必要な３成分複合体、サイクリンＤ１／ＣＤＫ４／ＣＤＫＮ１Ｂの成分であり、またＣＣＮＤ１は、細胞周期から独立してＮＥＵＲＯＤ１及びＩＮＳプロモーター上のＩＮＳＭ１との転写コリプレッサー活性を呈する。細胞周期進行を変化させるＣＣＮＤ１の突然変異、増幅、及び過剰発現は、様々な腫瘍で頻繁に観察され、腫瘍形成に関与している可能性がある。
本発明で使用される場合、ＣＣＮＤ１とは、完全長の標準配列だけでなく、そのバリアント及びフラグメントも指す。ＣＣＮＤ１（配列番号２７）のアミノ酸配列を、表１Ａに示す（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ２４３８５）。
本発明で使用される場合、「ＭＵＣ５ＡＣ」または「ムチン５ＡＣ」とは、吸い込まれた微生物及び粒子に結合することで感染及び化学的損傷から粘膜を守り、その後粘膜線毛系によって除去される胃及び気道上皮のヒトゲル形成糖タンパク質を指す。
本発明で使用される場合、ＭＵＣ５ＡＣとは、完全長の標準配列だけでなく、そのバリアント及びフラグメントも指す。ＭＵＣ５ＡＣ（配列番号２８）のアミノ酸配列を、表１Ｂに示す（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ９８０８８）。
本発明で使用される場合、「ＭＡＧＥ－Ａ２」、「黒色腫関連抗原２」または「がん／精巣抗原１．２」とは、主に腫瘍細胞で発現しているヒトタンパク質を指す。ＭＡＧＥ－Ａ２は、ｐ５３／ＴＰ５３転写部位へのＨＤＡＣ３の動員を介してｐ５３／ＴＰ５３トランス活性化機能を低下させる。ＭＡＧＥ－Ａ２は、ｐ７３／ＴＰ７３活性を抑制する。インビトロでは、ＭＡＧＥ－Ａ２は、黒色腫細胞株における細胞生存率を促進する。ＭＡＧＥ－Ａ２は、黒色腫、頭頚部扁平上皮癌、肺癌及び乳癌などいくつかのタイプの多くの腫瘍に発現している。しかし、健康な組織では、ＭＡＧＥ－Ａ２は、精巣でのみ発現している。
本発明で使用される場合、ＭＡＧＥ－Ａ２とは、完全長の配列だけでなく、そのバリアント及びフラグメントも指す。ＭＡＧＥ－Ａ２（配列番号２９）のアミノ酸配列を、表１Ｃに示す（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ４３３５６）。
本明細書で使用される「ＨＬＡ」という用語は、ヒト白血球抗原を指す。ＨＬＡ遺伝子は、ヒトの主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）タンパク質をコードする。ＭＨＣタンパク質は、細胞の表面に発現し、免疫応答の活性化に関与している。ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子は、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面に発現するＭＨＣクラスＩＩタンパク質をコードする。プロフェッショナルＡＰＣの非限定的例としては、単核細胞、マクロファージ、樹状細胞（ＤＣ）及びＢリンパ球が挙げられる。一部の内皮細胞及び上皮細胞は、炎症シグナルが活性化された後にＭＨＣクラスＩＩ分子を発現することもある。機能的なＭＨＣクラスＩＩ分子を欠くヒトは、一連の感染症に非常にかかりやすく、通常幼齢で死亡する。
本発明で使用される場合、「ＨＬＡクラスＩＩ分子」または「ＭＨＣクラスＩＩ分子」とは、ＭＨＣクラスＩＩ分子をコードする野生型またはバリアントのＨＬＡクラスＩＩ遺伝子のタンパク質生成物を指す。したがって、「ＨＬＡクラスＩＩ分子」及び「ＭＨＣクラスＩＩ分子」は、本明細書では同じ意味で用いられる。典型的なＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖の２つのタンパク質鎖を含む。概して、天然に存在するアルファ鎖及びベータ鎖のそれぞれは、アルファ鎖／ベータ鎖を細胞表面に固定する膜貫通ドメイン、及び抗原を運び、かつＴ細胞に発現しているＴＣＲ及び／またはＣＤ４と相互作用する細胞外ドメインを含む。
ＭＨＣクラスＩＩのアルファ鎖及びベータ鎖の両方は、ＨＬＡ遺伝子複合体によってコードされる。ＨＬＡ複合体は、ヒト第６染色体の短腕の６ｐ２１．３領域内にあり、２２０を超える多様な機能の遺伝子を含んでいる。ＨＬＡ遺伝子複合体には、当技術分野で公知の、数千のＭＨＣクラスＩＩタンパク質をコードしている、２５０を超えるＭＨＣクラスＩＩアルファ鎖対立遺伝子及び５，０００を超えるＭＨＣクラスＩＩベータ鎖対立遺伝子を含む２０，０００を超えるＨＬＡ対立遺伝子及び関連対立遺伝子を有する多くのバリアントがある（本明細書中に、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、例えばｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ，（最終訪問日：２０１９年５月２０日）を参照されたい）。例えば、そのようなＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子の１つであるＤＰ４は、多くの民族群で最も頻繁に見られる対立遺伝子である。
ＨＬＡ複合体の３つの遺伝子座は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ及びＨＬＡ－ＤＲのＭＨＣクラスＩＩタンパク質をコードする。ＨＬＡ－ＤＯ及びＨＬＡ－ＤＭは、ＭＨＣクラスＩＩ分子と関連し、その構成及び機能をサポートするタンパク質をコードする。
ＭＨＣクラスＩＩ分子が抗原ペプチドと複合体を形成する場合、１０～３０アミノ酸長の抗原ペプチドは、ペプチド結合溝に結合し、細胞外でＣＤ４＋細胞に提示される。アルファ鎖及びベータ鎖の両方は、アルファポリペプチドの場合はアルファ１及びアルファ２、ベータポリペプチドの場合はベータ１及びベータ２の２つの別々のドメインに折り畳まれる。提示される抗原を保持している開放型のペプチド結合溝は、アルファ１ドメインとベータ１ドメインとの間にある。ＣＤ４＋Ｔ細胞と相互作用すると、ＭＨＣクラスＩＩ複合体は、Ｔ細胞の表面に発現しているＴ細胞受容体（ＴＣＲ）と相互作用する。加えて、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、Ｔ細胞の表面に発現しているＣＤ４とわずかに相互作用する（ＫＤ＞２ｍＭ）。標準的なＣＤ４アミノ酸配列（配列番号１０）を、表２に示す（ＵｎｉＰｒｏｔ － Ｐ０１７３０）。
「自己由来」という用語は、それが後に再導入される同じ個体に由来する任意の材料を指す。例えば、自己Ｔ細胞療法は、同じ対象から単離されたＴ細胞を対象に投与することを含む。「同種異系」という用語は、ある固体に由来し、さらに同じ種の別の固体に導入される任意の材料を指す。例えば、同種異系Ｔ細胞移植は、対象以外のドナーから得られたＴ細胞を対象に投与することを含む。
「がん」とは、体内の異常細胞の成長が抑制されないことを特徴とする様々な疾患の広範な群を指す。細胞の分裂及び成長が制御されないことにより、悪性腫瘍が形成され、この悪性腫瘍は、隣接組織に湿潤し、かつリンパ系または血流を通して身体の遠方部に転移する場合もある。「がん」または「がん組織」とは腫瘍を含み得る。本発明の方法によって治療され得るがんの例としては、限定するものではないが、リンパ腫、白血病、及び他の白血球悪性腫瘍を含む免疫系のがんが挙げられる。いくつかの態様において、本発明の方法は、例えば骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、膵癌、皮膚癌、頭頸部癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫（ＦＬ）、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性白血病、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）（非Ｔ細胞ＡＬＬを含む）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、Ｔ細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のＢ細胞悪性腫瘍、及び上記がんの組み合わせに由来する腫瘍の腫瘍サイズを縮小するために使用することができる。特定のがんは、化学療法もしくは放射線療法に応答する場合があるか、またはそのがんは難治性である場合がある。
難治性のがんとは、外科的介入で修正できないがんを指し、このがんは最初から化学療法もしくは放射線療法に応答しないか、または時間の経過とともに応答しなくなる。
本明細書で使用される「抗腫瘍効果」とは、腫瘍体積の減少、腫瘍細胞の数の減少、腫瘍細胞増殖の減少、転移の数の減少、全生存期間または無増悪生存期間の延長、期待寿命の延長、または腫瘍に関連する様々な生理学的症状の改善として現れ得る生物学的効果を指す。抗腫瘍効果はまた、腫瘍の発生の予防、例えば、ワクチンを指すこともある。
本発明で使用される場合、ＰＦＳと略記される場合がある「無増悪生存期間」という用語は、悪性リンパ腫に関して改訂されたＩＷＧ応答基準に従った、治療日から疾患進行日または何らかの原因による死亡までの時間を指す。
本発明で使用される場合、ＰＤと略記される場合がある「疾患進行」または「進行性疾患」とは、特定の疾患に関連する１つ以上の症状の悪化を指す。例えば、がんに罹患している対象の疾患進行としては、１つ以上の悪性病変の数またはサイズの増加、腫瘍転移、及び死亡を挙げることができる。
本発明で使用される場合、ＤＯＲと略記される場合がある「奏効持続期間」とは、悪性リンパ腫に関して改訂されたＩＷＧ応答基準に従った、対象の最初の客観的応答から疾患進行が確認された日または死亡までの期間を指す。
ＯＳと略記される場合がある「全生存期間」という用語は、治療日から死亡日までの時間と定義される。
本明細書で使用される「サイトカイン」とは、特定の抗原との接触に応答して１つの細胞によって放出される非抗体タンパク質であって、このサイトカインが、第２の細胞と相互作用して、この第２の細胞における応答を媒介する、非抗体タンパク質である。サイトカインは、細胞で内因的に発現する場合があるか、または対象に投与される場合がある。サイトカインは、マクロファージ、Ｂ細胞、Ｔ細胞及び肥満細胞などの免疫細胞から放出され、免疫応答を伝達する場合がある。サイトカインは、レシピエント細胞に様々な反応を誘発し得る。サイトカインとしては、恒常性サイトカイン、ケモカイン、炎症誘発性サイトカイン、エフェクター、及び急性期タンパク質が挙げられ得る。例えば、インターロイキン（ＩＬ）７及びＩＬ－１５などの恒常性サイトカインは、免疫細胞の生存及び増殖を促進し、炎症誘発性サイトカインは、炎症反応を促進し得る。恒常性サイトカインの例としては、限定するものではないが、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－７、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２ｐ４０、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１５、及びインターフェロン（ＩＦＮ）ガンマが挙げられる。炎症誘発性サイトカインの例としては、限定するものではないが、ＩＬ－１ａ、ＩＬ－１ｂ、ＩＬ－６、ＩＬ－１３、ＩＬ－１７ａ、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）－アルファ、ＴＮＦ－ベータ、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）２、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、可溶性細胞間接着分子１（ｓＩＣＡＭ－１）、可溶性血管接着分子１（ｓＶＣＡＭ－１）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、ＶＥＧＦ－Ｃ 、ＶＥＧＦ－Ｄ、及び胎盤成長因子（ＰＬＧＦ）が挙げられる。エフェクターの例としては、限定するものではないが、グランザイムＡ、グランザイムＢ、可溶性Ｆａｓリガンド（ｓＦａｓＬ）、及びパーフォリンが挙げられる。急性期タンパク質の例としては、限定するものではないが、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）及び血清アミロイドＡ（ＳＡＡ）が挙げられる。
「ケモカイン」は、細胞走化性または指向性運動を媒介するサイトカインの一種である。ケモカインの例としては、限定するものではないが、ＩＬ－８、ＩＬ－１６、エオタキシン、エオタキシン－３、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣまたはＣＣＬ２２）、単球走化性タンパク質１（ＭＣＰ－１またはＣＣＬ２）、ＭＣＰ－４、マクロファージ炎症性タンパク質１α（ＭＩＰ－１α、ＭＩＰ－１ａ）、ＭＩＰ－１β（ＭＩＰ－１ｂ）、ガンマ誘導タンパク質１０（ＩＰ－１０）、ならびに胸腺及び活性化調節ケモカイン（ＴＡＲＣまたはＣＣＬ１７）が挙げられる。
本発明の分析物及びサイトカインの他の例としては、限定するものではないが、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド（ＣＣＬ）１、ＣＣＬ５、単球特異的ケモカイン３（ＭＣＰ３またはＣＣＬ７）、単球化学誘引物質タンパク質２（ＭＣＰ－２またはＣＣＬ８）、ＣＣＬ１３、ＩＬ－１、ＩＬ－３、ＩＬ－９、ＩＬ－１１、ＩＬ－１２、ＩＬ－１４、ＩＬ－１７、ＩＬ－２０、ＩＬ－２１、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）、白血病抑制因子（ＬＩＦ）、オンコスタチンＭ（ＯＳＭ）、ＣＤ１５４、リンホトキシン（ＬＴ）ベータ、４－１ＢＢリガンド（４－１ＢＢＬ）、増殖誘導リガンド（ＡＰＲＩＬ）、ＣＤ７０、ＣＤ１５３、ＣＤ１７８、グルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連リガンド（ＧＩＴＲＬ）、腫瘍壊死因子スーパーファミリーメンバー１４（ＴＮＦＳＦ１４）、ＯＸ４０Ｌ、ＴＮＦ及びＡｐｏＬ関連白血球発現リガンド１（ＴＡＬＬ－１）、またはＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド（ＴＲＡＩＬ）が挙げられる。
薬物または治療剤の「治療有効量」、「有効用量」、「有効量」または「治療有効投薬量」とは、単独で、または別の治療剤と組み合わせて使用された場合に、疾患の発現に対して対象を保護するか、あるいは疾患症状の重症度の低下により証明される疾患退行、疾患の症状のない期間の頻度及び期間の増大、または疾患の苦痛に起因する機能障害もしくは障害の予防を促進する薬物の任意の量である。疾患退行を促進する治療剤の能力は、熟練した医師に知られている様々な方法を使用して、例えば、臨床試験中のヒト対象で、ヒトにおける効能を予測する動物モデル系で、またはインビトロアッセイで薬剤の活性をアッセイすることで評価することができる。
本発明で使用される場合、「感染」という用語は、身体の１つ以上の組織への外来物質によるある種の侵入を指す。「感染」という用語は、限定はされないが、ウイルス（ウイロイド及びプリオンを含む）、細菌、真菌、寄生生物、及びこれらの任意の組み合わせによる感染を含む。
本発明で使用される「リンパ球」という用語は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、Ｔ細胞、またはＢ細胞を含む。ＮＫ細胞は、細胞傷害性（細胞毒性）リンパ球の一種であり、固有の免疫系の主要な構成要素である。ＮＫ細胞は、腫瘍及びウイルスに感染した細胞を拒絶する。それはアポトーシスまたはプログラム細胞死のプロセスを通して機能する。それらは細胞を殺すために活性化を必要としないので「ナチュラルキラー」と呼ばれた。Ｔ細胞は細胞媒介性免疫（抗体の関与はない）において主要な役割を果たす。Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）は、Ｔ細胞を他のリンパ球タイプから区別する。免疫系の特殊な器官である胸腺は、主にＴ細胞の成熟を担う。Ｔ細胞には６つのタイプ、すなわち、ヘルパーＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＴＣ、細胞傷害性Ｔリンパ球、ＣＴＬ、Ｔキラー細胞、細胞溶解性Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはキラーＴ細胞としても知られている）、メモリーＴ細胞（（ｉ）ナイーブ細胞のような幹メモリーＴＳＣＭ細胞は、ＣＤ４５ＲＯ－、ＣＣＲ７＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、ＣＤ６２Ｌ＋（Ｌ－セレクチン）、ＣＤ２７＋、ＣＤ２８＋及びＩＬ－７Ｒα＋であるが、それらは大量のＣＤ９５、ＩＬ－２Ｒβ、ＣＸＣＲ３、及びＬＦＡ－１を発現し、かつメモリー細胞に特有の非常に多くの機能的属性を示す、（ｉｉ）セントラルメモリーＴＣＭ細胞は、Ｌ－セレクチン及びＣＣＲ７を発現し、それらはＩＬ－２を分泌するが、ＩＦＮγまたはＩＬ－４は分泌しない、ならびに（ｉｉｉ）エフェクターメモリーＴＥＭ細胞は、Ｌ－セレクチンまたはＣＣＲ７を発現しないが、ＩＦＮγ及びＩＬ－４のようなエフェクターサイトカインを産生する）、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ、サプレッサーＴ細胞、またはＣＤ４＋ＣＤ２５＋制御性Ｔ細胞）、ナチュラルキラーＴ細胞（ＮＫＴ）、ならびにガンマ・デルタＴ細胞、がある。一方、Ｂ細胞は体液性免疫において主要な役割を果たす（抗体の関与を伴う）。Ｂ細胞は抗体及び抗原を作り、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の役割を果たし、抗原相互作用による活性化後にメモリーＢ細胞に変わる。哺乳動物では、未成熟Ｂ細胞は骨髄で形成され、その名前の由来となっている。
ヌクレオチドまたはアミノ酸配列に関して本明細書で使用される場合、「改変された」及び「変異した」という用語は、野生型配列または特定の参照配列と比較した配列の変化を指す。「改変された」及び「変異した」という用語は、特に指定がない限り、改変または変異した配列（例えば、改変されたベータ鎖配列）を作成するためのプロセスのステップを必要としない。むしろ、これらの用語は、参照配列、例えば野生型配列と比較して改変または変異した配列に変異があることを示す。例えば、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基に置換突然変異を含むＤＰベータ鎖は、列挙されるＤＰベータ鎖に到達するために野生型ＤＰベータ鎖が物理的に変化されることを必要としないが、むしろ、適切に配列される場合、列挙されるＤＰベータ鎖は、列挙される位置（１１２位の残基）に、野生型ＤＰベータ鎖または参照ＤＰベータ鎖の対応する位置にあるアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基を含む。
本発明で使用される「任意のアミノ酸」という用語は、任意の既知のアミノ酸を意味する。アミノ酸は、（ｉ）アミン（－ＮＨ２）官能基、（ｉｉ）カルボキシル（－ＣＯＯＨ）官能基、及び（ｉｉｉ）側鎖（Ｒ基）を含む有機化合物であり、ここで側鎖は各アミノ酸に固有のものである。これには、いずれかの天然に存在するアミノ酸、及び任意の改変及びそのバリアントが含まれるが、これらに限定されない。天然に存在するアミノ酸は約５００種類あり、そのうち２０種は、遺伝コードによってコードされている。正に帯電する側鎖を有するアミノ酸としては、アルギニン（Ａｒｇ；Ｒ）、ヒスチジン（Ｈｉｓ、Ｈ）、及びリシン（Ｌｙｓ；Ｋ）が挙げられる。負に帯電する側鎖を有するアミノ酸としては、アスパラギン酸（Ａｓｐ；Ｄ）及びグルタミン酸（Ｇｌｕ；Ｅ）が挙げられる。極性無電荷側鎖を有するアミノ酸としては、セリン（Ｓｅｒ；Ｓ）、スレオニン（Ｔｈｒ；Ｔ）、グルタミン（Ｇｌｎ；Ｑ）及びアスパラギン（Ａｓｎ；Ｎ）が挙げられる。疎水性側鎖を有するアミノ酸としては、アラニン（Ａｌａ；Ａ）、イソロイシン（Ｉｌｅ；Ｉ）、ロイシン（Ｌｅｕ；Ｌ）、メチオニン（Ｍｅｔ；Ｍ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ；Ｆ）、バリン（Ｖａｌ；Ｖ）、トリプトファン（Ｔｒｐ；Ｗ）、チロシン（Ｔｙｒ；Ｙ）が挙げられる。トリプトファン（Ｔｒｐ；Ｗ）、チロシン（Ｔｙｒ；Ｙ）及びメチオニン（Ｍｅｔ；Ｍ）はまた、これらのアミノ酸がタンパク質または脂質膜の表面で見られることが多いという点で、極性及び／または両親媒性として分類される場合がある。さらなるアミノ酸としては、システイン（Ｃｙｓ；Ｃ）、セレノシステイン（Ｓｅｃ；Ｕ）、グリシン（Ｇｌｙ；Ｇ）、及びプロリン（Ｐｒｏ；Ｐ）が挙げられる。
本発明で使用される場合、「位に相当する」は、特定のアミノ酸残基、例えばポリヌクレオチド中の特定のアミノ酸位置、または特定の核酸、例えばポリペプチド中の特定の核酸位置を特定する手段として使用される。位置は、関心の配列を参照配列と適切に整列させることによって判断することができる。当業者であれば、相対位置を判断するために配列を整列する方法を容易に理解されるであろう。例えば、種々の整列ツールがオンラインで入手可能であり、限定はされないが、ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋで入手可能な「Ｃｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ」がある（最終訪問日：２０１９年５月２５日）。
「遺伝子組換えされた」または「操作された」という用語は、細胞のゲノムを改変する方法を指し、該方法は、限定はされないが、コード領域もしくは非コード領域またはその一部を削除すること、あるいはコード領域またはその一部を挿入することを含む。いくつかの態様において、改変された細胞は、リンパ球、例えばＴ細胞、またはＣＤ４を発現している改変された細胞であり、これは、患者またはドナーから得ることができる。細胞は、例えば、細胞のゲノムに組み込まれる、本明細書にて開示されるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）などの外因性構築物を発現するように改変され得る。いくつかの態様において、細胞は、ＣＤ４を発現するように改変される。
「免疫応答」とは、免疫系の細胞（例えば、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、好酸球、肥満細胞、樹状細胞及び好中球）の作用、ならびに任意のこれらの細胞または肝臓によって産生される可溶性高分子（抗体（Ａｂ）、サイトカイン、及び補体を含む）であって、脊椎動物の体内からの侵入する病原体の排除、及び／または病原体に感染した細胞または組織、がん細胞または他の異常な細胞、あるいは自己免疫または病理学的炎症の場合、正常なヒトの細胞または組織に対して、選択的標的化、結合、損傷、破壊を生じるものを指す。
「免疫療法」という用語は、免疫応答を誘導、増強、抑制、または他の方法で改変することを含む方法による、疾患に罹患しているか、または疾患に罹患もしくは再発するリスクがある対象の治療を指す。免疫療法の例としては、限定するものではないが、Ｔ細胞療法が挙げられる。Ｔ細胞療法には、養子Ｔ細胞療法、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）免疫療法、自己細胞療法、操作された自己細胞療法（ｅＡＣＴ）、及び同種異系Ｔ細胞移植が挙げられる。
本明細書に記載の免疫療法で使用される細胞は、当技術分野で公知の供給源に由来し得る。例えば、Ｔ細胞は、造血幹細胞集団からインビトロで分化されてもよく、またはＴ細胞は、対象から得てもよい。Ｔ細胞は、例えば、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸水、脾臓組織、及び腫瘍から得られ得る。さらに、Ｔ細胞は、当技術分野で入手可能な１つ以上のＴ細胞株から得ることができる。Ｔ細胞はまた、ＦＩＣＯＬＬ（商標）分離及び／またはアフェレーシスなど、当業者に公知の任意の数の技法を使用して対象から採取された血液のユニットから得ることができる。Ｔ細胞療法のためにＴ細胞を単離する追加の方法は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許公開第２０１３／０２８７７４８号にて開示されている。免疫療法はまた、改変された細胞を対象に投与することを含み得、ここで、この改変された細胞は、本明細書にて開示されるＣＤ４及びＴＣＲを発現する。いくつかの態様において、改変された細胞は、Ｔ細胞ではない。
本明細書で使用される「患者」としては、がん（例えば、リンパ腫または白血病）に罹患している任意のヒトが挙げられる。「対象」及び「患者」という用語は、本明細書では交換可能に使用される。
「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」という用語は同じ意味で用いられ、ペプチド結合によって共有結合されたアミノ酸残基から構成される化合物を指す。タンパク質またはペプチドには少なくとも２つのアミノ酸が含まれている必要があり、タンパク質またはペプチドの配列を含み得るアミノ酸の最大数に制限はない。ポリペプチドとしては、ペプチド結合によって互いに結合された２つ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたはタンパク質が挙げられる。本明細書で使用される場合、この用語は、例えば、当技術分野で一般にペプチド、オリゴペプチド及びオリゴマーとも呼ばれる短鎖、ならびに多くの種類がある、当技術分野で一般にタンパク質と呼ばれるより長い鎖の両方を指す。「ポリペプチド」としては、例えば、とりわけ、生物学的に活性なフラグメント、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドのバリアント、改変ポリペプチド、誘導体、類似体、融合タンパク質が挙げられる。このポリペプチドとしては、天然ペプチド、組換えペプチド、合成ペプチド、またはそれらの組み合わせが挙げられる。
本明細書で使用される「刺激」とは、シグナル伝達事象を媒介する、刺激分子とその同族リガンドとの結合によって誘導される一次応答を指す。「刺激分子」は、Ｔ細胞上の分子、例えば、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）／ＣＤ４複合体であり、抗原提示細胞上に存在する同族の刺激リガンドと特異的に結合する。「刺激リガンド」とは、抗原提示細胞（例えば、ａＡＰＣ、樹状細胞、Ｂ細胞など）上に存在する場合、Ｔ細胞上の刺激分子と特異的に結合し、それによって、活性化、免疫応答の開始、増殖などを含むがこれらに限定されない、Ｔ細胞による一次応答を媒介するリガンドである。刺激リガンドとしては、ペプチド、抗ＣＤ４抗体、スーパーアゴニスト抗ＣＤ２抗体、スーパーアゴニスト抗ＣＤ２８抗体、及びスーパーアゴニスト抗ＣＤ３抗体が乗っているＭＨＣクラスＩＩ分子が挙げられるが、これらに限定されない。
「前処置」及び「前準備」という用語は、本明細書では同じ意味で用いられ、Ｔ細胞療法を必要とする患者に適切な状態を準備することを意味する。本発明で使用される前処置としては、限定はされないが、内因性リンパ球の数を低減させること、サイトカインシンクを除去すること、１つ以上の恒常性サイトカインまたは炎症誘発性因子の血清レベルを増加させること、前処置後に投与されるＴ細胞のエフェクター機能を強化すること、抗原提示細胞活性化及び／または利用可能性を強化すること、またはＴ細胞療法前のこれらの任意の組み合わせが挙げられる。一態様において、「前処置」は、１つ以上のサイトカイン、例えば、インターロイキン７（ＩＬ－７）、インターロイキン１５（ＩＬ－１５）、インターロイキン１０（ＩＬ－１０）、インターロイキン５（ＩＬ－５）、ガンマ誘導タンパク質１０（ＩＰ－１０）、インターロイキン８（ＩＬ－８）、単球走化性タンパク質１（ＭＣＰ－１）、胎盤成長因子（ＰＬＧＦ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、可溶性細胞間接着分子１（ｓＩＣＡＭ－１）、可溶性血管接着分子１（ｓＶＣＡＭ－１）またはこれらの任意の組み合わせの血清レベルを増加させることを含む。別の態様では、「前処置」は、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、ＩＰ－１０、ＭＣＰ－１、ＰＬＧＦ、ＣＲＰ、またはこれらの任意の組み合わせの血清レベルを増加させることを含む。
対象の「治療」または「治療すること」とは、症状、合併症もしくは病態、または疾患に関連する生化学的兆候の発症、進行、発達、症状の重症度もしくは再発を逆転、緩和、改善、阻害、減速、または予防する目的で、対象に対して行われる任意の種類の介入もしくはプロセス、または対象に対する活性剤の投与を指す。一態様において、「治療」または「治療すること」とは、部分的な寛解を含む。別の態様では、「治療」または「治療すること」とは、完全寛解を含む。
選択肢（例えば、「または」）の使用は、選択肢の一方、両方またはその任意の組み合わせのいずれかを意味することを理解されたい。本発明で使用される場合、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、列挙または示した構成要素のうち「１つ以上」を指すと理解されるべきである。
「約」または「本質的に含む」という用語は、当業者によって決定される特定の値または組成物の許容誤差範囲内にある値または組成物を指し、これは、部分的には、値または組成がどのように測定または決定されるか、すなわち、測定システムの限界に依存する。例えば、「約」または「本質的に含む」とは、当技術分野における実践ごとに１標準偏差以内または１標準偏差を超えることを意味し得る。あるいは、「約」または「本質的に含む」とは、最大１０％（すなわち、±１０％）の範囲を意味し得る。例えば、約３ｍｇは、２．７ｍｇから３．３ｍｇ（１０％の場合）の間の任意の数を含み得る。さらに、特に生物学的システムまたはプロセスに関して、この用語は、最大１桁または最大５倍の値を意味し得る。特定の値または組成物が本出願及び特許請求の範囲で提供される場合、特に明記しない限り、「約」または「本質的に含む」の意味は、その特定の値または組成物の許容誤差範囲内にあると想定されるべきである。
本明細書に記載のとおり、任意の濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲または整数範囲は、特に指定しない限り、列挙される範囲内の任意の整数の値を含み、必要に応じて、その分数（整数の１／１０及び１／１００など）を含むものと理解されるべきである。
本発明の種々の態様については、以下のサブセクションにてさらに詳細に説明する。
ＩＩ． 本開示の方法
本開示は、ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲを識別する方法に関し、該方法は、Ｔ細胞を（ｉ）ＣＤ４結合が強化されたＨＬＡクラスＩＩ分子、及び（ｉｉ）ペプチド、例えばエピトープを含む複合体と接触させることを含む。ある特定の態様において、Ｔ細胞は、ＣＤ４を発現する。ある特定の態様において、Ｔ細胞は、１つ以上のＴＣＲを発現する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体に特異的に結合する。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、ここで、アルファ鎖、ベータ鎖、またはアルファ鎖及びベータ鎖の両方は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型アルファ鎖及び／またはベータ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、アルファ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型アルファ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ベータ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型ベータ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、アルファ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型アルファ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含み、かつベータ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型ベータ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、１つ以上の突然変異は、置換突然変異を含む。いくつかの態様において、１つ以上の突然変異は、欠失突然変異を含む。いくつかの態様において、１つ以上の突然変異は、挿入突然変異を含む。いくつかの態様において、１つ以上の突然変異は、単一のアミノ酸の１つ以上の異種アミノ酸との置換を含む。いくつかの態様において、１つ以上の突然変異は、単一のアミノ酸と異なるアミノ酸との置換を含む。いくつかの態様において、１つ以上の突然変異は、単一のアミノ酸の、２つの異なるアミノ酸、３つの異なるアミノ酸、４つの異なるアミノ酸、５つの異なるアミノ酸、または５つ超える異なるアミノ酸との置換を含む。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、二量体である。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、三量体である。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、四量体である。
本開示の特定の態様は、ヒト対象から得たＴ細胞の標的集団を濃縮する方法に関する。いくつかの態様において、方法は、Ｔ細胞を本明細書にて開示されるＨＬＡクラスＩＩ分子と接触させることを含む。いくつかの態様において、方法は、Ｔ細胞を本明細書にて開示される細胞、例えばＡＰＣと接触させることを含む。いくつかの態様において、接触後、Ｔ細胞の濃縮された集団は、接触前にＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞の数と比較して、ＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞をより多数含む。
本開示のいくつかの態様は、罹患細胞、例えば腫瘍細胞を標的とすることができるＴ細胞を選択する方法に関する。いくつかの態様において、方法は、インビトロで単離したＴ細胞の集団を、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩ分子、及びポリペプチドのフラグメント、例えば罹患細胞で発現している抗原、例えば腫瘍発現ポリペプチド、例えばエピトープを含む複合体に接触させることを含む。
いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法で使用されるＴ細胞は、ヒト対象から得られる。ヒト対象から得られるＴ細胞は、本明細書にて開示される任意のＴ細胞であり得る。いくつかの態様において、ヒト対象から得られるＴ細胞は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である。
いくつかの態様において、方法は、ＭＨＣクラスＩＩ分子によって結合されるＴ細胞を選択することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、濃縮されたＴ細胞をヒト対象に投与することをさらに含む。いくつかの態様において、対象は、本明細書にて記載するようなＴ細胞の投与を受ける前に前準備される。
いくつかの態様において、方法は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合しているＴＣＲを単離することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、ＴＣＲを配列決定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、ＴＣＲをクローニングすることをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、宿主細胞でＴＣＲまたはその改変されたバリアントを組換え的に発現させることをさらに含む。いくつかの態様において、宿主細胞は、免疫細胞、例えばＴ細胞である。いくつかの態様において、方法は、宿主細胞を対象に投与することをさらに含む。いくつかの態様において、対象はがんを有し、ＴＣＲを含む宿主細胞は対象のがんを治療する。
ＩＩ．Ａ． ＭＨＣクラスＩＩ分子
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）系（ヒトの主要組織適合遺伝子複合体［ＭＨＣ］）は、免疫系の重要な部分であり、第６染色体上の遺伝子によって制御される。これは、抗原ペプチドをＴ細胞上のＴＣＲに提示することに特化した細胞表面分子をコードしている（Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍの概要を参照されたい）。抗原（Ａｇ）を提示するＭＨＣ分子は、クラスＩＭＨＣ分子及びクラスＩＩＭＨＣ分子の２つのクラスに分類される。
クラスＩＩＭＨＣ分子は、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上で膜貫通糖タンパク質として存在する。無傷クラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖で構成されている。ＨＬＡ複合体の３つの遺伝子座は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ及びＨＬＡ－ＤＲのＭＨＣクラスＩＩタンパク質をコードする。ＣＤ４分子を発現するＴ細胞は、クラスＩＩＭＨＣ分子と反応する。これらのリンパ球は、多くの場合、エフェクター機能及びヘルパー機能を有し、応答を活性化して、細胞内の病原体に感染した自己細胞を排除するか、細胞外寄生生物を破壊し、かつＣＤ８Ｔ細胞などの他のＴ細胞を助ける。プロフェッショナルＡＰＣのみがクラスＩＩＭＨＣ分子を発現するので、これらの細胞のみが、ＣＤ４ Ｔ細胞に対して抗原を提示する（ＣＤ４は、ＭＨＣクラスＩＩ分子のアルファ鎖及びベータ鎖の、それぞれアルファ２ドメイン及びベータ２ドメインの非多形性部分に結合する）。
いくつかの態様において、ＨＬＡクラスＩＩのアルファ鎖及びベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子から選択される。ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子である。ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子である。ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子である。ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子である。ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子である。ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子である。
ＩＩ．Ａ．１． ＨＬＡ－ＤＰ分子
多くのＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子が当技術分野において既知であり、任意の既知の対立遺伝子を本開示の方法で使用することができる。ＨＬＡ－ＤＰアルファ鎖及びベータ鎖対立遺伝子の例を、表３に示す。ＨＬＡ対立遺伝子の更新されたリストは、ｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／で入手可能である（最終訪問日：２０１９年２月２７日）。
ＩＩ．Ａ．１．ａ．ＨＬＡ－ＤＰベータ鎖
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＰベータ鎖を含み、ここで、該ＤＰベータ鎖は、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む。ロイシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、ロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＰベータ鎖を含み、ここで、該ＤＰベータ鎖は、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。バリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、バリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
本開示のある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、野生型ＤＰベータ鎖と比較して２つ以上の置換突然変異を含むＤＰベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＤＰベータ鎖は、野生型ＤＰベータ鎖と比較して、少なくとも２つの突然変異、少なくとも３つの突然変異、少なくとも４つの突然変異、少なくとも５つの突然変異、少なくとも６つの突然変異、少なくとも７つの突然変異、少なくとも８つの突然変異、少なくとも９つの突然変異、または少なくとも１０個の突然変異を含む。
ある特定の態様において、ＤＰベータ鎖は、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、及び配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸、または配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸及び配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され；かつ（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。
いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり；かつ（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され；かつ（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり；かつ（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。
ある特定の態様において、ＤＰベータ鎖は、配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸をさらに含む。いくつかの態様において、配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。ある特定の態様において、配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。
ある特定の態様において、ＤＰベータ鎖は、配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニン以外のアミノ酸をさらに含む。いくつかの態様において、配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基のメチオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。ある特定の態様において、配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基のメチオニン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、及び（ｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、及び（ｉｉ）配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、及び（ｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、及び（ｉｉ）配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む。
くつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、及び（ｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、及び（ｉｉ）配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、及び（ｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、及び（ｉｉ）配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、及び（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、及び（ｉｖ）配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、及び（ｉｖ）配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリンを含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、配列番号１の対応する１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、及び（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリンを含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１の対応する１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン、及び（ｉｖ）配列番号１の対応する１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、及び（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリンを含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、及び（ｉｉｉ）配列番号１の対応する１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン、及び（ｉｖ）配列番号１の対応する１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。
いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、及び（ｉｖ）配列番号１の１５８位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む。
ある特定の態様において、本明細書に記載のＤＰベータ鎖は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子と比較してＣＤ４タンパク質に対する親和性が高い。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、野生型ＤＰベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン、及び／または（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリンを含むＤＰベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。
いくつかの態様において、ＣＤ４に対して強化された親和性は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する親和性よりも、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約３００倍、少なくとも約４００倍、少なくとも約５００倍、少なくとも約１０００倍、少なくとも約１５００倍、少なくとも約２０００倍、少なくとも約２５００倍、少なくとも約３０００倍、少なくとも約３５００倍、少なくとも約４０００倍、少なくとも約４５００倍、または少なくとも約４０００倍超高い。
いくつかの態様において、ＣＤ４に対して強化された親和性は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する親和性よりも、少なくとも約１．５倍～少なくとも約５０００倍、１．５倍～少なくとも約４０００倍、１．５倍～少なくとも約３０００倍、１．５倍～少なくとも約２０００倍、１．５倍～少なくとも約１０００倍、１０倍～少なくとも約５０００倍、１０倍～少なくとも約４０００倍、１０倍～少なくとも約３０００倍、１０倍～少なくとも約２０００倍、１０倍～少なくとも約１０００倍、１０倍～少なくとも約９００倍、１０倍～少なくとも約８００倍、１０倍～少なくとも約７００倍、１０倍～少なくとも約６００倍、１０倍～少なくとも約５００倍、１０倍～少なくとも約４００倍、１０倍～少なくとも約３００倍、１０倍～少なくとも約２００倍、１０倍～少なくとも約１００倍、１００倍～少なくとも約５０００倍、１００倍～少なくとも約４０００倍、１００倍～少なくとも約３０００倍、１００倍～少なくとも約２０００倍、１００倍～少なくとも約１０００倍、１００倍～少なくとも約９００倍、１００倍～少なくとも約８００倍、１００倍～少なくとも約７００倍、１００倍～少なくとも約６００倍、１００倍～少なくとも約５００倍、１００倍～少なくとも約４００倍、１００倍～少なくとも約３００倍、または１００倍～少なくとも約２００倍超高い。
ある特定の態様において、ＤＰベータ鎖は、ＤＰＢ１＊０１、ＤＰＢ１＊０２、ＤＰＢ１＊０３、ＤＰＢ１＊０４、ＤＰＢ１＊０５、ＤＰＢ１＊０６、ＤＰＢ１＊０８、ＤＰＢ１＊０９、ＤＰＢ１＊１０、ＤＰＢ１＊１００、ＤＰＢ１＊１０１、ＤＰＢ１＊１０２、ＤＰＢ１＊１０３、ＤＰＢ１＊１０４、ＤＰＢ１＊１０５、ＤＰＢ１＊１０６、ＤＰＢ１＊１０７、ＤＰＢ１＊１０８、ＤＰＢ１＊１０９、ＤＰＢ１＊１１、ＤＰＢ１＊１１０、ＤＰＢ１＊１１１、ＤＰＢ１＊１１２、ＤＰＢ１＊１１３、ＤＰＢ１＊１１４、ＤＰＢ１＊１１５、ＤＰＢ１＊１１６、ＤＰＢ１＊１１７、ＤＰＢ１＊１１８、ＤＰＢ１＊１１９、ＤＰＢ１＊１２０、ＤＰＢ１＊１２１、ＤＰＢ１＊１２２、ＤＰＢ１＊１２３、ＤＰＢ１＊１２４、ＤＰＢ１＊１２５、ＤＰＢ１＊１２６、ＤＰＢ１＊１２７、ＤＰＢ１＊１２８、ＤＰＢ１＊１２９、ＤＰＢ１＊１３、ＤＰＢ１＊１３０、ＤＰＢ１＊１３１、ＤＰＢ１＊１３２、ＤＰＢ１＊１３３、ＤＰＢ１＊１３４、ＤＰＢ１＊１３５、ＤＰＢ１＊１３６、ＤＰＢ１＊１３７、ＤＰＢ１＊１３８、ＤＰＢ１＊１３９、ＤＰＢ１＊１４、ＤＰＢ１＊１４０、ＤＰＢ１＊１４１、ＤＰＢ１＊１４２、ＤＰＢ１＊１４３、ＤＰＢ１＊１４４、ＤＰＢ１＊１４５、ＤＰＢ１＊１４６、ＤＰＢ１＊１４７、ＤＰＢ１＊１４８、ＤＰＢ１＊１４９、ＤＰＢ１＊１５、ＤＰＢ１＊１５０、ＤＰＢ１＊１５１、ＤＰＢ１＊１５２、ＤＰＢ１＊１５３、ＤＰＢ１＊１５４、ＤＰＢ１＊１５５、ＤＰＢ１＊１５６、ＤＰＢ１＊１５７、ＤＰＢ１＊１５８、ＤＰＢ１＊１５９、ＤＰＢ１＊１６、ＤＰＢ１＊１６０、ＤＰＢ１＊１６１、ＤＰＢ１＊１６２、ＤＰＢ１＊１６３、ＤＰＢ１＊１６４、ＤＰＢ１＊１６５、ＤＰＢ１＊１６６、ＤＰＢ１＊１６７、ＤＰＢ１＊１６８、ＤＰＢ１＊１６９、ＤＰＢ１＊１７、ＤＰＢ１＊１７０、ＤＰＢ１＊１７１、ＤＰＢ１＊１７２、ＤＰＢ１＊１７３、ＤＰＢ１＊１７４、ＤＰＢ１＊１７５、ＤＰＢ１＊１７６、ＤＰＢ１＊１７７、ＤＰＢ１＊１７８、ＤＰＢ１＊１７９、ＤＰＢ１＊１８、ＤＰＢ１＊１８０、ＤＰＢ１＊１８１、ＤＰＢ１＊１８２、ＤＰＢ１＊１８３、ＤＰＢ１＊１８４、ＤＰＢ１＊１８５、ＤＰＢ１＊１８６、ＤＰＢ１＊１８７、ＤＰＢ１＊１８８、ＤＰＢ１＊１８９、ＤＰＢ１＊１９、ＤＰＢ１＊１９０、ＤＰＢ１＊１９１、ＤＰＢ１＊１９２、ＤＰＢ１＊１９３、ＤＰＢ１＊１９４、ＤＰＢ１＊１９５、ＤＰＢ１＊１９６、ＤＰＢ１＊１９７、ＤＰＢ１＊１９８、ＤＰＢ１＊１９９、ＤＰＢ１＊２０、ＤＰＢ１＊２００、ＤＰＢ１＊２０１、ＤＰＢ１＊２０２、ＤＰＢ１＊２０３、ＤＰＢ１＊２０４、ＤＰＢ１＊２０５、ＤＰＢ１＊２０６、ＤＰＢ１＊２０７、ＤＰＢ１＊２０８、ＤＰＢ１＊２０９、ＤＰＢ１＊２１、ＤＰＢ１＊２１０、ＤＰＢ１＊２１１、ＤＰＢ１＊２１２、ＤＰＢ１＊２１３、ＤＰＢ１＊２１４、ＤＰＢ１＊２１５、ＤＰＢ１＊２１６、ＤＰＢ１＊２１７、ＤＰＢ１＊２１８、ＤＰＢ１＊２１９、ＤＰＢ１＊２２、ＤＰＢ１＊２２０、ＤＰＢ１＊２２１、ＤＰＢ１＊２２２、ＤＰＢ１＊２２３、ＤＰＢ１＊２２４、ＤＰＢ１＊２２５、ＤＰＢ１＊２２６、ＤＰＢ１＊２２７、ＤＰＢ１＊２２８、ＤＰＢ１＊２２９、ＤＰＢ１＊２３、ＤＰＢ１＊２３０、ＤＰＢ１＊２３１、ＤＰＢ１＊２３２、ＤＰＢ１＊２３３、ＤＰＢ１＊２３４、ＤＰＢ１＊２３５、ＤＰＢ１＊２３６、ＤＰＢ１＊２３７、ＤＰＢ１＊２３８、ＤＰＢ１＊２３９、ＤＰＢ１＊２４、ＤＰＢ１＊２４０、ＤＰＢ１＊２４１、ＤＰＢ１＊２４２、ＤＰＢ１＊２４３、ＤＰＢ１＊２４４、ＤＰＢ１＊２４５、ＤＰＢ１＊２４６、ＤＰＢ１＊２４７、ＤＰＢ１＊２４８、ＤＰＢ１＊２４９、ＤＰＢ１＊２５、ＤＰＢ１＊２５０、ＤＰＢ１＊２５１、ＤＰＢ１＊２５２、ＤＰＢ１＊２５３、ＤＰＢ１＊２５４、ＤＰＢ１＊２５５、ＤＰＢ１＊２５６、ＤＰＢ１＊２５７、ＤＰＢ１＊２５８、ＤＰＢ１＊２５９、ＤＰＢ１＊２６、ＤＰＢ１＊２６０、ＤＰＢ１＊２６１、ＤＰＢ１＊２６２、ＤＰＢ１＊２６３、ＤＰＢ１＊２６４、ＤＰＢ１＊２６５、ＤＰＢ１＊２６６、ＤＰＢ１＊２６７、ＤＰＢ１＊２６８、ＤＰＢ１＊２６９、ＤＰＢ１＊２７、ＤＰＢ１＊２７０、ＤＰＢ１＊２７１、ＤＰＢ１＊２７２、ＤＰＢ１＊２７３、ＤＰＢ１＊２７４、ＤＰＢ１＊２７５、ＤＰＢ１＊２７６、ＤＰＢ１＊２７７、ＤＰＢ１＊２７８、ＤＰＢ１＊２７９、ＤＰＢ１＊２８、ＤＰＢ１＊２８０、ＤＰＢ１＊２８１、ＤＰＢ１＊２８２、ＤＰＢ１＊２８３、ＤＰＢ１＊２８４、ＤＰＢ１＊２８５、ＤＰＢ１＊２８６、ＤＰＢ１＊２８７、ＤＰＢ１＊２８８、ＤＰＢ１＊２８９、ＤＰＢ１＊２９、ＤＰＢ１＊２９０、ＤＰＢ１＊２９１、ＤＰＢ１＊２９２、ＤＰＢ１＊２９３、ＤＰＢ１＊２９４、ＤＰＢ１＊２９５、ＤＰＢ１＊２９６、ＤＰＢ１＊２９７、ＤＰＢ１＊２９８、ＤＰＢ１＊２９９、ＤＰＢ１＊３０、ＤＰＢ１＊３００、ＤＰＢ１＊３０１、ＤＰＢ１＊３０２、ＤＰＢ１＊３０３、ＤＰＢ１＊３０４、ＤＰＢ１＊３０５、ＤＰＢ１＊３０６、ＤＰＢ１＊３０７、ＤＰＢ１＊３０８、ＤＰＢ１＊３０９、ＤＰＢ１＊３１、ＤＰＢ１＊３１０、ＤＰＢ１＊３１１、ＤＰＢ１＊３１２、ＤＰＢ１＊３１３、ＤＰＢ１＊３１４、ＤＰＢ１＊３１５、ＤＰＢ１＊３１６、ＤＰＢ１＊３１７、ＤＰＢ１＊３１８、ＤＰＢ１＊３１９、ＤＰＢ１＊３２、ＤＰＢ１＊３２０、ＤＰＢ１＊３２１、ＤＰＢ１＊３２２、ＤＰＢ１＊３２３、ＤＰＢ１＊３２４、ＤＰＢ１＊３２５、ＤＰＢ１＊３２６、ＤＰＢ１＊３２７、ＤＰＢ１＊３２８、ＤＰＢ１＊３２９、ＤＰＢ１＊３３、ＤＰＢ１＊３３０、ＤＰＢ１＊３３１、ＤＰＢ１＊３３２、ＤＰＢ１＊３３３、ＤＰＢ１＊３３４、ＤＰＢ１＊３３５、ＤＰＢ１＊３３６、ＤＰＢ１＊３３７、ＤＰＢ１＊３３８、ＤＰＢ１＊３３９、ＤＰＢ１＊３４、ＤＰＢ１＊３４０、ＤＰＢ１＊３４１、ＤＰＢ１＊３４２、ＤＰＢ１＊３４３、ＤＰＢ１＊３４４、ＤＰＢ１＊３４５、ＤＰＢ１＊３４６、ＤＰＢ１＊３４７、ＤＰＢ１＊３４８、ＤＰＢ１＊３４９、ＤＰＢ１＊３５、ＤＰＢ１＊３５０、ＤＰＢ１＊３５１、ＤＰＢ１＊３５２、ＤＰＢ１＊３５３、ＤＰＢ１＊３５４、ＤＰＢ１＊３５５、ＤＰＢ１＊３５６、ＤＰＢ１＊３５７、ＤＰＢ１＊３５８、ＤＰＢ１＊３５９、ＤＰＢ１＊３６、ＤＰＢ１＊３６０、ＤＰＢ１＊３６１、ＤＰＢ１＊３６２、ＤＰＢ１＊３６３、ＤＰＢ１＊３６４、ＤＰＢ１＊３６５、ＤＰＢ１＊３６６、ＤＰＢ１＊３６７、ＤＰＢ１＊３６８、ＤＰＢ１＊３６９、ＤＰＢ１＊３７、ＤＰＢ１＊３７０、ＤＰＢ１＊３７１、ＤＰＢ１＊３７２、ＤＰＢ１＊３７３、ＤＰＢ１＊３７４、ＤＰＢ１＊３７５、ＤＰＢ１＊３７６、ＤＰＢ１＊３７７、ＤＰＢ１＊３７８、ＤＰＢ１＊３７９、ＤＰＢ１＊３８、ＤＰＢ１＊３８０、ＤＰＢ１＊３８１、ＤＰＢ１＊３８２、ＤＰＢ１＊３８３、ＤＰＢ１＊３８４、ＤＰＢ１＊３８５、ＤＰＢ１＊３８６、ＤＰＢ１＊３８７、ＤＰＢ１＊３８８、ＤＰＢ１＊３８９、ＤＰＢ１＊３９、ＤＰＢ１＊３９０、ＤＰＢ１＊３９１、ＤＰＢ１＊３９２、ＤＰＢ１＊３９３、ＤＰＢ１＊３９４、ＤＰＢ１＊３９５、ＤＰＢ１＊３９６、ＤＰＢ１＊３９７、ＤＰＢ１＊３９８、ＤＰＢ１＊３９９、ＤＰＢ１＊４０、ＤＰＢ１＊４００、ＤＰＢ１＊４０１、ＤＰＢ１＊４０２、ＤＰＢ１＊４０３、ＤＰＢ１＊４０４、ＤＰＢ１＊４０５、ＤＰＢ１＊４０６、ＤＰＢ１＊４０７、ＤＰＢ１＊４０８、ＤＰＢ１＊４０９、ＤＰＢ１＊４１、ＤＰＢ１＊４１０、ＤＰＢ１＊４１１、ＤＰＢ１＊４１２、ＤＰＢ１＊４１３、ＤＰＢ１＊４１４、ＤＰＢ１＊４１５、ＤＰＢ１＊４１６、ＤＰＢ１＊４１７、ＤＰＢ１＊４１８、ＤＰＢ１＊４１９、ＤＰＢ１＊４２０、ＤＰＢ１＊４２１、ＤＰＢ１＊４２２、ＤＰＢ１＊４２３、ＤＰＢ１＊４２４、ＤＰＢ１＊４２５、ＤＰＢ１＊４２６、ＤＰＢ１＊４２７、ＤＰＢ１＊４２８、ＤＰＢ１＊４２９、ＤＰＢ１＊４３０、ＤＰＢ１＊４３１、ＤＰＢ１＊４３２、ＤＰＢ１＊４３３、ＤＰＢ１＊４３４、ＤＰＢ１＊４３５、ＤＰＢ１＊４３６、ＤＰＢ１＊４３７、ＤＰＢ１＊４３８、ＤＰＢ１＊４３９、ＤＰＢ１＊４４、ＤＰＢ１＊４４０、ＤＰＢ１＊４４１、ＤＰＢ１＊４４２、ＤＰＢ１＊４４３、ＤＰＢ１＊４４４、ＤＰＢ１＊４４５、ＤＰＢ１＊４４６、ＤＰＢ１＊４４７、ＤＰＢ１＊４４８、ＤＰＢ１＊４４９、ＤＰＢ１＊４５、ＤＰＢ１＊４５０、ＤＰＢ１＊４５１、ＤＰＢ１＊４５２、ＤＰＢ１＊４５３、ＤＰＢ１＊４５４、ＤＰＢ１＊４５５、ＤＰＢ１＊４５６、ＤＰＢ１＊４５７、ＤＰＢ１＊４５８、ＤＰＢ１＊４５９、ＤＰＢ１＊４６、ＤＰＢ１＊４６０、ＤＰＢ１＊４６１、ＤＰＢ１＊４６２、ＤＰＢ１＊４６３、ＤＰＢ１＊４６４、ＤＰＢ１＊４６５、ＤＰＢ１＊４６６、ＤＰＢ１＊４６７、ＤＰＢ１＊４６８、ＤＰＢ１＊４６９、ＤＰＢ１＊４７、ＤＰＢ１＊４７０、ＤＰＢ１＊４７１、ＤＰＢ１＊４７２、ＤＰＢ１＊４７３、ＤＰＢ１＊４７４、ＤＰＢ１＊４７５、ＤＰＢ１＊４７６、ＤＰＢ１＊４７７、ＤＰＢ１＊４７８、ＤＰＢ１＊４７９、ＤＰＢ１＊４８、ＤＰＢ１＊４８０、ＤＰＢ１＊４８１、ＤＰＢ１＊４８２、ＤＰＢ１＊４８３、ＤＰＢ１＊４８４、ＤＰＢ１＊４８５、ＤＰＢ１＊４８６、ＤＰＢ１＊４８７、ＤＰＢ１＊４８８、ＤＰＢ１＊４８９、ＤＰＢ１＊４９、ＤＰＢ１＊４９０、ＤＰＢ１＊４９１、ＤＰＢ１＊４９２、ＤＰＢ１＊４９３、ＤＰＢ１＊４９４、ＤＰＢ１＊４９５、ＤＰＢ１＊４９６、ＤＰＢ１＊４９７、ＤＰＢ１＊４９８、ＤＰＢ１＊４９９、ＤＰＢ１＊５０、ＤＰＢ１＊５００、ＤＰＢ１＊５０１、ＤＰＢ１＊５０２、ＤＰＢ１＊５０３、ＤＰＢ１＊５０４、ＤＰＢ１＊５０５、ＤＰＢ１＊５０６、ＤＰＢ１＊５０７、ＤＰＢ１＊５０８、ＤＰＢ１＊５０９、ＤＰＢ１＊５１、ＤＰＢ１＊５１０、ＤＰＢ１＊５１１、ＤＰＢ１＊５１２、ＤＰＢ１＊５１３、ＤＰＢ１＊５１４、ＤＰＢ１＊５１５、ＤＰＢ１＊５１６、ＤＰＢ１＊５１７、ＤＰＢ１＊５１８、ＤＰＢ１＊５１９、ＤＰＢ１＊５２、ＤＰＢ１＊５２０、ＤＰＢ１＊５２１、ＤＰＢ１＊５２２、ＤＰＢ１＊５２３、ＤＰＢ１＊５２４、ＤＰＢ１＊５２５、ＤＰＢ１＊５２６、ＤＰＢ１＊５２７、ＤＰＢ１＊５２８、ＤＰＢ１＊５２９、ＤＰＢ１＊５３、ＤＰＢ１＊５３０、ＤＰＢ１＊５３１、ＤＰＢ１＊５３２、ＤＰＢ１＊５３３、ＤＰＢ１＊５３４、ＤＰＢ１＊５３５、ＤＰＢ１＊５３６、ＤＰＢ１＊５３７、ＤＰＢ１＊５３８、ＤＰＢ１＊５３９、ＤＰＢ１＊５４、ＤＰＢ１＊５４０、ＤＰＢ１＊５４１、ＤＰＢ１＊５４２、ＤＰＢ１＊５４３、ＤＰＢ１＊５４４、ＤＰＢ１＊５４５、ＤＰＢ１＊５４６、ＤＰＢ１＊５４７、ＤＰＢ１＊５４８、ＤＰＢ１＊５４９、ＤＰＢ１＊５５、ＤＰＢ１＊５５０、ＤＰＢ１＊５５１、ＤＰＢ１＊５５２、ＤＰＢ１＊５５３、ＤＰＢ１＊５５４、ＤＰＢ１＊５５５、ＤＰＢ１＊５５６、ＤＰＢ１＊５５７、ＤＰＢ１＊５５８、ＤＰＢ１＊５５９、ＤＰＢ１＊５６、ＤＰＢ１＊５６０、ＤＰＢ１＊５６１、ＤＰＢ１＊５６２、ＤＰＢ１＊５６３、ＤＰＢ１＊５６４、ＤＰＢ１＊５６５、ＤＰＢ１＊５６６、ＤＰＢ１＊５６７、ＤＰＢ１＊５６８、ＤＰＢ１＊５６９、ＤＰＢ１＊５７、ＤＰＢ１＊５７０、ＤＰＢ１＊５７１、ＤＰＢ１＊５７２、ＤＰＢ１＊５７３、ＤＰＢ１＊５７４、ＤＰＢ１＊５７５、ＤＰＢ１＊５７６、ＤＰＢ１＊５７７、ＤＰＢ１＊５７８、ＤＰＢ１＊５７９、ＤＰＢ１＊５８、ＤＰＢ１＊５８０、ＤＰＢ１＊５８１、ＤＰＢ１＊５８２、ＤＰＢ１＊５８３、ＤＰＢ１＊５８４、ＤＰＢ１＊５８５、ＤＰＢ１＊５８６、ＤＰＢ１＊５８７、ＤＰＢ１＊５８８、ＤＰＢ１＊５８９、ＤＰＢ１＊５９、ＤＰＢ１＊５９０、ＤＰＢ１＊５９１、ＤＰＢ１＊５９２、ＤＰＢ１＊５９３、ＤＰＢ１＊５９４、ＤＰＢ１＊５９５、ＤＰＢ１＊５９６、ＤＰＢ１＊５９７、ＤＰＢ１＊５９８、ＤＰＢ１＊５９９、ＤＰＢ１＊６０、ＤＰＢ１＊６００、ＤＰＢ１＊６０１、ＤＰＢ１＊６０２、ＤＰＢ１＊６０３、ＤＰＢ１＊６０４、ＤＰＢ１＊６０５、ＤＰＢ１＊６０６、ＤＰＢ１＊６０７、ＤＰＢ１＊６０８、ＤＰＢ１＊６０９、ＤＰＢ１＊６１、ＤＰＢ１＊６１０、ＤＰＢ１＊６１１、ＤＰＢ１＊６１２、ＤＰＢ１＊６１３、ＤＰＢ１＊６１４、ＤＰＢ１＊６１５、
ＤＰＢ１＊６１６、ＤＰＢ１＊６１７、ＤＰＢ１＊６１８、ＤＰＢ１＊６１９、ＤＰＢ１＊６２、ＤＰＢ１＊６２０、ＤＰＢ１＊６２１、ＤＰＢ１＊６２２、ＤＰＢ１＊６２３、ＤＰＢ１＊６２４、ＤＰＢ１＊６２５、ＤＰＢ１＊６２６、ＤＰＢ１＊６２７、ＤＰＢ１＊６２８、ＤＰＢ１＊６２９、ＤＰＢ１＊６３、ＤＰＢ１＊６３０、ＤＰＢ１＊６３１、ＤＰＢ１＊６３２、ＤＰＢ１＊６３３、ＤＰＢ１＊６３４、ＤＰＢ１＊６３５、ＤＰＢ１＊６３６、ＤＰＢ１＊６３７、ＤＰＢ１＊６３８、ＤＰＢ１＊６３９、ＤＰＢ１＊６４、ＤＰＢ１＊６４０、ＤＰＢ１＊６４１、ＤＰＢ１＊６４２、ＤＰＢ１＊６４３、ＤＰＢ１＊６４４、ＤＰＢ１＊６４５、ＤＰＢ１＊６４６、ＤＰＢ１＊６４７、ＤＰＢ１＊６４８、ＤＰＢ１＊６４９、ＤＰＢ１＊６５、ＤＰＢ１＊６５０、ＤＰＢ１＊６５１、ＤＰＢ１＊６５２、ＤＰＢ１＊６５３、ＤＰＢ１＊６５４、ＤＰＢ１＊６５５、ＤＰＢ１＊６５６、ＤＰＢ１＊６５７、ＤＰＢ１＊６５８、ＤＰＢ１＊６５９、ＤＰＢ１＊６６、ＤＰＢ１＊６６０、ＤＰＢ１＊６６１、ＤＰＢ１＊６６２、ＤＰＢ１＊６６３、ＤＰＢ１＊６６４、ＤＰＢ１＊６６５、ＤＰＢ１＊６６６、ＤＰＢ１＊６６７、ＤＰＢ１＊６６８、ＤＰＢ１＊６６９、ＤＰＢ１＊６７、ＤＰＢ１＊６７０、ＤＰＢ１＊６７１、ＤＰＢ１＊６７２、ＤＰＢ１＊６７３、ＤＰＢ１＊６７４、ＤＰＢ１＊６７５、ＤＰＢ１＊６７６、ＤＰＢ１＊６７７、ＤＰＢ１＊６７８、ＤＰＢ１＊６７９、ＤＰＢ１＊６８、ＤＰＢ１＊６８０、ＤＰＢ１＊６８１、ＤＰＢ１＊６８２、ＤＰＢ１＊６８３、ＤＰＢ１＊６８４、ＤＰＢ１＊６８５、ＤＰＢ１＊６８６、ＤＰＢ１＊６８７、ＤＰＢ１＊６８８、ＤＰＢ１＊６８９、ＤＰＢ１＊６９、ＤＰＢ１＊６９０、ＤＰＢ１＊６９１、ＤＰＢ１＊６９２、ＤＰＢ１＊６９３、ＤＰＢ１＊６９４、ＤＰＢ１＊６９５、ＤＰＢ１＊６９６、ＤＰＢ１＊６９７、ＤＰＢ１＊６９８、ＤＰＢ１＊６９９、ＤＰＢ１＊７０、ＤＰＢ１＊７００、ＤＰＢ１＊７０１、ＤＰＢ１＊７０２、ＤＰＢ１＊７０３、ＤＰＢ１＊７０４、ＤＰＢ１＊７０５、ＤＰＢ１＊７０６、ＤＰＢ１＊７０７、ＤＰＢ１＊７０８、ＤＰＢ１＊７０９、ＤＰＢ１＊７１、ＤＰＢ１＊７１０、ＤＰＢ１＊７１１、ＤＰＢ１＊７１２、ＤＰＢ１＊７１３、ＤＰＢ１＊７１４、ＤＰＢ１＊７１５、ＤＰＢ１＊７１６、ＤＰＢ１＊７１７、ＤＰＢ１＊７１８、ＤＰＢ１＊７１９、ＤＰＢ１＊７２、ＤＰＢ１＊７２０、ＤＰＢ１＊７２１、ＤＰＢ１＊７２２、ＤＰＢ１＊７２３、ＤＰＢ１＊７２４、ＤＰＢ１＊７２５、ＤＰＢ１＊７２６、ＤＰＢ１＊７２７、ＤＰＢ１＊７２８、ＤＰＢ１＊７２９、ＤＰＢ１＊７３、ＤＰＢ１＊７３０、ＤＰＢ１＊７３１、ＤＰＢ１＊７３２、ＤＰＢ１＊７３３、ＤＰＢ１＊７３４、ＤＰＢ１＊７３５、ＤＰＢ１＊７３６、ＤＰＢ１＊７３７、ＤＰＢ１＊７３８、ＤＰＢ１＊７３９、ＤＰＢ１＊７４、ＤＰＢ１＊７４０、ＤＰＢ１＊７４１、ＤＰＢ１＊７４２、ＤＰＢ１＊７４３、ＤＰＢ１＊７４４、ＤＰＢ１＊７４５、ＤＰＢ１＊７４６、ＤＰＢ１＊７４７、ＤＰＢ１＊７４８、ＤＰＢ１＊７４９、ＤＰＢ１＊７５、ＤＰＢ１＊７５０、ＤＰＢ１＊７５１、ＤＰＢ１＊７５２、ＤＰＢ１＊７５３、ＤＰＢ１＊７５４、ＤＰＢ１＊７５５、ＤＰＢ１＊７５６、ＤＰＢ１＊７５７、ＤＰＢ１＊７５８、ＤＰＢ１＊７５９、ＤＰＢ１＊７６、ＤＰＢ１＊７６０、ＤＰＢ１＊７６１、ＤＰＢ１＊７６２、ＤＰＢ１＊７６３、ＤＰＢ１＊７６４、ＤＰＢ１＊７６５、ＤＰＢ１＊７６６、ＤＰＢ１＊７６７、ＤＰＢ１＊７６８、ＤＰＢ１＊７６９、ＤＰＢ１＊７７、ＤＰＢ１＊７７０、ＤＰＢ１＊７７１、ＤＰＢ１＊７７２、ＤＰＢ１＊７７３、ＤＰＢ１＊７７４、ＤＰＢ１＊７７５、ＤＰＢ１＊７７６、ＤＰＢ１＊７７７、ＤＰＢ１＊７７８、ＤＰＢ１＊７７９、ＤＰＢ１＊７８、ＤＰＢ１＊７８０、ＤＰＢ１＊７８１、ＤＰＢ１＊７８２、ＤＰＢ１＊７８３、ＤＰＢ１＊７８４、ＤＰＢ１＊７８５、ＤＰＢ１＊７８６、ＤＰＢ１＊７８７、ＤＰＢ１＊７８８、ＤＰＢ１＊７８９、ＤＰＢ１＊７９、ＤＰＢ１＊７９０、ＤＰＢ１＊７９１、ＤＰＢ１＊７９２、ＤＰＢ１＊７９４、ＤＰＢ１＊７９５、ＤＰＢ１＊７９６、ＤＰＢ１＊７９７、ＤＰＢ１＊７９８、ＤＰＢ１＊７９９、ＤＰＢ１＊８０、ＤＰＢ１＊８００、ＤＰＢ１＊８０１、ＤＰＢ１＊８０２、ＤＰＢ１＊８０３、ＤＰＢ１＊８０４、ＤＰＢ１＊８０５、ＤＰＢ１＊８０６、ＤＰＢ１＊８０７、ＤＰＢ１＊８０８、ＤＰＢ１＊８０９、ＤＰＢ１＊８１、ＤＰＢ１＊８１０、ＤＰＢ１＊８１１、ＤＰＢ１＊８１２、ＤＰＢ１＊８１３、ＤＰＢ１＊８１４、ＤＰＢ１＊８１５、ＤＰＢ１＊８１６、ＤＰＢ１＊８１７、ＤＰＢ１＊８１８、ＤＰＢ１＊８１９、ＤＰＢ１＊８２、ＤＰＢ１＊８２０、ＤＰＢ１＊８２１、ＤＰＢ１＊８２２、ＤＰＢ１＊８２３、ＤＰＢ１＊８２４、ＤＰＢ１＊８２５、ＤＰＢ１＊８２６、ＤＰＢ１＊８２７、ＤＰＢ１＊８２８、ＤＰＢ１＊８２９、ＤＰＢ１＊８３、ＤＰＢ１＊８３０、ＤＰＢ１＊８３１、ＤＰＢ１＊８３２、ＤＰＢ１＊８３３、ＤＰＢ１＊８３４、ＤＰＢ１＊８３５、ＤＰＢ１＊８３６、ＤＰＢ１＊８３７、ＤＰＢ１＊８３８、ＤＰＢ１＊８３９、ＤＰＢ１＊８４、ＤＰＢ１＊８４０、ＤＰＢ１＊８４１、ＤＰＢ１＊８４２、ＤＰＢ１＊８４３、ＤＰＢ１＊８４４、ＤＰＢ１＊８４５、ＤＰＢ１＊８４６、ＤＰＢ１＊８４７、ＤＰＢ１＊８４８、ＤＰＢ１＊８４９、ＤＰＢ１＊８５、ＤＰＢ１＊８５０、ＤＰＢ１＊８５１、ＤＰＢ１＊８５２、ＤＰＢ１＊８５３、ＤＰＢ１＊８５４、ＤＰＢ１＊８５５、ＤＰＢ１＊８５６、ＤＰＢ１＊８５７、ＤＰＢ１＊８５８、ＤＰＢ１＊８５９、ＤＰＢ１＊８６、ＤＰＢ１＊８６０、ＤＰＢ１＊８６１、ＤＰＢ１＊８６２、ＤＰＢ１＊８６３、ＤＰＢ１＊８６４、ＤＰＢ１＊８６５、ＤＰＢ１＊８６６、ＤＰＢ１＊８６７、ＤＰＢ１＊８６８、ＤＰＢ１＊８６９、ＤＰＢ１＊８７、ＤＰＢ１＊８７０、ＤＰＢ１＊８７１、ＤＰＢ１＊８７２、ＤＰＢ１＊８７３、ＤＰＢ１＊８７４、ＤＰＢ１＊８７５、ＤＰＢ１＊８７６、ＤＰＢ１＊８７７、ＤＰＢ１＊８７８、ＤＰＢ１＊８７９、ＤＰＢ１＊８８、ＤＰＢ１＊８８０、ＤＰＢ１＊８８１、ＤＰＢ１＊８８２、ＤＰＢ１＊８８３、ＤＰＢ１＊８８４、ＤＰＢ１＊８８５、ＤＰＢ１＊８８６、ＤＰＢ１＊８８７、ＤＰＢ１＊８８８、ＤＰＢ１＊８８９、ＤＰＢ１＊８９、ＤＰＢ１＊８９０、ＤＰＢ１＊８９１、ＤＰＢ１＊８９２、ＤＰＢ１＊８９３、ＤＰＢ１＊８９４、ＤＰＢ１＊８９５、ＤＰＢ１＊８９６、ＤＰＢ１＊８９７、ＤＰＢ１＊８９８、ＤＰＢ１＊８９９、ＤＰＢ１＊９０、ＤＰＢ１＊９００、ＤＰＢ１＊９０１、ＤＰＢ１＊９０２、ＤＰＢ１＊９０３、ＤＰＢ１＊９０４、ＤＰＢ１＊９０５、ＤＰＢ１＊９０６、ＤＰＢ１＊９０７、ＤＰＢ１＊９０８、ＤＰＢ１＊９０９、ＤＰＢ１＊９１、ＤＰＢ１＊９１０、ＤＰＢ１＊９１１、ＤＰＢ１＊９１２、ＤＰＢ１＊９１３、ＤＰＢ１＊９１４、ＤＰＢ１＊９１５、ＤＰＢ１＊９１６、ＤＰＢ１＊９１７、ＤＰＢ１＊９１８、ＤＰＢ１＊９１９、ＤＰＢ１＊９２、ＤＰＢ１＊９２０、ＤＰＢ１＊９２１、ＤＰＢ１＊９２２、ＤＰＢ１＊９２３、ＤＰＢ１＊９２４、ＤＰＢ１＊９２５、ＤＰＢ１＊９２６、ＤＰＢ１＊９２７、ＤＰＢ１＊９２８、ＤＰＢ１＊９２９、ＤＰＢ１＊９３、ＤＰＢ１＊９３０、ＤＰＢ１＊９３１、ＤＰＢ１＊９３２、ＤＰＢ１＊９３３、ＤＰＢ１＊９３４、ＤＰＢ１＊９３５、ＤＰＢ１＊９３６、ＤＰＢ１＊９３７、ＤＰＢ１＊９３８、ＤＰＢ１＊９３９、ＤＰＢ１＊９４、ＤＰＢ１＊９４０、ＤＰＢ１＊９４１、ＤＰＢ１＊９４２、ＤＰＢ１＊９４３、ＤＰＢ１＊９４４、ＤＰＢ１＊９４５、ＤＰＢ１＊９４６、ＤＰＢ１＊９４７、ＤＰＢ１＊９４８、ＤＰＢ１＊９４９、ＤＰＢ１＊９５、ＤＰＢ１＊９５０、ＤＰＢ１＊９５１、ＤＰＢ１＊９５２、ＤＰＢ１＊９５３、ＤＰＢ１＊９５４、ＤＰＢ１＊９５５、ＤＰＢ１＊９５６、ＤＰＢ１＊９５７、ＤＰＢ１＊９５８、ＤＰＢ１＊９５９、ＤＰＢ１＊９６、ＤＰＢ１＊９６０、ＤＰＢ１＊９６１、ＤＰＢ１＊９６２、ＤＰＢ１＊９６３、ＤＰＢ１＊９６４、ＤＰＢ１＊９６５、ＤＰＢ１＊９７、ＤＰＢ１＊９８、及びＤＰＢ１＊９９から選択される対立遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＤＰベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０５、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０６、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０８、またはＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０９対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＰベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０４対立遺伝子を含む。特定の態様において、ＤＰベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＢ１＊０４：０１対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号３に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含み、ここで、ＤＰベータ鎖は、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファンを含み、かつＤＰベータ鎖は、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号３に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含み、ここで、ＤＰベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｉｉｉ）配列番号１の１１４位に相当するアミノ酸残基にバリン、及び（ｉｖ）配列番号１の対応する１５８位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号３に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。
ＩＩ．Ａ．１．ａ． ＨＬＡ－ＤＰアルファ鎖
本開示のいくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖をさらに含む。いくつかの態様において、アルファ鎖は、野生型アルファ鎖である。いくつかの態様において、アルファ鎖は、ＤＰアルファ鎖である。任意のＤＰアルファ鎖が、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、ＤＰアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０３、またはＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０４対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＰアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０１対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＰアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０２対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＰアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０３対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＰアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０４対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＤＰアルファ鎖は、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０１、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０２、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０３、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０４、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０５、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０６、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０７、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０８、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：０９、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１０、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１１、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１２、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１３、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１４、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１５、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１６、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１７、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１８Ｑ、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：１９、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：２０、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：２１、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：２２、ＤＰＡ１＊０１：０３：０１：２３、ＤＰＡ１＊０１：０３：０２、ＤＰＡ１＊０１：０３：０３、ＤＰＡ１＊０１：０３：０４、ＤＰＡ１＊０１：０３：０５、ＤＰＡ１＊０１：０３：０６、ＤＰＡ１＊０１：０３：０７、ＤＰＡ１＊０１：０３：０８、ＤＰＡ１＊０１：０３：０９、ＤＰＡ１＊０１：０４、ＤＰＡ１＊０１：０５、ＤＰＡ１＊０１：０６：０１、ＤＰＡ１＊０１：０６：０２、ＤＰＡ１＊０１：０７、ＤＰＡ１＊０１：０８、ＤＰＡ１＊０１：０９、ＤＰＡ１＊０１：１０、ＤＰＡ１＊０１：１１、ＤＰＡ１＊０１：１２、ＤＰＡ１＊０１：１３、ＤＰＡ１＊０１：１４、ＤＰＡ１＊０１：１５、ＤＰＡ１＊０１：１６、ＤＰＡ１＊０１：１７、ＤＰＡ１＊０１：１８、ＤＰＡ１＊０１：１９、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０１、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０２、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０３、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０４、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０５、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０６、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０７、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０８、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：０９、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：１０、ＤＰＡ１＊０２：０１：０１：１１、ＤＰＡ１＊０２：０１：０２：０１、ＤＰＡ１＊０２：０１：０２：０２、ＤＰＡ１＊０２：０１：０３、ＤＰＡ１＊０２：０１：０４、ＤＰＡ１＊０２：０１：０５、ＤＰＡ１＊０２：０１：０６、ＤＰＡ１＊０２：０１：０７、ＤＰＡ１＊０２：０１：０８：０１、ＤＰＡ１＊０２：０１：０８：０２、ＤＰＡ１＊０２：０２：０２：０１、ＤＰＡ１＊０２：０２：０２：０２、ＤＰＡ１＊０２：０２：０２：０３、ＤＰＡ１＊０２：０２：０２：０４、ＤＰＡ１＊０２：０２：０２：０５、ＤＰＡ１＊０２：０２：０３、ＤＰＡ１＊０２：０２：０４、ＤＰＡ１＊０２：０２：０５、ＤＰＡ１＊０２：０２：０６、ＤＰＡ１＊０２：０３、ＤＰＡ１＊０２：０４、ＤＰＡ１＊０２：０５、ＤＰＡ１＊０２：０６、ＤＰＡ１＊０２：０７：０１：０１、ＤＰＡ１＊０２：０７：０１：０２、ＤＰＡ１＊０２：０７：０１：０３、ＤＰＡ１＊０２：０８、ＤＰＡ１＊０２：０９、ＤＰＡ１＊０２：１０、ＤＰＡ１＊０２：１１、ＤＰＡ１＊０２：１２、ＤＰＡ１＊０２：１３Ｎ、ＤＰＡ１＊０２：１４、ＤＰＡ１＊０２：１５、ＤＰＡ１＊０２：１６、ＤＰＡ１＊０３：０１：０１：０１、ＤＰＡ１＊０３：０１：０１：０２、ＤＰＡ１＊０３：０１：０１：０３、ＤＰＡ１＊０３：０１：０１：０４、ＤＰＡ１＊０３：０１：０１：０５、ＤＰＡ１＊０３：０１：０２、ＤＰＡ１＊０３：０２、ＤＰＡ１＊０３：０３、ＤＰＡ１＊０３：０４、ＤＰＡ１＊０４：０１：０１：０１、ＤＰＡ１＊０４：０１：０１：０２、ＤＰＡ１＊０４：０１：０１：０３、ＤＰＡ１＊０４：０２または、これらの任意の組み合わせから選択される。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号６に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号８に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号６に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号８に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰアルファ鎖を含む。
ＩＩ．Ａ．２．ＨＬＡ－ＤＱ分子
多くのＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子が当技術分野において既知であり、任意の既知の対立遺伝子を本開示で使用することができる。ＨＬＡ－ＤＱアルファ鎖及びベータ鎖対立遺伝子の例を、表４に示す。ＨＬＡ対立遺伝子の更新されたリストは、ｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／で入手可能である（最終訪問日：２０１９年７月１０日）。
ＩＩ．Ａ．２．ａ．ＨＬＡ－ＤＱベータ鎖
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＱベータ鎖を含み、ここで、該ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む。ロイシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、ロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの実施形態では、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＱベータ鎖を含み、ここで、該ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。バリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、バリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＱベータ鎖を含み、ここで、該ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸を含む。アスパラギン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、アスパラギン以外のアミノ酸は、極性無電荷側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、スレオニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、極性無電荷側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、極性無電荷側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＱベータ鎖を含み、ここで、該ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸を含む。イソロイシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、イソロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＱベータ鎖を含み、ここで、該ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む。セリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、セリン以外のアミノ酸は、帯電した側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、リシンである。
いくつかの態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、帯電した側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、帯電した側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＱベータ鎖を含み、ここで、該ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む。プロリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、プロリン以外のアミノ酸は、極性無電荷側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン、及びグルタミンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、スレオニンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、アスパラギンである。ある特定の態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、極性無電荷側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、極性無電荷側鎖を含む。
本開示のある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、野生型ＤＱベータ鎖と比較して２つ以上の置換突然変異を含むＤＱベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＤＱベータ鎖は、野生型ＤＱベータ鎖と比較して、少なくとも２つの突然変異、少なくとも３つの突然変異、少なくとも４つの突然変異、少なくとも５つの突然変異、少なくとも６つの突然変異、少なくとも７つの突然変異、少なくとも８つの突然変異、少なくとも９つの突然変異、または少なくとも１０個の突然変異を含む。
ある特定の態様において、ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、及び配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。ある特定の態様において、ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、ならびに、（ｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び（ｉｖ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸のうち少なくとも３つを含む。
いくつかの態様において、ＤＱベータ鎖は、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、（ｖ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び（ｖｉ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸、または配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸及び配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。
いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｉｉｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択され、（ｉｖ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｖ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択され、（ｖｉ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン及びグルタミンから選択される。
いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり、（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、かつ（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり、かつ（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり、（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンであり、（ｉｉｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンであり、（ｉｖ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンであり、（ｖ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンであり、かつ（ｖｉ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
ある特定の態様において、本明細書に記載のＤＱベータ鎖は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子と比較してＣＤ４タンパク質に対する親和性が高い。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、野生型ＤＱベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、及び／または（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリンを含むＤＱベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン、（ｉｉｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン、（ｉｖ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン、（ｖ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン、（ｖｉ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリンを含むＤＱベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。
いくつかの態様において、ＣＤ４に対して強化された親和性は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する親和性よりも、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約３００倍、少なくとも約４００倍、少なくとも約５００倍、少なくとも約１０００倍、少なくとも約１５００倍、少なくとも約２０００倍、少なくとも約２５００倍、少なくとも約３０００倍、少なくとも約３５００倍、少なくとも約４０００倍、少なくとも約４５００倍、または少なくとも約４０００倍超高い。
いくつかの態様において、ＣＤ４に対して強化された親和性は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する親和性よりも、少なくとも約１．５倍～少なくとも約５０００倍、１．５倍～少なくとも約４０００倍、１．５倍～少なくとも約３０００倍、１．５倍～少なくとも約２０００倍、１．５倍～少なくとも約１０００倍、１０倍～少なくとも約５０００倍、１０倍～少なくとも約４０００倍、１０倍～少なくとも約３０００倍、１０倍～少なくとも約２０００倍、１０倍～少なくとも約１０００倍、１０倍～少なくとも約９００倍、１０倍～少なくとも約８００倍、１０倍～少なくとも約７００倍、１０倍～少なくとも約６００倍、１０倍～少なくとも約５００倍、１０倍～少なくとも約４００倍、１０倍～少なくとも約３００倍、１０倍～少なくとも約２００倍、１０倍～少なくとも約１００倍、１００倍～少なくとも約５０００倍、１００倍～少なくとも約４０００倍、１００倍～少なくとも約３０００倍、１００倍～少なくとも約２０００倍、１００倍～少なくとも約１０００倍、１００倍～少なくとも約９００倍、１００倍～少なくとも約８００倍、１００倍～少なくとも約７００倍、１００倍～少なくとも約６００倍、１００倍～少なくとも約５００倍、１００倍～少なくとも約４００倍、１００倍～少なくとも約３００倍、または１００倍～少なくとも約２００倍超高い。
ある特定の態様において、ＤＱベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０５、及びＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０６対立遺伝子から選択される対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＱベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０５対立遺伝子を含む。特定の態様において、ＤＱベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０５：０１対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＤＱベータ鎖は、ＤＱＢ１＊０２：０１：０１、ＤＱＢ１＊０２：０１：０２、ＤＱＢ１＊０２：０１：０３、ＤＱＢ１＊０２：０１：０４、ＤＱＢ１＊０２：０１：０５、ＤＱＢ１＊０２：０１：０６、ＤＱＢ１＊０２：０１：０７、ＤＱＢ１＊０２：０１：０８、ＤＱＢ１＊０２：０１：０９、ＤＱＢ１＊０２：０１：１０、ＤＱＢ１＊０２：０１：１１、ＤＱＢ１＊０２：０１：１２、ＤＱＢ１＊０２：０１：１３、ＤＱＢ１＊０２：０１：１４、ＤＱＢ１＊０２：０１：１５、ＤＱＢ１＊０２：０１：１６、ＤＱＢ１＊０２：０１：１７、ＤＱＢ１＊０２：０１：１８、ＤＱＢ１＊０２：０１：１９、ＤＱＢ１＊０２：０１：２０、ＤＱＢ１＊０２：０１：２１、ＤＱＢ１＊０２：０１：２２、ＤＱＢ１＊０２：０１：２３、ＤＱＢ１＊０２：０１：２４、ＤＱＢ１＊０２：０１：２５、ＤＱＢ１＊０２：０１：２６、ＤＱＢ１＊０２：０１：２７、ＤＱＢ１＊０２：０１：２８、ＤＱＢ１＊０２：０１：２９、ＤＱＢ１＊０２：０１：３０、ＤＱＢ１＊０２：０１：３１、ＤＱＢ１＊０２：０２：０１：０１、ＤＱＢ１＊０２：０２：０１：０２、ＤＱＢ１＊０２：０２：０１：０３、ＤＱＢ１＊０２：０２：０１：０４、ＤＱＢ１＊０２：０２：０２、ＤＱＢ１＊０２：０２：０３、ＤＱＢ１＊０２：０２：０４、ＤＱＢ１＊０２：０２：０５、ＤＱＢ１＊０２：０２：０６、ＤＱＢ１＊０２：０２：０７、ＤＱＢ１＊０２：０２：０８、ＤＱＢ１＊０２：０２：０９、ＤＱＢ１＊０２：０３：０１、ＤＱＢ１＊０２：０３：０２、ＤＱＢ１＊０２：０４、ＤＱＢ１＊０２：０５、ＤＱＢ１＊０２：０６、ＤＱＢ１＊０２：０７：０１、ＤＱＢ１＊０２：０７：０２、ＤＱＢ１＊０２：０８、ＤＱＢ１＊０２：０９、ＤＱＢ１＊０２：１０、ＤＱＢ１＊０２：１００、ＤＱＢ１＊０２：１０１、ＤＱＢ１＊０２：１０２、ＤＱＢ１＊０２：１０３、ＤＱＢ１＊０２：１０４、ＤＱＢ１＊０２：１０５、ＤＱＢ１＊０２：１０６、ＤＱＢ１＊０２：１０７、ＤＱＢ１＊０２：１０８、ＤＱＢ１＊０２：１０９、ＤＱＢ１＊０２：１１、ＤＱＢ１＊０２：１１０、ＤＱＢ１＊０２：１１１、ＤＱＢ１＊０２：１１２、ＤＱＢ１＊０２：１１３、ＤＱＢ１＊０２：１１４、ＤＱＢ１＊０２：１１５、ＤＱＢ１＊０２：１１６、ＤＱＢ１＊０２：１１７、ＤＱＢ１＊０２：１１８、ＤＱＢ１＊０２：１１９、ＤＱＢ１＊０２：１２、ＤＱＢ１＊０２：１２０、ＤＱＢ１＊０２：１２１、ＤＱＢ１＊０２：１２２、ＤＱＢ１＊０２：１２３、ＤＱＢ１＊０２：１２４、ＤＱＢ１＊０２：１２５、ＤＱＢ１＊０２：１２６、ＤＱＢ１＊０２：１２７、ＤＱＢ１＊０２：１２８、ＤＱＢ１＊０２：１２９Ｎ、ＤＱＢ１＊０２：１３、ＤＱＢ１＊０２：１３０、ＤＱＢ１＊０２：１３１、ＤＱＢ１＊０２：１３２Ｎ、ＤＱＢ１＊０２：１３３、ＤＱＢ１＊０２：１３４Ｎ、ＤＱＢ１＊０２：１３５、ＤＱＢ１＊０２：１３６、ＤＱＢ１＊０２：１３７、ＤＱＢ１＊０２：１３８、ＤＱＢ１＊０２：１３９、ＤＱＢ１＊０２：１４０、ＤＱＢ１＊０２：１４１、ＤＱＢ１＊０２：１４２、ＤＱＢ１＊０２：１４：０１、ＤＱＢ１＊０２：１４：０２、ＤＱＢ１＊０２：１５、ＤＱＢ１＊０２：１６、ＤＱＢ１＊０２：１７、ＤＱＢ１＊０２：１８Ｎ、ＤＱＢ１＊０２：１９、ＤＱＢ１＊０２：２０Ｎ、ＤＱＢ１＊０２：２１、ＤＱＢ１＊０２：２２、ＤＱＢ１＊０２：２３、ＤＱＢ１＊０２：２４、ＤＱＢ１＊０２：２５、ＤＱＢ１＊０２：２６、ＤＱＢ１＊０２：２７、ＤＱＢ１＊０２：２８、ＤＱＢ１＊０２：２９、ＤＱＢ１＊０２：３０、ＤＱＢ１＊０２：３１、ＤＱＢ１＊０２：３２、ＤＱＢ１＊０２：３３、ＤＱＢ１＊０２：３４、ＤＱＢ１＊０２：３５、ＤＱＢ１＊０２：３６、ＤＱＢ１＊０２：３７、ＤＱＢ１＊０２：３８、ＤＱＢ１＊０２：３９、ＤＱＢ１＊０２：４０、ＤＱＢ１＊０２：４１、ＤＱＢ１＊０２：４２、ＤＱＢ１＊０２：４３、ＤＱＢ１＊０２：４４、ＤＱＢ１＊０２：４５、ＤＱＢ１＊０２：４６、ＤＱＢ１＊０２：４７、ＤＱＢ１＊０２：４８、ＤＱＢ１＊０２：４９、ＤＱＢ１＊０２：５０、ＤＱＢ１＊０２：５１、ＤＱＢ１＊０２：５２、ＤＱＢ１＊０２：５３Ｑ、ＤＱＢ１＊０２：５４、ＤＱＢ１＊０２：５５、ＤＱＢ１＊０２：５６、ＤＱＢ１＊０２：５７、ＤＱＢ１＊０２：５８Ｎ、ＤＱＢ１＊０２：５９、ＤＱＢ１＊０２：６０、ＤＱＢ１＊０２：６１、ＤＱＢ１＊０２：６２、ＤＱＢ１＊０２：６３、ＤＱＢ１＊０２：６４、ＤＱＢ１＊０２：６５、ＤＱＢ１＊０２：６６、ＤＱＢ１＊０２：６７ＮＸ、ＤＱＢ１＊０２：６８、ＤＱＢ１＊０２：６９、ＤＱＢ１＊０２：７０、ＤＱＢ１＊０２：７１、ＤＱＢ１＊０２：７２、ＤＱＢ１＊０２：７３、ＤＱＢ１＊０２：７４、ＤＱＢ１＊０２：７５、ＤＱＢ１＊０２：７６、ＤＱＢ１＊０２：７７、ＤＱＢ１＊０２：７８、ＤＱＢ１＊０２：７９、ＤＱＢ１＊０２：８０、ＤＱＢ１＊０２：８１、ＤＱＢ１＊０２：８２、ＤＱＢ１＊０２：８３、ＤＱＢ１＊０２：８４、ＤＱＢ１＊０２：８５、ＤＱＢ１＊０２：８６、ＤＱＢ１＊０２：８７、ＤＱＢ１＊０２：８８、ＤＱＢ１＊０２：８９：０１、ＤＱＢ１＊０２：８９：０２、ＤＱＢ１＊０２：９０、ＤＱＢ１＊０２：９１、ＤＱＢ１＊０２：９２、ＤＱＢ１＊０２：９３、ＤＱＢ１＊０２：９４、ＤＱＢ１＊０２：９５、ＤＱＢ１＊０２：９６Ｎ、ＤＱＢ１＊０２：９７、ＤＱＢ１＊０２：９８、ＤＱＢ１＊０２：９９、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０１、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０２、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０３、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０４、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０５、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０６、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０７、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０８、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：０９、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１０、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１１、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１２、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１４、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１５、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１６、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１７、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１８、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：１９、ＤＱＢ１＊０３：０１：０１：２０、ＤＱＢ１＊０３：０１：０２、ＤＱＢ１＊０３：０１：０３、ＤＱＢ１＊０３：０１：０４、ＤＱＢ１＊０３：０１：０５、ＤＱＢ１＊０３：０１：０６、ＤＱＢ１＊０３：０１：０７、ＤＱＢ１＊０３：０１：０８、ＤＱＢ１＊０３：０１：０９、ＤＱＢ１＊０３：０１：１０、ＤＱＢ１＊０３：０１：１１、ＤＱＢ１＊０３：０１：１２、ＤＱＢ１＊０３：０１：１３、ＤＱＢ１＊０３：０１：１４、ＤＱＢ１＊０３：０１：１５、ＤＱＢ１＊０３：０１：１６、ＤＱＢ１＊０３：０１：１７、ＤＱＢ１＊０３：０１：１８、ＤＱＢ１＊０３：０１：１９、ＤＱＢ１＊０３：０１：２０、ＤＱＢ１＊０３：０１：２１、ＤＱＢ１＊０３：０１：２２、ＤＱＢ１＊０３：０１：２３、ＤＱＢ１＊０３：０１：２４、ＤＱＢ１＊０３：０１：２５、ＤＱＢ１＊０３：０１：２６、ＤＱＢ１＊０３：０１：２７、ＤＱＢ１＊０３：０１：２８、ＤＱＢ１＊０３：０１：２９、ＤＱＢ１＊０３：０１：３０、ＤＱＢ１＊０３：０１：３１、ＤＱＢ１＊０３：０１：３２、ＤＱＢ１＊０３：０１：３３、ＤＱＢ１＊０３：０１：３４、ＤＱＢ１＊０３：０１：３５、ＤＱＢ１＊０３：０１：３６、ＤＱＢ１＊０３：０１：３７、ＤＱＢ１＊０３：０１：３８、ＤＱＢ１＊０３：０１：３９、ＤＱＢ１＊０３：０１：４０、ＤＱＢ１＊０３：０１：４１、ＤＱＢ１＊０３：０１：４２、ＤＱＢ１＊０３：０１：４３、ＤＱＢ１＊０３：０１：４４、ＤＱＢ１＊０３：０１：４５、ＤＱＢ１＊０３：０１：４６、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０１、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０２、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０３、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０４、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０５、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０６、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０７、ＤＱＢ１＊０３：０２：０１：０８、ＤＱＢ１＊０３：０２：０２、ＤＱＢ１＊０３：０２：０３、ＤＱＢ１＊０３：０２：０４、ＤＱＢ１＊０３：０２：０５、ＤＱＢ１＊０３：０２：０６、ＤＱＢ１＊０３：０２：０７、ＤＱＢ１＊０３：０２：０８、ＤＱＢ１＊０３：０２：０９、ＤＱＢ１＊０３：０２：１０、ＤＱＢ１＊０３：０２：１１、ＤＱＢ１＊０３：０２：１２、ＤＱＢ１＊０３：０２：１３、ＤＱＢ１＊０３：０２：１４、ＤＱＢ１＊０３：０２：１５、ＤＱＢ１＊０３：０２：１６、ＤＱＢ１＊０３：０２：１７、ＤＱＢ１＊０３：０２：１８、ＤＱＢ１＊０３：０２：１９、ＤＱＢ１＊０３：０２：２０、ＤＱＢ１＊０３：０２：２１、ＤＱＢ１＊０３：０２：２２、ＤＱＢ１＊０３：０２：２３、ＤＱＢ１＊０３：０２：２４、ＤＱＢ１＊０３：０２：２５、ＤＱＢ１＊０３：０２：２６、ＤＱＢ１＊０３：０２：２７、ＤＱＢ１＊０３：０２：２８、ＤＱＢ１＊０３：０２：２９、ＤＱＢ１＊０３：０２：３０、ＤＱＢ１＊０３：０３：０２：０１、ＤＱＢ１＊０３：０３：０２：０２、ＤＱＢ１＊０３：０３：０２：０３、ＤＱＢ１＊０３：０３：０２：０４、ＤＱＢ１＊０３：０３：０２：０５、ＤＱＢ１＊０３：０３：０３、ＤＱＢ１＊０３：０３：０４、ＤＱＢ１＊０３：０３：０５、ＤＱＢ１＊０３：０３：０６、ＤＱＢ１＊０３：０３：０７、ＤＱＢ１＊０３：０３：０８、ＤＱＢ１＊０３：０３：０９、ＤＱＢ１＊０３：０３：１０、ＤＱＢ１＊０３：０３：１１、ＤＱＢ１＊０３：０３：１２、ＤＱＢ１＊０３：０３：１３、ＤＱＢ１＊０３：０３：１４、ＤＱＢ１＊０３：０３：１５、ＤＱＢ１＊０３：０３：１６、ＤＱＢ１＊０３：０３：１７、ＤＱＢ１＊０３：０３：１８、ＤＱＢ１＊０３：０３：１９、ＤＱＢ１＊０３：０３：２０、ＤＱＢ１＊０３：０３：２１、ＤＱＢ１＊０３：０４：０１、ＤＱＢ１＊０３：０４：０２、ＤＱＢ１＊０３：０４：０３、ＤＱＢ１＊０３：０４：０４、ＤＱＢ１＊０３：０５：０１、ＤＱＢ１＊０３：０５：０２、ＤＱＢ１＊０３：０５：０３、ＤＱＢ１＊０３：０５：０４、ＤＱＢ１＊０３：０６、ＤＱＢ１＊０３：０７、ＤＱＢ１＊０３：０８、ＤＱＢ１＊０３：０９、ＤＱＢ１＊０３：１００、ＤＱＢ１＊０３：１０１、ＤＱＢ１＊０３：１０２、ＤＱＢ１＊０３：１０３、ＤＱＢ１＊０３：１０４、ＤＱＢ１＊０３：１０５、ＤＱＢ１＊０３：１０６、ＤＱＢ１＊０３：１０７、ＤＱＢ１＊０３：１０８、ＤＱＢ１＊０３：１０９、ＤＱＢ１＊０３：１０：０１、ＤＱＢ１＊０３：１０：０２：０１、ＤＱＢ１＊０３：１０：０２：０２、ＤＱＢ１＊０３：１１、ＤＱＢ１＊０３：１１０、ＤＱＢ１＊０３：１１１、ＤＱＢ１＊０３：１１２、ＤＱＢ１＊０３：１１３、ＤＱＢ１＊０３：１１４、ＤＱＢ１＊０３：１１５、ＤＱＢ１＊０３：１１６、ＤＱＢ１＊０３：１１７、ＤＱＢ１＊０３：１１８Ｎ、ＤＱＢ１＊０３：１１９、ＤＱＢ１＊０３：１２、ＤＱＢ１＊０３：１２０、ＤＱＢ１＊０３：１２１、ＤＱＢ１＊０３：１２２、ＤＱＢ１＊０３：１２３、ＤＱＢ１＊０３：１２４、ＤＱＢ１＊０３：１２５、ＤＱＢ１＊０３：１２６、ＤＱＢ１＊０３：１２７、ＤＱＢ１＊０３：１２８、ＤＱＢ１＊０３：１２９、ＤＱＢ１＊０３：１３、ＤＱＢ１＊０３：１３０、ＤＱＢ１＊０３：１３１、ＤＱＢ１＊０３：１３２、ＤＱＢ１＊０３：１３３、ＤＱＢ１＊０３：１３４、ＤＱＢ１＊０３：１３５、ＤＱＢ１＊０３：１３６、ＤＱＢ１＊０３：１３７、ＤＱＢ１＊０３：１３８、ＤＱＢ１＊０３：１３９、ＤＱＢ１＊０３：１４０、ＤＱＢ１＊０３：１４１、ＤＱＢ１＊０３：１４２、ＤＱＢ１＊０３：１４３、ＤＱＢ１＊０３：１４４、ＤＱＢ１＊０３：１４５、ＤＱＢ１＊０３：１４６、ＤＱＢ１＊０３：１４７、ＤＱＢ１＊０３：１４８、ＤＱＢ１＊０３：１４９、ＤＱＢ１＊０３：１４：０１、ＤＱＢ１＊０３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：０９：０２、ＤＱＢ１＊０６：０９：０３、ＤＱＢ１＊０６：０９：０４、ＤＱＢ１＊０６：０９：０５、ＤＱＢ１＊０６：０９：０６、ＤＱＢ１＊０６：０９：０７、ＤＱＢ１＊０６：０９：０８、ＤＱＢ１＊０６：０９：０９、ＤＱＢ１＊０６：０９：１０、ＤＱＢ１＊０６：１０、ＤＱＢ１＊０６：１００、ＤＱＢ１＊０６：１０１、ＤＱＢ１＊０６：１０２Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：１０３、ＤＱＢ１＊０６：１０４、ＤＱＢ１＊０６：１０５、ＤＱＢ１＊０６：１０６、ＤＱＢ１＊０６：１０７、ＤＱＢ１＊０６：１０８、ＤＱＢ１＊０６：１０９、ＤＱＢ１＊０６：１１０、ＤＱＢ１＊０６：１１１、ＤＱＢ１＊０６：１１２Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：１１３、ＤＱＢ１＊０６：１１４、ＤＱＢ１＊０６：１１５、ＤＱＢ１＊０６：１１６、ＤＱＢ１＊０６：１１７、ＤＱＢ１＊０６：１１８：０１、ＤＱＢ１＊０６：１１８：０２、ＤＱＢ１＊０６：１１８：０３、ＤＱＢ１＊０６：１１９、ＤＱＢ１＊０６：１１：０１、ＤＱＢ１＊０６：１１：０２、ＤＱＢ１＊０６：１１：０３、ＤＱＢ１＊０６：１１：０４、ＤＱＢ１＊０６：１２、ＤＱＢ１＊０６：１２０、ＤＱＢ１＊０６：１２１、ＤＱＢ１＊０６：１２２、ＤＱＢ１＊０６：１２３、ＤＱＢ１＊０６：１２４、ＤＱＢ１＊０６：１２５、ＤＱＢ１＊０６：１２６、ＤＱＢ１＊０６：１２７、ＤＱＢ１＊０６：１２８、ＤＱＢ１＊０６：１２９、ＤＱＢ１＊０６：１３０、ＤＱＢ１＊０６：１３１、ＤＱＢ１＊０６：１３２、ＤＱＢ１＊０６：１３３、ＤＱＢ１＊０６：１３４、ＤＱＢ１＊０６：１３５、ＤＱＢ１＊０６：１３６、ＤＱＢ１＊０６：１３７、ＤＱＢ１＊０６：１３８、ＤＱＢ１＊０６：１３９、ＤＱＢ１＊０６：１３：０１、ＤＱＢ１＊０６：１３：０２、ＤＱＢ１＊０６：１３：０３、ＤＱＢ１＊０６：１４０、ＤＱＢ１＊０６：１４１、ＤＱＢ１＊０６：１４２、ＤＱＢ１＊０６：１４３、ＤＱＢ１＊０６：１４４Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：１４５、ＤＱＢ１＊０６：１４６：０１、ＤＱＢ１＊０６：１４６：０２、ＤＱＢ１＊０６：１４７、ＤＱＢ１＊０６：１４８、ＤＱＢ１＊０６：１４９、ＤＱＢ１＊０６：１４：０１、ＤＱＢ１＊０６：１４：０２、ＤＱＢ１＊０６：１４：０３、ＤＱＢ１＊０６：１５０、ＤＱＢ１＊０６：１５１、ＤＱＢ１＊０６：１５２、ＤＱＢ１＊０６：１５３：０１、ＤＱＢ１＊０６：１５３：０２、ＤＱＢ１＊０６：１５４、ＤＱＢ１＊０６：１５５、ＤＱＢ１＊０６：１５６、ＤＱＢ１＊０６：１５７、ＤＱＢ１＊０６：１５８Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：１５９、ＤＱＢ１＊０６：１５：０１、ＤＱＢ１＊０６：１５：０２、ＤＱＢ１＊０６：１６、ＤＱＢ１＊０６：１６０、ＤＱＢ１＊０６：１６１、ＤＱＢ１＊０６：１６２、ＤＱＢ１＊０６：１６３、ＤＱＢ１＊０６：１６４、ＤＱＢ１＊０６：１６５、ＤＱＢ１＊０６：１６６、ＤＱＢ１＊０６：１６７、ＤＱＢ１＊０６：１６８、ＤＱＢ１＊０６：１６９、ＤＱＢ１＊０６：１７、ＤＱＢ１＊０６：１７０、ＤＱＢ１＊０６：１７１、ＤＱＢ１＊０６：１７２、ＤＱＢ１＊０６：１７３、ＤＱＢ１＊０６：１７４、ＤＱＢ１＊０６：１７５、ＤＱＢ１＊０６：１７６、ＤＱＢ１＊０６：１７７、ＤＱＢ１＊０６：１７８、ＤＱＢ１＊０６：１７９Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：１８０、ＤＱＢ１＊０６：１８１、ＤＱＢ１＊０６：１８２、ＤＱＢ１＊０６：１８３、ＤＱＢ１＊０６：１８４、ＤＱＢ１＊０６：１８５、ＤＱＢ１＊０６：１８６、ＤＱＢ１＊０６：１８７、ＤＱＢ１＊０６：１８８、ＤＱＢ１＊０６：１８９、ＤＱＢ１＊０６：１８：０１、ＤＱＢ１＊０６：１８：０２、ＤＱＢ１＊０６：１９０：０１、ＤＱＢ１＊０６：１９０：０２、ＤＱＢ１＊０６：１９１、ＤＱＢ１＊０６：１９２、ＤＱＢ１＊０６：１９３Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：１９４、ＤＱＢ１＊０６：１９５、ＤＱＢ１＊０６：１９６、ＤＱＢ１＊０６：１９７、ＤＱＢ１＊０６：１９８、ＤＱＢ１＊０６：１９９、ＤＱＢ１＊０６：１９：０１、ＤＱＢ１＊０６：１９：０２、ＤＱＢ１＊０６：２０、ＤＱＢ１＊０６：２００、ＤＱＢ１＊０６：２０１、ＤＱＢ１＊０６：２０２、ＤＱＢ１＊０６：２０３、ＤＱＢ１＊０６：２０４、ＤＱＢ１＊０６：２０５、ＤＱＢ１＊０６：２０６：０１、ＤＱＢ１＊０６：２０６：０２、ＤＱＢ１＊０６：２０７、ＤＱＢ１＊０６：２０８、ＤＱＢ１＊０６：２０９、ＤＱＢ１＊０６：２１、ＤＱＢ１＊０６：２１０、ＤＱＢ１＊０６：２１１、ＤＱＢ１＊０６：２１２、ＤＱＢ１＊０６：２１３、ＤＱＢ１＊０６：２１４、ＤＱＢ１＊０６：２１５、ＤＱＢ１＊０６：２１６Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：２１７、ＤＱＢ１＊０６：２１８、ＤＱＢ１＊０６：２１９、ＤＱＢ１＊０６：２２１、ＤＱＢ１＊０６：２２２、ＤＱＢ１＊０６：２２３、ＤＱＢ１＊０６：２２４、ＤＱＢ１＊０６：２２５、ＤＱＢ１＊０６：２２６、ＤＱＢ１＊０６：２２７、ＤＱＢ１＊０６：２２８、ＤＱＢ１＊０６：２２９、ＤＱＢ１＊０６：２２：０１、ＤＱＢ１＊０６：２２：０２、ＤＱＢ１＊０６：２２：０３、ＤＱＢ１＊０６：２３、ＤＱＢ１＊０６：２３０、ＤＱＢ１＊０６：２３１、ＤＱＢ１＊０６：２３２、ＤＱＢ１＊０６：２３３、ＤＱＢ１＊０６：２３４、ＤＱＢ１＊０６：２３５、ＤＱＢ１＊０６：２３６、ＤＱＢ１＊０６：２３７、ＤＱＢ１＊０６：２３８、ＤＱＢ１＊０６：２３９、ＤＱＢ１＊０６：２４、ＤＱＢ１＊０６：２４０、ＤＱＢ１＊０６：２４１、ＤＱＢ１＊０６：２４２、ＤＱＢ１＊０６：２４３、ＤＱＢ１＊０６：２４４、ＤＱＢ１＊０６：２４５、ＤＱＢ１＊０６：２４６、ＤＱＢ１＊０６：２４７、ＤＱＢ１＊０６：２４８、ＤＱＢ１＊０６：２４９、ＤＱＢ１＊０６：２５、ＤＱＢ１＊０６：２５０、ＤＱＢ１＊０６：２５１、ＤＱＢ１＊０６：２５２Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：２５３、ＤＱＢ１＊０６：２５４、ＤＱＢ１＊０６：２５５、ＤＱＢ１＊０６：２５６、ＤＱＢ１＊０６：２５７、ＤＱＢ１＊０６：２５８、ＤＱＢ１＊０６：２５９、ＤＱＢ１＊０６：２６０、ＤＱＢ１＊０６：２６１、ＤＱＢ１＊０６：２６２、ＤＱＢ１＊０６：２６３、ＤＱＢ１＊０６：２６４、ＤＱＢ１＊０６：２６５、ＤＱＢ１＊０６：２６６、ＤＱＢ１＊０６：２６７、ＤＱＢ１＊０６：２６８、ＤＱＢ１＊０６：２６９、ＤＱＢ１＊０６：２６Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：２７０：０１、ＤＱＢ１＊０６：２７０：０２、ＤＱＢ１＊０６：２７１、ＤＱＢ１＊０６：２７２、ＤＱＢ１＊０６：２７３、ＤＱＢ１＊０６：２７４、ＤＱＢ１＊０６：２７５、ＤＱＢ１＊０６：２７６、ＤＱＢ１＊０６：２７７、ＤＱＢ１＊０６：２７８、ＤＱＢ１＊０６：２７９、ＤＱＢ１＊０６：２７：０１、ＤＱＢ１＊０６：２７：０２、ＤＱＢ１＊０６：２８、ＤＱＢ１＊０６：２８０、ＤＱＢ１＊０６：２８１、ＤＱＢ１＊０６：２８２、ＤＱＢ１＊０６：２８３、ＤＱＢ１＊０６：２８４、ＤＱＢ１＊０６：２８５、ＤＱＢ１＊０６：２８６、ＤＱＢ１＊０６：２８７、ＤＱＢ１＊０６：２８８、ＤＱＢ１＊０６：２８９、ＤＱＢ１＊０６：２９、ＤＱＢ１＊０６：２９０、ＤＱＢ１＊０６：２９１、ＤＱＢ１＊０６：２９２、ＤＱＢ１＊０６：２９３、ＤＱＢ１＊０６：２９４、ＤＱＢ１＊０６：２９５、ＤＱＢ１＊０６：２９６、ＤＱＢ１＊０６：２９７、ＤＱＢ１＊０６：２９８、ＤＱＢ１＊０６：２９９、ＤＱＢ１＊０６：３０、ＤＱＢ１＊０６：３００、ＤＱＢ１＊０６：３０１、ＤＱＢ１＊０６：３０２、ＤＱＢ１＊０６：３０３Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：３０４Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：３０５、ＤＱＢ１＊０６：３０６Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：３０７、ＤＱＢ１＊０６：３０８Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：３０９、ＤＱＢ１＊０６：３１、ＤＱＢ１＊０６：３１０、ＤＱＢ１＊０６：３１１、ＤＱＢ１＊０６：３１２、ＤＱＢ１＊０６：３１３、ＤＱＢ１＊０６：３１４、ＤＱＢ１＊０６：３１５、ＤＱＢ１＊０６：３１６、ＤＱＢ１＊０６：３１７Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：３１８、ＤＱＢ１＊０６：３１９、ＤＱＢ１＊０６：３２０、ＤＱＢ１＊０６：３２１、ＤＱＢ１＊０６：３２２、ＤＱＢ１＊０６：３２３、ＤＱＢ１＊０６：３２４、ＤＱＢ１＊０６：３２５、ＤＱＢ１＊０６：３２６、ＤＱＢ１＊０６：３２：０１、ＤＱＢ１＊０６：３２：０２、ＤＱＢ１＊０６：３３、ＤＱＢ１＊０６：３４、ＤＱＢ１＊０６：３５、ＤＱＢ１＊０６：３６、ＤＱＢ１＊０６：３７、ＤＱＢ１＊０６：３８、ＤＱＢ１＊０６：３９、ＤＱＢ１＊０６：４０、ＤＱＢ１＊０６：４１、ＤＱＢ１＊０６：４２、ＤＱＢ１＊０６：４３、ＤＱＢ１＊０６：４４、ＤＱＢ１＊０６：４５、ＤＱＢ１＊０６：４６、ＤＱＢ１＊０６：４７、ＤＱＢ１＊０６：４８：０１、ＤＱＢ１＊０６：４８：０２、ＤＱＢ１＊０６：４９、ＤＱＢ１＊０６：５０、ＤＱＢ１＊０６：５１：０１、ＤＱＢ１＊０６：５１：０２、ＤＱＢ１＊０６：５２、ＤＱＢ１＊０６：５３：０１、ＤＱＢ１＊０６：５３：０２、ＤＱＢ１＊０６：５４Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：５５、ＤＱＢ１＊０６：５６、ＤＱＢ１＊０６：５７、ＤＱＢ１＊０６：５８、ＤＱＢ１＊０６：５９、ＤＱＢ１＊０６：６０、ＤＱＢ１＊０６：６１、ＤＱＢ１＊０６：６２、ＤＱＢ１＊０６：６３、ＤＱＢ１＊０６：６４、ＤＱＢ１＊０６：６５、ＤＱＢ１＊０６：６６、ＤＱＢ１＊０６：６７、ＤＱＢ１＊０６：６８、ＤＱＢ１＊０６：６９：０１、ＤＱＢ１＊０６：６９：０２、ＤＱＢ１＊０６：７０、ＤＱＢ１＊０６：７１、ＤＱＢ１＊０６：７２、ＤＱＢ１＊０６：７３、ＤＱＢ１＊０６：７４、ＤＱＢ１＊０６：７５ＮＸ、ＤＱＢ１＊０６：７６、ＤＱＢ１＊０６：７７Ｎ、ＤＱＢ１＊０６：７８、ＤＱＢ１＊０６：７９：０１、ＤＱＢ１＊０６：７９：０２、ＤＱＢ１＊０６：８０、ＤＱＢ１＊０６：８１、ＤＱＢ１＊０６：８２、ＤＱＢ１＊０６：８３、ＤＱＢ１＊０６：８４、ＤＱＢ１＊０６：８５、ＤＱＢ１＊０６：８６、ＤＱＢ１＊０６：８７、ＤＱＢ１＊０６：８８、ＤＱＢ１＊０６：８９、ＤＱＢ１＊０６：９０、ＤＱＢ１＊０６：９１、ＤＱＢ１＊０６：９２：０１、ＤＱＢ１＊０６：９２：０２、ＤＱＢ１＊０６：９３、ＤＱＢ１＊０６：９４、ＤＱＢ１＊０６：９５、ＤＱＢ１＊０６：９６：０１、ＤＱＢ１＊０６：９６：０２、ＤＱＢ１＊０６：９７、ＤＱＢ１＊０６：９８、ＤＱＢ１＊０６：９９：０１、ＤＱＢ１＊０６：９９：０２、及びこれらの任意の組み合わせから選択される対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１３に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含み、ここで、ＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にトリプトファンを含み、かつＤＱベータ鎖は、配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１３に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含み、ここで、ＤＱベータ鎖は、（ｉ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｉｉｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、（ｉｖ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にバリン、（ｖ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び（ｖｉ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にグルタミンを含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１３に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。
ＩＩ．Ａ．２．ｂ． ＨＬＡ－ＤＱアルファ鎖
本開示のいくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖をさらに含む。いくつかの態様において、アルファ鎖は、野生型アルファ鎖である。いくつかの態様において、アルファ鎖は、ＤＱアルファ鎖である。任意のＤＱアルファ鎖が、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０５またはＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０６対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０１対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０２対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０３対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０４対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０５対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０６対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＤＱアルファ鎖は、ＤＱＡ１＊０１：０１：０１：０１、ＤＱＡ１＊０１：０１：０１：０２、ＤＱＡ１＊０１：０１：０１：０３、ＤＱＡ１＊０１：０１：０１：０５、ＤＱＡ１＊０１：０１：０１：０６、ＤＱＡ１＊０１：０１：０２、ＤＱＡ１＊０１：０１：０３、ＤＱＡ１＊０１：０１：０４、ＤＱＡ１＊０１：０１：０５、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０１、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０２、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０３、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０４、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０５、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０６、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０７、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０８、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：０９、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：１０、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：１１、ＤＱＡ１＊０１：０２：０１：１２、ＤＱＡ１＊０１：０２：０２：０１、ＤＱＡ１＊０１：０２：０２：０２、ＤＱＡ１＊０１：０２：０２：０３、ＤＱＡ１＊０１：０２：０２：０４、ＤＱＡ１＊０１：０２：０３、ＤＱＡ１＊０１：０２：０４、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０１、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０２、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０３、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０４、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０５、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０６、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０７、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０８、ＤＱＡ１＊０１：０３：０１：０９、ＤＱＡ１＊０１：０４：０１：０１、ＤＱＡ１＊０１：０４：０１：０２、ＤＱＡ１＊０１：０４：０１：０３、ＤＱＡ１＊０１：０４：０１：０４、ＤＱＡ１＊０１：０４：０２、ＤＱＡ１＊０１：０５：０１、ＤＱＡ１＊０１：０５：０２、ＤＱＡ１＊０１：０６、ＤＱＡ１＊０１：０７Ｑ、ＤＱＡ１＊０１：０８、ＤＱＡ１＊０１：０９、ＤＱＡ１＊０１：１０、ＤＱＡ１＊０１：１１、ＤＱＡ１＊０１：１２、ＤＱＡ１＊０１：１３、ＤＱＡ１＊０１：１４、ＤＱＡ１＊０１：１５Ｎ、ＤＱＡ１＊０１：１６Ｎ、ＤＱＡ１＊０１：１７、ＤＱＡ１＊０１：１８、ＤＱＡ１＊０１：１９、ＤＱＡ１＊０１：２０、ＤＱＡ１＊０１：２１、ＤＱＡ１＊０１：２２、ＤＱＡ１＊０１：２３、ＤＱＡ１＊０１：２４、ＤＱＡ１＊０１：２５、ＤＱＡ１＊０１：２６、ＤＱＡ１＊０２：０１：０１：０１、ＤＱＡ１＊０２：０１：０１：０２、ＤＱＡ１＊０２：０１：０２、ＤＱＡ１＊０２：０２Ｎ、ＤＱＡ１＊０２：０３、ＤＱＡ１＊０３：０１：０１、ＤＱＡ１＊０３：０１：０３、ＤＱＡ１＊０３：０２：０１：０１、ＤＱＡ１＊０３：０２：０１：０２、ＤＱＡ１＊０３：０３：０１：０１、ＤＱＡ１＊０３：０３：０１：０２、ＤＱＡ１＊０３：０３：０１：０３、ＤＱＡ１＊０３：０３：０１：０４、ＤＱＡ１＊０３：０３：０１：０５、ＤＱＡ１＊０３：０３：０１：０６、ＤＱＡ１＊０３：０３：０１：０７、ＤＱＡ１＊０３：０３：０２、ＤＱＡ１＊０３：０４、ＤＱＡ１＊０３：０５、ＤＱＡ１＊０３：０６、ＤＱＡ１＊０３：０７、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０１、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０２、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０３、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０４、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０５、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０６、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０７、ＤＱＡ１＊０４：０１：０１：０８、ＤＱＡ１＊０４：０１：０２：０１、ＤＱＡ１＊０４：０１：０２：０２、ＤＱＡ１＊０４：０１：０３、ＤＱＡ１＊０４：０２、ＤＱＡ１＊０４：０３Ｎ、ＤＱＡ１＊０４：０４、ＤＱＡ１＊０４：０５、ＤＱＡ１＊０５：０１：０１：０１、ＤＱＡ１＊０５：０１：０１：０２、ＤＱＡ１＊０５：０１：０１：０３、ＤＱＡ１＊０５：０１：０１：０４、ＤＱＡ１＊０５：０１：０２、ＤＱＡ１＊０５：０１：０４、ＤＱＡ１＊０５：０１：０５、ＤＱＡ１＊０５：０１：０６、ＤＱＡ１＊０５：０２、ＤＱＡ１＊０５：０３：０１：０１、ＤＱＡ１＊０５：０３：０１：０２、ＤＱＡ１＊０５：０４、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０１、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０２、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０３、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０４、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０５、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０６、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０７、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０８、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：０９、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１０、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１１、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１２、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１３、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１４、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１５、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１６、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１７、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１８、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：１９、ＤＱＡ１＊０５：０５：０１：２０、ＤＱＡ１＊０５：０６：０１：０１、ＤＱＡ１＊０５：０６：０１：０２、ＤＱＡ１＊０５：０７、ＤＱＡ１＊０５：０８、ＤＱＡ１＊０５：０９、ＤＱＡ１＊０５：１０、ＤＱＡ１＊０５：１１、ＤＱＡ１＊０５：１２、ＤＱＡ１＊０５：１３、ＤＱＡ１＊０５：１４、ＤＱＡ１＊０５：１５Ｎ、ＤＱＡ１＊０６：０１：０１：０１、ＤＱＡ１＊０６：０１：０１：０２、ＤＱＡ１＊０６：０１：０１：０３、ＤＱＡ１＊０６：０１：０１：０４、ＤＱＡ１＊０６：０１：０２、ＤＱＡ１＊０６：０２、及びこれらの任意の組み合わせから選択される。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１６に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１８に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１６に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１８に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱアルファ鎖を含む。
ＩＩ．Ａ．３．ＨＬＡ－ＤＲ分子
多くのＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子が当技術分野において既知であり、任意の既知の対立遺伝子を本開示で使用することができる。ＨＬＡ－ＤＲアルファ鎖及びベータ鎖対立遺伝子の例を、表５に示す。ＨＬＡ対立遺伝子の更新されたリストは、ｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／で入手可能である（最終訪問日：２０１９年７月１０日）。
ＩＩ．Ａ．３．ａ．ＨＬＡ－ＤＲベータ鎖
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む。ロイシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、ロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの実施形態では、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。バリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、バリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む。セリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、セリン以外のアミノ酸は、帯電した側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、リシンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、帯電した側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、帯電した側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む。スレオニン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、スレオニン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸を含む。リシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、リシン以外のアミノ酸は、極性無電荷側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、セリンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、スレオニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、極性無電荷側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、極性無電荷側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸を含む。グリシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、グリシン以外のアミノ酸は、極性無電荷側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、セリンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、アスパラギンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、スレオニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、極性無電荷側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、極性無電荷側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む。スレオニン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、スレオニン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＤＲベータ鎖を含み、ここで、該ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。バリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、バリン以外のアミノ酸は、極性無電荷側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、セリンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アスパラギンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、スレオニンである。ある特定の態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、２つ以上のアミノ酸、例えば、２つのアミノ酸、３つのアミノ酸、４つのアミノ酸、５つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、２つ以上のアミノ酸のうち少なくとも１つは、極性無電荷側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、極性無電荷側鎖を含む。
本開示のある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、野生型ＤＲベータ鎖と比較して２つ以上の置換突然変異を含むＤＲベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、野生型ＤＲベータ鎖と比較して、少なくとも２つの突然変異、少なくとも３つの突然変異、少なくとも４つの突然変異、少なくとも５つの突然変異、少なくとも６つの突然変異、少なくとも７つの突然変異、少なくとも８つの突然変異、少なくとも９つの突然変異、または少なくとも１０個の突然変異を含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、及び配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、ならびに、（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうちの少なくとも２つを含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、ならびに、（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうちの少なくとも３つを含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、ならびに、（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうちの少なくとも４つを含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、ならびに（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基びスレオニン以外のアミノ酸、及び（ｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうち少なくとも１つを含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、ならびに（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基びスレオニン以外のアミノ酸、及び（ｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうち少なくとも２つを含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、ならびに（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基びスレオニン以外のアミノ酸、及び、（ｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｉｉｉ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｉｖ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸のうち少なくとも３つを含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、（ｄ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、（ｅ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、（ｆ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、（ｇ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、及び（ｈ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む。
いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸、または配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸及び配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。
いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｉｉ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｉｉｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択され、及び／または（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。
いくつかの態様において、（ｉ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｉｉ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｉｉｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択され、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、（ｖ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択され、（ｖｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択され、（ｖｉｉ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、及び／または（ｖｉｉｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択される。
ある特定の態様において、本明細書に記載のＤＲベータ鎖は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子と比較してＣＤ４タンパク質に対する親和性が高い。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、野生型ＤＲベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、（ｉ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、及び／または（ｉｉ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリンを含むＤＲベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。いくつかの態様において、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子は、（ｉ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、（ｉｉ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン、（ｉｉｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン、及び（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニンを含むＤＲベータ鎖を有するＨＬＡクラスＩＩ分子である。
いくつかの態様において、ＣＤ４に対して強化された親和性は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する親和性よりも、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約３００倍、少なくとも約４００倍、少なくとも約５００倍、少なくとも約１０００倍、少なくとも約１５００倍、少なくとも約２０００倍、少なくとも約２５００倍、少なくとも約３０００倍、少なくとも約３５００倍、少なくとも約４０００倍、少なくとも約４５００倍、または少なくとも約４０００倍超高い。
いくつかの態様において、ＣＤ４に対して強化された親和性は、参照ＨＬＡクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する親和性よりも、少なくとも約１．５倍～少なくとも約５０００倍、１．５倍～少なくとも約４０００倍、１．５倍～少なくとも約３０００倍、１．５倍～少なくとも約２０００倍、１．５倍～少なくとも約１０００倍、１０倍～少なくとも約５０００倍、１０倍～少なくとも約４０００倍、１０倍～少なくとも約３０００倍、１０倍～少なくとも約２０００倍、１０倍～少なくとも約１０００倍、１０倍～少なくとも約９００倍、１０倍～少なくとも約８００倍、１０倍～少なくとも約７００倍、１０倍～少なくとも約６００倍、１０倍～少なくとも約５００倍、１０倍～少なくとも約４００倍、１０倍～少なくとも約３００倍、１０倍～少なくとも約２００倍、１０倍～少なくとも約１００倍、１００倍～少なくとも約５０００倍、１００倍～少なくとも約４０００倍、１００倍～少なくとも約３０００倍、１００倍～少なくとも約２０００倍、１００倍～少なくとも約１０００倍、１００倍～少なくとも約９００倍、１００倍～少なくとも約８００倍、１００倍～少なくとも約７００倍、１００倍～少なくとも約６００倍、１００倍～少なくとも約５００倍、１００倍～少なくとも約４００倍、１００倍～少なくとも約３００倍、または１００倍～少なくとも約２００倍超高い。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０６、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０７、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０８、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０９、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１０、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１３、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１４、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１５、またはＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１６対立遺伝子から選択される対立遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＤＲベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０１対立遺伝子を含む。特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０１：０１対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＤＲベータ鎖は、ＤＲＢ１＊０１：０１：０１、ＤＲＢ１＊０１：０１：０２、ＤＲＢ１＊０１：０１：０３、ＤＲＢ１＊０１：０１：０４、ＤＲＢ１＊０１：０１：０５、ＤＲＢ１＊０１：０１：０６、ＤＲＢ１＊０１：０１：０７、ＤＲＢ１＊０１：０１：０８、ＤＲＢ１＊０１：０１：０９、ＤＲＢ１＊０１：０１：１０、ＤＲＢ１＊０１：０１：１１、ＤＲＢ１＊０１：０１：１２、ＤＲＢ１＊０１：０１：１３、ＤＲＢ１＊０１：０１：１４、ＤＲＢ１＊０１：０１：１５、ＤＲＢ１＊０１：０１：１６、ＤＲＢ１＊０１：０１：１７、ＤＲＢ１＊０１：０１：１８、ＤＲＢ１＊０１：０１：１９、ＤＲＢ１＊０１：０１：２０、ＤＲＢ１＊０１：０１：２１、ＤＲＢ１＊０１：０１：２２、ＤＲＢ１＊０１：０１：２３、ＤＲＢ１＊０１：０１：２４、ＤＲＢ１＊０１：０１：２５、ＤＲＢ１＊０１：０１：２６、ＤＲＢ１＊０１：０１：２７、ＤＲＢ１＊０１：０１：２８、ＤＲＢ１＊０１：０１：２９、ＤＲＢ１＊０１：０１：３０、ＤＲＢ１＊０１：０１：３１、ＤＲＢ１＊０１：０１：３２、ＤＲＢ１＊０１：０１：３３、ＤＲＢ１＊０１：０２：０１：０１、ＤＲＢ１＊０１：０２：０１：０２、ＤＲＢ１＊０１：０２：０２、ＤＲＢ１＊０１：０２：０３、ＤＲＢ１＊０１：０２：０４、ＤＲＢ１＊０１：０２：０５、ＤＲＢ１＊０１：０２：０６、ＤＲＢ１＊０１：０２：０７、ＤＲＢ１＊０１：０２：０８、ＤＲＢ１＊０１：０２：０９、ＤＲＢ１＊０１：０２：１０、ＤＲＢ１＊０１：０２：１１、ＤＲＢ１＊０１：０２：１２、ＤＲＢ１＊０１：０２：１３、ＤＲＢ１＊０１：０３：０１、ＤＲＢ１＊０１：０３：０２、ＤＲＢ１＊０１：０３：０３、ＤＲＢ１＊０１：０３：０４、ＤＲＢ１＊０１：０４、ＤＲＢ１＊０１：０５、ＤＲＢ１＊０１：０６、ＤＲＢ１＊０１：０７、ＤＲＢ１＊０１：０８、ＤＲＢ１＊０１：０９、ＤＲＢ１＊０１：１０、ＤＲＢ１＊０１：１００、ＤＲＢ１＊０１：１１：０１、ＤＲＢ１＊０１：１１：０２、ＤＲＢ１＊０１：１２、ＤＲＢ１＊０１：１３、ＤＲＢ１＊０１：１４、ＤＲＢ１＊０１：１５、ＤＲＢ１＊０１：１６、ＤＲＢ１＊０１：１７、ＤＲＢ１＊０１：１８：０１、ＤＲＢ１＊０１：１８：０２、ＤＲＢ１＊０１：１９、ＤＲＢ１＊０１：２０：０１、ＤＲＢ１＊０１：２０：０２、ＤＲＢ１＊０１：２１、ＤＲＢ１＊０１：２２、ＤＲＢ１＊０１：２３、ＤＲＢ１＊０１：２４：０１、ＤＲＢ１＊０１：２４：０２、ＤＲＢ１＊０１：２５、ＤＲＢ１＊０１：２６、ＤＲＢ１＊０１：２７、ＤＲＢ１＊０１：２８、ＤＲＢ１＊０１：２９：０１、ＤＲＢ１＊０１：２９：０２、ＤＲＢ１＊０１：３０、ＤＲＢ１＊０１：３１、ＤＲＢ１＊０１：３２、ＤＲＢ１＊０１：３３Ｎ、ＤＲＢ１＊０１：３４、ＤＲＢ１＊０１：３５、ＤＲＢ１＊０１：３６、ＤＲＢ１＊０１：３７、ＤＲＢ１＊０１：３８、ＤＲＢ１＊０１：３９Ｎ、ＤＲＢ１＊０１：４０Ｎ、ＤＲＢ１＊０１：４１、ＤＲＢ１＊０１：４２、ＤＲＢ１＊０１：４３、ＤＲＢ１＊０１：４４：０１、ＤＲＢ１＊０１：４４：０２、ＤＲＢ１＊０１：４５、ＤＲＢ１＊０１：４６、ＤＲＢ１＊０１：４７、ＤＲＢ１＊０１：４８、ＤＲＢ１＊０１：４９、ＤＲＢ１＊０１：５０、ＤＲＢ１＊０１：５１、ＤＲＢ１＊０１：５２Ｎ、ＤＲＢ１＊０１：５３、ＤＲＢ１＊０１：５４、ＤＲＢ１＊０１：５５、ＤＲＢ１＊０１：５６、ＤＲＢ１＊０１：５７、ＤＲＢ１＊０１：５８、ＤＲＢ１＊０１：５９、ＤＲＢ１＊０１：６０、ＤＲＢ１＊０１：６１、ＤＲＢ１＊０１：６２Ｎ、ＤＲＢ１＊０１：６３、ＤＲＢ１＊０１：６４、ＤＲＢ１＊０１：６５：０１、ＤＲＢ１＊０１：６５：０２、ＤＲＢ１＊０１：６６、ＤＲＢ１＊０１：６７、ＤＲＢ１＊０１：６８Ｎ、ＤＲＢ１＊０１：６９、ＤＲＢ１＊０１：７０、ＤＲＢ１＊０１：７１、ＤＲＢ１＊０１：７２、ＤＲＢ１＊０１：７３、ＤＲＢ１＊０１：７４、ＤＲＢ１＊０１：７５、ＤＲＢ１＊０１：７６、ＤＲＢ１＊０１：７７、ＤＲＢ１＊０１：７８、ＤＲＢ１＊０１：７９、ＤＲＢ１＊０１：８０、ＤＲＢ１＊０１：８１、ＤＲＢ１＊０１：８２、ＤＲＢ１＊０１：８３、ＤＲＢ１＊０１：８４、ＤＲＢ１＊０１：８５、ＤＲＢ１＊０１：８６、ＤＲＢ１＊０１：８７、ＤＲＢ１＊０１：８８、ＤＲＢ１＊０１：８９、ＤＲＢ１＊０１：９０、ＤＲＢ１＊０１：９１Ｑ、ＤＲＢ１＊０１：９２、ＤＲＢ１＊０１：９３、ＤＲＢ１＊０１：９４、ＤＲＢ１＊０１：９５、ＤＲＢ１＊０１：９６、ＤＲＢ１＊０１：９７、ＤＲＢ１＊０１：９８、ＤＲＢ１＊０１：９９、ＤＲＢ１＊０３：０１：０１：０１、ＤＲＢ１＊０３：０１：０１：０２、ＤＲＢ１＊０３：０１：０１：０３、ＤＲＢ１＊０３：０１：０２、ＤＲＢ１＊０３：０１：０３、ＤＲＢ１＊０３：０１：０４、ＤＲＢ１＊０３：０１：０５、ＤＲＢ１＊０３：０１：０６、ＤＲＢ１＊０３：０１：０７、ＤＲＢ１＊０３：０１：０８、ＤＲＢ１＊０３：０１：０９、ＤＲＢ１＊０３：０１：１０、ＤＲＢ１＊０３：０１：１１、ＤＲＢ１＊０３：０１：１２、ＤＲＢ１＊０３：０１：１３、ＤＲＢ１＊０３：０１：１４、ＤＲＢ１＊０３：０１：１５、ＤＲＢ１＊０３：０１：１６、ＤＲＢ１＊０３：０１：１７、ＤＲＢ１＊０３：０１：１８、ＤＲＢ１＊０３：０１：１９、ＤＲＢ１＊０３：０１：２０、ＤＲＢ１＊０３：０１：２１、ＤＲＢ１＊０３：０１：２２、ＤＲＢ１＊０３：０１：２３、ＤＲＢ１＊０３：０１：２４、ＤＲＢ１＊０３：０１：２５、ＤＲＢ１＊０３：０１：２６、ＤＲＢ１＊０３：０１：２７、ＤＲＢ１＊０３：０１：２８、ＤＲＢ１＊０３：０２：０１、ＤＲＢ１＊０３：０２：０２、ＤＲＢ１＊０３：０２：０３、ＤＲＢ１＊０３：０３、ＤＲＢ１＊０３：０４：０１、ＤＲＢ１＊０３：０４：０２、ＤＲＢ１＊０３：０５：０１、ＤＲＢ１＊０３：０５：０２、ＤＲＢ１＊０３：０５：０３、ＤＲＢ１＊０３：０６、ＤＲＢ１＊０３：０７：０１、ＤＲＢ１＊０３：０７：０２、ＤＲＢ１＊０３：０８、ＤＲＢ１＊０３：０９、ＤＲＢ１＊０３：１０、ＤＲＢ１＊０３：１００：０１、ＤＲＢ１＊０３：１００：０２、ＤＲＢ１＊０３：１０１、ＤＲＢ１＊０３：１０２、ＤＲＢ１＊０３：１０３、ＤＲＢ１＊０３：１０４、ＤＲＢ１＊０３：１０５、ＤＲＢ１＊０３：１０６、ＤＲＢ１＊０３：１０７、ＤＲＢ１＊０３：１０８、ＤＲＢ１＊０３：１０９、ＤＲＢ１＊０３：１１０、ＤＲＢ１＊０３：１１１、ＤＲＢ１＊０３：１１２、ＤＲＢ１＊０３：１１３、ＤＲＢ１＊０３：１１４、ＤＲＢ１＊０３：１１５、ＤＲＢ１＊０３：１１６、ＤＲＢ１＊０３：１１７、ＤＲＢ１＊０３：１１８、ＤＲＢ１＊０３：１１９、ＤＲＢ１＊０３：１１：０１、ＤＲＢ１＊０３：１２、ＤＲＢ１＊０３：１２０、ＤＲＢ１＊０３：１２１、ＤＲＢ１＊０３：１２２、ＤＲＢ１＊０３：１２３、ＤＲＢ１＊０３：１２４、ＤＲＢ１＊０３：１２５、ＤＲＢ１＊０３：１２６、ＤＲＢ１＊０３：１２７、ＤＲＢ１＊０３：１２８、ＤＲＢ１＊０３：１２９、ＤＲＢ１＊０３：１３０、ＤＲＢ１＊０３：１３１、ＤＲＢ１＊０３：１３２、ＤＲＢ１＊０３：１３３、ＤＲＢ１＊０３：１３４、ＤＲＢ１＊０３：１３５、ＤＲＢ１＊０３：１３６、ＤＲＢ１＊０３：１３７、ＤＲＢ１＊０３：１３８、ＤＲＢ１＊０３：１３９、ＤＲＢ１＊０３：１３：０１、ＤＲＢ１＊０３：１３：０２、ＤＲＢ１＊０３：１４、ＤＲＢ１＊０３：１４０、ＤＲＢ１＊０３：１４１、ＤＲＢ１＊０３：１４２、ＤＲＢ１＊０３：１４３、ＤＲＢ１＊０３：１４４、ＤＲＢ１＊０３：１４５、ＤＲＢ１＊０３：１４６、ＤＲＢ１＊０３：１４７、ＤＲＢ１＊０３：１４８、ＤＲＢ１＊０３：１４９、ＤＲＢ１＊０３：１５０、ＤＲＢ１＊０３：１５１、ＤＲＢ１＊０３：１５２、ＤＲＢ１＊０３：１５３、ＤＲＢ１＊０３：１５４、ＤＲＢ１＊０３：１５５、ＤＲＢ１＊０３：１５６Ｎ、ＤＲＢ１＊０３：１５７、ＤＲＢ１＊０３：１５８、ＤＲＢ１＊０３：１５：０１、ＤＲＢ１＊０３：１５：０２、ＤＲＢ１＊０３：１６、ＤＲＢ１＊０３：１７、ＤＲＢ１＊０３：１８、ＤＲＢ１＊０３：１９、ＤＲＢ１＊０３：２０、ＤＲＢ１＊０３：２１、ＤＲＢ１＊０３：２２、ＤＲＢ１＊０３：２３、ＤＲＢ１＊０３：２４、ＤＲＢ１＊０３：２５：０１、ＤＲＢ１＊０３：２５：０２、ＤＲＢ１＊０３：２６、ＤＲＢ１＊０３：２７、ＤＲＢ１＊０３：２８、ＤＲＢ１＊０３：２９、ＤＲＢ１＊０３：３０、ＤＲＢ１＊０３：３１、ＤＲＢ１＊０３：３２、ＤＲＢ１＊０３：３３、ＤＲＢ１＊０３：３４、ＤＲＢ１＊０３：３５、ＤＲＢ１＊０３：３６、ＤＲＢ１＊０３：３７、ＤＲＢ１＊０３：３８、ＤＲＢ１＊０３：３９、ＤＲＢ１＊０３：４０、ＤＲＢ１＊０３：４１：０１、ＤＲＢ１＊０３：４１：０２、ＤＲＢ１＊０３：４２、ＤＲＢ１＊０３：４３、ＤＲＢ１＊０３：４４、ＤＲＢ１＊０３：４５、ＤＲＢ１＊０３：４６、ＤＲＢ１＊０３：４７、ＤＲＢ１＊０３：４８、ＤＲＢ１＊０３：４９、ＤＲＢ１＊０３：５０、ＤＲＢ１＊０３：５１、ＤＲＢ１＊０３：５２、ＤＲＢ１＊０３：５３、ＤＲＢ１＊０３：５４、ＤＲＢ１＊０３：５５、ＤＲＢ１＊０３：５６、ＤＲＢ１＊０３：５７、ＤＲＢ１＊０３：５８、ＤＲＢ１＊０３：５９、ＤＲＢ１＊０３：６０、ＤＲＢ１＊０３：６１、ＤＲＢ１＊０３：６２、ＤＲＢ１＊０３：６３、ＤＲＢ１＊０３：６４、ＤＲＢ１＊０３：６５、ＤＲＢ１＊０３：６６、ＤＲＢ１＊０３：６７Ｎ、ＤＲＢ１＊０３：６８Ｎ、ＤＲＢ１＊０３：６９、ＤＲＢ１＊０３：７０、ＤＲＢ１＊０３：７１：０１、ＤＲＢ１＊０３：７１：０２、ＤＲＢ１＊０３：７２、ＤＲＢ１＊０３：７３、ＤＲＢ１＊０３：７４、ＤＲＢ１＊０３：７５、ＤＲＢ１＊０３：７６、ＤＲＢ１＊０３：７７、ＤＲＢ１＊０３：７８、ＤＲＢ１＊０３：７９、ＤＲＢ１＊０３：８０、ＤＲＢ１＊０３：８１、ＤＲＢ１＊０３：８２、ＤＲＢ１＊０３：８３、ＤＲＢ１＊０３：８４、ＤＲＢ１＊０３：８５、ＤＲＢ１＊０３：８６、ＤＲＢ１＊０３：８７、ＤＲＢ１＊０３：８８、ＤＲＢ１＊０３：８９、ＤＲＢ１＊０３：９０、ＤＲＢ１＊０３：９１、ＤＲＢ１＊０３：９２、ＤＲＢ１＊０３：９３、ＤＲＢ１＊０３：９４、ＤＲＢ１＊０３：９５、ＤＲＢ１＊０３：９６、ＤＲＢ１＊０３：９７、ＤＲＢ１＊０３：９８、ＤＲＢ１＊０３：９９、ＤＲＢ１＊０４：０１：０１：０１、ＤＲＢ１＊０４：０１：０１：０２、ＤＲＢ１＊０４：０１：０１：０３、ＤＲＢ１＊０４：０１：０２、ＤＲＢ１＊０４：０１：０３、ＤＲＢ１＊０４：０１：０４、ＤＲＢ１＊０４：０１：０５、ＤＲＢ１＊０４：０１：０６、ＤＲＢ１＊０４：０１：０７、ＤＲＢ１＊０４：０１：０８、ＤＲＢ１＊０４：０１：０９、ＤＲＢ１＊０４：０１：１０、ＤＲＢ１＊０４：０１：１１、ＤＲＢ１＊０４：０１：１２、ＤＲＢ１＊０４：０１：１３、ＤＲＢ１＊０４：０１：１４、ＤＲＢ１＊０４：０１：１５、ＤＲＢ１＊０４：０１：１６、ＤＲＢ１＊０４：０１：１７、ＤＲＢ１＊０４：０１：１８、ＤＲＢ１＊０４：０１：１９、ＤＲＢ１＊０４：０１：２０、ＤＲＢ１＊０４：０１：２１、ＤＲＢ１＊０４：０２：０１、ＤＲＢ１＊０４：０２：０２、ＤＲＢ１＊０４：０２：０３、ＤＲＢ１＊０４：０２：０４、ＤＲＢ１＊０４：０２：０５、ＤＲＢ１＊０４：０２：０６、ＤＲＢ１＊０４：０３：０１：０１、ＤＲＢ１＊０４：０３：０１：０２、ＤＲＢ１＊０４：０３：０２、ＤＲＢ１＊０４：０３：０３、ＤＲＢ１＊０４：０３：０４、ＤＲＢ１＊０４：０３：０５、ＤＲＢ１＊０４：０３：０６、ＤＲＢ１＊０４：０３：０７、ＤＲＢ１＊０４：０３：０８、ＤＲＢ１＊０４：０３：０９、ＤＲＢ１＊０４：０３：１０、ＤＲＢ１＊０４：０３：１１、ＤＲＢ１＊０４：０３：１２、ＤＲＢ１＊０４：０３：１３、ＤＲＢ１＊０４：０３：１４、ＤＲＢ１＊０４：０３：１５、Ｄ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Ｂ１＊１４：３４、ＤＲＢ１＊１４：３５、ＤＲＢ１＊１４：３６、ＤＲＢ１＊１４：３７、ＤＲＢ１＊１４：３８：０１、ＤＲＢ１＊１４：３８：０２、ＤＲＢ１＊１４：３９、ＤＲＢ１＊１４：４０、ＤＲＢ１＊１４：４１、ＤＲＢ１＊１４：４２、ＤＲＢ１＊１４：４３、ＤＲＢ１＊１４：４４：０１、ＤＲＢ１＊１４：４４：０２、ＤＲＢ１＊１４：４４：０３、ＤＲＢ１＊１４：４５、ＤＲＢ１＊１４：４６、ＤＲＢ１＊１４：４７、ＤＲＢ１＊１４：４８、ＤＲＢ１＊１４：４９、ＤＲＢ１＊１４：５０、ＤＲＢ１＊１４：５１、ＤＲＢ１＊１４：５２、ＤＲＢ１＊１４：５３、ＤＲＢ１＊１４：５４：０１：０１、ＤＲＢ１＊１４：５４：０１：０２、ＤＲＢ１＊１４：５４：０１：０３、ＤＲＢ１＊１４：５４：０１：０４、ＤＲＢ１＊１４：５４：０２、ＤＲＢ１＊１４：５４：０３、ＤＲＢ１＊１４：５４：０４、ＤＲＢ１＊１４：５４：０５、ＤＲＢ１＊１４：５４：０６、ＤＲＢ１＊１４：５４：０７、ＤＲＢ１＊１４：５５、ＤＲＢ１＊１４：５６、ＤＲＢ１＊１４：５７、ＤＲＢ１＊１４：５８、ＤＲＢ１＊１４：５９、ＤＲＢ１＊１４：６０、ＤＲＢ１＊１４：６１、ＤＲＢ１＊１４：６２、ＤＲＢ１＊１４：６３、ＤＲＢ１＊１４：６４、ＤＲＢ１＊１４：６５、ＤＲＢ１＊１４：６７、ＤＲＢ１＊１４：６８：０１、ＤＲＢ１＊１４：６８：０２、ＤＲＢ１＊１４：６９、ＤＲＢ１＊１４：７０、ＤＲＢ１＊１４：７１、ＤＲＢ１＊１４：７２、ＤＲＢ１＊１４：７３、ＤＲＢ１＊１４：７４、ＤＲＢ１＊１４：７５、ＤＲＢ１＊１４：７６、ＤＲＢ１＊１４：７７、ＤＲＢ１＊１４：７８、ＤＲＢ１＊１４：７９、ＤＲＢ１＊１４：８０、ＤＲＢ１＊１４：８１、ＤＲＢ１＊１４：８２、ＤＲＢ１＊１４：８３、ＤＲＢ１＊１４：８４、ＤＲＢ１＊１４：８５、ＤＲＢ１＊１４：８６、ＤＲＢ１＊１４：８７、ＤＲＢ１＊１４：８８、ＤＲＢ１＊１４：８９、ＤＲＢ１＊１４：９０、ＤＲＢ１＊１４：９１、ＤＲＢ１＊１４：９２Ｎ、ＤＲＢ１＊１４：９３、ＤＲＢ１＊１４：９４、ＤＲＢ１＊１４：９５、ＤＲＢ１＊１４：９６、ＤＲＢ１＊１４：９７、ＤＲＢ１＊１４：９８、ＤＲＢ１＊１４：９９、ＤＲＢ１＊１５：０１：０１：０１、ＤＲＢ１＊１５：０１：０１：０２、ＤＲＢ１＊１５：０１：０１：０３、ＤＲＢ１＊１５：０１：０１：０４、ＤＲＢ１＊１５：０１：０１：０５、ＤＲＢ１＊１５：０１：０２、ＤＲＢ１＊１５：０１：０３、ＤＲＢ１＊１５：０１：０４、ＤＲＢ１＊１５：０１：０５、ＤＲＢ１＊１５：０１：０６、ＤＲＢ１＊１５：０１：０７、ＤＲＢ１＊１５：０１：０８、ＤＲＢ１＊１５：０１：０９、ＤＲＢ１＊１５：０１：１０、ＤＲＢ１＊１５：０１：１１、ＤＲＢ１＊１５：０１：１２、ＤＲＢ１＊１５：０１：１３、ＤＲＢ１＊１５：０１：１４、ＤＲＢ１＊１５：０１：１５、ＤＲＢ１＊１５：０１：１６、ＤＲＢ１＊１５：０１：１７、ＤＲＢ１＊１５：０１：１８、ＤＲＢ１＊１５：０１：１９、ＤＲＢ１＊１５：０１：２０、ＤＲＢ１＊１５：０１：２１、ＤＲＢ１＊１５：０１：２２、ＤＲＢ１＊１５：０１：２３、ＤＲＢ１＊１５：０１：２４、ＤＲＢ１＊１５：０１：２５、ＤＲＢ１＊１５：０１：２６、ＤＲＢ１＊１５：０１：２７、ＤＲＢ１＊１５：０１：２８、ＤＲＢ１＊１５：０１：２９、ＤＲＢ１＊１５：０１：３０、ＤＲＢ１＊１５：０１：３１、ＤＲＢ１＊１５：０１：３２、ＤＲＢ１＊１５：０１：３３、ＤＲＢ１＊１５：０１：３４、ＤＲＢ１＊１５：０１：３５、ＤＲＢ１＊１５：０１：３６、ＤＲＢ１＊１５：０１：３７、ＤＲＢ１＊１５：０１：３８、ＤＲＢ１＊１５：０１：３９、ＤＲＢ１＊１５：０１：４０、ＤＲＢ１＊１５：０１：４１、ＤＲＢ１＊１５：０２：０１：０１、ＤＲＢ１＊１５：０２：０１：０２、ＤＲＢ１＊１５：０２：０１：０３、ＤＲＢ１＊１５：０２：０２、ＤＲＢ１＊１５：０２：０３、ＤＲＢ１＊１５：０２：０４、ＤＲＢ１＊１５：０２：０５、ＤＲＢ１＊１５：０２：０６、ＤＲＢ１＊１５：０２：０７、ＤＲＢ１＊１５：０２：０８、ＤＲＢ１＊１５：０２：０９、ＤＲＢ１＊１５：０２：１０、ＤＲＢ１＊１５：０２：１１、ＤＲＢ１＊１５：０２：１２、ＤＲＢ１＊１５：０２：１３、ＤＲＢ１＊１５：０２：１４、ＤＲＢ１＊１５：０２：１５、ＤＲＢ１＊１５：０２：１６、ＤＲＢ１＊１５：０２：１７、ＤＲＢ１＊１５：０２：１８、ＤＲＢ１＊１５：０２：１９、ＤＲＢ１＊１５：０３：０１：０１、ＤＲＢ１＊１５：０３：０１：０２、ＤＲＢ１＊１５：０３：０１：０３、ＤＲＢ１＊１５：０３：０２、ＤＲＢ１＊１５：０３：０３、ＤＲＢ１＊１５：０３：０４、ＤＲＢ１＊１５：０４、ＤＲＢ１＊１５：０５、ＤＲＢ１＊１５：０６：０１、ＤＲＢ１＊１５：０６：０２、ＤＲＢ１＊１５：０６：０３、ＤＲＢ１＊１５：０６：０４、ＤＲＢ１＊１５：０７：０１、ＤＲＢ１＊１５：０７：０２、ＤＲＢ１＊１５：０７：０３、ＤＲＢ１＊１５：０８、ＤＲＢ１＊１５：０９、ＤＲＢ１＊１５：１０、ＤＲＢ１＊１５：１００、ＤＲＢ１＊１５：１０１、ＤＲＢ１＊１５：１０２、ＤＲＢ１＊１５：１０３、ＤＲＢ１＊１５：１０４：０１、ＤＲＢ１＊１５：１０４：０２、ＤＲＢ１＊１５：１０４：０３、ＤＲＢ１＊１５：１０５：０１、ＤＲＢ１＊１５：１０５：０２、ＤＲＢ１＊１５：１０６、ＤＲＢ１＊１５：１０７、ＤＲＢ１＊１５：１０８、ＤＲＢ１＊１５：１０９、ＤＲＢ１＊１５：１１０、ＤＲＢ１＊１５：１１１、ＤＲＢ１＊１５：１１２、ＤＲＢ１＊１５：１１３Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１１４、ＤＲＢ１＊１５：１１５Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１１６、ＤＲＢ１＊１５：１１７、ＤＲＢ１＊１５：１１８、ＤＲＢ１＊１５：１１９、ＤＲＢ１＊１５：１１：０１、ＤＲＢ１＊１５：１１：０２、ＤＲＢ１＊１５：１２、ＤＲＢ１＊１５：１２０、ＤＲＢ１＊１５：１２１、ＤＲＢ１＊１５：１２２、ＤＲＢ１＊１５：１２３、ＤＲＢ１＊１５：１２４、ＤＲＢ１＊１５：１２５、ＤＲＢ１＊１５：１２６、ＤＲＢ１＊１５：１２７、ＤＲＢ１＊１５：１２８、ＤＲＢ１＊１５：１２９Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１３、ＤＲＢ１＊１５：１３０、ＤＲＢ１＊１５：１３１、ＤＲＢ１＊１５：１３２、ＤＲＢ１＊１５：１３３、ＤＲＢ１＊１５：１３４Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１３５、ＤＲＢ１＊１５：１３６、ＤＲＢ１＊１５：１３７Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１３８Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１３９、ＤＲＢ１＊１５：１４、ＤＲＢ１＊１５：１４０、ＤＲＢ１＊１５：１４１、ＤＲＢ１＊１５：１４２、ＤＲＢ１＊１５：１４３、ＤＲＢ１＊１５：１４４、ＤＲＢ１＊１５：１４５、ＤＲＢ１＊１５：１４６、ＤＲＢ１＊１５：１４７、ＤＲＢ１＊１５：１４８Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１４９、ＤＲＢ１＊１５：１５０、ＤＲＢ１＊１５：１５１、ＤＲＢ１＊１５：１５２、ＤＲＢ１＊１５：１５３、ＤＲＢ１＊１５：１５４Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１５５、ＤＲＢ１＊１５：１５６、ＤＲＢ１＊１５：１５７、ＤＲＢ１＊１５：１５８、ＤＲＢ１＊１５：１５９Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１５：０１、ＤＲＢ１＊１５：１５：０２、ＤＲＢ１＊１５：１５：０３、ＤＲＢ１＊１５：１６、ＤＲＢ１＊１５：１６０、ＤＲＢ１＊１５：１６１、ＤＲＢ１＊１５：１６２、ＤＲＢ１＊１５：１６３Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１６４Ｑ、ＤＲＢ１＊１５：１６５、ＤＲＢ１＊１５：１６６、ＤＲＢ１＊１５：１６７、ＤＲＢ１＊１５：１６８、ＤＲＢ１＊１５：１６９、ＤＲＢ１＊１５：１７０、ＤＲＢ１＊１５：１７Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：１８、ＤＲＢ１＊１５：１９、ＤＲＢ１＊１５：２０、ＤＲＢ１＊１５：２１、ＤＲＢ１＊１５：２２、ＤＲＢ１＊１５：２３、ＤＲＢ１＊１５：２４、ＤＲＢ１＊１５：２５、ＤＲＢ１＊１５：２６、ＤＲＢ１＊１５：２７、ＤＲＢ１＊１５：２８、ＤＲＢ１＊１５：２９、ＤＲＢ１＊１５：３０、ＤＲＢ１＊１５：３１：０１、ＤＲＢ１＊１５：３１：０２、ＤＲＢ１＊１５：３２、ＤＲＢ１＊１５：３３、ＤＲＢ１＊１５：３４、ＤＲＢ１＊１５：３５、ＤＲＢ１＊１５：３６、ＤＲＢ１＊１５：３７：０１、ＤＲＢ１＊１５：３７：０２、ＤＲＢ１＊１５：３８、ＤＲＢ１＊１５：３９、ＤＲＢ１＊１５：４０、ＤＲＢ１＊１５：４１、ＤＲＢ１＊１５：４２、ＤＲＢ１＊１５：４３、ＤＲＢ１＊１５：４４、ＤＲＢ１＊１５：４５、ＤＲＢ１＊１５：４６、ＤＲＢ１＊１５：４７、ＤＲＢ１＊１５：４８、ＤＲＢ１＊１５：４９、ＤＲＢ１＊１５：５０Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：５１、ＤＲＢ１＊１５：５２、ＤＲＢ１＊１５：５３、ＤＲＢ１＊１５：５４、ＤＲＢ１＊１５：５５、ＤＲＢ１＊１５：５６、ＤＲＢ１＊１５：５７、ＤＲＢ１＊１５：５８、ＤＲＢ１＊１５：５９、ＤＲＢ１＊１５：６０、ＤＲＢ１＊１５：６１、ＤＲＢ１＊１５：６２、ＤＲＢ１＊１５：６３、ＤＲＢ１＊１５：６４、ＤＲＢ１＊１５：６５、ＤＲＢ１＊１５：６６：０１、ＤＲＢ１＊１５：６６：０２、ＤＲＢ１＊１５：６７、ＤＲＢ１＊１５：６８、ＤＲＢ１＊１５：６９、ＤＲＢ１＊１５：７０、ＤＲＢ１＊１５：７１、ＤＲＢ１＊１５：７２、ＤＲＢ１＊１５：７３、ＤＲＢ１＊１５：７４、ＤＲＢ１＊１５：７５、ＤＲＢ１＊１５：７６、ＤＲＢ１＊１５：７７、ＤＲＢ１＊１５：７８、ＤＲＢ１＊１５：７９、ＤＲＢ１＊１５：８０Ｎ、ＤＲＢ１＊１５：８１、ＤＲＢ１＊１５：８２、ＤＲＢ１＊１５：８３、ＤＲＢ１＊１５：８４、ＤＲＢ１＊１５：８５、ＤＲＢ１＊１５：８６、ＤＲＢ１＊１５：８７、ＤＲＢ１＊１５：８８、ＤＲＢ１＊１５：８９、ＤＲＢ１＊１５：９０、ＤＲＢ１＊１５：９１、ＤＲＢ１＊１５：９２、ＤＲＢ１＊１５：９３、ＤＲＢ１＊１５：９４、ＤＲＢ１＊１５：９５、ＤＲＢ１＊１５：９６、ＤＲＢ１＊１５：９７、ＤＲＢ１＊１５：９８、ＤＲＢ１＊１５：９９、ＤＲＢ１＊１６：０１：０１、ＤＲＢ１＊１６：０１：０２、ＤＲＢ１＊１６：０１：０３、ＤＲＢ１＊１６：０１：０４、ＤＲＢ１＊１６：０１：０５、ＤＲＢ１＊１６：０１：０６、ＤＲＢ１＊１６：０１：０７、ＤＲＢ１＊１６：０１：０８、ＤＲＢ１＊１６：０１：０９、ＤＲＢ１＊１６：０１：１０、ＤＲＢ１＊１６：０１：１１、ＤＲＢ１＊１６：０１：１２、ＤＲＢ１＊１６：０１：１３、ＤＲＢ１＊１６：０１：１４、ＤＲＢ１＊１６：０１：１５、ＤＲＢ１＊１６：０１：１６、ＤＲＢ１＊１６：０２：０１：０１、ＤＲＢ１＊１６：０２：０１：０２、ＤＲＢ１＊１６：０２：０１：０３、ＤＲＢ１＊１６：０２：０２、ＤＲＢ１＊１６：０２：０３、ＤＲＢ１＊１６：０２：０４、ＤＲＢ１＊１６：０２：０５、ＤＲＢ１＊１６：０２：０６、ＤＲＢ１＊１６：０２：０７、ＤＲＢ１＊１６：０２：０８、ＤＲＢ１＊１６：０３、ＤＲＢ１＊１６：０４：０１、ＤＲＢ１＊１６：０４：０２、ＤＲＢ１＊１６：０５：０１、ＤＲＢ１＊１６：０５：０２、ＤＲＢ１＊１６：０７、ＤＲＢ１＊１６：０８、ＤＲＢ１＊１６：０９：０１、ＤＲＢ１＊１６：０９：０２、ＤＲＢ１＊１６：１０：０１、ＤＲＢ１＊１６：１０：０２、ＤＲＢ１＊１６：１１、ＤＲＢ１＊１６：１２、ＤＲＢ１＊１６：１３Ｎ、ＤＲＢ１＊１６：１４、ＤＲＢ１＊１６：１５、ＤＲＢ１＊１６：１６、ＤＲＢ１＊１６：１７、ＤＲＢ１＊１６：１８、ＤＲＢ１＊１６：１９、ＤＲＢ１＊１６：２０、ＤＲＢ１＊１６：２１Ｎ、ＤＲＢ１＊１６：２２、ＤＲＢ１＊１６：２３、ＤＲＢ１＊１６：２４、ＤＲＢ１＊１６：２５、ＤＲＢ１＊１６：２６、ＤＲＢ１＊１６：２７、ＤＲＢ１＊１６：２８、ＤＲＢ１＊１６：２９、ＤＲＢ１＊１６：３０、ＤＲＢ１＊１６：３１、ＤＲＢ１＊１６：３２、ＤＲＢ１＊１６：３３、ＤＲＢ１＊１６：３４、ＤＲＢ１＊１６：３５、ＤＲＢ１＊１６：３６、ＤＲＢ１＊１６：３７、ＤＲＢ１＊１６：３８：０１、ＤＲＢ１＊１６：３８：０２、ＤＲＢ１＊１６：３９、ＤＲＢ１＊１６：４０、ＤＲＢ１＊１６：４１Ｎ、ＤＲＢ１＊１６：４２、ＤＲＢ１＊１６：４３、ＤＲＢ１＊１６：４４、ＤＲＢ１＊１６：４５、ＤＲＢ１＊１６：４６、ＤＲＢ１＊１６：４７、ＤＲＢ１＊１６：４８、ＤＲＢ１＊１６：４９、ＤＲＢ１＊１６：５０、ＤＲＢ１＊１６：５１、ＤＲＢ１＊１６：５２、ＤＲＢ１＊１６：５３、Ｄ
ＲＢ１＊１６：５４、ＤＲＢ１＊１６：５５Ｎ、ＤＲＢ１＊１６：５６、及びこれらの任意の組み合わせから選択される対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２１に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含み、ここで、ＤＲベータ鎖は、（ｉ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｉｉｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２１に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含み、ここで、ＤＲベータ鎖は、（ｉ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、（ｉｉ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、（ｉｉｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン、（ｖ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にスレオニン、（ｖｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、（ｖｉｉ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、及び（ｖｉｉｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にスレオニンを含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２１に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。
ＩＩ．Ａ．３．ｂ． ＨＬＡ－ＤＲアルファ鎖
本開示のいくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖をさらに含む。いくつかの態様において、アルファ鎖は、野生型アルファ鎖である。いくつかの態様において、アルファ鎖は、ＤＲアルファ鎖である。任意のＤＲアルファ鎖が、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、ＤＲアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲＡ１＊０１対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、ＤＲアルファ鎖は、ＤＲＡ＊０１：０１：０１：０１、ＤＲＡ＊０１：０１：０１：０２、ＤＲＡ＊０１：０１：０１：０３、ＤＲＡ＊０１：０１：０２、ＤＲＡ＊０１：０２：０１、ＤＲＡ＊０１：０２：０２、ＤＲＡ＊０１：０２：０３、及びこれらの任意の組み合わせから選択される。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２４に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２６に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２４に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲアルファ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２６に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲアルファ鎖を含む。
ＩＩ．Ａ．４． シグナルペプチド
いくつかの態様において、ベータ鎖及び／またはアルファ鎖は、シグナルペプチドをさらに含む。当技術分野で既知の任意のシグナルペプチドが、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、ベータ鎖シグナルペプチドは、アルファシグナルペプチドと同じである。いくつかの態様において、ベータ鎖シグナルペプチドは、アルファシグナルペプチドとは異なる。
いくつかの態様において、シグナルペプチドは、ネイティブシグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＰベータ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＰベータ鎖シグナルペプチドを含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＰアルファ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＰアルファ鎖シグナルペプチドを含む。
いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＱベータ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＱベータ鎖シグナルペプチドを含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＱアルファ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＱアルファ鎖シグナルペプチドを含む。
いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＲベータ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＲベータ鎖シグナルペプチドを含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＲアルファ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するＤＲアルファ鎖シグナルペプチドを含む。
いくつかの態様において、シグナルペプチドは、フィブロイン軽鎖（ＦｉｂＬ）シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、配列番号９を含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、合成物である。
ＩＩ．Ａ．５． 膜貫通ドメイン
いくつかの態様において、ベータ鎖及び／またはアルファ鎖は、膜貫通ドメインをさらに含む。膜貫通ドメインは、任意の長さ及び任意の起源であってよい。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、少なくとも約１～少なくとも約５０個のアミノ酸の長さである。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在する膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在する膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＨＬＡ膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＨＬＡ膜貫通ドメインを含む。
いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＰベータ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＰベータ鎖膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＰアルファ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＰアルファ鎖膜貫通ドメインを含む。
いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＱベータ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＱベータ鎖膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＱアルファ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＱアルファ鎖膜貫通ドメインを含む。
いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＲベータ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＲベータ鎖膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＲアルファ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するＤＲアルファ鎖膜貫通ドメインを含む。
ＩＩ．Ａ．６． ロイシンジッパー
いくつかの態様において、ベータ鎖及び／またはアルファ鎖は、１つ以上のロイシンジッパー（ＬＺｉｐ）配列をさらに含む。当技術分野で既知の任意のＬＺｉｐ配列が、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、ベータ鎖及び／またはアルファ鎖は、酸性ＬＺｉｐ（αＬＺｉｐ）、塩基性ＬＺｉｐ（βＬＺｉｐ）、またはその両方を含む。いくつかの態様において、１つ以上のＬＺｉｐ配列は、天然に存在するＬＺｉｐ配列に由来する。いくつかの態様において、１つ以上のＬＺｉｐ配列は、天然に存在するＬＺｉｐ配列を含む。いくつかの態様において、１つ以上のＬＺｉｐ配列は、合成物である。ある特定の態様において、１つ以上のＬＺｉｐ配列は、配列番号４、７、１４、１７、２２、または２５で記述されるＬＺｉｐ配列を含む。
ＩＩ．Ａ．７． リンカー
いくつかの態様において、本開示に有用なベータ鎖及び／またはアルファ鎖は、リンカーをさらに含む。当技術分野で既知の任意のリンカーが、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。ある特定の態様において、リンカーは、Ｇｌｙ／Ｓｅｒリンカーを含む。いくつかの態様において、リンカーは、ＧｌｙＳｅｒ、Ｇｌｙ２Ｓｅｒ、Ｇｌｙ３Ｓｅｒ、及びＧｌｙ４Ｓｅｒから選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、リンカーは、アルファ鎖またはベータ鎖の細胞外ドメインのＮ末端に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、アルファ鎖またはベータ鎖の細胞外ドメインのＣ末端に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、アルファ鎖またはベータ鎖の細胞外ドメインと膜貫通ドメインとの間に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、アルファ鎖またはベータ鎖の細胞外ドメインと１つ以上のＬＺｉｐ配列との間に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、アルファ鎖またはベータ鎖の細胞外ドメインとシグナルペプチドとの間に位置する。
任意の長さのリンカーが、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、リンカーは、少なくとも１個のアミノ酸の長さである。いくつかの態様において、リンカーは、少なくとも約１～少なくとも約１００、少なくとも約１～少なくとも約９０、少なくとも約１～少なくとも約８０、少なくとも約１～少なくとも約７０、少なくとも約１～少なくとも約６０、少なくとも約１～少なくとも約５０、少なくとも約１～少なくとも約４０、少なくとも約１～少なくとも約３０、少なくとも約１～少なくとも約２０、少なくとも約１～少なくとも約１５、少なくとも約１～少なくとも約１４、少なくとも約１～少なくとも約１３、少なくとも約１～少なくとも約１２、少なくとも約１～少なくとも約１１、少なくとも約１～少なくとも約１０、少なくとも約１～少なくとも約９、少なくとも約１～少なくとも約８、少なくとも約１～少なくとも約７、少なくとも約１～少なくとも約６、少なくとも約１～少なくとも約５、少なくとも約１～少なくとも約４、少なくとも約１～少なくとも約３個のアミノ酸の長さである。
いくつかの態様において、リンカーは、少なくとも約１、少なくとも約２、少なくとも約３、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約６、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約３０、少なくとも約４０、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００個のアミノ酸の長さである。ある特定の態様において、リンカーは、約３個のアミノ酸の長さである。ある特定の態様において、リンカーは、約４個のアミノ酸の長さである。ある特定の態様において、リンカーは、約５個のアミノ酸の長さである。
ＩＩ．Ｂ． 細胞
本開示のある特定の態様において、本開示の方法で使用されるＭＨＣクラスＩＩ分子は、細胞の膜に連結または結合している。したがって、本開示のいくつかの態様は、ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲを識別する方法に関し、該方法は、Ｔ細胞を細胞に接触させることを含み、ここで、該細胞は、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩ分子、及びペプチド、例えばエピトープを含む複合体を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータ鎖は、細胞の膜に連結または結合している。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のアルファ鎖は、細胞の膜に連結または結合している。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子のアルファ鎖及びベータ鎖は、細胞の膜に連結または結合している。
任意の細胞が、本明細書に記載される方法で使用されてよい。ある特定の態様において、細胞は、哺乳動物細胞である。いくつかの態様において、細胞は、昆虫細胞である。いくつかの態様において、細胞は、健康な細胞、例えば健康な線維芽細胞に由来する。いくつかの態様において、細胞は、腫瘍細胞に由来する。本開示において有用な細胞の非限定的例としては、Ｋ５６２細胞、Ｔ２細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞、Ａ３７５細胞、ＳＫ－ＭＥＬ－２８細胞、Ｍｅ２７５細胞、ＣＯＳ細胞、線維芽細胞、腫瘍細胞、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。ある特定の態様において、細胞は、本明細書に参考として組み込まれるＨａｓａｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｄｖ．Ｇｅｎｅｔ． Ｅｎｇ． ４（３）：１３０ （２０１５）にて開示されている任意の細胞である。
ある特定の態様において、細胞は、プロフェッショナルＡＰＣである。ある特定の態様において、細胞は、マクロファージ、Ｂ細胞、樹状細胞、またはこれらの任意の組み合わせである。
ある特定の態様において、細胞は、１つ以上のＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子の内因性発現を欠いている。いくつかの態様において、細胞は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子の内因性発現を欠いている。いくつかの態様において、細胞は、ＨＬＡ－ＤＰアルファ鎖対立遺伝子の内因性発現を欠いている。いくつかの態様において、細胞は、ＨＬＡ－ＤＰベータ鎖対立遺伝子の内因性発現を欠いている。
ＩＩ．Ｃ． 可溶性ＭＨＣクラスＩＩ分子
ある特定の態様において、本明細書にて開示される方法で使用されるＭＨＣクラスＩＩ分子は、細胞の膜に結合しておらず、例えば、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、可溶性形態である。本発明で使用される場合、可溶性ＭＨＣクラスＩＩ分子は、本明細書に記載の任意のＭＨＣクラスＩＩ分子またはその一部を含み、細胞膜に結合していない。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子またその一部は、どの膜にも結合していない。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子またはその一部は、不活性粒子に結合している。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子またはその一部は、細胞外小胞の膜に結合している。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、人工膜または人工表面、例えばアレイプレートの表面に結合している。
当技術分野で既知の任意の不活性粒子が、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、不活性粒子は、ビーズである。いくつかの態様において、ビーズは、ガラスビーズ、ラテックスビーズ、金属ビーズ、またはこれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様において、不活性粒子は、ナノ粒子（ＮＰ）である。当技術分野で既知の任意のＮＰが、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。ある特定の態様において、ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄、キトサン、デキストラン、ゼラチン、アルギナート、リポソーム、澱粉、分枝ポリマー、炭素ベース担体、ポリ乳酸、ポリ（シアノ）アクリレート、ポリエチルエイネミン（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｉｎｅｍｉｎｅ）、ブロックコポリマー、ポリカプロラクトン、ＳＰＩＯＮＳ、ＵＳＰＩＯＮＳ、Ｃｄ／Ｚｎ－セレン化物、またはシリカナノ粒子から選択される。特定の態様において、ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄ナノ粒子である。本明細書にて開示される組成物及び方法で有用なナノ粒子の非限定的例としては、Ｄｅ Ｊｏｎｇ ａｎｄ Ｂｏｒｍ， Ｉｎｔ． Ｊ． Ｎａｎｏｍｅｄｉｃｉｎｅ ３（２）：１３３－４９ （２００８） 、及びＵｍｅｓｈａｐｐａ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｃｏｍｍｕｎ． １０（１）：２１５０ （Ｍａｙ １４， ２０１９）に記述されているようなものが挙げられ、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、完全長ＭＨＣクラスＩＩ分子のフラグメントを含み、ここで、アルファ鎖の膜貫通ドメイン及び／またはベータ鎖の膜貫通ドメインの１つ以上のアミノ酸は、削除される。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、（例えば、配列番号６に記載されているような）アルファ鎖の細胞外ドメイン、及び／または（例えば、配列番号１または３に記載されているような）ベータ鎖の細胞外ドメインを含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、（例えば、配列番号１６に記載されているような）アルファ鎖の細胞外ドメイン、及び／または（例えば、配列番号１１または１３に記載されているような）ベータ鎖の細胞外ドメインを含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、（例えば、配列番号２４に記載されているような）アルファ鎖の細胞外ドメイン、及び／または（例えば、配列番号１９または２１に記載されているような）ベータ鎖の細胞外ドメインを含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号６に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰアルファ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号６に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰアルファ鎖を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１６に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱアルファ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１６に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱアルファ鎖を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２４に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲアルファ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２４に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲアルファ鎖を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号３に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号３に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号４に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号４に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号５に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含むＤＰベータ鎖を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１１に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１１に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１３に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１３に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１４に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１４に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１５に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１５に記載されているアミノ酸配列を含むＤＱベータ鎖を含む。
ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１９に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号１９に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２１に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２１に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２２に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２２に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２３に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、配列番号２３に記載されているアミノ酸配列を含むＤＲベータ鎖を含む。
ＩＩ．Ｄ． 核酸分子及びベクター
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩ分子をコードする核酸分子に関する。いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩベータ鎖をコードする。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩベータ鎖をコードする核酸分子は、配列番号２、１２または２０に記載されている配列と、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩアルファ鎖をコードする。ある特定の態様において、ＭＨＣクラスＩＩアルファ鎖をコードする核酸分子は、配列番号７、１７または２５に記載されている配列と、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩアルファ鎖及び本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩベータ鎖の両方をコードする。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩアルファ鎖をコードする配列は、ＭＨＣクラスＩＩベータ鎖をコードする配列と同じプロモーターの制御下にある。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩＩアルファ鎖をコードする配列は、第１プロモーターの制御下にあり、ＭＨＣクラスＩＩベータ鎖をコードする配列は、第２プロモーターの制御下にある。
いくつかの態様において、本開示は、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩベータ鎖をコードする第１核酸分子、及び本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩアルファ鎖をコードする第２核酸分子に関する。
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示される核酸分子を含むベクターまたはベクターのセットに関する。いくつかの態様において、ベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、ウイルス粒子またはウイルスである。いくつかの態様において、ベクターは、哺乳動物ベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、細菌ベクターである。
ある特定の態様において、ベクターは、レトロウイルスベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、アデノウイルスベクター、ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ、Ｓｅｎｄａｉウイルス、バキュロウイルスベクター、Ｅｐｓｔｅｉｎ Ｂａｒｒウイルスベクター、パポーバウイルスベクター、牛痘ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、またはアデノ関連ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである。特定の態様において、ベクターは、ＡＡＶベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓである。特定の態様において、ベクターは、アデノウイルスベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、Ｓｅｎｄａｉウイルスである。いくつかの態様において、ベクターは、ハイブリッドベクターである。本開示で使用することができるハイブリッドベクターの例については、本明細書に参考として組み込まれる、Ｈｕａｎｇ ａｎｄ Ｋａｍｉｈｉｒａ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ａｄｖ． ３１（２）：２０８－２３ （２１０３）にて参照することができる。
ＩＩ．Ｅ． 腫瘍の治療方法
ある特定の態様において、本明細書にて開示される方法は、それを必要とする対象のがんを治療することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、本明細書にて開示される方法を使用して識別されるＴＣＲをそれを必要とする対象に投与することをさらに含み、ここで、該対象は、がんを患っている。いくつかの態様において、方法は、細胞を対象に投与することを含み、ここで、該細胞は、本明細書にて開示される方法を使用して識別されるＴＣＲを含む。いくつかの態様において、細胞は、Ｔ細胞である。
いくつかの態様において、がんは、黒色腫、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、膵癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫（ＦＬ）、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性白血病、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）（非Ｔ細胞ＡＬＬを含む）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、Ｔ細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のＢ細胞悪性腫瘍、及びがんの組み合わせ、から選択される。いくつかの態様において、がんは、黒色腫である。
いくつかの態様において、がんは、再発性である。いくつかの態様において、がんは、難治性である。いくつかの態様において、がんは、進行性である。いくつかの態様において、がんは、転移性である。
いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、対象のがんを治療する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、がんの１つ以上の症状の重症度を軽減する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、がんに由来する腫瘍のサイズまたは数を減少させる。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、本明細書にて開示される方法を提供されない対象と比較して、対象の全生存期間を延長する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、本明細書にて開示される方法を提供されない対象と比較して、対象の無増悪生存期間を延長する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、対象の部分寛解をもたらす。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、対象の完全寛解をもたらす。
本開示のある特定の態様は、それを必要とする対象の感染を治療する方法に関し、該方法は、本明細書にて開示されるＨＬＡクラスＩＩ分子、本明細書にて開示される核酸分子、本明細書にて開示されるベクター、または本明細書にて開示される細胞を、対象に投与することを含む。本明細書にて開示される組成物及び方法を使用して治療することができる感染の非限定的例としては、ウイルス（ウイロイド及びプリオンを含む）、細菌、真菌、寄生生物、またはこれらの任意の組み合わせによる感染が挙げられる。いくつかの態様において、ウイルスは、ヘルペスウイルス、ＨＩＶ、パポーバウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒトＴ－リンパ球向性ウイルス１、Ｅｐｓｔｅｉｎ－Ｂａｒｒウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、ノロウイルス、及びこれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様において、細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＥ．Ｃｏｌｉから選択される。いくつかの態様において、細菌感染は、ブルセラ症、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ感染、ネコひっかき病、コレラ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、淋病、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ感染、髄膜炎菌感染症、百日咳、ペスト、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ感染、細菌性赤痢、腸チフス熱、野兎病、脾脱疽、ジフテリア、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｌ感染、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｃｏｓｉｓ、リステリア症、ノカルジア症、Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃａｌ感染、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｌ感染、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ感染、及びこれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態において、寄生生物感染は、ギョウチュウ、トリコモナス症、トキソプラズマ症、ジアルジア症、クリプトスポリジウム症、マラリア、鉤虫症、白癬、サナダムシ、吸虫、及びこれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの態様において、真菌感染は、Ｃａｎｄｉｄａ、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｆｕｒｆｕｒ、皮膚糸状菌（例えば、Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ及びＴｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）またはこれらの任意の組み合わせから選択される。
いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、それを必要とする対象のがんまたは感染を治療することを含み、該方法は、本明細書に記載の細胞を対象に投与することを含み、ここで、該細胞は、本明細書にて開示されるＭＨＣクラスＩＩ分子、本明細書にて開示される核酸分子、本明細書にて開示されるベクター、またはこれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの態様において、細胞は、対象から得られる。いくつかの態様において、細胞は、対象以外のドナーから得られる。
本明細書に記載されている様々な態様、態様及び選択肢はいずれも、あらゆる変形形態で組み合わせることができる。
この本明細書に記述される全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個別の刊行物、特許、または特許出願が、明確かつ個別に参照により組み込まれることが指示されているのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本開示を一般的に説明したので、本明細書で提供される実施例を参照することにより、さらなる理解を得ることができる。これらの実施例は説明のみを目的としており、限定することを意図したものではない。
実施例１－親和性成熟ＨＬＡ－ＤＰ分子の生成
細胞
末梢単核細胞は、密度勾配遠心法（Ｆｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ ＰＬＵＳ， ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ， ＭＡ）によって得た。Ｋ５６２細胞株は、ＨＬＡクラスＩ／ＩＩ発現に欠陥のある赤血白血病細胞株である。ＣＤ８０及びＣＤ８３に関連する単一のＨＬＡ対立遺伝子として、種々のＨＬＡクラスＩＩ遺伝子を個別に発現するＫ５６２ベースの人工ＡＰＣ（ａＡＰＣ）が、これまでに報告されている（Ｂｕｔｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７， ｅ３０２２９ （２０１２））。Ｊｕｒｋａｔ７６細胞株は、内因性ＴＣＲ、ＣＤ４、及びＣＤ８発現を欠くＴ細胞白血病細胞株である。Ｊｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４細胞を、ヒトＣＤ４遺伝子をレトロウイルスを介して形質導入することによって生成した。Ａ３７５、ＳＫ－ＭＥＬ－２１、ＳＫ－ＭＥＬ－２８、ＳＫ－ＭＥＬ－３７及びＭｅ２７５は、黒色腫細胞株である。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞及び黒色腫細胞株を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）で増殖させた。Ｋ５６２及びＪｕｒｋａｔ７６細胞株を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＲＰＭＩ１６４０で培養した。
ペプチド
合成ペプチドを、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）から購入し、ＤＭＳＯに５０μｇ／ｍｌで溶解した。ペプチド配列を表６に示す。
遺伝子
新規ＴＣＲ遺伝子を、ＳＭＡＲＴｅｒ ＲＡＣＥ ５’／３’ Ｋｉｔ（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて５’ｃＤＮＡ末端高速増幅（ＲＡＣＥ）ＰＣＲによってクローニングして、上述したように配列決定した。全ての遺伝子をｐＭＸレトロウイルスベクターにクローニングし、２９３ＧＰＧ及びＰＧ１３細胞ベースのレトロウイルスシステムを用いて細胞株に形質導入した。
抗体
フローサイトメトリー解析には、ＰＥ複合抗クラスＩＩ（９－４９（Ｉ３）、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４（ＲＰＡ－Ｔ４， Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）４４、ＦＩＴＣ複合抗ＮＧＦＲ（ＭＥ２０．４， Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）、ＰＥ複合抗Ｈｉｓタグ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）、及びＦＩＴＣ複合抗Ｖβ２２（ＩＭＭＵ ５４６， Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ， Ｂｒｅａ， ＣＡ）、の抗体を使用した。ビオチン化ＤＰ４／ＮＹ－ＥＳＯ１１５７－１７０及びＤＰ４／ＷＴ１３２９－３４８単量体を、製造者の指示に従って、ＰＥ複合ストレプトアビジン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用いて多量体化した。死細胞を、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ｎｅａｒ－ＩＲ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ Ｋｉｔ ４６５（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用いて分類した。染色された細胞を、Ｃａｎｔｏ ＩＩまたはＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ Ｘ－２０（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）を用いて解析した。細胞選別を、ＦＡＣＳ Ａｒｉａ ＩＩ （ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）を用いて行った。データ解析を、ＦｌｏｗＪｏソフトウエア（Ｔｒｅｅ Ｓｔａｒ， Ａｓｈｌａｎｄ， ＯＲ）を用いて実施した。
免疫ブロット分析には、抗βアクチン（Ｃ４， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， ＣＡ）、ウサギポリクローナル抗ＭＡＧＥ－Ａ２（Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）、抗ＣＣＮＤ１（ＥＰＲ２２４１， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）、ＨＲＰ複合ヤギ抗マウスＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）二次抗体（Ｐｒｏｍｅｇａ， Ｆｉｔｃｈｂｕｒｇ， ＷＩ）、及びＨＲＰ複合抗ウサギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）二次抗体（Ｐｒｏｍｅｇａ， Ｆｉｔｃｈｂｕｒｇ， ＷＩ）、の抗体を使用した。
初代Ｔ細胞へのＴＣＲ形質導入
ＣＤ３＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞を、Ｐａｎ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ， Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ， Ｇｅｒｍａｎｙ）及びＣＤ４＋Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ， Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ， Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いてそれぞれ精製した。精製したＴ細胞を、Ｅ：Ｔ比２０：１、２００Ｇｙで照射したａＡＰＣ／ｍＯＫＴ３によって刺激した。翌日から開始して、連続３日間、１，０００×ｇ、３２℃で１時間の遠心分離によって、またはＲｅｔｒｏｎｅｃｔｉｎコーティングプレート（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて、クローニングしたＴＣＲ遺伝子を活性化したＴ細胞にレトロウイルスを介して形質導入した。翌日、１００ＩＵ／ｍｌのＩＬ－２及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１５を、ＴＣＲ形質導入済みＴ細胞に加えた。培養液を２～３日ごとに補充した。
可溶性ＣＤ４による染色
可溶性ＣＤ４（ｓＣＤ４）遺伝子を、ＧＳリンカーによってヒトＣＤ４細胞外ドメインを６ｘＨｉｓタグと融合させることによって生成した。ｓＣＤ４遺伝子をＨＥＫ２９３Ｔ細胞にレトロウイルスを介して形質導入し、ｓＣＤ４単量体を含有する培養物上澄液を回収した。ｓＣＤ４を、ＰＥ標識抗６ｘＨｉｓタグｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）で二量体化し、それを使用した。ヤギ血清の存在下で、室温で３０分、ＨＬＡクラスＩＩ発現Ｋ５６２細胞を二量体化されたｓＣＤ４で染色した。種々のクラスＩＩ遺伝子を個別に発現するＫ５６２由来細胞での表面ＨＬＡクラスＩＩ発現を、図１３Ａ～１３Ｑに示す。
座内多点誘発ＤＰＢ１＊０４：０１変異体ｃＤＮＡライブラリの構築及びスクリーニング
座内多点誘発ランダム突然変異を、ＰＣＲ、ならびに、Ｌ１１２及びＶ１１４の場合、前進：５’－ＣＡＣＣＡＣＡＡＣＮＮＮＣＴＴＮＮＮＴＧＣＣＡＣＧＴＧ－３’（配列番号３０）、及び復帰：５’－ ＣＡＣＧＴＧＧＣＡＮＮＮＡＡＧＮＮＮＧＴＴＧＴＧＧＴＧ－３’（配列番号３１）；Ｖ１４１の場合、前進：５’－ ＡＣＡＧＣＴＧＧＧＧＴＣＮＮＮＴＣＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧ－３’（配列番号３２）、及び復帰：５’－ ＣＡＧＧＴＴＧＧＴＧＧＡＮＮＮＧＡＣＣＣＣＡＧＣＴＧＴ－３’（配列番号３３）；Ｌ１５６及びＭ１５８の場合、前進：５’－ ＣＡＧＡＴＣＮＮＮＧＴＧＮＮＮＣＴＧＧＡＡＡＴＧＡＣＣ－３’ （配列番号３４）、及び復帰：５’－ ＧＧＴＣＡＴＴＴＣＣＡＧＮＮＮＣＡＣＮＮＮＧＡＴＣＴＧ－３’（配列番号３５）、のプライマーセットを使用することによってＤＰＢ１＊０４：０１ｃＤＮＡに挿入した。Ｎは、任意のヌクレオチドを意味する。得られたＰＣＲフラグメントを、互いに融合させて、位置Ｌ１１２、Ｖ１１４、Ｖ１４１、Ｌ１５６、及びＭ１５８にランダム突然変異のある変異体完全長ＤＰＢ１＊０４：０１ｃＤＮＡ発現ライブラリを構築した。ＤＰＡ１＊０１：０３遺伝子を安定して発現するＫ５６２細胞に、３０％未満の形質導入効率で、パッケージング細胞株２９３ＧＰＧを用いて生成した組換えレトロウイルスを感染させた。感染したＫ５６２細胞を、可溶性ＣＤ４二量体で染色し、二量体陽性細胞を、フローサイトメトリー細胞分取器を使用して収集した。変異体ＤＰＢ１＊０４：０１遺伝子を、収集した細胞からクローニングし、前述したような野生型ＤＰＡ１＊０１：０３遺伝子と共にＫ５６２細胞にレトロウイルスを介して形質導入した。
ＨＬＡクラスＩＩ単量体及び二量体の生成
野生型クラスＩＩα遺伝子の細胞外ドメインを、ＧＧＧＳリンカーによって酸性ロイシンジッパーと、続いてＧＳリンカーによって６ｘＨｉｓタグと融合させた（配列番号８を参照）。突然変異のあるクラスＩＩβ遺伝子の外部ドメイン（配列番号３を参照）を、ＧＧＧＳリンカーによって塩基性ロイシンジッパーと連結させた（配列番号４を参照）。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞に、２９３ＧＰＧ細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して、α及びβ遺伝子をトランスフェクトし、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭで培養した。ＤＰ４二量体染色では、可溶性ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍタンパク質を安定して分泌するＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、コンフルエントになるまで増殖させ、培地を、無血清２９３のＳＦＭ ＩＩ培地（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）と交換した。４８時間後、馴化培地を回収し、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａフィルター（分画分子量（ＭＷＣＯ）１０ｋＤａ）（ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＳｉｇｍａ， Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ， ＭＡ）を用いて濃縮した。次に、可溶性ＨＬＡクラスＩＩを含有する上澄液を、３７℃で２０～２４時間、１００μｇ／ｍｌの目的のペプチドと混合して、インビトロでペプチド交換を行った。ペプチド交換を行わなかった単量体を対照として使用した。単量体の濃度を、ニッケルコーティングプレート（ＸＰｒｅｓｓＢｉｏ， Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ， ＭＤ）及び抗Ｈｉｓタグビオチン化ｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ， ＭＮ）を用いて、特異的ＥＬＩＳＡによって測定した。可溶性ＨＬＡクラスＩＩ単量体を、染色向けに、ＰＥ複合抗ＨｉｓｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）を用いて２：１のモル比で、４℃で１．５時間かけて二量体化した。
ＤＰ４制限抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の刺激
ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＣＤ４＋ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ， Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ， Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて精製した。１０μｇ／ｍｌのＤＰ４制限ペプチドをパルスし、かつＥ：Ｔ比２０：１、２００Ｇｙで照射したＤＰ４発現ａＡＰＣによって、精製したＴ細胞を刺激した。４８時間後、１０ＩＵ／ｍｌのＩＬ－２及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１５を、ＣＤ４＋Ｔ細胞に加えた。ＩＬ－２（１０ＩＵ／ｍｌ）及びＩＬ－１５（１０ｎｇ／ｍｌ）を補充した培養液を、２～３日ごとに補充した。２週間の刺激後、Ｔ細胞を、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体染色に供した。
ＨＬＡクラスＩＩ二量体及び四量体染色
外因性ＴＣＲ遺伝子を形質導入した初代Ｔ細胞及びＪｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４Ｔ細胞を、５０ｎＭダサチニブ（ＬＣ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｗｏｂｕｒｎ， ＭＡ）を用いて、３７℃で３０分間、前処理して、室温で４～５時間、５～１５μｇ／ｍｌのクラスＩＩ二量体で染色した。洗浄後、細胞表面分子を、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４ｍＡｂ、ＦＩＴＣ複合抗ＮＧＦＲｍＡｂ、及びＰＥ複合抗Ｖβ２２ｍＡｂで対比染色した。
ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ
サイトカインＥＬＩＳＰＯＴアッセイを、以前に報告されたように実施した（例えば、Ｙａｍａｓｈｉｔａ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｃｏｍｍｕｎ． ８：１５２４４ （２０１７）及びＡｎｃｚｕｒｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ． Ｒｅｐ． ８：４８０４ （２０１８）を参照されたい）。
免疫ブロット法
免疫ブロット分析を、以前に報告されたように実施した（例えば、Ｙａｍａｓｈｉｔａ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｃｏｍｍｕｎ． ８：１５２４４ （２０１７）及びＡｎｃｚｕｒｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ． Ｒｅｐ． ８：４８０４ （２０１８）を参照されたい）。
タンパク質モデリング
ＨＬＡ－ＤＰ４及びヒトＣＤ４複合体モデル構造を、４成分構造予測用のＳｗｉｓｓ－Ｍｏｄｅｌワークスペースを用いて、ＰＤＢ ＩＤ：３Ｓ５Ｌ及び３Ｔ０Ｅの構造に基づいて予測した。
統計的解析
統計的解析を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ６．０ソフトウエア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）を用いて実施した。２つの標本比較には、対応がない両側スチューデントのｔ検定を使用した。標本サイズの事前決定には、統計的方法は使用しなかった。研究者は、実験中または結果の評価中の割り当てを理解していた。実験は無作為なものではかった。
バイオレイヤー干渉測定センサーグラム
ヒトＣＤ４の細胞外ドメイン（ＮＰ＿０００６０７．１の残基２６～４４０）、続いてＧＳリンカー及び１０×ヒスチジン（Ｈｉｓ）タグは、ヒト細胞株Ａ３７５で安定して発現した（配列番号２６２～２６３：表７）。組換え１０×Ｈｉｓタグ付きＣＤ４タンパク質を、ＴＡＬＯＮ金属親和性レジン（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて上澄液から精製した。溶出したタンパク質を、１０ｋＤａのＭＷＣＯのＡｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ－１５スピンカラム（ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＳｉｇｍａ， Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ， ＭＡ）を用いて濃縮した。緩衝液を、１０ ｋＤａ ＭＷＣＯ ＭＩＮＩ Ｄｉａｌｙｚｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用いて、ＨＢＳ－ＥＰ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ， ＭＡ）に交換した。ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって確認したところ、組換えＣＤ４タンパク質の純度は、一貫して９０％を超えていた。
組換えＤＰ４タンパク質は、ＤＰＡ１＊０１：０３の細胞外ドメイン、及び野生型ＤＰＢ１＊０４：０１またはＬ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ変異体で構成されていた。ＤＰＡ１＊０１：０３の次に、酸性ロイシンジッパー、ＧＳリンカー、及び１０×ヒスチジンタグが続くものに対して他方では、野生型及び変異体ＤＰＢ１の次に、塩基性ロイシンジッパー、ＧＳリンカー、及びビオチン化配列（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ；配列番号２６５）が続くものであった。ＤＰＡ遺伝子及びＤＰＢ遺伝子の両方は、Ａ３７５－ＢｉｒＡ細胞で安定して発現し、その細胞には、５’末端でリーダー配列、３’末端でＥＲ保持ＫＤＥＬモチーフをコードするコドン最適化ＢｉｒＡ遺伝子が形質導入されていた。組換えＤＰ４タンパク質を、ＴＡＬＯＮ金属親和性レジン（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて上澄液から精製した。溶出したタンパク質を、１０ｋＤａのＭＷＣＯのＶｉｖａｓｐｉｎ ５００スピンカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ， ＭＡ）を用いて濃縮し、ＰＢＳ中で実用量に再構成した。
野生型ＤＰ４及びＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭとＣＤ４との結合は、Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄシステム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ， Ｆｒｅｍｏｎｔ， ＣＡ）によって測定した。実験は、９６ウェル（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用い、サンプル量２００μｌで、１，０００ｒｐｍで一定に振とうしながら２５℃で実施した。ビオチン化組換えＤＰ４を、ストレプトアビジンコーティングバイオセンサー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ， Ｆｒｅｍｏｎｔ， ＣＡ）に飽和するまでロードし、続いてＨＢＳ－ＥＰ緩衝液中でベースライン測定を行った。滴定濃度の組換えＣＤ４（０．８１２５～２６μＭ）をロードしたセンサーを４００秒間インキューベートして、その後、ＨＢＳ－ＥＰ緩衝液のみで３００秒間解離することによって、結合を測定した。定常状態分析を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７．０の１部位特異的結合モデルを用いて適合した。
実施例２－ＤＰβ鎖のＬ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ置換によるＣＤ４へのＤＰの結合強化
Ｌ１１２、Ｖ１１４、Ｖ１４１、Ｌ１５６、及びＭ１５８にランダム突然変異のあるＤＰＢ１＊０４：０１（ＤＰ４β）遺伝子（ＤＲ１β鎖のＬ１１４、Ｖ１１６、Ｖ１４３、Ｌ１５８、及びＭ１６０にそれぞれ対応する）のｃＤＮＡ発現ライブラリを、生成し、かつ野生型ＤＰＡ１＊０１：０３（ＤＰα）遺伝子と共にライブラリを、クラスＩＩ欠損Ｋ５６２細胞で共発現させた。可溶性ＣＤ４タンパク質（ｓＣＤ４）を用いた２ラウンドのスクリーニング後、ＣＤ４結合が強化された細胞集団を単離し、そこから、Ｌ１１２Ｗ、Ｖ１１４Ｍ、Ｖ１４１Ｍ及びＭ１５８Ｉ置換のある変異体ＤＰ４β遺伝子を分子的にクローニングした。Ｋ５６２細胞での異所的発現の場合、野生型ＤＰα鎖、ならびにＬ１１２Ｗ、Ｖ１１４Ｍ、Ｖ１４１Ｍ及びＭ１５８Ｉ置換（ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１１４Ｍ／Ｖ１４１Ｍ／Ｍ１５８Ｉ）のあるクローニングした変異体ＤＰ４β鎖で構成される変異体ＤＰ４分子は、強化されたＣＤ４結合がスクリーニングプロセスの人為要素であった可能性を除いて、野生型ＤＰ４分子と比較してｓＣＤ４に対する結合が強いことを実際に示した（図１Ａ～１Ｆ）。
４つの突然変異のうちどれが、強化されたＣＤ４結合に重要であったかを決定するために、復帰突然変異誘発研究を実施した。全ての可能な復帰ＤＰ４変異体を、クラスＩＩ陰性Ｋ５６２細胞上で再構成し、ｓＣＤ４で染色した。Ｌ１１２Ｗ及びＶ１４１Ｍの両方（ただしＶ１１４Ｍ単一置換またはＭ１５８Ｉ単一置換ではない）により、ｓＣＤ４に対するＤＰ４の結合は個別に強化された（図１Ｇ）。重要なことに、Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍの二重突然変異（ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ）により、ＤＰ４／ＣＤ４結合は相乗的に強化された（図１Ｇ）。興味深いことに、Ｖ１１４Ｍ単一置換及びＭ１５８Ｉ単一置換の両方は、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ突然変異によって可能となる結合の強化に悪影響を与えるように見えた（図１Ｇ）。以前の研究では、ＣＤ４とＨＬＡクラスＩＩとの間のＫＤ値は、２ｍＭを超えることが推定されている。バイオレイヤー干渉測定（ＢＬＩ）結合アッセイを用いて、ＤＰＲＬ１１２／Ｖ１４１ＭのＣＤ４に対する親和性を測定した。野生型ＤＰ４とＣＤ４との間に結合は検出されなかったが、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍは、ＫＤが８．９μＭ（±１．１）でＣＤ４に結合した（図１Ｈ及び図１Ｘ～１ＢＫ）。この値は、結合親和性が少なくとも２００倍向上したことを意味している。さらに、ＣＤ４とＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍとの間で観察された親和性は、ヒトＣＤ８とＨＬＡクラスＩとの間の親和性よりも高く（約２００μＭ）、かつマウスＣＤ８とマウスＭＨＣクラスＩとの間の親和性と同等である（約１０μＭ）。ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭとＣＤ４との間の結合の強化がＣＤ４＋Ｔ細胞応答の強化をもたらすことを確認するために、応答細胞としてＤＰ４／ＷＴ１ ＴＣＲ（クローン９）形質導入済みＣＤ４－及びＣＤ４＋Ｊｕｒｋａｔ７６Ｔ細胞を用いて、単一のクラスＩＩ対立遺伝子として野生型ＤＰ４またはＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを発現する人工ＡＰＣ（ａＡＰＣ）の免疫活性化能力の比較を行った。予想通り、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを保持しているａＡＰＣは、ＣＤ４に依存してＴ細胞刺激性活性を強化することが実証された（図１Ｉ）。
次に、ＣＤ４に対するＬ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ突然変異による結合の強化を判定するために、同様に、他のＤＰ対立遺伝子を分析した。野生型ＤＰ２、ＤＰ５、またはＤＰ８のいずれもＣＤ４に結合しなかったが、Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二重突然変異がこれらの分子のＤＰβ鎖に導入された場合に、３つの全ての分子はＣＤ４に強力に結合した（図１Ｉ～１Ｗ）。ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭＣＤ４複合体では、２つのＬ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ突然変異がＣＤ４のＫ３５、Ｑ４０、及びＴ４５の位置で疎水性効果を誘発することが明らかとなった以前の報告に基づいて、構造モデル（図２Ａ～２Ｄ）を構築した。これらの結果は、Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ突然変異により、試験したＤＰ対立遺伝子のうち少なくとも４つのＣＤ４結合を強化できることを示した。
実施例３－親和性成熟ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ多量体による同族ＴＣＲの特異的染色
ＤＰ４多量体染色に対するＤＰ４βのＬ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二重突然変異の影響を判定するために、可溶性ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ単量体を生成し、次にこれを抗ＨｉｓタグｍＡｂで二量体化した。ＭＡＧＥ－Ａ３（クローンＲ１２Ｃ９）、ＷＴ１（クローン９）、及びＮＹ－ＥＳＯ－１（クローン５Ｂ８）に特異的な３つの異なるＤＰ４制限ＴＣＲを初代Ｔ細胞に個別に形質導入して、その後、同族ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した。図３Ａ～３Ｐに示すように、各ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で、同族ＴＣＲを発現するＣＤ４＋Ｔ細胞を特異的に染色した。Ｒ１２Ｃ９及びクローン９形質導入済みＴ細胞を、対応するＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体と共に抗Ｖβ２２ｍＡｂ及び抗ＮＧＦＲｍＡｂでそれぞれ共染色したところ、全てのＴＣＲ形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞が、対応するＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で正常に染色されたことが視覚的に確認された（図４Ａ～４Ｈ）。従来の野生型ＤＰ４四量体と比較して、本発明の新規ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体は、従来の野生型ＤＰ４四量体よりも、ＤＰ４／ＷＴ１及びＤＰ４／ＮＹ－ＥＳＯ－１Ｔ細胞の両方をより良く染色した（図５Ａ～５Ｐ）。特に、従来の野生型ＤＰ４／ＮＹ－ＥＳＯ－１四量体は、有効な高濃度であっても同族Ｔ細胞を染色することができなかった（データは示さず）。
実施例４－強固かつ多機能なＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体技術
ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ多量体染色の強固性及び多機能性を判定するために、一連の腫瘍関連抗原に由来する潜在的なＤＰ４制限ペプチドのインビトロでの免疫原性に関して、広範囲のスクリーニングを実施した（表６）。１９６のＤＰ４制限及び腫瘍関連抗原由来２０－ｍｅｒペプチドを、ペプチド予測アルゴリズム（ＮｅｔＭＨＣ２ ｖｅｒ．２．２）を使用して予測し、化学的に合成した（表６）。抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度は、一般に末梢では非常に低い。したがって、６人のＤＰ４＋黒色腫患者から単離した初代ＣＤ４＋Ｔ細胞を、１９６のペプチドを個別にパルスした各ＤＰ４－ａＡＰＣによって１回のみ刺激し、同族ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した。潜在的なインビトロでの初回抗原刺激を避けるために、弱い刺激条件を利用した。図６Ａ～６Ｆに示すように、予測された１０３のＤＰ４ペプチドは、少なくともインビトロで免疫原性があった。
二量体染色結果を検証するために、本発明者らは、二量体陽性Ｔ細胞から、ＣＣＮＤ１２１９－２３８、ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４、ＬＧＳＮ２９６－３１５、ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７、及びＭＵＣ５ＡＣ４９２２－４９４１に特異的な７つのＤＰ４制限ＴＣＲ遺伝子をクローニングした（図７Ａ～７Ｌ及び表８）。ヒトＣＤ４＋ＴＣＲ欠損Ｔ細胞でクローン型に（ｃｌｏｎｏｔｙｐｉｃａｌｌｙ）再構成された場合、これらの全てのＴＣＲは、同族ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体によって正常に染色され（図８Ａ～８Ｘ）、ＤＰ４制限的及び抗原特異的に機能した（図９Ａ～９Ｇ）。
初代Ｔ細胞に個別に発現している４つのＴＣＲのうち、３つのＴＣＲ、すなわち０３－ＣＣＮＤ１２１９－２３８、０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７及び０５－ＭＵＣ５ＡＣ４９２２－４９４１は、ＤＰ４によって内因的に処理され提示された同族ペプチドを認識することができた（図１０Ａ～１０Ｑ及び１１Ａ～１１Ｅ）。重要なことに、０６－ＭＡＧＥ－Ａ２１０８－１２７形質導入済み初代Ｔ細胞は、ＤＰ４及びＭＡＧＥ－Ａ２に依存して黒色腫細胞株を認識することができた（図１２Ａ～１２Ｅ）。
ＣＤ８とは対照的に、補助受容体としてのＣＤ４の役割及び機能は、まだ完全に解明されていない。この情報の欠如は、ＣＤ４とクラスＩＩとの結合が非常に弱いことが主な原因であり、これにより、ＣＤ４とクラスＩＩとの関係性の役割に関する研究が大幅に制限される。本研究では、ＣＤ４との結合が強化されたＨＬＡ－ＤＰ４の親和性成熟形態、すなわちＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍを単離し、新規のＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体技術を開発し、この技術により、ＤＰ４制限抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の検出時に強固性及び厳密性がもたらされる。
このＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体技術を使用して、ＤＰ４制限抗腫瘍Ｔ細胞応答を、インビトロで総合的に研究し、複数のＤＰ４制限免疫原性ペプチド及び同族ＴＣＲ遺伝子を識別した。ＨＬＡ－ＤＰ４は、多くの民族群の中で最も優勢なＨＬＡ対立遺伝子であり、ＤＰ８４Ｇｌｙ群に属する。他のクラスＩＩ分子とは異なり、ＤＰ４などのＤＰ８４Ｇｌｙ分子は、不変鎖及びＨＬＡ－ＤＭ発現に関係なく、内因性源に由来するペプチドを構成的に提示する。クラスＩＩによる内因性ペプチドの改善された提示は、がん患者の生存の延長と相関する。特に、初のヒトのクラスＩＩ制限ＴＣＲ遺伝子治療は、実際にＤＰ４制限ＭＡＧＥ－Ａ３ペプチドを標的としていた（例えば、Ｙａｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ３９：１９１－２０１ （２０１６）を参照されたい）。ＤＰ２及びＤＰ４などのＤＰ８４Ｇｌｙ遺伝子型は、抗好中球細胞質自己抗体関連血管炎の危険対立遺伝子として作用する。内因性腫瘍関連抗原に由来するペプチドを構成的に提示することがあるＤＰ４分子は、他のクラスＩＩ分子よりも臨床的に関連する抗腫瘍性応答を誘導し、防御クラスＩＩ対立遺伝子として機能する可能性がある。
親和性成熟クラスＩＩ分子の識別に対して、本実施例では、β鎖における複数の突然変異について詳述するが、β鎖がα鎖よりもＣＤ４とよりダイレクトに相互作用するので、α鎖については説明しない。α鎖及び／またはβ鎖の別の突然変異が、クラスＩＩとＣＤ４との結合をさらに強化する可能性もある。しかし、過剰なＣＤ４結合能力を有するような可溶性クラスＩＩ分子の使用は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の非特異的染色を起こし、それにより有害な影響をもたらす可能性がある。
結論として、ＣＤ４＋Ｔ細胞は、自己免疫疾患の発症、ならびに病原性感染及びがんの防御において重要な役割を担う。本明細書に記載の新規のＨＬＡクラスＩＩ多量体技術は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子全体にわたるＨＬＡクラスＩＩ制限ＣＤ４＋Ｔ細胞応答の研究をより良好に促進できる。
実施例５－親和性成熟ＨＬＡ－ＤＱ分子の生成
細胞
末梢単核細胞は、密度勾配遠心法（Ｆｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ ＰＬＵＳ， ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ， ＭＡ）によって得た。Ｋ５６２細胞株は、ＨＬＡクラスＩ／ＩＩ発現に欠陥のある赤血白血病細胞株である。Ａ３７５は、黒色腫細胞株である。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞及びＡ３７５細胞を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）で増殖させた。Ｋ５６２及びＪｕｒｋａｔ７６細胞株を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＲＰＭＩ１６４０で培養した。
ペプチド
合成ペプチドを、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）から購入し、ＤＭＳＯに５０μｇ／ｍｌで溶解した。
抗体
フローサイトメトリー解析には、ＰＥ複合抗クラスＩＩ（９－４９ （Ｉ３）、Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ， Ｂｒｅａ， ＣＡ；Ｔｕ３９）、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４（ＲＰＡ－Ｔ４， Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）及びＰＥ複合抗Ｈｉｓタグ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）、の抗体を使用した。死細胞を、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ｎｅａｒ－ＩＲ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ Ｋｉｔ ４６５（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用いて分類した。染色された細胞を、Ｃａｎｔｏ ＩＩまたはＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ Ｘ－２０（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）を用いて解析した。細胞選別を、ＦＡＣＳ Ａｒｉａ ＩＩ （ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）を用いて行った。データ解析を、ＦｌｏｗＪｏソフトウエア（Ｔｒｅｅ Ｓｔａｒ， Ａｓｈｌａｎｄ， ＯＲ）を用いて実施した。
初代Ｔ細胞へのＴＣＲ形質導入
ＣＤ３＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞を、Ｐａｎ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ， Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ， Ｇｅｒｍａｎｙ）及びＣＤ４＋Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ， Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ， Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いてそれぞれ精製した。精製したＴ細胞を、Ｅ：Ｔ比２０：１、２００Ｇｙで照射したａＡＰＣ／ｍＯＫＴ３によって刺激した。翌日から開始して、連続３日間、１，０００×ｇ、３２℃で１時間の遠心分離によって、またはＲｅｔｒｏｎｅｃｔｉｎコーティングプレート（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて、クローニングしたＴＣＲ遺伝子を活性化したＴ細胞にレトロウイルスを介して形質導入した。翌日、１００ＩＵ／ｍｌのＩＬ－２及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１５を、ＴＣＲ形質導入済みＴ細胞に加えた。培養液を２～３日ごとに補充した。
可溶性ＣＤ４による染色
可溶性ＣＤ４（ｓＣＤ４）遺伝子を、ＧＳリンカーによってヒトＣＤ４細胞外ドメインを６ｘＨｉｓタグと融合させることによって生成した。ｓＣＤ４遺伝子をＨＥＫ２９３Ｔ細胞にレトロウイルスを介して形質導入し、ｓＣＤ４単量体を含有する培養物上澄液を回収した。ｓＣＤ４を、ＰＥ標識抗６ｘＨｉｓタグｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）で二量体化し、それを使用した。ヤギ血清の存在下で、室温で３０分、ＨＬＡクラスＩＩ発現Ｋ５６２細胞を二量体化されたｓＣＤ４で染色した。種々のクラスＩＩ遺伝子を個別に発現するＫ５６２由来細胞での表面ＨＬＡクラスＩＩ発現を、図１６Ａ～１６Ｑに示す。
ＨＬＡクラスＩＩ単量体及び二量体の生成
野生型クラスＩＩα遺伝子の細胞外ドメインを、ＧＧＧＳリンカーによって酸性ロイシンジッパーと、続いてＧＳリンカーによって６ｘＨｉｓタグと融合させた（配列番号１８を参照）。突然変異のあるクラスＩＩβ遺伝子の外部ドメイン（配列番号１３を参照）を、ＧＧＧＳリンカーによって塩基性ロイシンジッパーと連結させた（配列番号１４を参照）。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞及びＡ３７５細胞に、２９３ＧＰＧ細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して、α及びβ遺伝子をトランスフェクトし、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭで培養した。二量体染色では、可溶性ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ（つまり、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍに加えて、Ｎ１１０Ｑ／Ｉ１１６Ｖ／Ｓ１１８Ｈ／Ｐ１４６Ｎ置換（４ｒｅｐｓ）を有する）、及び、ＤＱ６Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋３ｒｅｐｓ（つまり、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍに加えて、Ｎ１１０Ｑ／Ｓ１１８Ｈ／Ｐ１４６Ｎ置換（３ｒｅｐｓ）を有する）タンパク質を安定して分泌するＡ３７５細胞を、コンフルエントになるまで増殖させ、４８時間後、培地を回収した。次に、可溶性ＨＬＡクラスＩＩを含有する上澄液を、３７℃で２０～２４時間、１００μｇ／ｍｌの目的のペプチドと混合して、インビトロでペプチド交換を行った。ペプチド交換を行わなかった単量体を対照として使用した。単量体の濃度を、ニッケルコーティングプレート（ＸＰｒｅｓｓＢｉｏ， Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ， ＭＤ）及び抗Ｈｉｓタグビオチン化ｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ， ＭＮ）を用いて、特異的ＥＬＩＳＡによって測定した。可溶性ＨＬＡクラスＩＩ単量体を、染色向けに、ＰＥ複合抗ＨｉｓｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）を用いて２：１のモル比で、４℃で１．５時間かけて二量体化した。
ＨＬＡクラスＩＩ二量体染色
外因性ＴＣＲ遺伝子を形質導入した初代Ｔ細胞を、５０ｎＭダサチニブ（ＬＣ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｗｏｂｕｒｎ， ＭＡ）を用いて、３７℃で３０分間、前処理して、室温で４～５時間、５～１５μｇ／ｍｌのクラスＩＩ二量体で染色した。洗浄後、細胞表面分子を、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４ｍＡｂで対比染色した。
統計的解析
統計的解析を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ６．０ソフトウエア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）を用いて実施した。２つの標本比較には、対応がない両側スチューデントのｔ検定を使用した。標本サイズの事前決定には、統計的方法は使用しなかった。研究者は、実験中または結果の評価中の割り当てを理解していた。実験は無作為なものではかった。
実施例６－ＣＤ４結合能力が強化されたＤＱ分子
親和性が強化されたＤＱ分子を、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ突然変異を導入することによって生成し、これらの置換が、ＣＤ４へのＤＱ５（ＤＱＡ１＊０１：０１－ＤＱＢ１＊０５：０１）などのＨＬＡ－ＤＱ分子の結合を改善できるかどうかを測定した。ＤＱＢ１＊０５：０１は、１１４及び１４３に加えて１１０、１１６、１１８及び１４６の位置に４つの異なるアミノ酸をコードしている。したがって、本発明者らは、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍに加えてＮ１１０Ｑ／Ｉ１１６Ｖ／Ｓ１１８Ｈ／Ｐ１４６Ｎ置換（４ｒｅｐｓ）を有するＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓを発現するＫ５６２細胞を生成し（図１４Ａ）、ｓＣＤ４で細胞を染色した。ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓを発現するＫ５６２細胞は、ＣＤ４結合を強化するが、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ、ＤＱ５４ｒｅｐｓ、または野生型ＤＱ５は、ＣＤ４結合を強化しないことが実証された（図１４Ｂ～１４Ｃ）。重要なことに、４つの位置のうち１つで単一のアミノ酸反転がある種々のＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ変異体を個別に発現する一連のＫ５６２細胞は、強化されたＣＤ４結合能力を欠いていた（図１４Ｄ）。これらの結果は、観察したＤＱ５：ＣＤ４結合の強化の中でＮ１１０Ｑ、Ｉ１１６Ｖ、Ｓ１１８Ｈ、及びＰ１４６Ｎの４つの追加の置換が、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ突然変異の有効性にとって重要であるこを示唆している。
ＤＱＢ１＊０２：０１、０４：０２、及び０６：０１などのＤＱβ鎖は、１１６の位置を除いて、１１０、１１８、及び１４６の位置で異なるアミノ酸をコードする（図１４Ｅ）。ＤＱＢ１＊０５：０１とは異なり、１１４の位置にＶａｌをコードするＤＰＢ１＊０４：０１と同じように、ＤＱＢ１＊０２：０１、０４：０２、及び０６：０１は、１１６の位置にＶａｌをコードする。ＤＱ２Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋３ｒｅｐｓ、ＤＱ４Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋３ｒｅｐｓ、及びＤＱ６Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋３ｒｅｐｓ変異体の全ては、そのβ鎖にＬ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍと共にＮ１１０Ｑ、Ｓ１１８Ｈ及びＰ１４６Ｎ置換（３ｒｅｐｓ）を有し、強化されたＣＤ４結合活性を示した（図１４Ｆ）。
実施例７－同族ＴＣＲを特異的かつ強固に染色する親和性成熟ＤＱ二量体
実施例２に記載の突然変異を有する親和性成熟ＤＱ二量体の能力を、抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を識別する能力に関して評価した。ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ及びＤＱ６Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋３ｒｅｐｓ二量体は、それぞれＤＱ５制限ＤＤＸ３Ｙ特異的ＴＣＲ（Ｅ６）、及びＤＱ６制限インフルエンザウイルス特異的ＴＣＲ（ＤＭ２）を正常に染色した（図１５Ａ～１５Ｂ）。
親和性成熟クラスＩＩ分子の識別に対して、本実施例では、β鎖における複数の突然変異について詳述するが、β鎖がα鎖よりもＣＤ４とよりダイレクトに相互作用するので、α鎖については説明しない。α鎖及び／またはβ鎖の別の突然変異が、クラスＩＩとＣＤ４との結合をさらに強化する可能性もある。しかし、過剰なＣＤ４結合能力を有するような可溶性クラスＩＩ分子の使用は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の非特異的染色を起こし、それにより有害な影響をもたらす可能性がある。
結論として、ＣＤ４＋Ｔ細胞は、自己免疫疾患の発症、ならびに病原性感染及びがんの防御において重要な役割を担う。本明細書に記載の新規のＨＬＡクラスＩＩ多量体技術は、ＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子全体にわたるＨＬＡクラスＩＩ制限ＣＤ４＋Ｔ細胞応答の研究をより良好に促進できる。
実施例８－親和性成熟ＨＬＡ－ＤＲ分子の生成
細胞
末梢単核細胞は、密度勾配遠心法（Ｆｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ ＰＬＵＳ， ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ， ＭＡ）によって得た。Ｋ５６２細胞株は、ＨＬＡクラスＩ／ＩＩ発現に欠陥のある赤血白血病細胞株である。ＣＤ８０及びＣＤ８３に関連する単一のＨＬＡ対立遺伝子として、種々のＨＬＡクラスＩＩ遺伝子を個別に発現するＫ５６２ベースの人工ＡＰＣ（ａＡＰＣ）が、これまでに報告されている（Ｂｕｔｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， ＰｌｏＳ Ｏｎｅ ７， ｅ３０２２９ （２０１２））。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）で増殖させた。Ｋ５６２細胞を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＲＰＭＩ１６４０で培養した。
ペプチド
合成ペプチドを、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）から購入し、ＤＭＳＯに５０μｇ／ｍｌで溶解した。
抗体
フローサイトメトリー解析には、ＰＥ複合抗クラスＩＩ（９－４９（Ｉ３）、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４（ＲＰＡ－Ｔ４， Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）４４、ＰＥ複合抗Ｈｉｓタグ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）、及びＦＩＴＣ複合抗Ｖβ２２（ＩＭＭＵ ５４６， Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ， Ｂｒｅａ， ＣＡ）、の抗体を使用した。死細胞を、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ｎｅａｒ－ＩＲ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ Ｋｉｔ ４６５（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用いて分類した。染色された細胞を、Ｃａｎｔｏ ＩＩまたはＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ Ｘ－２０（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）を用いて解析した。細胞選別を、ＦＡＣＳ Ａｒｉａ ＩＩ （ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）を用いて行った。データ解析を、ＦｌｏｗＪｏソフトウエア（Ｔｒｅｅ Ｓｔａｒ， Ａｓｈｌａｎｄ， ＯＲ）を用いて実施した。
初代Ｔ細胞へのＴＣＲ形質導入
ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＣＤ４＋ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ， Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ， Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて精製した。精製したＴ細胞を、Ｅ：Ｔ比２０：１、２００Ｇｙで照射したａＡＰＣ／ｍＯＫＴ３によって刺激した。翌日から開始して、連続３日間、１，０００×ｇ、３２℃で１時間の遠心分離によって、またはＲｅｔｒｏｎｅｃｔｉｎコーティングプレート（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて、クローニングしたＴＣＲ遺伝子を活性化したＴ細胞にレトロウイルスを介して形質導入した。翌日、１００ＩＵ／ｍｌのＩＬ－２及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１５を、ＴＣＲ形質導入済みＴ細胞に加えた。培養液を２～３日ごとに補充した。
可溶性ＣＤ４による染色
可溶性ＣＤ４（ｓＣＤ４）遺伝子を、ＧＳリンカーによってヒトＣＤ４細胞外ドメインを６ｘＨｉｓタグと融合させることによって生成した。ｓＣＤ４遺伝子をＨＥＫ２９３Ｔ細胞にレトロウイルスを介して形質導入し、ｓＣＤ４単量体を含有する培養物上澄液を回収した。ｓＣＤ４を、ＰＥ標識抗６ｘＨｉｓタグｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）で二量体化し、それを使用した。ヤギ血清の存在下で、室温で３０分、ＨＬＡクラスＩＩ発現Ｋ５６２細胞を二量体化されたｓＣＤ４で染色した。種々のクラスＩＩ遺伝子を個別に発現するＫ５６２由来細胞での表面ＨＬＡクラスＩＩ発現を、図２０Ａ～２０ＩＩに示す。
ＨＬＡクラスＩＩ単量体及び二量体の生成
野生型クラスＩＩα遺伝子の細胞外ドメインを、ＧＧＧＳリンカーによって酸性ロイシンジッパーと、続いてＧＳリンカーによって６ｘＨｉｓタグと融合させた（配列番号２６を参照）。突然変異のあるクラスＩＩβ遺伝子の外部ドメイン（配列番号２１を参照）を、ＧＧＧＳリンカーによって塩基性ロイシンジッパーと連結させた（配列番号２２を参照）。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞に、２９３ＧＰＧ細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して、α及びβ遺伝子をトランスフェクトし、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭで培養した。ＤＲ１二量体染色では、可溶性ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ、ＤＲ７Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ及びＤＲ１１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓタンパク質（つまり、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍに加えてＳ１１８Ｈ／Ｔ１５７Ｉ置換（２ｒｅｐｓ）を有する）を安定して分泌するＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、コンフルエントになるまで増殖させ、４８時間後、培地を回収した。次に、可溶性ＨＬＡクラスＩＩを含有する上澄液を、３７℃で２０～２４時間、１００μｇ／ｍｌの目的のペプチドと混合して、インビトロでペプチド交換を行った。ペプチド交換を行わなかった単量体を対照として使用した。単量体の濃度を、ニッケルコーティングプレート（ＸＰｒｅｓｓＢｉｏ， Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ， ＭＤ）及び抗Ｈｉｓタグビオチン化ｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ， Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ， ＭＮ）を用いて、特異的ＥＬＩＳＡによって測定した。可溶性ＨＬＡクラスＩＩ単量体を、染色向けに、ＰＥ複合抗ＨｉｓｍＡｂ（ＡＤ１．１．１０， Ａｂｃａｍ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）を用いて２：１のモル比で、４℃で１．５時間かけて二量体化した。
ＨＬＡクラスＩＩ二量体染色
外因性ＴＣＲ遺伝子を形質導入した初代Ｔ細胞を、５０ｎＭダサチニブ（ＬＣ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｗｏｂｕｒｎ， ＭＡ）を用いて、３７℃で３０分間、前処理して、室温で４～５時間、５～１５μｇ／ｍｌのクラスＩＩ二量体で染色した。洗浄後、細胞表面分子を、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４ｍＡｂ、及びＰＥ複合抗Ｖβ２２ｍＡｂで対比染色した。
タンパク質モデリング
ＨＬＡ－ＤＲ１及びヒトＣＤ４複合体モデル構造を、４成分構造予測用のＳｗｉｓｓ－Ｍｏｄｅｌワークスペースを用いて、ＰＤＢ ＩＤ：３Ｓ５Ｌ及び３Ｔ０Ｅの構造に基づいて予測した。
統計的解析
統計的解析を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ６．０ソフトウエア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）を用いて実施した。２つの標本比較には、対応がない両側スチューデントのｔ検定を使用した。標本サイズの事前決定には、統計的方法は使用しなかった。研究者は、実験中または結果の評価中の割り当てを理解していた。実験は無作為なものではかった。
バイオレイヤー干渉測定及び定常状態分析
ヒトＣＤ４の細胞外ドメイン（ＮＰ＿０００６０７．１の残基２６～４４０）、続いてＧＳリンカー及び１０×ヒスチジン（Ｈｉｓ）タグは、ヒト細胞株Ａ３７５で安定して発現した（配列番号２６２～２６３：表７）。組換え１０×Ｈｉｓタグ付きＣＤ４タンパク質を、ＴＡＬＯＮ金属親和性レジン（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて上澄液から精製した。溶出したタンパク質を、１０ｋＤａのＭＷＣＯのＡｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ－１５スピンカラム（ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＳｉｇｍａ， Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ， ＭＡ）を用いて濃縮した。緩衝液を、１０ ｋＤａ ＭＷＣＯ ＭＩＮＩ Ｄｉａｌｙｚｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用いて、ＨＢＳ－ＥＰ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ， ＭＡ）に交換した。ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって確認したところ、組換えＣＤ４タンパク質の純度は、一貫して９０％を超えていた。
組換えＤＲ１タンパク質は、ＤＲＡ１＊０１：０１の細胞外ドメイン、及び野生型ＤＲＢ１＊０１：０１またはＬ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ変異体で構成されていた。ＤＲＡ１＊０１：０１の次に、酸性ロイシンジッパー、ＧＳリンカー、及び１０×ヒスチジンタグが続くものに対して他方では、野生型及び変異体ＤＲＢ１の次に、塩基性ロイシンジッパー、ＧＳリンカー、及びビオチン化配列（ＧＬＮＤＩＦＥＡＱＫＩＥＷＨＥ；配列番号２６４）が続くものであった。ＤＲＡ遺伝子及びＤＲＢ遺伝子の両方は、Ａ３７５－ＢｉｒＡ細胞で安定して発現し、その細胞には、５’末端でリーダー配列、３’末端でＥＲ保持ＫＤＥＬモチーフをコードするコドン最適化ＢｉｒＡ遺伝子が形質導入されていた。組換えＤＲ１タンパク質を、ＴＡＬＯＮ金属親和性レジン（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ， Ｓｈｉｇａ， Ｊａｐａｎ）を用いて上澄液から精製した。溶出したタンパク質を、１０ｋＤａのＭＷＣＯのＶｉｖａｓｐｉｎ ５００スピンカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ， ＭＡ）を用いて濃縮し、ＰＢＳ中で実用量に再構成した。
野生型ＤＲ１及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓとＣＤ４との結合は、Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄシステム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ， Ｆｒｅｍｏｎｔ， ＣＡ）によって測定した。実験は、９６ウェルＯｐｔｉＰｌａｔｅ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）を用い、サンプル量２００μｌで、１，０００ｒｐｍで一定に振とうしながら２５℃で実施した。ビオチン化組換えＤＲ１を、ストレプトアビジンコーティングバイオセンサー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ， Ｆｒｅｍｏｎｔ， ＣＡ）に飽和するまでロードし、続いてＨＢＳ－ＥＰ緩衝液中でベースライン測定を行った。滴定濃度の組換えＣＤ４（０．８１２５～２６μＭ）をロードしたセンサーを４００秒間インキューベートして、その後、ＨＢＳ－ＥＰ緩衝液のみで３００秒間解離することによって、結合を測定した。定常状態分析を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７．０の１部位特異的結合モデルを用いて適合した。
実施例９－ＣＤ４結合能力が強化されたＤＲ分子
親和性が強化されたＤＲ分子を、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ突然変異を導入することによって生成し、これらの置換が、ＣＤ４へのＤＲ１対立遺伝子（ＤＲＡ１＊０１：０１－ＤＲＢ１＊０１：０１）などのＨＬＡ－ＤＲ分子の結合を改善できるかどうかを測定した。ＤＲＢ１＊０１：０１は、１１４及び１４３に加えて１１８、１３９、１４６、１５７、１６３及び１６４の位置に６つの異なるアミノ酸をコードしている（図１７Ａ）。ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓは、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ及び野生型ＤＲ１と比較してＣＤ４結合が強いことを示した（図１７Ｂ及び１７Ｃ）。Ｓ１１８ＨまたはＴ１５７Ｉで単一のアミノ酸反転があるが、他の４つの位置では単一のアミノ酸反転がないＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ由来変異体のライブラリは、ＣＤ４結合能力が低いこを示し、これはＳ１１８Ｈ及びＴ１５７Ｉ突然変異の両方が重要であることを示唆している（図１７Ｄ）。
実際、β鎖にＬ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋Ｓ１１８Ｈ／Ｔ１５７Ｉ置換（２ｒｅｐｓ）を有するＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓのＣＤ４結合能力は、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓのそれと同等であった（図１７Ｅ）。これらの結果は、ＣＤ４へのＤＲ１の結合の改善において、Ｓ１１８Ｈ及びＴ１５７Ｉの２つの追加の置換が、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ突然変異の機能にとって極めて重要であることを示唆している。
ＤＲＢ１＊０３：０１、０４：０１、０７：０１、１０：０１、１１：０１、及び１３：０１などのＤＲβ鎖は、１１４及び１４３に加えて１１８、１３９、１４６、１５７、１６３、及び１６４の位置で異なるアミノ酸をコードする（図１７Ｆ）。興味深いことに、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ変異体とＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ変異体とのＣＤ４結合活性を比較すると、ＤＲ１の場合とは異なり、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ突然変異は、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ７、ＤＲ１０、ＤＲ１１及びＤＲ１３の場合に、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ突然変異と比較して、ＣＤ４結合を改善できることを示した（図１７Ｇ～１７Ｌ）。
バイオレイヤー干渉測定（ＢＬＩ）結合アッセイを使用して、野生型ＤＲ１及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓのＣＤ４に対する親和性を測定した。野生型ＤＲ１とＣＤ４との間に結合は検出されなかったが（図１７Ｍ）、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓは、ＫＤが１４μＭ（±２．３）でＣＤ４に結合した（図１７Ｎ～１７Ｏ）。
実施例１０－同族ＴＣＲを特異的かつ強固に染色する親和性成熟ＤＲ二量体
実施例２に記載の突然変異を有する親和性成熟ＤＲ二量体の能力を、抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を識別する能力に関して評価した。ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ、ＤＲ７Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ、及びＤＲ１１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体は、それぞれ、ＤＲ１制限ＴＣＲ：ＨＡ１．７及びＳＢ９５、ＤＲ７制限ＴＣＲ ＳＤ３３４、ならびに、ＤＲ１１制限ＴＣＲ Ｆ２４を特異的に染色した（図１８Ａ～１８Ｃ）。Ｆ２４形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞を、対応するＤＲ１１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体と共に抗Ｖβ２２ｍＡｂで共染色したところ、全てのＴＣＲ形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞が、対応するＤＲ１１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体で正常に染色されたことが視覚的に確認された（図１８Ｄ）。
ＣＤ４及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓで構成される複合体の構造モデルも、Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ置換の潜在的な疎水性効果を示した（図１９Ａ～１９Ｂ）。さらに、疎水性スタッキングが、α鎖のＰ９６とβ鎖のＳ１１８Ｈとの間で観察され（図１９Ｃ）、またＴ１５７Ｉ置換が、Ｖ１１９、Ｆ１１２、Ｉ１２７、Ｖ１２９、Ｌ１４７及びＴ１５７を取り囲んでいるβシートに局在化していることが見られた（図１９Ｄ）。α鎖及び／またはβ鎖の別の突然変異が、クラスＩＩとＣＤ４との結合をさらに強化する可能性もある。しかし、過剰なＣＤ４結合能力を有するような可溶性クラスＩＩ分子の使用は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の非特異的染色を起こし、それにより有害な影響をもたらす可能性がある。
親和性成熟クラスＩＩ分子の識別に対して、本実施例では、β鎖における複数の突然変異について詳述するが、β鎖がα鎖よりもＣＤ４とよりダイレクトに相互作用するので、α鎖については説明しない。α鎖及び／またはβ鎖の別の突然変異が、クラスＩＩとＣＤ４との結合をさらに強化する可能性もある。しかし、過剰なＣＤ４結合能力を有するような可溶性クラスＩＩ分子の使用は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の非特異的染色を起こし、それにより有害な影響をもたらす可能性がある。
結論として、ＣＤ４＋Ｔ細胞は、自己免疫疾患の発症、ならびに病原性感染及びがんの防御において重要な役割を担う。本明細書に記載の新規のＨＬＡクラスＩＩ多量体技術は、ＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子全体にわたるＨＬＡクラスＩＩ制限ＣＤ４＋Ｔ細胞応答の研究をより良好に促進できる。
実施例１１
内因性（非形質導入）抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞のＤＰ４多量体染色を分析した。新規のＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体（図２１Ａ～２１Ｂ）は、従来のＤＰ４デキストラマー（図２１Ｃ～２１Ｄ）よりも強力に内因性ＴＲＰＣ１５７８－５９７特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を陽性染色した。ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体は、従来の四量体（図２２Ｃ～２２Ｄ）またはデキストラマー（図２２Ｅ～２２Ｆ）と比較して、内因性（非形質導入）ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１７０特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞（図２２Ａ～２２Ｂ；表９）の染色を著しく改善することを示した。
次に、インビトロ刺激なしで、一連の病原体関連ペプチドに特異的なＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体によるメモリーＣＤ４＋Ｔ細胞のエクスビボ染色を実施した。破傷風毒素９４８－９６８（ＴＴ９４８－９６８）、単純ヘルペスウイルスタイプ２－ＵＬ２１２８３－３０２（ＨＳＶ－２－ＵＬ２１２８３－３０２）、及び呼吸系発疹ウイルス糖タンパク質１６２－１７５（ＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５）に対して、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体によってＣＤ４＋Ｔ細胞の小サブセットを陽性染色した（図２３Ａ～２３Ｙ）。次に、本発明者らは、ＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５（図２４Ａ～２４Ｖ）、及びＴＴ９４８－９６８二量体（図２５Ａ～２５Ｒ）＋ＣＤ４＋Ｔ細胞からの限界希釈によって、内因性（非形質導入）単細胞クローンを構築した。これらのＴ細胞クローンは、抗原特異的にＩＬ－２を産生した（図２４Ｗ及び２４Ｓ）。１つの優性ペアを含む複数のＴＣＲαβペアを、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１ＭのＲＳＶ－ＧＰ及びＴＴ二量体＋単細胞クローン（表９）から単離した。図２４Ａ～２４Ｗ及び図２５Ａ～２５Ｓでは、単細胞クローンは、ＲＳＶ－ＧＰ１６２－１７５及びＴＴ９４８－９６８二量体＋細胞から限界希釈することによって構築した。これらのＲＳＶ－ＧＰ及びＴＴ二量体＋単細胞クローンを、３つの異なるＤＰ４多量体（ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体、野生型ＤＰ４四量体、または野生型ＤＰ４デキストラマー）によって個別に染色し、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体は、従来の野生型ＤＰ４ ＲＳＶ－ＧＰデキストラマー、ならびに野生型ＤＰ４ ＴＴ四量体及びデキストラマーよりも、ＲＳＶ－ＧＰ特異的クローン（ｃ１２及びｃ３９）ならびにＴＴ特異的クローン（ｃ２及びｃ９）をより良好に染色することを示した（図２６Ａ～２６ＮＮ）。
野生型ＤＱ５及びＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ二量体（表１０）、ならびにＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体を生成し、ＴＣＲ形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞へのそれらの染色を比較した。野生型ＤＱ５二量体では、Ｅ６形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞は検出されなかった。ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ二量体は、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体と比較してＥ６形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞の弱い染色しか示さなかったが、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓは強固な染色を示した（図２７Ａ～２７Ｌ）。ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体染色を検証するために、本発明者らは、ＧＰＣ３１３８－１５７に特異的なＤＱ５制限ＴＣＲ遺伝子を、インビトロでペプチド特異的に増殖させた二量体＋ＣＤ４＋Ｔ細胞からクローニングした。ヒトＣＤ４＋ＴＣＲ欠損Ｔ細胞でクローン型に再構成された場合、ＴＣＲは、同族ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体によって正常に染色され、ＤＱ５制限的及び抗原特異的に機能した（図２８Ａ～２８Ｇ）。
インビトロ刺激なしで、インフルエンザウイルス血球凝集素（Ｆｌｕ－ＨＡ）ペプチドに特異的なＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体によるメモリーＣＤ４＋Ｔ細胞のエクスビボ染色を実施した。Ｆｌｕ－ＨＡ１１７－１３６及びＦｌｕ－ＨＡ３０６－３１８に対して、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体によってＣＤ４＋Ｔ細胞の小サブセットを陽性染色した（図２９Ａ～２９Ｌ）。野生型ＤＲ１、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ、ならびにＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ二量体及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体を生成し、ＴＣＲ形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞のそれらの染色を比較した。野生型ＤＲ１及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ二量体の両方では、ＣＤ４＋Ｔ細胞の同族ＴＣＲ（ＨＡ１．７）はごくわずかしか検出されず、その一方で、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ及びＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋６ｒｅｐｓ二量体は、類似の強固な染色を示した。重要なことに、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体は、野生型ＤＲ１デキストラマーよりも、より強固で、より良好な間隔でＨＡ１．７形質導入済みＣＤ４＋Ｔ細胞を染色した（図３０Ａ～３０Ｘ）。ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体染色を検証するために、ＨＳＤ１７Ｂ１２２２５－２４４及びＬＹ６Ｋ９９－１１８に特異的なＤＲ１制限ＴＣＲ遺伝子を、インビトロでペプチド特異的に増殖させた二量体＋ＣＤ４＋Ｔ細胞からクローニングした。初代ＣＤ４＋Ｔ細胞でクローン型に再構成された場合、２つのＴＣＲ（表１１）は、同族ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体によって正常に染色され、ＤＲ１制限的及び抗原特異的に機能した（図３１Ａ～３１Ｏ）。
方法
細胞
末梢単核細胞は、密度勾配遠心法によって得た。ＣＤ８０及びＣＤ８３に関連する単一のＨＬＡ対立遺伝子として、種々のＨＬＡクラスＩＩ遺伝子を個別に発現するＫ５６２ベースの人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）が、これまでに報告されている（Ｂｕｔｌｅｒ， Ｍ．Ｏ． ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ７， ｅ３０２２９ （２０１２）を参照されたい）。Ｊｕｒｋａｔ７６細胞株は、内因性ＴＣＲ、ＣＤ４、及びＣＤ８発現を欠くＴ細胞白血病細胞株である（Ｈｅｅｍｓｋｅｒｋ， Ｍ．Ｈ． ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １０２， ３５３０－３５４０ （２００３）を参照されたい）。Ｊｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４細胞を、ヒトＣＤ４遺伝子をレトロウイルスを介して形質導入することによって生成した。Ａ３７５細胞は、黒色腫細胞株である。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞及びＡ３７５細胞を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭで増殖させた。Ｊｕｒｋａｔ７６細胞株を、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＲＰＭＩ１６４０で培養した。
ペプチド／抗体
合成ペプチドをＤＭＳＯに５０μｇ／ｍｌで溶解した。フローサイトメトリー解析には、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４（ＲＰＡ－Ｔ４， Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ；Ｗｏｏｌｄｒｉｄｇｅ， Ｌ． ｅｔ ａｌ．， Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ３６， １８４７－１８５５ （２００６）を参照）及びＰＥ複合抗Ｈｉｓタグ（ＡＤ１．１．１０， ＡＢＣＡＭ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）、の抗体を使用した。死細胞を、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ Ｋｉｔを用いて分類した。染色された細胞を、ＦＡＣＳＣａｎｔｏ ＩＩまたはＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ Ｘ－２０を用いて解析した。細胞選別を、ＦＡＣＳＡｒｉａ ＩＩを用いて行った。データ解析を、ＦｌｏｗＪｏソフトウエア（バージョン９．９．６）を用いて実施した。
遺伝子
新規のＴＣＲ遺伝子を、５’ｃＤＮＡ末端高速増幅（ＲＡＣＥ）ＰＣＲによってクローニングして、上述したように配列決定した（例えば、Ｎａｋａｔｓｕｇａｗａ， Ｍ． ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ Ｒｅｐ ６， ２３８２１ （２０１６）、Ｎａｋａｔｓｕｇａｗａ， Ｍ． ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １９４， ３４８７－３５００ （２０１５）、Ｏｃｈｉ， Ｔ． ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｓ ３， １０７０－１０８１ （２０１５）を参照されたい。これらのそれぞれは、本明細書中にその全体が参考として組み込まれる）。全ての遺伝子をｐＭＸレトロウイルスベクターにクローニングし、２９３ＧＰＧ及びＰＧ１３細胞ベースのレトロウイルスシステムを用いて細胞株に形質導入した（例えば、Ｈｉｒａｎｏ， Ｎ． ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １０７， １５２８－１５３６ （２００６）、Ｂｕｔｌｅｒ， Ｍ．Ｏ． ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １３， １８５７－１８６７ （２００７）、Ｈｉｒａｎｏ， Ｎ． ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １２， ２９６７－２９７５ （２００６）を参照されたい。これらのそれぞれは、本明細書中にその全体が参考として組み込まれる）。
ＨＬＡクラスＩＩ単量体及び二量体の生成
ＨＥＫ２９３Ｔ細胞に、２９３ＧＰＧ細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して、α及びβ遺伝子をトランスフェクトし（Ｈｉｒａｎｏ， Ｎ． ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １０７， １５２８－１５３６ （２００６）、Ｂｕｔｌｅｒ， Ｍ．Ｏ． ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １３， １８５７－１８６７ （２００７）、Ｈｉｒａｎｏ， Ｎ． ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １０８， ２６６２－２６６８ （２００６）を参照）、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭで培養した。ＤＰ４二量体染色では、可溶性ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍタンパク質を安定して分泌するＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、コンフルエントになるまで増殖させ、培地を、無血清２９３のＳＦＭ ＩＩ培地（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｗａｌｔｈａｍ， ＭＡ）と交換した。
Ａ３７５細胞に、２９３ＧＰＧ細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して、α及びβ遺伝子をトランスフェクトし（例えば、Ｈｉｒａｎｏ， Ｎ． ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １０７， １５２８－１５３６ （２００６）、Ｂｕｔｌｅｒ， Ｍ．Ｏ． ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １３， １８５７－１８６７ （２００７）、及びＨｉｒａｎｏ， Ｎ． ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １０８， ２６６２－２６６８ （２００６）を参照されたい。これらのそれぞれは、本明細書中にその全体が参考として組み込まれる）、１０％ＦＢＳ及び５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭで培養した。
４８時間後、馴化培地を回収し、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａフィルター（分画分子量（ＭＷＣＯ）１０ｋＤａ）（ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＳｉｇｍａ， Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ， ＭＡ）を用いて濃縮した。次に、可溶性ＨＬＡクラスＩＩを含有する上澄液を、３７℃で２０～２４時間、１００μｇ／ｍｌの目的のペプチドと混合して、インビトロでペプチド交換を行った。単量体の濃度を、ニッケルコーティングプレート及び抗Ｈｉｓタグビオチン化ｍＡｂを用いて、特異的ＥＬＩＳＡによって測定した。可溶性ＨＬＡクラスＩＩ単量体を、染色向けに、ＰＥ複合抗ＨｉｓｍＡｂを用いて２：１のモル比で、４℃で１．５時間かけて二量体化した。
ＤＰ４制限抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の刺激
ＣＤ４＋Ｔ細胞を精製して、１０μｇ／ｍｌのＤＰ４制限ペプチドをパルスし、かつＥ：Ｔ比２０：１、２００Ｇｙで照射したＤＰ４発現ａＡＰＣによって刺激した。４８時間後、１０ＩＵ／ｍｌのＩＬ－２及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１５を、ＣＤ４＋Ｔ細胞に加えた。ＩＬ－２（１０ＩＵ／ｍｌ）及びＩＬ－１５（１０ｎｇ／ｍｌ）を補充した培養液を、２～３日ごとに補充した。２週間の刺激後、Ｔ細胞を、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体染色に供した。
ＤＱ５制限抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の刺激
ＣＤ４＋Ｔ細胞を精製して、次いで、１０μｇ／ｍｌのＧＰＣ３１３８－１５７をパルスし、かつＥ：Ｔ比２０：１、２００Ｇｙで照射したＤＱ５発現ａＡＰＣによって刺激した。４８時間後、１０ＩＵ／ｍｌのＩＬ－２及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１５を、ＣＤ４＋Ｔ細胞に加えた。ＩＬ－２（１０ＩＵ／ｍｌ）及びＩＬ－１５（１０ｎｇ／ｍｌ）を補充した培養液を、２～３日ごとに補充した。２週間後、Ｔ細胞を、ＤＱ５Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋４ｒｅｐｓ二量体染色に供した。
ＤＲ１制限抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の刺激
ＣＤ４＋Ｔ細胞を精製して、次いで、１０μｇ／ｍｌのＤＲ１制限ペプチドをパルスし、かつＥ：Ｔ比２０：１、２００Ｇｙで照射したＤＲ１発現ａＡＰＣによって刺激した。４８時間後、１０ＩＵ／ｍｌのＩＬ－２及び１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１５を、ＣＤ４＋Ｔ細胞に加えた。ＩＬ－２（１０ＩＵ／ｍｌ）及びＩＬ－１５（１０ｎｇ／ｍｌ）を補充した培養液を、２～３日ごとに補充した。２週間後、Ｔ細胞を、ＤＲ１Ｌ１１４Ｗ／Ｖ１４３Ｍ＋２ｒｅｐｓ二量体染色に供した。
ＨＬＡクラスＩＩ二量体、四量体、及びデキストラマー染色
ＤＰ４四量体及びデキストラマーと、ＤＲ１デキストラマーとを、多量体染色分析で比較した。
抗原特異的ＴＣＲ遺伝子を形質導入した初代ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＪｕｒｋａｔ７６／ＣＤ４Ｔ細胞を、５０ｎＭダサチニブを用いて、３７℃で３０分間、前処理して、室温で４～５時間、５～１５μｇ／ｍｌのクラスＩＩ二量体で染色した。洗浄後、細胞表面分子を、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４ｍＡｂで対比染色した。
黒色腫患者由来のＰＢＭＣからの未刺激のＣＤ４＋Ｔ細胞の二量体染色
１００万個のＣＤ４＋Ｔ細胞を、精製し、５０ｎＭダサチニブを用いて、３７℃で３０分間、前処理した。細胞を、室温で４～５時間、５～１５μｇ／ｍｌのクラスＩＩ二量体で染色した。洗浄後、細胞表面分子を、ＡＰＣ－Ｃｙ７－複合抗ＣＤ４ｍＡｂで対比染色した。二量体＋細胞の絶対数をフローサイトメトリーによって測定した。
ＤＰ４二量体＋Ｔ細胞の増殖及び単一Ｔ細胞クローンの構築
ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体＋Ｔ細胞の増殖のために、ＣＤ４＋Ｔ細胞を、前述のように刺激し、かつＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した。二量体＋細胞を、抗ＰＥ磁気ビーズを用いて選別し、Ｅ：Ｔ比５～２０：１、２００Ｇｙで照射した人工ＡＰＣ／ｍＯＫＴ３を用いて増殖させた（Ｂｕｔｌｅｒ， Ｍ．Ｏ． ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ７， ｅ３０２２９ （２０１２）を参照されたい）。ＩＬ－２（１０ＩＵ／ｍｌ）及びＩＬ－１５（１０ｎｇ／ｍｌ）を補充した培養液を、２～３日ごとに補充した。２～３週間後、Ｔ細胞を、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体染色に供した。ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体＋単細胞クローンを、上述したように限界希釈によって生成した（Ｓｕ， Ｌ．Ｆ． ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ３８， ３７３－３８３ （２０１３）を参照）。簡単に述べると、メモリーＣＤ４＋Ｔ細胞を精製して、ダサチニブ前処理なしで、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した。二量体＋細胞を選別し、次いで、複数の同種異系ドナー由来の、９６ウェルプレート中の２０Ｇｙで照射された５μｇ／ｍｌのＰＨＡ－Ｐ及びＰＢＭＣで刺激した。ＩＬ－２（１００ＩＵ／ｍｌ）及びＩＬ－１５（１０ｎｇ／ｍｌ）による１週間の刺激後、培養液を補充及び補給した。２週間後、単細胞クローンを、ＤＰ４Ｌ１１２Ｗ／Ｖ１４１Ｍ二量体で染色した。
ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ
サイトカインＥＬＩＳＰＯＴアッセイを、以前に報告されたように実施した（例えば、Ｙａｍａｓｈｉｔａ， Ｙ． ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ８， １５２４４ （２０１７）、及びＡｎｃｚｕｒｏｗｓｋｉ， Ｍ． ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ Ｒｅｐ ８， ４８０４ （２０１８）を参照されたい。そのそれぞれは、本明細書中にその全体が参考として組み込まれる）。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
ＭＨＣクラスＩＩ特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を識別する方法であって、Ｔ細胞を、ＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体と接触させることを含み、
前記Ｔ細胞は、ＣＤ４及び１つ以上のＴＣＲを発現し、
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子がＣＤ４に対して有している親和性よりも、前記ＣＤ４に対して高い親和性を有し、
前記ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲは、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子及び前記ペプチドを含む前記複合体に特異的に結合する、前記方法。
（項目２）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型ベータ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記アルファ鎖は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の野生型アルファ鎖と比較して１つ以上の突然変異を有するアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記１つ以上の突然変異は、置換突然変異を含む、項目２または３に記載の方法。
（項目５）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、もしくはＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子、またはこれらの任意の組み合わせである、項目１～４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６）
（ｉ）前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子であるか、（ｉｉ）前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記アルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰ対立遺伝子であるか、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方である、項目１～５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７）
前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＤＰ１、ＤＰ２、ＤＰ３、ＤＰ４、ＤＰ５、ＤＰ６、ＤＰ８、またはＤＰ９対立遺伝子である、項目１～６のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＤＰＢ１＊０１、ＤＰＢ１＊０２、ＤＰＢ１＊０３、ＤＰＢ１＊０４、ＤＰＢ１＊０５、ＤＰＢ１＊０６、ＤＰＢ１＊０８、ＤＰＢ１＊０９、ＤＰＢ１＊１０、ＤＰＢ１＊１００、ＤＰＢ１＊１０１、ＤＰＢ１＊１０２、ＤＰＢ１＊１０３、ＤＰＢ１＊１０４、ＤＰＢ１＊１０５、ＤＰＢ１＊１０６、ＤＰＢ１＊１０７、ＤＰＢ１＊１０８、ＤＰＢ１＊１０９、ＤＰＢ１＊１１０、ＤＰＢ１＊１１１、ＤＰＢ１＊１１２、ＤＰＢ１＊１１３、ＤＰＢ１＊１１４、ＤＰＢ１＊１１５、ＤＰＢ１＊１１６、ＤＰＢ１＊１１７、ＤＰＢ１＊１１８、ＤＰＢ１＊１１９、ＤＰＢ１＊１１、ＤＰＢ１＊１２０、ＤＰＢ１＊１２１、ＤＰＢ１＊１２２、ＤＰＢ１＊１２３、ＤＰＢ１＊１２４、ＤＰＢ１＊１２５、ＤＰＢ１＊１２６、ＤＰＢ１＊１２７、ＤＰＢ１＊１２８、ＤＰＢ１＊１２９、ＤＰＢ１＊１３０、ＤＰＢ１＊１３１、ＤＰＢ１＊１３２、ＤＰＢ１＊１３３、ＤＰＢ１＊１３４、ＤＰＢ１＊１３５、ＤＰＢ１＊１３６、ＤＰＢ１＊１３７、ＤＰＢ１＊１３８、ＤＰＢ１＊１３９、ＤＰＢ１＊１３、ＤＰＢ１＊１４０、ＤＰＢ１＊１４１、ＤＰＢ１＊１４２、ＤＰＢ１＊１４３、ＤＰＢ１＊１４４、ＤＰＢ１＊１４５、ＤＰＢ１＊１４６、ＤＰＢ１＊１４７、ＤＰＢ１＊１４８、ＤＰＢ１＊１４９、ＤＰＢ１＊１４、ＤＰＢ１＊１５０、ＤＰＢ１＊１５１、ＤＰＢ１＊１５２、ＤＰＢ１＊１５３、ＤＰＢ１＊１５４、ＤＰＢ１＊１５５、ＤＰＢ１＊１５６、ＤＰＢ１＊１５７、ＤＰＢ１＊１５８、ＤＰＢ１＊１５９、ＤＰＢ１＊１５、ＤＰＢ１＊１６０、ＤＰＢ１＊１６１、ＤＰＢ１＊１６２、ＤＰＢ１＊１６３、ＤＰＢ１＊１６４、ＤＰＢ１＊１６５、ＤＰＢ１＊１６６、ＤＰＢ１＊１６７、ＤＰＢ１＊１６８、ＤＰＢ１＊１６９、ＤＰＢ１＊１６、ＤＰＢ１＊１７０、ＤＰＢ１＊１７１、ＤＰＢ１＊１７２、ＤＰＢ１＊１７３、ＤＰＢ１＊１７４、ＤＰＢ１＊１７５、ＤＰＢ１＊１７６、ＤＰＢ１＊１７７、ＤＰＢ１＊１７８、ＤＰＢ１＊１７９、ＤＰＢ１＊１７、ＤＰＢ１＊１８０、ＤＰＢ１＊１８１、ＤＰＢ１＊１８２、ＤＰＢ１＊１８３、ＤＰＢ１＊１８４、ＤＰＢ１＊１８５、ＤＰＢ１＊１８６、ＤＰＢ１＊１８７、ＤＰＢ１＊１８８、ＤＰＢ１＊１８９、ＤＰＢ１＊１８、ＤＰＢ１＊１９０、ＤＰＢ１＊１９１、ＤＰＢ１＊１９２、ＤＰＢ１＊１９３、ＤＰＢ１＊１９４、ＤＰＢ１＊１９５、ＤＰＢ１＊１９６、ＤＰＢ１＊１９７、ＤＰＢ１＊１９８、ＤＰＢ１＊１９９、ＤＰＢ１＊１９、ＤＰＢ１＊２００、ＤＰＢ１＊２０１、ＤＰＢ１＊２０２、ＤＰＢ１＊２０３、ＤＰＢ１＊２０４、ＤＰＢ１＊２０５、ＤＰＢ１＊２０６、ＤＰＢ１＊２０７、ＤＰＢ１＊２０８、ＤＰＢ１＊２０９、ＤＰＢ１＊２０、ＤＰＢ１＊２１０、ＤＰＢ１＊２１１、ＤＰＢ１＊２１２、ＤＰＢ１＊２１３、ＤＰＢ１＊２１４、ＤＰＢ１＊２１５、ＤＰＢ１＊２１６、ＤＰＢ１＊２１７、ＤＰＢ１＊２１８、ＤＰＢ１＊２１９、ＤＰＢ１＊２１、ＤＰＢ１＊２２０、ＤＰＢ１＊２２１、ＤＰＢ１＊２２２、ＤＰＢ１＊２２３、ＤＰＢ１＊２２４、ＤＰＢ１＊２２５、ＤＰＢ１＊２２６、ＤＰＢ１＊２２７、ＤＰＢ１＊２２８、ＤＰＢ１＊２２９、ＤＰＢ１＊２２、ＤＰＢ１＊２３０、ＤＰＢ１＊２３１、ＤＰＢ１＊２３２、ＤＰＢ１＊２３３、ＤＰＢ１＊２３４、ＤＰＢ１＊２３５、ＤＰＢ１＊２３６、ＤＰＢ１＊２３７、ＤＰＢ１＊２３８、ＤＰＢ１＊２３９、ＤＰＢ１＊２３、ＤＰＢ１＊２４０、ＤＰＢ１＊２４１、ＤＰＢ１＊２４２、ＤＰＢ１＊２４３、ＤＰＢ１＊２４４、ＤＰＢ１＊２４５、ＤＰＢ１＊２４６、ＤＰＢ１＊２４７、ＤＰＢ１＊２４８、ＤＰＢ１＊２４９、ＤＰＢ１＊２４、ＤＰＢ１＊２５０、ＤＰＢ１＊２５１、ＤＰＢ１＊２５２、ＤＰＢ１＊２５３、ＤＰＢ１＊２５４、ＤＰＢ１＊２５５、ＤＰＢ１＊２５６、ＤＰＢ１＊２５７、ＤＰＢ１＊２５８、ＤＰＢ１＊２５９、ＤＰＢ１＊２５、ＤＰＢ１＊２６０、ＤＰＢ１＊２６１、ＤＰＢ１＊２６２、ＤＰＢ１＊２６３、ＤＰＢ１＊２６４、ＤＰＢ１＊２６５、ＤＰＢ１＊２６６、ＤＰＢ１＊２６７、ＤＰＢ１＊２６８、ＤＰＢ１＊２６９、ＤＰＢ１＊２６、ＤＰＢ１＊２７０、ＤＰＢ１＊２７１、ＤＰＢ１＊２７２、ＤＰＢ１＊２７３、ＤＰＢ１＊２７４、ＤＰＢ１＊２７５、ＤＰＢ１＊２７６、ＤＰＢ１＊２７７、ＤＰＢ１＊２７８、ＤＰＢ１＊２７９、ＤＰＢ１＊２７、ＤＰＢ１＊２８０、ＤＰＢ１＊２８１、ＤＰＢ１＊２８２、ＤＰＢ１＊２８３、ＤＰＢ１＊２８４、ＤＰＢ１＊２８５、ＤＰＢ１＊２８６、ＤＰＢ１＊２８７、ＤＰＢ１＊２８８、ＤＰＢ１＊２８９、ＤＰＢ１＊２８、ＤＰＢ１＊２９０、ＤＰＢ１＊２９１、ＤＰＢ１＊２９２、ＤＰＢ１＊２９３、ＤＰＢ１＊２９４、ＤＰＢ１＊２９５、ＤＰＢ１＊２９６、ＤＰＢ１＊２９７、ＤＰＢ１＊２９８、ＤＰＢ１＊２９９、ＤＰＢ１＊２９、ＤＰＢ１＊３００、ＤＰＢ１＊３０１、ＤＰＢ１＊３０２、ＤＰＢ１＊３０３、ＤＰＢ１＊３０４、ＤＰＢ１＊３０５、ＤＰＢ１＊３０６、ＤＰＢ１＊３０７、ＤＰＢ１＊３０８、ＤＰＢ１＊３０９、ＤＰＢ１＊３０、ＤＰＢ１＊３１０、ＤＰＢ１＊３１１、ＤＰＢ１＊３１２、ＤＰＢ１＊３１３、ＤＰＢ１＊３１４、ＤＰＢ１＊３１５、ＤＰＢ１＊３１６、ＤＰＢ１＊３１７、ＤＰＢ１＊３１８、ＤＰＢ１＊３１９、ＤＰＢ１＊３１、ＤＰＢ１＊３２０、ＤＰＢ１＊３２１、ＤＰＢ１＊３２２、ＤＰＢ１＊３２３、ＤＰＢ１＊３２４、ＤＰＢ１＊３２５、ＤＰＢ１＊３２６、ＤＰＢ１＊３２７、ＤＰＢ１＊３２８、ＤＰＢ１＊３２９、ＤＰＢ１＊３２、ＤＰＢ１＊３３０、ＤＰＢ１＊３３１、ＤＰＢ１＊３３２、ＤＰＢ１＊３３３、ＤＰＢ１＊３３４、ＤＰＢ１＊３３５、ＤＰＢ１＊３３６、ＤＰＢ１＊３３７、ＤＰＢ１＊３３８、ＤＰＢ１＊３３９、ＤＰＢ１＊３３、ＤＰＢ１＊３４０、ＤＰＢ１＊３４１、ＤＰＢ１＊３４２、ＤＰＢ１＊３４３、ＤＰＢ１＊３４４、ＤＰＢ１＊３４５、ＤＰＢ１＊３４６、ＤＰＢ１＊３４７、ＤＰＢ１＊３４８、ＤＰＢ１＊３４９、ＤＰＢ１＊３４、ＤＰＢ１＊３５０、ＤＰＢ１＊３５１、ＤＰＢ１＊３５２、ＤＰＢ１＊３５３、ＤＰＢ１＊３５４、ＤＰＢ１＊３５５、ＤＰＢ１＊３５６、ＤＰＢ１＊３５７、ＤＰＢ１＊３５８、ＤＰＢ１＊３５９、ＤＰＢ１＊３５、ＤＰＢ１＊３６０、ＤＰＢ１＊３６１、ＤＰＢ１＊３６２、ＤＰＢ１＊３６３、ＤＰＢ１＊３６４、ＤＰＢ１＊３６５、ＤＰＢ１＊３６６、ＤＰＢ１＊３６７、ＤＰＢ１＊３６８、ＤＰＢ１＊３６９、ＤＰＢ１＊３６、ＤＰＢ１＊３７０、ＤＰＢ１＊３７１、ＤＰＢ１＊３７２、ＤＰＢ１＊３７３、ＤＰＢ１＊３７４、ＤＰＢ１＊３７５、ＤＰＢ１＊３７６、ＤＰＢ１＊３７７、ＤＰＢ１＊３７８、ＤＰＢ１＊３７９、ＤＰＢ１＊３７、ＤＰＢ１＊３８０、ＤＰＢ１＊３８１、ＤＰＢ１＊３８２、ＤＰＢ１＊３８３、ＤＰＢ１＊３８４、ＤＰＢ１＊３８５、ＤＰＢ１＊３８６、ＤＰＢ１＊３８７、ＤＰＢ１＊３８８、ＤＰＢ１＊３８９、ＤＰＢ１＊３８、ＤＰＢ１＊３９０、ＤＰＢ１＊３９１、ＤＰＢ１＊３９２、ＤＰＢ１＊３９３、ＤＰＢ１＊３９４、ＤＰＢ１＊３９５、ＤＰＢ１＊３９６、ＤＰＢ１＊３９７、ＤＰＢ１＊３９８、ＤＰＢ１＊３９９、ＤＰＢ１＊３９、ＤＰＢ１＊４００、ＤＰＢ１＊４０１、ＤＰＢ１＊４０２、ＤＰＢ１＊４０３、ＤＰＢ１＊４０４、ＤＰＢ１＊４０５、ＤＰＢ１＊４０６、ＤＰＢ１＊４０７、ＤＰＢ１＊４０８、ＤＰＢ１＊４０９、ＤＰＢ１＊４０、ＤＰＢ１＊４１０、ＤＰＢ１＊４１１、ＤＰＢ１＊４１２、ＤＰＢ１＊４１３、ＤＰＢ１＊４１４、ＤＰＢ１＊４１５、ＤＰＢ１＊４１６、ＤＰＢ１＊４１７、ＤＰＢ１＊４１８、ＤＰＢ１＊４１９、ＤＰＢ１＊４１、ＤＰＢ１＊４２０、ＤＰＢ１＊４２１、ＤＰＢ１＊４２２、ＤＰＢ１＊４２３、ＤＰＢ１＊４２４、ＤＰＢ１＊４２５、ＤＰＢ１＊４２６、ＤＰＢ１＊４２７、ＤＰＢ１＊４２８、ＤＰＢ１＊４２９、ＤＰＢ１＊４３０、ＤＰＢ１＊４３１、ＤＰＢ１＊４３２、ＤＰＢ１＊４３３、ＤＰＢ１＊４３４、ＤＰＢ１＊４３５、ＤＰＢ１＊４３６、ＤＰＢ１＊４３７、ＤＰＢ１＊４３８、ＤＰＢ１＊４３９、ＤＰＢ１＊４４０、ＤＰＢ１＊４４１、ＤＰＢ１＊４４２、ＤＰＢ１＊４４３、ＤＰＢ１＊４４４、ＤＰＢ１＊４４５、ＤＰＢ１＊４４６、ＤＰＢ１＊４４７、ＤＰＢ１＊４４８、ＤＰＢ１＊４４９、ＤＰＢ１＊４４、ＤＰＢ１＊４５０、ＤＰＢ１＊４５１、ＤＰＢ１＊４５２、ＤＰＢ１＊４５３、ＤＰＢ１＊４５４、ＤＰＢ１＊４５５、ＤＰＢ１＊４５６、ＤＰＢ１＊４５７、ＤＰＢ１＊４５８、ＤＰＢ１＊４５９、ＤＰＢ１＊４５、ＤＰＢ１＊４６０、ＤＰＢ１＊４６１、ＤＰＢ１＊４６２、ＤＰＢ１＊４６３、ＤＰＢ１＊４６４、ＤＰＢ１＊４６５、ＤＰＢ１＊４６６、ＤＰＢ１＊４６７、ＤＰＢ１＊４６８、ＤＰＢ１＊４６９、ＤＰＢ１＊４６、ＤＰＢ１＊４７０、ＤＰＢ１＊４７１、ＤＰＢ１＊４７２、ＤＰＢ１＊４７３、ＤＰＢ１＊４７４、ＤＰＢ１＊４７５、ＤＰＢ１＊４７６、ＤＰＢ１＊４７７、ＤＰＢ１＊４７８、ＤＰＢ１＊４７９、ＤＰＢ１＊４７、ＤＰＢ１＊４８０、ＤＰＢ１＊４８１、ＤＰＢ１＊４８２、ＤＰＢ１＊４８３、ＤＰＢ１＊４８４、ＤＰＢ１＊４８５、ＤＰＢ１＊４８６、ＤＰＢ１＊４８７、ＤＰＢ１＊４８８、ＤＰＢ１＊４８９、ＤＰＢ１＊４８、ＤＰＢ１＊４９０、ＤＰＢ１＊４９１、ＤＰＢ１＊４９２、ＤＰＢ１＊４９３、ＤＰＢ１＊４９４、ＤＰＢ１＊４９５、ＤＰＢ１＊４９６、ＤＰＢ１＊４９７、ＤＰＢ１＊４９８、ＤＰＢ１＊４９９、ＤＰＢ１＊４９、ＤＰＢ１＊５００、ＤＰＢ１＊５０１、ＤＰＢ１＊５０２、ＤＰＢ１＊５０３、ＤＰＢ１＊５０４、ＤＰＢ１＊５０５、ＤＰＢ１＊５０６、ＤＰＢ１＊５０７、ＤＰＢ１＊５０８、ＤＰＢ１＊５０９、ＤＰＢ１＊５０、ＤＰＢ１＊５１０、ＤＰＢ１＊５１１、ＤＰＢ１＊５１２、ＤＰＢ１＊５１３、ＤＰＢ１＊５１４、ＤＰＢ１＊５１５、ＤＰＢ１＊５１６、ＤＰＢ１＊５１７、ＤＰＢ１＊５１８、ＤＰＢ１＊５１９、ＤＰＢ１＊５１、ＤＰＢ１＊５２０、ＤＰＢ１＊５２１、ＤＰＢ１＊５２２、ＤＰＢ１＊５２３、ＤＰＢ１＊５２４、ＤＰＢ１＊５２５、ＤＰＢ１＊５２６、ＤＰＢ１＊５２７、ＤＰＢ１＊５２８、ＤＰＢ１＊５２９、ＤＰＢ１＊５２、ＤＰＢ１＊５３０、ＤＰＢ１＊５３１、ＤＰＢ１＊５３２、ＤＰＢ１＊５３３、ＤＰＢ１＊５３４、ＤＰＢ１＊５３５、ＤＰＢ１＊５３６、ＤＰＢ１＊５３７、ＤＰＢ１＊５３８、ＤＰＢ１＊５３９、ＤＰＢ１＊５３、ＤＰＢ１＊５４０、ＤＰＢ１＊５４１、ＤＰＢ１＊５４２、ＤＰＢ１＊５４３、ＤＰＢ１＊５４４、ＤＰＢ１＊５４５、ＤＰＢ１＊５４６、ＤＰＢ１＊５４７、ＤＰＢ１＊５４８、ＤＰＢ１＊５４９、ＤＰＢ１＊５４、ＤＰＢ１＊５５０、ＤＰＢ１＊５５１、ＤＰＢ１＊５５２、ＤＰＢ１＊５５３、ＤＰＢ１＊５５４、ＤＰＢ１＊５５５、ＤＰＢ１＊５５６、ＤＰＢ１＊５５７、ＤＰＢ１＊５５８、ＤＰＢ１＊５５９、ＤＰＢ１＊５５、ＤＰＢ１＊５６０、ＤＰＢ１＊５６１、ＤＰＢ１＊５６２、ＤＰＢ１＊５６３、ＤＰＢ１＊５６４、ＤＰＢ１＊５６５、ＤＰＢ１＊５６６、ＤＰＢ１＊５６７、ＤＰＢ１＊５６８、ＤＰＢ１＊５６９、ＤＰＢ１＊５６、ＤＰＢ１＊５７０、ＤＰＢ１＊５７１、ＤＰＢ１＊５７２、ＤＰＢ１＊５７３、ＤＰＢ１＊５７４、ＤＰＢ１＊５７５、ＤＰＢ１＊５７６、ＤＰＢ１＊５７７、ＤＰＢ１＊５７８、ＤＰＢ１＊５７９、ＤＰＢ１＊５７、ＤＰＢ１＊５８０、ＤＰＢ１＊５８１、ＤＰＢ１＊５８２、ＤＰＢ１＊５８３、ＤＰＢ１＊５８４、ＤＰＢ１＊５８５、ＤＰＢ１＊５８６、ＤＰＢ１＊５８７、ＤＰＢ１＊５８８、ＤＰＢ１＊５８９、ＤＰＢ１＊５８、ＤＰＢ１＊５９０、ＤＰＢ１＊５９１、ＤＰＢ１＊５９２、ＤＰＢ１＊５９３、ＤＰＢ１＊５９４、ＤＰＢ１＊５９５、ＤＰＢ１＊５９６、ＤＰＢ１＊５９７、ＤＰＢ１＊５９８、ＤＰＢ１＊５９９、ＤＰＢ１＊５９、ＤＰＢ１＊６００、ＤＰＢ１＊６０１、ＤＰＢ１＊６０２、ＤＰＢ１＊６０３、ＤＰＢ１＊６０４、ＤＰＢ１＊６０５、ＤＰＢ１＊６０６、ＤＰＢ１＊６０７、ＤＰＢ１＊６０８、ＤＰＢ１＊６０９、ＤＰＢ１＊６０、ＤＰＢ１＊６１０、ＤＰＢ１＊６１１、ＤＰＢ１＊６１２、ＤＰＢ１＊６１３、ＤＰＢ１＊６１４、ＤＰＢ１＊６１５、ＤＰＢ１＊
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６、ＤＰＢ１＊６１７、ＤＰＢ１＊６１８、ＤＰＢ１＊６１９、ＤＰＢ１＊６１、ＤＰＢ１＊６２０、ＤＰＢ１＊６２１、ＤＰＢ１＊６２２、ＤＰＢ１＊６２３、ＤＰＢ１＊６２４、ＤＰＢ１＊６２５、ＤＰＢ１＊６２６、ＤＰＢ１＊６２７、ＤＰＢ１＊６２８、ＤＰＢ１＊６２９、ＤＰＢ１＊６２、ＤＰＢ１＊６３０、ＤＰＢ１＊６３１、ＤＰＢ１＊６３２、ＤＰＢ１＊６３３、ＤＰＢ１＊６３４、ＤＰＢ１＊６３５、ＤＰＢ１＊６３６、ＤＰＢ１＊６３７、ＤＰＢ１＊６３８、ＤＰＢ１＊６３９、ＤＰＢ１＊６３、ＤＰＢ１＊６４０、ＤＰＢ１＊６４１、ＤＰＢ１＊６４２、ＤＰＢ１＊６４３、ＤＰＢ１＊６４４、ＤＰＢ１＊６４５、ＤＰＢ１＊６４６、ＤＰＢ１＊６４７、ＤＰＢ１＊６４８、ＤＰＢ１＊６４９、ＤＰＢ１＊６４、ＤＰＢ１＊６５０、ＤＰＢ１＊６５１、ＤＰＢ１＊６５２、ＤＰＢ１＊６５３、ＤＰＢ１＊６５４、ＤＰＢ１＊６５５、ＤＰＢ１＊６５６、ＤＰＢ１＊６５７、ＤＰＢ１＊６５８、ＤＰＢ１＊６５９、ＤＰＢ１＊６５、ＤＰＢ１＊６６０、ＤＰＢ１＊６６１、ＤＰＢ１＊６６２、ＤＰＢ１＊６６３、ＤＰＢ１＊６６４、ＤＰＢ１＊６６５、ＤＰＢ１＊６６６、ＤＰＢ１＊６６７、ＤＰＢ１＊６６８、ＤＰＢ１＊６６９、ＤＰＢ１＊６６、ＤＰＢ１＊６７０、ＤＰＢ１＊６７１、ＤＰＢ１＊６７２、ＤＰＢ１＊６７３、ＤＰＢ１＊６７４、ＤＰＢ１＊６７５、ＤＰＢ１＊６７６、ＤＰＢ１＊６７７、ＤＰＢ１＊６７８、ＤＰＢ１＊６７９、ＤＰＢ１＊６７、ＤＰＢ１＊６８０、ＤＰＢ１＊６８１、ＤＰＢ１＊６８２、ＤＰＢ１＊６８３、ＤＰＢ１＊６８４、ＤＰＢ１＊６８５、ＤＰＢ１＊６８６、ＤＰＢ１＊６８７、ＤＰＢ１＊６８８、ＤＰＢ１＊６８９、ＤＰＢ１＊６８、ＤＰＢ１＊６９０、ＤＰＢ１＊６９１、ＤＰＢ１＊６９２、ＤＰＢ１＊６９３、ＤＰＢ１＊６９４、ＤＰＢ１＊６９５、ＤＰＢ１＊６９６、ＤＰＢ１＊６９７、ＤＰＢ１＊６９８、ＤＰＢ１＊６９９、ＤＰＢ１＊６９、ＤＰＢ１＊７００、ＤＰＢ１＊７０１、ＤＰＢ１＊７０２、ＤＰＢ１＊７０３、ＤＰＢ１＊７０４、ＤＰＢ１＊７０５、ＤＰＢ１＊７０６、ＤＰＢ１＊７０７、ＤＰＢ１＊７０８、ＤＰＢ１＊７０９、ＤＰＢ１＊７０、ＤＰＢ１＊７１０、ＤＰＢ１＊７１１、ＤＰＢ１＊７１２、ＤＰＢ１＊７１３、ＤＰＢ１＊７１４、ＤＰＢ１＊７１５、ＤＰＢ１＊７１６、ＤＰＢ１＊７１７、ＤＰＢ１＊７１８、ＤＰＢ１＊７１９、ＤＰＢ１＊７１、ＤＰＢ１＊７２０、ＤＰＢ１＊７２１、ＤＰＢ１＊７２２、ＤＰＢ１＊７２３、ＤＰＢ１＊７２４、ＤＰＢ１＊７２５、ＤＰＢ１＊７２６、ＤＰＢ１＊７２７、ＤＰＢ１＊７２８、ＤＰＢ１＊７２９、ＤＰＢ１＊７２、ＤＰＢ１＊７３０、ＤＰＢ１＊７３１、ＤＰＢ１＊７３２、ＤＰＢ１＊７３３、ＤＰＢ１＊７３４、ＤＰＢ１＊７３５、ＤＰＢ１＊７３６、ＤＰＢ１＊７３７、ＤＰＢ１＊７３８、ＤＰＢ１＊７３９、ＤＰＢ１＊７３、ＤＰＢ１＊７４０、ＤＰＢ１＊７４１、ＤＰＢ１＊７４２、ＤＰＢ１＊７４３、ＤＰＢ１＊７４４、ＤＰＢ１＊７４５、ＤＰＢ１＊７４６、ＤＰＢ１＊７４７、ＤＰＢ１＊７４８、ＤＰＢ１＊７４９、ＤＰＢ１＊７４、ＤＰＢ１＊７５０、ＤＰＢ１＊７５１、ＤＰＢ１＊７５２、ＤＰＢ１＊７５３、ＤＰＢ１＊７５４、ＤＰＢ１＊７５５、ＤＰＢ１＊７５６、ＤＰＢ１＊７５７、ＤＰＢ１＊７５８、ＤＰＢ１＊７５９、ＤＰＢ１＊７５、ＤＰＢ１＊７６０、ＤＰＢ１＊７６１、ＤＰＢ１＊７６２、ＤＰＢ１＊７６３、ＤＰＢ１＊７６４、ＤＰＢ１＊７６５、ＤＰＢ１＊７６６、ＤＰＢ１＊７６７、ＤＰＢ１＊７６８、ＤＰＢ１＊７６９、ＤＰＢ１＊７６、ＤＰＢ１＊７７０、ＤＰＢ１＊７７１、ＤＰＢ１＊７７２、ＤＰＢ１＊７７３、ＤＰＢ１＊７７４、ＤＰＢ１＊７７５、ＤＰＢ１＊７７６、ＤＰＢ１＊７７７、ＤＰＢ１＊７７８、ＤＰＢ１＊７７９、ＤＰＢ１＊７７、ＤＰＢ１＊７８０、ＤＰＢ１＊７８１、ＤＰＢ１＊７８２、ＤＰＢ１＊７８３、ＤＰＢ１＊７８４、ＤＰＢ１＊７８５、ＤＰＢ１＊７８６、ＤＰＢ１＊７８７、ＤＰＢ１＊７８８、ＤＰＢ１＊７８９、ＤＰＢ１＊７８、ＤＰＢ１＊７９０、ＤＰＢ１＊７９１、ＤＰＢ１＊７９２、ＤＰＢ１＊７９４、ＤＰＢ１＊７９５、ＤＰＢ１＊７９６、ＤＰＢ１＊７９７、ＤＰＢ１＊７９８、ＤＰＢ１＊７９９、ＤＰＢ１＊７９、ＤＰＢ１＊８００、ＤＰＢ１＊８０１、ＤＰＢ１＊８０２、ＤＰＢ１＊８０３、ＤＰＢ１＊８０４、ＤＰＢ１＊８０５、ＤＰＢ１＊８０６、ＤＰＢ１＊８０７、ＤＰＢ１＊８０８、ＤＰＢ１＊８０９、ＤＰＢ１＊８０、ＤＰＢ１＊８１０、ＤＰＢ１＊８１１、ＤＰＢ１＊８１２、ＤＰＢ１＊８１３、ＤＰＢ１＊８１４、ＤＰＢ１＊８１５、ＤＰＢ１＊８１６、ＤＰＢ１＊８１７、ＤＰＢ１＊８１８、ＤＰＢ１＊８１９、ＤＰＢ１＊８１、ＤＰＢ１＊８２０、ＤＰＢ１＊８２１、ＤＰＢ１＊８２２、ＤＰＢ１＊８２３、ＤＰＢ１＊８２４、ＤＰＢ１＊８２５、ＤＰＢ１＊８２６、ＤＰＢ１＊８２７、ＤＰＢ１＊８２８、ＤＰＢ１＊８２９、ＤＰＢ１＊８２、ＤＰＢ１＊８３０、ＤＰＢ１＊８３１、ＤＰＢ１＊８３２、ＤＰＢ１＊８３３、ＤＰＢ１＊８３４、ＤＰＢ１＊８３５、ＤＰＢ１＊８３６、ＤＰＢ１＊８３７、ＤＰＢ１＊８３８、ＤＰＢ１＊８３９、ＤＰＢ１＊８３、ＤＰＢ１＊８４０、ＤＰＢ１＊８４１、ＤＰＢ１＊８４２、ＤＰＢ１＊８４３、ＤＰＢ１＊８４４、ＤＰＢ１＊８４５、ＤＰＢ１＊８４６、ＤＰＢ１＊８４７、ＤＰＢ１＊８４８、ＤＰＢ１＊８４９、ＤＰＢ１＊８４、ＤＰＢ１＊８５０、ＤＰＢ１＊８５１、ＤＰＢ１＊８５２、ＤＰＢ１＊８５３、ＤＰＢ１＊８５４、ＤＰＢ１＊８５５、ＤＰＢ１＊８５６、ＤＰＢ１＊８５７、ＤＰＢ１＊８５８、ＤＰＢ１＊８５９、ＤＰＢ１＊８５、ＤＰＢ１＊８６０、ＤＰＢ１＊８６１、ＤＰＢ１＊８６２、ＤＰＢ１＊８６３、ＤＰＢ１＊８６４、ＤＰＢ１＊８６５、ＤＰＢ１＊８６６、ＤＰＢ１＊８６７、ＤＰＢ１＊８６８、ＤＰＢ１＊８６９、ＤＰＢ１＊８６、ＤＰＢ１＊８７０、ＤＰＢ１＊８７１、ＤＰＢ１＊８７２、ＤＰＢ１＊８７３、ＤＰＢ１＊８７４、ＤＰＢ１＊８７５、ＤＰＢ１＊８７６、ＤＰＢ１＊８７７、ＤＰＢ１＊８７８、ＤＰＢ１＊８７９、ＤＰＢ１＊８７、ＤＰＢ１＊８８０、ＤＰＢ１＊８８１、ＤＰＢ１＊８８２、ＤＰＢ１＊８８３、ＤＰＢ１＊８８４、ＤＰＢ１＊８８５、ＤＰＢ１＊８８６、ＤＰＢ１＊８８７、ＤＰＢ１＊８８８、ＤＰＢ１＊８８９、ＤＰＢ１＊８８、ＤＰＢ１＊８９０、ＤＰＢ１＊８９１、ＤＰＢ１＊８９２、ＤＰＢ１＊８９３、ＤＰＢ１＊８９４、ＤＰＢ１＊８９５、ＤＰＢ１＊８９６、ＤＰＢ１＊８９７、ＤＰＢ１＊８９８、ＤＰＢ１＊８９９、ＤＰＢ１＊８９、ＤＰＢ１＊９００、ＤＰＢ１＊９０１、ＤＰＢ１＊９０２、ＤＰＢ１＊９０３、ＤＰＢ１＊９０４、ＤＰＢ１＊９０５、ＤＰＢ１＊９０６、ＤＰＢ１＊９０７、ＤＰＢ１＊９０８、ＤＰＢ１＊９０９、ＤＰＢ１＊９０、ＤＰＢ１＊９１０、ＤＰＢ１＊９１１、ＤＰＢ１＊９１２、ＤＰＢ１＊９１３、ＤＰＢ１＊９１４、ＤＰＢ１＊９１５、ＤＰＢ１＊９１６、ＤＰＢ１＊９１７、ＤＰＢ１＊９１８、ＤＰＢ１＊９１９、ＤＰＢ１＊９１、ＤＰＢ１＊９２０、ＤＰＢ１＊９２１、ＤＰＢ１＊９２２、ＤＰＢ１＊９２３、ＤＰＢ１＊９２４、ＤＰＢ１＊９２５、ＤＰＢ１＊９２６、ＤＰＢ１＊９２７、ＤＰＢ１＊９２８、ＤＰＢ１＊９２９、ＤＰＢ１＊９２、ＤＰＢ１＊９３０、ＤＰＢ１＊９３１、ＤＰＢ１＊９３２、ＤＰＢ１＊９３３、ＤＰＢ１＊９３４、ＤＰＢ１＊９３５、ＤＰＢ１＊９３６、ＤＰＢ１＊９３７、ＤＰＢ１＊９３８、ＤＰＢ１＊９３９、ＤＰＢ１＊９３、ＤＰＢ１＊９４０、ＤＰＢ１＊９４１、ＤＰＢ１＊９４２、ＤＰＢ１＊９４３、ＤＰＢ１＊９４４、ＤＰＢ１＊９４５、ＤＰＢ１＊９４６、ＤＰＢ１＊９４７、ＤＰＢ１＊９４８、ＤＰＢ１＊９４９、ＤＰＢ１＊９４、ＤＰＢ１＊９５０、ＤＰＢ１＊９５１、ＤＰＢ１＊９５２、ＤＰＢ１＊９５３、ＤＰＢ１＊９５４、ＤＰＢ１＊９５５、ＤＰＢ１＊９５６、ＤＰＢ１＊９５７、ＤＰＢ１＊９５８、ＤＰＢ１＊９５９、ＤＰＢ１＊９５、ＤＰＢ１＊９６０、ＤＰＢ１＊９６１、ＤＰＢ１＊９６２、ＤＰＢ１＊９６３、ＤＰＢ１＊９６４、ＤＰＢ１＊９６５、ＤＰＢ１＊９６、ＤＰＢ１＊９７、ＤＰＢ１＊９８、及びＤＰＢ１＊９９対立遺伝子からなる群から選択されるＨＬＡ対立遺伝子を含む、項目１～７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記アルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０３、またはＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０４対立遺伝子を含む、項目１～８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む、項目６～９のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む、項目６～１０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２）
ＭＨＣクラスＩＩ特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を識別する方法であって、Ｔ細胞を、ＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体と接触させることを含み、
前記Ｔ細胞は、ＣＤ４及び１つ以上のＴＣＲを発現し、
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、（ｉ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、（ｉｉ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方を含み、
前記ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲは、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子及び前記ペプチドを含む前記複合体に特異的に結合する、前記方法。
（項目１３）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子がＣＤ４に対して有している親和性よりも、前記ＣＤ４に対して高い親和性を有する、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目１０～１３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５）
前記配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される、項目１０～１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
前記配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである、項目１０～１５のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７）
前記配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目１０～１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
前記配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目１０～１７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９）
前記配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである、項目１０～１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０）
（ｉ）前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子であるか、（ｉｉ）前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記アルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱ対立遺伝子であるか、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方である、項目１～８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２１）
前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＤＱ２、ＤＱ３、ＤＱ４、ＤＱ５またはＤＱ６対立遺伝子を含む、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０５またはＨＬＡ－ＤＱＢ１＊０６対立遺伝子を含む、項目２０または２１に記載の方法。
（項目２３）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記アルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０４、ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０５またはＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０６対立遺伝子を含む、項目２０～２２のいずれか１項に記載の方法。
（項目２４）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、
（ａ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、
（ｂ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、ならびに、
（ｃ）
（ｉ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、
（ｉｉ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、
（ｉｉｉ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び、
（ｉｖ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸、のうち少なくとも３つを含む、項目２０～２３のいずれか１項に記載の方法。
（項目２５）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、
（ａ）配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、
（ｂ）配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、
（ｃ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、（ｄ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、（ｅ）配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び、（ｆ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む、項目２０～２４のいずれか１項に記載の方法。
（項目２６）
前記配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目２４または２５に記載の方法。
（項目２７）
前記配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される、項目２４～２６のいずれか１項に記載の方法。
（項目２８）
前記配列番号１１の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである、項目２４～２７のいずれか１項に記載の方法。
（項目２９）
前記配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目２４～２８のいずれか１項に記載の方法。
（項目３０）
前記配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目２４～２９のいずれか１項に記載の方法。
（項目３１）
前記配列番号１１の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである、項目２４～３０のいずれか１項に記載の方法。
（項目３２）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸を含む、項目２０～３１のいずれか１項に記載の方法。
（項目３３）
前記配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択される、項目２４～３２のいずれか１項に記載の方法。
（項目３４）
前記配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンである、項目２４～３３のいずれか１項に記載の方法。
（項目３５）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸を含む、項目２０～３３のいずれか１項に記載の方法。
（項目３６）
前記配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目２４～３５のいずれか１項に記載の方法。
（項目３７）
前記配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンである、項目２４～３６のいずれか１項に記載の方法。
（項目３８）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む、項目２０～３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目３９）
前記配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択される、項目２４～３８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４０）
前記配列番号１１の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである、項目２４～３９のいずれか１項に記載の方法。
（項目４１）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む、項目２０～４０のいずれか１項に記載の方法。
（項目４２）
前記配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン及びグルタミンから選択される、項目２４～４１のいずれか１項に記載の方法。
（項目４３）
前記配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである、項目２４～４２のいずれか１項に記載の方法。
（項目４４）
（ｉ）前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子であるか、（ｉｉ）前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記アルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲ対立遺伝子であるか、または（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方である、項目１～８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４５）
前記ＨＬＡクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＤＲ２、ＤＲ３、ＤＲ４、ＤＲ５、ＤＲ６、ＤＲ７、ＤＲ８、ＤＲ９、ＤＲ１０、ＤＲ１１、ＤＲ１２、ＤＲ１３、ＤＲ１４、ＤＲ１５、またはＤＲ１６対立遺伝子を含む、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、ＤＲＢ１＊０１、ＤＲＢ１＊０３、ＤＲＢ１＊０４、ＤＲＢ１＊０７、ＤＲＢ１＊０８、ＤＲＢ１＊０９、ＤＲＢ１＊１０、ＤＲＢ１＊１１、ＤＲＢ１＊１２、ＤＲＢ１＊１３、ＤＲＢ１＊１４、ＤＲＢ１＊１５、及びＤＲＢ１＊１６からなる群から選択されるＨＬＡ対立遺伝子を含む、項目４４または４５に記載の方法。
（項目４７）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記アルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＲＡ１＊０１対立遺伝子を含む、項目４４～４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目４８）
前記ベータ鎖は、
（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、
（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、ならびに、
（ｃ）
（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、
（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、
（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、
（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、
（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、及び、
（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、のうち少なくとも２つを含む、項目４４～４７のいずれか１項に記載の方法。
（項目４９）
前記ベータ鎖は、
（ｃ）
（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、
（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、
（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、
（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、
（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、及び、
（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、のうち少なくとも３つを含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記ベータ鎖は、
（ｃ）
（ｉ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、
（ｉｉ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、
（ｉｉｉ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、
（ｉｖ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、
（ｖ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、及び、
（ｖｉ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、のうち少なくとも４つを含む、項目４８または４９に記載の方法。
（項目５１）
前記ベータ鎖は、
（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、
（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、
（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び、（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む、項目４４～５０のいずれか１項に記載の方法。
（項目５２）
前記ベータ鎖は、
（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、
（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、
（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、
（ｄ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸、
（ｅ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸、
（ｆ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、
（ｇ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸、及び、
（ｈ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む、項目４４～５１のいずれか１項に記載の方法。
（項目５３）
前記配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目４８～５２のいずれか１項に記載の方法。
（項目５４）
前記配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される、項目４８～５３のいずれか１項に記載の方法。
（項目５５）
前記配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである、項目４８～５４のいずれか１項に記載の方法。
（項目５６）
前記配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目４８～５５のいずれか１項に記載の方法。
（項目５７）
前記配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目４８～５６のいずれか１項に記載の方法。
（項目５８）
前記配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである、項目４８～５７のいずれか１項に記載の方法。
（項目５９）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む、項目４４～５８のいずれか１項に記載の方法。
（項目６０）
前記配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択される、項目４８～５９のいずれか１項に記載の方法。
（項目６１）
前記配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである、項目４８～６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６２）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン以外のアミノ酸を含む、項目４４～６１のいずれか１項に記載の方法。
（項目６３）
前記配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択される、項目４８～６２のいずれか１項に記載の方法。
（項目６４）
前記配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基のリシン以外のアミノ酸は、スレオニンである、項目４８～６３のいずれか１項に記載の方法。
（項目６５）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン以外のアミノ酸を含む、項目４４～６４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６６）
前記配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択される、項目４８～６５のいずれか１項に記載の方法。
（項目６７）
前記配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基のグリシン以外のアミノ酸は、グルタミンである、項目４８～６６のいずれか１項に記載の方法。
（項目６８）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む、項目４４～６７のいずれか１項に記載の方法。
（項目６９）
前記配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目４８～６８のいずれか１項に記載の方法。
（項目７０）
前記配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、イソロイシンである、項目４８～６９のいずれか１項に記載の方法。
（項目７１）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン以外のアミノ酸を含む、項目４４～７０のいずれか１項に記載の方法。
（項目７２）
前記配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目４８～７１のいずれか１項に記載の方法。
（項目７３）
前記配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基のスレオニン以外のアミノ酸は、メチオニンである、項目４８～７２のいずれか１項に記載の方法。
（項目７４）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ベータ鎖は、配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む、項目４４～７３のいずれか１項に記載の方法。
（項目７５）
前記配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、セリン、アスパラギン、スレオニン、及びグルタミンから選択される、項目４８～７４のいずれか１項に記載の方法。
（項目７６）
前記配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、スレオニンである、項目４８～７５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７７）
前記ベータ鎖は、
（ａ）配列番号１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、
（ｂ）配列番号１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、
（ｃ）配列番号１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び
（ｄ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にイソロイシンを含む、項目４４～７６のいずれか１項に記載の方法。
（項目７８）
前記天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子は、
（ａ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基または配列番号１１もしくは１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、
（ｂ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基または配列番号１１もしくは１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン、
（ｃ）（ａ）及び（ｂ）の両方を含む、項目１～１１及び１３～７７のいずれか１項に記載の方法。
（項目７９）
前記天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子は、
（ａ）配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基または配列番号１１もしくは１９の１１４位に相当するアミノ酸残基にロイシン、
（ｂ）配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基または配列番号１１もしくは１９の１４３位に相当するアミノ酸残基にバリン、
（ｃ）配列番号１１の１１０位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン、
（ｄ）配列番号１１の１１６位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン、
（ｅ）配列番号１１または１９の１１８位に相当するアミノ酸残基にセリン、及び
（ｆ）配列番号１１の１４６位に相当するアミノ酸残基にプロリン、
（ｇ）配列番号１９の１３９位に相当するアミノ酸残基にリシン、
（ｈ）配列番号１９の１４６位に相当するアミノ酸残基にグリシン、
（ｉ）配列番号１９の１５７位に相当するアミノ酸残基にスレオニン、
（ｊ）配列番号１９の１６３位に相当するアミノ酸残基にスレオニン、
（ｋ）配列番号１９の１６４位に相当するアミノ酸残基にバリン、または
（ｌ）（ａ）～（ｋ）の任意の組み合わせを含む、項目１～１１及び１３～７８のいずれか１項に記載の方法。
（項目８０）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、二量体である、項目１～７９のいずれか１項に記載の方法。
（項目８１）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、三量体である、項目１～８０のいずれか１項に記載の方法。
（項目８２）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、四量体である、項目１～８１のいずれか１項に記載の方法。
（項目８３）
前記ペプチドは、タンパク質のフラグメントを含む、項目１～８２のいずれか１項に記載の方法。
（項目８４）
前記タンパク質は、罹患細胞で発現している、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記タンパク質は、腫瘍細胞で発現している、項目８３または８４に記載の方法。
（項目８６）
前記ペプチドは、少なくとも約１０個のアミノ酸を含む、項目１～８５のいずれか１項に記載の方法。
（項目８７）
前記ペプチドは、約１０～約１００個のアミノ酸、約１０～約９０個のアミノ酸、約１０～約８０個のアミノ酸、約１０～約７０個のアミノ酸、約１０～約６０個のアミノ酸、約１０～約５０個のアミノ酸、約１０～約４０個のアミノ酸、約１０～約３０個のアミノ酸、約１０～約２５アミノ酸、約１０～約２０個のアミノ酸、約１０～約１５アミノ酸、約１５～約１００個のアミノ酸、２０～約１００個のアミノ酸、２５～約１００個のアミノ酸、３０～約１００個のアミノ酸、３５～約１００個のアミノ酸、４０～約１００個のアミノ酸、５０～約１００個のアミノ酸、６０～約１００個のアミノ酸、７０～約１００個のアミノ酸、８０～約１００個のアミノ酸、または９０～約１００個のアミノ酸を含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記ペプチドは、約１０個のアミノ酸、約１１個のアミノ酸、約１２個のアミノ酸、約１３個のアミノ酸、約１４個のアミノ酸、約１５個のアミノ酸、約１６個のアミノ酸、約１７個のアミノ酸、約１８個のアミノ酸、約１９個のアミノ酸、約２０個のアミノ酸、約２５個のアミノ酸、約３０個のアミノ酸を含む、約３５個のアミノ酸、約４０個のアミノ酸、約４５個のアミノ酸、約５０個のアミノ酸、約５５個のアミノ酸、約６０個のアミノ酸、約６５個のアミノ酸、約７０個のアミノ酸、約７５個のアミノ酸、約８０個のアミノ酸、約８５個のアミノ酸、約９０個のアミノ酸、約９５個のアミノ酸または約１００個のアミノ酸を含む、項目８６または８７に記載の方法。
（項目８９）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、抗原提示細胞の表面に発現している、項目１～８８のいずれか１項に記載の方法。
（項目９０）
前記Ｔ細胞は、ヒト対象から得られる、項目１～８９のいずれか１項に記載の方法。
（項目９１）
前記Ｔ細胞は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である、項目１～９０のいずれか１項に記載の方法。
（項目９２）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子のＣＤ４に対する結合親和性よりも、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約６０倍、少なくとも約７０倍、少なくとも約８０倍、少なくとも約９０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約３００倍、少なくとも約４００倍、少なくとも約５００倍、または少なくとも約１００倍高い前記ＣＤ４に対する親和性を有する、項目１～９１のいずれか１項に記載の方法。
（項目９３）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子によって結合される前記Ｔ細胞を選択することをさらに含む、項目１～９２のいずれか１項に記載の方法。
（項目９４）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合している前記ＴＣＲを単離することをさらに含む、項目１～９３のいずれか１項に記載の方法。
（項目９５）
前記ＴＣＲを配列決定することをさらに含む、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記ＴＣＲをクローニングすることをさらに含む、項目９４または９５に記載の方法。
（項目９７）
宿主細胞で前記ＴＣＲを組換え的に発現させることをさらに含む、項目９４～９６のいずれか１項に記載の方法。
（項目９８）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、約１００μＭ未満、約５０μＭ未満、約２０μＭ未満、または約１０μＭ未満のＫ Ｄ でＣＤ４と結合する、項目１～９７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９９）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、約１４μＭ以下のＫ Ｄ でＣＤ４と結合する、項目１～９７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１００）
前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、約８．９μＭ以下のＫ Ｄ でＣＤ４と結合する、項目１～９７のいずれか１項に記載の方法。

Claims (3)

  1. ＭＨＣクラスＩＩ特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を識別する方法であって、Ｔ細胞を、ＭＨＣクラスＩＩ分子及びペプチドを含む複合体とエクスビボで接触させることを含み、
    前記Ｔ細胞は、ＣＤ４及び１つ以上のＴＣＲを発現し、
    前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ－ＤＰアルファ鎖及びＨＬＡ－ＤＰベータ鎖を含み、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子は、天然に存在するＭＨＣクラスＩＩ分子がＣＤ４に対して有している親和性よりも、前記ＣＤ４に対して高い親和性を有し、
    前記ＭＨＣクラスＩＩ特異的ＴＣＲは、前記ＭＨＣクラスＩＩ分子及び前記ペプチドを含む前記複合体に特異的に結合し、
    前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ＨＬＡ－ＤＰベータ鎖が、配列番号１の１１２位に相当するアミノ酸残基にトリプトファンおよび配列番号１の１４１位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む、前記方法。
  2. 前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ＨＬＡ－ＤＰベータ鎖は、ＤＰ１、ＤＰ２、ＤＰ３、ＤＰ４、ＤＰ５、ＤＰ６、ＤＰ８、またはＤＰ９対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
  3. 前記ＭＨＣクラスＩＩ分子の前記ＨＬＡ－ＤＰアルファ鎖は、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０１、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０２、ＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０３、またはＨＬＡ－ＤＰＡ１＊０４対立遺伝子を含む、請求項１または２に記載の方法。
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