JPH0279980A - ヒトパピローマウイルス52b遺伝子 - Google Patents

ヒトパピローマウイルス52b遺伝子

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JPH0279980A
JPH0279980A JP23150088A JP23150088A JPH0279980A JP H0279980 A JPH0279980 A JP H0279980A JP 23150088 A JP23150088 A JP 23150088A JP 23150088 A JP23150088 A JP 23150088A JP H0279980 A JPH0279980 A JP H0279980A
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dna
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cleavage sites
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Yoshiaki Ito
嘉明 伊藤
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 〔産業上の利用分野〕 本発明はヒトパピローマウィルス52b型(以下HPV
52bと記載する場合がある)の遺伝子に関する。
この遺伝子は特に、産婦人科の臨床における子宮頚ガン
の診断のために有用であると期待される。
〔従来の技術〕
パピローマウィルスはヒトをはじめ種々の動物から皮膚
や粘膜に良性腫瘍である虎をつくるウィルスとして分離
された。ヒトから分離されるヒトパピローマウィルス(
HP V)は、EBウィルス、B型肝炎ウィルスや成人
T細胞白血病ウィルスとともに、ヒトの癌と密接な関係
を持つと考えられる数少ないウィルスのひとつである。
ヒトを宿主とするヒトパピローマウィルスのタイピング
はウィルスDNAの相補性の程度〔高ストリンジント(
stringent)条件下でのハイブリダイゼーショ
ン効率が50%以下のものを別タイプとする〕によって
行われ(1,Cogginら Cancer Res、
 39+ 545(1979)) 、現在、50数タイ
プが知られている。
ヒトの沈は、その発生部位、形態、Mi織像などから臨
床的分類がされており、他方HPVのタイピングが行わ
れて、それぞれのタイプと臨床像との関係が明らかにな
ってきた。足底沈贅から分離されるのはIIPV 1 
、及びHPV4であり、尋常性沈贅からは)IPV 2
、及びHPV 1が分離された。睨贅状表皮発育異常症
(epidermodysplasia verruc
i−formis ; E V )では多種のHP V
が得られており、)HPV5のほか20種以上のHP 
Vの報告がある。
性器のコンジローマ(condyloma acumi
natum)から取れたものには1lPV6、及び1(
PVIIがあり、子宮頚ガンからクローンされたものに
はHPV16 。
+1PV1B、HPV31  、  HPV33.HP
V35などがある。疫学的研究から子宮頚ガンでは高顛
度でHPV DNAがみつかっており、欧米ではII 
P V 16は60−90%〔口。
J、MaCanceらBr、J、0bstet、 Gy
naecol、 92+ 1101(1986) ; 
M、DurstらProc、Natl、Acad、Sc
i、IJSA80、3812(1983)) 、HPV
18は15−36%(BoshartらEMBOJ、ユ
、 1151 (1984) )との報告もされている
。またHPV31. 1(PV33、及び1lPV35
を加えると子宮頚ガンにおけるHPVの陽性率は90%
台になるといわれている。HPV DNAのうちいくつ
かは全塩基配列が決定されている(IIPVI 、  
HPV5 。
11PV6 、  IPVB 、  HPVII、HP
V16  、  HPV18、及び11PV33)。
〔発明が解決しようとする課題〕
ヒトパピローマウィルス(HPV)は近年子宮頚ガンと
深い係わりがあることを示唆する報告がなされている。
現在知られているHPVは50数タイプにものぼるが、
そのうちでも1(PV16 、1B 。
31 、33、及び35が子宮頚ガンの組織においてよ
く見つかっている。欧米からの報告によるとこれらのタ
イプのHPVが、大半をしめるのであるが、日本におい
てはかならずしも同じ結果ではない。
HPV31 、33、及び35についてはほとんど調べ
られていないが、HPV16、及び18についての報告
では20−30%ぐらいにすぎない。ちなみに西ドイツ
ではこの2タイプがほぼ70%を占めるという報告があ
る。日本においてはさらに新しいタイプのHPVが存在
する可能性が予想されていた。産婦人科の臨床において
は既知のタイプ、特に16型や18型が診断の材料とし
て用いられており、その診断において他のタイプのHP
Vは見過ごされていることもありえる。
従って本発明は、子宮頚ガンと関連の深い新しいタイプ
のヒトパピローマウィルスの遺伝子を提供し、子宮頚ガ
ンの高い確率での診断に寄与しようとするものである。
〔課題を解決するための手段〕
本発明者等は、子宮頚ガン組織から新しいタイプのHP
Vを分離することを試み、分離された遺伝子を既知のH
PVと比較した結果、52番目に分離されたHPVとし
てReference Center forllum
an Pathogenic Papillomavi
rus よりHPV52bと命名される新規なHPVを
得た。
従って本発明は、HPV52bの遺伝子及びその部分、
並びにこれらを含有するベクターを提供するものである
〔具体的な説明〕
本発明においては、子宮頚ガンを有する4人の患者から
ガン組織を得、これからウィルスDNAを抽出した。こ
れらのDNAを制限酵素EcoRI又は1IindlI
Iで消化した後、高ストリンジェット(stringe
nt)条件下(Tm −10℃)でプローブとしてのヒ
トパピローマウィルスHPV16のDNAとハイブリダ
イズせしめた。この結果、1つの標本からのDNAがプ
ローブとハイブリダイズし、HPV16のDNAと同一
の位置にバンドが現われた。
この結果、この標本からのDNAが肝V16のDNAと
同一であることが示唆された。さらに、前記制限酵素消
化DNAサンプルを低ストリンジェット条件下(Tm 
−37℃)で前記プローブとハイブリダイズせしめたと
ころ、前記の陽性DNAのほかに、2個のDNAサンプ
ルが該プローブとハイブリダイズし、これらは前者と異
る位置にバンドを示した。従って後者の2種類のDNA
サンプルは)IPV16のDNAとは異るヒトパピロー
マウィルスのDNAを含んでいることが示唆された。
次に、これら2種類のDNAを各種の制限酵素で消化し
、その消化パターンを比較したところ、これらは同一の
ウィルスDNAを含有することが示唆された。そこで、
これらのDNAサンプルの内の1つをXba Iにより
消化し、Xba I断片をCharomid 9−36
ベクターD N A (1,5aito及びG、R,5
tark、Proc、Natl、Acad、Sci、 
USA 83.8664(1986) )に挿入し、低
ストリンジェット条件下(Tm −37℃)でのHPV
16のDNAとのハイブリダイゼーションにより選択し
た後、陽性クローンからXba Iにより7.9Kbの
挿入断片を切り出し、プラスミドplJc19のXba
 I切断部位にクローニングした。
次に、このXba I  DNA断片を種々の制限酵素
で切断し、制限地図を作成したところ、第4図に示す結
果が得られ、この結果を既知のヒトパピローマウィルス
のDNAの制限地図と比較したところ、いずれとも異り
、新規なヒトパピローマウィルスのDNAであることが
確認された。
従って、本発明のヒトパピローマウィルスの遺伝子は、
1つの態様において、1個のXba I切断部位、2個
のBamHI切断部位、3個のBglIl、切断部位、
2個のEcoRI切断部位、1個のEcoRV切断部位
、2個のKpn I切断部位、6個のPstI切断部位
、2個のPνU■切断部位、1個の5all切断部位、
及び1個の5and I切断部位を含有し、約8Kbp
の長さを有する環状遺伝である。
しかしながら、ヒトパピローマウィルスは一般に、環状
ウィルス遺伝子が1ケ所で切断されて生ずる線状遺伝子
として宿主動物の染色体中に組み込まれた状態で存在す
る場合もあり、本発明はこの様な存在状態から切り出さ
れた線状遺伝子をも含む。さらに、診断のために使用す
るためには、環状遺伝子が任意の1ケ所で切断されてな
る線状遺伝子も使用することができ、さらに環状遺伝子
が複数ケ所で切断されることにより生ずる遺伝子断片も
使用することができる。従って本発明は、前記環状遺伝
子が任意の1ケ所又は複数ケ所で切断されて生ずる線状
遺伝子、及び遺伝子の部分も本発明に包含される。切断
部位としては、前記の種々の制限酵素切断部位の内の1
ケ所又は複数ケ所の組み合わせを用いることができる。
さらに、本発明のヒトパピローマウィルスの遺伝子は上
記の特徴により定義されるものに限定されない。すなわ
ち、ウィルスは自然に変異しやすいこと等を考慮して、
そのDNAの相補性の程度に基いて他のウィルスと区別
される。すなわち、高ハイブリダイゼーション条件下で
ハイブリダイゼーション効率が50%以下のものを別タ
イプのウィルスとして定義される。従って、前記のごと
く特徴付けられる遺伝子と高ストリンジェット条件下で
ハイブリダイズするDNAは本発明の遺伝子の範囲に含
まれる。従って本発明は、前に定義したウィルス遺伝子
のほかに、自然に変異したウィルス遺伝子であって高ス
トリンジェット条件下で前に定義した遺伝子とハイブリ
ダイズするもの、及び人為的に変異せしめ又は化学合成
されたDNA断片であって、高ストリンジェット条件下
で前に定義した遺伝子とハイブリダイズするものも本発
明の範囲に属する。
次に、本発明のヒトパピローマウィルスの遺伝子のクロ
ーニング方法を実施例により具体的に説明する。
1、 ウィルスDNAの   び 子宮頚ガンを有する4人の患者(T、H,、M、に、 
F、H,、及びS、N、)からガン組織を採取し、その
ガン組織よりDNAを抽出した。ガン組織より小指大の
切片を切取り、それをPBS (リン酸緩衝液)にひた
しながらカミソリの刃にて0.5 m大垣下に細切した
。洗浄のためPBSを加え、そして11000rpにて
10分間の遠心分離を二度おこなった。
1gあたり5〜10m1の10mM Tris −HC
l  (pH7.8)  、150mM NaC1、2
mM EDTA  、 0.5% SDS 。
400n/mlプロナーゼ(ベーリンガー・マンハイム
社製)にて37℃で一晩振とうした。フェノール抽出1
回、フェノール/クロロホルム抽出3回、及びクロロホ
ルム抽出2回を行った後、TE緩衝液(10mM Tr
is −HCl (pt17.5) / 1mM ED
TA)にて24時間透析した。以上の操作により100
 tzg−2■のDNAが得られた。
これらのDNAのそれぞれ(T、H,、M、に、 、 
F、H,、及びS、N、)  10Igに対して100
ユニツトの制限酵素EcoRI又は旧ndl[lを加え
て総容量400plにて一晩消化した。さらに1■/−
のRNaseA (ベーリンガー・マンハイム社製)8
Iと前記制限酵素50ユニツトを加え、数時間後にエタ
ノール沈澱した。
この沈澱を14mのTEに溶解し、4111の泳動緩衝
液を加えてアガロースゲルで泳動をおこなった。
アガロースゲルはシーケム・アガロース(宝酒造社製)
を0.6%にして使用した。電気泳動を終ったゲルを0
.25M 11cI溶液(1)中で10〜12分間ゆっ
くり振とうした後、0.2 M NaOH/ 0.6 
M  NaC1溶液(2)により1〜2回すすいだ。次
にゲルを前記溶液(2)中で30分間ゆっくり振とうし
、そして0、2M Tris−HCI  (pH7,4
) / 0.6M NaC1緩衝液(3)で1〜2回す
すいだ。最後にゲルを前記緩衝液(3)中に30分間ず
つ2回、緩衝液を取りかえながら浸した。
次に、ニトロセルロースフィルターに一晩ブロソティン
グし、80℃にて2時間加熱することによりDNAをフ
ィルターに固定した。
次に、前記DNAを、二ツクトランスレーションにより
標識したヒトパピローマウィルス1lPV16のDNA
 (プローブ)とハイブリダイズせしめた(Righb
y等、J、Mo1.Biol、 113.237 (1
977)を参照のこと〕。ハイブリダイゼーションは高
ストリンジェット(stringent)条件下及び低
ストリンジェット条件下で行った。なお、対照としてヒ
ト成人T細胞白血病(ATL)患者のリンパ球より抽出
したDNAも同様に処理した。
高ストリンジェット条件下で(Tm −10℃)のハイ
ブリダイゼーションは42℃にて、50%ホルムアミド
、5xデンハルト溶液、5xSSCバツフアー 10%
デキストランサルフエイト、50mMTris ・II
cI  (pH7,4)、0.1%SO5,及び100
g/−仔牛胸腺DNAまたはサケ精子DNAの溶液中で
反応させた。その後68℃にて0.2xSSCバツフア
ー及び0.1%SOSで洗浄した。洗い終わったフィル
ターは増感スクリーンとともに一80℃にてXvAフィ
ルム(X−Omat AR,Kodak)を露出させて
オートラジオグラフィーを行った。
結果を第1図に示す。この図中、レーン2.4゜6.8
及び10は制限酵素EcoR[で消化したものであり、
そしてレーン3.5,7.9及び11は制限酵素旧nd
ulにより消化したものである。レーン1はプローブと
して用いたHPV16のDNAについての結果である。
なお、λフアージDNAを制限酵素旧ndlllで消化
することにより生成した断片(分子量標準)の位置を左
側に示す。この結果、患者S、N、から(7)DNAサ
ンプルが)IPV16のDNAを含有することが明らか
となった。
次に、前記のフィルターを0.01xSSC、10%S
O3で95℃にて30分間、放射性のDNAを除くため
に洗浄した。次に、前記と同じプローブを用いて低スト
リンジェット条件下(Tm  37℃)でハイブリダイ
ゼーションを行うため、前記フィルターを、41℃にて
、1.OM  NaC1、28%ホルムアミド、50I
IM TES [N −)リス(ヒドロキシメチル)−
メチル−2−アミノエタンスルホン酸コ、10xデンハ
ルト溶液、0.5 mM EDTA  、 20mMリ
ン酸ナトリウム(pH7,4)、 100g/m1tR
NA及び100n/−サケ精子DNAの溶液中でインキ
エベートした。その後52℃にて1.1 x SSCバ
ッファー0、1 mM EDTA、 10mM リン酸
ナトリウム及び0.1%SDSで洗浄した。次に、前記
と同様にしてオートラジオグラフィーを行った。この結
果を第2図に示す。この結果、前記のS、N、からのD
NAに加えて、M、に、及びT、H,からのDNAサン
プルも)IPV16のDNAとハイブリダイズした。こ
のことからMJ、及びT、H,から(7)DNAサンプ
ルニは、HPV16のDNAとは同一ではないが、それ
にある程度相同性を有するウィルス遺伝子が含有される
ことが推定された。
次に、陽性標本M、に、及びT、H,からのDNAそれ
ぞれ10河を種々の制限酵素で消化した後、電気泳動に
より分離し、前記のIII”V16のDNAをプローブ
として用いて、低ストリンジェット(Tm −37℃)
サザンブロッティングを行った。その結果を第3図に示
す。この図中、レーン2及び10は制限酵素BamHI
により;レーン3はEcoRTにより;レーン4及び1
1は旧ndI[Iにより;レーン5はPstIにより;
レーン6はSac Iにより;レーン7及び12はXb
a Iにより;レーン8はEcoRI +BamHIに
より;そしてレーン9はEcoRI +HindI[I
により消化した結果を示す。M、に、からのDNA及び
T、)1.からのDNAがBamHI 、 HindI
[[、及びXbalにより消化された場合に同一のパタ
ーンを示すことから、これらのDNAは同一のウィルス
DNAを含有することが推定された。
2、 ウィルスDNAの ローニング 前記陽性標本M、に、からの60xのDNAを制限酵素
Xba 1にて消化したのち、0.6%のアガロースゲ
ルにて電気泳動した。7.9Kbの直鎖状DNAの位置
に相当するアガロースゲルの部分を切り出して、gen
e cleanキット(Bio 101社製)を用いて
DNAを抽出した。抽出したDNAを、制限酵素Xba
 Iにて消化したCharomid 9−36 DNA
  (Sait。
らProc、Natl、Acad、Sci、USA 8
3.8664(1986))と8時間連結反応を行った
。連結したDNAをインビトロ・パッケージング・キッ
ト(アマジャム社製)を用いてラムダファージにパッケ
ージングして大腸菌DHI株に形it導入した。感染し
た大腸菌を、50n/m1のアンピシリンを含む寒天培
地の上でニトロセルロース膜上に培殖させた。4×10
hコロニーが得られた。Hanahan らの方法(G
enelO,63(1980))に従ってコロニーハイ
ブリダイゼーションを行い、低ストリンジェット条件下
において肝V16のDNAとハイブリダイズするコロニ
ーが23コロニー得ラレタ。拾った6コロニーすべてが
、いくつかの制限酵素を用いた解析において同じ結果を
示した。それらのクローンのうちのひとつから7.lb
の挿入断片を制限酵素Xbalによって切り出してpH
c19のXba  I認識部位にリクローニングした。
なおこの挿入断片を含有するプラスミドを含む大腸菌E
scherichia coliJIB 10Hp19
 )IPV52b’)は工業技術院微生物工学技術研究
所に微工研菌寄第1o)g1号(FER1’I P−/
υg7>とじて寄託されている。
3の pUc19にクローニングしたXbal 7.9 Kb
断片を、制限酵素BamHI 、Bgl  IT 、E
coRI 、EcoRV 、Kpn  I 。
Pst I 、Pvu II 、Sal  I及びSm
a  Iを単独で、又は2種類組み合わせで用いて消化
し、得られた断片長を組み合わせて制限酵素地図を作成
した。なお制限酵素旧ndll[、Sac  I 、 
Sph  I及びXho  Iの各酵素についてはその
認識部位は7.9にbのXba  1断片内には存在し
なかった。以下にそれぞれの制限酵素の反応条件を示す
。反応はlnのDNAに対して制限酵素5ユニツトを反
応液に加えて37℃で2時間インキュベートすることに
より行った。
BamHI  10+wM Tris−HCI(pH8
,0)、7mM MgC1g、100mMNaC1,2
mM  2−メルカプトエタノールBgl  II  
、 10mM Tris−11cI(pt17.5)、
7mM MgC1z、100mMNaC1,7mM  
2−メルカプトエタノールEcoRI    100 
 nM  Tris−HCI(pH7,5)、7mM 
 MgCh。
50mM  NaCl、7mM  2−メルカプトエタ
ノールEcoRV   10mM  Tris−HCI
(pH7,5)、7mM  MgCIz、150mMN
aC1,7mM  2−メルカプトエタノールHind
llr  10++M Tris−FICI(pH7,
5)、7mM Mgc+、、6o mMaCI Kpn   I    6  mM  Tris−HC
I(pH7,5)、6mM  MgC1,。
5mM2−メルカプトエタノール Pst   I    20mM  Tris−HCI
(pf+7.5)、10mM  MgCIz、100a
+M  NaCI Pvu  II   10mM  Tris−HCI(
pH7,5)、7mM  MgC1z、60  mMN
aC!、7mM  2−メルカプトエタノールSac 
 I   10mM  Tris−HCI(pH8,0
)、7mM  MgC1z、7mM2−メルカプトエタ
ノール Sat   I    10mM  ↑ris−)Ic
I (pH7,5)、?ff1M  MgCh+ 17
5mMNaC1,711IM  2−メルカプトエタノ
ール、0.2n+M  EDTASma   I   
 10mM  Tris−HCI(pH8,0)、7m
M  MgC1z、20  mMMCl、7mM  2
−メルカブトエタノールSph  I   10mM 
Tris−HCI(p)18.0)、7mM MgC1
z、150mMNaC1,7mM  2−メルカプトエ
タノールXba  I   10o+M Tris−H
CI(pH7,5)、7n+M MgC1z、100m
MNaCl、7mM  2−メルカブトエタ/−ICX
ho  I   10mM Tris−HCI(pH7
,5)、7mM MgC1z、100mMNaC1,7
mM  2−メルカプトエタノール得られた結果を第4
図に示す。制限酵素認識部位間の距離はキロベースで示
されている。本発明のHPVの制限酵素地図は既知のH
P V (HPV6゜+1PV11.HPV16,1I
PV18.HPV31.及びHPV35)のものとは異
ることが確かめられた(BoshartらEMBOJ、
 3 。
1151 (1984); LorinczらJ、Vi
rol、 58.255(1986);Beauden
onらNature 321.246 (1986)s
 LorinczらInν1ral ELiolgy 
of Cervical Cancer+ Bunbu
ryReport 2L 225+ New York
: Co1d Spring HaborLabora
tory (1986); de Villiersら
J、Virol。
並、 932(1981); GissmanらJ、V
irol、  44.393(1982) ;及びDu
rstらJ、gen、Virol、 66、1515(
1985)) 、  こうして得られた新規なヒトパピ
ローマウィルスはHPV52bと命名された。
HPV52bの゛   の  配 の ベクターpUc19のXba I切断部位にクローニン
グされた、HPV52b遺伝子を含む?、9KbのXb
a 1断片を上記の各制限酵素で消化したのち、ptl
c118に組み込んで、Sangerらによって開発さ
れたジデオキシ法(Proc、Natl、Acad、S
ci、USA?C5463(1977) )を用いて決
定した。
この結果を第5−1図〜第5−5図に示す。第5−1図
〜第5−2図は、第4図に示す制限地図中、2. I 
KbpのXba I −BamHI断片の塩基配列を示
し、第5−3〜第5−5図は第4図に示す制限地図中、
左側のKpn+ I部位から右側のPvo It部位ま
での3.2にbpの塩基配列を示す。
〔発明の効果〕
本発明によって今まで子宮頚ガンにおいて同定すること
ができなかったH P V (HPV52b)が確実に
同定できるようになる。このことは、これまでの11P
V DNAが存在しているかどうかだけの診断から、子
宮頚ガンへと移行する可能性のあるタイプのHPVを区
別する診断への貴重な材料を提供することになるであろ
う。
【図面の簡単な説明】
第1図は、子宮頚ガン患者のガン組織から抽出されたD
NAをEcoRI又は旧ndI[[で消化することによ
り得られるDNAlilr片を、ヒトパピローマウィル
ス1IPV16のDNAをプローブとして、高ストリン
ジェット条件下で検出した場合の5outhernプロ
ツテイング図である。 第2図は、低ストリンジェット条件下で得られた、第1
図に対応するSou thernブロッティング図であ
る。 第3図は、第1図に示す5outheFnプロツテイン
グにおいて陰性であり且つ第2図に示す5outher
nプロツテイングにおいて陽性であるM、に、由来のD
NA及びT、)1.由来のDNAを種々の制限酵素で消
化した場合のSou thernプロッティング図であ
る。 第4図は、本発明のヒトパピローマウィルスHPV52
bの遺伝子DNAの制限地図である。 第5−1図〜第5−5図は、本発明のヒトパピローマウ
ィルスHPV52bの遺伝子DNAの部分塩基配列を示
す。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、ヒトパピローマウイルスの遺伝子であって、1個の
    Xha I 切断部位、2個のBamH I 切断部位、3個
    のBglII切断部位、2個のEcoR I 切断部位、1
    個のEcoRV切断部位、2個のKpn I 切断部位、
    6個のPst I 切断部位、2個のPvuII切断部位、
    1個のSal I 切断部位、及び1個のSma I 切断部
    位を含有し、約8Kbpの長さを有する環状遺伝子及び
    1ヶ所又は複数ヶ所で切断されて生ずる遺伝子断片。 2、前記各種制限酵素の切断部位が第4図の制限酵素地
    図により表わされる、請求項1に記載の遺伝子及びその
    断片。 3、塩基配列の部分が第5図にり示されるものである請
    求項1又は2に記載の遺伝子及びその断片。 4、請求項1〜3のいずれか1項に記載の遺伝子と、高
    ストリンジェット条件下でハイブリダイズすることがで
    きるDNA。 5、請求項1〜3のいずれか1項に記載の遺伝子を含有
    するベクター。 6、請求項4に記載のDNA断片を含有するベクター。
JP23150088A 1988-09-17 1988-09-17 ヒトパピローマウイルス52b遺伝子 Pending JPH0279980A (ja)

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JP23150088A Pending JPH0279980A (ja) 1988-09-17 1988-09-17 ヒトパピローマウイルス52b遺伝子

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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001059124A1 (en) * 2000-02-09 2001-08-16 Sapporo Immuno Diagnostic Laboratory Microplate fluorescent screening method for detecting gene anomaly allowing convenient and less expensive treatment of specimens on mass scale

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WO2001059124A1 (en) * 2000-02-09 2001-08-16 Sapporo Immuno Diagnostic Laboratory Microplate fluorescent screening method for detecting gene anomaly allowing convenient and less expensive treatment of specimens on mass scale

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