JPH034793A - ストレプトミセスからのリゾチーム遺伝子、それを得る方法およびその使用 - Google Patents
ストレプトミセスからのリゾチーム遺伝子、それを得る方法およびその使用Info
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- JPH034793A JPH034793A JP1293760A JP29376089A JPH034793A JP H034793 A JPH034793 A JP H034793A JP 1293760 A JP1293760 A JP 1293760A JP 29376089 A JP29376089 A JP 29376089A JP H034793 A JPH034793 A JP H034793A
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- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/24—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2)
- C12N9/2402—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2) hydrolysing O- and S- glycosyl compounds (3.2.1)
- C12N9/2462—Lysozyme (3.2.1.17)
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- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
- C12N15/76—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora for Actinomyces; for Streptomyces
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
本発明は、ストレプトミセス(S treptomyc
etes)からのリゾチーム遺伝子のクローニング、こ
の遺伝子の種々の微生物株への移入および遺伝子産生物
の調製に関する。周囲のシグナル配列の交換による遺伝
子の修飾についても同様に記載されている。
etes)からのリゾチーム遺伝子のクローニング、こ
の遺伝子の種々の微生物株への移入および遺伝子産生物
の調製に関する。周囲のシグナル配列の交換による遺伝
子の修飾についても同様に記載されている。
リゾチームと定義される酵素は、1,4−β−Nアセチ
ルムラミダーゼのような、N−アセチルムラミン酸のC
1と細菌ペプチドグリカンのN−アセチルグルコサミン
のC4との間のグリコシド結合な切断するものである[
jolles、 P、およびJolles、 J、:
Mo1ecular and CellularBio
chemistry 63.1(35−189(198
4)]。リゾチームは多くの生物に見出され、研究され
てきた。アミノ酸配列は公知であって、反応機構は卵ア
ルブミンからのリゾチームについて提示された( Jo
l les ら: Biochim、 Biophys
、 Acta 78.668−6689.1963、P
h1llips、 D、 C,: Sci、 Am、
215.78−90.1966゜ 総説は、前出のJo
llesおよびJollesを参照されたい。)、リゾ
チームが検出された他の種の例としては、Strept
omyces Iabedae(Streptomyc
es ”erythraeus”) [:Morita
ら:J。
ルムラミダーゼのような、N−アセチルムラミン酸のC
1と細菌ペプチドグリカンのN−アセチルグルコサミン
のC4との間のグリコシド結合な切断するものである[
jolles、 P、およびJolles、 J、:
Mo1ecular and CellularBio
chemistry 63.1(35−189(198
4)]。リゾチームは多くの生物に見出され、研究され
てきた。アミノ酸配列は公知であって、反応機構は卵ア
ルブミンからのリゾチームについて提示された( Jo
l les ら: Biochim、 Biophys
、 Acta 78.668−6689.1963、P
h1llips、 D、 C,: Sci、 Am、
215.78−90.1966゜ 総説は、前出のJo
llesおよびJollesを参照されたい。)、リゾ
チームが検出された他の種の例としては、Strept
omyces Iabedae(Streptomyc
es ”erythraeus”) [:Morita
ら:J。
13iochem、 83、893−903、 (
1976)コ、 Stereptomycesgri
seus [WardおよびPerkins: 8io
chem、 J。
1976)コ、 Stereptomycesgri
seus [WardおよびPerkins: 8io
chem、 J。
106、 6フー76、 (1968)コ、 St
reptomycesglobisporus [Ka
wataら: Agric、 Biot、 Chem。
reptomycesglobisporus [Ka
wataら: Agric、 Biot、 Chem。
47、 t501−1508、 (1983)コ、
StreptOmyCeSrutgersensi
s [Hayashi ら: J、 Ferment。
StreptOmyCeSrutgersensi
s [Hayashi ら: J、 Ferment。
Technol、 59.319−323 (1981
)コおよびStreptomyces coelico
lor (Mjller) (DE3440735)な
どのいくつかのストレプトミセス株があげられる。
)コおよびStreptomyces coelico
lor (Mjller) (DE3440735)な
どのいくつかのストレプトミセス株があげられる。
遺伝子操作法の発達に伴って、種々のリゾチーム遺伝子
のクローニングおよび詳細な分析が可能になった。その
例として、卵アルブミンからのリゾチームの遺伝子(J
uyen−Huuら: Proc。
のクローニングおよび詳細な分析が可能になった。その
例として、卵アルブミンからのリゾチームの遺伝子(J
uyen−Huuら: Proc。
Natl、 Acad、 Sci、 USA 76.7
6−80.1979)およびファージT4からのリゾチ
ーム(Qwenら:J。
6−80.1979)およびファージT4からのリゾチ
ーム(Qwenら:J。
Mo1. Biol、 165.229−248.19
83)などがあげられる。
83)などがあげられる。
さらに、DNA化学合成法は、リゾチーム遺伝子の新規
の合成に用いられてきた。参考文献としては、ヒトリゾ
チーム遺伝子の新規合成(EP0181634、Ike
haraら: Chem、 Pharm、 Bull、
34.2202−2208.1986)および微生物
におけるその発現(EP 0255233、Murak
i ら: Agric、 Riot。
の合成に用いられてきた。参考文献としては、ヒトリゾ
チーム遺伝子の新規合成(EP0181634、Ike
haraら: Chem、 Pharm、 Bull、
34.2202−2208.1986)および微生物
におけるその発現(EP 0255233、Murak
i ら: Agric、 Riot。
Chem、49.2829−2831.1985、Yo
shimura ら二Biochem、 Bioph
ys、 Res、 Co1n、 150.794−80
1゜1988)についてあげられる。また、新しい遺伝
子操作法は、天然に存在するリゾチーム遺伝子の特異的
(□す飾(Perry、 L、 J、およびWetze
l、 R,ら:5cience 226,555−55
7.1984、We tze l ら:Proc、Na
tl、Acad、Sci、85.401−405、19
88、Muraki ら: Biochim、 Bio
phys、 Acta 916.66〜75.1987
)にも用いられてきて、それによって、反応機構につい
ての情報を得るため、また、例えば、温度安定性などの
酵素の性質に影響することに、用いられてきた。
shimura ら二Biochem、 Bioph
ys、 Res、 Co1n、 150.794−80
1゜1988)についてあげられる。また、新しい遺伝
子操作法は、天然に存在するリゾチーム遺伝子の特異的
(□す飾(Perry、 L、 J、およびWetze
l、 R,ら:5cience 226,555−55
7.1984、We tze l ら:Proc、Na
tl、Acad、Sci、85.401−405、19
88、Muraki ら: Biochim、 Bio
phys、 Acta 916.66〜75.1987
)にも用いられてきて、それによって、反応機構につい
ての情報を得るため、また、例えば、温度安定性などの
酵素の性質に影響することに、用いられてきた。
ストレプトミセスにおいてリゾチームをコードする遺伝
子が今見出された。したがって、本発明は、ストレプト
ミセスからのリゾチーム遺伝子に関し、それは、 a) 次の配列 5’−TTCGC(G/C)TACATCAAG GC
(G/C) AC(G/C)GAG GG(G/C)
AC(G/C) AACTACAA−3’のオリゴヌク
レオチドプローブとハイブリダイズする、および/また
は b) 形質転換の後、リゾチーム陰性突然変異体Str
eptomyces coelicolor DSM
4913を補足(camp l ement)するもの
である。
子が今見出された。したがって、本発明は、ストレプト
ミセスからのリゾチーム遺伝子に関し、それは、 a) 次の配列 5’−TTCGC(G/C)TACATCAAG GC
(G/C) AC(G/C)GAG GG(G/C)
AC(G/C) AACTACAA−3’のオリゴヌク
レオチドプローブとハイブリダイズする、および/また
は b) 形質転換の後、リゾチーム陰性突然変異体Str
eptomyces coelicolor DSM
4913を補足(camp l ement)するもの
である。
本発明による微生物由来のリゾチーム遺伝子は、ストレ
プトミセス、好ましくはStreptomycesco
elicolor (Muller)および Ster
ptomycesIabedae、またはこれら苗株の
突然変異体および変体(variants)から得られ
る。DSM 3030株(S。
プトミセス、好ましくはStreptomycesco
elicolor (Muller)および Ster
ptomycesIabedae、またはこれら苗株の
突然変異体および変体(variants)から得られ
る。DSM 3030株(S。
coel 1color)およびDSM 41517株
(S、 1abedae)はとくに好ましい。
(S、 1abedae)はとくに好ましい。
全DNAをこれらの株から従来の方法にて単離して、種
々の大きさのフラグメントに切断する。
々の大きさのフラグメントに切断する。
次いで、これをコスミドまたはプラスミドベクターと連
結してから宿主株を形質転換させることができる。別の
方法としては、目的の染色体DNAフラグメントを、消
化した全DNAを放射性標識したオリゴヌクレオチドと
ハイブリダイズすることによって前もって位置づけする
ことができる。
結してから宿主株を形質転換させることができる。別の
方法としては、目的の染色体DNAフラグメントを、消
化した全DNAを放射性標識したオリゴヌクレオチドと
ハイブリダイズすることによって前もって位置づけする
ことができる。
この場合には、用いるオリゴヌクレオチドの配列は、遺
伝子コードの規則に従って、前もって決定されたリゾチ
ームタンパク質におけるアミノ酸配列に対応しなければ
ならない。
伝子コードの規則に従って、前もって決定されたリゾチ
ームタンパク質におけるアミノ酸配列に対応しなければ
ならない。
次いで、適当な遺伝子バンクからリゾチーム遺伝子を含
む宿主クローンを同定することが必要である。工程は用
いる宿主株によるが、以下に記述される通りである。
む宿主クローンを同定することが必要である。工程は用
いる宿主株によるが、以下に記述される通りである。
天然シグナル配列を有するストレプトミセス遺伝子の発
現は、大腸菌(E、 coli)においてはきわめて不
十分であることから、大腸菌(E、 coli)にクロ
ーニングされたリゾチーム遺伝子を同定するために活性
分析を用いるのはあまり得策ではない。
現は、大腸菌(E、 coli)においてはきわめて不
十分であることから、大腸菌(E、 coli)にクロ
ーニングされたリゾチーム遺伝子を同定するために活性
分析を用いるのはあまり得策ではない。
したがって、大腸菌におけるリゾチーム活性の顕著な発
現は期待できず、事実、細胞に毒性である可能性もある
。しかし、フラグメントに切断されたリゾチームの部分
的アミノ酸配列を確立した後にオリゴヌクレオチドプロ
ーブを用いることによって、目的のクローンを見出すこ
とができる。次いで、遺伝子コードの規則に従って、特
定のアミノ酸配列から、DNAレベルで関連ヌクレオチ
ド配列が得られる。決められたアミノ酸は、6個まての
異なるコードンによって決定することができる。
現は期待できず、事実、細胞に毒性である可能性もある
。しかし、フラグメントに切断されたリゾチームの部分
的アミノ酸配列を確立した後にオリゴヌクレオチドプロ
ーブを用いることによって、目的のクローンを見出すこ
とができる。次いで、遺伝子コードの規則に従って、特
定のアミノ酸配列から、DNAレベルで関連ヌクレオチ
ド配列が得られる。決められたアミノ酸は、6個まての
異なるコードンによって決定することができる。
確立されたアミノ酸配列については、最少数のコードン
によってDNAレベルで決定することができるアミノ酸
の配列を有する領域の検索を行う。
によってDNAレベルで決定することができるアミノ酸
の配列を有する領域の検索を行う。
対応するオリゴヌクレオチドの配列をこれらアミノ酸配
列領域から推知する。遺伝子コードの縮重のために、可
能なヌクレオチド配列の数が急激に増える。このために
一般に約20個のヌクレオチドの配列で充分である。
列領域から推知する。遺伝子コードの縮重のために、可
能なヌクレオチド配列の数が急激に増える。このために
一般に約20個のヌクレオチドの配列で充分である。
予備試験において、この型のプローブは、場合によって
は、いくつかのかなりに特異的なシグナルを与えたが、
実際には、これらプローブは、遺伝子の検出には不適当
であることが証明された。
は、いくつかのかなりに特異的なシグナルを与えたが、
実際には、これらプローブは、遺伝子の検出には不適当
であることが証明された。
予備試験および以下に記載するスクリーニング工程の双
方において用いられて成功した唯一のものは、38個の
ヌクレオチドデーTTCGC(G/C)TACATCA
AG GC(G/C) AC(G/C) GAG GG
(G/C) AC(G/C)AACTACAA−3’を
有する上記のプローブである。ストレプトミセスDNA
における70%以上という高いG/C含量のために、プ
ローブ合成において用いるコドンの第3番目の位置には
、GまたはCのみを用いた。このプローブを用いれば、
特異的にハイブリダイズするDNAバンドをS。
方において用いられて成功した唯一のものは、38個の
ヌクレオチドデーTTCGC(G/C)TACATCA
AG GC(G/C) AC(G/C) GAG GG
(G/C) AC(G/C)AACTACAA−3’を
有する上記のプローブである。ストレプトミセスDNA
における70%以上という高いG/C含量のために、プ
ローブ合成において用いるコドンの第3番目の位置には
、GまたはCのみを用いた。このプローブを用いれば、
特異的にハイブリダイズするDNAバンドをS。
coelicolor (Mueller)の全DNA
においてのみならず他のストレプトミセス株、例えは、
S、abedae、の全DNAにおいても同定すること
が可能である。
においてのみならず他のストレプトミセス株、例えは、
S、abedae、の全DNAにおいても同定すること
が可能である。
入手可能なプラスミドまたはコスミド遺伝子バンクのク
ローンを種々の方法で調べる。一方、得られたクローン
を直接にフィルター上て融解し、遊離するDNAについ
て用いた放射性同位体で標識したオリゴヌクレオチドと
のハイブリダイゼーションについて試験する。一方、得
られたクローンを各々単一でまたは10個のクローンを
プールして培養して、含まれるプラスミド/ニスミドD
NAを単離する。次いで、このDNAをフィルター上に
滴下するか、または、制限酵素によって消化をしておい
てから順次行うことができるアガロースゲル電気泳動の
後に、サザンブロツティングによってフィルターに移動
させる。フィルター上に固定されたDNAを、放射性標
識したオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせる。オ
ートラジオグラフィーの後、フィルムの黒変によってオ
リゴヌクレオチドがフィルターに結合した点が示される
。対応するコスミドまたはプラスミドDNAが10個の
クローンブールに由来する場合には、関連するクローン
を一つずつ処理して、コスミドまたはプラスミドDNA
をオリゴヌクレオチドと一つずつハイブリダイズさせる
。次いて、陽性と判定されたクローンからのコスミドま
たはブラスミl” D N Aを、種々の制限酵素によ
る消化によってフラグメントに切断してから、後者をI
II次オリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせる。こ
のようにして、オリゴヌクレオチドとハイブリダイズす
るDNA領域の位置決めをすることが可能である。
ローンを種々の方法で調べる。一方、得られたクローン
を直接にフィルター上て融解し、遊離するDNAについ
て用いた放射性同位体で標識したオリゴヌクレオチドと
のハイブリダイゼーションについて試験する。一方、得
られたクローンを各々単一でまたは10個のクローンを
プールして培養して、含まれるプラスミド/ニスミドD
NAを単離する。次いで、このDNAをフィルター上に
滴下するか、または、制限酵素によって消化をしておい
てから順次行うことができるアガロースゲル電気泳動の
後に、サザンブロツティングによってフィルターに移動
させる。フィルター上に固定されたDNAを、放射性標
識したオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせる。オ
ートラジオグラフィーの後、フィルムの黒変によってオ
リゴヌクレオチドがフィルターに結合した点が示される
。対応するコスミドまたはプラスミドDNAが10個の
クローンブールに由来する場合には、関連するクローン
を一つずつ処理して、コスミドまたはプラスミドDNA
をオリゴヌクレオチドと一つずつハイブリダイズさせる
。次いて、陽性と判定されたクローンからのコスミドま
たはブラスミl” D N Aを、種々の制限酵素によ
る消化によってフラグメントに切断してから、後者をI
II次オリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせる。こ
のようにして、オリゴヌクレオチドとハイブリダイズす
るDNA領域の位置決めをすることが可能である。
このDNA領域を配列決定(sequencing)ベ
クター 例えば、配列決定ベクターpUC8またはそれ
に由来する配列決定ベクター+) S V B 26な
どへのサブクローニング、続く配列決定および予め決定
されたアミノ酸配列との比較によって、単能されたDN
Aが、実際に、目的としていたDNAであることを示す
ことが可能である。コンピュータープログラムを用いて
、構造遺伝子および5′および3′領域を明示すること
が可能である(表1および2)。リゾチームをコードす
る1、2kbのA v a Iフラグメントを配列決定
ベクターpUC8またはl) S V B 26からス
トレプトミセスベクター 例えば、pER1!5(ブダ
ペスト条約の規約に基づいてDeutsch Samm
lung vonM+kroorganismen u
nd Zellkulturen (独国徽生物および
細胞培養コレクション)に、リゾチーム欠失突然変異体
中のDSM4913として寄託した)にクローニングし
た。リゾチーム産生株、例えは、S、 coelico
lor DSM 3030、に形質転換の後に、収率な
3〜5倍に増加させることができる。
クター 例えば、配列決定ベクターpUC8またはそれ
に由来する配列決定ベクター+) S V B 26な
どへのサブクローニング、続く配列決定および予め決定
されたアミノ酸配列との比較によって、単能されたDN
Aが、実際に、目的としていたDNAであることを示す
ことが可能である。コンピュータープログラムを用いて
、構造遺伝子および5′および3′領域を明示すること
が可能である(表1および2)。リゾチームをコードす
る1、2kbのA v a Iフラグメントを配列決定
ベクターpUC8またはl) S V B 26からス
トレプトミセスベクター 例えば、pER1!5(ブダ
ペスト条約の規約に基づいてDeutsch Samm
lung vonM+kroorganismen u
nd Zellkulturen (独国徽生物および
細胞培養コレクション)に、リゾチーム欠失突然変異体
中のDSM4913として寄託した)にクローニングし
た。リゾチーム産生株、例えは、S、 coelico
lor DSM 3030、に形質転換の後に、収率な
3〜5倍に増加させることができる。
ストレプトミセスにおけるクローニングのために、S、
1ividansは、比較的簡単に増殖することから
宿主生物として先ず当然に試みられる株であって、目的
の遺伝子の発現はこのストレプトミセスで期待される。
1ividansは、比較的簡単に増殖することから
宿主生物として先ず当然に試みられる株であって、目的
の遺伝子の発現はこのストレプトミセスで期待される。
遺伝子バンクを構築するために、単離された全DNAお
よびアガロースゲルがらの′a厚冨化されたフラグメン
トの双方を、大腸菌/ストレプトミセスシャトルベクタ
ーまたはストレプトミセスベクターに連結させた。しか
し、100 、000個以上の形質転換体を試験しても
、リゾチーム遺伝子を有するS、 l1vidansク
ローンを同定することは不可能であった。
よびアガロースゲルがらの′a厚冨化されたフラグメン
トの双方を、大腸菌/ストレプトミセスシャトルベクタ
ーまたはストレプトミセスベクターに連結させた。しか
し、100 、000個以上の形質転換体を試験しても
、リゾチーム遺伝子を有するS、 l1vidansク
ローンを同定することは不可能であった。
しかし、遺伝子を相同系(homologous sy
stem)にクローニングすることは可能である。本発
明によるリゾチーム遺伝子は、したがって、リゾチーム
欠失突然変異体の補完によって同定することができる。
stem)にクローニングすることは可能である。本発
明によるリゾチーム遺伝子は、したがって、リゾチーム
欠失突然変異体の補完によって同定することができる。
有意に低下したまたは皆無のリゾチーム産生能を示す、
S、 coelicolor DSM 3030の、安
定な突然変異体は、自然発生的に生じるか、または、胞
子、菌糸体フラグメントまたは単離されたプロトプラス
トの化学的または物理的突然変異によって、得てもよい
、 S、 coelicolor DSM 3030の
胞子を用いて、化学的突然変異誘発物質、例えば、N−
ヌチルーN’−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(MN
NC)、ニトロソメチルウレア、メチルメタンスルフォ
ン酸塩、エチルメタンスルフォン酸塩、4−ニトロキノ
リン1〜オキシド、ヒドロキシルアミン、5−ブロモウ
ラシル、亜硝酸ナトリウム、マイトマイシンC、エチジ
ウムプロミドまたはアクリフラビンで処理するか、また
は8−メトキシルプヲラレンと反応させてからそれに続
く長波長UV光線(365nm)で照射処理することが
、好ましい。別法としては、胞子を短波長UV光線(2
54nm)で照射することもできる。化学的突然変異誘
発物質、好ましくはN M N G、による処理または
UV光線(254nm)照射は、生存率0.1%から3
0%、好ましくは1%から2%、までになるようにして
行う。安定したリゾチーム欠失突然変異体S、 coe
licolorは、ブダペスト条約の規約に基づいて、
Deutsche Sammlung vonMikr
oorganismen und Zellkultu
renに寄託番号DSM4913を付与されて寄託され
ている。
S、 coelicolor DSM 3030の、安
定な突然変異体は、自然発生的に生じるか、または、胞
子、菌糸体フラグメントまたは単離されたプロトプラス
トの化学的または物理的突然変異によって、得てもよい
、 S、 coelicolor DSM 3030の
胞子を用いて、化学的突然変異誘発物質、例えば、N−
ヌチルーN’−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(MN
NC)、ニトロソメチルウレア、メチルメタンスルフォ
ン酸塩、エチルメタンスルフォン酸塩、4−ニトロキノ
リン1〜オキシド、ヒドロキシルアミン、5−ブロモウ
ラシル、亜硝酸ナトリウム、マイトマイシンC、エチジ
ウムプロミドまたはアクリフラビンで処理するか、また
は8−メトキシルプヲラレンと反応させてからそれに続
く長波長UV光線(365nm)で照射処理することが
、好ましい。別法としては、胞子を短波長UV光線(2
54nm)で照射することもできる。化学的突然変異誘
発物質、好ましくはN M N G、による処理または
UV光線(254nm)照射は、生存率0.1%から3
0%、好ましくは1%から2%、までになるようにして
行う。安定したリゾチーム欠失突然変異体S、 coe
licolorは、ブダペスト条約の規約に基づいて、
Deutsche Sammlung vonMikr
oorganismen und Zellkultu
renに寄託番号DSM4913を付与されて寄託され
ている。
Streptomuces 1ividar+sのため
に開発されたプロトプラスト形成および形質転換の条件
はすべてのストレプトミセスにおいて好結果をもたらす
ものではないことが知られている。野生型S。
に開発されたプロトプラスト形成および形質転換の条件
はすべてのストレプトミセスにおいて好結果をもたらす
ものではないことが知られている。野生型S。
coelicolor Mueller DSM 30
30の場合には、充分な形質転換体をS、 l1vid
ansのために記載された方法(C,、J、 Thom
psonら: (19B2) J、 Bacterio
l。
30の場合には、充分な形質転換体をS、 l1vid
ansのために記載された方法(C,、J、 Thom
psonら: (19B2) J、 Bacterio
l。
+51.668−677)によって単離することができ
る。
る。
これに対して、この方法ではリゾチーム欠失突然変異体
S、 coelicolor Mueller DSM
4913の形質転換体を得ることは不可能である。し
かし、プラスミドDNAの形質転換は、突然変異体DS
M4913で以下に記載の条件で効率よく行うことがで
きる。
S、 coelicolor Mueller DSM
4913の形質転換体を得ることは不可能である。し
かし、プラスミドDNAの形質転換は、突然変異体DS
M4913で以下に記載の条件で効率よく行うことがで
きる。
突然変異体DSM4913を、約17g/リットルのカ
ゼインからのペプトン、約3g/リットルの大豆ミール
からのペプトン、約2.5g/リットルのグルコース、
約5g/リットルの塩化ナトノウムおよび約2.5g/
リットルの燐酸水素、二カリウムからなるCa5o培地
中で前培養して、約5g/リットルのグリシンで濃厚富
化しておいたCa5o培地に移し、30℃で約45時間
定T;増殖間に達するまで振盪する。増殖のための最適
時間および温度は、それぞれの場合に得られる形質転換
体の収率を決定することによって各突然変異体について
容易に確立することができる。
ゼインからのペプトン、約3g/リットルの大豆ミール
からのペプトン、約2.5g/リットルのグルコース、
約5g/リットルの塩化ナトノウムおよび約2.5g/
リットルの燐酸水素、二カリウムからなるCa5o培地
中で前培養して、約5g/リットルのグリシンで濃厚富
化しておいたCa5o培地に移し、30℃で約45時間
定T;増殖間に達するまで振盪する。増殖のための最適
時間および温度は、それぞれの場合に得られる形質転換
体の収率を決定することによって各突然変異体について
容易に確立することができる。
プロトプラスト形成は、0.2 !5 mg/ml 〜
1 、Omg/ml、好ましくは1mg/mlの鶏卵リ
ゾチーム、を用いてP緩衝液[Hopwood DAら
: rGeniticManipu!ation of
Streptomyces: A Laborato
ryManua l J、The John 1nne
s FoundationSNorwich。
1 、Omg/ml、好ましくは1mg/mlの鶏卵リ
ゾチーム、を用いてP緩衝液[Hopwood DAら
: rGeniticManipu!ation of
Streptomyces: A Laborato
ryManua l J、The John 1nne
s FoundationSNorwich。
England、 P、 245 (1985)コ中で
30〜60分間、好ましくは40分間室温にて緩やかに
振盪しながら行う。形質転換のてめに、チオストレプト
ン耐性をコードするプラスミドDNAおよびT緩衝液(
)1opwoodら:上記、L2413、を参照された
い)をプロトプラストとともに混合して、次いで、低温
融解性アガロースの代わりに寒天を含む修飾R3軟寒天
(Sh i rahamaら: 1981、Agric
、 Biol。
30〜60分間、好ましくは40分間室温にて緩やかに
振盪しながら行う。形質転換のてめに、チオストレプト
ン耐性をコードするプラスミドDNAおよびT緩衝液(
)1opwoodら:上記、L2413、を参照された
い)をプロトプラストとともに混合して、次いで、低温
融解性アガロースの代わりに寒天を含む修飾R3軟寒天
(Sh i rahamaら: 1981、Agric
、 Biol。
Chem、 45.1271−1273)に埋める。埋
め込まれたプロトプラストを、再生(regenera
tion)培地、好ましくはR2YE寒天プレート(H
opwoodら:上記、P、236、を参照されたい)
、上にひとげて、無蓋で滅菌実験台の中心で2〜6時間
、好ましくは411寺間、乾燥させる。30℃で20〜
26時間、好ましくは24時間、インキュベートしてか
ら、200μ3/mlのチオストレプトンを含むNB軟
寒天(約3g/リットルのバクトビーフエキス、約5g
/リットルのバクトペブトン、約6g/リットルの寒天
)を重層して、さらに30℃で6日間インキュベートす
る。
め込まれたプロトプラストを、再生(regenera
tion)培地、好ましくはR2YE寒天プレート(H
opwoodら:上記、P、236、を参照されたい)
、上にひとげて、無蓋で滅菌実験台の中心で2〜6時間
、好ましくは411寺間、乾燥させる。30℃で20〜
26時間、好ましくは24時間、インキュベートしてか
ら、200μ3/mlのチオストレプトンを含むNB軟
寒天(約3g/リットルのバクトビーフエキス、約5g
/リットルのバクトペブトン、約6g/リットルの寒天
)を重層して、さらに30℃で6日間インキュベートす
る。
遺伝子バンクを作出するために、リゾチーム産生性株、
好ましくはS、 coelicolor DSM 30
30、の全DNAを単離して、制限エンドヌクレアーゼ
、例えは5au3Aなど、て不完全に切断する。
好ましくはS、 coelicolor DSM 30
30、の全DNAを単離して、制限エンドヌクレアーゼ
、例えは5au3Aなど、て不完全に切断する。
2.8〜15kbの大きさの5au3Aフラグメントを
単離して、これをS、 coelicolor DSM
3030から単離して、直線化してから脱燐酸化して
おいたベクターpEB 15に連結する。ベクターpE
B15は、S、 venezuelae DSM 40
755から単離されるプラスミドpS V H1(EP
0070522) ニ由来するpEB 15の消化は
、例えば、制限酵素Bgtnで行うことができる。
単離して、これをS、 coelicolor DSM
3030から単離して、直線化してから脱燐酸化して
おいたベクターpEB 15に連結する。ベクターpE
B15は、S、 venezuelae DSM 40
755から単離されるプラスミドpS V H1(EP
0070522) ニ由来するpEB 15の消化は
、例えば、制限酵素Bgtnで行うことができる。
代わりに、S、 coelicolor DSM 30
30またはこのストレプトミセスの他の産生株の全DN
Aを、例えば、制限酵素SmaIで完全に切断する。リ
ゾチーム遺伝子に適した上記オリゴヌクレオチドプロー
ブとのD N A −D N Aハイブリダイゼーショ
ンによって、S、 coelicolor DSM 3
030の全DNAのSmaIフラグメント(約3.3k
bの大きざ)を同定することが可能である。次いで、同
定されたフラグメントを、大腸菌DNAポリメラーゼ(
フレノウフラグメント)を用いる埋填によって末端を予
め平滑末端にしておいた直線状にした脱燐酸化したベク
ターI) 0M4 (EP 025741?)に連結さ
せる。pGM4の切断を、制限酵素BamHIによって
行うことができる。
30またはこのストレプトミセスの他の産生株の全DN
Aを、例えば、制限酵素SmaIで完全に切断する。リ
ゾチーム遺伝子に適した上記オリゴヌクレオチドプロー
ブとのD N A −D N Aハイブリダイゼーショ
ンによって、S、 coelicolor DSM 3
030の全DNAのSmaIフラグメント(約3.3k
bの大きざ)を同定することが可能である。次いで、同
定されたフラグメントを、大腸菌DNAポリメラーゼ(
フレノウフラグメント)を用いる埋填によって末端を予
め平滑末端にしておいた直線状にした脱燐酸化したベク
ターI) 0M4 (EP 025741?)に連結さ
せる。pGM4の切断を、制限酵素BamHIによって
行うことができる。
T4DNAリガーゼによる処理の後、D N A ’I
H合物でリゾチーム欠失突然変異体DSM4913のプ
ロトプラストを形質転換させる。得られるクローンを、
約20g/リットルの大豆ミール、約20g/リットル
のマンニI・−ルおよび約1.8 g/リットルの寒天
からなり、3071g’/ mlのチオストレプトンを
添加しておいた5M培地(pH7,5)を用いる寒天ブ
ロック上で、30°Cて5〜7日間インキュベートする
。次いで、リゾチーム産生性クローンを、熱不活化した
ミクロコツカス・ルテウス(Micrococcus
1uteus)細胞を用いるリゾチーム試験寒天プレー
ト上の融解の懸濁ゾーンの形成によって同定する。
H合物でリゾチーム欠失突然変異体DSM4913のプ
ロトプラストを形質転換させる。得られるクローンを、
約20g/リットルの大豆ミール、約20g/リットル
のマンニI・−ルおよび約1.8 g/リットルの寒天
からなり、3071g’/ mlのチオストレプトンを
添加しておいた5M培地(pH7,5)を用いる寒天ブ
ロック上で、30°Cて5〜7日間インキュベートする
。次いで、リゾチーム産生性クローンを、熱不活化した
ミクロコツカス・ルテウス(Micrococcus
1uteus)細胞を用いるリゾチーム試験寒天プレー
ト上の融解の懸濁ゾーンの形成によって同定する。
リゾチーム産生クローンからのプラスミドpcellお
よびpce12の単離およびリゾチーム欠失突然変異体
DSM4913での新規な形質変換の結果、リソチーム
産生性形質転換体が試験した全ての場合について得られ
る。これに対して、プラスミドpcallおよびpce
12てS、 1ividansを形質変換させた後は、
ミクロコツカス・ルテウスを用いる寒天拡散試験または
光度測定によってリゾチーム産生を認めることはできな
い。
よびpce12の単離およびリゾチーム欠失突然変異体
DSM4913での新規な形質変換の結果、リソチーム
産生性形質転換体が試験した全ての場合について得られ
る。これに対して、プラスミドpcallおよびpce
12てS、 1ividansを形質変換させた後は、
ミクロコツカス・ルテウスを用いる寒天拡散試験または
光度測定によってリゾチーム産生を認めることはできな
い。
これに対して、プラスミドpcellまたは1) CE
12によるS、 coelicolor DSM 3
030またはリゾチーム過剰産生性突然変体またはそれ
らに由来する変異体(variants)の形質転換の
結果、リゾチーム収率は出発株と比較して2〜3倍に増
加する。驚いたことに、プラスミドpce12は、S、
coelieolor DSM 3030中できわめ
て安定であることが証明された。
12によるS、 coelicolor DSM 3
030またはリゾチーム過剰産生性突然変体またはそれ
らに由来する変異体(variants)の形質転換の
結果、リゾチーム収率は出発株と比較して2〜3倍に増
加する。驚いたことに、プラスミドpce12は、S、
coelieolor DSM 3030中できわめ
て安定であることが証明された。
BglIIで切断しておいたベクターpEB 15への
pce12の1.2kbのAvaIフラグメントのクロ
ーニングの結果、リゾチーム遺伝子のJ:?gに、加え
て−,S、 antibioticus [Berna
nら: Gene37.101−110 (1985)
]のチロシナーゼ遺伝子のプロモーター領域を有するプ
ラスミドpce13が得られる。pCE 13の場合に
は、S。
pce12の1.2kbのAvaIフラグメントのクロ
ーニングの結果、リゾチーム遺伝子のJ:?gに、加え
て−,S、 antibioticus [Berna
nら: Gene37.101−110 (1985)
]のチロシナーゼ遺伝子のプロモーター領域を有するプ
ラスミドpce13が得られる。pCE 13の場合に
は、S。
coelicolor DSM 3030のリゾチーム
産生は3〜5倍に増加する。
産生は3〜5倍に増加する。
本発明によって、細菌性リゾチームを経済的に大量に産
生ずることができ、したがって、食品の保存料としての
使用またはその他医薬的用途を確立することが可能にな
る。酵素は、とくに食品での使用において、やや酸性領
域である至適p Hによって、とくに優れている。
生ずることができ、したがって、食品の保存料としての
使用またはその他医薬的用途を確立することが可能にな
る。酵素は、とくに食品での使用において、やや酸性領
域である至適p Hによって、とくに優れている。
例1
制限エンドヌクレアーゼによるDNAの切断適当な酵素
による単一消化は、全容fllO〜30 ノ11で反応
温度は各々の酵素の至適温度、ふつうは37℃、通常行
う。用い得る緩衝液は、Manatisら (Mani
atis ら: Mo1ecular Clonin
g+ALaboratory Manua l、Co1
d Spring Harbor、 P、104以降、
1982)の記載による低、中、高塩濃度の緩街t6f
または個々の製造者によって特定して推奨される緩衝液
を用いる。混合?夜中ではDNA171g当り約1〜3
Uの酵素を用いる。培養時間は、用いる酵素の熱bil
ityによって、1時間から数時間が用いればよい。二
つの異なる酵素による二重消化の場合には、通常、両酵
素を混合液中に同時に加えることが可能である。酵素の
塩要求性が大きく異なる場合には、低塩濃度要求性の酵
素で先ず行って、塩濃度を上げた後に第二の酵素を加え
る。
による単一消化は、全容fllO〜30 ノ11で反応
温度は各々の酵素の至適温度、ふつうは37℃、通常行
う。用い得る緩衝液は、Manatisら (Mani
atis ら: Mo1ecular Clonin
g+ALaboratory Manua l、Co1
d Spring Harbor、 P、104以降、
1982)の記載による低、中、高塩濃度の緩街t6f
または個々の製造者によって特定して推奨される緩衝液
を用いる。混合?夜中ではDNA171g当り約1〜3
Uの酵素を用いる。培養時間は、用いる酵素の熱bil
ityによって、1時間から数時間が用いればよい。二
つの異なる酵素による二重消化の場合には、通常、両酵
素を混合液中に同時に加えることが可能である。酵素の
塩要求性が大きく異なる場合には、低塩濃度要求性の酵
素で先ず行って、塩濃度を上げた後に第二の酵素を加え
る。
消化の完了は、反応混合液の一部をゲル電気泳動するこ
とによってチエツクすることができる。
とによってチエツクすることができる。
例2
フォスファターゼ反応
TE緩衝??Z(10mM)リス−塩酸、1mMEDT
A、pH8,0)に予め溶解しておいた、突出5′末端
を有する、直線状にしたベクターDNAを、5μmの2
0XRAP緩衝液(800叶トリス−塩酸、100mM
MgCI 2.2mMZnCl2、p H8,0)およ
び水で容IL 10071Iに調整してから、約30U
の仔ウシ腸管フォスファターゼCCI P)(ベーリン
ガー・マンハイム社製)を加える。
A、pH8,0)に予め溶解しておいた、突出5′末端
を有する、直線状にしたベクターDNAを、5μmの2
0XRAP緩衝液(800叶トリス−塩酸、100mM
MgCI 2.2mMZnCl2、p H8,0)およ
び水で容IL 10071Iに調整してから、約30U
の仔ウシ腸管フォスファターゼCCI P)(ベーリン
ガー・マンハイム社製)を加える。
37℃で2〜3時間時間インキュートシてから5μmの
10%SDSを加えた後、68℃で15分間加熱する。
10%SDSを加えた後、68℃で15分間加熱する。
3回ののフェノール処理の後、エタノール沈澱、70%
エタノールによる洗浄を行い、新たなTE緩衝液に入れ
る。可能な別の方法は、1μmのCIPを制限酵素消化
後に直ちに混合液に加えて、37℃でさらに20分間イ
ンキユヘートする。次いで、2μmの0.5M EDT
Aを加えて、混合液を65℃で1時間加熱する。続くフ
ェノール処理および沈澱を、上記のようにして行う。
エタノールによる洗浄を行い、新たなTE緩衝液に入れ
る。可能な別の方法は、1μmのCIPを制限酵素消化
後に直ちに混合液に加えて、37℃でさらに20分間イ
ンキユヘートする。次いで、2μmの0.5M EDT
Aを加えて、混合液を65℃で1時間加熱する。続くフ
ェノール処理および沈澱を、上記のようにして行う。
例3
リガーゼ反応
単離されたDNAフラグメントとプラスミドまたはコス
ミ1−ベクターとの連結をManiatisら(Man
iatisら:上記、p、286以降およびp、474
、を参照されたい)の推奨する条件下で行う。反応を、
10〜20μmの容量でDNA濃度100〜4007J
g/mlで行う。連結されるDNAを一緒に沈澱させて
計算された量のりガーゼ緩衝液に再懸濁させることは、
どくに有利である。プラスミドとの連結の場合には、ベ
クタープラスミドと挿入物との比は、通常、1:1から
l:5の間で、コスミドとの連結の場合には、逆に、5
: 1から10:】の間である。用いる酵素は、T 4
. D N Aリガーゼ(ベーリンガー・マンハイム、
ニューイグランドバイオラボズ)で混合液当り1oo−
4000の濃度で用いる。インキュベーションは、14
〜18°Cて少なくとも12時間行う。反応をチエツク
するために、連結の後に反応混合液の一部、例えば20
μmの混合液の場合には3μm、を反応容器から取り出
して、T4DNAリガーゼを加える前に反応混合液から
取り出して4℃で保存した試料と、0.8%アガロース
ゲル上で比較する。
ミ1−ベクターとの連結をManiatisら(Man
iatisら:上記、p、286以降およびp、474
、を参照されたい)の推奨する条件下で行う。反応を、
10〜20μmの容量でDNA濃度100〜4007J
g/mlで行う。連結されるDNAを一緒に沈澱させて
計算された量のりガーゼ緩衝液に再懸濁させることは、
どくに有利である。プラスミドとの連結の場合には、ベ
クタープラスミドと挿入物との比は、通常、1:1から
l:5の間で、コスミドとの連結の場合には、逆に、5
: 1から10:】の間である。用いる酵素は、T 4
. D N Aリガーゼ(ベーリンガー・マンハイム、
ニューイグランドバイオラボズ)で混合液当り1oo−
4000の濃度で用いる。インキュベーションは、14
〜18°Cて少なくとも12時間行う。反応をチエツク
するために、連結の後に反応混合液の一部、例えば20
μmの混合液の場合には3μm、を反応容器から取り出
して、T4DNAリガーゼを加える前に反応混合液から
取り出して4℃で保存した試料と、0.8%アガロース
ゲル上で比較する。
例4
パッケージング抽出物(packaging extr
acts)の調製 入ファージの頭部へのDNAのインビトロパッケージン
グに必要なパッケージング抽出物を、Hohnの方法(
Hohn、 B: Wu、 R,FJT集、Recom
binantDNA、 Methods in Enz
ymology、 Vol’6B、Academic
Press、 New York、299−309.1
979)によって調製する。大腸菌BH32688株(
凍結融解物(freeze thaw Iysate、
FTL) )およびB HB2690 (超音波処理
抽出物(sonic extract、5E))を、グ
リセロール培養物から、Lブロス培地(1リットル当り
10gのバクトドリブトン、5gの酵母抽出液、5gの
NaC1,pH7,5)中に接種する(5m1の培地に
対して50μmのグリセロール培養物)。Lブロスプレ
ートに32℃で増殖させた培養物を画線して、再び32
℃で培養する。各プレートの増殖物から5個のコロニー
を取り上げて二枚のしブロスプレートに移す。その一つ
を32℃でインキュベートして、他の一方を42℃で培
養する。32℃で増殖して42℃で増殖しない単一コロ
ニーのみを次の工程に用いる。
acts)の調製 入ファージの頭部へのDNAのインビトロパッケージン
グに必要なパッケージング抽出物を、Hohnの方法(
Hohn、 B: Wu、 R,FJT集、Recom
binantDNA、 Methods in Enz
ymology、 Vol’6B、Academic
Press、 New York、299−309.1
979)によって調製する。大腸菌BH32688株(
凍結融解物(freeze thaw Iysate、
FTL) )およびB HB2690 (超音波処理
抽出物(sonic extract、5E))を、グ
リセロール培養物から、Lブロス培地(1リットル当り
10gのバクトドリブトン、5gの酵母抽出液、5gの
NaC1,pH7,5)中に接種する(5m1の培地に
対して50μmのグリセロール培養物)。Lブロスプレ
ートに32℃で増殖させた培養物を画線して、再び32
℃で培養する。各プレートの増殖物から5個のコロニー
を取り上げて二枚のしブロスプレートに移す。その一つ
を32℃でインキュベートして、他の一方を42℃で培
養する。32℃で増殖して42℃で増殖しない単一コロ
ニーのみを次の工程に用いる。
それぞれの場合、42°Cで増殖を示さないコロニーの
一つを今度はLブロスプレートに画線して、32°Cで
一晩培養する。パッケージング抽出物を調製するために
、一つの小コロニーをこれらのプレートからそれぞれ選
択して、10m1のしグロス培地で培養する。培養物を
32℃で一晩培養して、次の日に、主培養に接種するた
めに用いる。
一つを今度はLブロスプレートに画線して、32°Cで
一晩培養する。パッケージング抽出物を調製するために
、一つの小コロニーをこれらのプレートからそれぞれ選
択して、10m1のしグロス培地で培養する。培養物を
32℃で一晩培養して、次の日に、主培養に接種するた
めに用いる。
FTL抽出物を調製するために、800m1の新鮮なし
ブロス培地に10%のBH32688の前培養物を接種
して、32℃で振盪機で220 rpmでOD 600
が0.45〜0.50に達するまで培養する。
ブロス培地に10%のBH32688の前培養物を接種
して、32℃で振盪機で220 rpmでOD 600
が0.45〜0.50に達するまで培養する。
次いで、培養物をブンゼンバーナーの炎の上で回転させ
ながら42〜43℃に加熱する。温度は、温度計を直接
に懸濁液に差し込んで非滅菌状態で計る。次いで、イン
キュベーションは回転水槽中で、緩やかに振盪しながら
42〜44℃で15分間、次いで、激しく振盪しながら
37℃で2.5時間行う。懸濁液を10°Cに氷水中で
冷却して、次いで、200m1を6.OOOrpmで4
℃で10分間5orvall RC−5で遠心分離する
。各ベレットを0.3m1の冷シュークロース溶液(1
0%シュークa−スを50mMのトリスに溶解、p)I
7.4)と、気泡をつくらないように混合して、10m
1の遠沈管に移して、30μlの新鮮なリゾチーム溶液
(2mg/m1水溶液)と攪拌する6混合液をドライア
イス内で凍結させる。早くとも30分後に遠沈管を緩や
かに室温にまで融解する。完全に融解した後、250μ
mの水冷Ml緩衝液(410μmのH2O,1μmのβ
−メルカプトエタノール、6μmの0.5Mトリス−塩
酸、pH7,4,300)t lの50mMスペルミジ
ン、9μmのIMMgClz、75μmの0.1M A
TP)を各管の内容物に加えて、丁寧に混合した後、3
5,0OOr p mで2℃で25分間遠心分雌する(
ベックマンL8−M(30超遠心11)。
ながら42〜43℃に加熱する。温度は、温度計を直接
に懸濁液に差し込んで非滅菌状態で計る。次いで、イン
キュベーションは回転水槽中で、緩やかに振盪しながら
42〜44℃で15分間、次いで、激しく振盪しながら
37℃で2.5時間行う。懸濁液を10°Cに氷水中で
冷却して、次いで、200m1を6.OOOrpmで4
℃で10分間5orvall RC−5で遠心分離する
。各ベレットを0.3m1の冷シュークロース溶液(1
0%シュークa−スを50mMのトリスに溶解、p)I
7.4)と、気泡をつくらないように混合して、10m
1の遠沈管に移して、30μlの新鮮なリゾチーム溶液
(2mg/m1水溶液)と攪拌する6混合液をドライア
イス内で凍結させる。早くとも30分後に遠沈管を緩や
かに室温にまで融解する。完全に融解した後、250μ
mの水冷Ml緩衝液(410μmのH2O,1μmのβ
−メルカプトエタノール、6μmの0.5Mトリス−塩
酸、pH7,4,300)t lの50mMスペルミジ
ン、9μmのIMMgClz、75μmの0.1M A
TP)を各管の内容物に加えて、丁寧に混合した後、3
5,0OOr p mで2℃で25分間遠心分雌する(
ベックマンL8−M(30超遠心11)。
次いで、上清を合わせて、25711づつをドライアイ
ス中で凍結して、使用時まで一86℃で貯蔵する。
ス中で凍結して、使用時まで一86℃で貯蔵する。
SEパッケージング抽出物を調製するために、400m
1のしブロス培地に4mlのBH32690株の一晩培
養物を接種して、次いで、5orvall遠心分離機で
の遠心分離まではBH82688株について記述された
工程と全く同様に行う。二つの遠沈管に得られるBHB
2690株のペレットをそれぞれ3mlの冷緩衝液A(
20mM)リス−HCI(pH8,0)、3mMMgC
12、10mMβ−メルカプトエタノール、1 mME
D T A)中で気ン包をつくらないようにして攪拌
して、懸濁液を透明なくclear)プラスチック容器
に合わせて入れる。プラスチック管を塩/氷/水混合物
内にいれて、最大出力で5秒間周期(IIIulses
)で超音波装置(ブランソン超音波処理機)で超音波処
理する。溶液の粘度を周期の合間にパスツールピペット
でチエツクする。最初の二、三周間の後に溶液粘度の大
きな増加が認められ(高分子量のDNへの細胞からの遊
離)、次いで、周期数が増えるにつれて粘度が低下する
(DNAが低分子量のフラグメントに破砕される)。各
周期の間、懸濁液の温度が20℃を決して越えないよう
に、懸濁液を繰り返して充分に冷却する。超音波処理し
た懸濁液を低い粘度にするためには、10周期が必要で
ある。超音波処理の後に、懸濁液を6 、000rpm
で4℃で10分間遠心分離しく5orvall RC−
5冷却遠心機、5S−340−ター)、上清を小ペレッ
トから吸い取る。0.6m1の冷M1緩衝液(上記参照
)を各200111の上清すべてに加えて、混合した後
、20 )llづつを、予めドライアイス上で冷却して
おいた0、5mlエッペンドルフ反応管に移し入れる。
1のしブロス培地に4mlのBH32690株の一晩培
養物を接種して、次いで、5orvall遠心分離機で
の遠心分離まではBH82688株について記述された
工程と全く同様に行う。二つの遠沈管に得られるBHB
2690株のペレットをそれぞれ3mlの冷緩衝液A(
20mM)リス−HCI(pH8,0)、3mMMgC
12、10mMβ−メルカプトエタノール、1 mME
D T A)中で気ン包をつくらないようにして攪拌
して、懸濁液を透明なくclear)プラスチック容器
に合わせて入れる。プラスチック管を塩/氷/水混合物
内にいれて、最大出力で5秒間周期(IIIulses
)で超音波装置(ブランソン超音波処理機)で超音波処
理する。溶液の粘度を周期の合間にパスツールピペット
でチエツクする。最初の二、三周間の後に溶液粘度の大
きな増加が認められ(高分子量のDNへの細胞からの遊
離)、次いで、周期数が増えるにつれて粘度が低下する
(DNAが低分子量のフラグメントに破砕される)。各
周期の間、懸濁液の温度が20℃を決して越えないよう
に、懸濁液を繰り返して充分に冷却する。超音波処理し
た懸濁液を低い粘度にするためには、10周期が必要で
ある。超音波処理の後に、懸濁液を6 、000rpm
で4℃で10分間遠心分離しく5orvall RC−
5冷却遠心機、5S−340−ター)、上清を小ペレッ
トから吸い取る。0.6m1の冷M1緩衝液(上記参照
)を各200111の上清すべてに加えて、混合した後
、20 )llづつを、予めドライアイス上で冷却して
おいた0、5mlエッペンドルフ反応管に移し入れる。
分注された試料を一86℃で貯蔵する。
代わりの方法としては、種々の製造会社、例えば、ベー
リンガー・マンハイムやAmershamBuchle
r、 Braunschweigなどから既製のパッケ
ージング抽出物を購入することも可能である。
リンガー・マンハイムやAmershamBuchle
r、 Braunschweigなどから既製のパッケ
ージング抽出物を購入することも可能である。
例5
人ファージにおけるパッケージング
例3に記載のりガーゼ混合物の3μmのを9μのSE抽
出物(例4)と氷水槽中で攪拌して、2分間後に10μ
mのFTLh11出物(例4)を加える。その後、室温
で10分間インキュベートする。
出物(例4)と氷水槽中で攪拌して、2分間後に10μ
mのFTLh11出物(例4)を加える。その後、室温
で10分間インキュベートする。
次いで、500μmの3M緩衝液(100mMNaCl
、10mMMg5OIL、50mM)リスMCI、pH
7−5,0,01%ゼラチン)を加える。この混合液を
、形質導入(transduction)反応に用いる
ことができる。
、10mMMg5OIL、50mM)リスMCI、pH
7−5,0,01%ゼラチン)を加える。この混合液を
、形質導入(transduction)反応に用いる
ことができる。
例6
大腸菌ED8767の形質導入
0.4%のマルトースおよび10mMMg5OILを加
えた5mlのしブロス培地に、50μmの大腸菌ED8
767株のよく増殖した液体培養物を接種する。細菌を
37℃で約12時間振盪して、初期定常期に達した後に
卓上遠心分離機で集菌する。
えた5mlのしブロス培地に、50μmの大腸菌ED8
767株のよく増殖した液体培養物を接種する。細菌を
37℃で約12時間振盪して、初期定常期に達した後に
卓上遠心分離機で集菌する。
沈澱を0.5mlの緩衝液(10mMMgSOIL、0
.4%マルトース)で洗浄して、0.25 mlの同じ
緩衝液に再懸濁させる。例5で得られたコスミドフ7−
ジの10μmをこの濃縮細菌懸濁液の100 It I
に加える。これを37℃で15〜30分間インキュベー
トする。次いで、0.5mlのしブロス培地を加えて、
混合液を37℃で30〜60分間再びインキュベートす
る。次いで、混合液の100μmを15μg/mlのア
ンピシリンを含むしブロスプレート上に塗布する。よく
増殖したコロニーが得られるまでプレートを37℃でイ
ンキュベートする。
.4%マルトース)で洗浄して、0.25 mlの同じ
緩衝液に再懸濁させる。例5で得られたコスミドフ7−
ジの10μmをこの濃縮細菌懸濁液の100 It I
に加える。これを37℃で15〜30分間インキュベー
トする。次いで、0.5mlのしブロス培地を加えて、
混合液を37℃で30〜60分間再びインキュベートす
る。次いで、混合液の100μmを15μg/mlのア
ンピシリンを含むしブロスプレート上に塗布する。よく
増殖したコロニーが得られるまでプレートを37℃でイ
ンキュベートする。
例7
DNAの部分消化
ストレプトミセスからの全DNAの部分消化を雑誌「フ
ォーカス(focus) J (BethesdaR
esearch Laboratories、 Vol
、 7、No、 2.1985.3頁)に記載の方法に
て行う。ストレプトミセスのS、 coelicolo
r DSM 3030株から単離された全DNAを制限
酵素5alI(:よっT30−40kbのフラグメント
に切断する。50μmのDNA溶液、40111(7)
TE緩衝液(10mM)リス−f(C1,1mMEDT
AS pH8,0)、10μmのIOX高塩高士緩衝液
び10TJJの5alIを含む全容置100μmの混合
液がとくに適していることが証明されている。混合液を
37℃で1o分間インキュベートして、次いで、直ちに
氷に移す。フェノール/クロロボルムで抽出した後、D
NAをエタノ−ルて沈澱させて、70%のエタノールで
洗浄して、次いて、50 )t lのTE緩衝液に再懸
濁する。
ォーカス(focus) J (BethesdaR
esearch Laboratories、 Vol
、 7、No、 2.1985.3頁)に記載の方法に
て行う。ストレプトミセスのS、 coelicolo
r DSM 3030株から単離された全DNAを制限
酵素5alI(:よっT30−40kbのフラグメント
に切断する。50μmのDNA溶液、40111(7)
TE緩衝液(10mM)リス−f(C1,1mMEDT
AS pH8,0)、10μmのIOX高塩高士緩衝液
び10TJJの5alIを含む全容置100μmの混合
液がとくに適していることが証明されている。混合液を
37℃で1o分間インキュベートして、次いで、直ちに
氷に移す。フェノール/クロロボルムで抽出した後、D
NAをエタノ−ルて沈澱させて、70%のエタノールで
洗浄して、次いて、50 )t lのTE緩衝液に再懸
濁する。
この方法では、5ail酵素はすべての可能な切断部位
を切断しない。
を切断しない。
例8
大腸菌におけるS、 coelicolor DSM
3030 D NAのコスミド遺伝子バンクの作出 全DNAをストレプトミセスのS、 coelical
orDSM 3030株からり、A Hopwoodら
(上記、p、79、を参照)の記載の方法によって単離
して、おもに30〜40 kbの大きさのDNAフラグ
メントが形成されるように例7に記載のようにして制限
酵素5allで部分消化する。消化したストレプトミセ
スDNAの一部を、例3に記載のように、制限酵gsa
llで完全に切断した後に脱燐酸化したコスミドベクタ
ー1)HC79(例2を参照されたい)と共に連結させ
る。20μmリガーゼ混合液の3111をλファージの
頭部にパッケージングさせる(例4〜6)。得られる組
換えコスミドベクージを大腸菌ED8767株の感染に
用いる。組換え細菌コロニーを、50μm/m1のアン
ピシリン(A rn p )を加えておいたしブロスプ
レート上て遣損する。約2,000個のコロニーを取り
あげて、個々のクローンを容易に再び見つけることがで
きるように、新鮮なしブロス/ A m pプレートの
基盤口(grid)の中に移す。各プレートの複写(d
upl 1cate)を作出する。遺伝子バンクが完全
であるかどうかを確認するために、単一コロニーをm1
旧1ysisに取り入れて単離されるコスミドDNAを
酵素5alIで完全に切断する。得られるフラグメント
パターンは、30〜40kbの大きさのコスミドDNA
がすべてのクローンに含まれていることを示す。
3030 D NAのコスミド遺伝子バンクの作出 全DNAをストレプトミセスのS、 coelical
orDSM 3030株からり、A Hopwoodら
(上記、p、79、を参照)の記載の方法によって単離
して、おもに30〜40 kbの大きさのDNAフラグ
メントが形成されるように例7に記載のようにして制限
酵素5allで部分消化する。消化したストレプトミセ
スDNAの一部を、例3に記載のように、制限酵gsa
llで完全に切断した後に脱燐酸化したコスミドベクタ
ー1)HC79(例2を参照されたい)と共に連結させ
る。20μmリガーゼ混合液の3111をλファージの
頭部にパッケージングさせる(例4〜6)。得られる組
換えコスミドベクージを大腸菌ED8767株の感染に
用いる。組換え細菌コロニーを、50μm/m1のアン
ピシリン(A rn p )を加えておいたしブロスプ
レート上て遣損する。約2,000個のコロニーを取り
あげて、個々のクローンを容易に再び見つけることがで
きるように、新鮮なしブロス/ A m pプレートの
基盤口(grid)の中に移す。各プレートの複写(d
upl 1cate)を作出する。遺伝子バンクが完全
であるかどうかを確認するために、単一コロニーをm1
旧1ysisに取り入れて単離されるコスミドDNAを
酵素5alIで完全に切断する。得られるフラグメント
パターンは、30〜40kbの大きさのコスミドDNA
がすべてのクローンに含まれていることを示す。
遺伝子バンクのリゾチーム遺伝子を検索するために、各
々の場合、基盤目に取り入れた10個のコロニーを、5
0μg’/mlのアンピシリンを含む5mlのしブロス
培地に一緒に接種して、37°Cで一晩1辰盪する。)
欠いで、関連の懸濁ン夜についてm1nilysesを
行い、その結果として得られる各々の場合の10個のコ
スミドDNAの混合物を制限酵素5alIで完全に切断
する。フラグメントを0.8%アガロースゲル上で分画
して、サザンブロッティングによってナイロンフィルタ
ーに移動させる。ストレプトミセスのS、 coeli
color DSM3030の5alI消化全DNAも
同じゲルに対照として適用する。DNAをフィルターに
固定した後、後者を直接に次のハイブリダイゼーション
反応に使用する。
々の場合、基盤目に取り入れた10個のコロニーを、5
0μg’/mlのアンピシリンを含む5mlのしブロス
培地に一緒に接種して、37°Cで一晩1辰盪する。)
欠いで、関連の懸濁ン夜についてm1nilysesを
行い、その結果として得られる各々の場合の10個のコ
スミドDNAの混合物を制限酵素5alIで完全に切断
する。フラグメントを0.8%アガロースゲル上で分画
して、サザンブロッティングによってナイロンフィルタ
ーに移動させる。ストレプトミセスのS、 coeli
color DSM3030の5alI消化全DNAも
同じゲルに対照として適用する。DNAをフィルターに
固定した後、後者を直接に次のハイブリダイゼーション
反応に使用する。
これらのフィルターを、例13に記載のようにして1.
放飼性標識した以下のオリゴヌクレオチドプローブとハ
イブリダイズさせる。
放飼性標識した以下のオリゴヌクレオチドプローブとハ
イブリダイズさせる。
5’−TTCGC(G/C)TACATCAAG GC
(G/C) AC(G/C)GAG GG (G/C)
AC(G/C) AACTACAA−3’フイルター
を55〜60℃でハイブリダイズさせてから、60〜6
5℃で洗浄する。得られる約2.000個のコスミドク
ローンのコスミドDNAを10個づつプールして、放射
性標識した上記の配列を有するオリゴヌクレオチド混合
物と反応させる。
(G/C) AC(G/C)GAG GG (G/C)
AC(G/C) AACTACAA−3’フイルター
を55〜60℃でハイブリダイズさせてから、60〜6
5℃で洗浄する。得られる約2.000個のコスミドク
ローンのコスミドDNAを10個づつプールして、放射
性標識した上記の配列を有するオリゴヌクレオチド混合
物と反応させる。
オートラジオグラフィーの後、フィルター上の位置がS
、 coelicolor DSM 3030の全DN
Aからのシグナルと同一であるシグナルを示す、各々1
0個のクローンを有する全11群のプールを見出すこと
が可能であった。10個のプールからの関連クローンを
一つずつ接種して、コスミドDNAを単離した。前に用
いたオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションが
点で示され、これによって10個のそれぞれのプール中
で陽性のシグナルに対応するクローンが同定される。
、 coelicolor DSM 3030の全DN
Aからのシグナルと同一であるシグナルを示す、各々1
0個のクローンを有する全11群のプールを見出すこと
が可能であった。10個のプールからの関連クローンを
一つずつ接種して、コスミドDNAを単離した。前に用
いたオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションが
点で示され、これによって10個のそれぞれのプール中
で陽性のシグナルに対応するクローンが同定される。
例9
コスミドクローンからのDNAフラグメントのサブクロ
ーニング 陽性コスミドベクーンの一つからのコスミドDNAをC
s Cl / E t B r勾配で精製して、単離し
たDNAを制限酵素5ailで完全に消化する。得られ
るDNAフラグメントを、同様に5allで消化してh
)ら次いてアルカリフォスファターゼ(仔ウシ腸管フォ
スファターゼ、ベーリンガー・マンハイム社製、例2を
参照されたい)処理もしておいたベクターpSV826
とともに連結する。pSVB26は、既知のベクターp
U C8[VieiraおよびMessing: G
ene 19(1982) 259−68コとほとんど
同一で、ポリリンカー中の制限酵業切断部位の位置方向
と性質が異なるのみである。以下に記述するクローニン
グにpUC8を用いろことは、同様に可能である。
ーニング 陽性コスミドベクーンの一つからのコスミドDNAをC
s Cl / E t B r勾配で精製して、単離し
たDNAを制限酵素5ailで完全に消化する。得られ
るDNAフラグメントを、同様に5allで消化してh
)ら次いてアルカリフォスファターゼ(仔ウシ腸管フォ
スファターゼ、ベーリンガー・マンハイム社製、例2を
参照されたい)処理もしておいたベクターpSV826
とともに連結する。pSVB26は、既知のベクターp
U C8[VieiraおよびMessing: G
ene 19(1982) 259−68コとほとんど
同一で、ポリリンカー中の制限酵業切断部位の位置方向
と性質が異なるのみである。以下に記述するクローニン
グにpUC8を用いろことは、同様に可能である。
大11i1mHB 101株のコンピテントにした細胞
の形質転換の後、5071g/mlのアンピシリンを含
むしブロス培地上で、プラスミドDNAを含むクローン
の選択を行う。コロニーの増殖の後、コロニーハイブリ
ダイゼーション(例15)を用いてどのクローンが目的
のフラグメントを含んでいるかを調べる。プラスミドD
NAを、陽性反応を示すクローンからm1nilysi
sによって単離して、5alI消化によって、クローン
が目的の5aLIフラグメントを含んでいるかどうかを
調べる。
の形質転換の後、5071g/mlのアンピシリンを含
むしブロス培地上で、プラスミドDNAを含むクローン
の選択を行う。コロニーの増殖の後、コロニーハイブリ
ダイゼーション(例15)を用いてどのクローンが目的
のフラグメントを含んでいるかを調べる。プラスミドD
NAを、陽性反応を示すクローンからm1nilysi
sによって単離して、5alI消化によって、クローン
が目的の5aLIフラグメントを含んでいるかどうかを
調べる。
5alIフラグメントは、スクリーニングに用いたオリ
ゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションによって最
終的に同定される。
ゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションによって最
終的に同定される。
また、オリゴヌクレオチドプローブと陽性反応するコス
ミドクローンからの他の制限フラグメン1、をベクター
pSV826において同様の方法でサブクローニングす
ることも可能である。例えば、コスミドクローンからの
約1.2kbの大きざのAvaIフラグメントを同定し
て、突出末端をクレノウボリメラーゼで埋填して、アガ
ロースゲルから単離した後に、pSV826のSmaI
切断部位にクローニングした。二つの異なるBs5H■
フラグメントを異なるオリゴヌクレオチドを用いて同様
に同定して、末端を埋填して、アガロースゲルから単離
した後に、pSVB26の単一のSmal切断部位にク
ローニングする。このようにして、種々の制限フラグメ
ントをpSVB26にクローニングすることができる。
ミドクローンからの他の制限フラグメン1、をベクター
pSV826において同様の方法でサブクローニングす
ることも可能である。例えば、コスミドクローンからの
約1.2kbの大きざのAvaIフラグメントを同定し
て、突出末端をクレノウボリメラーゼで埋填して、アガ
ロースゲルから単離した後に、pSV826のSmaI
切断部位にクローニングした。二つの異なるBs5H■
フラグメントを異なるオリゴヌクレオチドを用いて同様
に同定して、末端を埋填して、アガロースゲルから単離
した後に、pSVB26の単一のSmal切断部位にク
ローニングする。このようにして、種々の制限フラグメ
ントをpSVB26にクローニングすることができる。
これらフラグメントの制限酵素地図作出の結果、第1図
に示される制限酵素地図が得られ、これにはリゾチーム
遺伝子および周辺領域が含まれる。
に示される制限酵素地図が得られ、これにはリゾチーム
遺伝子および周辺領域が含まれる。
この領域に唯一の(unique)制限切断部位が含ま
れることから、適当な酵素とpSVB26のポリノンカ
ー領域の制限切断部位の一つを認識する酵素とにの二重
消化によって、特異的な削除を行うことおよび次の配列
決定に後者を用いることが可能になる。psVB26は
ポリリンカー配列のみがpUCベクターと異なっている
ことから、サンジャー法による5alIフラグメントの
配列決定に通常のpUCブライマーを用いる。さらに、
スクリーニングに用いるオリゴヌクレオチドをブライマ
ーとして用いる。配列決定に用いる種々の構築物は、よ
り詳細に第2図に再度示される通りである。第2図に示
される1、2kbの大きさのS m aI/AvaIフ
ラグメントの配列は表1に、リゾチーム構造遺伝子の配
列は表2に、それぞれ示される通りである。
れることから、適当な酵素とpSVB26のポリノンカ
ー領域の制限切断部位の一つを認識する酵素とにの二重
消化によって、特異的な削除を行うことおよび次の配列
決定に後者を用いることが可能になる。psVB26は
ポリリンカー配列のみがpUCベクターと異なっている
ことから、サンジャー法による5alIフラグメントの
配列決定に通常のpUCブライマーを用いる。さらに、
スクリーニングに用いるオリゴヌクレオチドをブライマ
ーとして用いる。配列決定に用いる種々の構築物は、よ
り詳細に第2図に再度示される通りである。第2図に示
される1、2kbの大きさのS m aI/AvaIフ
ラグメントの配列は表1に、リゾチーム構造遺伝子の配
列は表2に、それぞれ示される通りである。
入Va工
表2
例10
全DNAからのハイブリダイズしているフラグメントの
同定 S、 coelicolorから単離された全DNAを
種々の制限酵素、例えば、5alI、Bs5HI、Sm
aI、Aval、BglII、BamHI、EcoRI
、PvuIIなど、でそれぞれ単一で、完全に消化する
。得られるフラグメント混合物を0.8%アガロースゲ
ル上で分画して、サザンブロッティングによってナイロ
ンフィルターに移動させる。フィルターを例13に記述
のようにして処理して、放射性標識したオリゴヌクレオ
チドとハイブリダイズさせる。至適のハイブリダイゼー
ション温度をハイブリダイゼーションおよび洗浄温度を
30〜60℃で変えることによりて決定する。
同定 S、 coelicolorから単離された全DNAを
種々の制限酵素、例えば、5alI、Bs5HI、Sm
aI、Aval、BglII、BamHI、EcoRI
、PvuIIなど、でそれぞれ単一で、完全に消化する
。得られるフラグメント混合物を0.8%アガロースゲ
ル上で分画して、サザンブロッティングによってナイロ
ンフィルターに移動させる。フィルターを例13に記述
のようにして処理して、放射性標識したオリゴヌクレオ
チドとハイブリダイズさせる。至適のハイブリダイゼー
ション温度をハイブリダイゼーションおよび洗浄温度を
30〜60℃で変えることによりて決定する。
ハイブリダイゼーションをオートラジオグラフィによっ
て可視化する。最も可能なハイブリダイゼーションおよ
び洗浄の温度で、唯一のフラグメントを分画した全DN
Aから同定できる温度を、このようにしてそれぞれのオ
リゴヌクレオチド(混合物)について検索する。とくに
、38個のヌクレオチドの長さで配列5’−TTCGC
(G/C)TACATCAAG GC(G/C) AC
(G/C) GAG GG(G/C) AC(G/c)
AACTACAA−3’を有するオリゴヌクレオチド
混合物によってよい結果が達成される。より短いオリゴ
ヌクレオチド混合物では、満足な結果が得られない。
て可視化する。最も可能なハイブリダイゼーションおよ
び洗浄の温度で、唯一のフラグメントを分画した全DN
Aから同定できる温度を、このようにしてそれぞれのオ
リゴヌクレオチド(混合物)について検索する。とくに
、38個のヌクレオチドの長さで配列5’−TTCGC
(G/C)TACATCAAG GC(G/C) AC
(G/C) GAG GG(G/C) AC(G/c)
AACTACAA−3’を有するオリゴヌクレオチド
混合物によってよい結果が達成される。より短いオリゴ
ヌクレオチド混合物では、満足な結果が得られない。
38個のヌクレオチドの長さのオリゴヌクレオチド混合
物を用いて1.60〜65℃のハイブリダイゼーション
および洗浄温度において、S。
物を用いて1.60〜65℃のハイブリダイゼーション
および洗浄温度において、S。
coelicolor DSM 3030全DNAから
明瞭なシグナルが得られるや例えば、約3.3kbの大
きさのSmalフラグメント、約1.3kbの大きさの
5alIフラグメント、約1.2kbの大きさのAva
lフラグメントおよび約0.8kbの大きさのBs5H
I[フラグメントを、このようにしてこのオリゴヌクレ
オチド混合物を用いてS。
明瞭なシグナルが得られるや例えば、約3.3kbの大
きさのSmalフラグメント、約1.3kbの大きさの
5alIフラグメント、約1.2kbの大きさのAva
lフラグメントおよび約0.8kbの大きさのBs5H
I[フラグメントを、このようにしてこのオリゴヌクレ
オチド混合物を用いてS。
coelicolor DSM 3030の全DNAか
ら同定する。
ら同定する。
EcoRI、BamHI、Bglll、XhoIなどに
よる消化では、きわめて大きいフラグメントのみが認め
られる。
よる消化では、きわめて大きいフラグメントのみが認め
られる。
例1】
S、 coelicolor DSM 3030全DN
Aからの5alIフラグメントのクローニング 例10に記述の工程によって、リゾチーム遺伝子を検索
するために用いたオリゴヌクレオチド混合物と陽性シグ
ナルを示す1.3kb付近の大きさの5alIフラグメ
ントを同定することが可能であった。S、 coeli
color DSM 3030からの全DNAを制限酵
素5alIで完全に消化して、1.1〜1.5kbの大
きさのフラグメントを例21に記述の工程によってアガ
ロースゲルから単離した。精製されたフラグメントを5
alIで完全に消化してから次いでアルカリフォスファ
ターゼ(仔ウシ腸管フォスファターゼ、ベーリンガー・
マンハイム社製)処理をしておいたベクターpSVB2
6とともに連結させる。大腸菌H8101株のコンピテ
ントにした細胞をリガーゼ混合物で形質転換して、50
)i g/ mlのアンピシリンを含むLブロス培地
上てプラスミドを含むクローンを選択する。得られる約
1,000@のコロニーを基盤目に取り入れて、各プレ
ートについて複写をつくる。それぞれの場合、10個の
クローンを一緒に5mlのしブロス培地に移して、増殖
の後にプラスミドDNAをm1nilysisによって
単離して、未消化のままでアガロースゲルに供する。簡
単に電気泳動をした後、DNAをサザンブロツティング
によってナイロンフィルターに移動させる。次いで、こ
れらフィルターを予め確立された至適条件下で上記のオ
リゴヌクレオチド混合物とハイブリダイズさせる。陽性
のプールをこのようにして見出した。
Aからの5alIフラグメントのクローニング 例10に記述の工程によって、リゾチーム遺伝子を検索
するために用いたオリゴヌクレオチド混合物と陽性シグ
ナルを示す1.3kb付近の大きさの5alIフラグメ
ントを同定することが可能であった。S、 coeli
color DSM 3030からの全DNAを制限酵
素5alIで完全に消化して、1.1〜1.5kbの大
きさのフラグメントを例21に記述の工程によってアガ
ロースゲルから単離した。精製されたフラグメントを5
alIで完全に消化してから次いでアルカリフォスファ
ターゼ(仔ウシ腸管フォスファターゼ、ベーリンガー・
マンハイム社製)処理をしておいたベクターpSVB2
6とともに連結させる。大腸菌H8101株のコンピテ
ントにした細胞をリガーゼ混合物で形質転換して、50
)i g/ mlのアンピシリンを含むLブロス培地
上てプラスミドを含むクローンを選択する。得られる約
1,000@のコロニーを基盤目に取り入れて、各プレ
ートについて複写をつくる。それぞれの場合、10個の
クローンを一緒に5mlのしブロス培地に移して、増殖
の後にプラスミドDNAをm1nilysisによって
単離して、未消化のままでアガロースゲルに供する。簡
単に電気泳動をした後、DNAをサザンブロツティング
によってナイロンフィルターに移動させる。次いで、こ
れらフィルターを予め確立された至適条件下で上記のオ
リゴヌクレオチド混合物とハイブリダイズさせる。陽性
のプールをこのようにして見出した。
プールにおいて代表されるクローンを一つずつ接種して
、上記の工程を行う。これによって、それぞれの場合に
おいて陽性反応を示すクローンを明瞭に同定することが
可能である。これらの単一クローンから単離されろプラ
スミドは、すべて同一の5alIフラグメントを含んで
いた。この後の工程は例9に記述と同様に行う。
、上記の工程を行う。これによって、それぞれの場合に
おいて陽性反応を示すクローンを明瞭に同定することが
可能である。これらの単一クローンから単離されろプラ
スミドは、すべて同一の5alIフラグメントを含んで
いた。この後の工程は例9に記述と同様に行う。
例12
サザンDNA移動
フラグメントにしたDNAを、標準となるDNAの存在
下で0.8%アガロースゲル電気泳動て分画する。泳動
終了の後に、ゲルをプラスチック佃に移して、0.25
M塩酸で15〜20分間、次いで、変性緩衝液(0,5
MNaOH11,5MNaC1)て2×30分間および
最後に中和緩衝ji(IM)リス−HC1(pH8,0
)、1.5MNaC1)で2×30分間下垂装置(nu
tatingdevice)上で処理する。それぞれの
場合、緩衝溶液はゲルが充分に覆われるように加える。
下で0.8%アガロースゲル電気泳動て分画する。泳動
終了の後に、ゲルをプラスチック佃に移して、0.25
M塩酸で15〜20分間、次いで、変性緩衝液(0,5
MNaOH11,5MNaC1)て2×30分間および
最後に中和緩衝ji(IM)リス−HC1(pH8,0
)、1.5MNaC1)で2×30分間下垂装置(nu
tatingdevice)上で処理する。それぞれの
場合、緩衝溶液はゲルが充分に覆われるように加える。
次いで、ゲルを二層の吸着紙(Whatman、3MM
)の上において、Maniatisら(上記を参照され
たい)の385頁に記載の方法でプロッティングを行う
。
)の上において、Maniatisら(上記を参照され
たい)の385頁に記載の方法でプロッティングを行う
。
ただし、ナイロンフィルター(Genescreen
Plus、NEN社製)をニトロセルロースフィルター
の代わりに用いる。プロッティングは、吸着紙をおいて
開始して、少なくとも16時間行う。移動が完了した後
、ゲルスロットに印付けして、ナイロンフィルターを6
5℃のオーブンに入れる。次いで、フィルターをl0X
SSC緩衝液をしみ込ませた吸着紙(Whatman、
3MM)上で柔らかくして、短波長のUV光線を2分間
照射する(UVランプ、Desaga Minuvis
、波長:254μm、フィルター/UV光源の距if:
10〜12cm)。この間、DNAを載せたフィル
ターの側面はUV光源から離しておく。照射の後、フィ
ルターを風乾する。
Plus、NEN社製)をニトロセルロースフィルター
の代わりに用いる。プロッティングは、吸着紙をおいて
開始して、少なくとも16時間行う。移動が完了した後
、ゲルスロットに印付けして、ナイロンフィルターを6
5℃のオーブンに入れる。次いで、フィルターをl0X
SSC緩衝液をしみ込ませた吸着紙(Whatman、
3MM)上で柔らかくして、短波長のUV光線を2分間
照射する(UVランプ、Desaga Minuvis
、波長:254μm、フィルター/UV光源の距if:
10〜12cm)。この間、DNAを載せたフィル
ターの側面はUV光源から離しておく。照射の後、フィ
ルターを風乾する。
例13
フィルターと結合したDNAの、ハイブリダイゼーショ
ン ハイブリダイゼーションは、実質的には、Gibco
BRL社出版の雑誌(rfocusJ 、Vol、 9
、NO62,1987、p、1−2)に記載の方法にて
行った。
ン ハイブリダイゼーションは、実質的には、Gibco
BRL社出版の雑誌(rfocusJ 、Vol、 9
、NO62,1987、p、1−2)に記載の方法にて
行った。
フィルターを前ハイブリダイゼーション緩衝液(5xs
sc、20耐1燐酸ナトリウム(pH7,0)、10
X Denhardt、7%SDS、15分間の煮沸に
よって変性させた100μg/m1のサケ精子DNA)
で65℃で少なくとも2時間洗浄する。次いで、デキス
トラン5R酸溶液(50%)を最終濃度10%になるよ
うに加えて、照射性標識したオリゴヌクレオチドを1〜
5 ng/m1の濃度でハイブリダイゼーション溶液に
加える。
sc、20耐1燐酸ナトリウム(pH7,0)、10
X Denhardt、7%SDS、15分間の煮沸に
よって変性させた100μg/m1のサケ精子DNA)
で65℃で少なくとも2時間洗浄する。次いで、デキス
トラン5R酸溶液(50%)を最終濃度10%になるよ
うに加えて、照射性標識したオリゴヌクレオチドを1〜
5 ng/m1の濃度でハイブリダイゼーション溶液に
加える。
次いて、振盪恒温槽で緩やかに振盪させながら少なくと
も16時間インキュベーションを行う。個々のインキュ
ベーション温度はオリゴヌクレオチドによって異なるが
、予め最適にしておく。フィルターを洗浄用緩衝?&I
(3XSSC110mM燐酸ナトリウム、(pH7,0
)、10 X Denhardt’s、5%5DS)中
に置く。ハイブリダイゼーション温度で1時間振盪した
後、洗浄用緩衝液Iを洗浄用緩衝液II (IXSSC
51%5DS)で置き換えて、後者を30分後に代える
。30分後、新鮮な洗浄用緩衝液■中で湿ったフィルタ
ーをカセット中のXHg光フィルム(例えば、コダック
X51)に露出させる。露出時間は、80℃で4時間か
ら5日の間である。
も16時間インキュベーションを行う。個々のインキュ
ベーション温度はオリゴヌクレオチドによって異なるが
、予め最適にしておく。フィルターを洗浄用緩衝?&I
(3XSSC110mM燐酸ナトリウム、(pH7,0
)、10 X Denhardt’s、5%5DS)中
に置く。ハイブリダイゼーション温度で1時間振盪した
後、洗浄用緩衝液Iを洗浄用緩衝液II (IXSSC
51%5DS)で置き換えて、後者を30分後に代える
。30分後、新鮮な洗浄用緩衝液■中で湿ったフィルタ
ーをカセット中のXHg光フィルム(例えば、コダック
X51)に露出させる。露出時間は、80℃で4時間か
ら5日の間である。
例14
オートラジオグラフィー
ハイブリダイズしたフィルターをWhatmannaM
M紙に固定させる。露出を、適当なX線フィルム(コダ
ックX−OmatAR、コダックXS 1)を用いて遮
光したカセットの中で増強スクリーンを用いて一80℃
で行う。次いて、フィルムを現像する。
M紙に固定させる。露出を、適当なX線フィルム(コダ
ックX−OmatAR、コダックXS 1)を用いて遮
光したカセットの中で増強スクリーンを用いて一80℃
で行う。次いて、フィルムを現像する。
例15
コロニーハイブリダイゼーション
プラーク/コロニースクリーンフィルター(Co1on
y/Plaqueスクリーン(登録商標)、NENRe
search Products社製、カタログNo、
NEF−978/978A)を、コロニーの生じている
寒天プレート上に置く。フィルターを2〜3分間後に除
去して、表面に付着している細菌コロニーとともに、先
ず、10%SDSに浸したWhatmann3 M M
紙上に5分間置く。次いで、フィルターを、予め0.5
MN aOHll、5MNaC1に浸しておいたWha
tmann a M M紙に5分間移す。予め0.5M
)リス−HCl (pH8,0)、1.5MNacl
に浸しておいたワットマン3MM紙に5分間新たに移し
て、最後に乾いたWhatmann a M M紙に移
す。乾燥後、付着したコロニー残滓をフィルターから除
去するためζこフィルターを緩?訂を夜(3XSSC5
0,1%5DS)で65℃で数時間振盪する。
y/Plaqueスクリーン(登録商標)、NENRe
search Products社製、カタログNo、
NEF−978/978A)を、コロニーの生じている
寒天プレート上に置く。フィルターを2〜3分間後に除
去して、表面に付着している細菌コロニーとともに、先
ず、10%SDSに浸したWhatmann3 M M
紙上に5分間置く。次いで、フィルターを、予め0.5
MN aOHll、5MNaC1に浸しておいたWha
tmann a M M紙に5分間移す。予め0.5M
)リス−HCl (pH8,0)、1.5MNacl
に浸しておいたワットマン3MM紙に5分間新たに移し
て、最後に乾いたWhatmann a M M紙に移
す。乾燥後、付着したコロニー残滓をフィルターから除
去するためζこフィルターを緩?訂を夜(3XSSC5
0,1%5DS)で65℃で数時間振盪する。
例1G
オリゴヌクレオチドの合成
りNA構築ブロックの合成を、例10からのオリゴヌク
レオチドを例に用いて説明する。固相合成のために、3
′末端に位置するヌクレオシド、すなわちこの場合には
アデニン、を3゛水酸基を介して担体に共有結合させる
。担体材料は、官能基として長鎖アミノアルキル基を有
するCPG(:JI整された有孔ガラス(contro
l led poreglass))である。次の請合
成工程において、塩基構成分は、5−0−ジメトキシト
リチルヌクレオシド−3−燐酸β−シアノエチルジアル
キルアミドとして用いる。ここで、アデニンはN6−ベ
ンゾイル化合物として、シトシンはN4−ベンゾイル化
合物として、グアニンはN2−イソブアチル化合物とし
て、およびチミンは保護基をもたないかたちで存在する
。0.2μmolの結合された5−0−ジメトキシトノ
チル−N6−ペンゾイルー2−デオ、キシアデノシンを
含有する25mgの重合担体な次のような作用物で連続
的に処理する。
レオチドを例に用いて説明する。固相合成のために、3
′末端に位置するヌクレオシド、すなわちこの場合には
アデニン、を3゛水酸基を介して担体に共有結合させる
。担体材料は、官能基として長鎖アミノアルキル基を有
するCPG(:JI整された有孔ガラス(contro
l led poreglass))である。次の請合
成工程において、塩基構成分は、5−0−ジメトキシト
リチルヌクレオシド−3−燐酸β−シアノエチルジアル
キルアミドとして用いる。ここで、アデニンはN6−ベ
ンゾイル化合物として、シトシンはN4−ベンゾイル化
合物として、グアニンはN2−イソブアチル化合物とし
て、およびチミンは保護基をもたないかたちで存在する
。0.2μmolの結合された5−0−ジメトキシトノ
チル−N6−ペンゾイルー2−デオ、キシアデノシンを
含有する25mgの重合担体な次のような作用物で連続
的に処理する。
A)アセトニトリル
B) 3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液C)
アセトニトリル D) 5μmolの適当なヌクレオシド−3−0−フ
ォスファイトおよび25μnotテトラゾール(0,1
5m1の無水アセトニトリル溶液) E)アセトニトリル F)40%ルチジンおよび10%ジメチルアミノピリジ
ンを含有するテトラヒドロフランに溶がした20%無水
酢酸 G)アセトニトリル ■)容量比で5:4:1のルチジン/水/テトラヒドロ
フラン混液に溶かした3%イオジンここて「フォスファ
イト」とは、2−チオキリボース−3−モノ燐酸モノ−
β−シアノエチルエステルであフて、第三者をジイソプ
ロピルアミノ基で飽f口させたものである。個々の合成
工程の収率は、それぞれ、デトリチレーション(det
ritylation)反応B)によって、分光光度計
で496nmの波長でジメトキシトリチル陽イオンの吸
収を測定することによって決定することができる。合成
が完了した後、ジメトキシトリチル基をA)〜C)で記
述したようにして除去する。アンモニア処理によってオ
リゴヌクレオチドを担体から切り放し、同時に、β−シ
アノエチル基を除去する。オリゴマーを50℃で16時
間濃アンモニアで処理することによって、塩基からアミ
ノ保護基を定量的に除去する。
アセトニトリル D) 5μmolの適当なヌクレオシド−3−0−フ
ォスファイトおよび25μnotテトラゾール(0,1
5m1の無水アセトニトリル溶液) E)アセトニトリル F)40%ルチジンおよび10%ジメチルアミノピリジ
ンを含有するテトラヒドロフランに溶がした20%無水
酢酸 G)アセトニトリル ■)容量比で5:4:1のルチジン/水/テトラヒドロ
フラン混液に溶かした3%イオジンここて「フォスファ
イト」とは、2−チオキリボース−3−モノ燐酸モノ−
β−シアノエチルエステルであフて、第三者をジイソプ
ロピルアミノ基で飽f口させたものである。個々の合成
工程の収率は、それぞれ、デトリチレーション(det
ritylation)反応B)によって、分光光度計
で496nmの波長でジメトキシトリチル陽イオンの吸
収を測定することによって決定することができる。合成
が完了した後、ジメトキシトリチル基をA)〜C)で記
述したようにして除去する。アンモニア処理によってオ
リゴヌクレオチドを担体から切り放し、同時に、β−シ
アノエチル基を除去する。オリゴマーを50℃で16時
間濃アンモニアで処理することによって、塩基からアミ
ノ保護基を定量的に除去する。
このようにして得られる粗生産物を、ポリアクリルアミ
ドゲル電気泳動によって精製する。
ドゲル電気泳動によって精製する。
例17
タンパク質配列分析
HPLCて精製したタンパク質またはタンパク質フラグ
メントの配列分析を、タンパク質シーケンサ−(App
lied Biosystems社製、477A)を用
いて行う。
メントの配列分析を、タンパク質シーケンサ−(App
lied Biosystems社製、477A)を用
いて行う。
例18
DNA配列分析
DNA配列分析を、Sangerら(Proc、 Na
tl 、 Acad、 Sci、 USA 74.54
63−5467.1977)によって二本鎖プラスミド
DNAについて開発されたジブすキシヌクレオチドを用
いるDNA配列配列決定法(chain termin
ation process)で、He1nrich(
Guidelines for quick and
simple PlasmidSequenc ! n
g、ベーリンガーマンハイム社、1986)による降飾
法を用いて行った。り U Cベクターからの配列決定
のために用いた「正常」または「反対の(revers
ed) Jブライマーは、また、pSVBベクターから
の配列決定にも用いることができる。配列決定に用いる
DNAをCsC1/EtBr勾配によって2回精製する
。
tl 、 Acad、 Sci、 USA 74.54
63−5467.1977)によって二本鎖プラスミド
DNAについて開発されたジブすキシヌクレオチドを用
いるDNA配列配列決定法(chain termin
ation process)で、He1nrich(
Guidelines for quick and
simple PlasmidSequenc ! n
g、ベーリンガーマンハイム社、1986)による降飾
法を用いて行った。り U Cベクターからの配列決定
のために用いた「正常」または「反対の(revers
ed) Jブライマーは、また、pSVBベクターから
の配列決定にも用いることができる。配列決定に用いる
DNAをCsC1/EtBr勾配によって2回精製する
。
配列決定を、キットとして市販されている試薬、例えば
ベーリンガーマンハイム社によるもの(タレノウポリメ
ラーゼ)など、を用いて行う。
ベーリンガーマンハイム社によるもの(タレノウポリメ
ラーゼ)など、を用いて行う。
例19
配列決定ゲル
配列決定された試料を、6%ポリアクリルアミド/尿素
ゲル上で分画する。ゲルのより下の部分において広域に
分かれるバンドを圧縮するために、また、より上部にお
いて最大に可能な分離能を達成するために、陰極容器に
1M酢酸ナトリウムな含む泳動緩衝液を入れて、塩勾配
を用いる。
ゲル上で分画する。ゲルのより下の部分において広域に
分かれるバンドを圧縮するために、また、より上部にお
いて最大に可能な分離能を達成するために、陰極容器に
1M酢酸ナトリウムな含む泳動緩衝液を入れて、塩勾配
を用いる。
例20
オリゴヌクレオチドの放射性同位体標識精製したオリゴ
ヌクレオチドの放射性標識の工程は、実質的には、Gi
beo BRL社出版の雑誌「フォーガス」 (\’o
1.9、N092.1987.1頁)に記載の方法であ
る。2(30nmでの吸光度1を有する精製脱塩された
オリゴヌクレオチドを40μmの再蒸留水に入れて、こ
の1μmを標準標識反応に用いる。
ヌクレオチドの放射性標識の工程は、実質的には、Gi
beo BRL社出版の雑誌「フォーガス」 (\’o
1.9、N092.1987.1頁)に記載の方法であ
る。2(30nmでの吸光度1を有する精製脱塩された
オリゴヌクレオチドを40μmの再蒸留水に入れて、こ
の1μmを標準標識反応に用いる。
15〜2011+の用いられる放射能活性(γ−32p
−ATP、6 、0OOCi / mmo I、New
England Nuclear社製)を濃縮して(
Speed Vac a縮機、Bachhofer社製
)、7μmの再蒸留水に再び入れる。1μmの10×キ
ナーゼ緩衝液(0,5M)リス−ci(pH7,6)、
0.1MMgC12,50mMD’l”T、1mMスペ
ルミジン、1mMEDTA)を加えて、さらに、111
1の再g4したオリゴヌクレオチドおよび1μmのT4
ポリヌクレオチドキナーゼ(約7ユニツト)を加える。
−ATP、6 、0OOCi / mmo I、New
England Nuclear社製)を濃縮して(
Speed Vac a縮機、Bachhofer社製
)、7μmの再蒸留水に再び入れる。1μmの10×キ
ナーゼ緩衝液(0,5M)リス−ci(pH7,6)、
0.1MMgC12,50mMD’l”T、1mMスペ
ルミジン、1mMEDTA)を加えて、さらに、111
1の再g4したオリゴヌクレオチドおよび1μmのT4
ポリヌクレオチドキナーゼ(約7ユニツト)を加える。
混合物を37℃で約30分間インキュベートして、未反
応のATPをセファデックス015カラムで除去する。
応のATPをセファデックス015カラムで除去する。
このとき、放射性標識されたオリゴヌクレオチドが、携
帯用カウンターによって直接に測定できろ最初の両分と
して主要量の未反応ATPの前に明瞭に現れる。精製さ
れたオリゴヌクレオチドを次のハイブリダイゼーション
実験に直接に使用する。
帯用カウンターによって直接に測定できろ最初の両分と
して主要量の未反応ATPの前に明瞭に現れる。精製さ
れたオリゴヌクレオチドを次のハイブリダイゼーション
実験に直接に使用する。
例21
アガロースゲルからのDNAフラグメントの単離泳動緩
衝1夜として酢酸ナトリウムを用いる水平装置のゲル電
気泳動によってDNAを分画L/た後、目的のDNAフ
ラグメントの位置を長波長IJ V光線(366nm)
の下でマーカーフラグメントと比較して決定する。バン
ド幅領域のゲルを約1〜2mmの厚さで切り出して、ゲ
ルを再び装置に戻した後、泳動緩衝液で溝たす。通常の
条件でごく短時間(45〜60秒)電気泳動を再び行っ
て、切り出しておいたスポットからピペットで緩衝液を
取り出して、この操作を目的のDNAバンドが完全にゲ
ルから消失するまで繰り返す。ゲルスロットから取り出
した緩衝液を合わせて、フェノール/クロロホルムで抽
出して、溶出されるDNAを、TE緩緩衝漬方エタノー
ル沈澱の後、通常のように再懸濁させる。
衝1夜として酢酸ナトリウムを用いる水平装置のゲル電
気泳動によってDNAを分画L/た後、目的のDNAフ
ラグメントの位置を長波長IJ V光線(366nm)
の下でマーカーフラグメントと比較して決定する。バン
ド幅領域のゲルを約1〜2mmの厚さで切り出して、ゲ
ルを再び装置に戻した後、泳動緩衝液で溝たす。通常の
条件でごく短時間(45〜60秒)電気泳動を再び行っ
て、切り出しておいたスポットからピペットで緩衝液を
取り出して、この操作を目的のDNAバンドが完全にゲ
ルから消失するまで繰り返す。ゲルスロットから取り出
した緩衝液を合わせて、フェノール/クロロホルムで抽
出して、溶出されるDNAを、TE緩緩衝漬方エタノー
ル沈澱の後、通常のように再懸濁させる。
例22
オリゴヌクレオチド配列の選択
次のようなアミノ酸配列が、リゾチームタンパク質のN
末端およびB rCNフラグメントの配列決定によって
得られる。
末端およびB rCNフラグメントの配列決定によって
得られる。
N末端配列:
Arg Trp
1e
−Ile−Asn−Trp
B rCNフラグメント2:
5p
Thr−Glu−に1−Thr−Asn−−AsrI−
Lays−TieSer−Phe−Ala−Tyr−1
1e−Lys−Ala−rla−Alaにly−Tyr
−Agp−Tyr−Phe−X −Asp1a Set Ile ^rg−Phe−−Ala−−Tyr Val Asn B rCNフラグメント3: Alt−Ala−Lys−X −!’ro−Phe−T
rp−Val−Δ1a−Fiis−τrp−G1.y−
Val−5er−Ala−P窒潤 5er−Gly−Pha−Pro−Thr次のようなオ
リゴヌクレオチド混合物を強調文字で示したアミノ酸配
列物から合成する。
Lays−TieSer−Phe−Ala−Tyr−1
1e−Lys−Ala−rla−Alaにly−Tyr
−Agp−Tyr−Phe−X −Asp1a Set Ile ^rg−Phe−−Ala−−Tyr Val Asn B rCNフラグメント3: Alt−Ala−Lys−X −!’ro−Phe−T
rp−Val−Δ1a−Fiis−τrp−G1.y−
Val−5er−Ala−P窒潤 5er−Gly−Pha−Pro−Thr次のようなオ
リゴヌクレオチド混合物を強調文字で示したアミノ酸配
列物から合成する。
N末端配列: G;GG/CGTG/CCAA/G G
GG/CATT/CGAT/CGT またはアンダーラインされた配列についてはCAA/G
GGN ATT/CGAT/CGTB rCNフラ
グメント3: TTT/CTにG GTG/CにCG/CCAT/CT
GG GGまたは単一のオリゴヌクレオチド TTCTGG GTG GCG CACTGG GGT
TCTGG GTCGCCCAC1’GG GGTTC
TGG GTG GCCCACTGG GGTTCTG
G GTCGCG CACTGG GG記載したオリゴ
ヌクレオチドについて、産生株(producer 5
train)のゲノムblotsとのハイブリダイゼー
ションのいくつかの例で、再現できるシグナルを得るこ
とが可能であった。これは、N末端領域からの14me
rおよびB rCNフラグメント3から20 merに
とくに適用される。しかし、対応するオリゴヌクレオチ
ドと同定されたクローンは、正しいものとは証明されな
かった。
GG/CATT/CGAT/CGT またはアンダーラインされた配列についてはCAA/G
GGN ATT/CGAT/CGTB rCNフラ
グメント3: TTT/CTにG GTG/CにCG/CCAT/CT
GG GGまたは単一のオリゴヌクレオチド TTCTGG GTG GCG CACTGG GGT
TCTGG GTCGCCCAC1’GG GGTTC
TGG GTG GCCCACTGG GGTTCTG
G GTCGCG CACTGG GG記載したオリゴ
ヌクレオチドについて、産生株(producer 5
train)のゲノムblotsとのハイブリダイゼー
ションのいくつかの例で、再現できるシグナルを得るこ
とが可能であった。これは、N末端領域からの14me
rおよびB rCNフラグメント3から20 merに
とくに適用される。しかし、対応するオリゴヌクレオチ
ドと同定されたクローンは、正しいものとは証明されな
かった。
B rCNフラグメント2から見出されたアミノ酸配列
は、実験によって著しい相違を示した。しかし、上記の
アンダーラインされた配列は公知の真菌Cha l a
rops i sからの配列と目立ってよりよく一致
することを、コンピューター比較によって示すことがで
きる。この配列からの以下のオリゴヌクレオチドを、関
連コドンの第3番目の位置におけるGおよびC残基のみ
を考慮して合成する。
は、実験によって著しい相違を示した。しかし、上記の
アンダーラインされた配列は公知の真菌Cha l a
rops i sからの配列と目立ってよりよく一致
することを、コンピューター比較によって示すことがで
きる。この配列からの以下のオリゴヌクレオチドを、関
連コドンの第3番目の位置におけるGおよびC残基のみ
を考慮して合成する。
5−TTCGC(G/C)TACATCAAG GC(
G/C) AC(G/C)GAG GG(G/C) A
C(G/C) AACTACAA−3産生株のゲノムD
NAとのハイブリダイゼーションにおいて、再現性シグ
ナルをこの38merを用いて得る。オリゴヌクレオチ
ドを用いて、大腸菌の遺伝子バンクからのリゾチーム遺
伝子の同定に成功した。クローニングされた遺伝子のD
NA配列決定によって、BrCNフラグメント2の位置
14においてアミノ酸配列決定によって同定されたアス
パラギン残基がリジン残基に代わっていることが示され
た。
G/C) AC(G/C)GAG GG(G/C) A
C(G/C) AACTACAA−3産生株のゲノムD
NAとのハイブリダイゼーションにおいて、再現性シグ
ナルをこの38merを用いて得る。オリゴヌクレオチ
ドを用いて、大腸菌の遺伝子バンクからのリゾチーム遺
伝子の同定に成功した。クローニングされた遺伝子のD
NA配列決定によって、BrCNフラグメント2の位置
14においてアミノ酸配列決定によって同定されたアス
パラギン残基がリジン残基に代わっていることが示され
た。
しかし、個々のコドンは第3番目の位置のみで異なって
いることから、このエラーは用いるオリゴヌクレオチド
の結合能に悪影響を及ぼさない。
いることから、このエラーは用いるオリゴヌクレオチド
の結合能に悪影響を及ぼさない。
例23
化学的突然変異誘発によるS、 coelicolor
DSM 3030リゾチ一ム欠失変異体、の単離 胞子懸濁液を調製するために、リゾチーム産生性S、
coelicolor DSM 3030をSM培地(
20g/リットルの大豆ミール、20g/リットルのマ
ンニトール、18g/リットルの寒天、pH7,5)を
含む寒天スラント管中で30℃で少なくとも7日間明瞭
な胞子形成が認められるまでインキュベートする。多管
を、0.01%(W/V)ポリオキシエチレンソルビタ
ンモノオレエー)(Tween80)を加えておいた5
mlの0.9%(w/v)塩化ナトリウム溶液で、超音
波水槽で、20秒間リンスする。孔サイズ5)tmの滅
菌膜フィルターを通す濾過によって細胞残滓を除去する
。PA液に含まれる胞子を10..0OOX gで10
分間遠心分離して集める。次の化学的突然変異のために
、少なくとも106個の胞子を2mlの0.9%(讐/
v)塩化ナトリウムに懸濁させて、8mlのN−メチル
−N′−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(MNNC;
、3mg/mりの′rM緩衝i& (50mmol/リ
ットルトリス−マレイン酸、pH9,0)溶液を加えて
、混合液を遮光して室温で60分間インキュベートする
。このような条件下で、胞子の生存率約1%が得られる
。胞子を10,0OOX gで10分間遠心分離して沈
澱させて、各回10m1の0.9%(w/v)塩化ナト
リウムで3回洗浄し、次いで、5mlの0.9%(w/
v)塩化ナトリウムに懸濁させて、適当に希釈してSM
栄養培地プレート上にひろげて、30て少なくとも5日
間インキュベーI・する。得られるコロニーを5M寒天
ブロック(0,5cm直径)に移して、加湿キャビネッ
ト中で30℃で5日間インキュベートする。次いで、ブ
ロックをミクロコツカス(Micrococcus)試
験寒天を含むプレートに移して、加湿キャビネッ!・中
で30℃でさらに16時間インキュベートする。
DSM 3030リゾチ一ム欠失変異体、の単離 胞子懸濁液を調製するために、リゾチーム産生性S、
coelicolor DSM 3030をSM培地(
20g/リットルの大豆ミール、20g/リットルのマ
ンニトール、18g/リットルの寒天、pH7,5)を
含む寒天スラント管中で30℃で少なくとも7日間明瞭
な胞子形成が認められるまでインキュベートする。多管
を、0.01%(W/V)ポリオキシエチレンソルビタ
ンモノオレエー)(Tween80)を加えておいた5
mlの0.9%(w/v)塩化ナトリウム溶液で、超音
波水槽で、20秒間リンスする。孔サイズ5)tmの滅
菌膜フィルターを通す濾過によって細胞残滓を除去する
。PA液に含まれる胞子を10..0OOX gで10
分間遠心分離して集める。次の化学的突然変異のために
、少なくとも106個の胞子を2mlの0.9%(讐/
v)塩化ナトリウムに懸濁させて、8mlのN−メチル
−N′−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(MNNC;
、3mg/mりの′rM緩衝i& (50mmol/リ
ットルトリス−マレイン酸、pH9,0)溶液を加えて
、混合液を遮光して室温で60分間インキュベートする
。このような条件下で、胞子の生存率約1%が得られる
。胞子を10,0OOX gで10分間遠心分離して沈
澱させて、各回10m1の0.9%(w/v)塩化ナト
リウムで3回洗浄し、次いで、5mlの0.9%(w/
v)塩化ナトリウムに懸濁させて、適当に希釈してSM
栄養培地プレート上にひろげて、30て少なくとも5日
間インキュベーI・する。得られるコロニーを5M寒天
ブロック(0,5cm直径)に移して、加湿キャビネッ
ト中で30℃で5日間インキュベートする。次いで、ブ
ロックをミクロコツカス(Micrococcus)試
験寒天を含むプレートに移して、加湿キャビネッ!・中
で30℃でさらに16時間インキュベートする。
リゾチーム試験寒天を、O、l molar酢酸ナトリ
ウム緩衝液(pH5,0)に懸濁した凍結乾燥Micr
ococcus 1uteus ATCC4(398(
ベーリンガーマンハイム社製) (0,4mg/ml
)から調製する。これは、Ul t+・atu+・ra
X処理によって5分間均質化され、使用の前に、60℃
で30分間、次いで42℃で15分間インキュベートし
て、0.9%寒天を加えておいたものである。
ウム緩衝液(pH5,0)に懸濁した凍結乾燥Micr
ococcus 1uteus ATCC4(398(
ベーリンガーマンハイム社製) (0,4mg/ml
)から調製する。これは、Ul t+・atu+・ra
X処理によって5分間均質化され、使用の前に、60℃
で30分間、次いで42℃で15分間インキュベートし
て、0.9%寒天を加えておいたものである。
細胞外プロテアーゼの作用は、用いるミクロコツカス試
験寒天において、コロニーに直接に接する清澄なゾーン
の形成によって示させる。リゾチームは、その外側に接
して別の濁ったゾーンを形成する。
験寒天において、コロニーに直接に接する清澄なゾーン
の形成によって示させる。リゾチームは、その外側に接
して別の濁ったゾーンを形成する。
調べた10,000個のコロニーから、もはや濁った融
解ゾーンを示さないS、 coelicolor DS
M 3030リゾチ一ム陰性突然変異体の一つを単離し
た。後者を適当な3M栄養培地プレートから50mmo
l/リットルHEPES (pH7,0)を加えた栄養
溶液(100m1)に移して、そのリゾチーム産生性を
、30℃で3.5.7.10日間振盪後、DE3440
735に記載のMicrococcus 1uteus
を用いる濁度測定法によって決定した。単離された突然
変異体は、SM栄養溶液中でのプロトプラスト形成後の
反復振盪培養試験およびベクターpcM4(EP025
741?)での形質転換でも示されるように、安定して
いる。
解ゾーンを示さないS、 coelicolor DS
M 3030リゾチ一ム陰性突然変異体の一つを単離し
た。後者を適当な3M栄養培地プレートから50mmo
l/リットルHEPES (pH7,0)を加えた栄養
溶液(100m1)に移して、そのリゾチーム産生性を
、30℃で3.5.7.10日間振盪後、DE3440
735に記載のMicrococcus 1uteus
を用いる濁度測定法によって決定した。単離された突然
変異体は、SM栄養溶液中でのプロトプラスト形成後の
反復振盪培養試験およびベクターpcM4(EP025
741?)での形質転換でも示されるように、安定して
いる。
例24
物理的突然変異誘発によろS、 coelicolor
05M4913のリゾチーム欠失変異体、の単離例2
3のようにして、少なくとも106個のS。
05M4913のリゾチーム欠失変異体、の単離例2
3のようにして、少なくとも106個のS。
coelicolor DSM 3030の胞子を5m
lの9%(w/v)塩化ナトリウムおよび0.01%(
W/V)ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート (Tween80)に懸濁させて、濾過胞子懸濁液を調
製した。次のUV突然変異に用いられる工程を、記載の
方法(Hop讐ood D、 A、ら:上記を参昭、3
7〜38頁)で行う。このためのUV光線(254nm
)による照射時間は、得られる生存率が2%になるよう
に選択した。照射された胞子を、適当な希釈で3M栄養
培地プレート(例23を参照されたい)上にひろげて、
30°Cて少なくとも5日間インキュベートする。
lの9%(w/v)塩化ナトリウムおよび0.01%(
W/V)ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート (Tween80)に懸濁させて、濾過胞子懸濁液を調
製した。次のUV突然変異に用いられる工程を、記載の
方法(Hop讐ood D、 A、ら:上記を参昭、3
7〜38頁)で行う。このためのUV光線(254nm
)による照射時間は、得られる生存率が2%になるよう
に選択した。照射された胞子を、適当な希釈で3M栄養
培地プレート(例23を参照されたい)上にひろげて、
30°Cて少なくとも5日間インキュベートする。
得られるコロニーを5M寒天ブロック(0,5cm直径
)に移して、加湿キャビネット中で30℃で5日間イン
キュベートする。フ゛ロックをミクロコツカス試験寒天
(例23を参照されたい)を含むプレートに移して、加
湿キャビネット中で30℃でざらに16時間インキュベ
ートする。調べた7゜000個のコロニーから、ミクロ
コツカス試験プレート上で濁った融解ゾーンを示さない
リゾチーム突然変異体、S、 coelicolor
DSM 4913を単離した。
)に移して、加湿キャビネット中で30℃で5日間イン
キュベートする。フ゛ロックをミクロコツカス試験寒天
(例23を参照されたい)を含むプレートに移して、加
湿キャビネット中で30℃でざらに16時間インキュベ
ートする。調べた7゜000個のコロニーから、ミクロ
コツカス試験プレート上で濁った融解ゾーンを示さない
リゾチーム突然変異体、S、 coelicolor
DSM 4913を単離した。
この変異体は、50mmol/リットルF(EPES
(pH7,0)を加えた5M栄養溶液(例23を参照さ
れたい)中での反復振盪培養試験、ブロトブラスト形成
後およびベクターp CM 4 (EP 02571!
+7)を用いる形質転換後でさえも安定であることが証
明された。
(pH7,0)を加えた5M栄養溶液(例23を参照さ
れたい)中での反復振盪培養試験、ブロトブラスト形成
後およびベクターp CM 4 (EP 02571!
+7)を用いる形質転換後でさえも安定であることが証
明された。
例25
S、 coelicolor株のプロトプラストの調製
および形質転換 例24のようにして単離したリゾチーム陰性突然変異体
S、 coelicolor DSM 4913を50
m1のCa5o栄養溶液(17g/リットルのカゼイン
からのペプトン、3g/リッI・ルの大豆ミールからの
ペプトン、2.5g/リットルのグルコース、5g/リ
ットルの塩化ナトリウム、2.5g/リットルの燐酸水
素二カリウム)で30℃で3日間振盪する。この培養物
の5mlを50m1の5g/リットルのグリシンを添加
したCa5o栄養溶液に移して、30°Cて約45時間
定常増殖間に達するまで振裏する。
および形質転換 例24のようにして単離したリゾチーム陰性突然変異体
S、 coelicolor DSM 4913を50
m1のCa5o栄養溶液(17g/リットルのカゼイン
からのペプトン、3g/リッI・ルの大豆ミールからの
ペプトン、2.5g/リットルのグルコース、5g/リ
ットルの塩化ナトリウム、2.5g/リットルの燐酸水
素二カリウム)で30℃で3日間振盪する。この培養物
の5mlを50m1の5g/リットルのグリシンを添加
したCa5o栄養溶液に移して、30°Cて約45時間
定常増殖間に達するまで振裏する。
細胞菌糸体を、最後にガラスホモゲナイザーで分別(d
ivide) シて、5,0OOX gて10分間遠心
分離する。細胞を25m1のP緩衝m ()Iopwo
od O。
ivide) シて、5,0OOX gて10分間遠心
分離する。細胞を25m1のP緩衝m ()Iopwo
od O。
へ、ら: p、245、上記を参照されたい)で洗浄し
て、5、OOO’Xgで10分間遠心分離して、12.
5mtのP緩衝液に入れる。12.5mlの2mg/m
lの鶏卵リゾチームのP緩衝液溶液を加えて、顕微鏡に
よる検鏡によって菌糸体がプロトプラストにまで充分に
崩壊していることが示されるまで室温で約40分間緩や
かに振盪する。25m1のP緩衝液を加えて、脱脂綿を
通して濾過する。濾液を3,0OOX gで10分間遠
心分離して、沈澱したプロトプラスI・を2mlのP緩
衝液に再懸濁させて、20 OIt lずつに分けて一
80℃で凍結させる。
て、5、OOO’Xgで10分間遠心分離して、12.
5mtのP緩衝液に入れる。12.5mlの2mg/m
lの鶏卵リゾチームのP緩衝液溶液を加えて、顕微鏡に
よる検鏡によって菌糸体がプロトプラストにまで充分に
崩壊していることが示されるまで室温で約40分間緩や
かに振盪する。25m1のP緩衝液を加えて、脱脂綿を
通して濾過する。濾液を3,0OOX gで10分間遠
心分離して、沈澱したプロトプラスI・を2mlのP緩
衝液に再懸濁させて、20 OIt lずつに分けて一
80℃で凍結させる。
形質転換において、融解した2 00 )t IのS、
coelicolor DSM 4]3プロトプラス
トを、チオスj・レブトン耐性をコードする20μmの
プラスミドDNA(lng〜1μgのDNAと対応する
)と500 /llのT緩衝?a (Hopwood
D、 Aら: l)、24G、上記を参照されたい)と
共に混合して、直ちに7枚のR2YEプレート(Hop
XJood D、 A、ら:p。
coelicolor DSM 4]3プロトプラス
トを、チオスj・レブトン耐性をコードする20μmの
プラスミドDNA(lng〜1μgのDNAと対応する
)と500 /llのT緩衝?a (Hopwood
D、 Aら: l)、24G、上記を参照されたい)と
共に混合して、直ちに7枚のR2YEプレート(Hop
XJood D、 A、ら:p。
236、上記を参照されたい)にひろげて最初の重量の
70%になるまで乾燥する。次いて、予め42°Cに暖
めておいた修飾されたR3軟寒天4mlを重層して、蓋
無しで滅菌作業台(クラス2)のまん中で4時間乾燥さ
せる。修飾されたR3軟寒天[Sl+1raha+na
ら: Ag+’iC,Bial、 CI+em
、 45、1271−1273 (1981)]は、
171 g/リットルのスークロース、Log/リット
ルのグルコース、4g/リットルのバクトベブトン、4
g/リットルの酵母エキス、0.5g/リットルの塩化
カリウム、8.1g/リットルの塩化マグネシウム、2
,2g/リットルの塩化カルシウム、0.2g/リット
ルの燐酸二水素カリウム、4g/リットルの寒天、25
mmol/リットルのTES緩衝7夜(N−トリス[ヒ
ドロキシメチルコータチル−2−アミノエタンスルホン
酸、pH7,2)を含む。接種して乾燥させたプレート
を30°Cで24時間インキュベートして、ジメチルス
ルホキシドに溶解したチオストレプトン(200Izg
/ml)を加えて42°Cに予め加温しておいたNB軟
寒天(3g/リットルのバクトビーフエキス、5g/リ
ットルのバクトベプ1ン、6g/リットルの寒天)の2
.5.mlを重層して、30°Cで少なくともされに6
日間インキユヘートする。
70%になるまで乾燥する。次いて、予め42°Cに暖
めておいた修飾されたR3軟寒天4mlを重層して、蓋
無しで滅菌作業台(クラス2)のまん中で4時間乾燥さ
せる。修飾されたR3軟寒天[Sl+1raha+na
ら: Ag+’iC,Bial、 CI+em
、 45、1271−1273 (1981)]は、
171 g/リットルのスークロース、Log/リット
ルのグルコース、4g/リットルのバクトベブトン、4
g/リットルの酵母エキス、0.5g/リットルの塩化
カリウム、8.1g/リットルの塩化マグネシウム、2
,2g/リットルの塩化カルシウム、0.2g/リット
ルの燐酸二水素カリウム、4g/リットルの寒天、25
mmol/リットルのTES緩衝7夜(N−トリス[ヒ
ドロキシメチルコータチル−2−アミノエタンスルホン
酸、pH7,2)を含む。接種して乾燥させたプレート
を30°Cで24時間インキュベートして、ジメチルス
ルホキシドに溶解したチオストレプトン(200Izg
/ml)を加えて42°Cに予め加温しておいたNB軟
寒天(3g/リットルのバクトビーフエキス、5g/リ
ットルのバクトベプ1ン、6g/リットルの寒天)の2
.5.mlを重層して、30°Cで少なくともされに6
日間インキユヘートする。
例2G
ヘクターブラスミトの単離
ベクターpGM4 (第3図)を、EP 025741
7に記載の方法て、Streptomyces gha
naensis DSM2932からのプラスミドps
csから調製して、S。
7に記載の方法て、Streptomyces gha
naensis DSM2932からのプラスミドps
csから調製して、S。
coelicolor DSM 4913を形質転換さ
せて、D、A。
せて、D、A。
HOpwoodら:(〕。85(上記を参照されたい)
に記載の方法で単離する。
に記載の方法で単離する。
ベクターpEB1!5(第4図)は、S。
Venezuelae DSM 40755から得られ
るプラスミドp S VH1(EP 0070522)
に由来する。
るプラスミドp S VH1(EP 0070522)
に由来する。
psVHlの2.5kbおよび3.Okbの大きさの二
つの8glnフラグメントを除去して、1.1kbの大
きさでチオストレプトン耐性をコードする、ベクターp
SLE41 (DE 3412093)からの、B+:
IIフラグメントで置き換える。その結果、8.15k
bの大きさのベクターpEB2が得られる( Wohl
1eben W、 ら: (1985) In: S
ix Int、 Symp。
つの8glnフラグメントを除去して、1.1kbの大
きさでチオストレプトン耐性をコードする、ベクターp
SLE41 (DE 3412093)からの、B+:
IIフラグメントで置き換える。その結果、8.15k
bの大きさのベクターpEB2が得られる( Wohl
1eben W、 ら: (1985) In: S
ix Int、 Symp。
on Actu+omycetes BiologyS
Szabo G、 Biro S、、にoodfel
low M、fJW集99−101. Akademi
ai Kiado。
Szabo G、 Biro S、、にoodfel
low M、fJW集99−101. Akademi
ai Kiado。
Budapest)。
pEB2の4.(3kbのSs tIIフラグメントを
、ネオマイシン耐性(AP H−I )をコードする、
プラスミドpL J 68001opwood D、A
ら: 11.298、上記を参照されたい)の、1.O
kbのSs tIIフラグメントに連結させる。その結
果、5.7kbのプラスミドl) E B 3が得られ
る。次いで、pEB3の部分的5au3A消化によって
l) S V H1の最小のレプリコンを2.4kbフ
ラグメントに配置することができる。
、ネオマイシン耐性(AP H−I )をコードする、
プラスミドpL J 68001opwood D、A
ら: 11.298、上記を参照されたい)の、1.O
kbのSs tIIフラグメントに連結させる。その結
果、5.7kbのプラスミドl) E B 3が得られ
る。次いで、pEB3の部分的5au3A消化によって
l) S V H1の最小のレプリコンを2.4kbフ
ラグメントに配置することができる。
5 、1 kbのベクタープラスミドpEB15(第4
図)はこのフラグメント、さらに、チオストレプトン耐
性をコードする、p 5LE41 (DE 34120
93)の1.1kbのBe1lフラグメント、およびプ
ラスミドp I J 702 [Hopwood D、
Aら:p。
図)はこのフラグメント、さらに、チオストレプトン耐
性をコードする、p 5LE41 (DE 34120
93)の1.1kbのBe1lフラグメント、およびプ
ラスミドp I J 702 [Hopwood D、
Aら:p。
292、前出、Bernonら: Gene 37.1
01−110 (1985)]のチヲシナーゼをコード
する1、6kbのBcllフラグメントを隣接して含む
。
01−110 (1985)]のチヲシナーゼをコード
する1、6kbのBcllフラグメントを隣接して含む
。
ベクタープラスミドpEB15でS。
coelicolor DSM 4913を形質転換さ
せると、S。
せると、S。
coelicolor DSM 4914が得られろ。
S、 coelicolorDSM 4914は、De
utsche Sammlung fur Mikro
or3anismen und Zellkultur
enに寄託されている。
utsche Sammlung fur Mikro
or3anismen und Zellkultur
enに寄託されている。
pEB 15を、S、 coelicolor DSM
4914からHopwood D、Aら: p、85
による記載の方法で同様に単離した。
4914からHopwood D、Aら: p、85
による記載の方法で同様に単離した。
例27
S、 coelicolor DSM 3030の5a
u3A DNAフラグメントの、リゾチーム欠失突然変
異体DSM4913へのクローニング リゾチーム産生性S、 coelicolor DSM
3030の全DNAをり、A、tlopvoodら(
p、79、前出)による記載の方法で単離して、制限エ
ンドヌクレアーゼ5au3A(例7を参照されたい)で
不完全に切断して、0.7%アガロースゲル上で分画の
後、2.8kbから15kbのフラグメントを単離した
(例21を参照されたい)。
u3A DNAフラグメントの、リゾチーム欠失突然変
異体DSM4913へのクローニング リゾチーム産生性S、 coelicolor DSM
3030の全DNAをり、A、tlopvoodら(
p、79、前出)による記載の方法で単離して、制限エ
ンドヌクレアーゼ5au3A(例7を参照されたい)で
不完全に切断して、0.7%アガロースゲル上で分画の
後、2.8kbから15kbのフラグメントを単離した
(例21を参照されたい)。
例26のようにして単離されたベクタープラスミl;
I) E B 15を制限エンドヌクレアーゼBgln
(例1を参照されたい)で完全に切断して、例2のよう
に脱燐酸化する。0.1μgのS、 coelicol
o+°の単離されたSa u 3 Aフラグメントと0
.05713のBglIIで切断されて脱燐酸化された
pEB15DNAを次のりガーゼ反応(例3を参照され
たい)に用いる。
I) E B 15を制限エンドヌクレアーゼBgln
(例1を参照されたい)で完全に切断して、例2のよう
に脱燐酸化する。0.1μgのS、 coelicol
o+°の単離されたSa u 3 Aフラグメントと0
.05713のBglIIで切断されて脱燐酸化された
pEB15DNAを次のりガーゼ反応(例3を参照され
たい)に用いる。
次いで、例25に記載の方法によって、例24のように
して単離されるリゾチーム欠失突然変異体のブaドブラ
ストの形質転換に用いる。
して単離されるリゾチーム欠失突然変異体のブaドブラ
ストの形質転換に用いる。
例28
S、 coelicolor DSM 3030の3.
3kbのSmaIDNAフラグメントの、リゾチーム欠
失突然変異体DSM4913へのクローニング リゾチーム遺伝子に特異的な38kbのオリゴヌクレオ
チドプローブ(例10を参照されたい)によって同定し
ておいた、S、 coelicolor DSM 30
30の全DNAの、3.3kbのSmalフラグメント
を例21に記載の方法で単離した。
3kbのSmaIDNAフラグメントの、リゾチーム欠
失突然変異体DSM4913へのクローニング リゾチーム遺伝子に特異的な38kbのオリゴヌクレオ
チドプローブ(例10を参照されたい)によって同定し
ておいた、S、 coelicolor DSM 30
30の全DNAの、3.3kbのSmalフラグメント
を例21に記載の方法で単離した。
ベクターp 0M4 (EP O,257,417)を
制限エンドヌクレアーゼBamHIで完全に切断して、
突出末端をフラグメント(Maniatis T、ら:
p、113、前出)、アルカリフォスファターゼ(例
2を参照されたい)で処理して、S、 coelico
lorD N Aの、3.3kbの大きさの単離された
SmaIフラグメントにT4DNAリガーゼによって連
結させる(例3を参照されたい)。次いで、リガーゼ混
合物でS、 coelicolor DSM 4913
のプロトプラス!・を形質転換させる(例25を参照さ
れたい)。
制限エンドヌクレアーゼBamHIで完全に切断して、
突出末端をフラグメント(Maniatis T、ら:
p、113、前出)、アルカリフォスファターゼ(例
2を参照されたい)で処理して、S、 coelico
lorD N Aの、3.3kbの大きさの単離された
SmaIフラグメントにT4DNAリガーゼによって連
結させる(例3を参照されたい)。次いで、リガーゼ混
合物でS、 coelicolor DSM 4913
のプロトプラス!・を形質転換させる(例25を参照さ
れたい)。
例29
リゾチーム産生性を補足する突然変異体の検出例27ま
たは例28のようにして得られたS。
たは例28のようにして得られたS。
coel 1colorクローンを、30μg/mlの
チオストレプトンを加えておいた9M栄養培地のブロッ
クに移して、加湿キャビネットで30℃で5日間インキ
ュベートした後、リゾチーム試験寒天(例23をり照さ
れたい)上に移す。加湿キャビネットで30℃で16時
間インキュベートした後、例27のようにして得た1、
500個のクローンの一つおよび例28のようにして得
た150個のクローンの一つで、野生型S、 coel
icolor DSM 3030のリゾチーム産生に相
当する産生がミクロコツカス試験寒天上の濁った融解ゾ
ーンの形成によって明瞭に示された。
チオストレプトンを加えておいた9M栄養培地のブロッ
クに移して、加湿キャビネットで30℃で5日間インキ
ュベートした後、リゾチーム試験寒天(例23をり照さ
れたい)上に移す。加湿キャビネットで30℃で16時
間インキュベートした後、例27のようにして得た1、
500個のクローンの一つおよび例28のようにして得
た150個のクローンの一つで、野生型S、 coel
icolor DSM 3030のリゾチーム産生に相
当する産生がミクロコツカス試験寒天上の濁った融解ゾ
ーンの形成によって明瞭に示された。
例30
リゾチーム産生性クローンのプラスミドの単離および特
徴付は プラスミドpcellおよびpce12を、Hopwo
od D、Aら(p、85、前出)に記載の方法で、そ
れぞれ例28および例27のようにして得られたリゾチ
ーム産生性S、 coelicolorクローンから単
離して、制限酵素地図作出(第3図および第4図)によ
って特徴付けをした。プラスミドpcell(第3図)
は、BamHIで切断してから突出末端を埋填しておい
たベクターpGM4に挿入されたS、 coelico
lor DSM 3030の全DNAの、S。
徴付は プラスミドpcellおよびpce12を、Hopwo
od D、Aら(p、85、前出)に記載の方法で、そ
れぞれ例28および例27のようにして得られたリゾチ
ーム産生性S、 coelicolorクローンから単
離して、制限酵素地図作出(第3図および第4図)によ
って特徴付けをした。プラスミドpcell(第3図)
は、BamHIで切断してから突出末端を埋填しておい
たベクターpGM4に挿入されたS、 coelico
lor DSM 3030の全DNAの、S。
coelicolor DSM 3030リゾチーム(
lys)をコードする、3.3kbのSmalフラグメ
ントを含む。
lys)をコードする、3.3kbのSmalフラグメ
ントを含む。
ベクター1)0M4は、S、 azureusからのチ
オストレプトン耐性遺伝子(tsr)およびS、 fr
adiaeからのネオマイシン耐性遺伝子(a p b
I )を含む。プラスミドpce12(第4図)は、
Bgl[Iで切断されたベクターpEB 15にクロー
ニングされたS、 coelicolor DSM 3
030の全DNAの、S、 coelicolor D
SM 3030リゾチーム(lys)をコードする2、
9kbの5au3Aフラグメントを含む。ベクターpE
G15は、S。
オストレプトン耐性遺伝子(tsr)およびS、 fr
adiaeからのネオマイシン耐性遺伝子(a p b
I )を含む。プラスミドpce12(第4図)は、
Bgl[Iで切断されたベクターpEB 15にクロー
ニングされたS、 coelicolor DSM 3
030の全DNAの、S、 coelicolor D
SM 3030リゾチーム(lys)をコードする2、
9kbの5au3Aフラグメントを含む。ベクターpE
G15は、S。
antibioticusからのチロシナーゼ遺伝子(
tnel)およびS、 azureusからのチオスト
レプトン耐性遺伝子(tsr)を含む。
tnel)およびS、 azureusからのチオスト
レプトン耐性遺伝子(tsr)を含む。
例31
リゾチームをコードするプラスミドの、S、 1ivi
dansおよび種々のS、 coelicofor株へ
の移入プラスミドpcellおよびpce12(例30
を参照されたい)のそれぞれて、例23及び例24のよ
うにして得たS、 coelicolor 05M 3
030リゾチ一ム欠失突然変異体を形質転換させた(例
25を参照されたい)。50mmol/リットルのHE
PES、pH7,0、および30Mg/mlのチオスト
レプトンを添加しておいた3M栄養溶液中での次の振盪
培養試験(例23を参照されたい)において、調べた形
質転換体の全てで野生型S。
dansおよび種々のS、 coelicofor株へ
の移入プラスミドpcellおよびpce12(例30
を参照されたい)のそれぞれて、例23及び例24のよ
うにして得たS、 coelicolor 05M 3
030リゾチ一ム欠失突然変異体を形質転換させた(例
25を参照されたい)。50mmol/リットルのHE
PES、pH7,0、および30Mg/mlのチオスト
レプトンを添加しておいた3M栄養溶液中での次の振盪
培養試験(例23を参照されたい)において、調べた形
質転換体の全てで野生型S。
coelicolor DSM 3030のリゾチーム
産生に相当するリゾチーム産生性が光度測定試験法(D
E 3440735)によって認められた。
産生に相当するリゾチーム産生性が光度測定試験法(D
E 3440735)によって認められた。
C,J、Thompson ら[J、 Bacteri
ol、 151.668−677 (1982)]の記
載による方法によって二つのプラスミドをそれぞれS、
l 1vidansT K E34 (Hopwoo
dら: p、266、前出)に移動させることが可能で
あった。しかし、単離された形質転換体は、50mmo
l/リットルのHEPES (pH7,0)および30
Mg/mlのチオストレプトンをそれぞれ含むCa5o
栄養溶液(例25を参照されたい)またはSM栄養溶液
のいずれにおいても光度測定試験法(DE 34407
35)で検出できるリゾチーム産生を示さなかった。
ol、 151.668−677 (1982)]の記
載による方法によって二つのプラスミドをそれぞれS、
l 1vidansT K E34 (Hopwoo
dら: p、266、前出)に移動させることが可能で
あった。しかし、単離された形質転換体は、50mmo
l/リットルのHEPES (pH7,0)および30
Mg/mlのチオストレプトンをそれぞれ含むCa5o
栄養溶液(例25を参照されたい)またはSM栄養溶液
のいずれにおいても光度測定試験法(DE 34407
35)で検出できるリゾチーム産生を示さなかった。
一方、例30のようにして単離したプラスミドpcel
lまたはpce12の一つによってS、 coelic
olor DSM 3030を形質転換させた場合には
、 50mmol/リットルのHEPES (pH7
,0)および30Mg/mlのチオストレプトンを加え
ておいた5M栄養培地を用いる続く振盪培養試験におい
て、出発株よりも2〜3倍の高いリゾチーム収量を得る
ことが可能である。抗生物質チオストレプトンが存在し
ない場合には、同じリゾチーム産生の増加がSM培地で
達成される。
lまたはpce12の一つによってS、 coelic
olor DSM 3030を形質転換させた場合には
、 50mmol/リットルのHEPES (pH7
,0)および30Mg/mlのチオストレプトンを加え
ておいた5M栄養培地を用いる続く振盪培養試験におい
て、出発株よりも2〜3倍の高いリゾチーム収量を得る
ことが可能である。抗生物質チオストレプトンが存在し
ない場合には、同じリゾチーム産生の増加がSM培地で
達成される。
例32
安定性・試験
プラスミドpce12(例30を参照されたい)を含む
S、 coelicofor DSM 3030を、5
0mmol/リットルのHEPES (pH7,0)を
含む抗生物質無添加SM栄養溶液中で30℃でlO日間
振盪する。サンプル それぞれを適当に希釈して、30ttg/mlのチオス
トレプトン添加または無添加SM栄養培地を含む5枚の
栄養培地プレートに塗布する。30℃で7日間のインキ
ュベーションの後、同じ細菌力価(titer)が二つ
のタイプのプレートでそれぞれ見出される。チオストレ
プトンを含まないSM栄養培地プレートのそれぞれから
の500個のコロニーを3071g/mlのチオストレ
プトンを含むS M栄養培地プレートに移す。30で7
日間インキユヘートシた後、同数のコロニーを両タイプ
のプレート上で見出すことが可能であった。
S、 coelicofor DSM 3030を、5
0mmol/リットルのHEPES (pH7,0)を
含む抗生物質無添加SM栄養溶液中で30℃でlO日間
振盪する。サンプル それぞれを適当に希釈して、30ttg/mlのチオス
トレプトン添加または無添加SM栄養培地を含む5枚の
栄養培地プレートに塗布する。30℃で7日間のインキ
ュベーションの後、同じ細菌力価(titer)が二つ
のタイプのプレートでそれぞれ見出される。チオストレ
プトンを含まないSM栄養培地プレートのそれぞれから
の500個のコロニーを3071g/mlのチオストレ
プトンを含むS M栄養培地プレートに移す。30で7
日間インキユヘートシた後、同数のコロニーを両タイプ
のプレート上で見出すことが可能であった。
例33
S、 coelicolor DSM 3030からの
リゾチーム遺伝子の前への、Streptomyces
antibioticusからのチロシナーゼ遺伝子
のプロモーター領域のクローニング 例30のようにして単離したプラスミドpce12(第
4図)を制限エンドヌクレアーゼA V a Iで完全
に切断して、突出末端を大腸菌DNAポリメラーゼT(
フレノウフラグメント)(Maniatis T、ら:
前出、p、目3)で埋填する。得られる1、2kbDN
Aフラグメントを例21?こ3己載の方法で単離する。
リゾチーム遺伝子の前への、Streptomyces
antibioticusからのチロシナーゼ遺伝子
のプロモーター領域のクローニング 例30のようにして単離したプラスミドpce12(第
4図)を制限エンドヌクレアーゼA V a Iで完全
に切断して、突出末端を大腸菌DNAポリメラーゼT(
フレノウフラグメント)(Maniatis T、ら:
前出、p、目3)で埋填する。得られる1、2kbDN
Aフラグメントを例21?こ3己載の方法で単離する。
ベクタープラスミドp E B15(例26を参照され
たい)を酵素BgIIIて完全に切断して、突出末端を
埋填して、脱燐酸化(例2を参照されたい)して、pc
e12(例3を参照されたい)からの1.2kbの大き
さの単離されたDNAフラグメントと連結させる。リガ
ーゼ混合物でS、 coelicolor DSM 4
913 (例25を参照されたい)を形質転換させて、
得られる形質転換体を3071g/mlのチオストレプ
トン添加5M栄養培地く例23を参照されたい)を含む
寒天ブロックに移して、加湿キャビネットで30℃で5
日間インキュベートする。次いで、ブロックをミクロコ
ツカス試験寒天(例2を参照されたい)を含むプレート
上に移して、加湿キャビネットで30℃でされに16時
間インキュベートする。ブラスミ1’ D N Aを、
D、A、 Hopwood ら:前出、p、85に記載
された方法で、試験寒天上の濁った融解ゾーンの形成に
よフて認められるリゾチーム産生性形質転換体から単離
して、制限エンドヌクレアーゼPvuUて完全に切断す
る。2.1kbとq、2kbのPvuJIフラグメント
を有するプラスミドpCe13(第4図)を単離する。
たい)を酵素BgIIIて完全に切断して、突出末端を
埋填して、脱燐酸化(例2を参照されたい)して、pc
e12(例3を参照されたい)からの1.2kbの大き
さの単離されたDNAフラグメントと連結させる。リガ
ーゼ混合物でS、 coelicolor DSM 4
913 (例25を参照されたい)を形質転換させて、
得られる形質転換体を3071g/mlのチオストレプ
トン添加5M栄養培地く例23を参照されたい)を含む
寒天ブロックに移して、加湿キャビネットで30℃で5
日間インキュベートする。次いで、ブロックをミクロコ
ツカス試験寒天(例2を参照されたい)を含むプレート
上に移して、加湿キャビネットで30℃でされに16時
間インキュベートする。ブラスミ1’ D N Aを、
D、A、 Hopwood ら:前出、p、85に記載
された方法で、試験寒天上の濁った融解ゾーンの形成に
よフて認められるリゾチーム産生性形質転換体から単離
して、制限エンドヌクレアーゼPvuUて完全に切断す
る。2.1kbとq、2kbのPvuJIフラグメント
を有するプラスミドpCe13(第4図)を単離する。
リゾチーム遺伝子(tys)の位置方向は、pce13
の得られるpVuUフラグメントの大きさによって第4
図のように確立される。チロシナーゼ遺伝子(met)
のプロモーター領域を、そのプロモーターとシグナル配
列とともにpce13のリゾチーム遺伝子の前に位置さ
せる。プラスミドpce13でS。
の得られるpVuUフラグメントの大きさによって第4
図のように確立される。チロシナーゼ遺伝子(met)
のプロモーター領域を、そのプロモーターとシグナル配
列とともにpce13のリゾチーム遺伝子の前に位置さ
せる。プラスミドpce13でS。
coelicolor DSM 3030 (C,J、
Thompsonら: 1982、J、 Bacte
riol、 151.668−677)を形質転換させ
る。
Thompsonら: 1982、J、 Bacte
riol、 151.668−677)を形質転換させ
る。
このようにして得られる形質転換体は、50mmol/
リットルのHEPES (r)B7.O)を含む30μ
g/mlのチオストレプトン添加および無添加のSM培
地を用いる振盪培養試験(例23を参照されたい)にお
いて、それぞれの場合、出発株S、 coelicol
or DSM 3030の3〜5倍高いりゝゾチーム産
生性を示す。
リットルのHEPES (r)B7.O)を含む30μ
g/mlのチオストレプトン添加および無添加のSM培
地を用いる振盪培養試験(例23を参照されたい)にお
いて、それぞれの場合、出発株S、 coelicol
or DSM 3030の3〜5倍高いりゝゾチーム産
生性を示す。
区である。
第4図は、ベクターpEB15を図示する、説明図であ
る。
る。
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1、a)次の配列 5′−TTCGC(G/C)TACATCAAGGC(
G/C)AC(G/C)GAGGG(G/C)AC(G
/C)AACTACAA−3′のオリゴヌクレオチドプ
ローブとハイブリダイズする、および/または b)形質転換後、リゾチーム欠失突然変異 体StreptomycescoelicolorDS
M4913を補足する、ストレプトミセスからのリゾチ
ーム遺伝子。 2、StreptomyceslabedaeまたはS
treptomycescoelicolor(M■l
ler)からの、請求項1に記載のリゾチーム遺伝子。 3、S.labedaeDSM41517またはS. coelicolorDSM3030からの、請求項2
に記載のリゾチーム遺伝子。 4、1.2kbのAvalフラグメント上に位置してい
る、請求項1〜3のいずれか1項に記載のリゾチーム遺
伝子。 5、表1に示される配列を有する、請求項4に記載のリ
ゾチーム遺伝子。 6、表2に示される配列を有するリゾチーム遺伝子。 7、ヘテロなコントロールまたはシグナル配列を上流ま
たは下流に位置させた、請求項6に記載のリゾチーム遺
伝子。 8、Streptomycesantibioticu
sからのチロシナーゼ遺伝子のプロモーター領域を上流
に位置させた、請求項7に記載のリゾチーム遺伝子。 9、請求項1〜8のいずれか1項に記載のリゾチーム遺
伝子を含む、ハイブリドベクター。 10、請求項9に記載のハイブリドベクターを含む、微
生物。 11、請求項10に記載の微生物によって発現させたリ
ゾチーム。 12、リゾチーム欠失突然変異体Streptomyc
escoelicolorDSM4913。 13、以下の配列を有するオリゴヌクレオチドプローブ
。 5′−TTCGC(G/C)TACATCAAGGC(
G/C)AC(G/C)GAGGG(G/C)AC(G
/C)AACTACAA−3′14、プラスミドpEB
15を含むS. coelicolorDSM4914。
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE3838107 | 1988-11-10 | ||
| DE3838107.9 | 1988-11-10 | ||
| DE3908766 | 1989-03-17 | ||
| DE3908766.2 | 1989-03-17 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH034793A true JPH034793A (ja) | 1991-01-10 |
Family
ID=25874094
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP1293760A Pending JPH034793A (ja) | 1988-11-10 | 1989-11-10 | ストレプトミセスからのリゾチーム遺伝子、それを得る方法およびその使用 |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP0368224A3 (ja) |
| JP (1) | JPH034793A (ja) |
| CA (1) | CA2002638A1 (ja) |
| DK (1) | DK560889A (ja) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5949476A (en) * | 1993-10-20 | 1999-09-07 | Cableshare, Inc. | Television system distributing a dynamically varying number of concurrent video presentations over a single television channel |
| US5953046A (en) * | 1994-05-31 | 1999-09-14 | Pocock; Michael H. | Television system with multiple video presentations on a single channel |
| US6005606A (en) * | 1994-11-24 | 1999-12-21 | Nakano; Keizo | Still picture television system |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPH04502260A (ja) * | 1989-10-16 | 1992-04-23 | アムジエン・インコーポレーテツド | N―アセチルムラミダーゼ m1 |
| JP2997800B2 (ja) * | 1997-12-01 | 2000-01-11 | 農林水産省食品総合研究所長 | 細胞壁溶解酵素遺伝子、該遺伝子を含むベクター及び形質転換体 |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0155189A3 (en) * | 1984-03-16 | 1987-09-16 | Genentech, Inc. | Expression of cell wall degrading proteins and host cells harboring dna encoding such protein |
| GB8523768D0 (en) * | 1985-09-26 | 1985-10-30 | Antibioticos Sa | Streptomyces wadayamensis |
| DE3701835A1 (de) * | 1987-01-23 | 1988-08-04 | Hoechst Ag | Bakterienlysierendes enzymprodukt aus streptomyceten, seine herstellung und seine verwendung zur konservierung von kaese |
-
1989
- 1989-11-07 EP EP19890120551 patent/EP0368224A3/de not_active Withdrawn
- 1989-11-09 DK DK560889A patent/DK560889A/da not_active Application Discontinuation
- 1989-11-09 CA CA 2002638 patent/CA2002638A1/en not_active Abandoned
- 1989-11-10 JP JP1293760A patent/JPH034793A/ja active Pending
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5949476A (en) * | 1993-10-20 | 1999-09-07 | Cableshare, Inc. | Television system distributing a dynamically varying number of concurrent video presentations over a single television channel |
| US5953046A (en) * | 1994-05-31 | 1999-09-14 | Pocock; Michael H. | Television system with multiple video presentations on a single channel |
| US6005606A (en) * | 1994-11-24 | 1999-12-21 | Nakano; Keizo | Still picture television system |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| DK560889D0 (da) | 1989-11-09 |
| EP0368224A3 (de) | 1991-12-27 |
| CA2002638A1 (en) | 1990-05-10 |
| DK560889A (da) | 1990-05-11 |
| EP0368224A2 (de) | 1990-05-16 |
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