JPH03504078A - 細胞懸濁液から染色体外dnaを容器内で精製する自動装置とその方法 - Google Patents
細胞懸濁液から染色体外dnaを容器内で精製する自動装置とその方法Info
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- JPH03504078A JPH03504078A JP1503830A JP50383089A JPH03504078A JP H03504078 A JPH03504078 A JP H03504078A JP 1503830 A JP1503830 A JP 1503830A JP 50383089 A JP50383089 A JP 50383089A JP H03504078 A JPH03504078 A JP H03504078A
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
細胞懸濁液から染色体外DNAを容器内で精製する自動装置とその方法
本発明は、細胞懸濁液から染色体外DNAを容器内で精製する自動装置とその方
法に関する。
プラスミドDNAが、大腸菌から精製されることは、ビルンボイム(IN+nb
oiml およびドーリ(Do l y)(「ニュークレイツク拳アシッズ・
リサーチ(NuclAcidsRes)J l 第7巻、+513−1523頁
(+9791によって明らかにされている。菌体細胞をまず、界面活性剤を含
有するアルカリ性媒質中で溶解させたのち、中和操作によって、可溶性プラスミ
ドDNAを得ると共に、大部分の蛋白質、菌体残渣および染色体DNAを沈殿さ
せる。
次いで、遠心分離によって該混合物からプラスミドDNA1回収したのち、継続
して精製を行うことによって純粋な形のプラスミドを分画することができる。キ
ーゼル(Kieserlが、(「プラスミド(Plasmid) J )第12
巻、+9−36頁(+984)中に、熱処理とアルカリ処理とを含有する類似の
方法によって、プラスミドDNAの精製と、不純物の少ないRNAとが得られる
ことについて記述している。これらの公知の方法では、分離精製が、抽出と遠心
操作などの、かなりの設備投資と、オペレータの時間を要求する種々の工程を含
有している。
実験室ロボットを中心とした、プラスミド精製用自動ワークステーションについ
て、ボンビル(Bonville) とリーデル(Rie+1el)が、(「
アドバンス・イン・ラボラトリ−オートメーションeロボチツクス(Alvan
ces 1nLabora+oB Automation Rbotics)J
) Ij86年版、ストリマチス・ホーク・ザイマーク拳フープ(St+im
alis andHawk、X7ma+k Corp、、)刊、353−360
頁に記載している。
このシステムは、幾つかの実験室単位操作に基づくものであり、また該ロボット
は、遠心分離機、ピペ・ント、キャッピング装置、試料管、チップラツク、微量
滴定プレート(mic+ojile+plale)などの複数個のワークステー
ションを用いている。
このワークステーションは自動化されているが、該システムは種々の欠点を有し
ている。第一に、該システムは、労働集約的なチップラツク、試料管、上清管な
どで構成されていること。第二に、かなりの量の使い捨て材料が用いられている
ので、該システムによるプラスミド精製費用が増大すること。第三に、幾つかの
機械的操作が含まれるので、日常の使用で技術的問題が生じる恐れがあることで
ある。
欧州特許第245945号では、遠心分離操作を用いないで、細胞から核酸を抽
出し精製する核酸自動抽出装置が記載されている。欧州特許第215533号中
に記載された方法において、細胞溶解物を生成し、フェノール系溶媒系を混合し
たのち、相分離を促進するために加熱する。下層の有機相を除去するとともに、
上層の水性相を繰り返し抽出する。最終的に、該水性相を透析することによって
、該核酸溶液を更に精製する。この方法は、末梢リンパ球と肝細胞などの真核細
胞から高分子量DNA(約108ダルトン)を抽出するのに用いられる。従って
、この方法は、染色体DNAを細胞か°・ら抽出する場合に適しているが、該方
法に用いられる単位操作によっては、染色体DNAと染色体外DNAとを効率的
に分離できないので、細菌からプラスミドDNAなどの染色体外DNAを精製す
るのに不適である。
本発明の目的は、これらの欠点を解消した、細菌から染色体外DNAを精製する
装置とその方法とを提供することにある。
この目的を達成するために、本発明に係わる、容器内の細胞懸濁液から染色体外
DNAを精製する自動装置は、細胞懸濁液を容器からチャンバーへ導入する装置
と、該チャンバーの内容物を攪拌する装置と、細胞溶解液を該チャンバーに導入
して、該チャンバー内の細胞を溶解させる装置と、
沈殿液を該チャンバーに導入して、該チャンバー内に染色体DNAと、オプショ
ンとして、蛋白質と菌体残渣とを沈殿させる装置と、
該チャンバーの液体内容物をフィルターを介して回収装置へ移送する装置と、
該回収装置の内容物から染色体外DNAを精製する装置と、
溶解液を該チャンバー内に導入して、該チャンバー内に残留した沈殿物を溶解す
る装置と、
かかる沈殿を溶解したものを排出口へ移送する装置とを具備している。
本発明に係わる、細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製する方法は、
該細胞懸濁液をチャンバーへ導入する工程と、細胞溶解液を該チャンバーに導入
し、該細胞溶解液を該チャンバーの内容物と混合することによって、該チャンバ
ー内の細胞を溶解させる工程と、
沈殿液を該チャンバーに導入して、該沈殿液を該チャンバーの内容物と混合する
ことによって、該チャンバー内に染色体DNAと、オプションとして、蛋白質と
菌体残渣とを沈殿させる工程と、
該チャンバーの内容物をフィルターで濾過し、該液体内容物を回収装置へ移送す
る工程と、
該回収装置の内容物から染色体外DNAを精製する工程と、
溶解液を該チャンバー内に導入し、該チャンバーの内容物と混合することによっ
て、該チャンバー内に残留した沈殿物を溶解する工程と、
かかる沈殿を溶解したものを排出口へ移送する工程とを含有している。
以下、本発明に係わる装置と方法とについて添付図面を参照して詳述する。
第1図は、本発明に係わる装置の一実施態様を示す略ブロック図である。
第2図は、実施例において精製されたプラスミドのゲル電気泳動分析を示してい
る。
第1図のブロック図において、混合チャンバー(1)の周りに本発明の装置が配
置されている。混合チャンバー(1)は、該混合チャンバー(1)の内容物の混
合を促進するために、振動装置または回転装置などの攪拌装置(2)を具備して
いる。更に、該チャンバー(1)は、該チャンバー(1)゛用温度制御装置(3
)を具備している。該温度制御装置! (3)は、該チャンバー(1)と、該チ
ャンバー(1)を包囲するジャケット(図示省略)の間の間隙に加熱液/冷却液
を注入する、電気式温度制御装置を含有することができる。
該チャンバー(1)上部の入口が管路(5)を経て多孔式弁(4)の出口に連結
され、また該チャンバー(1)上部の出口が管路(6)を経て多孔式弁(4)の
入口に連結されている。
該チャンバー(1)上部の出口/入口が管路(8)を経て多孔式弁(7)の入口
/出口に連結しである。
該チャンバー(1)は、該チャンバー(1)内の液面を検出する水位検出器(図
示省略)を具備することができる。
図示の実施態様では、フィルター(35)が該チャンバー(1)の底部に設けら
れている。このフィルター(35)は必ずしも該チャンバー(1)の底部に配置
する必要性はなく、管路(8)内に配置させることもできる。
また、多孔式弁(4)は、管路(lO)を介して加圧空気源(9)に連結される
入口と、管路(12)を経て真空ポンプ(11)に連結される出口とを有してい
る。多孔式弁(4)の別の出口は管路(13)を介して排出口に連゛結されてい
る。
さらに、多孔式弁(4)は、さらに別の入口を管路(15)を介して細胞溶解液
容器(14)に連結させている。この容器(14)は、管路(16)を経て加圧
空気源(9)に連結しであるので加圧されている。
多孔式弁(4)の別の入口は、管路(18)を介して沈殿液容器(17)に連結
しである。この容器(17)は、管路(19)を経て加圧空気源(9)に連結し
であるので加圧されている。
容器(14,17)を加圧する代わりに、ポンプ(図示省略)を用いてそれぞれ
の溶液を圧送することも可能である。
染色体外DNAを精製すべき細胞懸濁液を収容する管またはバイアル(20)を
、自動インジェクターまたは自動サンプラー(211(図中略示)を介して、多
孔式弁(4)の入口に自動的に連結させることができる。複数個のバイアル(2
0)を配置して逐次、染色体外DNAを精製できることを理解すべきである。
図示の実施態様において、多孔式弁(7)が、その入口と出口の間に一定容積の
試料ループ(22)を連結している。
溶解・洗浄液を収容する容器(23)が、管路(24)を介して多孔式弁の入口
に連結しである。この容器(23)も管路(25)を介して加圧空気源(9)に
連結されているので加圧しである。
クロマトグラフィ用ゲル濾過カラム(26)の入口端部が、管路(27)を経て
多孔式弁(7)の出口に連結してあり、またカラム(26)の出口端部は、管路
(29)を介してフラクションコレクター(図示省略)のドリップノズル(28
)に連結しである。精製された染色体外DNAは、ドリップノズル(28)から
該フラクションコレクタのバイアル(30)に滴下・回収させる。複数個のバイ
アル(30)を配置して、細胞懸濁液バイアル(20)に逐次、染色体外DNA
を分取できることを理解すべきである。カラム(26)の出口端部をドリップノ
ズル(28)と排出口のいずれかに連通させるために、二方弁(31)が、カラ
ム(26)の出口端部と該フラクションコレクタ(図示省略)のドリップノズル
(28)とを結ぶ管路内に挿着しである。
クロマトグラフィ用カラム(26)溶出剤が、溶出剤容器(33)から、管路(
34)を介して、多孔式弁(7)の入口へポンプ(32)によって圧送される。
多孔式弁(4,7) と、攪拌装置(2)と、温度制御装置(3)と、サンプラ
ー(21)と、ポンプ(32)と、フラクションコレクタ(符号28.30)は
、それぞれ、公知の方法で制御装W(図示省略)によって制御されている。
次に、バイアル(20)内の細胞懸濁液から染色体外DNAを精製する自動装置
の作動方法について説明する。
細胞懸濁液をバイアル(20)から混合チャンバー(1)へ吸引する。混合チャ
ンバー(1)は、管路(12,6)と、多孔式弁(4)とを介して真空ポンプ(
11)によって予め排気しである。すなわち、細胞懸濁液をサンプラー(21)
によって吸引し、多孔式弁(4)を経て管路(5)を通り混合チャンバー(1)
に導入する。
所望により、細胞懸濁液を混合チャツバ−(1)内のフィルター(35)で濾過
し濃縮することもできる。
次いで、加圧空気源(9)からの加圧空気を利用して、一定量の細胞溶解液を、
細胞溶解液容器(14)から管路(15)、多孔式弁(4)および管路(5)を
経て混合チャンバー(1)に導入する。
続いて、混合チャンバー(1)を攪拌装置(2)によって攪拌することによって
、混合チャンバー(1)内で細胞懸濁液と細胞溶解液とを混合させる。
オプションとして、細胞の溶解中に、温度制御装置(3)によって加熱する。そ
して、混合チャンバー(1)の内容物から染色体DNA、蛋白質および菌体残渣
を沈殿させるために、加圧空気源(9)からの加圧空気を利用して、一定量の沈
殿液を沈殿液容器(7)から管路(18)、多孔式弁(4)および管路(5)を
経て混合チャンバー(1)に導入する。
混合チャンバー(1)を攪拌装置(2)によって攪拌し、さらにオプションとし
て、混合チャンバー(1)を温度制御装置(3)によって冷却したのち、加圧空
気源(9)から管路(10)、多孔式弁(4)および管路(5)を通過した加圧
空気を利用して、混合チャンバー(1)の内容物をフィルター(35)で濾過す
る。混合チャンバー(1)の液体内容物を管路(8)および多孔式弁(7)を経
てループ(22)によって回収すると同時に、沈降させた染色体DNA、蛋白質
および菌体残渣をフィルター(35)上に残留せしめる。
そして、染色体外DNAを精製するために、ループ(22)の内容物がポンプ(
32)によってクロマトグラフィ用カラム(26)へ送られる。
不純物は、弁(31)によって排出されると同時に、純粋な染色体外DNAがド
リップノズル(28)を介してノくイアル(30)内に回収される。
クロマトグラフィ精製を行うと同時に、フィルター(35)と混合チャンバー(
1)内に残留する沈殿物が溶解される。これは、加圧空気源(9)からの加圧空
気を利用して、一定量の溶解・洗浄液が、容器(23)から管路(24)、多孔
式弁(7)および管路(8)を介して混合チャンノ<−(1)へ導入されるため
である。
混合チャンバー(1)を攪拌装置(2)によって攪拌し、沈殿物全体を溶解した
のち、加圧空気源(9)から管路(10)、多孔式弁(4)および管路(5,6
,131を通過した加圧空気を利用して、かかる沈殿を溶解したものを排出口へ
移送する。
そして、混合チャンバー(1)が、サンプラー(21)から次の細胞懸濁液を受
は取って、以上の抽出サイクルが繰り返される。
また、容器(23)からの溶解・洗浄液がポンプ(32)によってカラム(26
)を経て圧送されることから、カラム(26)が再生されるのである。
こうして、カラム(25)も次の精製サイクルのための準備完了となる。カラム
(26)に代えて、DNA沈殿斉1をループ(22)の内容物に加えて、公知の
沈殿方法で染色体外DNAを精製する装置を設けることができる。
また、この染色体外DNAを精製す、る装置は、精製された染色体外DNAをル
ープ(22)の内容物から吸着する、固体吸着用マトリックスなどの吸着装置を
具備することができる。
上記の精製は、別々のチャンノく−または容器(図示省略)内で適当に実施する
ことができる。
実施例
試液R1・ 4%のドデシル硫酸ナトリウム、50 mMのエチレンジアミン四
酢酸
R2・ 0.7Mの水酸化ナトリウム
R3:4.5Mの酢酸ナトリウム、
3Mの酢酸
R4: 0.025 Mのトリス(pit 8゜0)、0.01M のエチ
レンジアミン四酢酸R5・ 0.2Mの水酸化ナトリウム
ES:0.1Mの塩化ナトリウム、
0.001Mのエチレンジアミン四酢酸、0、OIM のトリス(pH8,0
)カラム用充填剤: セフアクIJ ルS−500HR。
「ファルマシア社J (Phau+acia ABIプロセッサ・ LCC−
500,rファルマシア社」(plB4maeia^B)
フラクションコレクタ: FRAC100,rファルマシア社」(Pha+m
5cii AB)
オートマチックφインゼクタ: ^cr、+oO。
[)1アルマシア社J (Pha、rma’cia^B)多孔式弁:MW7およ
びMWII、、「ファルマシア社」(Ph”nnacix AB) 1
攪拌装置: Vo「tex Gen1e 2゜「サイエンチフィツク・インダ
ストリズ」(Scicnlilic 、Indu山1eslポンプ: ヒs+u
、、rファルマシア社J (Pha+macia AH)三方弁: PS’V
−+00.rファルマシア社J (Pha+macia AB)フィルター室・
0.45 μmHVLPミリボアを収容水浴: 2019 Mullih
eal、 「エル・ケー・ビー社J (LKB)水加熱弁: LAPS
約6.35mm(1/4’)、 LTPE 約6.35mmF+/4″)、
rブルケルトJ (B+uke+t)種々の挿入配列を有するプラスミドp
Uc8(ビイラ(Vie+a)およびメシグ(Messig) 、ジーン誌(G
ene)、第19巻、1982年、259−268頁)を含む10種の大腸菌8
8101株(マニアチスはか(mania1口et al) 、モレキュラ・ク
ローニング(Molecularcloning)、ニューヨーク州、コールド
・スプリング・ハーバ−)を−晩培養液(5m1の大豆トリプンン分解ブイヨン
(30g/I Dilco)中で37℃で生育させたもの)をオートインジェク
タ装置に移送した。細胞懸濁液を第1管から該チャンバーへ真空吸引した。空気
圧を加えて該細胞懸濁液をフィルターで濃縮した。その際該フィルターは該細胞
を保持すると同時に、該培地を排出した。検出器を用いて約1.5mlの液が該
チャンバーに残されるように検出した。該チャンバー内の細胞を、繰返断続うず
操作によって再び懸濁させた。
0.61の試液ループに試液R1を装入したのち、試液R1を該チャンバーへ移
送した。試液R2を同様な方法で装入したのち、繰返断続混合によって約50℃
の温度で約3分間溶解した。この細胞溶解中に、染色体DNAが変性し、大きな
RNAと蛋白質とが分解する。次いで、試料ループを試液R4で洗浄したのち、
該試料ループを、前述したように該チャンバーに移送されたR3で充填した。こ
のようにして、蛋白質と染色体DNAとを繰返断続混合によって沈殿させた。細
胞溶解物は、空気圧を利用して、21の試料ループで濾過した。次いで、ポンプ
からセファクリル5−sooを充填したカラムへの溶出液の流れに対して、2m
lのDNA試料を注入した。
プラスミドDNAを排除体積内で溶出し、継続分析または分取作業のために回収
すると同時に、分解したRNAと蛋白質とを保持し、排出口へ移送した。クロマ
トグラフィによる分離操作と平行して、該チャンバーの下方から導入される試液
R5によって該チャンバーを再生した。分離操作の終了時に、カラムを試液R5
で再生した。
残りの9種の試料に対して以上の全サイクルを繰り返し細胞懸濁液を該チャンバ
ーに導入したのち、該チャンバーとカラムとを完全に再生させるまでの全サイク
ルは、10分未満てあった。従って、10種の試料に対する精製は合せて、約9
0分間で、その間、管理と手作業は不要であった。10種類の精製されたプラス
ミドを、1%アガロースゲル電気泳動(「前述したマニアチスはか」(&Lan
1ali+ et al)lによって分析し、その結果を第2図に示す。500
nHの標準型λファージHind m D N A([ファルマシア社J
(Pha++nacia AB)lをマーカー(M)として用いた。合計1.5
mlの精製された試料のうち15μmをゲルに加えた。この結果、10種の試料
の収量がほぼ同一(各試料ごとに20μgを越えるプラスミドDNA)であるこ
とが判明した。
回収されたプラスミドDNAについて、約500 ngの各試料を2本の試験管
に分割し、250 ngを収容する一方の試験管を37℃で60分間インキュベ
ートして、2ユニツトの制限酵素EcoR1fスエーデン国、アップサラ所在の
「ファルマシア社J (Phx+mic目)販売)で切断した(全体積0.0
4m1)。切断前と切断後の該材料を用いて、コンピテント大腸菌HBIOIに
アンピシリン(10mg/11耐性を与えるように形質転換した。この実験の結
果、EcoRlによって切断すると常に収量カ月0%未満に低下することを示し
ている。さらに、この材料が制限分析に直接使用できること、またこの材料が組
換えDNAとして使用できることも示している。
種々の標品間の汚染程度を試験するために、pUC8またはpBIl 322
+ r前述したマニアチスほかJ (Maniatisel al、、11
を含有する一晩培養した大腸菌HBIO+を前述した方法で精製した。pUc8
試料番号1.3.5.7およびpBR322試料番号2.4.6.8に対して自
動精製を行った。切断前のプラスミドをコンピテント大腸菌)1B+01に形質
転換し、かつアンピシリン・プレート上での選択に加えて、テトラサイクリン(
8mg/I)を含有するプレート上で選択した。プラスミドpUC8は、アンピ
シリン耐性だけを与えるのに対して、pBR322は、宿主の細菌に対してアン
ピシリン耐性とテトラサイクリン耐性の双方を与えるものである。この結果、p
[Ic8精製材料について、テトラサイクリン耐性クローンで汚染される程度は
、常に0.1%未満であることを示している。
Fi(JLIre 7
1 2 345.6 78 910M
Figure 2
国際調査報告
i
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1 容器内の細胞懸濁液から染色体外DNAを精製する自動装置であって、 上記細胞懸濁液を容器(20)からチャンバー(1)へ導入する装置(11,2 1,4,5,6)と、上記チャンバー(1)の内容物を撹拌する装置(2)と、 溶解液を上記チャンバー(1)に導入して、上記チャンバー内の細胞を溶解させ る装置(9,15,16,14,15,4,5)と、 沈殿液を上記チャンバー(1)に導入して、上記チャンバー内に染色体DNAと 、オプションとして、蛋白質と菌体残液とを沈殿させる装置(9,19,17, 18,4,5)と、 上記チャンバー(1)の液体内容物をフィルター(35)を介して回収装置(2 2)へ移送する装置(9,10,4,5,8,7)と、 上記回収装置(22)の内容物から染色体外DNAを精製する装置(26)と、 溶解液を上記チャンバー(1)に導入して、上記チャンバー内に残留した沈殿物 を溶解する装置(9,25,23,24,7,8)と、 上記沈殿を溶解したものを排出口へ移送する装置(6,4,13)とを具備する 、染色体外DNAを精製する自動装置。 2 上記チャンバー(1)がフィルター(35)を具備している、請求項1記載 の染色体外DNAを精製する自動装。 3 上記細胞の溶解中に、上記チャンバー(1)の温度を上昇させ、また染色体 DNAと、オプションとして、蛋白質と菌体残渣とを沈殿させる際に、上記チャ ンバー(1)の温度を下げるために、温度制御装置(3)が設けられていること を特徴とする、請求項1記載の染色体外DNAを精製する自動装置。 4 上記装置内の液体の流れを制御するために、真空装置(11)と、加圧空気 装置(9)と、ポンプ装置(32)とが設けられていることを特徴とする、請求 項1記載の染色体外DNAを精製する自動装置。 5 上記コレクタ装置が一定容積のループ(22)を含有している、請求項1記 載の染色体外DNAを精製する自動装置。 6 上記精製装置が、上記コレクタ装置(28)の出口に連結されたクロマトグ ラフィ用ゲル濾過カラム(26)と、上記カラム(26)からの溶出部分を含有 する染色体外DNAを回収する装置(28,30)とを具備している、請求項1 記載の染色体外DNAを精製する自動装置。 7 上記カラム(26)に洗浄液を導入して、上記カラムを洗浄する装置(9, 25,23,24,7,27)が設けられていることを特徴とする、請求項6記 載の染色体外DNAを精製する自動装置。 8 上記精製装置が、上記回収装置(22)の内容物にDNA沈殿剤を添加して 、染色体外DNAを沈殿させる装置を具備している、請求項1記載の染色体外D NAを精製する自動装置。 9 上記精製装置が、上記回収装置(22)の内容物から精製された染色体外D NAを吸着する装置を具備している、請求項1記載の染色体外DNAを精製する 自動装置。 10上記吸着装置が、固体吸着マトリックスを具備している、請求項1記載の染 色体外DNAを精製する自動装置。 11細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製する方法であって、 上記細胞懸濁液をチャンバーへ導入する工程と、溶解液を上記チャンバーに導入 し、上記溶解液を上記チャンバーの内容物と混合することによって、上記チャン バー内の細胞を溶解させる工程と、沈殿液を上記チャンバーに導入して、上記沈 殿液を上記チャンバーの内容物と混合することによって、上記チャンバー内に染 色体DNAと、オプションとして、蛋白質と菌体残渣とを沈殿させる工程と、上 記チャンバーの内容物をフィルターで濾過し、上記液体内容物を回収装置へ移送 する工程と、上記回収装置の内容物から染色体外DNAを精製する工程と、 溶解液を上記チャンバー内に導入し、上記チャンバーの内容物と混合することに よって、上記チャンバー内に残留した沈殿物を溶解する工程と、上記沈殿を溶解 したものを排出口へ移送する工程とを含有する、染色体外DNAを自動精製する 方法。 12上記細胞の溶解中に、上記チャンバーの温度を上昇させ、また染色体DNA と、オプションとして、蛋白質と菌体残渣とを沈殿させる際に、上記チャンバー の温度を下げる工程を含有する、請求項11記載の染色体外DNAを自動精製す る方法。 13真空と圧力とを用いて液体の流れを制御する工程を含有する、請求項11記 載の染色体外DNAを自動精製する方法。
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