JPH0353900A - 淋菌特異性オリゴヌクレオチドゾンデ及び病原性ナイセリア種淋菌の検出法 - Google Patents

淋菌特異性オリゴヌクレオチドゾンデ及び病原性ナイセリア種淋菌の検出法

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JPH0353900A
JPH0353900A JP2182861A JP18286190A JPH0353900A JP H0353900 A JPH0353900 A JP H0353900A JP 2182861 A JP2182861 A JP 2182861A JP 18286190 A JP18286190 A JP 18286190A JP H0353900 A JPH0353900 A JP H0353900A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 産業上の利用分野 本発明は特異性核酸ゾンデ及び病原体淋菌(Neiss
eria gonorrhoeae)の検出法に関する
従来の技術 淋菌は淋疾、すなわち今日なお最も多い届出義務のある
感染症の病原体である(也界保健統計年鑑(World
 IlealLh SLal;istics 八nnu
al)、1979年、Geneva在、llll{0)
。男性の場合生殖器感染は尿道口の膿性炎症及び腫順に
よって認識することができる。この症状は感染事例の9
0%において生じる。未治療の場合この感染は上行し、
数週間後には前立腺炎の徴候を生じる。これに対し女性
の場合には感染事例の50%で何らの症状も生じないか
又は極く僅かな徴候が現れるにすぎない。感染は特に頚
管で生じるが、尿道において.も起こり得る。女性のl
O〜15%ではこの感染は卵管に移行し、その結果特に
不妊症となる可能性がある。男性又は女性の事例の1〜
3%ではこの病原体により全身系の発病が起こり得る。
ずなわち間節炎、心内膜炎及びJI!膜炎を誘発ずる可
能性がある。これらの感染はしばしば無症候的に進行す
ることから、多くの保菌者は知らないうちに病気の蔓延
に加担することになる(デービス(Davis)その他
「マイクロバイオロジー」(旧crobiology)
、Ilarper International Ed
iLion版)。
ナイセリア属は狭い同系のダラム陰性双球菌の1グルー
プであり、これには病原性兼びに非病原性の種が属する
。従って淋菌と、人の粘膜で増殖する他の非病原性種と
の識別は後の治療にとって極めて重要な意味をもつ。従
って淋疾の診断を専ら鏡検によって行う場合には、しば
しば混同する危険性がある。
淋菌の決定的な診断検ju法は培養の使用を前提とする
。しかしこの場合にはしばしば材料の移送及び培養に関
して問題がある.それというのも淋菌はその自己分解的
酵素系により温度変化及び乾燥のような環境の影響に極
めて敏感であるからである。更に潜伏期は少なくとも2
0時間であることから、その培養には時間がかかる。こ
のため病原体の培養並ひに決定的な同定は困難な場合が
あり、従って微生物研究所で実施ずる必要のある事例は
多い。培養した淋菌の分化は炭水化物の分解、酸化酵素
反応、共同凝集反応による抗原検出及び蛍光一抗体一選
別法によって行う。
淋菌を培養するため選択培地を使用するが、これには例
えばナイセリア・ラクタミカ(N.lactamica
 )のような非病原性のナイセリア種も発育する可能性
がある。このことから混同の危険性が生じ、これは精密
で、費用の嵩む生化学分化によってのみ阻止することが
できるにすぎない。従って迅速かつ特異的に淋菌の検出
を行うことのできる診断テストを開発することが試みら
れてきた。
近年病原菌を同定するため、迅速性の観点から核酸雑種
形成の牽引技術が開発された。淋菌に対しても核酸ゾン
デを診断に利用することが試みられている。
診断に使用することのできる核酸ゾンデは2つの判定基
準を満たしていなければならない。
まずこのゾンデは特異性でなければならない。
5 すなわち偽肯定( falsch−posiLive)
試験結果を排除し得るために、被検病原体の核酸とのみ
雑種形成されるべきである。このゾンデはまた敏感でな
ければならない。すなわち核酸雑種形戒により僅かな病
原体をも検出可能であるべきであり、これにより感染の
初期における偽否定(falsch−nBat.ive
 )試験結果を咀止することができる。
数年前からリポソームR N A (  rRN A 
)に対して相補性である核酸−ゾンデを用いて、特異的
に生体を検出し得ることは公知である。この種のゾンデ
は、細胞1個当たり(  rl”jNAの)コピー10
00〜10,000個を有することから感受性が高いと
いう利点を有する。
このrRNA−特異試料を用いて生体を同定する方法は
すでにいくつかの文献に記載されている(欧州特許第0
 155 359号明細書、I’CT WO84/02
721号明細書、欧州特許出願公開第0076 123
号明細書〉。
淋菌に関しても、その配列が16SrRNAの6 部分領域に対して相補的なゾンデを、この病原体の特異
検出のために使用してきた。この場合ゾンデの配列は、
淋菌からのヌクレオチド1544個を有tる16S1・
R N Aの3つの部分領域(ヌクレオチド位=125
〜150、455〜485、980〜1015)からf
1¥たちのであった。」−記の各ゾンデは混合物として
、種々のナイセリア種[淋菌、髄膜炎菌( N.men
ingitidjs) 、ナイセリア・キネレア( N
.cinerca ) 、ナイセリア・ラクタミカ、ナ
イセリア・ムコーザ( N.mucosa )及びナイ
セリア・ザブフラバ(N.subflava) ]及び
キンゲラ・キンガエ(Kingella Kingae
)から分離されたすべてのRNAに対して雑種形成を生
じた。その結果これらの試料は淋菌に対して特異性であ
ると見做されたく欧州特許出願公開第0 272 00
9号明細書)。
このゾンデ混合物を、選択された最も異なる種(下記参
照〉で検査した。その際この公知ゾンデは、非病原性で
はあるが淋菌と極めて近似する種であ、るナイセリア・
デニトリフイカンツ( Neisseria deni
t;rificans )の核酸と雑種形威ずることが
検出された。
発明が解決しようとする課題 従って本発明の課題は、従来公知のrl”jNAゾンデ
とは異なり高められた特異性を有し、これにより病原性
の押を確実に定性的及び定量的に検出することを可能と
する、淋菌用の検出ゾンデを提供ずることにあった。
課題を解決1るための手段 この課題は、オリゴヌクレオチドRS2及びRS3の群
から選択される、淋菌に対して特異性のヌクレオチドー
ゾンデによって解決される。RS2又はRS3のオリゴ
ヌクレオチドは、その配列又はその配列の1部が淋菌の
163 rR N Aの部分領域R2及びR3に対して
相補的であることによって特徴づけられ、これに関して
は第1表に示した通りである。
第1表 領域  淋菌の16s rRNA上のヌクレオチド位R
2        820−860      ATG
TCA八TT八GCTGTTGGGC AACTTGATTG CTTGGTAGCG ゛r R3        65  −  too     
GGACGGC八GCACAGGG八八GC TTGCTTCTCG GGTGGC このゾンデを用いて淋菌の特異検出を達或ずることがで
きる。ナイセリア・デニトリフイ力ンスのような近似の
ナイセリア種との雑種形成並びに他の種との雑種形成は
認められなかった。このゾンデの高い特異性は極めて有
意義である。なぜなら被検物(例えば塗抹標本〉には、
人の粘膜の成・分である多くの非病原性ナイセリア種が
存在し得るからである。この理由から人の粘膜で増殖す
るが、ナイセリア種ではない他の微生物も特異性的に鑑
別された。
特異性に関する特に良好な結果は一定のゾンデで達戒さ
れる。
本発明の特に優れた1実施態様では、淋菌特異性核酸ゾ
ンデとして、その配列が第2表から明らかである18個
又は28個のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド
RS2”又は/及びRS38を使用ずる。
同様に淋菌を検出するために、全領域R2又はR3に対
して相補的でありまたRS2一又はRS3°で示される
核酸−ゾンデを使用ずることが特に有利である。従って
RS2−はヌクレオチド41個の長さをまたRS3”は
ヌクレオチド36個の長さをイfする。
本発明によるゾンデはヌクレオヂド少なくとも14個の
長さであり、その5゜一及び/′又は3′末端に別のヌ
クレオチド、有利には10個までのヌクレオチドを有し
ていてもよい。
この場合ゾンデの付加的なヌクレオチドは任意のヌクレ
オチドであってよいが、l6SrRNAの5′一又は3
゛一末端に存在するヌクレオチドに対して相補的である
ヌクレオチドが有利である。
10 本発明による、淋菌に対して特異性の核酸ゾンデは更に
種々異なる形で存在することもできる。すなわちこのゾ
ンデは一本鎖オリゴヌクレオヂドとして、相補的オリゴ
ヌクレオチドと共に二本鎖オリゴヌクレオチド断片とし
て、又は淋菌からのDNA又はRNAに対する相同性を
有さない他の配列、例えばクローニングベクターと結合
して存在していてもよい。同様に修飾された又は修飾さ
れていないリボヌクレオチド例えばデオキシリボヌクレ
オチドを使用することもできる。この場合例えばM13
のような一木蛸ベクター及び例えばp B R 322
−誘導体のような二本鎖ベクターで異なる可能性がある
。更に一本鎖又は二木鎖形のこの種の試料の配列は互い
に結合していてもよく、この場合にはこれらの配列の2
個又は数個が1つのベクター内に存在することになる。
二本鎖形を使用する場合、実際に検出反応が起こる前に
変性によってゾンデは一本鎖に分離される。
本発明の他の優れた1実施態様では核酸一ゾンデを標識
化する。これば基本的には自体公知のすべての標識化法
により、すなわち放射性同位元素の埋封又は、非放射性
標識化を介しての埋封、例えば修飾されたヌクレオチド
の埋封及び適当な検出系によって可能である。
本発明の他の対象は、少なくともl種の雑種形成可能の
ゾンデを雑押形成条件下で使用しまた雑種形成を検出す
ることにより淋菌を検出する方法であり、これは特異的
検出のために本発明によるオリゴヌクレオチドゾンデの
1つを使用することによって特徴づけられる。
本発明によるオリゴヌクレオチドゾンデは、細菌ゲノム
上のrRNAとまた相応ずるrRNA遺伝子と雑種形成
する。従って本発明による方法では、2つのヌクレオチ
ド型を介して淋菌の存在及び不存在を定量的にまた定性
的に測定することができる。
本発明によるゾンデの少なくとも1つにより雑種形戒を
介して検出する処理は、雑種形成を介して核酸を検出す
るそれ自体公知の方法により実施することができる。D
NA−DNA−m種形成はサウザーン(Souther
n)著”J,14o1、Bio1、、第98巻(197
5).第503頁に初めて記載され、次第に開発された
ものである。すべての適当な核酸一雑種形成バッチ、例
えば固相一雑種形戒、溶液雑種形威、サンドイッチー雑
種形成、二戒分雑種形成を使用することができる。次い
で検出をゾンデの放射性又は非放射性標識化を介して行
う。
本発明によれば上記の核酸一ゾンデを使用することによ
って、被検物中における淋菌の存在及び従って患者の感
染を迅速かつ確実に検出することができる。このために
培養を行うことは必要ない。
実施例 本発明を次の実施例により詳詠する。
例  1 スロットープロット(SloiBIot)装置を用いて
次の種の染色体DNAをそれぞれ装置のスロットにニト
ロセルロースフィルターを介して施13 した: 病原性ナイセリア種: 淋菌:4種の分離菌、 髄膜炎菌=4種の分離菌、 非病原性ナイセリア種: ナイセリア・ラクタミカ=3種の分離菌、ナイセリア・
ムコーザ:3種の分離菌、ナイセリア・サブフラバ、ナ
イセリア・ペルフラバ(N.perflava)、 ナイセリア・シツ力( N.sicca) : 2種の
分離菌ナイセリア−エロンガータ(N.elongat
a)、ナイセリア・キネレア:2種の分離菌、ナイセリ
ア・フラバ(N.flava) : 2種の分離菌ナイ
セリア・デニトリフィカンス。
非ナイセリア・種: インフルエンザ菌(tlaemophilus inf
luenzae)、パラインフルエンザ菌(}!aem
ophilus parainfluenzae)、唾
液レンサ球菌(Streptococcussaliv
arius) 、ミュータンス・レンサ球菌(St.r
cptococcus mutans)、ストレプ1ゝ
コッカス゜1/1 アガラクチx (St;repLococcus ag
alacLiae)、黄色葡萄球菌(SLaphylo
coccus aureus)+表皮葡萄球菌(SLa
phylococcus epidermidis)、
スタロコツカス・ザプ口フィチカス (Staphyl
ococcussapropl+yticus)、大腸
菌(Escherichia coli)、キンゲラ・
キンガエ。
細菌の染色体DNAsの調整は、ステルン(Sシern
)その他著「セルJ (Cell) 37(1984)
 、第447頁に記載されている記録に基づき行った。
このためフィルタを装置に張り、真空にし、個々の記録
点を2×桜街液200 Jiβで湿した(2×緩衝液:
NaCl2モル/β、トリスー+1cI 50mモル/
1、pl−17.5、及びEDTA1mモル/1)。D
NAにトリス−IICI 50mモル/β、pH7,5
及びEDT八5mモル/1の榎街液50μ{を加え、3
分間煮沸して変性させた。引続きバッチを直ちに氷上に
移し、2×緩衝液50μgを加え、この溶液をスロット
にピペットで入れた。スロットを1×緩WI液100μ
g(2×緩衝液を水で1=1に稀釈)で後洗浄し、フィ
ルタを装置木質的に前記の方法により行った(サウザー
ン著”J.l4o1.Bio1、” 9g(1975)
 、第503頁)。
種特5′4性を確認するため合成オリゴヌクレオチドを
種々の細菌種からの、フィルタに結合した染色体DNA
と雑種形威させた。このため各ニトロセルロースフィル
タを2 時間I X V H P内で前雑種形成させた
( 2 x V I−I P :牛の血清アルブミン0
.1%、フイコール(Ficoll) 400,000
  0.1%、ポリビニルプロピリドン0.1%、グリ
セリン1%、NaCI L.Sモル/ (1 、Na2
1IP0450mモル/l及びヘリング精液−D N 
A 10+ng/.l!)。VF{Pに含まれるヘリン
グ精液−DNAは、予め80℃に加熱することによって
変性させた。
雑種形成は雑種形成炉内において42℃で行った。VH
Pを除去し、雑種形成緩衝液( H P )中の32p
一標識化オリゴヌクレオチドー試料によって代えた(H
P : IXVHP及び、ゾンデのGC一含有量に応じ
て0〜30%のホルムアミドを添加)。I{ Pをその
使用前に80’Cに加熱した。少なくとも6時間雑種形
成させた後、フィルタを洗浄桜街液( W P : N
aCI O.36 モル/p. Na211P04 1
0mモル/{、SDS 0.05%)『1コで、まず室
温で2回、次いて42℃で2回洗浄した。
次いで洗浄温度を、試料のGC−含有量に応じて最高6
8℃にまで高めた。実際の最高洗浄温度並びにホルムア
ミド含有量は第2表に示す。この表は更に使用した核酸
−ゾンデRS2”及びRS3・の配列を示す。
第2表 ソンテ   ゾンデの配列  +IPのホルム 洗浄の
符号  5 ’−> 3 ’−   アミド含有 温度
量(%)  (℃〉 RS2”     TACCAAGC八ATCA八GT
TG       O      50RS3’   
  CCACCCGAGAAGCAAGCTTCCCT
GTGCT30     68 フィルタをX線フィルムに曝した。
第3表には種々の核酸ゾンデを病原性、非病原性ナイセ
リア 押及ひ非ナイセリア種と雑種1 7 形戊させた際の結果を示すものである。
第3表 種+1/族      分離菌No.  オリゴヌクレ
オチド RS2’ RS3” 淋菌          74++ 淋菌         514   +   +淋菌 
         r2++ 淋菌         RI6   41髄lε炎菌 
        B 髄膜炎菌          D 髄1模炎+z+         2 − 5髄膜炎菌
          Z ナイセリア・ラクタミカ 1855 ナイセリア・ラクタミカ 2879 ナイセリア・ラクタミカ 3272 ナイセリア・ムコーザ  112 ナイセリア・ムコーザ  114 ナイセリア・ムコーザ  2888 ナイセリア・ザブフラバ 124 ナイセリア・ベルフラバ 120 ナイセリア・シツカ   2844 ナイセリア“・シツカ   118 ナイセリア.エロンガータ 129 ナイセリア・キネレア  126 ナイセリア・キネレア  2l99 ナイセリア・フラバ   122 ナイセリア・フラバ   123 ナイセリア・デニトリフイカンス 2950 インフルエンザ菌    2214−1パラインフルエ
ンザ菌  1207 唾液レンサ球菌 DSl4 20067−1974ミュ
ータンスレンサ球菌 ^TCC 25175 ストレブトコッカス・アガラクチェ DSM  2104 黄色葡萄球菌      i472 表皮葡萄球菌   ATCC 14990スタフイロコ
ッカス・サブロフイチカスATCC  15305 大腸菌         1424 キンゲラ・キンガエATCC 233301′ ”Re
rgey’s 14amual or Systema
t.ic Bacteriology (1984)に
よる分類クリーク( N.R.Kricg).ホルト(
J.G.llolt)(eds)  、lllilli
ams and I’lilkins出版、l′Iaf
timore在、第 288〜298頁。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、淋菌特異性オリゴヌクレオチドゾンデがa)配列: TACCAAGCAA TCAAGTTG を有するオリゴヌクレオチドRS2^* b)配列: CCACCCGAGA AGCAAGCTTC CCT
    GTGCTを有するオリゴヌクレオチドRS3^* c)配列: ACGCTACCAA GCAATCAAGT TGC
    CCAACAGCTAATTGACA T を有するオリゴヌクレオチドRS2^*^*又は/及び d)配列: GCCACCCGAG AAGCAAGCTT CCC
    TGTGCTGCCGTCC を有するオリゴヌクレオチドRS3^*^*であること
    を特徴とする淋菌特異性オリゴヌクレオチドゾンデ。 2、ゾンデがその5′−及び/又は3′−末端に別のヌ
    クレオチドを10個まで有する請求項1記載のゾンデ。 3、ゾンデが修飾された又は修飾されていないリボヌク
    レオチド又はデオキシリボヌクレオチドからなる請求項
    1又は2記載のゾンデ。 4、ゾンデが標識された形で存在する請求項1から3ま
    でのいずれか1項記載のゾンデ。 5、雑種形成可能のゾンデを使用して雑種形成条件下に
    また雑種形成の検出下に病原性ナイセリア種淋菌を検出
    する方法において、請求項1から4までのいずれか1項
    記載のゾンデをその特異性検出のために使用することを
    特徴とする病原性ナイセリア種淋菌の検出法。
JP2182861A 1989-07-14 1990-07-12 淋菌特異性オリゴヌクレオチドゾンデ及び病原性ナイセリア種淋菌の検出法 Expired - Lifetime JPH0630639B2 (ja)

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Application Number Priority Date Filing Date Title
DE3923341A DE3923341A1 (de) 1989-07-14 1989-07-14 Neisseria gonorrhoeae-nachweis
DE3923341.3 1989-07-14

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JP (1) JPH0630639B2 (ja)
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