JPH04135491A - オリゴヌクレオチドおよびそれを用いた非a非b型肝炎ウイルス遺伝子の検出方法 - Google Patents
オリゴヌクレオチドおよびそれを用いた非a非b型肝炎ウイルス遺伝子の検出方法Info
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- JPH04135491A JPH04135491A JP2088452A JP8845290A JPH04135491A JP H04135491 A JPH04135491 A JP H04135491A JP 2088452 A JP2088452 A JP 2088452A JP 8845290 A JP8845290 A JP 8845290A JP H04135491 A JPH04135491 A JP H04135491A
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
〔産業上の利用分野〕
本発明は、オリゴヌクレオチドおよびそれを用いた非A
非B型肝炎ウィルス遺伝子の検出方法に関する。
非B型肝炎ウィルス遺伝子の検出方法に関する。
ウィルス性肝炎のうちA型肝炎およびB型肝炎と呼ばれ
るものはその原因ウィルスが見い出され、現在では免疫
学的な方法による診断がすでになされている。一方、輸
血後に発症するA型でもB型でもない肝炎、いわゆる非
A非B型肝炎は慢性化し、高い確率で肝硬変または肝癌
に移行するにもかかわらず、長い間その原因ウィルスが
分離、同定できなかった。そのため非A非B型肝炎は現
在、輸血後肝炎の90%以」二を占めると言われており
大きな社会的問題となっている。この非A非B型肝炎関
連の抗原抗体検出系の作成は、多くの研究者によって試
みられてきたが、その大半は明確なものとはなり得てい
なかった。従って、非A非B型肝炎の診断は原因の明ら
かな種々の病因の排除試験の結果に頼っていた。
るものはその原因ウィルスが見い出され、現在では免疫
学的な方法による診断がすでになされている。一方、輸
血後に発症するA型でもB型でもない肝炎、いわゆる非
A非B型肝炎は慢性化し、高い確率で肝硬変または肝癌
に移行するにもかかわらず、長い間その原因ウィルスが
分離、同定できなかった。そのため非A非B型肝炎は現
在、輸血後肝炎の90%以」二を占めると言われており
大きな社会的問題となっている。この非A非B型肝炎関
連の抗原抗体検出系の作成は、多くの研究者によって試
みられてきたが、その大半は明確なものとはなり得てい
なかった。従って、非A非B型肝炎の診断は原因の明ら
かな種々の病因の排除試験の結果に頼っていた。
最近、血液伝ばん性非A非B型肝炎に感染しているチン
パンジーの血漿から非A非B型肝炎ウィルスの遺伝子が
単離され、同定がなされ、その遺伝子の核酸配列と推定
されるものの一部はすでに明らかにされている〔サイエ
ンス(Science)、第244巻、359頁(19
88年);サイエンス、第244巻、362頁(198
8年);およびヨーロッパ特許第0318216号明細
書参照]。一方、本発明者らの一人を含む数人によって
非A非B型肝炎ウィルス保持者と思われる人の血清から
上記の遺伝子とは核酸配列の異なるウィルス遺伝子が単
離され、同定されたことが報告されている [ガストロ
エンテロロシア1ジヤポニカ(Gastroenter
ologia Japonica) 、第24巻、第5
号、第540頁(1989年);ガストロエンテロロシ
ア・ジャポニカ、第24巻、第5号、第545頁(19
89年)および内科、第64巻、第6号、第1022頁
(1989年)参照1゜〔発明が解決しようとする課題
〕 非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の発見により、この遺伝
子をもとに作成した組換え抗原を用いれば抗体検査が可
能となる。すなわち、非A非B型肝炎ウィルスに感染す
れば抗体が生じるた必、これらの抗体テストキットを用
いれば非A非B型肝炎ウィルスに対する抗体の保持者は
明らかとなり、この抗体保持者の血液を輸血に供する血
液から除外することによりかなりの割合で輸血後非A非
B型肝炎に感染することが防御しうると考えられる。
パンジーの血漿から非A非B型肝炎ウィルスの遺伝子が
単離され、同定がなされ、その遺伝子の核酸配列と推定
されるものの一部はすでに明らかにされている〔サイエ
ンス(Science)、第244巻、359頁(19
88年);サイエンス、第244巻、362頁(198
8年);およびヨーロッパ特許第0318216号明細
書参照]。一方、本発明者らの一人を含む数人によって
非A非B型肝炎ウィルス保持者と思われる人の血清から
上記の遺伝子とは核酸配列の異なるウィルス遺伝子が単
離され、同定されたことが報告されている [ガストロ
エンテロロシア1ジヤポニカ(Gastroenter
ologia Japonica) 、第24巻、第5
号、第540頁(1989年);ガストロエンテロロシ
ア・ジャポニカ、第24巻、第5号、第545頁(19
89年)および内科、第64巻、第6号、第1022頁
(1989年)参照1゜〔発明が解決しようとする課題
〕 非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の発見により、この遺伝
子をもとに作成した組換え抗原を用いれば抗体検査が可
能となる。すなわち、非A非B型肝炎ウィルスに感染す
れば抗体が生じるた必、これらの抗体テストキットを用
いれば非A非B型肝炎ウィルスに対する抗体の保持者は
明らかとなり、この抗体保持者の血液を輸血に供する血
液から除外することによりかなりの割合で輸血後非A非
B型肝炎に感染することが防御しうると考えられる。
しかしながら、輸血による感染防御は抗体を用いること
により可能であっても、非A非B型肝炎自体の診断にお
いては、該ウィルスの存在を直接判定することができれ
ば、その診断がより正確なものとなることは言うまでも
ない。
により可能であっても、非A非B型肝炎自体の診断にお
いては、該ウィルスの存在を直接判定することができれ
ば、その診断がより正確なものとなることは言うまでも
ない。
このようなウィルスを検出する方法としては、船釣には
免疫学的手法が用いられるが、非A非B型肝炎ウィルス
はその存在量が少ないため検出限界以下となり、免疫学
的手法は有効な検出手段とはなり得ていなかった。また
遺伝子を用いた検出方法としては、検体中の標的とする
遺伝子とハイブリダイズするに充分な長さを持った相補
的な標識化された核酸配列をプローブとして用いる方法
が知られているが、非A非B型肝炎ウィルスのように目
的遺伝子が微量にしか存在しない場合には有効な手段と
はなり得ない。
免疫学的手法が用いられるが、非A非B型肝炎ウィルス
はその存在量が少ないため検出限界以下となり、免疫学
的手法は有効な検出手段とはなり得ていなかった。また
遺伝子を用いた検出方法としては、検体中の標的とする
遺伝子とハイブリダイズするに充分な長さを持った相補
的な標識化された核酸配列をプローブとして用いる方法
が知られているが、非A非B型肝炎ウィルスのように目
的遺伝子が微量にしか存在しない場合には有効な手段と
はなり得ない。
近年、サイキ(Saiki)らによる遺伝子断片の増幅
技術が知られており、増幅させた遺伝子断片を用いて検
出する方法が種々試みられている。しかし、増幅に際し
ては目的とする遺伝子配列のどの部分を用いてもよい訳
ではなく、増幅されやすい部分とされにくい部分、非特
異的な増幅を起こす部分とそうでない部分とがある。
技術が知られており、増幅させた遺伝子断片を用いて検
出する方法が種々試みられている。しかし、増幅に際し
ては目的とする遺伝子配列のどの部分を用いてもよい訳
ではなく、増幅されやすい部分とされにくい部分、非特
異的な増幅を起こす部分とそうでない部分とがある。
例えば、非A非B型肝炎ウィルスの構造タンパク質の一
部を構成するC−100抗原(非A非B型肝炎ウィルス
遺伝子の33571目−4445番目の核酸配列に相当
するアミノ酸配列を有するペプチド)をコードする遺伝
子の核酸配列に相当する部分を用いて、非A非B型肝炎
ウィルス遺伝子に特異的な核酸配列を増幅させることが
できたことが報告されている(ヨーロッパ特許第031
8216号明細書参照)。しかしながら、本発明者らが
上記の非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の核酸配列を用い
て数種の非A非B型肝炎ウィルス抗体陽性者の血清中に
存在するウィルス遺伝子の核酸配列の増幅および検出を
試みたが、後述の参考例で示すように、非A非B型肝炎
ウィルスにのみ特異的な核酸配列の増幅を8忍めること
ができなかった。
部を構成するC−100抗原(非A非B型肝炎ウィルス
遺伝子の33571目−4445番目の核酸配列に相当
するアミノ酸配列を有するペプチド)をコードする遺伝
子の核酸配列に相当する部分を用いて、非A非B型肝炎
ウィルス遺伝子に特異的な核酸配列を増幅させることが
できたことが報告されている(ヨーロッパ特許第031
8216号明細書参照)。しかしながら、本発明者らが
上記の非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の核酸配列を用い
て数種の非A非B型肝炎ウィルス抗体陽性者の血清中に
存在するウィルス遺伝子の核酸配列の増幅および検出を
試みたが、後述の参考例で示すように、非A非B型肝炎
ウィルスにのみ特異的な核酸配列の増幅を8忍めること
ができなかった。
このように、増幅遺伝子を用いる方法は、非A非B型肝
炎ウィルスのように検体中に微量にしか存在しないウィ
ルスを検出する場合には、−船釣には有益な方法ではあ
るが、該遺伝子を特異的にかつ大量に増幅できる部位を
発見することが重要であり、そのためにどのようなプラ
イマーを作製するかが検出の成否の要となっている。
炎ウィルスのように検体中に微量にしか存在しないウィ
ルスを検出する場合には、−船釣には有益な方法ではあ
るが、該遺伝子を特異的にかつ大量に増幅できる部位を
発見することが重要であり、そのためにどのようなプラ
イマーを作製するかが検出の成否の要となっている。
非A非B型肝炎の診断方法の確立は、医療上急務とされ
ており、そのため当該技術分野では該ウィルスを特異的
に検出するためのプライマーの作一 製が強く要請され、これまで種々の試みがなされている
が、未だ満足できるものは見い出されていないのが実情
である。
ており、そのため当該技術分野では該ウィルスを特異的
に検出するためのプライマーの作一 製が強く要請され、これまで種々の試みがなされている
が、未だ満足できるものは見い出されていないのが実情
である。
本発明の1つの目的は、非A非B型肝炎ウィルスを特異
的に検出するためのプライマーとして利用できる特定の
オリゴヌクレオチドを提供することにある。
的に検出するためのプライマーとして利用できる特定の
オリゴヌクレオチドを提供することにある。
本発明の他の1つの目的は、そのようなオリゴヌクレオ
チドをプライマーとして用いて特定の核酸断片を増幅し
、増幅した該断片を検出することによる非A非B型肝炎
ウィルスの検出方法を提供することにある。
チドをプライマーとして用いて特定の核酸断片を増幅し
、増幅した該断片を検出することによる非A非B型肝炎
ウィルスの検出方法を提供することにある。
本発明者らは、上記目的を達成すべく種々研究を重ねた
結果、非A非B型肝炎ウィルスのある特定部分に相補的
な部分および該部分に更に相補的な部分に含まれる特定
のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いることに
より、非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の特異的な増幅が
可能となることを見い出し、さらに研究を重ねて本発明
を完成するに至った。
結果、非A非B型肝炎ウィルスのある特定部分に相補的
な部分および該部分に更に相補的な部分に含まれる特定
のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いることに
より、非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の特異的な増幅が
可能となることを見い出し、さらに研究を重ねて本発明
を完成するに至った。
即ち、本発明は下記の(a)もしくは(5)配列からな
るオリゴヌクレオチド、または(a)もしくは(b)配
列のうち、それぞれ(a)配列においては、少なくとも
TAATCTGATAを、(b)配列においては、少な
くともGCCAGCAAT&を一部に有する15〜49
個の塩基からなる(a)配列断片または(b)配列断片
であるオリゴヌクレオチドに関する。
るオリゴヌクレオチド、または(a)もしくは(b)配
列のうち、それぞれ(a)配列においては、少なくとも
TAATCTGATAを、(b)配列においては、少な
くともGCCAGCAAT&を一部に有する15〜49
個の塩基からなる(a)配列断片または(b)配列断片
であるオリゴヌクレオチドに関する。
(a) : CTCCTTTTTCTAATCTGA
TA TGCGTCCTTCCTTCCCTCCCGG
TTCCAGTT(b):Aへ〇へAAへへAA G
GGAG八八G[へへ AGC八八へへG八GへAへ
CCGAAAA CGACACAC八Cまた、本発へ
は(a)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)
配列断片であるオリゴヌクレオチドを一方のプライマー
とし、かつ(b)配列からなるオリゴヌクレオチドまた
は(5)配列断片であるオ+) −1ヌクレオチドを他
方のプライマーとして用いてDNAの複製反応を繰り返
すことにより、上記のオリゴヌクレオチドの伸長物同士
のハイブリッドを増幅することを特徴きする増幅工程2
、増幅された該ハイブリッドを検出する工程を有するこ
とを特徴とする非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の検出方
法に関する。そして、該増幅工程としては、更に具体的
には下記の(イ)〜(ト)の工程からなる。
TA TGCGTCCTTCCTTCCCTCCCGG
TTCCAGTT(b):Aへ〇へAAへへAA G
GGAG八八G[へへ AGC八八へへG八GへAへ
CCGAAAA CGACACAC八Cまた、本発へ
は(a)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)
配列断片であるオリゴヌクレオチドを一方のプライマー
とし、かつ(b)配列からなるオリゴヌクレオチドまた
は(5)配列断片であるオ+) −1ヌクレオチドを他
方のプライマーとして用いてDNAの複製反応を繰り返
すことにより、上記のオリゴヌクレオチドの伸長物同士
のハイブリッドを増幅することを特徴きする増幅工程2
、増幅された該ハイブリッドを検出する工程を有するこ
とを特徴とする非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の検出方
法に関する。そして、該増幅工程としては、更に具体的
には下記の(イ)〜(ト)の工程からなる。
(イ)検体中の標的ヌクレオチド(RNA)に対し、(
a)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)配列
断片であるオリゴヌクレオチドをプライマーとし、4種
の異なったヌクレオシドトリフオスフェートを逆転写酵
素と反応させることにより、該オリゴヌクレオチドの伸
長物(伸長物(a))−RNAハイブリッドを作成する
こと。
a)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)配列
断片であるオリゴヌクレオチドをプライマーとし、4種
の異なったヌクレオシドトリフオスフェートを逆転写酵
素と反応させることにより、該オリゴヌクレオチドの伸
長物(伸長物(a))−RNAハイブリッドを作成する
こと。
(ロ)工程(イ)で得られたハイブリッドから伸長物(
a)を遊離させること。
a)を遊離させること。
(b)工程(ロ)で得られた伸長物(a)を鋳型とし、
(b)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(b)配
列断片であるオリゴヌクレオチドをプライマーとし、4
種の異なったヌクレオシドトリフオスフェートをDNA
ポリメラーゼと反応させることにより伸長物(a)−該
オリゴヌクレオチドの伸長物(伸長物(b))ハイブリ
ッドを作成すること。
(b)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(b)配
列断片であるオリゴヌクレオチドをプライマーとし、4
種の異なったヌクレオシドトリフオスフェートをDNA
ポリメラーゼと反応させることにより伸長物(a)−該
オリゴヌクレオチドの伸長物(伸長物(b))ハイブリ
ッドを作成すること。
(ニ)工程(b)で得られた伸長物(a)−伸長物ら〕
ハイブリッドから伸長物(a)および伸長物(b)をそ
れぞれ遊離させること。
ハイブリッドから伸長物(a)および伸長物(b)をそ
れぞれ遊離させること。
(ホ)工程(ニ)で得られた伸長物〔日を鋳型とし、(
a)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)配列
断片であるオリゴヌクレオチドをプライマーとし、4種
の異なったヌクレオシドトリフオスフェートをDNAポ
リメラーゼと反応させることにより、伸長物(a)−伸
長物(b)ハイブリッドを作成すること。
a)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)配列
断片であるオリゴヌクレオチドをプライマーとし、4種
の異なったヌクレオシドトリフオスフェートをDNAポ
リメラーゼと反応させることにより、伸長物(a)−伸
長物(b)ハイブリッドを作成すること。
(へ)工程(ホ)で得られたハイブリッドをそれぞれ遊
離させること。
離させること。
(ト)必要に応じ、工程(b)〜(へ)を繰り返し実施
することによって伸長物(a)−伸長物(b)ハイブリ
ッドを増幅させること。
することによって伸長物(a)−伸長物(b)ハイブリ
ッドを増幅させること。
本発明においてプライマーとしては、非A非B型肝炎ウ
ィルス遺伝子に含まれる核酸配列と相補的であり、かつ
ハイブリダイズするに充分な長さを有した上記の(a)
配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)配列断片
である15〜49個の塩基からなるオリゴヌクレオチド
を一方のプライマーとし、また、それらをプライマーと
して伸長させた結果生じるオリゴヌクレオチドの伸長物
(伸長物(a))と相補的なオリゴヌクレオチドとして
の(b)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(b)
配列断片である15〜49個の塩基からなるオリゴヌク
レオチドを他方のプライマーとして用いる。本発明でプ
ライマーとして用いるオリゴヌクレオチドは、特異性、
検出感度等からみて、少なくとも15塩基以上、好まし
くは20〜30塩基程度のヌクレオチド断片がよい。こ
れらのプライマーは、通常のDNA合成方法により容易
に作成することができる。また、このようにして作成さ
れるプライマー間の増幅領域としては通常、160〜1
87塩基であり、例えば、次のものが挙げられる。
ィルス遺伝子に含まれる核酸配列と相補的であり、かつ
ハイブリダイズするに充分な長さを有した上記の(a)
配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)配列断片
である15〜49個の塩基からなるオリゴヌクレオチド
を一方のプライマーとし、また、それらをプライマーと
して伸長させた結果生じるオリゴヌクレオチドの伸長物
(伸長物(a))と相補的なオリゴヌクレオチドとして
の(b)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(b)
配列断片である15〜49個の塩基からなるオリゴヌク
レオチドを他方のプライマーとして用いる。本発明でプ
ライマーとして用いるオリゴヌクレオチドは、特異性、
検出感度等からみて、少なくとも15塩基以上、好まし
くは20〜30塩基程度のヌクレオチド断片がよい。こ
れらのプライマーは、通常のDNA合成方法により容易
に作成することができる。また、このようにして作成さ
れるプライマー間の増幅領域としては通常、160〜1
87塩基であり、例えば、次のものが挙げられる。
AAAGGG八GAA へGC[:AGCAATG
GAGAAGCCGA AAACGACAC八TTT
CCCTへTT CGGTCGTT八CCTCへTC
GGCT TTTGCTGTGTCACA八G八八八
CA八八GG八GへTへへへへへへへ八八へ八八 へへ
へへへへへCGGGTGTTCTTTG TTT[:
CTCC八T へGTTTCTTTTT CTTTT
TTG[:C上記の(a)配列からなるオリゴヌクレオ
チドまたは(a)配列断片であるオリゴヌクレオチドを
プライマーとして用い、非A非B型肝炎ウィルス遺伝子
を特異的に増幅させるためには、まず検体1=l−11
ご存在する非A非B型肝炎ウィルス核酸(RNA)の抽
出が行なわれる。
GAGAAGCCGA AAACGACAC八TTT
CCCTへTT CGGTCGTT八CCTCへTC
GGCT TTTGCTGTGTCACA八G八八八
CA八八GG八GへTへへへへへへへ八八へ八八 へへ
へへへへへCGGGTGTTCTTTG TTT[:
CTCC八T へGTTTCTTTTT CTTTT
TTG[:C上記の(a)配列からなるオリゴヌクレオ
チドまたは(a)配列断片であるオリゴヌクレオチドを
プライマーとして用い、非A非B型肝炎ウィルス遺伝子
を特異的に増幅させるためには、まず検体1=l−11
ご存在する非A非B型肝炎ウィルス核酸(RNA)の抽
出が行なわれる。
血漿からのRNAの抽出方法としては、例えばプラトレ
イ (Bradley、口、1ll)らの方法〔ガスト
ロエンテロロジ−(GaStroenterology
) 、第88巻、773−779頁、1985年〕、グ
アニジン・チオシアネート、酢酸ソーダ等を添加したの
ち、フェノールおよびクロロホルム/イソアミルアルコ
ールで抽出するチャメジンスキー(P、Chamezy
nski) らの方法〔アナリティカル オブ バイオ
ケミストリー (Anal、 Biochem、) 、
第162巻、156頁、1987年〕、ショ糖密度勾配
遠心法により沈澱物を得、該沈澱物をグアニシンチオシ
アネートに溶解して得られた溶液をフェノール/クロロ
ホルム/イソアミルアルコールで抽出する有高らの方法
〔モダンメディシン、第17巻、91頁、1988年〕
等が用いられる。
イ (Bradley、口、1ll)らの方法〔ガスト
ロエンテロロジ−(GaStroenterology
) 、第88巻、773−779頁、1985年〕、グ
アニジン・チオシアネート、酢酸ソーダ等を添加したの
ち、フェノールおよびクロロホルム/イソアミルアルコ
ールで抽出するチャメジンスキー(P、Chamezy
nski) らの方法〔アナリティカル オブ バイオ
ケミストリー (Anal、 Biochem、) 、
第162巻、156頁、1987年〕、ショ糖密度勾配
遠心法により沈澱物を得、該沈澱物をグアニシンチオシ
アネートに溶解して得られた溶液をフェノール/クロロ
ホルム/イソアミルアルコールで抽出する有高らの方法
〔モダンメディシン、第17巻、91頁、1988年〕
等が用いられる。
これらの方法により目的とする非A非B型肝炎ウィルス
遺伝子を単離することができる。
遺伝子を単離することができる。
ついで、得られたRNAを用いて、先の工程(イ)〜(
ト)の反応を行なう。
ト)の反応を行なう。
工程(イ)において、逆転写酵素としては、例えば、ラ
イフサイエンス社製の逆転写酵素など汎用のものが用い
られる。プライマーをハイブリダイズさせるアニーリン
グ操作は、通常37〜60℃の範囲の温度、好ましくは
55〜60℃の範囲の温度で1〜3分間、好ましくは1
〜2分間行なわれる。
イフサイエンス社製の逆転写酵素など汎用のものが用い
られる。プライマーをハイブリダイズさせるアニーリン
グ操作は、通常37〜60℃の範囲の温度、好ましくは
55〜60℃の範囲の温度で1〜3分間、好ましくは1
〜2分間行なわれる。
伸長物(a)を取得するた必の伸長反応は、通常70〜
73℃の範囲の温度、好ましくは72〜73℃の範囲の
温度で、1〜3分間、好ましくは1〜2分間実施される
。
73℃の範囲の温度、好ましくは72〜73℃の範囲の
温度で、1〜3分間、好ましくは1〜2分間実施される
。
工程(ロ)、(ニ)および(へ)での伸長物の遊離は種
々の公知の方法により行なわれるが、熱変性により行な
うのが好ましい。熱変性は通常90〜95℃の範囲の温
度、好ましくは94〜95℃の範囲の温度で1〜3分間
、好ましくは1〜2分間加熱することにより行なわれる
。
々の公知の方法により行なわれるが、熱変性により行な
うのが好ましい。熱変性は通常90〜95℃の範囲の温
度、好ましくは94〜95℃の範囲の温度で1〜3分間
、好ましくは1〜2分間加熱することにより行なわれる
。
工程(b)および(ホ)において、DNAポリメラーゼ
としては公知の耐熱性DNAポリメラーゼが用いられ、
例えば、宝酒造株式会社製のDNAポリメラーゼなどが
用いられる。プライマーのアニーリング操作および伸長
反応は上記の工程(イ)の場合と同様にして行なわれる
。これら工程(b)〜(へ)の反応を1ザイクルとし、
通常15〜50回、好ましくは25〜50回程度繰り返
して実施する。
としては公知の耐熱性DNAポリメラーゼが用いられ、
例えば、宝酒造株式会社製のDNAポリメラーゼなどが
用いられる。プライマーのアニーリング操作および伸長
反応は上記の工程(イ)の場合と同様にして行なわれる
。これら工程(b)〜(へ)の反応を1ザイクルとし、
通常15〜50回、好ましくは25〜50回程度繰り返
して実施する。
増幅された遺伝子の検出方法としては、工程(b)〜(
へ)の反応を繰り返し行なって得られた反応混合液をメ
ンブレンにドツトブロッティングするか、または電気泳
動的手法で分離後メンブレンにブロッティングしたのち
、予想される増幅領域の一部でかつ、プライマーと重複
しない核酸配列の標識体をプローブとして用いるか、ま
たは増幅遺伝子の一部を例えばpHc−19等のプラス
ミドに組み込んだのち、標識したものをプローブとして
用いる。標識方法としては、例えばラジオアイソトープ
標識法、ビオチン標識法、蛍光標識法、ヂゴキシゲニン
標識法その他の公知の方法が用いられる。これらの方法
で標識化した一本鎖D N Aを、ブロッティングした
ザンプルにハイブリダイズする条件下で作用させる。そ
の後、通常の検出方法により目的とする非A非B型肝炎
ウィルス遺伝子を検出することができる。また、増幅遺
伝子を電気泳動的手法で分離後、エチジウムブロマイド
により染色することにより、標識プローブとハイブリダ
イズさせることなく検出することもできる。
へ)の反応を繰り返し行なって得られた反応混合液をメ
ンブレンにドツトブロッティングするか、または電気泳
動的手法で分離後メンブレンにブロッティングしたのち
、予想される増幅領域の一部でかつ、プライマーと重複
しない核酸配列の標識体をプローブとして用いるか、ま
たは増幅遺伝子の一部を例えばpHc−19等のプラス
ミドに組み込んだのち、標識したものをプローブとして
用いる。標識方法としては、例えばラジオアイソトープ
標識法、ビオチン標識法、蛍光標識法、ヂゴキシゲニン
標識法その他の公知の方法が用いられる。これらの方法
で標識化した一本鎖D N Aを、ブロッティングした
ザンプルにハイブリダイズする条件下で作用させる。そ
の後、通常の検出方法により目的とする非A非B型肝炎
ウィルス遺伝子を検出することができる。また、増幅遺
伝子を電気泳動的手法で分離後、エチジウムブロマイド
により染色することにより、標識プローブとハイブリダ
イズさせることなく検出することもできる。
非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の遺伝子増幅において、
本発明のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる
ことにより、検体中に含まれる非A非B型肝炎ウィルス
由来の核酸配列を特異的に増幅させることができる。
本発明のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる
ことにより、検体中に含まれる非A非B型肝炎ウィルス
由来の核酸配列を特異的に増幅させることができる。
従って、本発明によりこれまで検体中に微量にしか存在
しないため検出が困難であった非A非B型肝炎ウィルス
の存在を、より簡単に、かつより特異的に検出すること
が可能となった。
しないため検出が困難であった非A非B型肝炎ウィルス
の存在を、より簡単に、かつより特異的に検出すること
が可能となった。
また、本発明の一方のオリゴヌクレオチドをプライマー
として用いることにより非A非B型肝炎ウィルスの核酸
配列を特異的に伸長し、逆転写産物を得、この逆転写産
物を他方のオリゴヌクレオチドをプローブとして用い、
先のオリゴヌクレオチド伸長物から非A非B型肝炎ウィ
ルスに特異的な配列を見い出すことができる。従って、
本発明により非A非B型肝炎ウィルスの新規な核酸配列
を見い出すことが可能である。
として用いることにより非A非B型肝炎ウィルスの核酸
配列を特異的に伸長し、逆転写産物を得、この逆転写産
物を他方のオリゴヌクレオチドをプローブとして用い、
先のオリゴヌクレオチド伸長物から非A非B型肝炎ウィ
ルスに特異的な配列を見い出すことができる。従って、
本発明により非A非B型肝炎ウィルスの新規な核酸配列
を見い出すことが可能である。
以下に、実施例により本発明を具体的に説明するが、本
発明はこれら実施例により何ら限定されるものではない
。
発明はこれら実施例により何ら限定されるものではない
。
実施例 1
非A非B型肝炎ウィルス抗体陽性者血清10m1から常
法により抽出したRNAのイソプロパツール溶液にその
1/10容量の3M酢酸すトリウム溶液(pH5)を添
加し、水冷下15000rpmで15分間遠心処理した
。得られた沈澱物を1 mM−BDT八を含む10mM
−)リス緩衝液 (Tロバッファー)10μmに溶解し
、この溶液をRNA画分とした。このRNA画分1μm
、50mMの塩化カリウムを含む100mM ) ’
Jス塩酸緩衝液(pH8,3;アニーリングバッファー
)0.5μmおよび一方のプライマーとしてCTCCT
TTTTCTAATCTGAT八 を、他方のプライマ
ーとしてA^AGGGAGAA GCCAGCAATG
を各0.7μg用い、逆転写酵素(ライフサイエン
ス社製 20[1/ml) 0.5μm、逆転写酵素バ
ッファー(組成: 450mM ) IJスス−酸バッ
フ 7−、 pH8,3,375mM塩化カリウム、6
0mM塩化マグネシウム) 2 μl 、100mM
ヂチオスレイトール2 μl 、2mM dNTP m
ix、 2 μm ′J6よび蒸留水で20μmとし、
この溶液を43℃で1時間反応させたのち、反応混合液
に緩衝液(組成:1mM )リスー塩酸バッフy 、
pi(8,3,420mM塩化カリウム、3mM塩化
マグネシウム、0.1%ゼラチン) 10μIを加え、
ポリメラーゼ(宝酒造株式会社製)および2 mM d
NTP mix、を用いて94℃で1分間(変性工程)
、55℃で2分間(アニーリング工程)、72℃で1分
間(伸長工程)のサイクルを50回繰り返し、最後に7
2℃で7分間反応させたのち、反応を停止した。反応混
合液をアクリルアミドゲル電気泳動に付し、エチジウム
ブロマイドで染色したところ、DNAマーカーであるφ
x174のHae III消化物の118bpと194
bpの間に明確なバンドを認めることができた(第1図
の(a)および(b))。他の各マーカーの泳動距離を
測定して得られた検量線から、このものは予想された増
幅領域の長さに相当する180bpと計算された。
法により抽出したRNAのイソプロパツール溶液にその
1/10容量の3M酢酸すトリウム溶液(pH5)を添
加し、水冷下15000rpmで15分間遠心処理した
。得られた沈澱物を1 mM−BDT八を含む10mM
−)リス緩衝液 (Tロバッファー)10μmに溶解し
、この溶液をRNA画分とした。このRNA画分1μm
、50mMの塩化カリウムを含む100mM ) ’
Jス塩酸緩衝液(pH8,3;アニーリングバッファー
)0.5μmおよび一方のプライマーとしてCTCCT
TTTTCTAATCTGAT八 を、他方のプライマ
ーとしてA^AGGGAGAA GCCAGCAATG
を各0.7μg用い、逆転写酵素(ライフサイエン
ス社製 20[1/ml) 0.5μm、逆転写酵素バ
ッファー(組成: 450mM ) IJスス−酸バッ
フ 7−、 pH8,3,375mM塩化カリウム、6
0mM塩化マグネシウム) 2 μl 、100mM
ヂチオスレイトール2 μl 、2mM dNTP m
ix、 2 μm ′J6よび蒸留水で20μmとし、
この溶液を43℃で1時間反応させたのち、反応混合液
に緩衝液(組成:1mM )リスー塩酸バッフy 、
pi(8,3,420mM塩化カリウム、3mM塩化
マグネシウム、0.1%ゼラチン) 10μIを加え、
ポリメラーゼ(宝酒造株式会社製)および2 mM d
NTP mix、を用いて94℃で1分間(変性工程)
、55℃で2分間(アニーリング工程)、72℃で1分
間(伸長工程)のサイクルを50回繰り返し、最後に7
2℃で7分間反応させたのち、反応を停止した。反応混
合液をアクリルアミドゲル電気泳動に付し、エチジウム
ブロマイドで染色したところ、DNAマーカーであるφ
x174のHae III消化物の118bpと194
bpの間に明確なバンドを認めることができた(第1図
の(a)および(b))。他の各マーカーの泳動距離を
測定して得られた検量線から、このものは予想された増
幅領域の長さに相当する180bpと計算された。
実施例2
実施例1における増幅領域に相当する部分のCCTGG
GTTAT TTGTTGC[:GT からなるオリ
ゴヌクレオチドを5°末端標識法(メガラベルキット、
宝酒造株式会社製)によりRI (”P−ATP、ア
マジャム社製)標識化し、標識プローブを作成した。
GTTAT TTGTTGC[:GT からなるオリ
ゴヌクレオチドを5°末端標識法(メガラベルキット、
宝酒造株式会社製)によりRI (”P−ATP、ア
マジャム社製)標識化し、標識プローブを作成した。
実施例1で増幅され、アガロースゲル電気泳動で分離さ
れた増幅産物をナイロン膜(bイボンドN1アマジャム
社製)に転写(サザンブロッテイング)し、さきの標識
プローブと4 X5SC,2xDenhardtおよび
0.5%SDSからなる溶液中で反応させた。
れた増幅産物をナイロン膜(bイボンドN1アマジャム
社製)に転写(サザンブロッテイング)し、さきの標識
プローブと4 X5SC,2xDenhardtおよび
0.5%SDSからなる溶液中で反応させた。
そののち非特異的吸着物を除くた必に2XSSCと1%
SO3とからなるバッファーおよび0.lX5SCで順
次洗浄したのち、得られた膜をイメージアナライザー
(モデルBA100型、富士写真フィルム株式会社製)
で分析したところ、実施例1で認められた第1図の(a
)のバンドに相当する部分に明確に反応するスポットを
認めた。またプライマーとして用いたオリゴヌクレオチ
ドを、DN八へ成機(AB1380B 、アプライド社
製)により5゛末端をアミノリンク化し、ビオチン−x
x−エステル(クロンチック社製)と反応させ、ビオチ
ン化プライマーを作成したのち、増幅反応に付し、得ら
れた反応混合液をアガロースゲル電気泳動に付し、サザ
ンブロッティングした。この膜を、ストレプトアビジン
−アルカリフォスファターゼコンジュゲートにより検出
したところ、実施例1で認められた第1図の(a)のバ
ンドに相当する部分に明確に反応するスポットを認めた
。
SO3とからなるバッファーおよび0.lX5SCで順
次洗浄したのち、得られた膜をイメージアナライザー
(モデルBA100型、富士写真フィルム株式会社製)
で分析したところ、実施例1で認められた第1図の(a
)のバンドに相当する部分に明確に反応するスポットを
認めた。またプライマーとして用いたオリゴヌクレオチ
ドを、DN八へ成機(AB1380B 、アプライド社
製)により5゛末端をアミノリンク化し、ビオチン−x
x−エステル(クロンチック社製)と反応させ、ビオチ
ン化プライマーを作成したのち、増幅反応に付し、得ら
れた反応混合液をアガロースゲル電気泳動に付し、サザ
ンブロッティングした。この膜を、ストレプトアビジン
−アルカリフォスファターゼコンジュゲートにより検出
したところ、実施例1で認められた第1図の(a)のバ
ンドに相当する部分に明確に反応するスポットを認めた
。
実施例3
実施例2に用いたオリゴヌクレオチドをDNAテーリン
グキット (ベーリンガーマンハイム社製)を使用して
ヂゴキシゲニン標識し、非R1標識化したプローブを作
成した。実施例1で増幅され、アガロースゲル電気泳動
で分離された増幅産物をナイロン膜に転写し、さきの標
識プローブと4 xSSC,2xDenhardt ′
J6よび0.5%SO8からなる溶液中で反応させた。
グキット (ベーリンガーマンハイム社製)を使用して
ヂゴキシゲニン標識し、非R1標識化したプローブを作
成した。実施例1で増幅され、アガロースゲル電気泳動
で分離された増幅産物をナイロン膜に転写し、さきの標
識プローブと4 xSSC,2xDenhardt ′
J6よび0.5%SO8からなる溶液中で反応させた。
そののち非特異的吸着物を除くすこめに2XSSCと1
%SDSとからなるバッファーおよび0.1XSSCで
順次洗浄したのち、得られた膜を抗ジゴキシゲニン・ア
ルカリフォスファターゼコンジュゲートにより、交雑D
NAを検出したところ、実施例1で認められた第1図の
(a)のバンドに相当する部分に明確に反応するスポッ
トを8忍狛た。
%SDSとからなるバッファーおよび0.1XSSCで
順次洗浄したのち、得られた膜を抗ジゴキシゲニン・ア
ルカリフォスファターゼコンジュゲートにより、交雑D
NAを検出したところ、実施例1で認められた第1図の
(a)のバンドに相当する部分に明確に反応するスポッ
トを8忍狛た。
実施例4
実施例1で増幅反応で得られた反応混合液をアガロース
ゲル電気泳動に付し、エチジウムブロマイド染色により
検出された増幅領域に相当するバンド部分の増幅産物を
ウルトラフ!l−C3T (ミリポア社製)を用いてゲ
ルより回収し、ポリヌクレオチドキナーゼ処理すること
により5゛末端を燐酸化した。これを、ブルースクリプ
トのS m aIサイトに組み込み、大腸菌(HBIO
I)に感染させ、組換えプラスミドを公知の方法により
調製した。このプラスミドをセシウムクロライドを用い
て超遠心により精製し、DNAシークエンサ−(ABI
370A、アプライド バイオシステムズ社製)により
遺伝子配列を確認したところ、予想される増幅領域と一
致した。
ゲル電気泳動に付し、エチジウムブロマイド染色により
検出された増幅領域に相当するバンド部分の増幅産物を
ウルトラフ!l−C3T (ミリポア社製)を用いてゲ
ルより回収し、ポリヌクレオチドキナーゼ処理すること
により5゛末端を燐酸化した。これを、ブルースクリプ
トのS m aIサイトに組み込み、大腸菌(HBIO
I)に感染させ、組換えプラスミドを公知の方法により
調製した。このプラスミドをセシウムクロライドを用い
て超遠心により精製し、DNAシークエンサ−(ABI
370A、アプライド バイオシステムズ社製)により
遺伝子配列を確認したところ、予想される増幅領域と一
致した。
実施例5
実施例1において一方のプライマーとしてTAATCT
GATA TGCGTCCTTCを用い、かつ他方のプ
ライマーとしてGCCAG[:AATG GAGAAG
CCGA を用いた以外は同様にして反応を行ない、
得られた反応混合液を同様にして電気泳動に付したとこ
ろ、予想された増幅領域の長さにほぼ相当する150b
pのところに明確なバンドを認めることができた。
GATA TGCGTCCTTCを用い、かつ他方のプ
ライマーとしてGCCAG[:AATG GAGAAG
CCGA を用いた以外は同様にして反応を行ない、
得られた反応混合液を同様にして電気泳動に付したとこ
ろ、予想された増幅領域の長さにほぼ相当する150b
pのところに明確なバンドを認めることができた。
参考例1
実施例1において一方のプライマーとしてGAGTTT
TTGCCAGTTGGTCT を用い、かつ他方の
プライマーとしてATC八TへCCTG ACAGGG
八AGT へを用いる以外は同様にして反応を行い、得
られた反応混合液を同様にして電気泳動に付したところ
、予想されるC−100抗原の部分領域(192bp)
にバンドを認めることができなかった〔第1図の(C)
〕。
TTGCCAGTTGGTCT を用い、かつ他方の
プライマーとしてATC八TへCCTG ACAGGG
八AGT へを用いる以外は同様にして反応を行い、得
られた反応混合液を同様にして電気泳動に付したところ
、予想されるC−100抗原の部分領域(192bp)
にバンドを認めることができなかった〔第1図の(C)
〕。
第1図の(a)は実施例1で得られた増幅産物をアクリ
ルアミドゲル電気泳動に付した結果を示す図であり、(
b)はマーカーとして用いたφX174の■aelI[
消化物をアクリルアミドゲル電気泳動に付した結果を示
す図であり、(C)は参考例1で得られた産物をアクリ
ルアミドゲル電気泳動に付した結果を示す図である。
ルアミドゲル電気泳動に付した結果を示す図であり、(
b)はマーカーとして用いたφX174の■aelI[
消化物をアクリルアミドゲル電気泳動に付した結果を示
す図であり、(C)は参考例1で得られた産物をアクリ
ルアミドゲル電気泳動に付した結果を示す図である。
Claims (3)
- (1)下記の(a)もしくは(b)配列からなるオリゴ
ヌクレオチド、または(a)もしくは(b)配列のうち
、それぞれ(a)配列においては、少なくともTAAT
CTGATAを、(b)配列においては、少なくともG
CCAGCAATGを一部に有する15〜49個の塩基
からなる(a)配列断片または(b)配列断片であるオ
リゴヌクレオチド。 (a):【遺伝子配列があります】 - (2)請求項(1)記載の(a)配列からなるオリゴヌ
クレオチドまたは該(a)配列断片であるオリゴヌクレ
オチドを一方のプライマーとし、かつ請求項(1)記載
の(b)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは該(b
)配列断片であるオリゴヌクレオチドを他方のプライマ
ーとして用いてDNAの複製反応を繰り返すことにより
、上記のオリゴヌクレオチドの伸長物同士のハイブリッ
ドを増幅することを特徴とする増幅工程と、増幅された
該ハイブリッドを検出する工程を有することを特徴とす
る非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の検出方法。 - (3)増幅工程が下記の(イ)〜(ト)の工程である請
求項(2)記載の非A非B型肝炎ウィルス遺伝子の検出
方法。 (イ)検体中の標的ヌクレオチド(RNA)に対し、請
求項(1)記載の(a)配列からなるオリゴヌクレオチ
ドまたは該(a)配列断片であるオリゴヌクレオチドを
プライマーとし、4 種の異なったヌクレオシドトリフオスフェ ートを逆転写酵素と反応させることにより、該オリゴヌ
クレオチドの伸長物(伸長物 (a))−RNAハイブリッドを作成すること。 (ロ)工程(イ)で得られたハイブリッドから伸長物(
a)を遊離させること。 (ハ)工程(ロ)で得られた伸長物(a)を鋳型とし、
請求項(1)記載の(b)配列からなるオリゴヌクレオ
チドまたは該(b)配列断片であるオリゴヌクレオチド
をプライマーとし、4種 の異なったヌクレオシドトリフオスフェー トをDNAポリメラーゼと反応させること により伸長物(a)−該オリゴヌクレオチドの伸長物(
伸長物(b))ハイブリッドを作成すること。 (ニ)工程(ハ)で得られた伸長物(a)−伸長物(b
)ハイブリッドから伸長物(a)および伸長物(b)を
それぞれ遊離させること。 (ホ)工程(ニ)で得られた伸長物(b)を鋳型とし、
(a)配列からなるオリゴヌクレオチドまたは(a)配
列断片であるオリゴヌクレオチドをプライマーとし、4
種の異なったヌクレ オシドトリフオスフェートをDNAポリメ ラーゼと反応させることにより、伸長物(a)−伸長物
(b)ハイブリッドを作成すること。 (ヘ)工程(ホ)で得られたハイブリッドをそれぞれ遊
離させること。 (ト)必要に応じ、工程(ハ)〜(ヘ)を繰り返し実施
することによって伸長物(a)−伸長物(b)ハイブリ
ッドを増幅させること。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2088452A JPH04135491A (ja) | 1990-04-02 | 1990-04-02 | オリゴヌクレオチドおよびそれを用いた非a非b型肝炎ウイルス遺伝子の検出方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2088452A JPH04135491A (ja) | 1990-04-02 | 1990-04-02 | オリゴヌクレオチドおよびそれを用いた非a非b型肝炎ウイルス遺伝子の検出方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH04135491A true JPH04135491A (ja) | 1992-05-08 |
Family
ID=13943192
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2088452A Pending JPH04135491A (ja) | 1990-04-02 | 1990-04-02 | オリゴヌクレオチドおよびそれを用いた非a非b型肝炎ウイルス遺伝子の検出方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JPH04135491A (ja) |
-
1990
- 1990-04-02 JP JP2088452A patent/JPH04135491A/ja active Pending
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