JPH06319543A - 改変された最適pHを有する新規グルコースイソメラーゼ - Google Patents
改変された最適pHを有する新規グルコースイソメラーゼInfo
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- JPH06319543A JPH06319543A JP3187106A JP18710691A JPH06319543A JP H06319543 A JPH06319543 A JP H06319543A JP 3187106 A JP3187106 A JP 3187106A JP 18710691 A JP18710691 A JP 18710691A JP H06319543 A JPH06319543 A JP H06319543A
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- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
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- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
(57)【要約】
〔構成〕代替によって、改変された至適pH、特により
低い酸性側に改変された至適pHを有する金属酵素、特
にグルコースイソメラーゼを生じさせるアミノ酸残基を
選択する方法が開示される。この方法は金属に配位する
配位子のpKaを改変することまたは金属結合について
のKassを改変することに基づいている。この方法は
金属イオンの解離により低いpHで不活性化される金属
酵素に特異的である。 〔効果〕改変された至適pH、特により低い酸性側に改
変された至適pHを有する新規グルコースイソメラーゼ
がこの方法によって提供される。これらの改変された性
質はより低いpH値でデンプンの分解を行うことを可能
にする。
低い酸性側に改変された至適pHを有する金属酵素、特
にグルコースイソメラーゼを生じさせるアミノ酸残基を
選択する方法が開示される。この方法は金属に配位する
配位子のpKaを改変することまたは金属結合について
のKassを改変することに基づいている。この方法は
金属イオンの解離により低いpHで不活性化される金属
酵素に特異的である。 〔効果〕改変された至適pH、特により低い酸性側に改
変された至適pHを有する新規グルコースイソメラーゼ
がこの方法によって提供される。これらの改変された性
質はより低いpH値でデンプンの分解を行うことを可能
にする。
Description
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は金属酵素の性質を改善す
るためのタンパク質工学技術の適用に関する。変更によ
って金属酵素のpH−活性プロフィールに影響を与える
アミノ酸を選択する方法が提供される。この方法はグル
コースイソメラーゼに適用される。本発明はまた改変さ
れた最適pHを有する突然変異グルコースイソメラーゼ
分子を提供する。具体的にはpH−活性プロフィールの
酸性側がより低いpHの方へ変位している。
るためのタンパク質工学技術の適用に関する。変更によ
って金属酵素のpH−活性プロフィールに影響を与える
アミノ酸を選択する方法が提供される。この方法はグル
コースイソメラーゼに適用される。本発明はまた改変さ
れた最適pHを有する突然変異グルコースイソメラーゼ
分子を提供する。具体的にはpH−活性プロフィールの
酸性側がより低いpHの方へ変位している。
【0002】本発明はさらにフラクトースシロップ、特
に高フラクトースコーンシロップの生産に有利に適用し
得る組換えグルコースイソメラーゼを提供する。
に高フラクトースコーンシロップの生産に有利に適用し
得る組換えグルコースイソメラーゼを提供する。
【0003】
【発明の背景】グルコースイソメラーゼの工業的適用 工業的なデンプン分解においては酵素が重要な役割を果
たす。酵素α−アミラーゼはデンプンの重合度約7−1
0のデキストリンへの液化に用いられる。ついで酵素α
−アミログルコシダーゼを糖化のために用い、92−9
6%のグルコースを含むシロップを得る。グルコースの
フラクトースへの可逆的異性化は酵素グルコース(もし
くはキシロース)イソメラーゼによって触媒される。こ
の酵素の正しい命名はこの酵素のキシロースに対する優
先によりD−キシロース−ケトールイソメラーゼ(EL
5.3.1.5)である。しかしながら、グルコース
のフラクトースへの変換におけるこの酵素の主たる適用
により、この酵素は通常グルコースイソメラーゼと称せ
られる。この異性化についての平衡定数は1に近く、従
って最適プロセス条件下で約50%のグルコースが変換
される。グルコースとフラクトースの平衡混合物は高フ
ラクトースシロップとして知られる。
たす。酵素α−アミラーゼはデンプンの重合度約7−1
0のデキストリンへの液化に用いられる。ついで酵素α
−アミログルコシダーゼを糖化のために用い、92−9
6%のグルコースを含むシロップを得る。グルコースの
フラクトースへの可逆的異性化は酵素グルコース(もし
くはキシロース)イソメラーゼによって触媒される。こ
の酵素の正しい命名はこの酵素のキシロースに対する優
先によりD−キシロース−ケトールイソメラーゼ(EL
5.3.1.5)である。しかしながら、グルコース
のフラクトースへの変換におけるこの酵素の主たる適用
により、この酵素は通常グルコースイソメラーゼと称せ
られる。この異性化についての平衡定数は1に近く、従
って最適プロセス条件下で約50%のグルコースが変換
される。グルコースとフラクトースの平衡混合物は高フ
ラクトースシロップとして知られる。
【0004】フラクトースは人間の味覚にとってグルコ
ースやスクロースよりはるかに甘く感じられ、このこと
がフラクトースを経済的に競争する砂糖代替物としてい
る。
ースやスクロースよりはるかに甘く感じられ、このこと
がフラクトースを経済的に競争する砂糖代替物としてい
る。
【0005】グルコースイソメラーゼを生産することが
見い出された多くの微生物が工業的に適用されてきた。
グルコースイソメラーゼの工業的使用についての詳細な
総説はWen−Pin Chen,Process B
iochemistry,15 June/July
(1980)30−41及びAugust/Septe
mber(1980)36−41によって与えられた。
見い出された多くの微生物が工業的に適用されてきた。
グルコースイソメラーゼの工業的使用についての詳細な
総説はWen−Pin Chen,Process B
iochemistry,15 June/July
(1980)30−41及びAugust/Septe
mber(1980)36−41によって与えられた。
【0006】Wen−Pin Chen文献は該酵素の
回収及び精製方法のみならず、該微生物の培養条件をも
記載している。さらに、この文献はグルコースイソメラ
ーゼの性質、例えば、基質特異性、最適温度及び最適p
H、熱安定性及び金属イオン要求性も要約している。
回収及び精製方法のみならず、該微生物の培養条件をも
記載している。さらに、この文献はグルコースイソメラ
ーゼの性質、例えば、基質特異性、最適温度及び最適p
H、熱安定性及び金属イオン要求性も要約している。
【0007】グルコースイソメラーゼはその触媒活性の
ためにMg2+、Co2+、Mn2+等の二価カチオン
またはこれらのカチオンの組合せを必要とする。異なる
グルコースイソメラーゼの3D構造の決定がモノマー単
位中の2つの金属イオンの存在を明らかにした(Far
berら、Protein Eng.1(1987)4
59−466;Reyら,Proteins 4(19
87)165−172;Henrickら,Prote
in Eng.1(1987)467−475)。
ためにMg2+、Co2+、Mn2+等の二価カチオン
またはこれらのカチオンの組合せを必要とする。異なる
グルコースイソメラーゼの3D構造の決定がモノマー単
位中の2つの金属イオンの存在を明らかにした(Far
berら、Protein Eng.1(1987)4
59−466;Reyら,Proteins 4(19
87)165−172;Henrickら,Prote
in Eng.1(1987)467−475)。
【0008】触媒機構における役割は別として、二価カ
チオンがいくつかのグルコースイソメラーゼの熱安定性
を増加することも報告されている(M.Callans
ら,Enzyme Microb.Technol.1
988(10),695−700)。さらに、グルコー
スイソメラーゼの触媒活性はAg+、Hg2+、Cu
2+、Zn2+及びCa2+によって重度に阻害され
る。
チオンがいくつかのグルコースイソメラーゼの熱安定性
を増加することも報告されている(M.Callans
ら,Enzyme Microb.Technol.1
988(10),695−700)。さらに、グルコー
スイソメラーゼの触媒活性はAg+、Hg2+、Cu
2+、Zn2+及びCa2+によって重度に阻害され
る。
【0009】グルコースイソメラーゼは通常7.0−
9.0の間に最適pHを有する。グルコースイソメラー
ゼを低いpH値で用いると有利であるいくつかの理由が
ある;これらの理由のうち3つ a) 糖分子の安定性、 b) 前の及び/または後のプロセス工程に対する適
合、 c) 酵素の安定性 を以下に例証的にさらに説明する。 a) アルカリ性条件下で高められた温度では着色した
副生物の生成及び代謝されない糖(D−プシコース)の
生産が問題となる。望ましい運転pHは6.0あたりで
ある。このpHあたりではグルコース及びフラクトース
の分解は最少になる。 b) グルコースイソメラーゼを他の酵素と組み合わせ
て、または他の酵素工程の間で、例えば高フラクトース
シロップの製造において用いる場合もより低い最適pH
が望ましい。この方法における他の酵素工程の1つであ
るα−グルコアミラーゼの糖化はpH4.5で行われ
る。 c) 既知のグルコースイソメラーゼの大部分はpH
7.5で適用される。このpH値はより高いpHでのよ
り高い初期活性とより低いpHでの固定化酵素のより良
い安定性の間の妥協点であり、選ばれたpHでの最適生
産性をもたらす(R.V.Tilburg、題目:″E
ngineering aspect ofBioca
talysts in Industrial Sta
rch Conuersion Technolog
y″(工業的デンプン変換技術における生物触媒の工学
的側面),Delftse Univers:tain
e Pers,1983)。7.5より低いpHでのグ
ルコースイソメラーゼの適用はより長い半減期から有利
であり、改良された基質特異性と組み合わせて、結果と
してその低いpHでの固定化酵素の生産性を増大させ
る。上記からプロセス条件下より低いpH値でより高い
活性を有するグルコースイソメラーゼに対する要望があ
ると結論できる。
9.0の間に最適pHを有する。グルコースイソメラー
ゼを低いpH値で用いると有利であるいくつかの理由が
ある;これらの理由のうち3つ a) 糖分子の安定性、 b) 前の及び/または後のプロセス工程に対する適
合、 c) 酵素の安定性 を以下に例証的にさらに説明する。 a) アルカリ性条件下で高められた温度では着色した
副生物の生成及び代謝されない糖(D−プシコース)の
生産が問題となる。望ましい運転pHは6.0あたりで
ある。このpHあたりではグルコース及びフラクトース
の分解は最少になる。 b) グルコースイソメラーゼを他の酵素と組み合わせ
て、または他の酵素工程の間で、例えば高フラクトース
シロップの製造において用いる場合もより低い最適pH
が望ましい。この方法における他の酵素工程の1つであ
るα−グルコアミラーゼの糖化はpH4.5で行われ
る。 c) 既知のグルコースイソメラーゼの大部分はpH
7.5で適用される。このpH値はより高いpHでのよ
り高い初期活性とより低いpHでの固定化酵素のより良
い安定性の間の妥協点であり、選ばれたpHでの最適生
産性をもたらす(R.V.Tilburg、題目:″E
ngineering aspect ofBioca
talysts in Industrial Sta
rch Conuersion Technolog
y″(工業的デンプン変換技術における生物触媒の工学
的側面),Delftse Univers:tain
e Pers,1983)。7.5より低いpHでのグ
ルコースイソメラーゼの適用はより長い半減期から有利
であり、改良された基質特異性と組み合わせて、結果と
してその低いpHでの固定化酵素の生産性を増大させ
る。上記からプロセス条件下より低いpH値でより高い
活性を有するグルコースイソメラーゼに対する要望があ
ると結論できる。
【0010】より低い至適pHを有するグルコースイソ
メラーゼを求めて多くの微生物がスクリーニングされ
た。多くの努力に拘らず、このアプローチは新規な工業
的グルコースイソメラーゼをもたらさなかった。
メラーゼを求めて多くの微生物がスクリーニングされ
た。多くの努力に拘らず、このアプローチは新規な工業
的グルコースイソメラーゼをもたらさなかった。
【0011】タンパク質工学によってグルコースイソメ
ラーゼのpH−活性プロフィールをより低いpHの方へ
変化させることができるためには、酸性pHで触媒性能
における急激な減少を生じさせる根底となる作用を認識
することが重要である。
ラーゼのpH−活性プロフィールをより低いpHの方へ
変化させることができるためには、酸性pHで触媒性能
における急激な減少を生じさせる根底となる作用を認識
することが重要である。
【0012】酵素中での金属イオンの役割 酵素中での金属イオンについては2つの異なる機能が考
えられる。
えられる。
【0013】第一は金属イオンが構造的役割を有し得る
ことである。このことはそれらが適切な3D−構造の維
持に関与し、従って酵素分子の(熱)安定性に貢献する
ことである。かかる構造的及び安定化的役割の例はセリ
ンプロテイナーゼ中のズブチリシンファミリー(fam
ily)におけるCa2+である。
ことである。このことはそれらが適切な3D−構造の維
持に関与し、従って酵素分子の(熱)安定性に貢献する
ことである。かかる構造的及び安定化的役割の例はセリ
ンプロテイナーゼ中のズブチリシンファミリー(fam
ily)におけるCa2+である。
【0014】第2に、メタルイオンは触媒機構において
コフアクターとして働くことができる。この場合には酵
素活性は活性部位中の金属イオンの存在に厳密に依存す
る。例えば金属イオンは酵素と基質の間の橋として役立
ち得る(例えばホスホリパーゼ中でCa2+は基質のホ
スフェート基を結合する)かまたは水を活性化して強力
な親核性ヒドロキシルイオン(Zn2+−OH−)とし
得る。
コフアクターとして働くことができる。この場合には酵
素活性は活性部位中の金属イオンの存在に厳密に依存す
る。例えば金属イオンは酵素と基質の間の橋として役立
ち得る(例えばホスホリパーゼ中でCa2+は基質のホ
スフェート基を結合する)かまたは水を活性化して強力
な親核性ヒドロキシルイオン(Zn2+−OH−)とし
得る。
【0015】例としてZn2+−プロテアーゼ(例えば
サーモリシン及びカルボキシペプチダーゼ)、カルボニ
ックアンヒドラーゼ(Zn2+)、ホスホリパーゼ−A
2(Ca2+)、ブドウ球菌ヌクレアーゼ(Ca2+)
及びアルカリ性ホスファターゼ(Mg2+、Ca2+)
がある。水素を移送するのにカルボキシルもしくはカル
ボニル基を分極するカチオンを必要とするα/β−樽状
酵素(barrelenzymes)の例はグルコース
/キシロースイソメラーゼ(Mg2+)、リブロース−
1,5−ビホスフェートカルボキシラーゼ/オキシダー
ゼ(RUBISCD)(Mg2+)、エノラーゼ(Mg
2+)、イーストアルドラーゼ(Mg2+,K+)、マ
ンドレートラセマーゼ(Mg2+)、ムコネートシクロ
イソメラーゼ(Mn2+)である。金属キレート剤(例
えばEDTA)の存在下に、これらの酵素は活性を完全
に失う。
サーモリシン及びカルボキシペプチダーゼ)、カルボニ
ックアンヒドラーゼ(Zn2+)、ホスホリパーゼ−A
2(Ca2+)、ブドウ球菌ヌクレアーゼ(Ca2+)
及びアルカリ性ホスファターゼ(Mg2+、Ca2+)
がある。水素を移送するのにカルボキシルもしくはカル
ボニル基を分極するカチオンを必要とするα/β−樽状
酵素(barrelenzymes)の例はグルコース
/キシロースイソメラーゼ(Mg2+)、リブロース−
1,5−ビホスフェートカルボキシラーゼ/オキシダー
ゼ(RUBISCD)(Mg2+)、エノラーゼ(Mg
2+)、イーストアルドラーゼ(Mg2+,K+)、マ
ンドレートラセマーゼ(Mg2+)、ムコネートシクロ
イソメラーゼ(Mn2+)である。金属キレート剤(例
えばEDTA)の存在下に、これらの酵素は活性を完全
に失う。
【0016】タンパク質分子における金属イオンの結合
は通常4または6の配位子による配位を含む。金属イオ
ンのタイプによって、異なる配位子が見い出されてい
る。例えばマグネシウム及びカルシウムはタンパク質生
鎖のカルボニル基、グルタミンもしくはアスパラギン側
鎖からのカルボニル基、またはアスパラギン酸もしくは
グルタミン酸側鎖からのカルボキシレート、からの酸素
原子によって通常配位される。亜鉛及び銅イオンはヒス
チジン側鎖からの窒素原子またはシステイン及びメチオ
ニンからのイオウ原子によって通常配位される。
は通常4または6の配位子による配位を含む。金属イオ
ンのタイプによって、異なる配位子が見い出されてい
る。例えばマグネシウム及びカルシウムはタンパク質生
鎖のカルボニル基、グルタミンもしくはアスパラギン側
鎖からのカルボニル基、またはアスパラギン酸もしくは
グルタミン酸側鎖からのカルボキシレート、からの酸素
原子によって通常配位される。亜鉛及び銅イオンはヒス
チジン側鎖からの窒素原子またはシステイン及びメチオ
ニンからのイオウ原子によって通常配位される。
【0017】酵素のpH依存性を決定する要素 酵素の活性は水性媒体のpH値に依存する。この依存性
は一方で酵素の活性部位内のイオン化し得る基の(脱)
プロトン化、及び他方で基質または(存在する場合の)
生産物のイオン化し得る基の(脱)プロトン化によって
引き起こされる。タンパク質中のイオン化し得る基は塩
基性アミノ酸であるリジン、アルギニン及びヒスチジン
の側鎖(プロトン化された形態で正の電荷を帯びる)、
及び酸性アミノ酸であるアスパラギン酸、グルタミン酸
またはシステイン及びチロシンの側鎖(これらはすべて
脱プロトン化により負の電荷を帯びる)を包含する。さ
らに、N末端のアミノ基及びC末端のカルボキシル基は
それぞれ正の電荷及び負の電荷を帯びる。いくつかのア
ミノ酸のpKa値を表1に示す。
は一方で酵素の活性部位内のイオン化し得る基の(脱)
プロトン化、及び他方で基質または(存在する場合の)
生産物のイオン化し得る基の(脱)プロトン化によって
引き起こされる。タンパク質中のイオン化し得る基は塩
基性アミノ酸であるリジン、アルギニン及びヒスチジン
の側鎖(プロトン化された形態で正の電荷を帯びる)、
及び酸性アミノ酸であるアスパラギン酸、グルタミン酸
またはシステイン及びチロシンの側鎖(これらはすべて
脱プロトン化により負の電荷を帯びる)を包含する。さ
らに、N末端のアミノ基及びC末端のカルボキシル基は
それぞれ正の電荷及び負の電荷を帯びる。いくつかのア
ミノ酸のpKa値を表1に示す。
【0018】
【表1】
【0019】これらのpKa値はモデル化合物に対して
あてはまるものであり、かつ、イオン化し得る基の特定
の環境により、異なるタンパク質内及び間で大きな変動
が生じることを十分に理解すべきである。酵素の機能と
構造において静電作用が基本的役割を演じることが知ら
れている(J.A.Mattrew;,CRC Cri
tical Reviews in Biochemi
stry,18(1985)91−197)。イオン化
し得る基の近くの正の電荷の存在はそのpKaを低下さ
せ、他方、負の電荷はpKaの上昇を引き起こす。効果
の大きさはイオン化し得る基と電荷の間の距離に従って
減少する。さらに、この減少の大きさは媒体の誘電率に
依存する。特に触媒性残基はこれらの平均値から外れた
pKa値を示し得る(例えばFersht,Enzym
e structure andmechanism
(酵素の構造と機構),1985,W.H.Freem
an,ニューヨーク)。
あてはまるものであり、かつ、イオン化し得る基の特定
の環境により、異なるタンパク質内及び間で大きな変動
が生じることを十分に理解すべきである。酵素の機能と
構造において静電作用が基本的役割を演じることが知ら
れている(J.A.Mattrew;,CRC Cri
tical Reviews in Biochemi
stry,18(1985)91−197)。イオン化
し得る基の近くの正の電荷の存在はそのpKaを低下さ
せ、他方、負の電荷はpKaの上昇を引き起こす。効果
の大きさはイオン化し得る基と電荷の間の距離に従って
減少する。さらに、この減少の大きさは媒体の誘電率に
依存する。特に触媒性残基はこれらの平均値から外れた
pKa値を示し得る(例えばFersht,Enzym
e structure andmechanism
(酵素の構造と機構),1985,W.H.Freem
an,ニューヨーク)。
【0020】酵素で触媒される反応のpH依存性はミカ
エリス定数KmのpH依存性と回転率定数Kcat(V
maxに等しい)のpH依存性に分けることができる。
これらのパラメーターはそれぞれ基底状態及び転移状態
における基質の結合を表す。両方の基質形態の結合に影
響を与えるか、またはさもなくば触媒的出来事(cat
alytic event)(例えば一般的な塩基触媒
におけるが如きプロトンの取込みと放出)に関与するア
ミノ酸側鎖のpH依存性(脱)プロトン化は、従って、
酵素のpH−活性プロフィールを決定する。
エリス定数KmのpH依存性と回転率定数Kcat(V
maxに等しい)のpH依存性に分けることができる。
これらのパラメーターはそれぞれ基底状態及び転移状態
における基質の結合を表す。両方の基質形態の結合に影
響を与えるか、またはさもなくば触媒的出来事(cat
alytic event)(例えば一般的な塩基触媒
におけるが如きプロトンの取込みと放出)に関与するア
ミノ酸側鎖のpH依存性(脱)プロトン化は、従って、
酵素のpH−活性プロフィールを決定する。
【0021】例えば、セリンプロテアーゼ(トリプシン
ファミリーとズブチリシンファミリーの双方)の触媒作
用性三回回転軸(catalytic triad)中
のヒスチジンのプロトン化は低いpH値(<7)での活
性の喪失の原因となる。この場合、酵素活性のpKaは
このヒスチジン残基のpKaと直接関連している。
ファミリーとズブチリシンファミリーの双方)の触媒作
用性三回回転軸(catalytic triad)中
のヒスチジンのプロトン化は低いpH値(<7)での活
性の喪失の原因となる。この場合、酵素活性のpKaは
このヒスチジン残基のpKaと直接関連している。
【0022】2番目の例として、ペプシン、キモシン等
のアスパルチルプロテアーゼ中の2つのアスパラギン酸
残基を挙げることができる。これらの基はこれらのプロ
テアーゼの至適pHを決定する。アスパラギン酸の代表
的構造配置は鐘形の(bell−shaped)pH−
活性プロフィールを生ぜしめる異なったpKa値を該ア
スパラギン酸にもたしめる。
のアスパルチルプロテアーゼ中の2つのアスパラギン酸
残基を挙げることができる。これらの基はこれらのプロ
テアーゼの至適pHを決定する。アスパラギン酸の代表
的構造配置は鐘形の(bell−shaped)pH−
活性プロフィールを生ぜしめる異なったpKa値を該ア
スパラギン酸にもたしめる。
【0023】広範囲の(extensive)化学的修
飾による表面電荷の改変によって触媒作用のpH依存性
におけるかなりの変化をもたらすことができることが知
られている。しかしながら、多くの場合このアプローチ
は酵素の不活性化及び/または望ましくない構造変化を
生じさせる。なぜならこれらの方法はかなり非特異的だ
からである。チトクロームCにおけるリジンの選択的化
学修飾が酸化還元電位に影響を与えることが示された
(D.C.Rees,J.Mol.Biol.173,
323−326(1980))。しかしながら、これら
の結果は、修飾に用いたかさばった化学試薬がタンパク
質の構造を不安定にし得るという理由で、批判された。
飾による表面電荷の改変によって触媒作用のpH依存性
におけるかなりの変化をもたらすことができることが知
られている。しかしながら、多くの場合このアプローチ
は酵素の不活性化及び/または望ましくない構造変化を
生じさせる。なぜならこれらの方法はかなり非特異的だ
からである。チトクロームCにおけるリジンの選択的化
学修飾が酸化還元電位に影響を与えることが示された
(D.C.Rees,J.Mol.Biol.173,
323−326(1980))。しかしながら、これら
の結果は、修飾に用いたかさばった化学試薬がタンパク
質の構造を不安定にし得るという理由で、批判された。
【0024】構造の不安定さの可能性を予想するために
タンパク質の3D(三次元)−構造を用い、及び部位特
異的突然変異誘発を用いて、タンパク質中の電荷分布を
非常に選択的に修飾することが可能である。
タンパク質の3D(三次元)−構造を用い、及び部位特
異的突然変異誘発を用いて、タンパク質中の電荷分布を
非常に選択的に修飾することが可能である。
【0025】Fersht及び共同研究者は部位特異的
突然変異誘発によってズブチリシンのpH−活性プロフ
ィールを操作できることを示した(Thomas;,N
ature,318,375−376(1985);R
ussoll;,J.Mol.Biol.,193,8
03−813(1987);Russel及びFers
ht,Nature328,496−500(198
7))。タンパク質表面で活性部位から10−15Åの
ところに負に荷電した基を導入することによって活性部
位ヒスチジンのpKa値が上昇する。逆に表面をより正
に荷電させると酸性基のpKaが低下する。活性部位か
ら13ÅのところにあるAsp99または15Åのとこ
ろのGlu156をリジンに変化させると活性部位ヒス
チジンのpKaが0.6pH単位低下する。両方の残基
を同時に変化させて4つの電荷単位の変化を有する二重
突然変異体にするとpKaが1.0pH単位低下する。
クーロン相互作用における変化は累積的であり得ると思
われる。
突然変異誘発によってズブチリシンのpH−活性プロフ
ィールを操作できることを示した(Thomas;,N
ature,318,375−376(1985);R
ussoll;,J.Mol.Biol.,193,8
03−813(1987);Russel及びFers
ht,Nature328,496−500(198
7))。タンパク質表面で活性部位から10−15Åの
ところに負に荷電した基を導入することによって活性部
位ヒスチジンのpKa値が上昇する。逆に表面をより正
に荷電させると酸性基のpKaが低下する。活性部位か
ら13ÅのところにあるAsp99または15Åのとこ
ろのGlu156をリジンに変化させると活性部位ヒス
チジンのpKaが0.6pH単位低下する。両方の残基
を同時に変化させて4つの電荷単位の変化を有する二重
突然変異体にするとpKaが1.0pH単位低下する。
クーロン相互作用における変化は累積的であり得ると思
われる。
【0026】グルコースイソメラーゼ突然変異体 WO 89/01520(Letus)はストレプトマ
イセス・ルビギノーサス(Streptomyces
rubiginosus)から得られ、増加した安定性
を示すキシロースイソメラーゼのいくつかのミユーテイ
ン(muteins)をリストしている。突然変異され
得る部位の選択は本発明で用いられるのとは異なる基準
に基づいている。300以上の突然変異体がリストされ
ているが、突然変異酵素分子の性格付け及び改変につい
てのデータはそこには提示されていない。
イセス・ルビギノーサス(Streptomyces
rubiginosus)から得られ、増加した安定性
を示すキシロースイソメラーゼのいくつかのミユーテイ
ン(muteins)をリストしている。突然変異され
得る部位の選択は本発明で用いられるのとは異なる基準
に基づいている。300以上の突然変異体がリストされ
ているが、突然変異酵素分子の性格付け及び改変につい
てのデータはそこには提示されていない。
【0027】改良された性質を有する酵素を得るための方法論 改良された性質を有する酵素はいくつかの方法で、例え
ば古典的なスクリーニング法で、存在するタンパク質の
化学修飾によって、または近代的な遺伝子及びタンパク
質工学技術を用いて開発しまたは見つけ出すことができ
る。
ば古典的なスクリーニング法で、存在するタンパク質の
化学修飾によって、または近代的な遺伝子及びタンパク
質工学技術を用いて開発しまたは見つけ出すことができ
る。
【0028】部位特異的突然変異誘発(SDM)は修飾
された酵素を得るもっとも特異的方法であって、1以上
のアミノ酸をいずれかの他の目的とするアミノ酸で特異
的に代替し得る。
された酵素を得るもっとも特異的方法であって、1以上
のアミノ酸をいずれかの他の目的とするアミノ酸で特異
的に代替し得る。
【0029】
【発明の概要】本発明は対応する野性型金属酵素と少な
くとも1つのアミノ酸において異なるアミノ酸配列を有
する新規突然変異金属酵素をコード化する遺伝子の発現
によって得られ、改変された触媒的性質を示す該変異金
属酵素を提供する。具体的には、活性部位の周囲の全体
的電荷分布を変化させることによってpH−活性プロフ
ィールを改変している。
くとも1つのアミノ酸において異なるアミノ酸配列を有
する新規突然変異金属酵素をコード化する遺伝子の発現
によって得られ、改変された触媒的性質を示す該変異金
属酵素を提供する。具体的には、活性部位の周囲の全体
的電荷分布を変化させることによってpH−活性プロフ
ィールを改変している。
【0030】本発明の好ましい態様の1つにおいてはグ
ルコースイソメラーゼが突然変異される。
ルコースイソメラーゼが突然変異される。
【0031】pH−活性プロフィールを変化調節するた
めに部位特異的突然変異誘発によって探査できる、野性
型酵素中の、部位を選択する方法を提供することが本発
明の別の一面である。
めに部位特異的突然変異誘発によって探査できる、野性
型酵素中の、部位を選択する方法を提供することが本発
明の別の一面である。
【0032】さらに別の一面において本発明は野性型グ
ルコースイソメラーゼと比較してより酸性の至適pHを
有するグルコースイソメラーゼを提供する。
ルコースイソメラーゼと比較してより酸性の至適pHを
有するグルコースイソメラーゼを提供する。
【0033】
【本発明の詳しい記述】本発明は酵素の工業的適用性を
改良する修飾を記述する。本発明は組換えDNA技術を
使用する。かかる技術はえり抜きのタンパク質における
目的とするアミノ酸の置き代えを得るのに強力な手段と
なる。実質上無制限量の可能なアミノ酸代替があるの
で、選択的アプローチを用いるのが好ましい。このアプ
ローチはタンパク質結晶学、分子模型化及びコンピュー
タ使用方法、酵素学及び動力学、分子生物学及びタンパ
ク質化学技術のよく調和させた適用に依存する。標的突
然変異の同定のための入念な方策は点突然変異が局地的
動揺(local perturbation)のみを
引き起こすことがめったにないことが認識されるという
意味で革新的である。突然変異は一般にタンパク質のい
くつかの異なる性質に一度に影響を与える。従って、記
述された方策はよく確立された構造−機能相関関係を利
用するけれども、それらはまた二次的性質の望ましくな
い改変を避けるかまたは訂正する合理的方法を提供す
る。
改良する修飾を記述する。本発明は組換えDNA技術を
使用する。かかる技術はえり抜きのタンパク質における
目的とするアミノ酸の置き代えを得るのに強力な手段と
なる。実質上無制限量の可能なアミノ酸代替があるの
で、選択的アプローチを用いるのが好ましい。このアプ
ローチはタンパク質結晶学、分子模型化及びコンピュー
タ使用方法、酵素学及び動力学、分子生物学及びタンパ
ク質化学技術のよく調和させた適用に依存する。標的突
然変異の同定のための入念な方策は点突然変異が局地的
動揺(local perturbation)のみを
引き起こすことがめったにないことが認識されるという
意味で革新的である。突然変異は一般にタンパク質のい
くつかの異なる性質に一度に影響を与える。従って、記
述された方策はよく確立された構造−機能相関関係を利
用するけれども、それらはまた二次的性質の望ましくな
い改変を避けるかまたは訂正する合理的方法を提供す
る。
【0034】目的とする突然変異体の広範囲の調査研究
が改良された性質を有する突然変異体の同定をもたら
す。
が改良された性質を有する突然変異体の同定をもたら
す。
【0035】ここにおいて本グルコースイソメラーゼと
の関係で用いられる「改良された性質」によって、pH
−活性プロフィールの酸性側が対応する野性型酵素に比
べより酸性の至適pHの方へ変位している酵素が意味さ
れる。
の関係で用いられる「改良された性質」によって、pH
−活性プロフィールの酸性側が対応する野性型酵素に比
べより酸性の至適pHの方へ変位している酵素が意味さ
れる。
【0036】野性型グルコースイソメラーゼのpH−活
性プロフィールは7.0より下の酸性pH及び8.0よ
り上のアルカリ性pHの両方で活性が減少することが確
認された(実施例1−図3)。前述のごとくグルコース
イソメラーゼをより低いpHで用いることができれば好
ましい。
性プロフィールは7.0より下の酸性pH及び8.0よ
り上のアルカリ性pHの両方で活性が減少することが確
認された(実施例1−図3)。前述のごとくグルコース
イソメラーゼをより低いpHで用いることができれば好
ましい。
【0037】驚くべきことに、グルコースイソメラーゼ
の触媒性金属イオンの配位に直接関与する1以上のアミ
ノ酸のプロトン化によって、pH−活性プロフィールの
酸性側の活性低下が引き起こされることが見い出され
た。このことは定常状能の動力学によって決定される、
金属の結合についての見掛けの会合定数(appare
nt association constant)が
同様なpH依存性を示したことから導かれた(実施例1
−図5)。これは以下のモデルによって表すことができ
る:
の触媒性金属イオンの配位に直接関与する1以上のアミ
ノ酸のプロトン化によって、pH−活性プロフィールの
酸性側の活性低下が引き起こされることが見い出され
た。このことは定常状能の動力学によって決定される、
金属の結合についての見掛けの会合定数(appare
nt association constant)が
同様なpH依存性を示したことから導かれた(実施例1
−図5)。これは以下のモデルによって表すことができ
る:
【0038】
【化1】
【0039】上式中、「部位」は異なる(イオン化し得
る)配位子よりなる幾何学的結合部位を表す。酵素はこ
の部位がMg2+イオンによって占拠されている場合の
み活性であり、一方Mg2+イオンは非プロトン化金属
結合部位(「部位」)にのみ結合でき、プロトン化され
た部位(「部位:H+」)には結合できない。金属結合
部位のpH依存性プロトン化はpKaによって特徴づけ
られ、非プロトン化部位に結合する金属は会合定数Ka
ssによって特徴づけられる。金属結合についての見掛
けの会合定数は真のKassの関数であり、pKa及び
pHは以下のごとく表される:
る)配位子よりなる幾何学的結合部位を表す。酵素はこ
の部位がMg2+イオンによって占拠されている場合の
み活性であり、一方Mg2+イオンは非プロトン化金属
結合部位(「部位」)にのみ結合でき、プロトン化され
た部位(「部位:H+」)には結合できない。金属結合
部位のpH依存性プロトン化はpKaによって特徴づけ
られ、非プロトン化部位に結合する金属は会合定数Ka
ssによって特徴づけられる。金属結合についての見掛
けの会合定数は真のKassの関数であり、pKa及び
pHは以下のごとく表される:
【0040】
【化2】
【0041】反応速度(the rate of th
e reaction)はMg2+と複合化する酵素分
子の分画(fraction)に比例する。この分画は
より高い[Mg2+]*Kass apparentで
増加する。
e reaction)はMg2+と複合化する酵素分
子の分画(fraction)に比例する。この分画は
より高い[Mg2+]*Kass apparentで
増加する。
【0042】提出されたモデルはグルコースイソメラー
ゼで観察された結果に基づくものであるが、より低いp
Hでの不活性化が金属イオンの解離による限り、このモ
デル、及びそれから導かれる方法、を金属酵素一般に用
い得ることは明らかである。
ゼで観察された結果に基づくものであるが、より低いp
Hでの不活性化が金属イオンの解離による限り、このモ
デル、及びそれから導かれる方法、を金属酵素一般に用
い得ることは明らかである。
【0043】アルカリ性pHで観察された活性低下は最
大速度(Vmax)の減少により、触媒機構に必須のア
ミノ酸残基の脱プロトン化を反映している。
大速度(Vmax)の減少により、触媒機構に必須のア
ミノ酸残基の脱プロトン化を反映している。
【0044】pH−活性プロフィールの酸性側での活性
の減少を説明するのに用いることができる上記のモデル
から、より低いpH値でのグルコースイソメラーゼの活
性を増大させるためにはKassを増大させ及び/また
はpKaを減少させねばならないことが導かれる。
の減少を説明するのに用いることができる上記のモデル
から、より低いpH値でのグルコースイソメラーゼの活
性を増大させるためにはKassを増大させ及び/また
はpKaを減少させねばならないことが導かれる。
【0045】従って、本発明の一態様においては、グル
コースイソメラーゼ等の金属酵素をコード化するDNA
配列を、突然変異体タンパク質が金属結合における配位
子として作用するアミノ酸側鎖のpKaにおける変化の
結果としてのpH−活性プロフィールにおける変化を示
すように、突然変異させる。
コースイソメラーゼ等の金属酵素をコード化するDNA
配列を、突然変異体タンパク質が金属結合における配位
子として作用するアミノ酸側鎖のpKaにおける変化の
結果としてのpH−活性プロフィールにおける変化を示
すように、突然変異させる。
【0046】アミノ酸側鎖のpKaの改変による、金属
酵素のpH−活性プロフィールのより低いpHへの変位 金属に配位する配位子のpKaをより酸性側のpHに変
位させるために、金属酵素の金属結合部位の周囲の全体
的正電荷を増加させる残基を導入しなければならない。
結果として、それについて最適pHの酸性側での活性が
金属結合のpKaによって引き起こされる、金属酵素の
活性のpH依存性はそれによって変化する。この電荷変
化は金属結合のpH依存性の原因となるイオン化し得る
基の負の電荷を長い範囲の静電作用(long ran
ge electrostatic effects)
により安定化する。
酵素のpH−活性プロフィールのより低いpHへの変位 金属に配位する配位子のpKaをより酸性側のpHに変
位させるために、金属酵素の金属結合部位の周囲の全体
的正電荷を増加させる残基を導入しなければならない。
結果として、それについて最適pHの酸性側での活性が
金属結合のpKaによって引き起こされる、金属酵素の
活性のpH依存性はそれによって変化する。この電荷変
化は金属結合のpH依存性の原因となるイオン化し得る
基の負の電荷を長い範囲の静電作用(long ran
ge electrostatic effects)
により安定化する。
【0047】好ましい態様によるとグルコースイソメラ
ーゼのpH−活性プロフィールのより酸性側のpHへの
変位はグルコースイソメラーゼの活性部位の周りの全体
的な正の電荷を増大せしめることによって達成される。
ーゼのpH−活性プロフィールのより酸性側のpHへの
変位はグルコースイソメラーゼの活性部位の周りの全体
的な正の電荷を増大せしめることによって達成される。
【0048】中性付近のpHでは正の電荷の正味の増加
は − 負に荷電した残基(AspもしくはGln)の中性
の残基への代替、 − 中性の残基の正に荷電した残基(ArgもしくはL
ys)への代替、 − 負に荷電した残基の正に荷電した残基への代替 によって得られる。
は − 負に荷電した残基(AspもしくはGln)の中性
の残基への代替、 − 中性の残基の正に荷電した残基(ArgもしくはL
ys)への代替、 − 負に荷電した残基の正に荷電した残基への代替 によって得られる。
【0049】突然変異させるのが適当な残基の選択につ
いては以下の基準を挙げることができる: I その位置での代替が正の電荷における正味の増加を
生じさせる位置を標的残基の周囲15オングストローム
半径以内で選択する。標的残基はそのカチオンの配位に
関与するイオン化し得る基である。 −正の電荷をすでに含有しているすべての位置:アルギ
ニンまたはリジン。 −タンパク質の背骨原子と許容されないファンデルクー
ルス重なりを生じるのでアルギニンまたはリジンを停泊
させ得ないすべての位置。 −ファンデルクールス重なりをさけるために直接の環境
における別の位置の広範囲の(extensive)適
合をアルギニンまたはリジンが必要とするすべての位
置。 −アルギニンまたはリジンへの代替が疏水性クラスター
において包埋された補償されない電荷を生じさせるすべ
ての位置。 −代表的な構造配置、例えば塩橋(salt brid
ges)、ヘリックスの詰込み(packing of
heliccs)、ヘリックスの出発点での負の電荷
を維持することによるヘリックスの安定化、ヘリックス
の開始(例えばヘリックスの出発点のプロリン)、挿入
されようとしている残基について許容された領域の外に
あるフアイ−プサイ(phi−psi)角に関与するの
で残基を代替すべきでないすべての位置。
いては以下の基準を挙げることができる: I その位置での代替が正の電荷における正味の増加を
生じさせる位置を標的残基の周囲15オングストローム
半径以内で選択する。標的残基はそのカチオンの配位に
関与するイオン化し得る基である。 −正の電荷をすでに含有しているすべての位置:アルギ
ニンまたはリジン。 −タンパク質の背骨原子と許容されないファンデルクー
ルス重なりを生じるのでアルギニンまたはリジンを停泊
させ得ないすべての位置。 −ファンデルクールス重なりをさけるために直接の環境
における別の位置の広範囲の(extensive)適
合をアルギニンまたはリジンが必要とするすべての位
置。 −アルギニンまたはリジンへの代替が疏水性クラスター
において包埋された補償されない電荷を生じさせるすべ
ての位置。 −代表的な構造配置、例えば塩橋(salt brid
ges)、ヘリックスの詰込み(packing of
heliccs)、ヘリックスの出発点での負の電荷
を維持することによるヘリックスの安定化、ヘリックス
の開始(例えばヘリックスの出発点のプロリン)、挿入
されようとしている残基について許容された領域の外に
あるフアイ−プサイ(phi−psi)角に関与するの
で残基を代替すべきでないすべての位置。
【0050】II 好ましい態様においては以下のアミ
ノ酸も収集から外される: −触媒作用、コファクター結合(金属イオンやヌクレチ
ド)に関与するすべての残基 −(利用し得る場合の)相同酵素間で厳格に保存されて
いると思われるすべての位置。
ノ酸も収集から外される: −触媒作用、コファクター結合(金属イオンやヌクレチ
ド)に関与するすべての残基 −(利用し得る場合の)相同酵素間で厳格に保存されて
いると思われるすべての位置。
【0051】III ついで優先を各々の可能な突然変
異部位について帰属させることができる。これは残基の
構造環境、「標的」残基への距離、該部位での残基が関
与する水素結合パターン、及び溶媒の接近可能性(ac
cessibility)の検査によってなされる。対
イオンによる静電相互作用のマスキングをさけるために
標的残基から溶媒によって遮蔽され得ない部位での電荷
の導入が好ましい。従って一般に、タンパク質と溶媒と
の間の誘電作用の差により、タンパク質の内部に包埋さ
れているかまたはタンパク質表面上の割れ目に部分的に
包埋されているという事実により完全に溶媒和され得な
い電荷が完全に溶媒和されている電荷より作用を起こし
易い。さらに、グルコースイソメラーゼの場合、グルコ
ースのフラクトースへの変換は低いイオン強度で行わ
れ、従って対イオンによる遮蔽が、本発明の態様内の新
規グルコースイソメラーゼ内での新たに設計された電荷
−電荷相互作用とより少ない重大性においてしか干渉し
ないことが予想される。正の電荷へ代替する場合、上記
の選ばれた部位に対する低い優先(priority)
の割当てについての基準は −正の電荷の導入及び/または負の電荷の除去は4級構
造の保持(integrity)に影響を与えるであろ
う。 −標的残基から溶媒によって遮蔽されることが予想され
るように、従って溶媒が標的残基のpKaに対する作用
を減少させるように、該部位は完全に溶媒が接近し得
る。
異部位について帰属させることができる。これは残基の
構造環境、「標的」残基への距離、該部位での残基が関
与する水素結合パターン、及び溶媒の接近可能性(ac
cessibility)の検査によってなされる。対
イオンによる静電相互作用のマスキングをさけるために
標的残基から溶媒によって遮蔽され得ない部位での電荷
の導入が好ましい。従って一般に、タンパク質と溶媒と
の間の誘電作用の差により、タンパク質の内部に包埋さ
れているかまたはタンパク質表面上の割れ目に部分的に
包埋されているという事実により完全に溶媒和され得な
い電荷が完全に溶媒和されている電荷より作用を起こし
易い。さらに、グルコースイソメラーゼの場合、グルコ
ースのフラクトースへの変換は低いイオン強度で行わ
れ、従って対イオンによる遮蔽が、本発明の態様内の新
規グルコースイソメラーゼ内での新たに設計された電荷
−電荷相互作用とより少ない重大性においてしか干渉し
ないことが予想される。正の電荷へ代替する場合、上記
の選ばれた部位に対する低い優先(priority)
の割当てについての基準は −正の電荷の導入及び/または負の電荷の除去は4級構
造の保持(integrity)に影響を与えるであろ
う。 −標的残基から溶媒によって遮蔽されることが予想され
るように、従って溶媒が標的残基のpKaに対する作用
を減少させるように、該部位は完全に溶媒が接近し得
る。
【0052】同様に、金属結合部位の周囲の全体的負電
荷の増加によってpKaはより塩基性pH値に変位す
る。
荷の増加によってpKaはより塩基性pH値に変位す
る。
【0053】金属結合についてのKassの増加によ
る、金属酵素のpH−活性プロフィールのより低いpH
への変位 本発明の別の好ましい態様においては、pH−活性プロ
フィールのより低いpHへの変位はKassの増加によ
って達成される。
る、金属酵素のpH−活性プロフィールのより低いpH
への変位 本発明の別の好ましい態様においては、pH−活性プロ
フィールのより低いpHへの変位はKassの増加によ
って達成される。
【0054】金属酵素のpH−活性プロフィールのより
酸性のpHへの変位は金属結合についての会合定数を増
加することによって達成し得る。金属結合(metal
binding)についての会合定数は金属の配位子
による配位の最適化によって増加させることができる。
これはより良い配位子の導入またはより多くの配位子の
導入によって実現させ得る。静電相互作用ははるかに長
い距離に亘って金属結合についての会合定数に貢献し得
る。
酸性のpHへの変位は金属結合についての会合定数を増
加することによって達成し得る。金属結合(metal
binding)についての会合定数は金属の配位子
による配位の最適化によって増加させることができる。
これはより良い配位子の導入またはより多くの配位子の
導入によって実現させ得る。静電相互作用ははるかに長
い距離に亘って金属結合についての会合定数に貢献し得
る。
【0055】別の好ましい態様においては、金属結合に
ついての会合定数を増加させることによって、グルコー
スイソメラーゼのpH−活性プロフィールの酸性側をよ
り低いpHに変位させる。
ついての会合定数を増加させることによって、グルコー
スイソメラーゼのpH−活性プロフィールの酸性側をよ
り低いpHに変位させる。
【0056】グルコースイソメラーゼは1つのサブユニ
ットあたり2つのマグネシウムを結合し、テトラマーあ
たりでは8つのカチオンを結合し、それによって全電荷
を+16ほど増加させる(図1参照)。両結合部位とも
β−樽状部(β−barrel)のC末端に位置してい
る。「下方の」結合部位は樽状部のかなり深くに位置し
ており、キシリトール複合体では阻害剤からの2つの酸
素を直接結合する。第2の結合部位(「上方の」)はβ
−樽状部の末端近くであって、活性部位割れ目及びサブ
ユット界面の近くに位置している。
ットあたり2つのマグネシウムを結合し、テトラマーあ
たりでは8つのカチオンを結合し、それによって全電荷
を+16ほど増加させる(図1参照)。両結合部位とも
β−樽状部(β−barrel)のC末端に位置してい
る。「下方の」結合部位は樽状部のかなり深くに位置し
ており、キシリトール複合体では阻害剤からの2つの酸
素を直接結合する。第2の結合部位(「上方の」)はβ
−樽状部の末端近くであって、活性部位割れ目及びサブ
ユット界面の近くに位置している。
【0057】一般に、正に荷電したイオンが第二の粒子
に結合する場合、総括平衡親和性定数(overall
equilibrium affinity con
stant)のみならず会合及び解離速度定数(ass
ociation anddissociation
rate constants)は第2の粒子の電荷に
依存する。粒子も正に荷電している場合反力が起こり、
反対の電荷の場合には引力が起こる。小さなイオン、及
びある場合にはタンパク質について、この効果(eff
ect)を、反応速度のイオン強度依存性を研究するこ
とによって、定量できる。反対に荷電したイオンの会合
速度はイオン強度の増加に伴って減少し、同じ電荷の会
合速度はイオン強度の増加に伴って増加し、粒子の一方
(one)が荷電していない場合、イオン強度の影響は
ない。
に結合する場合、総括平衡親和性定数(overall
equilibrium affinity con
stant)のみならず会合及び解離速度定数(ass
ociation anddissociation
rate constants)は第2の粒子の電荷に
依存する。粒子も正に荷電している場合反力が起こり、
反対の電荷の場合には引力が起こる。小さなイオン、及
びある場合にはタンパク質について、この効果(eff
ect)を、反応速度のイオン強度依存性を研究するこ
とによって、定量できる。反対に荷電したイオンの会合
速度はイオン強度の増加に伴って減少し、同じ電荷の会
合速度はイオン強度の増加に伴って増加し、粒子の一方
(one)が荷電していない場合、イオン強度の影響は
ない。
【0058】グルコースイソメラーゼのマグネシウムに
対する親和性は、グルコースイソメラーゼ結合部位の全
体としての負の電荷と首尾一貫している(consis
tant with)イオン強度を増加するに従って減
少する。カチオンの結合性は荷電したアミノ酸を、カチ
オンの軌道(trajectory)に沿ったタンパク
質表面で活性部位の入口(entrance)上に、導
入することによって改変し得る。より具体的には、本発
明はカチオンの会合速度定数を改変するための静電力の
使用に関する。グルコースイソメラーゼは活性部位溝
(channel)近くへの負の電荷の付加(または正
の電荷の除去)によってカチオンについての会合定数を
増大するよう、または活性部位溝近くへの正の電荷の付
加(または負の電荷の除去)によってカチオンについて
の会合定数を減少する工作することができる。オフ速度
(off−rate)は実質上影響されないと予想され
るので、改変されたオン速度(on−rate)がカチ
オンの改変された全体としての会合定数をもたらす。β
樽状部のC末端に位置するループ領域が活性部位入口
(entry)を形づくるので、可能な突然変異部位は
これらの領域で捜索される。樽状部の安定性を妨害する
可能性をさけるために、β−鎖またはα−ヘリックス内
での代替は考慮されない。以下の合理的な考え(rat
ional)を用いることができる:
対する親和性は、グルコースイソメラーゼ結合部位の全
体としての負の電荷と首尾一貫している(consis
tant with)イオン強度を増加するに従って減
少する。カチオンの結合性は荷電したアミノ酸を、カチ
オンの軌道(trajectory)に沿ったタンパク
質表面で活性部位の入口(entrance)上に、導
入することによって改変し得る。より具体的には、本発
明はカチオンの会合速度定数を改変するための静電力の
使用に関する。グルコースイソメラーゼは活性部位溝
(channel)近くへの負の電荷の付加(または正
の電荷の除去)によってカチオンについての会合定数を
増大するよう、または活性部位溝近くへの正の電荷の付
加(または負の電荷の除去)によってカチオンについて
の会合定数を減少する工作することができる。オフ速度
(off−rate)は実質上影響されないと予想され
るので、改変されたオン速度(on−rate)がカチ
オンの改変された全体としての会合定数をもたらす。β
樽状部のC末端に位置するループ領域が活性部位入口
(entry)を形づくるので、可能な突然変異部位は
これらの領域で捜索される。樽状部の安定性を妨害する
可能性をさけるために、β−鎖またはα−ヘリックス内
での代替は考慮されない。以下の合理的な考え(rat
ional)を用いることができる:
【0059】− β−鎖のC末端とα−ヘリックスのN
末端の間の領域におけるすべての残基を選択する − 金属配位子(metal ligands)の周囲
15Å半径の球内の正味の正の電荷が置換によって減少
するすべての残基をさらなる考慮から除外する。金属結
合側(metal binding side)にあま
りに近接した負の電向の導入は金属配位子のpKaをよ
り高いpHへ変位させ、これによって低いpHで増加し
たKassの効果が打ち消される。 − 残りの残基の各々についてその利用し得る(acc
essible)表面積をタンパク質の関連において及
び半径1.4Åのプローブを用いて計算する。10Å2
より小さな利用し得る表面積しか有さない意味で包埋さ
れている残基を除外する。
末端の間の領域におけるすべての残基を選択する − 金属配位子(metal ligands)の周囲
15Å半径の球内の正味の正の電荷が置換によって減少
するすべての残基をさらなる考慮から除外する。金属結
合側(metal binding side)にあま
りに近接した負の電向の導入は金属配位子のpKaをよ
り高いpHへ変位させ、これによって低いpHで増加し
たKassの効果が打ち消される。 − 残りの残基の各々についてその利用し得る(acc
essible)表面積をタンパク質の関連において及
び半径1.4Åのプローブを用いて計算する。10Å2
より小さな利用し得る表面積しか有さない意味で包埋さ
れている残基を除外する。
【0060】構造的情報 酵素(または酵素:基質または酵素:阻害剤複合体)の
3次元(3D)構造の情報は導入することができる突然
変異について予想する上で重要である。
3次元(3D)構造の情報は導入することができる突然
変異について予想する上で重要である。
【0061】構造データがストレプトマイセス・ルビギ
ノーサス(Streptomyces rubigin
osus(Carrellら,J.Biol.Che
m.259(1984)3230−3236;Carr
elら,Proc.Natl.Acad.Sci.US
A 86,(1989)440−4444)、ストレプ
トマイセス・オリボクロモゲヌス(S.olivoch
romogenus)(Farberら,Protei
n Eng.1,(1987)467−475;Far
berら,Biochemistry 28(198
7)7289−7297)、アースロバクター(Art
hrobacter)(Handrickら,J.Mo
l.Biol.208(1989)127−157)及
びストレプトマイセス・アルバス(S.albus)
(Dauterら,FEBS Lett.247,1−
8)のグルコースイソメラーゼについて報告されてい
る。
ノーサス(Streptomyces rubigin
osus(Carrellら,J.Biol.Che
m.259(1984)3230−3236;Carr
elら,Proc.Natl.Acad.Sci.US
A 86,(1989)440−4444)、ストレプ
トマイセス・オリボクロモゲヌス(S.olivoch
romogenus)(Farberら,Protei
n Eng.1,(1987)467−475;Far
berら,Biochemistry 28(198
7)7289−7297)、アースロバクター(Art
hrobacter)(Handrickら,J.Mo
l.Biol.208(1989)127−157)及
びストレプトマイセス・アルバス(S.albus)
(Dauterら,FEBS Lett.247,1−
8)のグルコースイソメラーゼについて報告されてい
る。
【0062】これらの酵素についてのすべてアミノ酸配
列データがある訳ではないが、アクチノプラネス・ミソ
ウリエンシス(Actiroplanes misso
uriensic)のグルコースイソメラーゼとの3D
−構造の相同性は顕著である(F.Reyら,Prot
eins 4(1988)165−172参照)。本明
細書に記述された方法の一般的適用可能性を示すため、
種々の種に起源するグルコースイソメラーゼの遺伝子を
クローン化し配列決定した。ストレプトマイセス・ヴィ
オラセオルーバー(S.violaceorube
r)、ストレプトマイセス・ムリナス(S.murin
us)、アースロバクター・スピーシーズ及びストレプ
トマイセス・サーモバルガリス(S.thermovu
lgaris)の遺伝子から導かれたグルコースイソメ
ラーゼのアミノ酸配列は相同であることが示されてい
る。それぞれの遺伝子のヌクレオチド配列から導き出さ
れた、アンプラリーラ(Ampullariella)
・スピーシーズ(Saari,同書)及びストレプトマ
イセス・ヴィオラセオニガー(S.violaceon
iger)(Nucl.Acids Res.16(1
988)9337)のグルコースイソメラーゼの発表さ
れたアミノ酸配列はアクチノプラネス・ミソウリエンシ
スのグルコースイソメラーゼに密接な相同性を示してい
る。さらに、WO89/01520はストレプトマイセ
ス・ルビギノーサス(S.rubiginosus)の
グルコースイソメラーゼのアミノ酸配列がアンプラリー
ラ・スピーシーズのグルコースイソメラーゼに相同であ
ることを開示している。
列データがある訳ではないが、アクチノプラネス・ミソ
ウリエンシス(Actiroplanes misso
uriensic)のグルコースイソメラーゼとの3D
−構造の相同性は顕著である(F.Reyら,Prot
eins 4(1988)165−172参照)。本明
細書に記述された方法の一般的適用可能性を示すため、
種々の種に起源するグルコースイソメラーゼの遺伝子を
クローン化し配列決定した。ストレプトマイセス・ヴィ
オラセオルーバー(S.violaceorube
r)、ストレプトマイセス・ムリナス(S.murin
us)、アースロバクター・スピーシーズ及びストレプ
トマイセス・サーモバルガリス(S.thermovu
lgaris)の遺伝子から導かれたグルコースイソメ
ラーゼのアミノ酸配列は相同であることが示されてい
る。それぞれの遺伝子のヌクレオチド配列から導き出さ
れた、アンプラリーラ(Ampullariella)
・スピーシーズ(Saari,同書)及びストレプトマ
イセス・ヴィオラセオニガー(S.violaceon
iger)(Nucl.Acids Res.16(1
988)9337)のグルコースイソメラーゼの発表さ
れたアミノ酸配列はアクチノプラネス・ミソウリエンシ
スのグルコースイソメラーゼに密接な相同性を示してい
る。さらに、WO89/01520はストレプトマイセ
ス・ルビギノーサス(S.rubiginosus)の
グルコースイソメラーゼのアミノ酸配列がアンプラリー
ラ・スピーシーズのグルコースイソメラーゼに相同であ
ることを開示している。
【0063】大部分のグルコースイソメラーゼについて
3D構造データがないけれども、放線菌目からのすべて
のグルコースイソメラーゼは類似の4量体構成を有する
と結論できる。
3D構造データがないけれども、放線菌目からのすべて
のグルコースイソメラーゼは類似の4量体構成を有する
と結論できる。
【0064】一般に、全体的相同性が65%より大、好
ましくは74%(Amore及びHollenber
g,Nucl.Acids Res.17,7515
(1989)によると、アクチノプラネス・ミソウリエ
ンシスとストレプトマイセスのグルコースイソメラーゼ
の間の最低相同性)、及びより好ましくは85%より大
であって、かつ3D構造が類似している場合には、アミ
ノ酸代替は至適pHにおける同様な変化をもたらすと考
えられる。具体的には、放線菌目に属する種からのグル
コースイソメラーゼが、選択された部位でのアミノ酸代
替による至適pHの変化が類似するほど高い程度の類似
性を有すると予想される。アクチノプラネス・ミソウリ
エンシスはグルコースイソメラーゼを突然変異させるの
に好ましいソースとなる。
ましくは74%(Amore及びHollenber
g,Nucl.Acids Res.17,7515
(1989)によると、アクチノプラネス・ミソウリエ
ンシスとストレプトマイセスのグルコースイソメラーゼ
の間の最低相同性)、及びより好ましくは85%より大
であって、かつ3D構造が類似している場合には、アミ
ノ酸代替は至適pHにおける同様な変化をもたらすと考
えられる。具体的には、放線菌目に属する種からのグル
コースイソメラーゼが、選択された部位でのアミノ酸代
替による至適pHの変化が類似するほど高い程度の類似
性を有すると予想される。アクチノプラネス・ミソウリ
エンシスはグルコースイソメラーゼを突然変異させるの
に好ましいソースとなる。
【0065】図1はアクチノプラネス・ミソウリエンシ
スからのグルコースイソメラーゼの活性部位の図式的表
示である。
スからのグルコースイソメラーゼの活性部位の図式的表
示である。
【0066】図2は種々のグルコースイソメラーゼの一
列整列したアミノ酸配列を示す。
列整列したアミノ酸配列を示す。
【0067】本発明ではアミノ酸について三文字コード
及び一文字コードの両方を用いる(Stryer,L.
Biochemistry,P.13,第2版,W.
H.Freeman及び(omp.,NY,198
1)。
及び一文字コードの両方を用いる(Stryer,L.
Biochemistry,P.13,第2版,W.
H.Freeman及び(omp.,NY,198
1)。
【0068】実験例D−グルコースイソメラーゼ遺伝子のクローニング及び
発現 D−グルコースイソメラーゼ(GI)はD−キシロース
をD−キシルロースに変換する酵素であるD−キシロー
スイソメラーゼ(D−キシロース)ケトール−イソメラ
ーゼ(EC 5.3.1.5)について同義的に用いら
れる。巧みに工作されたE.コリ菌株によって生産され
るアクチノプラネス・ミソウリエンシスからのグルコー
スイソメラーゼはEcoAmi(DSM)GIと命名さ
れる。GIをコード化するアクチノプラネス・ミソウリ
エンシスの遺伝子を類似のE.コリxy1A遺伝子から
区別するため、前者をGIと称する。
発現 D−グルコースイソメラーゼ(GI)はD−キシロース
をD−キシルロースに変換する酵素であるD−キシロー
スイソメラーゼ(D−キシロース)ケトール−イソメラ
ーゼ(EC 5.3.1.5)について同義的に用いら
れる。巧みに工作されたE.コリ菌株によって生産され
るアクチノプラネス・ミソウリエンシスからのグルコー
スイソメラーゼはEcoAmi(DSM)GIと命名さ
れる。GIをコード化するアクチノプラネス・ミソウリ
エンシスの遺伝子を類似のE.コリxy1A遺伝子から
区別するため、前者をGIと称する。
【0069】DNA分子の操作方法はManiatis
ら(1982,Cold Spring Harbor
Laboratory)及びAusubelら(19
87,Current Protocols in M
olecular Biology(分子生物学におけ
る最近のプロトコル),John Wiley &So
ns社、ニューヨーク)に記載されている。アクチノプ
ラネス・ミソウリエンシスDSM43046からのグル
コースイソメラーゼのクローニング及びDNA配列決定
はEP−A−0351029に記載されている。導かれ
たGIのアミノ酸配列は番号を付され、図2で他のグル
コースイソメラーゼと比較されている。以下、アミノ酸
の番号付けは図2を参照する。
ら(1982,Cold Spring Harbor
Laboratory)及びAusubelら(19
87,Current Protocols in M
olecular Biology(分子生物学におけ
る最近のプロトコル),John Wiley &So
ns社、ニューヨーク)に記載されている。アクチノプ
ラネス・ミソウリエンシスDSM43046からのグル
コースイソメラーゼのクローニング及びDNA配列決定
はEP−A−0351029に記載されている。導かれ
たGIのアミノ酸配列は番号を付され、図2で他のグル
コースイソメラーゼと比較されている。以下、アミノ酸
の番号付けは図2を参照する。
【0070】EP−A−0351029に記述されたよ
うにして野性型及び突然変異GI酵素をE.コリ菌株K
514で生産した。
うにして野性型及び突然変異GI酵素をE.コリ菌株K
514で生産した。
【0071】発現産物の酵素活性のアッセイ グルコースイソメラーゼの酵素活性を以下に示すように
してアッセイした(酵素活性1単位は1分当り1.0μ
molの生産物−D−キシルロースまたはD−フラクト
ース−を生産する;従って、比活性−spa−はGI酵
素1mgあたりの単位として表される)。
してアッセイした(酵素活性1単位は1分当り1.0μ
molの生産物−D−キシルロースまたはD−フラクト
ース−を生産する;従って、比活性−spa−はGI酵
素1mgあたりの単位として表される)。
【0072】グルコースイソメラーゼによるキシロース
の異性化によって35°Cで生産されたキシルロースの
278nmでの吸収の増大を測定することによってGI
活性を直接アッセイできる。このアッセイは10mM
MgSO4を含有する50mMトリエタノールアミン緩
衝液、pH7.5中で0.1Mキシロースの存在下に行
った。アッセイにおけるグルコースイソメラーゼの最終
濃度は±0.01mg/mlであった。この濃度は、酵
素アッセイ混合物での希釈に先立ち、1.0mg/ml
の酵素溶液について278nmで1.08の吸光係数を
用いる吸収分光分析法によって正確に測定した。
の異性化によって35°Cで生産されたキシルロースの
278nmでの吸収の増大を測定することによってGI
活性を直接アッセイできる。このアッセイは10mM
MgSO4を含有する50mMトリエタノールアミン緩
衝液、pH7.5中で0.1Mキシロースの存在下に行
った。アッセイにおけるグルコースイソメラーゼの最終
濃度は±0.01mg/mlであった。この濃度は、酵
素アッセイ混合物での希釈に先立ち、1.0mg/ml
の酵素溶液について278nmで1.08の吸光係数を
用いる吸収分光分析法によって正確に測定した。
【0073】比活性はD−ソルビトールデヒドロゲナー
ゼとカップルさせたアッセイによって測定し、D−キシ
ルロースの酵素測定は、インキュベーション緩衝液が1
mMエチレンビス(オキシエチレンニトリロ)テトラ酢
酸(EGTA)をも含有することを除いて前述の如く
(Kersters−Hildersonら,Enzy
me Microb.Technol.9(1987)
145)、50mMトリスエタノールアミン、pH7.
5、10mM MgSO4及び0.1Mキシロース中、
±2×10−8MのD−ソルビトールデヒドロゲナーゼ
(L−イディトール(iditol):NADオキシド
リダクターゼ、ECl.1.14)及び0.15nM
NADHの存在下に35℃でD−キシルロースの酵素測
定を行った。このアッセイにおけるグルコールイソメラ
ーゼの最終濃度は±2.5×10−3mg/mlであ
り、この濃度は上述のようにして正確に測定した。
ゼとカップルさせたアッセイによって測定し、D−キシ
ルロースの酵素測定は、インキュベーション緩衝液が1
mMエチレンビス(オキシエチレンニトリロ)テトラ酢
酸(EGTA)をも含有することを除いて前述の如く
(Kersters−Hildersonら,Enzy
me Microb.Technol.9(1987)
145)、50mMトリスエタノールアミン、pH7.
5、10mM MgSO4及び0.1Mキシロース中、
±2×10−8MのD−ソルビトールデヒドロゲナーゼ
(L−イディトール(iditol):NADオキシド
リダクターゼ、ECl.1.14)及び0.15nM
NADHの存在下に35℃でD−キシルロースの酵素測
定を行った。このアッセイにおけるグルコールイソメラ
ーゼの最終濃度は±2.5×10−3mg/mlであ
り、この濃度は上述のようにして正確に測定した。
【0074】ケト糖を酸中のカルバゾールとの反応によ
る紫色の生産物の生成に基づくシステイン−カルバゾー
ル法(CCM)(Dische及びBorenfreu
nd,J.Biol.Chem.192(1951)5
83)を用いて、異性化反応中に生産されたD−フラク
トースを測定することによって、基質としてグルコース
を用いるGI活性をアッセイすることができる。
る紫色の生産物の生成に基づくシステイン−カルバゾー
ル法(CCM)(Dische及びBorenfreu
nd,J.Biol.Chem.192(1951)5
83)を用いて、異性化反応中に生産されたD−フラク
トースを測定することによって、基質としてグルコース
を用いるGI活性をアッセイすることができる。
【0075】
【実施例】実施例1:グルコースイソメラーゼ活性のpH依存性 野性型及び突然変異グルコースイソメラーゼのpH−活
性プロフィールを求めるため、10mM MgSO4及
び200mMキシロースの存在下pH(5.2−8.
0)の関数として活性を測定した(直接アッセイ法を用
いた)。非常に低い活性を有する変異体についてはカッ
プルさせたソルビトールデヒドロゲナーゼアッセイ系を
pH5.8と8.4の間で用いた。極端なpH値でソル
ビトールデヒドロゲナーゼ反応が速度制限的にならない
よう注意した。
性プロフィールを求めるため、10mM MgSO4及
び200mMキシロースの存在下pH(5.2−8.
0)の関数として活性を測定した(直接アッセイ法を用
いた)。非常に低い活性を有する変異体についてはカッ
プルさせたソルビトールデヒドロゲナーゼアッセイ系を
pH5.8と8.4の間で用いた。極端なpH値でソル
ビトールデヒドロゲナーゼ反応が速度制限的にならない
よう注意した。
【0076】200mMのキシロース及び異なる活性化
カチオンの存在下でのグルコースイソメラーゼ(すなわ
ちアクチノプラネス・ミソウリエンシスからの組換え野
性型酵素)のpH−活性プロフィールを図3に示す。図
3は7.0より下の酸性pH及び8.0より上のアルカ
リ性pHの両方での活性減少を示している。
カチオンの存在下でのグルコースイソメラーゼ(すなわ
ちアクチノプラネス・ミソウリエンシスからの組換え野
性型酵素)のpH−活性プロフィールを図3に示す。図
3は7.0より下の酸性pH及び8.0より上のアルカ
リ性pHの両方での活性減少を示している。
【0077】グルコースイソメラーゼについての適切な
定常状態での動力学機構は速度制限工程において生産物
に変換される酵素−糖複合体の急速な生成(いわゆる急
速平衡、ランダム順序機構(random order
ed mechanism)−図4参照)を包含する。
平衡及び過渡動力学蛍光測定(停止流 (stoppe
d flow))は2つの金属イオン結合部位の存在を
示す。停止流実験において金属イオンは連続的に結合す
る。高親和性金属は活性な立体配座(コンホーメーショ
ン)を継持することに役割を演じ、従って「立体配座」
部位と称せられる。第2の金属結合部位は活性化するカ
チオンを収容し、従ってこの部位は通常「触媒作用」部
位と称せられる。図4に示される反応スキームは定常状
態及び停止流実験を分析し比較するのに十分であると思
われる。原則的には定常状態での結果は2つの金属結合
部位を区別しないが、主たる効果は触媒性金属結合から
生じると想定される。
定常状態での動力学機構は速度制限工程において生産物
に変換される酵素−糖複合体の急速な生成(いわゆる急
速平衡、ランダム順序機構(random order
ed mechanism)−図4参照)を包含する。
平衡及び過渡動力学蛍光測定(停止流 (stoppe
d flow))は2つの金属イオン結合部位の存在を
示す。停止流実験において金属イオンは連続的に結合す
る。高親和性金属は活性な立体配座(コンホーメーショ
ン)を継持することに役割を演じ、従って「立体配座」
部位と称せられる。第2の金属結合部位は活性化するカ
チオンを収容し、従ってこの部位は通常「触媒作用」部
位と称せられる。図4に示される反応スキームは定常状
態及び停止流実験を分析し比較するのに十分であると思
われる。原則的には定常状態での結果は2つの金属結合
部位を区別しないが、主たる効果は触媒性金属結合から
生じると想定される。
【0078】キシロース変換の初期速度(V)のキシロ
ース及びマグネシウム濃度の関数としての分析は4つの
パラメーターの測定を可能にする:最大速度、遊離酵素
へのマグネシウム結合についての平衡定数(K1)、酵
素−糖複合体へのマグネシウム結合についての平衡定数
(K4)、遊離酵素へのキシロース結合の平衡定数(K
2)及び酵素−マグネシウム複合体へのキシロース結合
の平衡定数(K3)。
ース及びマグネシウム濃度の関数としての分析は4つの
パラメーターの測定を可能にする:最大速度、遊離酵素
へのマグネシウム結合についての平衡定数(K1)、酵
素−糖複合体へのマグネシウム結合についての平衡定数
(K4)、遊離酵素へのキシロース結合の平衡定数(K
2)及び酵素−マグネシウム複合体へのキシロース結合
の平衡定数(K3)。
【0079】
【化3】
【0080】マグネシウムイオン及びキシロース濃度の
組織的変化によって最大速度についての値及び4つの平
衡定数すべてについての値を得ることができた。図5は
これらのパラメーターのpH依存性を示す。
組織的変化によって最大速度についての値及び4つの平
衡定数すべてについての値を得ることができた。図5は
これらのパラメーターのpH依存性を示す。
【0081】図3と図5の結果の比較から、pHプロフ
ィールの酸性側を金属イオン結合によって完全に決定で
きることが分る。図5のデータは関与するイオン化の数
を計算するには十分正確でない。しかしながら、log
K1.4対pHのプロットの傾斜(傾斜>1)は1以上
のイオン化が関与し得ることを示している。K1とK4
のpH依存性における類似性は同じイオン化する基が
(同じ部位を含む)これら両プロセスにとって重要であ
ることを示している。
ィールの酸性側を金属イオン結合によって完全に決定で
きることが分る。図5のデータは関与するイオン化の数
を計算するには十分正確でない。しかしながら、log
K1.4対pHのプロットの傾斜(傾斜>1)は1以上
のイオン化が関与し得ることを示している。K1とK4
のpH依存性における類似性は同じイオン化する基が
(同じ部位を含む)これら両プロセスにとって重要であ
ることを示している。
【0082】実施例2:その代替が金属結合、イオン化
し得るアミノ酸のpKa値を改変する、グルコースイソ
メラーゼ中のアミノ酸残基の選択 グルコースイソメラーゼの場合において、本発明の詳し
い記述で概説した、代替について可能な位置の選択につ
いての基準を、異なるソースからの一列整列させた配列
(図2)及び阻害剤キシリトールと複合化させたアクチ
ノプラネス・ミソウリエンシスのグルコースイソメラー
ゼの高度に精密な構造(図1及び「発明の詳しい記述」
の「構造的情報」参照)を用いて適用した。2.2オン
グストロームの解像度を有する高度に精密な構造は阻害
剤及び2つの金属結合部位の位置を示している。アクチ
ノプラネス・ミソウリエンシスのグルコースイソメラー
ゼの活性部位の図式的表示を図1に示す。
し得るアミノ酸のpKa値を改変する、グルコースイソ
メラーゼ中のアミノ酸残基の選択 グルコースイソメラーゼの場合において、本発明の詳し
い記述で概説した、代替について可能な位置の選択につ
いての基準を、異なるソースからの一列整列させた配列
(図2)及び阻害剤キシリトールと複合化させたアクチ
ノプラネス・ミソウリエンシスのグルコースイソメラー
ゼの高度に精密な構造(図1及び「発明の詳しい記述」
の「構造的情報」参照)を用いて適用した。2.2オン
グストロームの解像度を有する高度に精密な構造は阻害
剤及び2つの金属結合部位の位置を示している。アクチ
ノプラネス・ミソウリエンシスのグルコースイソメラー
ゼの活性部位の図式的表示を図1に示す。
【0083】コバルト及びキシリトールと複合化させた
グルコースイソメラーゼ構造から、より正に荷電したア
ミノ酸残基への代替が標的イオン化可能基の周り15オ
ングストローム半径内における正の電荷の正味の増加を
生じさせる残基を選択した。グルコースイソメラーゼの
場合、標的は活性に必要とされる金属イオンの配位に関
与するイオン化し得る基である。これらのイオン化可能
基はGlu181、Glu217、Asp245、As
p255、Asp292のカルボニル基及びHis22
0のNEを包含する。
グルコースイソメラーゼ構造から、より正に荷電したア
ミノ酸残基への代替が標的イオン化可能基の周り15オ
ングストローム半径内における正の電荷の正味の増加を
生じさせる残基を選択した。グルコースイソメラーゼの
場合、標的は活性に必要とされる金属イオンの配位に関
与するイオン化し得る基である。これらのイオン化可能
基はGlu181、Glu217、Asp245、As
p255、Asp292のカルボニル基及びHis22
0のNEを包含する。
【0084】基準Iの適用後、80の可能な突然変異部
位が残った。これらの部位を以下に示す:
位が残った。これらの部位を以下に示す:
【0085】触媒作用残基及び厳密に保存された残基の
除外(基準II)後、以下の62の残基が残った:Al
a5,Leu15,Gln21,Ala25,Phe2
6,Asp28,Ala29,Gly47,Tyr4
9,
除外(基準II)後、以下の62の残基が残った:Al
a5,Leu15,Gln21,Ala25,Phe2
6,Asp28,Ala29,Gly47,Tyr4
9,
【0086】ついでこれら62の可能な突然変異部位の
各々について基準IIIに従って優先を帰属させた。以
下の24の部位が突然変異誘発に対し高い優先を有する
ものとして帰属させた:Ala25,Gly47,Ty
r49,Thr52,Phe61,Ile85,
各々について基準IIIに従って優先を帰属させた。以
下の24の部位が突然変異誘発に対し高い優先を有する
ものとして帰属させた:Ala25,Gly47,Ty
r49,Thr52,Phe61,Ile85,
【0087】選ばれた80のアミノ酸残基の1つもしく
はいくつかの正に荷電した残基への突然変異はグルコー
スイソメラーゼの金属結合のpKaの減少をもたらすで
あろう。これによってpH−活性プロフィールのより低
いpHへの対応する変位が生じ得る。
はいくつかの正に荷電した残基への突然変異はグルコー
スイソメラーゼの金属結合のpKaの減少をもたらすで
あろう。これによってpH−活性プロフィールのより低
いpHへの対応する変位が生じ得る。
【0088】同様に、選ばれた80のアミノ酸残基の1
つもしくはいくつかの負に荷電した残基への突然変異は
グルコースイソメラーゼの金属結合のpKaの増加を生
じさせるであろう。これによってpH−活性プロフィー
ルのより高いpHへの対応する変位が生じ得る。
つもしくはいくつかの負に荷電した残基への突然変異は
グルコースイソメラーゼの金属結合のpKaの増加を生
じさせるであろう。これによってpH−活性プロフィー
ルのより高いpHへの対応する変位が生じ得る。
【0089】実施例3:Lys 294の突然変異のp
H−活性プロフィールへの効果 グルコースイソメラーゼ−キシリトール複合体中でもっ
とも高く占拠された金属結合部位(図1中の395)か
ら約8オングストロームのところで、グルコースイソメ
ラーゼの位置294のところに正の電荷が位置してい
る。このリジンをアルギニンに代替することによってこ
の部位の突然変異を行った。この突然変異は位置294
での正の電荷を保存する。この突然変異体のpH−活性
プロフィールが野性型のと類似しているという観察はこ
の正の電荷の保存と首尾一貫する。
H−活性プロフィールへの効果 グルコースイソメラーゼ−キシリトール複合体中でもっ
とも高く占拠された金属結合部位(図1中の395)か
ら約8オングストロームのところで、グルコースイソメ
ラーゼの位置294のところに正の電荷が位置してい
る。このリジンをアルギニンに代替することによってこ
の部位の突然変異を行った。この突然変異は位置294
での正の電荷を保存する。この突然変異体のpH−活性
プロフィールが野性型のと類似しているという観察はこ
の正の電荷の保存と首尾一貫する。
【0090】しかしながら、リジン294をグルタミン
で代替することにより位置294での正の電荷を除去し
た場合には、pH−活性プロフィールの約0.5pH単
位のアルカリ性部位への変位が観察された。K294R
及びK294QについてのpH−活性プロフィールを図
6に示す。
で代替することにより位置294での正の電荷を除去し
た場合には、pH−活性プロフィールの約0.5pH単
位のアルカリ性部位への変位が観察された。K294R
及びK294QについてのpH−活性プロフィールを図
6に示す。
【0091】この実施例は活性部位の周りのグルコース
イソメラーゼの正味電荷を変化させることによって、該
タンパク質の活性部位において、1以上の官能基のpK
aを操作することが可能であることを例示している。
イソメラーゼの正味電荷を変化させることによって、該
タンパク質の活性部位において、1以上の官能基のpK
aを操作することが可能であることを例示している。
【0092】実施例4:Glu186の突然変異及びマ
グネシウムイオンのマンガンイオンによる代替のpH−
活性プロフィールへの影響 突然変異体E186Qにおいて負の電荷を中性の電荷に
代替して、金属配位子の周り15オングストローム半径
内の正の電荷の正味の増加を生じさせる。マグネシウム
の存在下でのE186QのpH−活性プロフィールを図
7に示す。pHプロフィールのアルカリ性側はより低い
pHの方へかなり変位している。マグネシウムの代りに
マンガンの存在下ではE186QのpH−活性プロフィ
ールはより低いpHに変位し、その至適pHでその活性
は野性型についてよりより高い(図8)。
グネシウムイオンのマンガンイオンによる代替のpH−
活性プロフィールへの影響 突然変異体E186Qにおいて負の電荷を中性の電荷に
代替して、金属配位子の周り15オングストローム半径
内の正の電荷の正味の増加を生じさせる。マグネシウム
の存在下でのE186QのpH−活性プロフィールを図
7に示す。pHプロフィールのアルカリ性側はより低い
pHの方へかなり変位している。マグネシウムの代りに
マンガンの存在下ではE186QのpH−活性プロフィ
ールはより低いpHに変位し、その至適pHでその活性
は野性型についてよりより高い(図8)。
【0093】マグネシウム以外の金属イオンを用い得る
適用については、低いpHでのE186Qとマンガンの
組合せは興味ある選択である。
適用については、低いpHでのE186Qとマンガンの
組合せは興味ある選択である。
【0094】電荷に関して保存的である突然変異E18
6Dも行われた。この突然変異体のpH−活性プロフィ
ールを図7及び8に示す。E186D突然変異体につい
ては活性のpH依存性は野性型酵素のそれとあまり異な
っていない。位置186での負電荷の除去はpH−活性
プロフィールをより酸性のpHへ変位させた。この実施
例は突然変異E186Qの根本的原理(nationa
le)が当てはまることを強調する。
6Dも行われた。この突然変異体のpH−活性プロフィ
ールを図7及び8に示す。E186D突然変異体につい
ては活性のpH依存性は野性型酵素のそれとあまり異な
っていない。位置186での負電荷の除去はpH−活性
プロフィールをより酸性のpHへ変位させた。この実施
例は突然変異E186Qの根本的原理(nationa
le)が当てはまることを強調する。
【0095】実施例5:Asp255の代替のpH−活
性プロフィールへの影響 グルコースイソメラーゼ中の実際の金属結合配位子であ
る、位置255の負に荷電したアスパラギン酸の中性ア
スパラギンによる代替はマンガンの存在下にpH−活性
プロフィールのより低いpHへの変位を生じさせる。至
適pHは約2pH単位より酸性pHに変位する。
性プロフィールへの影響 グルコースイソメラーゼ中の実際の金属結合配位子であ
る、位置255の負に荷電したアスパラギン酸の中性ア
スパラギンによる代替はマンガンの存在下にpH−活性
プロフィールのより低いpHへの変位を生じさせる。至
適pHは約2pH単位より酸性pHに変位する。
【0096】pH−活性プロフィールを図9に示す。
【0097】実施例6:改変されたpH−活性プロフィ
ールを有するグルコースイソメラーゼ 発明の詳しい記述で概観した方法に従って作出したグル
コースイソメラーゼ突然変異体のpH−活性相関を図
(10−20)に示す条件下に調べた。ある変異体のp
H−活性プロフィールは一方で突然変異のpKaに対す
る影響及び他方でKassに対する影響の結果である。
ールを有するグルコースイソメラーゼ 発明の詳しい記述で概観した方法に従って作出したグル
コースイソメラーゼ突然変異体のpH−活性相関を図
(10−20)に示す条件下に調べた。ある変異体のp
H−活性プロフィールは一方で突然変異のpKaに対す
る影響及び他方でKassに対する影響の結果である。
【0098】以下の突然変異体についての結果をそれら
の図に示す:F254K(図10)、F94R(図1
1)、F61K(図12)、A25K(図13)、D5
7N(図14)、L258K(図15)、Q204K
(図16)、R23Q(図17)、H54N(図1
8)、H290N(図19)、T95D(図20)。
の図に示す:F254K(図10)、F94R(図1
1)、F61K(図12)、A25K(図13)、D5
7N(図14)、L258K(図15)、Q204K
(図16)、R23Q(図17)、H54N(図1
8)、H290N(図19)、T95D(図20)。
【0099】正の電荷が導入されたか(F94R、F6
1K、A25K、L258K、Q204K)または負の
電荷が中和された(D57N)突然変異体については、
pH−活性プロフィールの酸性側がより低いpHに変位
している。
1K、A25K、L258K、Q204K)または負の
電荷が中和された(D57N)突然変異体については、
pH−活性プロフィールの酸性側がより低いpHに変位
している。
【0100】負の電荷が導入された(T95D)かまた
は正の電荷が中和された(R23Q、H54N、H29
0N)突然変異体については、pH−活性プロフィール
がより高いpHに変位していることが分る。
は正の電荷が中和された(R23Q、H54N、H29
0N)突然変異体については、pH−活性プロフィール
がより高いpHに変位していることが分る。
【0101】これらの観察は共に発明の詳しい記述に提
示したモデルと一致している。
示したモデルと一致している。
【0102】しかしながら、保存アミノ酸が代替された
突然変異体(F94R、D57N、H54N)はキシロ
ースに対する特異的活性の劇的な減少を与えることが注
意されるべきである。配列−列整列(図2)における位
置254では疎水性アミノ酸のみが見い出される。この
位置での荷電したアミノ酸の導入(F254K)も特異
的活性における劇的減少を与える。かくして、(半)保
存アミノ酸位置はpH−活性プロフィールを修飾する上
で電荷を改変するのに用いることができるけれども、こ
れらの位置は好ましい部位でないと結論できる。
突然変異体(F94R、D57N、H54N)はキシロ
ースに対する特異的活性の劇的な減少を与えることが注
意されるべきである。配列−列整列(図2)における位
置254では疎水性アミノ酸のみが見い出される。この
位置での荷電したアミノ酸の導入(F254K)も特異
的活性における劇的減少を与える。かくして、(半)保
存アミノ酸位置はpH−活性プロフィールを修飾する上
で電荷を改変するのに用いることができるけれども、こ
れらの位置は好ましい部位でないと結論できる。
【0103】実施例7:適用条件下でより良い性能を与
える改変された至適pHを有する突然変異体の安定化 実施例6に示した如く、突然変異体H290N及びF6
1KはpH−活性プロフィールにおいて予想された変位
を与える。これらの変異体中H290NをEP−A−3
51029(実施例7)に記述されたようにして固定化
した。野性型及びこの突然変異グルコースイソメラーゼ
の適用テストは同出願(実施例8)に記載されたように
して行った。安定性は1次崩壊定数(Kd、、この崩壊
定数が小さいほど酵素はより安定である)によって示
す。表2は野性型及び突然変異グルコースイソメラーゼ
についてのKd値を与える。
える改変された至適pHを有する突然変異体の安定化 実施例6に示した如く、突然変異体H290N及びF6
1KはpH−活性プロフィールにおいて予想された変位
を与える。これらの変異体中H290NをEP−A−3
51029(実施例7)に記述されたようにして固定化
した。野性型及びこの突然変異グルコースイソメラーゼ
の適用テストは同出願(実施例8)に記載されたように
して行った。安定性は1次崩壊定数(Kd、、この崩壊
定数が小さいほど酵素はより安定である)によって示
す。表2は野性型及び突然変異グルコースイソメラーゼ
についてのKd値を与える。
【0104】
【表2】
【0105】表2に見られる如く、H290Nは野性型
グルコースイソメラーゼと比較して不安定化されてい
る。K253Rは3より大なる比率で野性型グルコース
イソメラーゼを安定化することが見い出された。K25
3R変異体のpH−活性プロフィールは野性型酵素のそ
れと同じである。pH変異体H290Nと安定化変異体
H253Rの組合せは野性型酵素を安定化することが示
された突然変異を導入することによってpH変異体を安
定化できることを示す。
グルコースイソメラーゼと比較して不安定化されてい
る。K253Rは3より大なる比率で野性型グルコース
イソメラーゼを安定化することが見い出された。K25
3R変異体のpH−活性プロフィールは野性型酵素のそ
れと同じである。pH変異体H290Nと安定化変異体
H253Rの組合せは野性型酵素を安定化することが示
された突然変異を導入することによってpH変異体を安
定化できることを示す。
【0106】さらに、表2はpH変異体F61KがK2
53Rの導入によって野性型酵素に関し安定化されるこ
とを示している。
53Rの導入によって野性型酵素に関し安定化されるこ
とを示している。
【0107】F61KのpH−活性プロフィールの酸性
変位は二重変異体で維持されている(図21)。このこ
とは酵素の異なる性質を改良する突然変異は組み合わせ
て個々の突然変異の改良された性質(この場合改良され
た至適pH及び改良された安定性)を収容した新しい突
然変異体とすることができることを示している。
変位は二重変異体で維持されている(図21)。このこ
とは酵素の異なる性質を改良する突然変異は組み合わせ
て個々の突然変異の改良された性質(この場合改良され
た至適pH及び改良された安定性)を収容した新しい突
然変異体とすることができることを示している。
【0108】上述の実施例は本発明の概念を実証するた
めのものであり、その範囲を限定するためのものでない
ことが理解されるべきである。この観点から上述の突然
変異と改変された特性、例えば熱安定性、金属結合性も
しくは基質特異性を生じさせる他の突然変異との組合せ
も本発明の範囲内であることが明らかである。
めのものであり、その範囲を限定するためのものでない
ことが理解されるべきである。この観点から上述の突然
変異と改変された特性、例えば熱安定性、金属結合性も
しくは基質特異性を生じさせる他の突然変異との組合せ
も本発明の範囲内であることが明らかである。
【0109】
【発明の効果】本発明によって改変されたpH−活性プ
ロフィール:特に該プロフィールの酸性側がより酸性p
Hに変位したプロフィールを有する突然変異金属酵素、
特にグルコースイソメラーゼ、及びその取得方法が提供
される。
ロフィール:特に該プロフィールの酸性側がより酸性p
Hに変位したプロフィールを有する突然変異金属酵素、
特にグルコースイソメラーゼ、及びその取得方法が提供
される。
【図1】図1はグルコースイソメラーゼ−キシリトール
複合体の三次元構造から導かれた、アクチノプラネス・
ミソウリエンシスからのグルコースイソメラーゼの活性
部位の図式的表示を表す。阻害剤が図面の中央に十分に
詳しく示されている。アミノ酸残基については水素結合
に関与する原子のみが描かれている。アミノ酸残基名は
実線で描かれた箱に記載され、溶媒分子は点線で描かれ
た箱に記載されている。金属結合部位は395及び58
0と番号付けされた卵形のものによって表される。点線
は静電的相互作用を示す:細い点線は水素結合を表し、
太い点線は金属の提案された連結を表す。厳格に保存さ
れている(conserved)残基は星印(aste
rix)で印されている。保存されていない残基につい
ては見い出された代替が示されている。
複合体の三次元構造から導かれた、アクチノプラネス・
ミソウリエンシスからのグルコースイソメラーゼの活性
部位の図式的表示を表す。阻害剤が図面の中央に十分に
詳しく示されている。アミノ酸残基については水素結合
に関与する原子のみが描かれている。アミノ酸残基名は
実線で描かれた箱に記載され、溶媒分子は点線で描かれ
た箱に記載されている。金属結合部位は395及び58
0と番号付けされた卵形のものによって表される。点線
は静電的相互作用を示す:細い点線は水素結合を表し、
太い点線は金属の提案された連結を表す。厳格に保存さ
れている(conserved)残基は星印(aste
rix)で印されている。保存されていない残基につい
ては見い出された代替が示されている。
【図2】図2A及び図2Bは異なる微生物から得られた
グルコースイソメラーゼのアミノ酸配例のアラインメン
ト(一列整列)を示す。アクチノプラネス・ミソウリエ
ンシスのグルコースイソメラーゼの完全配列が与えられ
ている。アンプラリーラ(Ampullariell
a)のグルコースイソメラーゼのアミノ配列は発表され
た配列(Saari,J.Bacteriol.,16
9(1987)612)と1つの残基が異なっている:
発表された配列のプロリン177はアルギニンであるこ
とが判明した。ストレプトマイセス・サーモバルガリス
配列はアミノ酸346までしか確立されていない。未決
定の残基はブランクのままあけてある。点は他の配列の
いずれかと比較してこの位置のアミノ酸の欠如を示す。
異なる種は以下の記号で示される: 二次構造の割当て(assignment)はアクチノ
プラネス・ミソウリエンシスの構造において行った。樽
状部におけるヘリックスは実線で囲まれている。陰を付
した箱はβ−鎖を示す。
グルコースイソメラーゼのアミノ酸配例のアラインメン
ト(一列整列)を示す。アクチノプラネス・ミソウリエ
ンシスのグルコースイソメラーゼの完全配列が与えられ
ている。アンプラリーラ(Ampullariell
a)のグルコースイソメラーゼのアミノ配列は発表され
た配列(Saari,J.Bacteriol.,16
9(1987)612)と1つの残基が異なっている:
発表された配列のプロリン177はアルギニンであるこ
とが判明した。ストレプトマイセス・サーモバルガリス
配列はアミノ酸346までしか確立されていない。未決
定の残基はブランクのままあけてある。点は他の配列の
いずれかと比較してこの位置のアミノ酸の欠如を示す。
異なる種は以下の記号で示される: 二次構造の割当て(assignment)はアクチノ
プラネス・ミソウリエンシスの構造において行った。樽
状部におけるヘリックスは実線で囲まれている。陰を付
した箱はβ−鎖を示す。
【図3】図3は200mMのキシロース、10mMのマ
グネシウム(正方形)及び1mMのマンガン(円)の存
在下におけるグルコースイソメラーゼのpH−活性プロ
フィールを示す。
グネシウム(正方形)及び1mMのマンガン(円)の存
在下におけるグルコースイソメラーゼのpH−活性プロ
フィールを示す。
【図4】図4は金属イオンの存在下にグルコースイソメ
ラーゼによって触媒された異性化についての反応スキー
ムを示す。 E=酵素、S=基質、M=金属イオン、P=生産物
ラーゼによって触媒された異性化についての反応スキー
ムを示す。 E=酵素、S=基質、M=金属イオン、P=生産物
【図5】図5は定常状態の実験で観察されたグルコース
イソメラーゼとキシロース及びMg2+の反応のpH依
存性を示す。K1、K2、K3及びK4は明細書中及び
図4で与えられた反応スキーム中で説明された平衡定数
である。
イソメラーゼとキシロース及びMg2+の反応のpH依
存性を示す。K1、K2、K3及びK4は明細書中及び
図4で与えられた反応スキーム中で説明された平衡定数
である。
【図6】図6は200mMのキシロース及び10mMの
マグネシウムの存在下での突然変異体K294RとK2
94QについてのpH−活性プロフィールを示す。
マグネシウムの存在下での突然変異体K294RとK2
94QについてのpH−活性プロフィールを示す。
【図7】図7は200mMのキシロース及び10mMの
Mg2+の存在下でのE186QとE186Dについて
のpH−活性プロフィールを示す。
Mg2+の存在下でのE186QとE186Dについて
のpH−活性プロフィールを示す。
【図8】図8は200mMのキシロースと1mMのMn
2+の存在下でのE186DとE186Qについてのp
H−活性プロフィールを示す。
2+の存在下でのE186DとE186Qについてのp
H−活性プロフィールを示す。
【図9】図9は200mMのキシロースと1mMのマン
ガンの存在下での突然変異体D255NのpH−活性プ
ロフィールを示す。
ガンの存在下での突然変異体D255NのpH−活性プ
ロフィールを示す。
【図10−20】図10−20は以下の突然変異体につ
いての標準化した(normalized)pH−活性
プロフィールを示す:F254K(図10)、F94R
(図11)、F61K(図12)、A25K(図1
3)、D57N(図14)、L258K(図15)、Q
204K(図16)、R23Q(図17)、H54N
(図18)、H290N(図19)、T95D(図2
0)。条件は各図中に示す。
いての標準化した(normalized)pH−活性
プロフィールを示す:F254K(図10)、F94R
(図11)、F61K(図12)、A25K(図1
3)、D57N(図14)、L258K(図15)、Q
204K(図16)、R23Q(図17)、H54N
(図18)、H290N(図19)、T95D(図2
0)。条件は各図中に示す。
【図21】図21は突然変異体F61KK253Rにつ
いての標準化されたpH−活性プロフィールを示す。条
件は該図中に示す。
いての標準化されたpH−活性プロフィールを示す。条
件は該図中に示す。
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成5年7月1日
【手続補正3】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図面の簡単な説明
【補正方法】変更
【補正内容】
【図面の簡単な説明】
【図1】図1はグルコースイソメラーゼ−キシリトール
複合体の三次元構造から導かれた、アクチノプラネス・
ミソウリエンシスからのグルコースイソメラーゼの活性
部位の図式的表示を表す。阻害剤が図面の中央に十分に
詳しく示されている。アミノ酸残基については水素結合
に関与する原子のみが描かれている。アミノ酸残基名は
実線で描かれた箱に記載され、溶媒分子は点線で描かれ
た箱に記載されている。金属結合部位は395及び58
0と番号付けされた卵形のものによって表される。点線
は静電的相互作用を示す:細い点線は水素結合を表し、
太い点線は金属の提案された連結を表す。厳格に保存さ
れている(conserved)残基は星印(aste
rix)で印されている。保存されていない残基につい
ては見い出された代替が示されている。
複合体の三次元構造から導かれた、アクチノプラネス・
ミソウリエンシスからのグルコースイソメラーゼの活性
部位の図式的表示を表す。阻害剤が図面の中央に十分に
詳しく示されている。アミノ酸残基については水素結合
に関与する原子のみが描かれている。アミノ酸残基名は
実線で描かれた箱に記載され、溶媒分子は点線で描かれ
た箱に記載されている。金属結合部位は395及び58
0と番号付けされた卵形のものによって表される。点線
は静電的相互作用を示す:細い点線は水素結合を表し、
太い点線は金属の提案された連結を表す。厳格に保存さ
れている(conserved)残基は星印(aste
rix)で印されている。保存されていない残基につい
ては見い出された代替が示されている。
【図2】図2は異なる微生物から得られたグルコースイ
ソメラーゼのアミノ酸配列のアラインメント(一列整
列)を示す。アクチノプラネス・ミソウリエンシスのグ
ルコースイソメラーゼの完全配列が与えられている。ア
ンプラリーラ(Ampullariella)のグルコ
ースイソメラーゼのアミノ配列は発表された配列(sa
ari,J.Bacteriol.,169(198
7)612)と1つの残基が異なっている:発表された
配列のプロリン177はアルギニンであることが判明し
た。ストレプトマイセス・サーモバルガリス配列はアミ
ノ酸346までしか確立されていない。未決定の残基は
ブランクのままあけてある。点は他の配列のいずれかと
比較してこの位置のアミノ酸の欠如を示す。異なる種は
以下の記号で示される: Ami. : Actinoplanes miss
ouriensisDSM 4643 Amp. : Ampullariella spe
cies ATCC31351 Svi. : Streptomyces viol
aceoruberLMG 7183 Smu. : Streptomyces muri
nus Sth. : Streptomyces ther
movulgarisDSM 40444 Art. : Arthrobacter spec
ies Bsu. : Bacillus subtilis Eco. : Escherichia coli Lxy. : Lactobacillus xyl
osus 二次構造の割当て(assignment)はアクチノ
プラネス・ミソウリエンシスの構造において行った。樽
状部におけるヘリックスは実線で囲まれている。陰を付
した箱はβ−鎖を示す。
ソメラーゼのアミノ酸配列のアラインメント(一列整
列)を示す。アクチノプラネス・ミソウリエンシスのグ
ルコースイソメラーゼの完全配列が与えられている。ア
ンプラリーラ(Ampullariella)のグルコ
ースイソメラーゼのアミノ配列は発表された配列(sa
ari,J.Bacteriol.,169(198
7)612)と1つの残基が異なっている:発表された
配列のプロリン177はアルギニンであることが判明し
た。ストレプトマイセス・サーモバルガリス配列はアミ
ノ酸346までしか確立されていない。未決定の残基は
ブランクのままあけてある。点は他の配列のいずれかと
比較してこの位置のアミノ酸の欠如を示す。異なる種は
以下の記号で示される: Ami. : Actinoplanes miss
ouriensisDSM 4643 Amp. : Ampullariella spe
cies ATCC31351 Svi. : Streptomyces viol
aceoruberLMG 7183 Smu. : Streptomyces muri
nus Sth. : Streptomyces ther
movulgarisDSM 40444 Art. : Arthrobacter spec
ies Bsu. : Bacillus subtilis Eco. : Escherichia coli Lxy. : Lactobacillus xyl
osus 二次構造の割当て(assignment)はアクチノ
プラネス・ミソウリエンシスの構造において行った。樽
状部におけるヘリックスは実線で囲まれている。陰を付
した箱はβ−鎖を示す。
【図3】図3は異なる微生物から得られたグルコースイ
ソメラーゼのアミノ酸配列のアラインメント(一列整
列)を示す。アクチノプラネス・ミソウリエンシスのグ
ルコースイソメラーゼの完全配列が与えられている。ア
ンプラリーラ(Ampullariella)のグルコ
ースイソメラーゼのアミノ配列は発表された配列(sa
ari,J.Bacteriol.,169(198
7)612)と1つの残基が異なっている:発表された
配列のプロリン177はアルギニンであることが判明し
た。ストレプトマイセス・サーモバルガリス配列はアミ
ノ酸346までしか確立されていない。未決定の残基は
ブランクのままあけてある。点は他の配列のいずれかと
比較してこの位置のアミノ酸の欠如を示す。異なる種は
以下の記号で示される: Ami. : Actinoplanes miss
ouriensisDSM 4643 Amp. : Ampullariella spe
cies ATCC31351 Svi. : Streptomyces viol
aceoruberLMG 7183 Smu. : Streptomyces muri
nus Sth. : Streptomyces ther
movulgarisDSM 40444 Art. : Arthrobacter spec
ies Bsu. : Bacillus subtilis Eco. : Escherichia coli Lxy. : Lactobacillus xyl
osus 二次構造の割当て(assignment)はアクチノ
プラネス・ミソウリエンシスの構造において行った。樽
状部におけるヘリックスは実線で囲まれている。陰を付
した箱はβ−鎖を示す。
ソメラーゼのアミノ酸配列のアラインメント(一列整
列)を示す。アクチノプラネス・ミソウリエンシスのグ
ルコースイソメラーゼの完全配列が与えられている。ア
ンプラリーラ(Ampullariella)のグルコ
ースイソメラーゼのアミノ配列は発表された配列(sa
ari,J.Bacteriol.,169(198
7)612)と1つの残基が異なっている:発表された
配列のプロリン177はアルギニンであることが判明し
た。ストレプトマイセス・サーモバルガリス配列はアミ
ノ酸346までしか確立されていない。未決定の残基は
ブランクのままあけてある。点は他の配列のいずれかと
比較してこの位置のアミノ酸の欠如を示す。異なる種は
以下の記号で示される: Ami. : Actinoplanes miss
ouriensisDSM 4643 Amp. : Ampullariella spe
cies ATCC31351 Svi. : Streptomyces viol
aceoruberLMG 7183 Smu. : Streptomyces muri
nus Sth. : Streptomyces ther
movulgarisDSM 40444 Art. : Arthrobacter spec
ies Bsu. : Bacillus subtilis Eco. : Escherichia coli Lxy. : Lactobacillus xyl
osus 二次構造の割当て(assignment)はアクチノ
プラネス・ミソウリエンシスの構造において行った。樽
状部におけるヘリックスは実線で囲まれている。陰を付
した箱はβ−鎖を示す。
【図4】図4は200mMのキシロース、10mMのマ
グネシウム(正方形)及び1mMのマンガン(円)の存
在下におけるグルコースイソメラーゼのpH−活性プロ
フィールを示す。
グネシウム(正方形)及び1mMのマンガン(円)の存
在下におけるグルコースイソメラーゼのpH−活性プロ
フィールを示す。
【図5】図5は金属イオンの存在下にグルコースイソメ
ラーゼによって触媒された異性化についての反応スキー
ムを示す。 E=酵素、S=基質、M=金属イオン、P=生産物
ラーゼによって触媒された異性化についての反応スキー
ムを示す。 E=酵素、S=基質、M=金属イオン、P=生産物
【図6】図6は定常状態の実験で観察されたグルコース
イソメラーゼとキシロース及びMg2+の反応のpH依
存性を示す。K1、K2、K3及びK4は明細書中及び
図4で与えられた反応スキーム中で説明された平衡定数
である。
イソメラーゼとキシロース及びMg2+の反応のpH依
存性を示す。K1、K2、K3及びK4は明細書中及び
図4で与えられた反応スキーム中で説明された平衡定数
である。
【図7】図7は200mMのキシロース及び10mMの
マグネシウムの存在下での突然変異体K294RとK2
94QについてのpH−活性プロフィールを示す。
マグネシウムの存在下での突然変異体K294RとK2
94QについてのpH−活性プロフィールを示す。
【図8】図8は200mMのキシロース及び10mMの
Mg2+の存在下でのE186QとE186Dについて
のpH−活性プロフィールを示す。
Mg2+の存在下でのE186QとE186Dについて
のpH−活性プロフィールを示す。
【図9】図9は200mMのキシロースと1mMのMn
2+の存在下でのE186DとE186Qについてのp
H−活性プロフィールを示す。
2+の存在下でのE186DとE186Qについてのp
H−活性プロフィールを示す。
【図10】図10は200mMのキシロース及び1mM
のマンガンの存在下での突然変異体D255NのpH−
活性プロフィールを示す。
のマンガンの存在下での突然変異体D255NのpH−
活性プロフィールを示す。
【図11】図11はF254K突然変異体についての標
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
【図12】図12はF94R突然変異体についての標準
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
【図13】図13はF61K突然変異体についての標準
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
【図14】図14はA25K突然変異体についての標準
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
【図15】図15はD57N突然変異体についての標準
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
【図16】図16はL258K突然変異体についての標
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
【図17】図17はQ204K突然変異体についての標
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
【図18】図18はR23Q突然変異体についての標準
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
【図19】図19はH54N突然変異体についての標準
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
【図20】図20はH290N突然変異体についての標
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
準化した(normalized)pH−活性プロフィ
ールを示す:条件は図中に示す。
【図21】図21はT95D突然変異体についての標準
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
化した(normalized)pH−活性プロフィー
ルを示す:条件は図中に示す。
【図22】図22は突然変異体F61KK253Rにつ
いての標準化されたpH−活性プロフィールを示す。条
件は該図中に示す。
いての標準化されたpH−活性プロフィールを示す。条
件は該図中に示す。
【手続補正4】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正内容】
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図10】
【図7】
【図8】
【図9】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.5 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 (C12N 15/61 C12R 1:045) (72)発明者 アン マリー ヴィルジニーエ ルネ ラ ンベール ベルギー国 3030 エーヴェルレエ ビュ ス 43 スパーランドレーフ 30 (72)発明者 イニャース ラステル ベルギー国 3081 ペルク リュートガル ディスストラート 24 (72)発明者 ナディール ムラベ ベルギー国 1080 ケーケルベルグ アヴ ェニュー ド ラ バゼリーク 380 5 ア (72)発明者 ウィルヘルムス ヨハネス クワックス オランダ国 2253ヴェーベー フォールシ ョッテン ヤン ファン ガレンラーン 8 (72)発明者 ヤン メツク ファン デル ラーン オランダ国 9718ペーエー クローニンイ ェンコルテ ストラート 13 (72)発明者 オンノ ミセット オランダ国 2623セーカー デルフト オ ッテルラーン 2
Claims (17)
- 【請求項1】 その金属酵素をコード化する遺伝子の発
現によって得られ、野性型酵素と少なくとも1つのアミ
ノ酸が異なり、及び改変されたpH−活性プロフィール
を示す突然変異金属酵素。 - 【請求項2】 改変されたpH−活性プロフィールまた
はその少なくとも酸性部分がより低いpH値の方へ変位
している請求項1の突然変異金属酵素。 - 【請求項3】 代替されたアミノ酸残基がより正に荷電
した残基によって代替されている請求項1または2の突
然変異金属酵素。 - 【請求項4】 金属酵素がグルコースイソメラーゼであ
る請求項1−3のいずれか1つの突然変異金属酵素。 - 【請求項5】 グルコースイソメラーゼが放線菌目の微
生物から得られる請求項4の突然変異グルコースイソメ
ラーゼ。 - 【請求項6】 グルコースイソメラーゼがアクチノプラ
ネス・ミソウリエンシスから得られる請求項5の突然変
異グルコースイソメラーゼ。 - 【請求項7】 pH−活性プロフィールまたはその少な
くとも酸性部分がより低いpH値の方へ変位している請
求項4−6のいずれかの突然変異グルコースイソメラー
ゼ。 - 【請求項8】 標的残基の周囲15Åの球内にアミノ酸
置換を有する請求項4−7のいずれかの突然変異グルコ
ースイソメラーゼ。 - 【請求項9】 代替されたアミノ酸残基がより正に荷電
した残基によって代替されている請求項4−8のいずれ
か1つの突然変異グルコースイソメラーゼ。 - 【請求項10】 以下のアミノ酸の少なくとも1つ、ま
たは相同グルコースイソメラーゼの対応位置のアミノ酸
が野性型では見られないアミノ酸によって代替されてい
る請求項4−9のいずれか1つの突然変異グルコースイ
ソメラーゼ: - 【請求項11】 以下のアミノ酸の少なくとも1つ、ま
たは相同グルコースイソメラーゼの対応位置のアミノ酸
が野性型では見られないアミノ酸によって代替されてい
る請求項4−9のいずれ1つの突然変異グルコースイソ
メラーゼ: - 【請求項12】 以下のアミノ酸の少なくとも1つ、ま
たは相同グルコースイソメラーゼの対応位置のアミノ酸
が野性型では見られないアミノ酸によって代替されてい
る請求項4−9のいずれか1つの突然変異グルコースイ
ソメラーゼ: - 【請求項13】 以下のアミノ酸代替の少なくとも1つ
を含有する請求項6の突然変異グルコースイソメラー
ゼ: - 【請求項14】 少なくとも1つのアミノ酸を異なった
風に荷電した側鎖を有するアミノ酸で代替することを特
徴とするグルコースイソメラーゼのpH−活性プロフィ
ールを改変する方法。 - 【請求項15】 標的残基の周囲15Åの球内のアミノ
酸をより正に荷電したアミノ酸で代替する請求項14の
方法。 - 【請求項16】 以下の工程よりなる請求項1−13の
いずれか1つの突然変異グルコースイソメラーゼを取得
する方法: a) グルコースイソメラーゼをコード化するDNA配
列を得、 b) この配列を選ばれたヌクレオチド位置で突然変異
させ、 c) 突然変異させた配列を発現ベクター中にDNA配
列が発現されるようにクローン化、 d) 宿生生物または細胞を該ベクターで形質転換し、 e) 宿生生物を培養し、 f) グルコースイソメラーゼを単離する。 - 【請求項17】 先行請求項のいずれか1つの突然変異
グルコースイソメラーゼの糖分子の変換における使用。
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|---|---|---|---|
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| NL90200030.6 | 1990-01-04 | ||
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| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
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| US5989887A (en) * | 1992-11-25 | 1999-11-23 | Dsm N.V. | Cloning and expression of DNA molecules incoding arabinan-degrading enzymes of fungal origin |
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