JPH06339374A - バチルスコアグランスから得られる新規な制限エンドヌクレアーゼ及びその製造方法 - Google Patents
バチルスコアグランスから得られる新規な制限エンドヌクレアーゼ及びその製造方法Info
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- JPH06339374A JPH06339374A JP3186917A JP18691791A JPH06339374A JP H06339374 A JPH06339374 A JP H06339374A JP 3186917 A JP3186917 A JP 3186917A JP 18691791 A JP18691791 A JP 18691791A JP H06339374 A JPH06339374 A JP H06339374A
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- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
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Abstract
(57)【要約】 (修正有)
【目的】Bacillus coagulansから得られる新規なタイプ
IIの制限エンドヌクレアーゼを提供する。 【構成】Bcg Iと称するエンドヌクレアーゼは、以下の
ヌクレオチド配列: 5’/(N)10CGA(N)6TGC(N)12/3’ 3’/(N)12GCT(N)6ACG(N)10/5’ を認識し、その認識配列の外側両端に切断場所を有し、
34塩基対フラグメントを生成する。Bacillus coagulans
から精製したBcg Iを得る方法、染色体DNAをマッピ
ングする方法及びBcg Iなどの酵素での形質転換体に於
けるバックグラウンドを減少させる方法より構成され
る。
IIの制限エンドヌクレアーゼを提供する。 【構成】Bcg Iと称するエンドヌクレアーゼは、以下の
ヌクレオチド配列: 5’/(N)10CGA(N)6TGC(N)12/3’ 3’/(N)12GCT(N)6ACG(N)10/5’ を認識し、その認識配列の外側両端に切断場所を有し、
34塩基対フラグメントを生成する。Bacillus coagulans
から精製したBcg Iを得る方法、染色体DNAをマッピ
ングする方法及びBcg Iなどの酵素での形質転換体に於
けるバックグラウンドを減少させる方法より構成され
る。
Description
【0001】
【発明の背景】本発明は、バチルスコアグランス(Baci
llus coagulans)から得ることができる新規な制限エン
ドヌクレアーゼ、即ちBcgIと、その製造方法及びこの
新規な酵素を使用する関連方法に関する。
llus coagulans)から得ることができる新規な制限エン
ドヌクレアーゼ、即ちBcgIと、その製造方法及びこの
新規な酵素を使用する関連方法に関する。
【0002】多くの細菌は、外来のDNAの侵入に対す
る保護システムを有する。細菌細胞は、DNAが通常適
切な対応するDNAメチラーゼによって予め修飾されて
いない限り、侵入DNAの二重鎖を切断する特定のエン
ドヌクレアーゼを含む。この付随メチラーゼを有するエ
ンドヌクレアーゼは、制限−修飾システム(以後、『R-
Mシステム(a restriction-modification system)』と
称する)と呼ばれる。R-Mシステムの主要な機能は、細
菌細胞を、これらに寄生しようとするプラスミドDNA
分子及び細菌ファージによって感染しないようにし得る
ことで、防御的である。
る保護システムを有する。細菌細胞は、DNAが通常適
切な対応するDNAメチラーゼによって予め修飾されて
いない限り、侵入DNAの二重鎖を切断する特定のエン
ドヌクレアーゼを含む。この付随メチラーゼを有するエ
ンドヌクレアーゼは、制限−修飾システム(以後、『R-
Mシステム(a restriction-modification system)』と
称する)と呼ばれる。R-Mシステムの主要な機能は、細
菌細胞を、これらに寄生しようとするプラスミドDNA
分子及び細菌ファージによって感染しないようにし得る
ことで、防御的である。
【0003】細菌は、通常、種(species)当たりほん
の少数の制限エンドヌクレアーゼしか有さない。エンド
ヌクレアーゼは、由来する細菌に従って名付けられる。
そこで、例えばHaemophilus aegyptius種は、HaeI、Ha
e II及びHae IIIと名付けられる3つの異なる制限エン
ドヌクレアーゼを合成する。これらの酵素は、各々配列
(AT)GGCC(AT)、PuGCGCPy及びGG
CCを認識し且つ切断する。一方、Escherichia coli R
Y13は、たった1種の制限エンドヌクレアーゼ、即ち配
列GAATTCを認識するEcoR Iを合成する。
の少数の制限エンドヌクレアーゼしか有さない。エンド
ヌクレアーゼは、由来する細菌に従って名付けられる。
そこで、例えばHaemophilus aegyptius種は、HaeI、Ha
e II及びHae IIIと名付けられる3つの異なる制限エン
ドヌクレアーゼを合成する。これらの酵素は、各々配列
(AT)GGCC(AT)、PuGCGCPy及びGG
CCを認識し且つ切断する。一方、Escherichia coli R
Y13は、たった1種の制限エンドヌクレアーゼ、即ち配
列GAATTCを認識するEcoR Iを合成する。
【0004】制限エンドヌクレアーゼ、即ちR-Mシステ
ムの第1成分は、DNA分子の分解に実際に使用するた
めに、その認識配列及び切断特異性に関して主に特徴付
けられてきた。制限エンドヌクレアーゼの大部分は、4-
6のヌクレオチド長の配列を認識する。より最近では、7
-8のヌクレオチド長の認識配列を有する制限エンドヌク
レアーゼが発見された。全部ではないが、大部分の認識
部位は2回対称軸を含み、多くの場合、部位内部の塩基
は総て独自に特異化されている。制限エンドヌクレアー
ゼの認識配列に於けるこの対称的な関係は、『パリンド
ローム』と呼称されている。幾つかの制限エンドヌクレ
アーゼは、同一位置で複数の塩基を識別し得るという点
で、退化(degenerate)または緩和した(relaxed)特
異性を有する。配列GGCCを認識するHae IIIは、対
称関係を有する制限エンドヌクレアーゼの一例であり、
一方、配列PuGCGCPyを認識するHae IIは、退化
または緩和した特異性を有する制限エンドヌクレアーゼ
の代表である。対称認識部位を持つエンドヌクレアーゼ
は、一般に認識部位内部またはそれに隣接する部位を対
称に切断するが、非対称部位を認識するエンドヌクレア
ーゼは、認識部位から距離を於いて切断する傾向があ
り、通常約1〜18塩基対離れて切断する。
ムの第1成分は、DNA分子の分解に実際に使用するた
めに、その認識配列及び切断特異性に関して主に特徴付
けられてきた。制限エンドヌクレアーゼの大部分は、4-
6のヌクレオチド長の配列を認識する。より最近では、7
-8のヌクレオチド長の認識配列を有する制限エンドヌク
レアーゼが発見された。全部ではないが、大部分の認識
部位は2回対称軸を含み、多くの場合、部位内部の塩基
は総て独自に特異化されている。制限エンドヌクレアー
ゼの認識配列に於けるこの対称的な関係は、『パリンド
ローム』と呼称されている。幾つかの制限エンドヌクレ
アーゼは、同一位置で複数の塩基を識別し得るという点
で、退化(degenerate)または緩和した(relaxed)特
異性を有する。配列GGCCを認識するHae IIIは、対
称関係を有する制限エンドヌクレアーゼの一例であり、
一方、配列PuGCGCPyを認識するHae IIは、退化
または緩和した特異性を有する制限エンドヌクレアーゼ
の代表である。対称認識部位を持つエンドヌクレアーゼ
は、一般に認識部位内部またはそれに隣接する部位を対
称に切断するが、非対称部位を認識するエンドヌクレア
ーゼは、認識部位から距離を於いて切断する傾向があ
り、通常約1〜18塩基対離れて切断する。
【0005】細菌のR-Mシステムの第2成分は、修飾メ
チラーゼである。これらの酵素は、制限エンドヌクレア
ーゼに対し相補的であり、これによって細菌が自分自身
のDNAを保護でき、且つ自分自身と外来の感染しよう
とするDNAとを区別する手段を備える。修飾メチラー
ゼは、対応する制限エンドヌクレアーゼと同様に、同一
ヌクレオチド認識配列を認識し且つこれと結合し得る
が、DNAを分解するかわりに、これらは配列内部にメ
チル基を添加することによって1つまたはそれ以上のヌ
クレオチドを化学的に修飾する。メチル化後には、認識
配列は、対応する制限エンドヌクレアーゼによってもは
や結合も切断もされない。細菌細胞のDNAは、その修
飾メチラーゼの活性によって常に十分に修飾されている
ので、内因性の制限エンドヌクレアーゼの存在に対して
完全に感受性である。制限エンドヌクレアーゼの認識及
び攻撃に対して感受性があるのは、修飾されていない、
従って外来のものとして認識し得るDNAだけであ
る。。
チラーゼである。これらの酵素は、制限エンドヌクレア
ーゼに対し相補的であり、これによって細菌が自分自身
のDNAを保護でき、且つ自分自身と外来の感染しよう
とするDNAとを区別する手段を備える。修飾メチラー
ゼは、対応する制限エンドヌクレアーゼと同様に、同一
ヌクレオチド認識配列を認識し且つこれと結合し得る
が、DNAを分解するかわりに、これらは配列内部にメ
チル基を添加することによって1つまたはそれ以上のヌ
クレオチドを化学的に修飾する。メチル化後には、認識
配列は、対応する制限エンドヌクレアーゼによってもは
や結合も切断もされない。細菌細胞のDNAは、その修
飾メチラーゼの活性によって常に十分に修飾されている
ので、内因性の制限エンドヌクレアーゼの存在に対して
完全に感受性である。制限エンドヌクレアーゼの認識及
び攻撃に対して感受性があるのは、修飾されていない、
従って外来のものとして認識し得るDNAだけであ
る。。
【0006】1000個以上の種々の制限エンドヌクレアー
ゼが、細菌株から単離されたが、多くは共通の特異性を
共有する。同一配列を認識する制限エンドヌクレアーゼ
は、『アイソシゾマー(isoschizomers)』と呼ばれ
る。アイソシゾマーの認識配列は同一であっても、切断
部位に関しては千差万別であり[例えば、XmaI、SmaIに
関しては、Endowら.,J.Mol .Biol.112:521(1977);Waa
lwijkら,Nucleic AcidsRes.5:3231(1978)]且つ、種
々の部位に於ける切断速度も様々である[Xhol、v.Pae
R7Iに関しては、Gingerasら.,Proc.Natl.Acad.Sci U.S .
A.80:402(1983)]。
ゼが、細菌株から単離されたが、多くは共通の特異性を
共有する。同一配列を認識する制限エンドヌクレアーゼ
は、『アイソシゾマー(isoschizomers)』と呼ばれ
る。アイソシゾマーの認識配列は同一であっても、切断
部位に関しては千差万別であり[例えば、XmaI、SmaIに
関しては、Endowら.,J.Mol .Biol.112:521(1977);Waa
lwijkら,Nucleic AcidsRes.5:3231(1978)]且つ、種
々の部位に於ける切断速度も様々である[Xhol、v.Pae
R7Iに関しては、Gingerasら.,Proc.Natl.Acad.Sci U.S .
A.80:402(1983)]。
【0007】3種の別個のタイプのR-Mシステムは、サ
ブユニット組成、補因子要求性及びDNA切断タイプを
元にして特徴付けられる。タイプIのR-Mシステムは最
も複雑である。エンドヌクレアーゼは、通常3種類の異
なるタイプのサブユニットを含み、且つDNA切断に対
してMg++、ATP及びS-アデノシル-メチオニンを要求す
る。その認識部位は複雑であり、且つDNA切断は認識
部位から400〜7000塩基対離れた任意の非特異的部位に
て生起する。
ブユニット組成、補因子要求性及びDNA切断タイプを
元にして特徴付けられる。タイプIのR-Mシステムは最
も複雑である。エンドヌクレアーゼは、通常3種類の異
なるタイプのサブユニットを含み、且つDNA切断に対
してMg++、ATP及びS-アデノシル-メチオニンを要求す
る。その認識部位は複雑であり、且つDNA切断は認識
部位から400〜7000塩基対離れた任意の非特異的部位に
て生起する。
【0008】タイプIIのR-Mシステムは、タイプIまた
はIIIよりもずっと単純である。エンドヌクレアーゼ
は、1個のサブユニットのみを含み、且つMg++のみがD
NA切断に要求される。さらにDNA切断部位は、酵素
の認識部位の内部またはそれに隣接する部位で生じる。
この種の制限エンドヌクレアーゼは、分子生物学者にと
って最も有益であることが解った。
はIIIよりもずっと単純である。エンドヌクレアーゼ
は、1個のサブユニットのみを含み、且つMg++のみがD
NA切断に要求される。さらにDNA切断部位は、酵素
の認識部位の内部またはそれに隣接する部位で生じる。
この種の制限エンドヌクレアーゼは、分子生物学者にと
って最も有益であることが解った。
【0009】タイプIIIのR-Mシステムは、タイプIのシ
ステムよりそれほど複雑ではない。タイプIIIのR-Mシス
テムのエンドヌクレアーゼは2種のサブユニットのみを
含むが、Mg++及びATPをDNA切断に於いて要求し、
S-アデノシル-メチオニンは、絶対的な要件ではない
が、酵素活性を刺激する。DNA切断は、認識部位から
約25〜27塩基対だけ離れて起きる。
ステムよりそれほど複雑ではない。タイプIIIのR-Mシス
テムのエンドヌクレアーゼは2種のサブユニットのみを
含むが、Mg++及びATPをDNA切断に於いて要求し、
S-アデノシル-メチオニンは、絶対的な要件ではない
が、酵素活性を刺激する。DNA切断は、認識部位から
約25〜27塩基対だけ離れて起きる。
【0010】近年、2種の制限エンドヌクレアーゼ、即
ちGsu I及びEco57 Iが単離され同定された。両方ともMg
++を要求し、且つS-アデノシル-メチオニンで刺激され
る(Petrusyteら.,Dokl.AKad.Nauk.SSSR 295.,p.12
50〜1253,1987参照)。これらの酵素は、新規なタイプ
の制限エンドヌクレアーゼのようである。さらに、Kram
arovらは、Bioorg,Khim 14 p.916〜920,1980に於い
て、認識部位領域に於いて30〜32個のヌクレオチドで分
離された2本の二重鎖の切断部分を生成すると報告され
ているBacillus stearothermophilusからの部位特異性
エンドヌクレアーゼBST 4.4Iについて報告している。さ
らに、OrekhovらのDokl.Akad.Nauk.SSSR 263 p.217
〜220,1982では、Sgr II、即ちStreptomyces griseus
からのEcoRIIのアイソシゾマーについて報告しており、
且つこのアイソシゾマーはその認識部位の両端で切断す
ると示唆している。
ちGsu I及びEco57 Iが単離され同定された。両方ともMg
++を要求し、且つS-アデノシル-メチオニンで刺激され
る(Petrusyteら.,Dokl.AKad.Nauk.SSSR 295.,p.12
50〜1253,1987参照)。これらの酵素は、新規なタイプ
の制限エンドヌクレアーゼのようである。さらに、Kram
arovらは、Bioorg,Khim 14 p.916〜920,1980に於い
て、認識部位領域に於いて30〜32個のヌクレオチドで分
離された2本の二重鎖の切断部分を生成すると報告され
ているBacillus stearothermophilusからの部位特異性
エンドヌクレアーゼBST 4.4Iについて報告している。さ
らに、OrekhovらのDokl.Akad.Nauk.SSSR 263 p.217
〜220,1982では、Sgr II、即ちStreptomyces griseus
からのEcoRIIのアイソシゾマーについて報告しており、
且つこのアイソシゾマーはその認識部位の両端で切断す
ると示唆している。
【0011】制限エンドヌクレアーゼの数多くが既に多
数のDNA配列まで知られているにもかからわず、遺伝
子の増殖を成功させるためには、多様な酵素としての特
徴を備えた制限酵素がさらに必要である。
数のDNA配列まで知られているにもかからわず、遺伝
子の増殖を成功させるためには、多様な酵素としての特
徴を備えた制限酵素がさらに必要である。
【0012】
【発明の概要】本発明は、細菌バチルスコアグランス
(Bacillus coagulans)から得ることができる新規なタ
イプの制限エンドヌクレアーゼ(以下、『BcgI』と呼
称する)を提供し、該エンドヌクレアーゼは: (1)DNA配列: 5’CGA(N)6TGC3’ 3’GCT(N)6ACG5’ (式中、A、T、C及びGは、各々アデニン、チミン、
シトシン及びグアニンを表す)を認識し、(2)その認
識配列の二重鎖DNAの外側の両端で切断して、BcgI
認識配列を含む34塩基対(“bp”)フラグメントを生成
し、(3)Bcg I二重消化によって、位置950及び5300
にマッピングされた二重鎖phiX174をPst I、Nci I及
びStu Iで2回切断し、且つ位置2200にマッピングされ
たpUC19をSca I、Pst I及びAlwN Iで一回切断する。
(Bacillus coagulans)から得ることができる新規なタ
イプの制限エンドヌクレアーゼ(以下、『BcgI』と呼
称する)を提供し、該エンドヌクレアーゼは: (1)DNA配列: 5’CGA(N)6TGC3’ 3’GCT(N)6ACG5’ (式中、A、T、C及びGは、各々アデニン、チミン、
シトシン及びグアニンを表す)を認識し、(2)その認
識配列の二重鎖DNAの外側の両端で切断して、BcgI
認識配列を含む34塩基対(“bp”)フラグメントを生成
し、(3)Bcg I二重消化によって、位置950及び5300
にマッピングされた二重鎖phiX174をPst I、Nci I及
びStu Iで2回切断し、且つ位置2200にマッピングされ
たpUC19をSca I、Pst I及びAlwN Iで一回切断する。
【0013】本発明はさらに、Bcg Iの発現に好適な条
件下に、Ba cillus coagulansを培養し、細胞を収集し、
それから細胞を含まない抽出物を得、そして細胞を含ま
ない抽出物から制限エンドヌクレアーゼBcg Iを分離且
つ収集することからなる新規な制限エンドヌクレアーゼ
Bcg Iの製造方法に関する。
件下に、Ba cillus coagulansを培養し、細胞を収集し、
それから細胞を含まない抽出物を得、そして細胞を含ま
ない抽出物から制限エンドヌクレアーゼBcg Iを分離且
つ収集することからなる新規な制限エンドヌクレアーゼ
Bcg Iの製造方法に関する。
【0014】本発明はさらに、Bcg Iなどの酵素を使用
して染色体DNAをマッピングする新規な方法並びに、
対象DNAをBcg Iなどの制限エンドヌクレアーゼの認
識配列に挿入し、且つ好適な酵素によってそのライブラ
リーを制限して、形質転換細胞に於けるバックグラウン
ドを減少させる方法にも関する。 〔発明の詳細な説明〕
して染色体DNAをマッピングする新規な方法並びに、
対象DNAをBcg Iなどの制限エンドヌクレアーゼの認
識配列に挿入し、且つ好適な酵素によってそのライブラ
リーを制限して、形質転換細胞に於けるバックグラウン
ドを減少させる方法にも関する。 〔発明の詳細な説明〕
【0015】本発明に従って、菌株NEB、菌株No.566のB
a cillus coagulansを培養し、次いで細胞から酵素を回
収することによってBcgIを得る。Bacillus coagulans
のサンプルを、1990年5月31日にAmerican Type Culutur
e Collection(ATCC)に寄託して、ATCC 受託番号No.55
055を得る。
a cillus coagulansを培養し、次いで細胞から酵素を回
収することによってBcgIを得る。Bacillus coagulans
のサンプルを、1990年5月31日にAmerican Type Culutur
e Collection(ATCC)に寄託して、ATCC 受託番号No.55
055を得る。
【0016】Bacillus coagulans NEB 566株を、成育地
(soil)から単離してLB寒天上に置いた。選別したコロ
ニーを拾い出してプレートで精製した。精製サンプル
を、Schildkraut,Genetic Engineering Principle s an
d Methods,(1984)Setlow,J.K.ら編著,Plenum Publish
ing,Vol.6,pg.117(本明細書中、参照として含まれ
る)に記載された方法に従ってエンドヌクレアーゼ活性
について分析した。Bacillus coagulans NEB 566として
同定されたサンプルは、新規な制限エンドヌクレアーゼ
Bcg Iを含んでいた。
(soil)から単離してLB寒天上に置いた。選別したコロ
ニーを拾い出してプレートで精製した。精製サンプル
を、Schildkraut,Genetic Engineering Principle s an
d Methods,(1984)Setlow,J.K.ら編著,Plenum Publish
ing,Vol.6,pg.117(本明細書中、参照として含まれ
る)に記載された方法に従ってエンドヌクレアーゼ活性
について分析した。Bacillus coagulans NEB 566として
同定されたサンプルは、新規な制限エンドヌクレアーゼ
Bcg Iを含んでいた。
【0017】本発明の酵素を回収するためには、Bacill
us coagulansを任意の好適な方法を使用して増殖させ得
る。例えば、Bacillus coagulansを撹拌及び通気しなが
らLuria Broth(LB)培地(pH7.2)中37℃で増殖させて
もよい。対数関数的増殖期の後期に細胞を遠心分離機を
使用して収集し、-70℃で凍結貯蔵した。
us coagulansを任意の好適な方法を使用して増殖させ得
る。例えば、Bacillus coagulansを撹拌及び通気しなが
らLuria Broth(LB)培地(pH7.2)中37℃で増殖させて
もよい。対数関数的増殖期の後期に細胞を遠心分離機を
使用して収集し、-70℃で凍結貯蔵した。
【0018】細胞を収穫して、凍結させた後、酵素を慣
用の酵素精製法を利用して単離し、次いで凍結細胞ペー
ストから精製し得る。例えば、得られた細胞ペーストを
緩衝溶液中で溶解、次いで懸濁させ、緩衝溶液によって
酵素を抽出する操作にかける。この操作は、超音波処
理、高圧分散または酵素的な消化を含む。細胞残渣を遠
心分離して除去し、新規酵素を含む上澄みは、例えばホ
スホセルロースまたはDEAE-セルロースを用いてのイオ
ン交換クロマトグラフィー、モレキュラーシーブクロマ
トグラフィー及びアフィニティークロマトグラフィー
(例えば、ヘパリンアガロース若しくはDNA-セルロ
ースを使用)またはこれらの方法を組み合わせて精製し
得、本発明の酵素を製造し得る。
用の酵素精製法を利用して単離し、次いで凍結細胞ペー
ストから精製し得る。例えば、得られた細胞ペーストを
緩衝溶液中で溶解、次いで懸濁させ、緩衝溶液によって
酵素を抽出する操作にかける。この操作は、超音波処
理、高圧分散または酵素的な消化を含む。細胞残渣を遠
心分離して除去し、新規酵素を含む上澄みは、例えばホ
スホセルロースまたはDEAE-セルロースを用いてのイオ
ン交換クロマトグラフィー、モレキュラーシーブクロマ
トグラフィー及びアフィニティークロマトグラフィー
(例えば、ヘパリンアガロース若しくはDNA-セルロ
ースを使用)またはこれらの方法を組み合わせて精製し
得、本発明の酵素を製造し得る。
【0019】以下の実施例1で議論したように、1回の
カラムから得られた蛋白質と粗抽出物は、S-アデノシル
メチオニンの存在を要求しなかったが、Bcg Iがより純
粋になるにつれて、Bcg Iのエンドヌクレアーゼ活性
は、補因子としてのS-アデノシルメチオニンの存在に完
全に依存することが知見された(図1参照)。Sinefung
in(Cal Biochemより入手)、即ちS-アデノシルメチオ
ニンの構造的類縁体も補因子として作用し、Bcg IがS-
アデノシルメチオニンのメチル基の転移を要求せず、従
って切断は認識配列のメチル化に依存しないことを示し
ている。
カラムから得られた蛋白質と粗抽出物は、S-アデノシル
メチオニンの存在を要求しなかったが、Bcg Iがより純
粋になるにつれて、Bcg Iのエンドヌクレアーゼ活性
は、補因子としてのS-アデノシルメチオニンの存在に完
全に依存することが知見された(図1参照)。Sinefung
in(Cal Biochemより入手)、即ちS-アデノシルメチオ
ニンの構造的類縁体も補因子として作用し、Bcg IがS-
アデノシルメチオニンのメチル基の転移を要求せず、従
って切断は認識配列のメチル化に依存しないことを示し
ている。
【0020】本発明の制限エンドヌクレアーゼ並びに対
応するDNAメチラーゼは、例えば、Wilsonら.,EPO Pu
blication 第019413号(本明細書中に参照として含まれ
る)に開示されたメチラーゼ選択法などの組換体DNA
法を利用して得ることができる。メチラーゼ選択法は、
3段階にて実施される。第1に、R-Mシステムをコード
する細菌株からDNAを精製し、部分的にクローニング
エンドヌクレアーゼで消化し、次いで切断した脱リン酸
化プラスミドベクターに連結する。連結したDNAをE.
Coliに形質転換し、形質転換細胞を貯蔵し、プラスミド
の集団を精製してライブラリーを形成した。次に、ライ
ブラリーを選択エンドヌクレアーゼで消化し、これはメ
チラーゼが与える特異的な修飾によってブロックされ得
る。消化物(digests)は、E.Coliに逆に形質転換さ
れ、未消化の分子を回収する。形質転換細胞は、直ちに
スクリーニングされるか、または貯蔵されて、プラスミ
ドは精製及び選択ラウンドをさらに循環する。最後に個
々の形質転換細胞は収集され、そのプラスミドからミニ
調製物を作成する。プラスミドは、問題のエンドヌクレ
アーゼによる耐消化性及び共通の挿入体の保有に関して
分析される。(メチラーゼ遺伝子は、一般的に総ての真
正メチラーゼクローン中に存在する少なくとも1個のフ
ラグメントによってコードされる。)細胞抽出物を正の
候補物(candidate)より調製し、in vitroでメチルト
ランスフェラーゼ及びエンドヌクレアーゼ活性について
分析した。
応するDNAメチラーゼは、例えば、Wilsonら.,EPO Pu
blication 第019413号(本明細書中に参照として含まれ
る)に開示されたメチラーゼ選択法などの組換体DNA
法を利用して得ることができる。メチラーゼ選択法は、
3段階にて実施される。第1に、R-Mシステムをコード
する細菌株からDNAを精製し、部分的にクローニング
エンドヌクレアーゼで消化し、次いで切断した脱リン酸
化プラスミドベクターに連結する。連結したDNAをE.
Coliに形質転換し、形質転換細胞を貯蔵し、プラスミド
の集団を精製してライブラリーを形成した。次に、ライ
ブラリーを選択エンドヌクレアーゼで消化し、これはメ
チラーゼが与える特異的な修飾によってブロックされ得
る。消化物(digests)は、E.Coliに逆に形質転換さ
れ、未消化の分子を回収する。形質転換細胞は、直ちに
スクリーニングされるか、または貯蔵されて、プラスミ
ドは精製及び選択ラウンドをさらに循環する。最後に個
々の形質転換細胞は収集され、そのプラスミドからミニ
調製物を作成する。プラスミドは、問題のエンドヌクレ
アーゼによる耐消化性及び共通の挿入体の保有に関して
分析される。(メチラーゼ遺伝子は、一般的に総ての真
正メチラーゼクローン中に存在する少なくとも1個のフ
ラグメントによってコードされる。)細胞抽出物を正の
候補物(candidate)より調製し、in vitroでメチルト
ランスフェラーゼ及びエンドヌクレアーゼ活性について
分析した。
【0021】しかしながら多くのR-Mシステムは、より
複雑であり、従って上述したメチラーゼ選択アプローチ
などの標準の組換体DNA法を利用して得るのがより困
難であり、R-Mシステムを効果的にクローニングするに
は修飾が必要であることが知見された[Lunnenら.,(19
88)Gene 74:25-32,本明細書中に参照として含まれ
る]。例えば、いくつかのシステムに於いては、メチラ
ーゼ及びエンドヌクレアーゼ遺伝子は結合し得ないか、
または細菌性DNAの分解に使用されるエンドヌクレア
ーゼは、R-M遺伝子のいずれか一方若しくは両方を切断
し得る。他のシステム(例えば、BamHI及びDdeIなど)
に於いては、形質転換宿主中で発現が不十分であるため
か、またはメチラーゼ及びエンドヌクレアーゼ遺伝子の
発現に対する固有な制御機構あるいは未知の理由の故
に、対応するエンドヌクレアーゼによる消化に対しメチ
ラーゼは十分に保護できない。修飾すると、形質転換用
に選択された宿主細胞に対して有害であることも知見さ
れた。R-Mシステムをクローニングすることに於けるも
う1つの困難な点は、クローニングしようとするエンド
ヌクレアーゼは、メチラーゼ選択に十分な純度または量
で得られないことである。最後に、多くのシステムに於
いては、種々の菌種の形質転換用宿主細胞中でエンドヌ
クレアーゼ遺伝子を発現するのが困難である。
複雑であり、従って上述したメチラーゼ選択アプローチ
などの標準の組換体DNA法を利用して得るのがより困
難であり、R-Mシステムを効果的にクローニングするに
は修飾が必要であることが知見された[Lunnenら.,(19
88)Gene 74:25-32,本明細書中に参照として含まれ
る]。例えば、いくつかのシステムに於いては、メチラ
ーゼ及びエンドヌクレアーゼ遺伝子は結合し得ないか、
または細菌性DNAの分解に使用されるエンドヌクレア
ーゼは、R-M遺伝子のいずれか一方若しくは両方を切断
し得る。他のシステム(例えば、BamHI及びDdeIなど)
に於いては、形質転換宿主中で発現が不十分であるため
か、またはメチラーゼ及びエンドヌクレアーゼ遺伝子の
発現に対する固有な制御機構あるいは未知の理由の故
に、対応するエンドヌクレアーゼによる消化に対しメチ
ラーゼは十分に保護できない。修飾すると、形質転換用
に選択された宿主細胞に対して有害であることも知見さ
れた。R-Mシステムをクローニングすることに於けるも
う1つの困難な点は、クローニングしようとするエンド
ヌクレアーゼは、メチラーゼ選択に十分な純度または量
で得られないことである。最後に、多くのシステムに於
いては、種々の菌種の形質転換用宿主細胞中でエンドヌ
クレアーゼ遺伝子を発現するのが困難である。
【0022】本発明のエンドヌクレアーゼ、即ちBcg I
の認識配列は、本発明の制限エンドヌクレアーゼ及び既
知の部位にてテストDNAを切断する制限酵素を用い
て、phix174、pUC19及びT7 DNAの二重消化(double-
digestion)によって決定され得る。得られたDNA制
限フラグメントの大きさは、アガロースゲル電気泳動を
使用して決定し得る。この方法を利用して、図2に示し
た以下の結果が得られた。
の認識配列は、本発明の制限エンドヌクレアーゼ及び既
知の部位にてテストDNAを切断する制限酵素を用い
て、phix174、pUC19及びT7 DNAの二重消化(double-
digestion)によって決定され得る。得られたDNA制
限フラグメントの大きさは、アガロースゲル電気泳動を
使用して決定し得る。この方法を利用して、図2に示し
た以下の結果が得られた。
【0023】(a)phix174 DNA上のBcgIの2つの認
識配列を、Pst I、Nci I及びStuIで切断したphix174
DNAに対する分析により、ほぼ950及び5300塩基対に
マッピングした。配列5’CGA(N)6TGC3’
が、967及び5362塩基対の位置で2回生じる。
識配列を、Pst I、Nci I及びStuIで切断したphix174
DNAに対する分析により、ほぼ950及び5300塩基対に
マッピングした。配列5’CGA(N)6TGC3’
が、967及び5362塩基対の位置で2回生じる。
【0024】(b)pUC19上のBcg Iの単一の認識配列
を、Sca I、Pst I及びAlwN Iで切断したpUC19 DN
Aに対する分析により、ほぼ2,200塩基対にマッピング
した。配列5’CGA(N)6TGC3’は、2,215塩
基対のたった1箇所で生じる。
を、Sca I、Pst I及びAlwN Iで切断したpUC19 DN
Aに対する分析により、ほぼ2,200塩基対にマッピング
した。配列5’CGA(N)6TGC3’は、2,215塩
基対のたった1箇所で生じる。
【0025】(c)これらのDNA中に存在することが
知られている多くのBcg I認識部位に基づいて予期され
るλ及びT7 DNAの切断によって生成したフラグメントの
サイズは、これらのDNAのBcg I消化物から知見され
たフラグメントサイズと一致した(図2、レーン11及び
12参照)。
知られている多くのBcg I認識部位に基づいて予期され
るλ及びT7 DNAの切断によって生成したフラグメントの
サイズは、これらのDNAのBcg I消化物から知見され
たフラグメントサイズと一致した(図2、レーン11及び
12参照)。
【0026】表1に見られるように、6つのDNA分子
上でBcg Iにより消化生成したフラグメントの数は、配
列5’CGA(N)6TGC3’で切断生成したフラグ
メントのコンピューターで予見した数と一致し、6つの
マッピングした配列の切断配列の位置は、コンピュータ
ーで予見した位置と一致した。
上でBcg Iにより消化生成したフラグメントの数は、配
列5’CGA(N)6TGC3’で切断生成したフラグ
メントのコンピューターで予見した数と一致し、6つの
マッピングした配列の切断配列の位置は、コンピュータ
ーで予見した位置と一致した。
【0027】上述のデータより、Bcg Iは配列5’CG
A(N)6TGC3’を認識すると結論できる。
A(N)6TGC3’を認識すると結論できる。
【0028】本発明のエンドヌクレアーゼの認識配列上
の切断場所は、Brownら、J.Mol.Biol.140 p.143-14
8,1980に記載された方法を使用することによって決定
し得る。
の切断場所は、Brownら、J.Mol.Biol.140 p.143-14
8,1980に記載された方法を使用することによって決定
し得る。
【0029】概括すれば、pUC19を鋳型として使用し、2
215Bcg I部位の上流の好適なプライマー(2138-2155)
を伸長及びジデオキシシーケンシング反応用に使用し
た。Bcg Iは、その認識配列の両端で2回切断し、2塩
基3’伸長した34bpフラグメントを生成する(図3)。
pBR322上のシーケンシングデータはこの結果を確認し
た。λ DNA上には、29Bcg I認識部位もある。λ DNAの
Bcg I消化物の34塩基対フラグメントは、Bcg Iがその
認識配列の両端を切断すれば、29個の34bpフラグメント
を生成すると予測されたように、アガロースゲルの底部
(図4)に現れた。
215Bcg I部位の上流の好適なプライマー(2138-2155)
を伸長及びジデオキシシーケンシング反応用に使用し
た。Bcg Iは、その認識配列の両端で2回切断し、2塩
基3’伸長した34bpフラグメントを生成する(図3)。
pBR322上のシーケンシングデータはこの結果を確認し
た。λ DNA上には、29Bcg I認識部位もある。λ DNAの
Bcg I消化物の34塩基対フラグメントは、Bcg Iがその
認識配列の両端を切断すれば、29個の34bpフラグメント
を生成すると予測されたように、アガロースゲルの底部
(図4)に現れた。
【0030】 表 1 a)λ、T7及びアデノ2DNA上のBcg I認識部位数 コンピューターによる 知見された 切断部位数 フラグメント数 λ 28 >24 T7 19 >16 アデノ2 10 > 9 b)pBR322、pUC19及びPhiX174 DNA中のBcg I認識配列の位置 コンピューター予測値 二重(鎖)消化により マッピングされた位置 pBR322 707,2064,3883 700,2100,3900 PhiX174 967,5362 950,5300 pUC19 2215 2 200 上述の方法を利用して、Bcg Iがその認識配列の各端: 5’/(N)10GCA(N)6TGC(N)12/3’ 3’/(N)12GCT(N)6ACG(N)10/5’ でDNAの両方の鎖を切断し、34bpフラグメントを生成
したと結論できる。
したと結論できる。
【0031】本発明の酵素は、さらに以下の特性を有す
る。
る。
【0032】(a)S-アデノシルメチオニン及びSinefun
ginのKmを、図5に示す。λDNA及び酵素の濃度を
一定に保持し、S-アデノシルメチオニン及びSinefungin
濃度を、0.01μM〜10μMまで変化させた。S-アデノシ
ルメチオニン-Bcg IのKmは約0.1μMであり、Sinefu
ngin-Bcg IのKmは約0.5μMであった。
ginのKmを、図5に示す。λDNA及び酵素の濃度を
一定に保持し、S-アデノシルメチオニン及びSinefungin
濃度を、0.01μM〜10μMまで変化させた。S-アデノシ
ルメチオニン-Bcg IのKmは約0.1μMであり、Sinefu
ngin-Bcg IのKmは約0.5μMであった。
【0033】(b)最適消化条件は、以下の通りであ
る:100mM NaCl、10mM Tris-HCl(pH8.4)、10mM Mg
Cl2、10mM 2-メルカプトエタノール、20μM S-アデノ
シルメチオニン、及び37℃。
る:100mM NaCl、10mM Tris-HCl(pH8.4)、10mM Mg
Cl2、10mM 2-メルカプトエタノール、20μM S-アデノ
シルメチオニン、及び37℃。
【0034】(c)温度:Bcg Iは、約25℃〜37℃の温
度範囲で安定である。
度範囲で安定である。
【0035】温度安定性については、Bcg Iの1単位
(50ul反応容積中30℃60分で、λDNA1ugを完全に
消化するのに要した酵素量として定義)を、Mg++、S-
アデノシルメチオニンまたはDNAのいずれか1個の非
存在下の最適条件下に、各々25℃、37℃及び55℃で培養
することによって決定した。30分間培養後、Bcg Iの活
性を第3成分(Mg++、S-アデノシルメチオニンまたは
DNA)を添加して30℃で分析した。25℃及び37℃に於
いては酵素は失活しなかったが、55℃ではBcg Iは3条
件総てに於いて失活した。
(50ul反応容積中30℃60分で、λDNA1ugを完全に
消化するのに要した酵素量として定義)を、Mg++、S-
アデノシルメチオニンまたはDNAのいずれか1個の非
存在下の最適条件下に、各々25℃、37℃及び55℃で培養
することによって決定した。30分間培養後、Bcg Iの活
性を第3成分(Mg++、S-アデノシルメチオニンまたは
DNA)を添加して30℃で分析した。25℃及び37℃に於
いては酵素は失活しなかったが、55℃ではBcg Iは3条
件総てに於いて失活した。
【0036】本発明のもう1つの実施態様によると、 a)DNA(例えば、Bcg I)からの認識配列を切断す
る酵素でDNAを消化することによって得られる塩基対
DNAフラグメントから組換体DNAライブラリーを形
成し、 b)単一の特異な塩基対挿入物を各々含む個々のクロー
ンを分離し、 c)これらのクローンを、対象DNAのDNAプローブ
として使用する ことからなるDNAのマッピング方法を提供する。この
ようなプローブは、十分に特異なDNAを含んでおり、
発生源であるDNAの大きな領域を識別できる。Bcg I
によって発生した例えば、32塩基対の挿入ライブラリー
を使用するマッピングへのこのアプローチは、M.Olson
ら.,Science 245:1434(1989)(本開示は、本明細書中
に参照として含まれる)に記載の提案された配列標識化
部位(STS'S)と類似している。Bcg Iを使用して、個
々にクローン化した32塩基対フラグメントが、DNAの
より大きな領域を特異的に同定(タグ)する。DNAの
大きなストレッチを特異的に標識化するのに加えて、2
個のより大きなDNAフラグメントのオーバーラップが
容易に証明される。このマッピング方法は、例えばヒト
染色体DNAのマッピングに特に有用である。
る酵素でDNAを消化することによって得られる塩基対
DNAフラグメントから組換体DNAライブラリーを形
成し、 b)単一の特異な塩基対挿入物を各々含む個々のクロー
ンを分離し、 c)これらのクローンを、対象DNAのDNAプローブ
として使用する ことからなるDNAのマッピング方法を提供する。この
ようなプローブは、十分に特異なDNAを含んでおり、
発生源であるDNAの大きな領域を識別できる。Bcg I
によって発生した例えば、32塩基対の挿入ライブラリー
を使用するマッピングへのこのアプローチは、M.Olson
ら.,Science 245:1434(1989)(本開示は、本明細書中
に参照として含まれる)に記載の提案された配列標識化
部位(STS'S)と類似している。Bcg Iを使用して、個
々にクローン化した32塩基対フラグメントが、DNAの
より大きな領域を特異的に同定(タグ)する。DNAの
大きなストレッチを特異的に標識化するのに加えて、2
個のより大きなDNAフラグメントのオーバーラップが
容易に証明される。このマッピング方法は、例えばヒト
染色体DNAのマッピングに特に有用である。
【0037】もう1つの実施態様に於いては、 a)第1の予定認識部位を、第2の予定認識部位を含む
ベクターの該第2の認識部位に挿入し、ここにおいて、
第2の予定認識部位の認識配列は1種以上の非特異性ヌ
クレオチドによって阻害されるものであり、 b)対象DNAを前記ベクターの第1の認識配列と連結
させて、形質転換反応用ライブラリーを形成し、 c)前記第2の予定認識部位を含むDNAを制限する、
制限エンドヌクレアーゼとステップb)のライブラリー
を接触させ、 d)宿主細胞を、ステップc)で得られたライブラリー
で形質転換させる ことからなる形質転換細胞中のバックグラウンドDNA
を減少させる方法を提供する。
ベクターの該第2の認識部位に挿入し、ここにおいて、
第2の予定認識部位の認識配列は1種以上の非特異性ヌ
クレオチドによって阻害されるものであり、 b)対象DNAを前記ベクターの第1の認識配列と連結
させて、形質転換反応用ライブラリーを形成し、 c)前記第2の予定認識部位を含むDNAを制限する、
制限エンドヌクレアーゼとステップb)のライブラリー
を接触させ、 d)宿主細胞を、ステップc)で得られたライブラリー
で形質転換させる ことからなる形質転換細胞中のバックグラウンドDNA
を減少させる方法を提供する。
【0038】例えばベクターは、内部の6つのヌクレオ
チドが、GAATTC(EcorIの認識配列)またはCA
TATG(Nde Iの認識配列の一部分)であるBcg I部
位を含んで直ちに構築され得る。これらの内部に生成し
た部位は、慣用の方法、例えば、対象DNAを挿入及び
連結することに使用し得る。Bcg Iに対して連結反応の
生成物を暴露すると、次の形質転換反応用のバックグラ
ウンドを効果的に減少させることができる。何故なら
ば、Bcg I部位内部に挿入された対象DNAを含むベク
ターのみが、Bcg I制限に対して生き残るからである。
挿入されたDNAを持たないベクターはBcg Iによって
切断されるので、宿主を形質転換しない。言い換えれ
ば、Bcg I認識部位内部に挿入されたDNAを含むベク
ターのみが高い効率で形質転換し得るのである。
チドが、GAATTC(EcorIの認識配列)またはCA
TATG(Nde Iの認識配列の一部分)であるBcg I部
位を含んで直ちに構築され得る。これらの内部に生成し
た部位は、慣用の方法、例えば、対象DNAを挿入及び
連結することに使用し得る。Bcg Iに対して連結反応の
生成物を暴露すると、次の形質転換反応用のバックグラ
ウンドを効果的に減少させることができる。何故なら
ば、Bcg I部位内部に挿入された対象DNAを含むベク
ターのみが、Bcg I制限に対して生き残るからである。
挿入されたDNAを持たないベクターはBcg Iによって
切断されるので、宿主を形質転換しない。言い換えれ
ば、Bcg I認識部位内部に挿入されたDNAを含むベク
ターのみが高い効率で形質転換し得るのである。
【0039】
【実施例】以下の実施例は、現在のところ実施する上で
好ましいものとして本発明の態様を例示するものであ
る。実施例は、本発明を説明するものであって、請求項
の記載意外には、本発明を一切限定するものではない。
好ましいものとして本発明の態様を例示するものであ
る。実施例は、本発明を説明するものであって、請求項
の記載意外には、本発明を一切限定するものではない。
【0040】実施例1 Bcg Iの精製 総ての段階は、4℃で実施した。
【0041】ステップ1:粗抽出物の調製 Bcg Iを、培地中通気させながら37℃で増殖したBacill
us coagulans NEB 566から単離した(10g/l トリプト
ン、5g/l 酵母エキス、5g/l NaCl、1mM MgCl2,pHは7.2
に調節した)。細胞を遠心分離によって収穫した。細胞
ペースト400gを、P緩衝溶液900mlに分散させた[50mM
NaCl、10mM リン酸カリウム(pH6.5)、10mM 2-メルカ
プトエタノール、0.1mM EDTA 、10%グリセリン]。細胞
を10分間、超音波にかけて崩壊させた。抽出物を、4
℃、30Kにて30分間、Beckmann J2-2P遠心分離機で遠心
分離した。上澄み液をデカンテーションした。
us coagulans NEB 566から単離した(10g/l トリプト
ン、5g/l 酵母エキス、5g/l NaCl、1mM MgCl2,pHは7.2
に調節した)。細胞を遠心分離によって収穫した。細胞
ペースト400gを、P緩衝溶液900mlに分散させた[50mM
NaCl、10mM リン酸カリウム(pH6.5)、10mM 2-メルカ
プトエタノール、0.1mM EDTA 、10%グリセリン]。細胞
を10分間、超音波にかけて崩壊させた。抽出物を、4
℃、30Kにて30分間、Beckmann J2-2P遠心分離機で遠心
分離した。上澄み液をデカンテーションした。
【0042】ステップ2:ホスホセルロースクロマトグ
ラフィー ステップ1の上澄み液を、P緩衝液で平衡させた5×16
cmのホスホセルロースカラム(Whatman P11)に適用し
た。カラムを、300mlのP緩衝液で洗浄し、次いで酵素
をP緩衝液中の直線的濃度勾配液(NaCl;0〜1M)300
0mlで溶離した。画分のBcg I活性を分析し、活性画分
をプールした。
ラフィー ステップ1の上澄み液を、P緩衝液で平衡させた5×16
cmのホスホセルロースカラム(Whatman P11)に適用し
た。カラムを、300mlのP緩衝液で洗浄し、次いで酵素
をP緩衝液中の直線的濃度勾配液(NaCl;0〜1M)300
0mlで溶離した。画分のBcg I活性を分析し、活性画分
をプールした。
【0043】ステップ3:水酸燐灰石(ヒドロキシルア
パタイト)クロマトグラフィー ステップ2でプールしたものを、2.5×10cmの水酸燐灰
石カラムに直接適用した。酵素を、0.5M NaCl 、10mM
2-メルカプトエタノール、0.1mM EDTAの直線的濃度勾配
液(10mM〜700mMリン酸カリウム:pH7.0)で溶離した。
画分のBcg I活性を分析し、活性画分をプールした。
パタイト)クロマトグラフィー ステップ2でプールしたものを、2.5×10cmの水酸燐灰
石カラムに直接適用した。酵素を、0.5M NaCl 、10mM
2-メルカプトエタノール、0.1mM EDTAの直線的濃度勾配
液(10mM〜700mMリン酸カリウム:pH7.0)で溶離した。
画分のBcg I活性を分析し、活性画分をプールした。
【0044】ステップ4:ヘパリンセファロースクロマ
トグラフィー ステップ3でプールしたものをH緩衝液[10mM Tri-HCl
(pH7.4)、50mMNaCl、10mM 2-メルカプトエタノール、
0.1mM EDTA]で2回透析し、H緩衝液で平衡させたヘパ
リンセファロース(Pharmacia製)カラム(1×10cm)
に適用した。酵素をH緩衝液中の直線的濃度勾配液(50
mM〜1M NaCl)100mlで溶離した。画分をBcg I活性に
ついて分析し、活性画分をプールした。プールしたもの
を、貯蔵緩衝液[50mM KCl、10mM Tris-HCl(pH7.4)、
0.1mM EDTA、10mM 2-メルカプトエタノール及び50%グリ
セリン]で透析した。酵素を好ましくは−20℃で貯蔵し
た。酵素調製物は実質的に純粋であり、他の混入酵素/
蛋白質を含まず且つ、最適反応条件下で16時間100μlで
の反応で酵素1単位を培養することによって決定され
る、検出可能な非特異性ヌクレアーゼ活性を有していな
かった。得られたDNAゲルのバンドパターンは、1時
間培養した同一反応物と一致した。
トグラフィー ステップ3でプールしたものをH緩衝液[10mM Tri-HCl
(pH7.4)、50mMNaCl、10mM 2-メルカプトエタノール、
0.1mM EDTA]で2回透析し、H緩衝液で平衡させたヘパ
リンセファロース(Pharmacia製)カラム(1×10cm)
に適用した。酵素をH緩衝液中の直線的濃度勾配液(50
mM〜1M NaCl)100mlで溶離した。画分をBcg I活性に
ついて分析し、活性画分をプールした。プールしたもの
を、貯蔵緩衝液[50mM KCl、10mM Tris-HCl(pH7.4)、
0.1mM EDTA、10mM 2-メルカプトエタノール及び50%グリ
セリン]で透析した。酵素を好ましくは−20℃で貯蔵し
た。酵素調製物は実質的に純粋であり、他の混入酵素/
蛋白質を含まず且つ、最適反応条件下で16時間100μlで
の反応で酵素1単位を培養することによって決定され
る、検出可能な非特異性ヌクレアーゼ活性を有していな
かった。得られたDNAゲルのバンドパターンは、1時
間培養した同一反応物と一致した。
【0045】実施例2 染色体DNAのBcg Iでのマッピング 染色体DNAを、Bcg Iで完全に消化した。DNAフラ
グメントを次いでサイズに従って、アガロースゲル電気
泳動などの方法によって分離した。34塩基対DNAフラ
グメントに対応するゲル上のバンドを集める。34塩基対
DNAフラグメントを集めて、E.Coli DNAポリメラ
ーゼクレノウフラグメントのようなDNAポリメラーゼ
及び、全4種のデオキシヌクレオチド三リン酸(dATP、
dTTP、dGTP、dCTP)で処理し、3’2-塩基伸長を除去
した。得られた32塩基対DNAフラグメントを、pUC19
などのDNAベクターにSma Iのような切断した平滑
(blunt)末端制限部位で連結する。連結したDNA分
子を集めて、E.Coliを形質転換させ、32塩基対挿入DN
Aの組換ライブラリーを作成する。このライブラリー
は、特に染色体DNAの特異な部位にハイブリダイズす
る特定DNAを含むクローンを有する。個々のクローン
は、λライブラリー、YACライブラリー、コスミドラ
イブラリー及び染色体DNAの制限エンドヌクレアーゼ
消化物に見られるような、かなり大きいDNAフラグメ
ント用の特異なタグを表す。
グメントを次いでサイズに従って、アガロースゲル電気
泳動などの方法によって分離した。34塩基対DNAフラ
グメントに対応するゲル上のバンドを集める。34塩基対
DNAフラグメントを集めて、E.Coli DNAポリメラ
ーゼクレノウフラグメントのようなDNAポリメラーゼ
及び、全4種のデオキシヌクレオチド三リン酸(dATP、
dTTP、dGTP、dCTP)で処理し、3’2-塩基伸長を除去
した。得られた32塩基対DNAフラグメントを、pUC19
などのDNAベクターにSma Iのような切断した平滑
(blunt)末端制限部位で連結する。連結したDNA分
子を集めて、E.Coliを形質転換させ、32塩基対挿入DN
Aの組換ライブラリーを作成する。このライブラリー
は、特に染色体DNAの特異な部位にハイブリダイズす
る特定DNAを含むクローンを有する。個々のクローン
は、λライブラリー、YACライブラリー、コスミドラ
イブラリー及び染色体DNAの制限エンドヌクレアーゼ
消化物に見られるような、かなり大きいDNAフラグメ
ント用の特異なタグを表す。
【図1】図1は、BcgIの補因子要求性を表す分析結果
を示す。 レーン1:ATP、AdeMet及びMgを使用したT7 DNA
のBcg I消化物 レーン2:ATP非存在下のT7 DNAのBcg I消化物 レーン3:AdeMet非存在下のT7 DNAのBcg I消化物 レーン4:Mg非存在下のT7 DNAのBcg I消化物 レーン5:Hind III−λDNA及びHae III-phix174サ
イズ標準(AdeMet=S-アデノシルメチオニン)
を示す。 レーン1:ATP、AdeMet及びMgを使用したT7 DNA
のBcg I消化物 レーン2:ATP非存在下のT7 DNAのBcg I消化物 レーン3:AdeMet非存在下のT7 DNAのBcg I消化物 レーン4:Mg非存在下のT7 DNAのBcg I消化物 レーン5:Hind III−λDNA及びHae III-phix174サ
イズ標準(AdeMet=S-アデノシルメチオニン)
【図2】図2は、BcgIの認識配列を検出するのに使用
したゲルである。 レーン1:pUC19+Bcg I レーン2:1+ScaI レーン3:1+AlwN I レーン4:1+Pst I レーン6:phix174+Bcg I レーン7:6+Pst I レーン8:6+Nci I レーン9:6+Stu I レ−ン11:λ+Bcg I レーン12:T7+Bcg I レーン5及びレーン10:λ+Hind III及びphix174+Hae
III,サイズ標準
したゲルである。 レーン1:pUC19+Bcg I レーン2:1+ScaI レーン3:1+AlwN I レーン4:1+Pst I レーン6:phix174+Bcg I レーン7:6+Pst I レーン8:6+Nci I レーン9:6+Stu I レ−ン11:λ+Bcg I レーン12:T7+Bcg I レーン5及びレーン10:λ+Hind III及びphix174+Hae
III,サイズ標準
【図3】図3は、BcgIがその認識配列の両端で切断し
て、34塩基対フラグメントを生成することを表す配列ゲ
ルである。
て、34塩基対フラグメントを生成することを表す配列ゲ
ルである。
【図4】図4は、BcgIを使用して消化すると、34塩基
対フラグメントが生成することを確認するアガロースゲ
ルである。 レーン1、レーン5:pBR322+Msp I、サイズ標準 レーン2:λ+Bcg I レーン3:λ+Pst I レーン4:λ+Bcg I(Mg非存在下)
対フラグメントが生成することを確認するアガロースゲ
ルである。 レーン1、レーン5:pBR322+Msp I、サイズ標準 レーン2:λ+Bcg I レーン3:λ+Pst I レーン4:λ+Bcg I(Mg非存在下)
【図5】図5は、S-アデノシルメチオニンとSinefungi
nの種々の濃度に於けるBcgI切断速度を表す。 Km(AdeMet-Bcg I)=0.1マイクロモル −●−●−●− Km(Sinefungin-Bcg I)=0.5マイクロモル −×−×−×− AdeMet=S-アデノシルメチオニン
nの種々の濃度に於けるBcgI切断速度を表す。 Km(AdeMet-Bcg I)=0.1マイクロモル −●−●−●− Km(Sinefungin-Bcg I)=0.5マイクロモル −×−×−×− AdeMet=S-アデノシルメチオニン
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成3年10月2日
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図1
【補正方法】変更
【補正内容】
【図1】図1は、BcgIの補因子要求性を表す分析結
果を示す電気泳動の写真である。 レーン1:ATP、AdeMet及びMgを使用したT
7 DNAのBcg I消化物 レーン2:ATP非存在下のT7 DNAのBcg I
消化物 レーン3:AdeMet非存在下のT7 DNAのBc
g I消化物 レーン4:Mg非存在下のT7 DNAのBcg I消
化物 レーン5:Hind III−λDNA及びHae I
II−phix174サイズ標準(AdeMet=S−
アデノシルメチオニン)
果を示す電気泳動の写真である。 レーン1:ATP、AdeMet及びMgを使用したT
7 DNAのBcg I消化物 レーン2:ATP非存在下のT7 DNAのBcg I
消化物 レーン3:AdeMet非存在下のT7 DNAのBc
g I消化物 レーン4:Mg非存在下のT7 DNAのBcg I消
化物 レーン5:Hind III−λDNA及びHae I
II−phix174サイズ標準(AdeMet=S−
アデノシルメチオニン)
【手続補正2】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図2
【補正方法】変更
【補正内容】
【図2】図2は、BcgIの認識配列を検出するのに使
用したゲルを示す電気泳動の写真である。 レーン1:pUC19+Bcg I レーン2:1+ScaI レーン3:1+AlwN I レーン4:1+Pst I レーン6:phix174+Bcg I レーン7:6+Pst I レーン8:6+Nci I レーン9:6+stu I レーン11:λ+Bcg I レーン12:T7+Bcg I レーン5及びレーン10:λ+Hind III及び
phix174+HaeIII,サイズ標準
用したゲルを示す電気泳動の写真である。 レーン1:pUC19+Bcg I レーン2:1+ScaI レーン3:1+AlwN I レーン4:1+Pst I レーン6:phix174+Bcg I レーン7:6+Pst I レーン8:6+Nci I レーン9:6+stu I レーン11:λ+Bcg I レーン12:T7+Bcg I レーン5及びレーン10:λ+Hind III及び
phix174+HaeIII,サイズ標準
【手続補正3】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図3
【補正方法】変更
【補正内容】
【図3】図3は、BcgIがその認識配列の両端で切断
して、34塩基対フラグメントを生成することを表す配
列ゲルを示す電気泳動の写真である。
して、34塩基対フラグメントを生成することを表す配
列ゲルを示す電気泳動の写真である。
【手続補正4】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図4
【補正方法】変更
【補正内容】
【図4】図4は、BcgIを使用して消化すると、34
塩基対フラグメントが生成することを確認するアガロー
スゲルを示す電気泳動の写真である。 レーン1、レーン5:pBR322+Msp I、サイ
ズ標準 レーン2:λ+Bcg I レーン3:λ+Pst I レーン4:λ+Bcg I(Mg非存在下)
塩基対フラグメントが生成することを確認するアガロー
スゲルを示す電気泳動の写真である。 レーン1、レーン5:pBR322+Msp I、サイ
ズ標準 レーン2:λ+Bcg I レーン3:λ+Pst I レーン4:λ+Bcg I(Mg非存在下)
Claims (9)
- 【請求項1】二重鎖のデオキシリボ核酸分子中で、以下
の塩基配列: 5’CGA(N)6TGC3’ 3’GCT(N)6ACG5’ を認識し、DNAをその認識配列の両端で切断して、34
塩基対フラグメントを生成する、バチルスコアグランス
(Bacillus coagulans)(ATCC No.55055)から得られ
る実質的に純粋な制限エンドヌクレアーゼ。 - 【請求項2】 55℃に於ける安定性よりも、25℃〜37℃
に於いてより良い安定性を有することを特徴とする請求
項1に記載の制限エンドヌクレアーゼ。 - 【請求項3】 二重鎖のデオキシリボ核酸phix174を2
箇所で、pUC19を1箇所で切断することを特徴とする請
求項1に記載の制限エンドヌクレアーゼ。 - 【請求項4】 制限エンドヌクレアーゼがバチルスコア
グランス(Bac illus coagulans)(ATCC No.55055)か
ら精製したものであることを特徴とする請求項1に記載
の制限エンドヌクレアーゼ。 - 【請求項5】 制限エンドヌクレアーゼが、制限エンド
ヌクレアーゼをコードしているDNA配列を含む形質転
換した宿主から精製したものであることを特徴とする請
求項1に記載の制限エンドヌクレアーゼ。 - 【請求項6】 ATCC No.55055から入手可能なバチルス
コアグランス(Bacillus coag ulans)のサンプルを前記
エンドヌクレアーゼの製造に好適な条件下に培養し、次
いでそれから前記エンドヌクレアーゼを分離することか
らなる請求項1に記載の制限エンドヌクレアーゼを取得
する方法。 - 【請求項7】 a)対象DNAから認識配列を切断する
酵素を用いて対象DNAを消化して得た認識配列を含む
塩基対のDNAフラグメントからなる組換体DNAライ
ブラリーを形成し、 b)該フラグメントを、認識配列を含むステップa)の
組換体ライブラリーから分離し、 c)対象DNAの特定領域を、ステップb)のフラグメ
ントで同定することを特徴とする対象DNAをマッピン
グする方法。 - 【請求項8】 制限エンドヌクレアーゼが、Bcg Iから
なることを特徴とする請求項7に記載の方法。 - 【請求項9】 a)第1の予定認識部位を、第2の予定
認識部位を含むベクターの該第2の認識部位に挿入し、
この際、最第2の予定認識部位の認識配列は1種以上の
非特異性ヌクレオチドによって阻害されるものであり、 b)対象DNAを前記ベクターの前記第1の認識配列に
連結して、形質転換反応用のライブラリーを形成し、 c)ステップb)のライブラリーを、前記第2の予定認
識部位を含むDNAを制限する制限エンドヌクレアーゼ
と接触させ、 d)宿主細胞をステップc)のライブラリーで形質転換
することを特徴とする対象DNAを含む形質転換細胞に
於けるDNAのバックグラウンドを減少させる方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US07/547,787 US5200336A (en) | 1990-07-02 | 1990-07-02 | Restriction endonuclease obtainable foam bacillus coagulans and a process for producing the same |
| US547,787 | 1990-07-02 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH06339374A true JPH06339374A (ja) | 1994-12-13 |
Family
ID=24186127
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP3186917A Pending JPH06339374A (ja) | 1990-07-02 | 1991-07-01 | バチルスコアグランスから得られる新規な制限エンドヌクレアーゼ及びその製造方法 |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US5200336A (ja) |
| EP (1) | EP0466332B1 (ja) |
| JP (1) | JPH06339374A (ja) |
| DE (2) | DE466332T1 (ja) |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5527342A (en) | 1993-12-14 | 1996-06-18 | Pietrzak; William S. | Method and apparatus for securing soft tissues, tendons and ligaments to bone |
| DE19653498C1 (de) | 1996-12-20 | 1998-07-23 | Wolf M Prof Dr Bertling | Klonierungsvektor-System mit Fusionssequenz |
| US6645506B1 (en) * | 1997-04-18 | 2003-11-11 | Ganeden Biotech, Inc. | Topical compositions containing extracellular products of Pseudomonas lindbergii and Emu oil |
| US6716435B1 (en) * | 1997-04-18 | 2004-04-06 | Ganeden Biotech, Inc. | Absorbent product containing absorbent structure and Bacillus coagulans |
| ATE493139T1 (de) * | 1997-04-18 | 2011-01-15 | Ganeden Biotech Inc | Oberflächige verwendung von probiotischen bacillussporen zur verhinderung oder bekämpfung von mikrobiellen infektionen |
| US6811786B1 (en) | 1999-04-01 | 2004-11-02 | Ganeden Biotech, Inc. | Methods for reducing cholesterol using Bacillus coagulans spores, systems and compositions |
| US7767203B2 (en) | 1998-08-07 | 2010-08-03 | Ganeden Biotech, Inc. | Methods for the dietary management of irritable bowel syndrome and carbohydrate malabsorption |
| EP1719518A1 (en) | 1998-08-07 | 2006-11-08 | Ganeden Biotech, Inc. | Compositions comprising bacillus coagulans for increasing the solubility and bioavailability of nutritional minerals |
| US6461607B1 (en) * | 1998-08-24 | 2002-10-08 | Ganeden Biotech, Inc. | Probiotic, lactic acid-producing bacteria and uses thereof |
| EP1212093B1 (en) * | 1999-08-26 | 2004-07-07 | Ganeden Biotech, Inc. | Use of emu oil as a carrier for antifungal, antibacterial and antiviral medications |
| US6849256B1 (en) | 1999-11-08 | 2005-02-01 | Ganeden Biotech Incorporated | Inhibition of pathogens by probiotic bacteria |
| US7704687B2 (en) * | 2002-11-15 | 2010-04-27 | The Johns Hopkins University | Digital karyotyping |
| EP2422804A1 (en) | 2004-06-17 | 2012-02-29 | Amano Enzyme USA., Ltd. | Controlled release formulations of enzymes, microorganisms, and antibodies with mucoadhesive polymers |
| RU2270859C1 (ru) * | 2004-10-18 | 2006-02-27 | Общество с ограниченной ответственностью "СибЭнзайм" | ШТАММ БАКТЕРИЙ BACILLUS SUBTILIS - ПРОДУЦЕНТ ЭНДОНУКЛЕАЗЫ РЕСТРИКЦИИ Bisi |
| WO2009032121A1 (en) * | 2007-08-29 | 2009-03-12 | Ganeden Biotech, Inc. | Compositions and methods for enhancing paper product degradation |
| EP3628164A1 (en) * | 2007-08-29 | 2020-04-01 | Ganeden Biotech, Inc. | Baked goods |
| ES2868135T3 (es) * | 2007-10-16 | 2021-10-21 | Ganeden Biotech Inc | Composiciones de bebidas |
| WO2009099562A2 (en) * | 2008-01-30 | 2009-08-13 | Ganeden Biotech, Inc. | Compositions and methods for cleaning surfaces |
| US7788209B2 (en) * | 2008-05-05 | 2010-08-31 | United Technologies Corporation | Hybrid fault reasoning and guided troubleshooting system that uses case-based reasoning and model-based reasoning |
| CA2740423C (en) | 2008-10-16 | 2020-09-08 | Ganeden Biotech, Inc. | Probiotic grain-based compositions |
| EP2424550B1 (en) | 2009-04-29 | 2017-06-07 | Ganeden Biotech, Inc. | Bacterial cell membrane formulation |
| WO2011130487A1 (en) | 2010-04-14 | 2011-10-20 | Ganeden Biotech, Inc. | Probiotic confection and lipid compositions |
| WO2012135499A1 (en) | 2011-03-31 | 2012-10-04 | Ganeden Biotech, Inc. | Probiotic sports nutrition compositions |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| DE273327C (ja) * | ||||
| JPS5315491A (en) * | 1976-07-23 | 1978-02-13 | Rikagaku Kenkyusho | Preparation of novel nucleicacidase |
| JPS5519058A (en) * | 1978-07-28 | 1980-02-09 | Rikagaku Kenkyusho | Preparation of nuclease |
| IN166864B (ja) * | 1985-03-01 | 1990-07-28 | New England Biolabs Inc |
-
1990
- 1990-07-02 US US07/547,787 patent/US5200336A/en not_active Expired - Lifetime
-
1991
- 1991-06-11 DE DE91305262T patent/DE466332T1/de active Pending
- 1991-06-11 DE DE69105377T patent/DE69105377T2/de not_active Expired - Fee Related
- 1991-06-11 EP EP91305262A patent/EP0466332B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1991-07-01 JP JP3186917A patent/JPH06339374A/ja active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP0466332B1 (en) | 1994-11-30 |
| DE466332T1 (de) | 1994-02-03 |
| EP0466332A2 (en) | 1992-01-15 |
| US5200336A (en) | 1993-04-06 |
| EP0466332A3 (en) | 1992-04-01 |
| DE69105377D1 (de) | 1995-01-12 |
| DE69105377T2 (de) | 1995-07-06 |
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