JPH07508657A - ras遺伝子のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる阻害 - Google Patents
ras遺伝子のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる阻害Info
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。
Description
ras遺伝子のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる阻害関連出願
本出願は1991年6月14日に出願された米国特許出願第715,196号、
1992年10月5日に出願された米国特許出願第958.134号および19
93年1月21日に出願された米国特許出願第081007,996号の一部継
続出願であり、それらの各々はここに引例として全文含まれている。
発明の分野
本発明は、自然に発生し、腫瘍形成との関係が示唆されている活性型に散発的に
変換する遺伝子であるras遺伝子の発現阻害のための組成物と方法に関する。
本発明はまた、活性型ras遺伝子の発現の特異的な阻害に関する。さらに本発
明は、細胞と組織中のras遺伝子の正常型と活性型の検出に関し、これは研究
と診断のための研究試薬とキットのための基礎を形成する。さらに、本発明はr
as遺伝子の活性化によって生ずる病態の処置に関する。本発明はまたras遺
伝子の発現阻害のための安定化オリゴヌクレオチド、r a s RNA1fl
的への親和性を促進するためにさらに修飾されているようなオリゴヌクレオチド
、およびrasRNA標的の配列特異的排除を得るためにさらに修飾されている
ようなオリゴヌクレオチドにも関する。
発明の背景
細胞増殖と分化を直接的または間接的に調節する細胞遺伝子の変換は、癌の主要
な原因と考えられる。ヒトの腫瘍形成との関係が示唆される、癌遺伝子と呼ばれ
る遺伝子は約30フアミリーある。そのようなファミリーのメンバーであるra
S遺伝子ファミリーは、しばしば、ヒト腫瘍中で突然変異を起こしていることが
見いだされる。正常状態においては、ras遺伝子によって産生されるタンパク
質は、正常な細胞増殖と成熟に寄与していると考えられる。産生されるタンパク
質中の3つの重要な部位の1つにおいてアミノ酸の変換を生ずるras遺伝子の
突然変異は、腫瘍形成との関係が示唆される型への変換を起こす。そのような突
然変異を持つ遺伝子は、″活性型”と呼ばれる。そのようなras活性化を引き
起こす点突然変異は、発癌性物質や他の環境因子によって引き起こされ得ると考
えられる。90%以上の膵腺癌、およそ50%の結腸腺腫と腺癌、およそ50%
の肺腺癌と甲状腺腫、および、急性骨髄性白血病やを髄異形成症候群といった血
液の悪性腫瘍の大部分が活性化されたras癌遺伝子を有することが見つかって
いる。全体としておよそ10から20%のヒト腫瘍が3つのras遺伝子(H−
ras、に−ras、N−ras)の1つに突然変異を有している。
現在のところ、特定の腫瘍細胞中で活性化されている癌遺伝子の発現を抑制する
ことにより、細胞をより正常な増殖状態に戻しつると信じられている。たとえば
、Feramiscoら(Nature、314:639−642.1985年
)は、活性化ras遺伝子により悪性腫瘍化した細胞に、ras遺伝子によって
産生されるタンパク質に結合する抗体をマイクロインジェクションすると、細胞
は増殖速度を低下させ、より正常な形態に変化する。このことは、典型的な癌細
胞の制御されない増殖における、活性化ras遺伝子産物の関与を支持するもの
と説明されている。
H−ras遺伝子は、即座に治療が施されない場合には突然の死をしばしば引き
起こす遺伝病であるIongQ−T症候群と呼ばれる重篤な心不整脈との関係が
示唆されている。乱れた鼓動の始まりには前兆がないことがしばしばである。
H−ras遺伝子が正確にIong’Q−T症候群の原因であるかはどうかはは
っきりしない。しかし、この症候群の遺伝と第11染色体上のH−ras遺伝子
周辺領域の特定の変異の存在との間には、非常に高い相関がある。このため、H
−ras遺伝子は、]ongQ−T症候群による心臓突然死の高リスクの優れた
指標となる。
ras遺伝子の発現を調節しつる構成物の提供と、そして特に活性化型ras遺
伝子の発現を特異的に調節する構成物の提供が強く望まれている。動物における
ras遺伝子の検出と診断の方法の提供が強く望まれている。また、ras遺伝
子活性化から生ずる病態の診断と治療の方法を提供することが望まれている。
加えて、ras遺伝子の検出と研究のための、改良された研究キットと試薬が望
まれている。
癌遺伝子発現の阻害はアンチセンス配向のKi−ras前癌遺伝子の2−キロ塩
基セグメントを発現するレトロウィルスベクターまたはプラスミドベクターを用
いて達成されている。Mukhopadhyay、T、 ら(1991)Can
cer Re5earch 51.1744−1748;PCT特許出願PCT
/US92101852 (WO92/15680);Georges、R,N
。
ら、(1993)Cancer Re5earch 53.1743−1746
゜アンチセンスオリゴヌクレオチドによる癌遺伝子の抑制は、様々な癌遺伝子フ
ァミリーの役割を理解するための有用な道具であるということが証明されている
。
アンチセンスオリゴヌクレオチドとは、その遺伝子の”センス″、またはコーデ
ィング鎖に相補的な小さなオリゴヌクレオチドを意味し、これは結果としてその
遺伝子のmRNA転写物に対してもまた相補的であり、これに対しても特異的に
ハイブリダイズしつる。Hootら(Mo1.Ce1l Biol、 、8.9
63−973.1988年)は、癌遺伝子C−mycのmRNA転写物に特異的
にハイブリダイズするアンチセンスオリゴヌクレオチドを培養されたHL−60
白血病細胞に添加すると、増殖が抑制され、分化が誘導されることを示した。A
nfossiら(Proc、Natl、Acad、Sci、、86.3379−
3383.1989年)は、c−myb癌遺伝子のmRNA転写物に特異的にハ
イブリダイズするアンチセンスオリゴヌクレオチドが、ヒト骨髄性白血病細胞株
の増殖を抑制することを示した。Wickstromら(Proc、Natl、
Acad、Sci、、85.1028−1032.1988年)は、培養したH
L60白血病細胞の増殖ならびに、c−myc癌遺伝子のタンパク質産物の発現
が、c−myc mRNAと特異的にハイブリダイズするアンチセンスオリゴヌ
クレオチドによって抑制されることを示した。米国特許4871838 (Bo
sら)は、N−rasの第13コドン中の突然変異を検出するための、その変異
に相補的なオリゴヌクレオチドを開示している。
これら全てのケースにおいて、修飾されていないオリゴヌクレオチドの不安定性
が主要な問題点である。これらは細胞内酵素により分解されるからである。PC
T/US88101024 (Zonら)は、HL−60白血病細胞の増殖およ
びこれらの細胞中のDNA合成を抑制するための、増幅されたc−myc癌遺伝
子の翻訳開始領域にハイブリダイズするホスホロチオエート誘導体オリゴヌクレ
オチドの作用を開示した。Tiddら(Anti−Cancer Drug D
esign、3,117−127.1988年)は、活性化されたN−ras癌
遺伝子に特異的にハイブリダイズするメチルホスホネート誘導体アンチセンスオ
リゴヌクレオチドを検討し、これが生化学的分解に耐性であり、培養したヒトH
T29細胞に毒性を示さない一方で、これがN−ras遺伝子の発現を抑制せず
、この細胞に影響を与えないことを見いだした。Changらは、Ba1b−r
aS遺伝子のmRNA転写物に特異的にハイブリダイズする、メチルホスホネー
ト誘導体およびホスホロチオエート誘導体オリゴヌクレオチドの両方が、インビ
トロにおいてこの遺伝子のタンパク質産物の翻訳を抑制しうることを示した。c
hangら、Anti−Cancer Drug Design、4.221−
232.1989年HB rownら、Oncogene Re5earch、
4゜243−252.1989年。T、、はras p21タンパク質生成物の
インビトロ翻訳に対するこれらのオリゴヌクレオチドのアンチセンス活性とはよ
く相関しなかったことが指摘されている。Changらが使用したアンチセンス
オリゴヌクレオチドは、ras遺伝子の翻訳開始領域に特異的にハイブリダイズ
するため、活性化rasに選択性を示すことが期待されず、これらオリゴヌクレ
オチドのras遺伝子の正常型(野生型)と変異型(活性化型)に対する結合能
力は比較されなかった。
He1eneおよび共同研究者はアクリジン挿入剤および/または疎水性の尾に
連結された9−marホスホジエステルを用いて活性化(コドン12G−4T転
位)H−ras mRNA発現の選択的阻害を示した。この化合物は低マイクロ
モル濃度でRNアーゼ Hおよび細胞増殖アッセイの両方において突然変異体r
as遺伝コード単位を選択的に標的とする事を示した。Sa i son−Be
hmoaras、T、ら、EMBOJ、10.1111−1118.1991年
。
Changおよび共同研究者は突然変異体H−ras遺伝コード単位の選択的標
的化について開示している:この時標的はA→Tトランスバージョンを含むH−
rasコドン61であり、用いられたオリゴヌクレオチドは11−merメチル
ホスホネートまたはそのソラーレン誘導体であった。活性に7.5−150μM
の濃度を必要とするこれらの化合物は免疫沈降により、正常p21と比較して突
然変異体H−ras p21発現を選択的に阻害することが示された。Chan
gら、Biochemistry、30.8283−8286.1991年。
塩基不適正のΔΔG’3□を増加させる修飾ヌクレオチドは選択性の増加に使用
できる。最も安定な不適正における1−2kca l/mo iから最も不安定
な不適正における5−6kca l/mo]のΔΔG037の範囲が観察されて
いる。従って、突然変異体標的への選択性を最大にすることが可能な場合、不安
定不適正(例えば、C−4G、U−G、A→C)を発生する突然変異が安定な不
適正(例えば、G−A)を発生する突然変異より好ましい。この例は家族性アル
ツハイマー病に付随する常染色体優性に観察できる。β−アミロイド前駆体遺伝
子の3つの異なった点突然変異がこの疾患を持つ血族で示されている。これらの
突然変異はG−4A(ΔΔG’ sy=+1.2kca l/mo]) 、G−
+T (ΔΔG’ 37=+3゜9k c a l/mo +)およびT−+G
(ΔΔG’ st=+6. 3 k c a l/rio 1)を含んでいる。
Goateら、’Nature、349.704−706.1991年HMur
relら、5cience、254.97−99.1991年;Chartie
r−Harlinら、Nature、353,844−846.1991年。こ
のケースではT→G突然変異の標的化によりアンチセンスオリゴヌクレオチドに
よる突然変異体β−アミロイドに対し最も強い選択性が得られると信じられる。
非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合または修飾ホスホロチオエートヌク
レオシド間結合は細胞性RNアーゼHの基質である:すなわち、それらはRNア
ーゼによる標的RNAの切断を活性化する。(Dag l e、J、 M、 、
Wa Ider、J、A、およびWeeks、D、L、、Nucleic A
c1dsResearch、18.4751.1990年;Dagle、J、M
、、Weeks、 D、L、およびWalder、J、A、、Antisens
e Re5earch and Development、1,11.1991
年;DagIe、J、M、、Andracki、M、E、、DeVine、R,
J、およびWalder、J、A、、Nucleic Ac1ds Re5ea
rch、19.1805.1991年)。RNアーゼはRNA:DNAデユープ
レックスのRNA鎖を切断するエンドヌクレアーゼである:従ってこの酵素の活
性化はRNA標的の切断を生じ、標的RNA発現を阻害するためのアンチセンス
オリゴヌクレオチドの能力を非常に促進できる。Walderらはゼノパス胎児
においてホスホジエステル結合およびホスホロチオエート結合の両方がまたエキ
ソヌクレアーゼ分解の対象であることを指摘している。そのようなヌクレアーゼ
分解はRNNアーゼ活性化に利用可能なオリゴヌクレオチドを急速に激減させる
ので有害である。PCT公開WO39105358(Walderら)は3°末
端ヌクレオシド間結合が修飾されたDNAオリゴヌクレオチドはRNアーゼの基
質として働く一方それらをヌクレアーゼ耐性にしていることを開示している。
RNアーゼ11の基質必要性を保ちながら、一方オリゴヌクレオチド修飾の有益
な性質を利用する試みとしてキメラオリゴヌクレオチドが用いられた。Gi I
es、R,V、ら、Anti−Cancer Drug Design、7,3
7.1992年;Hayase、Yら、Biochemistry、29.87
93.1990年;Dagle、J、M、らNucleic Ac1ds Re
5ea以上の化学的に異なった領域を含んでいる。これらのオリゴヌクレオチド
は典型的には一つまたはそれ以上の有益な性質(例えば、増加したヌクレアーゼ
耐性、増加した細胞内取り込み、RNA標的への結合親和性の増加)を与える修
飾されたヌクレオチド領域およびRNアーゼ切断を指示する能力を保つ非修飾領
域を含んでいる。この方法は種々の主鎖に用いられている、最も普通には単独で
はRNNアーゼ−基質ではないメチルホスホネート。
RNNアーゼ−感受性ホスホジエステル結合を含むメチルホスホネートオリゴヌ
クレオチドはインビトロでRNNアーゼ−よる標的RNA切断を指示できること
が観察されている。大腸菌RNアーゼHを用いて、標的RNA鎖の効率的なRN
Nアーゼ切断を指示するのに必要とされる最小のホスホジエステル長は3つまた
は4つの結合であることが報告されている。Quart in、R,S、ら、N
17.9193.1989年。類似の研究がインビトロで哺乳類RNNアーゼ切
断アッセイを用いて報告されている。Agrawal、S、ら、Proc、Na
t 1.Acad、Sci、USA、87,1401.1990年。この場合、
異なったホスホジエステル長を含む一連の主鎖修飾(メチルホスホネートを含む
)の切断効率が試験された。この性質のオリゴヌクレオチドにより指示される効
率的なRNNアーゼ切断に要求される最小ホスホジエステル長は5結合であった
。
より最近、メチルホスホネート/ホスホジエステルキメラはインビトロでの大腸
菌RNアーゼHを用いる標的RNA切断で特異性および効率が増強されているこ
とが示されている。G11es、R,V、ら、Anti−Cancer Dru
g Design、7,37.1992年。これらの化合物はまたゼノパス卵母
細胞および培養哺乳類細胞において有効なアンチセンス阻害剤であると報告され
ている。Dagle、J、M、ら、Nucleic Ac1ds Re5ear
ch、18,4751..1990年;Potts、J、D、ら、Proc、N
atl、Acad、Sci、USA、88,1516.1991年。
PCT公開WO90/15065 (Froehlerら)はRN7−ゼH活性
化を行う一方エキソヌクレアーゼに対する安定性を提供するため、ホスホロチオ
エートまたはホスホロジチオエート結合で3′および/または5′末端を”キャ
ップした”キメラオリゴヌクレオチドを開示している。PCT公開WO91/1
2323 (Pedersonら)はRNNアーゼ切断を活性化する中心デオキ
シヌクレオチド領域に隣接するRNNアーゼ−活性化しない修飾された主鎖(メ
チルホスホネート、ホスホロモルホリゾート、ホスホロピペラジデートまたはホ
スホロアミデート)を持つ2つの領域があるキメラオリゴヌクレオチドを開示し
ている。2°−デオキシオリゴヌクレオチドはヌクレアーゼ分解に対して安定化
されており、一方、ホスホロアミデート、アルキルホスホネートまたはホスホト
リエステル結合を持つ主鎖修飾の部分の間にホスホジエステル結合ヌクレオチド
の短い部分を位置させることによりRNNアーゼ活性化を提供する。Dagle
。
J、 M、 、 Walder、J、 A、およびWeeks、D、L、、Nu
c Ie ic 、Ac1ds Re5earch、18,4751.1990
年:Dagle。
J、〜i0. Weeks、D、L、およびWalder、J、A、、Anti
sense Re5earch and Development、1.11.
1991年:Dagle、J、M、、Andracki、M、E、、DeVin
e。
ミデートはエキソヌクレアーゼに対して安定化されるが、各々のボスホロアミデ
ート結合はオリゴヌクレオチド含有ホスホロアミデートのT1を1.6℃損失し
ている。Dagle、J、M、、Andracki、M、E、、DeVine。
クレオチドおよびその標的鎖間のハイブリダイゼーションの減少の指標である。
Saison−Behmoaras、T、、Tocque、B、Rey、I、。
Chass ignol、M、、Thung、N、T およびHe1ene、C
,。
EMBOJ、10.111’l−1118,1991年、はオリゴヌクレオチド
はRNNアーゼの基質であるにもががゎらず、mRNAへの弱いハイブリダイゼ
ーションのためRNアーゼ■1による切断効率は低かったことを観察した。
RNアーゼH感感受性ネオキシ残基混合された2° リボース修飾含有キメラオ
リゴヌクレオチドは主鎖キメラのようによく特徴付けがなされていないが、キメ
ラオリゴヌクレオチドは主鎖修飾に限られない。EP公開260.032 (I
noueら)および0htsukaら、FEBS Lett、、215,327
−330.1987年、は相補的RNA鎖内の特定の部位の大腸菌RNアーゼH
によるインビトロ切断を指示するための非修飾デオキシギャップを含む2°−0
−メチルオリゴヌクレオチド(単独ではRNNアーゼの基質ではないであろう)
を用いた。しかしながら、この性質のオリゴヌクレオチドは哺乳類RNアーゼH
を用いる切断効率は試験されておらずまた、細胞中のアンチセンス活性も試験さ
れていない。これらのオリゴヌクレオチドはヌクレアーゼに対して安定化されて
いない。
0−メチル以外の2゛ リボース修飾のRNNアーゼ切断を指示する能力および
アンチセンス活性に関する研究は非常に限られている。Schmidt、S、ら
、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびRNNアーゼを用いる標的RNA鎖の
切断は有用であろうと認められているが、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐
性およびハイブリダイゼーションの忠実度もまた非常に重要である。RNNアー
ゼを活性化し同時にハイブリダイゼーション性を維持または改良し、およびヌク
レアーゼ耐性を提供する方法または材料に対する長い間の要求がある。アンチセ
ンス活性を促進する方法または材料に対する長い間の要求が未だにある。
発明の目的
本発明はras遺伝子の発現を阻害するras mRNAに相補的なオリゴヌク
レオチドを提供することを目的とする。
本発明はras遺伝子の活性化(突然変異体)型発現を特異的に阻害するras
mRNAに相補的なオリゴヌクレオチドを提供することを別の目的とする。
本発明はras:a伝子の発現を阻害する安定化オリゴヌクレオチドを提供する
ことをさらに別の目的とする。
本発明はras mRNAに相補的でras mRNA標的へのその親和性が増
強されるように修飾されたras遺伝子の発現を阻害する安定化オリゴヌクレオ
チドを提供することを別の目的とする。
本発明はras mRNAに相補的でおよびRNNアーゼの基質であるオリゴヌ
クレオチドを提供することをさらに別の目的とする。
本発明は癌細胞の増殖を阻害するオリゴヌクレオチドを提供することを別の目的
とする。癌細胞の増殖を阻害する方法もまた本発明の目的である。
また本発明はras遺伝子の正常型(野生型)から活性型への突然変異の検出も
別の目的とする。
また本発明は、活性化したras遺伝子の存在に起因する、形態的に類似した腫
瘍を区別する診断および高リスク状態の同定を目的とする。
また本発明は、ras遺伝子の野生型から変異型(すなわち活性型)への変異に
起因する病態の診断と治療の方法の提供を目的とする。
発明の要約
本発明に従うと、ヒトras遺伝子に由来するDNAまたはRNAと相補的なオ
リゴヌクレオチドが提供される。一つの好ましい態様ではヒトH−raS遺伝子
に由来するDNAまたはRNAと相補的なオリゴヌクレオチドが提供される。
好ましくは、これらのオリゴヌクレオチドは、遺伝子の転写開始コドンに相補的
であり、また好ましくはこれらのオリゴヌクレオチドはCATの配列を含む。他
の好ましい態様によれば、活性化H−ras遺伝子の第12コドンと相補的なオ
リゴヌクレオチドが提供され、これらは好ましくはGACの配列を含む。他の好
ましい態様においては、活性化H−ras遺伝子の変異した第12フドンと相補
的でありおよび優先的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドが提供される。
この態様においては、そのようなオリゴヌクレオチドは好ましくはGACの配列
を含む。そのようなオリゴヌクレオチドは、薬学的に受容しうる担体中に含まれ
ることが都合よ(そして望ましい。別の好ましい態様によれば、ヒトKi−ra
S遺伝子に由来するDNAまたはRNAと相補的なオリゴヌクレオチドが提供さ
れる。これらのオリゴヌクレオチドがKi−ras遺伝子の5′−非翻訳領域、
3゛−非翻訳領域、第12コドンまたは第61コドンと相補的であるのが好まし
い。別の好ましい態様に従うと、活性化Ki−rasの第12コドンに相補的で
あるオリゴヌクレオチドが提供され、好ましくは配列ACCを含んでいる。別の
そのような態様に従うと、活性化Ki−rasの変異第12コドンに相補的であ
りおよび優先的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドが提供される。この態
様においては、そのようなオリゴヌクレオチドは好ましくはAACの配列を含む
。
そのようなオリゴヌクレオチドは、薬学的に受容しうる担体中に含まれることが
都合よくそして望ましい。
オリゴヌクレオチドはヌクレアーゼによる分解に耐性が増強するように修飾され
ていることが好ましい。現在の所、ヌクレアーゼへの増強された耐性は少なくと
も一つの硫黄含有ヌクレオチド(最も好ましいのはホスホロチオエートまたはボ
スホロジチオエート)により運ばれるのが好適である。
別の好ましい態様に従うと、ras発現を阻害しおよび同時にヌクレアーゼへの
増強された耐性を持ち、ras mRNA標的への増強された結合親和性を持ち
およびRNNアーゼの基質である、ras mRNAに相補的なオリゴヌクレオ
チドが提供される。
現在の所、増強された結合親和性が少なくとも一つのヌクレオチドの糖の2゜位
での修飾(最も好ましくは2°−0−アルキル、2’ −0−アルキルアミノま
たは2° −フルオロ修飾)により運ばれるのが好ましい。
いくつかの態様によれば、本発明のオリゴヌクレオチドは相補的ras mRN
Aへの結合親和性が増強されるように修飾された少なくとも一つの領域およびR
NNアーゼ切断の基質である領域を含むキメラオリゴヌクレオチドである。一つ
のそのような態様によれば、RNNアーゼ基質領域は増強されたras mRN
A結合親和性を持つ2つの領域により隣接されている。
他の態様によれば、本発明は、細胞または組織中のヒトras遺伝子の発現を調
節する方法、および、活性化を誘導する変異を有していると疑われる細胞または
組織中において、活性化されたras遺伝子の発現を特異的に調節する方法に関
する。
本発明のい(つかの態様はras遺伝子の発現阻害のための方法および活性化r
as遺伝子の発現を特異的に阻害する方法に関する。
本発明の別の態様は、細胞または組織中のras遺伝子を検出、および細胞また
は組織中の活性化ras遺伝子を特異的に検出する方法に関する。そのような方
法はヒトras遺伝子を有していると疑われる細胞または組織と本発明に従うオ
リゴヌクレオチドを接触させて該遺伝子を検出することを含む。
さらに別の態様によれば、本発明は、ras遺伝子の活性化を誘導する変異を有
すると疑われる動物の診断法と治療法に関する。そのような方法は、この遺伝子
の発現を阻害し、この遺伝子の活性化によって生ずる状態を治療し、またはその
診断を行うために、動物、細胞、組織または体液と本発明にしたがうオリゴヌク
レオチドを接触させることを含む。
図面の簡単な説明
図1は、H−ras転写開始コドン(AUG)を標的としたオリゴヌクレオチド
を使用したras−ルシフェラーゼ融合タンパク質の発現抑制の用量依存性を示
す棒グラフである。発現は、ルンフエリンを添加した時に発する光の量にょうて
アッセイされたルシフェラーゼ活性の測定によって定量される。
図2は、活性化H−rasの変異した第12コドン領域を標的としたオリゴヌク
レオチドを使用したras−ルシフェラーゼ融合タンパク質の発現抑制の用量依
存性を示す棒グラフである。発現は、ルシフェリンを添加した時に発する光の量
によってアッセイされたルシフェラーゼ活性の測定によって定量される。
図3は、アンチセンスホスホチオエート化合物によるras−ルシフェラーゼ融
合タンパク質の発現の単一用量による抑制を示す棒グラフである。発現は、ルシ
フェリンを添加した時に発する光の量によってアッセイされたルシフェラーゼ活
性の測定によって定量される。
図4は、活性化H−ras遺伝子と特異的にハイブリダイズしうる13のアンチ
センスヌクレオチドから得られたデータを要約した表および棒グラフである。
それぞれのオリゴヌクレオチドについて、その長さ、特異的にハイブリダイズす
る活性化ras遺伝子の領域、ras−ルシフェラーゼ融合タンパク質の発現抑
制活性を示す。
図5は、ras mRNA1li的配列(5′から3゛で示されている)および
H−ras翻訳開始コドン(AUG)および第12コドン領域を標的とするアン
チセンスオリゴヌクレオチドの位置および配列を示している。アンチセンスオリ
ゴヌクレオチドは3°から5゛に示される。図5AはAUGを標的とする2つの
20−mer (2502および2503)および第12コドンを標的とする5
から25ヌクレオチド長の一連のオリゴヌクレオチドを示す。図5Bは、ras
mRNA標的配列との関係におけるオリゴヌクレオチド2502.2503.
6186および2570を示す。
図6は、オリゴヌクレオチド2502.2503.6186およびこれらのホス
ホロチオエートオリゴヌクレオチドの均一な2゛−0−メチル体の種々の用量に
よるras−ルシフェラーゼの抑制を示す棒グラフである。
図7は、種々の長さのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる突然変異体(斜線
の棒)および正常(黒塗りの棒)ras−ルシフェラーゼのアンチセンス抑制を
示す棒グラフである。
図8は、用量依存様式でのras抑制を示す一連の8つの図を示している。直線
は野生型に対する活性であり、点線は活性型rasに対する活性を示している。
図9は、47−mer H−ras RNAヘアピン標的へのアンチセンスオリ
ゴヌクレオチド結合を示す2部分からなる図である。図9Aは均一2’ −0−
メチルオリゴヌクレオチドによるヘアピン標的の(デオキシ数=0)および9つ
の塩基デオキシギャップを持つ2′−〇−メチルキメラオリゴヌクレオチドによ
るヘアピン標的の(デオキシ数=9)、オリゴヌクレオチドの濃度の関数として
のゲルシフト分析である。レーン1−8は以下のオリゴヌクレオチド濃度を含ん
でいる:1)なし; 2)10−11M、3)10−”M+ 4)10−’M;
5)10−’M、6)10−7M: 7)10−’M: 8)10−5M0図
9Bはアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度に対してシフトしたヘアピン標的
の分画を示すグラフである。
(◇)・デオキシ数=17;(・):デオキシ数=9: (ム)・デオキシ数=
7; (○)、デオキシ数=5; (△)・デオキシ数=3; (■):デオキ
シ数=1;(ロ)・デオキシ数=0; (挿入図:47−mer H−ras
RNAヘアピン標的の構造がオリゴヌクレオチド2570の配列とともに示され
ている)。
図10は、2゛−0−メチルキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによ
る相補的H−r、as RNAのRNアーゼH依存性切断を示すゲルである。レ
ーン指示は中心にあるデオキシギャップの長さを示している。
図11は、ras第12コドンRNA配列を標的とするホスホロチオエート2°
−0−メチルキメラオリゴヌクレオチドのアンチセンス活性を示す2部分から
なる図である。図11Aは均一2′−〇−メチルオリゴヌクレオチド、均一チオ
キンオリゴヌクレオチドおよび中心に1−13−15−17−1または9−塩基
デオキシギャップを持つキメラ2’ −〇−メチルオリゴヌクレオチドの単一用
量活性(100nM)を示す棒グラフである。図11Bは均一デオキシ(マ)ま
たは中心に4−1、◆)、5−(・)、7−(+)または9−塩基(ム)デオキ
シギャップを含む2゛−0−メチルオリゴヌクレオチドの用量応答活性を示す線
グラフである。
図12は、ras−ルシフェラーゼに対する均一デオキシホスホロチオエートお
よび短くしたキメラオリゴヌクレオチドのアンチセンス活性を示す棒グラフで図
13は、rasを標的とするホスホロチオエート2’ −0−メチルオリゴヌク
レオチドを用いた場合のデオキシギャップの長さの関数としてのアンチセンス活
性およびRNアーゼH活性化能力間の相関を示す線グラフである。
図14は、7塩基デオキシギヤツプを含むホスホロチオエート2°修飾キメラオ
リゴヌクレオチドの用量応答性アンチセンス活性を示す線グラフである。(ム)
均一デオキ/ホスホロチオエート; (■)、2°−0−ペンチルキメラ; (
・)。
2′−〇−プロピルキメラ; (◆)、2’−0−メチルキメラ: (マ)、2
’−フルオロキメラ。
図15は、種々の組み合わせのホスホロチオエートおよびホスホジエステル主鎖
および2′−〇−メチルおよび2゛−デオキシヌクレオチドを持つキメラオリゴ
ヌクレオチドによるras−ルシフェラーゼの用量依存性オリゴヌクレオチド抑
制を示す棒グラフである。
図16は、ヌードマウスにおいてのA349ヒト細胞腫瘍に対するl5IS25
03の抗腫瘍活性を示す線グラフである。
図17は、ヌードマウスにおいてのA349ヒト細胞腫瘍に対するl5IS25
03の抗腫瘍活性(カチオン性脂質と一緒に投与された場合)を示す線グラフで
ある。
図18は、種々の2°糖修飾およびホスホジエステル(P=O)主鎖を持つオリ
ゴヌクレオチドのHa−rasに対する活性をホスホロチオエート(P=S)主
鎖を持つ2゛デオキシオリゴヌクレオチドと比較した棒グラフである。
図19は、3つのヒト結腸癌腫細胞株、Ca Iu l、5W480および5W
620におけるKi−ras mRNA発現のアンチセンス抑制を示す棒グラフ
である。
図20は、Ki−ras特異的オリゴヌクレオチドl5IS6957およびl5
IS6958による5W480ヒト癌腫細胞株増殖の抑制を示す棒グラフである
。
図21は、突然変異体Ki−ras第12コドンを標的とするオリゴヌクレオチ
ドで処置した場合、突然変異体ki−rasを発現するヒト癌腫5W480細胞
と野生型Ki−rasを発現するHe1a細胞のKi−ras mRNA発現の
選択的抑制を示す棒グラフである。
発明の詳細な記述
悪性腫瘍は、癌細胞に特徴的な制御された増殖の喪失、すなわち連続的な制御不
能の増殖、周辺組織への侵入能力、および他の臓器への転移能力を誘導する、一
連の段階的で進行性の変化を通して発達する。厳密に制御されたインビトロの研
究によって、正常細胞と癌細胞の増殖を性格付ける因子が定義され、細胞増殖と
分化を制御する特定のタンパク質が同定されてきた。さらに、厳密に制御された
定量的なインビトロアッセイで細胞の形質転換を研究することが可能であること
によって、形質転換した細胞の表現型を誘導しつる特定の遺伝子が同定されてき
た。そのような癌の原因遺伝子または癌遺伝子は、それらが産生ずるタンパク質
の発現調節の変化を誘導する突然変異によって形質転換誘導能を獲得すると信じ
られている。ある場合には、そのような変化はプロモーターやエンハンサ−とい
った非コードDNA調節領域のDNA中において起こり、癌遺伝子の転写活性の
変化を誘導し、その遺伝子産物の過剰または過小産生を引き起こす。他の場合に
は、遺伝子変異は癌遺伝子のコード領域内において起こり、非活性、過剰な活性
または正常型(野生型)の遺伝子産物とは異なった活性を示す遺伝子産物の産生
を誘導する。
今日までに30以上の細胞性癌遺伝子ファミリーが同定されている。これらの遺
伝子は、それらの細胞内局在とそれらのタンパク質産物の推定上の作用機構によ
って分類することができる。ras癌遺伝子は、細胞膜の内側に存在する類縁タ
ンパク質をコードする遺伝子ファミリーのメンバーである。rasタンパク質群
はアミノ酸レベルで高度に保存され、GTPに対して高親和性かつ特異的に結合
し、そしてGTPase活性を有している。細胞内におけるras遺伝子産物の
機能は明らかでないが、GTP結合タンパク質、またはGタンパク質として知ら
れている信号伝達タンパク質群とかなりの配列ホモロジーを有するという生化学
的性質は、ras遺伝子産物が細胞膜を介しての細胞外信号の伝達に関係して、
基本的な細胞調節機能において基礎的な役割を果たしていることを示唆する。
H−ras、に−ras、およびN−rasと呼ばれる3つのras遺伝子は、
哺乳類のゲノム中で同定されている。哺乳類ras遺伝子は、それらのコード配
列内の単一の点突然変異により形質転換を誘導する性質を獲得する。自然に発生
するras癌遺伝子中の突然変異は、第12番、第13番、第61番のコドンに
存在する。H−ras、に−ras、およびN−rasの配列は既知である。C
aponら、Nature 302,33−37.1983年;Hal]および
Brown、Nucleic Ac1ds Re5earch、13.5255
−5268.1985年。ヒト腫瘍中で見っがる活性型ras変異で最もよく検
出されるのは、H−ras遺伝子の第12コドン中の変異であり、これはGGC
からGTCへの塩基の変化によりrasタンパク質産物のGTPase調節領域
ら、Nature 300,762−765.1982年。この単一アミノ酸の
変化はrasタンパク質機能の正常な調節を喪失させると考えられ、それにより
正常に制御された細胞タンパク質を常に活性なタンパク質に変換する。そのよう
な正常rasタンパク質機能の親制御が、正常から悪性の増殖への形質転換の原
因であると信じられている。
本発明は、ヒトras癌遺伝子発現抑制のためのオリゴヌクレオチドを提供する
。そのようなオリゴヌクレオチドはヒトras遺伝子に由来する選択されたDN
AまたはmRNAと特異的にハイブリダイズする。本発明はまた、rasの変異
型発現を選択的に抑制するのためのオリゴヌクレオチドを提供する。
本発明においては、”オリゴヌクレオチド“とはリボ核酸またはデオキシリボ核
酸のオリゴマーまたはポリマーを意味している。この用語は天然に存在する塩基
、糖および糖量(主鎖)結合からなるオリゴマーならびに同様に機能するが天然
には存在しない部分を持つオリゴマーを含んでいる。そのような修飾または置換
オリゴヌクレオチドは例えば促進された細胞への取り込みおよび増強されたヌク
レアーゼ存在下での安定性のような性質のため天然型より好適である。
本発明の為に企図されたいくつかの好ましいオリゴヌクレオチドの特別の例には
ホスホロチオエート、ホスホジエステル、メチルホスホネート、短鎖アルキルま
たはシクロアルキル糖量結合または短鎖ヘテロ原子またはへテロ環式糖量結合が
含まれる。最も好ましいものは、CH2NHOCH2、CH2N (CH3)−
0−CH2、CHt ON (CH3) CH2、CHz N (CHs) N
(CHs) CHzおよび0−N (CH3)−CH,−CHI主鎖(ここで
ホスホジエステルは0−P−0−CHI)を持つものである。モルホリノ主鎖構
造を持つオリゴヌクレオチドもまた好ましい。Summerton、J、E、
およびWeller、 D、 D、 、米国特許第5.034,506号。別の
好ましい態様においては、タンパク質−核酸(PNA)主鎖のように、オリゴヌ
クレオチドのホスホジエステル主鎖がポリアミド主鎖で置換され、塩基がポリア
ミド主鎖のアザ窒素原子に直接的または間接的に結合されているであろう。P、
E、N1elsen、M。
Egholm、O,Buchard、5cience 254.1497.19
91年。別の好ましいオリゴヌクレオチドは2°位に以下のものの1つを含むア
ルキルおよびハロゲン置換糖部分を含むであろう:OH,SH,5CHs、Fl
oCN、O(CHz)−NHzまたはO(CHz)−CHs (式中、nは1か
ら約10である);C1から01゜の低級アルキル、置換低級アルキル、アルカ
リールまたはアラルキル;C1;Br ;CN;CFs;0CFs、0−1S−
またはN−アルキル;0−1S−またはN−アルケニル; 5OCHs; SO
*CHs;0NOx;NOx;Ns;NHz;ヘテロシクロアルキル:ヘテロシ
クロアルカリール;アミノアルキルアミノ;ポリアルキルアミノ:置換シリル、
RNA切断基;コンジュゲート;レポーター基;挿入剤;オリゴヌクレオチドの
薬物動態学的特性を改良する基;オリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改良する
基および類似の性質を持つその他の置換基。オリゴヌクレオチドはまたペントフ
ラノシル基の代わりにシクロブチルのような糖模倣物を含んでいてもよい。
別の好ましい態様においては少なくとも一つの修飾塩基が含まれている。そのよ
うな修飾塩基のいくつかの特別の例には、2−(アミノ)アデニン、2−(メチ
ルアミノ)アデニン、2−(イミダゾイルアルキル)アデニン、2−(アミノア
ルキルアミノ)アデニンまたはその他のへテロ置換アルキルアデニンが含まれる
。
本発明の好ましいオリゴヌクレオチドは、同時に、ヌクレアーゼ耐性を増強する
ように修飾されたヌクレオチドを含み、ras mRNAに対する親和性を増強
するように修飾されたヌクレオチドを含み、およびRNアーゼHの基質であるヌ
クレオチドを含んでいるであろう。一つの好ましい態様においては、キメラオリ
ゴヌクレオチドはras mRNAに対する結合親和性を増強するように修飾さ
れた少な(とも一つの領域、およびRNアーゼHの基質である領域を含んでいる
。オリゴヌクレオチドはまた、ヌクレアーゼ耐性を促進させるように修飾されて
いる。より好ましい態様においては、RNアーゼHの基質である領域にrasm
RNAに対する結合親和性を増強するように修飾された2つの領域が隣接してい
る。そのような修飾の効果はras遺伝子発現のアンチセンスオリゴヌクレオチ
ド抑制を非常に促進させることである。
本発明に従うオリゴヌクレオチドは好ましくは約8から約50の核酸塩基単位を
含んでいる。そのようなオリゴヌクレオチドは約8から約30の核酸塩基単位を
含んでいるのがより好適であり、約13から約25の核酸塩基単位を含んでいる
ものがさらにより好適である。核酸塩基単位とはホスホジエステルまたはその他
の結合で隣接する核酸塩基に適切に結合された塩基−糖の組み合わせであること
が理解されるであろう。
本発明において”ハイブリダイゼーション”とは、通常相対する核酸鎖または核
酸鎖の2つの領域の相補鎖間の水素結合(ワトソンークリック塩基対としても知
られている)を意味する。グアニンおよびシトシンはそれらの間に3つの水素結
合を形成することが知られている相補的塩基の例である。
”特異的にノゾブリダイズできる“とは非標識配列へのオリゴヌクレオチドの非
特異的結合を避けるのに十分な程度に相補的であることを意味している。特異的
にハイブリダイズできるためには、オリゴヌクレオチドはその標的核酸配列と1
00%相補的である必要はないことがわかっている。
ras−ルソフェラーゼ遺伝子発現のアンチセンスオリゴヌクレオチド抑制:H
−ras翻訳開始コドンまたは活性化H−rasの第12コドン点突然変異を標
的とした一連のアンチセンスオリゴヌクレオチドが実施例2−5に記載したra
S−ルンフエラーゼレポーター遺伝子システムを用いてスクリーニングされた。
この最初の7リーズの6つのオリゴヌクレオチドがras−ルシフェラーゼ活性
の有意でおよび再現性のある抑制を与えることが同定された。これらのオリゴヌ
クレオチド(すべてホスホロチオエートである)の塩基配列、配列参照番号およ
び配列ID番号が表1に示されている。
表1
オリゴ参照番号 配列 配列[)番号
図1は、正常ras−ルシフェラーゼレポーター遺伝子または突然変異体raS
−ルシフェラーゼレポーター遺伝子を発現する細胞がホスホロチオエートオリゴ
ヌクレオチド2503(配列ID番号:2)の濃度を増加させて処理された用量
一応答実験を示している。この化合物はH−ras RNA転写体の翻訳開始コ
ドンを標的としている。図1に示したようにこのオリゴヌクレオチドにより細胞
を処理するとras−ルシフェラーゼ活性の用量依存性抑制を起こし、正常およ
び突然変異体ras標的の両方に対して約50nMのIC50値を示した。対照
オリゴヌクレオチドは20塩基の長さのランダムホスホロチオエートオリゴヌク
レオチドである。結果はオリゴヌクレオチドで処理されていないトランスフェク
ト細胞中のルシフェラーゼ活性のパーセントとして表現されている。ras翻訳
開始コドンを標的としているオリゴヌクレオチドは突然変異体および正常raS
発現の両方を減少させるのに等しく有効であるという観察結果は、2つの標的は
AUG翻訳開始部位周辺の領域に同一の配列組成を持っているので予期されるも
のである。
図2は、突然変異体(活性型)H−ras RNAの第12コドン点突然変異を
標的とする化合物であるホスホロチオエートオリゴヌクレオチド2570 (配
列ID番号=3)で細胞を処理した用量一応答実験を示している。対照オリゴヌ
クレオチドは20塩基の長さのランダムホスホロチオエートオリゴヌクレオチド
である。結果はオリゴヌクレオチドで処理されていないトランスフェクト細胞中
のルシフェラーゼ活性のパーセントとして表現されている。図に示されているよ
うに、このオリゴヌクレオチドの濃度を増加させて細胞を処理すると、ras−
ルシフェラーゼの突然変異体型または正常型を発現している細胞中のras−ル
シフェラーゼ活性の用量依存性抑制を示した。しかしながら、データを注意深(
検討すると、低濃度ではオリゴヌクレオチド2570は正常型に比較してras
−ルシフェラーゼの突然変異体型に対し約3倍の選択性を示した。実際、257
0はras−ルシフェラーゼの突然変異体型に対し約1100nのIC50値を
示し、一方、同じ化合物が非突然変異体型に対して約250nMのIC50値を
示した。
図3はH−ras翻訳開始コドンまたは第12コドン点突然変異を標的とするオ
リゴヌクレオチドの単一用量(05μM)で、ras−ルシフェラーゼの正常型
または突然変異体型を発現している細胞を処理した典型的な実験の結果を示して
いる。試験されたアンチセンスホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは表1に
示されている。対照オリゴヌクレオチド(2504)は20塩基の長さのランダ
ムホスホロチオエートオリゴヌクレオチドである。結果はオリゴヌクレオチドで
処理されていないトランスフェクト細胞中のルシフェラーゼ活性のパーセントと
して表現されている。図3に示されているように、ras翻訳開始コドンを標的
とする化合物2503 (配列ID番号:3)がras−ルシフェラーゼ活性の
抑制に最も有効であった。活性化H−rasの第12コドン点突然変異を標的と
する3つの化合物の内、17−marオリゴヌクレオチド2570 (配列ID
番号:3)のみが正常型に比較してras−ルシフェラーゼの突然変異体型に対
する選択性を示した。このことは、活性化H−ras遺伝子と相補的な13すべ
でのアンチセンスオリゴヌクレオチド、ならびにランダムにした対照オリゴヌク
レオチド(1966)および野生型のrasの第12コドンの領域と相補的な対
照オリゴヌクレオチド(2907)から得られたデータを要約した図4にもまた
示されている。各々のオリゴヌクレオチドに示されているのはその長さ、それが
相補的である領域およびras−ルシフェラーゼ融合タンパク質の発現を抑制す
るその活性である。より長い第12コドン点突然変異を標的とするホスホロチオ
エートはras−ルシフェラーゼ発現に対して実体のあるアンチセンス活性を示
すが、ras−ルシフェラーゼの突然変異体型の発現の選択的抑制を示さなかっ
た。17ヌクレオチドの長さ未満の第12コドン点突然変異を標的とするホスホ
ロチオエートオリゴヌクレオチドはras−ルシフェラーゼの両方の型に活性を
示さなかった。これらの結果はras配列を標的とするホスホロチオエートオリ
ゴヌクレオチドの効果的なアンチセンス活性を示している。
オエートオリゴヌクレオチドのras−ルシフェラーゼ発現の抑制能力が実施例
2−5に記載されたような過渡トランスフエクンヨンアッセイにより比較された
。
結果は図5Aおよび5Bに示されている。表2に示されているこれらのオリゴヌ
クレオチド、l5IS2502 (配列ID番号: 1) 、2503 (配列
ID番号=2)および6186 (配列ID番号=7)はHe1a細胞において
単一量での(100nM)ras−ルシフェラーゼ発現の抑制が試験された。3
つすべてのAUG−標的化オリゴヌクレオチドがras−ルシフェラーゼ発現の
抑制に有効であった。これらの3つのホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは
また各々の積上に2°−0−メチル修飾を持つものとしても製造された。l5I
S2503(配列ID番号=2)の2゛−〇−メチル体もまたras−ルシフェ
ラーゼ発現を抑制した。このことは図6に示されている。
突然変異体H−rasを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド(オリゴヌ
クレオチド配列は5゛から3°で示されている)オリゴ 長さ 標的 配列 配
列ID番号2502 20 AUG CTTATATTCCGTCATCGCT
C1250320^11G TCCGTCATCGCTCCTCAGGG 26
186 20 AUG TATTCCGTCATCGCTCCTCA 7256
3 5 コドン 12 CGACG 82564 7 コドン 12 CCGA
CGG 92565 9 コドン 12 ^CCGACGGC10256711
コドン 12 CACCGACGGCG 112568 13 コドン 12
ACACCGACGGCGC12256915コF用2 CACACCGACG
GCGCC13342616コドン 12 CCACACCGACGGCGCC
14342716ffトン 12 CACACCGACGGCGCCC1525
7017コドン 12 CCACACCGACGGCGCCC3342818コ
ドン 12 CCCACACCGACGGCGCCC16342918コドン
12 CCACACCGACGGCGCCC^ 172571 19 コド月2
CCCACACCGACGGCGCCCA 42566 21 コド用2 G
CCCACACCGACGGCGCCCAC5256023コドン 12 TG
CCCACACCGACGGCGCCCACC6246125コドン 12 T
TGCCCACACCGACGGCGCCCACC^ 18907 17 コド
用2 CCACACCGCCGGCGCCC19(野生型)
ras第12コドン点突然変異を標的とするオリゴヌクレオチド(ままtこra
s−ルシフェラーゼ発現の抑制に有効であった。5から25塩基の長さの一連の
11のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが作製され、実施例2−5に記載
されている過渡トランスフェクションアッセイで突然変異体および野生型ras
−ルシフェラーゼを抑制する能力が試験された。オリゴヌクレオチドは表2に示
される。1001Mオリゴヌクレオチド濃度では、15塩基またはそれより長い
オリゴヌクレオチドが突然変異体H−ras標的の発現を抑制することが観察さ
れた。
15および19塩基の長さの間のオリゴヌクレオチドに野生型ras−ルシフェ
ラーゼ発現に対する突然変異体の選択的抑制が観察された。野生型に比較して突
然変異体のras−ルシフェラーゼ抑制に対して観察された最大の選択性は17
−mer2570(配列ID番号:3)であり、約4倍であった。2570が配
列特異的様式で作用していることを示すために、この化合物の変異体(2907
:配列ID番号:19)が試験された。これは中心のアデノシン残基がシトシン
に置き換えられており、そのことはこのオリゴヌクレオチドを野生型H−ras
標的に完全に相補的なものにしている。それゆえ、このオリゴヌクレオチドは突
然変異体H−ras配列へ十分にハイブリダイズした場合、オリゴヌクレオチド
/RNAデユーブレックスの中心に一つの誤適正を含むであろう。図7に示した
ように、オリゴヌクレオチド2907は突然変異体ras−ルシフェラーゼに対
して野生型ras−ルシフェラーゼの発現を選択的に抑制し、その相違は110
0nのオリゴヌクレオチド用量で約5倍であった。
突然変異体第12コドン領域に相補的な2つの15−marおよび2つの18−
marが実施例2−5に記載したように試験された(図5および表2)。図8は
、用量依存性様式でオリゴヌクレオチドの長さ13.15.16.17.18お
よび19塩基に対して決定されたアンチセンス活性および突然変異体選択性の実
験の結果を示している。これらのオリゴヌクレオチドで得られた結果は、突然変
異体H−ras配列に対して活性であった化合物はまた選択性も発揮したことを
示している。長さ16のオリゴヌクレオチド(配列!D番号=14および配列H
)番号:15)および17塩基(配列ID番号・3)は最も高い選択性を示した
(各々4−および5−倍)。13塩基化合物、2568 (配列ID番号・12
)は試験された濃度でアンチセンス活性を示さなかった。
デオキシギャップを持つキメラ2° −0−メチルオリゴヌクレオチド:突然変
異体−選択的17−mer (2570)の配列に基づいて、末端領域が2゛−
〇−メチルヌクレオシドから成り、中心の残基が”デオキシギャップ”を形成す
る一連のキメラホスホロチオニー)2’ −0−メチルオリゴヌクレオチドが合
成された。デオキシの数はゼロから(全部2′−〇−メチル)から17(全部デ
オキシ)の範囲である。これらのオリゴヌクレオチドは表3に示されている。
表3
2゛−〇−メチル末端(ボールド)および中央にデオキシギャップを持つキメラ
ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド(突然変異体コドン−12標的)
オリゴ# デオキシ 配列 配列ID番号4122 0 CCACACCGAC
GGCGCCC339751CCAC^α石^CGGCGCCC339793C
CACACCGACGGCGCCC342364CCACACCGACG GC
GCCC342424CCACACCGACGGCGCCC339805CCA
CACCGACG GCGCCC339857CCACA CCGACGG C
GCCC339849CCACACCGACGGCGCCC3257017CC
ACACCGACGGCGCCC3これらのオリゴヌクレオチドは実施例6に記
載したようなハイブリダイゼーション効率、実施例8に記載したような哺乳類R
NアーゼHを用いるインビトロでのRNNアーゼ切断を指示する能力、およびア
ンチセンス活性について特徴付けられた。完全長H−ras mRNAに対する
アンチセンス活性は、実施例9に記載されているように、レポーター遺伝子ルシ
フェラーゼに連結されているraS一応答性エンハンサ−要素を用いてH−ra
s遺伝子発現がモニターされる過渡的同時トランスフェクションレポーター遺伝
子システムを用いて決定された。
−重鎖25−mer RNA標的へのホスホロチオエートアンチセンスオリゴヌ
クレオチドのハイブリダイゼーション・図5および表2はコドン12G→U点突
然変異を含む活性化H−ras mRNAを標的とする15のボスポロチオエー
トオリゴヌクレオチドの配列が示されている。これらのオリゴヌクレオチドは5
から25塩基の長さの範囲にあり、点突然変異の辺りを中心としている。突然変
異体および野生型25−mer RNA標的に対するこれらのアンチセンスポス
ホロチオエートの融解温度(T、)が4μMオリゴヌクレオチド濃度で測定され
た。T7は鎖長が長(なるにつれて増加し、および任意の鎖長に対し、突然変異
体標的へのハイブリダイゼーションのT、は野生型標的のTはりも大きかった。
オリゴヌクレオチド2907は257oのホスホロチオエート17−mer変異
体であり、中央のアデノシン残基がシトシンで置き換えられているためこのオリ
ゴヌクレオチドを野生型H−ras標的へ完全に相補的にしている。予期される
ように、野生型標的への二のオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの融
解温度は、オリゴヌクレオチド/RNAデユーブレックス中の点突然変異の部位
に一つの誤適正を含む突然変異体の温度よりも高がった。また、突然変異体H−
ras標的と完全に相補的である17−marホスホロチオエート(2570)
について、オリゴヌクレオチド濃度に対するT、の依存性から熱力学パラメータ
ーを得た。これらのデータを用いて突然変異体標的および野生型標的へのオリゴ
ヌクレオチドのハイブリダイゼーションの間の自由エネルギーの相違(ΔΔG0
.7)を決定した。与えられたオリゴヌクレオチドに対し、ΔΔG0,7はオリ
ゴヌクレオチド濃度へのT、@依存性から得ることができる。Borer、P、
N、ら、J、Mo1.Biol、86,843−853.1974年。257o
に対するΔΔG637は+1.gkcal/moleであると計算された。
最大度の選択性は野生型rasに対して突然変異体への標的化をΔΔG0.7が
増加するように有意に増加させることにより達成できる。従って、ΔΔG0,7
を増加させるアンチセンスオリゴヌクレオチドの化学修飾は選択性を促進する。
そのような修飾の一つは2.6−ジアミツプリンであり、それはUに対してdA
より堅く結合し、力りGに対してdAより弱く結合させると信じられており、従
って、A−U’−−→A−G誤適正に対しΔΔG037が増加する。RNNアー
ゼの基質必要条件は本発明の教示に従った選択性を得るために利用される。もし
酵素が誤適正部位に結合またはその部位を切断できないならば、RNNアーゼ認
識部位を誤適正部位に置いたキメラオリゴヌクレオチドを用いることによりΔΔ
G0,7により与えられた選択性を超える追加の選択性が得られるであろう。こ
のことは次の場合に事実であることが観察されている;RNNアーゼが完全に適
正なデユープレックスおよび一つの誤適正を含むものを本当に判別できる場合。
短いオリゴヌクレオチド標的への”デオキシギャップ”オリゴヌクレオチドのハ
イブリダイゼーション:実施例6に記載されたような25−mar合成オリゴヌ
クレオチド補体に対する2°−〇−メチル デオキシギャップ系列のハイブリダ
イゼーション分析は、与えられたオリゴヌクレオチドのT1値が2′−O−メチ
ル含有量と直接的に相関していることを示した。2′−〇−メチル修飾がデオキ
シ置換基に!き換えられるにつれて、T7値は1修飾当たり約1.5℃減少した
。これらの実験において、2’ −0−メチル修飾を含むオリゴヌクレオチドの
T、値は同一の配列の全デオキシ化合物のT、値よりも高かった。
ras標的にオリゴヌクレオチドをハイブリダイズさせる実験が行われた。構造
を持つH−ras標的へのアンチセンスハイブリダイゼーションにおける2°−
〇−メチル修飾の影響が実施例7に記載されているようなゲルシフト分析により
決定された。
図9に示したように、全デオキシ17−merはヘアピン標的と最も不安定なデ
ユーブレックスを形成した:全2′−O−メチル17−merは最も安定なデユ
ープレックスを形成した。これらのオリゴヌクレオチドにおいてはデオキシギャ
ップの大きさが減少しており、2° −0−メチル残基の数が増加するにつれて
デユーブレックスの安定性が増加した。
RNA標的の二次および三次構造はアンチセンスオリゴヌクレオチドのハイブリ
ダイゼーションに影響を及ぼす。rasヘアピン標的の種々の領域にハイブリダ
イズする一連の11−merキメラオリゴヌクレオチドが作製された。l5IS
5055はステム領域の左側に(ヘアピンを図9のように示して)ハイブリダイ
ズする。l5IS5056はループの左側にハイブリダイズする。l5IS50
91はループの右側に、およびl5IS5147はステムの右側にハイブリダイ
ズする。すべて均一なホスホロチオエートであり、2°−〇−メチル領域が隣接
する中心部5−デオキシギャップを持っている。ループの左側を標的とする11
−merのみが測定可能なほど標的に結合された。他の11−merは測定可能
なほどは結合されながった。これらのオリゴヌクレオチドに対応するより長いオ
リゴヌクレオチドもまた作製された;これらの13−merオリゴヌクレオチド
はすべてヘアピン標的への測定可能な結合を示し、ループの左側を標的とするオ
リゴヌクレオチドがゲルシフトアッセイで最も強い結合を示した。
デオキシギャップを持つオリゴヌクレオチドにより指示されるRNNアーゼ切断
:実施例8に記載したようにRNアーゼH源としてHeLa核抽出物を用い、相
補的RNAのRNNアーゼ切断を指示する2’ −0−メチノげオキシギャップ
オリゴヌクレオチドの能力がインビトロで決定された。図10に示したように、
完全修飾2゛−〇−メチルオリゴヌクレオチドまたは一つのデオキシ残基を含む
オリゴヌクレオチドでは切断は観察されなかった。3.4.5.7または9のデ
オキシ長を持つオリゴヌクレオチドはRNNアーゼ切断を指示できた。5.7ま
たは9のデオキシギャップが好適であり、7または9のギャップが最も好適であ
った。
完全長ras mRNAに対するデオキシキャップオリゴヌクレオチドのアンチ
センス活性:2’−〇−メチル修飾により与えられた標識親和性促進の有益な性
質は、もしこれらの化合物が適当な長さのRNNアーゼ感受性デオキシギャップ
を備えていればアンチセンス抑制に利用できる。2′−〇−メチルデオキシギャ
ップオリゴヌクレオチドは実施例9に記載したH−ras)ランス活性化レポー
ター遺伝子システムを用いて完全長H−ras mRNAに対するアンチセンス
活性が試験された。アンチセンス実験は最初に単一オリゴヌクレオチド濃度(1
00nM)で実施された。図11に示されたように、5またはそれ以上のデオキ
ソギャップを含むキメラ2゛−〇−メチルオリゴヌクレオチドはH−ras遺伝
子発現を抑制した。これらの化合物は全デオキシの粗化合物よりも強い活性を示
した。
これらの活性な化合物は、4つのデオキシ残基を含む2°−0−メチルキメラと
一緒に用いて用量応答試験が実施された。図11Bに示したように、これらのオ
リゴヌクレオチドによる完全長H−rasのオリゴヌクレオチド仲介抑制は用量
依存性であった。最も活性な化合物は7残基デオキシキメラであり、それは全デ
オキシオリゴヌクレオチドの活性よりも約5倍強い活性を示した。
短(したキメラオリゴヌクレオチド+2’−0−メチル修飾により与えられる標
的親和性の促進は短いキメラオリゴヌクレオチドに活性を与えることが観察され
た。一連の短い2’ −0−メチルキメラオリゴヌクレオチドは実施例9に記載
されているように、完全長rasに対してのT、、およびアンチセンス活性が試
験された。表4は5塩基長または7塩基長のデオキシギャップを持っ11.13
.15および17ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドのT、を示している。全
デオキシ13−marとはっきり対照的に、2゛−〇−メチルキメラ13−me
rの両方ともras発現を抑制し、11−merの一つもまた活性であった。こ
のことは図12に示されている。
表4
長さ T、(℃) 配列 配列ID番号:17 77、2 CCACACCGA
CG GCGCCC31569、8CACACCGACG GCGCC1313
62、I ACACCGACG匝 1211 47、3 CACCGACG G
CG 1117 74、6 CCACA CCGACGGαn℃315 66、
2 CACA CCGACGG CGCC131358,0^CA CCGAC
GGα℃1211 27、7 CA CCGACGG CG 11キメラ2゛−
0−メチルオリゴヌクレオチドによる相対的アンチセンス活性およびインビトロ
でRNアーゼH切断を活性化する能力はデオキシ長とよく相関している(図13
)。
非対称チオキシギャップ:デオキシギャップはキメラ分子の中心にある必要はな
い。結合を促進させるため2゛位で修飾された1つの末端の領域のヌクレオチド
を持ち、および残りの分子は修飾されていない(2°デオキシ)キメラ分子が依
然ras発現を抑制できることが観察されている。17−marの5′または3
゛側に、または分子の真ん中の異なった部位に7−ジオキシギヤ・ツブが位置し
ている配列ID番号:3(突然変異体コドン12に相補的である17−mer)
のオリゴヌクレオチドは全て、RNアーゼH活性化およびアンチセンス活性を示
した。しかしながら、5−塩基ギャップが配置により敏感であることが観察され
、いくつかのギャップ位置ではデュプレックスはRNアーゼHを弱(活性化し、
アンチセンス抑制剤としての働きが弱まる。従って、7−塩基デオキシギヤ・ノ
ブが好ましい。
2′糖修飾のアンチセンス活性に対する影響が試験された。これらの修飾、なら
びに実施例6に記載されているように、7−塩基デオキシギヤ・ノブに隣接する
2′−修飾ヌクレオチドを持つ17−merオリゴヌクレオチドが25−mar
オリゴヌクレオチド補体とハイブリダイズされた場合に得られたTJが表51こ
掲げられている。これらのオリゴヌクレオチドにおいて2゛位のアルキルとT.
間に関係が観察された。アルキルの長さが増加するにつれT.は減少した。
2°−フルオロキメラオリゴヌクレオチドはこの系列の中で最も高いT.を示し
た。
T.とアンチセンス活性の相関
7−デオキシギャップを持つ2′−修飾17−merCCACACCGACGG
CGCCC (配列ID番号:3)2°修飾 T,、 (℃) I C 5 0
(nM)デオキシ 64. 2 150
0−ペンチル 68. 5 150
0−プロピル 70.4 70
0−メチル 74. 7 20
フルオロ 76、9 10
これらの2゛修飾オリゴヌクレオチドは実施例9に記載したトランス活性化レポ
ーター遺伝子アッセイを用いてH−rasに対するアンチセンス活性を試験した
。図14および表5に示したように、これら全ての2′修飾キメラ化合物がra
S発現を抑制し、2゛ −フルオロ 7−ジオキシ−ギヤ・ツブ化合物が最も活
性であった。中心に5−デオキシギャップを持つ2° −フルオロキメラオリゴ
ヌクレオチドもまた活性であった。
5−塩基または7−塩基デオキシギャップ周辺の領域に2′−〇ープロピルを持
つ配列ID番号.3のキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが2°−O
−メチルキメラオリゴヌクレオチドと比較された。T24細胞におけるras発
現は7−デオキシギャップおよび均一なホスホロチオエート主鎖を持つ2° −
0−メチルおよび2° −0−プロピルキメラオリゴヌクレオチドの両方で抑制
された。デオキシギャップが5つのヌクレオチドに減少した場合、2′−〇ーメ
チルオリゴヌクレオチドのみがras発現を抑制した。
癌細胞におけるH−ras遺伝子発現のアンチセンスオリゴヌクレオチド抑制・
ras AUG領域に相補的な2つのホスホロチオエートオリゴヌクレオチド(
2502、2503)が、同一の配列および2゛−O−メチル領域が隣接する7
−塩基デオキシギャップを持つキメラオリゴヌクレオチド(4998、5122
)とともに実施例10に記載されたように試験された。これらのキメラオリゴヌ
クレオチドは表6に示されている。
表6
2′−〇ーメチル末端(ボールド)および中央デオキシギャップを持つキメラホ
スホロチオエートオリゴヌクレオチド(AUG標的)オリゴ# デオキシ 配列
配列ID番号:2502 20 CTTATATTCCGTCATCGCTC
14998 7 CTrATA TTCCGTC ATCGCTC 1化合物
2503はT24細胞におけるras発現を71%抑制し、キメラ化合物(4
9 9 8)はras mRNAをさらに抑制した(84%抑制)。またAUG
領域に相補的である化合物2502はras 、RNAレベルを26%減少させ
、このオリゴヌクレオチドのキメラ体(5122)は15%抑制を示した。また
、突然変異体コドン12を標的とする2つのオリゴヌクレオチドもこのアッセイ
が行われた。化合物2570 (配列ID番号:3)はras RNAを82%
減少させ、7−デオキシギャップを持つこのオリゴヌクレオチドの2° −O−
メチルキメラ体(3 9 8 5)はras RNAを95%減少させた。
オリゴヌクレオチド2570および2503はまた野生型(活性型ではない)H
−ras第12コドンを持つHeLa細胞におけるras発現へのそれらの効果
を決定するために試験が行われた。これらのオリゴヌクレオチドの両方がT24
細抱(活性型第12コドンを持つ)ではras発現を抑制するが、ras AU
Gと特異的にハイブリダイズできるオリゴヌクレオチド(2 5 0 3)のみ
がヒーラ細胞においてras発現を抑制した。活性型第12コドンと特異的にハ
イブリダイズできるオリゴヌクレオチド2570 (配列ID番号:3)がHe
La細胞におけるras発現を抑制しないのは、これらの細胞が活性型第12コ
ドン標的を持たないからである。
活性型H−rasの第12コドン領域に相補的である17−merホスホロチオ
エートオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド2570が、2570と同一の
配列を持ち5.7および9塩基のデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエ
ート2゛−〇−メチルオリゴヌクレオチド3980.3985および3984(
表3に示されている)とともにT24細胞でras発現の抑制が試験された(実
施例10に記載しているように)。完全2°−デオキシオリゴヌクレオチド25
70および3つのキメラオリゴヌクレオチドが724細胞におけるrasmRN
Aレベルを減少させた。化合物3985 (7−デオキシギャップ)および39
84(9−デオキシギャップ)はras mRNAを81%減少させた:化合物
3980(5−デオキシギャップ)はras mRNAを61%減少させた。
この配列を持ち、5−デオキシ(4689)または7−デオキシ(4690)ギ
ャップが隣接する2゛ −フルオロ修飾ヌクレオチドを持つキメラオリゴヌクレ
オチドはT24細胞においてras mRNA発現を抑制し、7−デオキシギャ
ップが好適であった(82%抑制、5−デオキシギャップを持つ2′−フルオロ
キメラでは63%抑制)。
癌細胞増殖のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害:活性型rasのコドン12
領域に相補的な同一の配列を持つ3つの17−merオリゴヌクレオチドが実施
例11に記載したようにT24癌細胞増殖に対する効果を試験された。3985
は2′−〇−メチルヌクレオチドが隣接している7=デオキシギヤツプを持ち、
4690は2′−F ヌクレオチドが隣接している7−デオキシギャップを持っ
ている(全てホスホロチオエートである)。これらのオリゴヌクレオチドの癌細
胞増殖に対する効果は、ノーザンプロット分析により示されたそれらのrasm
RNA発現に対する効果とよく相関している:オリゴヌクレオチド2570は細
胞増殖を61%抑制し、2° −0−メチルキメラオリゴヌクレオチド3985
は細胞増殖を82%抑制し、および2°−フルオロキメラ類似体は細胞増殖を9
3%抑制した。
細胞増殖に対するこれらのオリゴヌクレオチドの用量応答研究では、25nM−
100nMの範囲で用量依存性であることが示された。44nM、61nMおよ
び98nMのIC50値が各々オリゴヌクレオチド4690.3985および2
570に対して決められた。ランダムオリゴヌクレオチド対照は試験された用量
では何の効果も示さなかった。
細胞増殖へのl5IS2570の効果は細胞型特異的であった。このオリゴヌク
レオチドによるT24細胞増殖の抑制は、同じオリゴヌクレオチドによるHeL
a細胞の抑制より4倍の効果を示した(100nMオリゴヌクレオチド濃度)。
l5IS2570は活性型(突然変異体)ras第12コドンを標的としており
、それはT24には存在するが、野生型第12コドンを持つHeLa細胞には存
在しない。
キメラ主鎖修飾オリゴヌクレオチド:前の実施例で議論されてきたオリゴヌクレ
オチドは均一なホスホロチオエート主鎖を持っていた。これまで議論した2゛修
飾キメラオリゴヌクレオチドは均一ホスホジエステル主鎖では活性ではない。
5−ヌクレオチドデオキシギヤ°ツブが隣接する2゛−〇−メチル領域を持ち、
P=S主鎖のギャップ領域およびP=O主鎖の隣接領域を持つキメラオリゴヌク
レオチドが合成された(ISI 34226)。ギャップにP=O主鎖および隣
接領域にP=Sを持つ別のキメラオリゴヌクレオチドも合成された(ISIS4
223)。これらのオリゴヌクレオチドは表7に示されている。
完全に2゛デオキシであり、および1つのホスホジエステル(I S I 54
248)、2つのホスホジエステル(ISIS4546)、3つのホスホジエス
テル(ISIS4551)、4つのホスホジエステル(ISIS4593)、5
つのホスホジエステル(I S l54606)または10のホスホジエステル
結合(l5IS4241)を分子の中央に含むホスホロチオエート主鎖を持つオ
リゴヌクレオチドが合成された。これらのオリゴヌクレオチドもまた表7に示さ
れている。
2°−0−メチル末端(ボールド)および中央デオキシギヤ・ノブを持つキメラ
主鎖(P=S/P=O)オリゴヌクレオチド(主鎖結合はs (P=S)または
o (P=O)で示されている)突然変異体コドン−12標的
オリゴ# P=S 配列 配列ID番号4233 1’l CsC5A5CsA
sCo CoGo^oCoGs G5C5GsCsCsC3455113CsC
5A5CsAsCsCsGo^oCoGsGsCsGsCsCsC342416
CsCsAsCo^ococoGo^oCoGoGoCoGsCsCsC3D
i gnamら、Nucleic Ac1ds Res、11.1475−14
89.1983年に記載されているように、ヌクレアーゼ分解への感受性を決定
するためにオリゴヌクレオチドを粗HeLa細胞抽出物と37℃でインキユベー
トシた。ホスホロチオエート/2° −0−メチルウィング間に5つのジエステ
ルギャップを持つオリゴヌクレオチド(4233)は7時間のT172を持って
いた。ホスホロチオエート/2’ −0−メチル分子中に5つのホスホロチオエ
ートギャップを持つオリゴヌクレオチドは30時間のT、72を持っていた。1
から10のジエステル結合を持つオリゴヌクレオチドの組において、一つのホス
ホンエステル結合を持つオリゴヌクレオチド(4248)は全ホスホロチオエー
ト分子(ISIS2570)同様にヌクレアーゼに対して安定であり、HeLa
細胞抽出物で5時間後でも分解を起こさなかった。2.3および4のジエステル
ギャップを持つオリゴヌクレオチドは各々約5.5時間、3.75時間および3
.2時間のT172を持うており、5または10のデオキシ結合を持つオリゴヌ
クレオチドは各々1.75時間および0.9時間のT I/!を持っていた。
キメラ主鎖修飾オリゴヌクレオチドのアンチセンス活性:均一ホスホロチオエー
ト主鎖はアンチセンス活性には必要とされない。l5IS4226およびl5I
S4233が、l5IS2570 (完全ホスホロチオエート/全デオキシ)、
l5IS3980 (完全ホスホロチオエート、デオキシギャップを持つ2゛−
〇−メチルウィング)およびl5IS3961 (完全ホスホジエステル、デオ
キシギャップを持つ2° −0−メチルウィング)と−緒に実施例2−5に記載
されたようにras発現に対する効果がras−ルシフェラーゼレポーターシス
テムで試験された。p=s <すなわち、ヌクレアーゼ耐性)ギャップ領域を持
つ全てのオリゴヌクレオチドがras発現を抑制した。このことは図15に示さ
れている。
1つのホスホジエステル(IS154248)または10のホスホジエステル結
合(ISIS4241)を分子の中央に含むホスホロチオエート主鎖を持つ2つ
の完全2′デオキシオリゴヌクレオチドもまた活性がアッセイされた。単一のP
2Oを含む化合物は完全P=S分子と全く同じ活性であったが、一方、10のP
=Oを含む同じ化合物は完全に不活性であった。
7−塩基デオキシギャップ領域のみにホスホロチオエート主鎖を持ち、隣接領域
にホスホジエステル(2°−〇−メチルまたは2′−〇−プロピル)を持つ配列
ID番号、3のキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが作製された。
2゛−〇−プロピルジエステル隣接領域を持つオリゴヌクレオチドはras発現
を抑制できた。
ノ)アデニンを持ち、活性型rasの第12コドン点突然変異に相補的な一連の
アンチセンスホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが前に記載したように合成
された。アデニンの2−位のアミノ基はウラシルの2−位の酸素と水素結合がで
きるので、通常の2つに代わって3つの水素結合が形成される。このことは活性
型ras遺伝子への2−(アミノ)アデニン修飾アンチセンスオリゴヌクレオチ
ドのハイブリダイゼーションを非常に安定化させるが、一方、この位置での修飾
A−G不適正のため野生型第12コドンへのこのオリゴヌクレオチドの安定性を
不安定化するかまたは最終的には同等影響を与えない。このことは所望の標的へ
の修飾オリゴヌクレオチドの特異性を増加させる。
この位置に一つの2.6−(ジアミノ)アデノシンを持ち、他は修飾されていな
い均一ホスホロチオエート17−me r (2570、配列ID番号:3と同
一の配列)がRNNアーゼ系質として少なくとも2570配列同様に有効である
ことが観察された。従って、それは有効なアンチセンス分子として期待される。
同一の配列のデオキシギャップを持つホスホロチオエートオリゴヌクレオチド中
のこの位置に一つの2.6−(ノアミノ)アデノシンを持つオリゴヌクレオチド
もまたRNアーゼH活性化を示した。
インビボ抗腫瘍データ:実施例13および14に記載されているように、l5I
S2503 (配列ID番号:2)の、インビボでのヒト腫瘍に対する活性が評
価された。これらの研究ではヌードマウス内へ皮下に移植され、移植部位で腫瘍
増殖したヒト肺癌腫細胞株(A549)が用いられた。これらの細胞はHa−r
aS遺伝子での突然変異を含んでいず、正常Ha−rasを発現しているので、
AUG−配向オリゴヌクレオチドl5IS2503のみの抗腫瘍活性が評価され
た。
第一の研究では、食塩水に溶解したホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを2
Qmg/kgの用量で腹腔内注射により投与した。薬剤処置は腫瘍が最初に見え
るようになった時点で開始しく腫瘍細胞接種から28日後)、処置は1日おきに
実施された。図16に示したように、関係のない対照ホスホロチオエートオリゴ
ヌクレオチドl5IS1082で処置しても腫瘍増殖には何の効果も観察されな
かった。しかしながら、Ha−ras−特異的オリゴヌクレオチドl5IS25
03(配列ID番号=2)では著しい腫瘍増殖の抑制が観察された。Ha−ra
S化合物の抗腫瘍効果は薬剤処置を開始して20日後に最初に観察され、研究を
継続している間を通して維持された。
第二の研究では、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドはカチオン性脂質処方
として(DMRIE :DOPE)調製され、実施例15に記載したように皮下
注射により投与された。薬剤処置は腫瘍細胞を接種して1週間後に開始され、4
週間のみの間1週間に3回実施された。第一の研究で観察されたように、Ha−
ras−特異的化合物l5IS2503 (配列ID番号=2)では著しい腫瘍
増殖の減少が起こったが、関係のない対照オリゴヌクレオチド(ISIS108
2)は何の効果も観察されなかった(図17)。腫瘍容量の減少は目に見える腫
瘍が現れて20日後に最初に観察され研究の残りの期間を通して維持された。
細胞内での2° −修飾ホスホジエステルオリゴヌクレオチドの安定性:ヌクレ
アーゼ安定性を与えるオリゴヌクレオチドの修飾が細胞内でのアンチセンス活性
に必要とされる。糖の2°位でのある種の修飾が主鎖修飾することなく細胞内で
アンチセンス効果を引き出すのに十分なヌクレアーゼ耐性を与えることが見いだ
されている。図18に示したように、均一に2° −プロポキシ修飾したホスホ
ジエステルオリゴヌクレオチド(配列ID番号=3)が同じ配列を持つホスホロ
チオエート2゛ −チオキンオリゴヌクレオチドと等しいレベルで、投与24時
間後、T24細胞でのHa−ras発現を抑制することが観察された。均一な2
′ −メトキシホスホジエステルオリゴヌクレオチドもまたいくらかの活性を示
した。2°−ペントキシ修飾は少なくとも2′−プロポキシと同様に活性である
ことが観察された。
Ki−rasに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド活性:ヒトKi−raS
癌遺伝子の5゛−非翻訳領域、3゛ −非翻訳領域およびコード領域に相補的で
あるようにオリゴヌクレオチドが設計された。McGrath、J、P、ら、N
ature 304.501 506.1983年。オリゴヌクレオチドはコー
ド領域のうちKi−ras−媒介形質転換を誘導する突然変異の部位であること
が知られている第12および61コドン、および形質転換には関与することは知
られていない第38コドンを標的としている。オリゴヌクレオチドは表8に示さ
れている。
ヒトKi−rasに相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドl5IS# 配列
標的 配列ID番号6958 CTG CCT CCG CCG CCG C
GG CC5° UTR15’ キャップ 206957 CAG TGCCT
G CGCCGCGCT CG 5°−UTR216956AGG CCT C
TCTCCCGCACCTG 5’ −UTR226953TTCAGT CA
T TTT CAG CAG GCAUG 236952 TTA TAT T
CA GTCATT TTCAG AUG 246951 CAA GTT T
AT ATT CAG TCA TT A[IG 256950 GCCTAC
GCCACCAGCTCCAACコドン 12 (曹T) 266949 CT
ACGCCACCAGCTCCA コFy12(WT) 276948 G T
ACTCCTCT、TGA CCT GCT GT )Fン 61 (WT)
2g6947 CCT GTA CGA ^TCCTCTAT TGT ]コド
ン 38 296946 GGT AAT GCT AAA ACA AAT
GC3°−UTR306945GGA ATA CTG GCA CTT CG
A GG 3°−UTR’ 317453 TACGCCAACAGCTCCコ
ドン 12 (G−T mut、) 327679 TTT TCA GCA
GGCCTCTCT CC5°−UTR/AUG 3312のKi−ras特異
的オリゴヌクレオチドが、Ki−ras癌遺伝子内の第12コドンに突然変異を
含む3つの結腸癌細胞株に対するアンチセンス活性でスクリーニングされ、Ki
−ras mRNAレベルの測定により評価された。
図19に示したように、試験化合物の半数がKi−ras転写体に対して著しい
活性を示しく少なくとも40%阻害)、最も活性な化合物は5°−および3°
−非翻訳領域を標的とするものであった。しかしながら、Ki−ras発現の著
しい抑制は野生型筒12および61コドンに対する化合物でも観察された。著し
い活性を示した化合物は試験された3つの癌細胞株全部に有効であった。
3つの化合物の用量応答分析は、l5IS6958およびl5IS6957(両
方とも5° −UTRを標的とする)がこの系統のオリゴヌクレオチドにおいて
最も強力なKi−rasの抑制剤であった。これらのオリゴヌクレオチドはKi
−ras形質転換細胞株の増殖を抑制する能力が試験された。結腸癌細胞株5W
480がオリゴヌクレオチドの単一用量で(200nM)処置され、5日間に渡
って細胞数が決定された。図20に示したように、Ki−ras特異的オリゴヌ
クレオチドの両方が5WJ80細胞増殖の有効な抑制剤であり、I S I 5
6957(配列ID番号:21)がl5IS6958 (配列ID番号=20)
より強い活性を示した。この活性の相違は、Ki−ras mRNA発現の抑制
とよく相関している(図19)。
正常Ki−rasと比較した突然変異体Ki−ras抑制の選択性:Ki−ra
Sを標的とするオリゴヌクレオチドが正常Ki−rasと比較して突然変異体K
i−rasを選択的に抑制する能力が試験された。2つの細胞株が使用された:
突然変異体Ki−ras(コドン12、GからTへのトランスバージョン)を発
現する5W480細胞株および正常Ki−rasを発現する細胞株(HeLa)
。2つのオリゴヌクレオチドが試験された: l5IS6957 (配列ID番
号:21) 、Ki−rasの5°−非翻訳領域を標的とする20−marホス
ホロチオエート、およびl5IS7453 (配列ID番号:32)、Ki−r
asの第12コドン領域を標的とする15−merホスホロチオエート。Ki−
rasmRNAレベルが処置24時間後に測定された。第12コドンを標的とす
る化合物は突然変異体Ki−rasを発現する細胞株に有効であった。しがしな
がら、図21に示したように、5°−非翻訳領域を標的とするKi−rasオリ
ゴヌクレオチドは両方の細胞株でのKi−ras発現の強力な抑制剤であった。
突然変異体Ki−rasに対する選択性はオリゴヌクレオチド濃度およびRNA
標的に対する親和性に依存していることが観察された。
デオキシギャップを持っKi−rasオリゴヌクレオチド=6または8のヌクレ
オチド長の中央2° −デオキシギャップ領域と隣接する2° −0−メチル修
飾を持つホスホロチオエートオリゴヌクレオチド(配列ID番号・21、Ki−
raSの5゛−非翻訳領域を標的とする)が合成された。両方のギャップを持つ
オリゴヌクレオチドともKi−ras発現に活性であることがノーザンプロット
分析により決定された。均一に2′−〇−メチル化された化合物(デオキシギャ
ップなし)は不活性であった。6−または8−ヌクレオチドデオキシギャップを
持つように合成された別のオリゴヌクレオチド、I]57679 (配列ID番
号:33、Ki−rasの5°非翻訳/AUG領域に相補的)もまた活性である
ことが観察された。
本発明に従って使用されるオリゴヌクレオチドは固相合成のよく知られた技術に
より都合よ(およびルーチンに作製されるであろう。そのような合成のための装
置はApplied Biosystemsを含むいくつかの販売元から販売さ
れている。そのような合成に任意の他の手段を用いてもよいが、しかしながら、
オリゴヌクレオチドの実際の合成は日常的に仕事をしている人にはよ(解ってい
るであろう。ホスホロチオエートおよびアルキル化誘導体のような他のオリゴヌ
クレオチドの製造にも類似の技術が使用されることが知られている。
本発明のオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド誘導体は、H−ras遺
伝子に由来するメツセンジャーRNAとハイブリダイズしうるように設計される
。そのようなハイブリダイゼーションは、それが達成される際には、そのメツセ
ンジャーRNAの正常な役割を抑制し、細胞中におけるその機能の喪失を生ずる
。抑制されるべきメツセンジャーRNAの機能は、タンパク質への翻訳場所への
RNAの移動、RNAからタンパク質への実際の翻訳、一つまたは複数のmRN
A種の生成のためのRNAのスプライシング、および、恐らくはRNA自身によ
って行われるかも知れない独立の異化活性等の、生体に重要な全ての機能を含む
。RNA機能のそのような抑制の全体としての効果は、H−ras遺伝子の発現
の抑制である。本発明のいくつかのオリゴヌクレオチドはras mRNAのR
NアーゼH切断を活性化するように設計されている。
N−ras、に−rasといった他の哺乳類のras遺伝子のタンパク質産物は
、最初の85アミノ酸に渡ってH−rasと同一である。3つのras遺伝子の
塩基配列は、同一ではないが、周知であり、当業者はN−rasおよびに−ra
S遺伝子と特異的にハイブリダイズしつるオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌク
レオチド誘導体を調製する指針として本発明を使用し得るであろう。本発明の好
ましい態様はH−ras mRNAの第12コドンと特異的にハイブリダイズし
うるアンチセンスオリゴヌクレオチドに関しているが、当業者はras遺伝子の
他の点突然変異、特に明確にされている配列が既知のH−ras、N −ras
。
およびK −r a sの第12コドン、第13コドンおよび第61コドンの点
突然変異と特異的にハイリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを調製する指針とし
て本発明を使用し得るであろう。
本発明のオリゴヌクレオチドは、診断、治療、および研究試薬とキットとして利
用し得る。本発明のオリゴヌクレオチドは、ras遺伝子とハイブリダイズする
ため、この事実を利用するサンドイツチ法または他のアッセイ法が容易に構築可
能である。さらに、本発明のオリゴヌクレオチドはras癌遺伝子の変異型(活
性型)に特異的にハイブリダイズするため、細胞もしくは組織の野生型のraS
から活性型のrasへの変換をスクリーニングするためのアッセイを工夫し得る
。そのようなアッセイは、形態的に類似の腫瘍を区別する診断や、ras遺伝子
の活性化に由来して高まる癌のリスクの検出に利用し得る。オリゴヌクレオチド
のras遺伝子とのハイブリダイゼーションを検出するための手段のための準備
は、日常的に成し得る。そのような準備は、酵素コンジュゲーション、放射活性
ラベルまたは他の適当な検出システムを含み得る。ras遺伝子または活性化r
as遺伝子の存在または不在を検出するキットもまた製造しつる。
以下の実施例により本発明を説明するが、本発明はこれに限定されるものではな
い。
置換および非置換オリゴヌクレオチドは、標準のヨードによる酸化およびホスホ
ロアミデート化学を用いて、自動DNA合成装置(Applied Biosy
stems model 380B)で合成した。ホスホロチオネートオリゴヌ
クレオチドのためには、亜リン酸結合の段階的なチオ化(thiation)の
ために、標準酸化ボトルを、0.2Mの3H−1,2−ベンゾジチオール−3−
オン 1,1−ジオキシド溶液を含むアセトニトリルに交換した。チオ化の待ち
段階は68秒に延ばし、続いてキャッピング段階を行った。CPGカラムからの
分離および濃水酸化アンモニウム中での脱ブロック(55℃、18時間)の後、
オリゴヌクレオチドを2、゛5倍体積のエタノールと0.5M塩化ナトリウムで
2回座澱させて精製した。分析ゲル電気泳動は、20%アクリルアミド、8M尿
素、454mMトリス−ホウ酸緩耐液、pH=7.0で行った。オリゴヌクレオ
チドは、完全長物質が80%以上であることをポリアクリルアミドゲル電気泳動
から判断した。 ゛
第1jゴヌリボクレオチドは自動イし合成機および5° −ジメトキシ−トリチ
ル−2’ −tert−ブチルジメチルシリル 3°−O−ホスホロアミダイト
(American Bionetics、Hayward、CA)を用いて合
成された。A、CおよびGの環外アミンの保護基はフェノキシアセチルであった
(Wu。
添加後の待ち時間を900秒に延長する標準合成サイクルの修正を行った。オリ
ゴヌクレオチドはメタノール性アンモニア中、家屋で一夜インキユベーションす
ることにより脱保護された。真空下で乾燥後、IMテトラブチルアンモニウムフ
ルオリド(Aldrich;Mi Iwaukee、Wl)のテトラヒト07ラ
ン溶液中、室温で一夜インキユベーションすることにより2°−シリル基が除去
された。オリゴヌクレオチドはC−185ep−Pakカートリッジ(Wate
rs ;Mi I ford、MA)続いて1多ノール沈澱により精製された。
分析用変性ポリアクリルアミド電気泳動はRNAオリゴヌクレオチドは完全長物
質が90%以上であることを示した。
CR技術を用いて構築された。突然変異体(第12コドン)および非突然変異体
(野生型)ヒトH−ras遺伝子両方のエクソン1の5°−領域のPCRクロー
ニングのプライマーとして使用するためにオリゴヌクレオチドブライマーが合成
された。c−H−rasl活性化癌遺伝子(第12コドン、GGC−GTC)を
含むプラスミドpT24−C3、およびc−H−ras原癌遺伝子を含むpbc
−NはAmerican Type Cu1ture Co11ection(
Bethesda、MD)から得られた。1.9kbホタルルシフエラーゼ遺伝
子を含むプラスミドpT3/T7 1ucはC1ontech Laborat
ories (Palo、AI to、CA)から得られた。オリゴヌクレオチ
ドPCRプライマーは突然変異体および芋突然変異体H=ras遺伝子を鋳型と
して用いる標準PCR反応に用いられた。これらのプライマーはNhelおよび
Hindl I I制限酵素部位に接した正常および突然変異体H−rasの配
列−53から+65(翻訳開始部位に関して)に対応する145塩基対のDNA
産物を産生ずる。PCR生成物は標準的な方法によりゲルで精製し、沈澱させ、
洗浄して水に再懸濁した。
P、pyralis (ホタル)のルシフェラーゼ遺伝子のクローニングのため
のPCRプライマーは、PCR産物がアミノ末端のメチオニン残基を除いて完全
長のルシフェラーゼタンパク質をコードするように設計された。このメチオニン
残基はアミノ末端がリジン、続いてロイシンという2つのアミノ酸で置き変わら
れるようにした。ルシフェラーゼ遺伝子のクローニングのために使用されたオリ
ゴヌクレオチドブライマーは、鋳型としてルシフェラーゼレポーター遺伝子を含
む商業的に入手可能なプラスミド(pT3/T7−Luc)(C1ontech
)を用いる標準的なPCR反応を行った。これらのプライマーは、Hind と
Bs5H制限酵素部位に接した約1.9kbのルシフェラーゼ遺伝子に相当する
産物を与えることが期待された。この断片は、標準的な方法によりゲル精製し、
沈殿し、洗浄し、そして水に再懸濁した。
ras−ルシフェラーゼ融合レポーター遺伝子の構築を行うために、rasおよ
びルシフェラーゼのPCR産物を適当な制限酵素により切断し、制限酵素Nhe
l、Hind 、およびBs5Hを用いて、3部分のライゲーションによって、
ステロイドで誘導されるマウス乳癌ウィルス(MMTV)のプロモーターを含む
発現ベクター中にクローン化した。この結果、ホタルのルシフェラーゼ遺伝子に
フレームがあった形で融合されたH−rasの配列(−53から+65)の挿入
を含むクローンが得られた。このようにして得られた発現ベクターは、ステロイ
ド誘導性のMMTVプロモーターによって発現が調節されるras−ルシフェラ
ーゼ融合産物をコードする。これらのプラスミド構築物はホタルルシフェラーゼ
をコードする配列と読み枠内に融合された活性化(RA2)または正常(RA4
)H−rasタンパク質の1−22のアミノ酸をコードする配列を含んでいる。
ras−ルシフェラーゼ融合mRNAの翻訳開始は天然のH−ras AUGコ
ドンに依存している。突然変異体および正常H−rasルシフェラーゼ融合構築
物は標準的な方法を用いるDNA配列分析により確認された。
実施例3 プラスミドDNAによる細胞のトランスフエクンヨントランスフエク
ションは、Current Protocols in M。
Iecular Biology (F、M、Au5ubel、R,Brent
。
R,E、Kingston、D、D、MooreSJ、A、Smi th、J、
G。
Seidman、に、5trah1編、John Wiley and 5on
s、NY)中のM、E、Greenbergによる記載を以下のように変更して
行った。He1a細胞を、5X105細胞/デイツシユになるように60mmの
ディツシュに播種した。全部で10μgまたは12μgのDNAを各ディツシュ
に添加したが、このうち1μgは、恒常的に発現するラウス肉腫ウィルス(R8
■)プロモーターにより調節されるラットグルココルチコイド受容体を発現する
ベクターであり、残りはras−ルシフェラーゼレポータープラスミドであった
。
16から20時間後に、リン酸カルシウム−DNA共沈物を、3mM EGTA
を含むトリス緩衝生理食塩液(50mM トリス塩酸(pi−17,5) 、1
50mM塩化ナトリウム)で洗浄して除去した。次に、10%牛脂児血清を含む
新鮮な培地を細胞に添加した。この時点において、レポーター遺伝子発現をデキ
サメタシンで活性化する前に、細胞をアンチセンスオリゴヌクレオチドで前処理
した。
実施例4 細胞のオリゴヌクレオチドによる処理プラスミドトランスフエクンヨ
ンに続いて、前もって37℃に暖められたリン酸緩衝生理食塩液で細胞を洗浄し
、5μg/mlのN−[1−(2,3−ジオレイルオキシ)プロピル] −N、
N、 N−トリメチルアンモニウムクロライド(DOTMA)(Bethes
da Re5earch Labs、Gaitherburg、MD)を含むO
pt i−MEMを、各プレートに添加した(ウェル当たり]、、0m1)。オ
リゴヌクレオチドは50μM保存液から各プレートに添加して、37℃で4時間
インキュベートした。培地を除き、10%ウシ胎児血清および指示された濃度の
適当なオリゴヌクレオチドを含むDMEMで置き換え、最P:a度0. 2μM
のデキサメタシンで細胞を処理することにより、レポーター遺伝子の発現を活性
化させる前にさらに37℃で4時間細胞をインキュベートした。
デキサメタシンで刺激して15時間後に細胞を回収し、ルシフェラーゼ活性をア
ッセイした。
実施例5 ルシフェラーゼのアッセイ
ルシフェラーゼは、Current Protocols in Mo1ecu
lar Biology (F、M、Au5ubel、R,Brent、R,E
。
Kings ton、D、D、Moore、J、A、Smi th、J、G、、
Seidman、に、5tra、h1編、John Wiley and 5o
ns、NY)中のM、E、Greenbergによる記載にしたがって、界面活
性剤Triton−X100による細胞溶解物から抽出した。Dynatech
MLI000ルミノメータ−を用いて、625μMのルシフェリン(S i
gma)の添加により発生する蛍光のピークを測定した。アッセイの直線域にデ
ータが確かに集まるように、各抽出物毎に抽出物の量を変えて、ルシフェラーゼ
アッセイを複数回行った。
実施例6 融解曲線
IBM PCコンピューターおよびG11ford Re5ponse II分
光光度計を接続したG11ford 260分光光度計を用いて260μmで吸
光度に対する温度曲線を測定した。Il衝液は100mM Na”、10mMリ
ン酸および0.1mM EDTA1pH7、を含んでいた。オリゴヌクレオチド
濃度は4μMであり、各々の鎖は85℃の吸光度から決定され、吸光係数はPu
glisiおよびTinoco、Methods in Enzymol、18
0.304−325.1989年、に従って計算された。T1、デユープレック
ス形成の自由エネルギーおよび会合係数は二重勾配ベースラインによる二状態モ
デルへのデータの適合により得られた。Petersheim、M およびTu
rner、D、H,、Biochemistry 22.256−263.19
83年。報告されたパラメーターは少な(とも3回の実験の平均である。い(つ
かのオリゴヌクレオチドに対し、デユープレックス形成の自由エネルギーがT、
−’ vs 1og+o(濃度)のプロットからも得られた。Barer、P、
N、。
Dengler、B、、Tinoco、1.、J r、、およびUhlenbe
ck、0.C,、J、Mo1.Biol、、86,843−853.1974年
)。
実施例7 ゲルシフトアッセイ
変異第12コドンを含む47−ヌクレオチドヘアピンである構造を持つras標
的転写体はLimaら、Biochemistry、31.12055−120
61.1991年、により記載されているように製造され地図が作製された。
ハイブリダイゼーション反応は100mMナトリウム、10mMリン酸、0.I
EDTA、1100cpのT7−発生RNA (約10pM)および1μMから
10pMの濃度範囲のオリゴヌクレオチドで行われた。反応液は37℃で24時
間インキュベートされた。ハイブリダイゼーション後、負荷用緩衝液を反応液に
加え、反応生成物は45mMトリス−ホウ酸および1mM MgCl、(TBT
)で調製した20%天然ポリアクリルアミドゲルで分離した。電気泳動は10℃
にて実施し、ゲルはMo1ecular Dynamics Phosphor
。
imagerを用いて定量した。
実施例8 RNアーゼH分析
RN7−ゼH7ノセイは活性型(第12ffトン、に−elJ))i−rasm
RNAの+23から+47に対応する化学合成25−塩基オリゴリボヌクレオチ
ドを用いて実施された。5° −末端樟識RNAが20n〜iの濃度で使用され
、20mMトリス−CISpH7,5,100mM KCI、10mM MgC
l2.1mMジチオスレイトール、10μg tRNAおよび4U RNNアシ
ン含む最終用量0μmの反応液で10倍モル過剰のアンチセンスオリゴヌクレオ
チドとインキュベートされた。反応組成物は37℃で15分前もってアニールし
、放置して徐々に室温まで冷却した。HeLa細胞核抽出物を哺乳類RNアーゼ
H源として使用した。2μgの核抽出物(5μ)の添加により反応が開始され3
7℃で10分間進行させた。反応はフェノール/クロロホルム抽出により停止さ
れ、エタノールで沈澱された。等しいCPMが7M尿素を含む20%ポリアクリ
ルアミドゲルにのせられ、RNA切断生成物は分離され電気泳動後のオートラジ
オグラフィーにより可視かした。切断生成物の定量はMo1ecular Dy
namicSデンシトメーターを用いて実施された。
実施例9 rasトランス活性化レポーター遺伝子システム構成SV40プロモ
ーターの制御下の活性型(第12コドン、GGC→GTC)H−rascDNA
挿入物を含む発現プラスミドpSV2−o1iはBrun。
Tocque博士(Rhone−Poulenc 5ante、Vit、ry、
F腫瘍ウィルス(MMTV)プロモーターの制御を受けるH −r a s発現
プラスミドのPCHによる構築に鋳型として使用された。H−rasをコードし
ている配列を得るには、H−ras遺伝子の570bpコード領域がPCRによ
り増幅された。PCRプライマーは、クローニングを容易にするためその5°−
領域に特別の制限酵素部位を持つように設計された。H−r a s第12コド
ン突然変異体癌遺伝子のコード領域を含むPCR生成物はゲルで精製され、消化
し、クローニングに先だってもう一度ゲルで精製された。この挿入物を発現プラ
スミドpMAMneo (C1ontech Laboratories、CA
)内にクローニングすることにより構築が完成した。
ras一応答性レポーター遺伝子pRD53がras発現の検出に使用された。
Owenら、Proc、Nat 1.Acad、Sci、U、S、A、87.3
866−3870.1990年。
実施例10 インビボにおけるras発現のノーザンプロット分析ヒト膀胱癌細
胞株T24はAmerican Type Cu1ture Co11ecti
on (Rockville MD)から入手した。細胞は、10%熱不活性化
ウソ胎児血清および各々50U/m+のペニシリンおよびストレプトマイシンを
補給したL−グルタミンを含むMaCoy 5A 培地(G i b co B
RL、Gaithersburg MD)中で増殖させた。細胞は100mmプ
レートに播種した。それらがコンフルエントの70%に達したとき、オリゴヌク
レオチドで処理した。プレートを10m1の前もって暖めたPBSおよび2.5
μIDOTMAを含むOpt i−MEM低減血清培地で洗浄した。オリゴヌク
レオチドを次に所望の濃度まで添加した。4時間処理後、培地をMaCoy培地
に置換した。オリゴヌクレオチド処理48時間後に細胞を集め、RNAを標準C
sCl精製法を用いて単離した。Kingston、R,E、CurrentP
rotocols in Mo1ecular Biology(F、M。
Au5ubel、R,Brent、R,E、Kingston、D、D、Mo。
relJ、A、Sm1th、J、G、Seidman、に、5trah1編、J
ohnWi Iey and ’5ons、NY)ヒト上皮癌細胞株He1a2
29はAmerican Type Cu1ture Co11ection
(Rockville MD)から入手した。HeIa細胞は6−ウェルプレー
トで10%ウシ胎児血清および100U/m+のペニシリンを補給したダルベツ
コ改良イーグル培地(DMEM)中に単層で維持した。オリゴヌクレオチド処理
およびRNAの単離は上にT24細胞に対して記載した方法と実質的に同じであ
る。
ノーザンブロットハイブリダイゼーション;各々のRNA10μgを1,2%ア
ガロース/ホルムアミドゲルで電気泳動し、標準法を用いてGeneBind4
5 ナイロン膜(Pharmacia LKB、Piscataway、NJ)
へ−晩移した。Kingston、R,E、Current Protocol
s in Mo1ecular Biology(F、M、Au5ubel、R
。
Brent、R,E、Kingston、D、D、Moore、J、A、Sm1
th、J、G、Seidman、に、5trah1編、JohnWiley a
nd 5ons、、NY)。RNAは膜へUV−架橋された。二本鎖32p標識
プローブはPrime a Gene標識キット(Promega、Madis
onWl)を使用して合成された。rasプローブは第12コドンにGGCから
GTCへの突然変異を持つ活性型(突然変異体))l−rBs mRNAのcD
NAクローンの5all−Nhel断片であった。対照プローブG3PDHであ
った。
プロットはQuickHybハイブリダイゼーション溶液(Stratagen
e、La Jolla、CA)により68℃で15分間ブリハイブリダイゼーシ
ョンを行った。100μlの10mg/mIサケ精子DNAと混合した熱変性放
射活性プローブ(2,5x106カウント/2m1ハイブリダイゼーション溶液
)を加え、68℃で1時間膜をハイブリダイズした。プロットは2xSSC10
゜1%SDS中室温で15分間2回、および0.1xSSC/領 1%SDS中
60℃で30分間1回洗浄した。プロットのオートラジオグラフィーを行い、信
号の強度はImageQuant Phosphorlmager(Molec
ujar Dynamics、5unnyvale、CA)を用いて定量した。
ノーザンプロットは最初にrasプローブにハイブリダイズされ、次に0. 1
xSSC10,1%SDS中で15分間煮沸して剥され、正しく試料が装填され
たかを検査するために対照プローブと再ハイブリダイゼーションされた。
実施例11 癌細胞増殖のアンチセンスオリゴヌクレオチド抑制実施例10に本
質的に記載したように細胞が培養されオリゴヌクレオチドで処理された。細胞は
60mmプレートに播種され、70%コンフルエントに達したときDOTMA存
在下オリゴヌクレオチドで処理された。時間経過実験=11日目細胞は1100
nの最終濃度で単一用量のオリゴヌクレオチドで処理された。3日目に一度増殖
培地を交換し、計数チャンバーを用いて5日毎に計数した。用量応答実験:種々
の濃度のオリゴヌクレオチド(10,25,50,100または250nM)を
細胞に加え、3日後に細胞を採取して計数した。オリゴヌクレオチド2570.
3985および4690のT24癌細胞の増殖への影響が試験された。
実施例12 2−(アミノ)アデニン−置換オリゴヌクレオチドの合成オリゴヌ
クレオチドは以下の例外を除いて実施例1に従って合成される=2−(アミノ)
アデニンが好ましい部位においては、標準ホスホロアミダイトを商業的に入手可
能な2−アミノデオキシアデノシン ホスホロアミダイト(ChemGenes
)で置き換える。
実施例13 A349細胞の培養
A349細胞(American Type Cu1ture Co11ect
ion、Bethesda、MDから入手)は6−ウェルプレート(Falc
on Labware、Lincoln Park、NJ)を用い、1gグルコ
ース/リットルおよび10%ウシ胎児血清(Fe2.Irvine 5cien
tif ic、5anta Ana、CA)を含むダルベツコ改良イーグル培地
(DME)中でコンフルエントになるまで増殖させた。
実施例14 ヌードマウスにおけるヒト腫瘍細胞のオリゴヌクレオチド治療−腹
腔注射 。
ヒト肺癌腫A349細胞を採取し、5xlO’細胞(200μl)をヌードマウ
スの内部線内へ皮下注射した。触診できる腫瘍に約1ケ月で発育した。ホスホロ
チオエートオリゴヌクレオチドl5IS2503および1082 (非相関対照
)は、20mg/kg体重の用量で1日おきに約10週間マウスに投与した。こ
の期間マウスの腫瘍増殖をモニターした。
実施例15 ヌードマウスにおけるヒト腫瘍細胞のオリゴヌクレオチド治療−カ
チオン性脂質との皮下注射
ヒト肺癌腫A349細胞を採取し、5xlO’細胞(200μl)をヌードマウ
スの内部線内へ皮下注射した。触診できる腫瘍に約1ケ月で発育した。カチオン
性脂質処方(DMRIE/DOPE、60mg/kg)で調製したホスホロチオ
エートオリゴヌクレオチドl5IS2503および非相関対照オリゴヌクレオチ
ド1082 (用量5mg/kg)を腫瘍部位のマウスの皮下に投与した。薬剤
処置は腫瘍細胞接種1週間後に開始し、4週間だけ週に2回行った。マウスの腫
瘍増殖を総計で9週間モニターした。
実施例16 T24細胞における2゛修飾オリゴヌクレオチドの安定性T24膀
胱癌細胞を実施例10に記載したように増殖させた。細胞はオリゴヌクレオチド
の単一用量(1μM)で処理し、24時間後ノーザンプロット分析によりHa−
ras mRNA発現でアッセイした。試験されたオリゴヌクレオチドはl5I
S2570 (配列ID番号=3)の類似体(Ha−rasを標的とする17m
er)であった。
実施例173つの結腸癌腫細胞株に対するKi−rasオリゴヌクレオチドの活
性
ヒト結腸癌腫細胞株Ca1ul、5W480.5W620はAmericanT
ype Cu1ture Co11ection (ATCC)から入手され、
実施例10のHeLa細胞で記載したように培養および維持された。細胞はオリ
ゴヌクレオチドの単一用量(200mM)で処理され、24時間後にノーザンプ
ロット分析によりKi−ras mRNA発現が測定された。増殖研究において
は、0日目に細胞はオリゴヌクレオチドの単一用量(200nM)で処理され、
5日間にわたって細胞数がモニターされた。
実施例18 突然変異体vs、野生型Ki−rasのオリゴヌクレオチド抑制5
W480細胞が前の実施例のごとく培養された。HeLa細胞は実施例10のご
とく培養された。細胞はオリゴヌクレオチドの単一用量(100nM)により処
理され、24時間後にノーザンプロット分析によりmRNAレベルが決定された
。
配列番号:1:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:20
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列、SEQ ID NO: l:CTTATATTCCGTCATC
GCTC20配列番号=2=
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:20
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(p)トポロジー・直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ 10 NO: 2:TCCGTCATCG CTCC
TCAGGG 20配列番号=3=
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ:17
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 3:CCACACCGACGGCGC
CC17配列番号:4゜
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ=19
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 4:CCCACACCGA CGGC
GCCCA 19配列番号:5:
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ:21
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ 10 NO: 5:GCCCACACCG ACGG
CGCCCA C21配列番号=6=
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:23
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 6:TGCCCACACCGACGG
CGCCCACC23配列番号ニア:
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ=20
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 7:TATTCCGTCA TCGC
TCCTC^ 20配列番号:8:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:5
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ 10 N088:CGACG 5
配列番号=9:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ=7
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ 10 NO:9:CCGACGG 7
配列番号=10:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:9
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: 10:^CCGACGGC9
配列番号=11:
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ:11
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xl)配列: sEQ Io No: 11:CACCGACGGCG 11
配列番号:12:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ=13
(B)配列の型、核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 12:^CACCGACGG CGC
13
配列番号:13:
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ:15
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: ta:CACACCGACG GCG
CC15配列番号=14・
(i)配列の特性・
(^)配列の長さ:16
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー、直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 14:CCACACCGACGGCG
CC16配列番号:15:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ;16
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 15:CACACCGACG GCG
CCC16配列番号:16:
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ:18
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: ta:CCCACACCGA CGG
CGCCC18配列番号:17:
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ=18
(B)配列の型:核酸
(0鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: 17:CCACACCGACGGCG
CCC^ 18配列番号=24:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:20
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー、直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: 24:nATATTCAG TCAT
TTTCAG 20配列番号=25:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:20
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 25:C^^GTTTATA TTC
AGTCATT 20配列番号:26:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:21
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー・直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No+ 26:GCCTACGCCA CCA
GCTCCAA C21配列番号=27:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:17
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: 27:CTACGCCACCAGCT
CC^ 17配列番号=28=
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ=21
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ iD No: 28:GTACTCCTCT TGA
CCTGCTG T 21配列番号:29:
(i)配列の特性:
(A)配列の長さ二21
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: 29:CCTGTAGGAA TCC
TCTATTG T 21配列番号:30:
(i)配列の特性。
(A)配列の長さ=20
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー:直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: 30:GGT^^TGCTA^^AC
A^^TGC20配列番号:31:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ:20
(B)配列の型・核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー、直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID NO: 31:GGAATACTGG CAC
TTCGAGG 20配列番号=32゜
(1)配列の特性・
(A)配列の長さ=15
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数 −重鎖
(D)トポロジー 直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xl)配列: SEQ ID NO: 32:TACGCCAACA GCT
CC15配列番号=33:
(i)配列の特性:
(^)配列の長さ=20
(B)配列の型:核酸
(C)鎖の数ニー重鎖
(D)トポロジー二直線状
(iv)アンチセンス: Yes
(xi)配列: SEQ ID No: 33:TTTTCAGCAG GCC
TCTCTCC20−1に・=r県
−Iに・=r基
−Al・・二二基
(薗征%)十・=r基
薗 杯 %
オリゴ濃度(1M)
オリゴ濃度(1M)
龜
111 ・・@ 4−IL&$
1111 1*I・@ IF −s−ras RNAFIG、 9A
FIG、 1O
Nぼ%
薗 柾 %
薔 征 %
RNwse )l活性
共姿 5DJ
(酊資宰)腑 4 %
(、ulul)耐都奪曽
(、山田) 酎 勺 駆 動
首題 SDJ l−1
(酊貸¥%)宵並VNdul ’EDJ−)1皿匪皿対照 区=コロ957 j
7Σコロ958日
[] 5W480 Z]HeL(L
オリゴ標的(100nM )
手 続 補 正 書
平成7年り月/!日
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.ヒトH−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまたはmRNAと特異的 にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含むオリゴヌクレオチド 。 2.ヒトH−ras遺伝子の翻訳開始部位または第12コドンと特異的にハイブ リダイズしうる、請求項第1項に記載のオリゴヌクレオチド。 3.薬学的に受容しうる担体中の請求項第1項に記載のオリゴヌクレオチド。 4.ヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが硫黄含有修飾を含む請求項 第1項に記載のオリゴヌクレオチド。 5.硫黄含有修飾がホスホロチオエート修飾である請求項第4項に記載のオリゴ ヌクレオチド。 6.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも1つが2′位で修飾さ れている請求項第1項に記載のオリゴヌクレオチド。 7.2′位での該修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾であ る請求項第6項に記載のオリゴヌクレオチド。 8.ヒトH−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまたはmRNAと特異的 にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含み、RNアーゼHの基 質であり、およびヌクレアーゼ耐性を促進するために少なくとも1つの修飾を、 および該rasDNAまたはmRNAへの親和性を促進するために少なくとも1 つの修飾を持つオリゴヌクレオチド。 9.配列ID番号:2または配列ID番号:3を含むオリゴヌクレオチド。 10.H−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまたはmRNAと特異的に ハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含み、ヌクレアーゼに対し て安定化されており、および標的親和性を促進するために修飾された少なくとも 1つのヌクレオチドを持つ第1の領域およびRNアーゼHの基質である第2の領 域を含むキメラオリゴヌクレオチド。 11.RNアーゼHの基質である領域に標的親和性を促進するために修飾された 領域が隣接する請求項第10項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 12.標的親和性を促進するために修飾されたキメラオリゴヌクレオチドの領域 が2′位で修飾されたヌクレオチドを含む請求項第10項に記載のキメラオリゴ ヌクレオチド。 13.2′位での修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾であ る請求項第12項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 14.RNアーゼHの基質である領域が2′−デオキシヌクレオチドを含む請求 項第10項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 15.2′−デオキシヌクレオチド領域が4から9のヌクレオチド長である請求 項第14項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 16.2′−デオキシヌクレオチド領域が5から7のヌクレオチド長である請求 項第15項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 17.ヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが硫黄含有修飾を含む請求 項第10項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 18.硫黄含有修飾がホスホロチオエート修飾である請求項第17項に記載のキ メラオリゴヌクレオチド。 19.ras遺伝子の翻訳開始部位または第12コドンと特異的にハイブリダイ ズしうる、請求項第10項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 20.薬学的に受容しうる担体中の請求項第10項に記載のキメラオリゴヌクレ オチド。 21.配列ID番号:1、2、3、4、5、6、7、11、12、13、14、 15、16、17、18および19からなる群より選択される配列を持つ請求項 第10項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 22.ヒトH−ras遺伝子を含む組織または細胞とヒトH−ras遺伝子に由 来する選択されたDNAまたはmRNAと特異的にハイブリダイズしうる8から 30ヌクレオチド単位を含むオリゴヌクレオチドを接触させることからなるヒト H−ras遺伝子発現の調節法。 23.該オリゴヌクレオチドがヒトras遺伝子の翻訳開始部位または第12コ ドンと特異的にハイブリダイズしうる請求項第22項に記載の方法。 24.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の少なくとも1つの結合基が硫 黄含有修飾を含む請求項第22項に記載の方法。 25.硫黄含有修飾がホスホロチオエート修飾である請求項第24項に記載の方 法。 26.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも1つが2′位で修飾 されている請求項第22項に記載のオリゴヌクレオチド。 27.2′位での該修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾で ある請求項第26項に記載の方法。 28.該オリゴヌクレオチドがRNアーゼHの基質であり、およびヌクレアーゼ 耐性を促進するために少なくとも1つの修飾を、および該rasDNAまたはm RNAへの親和性を促進するために少なくとも1つの修飾を含む請求項第22項 に記載の方法。 29.該オリゴヌクレオチドがヌクレアーゼに対して安定化され、および標的親 和性を促進するために修飾された少なくとも1つのヌクレオチドを持つ第1の領 域およびRNアーゼHの基質である第2の領域を含むキメラオリゴヌクレオチド である請求項第22項に記載の方法。 30.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域に標的親和性 を促進するために修飾された領域が隣接する請求項第29項に記載の方法。 31.標的親和性を促進するために修飾されたキメラオリゴヌクレオチドの領域 が2′位で修飾されたヌクレオチドを含む請求項第29項に記載の方法。 32.キメラオリゴヌクレオチドの2′位での修飾が2′−O−アルキルまたは 2′−O−フルオロ修飾である請求項第31項に記載の方法。 33.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域が2′−デオ キシヌクレオチドを含む請求項第29項に記載の方法。 34.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が4から9 のヌクレオチド長である請求項第33項に記載の方法。 35.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が5から7 のヌクレオチド長である請求項第34項に記載の方法。 36.該オリゴヌクレオチドが配列ID番号:1、2、3、4、5、6、7、1 1、12、13、14、15、16、17、18および19からなる群より選択 される請求項第22項に記載の方法。 37.組織または細胞とヒトH−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまた はmRNAと特異的にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含む オリゴヌクレオチドを接触させ、およびH−ras遺伝子が存在するかどうかを 検出することからなる細胞または組織中のH−ras遺伝子の存在の検出法。 38.該オリゴヌクレオチドがヒトras遺伝子の翻訳開始部位または第12コ ドンと特異的にハイブリダイズしうる請求項第37項に記載の方法。 39.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが硫 黄含有修飾を含む請求項第37項に記載の方法。 40.硫黄含有修飾がホスホロチオエート修飾である請求項第39項に記載の方 法。 41.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも1つが2′位で修飾 されている請求項第37項に記載のオリゴヌクレオチド。 42.2′位での該修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾で ある請求項第41項に記載の方法。 43.該オリゴヌクレオチドがRNアーゼHの基質であり、およびヌクレアーゼ 耐性を促進するために少なくとも1つの修飾を、および該rasDNAまたはm RNAへの親和性を促進するために少なくとも1つの修飾を含む請求項第37項 に記載の方法。 44.該オリゴヌクレオチドがヌクレアーゼに対して安定化され、および標的親 和性を促進するために修飾された少なくとも1つのヌクレオチドを持つ第1の領 域およびRNアーゼHの基質である第2の領域を含むキメラオリゴヌクレオチド である請求項第37項に記載の方法。 45.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域に標的親和性 を促進するために修飾された領域が隣接する請求項第44項に記載の方法。 46.標的親和性を促進するために修飾されているキメラオリゴヌクレオチドの 領域が2′位で修飾されたヌクレオチドを含む請求項第44項に記載の方法。 47.2′位でのヌクレオチドの修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フ ルオロ修飾である請求項第46項に記載の方法。 48.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域が2′−デオ キシヌクレオチドを含む請求項第44項に記載の方法。 49.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が4から9 のヌクレオチド長である請求項第48項に記載の方法。 50.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が5から7 のヌクレオチド長である請求項第49項に記載の方法。 51.該オリゴヌクレオチドが配列ID番号:1、2、3、4、5、6、7、1 1、12、13、14、15、16、17、18および19からなる群より選択 される請求項第37項に記載の方法。 52.組織または細胞とヒトH−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまた はmRNAと特異的にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含む オリゴヌクレオチドを接触させ、および細胞の増殖を抑制させることからなる癌 細胞の増殖抑制法。 53.該オリゴヌクレオチドがヒトH−ras遺伝子の翻訳開始部位または第1 2コドンと特異的にハイプリダイズしうる請求項第52項に記載の方法。 54.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが硫 黄含有修飾を含む請求項第52項に記載の方法。 55.硫黄含有修飾がホスホロチオエート修飾である請求項第54項に記載の方 法。 56.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも1つが2′位で修飾 されている請求項第52項に記載のオリゴヌクレオチド。 57.2′位での該修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾で ある請求項第56項に記載の方法。 58.該オリゴヌクレオチドが配列ID番号:1、2、3、4、5、6、7、1 1、12、13、14、15、16、17、18および19からなる群より選択 される請求項第52項に記載の方法。 59.該オリゴヌクレオチドがRNアーゼHの基質であり、およびヌクレアーゼ 耐性を促進するために少なくとも1つの修飾を、および該rasDNAまたはm RNAへの親和性を促進するために少なくとも1つの修飾を含む請求項第52項 に記載の方法。 60.該オリゴヌクレオチドがヌクレアーゼに対して安定化され、および標的親 和性を促進するために修飾された少なくとも1つのヌクレオチドを持つ第1の領 域およびRNアーゼHの基質である第2の領域を含むキメラオリゴヌクレオチド である請求項第52項に記載の方法。 61.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域に標的親和性 を促進するために修飾された領域が隣接する請求項第60項に記載の方法。 62.標的親和性を促進するために修飾されたキメラオリゴヌクレオチドの領域 が2′位で修飾されたヌクレオチドを含む請求項第60項に記載の方法。 63.2′位でのヌクレオチドの修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フ ルオロ修飾である請求項第60項に記載の方法。 64.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域が2′−デオ キシヌクレオチドを含む請求項第60項に記載の方法。 65.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が4から9 のヌクレオチド長である請求項第64項に記載の方法。 66.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が5から7 のヌクレオチド長である請求項第65項に記載の方法。 67.H−ras癌遺伝子の活性化により生じる病態を持つ動物に、治療に有効 量のヒトH−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまたはmRNAと特異的 にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含むオリゴヌクレオチド を投与することからなるH−ras癌遺伝子の活性化により生じる病態の治療法 。 68.該オリゴヌクレオチドがヒトH−ras遺伝子の翻訳開始部位または第1 2コドンと特異的にハイブリダイズしうる請求項第67項に記載の方法。 69.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが硫 黄含有修飾を含む請求項第67項に記載の方法。 70.硫黄含有修飾がホスホロチオエート修飾である請求項第69項に記載の方 法。 71.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の少なくとも1つが2′位で修飾 されている請求項第67項に記載のオリゴヌクレオチド。 72.2′位での該修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾で ある請求項第71項に記載の方法。 73.該オリゴヌクレオチドが配列ID番号:1、2、3、4、5、6、7、1 1、12、13、14、15、16、17、18および19からなる群より選択 される請求項第67項に記載の方法。 74.該オリゴヌクレオチドがヒトH−ras遺伝子の活性型第12コドンと特 異的にハイブリダイズしうる請求項第67項に記載の方法。 75.該オリゴヌクレオチドが配列ID番号:3、4、5、6、11、12、1 3、14、15、16、17または18を含む請求項第74項に記載の方法。 76.該オリゴヌクレオチドが活性型ヒトH−ras遺伝子を選択的に抑制する 請求項第67項に記載の方法。 77.該オリゴヌクレオチドが配列ID番号:3、4、13、14、15、16 および17からなる群より選択される請求項第76項に記載の方法。 78.該オリゴヌクレオチドがRNアーゼHの基質であり、およびヌクレアーゼ 耐性を促進するために少なくとも1つの修飾を、および該rasDNAまたはm RNAへの親和性を促進するために少なくとも1つの修飾を含む請求項第67項 に記載の方法。 79.該オリゴヌクレオチドがヌクレアーゼに対して安定化され、および標的親 和性を促進するために修飾された少なくとも1つのヌクレオチドを持つ第1の領 域およびRNアーゼHの基質である第2の領域を含むキメラオリゴヌクレオチド である請求項第78項に記載の方法。 80.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域に標的親和性 を促進するために修飾された領域が隣接する請求項第79項に記載の方法。 81.標的親和性を促進するために修飾されたキメラオリゴヌクレオチドの領域 が2′位で修飾されたヌクレオチドを含む請求項第79項に記載の方法。 82.2′位でのヌクレオチドの修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フ ルオロ修飾である請求項第81項に記載の方法。 83.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域が2′−デオ キシヌクレオチドを含む請求項第79項に記載の方法。 84.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が4から9 のヌクレオチド長である請求項第83項に記載の方法。 85.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が5から7 のヌクレオチド長である請求項第84項に記載の方法。 86.活性型H−rasを含んでいると疑われる細胞または組織を配列ID番号 :3、4、13、14、15、16または17を含むオリゴヌクレオチドと接触 させ;および細胞または組織の同−の試料を配列ID番号:1、2、5、7、1 8または19を含むオリゴヌクレオチドと接触させることからなる活性型H−r asに対する特定のオリゴヌクレオチドの異なった親和性に基づく活性型H−r aSの検出法。 87.オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオチド単位間の結合基の少 なくとも1つが硫黄含有修飾を含む請求項第86項に記載の方法。.88.硫黄 含有修飾がホスホロチオエート修飾である請求項第87項に記載の方法。 89.オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオチド単位の少なくとも1 つが2′位で修飾されている請求項第86項に記載のオリゴヌクレオチド。 90.2′位での核修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾で ある請求項第89項に記載の方法。 91.該オリゴヌクレオチドの少なくとも1つがRNアーゼHの基質であり、お よびヌクレアーゼ耐性を促進するために少なくとも1つの修飾を、および活性型 H−rasDNAまたはmRNAへの親和性を促進するために少なくとも1つの 修飾を含む請求項第86項に記載の方法。 92.該オリゴヌクレオチドの少なくとも1つがヌクレアーゼに対して安定化さ れ、および標的親和性を促進するために修飾された少なくとも1つのヌクレオチ ドを持つ第1の領域およびRNアーゼHの基質である第2の領域を含むキメラオ リゴヌクレオチドである請求項第86項に記載の方法。 93.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域に標的親和性 を促進するために修飾された領域が隣接する請求項第92項に記載の方法。 94.標的親和性を促進するために修飾されているキメラオリゴヌクレオチドの 領域が2′位で修飾されたヌクレオチドを含む請求項第92項に記載の方法。 95.2′位での修飾が2′−O−アルキルまたは2′−O−フルオロ修飾であ る請求項第94項に記載の方法。 96.RNアーゼHの基質であるキメラオリゴヌクレオチドの領域が2′−デオ キシヌクレオチドを含む請求項第92項に記載の方法。 97.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が4から9 のヌクレオチド長である請求項第96項に記載の方法。 98.キメラオリゴヌクレオチドの2′−デオキシヌクレオチド領域が5から7 のヌクレオチド長である請求項第97項に記載の方法。 99.オリゴヌクレオチド配列および野生型mRNA配列との間で少なくとも1 つの不適正を生じるであろう配列を持ち、適正なおよび不適正なRNAとのオリ ゴヌクレオチド結合の自由エネルギー差が1kcal/molより大きな突然変 異体標的mRNAへの結合のためのアンチセンスオリゴヌクレオチド。 100.該自由エネルギー差が2kcal/molより大きい請求項第99項に 記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。 101.該自由エネルギー差が約5から約6kcal/molである請求項第1 00項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。 102.オリゴヌクレオチド配列および野生型標的mRNAとの間に少なくとも 1つの不適正塩基対があるように選択された配列を持ち、該不適正が標的mRN Aのグアニン塩基以外の塩基とハイブリダイズするオリゴヌクレオチド内の位置 に位置している突然変異体標的mRNAへの結合のためのアンチセンスオリゴヌ クレオチド。 103.配列ID番号:1、2、3、4、5、6、7、11、12、13、14 、15、16、17、18および19からなる群より選択される配列を持つ請求 項第1項に記載のオリゴヌクレオチド。 104.ヒトH−ras遺伝子を含む組織または細胞と配列ID番号:2または 配列ID番号:3を持つオリゴヌクレオチドを接触させることを含むヒトH−r aS遺伝子発現の調節法。 105.癌細胞と配列ID番号:2または配列ID番号:3を持つオリゴヌクレ オチドを接触させることを含む癌細胞の増殖抑制法。 106.H−ras癌遺伝子の活性化により生じる病態を持つ動物と治療的に有 効量の配列ID番号:2または配列ID番号:3を持つオリゴヌクレオチドを接 触させることを含むH−ras癌遺伝子の活性化から生じる病態の処置法。 107.ras遺伝子がヒトH−rasである請求項第10項に記載のキメラオ リゴヌクレオチド。 108.ras遺伝子がヒトKi−rasである請求項第10項に記載のキメラ オリゴヌクレオチド。 109.配列ID番号:20、配列ID番号:21、配列ID番号:22、配列 ID番号:26、配列ID番号:28、配列ID番号:31、配列ID番号:3 2および配列ID番号:33から成る群より選択される配列を持つ請求項第10 8項に記載のキメラオリゴヌクレオチド。 110.ヒトKi−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまたはmRNAと 特異的にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含むオリゴヌクレ オチド。 111.ヒトKi−ras遺伝子の5′−非翻訳領域、3′−非翻訳領域、第1 2コドンまたは第61コドンと特異的にハイブリダイズしうる請求項第110項 に記載のオリゴヌクレオチド。 112.ヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つにホスホロチオエ−ト修 飾を含む請求項第110項に記載のオリゴヌクレオチド。 113.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが 2′位で修飾されている請求項第110項に記載のオリゴヌクレオチド。 114.2′位の該修飾が2′−O−アルキルまたは2′−フルオロ修飾である 請求項第113項に記載のオリゴヌクレオチド。 115.配列ID番号:20、配列ID番号:21、配列ID番号:22、配列 ID番号:26、配列ID番号:28、配列ID番号:31、配列ID番号:3 2および配列ID番号:33から成る群より選択される配列を持つ請求項第11 0項に記載のオリゴヌクレオチド。 116.ヒトKi−ras遺伝子を含む組織または細胞とヒトKi−ras遺伝 子に由来する選択されたDNAまたはmRNAと特異的にハイブリダイズしうる 8から30ヌクレオチド単位を含むオリゴヌクレオチドを接触させ、および遺伝 子の発現を調節することからなるヒトKi−ras遺伝子発現の調節法。 117.オリゴヌクレオチドがヒトKi−ras遺伝子の5′−非翻訳領域、3 ′−非領翻訳域、第12コドンまたは第61コドンと特異的にハイブリダイズし うる請求項第116項に記載の方法。 118.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが ホスホロチオエート修飾を含む請求項第116項に記載の方法。 119.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが 2′位で修飾されている請求項第116項に記載の方法。 120.オリゴヌクレオチドの2′位の該修飾が2′−O−アルキルまたは2′ −フルオロ修飾である請求項第119項に記載の方法。 121.オリゴヌクレオチドが配列ID番号:20、配列ID番号:21、配列 ID番号:22、配列ID番号:26、配列ID番号:28、配列ID番号:3 1、配列ID番号:32および配列ID番号:33から成る群より選択される配 列を持つ請求項第116項に記載の方法。 122.細胞または組織とヒトKi−ras遺伝子に由来する選択されたDNA またはmRNAと特異的にハイプリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を 含むオリゴヌクレオチドを接触させ、Ki−ras遺伝子が存在するかどうかを 検出する細胞または組織中のKi−ras遺伝子の存在の検出法。 123.オリゴヌクレオチドがヒトKi−ras遺伝子の5′−非翻訳領域、3 ′−非翻訳領域、第12コドンまたは第61コドンと特異的にハイブリダイズし うる請求項第122項に記載の方法。 124.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが ホスホロチオエート修飾を含む請求項第122項に記載の方法。 125.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが 2.位で修飾されている請求項第122項に記載の方法。 126.オリゴヌクレオチドの2′位の該修飾が2′−O−アルキルまたは2′ −フルオロ修飾である請求項第125項に記載の方法。 127.オリゴヌクレオチドが配列ID番号:20、配列ID番号:21、配列 ID番号:22、配列ID番号:26、配列ID番号:28、配列ID番号:3 1、配列ID番号:32および配列ID番号:33から成る群より選択される配 列を待つ請求項第122項に記載の方法。 128.組織または細胞とヒトKi−ras遺伝子に由来する選択されたDNA またはmRNAと特異的にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を 含むオリゴヌクレオチドを接触させ、および細胞の増殖を抑制させることからな る癌細胞の増殖抑制法。 129.オリゴヌクレオチドがヒトKi−ras遺伝子の5′−非翻訳領域、3 ′−非翻訳領域、第12コドンまたは第61コドンと特異的にハイブリダイズし うる請求項第128項に記載の方法。 130.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが ホスホロチオエート修飾を含む請求項第128項に記載の方法。 131.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが 2′位で修飾されている請求項第128項に記載の方法。 132.オリゴヌクレオチドの2′位の該修飾が2′−O−アルキルまたは2′ −フルオロ修飾である請求項第131項に記載の方法。 133.オリゴヌクレオチドが配列ID番号:20、配列ID番号:21、配列 ID番号:22、配列ID番号:26、配列ID番号:28、配列ID番号:3 1、配列ID番号:32および配列ID番号:33から成る群より選択される配 列を持つ請求項第128項に記載の方法。 134.Ki−ras癌遺伝子の活性化により生じる病態を持つ動物に、治療に 有効量のヒトKi−ras遺伝子に由来する選択されたDNAまたはmRNAと 特異的にハイブリダイズしうる8から30ヌクレオチド単位を含むオリゴヌクレ オチドを投与することからなるKi−ras癌遺伝子の活性化により生じる病態 の治療法。 135.オリゴヌクレオチドがヒトKi−ras遺伝子の5′−非翻訳領域、3 ′−非翻訳領域、第12コドンまたは第61コドンと特異的にハイブリダイズし うる請求項第134項に記載の方法。 136.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが ホスホロチオエート修飾を含む請求項第134項に記載の方法。 137.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが 2′位で修飾されている請求項第134項に記載の方法。 138.オリゴヌクレオチドの2′位の該修飾が2′−O−アルキルまたは2′ −フルオロ修飾である請求項第137項に記載の方法。 139.オリゴヌクレオチドが配列ID番号:20、配列ID番号:21、配列 ID番号:22、配列ID番号:26、配列ID番号:28、配列ID番号:3 1、配列ID番号:32および配列ID番号:33から成る群より選択される配 列を持つ請求項第134項に記載の方法。 140.活性型Ki−rasを含んでいると疑われる細胞または組織を配列1D 番号:32を含むオリゴヌクレオチドと接触させ;および細胞または組織の同− の試料を配列ID番号:20、21、22、26、28、31または33を含む オリゴヌクレオチドと接触させることからなる活性型Ki−rasに対する特定 のオリゴヌクレオチドの異なった親和性に基づく活性型Ki−rasの検出法。 141.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが ホスホロチオエート修飾を含む請求項第140項に記載の方法。 142.オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合基の少なくとも1つが 2′位で修飾されている請求項第140項に記載の方法。 143.オリゴヌクレオチドの2′位の該修飾が2′−O−アルキルまたは2′ −フルオロ修飾である請求項第142項に記載の方法。
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