JPH08505121A - 分子プローブとしての4,7−ジクロロフルオレセイン染料 - Google Patents
分子プローブとしての4,7−ジクロロフルオレセイン染料Info
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Abstract
(57)【要約】
長波長の狭い発光バンド幅のフルオレセイン染料が、空間的に重なっている標的物質を検出するために提供される。この染料は4,7−ジクロロフルオレセイン、および特に2’,4’,5’,7’−テトラクロロ−4,7−ジクロロ−5−(および6−)カルボキシフルオレセインから成る。この染料をDNA分析に使用するための方法およびキットが提供される。
Description
【発明の詳細な説明】
分子プローブとしての4,7−ジクロロフルオレセイン染料
発明の技術分野
本発明は一般に蛍光標識技術に関し、そしてさらに特に、同じ試料中の多数の
標的物質を検出ずるための4,7−ジクロロフルオレセインの使用に関するもの
である。
背景
多くの診断上および分析上の技術は同じ試料中の多数の標的物質を区別できる
蛍光タグで標識を付けることを必要としている、例えばラニールら、ジャーナル
・イムノロジイ、第132巻、第151〜156頁(1984)(フローサイトメトリー);
グレイら、クロモソマ、第73巻、第9〜27頁(1979)(フローシステム核型);
フングら、米国特許4,855,225号(DNA配列決定);およびマリイランドら、
アプライド・アンド・セオリティカル・エレクトロフォレシス、第3巻、第1〜
11頁(1992)(電気泳動により分離したポリメラーゼ鎖反応(PCR)生成物の分
析)。この要請は、最も自動化された配列決定アプローチにおいて少なくとも4
種のスペクト・ルにより分解できる色素が必要であるDNA配列決定分析で満足
させることは特に難しい。
現在、DNA配列決定には2つの基本的なアプローチがある:ジデオキシ・チ
ェイン・ターミネーター法、例えばサンガーら、プロシーディングス・オブ・ザ
・ナショナル・アカデミイ・オブ・サイエンシーズ、第74巻、第5463〜5467頁(
1977);および化学分解方法、例えばマキサムら、プロシーディングス・オブ・
ザ・ナショナル・アカデミイ・オブ・サイエンシーズ、第74巻、第560〜564頁(
1977)。チェイン・ターミネーター法は幾つかの方法で改良され、あらゆる一般
に入手できる自動化DNA配列決定
機器のための基礎として役に立っている、例えばサンガーら、ジャーナル・オブ
・モレキュラー・バイオロジー、第143巻、第161〜178頁(1980);シュライヤ
ーら、ジャーナル・オブ・モレキュラー・バイオロジー、第129巻、第169〜172
頁(1979);スミスら、ヌクレイック・アシッズ・リサーチ、第13巻、第2399〜
2412頁(1985);スミスら、ネイチャー、第321巻、第674〜679真(1987);プ
ロパーら、サイエンス、第238巻、第336〜341頁(1987)、セクションII、メソ
ッズ・イン・エンザイモロジー、第155巻、第51〜334頁(1987);チャーチら、
サイエンス、第240巻、第185〜188真(1988);およびコンネルら、バイオテク
ニクス、第5巻、第342〜348頁(1987)。
鎖末端および化学分解方法は共に1またはそれ以上のセットの標識を付したD
NΛフラグメントの世代を必要とし、各々は共通の起源をもち各々は既知の塩基
を末端とする。次にフラグメントの単数または複数のセットは大きさによって分
離され配列情報が得られる。両者の方法において、DNAフラグメントは高分解
能ゲル電気泳動によって分離される。最も自動化されたDNA配列決定機器では
、異なる末端塩基を有するフラグメントは異なる蛍光染料を用いて標識を付され
、プライマーに結合するか、例えばスミスら(1987、上記)、あるいは末端ジデ
オキシヌクレオチドの塩基に結合する、例えばプロパーら(上記)。標識フラグ
メントは一緒にされて電気泳動分離のための同じゲルカラムに装填される。フラ
グメントが分離過程の間に静置検出器を通過するときフラグメントによって放出
される蛍光信号を分析することによって塩基配列は決定される。
異なるフラグメントを標識するための一組の染料を入手することはこのような
DNA配列決定システムでは主要な難点である。
第1に、有機蛍光染料に対する代表的な発光バンド半幅は約40〜80ナノメートル
(nm)であり可視スペクトルは約350〜400nmに過ぎないので、有意に重なる発
光バンドを持たない3種またはそれ以上の染料を見出すことは困難である。第2
に、重ならない発光バンドをもつ染料を見出したとしても、そのセットはそれぞ
れの蛍光効率が低すぎる場合DNA配列決定のために未だ不適であるかも知れな
い。例えば、プリングルら、DNA・コア・ファシリティス・ニュースレター、
第1巻、15〜21頁(1988)には、増大したゲル荷重が低い蛍光効率を補償できな
いことを示すデータがある。第3に、幾つかの蛍光染料を同時に使用する場合、
染料の吸収バンドが広く分離することが多いので励起が難しくなる。最も有効な
励起は各染料をその吸収バンドの最高値に相当する波長で発光する場合に生じる
。幾つかの染料を使用する場合、検出システムの感度と各染料に対する別々の励
起源を与えるコスト増加との間にトレードオフを行うように強いられることが多
い。第4に、ゲルの単一カラム中の異なる大きさに分類されたフラグメントの数
が数百よりも大きい場合、染料の物理化学的性質、およびフラグメントに連結さ
れる手段が臨界的に重要になる。染料およびリンカーの電荷、分子量およびコン
ホメーションは接近した大きさに分類されたフラグメントの電気泳動による移動
度に、広範囲なバンドの広がりが起こるようにあるいはゲル上のバンドの位置が
逆になり、これによってバンドの順序および配列を決定するための核酸中の塩基
の順序との間の一致を壊すように、不利に影響してはならない。最後に、蛍光染
料はフラグメントを造りまたは操作するために用いられる化学物質と相溶性がな
ければならない。例えば、鎖末端方法においてプライマーに標識を付けるために
用いられる染料および/またはジデオキシ・チェイン・ター
ミネーターは使用したポリメラーゼまたは逆転写酵素の活性を妨げてはならない
。
これらのきびしい制約のために、数組の蛍光染料だけが、自動化DNA配列決
定にまた診断および分析の技術に使用できることが見出された、例えばスミスら
(1985、上記);プロパーら(上記);フードら、ヨーロッパ特許出願8500960
号;およびコンネルら(上記)。
上記の観点では、DNA配列決定のような、多くの分析および診断の技術は、
(1)容易に入手できる染料に物理化学的に類似のもの、(2)ゲル上の密に配
置されたDNAバンドのような空間的に重なっている標的物質の検出ができるも
の、(3)自動化DNA配列決定の最近の方法によって単一ゲルカラム上で決定
することができる塩基の数を広げるもの、および(4)広範囲の予備および手先
のテクニックを用いての使用において影響を受けやすいもの、である新しい蛍光
染料の入手容易性によって有意に促進されるであろう。
発明の概要
本発明は4,7−ジクロロフルオレセイン染料を使用して空間的に重なる標的
物質を同時に検出する方法、そして特に、4,7−ジクロロフルオレセイン染料
を用いるDNA配列決定の方法にある。本発明はまた式1によって定義される2
’,7’−ジクロロ−5(および6−)カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレ
セインを含む。
式中、
A’は水素、フルオロ、クロロ、連結官能体、例えばイソチオシアネート、ス
クシンイミジルカルボキシレート、またはホスホルアミダイト、または連結官能
体に変換できる基、例えばカルボキシル、スルホニル、またはアミノであり;好
ましくはA’は連結官能体または連結官能体に変換できる基であり;
X’は水素、フルオロまたはクロロであり、A’が6個の炭素原子の置換基で
あるときは必ずX’は5個の炭素原子の置換基であり、そしてA’が5個の炭素
原子の置換基であるときは必ずX’は6個の炭素原子の置換基であり;好ましく
はX’は水素であり;
Z3水素、フルオロ、クロロ、連結官能体、例えばイソチオシアネート、スク
シンイミジルカルボキシレート、またはホスホルアミダイト、または連結官能体
に変換できる基、例えばカルボキシル、スルホニル、またはメチルアミノであり
;好ましくはZ3は水素またはクロロであり;
Z4は水素、フルオロ、クロロ、連結官能体、例えばイソチオシアネート、ス
クシンイミジルカルボキシレート、またはホスホ
ルアミダイト、または連結官能体に変換できる基、例えばカルボキシル、スルホ
ニル、またはメチルアミノであり;好ましくはZ4は水素またはクロロであり;
B’はフルオロ、クロロ、または酸性アニオン基;好ましくはB’はカルボキ
シルまたはスルホニル、および最も好ましくはB’はカルボキシルであり;
そしてA’、Z3、およびZ4の少なくとも1個は連結官能体または連結官能体
に変換できる基である。好ましくはA’、Z3、およびZ4の1個のみは連結官能
体または連結官能体に変換できる基である。
本発明はまた本発明の方法を実施するためのキットを含む。一般に、キットは
DNAフラグメントの電気泳動により分離された複数のクラスを検出するために
提供される。特に、キットはプライマー伸長生成物の少なくとも1つのクラスに
4,7−ジクロロフルオレセイン染料で蛍光による標識を付けるDNA配列決定
を行うためのものを含む。このようなDNA配列決定キットは染料で標識を付け
たプライマーをもつキットを含み、より好ましいものとしては染料で標識を付け
たターミネーターをもつキットを含む。
全体にわたり、カラー・インデックス(アソシエーション・オブ・テキスタイ
ル・ケミスツ、第2版、1971)炭素ナンバリング図式を使用する、すなわちプラ
イムを付した数字はキサンテン構造の炭素を指し、プライムを付していない数字
は9’−フェニルの炭素を指す。
本発明は、4,7−クロロ−5(および6−)カルボキシフルオレセインおよ
び関連する染料の蛍光性が分子プローブとしての使用に非常に有利であることを
発見したことに一部は基づいてい
る。これらの発光バンド幅は4,7−ジクロロ誘導体を欠く類似体よりも一般に
20〜30パーセント狭く、これらの発光および吸収の最大値は4,7−ジクロロ誘
導体を欠く類似体よりも一般に約10〜30nm高く、そしてこれらの蛍光効率は高く
、いくつかの場合には4,7−ジクロロ誘導体を欠く類似体のそれのほぼ3倍で
ある。
発明の詳細な説明
上述のように、本発明は通常長い波長、狭い発光バンド幅および他の有利な蛍
光性にて最大の吸収および発光を示すある種のフルオレセイン染料の発見に一部
は基づくものである。さらに、本発明はこの種の染料の種類として式Iによって
定義される新規のフルオレセイン類似体を含む。これらの染料はスペクトルによ
り分解できる、自動化DNA配列決定分析に特に利用できる物理化学的に類似の
染料の新規なセットのアセンブリを可能にする。
ここで使用される染料のセットに関係する語「スペクトルにより分解できる」
は、染料の蛍光発光バンドが充分に明確であり、すなわち充分に重なっておらず
、各染料が結合している標的物質、例えばポリヌクレオチドを、例えばバンドパ
スフィルターおよび光電子増倍管のシステムを用いる標準光検出システムまたは
その類似のシステムによって各染料によって発生した蛍光信号に基づいて区別す
ることができることを意味し、前記システムは米国特許4,230,558号、4,811,218
号等、またはホイーレスら、フロー・シトメトリイ:インストルメンテージョン
・アンド・データ・アナリシス(アカデミック・プレス・ニューヨーク、1985)
の21〜76頁に記載されたようなシステムが挙げられる。
ここで直接にまたはエーテルと関連して使用される「低級アルキル」の語は、
1〜6個の炭素原子を含む直鎖および/または分
技鎖アルキル基を示し、例えばこの語はメチル、エチル、プロピル、イソプロピ
ル、tert−ブチル、イソブチル等を含む。さらに好ましくは、この「低級アルキ
ル」の語は、1〜3個の炭素原子をもつアルキルを示す。
ここで使用される「ハロ」はハロゲン原子、弗素、塩素、臭素、および沃素
を示し;さらに好ましくは、この語は弗素または塩素を示し;そして最も好まし
くは、この語は塩素を示す。
好ましくは、本発明の4,7−ジクロロ−5(および6−)カルボキシフルオ
レセイン染料は式IIによって定義されるものを含む。
式中、
A’、B’およびX’は上記と同じであり;
Z1は水素または、Z2と共にとるときは、ベンゾであり;
Z2は、単独でとるときは、、水素、ハロ、低級アルキル、低級アルコキシ、
または活性連結官能体に変換できる基、例えば、カルボキシル、スルホニル、ま
たはメチルアミノであり、またはZ1と共にとるときは、Z2は活性連結官能体に
変換できるメチルア
ミノであり、またはZ5と共にとるときは、Z6はベンゾであり、好ましくは、単
独でとるときは、Z6は水素、メチル、エチル、フルオロ、クロロ、メトキシ、
またはエトキシであり;
そしてA、Z2、Z3、Z4、およびZ5の少なくとも1個は連結官能体に変換で
きる基である。好ましくは、A、Z2、Z3、Z4、およびZ5の1個のみが活性連
結官能体に変換できる基である。
本発明に使用するための多くの染料は市販品として入手できるかまたはこの分
野で知られている技術によって合成できる、例えば、ガタクら、ジャーナル・オ
ブ・ザ・インディアン・ケミカル・ソサイアティ、第6巻、第465-471真(1929
);およびカンナら、米国特許4,439,356号。あるいは、フルオレセイン類似体
、即ち、A=B=カルボキシルは、実施例に示されるように、置換したレゾルシ
ノールを置換したベンゾフェノンと、または置換したトリメリット酸と、プロピ
オン酸の存在下に反応させて合成することができる。スルホニルフルオレセイン
、即ちAまたはBがスルホニルは、リーら、サイトメトリー、第10巻、第151-16
4頁(1989)によって開示された方法に従って合成され、適当な反応体を置換す
ることにより改変して5−または6−カルボキシル−またはスルホニルフルオレ
セイン生成物を与える。好ましくは、DNA配列決定においてポリヌクレオチド
に標識を付けるとき、一般に異性体の混合物を使用する場合バンドの幅が広がる
ようになる僅かに異なる電気泳動移動性をもつので、染料の5−または6−異性
体を別々に使用する。染料の5−または6−異性体は逆相HPLCによって容易
に分離される、例えばエドムンドソンら、モレキュラー・イムノロジー、第21巻
、第561頁(1984)。一般に、最初の溶出ピークは6−異性体および第二の溶出
ピークは5
−異性体であると信じられている。
本発明の染料はこの分野で良く知られている種々の手段によって標的物質に結
合することができる。例えば、ハウグランド、ハンドブック・オブ・フルオレセ
ント・プローブス・アンド・リサーチ・ケミカルス(モレキュラー・プローブス
,インコーポレイテッド、ユージーン、1989)は標的物質に染料を結合するため
の手段のガイドと例を提供する。置換体Aは、連結基を形成するように標的物質
上で相補的官能体と反応できる連結官能体に変換される。次表はAがカルボキシ
ル、スルホニルまたはアミンであるときは必ず形成できる例示の連結官能体、適
当な相補的官能体、および本発明に使用するために適している得られた連結基を
列挙している。
好ましくは連結官能体は、相補的官能体がアミンであるときは必ずイソチオシ
アネート、塩化スルホニル、4,6−ジクロロトリアジニルアミン、またはスク
シンイミジルカルボキシレートである。そして好ましくは連結官能体は相補的官
能体がスルフヒドリルであるときは必ずマレイミド、またはヨードアセトアミド
である。例えばカンナら、米国特許4,318,846号の実施例6および8、およびカ
サイら、アナリチカル・ケミストリー、第47巻、第34〜37頁(1975)に示されて
いるように、スクシンイミジルカルボキシレートは、ジシクロヘキシルカルボジ
イミド(DCC)を使用して上記染料の5−および/または6−カルボキシルを
N−ヒドロキシスクシンイミドと縮合して形成することができる。従って、これ
らの文献は参考にここに組み込まれる。染料ホスホルアミダイトはスタインら、
ジーン、72巻、333〜341頁(1988);フングら、米国特許4,757,141号;1989年
9月13日に出願されたヨーロッパ特許出願89116946.8号;および1988年8月26日
に出願されたヨーロッパ特許出願88307934.5号によって教示されているように生
成される。例えばビューケージら、テトラヘドロン、第48
巻、第2223〜2311頁(1992);カルーサースら、ナラング著、DNAとRNAの
合成と応用(アカデミック・プレス、ニューヨーク、1987)第47〜94頁等によっ
て教示されるように、置換基R1、R2、およびR3は種々の形態をとることがで
きる。好ましくは、R1およびR2は、別々にとるときは、メチル、エチル、また
はイソプロピルであり、そしてR1およびR2は、それらが結合している窒素と共
にとるときは、4ないし8個の炭素原子、および窒素、酸素、および硫黄からな
る群から選ばれる1ないし2個のヘテロ原子を有する複素環である。さらに好ま
しくは、R1およびR2は、それらが結合している窒素と共にとるときはモルホリ
ノである。好ましくは、R3はメチル、クロロフェニル、β−シアノエチル、メ
チルスルホニルエチル、およびニトロフェニルエチルからなる群から選ばれる。
好ましくは、例えばビューケージら(上記);ステクら、PCT出願PCT/US91/01
010;ビューケージら、米国特許5,003,097号等によって教示されているように、
ホスホルアミダイト−誘導連結基は酸化されてリン(V)連鎮を形成する。
本発明の染料はDNA配列決定のためのジデオキシヌクレオチドに標識を付け
るために使用されるとき、好ましくはこれらはピリミジン塩基の5番目の炭素お
よび7−デアザプリン塩基の7番目の炭素に連結される。例えば、いくつかの適
当な塩基標識化方法が本発明と共に使用できることが報告された、例えば、ギブ
ソンら、ヌクレイック・アシッズ・リサーチ、第15巻、第6455〜6467頁(9187)
;ゲベイエフら、ヌクレイソク・アシッズ・リサーチ、第15巻、第4513〜4535頁
(1987);ハララムビジスら、ヌクレイック・アシッズ・リサーチ、第15巻、第
4856〜4876頁(1987)等。好ましくは、染料と塩基の間の連結基はジデオキシヌ
クレオチドのアルキニルアミノ−誘導化塩基と本発明の染料のN−ヒド
ロキシスクシンイミド(NHS)を反応させて形成される。好ましくは連結基は
3−カルボキシアミノ−1−プロピニルである。このようなアルキニルアミノ−
誘導化ジデオキシヌクレオチドの合成は、ここに参考文献として組み込まれるホ
ッブスらのヨーロッパ特許出願番号87305844.0号および米国特許5,047,519号に
よって教示されている。簡単に述べると、アルキニルアミノ−誘導化ジデオキシ
ヌクレオチドは、適当なハロジデオキシヌクレオシド(ホッブスら(上記)によ
って教示されているように通常は5−ヨードピリミジンおよび7−ヨード−7−
デアザプリンジデオキシヌクレオシド)およびCu(I)をフラスコに入れ、空
気を除くようにArを吹き込み、乾燥DMFを添加し、続いてアルキニルアミン
、トリエチルアミンおよびPd(O)を添加して生成される。反応混合物は数時
間、または薄層クロマトグラフィーがハロジデオキシヌクレオソドの消費を示す
まで攪拌することできる。保護されていないアルキニルアミンを使用するときは
、アルギニルアミノ−ヌクレオシドは反応混合物を濃縮し、カップリング反応で
生成したハイドロハライドを中和するよにう水酸化アンモニウムを含む溶出溶媒
を使用してシリカゲルのクロマトグラフィーにかけることによって単離すること
ができる。保護されたアルキニルアミンを使用するときは、メタノール/塩化メ
チレンを反応混合物に続いて強塩基性アニオン交換樹脂で重炭酸塩を形成させる
ことができる。次にスラリーを約45時間攬拌し、濾過し、そして樹脂を追加のメ
タノール/塩化メチレンを用いて洗うことできる。一緒に合わせた濾液を濃縮し
、メタノール−塩化メチレングラディエントを用いてシリカゲルのフラッシュ−
クロマトグラフィーで精製することができる。トリホスフェートが標準技術によ
って得られる。
本発明の標的物質は本発明の染料が結合できるものであれば事実上何でもよい
。好ましくは染料は標的物質に共有結合される。標的物質は蛋白質、ポリペプチ
ド、ペプチド、多糖類、ポリヌクレオチド、脂質、およびこれらの組合せおよび
集合体、例えば染色体、細胞核、生細胞、例えばバクテリア、他の微生物、およ
び哺乳類細胞、組織等を含む。ここに使用されるように「ポリヌクレオチド」の
語は、長さが数塩基から数千塩基の大きさの範囲、例えば6から数十ないし数百
または数千までの塩基の長さ(一重鎖の場合)、または長さが数塩基対ないし数
千塩基対の大きさの範囲、例えば6から数十ないし数百までまたは数千までの塩
基対の長さ(二重鎖の場合)でのDNAまたはRNAの一重鎖または二重鎮を意
味する。
多数の相補的官能体を合成オリゴヌクレオチドおよびボリヌクレオチドの5’
または3’末端に、例えばアミノ基、フングら、米国特許4,757,141号およびミ
ヨシら、米国特許4,605,735号;またはスルフヒドリル基、コノリイ、ヌクレイ
ック・アシッズ・リサーチ、第13巻、第4485〜4502頁(1985)、およびスボート
ら、ヌクレイック・アシッズ・リサーチ、第15巻、4837〜4848頁(1987)、を結
合することができる。
本発明の染料は、類似の物理化学的な性質、例えば大きさ、配座、電荷、疎水
性等を有する標的物質の一連のバンドまたはスポットが線状または二次元の配置
に存在する、ゲル電気泳動のような、生物化学的分離方法に委ねられたポリヌク
レオチドの種類を同定するために特に良く適している。ここで使用されるように
、「バンド」の語は類似のまたは同一の物理化学的性質に基づいた標的物質の空
間的配置または凝集を含む。通常のバンドは電気泳動、特にゲル電気泳動によっ
て染料−ポリヌクレオチドの共役体
を分離する際に生じる。
ポリヌクレオチドの種類は種々の関係において生じることができる。例えば、
それらは制限酵素消化の生成物として、またはポリメラーゼまたはリガーゼ反応
の伸長生成物として生じることができる。好ましくは、本発明に従って同定され
る種類は、対応が4種の可能な末端塩基と1組のスペクトルにより分析できる染
料の部分との間に確立されるように末端ヌクレオチドの語において定義される。
このような組は、市版品として入手できる分光光度計を用いて発光と吸収のバン
ド幅を測定して、本発明の染料から容易に集められる。さらに好ましくは、それ
らの種類はDNA配列の化学的またはチェイン・ターミネーター法の関係におい
て生じ、最も好ましくはチェイン・ターミネーター法の関係において生じる。何
れかの方法において染料−ポリヌクレオチドの共役体は標準のゲル電気泳動方法
によって分離される、例えばゴールドおよびマシューズ、上述;リックウッドお
よびハメス著、核酸のゲル電気泳動:実際のアプローチ(IRLプレス・リミテ
ッド、ロンドン、1981);またはオスターマン、プロテインと核酸の研究方法、
第1巻(スプリンガー−ベルラク、ベルリン、1984)。好ましくはゲルのタイプ
は約2〜20パーセントの間の濃度(重量対容量)を有するポリアクリルアミドで
ある。さらに好ましくは、ポリアクリルアミドゲル濃度が約4〜8パーセントの
間にある。好ましくはゲルはストランド分離または変性剤を含む。このようなゲ
ルを構成するための詳細な方法はマニアチスら、メソッズ・イン・エンザイモロ
ジー、第65巻、第299〜305頁(1980)の「98%ホルムアミドまたは7M尿素を含
有するポリアクリルアミドゲルにおける低分子量DNAおよびRNAの分別」;
マニアチスら、バイオケミストリー、第14巻、第3787〜3794頁(1975)の「ポリ
アクリルアミドゲルにおける電気泳動による小さい二重鎖および一重鎖DNΛ分
子の鎖長決定」;およびマニアチスら、モレキュラー・クローニング:実験室手
法(コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリイ、ニューヨーク、1982)17
9〜185頁によって与えられる。従ってこれらの参照文献は参考のため挙げられる
。特別な分離に用いられる最適ゲル濃度、pH、温度、変性剤の濃度等は、分離
すべき核酸の大きさの範囲、それらの塩基組成;それらが一重鎖かまたは二重鎖
か、情報を電気泳動によって捜すための種類の性質を含めて、多くのファクター
に依存する。従って本発明の応用は特定の分離のための条件を最適にするための
標準の予備試験を必要とするかも知れない。例として、約20〜300塩基の間の範
囲の大きさを有するポリヌクレオチドを分離し、次に示すゲル中で本発明に従っ
て検出する:19部対1部のアクリルアミドとビスアクリルアミドから作られ、48
パーセント(重量/容量)尿素を用いて、pH8.3(25℃で測定した)にてトリ
ス−ボレートEDTA緩衝液に形成した6パーセントポリアクリルアミド。この
ゲルは約50℃にて実施された。
ゲル上の染料−ポリヌクレオチド共役体は標準手段、例えば高光度水銀蒸気ラ
ンプ、レーザー・等によって発光される。好ましくは、ゲル上の染料−ポリヌク
レオチドはアルゴンイオンレーザーによって発生したレーザー光、特に、アルゴ
ンイオンレーザーの488および514nmの発光ラインによって発光される。これらの
ラインで同時にレーザー光を発する幾つかのアルゴンイオンレーザーは市販品と
して入手できる、例えばシオニクス社(サニイベール、CA)モデル2001等。
チェイン・ターミネーター法において、本発明の染料はプライマーまたはジデ
オキシヌクレオチドのいずれかに結合することが
できる。染料は、例えばここに参考文献として組み込まれるフングらの米国特許
4,757,141号の教示に従って、プライマーの5’末端の;例えばワードらの米国
特許第4,711,955号の教示に従って、プライマーの塩基の相補的官能基に;ホス
ホルアミダイト結合官能基を介して5’−ヒドロキシルに直接;またはジデオキ
シヌクレオチドの塩基に、例えばここに参考文献として組み込まれるホッブスら
のヨーロッパ特許出願87305844.0号によって開示されているアルキルアミノ結合
基を介して、結合することができる。
本発明のキットは種々の形をとることができるが、通常大きさにより分離され
る多重DNAの蛍光性の検出のための手段を提供する。キットは、DNA配列決
定のために、(例えば電気泳動によって)大きさにより分離される増幅核酸を検
出するため等に用いられる。一般に、キットは、4,7−ジクロロフルオレセイ
ン染料で標識を付けたオリゴヌクレオチド、あるいはDNA配列決定キットの具
体例において少なくとも1個の染料−ターミネーターに4,7−ジクロロフルオ
レセイン染料で標識を付けた染料−ターミネーター混合物のいずれかを含む。通
常、染料−ターミネーターは、上記のように、蛍光染料で標識を付けたジデオキ
シヌクレオシドトリホスフェートである。
増幅核酸を検出するためのキットは、4,7−ジクロロフルオレセイン染料で
標識を付けた少なくとも1個のオリゴヌクレオチド、核酸ポリメラーゼおよび核
酸リガーゼからなる群から選ばれる酵素、および反応緩衝液から成る。キットが
DNAポリメラーゼを含む場合は必ず、さらにヌクレオシドトリホスフェート混
合物、例えば特定の応用、例えば増幅、配列決定等のために適当な濃度のヌクレ
オシドトリホスフェートを含有するEDTAの50mM水溶液を含む。キットがDN
A配列決定のためにヌクレオシドト
リホスフェート混合物を提供する場合、このようなトリホスフェートは、例えば
リーらのヌクレイック・アシッズ・リサーチ、第20巻、第2471〜2483頁(1992)
によって教示されているようなヌクレオシド−5’−O−(1−チオトリホスフ
ェート)のような類似体を含むと解される。核酸ポリメラーゼはDNAポリメラ
ーゼ、RNAポリメラーゼ、および逆転写酵素等を含む。好ましくは、キットが
PCR増幅用である場合、核酸ポリメラーゼは、例えばゲルファンドらの米国特
許4,889,818号によって開示されているようなTaqポリメラーゼである。特定の具
体例のためのPCR反応緩衝液およびヌクレオシドトリホスフェート混合物を選
択するための手引はインニスら著、PCRプロトコル:ア・ガイド・トゥ・メソ
ッズ・アンド・アプリケイションズ(アカデミック・プレス・ニューヨーク、19
90)に見ることができる。代表的な10X PCR 反応緩衝液は15mMのMgCl2、500mMの
KCl、およひTris-HCl、pH8.3から成る。
好ましくは、キットが、例えばランデグレンらの米国特許4,938,617号等によ
って開示されているようなリガーゼに基づく増幅反応を可能にする場合は必ず、
核酸リガーゼは、バラニイのプロシーディングス・オブ・ザ・ナショナル・アカ
デミイ・オブ・サイエンシーズ、第88巻、第189〜193頁(1991)によって開示さ
れているような熱安定性リガーゼである。リガーゼに基づく反応緩衝液を選択す
るための手引はランデグレンら(上記)、ウら、ゲノミクス、第4巻、第560〜5
69頁(1989);バラニイ(上記)、およびニッカーソンら、プロシーディングス
・オブ・ザ・ナショナル・アカデミイ・オブ・サイエンシーズ、第87巻、第8923
〜8927頁(1990)に見出すことができる。代表的な連結反応緩衝液は20mMのTris
-HCl、pH7.6;5OmMのKCl;10mMのMgCl2;1mMのEDTA;
10mMのNAD+、および10mMのジチオトレイトールから成る。
キットの染色−標識オリゴヌクレオチドは広範囲の長さをもつことができるが
、好ましくはそれらの長さは6ないし60個のヌクレオチドの範囲である。さらに
好ましくは、連結キット用のオリゴヌクレオチドは6ないし30個のヌクレオチド
の長さの範囲であり、最も好ましくは、連結キット用のオリゴヌクレオチドは16
ないし25個のヌクレオチドの長さの範囲である。オリゴヌクレオチドの特定のヌ
クレオチド配列は勿論、増幅されるように探索される標的配列によって指図され
る。PCR増幅のための具体例において、PCRプライマーとして使用するため
のオリゴヌクレオチドの選択は当該分野では、例えばインニスら(上記)、ヒリ
アーおよびグリーン、PCRメソッズ・アンド・アプリケーションズ、第1巻、
第124〜128頁(1991)等によって良く知られている。
好ましくは、染色−ターミネーターを提供するDNA配列決定用キットでは、
各ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートは、5−および6−カルボキシフル
オレセイン、5−および6−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、2
’,7’−ジメトキシ−5−および6−カルボキシ−4,7−ジクロロロフルオ
レセイン、2’,7’−ジメトキシ−4’,5’−ジクロロ−5−および6−カ
ルボキシフルオレセイン、2’,7’−ジメトキシ−4’,5’−ジクロロ−5
−および6−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、1’,2’,7’
,8’−ジベンゾ−5−および6−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイ
ン、1’,2’,7’,8’−ジベンゾ−4’,5’−ジクロロ−5−および6
−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、2’,7’−ジクロロ−5−
および6−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、および2’,4’,
5’,7’−テトラ
クロロ−5−および6−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセインから成る
組から選ばれる染料を用いて別々に標識を付けられる。さらに好ましくは、ジデ
オキシチミジントリホスフェートは6−カルボキシフルオレセイン(“6−FA
M”)を用いて標識を付けられ、ジデオキシシチジントリホスフェートは2’,
4’,5’.7−テトラクロロ−5−カルボキシフルオレセイン(“5−ZOE
”を用いて標識を付けられ、ジデオキシアデノシントリホスフェートは2’,4
’,5’,7’−テトラクロロ−4,7−ジクロロ−5−カルボキシフルオレセ
イン(“5−HEX”)を用いて標識を付けられ、そしてジデオキシグアノシン
トリホスフェートは1’,2’,7’,8’−ジベンゾ−4,7−ジクロロ−5
−カルボキシフルオレセイン(“5−NAN”)を用いて標識を付けられる。ジ
デオキシアデノシンは2’,3’−ジデオキシ−7−デアザアデノシンを含み、
そしてジデオキシグアノシンは2’,3’−ジデオキシ−7−デアザグアノシン
および2’,3’−ジデオキシ−7−デアザイノシンを含み、そしてジデオキシ
チミジンは2’,3’−ジデオキシウリジンを含むと解される。通常、ジデオキ
シヌクレオシドトリホスフェートは連結基によって標識を付けられる。好ましく
は、連結基は2’,3’−ジデオキシシチジンまたは2’,3’−ジデオキシウ
リジンの5番目の炭素を染料の5または6番目の炭素に連結し、そして連結基は
2’,3’−ジデオキシ−7−デアザアデノシンまたは2’,3’−ジデオキシ
−7−グアノシン−または2’,3’−ジデオキシ−7−デアザイノシンの7番
目の炭素を染料の5または6番目の炭素に結合する。好ましくは、連結基はカル
ボキシアミノアルキニルであり、そして最も好ましくは、、連結基は3−カルボ
キシアミノ−1−プロビニルである。
好ましくは、染料−ターミネーターを提供するDNA配列決定用キットにおい
て、核酸ポリメラーゼはSequenase(登録商標)である。
実施例1
4.7−ジクロロ−5−(および6−)カルボキシ
フルオレセイン(“ALF”)
0.58gの3,6−ジクロロトリメリット酸、0.72gのレゾルシノール、0.5 ml
の儂硫酸、および3mlのプロピオン酸をアルゴン下に12時間還流した。反応混合
物を150mlの水に注入し、沈澱物を乾燥し、3mlのビリジンに入れ、2mlの無水
酢酸塩で1時間アセチル化した。アセチル化混合物は100mlの酢酸エチルに入れ
、1Nの塩酸、水で洗浄し、蒸発乾固した。残渣を15gのシリカゲルに置き、50
mlの酢酸エチルで、次いで4:1の酢酸エチル:メタノールで溶出した。約0.2
のRf(4:1の酢酸エチル:メタノール/シリカゲル)でUV活性物質を含有す
る画分を蒸発乾燥させた。この残渣を10mlのメタノールに溶解し、次いで1mlの
4N水酸化ナトリウムを添加した。10分後、反応混合物を200mlに水で希釈し、
次いで0.5mlの濃塩酸を添加した。全混合物を200mlの酢酸エチルで抽出し、その
後酢酸エチルを硫酸ナトリウムで乾燥させ蒸発乾固させて102mgの黄緑色の固体
を得た。
実施例2
4,7−ジクロロ−5−(および6−)カルボキシフルオレセイ
ンN−ヒドロキシスクシンイミド(NHS)エステル
実施例1からの13.7mgのフルオレセイン、3.3mgのNHS、6.4mgのDCC、お
よび1mlの酢酸エチルを0.5時間攬拌した。固体を濾過し、そして上澄液を3回
1:1のブライン:水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、蒸発乾固させて15mg
のNHSエステル
を得た。
実施例3
4,7−ジクロロ−5−(および6−)カルボキシフルオレセ
インとアミノアルキルオリゴヌクレオチドの結合
実施例2からの5mgのNHSエステルを20ulのDMSOに溶解した;3ulのこ
の溶液を20ulの1.0mnの5’−アミノヘキシルホスフェートオリゴヌクレオチド
(18量体)水溶液および10ulの1M重炭酸ナトリウム/炭酸ナトリウム緩衝液、
pH9.0から成る溶液に添加した。暗所で1時間後、溶液を10mlのSephadex G-25(
medium)カラムに0.1Mの酢酸トリエチルアンモニウム緩衝液、pH7.0を用いて通
過させた。排除容量で溶出する着色物質のバンドを収集した。逆相HPLCは、
DNAに結合した染料の5−および6−異性体に対応する2本の主要な蛍光ピー
クを示した。このビークを集め、pH8.0での50%尿素における蛍光スペクトルは5
28nmでの発光最大値と34nmのハーフマックスでの全幅を示した。
実施例4
2’,7’−ジメトキシ−5−(および6−)カルボキシ4,7
ージクロロフルオレセイン(“BUB”)
次の物質および分量に変えた以外は実施例1の方法に従った:1.47gの4−メ
トギシレゾルシノール、0.60gの3,6−ジクロロトリメリット酸、0.2mlの濃
硫酸、および4mlのプロピオン酸。この方法は0.180gの4,7−ジクロロ−2’
,7’−ジメトキシ−5−(および6−)カルボキシフルオレセインを生成した
。
実施例5
2’,7’−ジメトキシ−5−(および6−)カルボキシ4,7
−ジクロロフルオレセインNHSエステル
18mgのこの染料NHSエステルは実施例4からの18mgの染料、
3.5mgのNHS、6.4mgのDCC、および2mlの酢酸エチルを用いて実施例2と同
様に調製した。
実施例6
4,7−ジクロロ−2’,7’−ジメトキシ−5−(および6−)
カルボキシフルオレセインとアミノアルキル
オリゴヌクレオチドとの結合
実施例5の染料NHSエステルを用いて実施例3の方法に従った。逆相HPL
Cの間に集められた2本のピークの蛍光スペクトルはpH8.2での50%尿素におい
て544nmでの発光最大値と37nmのハーフマックスでの全幅を示した。
実施例7
2’,7’−ジメトキシ−4’,5’−ジクロロ−5−(および
6−) カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン
(“L0U”)
この染料は実施例4の染料および水性水酸化ナトリウムの次亜塩素酸ナトリウ
ム溶液から調製された。
実施例8
4,7−ジクロロ−2’,7’−ジメトキシ−4’,5’−ジク
ロロ−5−(および6−)カルボキシフルオレセイン
NHSエステル
1.1mgのこの染料NHSエステルを実施例7からの0.7mgの染料、0.45mgのNH
S,0.7mgのDCC、および0.2mlの酢酸エチルから実施例2のように調製した。
実施例9
4,7−ジクロロ−2’,7’−ジメトキシ−4’,5’−ジク
ロロ−5−(および6−)カルボキシフルオレセインとアミノア
ルキルオリゴヌクレオチドとの結合
この実施例の染料オリゴヌクレオチド結合体を実施例8からの染料NHSエス
テルを用いて実施例3と同様に調製した。逆相HPLCの間に集められた2本の
ピークの蛍光スペクトルはpH8.2での50%尿素において558nmでの発光最大値と38
nmのハーフマックスでの全幅を示した。
実施例10
1’,2’,7’,8’−ジベンゾ−5−(および6−)カルボ
キシ−4,7−ジクロロフルオレセイン(“NAN”)
まず、3,6−ジクロロトリメトリット酸トリクロリドを調製した:0.5gの3
,6−ジクロロトリメリット酸と1.3gの五塩化リンの混合物を130℃で40分間加
熱した。混合物を室温まで冷却し氷に注いだ。次いで混合物を40mlのエーテルで
抽出し、有機画分を2回15mlの水で洗浄し、MgSO4で乾燥し、透明油(0.7g)ま
で濃縮した。酸トリクロリドをさらに精製しないで使用した。NANを次のよう
に調製した:2.7gの1,3−ジヒドロキシナフタレン、2.84gの3,6−ジクロ
ロトリメリット酸トリクロリド、および8mlのプロピオン酸の混合物を2時間還
流した。水(50ml)および酢酸エチル(50ml)を添加した。相を分離して、有機
相を3回50mlの1MのNaHCO3で抽出した。水溶液を沸点まで加熱して濃HClで酸
性にした。得られた赤色固体(0.2g)を濾過し乾燥した。
実施例11
1’,2’,7’,8−ジベンゾ−4’,5’−ジクロロ−5
−(および6−)カルボキシ−4,7−ジクロロ
フルオレセイン(“DEB”)
20mgのNAN、水酸化ナトリウム(15%溶液34ul)、水(1ml)、および次亜
塩素酸ナトリウム(5%溶液170ul)を一緒にした。逆
相HPLCは92%の反応を示した。溶液をHClで酸性にして、20mlの酢酸エチル
で抽出し、乾燥(Na2SO4)し、20mgまで濃縮した。固体をシリカゲルカラム(径
1“×高さ2”)のクロマトグラフィーによって600:60:16の塩化メチレン:
メタノール:酢酸で溶出して精製した。染料溶液を濃縮し、希HClおよび酢酸エ
チルを添加した。有機相を乾燥(MgSO4)し、20mgのDEBまで濃縮した。
実施例12
1’,2’,7’,8’−ジベンゾ−−5−(および6−)
カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセ・イン
NHSエステルの生成
NAN(10mg)を2mlの酢酸エチルに溶解し、NHS(10mg)とDCC(5mg
)を添加した。20分後、溶液は暗赤色になり、結晶固体が現れた。600:60:16
の塩化メチレン:メタノール:酢酸を用いたシリカゲルの薄層クロマトグラフィ
ーはNHSエステルに完全に転換したことを示した。酢酸エチル溶液を希HClで
洗浄し、乾燥(NaS04)して赤色固体(15mg)まで濃縮した。
実施例13
DNA配列分析において染料標識プライマーとしてALF−、B
UB−、LOU−、およびNAN−オリゴヌクレオチド
結合体を使用
染料の全フルオレセインセットを使用してアプライド・バイオシステムズ(フ
ォスター・シテイ、CA)モデル370A自動化DNAシーケンサーを用いてチェイ
ン・ターミネーター法でDNAフラグメントに標識を付けた。製造業者のプロト
コル(参考文献として組み込まれるユーザー・ブレタン・DNAシーケンサーモ
デル370、発行第2号、1987年8月2日)に従って、M13中の未知
のDNAの増幅してゲル電気泳動分離のための別々に標識を付けたDNAフラグ
メントを調製した。染料標識プライマーは上記実施例に記載されたように調製し
た。即ち、各染料のNHSエステルを調製し、5’−アミノヘキシル誘導化M13
ユニバーサルプライマー(5’-TCCCAGTCACGACGTTGT-3’)と反応させ4つに分か
れるジデオキシ反応混合物に対する染色標識プライマーを生成した。次の変更は
標準プロトコルでなされた:ジデオキシシチジン反応においてプライマーに標識
を付けた5−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、ジデオキシアデノ
シン反応においてプライマーに標識を付けた2’,7’−ジメトキシ−5−カル
ボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、ジデオキシグアノシン反応において
プライマーに標識を付けた2’,7’−ジメトキシ−4’,5’−ジクロロ−6
−カルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、ジデオキシチミジン反応にお
いてプライマーに標識を付けた1’,2’,7’,8’−ジベンゾ−5−カルボ
キシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、各反応からの標識を付けたDNAフラ
グメントをゲルに装填するために次のモル比で一緒にした: 1:4:2 dd
C反応:ddA反応:ddG反応:ddT反応、そして検出は535、550、565、
および580nmに中心がある10−nmバンドパスフィルターを用い改良フィルターホ
イールで行った。
実施例14
DNA配列分析において染料−標識プライマーとしてALF−、
BUB−、DEB−、およびNAN−オリゴヌクレオチド
結合を使用
次のことを除いて、実施例13に記載したと同様の方法に従った:(i)ジデ
オキシグアノシン反応においてプライマーに標識を
付けた1’,2’,7’,8’−ジベンゾ−4’,5’−ジクロロ−5−カルボ
キシ−4,7−ジクロロフルオレセイン、(ii)各反応からの標識を付けたDN
Aフラグメントをゲルに装填するために次のモル比で一緒にした: 1:1:2
:15 ddC反応:ddA反応:ddG反応:ddT反応、そして(iii)5nm
バンドパスフィルターは540、560、580、および610nmに中心があった。
実施例15
2’,7’−ジクロロ−5−(および6)−カルボキシ−4,7
−ジクロロフルオレセイン(“5−(および6−)TET”)
4−クロロレゾルシノール(10g)、4,7−ジクロロトリメリット酸(10g)
、およびメタンスルホン酸(30ml)の混合物を一緒にして2時間140〜150℃まで
加熱した。赤色混合物を水(100ml)に注ぎ酢酸エチル(100ml)で抽出した。有
機相を2回希塩酸で洗浄し、金褐色固体(19g)に濃縮した。ピリジン(4Oml)
と無水酢酸(10ml)を固体に添加し混合物を0.5時間還流した。溶液を1時間4
℃で冷却させた。
結晶を濾過して分離し、白色固体(5.4g)を生成した。少部分の加水分解(0.
02mlの0.1N NaClおよび0.02mlのエタノールを2mgの固体に添加)続いて逆相H
PLCの分析で固体は92:8の比の異性体(6−カルボキシTET:5−カルボ
キシTET)を含有することを示した。2回目の再結晶はジアセテート(99:1
比)としてほぼ純粋な異性体染料を与えた。5−TETは濾液からの5−TET
のジアセテートの加水分解、次にアセトニトリルからの再結晶によって回収され
た。
水酸化ナトリウム(3g)と水(10ml)を6−TETジアセテート(8.6g)(
HPLCカラムから2本のピークの最初のものとして得られた)に添加した。追
加の水(50ml)を溶液が均質にな
るまで添加した。暗赤色溶液に濃HCl(15ml)を添加した。黄色の沈澱が形成さ
れた。混合物を酢酸エチル(100ml)で抽出した。有機相を淡黄色のほぼ無色の
固体(7.4gの6−TET)に濃縮した。
実施例16
2’,4’,5’,7’−テトラクロロ−5−(および6−)カ
ルボキシ−4,7−ジクロロフルオレセイン
(“5−および6−HEX”)
磁気攬拌棒を備えた1リットルのエルレンマイヤーフラスコに5−または6−
TET(6.3g)および1Mの炭酸塩/重炭酸塩緩衝液pH9.4(60ml)を添加した
。家庭用漂白剤(次亜塩素酸ナトリウム、50ml)を20分かけて滴加した。反応の
進行を逆相HPLCでモニターした。全部で67mlの漂白剤を添加した。濃HCl(1
5ml)で溶液を酸性にして酢酸エチル(100ml)で抽出した。有機相を明黄色固体
(7.3g)まで儂縮した。1H NMR(DMSO−d6)δ8.1(1H);7.4(2H)。
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フロントページの続き
(51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI
G01N 21/78 C 7363−2J
27/447
33/58 A 8310−2J
// C12N 15/09 ZNA
C12Q 1/68 A 9453−4B
(72)発明者 コンネル,チャールス,アール
アメリカ合衆国 カリフォルニア州
94062 レッドウッド シティ,キング
ストリート 167
(72)発明者 ハーシー,エヌ,デービス
アメリカ合衆国 カリフォルニア州
94071 サン カルロス,エルム ストリ
ート 800,208号
(72)発明者 チャケリアン,バージン
アメリカ合衆国 カリフォルニア州
94403 サン マテオ,アイビイ ストリ
ート 1940,アパート B
(72)発明者 ウー,サム,エル
アメリカ合衆国 カリフォルニア州
94061 レッドウッド シティ,カルロス
アベニュ 450
(72)発明者 フング ステベン
アメリカ合衆国 カリフォルニア州
94306 パロ アルト,アドベ プレイス
420
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1. 次式を有する化合物。 式中、 A’は水素、フルオロ、クロロ、連結官能体、または連結官能体に変換できる 基であり; B’はフルオロ、クロロ、または酸性アニオン基であり; X’は水素、フルオロまたはクロロであり; Z3およびZ4は別々に水素、ハロ、連結官能体、または連結官能体に変換でき る基であり;そして A’、Z3、およびZ4の少なくとも1個は連結官能体または連結官能体に変換 できる基である。 2. A’はカルボキシル、スルホニル、イソチオシアネート、スクシンイミジ ルカルボキシレート、ホスホルアミダイト、またはアミノであり;B’はカルボ キシルまたはスルホニルであり;X’は水素であり;Z3およびZ4別々に水素、 ハロ、カルボキシル、スルホニル、またはメチルアミノである請求項1記載の化 合物。 3. A’、Z3、およびZ4の1個のみがカルボキシル、スルホニル、メチルア ミノ、またはアミノである請求項1記載の化合 物。 4. A’およびB’がカルボキシルであり、Z3が水素またはクロロであり、 そしてZ4が水素またはクロロである請求項1記載の化合物。
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