JPH089998A - プローブ - Google Patents

プローブ

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JPH089998A
JPH089998A JP7189877A JP18987795A JPH089998A JP H089998 A JPH089998 A JP H089998A JP 7189877 A JP7189877 A JP 7189877A JP 18987795 A JP18987795 A JP 18987795A JP H089998 A JPH089998 A JP H089998A
Authority
JP
Japan
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alleles
human
probe
present
mspi
Prior art date
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Pending
Application number
JP7189877A
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English (en)
Inventor
Yusuke Nakamura
祐輔 中村
Osamu Saito
督 斎藤
Hideya Takiguchi
秀也 滝口
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Japanese Foundation for Cancer Research
Original Assignee
Japanese Foundation for Cancer Research
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Publication date
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Publication of JPH089998A publication Critical patent/JPH089998A/ja
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Abstract

(57)【要約】 【目的】 制限断片長多型を示す新規なVNTR配列を
有するプローブを提供すること。 【構成】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在しMs
pI、TaqI、PstI、PvuIIにより制限断片長
多型を示し、MspIに関して1.4kbから0.6k
bの間に少なくとも7個の対立遺伝子が存在し、Taq
Iに関して2.3kbから2.1kbの間に少なくとも
6個の対立遺伝子が存在し、PstIに関して2.3k
bから2.1kbの間に少なくとも7個の対立遺伝子が
存在し、PvuIIに関して2.0kbから1.3kbの
間に少なくとも8個の対立遺伝子が存在するヒトVNT
R配列を有するプローブを提供した。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、ヒトVNTR配列を有
するプローブに関する。本発明のプローブは、親子鑑定
や犯罪捜査等における個人識別に利用することができ
る。
【0002】
【従来の技術】染色体DNAは生物種ごとに固有の塩基
配列を持つが、詳細に見ると同一種内でも固体間でわず
かに違いが見られる。これはDNA多型と呼ばれるが、
この多型が制限酵素の認識部位に出現した場合には制限
酵素による切断断片の大きさ(長さ)の違いとしてサザ
ンブロット法等により容易に検出することができるの
で、特に制限断片長多型(restriction f
ragment length polymorphi
sm、RFLP)と呼ばれる。従って、この制限断片長
多型を利用して、個人の識別が可能であり、親子鑑定や
犯罪捜査における個人識別に利用されている。動物DN
Aのタンパク質非コード領域中には、繰り返し頻度が変
化し易い直列型繰り返し配列が存在する。この配列を含
む制限断片は繰り返し配列の反復回数の違いにより、制
限断片長の多型を示す。この型のものはVNTR(va
riable number of tandem r
epeat)と呼ばれ(Science 235,16
16(1987))、個人識別などのDNA診断におい
て有力なマーカーとなっている。従来よりマーカーとし
て利用できる制限断片長多型を示すVNTRは多数知ら
れているが、同時利用できるマーカーの数が増えれば、
それだけ検査の精度は高まるので有効である。
【0003】
【発明が解決しようとする課題】従って、本発明の目的
は、制限断片長多型を示す新規なVNTR配列を有する
プローブ提供することである。
【0004】
【課題を解決するための手段】本願発明者らは、鋭意研
究の結果、ヒトの第6染色体中にRFLPを示す新規な
VNTR配列を見出し、本発明を完成した。
【0005】すなわち、本発明は、ヒト6番染色体のq
27の位置に存在し、MspI、TaqI、PstI、
PvuIIにより制限断片長多型を示し、MspIに関し
て、1.4kbから0.6kbの間に少くとも7個の対
立遺伝子が存在し、TaqIに関して2.3kbから
2.1kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、
PstIにおいて2.3kbから2.1kbの間に少く
とも7個の対立遺伝子が存在し、PvuIIに関して2.
0kbから1.3kbの間に少くとも8個の対立遺伝子
が存在するヒトVNTR配列(以下、cCI6−13と
呼ぶことがある)を有するプローブを提供する。
【0006】また、本発明は、ヒト6番染色体のq27
の位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Ps
tIにより制限断片長多型を示しMspIに関して4.
2kbから2.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子
が存在し、RsaIに関して3.0kbから2.2kb
の間に少くとも4個の対立遺伝子が存在し、TaqIに
関して10kbから6.0kbの間に少くとも5個の対
立遺伝子が存在し、PstIに関して6.0kbから
4.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在する
ヒトNVTR配列(以下cCI6−78と呼ぶことがあ
る)を有するプローブを提供する。
【0007】また本発明は、ヒト6番染色体のq26の
位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Pst
Iにより制限断片長多型を示しMspIに関して2.5
kbから1.8kbの間に少くとも5個の対立遺伝子が
存在し、RsaIに関して、1.5kbから1.3kb
の間に少くとも3個の対立遺伝子が存在し、TaqIに
関して1.8kbから1.3kbの間に少くとも5個の
対立遺伝子が存在し、PstIに関して1.5kbから
1.1kbの間に少くとも7個の対立遺伝子が存在する
ヒトVNTR配列(以下cCI6−91と呼ぶことがあ
る)を有するプローブを提供する。
【0008】また、本発明は、ヒト6番染色体のq27
の位置に存在しMspI、RsaIにおいて制限断片長
多型を示しMspIにより10kbから4.0kbの間
に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、RsaIに関し
て7.0kbから5.5kbの間に少くとも4個の対立
遺伝子が存在するヒトVNTR配列(以下、cCI6−
107と呼ぶことがある)を有するプローブを提供す
る。
【0009】上述のように、本発明は、上記した各特徴
を有するcCI6−13、cCI6−78、cCI6−
91及びcCI6−107の4種類のヒトVNTR配列
を提供したものである。
【0010】なお、本発明において、例えば、「Msp
Iに関して1.4kbから0.6kbの間に少なくとも
7個の対立遺伝子が存在する」とは、下記説明から明ら
かなように、MspIで消化した場合に、1.4kbか
ら0.6kbの範囲内のサイズを有する、サイズの異な
る制限断片が少なくとも7種類存在するという意味であ
る。
【0011】上記4種類のヒトVNTR配列は、後述の
実施例において示すように、公知の方法(Am.J.H
um.Genet.48,258(1991); Ge
nomics 9,536(1991))により、ヒト
6番染色体を分析し、発見されたVNTRマーカーをク
ローニングして得られたものである。
【0012】本発明のヒトVNTR配列は、そのDNA
鎖をプローブとして利用することにより固体識別等に用
いることができる。その利用方法は従来法と全く同様で
あり、該DNA鎖に周知の方法により標識を付すことに
より、サザンブロット法におけるプローブとして利用で
きる。また試料を予め遺伝子増幅法により増幅し、この
ようにして増幅したDNAを検出するプローブとしても
利用できる。
【0013】
【発明の効果】本発明により新規なヒトVNTR配列を
有するプローブが提供された。本発明のプローブは、固
体識別等を従来よりも高精度に行なうことに寄与する。
【0014】
【実施例】ヒト第6染色体のみを含むヒト×マウス雑種
細胞A9(neo6/t)よりDNAを抽出し、制限酵
素Sau3AIにて部分的に切断した後、ショ糖密度勾
配遠心を行ない、35−42kb分画を分取した。35
−42kbDNA断片は、Klenow酵素を用い、d
CTP、dTTPにて部分的に挿入した。
【0015】コスミドベクターはpWEX15を用い
た。これはpWE15(Proc.Natl.Aca
d.Sci.USA 84,2160(1987))の
BamHI部位をKlenow酵素を用いて挿入した
後、リンカー(5´−CCTCGCGAGG−3´)を
用いて制限酵素XhoIの認識部位に変換したものであ
る。pWEX15は制限酵素XhoIにて切断した後、
Klenow酵素を用い、dCTP、dTTPにて部分
的に挿入した。
【0016】35−42kbDNA断片とベクターDN
A(pWEX15)を66mM Tris−HCl(p
H7.5)、6.6mM MgCl2 、0.1mM A
TP、10mM DTT、T4DNAリガーゼ存在下1
6℃で1晩ライゲーションを行ないin vitro
packaging extracts (Gigap
ack Gold)を用い、パッケージングを行なっ
た。
【0017】コスミドクローンを50μg/mlアンピ
シリンを含むLBアガープレート上に、10−15コロ
ニー/cm2 の密度になるように合計160,000個
まいた。32P標識したヒトDNAをプローブとしてコロ
ニーハイブリダイゼーションを行ない、ヒトDNAを含
んでいるコロニーを選択し、96穴マイクロプレートに
保存した。
【0018】各々のコスミドクローンから自動プラスミ
ド抽出システム(PI−100)を用いてDNA抽出し
た。このDNAをrandom hexanucleo
tide−priming法(Anal.Bioche
m.137,266(1984))にて32P標識し、プ
ローブとした。
【0019】互いに無関係な6人のヒトより抽出したD
NAを各々制限酵素MspI、TaqI、RsaI、B
glII、PstI、PvuIIにて切断し、サザンブロッ
トした。
【0020】プレハイブリダイゼーションは10%SD
S−7%ポリエチレングリコール(8000)、200
μg/mlヒト胎盤DNAを含む溶液にて65℃1晩行
なった。ハイブリダイゼーションは32P標識したDNA
プローブにて65℃16〜24hr行なった。ハイブリ
ダイゼーション後、フィルターを0.1×SSC−0.
1%SDS溶液で65℃2回洗浄後、Kodak XA
Rフィルムを用い、オートラジオグラフィーを行なっ
た。
【0021】RFLPを示したコスミドクローンについ
ては、ビオチン標識プローブによる蛍光in situ
ハイブリダイゼーションを行ない、染色体上の位置を決
定した。染色体標本は70%ホルムアミド−2×SSC
溶液中で70℃2分間処理した後、70%エタノール中
に入れ5分間、さらに100%エタノール中に入れ5分
間静置し脱水した。
【0022】コスミドDNAは、ニックトランスレーシ
ョンにより、ビオチン16−dUTP標識した。超音波
処理したニシン精子DNA、E.coli tRNAを
各々20μg加え、エタノール沈殿した後、ホルムアミ
ド溶液に溶解し、5−10倍量のヒト胎盤DNAを加え
75℃、10分間変性した。ビオチン標識したプローブ
を染色体標本上に滴下し、37℃で1晩ハイブリダイゼ
ーションを行なった。
【0023】標本は50%ホルムアミド−1×SSC、
2×SSCで各々37℃1回洗浄した後、1×SSCで
室温で15分間洗浄した。4×SSC、15μgFIT
C−アビジン/ml、1%BSA溶液下、37℃で45
分間処理し、4×SSC、4×SSC−0.1%Tri
tonX、4×SSCで各々10分間室温で洗浄した。
【0024】標本はpropidium iodide
処理した後、顕微鏡にて観察した。
【0025】VNTRを示したコスミドについては、T
7 Sequencing Kit(Pharmaci
a)を用い、塩基配列の決定を行なった。
【0026】結果 cCI6−13をプローブとしてハイブリダイズした時
の結果を図1に示した。MspIにおいては1.4kb
から0.6kbの間に7個の対立遺伝子が存在し、6例
中4例で異型接合性を示した。TaqIに関しては2.
3kbから2.1kbの間に6個の対立遺伝子が存在
し、6例中4例で異型接合性を示した。PstIに関し
ては、2.3kbから2.1kbの間に7個の対立遺伝
子が存在し、6例中3例で異型接合性を示した。Pvu
IIに関しては、2.0kbから1.3kbの間に8個の
対立遺伝子が存在し、6例中4例で異型接合性を示し
た。
【0027】cCI6−78をプローブとしてハイブリ
ダイズした時の結果を図2に示した。MspIに関して
は、4.2kbから2.3kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中6例で異型接合性を示した。RsaI
に関しては、3.0kbから2.2kbの間に4個の対
立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合性を示した。
TaqIに関しては、10kbから6.0kbの間に5
個の対立遺伝子が存在し6例中5例で異型接合性を示し
た。PstIに関しては、6.0kbから4.3kbの
間に6個の対立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合
性を示した。
【0028】cCI6−91をプローブとしてハイブリ
ダイズした時の結果を図3に示した。MspIに関して
は、2.5kbから1.8kbの間に5個の対立遺伝子
が存在し、6例中2例で異型接合性を示した。RsaI
に関しては1.5kbから1.3kbの間に3個の対立
遺伝子が存在し、6例中1例で異型接合性を示した。T
aqIに関しては1.8kbから1.3kbの間に5個
の対立遺伝子が存在し、6例中3例で異型接合性を示し
た。PstIに関しては、1.5kbから1.1kbの
間に7個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合
性を示した。
【0029】cCI6−107をプローブとしてハイブ
リダイズした時の結果を図4に示した。MspIに関し
ては、10kbから4.0kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中4例で異型接合性を示した。RsaI
に関しては7.0kbから5.5kbの間に4個の対立
遺伝子が存在し、6例中2例で異型接合性を示した。
【図面の簡単な説明】
【図1】cCI6−13をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図2】cCI6−78をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図3】cCI6−91をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図4】cCI6−91をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。

Claims (4)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在し
    MspI、TaqI、PstI、PvuIIにより制限断
    片長多型を示し、MspIに関して1.4kbから0.
    6kbの間に少なくとも7個の対立遺伝子が存在し、T
    aqIに関して2.3kbから2.1kbの間に少なく
    とも6個の対立遺伝子が存在し、PstIに関して2.
    3kbから2.1kbの間に少なくとも7個の対立遺伝
    子が存在し、PvuIIに関して2.0kbから1.3k
    bの間に少なくとも8個の対立遺伝子が存在するヒトV
    NTR配列を有するプローブ。
  2. 【請求項2】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在
    し、MspI、RsaI、TaqI、PstIにより制
    限断片長多型を示し、MspIに関して4.2kbから
    2.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、
    RsaIに関して3.0kbから2.2kbの間に少く
    とも4個の対立遺伝子が存在しTaqIに関して10k
    bから6.0kbの間に少くとも5個の対立遺伝子が存
    在し、PstIに関して6.0kbから4.3kbの間
    に少くとも6個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配
    列を有するプローブ。
  3. 【請求項3】 ヒト6番染色体のq26の位置に存在
    し、MspI、RsaI、TaqI、PstIにより制
    限断片長多型を示し、MspIに関して2.5kbから
    1.8kbの間に少くとも5個の対立遺伝子が存在し、
    RsaIに関して1.5kbから1.3kbの間に少く
    とも3個の対立遺伝子が存在し、TaqIに関して1.
    8kbから1.3kbの間に少くとも5個の対立遺伝子
    が存在し、PstIに関して1.5kbから1.1kb
    の間に少くとも7個の対立遺伝子が存在するヒトVNT
    R配列を有するプローブ。
  4. 【請求項4】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在
    し、MspI、RsaIに関して制限断片長多型を示
    し、MspIに関して10kbから4.0kbの間に少
    くとも6個の対立遺伝子が存在し、RsaIに関して
    7.0kbから5.5kbの間に少くとも4個の対立遺
    伝子が存在するヒトVNTR配列を有するプローブ。
JP7189877A 1995-07-03 1995-07-03 プローブ Pending JPH089998A (ja)

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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2003278605B2 (en) * 2002-06-21 2009-06-18 Reckitt Benckiser (Uk) Limited Cleaning wipe having water staining resistance

Cited By (1)

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AU2003278605B2 (en) * 2002-06-21 2009-06-18 Reckitt Benckiser (Uk) Limited Cleaning wipe having water staining resistance

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