JPH1075794A - 新規プロテアーゼ、その部位への結合能を有する組成物およびその使用方法 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 ヘルペス科のウイルスによって誘起されるウ
イルス疾患、および標的酵素が触媒ドメインをヘルペス
科のドメインと共有しているかもしれない他の疾病の治
療または予防において有用なプロテアーゼ阻害剤の同定
および構造を基礎とする設計を可能にするための、新規
プロテアーゼの活性部位および触媒配列の提供が望まれ
ている。 【解決手段】 ３個のアミノ酸、Ｓｅｒ、Ｈｉｓ、およ
び、Ｈｉｓによって形成される活性部位を有する、新規
ヘルペスウイルスプロテアーゼ結晶構造を同定する。さ
らに、これらのプロテアーゼおよび／または活性部位の
阻害剤を同定する方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、新規プロテアーゼ
の触媒部位の同定、およびプロテアーゼ、エステラー
ゼ、リガーゼおよび他の加水分解酵素の活性部位で阻害
剤のデザインおよび選択を可能にする方法に関する。

【０００２】

【従来の技術および発明が解決しようとする課題】ヘル
ペスウイルス科は、アルファ、ベータおよびガンマヘル
ペスウイルスの３つの亜科からなるエンベロープを有す
るＤＮＡウイルス科である。アルファ亜科は、単純ヘル
ペスウイルス（ＨＳＶ）１および２、およびバリセラゾ
スターウイルス（ＶＺＶ）を包含する。ベータ亜科は、
サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）およびヒトヘルペスウ
イルス６（ＨＨＶ−６）およびヒトヘルペスウイルス７
（ＨＨＶ−７）を包含する。ガンマ亜科は、エプスタイ
ン−バールウイルス（ＥＢＶ）およびヒトヘルペスウイ
ルス（ＨＨＶ−８）を包含する。

【０００３】ヒトヘルペスウイルスは、免疫が低下した
亜臨床的な感染から胎児の病的状態まで様々な病態の原
因である。ひとつの例として、ＶＺＶは多くの深刻な疾
病：水痘、帯状疱疹、およびヘルペス後神経痛を引き起
こすことが知られている（S.Straus, Ann. Neurol., 3
5:S11-S12(1994)）。もうひとつの例として、ＨＳＶ−
１は、子供時代に定型的な歯肉口腔炎を引き起こして獲
得される。ウイルスは脊椎神経節に潜在したままであ
り、人生の後半において凍傷時に全体の約３分の１が再
活性化される。ＨＳＶ−１も角質炎の原因であり、米国
において年に３００,０００以上のケースがある。ＨＳ
Ｖ−２は、通常、性的接触によって獲得され、生殖器ヘ
ルペスを引き起こす。ヒトＣＭＶは、先天的に感染した
幼児、免疫が低下した対象、および、免疫抑制的な腫瘍
および移植患者において深刻な感染を引き起こしうる、
遍在する日和見病原体である。

【０００４】ヘルペスウイルス科のこれらの各メンバー
は、複製に必須であるセリンプロテアーゼをコードして
いる（F. Liu, & B. Roizman, J. Virol., 65:5149-515
6(1991)(LiuI);F. Liu &B. Roizman, Proc. Natl. Aca
d. Sci. 89:2076-2080(1992)(LiuII);A. R. Welch et a
l. , J. Virol. 67:7360-7372(1993)(WelchI);E. Z. Ba
um et al. J. Virol. 67:497-506(1993);J. T. Stevens
et al. Eur. J. Biochem. 226:361-367(1994);A. R. W
elch et al. J. Virol. 69:341-347(1993)(WelchII);D.
L. Hall & P. L. Darke, J. Biol. Chem. 270:22697-2
2700(1995);Weinheimer et al. J. Virol. 67:5813-582
2(1993);M. Gao et al. J. Virol. 68:3702-3712(199
4);C. L.DiIanni et al.J. Biol. Chem. 268:25449-254
54(1993)(DiIanni I);C. L.DiIanni et al.J. Biol. Ch
em. 269:12672-12676(1994)(DiIanniII);P. L. McCann
III et al. J. Virol. 68:526-529(1994)）。これらの
各プロテアーゼは、治療上の標的の可能性を提供する。

【０００５】これらウイルスプロテアーゼは、完全な、
または増大した触媒活性を有する約２８ｋＤａのＮ末端
ドメインを産生するための自己分解を触媒する前駆タン
パク質としてコードされている。これらのプロテアーゼ
ドメインは、ある程度の相同性、異なる亜科のメンバー
の間で２０％ないし４０％の同一性、および各科内で９
０％の同一性を示す。それらは他の既知のタンパク質と
はほとんど相同性を示さず、保存的、キモトリプシン様
プロテアーゼのＧ−Ｓ−Ｘ／Ｃ−Ｇ−Ｇ（配列番号：１
２）およびサブチリシン様プロテアーゼのＧ−Ｔ−Ｓ−
Ｍ／Ａ（配列番号：１３）の非存在を包含する。既知の
ヘルペスウイルスプロテアーゼはすべて、アラニンおよ
びセリンの間でペプチド結合を開裂するが、それらの切
れ易い結合以外の基質特異性は異なっている（A. Welch
et al. J. Virol. 69,341-347(1993)）。

【０００６】既知の各セリンプロテアーゼは、活性部位
を形成するための特異的な３次元コンフィグレーション
において機能アミノ酸残基の並びの特徴的なセットを有
する。かかるプロテアーゼの活性部位および３次元構造
の知識は、プロテアーゼの阻害剤を同定および発展させ
るための、構造に基づいた薬物デザイン法の使用を可能
にする（C. Verlinde and W. Hol, Structure, 2:577-5
87(July 1994);I. D.Kuntz, Science, 257:1078-1082(A
ugust 1992)）。ヘルペスウイルスがコードするプロテ
アーゼのタンパク質分解活性がウイルスカプシドの成熟
において必須の役割を演じているので、かくして、プロ
テアーゼ阻害剤は感染性ウイルス粒子の形成を阻害し、
それによって抗ウイルス作用を発現する。トリプシンが
原型であるセリンプロテアーゼは、活性部位がＳｅｒ、
ＨｉｓおよびＡｓｐによって形成される（H. Neurath,
Science, 224:350-357(April 1984)）。これらの３つの
残基は触媒トライアド（triad）として知られている。

【０００７】ヘルペス科のウイルスによって引き起こさ
れるウイルス疾患、および、標的酵素が触媒ドメインを
ヘルペス科のドメインと共有しているかもしれない他の
疾病の治療または予防において有用な、プロテアーゼ阻
害剤の同定および構造に基づいたデザインを可能にする
ために、新規プロテアーゼの活性部位および触媒配列が
当該分野において必要とされている。

【０００８】

【課題を解決するための手段】本発明は、新規ヘルペス
プロテアーゼ結晶形態を提供する。ひとつの態様におい
て、本発明は、リガンド付きおよびリガンドなしヘルペ
スＨＳＶ−２プロテアーゼ、ＨＳＶ−１プロテアーゼ、
ＣＭＶプロテアーゼ、および、ＶＺＶプロテアーゼの結
晶形態を提供し、各々、３つのアミノ酸残基Ｓｅｒ、Ｈ
ｉｓおよびＨｉｓによって形成された３次元触媒部位に
よって特徴づけられる。もうひとつの態様において、本
発明は、配列番号：３および４の７つのアミノ酸残基Ｓ
ｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１、Ｈｉｓ１４８、Ｓｅｒ１３
１、Ｃｙｓ１５２、Ａｒｇ１５６およびＡｒｇ１５７の
３次元触媒部位によって特徴づけられる新規ＨＳＶ−１
およびＨＳＶ−２プロテアーゼ組成物を提供する。

【０００９】さらにもうひとつの態様において、本発明
は、上記に同定された７つのアミノ酸の３次元触媒部位
によって特徴づけられ、さらに、配列番号：４のアミノ
酸残基Ｌｅｕ２７、Ｖａｌ１２８およびＬｅｕ１３０を
含有し、好ましくは、リガンド付き形態に存在する２つ
の水分子Ｗａｔ１およびＷａｔ２を含有してもよい、新
規リガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼ組成物を提供す
る。さらにもう一つの態様において、本発明は、図２−
７および図８−１２の座標、図１９２−２１５および図
２１６−２２４の座標、および、図２２７−２９０およ
び図２９１−３０７の座標からなる群から選択された座
標によって特徴づけられた活性部位を有するＨＳＶ−２
プロテアーゼを提供する。もうひとつの態様において、
本発明は、図１３−７７および図７８−１３３の座標、
図１９２−２１５および図２１６−２２４の座標、図２
２７−２９０および図２９１−３０７の座標、および図
３１２および３１３の座標からなる群から選択された座
標によって特徴づけられた活性部位を有するＨＳＶ−２
プロテアーゼを提供する。

【００１０】さらにもうひとつの態様において、本発明
は、配列番号：３のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１、Ｈｉｓ
１４８、Ａｌａ１３１、Ｃｙｓ１５２、Ａｒｇ１５６お
よびＡｒｇ１５７の３次元触媒部位によって特徴づけら
れる新規ＨＳＶ−１プロテアーゼ組成物を提供する。ひ
とつの具体例において、このＨＳＶ−１プロテアーゼ
は、図１３４−１３５または図１３６−１９１の座標、
図２２５−２２６の座標、および図３１４の座標からな
る群から選択された座標によって特徴づけられる活性部
位を有する。

【００１１】さらにもうひとつの態様において、本発明
は、４つのアミノ酸残基Ｓｅｒ、Ｈｉｓ、Ｈｉｓ、およ
びＡｓｐの３次元触媒部位によって特徴づけられる新規
ＣＭＶプロテアーゼ組成物を提供する。ひとつの具体例
において、ＣＭＶプロテアーゼ活性部位は、少なくとも
アミノ酸Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５７、Ａ
ｓｐ６５、Ｃｙｓ１６１、およびＳｅｒ１３４によって
形成される。もうひとつの具体例において、ＣＭＶプロ
テアーゼ活性部位は、さらに、Ａｒｇ１６５およびＡｒ
ｇ１６６からなる群から選択された少なくともひとつの
アミノ酸を含有する。好ましくは、ＣＭＶプロテアーゼ
活性部位は、図３１５−３１９または図３２８−３５
７、図３２０−３２２の座標、および図３２７の座標か
らなる群から選択された座標によって特徴づけられる。

【００１２】さらにもうひとつの態様において、本発明
は、９つのアミノ酸残基Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈ
ｉｓ１５７、Ａｓｐ６５、Ｓｅｒ１３４、Ｃｙｓ１６
１、Ａｒｇ１６５、Ａｒｇ１６６およびＡｓｎ６０の３
次元触媒部位によって特徴づけられる新規ＣＭＶプロテ
アーゼ組成物を提供する。さらにもうひとつの態様にお
いて、本発明は、配列番号：５の４つのアミノ酸残基Ｓ
ｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２、Ｈｉｓ１３９、およびＬｙｓ
５４の３次元触媒部位によって特徴づけられる新規ＶＺ
Ｖプロテアーゼ組成物を提供する。もうひとつの態様に
おいて、ＶＺＶプロテアーゼは、上記で同定された４つ
のアミノ酸およびＳｅｒ１２２、Ｃｙｓ１４３、Ａｒｇ
１４７およびＡｒｇ１４８を包含する触媒部位を有す
る。もうひとつの具体例において、ＶＺＶプロテアーゼ
活性部位は、図３５８−３６０または図３６１−４０
５、図４０６−４０８の座標、および図４１３の座標か
らなる群から選択された座標によって特徴づけられる。

【００１３】もうひとつの態様において、本発明は、ヘ
ルペスウイルスプロテアーゼ結晶の重原子誘導体を提供
し、ここに、ヘルペスウイルスプロテアーゼは、ＨＳＶ
１、ＨＳＶ２、ＣＭＶ、またはＶＺＶである。さらなる
態様において、本発明は、上記組成物の阻害剤を同定す
る方法を提供し、その方法は、本発明プロテアーゼ構造
の座標をコンピューターモデリングシステムへ提供する
工程、この構造に結合する化合物を同定すること、およ
び、プロテアーゼ阻害生物活性で同定されたものから由
来する化合物またはアナログをスクリーニングすること
を包含する。この態様のひとつの具体例において、阻害
剤は、本発明プロテアーゼ分子またはそれの断片の二量
体境界面に結合する。

【００１４】さらなる態様において、本発明は、上記触
媒ドメインを有する組成物の触媒活性の阻害剤を提供す
る。好ましくは、阻害剤はプロテアーゼ分子の二量体を
形成する能力を破壊する。本発明のもう一つの態様は、
本発明プロテアーゼ結晶またはそれの触媒部位ドメイン
の３Ｄ構造の座標を示すデータでコードされた機械読取
り可能な媒体を包含する。

【００１５】さらにもう一つの態様において、本発明
は、ヘルペスプロテアーゼの活性部位ドメインの結晶構
造のモデルを提供する工程、活性部位ドメインに結合す
るリガンドをデザインするためのモデルを解析する工
程、および、活性部位におけるリガンドの効果を測定す
る工程を包含する、ヘルペスプロテアーゼの活性部位ド
メインに結合できるリガンドをデザインするための、コ
ンピューター制御の方法を提供する。さらに、本発明の
他の態様および利点は、好ましい具体例の以下の詳細な
説明に記載する。

【００１６】

【発明の実施の態様】本発明は、新規ヘルペスウイルス
科プロテアーゼ結晶構造、新規ヘルペスウイルスプロテ
アーゼ活性部位、および、ヘルペスプロテアーゼの活性
部位への結合を阻害する能力によって特徴づけられるプ
ロテアーゼ阻害化合物（ペプチド、ペプチド模倣物また
は合成化合物）を同定するための結晶形態および活性部
位の使用方法を提供する。本発明ヘルペスウイルスプロ
テアーゼ組成物は、保存的アミノ酸残基Ｓｅｒ、Ｈｉｓ
およびＨｉｓの３次元活性触媒部位によって特徴づけら
れる。

【００１７】ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２プロテアーゼ
について、これらの残基は配列番号：３および４の各々
アミノ酸Ｓｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１４８
に存在する。ＣＭＶプロテアーゼについては、これらの
残基は、配列番号：１のアミノ酸Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ
６３およびＨｉｓ１２７に存在する。ＶＺＶプロテアー
ゼについては、これらの残基は、配列番号：５のアミノ
酸Ｓｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２およびＨｉｓ１３９に存在
する。

【００１８】さらに本発明は、本明細書中図１（配列番
号：４）における位置によって定義されるごとく、３つ
の保存的アミノ酸残基Ｓｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１、Ｈｉ
ｓ１４８、さらに７つのアミノ酸残基Ｓｅｒ１３１、Ｃ
ｙｓ１５２、Ａｒｇ１５６、Ａｒｇ１５７、Ｌｅｕ２
７、Ｖａｌ１２８、Ｌｅｕ１３０および２つの水分子Ｗ
ａｔ１およびＷａｔ２（ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２
プロテアーゼ構造にのみ存在）の３次元活性触媒部位に
よって特徴づけられる新規ＨＳＶ−２プロテアーゼ組成
物を提供する。

【００１９】さらに、本明細書中図１（配列番号：３）
における位置によって定義されるごとく、３つの保存ア
ミノ酸残基Ｓｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１、Ｈｉｓ１４８、
さらに４つのアミノ酸残基Ａｌａ１３１、Ｃｙｓ１５
２、Ａｒｇ１５６およびＡｒｇ１５７の３次元活性触媒
部位によって特徴づけられる新規ＨＳＶ−１プロテアー
ゼ組成物を提供する。

【００２０】さらにもうひとつの態様において、本発明
は、６つの保存的アミノ酸残基Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６
３、Ｈｉｓ１５７、Ａｓｐ６５、Ｃｙｓ１６１およびＳ
ｅｒ１３４の３次元活性触媒部位によって特徴づけられ
る新規ＣＭＶプロテアーゼ組成物を提供する。さらに、
ＣＭＶ触媒部位は、本明細書中図１（配列番号：１）に
おける位置で定義されるごとく、Ａｒｇ１６５およびＡ
ｒｇ１６６のいずれか、または両方を含有してもよい。
さらに、ＣＭＶ構造は、Ｓｅｒ１３２−Ｈｉｓ６３−Ｈ
ｉｓ１５７−ＡＳｐ６５（配列番号：１）によって形成
される新規活性部位テトラドを示す。さらにもうひとつ
の態様において、本発明は、本明細書中図１（配列番
号：１）における位置で定義されるごとく、６つの保存
アミノ酸残基Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５
７、Ｃｙｓ１６１、Ａｒｇ１６５およびＡｒｇ１６６、
および、非保存アミノ酸残基Ｓｅｒ１３４、Ａｓｐ６５
およびＡｓｎ６０の３次元活性触媒部位によって特徴づ
けられる新規ＣＭＶプロテアーゼ組成物を提供する。

【００２１】さらに、本発明は、図１（配列番号：５）
におけるアミノ酸位置によって定義されるごとく、３つ
の保存的アミノ酸残基Ｓｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２、Ｈｉ
ｓ１３９、および、さらに５つのアミノ酸残基Ｓｅｒ１
２２、Ｃｙｓ１４３、Ａｒｇ１４７、Ａｒｇ１４８およ
びＬｙｓ５４の３次元活性触媒部位によって特徴づけら
れる新規ＶＺＶプロテアーゼ組成物を提供する。

【００２２】Ｉ．新規プロテアーゼ結晶３次元構造 本発明は、ヘルペスプロテアーゼに基づいた新規プロテ
アーゼ結晶構造を提供する。本明細書中提供される、Ｈ
ＳＶ−１、ＨＳＶ−２、ＣＭＶ、およびＶＺＶプロテア
ーゼの３次元（３Ｄ）構造は、セリンプロテアーゼにつ
いては報告されていないユニークな折り畳み、およびア
ミノ酸Ｓｅｒ、ＨｉｓおよびＨｉｓの３Ｄ相互作用によ
って形成される新規触媒トライアドからなる新規活性部
位を示す。プロテアーゼ活性に重要な珍しい二量体境界
面もこれらの各プロテアーゼの結晶において見いだされ
た。さらにもうひとつの態様において、本発明は、２つ
のヘルペスプロテアーゼ分子の二量体境界面によって特
徴づけられる新規ヘルペスプロテアーゼ組成物を提供す
る。これら二量体境界面との相互作用を混乱させる阻害
剤によるこの二量体境界面の阻害。これらの二量体境界
面を混乱、またはこれと相互作用する阻害剤は、ヘルペ
スプロテアーゼに対する治療剤をデザインおよび選択す
る、もうひとつの治療上の標的である。

【００２３】図１に、ヘルペス科プロテアーゼＨＨＶ−
６、ＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２、ＶＺＶ、ＥＢＶ、および
ＣＭＶについての既知のアミノ酸配列を列挙し、それら
の間の相同性を示すように並べる（配列番号：１−
６）。図１に示すごとく、アルファ亜科、ＨＳＶ−２、
ＨＳＶ−１およびＶＺＶプロテアーゼのメンバーを比較
すると、アミノ酸配列はむしろ保存されており（ＨＳＶ
−１プロテアーゼは、ＶＺＶプロテアーゼと５０％同
一、および、ＨＳＶ−２プロテアーゼと９０％同一であ
り、ＶＺＶプロテアーゼはＣＭＶプロテアーゼと２６％
同一である）；ＣＭＶプロテアーゼはより短いＮ末端お
よび２つの多残基挿入（ＣＭＶプロテアーゼアミノ酸残
基４０−４７および１４７−１５２、配列番号：１）を
有することで異なっている。

【００２４】本発明によって、ヒトＨＳＶ−１、リガン
ド付きおよびリガンドなしＨＳＶ−２、ＣＭＶおよびＶ
ＺＶプロテアーゼの結晶構造が決定された。これらプロ
テアーゼ結晶構造は、他の既知の非ヘルペスセリンプロ
テアーゼと区別される折り畳みおよび活性部位を示す。
構造決定の詳細および微妙な部分は、以下の図２−４１
３に示す。

【００２５】原子座標のさらに微妙な部分は、図２−４
１３におけるナンバーを変化させ、もうひとつの結晶形
態の結晶構造の微妙な部分は、座標の新しいセットにな
り、もうひとつのヘルペスプロテアーゼの結晶構造の決
定も、これらの図における座標について異なるナンバー
のセットになるであろう。しかしながら、距離および角
度は実験誤差内で同じであり、活性部位の残基の相対的
コンフォメーションは実験誤差内で同じであろう。例え
ば、ヘルペスプロテアーゼのアミノ酸配列も、本明細書
に記載するごとく、変異による誘導体化またはタンパク
質の異なる供給源の使用によって変化することができ
る。

【００２６】Ａ．ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２ ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２の結晶構造が、本明細書に
記載するごとく決定され、以下と関連づけて議論され
る。ヒトＨＳＶ−１プロテアーゼの結晶構造は、３.５
Å分解能で決定された。構造は、分子置換（ＭＲ）法を
用いて決定され、Ｒ因子３６.９％（１０.０−３.５
Å、│Ｆo │＞２ｓ│Ｆo │ データ）にまで精錬され
た。ヒトＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼお
よびリガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの結晶構造
は、各々２.５Åおよび２.８Å分解能で決定された。Ｄ
ＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼの構造は、多
重重原子同型置換法（ＭＩＲ）およびＭＲを用いて決定
され、結合距離および結合角度の２乗平均偏差が各々
０.０１６Åおよび１.９°で、Ｒ因子２０.５％（１０.
０−２.５Å、 │Ｆo │＞２ｓ│Ｆo │データ）にまで
精錬された。リガンドなし構造は、ＤＩＰリガンド付き
ＨＳＶ−２プロテアーゼ構造を用いた差フーリエ法を用
いて決定され、Ｒ因子２２.４％にまで精錬された。結
合距離および結合角度の２乗平均偏差は０.０１７Åお
よび２.１°である。

【００２７】ヒトＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２プロテア
ーゼは、２４７アミノ酸を含有するが、これらプロテア
ーゼのモデルは、ＨＳＶ−１プロテアーゼについては２
１４残基およびＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼについては２１７残基によって表される。ＨＳＶ−
１プロテアーゼに関して、残基１−１４および２つの表
面ループ１０２−１１０および１３４−１４３における
残基は結晶において乱雑になっている（配列番号：
３）。ＨＳＶ−２に関して、残基１−１６および２つの
表面ループ１０４−１１０および１３４−１４０におけ
る残基は結晶において乱雑になっている（配列番号：
４）。リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼのモデル
は、１−１６、１０４−１１２および１３４−１４０が
結晶において乱雑になっている（配列番号：４）２１５
残基を有する。

【００２８】ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２プロテアーゼ
の各々における折り畳みは、図１、図４１９−４２１お
よび図４２２−４２３に示すごとく、７つのｂストラン
ドおよび７つのａヘリックスによって特徴づけられる。
本明細書中で議論されるごとく、ＣＭＶプロテアーゼ
（配列番号：１）における残基２５−５５を含有するル
ープは結晶において乱雑であるが、ＨＳＶ−１およびＨ
ＳＶ−２プロテアーゼ結晶において対応するループが観
察される。

【００２９】図２−７は、活性部位のＤＩＰ修飾Ｓｅｒ
１２９の５.５Å以内に（ＤＩＰリガンドを包含す
る）、新規ＨＳＶ−２触媒トライアドの残基および他の
残基および水分子の座標を開示する。これらは、本発明
によるＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼ（配
列番号：４）のアミノ酸残基Ｓｅｒ１２９、Ｈｉｓ６
１、Ｈｉｓ１４８、Ｓｅｒ１３１、Ｃｙｓ１５２、Ａｒ
ｇ１５６、Ａｒｇ１５７、Ｌｅｕ２７、Ｖａｌ１２８、
Ｌｅｕ１３０および水分子Ｗａｔ１およびＷａｔ２を包
含する。図８−１２は、リガンドなしＨＳＶ−２プロテ
アーゼの活性部位に、新規触媒トライアドの残基および
他の残基の座標を開示する。これらは、残基Ｓｅｒ１２
９、Ｈｉｓ６１、Ｈｉｓ１４８、Ｓｅｒ１３１、Ｃｙｓ
１５２、Ａｒｇ１５６、Ａｒｇ１５７、Ｌｅｕ２７、Ｖ
ａｌ１２８およびＬｅｕ１３０を包含する。これらのデ
ータは、格子定数Ａ＝７１.７Å、Ｂ＝８７.４Å、Ｃ＝
７７.３Å、α＝９０、β＝９０およびγ＝９０、空間
群＝Ｐ２1２1２の結晶について報告されている。リガン
ド付きおよびリガンドなし結晶形態は、同じ胞次元およ
び空間群を有する。データはProtein Data Bank（PCB）
フォーマットに報告されていて、原子、即ち窒素、酸
素、炭素（原子におけるα、β、δおよびγ位置の）、
原子が局在するアミノ酸ナンバーのアミノ酸残基、およ
び、結晶格子内オングストロームでのＸ、ＹおよびＺの
座標を描写している。さらに、原子の占有が描かれてお
り、活性部位の各原子は結晶中ユニークな位置を有する
ことに注意する。データはＢ因子または温度因子も報告
しており、それは体積測定における原子の熱運動の程度
を示す（Ų）。図１３−７７および図７８−１３３
は、各々、活性部位を包含する、本発明ＤＩＰリガンド
付きＨＳＶ−２およびリガンドなしプロテアーゼ結晶構
造のタンパク質座標を開示する。

【００３０】図１３４−１３５は、本発明によるＨＳＶ
−１プロテアーゼ（配列番号：３）の活性部位領域の残
基（アミノ酸残基Ｓｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１、Ｈｉｓ１
４８、Ａｌａ１３１、Ｃｙｓ１５２、Ａｒｇ１５６、Ａ
ｒｇ１５７）の座標を開示する。これらのデータは、格
子定数ａ＝７９.６２Å、ｂ＝８１.１８Å、ｃ＝９３.
３６Å、α＝１１５.４９°、β＝９８.３６°およびγ
＝１０９.１８°、空間群＝Ｐ１の結晶について報告さ
れている。データはＨＳＶ−２プロテアーゼについて上
記記載のごとく報告されている。図１３６−１９１は、
ＨＳＶ−１プロテアーゼについてオングストロームで直
交する３次元座標およびＢ因子を描写している。

【００３１】図１９２−２１５は、ＤＩＰリガンド付き
ＨＳＶ−２プロテアーゼ構造における、ＤＩＰに共有結
合したＳｅｒ１２９（配列番号：４）のいずれの原子の
５.５Å半径以内に原子を有するタンパク質残基間の距
離（オングストローム）を提供する。図２１６−２２４
は、リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位残
基の５.０Å以内に存在する２つの原子間の距離（オン
グストローム）を提供する。原子は、この図において原
子の存在するアミノ酸位置ナンバーによって示され、図
２−７および図８−１２で記載するごとく、原子の記
号、即ち窒素、酸素などが後ろに付く。

【００３２】図２２５−２２６は、ＨＳＶ−１プロテア
ーゼの活性部位から５Å以内に存在する２つの原子間の
距離（オングストローム）を提供する。原子はＨＳＶ−
２プロテアーゼについて上記記載のごとく示す。図２２
７−２９０は、ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子、および、ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の５.
５Å半径以内に存在する２つのタンパク質残基原子（す
べてについて活性部位残基のみ）の間の結合角度（度）
を提供する。図２９１−３０７は、リガンドなしＨＳＶ
−２プロテアーゼの活性部位領域付近のＳｅｒ１２９、
Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１４８（配列番号：４）と５オ
ングストローム離れて存在する残基内原子間の結合角度
（度）を提供する。図３０８−３１１は、本発明ＨＳＶ
−１プロテアーゼ（配列番号：３）の活性部位領域付近
のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１４８と５オ
ングストローム離れて存在する残基内原子間の結合角度
を提供する。図３１２および３１３は、各々ＤＩＰリガ
ンド付きＨＳＶ−２およびリガンドなしプロテアーゼに
ついて、プロテアーゼのＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およ
びＨｉｓ１４８（配列番号：４）によって形成される活
性部位の２面角を提供する。図３１４は、ＨＳＶ−１プ
ロテアーゼ（配列番号：３）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６
１およびＨｉｓ１４８によって形成される活性部位の２
面角を提供する。ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１プロテア
ーゼ結晶構造の新規折り畳みは、以下のパートＤにおい
て議論し、新規活性部位はパートＥにおいて議論する。

【００３３】Ｂ．ＣＭＶプロテアーゼ ヒトＣＭＶプロテアーゼの結晶構造は、２.５Å分解能
で決定された。以下の実施例３においてより詳細に記載
されるごとく、ＣＭＶプロテアーゼ配列は１４３番目の
アラニン残基がバリンによって置換されていた（ＣＭＶ
Ａ１４３Ｖ）。この変異は酵素活性には影響ないが、
天然の酵素調製物においてみられるＡｌａ１４３の後ろ
の切れ目を除去するために必要であった（Welch I. and
Baum etal. 上記）。構造はＭＩＲを用いて決定され、
Ｒ因子１８.５％（７.０−２.５Å、│Ｆo │＞１ｓ│
Ｆo │データ使用）にまで精錬され、結合距離および結
合角度の２乗平均偏差は各々０.０１７Åおよび２.２°
であった。

【００３４】ヒトＣＭＶプロテアーゼは２５６アミノ酸
を含有するが、本明細書中提供される酵素のモデルは２
０２残基によって表される。３つの表面ループにおける
残基（配列番号：１の残基２５−５５、１４３−１５３
および２０５−２０８）は乱雑であるようにみえ、図３
１５−３１９には存在しない。構造決定の詳細および精
錬は図３１５−３１９ないし３２８−３５７に示す。

【００３５】図３１５−３１９は、本発明によるＣＭＶ
プロテアーゼの活性部位領域付近（配列番号：１のアミ
ノ酸残基Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｓｅｒ１３４、Ｃ
ｙｓ１６１、Ａｒｇ１６５およびＨｉｓ１５７、およ
び、Ａｒｇ１６６を包含する）のタンパク質座標を開示
する。これらのデータは、結晶格子定数ａ＝５８.７
Å、ｂ＝５８.７Å、ｃ＝１３１７.０Å、α＝９０、β
＝９０およびγ＝９０、空間群＝Ｐ４3２２について報
告されている。データは、ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１
について上記記載のごとく、Protein Data Bank（PCB）
フォーマットに報告されている。図３２０−３２２は、
ＣＭＶプロテアーゼの活性部位から５Å以内に存在する
２つの原子間の距離をオングストロームで提供する。図
３２３−３２６は、本発明によるＣＭＶプロテアーゼ
（配列番号：１）のＳｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ
１５７およびＡｓｐ６５付近の活性部位領域において４
Å以内に存在する内部原子間の結合角度を描写する。図
３２７は、プロテアーゼ（配列番号：１）のＳｅｒ１３
２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５７およびＡｓｐ６５によっ
て形成されるテトラド活性部位の二面角を提供する。図
３２８−３５７は、活性部位を包含する本発明ＣＭＶプ
ロテアーゼ結晶構造のタンパク質座標を開示する。ＣＭ
Ｖ結晶構造折り畳みの議論については以下のＤ、およ
び、活性部位のさらなる議論についてはパートＥを参
照。

【００３６】Ｃ．ＶＺＶプロテアーゼ ヒトＶＺＶプロテアーゼの結晶構造は、３.０Å分解能
で決定された。以下の実施例６においてより詳細に記載
されるごとく、ＶＺＶプロテアーゼ配列は、Ｎ末端の９
アミノ酸が欠失する変異を有する。この変異は酵素活性
にはほとんど影響しない。構造はＭＲ法および単一重原
子同型置換（ＳＩＲ）を用いて決定され、Ｒ因子２２.
３％（７.０−３.０Å、 │Ｆo │＞１ｓ│Ｆo │デー
タ使用）にまで精錬され、結合距離および結合角度の２
乗平均偏差は各々０.０１４Åおよび２.１°であった。

【００３７】結晶構造解析に使用されたＶＺＶプロテア
ーゼのモデルは、配列番号：５の残基１１−２３６から
なる。ＶＺＶ構造モデルは２１１アミノ酸からなる。ア
ミノ酸１２７−１３６の表面ループは、ＶＺＶのＣ末端
の最後の５アミノ酸であるとき、結晶において乱雑であ
る。ＶＺＶにおいて、さらなるヘリックスが配列番号：
５ｍｐ残基３１−３９の間の領域に観察された。図１お
よび４３０に示されるごとく、折り畳みは７つのβスト
ランドおよび８つのαヘリックスによって特徴づけられ
る。ＣＭＶプロテアーゼの残基２２−５５を含有するル
ープは結晶において乱雑であるが、ＨＳＶ−１およびＨ
ＳＶ−２プロテアーゼのごとく、ＶＺＶプロテアーゼ結
晶において対応するループが観察される。このループは
活性部位の近くに存在し、基質結合の溝、Ｓサブサイト
の一部を取り込んでいることが考えられる。（I. Schec
hter and A. Berger, Biochem. Biophys. Res. Commu
n.,27:157-162(1967)）。

【００３８】図３５８−３６０は、本発明によるＶＺＶ
プロテアーゼの活性部位領域付近（配列番号：５のアミ
ノ酸残基Ｓｅｒ１２０、Ｓｅｒ１２２、Ｈｉｓ５２、Ｌ
ｙｓ５４、Ｃｙｓ１４３、Ａｒｇ１４７およびＡｒｇ１
４８）のタンパク質座標のみを開示する。これらのデー
タは、格子定数ａ＝９０.０Å、ｂ＝９０.０Å、ｃ＝１
１７.４Å、α＝９０、β＝９０およびγ＝９０、空間
群＝Ｐ６4２２の結晶について報告されている。図３６
１−４０５は、ＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク
質座標を開示する。図４０６−４０８は、ＶＺＶプロテ
アーゼの活性部位から５Å以内に存在する２つの原子間
の距離をオングストロームで提供する。図４０９−４１
２は、本発明によるＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：
５）のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２およびＨｉｓ１３９付
近の活性部位領域において４Å以内に存在する内部原子
間の結合角度を描写する。図４１３は、プロテアーゼ
（配列番号：５）のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２およびＨ
ｉｓ１３９によって形成されるテトラド活性部位の二面
角を提供する。ＶＺＶプロテアーゼ結晶構造の新規折り
畳みは、以下のＤにおいてより詳細に議論する。新規活
性部位はパートＥで議論する。

【００３９】Ｄ．新規折り畳み １．ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１プロテアーゼ 図４１４、４１５および４１６に関して、ＨＳＶ−２の
リガンド付きおよびリガンドなし形態はほとんど同じで
ある。ＨＳＶ−２プロテアーゼ構造へのＤＩＰの結合
は、酵素のコンフォメーションを変化させない。リガン
ド付きおよびリガンドなし形態の間の２乗平均偏差は
０.４Åである。ＤＩＰの存在は、酵素の活性部位内で
のみ相互作用を変化させ、酵素の活性部位の位置または
３次元構造全体は変化させない。

【００４０】ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２プロテアーゼ
二量体の全体の折り畳みは、２つのβバレルを含んでな
る。ＨＳＶ−２プロテアーゼの折り畳みは上記に議論し
ている。ＨＳＶ−１プロテアーゼ二量体の全体の折り畳
みを図４１７および４１８に示す。各プロテアーゼにつ
いて、７つのｂバレルが各バレルの核を形成し（ＨＳＶ
−２については図４１９、４２０、４２１、およびＨＳ
Ｖ−１については４２２、４２３）、各々は直角に収納
されたβバレルとして分類でき（Chothia andJanin Bio
chemistry, 21:3955-3965(1982)）、以下の例外：スト
ランドＢ６およびＢ７は平行であり、もっとも直角に収
納されたｂバレルのようではないという、例外を有す
る。さらに、ストランドＢ３（ａａ６５−７７）は、バ
レルのひとつの角を閉じるベータ折れ曲がりであるが、
他の角はこの種の遮蔽物を欠いており、ストランドＢ５
（ａａ１２７−１３３）およびＢ７（ａａ１６１−１６
６）の間の２つの水素結合でのみ維持されている（配列
番号：３および４）。よく知られたセリンプロテアーゼ
の中で、トリプシンのＮ末端ドメインも直角に収納され
たｂバレルであるが、ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２プロ
テアーゼバレルの重ね合わせは、折り畳みの異なる領域
における活性部位の類似性および位置を明らかにしな
い。さらに、βストランド（ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−
１については図４２４）は２つの構造において異なる配
置がなされている。例えば、ＨＳＶ−２プロテアーゼの
最初の４つのストランド（Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３およびＢ
４）は、典型的グリークキーモチーフ（Greek Key moti
f）を形成し、一方、トリプシンでは形成しない。従っ
て、ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１プロテアーゼバレル
は、他の既知の非ヘルペスセリンプロテアーゼと進化的
に無関係であると結論するのが合理的である。

【００４１】リガンド付きおよびリガンドなしＨＳＶ−
２プロテアーゼ、およびＨＳＶ−１の７つのアルファヘ
リックスはバレルを取り囲まないが、むしろ末端に向か
ってクラスターを形成する。アルファヘリックスＡ１は
ひとつの末端を閉じ、一方、ヘリックスＡ２、Ａ３、Ａ
６およびＡ７は他を閉じる。これらのうち、二量体の一
方の対応するヘリックスを有するヘリックスＡ６および
Ａ２は、対応する単量体の間に約３０度のねじれを示す
ユニークな二量体境界面を定義する。７つのヘリックス
のうち４つは、バレルのいずれかの末端にあり、他の２
つは活性部位から離れた、構造の同じ側にある。

【００４２】ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアー
ゼ構造について、移行期アナログ阻害剤フルオロリン酸
ジイソプロピルを酵素に添加して、高度に反応性の（Ｐ
−Ｆ）結合をセリンの水酸基によって置換させる。求核
剤（酵素）にいったん結合すると、リガンドはリン酸ジ
イソプロピルと呼ばれる。ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−
２プロテアーゼは、活性部位セリン（Ｓｅｒ１２９）に
共有結合した阻害剤リン酸ジイソプロピルを有する。

【００４３】トリプシンとは異なって、ＨＳＶ−１およ
びＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位は２つのドメイン
の内部にはなく、むしろストランドＢ５のバレルの一方
側、および、残基１５３−１５７で作られたストランド
Ｂ６およびＢ７の間の小さなループによって形成される
裂け目の中で結合している（ＨＳＶ−２については図４
１４、４１５、４１６および４１９、４２０、４２１、
およびＨＳＶ−１については図４１７、４１８および４
２２、４２３）。ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテ
アーゼのＤＩＰ Ｃβ原子は、ヘリックスＡ６の２つの
単量体の間の接近した地点から１７Åである。ＨＳＶ−
１およびＨＳＶ−２プロテアーゼ構造の各々において、
Ｂ１およびＡ１の間の大きなループ中の残基３４−３８
（配列番号：３および４）は、裂け目の頂に近いが、完
全にそれを覆ってはいない。残基１３４−１４０のルー
プ（配列番号：３および４）はＨＳＶ−１およびＨＳＶ
−２構造において乱雑である。このループは、ヘルペス
プロテアーゼの中では低い相同性の領域であり（図
１）、ループのコンフォメーションが異なることを示唆
するかもしれない。残基１０４−１１０および１０４−
１１２は、ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２およびリガン
ドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ構造の各々において乱雑
である（配列番号：４）。ＨＳＶ−１（配列番号：３）
の残基１０２−１１０は構造中乱雑である。これらの領
域はヘルペスプロテアーゼの中の低い相同性の領域にあ
るが、ＶＺＶおよびＣＭＶプロテアーゼの両方において
対応する領域は整然としており、ここでは小さなアルフ
ァヘリックスがみられる。

【００４４】ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２プロテアーゼ
の各々における興味深い非結晶学的二量体境界面が、二
量体の一方の対応するヘリックスを有するＡ６およびＡ
２の間の相互作用で作られる。二量体境界面は、リガン
ド付きおよびリガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの間
で同一である。これら同じヘリックスは、ＣＭＶにおい
ても相互作用するが、お互いに関連して異なる配置を有
する。ＣＭＶプロテアーゼにおいて、各単量体の２つの
Ａ６ヘリックスはほとんど同軸である。ＨＳＶ−１およ
びＨＳＶ−２プロテアーゼにおいて、それらは約３０
度、距離はほとんど１４Åで、Ｎ末端で分離している。
ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２プロテアーゼにおけるＡ６
ヘリックスの間のねじれゆえに、ヘリックスのＣ末端の
間でのみ接触が形成できる。リガンド付きおよびリガン
ドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの両方において、Ｈｉｓ
２１１およびＧｌｕ２０７（配列番号：４）の側鎖の間
に水素結合（３.０Å）がみられる。ＨＳＶ−１、ＨＳ
Ｖ−２およびＣＭＶプロテアーゼの二量体境界面を比較
すると、Ａ６に関してＡ２ヘリックス位置でも変化がみ
られる。ＨＳＶ−２プロテアーゼ（配列番号：４）にお
いて、Ａ２のＡｌａ９８とＡ６のＳｅｒ２１５−ＯＨ
（２.７Å）およびＡｓｎ２１９（３.３Å）の両方との
間に水素結合がみられる。これら２つの相互作用および
２１１および２０７（配列番号：４）の間の相互作用
は、ＣＭＶまたはＶＺＶプロテアーゼのいずれにおいて
も存在しない。ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼにおい
て、二量体境界面は２倍結晶軸に沿って存在し、単量体
間の相互作用にわずかな変化を引き起こすかもしれな
い。

【００４５】以下に議論する、ＨＳＶ−２およびＨＳＶ
−１の間、および、ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼの
間には、他にも注意すべき構造的な違いが存在する。ひ
とつの違いは、Ａ２およびＡ３の間のセグメントに存在
する。ＣＭＶプロテアーゼの構造において、このセグメ
ントは「閉じた」コンフォメーションをとっており、分
子内接触を形成し、二量体境界面の一部分となってい
る。ＶＺＶプロテアーゼ構造において、このセグメント
は完全に「開いた」コンフォメーションをとっており、
異なる二量体境界面を形成するもうひとつの対称関連分
子とのみ相互作用する。リガンド付きおよびリガンドな
しＨＳＶ−２プロテアーゼ構造において、このループの
部分は乱雑であるが、もうひとつの対称関連分子に近い
距離（９Å）である。このことは、ＨＳＶ−２およびＶ
ＺＶプロテアーゼが高度に秩序だったオリゴマーを形成
するためにこのセグメントを使用できる可能性を示唆す
る。

【００４６】ＣＭＶプロテアーゼの二量体化がプロテア
ーゼの活性維持に重要であることが報告されている（Da
rke, et al, J. Biol. Chem., 271,pp.7445-7449(199
6)）。実際、Darkeの文献およびS. Margosiaket al. Bi
ochemistry 35,5300-5307(1996)は、ＣＭＶプロテアー
ゼ分子が、約１０^-6Ｍの単量体−二量体平衡定数で溶液
中で二量体を形成するために自己結合すること、およ
び、プロテアーゼの二量体形態のみが活性物であること
を示している。ＨＳＶ−１プロテアーゼの二量体形成に
ついて類似の報告がある（Schmidt, U. and Darke, P.
L., J. Biol. Chem., 272,pp7732-7735(1997)）が、グ
リコールの存在下の類似の二量体化応答である（Darke
et al., J. Biol. Chem., 270:22697-22700(1995)）。
さらに、酵素アッセイはしばしばグリセロールまたはク
エン酸のごとき凝集促進剤の存在下で報告されている
（Burck et al., Hall et al., どちらも上記）。

【００４７】境界面は活性部位の付近にはないので、本
構造に基づいて二量体が活性に必要である理由を決定す
ることは難しい。共有阻害剤ＤＩＰの添加は二量体境界
面を変化させるようにはみえない。しかしながら、二量
体の非存在下境界面でのヘリックスの転位は、活性部位
領域におけるコンフォメーションに対して意味深い影響
を有するかもしれない。かくして、二量体化はヘリック
スＡ６のコンフォメーションを安定化すると考えられて
いる。

【００４８】２．ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼ ２つの別個のｂバレルドメインを有する他のセリンプロ
テアーゼの構造とは異なり、本明細書のヘルペスプロテ
アーゼの各々の構造は単一ドメインを有する。ＣＭＶお
よびＶＺＶ単量体の折り畳み全体は、７つのストランド
βバレル核としてもっともよく説明することができ、こ
こに、ＣＭＶは３つの側面を７つのαヘリックスで飾ら
れ（図４２５および４２６参照）、ＶＺＶは８つのαヘ
リックスで飾られている（図４２７および４２８）。核
βバレルは、C. Chothia & J.Janin, Biochemistry, 2
1:3955-3965(1982)に詳細に記載されたごとく、直角に
収納されたβバレルとして分類できる。ＣＭＶの７つの
ヘリックスのうち３つがストランドβ４およびβ５の間
に、および、ストランドβ７の後ろに４つのヘリックス
が見いだされる（図４２９）。

【００４９】ＣＭＶプロテアーゼおよびＶＺＶプロテア
ーゼのバレルのある特徴は全く区別される。まず、ＣＭ
ＶプロテアーゼおよびＶＺＶプロテアーゼのバレルは２
つの平行したストランドを含有し（図４２９および４３
０）、かくして、混合されたβバレルとなり、一方、直
角に収納されたβバレルのほとんどは平行していないス
トランドから独占的に形成される。次に、ストランドβ
３（ＣＭＶ（配列番号：１）ａａ６７−７８およびＶＺ
Ｖ（配列番号： ）のａａ５５−６７）は、バレルのひ
とつの角に近いβ折れ曲がりであるが、他の角はこの種
の古典的遮蔽物を欠いており、ストランドＢ５（ＣＭＶ
（配列番号：１）のａａ１３０−１３５およびＶＺＶ
（配列番号：５）のａａ１１８−１２３）およびＢ７
（ＣＭＶ（配列番号：１）のａａ１６９−１７５および
ＶＺＶ（配列番号：５）のａａ１５１−１５７）の間の
２つの水素結合によってのみ維持される。

【００５０】興味深いことに、トリプシンの原型セリン
プロテアーゼのＮ末端βバレルも、直角に収納された非
平行βバレルである。しかしながら、ＣＭＶプロテアー
ゼ、ＶＺＶプロテアーゼおよびトリプシンのバレルの重
ね合わせはさらなる類似性を示さず、ＣＭＶおよびＶＺ
Ｖプロテアーゼの酵素活性部位がトリプシンの活性部位
より折り畳みの完全に異なる領域に存在することを示
す。さらに、ＣＭＶおよびＶＺＶのβストランド（図４
２９および図４３０）は、トリプシンとは配置が異なっ
ている。例えば、ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼの最
初の４つのストランド（Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３およびＢ４）
は、典型的なグリークキーモチーフを形成し、一方、ト
リプシンは形成しない。従って、ＣＭＶプロテアーゼお
よびＶＺＶプロテアーゼのバレルは、他の非ヘルペスセ
リンプロテアーゼと進化的に無関係であると結論するの
が合理的である。折り畳み全体も、ＣＭＶ、ＶＺＶおよ
び他のヘルペスプロテアーゼに特有である。

【００５１】ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼにおける
興味深い二量体境界面が２倍結晶軸の周りに同定された
（図４３１、４３２および４３３）。二量体境界面は、
他の単量体のヘリックスＡ６を取り囲んでいるひとつの
単量体の４つのヘリックス（Ａ１、Ａ２、Ａ３およびＡ
６）のセットから作られており、そこでは、２つの対称
関連Ａ６ヘリックスは平行である（図４３３）。二量体
境界面は優勢に疎水的であり、フェニルアラニン、ロイ
シンおよびバリンのごとき残基の多くの側鎖ファンデル
ワールス力を包含する。結晶の最密充填にも関わらず、
この二量体境界面は、結晶内の他の分子内境界面よりも
より顕著である。ヘリックスの配置および境界面の程度
は、結晶充填の単なる偶然ではないことを示唆している
ようである。

【００５２】二量体境界面はプロテアーゼの活性を維持
するのに重要である。計算された境界面面積は、ＣＭＶ
およびＶＺＶプロテアーゼの結晶構造から８５０（Conn
olly）ないし１３００Ų（ＧＲＡＳＰ）の間である。
ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１のごとく、結晶構造から二
量体境界面は活性部位のすぐ近くには存在しないことが
わかる。さらに、２つの単量体の活性部位はお互いにか
なり離れている（図４３２および図４３３）。

【００５３】ＶＺＶおよびＣＭＶプロテアーゼの二量体
境界面は類似しているが、それらの構造には顕著な違い
がある。ＣＭＶプロテアーゼの構造において両方の単量
体からのヘリックスＡ６はほとんど平行であったが、Ｖ
ＺＶプロテアーゼにおいてヘリックスＡ６は約３０°ね
じれている（図４３３）。ＶＺＶプロテアーゼのヘリッ
クスＡ６は、Ｎ末端でさらにもうひとつのターンを有
し、Ａ５およびＡ６を連結するループは２つの構造にお
いてまったく異なっている（図１）。もっとも大きな違
いは小さなヘリックスＡ２を含有するセグメント中に存
在する。ＣＭＶプロテアーゼの構造中、このセグメント
は「閉じた」コンフォメーションをとっており、分子内
接触を形成して二量体境界面の一部となる。しかしなが
ら、ＶＺＶプロテアーゼ構造において、このセグメント
は完全に「開いた」コンフォメーションをとっており、
異なる二量体境界面を形成するためにもうひとつの対称
関連分子とのみ相互作用する（図４３３）。このことは
ＶＺＶプロテアーゼがより高度なオリゴマーを形成する
ためにこのセグメントを使用できる可能性を示唆する。
ＣＭＶプロテアーゼとのアナロジーによって、ＶＺＶプ
ロテアーゼ二量体は触媒活性を増大させるために必須で
ある。二量体が存在しない場合、境界面に関わるヘリッ
クスの転位は活性部位領域におけるコンフォメーション
に影響を及ぼすかもしれない。例えば、Ａ６ヘリックス
は活性部位の空洞へ移動して、従って、活性部位の残基
の位置に影響し、または単に基質への接触を妨害するか
もしれない。

【００５４】Ｅ．新規活性部位 古典的セリンプロテアーゼの触媒機構は、セリン、ヒス
チジンおよびアスパラギン酸を含んでなる活性部位トラ
イアドに関係している。しかしながら、いくつかの先行
技術研究は、ヘルペスプロテアーゼのアスパラギン酸お
よびグルタミン酸の変異に焦点を当てたが、ヘルペスプ
ロテアーゼ触媒トライアドの３番目のメンバーの正確な
同定には至っていない。

【００５５】リガンド付きおよびリガンドなしＨＳＶ−
２プロテアーゼの結晶構造は、セリン（Ｓｅｒ１２
９）、ヒスチジン（Ｈｉｓ６１）、および３番目の残基
ヒスチジン（Ｈｉｓ１４８）を含んでなる活性部位を明
らかにし（図４３４、４３５、それらの配列はすべての
既知ヘルペスプロテアーゼにおいて保存されている（図
１）。ＨＳＶ−１プロテアーゼの結晶構造は同じ活性部
位を示す（図４３８）。結晶構造は、ＨＳＶ−１プロテ
アーゼに関する初期のプロテアーゼ阻害実験と一致し
（９０％の配列同一性を有し、ＨＳＶ−２プロテアーゼ
と同じ数値付け）、その実験は、ＨＳＶ−１をセリンプ
ロテアーゼとして同定し、Ｈｉｓ１４８およびＨｉｓ６
１（配列番号：３）の置換が酵素活性を失わせた（Liu&
Roisman, DiIanni I）。ＣＭＶプロテアーゼに関する同
様の研究も必須であるＨｉｓ６１およびＳｅｒ１２９に
相同な残基を示した（Stevens, Welch I）。いくつかの
研究がヘルペスプロテアーゼのアスパラギン酸およびグ
ルタミン酸の変異導入に焦点を当てたが、誰も触媒トラ
イアドの３番目のメンバーの正確な同定には至らなかっ
た。図４３４は、Ｓｅｒ１２９（配列番号：４）に共有
結合したＤＩＰ分子を示す。このことは、ＨＳＶ−１プ
ロテアーゼ（配列番号：３）においてＳｅｒ１２９を活
性部位求核剤として同定した、変異導入および化学修飾
研究に矛盾しない（DiIanni II）。

【００５６】ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１プロテアーゼ
のごとく、本発明ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼの結
晶構造は、セリン（ＣＭＶプロテアーゼ（配列番号：
１）についてはＳｅｒ１３２、および、ＶＺＶプロテア
ーゼ（配列番号：５）についてはＳｅｒ１２０）、およ
びヒスチジン（ＣＭＶプロテアーゼ（配列番号：１）に
ついてはＨｉｓ６３、および、ＶＺＶプロテアーゼ（配
列番号：５）についてはＨｉｓ５２）を包含し、アスパ
ラギン酸のかわりにヒスチジン（ＣＭＶプロテアーゼ
（配列番号：１）についてはＨｉｓ１５７、および、Ｖ
ＺＶプロテアーゼ（配列番号：５）についてはＨｉｓ１
３９）である触媒トライアドの３番目のメンバーを有す
る、新規活性部位を示す。変異導入および化学修飾研究
は、触媒トライアドの一部としてＳｅｒ１３２／Ｓｅｒ
１２０（各々配列番号：１および５）、およびＨｉｓ６
３／Ｈｉｓ５２（各々配列番号：１および５）を同定し
た（Welch I, Stevens et al., 上記）。どちらの残基
もすべてのヘルペスプロテアーゼにおいて完全に保存さ
れている（図１）。

【００５７】１．ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１プロテア
ーゼ ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位
は、酵素活性部位、リガンド、および２つの中心水分子
（Ｗａｔ１およびＷａｔ２（図４３４））の間の水素結
合のネットワークを示す。ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２
活性部位の決定的な因子は、２つのＨＳＶ酵素にはトリ
プシンとの配列相同性がほとんどなく、３次構造全体が
トリプシンとは全く異なっているのに、トリプシンに非
常によく類似している。リン酸モノイソプロピル（ＭＩ
Ｐ）に結合したγキモトリプシンの触媒トライアドとＤ
ＩＰリガンド付きＨＳＶ−２構造の触媒トライアドとの
並べ合わせ（図４３６）、および、トリプシン（ＢＰＤ
コードＩＳＧＴ）の触媒トライアドとＨＳＶ−１プロテ
アーゼ構造の触媒トライアドとの並べ合わせは、この類
似性を示す（図４３９）。図４３６において、顕著なオ
ーバーラップが、ＤＩＰのＰ＝０酸素を安定化している
ペプチド骨格、触媒セリン残基、および、γキモトリプ
シンおよびＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼ
の各々Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ５７側鎖の間にみられ
る。図４３６も、Ａｓｐ１０２およびＨｉｓ１４８（配
列番号：４）のオーバーラップを示し、この構造におい
て水素結合が明らかに欠失しているにも関わらず、触媒
におけるこのヒスチジンの役割を支持する。同様の結果
を図４３９にも示す。このことは、Ｈｉｓ１４８（配列
番号：３および４）の役割を確認するだけでなく、Ｈｉ
ｓ１４８（配列番号：３および４）をアスパラギン酸で
置換することによって、ＨＳＶ−２およびＨＳＶ−１酵
素を正常な触媒トライアドを有する酵素に転換できるこ
とも示唆する。

【００５８】共有結合した阻害剤ＤＩＰの存在故に、Ｈ
ｉｓ６１はＳｅｒ１２９（配列番号：４）との水素結合
を示さないが、かわりにＳｅｒ１３１と密接な相互作用
を維持する（２.５Å）。これは、Ｈｉｓ６１がＳｅｒ
１２９およびＨｉｓ１４８、および、Ｈｉｓ１４８と明
らかに相互作用するＳｅｒ１３１との両方で水素結合を
有する、アポＣＭＶプロテアーゼ（配列番号：１）にお
ける水素結合ネットワークと比較してわずかに異なる
（図４３７）。これは、Ｓｅｒ２１４がＡｓｐ１０２と
密接な水素結合を維持している（図４３６）γキモトリ
プシン／ＭＩＰ構造（配列番号：３）における水素結合
ネットワークに類似している。活性部位におけるその位
置にも関わらず、Ｓｅｒ１３１は、ＣＭＶプロテアーゼ
（配列番号：１）において触媒に必須でないようにみえ
た（Welch I）。この位置は、ＨＳＶ−１においてもＡ
ｌａ残基である（図１）。ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−
２プロテアーゼ（配列番号：４）におけるＨｉｓ６１の
側鎖原子の平均Ｂ因子は５１Å2、構造の平均Ｂ因子の
２倍以上であり、それが可動であることを示す。Ｃβ−
Ｃγ結合についての回転はＳｅｒ１２９に水素結合を可
能にし、Ｈｉｓ１４８における同じ結合についての次の
回転は、これら２つの残基の間の水素結合を可能にする
だろう。これら２つの回転は、Ｈｉｓ１４８およびＨｉ
ｓ６１の間で、複合体を形成していないＣＭＶ構造とほ
ぼ同じ距離の３.０Åの水素結合、かくして、別の水素
結合のセットを提供するであろう。

【００５９】ＨＳＶ−１プロテアーゼの活性部位は、い
くつかの小さな差異はあるが、ＨＳＶ−２プロテアーゼ
の活性部位と非常に類似している（図４４０）。ＨＳＶ
−２プロテアーゼが、Ｓｅｒ１２９およびＨｉｓ６１の
間の水素結合を妨害する、Ｓｅｒ１２９と共有結合した
ＤＩＰ阻害剤（明らかには、図に示していない）を有す
るために、これらの差異がありそうである（配列番号：
４）。この水素結合はＨＳＶ−１プロテアーゼ構造に存
在しており、そこではイミダゾール環がこの水素結合を
収容するように約９０°ターンしている。さらに、ＨＳ
Ｖ−１プロテアーゼ（配列番号：３）の１３１番目はア
ラニンであり、かくして、ＨＳＶ−２（配列番号：４）
および他のヘルペスプロテアーゼでみられるごとき、Ｈ
ｉｓ６１またはＨｉｓ１４８のいずれとも水素結合を維
持できない。リガンドなし（またはアポ）ＣＭＶプロテ
アーゼ構造（図４４１）においてわずかに異なる水素結
合ネットワークが存在し、そこでは、Ｈｉｓ６１と等価
な残基が、Ｓｅｒ１２９およびＨｉｓ１４８、および、
Ｈｉｓ１４８と明らかに相互作用するＳｅｒ１３１の両
方に水素結合を有する（配列番号：１）。

【００６０】ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２の両方におい
て、もうひとつの完全に保存された残基は活性部位付近
にあるＣｙｓ１５２（配列番号：４）である。それは、
トリプシンにおいても保存され、同じ位置にある。しか
しながら、それはＤＩＰリガンドとの接触を制限し（図
４３４）、Ｃ１５２Ｃγ原子は、Ｓｅｒ１２９メチル基
に対してファンデルワールス接触（３.８Å）を維持す
る。かくして、それの性質および位置ゆえにそれが適切
なプロトン受容体であることを想像するのは難しい。さ
らに、このシステインは、ＨＳＶ−１プロテアーゼ（Li
u&Roizman III）またはＣＭＶプロテアーゼ（Welch I）
における触媒活性に必須ではない。

【００６１】ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアー
ゼのオキシアニオンホール（oxyanion hole）が本発明
において同定できる。ＨＳＶ−１プロテアーゼのかかる
オキシアニオンホールも、ＨＳＶ−２プロテアーゼとほ
とんど同じ構造に基づいて同定できる（図４４０）。オ
キシアニオンホールは、４面体中間体の安定化のための
環境を提供するプロテアーゼの一部である。ＤＩＰリガ
ンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼにおいて、Ａｒｇ１５
６のアミド窒素およびＷａｔ１はＤＩＰのＰ＝Ｏ 酸素
を安定化し、酵素のオキシアニオンホールを定義する
（図４３４）。Ｗａｔ１は、Ｗａｔ２（２.７Å）およ
びＶａｌ１２８（２.８Å）との水素結合によって安定
化される。同様に、Ｗａｔ２は、Ｌｅｕ１３０（２.９
Å）およびＬｅｕ１２７（２.９Å）およびＡｒｇ１５
７Ｎε（３.２Å）の骨格原子との水素結合によって支
えられる。ＣＭＶプロテアーゼとの並べ合わせ（図４３
７）も、ＨＳＶ−２プロテアーゼ構造におけるＷａｔ２
と密接にオーバーラップして、この酵素の活性部位領域
における単一水分子を示す。この水分子は、ＨＳＶ−２
におけるＷａｔ２のごとく、同じタンパク質骨格水素結
合を維持し、決まった場所のＡｒｇ１５７の側鎖を支え
る手助けをするであろう。ＨＳＶ−１プロテアーゼにお
いて、Ａｒｇ１５６の骨格原子はＤＩＰリガンド付きＨ
ＳＶ−２プロテアーゼと同じであり、それをこの残基の
ようにすることも、ＨＳＶ−１プロテアーゼにおけるオ
キシアニオンを定義する手助けをする。Ａｒｇ１５６お
よびＡｒｇ１５７は、すべてのヘルペスプロテアーゼに
おいて完全に保存されており、オキシアニオンホール付
近で全体的にプラスの荷電を与える。この領域の安定性
は、ここでＡｒｇ１５７が、すべてのヘルペスプロテア
ーゼにおいて完全に保存されているＬｅｕ１３０および
Ｌｅｕ３８の骨格原子と２つの水素結合を形成すること
に反映される（図１）。γキモトリプシンとの並べ合わ
せは、ＭＩＰのＰ＝Ｏ酸素がＧｌｙ１９３のアミド窒素
に結合した水素によっていかに密接に安定化しているか
を示す。ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼに
おいて、２つの酵素の構造全体では完全に異なっていて
も、Ａｒｇ１５６のアミド窒素はＧｌｙ１９３と密接に
対応する（図４３６）。

【００６２】リガンド付きおよびリガンドなしヒトＨＳ
Ｖ−２プロテアーゼおよびＨＳＶ−１プロテアーゼの活
性部位は、プロテアーゼの非常に浅くてほとんど露出し
た領域に存在する（図４１４、４１５、４１６；４１
９、４２０、４２１；図４１７、４１８、４２２、４２
３）。活性部位腔の浅さは、すべてのヘルペスプロテア
ーゼによって認識されるシシル（scissile）結合（分解
される結合）が２つの小さなアミノ酸残基（Ａｌａ−Ｓ
ｅｒ）の間にあるので、それほど驚くべきことではな
い。活性部位腔のまわりで欠失しているのは、表面ルー
プの一部であるアミノ酸残基１３４−１４０（配列番
号：３および４）である。興味深いことに、ＣＭＶプロ
テアーゼ残基における対応したループにおける５つの残
基の欠失を有する変異株は、基質特異性が変化している
が完全に活性であることが見いだされた（Welch I、上
記）。このループが活性部位腔に近いことから、それ
は、基質認識に関与する可動性フラップであるかもしれ
ない。

【００６３】ＣＭＶプロテアーゼ構造は活性部位付近の
２つの大きなループを欠失しているので、酵素の基質結
合様式について想像するのは難しかった。リガンド付き
およびリガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼおよびＨＳ
Ｖ−１プロテアーゼ構造と共に、残基３２−５４（配列
番号：３および４）を包含する欠失ループは整然として
おり、基質認識に役割を有する可能性がある（図４１
４、図４１７）。活性部位付近には２つの溝またはくぼ
みがある。溝のひとつは深くて広く、古典的セリンプロ
テアーゼのＳ'サブサイトを思わせる領域に見いだされ
る。溝の一方側は、活性部位残基によって輪郭を描か
れ、一方、他の側は、酵素の重要な構造特徴であるヘリ
ックスＡ６の側によって形成される。他の溝は比較的狭
く、Ｂ５によって形成され、一方側は触媒トライアドを
包含し、他は、保存されたＧＲＲ配列を包含する１５４
−１６０（配列番号：３および４）の小さなループによ
って形成される（図１）。この領域は、古典的セリンプ
ロテアーゼにおけるアンプライムド（unprimed）（Ｓ）
サブサイトからそれほど異なっていない位置にもある。
基質ペプチド（少なくともＰ２−Ｐ４）は、ストランド
Ｂ５およびＢ６と平行でないβシートを形成する主鎖と
ともに溝へ挿入されるであろう。もちろん、酵素基質ア
ナログ複合体の構造研究が、このモデルを提供するため
に必要である。

【００６４】２．ＣＭＶプロテアーゼおよびＶＺＶプロ
テアーゼ活性部位 アスパラギン酸およびグルタミン酸は、すべてのヘルペ
スプロテアーゼにおいて完全に保存されていない。Ｇｌ
ｕ１２２はＣＭＶプロテアーゼの触媒トライアドのメン
バーとして提案された（Cox et al.上記）。しかしなが
ら、ＣＭＶプロテアーゼ結晶構造において、それは触媒
部位から離れていることが見いだされる。このグルタミ
ン酸はタンパク質のＣ末端付近に埋もれており、ＣＭＶ
プロテアーゼのＬｙｓ２５５と塩橋（Ｇｌｕ１２２ Ｏ
Ｅ１−Ｌｙｓ２５５ ＮＺ、２.７Å）およびＣＭＶプロ
テアーゼのＡｓｐ１１８の骨格窒素と水素結合（Ｇｌｕ
１２２ ＯＥ２−Ａｓｐ１１８ Ｎ、３.１Å）を形成す
る（配列番号：１）。従って、プロテアーゼに対するそ
れの重要性は、プロテアーゼの構造全体の維持に寄与す
るのみでなく、むしろ触媒機構に直接関与している可能
性がある。

【００６５】Ｈｉｓ１５７（ＣＭＶについて、配列番
号：１）およびＨｉｓ１３９（ＶＺＶについて、配列番
号：５）はすべてのヘルペスプロテアーゼにおいて完全
に保存されており、このヒスチジンの変異導入はＨＳＶ
−１（Liu II、上記）およびＨＳＶ−１におけるＣＭＶ
プロテアーゼ（Welch I、上記）において酵素活性を欠
失させることが示されたが、誰もそれが触媒トライアド
の３番目のメンバーとしての役割を有することを示唆し
ていない。酵素活性の欠失は必ずしも触媒活性における
関与を必要としないが、タンパク質コンフォメーション
における変化の結果であろう。

【００６６】予想されるごとく、ＣＭＶプロテアーゼ
（配列番号：１）のＳｅｒ１３２（ＶＺＶプロテアーゼ
（配列番号：５）のＳｅｒ１２０）のＯγ原子は、ＣＭ
ＶプロテアーゼのＨｉｓ６３（ＶＺＶプロテアーゼのＨ
ｉｓ５２）付近に、ＣＭＶプロテアーゼのＮε２窒素か
ら３.３Å（ＶＺＶプロテアーゼでは３.６Å）の距離で
あることが見いだされている。約０.４Åの座標誤差が
存在すること、および、活性部位に基質が存在しない場
合、ＣＭＶで３.３Å（ＶＺＶで３.６Å）の距離によっ
て、これら２つの残基が触媒残基でないとはいえない。
驚くべきことに、ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：５）
の保存された２番目のヒスチジン（ＣＭＶプロテアーゼ
（配列番号：１）のＨｉｓ１５７）およびＨｉｓ１３９
は、ＣＭＶプロテアーゼでＨｉｓ６３（Ｈｉｓ６３ Ｎ
δ１−Ｈｉｓ１５７ Ｎε２、３.２Å）、および、ＶＺ
ＶプロテアーゼではＨｉｓ５２（Ｈｉｓ５２ Ｎδ１−
Ｈｉｓ１３９ Ｎε２、３.２Å）の側鎖に水素結合し、
それを触媒トライアドの３番目のメンバーとする。ＣＭ
Ｖプロテアーゼ（配列番号：１）において、付近の唯一
の酸性残基はＡｓｐ６５であり、Ｈｉｓ１５７のＮδ１
窒素から３.９Å離れたＯδ１原子を有する。ＶＺＶプ
ロテアーゼ（配列番号：５）において、塩基性残基Ｌｙ
ｓ５４は、ＣＭＶプロテアーゼのＡｓｐ６５に置換して
おり、Ｈｉｓ１３９のＮε２窒素から５.１Å離れたＯ
δ１原子を有し、それは遠すぎてＶＺＶプロテアーゼの
触媒に影響しない。

【００６７】ＣＭＶプロテアーゼ結晶構造において、Ａ
ｓｐ６５は、上述の２量体よりも近辺の対称関連分子の
Ａｒｇ１０９と塩橋を形成する（Ａｓｐ６５ Ｏδ２−
Ａｒｇ１０９ ＮＨ１、２.８Å）。従って、溶液中にこ
の塩橋がないとき、Ａｓｐ６５側鎖は容易に移動してＨ
ｉｓ１５７と水素結合し、触媒トライアドとして記載さ
れるプロトン受容体として働くであろう。活性部位にお
いて、Ａｓｎ６０は、Ｈｉｓ１５７と相互作用するが
（Ａｓｎ６０ Ｎδ２−Ｈｉｓ１５７ Ｎδ１、３.４
Å；Ａｓｎ６０ Ｎδ２−Ｈｉｓ１５７ Ｎε２、３.７
Å）、それの性質および位置ゆえ、それが適切なプロト
ン受容体であるとは想像しにくい。従って、ＣＭＶプロ
テアーゼ（配列番号：１）の活性部位は、Ｓｅｒ１３
２、Ｈｉｓ６３およびＨｉｓ１５７の新規トライアド、
または、以前に報告されたことのない、Ｓｅｒ１３２、
Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５７およびＡｓｐ６５からなるユ
ニークなテトラドからなる（図４４４）。「触媒テトラ
ド」において、Ｈｉｓ１５７は、この新規「交替」プロ
トン転移機構における余分の構成成分として働く。しか
しながら、Ａｓｐ６５の配列保存性がないことは、この
テトラドがヘルペスプロテアーゼについての一般的なモ
デルではないことを示す。

【００６８】ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：５）結晶
構造の活性部位において、Ｃｙｓ１４３もＳｅｒと相互
作用することが見いだされているが（Ｃｙｓ１４３ Ｓ
γ−Ｓｅｒ１２０ Ｏγ４.８Å；Ｓｅｒ１２２ Ｏγ−
Ｈｉｓ１３９ Ｃε１、３.０Å；Ｃｙｓ１４３ Ｓγ−
Ｈｉｓ５２ Ｎε２ ６.０Å；および、Ｓｅｒ１２２Ｏ
γ−Ｈｉｓ１３９ Ｎδ１ ２.９Å）、それの性質およ
び位置ゆえ、それが適切なプロトン受容体であるとは想
像しにくい。従って、ＶＺＶプロテアーゼの活性部位
は、配列番号：１のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２およびＨ
ｉｓ１３９の新規トライアドからなる（図４４２）。

【００６９】ＣＭＶプロテアーゼのＳｅｒ１３２および
Ｈｉｓ６３の、トリプシンにおける古典的セリンプロテ
アーゼトライアドのＳｅｒ１９５およびＨｉｓ５７との
重ね合わせは、ＣＭＶプロテアーゼ（配列番号：１）の
Ｈｉｓ１５７およびＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：
５）のＨｉｓ１３９がトリプシンのＡｓｐ１０２とほと
んど完全に重なることを示す（図４４５および図４４
３）。触媒におけるＣＭＶプロテアーゼのＨｉｓ１５７
およびＶＺＶプロテアーゼのＨｉｓ１３９の役割をこう
して確認するだけでなく、この酵素をＣＭＶプロテアー
ゼにおけるＨｉｓ１５７、または、ＶＺＶプロテアーゼ
におけるＨｉｓ１３９をアスパラギン酸で置換すること
によって、新規触媒トライアドを有する酵素に転換でき
ることを示唆し、それは非酸性残基によるＡｓｐ６５の
置換も必要とするかもしれない。

【００７０】いくつかの重ね合わせにおいて、全体的に
は異なる３次元構造にも関わらず、多くの興味深い保存
が同定でき、集中的な進化のケースが存在するように思
われる。まず、ＣＭＶプロテアーゼのＣｙｓ１６１およ
びＶＺＶプロテアーゼのＣｙｓ１４３は、トリプシンの
Ｃｙｓ４２と同じ位置にあり（図４４５および図４４
３）、触媒残基とファンデルワールス相互作用をしてい
る（ＣＭＶにおいて、Ｃｙｓ１６１ Ｓγ−Ｓｅｒ１３
２ Ｏγ３.６Å；Ｃｙｓ１６１ Ｓγ−Ｈｉｓ６３Ｎε
２ ４.４Å）。変異導入研究はこの残基がプロテアーゼ
活性に必須ではないことを示しているが（Welch I,上
記）、この驚くべき保存は、ＣＭＶプロテアーゼ（配列
番号：１）のＣｙｓ１６１およびＶＺＶプロテアーゼ
（配列番号：５）のＣｙｓ１４３がすべてのヘルペスプ
ロテアーゼにおいて完全に保存されている事実と同様、
このアミノ酸の重要な役割を示唆しているように思われ
る。もうひとつの類似した筋書きが、ＣＭＶプロテアー
ゼのＳｅｒ１３４およびＶＺＶプロテアーゼのＳｅｒ１
２２で見いだされ、それはトリプシンのＳｅｒ２１４と
同じ位置に存在するように見える（図４４５および図４
４３）。

【００７１】本発明ＣＭＶ構造において、Ｓｅｒ１３４
は水素結合を形成することによってＨｉｓ１５７と強く
相互作用する（Ｓｅｒ１３４ Ｏγ−Ｈｉｓ１５７ Ｎε
２、２.６Å；Ｓｅｒ１３４ Ｏγ−Ｈｉｓ１５７ Ｎδ
１ ３.０Å）。本発明ＶＺＶ構造において、Ｓｅｒ１２
２は水素結合を形成することによってＨｉｓ１３９と相
互作用する（Ｓｅｒ１２２ Ｏγ−Ｈｉｓ１３９ Ｎε２
２.５Å）。ＣＭＶおよびＶＺＶ構造の両方において、
Ｓｅｒ２１４もトリプシンのＡｓｐ１０２と水素結合を
形成することによって強く相互作用する。しかしなが
ら、変異導入研究によって（Welch I、上記）、およ
び、他のヘルペスウイルスプロテアーゼにおいてそのＳ
ｅｒ１３４がアラニンである事実によって、ＣＭＶプロ
テアーゼおけるＳｅｒ１３４の触媒活性に対する重要性
は失われている。

【００７２】ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼにもオキ
シアニオンホールが存在する可能性が存在する。トリプ
シンにおいて、オキシアニオンはＧｌｙ１９３およびＳ
ｅｒ１９５の骨格窒素原子によって保持される。ＣＭＶ
プロテアーゼの同様の領域において骨格配置が完全に異
なるので、オキシアニオンホールの構築は、Ｇ−Ｘ−Ｓ
−Ｇ−Ｇ（配列番号：１４）モチーフによって完全に模
倣することができない。しかしながら、ＣＭＶプロテア
ーゼのＡｒｇ１６５およびＶＺＶプロテアーゼのＡｒｇ
１４７の主鎖窒素原子は、トリプシンのＧｌｙ１９３
Ｎとほとんど同じ位置に存在する（図４４４および４４
５、および図４４２および４４３）。Ａｒｇ１６６の側
鎖によって保持され、Ｌｅｕ２０およびＬｅｕ１３３と
相互作用する水分子もその近辺に見いだされる（Ｈ2Ｏ
−Ａｒｇ１６６ＮＨ１、２.７Å；Ｈ2Ｏ−Ａｒｇ１６６
ＮＺ１、３.２Å；Ｈ2Ｏ−Ｌｅｕ２０ Ｏ、２.６Å；Ｈ
2Ｏ−Ｌｅｕ１３３ Ｎ、３.０Å）。本明細書中定義さ
れた構造におけるオキシアニオンは、Ａｒｇ１６５
Ｎ、Ａｒｇ１６５ ＮおよびＨ2Ｏ分子によってのみ保持
されるかもしれない。２つのＡｒｇ（１６５および１６
６）がすべてのヘルペスプロテアーゼにおいて完全に保
存されている事実を考えると（図１）、この一般的な領
域がＣＭＶ（配列番号：１）およびＶＺＶ（配列番号：
５）プロテアーゼのオキシアニオンポケットであること
が適切である。

【００７３】ヒトＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼの活
性部位は、非常に浅く、プロテアーゼのほとんど露出し
ている領域に存在する（図４３２、４４４、４３３、４
４２）。活性部位腔の浅さは、すべてのヘルペスプロテ
アーゼによって認識されるシシル（scissile）結合（分
解される結合）が２つの小さなアミノ酸残基（Ａｌａ−
Ｓｅｒ）の間にあるので、それほど驚くべきことではな
い。活性部位腔のまわりで欠失しているのは、表面ルー
プの一部である、ＣＭＶプロテアーゼ（配列番号：１）
ではアミノ酸残基１４３−１５３およびＶＺＶプロテア
ーゼ（配列番号：５）ではａａ１３９−１５４である。
このループはいわゆる不活性または内部（Ｉ）部位、上
記Welch Iに記載されたごとく、天然のヒトＣＭＶプロ
テアーゼのＡｌａ１４３およびＡｌａ１４４の間の開裂
部位を含有する。

【００７４】本発明ＣＭＶの残基１４３（配列番号：
１）は、バリンに変異させるとかかるプロセッシングを
受けなくなる。さらに、Ｉ部位での開裂が自己プロセッ
シングの結果であるのか否かは明らかでない。興味深い
ことに、残基１４３のまわりの５つの残基を欠失した変
異株は十分に活性をもつが、基質特異性が変化すること
が見いだされた（Welch I、上記）。このループが活性
部位腔に近接しているならば、それは基質認識に関与
し、おそらくリガンド結合を命じられる可動性フラップ
であるかもしれない。同様に、残基２５−５５を含有す
るループの欠失も、リガンド結合を命じられるかもしれ
ない。これは、サルＣＭＶプロテアーゼのＧｌｕ１２２
（ヒト酵素におけるＧｌｕ３１が対応する）の変異が基
質特異性を変化させる事実（Welch I、上記）によって
支持される。

【００７５】ＣＭＶプロテアーゼ構造が活性部位近くの
２つの大きなループを失っているので、酵素の基質結合
様式について想像するのは困難であった。ＶＺＶプロテ
アーゼ構造と共に、配列番号：５の残基２３−４５を包
含するループの欠失は整然としており、構造は明らかに
基質認識に重要である可能性がある活性部位近くの２つ
の溝を定義する（図４３３）。溝のひとつは深くて広
く、古典的セリンプロテアーゼのＳ'サブサイトを思わ
せる領域に見いだされる。溝の一方側は、活性部位残基
によって輪郭を描かれ、一方、他の側は、酵素の重要な
構造特徴でもあるヘリックスＡ６の側によって形成さ
れ、後で議論されるであろう。他の溝は比較的狭い。触
媒トライアドを包含するβストランドＢ５は、浅いくぼ
みの一方側にある。他方は、ヘリックスＡＡのすぐ前の
ループと同様、保存されたＧＲＲ配列によって形成され
る（図１）。この領域は、古典的セリンプロテアーゼに
おけるアンプライムド（unprimed）（Ｓ）サブサイトか
らそれほど異なっていない位置にもある。ストランドＢ
５がこの溝にほとんど平行であることは、基質ペプチド
（少なくともＰ２−Ｐ４）が、ストランドＢ５およびＢ
６と平行でないβシートを形成する主鎖とともに溝へ挿
入される可能性を示唆する。さらに、ＡＡループにおい
ていくつかのむしろ露出した疎水性残基も、基質とタン
パク質の重要な相互作用を形成するであろう。もちろ
ん、酵素基質アナログ複合体の構造研究が、このモデル
を提供するために必要である。

【００７６】ＣＭＶ、ＶＺＶ、ＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２
および他のヘルペスプロテアーゼの間のアミノ酸配列お
よび基質特異性の保存により、本明細書に記載した構造
はヘルペスプロテアーゼ全科の構造を代表する。これら
の構造は、明らかに、ウイルス疾患に対する治療剤とし
て用いてもよいプロテアーゼ阻害剤を、構造に基づいて
デザインすることにおいて有用である。ヘルペスプロテ
アーゼ触媒トライアドおよび触媒テトラドの発見は、強
力で、高度な選択性をもつプロテアーゼ阻害剤のデザイ
ンを可能にする。

【００７７】Ｆ．変異株および誘導体 さらに、本発明は、本発明ヘルペスプロテアーゼ結晶構
造の類似体、共複合体、変異株、誘導体、および断片を
提供する。「類似体」という語は、ヘルペスプロテアー
ゼまたはヘルペスプロテアーゼの機能ドメインと少なく
とも２５％のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質を
意味する。図１参照。「共複合体」という語は、化学物
質または化合物と共有または非共有結合する、ヘルペス
プロテアーゼ、または、ヘルペスプロテアーゼの変異株
または類似体を意味する。

【００７８】「変異株」という語は、ヘルペスプロテア
ーゼポリペプチド、即ち、野生株プロテアーゼ活性の生
物学的活性を表し、野生株プロテアーゼ配列から少なく
ともひとつ、または複数のアミノ酸の置換によって特徴
づけられるポリペプチドをいう。かかる変異株は、例え
ば、オリゴヌクレオチド特異的変異導入によって暗号配
列をあらかじめ変化させたヘルペスプロテアーゼｃＤＮ
Ａの発現によって調製されてもよい。ヘルペスプロテア
ーゼ変異株は、C. J. Noren et al, Science, 244:182-
188(1989)の一般的生合成法を用いて、ヘルペスプロテ
アーゼタンパク質に非天然のアミノ酸を部位特異的に取
りこませることによって作成してもよい。

【００７９】この方法では、オリゴヌクレオチド特異的
変異導入を用いて、野生株ヘルペスプロテアーゼにおけ
る対象アミノ酸をコードする暗号を「白紙」ナンセンス
暗号ＴＡＧで置換する。次いで、この暗号に対して特異
的なサプレッサーｔＲＮＡをインビトロで所望の非天然
アミノ酸で化学的にアミノアシル化する。次いで、アミ
ノアシル化ｔＲＮＡを翻訳系に添加し、部位特異的に取
り込ませた非天然アミノ酸と有する変異ヘルペスプロテ
アーゼ酵素を得る。

【００８０】セレノシステインまたはセレノメチオニン
を、栄養要求性E. coli株においてヘルペスプロテアー
ゼをコードするｃＤＮＡを発現させることによって、野
生株または変異ヘルペスプロテアーゼに取り込ませても
よい（W. A. Hendrickson etal., EMBO J. 9(5):1665-1
672(1990)）。この方法において、野生株または変異ヘ
ルペスプロテアーゼｃＤＮＡを、天然のシステインまた
はメチオニンのいずれか（または両方）を欠くが、セレ
ノシステインまたはセレノメチオニン（または両方）を
加えられた生育培地上で宿主生物において発現させても
よい。

【００８１】「重原子誘導体」という語は、ヘルペスプ
ロテアーゼの結晶を化学的に修飾することによって製造
されたヘルペスプロテアーゼの誘導体をいう。実際に
は、結晶を、重金属原子塩または有機金属化合物、例え
ば、塩化鉛、チオマレイン酸金、チオメルサル（thiome
rsal）または酢酸ウラニルを含有する溶液中に浸し、そ
れは結晶を通して拡散でき、次いで、タンパク質の表面
に結合する。結合した重金属原子の位置は、浸された結
晶のＸ線回折解析によって決定できる。この情報は、次
々に、酵素の３次元構造を構築するために用いられる位
相情報を作成するために使用される（T. L. Blundell a
nd N. L. Johnson, Protein Crystallography, Academi
c Press (1976)実施例１参照）。

【００８２】特にプロテアーゼ断片と関係して用いられ
る「断片」という語は、少なくともプロテアーゼの触媒
活性部位を含有するが、完全な長さのプロテアーゼより
は小さい、本発明プロテアーゼをいう。好ましくは、断
片は、完全な長さのプロテアーゼの活性部位と同じ結晶
構造を有する触媒活性部位によって特徴づけられる。し
かしながら、本発明の断片はそれに限定されない。かか
る断片はプロテアーゼのＮ末端、Ｃ末端または内部に欠
失を含有してもよい。特に好ましいのは、Ｎ末端が切断
されたプロテアーゼである断片である。最近、かかる断
片が優れた分解能を提供し、または、より容易に結晶化
されることが予想されている。

【００８３】ＩＩ．新規プロテアーゼ結晶構造の阻害剤
の同定方法 本発明のもうひとつの態様は、本明細書記載の結晶構造
および新規活性部位によって特徴づけられるヘルペスプ
ロテアーゼの阻害剤の同定方法、および阻害剤そのもの
に関する。本発明新規プロテアーゼ結晶構造は、プロテ
アーゼ活性の阻害剤の同定を可能にする。かかる阻害剤
は、ヘルペスプロテアーゼのすべてまたは一部に結合し
てもよく、または、拮抗、非拮抗または不拮抗阻害剤で
あってもよく、または、２つの単量体の間の境界面に結
合して２量体化を妨害してもよい。いったん同定し、生
物活性をスクリーニングすると、これらの阻害剤は、プ
ロテアーゼ活性を阻害し、かくして、ヘルペスウイルス
の複製の潜伏、再活性化および／または感染を阻害する
ように、治療または予防に使用されてもよい。

【００８４】ひとつのデザインアプローチは、ヘルペス
プロテアーゼ阻害剤候補および酵素の間の相互作用のた
めの最適部位を決定するために、本発明ヘルペスプロテ
アーゼ結晶を様々な異なる化学要素を含んでなる分子で
探ることである。例えば、浸潤または他の分子と共結晶
化された結晶から集められた高分解能Ｘ線回折データ
は、各タイプの溶媒分子がどこに位置しているのか決定
することを可能にする。次いで、それらの部位に堅く結
合する分子をさらに修飾し、合成し、それらのヘルペス
プロテアーゼ阻害活性を試験することができる（J. Tra
vis, Science, 262:1374(1993)）。

【００８５】本発明は、ヘルペスプロテアーゼに対し
て、またはヘルペスプロテアーゼと結合する基質または
他の化合物の化学反応における短命の反応中間体に対し
て異性体化できる化合物の展開も可能である。他の分子
と相互作用する時のヘルペスプロテアーゼにおける構造
変化の時間依存的解析が可能である。ヘルペスプロテア
ーゼの反応中間体は、ヘルペスプロテアーゼとの複合体
における反応生成物から推論することもできる。かかる
情報は、既知のヘルペスプロテアーゼ阻害剤の改良され
たアナログをデザインする、または、ヘルペスプロテア
ーゼ酵素およびヘルペスプロテアーゼ阻害剤共複合体の
反応中間体に基づく新しい分類の阻害剤をデザインする
のに有用である。これは、高度な特異性および安定性の
両方を有するヘルペスプロテアーゼ阻害剤をデザインす
るための新しい経路を提供する。

【００８６】本発明によって可能となったもうひとつの
アプローチは、ヘルペスプロテアーゼ酵素と全体または
一部が結合できる化学物質または化合物のための小分子
データベースをコンピューターでスクリーニングするこ
とである。このスクリーニングにおいて、かかる物質ま
たは化合物の結合部位への適合性は、形状相補性または
相互作用エネルギーを評価することのいずれかによって
判断してもよい（E. C. Meng et al., J. Comp. Chem.,
13:505-524(1992)）。

【００８７】ヘルペスプロテアーゼはひとつ以上の形態
で結晶化するかもしれないので、ヘルペスプロテアーゼ
またはその一部の構造座標は、本発明によって提供され
るごとく、ヘルペスプロテアーゼの他の結晶形態の構造
を解析するために特に有用である。それらは、ヘルペス
プロテアーゼ変異株、ヘルペスプロテアーゼ共複合体、
または、ヘルペスプロテアーゼの機能ドメインと顕著な
アミノ酸配列相同性を有する他のタンパク質の結晶形態
の構造を解析するのにも有用である。

【００８８】この目的を遂行するひとつの方法は分子置
換である。この方法において、ヘルペスプロテアーゼの
もうひとつの結晶形態、ヘルペスプロテアーゼ変異株ま
たはヘルペスプロテアーゼ共複合体、またはヘルペスプ
ロテアーゼの機能ドメインと顕著なアミノ酸配列相同性
を有する他のタンパク質の結晶であるかどうか、未知の
結晶構造を、本発明図１−４１３に提供するごとき、ヘ
ルペスプロテアーゼ構造座標を用いて決定してもよい。
この方法は、未知の結晶の正確な構造形態をより迅速に
提供し、初めからかかる情報を決定するための試みより
効果的に提供するであろう。

【００８９】かくして、本明細書で提供されたプロテア
ーゼ構造は、コンピューター評価システムの使用によ
り、プロテアーゼ構造、特に活性部位に結合する既知の
分子および／または新規分子のデザインのスクリーニン
グを可能にする。例えば、コンピューターモデリングシ
ステムが市販されており、それには、プロテアーゼの配
列および／またはプロテアーゼ構造（即ち、図１−４１
３に提供されるごとき、ＣＭＶ、ＶＺＶ、ＨＳＶ−２ま
たはＨＳＶ−１プロテアーゼの原子座標、および／また
は、活性部位腔の原子座標、結合角度、２面角、活性部
位領域の原子間距離など）が入力されている。別法とし
て、本発明プロテアーゼの触媒部位ドメインまたはもう
ひとつのプロテアーゼ断片の結晶構造は、コンピュータ
ーが読み出せる形態で入力されていてもよい。かくし
て、ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼについ
ては、機械の読み出せる媒体が、図２−７、８−１２、
１９２−２１５、２１６−２２４、２２７−２９０およ
び２９１−３０７；または図２−７、８−１２、１９２
−２１５、２１６−２２４、３１２および３１３（図１
３−７７および図７８−１３３は、方法において図２−
７および図８−１２に置換されてもよい）の座標を代表
するデータでコードされていてもよい。同様に、ＨＳＶ
−１プロテアーゼについては、機械の読み出せる媒体
が、図１３４−１３５、２２５−２２６および３０８−
３１１；または図１３４−１３５、２２５−２２６およ
び３１４（上記のごとく、図１３６−１９１は、この方
法において図１３４−１３５に置換されてもよい）の座
標を代表するデータでコードされていてもよい。ＣＭＶ
プロテアーゼについては、機械の読み出せる媒体が、図
３１５−３１９、３２０−３２２および３２３−３２
６；または図３１５−３１９、３２０−３２２および３
２７（図３２８−３５７は、この方法において図３１５
−３１９に置換されてもよい）の座標を代表するデータ
でコードされていてもよい。ＶＺＶプロテアーゼについ
ては、機械の読み出せる媒体が、図３５８−３６０、４
０６−４０８および４０９−４１２；または図３５８−
３６０、４０６−４０８および４１３（図３６１−４０
５は、この方法において図３５８−３６０に置換されて
もよい）の座標を代表するデータでコードされていても
よい。次いで、コンピューターは、試験化合物が結合
し、それによって該試験化合物の詳細な相補的構造の決
定が可能であるような部位の詳細な構造を作成する。

【００９０】より詳細には、本発明によるヘルペスプロ
テアーゼに結合または阻害する化合物のデザインは、一
般に２つの因子を考慮しなければならない。まず、化合
物が、ヘルペスプロテアーゼ、特にそれの活性部位と物
理的および構造的に結合できなければならない。ヘルペ
スプロテアーゼとそのリガンドとの結合において重要な
非共有分子相互作用は、水素結合、ファンデルワールス
および疎水相互作用を包含する。

【００９１】２番目に、化合物はヘルペスプロテアーゼ
と結合できるコンフォメーションをとれなければならな
い。化合物のある部分は、直接このヘルペスプロテアー
ゼとの結合に関与していないが、それらの部分はいまだ
分子の全体のコンフォメーションに影響するかもしれな
い。このことは、順に、有用性について顕著な衝撃を有
するかもしれない。かかるコンフォメーション要求性
は、結合部位のすべてまたは一部、例えば、ヘルペスプ
ロテアーゼの活性部位または補助結合部位、または、ヘ
ルペスプロテアーゼと直接相互作用するいくつかの化学
物質を含んでなる化合物の官能基の間のスペーシングに
相関した、化学物質または化合物の全体の３次元構造お
よび配置を包含する。

【００９２】ヘルペスプロテアーゼに関する化合物の潜
在的阻害または結合効果は、コンピューターモデリング
技術を用いることによって、実際の合成および試験に先
だって解析されてもよい。その化合物の理論的構造が、
その化合物とヘルペスプロテアーゼの間に不十分な相互
作用および結合を示唆するならば、その化合物の合成お
よび試験は不要になる。しかしながら、コンピューター
モデリングが強い相互作用を示すならば、次いで、その
分子を合成し、適切なアッセイを用いてヘルペスプロテ
アーゼに結合および阻害する能力を試験してもよい。こ
のようにして、効力のない化合物の合成を排除してもよ
い。

【００９３】ヘルペスプロテアーゼの阻害剤または他の
結合化合物をコンピューターで評価し、次いで、化学物
質または断片をヘルペスプロテアーゼの個々の結合ポケ
ットまたは他の部分と結合する能力でスクリーニング
し、選択する一連の工程によってデザインしてもよい。

【００９４】当業者は、化学物質または断片をヘルペス
プロテアーゼ、より詳細にはヘルペスプロテアーゼ活性
部位の個々の結合ポケットまたは補助結合部位と結合す
る能力でスクリーニングするいくつかの方法のひとつを
使用してもよい。この方法は、例えば、図２−７、８−
１２、１３４−１３５、１９２−３２７、３５８−３６
０および４０６−４１３におけるヘルペスプロテアーゼ
座標に基づいたコンピューター画面上での活性部位の視
覚的精査によって始めてもよい。次いで、選択された断
片または化学物質は、ヘルペスプロテアーゼの結合ポケ
ット内で様々な配置で位置またはドッキングされてもよ
い。ドッキングは、QuantaおよびSybylのごときソフト
ウェアを用いて行われ、引き続いて、CHARMMおよびAMBE
Rのごとき標準分子力学の力場でエネルギーの最小化お
よび分子動力学が行われてもよい。

【００９５】特殊化されたコンピュータープログラムに
よって、断片または化学物質を選択する方法を補助して
もよい。これらは、オックスフォード大学、オックスフ
ォード、ＵＫ（P. J. Goodford, "A Computational Pro
cedure for Determining Energetically Favorable Bin
ding Sites on Biologically Important Macromolecule
s", J. Med. Chem., 28:849-857(1985)）から入手でき
るＧＲＩＤプログラム、Molecular Simulations , Burl
ington, MA（A. Miranker and M. Karplus, "Functiona
lity Maps of Binding Sites: A Multiple Copy Simult
aneous SearchMethod", Proteins: Structure, Functio
n and Genetics, 11:29-34(1991)）から入手できるＭＣ
ＳＳプログラム、Scripps Research Institure , La Jo
lla, CA（D. S. Goodsell and A. J. Olsen, "Automate
d Docking of Substrates to Proteins by Simulated A
nnealing", Proteins:Structure, Function and Geneti
cs, 8:195-202(1990)）から入手できるＡＵＴＯＤＯＣ
Ｋプログラム、および、カリフォルニア大学、サンフラ
ンシスコ、ＣＡ（I. D. Kuntz et al, "A Geonetric Ap
proach to Macromolecule-Ligand Interactions", J. M
ol. Biol., 161:269-288(1982)）から入手できるＤＯＣ
Ｋプログラムを包含する。さらに、小分子化合物の市販
のコンピューターデータベースは、Cambridge Structur
al Database、Fine Chemical Database、および、CONCO
RD database（総説には、Rusinko,A., Chem. Des. Aut
o. News, 8:44-47(1993)を参照）を包含する。

【００９６】いったん、化学物質または断片が選択され
たら、単一の化合物または阻害剤に組み立てることがで
きる。組立は、ヘルペスプロテアーゼの構造座標に相関
してコンピューター画面上に表示された３次元イメージ
上で、断片のお互いの関係の視覚的精査によって行って
もよい。この後、QuantaまたはSybylのごときソフトウ
ェアを用いた手動モデル構築を行ってもよい。

【００９７】個々の化学物質または断片の結合において
当業者に適した有用なプログラムは、 カリフォルニア
大学、バークレー、ＣＡから入手可能である、ＣＡＶＥ
ＡＴプログラム（P. A. Bartlett et al.,"CAVEAT: A p
rogram to Facilitate the Structure-Derived Design
of Biologically Active Molecules", in MolecularRec
ognition in Chemical and Biological Problems, Spec
ial Pub., Royal Chem. Soc. 78, pp182-196(1989)）、
ＭＡＣＣＳ−３Ｄデータベース（MDL Infomaton System
s, San Leandro, ＣＡ）のごとき3D Database system
（例えば、Y. C.Martin, "3D Database Searching in D
rug Design", J. Med.Chem., 35:2145-2154(1992)参
照）、および、Molecular Simulations, Burlington,
ＭＡから入手可能なＨＯＯＫプログラムを包含する。

【００９８】一段階ずつの方式でヘルペスプロテアーゼ
阻害剤を構築する方法の代わりに、上記のごとき、ひと
つの断片または化学物質、阻害的または他のヘルペスプ
ロテアーゼ結合化合物を、空の活性部位または所望によ
り既知のリガンドのいくつかの部分を包含する部位のい
ずれかを用いて、全体として、または「初めから」デザ
インしてもよい。かかる方法を記述する適切な方法は、
Biocym Technologies,SanDiego, ＣＡから入手可能なＬ
ＵＤＩプログラム（H.- J. Bohm, "The Computer Progr
am LUDI: A New Method for the De Novo Design of En
zyme Inhibitors", J. Comp. Aid. Molec. Design, 6:6
1-78(1992) ）、Molecular Simulations, Burlington,
ＭＡから入手可能なＬＥＧＥＮＤプログラム（Y. Nishi
bata and A. Itai, Tetrahedron, 47:8985(1991)）、お
よび、Tripos Associates, St.Louis、ＭＯから入手可
能なＬｅａｐＦｒｏｇプログラムを包含する。

【００９９】他の分子モデリング技術が本発明によって
行われてもよい。例えば、N. C. Cohen et al. "Molecu
lar Modeling Software and Methods for Medicinal Ch
emistry", J. Med. Chem., 33:883-894(1990)を参照。
M. A. Navia and M. A. Murcko, "The Use of Structur
al Information in Drug Design", Current Opinionsin
Structural Biology, 2:202-210(1992)も参照。例え
ば、試験化合物の構造が知られている場合、試験化合物
のモデルを本発明の構造のモデルに重ね合わせてもよ
い。この方法を行うために多くの方法および技術が当該
分野において知られており、いずれを使用してもよい。
例えば、P. S. Farmer, Drug Design, Ariens, E. J.,
ed., Vol.10, pp119-143(Academic Press, New York, 1
980);米国特許第５,３３１,５７３号、米国特許第５,５
００,８０７号、C. Verlinde, Structure, 2:577-587(1
994);および、I. D. Kuntz, Science, 257:1078-1082(1
992)を参照。本明細書記載のモデル構築技術、およびコ
ンピューター評価システムは、本発明に関して制限され
ない。

【０１００】かくして、これらのコンピューター評価シ
ステムを用いて、多くの化合物が迅速にかつ容易に試験
され、消耗的および長々しい生化学的試験を排除するか
もしれない。さらに、多くの化合物を実際に合成する必
要性が効果的に排除される。モデリング技術によってい
ったん同定されると、プロテアーゼ阻害剤は標準的技術
を用いて生物活性を試験されてもよい。例えば、本発明
の構造を、阻害剤をスクリーニングするための便利なフ
ォーマットを用いた結合アッセイに用いてもよい。本明
細書に使用される適切なアッセイは、酵素結合イムノソ
ルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、または、蛍光クエン
チアッセイを包含するが、これに限定されない。例え
ば、以下のＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２、ＣＭＶ、および、
ＶＺＶプロテアーゼ活性アッセイを参照。他のアッセイ
フォーマットが使用されてもよく、これらアッセイフォ
ーマットは本発明に関して限定されない。

【０１０１】もうひとつの態様において、本発明プロテ
アーゼ構造は、本発明プロテアーゼ活性部位のコンフォ
メーションに相補的な形状を有する合成化合物および／
または他の分子のデザインおよび同定を可能にする。既
知のコンピューターシステムを用いて、本発明のプロテ
アーゼ構造の座標、デザインされ、および／または、ス
クリーニングされた試験化合物、および、本発明のプロ
テアーゼ構造に重ね合わせられたそれらのコンフォメー
ションを、機械が読み取れる形態で提供してもよい。引
き続いて、上記のごとく同定された適切な候補物を、所
望のプロテアーゼを阻害する生物活性、安定性などにつ
いてスクリーニングしてもよい。

【０１０２】生物活性についていったん同定されスクリ
ーニングされたら、これらの阻害剤はプロテアーゼ活性
を妨害し、かくして、ヘルペスウイルス複製を妨害する
ように、治療または予防的に使用されてもよい。本明細
書中使用される「天然物分子」という語は、すべての天
然非合成物を包含し、および、生物活性成分を有するか
または含有する、誘導体、抽出物またはそれの相同物を
包含するが、それに限定されない。以下の実施例は本発
明の様々な態様を説明する。これらの実施例は本発明の
観点を限定せず、付加された請求の範囲によって定義さ
れる。

【０１０３】

【実施例】

実施例１：ＨＳＶ−２プロテアーゼの構造解析 以下のごとく、ＨＳＶ−２プロテアーゼ（図１、配列番
号：４参照）をクローニングし、発現し、精製した。

【０１０４】Ａ．発現、精製、および、結晶化 Ｃ末端アラニン残基に１９個の付加残基（＋ＳＥＫＦＫ
ＩＷＧＡＥＳＡＰＨＨＨＨＨＨ（配列番号：１５））を
包含するＨＳＶ−２プロテアーゼをE. coliにおいて発
現させた。６つのＨｉｓタグ（６つのＨ）は、Ｎｉ2+−
ＮＴＡクロマトグラフィーカラムを用いたタンパク質の
高純度の精製を可能にする。構築物は、Ｃ末端アラニン
および最初の付加残基（Ｓｅｒ）の間のペプチド結合を
開裂することによって、プロテアーゼが自己プロセスす
ることも可能にし、かくして、本物のプロテアーゼと同
じ長さを有するタンパク質を産生する。さらに、プロテ
アーゼは、Superdex75サイズ排除クロマトグラフィー、
必要ならば、Q-Sepharose陰イオン交換クロマトグラフ
ィーを使用して精製された。ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ
−２プロテアーゼについては、フルオロリン酸ジイソプ
ロピル阻害剤（ＤＦＰ）を酵素に添加して、＞９８％修
飾されるまでインキュベートした。過剰の阻害剤をSeph
adexG-25クロマトグラフィーによって除去した。ＤＩＰ
リガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼを、０.１Ｍ 酢酸
Ｎａ緩衝液ｐＨ５.０および１０％ ＰＥＧ４０００（５
０％ｗ／ｖ）で結晶化した。大きい結晶は、約0.7mmx0.
3mmx0.2mmの大きさである。リガンドなしＨＳＶ−２プ
ロテアーゼを、０.１Ｍリン酸／クエン酸緩衝液ｐＨ４.
５、２０％ＰＥＧ８０００で結晶化した。結晶は0.3mmx
0.2mmx0.2mmの大きさであった。

【０１０５】Ｂ．Ｘ線回折の特徴 リガンド付きおよびリガンドなしＨＳＶ−２プロテアー
ゼについて、キャピラリーの各末端に入れた少量の母液
と共に、結晶を密封されたガラスキャピラリーの中には
め込んだ。１.５４Åの波長を有するＣｕＫaＸ線を、５
０ＫＶｘ９５ｍＡ電力で操作しながら、Siemens-RU200
回転陰極機械によって作りだした。結晶をＣｕＫaＸ線
にさらし、次いで、回折したＸ線をSiemens multiwire
area 検出器によって集めた。ＤＩＰリガンド付きＨＳ
Ｖ−２プロテアーゼ結晶は、２.５Å分解能に回折し
た。コンピュータープログラムＸＤＳ（Kabsch, W., J.
Appl.Cryst., 21,pp916-924(1988)）を用いて、幾万も
の回折点の位置および強度を記録することによって、そ
の結晶が、ａ＝７１.７Å、ｂ＝８７.４Å、および、ｃ
＝７７.３Åを有する斜方晶系の空間群Ｐ２1２1２であ
ることを決定した。確立された方法によって、非対称単
位が２つのタンパク質分子を有するように計算された。
結晶は推測で４５％溶媒を含有する。本来のデータは、
Ｒsym（Σ │Ｉ-＜Ｉ＞ │／Σ＜Ｉ＞）０.０９５を有
し、２.５Åまで９１％完全である。リガンドなしＨＳ
Ｖ−２プロテアーゼ結晶は、ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ
−２プロテアーゼ結晶と同じ胞次元および空間群を有
し、２.８Å分解能で回折した。本来のデータはＲ
_sym０.０９５を有し、２.８Åまで９４％完全である。

【０１０６】Ｃ．重原子誘導体 多重重原子同型置換（ＭＩＲ）法を、回折データの位相
情報を得るため、および、ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−
２プロテアーゼの３次元原子構造を解析するための方法
のひとつとして用いた。これは、特異的結合した重金属
原子を含有する結晶誘導体の同定を包含する。様々な重
金属化合物を試験することによって、有用な誘導体が、
０.１ｍＭ ＫＡｕＣＮ、０.４ｍＭ ＬｕＣｌ3、０.６ｍ
Ｍ ＰｒＣｌ3、０.２ｍＭ ＹｂＳ4、０.５ｍＭ ＧｄＣ
ｌ3、および、０.２ｍＭ ＳｍＣｌ3に、１ないし２日間
元の結晶を浸すことによって調製された。次いで、誘導
体のＸ線回折データを上記と同じ方法で集めた。天然お
よび重原子誘導体の集めたデータの統計を図４４６に示
す。重原子の位置を、XtalView software package（McR
ee, D. E. Practical Protein Crystallography, San D
iego, Academic Press 1993）中のプログラムを用い
て、差パターソン（Patterson）および差フーリエ法に
よって同定した。重原子精製および最初のセットの位相
の決定を、ＣＣＰ４suite（Collaborative Computation
al Project, Number 4, The CCP4Suite:Programs for P
rotein Crystallography Acta Crystallogr. D50,760-7
63(1994)）におけるプログラムを用いて行った。重原子
位相化については、プログラムＭＬＰＨＡＲＥ（Otwino
wski, Z., Isomorphous Replacement and Anomalous Sc
attering, 80-86,Daresbury Laboratory, Warrington(1
991)）を用いた。ＭＩＲ法によって得られた最初の位相
を用いて、結晶単位胞内の電子密度のマップを計算でき
た。電子は原子のすぐ中心付近に高密度に分布するの
で、タンパク質原子の位置を電子密度マップに従って記
録する。得られた電子密度マップは説明可能であるが、
ＭＩＲからの位相情報は分子置換から由来するより多く
の位相情報で改良された。

【０１０７】Ｄ．分子置換 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼの分子置換
ソリューションもプログラムＸＰＬＯＲ（Brunger, A.
T., X-PLOR Version3.1 A System for X-ray Crystallo
graphy and NMR(New Haven, Yale University Press; 1
992)）で同定した。これらの計算のためのモデルは、Ｖ
ＺＶα−ヘルペスウイルス（以下の実施例６参照）から
の均質なプロテアーゼの結晶学的２量体構造のサブセッ
トであった。捜索モデルにおける各単量体は、側鎖が切
断されてアラニンになったＶＺＶプロテアーゼ構造から
の１７７アミノ酸残基全部から由来していた。ＶＺＶプ
ロテアーゼの核２次構造の残基は、モデルにおいて、配
列番号：５の残基１１−２２、４６−９１、９５−１２
４、１３７−１８３および１８９−２３０を包含してい
た。最大走査ベクターの長さ３８Åを有し、１５および
４.０Åの間の分解能データで、回転機能計算を行っ
た。この２量体モデルからの回転機能におけるトップピ
ークは４.９ｓであった。翻訳機能は８および４Åの間
の分解能データで計算された。トップソリューションは
９.３ｓであった。２つの単量体の硬直体の精錬は、３.
５ÅまですべてのデータについてＲ因子を０.４８に減
少させた。

【０１０８】Ｅ．位相の組み合わせ 差フーリエ法を用いて、分子置換ソリューションから由
来した位相はＭＩＲから生じた位相に矛盾しなかった。
プログラムＳＩＧＭＡＡ（Reas, R. J. Improved Forie
r Coefficients for Maps Using Phases from Partial
Structures With Errors Acta Cryst, A42,140-149(198
6)）を用いたこれら２つのセットの位相の組み合わせに
より、メリット０.６７の全体の図形になる。これに続
いて、密度修飾プログラムｄｍ（Cowtan, K. Joint CCP
4 and ESF-EACBM Newsletter onProtein Crystallograp
hy 31,34-38(1994)）を用いて平均化する非結晶学的対
称を１ラウンド行い、改良されたメリット０.８３の全
体の図形を得た。非結晶学的対称は、結晶の非対称名単
位内に局在する対称である。この情報は、ノイズが消去
されるであろう平均電子密度マップを作成するために用
いることができ、従って、位相化を改良するための位相
制限として用いることができる。この方法に続いて計算
された電子密度マップは、ＭＩＲ位相から単独に由来し
た側鎖密度を示し、それは、非常によく定義され容易に
説明可能であった。

【０１０９】Ｆ．モデルの構築および精錬 電子密度は、プログラムＸfit（McRee）を用いた、元の
モデルにおけるほとんどすべての側鎖の配置を可能にす
る。残る努力は、分子置換モデルの部分ではない、構造
の失われた２７％を構築することに焦点が絞られた。組
み合わせられたＭＩＲ位相での密度修飾のさらに２つの
ラウンドは、活性部位におけるさらなるアルファヘリッ
クス、いくつかのループおよびＤＩＰリガンドの配置を
可能にした。電子密度マップ解析はｄｍを用いて２.５
Å分解能に拡大され、より多くの残基が付加され、モデ
ルはＸ−ＰＬＯＲを用いて精錬された。

【０１１０】モデルを構築する場合、各アミノ酸残基は
手動により電子密度の中に配置され、ＤＩＰリガンド付
きＨＳＶ−２プロテアーゼにおける各原子についての特
異的な位置を可能にし、そこでは、各位置が図２−７に
示すごとき、原子座標（Ｘ、Ｙ、Ｚ）の特異的セットに
よって定義される。これらの原子座標で始め、回折パタ
ーンを計算し、実験データと比較した。計算および実験
で決定した回折パターンの間の差異は、Ｒ因子（Ｒ因子
＝Σ││Ｆo │- │Ｆc ││／ΣＦo）の値によってモ
ニターされた。構造モデルの精錬（ＸＰＬＯＲを用い
た）は、Ｒ因子を最小化するために原子の位置の調整を
必要とし、そこでは、高純度のタンパク質構造について
約２０％の値が典型的である。

【０１１１】ＸＴＡＬＶＩＥＷでのモデル構築のサイク
ルおよびコンピュタープログラムＸＰＬＯＲでの精錬
は、４３の溶媒分子と共に２１７個のアミノ酸を包含す
る最終的なモデルを製造する。残基の３つのセグメン
ト、１０４−１１０、１３４−１４０、およびＮ末端の
最初の１６残基（配列番号：４）が結晶の中で乱雑であ
ることがわかる。全部で１４６０５の屈折が最終精錬物
において包含され（１０.０−２.５Å）、２０.５％の
Ｒ因子（Σ││Ｆo │- │Ｆc ││／ΣＦo）を与え
る。ｒｍｓ結合の長さは０.０１６Åで、ｒｍｓ結合角
は１.９°である。プログラムＰＲＯＣＨＥＣＫ（R. A.
Laskowski et al., J. Appl. Crystallogr. 26:283-29
1(1993)）を、最終構造中の立体化学的および幾何学的
な本体から離れた部分をチェックするために用い、結果
は非常に満足のいくものである。

【０１１２】構造決定の統計を図４４６に報告し、Ｒ
_sym＝Σ │Ｉ-＜Ｉ＞ │／Σ＜Ｉ＞、Ｉは観察される強
度、＜Ｉ＞は多数の観察の平均強度；Ｒ_iso＝Σ │Ｆ_PH
−Ｆ_P│／ΣＦ_Pである。位相化力＝ｒｍｓ 重原子同型
差／ｒｍｓ閉鎖の残基欠失；Ｒ_cullis＝Σ│ＦＨo - Ｆ
Ｈc │／Σ│ＦＨo │、ＦＨoおよびＦＨcは観察および
計算された中心屈折についての重原子構造因子増幅物；
Ｒ因子＝Σ││Ｆo │ -│Ｆc ││／ΣＦoである。Ｘ
ＰＬＯＲ精錬は、A. F. Brunger et al, Science, 235:
458-460(1987)に従って、１０から２.５Åまで行った。
使用した屈折の数（Ｆ＞２ｓ＝１４６０５）、Ｒ因子は
２０.５％、タンパク質原子の数（非Ｈ）は３３６４、
溶媒原子の数は４３、ＲＭＳ結合長さは０.０１６Å、
および、ＲＭＳ結合角＝１.９１９°であった。平均座
標誤差（０.３Å）は、P. V. Luzatti, Acta Cryst.,
5:802-810(1952)に従って行った。メリット（１５−３.
０Å）のＭＩＲ全体平均図＝０.６２Å；位相組み合わ
せ後のメリットの全体図＝０.６７Å；密度修飾１００
−３.０Åに続くメリットの平均図＝０.８３８Å。

【０１１３】最終的な原子座標（図２−７）を用いて、
図１９２−２１５、２２７−２９０および２１３に列挙
したごとく、２原子間の距離、いずれの３原子間の角
度、および、いずれの４原子間の２面角を計算できる。
リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ構造を、精錬され
たＣＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼ構造を用
いた差フーリエ法を用いて解析した。リガンドなしおよ
びリガンド付き（ＤＩＰ）構造の胞次元および空間群は
同じであるので、重原子誘導体または分子置換を用いず
に、リガンドなし構造の位相を決定するために、ＤＩＰ
リガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼ構造が直接使用で
きるであろう。次いで、リガンドなしＨＳＶ−２プロテ
アーゼモデル座標を決定し、ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ
−２プロテアーゼ構造について記載したごとく精錬でき
た。リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ構造における
残基の３つのセグメント：１−１６、１０４−１１２お
よび１３４−１４０（配列番号：４）は乱雑であった。
全部で１０１２７の屈折が最終精錬物において包含され
（７.０−２.８Å）、２２.４％のＲ因子（Σ ││Ｆo
│ - │Ｆc ││／ΣＦo）を与える。ｒｍｓ結合の長
さは０.０１７Åで、ｒｍｓ結合角は２.１°である。プ
ログラムＰＲＯＣＨＥＣＫ（R. A. Laskowski et al.,
J. Appl. Crystallogr. 26:283-291(1993)）を、最終構
造中の立体化学的および幾何学的な本体から離れた部分
をチェックするために用い、結果は非常に満足のいくも
のである。

【０１１４】実施例２：ＨＳＶ−１プロテアーゼの構造
解析 ＨＳＶ−１プロテアーゼ（図１、配列番号：３参照）を
クローニングし、発現し、以下のごとく精製した。

【０１１５】Ａ．発現、精製、および、結晶化 ＨＳＶ−１プロテアーゼを、ＨＳＶ−２について上記実
施例１に記載したごとく、発現させ、精製した。ＨＳＶ
−１を、４５ｍＭ Ｔris緩衝液pＨ８.５、８８ｍＭ Ｍg
Ｃl₂、および８.８％ ＰＥＧ８０００中で４℃で結晶化
した。

【０１１６】Ｂ．Ｘ線回折の特徴 ＨＳＶ−１プロテアーゼ結晶を、上記実施例１に記載し
た技術を用いて、Ｘ線回折に適用した。結晶は、３.５
Å分解能に回折した。コンピュータープログラムＸＤＳ
（Kabsch, W., J. Appl. Cryst., 21,pp916-924(198
8)）を用いて、幾万もの回折点の位置および強度を記録
することによって、その結晶が、ａ＝７９.６２Å、ｂ
＝８１.１８Å、および、ｃ＝９３.３６Å、α＝１１
５.４９、β＝９８.３６、γ＝１０９.１８を有する斜
方晶系の空間群Ｐ1であることを決定した。本来のデー
タは、Ｒsym（Σ │Ｉ-＜Ｉ＞ │／Σ＜Ｉ＞）０.０５
９を有し、３.５Åまで７８.４％完全である。確立され
た方法によって、非対称単位が６つまたは８つのいずれ
かのタンパク質分子を有するように計算された（３つま
たは４つの２量体）。

【０１１７】Ｃ．分子置換 ＨＳＶ−１プロテアーゼ構造を、ＣＣＰ４ Suite（Coll
aborative Computational Project, Number 4, Acta Cr
ystallogr. D50,760-763(1994)）中のプログラムＡＭｏ
Ｒｅを用いた分子置換の方法により解析した。これらの
計算のためのモデルは、阻害剤ＤＦＰと共有結合して複
合体化しているＨＳＶ−２アルファヘルペスウイルスか
らの高度に均質なプロテアーゼの、すべて既知の結晶学
的２量体構造であった。モデルは、阻害原子を包含しな
い各単量体について残基１７−１０３、１１１−１３
３、１４１−２４７（配列番号：３）として定義され
た。回転機能計算を行い、最大走査ベクター長３１.３
Åで８ないし４.０Åの間の分解能データであった。ピ
ークの３つのペアのみが０.５（最大ピーク高）以上の
高さのピークであることがわかった。ピークのペアは２
量体の非結晶学的対称を反映していた。８および４Åの
間の分解能データを用いてＰ１胞中のトップソリューシ
ョンを固定し、２番目の分子を走査することによって翻
訳機能が計算された。これは、４１.０％の相関係数お
よび３８.５％のＲ因子を有するピークであった。次い
で、２つのトップソリューションを固定して３番目を走
査し、２番目のソリューションに匹敵する高さのピーク
を得た。４番目のソリューションについての走査は、す
べてほとんど同じ高さのより小さいピークを示した。胞
中に３つまたは４つの２量体があるかどうかを調べるた
めに、硬直体フィットが、最後の翻訳機能出力において
生じたいくつかの同様のピークを有する３つのトップソ
リューションを用いて４つの２量体について走査され
た。フィッティング機能は、４５.６％の相関係数およ
び３７.１％のＲ因子を有する４つのピークを占めた。
別法として、３つの２量体トップソリューションがフィ
ットする場合、相関係数は５５.９％に上り、Ｒ因子は
３３.１％であった。ピークの他のいくつかの組み合わ
せを対照として試み、３つのトップソリューションに比
べて満足のいく結果は得られなかった。充填ダイアグラ
ムを決定し、プログラムＸfit（McRee, D. E. Practica
l Protein Crystallography, San Diego, Academic Pre
ss 1993）を用いて視覚的に推測し、対称に相関した分
子の間にオーバーラップがないことを示した。

【０１１８】Ｄ．モデルの配置および精錬 分子置換ソリューションがＰ１セル中に配置される場
合、モデルはわずかに変化して、２つの配列間の差異で
ある残基がアラニンに切断されて、電子密度マップの計
算におけるＨＳＶ−２プロテアーゼ位相のバイアスを減
少させた。不運なことに、ＨＳＶ−１プロテアーゼおよ
びＨＳＶ−２プロテアーゼの配列間のほとんどの顕著な
差異は、ＨＳＶ−２プロテアーゼ構造において失われた
領域に存在し（配列番号：４のＮ末端および１３４−１
４０）、新しいモデルにおける変化の多くは分解能３.
５Å内に制限され、電子密度マップには反映されないで
あろう。対照として、マップがＨＳＶ−１データの分布
を表していることを確認するために、各単量体上の６つ
のフェニルアラニンまたはチロシン残基をアラニンに切
断した。フーリエ係数はプログラムＳＩＧＭＡＡ（Rea
d, 上記記載(1986)）を用いて計算した。これに続い
て、プログラムｄｍ（Cowtan, 上記記載(1994)）を用い
て非結晶学的対称の平均化によって位相改良を行った。
非結晶学的対称は、結晶の非対称名単位内に局在する対
称である。この情報は、ノイズが消去されるであろう平
均化された電子密度マップを作成するために用いること
ができ、従って、位相化を改良するための位相制限とし
て用いることができる。

【０１１９】この方法に続いて計算された電子密度マッ
プは、分解能の制限内でＨＳＶ−１配列を反映する側鎖
密度を示し、明らかにモデルから除かれたフェニルアラ
ニンおよびチロシンの側鎖のための密度を示し、このこ
とは、電子密度がＨＳＶ−１プロテアーゼデータからの
寄与を反映することを示した。ＨＳＶ−１プロテアーゼ
配列に独特の残基は、Ｘfit（McRee）を用いてモデルの
中に構築された。モデルを構築し変化させたとき、各ア
ミノ酸残基を電子密度中に手動で配置し、これによって
ＨＳＶ−１プロテアーゼ中の各原子の独特の配置を可能
にし、各位置は、図１３４−１３５に示すごとく、原子
座標（Ｘ、Ｙ、Ｚ）の特異的セットによって定義され
る。これらの原子座標で始め、回折パターンを計算し、
実験データと比較した。計算および実験で決定した回折
パターンの間の差異は、Ｒ因子（Ｒ因子＝Ｓ││Ｆo │
- │Ｆc ││／ＳＦo）の値によってモニターされ
た。構造の精錬が硬直体によって行われ、モデルのフィ
ットはモデル全体の回転および翻訳によって精錬でき
た。精錬パラメーターに匹敵する実験データの欠如のた
め、さらなる配置の精錬は不可能であった。

【０１２０】最終的なモデルは２１４アミノ酸を有す
る。残基の３つのセグメント、配列番号：３の１０２−
１１０、１３４−１４３、および、Ｎ末端の最初の１４
残基が結晶中において乱雑であるこことがわかった。全
部で１２３４６の屈折が最終精錬物において包含され
（１０−３.５Å）、３６.９％のＲ因子（Σ││Ｆo │
-│Ｆc ││／ΣＦo）を与えた。最終的な原子座標（図
１３４−１３５）を用いて、図２２５−２２６、３０８
−３１１および３１４に列挙したごとく、２原子間の距
離、３原子間の角度、および、４原子間の２面角を計算
できる。

【０１２１】実施例３：ＣＭＶプロテアーゼの構造解析 ＣＭＶプロテアーゼ（図１、配列番号：１参照）をクロ
ーニングし、発現し、以下のごとく精製した。

【０１２２】Ａ．発現、精製、および、結晶化 ＣＭＶＡ１４３Ｖプロテアーゼを、ＨＳＶ−２およびＨ
ＳＶ−１について記載したごとく、発現させ、精製し
た。数千の異なる条件に対してスクリーニングした後、
タンパク質を最終的に、ｐＨ４の３０％ ＰＥＧ４００
０中で結晶化した。大きい結晶は、約0.4mmx0.3mmx0.3m
mの大きさである。

【０１２３】Ｂ．Ｘ線回折の特徴 ＣＭＶプロテアーゼ結晶を、陰極機械を５０ＫＶｘ１０
０ｍＡ電極出力で操作したことを除いて、ＨＳＶ−２お
よびＨＳＶ−１プロテアーゼ結晶について上記記載した
技術を用いてＸ線回折に適用した。結晶は、３.０Å分
解能に回折した。コンピュータープログラムＸＥＮＧＥ
Ｎを用いて、幾万もの回折点の位置および強度を記録す
ることによって、その結晶が、４面体結晶系であり、空
間群Ｐ４3２２であることを決定した。単位胞次元は、
ａ＝ｂ＝５８.７Å、および、ｃ＝１３１.０Åである。
確立された方法によって、非対称単位はひとつのタンパ
ク質分子を有することが計算された。結晶は、推定４０
％の溶媒を含有する。

【０１２４】高度な分解能回折データセット（２.５
Å）が、ＣＣＤ検出器を用いたCornellSynchrotron Lab
oratory （CHESS）Ａ−１ビームラインで集められた。
データは、プログラムＤＥＮＺＯ／ＳＣＡＬＥＰＡＣＫ
（Otwinowski, Z. in Data Collection and Processing
(eds Sawyer, L., Isaacs, N. Bailey, S.)56-62,Dare
sbury Laboratory,Warrington(1993)）で処理された。
他にも、Siemens CuKaソース上のSiemens multiwire検
出器で集められ、ＸＥＮＧＥＮ（A. J. Howard etal.,
J. Appl. Crystallogr. A47:110-119(1994)）で処理さ
れた。

【０１２５】Ｃ．重原子誘導体 実施例１に記載のＭＩＲ法を用いて、様々な重金属化合
物を試験するために、有用な誘導体を天然の結晶を、飽
和ＭｅＨｇＣｌ（ｐＨ４または５）、飽和Baker's Dime
rcury、１ｍＭ ＵＯ2Ａｃ2、１ｍＭ Ｋ2ＰｔＣｌ4、０.
５ｍＭ ＬｕＣｌ3またはＳｍＣｌ3に、１ないし４日間
浸すことによって調製した。次いで、各誘導体のＸ線回
折データを上記と同じ方法により集めた。天然および重
金属誘導体のデータ集積統計を図４４７に示す。重原子
の位置は、ＣＣＰ４suite（Collaborative Computation
al Project, Number 4, Acta Crystallogr. D50,760-76
3(1994)）中のプログラムを用いて、差パターソン法お
よび差フーリエ法によって同定した。３つの誘導体から
の膨大なシグナルは、空間群の掌性および重原子座標の
決定を可能にした。重原子精錬および位相化をプログラ
ムＭＬＰＨＡＲＥ（Otwinowski, 上記（１９９１））を
用いて行った。ＭＩＲ法により得られた最初の位相を用
いて、結晶単位胞中の電子密度マップを計算した。電子
は原子のすぐ中心付近に高密度に分布するので、タンパ
ク質原子の位置を電子密度マップに従って記録する。電
子密度マップの明瞭性は、溶媒フラットニング（solben
t flattening）、ヒストグラムマッチング（histogram
matching）および骨格化の方法で改良された。

【０１２６】Ｄ．モデルの構築および精錬 上記実験から得られた３次元電子密度マップを用いて、
ＣＭＶプロテアーゼのポリペプチド鎖をあいまいさなし
にトレースできる。１９３残基（ほとんど側鎖を有す
る）を３−ＤコンピューターグラフィックプログラムＸ
ＴＡＬＶＩＥＷ（MacRee, D. E. 上記、(1993)）を用い
て構築した。ＸＴＡＬＶＩＥＷをＣＭＶプロテアーゼ構
造のモデル構築において使用した。これら１９３アミノ
酸残基の各々を手動で電子密度中に配置し、それによっ
て、ＣＭＶプロテアーゼ中の各原子の独特の配置を可能
にし、各位置は、図３１５−３１９に示すごとく、原子
座標（Ｘ、Ｙ、Ｚ）の特異的セットによって定義され
る。これらの原子座標で始め、回折パターンを計算し、
実験データと比較した。計算および実験で決定した回折
パターンの間の差異は、Ｒ因子（Ｒ因子＝Ｓ││Ｆo │
- │Ｆc ││／ＳＦo）の値によってモニターされた。
構造モデルの精錬（ＸＰＬＯＲを用いて）は、Ｒ因子を
最小化するように原子配置の調整を必要とし、２０％以
下の値が高純度のタンパク質構造について典型的であ
り、普通２０％以上の値はさらなる精錬の必要性を示
す。

【０１２７】ＣＭＶプロテアーゼの最初のモデルはアミ
ノ酸の約７０％を含有し、１０ないし３.０Åの回折デ
ータを用いて、４３.８％の開始Ｒ因子を有する。コン
ピュータープログラムＸＰＬＯＲを精錬を行うために用
い、モデルを多くの繰り返しサイクル後に徐々に改良し
た。Ｒ因子は、ＸＰＬＯＲでの配置精錬２００サイクル
後に２８.３％に減少した。最終的なＲ因子はＣＭＶプ
ロテアーゼ構造で１８.７％である。プログラムＰＲＯ
ＣＨＥＣＫ（R. A. Laskowski et al. 上記(1993)）を
用いて、立体化学的および幾何学的な本体から離れた部
分をチェックし、結果は非常に満足のいくものである。

【０１２８】構造決定データの統計を図４４７に報告
し、ここで、Ｒm、ＲisoおよびＲcullis、Ｒ因子は上記
実施例１に定義したごとくである。Ｒc（ａｎｏ）は元
来のＲcullis式と類似の非中心屈折の変則的増幅物につ
いて定義する。実施例１に記載したごとく、ＸＰＬＯＲ
精錬はA. T. Brunger et al.上記によって行われた。よ
り詳細には、分解能は７.０−２.５Å、使用した屈折番
号（＞１ｓ）、Ｒ因子：０.１８５、タンパク質原子番
号（非Ｈ）：１６０４（２０２ａａ）、溶媒原子番号
（非Ｈ）：７３、メリット（３０−３.２Å）の形とし
てＭＩＲ：０.７０を包含する。平均座標誤差：０.４
Å；ＲＭＳ結合距離：０.０１７Å；ＲＭＳ結合角度
（２.２度）。平均座標誤差を、ＳＩＧＭＡＡプログラ
ム（R. Read, J. Appl. Crystallogr., A42:140-149(19
86)）に従って行った。

【０１２９】最終的な原子座標（図３１５−３１９）を
用いて、図３２０−３２２、３２３−３２６および３２
７に列挙したごとく、２原子間の距離、３原子間の角
度、および、４原子間の２面角を計算できる。

【０１３０】実施例４：ＶＺＶプロテアーゼのクローニ
ングおよび発現 ＶＺＶプロテアーゼ遺伝子は、ＨＳＶ−１およびＣＭＶ
ヘルペスウイルスからのプロテアーゼ遺伝子に対する相
同性によって完全なＶＺＶゲノム中に配置された。この
解析について使用されたＶＺＶゲノム配列は、A. Davis
on & J. Scott,J. Gen. Virol., 67:1759-1816(1986)に
よって発表されているごとくであった。プロテアーゼ／
カプシド暗号遺伝子に関するオープンリーディングフレ
ーム（ＨＳＶ−１ＵＬ２６遺伝子と等価）は、塩基６
２,１３８で開始、および塩基６０,３２４で停止し、６
０５アミノ酸残基をコードすることがわかった。このオ
ープンリーディングフレームは、上記文献において遺伝
子３３としていわれているものであった。

【０１３１】２３６アミノ酸の長いプロテアーゼ触媒ド
メイン（配列番号：５）は、すべての既知のヘルペスウ
イルスプロテアーゼのカルボキシル末端を定義するＲ部
位を同定することによって局在された。かかる既知のＲ
部位の並びを表１に示す。これらの開裂部位は高度に保
存されており（下線の残基によって示されるごとく）、
表１に示されるごとく、アラニンおよびセリン残基の間
で開裂が起こる。

【０１３２】

【表１】 プロテアーゼ Ｒ部位配列 配列番号： ＨＳＶ−１ Tyr-Leu-Gln-Ala*Ser ３ ＨＳＶ−２ Tyr-Leu-Gln-Ala*Ser ４ ＣＭＶ Tyr-Val-Lys-Ala*Ser １ ＥＢＶ Tyr-Leu-Lys-Ala*Ser ６ ＶＺＶ Tyr-Leu-Gln-Ala*Ser ５

【０１３３】Ａ． ＶＺＶプロテアーゼ合成遺伝子のデ
ザイン ＶＺＶプロテアーゼ触媒ドメインの細菌での発現を最適
化するための努力において、合成遺伝子が、E. coli中
で高度に発現されるタンパク質に見いだされる暗号を用
いて構築された。さらに、多くの構築物が、活性な酵素
としてのタンパク質の精製を促進することを目指して作
成された。ほとんどの構築物は、ウイルス感染時に作ら
れると考えられている本物を製造することが目的であっ
た。

【０１３４】合成遺伝子は、以下のごとくデザインさ
れ：５'末端にＮｃｏＩ制限部位、および、３'末端にＸ
ｂａＩ部位を有する７８８ｂｐＶＺＶプロテアーゼ遺伝
子断片をデザインした。これらの制限部位は、引き続い
て適切な発現ベクターに遺伝子断片をクローニングする
ために有用である。珍しいＢｓｔＥ２制限部位を、アミ
ノ酸配列を変化させないように遺伝子断片の中央部に導
入した。この制限部位は、後に２つの合成断片を連結さ
せるために用いた。この遺伝子を各遺伝子合成について
の２つの部分で構築することを決定した。遺伝子の５'
部分は約３７０ｂｐの長さで、３'部分は約４１８ｂｐ
であった。

【０１３５】Ｂ．オリゴヌクレオチドのデザインおよび
合成 約２５ｂｐオーバーラップ末端と共に４つのメガプライ
マー（１００ｂｐ以上の長さのプライマー）を、Nation
al Biosciences Inc. からのOligo 4.0ソフトウェアを
用いてデザインした。オーバーラップする末端のミスマ
ッチを防ぐように気をつけた。すべてのプライマーを、
４０ｎＭポリスチレンカラムを用いてApplied Biosysyt
em DNA Synthesizer（model 394）上で合成した。粗オ
リゴヌクレオチドプライマーを、遺伝子断片の組立に用
いた。各遺伝子部分について、独特の制限部位を含有す
る２つのＰＣＲプライマーを、同じＤＮＡ合成機を用い
て作成した。これらオリゴヌクレオチドを「ネスティド
（nested）プライマー」とした。

【０１３６】Ｃ．遺伝子合成 遺伝子合成を、いくつかの修飾を加えたRosen et al.,
BioTechniques, 9(3)(1990)によって記載された方法を
用いて行った。遺伝子の各部分について、２つのメガプ
ライマーオリゴヌクレオチドを標準的キナーゼ法（Samb
rook et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manua
l., 2nd edit., Cold Spring Laboratory, New York(19
89)）を用いてリン酸化した。最初のポリメラーゼ鎖反
応（ＰＣＲ）において、４つのメガプライマー各々０.
５ないし１ｕｇを混合し、ｄＮＴＰおよびＴａｑおよび
ＶｅｎｔＤＮＡポリメラーゼ（６：１ｖ／ｖ）を用いて
ＰＣＲを行った。Perkin Elmer PCR9600 thermocycler
（９４℃で３０秒間、５２℃で３０秒間、７２℃で４５
秒間）を用いて、ＰＣＲ約１５サイクルのみを行った。

【０１３７】独特の制限部位を含有する５'および３'遺
伝子特異的プライマー（ネスティドプライマー）と共
に、このＰＣＲ反応の産物を２番目のＰＣＲ反応におけ
る鋳型として用いた。ＰＣＲ反応を、上記と同様のサイ
クル時間を用いて、２５−３０サイクル行った。反応産
物のうち約１０ｕｌを１％アガロースゲル上で解析し
た。次いで、正しい大きさを示すＰＣＲ産物をＰＣＲＩ
Ｉベクター（Invitrogen, San Diego, CA）中にサブク
ローニングした。合成断片のＤＮＡ配列を自動ＤＮＡ配
列決定によって確認した。

【０１３８】Ｄ．ＶＺＶプロテアーゼ構築物 ６つの構築物がＶＺＶプロテアーゼ触媒ドメインについ
て調製され、図４４９ないし４５３（各々配列番号：７
ないし１１）として示している。本物のＶＺＶプロテア
ーゼ（配列番号：５）は、アミノおよびカルボキシル末
端の両方に本物のプロテアーゼドメインを含有してい
た。

【０１３９】Ｈ６（Ｎ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番
号：７）は、アミノ末端に６つのヒスチジン残基（下
線）が続き、それに続くエンテロキナーゼ開裂部位（太
い下線）を有する本物のプロテアーゼドメインを含有し
ていた。この構築物のアミノ末端配列は、ＭＧＨＨＨＨ
ＨＨＳＳＧＨＩＤＤＤＤＫ−ＭＡＡＥ...である。ＬＱ
Ａ−Ｈ６（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：８）
は、６つのヒスチジン残基が続く本物のプロテアーゼド
メインを含有していた。ＬＱＡＳ−Ｈ６（Ｃ）ＶＺＶプ
ロテアーゼ（配列番号：９）は、セリン残基および６つ
のヒスチジン残基（下線）が続く本物のプロテアーゼド
メインを含有していた。

【０１４０】ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）Ｖ
ＺＶプロテアーゼ（配列番号：１０）は、セリン残基、
ＬＱＡＳ Ｒ部位の後に通常みられる１２残基（太い下
線）および６つのヒスチジン残基（下線）が続く本物の
プロテアーゼドメインを含有していた。この構築物のカ
ルボキシル末端は、ＬＱＡＳ−ＴＧＹＧＬＡＲＩＴＮＶ
Ｎ−ＨＨＨＨＨＨである。

【０１４１】デルタ９ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６
（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：１１）は、アミ
ノ末端に欠失を持ち（最初の９つの天然残基を欠失、お
よび、Ｃｙｓ１０がＭｅｔにより置換）、カルボキシル
末端にセリン残基、ＬＱＡＳＲ部位の後に通常みられる
１２残基（太い下線）および６つのヒスチジン残基（下
線）が続く本物のプロテアーゼドメインを含有してい
た。この構築物のアミノ末端は、ＭＥＡＬＹＶ...であ
り、この構築物のカルボキシル末端配列は、...ＬＱＡ
Ｓ−ＴＧＹＧＬＡＲＩＴＮＶＮ−ＨＨＨＨＨＨである。

【０１４２】Ｅ．ＶＺＶプロテアーゼ構築物の発現 すべての構築物を、挿入された遺伝子が誘導可能なＴ７
プロモーターの制御下になる、E. coli発現ベクターｐ
ＥＴ１６ｂ（Novagen, Madison, WI）に挿入した。標準
的形質転換技術を用いて、ＢＬ２１（ＤＥ３）E. coli
株（Novagen）にベクターを導入した。形質転換細胞を
ＯＤ650＝０.５にまで生育させ、次いで、Ｔ７プロモー
ターからの発現を誘導するため１０ｍＭＩＰＴＧで処理
した。次いで、細胞をさらに２時間曝気し、遠心によっ
て集めた。細胞抽出物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、続いてク
マシー染色、または、Ａｎｔｉ-９５３７０と呼ばれる
ＨＳＶ−１プロテアーゼに対するポリクローナル抗体を
用いたウエスタンブロット解析によって発現について解
析した。

【０１４３】Ａｎｔｉ-９５３７０は、完全なＨＳＶ１
ＵＬ２６遺伝子を、C. S. Chiang etal., Clin. Chem.,
35(6):946-952(1989)に記載されているｐＯＴＳＫＦ３
３ベクター中の切断されたＧａｌＫ遺伝子のＣ末端に融
合することによって調製された、ウサギ抗ＨＳＶ−１プ
ロテアーゼポリクローナル抗血清である。融合タンパク
質を簡便な方法で発現させ、細胞破壊後、不溶性画分を
調製用ＳＤＳ−ＰＡＧＥを用いてゲル精製した。融合タ
ンパク質を電気溶出し、標準的方法によってウサギを免
疫するのに用いた。得られたＡｎｔｉ-９５３７０抗血
清は、ＶＺＶプロテアーゼに交叉反応を示した。

【０１４４】実施例５：ＶＺＶ構築物の精製 本物のＶＺＶプロテアーゼ構築物については精製は行わ
なかった。他の構築物は以下のごとく精製された。

【０１４５】Ａ．Ｈ６（Ｎ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列
番号：７）の精製 このプロテアーゼ構築物の発現を２５℃および３７℃で
の２時間インキュベーションを比較することによって調
べた。細胞（２−３ｇ）を細胞１ｇ当たり１０ｍｌの比
率の50mM Tris pH8.0、300mM NaCl中に再懸濁し、氷上
で超音波処理によって溶解した。続く精製は４℃で行っ
た。３０,０００ｘｇでの遠心後、可溶性画分をＮｉＮ
ＡＴアガロース（Qiagen）と１時間バッチインキュベー
ションすることによってさらに精製し、続いて、イミダ
ゾールでの洗浄および溶出でカラムクロマトグラフィー
を行った。試料をクマシー染色ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、およ
び、上記記載のＡｎｔｉ-９５３７０ポリクローナル抗
体を用いたウエスタンブロットにより解析した。

【０１４６】より多くのプロテアーゼを３７℃で発現さ
せたが、プロテアーゼの大部分は両方の条件下で不溶性
であった。可溶性のプロテアーゼは、完全長および切断
された（Ｃ末端ｄｅｓ３０として同定）形態に分けられ
るようであった。産物の大部分は、予想される２５０ｍ
Ｍよりもむしろ５０ｍＭ イミダゾールで溶出した。５
０ｍＭ溶出物は９０％純粋で、約９０％が切断されてお
り、ＪＭ８２ペプチド基質（Ａｃ−ＨＴＹＬＱＡ＊ＳＥ
ＫＦＫＭＷＧ；＊は開裂部位を示す）（配列番号：１
６）に対して活性であり、正しいＮ末端配列を有してい
た。活性は完全長産物によるものであった。

【０１４７】Ｂ．ＬＱＡ−Ｈ６（Ｃ）ＶＺＶプロテアー
ゼ（配列番号：８）およびＬＱＡＳ−Ｈ６（Ｃ）ＶＺＶ
プロテアーゼ（配列番号：９）の精製 これらの構築物を発現する２５℃および３７℃で、細胞
（５−１０ｇ）を振盪フラスコ中で細胞１ｇ当たり１０
ｍｌの比率の５０ｍＭ Ｔris pＨ８.０、３００ｍＭ Ｎ
aＣl中に再懸濁し、Avestinホモジナイザー（約１２,０
００ｐｓｉ）で溶解した。溶解物を遠心し、可溶性画分
をＮiＮＡＴアガロース上でクロマトグラフィーを行っ
た。より多くのプロテアーゼを、３７℃でインキュバベ
ーションした両方の構築物について、予想される250mM
イミダゾールよりもむしろ50mMイミダゾールで溶出し
た。２５℃でインキュベーションしたＬＱＡ−Ｈ６
（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼについては、産物の大部分は
250mMイミダゾールで溶出した。相対的溶出は、ＲＰ−
ＨＰＬＣ、クマシーおよびウエスタン解析において矛盾
しなかった。すべての産物は、見かけ上同じ大きさであ
った。

【０１４８】両方の構築物からの産物は、予想されるＮ
末端（ｄｅｓＭｅｔ）を有していた。ＬＱＡＳ−Ｈ６
（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：９）からの50mM
溶出物を約０.６ｍｇ／ｍｌにまで濃縮し、10mM DTT、1
mM EDTA、および１０％グリセロールにし、４℃でイン
キュベーションした。ＪＭ８２ペプチド基質に対するわ
ずかな活性（完全なプロテアーゼの＜１０％比活性）が
１０日後に検出され、もう１０日後に確認された。振盪
フラスコ調製が繰り返され、さらにSuperdex７５クロマ
トグラフィー工程が加えられた場合でも、最終産物は潜
在活性の約１０％のみ有した。１０リットル培養器で生
育し、ＯＤ０.７またはＯＤ５.０で、３７℃で１時間誘
導した細胞を用いた、ＬＱＡＳ−Ｈ６（Ｃ）ＶＺＶプロ
テアーゼ（配列番号：９）の規模拡大は失敗であった。

【０１４９】クマシー染色ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルは、溶
解は成功しているが、プロテアーゼがＲＰ−ＨＰＬＣを
用いたＮｉＮＴＡ溶出物において検出できないことを示
した。ウエスタンブロットは、ＯＤ０.７で誘導された
細胞で最高の発現を検出したが、産物の大部分は不溶性
であった。同じレベルの産物を、１０Ｌ培養細胞につい
てのＮｉＮＴＡアガロース負荷および非結合を検出し、
これは、産物が結合しないことを示唆した。産物は、振
盪フラスコ中で生育された細胞の負荷において検出さ
れ、非結合画分には検出されず、これは、ＮｉＮＴＡア
ガロースによる完全な捕獲を示唆した。すべての試料か
らの産物は、同じみかけの分子量を有していた。ＮiＮ
ＴＡアガロースへの結合が失敗した理由はわからない。

【０１５０】Ｄ．ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６
（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：１０）およびデ
ルタ９ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）ＶＺＶプ
ロテアーゼ（配列番号：１１）の精製 ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）ＶＺＶプロテア
ーゼ（配列番号：１０）からの細胞３００ｇを、緩衝液
Ａ（５０ｍＭ Ｔris pＨ８.０、３００ｍＭ ＮaＣl）に
最終体積３ｌになるように再懸濁し、細胞をAvestinホ
モジナイザーで約１２,０００ｐｓｉで溶解した。ホモ
ジネートを集め、ＮｉＮＴＡアガロース（Qiagen）を１
０ｇ細胞当たり１ｍｌの比率で添加した。４℃で１時間
回転しながらインキュベーション後、樹脂を３０００ｒ
ｐｍで１０分間遠心して集めた。上清をペリスタリック
ポンプで除去し、樹脂を２５ｍｌピペットでPharmacia
２.６ｃｍＸＫカラムに充填した。カラムを緩衝液Ａで
２.５ｍｌ／分で基底線吸光度（０.５ｍＶ）にまで洗浄
した。２０％Ｂ（50mM イミダゾール：緩衝液Ｂは、５
０ｍＭ Ｔris pＨ８.０、３００ｍＭ ＮaＣl、２５０ｍ
Ｍイミダゾール）で洗浄後、プロテアーゼを１００％Ｂ
（２５０ｍＭイミダゾール）で溶出した。グリセロール
を１０％になるように２５０ｍＭ溶出物に添加し、最終
濃度でＤＴＴを１０ｍＭ、および、ＥＤＴＡを１ｍＭに
した。試料をＳＴＥＲＩＶＥＸ０.４５ｍｍ（Millipor
e）フィルターで濾過し、Amicon５０ｍｌ撹拌セルに移
した。５ｍｌに濃縮後、試料をＳＥＣ緩衝液（２５ｍＭ
ＨＥＰＥＳ、pＨ８.０、５０ｍＭ ＮaＣl、１ｍＭＥＤ
ＴＡ、５ｍＭ ＤＴＴ）で５０ｍｌに希釈し、＜５ｍｌ
にまで濃縮した。濾過後、試料を４℃で一晩保存した。

【０１５１】試料をＳＥＣ緩衝液で平衡化した２.６ｘ
６０ｃｍSuperdexカラムでクロマトグラフィーした。２
８０ｎｍの吸光度で測定されるプロテアーゼ画分を貯留
し、１０ｍｌの撹拌セルで濃縮した。沈澱を遠心で除去
し、試料を濾過した（Millipore ULTRAFREE MC0.22u
m）。ＶＺＶプロテアーゼ産物を２ｍｇ／ｍｌにまで濃
縮し、等量のグルセロールで希釈し、プロテアーゼアッ
セイまで−２０℃で保存した。別法として、結晶用にプ
ロテアーゼを約１０ｍｇ／ｍｌにまで濃縮した。

【０１５２】ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）Ｖ
ＺＶプロテアーゼ（配列番号：１０）からのプロテアー
ゼ産物がＮ末端のＭｅｔを欠失し、本物のプロテアーゼ
に対応するカルボキシル末端を有する（即ち、Ｒ部位で
の１２アミノ酸の伸展の自己プロセッシングの結果とし
て、ＬＱＡで終わっている）、ＭＡＬＤＩ−ＭＳによっ
て予想された分子量であるかを決定した。実際、この構
築物は、ＮｉＮＴＡに結合するための６ヒスチジンテイ
ルを有するカルボキシテイルを含有し、続いて、ＬＱＡ
成熟タンパク質カルボキシ末端アミノ酸の後に１３の付
加的アミノ酸を有しており、これにより、そのタンパク
質について好ましい開裂したカルボキシ末端の産生を可
能にした。デルタ９ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６
（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：１１）からのプ
ロテアーゼは予想された分子量を有し、一方、Ｎ末端の
Ｍｅｔは維持しており、かつＬＱＡで終わっていた。両
方のプロテアーゼはＪＭ８２基質に対して活性であっ
た。精製されたプロテアーゼはＲＰ−ＨＰＬＣおよびＳ
ＥＣ上で単一のピークであり、ＲＰ−ＨＰＬＣ上で９５
％純粋であった。

【０１５３】デルタ９ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６
（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：１１）からのプ
ロテアーゼは、E. coli細胞３００ｇあたり４ｍｇの典
型的収率で結晶学用に最初に調製された（アミノ末端に
ある構造的乱雑さを排除するために）。ＬＱＡＳ−１２
ａａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）ＶＺＶプロテアーゼ（配列番
号：１０）からのプロテアーゼは、E. coli細胞３００
ｇあたり１７ｍｇの収率であった。

【０１５４】これらの修飾されたＶＺＶタンパク質構築
物は、ＶＺＶプロテアーゼの他の生物物理学的構造的研
究においてと同様、実施例６において以下に記載するご
とく、ＶＺＶプロテアーゼの結晶化において有用であ
る。構築物は、ＶＺＶプロテアーゼを阻害および／また
は相互作用する化合物を同定するための生化学的アッセ
イにおいても有用である（以下の実施例７および８参
照）。

【０１５５】実施例６：ＶＺＶプロテアーゼの結晶化 デルタ９ＬＱＡＳ−１２ａａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）ＶＺＶ
プロテアーゼ（配列番号：１１）からのプロテアーゼを
０.１Ｍリン酸緩衝液ｐＨ６.２および２.５ＭＮaＣlで
結晶化した。大きな結晶は約０.５ｍｍｘ０.２ｍｍｘ
０.２ｍｍの大きさである。

【０１５６】Ａ．Ｘ線回折による特徴づけ ＶＺＶプロテアーゼ結晶を、本質的にＣＭＶについて記
載したのと同じ方法を用いて、Ｘ線回折による特徴づけ
に適用した。結晶は、３.０Å分解能に回折した。コン
ピュータープログラムＸＥＮＧＥＮを用いて幾万もの回
折点の位置および強度を記録することによって、結晶は
６面体空間群Ｐ６₄２２であり、ａ＝ｂ＝９０.０Å、お
よびｃ＝１１７.４Åを有することが決定された。確立
された方法によって、非対称単位がひとつのタンパク質
分子を有するように計算された。結晶は見積もられた６
０％溶媒を含有する。元のデータは、３.０Åまで９０
％完全であり、Ｒ_merge（Σ │Ｉ-＜Ｉ＞ │／Σ＜Ｉ
＞）０.０７を有する。

【０１５７】Ｂ．重原子誘導体 単一重原子同型置換（ＳＩＲ）法が用いられた。有用な
誘導体が、天然の結晶を１ｍＭ ＫＰt(ＣＮ)₂に１日間
浸すことによって調製された。ＳＩＲ法を介して得られ
た最初の位相を用いて、結晶単位胞内の電子密度マップ
を計算できた。電子は原子のすぐ中心付近に多く分布す
るので、タンパク質原子の位置を電子密度マップに従っ
て記録する。電子密度マップの明瞭性を、溶媒フラット
ニング、ヒストグラムマッチングおよび骨格化の方法に
より改良できた。誘導体データは、４.５Åまで８１％
完全であり、Ｒ_merge０.１４、およびＲ_iso（Σ│ＦＰ
Ｈ−ＦＰ│／ΣＦＰ）０.１９を有する。この誘導体
は、位相化力１.２０であり、Ｒ_cullis（Σ│ＦＨo-Ｆ
Ｈc │／Σ│ＦＨo │）０.７９であった。この場合、
ＳＩＲからの位相情報は構造ソリューションには十分で
ない。

【０１５８】Ｃ．分子置換 ＸＰＬＯＲ（A. Brunger et al. Science 235, 458-460
(1987)）を用いた分子置換（ＭＲ）ソリューションは、
すべての保存されていない領域を、ＣＭＶプロテアーゼ
構造を基にした捜査モデルにおいて除外した後にのみう
まく同定された。回転ソリューション（８.０−４.０
Å）はもっとも高いピークであり、平均より２５ｓ高
く、２番目に高いピークより１ｓ高い。２つの可能性の
ある空間群Ｐ６₂２２およびＰ６₄２２において翻訳捜査
を行い、後者がピーク高において５ｓのよりよいソリュ
ーションを与え、Ｒ因子において５２.６％（８.０−
３.０Å）であった。８.０−３.０Åデータを用いた硬
質体精錬後、Ｒ因子は５０.６％に低下した。結晶充填
を調べると、ぴったりした２量体境界面がＣＭＶプロテ
アーゼにおける同じ境界面に対応して見いだされた。分
子置換ソリューションから計算された位相を用いて、重
原子の位置を差フーリエ法を用いて同定し、それは差パ
ターソン法を用いて見いだされたものと同じである。こ
の位置はＣｙｓ１５７の近辺であり、さらに、これらの
結果の正確さを確認した。

【０１５９】Ｄ．位相の組み合わせ ＶＺＶプロテアーゼの結晶構造を、単一重原子同型置換
（ＳＩＲ）および分子置換法の組み合わせを用いて決定
した。ＳＩＲマップおよびＭＲマップのいずれも翻訳不
可能のようであった。両方のソースからの位相を組み合
わせて、メリットの全体図はたったの０.３９であり、
マップは非常にノイズが多い。幸運にも、結晶において
溶媒が６０％存在する。溶媒フラットニングおよびヒス
トグラムマッチングの後には、電子密度マップは非常に
クリアになった。

【０１６０】Ｅ．モデル構築および精錬 ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：５）のポリペプチド鎖
を、上記実験から得られた３次元電子密度マップ、およ
び、上記ＣＭＶについての実施例３に記載した方法を用
いて、２１１残基（ほとんど側鎖つき）が構築されたこ
とを除いて、あいまいさなしにトレースできた。

【０１６１】ＸＴＡＬＶＩＥＷプログラムでのモデル構
築およびＸＰＬＯＲでの精錬のサイクルにより、溶媒分
子のない２１１アミノ酸を包含する最終的なモデルを作
成する。１５残基；配列番号：５の１２７−１３６およ
び２３２−２３６が結晶中で乱雑であることがわかっ
た。全部で４９０３の屈折が最終的な精錬において包含
され（７.０−３.０Å）、精錬された温度因子なしに２
２.３％のＲ因子（Σ ││Ｆo │- │Ｆc ││／ΣＦ
o）を与えた。ｒｍｓ結合距離は０.０１４Å、ｒｍｓ結
合角度は２.１°である。Ｈｉｓ５２およびＨｉｓ１３
９は、ＮＤ１原子に単一のプロトンを有していると確認
された。プログラムＰＲＯＣＨＥＣＫ（R. A. Laskowsk
i et al., J. Appl. Crystallogr., 26:283-291(199
3)）を、最終構造中において立体化学的および幾何学的
に本体から離れた部分をチェックするために用い、結果
は非常に満足のいくものである。図４０６−４１３に列
挙したごとく、最終的な原子座標（図３５８−３６０）
を用いて、原子間の距離、３原子間の角度、および、４
原子間の２面角を計算できる。

【０１６２】実施例７：プロテアーゼ活性のアッセイ インビボでのＨＳＶ−２、ＨＳＶ−１、ＣＭＶおよびＶ
ＺＶプロテアーゼの生物学的機能は、大きなタンパク質
基質分子内のＡｌａ−Ｓｅｒペプチド結合を特異的に開
裂することである。プロテアーゼ活性のインビトロでの
通常のアッセイのために、大きなタンパク質基質の使用
は不便であり、非常に高価である。

【０１６３】Ａ．ＨＳＶ−２プロテアーゼ ＨＳＶ−２プロテアーゼについて、（ＶＺＶｍ部位に基
づいて）ＦＱ７と命名された、ダンシル−ＤＮＡ、配列
ＶＥＡ＊ＳＳＫＡＰＬＫ−（ダンシル-ＩＩ）−ＯＨ
（配列番号：１７）を有する小さなペプチド基質を大き
なタンパク質基質の代わりに合成した。ＨＳＶ−２プロ
テアーゼの存在下、ＦＱ７ペプチドはＡ＊Ｓペプチド結
合で開裂し、基質は２つの部分になるであろう。開裂し
た分子が強力な蛍光シグナルを生じるように、ペプチド
をデザインした。

【０１６４】従って、ＨＳＶ−２プロテアーゼの酵素活
性は、蛍光シグナルの強度によって定量できる。これ
は、蛍光クエンチング（ＦＱ）と呼ばれる非序に感度の
よいアッセイ方法である。例えば、"Principles of Flu
orescence Spectroscopy", Lakowicz, J. R., Plenum P
ress, NY 1983 を参照。

【０１６５】ＨＳＶ−２プロテアーゼに関する実験にお
いて、最適化されたアッセイ条件は、５２０ｎＭ ＨＳ
Ｖ−２プロテアーゼ、３０％スクロースおよび０.８Ｍ
クエン酸を使用する。阻害剤を添加した場合、減少した
活性は阻害剤の強さも定量する。

【０１６６】Ｂ．ＨＳＶ−１プロテアーゼ ＨＳＶ−１プロテアーゼについて、ＪＭ８２と命名され
た、配列Ａｃ−ＨＴＹＬＱＡ＊ＳＥＫＦＭＷＧ（配列番
号：１６）を有する小さなペプチド基質を大きなタンパ
ク質基質の代わりに合成した。ＨＳＶ−１プロテアーゼ
の存在下、ＪＭ８２ペプチドはＡ＊Ｓペプチド結合で開
裂し、基質は２つの部分になるであろう。活性は、ＨＰ
ＬＣを用いて、基質の２つの部分の定量により測定し
た。

【０１６７】ＨＳＶ−１プロテアーゼに関する実験にお
いて、最適化されたアッセイ条件は、２５ｍＭ Ｈｅｐ
ｅｓ（pＨ８.０）， ５０ｍＭ ＮaＣl, １０ｍＭＤＴ
Ｔ, １ｍＭ ＥＤＴＡおよび１０％グリセロールの緩衝
液中の０.３ｍｇ／ｍｌＨＳＶ−１プロテアーゼ、３０
％スクロースおよび０.８Ｍクエン酸を使用する。阻害
剤を添加した場合、減少した活性は阻害剤の強さも定量
する。

【０１６８】Ｃ．ＣＭＶプロテアーゼ ＣＭＶプロテアーゼについて、ＦＱ８と命名された、配
列Ｄｂｓ−ＲＧＶＶＮＡＳＳＲＬＡＫＫ−ＤＮＳ（Ｉ
Ｉ）（配列番号：１８）を有する小さなペプチド基質を
大きなタンパク質基質の代わりに合成した。ＣＭＶプロ
テアーゼの存在下、ＦＱ８ペプチドはＡ＊Ｓペプチド結
合で開裂し、基質は２つの部分になるであろう。ＨＳＶ
−１およびＨＳＶ−２プロテアーゼのごとく、開裂した
分子が強力な蛍光シグナルを生じるように、ペプチド基
質をデザインした。ＣＭＶプロテアーゼに関する実験に
おいて、最適化されたアッセイ条件は、２０ｍＭ ＣＭ
Ｖプロテアーゼ、および、３０％スクロースを使用す
る。阻害剤を添加した場合、減少した活性は阻害剤の強
さも定量する。

【０１６９】Ｄ．ＶＺＶプロテアーゼ このアッセイは、上記プロテアーゼについて記載された
ごとく行われ、ＦＱ７という小さなペプチド基質を使用
した。ＶＺＶプロテアーゼに関する実験において最適化
されたアッセイ条件は、０.８Ｍクエン酸／３０％スク
ロースを含む５０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ、pＨ８、１５０ｍＭ
ＮaＣl、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０.０１％ＰＥＧの緩衝液
中の２０ｎＭ ＶＺＶプロテアーゼを使用する。阻害剤
を添加した場合、減少した活性は阻害剤の強さも定量す
る。

【０１７０】実施例８：阻害剤の検出方法 ３次元原子構造は、強力な阻害剤を選択するための鋳型
として容易に用いることができる。この目的のために様
々なコンピュータープログラムおよびデータベースが市
販されている。よい阻害剤は、少なくとも標的に対する
すばらしい立体および静電気的相補性を有し、かなりの
量の疎水的表面が埋もれており、結合に関してエントロ
ピーの減少を最小化するようなコンフォメーション的に
十分な硬さを有する。

【０１７１】一般に、鋳型として３Ｄ構造を用いるには
いくつかの工程がある。最初に、標的領域を定義する。
標的領域の定義において、ヘルペスプロテアーゼの活性
部位腔またはプロテアーゼ活性に必須ないずれかの領域
を選択することができる。上記記載のごとく、ＨＳＶ−
２、ＨＳＶ−１、ＣＭＶおよびＶＺＶプロテアーゼにつ
いて結晶構造が決定され、従って、標的領域の空間的お
よび化学的性質がわかっている。

【０１７２】２番目に、様々な方法のひとつを用いて、
小分子を標的にドッキングさせる。３次元構造のコンピ
ューターデータベースが数百万もの小分子化合物のスク
リーニングのために利用できる。これら化合物の陰のイ
メージを計算し、これを用いて標的腔の形とマッチさせ
る。標的の形を相補するために、これら化合物の水素結
合の供給-受容、および、親油性ポイントのプロファイ
ルも使用される。当業者は、適合する多くの小分子また
は断片を容易に同定できる。

【０１７３】３番目に、認識断片を連結および伸展して
もよい。上記方法により同定された適合物を用いて、単
一の大きな分子中に異なる機能群または小分子を取り込
ませることができる。得られた分子は、より強力で、適
合物単独よりも高度な特異性を有するようである。
「種」となる阻害剤を、標的タンパク質と相互作用する
より多くの原子または断片を添加することによって改良
する試みも可能である。元々定義された標的領域は容易
に拡大でき、さらに必要な伸展も可能にする。限られた
数の約束化合物をこの方法で選択する。化合物を合成
し、それらの阻害的性質についてアッセイする。成功確
率は、時に２０％の高率であり、コンピューター法にお
ける迅速な方法より高いかもしれない。

【０１７４】本発明は、本明細書中記載された個々の具
体例によって範囲が制限されるものではない。実際、本
明細書に記載の事項に加えて、本発明の様々な修飾が、
以上の記載から当業者には明らかになるであろう。かか
る修飾は、添付した請求の範囲の範囲内に含まれる。特
許、特許出願および本明細書中引用した文献の開示は、
出典明示により本明細書の一部とする。

【０１７５】

【配列表】 （１）一般的情報： （ｉ）出願人： （ｉｉ）発明の名称： 新規プロテアーゼ、その部位へ
の結合能を有する組成物およびその使用方法 （ｉｉｉ）配列の数：１８ （ｉｖ）連絡先： （Ａ）名称：スミスクライン・ビーチャム・コーポレイ
ション （Ｂ）通り名：スウェードランド・ロード７０９番 −
ピーオーボックス１５３９ （Ｃ）都市名：キング・オブ・プルシア （Ｄ）州名：ペンシルベニア州 （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号：１９４０６−２７９９ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体形態：フロッピーディスク （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭ ＰＣ コンパチブル （Ｃ）オペレーティングシステム：ＰＣ−ＤＯＳ／ＭＳ
−ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウェア：パテントイン・リリース（Patent
In Release）＃１.０、バージョン＃１.３０ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号：ＵＳ ６０／０１８,６１６ （Ｂ）出願日：１９９６年５月１５日 （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号：ＵＳ ６０／０２２,４７０ （Ｂ）出願日：１９９６年６月２６日 （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号：ＵＳ ６０／０２４,４１６ （Ｂ）出願日：１９９６年８月２１日 （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号：ＵＳ ６０／０３０,９０１ （Ｂ）出願日：１９９６年１１月１４日 （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号：ＵＳ ６０／０３５,９７３ （Ｂ）出願日：１９９６年１月２１日 （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号：ＵＳ ６０／０３９,１９１ （Ｂ）出願日：１９９６年２月２７日 （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：ディナー・ダラ・エル（Dinner, Dara
L.） （Ｂ）登録番号：３３,６８０ （Ｃ）代理人等における処理番号：Ｐ５０４７２−１ （ｉｘ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：６１０−２７０−５０２２ （Ｂ）テレファックス番号：６１０−２７０−５０９０

【０１７６】（２） 配列番号：１の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２５６アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： Met Thr Met Asp Glu Gln Gln Ser Gln Ala Val Ala Pro Val Tyr Val 1 5 10 15 Gly Gly Phe Leu Ala Arg Tyr Asp Gln Ser Pro Asp Glu Ala Glu Leu 20 25 30 Leu Leu Pro Arg Asp Val Val Glu His Trp Leu His Ala Gln Gly Gln 35 40 45 Gly Gln Pro Ser Leu Ser Val Ala Leu Pro Leu Asn Ile Asn His Asp 50 55 60 Asp Thr Ala Val Val Gly His Val Ala Ala Met Gln Ser Val Arg Asp 65 70 75 80 Gly Leu Phe Cys Leu Gly Cys Val Thr Ser Pro Arg Phe Leu Glu Ile 85 90 95 Val Arg Arg Ala Ser Glu Lys Ser Glu Leu Val Ser Arg Gly Pro Val 100 105 110 Ser Pro Leu Gln Pro Asp Lys Val Val Glu Phe Leu Ser Gly Ser Tyr 115 120 125 Ala Gly Leu Ser Leu Ser Ser Arg Arg Cys Asp Asp Val Glu Ala Ala 130 135 140 Thr Ser Leu Ser Gly Ser Glu Thr Thr Pro Phe Lys His Val Ala Leu 145 150 155 160 Cys Ser Val Gly Arg Arg Arg Gly Thr Leu Ala Val Tyr Gly Arg Asp 165 170 175 Pro Glu Trp Val Thr Gln Arg Phe Pro Asp Leu Thr Ala Ala Asp Arg 180 185 190 Asp Gly Leu Arg Ala Gln Trp Gln Arg Cys Gly Ser Thr Ala Val Asp 195 200 205 Ala Ser Gly Asp Pro Phe Arg Ser Asp Ser Tyr Gly Leu Leu Gly Asn 210 215 220 Ser Val Asp Ala Leu Tyr Ile Arg Glu Arg Leu Pro Lys Leu Arg Tyr 225 230 235 240 Asp Lys Gln Leu Val Gly Val Thr Glu Arg Glu Ser Tyr Val Lys Ala 245 250 255

【０１７７】（２） 配列番号：２の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２３０アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Ser Lys Val Trp Val Gly Gly Phe Leu Cys Val Tyr Gly Glu Glu 1 5 10 15 Pro Ser Glu Glu Cys Leu Ala Leu Pro Arg Asp Thr Val Gln Lys Glu 20 25 30 Leu Gly Ser Gly Asn Ile Pro Leu Pro Leu Asn Ile Asn His Asn Glu 35 40 45 Lys Ala Thr Ile Gly Met Val Arg Gly Leu Phe Asp Leu Glu His Gly 50 55 60 Leu Phe Cys Val Ala Gln Ile Gln Ser Gln Thr Phe Met Asp Ile Ile 65 70 75 80 Arg Asn Ile Ala Gly Lys Ser Lys Leu Ile Thr Ala Gly Ser Val Ile 85 90 95 Glu Pro Leu Pro Pro Asp Pro Glu Ile Glu Cys Leu Ser Ser Ser Phe 100 105 110 Pro Gly Leu Ser Leu Ser Ser Lys Val Leu Gln Asp Glu Asn Leu Asp 115 120 125 Gly Lys Pro Phe Phe His His Val Ser Val Cys Gly Val Gly Arg Arg 130 135 140 Pro Gly Thr Ile Ala Ile Phe Gly Arg Glu Ile Ser Trp Ile Leu Asp 145 150 155 160 Arg Phe Ser Cys Ile Ser Glu Ser Glu Lys Arg Gln Val Leu Glu Gly 165 170 175 Val Asn Val Tyr Ser Gln Gly Phe Asp Glu Asn Leu Phe Ser Ala Asp 180 185 190 Leu Tyr Asp Leu Leu Ala Asp Ser Leu Asp Thr Ser Tyr Ile Arg Lys 195 200 205 Arg Phe Pro Lys Leu Gln Leu Asp Lys Gln Leu Cys Gly Leu Ser Lys 210 215 220 Cys Thr Tyr Ile Lys Ala 225 230

【０１７８】（２） 配列番号：３の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２４７アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： Met Ala Ala Asp Ala Pro Gly Asp Arg Met Glu Glu Pro Leu Pro Asp 1 5 10 15 Arg Ala Val Pro Ile Tyr Val Ala Gly Phe Leu Ala Leu Tyr Asp Ser 20 25 30 Gly Asp Ser Gly Glu Leu Ala Leu Asp Pro Asp Thr Val Arg Ala Ala 35 40 45 Leu Pro Pro Asp Asn Pro Leu Pro Ile Asn Val Asn His Arg Ala Gly 50 55 60 Cys Glu Val Gly Arg Val Leu Ala Val Val Asp Asp Pro Arg Gly Pro 65 70 75 80 Phe Phe Val Gly Leu Ile Ala Cys Val Gln Leu Glu Arg Val Leu Glu 85 90 95 Thr Ala Ala Ser Ala Ala Ile Phe Glu Arg Arg Gly Pro Pro Leu Ser 100 105 110 Arg Glu Glu Arg Leu Leu Tyr Leu Ile Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val 115 120 125 Ser Leu Ala Thr Lys Arg Leu Gly Gly Glu Ala His Pro Asp Arg Thr 130 135 140 Leu Phe Ala His Val Ala Leu Cys Ala Ile Gly Arg Arg Leu Gly Thr 145 150 155 160 Ile Val Thr Tyr Asp Thr Gly Leu Asp Ala Ala Ile Ala Pro Phe Arg 165 170 175 His Leu Ser Pro Ala Ser Arg Glu Gly Ala Arg Arg Leu Ala Ala Glu 180 185 190 Ala Glu Leu Ala Leu Ser Gly Arg Thr Trp Ala Pro Gly Val Glu Ala 195 200 205 Leu Thr His Thr Leu Leu Ser Thr Ala Val Asn Asn Met Met Leu Arg 210 215 220 Asp Arg Trp Ser Leu Val Ala Glu Arg Arg Arg Gln Ala Gly Ile Ala 225 230 235 240 Gly His Thr Tyr Leu Gln Ala 245

【０１７９】（２） 配列番号：４の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２４７アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Met Ala Ser Ala Glu Met Arg Glu Arg Leu Glu Ala Pro Leu Pro Asp 1 5 10 15 Arg Ala Val Pro Ile Tyr Val Ala Gly Phe Leu Ala Leu Tyr Asp Ser 20 25 30 Gly Asp Pro Gly Glu Leu Ala Leu Asp Pro Asp Thr Val Arg Ala Ala 35 40 45 Leu Pro Pro Glu Asn Pro Leu Pro Ile Asn Val Asn His Arg Ala Arg 50 55 60 Cys Glu Val Gly Arg Val Leu Ala Val Val Asn Asp Pro Arg Gly Pro 65 70 75 80 Phe Phe Val Gly Leu Ile Ala Cys Val Gln Leu Glu Arg Val Leu Glu 85 90 95 Thr Ala Ala Ser Ala Ala Ile Phe Glu Arg Arg Gly Pro Ala Leu Ser 100 105 110 Arg Glu Glu Arg Leu Leu Tyr Leu Ile Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val 115 120 125 Ser Leu Ser Thr Lys Arg Arg Gly Asp Glu Val Pro Pro Asp Arg Thr 130 135 140 Leu Phe Ala His Val Ala Leu Cys Ala Ile Gly Arg Arg Leu Gly Thr 145 150 155 160 Ile Val Thr Tyr Asp Thr Ser Leu Asp Ala Ala Ile Ala Pro Phe Arg 165 170 175 His Leu Asp Pro Ala Thr Arg Glu Gly Val Arg Arg Glu Ala Ala Glu 180 185 190 Ala Glu Leu Ala Leu Ala Gly Arg Thr Trp Ala Pro Gly Val Glu Ala 195 200 205 Leu Thr His Thr Leu Leu Ser Thr Ala Val Asn Asn Met Met Leu Arg 210 215 220 Asp Arg Trp Ser Leu Val Ala Glu Arg Arg Arg Gln Ala Gly Ile Ala 225 230 235 240 Gly His Thr Tyr Leu Gln Ala 245

【０１８０】（２） 配列番号：５の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２３６アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： Met Ala Ala Glu Ala Asp Glu Glu Asn Cys Glu Ala Leu Tyr Val Ala 1 5 10 15 Gly Leu Tyr Ala Leu Tyr Ser Lys Asp Glu Gly Glu Leu Asn Ile Thr 20 25 30 Pro Glu Ile Val Arg Ser Ala Leu Pro Pro Thr Ser Lys Ile Pro Ile 35 40 45 Asn Ile Asp His Arg Lys Asp Cys Val Val Gly Glu Val Ile Ala Ile 50 55 60 Ile Glu Asp Ile Arg Gly Pro Phe Phe Leu Gly Ile Val Arg Cys Pro 65 70 75 80 Gln Leu His Ala Val Leu Phe Glu Ala Ala His Ser Asn Phe Phe Gly 85 90 95 Asn Arg Asp Ser Val Leu Ser Pro Leu Glu Arg Ala Leu Tyr Leu Val 100 105 110 Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val Ser Leu Ser Ser Lys Arg Leu Ser Pro 115 120 125 Asn Glu Ile Pro Asp Gly Asn Phe Phe Thr His Val Ala Leu Cys Val 130 135 140 Val Gly Arg Arg Val Gly Thr Val Val Asn Tyr Asp Cys Thr Pro Glu 145 150 155 160 Ser Ser Ile Glu Pro Phe Arg Val Leu Ser Met Glu Ser Lys Ala Arg 165 170 175 Leu Leu Ser Leu Val Lys Asp Tyr Ala Gly Leu Asn Lys Val Trp Lys 180 185 190 Val Ser Glu Asp Lys Leu Ala Lys Val Leu Leu Ser Thr Ala Val Asn 195 200 205 Asn Met Leu Leu Arg Asp Arg Trp Asp Val Val Ala Lys Arg Arg Arg 210 215 220 Glu Ala Gly Ile Met Gly His Val Tyr Leu Gln Ala 225 230 235

【０１８１】（２） 配列番号：６の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２３５アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： Met Val Gln Ala Pro Ser Val Tyr Val Cys Gly Phe Val Glu Arg Pro 1 5 10 15 Asp Ala Pro Pro Lys Asp Ala Cys Leu His Leu Asp Pro Leu Thr Val 20 25 30 Lys Ser Gln Leu Pro Leu Lys Lys Pro Leu Pro Leu Thr Val Glu His 35 40 45 Leu Pro Asp Ala Pro Val Gly Ser Val Phe Gly Leu Tyr Gln Ser Arg 50 55 60 Ala Gly Leu Phe Ser Ala Ala Ser Ile Thr Ser Gly Asp Phe Leu Ser 65 70 75 80 Leu Leu Asp Ser Ile Tyr His Asp Cys Asp Ile Ala Gln Ser Gln Arg 85 90 95 Leu Pro Leu Pro Arg Glu Pro Lys Val Glu Ala Leu His Ala Trp Leu 100 105 110 Pro Ser Leu Ser Leu Ala Ser Leu His Pro Asp Ile Pro Gln Thr Thr 115 120 125 Ala Asp Gly Gly Lys Leu Ser Phe Phe Asp His Val Ser Ile Cys Ala 130 135 140 Leu Gly Arg Arg Arg Gly Thr Thr Ala Val Tyr Gly Thr Asp Leu Ala 145 150 155 160 Trp Val Leu Lys His Phe Ser Asp Leu Glu Pro Ser Ile Ala Ala Gln 165 170 175 Ile Glu Asn Asp Ala Asn Ala Ala Lys Arg Glu Ser Gly Cys Pro Glu 180 185 190 Asp His Pro Leu Pro Leu Thr Lys Leu Ile Ala Lys Ala Ile Asp Ala 195 200 205 Gly Phe Leu Arg Asn Arg Val Glu Thr Leu Arg Gln Asp Arg Gly Val 210 215 220 Ala Asn Ile Pro Ala Glu Ser Tyr Leu Lys Ala 225 230 235

【０１８２】（２） 配列番号：７の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２５４アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：７： Met Gly His His His His His His Ser Ser Gly His Ile Asp Asp Asp 1 5 10 15 Asp Lys Met Ala Ala Glu Ala Asp Glu Glu Asn Cys Glu Ala Leu Tyr 20 25 30 Val Ala Gly Leu Tyr Ala Leu Tyr Ser Lys Asp Glu Gly Glu Leu Asn 35 40 45 Ile Thr Pro Glu Ile Val Arg Ser Ala Leu Pro Pro Thr Ser Lys Ile 50 55 60 Pro Ile Asn Ile Asp His Arg Lys Asp Cys Val Val Gly Glu Val Ile 65 70 75 80 Ala Ile Ile Glu Asp Ile Arg Gly Pro Phe Phe Leu Gly Ile Val Arg 85 90 95 Cys Pro Gln Leu His Ala Val Leu Phe Glu Ala Ala His Ser Asn Phe 100 105 110 Phe Gly Asn Arg Asp Ser Val Leu Ser Pro Leu Glu Arg Ala Leu Tyr 115 120 125 Leu Val Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val Ser Leu Ser Ser Lys Arg Leu 130 135 140 Ser Pro Asn Glu Ile Pro Asp Gly Asn Phe Phe Thr His Val Ala Leu 145 150 155 160 Cys Val Val Gly Arg Arg Val Gly Thr Val Val Asn Tyr Asp Cys Thr 165 170 175 Pro Glu Ser Ser Ile Glu Pro Phe Arg Val Leu Ser Met Glu Ser Lys 180 185 190 Ala Arg Leu Leu Ser Leu Val Lys Asp Tyr Ala Gly Leu Asn Lys Val 195 200 205 Trp Lys Val Ser Glu Asp Lys Leu Ala Lys Val Leu Leu Ser Thr Ala 210 215 220 Val Asn Asn Met Leu Leu Arg Asp Arg Trp Asp Val Val Ala Lys Arg 225 230 235 240 Arg Arg Glu Ala Gly Ile Met Gly His Val Tyr Leu Gln Ala 245 250

【０１８３】（２） 配列番号：８の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２４２アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：８： Met Ala Ala Glu Ala Asp Glu Glu Asn Cys Glu Ala Leu Tyr Val Ala 1 5 10 15 Gly Leu Tyr Ala Leu Tyr Ser Lys Asp Glu Gly Glu Leu Asn Ile Thr 20 25 30 Pro Glu Ile Val Arg Ser Ala Leu Pro Pro Thr Ser Lys Ile Pro Ile 35 40 45 Asn Ile Asp His Arg Lys Asp Cys Val Val Gly Glu Val Ile Ala Ile 50 55 60 Ile Glu Asp Ile Arg Gly Pro Phe Phe Leu Gly Ile Val Arg Cys Pro 65 70 75 80 Gln Leu His Ala Val Leu Phe Glu Ala Ala His Ser Asn Phe Phe Gly 85 90 95 Asn Arg Asp Ser Val Leu Ser Pro Leu Glu Arg Ala Leu Tyr Leu Val 100 105 110 Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val Ser Leu Ser Ser Lys Arg Leu Ser Pro 115 120 125 Asn Glu Ile Pro Asp Gly Asn Phe Phe Thr His Val Ala Leu Cys Val 130 135 140 Val Gly Arg Arg Val Gly Thr Val Val Asn Tyr Asp Cys Thr Pro Glu 145 150 155 160 Ser Ser Ile Glu Pro Phe Arg Val Leu Ser Met Glu Ser Lys Ala Arg 165 170 175 Leu Leu Ser Leu Val Lys Asp Tyr Ala Gly Leu Asn Lys Val Trp Lys 180 185 190 Val Ser Glu Asp Lys Leu Ala Lys Val Leu Leu Ser Thr Ala Val Asn 195 200 205 Asn Met Leu Leu Arg Asp Arg Trp Asp Val Val Ala Lys Arg Arg Arg 210 215 220 Glu Ala Gly Ile Met Gly His Val Tyr Leu Gln Ala His His His His 225 230 235 240 His His

【０１８４】(２） 配列番号：９の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２４３アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：９： Met Ala Ala Glu Ala Asp Glu Glu Asn Cys Glu Ala Leu Tyr Val Ala 1 5 10 15 Gly Leu Tyr Ala Leu Tyr Ser Lys Asp Glu Gly Glu Leu Asn Ile Thr 20 25 30 Pro Glu Ile Val Arg Ser Ala Leu Pro Pro Thr Ser Lys Ile Pro Ile 35 40 45 Asn Ile Asp His Arg Lys Asp Cys Val Val Gly Glu Val Ile Ala Ile 50 55 60 Ile Glu Asp Ile Arg Gly Pro Phe Phe Leu Gly Ile Val Arg Cys Pro 65 70 75 80 Gln Leu His Ala Val Leu Phe Glu Ala Ala His Ser Asn Phe Phe Gly 85 90 95 Asn Arg Asp Ser Val Leu Ser Pro Leu Glu Arg Ala Leu Tyr Leu Val 100 105 110 Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val Ser Leu Ser Ser Lys Arg Leu Ser Pro 115 120 125 Asn Glu Ile Pro Asp Gly Asn Phe Phe Thr His Val Ala Leu Cys Val 130 135 140 Val Gly Arg Arg Val Gly Thr Val Val Asn Tyr Asp Cys Thr Pro Glu 145 150 155 160 Ser Ser Ile Glu Pro Phe Arg Val Leu Ser Met Glu Ser Lys Ala Arg 165 170 175 Leu Leu Ser Leu Val Lys Asp Tyr Ala Gly Leu Asn Lys Val Trp Lys 180 185 190 Val Ser Glu Asp Lys Leu Ala Lys Val Leu Leu Ser Thr Ala Val Asn 195 200 205 Asn Met Leu Leu Arg Asp Arg Trp Asp Val Val Ala Lys Arg Arg Arg 210 215 220 Glu Ala Gly Ile Met Gly His Val Tyr Leu Gln Ala Ser His His His 225 230 235 240 His His His

【０１８５】（２） 配列番号：１０の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２５５アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１０： Met Ala Ala Glu Ala Asp Glu Glu Asn Cys Glu Ala Leu Tyr Val Ala 1 5 10 15 Gly Leu Tyr Ala Leu Tyr Ser Lys Asp Glu Gly Glu Leu Asn Ile Thr 20 25 30 Pro Glu Ile Val Arg Ser Ala Leu Pro Pro Thr Ser Lys Ile Pro Ile 35 40 45 Asn Ile Asp His Arg Lys Asp Cys Val Val Gly Glu Val Ile Ala Ile 50 55 60 Ile Glu Asp Ile Arg Gly Pro Phe Phe Leu Gly Ile Val Arg Cys Pro 65 70 75 80 Gln Leu His Ala Val Leu Phe Glu Ala Ala His Ser Asn Phe Phe Gly 85 90 95 Asn Arg Asp Ser Val Leu Ser Pro Leu Glu Arg Ala Leu Tyr Leu Val 100 105 110 Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val Ser Leu Ser Ser Lys Arg Leu Ser Pro 115 120 125 Asn Glu Ile Pro Asp Gly Asn Phe Phe Thr His Val Ala Leu Cys Val 130 135 140 Val Gly Arg Arg Val Gly Thr Val Val Asn Tyr Asp Cys Thr Pro Glu 145 150 155 160 Ser Ser Ile Glu Pro Phe Arg Val Leu Ser Met Glu Ser Lys Ala Arg 165 170 175 Leu Leu Ser Leu Val Lys Asp Tyr Ala Gly Leu Asn Lys Val Trp Lys 180 185 190 Val Ser Glu Asp Lys Leu Ala Lys Val Leu Leu Ser Thr Ala Val Asn 195 200 205 Asn Met Leu Leu Arg Asp Arg Trp Asp Val Val Ala Lys Arg Arg Arg 210 215 220 Glu Ala Gly Ile Met Gly His Val Tyr Leu Gln Ala Ser Thr Gly Tyr 225 230 235 240 Gly Leu Ala Arg Ile Thr Asn Val Asn His His His His His His 245 250 255

【０１８６】（２） 配列番号：１１の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２４６アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：タンパク質 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１１： Met Glu Ala Leu Tyr Val Ala Gly Leu Tyr Ala Leu Tyr Ser Lys Asp 1 5 10 15 Glu Gly Glu Leu Asn Ile Thr Pro Glu Ile Val Arg Ser Ala Leu Pro 20 25 30 Pro Thr Ser Lys Ile Pro Ile Asn Ile Asp His Arg Lys Asp Cys Val 35 40 45 Val Gly Glu Val Ile Ala Ile Ile Glu Asp Ile Arg Gly Pro Phe Phe 50 55 60 Leu Gly Ile Val Arg Cys Pro Gln Leu His Ala Val Leu Phe Glu Ala 65 70 75 80 Ala His Ser Asn Phe Phe Gly Asn Arg Asp Ser Val Leu Ser Pro Leu 85 90 95 Glu Arg Ala Leu Tyr Leu Val Thr Asn Tyr Leu Pro Ser Val Ser Leu 100 105 110 Ser Ser Lys Arg Leu Ser Pro Asn Glu Ile Pro Asp Gly Asn Phe Phe 115 120 125 Thr His Val Ala Leu Cys Val Val Gly Arg Arg Val Gly Thr Val Val 130 135 140 Asn Tyr Asp Cys Thr Pro Glu Ser Ser Ile Glu Pro Phe Arg Val Leu 145 150 155 160 Ser Met Glu Ser Lys Ala Arg Leu Leu Ser Leu Val Lys Asp Tyr Ala 165 170 175 Gly Leu Asn Lys Val Trp Lys Val Ser Glu Asp Lys Leu Ala Lys Val 180 185 190 Leu Leu Ser Thr Ala Val Asn Asn Met Leu Leu Arg Asp Arg Trp Asp 195 200 205 Val Val Ala Lys Arg Arg Arg Glu Ala Gly Ile Met Gly His Val Tyr 210 215 220 Leu Gln Ala Ser Thr Gly Tyr Gly Leu Ala Arg Ile Thr Asn Val Asn 225 230 235 240 His His His His His His 245

【０１８７】（２） 配列番号：１２の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：５アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ペプチド （ｉｘ）特徴： （Ａ）名前／鍵：修飾部位 （Ｂ）位置：３ （Ｄ）その他の情報：／注意＝「３番目のアミノ酸はＣ
ｙｓまたはＳｅｒである」 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１２： Gly Xaa Xaa Gly Gly 1 5

【０１８８】（２） 配列番号：１３の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：４アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ペプチド （ｉｘ）特徴： （Ａ）名前／鍵：修飾部位 （Ｂ）位置：４ （Ｄ）その他の情報：／注意＝「４番目のアミノ酸はＭ
ｅｔまたはＡｌａである」 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１３： Gly Thr Ser Xaa 1

【０１８９】（２） 配列番号：１４の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：５アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ペプチド （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１４： Gly Xaa Ser Gly Gly 1 5

【０１９０】（２） 配列番号：１５の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１９アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：一本鎖 （Ｄ）トポロジー：未知 （ｉｉ）配列の種類：ペプチド （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１５： Ser Glu Lys Phe Lys Ile Trp Gly Ala Glu Ser Ala Pro His His His 1 5 10 15 His His His

【０１９１】（２） 配列番号：１６の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１４アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ペプチド （ｉｘ）特徴： （Ａ）名前／鍵：修飾部位 （Ｂ）位置：１ （Ｄ）その他の情報：／注意＝「１番目のアミノ酸Ｈｉ
ｓは修飾されて、アセチル基を含有する」 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１６： His Thr Tyr Leu Gln Ala Ser Glu Lys Phe Lys Met Trp Gly 1 5 10

【０１９２】（２） 配列番号：１７の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１３アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ペプチド （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１７： Asp Asn Ala Val Glu Ala Ser Ser Lys Ala Pro Leu Lys 1 5 10

【０１９３】（２） 配列番号：１８の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１３アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数： （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ペプチド （ｉｘ）特徴： （Ａ）名前／鍵：修飾部位 （Ｂ）位置：１ （Ｄ）その他の情報：／注意＝「１番目のアミノ酸Ａｒ
ｇは修飾されて、ダンシル基アセチル基を含有する」 （ｉｘ）特徴： （Ａ）名前／鍵：修飾部位 （Ｂ）位置：１３ （Ｄ）その他の情報：／注意＝「１３番目のアミノ酸Ｌ
ｙｓは修飾されて、ダンシル−ＩＩ基アセチル基を含有
する」 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１８： Arg Gly Val Val Asn Ala Ser Ser Arg Leu Ala Lys Lys 1 5 10

【図面の簡単な説明】

【図１】 ヘルペスプロテアーゼＨＨＶ−６（配列番
号：２）、ＣＭＶ（配列番号：１）、ＥＢＶ（配列番
号：６）、ＨＳＶ−１（配列番号：３）、ＨＳＶ−２
（配列番号：４）およびＶＺＶ（配列番号：５）のアミ
ノ酸配列の並びを提供する。ＨＳＶ−２プロテアーゼ構
造におけるαヘリックスおよびβストランドの領域を、
各々、Ａ１からＡ７、および、Ｂ１からＢ７で示す。

【図２】 リン酸ジイソプロピル（ＤＩＰ）−リガンド
付きＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位における触媒ト
ライアドの残基および他の残基および水分子の座標を提
供する。

【図３】 リン酸ジイソプロピル（ＤＩＰ）−リガンド
付きＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位における触媒ト
ライアドの残基および他の残基および水分子の座標を提
供する。

【図４】 リン酸ジイソプロピル（ＤＩＰ）−リガンド
付きＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位における触媒ト
ライアドの残基および他の残基および水分子の座標を提
供する。

【図５】 リン酸ジイソプロピル（ＤＩＰ）−リガンド
付きＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位における触媒ト
ライアドの残基および他の残基および水分子の座標を提
供する。

【図６】 リン酸ジイソプロピル（ＤＩＰ）−リガンド
付きＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位における触媒ト
ライアドの残基および他の残基および水分子の座標を提
供する。

【図７】 リン酸ジイソプロピル（ＤＩＰ）−リガンド
付きＨＳＶ−２プロテアーゼの活性部位における触媒ト
ライアドの残基および他の残基および水分子の座標を提
供する。

【図８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの活性
部位における触媒トライアドの残基および他の残基およ
び水分子の座標を提供する。

【図９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの活性
部位における触媒トライアドの残基および他の残基およ
び水分子の座標を提供する。

【図１０】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの活
性部位における触媒トライアドの残基および他の残基お
よび水分子の座標を提供する。

【図１１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの活
性部位における触媒トライアドの残基および他の残基お
よび水分子の座標を提供する。

【図１２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの活
性部位における触媒トライアドの残基および他の残基お
よび水分子の座標を提供する。

【図１３】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図１４】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図１５】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図１６】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図１７】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図１８】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図１９】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２０】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２１】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２２】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２３】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２４】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２５】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２６】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２７】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２８】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図２９】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３０】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３１】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３２】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３３】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３４】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３５】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３６】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３７】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３８】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図３９】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４０】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４１】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４２】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４３】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４４】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４５】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４６】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４７】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４８】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図４９】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５０】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５１】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５２】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５３】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５４】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５５】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５６】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５７】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５８】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図５９】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６０】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６１】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６２】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６３】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６４】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６５】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６６】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６７】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６８】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図６９】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７０】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７１】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７２】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７３】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７４】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７５】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７６】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７７】 本発明ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロ
テアーゼ結晶構造のタンパク質座標を提供する。図２−
７は、図１３−７７内に包含される。

【図７８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図７９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８０】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図８９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９０】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図９９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結晶
構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図７
８−１３３内に包含される。

【図１００】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１０９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１０】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１１９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２０】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１２９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１３０】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１３１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１３２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１３３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ結
晶構造のタンパク質座標を提供する。図８−１２は、図
７８−１３３内に包含される。

【図１３４】 ＨＳＶ−１プロテアーゼの活性部位領域
における残基の座標を提供する。

【図１３５】 ＨＳＶ−１プロテアーゼの活性部位領域
における残基の座標を提供する。

【図１３６】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１３７】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１３８】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１３９】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４０】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４１】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４２】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４３】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４４】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４５】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４６】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４７】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４８】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１４９】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５０】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５１】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５２】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５３】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５４】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５５】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５６】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５７】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５８】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１５９】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６０】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６１】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６２】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６３】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６４】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６５】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６６】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６７】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６８】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１６９】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７０】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７１】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７２】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７３】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７４】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７５】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７６】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７７】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７８】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１７９】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８０】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８１】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８２】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８３】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８４】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８５】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８６】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８７】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８８】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１８９】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１９０】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１９１】 本発明のＳＶ−１プロテアーゼ結晶構造
のタンパク質座標を提供する。図１３４−１３５は、図
１３６−１９１内に包含される。

【図１９２】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図１９３】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図１９４】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図１９５】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図１９６】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図１９７】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図１９８】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図１９９】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２００】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０１】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０２】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０３】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０４】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０５】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０６】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０７】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０８】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２０９】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２１０】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２１１】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２１２】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２１３】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２１４】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２１５】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）におけるＤＩＰに共有結合したＳ
ｅｒ１２９のいずれの原子の５.５Å半径内に原子を有
するタンパク質残基の間の距離（オングストローム）を
提供する。

【図２１６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２１７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２１８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２１９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２２０】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２２１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２２２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２２３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２２４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼの
活性部位残基の５.０Å内に存在する２つの原子の間の
距離（オングストローム）を提供する。

【図２２５】 ＨＳＶ−１プロテアーゼの活性部位から
５Å以内に存在する２つの原子の間の距離（オングスト
ローム）を提供する。

【図２２６】 ＨＳＶ−１プロテアーゼの活性部位から
５Å以内に存在する２つの原子の間の距離（オングスト
ローム）を提供する。

【図２２７】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２２８】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２２９】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３０】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３１】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３２】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３３】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３４】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３５】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３６】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３７】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３８】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２３９】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４０】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４１】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４２】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４３】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４４】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４５】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４６】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４７】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４８】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２４９】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５０】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５１】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５２】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５３】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５４】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５５】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５６】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５７】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５８】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２５９】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６０】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６１】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６２】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６３】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６４】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６５】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６６】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６７】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６８】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２６９】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７０】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７１】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７２】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７３】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７４】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７５】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７６】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７７】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７８】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２７９】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８０】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８１】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８２】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８３】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８４】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８５】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８６】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８７】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８８】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２８９】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２９０】 ＨＳＶ−２／ＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９の
いずれの原子とＤＩＰ修飾Ｓｅｒ１２９（配列番号：
４）の５.５Å半径内に存在する２つのタンパク質残基
の原子の間の結合角度（度）を提供する。

【図２９１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９８】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図２９９】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３００】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０１】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０２】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０４】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０６】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０７】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８付近の活性部位領域における内部残基原子の
間の結合角度（度）を提供する。

【図３０８】 本発明のＨＳＶ−１プロテアーゼ（配列
番号：３）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１
４８付近の活性部位領域における内部残基原子の間の結
合角度を提供する。

【図３０９】 本発明のＨＳＶ−１プロテアーゼ（配列
番号：３）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１
４８付近の活性部位領域における内部残基原子の間の結
合角度を提供する。

【図３１０】 本発明のＨＳＶ−１プロテアーゼ（配列
番号：３）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１
４８付近の活性部位領域における内部残基原子の間の結
合角度を提供する。

【図３１１】 本発明のＨＳＶ−１プロテアーゼ（配列
番号：３）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１
４８付近の活性部位領域における内部残基原子の間の結
合角度を提供する。

【図３１２】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およ
びＨｉｓ１４８によって形成された活性部位の２面角を
提供する。

【図３１３】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（配列番号：４）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨ
ｉｓ１４８によって形成された活性部位の２面角を提供
する。

【図３１４】 ＨＳＶ−１プロテアーゼ（配列番号：
３）のＳｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１４８に
よって形成された活性部位の２面角を提供する。

【図３１５】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）の活性部位領域（アミノ酸残基Ｓｅｒ１３
２、Ｈｉｓ６３、Ｓｅｒ１３４、Ｃｙｓ１６１、Ａｒｇ
１６５およびＨｉｓ１５７、および、Ａｒｇ１６６を包
含する）の付近のタンパク質座標を提供する。

【図３１６】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）の活性部位領域（アミノ酸残基Ｓｅｒ１３
２、Ｈｉｓ６３、Ｓｅｒ１３４、Ｃｙｓ１６１、Ａｒｇ
１６５およびＨｉｓ１５７、および、Ａｒｇ１６６を包
含する）の付近のタンパク質座標を提供する。

【図３１７】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）の活性部位領域（アミノ酸残基Ｓｅｒ１３
２、Ｈｉｓ６３、Ｓｅｒ１３４、Ｃｙｓ１６１、Ａｒｇ
１６５およびＨｉｓ１５７、および、Ａｒｇ１６６を包
含する）の付近のタンパク質座標を提供する。

【図３１８】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）の活性部位領域（アミノ酸残基Ｓｅｒ１３
２、Ｈｉｓ６３、Ｓｅｒ１３４、Ｃｙｓ１６１、Ａｒｇ
１６５およびＨｉｓ１５７、および、Ａｒｇ１６６を包
含する）の付近のタンパク質座標を提供する。

【図３１９】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）の活性部位領域（アミノ酸残基Ｓｅｒ１３
２、Ｈｉｓ６３、Ｓｅｒ１３４、Ｃｙｓ１６１、Ａｒｇ
１６５およびＨｉｓ１５７、および、Ａｒｇ１６６を包
含する）の付近のタンパク質座標を提供する。

【図３２０】 ＣＭＶプロテアーゼの活性部位から５Å
以内に存在する２つの原子の間の距離をオングストロー
ムで提供する。

【図３２１】 ＣＭＶプロテアーゼの活性部位から５Å
以内に存在する２つの原子の間の距離をオングストロー
ムで提供する。

【図３２２】 ＣＭＶプロテアーゼの活性部位から５Å
以内に存在する２つの原子の間の距離をオングストロー
ムで提供する。

【図３２３】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）のＳｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５
７、および、Ａｒｇ６５付近の活性部位領域における４
Å以内に存在する内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図３２４】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）のＳｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５
７、および、Ａｒｇ６５付近の活性部位領域における４
Å以内に存在する内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図３２５】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）のＳｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５
７、および、Ａｒｇ６５付近の活性部位領域における４
Å以内に存在する内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図３２６】 本発明による、ＣＭＶプロテアーゼ（配
列番号：１）のＳｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５
７、および、Ａｒｇ６５付近の活性部位領域における４
Å以内に存在する内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図３２７】 ＣＭＶプロテアーゼ（配列番号：１）の
Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３、Ｈｉｓ１５７およびＡｓｐ
６５によって形成されたテトラド（tetrad）活性部位の
２面角を提供する。

【図３２８】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３２９】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３０】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３１】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３２】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３３】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３４】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３５】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３６】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３７】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３８】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３３９】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４０】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４１】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４２】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４３】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４４】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４５】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４６】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４７】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４８】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３４９】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５０】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５１】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５２】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５３】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５４】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５５】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５６】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５７】 本発明のＣＭＶプロテアーゼ結晶構造の
タンパク質座標を提供する。図３１５−３１９は図３２
８−３５７に包含される。

【図３５８】 本発明による、ＶＺＶプロテアーゼの活
性部位領域（配列番号：５のアミノ酸残基Ｓｅｒ１２
０、Ｓｅｒ１２２、Ｈｉｓ５２、Ｌｙｓ５４、Ｃｙｓ１
４３、Ａｒｇ１４７およびＡｒｇ１４８）の付近のタン
パク質座標を提供する。データは図８−１２にあるごと
く、プロテインデータバンク（ＰＤＢ）フォーマットに
報告されている。

【図３５９】 本発明による、ＶＺＶプロテアーゼの活
性部位領域（配列番号：５のアミノ酸残基Ｓｅｒ１２
０、Ｓｅｒ１２２、Ｈｉｓ５２、Ｌｙｓ５４、Ｃｙｓ１
４３、Ａｒｇ１４７およびＡｒｇ１４８）の付近のタン
パク質座標を提供する。データは図８−１２にあるごと
く、プロテインデータバンク（ＰＤＢ）フォーマットに
報告されている。

【図３６０】 本発明による、ＶＺＶプロテアーゼの活
性部位領域（配列番号：５のアミノ酸残基Ｓｅｒ１２
０、Ｓｅｒ１２２、Ｈｉｓ５２、Ｌｙｓ５４、Ｃｙｓ１
４３、Ａｒｇ１４７およびＡｒｇ１４８）の付近のタン
パク質座標を提供する。データは図８−１２にあるごと
く、プロテインデータバンク（ＰＤＢ）フォーマットに
報告されている。

【図３６１】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６２】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６３】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６４】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６５】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６６】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６７】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６８】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３６９】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７０】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７１】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７２】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７３】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７４】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７５】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７６】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７７】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７８】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３７９】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８０】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８１】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８２】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８３】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８４】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８５】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８６】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８７】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８８】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３８９】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９０】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９１】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９２】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９３】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９４】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９５】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９６】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９７】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９８】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図３９９】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図４００】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図４０１】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図４０２】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図４０３】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図４０４】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図４０５】 図３５８−３６０の活性部位を包含す
る、本発明のＶＺＶプロテアーゼ結晶構造のタンパク質
座標を提供する。

【図４０６】 ＶＺＶプロテアーゼの活性部位から５Å
以内に存在する２つの原子の間の距離をオングストロー
ムで提供する。

【図４０７】 ＶＺＶプロテアーゼの活性部位から５Å
以内に存在する２つの原子の間の距離をオングストロー
ムで提供する。

【図４０８】 ＶＺＶプロテアーゼの活性部位から５Å
以内に存在する２つの原子の間の距離をオングストロー
ムで提供する。

【図４０９】 本発明による、ＶＺＶプロテアーゼ（配
列番号：５）のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２、およびＨｉ
ｓ１３９付近の活性部位領域における４Å以内に存在す
る内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図４１０】 本発明による、ＶＺＶプロテアーゼ（配
列番号：５）のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２、およびＨｉ
ｓ１３９付近の活性部位領域における４Å以内に存在す
る内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図４１１】 本発明による、ＶＺＶプロテアーゼ（配
列番号：５）のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２、およびＨｉ
ｓ１３９付近の活性部位領域における４Å以内に存在す
る内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図４１２】 本発明による、ＶＺＶプロテアーゼ（配
列番号：５）のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２、およびＨｉ
ｓ１３９付近の活性部位領域における４Å以内に存在す
る内部残基原子の間の結合角度を示す。

【図４１３】 ＶＺＶプロテアーゼ（配列番号：５）の
Ｓｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２およびＨｉｓ１３９によって
形成されたテトラド（tetrad）活性部位の２面角を提供
する。

【図４１４】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ二量体の３次元リボンダイアグラムである。リガン
ドリン酸ジイソプロピル（ＤＩＰ）は、空間充填モデル
において提出された各単量体の活性部位において示され
る。アミノ末端はＮによって示される。図面は、プログ
ラムＲＩＢＢＯＮＳ（Carson, M. J.Mol. Graphics 5,1
03-106(1987)）を使用して作成した。

【図４１５】 ９０°離して観た図４１４と同じ構造で
ある。

【図４１６】 リガンドなし二量体である。構造はＤＩ
Ｐリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼ構造と本質的に
は同じである。

【図４１７】 ＨＳＶ−１プロテアーゼ二量体の３次元
リボンダイアグラムである。アミノ末端はＮによって示
される。図面は、プログラムＲＩＢＢＯＮＳ（Carson,
M. J. Mol. Graphics 5,103-106(1987)）を使用して作
成した。

【図４１８】 ９０°離して観た図４１７と同じ構造で
ある。

【図４１９】 ＨＳＶ−２プロテアーゼ単量体の３次元
ダイアグラムである。リガンドＤＩＰは、空間充填モデ
ルとして提出された活性部位において示されている。ア
ミノ末端はＮによって示される。図面は、プログラムＲ
ＩＢＢＯＮＳ（Carson, M. J. Mol. Graphics 5,103-10
6(1987)）を使用して作成した。

【図４２０】 ９０°離して観た図４１９と同じ構造で
ある。

【図４２１】 リガンドなしＨＳＶ−２単量体である。
構造はＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテアーゼ構造
と同じである。

【図４２２】 ＨＳＶ−１プロテアーゼ単量体の３次元
ダイアグラムである。アミノ末端はＮによって示され
る。図面は、プログラムＲＩＢＢＯＮＳ（Carson, M.
J. Mol. Graphics 5,103-106(1987)）を使用して作成し
た。

【図４２３】 ９０°離して観た図４２２と同じ構造で
ある。

【図４２４】 図４１９のＨＳＶ−２単量体および図４
２２のＨＳＶ−１単量体のトポロジーダイアグラムであ
り、ヘリックス（Ａ１からＡ７）を円柱で、ストランド
（Ｂ１からＢ７）を矢印で、末端をＮまたはＣで示し
た。ストランドＢ５およびＢ７は、お互いに隣り合わせ
である。アミノ酸の位置を示した。

【図４２５】 強調された核βバレルを有するＣＭＶプ
ロテアーゼの構造の３次元ダイアグラムである。アミノ
およびカルボキシル末端はＮおよびＣで示される。構造
の壊れた部分は破線で示す。ダイアグラムはプログラム
ＭＯＬＳＣＲＩＰＴ（P. Kraulis, J. Appl. Crystallo
gr. 24,946-950(1991)）で描いた。

【図４２６】 ９０°離して観た図４２５と同じ構造で
ある。

【図４２７】 ２つの灰色の影の中の強調された核βバ
レルを有するＶＺＶプロテアーゼの構造の３次元ダイア
グラムである。アミノおよびカルボキシル末端はＮおよ
びＣで示される。構造の壊れた部分は点線で示す。ダイ
アグラムはプログラムＭＯＬＳＣＲＩＰＴ（P. Krauli
s, J. Appl. Crystallogr. 24,946-950(1991)）で描い
た。

【図４２８】 ９０°離して観た図４２７と同じ構造で
ある。

【図４２９】 図４２５のＣＭＶ単量体のトポロジーダ
イアグラムあり、ヘリックス（Ａ１からＡ７）を円柱
で、ストランド（Ｂ１からＢ７）を矢印で、末端をＮま
たはＣで示した。ストランドＢ５およびＢ７は、お互い
に隣り合わせである。アミノ酸の位置を示した。

【図４３０】 図４２７のＶＺＶ単量体のトポロジーダ
イアグラムあり、ヘリックス（ＡＡからＡ７）を円柱
で、ストランド（Ｂ１からＢ７）を矢印で、末端をＮま
たはＣで示した。ストランドＢ５およびＢ７は、お互い
に隣り合わせである。アミノ酸の位置を示した。

【図４３１】 ２倍軸に対して垂直に観たＣＭＶプロテ
アーゼ二量体の３次元ダイグラムであり、それはＭＯＬ
ＳＣＲＩＰＴプログラムを使用して描いた。

【図４３２】 ２倍軸に対して平行に観た図４３１の二
量体である。２つの平行なヘリックスはＡ６によって示
される。活性部位領域はＳｅｒ１３２位置のＳｅｒによ
って表される（配列番号：１）。

【図４３３】 ２倍軸に対して平行に観たＶＺＶプロテ
アーゼ二量体の３次元ダイグラムであり、それはＭＯＬ
ＳＣＲＩＰＴプログラムを使用して灰色の異なる影の中
に各サブユニットとともに描いた。

【図４３４】 厚い棒で示したＤＩＰリガンド付きＨＳ
Ｖ−２プロテアーゼ活性部位のモデルである。すべての
炭素原子は明るい影の中にあり、窒素、酸素およびイオ
ウ原子は暗い影の中である。触媒残基は、Ｓｅｒ１２
９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１４８である。他の重要な
残基は、Ａｒｇ１５６、Ａｒｇ１５７および可能性とし
てＳｅｒ１３１、Ｃｙｓ１５２、Ｌｅｕ２７、Ｖａｌ１
２８、Ｌｅｕ１３０（配列番号：４）および、球で示し
た２つの水分子Ｗａｔ１およびＷａｔ２である。この活
性部位における残基の間の水素結合は点線で示した。

【図４３５】 リガンドなしＨＳＶ−２プロテアーゼ
（暗い）およびＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼ（明るい）構造の重ね合わせであり、ここでＤＩＰ
リガンドは明らかに活性部位セリンから除去されてい
る。

【図４３６】 ＤＩＰリガンド付きＨＳＶ−２プロテア
ーゼの活性部位と古典的セリンプロテアーゼであるリン
酸モノイソプロピル（ＭＩＰ）複合γ−キモトリプシン
の活性部位の間の重ね合わせである。明るい影の中に
は、図４３４と同じ配置でＨＳＶ−２プロテアーゼがあ
り、暗い影の中には、γ−キモトリプシン活性部位残基
がある。ラベルはプロテアーゼγ−キモトリプシンのも
のである。γ−キモトリプシンのオキシアニオン（oxya
nion）における水素結合を示す。

【図４３７】 ＤＩＰ−リガンドＨＳＶ−２プロテアー
ゼのＣＭＶプロテアーゼとの重ね合わせであり、これら
２つの酵素の活性部位の間の類似および差異を示す。水
素結合はＣＭＶプロテアーゼについて示すが、ラベルは
ＨＳＶ−２プロテアーゼについてである。

【図４３８】 厚い棒で示したＨＳＶ−１プロテアーゼ
活性部位である。すべての炭素原子は明るい影の中にあ
り、窒素、酸素およびイオウ原子は暗い影の中である。
触媒残基は、Ｓｅｒ１２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１
４８（配列番号：３）である。他の重要な残基は、Ａｒ
ｇ１５６、Ａｒｇ１５７、および可能性としてＡｌａ１
３１、およびＣｙｓ１５２（配列番号：３）である。こ
の活性部位における残基の間の水素結合は点線で示し
た。

【図４３９】 ＨＳＶ−１プロテアーゼの活性部位およ
び古典的セリンプロテアーゼ、トリプシンの活性部位の
重ね合わせである。明るい影の中には、図４３８と同じ
配置でＨＳＶ−１プロテアーゼがあり、および、暗い影
の中にはトリプシン活性部位残基がある。ラベルはトリ
プシンの活性部位（Ｓｅｒ１９５、Ｈｉｓ５７、Ａｓｐ
１０２）およびＨＳＶ−１プロテアーゼ（Ｓｅｒ１２
９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１４８）の両方について示
される。

【図４４０】 ＨＳＶ−１プロテアーゼとＨＳＶ−２プ
ロテアーゼの重ね合わせであり、これらの２つの酵素の
活性部位の間の類似および差異を示す。明るい影の中に
は、図４３８と同じ配置でＨＳＶ−１プロテアーゼがあ
り、暗い影の中には、ＨＳＶ−２プロテアーゼ活性部位
残基がある（残基のナンバーはＨＳＶ−１プロテアーゼ
およびＨＳＶ−２プロテアーゼで同じである）。

【図４４１】 ＨＳＶ−１プロテアーゼのＣＭＶプロテ
アーゼとの重ね合わせであり、これら２つの酵素の活性
部位の間の類似および差異を示す。明るい影の中には、
図４３８と同じ配置でＨＳＶ−１プロテアーゼがあり、
暗い影の中には、ＣＭＶプロテアーゼ活性部位残基があ
る。

【図４４２】 ＭＯＬＳＣＲＩＰＴプログラムで描かれ
た球および棒で示されたＶＺＶプロテアーゼ活性部位の
図面である。すべての炭素原子は明るい影の中にあり、
窒素、酸素およびイオウ原子は暗い影の中である。触媒
残基は、配列番号：５のＳｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２およ
びＨｉｓ１３９である。他の重要な残基は、配列番号：
５のＡｒｇ１４７、Ａｒｇ１４８、および可能性として
Ｓｅｒ１２２およびＣｙｓ１４３である。仮定されるプ
ロトン転移経路は破線で示す。

【図４４３】 ＶＺＶプロテアーゼの活性部位および古
典的セリンプロテアーゼ、トリプシンの活性部位の重ね
合わせである。明るい影の中には、図４４２と同じ配置
でＶＺＶプロテアーゼがあり、および、暗い影の中には
トリプシン活性部位残基がある。ラベルはトリプシンの
活性部位である。トリプシンのプロトン転移経路は点線
で示す。

【図４４４】 ＭＯＬＳＣＲＩＰＴプログラムで描いた
球および棒で示したＣＭＶプ活性部位の立体図である。
触媒残基は、Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６３およびＨｉｓ１
５７であり、所望によりＡｓｐ６５である（配列番号：
１）。他の重要な残基は、Ａｒｇ１６５、Ａｒｇ１６６
および可能性としてＳｅｒ１３４およびＣｙｓ１６１で
ある（配列番号：１）。仮定されるプロトン転移経路は
破線で示す。Ａｒｇ１６５の側鎖は構造が無秩序であ
り、それゆえ図から除いてあって、Ｈ₂Ｏは規則正しい
水分子である。

【図４４５】 ＣＭＶプロテアーゼの活性部位および古
典的セリンプロテアーゼトリプシンの活性部位の重ね合
わせの立体図である。ＣＭＶプロテアーゼは、図４４４
と同じ配置である。ラベルはトリプシンの活性部位であ
る。トリプシンのプロトン転移経路は点線で示す。

【図４４６】 ＨＳＶ−２プロテアーゼの構造決定の統
計を提供する。

【図４４７】 ＣＭＶプロテアーゼの天然および重原子
誘導体についてのデータコレクションを提供する。

【図４４８】 ＶＺＶプロテアーゼのＣａトレースおよ
びＣＭＶプロテアーゼのＣａトレースの重ね合わせの立
体図である。明るい色の鎖はＣＭＶプロテアーゼであ
り、暗い色の鎖はＶＺＶプロテアーゼである。配列相同
性およびいくつかのヘリックスまたはループ領域におけ
る明らかなコンフォメーション的な差異が限定されてい
るにもかかわらず、ＶＺＶプロテアーゼの核ｂバレルは
ＣＭＶプロテアーゼと非常によく重なる。非常に異なる
（＞４Å）領域を除くと、２乗平均（ｒｍｓ）は、ＶＺ
Ｖからの１４２（６０％）Ｃａ原子とＣＭＶの間でたっ
たの１.３Åである。

【図４４９】 アミノ末端に６つのヒスチジン残基（下
線）とその後ろにエンドキナーゼ開裂部位（太い下線）
を付けた、本物のプロテアーゼドメインを包含するＶＺ
Ｖ構築物Ｈ６（Ｎ）ＶＺＶ（配列番号：７）の完全な配
列である。

【図４５０】 ５つのヒスチジン残基（下線）を後ろに
付けた本物のプロテアーゼドメインを包含するＶＺＶ構
築物ＬＱＡ−Ｈ６（Ｃ）ＶＺＶ（配列番号：８）の完全
な配列である。

【図４５１】 セリン残基および６つのヒスチジン残基
（下線）を後ろに付けた本物のプロテアーゼドメインを
包含するＶＺＶ構築物ＬＱＡＳ−Ｈ６（Ｃ）ＶＺＶ（配
列番号：９）の完全な配列である。

【図４５２】 セリン残基、ＬＱＡＳ Ｒ部位（太い下
線）の後ろに通常見いだされる１２個の残基および６つ
のヒスチジン残基（下線）を後ろに付けた本物のプロテ
アーゼドメインを包含するＶＺＶ構築物ＬＱＡＳ−１２
ａａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）ＶＺＶ（配列番号：１０）の完
全な配列である。

【図４５３】 Ｎ末端で欠失（最初の９つの天然の残基
の欠失およびＣｙｓ１０のＭｅｔによる置換）、およ
び、Ｃ末端にセリン残基、ＬＱＡＳ Ｒ部位（太い下
線）の後ろに通常見いだされる１２個の残基および６つ
のヒスチジン残基（下線）を付けた本物のプロテアーゼ
ドメインを包含するＶＺＶ構築物Δ９ＬＱＡＳ−１２ａ
ａ ｅｘｔＨ６（Ｃ）ＶＺＶ（配列番号：１１）の完全
な配列である。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 庁内整理番号 ＦＩ 技術表示箇所 Ｃ１２Ｒ 1:92） (Ｃ１２Ｎ 9/50 Ｃ１２Ｒ 1:19） (31)優先権主張番号 ６０／０３０９０１ (32)優先日 1996年11月14日 (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／０３５９７３ (32)優先日 1997年１月21日 (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ６０／０３９１９１ (32)優先日 1997年２月27日 (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (72)発明者 シアユアン・チウ アメリカ合衆国19403ペンシルベニア州オ デュボーン、ロイド・レイン2607番 (72)発明者 ワード・ホイットロック・スミス・ジュニ ア アメリカ合衆国19010ペンシルベニア州ブ リン・モーア、ラドブローク・ロード200 番 (72)発明者 シェリル・アン・ジャンソン アメリカ合衆国19010ペンシルベニア州ブ リン・モーア、ラドブローク・ロード200 番 (72)発明者 スーザン・エス・フーグ アメリカ合衆国19004ペンシルベニア州バ ラ・シンウイッド、バラ・アベニュー347 番 (72)発明者 ジェフリー・カルプ アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州カ レッジビル、レジナルド・レイン482番 (72)発明者 クリスティーヌ・マリー・デブウク アメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ウ ェイン、プーグ・ロード667番

Claims (56)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 結晶形態におけるヘルペスウイルスプロ
   テアーゼを含有してなる組成物。
2. 【請求項２】 プロテアーゼが、少なくともアミノ酸、
   Ｓｅｒ、ＨｉｓおよびＨｉｓによって形成される活性部
   位腔を有する請求項１記載の組成物。
3. 【請求項３】 プロテアーゼが二量体である請求項１記
   載の組成物。
4. 【請求項４】 ヘルペスウイルスプロテアーゼ結晶の重
   原子誘導体。
5. 【請求項５】 プロテアーゼが単純ヘルペスウイルス
   （ＨＳＶ）−２およびＨＳＶ−１からなる群から選択さ
   れ、配列番号：３および４に対応するアミノ酸、Ｓｅｒ
   １２９、Ｈｉｓ６１およびＨｉｓ１４８によって形成さ
   れる活性部位を有する請求項１記載の組成物。
6. 【請求項６】 プロテアーゼがＨＳＶ−２であり、その
   活性部位が、図２−７および８−１２の座標、図１９２
   −２１５および２１６−２２４の座標、および、図２２
   ７−２９０および２９１−３０７の座標からなる群から
   選択された座標によって特徴づけられる請求項１記載の
   組成物。
7. 【請求項７】 そのプロテアーゼがＨＳＶ−１であり、
   その活性部位がさらに、配列番号：３に対応するアミノ
   酸、Ａｌａ１３１、Ｃｙｓ１５２、Ａｒｇ１５６および
   Ａｒｇ１５７を有する請求項５記載の組成物。
8. 【請求項８】 プロテアーゼがＨＳＶ−１であり、その
   活性部位が、図１３４−１３５または１３６−１９１の
   座標、図２２５−２２６の座標、および図３０８−３１
   １の座標からなる群から選択された座標によって特徴づ
   けられる請求項５記載の組成物。
9. 【請求項９】 プロテアーゼがヒトサイトメガロウイル
   スプロテアーゼ（ＣＭＶ）であり、少なくとも配列番
   号：１に対応するアミノ酸、Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６４
   およびＨｉｓ１５７によって形成される活性部位腔を有
   する請求項１記載の組成物。
10. 【請求項１０】 ＣＭＶプロテアーゼ活性部位が、配列
    番号：１に対応するアミノ酸、Ｓｅｒ１３２、Ｈｉｓ６
    ３、Ｈｉｓ１５７およびＡｓｐ６５によって形成される
    請求項９記載の組成物。
11. 【請求項１１】 ＣＭＶプロテアーゼ活性部位が、図３
    １５−３１９または図３２８−３５７の座標、図３２０
    −３２２の座標、および図３２３−３２６の座標からな
    る群から選択された座標によって特徴づけられる請求項
    ９記載の組成物。
12. 【請求項１２】 プロテアーゼがバリセラゾスターウイ
    ルス（ＶＺＶ）であり、少なくとも配列番号：５に対応
    するアミノ酸、Ｓｅｒ１２０、Ｈｉｓ５２、Ｈｉｓ１３
    ９およびＬｙｓ５４によって形成される活性部位腔を有
    する請求項１記載の組成物。
13. 【請求項１３】 ＶＺＶプロテアーゼ活性部位が、配列
    番号：５に対応するアミノ酸、Ｓｅｒ１２０、Ｈｉｓ５
    ２、Ｈｉｓ１３９、Ｌｙｓ５４、Ｓｅｒ１２２、Ｃｙｓ
    １４３、Ａｒｇ１４７およびＡｒｇ１４８によって形成
    される請求項１２記載の組成物。
14. 【請求項１４】 ＶＺＶプロテアーゼ活性部位が、図３
    ５８−３６０または図３６１−４０５の座標、図４０６
    −４０８の座標および図４０９−４１２の座標からなる
    群から選択された座標によって特徴づけられる請求項１
    １記載の組成物。
15. 【請求項１５】 ３個のアミノ酸、セリン、ヒスチジン
    およびヒスチジンの相互作用によって形成される触媒活
    性部位を含んでなるコンフォメーションを有する単離さ
    れ、適宜折り畳まれた単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）
    ２プロテアーゼ分子またはその断片であって、該活性部
    位が、図２−７および８−１２のタンパク質座標、図１
    ９２−２１５および２１６−２２４の原子間距離、およ
    び、図２２７−２９０および２９１−３０７の残基内原
    子間結合角度によって特定されるＨＳＶ２プロテアーゼ
    分子またはその断片。
16. 【請求項１６】 図４１９、４２０、４２１および４２
    ４において図示されるごとく、７つのヘリックスを有す
    る７−ストランドβバレル核によって特徴づけられる単
    量体である請求項１５記載のＨＳＶ−２プロテアーゼ分
    子。
17. 【請求項１７】 図４１４、４１５および４１６の二量
    体境界面によって特徴づけられる二量体である請求項１
    ５記載のＨＳＶ−２プロテアーゼ分子。
18. 【請求項１８】 ３個のアミノ酸、セリン、ヒスチジン
    およびヒスチジンの相互作用によって形成される触媒活
    性部位を含んでなるコンフォメーションを有する単離さ
    れ、適宜折り畳まれた単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）
    １プロテアーゼ分子またはその断片であって、該活性部
    位が、図１３４および１３５のタンパク質座標、図２２
    ５および２２６の原子間距離および図３０８−３１１の
    残基内原子間結合角度によって特定されるＨＳＶ１プロ
    テアーゼ分子またはその断片。
19. 【請求項１９】 図４２２、４２３および４２４におい
    て図示されるごとく、７つのαヘリックスを有する７−
    ストランドβバレル核によって特徴づけられる単量体で
    ある請求項１８記載のＨＳＶ−１プロテアーゼ分子。
20. 【請求項２０】 図４１７および４１８の二量体境界面
    によって特徴づけられる二量体である請求項１８記載の
    ＨＳＶ−１プロテアーゼ分子。
21. 【請求項２１】 ３個のアミノ酸、セリン、ヒスチジン
    およびヒスチジンの相互作用によって形成される触媒活
    性部位を含んでなるコンフォメーションを有する単離さ
    れ、適宜折り畳まれたサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）
    プロテアーゼ分子またはその断片であって、該活性部位
    が、図３１５−３１９のタンパク質座標、図３２０−３
    ２２の原子間距離および図３２３−３２６の残基内原子
    間結合角度によって特定されるＣＭＶプロテアーゼ分子
    またはその断片。
22. 【請求項２２】 図４２５、４２６および４２９におい
    て図示されるごとく、７つのαヘリックスを有する７−
    ストランドβバレル核によって特徴づけられる単量体で
    ある請求項２１記載のＣＭＶプロテアーゼ分子。
23. 【請求項２３】 図４３１および４３２の二量体境界面
    によって特徴づけられる二量体である請求項２１記載の
    ＣＭＶプロテアーゼ分子。
24. 【請求項２４】 ３個のアミノ酸、セリン、ヒスチジン
    およびヒスチジンの相互作用によって形成される触媒活
    性部位を含んでなるコンフォメーションを有する単離さ
    れ、適宜折り畳まれたバリセラゾスターウイルス（ＶＺ
    Ｖ）プロテアーゼ分子またはその断片であって、該活性
    部位が、図３５８−３６０のタンパク質座標、図４０６
    −４０８の原子間距離、および、図４０９−４１２の残
    基内原子間結合角度によって特定されるＶＺＶプロテア
    ーゼ分子またはその断片。
25. 【請求項２５】 図４２７、４２８および４３０におい
    て図示されるごとく、８つのαヘリックスを有する７−
    ストランドβバレル核によって特徴づけられる単量体で
    ある請求項２４記載のＶＺＶプロテアーゼ分子。
26. 【請求項２６】 図４３３の二量体境界面によって特徴
    づけられる二量体である請求項２４記載のＶＺＶプロテ
    アーゼ分子。
27. 【請求項２７】 ヘルペスウイルスプロテアーゼ組成
    物、誘導体または請求項１ないし２６のいずれかの分子
    の活性部位腔と結合するペプチド、ペプチド様、合成ま
    たは天然物分子。
28. 【請求項２８】 ヘルペスプロテアーゼまたはＳｅｒ−
    Ｈｉｓ−Ｈｉｓ触媒トライアドによって特徴づけられる
    他のプロテアーゼと結合し、そのタンパク質分解活性の
    阻害能を有する阻害化合物の同定方法であって、 少なくとも３個のアミノ酸、セリン、ヒスチジンおよび
    ヒスチジンの相互作用によって形成される触媒活性部位
    を含んでなるヘルペスプロテアーゼ分子の活性部位コン
    フォメーションを特定する情報を、適当なコンピュータ
    ープログラム（その３次元構造を表示する）に導入し、 該コンピュータープログラムにて活性部位腔の３次元表
    示を作成し、 試験化合物のモデルを該活性部位のモデル上に表示して
    重ね合わせ、 該試験化合物モデルがその活性部位に空間的に適合する
    かどうかを評価し、 該試験化合物を該活性部位によって特徴付けられるプロ
    テアーゼに関する生物学的プロテアーゼ活性アッセイに
    組み入れ、および該アッセイにおいて、該試験化合物が
    タンパク質分解活性を阻害するかどうかを決定すること
    からなる阻害化合物の同定方法。
29. 【請求項２９】 プロテアーゼが請求項１５ないし１７
    のいずれかに記載のリガンドに付されているかまたはリ
    ガンドに付されていない単純ヘルペスウイルス（ＨＳ
    Ｖ）２である請求項２８記載の方法。
30. 【請求項３０】 プロテアーゼが請求項１８ないし２０
    のいずれかに記載の単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）１
    である請求項２８記載の方法。
31. 【請求項３１】 プロテアーゼが請求項２１ないし２３
    のいずれかに記載のサイトメガロウイルスである請求項
    ２８記載の方法。
32. 【請求項３２】 プロテアーゼが請求項２４ないし２７
    のいずれかに記載のバリセラゾスターウイルスである請
    求項２８記載の方法。
33. 【請求項３３】 請求項２８記載の方法によって同定さ
    れるペプチド、ペプチド様、合成または天然物分子。
34. 【請求項３４】 ヘルペスプロテアーゼ結晶またはその
    部分の構造座標を用い、分子転位によって該プロテアー
    ゼの変異体、相同体または共複合体の結晶形を解析する
    ことからなる結晶形の解析方法。
35. 【請求項３５】 ヘルペスプロテアーゼ結晶の構造座標
    を用い、ヘルペスウイルスプロテアーゼの活性部位と結
    合する化学物質をコンピューターを用いて評価すること
    からなる薬物デザインの方法。
36. 【請求項３６】 その物質が、競合的、非競合的または
    不競合的阻害剤であって、ヘルペスウイルスプロテアー
    ゼに結合するか、またはそのタンパク質分解活性を阻害
    する請求項３５記載の方法。
37. 【請求項３７】 ヘルペスウイルスプロテアーゼの構造
    座標を用い、該プロテアーゼと該プロテアーゼの基質ま
    たは阻害剤である化合物との間の化学反応における中間
    体を同定することからなる薬物デザインの方法。
38. 【請求項３８】 構造座標が図２−７、８−１２、１３
    ４および１３５、１９２−３２７、および３５８−４１
    ３の座標からなる群から選択される請求項２５または３
    ７記載の方法。
39. 【請求項３９】 プロテアーゼが３個のアミノ酸、セリ
    ン、ヒスチジン、およびヒスチジンの相互作用によって
    形成される触媒活性部位によって特徴づけられる、ヘル
    ペスウイルスプロテアーゼ分子またはその断片の二量体
    境界面に競合的に結合する阻害剤の同定方法であって、 コンピューター処理されたモデル化システムに、該活性
    部位の座標および該プロテアーゼの二量体境界面を提供
    し、 その二量体境界面に結合するか、またはその境界面を干
    渉する化合物を同定し、およびプロテアーゼ阻害の生物
    活性について同定された化合物をスクリーニングする工
    程からなる方法。
40. 【請求項４０】 ３個のアミノ酸、セリン、ヒスチジン
    およびヒスチジンの相互作用によって形成される触媒活
    性部位によって特徴づけられるヘルペスウイルスプロテ
    アーゼ分子またはその断片の活性部位に競合的に結合す
    る阻害剤の同定方法であって、 コンピューター処理されたモデル化システムに、プロテ
    アーゼの活性部位の座標を提供し、 その構造に結合するであろう化合物を同定し、およびプ
    ロテアーゼ阻害の生物活性について同定された化合物を
    スクリーニングする工程からなる方法。
41. 【請求項４１】 プロテアーゼがリガンドに付されてい
    るかまたはリガンドに付されていない請求項１５ないし
    １７のいずれかに記載の単純ヘルペスウイルス（ＨＳ
    Ｖ）２である請求項４０記載の方法。
42. 【請求項４２】 プロテアーゼが請求項１８ないし２０
    のいずれかに記載の単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）１
    である請求項４０記載の方法。
43. 【請求項４３】 プロテアーゼが請求項２１ないし２３
    のいずれかに記載のサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）で
    ある請求項４０記載の方法。
44. 【請求項４４】 プロテアーゼが請求項２４ないし２６
    のいずれかに記載のバリセラゾスターウイルス（ＶＺ
    Ｖ）である請求項４０記載の方法。
45. 【請求項４５】 図４４９配列番号：７の配列、図４５
    ０配列番号：８の配列、図４５１配列番号：９の配列、
    図４５２配列番号：１０の配列、および、図４５３配列
    番号：１１の配列からなる群から選択された修飾バリセ
    ラゾスターウイルス（ＶＺＶ）プロテアーゼ。
46. 【請求項４６】 請求項４５の修飾ＶＺＶプロテアーゼ
    を結晶化することからなるＶＺＶプロテアーゼの結晶を
    形成する方法。
47. 【請求項４７】 ＶＺＶプロテアーゼが図４５３配列番
    号：１１の配列を有する請求項４６記載の方法。
48. 【請求項４８】 ＶＺＶプロテアーゼを候補阻害剤に曝
    露する工程からなるＶＺＶプロテアーゼの阻害剤を同定
    するためのバイオアッセイにおいて、改良点が該ＶＺＶ
    プロテアーゼとして請求項４５のプロテアーゼを用いる
    ことからなるバイオアッセイ。
49. 【請求項４９】 ＬＱＡの無傷の成熟カルボキシ末端配
    列を有するバリセラゾスターウイルス（ＶＺＶ）プロテ
    アーゼの精製方法であって、ＮiＮＴＡカラム上で、該
    ＬＱＡ末端アミノ酸とヘキサヒスチジン配列の間に挿入
    された一のアミノ酸配列を有する標品のＶＺＶ配列を精
    製することからなる方法。
50. 【請求項５０】 ＶＺＶ配列が図４５３配列番号：１１
    の配列である請求項４９記載の方法。
51. 【請求項５１】 ＬＱＡの無傷の成熟カルボキシ末端配
    列を有するサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロテアー
    ゼの精製方法であって、ＮiＮＴＡカラム上で、該ＬＱ
    Ａ末端アミノ酸とヘキサヒスチジン配列の間に挿入され
    た一のアミノ酸配列を有する標品のＣＭＶ配列を精製す
    ることからなる方法。
52. 【請求項５２】 ＬＱＡの無傷の成熟カルボキシ末端配
    列を有する単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）１プロテア
    ーゼの精製方法であって、ＮiＮＴＡカラム上で、該Ｌ
    ＱＡ末端アミノ酸とヘキサヒスチジン配列の間に挿入さ
    れた一のアミノ酸配列を有する標品のＨＳＶ１配列を精
    製することからなる方法。
53. 【請求項５３】 ＬＱＡの無傷の成熟カルボキシ末端配
    列を有する単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）２プロテア
    ーゼの精製方法であって、ＮiＮＴＡカラム上で、該Ｌ
    ＱＡ末端アミノ酸とヘキサヒスチジン配列の間に挿入さ
    れた一のアミノ酸配列を有する標品のＨＳＶ２配列を精
    製することからなる方法。
54. 【請求項５４】 ヘルペスプロテアーゼの触媒部位ドメ
    インの結晶構造のモデルをその上に格納するコンピュー
    ター読取り媒体。
55. 【請求項５５】 セリン、ヒスチジンおよびヒスチジン
    を有してなる触媒部位トライアドによって特徴づけられ
    るプロテアーゼ結晶構造。
56. 【請求項５６】 構造が切断されたヘルペスプロテアー
    ゼである請求項５５記載のプロテアーゼ結晶構造。