JPH11221085A

JPH11221085A - ＭｕｒＢ

Info

Publication number: JPH11221085A
Application number: JP10280412A
Authority: JP
Inventors: Nicola Gail Wallis; ニコラ・ゲイル・ウォリス; Lisa Kathleen Shilling; リサ・キャスリーン・シリング; Ming Hwang; ミン・ワン; Deborah D Jaworski; デボラ・ディー・ジャワースキー; Karen A Ingraham; カレン・エイ・イングラハム; Jennifer Ray; ジェニファー・レイ; Alison Frances Chalker; アリソン・フランシス・チョーカー; David John Holmes; デイビッド・ジョン・ホームズ; Magdalena Zalacain; マグダレーナ・サラカイン; James Raymond Brown; ジェイムズ・レイモンド・ブラウン
Original assignee: SmithKline Beecham Ltd; SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Ltd; SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1997-08-25
Filing date: 1998-08-25
Publication date: 1999-08-17
Also published as: EP0911403A3; CA2241403A1; US6218528B1; EP0911403A2

Abstract

(57)【要約】（修正有）【課題】ＭｕｒＢポリペプチドおよび該ポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド、ならびに組換え法
によるかかるポリペプチドの製造方法を提供する。さら
に抗細菌化合物のスクリーニングのためのＭｕｒＢの使
用方法の提供。【解決手段】特定の２種類のアミノ酸配列のいずれか
の全長にわたりそのアミノ酸配列に対して少なくとも７
０％の同一性を有する単離ポリペプチド、あるいは特定
の２種類のヌクレオチド配列のいずれかの全長にわたり
そのヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％の同一
性を有する単離ポリヌクレオチド。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、Ｍ
ｕｒＢファミリーのポリヌクレオチドおよびポリペプチ
ドならびにそれらの変種（以下、「ＭｕｒＢ」、「Ｍｕ
ｒＢポリヌクレオチド」、および「ＭｕｒＢポリペプチ
ド」と称する）に関する。

【０００２】

【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起
こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離
から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）
は、より詳細な研究が為された微生物の一つである。例
えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期の見解
の大部分は、この微生物を用いたGriffithならびに、Av
ery、MacleodおよびMcCartyの研究により示された。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究は膨大
であるにも関わらず、この微生物の毒性に関しては多く
の疑問が残されている。抗生物質の開発のための標的と
してストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝子産物を
用いるのはとりわけ好ましいことである。

【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２０〜３０年間に劇的に上昇している。こ
れは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下し
た人口の増加に起因している。いくつかのまたはすべて
の標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめず
らしいことではない。この現象がこの生物に対する新し
い抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を
形成した。

【０００４】そのうえ、薬剤の発見方法は、現在のとこ
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための種々の道具
に大きく依存している。薬剤の発見の標的としての、さ
らなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならびに
それらの関連ポリペプチドの同定および特徴づけをする
必要性があり続けている。

【０００５】遺伝子ＭｕｒＢによりコ−ドされる酵素Ｕ
ＤＰ−Ｎ−アセチレノールピルビルグルコサミンレダク
ターゼは、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルピルビルグルコサミン
のＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラメートへの還元を触媒し、
同時にＮＡＤＰＨの酸化を触媒する。Ｎ−アセチルムラ
メートはペプチドグリカン生合成の前駆体である。当該
遺伝子はエシャリシア・コリ（Escherichia coli）から
配列決定され（Pucci, M. J., Discotto, L. F. & Doug
herty, T. J., 1992, J. Bacteriol., 174, 1690-169
3）、当該酵素は過剰発現され、精製され、反応論的に
特徴づけされている（Benson, T. E., Marquardt, J.
L., Marquardt, A. C., Etzkorn, F. A. & Walsh, C.
T. (1993) Biochemistry, 32, 2024-2030）。この酵素
の結晶構造も存在する（Benson, T. E., Walsh, C. T.,
& Hogle, J. M., (1996) Structure, 4, 47-54）。当
該遺伝子はバチルス・ズブチリス（Bacillus subtili
s）からも配列決定されており、必須のものであること
が示されている（Roeland, S. L., Errington,J. & Wak
e, R. G., (1995) Gene 164, 113-116）。ヒト病原体で
あるスタフィロコッカス・アウレウス（スタフィロコッ
カス・アウレウス）におけるＭｕｒＢ相同体の発見は、
ＵＤＰ−Ｎ−アセチレノールピルビルグルコサミンレダ
クターゼ酵素の製造を可能にし、該酵素は抗生物質のス
クリーニングに使用可能である。この酵素の阻害剤を抗
細菌療法に用いれば、細菌細胞壁の構築を妨害するであ
ろう。

【０００６】抗微生物活性に関して化合物をスクリーニ
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
のＭｕｒＢ具体例のごとき因子に対する要望があること
は明白である。かかる因子はまた、感染、機能不全およ
び疾患の発生病理における役割を決定するのに有用であ
る。感染、機能不全および疾患を予防、改善または治癒
するための方法を見出すために、かかる因子ならびにそ
のアンタゴニストおよびアゴニストを同定および特徴づ
けする必要も明らかにある。

【０００７】本発明のある種のポリペプチドは、ビー・
ズブチリス（B. subtilis）由来の既知のＭｕｒＢ蛋白
に対して有意なアミノ酸配列相同性を有する。

【０００８】

【発明が解決しようとする課題】本発明は、ＭｕｒＢ、
詳細にはＭｕｒＢポリペプチドおよびＭｕｒＢポリヌク
レオチド、組み換え物質ならびにそれらの製造方法に関
する。もう１つの態様において、本発明は、かかるポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドの使用方法に関し、と
りわけ、微生物による疾病の治療を包含する。さらなる
態様において、本発明は、本発明により提供される材料
を用いるアゴニストおよびアンタゴニストの同定方法、
ならびに同定されたアゴニストまたはアンタゴニストを
用いる微生物による感染およびかかる感染に関連した症
状の治療方法に関する。さらなる態様において、本発明
は、微生物による感染およびかかる感染に関連した症状
の検出のための診断アッセイ、例えば、ＭｕｒＢ発現ま
たは活性の検出のためのアッセイに関する。開示された
本発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾
は、以下の説明を読み、本開示の他の部分を読めば、当
業者に容易に明らかになるであろう。

【０００９】

【課題を解決するための手段】以下により詳細に説明す
るように、本発明は、ＭｕｒＢポリペプチドおよびポリ
ヌクレオチドに関する。詳細には、本発明は、ビー・ズ
ブチリス由来のＭｕｒＢポリペプチドに対するアミノ酸
配列相同性により関連づけられるストレプトコッカス・
ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）のＭｕｒ
Ｂのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特
に、本発明は、それぞれ配列番号：１または３および配
列番号：２または４として表１に示されるヌクレオチド
およびアミノ酸配列を有するＭｕｒＢに関する。

【００１０】表１ＭｕｒＢポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列（Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニアエのＭｕｒＢポリヌクレオチド配列［配列番号１］ 5'-AAGGTATTTTTATGGTCGTCAAATGTCTCTAAAAATGGTATAATGGAATGAATTTTGTAAAAGGAAGAG TGACATGTCTGTAAGAGAAAAAATGCTTGAAATCTTAGAAGGAATTGATATCCGTTTTAAGGAACCCTTGCA TAGCTATAGTTATACAAAAGTAGGTGGAGAGGCTGATTATTTGGTCTTTCCACGAAATCGTTTTGAGTTGGC TCGCGTTGTGAAATTTGCCAACCAAGAAAATATCCCTTGGATGGTTCTTGGCAATGCAAGCAATATCATCGT TCGTGATGGTGGGATTCGTGGATTTGTCATCTTGTGTGACAAGCTCAATAACGTTTCTGTTGATGGCTATAC CATTGAAGCAGAAGCTGGGGCTAACTTGATTGAAACAACTCGCATTGCCCTCCGTCATAGTTTAACTGGCTT TGAGTTTGCTTGTGGTATTCCAGGAAGCGTTGGCGGTGCTGTCTTTATGAATGCGGGTGCCTATGGTGGCGA GATTGCTCACATCTTGCAGTCTTGTAAGGTCTTGACCAAGGATGGAGAAATCGAAACCCTGTCTGCTAAAGA CTTGGCTTTTGGTTACCGCCATTCAGCTATTCAGGAGTCTGGTGCAGTTGTCTTGTCAGTTAAATTTGCCCT AGCTCCAGGAACCCATCAGGTTATCAAGCAGGAAATGGACCGCTTGACGCACCTACGTGAACTCAAGCAACC TTTGGAATACCCATCTTGTGGCTCGGTCTTTAAGCGTCCAGTCGGGCATTTTGCAGGTCAGTTAATTTCAGA AGCTGGCTTGAAAGGCTATCGTATCGGTGGCGTAGAAGTGTCAGAAAAGCATGCAGGATTTATGATCAATGT CGCAGATGGAACGGCCAAAGACTACGAGGACTTGATCCAATCGGTTATCGAAAAAGTCAAGGAACACTCAGG TATTACGCTTGAAAGAGAAGTCCGGATCTTGGGTGAAAGCCTATCGGTAGCGAAGATGTATGCAGGTGGTTT TACTCCCTGCAAGAGGTAGTGGGGACCTGACAGAGCCCCGATCGGTTAATCTATGAAAAAGAAGGAATTTAT GCCAATTGAAAAAACCAATTATCGA-3'

【００１１】（Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より推定されるストレプトコッカス・ニューモニアエのＭｕｒＢポリペプチド配列［配列番号２］ NH2-MSVREKMLEILEGIDIRFKEPLHSYSYTKVGGEADYLVFPRNRFELARVVKFANQENIPWMVLGNASN IIVRDGGIRGFVILCDKLNNVSVDGYTIEAEAGANLIETTRIALRHSLTGFEFACGIPGSVGGAVFMNAGAY GGEIAHILQSCKVLTKDGEIETLSAKDLAFGYRHSAIQESGAVVLSVKFALAPGTHQVIKQEMDRLTHLREL KQPLEYPSCGSVFKRPVGHFAGQLISEAGLKGYRIGGVEVSEKHAGFMINVADGTAKDYEDLIQSVIEKVKE HSGITLEREVRILGESLSVAKMYAGGFTPCKR-COOH

【００１２】（Ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニアエのＭｕｒＢのＯＲＦ配列［配列番号３］ 5'-TAACGTTTCTGTTGATGGCTATACCATTGAAGCAGAAGCTGGGGCTAACTTGATTGAAACAACTCGCAT TGCCCTCCGTCATAGTTTAACTGGCTTTGAGTTTGCTTGTGGTATTCCAGGAAGCGTTGGCGGTGCTGTCTT TATGAATGCGGGTGCCTATGGTGGCGAGATTGCTCACATCTTGCAGTCTTGTAAGGTCTTGACCAAGGATGG AGAAATCGAAACCCTGTCTGCTAAAGACTTGGCTTTTGGTTACCGCCATTCAGCTATTCAGGAGTCTGGTGC AGTTGTCTTGTCAGTTAAATTTGCCCTAGCTCCAGGAACCCATCAGGTTATCAAGCAGGAAATGGACCGCTT GACGCACCTACGTGAACTCAAGCAACCTTTGGAATACCCATCTTGTGGCTCGGTCTTTAAGCGTCCAGTCGG GCATTTTGCAGGTCAGTTAATTTCAGAAGCTGGCTTGAAAGGCTATCGTATCGGTGGCGTAGAAGTGTCAGA AAAGCATGCAGGATTTATGATCAATGTCGCAGATGGAACGGCCAAAGACTACGAGGACTTGATCCAATCGGT TATCGAAAAAGTCAAGGAACACTCAGGTATTACGCTTGAAAGAGAAGTCCGGATCTTGGGTGAAAGCCTATC GGTAGCGAAGATGTATGCAGGTGGTTTTACTCCCTGCAAGAGGTAGTGGGGACCT-3'

【００１３】（Ｄ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配列から推定されるストレプトコッカス・ニューモニアエのＭｕｒＢポリペプチド配列［配列番号：４］ NH₂-NVSVDGYTIEAEAGANLIETTRIALRHSLTGFEFACGIPGSVGGAVFMNAGAYGGEIAHILQSCKVLT KDGEIETLSAKDLAFGYRHSAIQESGAVVLSVKFALAPGTHQVIKQEMDRLTHLRELKQPLEYPSCGSVFKR PVGHFAGQLISEAGLKGYRIGGVEVSEKHAGFMINVADGTAKDYEDLIQSVIEKVKEHSGITLEREVRILGE SLSVAKMYAGGFTPCKR-COOH

【００１４】寄託材料ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株
を含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットラ
ンド、ＡＢ２１ＲＹ、アバディーン、マチャードライ
ブ２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダ
ストリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッ
ド（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、ＮＣＩＭ
Ｂ受託番号４０７９４の下で寄託した。その寄託株は寄
託の際にストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３と命名された。１９９６年４月１７日に、同様
に、エシェリシア・コリ中のストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩ
ＭＢに寄託され、受託番号４０８００が与えられた。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ寄託株を、本明細書
では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する。

【００１５】寄託株は全長のＭｕｒＢ遺伝子を含んでい
る。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列ならびに
それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致に
おいても支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上
の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条件
下で行われている。特許が発行されると何ら制限または
条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者
の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条
の下に要求されるような、寄託が実施可能要件であるこ
とを承認するものではない。

【００１６】寄託株、それに由来の化合物を製造、使用
または販売するには、ライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここで付与されるものではない。本
発明の一の態様は、寄託株に含まれるストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３株により発現可能な
成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子を提供する
ことである。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡのＭ
ｕｒＢヌクレオチド配列およびそれによりコードされる
アミノ酸配列を提供する。また、本発明は寄託株より単
離されたＭｕｒＢポリペプチド配列およびそれに由来の
アミノ酸配列を提供する。

【００１７】ポリペプチド本発明ＭｕｒＢポリペプチドは、系統発生論的に他のＭ
ｕｒＢファミリーの蛋白に実質的に関連している。本発
明の１の態様において、ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエのポリペプチド（本明細書では「ＭｕｒＢ」およ
び「ＭｕｒＢポリペプチド」という）、ならびに生物学
的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なその変
種、ならびにそれを含む組成物が提供される。本発明の
とりわけ好ましい具体例は、ＭｕｒＢ遺伝子の自然発生
対立遺伝子によりコードされるＭｕｒＢポリペプチドの
変種である。

【００１８】さらに本発明は下記のものである単離ポリ
ペプチド：（ａ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配
列を含むかまたはそれよりなるポリペプチド；（ｂ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド；（ｃ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド；（ｄ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド；（ｅ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：３に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド；あるいは（ｆ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド；（ｇ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配
列を含むかまたはそれよりなるポリペプチドを提供す
る。

【００１９】本発明のポリペプチドは、表１［配列番号
２または４］のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチ
ド）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細に
は、ＭｕｒＢの生物活性を有し、表１［配列番号１また
は３］のポリペプチドまたはその該当部分と少なくとも
７０％の同一性、好ましくは表１［配列番号２または
４］のポリペプチドと少なくとも８０％の同一性、より
好ましくは表１［配列番号２または４］のポリペプチド
と少なくとも９０％の類似性（より好ましくは、少なく
とも９０％の同一性）、さらにより好ましくは表１［配
列番号２または４］のポリペプチドと少なくとも９５％
の類似性（より好ましくは少なくとも９５％の同一性）
を有するポリペプチドおよびフラグメントを包含し、さ
らにかかるポリペプチドの部分も包含し、一般に、ポリ
ペプチドのかかる部分は少なくとも３０個のアミノ酸、
より好ましくは、少なくとも５０個のアミノ酸を含む。

【００２０】本発明はまた、Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、アミノ末端のＸは水素または金属であり、カル
ボキシル末端のＹは水素または金属であり、R₁およびR₃
はいずれかのアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基であ
り、ｍは１〜１０００の整数または０であり、ｎは１〜
１０００の整数または０であり、R₂は本発明のアミノ酸
配列、特に表１のアミノ酸配列またはそれらの修飾形態
を意味する］で示されるポリペプチドを包含する。上記
の式中、R₂はアミノ末端残基がその左側でR₁に結合し、
そのカルボキシ末端残基がその右側でR₃に結合するよう
に方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい
場合、Ｒ₁またはＲ₃のいずれかでで表されるアミノ酸残
基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれ
であってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本発明の
他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５０、１００また
は５００の間の整数であり、ｎが１ないし５０、１００
または５００の間の整数のものである。

【００２１】本発明がストレプトコッカス・ニューモニ
アエ由来のものであるのが最も好ましいが、同じ分類学
上の属の他の生物由来のものであっても好ましい。また
本発明ポリペプチドは、例えば、同じ科または目から得
られるものであってもよい。

【００２２】フラグメントは、その全体が上記したポリ
ペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じ
であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。
ＭｕｒＢポリペプチドと同様、フラグメントは「独立し
ている（free-standing）」であるか、またはそれらが
一の部分または領域、最も好ましくは単一の連続した領
域、単一のより大きなポリペプチドを形成するより大き
なポリペプチドの中に含まれていてもよい。

【００２３】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号２または４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する末端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエ中の本発明の
ポリペプチドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘ
リックスおよびアルファヘリックス形成領域、ベータシ
ートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン
形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎
水領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、
フレキシブル領域、表面形成領域、基質結合領域、およ
び高抗原指数領域を含むフラグメントのような、構造的
または機能的属性によって特徴づけられるフラグメント
もまた好ましいフラグメントである。

【００２４】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、ＭｕｒＢ
の活性を媒介するフラグメントである。さらに、動物、
特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラグメ
ントも含まれる。特に好ましいものは、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエの生存に必須の機能または個体、
特に、ヒトにおいて疾患を開始または疾病を維持する能
力を与える酵素群の受容体またはドメインからなるフラ
グメントである。

【００２５】本発明のポリペプチドのフラグメントであ
る変種は、ペプチド合成法により対応する全長のポリペ
プチドの製造に使用することができる。したがって、こ
れらの変種は、本発明の全長ポリペプチドを製造するた
めの中間体として使用できる。

【００２６】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのように
指定される位置にあってもよいことを意味する。

【００２７】ポリヌクレオチドＭｕｒＢポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ド、詳細には、本明細書でＭｕｒＢと命名されるポリペ
プチドをコードしているポリヌクレオチドを提供するこ
とが本発明の１の目的である。本発明の特に好ましい具
体例において、ポリヌクレオチドは、全長の遺伝子を含
む、表１（配列番号：１または３）に示す配列を含むＭ
ｕｒＢポリペプチド、またはその変種をコードしている
領域を含む。出願人らは、この全長の遺伝子は当該ポリ
ペプチドを有する生物（例えば、ストレプトコッカス・
ニューモニアエ）の増殖および／または生存に必須であ
ると考える。本発明のさらなる態様として、ＭｕｒＢポ
リペプチドおよびポリヌクレオチド、詳細には、ストレ
プトコッカス・ニューモニアエのＭｕｒＢポリペプチド
およびポリヌクレオチドをコードおよび／または発現す
る単離核酸分子が提供され、核酸分子としては、例え
ば、未プロセッシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍＲ
ＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮＡ
が挙げられる。本発明のさらなる具体例は、生物学的、
診断上、予防上、臨床的または治療上有用なポリヌクレ
オチドおよびポリペプチド、ならびにその変種、ならび
にそれらを含む組成物を包含する。本発明のもう一つの
態様は、表１［配列番号２または４］の推定アミノ酸配
列を有するＭｕｒＢポリペプチドをコードする単離ポリ
ヌクレオチド、それに密接に関連するポリヌクレオチド
およびそれらの変種に関する。

【００２８】もう１つの特に好ましい本発明具体例にお
いて、表１（配列番号：２または４）のアミノ酸配列を
含むかまたはそれよりなる、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ由来のＭｕｒＢポリペプチドが提供される。
表１［配列番号１または３］に示すポリヌクレオチド配
列のような本明細書の情報を使用し、出発材料としてス
トレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３を使
用し、細菌からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニ
ングし、配列決定し、つづいて全長クローンを得る標準
的クローニングおよびスクリーニング法を使用して、Ｍ
ｕｒＢポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオ
チドを得ることができる。例えば、表１［配列番号１ま
たは３］に示す配列のような本発明のポリヌクレオチド
配列を得るには、典型的には、エシェリシア・コリまた
は他の適当な宿主中のストレプトコッカス・ニューモニ
アエ０１００９９３の染色体ＤＮＡのクローンのライブ
ラリーを、部分配列から由来する放射標識したオリゴヌ
クレオチド、好ましくは１７量体またはそれより長いオ
リゴヌクレオチドでプローブする。ついで、該プローブ
と同じＤＮＡを有するクローンを厳密な条件を使用して
区別できる。該オリジナル配列から設計された配列決定
プライマーで同定された個々のクローンを配列決定する
ことにより、該配列を両方の方向に伸長し、全長を決定
することが可能である。都合よくは、プラスミド・クロ
ーンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いてかかる配
列決定を行う。適当な技法は、Maniatis,T.，Fritsch,
E.F.およびSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORAT
ORY MANUAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laboratory
Press, Cold Spring Harbor, New York（1989）（特
に、ハイブリダイゼーションによるスクリーニング１.
９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０
を参照のこと）により記載されている。直接ゲノムＤＮ
Ａ配列決定を行って全長の遺伝子配列を得てもよい。例
えば、表１［配列番号１または３］に示すポリヌクレオ
チドは、ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３から由来するＤＮＡライブラリー中に見いだされ
たものである。

【００２９】そのうえ、表１［配列番号１または３］の
ＤＮＡ配列は、表１［配列番号２または４］に示すのと
ほぼ同数のアミノ酸残基を有し、公知のアミノ酸残基の
分子量から計算できる推定分子量を有する蛋白をコード
するオープンリーディングフレームを有する。配列番号
１のヌクレオチド番号７４と、ヌクレオチド番号１０２
２で始まる停止コドンとの間の配列番号１のポリヌクレ
オチドが、配列番号２のポリペプチドをコードする。

【００３０】さらなる態様において、本発明は、下記の
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する：（ａ）配列番号：１の全長にわたって、配列番号：１に
対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくと
も８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の
同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％の同
一性を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド
配列；（ｂ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％またはちょうど１００％の同一性を有するポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列；ある
いは（ｃ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％また
は１００％の同一性を有するヌクレオチド配列；（ｄ）配列番号：３の全長にわたって、配列番号：３に
対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくと
も８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の
同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％の同
一性を有するかまたは全く同一であるヌクレオチド配
列；または（ｅ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列。本発明ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド
（ストレプトコッカス・ニューモニアエ以外の種由来の
ホモログおよびオーソログを包含）を、厳密なハイブリ
ダイゼーション条件において、配列番号：１もしくは３
の配列またはそれらのフラグメントを含むかまたはそれ
らよりなる標識または検出可能プローブを用いて適当な
ライブラリーをスクリーニングし、次いで、該ポリヌク
レオチド配列を含む全長遺伝子および／またはゲノムク
ローンを単離する工程を含む。

【００３１】本発明は、表１［配列番号１または３］の
コーディング配列と、その全長にわたって同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟
ポリペプチドまたはそのフラグメント用のコーディング
配列自体ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ
またはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列
のような他のコーディング配列を有するリーディング・
フレーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントのコ
ーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドはまた、
例えば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル
（例えば、ｒｈｏ−依存的およびｒｈｏ−非依存的終止
シグナル）、リボソーム結合部位、Kozak配列、ｍＲＮ
Ａを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグ
ナルのごとき少なくとも１つの非コーディング５’およ
び３’配列を包含する非コーディング配列を含むが、こ
れらに限定するものではない。また、ポリヌクレオチド
配列はさらなるアミノ酸をコードしているさらなるコー
ディング配列を含んでいてもよい。例えば、融合ポリペ
プチドの精製を促進するマーカー配列をコードすること
ができる。本発明のある種の具体例において、マーカー
配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供
され、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：8
21-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチ
ドであるか、またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767
(1984)）であり、ともにそれらに融合したポリペプチド
配列の精製において有用である。本発明ポリヌクレオチ
ドは、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝
子の発現を調節する、本来的に結合している配列からな
るポリヌクレオチドを包含する。

【００３２】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド７４からヌクレオチド１０
２２のすぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌクレオ
チドを含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオチド
であり、それは共にＭｕｒＢポリペプチドをコードす
る。

【００３３】本発明はまた、式：Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R₁およびR₃は、各々、独立していずれかの核
酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であ
り、ｎは１〜３０００の整数または０であり、R₂は本発
明の核酸配列または修飾核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は
５’末端残基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残
基がその右側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、Ｒ₁および／ま
たはＲ₂のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロ
ポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、
ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、
ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前
記した式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオ
チドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有する
第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。も
う一つ別の具体例において、ｍおよび／またはｎは１と
１０００の間の整数である。他の好ましい本発明の具体
例は、ｍが１ないし５０、１００または５００の間の整
数であり、ｎが１ないし５０、１００または５００の間
の整数である。

【００３４】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特
に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表１［配列番
号２または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプト
コッカス・ニューモニアエ・ＭｕｒＢのポリペプチドを
コードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。こ
の用語はコードおよび／非コーディング配列を含んでも
よいさらなる領域と共に、該ポリペプチドをコードする
単一の連続または非連続領域（例えば、組み込まれたフ
ァージ、挿入された配列、組み込まれたベクター配列、
組み込まれたトランスポゾン配列、またはＲＮＡエデテ
ィング（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再組織化によ
り中断されている）を含むポリヌクレオチドを包含す
る。本発明はさらに、表１［配列番号２または４］の推
定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種をコードす
る、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変種に関す
る。本発明のポリヌクレオチドのフラグメントである変
種は本発明の全長ポリヌクレオチドの合成に使用でき
る。

【００３５】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２または４］のＭ
ｕｒＢポリペプチドのアミノ酸配列を有する、ＭｕｒＢ
変種をコードするポリヌクレオチドである。特に好まし
くは、ＭｕｒＢポリペプチドの特性、活性を変化させな
いサイレント置換、付加および欠失である。

【００３６】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列をを有する
ＭｕｒＢポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの
全長にわたって少なくとも７０％の同一性を有するポリ
ヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオチドに相補
的なポリヌクレオチドである。また、最も好ましいもの
は、ＭｕｒＢポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドと全長にわたって少なくとも８０％の同一性を有する
領域からなるポリヌクレオチドおよびそれと相補的なポ
リヌクレオチドである。この点で、その同じものと全長
にわたって少なくとも９０％の同一性を有するポリヌク
レオチドが特に好ましく、中でも少なくとも９５％の同
一性を有するものが特に好ましい。さらには、少なくと
も９５％の同一性を有するものの中で少なくとも９７％
の同一性を有するものがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％の同一性を有するもの
が特に好ましい。少なくとも９９％の同一性を有するも
のがより好ましい。好ましい具体例は、表１［配列番号
１または３］のＤＮＡによってコードされている成熟ポ
リペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保
持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであ
る。本発明のある好ましい具体例によれば、特に厳密な
条件下で、例えば表１のポリヌクレオチドのごときＭｕ
ｒＢポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションす
るポリヌクレオチドが提供される。

【００３７】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドに厳密な条件下でハイブリダイ
ゼーションするポリヌクレオチドに関する。本明細書で
用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダ
イゼーション条件」という語は、ハイブリダイゼーショ
ンが、配列間に少なくとも９５％、好ましくは少なくと
も９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味す
る。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、
５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭＮa
Ｃl、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン
酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhard
t’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０マイク
ログラム／ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、
４２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダ
イゼーション支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗
浄することが挙げられる。ハイブリダイゼーションおよ
び洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULARCLONI
NG：A LABORATORY MANUAL，Second Edition，Cold Spri
ng Harbor, N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されて
いる。本発明により提供されるポリヌクレオチド配列に
関して溶液ハイブリダイゼーションを用いてもよい。

【００３８】本発明は、配列番号１または３に示したポ
リヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラ
リーを、厳密なハイブリダイゼーション条件下、配列番
号１または３に示す該ポリヌクレオチド配列の配列を有
するプローブまたはそのフラグメントでスクリーニング
し、該ＤＮＡ配列を単離することにより得ることができ
るポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれよりなるポ
リヌクレオチドを提供する。そのようなポリヌクレオチ
ドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本明細
書のいずれかの場所で十分に説明するプローブおよびプ
ライマーが包含される。

【００３９】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用し、ＭｕｒＢをコードする全長ｃ
ＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ＭｕｒＢ遺伝子
に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡ
およびゲノムクローンを単離することができる。そのよ
うなプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を含むで
あろう。好ましくは、そのようなプローブは少なくとも
３０塩基からなり、少なくとも５０塩基を有してもよ
い。特に好ましいプローブは、少なくとも２０塩基を有
し、３０以下の塩基を有する。例えば、ＭｕｒＢ遺伝子
のコード領域は、表１（配列番号１または３）のＤＮＡ
配列を使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチド
・プローブを合成することにより単離できる。ついで、
本発明の遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識した
オリゴヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡま
たはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、ライ
ブラリーのどのメンバーがプローブとハイブリダイゼー
ションするか決定する。

【００４０】全長のＤＮＡを得るための、あるいは短い
ＤＮＡを伸長させるための利用可能で当業者によく知ら
れたいくつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅
速増幅（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS
USA 85,8998-9002, 1988参照）に基づく方法がある。ma
rathon^TM法（Clontech Laboratories Inc.）に例示され
る当該方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡ
の検索を有意に簡単にしている。Marathon^TM法におい
て、ｃＤＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調
製され、各末端に「アダプター」配列が連結される。次
いで、遺伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレ
オチドプライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行って
ＤＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、
「ネステッド」プライマー、すなわち、増幅生成物の範
囲ににアニールするように設計されたプライマー（典型
的には、アダプター配列中のさらなる３’にアニールす
るアダプター特異的プライマーならびに選択遺伝子配列
中のさらなる５’にアニールする遺伝子特異的プライマ
ー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応
の生成物をＤＮＡ配列決定により分析し、次いで、存在
しているＤＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得る
こと、あるいは５’プライマーの設計に関する新たな配
列の情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、
全長のＤＮＡを構築する。

【００４１】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列に由来するオリゴ
ヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明
細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに
使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体と
して、または部分的に感染組織において細菌中で転写さ
れるか否か測定する。そのような配列はまた、病原体が
達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性
がある。

【００４２】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるア
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋白
のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、
蛋白の半減期を長くしたり、短くしたり、あるいは分析
または生産のための蛋白の取り扱いを容易にすることが
できる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は
細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングにより除か
れる。本発明の各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレ
オチドについて、それに相捕的なポリヌクレオチドが提
供される。これらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的
である各ポリヌクレオチドに対して十分に相捕的である
ことが好ましい。一またはそれ以上のプロ配列に融合し
たポリペプチドの成熟形態を有する前駆体蛋白は該ポリ
ペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不
活性前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ
配列のいくらかまたは全体を、活性化の前に除去でき
る。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。

【００４３】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、
４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡ
またはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味す
る。

【００４４】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成
熟蛋白、リーダー配列の加わった成熟蛋白（プレ蛋白と
も称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１また
はそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、また
はリーダー配列と、一般に、ポリペプチドの活性な成熟
形態を生成するプロセッシング工程の間に除去される１
またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体で
あるプレプロ蛋白をコードする。

【００４５】ベクター、宿主細胞、発現系本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技術による本発明のポ
リペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系を用
い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用してかか
る蛋白を製造することができる。本発明の組み換えポリ
ペプチドを、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞か
ら、当業者によく知られた方法により製造してもよい。
したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む発現系、か
かる発現系で遺伝子操作された宿主細胞、ならびに組み
換え法による本発明ポリペプチドの製造に関する。組換
え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系も
しくはそれらの一部、または本発明のポリヌクレオチド
を取り込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入および感染のような、Davisら、BASIC MET
HODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrook
ら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd E
d. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring
Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マ
ニュアルに記載されている方法によって行うことができ
る。

【００４６】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）、シアノバクテリア（cyanpobact
eria）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびストレプ
トコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoni
ae）のごとき細菌細胞；クルベロミセス（Kluveromyce
s）、サッカロミセス（Saccharomyces）のごとき酵母細
胞、担子菌、カンジダ・アルビカンス（Candidaalbican
s）およびアスペルギルス（Aspergillus）；ドロソフィ
ラ（Drosophila）S2およびスポドプテラ（Spodoptera）
Sf9細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T
3、BHK、293、CV-1およびボーウェス（Bowes）メラノー
マ細胞のごとき動物細胞；および裸子植物または被子植
物のごとき植物細胞を包含する。

【００４７】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多様な発現系を使用することができる。かかる系
は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来
の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファー
ジ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿
入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュ
ロウイルス、ＳＶ４０のごときパポバウイルス、ワクシ
ニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイ
ルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのような
ウイルス由来のベクター、およびコスミドおよびファー
ジミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺
伝因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに
由来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を
制御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。
一般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅ま
たは発現し、および／またはポリペプチドを発現するの
に適した系またはベクターを、この点にて発現に使用し
てもよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、
MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示
されている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技
術のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。

【００４８】真核細胞の組み換え発現系において、翻訳
された蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞外環境に分
泌するために、適当な分泌シグナルを発現されるポリペ
プチドに挿入してもよい。これらのシグナルは、ポリペ
プチドに固有のものであってもよく、または異種のシグ
ナルであってもよい。本発明のポリペプチドは、硫酸ア
ンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンま
たはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロー
スクロマトグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィ
ー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシル
アパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマト
グラフィーを包含する、よく知られた方法によって組換
え細胞培養物から回収および精製できる。最も好ましく
は、高品質液体クロマトグラフィーが精製に使用され
る。ポリペプチドが単離および／または精製の間に変性
する場合、蛋白を再生するための周知方法を用いて、再
び活性な立体配座とすることができる。

【００４９】診断、予後、セロタイピングおよび変異ア
ッセイまた本発明は、診断試薬として使用するための本
発明のＭｕｒＢポリヌクレオチドの使用にも関する。真
核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるＭｕｒＢ
ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの検出
は、疾患の診断、疾病の段階の決定、または薬剤に対す
る感染生物の応答に関する診断方法を提供するであろ
う。ＭｕｒＢ遺伝子または蛋白を含む生物に感染、また
は感染の可能性がある真核生物、とりわけ哺乳動物、特
にヒトを、種々のよく知られた方法ならびに本明細書記
載の方法により核酸レベルまたはアミノ酸レベルで検出
できる。

【００５０】予後、診断または他の分析に供するポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドは、感染していると思わ
れる個体および／または感染した個体の身体材料から得
られる。これらの源由来のポリヌクレオチド、特にＤＮ
ＡまたはＲＮＡを検出に直接用いてもよく、あるいは分
析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いるこ
とにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ（詳細にはｍＲＮ
Ａ）、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じようして使用
できる。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の種
および株を原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴
づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較した
増幅生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検
出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したＭｕｒ
Ｂポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションさせ
ることにより同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮ
ase消化により、または融解温度の差により、誤対合二
重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤
を伴ったまたは変性剤を含まないゲル中のＤＮＡフラグ
メントの電気泳動の移動度の変化により、または直接的
なＤＮＡの配列決定により検出できる。例えば、Myers
ら、Science，230:1242（1985）を参照のこと。特異的
な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ保護アッセ
イ、例えば、ＲＮaseおよびＳ１保護または化学的切断
法によっても明らかにすることができる。例えば、Cott
onら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，85:4397-4401（198
5）を参照のこと。ヌクレアーゼ保護アッセイ、例え
ば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１およびＳ２保護アッセイまたは化
学的開裂法により、特定位置における配列の変化を明ら
かにすることができる。例えば、Cotton et al., Proc.
Natl.Acad. Sci., USA, 85:4397-4401 (1985)参照。

【００５１】もう１つの具体例において、ＭｕｒＢヌク
レオチド配列またはそのフラグメントを含むオリゴヌク
レオチドプローブの一群を構築して、例えば遺伝学的変
異、セロタイプ、分類学的分類または同定のための効果
的なスクリーニングを行うことができる。アレイ法は適
応範囲が広く、遺伝子発現、遺伝学的連関、および遺伝
学的変化を包含する分子遺伝学における種々の問題を解
決するために用いられる（例えば、Chee et al., Scien
ce,274:610 (1996)参照）。

【００５２】よって、もう１つの態様において、本発明
は、（ａ）本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のヌクレオチド配列、またはそのフラグメン
ト；（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕的なヌク
レオチド配列；（ｃ）本発明ポリペプチド、好ましくは配列番号：２ま
たは４のポリペプチド、またはそのフラグメント；ある
いは（ｄ）本発明ポリペプチドに対する抗体、好ましくは配
列番号：２または４のポリペプチドに対する抗体を含む
診断キットに関する。かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または
（ｄ）が重要な成分を含んでいてもよいことが理解され
よう。かかるキットは、とりわけ疾病または疾病に対す
る感受性についての診断において有用である。

【００５３】また本発明は、診断試薬としての本発明ポ
リヌクレオチドの使用にも関する。疾病または発病に関
連した本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポ
リヌクレオチドの発現低下、発現過剰または発現の変化
により生じる疾病の診断、疾病経過の予後、疾病段階の
決定、または疾病に対する感受性の決定に加えて用いる
診断用道具、またはかかる診断等の決定のための道具を
提供するであろう。かかるポリヌクレオチドにおける変
異を有する生物、特に感染生物を、本明細書記載のいず
れかの場所で説明するような種々の方法によりポリヌク
レオチドレベルで検出してもよい。本発明ヌクレオチド
配列は生物の染色体の同定にも価値がある。配列は特別
に標的化され、生物（詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ）の染色体上の特定の位置とハイブリダイ
ゼーションしうる。本発明染色体に関連した配列のマッ
ピングは、それらの配列を病原性および／または生物の
環境学的地位および／または生物の薬剤耐性とを関連づ
け、さらには生物に遺伝子を対応させることにおける重
要な工程でありうる。配列を正確な染色体位置にマッピ
ングしたならば、染色体上の配列の物理的位置を遺伝学
的地図のデータと関連づけることができる。かかるデー
タは、配列データベースにおいてオンラインで見いださ
れる。次いで、遺伝学的方法、例えば、連関（物理的に
近接した遺伝子の同時遺伝）の分析、あるいはコンジュ
ゲーション（conjugation）のごとき接合の研究によ
り、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝子と疾病と
の関係を同定する。第１の表現型を有する生物と、異な
る第２の表現型を有する生物との間のポリヌクレオチド
および／またはポリペプチド配列の相違を調べることも
できる。第１の表現型を有する生物のいくつかまたは全
部に変異が観察されるが、第２の表現型を有する生物に
は変異が観察されない場合、変異は第１の表現型の発生
原因である可能性がある。

【００５４】本発明のポリヌクレオチドおよび／またあ
ポリペプチド中に変異または多型性（対立遺伝子変異）
を担持する生物由来の細胞を、例えばセロタイピングを
可能にするような種々の技術によりＤＮＡレベルで検出
できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける
変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出
系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に
好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた
同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることがで
きる。一例として、ＭｕｒＢポリペプチドをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変異を同定お
よび分析することができる。典型的なプライマーの例を
下表２に示す。

【００５５】表２ＭｕｒＢポリヌクレオチド増幅用プライマー配列番号プライマー配列 5 5'-ATGTCTGTAAGAGAAAAAATGCTTG-3' 6 5'-CCTCTTGCAGGGAGTAAAACCACC-3'

【００５６】また本発明は、式：Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R₁およびR₃は、各々、独立していずれかの核
酸残基または修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２
０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０
であり、R₂は本発明プライマー配列、特に表２より選択
される核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチ
ドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は
５’末端残基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残
基がその右側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、好ましくは表１のポ
リヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマーであ
る。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１
ないし１０の間の整数である。

【００５７】さらに本発明は、５’および／または３’
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離されたＭ
ｕｒＢＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に用いること
ができる。プライマーを用いて感染個体から単離された
ポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオチド配列研
究のための種々の方法に供してもよい。このようにし
て、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、変異を用
いて感染または感染段階もしくは経路を診断および／ま
たは予後を行い、あるいは感染物のセロタイプおよび／
または分類を行ってもよい。

【００５８】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１
または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特
徴とする方法を提供する。ＭｕｒＢポリヌクレオチドの
発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法と
して当該分野で周知の方法である任意の方法、例えば増
幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブ
ロッティング、スペクトロメトリーおよびその他のハイ
ブリダイゼーション法を用いて測定できる。

【００５９】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
ＭｕｒＢポリペプチドの過剰発現を検出するための本発
明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検
出することができる。宿主由来のサンプル中のＭｕｒＢ
ポリペプチドのレベルを決定するために用いることがで
きるアッセイ技法は、当業者に周知である。このような
アッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的結合アッ
セイ、ウェスタンブロット分析、抗体サンドイッチアッ
セイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。

【００６０】ディファレンシャル発現（differential e
xpression）本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。

【００６１】インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli et
al., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。

【００６２】ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターン
を分析してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲ
Ｔ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、次いで、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされ
たＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プラ
イマーペアーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲ
ＮＡ量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による
特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中
で転写された細菌遺伝子についての情報を提供する。遺
伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細菌
による発病における遺伝子調節についての詳細な知識を
得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニング
のための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質によ
り、細菌ｍＲＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必
要があるとはいえないことが理解されよう。このこと
は、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能
にし、細菌中で非常に短命（半減期２分のオーダー）な
細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。最適には、非
常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存
在下で機械的に破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬お
よびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従って行って夾
雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズミ肺組織から
細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適当に標識され
た配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノー
ザンをプローブすることにより検出されるストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最
大量となるような条件を見いだすことによってプロセス
を最適化する。典型的には、５’色素標識プライマーを
ＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマーペアーに用い、
最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで終了す
る。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分離し、
GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を用いて
検出し定量する。

【００６３】グリッディング（gridding）およびポリヌ
クレオチド引き算方法は、いわゆる「高密度ＤＮＡアレ
イ（high density array）」またはグリッドを用いる遺
伝子発現および同一性についての情報を得るためのもの
である。例えば、M.Chee et al., Science, 274:610-61
4 (1996)およびその中の引用文献参照。かかるグリッデ
ィングアッセイを用いて、発現配列タグ（ＥＳＴ）と呼
ばれるある種の新規遺伝子配列が同定された（Adams et
al., Science, 252:1651-1656 (1991)）。遺伝子産物
に基づいて特定の遺伝子配列を同定するための方法のバ
ラエティーも記載されている。例えば、１９９１年５月
３０日公開国際特許出願ＷＯ９１／０７０８７参照。さ
らに、所望配列の増幅のための方法が記載されている。
例えば、１９９１年１１月１４日公開の国際特許出願Ｗ
Ｏ９１／１７２７１参照。

【００６４】本発明ポリヌクレオチドをポリヌクレオチ
ドアレイの成分として、好ましくは高密度アレイまたは
グリッドとして用いてもよい。これらの高密度アレイは
診断および予後目的に特に有用である。例えば、異なる
遺伝子、さらにはポリヌクレオチドまたは本発明ポリヌ
クレオチドを含む各スポットのセットをプロービング
（身体試料から得たプローブを用いるハイブリダイゼー
ションまたは核酸増幅を用いるプロービングのごとき）
に使用して、個体中の特定のヌクレオチド配列または関
連配列の存在を決定してもよい。かかる存在は、病原
体、特にストレプトコッカス・ニューモニアエの存在を
示す可能性があり、疾病または疾病経過の診断および／
または予後に有用である可能性がある。配列番号：１ま
たは３のポリヌクレオチド配列の多くの変種を含むグリ
ッドが好ましい。また、配列番号：２または４のポリペ
プチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列の多
くの変種を含むものが好ましい。

【００６５】抗体本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそれ
らの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかるポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドそれぞれに対して免
疫特異的な抗体を得るための免疫原として用いることが
できる。１の好ましい本発明の具体例において、Ｍｕｒ
Ｂポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対する抗体が
提供される。

【００６６】本発明のポリペプチドに対して得られる抗
体は、ポリペプチドあるいはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコールを用いて投与することによ
り得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例え
ば、Kohler, G.およびMilstein, C., Nature，256：495
−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：72
（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER
THERAPY, Alan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載
されるような種々の技法が挙げられる。

【００６７】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。

【００６８】別法として、ファージディスプレイ（phag
e display）技法を利用して、抗‐ＭｕｒＢの保持に関
してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰＣＲ増幅し
たｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理のライ
ブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合活性を有す
る抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,Ｊ.ら、Na
ture 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotechnolog
y 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性はチェイ
ンシャフリング（chain shuffling）により改善するこ
ともできる（Clackson,T.ら、Nature 352:624-628（199
1））。

【００６９】前記の抗体を用いてポリペプチドを発現す
るクローンを単離または同定することができ、アフィニ
ティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドを精製することができる。従って、と
りわけ、ＭｕｒＢポリペプチドまたはＭｕｒＢポリヌク
レオチドに対する抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感
染を治療することができる。

【００７０】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。

【００７１】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合蛋白は、マウスまたは他
の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するため
の抗原として使用される。融合蛋白はポリペプチドに安
定性を付与できる。抗原は、例えば抱合することによ
り、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブミン
（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシアニ
ン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させ
ることができる。別法として、蛋白もしくはポリペプチ
ド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペ
プチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫
原性を改良するのに十分な抗原性を有しており、キャリ
ヤを使用しなくてすむ。

【００７２】好ましくは、抗体またはその変種を修飾し
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明の１の態様によれば、治療または予防
目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発明ポリヌク
レオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具
体例は、ＭｕｒＢポリヌクレオチドの自然発生対立遺伝
子変種およびそれによりコードされるポリペプチドであ
る。

【００７３】本発明ポリヌクレオチドの遺伝学的免疫に
おける使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉
への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的蛋白キャリヤを複合させたＤＮＡの送達
（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン酸
カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152（1
992）；Eisenbraunら、ＤＮＡ Cell Biol 12：791（199
3））およびクローン化レトロウイルスベクターを用い
たインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（198
4））などの適当な送達方法を用いる。

【００７４】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子さらに、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを
用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラ
リー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリガ
ンドとの結合を評価することもできる。これらの基質お
よびリガンドは天然の基質およびリガンドでよく、また
は構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、Co
liganら、Current Protocols in Immunology 1（2）：
第5章（1991）を参照のこと。

【００７５】本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドは多くの生物学的機能の原因であり、該機能には多く
の疾病状態、詳細には上記疾病が包含される。それゆ
え、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
法を工夫することが望ましい。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定する
ためのスクリーニング方法を提供する。一般的には、ア
ゴニストまたはアンタゴニストを上記疾病の治療および
予防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合
物から化合物を同定できる。そのようにして同定された
かかるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素等であって
もよく、場合によってはＭｕｒＢポリペプチドおよびポ
リヌクレオチド、あるいはそれらの構造上または機能上
の模倣物であってもよい（Coligan et al., CurrentPro
tocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1991)参
照）。

【００７６】スクリーニング法は、単に化合物のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドへの、あるいはポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドを有する細胞もしくは膜へ
の、あるいはポリペプチド含む融合蛋白への結合を、直
接的または間接的に候補化合物に結合した標識により測
定するものであってもよい。別法として、スクリーニン
グ法は標識競争物質との競争を用いるものであってもよ
い。さらに、これらのスクリーニング法は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に適した検出系を
用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性化
または阻害により生じるシグナルを化合物が発生させる
かどうかを試験するものであってもよい。一般的には、
既知アゴニスト存在下で活性化の阻害剤をアッセイし、
次いで、候補化合物存在下でのアゴニストによる活性化
の効果を観察する。構成的に活性のあるポリペプチドお
よび／または構成的に発現されるポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドを、アゴニストまたは阻害剤の効果を逆
転させる物質を探すスクリーニング法に用いてもよく、
候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活
性化を阻害するかどうかを試験することによる。さら
に、スクリーニング法は、単に、候補化合物を本発明ポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する溶液と混
合して混合物を作成し、混合物中のＭｕｒＢポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測定し、次い
で、混合物中のＭｕｒＢポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチド活性を標準に対して比較することを特徴
とする。Ｆｃ部分および上記ＭｕｒＢポリペプチドから
作成されるような融合蛋白を用いて高処理量アッセイを
行って本発明ポリペプチドのアンタゴニストならびに系
統分類的および／または機能的に関連したポリペプチド
を同定することもできる（D.Bennett et al., J. Mol.
Recognition, 8:52-58 (1955);およびK.Johanson et a
l., J. Biol. Chem., 270(16):9549-9471 (1955)参
照）。本発明ポリペプチドと結合および／または相互作
用するポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび抗体を用
いて、細胞中のｍＲＮＡおよび／またはポリペプチドの
精製に対する添加化合物の影響を検出するためのスクリ
ーニング方法を組み立ててもよい。例えば、ＥＬＩＳＡ
アッセイを構築して、モノクローナルおよびポリクロー
ナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細胞結合レ
ベルを、当該分野において標準的な方法により測定して
もよい。これにより、適当に操作された細胞または組織
からのポリペプチドの生成を阻害または促進しうる作用
剤（それぞれ、アンタゴニストまたはアゴニストとい
う）を見いだすことができる。

【００７７】本発明はまた、ＭｕｒＢポリペプチドまた
はポリヌクレオチドの作用、特に静菌および／または殺
菌性である化合物の作用を亢進（アゴニスト）または遮
断（アンタゴニスト）する化合物を同定するための化合
物のスクリーニング方法を提供する。スクリーニング方
法には高処理量（high−throughput）技術が包含され
る。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリ
ーニングするために、ＭｕｒＢポリペプチドおよびかか
るポリペプチドの標識基質またはリガンドを含む合成反
応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごと
き細胞コンパートメント、またはそれらのいずれかの調
製物を、ＭｕｒＢアゴニストまたはアンタゴニストであ
るかもしれない候補分子の存在下または不在下でインキ
ュベートする。候補分子がＭｕｒＢポリペプチドに作動
または拮抗する能力は、標識リガンドの結合の低下また
はかかる基質からの生成物の生成低下に反映される。結
合しても影響を及ぼさない分子、すなわちＭｕｒＢポリ
ペプチドの効果を誘起しない分子は、ほとんどの場合、
良好なアンタゴニストであろう。よく結合し、基質から
の生成物の生成速度を高め、シグナルトランスダクショ
ンを増大させ、あるいは化学チャンネル活性を増大させ
る分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成速
度、シグナルトランスダクション、あるいは化学チャン
ネル活性のレベルの検出はリポーターシステムを用いる
ことにより強調できる。この点に関して有用なリポータ
ーシステムは、生成物に転換される比色標識基質、Ｍｕ
ｒＢポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に
応答するリポーター遺伝子、および当該分野で公知の結
合アッセイを包含するが、これらに限定するものではな
い。

【００７８】本発明ポリペプチドを用いて膜結合または
可溶性受容体を同定してもよく、かかるポリペプチドは
当該分野において標準的な受容体結合法により同定され
る。これらの方法、リガンド結合およびクロスリンキン
グアッセイを包含するが、これらに限らない。これらの
方法において、ポリペプチドを放射性標識（例えば¹² ⁵
Ｉ）、化学修飾（例えばビオチン化）または検出および
精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の受容体
（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材
料）の源とともにインキュベーションする。他の方法は
表面プラスモン共鳴および分光学的法法を包含する。こ
れらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドのそ
の受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニスト
およびアンタゴニストを同定してもよい。かかるアッセ
イを行うための標準的方法は当該分野においてよく知ら
れている。

【００７９】本発明の他の具体例において、本発明ポリ
ペプチドおよびまたはポリヌクレオチドと結合あるいは
相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との他
の相互作用を可能にする条件下で本発明ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき
化合物と接触させて、アゴニストとの結合あるいは他の
相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かか
る結合または相互作用はポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答した検出可能シグナルを提供しうる第２の化合物に関
連したものである）、次いで、ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作
用から生じるシグナルの存在または不存在を検出するこ
とにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性または
発現を活性化または阻害するかどうかを決定する方法が
提供される。

【００８０】ＭｕｒＢアンタゴニストのアッセイのもう
１つの例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、Ｍｕ
ｒＢおよび潜在的なアンタゴニストを、ＭｕｒＢ結合分
子、組換えＭｕｒＢ結合分子、天然基質もしくはリガン
ド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競
合アッセイである。ＭｕｒＢを例えば放射活性または比
色化合物により標識し、結合分子に結合した、あるいは
生成物に変換したＭｕｒＢ分子の数を正確に決定して、
潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。

【００８１】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドと結合し、そ
れによりその活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、
ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的
アンタゴニストはまた、ＭｕｒＢにより誘導される活性
を誘導しない結合分子のような結合分子の同一部位に結
合し、ＭｕｒＢを結合から排除することによりＭｕｒＢ
の作用を妨げる、密接に関連した蛋白または抗体のよう
な小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであってもよ
い。

【００８２】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を妨害する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:
560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラ
ートン、フロリダ州（1988）を参照のこと）。好ましい
潜在的アンタゴニストは、ＭｕｒＢに関連する化合物お
よびその変種を包含する。好ましい潜在的なアンタゴニ
ストはＭｕｒＢに関連した化合物およびＭｕｒＢの変種
を包含する。潜在的なポリペプチドアンタゴニストの他
の例は抗体を包含し、あるいはいくつかの場合には、ポ
リペプチドのリガンド、基質、受容体、酵素等の密接に
関連したオリゴヌクレオチドまたは蛋白、あるいはリガ
ンド、基質、受容体、酵素等のフラグメント、あるいは
本発明ポリペプチドに結合するが応答を誘発せず、その
結果ポリペプチドの活性が阻害することとなる小型分子
を包含する。

【００８３】ある種の本発明ポリペプチドは天然Ｍｕｒ
Ｂポリペプチドの生物学的模倣物、機能的模倣物であ
る。これらの機能的模倣物を、とりわけ、ＭｕｒＢポリ
ペプチドの活性に拮抗するように、あるいは本明細書に
いずれかの場所に記載の様式で抗原または免疫原として
用いてもよい。本発明ポリペプチドの機能的模倣物は末
端切断ポリペプチドを包含するが、これに限らない。例
えば、好ましい機能的模倣物は、配列番号：２に示すポ
リペプチドを含むポリペプチドであってアミノまたはカ
ルボキシ末端の２０、３０、４０、５０、６０、７０ま
たは８０個のアミノ酸を欠くポリペプチドを包含し、さ
らにこれらの末端切断配列の１つまたはそれ以上のもの
を含む融合蛋白を包含する。これらの機能的模倣物のそ
れぞれをコードしているポリヌクレオチドを発現カセッ
トとして用いて各模倣物ポリペプチドを発現させてもよ
い。これらのカセットが５’および３’制限部位を有し
ていて所望の場合にカセットを一緒にして連結するため
の便利な手段となることが好ましい。これらのカセット
が当該分野で知られたまたは本明細書にいずれかの場所
に記載された遺伝子発現シグナルを含むことがさらに好
ましい。

【００８４】よって、もう１つの態様において、本発明
は、本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドに関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガンド、受
容体、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生成を減少または促進す
る化合物を同定するためのスクリーニングキットに関す
る。該キットは：（ａ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド；（ｂ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する組み換え細胞；（ｃ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する細胞膜；あるいは（ｄ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドに対する抗体を含むものであり、好ましくは該ポリ
ペプチドは配列番号：２のものであり、好ましくは該ポ
リヌクレオチドは配列番号：１のものである。かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または
（ｄ）は重要成分を含有していてもよいことが理解され
よう。

【００８５】本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドを、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の構
造に基づく設計方法に用いてもよいことが、当業者に容
易に理解されよう。該方法は：（ａ）最初にポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド、またはそれらの複合体の３次元構造を決定し、
（ｂ）アゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の反応
部位、結合部位またはモチーフである可能性のある部位
の３次元構造を推定し、（ｃ）推定された反応部位、結
合部位および／またはモチーフと結合または反応すると
予想される候補化合物を合成し、次いで（ｄ）候補化合
物が実際にアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤で
あるかどうかを試験することを含む。これが繰り返しプ
ロセスであり、自動およびコンピューター制御工程を用
いてこの繰り返しプロセスを行ってもよいことが、さら
に理解されよう。

【００８６】さらなる態様において、本発明は、例えば
ＭｕｒＢポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
の過剰発現、発現不足、上昇した活性、または低下した
活性に関連した疾病のごとき異常な状態の治療方法を提
供する。ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
の発現および／または活性が過剰な場合、いくつかの方
法を用いることができる。１の方法は、ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドの機能および／または発
現を阻害（例えば、リガンド、基質、受容体、酵素等の
結合をブロックすることにより、あるいは２次的シグナ
ルを阻害することにより）するに有効な量の上記阻害化
合物（アンタゴニスト）を医薬上許容される担体ととも
に対象に投与し、そのことにより異常なな症状を改善す
ることを含む。もう１つの方法において、やはり内在性
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと競争し
てリガンド、基質、受容体、酵素等に結合することがで
きる可溶性形態のポリペプチドを投与してもよい。かか
る競争物質の典型例はＭｕｒＢポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドのフラグメントを包含する。

【００８７】さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサブ
クラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロ
ブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含
む、遺伝子工学により得られる可溶性融合蛋白に関す
る。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ（詳細にはＩ
ｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒンジ領域で
起こる。特定の具体例において、血液凝固因子Ｘａを用
いて開裂できる開裂配列を導入することによりＦｃ部分
を簡単に除去することができる。さらにそのうえ、本発
明は、遺伝子工学によるこれらの融合蛋白の製造方法、
ならびに薬剤スクリーニング、診断および治療における
それらの使用に関する。本発明のさらなる態様はかかる
融合蛋白をコードしているポリヌクレオチドにも関す
る。融合蛋白法の例は国際特許出願ＷＯ９４／２９４５
８およびＷＯ９４／２２９１４に見いだされる。

【００８８】さらにもう１つのアプローチにおいて、発
現ブロッキング法を用いて内在性ＭｕｒＢポリペプチド
をコードしている遺伝子の発現を阻害することができ
る。このブロッキングは遺伝子発現のいずれの工程を標
的としてもよいが、好ましくは、転写および／または翻
訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体内で生じ
るかまたは別個に投与されるアンチセンス配列の使用を
包含する（例えば、Oligodeoxynucleotides as Antisen
se Inhibitors of Gene Expression, CRC Press,Bocca
Raton, FL (1988)中O'Connor, J. Neurochem (1991) 5
6:560参照）。別法として、遺伝子とともに三重らせん
を形成するオリゴヌクレオチドを提供してもよい。例え
ば、Lee et al., Nucleic Acids Res (1979) 6:3073; C
ooney et al., Science (1988) 241:456; Dervan et a
l., Science (1991) 251:1360参照。これらのオリゴヌ
クレオチドはそれ自体投与することができ、あるいは重
要部分のオリゴマーをインビボで発現させることもでき
る。

【００８９】本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現でコードされた蛋白は、抗菌薬物をスクリーニングす
るための標的として用いることができる。加えて、コー
ドされた蛋白のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列
あるいはシャイン・ダルガーノまたは他の個々のｍＲＮ
Ａの翻訳容易化配列を用いて、目的とするコーディング
配列の発現を調節するアンチセンス配列を構築すること
ができる。

【００９０】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子は、細菌、特にグラム陽性菌が内在装置上の哺乳動物
細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マトリ
ックス蛋白に付着することを防御するために；真核生
物、好ましくは哺乳動物の細胞外マトリックス蛋白と組
織損傷を媒介する細菌性ＭｕｒＢ蛋白との間の細菌付着
を遮断するために；内在装置の埋め込みまたは他の外科
的手技以外により開始した感染における病因の通常の進
行を遮断するために使用することができる。

【００９１】本発明は、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラメー
トの酵素による生合成を妨害する薬剤の能力を測定する
ことによる、抗細菌性薬剤のスクリーニング方法を提供
する。イー・コリ（E. coli）のＵＤＰ−Ｎ−アセチレ
ノールピルビルグルコサミンレダクターゼはＵＤＰ−Ｎ
−アセチルグルコサミンエノールピルベートの還元およ
び同時に起こるＮＡＤＰＨの酸化を触媒する。

【００９２】好ましい具体例において、ＵＤＰ−Ｎ−ア
セチレノールピルビルグルコサミンレダクターゼ蛋白の
存在下でＵＤＰ−Ｎ−アセチルエノールピルビルグルコ
サミンをＮＡＤＰＨとともにインキュベーションしてＮ
ＡＤＰを生成させ、これを３４０ｎｍにおいてスペクト
ル測定し（Benson, T. E., Marquardt, J. L., Marquar
dt, A. C., Etzkorn, F. A. & Walsh, C. T., (1993),
Biochemistry, 32, 2024-2030）、ＵＤＰ−Ｎ−アセチ
レノールピルビルグルコサミンレダクターゼ酵素活性を
測定することができる。この反応における酵素活性の低
下は阻害剤の存在を示す。

【００９３】本発明のさらに別の態様によれば、Ｍｕｒ
Ｂのアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静菌
性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供
される。本発明のアンタゴニストおよびアゴニストを用
いて、例えば、疾患を阻害し、治療することができる。

【００９４】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ＭｕｒＢ
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニ
ストおよびアンタゴニスト）、特に狭スペクトルの抗生
物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療に有用であ
る。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発性
癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はま
た胃潰瘍および胃炎も治癒する。

【００９５】ワクチン生成物、組成物、ならびにＭｕｒＢ発現の評価、疾病の
治療、遺伝学的変異のアッセイ、および細菌、特にスト
レプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対する免疫学的
応答を生起させるためのＭｕｒＢポリペプチドおよび／
またはポリヌクレオチドの生物への投与方法が本発明に
より提供される。本発明の別の態様は、個体、特に哺乳
動物における免疫学的応答を誘発する方法であって、抗
体および／またはＴ細胞免疫応答を生成するのに適当な
ＭｕｒＢポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチ
ド、またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種
し、該個体を感染、特に細菌感染、最も好ましくはスト
レプトコッカス・ニューモニアエ感染から防御すること
を含む方法に関する。さらに、そのような免疫学的応答
による細菌複製を遅らせる方法も提供する。本発明のさ
らにもう一つ別の態様は、個体における免疫学的応答を
誘発する方法であって、インビボでＭｕｒＢポリヌクレ
オチドおよび／またはポリペプチド、またはそのフラグ
メントまたは変種を発現するために、該ＭｕｒＢポリヌ
クレオチドおよび／またはポリペプチド、またはそのフ
ラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクターを
該個体に送達し、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞また
は細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／またはＴ細胞免
疫応答を生じさせるように免疫学的応答を誘発し、該個
体にて疾患が既に確立されているか否かにかかわらず該
個体を疾患から保護することを含む方法に関する。遺伝
子を投与する一例は、粒子上のコーティングとして遺伝
子を所望の細胞に投与することによるものである。この
ような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、リボザイム、修
飾核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−蛋白複
合体またはＲＮＡ−蛋白複合体を含んでいてもよい。

【００９６】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体においてＭｕｒＢポリヌ
クレオチドおよび／またはそれによりコードされるポリ
ペプチドに対する免疫学的応答を誘発する免疫学的組成
物であって、該ＭｕｒＢポリヌクレオチドおよび／また
はそれによりコードされるポリペプチド、または他の本
発明ポリペプチドの抗原をコードし、発現するＤＮＡを
含む組換えＭｕｒＢポリヌクレオチドおよび／またはそ
れによりコードされるポリペプチドを含む組成物に関す
る。免疫学的応答は、治療的および予防的に使用でき、
抗体免疫および／またはＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞か
ら生ずるような細胞性免疫から得ることができる。

【００９７】ＭｕｒＢポリペプチドまたはそのフラグメ
ントは、それ自体抗体を産生しないが、第１の蛋白の安
定化ならびに免疫原性および保護特性を有するであろう
融合蛋白の産生能を有する補蛋白（co−Protein）と融
合させることができる。このような融合組換え蛋白は、
好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフルエンザ
（Hemophilus influenzae）からのリポプロテインＤ、
グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）また
はベータガラクトシダーゼのような抗原性補蛋白、蛋白
を可溶化し、その産生および精製を容易にするような比
較的大きい補蛋白からなる。さらに、補蛋白は、免疫系
の全身的な刺激を与える上で、アジュバントとして作用
してもよい。補蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカルボ
キシ末端のいずれかに結合してもよい。本発明は、本発
明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、Sat
o，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載されるような
免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワクチン組成
物および方法を提供する。

【００９８】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝
的免疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞
表面蛋白の非可変領域をコードすることが明らかにされ
た、記載されたポリヌクレオチドまたはその特定のフラ
グメントを使用する方法も提供する。そのような実験
は、予防的または治療的免疫応答を起こさせることので
きる蛋白エピトープの同定に特に有用である。この方法
により、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にス
トレプトコッカス・ニューモニアエ感染の予防剤または
治療剤の開発のために、動物の必須器官から感染の抵抗
または除去に特に有用なモノクローナル抗体を産生させ
ることができると考えられる。

【００９９】宿主を免疫するための抗原として本発明ポ
リペプチドを用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を
遮断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生
じさせることができる。組織損傷の例としては、例え
ば、機械的、化学的または熱的損傷による、または内在
装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは
口、乳腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げ
られる。

【０１００】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと適当な担
体とからなるワクチン処方も包含する。蛋白は胃で破壊
されうるので、非経口的投与（例えば、皮下、筋肉内、
静脈内、皮内等の投与を包含する）が望ましい。非経口
投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌剤、およ
びその処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする
溶質を含有してもよい、水性および非水性滅菌注射溶
液；懸濁化剤または増粘剤を含有してもよい、水性およ
び非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、単位投与また
は複数投与用コンテナ、例えば、密封されたアンプルお
よびバイアルにて提供され、使用直前に滅菌液体担体を
添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵することができ
る。ワクチン処方はまた、水中油系のごとき処方の免疫
原性を高めるアジュバント系および当該分野において知
られている他の系を有してもよい。投与量はワクチンの
比活性に依存し、慣用的実験操作によって容易に決定で
きる。本発明をある種のＭｕｒＢポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドについて記載したが、この記載は天然の
ポリペプチドおよびポリヌクレオチドのフラグメント、
ならびに組換えポリペプチドまたはポリヌクレオチドの
免疫原性を実質的に変化させない付加、欠失または置換
を有する同様なポリペプチドおよびポリヌクレオチドも
包含することが理解されるであろう。

【０１０１】組成物、キットおよび投与本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生
物に投与される、ＭｕｒＢポリヌクレオチドおよび／ま
たはＭｕｒＢポリペプチドを含む組成物が提供される。
本発明はまた、上記したポリヌクレオチドおよび／また
はポリペプチドあるいはそれらのアゴニストまたはアン
タゴニストからなる組成物に関する。本発明のポリペプ
チドは、対象への投与に適した医薬担体のような細胞、
組織または器官用の未滅菌または滅菌担体と組み合わせ
て使用できる。かかる組成物は、例えば、媒体添加また
は治療上有効量の本発明のポリペプチドおよび／または
ポリヌクレオチドと、医薬上許容される担体または賦形
剤を含む。かかる担体は、限定するものではないが、食
塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロー
ル、エタノールおよびその組み合わせを包含する。処方
は投与方法に適していなければならない。本発明は、さ
らには、上記した本発明の組成物の一またはそれ以上の
成分を充填した、一またはそれ以上のコンテナを含む診
断および医薬用パックおよびキットに関する。

【０１０２】本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
および他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。該医薬組
成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経
膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路に
よる投与を含む、いずれかの有効な、都合のよい方法で
投与される。治療および予防において、活性成分は個体
に注射用組成物、例えば、好ましくは等張の滅菌水性分
散液として投与される。

【０１０３】また、組成物は、例えば、軟膏、クリー
ム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォ
ッシュ、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態
の局所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、
例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリー
ムにおけるエモリエント等を含むことができる。そのよ
うな局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、
クリームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールま
たはオレイルアルコールも含有することができる。この
ような担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。

【０１０４】さらなる態様において、本発明は、医薬上
許容される担体または賦形剤を混合された治療上有効量
のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、例え
ば可溶性形態の本発明ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストペプチ
ドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供される。か
かる担体は、セイライン、緩衝化セイライン、デキスト
ロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれら
の混合物を包含するが、これらに限らない。さらに本発
明は、上記本発明組成物の１種またはそれ以上の成分を
入れた１個またはそれ以上の容器を含む医薬パックおよ
びキットに関する。本発明のポリペプチド、ポリヌクレ
オチドおよび他の化合物を単独で、あるいは治療化合物
のごとき他の化合物と組み合わせて使用してもよい。組
成物を投与経路（例えば、全身投与または経口投与）に
適合させる。医薬組成物の全身投与の好ましい形態は、
注射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内ま
たは腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもでき
る。全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシ
ジン酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経
粘膜または経皮投与を包含する。さらに、腸溶処方また
はカプセル処方がうまく処方されるならば、経口投与も
可能である。これらの化合物の投与は局所的なものであ
ってもよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよ
い。

【０１０５】哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。

【０１０６】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエの傷汚染を防
止するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張
にも使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有す
るヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質によ
る予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重
篤な合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい
罹病率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、こ
の状況の予防的抗生物質の代替品として使用することに
まで拡張することができる。

【０１０７】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・蛋白への
細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予防に代
え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途に使用
できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在
装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、好ましく
は、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０
ｍｇ／ｍｌの濃度で使用できる。

【０１０８】便利には、ワクチン組成物は注射剤の形態
である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を高め
ることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体
０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは
１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用量範
囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体へ
の投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。

【０１０９】配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズムポリヌクレオチドおよびポリペ
プチド配列は、その２次元および３次元構造を決定し、
類似の相同性を有するさらなる配列を同定するための貴
重な情報源を形成する。配列をコンピューター読み込み
可能媒体に保存し、次いで、既知の高分子構造プログラ
ムにおいて保存したデータを用いて、ＧＣＣのごときよ
く知られた既知検索ツールを用いてデータベースを検索
することにより、これらのアプローチを最も容易に簡略
化することができる。本発明ポリヌクレオチドおよびポ
リペプチドは検索分析に有用なデータベースならびに配
列分析アルゴリズム中の成分として有用である。見出し
のこのセクションならびにこのセクションに関連した請
求項の用語「配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズム」「本発明ポリヌクレオチド」
および「本発明ポリヌクレオチド配列」は、本発明ポリ
ヌクレオチドの検出可能な化学的または物理的特性を意
味し、触知可能媒体に還元または保存されていてもよい
ものである。例えば、クロマトグラフィーのスキャンデ
ータまたはピークのデータ、写真のデータまたはそこか
ら得られたスキャンデータ、コールドベース、および質
量スペクトル分析データが挙げられる。データベースお
よびアルゴリズムという見出しのこのセクションならび
にそれに関連した請求項で用いる用語「本発明ポリペプ
チド」および「本発明ポリペプチド配列」は、本発明ポ
リペプチドの検出可能な化学的または物理的特性を意味
し、触知可能媒体に還元または保存されていてもよいも
のである。例えば、クロマトグラフィーのスキャンデー
タまたはピークのデータ、写真のデータまたはそこから
得られたスキャンデータ、コールドベース、および質量
スペクトル分析データが挙げられる。

【０１１０】本発明は、本発明ポリペプチド配列および
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、チップ、ハー
ドドライブ、コンパクトディスク、およびビデオディス
クを包含する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配
列またはコードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明
により提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。

【０１１１】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュー
ター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌク
レオチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまた
はポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工程を
含む。

【０１１２】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含むポリペプチド配列をコンピューター読み込
み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチド配列を
少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド
配列と比較して相同性を同定する工程を含む。

【０１１３】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と少なくと
も１つの第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくと
も１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。

【０１１４】本発明のさらなる具体例はコンピューター
による相同性の同定方法を提供し、該方法は、本発明ポ
リヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポ
リヌクレオチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する
工程を含む。

【０１１５】本発明のさらなる具体例はコンピューター
による相同性の同定方法を提供し、該方法は、本発明ポ
リペプチド配列を含むポリペプチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチ
ド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチド配列と比較して相同性を同定する工程を含む。

【０１１６】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリヌクレオチド配列を含む
第１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌクレオチ
ド配列と少なくとも１つの第２のポリヌクレオチド配列
との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングす
る工程を含む。

【０１１７】本発明のもう１つの好ましい具体例におい
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
メンバーは、配列番号：１または３の配列を含むポリヌ
クレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポリペ
プチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１または３
の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセッ
ト；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の配
列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列番
号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表
すデータセット；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を含
むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含
むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１
または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または
４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；
配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：２または４の配列を
含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチ
ド配列を表すデータセットである。さらなる好ましい本
発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１また
は３の配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレ
オチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは
ポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程を含
む。

【０１１８】さらなる好ましい本発明の具体例は、相同
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列を比較して相同性を同定
する工程を含む。

【０１１９】さらなる好ましい本発明の具体例は、ポリ
ヌクレオチドアッセンブリーのためのコンピューターに
よる方法を提供し、該方法は、配列番号：１または３の
配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリ
ヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列との間
の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングする工程
を含む。

【０１２０】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つ
のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して
相同性を同定する工程を含む。

【０１２１】本発明のさらなる具体例は相同性の同定の
ためのコンピューターによる方法を提供し、該方法は、
配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド配列を
コンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、
該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する
工程を含む。

【０１２２】本発明のさらなる具体例はコンピューター
によりポリヌクレオチドアッセンブリー法を提供し、該
方法は、配列番号：１または３の配列を含む第１のポリ
ヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可能媒体中
に提供し、次いで、該第１のポリヌクレオチドと第２の
ポリヌクレオチド配列との間の少なくとも１つの重複領
域をスクリーニングする工程を含む。

【０１２３】本明細書において引用したすべての文献
（特許および特許出願に限らない）は出典明示によりそ
の内容を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張す
るいずれの特許出願もまた出典明示により本明細書の一
部とする。

【０１２４】用語本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を、その理解
を容易にするために以下に定義する。「抗体（複数でも
可）」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗体、ならびにＦａ
ｂフラグメントを包含し、さらにＦａｂまたは他の免疫
グロブリン発現ライブラリーの産物を包含する。「抗原
的に等価な誘導体（複数でも可）」は、特定の抗体によ
り特異的に認識されるポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、該特定の抗体
は、本発明蛋白、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に対して生成した場合に、病原体と哺乳動物宿主との間
の身体的相互作用を妨害するものである。「二特異的
（複数でも可）」とは、少なくとも２つの抗原結合ドメ
インを含む抗体を意味し、各ドメインは異なるエピトー
プに指向されている。「身体材料（複数でも可）」と
は、個体または生物由来の材料を意味し、骨、血液、血
清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組織、皮
膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織および
排泄物等を包含する。該生物は、個体に感染、侵入、ま
たは棲息するものである。「疾病（複数でも可）」は、
細菌感染により引き起こされる、あるいは細菌感染に関
連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、
菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および心内膜炎、
そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄液の感染を
包含する。「融合蛋白（複数でも可）」は、２種の、し
ばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグメントに
よりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ
−０４６４には、別のヒト蛋白またはその一部と一緒に
なった免疫グロブリン分子の不変領域の種々の部分を含
む融合蛋白が開示されている。多くの場合、免疫グロブ
リンのＦｃ領域を融合蛋白の一部分として用いることは
治療および診断における使用に有利であり、例えば、改
善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、ＥＰ−
Ａ０２３２２６２参照）。一方、いくつかの用途に
は、融合蛋白が発現、検出および精製された後、Ｆｃ部
分を欠失できることが望ましいであろう。「宿主細胞
（複数でも可）」は外来性ポリヌクレオチド配列によっ
て形質転換またはトランスフェクションされた、あるい
は形質転換またはトランスフェクションされうる細胞で
ある。

【０１２５】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＳ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。

【０１２６】ポリペプチド配列の比較のためのパラメー
ターは以下のものを包含する：１）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ギャップ長ペナルティー：４これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する：１）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ギャップペナルティー：５０ギャップ長ペナルティー：３これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。

【０１２７】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。（１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する：ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ）式中、ｎ_nはヌクレオチド変化の数であり、ｘ_nは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘ_nとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘ_nから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる：ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ）式中、ｎ_nは核酸変化の数であり、ｘ_nは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘ_nとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘ_nから差
し引く。

【０１２８】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する：ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ）式中、ｎ_aはアミノ酸変化数であり、ｘ_aは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘ_aとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘ_aから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する：ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ）式中、ｎ_aはアミノ酸変化の数であり、ｘ_aは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘ_aとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_aから差し引く。

【０１２９】「免疫学的に等価な誘導体」は、ポリペプ
チド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物を包
含し、それらが脊椎動物において抗体を生成させるため
に適当な処方中に用いられた場合に、抗体は病原体と哺
乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する
ように作用する。「免疫特異的」とは、他の関連ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド、特に先行技術のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに対してよりも本発明ポ
リペプチドまたは本発明ポリヌクレオチドに対して実質
的に大きなアフィニティーを有する抗体の特性を意味す
る。「個体（複数でも可）」とは多細胞真核生物を意味
し、後生動物類、哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、
霊長類およびヒトを包含するが、これらに限らない。

【０１３０】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。

【０１３１】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）Strept
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomy
ces、Streptomyces、Nocardia、Enterobacter、Yersini
a、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacte
r、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、St
reptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、Bruce
lla、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escherichi
a、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwin
ia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campylobacte
r、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromonas、R
ickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaであ
る属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグルー
プＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcus、グ
ループＣのStreptococcus、グループＤのStreptococcu
s、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumo
niae、Streptococcus pyrogenes、Streptococcus agala
ctiae、Streptococcus faecalis、Streptococcus faeci
um、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Ne
isseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staph
ylococcus epidermidis、Corynebacterium diptheria
e、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosi
s、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、My
cobacterium leprae、Actinomyces israelli、Listeria
monocytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella pa
rapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia
coli、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenza
e、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluenz
ae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella ty
phi、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Prot
eus vulgaris、Yersinia pestis、Klebsiella pneumoni
ae、Serratia marcessens、Vibrio cholera、Shigellad
ysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerugino
sa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bac
illus anthracis、Bacillus cereus、Clostridium perf
ringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinu
m、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよび
Chlamydia trachomitisである種またはグループ（これ
らに限らない）のメンバーを包含する原核生物、（ｉ
ｉ）Archaebacter（これに限らない）を包含する古細
菌、および（ｉｉｉ）原生動物、真菌類、Saccharomyce
s、KluveromycesまたはCandida属（これらに限らない）
のメンバー、およびSaccharomyces cerevisiae、Kluver
omyces lactisまたはCandida albicans種のメンバー
（これらに限らない）を包含する単細胞または糸状真核
生物を意味する。

【０１３２】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。

【０１３３】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖
形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード
化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形
成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカ
ルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル
化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移
ＲＮＡにより媒介される蛋白へのアミノ酸付加、および
ユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−ST
RUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃ
reighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1
993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT M
ODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein
Modifications：Perspectives and Prospects,pgs. 1
−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−64
6、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttranslat
ional Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状であっ
てもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全
く合成的な方法で合成できる。

【０１３４】「組み換え発現系（複数でも可）」は、本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のため
に宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入または形質転
換された発現系またはその部分または本発明ポリヌクレ
オチドをいう。

【０１３５】「引き算セット（subtraction set）」
は、本発明の少なくとも１のポリヌクレオチドを含む１
種またはそれ以上、しかし好ましくは１００種未満のポ
リヌクレオチドである。

【０１３６】本明細書中で使用される「変種（複数でも
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。

【０１３７】

【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。

【０１３８】実施例１株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローン
ライブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・
ニューモニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上の
クローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続
したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、
例えば以下の方法１および２により製造してもよい。全
細胞ＤＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二
つの方法のいずれかによりサイズ分画する。

【０１３９】方法１標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。

【０１４０】方法２全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。

【０１４１】実施例２エス・ニューモニアエ由来のＭｕｒＢの必須性対立遺伝子置換カセットをＰＣＲ法により得る。典型的
には、カセットは、エリスロマイシン耐性遺伝子に隣接
した５００ｂｐの染色体ＤＮＡフラグメントのペアーか
らなる。通常には、染色体ＤＮＡ配列は目的遺伝子より
も５００ｂｐ先および後にある。形質転換により対立遺
伝子置換カセットをエス・ニューモニアエＲ６またはエ
ス・ニューモニアエ１００９９３中に導入する試みを行
う。公表されている方法によりコンピテント細胞を調製
する。５００ｎｇの対立遺伝子置換カセットを１０⁶個
の細胞とともに３０℃で３０分インキュベーションする
ことによりＤＮＡを細胞中に導入する。細胞を３７℃と
し、９０分置いてエリスロマイシン耐性遺伝子を発現さ
せる。１ｍｌあたり１μｇのエリスロマイシンを含む寒
天に細胞を撒く。３７℃で３６時間インキュベーション
後、観察されるコロニーを０．５％酵母エキス補足Todd
-Hewittブリス中で一晩増殖させる。典型的には、必須
でない遺伝子を標的とした、パラレルで行われる陽性対
照実験において、適当な対立遺伝子置換体を含有する１
０²〜１０³個の形質転換体が得られる。エリスロマイシ
ン耐性コロニーがエス・ニューモニアエＳ６を用いる形
質転換実験においてのみ観察されるならば、これらの細
胞由来のＤＮＡを用いてエス・ニューモニアエ１００９
９３を形質転換する。形質転換手順は、コンピテンス刺
激ヘプタデカペプチド（Havarstein et al., (1995) P.
N.A.S. 92, 11140-11144）を最終形質転換混合物中１μ
ｇ／ｍｌの濃度となるよう添加すること以外は、エス・
ニューモニアエＲ６の場合と同じである。１ｍｌあたり
１μｇのエリスロマイシンを含有する寒天中での増殖能
により変異株を選択する。３つの別個の形質転換実験に
おいて形質転換体が出現しない場合、標的遺伝子はイン
ビトロにおいて必須であると考えられる。これらの分析
に基づいて、エス・ニューモニアエ由来のＭｕｒＢはイ
ンビトロにおいて必須であることが示された。

【０１４２】実施例３感染期間中のストレプトコッカス・ニューモニアエ由来
の遺伝子の発現の決定ストレプトコッカス・ニューモニ
アエ０１００９９３に感染した４８時間目のマウス呼吸
管由来の切除した肺を、カオトロピック剤およびＲＮＡ
ａｓｅ阻害剤の存在下で効果的に破砕し処理して動物Ｒ
ＮＡおよび細菌ＲＮＡの混合物を得る。安定な調合物お
よび高収率の細菌ＲＮＡを得るための破砕および処理の
最適条件は、その後のノーザンブロット上におけるスタ
フロコッカス・アウレウスエ１６ＳＲＮＡに特異的な
放射性標識オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーシ
ョンの使用にも用いる。得られたＲＮＡについてのＲＮ
Ａａｓｅ不含、ＤＮＡａｓｅ不含、ＤＮＡおよび蛋白不
含の調合物は、ストレプトコッカス・ニューモニアエ０
１００９９３の各遺伝子の配列から設計されたユニーク
なプライマーペアーを用いる逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣ
Ｒ）に適する。

【０１４３】ａ）感染のマウス動物モデル（肺）からの
ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３感
染組織の単離ＴＳＡ／５％ウマ血液プレート上またはＡＧＣＨ培地中
のいずれかで、３７℃、５％ＣＯ₂にて、ストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ０１００９９３を増殖させる。
次いで、細菌を集め、リン酸塩緩衝化セイライン中にＡ
₆₀₀が約０．４となるように再懸濁する。マウスをイソ
フルオレートで麻酔し、５０ｍｌの細菌懸濁液（約２ｘ
１０⁵個の細菌）をピペットマンを用いて鼻腔内投与す
る。マウスを回復させ、エサおよび水を自由に取らせ
る。４８時間後、二酸化炭素過剰投与によりマウスを安
楽死させ、肺を無菌的に切除し、液体窒素中で即座に凍
結する。

【０１４４】ｂ）感染組織試料からのストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３ＲＮＡの単離２ｍｌの凍結保存チューブ中の感染組織試料を、凍結組
織の即時処理のために液体窒素貯蔵庫から取り出す。微
生物安全キャビネット中で試料を一度に破砕するが８片
までとする。組織試料中の細菌を破砕するために、５０
〜１００ｍｇの組織をシリカ／セラミックマトリックス
（BIO101）の入ったFastRNAチューブに移す。即座に１
ｍｌの抽出試薬（FastRNA試薬，BIO101）を添加して試
料対試薬の体積比を約１対２０とする。往復震盪機（Fa
stPrep FP120, BIO101）を６０００ｒｐｍにセットし、
２０〜１２０秒振盪する。粗ＲＮＡ調合物をクロロホル
ム／イソアミルアルコールで抽出し、ＤＰＥＣ処理／イ
ソプロパノール沈殿溶液（BIO101）で沈殿させる。必要
ならばＲＮＡ調合物をこのイソプロパノール溶液中、−
８０℃で保存する。ＲＮＡをペレット化し（１２０００
ｇ、１０分）、７５％エタノール（ＤＰＥＣ処理水中ｖ
／ｖ）で洗浄し、５〜１０分風乾し、ついで０．１ｍｌ
のＤＰＥＣ処理水に再懸濁し、ついで、５５℃で５〜１
０分置く。最後に、少なくとも１分間氷上に置き、２０
０ユニットのＲｎａｓｉｎ（Promega）を添加する。Ｒ
ＮＡ調合物は−８０℃で１カ月まで保存される。長期保
存には、プロトコールの洗浄段階における７５％エタノ
ール中のＲＮＡ沈殿は−２０℃で少なくとも１年保存で
きる。１％アガロースゲル上に試料を泳動することによ
り単離ＲＮＡの品質を評価する。臭化エチジウム染色し
た１ｘＴＢＥゲルを用いて収集全ＲＮＡを可視化する。
感染組織からの細菌ＲＮＡの単離を示すために、１ｘＭ
ＯＰＳ、２．２Ｍホルムアルデヒドゲルで泳動を行い、
Hybond-N（Amersham）に減圧ブロッティングする。次い
で、ブロットを、スタフィロコッカス・スレウスの１６
ＳｒＲＮＡに特異的な³²Ｐ標識オリゴヌクレオチドプ
ローブ５’ＡＡＣＴＧＡＧＡＣＴＧＧＣＴＴＴＡＡＧＡ
ＧＡＴＴＡ３’（配列番号：７）とハイブリダイゼーシ
ョンさせる。ハイブリダイゼーションしているバンドの
サイズを、インビボ増殖したストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３単離された対照ＲＮＡのもの
とノーザンブロットにおいて比較する。全ＲＮＡ試料中
において正しいサイズの細菌１６ＳｒＲＮＡバンドが
検出でき、ＴＢＥゲル上で可視化した場合、哺乳動物Ｒ
ＮＡの分解が示される。

【０１４５】ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ
由来のＲＮＡからのＤＮＡの除去最終体積５７マイクロリットルとしたバッファー中１０
ユニットのＲＮＡａｓｅ不含ＤＮＡａｓｅＩ（GeneHunt
er）を用い、３７℃で３０分処理することにより５０マ
イクログラムのＲＮＡ試料からＤＮＡを除去する。製造
者のプロトコールに従ってTRIzol LS Reagent（Gibco B
RL, Life Technologies）で処理することによりＤＮＡ
ａｓｅを不活性化する。ＤＮＡｓｅ処理したＲＮＡを、
上記のごとくＲｎａｓｉｎを添加した１００マイクロリ
ットルのＤＥＰＣ処理水に再懸濁する。

【０１４６】ｄ）感染組織由来のＲＮＡ試料からのｃＤ
ＮＡの調製製造者の指示に従って、ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡの
試料３マイクロリットルを、First Strand cDNA合成キ
ット用のSuperScript Preamplification System（Gibco
BRL, Life Technologies）を用いて逆転写する。１５
０ナノグラムのランダムヘキサマーを用いて各反応を開
始する。SuperScripItI逆転写酵素を添加しない対照も
反応させる。＋／−ＲＴ双方の試料をＲＮａｓｅＨで処
理し、次いで、ＰＣＲ反応に供する。

【０１４７】ｅ）感染組織由来の細菌ＲＮＡの品質を調
べるためのＰＣＲの使用下記成分（最終濃度）を添加することにより氷上で０．
２ｍｌのチューブにおいてＰＣＲ反応物をセットアップ
する：43マイクロリットリルのPCR Master Mix（Advanc
ed Biotechnologies Ltd.）；１マイクロリットルのＰ
ＣＲプライマー（最適には１８〜２５塩基対の長さで、
類似したアニーリング温度となるように設計されたも
の）；初期濃度１０ｍＭの各プライマー；および５マイ
クロリットルのｃＤＮＡ。Perkin Elmer GeneAmp PCR S
ystem 9600において以下のようにＰＣＲ反応を行う：９
４℃で２分、次いで９４℃で３０秒、４２℃で３０秒そ
して７２℃で３０秒を３５サイクル、その後７２℃で７
分、次いでホールド温度２０℃（ＰＣＲ生成物の出現ま
たは不存在を決定するには、最適には、サイクル数は３
０〜５０であり、ＲＴ反応からのｃＤＮＡ初発量の評価
を行う場合には、最適には、８〜３０サイクル）。１０
マイクロリットルの部分試料中を１％１ｘＴＢＥゲル
で電気泳動し、臭化エチジウムでゲルを染色することに
よりＰＣＲ生成物を可視化する。ＰＣＲ生成物が存在す
るならば１００ｂｐのＤＮＡラダー（Gibco BRL, Life
Technologies）との比較によりサイズを評価する。別法
として、ＰＣＲ生成物が標識ＰＣＲプライマーを用いる
ことにより慣用的に標識される場合には（例えば、５’
末端を色素で標識する場合）、ＰＣＲ生成物の適当な部
分試料をポリアクリルアミド配列決定用ゲルに流し、そ
の存在および量を適当なゲルスキャンニングシステム
（例えば、Perkin Elmerにより提供されるGeneScanTMソ
フトウェアを用いたABI PrismTM 377 Sequencer）を用
いて検出する。ＲＴ／ＰＣＲ対照は＋／−逆転写酵素反
応物、非転写ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３ゲノム配列からＰＣＲ生成物を生じるように
設計された１６ＳｒＲＮＡプライマーもしくはＤＮＡ
特異的プライマーペアーを含んでいてもよい。プライマ
ーペアーの効率を試験するために、それらをストレプト
コッカス・ニューモニアエ０１００９９３全ＤＮＡを用
いるＤＮＡＰＣＲに使用する。ＰＣＲ反応をセットア
ップし、ｃＤＮＡの代わりに約１マイクログラムのＤＮ
Ａを用いて上記のごとく３５サイクルのＰＣＲ反応を行
う。ＤＮＡＰＣＲまたはＰＴ／ＰＣＲのいずれにおい
ても予想サイズの生成物を生じないプライマーペアーは
ＰＣＲ反応できず、そのようなものとしては不均一であ
る。ＤＮＡＰＣＲで正しいサイズの生成物を生じるも
のは２つのクラスに分類される：１．インビボで転写さ
れない遺伝子であって、ＲＴ／ＰＣＲにおいて生成物を
生じる再現性がないもの；および２．インビボで転写さ
れる遺伝子であって、ＲＴ／ＰＣＲにおいて正しいサイ
ズの生成物を再現性をもって生じ、＋ＲＴ試料において
−ＲＴ対照におけるシグナル（生じた場合には）よりも
強力なシグナルを生じるもの。これらの分析に基づい
て、ストレプトコッカス・ニューモニアエｍｕｒＢ遺伝
子がインビボで転写されたことが見いだされた。

【０１４８】

【配列表】

（１）一般的情報：（ｉ）出願人：（Ａ）氏名：SmithKline Beecham Corporation （Ｂ）通り名：One Franklin Plaza （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国（Ｆ）郵便番号：１９１０３（ｉｉ）発明の名称：ＭｕｒＢ（ｉｉｉ）配列の数：７（ｖｉ）コンピューター・リーダブル・フォーム：（Ａ）媒体タイプ：ディスケット（Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル（Ｃ）作動システム：Windows 95 （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ｂ（ｖｉ）現出願データ：（Ａ）出願番号：

【０１４９】（２）配列番号：１に関する情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：１１０２塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：２本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： AAGGTATTTT TATGGTCGTC AAATGTCTCT AAAAATGGTA TAATGGAATG AATTTTGTAA 60 AAGGAAGAGT GACATGTCTG TAAGAGAAAA AATGCTTGAA ATCTTAGAAG GAATTGATAT 120 CCGTTTTAAG GAACCCTTGC ATAGCTATAG TTATACAAAA GTAGGTGGAG AGGCTGATTA 180 TTTGGTCTTT CCACGAAATC GTTTTGAGTT GGCTCGCGTT GTGAAATTTG CCAACCAAGA 240 AAATATCCCT TGGATGGTTC TTGGCAATGC AAGCAATATC ATCGTTCGTG ATGGTGGGAT 300 TCGTGGATTT GTCATCTTGT GTGACAAGCT CAATAACGTT TCTGTTGATG GCTATACCAT 360 TGAAGCAGAA GCTGGGGCTA ACTTGATTGA AACAACTCGC ATTGCCCTCC GTCATAGTTT 420 AACTGGCTTT GAGTTTGCTT GTGGTATTCC AGGAAGCGTT GGCGGTGCTG TCTTTATGAA 480 TGCGGGTGCC TATGGTGGCG AGATTGCTCA CATCTTGCAG TCTTGTAAGG TCTTGACCAA 540 GGATGGAGAA ATCGAAACCC TGTCTGCTAA AGACTTGGCT TTTGGTTACC GCCATTCAGC 600 TATTCAGGAG TCTGGTGCAG TTGTCTTGTC AGTTAAATTT GCCCTAGCTC CAGGAACCCA 660 TCAGGTTATC AAGCAGGAAA TGGACCGCTT GACGCACCTA CGTGAACTCA AGCAACCTTT 720 GGAATACCCA TCTTGTGGCT CGGTCTTTAA GCGTCCAGTC GGGCATTTTG CAGGTCAGTT 780 AATTTCAGAA GCTGGCTTGA AAGGCTATCG TATCGGTGGC GTAGAAGTGT CAGAAAAGCA 840 TGCAGGATTT ATGATCAATG TCGCAGATGG AACGGCCAAA GACTACGAGG ACTTGATCCA 900 ATCGGTTATC GAAAAAGTCA AGGAACACTC AGGTATTACG CTTGAAAGAG AAGTCCGGAT 960 CTTGGGTGAA AGCCTATCGG TAGCGAAGAT GTATGCAGGT GGTTTTACTC CCTGCAAGAG 1020 GTAGTGGGGA CCTGACAGAG CCCCGATCGG TTAATCTATG AAAAAGAAGG AATTTATGCC 1080 AATTGAAAAA ACCAATTATC GA 1102

【０１５０】（２）配列番号：２に関する情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：３１６アミノ酸（Ｂ）配列の型：アミノ酸（Ｃ）鎖の数：１本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Ser Val Arg Glu Lys Met Leu Glu Ile Leu Glu Gly Ile Asp Ile 1 5 10 15 Arg Phe Lys Glu Pro Leu His Ser Tyr Ser Tyr Thr Lys Val Gly Gly 20 25 30 Glu Ala Asp Tyr Leu Val Phe Pro Arg Asn Arg Phe Glu Leu Ala Arg 35 40 45 Val Val Lys Phe Ala Asn Gln Glu Asn Ile Pro Trp Met Val Leu Gly 50 55 60 Asn Ala Ser Asn Ile Ile Val Arg Asp Gly Gly Ile Arg Gly Phe Val 65 70 75 80 Ile Leu Cys Asp Lys Leu Asn Asn Val Ser Val Asp Gly Tyr Thr Ile 85 90 95 Glu Ala Glu Ala Gly Ala Asn Leu Ile Glu Thr Thr Arg Ile Ala Leu 100 105 110 Arg His Ser Leu Thr Gly Phe Glu Phe Ala Cys Gly Ile Pro Gly Ser 115 120 125 Val Gly Gly Ala Val Phe Met Asn Ala Gly Ala Tyr Gly Gly Glu Ile 130 135 140 Ala His Ile Leu Gln Ser Cys Lys Val Leu Thr Lys Asp Gly Glu Ile 145 150 155 160 Glu Thr Leu Ser Ala Lys Asp Leu Ala Phe Gly Tyr Arg His Ser Ala 165 170 175 Ile Gln Glu Ser Gly Ala Val Val Leu Ser Val Lys Phe Ala Leu Ala 180 185 190 Pro Gly Thr His Gln Val Ile Lys Gln Glu Met Asp Arg Leu Thr His 195 200 205 Leu Arg Glu Leu Lys Gln Pro Leu Glu Tyr Pro Ser Cys Gly Ser Val 210 215 220 Phe Lys Arg Pro Val Gly His Phe Ala Gly Gln Leu Ile Ser Glu Ala 225 230 235 240 Gly Leu Lys Gly Tyr Arg Ile Gly Gly Val Glu Val Ser Glu Lys His 245 250 255 Ala Gly Phe Met Ile Asn Val Ala Asp Gly Thr Ala Lys Asp Tyr Glu 260 265 270 Asp Leu Ile Gln Ser Val Ile Glu Lys Val Lys Glu His Ser Gly Ile 275 280 285 Thr Leu Glu Arg Glu Val Arg Ile Leu Gly Glu Ser Leu Ser Val Ala 290 295 300 Lys Met Tyr Ala Gly Gly Phe Thr Pro Cys Lys Arg 305 310 315

【０１５１】（２）配列番号：３に関する情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：７００塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：２本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： TAACGTTTCT GTTGATGGCT ATACCATTGA AGCAGAAGCT GGGGCTAACT TGATTGAAAC 60 AACTCGCATT GCCCTCCGTC ATAGTTTAAC TGGCTTTGAG TTTGCTTGTG GTATTCCAGG 120 AAGCGTTGGC GGTGCTGTCT TTATGAATGC GGGTGCCTAT GGTGGCGAGA TTGCTCACAT 180 CTTGCAGTCT TGTAAGGTCT TGACCAAGGA TGGAGAAATC GAAACCCTGT CTGCTAAAGA 240 CTTGGCTTTT GGTTACCGCC ATTCAGCTAT TCAGGAGTCT GGTGCAGTTG TCTTGTCAGT 300 TAAATTTGCC CTAGCTCCAG GAACCCATCA GGTTATCAAG CAGGAAATGG ACCGCTTGAC 360 GCACCTACGT GAACTCAAGC AACCTTTGGA ATACCCATCT TGTGGCTCGG TCTTTAAGCG 420 TCCAGTCGGG CATTTTGCAG GTCAGTTAAT TTCAGAAGCT GGCTTGAAAG GCTATCGTAT 480 CGGTGGCGTA GAAGTGTCAG AAAAGCATGC AGGATTTATG ATCAATGTCG CAGATGGAAC 540 GGCCAAAGAC TACGAGGACT TGATCCAATC GGTTATCGAA AAAGTCAAGG AACACTCAGG 600 TATTACGCTT GAAAGAGAAG TCCGGATCTT GGGTGAAAGC CTATCGGTAG CGAAGATGTA 660 TGCAGGTGGT TTTACTCCCT GCAAGAGGTA GTGGGGACCT 700

【０１５２】（２）配列番号：４に関する情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：２２９アミノ酸（Ｂ）配列の型：アミノ酸（Ｃ）鎖の数：１本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Asn Val Ser Val Asp Gly Tyr Thr Ile Glu Ala Glu Ala Gly Ala Asn 1 5 10 15 Leu Ile Glu Thr Thr Arg Ile Ala Leu Arg His Ser Leu Thr Gly Phe 20 25 30 Glu Phe Ala Cys Gly Ile Pro Gly Ser Val Gly Gly Ala Val Phe Met 35 40 45 Asn Ala Gly Ala Tyr Gly Gly Glu Ile Ala His Ile Leu Gln Ser Cys 50 55 60 Lys Val Leu Thr Lys Asp Gly Glu Ile Glu Thr Leu Ser Ala Lys Asp 65 70 75 80 Leu Ala Phe Gly Tyr Arg His Ser Ala Ile Gln Glu Ser Gly Ala Val 85 90 95 Val Leu Ser Val Lys Phe Ala Leu Ala Pro Gly Thr His Gln Val Ile 100 105 110 Lys Gln Glu Met Asp Arg Leu Thr His Leu Arg Glu Leu Lys Gln Pro 115 120 125 Leu Glu Tyr Pro Ser Cys Gly Ser Val Phe Lys Arg Pro Val Gly His 130 135 140 Phe Ala Gly Gln Leu Ile Ser Glu Ala Gly Leu Lys Gly Tyr Arg Ile 145 150 155 160 Gly Gly Val Glu Val Ser Glu Lys His Ala Gly Phe Met Ile Asn Val 165 170 175 Ala Asp Gly Thr Ala Lys Asp Tyr Glu Asp Leu Ile Gln Ser Val Ile 180 185 190 Glu Lys Val Lys Glu His Ser Gly Ile Thr Leu Glu Arg Glu Val Arg 195 200 205 Ile Leu Gly Glu Ser Leu Ser Val Ala Lys Met Tyr Ala Gly Gly Phe 210 215 220 Thr Pro Cys Lys Arg 225

【０１５３】（２）配列番号：５に関する情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：２５塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：１本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： ATGTCTGTAA GAGAAAAAAT GCTTG 25

【０１５４】（２）配列番号：６に関する情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：２４塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：１本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： CCTCTTGCAG GGAGTAAAAC CACC 24

【０１５５】（２）配列番号：７に関する情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：２５塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：１本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号：７： AACTGAGACT GGCTTTAAGA GATTA 25

フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号ＦＩＡ６１Ｋ 31/00 ６２７Ａ６１Ｋ 31/00 ６２７Ｈ６３１６３１Ｃ 39/09 39/09 39/395 39/395 ＤＲ 45/00 45/00 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 14/315 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/21 9/02 9/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 ＣＣ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｑ 1/68 ＡＧ０１Ｎ 33/15 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 33/48 33/48 Ｚ 33/569 33/569 Ｃ 33/577 33/577 Ｂ // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｐ 21/08 (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡＣ１２Ｒ 1:46） (Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｒ 1:19） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリック・リミテッド・カンパニーＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅＢｅｅｃｈａｍｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュー・ホライズンズ・コート（番地の表示なし) (72)発明者ニコラ・ゲイル・ウォリスアメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ウェイン、シュガータウン・ロード219番、ケイ203 (72)発明者リサ・キャスリーン・シリングアメリカ合衆国18940ペンシルベニア州ニュータウン、イースト・パーク・ロード６番 (72)発明者ミン・ワンアメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブルー・ベル、センテニアル・ドライブ302 番 (72)発明者デボラ・ディー・ジャワースキーアメリカ合衆国19382ペンシルベニア州ウエスト・チェスター、スキルズ・ブールバード1827番 (72)発明者カレン・エイ・イングラハムアメリカ合衆国17922ペンシルベニア州オーバーン、ルーラル・ルート２番、ボックス108エイ (72)発明者ジェニファー・レイアメリカ合衆国16801ペンシルベニア州ステイト・カレッジ、ホワイトホール・ロード764番 (72)発明者アリソン・フランシス・チョーカーアメリカ合衆国19426ペンシルベニア州トラップ、カレッジ・ウッズ、ハーバード・ドライブ137番 (72)発明者デイビッド・ジョン・ホームズアメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウエスト・チェスター、ウッドミント・ドライブ126番 (72)発明者マグダレーナ・サラカインアメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウエスト・チェスター、ウッドミント・ドライブ126番 (72)発明者ジェイムズ・レイモンド・ブラウンアメリカ合衆国19312ペンシルベニア州バーウィン、ロビンズ・レイン９番 (72)発明者サンジョイ・ビスワスアメリカ合衆国19301ペンシルベニア州パオリ、サウス・バレー・ロード77番、アパートメント・ビー４

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】（ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
なくとも（ａ）７０％の同一性；（ｂ）８０％の同一性；（ｃ）９０％の同一性；または（ｄ）９５％の同一性を有するアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ
酸配列を含む単離ポリペプチド；（ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
離ポリペプチド、または（ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
単離ポリペプチドからなる群より選択される単離ポリペ
プチド。
【請求項２】（ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
なくとも（ａ）７０％の同一性；（ｂ）８０％の同一性；（ｃ）９０％の同一性；または（ｄ）９５％の同一性を有するポリペプチドをコードしているヌクレオチド配
列を含む単離ポリヌクレオチド；（ｉｉ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
しているヌクレオチド配列に対してその全長にわたって
少なくとも（ａ）７０％の同一性；（ｂ）８０％の同一性；（ｃ）９０％の同一性；または（ｄ）９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
ド；（ｉｉｉ）配列番号：１または３の全長にわたって配列
番号：１または３のヌクレオチド配列に対して少なくと
も（ａ）７０％の同一性；（ｂ）８０％の同一性；（ｃ）９０％の同一性；または（ｄ）９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
ド；（ｉｖ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
しているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
ド；（ｖ）配列番号：１または３のポリヌクレオチドである
単離ポリヌクレオチド；または（ｖｉ）厳密なハイブリダイゼーション条件下で配列番
号：１または３の配列またはそのフラグメントの配列を
有する標識プローブを用いて適当なライブラリーをスク
リーニングすることにより得ることのできる単離ポリヌ
クレオチド；（ｖｉｉ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ中に含
まれるＭｕｒＢ遺伝子により発現されるのと同じ成熟ポ
リペプチドをコードしている単離ポリヌクレオチドから
なる群より選択される単離ポリヌクレオチド；または該単離ポリヌクレオチドに対して相捕的なヌクレ
オチド配列。
【請求項３】請求項１のポリペプチドに対して免疫特
異的な抗体。
【請求項４】個体の治療方法であって、（ｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現の促進
を必要とする個体については、（ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアゴニス
トを個体に投与すること；および／または（ｂ）インビ
ボで該ポリペプチドの活性を生じるような形態の、該ポ
リペプチドをコードしているヌクレオチド配列を含む単
離ポリヌクレオチドを個体に提供することを含み；ある
いは（ｉｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現
の阻害を必要とする個体については、（ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアンタゴ
ニストを個体に投与すること；および／または（ｂ）該
ポリペプチドをコードしているヌクレオチド配列の発現
を阻害する核酸分子を個体に投与すること；および／ま
たは（ｃ）リガンド、基質、または受容体を求めて該ポ
リペプチドと競争する治療上有効量のポリペプチドを個
体に投与することを含む治療方法。
【請求項５】個体における請求項１のポリペプチドの
発現または活性に関連した、個体における疾病またはか
かる疾病に対する感受性の診断方法であって、（ａ）該個体のゲノム中の該ポリペプチドをコードして
いるヌクレオチド配列における変異の存在または不存在
を決定すること；および／または（ｂ）該個体由来の試
料中の該ポリペプチドの発現の存在または量を分析する
ことを含む方法。
【請求項６】請求項１のポリペプチドの機能を活性化
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
方法であって、（ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を
用いてポリペプチド（またはポリペプチドを有する細胞
もしくは膜）またはその融合蛋白への候補化合物の結合
を測定すること；（ｂ）標識競争物質の存在下でポリペプチド（またはポ
リペプチドを有する細胞もしくは膜）またはその融合蛋
白への候補化合物の結合を測定すること；（ｃ）ポリペプチドを有する細胞もしくは細胞膜に適す
る検出系を用いて、候補化合物がポリペプチドの活性化
または阻害により発生するシグナルを生じさせるかどう
かを試験すること；（ｄ）候補化合物と請求項１のポリペプチドを含有する
溶液とを混合して混合物を作成し、混合物中のポリペプ
チドの活性を測定し、次いで、混合物の活性を標準と比
較すること；（ｅ）例えばＥＬＩＳＡアッセイを用いて細胞中で該ポ
リペプチドをコードしているｍＲＮＡおよび該ポリペプ
チドの生成に対する候補化合物の影響を検出すること、
あるいは（ｆ）（１）化合物の相互作用を評価するために、化合
物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下
でポリペプチドを含む組成物をスクリーニングすべき化
合物と接触させ（かかる相互作用は、化合物とポリペプ
チドとの相互作用に応答した検出可能シグナルを生じる
ことのできる第２の成分に関連したものである）；次い
で（２）化合物とポリペプチドとの相互作用から生じる
シグナルの存在または不存在を検出することにより、化
合物がポリペプチドと相互作用し、その活性を活性化ま
たは阻害するかどうかを決定することからなる群から選
択される方法を含む方法。
【請求項７】請求項１のポリペプチドの活性または発
現についてのアゴニストまたはアンタゴニスト。
【請求項８】適合する宿主中に存在する場合に、請求
項１のポリペプチドを生成する能力のあるポリヌクレオ
チドを含む発現系。
【請求項９】請求項８の発現系を含む宿主細胞または
請求項１のポリペプチドを発現するその膜。
【請求項１０】上記ポリペプチドの生成に十分な条件
下で請求項９の宿主細胞を培養することを含む、請求項
１のポリペプチドの製造方法。
【請求項１１】適当な培養条件下で宿主細胞が請求項
１のポリペプチドを生成するように、請求項８の発現系
で細胞を形質転換またはトランスフェクションすること
を含む、請求項９に定義する宿主細胞の製造方法。
【請求項１２】請求項１１の方法により製造される宿
主細胞または請求項１のポリペプチドを発現するその
膜。
【請求項１３】配列番号：１または３の配列を含むポ
リヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１また
は３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセ
ット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の
配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列
番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を
表すデータセット；配列番号：２または４の配列を含む
ポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を
含むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を
含むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：
１または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配
列のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２また
は４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチ
ド配列を表すデータセット；配列番号：２または４の配
列を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレ
オチド配列を表すデータセットからなる群より選択され
るメンバーを保存したコンピューター読み込み可能媒
体。
【請求項１４】相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法であって、配列番号：１または３の配列
を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列
を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列と比較して相同性を同定する工程を含む方法。
【請求項１５】ポリクレオチドアッセンブリーのため
のコンピューターによる方法であって、配列番号：１ま
たは３の配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
１のポリヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配
列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
する工程を含む方法。
【請求項１６】（ａ）配列番号：３の全長にわたって
配列番号：３に対して少なくとも７０％、８０％、９０
％、９５％、９７％の同一性を有するヌクレオチド配列
を含む単離ポリヌクレオチド；（ｂ）配列番号：３のポリヌクレオチドを含む単離ポリ
ヌクレオチド；（ｃ）配列番号：３のポリヌクレオチド；または（ｄ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
％、９５％、９７〜９９％の同一性を有するポリペプチ
ドをコードしているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌ
クレオチドからなる群より選択される単離ポリヌクレオチド。
【請求項１７】（ａ）配列番号：４の全長にわたって
配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも７０
％、８０％、９０％、９５％、９７〜９９％の同一性を
有するアミノ酸配列を含むポリペプチド；（ｂ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
％、９５％、９７〜９９％同一であるアミノ酸配列を有
するポリペプチド；（ｃ）配列番号：４のアミノ酸を含むポリペプチド；（ｄ）配列番号：４のポリペプチドであるポリペプチド（ｅ）配列番号：３に含まれる配列を含むポリヌクレオ
チドによりコードされるポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチド。