KR20190106809A - 종양 조직을 프로파일링하기 위한 srm/mrm 검정 - Google Patents

종양 조직을 프로파일링하기 위한 srm/mrm 검정 Download PDF

Info

Publication number
KR20190106809A
KR20190106809A KR1020190026898A KR20190026898A KR20190106809A KR 20190106809 A KR20190106809 A KR 20190106809A KR 1020190026898 A KR1020190026898 A KR 1020190026898A KR 20190026898 A KR20190026898 A KR 20190026898A KR 20190106809 A KR20190106809 A KR 20190106809A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
leu
prt
homo sapiens
glu
ala
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
KR1020190026898A
Other languages
English (en)
Inventor
토드 헴브로
파비올라 체키
사리트 슈와츠
케리 스콧
Original Assignee
난토믹스, 엘엘씨
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 난토믹스, 엘엘씨 filed Critical 난토믹스, 엘엘씨
Publication of KR20190106809A publication Critical patent/KR20190106809A/ko
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/30—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for calculating health indices; for individual health risk assessment
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5011—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing antineoplastic activity
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/5758—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumours, cancers or neoplasias, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides or metabolites
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • G01N33/6851—Methods of protein analysis involving laser desorption ionisation mass spectrometry
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • G16B40/20—Supervised data analysis
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B5/00—ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/50—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for simulation or modelling of medical disorders
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/70—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for mining of medical data, e.g. analysing previous cases of other patients
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2560/00—Chemical aspects of mass spectrometric analysis of biological material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/60—Complex ways of combining multiple protein biomarkers for diagnosis
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Optics & Photonics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Artificial Intelligence (AREA)
  • Evolutionary Computation (AREA)
  • Software Systems (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)

Abstract

본원에서는 포르말린 고정된 종양 조직의 생물학적 샘플로부터 제조된 단백질 분해물에서, 세포 분열, 세포 분화, 세포 성장 저해, 세포 대사, 세포 신호전달 및 종양 면역 반응/조절을 포함하는 모든 세포 공정에 관여하는 단백질을 검출하고 정량하기 위한 SRM/MRM 검정을 사용하는 방법이 제공된다. 상기 SRM/MRM 검정은 발현의 세포 기원에 상관 없이 전체 조직 미세환경의 종양 조직 프로파일을 제공할 수 있고, 이는 최적의 암 치료요법 치료를 제공할 수 있다.

Description

종양 조직을 프로파일링하기 위한 SRM/MRM 검정{SRM/MRM ASSAYS FOR PROFILING TUMOR TISSUE}
상호 참조된 출원
본 출원은 2018년 3월 9일에 출원된 미국 가특허 출원 제62/640,632호에 대한 우선권 혜택을 주장하며, 이의 전체 내용은 본 명세서에서 참고로 포함된다.
분야
개인맞춤형 환자 종양 프로파일을 위해 암 환자로부터 수득된 종양 조직의 질량 분광법-기반 정량적 프로테오믹 분석(mass spectrometry-based quantitative proteomic analysis)을 위한 방법이 제공된다. 환자 종양 조직에 대해 수행되는 이러한 단백질 검정들은 1) 면역-기반 암 요법에 대한 양성 또는 음성 반응과 연관되는 단백질의 수준(여기서, 검정은 면역-기반 암 요법에 대한 양성 또는 음성 반응을 효과적으로 예측할 수 있다), 2) 분자 표적화 암 요법에 대한 양성 또는 음성 반응과 연관되는 단백질의 수준(여기서, 검정은 분자 표적화 암 요법에 대한 양성 또는 음성 반응을 효과적으로 예측할 수 있다), 3) 환자 자체의 면역계를 개시, 저해, 유지, 촉진 및/또는 그 밖에 조절하여 환자 자체의 종양 세포를 공격하는 단백질의 수준을 검출하고 정량할 수 있다. 이러한 방법들에 의해 제공되는 암 환자 종양 조직 프로테오믹 프로파일은 종양 세포를 특이적으로 공격하여 사멸시키거나 또는 환자 종양 면역반응을 조작하여 종양 세포를 사멸시키도록 설계된 암 치료제를 이용하는 향상된 암 치료 방법의 일부분으로서 사용된다.
종양 세포에서 비정상적으로 발현되고 종양 세포 성장 및 생존을 유도하는 단백질의 소분자 및 생물학적 저해제(암 바이오마커)가 다양한 암 치료제로서 사용되고 있다. 비정상적으로 발현되고 종양 세포의 성장 및 생존을 유도하는 암 바이오마커 단백질의 예에는 Met, IGF-1R 및 Her2가 포함된다. 암 치료제는 이러한 단백질들과 직접 상호작용하도록 개발되었으며, 따라서 환자의 종양 조직에서 직접 이러한 단백질들의 발현을 검출하고 이러한 단백질들을 정량하는 것은, 이러한 단백질들의 기능을 저해하여 종양 세포 성장을 방지하고 전반적인 환자 생존을 촉진할 수 있는, 치료제 또는 치료제들의 병용을 선택 및 투여하는 치료 계획의 일부분으로서 사용할 수 있다. 종양 조직 및 특히 이러한 조직에 존재하는 종양 세포에서의 단백질의 정확한 검출 및 정량은, 조직 미세절제에 의해 환자 종양 조직으로부터 추출된 종양 세포에서 발현된 단백질로부터 유래된 특이적 프로테아제-분해된 펩타이드의 질량 분광법-SRM/MRM 검정을 통해 효과적으로 수행될 수 있다. 이러한 단백질의 그룹을 단일 SRM/MRM 검정으로 한 번에 정량하는 것은 종양 세포를 표적으로 하는 암 치료에 관한 정보를 제공하기 위한 단백질 발현 상황의 "프로파일(profile)" 또는 "시그너처(signature)"를 제공한다. 표적화 치료제를 이용하는 치료 계획의 일부분으로서 사용될 수 있는 정량적 분석의 예에는 IGF-1R 단백질(미국 특허 제8,728,753호를 참조) 및 cMet 단백질(미국 특허 제9,372,195호를 참조)이 포함된다.
암 과정을 유도하는 단백질의 기능을 특이적으로 저해하고 이에 따라 종양 세포 성장을 방해하도록 설계된 암 치료제의 추가 예는 트라스트주맙이다. 특히 상표명 Herceptin®로 시판되는 트라스트주맙은 주로 유방암뿐만 아니라, 종양 조직 내의 종양 세포에서 Her2 수용체 단백질을 발현하는 다른 암을 치료하는데 사용되는 모노클로날 항체이다. 트라스트주맙은 Her2 수용체 단백질의 세포외 세그먼트의 도메인 IV에 결합한다. 트라스트주맙으로 치료된 종양 세포는 세포주기의 G1기 동안 정지되고 이에 따라 증식이 감소된다. 트라스트주맙은 Her-2 유전자 발현을 변경하지 않지만, AKT의 활성화를 하향조절하는 것으로 제시되었다. 또한, 트라스트주맙은 항혈관신생 인자의 유도 및 혈관신생촉진 인자의 억압 둘 다에 의해 혈관신생을 억제한다. 암에서 관찰되는 조절되지 않은 증식에 대한 기여는 세포외 도메인의 방출을 초래하는 Her2 단백질의 단백질분해적 절단 때문일 수 있는 것으로 사료된다. 트라스트주맙은 또한 유방암 세포에서 Her2 엑토도메인 절단을 저해하는 것으로 나타났으며, 이것도 또한 종양 세포 성장을 억제하는 것을 돕는다.
암 환자의 종양 면역반응을 특징짓는 단백질들은 제약 업계에 의해 연구되고 있다. 이러한 단백질들은 종양 세포, 고형 조직의 양성 세포 및 혈액 유래의 림프구의 다양한 계통을 포함하는 많은 상이한 세포 유형에서 정상적으로 그리고 비정상적으로 발현된다. 이러한 단백질들은 환자 자체의 종양 세포에 대한 환자 자체의 면역반응을 개시, 증진, 조절 또는 저해하는 기능을 한다. 이러한 단백질들 각각은 별개의 기능을 갖고 있지만, 면역계에 미치는 이들의 효과는 어떤 세포가 단백질을 발현하는지에 의존할 수 있다. 정상적 환경에서, 면역계는 림프구-의존적 종양 세포 사멸을 통해 매개되는 자기 대 비-자기 인식이라는 복잡한 분자 신호전달 과정을 통해 종양 세포를 근절하는 기능을 한다. 그러나, 이러한 복잡한 과정은 면역 감시를 회피하고자 하는 종양 세포에 의해 파괴될 수 있다. 면역계를 조작하여 종양 세포를 공격하고 사멸시키기 위해 이러한 단백질들과 상호작용하는 소분자 및 생물학적 치료제가 개발되었다. 표적화 면역조절성 치료제의 성공적인 투여는 어떤 표적 단백질이 조직 내에서 발현되는지를 결정하기 위한 환자 면역계 상황의 단백질 발현 "프로파일" 또는 "시그너처"로부터 크게 이익을 얻을 수 있을 것이다. 이어서, 이러한 면역 프로파일은, 어떤 치료제 또는 치료제들의 병용이 최적의 환자 결과를 위해 종양 세포에 대한 환자 면역계를 작동, 조절, 조작 및/또는 지지하는 최상의 기회를 제공할 가능성이 가장 높은지 알려줄 수 있다.
환자의 면역계를 조작하도록 설계된 일종의 암 치료제의 예는 면역 체크포인트 단백질로서 알려진 단백질의 집합(collection)과 상호작용하는 면역 체크포인트 저해제로서 알려진 화합물의 집합이다. PD-1 단백질은 T 세포가 체내의 다른 세포를 공격하지 못하도록 돕는 일종의 "오프 스위치"로서 작용하는, 일반적으로 T 세포라 불리는 림프구에 존재하는 면역 체크포인트 단백질이다. PD-1 단백질은 일부 정상적인(및 암) 세포의 표면에 존재하는 단백질인 PD-L1에 부착할 때 이를 수행한다. PD-1이 PD-L1에 결합하면, 그것은 PD-L1을 발현하는 세포를 공격하지 않도록 T 세포에 신호를 보낸다. 일부 암 세포는 다량의 PD-L1을 갖고, 이것은 이들 암 세포를 면역계로부터 차폐하여 이들 암 세포가 면역 감시를 회피하게 함으로써 T 세포의 공격을 방지한다. PD-1 또는 PD-L1 중 어느 하나를 표적으로 하는 모노클로날 항체는 암 세포를 노출시켜 암 세포에 대한 면역반응을 강화할 수 있다. 이러한 암 치료 전략은 특정의 암 치료에서 큰 장래성을 보여주었으며, PD-1 저해제의 예에는 펨브롤리주맙(Keytruda®) 및 니볼루맙(Opdivo®)이 포함된다. 이러한 약물들은 흑색종, 비소세포 폐암, 신장암, 두경부암 및 호지킨 림프종을 포함한 몇몇 종류의 암의 치료에서 도움이 되는 것으로 나타났다. 이러한 약물들은 또한 많은 다른 종류의 암에 대한 사용을 위해 연구되고 있다. PD-L1 저해제의 일례는 방광암을 치료하기 위해 현재 사용되고 있고 다른 종류의 암에 대한 사용도 연구되고 있는 아테졸리주맙(Tecentriq®)이다. PD-1 또는 PD-L1 중 하나를 표적으로 하는 다른 많은 약물도 현재 단독으로 그리고 다른 약물들과 병용되어 임상 시험에서 시험 중이다. 이러한 예들은 종양 세포와 면역계 세포 둘 다의 분자 상태에 대한 지식을 효과적인 표적화 면역-기반 암 치료 전략의 일부분으로서 어떻게 사용할 수 있는지를 보여준다.
조직학적으로 특정된 세포 집단의 분자 프로파일링을 위해 환자 종양 조직 절편으로부터 직접 균질한 세포 집단을 입수하는 능력은 매우 유리하며, 이에 의해 예를 들면 정상 상피 세포, 내피 세포, 섬유아세포 및 면역 세포를 포함하는 다른 종류의 세포 내에 존재할 수 있는 종양 세포가 연구될 수 있다. 레이저 포착 미세현미(Laser Capture Microdissection, LCM) 기술(미국 특허 제6,867,038호 참조)을 사용하여 종양 조직의 분자 분석을 정확하게 정의된 세포 집단까지 분류할 수 있다. LCM뿐만 아니라 DIRECTOR® 기술(미국 특허 제7,381,440호를 참조)을 포함하는 다른 상용 조직 미세절제 기술은 조직 샘플로부터 유래된 세포의 분자 프로파일링을 병리학적으로 관련된 상황에 두는 것을 허용함으로써 조직 샘플의 분석을 향상시켰다.
따라서, 본원에서는, 단백질 발현 "프로파일" 또는 "환자 면역계 상황의 시그너처"를 창출하는데 사용될 수 있는 신규 SRM/MRM 검정이 제공된다. 구체적으로, 상기 SRM/MRM 검정은 암 환자의 종양 조직으로부터 직접 제조된 프로테오믹 용해물 중의 특정 단백질들의 수준을 검출 및 정량하는데 사용될 수 있다. 이러한 단백질들은 암 치료의 선택에 관한 정보를 제공하기 위해 그리고 치료 계획의 일부분으로서 사용될 수 있다. 분석되는 단백질은 종양 세포의 개시와 성장을 가능하게 하며 이러한 단백질들의 세포 위치는 성장 인자, 성장 인자 수용체, 세포 신호 수용체, 세포와 세포간 간 연락 단백질, 세포 구조 단백질, 전사 인자, 핵산 프로세싱 단백질, DNA 합성 단백질, DNA 복구 단백질, 세포 분열 단백질, 신호경로 단백질, 대사경로 단백질, 분비형 단백질, 세포막 단백질, 세포질 단백질, 핵 단백질, 막 결합형 단백질 및 단백질 번역 단백질을 포함하나 이에 한정되지 않는다. 이러한 단백질들은 치료제의 표적, 특정 치료제에 대한 환자 결과의 예측인자 및/또는 암 환자 면역계의 조절인자일 수 있다.
본원에 설명되는 SRM/MRM 검정은 환자 종양 조직에서 직접 종양 세포의 개인맞춤형 분자 프로파일을 개발하는데 유용하다. 일단 이러한 단백질들의 발현 상태가 결정되면, 특정 치료제를 환자에게 투여할 수 있으며 이에 의해 이러한 치료제는 본원에 설명되는 SRM/MRM 검정에 의해 검출 및 측정되는 단백질과 상호작용하고 그 단백질의 기능을 억제 또는 증진하여 종양 세포를 사멸시킬 수 있다. 또한, 암 환자 자체의 면역계를 환자 자체의 종양 세포를 사멸시키도록 유도하는 치료제를 치료 계획의 일부분으로서 암 환자에게 투여할 수 있다. 종양 관련 단백질을 특이적으로 표적화하는 치료제 및 면역계-지시된 치료제는 둘 다, 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정에 의해 결정되는 암 환자 분자 프로파일에 직접 일치하여, 표적화 및 면역학에 기반한 암 치료 둘 다를 위한 개인맞춤형 전략을 제공할 수 있다.
환자 종양 조직으로부터 직접 제조된 프로테오믹 용해물 중의 다양한 기능 및 세포 위치를 갖는 단백질 집합으로부터 유래된 특이적 프로테아제-분해된 펩타이드를 정확히 정량함으로써, 암 환자를 위한 분자 프로파일을 개발하는데 유용한 특수한 질량 분광법-SRM/MRM 검정을 실시하는 방법이 제공된다. 상기 과정 및 검정은 환자의 종양의 분자적 상황을 이해하고, 종양 세포를 직접 사멸시키거나 환자 자체의 종양 세포에 대한 활발하고 성공적인 면역 반응을 유도, 개시, 지원 및/또는 그 밖에 조작하여 향상된 환자 생존을 초래하는 최적의 암 치료제의 선택을 안내하는데 유용할 수 있다. 예를 들어, 포르말린 고정된 파라핀 포매(FFPE) 종양 조직과 같은 암 환자의 생물학적 샘플의 세포는 예를 들어 조직 미세절제 방법론을 이용하여 수집할 수 있다. 질량 분광법 분석을 위한 용해물은 예를 들어 Liquid Tissue® 시약 및 프로토콜을 사용하여 수집한 세포로부터 제조할 수 있다(미국 특허 제7,473,532호를 참조). 용해물을 이하에서 보다 상세히 설명하는 특수한 SRM/MRM 검정(여기서, 검정은 개별적으로 또는 다중으로 수행된다)을 사용하고 이러한 SRM/MRM 검정으로부터의 단백질 검출/정량 데이터를 사용하여 분석하여 환자/대상체에 대한 분자 프로파일을 개발할 수 있다. 이러한 방법들 및 수득된 SRM/MRM 검정 데이터는 단백질 기능을 직접 저해하는 기능을 하여 종양 세포를 사멸시키고 이의 증식을 저해하는 치료제를 사용하는 환자를 위한 향상된 또는 최적의 치료 계획을 결정하는데 사용될 수 있다. 또한, SRM/MRM 검정 데이터는 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정에 의해 검출 및/또는 정량되는 하나 이상의 단백질과 직접 상호작용하여 암 환자 면역계를 개시, 조절, 시행, 증진 및/또는 그 밖에 조작하는 기능을 하는 치료제를 사용하는 환자를 위한 향상된 또는 최적의 치료 계획을 결정하는데 사용될 수 있다.
설명되는 SRM/MRM 검정에 의해 환자 분자 프로파일을 결정하는 것은 혈액, 소변, 가래, 흉막 삼출액, 종양 주위의 염증성 유체, 정상 조직 및/또는 종양 조직을 포함하나 이에 한정되지 않는 다양한 환자 유래의 샘플에서 수행할 수 있다. 특정 실시형태에서, 샘플은 FFPE 조직, 예를 들면 FFPE 종양 조직이다.
FFPE 조직은 암 환자 유래의 종양 조직을 포함하여 가장 널리 유리하게 이용될 수 있는 형태의 조직이다. 외과술에 의해 절제된 조직의 포름알데히드/포르말린 고정은 전세계적으로 암 조직 샘플을 보존하기 위한 단연 가장 일반적인 방법이며 표준 병리학 관행에서 인정되는 관습이다. 포름알데히드의 수용액은 포르말린으로서 언급된다. "100%" 포르말린은 산화 및 중합도를 제한하기 위해 소량의 안정제, 일반적으로 메탄올을 함유한 수중 포름알데히드의 포화 용액(약 40용적% 또는 37질량%)으로 이루어진다. 조직을 보존하는 가장 통상적인 방법은 통상적으로 10% 중성 완충 포르말린이라 명명되는 수성 포름알데히드 중에 조직 전체를 장시간(8시간 내지 48시간) 동안 침지시킨 후 고정된 조직 전체를 실온에서의 장기간 저장을 위해 파라핀 왁스에 포매시키는 것이다. 포르말린 고정된 암 조직을 분석할 수 있는 분자적 분석 방법은 암 환자 조직의 분석을 위해 가장 널리 인정되고 많이 이용되는 방법이다.
암 환자 조직, 특히 FFPE 조직에서 단백질 발현을 분석하기 위해 현재 적용되는 가장 널리 사용되는 방법론은 면역조직화학(IHC)이다. IHC 방법론은 관심대상의 단백질을 검출하기 위해 항체를 사용한다. IHC 시험의 결과는 가장 흔히 병리학자 또는 조직학기사(histotechnologist)에 의해 해석된다. 이러한 해석은 주관적이며 특정 단백질을 표적으로 하는 치료제에 대한 감수성을 예측할 수 있는 정량적인 데이터를 제공하지 않는다. 또한, Her2 IHC 시험과 같은 IHC 검정을 수반한 연구는 이러한 시험으로부터 수득된 결과가 잘못되거나 오해의 소지가 있을 수 있음을 시사한다. 이것은 아마도 상이한 실험실들이 양성 및 음성 IHC 상태를 분류하기 위해 상이한 규칙을 사용하기 때문일 수 있다. 시험을 수행하는 각 병리학자는 또한 결과가 양성 또는 음성인지 여부를 결정하기 위해 상이한 기준을 사용할 수 있다. 대부분의 경우, 이것은 시험 결과가 경계일 때, 즉 결과가 강하게 양성도 아니고 강하게 음성도 아닐 때 일어난다. 다른 경우에, 암 조직 절편의 하나의 영역에 존재하는 세포는 양성으로 시험될 수 있는 반면에 암 조직 절편의 다른 영역의 세포는 음성으로 시험될 수 있다. 부정확한 IHC 시험 결과는 암으로 진단된 환자가 최선의 가능한 관리를 받고있지 않다는 것을 의미할 수 있다. 종양 조직의 전부 또는 특정 영역/세포가 특정된 단백질에 대해 진양성이지만 시험 결과가 그것을 음성으로서 분류한다면, 의사는 환자에게 올바른 치료적 처치를 시행할 가능성이 없다. 종양 조직이 특정 단백질의 발현에 대해 진음성이지만 시험 결과가 그것을 양성으로서 분류한다면, 환자가 어떤 이익을 얻을 가능성이 낮을뿐만 아니라 치료제의 2차 위험에 노출될 수 있다해도 의사는 특정 치료적 처치를 사용할 수 있다. 따라서, 종양 조직에서 특정 면역-기반 단백질의 정량적 수준을 정확하게 검출하고 올바르게 평가하는 능력에는 큰 임상적 가치가 있으며, 이에 따라 환자는 불필요한 독성 및 다른 부작용을 감소시키면서 성공적인 면역조절성 치료 계획을 받을 최상의 가능성을 가질 것이다.
종양 조직 내의 특정 단백질의 정량적 수준의 정확한 검출과 정확한 평가는 SRM/MRM 방법론에 의해 질량 분광계에서 효과적으로 결정될 수 있다. 상기 방법론은 암 바이오마커 및 면역-기반 단백질을 포함하는 특정 단백질로부터 독특한 단편 펩타이드를 검출 및 정량하고, 여기서 각 펩타이드의 SRM/MRM 시그너처 크로마토 그래피 피크 면적은 Liquid Tissue® 용해물에 존재하는 복합적 펩타이드 혼합물 내에서 결정된다(미국 특허 제7,473,532호를 참조). 포르말린 고정된 조직으로부터 직접 복합적 생체분자 샘플을 제조하는 한 가지 방법은 미국 특허 제7,473,532호에 기재되어 있으며, 이의 내용은 그 전체가 본원에서 참조로 포함된다. 미국 특허 제7,473,532호에 기재된 방법은 Expression Pathology Inc.(메릴랜드 락빌)로부터 입수가능한 Liquid Tissue® 시약 및 프로토콜 사용하여 편리하게 실시할 수 있다. 예를 들어, 포르말린 고정된 종양 샘플 및 반응 완충액을 포함하는 조성물은 10분 내지 4시간의 시간 동안 80℃ 내지 100℃의 온도에서 가열할 수 있다. 또한, 생성된 조성물은 37℃ 내지 65℃의 온도에서 30분 내지 24시간의 시간 동안 트립신, 키모트립신 및 엔도프로테이나제 Lys-C로 이루어진 그룹으로부터 선택된 단백질분해 효소의 유효량으로 처리할 수 있다. 특정 실시형태에서, 단백질분해 효소는 트립신이다. 이어서, 단백질의 정량적 수준을 SRM/MRM 방법론에 의해 결정할 수 있으며, 이에 의해 생물학적 샘플 중의 각 단백질 유래의 개개의 특정된 펩타이드의 SRM/MRM 시그너처 크로마토그래피 피크 면적을 개개의 단편 펩타이드 각각에 대한 기지의 양의 "스파이크된(spiked)" 내부 표준의 SRM/MRM 시그너처 크로마토그래피 피크 면적과 비교한다.
일 실시형태에서, "스파이크된" 내부 표준은 정확히 동일한 단백질 유래의 단편 펩타이드의 합성 버전으로, 여기서 합성 펩타이드는 2H, 18O, 17O, 15N, 13C 또는 이들의 조합과 같은 하나 이상의 중동위원소로 표지된 하나 이상의 아미노산 잔기를 함유한다. 이러한 동위원소 내부 표준은, 질량 분광법 분석이 고유한 단편 펩타이드 크로마토그래피 시그너처 피크와 상이하고 뚜렷이 구별되고 비교 피크로서 사용될 수 있는 예측가능하고 일관된 SRM/MRM 시그너처 크로마토그래피 피크를 생성하도록 합성된다. 따라서, 내부 표준을 기지의 양으로 생물학적 샘플 유래의 단백질 또는 펩타이드 제조물에 "스파이크"하고 질량 분광법에 의해 분석할 경우, 고유한 펩타이드의 SRM/MRM 시그너처 크로마토그래피 피크 면적을 내부 표준 펩타이드의 SRM/MRM 시그너처 크로마토그래피 피크 면적과 비교하고, 이러한 수치 비교는 생물학적 샘플 유래의 원래의 프로테오믹 제조물에 존재하는 고유한 펩타이드의 절대 몰농도 및/또는 절대 중량을 나타낸다. 단편 펩타이드에 대한 정량적 데이터는 샘플당 분석된 프로테오믹 용해물의 양에 따라 표시된다.
소정의 단백질에 대한 단편 펩타이드의 SRM/MRM 검정을 개발하고 수행하기 위해, 단순히 단백질 서열을 넘어선 추가 정보가 질량 분광계에 의해 이용할 수 있다. 이러한 추가 정보를 이용하여, 질량 분광계(예를 들어, 삼중 사극자 질량 분광계)에게 특정 단편 펩타이드의 정확하고 집중적인 분석을 수행하도록 명령 및 지시할 수 있다. 표적 펩타이드에 관한 추가 정보는 일반적으로 각 펩타이드의 단일 동위원소 질량, 이의 전구체 전하 상태, 전구체 m/z 값, m/z 전이 이온 및 각 전이 이온의 이온 유형 중 하나 이상을 포함할 수 있다. SRM/MRM 검정은 삼중 사극자 질량 분광계 또는 이온 트랩/사극자 하이브리드 기기에서 효과적으로 수행할 수 있다. 이러한 종류의 질량 분광계들은 세포 내에 함유된 모든 단백질 유래의 수십만 내지 수백만 개의 개개의 펩타이드를 함유하는 매우 복합적인 단백질 용해물 내에서 하나의 단리된 표적 펩타이드를 분석할 수 있다. 이러한 추가 정보는 매우 복합적인 단백질 용해물 내에서 하나의 단리된 표적 펩타이드의 분석을 가능하게 하는 올바른 지시를 질량 분광계에 제공한다. SRM/MRM 검정은 또한 MALDI, 이온 트랩, 이온 트랩/사극자 하이브리드 또는 삼중 사극자 기기를 포함하는 다른 종류의 질량 분광계에서 개발 및 수행될 수 있다.
생물학적 샘플 중에서 특정 단백질을 검출 및 정량하기 위한 단일 SRM/MRM 검정의 기초는 그 단백질의 더 큰 전체길이 버젼으로부터 유래된 하나 이상의 단편 펩타이드의 동정 및 분석이다. 이것은 단일 단편 펩타이드와 같은 매우 작은 분자를 분석할 때에는 질량 분광계가 매우 효율적이고 능숙하고 재현가능한 기기인 반면에 질량 분광계가 전체길이의 온전한 단백질은 효율적으로, 능숙하게 또는 재현가능하게 검출 및 정량하지 못하기 때문이다.
개개의 단백질에 대한 단일 SRM/MRM 검정 개발을 위한 후보 펩타이드는 이론적으로는 온전한 전체길이 단백질의 완전한 프로테아제 분해, 예를 들면 트립신에 의한 분해로부터 발생하는 어떠한 개개의 펩타이드라도 될 수 있다. 그러나, 놀랍게도 많은 펩타이드가 임의의 소정의 단백질의 신뢰할 수 있는 검출 및 정량에 부적당하다 - 확실히 일부 단백질의 경우 적합한 펩타이드가 아직 발견되지 않았다. 따라서, 어느 것이 소정의 단백질에 대한 SRM/MRM에 의한 검정에 가장 유리한 펩타이드인지를 예측하는 것은 불가능하며, 따라서 각 펩타이드에 관한 구체적으로 정의된 검정 특징은 경험적으로 발견되고 결정되어야 한다. 이것은 FFPE 조직 유래의 Liquid Tissue® 용해물과 같은 단백질 용해물 중에서 분석을 위한 최적의 SRM/MRM 펩타이드를 동정할 때 특히 그러하다. 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정은 각 단백질에 대해 하나 이상의 프로테아제 분해된 펩타이드(예를 들면, 트립신 분해된 펩타이드)를 지정하고 이를 통해 각 펩타이드는 포르말린 고정된 환자 조직으로부터 제조된 Liquid Tissue® 용해물 중에서의 SRM/MRM 검정에 유리한 펩타이드인 것으로 밝혀졌다.
본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정은 환자 종양 조직의 미세환경의 분자 프로파일을 개발하는데 사용될 수 있는 단백질을 검출 및 정량한다. 이러한 단백질들은 매우 다양한 기능을 제공하고 세포 내의 매우 다양한 위치에서 발견된다. 이러한 단백질들에는 성장 인자, 성장 인자 수용체, 세포외 매트릭스 단백질, 핵 전사 인자, 상피 세포 분화 인자, 세포 신호전달 단백질, 면역 세포 분화 인자, 세포/세포 인식 인자, 자기 대 종양 인식 인자, 면역 세포 활성화 인자, 면역 세포 저해 인자 및 면역 체크포인트 단백질이 포함되지만 이에 한정되지 않는다. 이러한 단백질의 집합 내의 이러한 개개의 단백질 각각은 상피 종양 세포, 정상 상피 세포, 정상 섬유아세포, 종양 관련 섬유아세포, 정상 내피 세포, 종양 관련 내피 세포, 정상 중간엽 세포 및 종양 관련 중간엽 세포와 같은 모든 종류의 고형 조직 세포를 포함하나 이에 한정되지 않는 암 환자의 매우 다양한 세포에 의해 발현될 수 있고 발현된다. 이러한 단백질들 각각은 B 세포, T 세포, 대식세포, 수상돌기, 비만세포, 자연살해세포, 호산구, 호중구 및 호염기구를 포함하나 이에 한정되지 않는 매우 다양한 혈액 유래의 백혈구에 의해 발현될 수 있다. 많은 경우에, 이러한 개개의 단백질들 각각이 고형 조직 세포와 혈액 유래 조직 세포 둘 다에 의해 발현될 수 있다는 것은 잘 알려져 있다.
이러한 단백질들 각각의 세포 발현 패턴은 개체의 건강 상태에 따라 매우 다를 수 있다. 정상 및 일반적 건강 조건 하에 이러한 단백질들은 세포의 건강과 건강한 면역계를 유지한다. 건강한 면역계를 유지하는 것과 관련하여, 자기의 세포 인식은 주로 주요 조직적합성 복합체(MHC)를 통해 비자기의 인식과 균형을 이룬다. MHC는 척추동물에서 면역계가 외래 분자를 인식하는데 필수적인 세포 표면 단백질의 세트이며, 이것은 결국 조직 적합성을 결정한다. MHC 분자의 주요 기능은 병원균으로부터 유래된 펩타이드 단편에 결합하고 적절한 T 세포에 의한 인식을 위해 그들을 세포 표면에 표시하여 병원균에 대한 면역반응이 개시될 수 있도록 하는것이다. MHC 분자는 면역 세포인 백혈구와 다른 백혈구 또는 고형 조직 체세포와의 상호작용을 매개한다. MHC는 장기 이식에 대한 공여자의 적합성뿐만 아니라 교차 반응 면역을 통한 자가면역 질환에 대한 사람의 감수성을 결정한다. 사람에서, MHC는 사람 백혈구 항원(HLA)으로도 불린다. 세포에서, 숙주 자체의 표현형 또는 다른 생물학적 실체의 단백질 분자는 지속적으로 합성되고 분해된다. 세포 표면의 각 MHC 분자는 에피토프라 불리는 단백질의 분자 분획을 표시한다. 제시된 항원은 자기 또는 비자기일 수 있다. 항원이 자기로서 인식되면, 유기체의 면역계는 면역 살상 반응으로 그 자체의 세포를 표적화하는 것이 금지된다.
MHC는 신체를 병원균으로부터 보호할 뿐만 아니라 암 세포의 천연적 통제에서도 큰 역할을 한다. 암 세포는 MHC 분자에 의해 표시되어 면역계에 경보를 발할 수 있는 많은 돌연변이된 단백질과 비정상적으로 발현된 단백질을 함유한다. 종양 세포는 정상 단백질을 발현할 수도 있지만, 비정상적인 위치에서, 비정상적인 방식으로 및/또는 비정상적인 양으로 발현하여 면역반응을 동원하거나 저해하는 신호를 제공한다. 정상 세포는 이의 클래스 I MHC상에 정상 세포 단백질 전환율(cellular protein turnover)로부터 펩타이드를 표시하고, 면역계 세포(백혈구)는 백혈구의 표면에서 정상적으로 발현되는 특정 단백질에 의해 매개되는 중심 및 말초 면역관용(tolerance) 기전으로 인해 그들에게 응답하여 활성화되지 않을 것이다. 바이러스 감염 후 또는 암 세포에 의한 비정상적인 단백질 발현의 경우와 같이 세포가 외래 단백질을 발현하는 경우, 클래스 I MHC의 일부분은 세포 표면에 이러한 펩타이드들을 표시할 것이다. 그 결과, MHC:펩타이드 복합체에 특이적인 이러한 백혈구들은 비정상 펩타이드를 제시하는 암 세포를 포함하는 이러한 세포들을 인식하여 사멸할 것이다. 대안적으로, 클래스 I MHC 자체는 바이러스 감염된 세포 및 암 세포를 사멸시키는 자연살해세포(NK)라 불리는 백혈구 집단에 대한 저해 리간드로서 작용할 수 있다. 면역 회피 동안 또는 특정의 종양에서 일부 바이러스에 의해 사용되는 기전인 표면 클래스 I MHC의 정상 수준의 감소는 NK-매개 세포 사멸을 불활성화함으로써 종양 세포가 면역-매개 사멸을 회피하는 것을 도울 수 있다.
면역 감시를 회피하기 위한 또 다른 전략을 사용하는 암 세포의 추가 예는 프로그램된 사멸 리간드 1(Programmed death-ligand 1; PD-L1) 체크포인트 단백질을 비정상적으로 발현하는 암 세포의 경우이다. PD-L1은 임신, 조직 동종이식, 자가면역 질환 및 암과 같은 다른 질환 상태와 같은 특정 사건 동안 면역계를 억제하는데 있어 중요한 역할을 하는 막관통 단백질이다. 정상적으로, 면역계는 림프절 또는 비장에 약간의 축적이 있는 외래 항원과 반응하고 이것은 PD-1을 발현하는 항원 특이적 CD8 + T 세포의 증식을 촉발한다. PD-1에 대한 PD-L1의 결합은 이러한 CD8+ T 세포의 증식을 감소시키는 저해 신호를 전달하고 이를 통해 면역계에 암 세포를 무시하도록 신호를 전달한다.
암 세포에 의한 PD-L1의 상향조절된 비정상적 발현은 암 세포가 숙주 면역계를 회피할 수 있게 한다. 신세포 암종을 갖는 환자 유래의 196종의 종양 표본의 분석은 PD-L1의 높은 종양 발현이 증가된 종양 공격성 및 4.5배 증가된 사망 위험과 연관되었다는 것을 발견하였다. PD-L1의 발현이 더 높은 난소 암 환자는 발현이 더 낮은 난소 암 환자보다 현저하게 불량한 예후를 나타낸다. PD-L1 발현은 상피내 CD8+ T 림프구 계수와 반비례 관계에 있는 것으로도 공지되어 있으며, 이는 종양 세포상의 PD-L1이 항종양 CD8+ T 세포를 억제할 수 있다는 것을 시사한다. PD-L1 저해제는 현재 일상적인 암 요법에서 사용되고 있거나 면역-기반 암 치료제로서 개발 중에 있다. 이러한 제제들은 많은 환자에서 우수한 반응율을 나타낸다.
면역-기반 암 요법 전략은 환자 자체의 면역계를 개시, 조절, 증진 또는 조작하여 환자 자체의 암 세포와 싸우고 사멸시키도록 설계된다. 많은 형태의 면역요법이 암 치료를 위해 사용되고 있다. 본원에서 설명되는 방법은 본 명세서의 초점인 종양-활성화된 면역반응의 균형을 개시 및/또는 조절하는 면역-기반 암 치료제를 이용하는 잠재적인 치료 전략의 일부분으로서 사용될 수 있는 환자 종양 세포의 PD-L1/PD-1 면역 체크포인트 단백질과 같은 단백질에 대한 정량적 단백질 발현 데이터를 제공한다. PD-L1 단백질에 대한 면역 체크포인트 단백질에 대한 단일 SRM/MRM 검정의 예는 본원에서 특허 출원 PCT/US2015/010386에 기재되어 있으며, 이는 그 전체가 본원에서 참조로 포함된다.
본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정은 많은 상이한 기능들을 나타내는 많은 상이한 세포 유형에 의해 발현되고 세포 내의 많은 상이한 위치에 존재하는 고유한 단백질의 발현을 검출 및 정량할 수 있다. 각각의 검정은 단일 단백질의 신뢰할 수 있고 재현가능한 검출 및 측정에 유용한 것으로 밝혀진 적어도 하나의 최적의 펩타이드를 서술하며, 여기서 각 검정은 개별적으로 또는 다른 단백질에 대한 다른 펩타이드와 함께 다중으로 수행할 수 있다. 단백질 및 펩타이드 목록은 표 1에 나타낸다. 이러한 검정이 개발된 단백질은 하나 이상의 일반명 및/또는 대체명으로 표 1에 기재되어 있다: ABCG2 (CDw338, 분화 w338의 클러스터), AIMP3 (ARS-상호작용 다기능성 단백질 3, p18), ALDH1B1 (ALDH5, ALDHX, 알데하이드 데하이드로게나제 1 패밀리 구성원 B1), 알파-카테닌, ARG2 (아르기나제, II형), ARID1A (AT-풍부 상호작용적 도메인-함유 단백질 1A, B120, BAF250, BAF250a, BM029, C1orf4, ELD, MRD14, OSA1, P270, SMARCF1, hELD, hOSA1, CSS2), ARID2 (BAF200, p200, AT-풍부 상호작용 도메인 2), ATM (ATM 세린/트레오닌 키나제, AT1, ATA, ATC, ATD, ATDC, ATE, TEL1, TELO1, 운동실조-모세혈관확장증 돌연변이), ATR(ATR 세린/트레오닌 키나제, FCTCS, FRP1, MEC1, SCKL, SCKL1), Bax (BCL2L4, BCL2 연관 X 단백질, BCL2 연관 X, 아폽토시스 조절인자), BCL2 (Bcl-2, PPP1R50, B-세포 CLL/림프종 2, 아폽토시스 조절인자), 브라큐리(Brachyury)(T, SAVA, TFT 브라큐리 전사 인자), BRCA1(유방암 1, 조기 개시, BRCC1, BROVCA1, IRIS, PNCA4, PPP1R53, PSCP, RNF53, FANCS, 유방암 1, DNA 수복 관련), BRE(BRCC4, BRCC45, 뇌 및 생식기관-발현[TNFRSF1A 조절인자]), CAD(CDG1Z, 카바모일-포스페이트 신테타제 2, 아스파르테이트 트랜스카바밀라제 및 디하이드로오로타제, GATD4, EIEE50), Cav-1 (BSCL3, CGL3, LCCNS, MSTP085, PPH3, VIP21, 카베올린 1), CD8b (CD8B1), CD16 (분화 16의 클러스터), CD20 (분화 20의 클러스터, MS4A1, B1, Bp35, CD20, CVID5, LEU-16, MS4A2, S7, 막 스패닝(membrane spanning) 4-도메인 A1), CD99 (분화 99의 클러스터, HBA71, MIC2, MIC2X, MIC2Y, MSK5X), CD226 (분화 226의 클러스터, DNAM-1, DNAM1, PTA1, TLiSA1), CDK4 (CMM3, PSK-J3, 사이클린-의존적 키나제 4, 사이클린 의존적 키나제 4), CDK6 (세포분열 단백질 키나제 6, MCPH12, PLSTIRE, 사이클린-의존적 키나제 6), CDK10 (PISSLRE, 사이클린-의존적 키나제 10, 사이클린 의존적 키나제 10), CDX2 (CDX-3, CDX2/AS, CDX3, 꼬리형 호메오박스 2(caudal type homeobox 2), Cdx2), CHFR (RNF116, RNF196, 포크헤드 및 링 핑거 도메인을 갖는 체크포인트, E3 유비퀴틴 단백질 리가제, 포크헤드 및 링 핑거 도메인을 갖는 체크포인트), CHK1 (CHEK1, 체크포인트 키나제 1), c-JUN (JUN, AP-1, AP1, c-Jun, Jun 원발암유전자, AP-1 전사 인자 서브유닛), CLK4(CDC-유사 키나제 4, 이중 특이성 단백질 키나제 CLK4), COX41 (시토크롬 c 옥시다제 서브유닛 4 동형(isoform) 1, 미토콘드리아, 시토크롬 c 옥시다제 폴리펩타이드 IV, 시토크롬 c 옥시다제 서브유닛 IV 동형 1, COX4, COX IV-1), COX5B (시토크롬 c 옥시다제 서브유닛 Vb, COXVB, 시토크롬 c 옥시다제 서브유닛 5B), COX6C (시토크롬 c 옥시다제 서브유닛 6C), DCTD (데옥시시티딜레이트 데아미나제, dCMP 데아미나제), DDR1 (CAK, CD167, DDR, EHGK2, MCK10, NEP, NTRK4, PTK3, PTK3A, RTK6, TRKE, 디스코이딘 도메인 수용체 티로신 키나제 1, CD167a, 분화 167a의 클러스터), DGKA (디아실글리세롤 키나제 알파, DAGK, DAGK1, DGK-알파), 디아블로(Diablo)(낮은 pI를 갖는 직접 IAP 결합 단백질, DFNA64, SMAC, 디아블로, 디아블로 상동체, 디아블로 IAP-결합 미토콘드리아 단백질), DICER1 (엔도리보뉴클레아제 다이서(Endoribonuclease Dicer), RNase 모티프를 갖는 헬리카제, 헬리카제 MOI, HERNA, KIAA0928), DUSP1(이중 특이성 단백질 포스파타제 1, CL100, HVH1, MKP-1, MKP1, PTPN10, 이중 특이성 포스파타제 1), EIF3A (진핵생물 번역 개시 인자 3 서브유닛 A EIF3, eIF3a, EIF3S10, P167, TIF32, eIF3-p170, eIF3-세타, p180, p185), EMSY (GL002, C11orf30, BRCA2 상호작용 전사 레프레서), EPCAM (상피 세포 부착 분자, DIAR5, EGP-2, EGP314, EGP40, ESA, HNPCC8, KS1/4, KSA, M4S1, MIC18, MK-1, TACSTD1, TROP1), ERCC2 (절제 수복 상호-상보 그룹 2, XPD, COFS2, EM9, TFIIH, TTD, XPD, TTD1, ERCC 절제 수복 2, TFIIH 코어 복합체 헬리카제 서브유닛), FOXA1(간세포 핵 인자 3-알파, HNF3A, TCF3A, 포크헤드 박스 A1), FOXC1 (포크헤드 박스 C1, ARA, FKHL7, FREAC-3, FREAC3, IGDA, IHG1, IRID1, RIEG3, ASGD3), FOXC2 (포크헤드 박스 단백질 C2, 포크헤드 관련 단백질, FKHL14, 전사 인자 FKH-14, 중간엽 포크헤드 단백질 1, MFH1), FOXF2 (포크헤드 박스 단백질 F2, 포크헤드 관련 활성화인자 2, FREAC-2, 포크헤드 관련 단백질 FKHL6, 포크헤드 관련 전사 인자 2), 감마-카테닌(플라코글로빈, JUP, ARVD12, CTNNG, DP3, DPIII, PDGB, PKGB, 연접 플라코글로빈(junction plakoglobin), GDA (구아닌 데아미나제, 구아나제, 구아닌 아미나제, 구아닌 아미노하이드롤라제, GAH), GJA1(간극 연접 알파-1 단백질, 커넥신 43, Cx43, AVSD3, CMDR, CX43, EKVP, GJAL, HLHS1, HSS, ODDD, PPKCA), GLS (글루타미나제 신장 동형-미토콘드리아, K-글루타미나제, L-글루타민 아미도하이드롤라제), GLUT1 (글루코오스 전달체 1, 용질 운반체 패밀리 2 촉진된 글루코오스 전달체 구성원 1, SLC2A1, CSE, DYT17, DYT18, DYT9, EIG12, GLUT, GLUT-1, GLUT1, GLUT1DS, HTLVR, PED, SDCHCN, 용질 운반체 패밀리 2 구성원 1), GSTM1(글루타티온 S-트랜스퍼라제 Mu 1, GST1, GSTM1-1, GSTM1a-1a, GSTM1b-1b, GTH4, GTM1, H-B, MU, MU-1), GSTM3(글루타티온 S-트랜스퍼라제 M3, GST5, GSTB, GSTM3-3, GTM3), GSTP1(글루타티온 s-트랜스퍼라제 P, DFN7, FAEES3, GST3, GSTP, HEL-S-22, PI, 글루타티온 S-트랜스퍼라제 pi 1), GSTT1(글루타티온 S-트랜스퍼라제 세타-1), HAI2(SPINT2, DIAR3, HAI-2, Kop, PB, 세린 펩티다제 저해제, 쿠니츠형, 2, 세린 펩티다제 저해제, 쿠니츠형 2), hCNT3(집중적 Na(+)-뉴클레오사이드 공전달체, CNT3, SLC28A3) HDAC6(히스톤 데아세틸라제 6, CPBHM, HD6, PPP1R90, JM21), HK2 (헥소키나제 2, HKII, HXK2), HLA-A (Aw-33, Aw-74, 주요 조직적합성 복합체, 클래스 I, A, HLA-A11, HLA-A33, HLADQB1, HLA-DRB1) HLA-B (AS, SPDA1, HLA-B, Bw-47, Bw-50, 주요 조직적합성 복합체, 클래스 I, B, B-4901, B-5001, HEL-S-83, HLA-B*45ZJ, HLA-B-3506, HLA-B-3905, HLA-B-5502, HLA-B-5602, HLA-B15, HLA-B39, HLA-B49, HLA-B50, HLA-B55, HLA-B59, HLA-B61, HLA-Cw, HLA-DRB1), HLA-DMA (D6S222E, DMA, HLADM, RING6, HLA-DMA, 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DM 알파), HLA-DQA1 (HLA 클래스 II 조직적합성 항원, DQ 알파 1 쇄, DC-1 알파 쇄, DC-알파, HLA-DCA, MHC 클래스 II DQA1), HLA-DRA (HLA-DRA1, MLRW, 주요 조직적합성 복합체, 클래스 II, DR 알파), HPV16E6 (사람 파필로마바이러스 16 E6형), HR23B (RAD23B, HHR23B, P58, RAD23 상동체 B, 뉴클레오타이드 절제 수복 단백질), IDH1 (HEL-216, HEL-S-26, IDCD, IDH, IDP, IDPC, PICD, 이소시트레이트 데하이드로게나제 (NADP(+)) 1, 세포질), IDH2 (D2HGA2, ICD-M, IDH, IDHM, IDP, IDPM, mNADP-IDH, 이소시트레이트 데하이드로게나제 (NADP(+)) 2, 미토콘드리아), IGF2 (C11orf43, GRDF, IGF-II, PP9974, 인슐린 유사 성장 인자 2), IGF2BP3 (CT98, IMP-3, IMP3, KOC, KOC1, VICKZ3, 인슐린 유사 성장 인자 2 mRNA 결합 단백질 3), IKZF1 (DNA-결합 단백질 이카로스(Ikaros), Hs.54452, IK1, IKAROS, LYF1, LyF-1, PPP1R92, PRO0758, ZNFN1A1, CVID13, IKAROS 패밀리 아연 핑거 1), IKZF3 (AIO, AIOLOS, ZNFN1A3, IKAROS 패밀리 아연 핑거 3), IL13RA2 (CD213A2, CT19, IL-13R, IL13BP, 인터류킨 13 수용체 서브유닛 알파 2), IL-15 (IL15, 인터류킨 15), IL-8 (IL8, CXCL8, 케모킨(C-X-C 모티프) 리간드 8, GCP-1, GCP1, LECT, LUCT, LYNAP, MDNCF, MONAP, NAF, NAP-1, NAP1, IL8, C-X-C 모티프 케모킨 리간드 8, 인터류킨-8), IRS2 (IRS-2, 인슐린 수용체 기질 2), LAG3 (분화 223의 클러스터, CD223, 림프구 활성화 3), LGR5 (FEX, GPR49, GPR67, GRP49, HG38, 류신-풍부 반복체 함유 G 단백질-커플링형 수용체 5, 류신 풍부 반복체 함유 G 단백질-커플링형 수용체 5), LIG4 20(LIG4S, DNA 리가제 4), MCT1 (모노카복실레이트 전달체 1, SLC16A1, HHF7, MCT, MCT1D, 용질 운반체 패밀리 16 구성원 1), MENA (ENAH, ENA, NDPP1, 이용가능한 상동체(enabled homolog)(초파리속(Drosophila)), 액틴 조절인자), MENAINV, MFF(미토콘드리아 분열 인자, C2orf33), MIG6(미토겐-유도성 유전자 6 단백질, ERBB 수용체 피드백 저해제 1, ERRFI1), MLH1 (MutL 상동체 1, 결장암, 비용종성 2형, mutL 상동체 1, COCA2, FCC2, HNPCC, HNPCC2, hMLH1), MMP7(마트리라이신, MMP-7, MPSL1, PUMP-1, 매트릭스 메탈로펩티다제 7), MMP9 (CLG4B, GELB, MANDP2, MMP-9, 92 kDa IV형 콜라게나제, 92 kDa 젤라티나제, 젤라티나제 B, 매트릭스 메탈로펩티다제 9), MRE11 (ATLD, HNGS1, MRE11B, MRE11A, MRE11 상동체 A, 이중 가닥 손상 수복 뉴클레아제, MRE11 상동체, 이중 가닥 손상 수복 뉴클레아제), MSH2 (mutS 상동체 2, COCA1, FCC1, HNPCC, HNPCC1, LCFS2), MSH6 (mutS 상동체 6, GTBP, GTMBP, HNPCC5, HSAP, p160), MUC4 (ASGP, HSA276359, MUC-4, 뮤신 4, 세포 표면 연관), ND1 (MTMT-NADH 데하이드로게나제, 서브유닛 1 [복합체 I]), NEDD8 (NEDD-8, 신경 전구 세포 발현, 발달상 하향조절된 8), 니브린(Nibrin)(NBN, AT-V1, AT-V2, ATV, NBS, NBS1, P95, 니브린), NKp30 (천연 세포독성 촉발 수용체 3, CD337, 분화 337의 클러스터, NCR3, 1C7, CD337, LY117, MALS), NKp44 (천연 세포독성 촉발 수용체 2, CD336, 분화 336의 클러스터, NCR2, CD336, LY95, NK-p44, NKP44), NKp80 (킬러 세포 렉틴-유사 수용체 서브패밀리 F 구성원 1, 렉틴-유사 수용체 F1, C-형 렉틴 도메인 패밀리 5 구성원 C, KLRF1), NNMT (니코틴아미드 N-메틸트랜스퍼라제), NT5C (5', 3'-뉴클레오티다제, 세포질, 5'(3')-데옥시리보뉴클레오티다제, 세포질 유형, 데옥시-5'-뉴클레오티다제 1, DNT, DNT1, HEL74, P5N2, PN-I, PN-II, UMPH2, cdN, dNT-1), NT5C2 (세포질 푸린 5'-뉴클레오티다제, 세포질 5'-뉴클레오티다제 II, 세포질 5'-뉴클레오티다제 3A, 피리미딘 5'-뉴클레오티다제), NT5C3A (세포질 5'-뉴클레오티다제 3, 세포질 5'-뉴클레오티다제 3A, 피리미딘 5'-뉴클레오티다제, p56, NT5C3, P5'N-1, P5N-1, PN-I, POMP, PSN1, UMPH, UMPH1, cN-III, hUMP1, p36), P21 (사이클린-의존적 키나제 저해제 1 또는 CDK-상호작용 단백질 1, CDKN1A, CAP20, CDKN1, CIP1, MDA-6, SDI1, WAF1, p21CIP1, 사이클린-의존적 키나제 저해제 1A, 사이클린 의존적 키나제 저해제 1A), P27 (사이클린-의존적 키나제 저해제 1B, CDKN1B, CDKN4, KIP1, MEN1B, MEN4, P27KIP1, 사이클린 의존적 키나제 저해제 1B), PARP1 (폴리 [ADP-리보오스] 폴리머라제 1, NAD+ ADP-리보실트랜스퍼라제 1, 폴리[ADP-리보오스] 신타제 1, ADPRT, ADPRT 1, ADPRT1, ARTD1, PARP, PARP-1, PPOL, pADPRT-1), PARP16 (폴리 (ADP-리보오스) 폴리머라제 패밀리 구성원 16, ARTD15, C15orf30, pART15), PARP4 (ADPRTL1, ARTD4, PARP-4, PARPL, PH5P, VAULT3, VPARP, VWA5C, p193, 폴리(ADP-리보오스) 폴리머라제 패밀리 구성원 4), 팍실린(Paxillin) (PXN), PDK1 (PDPK1, PDPK2, PRO0461, PDPK2P, 포스포이노시타이드-의존적 키나제-1, 3-포스포이노시타이드 의존적 단백질 키나제 1), PD-L2 (PD-1-리간드 2), PFKFB3 (IPFK2, PFK2, iPFK-2, 6-포스포프럭토-2-키나제/프럭토오스-2,6-바이포스파타제 3), PI3KCA (포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제, 촉매 서브유닛 알파, CLOVE, CWS5, MCAP, MCM, MCMTC, PI3K, p110-알파, PI3K-알파), PIM1 (원발암유전자 세린/트레오닌-단백질 키나제 Pim-1, PIM, Pim-1 원발암유전자, 세린/트레오닌 키나제), PIM2 (세린/트레오닌-단백질 키나제 Pim-2, Pim-2 원발암유전자, 세린/트레오닌 키나제), PKM (피루베이트 키나제 근육 이소자임 [PKM]로서도 공지된 피루베이트 키나제 이소자임 M1/M2 [PKM1/M2], 피루베이트 키나제 K형, 세포질 갑상선 호르몬-결합 단백질 [CTHBP], 갑상선 호르몬-결합 단백질 1 [THBP1], opa-상호작용 단백질 3 [OIP3], CTHBP, HEL-S30, OIP3, PK3, PKM2, TCB, THBP1, 피루베이트 키나제, 근육), PMS2 (HNPCC4, PMS2CL, PMSL2, MLH4, PMS1 상동체 2, 미스매치 수복 시스템 성분), PSMA (FOLH1, FGCP, FOLH, GCP2, GCPII, NAALAD1, NAALAdase, PSM, mGCP, 폴레이트 하이드롤라제 [전립선-특이적 막 항원] 1, 폴레이트 하이드롤라제 1), PRKDC (DNA-PKcs, DNAPK, DNPK1, HYRC, HYRC1, XRCC7, p350, IMD26, 단백질 키나제, DNA-활성화, 촉매 폴리펩타이드), QPRT (니코티네이트-뉴클레오타이드 피로포스포릴라제[카복실화], 퀴놀리네이트 포스포리보실트랜스퍼라제 [탈카복실화], QAPRTase, QPRTase), RAD50 (NBSLD, RAD502, hRad50, RAD50 이중 가닥 손상 수복 단백질), SAMHD1 (SAM 도메인 및 HD 도메인-함유 단백질 1, CHBL2, DCIP, HDDC1, MOP-5, SBBI88, SAM 및 HD 도메인 함유 데옥시뉴클레오사이드 트리포스페이트 트리포스포하이드롤라제 1), SIAH2 (hSiah2, siah E3 유비퀴틴 단백질 리가제), SIRT1 (SIR2L1, SIR2, hSIR2, SIR2알파, 시르투인 1, NAD-의존적 데아세틸라제 시르투인-1), SLAMF6 (CD352, KALI, KALIb, Ly108, NTB-A, NTBA, SF2000, SLAM 패밀리 구성원 6), SLC34A2 (나트륨-의존적 포스페이트 전달 단백질 2B [NaPi2b], NAPI-3B, NAPI-IIb, NPTIIb, 용질 운반체 패밀리 34 구성원 2), SLC46A1 (용질 운반체 패밀리 46[폴레이트 전달체], 양성자-커플링형 폴레이트 15 전달체 [PCFT]로서도 공지된 구성원 1 [SLC46A1], G21, HCP1, PCFT, 용질 운반체 패밀리 46 구성원 1), SMARCA4(전사 활성화인자 BRG1, ATP-의존적 헬리카제 SMARCA4, BAF190, BAF190A, BRG1, MRD16, RTPS2, SNF2, SNF2L4, SNF2LB, SWI2, hSNF2b, CSS4, 크로마틴의 SWI/SNF 관련, 매트릭스 연관, 액틴 의존적 조절인자, 서브패밀리 a, 구성원 4), SMO (FZD11, Gx, SMOH, 평활화된 프리즐드(frizzled) 클래스 수용체, CRJS), SOD1 (ALS, ALS1, HEL-S-44, IPOA, SOD, hSod1, 이종이량체, 슈퍼옥사이드 디스무타제 1, 가용성 수퍼옥사이드 디스무타제 1), SOD2(IPOB, MNSOD, MVCD6, IPO-B, Mn-SOD, 수퍼옥사이드 디스무타제 2, 미토콘드리아, 수퍼옥사이드 디스무타제 2), SOX9 (전사 인자 SOX-9, CMD1, CMPD1, SRA1, SRXX2, SRXY10, SRY-box 9), SPRY2(스프라우티(Sprouty) 상동체 2, hIGAN3, 스프라우티 RTK 신호전달 길항제 2), TBX21 (T-박스 전사 인자 TBX21, T-PET, T-bet, TBET, TBLYM, T-박스 21), TJP1 (폐쇄소대-1(zonula occludens-1) ZO-1, 밀착연접 단백질-1, ZO-1, 밀착연접 단백질 1), TMSB15A (티모신 베타-15A, TMSB15, TMSB15B, TMSL8, TMSNB, Tb15, TbNB, 티모신 베타 15a), TPX2 (Xklp2에 대한 표적화 단백질, C20orf1, C20orf2, DIL-2, DIL2, FLS353, GD:C20orf1, HCA519, HCTP4, REPP86, p100, 미세소관 핵형성 인자), TRIM24 (트리파타이트 모티프 함유 24(tripartite motif containing 24), 전사 중개 인자 1α, PTC6, RNF82, TF1A, TIF1, TIF1A, TIF1ALPHA, hTIF1, 트리파타이트 모티프 함유 24), TRKA (트로포미오신 수용체 키나제 A (TrkA), 고친화성 신경 성장 인자 수용체, 신경영양성 티로신 키나제 수용체 1형, TRK1-형질전환 티로신 키나제 단백질, MTC, TRK, TRK1, Trk-A, p140-TrkA, 신경영양성 수용체 티로신 키나제 1), WT-1 (윌름스 종양 단백질, AEWS-GUD, NPHS4, WAGR, WIT-2, WT33, 윌름스 종양 1), XPO1 (엑스포틴 1, 염색체 유지 1, CRM1, emb, exp1), XRCC4 (DNA 수복 단백질 XRCC4, X-선 수복 교차-보완 단백질 4, SSMED, 중국 햄스터 세포의 X-선 수복 보완 결손 수복 4, X선 수복 교차 보완 4), XRCC5 (KARP-1, KARP1, KU80, KUB2, Ku86, NFIV, Ku80, 중국 햄스터 세포의 X-선 수복 보완 결손 수복 5, X-선 수복 교차 보완 5), XRCC6 (중국 햄스터 세포의 X-선 수복 보완 결손 수복 6, CTC75, CTCBF, G22P1, KU70, ML8, TLAA, X-선 수복 교차 보완 6), AMD1 (아데노실메티오닌 데카복실라제 1), FCER1G (IgE 수용체 Ig의 Fc 단편), RAD51C (BROVCA3), PML (TRIM19, 전골수구성 백혈병 단백질), IL12RB2 (인터류킨 12 수용체), SPAG5(정자 연관 항원 5(Sperm Associated antigen 5)), NRAS (신경모세종 RAS 바이러스(V-Ras) 발암유전자 상동체), HRAS (하비 래트 육종 바이러스 발암유전자 상동체), MLH3 (DNA 미스매치 수복 단백질 Mlh3), CEACAM6 (암배아 항원 관련 세포 부착 분자 6), LGALS9 (갈렉틴 9), RPA2 (복제 단백질 A2), RPA1 (복제 단백질 A1), FEN1 (플랩 구조-특이적 엔도뉴클레아제 1), LIG3 (DNA 리가제 3), BLM (블룸 증후군 RecQ 유사 헬리카제), B2M (베타-2-마이크로글로불린), RNPEP (아르기닌 아미노펩티다제), IL12A (인터류킨 12A), IL12B (인터류킨 12B), YES1 (V-Yes-1 야마구치 육종 바이러스 발암유전자 상동체 1), NTRK1 (NTRK1 유전자 신경영양성 수용체 티로신 키나제 1에 대한 알리아제), NTRK2 (NTRK1 유전자 신경영양성 수용체 티로신 키나제 2에 대한 알리아제), NTRK3 (NTRK1 유전자 신경영양성 수용체 티로신 키나제 3에 대한 알리아제) 및 RB1 (망막모세포종 1).
놀랍게도, 표 1에 열거된 단백질의 절단으로부터 유래된 많은 잠재적인 펩타이드 서열은 즉시 분명하지 않다는 이유 때문에 질량 분광법에 기반한 SRM/MRM 검정에 사용하기에 부적당하거나 효과적이지 않은 것으로 밝혀졌다. MRM/SRM 검정에 가장 적합한 펩타이드를 예측하는 것은 불가능하였기 때문에, 각각의 지정된 단백질에 대한 신뢰할 수 있고 정확한 SRM/MRM 검정을 개발하기 위해서는 실제 액체 조직 용해물 중의 변형 및 비변형 펩타이드를 실험적으로 동정하는 것이 필요하였다. 어떠한 이론에 구애됨이 없이, 일부 펩타이드는 그들이 잘 이온화되지 않거나 다른 단백질과 구별되는 단편을 생성하지 않기 때문에, 예를 들면 질량 분광법에 의해 검출하는 것이 어려울 수 있다고 사료된다. 펩타이드는 또한 크로마토그래피 분리에서도 잘 분리될 수 없거나 유리 또는 플라스틱 제품에 부착될 수 있다.
표 1에서 발견되는 펩타이드들는 사람 포르말린 고정된 암 조직으로부터 입수된 세포로부터 제조된 복합적 Liquid Tissue® 용해물 내의 모든 단백질의 프로테아제 분해에 의해 이들의 각각의 지정된 단백질로부터 유래되었다. 달리 언급되지 않는 한, 각 경우에 프로테아제는 트립신이었다. 이후, Liquid Tissue® 용해물을 질량 분광법에 의해 분석하여, 질량 분광법에 의해 검출 및 분석되는 지정된 단백질로부터 유래된 펩타이드를 결정하였다. 질량 분광 분석을 위한 펩타이드의 특정한 바람직한 서브세트의 동정은 단백질 유래의 펩타이드 또는 펩타이드들이 Liquid Tissue® 용해물의 질량 분광법 분석에서 이온화되는 실험 조건 하에서의 발견에 기초하며, 따라서 질량 분광법의 방법론에 의해 분석될 Liquid Tissue® 용해물을 제조시 사용되는 프로토콜 및 실험 조건으로부터 발생하는 펩타이드의 능력을 입증한다.
이러한 단백질 집합의 검출에 적합한 최적의 펩타이드는 다음과 같이 발견되었다. 포르말린(포름알데히드) 고정된 조직으로부터 직접 입수된 세포 유래의 단백질 용해물을 Liquid Tissue® 시약 및 조직 미세절제를 통해 세포를 샘플 튜브에 모으는 것을 수반하는 프로토콜을 사용하고 이어서 세포를 Liquid Tissue® 완충액 중에서 장시간 동안 가열하여 제조하였다. 일단 포르말린-유도된 가교결합이 부정적으로 영향을 받았으면, 조직/세포를 예를 들면 프로테아제 트립신과 같은 프로테아제를 이용하여 예측가능한 방식으로 완벽하게 분해시킨다. 각 단백질 용해물을 온전한 폴리펩타이드를 프로테아제로 분해시킴으로써 펩타이드의 집합으로 변환시킨다. 각 Liquid Tissue® 용해물을 (예를 들어, 이온 트랩 질량 분광법에 의해) 분석하여 펩타이드의 다수의 전반적 프로테오믹 조사를 수행하였고, 여기서 데이터는 각 단백질 용해물 중에 존재하는 모든 세포 단백질로부터 질량 분광법에 의해 동정될 수 있을 만큼 많은 펩타이드의 동정으로서 제시되었다. 이온 트랩 질량 분광계 또는 단일 복합체 단백질/펩타이드 용해물로부터 가능한 한 많은 펩타이드를 동정하기 위해 전반적 프로파일링(global profiling)을 수행할 수 있는 다른 형태의 질량 분광계가 전형적으로 이용된다. 그러나, 이온 트랩 질량 분광계가 펩타이드의 전반적인 프로파일링을 실시하기 위한 최상의 종류의 질량 분광계일 수 있다.
SRM/MRM 검정이 MALDI, 이온 트랩, 이온 트랩/사극자 하이브리드 또는 삼중 사극자를 포함하는 임의의 종류의 질량 분광계에서 개발되고 수행될 수 있지만, SRM/MRM 검정을 위해 가장 유리한 기기 플랫폼은 종종 삼중 사극자 기기 플랫폼인 것으로 간주된다. 일단 사용되는 조건 하에 단일 용해물의 단일 MS 분석에서 가능한 한 많은 펩타이드가 동정되었다면, 펩타이드의 목록을 취합하여 그 용해물 중에서 검출된 단백질을 결정하는데 사용하였다. 이러한 과정을 다수의 Liquid Tissu® 용해물에 대해 반복하고, 펩타이드의 매우 큰 목록을 단일 데이터세트로 취합하였다. 이러한 종류의 데이터세트는 (프로테아제 분해 후) 분석된 생물학적 샘플의 종류 및 구체적으로 생물학적 샘플의 Liquid Tissue® 용해물에서 질량 분광법에 의해 검출될 수 있는 펩타이드를 나타내는 것으로 간주될 수 있고, 따라서 각각의 지정된 단백질에 대한 펩타이드를 포함한다.
일 실시형태에서, 지정된 단백질의 절대량 또는 상대량의 결정에 유용한 것으로 동정된 트립신 펩타이드를 하기 표 1에 열거한다. 이러한 각 펩타이드는 FFPE 조직으로부터 제조된 Liquid Tissue® 용해물 중에서 질량 분광법에 의해 검출되었다. 따라서, 각 펩타이드는 포르말린-고정된 환자 조직에서 직접 개발하는 것을 포함하여, 사람 생물학적 샘플 중의 지정된 단백질에 대한 정량적 SRM/MRM 검정을 개발하기 위해 사용될 수 있다.
Figure pat00001
Figure pat00002
Figure pat00003
Figure pat00004
각각의 지정된 단백질 유래의 특정 단편 펩타이드에 관한 특이적이고 고유한 특징은 이온 트랩 질량 분광계 및 삼중 사극자 질량 분광계 둘 다에서 모든 단편 펩타이드를 분석함으로써 개발되었다. 그 정보는 포르말린 고정된 샘플/조직으로부터 Liquid Tissue® 용해물 중에서 직접 각각의 모든 후보 SRM/MRM 펩타이드에 대해 실험적으로 결정되어야 한다; 왜냐하면, 흥미롭게도 본원에서 설명되는 SRM/MRM을 사용하여 이러한 용해물 중에서 임의의 지정된 단백질로부터 모든 펩타이드가 검출될 수 있는 것은 아니기 때문이다. 검출될 수 없는 단편 펩타이드는 포르말린 고정된 샘플/조직으로부터 Liquid Tissue® 용해물 중에서 직접 펩타이드/단백질을 정량하는데 사용하기 위한 SRM/MRM 검정의 개발을 위한 후보 펩타이드가 아니다.
일부 실시형태에서, 본원에서 설명되는 SRM 검정에서 검출 및/또는 정량된 하나 이상의 단편 펩타이드는 상기 표 1의 서열번호 1 내지 291에 상응한다.
일부 실시형태에서, 서열번호 1 내지 291로부터 선택된 단편 펩타이드로부터의 2개 이상, 3개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 15개 이상, 20개 이상 등의 다중 검출 및/또는 정량이 수행된다.
일부 실시형태에서, 특정 단편 펩타이드에 대한 SRM/MRM 검정은 삼중 사극자 질량 분광계에서 수행된다. 특정 단백질 SRM/MRM 검정에 의해 분석되는 실험 샘플은 예를 들어 포르말린 고정되고 파라핀 포매된 조직으로부터 제조된 Liquid Tissue® 단백질 용해물이다. 이러한 검정의 데이터는 포르말린 고정된 샘플 중의 이러한 단편 펩타이드에 대한 독특한 SRM/MRM 시그너처 피크의 존재를 나타낸다.
소정의 펩타이드에 대한 특이적 전이 이온 특징은 단순히 특정 단편 펩타이드를 검출하는데 뿐만 아니라 포르말린 고정된 생물학적 샘플 중의 특정 단편 펩타이드를 정량적으로 측정하는데 사용된다. 이러한 데이터는 이러한 단편 펩타이드의 절대량을 분석된 단백질 용해물의 마이크로그램당 펩타이드의 몰량의 함수로서 나타낸다. 포르말린 고정된 환자 유래 조직의 분석에 기초하여 조직 중의 상응하는 단백질의 수준을 평가하는 것은 각각의 특정 환자에 관한 진단적, 예후적 및 치료적으로 관련된 정보를 제공할 수 있다. 일 실시형태에서, 생물학적 샘플 중에서 표 1에 기재된 각 단백질의 수준을 측정하는 방법으로서, 질량 분광법을 이용하여 상기 생물학적 샘플로부터 제조된 단백질 분해물 중의 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 검출 및/또는 정량하는 단계; 및 상기 샘플 중의 변형 또는 비변형 단백질의 수준을 계산하고 상기 수준이 상대적 수준 또는 절대적 수준인 단계를 포함하는 방법이 제공된다. 하나 이상의 변형 또는 비변형 단편 펩타이드의 정량은 생물학적 샘플 중의 각 단편 펩타이드의 양을 기지의 양의 첨가된 내부 표준 펩타이드와 비교하여 결정함으로써 달성될 수 있고, 여기서 상기 생물학적 샘플 중의 각 단편 펩타이드는 동일한 아미노산 서열을 가지는 내부 표준 펩타이드와 비교된다. 내부 표준은 예를 들면 18O, 170, 34S, 15N, 13C, 2H 또는 이들의 조합과 같은 하나 이상의 안정한 중동위원소(heavy stable isotopes)를 함유하는 동위원소 표지된 내부 표준 펩타이드일 수 있다. 하나의 펩타이드 분자는 단일 단백질 분자로부터 유래되며, 따라서 펩타이드의 몰량의 측정은 펩타이드가 유래되는 단백질의 몰량의 직접 측정을 제공한다.
본원에서 설명하는 생물학적 샘플 중의 지정된 단백질(또는 이의 대용물로서 단편 펩타이드)의 수준을 측정하는 방법은 환자 또는 대상체의 암의 진단 지표로서 사용될 수 있다. 지정된 단백질의 수준 측정의 결과는 조직에서 발견되는 단백질의 수준을 정상 및/또는 암성 또는 전암성 조직에서 발견되는 단백질의 수준과 연관시킴으로써(예를 들어, 비교함으로써) 암의 진단 단계/등급/상태를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 지정된 단백질의 수준 측정의 결과는 또한 어떤 암 치료제로 암 환자를 치료해야 하는지 및 이에 따른 가장 최적의 암 치료 계획을 결정하기 위해서도 사용될 수 있다.
조직 단백질 발현 상황은 매우 복잡하며, 이에 의해 다수의 종류의 고형 조직 세포 및 국소화된/비-국소화된 면역 세포에 의해 발현되는 다수의 단백질은 다수의 치료제 지시를 위해 다수의 검정을 필요로 한다. 이러한 수준의 단백질 검정 복잡성은 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정에 의해 분석될 수 있다. 상기 검정은 다양한 분자 기능을 갖는 많은 상이한 단백질들을 실질적으로 동시에(또는 실질적으로 동일한 시간에 또는 실질적으로 함께) 검출 및 정량하도록 설계되며, 여기서 상기 단백질들은 가용성 단백질, 막 결합형 단백질, 핵 인자, 분화 인자, 세포와 세포 간의 상호작용을 조절하는 단백질, 분비형 단백질, 면역 체크포인트 단백질, 성장 인자, 성장 인자 수용체, 세포 신호전달 단백질, 면역 저해 단백질, 사이토킨 및 림프구-활성화/저해 인자를 포함하나 이에 한정되지는 않는다.
환자의 종양 세포 상태를 구체적으로 규정하는 분자 프로파일을 결정하기 위해, SRM/MRM 검정을 이용한 단백질 발현 분석을 위해 환자 종양 조직으로부터 순수한 종양 세포 집단을 입수하는데 조직 미세절제를 사용하는 것이 유리할 수 있다. 종양 조직의 조직 미세절제는 DIRECTOR® 기술을 이용하는 세포 및 세포 집단의 레이저 유도 순방향 전달(laser induced forward transfer) 과정을 사용하여 수행할 수 있다.
에너지 전달 중간층 코팅의 이용을 통해 조직의 레이저 유도 순방향 전달용 DIRECTOR® 슬라이드를 사용하는 방법은 미국 특허 제7,381,440호에 설명되어 있고, 상기 특허의 내용은 그 전체가 본원에서 참조로 포함된다. 그러나, 순수한 종양 세포 집단을 미세절제하는 것은 종양 세포를 사멸시키는 것으로 예상되는 세포, 즉 종양 침윤 림프구(TIL)의 단백질 발현 시그너처/프로파일을 무시할 가능성이 있다. 이러한 제약은 순수한 종양 세포 집단 이외에도 순수한 TIL 집단을 입수하는 조직 미세절제를 이용함으로써 극복될 수 있으며 이에 의해 대규모 TIL 집단을 함유하는 조직의 영역이 설명된 SRM/MRM 검정을 이용하는 단백질 발현 분석을 위해 수집 및 가공될 수 있다. 2종의 별개의 세포 집단의 수집과 분석을 통해, 환자 면역 프로파일을 결정하여 환자를 위한 가장 적합한 치료 계획에 관한 정보를 제공할 수 있으며, 이에 의해 면역계는 최적의 면역-매개 종양 세포 사멸을 위한 특이적 면역-조절제 의해 조절될 수 있고 종양 세포는 표적화 치료제 및/또는 면역-매개 종양 세포 사멸에 의한 사멸의 표적이 될 수 있다.
조직 미세절제는 SRM/MRM 분석을 위한 환자 조직 유래의 특정된 세포 집단의 순수한 집단을 생성하지만, 대다수의 종양 조직은 미세절제될 별개의 TIL 집단의 큰 영역을 적절하게 보여주지 않는다. 대부분의 경우, TIL은 불균질한 복합적인 조직 미세환경 사이에 드문드문 배치되어 있어 비교적 순수한 종양 세포 집단은 효과적으로 분석할 수 있지만, 순수한 TIL 집단의 분석은 일상적으로 효과적이지 않다. 종양 조직 유래의 TIL은 면역계 조절제를 이용한 면역 반응의 확실한 조작에 관한 정보를 제공하는 중요한 많은 단백질을 발현하고 따라서 분석되어야 한다. 이러한 제약은 환자 조직 내에 존재하는 종양 미세환경의 전체 영역으로부터 설명된 SRM/MRM 검정을 위한 분석가능한 단백질 용해물을 제조함으로써 극복될 수 있으며, 이에 의해 상기 용해물은 종양 세포, 양성 비-종양 세포 및 면역 세포를 포함하나 이에 한정되지 않는 많은 상이한 세포 유형의 복합적인 환경 전체의 프로테오믹 표현을 포함한다. 이러한 방식으로 매우 복합적인 환자-특이적 분자 프로파일을 결정하여 환자 종양 환경의 분자적 상황 전체를 파악할 수 있다. 또한, 동일한 조직 유래의 연속 절편의 조직 미세절제에 의해 수집된 종양 세포의 정제된 집단의 분석을 전반적인 종양 미세환경 상황과 비교 및 대조할 수 있다. 이러한 접근법은 종양 세포 프로파일을 면역 세포 프로파일로부터 기능적으로 분리시켜 국소화된 TIL 및/또는 조직 샘플에 존재하지 않는 면역 세포에 의해 발현될 가능성이 가장 높은 면역반응 단백질 및 그 단백질이 종양 면역 상황에 미칠 수 있는 효과를 동정한다.
본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정은 고형 종양 조직으로부터 제조된 용해물 중의 특이적 단백질의 발현을 검출 및 정량한다; 그러나, 순수한 세포 집단이 수집되고 분석되지 않는다면, 이러한 검정은 어떤 세포가 어떤 단백질을 발현하는지에 관한 상세한 정보를 제공할 수 없다. 이것은, 예를 들어 종양 세포가 일반적으로는 오로지 정상 세포, 정상 림프구 세포 및/또는 TIL에 의해서만 발현되는 면역 억제 인자를 발현하는 경우처럼 비정상적인 단백질 발현이 종양 미세환경에서는 흔한 것이기 때문에 중요하다. 따라서, 후보 치료 단백질 표적의 발현이 설명된 SRM/MRM 검정에 의해 검출 및 정량되었을 때, 누락된 세포 국소화 정보를 제공하기 위해 후속 검정이 필수적일 수 있다. 세포 발현 맥락을 달성하기 위한 방법은 면역조직화학이다. 어떤 단백질이 종양 미세환경 내에서 발현되고 어떤 세포가 이러한 단백질들을 발현하는지를 이해하는 것은 환자 자체의 면역반응을 조절하여 종양 세포를 찾아내고 사멸시키기 위한 최적의 치료 결정에 유리하게 영향을 미칠 수 있다. 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정 및 분석 과정은 환자 종양 조직에서 직접 면역조절성 암 치료제의 단백질 표적을 검출 및 정량하는 능력을 제공한다.
종양 세포 사멸을 위한 유리한 접근법은 면역조절제가 최적의 환자 반응을 위해 상승작용적으로 종양 세포 표적화제와 함께 사용되는 병용 요법을 사용하는 것이다. SRM/MRM 검정은 저해성 치료제가 개발된 발암단백질 표적의 환자 종양 조직에서 정량적 발현 상태를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 발암 단백질의 정량적 상태를 결정하기 위한 SRM/MRM 검정의 예는 예를 들어 Met 단백질(미국 특허 제 9,372,195호를 참조) 및 IGF-1R 단백질(미국 특허 제8,728,753호를 참조)에 대해 기재되어 있다. 약물 크리조티닙 및 카보잔티닙은 Met 단백질 기능을 저해하는 반면, 피지투무맙 및 식수투무맙은 IGF-1R 단백질 기능을 저해한다. 이러한 검정으로부터의 정보는 종양 조직의 면역 상태를 이해하기 위해 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정으로부터의 정보와 조합될 수 있다. 두 데이터세트 모두를 함께 사용하여 표적화 및 면역기반 조합적 치료 접근법을 위한 치료 계획에 영향을 미칠 수 있다. 예를 들어, 환자의 종양 세포가 SRM/MRM 방법론에 의해 PD-L1 단백질과 Met 단백질 둘 다를 과발현한다고 결정된 경우, 타당한 조합 치료 계획은 크리조티닙(Met 저해제)과 병용한 니볼루맙(PD-1 저해제) 또는 아테졸리주맙(PD-L1 저해제)의 투여를 포함할 수 있다. 이러한 접근법의 결과는 환자 면역계를 무장시켜 종양 세포를 공격하고 사멸시키는 것과 더불어 종양 세포를 특이적으로 표적화하고 사멸시키는 치료제를 최적으로 이용할 수 있을 것이다.
따라서, 일부 실시형태에서, 서열번호 1 내지 291에 상응하는 2개 이상의 단편 펩타이드의 다중 검출 및 정량을 환자 종양 세포의 성장을 구동하는 다른 발암단백질의 분석과 조합하는 것은 유리할 수 있다. 이렇게 하여, 발암단백질의 기능을 저해하거나 조절하여 환자 종양 세포의 성장을 저해하는 표적화 암 치료제가, 암 환자 면역반응을 개시, 증진, 조작 및/또는 그 밖에 조절하여 환자 종양 세포를 공격하고 사멸시키는 면역조절성 암 치료제와 병용하여 환자에게 투여될 수 있다.
핵산과 단백질 둘 다를 동일한 Liquid Tissue® 생체분자 제조물로부터 분석할 수 있기 때문에, 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정에 의해 분석된 동일한 샘플 중의 핵산으로부터 약물 치료 결정에 관한 추가 정보를 생성하는 것이 가능하다. 특정 단백질이 본원에서 설명되는 SRM/MRM 검정에 의해 특정의 세포에 의해 증가된 수준으로 발현되는 것으로 밝혀질 수 있는 동시에 특정 유전자 및/또는 핵산 및 이들이 암호화하는 단백질의 돌연변이 상태(예를 들어, mRNA 분자 및 이의 발현 수준 또는 스플라이스 변이체)에 관한 정보가 수득될 수 있다. 이러한 핵산은 예를 들어 서열결정 방법, 폴리머라제 연쇄 반응 방법, 제한 단편 다형성 분석, 결실, 삽입의 동정, 및/또는 단일 염기쌍 다형성, 전이, 변위 및 이들의 조합을 포함하나 이에 한정되지 않는 돌연변이의 존재 결정 중 하나 이상, 2개 이상 또는 3개 이상에 의해 조사될 수 있다.
SEQUENCE LISTING <110> NANTOMICS, LLC <120> SRM/MRM ASSAYS FOR PROFILING TUMOR TISSUE <130> 17768-000081 / PAT.000951 <150> US 62/640,632 <151> 2018-03-09 <160> 291 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Ser Ser Leu Leu Asp Val Leu Ala Ala Arg 1 5 10 <210> 2 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Thr Ile Ile Phe Ser Ile His Gln Pro Arg 1 5 10 <210> 3 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 3 Ala Ile Val Gln Gln Trp Leu Glu Tyr Arg 1 5 10 <210> 4 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 4 Glu Tyr Leu Leu Gly Ser Thr Ala Glu Glu Lys 1 5 10 <210> 5 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 5 Leu Leu Asn Leu Leu Ala Asp Leu Val Glu Arg 1 5 10 <210> 6 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 6 Tyr Gly Leu Ala Ala Ala Val Phe Thr Arg 1 5 10 <210> 7 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 7 Ser Asp Ala Leu Asn Ser Ala Ile Asp Lys 1 5 10 <210> 8 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 8 Ser Val Gly Leu Ala Asn Gln Glu Leu Ala Glu Val Val Ser Arg 1 5 10 15 <210> 9 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 9 Asp Asp Leu Tyr Asn Asn Leu Ile Val Asn Pro Arg 1 5 10 <210> 10 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 10 Ala Leu Leu Ala Leu Ala Lys 1 5 <210> 11 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 11 Gly Leu Ala Phe Leu Asp Glu Leu Arg 1 5 <210> 12 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 12 Val Ala Ile Glu Ser Ala Val Gln Gln Lys 1 5 10 <210> 13 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 13 Glu Leu Glu Leu Asp Glu Leu Ala Leu Arg 1 5 10 <210> 14 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 14 Leu Val Val Asn Leu Leu Gln Leu Ser Lys 1 5 10 <210> 15 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 15 Gly Glu Thr Phe Glu Val Pro Glu Ile Val Pro Phe Arg 1 5 10 <210> 16 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 16 Thr Leu Gln Val Leu Leu Pro Asp Leu Ala Ala Lys 1 5 10 <210> 17 <211> 5 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 17 Glu Val Phe Phe Arg 1 5 <210> 18 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 18 Thr Gly Ala Leu Leu Leu Gln Gly Phe Ile Gln Asp Arg 1 5 10 <210> 19 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 19 Phe Ala Thr Val Val Glu Glu Leu Phe Arg 1 5 10 <210> 20 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 20 Val Gly Leu Glu Glu Ser Glu Leu Trp Leu Arg 1 5 10 <210> 21 <211> 18 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 21 Val Asp His Leu Leu Ser Ala Val Glu Asn Glu Leu Gln Ala Gly Ser 1 5 10 15 Glu Lys <210> 22 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 22 Ile Pro Pro Leu Phe Pro Ile Lys 1 5 <210> 23 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 23 Val Gly Asn Ile Pro Ser Ser Thr Ser Ala Leu Lys 1 5 10 <210> 24 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 24 Leu Pro Val Asp Phe Ser Asn Ile Pro Thr Tyr Leu Leu Lys 1 5 10 <210> 25 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 25 Leu Tyr Leu Ser Pro Arg 1 5 <210> 26 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 26 Asn Thr Gly Val Ile Ser Val Val Thr Thr Gly Leu Asp Arg 1 5 10 <210> 27 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 27 Tyr Val Asp Ser Glu Gly His Leu Tyr Thr Val Pro Ile Arg 1 5 10 <210> 28 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 28 Ile Ser Leu Ser Asn Met Arg 1 5 <210> 29 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 29 Ala Val Val Phe Leu Glu Pro Gln Trp Tyr Arg 1 5 10 <210> 30 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 30 Tyr Phe His His Asn Ser Asp Phe Tyr Ile Pro Lys 1 5 10 <210> 31 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 31 Ser Asn Ile Val Leu Leu Ser Ala Glu Glu Lys 1 5 10 <210> 32 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 32 Glu Glu Val Val Gly Leu Thr Glu Thr Ser Ser Gln Pro Lys 1 5 10 <210> 33 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 33 Asn Ala Asn Ala Glu Pro Ala Val Gln Arg 1 5 10 <210> 34 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 34 Glu Asn Ala Glu Gln Gly Glu Val Asp Met Glu Ser His Arg 1 5 10 <210> 35 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 35 Asp Leu Phe Thr Glu Ser Trp Asp Thr Gln Lys 1 5 10 <210> 36 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 36 Glu Asp Ile Tyr Val Asn Tyr Pro Thr Phe Ser Arg 1 5 10 <210> 37 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 37 Asp Pro His Ser Gly His Phe Val Ala Leu Lys 1 5 10 <210> 38 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 38 Leu Glu Ala Phe Glu His Pro Asn Val Val Arg 1 5 10 <210> 39 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 39 Ile Leu Asp Val Ile Gly Leu Pro Gly Glu Glu Asp Trp Pro Arg 1 5 10 15 <210> 40 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 40 Phe Val Thr Asp Ile Asp Glu Leu Gly Lys 1 5 10 <210> 41 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 41 Thr Ala Asp Phe Gly Leu Ala Arg 1 5 <210> 42 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 42 Phe Pro Trp Leu Ser Glu Ala Gly Leu Arg 1 5 10 <210> 43 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 43 Ala Glu Leu Ala Ala Thr Leu Gly Leu Ser Glu Arg 1 5 10 <210> 44 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 44 Asp Val Ser Met Tyr Pro Ser Ser Val Arg 1 5 10 <210> 45 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 45 Glu Trp Thr Ile Gly Arg 1 5 <210> 46 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 46 Gly Val Phe Leu Leu Ser Asp Tyr Arg 1 5 <210> 47 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 47 Ile Ser Asp Phe Gly Leu Ala Thr Val Phe Arg 1 5 10 <210> 48 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 48 Ile Leu Val Glu Asn Pro Ser Ala Arg 1 5 <210> 49 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 49 Asn Ser Asp Leu Leu Thr Ser Pro Asp Val Gly Leu Leu Lys 1 5 10 <210> 50 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 50 Asn Val Thr Asp Glu Gln Glu Gly Phe Ala Glu Gly Phe Val Arg 1 5 10 15 <210> 51 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 51 Tyr Val Asp Glu Tyr Arg 1 5 <210> 52 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 52 Tyr Glu Ile Val Asp Thr Leu Gly Glu Gly Ala Phe Gly Lys 1 5 10 <210> 53 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 53 Val Asn Pro Ile Gln Gly Leu Ala Ser Lys 1 5 10 <210> 54 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 54 His Tyr Val Tyr Gly Pro Leu Pro Gln Ser Phe Asp Lys 1 5 10 <210> 55 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 55 Gly Leu Asp Pro Tyr Asn Val Leu Ala Pro Lys 1 5 10 <210> 56 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 56 Leu Val Pro Gln Gln Leu Ala His 1 5 <210> 57 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 57 Ala Tyr Ala Asp Phe Tyr Arg 1 5 <210> 58 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 58 Ala Gly Ile Phe Gln Ser Val Lys 1 5 <210> 59 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 59 Leu Ile Ile Gln Ala Gly Ile Lys 1 5 <210> 60 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 60 Ala Val Ser Val Pro Leu Gly Gly Arg 1 5 <210> 61 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 61 Asp Gly Pro Glu Ile Gly Leu Arg 1 5 <210> 62 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 62 Phe Gln Tyr Ile Leu Asn Pro Arg 1 5 <210> 63 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 63 Asn His Ile Gln Leu Val Lys 1 5 <210> 64 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 64 Leu Ala Glu Ala Gln Ile Glu Glu Leu Arg 1 5 10 <210> 65 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 65 Leu Glu Asp Tyr Gln Asp Ala Val Ile Ile Pro Arg 1 5 10 <210> 66 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 66 Phe Asp Leu Pro Thr Glu Tyr Arg 1 5 <210> 67 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 67 Leu Asp Glu Ala Phe Glu Phe Val Lys 1 5 <210> 68 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 68 Ala Ala Gln Val Phe Phe Leu Lys 1 5 <210> 69 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 69 Leu Ala Thr Leu Leu Gly Leu Gln Ala Pro Pro Thr Arg 1 5 10 <210> 70 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 70 Leu Thr Ser Leu Val Pro Phe Val Asp Ala Phe Gln Leu Glu Arg 1 5 10 15 <210> 71 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 71 Leu Gln Gln Ala Pro Asn Gln Pro Lys 1 5 <210> 72 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 72 Gly Glu Ser Leu Phe His Ser Lys 1 5 <210> 73 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 73 Tyr Gln Leu Asp Pro Lys 1 5 <210> 74 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 74 Phe Tyr Glu Glu Phe Asp Ala His Gly Arg 1 5 10 <210> 75 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 75 Thr Ala Glu His Phe Leu Gly Phe Leu Arg 1 5 10 <210> 76 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 76 Asp Pro Ser Gly Ala Ser Asn Pro Ser Ala Asp Ser Pro Leu His Arg 1 5 10 15 <210> 77 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 77 Ala Gly Gly Gly Gly Asp Ala Lys 1 5 <210> 78 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 78 Ala Tyr Gly Pro Tyr Thr Pro Gln Pro Gln Pro Lys 1 5 10 <210> 79 <211> 23 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 79 Gly Ser Pro Gln Ser Ala Ala Ala Glu Leu Ser Ser Gly Leu Leu Ala 1 5 10 15 Ser Ala Ala Ala Ser Ser Arg 20 <210> 80 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 80 Val Glu Thr Leu Ser Pro Glu Ser Ala Leu Gln Gly Ser Pro Arg 1 5 10 15 <210> 81 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 81 Glu Pro Pro Pro Ala Ala Ser Lys 1 5 <210> 82 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 82 Glu Asp Leu Ser Val Gly Leu Pro Arg 1 5 <210> 83 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 83 Leu Leu Asn Asp Glu Asp Pro Val Val Val Thr Lys 1 5 10 <210> 84 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 84 Phe Leu Tyr Leu Gly Asp Asp Arg 1 5 <210> 85 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 85 Asp His Leu Leu Gly Val Ser Asp Ser Gly Lys 1 5 10 <210> 86 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 86 Ser Phe Pro Ile Ser His Val Arg 1 5 <210> 87 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 87 Gln Ala Ser Glu Gln Asn Trp Ala Asn Tyr Ser Ala Glu Gln Asn Arg 1 5 10 15 <210> 88 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 88 Val Ser Pro Glu Ser Asn Glu Asp Ile Ser Thr Thr Val Val Tyr Arg 1 5 10 15 <210> 89 <211> 18 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 89 His Ser Phe Gly Pro Leu Asp Tyr Glu Ser Leu Gln Gln Glu Leu Ala 1 5 10 15 Leu Lys <210> 90 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 90 Val Thr Ile Leu Glu Leu Phe Arg 1 5 <210> 91 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 91 Thr Phe Asp Glu Ile Ala Ser Gly Phe Arg 1 5 10 <210> 92 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 92 Phe Leu Pro Arg Pro Val Phe Ser Lys 1 5 <210> 93 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 93 Phe Ser Trp Phe Ala Gly Glu Lys 1 5 <210> 94 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 94 Ser Gln Trp Leu Asp Val Lys 1 5 <210> 95 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 95 Thr Leu Gly Leu Tyr Gly Lys 1 5 <210> 96 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 96 Phe Gln Asp Gly Asp Leu Thr Leu Tyr Gln Ser Asn Thr Ile Leu Arg 1 5 10 15 <210> 97 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 97 Ile Val Asp Leu Ile Lys 1 5 <210> 98 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 98 Asn Asp Ile Pro Phe Glu Leu Arg 1 5 <210> 99 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 99 Trp Tyr Phe Asp Val Glu Arg 1 5 <210> 100 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 100 Gln Gln Glu Asn Pro Pro Leu Pro Leu Gly Ser Lys 1 5 10 <210> 101 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 101 Asp Ile Ala Ser Gly Ala Val Arg 1 5 <210> 102 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 102 Thr Asp Pro Gly Phe Ile Ala Phe Asp Trp Leu Gly Arg 1 5 10 <210> 103 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 103 Glu Gln Leu Ile Gln Glu Gly Leu Leu Asp Arg 1 5 10 <210> 104 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 104 Leu Glu Glu Leu Gly Leu Ala Gly Arg 1 5 <210> 105 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 105 Asn Val Glu Leu Val Glu Gly Glu Glu Gly Arg 1 5 10 <210> 106 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 106 Leu Ser Pro Glu Leu Leu Asn Thr Gly Arg 1 5 10 <210> 107 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 107 Val Asp Leu Gly Thr Leu Arg 1 5 <210> 108 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 108 Asp Tyr Ile Ala Leu Lys 1 5 <210> 109 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 109 Phe Ile Thr Val Gly Tyr Val Asp Asp Thr Leu Phe Val Arg 1 5 10 <210> 110 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 110 Tyr Thr Ala Ile Ala Tyr Trp Val Pro Arg 1 5 10 <210> 111 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 111 Val Glu His Trp Gly Leu Asp Lys Pro Leu Leu Lys 1 5 10 <210> 112 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 112 Glu Asp His Leu Phe Arg 1 5 <210> 113 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 113 Glu Val Tyr Asp Phe Ala Phe Arg 1 5 <210> 114 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 114 Thr Ala Met Phe Gln Asp Pro Gln Glu Arg Pro Arg 1 5 10 <210> 115 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 115 Ile Asp Ile Asp Pro Glu Glu Thr Val Lys 1 5 10 <210> 116 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 116 Ile Leu Asn Asp Asp Thr Ala Leu Lys 1 5 <210> 117 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 117 Ile Ile Trp Glu Leu Ile Lys 1 5 <210> 118 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 118 Leu Val Ser Gly Trp Val Lys Pro Ile Ile Ile Gly Arg 1 5 10 <210> 119 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 119 Tyr Phe Asp Leu Gly Leu Pro Asn Arg 1 5 <210> 120 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 120 Leu Val Pro Gly Trp Thr Lys Pro Ile Thr Ile Gly Arg 1 5 10 <210> 121 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 121 Phe Phe Gln Tyr Asp Thr Trp Lys 1 5 <210> 122 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 122 Gly Leu Pro Ala Leu Leu Arg 1 5 <210> 123 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 123 Ile Ala Pro Ala Glu Ala Pro Asp Ala Lys 1 5 10 <210> 124 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 124 Val Pro Ser Phe Ala Ala Gly Arg 1 5 <210> 125 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 125 Asp Gln Gly Ser Ser Ala Leu Ser Gly Val Gly Gly Ile Arg 1 5 10 <210> 126 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 126 Ala Tyr Asp Leu Leu Arg 1 5 <210> 127 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 127 Glu Ser Glu Leu Ile Gln Thr Arg 1 5 <210> 128 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 128 Ser Ile His Leu Pro Glu Lys 1 5 <210> 129 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 129 Trp Ser Ile Pro Leu Gly Pro Ile Pro Ala Arg 1 5 10 <210> 130 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 130 Phe Pro Tyr Leu Glu Ala Ser Asp Tyr Lys 1 5 10 <210> 131 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 131 Thr Glu Ala Asn Trp Val Asn Val Ile Ser Asp Leu Lys 1 5 10 <210> 132 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 132 Glu Asn Trp Val Gln Arg 1 5 <210> 133 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 133 Ala Leu Thr Asp Leu Val Ser Glu Gly Arg 1 5 10 <210> 134 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 134 Thr Asp Ser Leu Ala Ala Thr Pro Pro Ala Ala Lys 1 5 10 <210> 135 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 135 Leu Pro Ala Gly Val Gly Thr Arg 1 5 <210> 136 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 136 His Val Pro Thr Glu Ala Leu Gln Asn Leu Arg 1 5 10 <210> 137 <211> 17 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 137 Ile Ala Ile Ile His Pro Asn Ala Phe Ser Thr Leu Pro Ser Leu Ile 1 5 10 15 Lys <210> 138 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 138 Leu Ile Leu Pro Gln Leu Glu Arg 1 5 <210> 139 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 139 Leu Tyr Ile Glu Leu Leu Asn Leu Pro Arg 1 5 10 <210> 140 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 140 Asp Leu His Asp Ala Asn Thr Asp Leu Ile Gly Arg 1 5 10 <210> 141 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 141 Ser Ile Thr Val Phe Phe Lys 1 5 <210> 142 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 142 Leu Glu Gln Glu Gln Leu Glu Arg 1 5 <210> 143 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 143 Glu Gln Leu Glu Trp Glu Arg 1 5 <210> 144 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 144 Asn Gln Ile Val Phe Asp Asn Arg 1 5 <210> 145 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 145 Gly Ile Leu Ser Leu Ile Gln Ser Ser Thr Arg 1 5 10 <210> 146 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 146 Leu Gln Leu Leu Glu Glu Glu Asn Lys 1 5 <210> 147 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 147 Glu Pro Leu Ser Pro Ser Asn Ser Arg 1 5 <210> 148 <211> 18 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 148 Val Ser Ser Thr His Tyr Tyr Leu Leu Pro Glu Arg Pro Pro Tyr Leu 1 5 10 15 Asp Lys <210> 149 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 149 Ala Ile Glu Thr Val Tyr Ala Ala Tyr Leu Pro Lys 1 5 10 <210> 150 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 150 Ile Leu Glu Val Val Gly Arg 1 5 <210> 151 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 151 Asp Leu Pro His Ile Thr Val Asp Arg 1 5 <210> 152 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 152 Ser Leu Gly Pro Ala Leu Leu Leu Leu Gln Lys 1 5 10 <210> 153 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 153 Ala Val Ile Asp Asp Ala Phe Ala Arg 1 5 <210> 154 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 154 Ile Asp Ile Ser Pro Val Leu Leu Gln Lys 1 5 10 <210> 155 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 155 Asn Val Gln Leu Ser Leu Leu Thr Glu Arg 1 5 10 <210> 156 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 156 Asp Leu Leu Leu Val Arg 1 5 <210> 157 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 157 Gly Gly Ile Leu Ile Thr Glu Arg 1 5 <210> 158 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 158 Thr Ile Val Tyr Trp Gly Ile Gly Arg 1 5 <210> 159 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 159 Ile Ser Glu Val Val Glu Leu Leu Lys 1 5 <210> 160 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 160 Asn Asp Val Val Phe Gln Pro Ile Ser Gly Glu Asp Val Arg 1 5 10 <210> 161 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 161 Ile Gly Leu Ala Ser Ala Leu Gln Pro Arg 1 5 10 <210> 162 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 162 Thr Leu Leu Leu Thr Ser Leu Phe Leu Trp Ile Arg 1 5 10 <210> 163 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 163 Glu Ile Glu Ile Asp Ile Glu Pro Thr Asp Lys 1 5 10 <210> 164 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 164 Glu Glu Ser Leu Ala Asp Asp Leu Phe Arg 1 5 10 <210> 165 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 165 Tyr Gly Thr Phe Val Asn Glu Glu Lys 1 5 <210> 166 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 166 Leu Ala Pro Leu Ala Ser Ser Arg 1 5 <210> 167 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 167 Leu Ala Ile Gly Ser Val Thr Trp Phe Arg 1 5 10 <210> 168 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 168 Glu Ile Leu Tyr His Thr Val Ala Arg 1 5 <210> 169 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 169 Ala Gln Val Leu Gln Ser Val Ala Gly Gln Thr Leu Thr Val Arg 1 5 10 15 <210> 170 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 170 Ser Ser Ala Gln Thr Ser Gln Leu Thr Phe Lys 1 5 10 <210> 171 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 171 Asp Tyr Ser Val Thr Leu His Trp Tyr Lys 1 5 10 <210> 172 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 172 Phe Ser Ser Leu Pro Leu Gly Arg 1 5 <210> 173 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 173 Glu Ala Val Glu Ala Ala Val Lys 1 5 <210> 174 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 174 Leu Leu Ser Trp Ser Asp Asn Trp Arg 1 5 <210> 175 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 175 Asp Ala Val Asp Trp Val His Tyr Lys 1 5 <210> 176 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 176 Val Phe Leu Ala Thr Asn Ser Asp Tyr Lys 1 5 10 <210> 177 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 177 Glu Gly Tyr Glu Asn Phe Phe Asp Lys 1 5 <210> 178 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 178 Gly Glu Leu Ile His Val Phe Asn Lys 1 5 <210> 179 <211> 18 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 179 Ser Gly Glu Gln Ala Glu Gly Ser Pro Gly Gly Pro Gly Asp Ser Gln 1 5 10 15 Gly Arg <210> 180 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 180 Leu Tyr Leu Pro Thr Gly Pro Arg 1 5 <210> 181 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 181 Tyr Glu Trp Gln Glu Val Glu Lys 1 5 <210> 182 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 182 Trp Asn Phe Asp Phe Gln Asn His Lys Pro Leu Glu Gly Lys 1 5 10 <210> 183 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 183 Thr Thr Asn Phe Ala Gly Ile Leu Ser Gln Gly Leu Arg 1 5 10 <210> 184 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 184 Thr Leu Gly Asp Phe Ala Ala Glu Tyr Ala Lys 1 5 10 <210> 185 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 185 Asp Phe Glu Ala Leu Leu Ala Asp Ala Ser Lys 1 5 10 <210> 186 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 186 Asp Leu Ile Tyr Ala Phe His Gly Ser Arg 1 5 10 <210> 187 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 187 Ser Pro Val Asp Val Leu Gln Ile Phe Arg 1 5 10 <210> 188 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 188 Ala Leu Asn Glu Asn Leu Gln Asp Thr Val Glu Lys 1 5 10 <210> 189 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 189 Leu Gly Val Ala Thr Val Ala Lys 1 5 <210> 190 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 190 Glu Ile Ser Leu Leu Pro Asp Asn Leu Leu Arg 1 5 10 <210> 191 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 191 Leu Tyr Ser Leu Glu Gly Tyr Gly Thr Asp Ala Val Ile Tyr Ile Lys 1 5 10 15 <210> 192 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 192 Thr Pro Glu Gly Leu Tyr Gln Val Thr Ser Val Leu Arg 1 5 10 <210> 193 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 193 Ser Thr Ile Gln Thr Ala Glu Ala Leu Arg 1 5 10 <210> 194 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 194 Val Phe Asn Val Gly Glu Tyr Arg 1 5 <210> 195 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 195 Val Ile Glu Pro Val Gly Asn Arg 1 5 <210> 196 <211> 6 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 196 Glu Ala Val Asp Leu Arg 1 5 <210> 197 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 197 Val Ser Asp Asn Leu Pro Val Ala Ile Lys 1 5 10 <210> 198 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 198 Asp Glu Asn Ile Leu Ile Asp Leu Asn Arg 1 5 10 <210> 199 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 199 Leu Gly Pro Leu Leu Gly Lys 1 5 <210> 200 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 200 Asp Glu Asn Ile Leu Ile Asp Leu Arg 1 5 <210> 201 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 201 Asp Pro Val Gln Glu Ala Trp Ala Glu Asp Val Asp Leu Arg 1 5 10 <210> 202 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 202 Gly Asp Tyr Pro Leu Glu Ala Val Arg 1 5 <210> 203 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 203 Leu Leu Leu Ala Val Leu Lys 1 5 <210> 204 <211> 16 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 204 Gly Thr Thr Val Ser Val Gln Gln Leu Phe Ser Thr Leu Pro Val Arg 1 5 10 15 <210> 205 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 205 Ala Phe Leu Asp Glu Leu Lys 1 5 <210> 206 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 206 Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg 1 5 10 15 <210> 207 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 207 Leu Leu Glu Glu Ala Leu Leu Arg 1 5 <210> 208 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 208 Asp Gln Asn Ile Leu Leu Gly Thr Thr Tyr Arg 1 5 10 <210> 209 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 209 Val Ala Leu Asn Thr Leu Ala Arg 1 5 <210> 210 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 210 Tyr Gly Leu Leu Val Gly Gly Ala Ala Ser His Arg 1 5 10 <210> 211 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 211 Ser Glu Leu Leu Val Glu Gln Gly Arg 1 5 <210> 212 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 212 Phe Asp Glu Ile Phe Ser Ala Thr Arg 1 5 <210> 213 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 213 Phe Glu Asn Leu Gly Val Ser Ser Leu Gly Glu Arg 1 5 10 <210> 214 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 214 Tyr Val Gly Glu Thr Gln Pro Thr Gly Gln Ile Lys 1 5 10 <210> 215 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 215 Gly Ala Leu Thr Pro Ser Ile Arg 1 5 <210> 216 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 216 Leu Glu Leu Asn Gly Asn Arg 1 5 <210> 217 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 217 Gly Asp Ile Phe Asn Gln Val Val Pro Arg 1 5 10 <210> 218 <211> 17 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 218 Asn Tyr Thr Gln Asn Ile Asp Thr Leu Glu Gln Val Ala Gly Ile Gln 1 5 10 15 Arg <210> 219 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 219 Asp Ser Leu Ser Leu Ser Thr Gln Arg 1 5 <210> 220 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 220 Glu Thr Glu Ile Trp Thr Pro Arg 1 5 <210> 221 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 221 Glu Ala Gln Gly Glu Val Pro Ala Ser Asp Ser Lys 1 5 10 <210> 222 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 222 Ala Pro Glu Thr Phe Asp Asn Ile Thr Ile Ser Arg 1 5 10 <210> 223 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 223 Ser Ile Val Gln Leu Tyr Val Ala Pro Ala Pro Glu Lys 1 5 10 <210> 224 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 224 Asp Thr Ala Leu Glu Thr Ala Leu Asn Ala Lys 1 5 10 <210> 225 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 225 Gly Val Leu Leu Thr Asp Gly Ser Glu Lys 1 5 10 <210> 226 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 226 Leu Val Leu Trp Ser Gly Leu Arg 1 5 <210> 227 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 227 Gly Trp Pro Asp Phe Leu Arg 1 5 <210> 228 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 228 Gly Asp Gly Pro Val Gln Gly Ile Ile Asn Phe Glu Gln Lys 1 5 10 <210> 229 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 229 His Val Gly Asp Leu Gly Asn Val Thr Ala Asp Lys 1 5 10 <210> 230 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 230 Ala Ile Trp Asn Val Ile Asn Trp Glu Asn Val Thr Glu Arg 1 5 10 <210> 231 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 231 Tyr Gln Glu Ala Leu Ala Lys 1 5 <210> 232 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 232 Glu Ala Val Ser Gln Val Leu Lys 1 5 <210> 233 <211> 17 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 233 Leu Leu Gly Ser Ser Phe Ser Ser Gly Pro Val Ala Asp Gly Ile Ile 1 5 10 15 Arg <210> 234 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 234 Leu His Gly Leu Pro Glu His Arg 1 5 <210> 235 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 235 Phe Tyr Pro Asp Leu Pro Gly Gln Ala Lys 1 5 10 <210> 236 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 236 Tyr Phe Tyr Pro Glu Pro Gly Ala Gln Asp Ala Asp Glu Arg 1 5 10 <210> 237 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 237 Leu Gly Ser Trp Leu Ala Ile Arg 1 5 <210> 238 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 238 Glu Gly Leu Glu Glu Gly Asp Gln Ile Leu Arg 1 5 10 <210> 239 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 239 Glu Thr Ile Gln Gln Glu Lys 1 5 <210> 240 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 240 Ser Thr Glu Glu Gln Glu Leu Glu Lys 1 5 <210> 241 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 241 Leu Ala Leu Ala Gly Ile Gly Gln Pro Val Lys 1 5 10 <210> 242 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 242 Phe Thr Gly Asn Gln Ile Gln Asn Arg 1 5 <210> 243 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 243 Asp Thr Thr Glu Val Pro Ser Ser Thr Val Glu Lys 1 5 10 <210> 244 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 244 Trp Glu Leu Gly Glu Gly Ala Phe Gly Lys 1 5 10 <210> 245 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 245 Val Pro Gly Val Ala Pro Thr Leu Val Arg 1 5 10 <210> 246 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 246 Asp Thr Asp Ser Ile Asn Leu Tyr Lys 1 5 <210> 247 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 247 Ala Val Gly His Pro Phe Val Ile Gln Leu Gly Arg 1 5 10 <210> 248 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 248 Val Glu Asn Pro Ala Glu Val Ile Arg 1 5 <210> 249 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 249 Glu Ala Leu Glu Thr Asp Leu Tyr Lys 1 5 <210> 250 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 250 Glu Asp Ile Ile Gln Gly Phe Arg 1 5 <210> 251 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 251 Glu Gly Leu Glu Ile Val Lys 1 5 <210> 252 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 252 Asp Ser Leu Ile Phe Leu Val Asp Ala Ser Lys 1 5 10 <210> 253 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 253 Asn Ile Tyr Val Leu Gln Glu Leu Asp Asn Pro Gly Ala Lys 1 5 10 <210> 254 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 254 Ala Leu Val Pro Leu Leu Lys 1 5 <210> 255 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 255 Ser Glu Trp Asp Ile Leu Leu Lys 1 5 <210> 256 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 256 Ser Asp Gly Val Tyr Thr Gly Leu Ser Thr Arg 1 5 10 <210> 257 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 257 Ala Ala Ile Thr Ser Tyr Glu Lys 1 5 <210> 258 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 258 Ala Glu Ala Leu Glu Thr Leu Gln Ile Ile Arg 1 5 10 <210> 259 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 259 Leu Ile Phe His Trp Asp Arg 1 5 <210> 260 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 260 Glu Leu Leu Glu Ala Val Asp Ala Arg 1 5 <210> 261 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 261 Leu Asp Ala Val Leu Gln Arg 1 5 <210> 262 <211> 15 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 262 Ile Leu His Tyr Gln Val Thr Leu Gln Glu Leu Thr Gly Gly Lys 1 5 10 15 <210> 263 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 263 Ser Gly Glu Leu Ile Ser Leu Arg 1 5 <210> 264 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 264 Thr Leu Leu Ser Ile Pro Glu Val Val Arg 1 5 10 <210> 265 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 265 Ser Phe Ala Asp Ile Asn Leu Tyr Arg 1 5 <210> 266 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 266 Ser Phe Glu Asp Ile His Gln Tyr Arg 1 5 <210> 267 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 267 Leu Ser Leu Ser Ser Gln Leu Gly Ser Leu Glu Lys 1 5 10 <210> 268 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 268 Glu Val Leu Leu Leu Ala His Asn Leu Pro Gln Asn Arg 1 5 10 <210> 269 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 269 Ile Gly Tyr Ser Trp Tyr Lys 1 5 <210> 270 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 270 Ser Ile Leu Leu Ser Gly Thr Val Leu Pro Ser Ala Gln Arg 1 5 10 <210> 271 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 271 Ile Asp Asp Met Thr Ala Ala Pro Met Asp Val Arg 1 5 10 <210> 272 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 272 Ala Thr Ala Phe Asn Glu Gln Val Asp Lys 1 5 10 <210> 273 <211> 14 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 273 Leu Phe Ser Leu Glu Leu Val Asp Glu Ser Gly Glu Ile Arg 1 5 10 <210> 274 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 274 Leu Ile Ala Asp Val Ala Pro Ser Ala Ile Arg 1 5 10 <210> 275 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 275 Trp Ser Glu Pro Asn Glu Glu Glu Leu Ile Lys 1 5 10 <210> 276 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 276 Val Leu Leu Asp Ile Phe Thr Gly Val Arg 1 5 10 <210> 277 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 277 Asp Leu Glu Gln Gly Asp Val Ser Glu Thr Ile Arg 1 5 10 <210> 278 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 278 Leu Leu Thr Glu Val Asp Phe Asn Lys 1 5 <210> 279 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 279 Val Asn His Val Thr Leu Ser Gln Pro Lys 1 5 10 <210> 280 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 280 Val Glu His Ser Asp Leu Ser Phe Ser Lys 1 5 10 <210> 281 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 281 Ala Glu Phe Gly Pro Pro Gly Pro Gly Ala Gly Ser Arg 1 5 10 <210> 282 <211> 11 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 282 Val Asp Ile Ile Pro Gly Phe Glu Phe Asp Arg 1 5 10 <210> 283 <211> 10 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 283 Ser Ser Leu Glu Glu Pro Asp Phe Tyr Lys 1 5 10 <210> 284 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 284 Thr Leu Thr Ile Gln Val Lys 1 5 <210> 285 <211> 7 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 285 Asn Ala Ser Ile Ser Val Arg 1 5 <210> 286 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 286 Ala Gln Phe Asp Thr Leu Gln Lys 1 5 <210> 287 <211> 9 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 287 Leu Leu Leu Asn Pro Gly Asn Gln Arg 1 5 <210> 288 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 288 Ile Gly Asp Phe Gly Met Ser Arg 1 5 <210> 289 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 289 Ile Gly Asp Phe Gly Met Ser Arg 1 5 <210> 290 <211> 8 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 290 Ile Gly Asp Phe Gly Met Ser Arg 1 5 <210> 291 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 291 Phe Asp Ile Glu Gly Ser Asp Glu Ala Asp Gly Ser Lys 1 5 10

Claims (24)

  1. 암 환자로부터 수득된 포르말린 고정된 종양 조직의 생물학적 샘플 중에서 단백질 발현 프로파일을 개발하는 방법으로서,
    상기 포르말린 고정된 종양 조직의 생물학적 샘플로부터 제조된 단백질 분해물 중의 하나 이상의 단편 펩타이드의 수준을 질량 분광법을 사용하여 검출 및 정량하는 단계; 및
    상기 포르말린 고정된 종양 조직의 생물학적 샘플 중의 상응하는 단백질 또는 단백질들의 수준을 계산하는 단계를 포함하고,
    상기 상응하는 하나 이상의 단백질 또는 단백질들이 ABCG2, AIMP3, ALDH1B1, 알파-카테닌, ARG2, ARID1A, ARID2, ATM, ATR, Bax, BCL2, 브라큐리(Brachyury), BRCA1, BRE, CAD, Cav-1, CD8b, CD16, CD20, CD99, CD226, CDK4, CDK6, CDK10, CDX2, CHFR, CHK1, c-JUN, CLK4, COX41, COX5B, COX6C, DCTD, DDR1, DGKA, 디아블로(Diablo), DICER1, DUSP1, EIF3A, EMSY, EPCAM, ERCC2, FOXA1, FOXC1, FOXC2, FOXF2, 감마-카테닌, GDA, GJA1, GLS, GLUT1, GSTM1, GSTM3, GSTP1, GSTT1, HAI2, hCNT3, HDAC6, HK2, HLA-A, HLA-B, HLA-DMA, HLA-DQA1, HLA-DRA, HPV16E6, HR23B, IDH1, IDH2, IGF2, IGF2BP3, IKZF1, IKZF3, IL13RA2, IL-15, IL-8, IRS2, LAG3, LGR5, LIG4, MCT1, MENA, MENAINV, MFF, MIG6, MLH1, MMP7, MMP9, MRE11, MSH2, MSH6, MUC4, ND1, NEDD8, 니브린(Nibrin), NKp30, NKp44, NKp80, NNMT, NT5C, NT5C2, NT5C3A, P21, P27, PARP1, PARP16, PARP4, 팍실린(Paxillin), PDK1, PD-L2, PFKFB3, PI3KCA, PIM1, PIM2, PKM, PMS2, PSMA, PRKDC, QPRT, RAD50, SAMHD1, SIAH2, SIRT1, SLAMF6, SLC34A2, SLC46A1, SMARCA4, SMO, SOD1, SOD2, SOX9, SPRY2, TBX21, TJP1, TMSB15A, TPX2, TRIM24, TRKA, WT-1, XPO1, XRCC4, XRCC5, XRCC6, AMD1, FCER1G, RAD51C, PML, IL12RB2, SPAG5, NRAS, HRAS, MLH3, CEACAM6, LGALS9, RPA2, RPA1, FEN1, LIG3, BLM, B2M, RNPEP, IL12A, IL12B, YES1, NTRK1, NTRK2, NTRK3 및 RB1로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 검출 및 정량하기 전에 단백질 분해물을 분별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  3. 제2항에 있어서, 상기 분별 단계가 액체 크로마토그래피, 나노-역상 액체 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피 또는 역상 고성능 액체 크로마토그래피를 포함하는, 방법.
  4. 제1항에 있어서, 상기 단백질 분해물이 프로테아제 분해물을 포함하는, 방법.
  5. 제4항에 있어서, 상기 단백질 분해물이 트립신 분해물을 포함하는, 방법.
  6. 제1항에 있어서, 상기 질량 분광법이 탠덤 질량 분광법, 이온 트랩 질량 분광법, 삼중 사극자 질량 분광법, 하이브리드 이온 트랩/사극자 질량 분광법, MALDI-TOF 질량 분광법, MALDI 질량 분광법 및/또는 비행시간 질량 분광법을 포함하는, 방법.
  7. 제6항에 있어서, 사용되는 질량 분광법의 방식이 선택 반응 모니터링(Selected Reaction Monitoring: SRM), 다중 반응 모니터링(Multiple Reaction Monitoring: MRM), 지능형 선택 반응 모니터링(intelligent Selected Reaction Monitoring: iSRM), 병렬 반응 모니터링(Parallel Reaction Monitoring: PRM) 및/또는 다중 선택 반응 모니터링(multiple Selected Reaction Monitoring: mSRM)인, 방법.
  8. 제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드가 서열번호 1 내지 291에 상응하는 펩타이드들로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 방법.
  9. 제1항에 있어서, 상기 포르말린 고정된 종양 조직이 파라핀 포매된 조직인, 방법.
  10. 제9항에 있어서, 상기 조직이 종양으로부터 수득되는, 방법.
  11. 제10항에 있어서, 상기 종양이 원발성 종양인, 방법.
  12. 제10항에 있어서, 상기 종양이 2차 종양인, 방법.
  13. 제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드를 정량하는 단계가 상기 생물학적 샘플 중의 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 상이한 별개의 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 단편 펩타이드의 양과 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
  14. 제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드를 정량하는 단계가 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 동일한 아미노산 서열을 갖는 기지의 양의 첨가된 내부 표준 펩타이드와 비교함으로써 상기 생물학적 샘플 중의 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  15. 제14항에 있어서, 상기 내부 표준 펩타이드가 동위원소로 표지된 펩타이드인, 방법.
  16. 제15항에 있어서, 상기 동위원소 표지된 내부 표준 펩타이드가 18O, 17O, 34S, 15N, 13C, 2H 및 이들의 조합으로 이루어진 그룹으로부터 선택된 하나 이상의 안정한 중동위원소(heavy stable isotopes)를 포함하는, 방법.
  17. 제1항에 있어서, 상기 단백질 분해물 중의 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양을 검출 및 정량하는 단계가 대상체에서 상기 상응하는 단백질의 존재 및 암과의 연관성을 나타내는, 방법.
  18. 제17항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양 또는 상기 상응하는 단백질의 수준을 검출 및 정량한 결과를 암 환자의 면역계의 활성화 상태와 연관시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  19. 제18항에 있어서, 상기 하나 이상의 단편 펩타이드의 양 또는 상기 상응하는 단백질의 수준을 검출 및 정량한 결과를 암 환자의 면역계의 활성화 상태와 연관시키는 단계가, 다른 단백질 또는 다른 단백질 유래의 펩타이드의 발현량을 검출 및 정량하는 것과 조합되어 암 환자의 종양 세포의 분자 상태에 관한 추가 정보를 제공하는, 방법.
  20. 제1항에 있어서, 상기 생물학적 샘플이 수득된 환자 또는 대상체에게 치료적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하고,
    상기 암 치료제 및/또는 투여되는 암 치료제의 양이 서열번호 1 내지 291로부터 선택된 하나 이상의 단편 펩타이드의 검출 및/또는 이의 양에 기초하고,
    상기 암 치료제가 서열번호 1 내지 291로부터 선택된 하나 이상의 단편 펩타이드에 상응하는 하나 이상의 단백질과 상호작용하는 표적 치료제(targeted agent)인, 방법.
  21. 제20항에 있어서, 상기 암 치료제 및/또는 투여되는 암 치료제의 양이 서열번호 1 내지 291로부터 선택된 2개 이상의 단편 펩타이드의 다중 검출 및/또는 이의 양에 기초하는, 방법.
  22. 제1항에 있어서, 상기 생물학적 샘플이 수득된 환자 또는 대상체에게 치료적 유효량의 암 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하고,
    상기 암 치료제 및/또는 투여되는 암 치료제의 양이 서열번호 1 내지 291로부터 선택된 하나 이상의 단편 펩타이드의 검출 및/또는 이의 양에 기초하고,
    상기 암 치료제가 암 환자 면역반응을 개시, 증진, 조작 및/또는 그 밖에 조절하여 상기 환자 종양 세포를 공격하고 사멸시키는 기능을 갖는 면역조절성 암 치료제인, 방법.
  23. 제22항에 있어서, 상기 암 치료제 및/또는 투여되는 암 치료제의 양이 서열번호 1 내지 291로부터 선택된 2개 이상의 단편 펩타이드의 다중 검출 및 이의 양에 기초하는, 방법.
  24. 제1항에 있어서, 서열번호 1 내지 291에 상응하는 2개 이상의 단편 펩타이드를 다중 검출 및 정량하는 것을 환자 종양 세포의 성장을 유도하는 다른 발암단백질의 분석과 조합하는 단계를 추가로 포함하고, 발암단백질의 기능을 저해하거나 조절하여 환자 종양 세포의 성장을 저해하는 표적화 암 치료제가, 암 환자 면역반응을 개시, 증진, 조작 및/또는 그 밖에 조절하여 상기 환자 종양 세포를 공격하고 사멸시키는 단백질들 중 하나 이상과 상호작용하는 면역조절성 암 치료제와 병용하여 환자에게 투여되는, 방법.
KR1020190026898A 2018-03-09 2019-03-08 종양 조직을 프로파일링하기 위한 srm/mrm 검정 Withdrawn KR20190106809A (ko)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862640632P 2018-03-09 2018-03-09
US62/640,632 2018-03-09

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20190106809A true KR20190106809A (ko) 2019-09-18

Family

ID=65724226

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020190026898A Withdrawn KR20190106809A (ko) 2018-03-09 2019-03-08 종양 조직을 프로파일링하기 위한 srm/mrm 검정

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20190279771A1 (ko)
EP (1) EP3537154A3 (ko)
JP (1) JP2019203878A (ko)
KR (1) KR20190106809A (ko)
CN (1) CN110244052A (ko)
AU (1) AU2019201463A1 (ko)
CA (1) CA3035956A1 (ko)

Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2023504444A (ja) * 2019-11-29 2023-02-03 スンクワン メディカル ファウンデーション 免疫治療剤に係わる治療反応性予測用バイオマーカー
WO2023089533A1 (en) * 2021-11-18 2023-05-25 Neuberg Anand Academy Of Laboratory Medicine Private Limited Tandem triple quadrupole mass spectrometer-based screening and confirmation method for analyzing protein and its variants
CN114425090B (zh) * 2022-01-26 2024-01-26 四川大学华西医院 Xrcc6基因及其编码的蛋白的应用
KR20240159833A (ko) * 2022-02-24 2024-11-06 아이오 바이오테크 에이피에스 아르기나아제 2 백신
CN116024217A (zh) * 2023-01-16 2023-04-28 陕西师范大学 Mff作为靶点在制备治疗卵巢癌和/或评估患卵巢癌风险产品中的应用
CN116178497B (zh) * 2023-02-27 2025-01-07 上海阔然开朗医学检验实验室有限公司 Trim24特异性结合肽
CN119534676B (zh) * 2024-10-15 2025-08-15 中日友好医院(中日友好临床医学研究所) 代谢标志物在制备监测pb神经毒性产品中的应用及制品
CN121208361B (zh) * 2025-11-25 2026-04-14 长兴固容生物科技有限公司 一种用于食管癌筛查、诊断的标志物组及其用途

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6251467B1 (en) 1994-03-01 2001-06-26 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Isolation of cellular material under microscopic visualization
IL140881A0 (en) * 2001-01-14 2002-02-10 Katz Emil Israel A method for identification and quantification of proteins in a biopsy or other tissue sample and a kit for use thereof
DK1601450T3 (da) 2003-03-10 2013-09-08 Expression Pathology Inc Flydende vævspræparat ud fra histopatologisk bearbejdede biologiske prøver, væv og celler
US7381440B2 (en) 2003-06-06 2008-06-03 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Biological laser printing for tissue microdissection via indirect photon-biomaterial interactions
KR101035213B1 (ko) * 2005-11-08 2011-05-18 도호쿠 다이가쿠 질량 분석계를 사용한 막 단백질의 정량 방법
ES2555147T3 (es) 2009-12-22 2015-12-29 Expression Pathology, Inc. Ensayo SRM/MRM de la proteína del Receptor del factor de crecimiento 1 similar a la insulina (IGF-1R)
JP6047502B2 (ja) 2010-12-27 2016-12-21 エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッドＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ， Ｉｎｃ． ｃＭＥＴタンパク質ＳＲＭ／ＭＲＭアッセイ
EP3092495B1 (en) * 2014-01-06 2020-11-25 Expression Pathology, Inc. Srm assay for pd-l1

Also Published As

Publication number Publication date
AU2019201463A1 (en) 2019-09-26
US20190279771A1 (en) 2019-09-12
JP2019203878A (ja) 2019-11-28
EP3537154A2 (en) 2019-09-11
EP3537154A3 (en) 2019-11-13
CA3035956A1 (en) 2019-09-09
CN110244052A (zh) 2019-09-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR20190106809A (ko) 종양 조직을 프로파일링하기 위한 srm/mrm 검정
Salajegheh et al. Interferon‐stimulated gene 15 (ISG15) conjugates proteins in dermatomyositis muscle with perifascicular atrophy
RU2739036C2 (ru) Метод
CN109777872B (zh) 肺癌中的t细胞亚群及其特征基因
Paulitschke et al. Proteomic identification of a marker signature for MAPKi resistance in melanoma
JP2019056707A (ja) 結核のバイオマーカー及びその使用
US11955241B2 (en) Pathogenic biomarkers and serum extracellular vesicular biomarkers associated with vascular malformation of endothelial cells, and uses thereof
AU2025234250A1 (en) Methods For the Treatment of Solid Tumor Cancers using Illudins and Biomarkers
EP1627076A2 (en) Biological markers for diagnosing rheumatoid arthritis
CN109081866B (zh) 癌症中的t细胞亚群及其特征基因
Jain et al. Proteomic identification of immunoproteasome accumulation in formalin-fixed rodent spinal cords with experimental autoimmune encephalomyelitis
Zhang et al. Multiplex immuno-liquid chromatography–mass spectrometry–parallel reaction monitoring (LC–MS–PRM) quantitation of CD8A, CD4, LAG3, PD1, PD-L1, and PD-L2 in frozen human tissues
JP2019058171A (ja) Ｐｄ−ｌ１に対するｓｒｍアッセイ
JP6046053B2 (ja) Ｂｃｌ−２様タンパク質１１のＳＲＭ／ＭＲＭアッセイ
Xue et al. Peptidomic analysis of endometrial tissue from patients with ovarian endometriosis
JP2020522501A (ja) Ｔ−ｄｍ１による癌治療成績の予測方法
CN110431236A (zh) 肿瘤组织的免疫分析
EP2299267A2 (en) Biomarkers for anti-NogoA antibody treatment in spinal cord injury
Xie et al. Genomic and proteomic analysis of mammary tumors arising in transgenic mice
Su Proteomic study of the CD40 stimulation-induced pro-survival effect on chronic lymphocytic leukaemia cells
Heberling Treatment-Induced Antigen Presentation in Cancer
KR20250092108A (ko) 면역치료요법의 치료 반응 예측을 위한 바이오마커 및 이를 이용한 유전자 예측 모델
CN121679027A (zh) sEV蛋白RAB7在三阴性乳腺癌预后和治疗中的应用
KR20240063369A (ko) 폐암 치료 예후 예측용 신규 바이오마커 및 이의 용도
CN115397405A (zh) 确定对2,2’-二硫代双乙烷磺酸盐的敏感性的方法

Legal Events

Date Code Title Description
PA0109 Patent application

Patent event code: PA01091R01D

Comment text: Patent Application

Patent event date: 20190308

PG1501 Laying open of application
PC1203 Withdrawal of no request for examination
WITN Application deemed withdrawn, e.g. because no request for examination was filed or no examination fee was paid