KR20190118151A - 항-PD1/PD-L1/PD-L2 항체에 대한 반응성의 마커로서의 미생물총 조성물, 및 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 치료의 효능을 개선하기 위한 미생물 조정제의 용도 - Google Patents
항-PD1/PD-L1/PD-L2 항체에 대한 반응성의 마커로서의 미생물총 조성물, 및 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 치료의 효능을 개선하기 위한 미생물 조정제의 용도 Download PDFInfo
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Abstract
Description
도 1: 신세포암 환자에서의 카플란 마이어 무진행 생존 (PFS) 곡선. 항생제 (ATB, 상부 패널) 또는 양성자 펌프 억제제 (PPI, 하부 패널) 공동치료 (양쪽 모두 ICB의 1차 주사 1 내지 2개월 이내에, 그리고 PD1/PD-L1 차단 시작 1개월 후까지 섭취됨)에 따라 니볼루맙 (ICB)으로 치료된 70명의 전이성 신세포암종 환자.
도 2: 방광암 환자에서의 ATB(+) 군 대 ATB (-) 군의 환자에서의 PFS를 평가하기 위한 카플란-마이어 방법. 항생제 (ATB) 공동치료 (ICB의 1차 주사 전의 1 내지 2개월 이내에, 그리고 PD-L1 차단 시작 1개월 후까지 섭취됨)에 따라 항-PD-L1 Ab (ICB)로 치료된 42명의 전이성 방광 요로상피 세포 암종 환자.
도 3: 암 코호트에서 대비된 147개의 MGS의 히트맵 / 계층적 클러스터링. 히트맵 색상 코드: 3개의 암 코호트 상에서 선택된 147개의 MGS의 p 값의 로그10 변환 후에 히트맵을 수행하였다. "암" 종을 "건강함" 종으로부터 구별하기 위해, "건강함" 값이 양의 값으로 역전되었다. 따라서 건강함 종은 상부에 나타나고, 암 종은 하부에 나타난다. 행 색상 코드 (R로 표지된 열): 색상은 암이 진단되지 않은 387명의 대조군 개체에 따라 확인된 고 및 저 부유도 MGS를 지시한다 (스피어만 상관관계 |로| > 0.3, p 값 < 2e-05). 3색 구배 코드가 |로| > 0.3, 0.4 및 0.5에 사용되고, 진한 색상이 더 높은 상관관계를 지시한다. 암 환자는 초기 유방암, 또는 전이성 폐암 또는 전이성 신장암 (3개의 암 유형)으로 진단되었다.
도 4: 암 코호트에서 대비된 43개의 "건강" 종의 히트맵 / 계층적 클러스터링. 도 3에 제시된 히트맵으로부터의 추출물.
도 5: 암 코호트에서 대비된 104개의 "암" 종의 히트맵 / 계층적 클러스터링. 도 3에 제시된 히트맵으로부터의 추출물.
도 6: (3개의 암 유형 중에서) 적어도 2개의 상이한 암 코호트에서 발견된 27개의 대비되고 일관된 종의 히트맵 / 계층적 클러스터링.
도 7: 암 환자 코호트 (C)와 건강한 대조군 (H) 사이에 대비되는 것으로 발견된 MGS의 바코드 및 p 값 (유전자 카운트 (GC)*
도 8: PD1 차단 동안의 MGS 진화의 동역학. 항-PD1/PDL1 Ab로의 요법 동안의 폐암 V1 환자 (개시 전)와 풀링된 폐 + 방광 V4 (요법 6개월 시) 환자 사이에 대비된 MGS의 바코드.
도 9: 항생제와 관계 없는 진단 (항-PD1 Ab로의 요법 전) 시의, 풀링된 폐 + 신장 R (반응자)/NR (비-반응자) 샘플 사이에 대비된 MGS의 바코드.
도 10: PD1 차단 전에 ATB-처리 종양 보유자 (아바타 마우스)에게 FMT를 전달하는 것의 실험 설정. 폐암 환자의 대변으로의 FMT를 확립된 MCA205 WT를 보유하는 ATB-처리 마우스 내로 수행하였다 (2개의 실험).
도 11: 진행자 (A) 또는 반응 (D) NSCLC 환자로부터의 FMT가 제공된 5마리의 SPF 수용자 또는 5마리의 ATB-처리 마우스에 접종된 MCA205의 전형적인 성장 곡선 및 동역학.
도 12: ATB에 이어서 FMT가 제공되지 않았거나 (NaCl), 또는 4명의 상이한 진행자 ((A, B, E, F) 및 2명의 상이한 반응자 (C, D)로부터의 FMT가 제공된 여러 독립적인 마우스 군에서의 희생 시의 종양 크기의 연결 데이터. 각각의 점은 처리 시작 후 제12일의 1마리의 마우스의 종양 크기를 나타낸다. 처리는 항-PD1 Ab의 ip 투여로 이루어졌다.
도 13: 진행자 (A) NSCLC 환자로부터의 FMT에 이어서 아커만시아 무시니필라 (Akk), 엔테로코쿠스 히라에 13144 (EH) 또는 유박테리움 테누에( Eubacterium tenue ) (Euba)의 경구 위관영양이 제공된 GF 마우스에 접종된 MCA205의 성장 곡선. 항-PD1 Ab의 1차 및 2차 주사 시에 109개의 박테리아로 2회의 위관영양을 수행하였다. 분리된 격리기 내의 각각의 마우스 군 (n = 군 당 5마리의 마우스)에 하나씩으로 3개의 상이한 박테리아를 사용하였다.
도 14: PD1 차단 전 및 동안의 ATB-처리 종양 보유자 (아바타 마우스) 내로의 박테리아 보상의 실험 설정. 확립된 MCA205 WT를 보유하는 ATB-처리 마우스 내로 박테리아 위관영양을 수행하였다. 항-PD1 Ab의 주사 전 및 1차, 2차, 3차, 4차 주사 시에 109개의 박테리아로 5회의 위관영양을 수행하였다. 분리된 격리기에서 유지된 각각의 마우스 군 (n = 군 당 5-6마리의 마우스)에 대해 3개의 상이한 박테리아를 단독으로 (아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 종 및 엔테로코쿠스 히라에 13144), 또는 아커만시아 무시니필라 + 엔테로코쿠스 히라에 13144의 조합으로 사용하였다.
도 15: 아커만시아 무시니필라 (Akk) 또는 아커만시아 무시니필라 + 엔테로코쿠스 히라에 13144 (EH)의 경구 위관영양이 제공된 도 14의 프로토콜에 따른 MCA205의 성장 곡선. 도 14에 제시된 실험 설정에 따라, ATB를 정지한 후에 마우스 마이크로플로라가 자발적으로 재구성된 아바타 마우스에서 위관영양에 의해 박테리아를 투여하였다.
도 16: 진행자 (B) NSCLC 환자로부터의 FMT에 이어서 아커만시아 무시니필라 (Akk) 또는 아커만시아 무시니필라 + 엔테로코쿠스 히라에 13144 (EH) 또는 알리스티페스 종 (Ali)의 경구 위관영양이 제공된 GF 마우스에 접종된 MCA205의 성장 곡선. 도 14에 제시된 실험 설정에 따라, 진행자 (B) NSCLC 환자로부터의 FMT가 제공된 아바타 마우스에서 위관영양에 의해 박테리아를 투여하였다.
도 17: 2명의 상이한 진행자 (B 및 F) NSCLC 환자로부터의 FMT에 이어서 아커만시아 무시니필라 (Akk), 엔테로코쿠스 히라에 13144 (E.H.), 알리스티페스 종 (Ali) 또는 아커만시아 무시니필라 + 엔테로코쿠스 히라에 13144 (Akk + E.H)의 경구 위관영양이 제공된 여러 독립적인 ATB-처리 마우스 군에서의 종양 크기의 진화. 도 14에 제시된 실험 설정에 따라, 진행자 (B 또는 F) NSCLC 환자로부터의 FMT가 제공된 아바타 마우스에서 위관영양에 의해 박테리아를 투여하였다. 각각의 점은 처리 시작 후 제0일, 제3일, 제6일 또는 제9일의 1마리의 마우스의 종양 크기를 나타낸다. 처리는 항-PD1 Ab의 ip 투여로 이루어졌다.
도 18: CTLA4+PD1 공동차단의 조합에 반응하지 않는 ATB-처리 디스바이오틱(dysbiotic) 마우스를 "온코백스(oncobax)" (면역원성 공생물)로 보상함. 14일의 광범위 ATB 투여 후에 C57BL/6 마우스에 MCA205 육종을 접종하였다. 그 후, MCA205 이식으로부터 제6일에, 마우스를 항-CTLA4 Ab (4회의 주사에 대해 3일마다), 뿐만 아니라 항-PD1 Ab (6회의 주사에 대해 3일마다 6회의 주사)의 iv 주사로 처리하였다. 상이한 우리에서 격리된 독립적인 군에서, 마우스에게 별개의 온코백스, 예컨대 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum)과 조합된 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve), 또는 단독이거나 부르크홀데리아 세파시아와 조합된 박테로이데스 프라길리스, 또는 바르네시엘라 인테스티니호미니스로의 경구 위관영양을 제공하였다 (직장 투여 경로의 경우, "직장"). 6마리의 마우스/군에서 종양 성장 동역학을 일주일에 2번 모니터링하였다. 희생 시의 무종양 동물의 수가 괄호에서 지시된다.
도 19: 기억 Th1/Tr1 반응이 IV기 NSCLC에서 PD1 차단 하의 진행까지의 시간 (TTP)을 예측한다. 암 환자에서의 진단 시의 또는 항-PD1 Ab-기반 요법의 첫달 동안의 지시된 공생물에 대한 Tc1 또는 TH1 기억 T 세포 반응이 TTP 계산을 위해 전체 코호트에서 평균 IFNg 생산 값에 따라 분리되었다. 14명의 진행성 폐암 환자에서의 별개의 공생물과 함께 인큐베이션된 자가 단핵구에 노출된 기억 CD4+ T 세포 또는 CD8+ T 세포에서의 IFNg와 IL-10 사이의 비가 또한 제시된다. 카플란 마이어 곡선이 코호트의 중앙값에 따라 높은 비 대 낮은 비의 환자를 분리한다.
도 20: 1차 항-PD1 Ab 주사 2개월 전에 및 1차 주사 후 1개월까지 ATB가 제공된 또는 그렇지 않은 비-소세포 폐암 환자의 무진행 생존 (PFS) 및 전체 생존 (OS). ATB (+)/(-)에서 니볼루맙으로 치료된 NSCLC 환자의 카플란 마이어 생존 곡선이 무진행 생존에 대해 왼쪽 패널에, 전체 생존에 대해 오른쪽 패널에서 제시된다. 로그-순위 (만텔-콕스). *p<0.05, ** p<0.01,*** p<0.001, ns=유의하지 않음.
도 21: PD1/PDL1 억제제로 치료된 3개 모두의 진행암 유형 n= 175 (NSCLC, mRCC, mUC)에서의 PFS 및 OS. 진행암 환자의 풀링된 3개의 코호트의 카플란-마이어에 의한 무진행 생존 (왼쪽 패널) 및 생존 분석 (오른쪽 패널). N=66명의 비-소세포 폐암, n=67명의 전이성 신세포 암종, n=42명의 전이성 요로상피암 모두가 ATB (+) 대 ATB (-)에서 PD1/PDL1 억제제로 처리됨. ATB(+)/(-) 군은 ICB 전에 (2개월 기간) 또는 ICB의 첫달 이내에 ATB로 치료된 또는 그렇지 않은 환자로 정의되었다. *p<0.05, ** p<0.01,*** p<0.001, ns=유의하지 않음.
도 22: 메타게노믹스 종 (MGS)에서의 암-연관 장 지문: 18개의 대비된 MGS. 전체 환자 (전체) 또는 고-다양성 부분집합 (고) 또는 저-다양성 부분집합 (저)을 고려한, 암 환자의 2개의 독립적인 코호트 (1, 2)에서 공통적인 박테리아 MGS의 비-지도 계층적 클러스터링의 히트맵 (Br: 유방암, Lu: 폐암, Ni: 신장암). 청색에는 암 환자에서 과소 표현된, 건강한 자원자에서 과다 표현된 MGS가 있는 한편, 적색에는 암 환자에서 과다 표현된 MGS가 있다.
도 23: MG에서의 암-연관 장 지문: 11개의 대비된 MGS (ATB 없음). 도 22에서의 분석과 동일하지만, 대변 수집 2개월 전에 적어도 1주일 동안 임의의 항생제를 섭취한 암 환자는 제거함.
도 24. 신장암 또는 폐암 환자에서의 진단 시의 대변 내의 유전자 카운트 및 메타게놈 종의 더 높은 부유도가 항-PD1 Ab로의 연속 요법의 더 양호한 6개월 무진행 생존을 예측한다. 진단 시의 대변 샘플의 샷건 시퀀싱과 함께 임상 결과 (6개월 PFS)에 따른 모든 암 환자에 대한 유전자 및 MGS 카운트가 표현됨. 카운트의 평균±SEM이 PFS > 또는 < 6개월을 경험하는 환자에 대해 도시된다. 물론, 유전자 또는 MGS 부유도는 3개월 PFS를 예측하지 않았다.
도 25: ATB-SPF 수용자에서의 온코백스로 보상된 2명의 NSCLC 진행자의 FMT의 실험 설정. 실험 디자인: ATB 처리 마우스에서의 항-PD1 Ab에 대한 2명의 비-반응자 NSCLC 환자의 대변 미생물 이식. C57/BL6 SPF 마우스에게 3일의 광범위 ATB를 제공하였다: 콜리스틴, 앰피실린, 스트렙토마이신. ATB 중단 12시간 후에, 200 ㎕의 대변으로 FMT를 수행하고, 100 ㎕를 각각의 마우스의 털 상에 적용하였다 (IHMS 권장사항에 따라 환자 대변을 보관하였다). 이어서, 2주 후에, MCA205 WT 종양을 오른쪽 옆구리에 접종하고, 종양 크기가 20-25 ㎟에 도달했을 때 항-PD1 Ab를 시작하였다. 항-PD1 Ab의 1차 복막내 주사 전날 및 그 후 각각의 항-PD1 Ab 주사 시에 온코백스-박테리아 위관영양 (108개의 박테리아)을 수행하였다.
도 26: 도 25에 기술된 실험의 결과. ATB-SPF 수용자에서의 온코백스로 보상된 2명의 NSCLC 진행자의 FMT: Akk +/- 이. 히라에 (온코백스)의 효능. 2명의 비-반응자 NSCLC 환자 또는 NaCl 대조군으로의 FMT 후의 ATB 처리 마우스에서의 MCA-205 WT의 종양 성장. 마우스를 Iso 대조군 대 항-PD1 Ab + 상이한 온코백스 조합으로 처리하였다. t-검정을 수행하였다. *p<0.05, ** p<0.01,*** p<0.001, ns=유의하지 않음.
도 27: 종양 배출 림프절에서의 효과적인 온코백스로의 이펙터 및 중심 기억 CD8+ T 세포의 축적. 폐암 대변 (환자 F)으로의 FMT 후의 ATB 처리 및 항-PD1 Ab + 상이한 온코백스 조합물로의 처리의 배출 림프절 내의 CD8+ 이펙터 (CD62-CD44+) 및 CD8+ 중심 기억 (CD62L+CD44+) 세포의 유동 세포측정법 분석.
도 28: ATB-디스바이오틱 SPF 수용자에서의 RET 흑색종 종양 모델의 실험 설정: 다양한 온코백스로의 보상. RET 흑색종 종양을 2주 동안 콜리스틴, 스트렙토마이신 및 앰피실린으로 처리된 ATB 디스바이오틱 SPF C57/BL6 마우스의 왼쪽 옆구리에 주사하였다. 그 후, ATB를 중단한 후, 각각의 군에 상세 일정에 따라 온코백스 108개의 박테리아 또는 2개의 박테리아의 조합물로의 박테리아 위관영양 및 단일-정주가 진행되었다. 각각의 마우스에 Iso 대조군 또는 항-PD1 Ab의 4회의 복막내 주사가 제공되었다.
도 29: 도 28에 기술된 실험 설정으로부터의 결과. 엔테로코쿠스 히라에 (13144) + 아커만시아 무시니필라 (Akk)의 조합물이 RET 모델에서 매우 효율적이다. 도 19에 설명된 실험 설정에 따라 처리된 ATB 디스바이오틱 SPF 마우스에서의 RET의 종양 성장. 각각의 선은 1마리의 마우스를 나타낸다. 2개의 왼쪽 상부 패널은 물만 제공된 대조군 마우스를 나타낸다. 2개의 오른쪽 상부 패널은 ATB가 제공된 마우스에서의 종양 성장을 도시한다. 4개의 하부 패널은 각각 아커만시아 무시니필라, 엔테로코쿠스 히라에 13144 + 아커만시아 무시니필라, 유박테리움 테누에 + 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 인디스팅크투스로의 ATB 후의 온코백스 단일 정주가 진행된 마우스의 종양 성장을 나타낸다. 2개 중 하나의 대표 실험이 제시된다.
도 30: 동소 LLC: 온코백스 (1)와 조합된 PD1 차단 + 방사선요법의 효능. SPF 마우스에서의 조합 양식 방사선요법 + PD1에 대한 실험 설정. 3일의 ATB 후, C57/BL6 마우스에 루시페린 주사 후 생체내 영상화 시스템에서 IVIS 스펙트럼을 사용하여 모니터링될 수 있는 루시페라제를 발현하는 루이스 폐암 (LLC) 세포주를 동소 주사하였다. 제3일-제4일에, 흉곽을 표적화하는 9Gy의 방사선요법을 제공하였다. 항-PD1 Ab 또는 Iso 대조군 Ab를 3일마다 상세 일정에 따라 복막내로 주사하였다. 박테리아 군에서는, 항-PD1 Ab 주사와 동일한 날에 108개의 엔테로코쿠스 히라에 13144 + 아커만시아 무시니필라를 마우스에 경구로 제공하였다.
도 31: 동소 LLC: 온코백스 (2)와 조합된 PD1 차단 + 방사선요법의 효능. 왼쪽 패널은 IVIS 스펙트럼 생체내 영상화 시스템을 사용한 종양 성장 측정치를 나타낸다. 각각의 군에 대해, 정규화된 총 유동이 제#10일에 표시된다. 오른쪽 패널: Iso-대조군 또는 방사선요법 + PD1 또는 방사선요법 + 항-PD1 Ab + 박테리아 군에서의 모든 마우스의 카플란-마이어 곡선에 의한 생존 분석. 로그-순위 (만텔-콕스). *p<0.05, ** p<0.01,*** p<0.001, ns=유의하지 않음.
도 32: RENCA 종양 모델 (1)에서의 항-CTLA4+항-PD1 Ab의 항암 효과에서의 장 마이크로바이옴의 역할. 전이성 신세포 암종 환자로부터의 대변으로의 Balb/c ATB-처리 마우스에서의 대변 미생물 이식의 실험 설정. 3일의 앰피실린, 콜리스틴 및 스트렙토마이신 후, Balb/c 마우스에 니볼루맙으로 치료 중인 3명의 상이한 mRCC 환자로부터의 FMT를 제공하였다. 2명의 환자는 환자는 임상 이익이 없었던 반면, 나머지 1명은 10개월 후에 부분적 반응을 유지하였다. FMT 후 제14일에, RENCA-루시페라제 종양을 동소에 주사하고, 마우스에 일정에 따라 4일 마다 Iso 대조군 또는 조합된 PD1+CTLA4를 제공하였다. 하기의 표는 여러 박테리아에 대한 3명의 공여자의 메타게놈 대변 조성을 나타낸다.
도 33: RENCA 종양 모델 (2)에서의 항-CTLA4+항-PD1 Ab의 항암 효과에서의 장 마이크로바이옴의 역할. IVIS® 스펙트럼 생체내 영상화 시스템 장치를 사용한 FMT 후의 Balb/c에서의 RENCA의 종양 크기 평가. 각각의 마우스에 대한 총 유동이 제9일-제15일에 제시된다. t-검정을 수행하였다. *p<0.05, ** p<0.01, *** p<0.001, ns=유의하지 않음.
도 34: 순환 T 세포 상에서의 PD-L1 상향 조절이 PD1 차단에 대한 임상 이익과 연관된 대변의 유리한 MG 조성물의 홀마크이다. 세포 표면 상에서의 PDL1 분자의 지라 CD4+ 및 CD8+ T 세포 발현의 유동 세포측정법 분석. a. ATB-처리 마우스에서의 반응자 또는 비-반응자의 FMT 후. 패널 b. 온코백스로의 처리 후의 비-반응자의 FMT에 이어진 온코백스로의 처리 후.
도 35: 장간막 림프절에서의 온코백스의 경구 위관영양 후의 표현형 변화. 단독이거나 또는 아커만시아 무시니필라와 조합된 엔테로코쿠스 히라에로의 CD4+ 및 CD8+ CCR9+ CM (및 약간의 나이브)의 증대. 온코백스의 위관영양 48시간 후이고 1회의 복막내 항-PD1 Ab 주사로 처리된 장간막 림프절의 유동 세포측정법 분석. 패널 a: CD4+ 나이브 CCR9+ 및 CD4+ 중심 기억 CCR9+. 패널 b: CD8+CCR9+, CD8+ 중심 기억 CCR9+, CD8+ CM CCR9+CXCR3+. 엔테로코쿠스 히라에는 CD8+ TCM CCR9++ 및 CCR9+CXCR3+를 현저하게 증가시킨 한편, 아커만시아 무시니필라는 주로 CD4+ CCR9+ TCM을 증대시킨다.
도 36: 환자 대변의 메타게놈 조성물을 사용한 FMT 후의 ATB-처리 마우스의 종양 크기의 예측. 본 발명자들은 니볼루맙으로 치료 중인 NSCLC (2명의 반응자 및 4명의 진행자) (도 12)로부터의 대변으로 ATB 처리 마우스에서 FMT를 수행하였다. 개별적인 마우스 종양 크기와 반응자 또는 비-반응자 섹션 내의 메타게놈 서명에 존재하는 상이한 박테리아에 대한 환자 대변의 조성 사이의 스피어만 상관관계.
도 37: 아커만시아 무시니필라 대 엔테로코쿠스 파에칼리스( Enterococcus Faecalis )로의 CD4 자극. 단핵구/CD4+T 세포 공동-배양물의 다양한 박테리아 자극 후에 면역요법 동안 각각의 전이성 신세포 암종 환자에 대해 ELISA에 의해 결정된 CD4 IFN-g 방출의 예측치. 에이. 무시니필라(A. muciniphila)로의 재자극에 반응하여 CD8-IFNg (Tc1)를 사용하여 유사한 결과가 수득되었다. 시토카인 생산의 중앙값 초과/미만의 각각의 하위군 (TH1: IFNg, TR1: L-10 또는 비 IFNg/IL-10) 환자에 대한 PFS를 나타내는 카플란 마이어 곡선이 2개의 박테리아에 대해 표시된다. 에이. 무시니필라에 대한 기억 TH1 및 Tc1 면역 반응이 폐암 및 신장암 환자 양쪽 모두에서 PD1 차단 동안의 TTP를 예측한다 (제시되지 않음). 로그-순위 *p < 0.05, **p < 0.01.
도 38: 신장암 환자 (RCC)로부터의 디스바이오시스를 면역 체크포인트 억제제에 대한 반응을 복원하기 위해 반응-환자에서 유래된 변으로부터의 대변으로 보상함. BALB/c 마우스를 3일의 광범위 항생제에 이어서 비-반응 환자에서 유래된 변으로의 경구 위관영양으로 처리하였다. 20일 후, BALB/c 마우스의 신장에 리포터 영상화 시스템 IVI로 추적할 수 있는 RENCA-루시페라제 종양을 동소 접종하였다. 8일 후, BALB/c 마우스에 5회의 주사로 3일 마다 항-PD1 및 항-CTLA4 Ab의 ip 투여를 제공하였다. mAb로의 각각의 ip 요법 전날에, 수용자 종양 보유 마우스에 항-PD1 mAb-기반 요법에 반응한 1명의 RCC 환자로부터의 대변 (1010 cfu)의 경구 위관영양을 제공하였다. 3명의 별개의 RCC 반응 환자 (R4-R5-R6)의 변을 이용하였다. 종양 성장 동역학을 추적하였다. 개별적인 데이터를 나타내고, 또한 3개의 군 R4-R6으로부터의 데이터를 풀링하여, 그래프는 희생 시의 종양 크기를 도시한다. ANOVA 통계 분석: *p<0.05.
도 39: 유방암 환자 (BC)로부터의 디스바이오시스를 규칙적인 시클로포스파미드 (CTX)에 대한 반응을 복원하기 위해 건강한 자원자 (HV)에서 유래된 변으로부터의 대변으로 보상함. a. 실험 설정. C57BL/6 마우스를 3일의 광범위 항생제에 이어서 대변이 다양성이 낮으면서 디스바이오틱일 때 화학요법 후에 수확된 2명의 유방암 환자 (BC1 및 BC2)에서 유래된 변으로의 경구 위관영양 (FMT)으로 처리하였다. BC1은 예후가 암울한 삼중 음성 BC인 한편, BC2는 예후가 유리하다. 20일 후, AT3 유방 동계 마우스 종양을 sc 접종하였다. 10일 후, C57BL/6 마우스에 3회의 주사로 평일마다 규칙적인 CTX의 ip 투여를 제공하였다. 최초의 CTX로의 각각의 ip 요법 전날 및 그 후의 같은 날에, 수용자 종양 보유 마우스에 1명의 HV로부터의 대변 (1010 cfu)의 경구 위관영양을 제공하였다. 대안적으로, 마우스 (HV 또는 BC로의 FMT에 적용됨)를 3주 동안 함께 공동-거주시켰다. b. 종양 성장 동역학을 추적하였다. 그래프는 경시적 및 희생 시의 종양 크기를 도시한다. ANOVA 통계 분석: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001.
도 40: 비-반응 신장암 환자 (RCC)로부터의 디스바이오시스를 면역 체크포인트 억제제에 대한 반응을 복원하기 위해 규정 균주로 보상함. a. BALB/c 마우스를 3일의 광범위 항생제에 이어서 비-반응 환자에서 유래된 변으로의 경구 위관영양으로 처리하였다. 20일 후, BALB/c 마우스의 신장에 리포터 영상화 시스템 IVI로 추적할 수 있는 RENCA-루시페라제 종양을 동소 접종하였다. 8일 후, BALB/c 마우스에 5회의 주사로 3일 마다 항-PD1 및 항-CTLA4 Ab의 ip 투여를 제공하였다. mAb로의 각각의 ip 요법 전날에, 수용자 종양 보유 마우스에 1010 cfu의 다양한 균주 (X축에 열거됨)의 경구 위관영양을 제공하였다. b. 종양 성장 동역학을 추적하였다. 그래프는 희생 시의 종양 크기를 도시한다. 희생 시의 무종양 마우스의 백분율이 하기에 지시된다. ANOVA 통계 분석: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001.
도 41: 비-반응 신장암 환자 (RCC)로부터의 디스바이오시스를 면역 체크포인트 억제제에 대한 반응을 복원하기 위해 박테로이데스 살리에르시아에로 보상함. C57BL/6 마우스를 3일의 광범위 항생제에 이어서 비-반응 RCC 환자에서 유래된 변으로의 경구 위관영양으로 처리하였다. 20일 후, MCA205 육종을 피하 접종하였다. 8일 후, C57BL/6 마우스에 5회의 주사로 3일마다 항-PD1 Ab+항 CTLA4 Ab의 ip 투여를 제공하였다. mAb로의 각각의 ip 요법 전날에, 수용자 종양 보유 마우스에 1010 cfu의 다양한 균주 (X축에 열거됨)의 경구 위관영양을 제공하였다. 종양 성장 동역학을 추적하였다. 그래프는 희생 시의 종양 크기를 도시한다. 희생 시의 무종양 마우스의 백분율이 하기에 지시된다. ANOVA 통계 분석: *p<0.05.
도 42: 폐 NSCLC 환자로부터의 디스바이오시스를 항-PD1 mAb에 대한 반응을 복원하기 위해 6개의 박테리아 균주의 공동체로 보상함. a. C57BL/6 마우스를 3일의 광범위 항생제에 이어서 비-반응 NSCLC 환자에서 유래된 변으로의 경구 위관영양으로 처리하였다. 20일 후, MCA205 육종을 sc 접종하였다. 8일 후, C57BL/6 마우스에 5회의 주사로 3일마다 항-PD1 Ab의 ip 투여를 제공하였다. mAb로의 각각의 ip 요법 전날에, 수용자 종양 보유 마우스에 1010 cfu의 다양한 균주 (6A에 열거됨)의 경구 위관영양을 제공하였다. b. 종양 성장 동역학 (평균 +/- SEM 또는 각각의 개별적인 곡선)을 추적하였다. 그래프는 최상의 군에서의 경시적인 성장 동역학을 도시한다 (상부 패널은 마우스 별로, 하부 패널은 평균). c. 제13일에 요약된 전체 군에 대한 전체 종양 크기. 종양 ANOVA 통계 분석: *p<0.05.
도 43: 별개의 박테리아 공동체가 항-PD1 효능을 호전시킬 수 있다. C57BL/6 마우스를 3일의 광범위 항생제에 이어서 폐암 환자에서 유래된 변으로의 경구 위관영양 (FMT)으로 처리하였다. 15일 후, C57BL/6 마우스에 MCA205 육종 마우스 종양을 sc 접종하였다. 4일 후, C57BL/6 마우스에 총 4회의 주사로 3일 마다 항-PD1의 ip 투여를 제공하고, 최종적으로 109 cfu의 다양한 균주 (X축에 열거됨)로 구성된 박테리아 공동체를 경구 위관영양하였다. 종양 성장 동역학을 추적하였다. 위관영양 후 제8일의 종양 성장이 도시된다. 각각의 점은 1마리의 마우스의 종양 크기를 나타낸다. 유사한 결과가 산출된 2개 중 대표적인 실험이 도시된다.
도 44: 바르네시엘라 인테스티니호미니스가 항-PD1 Ab로의 요법 (및 이러한 요법에 대한 반응)의 홀마크 서명 내에 함유된다. C57BL/6 마우스에 MCA205 육종 마우스 종양을 sc 접종하였다. 6일 후, C57BL/6 마우스에 총 6회의 주사로 3일마다 항-PD1 또는 항-PD1/항-CTLA4 Ab 조합물의 ip 투여를 제공하였다. 각각의 mAb 요법과 연관된 특이적 장 지문을 규정하기 위한 PD1 차단 또는 PD1+CTLA4 공동-차단 후의 변의 메타게놈 분석. mAb-기반 면역요법의 2회 주사 후 (F3)의 Lefse (a) 및 박스플롯 (b) 그래프. 크루스칼-왈리스 분석; p<0.05. MCA205는 육종인 한편, RET는 흑색종이다 (제시되지 않음). 따라서 바르네시엘라 인테스티니호미니스가 PD1 차단 후에 선택되고, 임상 이익과 연관된다.
도 45. 헤마톡실린 에오신 또는 항-절단 카스파제3 Ab로의 염색에서 장 독성 (움 불규칙성, 융모성 상실, 염증성 패턴)을 분석하는 면역조직화학. 도 40-42에 기술된 실험 설정. 반응자로부터의 대변의 전달이 비-반응자로부터의 대변으로 수득된 독성을 감소시킨다. 온코백스로 보상된 FMT가 결장염 점수를 감소시킨다.
도 46. 2개의 독립적인 종양 마우스 모델에서의 실험 설정 및 샘플 수집 시기. 2개의 상이한 마우스 종양 모델로부터의 대변 샘플 수집 시기. MCA-205-육종 또는 RET-흑색종을 SPF 마우스에 접종하고, 이어서 단독요법 항-PD-1 mAb (n=6), 조합물 항-PD-1 mAb + 항-CTLA-4 mAb (n=6) 또는 Iso 대조군 (n=6)으로 처리하였다. F1: 종양 접종 전. F2: 종양 접종 5-7일 후 및 1차 처리 전. F3: 2차 주사 48시간 후. F4: 5차 주사 48시간 후. F5: 6차 주사 48시간 후.
도 47: 장 미생물총 조성이 단독요법이거나 또는 항-CTLA-4 mAb와 조합된 항-PD-1, 및 MCA-205 마우스 모델에서의 종양 크기에 영향을 받는다. 왼쪽 패널: 주성분 분석 (PCA) 그래프가 각각의 군 (Iso 대조군, PD-1, 및 콤보: PD-1 + 항-CTLA-4)에 대한 상이한 시점 F2-F3-F4의 브레이-커티스 거리를 기초로 하는, 변의 16 S rRNA 시퀀싱으로부터 유래된 분류의 베타-다양성을 나타낸다 (도 46의 실험 설정). 오른쪽 패널: 종양 크기와 함께 각각의 처리 군에 대한 박테리아 분류 다양성을 평가하는 R 통계 (ANOSIM 유래). "1.0"에 가까운 R 값은 (명확한 참조물에 대한) 군들 사이의 차이를 시사하는 한편, "0"에 가까운 R 값은 군들 내 및 군들 사이의 높은 순위 및 낮은 순위의 균일한 분포를 시사한다. "0" 미만의 R 값은 군들 사이보다 군들 내에서 차이가 더 크다는 것을 시사한다.
도 48: 장 미생물총 변화가 ICB 조합 (항-PD-1 + 항-CTLA-4 Ab)에 영향을 받고, RET 마우스 모델에서의 종양 크기와 상호관련된다. 왼쪽 패널: 각각의 군 (Iso 대조군, PD-1, 및 콤보: PD-1 + 항-CTLA-4 Ab)에서의 상이한 시점 F2-F3-F4의 브레이-커티스 거리를 기초로 하는, 변의 16 S rRNA 시퀀싱에서 수득된 박테리아 분류-베타-다양성을 나타내는 주성분 분석 (도 46의 실험 설정). 오른쪽 패널: 종양 크기와 함께 각각의 처리 군에 대한 다양성을 평가하는 R 통계 (ANOSIM 유래). "1.0"에 가까운 R 값은 (명확한 참조물에 대한) 군들 사이의 차이를 시사하는 한편, "0"에 가까운 R 값은 군들 내 및 군들 사이의 높은 순위 및 낮은 순위의 균일한 분포를 시사한다. "0" 미만의 R 값은 군들 사이보다 군들 내에서 차이가 더 크다는 것을 시사한다.
도 49: 도 46의 실험 설정에서 ICB에 대한 반응 또는 저항성을 예측하는 독특한 기준선 미생물총 조성 및 박테리아 종. RET 또는 MCA-205가 접종된 마우스의 기준선 대변 조성물 (F2)의 16 S rRNA 파이로시퀀싱 분석. 동물 처리 (Iso 대조군, PD-1 또는 PD-1+ 항-CTLA-4)와 관계 없이 반응자 (R) 및 비-반응자 (NR)의 2개의 군에서 사망 시의 종양 크기에 따라 동물을 분리하였다. 반응자 중에서, 78개의 박테리아가 NR 군에 비교하여 이러한 R 군에서만 발견되었다.
도 50: 면역 체크포인트 차단제의 조합물 (항-PD-1 + 항-CTLA-4 Ab)로 처리된 마우스에서의 이로운 반응과 연관된 종. MCA-205 또는 RET가 접종된 마우스에서의 F2의 기준선 대변 샘플 내의 유전자 앰플리콘의 16 S rRNA 파이로시퀀싱 분석. 169개의 박테리아 종이 양쪽 종양 모델에서 항-PD-1 + 항-CTLA-4 mAb로 처리된 반응자 마우스에서 공통적이었다.
Claims (36)
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법과 조합하여 암을 치료하는데 사용하기 위한, 엔테로코쿠스 히라에(Enterococcus hirae), 아커만시아 무시니필라(Akkermansia muciniphila), 알리스티페스 샤히이(Alistipes shahii), 기타 알리스티페스(Alistipes) 종 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된 박테리아를 포함하며, 암 환자에서 면역자극을 유도하는 조성물.
- 제1항에 있어서, 엔테로코쿠스 히라에, 아커만시아 무시니필라, 알리스티페스 종, 유박테리움(Eubacterium) 종, 루미노코카세아에(Ruminococcaceae), 클로스트리디알레스(Clostridiales) 종, 박테로이달레스(Bacteroidales) 종, 악티노박테리아(Actinobacteria), 코리오박테리알레스(Coriobacteriales) 종 및 메타노브레비박터 스미시이(Methanobrevibacter smithii)로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 2개의 종의 박테리아를 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 엔테로코쿠스 히라에 및 아커만시아 무시니필라 종의 박테리아를 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 부르크홀데리아 세파시아(Burkholderia cepacia) 및/또는 박테로이데스 프라길리스(Bacteroides fragilis) 및/또는 악티노티그눔 샤알리이(Actinotignum schaalii) 및/또는 알리스티페스 인디스팅크투스(Alistipes indistinctus) 및/또는 온데르돈키이(onderdonkii) 종의 박테리아를 추가로 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물.
- 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
- 크리스텐세넬라 미누타(Christensenella minuta) 종의 클로스트리디알레스 박테리아; 및/또는
- 디엘마 파스티디오사(Dielma fastidiosa) 또는 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum) 종의 에리시펠로트리키아(Erysipelotrichia); 및/또는
- 알리스티페스 샤히이, 알리스티페스 인디스팅크투스, 알리스티페스 온데르돈키이(Alistipes onderdonkii) 및 알리스티페스 피네골디이(Alistipes finegoldii)로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 알리스티페스 박테리아; 및/또는
- 유박테리움 리모숨(Eubacterium limosum) 종의 유박테리움 박테리아; 및/또는
- 박테로이데스 살리에르시아에(Bacteroides salyersiae) 및/또는 바르네시엘라 인테스티니호미니스(Barnesiella intestinihominis) 종의 박테로이달레스 박테리아; 및/또는
- 악티노티그눔 샤알리이 종라 악티노박테리아; 및/또는
- 콜린셀라 인테스티날리스(Collinsella intestinalis) 및/또는 콜린셀라 타나카에이(Collinsella tanakaei) 종의 코리오박테리알레스 박테리아; 및/또는
- 플라보니프락토르 플라우티이(Flavonifractor plautii) 종의 피르미쿠테스(Firmicutes) 박테리아
를 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
(i) 2013년 11월 7일에 번호 I-4815 하에 콜렉션 내셔널 드 컬쳐스 드 마이크로오가니즘스 (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes) (CNCM)에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 13144, 2017년 8월 31일에 번호 I-5224 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR7, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5260 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR4, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5261 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR11 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된 엔테로코쿠스 히라에; 및
(ii) 양쪽 모두 콜렉션 드 수쉬스 드 루니테 데스 리케차스 (Collection de souches de l'Unite des Rickettsies) (CSUR)에 기탁된 아커만시아 무시니필라 균주 p2261 및 p3415 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된 아커만시아 무시니필라; 및
(iii) 유박테리움 리모숨
을 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
(i) 2013년 11월 7일에 번호 I-4815 하에 콜렉션 내셔널 드 컬쳐스 드 마이크로오가니즘스 (CNCM)에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 13144, 2017년 8월 31일에 번호 I-5224 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR7, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5260 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR4, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5261 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR11 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된 엔테로코쿠스 히라에; 및
(ii) 바르네시엘라 인테스티니호미니스
를 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
(i) 2013년 11월 7일에 번호 I-4815 하에 콜렉션 내셔널 드 컬쳐스 드 마이크로오가니즘스 (CNCM)에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 13144, 2017년 8월 31일에 번호 I-5224 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR7, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5260 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR4, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5261 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR11 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된 엔테로코쿠스 히라에; 및
(ii) 크리스텐세넬라 미누타
를 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
(i) 2013년 11월 7일에 번호 I-4815 하에 콜렉션 내셔널 드 컬쳐스 드 마이크로오가니즘스 (CNCM)에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 13144, 2017년 8월 31일에 번호 I-5224 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR7, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5260 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR4, 2017년 11월 27일에 번호 CNCM I-5261 하에 CNCM에 기탁된 엔테로코쿠스 히라에 균주 IGR11 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된 엔테로코쿠스 히라에; 및
(ii) 악티노티그눔 샤알리이
를 포함하는, 제1항의 용도를 위한 조성물. - 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 암 환자에서의 디스바이오시스(dysbiosis)를 보상하기 위한 약제로서 사용하기 위한 조성물.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물이 상기 개체에서 면역자극을 유도하는 것인, 제1항 또는 제10항의 용도를 위한 조성물.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체가 항-PD1 및 항-CTLA4 공동차단 또는 항-PD-L2 및 항-CTLA4 공동차단으로 치료되는 것인, 제1항, 제10항 및 제11항 중 어느 한 항의 용도를 위한 조성물.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 암 재발을 방지하기 위한 면역자극 요법으로서 사용하기 위한 조성물.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법 및/또는 항-CTLA-4 Ab-기반 요법의 장 독성을 감소시키거나 또는 방지하기 위한 약제로서 사용하기 위한 조성물.
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법과 조합하여 암을 치료하는데 사용하기 위한 대변 미생물 조성물.
- 제15항에 있어서, 피르미쿠테스 종, 클로스트리디알레스 종, 알리스티페스 종, 유박테리움 종, 박테로이달레스 종, 메타노브레비박터 스미시이, 아커만시아 무시니필라 및 엔테로코쿠스 히라에로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 10개의 박테리아 종을 포함하는, 제15항의 용도를 위한 대변 미생물 조성물.
- 제15항 또는 제16항에 있어서, 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 따른 조성물로 강화된, 제15항의 용도를 위한 대변 미생물 조성물.
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법의 투여 전에 암 환자가 박테리아 보상을 필요로 하는지를 결정하기 위한 진단/치료(theranostic) 방법이며, 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 아커만시아 무시니필라, 엔테로코쿠스 히라에 및 디엘마 파스티디오사로 이루어진 군으로부터 선택된 하나의 종 또는 여러 종으로부터의 박테리아의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 아커만시아 무시니필라, 엔테로코쿠스 히라에 및 디엘마 파스티디오사 중 어느 하나가 상기 대변 샘플에 부재하면, 환자가 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조성물 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항의 대변 미생물 조성물로의 박테리아 보상을 필요로 하는 것인 방법.
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법의 투여 전에 암 환자가 박테리아 보상을 필요로 하는지를 결정하기 위한 진단/치료 방법이며, 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 루미노코쿠스(Ruminococcus) 종 CAG:353, 루미노코쿠스 박테리아 LM158, 루미노코쿠스 토르퀘스(Ruminococcus torques) 2 및 루미노코카세아에 박테리움 D16의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 루미노코쿠스 종 CAG:353, 루미노코쿠스 박테리아 LM158, 루미노코쿠스 토르퀘스 2 및 루미노코카세아에 박테리움 D16 중 어느 것도 상기 대변 샘플 내에 존재하지 않으면, 환자가 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조성물 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항의 대변 미생물 조성물로의 박테리아 보상을 필요로 하는 것인 방법.
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법의 투여 전에 암 환자가 박테리아 보상을 필요로 하는지를 결정하기 위한 진단/치료 방법이며, 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 알리스티페스 종 CAG:435, 알리스티페스 종 CAG:514, 알리스티페스 인디스팅크투스 CAG328 및 알리스티페스 종 CAG/268의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 알리스티페스 종 CAG:435, 알리스티페스 종 CAG:514, 알리스티페스 인디스팅크투스 CAG328 및 알리스티페스 종 CAG/268 중 어느 것도 상기 대변 샘플 내에 존재하지 않으면, 환자가 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조성물 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항의 대변 미생물 조성물로의 박테리아 보상을 필요로 하는 것인 방법.
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법의 투여 전에 암 환자가 박테리아 보상을 필요로 하는지를 결정하기 위한 진단/치료 방법이며, 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 박테로이데스 자일라노솔벤스(Bacteroides xylanosolvens) CAG945, 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis) CAG159, 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus) CAG1165, 프레보텔라(Prevotella) CAG :255, CAG163, 루미노코쿠스 브로미이(Ruminococcus bromii) CAG611, 로제부리아 인테스티날리스(Roseburia intestinalis) CAG291 및 유박테리움 CAG :38, CAG 629의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 박테로이데스 자일라노솔벤스 CAG945, 박테로이데스 유니포르미스 CAG159, 박테로이데스 오바투스 CAG1165, 프레보텔라 CAG :255, CAG163, 루미노코쿠스 브로미이 CAG611, 로제부리아 인테스티날리스 CAG291 또는 유박테리움 CAG :38, CAG 629가 상기 대변 샘플 내에 존재하면, 환자가 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조성물 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항의 대변 미생물 조성물로의 박테리아 보상을 필요로 하는 것인 방법.
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법의 투여 전에 암 환자가 박테리아 보상을 필요로 하는지를 결정하기 위한 진단/치료 방법이며, 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 피르미쿠테스 박테리움, 유박테리움, 블라우티아(Blautia) 및 로제부리아(Roseburia)로 이루어진 군으로부터 선택된 단쇄 지방산 생산 클로스트리디아세아에(Clostridiaceae)의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 상기 대변 샘플로부터의 피르미쿠테스 박테리움, 유박테리움, 블라우티아 및 로제부리아의 부재가 환자가 엔테로코쿠스 히라에 및/또는 아커만시아 무시니필라 또는 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조성물 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항의 대변 미생물 조성물로의 박테리아 보상을 필요로 한다는 것을 지시하는 것인 방법.
- 암 환자가 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법에 대한 양호한 반응자일 가능성이 있는지를 결정하는 시험관내 진단/치료 방법이며, 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 표 1 및 표 2에 개시된 미생물 종으로부터 선택된 적어도 10개의 미생물 종의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 표 1에 개시된 미생물 종의 존재 및 표 2에 개시된 미생물 종의 부재는 환자가 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법에 대한 양호한 반응자일 가능성이 있다는 것을 지시하고, 표 1에 개시된 미생물 종의 부재 및 표 2에 개시된 미생물 종의 존재는 환자가 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법에 저항성일 가능성이 있다는 것을 지시하는 것인 방법.
- 제23항에 있어서, 적어도 5개의 피르미쿠테스 종, 5개의 클로스트리디알레스 종 (이 중에 적어도 3개의 루미노코카세아에), 1개의 알리스티페스 종, 1개의 유박테리움 종, 1개의 박테로이달레스 종, 메타노브레비박터 스미시이 및/또는 아커만시아 무시니필라의 존재가 평가되는 방법.
- 제23항 또는 제24항에 있어서, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스(Anaerotruncus colihominis) 및 적어도 하나의 오실리박터(Oscillibacter) 종의 존재를 평가하는 방법.
- 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법이 단독으로 또는 항-CTLA4 Ab 또는 IDO 억제제 또는 다른 면역조정제와 조합하여 투여되는 것인 방법.
- 제23항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 환자에게 이미 항-PD1/PD-L1/PD-L2 항체가 제공된 것인 방법.
- 제23항 내지 제27항 중 어느 한 항에 따른 방법에서 검출될 미생물 종 각각에 대해 특이적인 핵산 프로브를 포함하는 것을 특징으로 하는, 제23항 내지 제27항 중 어느 한 항에 따른 방법을 수행하기 위해 디자인된 핵산 마이크로어레이.
- 제23항 내지 제28항 중 어느 한 항에 따른 방법에서 검출될 미생물 종 각각에 대해 특이적인 서열을 증폭시키기 위한 프라이머 쌍을 포함하는 것을 특징으로 하는, 제23항 내지 제28항 중 어느 한 항에 따른 방법을 수행하기 위한 프라이머 세트.
- 암 환자에 암과 연관된 디스바이오시스가 있는지 여부를 평가하기 위한 시험관내 방법이며, 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 파에칼리박테리움(Faecalibacterium) CAG297, 블라우티아 CAG179, 로제부리아 CAG55, 헤모필라 파라인플루엔자에(Haemophila parainfluenzae) CAG1056, 클로스트리디알레스 CAG1132, 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis), 피르미쿠테스 CAG1308, 피르미쿠테스 박테리움 CAG713, 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium), 엔테로코쿠스 파에칼리스(Enterococus faecalis), 서브돌리그라눌룸(Subdoligranulum) CAG140, 라크노스피라세아에(Lachnospiraceae) 박테리아 CAG14, 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium innocuum) CAG36, 루미노코쿠스 토르퀘스 1, 훈가텔라 하테와이이(Hungatella hathewayi) 1 CAG25, 이. 콜라이(E. coli) CAG 11, 이. 콜라이 CAG 371, 클로스트리디알레스 CAG533 및 티제렐라 넥실리스(Tyzzerella nexilis) CAG311로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 또는 19개의 미생물 종의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서
- 비피도박테리움 덴티움, 엔테로코쿠스 파에칼리스, 서브돌리그라눌룸 CAG140, 라크노스피라세아에 박테리움 CAG14, 클로스트리디움 이노쿠움 CAG36, 루미노코쿠스 토르퀘스 1, 훈가텔라 하테와이이 1 CAG25, 이. 콜라이 CAG 11, 이. 콜라이 CAG 371, 클로스트리디알레스 CAG533 및 티제렐라 넥실리스 CAG311로 이루어진 군으로부터 선택된 미생물 종의 존재 및
- 파에칼리박테리움 CAG297, 블라우티아 CAG179, 로제부리아 CAG55, 헤모필라 파라인플루엔자에 CAG1056, 클로스트리디알레스 CAG1132, 비피도박테리움 아돌레센티스, 피르미쿠테스 CAG1308 및 피르미쿠테스 박테리움 CAG713으로 이루어진 군으로부터 선택된 미생물 종의 부재
가 환자에 암과 연관된 디스바이오시스가 있다는 것을 지시하는 것인 방법. - 암에 대해 치료되는 또는 치료된 적이 있는 환자에서 재발을 예측하는 방법이며, 상이한 시점들에 수득된 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 파에칼리박테리움 CAG297, 블라우티아 CAG179, 로제부리아 CAG55, 헤모필라 파라인플루엔자에 CAG1056, 클로스트리디알레스 CAG1132, 비피도박테리움 아돌레센티스, 피르미쿠테스 CAG1308, 피르미쿠테스 박테리움 CAG713, 비피도박테리움 덴티움, 엔테로코쿠스 파에칼리스, 서브돌리그라눌룸 CAG140, 라크노스피라세아에 박테리움 CAG14, 클로스트리디움 이노쿠움 CAG36, 루미노코쿠스 토르퀘스 1, 훈가텔라 하테와이이 1 CAG25, 이. 콜라이 CAG 11, 이. 콜라이 CAG 371, 클로스트리디알레스 CAG533 및 티제렐라 넥실리스 CAG311로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 또는 19개의 미생물 종의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서
- 비피도박테리움 덴티움, 엔테로코쿠스 파에칼리스, 서브돌리그라눌룸 CAG140, 라크노스피라세아에 박테리움 CAG14, 클로스트리디움 이노쿠움 CAG36, 루미노코쿠스 토르퀘스 1, 훈가텔라 하테와이이 1 CAG25, 이. 콜라이 CAG 11, 이. 콜라이 CAG 371, 클로스트리디알레스 CAG533 및 티제렐라 넥실리스 CAG311로 이루어진 군으로부터 선택된 미생물 종의 증가 및
- 파에칼리박테리움 CAG297, 블라우티아 CAG179, 로제부리아 CAG55, 헤모필라 파라인플루엔자에 CAG1056, 클로스트리디알레스 CAG1132, 비피도박테리움 아돌레센티스, 피르미쿠테스 CAG1308 및 피르미쿠테스 박테리움 CAG713으로 이루어진 군으로부터 선택된 미생물 종의 감소
가 환자가 재발될 가능성이 있다는 것을 지시하는 것인 방법. - 암 환자에게 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법으로의 치료가 이로울 가능성이 있는지 여부를 생체외에서 결정하는 방법이며, 상기 환자로부터의 혈액 샘플 내의 부르크홀데리아 세파시아, 엔테로코쿠스 히라에 및/또는 박테로이데스 프라길리스에 대한 기억 Th1 또는 Tc1 세포의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 부르크홀데리아 세파시아 및 엔테로코쿠스 히라에에 대한 기억 Th1 또는 Tc1 세포의 존재는 환자가 상기 치료에 대한 양호한 반응자일 가능성이 있다는 것을 지시하고, 박테로이데스 프라길리스에 대한 기억 Th1 세포의 존재는 환자가 불량한 반응자일 가능성이 있다는 것을 지시하는 것인 방법.
- 암 환자에게 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법으로의 치료가 이로울 가능성이 있는지 여부를 생체외에서 결정하는 방법이며, 상기 환자로부터의 혈액 샘플 내의 아커만시아 무시니필라에 대한 기억 Th1 또는 Tr1 세포의 존재를 평가하는 것을 포함하고, 여기서 아커만시아 무시니필라에 대한 기억 CD4+ Th1 또는 CD8+ Tc1 (IFNg 생산) 또는 CD4+ Tr1 세포 (IL-10 생산)의 존재가 환자가 상기 치료에 대한 양호한 반응자일 가능성이 있다는 것을 지시하는 것인 방법.
- 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법으로 치료되는 암 환자가 상기 치료에 대한 양호한 반응자인지를 평가하는 방법이며,
(i) 치료를 시작할 때 수득된 상기 환자로부터의 대변 샘플에서, 박테로이데스 자일라노솔벤스 CAG945, 박테로이데스 유니포르미스 CAG159, 박테로이데스 오바투스 CAG1165, 프레보텔라 CAG :255, CAG163, 루미노코쿠스 브로미이 CAG611, 로제부리아 인테스티날리스 CAG291, 유박테리움 CAG :38, CAG 629, 루미노코카세아에 CAG1003, 플라보니프락토르 플라우티이 CAG 439 및 피르미쿠테스 박테리움 CAG : 124, CAG 629로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 미생물 종의 존재 또는 상대적 풍부도를 평가하는 단계;
(ii) 3 또는 4회의 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab 투여 후에 수득된 상기 환자로부터의 대변 샘플에서 단계 (i)에서와 동일한 종의 존재 또는 상대적 풍부도를 평가하는 단계
를 포함하고, 여기서
- 박테로이데스 자일라노솔벤스 CAG945, 박테로이데스 유니포르미스 CAG159, 박테로이데스 오바투스 CAG1165, 프레보텔라 CAG :255, CAG163, 루미노코쿠스 브로미이 CAG611, 로제부리아 인테스티날리스 CAG291 및 유박테리움 CAG :38, CAG 629의 감소 또는 완전한 상실
- 및/또는 루미노코카세아에 CAG1003, 플라보니프락토르 플라우티이 CAG 439 및 피르미쿠테스 박테리움 CAG : 124, CAG 629의 증가 또는 획득
이 환자가 치료에 대한 양호한 반응자임을 지시하는 것인 방법. - 암 환자에게 투여되는 항-PD1/PD-L1/PD-L2 Ab-기반 요법에 대한 아주반트로서 사용하기 위한, 피르미쿠테스 종, 클로스트리디알레스 종, 알리스티페스 종, 유박테리움 종, 박테로이달레스 종, 메타노브레비박터 스미시이, 아커만시아 무시니필라 및 엔테로코쿠스 히라에 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된 박테리아의 단편을 포함하는 면역원성 조성물.
- 제35항에 있어서, 박테로이데스 프라길리스 및/또는 부르크홀데리아 세파시아의 단편을 추가로 포함하는 면역원성 조성물.
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