LT7032B - Būdas nustatyti su skrandžio vėžiu siejamas mutacijas kraujyje naudojant genų panelę - Google Patents
Būdas nustatyti su skrandžio vėžiu siejamas mutacijas kraujyje naudojant genų panelę Download PDFInfo
- Publication number
- LT7032B LT7032B LT2021577A LT2021577A LT7032B LT 7032 B LT7032 B LT 7032B LT 2021577 A LT2021577 A LT 2021577A LT 2021577 A LT2021577 A LT 2021577A LT 7032 B LT7032 B LT 7032B
- Authority
- LT
- Lithuania
- Prior art keywords
- mutations
- cancer
- associated mutations
- sample
- blood
- Prior art date
Links
- 230000035772 mutation Effects 0.000 title claims description 25
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims description 24
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 title claims description 9
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 title claims description 9
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 title claims description 9
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 title claims description 8
- 239000008280 blood Substances 0.000 title claims description 8
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 19
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 17
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 14
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 11
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 10
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 9
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 claims description 7
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 claims description 7
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 claims description 5
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 claims description 5
- 102100028914 Catenin beta-1 Human genes 0.000 claims description 4
- 101000924577 Homo sapiens Adenomatous polyposis coli protein Proteins 0.000 claims description 4
- 101000916173 Homo sapiens Catenin beta-1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100025725 Mothers against decapentaplegic homolog 4 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710143112 Mothers against decapentaplegic homolog 4 Proteins 0.000 claims description 4
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 claims description 4
- 102000014160 PTEN Phosphohydrolase Human genes 0.000 claims description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 4
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 4
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 4
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 4
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 4
- 102100034580 AT-rich interactive domain-containing protein 1A Human genes 0.000 claims description 3
- 102100021886 Activin receptor type-2A Human genes 0.000 claims description 3
- 102100034540 Adenomatous polyposis coli protein Human genes 0.000 claims description 3
- 102100037674 Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase Human genes 0.000 claims description 3
- 108091007854 Cdh1/Fizzy-related Proteins 0.000 claims description 3
- 102000038594 Cdh1/Fizzy-related Human genes 0.000 claims description 3
- 102100021147 DNA mismatch repair protein Msh6 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100026245 E3 ubiquitin-protein ligase RNF43 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100032596 Fibrocystin Human genes 0.000 claims description 3
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 claims description 3
- 101000924266 Homo sapiens AT-rich interactive domain-containing protein 1A Proteins 0.000 claims description 3
- 101000970954 Homo sapiens Activin receptor type-2A Proteins 0.000 claims description 3
- 101000968658 Homo sapiens DNA mismatch repair protein Msh6 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000692702 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase RNF43 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000730595 Homo sapiens Fibrocystin Proteins 0.000 claims description 3
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 claims description 3
- 101000623901 Homo sapiens Mucin-16 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000624947 Homo sapiens Nesprin-1 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000741978 Homo sapiens Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein Proteins 0.000 claims description 3
- 101000605639 Homo sapiens Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Proteins 0.000 claims description 3
- 101000824318 Homo sapiens Protocadherin Fat 1 Proteins 0.000 claims description 3
- 101001074042 Homo sapiens Transcriptional activator GLI3 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000796673 Homo sapiens Transformation/transcription domain-associated protein Proteins 0.000 claims description 3
- 101000976642 Homo sapiens Zinc finger protein ZIC 4 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100023123 Mucin-16 Human genes 0.000 claims description 3
- 108010026664 MutL Protein Homolog 1 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100023306 Nesprin-1 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100038633 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein Human genes 0.000 claims description 3
- 102100038332 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Human genes 0.000 claims description 3
- 102100022095 Protocadherin Fat 1 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100029981 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 Human genes 0.000 claims description 3
- 101710100963 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100035559 Transcriptional activator GLI3 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100032762 Transformation/transcription domain-associated protein Human genes 0.000 claims description 3
- 102100023493 Zinc finger protein ZIC 4 Human genes 0.000 claims description 3
- 108010005713 bis(5'-adenosyl)triphosphatase Proteins 0.000 claims description 3
- 230000002939 deleterious effect Effects 0.000 claims description 3
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 3
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 3
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 102000000872 ATM Human genes 0.000 claims description 2
- 108010004586 Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins Proteins 0.000 claims description 2
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100030779 Ephrin type-B receptor 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710105178 F-box/WD repeat-containing protein 7 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100028138 F-box/WD repeat-containing protein 7 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100027755 Histone-lysine N-methyltransferase 2C Human genes 0.000 claims description 2
- 101001064150 Homo sapiens Ephrin type-B receptor 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001008892 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase 2C Proteins 0.000 claims description 2
- 101000578920 Homo sapiens Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000573451 Homo sapiens Msx2-interacting protein Proteins 0.000 claims description 2
- 101000601770 Homo sapiens Protein polybromo-1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000848199 Homo sapiens Protocadherin Fat 4 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001074548 Homo sapiens Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000628562 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase STK11 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000645320 Homo sapiens Titin Proteins 0.000 claims description 2
- 102100028322 Microtubule-actin cross-linking factor 1, isoforms 1/2/3/5 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100026285 Msx2-interacting protein Human genes 0.000 claims description 2
- 102000013609 MutL Protein Homolog 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100037516 Protein polybromo-1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100034547 Protocadherin Fat 4 Human genes 0.000 claims description 2
- 101150111584 RHOA gene Proteins 0.000 claims description 2
- 102100036266 Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100026715 Serine/threonine-protein kinase STK11 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100026260 Titin Human genes 0.000 claims description 2
- 102100022387 Transforming protein RhoA Human genes 0.000 claims description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 claims description 2
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 claims description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 10
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 9
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 3
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 2
- 108010009392 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p16 Proteins 0.000 description 2
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 description 2
- 102000015098 Tumor Suppressor Protein p53 Human genes 0.000 description 2
- 102100033254 Tumor suppressor ARF Human genes 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 2
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 2
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 2
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000007482 whole exome sequencing Methods 0.000 description 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 230000009946 DNA mutation Effects 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 101710182389 Fibroblast growth factor receptor 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100029974 GTPase HRas Human genes 0.000 description 1
- 102100032610 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas Human genes 0.000 description 1
- 206010018910 Haemolysis Diseases 0.000 description 1
- 101000655236 Homo sapiens DNA-binding protein SATB2 Proteins 0.000 description 1
- 101000584633 Homo sapiens GTPase HRas Proteins 0.000 description 1
- 101001014590 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas Proteins 0.000 description 1
- 101001014594 Homo sapiens Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short Proteins 0.000 description 1
- 101001014610 Homo sapiens Neuroendocrine secretory protein 55 Proteins 0.000 description 1
- 101000797903 Homo sapiens Protein ALEX Proteins 0.000 description 1
- 101000779418 Homo sapiens RAC-alpha serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 description 1
- 101000984753 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase B-raf Proteins 0.000 description 1
- 101000783404 Homo sapiens Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 102100033810 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase Human genes 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 102100027103 Serine/threonine-protein kinase B-raf Human genes 0.000 description 1
- 102100036122 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform Human genes 0.000 description 1
- 238000003339 best practice Methods 0.000 description 1
- JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N carbonyl sulfide Chemical compound O=C=S JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000012953 feeding on blood of other organism Effects 0.000 description 1
- 238000007667 floating Methods 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 102000054767 gene variant Human genes 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008588 hemolysis Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000004451 qualitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 1
- 239000000107 tumor biomarker Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Atlikus 29 skrandžio vėžio pacientų viso egzomo sekoskaitą buvo sukurta 38-ių genų panelė. Naudojant šią panelę ir atliekant naujos kartos sekoskaitą somatinės mutacijos gali būti įvertinamos ir gauti rezultatai gali būti naudojami prognozuoti įvairiais navikais sergančių pacientų ligos eigą, ivertinti atkrytj bei prognozuoti ligą.
Description
TECHNIKOS SRITIS
Šis aprašymas priklauso mutacijų nustatymo nukleorūgštyse sričiai, o tiksliau - su vėžiu susijusių mutacijų nustatymui nukleorūgštyse išgaunamose iš kūno skysčių.
TECHNIKOS LYGIS
Skrandžio vėžys vis dar yra vienas dažniausių ir letaliausių vėžinių susirgimų Lietuvoje ir pasaulyje. Mirtingumas nuo šios ligos artėja prie mirtingumo nuo širdies ir kraujagyslių ligų lygio. Gydymas, parinktas atsižvelgiant į individualų biožymenų rinkinį, vis daugiau pradedamas analizuoti klinikiniuose tyrimuose. Todėl pastarųjų metų skrandžio vėžio moksliniai tyrimai telkiasi į naujų diagnostinių įrankių ir technologijų sukūrimą, kurie leistų diagnozuoti šią ligą ankščiau, stebėti ligos eigą ir taikyti personalizuotos medicinos principus gydant. Šiuo metu yra žinoma, kad analizuojant žmogaus kraujyje aptinkamą laisvai cirkuliuojančią DNR galima diagnozuoti onkologinę ligą ir stebėti jos eigą. JAV patento dokumentas US2020181711A1 aprašo panašų metodą analizuoti vėžį, kur pacientų skysčių mėginiuose esančių EN2 ir SATB2 genų ekspresija yra naudojama diagnozuoti ir įvertinti vėžį. Šis dokumentas įvertina tik šių dviejų genų ekspresija ir nepateikia skrandžio vėžio aptikimui optimizuoto genų rinkinio, kuris leistų tiksliau analizuoti skrandžio vėžį. JAV Patento dokumentas US2021002727A1 aprašo metodą identifikuoti su liga susijusius genų variantus nuskaitant paciento ir sveiko žmogaus egzomų sekas ir jas palyginant tarpusavyje. Nors lyginant sveiko žmogaus ir paciento DNR sekas galima surasti daugiau ligą lemiančios DNR, šis būdas yra netikslus, nes sugeneruoja daugiau klaidingai teigiamų rezultatų, kurie atsiranda dėl skirtumų tarp individų. Artimiausias patento dokumentas US2019256924A1 aprašo daugybės onkologinių ligų tyrimo metodą apimantį pacientų kraujo mėginiuose laisvai plaukiojančios genetinės medžiagos biomarkerių analizę KRAS, TP53, CDKN2A, SMAD4, PIK3CA, HRAS, CDKN2A, AKT1, CTNNB1, APC, EGFR, GNAS, PPP2R1A, BRAF, FBXM7, PTEN, FGFR2 genuose. Nors keletas genų, kurie naudojami vėžio biomarkerių analizei sutampa, šio išradimų genų panelė nėra optimizuoti aptikti skrandžio vėžį.
IŠRADIMO ESMĖ
Sukurta 38-ių genų panelė apima apie 390 kilo bazių regioną genome. Taikant šia panelę ir atliekant naujos kartos sekoskaitos analizę (naudojamas GATK Best Practices somatic short variants workflow (PMID: 25431634), kurį sudaro tokie bionformatiniai įrankiai kaip Burrows- Wheeler Aligner (BWA), Samtools, Mutect2 ir kt.), galima įvertinti pacientų kraujyje esančios DNR mutacijas susijusias su onkogeneze. Viso egzomo sekoskaita atlikta naudojant hibridizaciją specifiniais pradmenimis koduojančios genomo dalies sekų praturtinimui (komercinis xGen Exome Research Panel v1, IDT rinkinys). Duomenys gauti naudojant tokia DNR analizę gali būti pritaikomi įvairias vėžines ligas turinčių pacientų ligos stebėjimui, ligos prognozavimui ir atkryčio vertinimui. Atlikus viso egzomo sekoskaitą LSMU Kauno Klinikų Gastroenterologijos klinikos skrandžio vėžio pacientų grupei (n=29) buvo sukurta 38-ių genų panelė, kurią galima naudoti onkogenezės stebėjimui. Šią panelę ir atliekant naujos kartos sekoskaitos analizę galima įvertinti somatines navikinės kilmės mutacijas neinvaziniu būdu - pacientų kraujyje. Nustatytos mutacijos apima vieno nukleotido pakaitas bei nedideles insercijas ir delecijas. Pastarųjų metų tyrimai rodo, kad tokia laisvai cirkuliuojančios DNR analizė gali būti taikoma įvairiais navikais sergančių pacientų ligos eigos stebėsenai, atkryčio vertinimui ir prognozei. Šis su vėžiu susijusių mutacijų nustatymo būdas naudojamas įvertinti mutacijas esančias DNR fragmentuose išgrynintuose iš paciento biologinio mėginio naudojant genų panelę susidedančią iš: ACVR2A, CDH1, ERBB4, GLI3, MSH6, PREX2, SYNE1, TRRAP, APC, CTNNB1, FAT1, KMT2C, MUC16, PTEN, SMAD4, ZIC4, ARID1A, EGFR, FAT4, KRAS, PBRM1, RHOA, SPEN, TTN, ATM, EPHB1, FBXW7, MACF1, PIK3CA, RIMS2, STK11, CCND1, ERBB2, FHIT, MLH1, PKHD1, RNF43 ir TP53 genų ir specifinių pradmenų. įvertinimas atliekamas palyginant gautą informaciją su referentine žmogaus genomo seka. Minėtas biologinis mėginys dažniausiai yra kūno skysčių mėginys, dažniausiai kraujo mėginys. Mutacijų analizei naudojama iš kūno skysčių, konkrečiai, kraujo plazmos išgryninta laisvai cirkuliuojanti DNR. Iš laisvai cirkuliuojančios DNR išgauti genų panelės fragmentai yra naudojami kiekybinei ir kokybinei analizei. Nustačius žalingas vieno nukleotido pakaitas, insercijas ir delecijas, jos yra toliau vertinamos kokybiškai ir kiekybiškai tam, kad būtų prognozuojamas vėžys. Ši genų panelė yra labiausiai pritaikyta būtent su skrandžio vėžiu susijusių mutacijų nustatymui.
DETALUS IŠRADIMO APRAŠYMAS
Paciento periferinis kraujas paimamas standartinės flebotomijos procedūros metu, naudojant komerciškai prieinamus K2EDTA mėgintuvėlius (10 ml mėgintuvėlis vienam pacientui; Becton, Dickinson and Company, Franklin Lakes, NJ). Plazma nuo eritrocitų atskiriama per 2 valandas nuo kraujo paėmimo naudojant optimizuotą dvigubo centrifugavimo protokolą (Streleckiene G, Forster M, Inciuraite R, Lukosevicius R, Skieceviciene J. Effects of Quantification Methods, Isolation Kits, Plasma Biobanking, and Hemolysis on Cell-Free DNA Analysis in Plasma. Biopreserv Biobank. 2019;17(6):553-561. PMID: 31343271). Laisvai cirkuliuojančios DNR gryninimas iš kraujo plazmos atliekamas naudojant komercinius skyrimo rinkinius: QIAamp Circulating Nucleic Acid isolation kit (Qiagen, Hilden, Germany). Naudojant mūsų genų panelę, sudaryta iš 38 genų ir specifinių pradmenų šių genų praturitinimui, atliekama naujos kartos sekoskaita. Sugeneruotos sekos prilyginamos referentinei žmogaus genomo sekai (GRCh37/hg19), atliekamas sekų apdorojimas: sekoskaitos adapterių šalinimas, kokybės kontrolė, sekų apjungimas į „šeimas“ pagal unikalius molekulinius žymenis (angl. unique molecular identifiers (UMI)). Nustatyti genetiniai variantai vėliau anotuojami, pagal duomenų bazes (dbSNP/ClinVar, COSMIC ir kt.) įvertinant jų reikšmę baltymo gamybai. Tik žalingą poveikį turintys somatiniai variantai (vieno nukleotido pakaitos ir insercijos/delecijos) vertinami toliau. Mūsų tyrimas rodo, kad prognostinę reikšmę pacientų išgyvenamumui bei kaip žymuo naviko išplitimui turi ir kokybinė (t. y. aptinkama ar ne somatinė mutacija kraujo plazmoje) ir kiekybinė (t. y. aptinkamų mutacijų skaičius, mutavusio alelio dažnis) plazmos laisvai cirkuliuojančios DNR analizė.
lentelė. Genai, sudarantys genų panelę
| ACVR2A | CDH1 | ERBB4 | GLI3 | MSH6 | PREX2 | SYNE1 | TRRAP |
| APC | CTNNB1 | FAT1 | KMT2C | MUC16 | PTEN | SMAD4 | ZIC4 |
| ARID1A | EGFR | FAT4 | KRAS | PBRM1 | RHOA | SPEN | TTN |
| ATM | EPHB1 | FBXW7 | MACF1 | PIK3CA | RIMS2 | STK11 | |
| CCND1 | ERBB2 | FHIT | MLH1 | PKHD1 | RNF43 | TP53 |
Naudojant šią panelę ir atliekant gilią taikininę naujos kortos sekoskaitą iš viso somatinės mutacijos plazmoje laisvai cirkuliuojančios DNR buvo nustatytos 91,3 proc. pacientų, o mutacijos, kilusios iš navikinio audinio - 47,8 proc. pacientų. Lyginant mokslinę literatūra, skelbiami audinio ir laisvai cirkuliuojančios DNR mutacijų profilio persidengimo rezultatai yra nuo 33,9 proc. iki 58,0 proc. (Fang W-L, et al, 2016; Kim YW, et al, 2019; Lan J, et al, 2020). Be to, naudojant sukurtą panelę mutacijos plazmos laisvai cirkuliuojančioje DNR buvo nustatytos ir pacientams su santykinai mažais navikais (T1-T2 pagal TNM klasifikaciją, 10 proc. tirtųjų), tai rodo, kad identifikavus mutacijas galima nustatyti ligą anksti ir taip pagerinti pacientų išgyvenamumą. Naudojant genų panelę taip pat buvo atliktas kiekybinis mutacijų vertinimas ir nustatyta sąsaja su išgyvenamumu. Stipri asociacija tarp mutacijų kiekio ir išgyvenamumo parodo, kad mutacijų tyrimas plazmos laisvai cirkuliuojančiojoje DNR galėtų būti taikomas pacientų prognozės vertinimui bei personalizuoto gydymo pritaikymui, kai mutacijos nustatomos su atsaku į terapiją susijusiuose genuose. Šiame tyrime pacientų, kurių laisvai cirkuliuojančios DNR buvo nustatyta: i) 1-2 somatinės mutacijos genuose, esančiuose panelės sudėtyje išgyvenamumo mediana siekė 469 dienas; ii) 3-6 somatinės mutacijos genuose, esančiuose panelės sudėtyje, išgyvenamumo mediana siekė 315 dienų; iii) daugiau nei 6 mutacijos genuose, esančiuose panelės sudėtyje, išgyvenamumo mediana siekė 44 dienas. Pacientų, kuriems nenustatyta mutacijų kraujyje laisvai cirkuliuojančioje DNR, išgyvenamumo mediana buvo ilgiausia - 803 dienos. Nustatyti skirtumai tarp šių grupių buvo statistiškai patikimi P = 0,008 (kai alfa reikšmingumo lygmuo P < 0,05). Be to, papildomai buvo naudotas Cox proporcingos rizikos modelis, įtraukiantis pacientų demografinius rodiklius bei naviko charakteristikas. Rezultatai taip pat parodė statistiškai reikšmingą daugiau nei 6 somatinių mutacijų poveikį pacientų išgyvenamumui (koreguota P = 0,0186).
Claims (8)
- Su vėžiu susijusių mutacijų mėginyje nustatymo būdas apimantis: su vėžiu susijusių mutacijų įvertinimą naudojant genų panelę, susidedančią iš: ACVR2A, CDH1, ERBB4, GLI3, MSH6, PREX2, SYNE1, TRRAP, APC, CTNNB1, FAT1, KMT2C, MUC16, PTEN, SMAD4, ZIC4, ARID1A, EGFR, FAT4, KRAS, PBRM1, RHOA, SPEN, TTN, ATM, EPHB1, FBXW7, MACF1, PIK3CA, RIMS2, STK11, CCND1, ERBB2, FHIT, MLH1, PKHD1, RNF43 ir TP53 genų ir specifinių pradmenų, kur įvertinimas apima šių genų sekų nustatymą ir šių sekų palyginimą su referentine genomo seka.
- Būdas pagal 1 punktą, b e s i s k i r i a n t i s tuo, kad mėginys yra kūno skysčių mėginys.
- Būdas pagal 2 punktą, b e s i s k i r i a n t i s tuo, kad kūno skysčių mėginys yra kraujo mėginys.
- Būdas pagal bet kurį iš 1 - 3 punktų, b e s i s k i r i a n t i s tuo, kad minėti genų panelės DNR fragmentai, naudojami mutacijų analizei, yra išgauti iš laisvai cirkuliuojančios DNR.
- Būdas pagal bet kurį iš 1-4 punktų, b e s i s k i r i a n t i s tuo, kad laisvai cirkuliuojanti DNR yra išgryninama iš kraujo plazmos
- Būdas pagal bet kurį iš 1-6 punktų, b e s i s k i r i a n t i s tuo, kad žalingos somatinės mutacijos apima vieno nukleotido pakaitas bei insercijas ir delecijas.
- Būdas pagal bet kurį iš 1-7 punktų, b e s i s k i r i a n t i s tuo, kad nustatytos mutacijos yra su vėžiu susijusios mutacijos.
- Būdas pagal 8 punktą, b e s i s k i r i a n t i s tuo, kad nustatomos su vėžiu susijusios mutacijos yra su skrandžio vėžiu susijusios mutacijos.
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| LT2021577A LT7032B (lt) | 2021-12-30 | 2021-12-30 | Būdas nustatyti su skrandžio vėžiu siejamas mutacijas kraujyje naudojant genų panelę |
| EP22215734.9A EP4206335A1 (en) | 2021-12-30 | 2022-12-22 | Method for identifying gastric cancer-associated mutations in blood using a gene panel |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| LT2021577A LT7032B (lt) | 2021-12-30 | 2021-12-30 | Būdas nustatyti su skrandžio vėžiu siejamas mutacijas kraujyje naudojant genų panelę |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| LT2021577A LT2021577A (lt) | 2023-07-10 |
| LT7032B true LT7032B (lt) | 2023-10-10 |
Family
ID=85937303
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| LT2021577A LT7032B (lt) | 2021-12-30 | 2021-12-30 | Būdas nustatyti su skrandžio vėžiu siejamas mutacijas kraujyje naudojant genų panelę |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP4206335A1 (lt) |
| LT (1) | LT7032B (lt) |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111868260B (zh) | 2017-08-07 | 2025-02-21 | 约翰斯霍普金斯大学 | 用于评估和治疗癌症的方法和材料 |
| US20200181711A1 (en) | 2018-12-06 | 2020-06-11 | Shivani SHRIVASTAVA | Compositions and methods for monitoring, diagnosis, prognosis, detection, and treatment of cancer |
| US20210002727A1 (en) | 2019-07-01 | 2021-01-07 | Globe Biotech Ltd. | Method of determining disease-associated gene variants and its use in the diagnosis of liver cancer and for drug discovery |
-
2021
- 2021-12-30 LT LT2021577A patent/LT7032B/lt unknown
-
2022
- 2022-12-22 EP EP22215734.9A patent/EP4206335A1/en not_active Withdrawn
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP4206335A1 (en) | 2023-07-05 |
| LT2021577A (lt) | 2023-07-10 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| TWI874916B (zh) | 腫瘤檢測之方法及系統 | |
| EP4421489A2 (en) | Diagnostic applications using nucleic acid fragments | |
| ES2959360T3 (es) | Mejora del cribado del cáncer mediante ácidos nucleicos víricos acelulares | |
| JP7665659B2 (ja) | 循環腫瘍核酸分子のマルチモーダル分析 | |
| US12529107B2 (en) | CpG island methylation profile in non-invasive oral rinse samples for detection of oral and pharyngeal carcinoma | |
| US12049672B2 (en) | Methods and systems for screening for conditions | |
| CN108300787A (zh) | 特异甲基化位点作为乳腺癌早期诊断标志物的应用 | |
| CN107151707B (zh) | 一种检测肺癌相关基因热点突变的试剂盒及其应用 | |
| LT7032B (lt) | Būdas nustatyti su skrandžio vėžiu siejamas mutacijas kraujyje naudojant genų panelę | |
| CN121335988A (zh) | 非侵入性体外诊断方法 | |
| EP4282984A1 (en) | Method for construction of multi-feature prediction model for cancer diagnosis | |
| CN121358876A (zh) | 体细胞突变检测用非侵入性体外方法 | |
| JP2024527142A (ja) | リキッドバイオプシーにおける変異検出の方法 | |
| CN113913521A (zh) | 一种基因分型检测试剂盒及其应用 | |
| CN114350812A (zh) | 与奥西替尼耐药性相关的NSCLC-free RNA-3及其应用 | |
| US20260088128A1 (en) | Sensitive and specific determination of dna methylation profiles | |
| JP2020014415A (ja) | がんの診断用バイオマーカー | |
| Xing et al. | Aberrant fragmentomic features of circulating cell-free mitochondrial DNA as novel biomarkers in cancer patients | |
| CN106834491B (zh) | 乳腺癌预后相关基因突变检测试剂盒及其使用方法 | |
| Katsman et al. | Improved deconvolution of circulating tumor DNA from ultra-low-pass whole-genome methylation sequencing using CelFiE-ISH | |
| De Lope et al. | KRAS Mutations, Potential Biomarkers for the Identification of Non-small-Cell Lung Cancer Patients That May Benefit From Immunotherapy-Based Treatments | |
| Ruglioni et al. | Association of IDH1 Mutation Detected in Circulating-free DNA With Survival Outcome in Patients Affected by Glioma | |
| WO2025109033A1 (en) | Method for identifying if a subject is at risk of developing lung cancer | |
| EP4547869A1 (en) | Method for detecting cancer susceptibility, early detection and predicting cancer behaviour | |
| KR20240059529A (ko) | 폐암 진단용 메틸화 마커 및 이의 조합 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| BB1A | Patent application published |
Effective date: 20230710 |
|
| FG9A | Patent granted |
Effective date: 20231010 |