MX2009001079A

MX2009001079A - Sondas de peptido para diagnosis y terapeutica.

Info

Publication number: MX2009001079A
Application number: MX2009001079A
Authority: MX
Inventors: Cindy S Orser; Shankarrama Shivaprasad; Alan Rudopph; Renee Wegrzyn
Original assignee: Adlyfe Inc
Priority date: 2006-07-28
Filing date: 2007-07-26
Publication date: 2009-02-10
Also published as: CN101802609A; AU2007277186B2; WO2008013859A2; JP2010502938A; EP2156181B1; CA2657503A1; CA2657503C; US20080095706A1; US8673579B2; JP5097206B2; EP2156181A2; BRPI0714930A2; US20130108549A1; WO2008013859A3; AU2007277186A1

Abstract

Se describen agentes y métodos que pueden utilizarse para diagnosticar y tratar una variedad de enfermedades asociadas con proteínas conformacionalmente alteradas. Los agentes y métodos pueden utilizarse para identificar y suministrar fármacos útiles para tratar enfermedades asociadas con proteínas conformacionalmente alteradas.

Description

SONDAS DE PÉPTIDO PARA DIAGNOSIS Y TERAPÉUTICA ANTECEDENTES Solicitudes Relacionadas Esta solicitud reclama el beneficio de prioridad bajo 35 U.S.C. § 119(e) a la solicitud provisional de E.U. 60/833,854, presentada el 28 de Julio de 2006, y la solicitud provisional de E.U. 60/848,358, presentada el 2 de Octubre de 2006, los contenidos completos de las cuales se incorporan por referencia en la presente en sus totalidades. 1. Campo de la Invención La presente invención se refiere al campo de la detección de proteínas en una forma estructural específica, incluyendo proteínas mal plegadas, tales como aquellas asociadas con estados de enfermedad, y para el tratamiento de aquellos estados de enfermedad. Más particularmente, la presente invención se refiere a métodos, sondas, y kits para detectar proteínas en una forma estructural específica en muestras, tales como muestras biológicas y clínicas o in vivo. En algunas modalidades, las proteínas se asocian con enfermedades amiloidogénicas . La invención también se refiere a métodos, agentes, y kits para tratar enfermedades asociadas con tales proteínas, y para identificar otros agentes útiles para tratar tales enfermedades. 2. Antecedentes Una variedad de enfermedades se asocian con una forma estructural especifica de una proteina (ejemplo, una "proteína mal plegada" o una proteína auto-agregada) , aunque la proteína en una forma estructural diferente (ejemplo, una "proteína normal") no es dañina. En muchos casos, la proteína normal es soluble, mientras la proteína mal plegada forma agregados insolubles. Los ejemplos de tales proteínas insolubles incluyen priones en encefalopatía espongiforme transmisible (TSE) ; péptido ?ß en placas amiloides de la enfermedad de Alzheimer (AD) , angiopatía amiloide cerebral (CAA) , y enfermedad vascular cerebral (CVD) ; depósitos de a-sinucleina en cuerpos de Lewy de la enfermedad de Parkinson, tau en ovillos neurofibrilares en demencia temporal frontal y enfermedad de Pick; superóxido dismutasa en esclerosis lateral amiotrófica; y Huntingtin en enfermedad de Huntington. Ver, ejemplo, Glenner et al., J. Neurol. Sci. 94 : 1 -28 , 1989 ; Haan et al., Clin. Neurol. Neurosurg. 92 ( 4 ) : 305-310 , 1990 . Con frecuencia, estas proteínas insolubles forman agregados compuestos de fibrilos sin ramificación con la característica común de una conformación de hoja ß-plegada. En el CNS, el amiloide puede estar presente en vaso.s sanguíneos cerebrales y de meninges (depósitos cerebrovasculares) y en parénquima cerebral (placas) . Los estudios neuropatológicos en modelos humanos y animales indican que las células próximas a depósitos de amiloides se perturban en sus funciones normales. Ver, ejemplo, Mandybur, Acta Neuropathol . 78:329-331, 1989; Kawai et al., Brain Res. 623:142-146, 1993; Martin et al., Am. J. Pathol. 145:1348- 1381, 1994; Kalaria et al., Neuroreport 6:477-80, 1995; Masliah et al., J. Neurosci. 16:5795-5811, 1996. Otros estudios indican adicionalmente que los fibrilos de amiloide actualmente pueden iniciar la neurodegeneración . Ver, ejemplo, Lendon et al., J. Am. Med. Assoc. 277:825-831, 1997; Yankner, Nat . Med. 2:850-852, 1996; Selkoe, J. Biol C em. 271:18295-18298, 1996; Hardy, Trends Neurosci. 20:154-159, 1997.

A. Priones & Enfermedades Asociadas a Prión Los priones son patógenos infecciosos que causan encefalopatías espongiformes del sistema nervioso central en humanos y animales. Los priones son distintos de bacterias, virus, y viroides. Un precursor de prión potencial es una proteína referida como PrP 27-30, una glicoproteína hidrofóbica de 28 kilodaltones que se polimeriza (agrega) en filamentos similares a varillas encontrados como placas en cerebros infectados. El homólogo de proteína normal difiere de priones en que es fácilmente degradable, mientras los priones son altamente resistentes a proteasas. Se ha sugerido que los priones pueden contener cantidades extremadamente pequeñas de ácido nucleico altamente infeccioso, no detectables por métodos de ensayo convencionales. Ver, ejemplo, Benjamín Lewin, "Genes IV", Oxford Univ. Press, New York, 1990, en la página 1080. Sin embargo, la hipótesis predominante en la actualidad es que ningún componente de ácido nucleico es necesario para la infectividad de proteína priónica. Los genes que codifican la proteína priónica completa se han clonado, secuenciado y expresado en animales transgénicos . La proteína priónica celular normal, PrPc, se codifica por un gen huésped de copia única y se encuentra normalmente en la superficie exterior de neuronas. Durante un proceso post-translacional , una proteína referida como PrPSc se forma de la isoforma PrP celular, normal (PrPc) , y resulta la enfermedad priónica. PrPSc es necesaria tanto para la transmisión como la patogénesis de las enfermedades neurodegenerativas transmisibles de animales y humanos. La proteína priónica normal (PrPc) es una metalo-glicoproteína de superficie celular que tiene principalmente una estructura a-hélice y bucle embobinado. Se cree que sirve como un antioxidante y se piensa que se asocia con homeostasis. celular. La forma anormal (PrPSc) es un conformador es decir resistente a proteasas y tiene una estructura secundaria que contiene predominantemente ß- hojas. Se cree que este cambio conformacional en estructura secundaria conduce a agregación y deposición de placa neurotóxica eventual en el proceso de enfermedad priónica. Las enfermedades asociadas a prión incluyen scrapie de oveja y cabras, enfermedad de caquexia crónica de ciervo y alce, y encefalopatía espongiforme bovina (BSE) de ganado. Ver, ejemplo, ilesmith and Wells, Microbiol. Immunol. 172:21-38, 1991. Cuatro enfermedades priónicas de humanos se han identificado: (1) kuru, (2) enfermedad Creutzfeldt-Jakob (CJD), (3) Enfermedad Gerstmann-Strassler-Scheinker (GSS), e (4) insomnio familiar fatal (FFI). Ver, ejemplo, Gajdusek, D. C, Science 197:943-969, 1977; Medori et al. N. Engl. J. Med. 326:444-449, 1992. Las enfermedades priónicas son transmisibles e insidiosas. Por ejemplo, los tiempos de incubación largos asociados con enfermedades priónicas no revelarán el grado completo de CJD iatrogénica por décadas en miles de personas en todo el mundo tratadas con hormona de crecimiento humana (HGH) extraída de cadáveres. La importancia de detectar priones en productos biológicos se ha aumentado por la posibilidad de que priones bovinos se han transmitido a humanos quienes desarrollan una nueva variante de la enfermedad Creutzfeldt-Jakob (nvCJD.) . Ver, ejemplo, Chazot et al., Lancet 347:1181, 1996; Will et al . , Lancet 347:921- 925, 1996. Las enfermedades causadas por priones son difíciles de diagnosticar. La enfermedad puede ser latente o subclínica (los priones anormales son detectables, pero los síntomas no) . Además, los homólogos normales de una proteína asociada a prión existen en los cerebros de organismos no infectados, lo que complica más la detección. Ver, ejemplo, Ivan Roitt et al., " Immunology" , Mosby-Year Book Europe Limited, 1993, en la página 15.1. Las técnicas actuales utilizadas para detectar la presencia de infecciones relacionadas con prión se basan en cambios morfológicos gruesos en el cerebro, y en técnicas inmunoquímicas que generalmente se aplican solamente después de que se manifiestan los síntomas. Muchos de los métodos , I de detección actuales son ensayos en base al anticuerpo, o se basan en cromatografía de afinidad. Utilizan tejido cerebral de animales muertos, o, en algunos casos, inmunoelectroforesis capilar de muestras sanguíneas. Los ensayos a base de tejido cerebral pueden conducir a la detección posterior y requerir la matanza del animal a probarse. La Verificación Priónica (Prionics AG) , una prueba de diagnóstico para encefalopatía espongiforme bovina, también comprende matar a un animal para obtener una muestra de tejido cerebral licuada, que se somete a un anticuerpo utilizando Western Blot. Aunque los resultados se obtienen en seis a siete horas, la prueba no considera el tiempo de retraso de seis meses entre la acumulación de PrPSc en el cerebro y el inicio de los síntomas clínicos. El muestreo de biopsia tonsilar, y muestreo cerebroespinal y sangre, aunque exacto, puede requerir la intervención quirúrgica y tomar semanas para obtener resultados. Ionización de Electrorocío-espectroscopia de masa (ESI- S), resonancia magnética nuclear (N R) , dicroismo-' 'circular (CD) , y otras técnicas estructurales no amplificadas requieren grandes cantidades de muestra y equipo costoso que se ubica típicamente a una distancia substancial de la fuente de muestra .

B . Encefalopatías Espongiformes Transmisibles (TSEs) Las Encefalopatías Espongiformes Transmisibles o "TSEs" son enfermedades neurodegenerativas fatales que incluyen tales trastornos humanos como CJD y kuru. Las formas animales de TSE incluyen scrapie en oveja, CWD en ciervo y alce, y BSE en ganado. Estas enfermedades se caracterizan por la formación y acumulación en el cerebro de una isoforma resistente a proteinasa anormal K (PrP-res) de una proteína priónica codificada por el huésped, sensible a proteasa normal (PrP-sen) . PrP-res se forma de PrP-sen por un proceso post-translacional que incluye cambios conformacionales que convierten la PrP-sen en un agregado molecular PrP-res teniendo un contenido más alto de ß-hoja. La formación de estos agregados macromoleculares de PrP-res se asocia de manera cercana con patología cerebral mediada por TSE, en la cual los depósitos de amiloides de PrP-res se forman en el cerebro, los cuales eventualmente se vuelven "espongiformes" (llenados con agujeros). La proteína celular PrP-sen es una sialoglicoproteína codificada por un gen que, en humanos, se ubica en el cromosoma 20. El gen PrP se expresa tanto en tejidos neurales como no neurales, con la concentración más alta de su ARNm encontrándose en neuronas. El producto de traducción del gen PrP consiste de 253 aminoácidos en humanos, 254 aminoácidos en hámsters y ratones, 264 aminoácidos en vacas, y 256 aminoácidos en oveja (todas estas secuencias se describen en la Pat. de E.U. No. 5, 565, 186, que describe métodos para hacer ratones transgénicos que expresan PrP específica de especie y se incorpora en la presente por referencia) . En encefalopatías relacionadas con proteína priónica, la PrP-sen celular se convierte en la PrP-res alterada. PrP-res se distingue de PrP-sen por los agregados de PrP-res (ver, ejemplo, Caughey and Chesebro, Trends Cell Biol . 7:56-62, 1997); es al menos parcialmente resistente a digestión de proteinasa K (solamente aproximadamente los 67 aminoácidos . N-terminal se remueven por digestión de proteinasa K bajo condiciones en que PrP-sen se degrada completamente) (ver, ejemplo, Prusiner et al., Sem. Virol. 7:159-173, 1996); y tiene, en comparación con PrP-sen, menos estructura a-helicoidal y más estructura de ß-hoja (ver, ejemplo, Pan et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 90:10962- 10966, 1993). Si PrP-sen no se expresa en el tejido cerebral de receptores animales de neuroinj ertos infectados con scrapie, no ocurre patología fuera del injerto, demostrando que PrP-res y PrP-sen se requieren para la patología. Ver, ejemplo, Brander et al., Nature 379:339-343, 1996. El largo periodo de latencia entre la infección y la aparición de la enfermedad (meses a décadas, dependiendo de la especie) ha indicado el desarrollo de una prueba in vitro libre de célula, en la cual PrP-res induce la conversión de PrP-sen a PrP-res. Ver, ejemplo, Kockisko et al., Nature 370:471-474, 1994; Prusiner et al., WO 97/16728). Estas observaciones in vivo e in vitro indicaron que PrP-res y PrP-sen interactúan para formar PrP-res y promover la patogénesis TSE. El término "interactuar" como se utiliza en la presente significa incluir interacciones detectables (ejemplo, interacciones bioquímicas) entre moléculas, tales como interacciones de proteína-proteína, proteína-ácido nucleico, ácido nucleico-ácido nucleico, proteína-molécula pequeña, o ácido nucleico-molécula pequeña.

Se ha mostrado previamente que los péptidos sintéticos pequeños que contienen ciertas secuencias PrP se agregan espontáneamente para formar fibrilos con un alto grado de estructura secundaria de ß-hoja del tipo observado en los depósitos insolubles en cerebros afligidos por TSE. Ver, ejemplo, Gasset et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 89:10940-10944, 1992; Come et al., Proc. Nati Acad. Sci. USA 90:5959-5963, 1993; Forloni et al., Nature 362:543-546, 1993; Hope et al., Neurodegeneration 5:1-11, 1996. Además, se ha mostrado que los péptidos PrP sintéticos interactúan con moléculas PrP-sen para formar un complejo agregado con resistencia a proteasa incrementada. Ver, ejemplo, Kaneko et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 92:11160-11164, 1995; Kaneko et al., J. Mol. Biol. 270:574-586, 1997.

C . Proteínas Amiloide & Enfermedades Asociadas En AD, CAA, y CVD, el componente amiloide principal es la proteina beta amiloide (?ß) . La proteina ?ß, que se genera de la proteina precursora beta amiloide (APP) por la acción de dos secretasas putativas, está presente a bajos niveles en el CNS normal y sangre. Debido a que APP puede segmentarse en varios sitios, la proteina ?ß que ocurre de manera natural no es un producto homogéneo. Dos formas abundantes encontradas en las placas amiloides son ?ß?-^? (también referidas como ?ß40) y ?ß?_42 (también referidas como ?ß42), que se producen por truncado carboxi-terminal alternativo de APP. Ver, ejemplo, Selkoe et al., PNAS USA 85:7341-7345, 1988; Selkoe, Trends Neurosci. 16:403-409, 1993. ?ß40 y ?ß42 tiene secuencias de aminoácidos idénticas, con ?ß42 teniendo dos residuos adicionales (lie y Ala) y su término C. Aunque ?ß40 es más abundante, ?ß42 es el más fibrilogénico y es el componente principal de los dos en depósitos de amiloides de tanto AD como CAA. Ver, ejemplo, Wurth et al., J. Mol. Biol. 319: 1279-90 (2002) . Los niveles elevados de plasma de ?ß42 se han asociado con AD, y con riesgo incrementado para AD. También, se ha mostrado que la magnitud de la proporción de niveles de ?ß42/?ß40 tiene significado clínico para AD, CAA, y otras condiciones, tal como depresión posterior en vida (LLMD) . Ver, ejemplo, Pomara et al. Neurochem. Res. (2006). Los niveles de plasma de ?ß42 y ?ß40 típicamente se determinan utilizando anticuerpos monoclonales. Además de los depósitos de amiloides en los casos AD descritos arriba, la mayoría de los casos AD también se asocian con deposición de amiloide en las paredes vasculares. Ver, ejemplo, Hardy, 1997, supra; Haan et al., 1990, supra; Terry et al., supra; Vinters H. V., Cerebral amyloid angiopathy, Stroke ar-Apr; 18 (2 ): 311-324 , 1987; Itoh Y., et al. Subpial beta/A4 peptide deposite are closely associated with amyloid angiopathy in the eiderly, Neurosci .

Lett. 155 (2) : 144-147, Enero 11, 1993; Yamada M . , et al . , Subarachnoid haemorrhage in the elderly: a necropsy study of the association with cerebral amyloid angiopathy, J Neurol. Neurosurg. Psychiatry 56 ( 5) : 543-547 , Mayo, 1993; Greenberg S. M., et al., The clinical spectrum of cerebral amyloid angiopathy: presentations without lobar hemorrhage, Neurology 43 ( 10 ): 2073-2079 , Octubre 1993. Estas lesiones vasculares son la marca de CAA, que puede existir en la ausencia de AD. Aunque la base molecular de AD no se ha establecido, la enfermedad se asocia con ensambles neurotóxicos de ?ß42. La gente normal tiene proteina ?ß soluble circulando en su plasma y fluido cerebroespinal (CSF) . Algunos estudios in vitro indican que la neurotoxicidad se correlaciona con la presencia de ensambles fibrilares de ?ß42 y con la conformación de ß-hoja de ?ß42. Se ha reportado que algunas moléculas presentes en CSF inhiben la formación de fibrilo ?ß42, tales como apolipoproteina E (ApoE), apolipoproteina J (ApoJ) , componente amiloide de suero P (SAP) , transtiretina (TTR) , antiquimoestripsina (ACT) , y a2-macroglobulina (a 2M) , aunque también se ha reportado que apoE y ACT promueven el ensamble de ?ß42 en filamentos in vitro. También se ha mostrado que los anticuerpos anti-?ß humanos bloquean la formación de fibrilo ?ß42 y previenen la neurotoxicidad inducida por. ?ß42 in vitro. Ver, ejemplo, Ono et al., Neurobiol. Disease 20: 233-40 (2005). El mecanismo de formación de fibrilo ?ß in vitro se ha explicado por un modelo dependiente de nucleación, con dos fases. La primer fase, formación de núcleo, incluye la asociación de monómeros y se cree que es una etapa limitante de velocidad, termodinámicamente no favorable en la formación de fibrilo. La siguiente fase, extensión, incluye la adición de monómeros a los extremos de los fibrilos existentes, y se favorece más termodinámicamente. Ver, ejemplo, Ono et al., supra. Otra forma patogénica de la proteina ?ß es oligómeros ?ß solubles (también conocidos como ligandos oligoméricos ?ß, o ADDLs). La actividad neurotóxica de ADDLs se ha establecido en varios modelos in vitro, y niveles cerebrales humanos de ADDL se han encontrado ser grandemente elevados en pacientes AD. Ver, ejemplo, Gong et al., PNAS 100: 10417-22 (2003) . Transtiretina humana (TTR) es una proteina de plasma normal compuesta de cuatro unidades predominantemente en estructura de ß-hoja, idénticas, y sirve como un transportador de la hormona tiroxina. El auto ensamble anormal de TTR en fibrilos amiloide causa dos formas de enfermedad humana, principalmente amiloidosis sistémica senil (SSA) y polineuropatia amiloide familiar (FAP). Ver, ejemplo, Kelly, Curr. Opin. Struct. Biol. 6(1): 11-17, 1996.

La causa de la formación de amiloide en FAP es mutaciones puntuales en el gen TTR; la causa de SSA es desconocida. El diagnóstico clínico se establece de manera histológica al detectar depósitos de amiloide in situ en material de biopsia . A la fecha, se sabe poco acerca del mecanismo de conversión de TTR en amiloide in vivo. Sin embargo, varios laboratorios han demostrado que la conversión de amiloide puede estimularse in vitro por desnaturalización parcial de TTR humana normal. Ver, ejemplo, McCutchen et al., Biochemistry 32 ( 45 ) : 12119-12127 , 1993; McCutchen and Kelly, Biochem. Biophys. Res. Comm. 197 (2 ) : 15-421 , 1993. El mecanismo de transición conformación incluye un compuesto intermediario conformación monomérico que se polimeriza en fibrilos amiloide con estructura de ß-hoja lineal. Lai et al., Biochemistry 35 ( 20 ) : 6470-6 82 , 1996. El proceso puede mitigarse al unirse con moléculas de estabilización, tales como tiroxina o triyodofenol . Miroy et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 93 (26) : 15051-15056, 1996. El mecanismo preciso mediante el cual las places neuríticas se forman y la relación de la formación de placa con los procesos neurodegenerativos asociados con la enfermedad no se definen bien. Se sabe que los fibrilos amiloide en los cerebros de pacientes con enfermedad priónica y Alzheimer resultan en la activación inflamatoria de ciertas células. Por ejemplo, los cultivos microgiales primarias y la estirpe celular monocitica THP-1 se estimulan por ß-amiloide fibrilar y péptidos priónicos para activar las cascadas de transducción de señal inflamatoria dependiente de cinasa de tirosina idéntica. La respuesta de señalización producida por ß-amiloide y fibrilos priónicos conduce a la producción de productos neurotóxicos , que son en parte responsables de la neurodegeneracion. Ver, ejemplo, Combs et al., J. Neurosci. 19:928-939, 1999. Los métodos de detección de proteínas conformacionalmente alteradas asociadas con los trastornos arriba mencionados, tales como AD, CAA, y CVD, también son inadecuados en que, como las técnicas de detección de prión previamente mencionadas, con frecuencia requieren muestreo de tejido post-mortem. También, los ensayos a base de anticuerpo pueden ser no efectivos debido a que los anticuerpos pueden no distinguir las formas que causan la enfermedad de la proteína de proteína normal.

LA INVENCIÓN La presente invención proporciona métodos, sondas, agentes y kits que pueden utilizarse para diagnosticar y tratar una variedad de enfermedades asociadas con proteínas en un estado estructural específico. Los agentes y métodos también pueden utilizarse para identificar otros agentes útiles para tratar o prevenir tales enfermedades. De acuerdo con una modalidad, se proporciona un método para identificar una proteina objetivo presente en un estado especifico de auto-agregación en una muestra, comprendiendo (a) contactar la muestra con una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación; y (b) detectar cualquier unión entre la sonda de péptido y cualquier proteina objetivo presente en el estado especifico de auto-agregación, identificando asi cualquier proteina objetivo presente en el estado especifico de auto-agregación. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles, y auto-agregados insolubles. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de auto-agregados amorfos insolubles, protofibrilos , y fibrilos. En algunas modalidades, la proteina objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteina precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteina beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inraunoglobulinas o fragmentos de las mismas ß2- microglobulina, a-sinucleina, rodopsina, al- antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cistica, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa , y proteína cistatina C. En algunas modalidades, la sonda de péptido comprende además una marca detectable. En algunas modalidades, la sonda de péptido se inmoviliza en un soporte sólido. En modalidades específicas, la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 36 y SEQ ID NO: 45. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método in vivo para identificar una proteína objetivo presente en un paciente en un estado específico de auto-agregación, comprendiendo (a) administrar al paciente una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo en el estado específico de auto-agregación y en donde la sonda de péptido se marca con una marca detectable; y (b) explorar al sujeto para sonda de péptido marcada localizada en la proteina objetivo presente en el paciente, identificando asi proteina objetivo presente en el paciente en el estado especifico de auto-agregación. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles, y auto-agregados insolubles. En algunas modalidades, la proteina objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteina precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteina beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas, ß2-microglobulina, -sinucleina, rodopsina, al-antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa, y proteína cistatina C. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para prevenir la formación de agregados de proteina de una proteina objetivo, comprendiendo contactar la proteina objetivo con una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto- agregación, previniendo asi la formación de agregados de proteina de más alto orden de la proteina objetivo. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles, y auto-agregados insolubles. En algunas modalidades, la proteina objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteina precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteina beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas, ß2-microglobulina, a-sinucleina, rodopsina, l-antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoprotexna de baja densidad, apolipoproteinas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa, y proteína cistatina C. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para suministrar un agente terapéutico a una proteína objetivo, comprendiendo combinar el agente terapéutico con una sonda de péptido para la proteína objetivo y administrar la combinación de sonda de péptido-agente terapéutico a un paciente en necesidad de la misma. En algunas modalidades, la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja y la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteína objetivo. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo en un estado específico de auto-agregación, tales como monómeros, oligómeros solubles y agregados insolubles. En algunas modalidades, el agente terapéutico tiene actividad anti-amiloide . De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteína objetivo, comprendiendo (A) contactar una proteína de fusión y un agente de prueba, la proteína de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteína objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteína de fusión; (B) detectar una señal generada por la marca; y (C) correlacionar la señal con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteína objetivo. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteína objetivo, comprendiendo (A) contactar la proteína objetivo, una proteína de fusión, y un agente de prueba, la proteína de fusión comprendiendo (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión; (B) detectar una señal generada por la marca; y (C) correlacionar la señal con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteina objetivo. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteina objetivo, comprendiendo (A) someter una proteina de fusión a condiciones que promueven agregación, la proteina de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión; (B) detectar una primer señal generada por la marca; (C) someter la proteina de fusión a condiciones que promueven agregación en la presencia de un agente de prueba, y detectar una segunda señal generada por la marca; y (D) valorar las intensidades relativas de las señales, primera y segunda, identificando asi un agente que inhibe la agregación de la proteina objetivo. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteina objetivo, comprendiendo (A) contactar una proteina de fusión y la proteina objetivo, en donde la proteina de fusión comprende (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión; (B) detectar una primer señal generada por la marca; (C) contactar la proteina de fusión, la proteina objetivo, y un agente de prueba, y detectar una segunda señal generada por la marca; y (D) valorar las intensidades relativas de las señales, primera y segunda, identificando asi un agente que inhibe la agregación de la proteina objetivo. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para identificar una sonda de péptido para una proteina objetivo que exhibe una tendencia incrementada o disminuida a formar agregados relativos a una sonda de péptido de referencia, comprendiendo (A) detectar una primer señal generada por una proteina de fusión de referencia que comprende (i) una sonda de péptido de referencia comprendiendo (a) una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) en donde la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido de referencia no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) proteina fluorescente verde; (B) detectar una segunda señal generada por una proteina de fusión de prueba comprendiendo a sonda de péptido de prueba y proteina fluorescente verde, en donde la sonda de péptido de prueba es un mutante de la sonda de péptido de referencia que comprende una inserción, eliminación o substitución de aminoácido relativa a la secuencia de aminoácidos de la sonda de péptido de referencia; y (C) correlacionar la intensidad de la - segunda señal relativa a la primer señal, identificando asi una sonda de péptido para una proteina objetivo que exhibe una tendencia incrementada o disminuida a formar agregados relativos a la sonda de péptido de referencia . De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para identificar una sonda de péptido especifica para una proteina objetivo en un estado estructural especifico que cae en un espectro de estados estructurales variando de un extremo bajo de monómeros solubles a un extremo alto de auto-agregados insolubles, comprendiendo (A) someter una proteina de fusión a condiciones que promueven auto-agregación, la proteina de fusión comprendiendo (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) proteina fluorescente verde; (B) detectar una señal generada por la proteina de fusión; y (C) correlacionar la intensidad de la señal con la especificidad de la sonda de péptido para una proteina objetivo en un estado estructural especifico, identificando asi una sonda de péptido especifica para una proteina objetivo en un estado estructural especifico. De acuerdo con otra modalidad, se proporciona un método para tratar una enfermedad asociada con una proteina objetivo, comprendiendo contactar la proteina objetivo con una proteina de fusión comprendiendo (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo, y (ii) un agente terapéutico.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La figura 1 ilustra el monómero a-helicoidal y dímero de ß-hoja de un conformador TSE, junto con varias modalidades de las sondas descritas. La forma tipo silvestre (wt) normal de proteina priónica (PrPc) prefiere un estado monomérico, mientras la forma que causa la enfermedad, anormal (PrPSc) prefiere el estado multimérico (dimérico o mayor) . La figura 2 ilustra un análisis de diagnóstico de una muestra conteniendo Proteina TSE comprendida de ß-hojas. La reacción superior indica el proceso en la presencia de una proteina mal plegada en una muestra, mientras la reacción inferior indica el proceso en la ausencia de una proteina mal plegada en una muestra. La figura 3 ilustra una sonda palindrómica para proteína priónica. La figura 4 ilustra la medición de fluorescencia GFP de fusión de péptido de sonda de Alzheimer-GFP (Alz) y fusión de péptido de sonda de Prión-GFP (Pri) . Las mediciones se toman después de inducir la expresión e incubar las células por 3 horas a 37°C (gráfica izquierda) o 5 horas a 30°C (gráfica derecha) . La figura 5 ilustra la fluorescencia característica de monómeros de sonda de péptido marcada con pireno (medida a 378 nm) y dímeros (medida a 495 nm) . La figura 6 ilustra la reactividad de una sonda de péptido específica para proteína PrPSc con PrPSc presente en treinta fracciones obtenidas de muestras de cerebro de hámster infectado de scrapie. El eje y muestra las proporciones I D/ IM relativas de cada fracción. El tamaño de los agregados PrPSc presentes en cada fracción aumenta a lo largo del eje x. La figura 7 ilustra la reactividad de una sonda de péptido específica para PrPSc con PrPSc en suero de oveja infectada, y su falta de reactividad con suero de oveja normal. En la Figura, "HP 1" designa una muestra de suero agrupado de oveja saludable de 3 meses de edad; "HP 2" designa una muestra de suero agrupado de oveja saludable de 2 años de edad; "Inl" a "In4" designan suero de oveja con scrapie de 18-24 meses de edad, e "In5" designa suero de una oveja terminal. La figura 8 ilustra la mejora en la proporción de señal a ruido lograda al someter a ultrasonido muestras antes del análisis de la reactividad de una sonda de péptido especifica para PrPSc con PrPSc en suero de oveja infectada y oveja normal. En la Figura, "HP 1" designa una muestra de suero agrupado de una oveja saludable de 3 meses de edad; "HP 2 " designa una muestra de suero agrupado de oveja saludable de 2 años de edad; "Inl" a "In4" designan suero de oveja con scrapie de 18-24 meses de edad, e "In5" designa suero de una oveja terminal. La figura 9 ilustra la reactividad de una sonda de péptido especifica para PrPSc con prpSc presente en los componentes sanguíneos de la oveja (capa leuco-plaquetaria , suero y plasma) . La figura 10 ilustra la fluorescencia, en un ensayo GFP a base de célula de proteínas de fusión comprendiendo GFP y una sonda de péptido específica para ?ß (SEQ ID NO: 36) ; ?ß42 (SEQ ID NO: 42), o el clon mutante de ?ß42 GM6 (SEQ ID NO: 44) . Las figuras 11A y 11B ilustran la reactividad de una sonda de péptido específica para ?ß (SEQ ID NO: 36) con diferente forma estructural de ?ß40 y ?ß42. FIG. 11A muestra reactividad con fibras ?ß40 y ?ß42 y no reactividad con monómeros ?ß40. .La FIG. 11B muestra reactividad con oligómeros ?ß40 y ?ß42. Las figuras 12A y 12B ilustran la habilidad de una sonda de péptido especifica para ?ß (SEQ ID NO: 36) para detectar ?ß40 y ?ß42 en muestras de fluido cerebroespinal humano (CSF) obtenido de pacientes con Alzheimer. La sonda de péptido es capaz de estratificar pacientes con Alzheimer (negro) de pacientes saludables de la misma edad (blanco) con un valor p = 0.0005. La FIG. 12A presenta los datos para cada paciente, mientras la FIG. 12B presenta los datos promedio para cada grupo de pacientes. La figura 13 ilustra la habilidad de una sonda de péptido inmovilizada especifica para ?ß (SEQ ID NO: 36) para detectar ?ß40 y ?ß42 en muestras de suero humano de pacientes con Alzheimer. La sonda de péptido es capaz de estratificar pacientes con Alzheimer (negro) de pacientes saludables de la misma edad (blanco) con un valor p = 0.045.

DESCRIPCIÓN DETALLADA La presente invención proporciona sondas y métodos para la detección de proteínas en un estado estructural específico, incluyendo proteínas mal plegadas y proteínas auto-agregadas, tales como aquellas asociadas con estados de enfermedad, y sondas y métodos para el tratamiento de aquellos estados de enfermedad. Más particularmente, la presente invención proporciona métodos, so.ndas, y kits para detectar proteínas en un estado estructural específico en una muestra o in vivo. En algunas modalidades, las proteínas se asocian con enfermedades amiloidogénicas . La invención también proporciona métodos, agentes, y kits para tratar enfermedades asociadas con tales proteínas, y para identificar otros agentes útiles para tratar tales enfermedades . Algunos aspectos de la invención se refieren a la diagnosis y tratamiento de enfermedades y condiciones asociadas con un estado estructural específico de una proteína, tal como una conformación específica o estado de auto-agregación de una proteína. Las proteínas que se asocian con enfermedad humana cuando · adoptan una conformación específica o estado auto-agregado se conocen en la materia. Ejemplos de tales enfermedades incluye enfermedades amiloidogénicas. Las referencias citadas en la presente, incluyendo patentes y solicitudes de patente, se incorporan por referencia, en su totalidad. Los términos técnicos y científicos utilizados en la presente tienen los significados comúnmente entendidos por un experto ordinario en la materia a la que pertenece la presente invención, al menos que se defina de otra manera. Se hace referencia en la presente a varias metodologías conocidas por aquellos de experiencia ordinaria en la materia. Las publicaciones y otros materiales que establecen tales metodologías conocidas a las que se hace referencia se incorporan en la presente por referencia en sus totalidades como se establece de lleno. Los trabajos de referencia estándar que establecen los principios generales de tecnología de ADN recombinante incluyen Sambrook, J. , et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2d Ed. , Cold Spring Harbor Laboratory Press, Planview, N. Y.; McPherson, M.J. Ed. (1991) Directed Mutagenesis: A Practical Approach, IRL Press, Oxford; Jones, J. (1992) Amino Acid and Peptide Synthesis, Oxford Science Publications , Oxford; Austen, B.M. y estwood, O.M.R. (1991) Protein Targeting and Secretion, IRL Press, Oxford. Cualquier material adecuado y/o métodos conocidos por aquellos de experiencia ordinaria en la materia pueden utilizarse para llevar a cabo la presente invención. Sin embargo, se describen materiales y métodos preferidos. Los materiales, reactivos y lo similar a los cuales se hace referencia en la siguiente descripción y ejemplos se obtienen de fuentes comerciales, al menos que se observe de otra manera. A. Definiciones Como se utiliza en la presente, la forma singular "un", "una," y "el (la)" designan tanto el singular como el plural, al menos que se establezca de manera expresa designar el singular solamente.

Como se utiliza en la presente, "aproximadamente" se entenderá por personas de experiencia ordinaria en la materia y variará a algún grado en el contexto en que se utiliza. Si existen usos del término que no están claros para las personas de experiencia ordinaria en la materia dado el contexto en el que se utiliza, "aproximadamente" significará hasta más o menos 10% del término particular. Como se utiliza en la presente, la frase "cantidad terapéuticamente efectiva" debe significar esa dosificación de fármaco que proporciona la respuesta farmacológica especifica para la cual se administra el fármaco en un número significativo de sujetos en necesidad de tal tratamiento. Se enfatiza que una cantidad terapéuticamente efectiva de un fármaco que se administra a un sujeto particular en un caso particular no siempre será efectiva para tratar las condiciones/enfermedades descritas en la presente, aún cuando tal dosificación parece ser una cantidad terapéuticamente efectiva por aquellos de experiencia en la materia. Como se describe en la presente, "enfermedades amiloidogénicas" son enfermedades en las cuales las placas amiloides o depósitos de amiloides se forman en el cuerpo. La formación de amiloide se encuentra en un número de trastornos, tales como diabetes, AD, scrapie, BSE, CJD, enfermedad de caquexia crónica (CWD) , encefalopatías espongiformes transmisibles (TSEs) relacionadas, y otras enfermedades descritas en la presente. La invención no se limita a enfermedades amiloidogénicas, sin embargo, y es útil en el diagnosis y tratamiento de cualquier enfermedad o condición asociada con una conformación especifica o estado de agregación de una proteina. Como se utiliza en la presente, "proteina" se refiere a cualquier polímero de dos o más aminoácidos individuales (ya sea que ocurren o no de manera natural) enlazados a través de un enlace de péptido, que ocurre cuando el átomo de carbono carboxilo del grupo ácido carboxílico unido al a-carbono de un aminoácido (o residuo de aminoácido) se une de covalentemente al átomo amino nitrógeno de grupo amino unido al -carbono de un aminoácido adyacente. Estos enlaces de péptido, y los átomos que los comprenden (es decir, a-átomos de carbono, átomos de carbono carboxilo y sus átomos de oxígeno substituyentes , y átomos amino nitrógeno y sus átomos hidrógeno substituyentes ) forman la "estructura de polipéptido" de la proteína. En términos más simple, la estructura de polipéptido debe entenderse que se refiere a los átomos amino nitrógeno, a-átomos de carbono, y átomos de carbono carboxilo de la proteína, y dos o más de estos átomos (con o sin sus átomos substituyentes) también pueden representarse como un pseudoátomo. Se entenderá que cualquier representación de una estructura de polipéptido que puede utilizarse en un sitio funcional como se describe en la presente se incluye dentro del significado del término "estructura de polipéptido" . Se entiende que el término "proteína" incluye los términos "polipéptido" y "péptido" (que, en momentos, pueden utilizarse de manera intercambiable en la presente) dentro de su significado. Las proteínas pueden incluir proteínas infecciosas o "priones" como se describe en la presente. Además, también se entenderá que las proteínas comprendiendo múltiples subunidades de polipéptido (ejemplo, polimerasa ADN III, polimerasa ARN II) u otros componentes (por ejemplo, una molécula ARN, como ocurre en telomerasa) se incluyen dentro del significado de "proteína" como se utiliza en la presente. De manera similar, también se contemplan los fragmentos de proteínas y polipéptidos y pueden referirse en la presente como "proteínas." Los fragmentos puede incluir al menos 5 aminoácidos contiguos, al menos 10 aminoácidos contiguos, al menos 15 aminoácidos contiguos, al menos 20 aminoácidos contiguos, o al menos 25 aminoácidos contiguos de la proteína de longitud completa. Como se utiliza en la presente, "conformación" o "limitación conformacional" se refiere a la presencia de una conformación de proteína particular, por ejemplo, una OÍ-hélice, ß-filamentos paralelos y antiparalelos, un cierre de leucina, un indicador de zinc, etc. Además, las limitaciones conformacionales pueden incluir información de la secuencia de aminoácidos información sin información estructural. Como un ejemplo, "-C-X-X-C-" es una limitación conformacional indicando que dos residuos de cisteina deben separarse por otros dos residuos de aminoácido, las identidades de cada uno son irrelevantes en el contexto de esta limitación particular. Un "cambio conformacional" es un cambio de una conformación a otra. "Prión" es una contracción de las palabras "proteína" e "infección". "Proteína PrP", "PrP", y lo similar se utilizan de manera intercambiable en la presente para significar tanto la forma de partícula de infecciones ("PrPSc") conocidas por causar enfermedades (tales como encefalopatías espongiformes) en humanos y animales, como la forma no infecciosa ("PrPc") que, bajo condiciones apropiadas, se convierte en la forma infecciosa PrPSc. Los términos "prión", "proteína priónica", "proteína PrPSc", y lo similar se utilizan de manera intercambiable en la presente para referirse a la forma infecciosa PrPSc de una proteína PrP. Las partículas criónicas se comprenden grandemente, si no exclusivamente, de moléculas PrPSc codificadas por un gen PrP. Los Priones son distintos de bacterias, virus, y viroides. Los priones conocidos infectan a los animales y causan Tembladera, una enfermedad degenerativa, transmisible del sistema nervioso de ovejas y cabras, así como BSE (o enfermedad de la vacas locas) y encefalopatía espongiforme felina de gatos. Cuatro enfermedades priónicas conocidas por afectar a los humanos son (1) kuru, (2) CJD, (3) GSS, y (4) FFI . Como se utiliza en la presente, "prión" incluye toda la forma de priones causando toda o cualquiera de estas enfermedades u otras en cualquier animal utilizado, y en particular en humanos y animales de granja domesticados. El término "gen PrP" se utiliza en la presente para describir material genético que expresa proteínas que incluyen mutaciones patogénicas y polimorfismos conocidos. El término "gen PrP" generalmente se refiere a cualquier gen de cualquier especie que codifica cualquier forma de una proteína priónica. El gen PrP puede ser de cualquier animal, e incluye todos los polimorfimos o mutaciones del mismo, reconociéndose que los términos incluyen otros genes PrP que aún están por descubrirse. La proteína expresada por tal un gen puede asumir ya sea una forma PrPc (sin enfermedad) o PrPSc (enfermedad) . El término "proteína ?ß" se utiliza en la presente para referirse a todas las formas de la proteína ?ß, incluyendo AB40 y AB42. "Proteínas o polipéptidos recombinantes" se refieren a proteínas o polipéptidos producidos por técnicas de ADN recombinante, es decir, producidas de células, microbiales o mamíferas, transformadas por una construcción de expresión de ADN recombinante exógena codificando el polipéptido o proteina deseada. Las proteínas o polipéptidos expresados en la mayoría de los cultivos bacteriales típicamente estarán libres de glican. Las proteínas o polipéptidos expresados en levadura pueden tener un patrón de glicosilación diferente de aquel expresado en células mamíferas. Proteínas o polipéptidos "nativos" o "que ocurren de manera natural" se refieren a proteínas o polipéptidos recuperados de una fuente que ocurre en la naturaleza. Una proteína o polipéptido' nativo incluiría modificaciones post-traslacionales , incluyendo, pero no limitándose a, acetilación, carboxilación, glicosilación, fosforilación, lapidación, acilación, y segmentación. Una "secuencia de codificación" de polinucleótido o ADN es una secuencia de polinucleótido o ADN que se transcribe en ARNm y se traslada hacia un polipéptido en una célula huésped cuando se coloca bajo el control de secuencias reguladoras apropiadas. Los límites de la secuencia de codificación son el codón inicial en el N-término 5' y el codón de detención de traslación en el C-término 3'. Una secuencia de codificación puede incluir secuencias procarióticas , cADN de mARN eucariótico, secuencias de ADN genómicas de ADN eucariótico, y secuencias de ADN sintéticas. Una secuencia de terminación de transcripción usualmente se ubicará en 3' a la secuencia de codificación.

Una "secuencia de polinucleótido o ADN" es un heteropolimero de deoxiribonucleótidos (bases adenina, guanina, timina, citosina) . Las secuencias de polinucleótido o ADN que codifican las proteínas o polipéptidos de esta invención pueden ensamblarse de fragmentos de ADN derivados de cADN sintético y enlazadores de oligonucleótido cortos para proporcionar un gen sintético que es capaz de expresarse en un vector de expresión de ADN recombinante . Para tratar la estructura de moléculas de ADN de doble filamento particular, las secuencias pueden describirse en la presente de acuerdo a la convención normal de proporcionar solamente la secuencia en la dirección 5' a 3' a lo largo del filamento no transcrito de cAD . "Vector recombinante de expresión o plásmido" es una construcción de plásmido o vector de ADN replicable utilizado ya sea para amplificar o para expresar el ADN que codifica las proteínas o polipéptidos de la presente invención. Un vector de expresión o plásmido contiene secuencias de control de ADN y una secuencia de codificación. Las secuencias de control de ADN incluyen secuencias promotoras, sitios de unión de ribosima, señales de poliadenilación, secuencias de terminación de transcripción, dominios reguladores aguas arriba y mej oradores. Los sistemas de expresión recombinantes como se definen en la presente expresarán las proteínas o polipéptidos de la invención en la inducción de los elementos reguladores. "Células huésped transformadas" se refieren a células que se han transformado y transfectado con ADN exógeno. El ADN exógeno puede o no integrarse (es decir, enlazarse covalentemente ) al ADN cromosomal que forma el genoma de la célula huésped. En procariotas y levadura, por ejemplo, el ADN exógeno puede mantenerse en un elemento episomal, tal como un plásmido, o integrarse de manera estable en ADN cromosomal. Con respecto a las células eucarióticas , una célula establemente transformada es una en la que el ADN exógeno se ha integrado en el cromosoma. Esta estabilidad se demuestra por la habilidad de las estirpes celulares eucarióticas o clones para producir a través de la réplica una población de células hojas que contienen el ADN exógeno.

Los términos "análogo", "fragmento", "derivado", y "variante", cuando se refieren a polipéptidos de esta invención significan análogos, fragmentos, derivados, y variantes de tales polipéptidos que mantienen la actividad funcional substancialmente similar o substancialmente la misma función biológica o actividad como los polipéptidos de referencia, como se describe en la presente. Un "análogo" incluye un pro-polipéptido que incluye dentro de él, la secuencia de aminoácidos de un polipéptido de esta invención. Un "fragmento" es una porción de un polipéptido de la presente invención que mantiene la actividad funcional substancialmente similar o substancialmente la misma función biológica o actividad que el polipéptido, como se muestra en ensayos in vitro descritos en la presente. Un "derivado" incluye todas las modificaciones a un polipéptido de esta invención que conservan substancialmente las funciones descritas en la presente e incluyen función de encargo y estructura adicional, ejemplo, polipéptidos PEGilados o polipéptidos fusionados a albúmina, que tienen mayor vida media. Una "variante" incluye polipéptidos teniendo una secuencia de aminoácidos lo suficientemente similar a la secuencia de aminoácidos de los polipéptidos de esta invención. El término "suficientemente similar" significa una primer secuencia de aminoácidos que contiene un número suficiente o mínimo de residuos de aminoácido idénticos o equivalentes relativos a una segunda secuencia de aminoácidos de manera que las secuencias de aminoácidos, primera y segunda, tienen un dominio estructural común y/o actividad funcional común. Por ejemplo, secuencias de aminoácidos que comprenden un dominio estructural común que es al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55%, al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, al menos aproximadamente 99%, o al menos aproximadamente 100%, idéntico se definen en la presente como suficientemente similar. Preferentemente, las variantes serán suficientemente similares a la secuencia de aminoácidos de los polipéptidos preferidos de esta invención. Las variantes incluyen variantes de polipéptidos codificadas por un polinucleótido que se hibridiza a un polinucleótido de esta invención, o un complemento de la misma, bajo condiciones estrictas. Tales variantes generalmente mantienen la actividad funcional de los polipéptidos de esta invención. Las variantes incluyen polipéptidos que difieren en secuencia de aminoácidos debido a mutagénesis. "Actividad funcional substancialmente similar" y "substancialmente la misma función biológica o actividad" significa cada una que el grado de actividad biológica está dentro del aproximadamente 50% a 100% o más, dentro del 80% a 100% o más, o dentro del aproximadamente 90%. a 100% o más, de esa actividad biológica demostrada por el polipéptido con la cual se compara cuando la actividad biológica de cada polipéptido se determina por el mismo procedimiento o ensayo . "Similitud" entre dos polipéptidos se determina al comparar la secuencia de aminoácidos de un polipéptido con la secuencia de un segundo polipéptido. Un aminoácido de un polipéptido es similar al aminoácido correspondiente de un segundo polipéptido si es idéntico o una substitución de aminoácido conservadora. Las substituciones conservadoras incluyen aquellas descritas en Dayhoff, M.O., ed., The Atlas of Protein Sequence and Structure 5, National Biomedical Research Foundation, Washington, D.C. (1978), y en Argos, P. (1989) EMBO J. 8:779-785. Por ejemplo, los aminoácidos que pertenecen a uno de los siguientes grupos representan las substituciones o cambios conservadores: -Ala, Pro, Gly, Gln, Asn, Ser, Thr: -Cys, Ser, Tyr, Thr; -Val, lie, Leu, et, Ala, Phe; -Lys, Arg, His; -Phe, Tyr, Trp, His; y -Asp, Glu. "Paciente", como se utiliza en la presente significa cualquier mamífero, incluyendo humanos y animales domesticados, tales como gatos, perros, cerdo, ganado, oveja, cabras, caballos, conejos, y lo similar. Un paciente típico puede estar en riesgo de una enfermedad asociada con una proteína mal plegada, puede sospecharse que padece de tal enfermedad, o puede estar deseoso de determinar el riesgo o estatus con respecto a una enfermedad asociada con una proteína mal plegada.

B . Estados Estructurales Objetivo El mecanismo exacto por el cual la secuencia de una proteína dirige la formación de una conformación tridimensional específica se desconoce. Para lograr el estado conformacional nativo, la molécula de proteína debe adoptar una conformación única fuera de muchas alternativas. Las proteínas funcionales son típicamente solubles y pueden adoptar una variedad de estructuras incluyendo bobinas y elementos ordenados. Los elementos ordenados incluyen a-hélice predominante en proteínas tales como mioglobina y hemoglobina . Durante el proceso de envejecimiento humano, algunas proteínas muestran un cambio estructural de su estructura soluble (comprendiendo, por ejemplo, predominantemente OÍ-hélice o conformaciones de espiral aleatorias) a estructuras más insolubles (comprendiendo, por ejemplo, conformaciones de ß-hoja) que forman auto-agregados asociados con la pérdida de función. Además, algunas enfermedades se asocian con formas insolubles de proteínas que no son dañinas en sus formas solubles. De esta manera, un aspecto de la presente invención proporciona métodos y sondas para la detección de proteínas en un estado estructural específico (un "estado estructural objetivo"), tal como una conformación específica o estado de auto-agregación. Un estado estructural objetivo incluye cualquier estructura tridimensional de una proteína, incluyendo una conformación de la proteína y/o un estado de la proteína de auto-agregación. Con frecuencia, el estado estructural objetivo se asocia con una enfermedad mientras un estado estructural diferente no se asocia con una enfermedad. El estado estructural objetivo puede causar la enfermedad, puede ser un factor en un síntoma de la enfermedad, puede aparecer en una muestra o in vivo como un resultado de otros factores, o de otra manera puede asociarse con la enfermedad. En una modalidad, la proteína tiene la misma secuencia de aminoácidos sin considerar su estado estructural, y puede adoptar al menos dos estados estructurales diferentes, tales como un estado asociado a enfermedad y un estado no asociado a enfermedad. Un número de enfermedades se asocian con proteínas en una conformación de ß-hoja. Para muchas de estas enfermedades, las mismas proteínas en una a-hélice y/o conformación de espiral aleatorio no se asocian con la enfermedad. De esta manera, para estas condiciones, una conformación de ß-hoja podría ser un estado estructural objetivo para la detección de la enfermedad, mientras una a- hélice y/o conformación de espiral aleatorio podría ser un estado estructural objetivo para confirmar la ausencia de la enfermedad, o para identificar la ausencia de un estado avanzado de la enfermedad. Por ejemplo, la FIG. 1 ilustra tanto las formas de monómero a-helicoidal como el dímero de ß-hoja de un conformador TSE. La forma tipo silvestre (wt) normal de proteína priónica (PrPc) prefiere un estado monomérico, mientras la forma que causa la enfermedad, anormal (PrPSc) toma más fácilmente un estado multimérico. La siguiente es una lista no limitante de enfermedades asociadas con estados de proteína estructural específicos, seguidos de manera parentética por la proteína incluida: Enfermedad de Alzheimer (APP, péptido ?ß, l-antiquimotripsina, tau, componente no ?ß, presenilina 1, presenilina 2, apoE) ; enfermedades priónicas, CJD, scrapie, y BSE (PrPSc) ; ALS (SOD y neurofilamento) ; enfermedad de Pick (cuerpo de Pick) ; enfermedad de Parkinson (a-sinucleina en cuerpos de Lewy) ; demencia frontotemporal (tau en fibrilos) ; diabetes tipo II (amilina) ; discrasias de célula de plasma-mieloma múltiple ( IgGL-cadena ) ; polineuropatía amiloideótica familiar (transtiretina) ; carcinoma medular de tiroides (procalcitonina) ; falla renal crónica (microglobulina) ; falla cardiaca congestiva (factor natriurético atrial); amiloidosis sistémica y cardiaca senil ( transtiretina ) ; inflamación crónica (amiloide de suero A) ; aterosclerosis (ApoAl) ; amiloidosis familiar (gelsolina) ; y enfermedad de Huntington (Huntingtin) . Como se trata arriba, un número de enfermedades se asocian con proteínas auto-agregadas, tales como agregados de proteína insolubles o fibrilos de proteína. Para estas condiciones, proteína auto-agregada y/o fibrilos de proteína podría ser un estado estructural objetivo para la detección de la enfermedad, mientras proteína soluble y/o no agregada podría ser un estado estructural objetivo para confirmar la ausencia de la enfermedad, o ausencia de una etapa avanzada de la enfermedad. Muchas de las proteínas identificadas en el párrafo precedente forman auto-agregados y/o fibrilos de proteína que se asocian con estados de enfermedad. Otras tales proteínas incluyen proteína precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteína beta amiloide o péptido ?ß (ejemplo, ?ß42 y ?ß40), amiloide de suero A, insulina (ejemplo, que forma amiloide relacionada con insulina) , amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina (ejemplo variante de anemia de célula falciforme) , inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas (ejemplo, IgG L-cadena) , p2-microglobulina, a-sinucleina, rodopsina, l-antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas (ejemplo, presenilina 1 y presenilina 2), receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas (ejemplo, apoA y apo E) , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington (es decir, Huntingtin), alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta- hexosaminidasa , y proteína cistatina C. Las proteínas insolubles generalmente muestran formación de ß-hoja en el agregado . Para AD, la proteína ?ß40 o ?ß42 podría ser una proteína objetivo, y cualquiera de sus estados podría ser un estado estructural objetivo, tal como un estado de auto-agregación tales como monómeros solubles, oligómeros solubles, agregados/ADDLs, agregados amorfos insolubles, protofibrilos , y fibrilos. El pensamiento actual del significado de estos estados estructurales diferentes con riesgo de enfermedad, diagnosis de enfermedad, y progresión de la enfermedad y etiología se revisa en la sección de antecedentes de arriba. Para proteínas priónicas, la forma PrPSc de la proteína PrP podría ser un estado estructural objetivo para la detección de la enfermedad, mientras la forma PrPc de la proteína PrP podría ser un estado estructural objetivo para confirmar la ausencia de la enfermedad, o ausencia de una etapa avanzada de la enfermedad. Adicionalmente , los auto-agregados de la forma PrPSc podría ser un estado estructural objetivo para la detección de la enfermedad. Por ejemplo, la forma más infectiva de PrPSc puede ser un agregado soluble pequeño, en lugar de los fibrilos maduros formados en el cerebro en las etapas posteriores de la enfermedad. Ver, ejemplo, Silveira et al., Nature 437:257-61 (1005) (identificado las partículas PrPSc con un peso molecular aproximado de 300-600 kDa y una forma aproximadamente esférica a elíptica con un diámetro de 17-27 nm como teniendo la infectividad más alta y actividad de conversión) . De esta manera, esta forma de agregado soluble PrPSc podría ser un estado estructural objetivo.

C . Sondas de peptido Un aspecto de la invención se refiere a sondas de péptido útiles para detectar un estado estructural específico de una proteína objetivo en una muestra o in vivo, es decir, útiles para detectar proteína en un estado estructural objetivo. Típicamente, la sonda de péptido incluye una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y la sonda de péptido por sí misma experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta- hoja. Por ejemplo, la sonda de péptido puede experimentar un cambio conformacional cuando se contacta con una proteina objetivo que está en la conformación de beta-hoja. Como se trata en más detalle abajo, en algunas modalidades las sondas de péptido también son útiles para identificar agentes terapéuticos y como agentes terapéuticos por si mismos . 1. Homología En una modalidad, la sonda comprende una secuencia de aminoácidos que es homologa o idéntica a una proteina objetivo, o a una región de la proteina objetivo. "Homología", "homólogos de, "homólogos", "identidad", o "similitud" se refiere a similitud de secuencia entre dos polipéptidos , con identidad siendo una comparación más estricta. Homología e identidad pueden cada una determinarse al comparar una posición en cada secuencia que puede alinearse para propósitos de comparación. Cuando una posición en la secuencia comparada se ocupa por el mismo aminoácido, entonces las moléculas son idénticas en esa posición. Un grado de identidad de secuencias de aminoácidos es una función del número de aminoácidos idénticos en posiciones compartidas por las secuencias de aminoácidos. Un grado de homología o similitud de secuencias de aminoácidos es una función del número de aminoácidos, es decir, estructuralmente relacionadas, en posiciones compartidas por las secuencias de aminoácidos. Una secuencia "no relacionada" o "no homologa" comparte 10% o menos identidad, con una de las secuencias descritas en la presente. Las secuencias relacionadas comparten más del 10% de identidad de secuencia, tal como al menos aproximadamente 15% de identidad de secuencia , al menos aproximadamente 20% de identidad de secuencia , al menos aproximadamente 30% de identidad de secuencia , al menos aproximadamente 40% de identidad de secuencia , al menos aproximadamente 50% de identidad de secuencia, al menos aproximadamente 60% de identidad de secuencia , al menos aproximadamente 70% de identidad de secuencia, al menos aproximadamente 80% de identidad de secuencia. al menos aproximadamente 90% de identidad de secuencia, al menos aproximadamente 95% de identidad de secuencia, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia. El término "por ciento de identidad" se refiere una identidad de secuencia entre dos secuencias de aminoácidos. La Identidad puede determinarse al comparar una posición en cada secuencia que se alinea para propósitos de comparación. Cuando una posición equivalente en una secuencia comparada se ocupa por el mismo aminoácido en la otra en la misma posición, entonces las moléculas son idénticas en esa posición; cuando el sitio equivalente ocupado por el mismo o un residuo de aminoácido similar (ejemplo, similar en naturaleza esteárica y/o electrónica), entonces las moléculas pueden referirse como homologas (similares) en esa posición. La expresión como un porcentaje de homología, similitud, o identidad se refiere a una función del número de aminoácidos idénticos o similares en posiciones compartidas por las secuencias comparadas. Varios algoritmos de alineación y/o programas pueden utilizarse, incluyendo FASTA, BLAST, o ENTREZ. FASTA y BLAST están disponibles como parte del paquete de análisis de secuencia GCG (University of Wisconsin, Madison, Wis.), y pueden utilizarse con, ejemplo, establecimientos de falla. ENTREZ está disponible a través del National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, NIH, Bethesda, Md.). En una modalidad, el por ciento de identidad de dos secuencias puede determinarse por el programa GCG con un peso espacial de 1, ejemplo, cada espacio de aminoácido se pesa como si fuera un mal acoplamiento de aminoácido único entre las dos secuencias. Otras técnicas para determinar la identidad de secuencia se conocen bien y describen en la materia. El término "homólogo de una proteína insoluble" incluye todas las secuencias de aminoácidos que se codifican por un homólogo de un gen de proteína insoluble, y todas las secuencias de aminoácidos que son equivalentes u homologas a tal secuencia. Por lo tanto, "homólogo de una proteina insoluble" incluye proteínas que se califican como aciertos en la familia Pfam. Para identificar la presencia de un dominio de "proteína insoluble" en una secuencia de proteína, y hacer la determinación de que un polipéptido o proteína de interés tiene un perfil particular, la secuencia de aminoácidos de la proteína puede buscarse contra una de varias bases de datos (SwissProt, PIR, por ejemplo) utilizando varios parámetros de falla. Por ejemplo, el programa hmmsf, que está disponible como parte del paquete HM_MER de programas de búsqueda, es un programa de falla específico de la familia para MILPAT0063 y una puntuación de 15 es la puntuación umbral de falla para determinar un acierto. Alternativamente, la puntuación de umbral para determinar un acierto puede disminuirse (ejemplo, a 8 bits). Una descripción de la base de datos Pfam puede encontrarse en Sonham et al., Proteins 28 (3) : 05-420, 1997, y una descripción detallada de HMMs puede encontrarse, por ejemplo, en Gribskov et al., Meth . Enzymol. 183:146-159, 1990; Gribskov et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 84:4355-4358, 1987; Krogh et al., J. Mol. Biol. 234:1501-1531, 1994; y Stultz et al., Protein Sci. 2:305-314, 1993, los contenidos de las cuales se incorporan en la presente por referencia. 2. Diseño de sonda Las sondas descritas en la presente pueden utilizarse para detectar proteina presente en un estado estructural especifico en una muestra o in vivo, ejemplo, un estado estructural objetivo. En una modalidad, las sondas comprenden secuencias de aminoácidos que se basan en (ejemplo, homologas o idénticas a) al menos una región de la secuencia de aminoácidos de la proteina objetivo. Tales sondas también se refieren como "correspondientes" a una región de la secuencia de aminoácidos de la proteina objetivo. De esta manera, la secuencia de aminoácidos de la sonda puede diseñarse de la proteina objetivo en base a la información existente en las bases de datos de secuencias o, alternativamente, puede determinarse fácilmente de manera experimental. Aunque la sonda puede comprender una secuencia en base a cualquier región de la proteina objetivo, en una modalidad, la secuencia se basa en una región de la proteina objetivo que se incluye en el estado estructural objetivo. Por ejemplo, en una modalidad, las sondas comprenden secuencias de aminoácidos que son similares a (ejemplo, homologas a), o idénticas a, una región de la secuencia de aminoácidos de la proteina objetivo que experimenta un cambio estructural, tal como un cambio de una conformación de a-hélice/espiral aleatoria a una conformación de ß-hoja.

Una sonda puede comprender un número mínimo de aminoácidos contiguos de la iproteina objetivo, tal como al menos aproximadamente 5, al menos aproximadamente 6, al menos aproximadamente 7, al menos aproximadamente 8, al menos aproximadamente 9, al menos aproximadamente 10, al menos aproximadamente 11, al menos aproximadamente 12, al menos aproximadamente 13, al menos aproximadamente 14, al menos aproximadamente 15, al menos aproximadamente 16, al menos aproximadamente 17, al menos aproximadamente 18, al menos aproximadamente 19, al menos aproximadamente 20, al menos aproximadamente 21, al menos aproximadamente 22, al menos aproximadamente 23, al menos aproximadamente 24, o al menos aproximadamente 25 aminoácidos contiguos de la secuencia de proteínas objetivo, o cualquier rango entre estos números, tales como aproximadamente 10 a aproximadamente 25 aminoácidos contiguos de la secuencia de proteínas objetivo. Las sondas por sí mismas pueden ser al menos aproximadamente 5 unidades de aminoácido en longitud y pueden ser hasta aproximadamente 300-aproximadamente 400 unidades de aminoácido en longitud (-mer) o más, o cualquier tamaño en entre el rango de aproximadamente 5 hasta aproximadamente 400 aminoácidos, tal como aproximadamente 10 aminoácidos a aproximadamente 50 aminoácidos en longitud. En algunas modalidades, las sondas son aproximadamente de 15 aminoácidos en longitud a aproximadamente 100 aminoácidos en longitud. En otras modalidades, las sondas varían de aproximadamente 20 aminoácidos en longitud a aproximadamente 40 aminoácidos en longitud. En modalidades adicionales, las sondas varían de aproximadamente 17 aminoácidos en longitud a aproximadamente 34 aminoácidos en longitud. La longitud de una sonda dada puede influenciar la habilidad de la sonda para formar complejos y producir la formación de ß-hoja con la proteína objetivo, y puede seleccionarse por el experto guiado por las enseñazas en la presente. La invención también incluye sondas comprendiendo secuencias de aminoácidos en base a aproximadamente 5 o más residuos contiguos de la secuencia de aminoácidos de la proteína objetivo, con uno o más residuos agregados, eliminados, o substituidos por métodos conocidos en la materia . En una modalidad, las sondas experimentan un cambio estructural similar a aquel de la proteína objetivo y, por ejemplo, pueden existir en ya sea una conformación oc-hélice/espiral aleatoria o una conformación de ß-hoja. En una modalidad específica, las sondas existen en una conformación a-hélice/espiral aleatoria en solución, y experimentan un cambio conformación a una conformación de ß-hoja cuando se contactan con proteína objetivo en una conformación de ß-hoja. Por ejemplo, en una modalidad, la sonda comprende un péptido o imitación de péptido de al menos cinco, o diez, o más, residuos de aminoácido que muestran una conformación de espiral aleatorio o a-helicoidal en solución. Un solvente de sonda de imitación de péptido o péptido puede ser acuoso y tener un pH de entre aproximadamente 4 y aproximadamente 10, tal como entre aproximadamente 5 y aproximadamente 8, y puede tener una resistencia iónica de entre aproximadamente 0.05 y aproximadamente 0.5 (cuando típicamente se prepara con una sal de cloruro, tal como cloruro de sodio o cloruro de potasio). El solvente también puede comprender un porcentaje de un material orgánico miscible en agua, tal como trifluoroetanol en cantidades entre aproximadamente 30% a aproximadamente 70% en volumen, tal como entre aproximadamente 45% a aproximadamente 60%. El solvente puede prepararse con un sistema regulador adecuado tal como acetato/ácido acético, Tris, o fosfato. Las sondas pueden diseñarse bajo las siguientes limitaciones. Solamente unas pocas diferencias kcal separan una población de una sonda en un estado de conformación inicial (ejemplo, alfa-hélice) de una población de la sonda predominantemente en el estado conformacional transformado (ejemplo, beta-hoja) . La transformación de un estado conformacional al otro se proporciona por la fuerza de conducción debido a ya .sea Kd de asociación entre la molécula de sonda y su asociado natural para formar complejo de ß-hoja, o a cambios en las interacciones electroestáticas entre las moléculas (por ejemplo, cambios causados al disminuir la resistencia iónica de la solución) . Si los iones de metal, tales como Al, o la unión de otro ligando se incluyen, otros efectos electroestáticos o esteáricos podrían contribuir. El tamaño del péptido de sonda puede variar, pero debe ser de longitud suficiente para tener estructura secundaria "razonablemente" bien definida bajo condiciones de detección y tener suficiente especificidad de reconocimiento para el objetivo seleccionado, tal como una proteína priónica. El péptido de sonda también debe acomodar mutaciones de sitio único para aplicarse de manera general a cepas o proteínas mutadas, reconociendo gue estos cambios y/o heterogeneidades afectan la estabilidad termodinámica de la molécula. Además, la sonda no debe ser contagiosa a la población de pacientes, ya sea que la población sea una población de pacientes humanos, una población de animales domesticados, u otra población de mamíferos. En una modalidad, una sonda tiene una estructura palindrómica con dos secuencias de aminoácidos correspondientes a la secuencia amino de la proteína objetivo. El término "palindrómica" se refiere a la organización de una secuencia de sonda dada de manera que comprende secuencias de péptidos, primera y . segunda, correspondientes a una porción de la proteina objetivo incluida en el cambio estructural, tales secuencias de péptidos se presentan en una manera palindrómica , es decir, del extremo carboxi al extremo amino (o extremo amino a extremo carboxi) en la primer secuencia de péptidos, y del extremo amino al extremo carboxi (o extremo carboxi a extremo amino) en la segunda secuencia de péptidos. Las secuencias de péptidos, primera y segunda, en la sonda palindrómica no tienen que ser idénticas en longitud. En algunas modalidades, las secuencias de péptidos, primera y segunda, son al menos aproximadamente equivalentes en longitud. En algunas modalidades, las secuencias de péptidos, primera y segunda, comprenden la misma secuencia de aminoácidos. En algunas modalidades, las dos secuencias de péptidos (los "brazos" de la sonda palindrómica) no son de más de 15, no más de 10, o no más de 5 aminoácidos en longitud. En otras modalidades, cada brazo comprende de aproximadamente 10 a aproximadamente 25 aminoácidos, tal como de aproximadamente 14 a aproximadamente 20 aminoácidos. En algunas modalidades, las secuencias de péptidos, primera y segunda, dentro del una sonda palindrómica se separan por un enlazador, tal como un enlazador de péptido comprendiendo entre aproximadamente 1 y aproximadamente 5 aminoácidos, o entre aproximadamente 1 y aproximadamente 3 aminoácidos, y que puede comprender al menos un aminoácido de prolina, o puede comprender principalmente aminoácidos de prolina. Las sondas de péptido adecuadas se describen en U.S. 2006- 057671, que se incorporan en la presente por referencia en su totalidad. La FIG. 3 presenta una sonda 33-mer palindrómica ej emplificativa . Las sondas palindrómicas pueden ser particularmente útiles para detectar proteínas priónicas . En algunas modalidades, las sondas pueden comprender una secuencia hidrofóbica de aminoácidos que está en base una porción de la secuencia de aminoácidos de la proteína objetivo (tal como la porción de la secuencia objetivo de aminoácidos que experimenta un cambio estructural), que puede variar en longitud de aproximadamente 1 aminoácido a aproximadamente 20 o más aminoácidos, tal como aproximadamente 2-aproximadamente 10 aminoácidos en longitud, y que aparece en o cerca de los dos extremos de la sonda. En el caso de sondas palindrómicas, las secuencias hidrofóbicas de aminoácidos pueden aparecer en los extremos de cada uno de los dos brazos de péptido de la sonda. Opcionalmente, la sonda también puede incluir una secuencia sintética hidrofóbica de aminoácidos (es decir, no natural a la secuencia de péptidos de la proteína objetivo) en al menos un extremo de la sonda y, en el caso de sondas palindrómicas, en o cerca de uno o ambos extremos de la sonda, que puede variar en longitud de tan poco como aproximadamente 1 aminoácido a aproximadamente 20 o más aminoácidos, tal como aproximadamente 2-aproximadamente 10 aminoácidos en longitud. Las sondas pueden incluir residuos de aminoácidos N-terminal, Los residuos de aminoácidos C- terminal, o ambos, que son adecuados para utilizarse en enlazar una marca a la sonda (ejemplo, Lys, que incluye un grupo amino libre) . A manera de ejemplo y sin limitación, si una secuencia deseada de péptidos en una proteina objetivo comprende la secuencia, leyéndose de extremo amino a extremo carboxi, QRSTVVARLKAAAV (SEQ ID NO: 15) (donde AAAV (SEQ ID NO: 30) es a secuencia hidrofóbica de aminoácidos) entonces el palíndromo puede comprender una primer secuencia de péptidos que es VAAAKLRAVVTSRQ (SEQ ID NO: 31) y una segunda secuencia de péptidos que es QRSTVVARLKAAAV (SEQ ID NO: 15) (o una variación cercana a la secuencia) , con las dos secuencias separadas por un enlazador comprendiendo de aproximadamente 1 a aproximadamente 5 aminoácidos, con al menos uno de esos aminoácidos, y preferentemente la mayoría, si no es que todos, de esos aminoácidos, siendo aminoácidos de prolina. Una sonda adecuada para esta proteína objetivo por lo tanto podría ser: VAAAKLRAVVTSRQPPPPQRSTVVARLKAAAV (SEQ ID NO: 28) (sonda palindrómica hipotética) . Una sonda puede ser específica para cualquier proteína objetivo. Por ejemplo, la proteina objetivo puede ser una proteina priónica, tal como PrPc, PrPSc, o una mezcla de las mismas. De acuerdo con lo anterior, la proteina objetivo puede incluir una proteina de SEQ ID NO: 13 (Proteina Priónica Humana, Acceso P04156) o un fragmento de la misma. En algunas modalidades, un "fragmento de la misma" puede incluir al menos aproximadamente 5 aminoácidos contiguos hasta la longitud completa de la secuencia de polipéptidos , o cualquier número de aminoácidos contiguos en entre el rango de aproximadamente 5 hasta la proteina de longitud completa. En algunas modalidades, la sonda comprende la proteina de longitud completa; en otras modalidades la sonda no comprende la proteina de longitud completa. En algunas modalidades, la sonda puede ser al menos aproximadamente 10 aminoácidos contiguos, o al menos aproximadamente 15 aminoácidos de la secuencia de longitud completa, o puede incluir una secuencia con al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35%, al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55%, al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente .91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a aquellos residuos contiguos. Una proteina objetivo también puede ser una proteina beta amiloide, tal como ?ß42 (SEQ ID NO: 32) o ?ß40 (SEQ ID NO: 4) . Una sonda de péptido de la proteina de fusión puede incluir una secuencia teniendo al menos aproximadamente 15% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 32 o SEQ ID NO: 4, o fragmentos de la misma. Por ejemplo, la sonda de péptido puede incluir al menos aproximadamente 5 aminoácidos contiguos hasta la longitud completa de la proteina (SEQ ID NO: 32 o SEQ ID NO: 4), o cualquier número de aminoácidos contiguos de SEQ ID NO: 32 o SEQ ID NO: 4 en entre estos rangos de tamaño. En otras modalidades de la invención, la sonda puede ser de al menos aproximadamente 10 o al menos aproximadamente 15 residuos de aminoácido contiguos de SEQ ID NO: 32 o SEQ ID NO: 4, o puede incluir una secuencia con al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35%, al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55%, al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, ál menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a aquellos residuos contiguos. En algunas modalidades, la sonda de péptido puede incluir mutaciones en ?ß42 (SEQ ID NO: 32) o ?ß40 (SEQ ID N0:4) como se describe en la materia (Wurth et al., J. Molec. Biol. 319:1279-1290 (2002); Kim et al., J. Biol. Chem. 41:35069-35076 (2005), que se incorporan en la presente por referencia en sus totalidades) . En algunas modalidades, la sonda de péptido es especifica para una de ?ß42 o ?ß40. Es decir, la sonda preferentemente se une a una de ?ß42 o ?ß40 y de esta manera es útil para distinguir muestras comprendiendo ?ß42 de aquellas comprendiendo ?ß40, o para valorar de manera cualitativa las cantidades relativas de ?ß42 y ?ß40 en una muestra, o para cuantificar la(s) cantidad(es) de ?ß42 y/o ?ß40 en una muestra. Tales sondas de péptido pueden utilizarse en métodos in vivo similares, para detectar y/o distinguir ?ß42 y ?ß40 in vivo.

Una proteina objetivo también puede ser proteina precursora de polipéptido de isleta amiloide. La sonda de péptido para tal una proteína objetivo puede incluir SEQ ID NO :11, una secuencia teniendo al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35%, al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55%, al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 11, o fragmentos de la misma. Por ejemplo, la sonda de péptido de la proteína de fusión puede comprender al menos aproximadamente 5 residuos de aminoácido contiguos hasta la longitud completa de SEQ ID NO: 11, o cualquier número de aminoácidos contiguos entre estos dos rangos. En otras modalidades de la invención, la sonda de péptido de la proteína de fusión puede comprender al menos aproximadamente 10 o al menos aproximadamente 15 residuos de aminoácido contiguos de SEQ ID NO: 11, o puede comprender una secuencia con al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%., al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35"6 , al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55"6 al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente : 99% de identidad de secuencia a aquellos residuos contiguos. Una proteina objetivo también puede ser proteina transtiretina . Una sonda de péptido para tal una proteina obj etivo puede incluir SEQ ID NO: 26, una secuencia teniendo al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35% ^ al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55% al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 26, o fragmentos de la misma. Por ejemplo, la sonda de péptido de la proteina de fusión puede comprender al menos aproximadamente 5 residuos de aminoácido contiguos hasta la longitud completa de SEQ ID NO: 26, o cualquier número de aminoácidos contiguos entre estos dos rangos. En otras modalidades de la invención, la sonda de péptido puede comprender al menos aproximadamente 10 o al menos aproximadamente 15 residuos de aminoácido contiguos de SEQ ID NO: 26 o al menos aproximadamente 5 o al menos aproximadamente 10 aminoácidos de residuos de aminoácido 11-19 de SEQ ID NO:26, o puede incluir una secuencia con al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35%, al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55%, al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a aquellos residuos contiguos. Una proteina objetivo también puede ser proteina cistatina C. Una sonda de péptido para tal una proteína obj etivo puede incluir SEQ ID NO: 17, una secuencia teniendo al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35 al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55¾ t al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 17, o fragmentos de la misma. Por ejemplo, la sonda de péptido de la proteína de fusión puede comprender al menos aproximadamente 5 residuos de aminoácido contiguos hasta la longitud completa de SEQ ID NO: 17, o cualquier número de aminoácidos contiguos entre estos dos rangos. En otras, modalidades de la invención, la sonda de péptido comprende al menos aproximadamente 10 o al menos aproximadamente 15 residuos de aminoácido contiguos de SEQ ID NO: 17, o la sonda de péptido puede <comprender una secuencia con al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35"6 f al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55*6 / al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98% al menos aproximadamente 9 9% de identidad de secuencia a aquellos residuos contiguos Una proteina objetivo puede ser proteina de enfermedad de Huntington o "Huntingtin. " Una sonda de péptido para tal una proteina objetivo puede incluir SEQ ID NO: 19, una secuencia teniendo al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35"6 / al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos . aproximadamente 55%, al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 9 9% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 19, o fragmentos de la misma. Por ejemplo, la sonda de péptido de la proteina de fusión puede comprender al menos aproximadamente 5 residuos de aminoácido contiguos hasta la longitud completa de SEQ ID NO: 19, o cualquier número de aminoácidos contiguos entre estos dos rangos. En otras modalidades de la invención, la sonda de péptido comprende al menos aproximadamente 10 o al menos aproximadamente 15 residuos de aminoácido contiguos de SEQ ID NO: 19, o puede incluir una secuencia con al menos aproximadamente 15%, al menos aproximadamente 20%, al menos aproximadamente 25%, al menos aproximadamente 30%, al menos aproximadamente 35~o f al menos aproximadamente 40%, al menos aproximadamente 45%, al menos aproximadamente 50%, al menos aproximadamente 55~51 al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al . menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al menos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a aquellos residuos contiguos. Una sonda de péptido puede tener una secuencia de aminoácidos que es equivalente a la secuencia de aminoácidos de una proteína objetivo, o fragmento de la misma. "Equivalente" se refiere a una proteína teniendo una secuencia de aminoácidos que es similar a la secuencia de aminoácidos de la proteína a analizarse. En algunas modalidades, un "equivalente" tiene al menos una, pero menos de aproximadamente 5 (ejemplo, 3 o menos) diferencias en la secuencia de aminoácidos, tales como por medio de substituciones, adiciones, o eliminaciones. En otras modalidades, un "equivalente" tiene al menos aproximadamente 60%, al menos aproximadamente 65%, al menos aproximadamente 70%, al menos aproximadamente 75%, al menos aproximadamente 80%, al menos aproximadamente 85%, al menos aproximadamente 90%, al menos aproximadamente 91%, al menos aproximadamente 92%, al menos aproximadamente 93%, al menos aproximadamente 94%, al menos aproximadamente 95%, al menos aproximadamente 96%, al menos aproximadamente 97%, al menos aproximadamente 98%, o al imenos aproximadamente 99% de identidad de secuencia a la secuencia de proteínas objetivo o fragmento de la misma. La substitución de uno o más aminoácidos en una secuencia dada que no cambia substancialmente la función básica de la sonda. En algunas modalidades, un "equivalente" puede incluir una o más "substituciones de aminoácido conservadoras" que son substituciones en las cuales el residuo de aminoácido se reemplaza con un residuo de aminoácido teniendo una cadena lateral similar. Las familias de residuos de aminoácido teniendo cadenas laterales similares incluyen aquellas con cadenas laterales básicas (ejemplo, lisina, arginina, histidina), cadenas laterales ácidas (ejemplo, ácido aspártico, ácido glutámico) , cadenas laterales polares sin cargar (ejemplo, glicina, asparagina, glutamina, serina, treonina, tirosina, cisteína), cadenas laterales no polares (ejemplo, alanina, valina, leucina, isoleucina. prolina, fenilalanina , metionina, triptófano) , cadenas laterales beta-ramificadas (ejemplo, treonina, valina, isoleucina) , y cadenas laterales aromáticas (ejemplo, tirosina, fenilalanina, triptófano, histidina) . 3. Síntesis Las sondas de péptido pueden sintetizarse químicamente o al utilizar metodología de ADN recombinante . Por ejemplo, una sonda de péptido puede sintetizarse químicamente al realizar varias técnicas de fase sólida (Roberge et al., Science 269:202204 (1995)) y puede lograrse la síntesis automática, por ejemplo, utilizando sintetizadores de péptido conocidos en la materia (ejemplo, ABI 43IA Peptide Synthesizer, Perken Elmer, Palo Alto, Calif.). Un péptido recientemente sintetizado puede purificarse substancialmente mediante cromatografía líquida de alto desempeño preparativa (ejemplo, Creighton, Proteins, Structures and Molecular Principies (1983)) u otras técnicas comparables disponibles en la materia. La composición de los péptidos sintéticos puede confirmarse por secuenciación o análisis de aminoácido (ejemplo, el procedimiento de degradación Edman) . Una marca o reportero puede acoplarse químicamente a la sonda de péptidos sintetizada, como se trata en más detalle abajo. Para expresar un polipéptido deseado en una célula huésped, las secuencias de nucleótidos codificando el polipéptido, o equivalentes funcionales, pueden insertarse en vector de expresión apropiado, es decir, un vector que contiene los elementos necesarios para la transcripción y traslación de la secuencia de codificación insertada. Los métodos que se conocen bien por aquellos expertos en la materia pueden utilizarse para construir vectores de expresión conteniendo secuencias codificando un polipéptido de interés y elementos de control transcripcional y traslacional apropiados. Estos métodos incluyen técnicas recombinantes de ADN in vitro,. y recombinación genética in vivo. Tales técnicas se describen en Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual (1989), y Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology (1989). Una variedad de sistemas de vector de expresión/huésped puede utilizarse para contener y expresar secuencias de polinucleótidos . Estos incluyen, pero no se limitan a, microorganismos tales como bacterias transformadas con bacteriófago recombinante, plásmido, o vectores de expresión de ADN de cósmido; levadura transformada con vector de expresión de levadura; sistemas celulares de insecto infectados con vectores de expresión de virus (ejemplo, baculovirus) ; sistemas de célula vegetal transformados con vectores de expresión de virus (ejemplo, virus de mosaico de la coliflor, CaMV; virus de mosaico del tabaco, TMV) o con vectores de expresión bacteriales (ejemplo, plásmidos Ti o pBR322); o sistemas celulares animales. Para expresar una sonda de péptido en una célula huésped, un procedimiento tal como el siguiente puede utilizarse. Un fragmento de restricción conteniendo una secuencia de ADN que codifica la sonda de péptido puede clonarse en un plásmido recombinante apropiado conteniendo un origen de réplica que funciona en la célula huésped y un marcador seleccionable apropiado. El plásmido puede incluir un promotor para la expresión inducible de la sonda de péptido (ejemplo, pTrc (Amann et al, (1988) Gene 69:301-315) y pETl Id (Studier et al., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990) 60 89))). El plásmido recombinante puede introducirse en la célula huésped mediante, por ejemplo, electroporación y células conteniendo el plásmido recombinante pueden identificarse por la selección del marcador en el plásmido. La expresión de la sonda péptido puede inducirse y detectarse en la célula huésped utilizando un ensayo especifico para la sonda de péptido. Una célula huésped adecuada para la expresión de una sonda de péptido puede ser cualquier célula eucariótica o procariótica (ejemplo, células bacteriales tales como E. coli o B. subtilis, células de insecto (báculo virus), levadura, o células de mamífero tal como célula de ovario de hámster Chino (CHO) ) . En algunas modalidades, el ADN que codifica el péptido puede optimizarse para expresión en la célula huésped. Por ejemplo, el ADN puede incluir codones para uno o más aminoácidos que están predominantemente en la célula huésped relativa a otros codones para el mismo aminoácido . 4. Sondas Ejempllflcatlvas Las sondas de alfa-hélice o espiral aleatorio (es decir, sondas que muestran conformación de a-hélice o espiral aleatoria en solución) útiles en los métodos descritos pueden incluir las siguientes: a. Sondas PrP Un 33-mer palindrómico comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 122-104 y 109- 122 de la proteina PrPSc (SEQ ID NO: 13 y 14) (SwissProt P04156; Pfam ID Prión Pf00377 & 03991) : VVAGAAAAGAVHKLNTKPKLKHVAGAAAAGAVV (SEQ ID NO:29) (murino) ; VVAGAAAAGAMHKMNTKPKMKHMAGAAAAGAVV (SEQ ID NO: 1) (humana) . En algunas modalidades, una lisina C-terminal puede agregarse al 33-mer palindrómico para formar un 34-mer (ejemplo, VVAGAAAAGAMHKMNT PK KHMAGAAAAGAVVK (SEQ ID NO: 33) y VVAGAAAAGAVHKLNTKPKLKHVAGAAAAGAVVK (SEQ ID NO:34)). La lisina C-terminal puede ser adecuada para utilizarse en enlazar la sonda a una marca adecuada (ejemplo, pireno) . Un 33-mer palindrómico comprendiendo secuencias de aminoácidos que son equivalentes a aminoácidos 122-104 y 109-122 de la proteina PrPSc (SEO ID NO: 13 y 14) (SwissProt P04156; Pfam ID Prión PÍ00377 & 03991) . Un 33-mer palindrómico comprendiendo secuencias de aminoácidos que son entre aproximadamente 70% a aproximadamente 90% idénticos a aminoácidos 122-104 y 109-122 de la proteina PrPSc (SEQ ID NO: 13 y 14) (SwissProt P04156; Pfam ID Prión PÍ00377 & 03991) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que incluyen al menos 10 residuos de aminoácido contiguos de aminoácidos 104-122 de la PrPSc humana o aminoácidos 103-121 de la PrPSc proteina de murino (SEQ ID NO: 13 y 14) (SwissProt P04156; Pfam ID prión PF00377 & 03991) Proteina Priónica Humana (Acceso P04156) . Una sonda comprendiendo la secuencia de aminoácidos KPKTNMKHMAGAAAAGAVV (SEQ ID NO: 39). Un 33-mer palindrómico comprendiendo la secuencia de aminoácidos VVAGAAAAGAMHKMNTKPKMKHMAGAAAAGAVV (SEQ ID NO: 0) (secuencia enlazadora para los dos brazos del palíndromo subrayado) . Un 33-mer palindrómico comprendiendo la secuencia de aminoácidos VVAGAAAAGAMHKMKPKTNMKHMAGAAAAGAVV (SEQ ID NO: 41) (secuencia enlazadora para los dos brazos del palíndromo subrayado) . Un 33-mer palindrómico comprendiendo la secuencia de aminoácidos VVAGAAAAGAVHKMKPKTNMKHVAGAAAAGAW (SEQ ID NO: 42) (secuencia enlazadora para los dos brazos del palíndromo subrayado) . b. Sondas ?ß Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 1-40 del péptido ?ß (Nref00111747; humano) : DAEFRHDSGYEVHHQKLVFFAEDVGSNKGAI IGLMVGGVV (SEQ ID NO : 4 ) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son equivalentes a aminoácidos 1-40 del péptido ?ß (Nref00111747; humano) (SEQ ID NO:4).

Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son entre aproximadamente 70% a aproximadamente 90% idénticos a aminoácidos 1-40 del péptido ?ß (Nref00111747 ; humano) (SEQ ID NO: 4) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 11-34 del péptido ?ß (Nref00111747; humano) : EVHHQKLVFFAEDVGSNKGAI IGL (SEQ ID NO: 5) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 11-34 del péptido ?ß (Nref00111747 ; humano), pero con el residuo H13 substituido con R para reducir las interacciones del ión metálico e incrementar la solubilidad del péptido: EVRHQKLVFFAEDVGSNKGAI IGL (SEQ ID NO: 6). Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 25-35 del péptido ?ß (Nref0011747; humano): GSNKGAI IGLM (SEQ ID NO:7). Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 17-35 del péptido ?ß (Nref0011747; humano): LVFFAEDVGSNKGAI IGLM (SEQ ID NO:35). Opcionalmente, la sonda puede incluir una lisina N-terminal adicional (K) KLVFFAEDVGSNKGAI IGLM (SEQ ID NO: 36), una lisina C-terminal lisina (K) LVFFAEDVGSNKGAI IGLMK (SEQ ID NO:37), o ambas KLVFFAEDVGSNKGAI IGLMK (SEQ ID NO:38). c. Sondas TSE Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son homólogos a aminoácidos 104-122 o TSE tipo silvestre (wt) (humano Nref00130350 ) : KPKTNLKHVAGAAAAGAVV (SEQ ID NO: 10) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son equivalentes a aminoácidos 104-122 de TSE tipo silvestre (wt) (humano Nref00130350 ) (SEQ ID NO:10). Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son entre aproximadamente 70% a aproximadamente 90% idénticas a secuencias de aminoácidos 104-122 de TSE tipo silvestre (wt) (Nref00130350 de humano) (SEQ ID NO: 10). Una sonda que comprende una secuencia de aminoácidos que: (a) es una secuencia TSE selectivamente mutada; (b) se desestabiliza y no infecciosa; y (c) tiene una secuencia de aminoácidos que es homologa A secuencias de aminoácidos 104-122 o TSE tipo silvestre (wt) (Nref00130350 de humano) (SEQ ID NO: 10) . Una sonda que comprende una secuencia de aminoácidos que: (a) es una secuencia TSE selectivamente mutada; (b) se desestabiliza y no infecciosa; y (c) tiene una secuencia de aminoácidos que es equivalente a secuencias de aminoácidos 104-122 o TSE tipo silvestre (wt) (Nref00130350 de humano) (SEQ ID NO: 10) . Una sonda que comprende una secuencia de aminoácidos que: (a) es una secuencia TSE selectivamente mutada; (b) se desestabiliza y no infecciosa; y (c) tiene una secuencia de aminoácidos que está entre aproximadamente 70% y aproximadamente 90% idénticas a secuencias de aminoácidos 104-122 o TSE tipo silvestre (wt) (Nref00130350 de humano) (SEQ ID NO: 10) . d. Sondas de Amilina Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 1-38 de la proteina precursora de polipéptido amiloide de isleta de humano (amilina) (Acceso # NP . sub . --000 06 ; humano) implicada en diabetes humana: MGILKLQVFLIVLSVALNHLKATPIESHQVEKRKCNTA (SEQ ID NO: 11) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticas a al menos 10 residuos de aminoácido contiquos dentro de la secuencia que corresponde a aminoácidos 1-38 de la proteina precursora de polipéptido amiloide de isleta de humano (amilina) (Acceso # NP-000406; humano) (SEQ ID NO: 11) . e. Otras Sondas Una sonda que tiene una conformación de hélice-bucle-hélice encontrada en polilisina y una secuencia de aminoácidos que es al menos 10 residuos de aminoácido en longitud y es equivalente u homologa a KKKKKKKKXKKXKXKXKKKKKKKKKKK (27-mer) (SEQ ID NO:8). Una ¦ sonda que tiene una conformación encontrada en poliglutamina y una secuencia de aminoácidos que es equivalente o homologa a QQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQ (23-mer) (SEQ ID NO: 9) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que son idénticos a aminoácidos 1-25 de la proteina surfactante de pulmón humano (NCBI Acceso # AAH32785; humano) implicada en SIDS infante humano: MAESHLLQWLLLLLPTLCGPGTAAW ( SEQ ID NO: 12) Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que incluyen al menos 10 residuos de aminoácido contiguos de aminoácidos 235-269 (enfatizados abajo por doble subrayado) de la gelsolina de plasma humano (P06396; Muary et al., FEBS Lett. 260 (1 ) : 85-87, 1990) : MAPHRPAPALLCALSLALCALSLPVRAATASRGASQAGAPQGRVPEARPNSMVVEHPEFL KAGKEPGLQIWRVEKFDLVPVPTNLYGDFFTGDAYVILKTVQLRNGNLQYDLHYWLGNEC SQDESGAAAIFTVQLDDYLNGRAVQHREVQGFESATFLGYFKSGLKYKKGGVASGFKHVV PNEVVVQRLFQVKGRRVVRATEVPVSWESFNNGDCFILDLGNNIHQWCGSNSNRYERLKA TOVSKGIRDNERSGRARVHVSEEGTEPEAMLQVLGPKPALPAGTEDTAKEDAANRKLAKL YKVSNGAGTMSVSLVADENPFAQGALKSEDCFILDHGKDGKIFVWKGKQANTEERKAALK TASDFITKMDYPKQTQVSVLPEGGETPLFKQFFKNWRDPDQTDGLGLSYLSSHIANVERV PFDAATLHTSTAMAAQHGMDDDGTGQKQIWRIEGSNKVPVDPATYGQFYGGDSYI ILYNY RHGGRQGQIIYN QGAQSTQDEVAASAILTAQLDEELGGTPVQSRVVQGKEPAHLMSLFG GKPMI IYKGGTSREGGQTAPASTRLFQVRANSAGATRAVEVLPKAGALNS DAFVLKTPS AAYL VGTGASEAEKTGAQELLRVLRAQPVQVAEGSEPDGFWEALGGKAAYRTSPRLKDK KMDAHPPRLFACSNKIGRFVIEEVPGEL QEDLATDDV LLDTWDQVFV VGKDSQEEEK TEALTSAKRYIETDPANRDRRTPITVVKQGFEPPSFVG FLGWDDDYWSVDPLDRA AEL AAYERLKATQVSKGIRDNERSGRARVHVSEEGTEPEAM (SEQ ID NO: 16) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que incluyen al menos 10 residuos de aminoácido contiguos de la región formando amiloide (aminoácidos 26-147; enfatizados por doble rayado abajo) de la secuencia de proteina cistatina C, como se representa abajo y reporta por Levy et al., J. Exp. Med. 169 ( 5 ): 1771-1778 , 1989 (P01034). Una sonda apropiada es cualquier porción de la misma de al menos 10 aminoácidos. Puede colocarse numerosas sondas de acuerdo con lo anterior. MAGPLRAPLLLLAILAVALAVSPAAGSSPGKPPRLVGGPMDASVEEEGVRRALDFAVGEY NKAS D YHSRALOVVRAROIVAGV YFLDVELGRTTCTKTOPNLDNCPFHDOPHLKRKA FCS FOIYAVPWOGTMTLSKSTCQDA (SEO ID NO: 17). Una sonda palindrómica de la proteina cistatina C tomada de aminoácidos 39-47 de la secuencia de arriba, un enlazador de prolina de unidad cuatro; tal como EEEVSADMPPPPMDASVEEE (SEQ ID NO: 18) Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que incluyen entre 10 y 23, inclusive, residuos de glutamina contiguos de oligo o poliglutamina de residuo 18-40 (enfatizados por doble rayado abajo) de la proteina Huntingtin (proteina de la enfermedad de Huntington) secuencia de proteina representada abajo: MATLEKL KAFESLKSFOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOPPPPPPPPPPPQLPQPPPQA QPLLPQPQPPPPPPPPPPGPAVAEEPLHRPKKELSATKKDRVNHCLTICENIVAQSVRNS PEFQKLLGI ELFLLCSDDAESDVRMVADECLNKVIKALMDSNLPRLQLELYKEIKKNGA PRSLRAALWRFAELAHLVRPQKCRPYLVNLLPCLTRTSKRPEESVQETLAAAVPKIMASF GNFANDNEIKVLLKAFIANLKSSSPTIRRTAAGSAVSICQHSRRTQYFYSWLLNVLLGLL VPVEDEHSTLLILG (SEQ ID N0:19) (P42858; gi:1170192). Una sonda ej emplificativa : QQQQQQQQQQQQQQQQQ (SEQ ID NO: 20) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que incluyen al menos 6 residuos de aminoácido contiguos de residuos de aminoácido 45-50 y 48-53 (enfatizados abajo) del polipéptido amiloide de isleta humana incluida en fibrilogénesis , secuencia representada abajo, NP . sub . -000406 [gi:4557655] Scrocchi et al., J Struct. Biol. 141(3) :218-227, 2003: MGILKLQVFLIVLSVALNHLKATPIESHOVEKRKCNTATCATQRLANFLVHSSNNFGAIL SSTNVGSNTYGKRNAVEVLKREPLNYLPL (SEQ ID NO: 21) . Las sondas ej emplificativas pueden contener las siguientes secuencias, que son secuencias dentro de la secuencia 45-53 de la secuencia de péptidos de arriba de SEQ ID NO: 21, que pueden utilizarse sin modificación o pueden utilizarse para formar sondas palindrómicas descritas en la presente : LANFV (SEQ D NO: 22) VFNALPPPPLAKFV (SEQ ID NO: 23) (sonda palindrómica ) FLVHSS (SEQ ID NO: 24) SSHVLFPPPPFLVHSS (SEQ ID NO:25) (sonda palindrómica) . Una sonda comprendiendo secuencias de aminoácidos que incluyen al menos 5 residuos de aminoácido contiguos de residuos de aminoácido 11-19 (enfatizados abajo por doble rayado) del fragmento de péptido de transtiretina (AAH20791 [gi: 18089145]; MacPhee and Dobson, J. Mol. Biol., 279(5) : 1203-1215, 2000) MASHRLLLLCLAGLVFVSEAGPTGTGESKCPLMVKVLDAVRGSPAINVAVHVFRKAADDT WEPFASGKTSESGELHGLTTEEEFVEGIYKVEI DTKSYWKALGIS PFHEHAEVVFTANDS GPRRYTIAALLS PYSYSTTAVVTNPKE SEQ ID NO: 26) Una sonda palindrómica en base a la secuencia enfatizada referenciada arriba de SEQ ID NO: 26 (residuos de aminoácido 11-19); tal como ESVFVLGALPPPPLAGLVFVSE. (SEQ ID NO: 27) . Las sondas teniendo al menos 15%, al menos 20%, al menos 30%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 90%, al menos 99% a de aquellas e emplificadas arriba, y las sondas que tienen secuencias equivalentes, también se incluyen en la invención. También se incluyen las sondas que incluyen la secuencia de aminoácidos de las sondas referenciadas arriba y tienen un residuo aminoácido N-terminal, residuo aminoácido C-terminal, o ambos, que son adecuadas para utilizarse en el enlace de una marca a la sonda (ejemplo, Lys, que proporciona un grupo amino libre para enlazar una marca a la sonda) . Numerosas otras sondas pueden producirse fácilmente sin experimentación indebida utilizando técnicas de laboratorio estándar y síntesis química relacionada con péptido. Otras sondas y métodos para diseñar sondas que pueden utilizarse en los métodos actualmente descritos o modificarse para utilizarse en los métodos actualmente descritos pueden obtenerse fácilmente y se describen en U.S. 2006-0057671; Wurth et al., J. Mol. Biol . 319:1279-1290 (2002); y Kim et al., J. Biol. Chem. 280:35059-35076 (2005), que se incorporan por referencia en la presente en sus totalidades. 5. Marcas Las sondas descritas en la presente pueden comprender una marca. Por ejemplo, la sonda puede comprender una sonda de péptido que se acopla o fusiona, ya sea covalente o no covalentemente , a una marca. En una modalidad, la sonda de péptido se cubre (en uno o ambos extremos del péptido) con una porción o porción química puede facilitar el análisis de la sonda de péptido, incluyendo la detección de la sonda per se y detección del estado estructural de la sonda. La marca específica elegida puede variar ampliamente, dependiendo de la técnica analítica a utilizarse para análisis. La marca puede componerse en complejo o unirse covalentemente en o cerca del extremo carboxi o amino del péptido, que puede cubrirse con una secuencia de péptidos hidrofóbica, corta. En algunos aspectos de la invención, tanto el extremo amino como carboxi de los péptidos de sonda se cubren con péptidos hidrofóbicos pequeños que varían en tamaño de aproximadamente 1 a aproximadamente 5 aminoácidos. Estos péptidos pueden ser naturales o sintéticos, pero son preferentemente naturales (es decir, derivados de la proteína objetivo) . Una marca puede unirse en o cerca del extremo amino y/o carboxi de la sonda. Como se utiliza en la presente, una "marca" es una porción química o bioquímica útil para marcar la sonda, y que, opcionalmente , puede utilizarse para valorar el estado estructural específico de la sonda. Por ejemplo, una marca puede emitir una primer señal en base a un primer estado estructural y una segunda señal en base a un segundo estado estructural. La primer señal y segunda señal pueden diferir en intensidad. En algunas modalidades donde la señal incluye emisión de luz, la primer señal y la segunda señal pueden diferir en longitud de onda de excitación y/o longitud de onda de emisión. "Marcas" pueden incluir agentes fluorescentes (ejemplo, fluoróforos, proteínas fluorescentes, nanocristales semiconductores fluorescentes), agentes fosforescentes, agentes quimoluminescente, agentes cromogénicos , agentes de apagado, tintes, radionúclidos , iones metálicos, sois metálicas, ligandos (ejemplo, biotina, haptenos de estreptavidina, y lo similar) , enzimas (ejemplo, beta- galactosidasa, peroxidasa de rábano picante, glucosa oxidasa, fosfatasa alcalina, y lo similar) , substratos de enzima, cofactores de enzima (ejemplo, NADPH) , inhibidores de enzima, agentes de destello, inhibidores, partículas magnéticas, oligonucleót idos , y otras porciones conocidas en la materia. Donde la marca es un fluoróforo, una o más características del fluoróforo pueden utilizarse para valorar el estado estructural de la sonda marcada. Por ejemplo, la longitud de onda de excitación del fluoróforo puede diferir en base al estado estructural de la sonda marcada. En algunas modalidades, la longitud de onda de emisión, intensidad, o polarización de fluorescencia puede variar en base al estado estructural de la sonda marcada. Como se utiliza en la presente, un "fluoróforo" es un grupo químico que puede excitarse por luz para emitir la fluorescencia o fosforescencia. Un "apagador" es un agente que es capaz de apagar una señal fluorescente de un donador fluorescente. Un primer fluoróforo puede emitir una señal fluorescente que excita un segundo fluoróforo. Un primer fluoróforo puede emitir una señal que se apaga por un segundo fluoróforo. Las sondas descritas en la presente pueden experimentar transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET) . Los fluoróforos y apagadores pueden incluir el siguiente agente (o fluoróforos y apagadores vendidos bajo las siguientes marcas comerciales): 1,5 IAEDANS; 1,8-ANS; umbeliferona (ejemplo, 4-Metilumbeliferona) ; ésteres de acradimo, 5-carboxi-2, 7-diclorofluoresceina ; 5- Carboxifluoresceina (5-FAM); 5-Carboxitetrametilrodamina (5- TAMRA) ; 5-FAM ( 5-Carboxifluoresceina ) ; 5-HAT (Hidroxi Triptamina) ; 5-Hidroxi Triptamina (HAT) ; 5-ROX (carboxi-X- rodamina) ; 5-TAMRA ( 5-Carboxitetrametilrodamina ) ; 6-Carboxirodamina 6G; 6-CR 6G; 6-JOE; 7-Amino-4-metilcumarin; 7-Aminoactinomicin D (7-AAD); 7-Hidroxi-4-metilcumarin; 9-Amino-6-cloro-2-metoxiacridina ; ABQ; Ácido Fuchsin; ACMA (9-Amino-6-cloro-2-metoxiacridina ) ; Acridina Naranja; Acridina Roja; Acridina Amarilla; Acriflavin; Acriflavin Feulgen SITSA; Alexa Fluor 350™; Alexa Fluor 430™; Alexa Fluor 488™; Alexa Fluor 532™; Alexa Fluor 546™; Alexa Fluor 568™; Alexa Fluor 594™; Alexa Fluor 633™; Alexa Fluor 647™; Alexa Fluor 660™; Alexa Fluor 680™; Alizarin Complexon; Alizarin Roja; Aloficocianin (APC) ; AMC; AMCA-S; AMCA (Aminometilcumarin); AMCA-X; Aminoactinomicin D; Aminocumarin; Aminometilcumarin (AMCA); Anilina Azul; Anthrocil estearato; APC (Aloficocianina) ; APC-Cy7; APTS; Astrazon Brillante Rojo 4G; Astrazon Naranja R; Astrazon Rojo 6B; Astrazon Amarilla 7 GLL; Atabrina; ATTO-TAG™ CBQCA; ATTO-TAG™ FQ; Auramina; Aurofosfina G; Aurofosfina; BAO 9 (Bisaminofeniloxadiazol) ; Berberina Sulfato; Beta Lactamasa; GFP cambiado con BFP azul (Y66H) ; Proteina fluorescente azul; BFP/GFP FRET; Bimana; Bisbenzamida ; Bisbenzimida (Hoechst) ; Blancophor FFG; Blancophor SV; B0B0™-1; BOBO™-3; Bodipy 492/515; Bodipy 493/503; Bodipy 500/510; Bodipy 505/515; Bodipy 530/550; Bodipy 542/563; Bodipy 558/568; Bodipy 564/570; Bodipy 576/589; Bodipy 581/591; Bodipy 630/650-X; Bodipy 650/665-X; Bodipy 665/676; Bodipy FL; Bodipy FL ATP; Bodipy Fl-Ceramida; Bodipy R6G SE; Bodipy TMR; Bodipy TMR-X conjugado; Bodipy TMR-X, SE; Bodipy TR; Bodipy TR ATP; Bodipy TR-X SE; B0-PR0™-1; BO-PRO™-3; Sulphoflavin Brillante FF; Calcein; Calcein Azul; Calcium Crimson™; Calcio Verde; Calcio Naranja; Calcofluor Blanco; Carboxi-X-rodamina (5-ROX); Cascade Blue™; Cascade Amarilla; Catecolamina ; CCF2 (GeneBlazer) ; CFDA; CFP-Cyan Proteina fluorescente; CFP/YFP FRET; Clorofila; Crornomicin A; CL-NERF (Tinte de Proporción, pH) ; CMFDA; Coelenterazina f ; Coelenterazina fcp; Coelenterazina h; Coelenterazina hep; Coelenterazina ip; Coelenterazina n; Coelenterazina O; Cumarin Faloidin; C-ficocianina; CPM Metilcumarin; CTC; CTC Formazan; Cy2™; Cy3.1 8; Cy3.5™; Cy3™; Cy5.1 8; Cy5.5™; Cy5™; Cy7™; Cyan GFP; Fluorosensor AMP cíclico (FiCRhR); Dabcil; Dansil; Dansil Amina; Dansil Cadaverina; Dansil Cloruro; Dansil DHPE; Dansil fluoruro; DAPI; Dapoxil; Dapoxil 2; Dapoxil 3; DCFDA; DCFH ( Diclorodihidrofluorescein Diacetato) ; DDAO; DHR (Dihidorodamina 123); Di-4-ANEPPS; Di-8-ANEPPS (sin proporción) ; DiA (4-DÍ-16-ASP) ; Diclorodihidrofluorescein Diacetato (DCFH); DiD -Indicador Lipofilico; DiD (DilCl 8(5)); DIDS; Dihidrorodamina 123 (DHR); Dil (DilCl 8(3)); Dinitrofenol; DiO (DiOCl 8(3)); DiR; DiR (DilCl 8(7)); DNP; Dopamina; DsRoja; DTAF; DY-630-NHS; DY-635-NHS; EBFP; ECFP; EGFP; ELF 97; Eosin; Eritrosin; Eritrosin ITC; Etidio Bromuro; Etidio homodímero-1 (EthD-1); Eucrisin; EukoLight; Europio (III) cloruro; EYFP; Fast Azul; FDA; Feulgen ( Pararosanilina ) ; FITC; Flazo Naranja; Fluo-3; Fluo-4; Fluorescein (FITC); Fluorescein Diacetato; Fluoro-Emeralda ; Fluoro-Oro ( Hidroxistilbamidina ) ; Fluor-Rubí; FluorX; FM 1-43™; FM 4-46; Fura Roja™; Fura Roj a™/ Fluo-3 ; Fura-2; Fura-2/BCECF; Genacril Brilliant Rojo B; Genacril Brilliant Amarillo 10GF; Genacril Rosa 3G; Genacril Amarilla 5GF; GeneBlazer (CCF2); una proteina fluorescente (ejemplo, GFP (S65T) ; GFP roja cambiada (rsGFP) ; GFP tipo silvestre, sin excitación por UV (wtGFP) ; GFP tipo silvestre, excitación por UV (wtGFP) ; y GFPuv) ; Ácido Gloxálico; Granular Azul; Hematoporfirin; Hoechst 33258; Hoechst 33342; Hoechst 34580; HPTS; Hidroxicumarin; Hidroxistilbamidina ( FluoroGold) ; Hidroxitriptamina; Indo-1; Indodicarbocianina (DiD); Indotricarbocianina (DiR); Intrablanco Cf; JC-I; JO-JO-I; JO-PRO-I; Laurodan; LDS 751 (ADN) ; LDS 751 (ARN) ; Leucofor PAF; Leucofor SF; Leucofor WS; Lisamina Rodamina; Lisamina Rodamina B; homodimero Calcein/Etidio; LOLO-I; LO-PRO-I;.

Lucifer Amarilla; luminol, Lyso Rstreador Azul; Lyso Rastreador Azul-Blanco; Lyso Rastreador Verde; Lyso Rastreador Rojo; Lyso Rastreador Amarillo; LysoSensor Azul; LysoSensor Verde; LysoSensor Amarilla/Azul; Mag Verde; Magdala Roja (Floxin B) ; ag-Fura Roja; Mag-Fura-2; Mag- Fura-5; Mag-Indo-1; Magnesio Verde; Magnesio Naranja; Malachite Verde; Marina Azul; Maxilon Brillante Flavin 10 GFF; Maxilon Brillante Flavin 8 GFF; Merocianin; Metoxicumarin ; Mitorastreador Verde FM; Mitorastreador Naranja; Mitorastreador Rojo; Mitramicin; Monobromobimano ; Monobromobimano (mBBr-GSH) ; Monoclorobimano ; MPS (Metil Verde Pironina Estilbeno) ; NBD; NBD Amina; Nilo Rojo; NED™; Nitrobenzoxadidol ; Noradrenalina ; Nuclear Rápida Roja; Nuclear Amarilla; Nilosan Brillante Iavin E8G; Oregon Verde; Oregon Verde 488-X; Oregon Verde™; Oregon Verde™ 488; Oregon Verde™ 500; Oregon Verde™ 514; Pacific Azul; Pararosanilina (Feulgen); PBFI; PE-Cy5; PE-Cy7; PerCP; PerCP-Cy5.5; PE-TexasRoja [Roja 613]; Floxin B (Magdala Roja); Phorwite AR; Phor ite BKL; Phorwite Rev; Phorwite RPA; Fosfina 3R; Ficoeritrin B [PE]; Ficoeritrin R [PE]; PKH26 (Sigma) ; PKH67; PMIA; Pontocromo Azul Negro; POPO-I; POPO-3; PO-PRO-I; PO-PRO-3; Primulina; Procion Amarilla; Propidio Yodid (PI); PyMPO; Pireno; Pironina; Pironina B; Pirozal Brillante Flavin 7GF; QSY 7; Quinacrina Mostaza; Roja 613 [PE-TexasRoja]; Resorufin; RH 414; Rod-2; Rodamina; Rodamina 110; Rodamina 123; Rodamina 5 GLD; Rodamina 6G; Rodamina B; Rodamina B 200; Rodamina B extra; Rodamina BB; Rodamina BG; Rodamina Verde; Rodamina Falicidina; Rodamina Faloidina; Rodamina Roja; Rodamina WT; Rosa Bengala; R-ficocianina; R- ficoeritrina (PE); RsGFP; S65A; S65C; S65L; S65T; Sapphire GFP; SBFI; Serotonin; Sevron Brillante Rojo 2B; Sevron Brillante Rojo 4G; Sevron Brillante Rojo B; Sevron Naranja; Sevron Amarillo L; sgBFP™; sgBFP™ (super pegamento BFP) ; sgGFP™; sgGFP™ (super pegamento GFP); SITS; SITS (Primulina); SITS (Ácido Isotiosulfónico de Estilbeno); SNAFL calcein; SNAFL-I; SNAFL-2; SNARF calcein; SNARF1; Sodio Verde; SpectrumAqua ; SpectrumVerde ; SpectrumNaranj a ; SpectrumRojo; SPQ ( 6-metoxi-N- ( 3-sulfopropil ) quinolinio) ; Estilbeno; Sulforodamina B can C; Sulforodamina G Extra; SYTO 11; SYTO 12; SYTO 13; SYTO 14; SYTO 15; SYTO 16; SYTO 17; SYTO 18; SYTO 20; SYTO 21; SYTO 22; SYTO 23; SYTO 24; SYTO 25; SYTO 40; SYTO 41; SYTO 42; SYTO 43; SYTO 44; SYTO 45; SYTO 59; SYTO 60; SYTO 61; SYTO 62; SYTO 63; SYTO 64; SYTO 80; SYTO 81; SYTO 82; SYTO 83; SYTO 84; SYTO 85; SYTOX Azul; SYTOX Verde; SYTOX Naranja; TET™; Tetraciclina ; Tetrametilrodamina (TRITC) ; Texas Roja™; conjugado Texas Roja-X™; Tiadicarbocianina (DÍSC3) ; Tiazina Roja R; Tiazol Naranja; Tioflavin 5; Tioflavin S; Tioflavin TCN; Tiolito; Tiozol Naranja; Tinopol CBS (Calcofluor Blanco); TMR; TO-PRO-I; TO-PRO-3; TO-PRO-5; TOTO-I; TOTO-3; Tricolor (PE- Cy5); TRITC TetrametilRodaminalsoTioCianato; True Azul; TruRoja; Ultralite; Uranina B; Uvitex SFC; VIC®; wt GFP; WW 781; X-Rodamina; XRITC; Xileno Naranja; Y66F; Y66H; Y66W; Amarilla GFP; YFP; YO-PRO- I; YO-PRO-3; YOYO-I; YOYO-3; y sales de los mismos. Los fluoróforos pueden incluir proteínas fluorescentes. Las marcas pueden incluir derivados de fluoróforos que se han modificado para facilitar la conjugación con otra molécula rectiva. Como tal, las marcas pueden incluir derivados reactivos de amina tales como derivados de isotiocianato y/o derivados de áster de succinimidil de la marca . Las marcas pueden incluir una proteína fluorescente que se incorpora en una sonda como parte de una proteína de fusión. Las proteínas fluorescentes pueden incluir proteínas fluorescentes verdes (ejemplo, GFP, eGFP, AcGFP3 TurboGFP, Emeralda, Azami Verde, y ZsVerde) , proteínas fluorescentes azul (ejemplo, EBFP, Zafiro, y T-Zafiro) , proteínas fluorescentes cyan (ejemplo, ECFP, mCFP, Cerulean, CyPet, AmCyanl, y Midoriishi Cyan) , proteínas fluorescentes amarillas (ejemplo, EYFP, Topaz, Venus, mCitrine, YP et, PhiYFP, ZsAmarillal, y mBanana) , y proteínas fluorescentes naranjas y rojas (ejemplo, Kusabira Naranja, mNaranja, dTomate, dTomate-Tandem, DsRoja, DsRoja2, DsRoj a-Express (Ti) , DsRojo- onómero, rn andarina, mFresa, AsRoja2, mRFPl, JRoja, mCereza, HcRojal, mÁrandano, HcRoj a-Tandem, mPlum y AQ143) . Otras proteínas fluorescentes se describen en la materia (Tsien, R. Y., Annual. Rev. Biochern. 67:509-544 (1998); y Lippincott-Schwartz et al., Science 300:87-91 (2003) ) . Como se observa arriba, las sondas pueden comprenderse en proteínas de fusión que también incluyen una proteína fluorescente acoplada al término N o término C de la sonda. La proteína fluorescente puede acoplarse a través de un enlazador de péptido como se describe en la materia (U.S. 6,448,087; Wurth et al., J. Mol. Biol. 319:1279-1290 (2002); y Kim et al., J. Biol. Chem. 280:35059-35076 (2005), que se incorporan en la presente por referencia en sus totalidades). En algunas modalidades, los enlazadores adecuados pueden ser de aproximadamente 8-12 aminoácidos en longitud. En modalidades adicionales, más de aproximadamente 75% de los residuos de aminoácido del enlazador se seleccionan de residuos serina, glicina, y alanina. En modalidades comprendiendo formación de imágenes ín vivo, las marcas útiles para formación de imágenes in vivo pueden utilizarse. Por ejemplo, las marcas útiles para formación de imágenes de resonancia magnética, tal como fluorina-18 puede utilizarse, como también las marcas quimoluminescentes. En otra modalidad, la sonda se marca con una marca radioactiva. Por ejemplo, la marca puede proporcionar emisión de positrón de una energía suficiente a detectarse por las máquinas actualmente empleadas para este propósito. Un ejemplo de tal entidad comprende oxígeno-15 (un isótopo de oxígeno que disminuye por la emisión de positrón) u otro radionúclido . Otro ejemplo es carbono-11. Las sondas marcadas con tales marcas pueden administrarse a un paciente, permitiéndole localizarse en proteína objetivo, y pueden formarse imágenes del paciente (explorarse) para detectar la sonda localizada, e identificar de esta manera sitios de proteína objetivo localizada. Las sondas marcadas pueden administrarse por cualquier medio adecuado que permitirá la localización en sitios de proteína objetivo, tales como por inyección directa, intranasal u oralmente. En algunas modalidades, las sondas radiomarcadas pueden inyectarse en un paciente y la unión de la sonda a la proteína objetivo monitorearse externamente. Las marcas pueden incluir oligonucleótidos . Por ejemplo, las sondas de péptido pueden acoplarse a una etiqueta de oligonucleótido que puede detectarse por métodos conocidos en la materia (ejemplo, ensayos de amplificación tales como PCR, TMA, b-DNA, NASBA, y lo similar) . 6. Sondas Inmovilizadas y Usos de los Mismos En algunas modalidades las sondas de péptido se inmovilizan en un soporte sólido. Esto puede lograrse por métodos conocidos en la materia, tales como métodos comprendiendo exponer una sonda a un soporte sólido por una cantidad suficiente de tiempo para permitir la inmovilización de la sonda al soporte sólido. Los métodos pueden comprender además remover sonda no unida, degradación de la sonda al soporte sólido (ejemplo, químicamente y/o por exposición a irradiación de UV) y secado del soporte sólido y sonda. Los métodos de inmovilizar péptidos en soportes sólidos se conocen en la materia. En una modalidad, las sondas se inmovilizan en un estado estructural específico, tal como una conformación específica (ejemplo, predominantemente a-hélice/espiral aleatorio o predominantemente ß-hoja), como se describe en U.S. 2006-0057671, que se incorpora en la presente por referencia en su totalidad. Las sondas inmovilizadas a un soporte sólido pueden utilizarse para detectar rápida y eficientemente la presencia de una proteína objetivo en una muestra. Las sondas inmovilizadas también son útiles para unión de algunas, esencialmente todas, o todas las proteínas objetivo presentes en una muestra, después de lo cual la proteína objetivo puede separarse del resto de la muestra, por ejemplo, para proporcionar una muestra purificada que tiene un contenido de proteína objetivo reducida, que está esencialmente libre de proteína objetivo, o que está completamente . libre de proteína objetivo. De esta manera, por ejemplo, las composiciones biológicas, médicas o consumibles pueden prepararse, que tienen un contenido reducido de proteina objetivo. El soporte sólido puede ser cualquier substancia sólida conocida que es adecuada para unir los péptidos y adecuada para utilizarse con materiales biológicos. Muchos de los soportes sólidos se conocen por aquellos de experiencia en la materia. Ejemplos de materiales que son útiles como soportes sólidos, incluyen, pero no se limitan a, plásticos, incluyendo poliestireno, vidrio, polisacáridos , metal y varios polímeros, incluyendo látex, acrílicos y nilones. Ejemplos de formas de soportes sólidos incluyen, pero no se limitan a, placas, perlas, y membranas. En general, un método para detectar una proteína objetivo utilizando una sonda inmovilizada comprende proporcionar una sonda inmovilizada, proporcionar una muestra que contiene o se sospecha que contiene una proteína objetivo, exponer la muestra a la sonda inmovilizada bajo condiciones y por una cantidad de tiempo suficiente para que la sonda inmovilizada se una a una proteína objetivo en la muestra (si está presente) , y detectar la presencia de proteína objetivo unida a la sonda inmovilizada. La detección puede ser por medio de una técnica conocida, como se trata y detalla arriba. En algunas modalidades, la detección comprende ensayar la emisión de luz de una marca, tal como por fluorescencia o luminescencia . En otras modalidades, la detección es por PAGE y la coloración de proteínas presentes en gel. En todavía otras modalidades, la detección es por reacción con un anticuerpo específico para una proteína objetivo de interés. Otros ejemplos no limitantes de técnicas de detección se dan arriba con referencia a las marcas. Las condiciones de reacción pueden seleccionarse por expertos en la materia de acuerdo a consideraciones de rutina. Las condiciones adecuadas incluyen un ambiente acuoso, pH neutral (ejemplo, pH de aproximadamente 6.0 a aproximadamente 8.0), sal moderada (ejemplo, de aproximadamente 100 mM a aproximadamente 400 mM de sal), y poco o nada de detergentes, emulsionantes u otras substancias ancilares que pueden inhibir las interacciones de proteína-proteína. Las cantidades de sonda inmovilizada y muestra a utilizarse variará dependiendo de la cantidad de muestra disponible, la cantidad de proteína objetivo que se sospecha está presente en la muestra, la cantidad de tiempo que el usuario desea exponer la muestra a la sonda inmovilizada, y otras consideraciones. En general, un método para reducir el contenido de proteína objetivo de una muestra comprende proporcionar una sonda inmovilizada, proporcionar una muestra que contiene o se sospecha que contiene una proteína objetivo, exponer la muestra a la sonda inmovilizada bajo condiciones y por una cantidad de tiempo suficiente para que la sonda inmovilizada se una a al menos algunas de las proteínas objetivo en la muestra (si están presentes), y separar la sonda inmovilizada y complejos de sonda inmovilizada-proteína objetivo de la muestra. En algunas modalidades, el método reduce la cantidad de proteína objetivo en la muestra por una cantidad que es detectable. En otras modalidades, el método reduce la cantidad de proteína objetivo en la muestra a una cantidad por debajo de los límites de detección. En otras modalidades, el método elimina completamente las proteínas objetivo de una muestra. Los métodos para reducir contenido de proteína objetivo de una muestra pueden efectuarse bajo condiciones similares a aquellas descritas arriba para detectar proteína objetivo. La separación de la sonda inmovilizada y complejos de sonda inmovilizada-proteína objetivo de la muestra puede ser por cualquier técnica adecuada, tal como al verter la muestra, por retiro físico de la sonda inmovilizada y complejos de la muestra, etc. Aquellos de experiencia en la materia están conscientes de numerosas maneras de remover perlas, membranas, y otros soportes sólidos de soluciones acuosas, y cualquiera de aquellas maneras puede utilizarse para separar la sonda inmovilizada y complejos inmovilizados de la muestra. En algunas modalidades, la sonda inmovilizada es una sonda unida a una membrana que es permeable a la muestra, tal como productos sanguíneos o sangre, tal como plasma. En estas modalidades, la muestra se filtra a través de la membrana unida a sonda para remover algunas o todas las proteínas objetivo de la muestra, ejemplo, de la sangre o producto sanguíneo. El pasar de la última de las muestras a través de la membrana causa la separación de la membrana unida a sonda y la muestra. Después de que la muestra se ha filtrado, la membrana unida a sonda puede ensayarse por la presencia de proteínas objetivo. Como es evidente a partir de la descripción anterior, la invención también incluye detectar la presencia de proteína objetivo unida a la sonda inmovilizada. La detección puede ser por medio de cualquier técnica conocida, como se trata y detalla arriba. Del mismo modo, las diversas etapas adicionales pueden incluirse en los métodos, siempre que aquellas etapas no vuelvan a los métodos incapaces de remover alguna o todas las proteínas de prión presentes en una muestra.

D . Detección de Proteínas y Estructuras de Proteína Como se observa arriba, un aspecto de la invención proporciona sondas para detectar proteínas en una muestra o in vivo, y para detectar proteínas en un estado estructural específico (ejemplo, un estado estructural objetivo) . Por ejemplo, una sonda de péptido puede marcarse de manera que emite fluorescencia cuando la sonda de péptido está en una conformación alfa-hélice o de espiral aleatoria (o estado soluble) , y no emite fluorescencia cuando la sonda de péptido está en una conformación de beta-hoja o estado agregado insoluble) . Del mismo modo, una sonda de péptido puede marcarse de manera que no forma excimeros cuando la sonda de péptido está en una conformación alfa-hélice o espiral aleatoria (o estado soluble), pero no forma excimeros cuando la sonda de péptido está en una conformación de beta-hoja (o estado agregado insoluble) . Las marcas ejemplificativas incluyen fluoroforos y proteínas fluorescentes, tales como pireno, triptófano, fluoresceina , rodamina, GFP3 y numerosos otros como se describe en la presente . Tradicionalmente , las estructuras de proteína se han determinado por una variedad de métodos computacionales o experimentales descritos en la materia. Ver, ejemplo, U.S. 2006-0057671; U.S. 6, 448, 087; Waldo et al., Nat . Biotech. 17:691-695 (1999); Wurth et al., J. Mol. Biol. 319:1279-1290 (2002); Kim et al., J. Biol. Chem. 280:35069-35076 (2005), que se incorporan por referencia en la presente en sus totalidades. Por ejemplo, la estructura de proteína puede valorarse de manera experimental por cualquier método capaz de producir al menos bajas estructuras de resolución. Tales métodos incluyen actualmente cristalografía de rayos X y espectroscopia de resonancia magnética nuclear (N R) . La cristalografía de rayos X es un método para la evaluación estructura de proteína, y se basa en la difracción de radiación de rayos de una longitud de onda característica por nubes de electrón que rodean el núcleo atómico en el cristal. La cristalografía de rayos X utiliza cristales de biomoléculas purificadas (pero estos frecuentemente incluyen componentes solventes, co-factores, substratos, u otros ligandos) para determinar resolución atómica cercana de los átomos que forman la biomolécula particular. Las técnicas para crecimiento de cristal se conocen en la materia, típicamente varían de biomolécula a biomolécula. Las técnicas de crecimiento de cristal automático también se conocen . La resonancia magnética nuclear (NMR) actualmente permite la determinación de la conformación de solución (en lugar de la estructura de cristal) de las biomoléculas. Típicamente, solamente las moléculas pequeñas, por ejemplo proteínas de menos de aproximadamente 100-150 aminoácidos, son adecuadas para está técnica. Sin embargo, los avances recientes han conducido a la producción experimental de las estructuras de solución de proteínas grandes, utilizando tales técnicas como marcado isotópico. La ventaja de espectroscopia NMR sobre cristalografía de rayos^ X es aquella que la estructura se determina en solución, en lugar de una red de cristal, donde las interacciones cercanas a la red pueden alterar la estructura de proteina. La desventaja de espectroscopia NMR es que la estructura NMR no es tan detallada o tan exacta como la estructura de cristal. Generalmente, las estructuras de biomolécula determinadas por espectroscopia NMR son de resolución moderada en comparación con aquellas determinadas por cristalografía. En el contexto de la presente invención, la conformación nativa o alterada (ejemplo, después de contactar con una proteína objetivo) de una sonda de péptido puede determinarse por uno o más métodos tales como CD, transformación Fourier infrarroja, ultravioleta, NMR, o fluorescencia, difusión de luz, detección de hidrofobicidad utilizando fluoros extrínsecos, tales como l-anilino-8-naftaleno sulfonato (ANS) o coloración Congo Roja, transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET) , apagado de fluorescencia de triptofan intrínseca a través de ya sea el cambio conformacional o monómero o unión en una inferíase en un heterodímero a-ß, ultracentrifugación de equilibrio, y cromatografía de exclusión de tamaño. Ver, ejemplo, PHYSICAL BIOCHEMISTRY : APPLICATIONS TO BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 2nd ed. , W. H . Freeman & Co., New York, N.Y., 1982, para descripciones de estas técnicas. Como se observa arriba, en algunas modalidades, la sonda se modifica para comprender marcas que son detectables por medios ópticos. Tales marcas pueden incluir triptófano (un aminoácido), pireno o fluoróforos similares, o una proteina fluorescente, unidas a o cerca de las posiciones terminales de la sonda de péptido. La unión de las marcas tales como fluoróforos se logra de acuerdo a los métodos convencionales que se conocen bien en la materia. 1. Excimeros En una modalidad, las marcas tienen la capacidad de interactuar en tal manera para producir una especie conocida como un excimero. Un excimero es un aducto que no es necesariamente covalente y que se forma entre una entidad molecular que se ha excitado por un fotón y una entidad molecular no excitada idéntica. El aducto es transitorio en naturaleza y existe hasta que emite fluorescencia por la emisión de un fotón. Un excimero representa la interacción de dos fluoró foros que, en la excitación con luz de una longitud de onda especifica, emite luz a una longitud de onda diferente, que también es diferente en magnitud de aquella emitida por cualquier fluoroforo que actúa solo. Es posible reconocer un excimero (o la formación de un excimero) por la producción de una nueva banda fluorescente a una longitud de onda que es más larga que aquella del espectro de emisión útil. Un excimero puede distinguirse de transferencia de energía de resonancia de fluorescencia ya que el espectro de excitación es idéntico a aquel del monómero . La formación del excimero es dependiente de la alineación geométrica de los fluoróforos y se influencia mucho por la distancia entre ellos. En una modalidad, los fluoróforos están presentes en cada término de sonda y la formación de excimero entre fluoróforos es insignificante siempre que la conformación de sonda total sea a-hélice o espiral aleatorio. Esto se determina fácilmente por la medición de la conducta fluorescente de la sonda en el solvente a utilizarse para análisis en la ausencia de la proteina objetivo. En algunas modalidades, la interacción de la sonda con la proteina objetivo causa un cambio estructural (tal como un cambio conformacional ) en la sonda de manera que ocurre la formación de excimero. Esto se mide fácilmente por los procedimientos descritos en la presente. Por ejemplo, la conversión de la estructura de sonda de aquella mostrada en la ausencia de analito (a-hélice o espiral aleatorio) a una estructura de ß-hoja puede permitir que los fluoróforos unidos a las sondas formen excimeros que pueden identificarse fácilmente. Además, la magnitud de la formación de excimero se relaciona directamente con la cantidad de analito de proteína presente. De esta manera, de acuerdo con un aspecto de la invención, las sondas marcadas forman excímeros cuando adoptan un estado estructural especifico, tal como un estado estructural objetivo, tal como puede ocurrir cuando las sondas interactúan con la proteina objetivo en el estado estructural objetivo. La formación de excimeros puede detectarse por un cambio en propiedades ópticas. Tales cambios pueden medirse por técnicas fluorimétricas conocidas, incluyendo UV, IR, CD, NMR, o fluorescencia, entre numerosas otras, dependiendo del fluoróforo unido a la sonda. La magnitud de estos cambios en propiedades ópticas se relaciona directamente con la cantidad de sonda que ha adoptado el estado estructural asociado con el cambio, y se relaciona directamente con la cantidad de proteina objetivo presente . 2. Dicroismo Circular "Dicroismo Circular" ("CD") se observa cuando materia ópticamente activa absorbe de manera ligera la luz polarizada circular a mano derecha e izquierda, según se mide por un espectropolarimetro CD. Las diferencias son muy pequeñas y representan fracciones de grados en elipcidad. Los espectros CD para distintos tipos de estructura secundaria presentes en péptidos y proteínas son distintos. La medición y comparación de curvas CD de proteína en complejos vs . no en complejos representa un medio de medición exacto para los métodos descritos en la presente. 3. Sistema GFP En una modalidad, un sistema de proteina de fusión GFP se utiliza para determinar el estado estructural especifico de sonda o una proteina de prueba. Las proteínas de fusión que incluyen una proteína de prueba y proteína fluorescente verde (GFP) se han descrito por determinar solubilidad de proteína de prueba. Ver, ejemplo, aldo et al., Nat. Biotech. 17:691-695 (1999); Patente de E.U. No. 6,448,087, Wurth et al., J. Mol. Biol. 319:1279-1290 (2002); Kim et al., J. Biol. Chem. 280:35059-35076 (2005), cada una de las cuales se incorporan en la presente por referencia en sus totalidades. Debido a que el plegado de GFP en su estructura fluorescente nativa se piensa que ocurre lentamente (Cubitt et al., Trends Biochem. Sci. 20:448-455 (1995), la fluorescencia de una proteína de fusión GFP puede depender de la solubilidad de la proteína de prueba. Si la proteína de prueba es insoluble, la porción GFP de la proteína de fusión puede sacarse de la solución con la proteína de prueba, y evitarse así que se pliegue en su estructura fluorescente . En el contexto de la presente invención, las proteínas de fusión GFP son útiles para identificar una sonda o proteína de prueba en un estado estructural específico, para identificar una sonda específica para una proteína de prueba en un estado estructural específico, y para identificar agentes que afectan el estado estructural de la proteina objetivo. Por ejemplo, la fluorescencia de una fusión de GFP. sonda o fusión de GFP. proteina de prueba es indicativa de una sonda soluble o proteina de prueba con una baja tendencia a formar auto-agregados. En contraste, una falta de fluorescencia es indicativa de la presencia de una proteina de prueba o sonda de auto-agregación o insoluble. De esta manera, un aspecto de la invención proporciona una proteina de fusión que comprende (a) una sonda de péptido para una proteina objetivo, tal como una sonda de péptido que comprende una secuencia de aminoácidos correspondiente a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, donde la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja y la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (b) una proteina fluorescente (ejemplo, proteina fluorescente verde (GFP) ) . Opcionalmente, la proteina de fusión incluye además un enlazador de polipéptido que se une a la sonda de péptido y el polipéptido fluorescente. En el contexto de este aspecto de la invención, "GFP" incluye proteínas que muestran propiedades fluorescentes y plegado equivalentes de la proteína GFP de longitud completa, tales como derivados o fragmentos de la proteína GFP de longitud completa teniendo al menos aproximadamente 60% de identidad de secuencia a la proteína GFP de longitud completa. Las proteínas objetivo adecuadas incluyen proteína precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteína beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas ß2-microglobulina, a-sinucleina , rodopsina, al-antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteína de baja densidad, apolipoproteíñas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina , procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa , y proteína cistatina C. En algunas modalidades, la proteína objetivo es la proteína priónica (ejemplo, PrPc, PrPSc, o una mezcla de las mismas), y la sonda de péptido puede incluir SEQ ID NO: 13 o una secuencia relacionada. En otra modalidad, la proteína objetivo es proteína beta amiloide (ejemplo, ?ß42, ?ß40, o una mezcla de las mismas) , y la sonda de péptido puede incluir SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO:4,_ o una secuencia relacionada. En modalidades adicionales, la proteina objetivo es proteina precursora de polipéptido de isleta amiloide, y la sonda de péptido puede incluir SEQ ID NO: 11 o una secuencia relacionada. En modalidades aún adicionales, la proteina objetivo es proteina transtiretina , y la sonda de péptido puede incluir SEQ ID NO: 26, o una secuencia relacionada. En modalidades todavía adicionales, la proteína objetivo es proteína cistatina C, y la sonda de péptido puede incluir SEQ ID NO: 17 o una secuencia relacionada. En modalidades todavía adicionales, la proteína objetivo es proteína de la enfermedad de Huntington (es decir, Huntingin) , y la sonda de péptido incluye SEQ ID NO: 19, o una secuencia relacionada. Como se observa arriba, la proteína de fusión puede emitir una señal fluorescente correlacionada con su solubilidad. De esta manera, por ejemplo, una proteína de fusión soluble puede mostrar una fuerte señal fluorescente mientras una proteína insoluble no emitirá fluorescencia. Aunque no se desea limitarse por ninguna teoría, se cree que, al menos en el contexto de proteínas amiloide, la fluorescencia de una proteína de fusión también se correlaciona con el estado conformacional de la sonda de péptido. De esta manera, por ejemplo, la proteína de fusión puede emitir una señal fluorescente cuando la sonda de péptido está en una conformación alfa-helicoidal, mientras la proteína de fusión puede no emitir una señal fluorescente cuando la sonda de péptido está en una beta-hoja. En algunas modalidades, la sonda de péptido está en una conformación alfa-helicoidal cuando está presente en una solución de 1.0% SDS teniendo un pH de aproximadamente 7. En modalidades adicionales, la sonda de péptido está en una conformación de beta-hoja cuando está presente en una solución teniendo un pH de aproximadamente 4.5. Opcionalmente , la proteína de fusión se inmoviliza en un soporte sólido (ejemplo, donde la proteína de fusión comprende además una porción avidina, y se acopla al soporte sólido a través de una porción biotina) . Las proteínas de fusión pueden prepararse al clonar una secuencia de ADN que codifica la sonda de péptido en un vector de expresión GFP (ver, ejemplo, Waldo et al., Nature Biotechnol. 17, 691-695 (1999)). Por ejemplo, la secuencia de ADN que codifica la sonda de péptido puede obtenerse por amplificación PCR de una secuencia objetivo que codifica la sonda de péptido, o alternativamente al preparar los oligonucleótidos de recubrimiento que codifican la sonda de péptido cuando se recoce (ver, ejemplo, Kim et al., J. Mol. Biol. 319:1279-1290 (2002)). Subsiguientemente, la secuencia de ADN que codifica la sonda de péptido puede tratarse con enzimas de restricción y clonarse en el vector de expresión GFP. 4. Resonancia de Plasmón de Superficie Las estructuras biomoleculares también pueden estudiarse al valorar la "resonancia de plasmón de superficie" o "SPR". El fenómeno de SPR se observa como un descenso en intensidad de luz reflejada a un ángulo especifico de la inferíase entre un material ópticamente transparente (ejemplo, vidrio), y un material opaco, y depende entre otros factores del índice refractivo del medio (ejemplo, una solución de muestra) cercana a la superficie del material opaco (ver WO 90/05295) . Un cambio de índice refractivo en la superficie del material opaco, tal como por la absorción o unión de material al mismo, causará un cambio correspondiente en el ángulo al cual ocurre SPR. En un ensayo de unión a proteína en base a SPR, una sonda de péptido puede contactarse con una proteína objetivo que se inmoviliza en una superficie de un soporte opaco. La interacción de la sonda de péptido con la proteína objetivo después puede valorarse al monitorear SPR entre la inferíase de la superficie del soporte opaco y un material transparente . E . Métodos de Detección para Proteínas Objetivo En algunas modalidades de los métodos descritos, las sondas de péptido se seleccionan para la adición de una muestra de prueba o desconocida o para utilizarse in vivo, para detectar la proteína objetivo presente en la muestra o in vivo, incluyendo la proteina objetivo presente en un estado estructural especifico. Los métodos de detección pueden llevarse a cabo junto con las lineas generales establecidas en la Patente de E.U. 7,166,471; Solicitud de Patente de E.U. 10/728,246; solicitud PCT PCT/US2006/005095, y/o Solicitud de E.U. 11/030,300,103 contenidos completos de las cuales se incorporan en la presente por referencia en sus totalidades. Para modalidades in vitro, una vez que una sonda de péptido se selecciona, se agrega a una muestra de prueba. En algunas modalidades, tales como con la detección de proteina de prión, puede ser ventajoso someter la muestra a técnicas de desagregación comúnmente conocidas en la materia, tal como sonicación, antes de la adición de la sonda. La etapa de desagregación permite que cualquier material muestra potencialmente agregado se separe de manera que estos materiales muestra desagregados están libres para combinarse con la sonda de péptido recientemente introducida, facilitando asi la interacción entre la sonda y la proteina objetivo, y la detección de la proteina objetivo . Después de que la muestra de prueba o muestra de prueba desagregada se deja interactuar con las sondas de péptido, la mezcla resultante se somete entonces a métodos analíticos comúnmente conocidos en la materia para la detección de interacción entre la sonda y la proteina objetivo. En algunas modalidades, la proteina objetivo se inmoviliza en un soporte sólido. La sonda de péptido se contacta con la proteina objetivo y se deja interactuar. Subsiguientemente, la sonda de péptido no unida se remueve y la sonda de péptido unida se observa al detectar una señal de una marca detectable en la sonda. Por ejemplo, donde la marca detectable es un fluoróforo, la sonda de péptido unida puede iluminarse para estimular la emisión del fluoruro. Donde la marca detectable es un radioisótopo, el péptido unido puede contactarse con un destello para estimular la emisión del destellante. Alternativamente, la detección puede efectuarse utilizando anticuerpos, tales como anticuerpos para la proteina objetivo que se unirá a cualquier proteina objetivo unida por la sonda. En algunas modalidades, la sonda de péptido y proteina objetivo pueden contactarse en la presencia de un agente de prueba para valorar la habilidad del agente de prueba para inhibir una interacción entre la sonda de péptido y proteina obj etivo . En una modalidad, la sonda tiene una conformación predominantemente de a-hélice o espiral aleatorio antes de contactarse con la proteina objetivo, y experimenta un cambio a una conformación de ß-hoja cuando se contacta con proteina objetivo en una conformación de ß-hoja. De acuerdo con aspectos específicos de esta modalidad, el cambio conformacional de la sonda propaga cambios conformacionales adicionales en otras sondas que entran en contacto con la sonda que ha experimentado el cambio conformacional , amplificando así la señal de reacción de detección. De esta manera, las muestras de prueba o desconocidas que contienen la característica de conformación de ß-hoja de proteínas que causan la enfermedad o anormalmente plegadas resultan en un incremento en la formación de ß-hoja y, con frecuencia, la formación de agregados insolubles en la mezcla del texto conteniendo tanto la muestra de prueba como las sondas de péptido. De manera conversa, las muestras de prueba o desconocidas que carecen de cualquier estructura secundaria predominantemente de ß-hoja ni catalizará una transición de estructura de ß-hoja ni inducirá la formación de agregados. Este aspecto de la invención puede ser particularmente ventajoso cuando la proteína objetivo es una proteína de prión . Por ejemplo, una muestra que comprende TSE puede analizarse como sigue. Refiriéndose a la FIG. 2, la fila superior del esquema ilustra una muestra desconocida de proteína TSE representada como conteniendo ß-hojas. Las ß-hojas se desagregan por sonicación. Las sondas de péptido marcadas se agregan y se dejan unir a la muestra. La conformación de ß-hoja en la muestra induce a las sondas de péptido a conformarse a una conformación de ß-hoja. La propagación de beta-hoja entre las sondas de péptido forma agregados. La transición resultante a una forma predominantemente de ß-hoja y formación agregada amplificada se detecta por técnicas tales como difusión de luz y CD. En algunas modalidades, la sonda de péptido se marca de manera fluorescente y se utiliza detección por fluorescencia. En una modalidad adicional, cualquier cambio conformacional propagado se correlaciona directamente con niveles de proteínas asociadas a enfermedad (tales como priones) con el estado progresivo (o infectividad) de la enfermedad . En algunas modalidades, tales como aquellas relacionándose con proteínas de prión, puede ser preferible utilizar los métodos actualmente descritos de manera que no haya incremento en los productos infecciosos como un resultado de la propagación. Esto puede lograrse al colocar una "interrupción" en los enlaces entre la cadena de infección, transmisión y propagación de la forma anormal. Tal interrupción puede ocurrir en la etapa transicional entre el dímero y formas de multímero del agregado. La formación física de la forma de multímero puede bloquearse al impedir simplemente la etapa que conduce a su formación. Esto puede lograrse al utilizar una sonda en la cual la secuencia de interés se une a un péptido no relevante, o por un segmento "bloqueador" neutral, con el entendimiento de que las sondas en los enlazadores o "téteros" más probablemente se encuentran entre sí y resultan en la amplificación de la señal. En algunas modalidades, la muestra de prueba se somete a condiciones que promueven el cambio estructural, por ejemplo, un cambio conformacional de una conformación alfa- helicoidal a una conformación de beta-hoja que puede resultar en agregación. Tales condiciones se conocen en la materia. Por ejemplo, la unión de un ligando de metal podría dirigir un cambio en la conformación de proteína y favorecer la agregación; la expresión o segmentación de diferentes secuencias de péptido puede promover agregación avanzada conduciendo a formación de placa y fibrilo; mutaciones puntuales genéticas también pueden alterar los niveles de energía relativa requeridos de las dos conformaciones distintas, resultando en cambios de punto medio en transiciones estructurales; un incremento en los niveles de concentración podría ser suficiente para favorecer una transición conformacional . En otras modalidades, la muestra de prueba se "siembra" con agregados de secuencias de péptido cortas. Por ejemplo, las proteínas de prión recombinantes y/o sintéticas y fibrilos. pueden ser menos reactivas con sondas de péptido que la proteína de prión biológicamente derivada. Esta reactividad reducida puede ser superar, sin embargo, al sembrar la mezcla de reacción con agregados de secuencias derivadas de prión pequeñas, tales como, por ejemplo un péptido de prión comprendiendo residuos 106-126 ( PrPio6-i26) · Sin considerar el mecanismo accionador inicial, el resultado final puede ser la propagación catalítica de la conformación anormal, resultando en transformación estructural de proteína previamente normal. En modalidades in vivo, una sonda de péptido marcada se administra a un paciente, tal como por inyección local, se le permite localizarse en cualquiera de los sitios de proteína objetivo o estructuras de proteína objetivo de orden más alto presentes dentro del paciente, y después el paciente puede explorarse para detectar los sitios de sonda marcada localizada en sitios de proteína objetivo o estructuras de proteína objetivo de orden más alto. Otras vías de administración también se contemplan, incluyendo intranasal y oral. Como se trata arriba, la sonda puede marcarse con cualquier marca adecuada para formación de imágenes in vivo. El paciente puede someterse a una exploración de cuerpo completo para identificar cualquier sitio de proteína objetivo. Alternativamente, las áreas específicas del paciente pueden explorarse para determinar si la proteína objetivo se localiza en las áreas específicas. Las áreas específicas de interés pueden incluir tejido vascular, tejido linfático o cerebro (incluyendo los lóbulos frontal e hipocampo), u otros órganos tales como el corazón, riñon, hígado o pulmones. Como se observa arriba, en algunas modalidades, una sonda de péptido es específica para una proteína objetivo en un estado estructural específico. Por ejemplo, una sonda de péptido puede unirse preferentemente a proteína objetivo en una conformación alfa-hélice o espiral aleatorio, y tener una afinidad inferior (o no) para proteína objetivo en una conformación de beta-hoja. De manera conversa, una sonda de péptido puede unirse preferentemente a proteína objetivo en una conformación de beta-hoja y tiene una afinidad inferior (o no) para proteína objetivo en una conformación alfa-hélice o espiral aleatorio. Del mismo modo, una sonda de péptido puede unirse preferentemente a una proteína objetivo en un estado específico de auto-agregación. Por ejemplo, una sonda de péptido puede unirse preferentemente a monómeros solubles de la proteína objetivo, a oligómeros solubles de la proteína objetivo, a auto-agregados insolubles (incluyendo auto-agregados amorfos), a protobrilos o a fibrilos, y tiene una afinidad inferior (o no) para proteína objetivo en un estado diferente. Tales sondas son útiles para identificar proteína objetivo en el estado estructural específico preferentemente reconocido por la sonda de péptido.

Como se utiliza en la presente, una sonda de péptido que "preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación" significa que la sonda de péptido se une en una manera dependiente de dosis a proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación, y no se une en una manera dependiente de dosis a proteina objetivo en un estado diferente de auto-agregación. Por ejemplo, una sonda de péptido puede unirse preferentemente a proteina objetivo en estados de orden más alto de auto-agregación, de manera que la sonda de péptido se une en una manera dependiente de dosis a oligómeros y fibras y no se une en una manera dependiente de dosis a monómeros . Por ejemplo, sondas de péptido consistiendo de o comprendiendo la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 36 o SEQ ID NO. 5 reaccionan específicamente con oligómeros ?ß40 y ?ß42, y no reaccionan específicamente con los monómeros ?ß40 y ?ß42. De esta manera, estas sondas de péptido son útiles para identificar estructuras de orden más alto de ?ß40 y ?ß42. De esta manera, un aspecto de la invención proporciona métodos para identificar una proteína objetivo presente en una forma estructural específica en una muestra, comprendiendo (a) contactar la muestra con una sonda de péptido para la proteína objetivo, donde la sonda de péptido preferentemente se une a la forma estructural específica de la proteína objetivo, y (b) detectar cualquier unión entre la sonda de péptido y cualquier proteína objetivo presente en la forma estructural específica. Como se trata arriba, la sonda de péptido puede incluir además una marca (ejemplo, pireno, triptófano, una marca de polipéptido fluorescente tal como proteína fluorescente verde (GFP) , y una marca de radionúclido ) , y opcionalmente puede inmovilizarse en un soporte sólido. Alternativamente, métodos in vivo para identificar una proteína objetivo presente en una forma estructural específica en un paciente puede comprender (a) administrar al paciente una sonda de péptido para la proteína objetivo, donde la sonda de péptido preferentemente se une a la forma estructural específica de la proteína objetivo, y (b) explorar al paciente para detectar cualquier sonda de péptido localizada, detectándose así y cualquier proteína objetivo en la forma estructural específica que puede estar presente en el paciente. Como se trata arriba, la sonda de péptido puede marcarse con cualquier marca adecuada para detección por formación de imágenes in vivo, y la sonda puede administrarse por cualquier vía de administración adecuada. Como se observa arriba, el paciente puede someterse a una exploración de cuerpo completo, o áreas específicas pueden explorarse o formarse en imágenes, tales como tejido vascular, tejido linfático o cerebro (incluyendo los lóbulos frontal o hipocampo) , u otros agentes tales como el corazón, riñon, hígado o pulmones. La forma estructural de la proteína objetivo puede incluir una conformación de beta-hoja o una conformación alfa-helicoidal. En algunas modalidades, la forma estructural de la proteína objetivo es un monómero de la proteína. En otras modalidades, la forma estructural de la proteína objetivo es un oligómero soluble de la proteína. La forma estructural también puede incluir auto-agregados insolubles de la proteína (ejemplo, auto-agregados amorfos insolubles, protofibrilos, y fibrilos). Por ejemplo, en el contexto de AD, sondas de péptido pueden utilizarse para identificar proteína ?ß soluble, ADDLs, agregados insolubles de proteína ?ß, protofibrilos y fibrilos presentes en una muestra. La habilidad para identificar formas estructurales específicas de proteína ?ß ofrece ventajas clínicas significativas. Por ejemplo, la presencia y carga de proteína ?ß42 y estructuras ?ß de orden más alto (ejemplo, ADDLs, protofibrilos , y fibrilos) pueden utilizarse para identificar un paciente en riesgo de AD o un paciente que padece de AD, y/o al grado al cual ha progresado la enfermedad. La misma información también podría utilizarse para determinar la necesidad de un régimen terapéutico o un régimen más o menos agresivo que el actualmente utilizado, y monitorear la eficacia de un régimen terapéutico dado. En una modalidad, sondas de péptido se utilizan para determinar la ubicación de la proteina ?ß42 o estructuras ?ß de orden más alto dentro del paciente. Por ejemplo, muestras biológicas de segmentos específicos del cerebro pueden obtenerse y analizarse por la presencia de proteína ?ß42 o estructuras ?ß de orden más alto. Alternativamente, las sondas marcadas pueden administrarse al paciente, tal como por inyección local, permitiéndoles localizarse en cualquier sitio proteína ?ß42 o estructuras ?ß de orden más alto presentes dentro del paciente, y entonces el paciente puede explorarse para detectar los sitios de sonda marcados localizados en sitios de proteína ?ß42 o estructuras ?ß de orden más alto. Los sitios específicos de interés deben incluir los lóbulos frontal o hipocampo del cerebro. Otros sitios de interés deben incluir tejido vascular, tejido linfático, y otros órganos tales como el corazón, riñon, hígado o pulmones. Otro aspecto de la invención proporciona un método para determinar las cantidades de ?ß42 y/o ?ß40 en una muestra, y la proporción de ?ß42 a ?ß40 en una muestra. Como se observa arriba, la cantidad de ?ß42 (o "carga") circulando en plasma del paciente o CSF se correlaciona con enfermedades tales como AD y LLMD. De manera similar, una alta proporción de ?ß42 a ?ß40 es indicativa de un estado de enfermedad. La presente invención proporciona métodos para determinar esto valores utilizando sondas de péptido que se unen preferentemente a ya sea ?ß42 o ?ß40, y de esta manera pueden utilizarse para cuantificar la cantidad de ?ß42 o ?ß40 presentes en una muestra. Al probar una muestra con cada tipo de sonda (simultánea o secuencialmente ) , las cargas absolutas y relativas pueden determinarse. Esa información puede utilizarse, por ejemplo, para identificar un paciente en riesgo de AD o un paciente que padece AD, y/o el grado al cual ha progresado la enfermedad. La misma información también podría utilizarse para determinar la necesidad de un régimen terapéutico o un régimen más o menos agresivo que él actualmente utilizado, y monitorear la eficacia de un régimen terapéutico dado. Información similar podría obtenerse por métodos in vivo, junto con las líneas tratadas arriba. Del mismo modo, en el contexto de proteínas priónicas, las sondas de péptido pueden utilizarse para identificar monómeros solubles de PrPSc, agregados solubles de PrPSc, agregados insolubles de PrPSc, protofibrilos y/o fibrilos presentes en una muestra o in vivo. La habilidad para identificar formas estructurales específicas de PrPSc ofrece ventajas clínicas significativas. Por ejemplo, la forma de agregado soluble de PrPSc se cree que es la forma más infectiva; de esta manera, la identificación de esa forma de PrPSc puede utilizarse para identificar un sujeto infectado. La misma información también podría utilizarse para determinar la necesidad de un régimen terapéutico o un régimen más o menos agresivo que él actualmente utilizado, y monitorear la eficacia de un régimen terapéutico dado. En una modalidad, sondas de péptido se utilizan para determinar la ubicación de PrPSc proteína o estructuras de PrPSc de orden más alto (tales como agregados solubles) dentro de un paciente. Por ejemplo, muestras biológicas de segmentos específicos del cerebro pueden obtenerse y analizarse por la presencia de proteína PrPSc o estructuras de PrPSc de orden más alto. Alternativamente, las sondas marcadas pueden administrarse al paciente, tal como por inyección local, permitiéndoles localizarse en cualquier sitio de proteína PrPSc o estructuras de PrPSc de orden más alto presentes dentro del paciente, y entonces el paciente puede explorarse para detectar los sitios de sonda marcada localizados en sitios de proteína PrPSc o estructuras de PrPSc de orden más alto. Otro aspecto de la invención proporciona un método para determinar las cantidades de PrPSc en una muestra, o la cantidad de una forma específica de PrPSc en una muestra. Como se observa arriba, la forma de agregado soluble de PrPSc es altamente infectiva. La presente invención proporciona métodos para determinar la cantidad de esa forma de PrPSc presente en una muestra, utilizando sondas de péptido que se unen preferentemente a la forma de agregado soluble de PrPSc. Esa información puede utilizarse, por ejemplo, para evaluar la carga infectiva de un paciente y/o el grado al cual ha progresado la enfermedad. La misma información también podría utilizarse para determinar la necesidad de un régimen terapéutico o un régimen más o menos agresivo que él actualmente utilizado, y monitorear la eficacia de un régimen terapéutico dado. Información similar podría obtenerse por métodos in vivo, junto con las líneas tratadas arriba . La invención también proporciona métodos para identificar sondas que son específicas para una proteína objetivo en un estado estructural específico. En algunas modalidades, la tendencia de una sonda para adoptar un estado estructural específico corresponde con la especificidad de la sonda para una proteína objetivo en ese estado estructural específico. De esta manera, una sonda con una alta tendencia a formar auto-agregados insolubles es específica para proteína objetivo en un estado auto-agregado insoluble; una sonda con una tendencia a formar auto-agregados solubles es específica para proteína objetivo en un estado auto-agregado soluble, y una sonda sin tendencia a formar -agregados es específica para proteína objetivo en un estado no agregado (tal como un estado monomérico) . En algunas modalidades, la sonda puede mostrar una baja tendencia a formar auto-agregados. Por ejemplo, la sonda puede incluir la secuencia de aminoácidos de una variante de ?ß42 teniendo substituciones de aminoácido 141D y A42Q (es decir, "el mutante DQ") . Las sondas especificas para una proteina objetivo en un estado estructural especifico que cae en un espectro de estados estructurales variando de un extremo bajo de monómeros solubles a un extremo alto de auto-agregados insolubles pueden identificarse de acuerdo con la presente invención, tal como al utilizar el sistema GFP. Por ejemplo, una proteina de fusión comprendiendo (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo y (ii) GFP puede someterse a condiciones que promueven auto-agregación, y cualquier señal fluorescente puede detectarse. La intensidad de la señal puede correlacionarse con la especificidad de la sonda para una proteina objetivo en un estado estructural especifico. Por ejemplo, en algunas modalidades, una señal de intensidad más alta indica que la sonda tiene una baja tendencia a formar agregados, y de esta manera es especifica para una proteina objetivo en un fin inferior del espectro de estados estructurales, tal como un monómero soluble. De manera conversa, en algunas modalidades, una señal de intensidad inferior indica que .la sonda tiene una tendencia más alta a formar agregados y es especifica para una proteina objetivo en un fin superior del espectro de estados estructurales, tal como un agregado insoluble. Una señal intermedia puede indicar que la sonda tiene una tendencia intermedia a formar agregados y es especifica para una proteina objetivo en un extremo intermedio del espectro de estados estructurales, tal como un oligómero soluble. Las sondas especificas para una proteina objetivo en un estado estructural especifico también pueden identificarse al preparar muestras de proteina en estado estructural diferente específicos, y después valorar la habilidad de una sonda de péptido para unirse preferentemente a proteína en uno o más de los estados estructurales específicos diferentes. Por ejemplo, una sonda de péptido puede contactarse con una muestra de una proteína en un estado estructural específico, y su interacción con la proteína valorada utilizando, por ejemplo, cualquiera de las metodologías descritas arriba. Este proceso puede repetirse utilizando muestras de proteína en diferentes estados estructurales específicos, y los resultados pueden compararse para determinar si la sonda de péptido preferentemente se une a proteína en uno o más de los diferentes estados estructurales específicos. F. Métodos de Selección para Identificar Agentes Que Modulan Agregación Las sondas descritas en la presente pueden utilizarse en métodos de selección para identificar agentes que modulan la auto-agregación de una proteina objetivo. Por ejemplo, para seleccionar agentes que modulan la auto-agregación de una proteina objetivo, se prepara una proteina de fusión que comprende una sonda de péptido para la proteina objetivo y una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la protina, tal como GFP. (En algunas modalidades, la marca se enlaza al término C de la sonda de péptido, directamente o a través de un enlazador) . Como se trata arriba, en el sistema GFP, la fluorescencia de la proteina de fusión se correlaciona de manera inversa con la tendencia de la sonda de péptido para formar auto-agregados insolubles. De esta manera, por ejemplo, si se observa que la proteina de fusión emite una señal fluorescente, la sonda de péptido tiene una baja tendencia a formar auto-agregados insolubles. De manera conversa, si se observa que la proteina de fusión no emite una señal fluorescente, la sonda de péptido tiene una tendencia más alta a formar auto-agregados insolubles. Otras marcas descritas arriba pueden utilizarse en lugar de GFP. Aquellos expertos en la materia reconocen que algunas marcas emitirán una señal que se correlaciona de manera inversa con agregación, mientras otros emitirán una señal que se correlaciona directamente con agregación. Por conveniencia, la invención se describe con referencia al sistema GFP. En algunas circunstancias, puede ser deseable determinar la tendencia relativa de una sonda de péptido para formar agregados. Para ese fin, una señal generada por una proteina de fusión de referencia (ejemplo, comprendiendo GFP y una sonda de péptido de referencia) se compara con una señal generada por una proteina de fusión de prueba (ejemplo, comprendiendo GFP y una sonda de péptido de prueba) . En el sistema GFP, una señal de fluorescencia creciente se correlaciona con una tendencia inferior a formar agregados. En algunas modalidades, las sondas de péptido con una alta tendencia a formar auto-agregados insolubles se utilizan en métodos de selección para identificar agentes que modulan la auto-agregación de una proteina objetivo. En un aspecto de esta modalidad, la proteina de fusión GFP (ejemplo, sonda de péptido-GFP) se clona en un vector para expresión inducible en una célula huésped (ejemplo, E. coli) . La expresión se induce en E. coli en la presencia de un agente de prueba para inhibir la auto-agregación de proteina objetivo. La fluorescencia de la proteina de fusión (debida a la porción GFP) se mide, y la fluorescencia en la presencia de un agente de prueba identifica el agente de prueba como un inhibidor potencial de auto-agregación de proteína objetivo. En otro aspecto, el método de selección comprende un ensayo in vitro. Por ejemplo, una proteína de fusión GFP se clona en un vector para la expresión "libre de célula" como se sabe en la materia. La proteína de fusión se expresa entonces en la presencia de un agente de prueba y se mide la fluorescencia. De nuevo, la fluorescencia en la presencia de un agente de prueba identifica el agente de prueba como un inhibidor potencial de auto-agregación de proteína obj etivo . En variaciones de estas modalidades, una proteína de fusión GFP se expresa en la ausencia del agente de prueba y en la presencia del agente de prueba, y un incremento en fluorescencia identifica un agente de prueba que inhibe la agregación . En otras variaciones de estas modalidades la proteína de fusión se expresa en la presencia de la proteína de prueba (y agente de prueba) . Los agentes de prueba adecuados para los métodos de selección pueden incluir anticuerpos, agentes de quelación, queladores de hierro tridentato, diacetonas, análogos de hidrazona de isonicontinil 2-piridoxal, taquipiridina , clioquinol, queladores del inhibidor de reductasa de ribonucleótido, ácido 2 , 3-dihidroxibenzóico, Picolinaldehído, Nicotinaldehído, 2-Aminopiridina , 3- Aminopiridina, 2-furildioxima tópica, ácido n-Butírico, Fenilbutirato, Tributirina, ácido hidroxámico suberoilanilida, 6-ciclohexil-l-hidroxi-4-metil-2 (1H) - piridinona, rilopirox, piroctona, queladores relacionados con ácido benzoico, ácido salicilico, nicotinamida , Clioquniol, sulfato de heparina, N-óxido de trimetilamina, glicol de polietileno (PEG), cationes de cobre, dimetilsulfóxido , Dexrazoxana, dopamina, ácido estánico, triazina, levodopa, pergolida, bromocriptina, selegilina, glucosamina o análogos de los mismos, tetrapirrolas , ácido nordihidroguaiarético, polifenoles, tetraciclina , ácido polivinilsulfónico, ácido 1, 3, -propanodisulfónico, péptido interruptor ß-hoja (??ß5), nicotina, o sales o derivados de los mismos. Las proteínas objetivo adecuadas para los métodos de selección pueden ser cualquiera de aquellos tratados arriba. Los métodos de selección pueden utilizarse para identificar los agentes que modulan la agregación de cualquier proteína objetivo que es susceptible de auto-agregación, incluyendo proteínas priónicas y ?ß42. Estos métodos también pueden identificar agentes que se unen a proteína objetivo. La unión de un agente a un monómero de la proteína objetivo prevendrá la auto-agregación de la proteína objetivo. De manera similar, la unión de un agente a un oligómero soluble o un agregado insoluble prevendrá la agregación adicional y formación de fibrilo y protofibrilo, mientras la unión de un agente a un protofibrilo o fibrilo prevendrá la extensión adicional de esa estructura. Además de bloquear la agregación adicional, esta unión también puede cambiar el equilibrio de regreso a un estado más favorable a monómeros solubles, deteniendo asi la progresión de la enfermedad y aliviar los síntomas de la enfermedad. La unión de proteína objetivo por un agente también puede interferir directamente con cualquier actividad dañina mostrada por la proteína objetivo. En una modalidad específica, la actividad de un agente de prueba identificado como se describe arriba se confirma en un ensayo adicional. Por ejemplo, una forma soluble de la proteína objetivo o una sonda de péptido para la proteína objetivo se prepara utilizando solventes orgánicos, sonicación y filtración (Bitan et al., Methods in Molec. Biol., pp. 3-9 (2005, Human Press). Después de la preparación, la forma soluble de la proteína objetivo o sonda se diluye en regulador acuoso que incluye un agente de prueba identificado como se describe arriba, y la proteína objetivo o sonda se deja agregar bajo agitación o bajo quiescencia. La agregación se mide entonces por cualquiera de los métodos descritos arriba, tal como al utilizar una sonda marcada y detectar la formación de excímero o CD, o por otros métodos conocidos en la materia tal como medir la fluorescencia de Tioflavin T (Levine-III, H., Protein Sci. 2:404-410 (1993) o unión Congo-rojo, para confirmar que un agente de prueba inhibe la agregación. En una modalidad, la actividad de un agente de prueba identificado como se describe arriba utilizando una proteina de fusión GFP-sonda de péptido se confirma al valorar la fluorescencia de una proteina de fusión GFP-proteina objetivo en la presencia del agente de prueba. La habilidad de un agente de prueba para inhibir la agregación también puede valorarse al observar la agregación de una proteina objetivo (o una sonda) en la presencia del agente de prueba bajo microscopía de electrón. Una disminución dependiente de dosis en la agregación confirma que el agente de prueba inhibe la agregación. La invención también proporciona selección de fármaco más adaptada, es decir, al identificar agentes activos que interactúan con estados estructurales específicos de la proteína objetivo. En esta modalidad, la habilidad de un agente de prueba para interactuar con una sonda con una tendencia a formar un estado estructural específico se utiliza para identificar agentes que interactúan con proteína objetivo en ese estado estructural específico. Por ejemplo, las sondas con una baja tendencia a auto-agregarse pueden utilizarse para identificar agentes activos que se unen a monómeros de la proteína objetivo; sondas con una tendencia a formar oligómeros solubles (tales como aquellos que imitan la estructura de Addis ?ß) pueden utilizarse para identificar agentes activos que se unen a oligómeros solubles; sondas con una tendencia a formar agregados insolubles pueden utilizarse para identificar agentes activos que se unen a monómeros insolubles de la proteina objetivo. En algunas modalidades, las sondas con una baja tendencia a auto-agregarse pueden utilizarse para identificar agentes activos que se unen a la proteina objetivo en ensayos de competencia. Por ejemplo, donde la sonda y agente activo forman un complejo, la sonda adicional, que opcionalmente puede derivarse, puede utilizarse para competir la sonda del complejo. En otra variación, los agentes activos que interactúan con un estado estructural especifico de la proteina objetivo se identifican al contactar el agente activo con una muestra de proteina objetivo, separan las porciones de agente activo-proteina objetivo en complejos de proteina objetivo en no complejo, y determinar el estado estructural especifico de la proteina objetivo en complejo utilizando sondas para estados estructurales específicos, como se describe en la presente. G. Agentes de Prueba Terapéuticos Cualquier agente conocido o que se sospecha que inhibe el estado estructural específico -asociado con un estado de enfermedad puede utilizarse en métodos de selección para valorar su habilidad para modular la agregación, y de esta manera su candidatura como un agente terapéutico. Por ejemplo, los agentes conocidos o que se sospecha que inhiben la formación de la conformación de ß-hoja de una proteina objetivo, inhiben la formación de oligómeros o auto- agregados amorfos insolubles de la proteina objetivo, o inhiben la formación de fibrilos, pueden seleccionarse por los presentes métodos para identificar los agentes terapéuticos. Las sondas de péptido diseñados como se describen arriba (con o sin una marca) también son adecuados como agentes de prueba para valorar su probable utilidad como agentes terapéuticos. Los ejemplos de agentes de prueba terapéuticos incluyen agentes conocidos o que se sospecha que tienen actividad anti-amiloide o actividad anti-amiloidogénica . Un "agente anti-amiloide" o "agente anti-amiloidogénico" es un agente que, directa o indirectamente, inhibe a las proteínas de agregarse y/o formar placas amiloides o depósitos y/o promueve la desagregación o reducción de placas amiloide o depósitos. Por ejemplo, un agente anti-amiloide puede inhibir a una proteína de asumir una conformación que se incluye en agregación y/o formación de oligómeros, fibrilos, placas amiloides, etc. De esta manera, por ejemplo, un agente anti-amiloide puede inhibir a una proteína de asumir una conformación de beta-hoja. Los agentes anti-amiloides incluyen proteínas, tales como anticuerpos anti-amiloide y sondas de péptido, y también incluyen moléculas químicas pequeñas, tales como fármacos de molécula pequeña. 1. Agentes Anti-Amiloide Tradicionales Los agentes anti-amiloide incluyen agentes de quelación (ejemplo, agentes de quelación para metales de transición tales como cobre y hierro tales como queladores de hierro de tridentato) , diacetonas (ejemplo, beta-diacetonas), análogos de hidrazona de isonicontinil 2-piridoxal, taquipiridina , clioquinol, queladores del inhibidor de reductasa de ribonucleótido, ácido 2 , 3-dihidroxibenzóico , Picolinaldehído, Nicotinaldehído, 2-Aminopiridina, 3-Aminopiridina, 2-furildioxima tópica, ácido n-Butírico, Fenilbutirato, Tributirina, ácido hidroxámico suberoilanilida , 6-ciclohexil-l-hidroxi- -metil-2 (1H) -piridinona, rilopirox, piroctona, queladores relacionados con ácido benzoico, ácido salicílico, nicotinamida , Clioquniol, sulfato de heparina, N-óxido de trimetilamina (TMNO) , glicol de polietileno (PEG), cationes de cobre (ejemplo, Cu++) , dimetilsulfóxido (DMSO) , y Dexrazoxana. Los agentes anti-amiloide también incluyen agentes generalmente referidos en la materia como "disolventes de amiloide" o "disolventes de placa". Estos incluyen fármacos que son imitaciones de péptido e interactúan con fibrilos amiloide para disolverlos lentamente. La "imitación de péptido" significa que una biomolécula imita la actividad de otra molécula de péptido biológicamente activa. Los "disolventes de amiloide" o "disolventes de placa" también incluyen agentes que absorben co-factores necesarios para que los fibrilos amiloide permanezcan estables. Los agentes anti-amiloide también incluyen dopamina, ácido esténico, triazina, levodopa, pergolida, bromocriptina, selegilina, glucosamina o análogos de los mismos (ejemplo, 4 -deoxi-D-glucosamina o 4-deoxi-acetilglucosamina) , tetrapirrolas, ácido nordihidroguaiarético (NDGA) , polifenoles (ejemplo, miricetin (Myr) , morin (Mor) , quercetin (Qur) , kaempferol (Kmp) , ( + )-catequin (Cat), ( - ) -epicatequin (epi-Cat) ) , rifampicin (RIF) , tetraciclina (TC) , ácidos sulfónicos de molécula pequeña (ejemplo, ácido polivinilsulfónico y ácido 1 , 3 , -propanodisulfónico) , sulfonatos y sulfatos de molécula pequeña (ejemplo, etanosulfonato, 1-propanesulfonato, 1,2-etanodisulfonato, 1 , 3-propanodisulfonato, 1,4-butanodisulfonato, 1 , 5-propanodisulfonato, 1,6-hexanodisulfonato, poli (vinilsulfonato ) , 1 , 2-etanodiol disulfato, 1 , 3-propanodiol disulfato, y 1, 4-butanodiol disulfato), ciclohexanohexol (ejemplo, epi-ciclohexanohexol , scillo-ciclohexanohexol, y mio-ciclohexanohexol ) , péptido interruptor ß-hoja (??ß5) , nicotina, o sales, ácidos, o derivados de los mismos. Los agentes anti-amiloide también pueden incluir anticuerpos, tales como anticuerpos específicos para la proteína objetivo, o anticuerpos específicos para un estado estructural específico de la proteína objetivo. 2. Sondas de Péptido como Agentes Antl-Ami loide Como se observa arriba, las sondas de péptido de la presente invención son útiles como agentes anti-amiloide en la prevención y tratamiento de enfermedades amiloidogénicas tales como AD, y en la prevención de etapas avanzadas de enfermedades amiloidogénicas. Como se describe arriba, una sonda de péptido para una proteína objetivo dada se une específicamente a aquella proteína, y puede unirse preferentemente a una forma estructural específica de la proteína objetivo. Aunque no se desea limitarse por ninguna teoría, se cree que la unión de proteína objetivo por una sonda de péptido prevendrá la formación de ensambles de orden más alto de la proteína objetivo, previniendo o tratando así la enfermedad asociada con la proteína objetivo, y/o previniendo la progresión adicional de la enfermedad. Por ejemplo, la unión de una sonda de péptido a un monómero de la proteína objetivo prevendrá auto-agregación de la proteína objetivo. De manera similar, la unión de una sonda de péptido a un oligómero soluble o un agregado insoluble prevendrá la agregación adicional y formación de fibrilo o protofibrilo, mientras la unión de una sonda de péptido a un protofibrilo o fibrilo prevendrá la extensión adicional de esa estructura. Además de bloquear la agregación adicional, esta unión también puede cambiar el equilibrio de regreso a un estado más favorable a monómeros solubles, deteniendo asi la progresión de la enfermedad y aliviando los síntomas de la enfermedad. La unión de la proteína objetivo por una sonda de péptido también puede interferir directamente con cualquier actividad dañina mostrada por la proteína objetivo. De esta manera, por ejemplo, los efectos neurotóxicos de ADDLs podrían inhibirse por la acción de unión de una sonda de péptido específica para los ADDLs. De esta manera, en una modalidad, la unión por sondas de péptido bloquea la interacción de ADDLs y protofibrilos con sinapsas y membranas neuronales. En algunas modalidades, donde la proteína objetivo se une a otra proteína (ejemplo, un receptor) , las sondas de péptido pueden diseñarse para competir con la proteína objetivo para unirse a la otra proteína. Por ejemplo, una sonda de péptido puede diseñarse para competir por la unión a un receptor para la proteína objetivo, donde el receptor está presente en membranas neuronales o membranas de célula base. En algunas modalidades, las sondas de péptido pueden diseñarse para unirse a proteínas tales como laminin, moléculas de adhesión de la célula efectora (ECAMS) (ejemplo, selectina) , y glicosaminoglicanos (GAGS) . (Ver U.S. 2006-0135529). Por ejemplo, las sondas de péptido pueden diseñarse para unirse a glicosaminoglican (GAG) e inhibir las interacciones GAG con moléculas de adhesión de célula efectora (ECAM) tal como selectina. De esta manera, en una modalidad, se proporciona un método para prevenir la formación de agregados de proteína de una proteína objetivo, comprendiendo contactar la proteína objetivo con una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo, previniendo así la formación de agregados de proteína de más alto orden de la proteína objetivo. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a un estado estructural específico de la proteína objetivo. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a monómeros de la proteína objetivo, previniendo así la formación de agregados de proteína. En otras modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a oligómeros solubles de la proteína objetivo, previniendo así la formación de agregados de proteína insolubles. En otras modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a agregados insolubles de la proteína objetivo, previniendo así la formación de fibrilos de la proteína objetivo. En modalidades específicas, la sonda de péptido preferentemente se une a agregados insolubles tales como auto-agregados amorfos, protofibrilos , y fibrilos. El contacto puede efectuarse por cualquier medio que resulta en la sonda de péptido contactando la proteína objetivo. Para métodos in vivo, para prevenir la formación de agregados de proteína de una proteína objetivo en un paciente, la sonda de péptido puede administrase al paciente por cualquier medio adecuado, tal como por inyección directa, por ejemplo, en un sitio de proteína objetivo localizada o en un sitio de interés, tales como aquellos descritos arriba, o por administración intranasal u oral. H. Agentes Objetivo Las sondas de péptido de la invención también son útiles como agentes objetivo para suministrar otros agentes activos (tales como cualquiera de los agentes enlistados arriba) a las proteínas objetivo, tales como proteínas ?ß, o a formas específicas de ?ß, tales como ?ß42, monómeros ?ß42, Addis ?ß42, agregados insolubles de ?ß42, fibrilos, etc. En esta modalidad de la invención, una sonda de péptido se combina con uno o más agentes activos, tales como por conjugación directamente o a través de un enlazador, por métodos conocidos en la materia. El agente activo puede ser un agente - activo terapéutico, tales como cualquiera de aquellos conocidos en la materia y aquellos mencionados arriba, o puede ser un agente de detección, tales como cualquiera de aquellos conocidos en la materia y aquellos descritos arriba con respecto a las marcas de sonda de péptido. En algunas modalidades, la sonda de péptido se localiza en proteína objetivo presente en un sitio específico en el paciente, tal uno o más de tejido vascular, tejido linfático, cerebro, u otros órganos, tales como riñon, hígado, corazón o pulmones, suministrado así el agente terapéutico a tales sitios específicos. De esta manera, en una modalidad, se proporciona un método para tratar una enfermedad asociada con una proteína objetivo, comprendiendo contactar la proteína objetivo con una proteína de fusión comprendiendo (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo, y (ii) un agente terapéutico. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a un estado estructural específico de la proteína objetivo. El contacto puede efectuarse por cualquier medio que resulta en la sonda de péptido que contacta la proteína objetivo, como se trata arriba, tal como por inyección, intranasal u oralmente. En algunas modalidades, la enfermedad es enfermedad de Alzheimer, la proteína objetivo es ?ß42, ?ß40, o ambas, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de anticuerpos, queladores de metal pesado y porciones de carga. En otras modalidades, la enfermedad es TSE, la proteina objetivo es proteina priónica, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de anticuerpos, queladores de metal pesado y porciones de carga. En otras modalidades, la enfermedad es amilodiosis sistémica senil o polineuropatia de amiloide familiar, la proteina objetivo es transtiretina, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de anticuerpos, queladores de metal pesado y porciones de carga. En algunas modalidades, la enfermedad es enfermedad de Huntington, la proteina objetivo es Huntingtin, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de queladores de metal pesado y porciones de carga. En otras modalidades, la enfermedad es enfermedad de Parkinson, la proteina objetivo es alfa-sinucleina, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de queladores de metal pesado y porciones de carga. También se proporciona un método para suministrar un agente terapéutico comprendiendo combinar el agente terapéutico con una sonda de péptido para la proteina objetivo y administrar la combinación de sonda de péptido-agente terapéutico a un paciente en necesidad de la misma. En algunas modalidades, la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la . proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, pero no comprende la secuencia de longitud completa de la proteína objetivo. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo en un estado específico de auto- agregación. En algunas modalidades, la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo en un estado específico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles y agregados insolubles. En algunas modalidades, el agente terapéutico tiene actividad anti-amiloide . En algunas modalidades, la sonda de péptido se combina con el agente terapéutico a través de la conjugación, directamente o a través de un enlazador . Los pacientes adecuados para la prevención o tratamiento pueden identificarse por aquellos expertos en la materia. Por ejemplo, los pacientes pueden identificarse al detectar la proteína objetivo en muestras biológicas obtenidas de los pacientes o por métodos in vivo descritos arriba, al identificar otros factores de riesgo (tales como una mutación genética, apoE, o exploración PET que muestra placas o depósitos amiloide) , o por una historia familiar de enfermedad amiloidogénica (incluyendo AD y LLMD) . En una modalidad de la invención, las muestras sanguíneas se seleccionan por la presencia de una o más proteínas amiloide, tal como ?ß42, y pacientes con altos niveles de que proteína, o con altas proporciones de ?ß42/?ß40, se seleccionan para tratamiento. I . Controles En cualquiera de los métodos descritos en la presente, los controles (ya sea positivos, negativos o ambos) pueden utilizarse para validar el ensayo. Los controles positivos generalmente comprenden realizar los métodos con muestras que se conocen por comprender al menos una proteína objetivo (típicamente de un tipo conocido, específico) , y pueden utilizarse para confirmar que los métodos son capaces de detectar esa proteína y/o son específicos para esa proteína particular. Generalmente, un control positivo comprende una muestra (en cualquier etapa del procedimiento) al cual se agrega intencionalmente una proteína objetivo conocida, típicamente en una cantidad conocida. Los controles negativos generalmente comprenden realizar los métodos con muestras que se conocen por no contener ninguna proteína objetivo, y pueden utilizarse para confirmar que los métodos no proporcionan resultados positivos falsos sistemáticos. Otros controles pueden utilizarse en una o más etapas particulares - en los métodos para verificar que aquellas etapas están funcionando como se espera. Un experto en la materia está consciente de los controles adecuados y puede diseñarlos e implementarlos sin experimentación indebida. J. Muestras y Especímenes "Espécimen de prueba" es una muestra de material a probarse y es equivalente en que significa que, y se utiliza de manera intercambiable con "muestra". La muestra puede prepararse de tejido (ejemplo una porción de carne triturada, una cantidad de tejido objetivo por un procedimiento de biopsia, sangre o una fracción de sangre, tal como plasma) mediante homogeneización en un homogeneizador de vidrio o puede utilizarse directamente como se obtenga. La cantidad de muestra puede ser cualquier cantidad adecuada para la aplicación en la cual la muestra se utiliza. Por ejemplo, si la sangre o una fracción de sangre se utiliza, puede ser aproximadamente 1 ul, aproximadamente 100 µ?, aproximadamente 1 mi, aproximadamente 10 mi, aproximadamente 100 mi, aproximadamente un litro (o una pinta), o más. En algunas aplicaciones, grandes volúmenes de sangre o productos sanguíneos pueden utilizarse como una muestra, incluyendo cantidades mayores a un litro (o una pinta) . Cuando el tejido sólido es la fuente de la muestra, la muestra debe estar entre aproximadamente 1 mg y 1 gm, preferentemente entre 10 mg y 250 mg, idealmente entre 20 y 100 mg.

Las proteínas en muestras o especímenes pueden detectarse en forma agregada o en la presencia de otros constituyentes celulares, tales como lípidos, otras proteínas, o carbohidratos. Una preparación de muestra para análisis puede homogeneizarse o someterse a una interrupción similar de tejido o estructuras de agregado, y los residuos celulares pueden removerse por centrifugación. Este proceso puede realizarse en la presencia de una solución de sal regulada y puede utilizar uno de varios detergentes tales como SDS, Tritón X-100, o sarcosil. La concentración adicional de la muestra puede lograrse por el tratamiento con cualquiera de varios agentes (ejemplo, fosfotungstato) , que se emplea de acuerdo al método de Safar et al., Nature Medicine 4:1157-1165, 1998. Una muestra puede obtenerse para la prueba y diagnosis como sigue. Una muestra puede prepararse de tejido (ejemplo, una porción de carne triturada, o una cantidad de tejido obtenido por un procedimiento de biopsia) mediante homogeneización en un homogeneizador de vidrio o por mano y mortero en la presencia de nitrógeno líquido. La cantidad de material debe ser entre aproximadamente 1 mg y 1 gm, preferentemente entre 10 mg y 250 mg, tal como entre 20 mg y 100 mg. El material a muestrearse puede suspenderse en un solvente adecuado, preferentemente salina regulada por fosfato a un pH entre 7.0 y 7.8. La adición de inhibidores de RNase es opcional. El solvente puede contener un detergente (ejemplo, Tritón X-100, SDS, sarcosil, dioxicolato, IgePal (NP40)). La homogeneización se realiza por un número de excursiones del homogeneizador , preferentemente entre 10 y 25 golpes; tal como entre 15 y 20 golpes. La muestra suspendida preferentemente se centrifuga a entre 100 y 1,000 x g por 5-10 minutos y el material sobrenadante se muestra para análisis. En algunas muestras, puede ser preferible tratar al material sobrenadante con un reactivo adicional, tal como ácido fosfotungstico de acuerdo al procedimiento descrito por Safar et al., Nature Medicine 4:1157-1165, 1998, y como se modifica por Wadsworth, The Lancet 358:171-180, 2001. La cantidad de muestra a probarse se basa en una determinación del contenido de proteina de la solución sobrenadante según se mide por el procedimiento descrito por Bradford {Anal. Biochem. 72:248-254, 1976). Un método sensible y rápido para determinar cantidades de microgramo de proteina utiliza el principio de unión de proteina-tinte . Preferentemente, la cantidad de proteina en la muestra a probarse es entre aproximadamente 0.5 mg y 2 mg de proteina.

Además del procedimiento descrito arriba para material de tejido, las muestras de prueba pueden obtenerse de suero, formulaciones farmacéuticas que pueden contener productos de origen animal, fluido espinal, saliva, orina, u otros fluidos corporales. Las muestras de liquido pueden probarse directamente o pueden someterse a tratamiento con agentes tales como ácido fosfotungstico, como se describe arriba. K. Kits Los kits pueden prepararse para practicar los métodos descritos en la presente. Típicamente, los kits incluyen al menos un componente o una combinación empacada de componentes para practicar un método descrito. Por "combinación empacada" se entiende que los kits proporcionan un paquete único que contiene una combinación de uno o más componentes, tales como sondas, reguladores, instrucciones, y lo similar. Un kit que contiene un contenedor único se incluye dentro de la definición de "combinación empacada". En algunas modalidades, los kits incluyen al menos una sonda. Por ejemplo, los kits pueden incluir una sonda que se marca con un fluoróforo o una sonda que es un miembro de una proteína de fusión. En el kit, la sonda puede inmovilizarse, y puede inmvolizarse en una conformación específica. Por ejemplo, una sonda inmovilizada puede proporcionarse en un kit para unir específicamente la proteína objetivo, para detectar la proteína objetivo en una muestra y/o remover la proteína objetivo de una muestra. Los kits pueden incluir algunos o todos los componentes necesarios para practicar un método descrito en la presente. Típicamente, - los kits incluyen al menos una sonda, opcionalmente inmovilizada, en al menos un contenedor. Los kits pueden incluir múltiples sondas, opcionalmente inmovilizadas, en uno o más contenedores. Por ejemplo, las múltiples sondas pueden estar presentes en un contenedor único o en contenedores separados, cada uno conteniendo una sonda única. En ciertas modalidades, una sonda única (incluyendo múltiples copias de la misma sonda) se inmoviliza en un soporte sólido único y se proporciona en un contenedor único. En otras modalidades, dos o más sondas, cada una especifica para una proteina objetivo diferente o una forma diferente de una proteina objetivo único, se proporcionan en un contenedor único. En algunas modalidades, la misma sonda inmovilizada se proporciona en múltiples contenedores diferentes (ejemplo, en forma de uso único) , o múltiples sondas inmovilizadas se proporcionan en múltiples contenedores diferentes. En modalidades adicionales, las sondas se inmovilizan en múltiples tipos diferentes de soportes sólidos. Cualquier combinación de sonda (s) inmovilizada ( s ) y contenedor (es ) se contempla para los kits descritos en la presente, y el practicante es libre de seleccionar entre las combinaciones para lograr un kit adecuado para el uso deseado. Un contenedor de los kits puede ser cualquier contenedor que es adecuado para empacar y/o contener las sondas descritas en la presente. Los materiales adecuados incluyen, pero no se limitan a, vidrio, plástico, cartón u otro producto de papel, y metal. El contenedor puede proteger completamente las sondas inmovilizadas y puede cubrir de manera simple la sonda para minimizar la contaminación por polvo, aceites, etc. Los kits pueden comprender un contenedor único o múltiples contenedores, y donde los contenedores múltiples están presentes, cada contenedor puede ser el mismo que los otros contenedores, diferentes que los otros, o diferentes que algunos, pero no todos los otros contenedores. Los kits por si mismos pueden hacerse de cualquier material adecuado. Los ejemplos no limitantes de materiales de kit son cartón u otro producto de papel, plástico, vidrio y metal. Los kits pueden comprender algunos o todos los reactivos y suministros necesarios para inmovilizar una o más sondas al soporte sólido, o alguno o todos los reactivos y suministros necesarios para la unión de sondas inmovilizadas a proteínas priónicas en una muestra. Los kits descritos en la presente pueden incluir una o más sondas no inmovilizadas y uno o más soportes sólidos que incluyen o no una sonda inmovilizada. Tales kits pueden comprender algunos o todos los reactivos y suministros necesarios para inmovilizar una o más sondas al soporte sólido, o alguno o todos los reactivos y suministros necesarios para unir las sondas inmovilizadas a proteínas priónicas en una muestra. MODALIDADES EJEMPLIFICATIVAS La siguiente es una lista de modalidades ej emplificativas : 1. Una proteína de fusión comprendiendo: (a) una sonda de péptido para una proteína objetivo, en donde: (i) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (ii) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (iii) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteína objetivo; y (b) proteína fluorescente verde (GFP) . 2. La proteína de fusión de la modalidad 1, comprendiendo además un enlazador de polipéptido que une la sonda de péptido y el polipéptido GFP. 3. La proteína de fusión de la modalidad 1, en donde la proteína objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteína precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteína beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas, 2-microglobulina, a-sinucleina, rodopsina, al- antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina , procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa, y proteína cistatina C. 4. La proteína de fusión de la modalidad 3, en donde la proteína objetivo es una proteína priónica. 5. La proteína de fusión de la modalidad 4, en donde la proteína priónica es PrPc, PrPSc, o una mezcla de las mismas . 6. La proteína de fusión de la modalidad 4, en donde la sonda de péptido comprende SEQ ID NO: 13 o una secuencia que tiene al menos aproximadamente 90% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 13. 7. La proteína de fusión de la modalidad 3, en donde la proteína objetivo es proteína beta amiloide. 8. La proteína de fusión de la modalidad 7, en donde la proteína beta amiloide es ?ß42, ?ß40, o una mezcla de las mismas. 9. La proteína de fusión de la modalidad 7, en donde la sonda de péptido comprende la secuencia de SEQ ID NO: 32, la secuencia de SEQ ID NO: 4, o una secuencia que tiene al menos aproximadamente 90% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 32 o SEQ ID NO: . 10. La proteína de fusión de la modalidad 3, en donde la proteína objetivo es proteína precursora de polipéptido de isleta amiloide. 11. La proteína de fusión de la modalidad 10, en donde la sonda de péptido comprende la secuencia de SEQ ID NO: 11 o una secuencia que tiene al menos aproximadamente 90% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 11. 12. La proteína de fusión de la modalidad 3, en donde la proteína objetivo es proteína transtiretina . 13. La proteína de fusión de la modalidad 12, en donde la sonda de péptido comprende la secuencia de SEQ ID NO: 26 o una secuencia que tiene al menos aproximadamente 90% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 26. 14. La proteína de fusión de la modalidad 3, en donde la proteína objetivo es proteína cistatina C. 15. La proteína de fusión de la modalidad 14, en donde la sonda de péptido comprende la secuencia de SEQ ID NO: 17 o una secuencia que tiene al menos aproximadamente 90% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 17. 16. La proteína de fusión de la modalidad 3, en donde la proteina objetivo es proteina de la enfermedad de Huntington . 17. La proteina de fusión de la modalidad 15, en donde la sonda de péptido comprende la secuencia de SEQ ID NO: 19 o una secuencia que tiene al menos aproximadamente 90% de identidad de secuencia a SEQ ID NO: 19. 18. La proteina de fusión de la modalidad 1, en donde dicha proteina de fusión emite una señal fluorescente cuando la sonda de péptido está en una conformación alfa-helicoidal . 19. La proteina de fusión de la modalidad 1, en donde dicha proteina de fusión no emite una señal fluorescente cuando la sonda de péptido está en una conformación de beta-hoja . 20. La proteina de fusión de la modalidad 1, en donde la sonda de péptido está en una conformación alfa-helicoidal cuando está presente en una solución de 1.0% SDS teniendo un pH de aproximadamente 7. 21. La proteina de fusión de la modalidad 1, en donde la sonda de péptido está en una conformación de beta-hoja cuando está presente en una solución teniendo un pH de aproximadamente 4.5. 22. La proteina de fusión de la modalidad 1, en donde la proteina de fusión se inmoviliza en un soporte sólido. 23. La proteina de fusión de la modalidad 22, en donde la proteina de fusión comprende además una porción avidina, y se acopla al soporte sólido a través de una porción biotina . 24. Un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteina objetivo, comprendiendo: (A) contactar una proteina de fusión y un agente de prueba, la proteina de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que, experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y(ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión: (B) detectar una señal generada por la marca; y(C) correlacionar la señal con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteina objetivo. 25. El método de la modalidad 24, en donde una disminución en la señal se correlaciona con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteina objetivo. 26. El método de la modalidad 24, en donde un incremento en la señal se correlaciona con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteina objetivo. 27. El método de la modalidad 24, en donde la proteina objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteina precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteina beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas, ß2-microglobulina, a-sinucleina, rodopsina, al- antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas, receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa, y proteína cistatina C. 28. El método de la modalidad 24, en donde el agente de prueba es un agente de quelación. 29. El método de la modalidad 24, en donde el agente de prueba se selecciona del grupo queladores de hierro de tridentato, diacetonas, análogos de hidrazona de isonicontinil 2-piridoxal, taquipiridina, clioquinol, queladores del -inhibidor de reductasa de ribonucleótido, ácido 2 , 3-dihidroxibenzóico, Picolinaldehído, Nicotinaldehído, 2-Aminopiridina, 3-Aminopiridina, 2- furildioxima tópica, ácido n-Butírico, Fenilbutirato, Tributirina, ácido hidroxámico suberoilanilida , 6- ciclohexil-l-hidroxi-4-metil-2 (1H) -piridinona, rilopirox, piroctona, queladores relacionados con ácido benzoico, ácido salicilico, nicotinamida, sulfato de heparina, N-óxido de trimetilamina, glicol de polietileno (PEG), cationes de cobre, dimetilsulfóxido, Dexrazoxana, dopamina, ácido estánico, triazina, levodopa, pergolida, bromocriptina , selegilina, glucosamina o análogos de los mismos, tetrapirrolas , ácido nordihidroguaiarético, polifenoles, tetraciclina , ácido polivinilsulfónico, ácido 1,3,-propanodisulfónico, péptido interruptor ß-hoja (??ß5), nicotina, o sales o derivados de los mismos. 30. El método de la modalidad 24, en donde la marca comprende un fluoroforo. 31. El método de la modalidad 24, en donde el fluoroforo comprende pireno o triptófano. 32. El método de la modalidad 24, en donde la marca comprende un polipéptido fluorescente. 33. El método de la modalidad 32, en donde el polipéptido fluorescente comprende proteina fluorescente verde (GFP) . 34. El método de la modalidad 24,- en donde la marca comprende un radionúclido . 35. El método de la modalidad 24, en donde la proteina de fusión se inmoviliza en un soporte sólido. 36. El método de la modalidad 24, donde la proteina de fusión comprende además una porción avidina, y se acopla al soporte sólido a través de una porción biotina. 37. El método de la modalidad 24, comprendiendo además, antes de la etapa de detección (b) , someter la sonda de péptido a condiciones que promueven agregación, en donde la intensidad de la señal se correlaciona directamente con la habilidad del agente para inhibir la agregación. 38. Un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteina objetivo, comprendiendo : (A) contactar la proteina objetivo, una proteina de fusión, y un agente de prueba, la proteina de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y(ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteína de fusión; (B) detectar una señal generada por la marca; y(C) correlacionar la señal con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteína objetivo. 39. El método de la modalidad 38, en donde la señal se correlaciona directamente con la habilidad del agente para inhibir la agregación. 40. El método de la modalidad 38, en donde la señal se correlaciona de manera inversa con la habilidad del agente para inhibir la agregación. 41. Un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteína objetivo, comprendiendo: (A) someter una proteína de fusión a condiciones que promueven agregación, la proteína de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteína objetivo; y(ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteína de fusión (B) detectar una primer señal generada por la marca; (C) someter la proteína de fusión a condiciones que promueven agregación en la presencia de un agente de prueba, y detectar una segunda señal generada por la marca; y (D) valorar las intensidades relativas de las señales, primera y segunda, identificando así un agente que inhibe . la agregación de la proteína obj etivo . 42. El método de la modalidad 41, en donde una mayor intensidad de la segunda señal, en comparación con la primer señal, identifica un agente que inhibe la agregación de la proteína objetivo. 43. El método de la modalidad 41, en donde una mayor intensidad de la primer señal, en comparación con la segunda señal, identifica un agente que inhibe la agregación de la proteína objetivo. 44. Un método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteína objetivo, comprendiendo: (A) contactar una proteína de fusión y la proteína objetivo, en donde la proteína de fusión comprende: (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión; (B) detectar una primer señal generada por la marca; (C) contactar la proteina de fusión, la proteina objetivo, y un agente de prueba, y detectar una segunda señal generada por la marca; y (D) valorar las intensidades relativas de las señales, primera y segunda, identificando asi un agente que inhibe la agregación de la proteina objetivo. 45. El método de la modalidad 44, en donde una mayor intensidad de la segunda señal, en comparación con la primer señal, identifica un agente que inhibe la agregación de la proteina objetivo. 46. El método de la modalidad 44. en donde una mayor intensidad de la primer señal, en comparación con la segunda señal, identifica un agente que inhibe la agregación de la proteina objetivo. 47. Un método para identificar una proteina objetivo presente en una forma estructural especifica en una muestra, comprendiendo: (a) contactar la muestra con una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a una forma estructural especifica de la proteina objetivo; (b) detectar cualquier unión entre la sonda de péptido y cualquier proteina objetivo presente en la forma estructural específica. 48. El método de la modalidad 47, en donde la forma estructural de la proteína objetivo es una conformación de beta-hoj a . 49. El método de la modalidad 47, en donde la forma estructural de la proteína objetivo es una conformación alfa-helicoidal. 50. El método de la modalidad 47, en donde la forma estructural de la proteína objetivo es un monómero de la proteína . 51. El método de la modalidad 47, en donde la forma estructural de la proteína objetivo es un oligómero soluble de la proteína. 52. El método de la modalidad 47, en donde la forma estructural de la proteína objetivo es un auto-agregado insoluble de la proteína. 53. El método de la modalidad 52, en donde la forma estructural de la proteína objetivo se selecciona de auto-agregados amorfos insolubles, protofibrilos, y fibrilos. 54. El método de la modalidad 47, en donde la proteína objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteína precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteína beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas ß2- microglobulina, a-sinucleina, rodopsina, al- antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa , y proteína cistatina C. 55. El método de la modalidad 47, en donde la sonda de péptido comprende además una marca de fluoróforo. 56. El método de la modalidad 55, en donde el fluoróforo comprende pireno o triptófano. 57. El método de la modalidad 47, en donde la sonda de péptido comprende además una marca de polipéptido fluorescente . 58. El método de la modalidad 57, en donde la marca de polipéptido fluorescente comprende proteína fluorescente verde (GFP) . 59. El método de la modalidad 47, en donde la sonda de péptido comprende además una marca de radionúclido . 60. El método de la modalidad 47, en donde la sonda de péptido se inmoviliza en un soporte sólido. 61. El método de la modalidad 60, donde la sonda de péptido comprende además una porción avidina, y se acopla al soporte sólido a través de una porción biotina. 62. Un método para identificar una sonda de péptido para una proteina objetivo que exhibe una tendencia incrementada o disminuida a formar agregados relativos a una sonda de péptido de referencia, comprendiendo: (A) detectar una primer señal generada por una proteina de fusión de referencia que comprende: (i) una sonda de péptido de referencia comprendiendo: (a) una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) en donde la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido de referencia no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) proteina fluorescente verde; (B) detectar una segunda señal generada por una proteina de fusión de prueba comprendiendo a sonda de péptido de prueba y proteina fluorescente verde, en donde la sonda de péptido de prueba es un mutante de la sonda de péptido de referencia que comprende una inserción, eliminación o substitución de aminoácido relativa a la secuencia de aminoácidos de la sonda de péptido. de referencia; y (C) correlacionar la intensidad de la segunda señal relativa a la primer señal, identificando asi una sonda de péptido para una proteina objetivo que exhibe una tendencia incrementada o disminuida a formar agregados relativos a la sonda de péptido de referencia . 63. El método de la modalidad 62, en donde una intensidad incrementada de la segunda señal relativa a la intensidad de la primer señal indica una tendencia disminuida de la sonda de péptido de prueba a formar agregados, y una intensidad disminuida de la segunda señal relativa a la intensidad de la primer sonda de señal indica una tendencia incrementada de la sonda de péptido de prueba a formar agregados. 64. El método de la modalidad 62, en donde una intensidad disminuida de la segunda señal relativa a la intensidad de la primer señal indica una tendencia disminuida de la sonda de péptido de prueba a formar agregados, y una intensidad incrementada de la segunda señal relativa a la intensidad de la primer señal indica una tendencia incrementada de la sonda de péptido de prueba a formar agregados. 65. El método de la modalidad 62, en donde la sonda de péptido de prueba tiene al menos aproximadamente 15% de identidad de secuencia a la sonda de péptido de referencia. 66. El método de la modalidad 62, en donde la sonda de péptido de prueba se designa por un proceso comprendiendo introducir una mutación de secuencia aleatoria en la secuencia de aminoácidos de la sonda de péptido de referencia . 67. Un método para identificar una sonda de péptido especifica para una proteina objetivo en un estado estructural especifico que cae en un espectro de estados estructurales variando de un extremo bajo de monómeros solubles a un extremo alto de auto-agregados insolubles, comprendiendo: (A) someter una proteina de fusión a condiciones que promueven auto-agregación, la proteina de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y(ii) proteina fluorescente verde; (B) detectar una señal generada por la proteina de fusión; y (C) correlacionar la intensidad de la señal con la especificidad de la sonda de péptido para una proteina objetivo en un estado estructural especifico, identificando asi una sonda de péptido especifica para una proteina objetivo en un estado estructural especifico. 68. El método de la modalidad 67, en donde una señal de intensidad más alta indica que la sonda de péptido es especifica para una proteina objetivo en un fin inferior del espectro de estados estructurales y una señal de intensidad inferior indica que la sonda de péptido es especifica para una proteina objetivo en un fin superior del espectro de estados estructurales. 69. El método de la modalidad 67, en donde una señal de intensidad inferior indica que la sonda de péptido es especifica para una proteina objetivo en un fin inferior del espectro de estados estructurales y una señal de intensidad más alta indica que la sonda de péptido es especifica para una proteina objetivo en un fin superior del espectro de estados estructurales. 70. Un método para prevenir la formación de agregados de proteina de una proteina objetivo, comprendiendo contactar la proteina objetivo con una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo, previniendo asi la formación de agregados de proteina de más alto orden de la proteina objetivo. 71. El método de la modalidad 70, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a monómeros de la proteina objetivo, previniendo asi la formación de agregados de proteina . 72. El método de la modalidad 70, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a oligómeros solubles de la proteina objetivo, previniendo asi la formación de agregados de proteina insolubles. 73. El método de la modalidad 70, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a agregados insolubles de la proteina objetivo, previniendo asi la formación de fibrilos de la proteina objetivo. 74. El método de la modalidad 73, en donde los agregados de proteina insolubles comprenden uno o más de auto-agregados amorfos, protofibrilos, y fibrilos. 75. Un método para tratar una enfermedad asociada con una proteina objetivo, comprendiendo contactar la proteina objetivo con una proteina de fusión comprendiendo (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo, y (ii) un agente terapéutico. 76. El método de la modalidad 75, en donde la enfermedad es enfermedad de Alzheimer, la proteina objetivo es ?ß42, ?ß40, o ambas, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de queladores de metal pesado y porciones de carga. 77. El método de la modalidad 75, en donde la enfermedad es TSE, la proteína objetivo es proteína priónica, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de queladores de metal pesado y porciones de carga. 78. El método de la modalidad 75, en donde la enfermedad es amilodiosis sistémica senil o polineuropatia de amiloide familiar, la proteína objetivo es transtiretina , y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de queladores de metal pesado y porciones de carga. 79. El método de la modalidad 75, en donde la enfermedad es enfermedad de Huntington, la proteína objetivo es Huntingtin, y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de queladores de metal pesado y porciones de carga. 80. El método de la modalidad 75, en donde la enfermedad es enfermedad de Parkinson, la proteína objetivo es alfa-sinucleina , y el agente terapéutico se selecciona del grupo que consiste de queladores de metal pesado y porciones de carga. 81. Una composición terapéutica comprendiendo: (a) una sonda de péptido para una proteína objetivo, en donde: (i) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta- hoja, (ii) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (iii) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (b) un excipiente farmacéutico. 82. La composición de la modalidad 81, comprendiendo además un agente terapéutico adicional. 83. La composición de la modalidad 82, en donde el agente terapéutico adicional tiene actividad anti-amiloide . 84. Un método para suministrar un agente terapéutico para prevenir la agregación de una proteina objetivo comprendiendo combinar el agente terapéutico con una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos gue corresponde a una región de la proteina objetivo gue experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja y en donde la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo. 85. El método de la modalidad 84, en donde el agente terapéutico tiene actividad anti-amiloide.

EJEMPLOS Los siguientes ejemplos son ilustrativos y no deben interpretarse como limitantes de la presente descripción. Ejemplo 1: Construcción de Proteínas de Fusión de GFP-Sonda de Péptido Un oligonucleótido dsADN codificando una sonda de péptido para proteína priónica humana o ?ß42 se sintetiza. El oligonucleótido dsADN incluye sitios de restricción en los extremos 5' y 3' para clonar el oligonucleótido dsADN en un vector de expresión GFP {ver aldo et al., Nature Biotechnol. 17:691-695 (1999)). Un oligonucleótido dsADN y vector de expresión GFP se digieren con las enzimas de restricción correspondientes y el oligonucleótido dsADN se liga en el vector de expresión GFP para crear un Vector de expresión de GFP-proteína de fusión. El vector de expresión se utiliza para transformar E. coli que se desarrolla bajo selección de canamicina. Para una GFP-Sonda de Péptido variante particular, se crea un vector de expresión de GFP-proteína de fusión que incluye un ?ß42 de longitud completa mutante teniendo substituciones 141D y A42Q (es decir, "el mutante DQ") , se observa que tal mutante experimenta agregación lenta. Ejemplo 2: Selección de Expresión de Proteína de Fusión GFP Las bibliotecas de ADN se aislan de la cepa E. coli transformada y se transforman en otra cepa adecuada para expresión de proteina inducible por IPTG. Las bacterias transformadas se colocan sobre papel de nitrocelulosa . Durante el crecimiento durante la noche a 37 °C, los papeles de nitrocelulosa se transfieren a placas LB que incluyen canamicina para selección e IPTG (lmM) para inducir la expresión. Las colonias se cuentan y se observa el fenotipo verde contra blanco, con fenotipo verde correspondiente a la proteina de fusión soluble (ejemplo, sonda de péptido no agregada) y fenotipo blanco correspondiente a proteina de fusión insoluble (ejemplo, sonda de péptido agregado) . Ejemplo 3: Medición de Fluorescencia GFP Las colonias se recogen y desarrollan en medio liquido LB conteniendo canamicina. Después de que los cultivos alcanzan una absorbencia ( ?????p? ) de 0 . 8 , se induce la expresión por adición de IPTG a una concentración de lmM y se continúa el crecimiento a 37°C o a 30°C. Después de la inducción, los cultivos se diluyen en salina regulada por Tris a una ?e???p de 0.15. La fluorescencia se mide utilizando un espectrofluorómetro con excitación a 490 nm y emisión a 510 nm. La FIG. 4 proporciona resultados e emplificativos de la medición de fluorescencia GFP de fusión de péptido de sonda de Alzheimer-GFP (Alz) y fusión de péptido de sonda de Prión-GFP (Pri). Las mediciones se toman después de inducir la expresión e incubar las células por 3 horas a 37°C (gráfica izquierda) o 5 horas a 30°C (gráfica derecha). La Expresión de GFP-proteinas de fusión también se valoran al remover 200 µ? de cultivo celular y analizar el contenido celular completo por SDS-PAGE. Ejemplo 4: Selección fluorescente GFP para inhibidores de Agregación de Prión Una proteina de fusión GFP-sonda de péptido conocida por producir un fenotipo blanco en el ensayo descrito arriba (ejemplo, para formar agregados) se utiliza para identificar agentes que inhiben la agregación. El vector para expresar una proteina de fusión GFP-sonda de péptido (prión) se transforma en células bacteriales para expresión inducible por IPTG. Las bacterias transformadas se desarrollan en medio LB complementado con canamicina para selección. Cuando los cultivos alcanzan una OD6oo = 0.8, una alícuota de cultivo (100 µ?) se transfiere a una cavidad de una placa de múltiples cavidades. Los agentes de prueba se agregan a cada cavidad, y la expresión de proteína se induce al agregar IPTG a una concentración final de 1 mM. 'Las muestras se incuban con agitación gentil a 37 C. Después de 3 horas de incubación, la fluorescencia de cada cavidad se mide a 512 nm (excitación 490 nm) utilizando un lector de placa automático. Para confirmar que las densidades celulares son consistentes por todas las muestras, OD6oo también se mide. Los agentes de prueba se miden en múltiples concentraciones. Los agentes de prueba que producen un fenotipo verde se identifican como agentes que inhiben agregación. Ejemplo 5: Identificación de Sonda de péptido Especifica para PrPSc Infectiva Una sonda de péptido especifica para una forma altamente infectiva de PrPSc se identifica como sigue. Las muestras de proteina PrPSc en diferentes estados agregados se preparan, por ejemplo, por los métodos descrito en Silveira et al., Nature 437: 257-61 (2005) . En breve, una preparación de proteina PrPSc purificada (tal como de cerebro de hámster infectado de scrapie) se somete a tratamiento con, por ejemplo, detergentes y/o sonicación, y después se fraccionan por tamaño (utilizando, por ejemplo fraccionamiento de flujo-campo de flujo o "F1FFF") en una pluralidad de fracciones (tales como las treinta fracciones reportadas en Silveira) para obtener muestras de proteina priónica en diferentes estados agregados. Opcionalmente, una preparación de muestra paralela se lleva a cabo utilizando muestras equivalentes de cerebro normal. La sonda de péptido marcada con pireno especifica para proteina PrPSc se contacta con cada muestra y su interacción con cualquier PrPSc presente en la muestra se analiza. Como se trata arriba, la interacción de pireno-sondas marcadas de péptido con PrPSc puede analizarse utilizando fluorescencia en estado fijo. La interacción entre marcas de pireno que se observa cuando sondas marcadas de péptido interactúan con PrPSc conduce a la formación de dímeros y/o excimeros fluorescentes. De esta manera, la proporción característica de la intensidad fluorescente asociada con dímeros de pireno (ID, medida a 495 nm) a los monómeros de pireno (IM, medida a 378 nm) puede utilizarse para valorar la interacción entre las sondas marcadas y cualquier PrPSc presente en la muestra, con ID IM más alta que se correlaciona con mayor reactividad. (FIG. 5 ilustra la fluorescencia característica de monómeros de sonda de péptido marcada con pireno y dímeros.) La FIG. 6 ilustra la reactividad de una sonda de péptido específica para proteína PrPSc con PrPSc presente en cada una de las treinta fracciones obtenidas como se describe arriba. (El eje y muestra las proporciones ID/IM relativas; el tamaño de los agregados PrPSc presentes en cada fracción aumenta a lo largo del eje x) . La sonda de péptido tuvo la siguiente secuencia de aminoácidos: VVAGAAAAGAVHKMNTKPKMKHVAGAAAAGAVV (SEQ ID NO: 43) . Estos datos indican que esta sonda preferentemente interactúa con PrPSc presente en fracciones 3, 16, 10-12, 23 y 29. (De acuerdo a Silveira et al., supra, la forma más infectiva de PrPSc se encuentra en la fracción 12). Al menos dos indicadores son evidentes de estos datos, el significado potencial de los cuales se subrayan abajo. Primero, la sonda de péptido reacciona con agregados PrPSc más pequeños sobre agregados PrPSc más largos. La reactividad de la sonda de péptido con agregados PrPSc más pequeños pueden ofrecer significado clínico debido a que, por ejemplo, el estado actual de la técnica indica que las formas más infectivas de PrPSc son formas de agregados más pequeñas, en lugar de agregados más largos o fibrilos. Segundo, la reactividad de la sonda de péptido con partículas fraccionadas es periódica en lugar de lineal, con sensibilidad más alta por g de PrPSc observada con fracciones correspondientes a agregados PrPSc variando de <30 kD hasta 1,000 kD. Esta periodicidad puede reflejar un ensamble estructural jerárquico de unidades oligoméricas PrPSc que actúan como substratos únicos para la sonda de péptido. La periodicidad también clasifica de manera inferior el significado potencial de la habilidad para diseñar sondas de péptido que se unen preferentemente a PrPSc en estados estructurales diferentes, para tener como objetivo estructuras PrPSc infecciosas a través de las especies, ejemplo, para detectar variantes de la especie que son de importancia particular clínicamente con fuentes zoonóticas de PrPSc en humanos. La unión preferencial de la sonda de péptido con agregados PrPSc más pequeños sobre agregados PrPSc más largos puede demostrarse además con experimentos de sonicación. Por ejemplo, se demuestra que las muestras no fraccionadas de homogeneatos de cerebro de hámster infectado que muestran poca o nada de reactividad con la sonda de péptido exhiben reactividad incrementada después de someterse a sonicación. La reactividad incrementa con el tiempo de sonicación, con la reactividad incrementada observada después de 5 a 10 minutos de sonicación. Debido a que la sonicación rompe los agregados PrPSc presentes en las muestras extraídas en agregados PrPSc más pequeños, estos resultados pueden indicar que la sonda de péptido se reacciona directamente con un nuevo grupo de estructuras oligoméricas PrPSc más pequeñas generadas por sonicación. Adicional o alternativamente, la sonicación puede conducir la reorganización de los agregados PrPSc en estados estructurales diferentes (tales como estados con ormacionales diferentes) que son más reactivos con la sonda de péptido. De nuevo, la reactividad de la sonda de péptido con agregados PrPSc más pequeños puede ofrecer significado clínico, como se trata arriba. Ejemplo 6: Detección de PrPSc en Sangre de Oveja Una sonda de péptido específica para PrPSc (SEQ ID NO: 3) se utiliza para detectar PrPSc en sangre de oveja como sigue. La sonda de péptido marcada con pireno se contacta con muestras preparadas de sueros obtenidos de oveja con scrapie, oveja terminal y oveja normal, y la fluorescencia resultante se mide como se describe arriba. (Las muestras se preparan como se describe en Grosset et al., Peptides 26: 2193-200 (2005) , adoptando el método de tej-ido-prep para suerp) . La FIG.7 ilustra que la sonda de péptido reacciona con PrPSc en suero de oveja infectada, y no reacciona con suero de oveja normal, en la Figura, "HP 1" designa una muestra de suero agrupado de oveja saludable de 3 meses de edad; "HP 2 " designa una muestra de suero agrupado de oveja saludable de 2 años de edad; "Inl" a "In4" designan suero de oveja con scrapie de 18-24 meses de edad, e "In5" designa suero de una oveja terminal. Estos datos demuestran que la sonda de péptido mostró 100% de sensibilidad y especificidad en este ensayo, y detectó de manera exacta PrPSc en oveja sangre . En otro ensayo, las muestras sanguíneas de oveja descritas arriba se sonican antes de la reacción con la sonda de péptido. FIG. 8 ilustra que la sonicación mejoró la proporción de señal a ruido al reducir el antecedente en las muestras "normales". La FIG. 8 también ilustra una mejor distinción de muestras infectadas con el grupo normal de la misma edad (HP 2) de animales de 2 años de edad contra el grupo de animales de 3 meses de edad. Ejemplo 7: Detección de PrPSc en Capa Leuco-Plaquetaria, Suero y Plasma de Oveja Una sonda de péptido específica para PrPSc (SEQ ID NO: 43) se utiliza para detectar PrPSc en componentes sanguíneos de la oveja como sigue. Sonda de péptido marcada con pireno se contacta con muestras de capa leuco- plaquetaria, suero, y plasma de oveja infectada (scrapie) y normal (saludable) , y la fluorescencia resultante se mide como se describe arriba. La FIG. 9 ilustra que la sonda de péptido muestra una reactividad relativa con componentes sanguíneos de la oveja en el orden de capa leuco-plaquetaria > suero > plasma. Ejemplo 8: Identificación de Sonda de Péptido ?ß Una sonda de péptido ?ß se identifica como sigue. Una proteína de fusión se construye comprendiendo una sonda de péptido específica para ?ß (SEQ ID NO: 36) y GFP. Las proteínas de fusión de referencia se construyen comprendiendo (i) ?ß42 (SEQ ID NO: 42) y GFP o (ii) el clon mutante de ?ß42 G 6 (SEQ ID NO: 44) y GFP . Las proteínas se expresan y la fluorescencia GFP se detecta como se describe arriba. Como se muestra en la FIG. 10, la proteína de fusión ?ß 2-6?? muestra poca fluorescencia debido a que la rápida agregación de la porción ?ß42 evita el plegado apropiado de la porción GFP requerida para fluorescencia. En contraste, la proteína de fusión mutante-GFP muestra un alto nivel de fluorescencia debido a que GM6 es un mutante de plegado lento de ?ß42; de esta manera la porción GM6 no interfiere tanto como con el plegado de la porción GFP requerida para fluorescencia. La proteína de fusión de sonda de péptido-GFP muestra un nivel intermedio de fluorescencia, indicando que la porción de sonda de péptido interfiere a un nivel moderado con plegado GFP. Estos datos indican que la sonda de péptido ?ß (SEQ ID NO: 36) será útil en métodos para identificar agentes que afectan la agregación de péptido ?ß . Ejemplo 9: Especificidad de la Sonda de Péptido ?ß Para Oligómeros ?ß Una sonda de péptido especifica para ?ß (SEQ ID NO: 36) se utiliza para detectar formas estructurales especificas de ?ß40 y ?ß42. La sonda de péptido se marca en cada término con pireno. La sonda de péptido se contacta con diferentes muestras comprendiendo oligómeros ?ß42, oligómeros ?ß40, y monómeros ?ß40. Los estados morfológicos de la proteina ?ß se determina tanto por unión de tioflavin T y por dicroismo circular, utilizando metodología descrita arriba. Por ejemplo, los péptidos se traen a 30% TFE/Tris para medición de dicroismo circular y software de deconvolución CDPRO se utiliza para cálculo de estructura secundaria (Cellcon II (Freeware), Robert Woody, Universidad del Estado de Colorado) . La sonda de péptido marcada muestra 18.3% de estructura de a hélice, 27.6% de estructura de ß filamento (hoja), y 54.1% de estructura girada/no ordenada. La sonda de péptido muestra 19.4% de estructura a hélice, 25.1% de estructura de ß filamento (hoja), y 55.5% de estructura girada/no ordenada. Fibras de ?ß42 muestran 12.6% de estructura a hélice, 60.2% de estructura ß filamento (hoja), y 27.2% de estructura girada/no ordenada. Fibras de ?ß40 muestran 5.6% de estructura a hélice, 58.4% de estructura ß filamento (hoja), y 35.9% de estructura girada/no ordenada. Una muestra de oligómeros de ?ß42 (incluyendo dimeros, trímeros, tetrámeros, hexámeros y 12-mers) muestra 3.2% de estructura hélice, 52.7% de estructura ß filamento (hoja), y 45.4% de estructura girada/no ordenada. La interacción entre la sonda de péptido y la muestra se detecta por la excitación a 350 nm y fluorescencia de exploración de 360 a 600 nm. La sonda de péptido reacciona con fibras y oligómeros ?ß40 y fibras y oligómeros ?ß42 en una manera dependiente de dosis, pero no reacciona con monómero ?ß40 en una manera dependiente de dosis. La FIG. 11A (fibras y monómeros) & 11B (oligómeros) . Estos datos muestran que la sonda de péptido preferentemente se une a formas oligoméricas de ?ß40 y ?ß42. E emplo 10 : Detección de Péptido ?ß en Muestras CSF de Humano Una sonda de péptido específica para ?ß (SEQ ID NO: 36) se utiliza para detectar ?ß40 y ?ß 42 en muestras de fluido cerebroespinal humano (CSF) obtenido de pacientes con Alzheimer y de pacientes saludables de la misma edad. La sonda de péptido se marca en cada término con pireno. Muestras de 40 µL de CSF se incuban con 2 µ? de sonda de péptido y se dejan incubar por 1 hora, antes de- excitarse a 350 nm y explorar la fluorescencia de 360 a 600 nm. Los datos se presentan en la FIG. 12 como la proporción de la región excimérica (430-530 nm) sobre la región monomérica (370-385 nm) . La sonda de péptido es capaz de estratificar pacientes con Alzheimer (negro) de pacientes saludables de la misma edad (blanco) . Los resultados mostrados en la FIG. 12 tienen un valor p = 0.0005. FIG. 12A presenta los datos para cada paciente, mientras FIG. 12B presenta los datos promedio para cada grupo de pacientes. Las muestras de paciente también se analizan para proteina ?ß utilizando un kit a base de anticuerpo comercial (Biosource ELISA, Invitrogen) , pero el análisis no detecta proteina ?ß, indicando que la sonda de péptido es más sensible. Un ensayo similar se lleva a cabo utilizando una sonda de péptido biotinilada especifica para ?ß (SEQ ID NO.36) que se inmoviliza en perlas magnéticas y muestras de 200 pL de suero de pacientes con Alzheimer y pacientes saludables de la misma edad. La sonda de péptido biotinilada se inmoviliza en perlas magnéticas Dynal revestidas con streptavidin . Estas perlas se incuban directamente con las muestras de suero por 1 hora, después las perlas magnéticas y el material capturado se empujan para remover las muestras de suero. Entonces, 200 µ? de sonda de péptido marcada con dipireno (SEQ ID NO: 36) a 2 µ? de concentración preequilibrada en 40% trifluoroetanol : 60% 10 mM Tris, pH 7.4 se agrega directamente a las perlas y el material capturado y dejado incubar por un adicional de 3-5 horas antes de empujar las perlas magnéticas y transferir el liquido a una placa de microconcentración para análisis como se describe arriba . La sonda de péptido es capaz de estratificar los pacientes de Alzheimer (negro) de pacientes saludables de la misma edad (blanco). Los resultados, mostrados en la FIG. 13 tienen un valor p de 0.045. Las muestras de paciente también se analizan para proteina ?ß utilizando un kit a base de anticuerpo comercial (Biosource ELISA, Invitrogen) , pero de nuevo ese análisis no detecta proteina ?ß, indicando que la sonda de péptido es más sensible. Ejemplo 11: Placas ?ß Objetivo Lo siguiente ilustra la habilidad de sondas de péptido para tener como objetivo placas ?ß (ejemplo, auto-agregados insolubles de proteina ?ß asociados con enfermedad de Alzheimer) tanto in vitro como in vivo. Se utiliza una sonda de péptido especifica para ?ß (SEQ ID NO: 36) y marcada en cada término con pireno. Los estudios in vitro se llevan a cabo en secciones cerebrales de ratones transgénicos sobreexpresando APP751 humano con mutaciones de Londres y Suecia (hAPP751SL) · Esta proteina es una ?ß mutante que forma placas neuríticas en los ratones transgénicos. El tejido de ratones en carnada no transgénicos sirve como tejido control. Dos tipos diferentes de partes de tejido se evalúan: ciro-corte (congelada y cortada) e incrustada en parafina y cortada. La sonda de péptido se incuba en las mitades de cerebro y unión de la sonda de péptido al cerebro, y a los depósitos/placas amiloide en particular, se evalúan cualitativamente. Para propósitos de referencia, las mitades consecutivas se colorean inmunohistoquimicamente con un anticuerpo anti-?ß, el anticuerpo 6E10 de Thioflavin S. El uso de controles anti-?ß confirma la especificidad de la coloración en placas neuríticas. Las imágenes se graban en un microscopio Nikon E800 con una cámara PixelFly montada. Para grabaciones de imagen cubierta, el microscopio se equipa con una tabla automática controlada por software StagePro. Las imágenes de coloración de sonda de péptido y anticuerpo y coloración ThioflavinS, respectivamente, se revisten en software Adobe Photo Shop. Utilizando 0.5 ml/mg de concentración de sonda de péptido, la coloración específica de placa es aparente, tanto en parafina como partes ciro-cortadas . El revestimiento con coloración de anticuerpo de partes consecutivas relevó que la coloración en las partes de parafina es más específica para placas que la coloración en partes crio-cortadas. En las últimas muestras, las células de la capa neuronal del - hipocampo se marcan, como el tejido cerebral alrededor de las placas en la corteza. De esta manera, la calidad de la coloración puede ser mejor en secciones de parafina. Además de la coloración de placas neuríticas, la sonda de péptido también colorea específicamente vasos sanguíneos que llevan péptido amiloide humano, que están típicamente presentes en transgénicos hAPP751SL. Los estudios in vivo utilizan cuatro ratones de 10 meses de edad transgénicos hAPP751S L homocigosos y cuatro controles de carnada (parientes que no llevan el transgen) . La sonda de péptido marcada se administra intranasalmente, a ??µ? de líquido por administración (a concentraciones de desde 0.1 a 2.0 mg/ml) con un intervalo de administración de una mitad planeada de una hora, ajustada de acuerdo a la condición del animal después del tratamiento. Al final del tratamiento, los ratones se sacrifican y CSF y cerebros se extraen. (Todos los ratones se sedan por anestesia de inhalación estándar, Isofluran, Baxter) . El fluido cerebroespinal se obtiene por disección abrupta y exposición del foramen magnum. En la exposición, una pipeta Pasteur se inserta en la profundidad aproximada de 0.3 -1 m en el foramen magnum. CSF se recolecta mediante succión y acción capilar hasta que cesa completamente el flujo. CSF se congela inmediatamente y se mantiene a -80°C hasta utilizarse.

Después del muestreo de CSF, el estómago, contenido de estómago y los cerebros se remueven rápidamente. Los cerebros se seccionan en el hemisferio, y el hemisferio derecho de todos los ratones se sumergen de manera fija en 4% Para formaldehido/PBS recientemente producido (pH 7.4) por una hora a temperatura ambiente, y se transfiere a 15% de solución de sucrosa/PBS por 24 horas para asegurar la crioprotección . Después, los cerebros se congelan en isopentano liquido al siguiente día y almacenan a -80°C hasta que se utilizan para investigaciones histológicas. La otra mitad del cerebro se congela inmediatamente en isopentano liquido para uso futuro. Las imágenes se graban de ratones transgénicos tratados con la dosis más alta de sonda de péptido y de ratones de control y de un control de vehículo transgénico (ejemplo, el diluyente utilizado para la sonda de péptido) para confirmar que la sonda de péptido cruza la barrera sangre-cerebro (BBB), que lo hace. Para valorar la especificidad de coloración por la sonda de péptido, la fluorescencia se excita utilizando un filtro UV-2A y B-1E de un microscopio para detectar la auto-fluorescencia probable en el espectro inferior. Las partes fluorescentes se graban en la parte consecutiva para asegurar que esa impureza (ejemplo, polvo) no causa fluorescencia. Las partes transgénicas se colorean con ThioflavinS para valorar la carga de placa. Como se observa arriba, ratones transgénicos hAPP751SL expresan hAPP en ciertos vasos sanguíneos en la periferia del cerebro. La sonda de péptido se une al amiloide y se aglomera fuera del vaso sanguíneo en el cerebro. En los ratones no transgénicos, la sonda de péptido alcanza el bulbo olfativo, pero no se une a una estructura morfológica especificable. Será aparente para aquellos expertos en la materia que varias modificaciones y variaciones pueden hacerse en la práctica de la presente invención sin apartarse del alcance o espíritu de la invención. Otras modalidades de la invención serán aparentes para aquellos expertos en la materia a partir de la consideración de la especificación y práctica de la invención. Se propone que la especificación y ejemplos a considerarse como e emplificativa solamente, con el alcance y espíritu real de la invención indicándose por las siguientes reivindicaciones.

Claims

REIVINDICACIONES 1. Método para identificar una proteina objetivo presente en un estado especifico de auto-agregación en una muestra, comprendiendo: (a) contactar la muestra con una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación; y (b) detectar cualquier unión entre la sonda de péptido y cualquier proteina objetivo presente en el estado especifico de auto-agregación, identificando asi cualquier proteina objetivo presente en el estado especifico de auto- agregación .
2. Método de la reivindicación 1, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles, y auto-agregados insolubles.
3. Método de la reivindicación 2, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a auto-agregados insolubles de la proteina objetivo seleccionada del grupo que consiste de auto-agregados amorfos insolubles, protofibrilos , y fibrilos.
4. Método de la reivindicación 1, en donde la proteina objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteina precursora de -polipéptido de isleta amiloide, proteina beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas, ß2-microglobulina, -sinucleina , rodopsina, al- antiquimotripsina , cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa, y proteína cistatina C.
5. Método de la reivindicación 1, en donde la sonda de péptido comprende además una marca detectable.
6. Método de la reivindicación 1, en donde la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada de SEQ ID NO: 36 y SEQ ID NO: 5.
7. Método de la reivindicación 1, en donde la sonda de péptido se inmoviliza en un soporte sólido.
8. Método in vivo para identificar una proteína objetivo presente en un paciente en un estado específico de auto-agregación, comprendiendo: (a) administrar al paciente una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la- proteína objetivo en el estado especifico de auto-agregación y en donde la sonda de péptido se marca con una marca detectable; y (b) explorar al sujeto para sonda de péptido marcada localizada en la proteina objetivo presente en el paciente, identificando asi la proteina objetivo presente en el paciente en el estado especifico de auto-agregación.
9. Método de la reivindicación 8, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles, y auto-agregados insolubles.
10. Método de la reivindicación 8, en donde la proteina objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteina precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteina beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas ß2-microglobulina, a-sinucleina, rodopsina, al-antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteinas, superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa, y proteína cistatina C.
11. Método para prevenir la formación de agregados de proteína de una proteína objetivo, comprendiendo contactar la proteína objetivo con una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo en un estado específico de auto-agregación, previniendo así la formación de agregados de proteína de más alto orden- de la proteína obj etivo .
12. Método de la rei indicación 11, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo en un estado específico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles, y auto-agregados insolubles.
13. Método de la reivindicación 11, en donde la proteína objetivo se selecciona del grupo que consiste de proteína precursora de polipéptido de isleta amiloide, proteína beta amiloide o péptido ?ß, amiloide de suero A, insulina, amilina, componente beta no amiloide, priones, hemoglobina, inmunoglobulinas o fragmentos de las mismas ß2-microglobulina, a-sinucleina , rodopsina, al-antiquimotripsina, cristalinas, tau, p53, presenilinas , receptor de lipoproteina de baja densidad, apolipoproteínas , superóxido dismutasa, proteínas de neurofilamento, transtiretina, procalcitonina o calcitonina, factor natriurético atrial, gelsolina, regulador de transmembrana de fibrosis cística, proteína de la enfermedad de Huntington, alfa-cadena de fibrinógeno, fenilalanina hidroxilasa, colágeno, beta-hexosaminidasa , y proteina cistatina C.
14. Método para suministrar un agente terapéutico a una proteína objetivo, comprendiendo combinar el agente terapéutico con una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja y en donde la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteína objetivo, y administrar la combinación de sonda de péptido-agente terapéutico a un paciente en necesidad de la misma.
15. Método de la reivindicación 14, en donde el agente terapéutico tiene actividad anti-amiloide .
16. Método de la reivindicación 14, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteína objetivo en un estado específico de auto-agregación.
17. Método de la reivindicación 16, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo en un estado especifico de auto-agregación seleccionada del grupo que consiste de monómeros, oligómeros solubles y I agregados insolubles.
18. Método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteina objetivo, comprendiendo: (A) contactar una proteina de fusión y un agente de prueba, la proteina de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión; (B) detectar una señal generada por la marca; y (C) correlacionar la señal con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteina objetivo.
19. Método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteina objetivo, comprendiendo: (A) contactar la proteina objetivo, una proteína de fusión, y un agente de prueba, la proteína de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteína objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteína de fusión; (B) detectar una señal generada por la marca; y (C) correlacionar la señal con la habilidad del agente para inhibir la agregación de la proteína objetivo.
20. Método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteína objetivo, comprendiendo: (A) someter una proteína de fusión a condiciones que promueven la agregación, la proteína de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión; (B) detectar una primer señal generada por la marca; (C) someter la proteina de fusión a condiciones que promueven agregación en la presencia de un agente de prueba, y detectar una segunda señal generada por la marca; y (D) valorar las intensidades relativas de las señales, primera y segunda, identificando asi un agente que inhibe la agregación de la proteina objetivo.
21. Método para valorar la habilidad del agente para inhibir la agregación de una proteina objetivo, comprendiendo: (A) contactar una proteina de fusión y la proteina objetivo, en donde la proteina de fusión comprende: (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) una marca que genera una señal dependiente del estado de agregación de la proteina de fusión; (B) detectar una primer señal generada por la marca; (C) contactar la proteina de fusión, la proteina objetivo, y un agente de prueba, y detectar una segunda señal generada por la marca; y (D) valorar las intensidades relativas de las señales, primera y segunda, identificando asi un agente que inhibe la agregación de la proteina objetivo.
22. Método para identificar una sonda de péptido para una proteina objetivo que exhibe una tendencia incrementada o disminuida a formar agregados relativos a una sonda de péptido de referencia, comprendiendo: (A) detectar una primer señal generada por una proteina de fusión de referencia que comprende: (i) una sonda de péptido de referencia comprendiendo: (a) una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteina objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) en donde la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y (c) la sonda de péptido de referencia no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) proteina fluorescente verde; (B) detectar una segunda señal generada por una proteina de fusión de prueba comprendiendo una sonda de péptido de prueba y proteína fluorescente verde, en donde la sonda de péptido de prueba es un mutante de la sonda de péptido de referencia que comprende una inserción, eliminación o substitución de aminoácido relativa a la secuencia de aminoácidos de la sonda de péptido de referencia; y (C) correlacionar la intensidad de la segunda señal relativa a la primer señal, identificando así una sonda de péptido para una proteína objetivo que exhibe una tendencia incrementada o disminuida a formar agregados relativos a la sonda de péptido de referencia.
23. Método para identificar una sonda de péptido específica para una proteína objetivo en un estado estructural específico que cae en un espectro de estados estructurales variando de un extremo bajo de monómeros solubles a un extremo alto de auto-agregados insolubles, comprendiendo: (A) someter una proteína de fusión a condiciones que promueven auto-agregación, la proteína de fusión comprendiendo: (i) una sonda de péptido para la proteína objetivo, en donde: (a) la sonda de péptido comprende una secuencia de aminoácidos que corresponde a una región de la proteína objetivo que experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, (b) la sonda de péptido experimenta un cambio conformacional de una conformación alfa-helicoidal a una conformación de beta-hoja, y- (c) la sonda de péptido no comprende la secuencia de longitud completa de la proteina objetivo; y (ii) proteina fluorescente verde; (B) detectar una señal generada por la proteina de fusión; y (C) correlacionar la intensidad de la señal con la especificidad de la sonda de péptido para una proteina objetivo en un estado estructural especifico, identificando asi una sonda de péptido especifica para una proteina objetivo en un estado estructural especifico.
24. Método para tratar una enfermedad asociada con una proteina objetivo, comprendiendo contactar la proteina objetivo con una proteina de fusión comprendiendo (i) una sonda de péptido para la proteina objetivo, en donde la sonda de péptido preferentemente se une a la proteina objetivo, y (ii) un agente terapéutico.