PL212012B1 - Wykrywanie podwyższonej podatności na chemioterapię z zastosowaniem cytostatyków platynowych - Google Patents
Wykrywanie podwyższonej podatności na chemioterapię z zastosowaniem cytostatyków platynowychInfo
- Publication number
- PL212012B1 PL212012B1 PL385589A PL38558908A PL212012B1 PL 212012 B1 PL212012 B1 PL 212012B1 PL 385589 A PL385589 A PL 385589A PL 38558908 A PL38558908 A PL 38558908A PL 212012 B1 PL212012 B1 PL 212012B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- mutation
- brca1
- group
- mutations
- brca1 gene
- Prior art date
Links
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 40
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 title claims abstract description 23
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 title claims abstract description 20
- 230000001085 cytostatic effect Effects 0.000 title claims description 20
- 239000000824 cytostatic agent Substances 0.000 title claims description 19
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 13
- 230000000694 effects Effects 0.000 title description 2
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 claims abstract description 88
- 102000036365 BRCA1 Human genes 0.000 claims abstract description 59
- 108700020463 BRCA1 Proteins 0.000 claims abstract description 57
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 35
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 19
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 112
- 108700040618 BRCA1 Genes Proteins 0.000 claims description 34
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims description 33
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 32
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 claims description 18
- DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L cisplatin Chemical compound N[Pt](N)(Cl)Cl DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 17
- 229960004316 cisplatin Drugs 0.000 claims description 17
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 14
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 claims description 13
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 claims description 13
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 13
- 102200067153 rs28897672 Human genes 0.000 claims description 12
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 11
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 10
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 9
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 8
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 claims description 8
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 claims description 8
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 7
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 7
- 229960001756 oxaliplatin Drugs 0.000 claims description 7
- DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L oxaliplatin Chemical compound O1C(=O)C(=O)O[Pt]11N[C@@H]2CCCC[C@H]2N1 DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L 0.000 claims description 7
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 7
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 6
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 6
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 6
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 claims description 4
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 claims description 4
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims description 4
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 claims description 4
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 claims description 4
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 4
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 4
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 4
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 4
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 3
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 3
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 claims description 2
- 101000829171 Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) Effector TSP1 Proteins 0.000 claims 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 abstract description 7
- 229940079593 drug Drugs 0.000 abstract description 6
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 6
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract description 6
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 abstract description 4
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 abstract description 3
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 abstract 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 abstract 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 12
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 7
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 7
- 239000000047 product Substances 0.000 description 6
- 102000052609 BRCA2 Human genes 0.000 description 5
- 108700020462 BRCA2 Proteins 0.000 description 5
- 101150008921 Brca2 gene Proteins 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 238000011227 neoadjuvant chemotherapy Methods 0.000 description 5
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 5
- 206010071980 BRCA1 gene mutation Diseases 0.000 description 4
- DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N creatinine Chemical compound CN1CC(=O)NC1=N DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 description 4
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 3
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 3
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 3
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 3
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 3
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 3
- 108700010154 BRCA2 Genes Proteins 0.000 description 2
- BPYKTIZUTYGOLE-IFADSCNNSA-N Bilirubin Chemical compound N1C(=O)C(C)=C(C=C)\C1=C\C1=C(C)C(CCC(O)=O)=C(CC2=C(C(C)=C(\C=C/3C(=C(C=C)C(=O)N\3)C)N2)CCC(O)=O)N1 BPYKTIZUTYGOLE-IFADSCNNSA-N 0.000 description 2
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 2
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N Doxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 2
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 2
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 2
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000007844 allele-specific PCR Methods 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 2
- 230000000973 chemotherapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 125000001309 chloro group Chemical group Cl* 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 229940109239 creatinine Drugs 0.000 description 2
- 102000015694 estrogen receptors Human genes 0.000 description 2
- 108010038795 estrogen receptors Proteins 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 230000003485 founder effect Effects 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 230000003907 kidney function Effects 0.000 description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 2
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 2
- 210000005075 mammary gland Anatomy 0.000 description 2
- 238000009607 mammography Methods 0.000 description 2
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 2
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 2
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010007559 Cardiac failure congestive Diseases 0.000 description 1
- CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N Cyclophosphamide Chemical compound ClCCN(CCCl)P1(=O)NCCCO1 CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 206010019280 Heart failures Diseases 0.000 description 1
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 1
- 208000037396 Intraductal Noninfiltrating Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010073094 Intraductal proliferative breast lesion Diseases 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VSOAQEOCSA-N L-altropyranose Chemical compound OC[C@@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VSOAQEOCSA-N 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 102100025803 Progesterone receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 210000001015 abdomen Anatomy 0.000 description 1
- 238000011226 adjuvant chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000002152 alkylating effect Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 229940045985 antineoplastic platinum compound Drugs 0.000 description 1
- 206010003119 arrhythmia Diseases 0.000 description 1
- 230000006793 arrhythmia Effects 0.000 description 1
- HPYIIXJJVYSMCV-MGDXKYBTSA-N astressin Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]1C(N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC=2N=CNC=2)C(=O)N[C@@H](CCCCNC(=O)CC1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(N)=O)=O)C(C)C)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CNC=N1 HPYIIXJJVYSMCV-MGDXKYBTSA-N 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 238000004820 blood count Methods 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N bromophenol blue Chemical compound C1=C(Br)C(O)=C(Br)C=C1C1(C=2C=C(Br)C(O)=C(Br)C=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 description 1
- 230000035572 chemosensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000011976 chest X-ray Methods 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 1
- 230000001143 conditioned effect Effects 0.000 description 1
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 1
- 229960004397 cyclophosphamide Drugs 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 229960004679 doxorubicin Drugs 0.000 description 1
- 208000028715 ductal breast carcinoma in situ Diseases 0.000 description 1
- 201000007273 ductal carcinoma in situ Diseases 0.000 description 1
- 239000003792 electrolyte Substances 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 201000011045 hereditary breast ovarian cancer syndrome Diseases 0.000 description 1
- 238000012333 histopathological diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000009533 lab test Methods 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000007102 metabolic function Effects 0.000 description 1
- 238000010172 mouse model Methods 0.000 description 1
- 238000013188 needle biopsy Methods 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 238000009099 neoadjuvant therapy Methods 0.000 description 1
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 1
- 238000010534 nucleophilic substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 210000004738 parenchymal cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000004197 pelvis Anatomy 0.000 description 1
- 238000009521 phase II clinical trial Methods 0.000 description 1
- 150000003058 platinum compounds Chemical class 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 108090000468 progesterone receptors Proteins 0.000 description 1
- 208000020016 psychiatric disease Diseases 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000009666 routine test Methods 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000009097 single-agent therapy Methods 0.000 description 1
- 208000020352 skin basal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000010106 skin squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 208000022159 squamous carcinoma in situ Diseases 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/172—Haplotypes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Description
Przedmiotami wynalazku są sposób i zestaw do wykrywania genetycznie uwarunkowanej podwyższonej podatności na cytostatyki zawierające koordynacyjne związki platyny zastosowane w chemioterapii nowotworów, zwłaszcza raka piersi u kobiet poprzez identyfikację mutacji występujących w obrę bie genu BRCA1. Ogólnie wynalazek dotyczy nowej metody diagnostycznej, która znajduje zastosowanie w optymalizacji skuteczności leczenia chemioterapeutycznego. Przedmioty wynalazku służą do syntezy DNA oraz identyfikacji zaburzeń w materiale genetycznym pacjenta, które są skorelowane z dziedziczną-obniżoną wrażliwością komórek nowotworowych na chemioterapię z zastosowaniem platyny.
Mutacje genów BRCA1 (MIM# 113-705) i BRCA2 (MIM# 600185) odpowiadają za większość przypadków dziedzicznych predyspozycji do raka piersi i jajnika [Ford D. I wsp., Genetic heterogeneity and penetrance analysis of the BRCA1 and BRCA2 genes in breast cancer families, The Breast Cancer Linkage Consortium. Am J Human Genet 1998; 62: 676-89; Narod S.A. i wsp., An evaluation of genetic heterogeneity in 145 breast ovarian cancer families, The Breast Cancer Linkage Consortium. Am J Hum Genet 1995; 56; 254-64; Narod S.A. i wsp., Genetic heterogeneity of breast-ovarian cancer revisited. Am J Hum Genet 1995; 57: 957-8].
Do chwili obecnej opisano ponad 1000 mutacji w obrębie tych genów [BIC database]. Większość z tych mutacji to zmiany wykrywane w pojedynczych rodzinach. Ponadto, istnieją przypadki mutacji powtarzalnych wykazujące efekt założyciela w obrębie tych genów, przykładami mogą być izolowane populacje Żydów Aszkenazyjskich [Tonin P. i wsp. Frequency of recurrent BRCA1 and BRCA2 mutations in Ashkenazi Jewish breast cancer families, Nat Medicine 1996; 2: 1179-1183; Neuhausen S. i wsp., Recurrent BRCA2 6174delT mutations in Ashkenazi Jewish women affected by breast cancer. Nat Genet 1996; 13: 126-8], Islandczyków [Johannesdottir G. i wsp., High prevalence of the 999del5 mutation in Icelandic breast and ovarian cancer patients. Cancer Res. 1996 56:3663-5], Finów [Huusko P. i wsp., Evidence of founder mutations in Finnish BRCA1 and BRCA2 families. Am J Hum Genet. 1998; 62:1544-8] jak również część populacji Holendrów [Peelen T. i wsp., A high proportion of novel mutations in BRCA1 with strong founder effects among Dutch and Belgian hereditary breast and ovarian cancer families. Am J Hum Genet. 1997 60: 1041-9; Petrij-Bosch A. i wsp., BRCA1 genomic deletions are major founder mutations in Dutch breast cancer patients. Nat Genet. 1997; 17:341-5] oraz Francuskich Kanadyjczyków [Tonin P.N. i wsp., Founder BRCA1 and BRCA2 mutations in French Canadian breast and ovarian cancer families. Am J Hum Genet. 1998; 63: 1341-51]. Przykładem populacji przejawiających powtarzalny charakter mutacji występujących w tych genach są także populacje Słowian, w tym Polaków.
Polskie zgłoszenie patentowe nr P. 335 917 sugeruje powtarzalny charakter mutacji genu BRCA1 obserwowanych w populacji polskiej, ujawniając listę ośmiu mutacji w obrębie genów BRCA1 i BRCA2 występujących wśród osób pochodzenia polskiego. Późniejsze polskie zgłoszenie patentowe nr P. 364 413 ujawnia, że co najmniej 80% przypadków genetycznie uwarunkowanych predyspozycji do raka piersi i/lub jajnika u kobiet pochodzenia polskiego związanych z występowaniem mutacji genu
BRCA1 skorelowanych jest z występowaniem następujących mutacji: BRCA1 ex.20 5382insC, BRCA1 ex.5 300T >G oraz BRCA1 ex.11 4153 delA.
Podsumowując, można uznać, że dotychczasowy stan wiedzy o występowaniu mutacji genu BRCA1 pozwala uznać je za silnie skorelowane z występowaniem genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raków piersi/jajnika, przy czym można oczekiwać, że częstość występowania poszczególnych mutacji w różnych populacjach będzie różna.
Koordynacyjne związki platyny są substancjami stosowanymi od dawna w farmacji, głównie jako cytostatyki. Przykładami leków należących do tej rodziny jest cisplatyna. Cisplatyna (ATC: L 01 XA 01) jest koordynacyjnym związkiem platyny, o działaniu cytostatycznym. Należy do leków alkilujących, fazowo-niespecyficznych, swoistych dla cyklu komórkowego. Jej działanie polega na utworzeniu krzyżowych wiązań między sąsiadującymi nićmi DNA oraz w obrębie tej samej nici. Tworzenie tych poprzecznych wiązań uniemożliwia replikację DNA i podział komórki. Wywiera też wpływ na funkcje metaboliczne i prowadzi do śmierci komórki, do której się dostanie.
Dla prawidłowego funkcjonowania leków z tej grupy, konieczna jest obecność dwóch ligandów aktywnych chemicznie, będących względem siebie w położeniu cis (w cisplatynie są to atomy chloru), oraz dwóch ligandów niereaktywnych, obojętnych elektrycznie (na ogół funkcję tę pełnią grupy amiPL 212 012 B1 nowe). Reaktywne atomy chloru są wymieniane w procesie substytucji nukleofilowej na atomy azotu zasad guanylowych w łańcuchu DNA.
W ś wietle zaprezentowanego stanu techniki obiektywnym problemem jest brak metody umoż liwiającej przewidywanie skuteczności przeciwnowotworowego działania różnych cytostatyków, w szczególnoś ci wobec raka piersi lub jajnika, u pacjentów poddawanych chemioterapii, która to metoda pozwoliłaby na indywidualny dobór odpowiedniego cytostatyku i zwiększenie efektywności chemioterapii.
W związku z powyższym, celem wynalazku jest dostarczenie sposobu i zestawu do wykrywania genetycznie uwarunkowanej podwyższonej podatności na koordynacyjne związki platyny w chemioterapii nowotworów, zwłaszcza raka piersi u kobiet, przy czym pożądany test powinien być stosunkowo łatwy w wykonaniu.
Nieoczekiwanie, tak określony problem został rozwiązany w niniejszym wynalazku.
Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej podwyższonej podatności na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem, charakteryzujący się tym, że w próbce materiał u genetycznego pobranej od pacjenta bada się obecność mutacji w obrę bie genu BRCA1, przy czym obecność rzeczonej mutacji wskazuje na obniżoną podatność na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem zawierającym koordynacyjny związek platyny wybranym z grupy obejmującej: cisplatynę lub oksaliplatynę.
Jako „mutację w obrębie genu BRCA1 rozumie się dowolną mutację występującą w tym genie. Dane dotyczące pełnej sekwencji genu BRCA1, a także informacje o wszystkich wykrytych do tej pory mutacjach w jego obrębie zawarte są w bazie danych Breast Cancer Information Core (BIC) database.
Baza ta jest dostępna w sieci internet pod adresem http://research.nhgri.nih.gov/bic/. Stosowany w niniejszym opisie system numerowania sekwencji genu BRCA1 oraz nazewnictwo dotyczące wybranych mutacji są zgodne z powszechnie przyjętą praktyką stosowaną w tym zakresie.
Niniejszy wynalazek znajduje przede wszystkim zastosowanie w identyfikowaniu grupy osób cierpiących na nowotwór, u których ze względu na genetyczne uwarunkowania wynikające z występowania zmian w obrębie genu BRCA1 przyczyniających się do powstania choroby występuje także zwiększona podatność na terapię określoną grupą cytostatyków, tj. cytostatykami platynowymi.
Zgodnie z niniejszym wynalazkiem „cytostatykiem platynowym jest koordynacyjny związek platyny, zwłaszcza cisplatyna lub oksaliplatyna.
Równie korzystnie, zwalczany nowotwór jest wybrany z grupy obejmującej raki jajnika, piersi, prostaty, płuc oraz białaczkę i czerniaka, korzystnie jest rakiem piersi lub jajnika. Korzystnie, mutacja w obrębie genu BRCA1 jest znaną mutacją związaną z podwyższonym ryzykiem choroby nowotworowej. Równie korzystnie, w przypadku, gdy pacjent jest osobą pochodzenia polskiego, z uwagi na obserwacje dotyczące mutacji występujących w tej populacji ujawnione w omówionych powyżej zgłoszeniach P. 335 917 oraz P. 364 413, mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje genu BRCA1: 5382insC, C61G (300T >G), 4153delA, 5370 C/T, 3819del5, 794delT, 185delAG, 2985del5, 5149del4, w szczególności mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje: BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA1 ex.5 300T >G oraz BRCA1 ex. 11 4153 del A. Równie korzystnie, w sposobie według wynalazku obecność mutacji bada się w DNA, RNA lub białku, przy czym korzystnie badanie DNA lub RNA wykonywane jest techniką wybraną spośród następujących metod pośredniego wykrywania mutacji: ASO PCR (ang. Allele specific - PCR), SSCP (ang. single-strand conformation polymorphism), ASA (ang. allele specific analysis), RFLP-PCR (ang. restriction fragment length polymorphism - polymerase chain reaction), lub bezpośredniego wykrywania mutacji jak sekwencjonowanie.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest zastosowanie mutacji w obrębie genu BRCA1 albo polinukleotydu zawierającego tą mutację albo polipeptydu kodowanego przez allel genu BRCA1 zawierający tą mutację do wykrywania podwyższonej podatności pacjenta na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem zawierającym koordynacyjne związki platyny wybranym z grupy obejmującej: cisplatynę lub oksaliplatynę. Korzystnie, cytostatyk platynowy jest koordynacyjnym związkiem platyny, zwłaszcza cisplatyną oraz ich znane pochodne i analogi, a zwalczany nowotwór jest wybrany z grupy obejmującej raki jajnika, piersi, prostaty, płuc oraz białaczkę i czerniaka, korzystnie jest rakiem piersi lub jajnika. Korzystnie, mutacja w obrębie genu BRCA1 jest znaną mutacją związaną z podwyższonym ryzykiem choroby nowotworowej. W szczególnej realizacji tego aspektu wynalazku pacjent jest osobą pochodzenia polskiego, a mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje genu BRCA1: 5382insC, C61G (300T >G), 4153delA, 5370 C/T, 3819del5, 794delT, 185delAG, 2985del5,
PL 212 012 B1
5149del4, szczególnie korzystnie mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje:
BRCA1 ex.20 5382insC, BRCA1 ex.5 300T >G oraz BRCA1 ex.11 4153 delA. Równie korzystnie, rzeczony polinukleotyd zawiera sekwencję genu BRCA1 lub jego fragmentu obejmującego wykrywaną mutację. Korzystnie obecność mutacji bada się w DNA, RNA lub białku, przy czym korzystnie badanie DNA lub RNA wykonywane jest techniką wybraną spośród następujących metod pośredniego wykrywania mutacji: ASO PCR (ang. Allele specific-PCR), SSCP (ang. single-strand conformation polymorphism), ASA (ang. allele specific analysis), RFLP-PCR (ang. restriction fragment length polymorphism - polymerase chain reaction), lub bezpośredniego wykrywania mutacji jak sekwencjonowanie, przy czym korzystnie obecność polipeptydu kodowanego przez allel genu BRCA1 zawierający mutację ustala się za pomocą przeciwciała lub innej substancji specyficznej wobec tego polipeptydu lub jego fragmentu.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest zestaw do wykrywania genetycznie uwarunkowanej podwyższonej podatności na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem platynowym, charakteryzujący się tym, że zawiera przynajmniej dwa różne oligonukleotydy pozwalające na amplifikację regionu zawierającego mutację w obrębie genu BRCA1. Korzystnie, amplifikowany region zawiera znaną mutację w obrębie genu BRCA1 związaną z podwyższonym ryzykiem choroby nowotworowej. W korzystnej realizacji zestawu według wynalazku, zwłaszcza gdy jest on przeznaczony do stosowania wobec pacjentów pochodzenia polskiego, amplifikowany region zawiera mutację wybraną z grupy obejmującej następujące mutacje genu BRCA1: 5382insC, C61G (300T >G), 4153delA, 5370 C/T, 3819del5, 794delT, 185delAG, 2985del5, 5149del4, korzystnie mutację wybraną z grupy obejmującej następujące mutacje: BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA1 ex.5 300T >G oraz BRCA1 ex.11 4153 del A. Przykładowe zestawy primerów, które mogą być wykorzystane do przygotowania zestawu według wynalazku zostały przedstawione w tabeli 2.
W celu lepszego zaprezentowania istoty wynalazku została ona zilustrowana poniżej opisanymi przykładami. Nie należy jednak ograniczać zakresu wynalazku do tych przykładów.
P r z y k ł a d 1. Podwyższona podatność na leczenie cytostatykami platynowymi u pacjentek z rakiem piersi będących jednocześnie nosicielkami mutacji w genie BRCA1
Dokonano próby porównania odpowiedzi na chemioterapię u nosicielek mutacji BRCA1 i w grupie kontrolnej - pacjentek nie będących nosicielkami mutacji.
Zaobserwowano, że pierwotne systemowe (neoadjuwantowe) leczenie posiada korzystny wpływ w stopniach I-III klinicznego zaawansowania raka piersi na zmniejszenie masy guza, a przez to na zwiększenie częstości wykonywania oszczędzających zabiegów chirurgicznych (BCT- breast conserving treatment). Może to mieć znaczenie zwłaszcza w przypadkach nosicielek mutacji BRCA1, u których wieloogniskowość raka stwierdza się bardzo rzadko.
Zatem chemioterapia jest bardzo korzystną opcją leczenia przed zabiegiem chirurgicznym, wpływającą na zwiększenie częstości wykonywania operacji oszczędzających i zwiększenia liczby pacjentów bez zajęcia pachowych węzłów chłonnych ocenianych w materiale pooperacyjnym (Green et al 2002; Kaufmann et al. 2003). Wyniki dużego badania klinicznego NSABP B-18 study (Fisher 1997) wskazują na wysoki odsetek (sięgający prawie 80%) klinicznych odpowiedzi po zastosowaniu czterech cykli przedoperacyjnej chemioterapii, w skład której wchodziły doksorubicyna i cyklofosfamid. Inną dużą zaletą dla tego typu leczenia jest możliwość oceny chemowrażliwości guza in vivo, co może przynieść efekt w wyborze skutecznego programu uzupełniającej (adjuwantowej) terapii zastosowanej po zabiegu chirurgicznym. W niektórych przypadkach obserwuje się całkowitą regresję guza w materiale pooperacyjnym uzyskanym z gruczołu piersiowego i pachowych węzłów chłonnych (pathological complete response, pCR). Należy podkreślić, że zarówno kliniczna jak i patologiczna całkowita odpowiedź jest czynnikiem predykcyjnym wznów miejscowych, przeżycia wolnego od choroby (DFS) i całkowitego przeżycia (OS).
Chemioterapia neoadjuwantowa jest opcją leczenia z wyboru w przypadkach miejscowo zaawansowanego raka piersi. Olbrzymia większość przypadków BRCA1-zależnego raka piersi wymaga leczenia chemioterapeutycznego z uwagi na jego cechy morfologiczne tj. wysoki stopień złośliwości morfologicznej guza (G3), negatywną ekspresję receptora estrogenowego (ER-) w badaniu immunohistochemicznym i dużą dynamikę wzrostu (rapid growth rates). Prowadzone badania przedkliniczne na liniach komórkowych nie wykazujących ekspresji białka BRCA1 oraz na modelu mysim wskazują, że BRCA1-zależne raki piersi są wyjątkowo chemowrażliwe na cytostatyk, którym jest cisplatyna. Celem eksperymentu było zatem wykazanie czy neoadjuwantowe leczenie z wykorzystaniem Cisplatyny
PL 212 012 B1 w monoterapii może wpływać na wystą pienie całkowitej patologicznej odpowiedzi (pathological complete response, pCR) u pacjentów z BRCA1-zależnym rakiem piersi.
Przeprowadzono jednoośrodkowe kliniczne nierandomizowane badanie otwarte II fazy służące ocenie klinicznej i patologicznej odpowiedzi na leczenie cisplatyną w chemioterapii neoadjuwantowej u pacjentek ze zdiagnozowaną mutacją w genie BRCA1. Do badania włączono pacjentki z noworozpoznanym rakiem piersi, u których wykryto mutację germinalną w genie BRCA1. Pacjentki włączano do badania w przypadku, gdy pierwotny guz posiadał wymiar > 2 cm (oceniony w badaniu mammograficznym lub ultrasonograficznym) i potwierdzony histologicznie za pomocą biopsji gruboigłowej lub cienkoigłowej (BAC). Pacjentki pochodziły z trzech ośrodków onkologicznych: Szczecin, Bielsko-Biała i Opole, i były leczone chemioterapeutycznie w ośrodku szczecińskim.
U każdej pacjentki został określony kliniczny stopień zaawansowania choroby, a następnie w przypadku spełnienia kryteriów była ona włączona do badania, którego schemat został szczegółowo przedstawiony w załączonej tabeli.
W przypadku spełnienia kryteriów włączenia i po podpisaniu świadomej zgody przystąpienia do badania wszystkie pacjentki miały wykonane badania przewidziane w wizycie typu baseline w okresie do trzech tygodni. Rutynowe badania obejmowały badania radiologiczne (rtg klatki piersiowej, badanie ultrasonograficzne/tomografia komputerowa jamy brzusznej i miednicy mniejszej), scyntygrafię układu kostnego i podstawowe badania laboratoryjne (morfologia krwi obwodowej, poziom elektrolitów, kreatyninę, AST, ALT, bilirubinę, poziom wapnia i albumin).
Po uzyskaniu wyników w/w badań (i spełnieniu kryteriów włączenia do programu) pacjentki były poddane chemioterapii z zastosowaniem Cisplatyny w monoterapii w dawce 75 mg/m2 co 21 dni do łącznej ilości czterech cykli leczenia. Następnym etapem leczenia było leczenie chirurgiczne (mastektomia lub leczenie oszczędzające -BCT (breast-conserving treatment)). Preparat histologiczny oceniony został pod kątem całkowitej odpowiedzi patologicznej (pCR), rozumianej jako brak guza w materiale pooperacyjnym pochodzącym z gruczołu piersiowego i pachowych węzłów chłonnych. Obecność w materiale pooperacyjnym ductal carcinoma in situ oceniane było jako pCR. Preparaty histopatologiczne oceniane były przez dwóch niezależnych patologów.
Po leczeniu chirurgicznym wszystkie pacjentki zostały poddane standardowemu uzupełniającemu leczeniu chemioterapeutycznemu, a następnie w zależności od standardowych wskazań poddane uzupełniającej radioterapii i/lub hormonoterapii.
Celem badania była cena możliwości uzyskania całkowitej remisji patologicznej - pCR (pathologic complete response) u polskich pacjentek ze zdiagnozowanym rakiem piersi, będących nosicielkami mutacji w genie BRCA1, poddanych leczeniu neoadjuwantową chemioterapią z zastosowaniem Cisplatyny w monoterapii. Kolejnym celem badania była ocena możliwości uzyskania całkowitych remisji, rozumianych jako brak klinicznych cech guza po zastosowaniu czterech cykli chemioterapii. Oceniana była również możliwość uzyskania całkowitych remisji patologicznych w obrębie pachowych węzłów chłonnych, rozumianych jako nieobecność zmian przerzutowych w pachowych węzłach chłonnych.
Przyjęto następujące kryteria włączenia pacjentek do badania:
Pacjentki muszą spełnić wszystkie z wymienionych poniżej kryteriów, aby zostać zakwalifikowanym do badania:
1. Histologicznie lub cytologicznie potwierdzone rozpoznanie raka piersi;
2. Wynik badania genetycznego potwierdzający, że pacjentka jest nosicielką mutacji germinalnej w genie BRCA1;
3. Choroba mierzalna - średnica guza piersi > 2 cm w największym wymiarze potwierdzona badaniem klinicznym i mammografią lub badaniem ultrasonograficznym;
4. Kobieta w wieku > 18 lat;
5. Stan pacjentki według skali ECOG - 0;
6. Prawidłowe parametry wydolności nerek, poziom kreatyniny w granicach normy;
7. Własnoręcznie podpisana świadoma zgoda pacjentki na badanie, w której znajdują się wszelkie informacje dotyczące badania. Zgoda musi zostać podpisana przed włączeniem pacjentki do badania;
8. Deklaracja pacjentki o zastosowaniu się do programu badania (zgłaszalność na wszystkie wizyty lekarskie, wykonywanie zaleconych badań laboratoryjnych i obrazowych) i innych procedur związanych z badaniem.
Pacjentki spełniające co najmniej jedno kryterium z poniższych nie zostały włączone do badania:
PL 212 012 B1
1. Pacjentki, które w przeszłości leczone były z powodu raka piersi;
2. Pacjentki z uogólnioną chorobą nowotworową (przerzuty do narządów miąższowych lub kości);
3. Pacjentki ze zdiagnozowanym w ostatnich 5 latach innym nowotworem złośliwym za wyjątkiem raka podstawnokomórkowego skóry lub raka płaskonabłonkowego skóry lub raka in situ szyjki macicy;
4. Pacjentki leczone lekami, które w sposób istotny zaburzają funkcję nerek;
5. Kobiety w ciąży lub karmiące piersią;
6. Pacjentki z chorobami towarzyszącymi takimi jak: czynna infekcja, zastoinowa niewydolność serca, niestabilna choroba wieńcowa, zaburzenia rytmu serca lub choroby psychiczne, które w sposób istotny ograniczają współpracę pacjenta z lekarzem.
Przyjęto następujący schemat badania klinicznego i oceny wyników leczenia:
Preparaty histopatologiczne oraz bloczki parafinowe z guza uzyskano z odpowiednich ośrodków leczniczych. Otrzymano co najmniej jeden preparat od każdego z 3136 z grupy 3472 pacjentów. Główne badanie histopatologiczne przeprowadziło dwóch histopatologów z ośrodka w Szczecinie. Histopatolodzy nie posiadali wiedzy dotyczącej statusu mutacji w poszczególnych przypadkach. W każdym przypadku postawiono rozpoznanie histopatologiczne (typ przewodowy, zrazikowy, rdzeniasty, cewkowo-zrazikowy, inny).
Analiza mutacji
W Polsce przeważają trzy mutacje założycielskie w BRCA1. Dla dwóch z nich wykonano analizę mutacji (4153delA i 5328insC) stosując technikę reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), przy czym startery do reakcji zostały zaprojektowane w sposób umożliwiający jednoczesne wykrywanie obecności obu typów mutacji. Trzecia mutacja (C61G) powoduje powstanie nowego miejsca cięcia dla enzyPL 212 012 B1 mu restrykcyjnego w eksonie 5. Badającym udało się skutecznie ustalić genotyp 3472 przypadków z 3479 pacjentów (99.8%).
Przykładowe pary starterów służące do wykrywania obecności mutacji BRCA1 ex.20 5382insC,
BRCA1 ex.5 300T >G oraz BRCA1 ex.11 4153 delA przedstawiono w Tabeli 1.
| Tabela 1. | ||||
| Para starterów | Nazwa sta rerów | Funkcja | starter dla nici sensownej [F] 5->3' | starter dla nici antysensownej [Rj 5->3 |
| para 1 dla BRCA1 ex.2O 5382 ins C | B1-5382INSCI1 | Identyfikacja | CAC KC CAT TGA AGG AAG CK C | TAC CTT TCT GTC CTG GGG AT |
| para 2 dla BRCA1 ex.2O 5382 ins C | B1-5382INSCI2 | Identyfikacja | TGA CGT GTC TGC TCC ACT TC | ACC TTT CTG TCC TGG GGA TT |
| para 3 dla BRCA1 ex.2O 5382 ins C | B1-5382INSCK1 | Kontrola | CAC TTC CAT TGA AGG AAG CTT C | CAA AGG GGA GTG GAA TAC AG |
| para 4 dla BRCA1 ex.2O 5382 ins C | B1-5382INSCK2 | Kontrola | ATA TGA CGT GTC TGC TCC AC | CAA AGG GGA GTG GAA TAC AG |
| para 1 dla BRCA1 ex.5 300T-»G | Β1ΕΧ5ΙΚ1 | Identyfikacja/ kontrola | CTC KA AGG GCA GK GTG AG | TTC CTA CTG TGG KG CK CC |
| para 2 dla BRCA1 ex.5 300T-.G | Β1ΕΧ5ΙΚ2 | Identyfikacja/ Kontrola | ATG GCT CTT AAG GGC AGT TG | TGT GGT TGC KC CAA CCT AG |
| para 1 dla BRCA1 ex.11 4153 delA | B1_4154DELAI1 | Identyfikacja | CAA AGG CAT CTC AGG AAC ATC | CAA GCC CGT TCC TCT KC TCA |
| para 2 dla BRCA1 ex.114153 delA | B1.4154DELAI2 | Identyfikacja | KG GCT CAG GGT TAC CGA AG | AAG CCC GK CCT CK TGT CA |
| para 3 dla BRCA1 ex.11 4154 delA | B1.4154DELAK1 | Kontrola | KG GCT CAG GGT TAC CGA AG | GTG CTC CCC AAA AGC ATA AAC |
| para 4 dla BRCA1 ex.114153 delA | B1_4154DELAK2 | Kontrola | TCC TAG CCC TTT CAC CCA TAC A | GTG CTC CCC AAA AGC ATA AAC |
Wykrywanie mutacji można prowadzić oddzielnie dla każdej mutacji lub łącznie. W przypadku osobnego wykrywania mutacji zestaw starterów obejmuje parę identyfikującą i parę kontrolną dla badanej mutacji.
Korzystne jest prowadzenie testu w postaci jednej reakcji PCR. Przykładowe zestawy starterów dla takiego multiplex-PCR wymieniono w Tabeli 2.
Tabela 2. zestaw startery
B1EX5IK1F, B1EX5IK1R, B1_4154DELAI2F, BI_4154DELAI1R, B1-5382INSC11F, B1-5382INSCI1R
B1EX51K2F, B1EX5IK2R, B1_4154DELAK2F, B1_4154DELAI2R, B1-5382INSCK2F, B1-5382INSCI2R
B1EX5IK1F, B1EX5IK2R, B1_4154DELAI2F, B1_4154DELAI2R, B1-5382INSCI2F, B1-5382INSCI1R
W niektórych przypadkach, w celu uzyskania optymalnej, porównywalnej ilości produktów amplifikacji należy zoptymalizować proporcje ilościowe stosowanych starterów. Zależą one od wielu czynników, m.in. takich jak rodzaj i aktywność zastosowanej polimerazy, długość i skład nukleotydowy produktów amplifikowanych. W oparciu o powszechnie dostępną wiedzę laboratoryjną specjalista będzie w stanie każdorazowo zoptymalizować proporcje starterów.
Korzystnie, aby w skład zestawu diagnostycznego weszły również pozostałe składniki mieszaniny dla reakcji PCR (nukleotydy, termostabilna polimeraza, bufor reakcyjny optymalny dla stosowanej polimerazy).
Izolację DNA z leukocytów krwi obwodowej prowadzono techniką opisaną powyżej.
Uzyskane DNA wykorzystywano jako matrycę w testowej reakcji PCR.
Przykładowy test diagnostyczny na obecność charakterystycznych dla populacji polskiej mutacji genu BRCA1 opiera się na zastosowaniu multipleksowej reakcji ASO-PCR (dla mutacji 4153delA i 5382insC) w połączeniu z techniką RFLP (dla mutacji C61G).
Mieszanina reakcyjna opisywanego testu diagnostycznego zawiera mieszaninę starterów będących syntetycznymi fragmentami genu BRCA1 umożliwiającymi:
PL 212 012 B1
1. Amplifikacje fragmentu eksonu 5 zawierającego w sobie miejsce występowania mutacji C61G. Powyższy produkt PCR powstaje w każdym przypadku prawidłowo przeprowadzonej reakcji PCR stanowiąc wewnętrzną kontrolę. W celu wykrycia mutacji C61G uzyskany produkt dla eksonu 5 poddaje się trawieniu enzymem restrykcyjnym AvaII. Przecięcie produktu na dwa krótsze fragmenty następuje jedynie w przypadku obecności mutacji C61G.
2. Amplifikacje fragmentu ekson 11 jedynie w przypadku obecności w badanym DNA mutacji 4153delA.
3. Amplifikacje fragmentu ekson 20 jedynie w przypadku obecności w badanym DNA mutacji 5382insC.
Długość produktów reakcji multiplex PCR dla eksonów 5,11,20 genu BRCA1 została dobrana w sposób umożliwiający łatwy rozdział techniką elektroforezy na żelu agarozowym.
Reakcję ASO-PCR przeprowadzano w automatycznym termocyklerze (DNA ThermalCycler 9600 - Perkin Elmer). Mieszanina reakcyjna o objętości 25 μΙ zawierała: 1 μΙ (50 ng-200 ng) genomowego DNA, 2.5 μl buforu reakcyjnego (100 mM Tris-HCl, 500 mM KCL, 15 mM MgCl2, 1 mg/ml żelatyny; pH 8.6), 2-14 pM każdego ze starterów 200 μΜ każdego z deoksynukleotydów (dATP, dCTP, dGTP i dTTP) oraz 1 U Taq polimerazy DNA. W każdej reakcji stosowano 3 kontrole dodatnie (kontrole z DNA od nosicieli mutacji gen BRCA1-5382insC, 300T/G i 4153 delA) oraz 2 kontrole ujemne (kontrola z DNA od pacjenta bez mutacji genu BRCA1 oraz kontrola, która nie zawierała DNA).
Amplifikację przeprowadzano w następujących warunkach:
a) wstępna denaturacja - 95°C 5 minut
b) wstępnych 10 cykli składających się z: denaturacji - 94°C 30 sekund przyłączania starterów - 68 do 58°C 30 sekund* wydłużania komplementarnego DNA - 72°C 35 sekund
c) kolejnych 30 cykli, każdy składający się z: denaturacji - 94°C 30 sekund przyłączania starterów - 57°C 30 sekund wydłużania komplementarnego DNA - 72°C 30 sekund * - podczas pierwszych 10 cykli temperatura przyłączania starterów była obniżana o 1,2°C w każdym kolejnym cyklu (w pierwszym cyklu wynosiła 68°C, w drugim 66,8°C, w trzecim 65,6°C, w czwartym 64,4°C, w piątym 63,2°C, w szóstym 62°C, w siódmym 60,8°C, w ósmym 59,6°C, w dziewiątym 58,4°C, w dziesiątym 57,2°C).
Produkty reakcji PCR w ilości 5 μl mieszano z 10 μl buforu „Stop” (roztwór sacharozy zabarwiony barwnikiem bromophenol blue) i poddawano elektroforezie w żelu agarozowym (1.5% agaroza (SeaKem FMC), IX bufor TBE, 25 μg/ml bromku etydyny) w warunkach 6V/cm przez 30 min. Rozdzielone produkty uwidaczniano w świetle UV.
Wyniki wykonanego badania klinicznego
T a b e l a 3. Charakterystyka pacjentek leczonych chemioterapią przedoperacyjną (N=10)
| No. | % | |
| 1 | 2 | 3 |
| Wiek średnia | 46.7 | |
| przedział | 38-57 | |
| Typ mutacji BRCA1 5382insC | 8 | 80% |
| C61G | 2 | 20% |
| Ośrodki Szczecin | 8 | 80% |
| Bielsko-Biała | 2 | 20% |
| Stan klinicznego zaawansowania T1 (<2 cm) | 5 | 50% |
| T2 (>2 cm to >5 cm) | 4 | 40% |
| T3 (>5 cm) | 0 | 0% |
| T4 | 1 | 10% |
PL 212 012 B1 cd. tabeli 3
| 1 | 2 | 3 |
| Stan pachowych węzłów chłonnych N0 | 7 | 70% |
| N1 | 1 | 10% |
| N2 | 2 | 20% |
| N3 | 0 | 0% |
| Bloom Richardson Grade I | 0 | 0% |
| II | 0 | 0% |
| III | 9 | 90% |
| Unknown | 1 | 10% |
| Receptor estrogenowy Pozytywny | 9 | 90% |
| Negatywny | 0 | 0% |
| Brak danych | 1 | 10% |
| Receptor progesteronowy Pozytywny | 9 | 90% |
| Negatywny | 0 | 0% |
| Brak danych | 1 | 10% |
| HER2 Status 0 | 9 | 90% |
| 1+ | 0 | 0% |
| 2+ | 0 | 0% |
| 3+ | 0 | 0% |
| Brak danych | 1 | 10% |
T a b e l a 4. Odpowiedź na leczenie
| Odpowiedź | No. | % |
| Odpowiedź kliniczna CR | 9 | 90% |
| PR | 1 | 10% |
| SD | 0 | 0% |
| PD | 0 | 0% |
| Odpowiedź patologiczna pCR | 9 | 90% |
| PR | 1 | 10% |
| Brak odpowiedzi | 0 | 0% |
| Liczba zajętych węzłów chłonnych 0 | 9 | 90% |
| 1-3 | 1 | 10% |
| 4-9 | 0 | 0% |
| >9 | 0 | 0% |
T a b e l a 5. Wyniki pacjentek z BRCA1-zależ nymi raka piersi i jajnika w stadium uogólnienia choroby nowotworowej
| Lokalizacja raka | Liczba pacjentów | Odpowiedź | |||
| cCR | cPR | cSD | Brak odpowiedzi | ||
| Pierś | 6 | 4 | 1 | 1 | 0 |
| Jajnik | 4 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| 10 | 7 (70%) | 1 (10%) | 2 (20%) | 0 |
PL 212 012 B1
Podsumowanie
Zaobserwowano, że w przypadku kobiet z mutacją BRCA1, które otrzymały cisplatynę jako chemioterapię neoadjuwantową w leczeniu raka piersi, uzyskano średnio, dużo mocniejszą odpowiedź, niż u kobiet bez stwierdzonej mutacji.
Przeprowadzone badania wykazały jasno wskazanie do stosowania cytostatyków platynowych w neoadjuwantowej chemioterapii raka piersi u nosicielek mutacji BRCA1.
Claims (18)
1. Sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej podwyższonej podatności na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem, znamienny tym, że w próbce materiału genetycznego pobranej od pacjenta bada się obecność mutacji w obrębie genu BRCA1, korzystnie wybranej z grupy obejmującej następujące mutacje genu BRCA1: 5382insC, C61G (300T >G), 4153delA, 5370 C/T, 3819del5, 794delT, 185delAG, 2985del5, 5149del4, przy czym obecność rzeczonej mutacji wskazuje na podwyższoną podatność na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem zawierającym koordynacyjny związek platyny wybranym z grupy obejmującej: cisplatynę lub oksaliplatynę.
2. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że zwalczany nowotwór jest wybrany z grupy obejmującej raki jajnika, piersi, prostaty, płuc oraz białaczkę i czerniaka, w szczególności jest rakiem piersi lub jajnika.
3. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że mutacja w obrębie genu BRCA1 jest znaną mutacją związaną z podwyższonym ryzykiem choroby nowotworowej.
4. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że pacjent jest osobą pochodzenia polskiego.
5. Sposób według zastrz. 1 albo 4, znamienny tym, że mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje: BRCA1 ex.20 5382insC, BRCA1 ex.5 300T >G oraz BRCA1 ex.11 4153 delA.
6. Sposób według jednego z poprzednich zastrz., znamienny tym, że obecność mutacji bada się w DNA, RNA lub białku, przy czym korzystnie badanie DNA lub RNA wykonywane jest techniką wybraną spośród następujących metod pośredniego wykrywania mutacji: ASO PCR, SSCP, ASA, RFLP-PCR, lub bezpośredniego wykrywania mutacji jak sekwencjonowanie.
7. Zastosowanie mutacji w obrębie genu BRCA1 albo polinukleotydu zawierającego tą mutację albo polipeptydu kodowanego przez allel genu BRCA1 zawierający tą mutację do wykrywania podwyższonej podatności pacjenta na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem zawierającym koordynacyjne związki platyny wybranym z grupy obejmującej: cisplatynę lub oksaliplatynę, przy czym korzystnie mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje genu BRCA1: 5382insC, C61G (300T >G), 4153delA, 5370 C/T, 3819del5, 794delT, 185delAG, 2985del5, 5149del4.
8. Zastosowanie według zastrz. 7, znamienne tym, że koordynacyjny związek platyny jest wybrany z grupy obejmującej: cisplatynę lub oksaliplatynę.
9. Zastosowanie według zastrz. 7, znamienne tym, że zwalczany nowotwór jest wybrany z grupy obejmującej raki jajnika, piersi, prostaty, płuc oraz białaczkę i czerniaka, korzystnie jest rakiem piersi lub jajnika.
10. Zastosowanie według zastrz. 7, znamienne tym, że mutacja w obrębie genu BRCA1 jest znaną mutacją związaną z podwyższonym ryzykiem choroby nowotworowej.
11. Zastosowanie według zastrz. 7, znamienne tym, że pacjent jest osobą pochodzenia polskiego.
12. Zastosowanie według zastrz. 7 albo 11, znamienne tym, że mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje: BRCA1 ex.20 5382insC, BRCA1 ex.5 300T >G oraz BRCA1 ex.11 4153 delA.
13. Zastosowanie według zastrz. 7, znamienne tym, że rzeczony polinukleotyd zawiera sekwencję genu BRCA1 lub jego fragmentu obejmującego wykrywaną mutację.
14. Zastosowanie według zastrz. 7, znamienne tym, że obecność mutacji bada się w DNA, RNA lub białku, przy czym korzystnie badanie DNA lub RNA wykonywane jest techniką wybraną spośród następujących metod pośredniego wykrywania mutacji: ASO PCR, SSCP, ASA, RFLP-PCR, lub bezpośredniego wykrywania mutacji jak sekwencjonowanie.
15. Zastosowanie według zastrz. 7, znamienne tym, że obecność polipeptydu kodowanego przez allel genu BRCA1 zawierający mutację ustala się za pomocą przeciwciała lub innej substancji specyficznej wobec tego polipeptydu lub jego fragmentu.
PL 212 012 B1
16. Zestaw do wykrywania genetycznie uwarunkowanej podwyższonej podatności na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem, znamienny tym, że zawiera przynajmniej dwa różne oligonukleotydy pozwalające na amplifikację regionu zawierającego mutację w obrębie genu BRCA1, przy czym korzystnie amplifikowany region zawiera mutację wybraną z grupy obejmującej następujące mutacje genu BRCA1: 5382insC, C61G (300T^G), 4153delA, 5370 C/T, 3819del5, 794delT,
185delAG, 2985del5, 5149del4, w szczególności mutację wybraną z grupy obejmującej następujące mutacje: BRCA1 ex.20 5382insC, BRCA1 ex.5 300T^G oraz BRCA1 ex.11 4153 delA, przy czym obecność rzeczonej mutacji wskazuje na podwyższoną podatność na przeciwnowotworową chemioterapię cytostatykiem zawierającym koordynacyjny związek platyny wybranym z grupy obejmującej: cisplatynę lub oksaliplatynę.
17. Zestaw według zastrz. 16, znamienny tym, że amplifikowany region zawiera znaną mutację w obrębie genu BRCA1 związaną z podwyższonym ryzykiem choroby nowotworowej.
18. Zestaw według zastrz. 16, znamienny tym, że zawiera oligonukleotydy wybrane spośród następujących zestawów:
zestaw 1 obejmujący startery B1EX5IK1F, B1EX5IK1R, B1_4154DELAI2F,
B14154DELAI1R, B1-5382INSCI1F, B1-5382INSCI1R, odpowiednio o sekwencjach:
CTC TTA AGG GCA GTT GTG AG, TTC CTA CTG TGG TTG CTT CC, TTG GCT
CAG GGT TAC CGA AG, CAA GCC CGT TCC TCT TTC TCA, CAC TTC CAT
TGA AGG AAG CTT C, TAC CTT TCT GTC CTG GGG AT, zestaw 2 obejmujący startery B1EX5IK2F, B1EX5IK2R, B1_4154DELAK2F,
B1_4154DELAI2R, B1-5382INSCK2F, B1-5382INSCI2R, odpowiednio o sekwencjach: ATG GCT CTT AAG GGC AGT TG, TGT GGT TGC TTC CAA CCT AG, TCC TAG CCC TTT CAC CCA TAC A, AAG CCC GTT CCT CTT TGT CA,
ATA TGA CGT GTC TGC TCC AC, ACC TTT CTG TCC TGG GGA TT, zestaw 3 obejmujący startery B1EX5IK1F, B1EX5IK2R, B1_4154DELAI2F,
B14154DELAI2R, B1-5382INSCI2F, B1-5382INSCI1R, odpowiednio o sekwencjach:
Priority Applications (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL385589A PL212012B1 (pl) | 2008-07-06 | 2008-07-06 | Wykrywanie podwyższonej podatności na chemioterapię z zastosowaniem cytostatyków platynowych |
| PCT/PL2009/050011 WO2010005329A2 (en) | 2008-07-06 | 2009-07-06 | Fast assignment of adequate chemotherapy with platinum based drugs for cancer patients based on the identification of constitutional brcal mutations |
| US12/996,827 US20110245095A1 (en) | 2008-07-06 | 2009-07-06 | Fast assignment of adequate chemotherapy with latinum based drugs for cancer patients based on the identification of constitutional brcal mutations |
| EP09788418A EP2310535A2 (en) | 2008-07-06 | 2009-07-06 | Fast assignment of adequate chemotherapy with platinum based drugs for cancer patients based on the identification of constitutional brcal mutations |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL385589A PL212012B1 (pl) | 2008-07-06 | 2008-07-06 | Wykrywanie podwyższonej podatności na chemioterapię z zastosowaniem cytostatyków platynowych |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL385589A1 PL385589A1 (pl) | 2010-01-18 |
| PL212012B1 true PL212012B1 (pl) | 2012-07-31 |
Family
ID=41443872
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL385589A PL212012B1 (pl) | 2008-07-06 | 2008-07-06 | Wykrywanie podwyższonej podatności na chemioterapię z zastosowaniem cytostatyków platynowych |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20110245095A1 (pl) |
| EP (1) | EP2310535A2 (pl) |
| PL (1) | PL212012B1 (pl) |
| WO (1) | WO2010005329A2 (pl) |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB0226595D0 (en) * | 2002-11-15 | 2002-12-24 | Univ Belfast | Cancer therapy determination |
| EP2018439A1 (en) * | 2006-04-24 | 2009-01-28 | Epiontis GmbH | Personalizing cancer chemotherapy based on methylation and germ-line mutational analysis of brca-1 |
| PL217731B1 (pl) * | 2006-06-01 | 2014-08-29 | Tomasz Byrski | Sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej obniżonej odpowiedzi na chemioterapię cytostatykiem taksanowym, zastosowanie mutacji założycielskiej oraz zestawu do wykrywania takiej odpowiedzi |
-
2008
- 2008-07-06 PL PL385589A patent/PL212012B1/pl unknown
-
2009
- 2009-07-06 EP EP09788418A patent/EP2310535A2/en not_active Withdrawn
- 2009-07-06 US US12/996,827 patent/US20110245095A1/en not_active Abandoned
- 2009-07-06 WO PCT/PL2009/050011 patent/WO2010005329A2/en not_active Ceased
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP2310535A2 (en) | 2011-04-20 |
| WO2010005329A2 (en) | 2010-01-14 |
| WO2010005329A3 (en) | 2010-03-11 |
| US20110245095A1 (en) | 2011-10-06 |
| PL385589A1 (pl) | 2010-01-18 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP5827935B2 (ja) | Ｅｇｆｒおよびｋｒａｓ変異 | |
| EP2592155B2 (en) | EGFR mutations | |
| Wong et al. | Prevalence of early onset colorectal cancer in 397 patients with classic Li–Fraumeni syndrome | |
| Liao et al. | Genetic polymorphism of XRCC1 Arg399Gln is associated with survival in non–small-cell lung cancer patients treated with gemcitabine/platinum | |
| Goldstein et al. | Novel genes implicated in embryonal, alveolar, and pleomorphic rhabdomyosarcoma: a cytogenetic and molecular analysis of primary tumors | |
| Konopka et al. | PIK3CA mutations and amplification in endometrioid endometrial carcinomas: relation to other genetic defects and clinicopathologic status of the tumors | |
| JP5980685B2 (ja) | ３剤併用抗がん剤の感受性判定マーカー | |
| CN102325905B (zh) | 伊立替康的敏感性判断方法及其利用 | |
| Zhu et al. | Mutations of KRAS and PIK3CA as independent predictors of distant metastases in colorectal cancer | |
| Arnedos et al. | Array CGH and PIK3CA/AKT1 mutations to drive patients to specific targeted agents: a clinical experience in 108 patients with metastatic breast cancer | |
| Erčulj et al. | DNA repair polymorphisms and treatment outcomes of patients with malignant mesothelioma treated with gemcitabine-platinum combination chemotherapy | |
| KR20160012949A (ko) | 클램핑 프로브 및 검출 프로브를 이용한 다중 표적핵산 검출 방법의 이용 | |
| Dewald et al. | Fluorescence in situ hybridization to visualize genetic abnormalities in interphase cells of acinar cell carcinoma, ductal adenocarcinoma, and islet cell carcinoma of the pancreas | |
| Svojgr et al. | Fanconi anemia with biallelic FANCD1/BRCA2 mutations–case report of a family with three affected children | |
| Suster | The role of molecular pathology in mediastinal sarcomas | |
| US20080241834A1 (en) | Method for improving neoadjuvant chemotherapy | |
| US20090214671A1 (en) | Personalizing Cancer Chemotherapy Based on Methylation and Germ-Line Mutational Analysis of BRCA-1 | |
| PL212012B1 (pl) | Wykrywanie podwyższonej podatności na chemioterapię z zastosowaniem cytostatyków platynowych | |
| Park et al. | The frequency and impact of FGFR1 amplification on clinical outcomes in Korean patients with small cell lung cancer | |
| Farley et al. | A phase Ii trial of selumetinib (Azd6244) in women with recurrent low-grade serous carcinoma of the ovary or peritoneum: a Gynecologic Oncology Group Trial | |
| Kuligina et al. | 1197P Changes in the concentration of EGFR-mutated (EGFR-M+) plasma DNA in the first hours of TKI therapy allow the prediction of tumour response in patients with EGFR-M+ NSCLC | |
| Erbayraktar | The Effect of Mitochondrial DNA Mutations in Brain Tumors | |
| Hussein et al. | Genotyping of Exon 2 BRCA1for Breast Cancer in Iraqi Women by Sanger Sequencing. | |
| WO2023097197A2 (en) | Compositions and methods for assessing the efficacy of polynucleotide delivery and cancer therapy | |
| JP2025009303A (ja) | 白金系抗癌薬の効果予測方法 |