PL226609B1 - Zastosowanie polinukleotydu, zestaw starterów oraz sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus - Google Patents
Zastosowanie polinukleotydu, zestaw starterów oraz sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju StaphylococcusInfo
- Publication number
- PL226609B1 PL226609B1 PL404497A PL40449713A PL226609B1 PL 226609 B1 PL226609 B1 PL 226609B1 PL 404497 A PL404497 A PL 404497A PL 40449713 A PL40449713 A PL 40449713A PL 226609 B1 PL226609 B1 PL 226609B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- gene
- hyptf
- staphylococcus
- degree
- sequence
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 33
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 title claims abstract description 28
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 title claims description 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 title claims description 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 title claims description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 13
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims abstract description 13
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 claims abstract description 12
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 45
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 8
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 7
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 7
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 abstract description 16
- 241000894007 species Species 0.000 abstract description 14
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 abstract description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 abstract description 4
- 241000295644 Staphylococcaceae Species 0.000 abstract 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 12
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 7
- 239000000047 product Substances 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 5
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- VUFNLQXQSDUXKB-DOFZRALJSA-N 2-[4-[4-[bis(2-chloroethyl)amino]phenyl]butanoyloxy]ethyl (5z,8z,11z,14z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate Chemical compound CCCCC\C=C/C\C=C/C\C=C/C\C=C/CCCC(=O)OCCOC(=O)CCCC1=CC=C(N(CCCl)CCCl)C=C1 VUFNLQXQSDUXKB-DOFZRALJSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 241001262553 Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98 Species 0.000 description 2
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 2
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 2
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 2
- 238000002509 fluorescent in situ hybridization Methods 0.000 description 2
- 101150073818 gap gene Proteins 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-L (R)-2-Hydroxy-3-(phosphonooxy)-propanal Natural products O=C[C@H](O)COP([O-])([O-])=O LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-L 0.000 description 1
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- NLMKTBGFQGKQEV-UHFFFAOYSA-N 2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-(2-hexadecoxyethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCO NLMKTBGFQGKQEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 102100022524 Alpha-1-antichymotrypsin Human genes 0.000 description 1
- 101100166957 Anabaena sp. (strain L31) groEL2 gene Proteins 0.000 description 1
- 108020004513 Bacterial RNA Proteins 0.000 description 1
- LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-N D-glyceraldehyde 3-phosphate Chemical compound O=C[C@H](O)COP(O)(O)=O LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 238000007900 DNA-DNA hybridization Methods 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 101710088194 Dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 102100021410 Heat shock 70 kDa protein 14 Human genes 0.000 description 1
- 101000678026 Homo sapiens Alpha-1-antichymotrypsin Proteins 0.000 description 1
- 101001041756 Homo sapiens Heat shock 70 kDa protein 14 Proteins 0.000 description 1
- JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N Magnesium ion Chemical compound [Mg+2] JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PWHULOQIROXLJO-UHFFFAOYSA-N Manganese Chemical compound [Mn] PWHULOQIROXLJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 108020002230 Pancreatic Ribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000005891 Pancreatic ribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 102000002508 Peptide Elongation Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010068204 Peptide Elongation Factors Proteins 0.000 description 1
- 241001052531 Sclerotium delphinii Species 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 241001271395 Staphylococcus arlettae CVD059 Species 0.000 description 1
- 241000071878 Staphylococcus capitis C87 Species 0.000 description 1
- 241000493487 Staphylococcus capitis SK14 Species 0.000 description 1
- 241000191965 Staphylococcus carnosus Species 0.000 description 1
- 241000832506 Staphylococcus epidermidis VCU071 Species 0.000 description 1
- 241001033898 Staphylococcus equorum Species 0.000 description 1
- 241000495427 Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 Species 0.000 description 1
- 241000832159 Staphylococcus hominis SK119 Species 0.000 description 1
- 241000191980 Staphylococcus intermedius Species 0.000 description 1
- 241000103199 Staphylococcus massiliensis S46 Species 0.000 description 1
- 241000832523 Staphylococcus pettenkoferi VCU012 Species 0.000 description 1
- 241000794282 Staphylococcus pseudintermedius Species 0.000 description 1
- 241000315166 Staphylococcus pseudintermedius HKU10-03 Species 0.000 description 1
- 241001147691 Staphylococcus saprophyticus Species 0.000 description 1
- 241001156493 Staphylococcus simiae CCM 7213 Species 0.000 description 1
- 241000721672 Staphylococcus simulans ACS-120-V-Sch1 Species 0.000 description 1
- 241000192086 Staphylococcus warneri Species 0.000 description 1
- 101100439396 Synechococcus sp. (strain ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1) groEL1 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008049 TAE buffer Substances 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 101150022703 femA gene Proteins 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 101150077981 groEL gene Proteins 0.000 description 1
- 230000008105 immune reaction Effects 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 229910001425 magnesium ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910052748 manganese Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011572 manganese Substances 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 230000001766 physiological effect Effects 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 101150090202 rpoB gene Proteins 0.000 description 1
- 101150087539 sodA gene Proteins 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000010257 thawing Methods 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 101150099542 tuf gene Proteins 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
- C12Q1/683—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism involving restriction enzymes, e.g. restriction fragment length polymorphism [RFLP]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
Wynalazek dotyczy sposobu określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus opartego na analizie polimorfizmu sekwencji wybranego genu.
W ostatnich latach opracowano i rozwinięto wiele metod identyfikacji i typowania izolatów bakterii z rodzaju Staphylococcus (gronkowiec). Wśród metod tych można wyróżnić dwie grupy: metody fenotypowe oraz genotypowe. Identyfikacja gatunków gronkowcowych metodami pierwszej grupy oparta jest na charakterystyce morfologicznej, właściwościach fizjologicznych oraz chemicznym składzie ściany komórkowej. Rezultaty otrzymywane za pomocą komercyjnych testów opartych na profilach reakcji biochemicznych oraz immunologicznych obarczone są pomyłkami z powodu zmiennej ekspresji niektórych cech fenotypowych oraz dwuznaczności w interpretacji wyników. Ogólna dokładność konwencjonalnych testów jest niska i mieści się w przedziale od 50 do 70%.
Spośród genotypowych metod taksonomicznych porównawcza hybrydyzacja DNA-DNA oraz analiza sekwencyjna genu kodującego 16S rRNA zdefiniowały gatunki w obrębie rodzaju Staphylococcus oraz rekomendowane są dla potwierdzenia wyników nowych metod, które wprowadzane są do powszechnego użycia (Takahashi et al. 1999). Do innych metod identyfikacji genetycznych należą m.in.: sondy genetyczne, hybrydyzacja typu dot-blot, rybotypowanie metodą hybrydyzacji typu Southern blot, fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH), amplifikacja metodą PCR i PCR gatunkowo-specyficzny (selektywny), PCR-RFLP - analiza polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (ang. restriction fragment length polymorphism) (Bentley et al. 1993; Kempf et al. 2000; Krimmer et al. 1999; Yugueros et al. 2000; Yugueros et al. 2001; Zakrzewska-Czerwinska et al. 1992). Od niedawna w celu filogenetycznej i taksonomicznej analizy prokariontów stosuje się porównanie sekwencji DNA genów kodujących wysoce konserwatywne białka, takie jak: białko szoku cieplnego HSP60 kodowane przez gen cpn60, enzym katalizujący kolejne inkorporacje drugiej i trzeciej glicyny do poprzecznego mostka w muropeptydzie kodowany przez gen femA, podjednostka β bakteryjnej polimerazy RNA kodowana przez gen rpoB, czynnik elongacji Tu niezbędny w tworzeniu łańcucha peptydowego kodowany przez gen tuf mangano-zależna oksydaza ponadtlenkowa (Mn-SOD) kodowana przez gen sodA (Blaiotta et al. 2005; Blaiotta et al. 2004; Ghebremedhin et al. 2008; Goh et al. 1996; Goh et al. 1997; Sivadon et al. 2005; Voytenko et al. 2006).
Celem wynalazku jest dostarczenie nowej, bardziej czułej i jednocześnie uniwersalnej, metody określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus oraz środków, które mogą być wykorzystane do jej realizacji.
Przedmiotem wynalazku jest zastosowanie polinukleotydu posiadającego sekwencję genu hyptf do określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus, przy czym gen hyptf koduje białko posiadające sekwencję aminokwasową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 2.
Korzystnie, określanie stopnia pokrewieństwa obejmuje analizę polimorfizmu restrykcyjnego. Korzystnie, gen hyptf posiada sekwencję nukleotydową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 1.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus charakteryzujący się tym, że izoluje się sekwencję genu hyptf z genomu typowanego szczepu bakteryjnego, porównuje się wyizolowaną sekwencję z odpowiadającą jej sekwencją genu hyptf ze znanego szczepu bakterii rodzaju Staphylococcus i określa stopień podobieństwa tych sekwencji, przy czym ustalony stopień podobieństwa sekwencji genu hyptf jest miarą pokrewieństwa pomiędzy typowanym szczepem bakteryjnym ze znanym szczepem bakterii z rodzaju Staphylococcus.
Korzystnie, gen hyptf koduje białko posiadające sekwencję aminokwasową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 2. Korzystnie, określanie stopnia pokrewieństwa obejmuje analizę polimorfizmu restrykcyjnego. Korzystnie, gen hyptf posiada sekwencję nukleotydową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 1. Korzystnie, sekwencję genu hyptf izoluje się techniką PCR wykorzystując jako startery oligonukleotydy wskazane w tabeli 1. Korzystnie, sposób według wynalazku obejmuje trawienie wyizolowanej sekwencji genu hyptf lub jego fragmentu enzymem restrykcyjnym wybranym z grupy obejmującej następujące enzymy restrykcyjne: TaiI, Tsp509I, AluI oraz MseI.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest zestaw starterów do określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus techniką RFLP, który składa się z konsensusowych starterów wskazanych w tabeli 1 specyficznych dla genu hyptf bakterii z rodzaju Staphylococcus.
Wynalazek ujawnia nowe wykorzystanie locus genomowego hyptf w diagnostyce mikrobiologicznej a w szczególności do określania przynależności gatunkowej oraz analizy różnorodności
PL 226 609 B1 wewnątrzgatunkowej szczepów bakterii w obrębie rodzaju Staphylococcus. Przykładowo może ono opierać się o wykorzystanie reakcji PCR (ang. polymerase chain reaction) do otrzymania produktu na matrycy konserwatywnego locus genomowego, trawienia tego produktu enzymami restrykcyjnymi oraz analizy powstałego obrazu (RFLP, ang. restriction fragments length polymorphism) w celu determinacji przynależności gatunkowej. Analiza RFLP z odpowiednio dobranymi enzymami restrykcyjnymi pozwala również na analizę wewnątrzgatunkowej zmienności w obrębie rodzaju Staphylococcus.
Na Figurze 1 zaprezentowano zestaw obrazów RFLP otrzymanych dla 25 gatunków z rodzaju Staphylococcus z wykorzystaniem analizy polimorfizmu restrykcyjnego dla genu hyptf. Kolejność ścieżek dla poszczególnych enzymów restrykcyjnych: TaiI, Tsp509I, AluI, MseI.
P r z y k ł a d 1.
Określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus poprzez analizę RFLP genu hyptf
Materiały i metody
Szczepy bakteryjne
Wykorzystane szczepy bakteryjne z rodzaju Staphylococcus pochodziły częściowo z kolekcji własnej Zakładu Mikrobiologii (Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, Uniwersytet Jagielloński w Krakowie, Polska) a częściowo z kolekcji zagranicznych (pozyskane poprzez Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, Polska).
Oznaczanie stężenia DNA
Stężenie otrzymanych wodnych roztworów DNA oznaczano poprzez pomiar absorbancji przy długościach fali 260 i 280 nm wykorzystując do tego spektrofotometr ND-1000 (Thermo Scientific, Wilmington, Stany Zjednoczone).
Izolacja DNA genomowego
Bakterie hodowano w 20 ml płynnej pożywki LB (Sigma Aldrich, Poznań, Poland) w 37°C przez 14 h. Z hodowli pobierano 2 ml i wirowano 2 min przy prędkości 5000 g. Pożywkę zlewano a osad bakteryjny zamrażano w -20°C. Po rozmrożeniu osad zawieszano w 200 pl buforu EC (6 mM Tris; 1 M NaCl; 100 mM EDTA; 0,5% Brij 58; 0,5% Sarkozyl; pH 7,6) do którego dodawano 1 pl RNazy A (Thermo Scientific, Schwerte, Germany) i 1 pl lizostafiny (Thermo Scientific). Tak przygotowaną próbkę inkubowano w 37°C przez 14 h. W kolejnych etapach oczyszczania wykorzystano zestaw Genomic Mini (A&A Biotechnology, Gdańsk, Polska) i postępowano zgodnie z załączonym przez producenta protokołem. W ostatnim etapie DNA eluowano 50 pl destylowanej i filtrowanej wody (ddH2O) oraz oznaczano jego stężenie.
Startery wykorzystane do reakcji PCR
Startery zostały z syntetyzowane i dostarczone przez firmę Genomed (Warszawa, Polska).
Tabela 1. Konsensusowe startery specyficzne dla genu hyptf bakterii z rodzaju Staphylococcus
Nazwa startera
1. GEN0MIC-SigEndDeg2RevB: 2 . GEN0MIC-SigEndDeg2RevA:
3. GENOMIC-SiglntDeglForA:
4. GENOMIC-SiglntDeglForB:
5. GENOMIC-SigExtraForA:
6. GENOMIC~SigExtraRevB:
7. GENOMlC-SigFinalRev:
Sekwencja
ΆθΆ 7\ *X*
RAATAJRNCKNKS GAAGAAACC
ATGYTAACNAAAGAATTYGC
ATGYTAACNAAAGAATTYGCNCARCG
AT G T T AAC T AAAGAAT T T G CAC
TGCGAAGAAACCTTTTTTCT
AATAAACGTGCAAAGAANCCYTT
Startery zaprojektowano w oparciu o sekwencje genu locus hyptf i homologicznych loci w różnych gatunkach bakterii z rodzaju Staphylococcus, których sekwencje genomowe są dostępne w bazie danych NCBI Nucleotide, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore (nazwa gatunku i oznaczenie szczepu; accession number sekwencji genomowej dla danego gatunku w bazie NCBI Nucleotide; accession number sekwencji białka kodowanego przez gen hyptf lub jego homolog w bazie NCBI Protein; Locus tag genu hyptf lub jego homologu):
PL 226 609 B1
1. S. arlettae CVD059; NZ_ALWK01000016; ZP_10998849; SARL_04191
2. S. aureus ED98; NC_013450; YP_003281300; SAAV_0351
3. S. capitis SK14; NZ_ACFR01000004; ZP_03613546; STACA0001_1451
4. S. caprae C87; NZ_GL545278; ZP_07842400; HMPREF0786_01751
5. S. carnosus TM300; NC_012121 ; YP_002633143 ; Sca_0043
6. S. epidermidis VCU071; NZ_AGUB01000006; ZP_12936352; SEVCU071_1788
7. S. equorum Mu2; NZ_CAJL01000015; ZP_10336487; SEQMU2_13725
8. S. haemolyticus JCSC1435; NC_007168; YP_254503; SH2588
9. S. hominis SK119; NZ_ACLP01000001; ZP_04058912; STAHO0001_2121
10. S. ludginensis VCU139; NZ_AHLK01000025; ZP_13198142; SEVCU139_2215
11. S. massiliensis S46; NZ_AMSQ01000007; ZP_18856164; C273_05867
12. S. pettenkoferi VCU012; NZ_AGUA01000079; ZP_12935319; SEVCU012_0617
13. S. pseudintermedius HKU10-03; NC_014925; YP_004148220; SPSINT_0055
14. S. saprophyticus ATCC15305; NC_007350; YP_302418; SSP2328
15. S. simiae CCM 7213 NZ_AEUN01000034; ZP_09145692; SS7213T_01868
16. S. simulans ACS-120-V-Sch1; NZ_KB373326; ZP_11416468; HMPREF9310_00842
17. S. warnerii L37603; NZ_ACPZ01000041; ZP_04678206; STAWA0001_2413 Prototypem tego locus jest locus SAAV_0351 szczepu Staphylococcus aureus ED98 (NCBI
Nucleotide DB: NC_013450) o następującej sekwencji genu:
Sekw. Id. Nr 1 :
AT GT TAACTAAAGAAT T TGCACAACGCG TAGAAC TAAGT GAGAAGCAAGTCCG TAAAAT T
GT TCAACAT T TAGAAGAACGTGGT TACC AACT AAGCAAGAC TGAATATC GTGGT CGTGAA
G CAAC T G AT T T CAAAGAAGAAGATAT C GAG C T T T T CAAAGACAT T G C C GAC AAAG T AAAA ^jz^2\A.C2rL?k2\.Tj?kGT TJ?\.T G.?lTC Tj^\.GCGT T T G.A.T T TCCTGCAA.
CTCjArTGTC/AAAACGACCACAAAAACTTACCIACTAATCAAAATCTCCCTCAACTAGTA
GAAGATTTACGCCTAGAAATCCAGAAAATGCGCGAAGAACGTCACCTACTTGGTCAAATG ATG^TC^GTACATCAGC^C^C^G^TTAAAAGAACTTCAAAATCAACTTACATCT
AAAATCGATTCAAATAGCGAATCCTTAAAAGCCATCCAAACATCACAAGAGGCTATCCAA
GAAGCACAAGCATCTCAAGCTAAAGTATTGGCTGAATCAACAAATAAAGTTGAAAAGAAT
GCTGTTACTGAAGATAAAGCTGACAGTAAAGATTCGAAGGTTGCTGGAGTGAATACATCA
ACAGACGCTAAGACGGATACTAAAGCAGAAAATGCAGGCGATGGCACTGCTACTAAAGTA
GATAAAGAGGATCAAATTTCTGCAACTGAAGCAATTGAAAAAGCCAGCGTTGAGCAGTCT
AAAAATGAAAATGCAGCTGAGACTTCAAATAAAGAAGCTACAGTAGATGCAGACGCGCAA
CATGATGCTGAACAACAAGTAGCAGAAGCCCATGCAGAAGCTTCTAAACAAGCTACTTCG
AAC GAT T CAT T GGAAGC GAAAG C AGAAAAT GAC AG C ACAGC T T C ACAG T C AGAAAT G T CA
GAAC C AAAAC C T CAAGAAGAGAAAAAAG GTTTCTTCG CAC G T T T AT T CAAC C T G T AA i kodowanej sekwencji białka służącej do poszukiwania homologów tego genu w innych gatunkach:
PL 226 609 B1
Sekw. Id. Nr 2:
MLTKEFAQRVELSEKQVRKIVQHLEERGYQLSKTEYRGREATDFKEEDIELFKDIADKVK
QTNSYDLAFDELEKEKDFLQVIVKNDDKNLPTNQNVAQLVEDLRLEIQKMREERHLLGQM
MNQVHQQQQELKELQNQLTSKIDSNSESLKAIQTSQEAIQEAQASQAKVLAESTNKVEKN
AVTEDKADSKDSKVAGVNTSTDAKTDTKAENAGDGTATKVDKEDQISATEAIEKASVEQS
KNENAAET3NKEATVEADAQHDAEQQVAEAHAEASKQATSND3LEAKAENDSTA3QSEMS
EPKPQEEKKGFFARLFNL
Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR, ang .polymerase chain reaction)
Reakcję przeprowadzano w objętości 10 μΐ (w celach analitycznych) lub pięciu powtórzeniach po 20 μl (w celach preparatywnych do trawienia enzymami restrykcyjnymi). Każde 10 μΐ reakcji przygotowywano z 6,50 μΐ ddH2O, 1,0 μl 10x stężonego buforu do polimerazy RUN z jonami magnezu (A&A Biotechnology), 1,0 μl 2 mM dNTP (A&A Biotechnology), 0,5 μl 10 μM mieszaniny starterów (vide Startery wykorzystane do reakcji PCR) i 0,5 μl polimerazy DNA Run (A&A Biotechnology) i 0,5 μl roztworu wyizolowanego genomowego DNA (50-100 ng DNA). Reakcję PCR przeprowadzano zgodnie z następującym programem:
1. 94°C, 2 min.
2. 94°C, 30 s.
3. 50°C , 30 s.
4. 74°C, 1 min 30 s.
5. 30 powtórzeń od kroku nr 2.
6. 74°C, 10 min.
7. 4°C, pauza.
Oczyszczanie produktu reakcji PCR
Produkt reakcji PCR przeznaczony do trawienia enzymami restrykcyjnymi oczyszczano wykorzystując zestaw Clean Up (A&A Biotechnology) zgodnie z protokołem załączonym przez producenta. W ostatnim kroku DNA eluowano 50 μl ddH2O oraz oznaczano jego stężenie.
Trawienie enzymami restrykcyjnymi
500 ng produktu PCR trawiono niezależnie czterema enzymami restrykcyjnymi FastDigest® TaiI, FastDigest® Tsp509I, FastDigest® AluI, FastDigest® MseI (Thermo Scientific) zgodnie z zaleceniami producenta. Trawione fragmenty DNA poddawano rozdziałowi elektroforetycznemu w żelu agarozowym wraz ze standardem długości fragmentów DNA GeneRuler® 50 bp DNA Ladder (Thermo Scientific) zawierającym fragmenty DNA o długościach od 50 do 1000 par zasad.
Elektroforeza w żelu agarozowym
Rozdział elektroforetyczny prowadzono w 3% roztwór oczyszczonej agarozy (Bioshop, Burlington, Kanada) w buforze TAE (40 mM Tris; 20 mM kwas octowy; 1 mM EDTA; pH 8,0) z dodatkiem bromku etydyny (Sigma Aldrich) w stężeniu 0,5 μg/ml przy napięciu 5 V/cm przez 1 h. Efekt rozdziału obrazowano podświetlając żel z fragmentami DNA światłem UV i robiąc zdjęcie aparatem fotograficznym.
Wyniki
Spośród metod typowania przynależności gatunkowej w obrębie rodzaju Staphylococcus szeroko stosowaną jest metoda analizy polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) genu gap (kodującego dehydrogenazę aldehydu 3-fosfoglicerynowego, ang. glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) z wykorzystaniem enzymu AluI (Yugueros et al. 2000; Yugueros et al. 2001). Nowością w porównaniu z tą metodą jest wykorzystanie unikalnego wzoru zmienności genu hyptf, zmienności znacząco większej niż genu gap i innych genów stosowanych w metodach typowania bakterii z rodzaju Staphylococcus. Umożliwia to otrzymanie obrazów restrykcyjnych dla czterech różnych enzymów (a nie jednego), które charakteryzują się wysoką jednoznacznością i powtarzalnością oraz możliwością łatwej interpretacji nawet w przypadku pojawienia się polimorfizmów wewnątrzgatunkowych. Otrzymane produkty PCR dla genu hyptf i jego homologów posiadały długość w granicach 600-1000 par zasad. Trawienie tych produktów niezależnie czterema różnymi enzymami restrykcyjnymi oraz rozdział elektroforetyczny otrzymanych fragmentów DNA w żelu agarozowym pozwolił otrzymać wysoce różnicujące obrazy (Fig. 1). Dzięki nim możliwe było różnicowanie nawet bardzo blisko
PL 226 609 B1 spokrewnionych gatunków takich jak S. delphinii, S. intermedius i S. pseudintermedius, które nie jest możliwe dla innych metod opartych o RLFP, w tym metody gap.
Bibliografia
Bentley, R. W., Harland, N. M., Leigh, J. A. and Collins, M. D. 1993. A Staphylococcus aureus-specific oligonucleotide probe derived from 16S rRNA gene sequences. Lett Appl Microbiol 16, 203-6.
Blaiotta, G., Casaburi, A. and Villani, F. 2005. Identification and differentiation of Staphylococcus carnosus and Staphylococcus simulans by species-specific PCR assays of sodA genes. Syst Appl Microbiol 28, 519-26.
Blaiotta, G., Ercolini, D., Mauriello, G., Salzano, G. and Villani, F. 2004. Rapid and reliable identification of Staphylococcus equorum by a species-specific PCR assay targeting the sodA gene. Syst Appl Microbiol 27, 696-702.
Ghebremedhin, B., Layer, F., Konig, W. and Konig, B. 2008. Genetic classification and distinguishing of Staphylococcus species based on different partial gap, 16S rRNA, hsp60, rpoB, sodA, and tuf gene sequences. J Clin Microbiol 46, 1019-25.
Goh, S. H, Potter, S., Wood, J. O., Hemmingsen, S. M., Reynolds, R. P. and Chow, A. W. 1996. HSP60 gene sequences as universal targets for microbial species identification: studies with coagulase-negative staphylococci. J Clin Microbiol 34, 818-23.
Goh, S. H, Santucci, Z., Kloos, W. E., Faltyn, M., George, C. G., Driedger, D. and Hemmingsen, S. M. 1997. Identification of Staphylococcus species and subspecies by the chaperonin 60 gene identification method and reverse checkerboard hybridization. J Clin Microbiol 35, 3116-21.
Kempf, V. A., Trebesius, K. and Autenrieth, I. B. 2000. Fluorescent In situ hybridization allows rapid identification of microorganisms in blood cultures. J Clin Microbiol 38, 830-8.
Krimmer, V., Merkert, H., von Eiff, C., Frosch, M., Eulert, J., Lohr, J. F., Hacker, J. and Ziebuhr, W.
1999. Detection of Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis in clinical samples by 16S rRNA-directed in situ hybridization. J Clin Microbiol 37, 2667-73.
Sivadon, V., Rottman, M., Chaverot, S., Quincampoix, J. C., Avettand, V., de Mazancourt, P., Bernard, L., Trieu-Cuot, P., Feron, J. M., Lortat-Jacob, A., Piriou, P., Judet, T. and Gaillard, J. L. 2005. Use of genotypic identification by sodA sequencing in a prospective study to examine the distribution of coagulase-negative Staphylococcus species among strains recovered during septic orthopedic surgery and evaluate their significance. J Clin Microbiol 43, 2952-4.
Takahashi, T., Satoh, I. and Kikuchi, N. 1999. Phylogenetic relationships of 38 taxa of the genus Staphylococcus based on 16S rRNA gene sequence analysis. Int J Syst Bacteriol 49 Pt 2, 725-8.
Voytenko, A. V., Kanbar, T., Alber, J., Lammler, C., Weiss, R., Prenger-Berninghoff, E., Zschock, M., Akineden, O., Hassan, A. A. and Dmitrenko, O. A. 2006. Identification of Staphylococcus hyicus by polymerase chain reaction mediated amplification of species specific sequences of superoxide dismutase A encoding gene sodA. Vet Microbiol 116, 211-6.
Yugueros, J., Temprano, A., Berzal, B., Sanchez, M., Hemanz, C., Luengo, J. M. and Naharro, G.
2000. Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-encoding gene as a useful taxonomic tool for Staphylococcus spp. J Clin Microbiol 38, 4351-5.
Yugueros, J., Temprano, A., Sanchez, M., Luengo, J. M. and Naharro, G. 2001. Identification of Staphylococcus spp. by PCR-restriction fragment length polymorphism of gap gene. J Clin Microbiol 39, 3693-5.
Zakrzewska-Czerwinska, J., Gaszewska-Mastalarz, A., Pulverer, G. and Mordarski, M. 1992. Identification of Staphylococcus epidermidis using a 16S rRNA-directed oligonucleotide probe. FEMS Microbiol Lett 79, 51-8.
Claims (10)
1. Zastosowanie polinukleotydu posiadającego sekwencję genu hyptfdo określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus, przy czym gen hyptf koduje białko posiadające sekwencję aminokwasową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 2.
2. Zastosowanie według zastrz. 1, znamienne tym, że określanie stopnia pokrewieństwa obejmuje analizę polimorfizmu restrykcyjnego.
3. Zastosowanie według zastrz, 1, znamienne tym, że gen hyptf posiada sekwencję nukleotydową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 1.
PL 226 609 B1
4. Sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus, znamienny tym, że izoluje się sekwencję genu hyptf z genomu typowanego szczepu bakteryjnego, porównuje się wyizolowaną sekwencję z odpowiadającą jej sekwencją genu hyptf ze znanego szczepu bakterii rodzaju Staphylococcus i określa stopień podobieństwa tych sekwencji, przy czym ustalony stopień podobieństwa sekwencji genu hyptf jest miarą pokrewieństwa pomiędzy typowanym szczepem bakteryjnym ze znanym szczepem bakterii z rodzaju Staphylococcus.
5. Sposób według zastrz. 4, znamienny tym, że gen hyptf koduje białko posiadające sekwencję aminokwasową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 2.
6. Sposób według zastrz. 4, znamienny tym, że określanie stopnia pokrewieństwa obejmuje analizę polimorfizmu restrykcyjnego.
7. Sposób według zastrz. 4, znamienny tym, że gen hyptf posiada sekwencję nukleotydową przedstawioną jako Sekw. Id. Nr 1.
8. Sposób według zastrz. 4, znamienny tym, że sekwencję genu hyptf izoluje się techniką PCR wykorzystując jako startery oligonukleotydy wskazane w tabeli 1.
9. Sposób według zastrz. 4 lub 6, znamienny tym, że obejmuje trawienie wyizolowanej sekwencji genu hyptf lub jego fragmentu enzymem restrykcyjnym wybranym z grupy obejmującej następujące enzymy restrykcyjne: TaiI. Tsp509I, AluI oraz MseI.
10. Zestaw starterów do określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus techniką RFLP, znamienny tym, że składa się z konsensusowych starterów wskazanych w tabeli 1 specyficznych dla genu hyptf bakterii z rodzaju Staphylococcus.
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL404497A PL226609B1 (pl) | 2013-06-28 | 2013-06-28 | Zastosowanie polinukleotydu, zestaw starterów oraz sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus |
| PCT/PL2014/050038 WO2014209145A1 (en) | 2013-06-28 | 2014-06-25 | The method for determination of phylogenetic relations among staphylococcus species strains |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL404497A PL226609B1 (pl) | 2013-06-28 | 2013-06-28 | Zastosowanie polinukleotydu, zestaw starterów oraz sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL404497A1 PL404497A1 (pl) | 2015-01-05 |
| PL226609B1 true PL226609B1 (pl) | 2017-08-31 |
Family
ID=51293119
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL404497A PL226609B1 (pl) | 2013-06-28 | 2013-06-28 | Zastosowanie polinukleotydu, zestaw starterów oraz sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL226609B1 (pl) |
| WO (1) | WO2014209145A1 (pl) |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AT503862B1 (de) * | 2006-07-05 | 2010-11-15 | Arc Austrian Res Centers Gmbh | Pathogen-identifizierung anhand eines 16s oder 18s-rrna mikroarray |
-
2013
- 2013-06-28 PL PL404497A patent/PL226609B1/pl unknown
-
2014
- 2014-06-25 WO PCT/PL2014/050038 patent/WO2014209145A1/en not_active Ceased
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2014209145A1 (en) | 2014-12-31 |
| PL404497A1 (pl) | 2015-01-05 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Seki et al. | Loop-mediated isothermal amplification method targeting the lytA gene for detection of Streptococcus pneumoniae | |
| Tavanti et al. | Optimization and validation of multilocus sequence typing for Candida albicans | |
| Grape et al. | Standard and real-time multiplex PCR methods for detection of trimethoprim resistance dfr genes in large collections of bacteria | |
| CA2997303C (en) | Sequences for the detection and identification of methicillin-resistant staphylococcus aureus mrej type vi strains | |
| Sánchez | Identification and typing methods for the study of bacterial infections: a brief review and mycobacterial as case of study | |
| JP2010524454A (ja) | 抗生物質耐性細菌の検出および分析のための方法、組成物、およびキット | |
| Lin et al. | Review on molecular typing methods of pathogens | |
| Hung et al. | Using groEL as the target for identification of Enterococcus faecium clades and 7 clinically relevant Enterococcus species | |
| JP2014204717A (ja) | 黄色ブドウ球菌の検出およびメチシリン耐性黄色ブドウ球菌の特定 | |
| EP0885310B1 (en) | Genetic markers and methods for the detection of escherichia coli serotype-0157:h7 | |
| KR101373756B1 (ko) | 황색포도상구균의 분자적 동정을 위한 프라이머 및 이를 이용한 황색포도상구균 동정 방법 | |
| US7883870B2 (en) | Molecular identification of Staphylococcus-genus bacteria | |
| Pomati et al. | PCR‐based positive hybridization to detect genomic diversity associated with bacterial secondary metabolism | |
| US8043812B2 (en) | Method of detecting Streptococcus pneumoniae, primer set for the detection and kit for the detection | |
| JP2006505262A (ja) | 連鎖球菌属および関連する属の細菌の分子レベルの同定 | |
| Kim et al. | Determination of the most closely related bacillus isolates to Bacillus anthracis by multilocus sequence typing | |
| PL226609B1 (pl) | Zastosowanie polinukleotydu, zestaw starterów oraz sposób określania stopnia pokrewieństwa szczepów z rodzaju Staphylococcus | |
| JP4238319B2 (ja) | マイコプラズマの検出方法 | |
| WO2001088186A2 (en) | Methods for detecting and identifying a gram positive bacteria in a sample | |
| Sachse et al. | Molecular typing tools: from pattern recognition to genome-based algorithms | |
| US20090253129A1 (en) | Identification of usa300 community-associated methicillin-resistant staphylococcus aureus | |
| Massonet et al. | Direct identification of bacteria in clinical respiratory samples using fluorescent amplicon length analysis of 16S–23S rRNA spacer-region | |
| Chandan et al. | Rapid and sensitive method for detecting Leptospira by PCR-SSCP analysis | |
| Garland et al. | Polymorphic repetitive loci of the amphibian pathogen Batrachochytrium dendrobatidis | |
| Leeuwen | Molecular diagnostics in clinical microbiology |