PL443999A1 - Sposób realizowany komputerowo i platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika z wykorzystaniem informacji o zmianie epigenetycznej - Google Patents

Sposób realizowany komputerowo i platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika z wykorzystaniem informacji o zmianie epigenetycznej

Info

Publication number
PL443999A1
PL443999A1 PL443999A PL44399923A PL443999A1 PL 443999 A1 PL443999 A1 PL 443999A1 PL 443999 A PL443999 A PL 443999A PL 44399923 A PL44399923 A PL 44399923A PL 443999 A1 PL443999 A1 PL 443999A1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
methylation
sample
test sample
methylation status
dmps
Prior art date
Application number
PL443999A
Other languages
English (en)
Inventor
Tomasz WOJDACZ
Jan Bińkowski
Olga Taryma-Leśniak
Original Assignee
Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie filed Critical Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie
Priority to PL443999A priority Critical patent/PL443999A1/pl
Priority to PCT/IB2024/052219 priority patent/WO2024184854A1/en
Priority to EP24712954.7A priority patent/EP4677603A1/en
Publication of PL443999A1 publication Critical patent/PL443999A1/pl

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

Przedmiotem zgłoszenia jest realizowany komputerowo sposób charakteryzowania badanej próbki od osobnika, obejmujący: a) otrzymywanie od osobnika danych o poziomie metylacji dostarczanych przez pomiar poziomu metylacji kolejnej sekwencji kwasu nukleinowego zawartej we wspomnianej badanej próbce; b) dostarczanie dla wspomnianej badanej próbki dyskryminacyjnego profilu metylacji opartego na parach CpG, na podstawie danych o poziomie metylacji, przy czym dyskryminacyjny profil metylacji oparty na parach CpG zawiera pary o różnicującym statusie metylacji (DMP) wybrane na podstawie specyficzności statusu metylacji we wspomnianych DMP w co najmniej jednym typie próbki spośród co najmniej jednego z innych typów próbek, przy czym wspomniany profil zawiera koordynaty genomowe wspomnianych kolejnych DMP i pojedynczą wartość wskazującą na status metylacji dla wspomnianych DMP we wspomnianej badanej próbce; c) wprowadzanie wspomnianego profilu metylacji CpG opartego na parach CpG do narzędzia do charakteryzowania próbki, w celu określenia typu próbki, przy czym wspomniane narzędzie podaje wynik charakteryzacji próbki i wykorzystuje do charakteryzacji jedną lub więcej ustalonych wcześniej sygnatur metylacji, przy czym każda spośród jednej lub więcej ustalonych wcześniej sygnatur metylacji koreluje z typem próbki i przy czym każda ustalona wcześniej sygnatura metylacji zawiera zbiór par o różnicującym statusie metylacji (DMP) wybranych na podstawie specyficzności statusu metylacji we wspomnianych DMP w co najmniej jednym typie próbki spośród co najmniej jednego z innych typów próbek. Kolejnym przedmiotem zgłoszenia jest platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika.
PL443999A 2023-03-07 2023-03-07 Sposób realizowany komputerowo i platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika z wykorzystaniem informacji o zmianie epigenetycznej PL443999A1 (pl)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL443999A PL443999A1 (pl) 2023-03-07 2023-03-07 Sposób realizowany komputerowo i platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika z wykorzystaniem informacji o zmianie epigenetycznej
PCT/IB2024/052219 WO2024184854A1 (en) 2023-03-07 2024-03-07 Methods, systems and assosiated computer program products for discriminating type of biological sample of an organism using epigenetic modification information
EP24712954.7A EP4677603A1 (en) 2023-03-07 2024-03-07 Methods, systems and assosiated computer program products for discriminating type of biological sample of an organism using epigenetic modification information

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL443999A PL443999A1 (pl) 2023-03-07 2023-03-07 Sposób realizowany komputerowo i platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika z wykorzystaniem informacji o zmianie epigenetycznej

Publications (1)

Publication Number Publication Date
PL443999A1 true PL443999A1 (pl) 2024-09-09

Family

ID=92676879

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL443999A PL443999A1 (pl) 2023-03-07 2023-03-07 Sposób realizowany komputerowo i platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika z wykorzystaniem informacji o zmianie epigenetycznej

Country Status (1)

Country Link
PL (1) PL443999A1 (pl)

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2015077717A1 (en) * 2013-11-25 2015-05-28 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for diagnosing, evaluating and treating cancer by means of the dna methylation status
WO2016115530A1 (en) * 2015-01-18 2016-07-21 The Regents Of The University Of California Method and system for determining cancer status
WO2017106481A1 (en) * 2015-12-17 2017-06-22 Illumina, Inc. Distinguishing methylation levels in complex biological samples
CN114400050A (zh) * 2022-03-14 2022-04-26 中南大学 Dmr集合识别结果评估方法、评估系统及选择方法
WO2022226231A1 (en) * 2021-04-21 2022-10-27 Helio Health Inc. Liver cancer methylation and protein markers and their uses

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2015077717A1 (en) * 2013-11-25 2015-05-28 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for diagnosing, evaluating and treating cancer by means of the dna methylation status
WO2016115530A1 (en) * 2015-01-18 2016-07-21 The Regents Of The University Of California Method and system for determining cancer status
WO2017106481A1 (en) * 2015-12-17 2017-06-22 Illumina, Inc. Distinguishing methylation levels in complex biological samples
WO2022226231A1 (en) * 2021-04-21 2022-10-27 Helio Health Inc. Liver cancer methylation and protein markers and their uses
CN114400050A (zh) * 2022-03-14 2022-04-26 中南大学 Dmr集合识别结果评估方法、评估系统及选择方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Blackwood et al. Interpreting ecological diversity indices applied to terminal restriction fragment length polymorphism data: insights from simulated microbial communities
Schlueter et al. Analysis of multilocus fingerprinting data sets containing missing data
Tsilimigras et al. Compositional data analysis of the microbiome: fundamentals, tools, and challenges
Bailey et al. Characterization of angiosperm nrDNA polymorphism, paralogy, and pseudogenes
Vekemans et al. Data from amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers show indication of size homoplasy and of a relationship between degree of homoplasy and fragment size
Ward et al. HYBRIDCHECK: software for the rapid detection, visualization and dating of recombinant regions in genome sequence data
Schwender et al. Development of two age estimation models for buccal swab samples based on 3 CpG sites analyzed with pyrosequencing and minisequencing
US20220246242A1 (en) Methods of assessing risk of developing a severe response to coronavirus infection
Saund et al. Hogwash: three methods for genome-wide association studies in bacteria
CN107345248A (zh) 基于大数据的基因与位点风险评估方法及其系统
Kaszubinski et al. Evaluating bioinformatic pipeline performance for forensic microbiome analysis
MX2011004589A (es) Metodos para ensamblar paneles de lineas de celulas de cancer para uso para probar la eficiencia de una o mas composiciones farmaceuticas.
CN107169321B (zh) 基于属性计数和结构度量技术相结合的程序剽窃检测方法及系统
Baker et al. Silico: a simulator of long read sequencing in PacBio and Oxford Nanopore
CN107533587B (zh) 用于估计样本中的分类单位内的微生物的量的方法和装置
Reddy Basics for the construction of phylogenetic trees
Sham et al. Statistical power and the classical twin design
Janes et al. Thermus thermophilus DNA can be used as internal control for process monitoring of clinical metagenomic next-generation sequencing of urine samples
Luciani et al. Interpreting genotype cluster sizes of Mycobacterium tuberculosis isolates typed with IS6110 and spoligotyping
Wang et al. Investigating key genes associated with ovarian cancer by integrating affinity propagation clustering and mutual information network analysis.
De et al. Conservation implications of high gene flow and lack of pronounced spatial genetic structure in elephants supported by contiguous suitable habitat in north‐western India
STRES The first decade of terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) in microbial ecology
Morgan et al. Inference of molecular homology and sequence alignment by direct optimization
PL443998A1 (pl) Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych
Eryılmaz Mean success run length