RS55641B1 - Dijagnostičko sredstvo interferon tipa 1 - Google Patents

Dijagnostičko sredstvo interferon tipa 1

Info

Publication number
RS55641B1
RS55641B1 RS20170089A RSP20170089A RS55641B1 RS 55641 B1 RS55641 B1 RS 55641B1 RS 20170089 A RS20170089 A RS 20170089A RS P20170089 A RSP20170089 A RS P20170089A RS 55641 B1 RS55641 B1 RS 55641B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
ifnα
ifn
rsad2
ifi27
ifi44l
Prior art date
Application number
RS20170089A
Other languages
English (en)
Inventor
Brandon Higgs
Wei Zhu
Chris Morehouse
Barbara White
Bahija Jallal
Yihong Yao
Original Assignee
Medimmune Llc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Medimmune Llc filed Critical Medimmune Llc
Publication of RS55641B1 publication Critical patent/RS55641B1/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/24—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against cytokines, lymphokines or interferons
    • C07K16/249—Interferons
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39583—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials not provided for elsewhere, e.g. haptens, coenzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/02—Drugs for dermatological disorders for treating wounds, ulcers, burns, scars, keloids, or the like
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Transplantation (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Description

LISTINGSEKVENCE
[0001]Ova prijava sadrži listing sekvence koji je podnet u ASCII formatu preko EFS-veba. ASCII kopija, napravljena 1. septembra, 2010. Ima naziv MED217T4.txt i ima veličinu od 28,665 bajtova.
OBLAST PRONALASKA
[0002JOvaj pronalazak se odnosi na farmakodinamičke (PD) markere koji se mogu indukovati interferonima tipa 1, kao što je interferon (IFN) alfa, uzorke i komplete koji detektuju PD markere i postupke u kojima se oni koriste. Ovaj pronalazak se osim toga odnosi na PD markere indukovane autoimunom bolešću. Ovaj pronalazak se osim toga odnosi na gene čija ekspresija se može koristiti kao dijagnostičko sredstvo za pacijente koji boluju od autoimunih bolesti, kao što su SLE, DM, PM, SSc, RA, Sjogrenov sindrom i lupus nefritis. Pronalazak se osim toga odnosi na gene čija ekspresija se može koristiti za identifikaciju pacijenata koji boluju od autoimune bolesti i koji će reagovati na terapijsko sredstvo koje moduliše aktivnost interferona tipa 1, kao što je anti-interferon alfa antitelo.
POZADINA PRONALASKA
[00031Ovaj pronalazak obuhvata PD markere indukovane preko IFNa. PD markeri se mogu koristiti u postupcima lečenja pacijenata terapijskim sredstvom koje je terapijsko sredstvo koje moduliše aktivnost interferona tipa 1, kao što je sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa, postupci za identifikaciju pacijenata kao kandidata za terapijsko sredstvo koje moduliše aktivnost interferona tipa 1, postupci dijagnostikovanja pacijenata sa poremećajem u vezi sa povišenim nivoima interferona tipa 1 iili IFNa, postupci nadziranja progresije bolesti kod pacijenata lečenih terapijskim sredstvom koje moduliše aktivnost interferona tipa 1, kao što je terapijsko sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa, i postupci identifikacije kandidata za terapijsko sredstvo za lečenje poremećaja izazvanih preko IFNa. Ovaj pronalazak takođe obuhvata PD markere koji inače imaju veze sa autoimunim bolestima kao što je SLE, DM, PM, SSc, RA, Sjogrenov sindrom i lupus nefritis.
[0004]U WO2008070137 je opisana upotreba kombinacije 25 gena uključujući IF127, IF144, IF144L i RSAD2 za identifikaciju subjekata pogodnih za lečenje lupusa pomoću anti-interferon alfa antitela ili anti-interferon alfa receptorskog antitelakoje moduliše aktivnost interferona tipa 1.
KRATAKOPISPRONALASKA
[00051Ovaj pronalazak je definisan priloženim patentnim zahtevima. Jedno izvođenje pronalaska obuhvata postupak identifikacije pacijenta kao kandidata za terapijsko sredstvo koje moduliše aktivnost interferona tipa 1, kao što je terapijsko sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa i sredstvo koje se vezuje za receptor interferona tipa I ili IFNa. Prisustvo ili odsustvo profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa se detektuje u uzorku uzetog od pacijenta. Profil ekspresije PD markera obuhvata pojačanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0006]Još jedno izvođenje ovog pronalaska obuhvata postupak lečenja pacijenata koji imaju bolest ili poremećaj izazvan preko IIFN ili IFNa. Sredstvo koje moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa se daje pacijentu. U jednom izvođenju, koji imaju bolest ili poremećaj izazvan preko I IFN ili IFNa. U jednom drugom izvođenju, sredstvo se vezuje za receptor interferona tipa 1 ili IFNa. Sredstvo neutralizuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta. Profil ekspresije PD markera obuhvata pojačanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0007]Još jedno drugo izvođenje ovog pronalaska obuhvata postupak lečenja pacijenata sa autoimunom bolešću koje obuhvata umeren ili jak profil sa PD markerom IFN tipa I ili IFNa. Sredstvo koje moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa se daje pacijentu. U jednom izvođenju, koji imaju bolest ili poremećaj izazvan preko IFN tipa I ili IFNa. U jednom drugom izvođenju, sredstvo se vezuje za receptor interferona tipa 1 ili IFNa. Sredstvo neutralizuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta. Profil ekspresije PD markera obuhvata pojačanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[00081 Još jedno izvođenje pronalaska obuhvata postupak of neutralizing a profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko TFNa ili TFN tipa I in a patient in need thereof. Sredstvo koje moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa se daje pacijentu. U jednom izvođenju, koji imaju bolest ili poremećaj izazvan preko I IFN ili IFNa. U jednom drugom izvođenju, sredstvo se vezuje za receptor interferona tipa 1 ili IFNa. Sredstvo neutralizuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta. Profil ekspresije PD markera obuhvata pojačanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0009] Još jedno izvođenje ovog pronalaska obuhvata postupak dijagnostikovanja pacijenta sa poremećajem koji ima veze sa povišenim nivoom IFNa. Prisustvo ili odsustvo profila
ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa se detektuje u uzorku uzetog od pacijenta. Profil ekspresije PD markera obuhvata pojačanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0010] Još jedno izvođenje pronalaska obuhvata postupak nadziranja toka bolesti kod pacijenata koji se leče terapijskim sredstvom koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa. Prvi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa se dobij a iz prvog uzorka pacijenta. Sredstvo koje moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa se daje pacijentu. U jednom izvođenju, sredstvo se vezuje za i neutralizuje aktivnost IFN ili IFNa. U jednom drugom izvođenju, sredstvo se vezuje za receptor interferona tipa 1 ili IFNa. Drugi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa se dovija iz drugog uzorka uzetog od pacijenta. Porede se prvi i drugi profil ekspresije sa PD markerom koji se mogu indukovati preko IFNa. Profil ekspresije PD markera obuhvata pojačanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[00111Još jedno izvođenje ovog pronalaska obuhvata postupak identifikacije kandidata za terapijsko sredstvo za lečenje poremećaja izazvanih preko TFNa. Ćelije koje obuhvataju profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa se dovode u dodir sa sredstvom. Detektuje se prisustvo ili odsustvo promene u IFNa-indukovanom profilu ekspresije sa PD markerom ćelija. Profil ekspresije PD markera obuhvata pojačanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0012]Još jedno izvođenje pronalaska obuhvata skup oligonukleotida. Skup oligonukleotida može da obuhvata oligonukleotide koji posebno detektuju akspresiju skupa gena. U određenom izvođenju, skup gena može biti: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0013]Još jedno dodatno izvođenje pronalaska obuhvata oligonukleotide koji posebno detektuju 18S, ACTB, i GAPDH.
[0014]Još jedno izvođenje ovog pronalaska je komplet koji obuhvata oligonukleotide koji posebno služe za detektovanje najmanje četiri supstanci iz skupa IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2, i 18S, ACTB, i GAPDH, kao i reagenasa pogodnih za detekciju.
[0015]Još jedno izvođenje ovog pronalaska obuhvata postupak detekcije aktivnosti IFN u uzorku. Ćelije koje obuhvataju sekvencu polinukleotida koja se sastoji od reporterskog gena pod kontrolom IFN-stimulisanog reaktivnog elementa se inkubiraju pomoću uzorka. Detetktovana je ekspresija reporterskog gena.
[0016]Još jedno dodatno izvođenje pronalaska obuhvata postupak nadziranja progresije ili regresije autoimunog poremećaja pacijenta. Prvi profil ekspresije sa PD markerom se dobija iz prvog uzorka pacijenta. Drugi profil ekspresije sa PD markerom se dobija iz drugog uzorka pacijenta. Porede se prvi i drugi profil ekspresije sa PD markerom. Variranje prvog i drugog profila ekspresije sa PD markerom ukazuje na progresiju ili regresiju bolesti.
KRATAK OPISSLIKA
[0017]Slika 1. Karakteristika primaoca-operatera (ROC) za četvorogenski (IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2) potpis koji se koristi za dijagnostikovanje. Na ovoj slici je prikazan odnos između osetljivosti (istinski pozitivna stopa) i 1-specifičnosti (lažno pozitivna stopa) za lečene SLE-pacijente koristeći primarnu kliničku završnu tačku za 182. i 196. dan.
Slike 2A i B. Jasno razgraničenje između pacijenata sa SLE pozitivnih i negativnih na dijagnostičke testove koristeći test zasnovan na četvorogenskom (IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2) potpisu. (A) Prokazana je srednja log2-promena - koristeći qRT-PCR TaqMan low densitv array (površina male gustine) (TLDA) platformu za pacijente koji su bili negativni i one koji su bili pozitivni na testu. (B) Slika gustine prosečne log2-promene vrednosti potpisa gena za SLE-pacijente tretirane lekovima. Slike 3 A i B. Površina sa prilagođenim vremenom ispod krive minus osnovni SLEDAI rezultati kod četvorogenskog (IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2) potpisa za (A) pozitivne ili (B) negativne SLE-pacijente u placebo ili 0.3/1/3/10 mg/kg kohortama MEDI-545. Svi podaci su iz multicentarske, randomizovane, dvostruko slepe, placebo-kontrolisane studije sa eskalacijom doze iz faze lb da bi se vrednovale višestruke intravenske doze MEDI-545 kod pacijenata sa umerenim do veoma aktivnim SLE. Svi SLE subjekti imaju SLEDAI rezultat > 6 kod pre-skrininga.
Slike 4A i B. SELDAI reakcije, smanjenje (poboljšanje) > 4 tačke. A. Dijagnostički pozitivno. B. Dijagnostički negativno. Svi podaci su iz multicentarske, randomizovane, dvostruko slepe, placebo-kontrolisane studije sa eskalacijom doze iz faze lb da bi se vrednovale višestruke intravenske doze MEDI-545 kod pacijenata sa umerenim do veoma aktivnim SLE. Svi SLE subjekti imaju SLEDAI rezultat > 6 kod pre-skrininga. Slike 5A i B. SELDAI reakcije, smanjenje (poboljšanje) > 4 tačke, kod Dx+ subjekata sa smanjenjem > 50% u odnosu na smanjenje < 50% kod Dx post osnovne linije. Svi podaci su iz multicentarske, randomizovane, dvostruko slepe, placebo-kontrolisane studije sa eskalacijom doze iz faze lb da bi se vrednovale višestruke intravenske doze MEDI-545 kod pacijenata sa umerenim do veoma aktivnim SLE. Svi SLE subjekti imaju SLEDAI rezultat > 6 kod pre-skrininga. Slike 6A i B. Kompozitni odzivi. A) Kompozitni odziv za pacijente pozitivne za četvorogenski potpis. B) Kompozitni odziv za pacijente negativne za četvorogenski potpis. Svi podaci su iz multicentarske, randomizovane, dvostruko slepe, placebo-kontrolisane studije sa eskalacijom doze iz faze lb da bi se vrednovale višestruke intravenske doze MEDI-545 kod pacijenata sa umerenim do veoma aktivnim SLE. Svi SLE subjekti imaju SLEDAI rezultat > 6 kod pre-skrininga. Slike 7A i B. SLEDAI površina ispod krive minus osnovna linija. A) subjekti pozitivni na četvorogenski potpis. B) subjekti negativni na četvorogenski potpis. Svi podaci su iz multicentarske, randomizovane, dvostruko slepe, placebo-kontrolisane studije sa eskalacijom doze iz faze lb da bi se vrednovale višestruke intravenske doze MEDI-545 kod pacijenata sa umerenim do veoma aktivnim SLE. Svi SLE subjekti imaju SLEDAI rezultat > 6 kod pre-skrininga. Slike 8A i B. SLEDAI promena u odnosu na osnovnu liniju. A) subjekti pozitivni na četvorogenski potpis. B) subjekti negativni na četvorogenski potpis. Svi podaci su iz multicentarske, randomizovane, dvostruko slepe, placebo-kontrolisane studije sa eskalacijom doze iz faze lb da bi se vrednovale višestruke intravenske doze MEDI-545 kod pacijenata sa umerenim do veoma aktivnim SLE. Svi SLE subjekti imaju SLEDAI rezultat > 6 kod pre-skrininga. Slike 9 A-C. Subjekti sa inhibicijom > 50% potpisa IFN tipa I imaju više SLEDAI odzive (smanjenje > 4 tačke). A) 1 mg/kg IV q2wks B) 3 mg/kg IV q2wks C) 10 mg/kg IV q2wks Slike 10 A-C. Subjekti sa inhibicijom < 50% potpisa IFN tipa I imaju niže SLEDAI odzive (smanjenje > 4 tačke). A) 1 mg/kg IV q2wks B) 3 mg/kg IV q2wks C) 10 mg/kg IV q2wks.
Slike 11A i B. Petogenski potpis kod različitih bolesti. A) Gene signature in whole blood from normal, SLE, SM, PM, RA, i SSc. B) Gene signature in normal skin, SLE skin, SSc skin, normal muscle, DM muscle, PM muscle, normal svnovium tissue. Slike 12A i B. Četvorogenski potpis kod različitih bolesti. A) Genski potpis kod krvi uzetih od normalnih pacijenata i pacijenata sa SLE, SM, PM, RA, i SSc. B) Genski potpis kod normalne kože, SLE kože, SSc kože, normalnih mišića, DM mišića, PM mišića, normalno hrskavičavo tkivo.
DETALJANOPIS
[0018]Pronalazak obuhvata postupke identifikacije, dijagnostikovanja, lečenja i nadziranja progresije bolesti kod pacijenata. Pacijenti uključuju sve životinje koje imaju bolest, poremećaj ili stanje koja se može indukovati preko I IFN tipa ili IFNa. Pacijenti obuhvataju sve životinje koje imaju autoimunu bolest iliporemećaj ili stanje. Autoimune bolesti/poremećaji/stanja uključuju sistemski lupus ervthematosus (SLE), diabetes mellitus zavisan od insulina, inflamatorna bolest creva (uključujući Kronovu bolest, ulcerativni kolitis i Celijakija), multiplu sklerozu, psorijazu, autoimuni tiroiditis, skleroderma, reumatoidni artritis, glomerulonefritis, idiopatski inflamatorni miozitis, Sjogrenov sindrom, vaskulitis, miozitis inkluzionog tela (IBM), dermatomiozitis (DM), polimiozitis (PM), sarkoidoza, skleroderma i lupus nefritis. Pacijent može imati bolest, poremećaj, ili stanje kao rezultat eksperimentalnog istraživanja, npr. To može biti eksperimentalni model razvijen za bolest, poremećaj ili stanje. Alternativno pacijent može da ima bolest, poremećaj ili stanje u odsustvu eksperimentalne manipulacije. Pacijenti uključuju ljude, miševe, pacove, konje, svinje, mačke, pse i sve životinje koje se koriste za istraživanja.
[0019]Pacijent može da obuhvata profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I. Profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I može biti jak profil, umeren profil, ili slab profil. Profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I može se označiti kao jak, umeren ili slab tako što se odredi disregulacija profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta,{ npr.,povećanje ekspresije pojačanih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa kod pacijenta), u odnosu na kontroln(i/e) uzor(a)k(e) ili kontroln(og/e) pacijent(a/e) i poredeći disregulaciju kod pacijenta sa disregulacijom kod pacijenata koji imaju profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I. Disregulacija se može izračunati metodima dobro poznatim stručnjacima, kao što je poređenje. Pogledati,npr.,Primer 8 međunarodne prijave br. PCT/US2007/024947. U jednom izvođenju, disregulacija se izračunava kao promena nivoa ekspresije mRNK. Jaki, umereni ili slabi profili mogu se analogno generisati za gene koji nisu specifično oni koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa.
[0020]Pojačanje ili slabljenje grupe gena koje čini profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I može se izračunati metodima dobro poznatim
stručnjacima. U jednom izvođenju, pojačanje ili slabljenje se izračunava kao srednja promena nivoa ekspresije mRNK grupe od najmanje četiri gena izabranih između IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2. U jednom drugom izvođenju, pojačanje ili slabljenje se izračunava kao razlika između srednje vrednosti Ct (granična vrednost ciklusa) za najmanje četiri ciljna gena (IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2) i srednje vrednosti Ct tri kontrolna gena.
I. Profilekspresije saPD markerom kojise možeindukovati preko IFN tipa I iliIFNa A.Dijagnostički geni
[0021]Grupa gena uključena u profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta are (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0022]U određenom izvođenju, grupa gena uključena u profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta obuhvata IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2. U još jednom specifičnom izvođenju, grupa gena uključena u profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta sastoji se od IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2. U još jednom dodatnom specifičnom izvođenju, grupa gena uključena u profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta obuhvata IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2. U još jednom specifičnom izvođenju, grupa gena uključena u profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta sastoji se od IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2.
[0023]PD markeri koji se mogu indukovati preko IFNa u profilu ekspresije mogu da obuhvataju (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
[0024]PD markeri koji se mogu indukovati preko IFNa u profilu ekspresije mogu da se sastoje od (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (b) IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (c) IFI27, IFI44L, IFI6 i RSAD2; ili (d) IFI27, IFI44, IFI6 i RSAD2; ili (e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili (f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
B. Serum Proteins
[0025]PD markeri koji se mogu indukovati preko IFNa u profilu ekspresije mogu da obuhvataju izmene u jednom ili više nivoa proteina seruma kod adiponektina, alfa-fetoproteina, apolipoproteina CIII, beta-2 mikroglobulina, antigena raka 125, antigena raka 19-9, eotaksina, FABP, faktora VII, feritina, IL-10, IL-12p70, IL-16, IL-18, IL-lra, IL-3, MCP-1, MMP-3, mioglobina, SGOT, faktora tkiva, TIMP-1, TNF RII, TNF-alfa, VCAM-1, vWF, BDNK, komplementa 3, Uganda CD40, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, mijeloperoksidaze, RANTES, ili trombopoietina.
[0026]PD markeri koji se mogu indukovati preko IFNa u profilu ekspresije mogu da obuhvataju izmene u jednom ili više nivoa proteina seruma kod adiponektina, alfa-fetoproteina, apolipoproteina CIII, beta-2 mikroglobulina, antigena raka 125, antigena raka 19-9, eotaksina, FABP, faktora VII, feritina, IL-10, IL-12p70, IL-16, IL-18, IL-lra, IL-3, MCP-1, MMP-3, mioglobina, SGOT, faktora tkiva, TIMP-1, TNF RII, TNF-alfa, VCAM-1, orvWF.
[0027]PD markeri koji se mogu indukovati preko IFNa u profilu ekspresije mogu da obuhvataju izmene u jednom ili više nivoa proteina seruma kod BDNK, komplementa 3, Uganda CD40, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, mijeloperoksidaze, RANTES, ili trombopoietina.
[0028]Profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa može da obuhvata pojačanu ekspresiju ili aktivnost gena u ćelijama koje su izložene povišenim nivoima IFNa u odnosu na osnovnu liniju. Pojačana ekspresija ili aktivnost gena uključuje povećanje ekspresija mRNK od strane gena, povećanje ekspresije proteina kodirano od strane gena, ili povećanje aktivnosti proteina kodirano od strane gena. Ekspresija ili aktivnost gena mogu se pojačati kao direktan ili indirektan odziv na IFNa.
C.Podtipovi interferona
[0029]Pacijent koji ima profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I može osim toga obuhvatati pojačanje ekspresije bilo kog broja podtipova IFNa ili IFN tipa I. Podtipovi IFNa ili IFN tipa I mogu da obuhvataju više od jednog, više od dva, više od tri, više od četiri, više od pet, više od šest, više od sedam,više od osam, više od devet ili više od deset podtipova TFNa ili TFN tipa T. Ovi podtipovi mogu da obuhvataju IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, IFNp, ili IFNco. Pacijent može da obuhvata pojačanje ekspresije IFN podtipova IFNal, IFNa2, IFNa8, i IFNaI4.
[0030]Alternativno, pacijent lečen prema postupcima obuhvaćenim pronalaskom može jednostavno biti opacijent identifikovan kao onaj koji ima profil ekspresije gena sa pojačenjem ekspresije bilo kog broja podtipova IFNa ili IFN tipa I. Podtipovi IFNa ili IFN tipa I mogu da obuhvataju više nego jedan, više nego dva, više nego tri, više nego četiri, više nego pet, više nego šest, više nego sedam, više nego osam, više nego devet ili više nego deset podtipova IFNa ili IFN tipa I. Ti podtipovi mogu da obuhvataju IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, IFNp, ili IFNco. Ti podtipovi mogu da obuhvataju IFNal, IFNa2, IFNa8 i IFNal4.
D. IFN-a receptori
[0031]Pacijent koji ima profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I osim toga može da ima pojačanje ekspresije IFNa receptora, bilo IFN ARI ili IFNAR2, ili oba, ili TNFa, ili IFNy, ili IFNy receptora (bilo IFNGR1, IFNGR2, ili oba IFNGR1 i IFNGR2). Pacijent može jednostavno da se identifikuje kao pacijent koji ima pojačanje ekspresije IFNa receptora, bilo IFNAR1 ili IFNAR2, ili oba, ili TNFa, ili IFNy, ili IFNy receptora (bilo IFNGR1, IFNGR2, ili oba IFNGR1 i IFNGR2).
II. Pojačanje
[0032]Pojačanje i slabljenje PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa u profilu ekspresije pacijenata može se u bilo kom stepenu odnositi na pojačanje i slabljenje kod uzorka kontrolnog pacijenta (koji može biti od uzorka koji nije bolesno tkivo (npr. Koža bez lezija psorijatičnog pacijenta) ili od zdrave osobe koja ne boluje od bolesti ili poremećaja) ili može da se odnosi na pojačanje i slabljenje gena kod pacijenta čija ekspresija nije promenjena bolešću (takozvani "domaćinski" geni.)
[0033]Stepen pojačanja ili slabljenja može biti najmanje 10%, najmanje 15%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 40%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 75%, najmanje 80%, najmanje 85, najmanje 90%, najmanje 95%, najmanje 100%, najmanje 125%, najmanje 150%, ili najmanje 200%, ili najmanje 300%, ili najmanje 400%, ili najmanje 500% ili više u odnosu na pojačanje ili slabljenje kontrolnog pacijenta ili kontrolnog uzorka.
[0034]Profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da se izračuna kao srednje povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena koje obuhvata PD marker. Profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa takođe se mogu izračunati kao razlika između srednje vrednosti Ct (granična vrednost ciklusa) za četiri ciljna gena i srednje vrednosti Ct tri kontrolna gena.
[0035]Srednje povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena može biti između najmanje oko 2 i najmanje oko 15, između najmanje oko 2 i najmanje oko 10, ili između najmanje oko 2 i najmanje oko 5. Srednje povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena može biti najmanje oko 2, najmanje oko 2.5, najmanje oko 3, najmanje oko 3.5, najmanje oko 4, najmanje oko 4.5, najmanje oko 5, najmanje oko 5.5, najmanje oko 6, najmanje oko 6.5, najmanje oko 7, najmanje oko 8, najmanje oko 9 ili najmanje oko 10.
[0036]Stepen povećane ekspresije dozvoljava identifikaciju granične vrednosti promene u svrhu identifikacije pacijenata pozitivnih i negativnih u odnosu na potpise koji boluju od autoimunih bolesti. U jednom izvođenju, granična vrednost iznosi najmanje oko 2. U jednom drugom izvođenju, granična vrednost iznosi najmanje oko 2.5. U jednom drugom izvođenju, granična vrednost iznosi najmanje oko 3. U jednom drugom izvođenju, granična vrednost iznosi najmanje oko 3.5. U jednom drugom izvođenju, granična vrednost iznosi najmanje oko 4. U jednom drugom izvođenju, granična vrednost iznosi najmanje oko 4.5. U jednom drugom izvođenju, grenična vrednost između sledećih vrednosti od najmanje 3.5, 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 4.0, 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, i 4.5. U jednom drugom izvođenju granična vrednost je između oko 2 i oko 8. U jednom izvođenju, granična vrednost je srednja vrednost povišenih nivoa ekspresije najmanje četiri iz grupe IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2. U jednom drugom izvođenju, granična vrednost je srednja vrednost povišenih nivoa ekspresije najmanje četiri iz grupe IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 i RSAD2.
[0037]Stepen povećane ekspresije takođe omogućava identifikaciju granične vrednosti delta Ct koja služi za identifikovanje pacijenata pozitivnih i negativnih na potpis koji boluju od autoimunih bolesti. U jednom izvođenju, granična vrednost iznosi najmanje oko 7.6. U jednom drugom izvođenju, granična vrednost je 7.56. Granična vrednost promene može da se koristi za određivanje prikladne granične vrednosti delta Ct cutoff (npr. 1 < log2 promene < 3 odgovara opsegu delta Ct od 8.65 do 6.56.). Tako je u drugom izvođenju granična vrednost delta Ct između oko 6.56 do oko 8.56.
[0038]Osim toga, kod pacijenta možda postoji prekomerna ekspresija ili imaju tkivo sa prekomernom ekspresijom podtipa IFN tipa I od najmanje 10%, najmanje 15%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 40%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 75%, najmanje 80%, najmanje 90%, najmanje 100%, najmanje 125%, najmanje 150%, ili najmanje 200%, ili najmanje 300%, ili najmanje 400%, ili najmanje 500% vrednosti kontrole. Podtip IFN tipa I može biti bilo koji iz grupe IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, IFNp, ili IFN(o. Podtipovi IFN tipa I mogu da obuhvataju sve iz grupe IFNal, IFNa2, IFNa8, i IFNal4.
[0039]Pojačana ekspresija ili aktivnost bilo kog gena detektovanog u uzorku, pomoću sondi, ili pomoću sondi u kompletima u profilu ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa može biti najmanje 1.2-struka, najmanje 1.25-struka, najmanje 1.3-struka, najmanje 1.4-struka, najmanje 1.5-struka, najmanje 2.0-struka, najmanje 2.25-struka, najmanje 2.5-struka, najmanje 2.75-struka, najmanje 3.0-struka, najmanje 3.5-struka, najmanje 4.0-struka, najmanje 4.5-struka, najmanje 5.0-struka, najmanje 6.0-struka, najmanje 7.0-struka, najmanje 8.0-struka, najmanje 9.0-struka, najmanje 10.0-struka, najmanje 15.0-struka, najmanje 20.0-struka, najmanje 25.0-struka, ili najmanje 50.0-struka u odnosu na osnovne nivoe kontrolnih ćelija,npr.ćelija zdravih dobrovoljaca ili ćelija kontrolnih životinja ili ćelija koje nisu izložene IFNa u kulturi. Svi geni u profilu ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa može imati pojačanu ekspresiju ili aktivnost pri istom povećanju. Alternativno, geni u profilu ekspresije PD markera može da ima varirajuće nivoe pojačane ekspresije ili aktivnosti.
A. Merenje pojačanja
[0040]Pojačanje ili slabljenje ekspresije gena ili aktivnosti PD markera koji se mogu indukovati preko IFNa mogu se odrediti na bilo koji način poznat stručnjacima. Na primer, pojačanje ili slabljenje ekspresije gena može da se detektuje određivanjem nivoa mRNK. Ekspresija mRNK može da se odredi pomoću Northern blotting-a, Slot blotting-a, kvantitativne reverzne lančane reakcije transcriptazne polimeraze, ili tehnika hibridizacije genskog čipa. Pogledajte U.S. Pat. br. 5,744,305 i 5,143,854 radi primera pravljenja nizova mukleinskih kiselina za tehnike hibridizacije genskih čipova.PogledajteEstablishing and functional characterization of an HEK-293 cell line expressing autofluorescently tagged |3-actin (pEYFP-ACTIN) i the neurokinin type 1 receptor (NK1-R) Hrovat, A; Zavec, AB; Pogacnik, A; Frangez, R; Vrecl, M 2010 Cellular & Molecular Biologv Lettersl, 55-69,Expression profiles of proliferative and antiapoptotic genes in sporadic and colitis-related mouse colon cancer models Svec, J; Ergang, P; Mandvs, V; Kment, M; Pacha, J 2010 International Journal of Experimental Pathologv 1, 44-53, i Protein kinase inhibitors emodin and dichloro-ribofuranosvlbenzimidazole modulate the cellular accumulation i cytotoxicity of cisplatin in a schedule-dependent manner Kurokawa, T; He, GA; Siddik, ZH 2010 Cancer Chemotherapy i Pharmacology 3, 427-436, radi primera načina korišćenja postupka TAQMAN® za merenje ekspresije gena.
[0041]Prajmeri koji se selektivno vezuju za ciljeve kod lančanih reakcija polimeraze (PCR) može da se izabere na osnovu empirijskog određivanja prajmera koji hibridizuju u PCR reakciji i proizvode dovoljan signal za detektovanje cilja iznad pozadine, ili može da se predvidi koristeći temperaturu topljenja prajmera: dupleks ciljeva kao što je opisano u Maniatis et al. Molecular Cloning, Second Edition, Section 11.46. 1989. Analogno tome se sonde za detektovanje PCR proizvoda u TAQMAN® ili nekom sličnom postupku mogu empirijski izabrati ili predvideti. Takvi prajmeri i sonde (zajedno se nazivaju "oligonukleotidi") mogu imati dužinu jednaku ili veću od 10 i 30 nukleotida.
[0042]Pojačanje ili slabljenje genske ekspresije ili aktivnosti PD markera koji se mogu indukovati preko IFNa može da se odredi detektovanjem nivoa proteina. Postupci za detektovanje nivoa ekspresije proteina uključuju imuno-bazirane testove kao što su imunoadsorpcijski testovi povezani sa enzimima, Western blotting, proteinski testovi i bojenje srebrom.
[0043] Profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa može da obuhvata profil aktivnosti proteina. Pojačanje ili slabljenje ekspresije gena ili aktivnosti PD markera koji se mogu indukovati preko IFNa može da se odredi detektovanjem aktivnosti proteina uključujući, ali se ne ograničavajući na aktivnost fosforilacije i aktivnost defosforilacije ili aktivnost razdvajanja koja se može detektovati. Furthermore, pojačanje ili slabljenje genske ekspresije ili aktivnosti PD markera koji se mogu indukovati preko IFNa može da se odredi detektovanjem bilo koje kombinacije ovih nivoa ekspresije ili aktivnosti gena.
III. Bolest, poremećaj ili stanja koja se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa
[0044] Bolest, poremećaj ili stanje koja se može indukovati preko IFN tipa I ili FNa je bilo koja bolest koja pokazuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa ili potpis gena. Usvaja se da su profil ekspresije PD markera i potpis gena ekvivalentni. Ove bolesti, poremećaji ili stanja uključuju one sa autoimunim komponentama kao što je sistemski lupus eritematozus (SLE), diabetes melitus zavisan od insulina, inflamatorna bolest creva (uključujući Kronovu bolest, ulcerativni kolitis i Celijakiju), multiplu sklerozu, psorijazu, autoimuni tiroiditis, skleroderma, reumatoidni artritis, glomerulonefritis, idiopatski inflamatorni miozitis, Sjogrenov sindrom, vaskulitis, miozitis inkluzionog tela (IBM), dermatomiozitis, polimiozitis, lupus nefritis i sarkoidoza. Ostale bolesti, poremećaji ili stanja uključuju bolest graft-versus-host i odbacivanje translantata.
A. Simptomi kod pacijenata
[0045] Kod pacijenata se takođe može pokazati bilo koji broj simptoma koji su već diskutovani u, npr. International Application No. PCT/US2007/024941, ili mogu imati klinički SLEDAI rezultat ili BILAG rezultat kao što je prikazan u istoj prijavi. Ovi simptomi mogu da obuhvataju umor, oštećenje organa, malarni osip i alopecia. Pacijent može biti ocenjen koristeći poznat sistem kliničkog vrednovanja, npr. SLEDAI koji je indeks aktivnosti bolesti SLE izmeren i procenjen u toku poslednjih 10 dana (Bombardier C, Gladman D D, Urowitz M B, Caron D, Chang C H and the Committee on Prognosis Studies in SLE: Derivation of the SLEDAI for Lupus Patients. Arthritis Rheum 35:630-640, 1992.). Aktivnost bolesti po SLEDAI sistemu vrednovanja može da se kreće od 0 do 105. Definisane su sledeće kategorije SLEDAI aktivnosti: bez aktivnosti (SLEDAI = 0); blaga aktivnost (SLEDAI = 1-5); umerena aktivnost (SLEDAI = 6-10); visoka aktivnost (SLEDAI = 11-19); vrlo visoka aktivnost (SLEDAI = 20 ili higher). (Griffiths, et al., Assessment of Patients with Svstemic Lupus Ervthematosus and the use of Lupus Disease Activitv Indices). Još jedan indeks vrednovanja bolesti je BTLAG indeks koji je indeks aktivnosti SLE koji se zasniva na specifičnim kliničkim manifestacijama kod osam organskih sistema: opšteg, sluzokožnog, neurološkog, mišićno-skeletnog, kardiovaskularnog, respiratornog, bubrežnog i hematološkog. Vrednovanje se zasniva na sistemu slova, ali se svakom slovi mogu pridružiti i ponderisani numerički rezultati, što omogućava proračun BILAG rezultata u opsegu od 0-72.
(Griffiths, et al., Assessment of Patients with Svstemic Lupus Ervthematosus i the use of Lupus Disease Activitv Indices). Drugi indeksi vrednovanja obuhvataju PGA rezultat, indeks kompozitnog respondera (CRI), i test ANAM4™. Ovde opisani postupci,npr.lečenja autoimunog poremećaja, mogu da se koriste za svaki subjekt koji je identifikovan da ima bilo kakav nivo aktivnosti bolesti izmeren prema bilo kom postupku klasifikacije poznatom stručnjacima, npr. blag, umeren, visok ili vrlo visok. Ovde opisani postupci, npr. lečenja autoimunog poremećaja, mogu dovesti do smanjenja simptoma kod pacijenta ili mogu dovesti do poboljšanja u pogledu vrednovanja bolesti za bolest, poremećaj ili stanje pacijenta koja se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa.
IV. Terapijskasredstva
[0046]Terapijsko sredstvo može da se daje pacijentu ili pacijent može biti identifikovan kao kandidat za davanje sredstva ili ili terapijskog sredstva. Terapijsko sredstvo može da moduliše aktivnost interferona tipa 1 ili IFNa. Pogodna terapijska sredstva uključuju molekule koji se vezuju za i modulišu aktivnost IFN tipa I ili IFNa. Pogodna terapijska sredstva uključuju molekule koji se vezuju za i modulišu aktivnost receptora interferona tipa I ili IFNa. Terapijsko sredstvo može biti mali molekul ili biološko sredstvo. Ako je terapijsko sredstvo mali molekul, ono može biti sintetizovano ili identifikovano i izolovano iz prirodnih izvora.
[0047]Ako je terapijsko sredstvo biološko sredstvo, ono može biti antitelo specifično za bilo koji podtip IFN tipa I ili IFNa. Na primer, antitelo može biti specifično za bilo koji od IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, IFNp, ili IFNco. Alternativno, antitelo može biti specifično za bilo koja dva, tri, četiri, pet, šest, sedam, osam, devet, deset, jedanaest, dvanaest podtipova IFN tipa I ili IFNa. Ako je antitelo specifično za više od jednog podtipa IFN tipa I, antitelo može biti specifično za IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa8, IFNalO, i IFNa21; ili može biti specifično za IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa8, i IFNalO; ili može biti specifično za IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa8, i TFNa21; ili može biti specifično za IFNal, TFNa2, TFNa4, TFNa5, TFNal 0, i IFNa21. Antitela specifična za IFN tipa I ili IFNa uključuju MEDI-545, bilo koje biološko sredstvo ili antitelo koje nije MEDI-545, antitela opisana u američkim patentnoj prijavi 11/009,410 podnetoj 10. decembra 2004. i 11/157,494 podnetoj 20. juna 2005., 9F3 i i druga antitela opisana u američkom patentu br. 7,087,726 (Primer 1 i Primer 2, oni prikazani u Tabeli 3 i Tabeli 4, i/ili oni prikazani u tabeli pod nazivom "Naslage materijala" u redovima 25-54, stubac 56), NK-2 i YOK5/19 (WO 84/03105), LO-22 (U.S. Patent 4,902,618), 144 BS (U.S. Patent 4,885,166), i EBI-1, EBI-2, i EBI-3 (EP 119476). Terapijsko sredstvo koje moduliše aktivnost IFNa može da neutrališe aktivnost IFNa. Stručnjaci su dobro upoznati sa pripremom i formulacijom takvih bioloških sredstava i postupaka njihovog davanja.
[0048]MEDI-545 je potpuno ljudsko, 147,000 Dalton IgGlk monoklonalno antitelo (Mab) koje se vezuje za većinu interferon-alfa (IFN-a) podtipove. MEDI-545 se pravi od 100% ljudskih sekvenci proteina, što ga čini potpuno ljudskim monoklonalnim antitelom. Potpuna ljudska monoklonalna antitela može imati prednosti u odnosu na druge oblike monoklonalnih antitela, kao što su himerična i humanizovana antitela, jer ona mogu imati povoljniji bezbednosni profil i mogu se eliminisati iz ljudskog tela manje brzo, čime se možda smanjuje frekvencija doziranja. MEDI-545 je dobijen iz IgG4ic antitela, 13H5, koje je izabrano na osnovu funkcionalnih testova zato što ima najpovoljnije osobine za potencijalno terapijsko srerdstvo. 13H5 je zatim pretvoren u izotip IgGl antitela, proizveden u CHO ćelijama i izabran za dalju karakterizaciju i preklinički razvoj sa pređašnim nazivom MDX-1103, sada poznat kao MEDI-545. Pogledati takođe objavljenu američku patentnu prijavu br. 2007/0014724; PCT Application PCT/US2008/058133 podnetu 25. marta 2008. Pod nazivom "Antibodies vvith Decreased Deamidation Profiles," i PCT prijavu PCT/US2008/058132 podnetu 25. marta 2008.
[0049]Terapijsko sredstvo može biti antitelo protiv receptora interferona, uključujući ona prikazana u američkim patentima br. 7,619,070 i 7,662,381 i međunarodnoj prijavi br. PCT/US2009/033358.
A. Antitela
[0050]Antitelo može biti sintetičko antitelo, monoklonalno antitelo, poliklonalna antitela, rekombinantno proizvedeno antitelo, intratelo, multispecifično antitelo (uključujući bi-specifična antitela), ljudsko antitelo, humanizovano antitelo, himerično antitelo, jednolančani Fv (scFv) (uključujući bi-specifični scFv), BiTE molekul, jednolančano antitelo, Fab fragmenti, F(ab') fragment, sa disulfidom povezan Fv (sdFv), ili fragment koji vezuje epitop bilo kojeg od prethodno navedenih. Antitelo može biti bilo koji molekul imunoglobulina ili imunološki aktivan deo molekula imunoglobulina. Osim toga, može biti bilo kog izotipa. Naprimer, može biti bilo koji od izotipova IgGl, IgG2, IgG3 ili IgG4. Antitelo može biti antitelo pune dužine koje se sastoji od promenljivih i konstantnih regiona, ili njegov fragment koji vezuje antigene, kao što je jednolančano antitelo ili Fab ili Fab'2 fragment. Antitelo takođe može biti konjugovano ili povezano sa terapijskim sredstvom, kao što je citotoksin ili radioaktivni izotop.
[0051]U postupcima lečenja drugo sredstvo različito od sredstva koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa, ili sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost receptora interferona tipa I ili IFNa može biti dato pacijentu. Druga sredstva uključuju, ali nisu ograničena na, nesteroidne antiinflamatorne lekove kao što je ibuprofen, naproksen, sulindak, diklofenak, piroksikam, ketoprofen, diflunisal, nabumeton, etodolak i oksaprozin, indometacin; antimalarijski lekovi kao što su hidroksihlorokvine; kortikosteroidni hormoni poput prednizona, hidrokortizona, metilprednizolona i deksametazona; metotreksat; imunosupresivna sredstva, poput azatioprina i ciklofosfamida i biološka sredstva koja, npr. gađaju T ćelije poput alefacepta i efalizumaba, ili gađaju TNFa, poput enbrela, remikada i humire.
B. Identifikacija kandidatskih terapijskihsredstava
[0052]Kandidatsko terapijsko sredstvo za lečenje poremećaja indukovanih preko IFNa može se identifikovati postupcima obuhvaćenim pronalaskom. Kandidatska terapijska sredstva mogu biti bilo koji tip molekula uključujući mali molekul ili biološko sredstvo. Kandidatsko terapijsko sredstvo identifikovano pomoću postupaka obuhvaćenih pronalaskom mogu se odmah identifikovati kao korisni u pogledu terapijskog sredstva za lečenje bolesti, poremećaja ili stanja. Alternativno, kandidat za terapijsko sredstvo identifikovano pomoću postupaka obuhvaćenih pronalaskom možda treba da budu dodatno testirani i/ili modifikovani pre izbora za lečenje pacijenata. Alternativno, kandidat za terapijsko sredstvo identifikovan pomoću postupaka obuhvaćenih pronalaskom može da se, posle dodatnog testiranja, deselektovati kao molekul za lečenje pacijenata.
[0053]U postupcima za utvrđivanje kandidatskih terapijskih sredstava, ćelije koje obuhvataju profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa bivaju dovedene u dodir sa sredstvom. Ćelije mogu biti bilo koji tip ćelija, kao što su komercijalno dostupne imortalizovane ćelijske linije koje obuhvataju profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa, komercijalno dostupnih imortalizovanih ćelijskih linija koje su tretirane sa IFNa da bi se indukovao profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa, ćelije izolovane kod pacijenta koji ima profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa, ili ćelija izolovanih kod zdravog pacijenta i tretiranog sa IFNa da bi se indukovao profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa.
[0054]Prisustvo ili odsustvo promene profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa kod ćelija detektuje se posle dovođenja u kontakt ćelija sa sredstvom. Prisustvo promene može biti bilo koja promena profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa uključujući najmanje a 10%-no smanjenje pojačane ekspresije ili aktivnosti najmanje 1 gena u profilu ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa, najmanje a 20%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 30%-no smanjenje najmanje pojačanog 1 gena, najmanje 40%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 50%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 60%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 70%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 75%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 80%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 85%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 90%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 95%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 96%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 97%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 98%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, najmanje 99%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena, ili 100%-no smanjenje najmanje 1 pojačanog gena.
V. Neutralizacija profila koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa kod pacijenata
[0055] Lečenje sredstvom može da dovede do neutralizacije profila koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa. Lečenje sredstvom može da dovede do slabljenja jednog ili više simptoma bolesti ili poremećaja izazvanih preko IFN tipa T ili IFNa. Lečenje sredstvom može da dovede do pojačanja intenziteta u vezi sa bolestima ili poremećajima IFN tipa I ili IFNa. Lečenje sredstvom može da dovede do poboljšane prognoze za pacijenta koji ima bolest ili poremećaj izazvan preko IFN tipa ili preko IFNa. Lečenje sredstvom može da dovede do boljeg kvaliteta života za pacijenta. Lečenje sredstvom može da ublaži potrebu za davanjem i drugih sredstava ili može smanjiti dozu drugog asredstva za pacijenta. Lečenje sredstvom može da smanji broj hospitalizacija pacijenta koje imaju veze sa bolešću ili poremećajem izazvanim preko IFN tipa I ili IFNa.
[0056] Sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa može da neutrališe profil koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa. Neutralizacija profila koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može biti smanjenje kod najmanje jednog, najmanje dva, najmanje tri, najmanje četiri gena. Neutralizacija profila koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa je smanjenje od najmanje 2%, najmanje 3%, najmanje 4%, najmanje 5%, najmanje 7%, najmanje 8%, najmanje 10%, najmanje 15%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 45%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 75%, najmanje 80%, ili najmanje 90% bilo kog od manjenje jednog, najmanje dva, najmanje tri, najmanje četiri gena pojačanih u profilu koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa. Alternativno, neutralizacija profila koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa se odnosi na smanjenje ekspresije pojačanih gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa koje se kreća u okvirima od najviše 50%, najviše 45%, najviše 40%, najviše 35%, najviše 30%, najviše 25%, najviše 20%, najviše 15%, najviše 10%, najviše 5%, najviše 4%, najviše 3%, najviše 2%, ili najviše 1% nivoa ekspresije onih gena IFN tipa I ili IFNa u kontrolnom uzorku. Ako je sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa biloško sredstvo, kao što je antitelo, sredstvo može da neutrališe profil IFN tipa I ili IFNa u dozama od 0.3 do 30 mg/kg, 0.3 do 10 mg/kg, 0.3 do 3 mg/kg, 0.3 do 1 mg/kg, 1 do 30 mg/kg, 3 do 30 mg/kg, 5 do 30 mg/kg, 10 do 30 mg/kg, 1 do 10 mg/kg, 3 do 10 mg/kg, ili 1 do 5 mg/kg.
[0057] Sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa može osim toga ili alternativno da neutrališe ekspresiju jednog ili više podtipova IFN tipa I ili IFNa. Podtipovi IFNa ili IFN tipa I mogu da obuhvataju više od jednog, više od dva, više od tri, više od četiri, više od pet, više od šest, više od sedam, više od osam, više od devet, ili više od deset podtipova IFNa ili TFN tipa I. Ovi podtipovi mogu da obuhvataju TFNal, TFNa2, TFNa4, IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, IFNp, ili IFNco. Ovi podtipovi mogu da obuhvataju sve iz grupe IFNal, IFNa2, IFNa8, i IFNa 14. Alternativno, ovi podtipovi mogu da obuhvataju IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa8, IFNalO, IFNa21. Neutralizacija podtipova IFNa ili IFN tipa I može biti smanjenje od najmanje 2%, najmanje 3%, najmanje 4%, najmanje 5%, najmanje 7%, najmanje 8%, najmanje 10%, najmanje 15%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 45%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 75%, najmanje 80%, ili najmanje 90% bilo kog od najmanje jednog, najmanje dva, najmanje tri, najmanje pet, najmanje sedam, najmanje osam ili najmanje deset podtipova. Neutralizacija podtipova IFNa ili IFN tipa I može biti smanjenje ekspresije of podtipa IFNa ili IFN tipa I gena koje je u granicama od najviše 50%, najviše 45%, najviše 40%, najviše 35%, najviše 30%, najviše 25%, najviše 20%, najviše 15%, najviše 10%, najviše 5%, najviše 4%, najviše 3%, najviše 2%, ili najviše 1% nivoa ekspresije onih podtipova IFNa ili IFN tipa I u kontrolnom uzorku. Ako je sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa ili aktivnosti IFN tipa I biološko sredstvo, kao što je antitelo, sredstvo može da neutrališe podtipove IFNa ili IFN tipa I pri dozama od 0.3 do 30 mg/kg, 0.3 do 10 mg/kg, 0.3 do 3 mg/kg, 0.3 do 1 mg/kg, 1 do 30 mg/kg, 3 do 30 mg/kg, 5 do 30 mg/kg, 10 do 30 mg/kg, 1 do 10 mg/kg, 3 do 10 mg/kg, ili 1 do 5 mg/kg.
[0058] Sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa može osim toga ili alternativno da neutrališe ekspresiju IFNa receptora, bilo IFNAR1 ili IFNAR2, ili oba, ili TNFa, ili IFNy, ili IFNy receptora (bilo IFNGR1, IFNGR2, ili oba IFNGR1 i IFNGR2). Neutralizacija ekspresije IFNa receptora, bilo IFNAR1 ili IFNAR2, ili oba, ili TNFa, ili IFNy, ili IFNy receptora (bilo IFNGR1, IFNGR2, ili oba IFNGR1 i IFNGR2) može biti smanjenje od najmanje 2%, najmanje 3%, najmanje 4%, najmanje 5%, najmanje 7%, najmanje 8%, najmanje 10%, najmanje 15%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 45%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 75%, najmanje 80%, ili najmanje 90% bilo kog od najmanje jednog, najmanje dva, najmanje tri, najmanje pet ili najmanje šest od tih gena. Neutralizacija ekspresije IFNa receptora, bilo IFNAR1 ili IFNAR2, ili TNFa, ili IFNy, ili IFNy receptora (bilo IFNGR1, IFNGR2, ili oba IFNGR1 i IFNGR2) je smanjenje ekaspresije od najviše 50%, najviše 45%, najviše 40%, najviše 35%, najviše 30%, najviše 25%, najviše 20%, najviše 15%, najviše 10%, najviše 5%, najviše 4%, najviše 3%, najviše 2%, ili najviše 1% nivoa ekspresije tih gena u kontrlnom uzorku. Ako je sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa biološko sredstvo, kao što je antitelo, sredstvo može da neutrališe ekspresiju IFNa receptora IFNAR1 ili IFNAR2, ili TNFa, ili IFNy, ili IFNy receptora IFNGR1 ili IFNGR2 u dozama od 0.3 do 30 mg/kg, 0.3 do 10 mg/kg, 0.3 do 3 mg/kg, 0.3 do 1 mg/kg, 1 do 30 mg/kg, 3 do 30 mg/kg, 5 do 30 mg/kg, 10 do 30 mg/kg, 1 do 10 mg/kg, 3 do 10 mg/kg, ili 1 do 5 mg/kg.
C. Uzorcipecijenata
[0059]Uzorci se takođe mogu uzeti od pacijenata prema postupcima pronalaska. Uzorci uključuju bilo kakav biološki fluid ili tkivo, kao što je uzeta krv, pljuvačka, mokraća, sinovijalna tečnost, koštana srž, cerebrospinalna tečnost, sekreti iz nosa, šlajm, amniotička tečnost, bronhoalveolarna tečnost ispiranja, mononuklearne ćelije iz periferme krvi, ukupne bela krvna zrnca, ćelije limfnog čvora, ćelije slezine, ćelije krajnika ili koža. Uzorci se mogu uzeti na bilo koji način poznat stručnjacima.
VI. Postupci nadziranja progresije bolesti
[0060]Kod postupaka nadziranja progresije bolesti pacijenta uzorci od pacijenta mogu da se uzmu pre i posle davanja sredstva, npr. sredstva koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa, ili sredstva koje se vezuje za i ne moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa, ili kombinacija sredstava koja može ili ne da obuhvata sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa. Profili ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa se dobijaju u (pre i posle davanja sredstva) uzorcima. Profili ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa u uzorcima se porede. Može se vršiti poređenje broja PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa koji postoji u uzorcima ili količine PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa koja postoji u uzorcima, ili bilo koje kombinacije te dve veličine. Može biti naznačena varijansa koja pokazuje efikasnost terapijskog sredstva ako se broj ili nivo (ili bilo koja kombinacija te dve veličine) pojačanih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa smanjuje u uzorku uzetom posle primene terapijskog sredstva u odnosu na uzorak uzet pre davanja terapijskog sredstva. Broj pojačanih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da se smanji za najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, ili najmanje 10 puta. Nivo bilo kojeg datog pojačanog PD markera koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da se smanji za najmanje 10%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 80%, najmanje 90%, ili najmanje 95%. Broj pojačanih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa sa smanjenim nivoima može biti najmanje l, najmanje 2, najmanje 3, ili najmanje 4. Bilo koja kombinacija smanjenog broja i smanjenog nivoa pojačanog PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da ukazuje na efikasnost. Variranje koje ukazuje na efikasnost terapijskog sredstva može biti naznačena ako je broj ili nivo (ili bilo koja kombinacija te dve veličine) smanjenih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa smanjuje se u uzorku uzetom posle primene terapijskog sredstva u odnosu na uzorak uzetom pre davanja terapijskog sredstva.
[0061] Uzorak uzet od pacijenta može biti uzet pre prvog davanja sredstva,tj.,sredstvo je novo za pacijenta. Alternativno, uzorak uzet od pacijenta može da se pojavi posle davanja sredstva u toku lečenja. Na primer, sredstvo je možda dato pre pokretanja protokola nadziranja. Posle davanja sredstva još jedan uzorak može biti uzet od pacijenta i PD markeri koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa u uzorcima se porede. Uzorci mogu biti istog ili različitog tipa, npr., svaki uzeti uzorak može biti uzorak krvi, ili svaki uzeti uzorak može biti uzorak seruma. PD markeri koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa detektovani u svakom uzorku mogu biti isti, mogu se značajno preklapati ili mogu biti slični.
[0062] Uzorci mogu biti uzeti bilo kada pre i posle davanja terapijskog sredstva. Uzorak uzet posle primene terapijskog sredstva može biti uzet najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 12, ili najmanje 14 dana posle primene terapijskog sredstva. Uzorak uzet posle primene terapijskog sredstva može biti uzet najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, ili najmanje 8 nedelja posle primene terapijskog sredstva. Uzorak uzet posle primene terapijskog sredstva može biti uzet najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, ili najmanje 6 meseci posle davanja terapijskog sredstva.
[0063] Dodatni uzorci mogu biti uzet od pacijenta posle davanja terapijskog sredstva. Najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 12, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25 uzoraka može biti uzeto od pacijenta radi nadziranja progresije ili regresije bolesti ili poremećaja u toku vremena. Progresija bolesti se može nadzirati u toku perioda od najmanje 1 nedelje, najmanje 2 nedelje, najmanje 3 nedelje, najmanje 4 nedelje, najmanje 5 nedelja, najmanje 6 nedelja, najmanje 7 nedelja, najmanje 2 meseca, najmanje 3 meseca, najmanje 4 meseca, najmanje 5 meseci, najmanje 6 meseci, najmanje 1 godinu, najmanje 2 godine, najmanje 3 godine, najmanje 4 godine, najmanje 5 godina, najmanje 10 godina, ili u toku životnog veka pacijenta. Dodatni uzorci mogu biti uzeti od pacijenta u redovnim intervalima na primer mesečnim, dvomesečnim, jedno u tri meseca, dva puta godišnje ili jednom godišnje. Uzorci mogu biti uzeti od pacijenta posle davanja sredstva u redovnim intervalima. Na primer, uzorci mogu biti uzeti od pacijenta jednu nedelju posle svakog davanja sredstva ili dve nedelje posle svakog davanja sredstva ili at tri nedelje posle svakog davanja sredstva ili jedan mesec posle davanja sredstva ili dva meseca posle svakog davanja sredstva. Alternativno, više uzoraka može biti uzeto od pacijenta posle svakog davanja sredstva.
[0064] Progresija bolesti kod pacijenta može analogno da se nadzire u odsustvu davanja sredstva. Uzorci se mogu periodično uzimati od pacijenta koji ima bolest ili poremećaj. Progresija bolesti može biti identifikovana ako se broj PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa u kasnije uzetom uzorku poveća u odnosu na uzorak koji je uzet ranije. Broj PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da se poveća za najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, ili najmanje 10. Progresija bolesti može da se identifikuje ako se nivo bilo kog datog pojačanog PD markera koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa poveća za najmanje 10%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 80%, najmanje 90%, ili najmanje 95%. Progresija bolesti može da se identifikuje ako se nivo bilo kog datog oslabljenog PD markera koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa smanjuje za najmanje 10%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 80%, najmanje 90%, ili najmanje 95%. Broj pojačanih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa sa povećanim nivoima može biti najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25, najmanje 30, ili najmanje 35. Broj oslabljenih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa sa smanjenim nivoima može biti najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25, najmanje 30, ili najmanje 35. Bolo koja kombinacija povećanog broja i povišenog nivoa pojačanog PD markera koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da ukazuje na progresiju bolesti. Alternativno ili u kombinaciji, bilo koja kombinacija smanjenog broja i smanjenog nivoa oslabljenih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da ukazuje na progresiju bolesti. Progresija bolesti takođe može da se identifikuje kod pacijenata koji imaju bolest ili poremećaj, koja nije lečena sredstvom. U ovom slučaju, regresija može biti identifikovana ako se broj PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa kod kasnije uzetog uzorka smanjuje u odnosu na ranije uzet uzorak. Broj PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa može da se smanji za najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, ili najmanje 10. Regresija bolesti se može identifikovati ako se nivo bilo kog datog pojačanog PD markera koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa smanji za najmanje 10%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 80%, najmanje 90%, ili najmanje 95%. Regresija bolesti se može identifikovati ako se nivo bilo kog datog oslabljenog PD markera koji se može indukovati preko IFN tipa I ili IFNa poveća za najmanje 10%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 35%, najmanje 40%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 80%, najmanje 90%, ili najmanje 95%. Broj pojačanih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa sa smanjenim nivoima može biti najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25, najmanje 30, ili najmanje 35. Broj oslabljenih PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa sa povišenim nivoima može biti najmanje 1, najmanje 2, najmanje 3, najmanje 4, najmanje 5, najmanje 6, najmanje 7, najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 15, najmanje 20, najmanje 25, najmanje 30, ili najmanje 35. Progresija ili regresija bolesti se može nadzirati uzimanjem uzoraka u bilo kom vremenskom periodu i u bilo kom intervalu. Progresija ili regresija bolesti može se nadzirati uzimanjem uzoraka u toku najmanje 1 nedelje, najmanje 2 nedelje, najmanje 3 nedelje, najmanje 4 nedelje, najmanje 5 nedelja, najmanje 6 nedelja, najmanje 7 nedelja, najmanje 2 meseca, najmanje 3 meseca, najmanje 4 meseca, najmanje 5 meseci, najmanje 6 meseci, najmanje 1 godine, najmanje 2 godine, najmanje 3 godine, najmanje 4 godine, najmanje 5 godina, najmanje 10 godina, ili u toku životnog veka pacijenta. Progresija ili regresija bolesti mogu se nadzirati uzimanjem uzoraka najmanje jednom mesečno, dvomesečno, jednom u tri meseca, dva puta godišnje ili jednom godišnje. Uzorci se ne moraju uzimati u strogo određenim intervalima.
VII. Kompleti i sonde
[0065] Pronalazak takođe obuhvata komplete i sonde. Probe mogu biti bilo koji molekul koji detektuje bilo kakvu ekspresiju ili aktivnost bilo kog gena koji može da bude uključen u profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa.
VIII. Postupci detektovanja aktivnosti IFN
[0066] Pronalazak takođe obuhvata postupke detekcije aktivnosti IFN. U tim postupcima se mogu koristiti ćelije koje obuhvataju polinukleotidnu sekvencu koja se sastoji od reporterskog gena pod kontrolom interferonski stimulisanog odzivnog elementa. Ćelije koje obuhvataju polinukleotidnu sekvencu mogu biti bilo koje ćelije osetljive na transfekciju ili transformaciju sa polinukleotidnom sekvencom i i koje se mogu održavati u okviru kulture. Ove ćelije uključuju životinjske ćelije, ćelije bakterija, ćelije kvasca, ćelije insekata ili biljne ćelije. Ove ćelije mogu biti susedne ili mogu rasti u suspenziji. Ako su ćelije životinjske ćelije, one mogu biti iz poznate ćelijske linije kao što je HeLa, COS, NIH3T3, AGS, 293, CHO, Huh-7, HUVEC, MCF-7, C6, BHK-21, BNL CL 2, C2C12, HepG2, i ATDC5. Bezbrojne druge ćelijske linije su poznate i mogu ih dobiti stručnjaci. Ćelije mogu alternativno biti primame ćelije koje jesu ili nisu imortalizovane.
[0067] Ćelije mogu da obuhvataju polinukleotidnu sekvencu koja se sastoji od reporterskog gena pod kontrolom interferon-stimulisanog odzivnog elementa. Polinukleotidna sekvenca se može stabilno integrisati u DNK ćelije ili može biti ekstrahromozomski element koji je stabilan ili tranzijentan u ćeliji. Polinukleotid je možda uveden u ćeliju kao goli polinukleotidni molekul, polinukleotidni molekul u kompleksu sa lipidima ili drugim molekulima ili polinukleotid u čestici virusa.
[0068]Ako je polinukleotid uveden kao goli polinukleotidni molekul, polinukelotid je možda bio linearni ili cirkularni molekul. Neograničavajući primeri cirkularnih polinukleotidnih molekula uključuju plazmide i veštačke hromozome. Ovi vektori mogu biti razdvojeni enzimima, na primer, da bi se generisali linearni polinukleotidni molekuli.
[0069]Osim toga, ako je polinukleotid uveden kao goli polinukleotid, možda je uveden u ćelije bilo kojom od brojnih stručnjacima dobro poznatih tehnika. Ove tehnike uključuje, ali nisu ograničene na, elektroporaciju, mikroinjekciju i isporuku biolističkih čestica. Pogledajte takođe, npr. Loeffler i Behr, 1993, Meth. Enzvmol. 217:599-618; Cohen et al, 1993, Meth. Enzvmol. 217:618-644; Clin. Pharma. Ther. 29:69-92 (1985), Sambrook, et al. Molecular Cloning: A Laboratorv Manual. 2nd, ed., Cold Spring Harbor Laboratorv, Cold Spring Harbor Laboratorv Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989 i Ausubel et al., ed. Current Protocols in Molecular Biologv, John Wiley & Sons, Inc., N.Y., N.Y. (1987-2001).
[0070]Ako je polinukleotid uveden kao kompleks sa lipidima ili lipozomima, on je takođe možda uveden jednom od brojnih tehnika poznatih stručnjacima. Lipidi ili lipozomi se sastoje od mešavine čestica masti ili lipida koji se vezuju za DNK ili RNK i na taj način obezbeđuju hidrofobno obloženi mehanizam isporuke. Pogodni lipozomi mogu da se sastoje od bilo kog od konvencionalnih sintetičkih ili prirodnih fosfolipidnih lipozomskih materijala uključujući fosfolipide iz prirodnih izvora kao što su jaja, biljni ili životinjski izvori kao što je fosfatidilholin, fosfatidiletanolamin, fosfatidilglicerol, sfingomijelin, fosfatidilserin ili fosfatidilinositol. Sintetički fosfolipidi se takođe mogu koristiti, npr. dimiristoilfosfatidilholin, dioleoilfosfatidilholin, dioleoilfosfatidiholin i odgovarajući sintetički fosfatidiletanolamini i fosfatidilgliceroli. Lipidi ili lipozomi koji mogu biti konjugovani vektorom su takođe komercijalno dostupni stručnjacima. Primeri komercijalno dostupnih lipidnih ili lipozomskih transfekcijskih reagenasa poznatih stručnjacima uključuju LIPOFECTAMINE™ (Invitrogen), GENEJUICE® (Novagen), GENEJAMMER® (Stratagene), FUGENE®HD (Roche), MEGAFECTIN™ (Obiogene), SUPERFECT® (Qiagen), i EFFECTENE® (Qiagen).
[0071]Ako je polinukleotid uveden kao kompleks sa drugim molekulima on je možda sabijen ili je u nanosferi. Sabijeni polinukleotidni kompleksi su opisana u američkim patentima 5,972,901, 6,008,336, i 6,077,835. Nanosfere su opisane u američkim patentima br. 5,718,905 i 6,207,195. Ovi sabijeni polinukleotidni kompleksi i nanosfere koje su u kompleksu sa nukleinskim kiselinama koriste polimerske katjone. Tipični polimerski katjoni uključuju želatin, poli-L-lizin, i hitosan. Alternativno, polinukleotid je možda uveden u kompleks sa DEAE-dekstranom ili transfektovan koristeći tehnike poput koprecipitacije kalcij umom ili koprecipitacije kalcij um-hloridom.
[0072]Ako je polinukleotid uveden u kombinaciji sa virusom, virus može biti bilo koji dobro poznat pogodan virus za isporuku polinukleotida. Primeri virusa koji se mogu koristiti kao vektori, uključuju adenovirus, adeno-asocirani virus, lentivirus, retrovirus, herpes virus (npr. herpes simpleks virus), vakcina virus, papovirus, Sendai virus, SV40 virus, respiratorni sincitijalni virus, itd.
[0073]Polinukleotidna sekvenca može da obuhvata reporterski gen i interferon-stimulisani odzivni element. Reporterski gen može biti bilo koji iz grupe koju čine luciferaza, hloramfenikol acetil transferaza, P-galaktosidaza, zeleni fluorescentni protein, P-glukuronidaza ili sekretizovana placentalna alkalna fosfataza. Varijacije velikog broja od ovih reporterskih gena,npr.zeleni fluorescentni protein i luceriferaza, poznati su i mogu biti identifikovani i/ili proizvedeni od strane stručnjaka. Ostali reporterski geni osim onih navedenih će takođe biti poznati stručnjacima i dostupni su. Interferon-stimulisani odzivni elementi su takođe poznati stručnjacima. Oni se mogu mabaviti od komercijalnih ponuđača kao što je Stratagene, Clonetech i Biomyx. O njima je takođe pisano u, na primer, Alcantara et al. (Nuc. Acid. Res. 30 (2002):2068-2075 i Kirchhoff et al. (Oncogene 18 (1999):3725-3736).
[0074]Ćelije korišćene u testu se mogu inkubirati pomoću uzorka. Uzorak može biti uzet od pacijenta, od dobavljača sa uzorcima pacijenta, ili kontrolnog uzorka korišćenog za kalibraciju ili kao kontrola. Ako je uzorak uzet od pacijenta, on može biti bilo koji biološki fluid ili tkivo, kao što je donirana krv, pljuvačka, urin, sinovijalna tečnost, koštana srž, cerebrospinalna tečnost, sekreti iz nosa, šlajm, amniotička tečnost, bronhoalveolarna tečnost za ispiranje, mononuklearne ćelije periferne krvi, ukupan broj ćelija krvi, ćelije limfnog čvora, ćelije slabine, ćelije krajnika ili koža.
[0075]Ekspresija reporterskog gena se detektuje bilo kojim načinom poznatim u struci. Ekspresija, čak i ako "0" ukazuje na aktivnost IFN u uzorku. Stručnjak može da dodatno kvantifikuje bilo koji nivo ekspresije reporterskog gena koji zatim može da bude u korelaciji sa nivoom aktivnosti IFN u uzorku. Podnosioci prijave daju određen broj neograničavajućih izvođenja da bi opisali neke od aspekata pronalaska.
IZVOĐENJA
[0076]Izvođenje 1. Postupak za lečenje koji ima bolest ili poremećaj indukovanu posredstvom IFN tipa I ili IFNa i koji se sastoji od: davanja sredstva koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa; u kom pacijent ima profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I; i u kom sredstvo neutralizuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta. Izvođenje 2. Postupak za lečenje pacijenata sa autoimunom bolešću koji se sastoji od umerenog ili jakog profila PD markera IFN tipa I ili IFNa koji se sastoji od: davanja sredstva koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa; u kom sredstvo neutralizuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta. Izvođenje 3. Postupak za neutralizaciju profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I kod pacijenata koji imaju bolest ili poremećaj, koji se sastoji od: davanja sredstva koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFN tipa I ili IFNa pacijentu; u kom sredstvo neutralizuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta. Izvođenje 4. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 3 koji osim toga obuhvata detekciju neutralizacije profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I pacijenta. Izvođenje 5. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 4 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I obuhvata transkripte gena PD markera. Izvođenje 6. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 4 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji od polipeptida eksprimovanih od gena PD markera. Izvođenje 7. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 6 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranih iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 8. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 6 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranih iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 9. Izvođenje postupka 7 ili 8 kod koga se pojačana ekspresija ili aktivnost skupa gena izračunava kao srednje povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. Izvođenje 10. Izvođenje postupka 9 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi između najmanje oko 3 i najmanje oko 15, između najmanje oko 3 i najmanje oko 10, ili između najmanje oko 3 i najmanje oko 5. Izvođenje 11. Izvođenje postupka 9 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi najmanje oko 2, najmanje oko 2.5, najmanje oko 3, najmanje oko 3.5, najmanje oko 4, najmanje oko 4.5, najmanje oko 5, najmanje oko 5.5, najmanje oko 6, najmanje oko 6.5, najmanje oko 7, najmanje oko 8, najmanje oko 9 ili najmanje oko 10.
Izvođenje 12. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 11 u kom je sredstvo biološko sredstvo.
Izvođenje 13. Postupak prema izvođenju 12 u kom je sredstvo antitelo.
Izvođenje 14. Postupak prema izvođenju 13 u kom je antitelo MEDI-545.
Izvođenje 15. Postupak prema izvođenju 13 u kom je antitelo specifično jedan ili više IFN tipa I ili IFNa subtip, ali nije MEDI-545.
Izvođenje 16. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 15 u kom primena sredstva ublažava jedan ili više simptoma bolesti ili poremećaja.
Izvođenje 17. Postupak prema nekom od izvođenja 13 do 16 u kom se antitelo primenjuje u dozi između približno 0.03 i 30 mg/kg.
Izvođenje 18. Postupak prema izvođenju 17 u kom se antitelo primenjuje u dozi između 0.3 i 3 mg/kg ili između .03 i 1 mg/kg.
Izvođenje 19. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 18 u kom sredstvo neutralizuje profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I kod pacijenta za najmanje 10%, za najmanje 20%, za najmanje 30%, za najmanje 40% ili za najmanje 50%.
Izvođenje 20. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 19 u kom je bolest ili poremećaj iz grupe lupus, lupus nefritis, dermatomiozitis, polimiozitis, psorijaza, SSc, vaskulitis, sarkoidoza, Sjogrenov sindrom, ili idiopaski inflamatorni miozitis. Izvođenje 21. Postupak prema izvođenju 20 u kom je bolest ili poremećaj lupus. Izvođenje 22. Postupak prema izvođenju 20 u kom je bolest ili poremećaj psorijaza. Izvođenje 23. Postupak prema nekom od izvođenja 1 do 22 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastaoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti najmanje IFNa podtipova 1, 2, 8, i 14.
Izvođenje 24. Postupak nadziranja ili prognoziranja progresije autoimune bolesti kod poacijenta obuhvata: dobijanje prvog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u prvom uzorku od pacijenta.
Izvođenje 25. Postupak prema izvođenju 24 kod kog je prvi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa jak profil i prognoza za pacijenta je progresija bolesti.
Izvođenje 26. Postupak prema izvođenju 25 kod kog je autoimuna bolest SLE i progresija je akutna faza SLE.
Izvođenje 27. Postupak prema izvođenju 26 kod kog je prvi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa slab profil i prognoza za pacijenta je regresija bolesti.
Izvođenje 28. Postupak prema izvođenju 24 koji osim toga obuhvata:
Dobijanje drugog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u drugom uzorku od pacijenta;
pri čemu povećanje broja ili nivoa PD markera koji se mogu indukovati preko TFN tipa I ili IFNa u drugoj relativno u odnosu na profil ekspresije prognozira progresiju bolesti; ili
pri čemu smanjenje broja ili nivoa PD markera koji se mogu indukovati preko IFN tipa I ili IFNa u drugoj relativno u odnosu na profil ekspresije prognozira regresiju bolesti.
Izvođenje 29. Postupak prema nekom od izvođenja 26 do 28 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji od transkripata gena PD markera.
Izvođenje 30. Postupak prema nekom od izvođenja 24 do 28 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji od polipeptida eksprimovanih od strane gena PD markera.
Izvođenje 31. Postupak prema nekom od izvođenja 24 do 28 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji od ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 32. Postupak prema nekom od izvođenja 24 do 28 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 33. Postupak nadziranja toka bolesti kod pacijenata koji se leče terapijskim sredstvom koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa obuhvata: dobijanje prvog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko TFNa u prvom uzorku od pacijenta;
davanje terapijskog sredstva koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa;
dobijanje drugog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u drugom uzorku od pacijenta; i
poređenje prvog i drugog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa,
pri čemu variranje prvog i drugog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ukazuje na nivo efikasnosti terapijskog sredstva koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa.
Izvođenje 34. Postupak prema izvođenju 33 kod kog prvi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I obuhvata pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 35. Postupak prema izvođenju 33 kod kog prvi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa ili IFN tipa I sastoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 36. Postupak prema izvođenju 34 ili 35 kod kog je varijansa smenjenje oslabljene ekspresije nivoa aktivnosti gena.
Izvođenje 37. Postupak prema nekom od izvođenja 33 to 35 u kom je bolest ili poremećaj iz grupe lupus, lupus nefritis, dermatomiozitis, polimiozitis, psorijaza, SSc, vaskulitis, sarkoidoza, Sjogrenov sindrom, ili idiopaski inflamatorni miozitis. Izvođenje 38. Postupak prema izvođenju 37 kod kog je bolest lupus.
Izvođenje 39. Postupak prema nekom od izvođenja 33 do 38 kod kog je terapijsko sredstvo mali molekul ili biološko sredstvo.
Izvođenje 40. Postupak prema izvođenju 39 kod kog je biološko sredstvo antitelo. Izvođenje 41. Postupak prema izvođenju 40 kod kog je antitelo MEDI-545 i/ili antitelo specifično za jedan ili više podtipova IFN tipa I ili IFNa, ali nije MEDI-545. Izvođenje 42. Postupak prema nekom od izvođenja 33 do 41 kod kog se prvi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa dobija pre davanja terapijskog sredstva.
Izvođenje 43. Postupak prema nekom od izvođenja 33 do 41 kod kog se prvi profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa dobija u vreme davanja terapijskog sredstva.
Izvođenje 44. Postupak prema nekom od izvođenja 33 do 43 kod kog su prvi i drugi uzorak donirana krv ili serum.
Izvođenje 45. Postupak prema nekom od izvođenja 33 do 44 koji dodatno obuhvata dobijanje trećeg profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u trećem uzorku od pacijenta.
Izvođenje 46. Postupak prema izvođenju 45 koji se osim toga sastoji od dobijanja četvrtog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u četvrtom uzorku od pacijenta.
Izvođenje 47. Postupak prema izvođenju 46 osim toga obuhvata dobijanje petog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u petom uzorku od pacijenta.
Izvođenje 48. Postupak prema izvođenju 47 osim toga obuhvata dobijanje šestog profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u šestom uzorku od pacijenta.
Izvođenje 49. Postupak prema nekom od izvođenja 33 do 48 kod kog se drugi uzorak dobija najmanje jednu nedelju, najmanje dve nedelje, najmanje tri nedelje, najmanje jedan mesec ili najmanje dva meseca posle davanja terapijskog sredstva.
Izvođenje 50. Postupak prema izvođenju 45 kod kog se treći uzorak dobija najmanje 2 dana, najmanje 5 dana, najmanje jednu nedelju, najmanje 2 nedelje, najmanje tri
nedelje, najmanje jedan mesec ili najmanje dva meseca posle dobijanja drugog uzorka. Izvođenje 51. Postupak prema izvođenju 46 kod kog se četvrti uzorak dobija najmanje dva dana, najmanje pet dana, najmanje jednu nedelju, najmanje dve nedelje, najmanje tri nedelje, najmanje jedan mesec ili najmanje dva meseca posle dobijanja trećeg uzorka.
Izvođenje 52. Postupak prema izvođenju 47 kod kog se peti uzorak dobija najmanje dva dana, najmanje pet dana, najmanje jednu nedelju, najmanje dve nedelje, najmanje tri nedelje, najmanje jedan mesec ili najmanje dva meseca posle dobijanja četvrtog uzorka.
Izvođenje 53. Postupak prema nekom od izvođenja 33 do 52 kod kog je varijansa smanjenje pojačane ekspresije ili aktivnosti gena.
Izvođenje 54. Postupak prema izvođenju 53 kod kog je smanjenje najmanje 10%, najmanje 20%, najmanje 25%, najmanje 30%, najmanje 40%, najmanje 45%, najmanje 50%, najmanje 60%, najmanje 70%, najmanje 75%, najmanje 80%, najmanje 85%, najmanje 90%, najmanje 95%, najmanje 96%, najmanje 97%, najmanje 98%, najmanje 99%, ili 100%.
Izvođenje 55. Postupak identifikacije pacijenta kao kandidata za terapijsko sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa obuhvata: Detektovanje prisustva ili odsustva profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u uzorku uzetog od pacijenta,
Pri čemu detekcija prisustva profila ekspresije IFNa-indukovanog PD markera identifikuje pacijenta kao kandidata za terapijsko sredstvo koje se vezuje za i moduliše aktivnost IFNa.
Izvođenje 56. Postupak prema izvođenju 55 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa obuhvata pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 57. Postupak prema izvođenju 55 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa sastoji se od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFT44, IFT44L, IFT6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 58. Izvođenje postupka 56 ili 57 kod kog pojačana ekspresija ili aktivnost skupa gena izračunava kao srednje povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. Izvođenje 59. Izvođenje postupka 58 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi najmanje oko 2, najmanje oko 3, i najmanje oko 4. Izvođenje 60. Izvođenje postupka 59 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi najmanje oko 2, najmanje oko 2.5, najmanje oko 3, najmanje oko 3.5, najmanje oko 4, najmanje oko 4.5, najmanje oko 5, najmanje oko 5.5, najmanje oko 6, najmanje oko 6.5, najmanje oko 7, najmanje oko 8, najmanje oko 9 ili najmanje oko 10.
Izvođenje 61. Postupak prema nekom od izvođenja 55 do 60 kod kog je pacijent dijagnostikovan da ima poremećaj izabran iz grupe lupus, lupus nefritis, dermatomiozitis, polimiozitis, psorijaza, SSc, vaskulitis, sarkoidoza, Sjogrenov sindrom, ili idiopaski inflamatorni miozitis.
Izvođenje 62. Postupak prema izvođenju 61 kod kog je poremećaj lupus.
Izvođenje 63. Postupak prema nekom od izvođenja 55 do 62 kod kog je terapijsko sredstvo mali molekul ili biološko sredstvo.
Izvođenje 64. Postupak prema izvođenju 63 kod kog je biološko sredstvo antitelo. Izvođenje 65. Postupak prema izvođenju 64 kod kog je antitelo MEDI-545. Izvođenje 66. Postupak prema izvođenju 64 kod kog je antitelo specifično za jedan ili više IFN tipa I ili podtipova IFNa ali nije MEDI-545.
Izvođenje 67. Postupak prema nekom od izvođenja 55 do 66 kod kog pojačana ekspresija ili aktivnost obuhvata povećanje nivoa mRNK jednog ili više gena. Izvođenje 68. Postupak prema nekom od izvođenja 55 do 66 kod kog pojačana ekspresija ili aktivnost obuhvata povećanje nivoa proteina jednog ili više gena. Izvođenje 69. Postupak prema nekom od izvođenja 55 do 66 kod kog pojačana ekspresija ili aktivnost obuhvata povećanje enzimske aktivnosti proteina eksprimovanog iz jednog ili više gena.
Izvođenje 70. Postupak prema nekom od izvođenja 55 do 69 kod kog je uzorak donirana krv.
Izvođenje 71. Postupak za dijagnostikovanje pacijenta u pogledu poremećaja u vezi sa povišenim nivoom IFNa, koji se sastoji od: detektovanja prisustva ili odsustva profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa u uzorku pacijenta,
pri čemu detektovanje prisustva IFNa-indukovanog profila ekspresije PD markera kod pacijenta identifikuje poremećaj koji ima veze sa povišenim nivoom IFNa.
Izvođenje 72. Postupak prema izvođenju 71 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa sastoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 73. Postupak prema izvođenju 71 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa sastoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 74. Izvođenje postupka 72 ili 73 kod kog se pojačana ekspresija ili aktivnost skupa gena izračunava kao srednje povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. Izvođenje 75. Izvođenje postupka 74 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi između najmanje oko najmanje oko 2, najmanje oko 3 i najmanje oko 4.
Izvođenje 76. Izvođenje postupka 74 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi najmanje oko 2, najmanje oko 2.5, najmanje oko 3, najmanje oko 3.5, najmanje oko 4, najmanje oko 4.5, najmanje oko 5, najmanje oko 5.5, najmanje oko 6, najmanje oko 6.5, najmanje oko 7, najmanje oko 8, najmanje oko 9 ili najmanje oko 10.
Izvođenje 77. Postupak prema nekom od izvođenja 72 do 76 u kom je bolest ili poremećaj iz grupe lupus, lupus nefritis, dermatomiozitis, polimiozitis, psorijaza, SSc, vaskulitis, sarkoidoza, Sjogrenov sindrom, ili idiopaski inflamatorni miozitis. Izvođenje 78. Postupak prema izvođenju 77 kod kog je poremećaj lupus.
Izvođenje 79. Postupak prema nekom od izvođenja 72 do 78 kod kog pojačana ekspresija ili aktivnost obuhvata povećanje nivoa mRNK jednog ili više gena. Izvođenje 80. Postupak prema nekom od izvođenja 72 do 78 kod kog pojačana ekspresija ili aktivnost obuhvata povećanje nivoa proteina jednog ili više gena. Izvođenje 81. Postupak prema nekom od izvođenja 72 do 78 kod kog pojačana ekspresija ili aktivnost obuhvata povećanje enzimske aktivnosti proteina eksprimovanog od jednog ili više gena.
Izvođenje 82. Postupak identifikacije kandidata za terapijsko sredstvo za lečenje IFNa-indukovanih poremećaja koju obuhvata: dodirivanje ćelija koje se sastoji od profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa pomoću sredstva; i
detekciju prisustva ili odsustva promene kod profila ekspresije ćelija sa IFNa-indukovanim PD markerom,
kod kog prisustvo promene koja obuhvata smanjenje u pojačanju gena profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa pokazuje daje sredstvo kandidata za terapijsko sredstvo.
Izvođenje 83. Postupak prema izvođenju 82 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa sastoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza:
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 84. Postupak prema izvođenju 82 kod koga se profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa sastoji od pojačane ekspresije ili aktivnosti skupa gena izabranog iz sledećeg niza: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; (d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2;
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; i
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 85. Izvođenje postupka 83 ili 84 kod kog se pojačana ekspresija ili aktivnost skupa gena izračunava kao srednje povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena. Izvođenje 86. Izvođenje postupka 85 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi između najmanje oko 3 i najmanje oko 15, između najmanje oko 3 i najmanje oko 10, ili između najmanje oko 3 i najmanje oko 5. Izvođenje 87. Izvođenje postupka 85 kod koga prosečno povećanje ekspresije ili aktivnosti skupa gena iznosi najmanje oko 2, najmanje oko 2.5, najmanje oko 3, najmanje oko 3.5, najmanje oko 4, najmanje oko 4.5, najmanje oko 5, najmanje oko 5.5, najmanje oko 6, najmanje oko 6.5, najmanje oko 7, najmanje oko 8, najmanje oko 9 ili najmanje oko 10.
Izvođenje 88. Postupak prema nekom od izvođenja 83 do 87 kod kog su ćelije dobijene od pacijenta koji ima poremećaj povezan sa povišenim nivoima IFNa. Izvođenje 89. Postupak prema nekom od izvođenja 83 do 87 kod kog su ćelije tretirane sa IFNa da bi se indukovao profil ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa.
Izvođenje 90. Postupak prema nekom od izvođenja 83 do 89 kod kog pojačanje gena profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa obuhvata povećanje nivoa mRNK jednog ili više gena.
Izvođenje 91. Postupak prema nekom od izvođenja 83 do 89 kod kog pojačanje gena profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa obuhvata povećanje nivoa proteina jednog ili više gena.
Izvođenje 92. Postupak prema nekom od izvođenja 83 do 89 kod kog pojačanje gena profila ekspresije sa PD markerom koji se može indukovati preko IFNa obuhvata povećanje enzimske aktivnosti proteina eksprimovanog iz jednog ili više gena. Izvođenje 93. Skup prajmera koji se sastoji od polinukleotida koji specifično pojačavaju i detektuju ekspresiju bilo kog od sledećih skupova gena:
(a) IFT27, IFT44, IFT44L, IFT6, i RSAD2; ili
(b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; ili
(c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; ili
(d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2; ili
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 94. Skupovi prajmera izvođenja 93 koji osim toga sadrže prajmere za pojačanje i detekciju 18S, ACTB, i GAPDH.
Izvođenje 95. Skupovi prajmera koji se sastoje od polinukleotida koji specifično detektuju ekspresiju bilo kog od sledećih skupova gena:
(a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; ili
(b) IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2; ili
(c) IFI27, IFI44L, IFI6, i RSAD2; ili
(d) IFI27, IFI44, IFI6, i RSAD2; ili
(e) IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2; ili
(f) IFI27, IFI44, IFI44L, i IFI6.
Izvođenje 96. Izvođenja 93 i 94, kod kojih skupovi prajmera imaju sekvence SEQ ID NOs 1-24.
Izvođenje 96. Bilo koje od izvođenja 1-95, u kojima IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 imaju sekvence za ID BR.: 25-32.
Izvođenje 97. Komplet koji se sastoji od prajmera izvođenja 93-96.
Izvođenje 98. Bilo koje od izvođenje 1-96, kod kog je povećana ekspresija srednja vrednost ili srednje povećana ekspresije nivoa mRNK kod IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2.
Izvođenje 99. Postupak identifikacije subjekta pogodnog za lečenje terapijskim sredstvom koje moduliše aktivnost interferona tipa 1 obuhvata detektovanje povišene mRNK kod najmanje četiri iz grupe IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 u uzorku subjekta, pri čemu povećanje mRNK najmanje oko četiri puta ukazuje na subjekat pogodan za lečenje sredstvom.
Izvođenje 100. Postupak prema izvođenju 99, kod kog se mRNK povećava u odnosu na mRNK kod najmanje četiri od IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 u prikupljenim uzorcima od zdravih pacijenata.
Izvođenje 101. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99 ili 100, kod kog je povećana mRNK je relativna u odnosu na mRNK jednog ili više kontrolnih gena koji postoje u uzorku.
Izvođenje 102. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-101, kod kog se jedan ili više kontrolnih gena bira između ACTB, GAPDH, i 18S rRNK.
Izvođenje 103. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-102, pri čemu se detektuje povećana mRNK IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2.
Izvođenje 104. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-103, u kom se sredstvo bira između antiinterferonskog alfa antitela i antiinterferonskog alfa receptorskog antitela. Izvođenje 105. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-104, kod kog je antiinterferonsko antitelo sifalimumab.
Izvođenje 106. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-105, kod kog antiinterferonsko antitelo nije sifalimumab.
Izvođenje 107. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-106 kod kog detektovanje mRNK najmanje IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 obuhvata 1) izolovanje RNK iz uzorka dobijenog od subjekta; 2) sintetizovanje cDNK iz RNK; 3) hibridizovanje cDNK oligonukleotidima koji hibridizuju u sekvence nukleinske kiseline sa ID BR.:: 25-32; i
4) pojačanje cDNK i detektovanje pojačanih proizvoda.
Izvođenje 108. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-107, kod kog se oligonukleotidi biraju od oligonukleotida koji imaju sekvence sa ID BR.: 13-24. Izvođenje 109. Postupak identifikacije subjekta pogodnog za lečenje terapijskim sredstvom koje moduliše aktivnost interferona tipa 1 obuhvata detektovanje povišene mRNK kod najmanje četiri iz grupe IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 u uzorku subjekta, kod kog se povišena mRNK izračunava prema sledećem algoritmu:
i gde ACtiFNod oko 7.6 ukazuje na subjekat pogodan za lečenje sredstvom. Izvođenje 110. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-109, u kom se sredstvo bira između antiinterferonskog alfa antitela i antiinterferonskog alfa receptorskog antitela. Izvođenje 111. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-110, kod kog je antiinterferonsko antitelo sifalimumab.
Izvođenje 112. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-111, kod kog antiinterferonsko antitelo nije sifalimumab.
Izvođenje 113. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-112, kod kog detektovanje mRNK najmanje IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 obuhvata: 1) izolovanje RNK iz uzorka dobijenog od subjekta;
2) sintetizovanje cDNK iz RNK
3) hibridizovanje cDNK oligonukleotidima koji hibridizuju u sekvence nukleinske kiseline sa ID BR.:: 25-35, i
4) pojačanje cDNK i detektovanje pojačanih proizvoda.
Izvođenje 114. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-113, kod kog se oligonukleotidi biraju od oligonukleotida koji imaju sekvence sa ID BR.: 1-24. Izvođenje 115. Postupak za lečenje subjekta terapijskim sredstvom koje moduliše aktivnost interferona tipa 1 obuhvata: a) identifikacija subjekta pogodnog za lečenje detektovanjem increased mRNK najmanje four of IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 u uzorku subjekta, pri čemu
povećanje mRNK od najmanje oko 4 puta ukazuje na subjekat pogodan za lečenje; i
b) dobijanje terapijskog sredstva.
Izvođenje 116. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-115, kod kog je povećana
mRNK relativno u odnosu na mRNK najmanje četiri od IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 u prikupljenim uzorcima od zdravog pacijenta.
Izvođenje 117. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-116, kod kog je povećana mRNK relativna u odnosu na mRNK jednog ili više kontrolnih gena koji postoje u uzorku.
Izvođenje 118. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-117, kod kog se jedan ili više kontrolnih gena bira između ACTB, GAPDH, i 18S rRNK.
Izvođenje 119. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-118, pri čemu je detektovana povišena mRNK u IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2.
Izvođenje 120. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-119, u kom se sredstvo bira između antiinterferonskog alfa antitela i antiinterferonskog alfa receptorskog antitela. Izvođenje 121. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-120, kod kog je antiinterferonsko antitelo sifalimumab.
Izvođenje 122. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-121, kod kog antiinterferonsko antitelo nije sifalimumab.
Izvođenje 123. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-122 kod kog detektovanje mRNK najmanje IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 obuhvata 1) izolovanje RNK iz uzorka dobijenog od subjekta; 2) sintetizovanje cDNK iz RNK; 3) hibridizovanje cDNK oligonukleotidima koji hibridizuju u sekvence nukleinske kiseline sa ID BR.:: 25-32, i
4) pojačanje cDNK i detektovanje pojačanih proizvoda.
Izvođenje 124. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-123, kod kog se oligonukleotidi biraju od oligonukleotida koji imaju sekvence sa ID BR.: 13-24. Izvođenje 125. Postupak identifikacije subjekta pogodnog za lečenje terapijskim sredstvom koje moduliše aktivnost interferona tipa 1 obuhvata
a) detektovanje povišene mRNK kod najmanje četiri iz grupe IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2 u uzorku subjekta, kod kog se povišena mRNK izračunava prema
sledećem algoritmu:
i gde ACtiFNod oko 7.6 ukazuje na subjekat pogodan za lečenje terapijskim sredstvom koje moduliše aktivnost IFNa; i
b) davanje terapijskog sredstva.
Izvođenje 126. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-125, u kom se sredstvo bira
između antiinterferonskog alfa antitela i antiinterferonskog alfa receptorskog antitela. Izvođenje 127. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-126, kod kog je antiinterferonsko antitelo sifalimumab.
Izvođenje 128. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-127, kod kog antiinterferonsko antitelo nije sifalimumab.
Izvođenje 129. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-128, kod kog detektovanje mRNK najmanje IFT27, IFT44, IFT44L, IFT6, i RSAD2 obuhvata: 1) izolovanje RNK iz uzorka dobijenog od subjekta; 2) sintetizovanje cDNK iz RNK; 3) hibridizovanje cDNK oligonukleotidima koji hibridizuju u sekvence nukleinske
kiseline sa ID BR.:: 25-35, i
4) pojačanje cDNK i detektovanje pojačanih proizvoda.
Izvođenje 130. Postupak prema bilo kom od izvođenja 99-129, kod kog se oligonukleotidi biraju od oligonukleotida koji imaju sekvence sa ID BR.: 1-24.
[0077] Niz primera koji sledi dat je samo u srvhu ilustracije i pronalazak ni na koji način ne bi trebalo da se konstruiše ograničeno na te primere.
PRIMERI
IX. Primer 1: Razvoj dijagnostičkog testa za anti-IFN alfa terapijska sredstva
A. Pozadina
[0078] Profiliranje ekspresije gena je korišćeno za identifikaciju farmakodinamičkih (PD) gena čiji transkripti zadovoljavaju tri kriterijuma izbora. Konkretno, oni se 1) mogu indukovati podtipovima IFN tipa 1, 2) prigušuju u serumima SLE pacijenta posredstvom MEDI-545, i 3) prekomerno eksprimuju kod SLE pacijenata u poređenju sa normalnim zdravim donorima. Takvi geni uključuju one prikazane u međunarodnoj aplikaciji br. PCT/US2007/024947, podnetoj 6. decembra 2007,, međunarodnoj aplikaciji br. PCT/US2008/062646, podnetoj 5. maja 2008., međunarodnoj aplikaciji br. PCT/US2009/033407, podnetoj 6. februara 2009. (koji se odnose na profile markera miRNK i profili sa PD markerom indukovanim preko IFN tipa 1 ili IFNa kod inflamatornih ili autoimunih bolesti) i međunarodnoj aplikaciji br. PCT/US2009/048028, podnetoj 19. juna 2009.
[0079]Prethodne studije su omogućavale identifikaciju grupa gena koje se mogu koristiti kao "potpisi" bolesti, kao što je SLE. Na primer, prethodno smo identifikovali 21-genski potpis za SLE i druge autoimune bolesti.Pogledajteu međunarodnoj aplikaciji br. PCT/US2007/024947, podnetoj 6. decembra 2007. Mi smo želeli da odredimo da li se podniz od 21 gena može pouzdano koristiti za identifikaciju pacijenata koji boluju od autoimunih bolesti, kao što je SLE. Osim toga, želeli smo da odredimo da li se podniz od 21 gena može koristiti kao potpis za slučaj u kom bi pacijent reagovao na terapijsko sredstvo koje moduliše interferonom tipa 1, kao što je na primer, antiinterferonska alfa antitela ili antiintereronska receptorska antitela.
[0080]Da bi se odredilo da li podniz od 21 gena može da se koristi za identifikaciju pacijenata, analizirali smo podatke o ekspresiji gena od pacijenata uključenih u tekuća klinička ispitivanja MEDI-545. MEDI-545 je davan SLE pacijentima sledeći standardne kliničke protokole. Klinički ishod je utvrđen koristeći standardnih postupaka SLE evaluacije kao što je Safetv of Estrogens in Lupus Erythematosus-Systemic Lupus Ervthematosus Disease Activity Index (SELENA-SLEDAI), British Isles Lupus Activity Group index, i Physician Global Assessment (MDGA). Profiliranje genske ekspresije kod uzoraka pacijenata sprovedena je koristeći Affymetrix humani genom U133 plus 2.0 GeneChips® u svrhu identifikacije kandidatskih gena.
[0081]Kao što je opisano u nastavku, ova analiza je dovela do identifikacije skupa dijagnostičkih gena (npr. Test na bazi 4 ili 5 gena) za identifikaciju pacijenata (npr. Pacijenti sa SLE ili miozitisom) za lečenje terapijskim sredstvom sa anti-IFN alfa ili interferonom tipa I. Konkretno, skup dijagnostičkih gena je izabran zbog svoje sposobnosti da predvide reakciju na sifalimumab (MEDI-545) kod SLE pacijenata. Kao rezultat, merenje ekspresije ta četiri gena može da se koristi za prognoziranje SLE pacijenata koji će ili neće imati koristi od lečenja sifalimumabom. Kao što je u nastavku detaljnije opisano, ekspresija četiri gena može da se koristi u mnogobrojnim stanjima i da bi se identifikovali pacijenti pogodni za lečenje terapijama usmerenim protiv takvih bolesti. Grupa od pet gena pogodnih za dijagnostički test sastoji se od IFI44, IFI44L, IFI27, RSAD2 i IFI6. Bilo koji od 4 gena izabranih iz ove grupe može biti pogodan za dijagnostički test. Grupa gena za koje su analitički podaci dati u tabeli 1 i na slikama 1 i 2 sastoji se od IFI27, IFI44, IFI44L i RSAD2.
B. Principtesta
[0082]Dijagnostički test je zasnovan na kvantitativnoj reverznoj transkripciji-lančanoj reakciji polimeraze (qRT-PCR). Test pojačava i detektuje transkripte koji potiču od četiri ciljna gena: IFI44, IFI44L, IFI27 i RSAD2. Dijagnostički test takođe pojačava i detektuje skup endogenih RNk molekula kao kontrole ("domaćinski geni"): ACTB, GAPDH, i 18S rRNK. Ciljevi transkripta se pojačavaju iz totalnih RNK uzoraka dobijenih iz uzoraka donirane krvi uzetih od pacijenata koristeći odobreni PAXgene™ sistem RNK iz krvi (Qiagen, komplet kat br. 762164; Becton Dickinson, cevčice za prikupljanje kat br. 762165; K042613). RNK je izolovana koristeći postupke navedene u PAXgene™ kompletu za RNK iz krvi. Ciljni transkripti se pojačavaju koristeći dva napredna i reverzna prajmera specifična za sekvence (neoznačeni). Svaki pojačani cilj se detektuje koristeći sondu specifičnu za sekvencu koja je označena fluorescentnim reporterskim ude lom, FAM, i fluorescentnim udelom za gašenje, BHQ1. Svaki cilj se pojačava i detektuje u individualnim bušenim otvorima ploče sa 96 bušenih otvora. Kvantitativno određivanje obima svakog transkripta u uzorku se vrši na osnovu detekcije fluorescencije na Applied Biosvstems 7500 Fast Dx Real-Time PCR instrumentu, kliničkom multipleksnom test sistemu (Applied Biosvstems, Foster City, CA, Cat # 4406985; K082562) sa SDS softverom verzije 1.4.
[0083]Kvantitativni rezultati merenja pri određivanju granične vrednosti ciklusa (Ct) za svaki cilj koja odgovara relativnoj učestanosti transkripta u uzorku RNK. Ct se određuje merenjem geometrijskog povećanja fluorescentnog signala koje je rezultat oslobađanja blizine reporter-element za gašenje usled aktivnosti 5'-3' egzonukleaze polimeraze u toku faze produženja u svakom ciklusu pojačanja. Kvantitativne Ct vrednosti za svaki gen i kontrolu se koriste za izračunavanje nivoa prekomerne ekspresije ciljnih gena kod subjekta koji boluje od autoimunih bolesti u odnosu na zdrave subjekte. Nivo prekomerne ekspresije može se izraziti kao srednja vrednost promene nivoa mRNK kod ciljnih gena kod subjekta koji boluje od autoimune bolesti u odnosu na srednji nivo kod gena zdravog subjekta ili se može izraziti kao rezultat prekomerne ekspresije gena koji se mogu indukovati pereko interferona tipa I.
[0084]Konkretno, rezultat (ACtiFN) ("delta Ct") se izračunava kao razlika između srednjeg Ct za četiri ciljna gena i srednjeg Ct tri kontrolna gena u skladu sa sledećim algoritmom:
[0085]Ovaj rezultat se zatim koristi za određivanje kvalitativnog rezultata testa kojem je
rezultat veći ili jednak graničnoj vrednosti pozitivan rezultat testa i rezultat manji od granične vrednosti je negativan rezultat testa. Negativan rezultat pokazuje da paciujent verovatno neće reagovati na lečenje sifalimumabom (nereagujući) i pozitivan rezultat pokazuje da će pacijent verovatno reagovati na lečenje to sifalimumabom (reagujući).
C. Koraci testa
1. Priprema RNK
[0086] Totalna RNK se priprema iz donirane krvi, koristeći odobreni PAXgene™ sistem RNK iz krvi (Qiagen, komplet kat. br. 762164; Becton Dickinson, cevčice za prikupljanje kat. br. 762165; K042613) i obezbeđuje predložak za sintezu cDNK. Prinos i kvalitet RNK se testira spektrofotometrijom putem merenja apsorpcije pri talasnim dužinama 260 nm i 280 nm. Prinos RNK se izračunava koristeći formulu C (mg/ml) = A280/0.025. Osim toga, čistoća RNK se procenjuje koristeći količnik apsorpcije pri 260 nm i 280 nm. Prihvatljiv opseg A260A280 količnik je<>>1.6.
2. Sinteza cDNK i ciljno pojačanje
[0087] cDNK se sintetizuje iz prečišćenje totalne RNK koristeći tečnu RT mešavinu enzima i RT pufer koji sadrži RT prajmere i nukleotide. Sinteza cDNK koristi pristup slučajnim ispiranjem koristeći RT prajmere koji su mešavina slučajno izabranih heksadekamera koji hibridizuju u RNK molekule i služe kao podloga za RT enzime. Rezultujuća cDNK sadrži proporcionalnu mešavinu DNK reprezentujući tako sekvence prisutne u uzorku RNK.
[0088] Ciljni transkripti se pojačavaju istovremeno i detektuju koristeći qPCR pufer, genski prajmer i sonde i kliničku AmpliTaq Gold polimerazu. U toku svakog ciklusa pojačanja, dva napredna i reverzna prajmera (neoznačeni) specifičnih za sekvence hibridizuju u komplementarne predloške cDNK u toku faze kaljenja i služe kao podloga za AmpliTaq Gold polimerazu u toku faze produženja, rezultujući proizvodnjom novog DNK lanca komplementarnim sa ciljem. Napredni i reverzni prajmeri hibridizuju u različite lance različitog polariteta. Detekcija svakog pojačanog cilja se postiže korišćenjem sonde specifične za sekvencu koja je označena fluorescentnim reporterskim udelom, FAM, i fluorescentnim udelom za gašenje, BHQ 1, koji hibridizuje u komplementarnu ciljnu sekvencu u toku faze žarenja. Svaki cilj se pojačava i detektuje u individualnim bušenim otvorima na ploči sa 96 bušenih otvora.
3.Detekcija signala
[0089] Kvantitativno određivanje količine svakog transkripta u uzorku se vrši na osnovu detekcije fluorescencije na Applied Biosvstems 7500 Fast Dx Real-Time PCR instrumentu (Applied Biosvstems, Foster City, CA, kat. br. 4406985; K082562) sa SDS softverom verzije 1.4, što rezultuje određivanjem granične vrednosti ciklusa (Ct) za svaki cilj koji odgovara relativnoj učestanosti transkripta u RNK uzorku. Instrument određuje Ct merenjem geometrijskog povećanja fluorescentnog signala koji je rezultat oslobađanja blizine reporter-element za gašenje usled aktivnosti 5'-3' egzonukleaze polimeraze u toku faze produženja svakog ciklusa pojačanja. Kvantitativne Ct vrednosti za svaki gen i kontrolu se koriste za izračunavanje rezultata prekomerne ekspresije gena koji se mogu indukovati preko interferona tipa I.
4. Kontrole testa
[0090] In vitro transkript (IVT) RNK kontrole (svaki od četiri ciljna gena i kontrole domaćinskog gena) koje su opciono uključene u svaki prolaz konstruisani su za detektovanje potencijalne greške korisnika, kontaminacije, unakrsne reakcije i/ili neuspeha testa u toku reverzne transkripcije, sinteze cDNK, PCR, hibridizacije i/ili koraka detekcije. Rezultati kontrole se koriste kao kontrole validnosti za potvrđivanje ili odbacivanje određenog prolaza. Oni se ne koriste za validiranje izolacije RNK, koja se izvodi sa odobrenim PAXgene™ sistemom RNK iz krvi i za kontrolu provere kvaliteta RNK. Negativna i i niskopozitivna kontrola, blizu granične vrednosti, može biti uključena.
5. Softver
[0091]Softver se koristi za izračunavanje delta Ct koristeći gore opisanu jednačinu. Delta Ct se zatim koristi za određivanje kvalitativnog rezultata testa kod kojeg je rezultat veći ili jednak graničnoj vrednosti je pozitivan rezultat testa i rezultat manji od granične vrednosti je negativan rezultat test. Negativan rezultat pokazuje da pacijent verovatno neće reagovati na lečenje sifalimumabom (nereagujući) i pozitivan rezultat pokazuje da će pacijent verovatno reagovati na lečenje sifalimumabom (reagujući).
6. Komponentetestkompleta
[0092]
7. Oligonukleotidi za istovremeno pojačanje i detektovanje ciljnih gena
[0093]
8. Sekvenca ciljnih gena
[0094]
X. Primer 2: Mnoštvo analiza pokazuje da je reakcija na MEDI-545 u korelaciji sa četvorogenskim potpisom
[0095] Granična vrednost koja se koristi za određivanje dijagnostički pozitivnog u odnosu na negativni subjekat određena je korišćenjem dva primarna postupka. Prvo je distribucija rezultata četvorogenske promene od 202 SLE subjekta vrednovana u pogledu prisustva modusa van okvira pojedinačnog modusa. Takva više modalna distribucija bi značila prisustvo više od jedne populacije sa rezultatom. Iz te distribucije su identifikovana dva različita modusa i centroid područja koje je razdvajalo ta dva modusa je pronađen pri vrednosti od približno 4. Distribucija pokazuje da se opseg od oko 2 do oko 8 može koristiti za razlikovanje ta dva modusa i stoga pogodna granična vrednost srednje promene može biti između približno 2 i približno 8.
[0096] Zatim je distribucija rezultata četvorogenske dijagnostičke promene za 24 normalna zdrava donora proračunata u pogledu gornjih granica u poređenju sa distribucijom rezultata za SLE pacijente. Prosečan rezultat dijagnostičke promene za 24 normalna zdrava donora je 1.34 sa gornjom granicom (srednja vrednost+2<*>SD) od 2.91. Pošto je broj subjekata u populaciji normalnih zdravih donora bio mnogo manji od broja subjekata u populaciji sa bolešću, koristili smo konzervativnu procenu gornje granice dijagnostičkog rezultata kod normalnih zdravih donora koja se slagala sa rezultatima distribucije bimodalnog SLE rezultata. Stoga je izabrana granična vrednost od > 4 za stratifikaciju SLE pacijenata u dijagnostički pozitivnu i dijagnostički negativnu grupu.
[0097] Za dijagnostički pozitivnu populaciju, 147 SLE subjekata je stratifikovano u ovu grupu i srednja vrednost, medijana i standardnom odstupanje za rezultate su 36.13, 63.76, i 2.71, respektivno. Za dijagnostički negativnu populaciju, 55 SLE subjekata je stratifikovano u ovu grupu i srednja vrednost, medijana i standardno odstupanje za rezultate je 0.95, 0.89, i 2.00, respektivno. Welch-ov modifikovani dvostrani t-test sa dva uzorka pokazuje značajnu razliku između dve grupe za p-vrednost od 1.62 x IO"<66>.
[0098] Generisane su karakteristike primaoca-operatera (ROC) sa SLEDAI kliničkom završnom tačkom koristeći četvorogenski potpis (tj. IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2 potpis) dobijen iz podataka kliničkog ispitivanja bazirano na izračunavanju promene. Kriva je prikazana na slici 1 koristeći SLEDAI pad od najmanje 4 tačke od osnovne linije kao završnu tačku, izračunato 182., 196. i 210. dana posle lečenja. Bazirano na ROC karakteristici, izabrana je granična tačka srednje promene > 4 u ekspresiji za IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2.
[0099]Sa ghraničnom tačkom srednje promene > 4 osetljivost i specifičnost testa je 87.0% i 32.9%, respektivno, bazirano na podacima dobijenim iz uzoraka krvi prikupljenim 182. dana posle lečenja. AUC podatke 182. dana je 0.59. Sa graničnom tačkom srednje promene > 4 osetljivost i specifičnost testa je 85.7% i 32.8%, respektivno, bazirano na podacima dobijenim iz uzoraka krvi prikupljenim 196. Dana posle lečenja. AUC za podatke 196.dana je 0.57. Konačno, kada se koristi ista granična tačka, osetljivost, specifičnost i AUC vrednosti dobijene 210. Dana posle lečenja su 86.0%, 33.8% i 0.56, respektivno.
[0100]Kada se koristi srednja vrednost prekomerne ekspresije prikazana kao promena za svaki od četiri gena kao klasifikator u svrhu razdvajanja SLE pacijenata na dijagnostički pozitivan (reagujući) i dijagnostički negativan (nereagujući) status, postoji jasno razdvajanje između grupa. Distribucija srednjih vrednosti rezultata za četiri gena na log2 skali jasno pokazuje dva modusa, sa samo nekoliko vrednosti koje padaju izmeđi njih. Slike 2A i B pokazuju distribuciju pacijenata na grupe pozitivne i negativne na dijagnostički test koristeći četvorogensko (IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2) dijagnostičko sredstvo sa graničnom vrednošću srednje promene >4.
A. SLENA-SLEDAI> 4
[0101]Grupisali smo sve grupe doza sifalimumaba u ćelom MI-CP 152, i koristili smo kliničku završnu tačku smanjenja kod SELENA-SLEDAI > 4 tačaka od osnovne linije (SELENA-SLEDAI reagujući), da za 182. Dan izračunamo prognostičku pozitivnu vrednost od 46.6% (PPV; procenat reagujućih subjekata među dijagnostički pozitivnim subjektima [Dx+]). Analogno smo izračunali prognostičku negativnu vrednost za 182. dan od 82.1%
(NPV; procenat nereagujućih subjekata među dijagnostički negativnim subjektima [Dx-]). Za tu istu kliničku završnu tačku, osetljivost i specifičnost je iznosila 87.0% i 32.9%.
[0102]Pošto smo utvrdili nivo reagovanja na placebo od približno 20% do 40%, smatrali smo daje prikladna za izračunavanje "delta PPV" i "delta NPV," za uračunavanje efekta koji placebo ima na tačnost. Vrednost delta PPV je razlika između PPV za subjekte lečene sifalimumabom (bazirano uglavnom na podacima grupe za 0.3 i 1.0 mg/kg dostupnim u vreme međuanalize) i PPV za subjekte lečene placebom. Analogno, za delta NPV, ovo izračunavanje se sastojalo od razlike između NPV za subjekte lečene sifalimumabom (opet uglavnom podaci iz 0.3 i 1.0 mg/kg grupe) i NPV subjekata lečenih placebom. Ove delta PPV/NPV statistike su konzervativne procene PPV i NPV i pokazuju procenat reagujućih pacijenata kojima je dat lek, u kontekstu onih pacijenata koji reaguju na davanje placeba. Stoga ove statistike prikazuju inherentni nivo 'šuma' kod statusa regujućeg pacijenta. Čak i sa tim prilagođenim PPV/NPV vrednostima, međutim, mi i dalje vidimo jak nivo reakcije kod Dx pozitivnih pacijenata lečenih sifalimumabom u poređenju sa Dx negativnim pacijentima lečenim sifalimumabom.
[0103] Zbirni pregled rezultata je dat u tabeli 1.
[0104]Slike 3A i B prikazuju podatke iz faze lb, multicentarske, randomizovane, dvostruko slepe, placebom kontrolisane, studije sa eskalacijom doze da bi se izračunale višestruke intravenske doze MEDI-545 kod pacijenata sa umerenim do veoma aktivnim SLE. Svi SLE subjekti imaju SLEDAI rezultat > 6 kod pre-skrininga. Slike 3A i B prikazuju vremenski prilagođenu površinu ispod krive minus osnovna linija SLEDAI rezultat za na četvorogenski (IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2) potpis pozitivne ili negativne SLE pacijente u placebu, ili 0.3/1/3/10 mg/kg kohorti MEDI-545. Slika 3A pozitivni na potpis, slika 3B negativni na potpis.
[0105]Ne postoje značajni vidovi korelacije između četvorogenskog dijagnostičkog sredstva (tj. IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2 potpis) i primarnih demografskih/kliničkih varijabli subjekata u kliničkim ispitivanjima. Pirsonovi koeficijenti korelacije su dati u tabeli 2 za ove primarne varijable.
B.Pozitivna korelacija kod SELDAI reakcija, smanjenje (poboljšanje)> 4 tačke.
[0106] Podaci su iz ispitivanja CP 152. Subjekti sa umerenim do ozbiljno aktivnim SLE su stratifikovani skrinigom potpisa IFN tipa I i zatim izloženi placebu ili sifalimumabu od dana 0
- 182. Prikazana je SLEDAI reakcija, koja je SLEDAI smanjenje (poboljšanje aktivnosti bolesti) > 4 tačke. Puni kvadrati/linija reprezentuju subjekte izložene sifalimumabu i prazni kvadrati/isprekidane linije predstavljaju placebo pacijente. Kratke linije samo za dane 182-210 su prosečne vrednosti za dane 182-210, bez simbola, puna linija koja predstavlja prosečnu vrednost za sifalimumab subjekte i bez simbila, isprekidane linije koje predstavljaju prosečne vrednosti za placebo subjekte. Subjekti koji su primili najmanje jednu dozu placeba ili
sifalimumaba i koji su imali osnovni SLEDAI rezultat > 6 su obuhvaćeni, sa podacima prikazanim za subjekte koji primaju 1, 3, ili 10 mg/kg sifalimumaba ili placebo. Subjekti kojima su bili potrebni kortikosteroidi za spašavanje u količinama većim od dozvoljenih u protokolu za povećanje aktivnosti bolesti na sam 196. dan ili pre njega smatraju se nereagujućim subjektima u ovoj analizi.
[0107] Slika 4A obuhvata subjekte sa pozitivnim dijagnostičkim testom pri skriningu, sa prosečnim SLEDAI odzivom (%) u danima 182-210 52.5% za sifalimumab subjekte (n = 88)
i 33.9% za placebo subjekte (n = 22). Slika 4B obuhvata subjekte sa negativnim dijagnostičkim testom na skriningu, sa prosečnim kompozitnim odzivom u danima 182-210 25.7% za sifalimumab subjekte (n = 22) i 22.2% za placebo subjekte (n = 6).
C. Pozitivna korelacija kod smanjenja potpisa i SLEDAI odziva. SLEDAI odzivi, smanjenje (poboljšanje) > 4 tačke, kod Dx+ subjekata sa > 50% smanjenja u odnosu na < 50% smanjenja kod Dx post osnovne linije
[0108] Slike 5A i B. Podaci su iz ispitivanja CP152. Subjekti sa umereno do ozbiljno aktivnim SLE stratifikovani su skriningom potpisa IFN tipa I i zatim izloženi placebu ili sifalimumabu od dana 0 - 182. Prikazana je SLEDAI reakcija, koja je SLEDAI smanjenje (poboljšanje aktivnosti bolesti) > 4 tačke. Puni kvadrati/linija reprezentuju subjekte izložene sifalimumabu i prazni kvadrati/isprekidane linije predstavljaju placebo pacijente. Kratke linije samo za dane 182-210 su prosečne vrednosti za dane 182-210, bez simbola, pune linije koja predstavlja prosečnu vrednost za sifalimumab subjekte i bez simbola, isprekidanih linija koje predstavljaju prosečne vrednosti za placebo subjekte. Subjekti koji su primili najmanje jednu dozu placeba ili sifalimumaba i koji su imali osnovni SLEDAI rezultat > 6 su obuhvaćeni, sa podacima prikazanim za subjekte koji primaju 1, 3, ili 10 mg/kg sifalimumaba ili placeba. Subjekti kojima su bili potrebni kortikosteroidi za spašavanje u količinama većim od dozvoljenih u protokolu za povećanje aktivnosti bolesti na sam 196. dan ili pre njega smatraju se nereagujućim subjektima u ovoj analizi.
[0109] Slika 5A obuhvata subjekte sa pozitivnim dijagnostičkim testom pri skriningu i koji su, ako su lečeni sifalimumabom, imali smanjenje medijane > 50% kod osnovnog rezultata dijagnostičkog potpisa posle dana doziranja 28-210, sa prosečnim SLEDAI odzivom (%) u danima 182-210 66.3% za sifalimumab subjekte (n = 23) i 33.9% za placebo subjekte (n = 22). Slika B uključuje subjekte sa pozitivnim dijagnostičkim testom pri skriningu, i koji su, ako su lečeni sifalimumabom, imali smanjenje medijane < 50% kod osnovnog rezultata dijagnostičkog potpisa posle dana doziranja 28-210, sa prosečnim SLEDAI odzivom (%) u danima 182-210 48.0% za sifalimumab subjekte (n = 23) i 33.9% za placebo subjekte (n = 22).
D. Pozitivna korelacija kod kompozitnog odziva i potpisa
[01101Kao što je prikazano na slikama 6A i B, kompozitni odziv subjekata je u korelaciji sa pozitivnim rezultatom četvorogenskog potpisa. Podaci su iz ispitivanja CP 152. Subjekti sa umereno do ozbiljno aktivnim SLE stratifikovani su skriningom potpisa IFN tipa I i zatim izloženi placebu ili sifalimumabu u dozama od 0.3, l, 3, ili 10 mg/kg IV svake 2 nedelje, od dana 0 - 182. Prikazana je kompozitna reakcija, koja je SLEDAI smanjenje (poboljšanje aktivnosti bolesti) > 4 tačke i ne više od 1 novi BILAG B rezultat (mera koja je najmanje umerena akutna faza) i bez pogoršanja procene opšteg fizičkog stanja > 0.3 inča na 3-inčnoj vizuelnoj analognoj skali. Puni kvadrati/linija reprezentuju subjekte izložene sifalimumabu i prazni kvadrati/isprekidane linije predstavljaju placebo pacijente. Kratke linije samo za dane 182-210 su prosečne vrednosti za dane 182-210, bez simbola, pune linije koja predstavlja prosečnu vrednost za sifalimumab subjekte i bez simbola, isprekidanih linija koje predstavljaju prosečne vrednosti za placebo subjekte. Subjekti koji su primili najmanje jednu dozu placeba ili sifalimumaba i koji su imali osnovni SLEDAI rezultat > 6 su obuhvaćeni. Subjekti kojima su bili potrebni kortikosteroidi za spašavanje u količinama većim od dozvoljenih u protokolu za povećanje aktivnosti bolesti na sam 196. dan ili pre njega smatraju se nereagujućim subjektima u ovoj analizi. Slika 6A obuhvata subjekte sa pozitivnim dijagnostičkim testom pri skriningu, sa prosečnim kompozitnim odzivom (%) u danima 182-210 46.4% za sifalimumab subjekte (n = 88) i 36.1% za placebo subjekte (n = 29). Slika 6B obuhvata subjekte sa negativnim dijagnostičkim testom pri skriningu, sa prosečnim kompozitnim odzivom u danima 182-210 19.1% za sifalimumab subjekte (n = 28) i 14.8% za placebo subjekte (n = 9).
E. Pozitivna korelacija u SLEDAI površini ispod krive minus osnovna linija
[0111]Kao što je prikazano na slikama 7A i B, smanjenje u SLEDAI površini ispod krive minus osnovna linija je u korelaciji sa pozitivnim rezultatom četvorogenskog potpisa. Podaci su iz ispitivanja CP152. Subjekti sa umereno do ozbiljno aktivnim SLE stratifikovani su skriningom potpisa IFN tipa I i zatim izloženi placebu ili sifalimumabu u dozama od 0.3, 1, 3, ili 10 mg/kg IV svake 2 nedelje, od dana 0 - 182. Prikazana je površina ispod krive minus osnovna linija za SLEDAI rezultat (mera aktivnosti bolesti), sa većim negativnim vrednostima koje ukazuju na veće smanjenje aktivnosti bolesti. Puni kvadrati/linija predstavljaju subjekte izložene sifalimumabu i otvoreni kvadrati/isprekidane linije predstavljaju placebo pacijente. Kratke linije samo za dane 182-210 su prosečne vrednosti za dane 182-210, bez simbola, pune linije koja predstavlja prosečnu vrednost za sifalimumab subjekte i bez simbola, isprekidanih linija koje predstavljaju prosečne vrednosti za placebo subjekte. Subjekti koji su primili najmanje jednu dozu placeba ili sifalimumaba su obuhvaćeni. Slika 7A obuhvata subjekte sa pozitivnim dijagnostičkim testom pri skriningu, sa prosečnom SLEDAI površinom ispod krive minus osnovna linija u danima 182-210 od -2.34 za sifalimumab subjekte (n = 92) i -1.14 za placebo subjekte (n = 30). Slika 7B obuhvata subjekte sa negativnim dijagnostičkim testom pri skriningu, sa prosečnom SLEDAI površinom ispod krive minus osnovna linija u danima 182-210 od -0.46 za sifalimumab subjekte (n = 29) i -0.88 za placebo subjekte (n = 10).
F. Pozitivna korelacija kod SLEDAI promena u odnosu na osnovnu liniju i potpis
[0112]Kao što je prikazano na slikama 8A i B smanjenje SLEDAI u odnosu na osnovnu liniju je bilo u korelaciji sa pozitivnim rezultatom četvorogenskog ptopisa. Podaci su iz ispitivanja CP 152. Subjekti sa umereno do ozbiljno aktivnim SLE stratifikovani su skriningom potpisa IFN tipa I i zatim izloženi placebu ili sifalimumabu u dozama od 0.3, 1, 3, ili 10 mg/kg IV svake 2 nedelje, od dana 0 - 182. Prikazana je SLEDAI reakcija, koja je SLEDAI smanjenje (poboljšanje kod aktivnosti bolesti) > 4 tačke, kod subjekata sa osnovnim SLEDAI > 6. Puni kvadrati/linija predstavljaju subjekte izložene sifalimumabu i otvoreni kvadrati/isprekidane linije predstavljaju placebo pacijente. Kratke linije samo za dane 168-210 su prosečne vrednosti za dane 168-210, bez simbola, pune linije koja predstavlja prosečnu vrednost za sifalimumab subjekte i bez simbola, isprekidanih linija koje predstavljaju prosečne vrednosti za placebo subjekte. Subjekti koji su primili najmanje jednu dozu placeba ili sifalimumaba su obuhvaćeni. Subjekti kojima su bili potrebni kortikosteroidi za spašavanje u količinama većim od dozvoljenih u protokolu za povećanje aktivnosti bolesti na sam 196. dan ili pre njega smatraju se nereagujućim subjektima u ovoj analizi. Prikazani su subjekti sa pozitivnim dijagnostičkim testom na osnovnoj liniji i sa medijan vrednošću smanjenja kod potpisa IFN tipa I > 50% posle doziranja u danima 28-210. Slika 8A obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 1 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 53% za sifalimumab subjekte (n = 10) i 21% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 7). Slika 8B obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 3 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 63% za sifalimumab subjekte (n = 6) i 33% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 6).
G. Inhibicija potpisa, SLEDAI odziv i doza
[01131 Slike 9 A-C. Podaci su iz ispitivanja CP152. Subjekti sa umereno do ozbiljno aktivnim SLE stratifikovani su skriningom potpisa IFN tipa T i zatim izloženi placebu ili sifalimumabu u dozama od 0.3, 1, 3, ili 10 mg/kg IV svake 2 nedelje, od dana 0 - 182. Prikazana je SLEDAI reakcija, koja je SLEDAI smanjenje (poboljšanje kod aktivnosti bolesti) > 4 tačke, kod subjekata sa osnovnim SLEDAI > 6. Puni kvadrati/linija predstavljaju subjekte izložene sifalimumabu i otvoreni kvadrati/isprekidane linije predstavljaju placebo pacijente. Kratke linije samo za dane 168-210 su prosečne vrednosti za dane 168-210, bez simbola, pune linije koja predstavlja prosečnu vrednost za sifalimumab subjekte i bez simbola, isprekidanih linija koje predstavljaju prosečne vrednosti za placebo subjekte. Subjekti koji su primili najmanje jednu dozu placeba ili sifalimumaba su obuhvaćeni. Subjekti kojima su bili potrebni kortikosteroidi za spašavanje u količinama većim od dozvoljenih u protokolu za povećanje aktivnosti bolesti na sam 196. dan ili pre njega smatraju se nereagujućim subjektima u ovoj analizi. Prikazani su subjekti sa pozitivnim dijagnostičkim testom na osnovnoj liniji i sa medijan vrednošću smanjenja kod potpisa IFN tipa I > 50% posle doziranja u danima 28-210. Slika 9A obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 1 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 53% za sifalimumab subjekte (n = 10) i 21% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 7). Slika 9B obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 3 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 63% za sifalimumab subjekte (n = 6) i 33% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 6). Slika 9C obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 10 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 75% za sifalimumab subjekte (n = 9) i 45% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 9).
[0114] Podaci su iz ispitivanja CP152. Subjekti sa umereno do ozbiljno aktivnim SLE stratifikovani su skriningom potpisa IFN tipa I i zatim izloženi placebu ili sifalimumabu u dozama od 0.3, 1, 3, ili 10 mg/kg IV svake 2 nedelje, od dana 0 - 182. Prikazana je SLEDAI reakcija, koja je SLEDAI smanjenje (poboljšanje kod aktivnosti bolesti) > 4 tačke, kod subjekata sa osnovnim SLEDAI > 6. Puni kvadrati/linija predstavljaju subjekte izložene sifalimumabu i otvoreni kvadrati/isprekidane linije predstavljaju placebo pacijente. Kratke linije samo za dane 168-210 su prosečne vrednosti za dane 168-210, bez simbola, pune linije koja predstavlja prosečnu vrednost za sifalimumab subjekte i bez simbola, isprekidanih linija koje predstavljaju prosečne vrednosti za placebo subjekte. Subjekti koji su primili najmanje jednu dozu placeba ili sifalimumaba su obuhvaćeni. Subjekti kojima su bili potrebni kortikosteroidi za spašavanje u količinama većim od dozvoljenih u protokolu za povećanje aktivnosti bolesti na sam 196. dan ili pre njega smatraju se nereagujućim subjektima u ovoj analizi. Prikazani su subjekti sa pozitivnim dijagnostičkim testom na osnovnoj liniji i sa medijan vrednošću smanjenja kod potpisa IFN tipa I < 50% posle doziranja u danima 28-210. Slika 10A obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 1 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 37% za sifalimumab subjekte (n = 9) i 21% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 7). Slika 10B obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 3 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 42% za sifalimumab subjekte (n = 12) i 33% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 6). Slika 10C obuhvata subjekte koji su primili sifalimumab u dozi od 10 mg/kg IV sa prosečnim SLEDAI odzivom u danima 168-210 od 45% za sifalimumab subjekte (n = 15) i 45% za placebo subjekte iz iste kohorte (n = 9).
H. Delta Ct u odnosu na promenu u odnosu na zdrave donore
[0115] U početnim studijama, izračunavali smo promene koristeći grupu od 24 normalna zdrava donora kao referencu za svakog SLE pacienta. Međutim, pokazalo se da ova referenca možda sadrži zbunjujuće probleme, konkretno: 1) potencijalno može da unese variranje u test, i 2) konstantna proizvodnja veštačke reference sa istim dinamičkim opsegom je preobimna.
[0116] Sproveli smo analize da procenimo potrebu za ovom normalnom referencom i utvrdili smo da kada se porede delta Ct vrednosti sa vrednostima promene, postoji korelacija veća od 99% između tih vrednosti (obe su log2-transformisane). Stoga je moguće koristiti delta Ct vrednost sa domaćinskim genima iz uzoraka SLE pacijenata kao reference i ne postoji potreba za merenjem ili poređenjem zdravih donora. Ovaj pristup se može poboljšati tamo gde primarni ishod dijagnostičkog testa jeste kvalitativni rezultat pozitivnog ili negativnog, nasuprot kvantitativnom rezultatu. Naši rezultati pokazuju da se granična vrednost >4 na skali promene prevodi u graničnu vrednost >7.6 na delta Ct skali.
XI. Primer 3. Odnos između aktivnosti bolesti i ekspresije gena indukovane preko
interferona tipa 1 i drugih citokina ukrvikod dermatomiozitis i
Polimiozitis
A.Pozadina
[0117]Periferna krv 42 pacijenta sa DM ili PM je podvrgnuta profiliranju ekspresije gena koristeći Affymetrix humani genom U133 plus 2.0 GeneChips® u početnoj studiji radi identifikacije raširenosti pacijenata sa perifernom prekomernom ekspresijom gena koja se može indukovati preko IFN tipa 1. Da bi se dobio dodatan naučni uvid u IFN tipa 1 kao potencijalnog terapijskog cilja za DM i PM, 24 pacijenata sa DM ili PM je zatim regrutovano i praćeno do 6 godina (srednje trajanje 1.9 godina) dok su primali standardnu kliničku negu.
B. Metodologija
[0118]Klinički kursevi uključujući MITAX (indeks aktivnosti namere lečenja miozitisa) ocenjivanje aktivnosti bolesti su utvrđeni tokom 150 poseta pacijenta. Ovaj indeks je zasnovan na 6 organa ili sistema koje lekar koristi, za svaki organ ili sistem, koji bi on/ona lečio velikim dozama steroida i/ili imunosupresivnim lekova. Uzorci periferne krvi prikupljene na bazi 80 poseta pacijenta su korišćeni za analizu ekspresije gena indukovane citokinom preko mikroniza za putanje signala IFN tipa 1, TNF-a, IL-ip, GM-CSF, IL-10, i IL-13.
C.Rezultati
[0119]35 od 42 (87%) DM i PM pacijenata je imalo umerenu/jaku prekomernu ekspresiju gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa 1 u perifernoj krvi. U longitudinalnoj studiji u toku lečenja, 21 od 24 pacijenata se pokazala prekomerna ekspresija potpisa gena koji se može indukovati preko IFN tipa 1 u perifernoj krvi. Konkretno, prekomerna ekspresija IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2 i kompozitni 13-genski potpis koji se može indukovati preko IFN tipa 1 (IFI27, RSAD2, IFI44L, ISG15, OAS3, HERC5, MX1, ESPTI1, IFIT3, IFI44, OAS1, IFIT1, i IFI6) su bili u visokoj korelaciji sa aktivnošću bolesti u toku lečenja. Za 3 pacijenta, prekomerna ekspresija gena koja se može indukovati preko IFN tipa 1 u toku lečenja prethodila je ponovnoj pojavi bolesti u toku približno 1 meseca potpisi gena koji se mogu indukovati preko TNF-a, IL-ip, GM-CSF, IL-10, i IL-13 takođe su imali prekomernu ekspresiju kod DM i PM pacijenata, ali nisu bili u korelaciji sa aktivnošću bolesti.
[0120]Postavljanje IFN tipa 1 kao cilj može da obezbedi kliničku korist za populacije pacijenata sa DM i PM sa prekomernom ekspresijom gena koja se može indukovati IFN tipa 1 u periferijskoj krvi. Prekomerna ekspresija gena koja se može indukovati preko IFN tipa 1 u periferijskog krvi zaslužuje dalje istraživanje mogućnosti upotrebe kao farmakodinamički i predvidivi biomarker za razvoj terapije sa TFN antitipa Iza takve pacijente. Konkretno, gore opisani rezultati sa SLE ukazuuju na to da će četvorogensko dijagnostičko sredstvo omogućiti identifikaciju DM i PM pacijenata koji će reagovati na anti-interferonsku alfa terapiju.
XII. Primer 4: Upotrebačetvoro-ilipetogenskogpotpisazautvrđivanje prisustva i veličine prekomerneekspresije genakojisemogu indukovati preko IFN tipa 1 u doniranoj krvi od pacijenata koji boluju odSLE,DM, PM,SSc,i RA
A.Pozadina
[0121]Mi smo sproveli studije za određivanje da li postoji zajednički temelj za aktivaciju putanje interferona (IFN) tipa 1 kod subjekata sa sistemskim lupusom eritematozusom (SLE), dermatomiozitisom (DM), polimiozitisom (PM), reumatoidnim artritisom (RA), i sistemskom sklerodermom (SSc).
[0122]Mi identifikujemo prekomerno eksprimovane transkripte u doniranoj krvi (WB) 262 SLE, 44 DM, 33 PM, 38 SSc i 89 RA subjekata i uporedili smo ekspresiju sa 24 zdrava subjekta koristeći Affymetrix U133 Plus 2.0 Genechip<®>. Aktivacija putanje IFN tipa I u WB je utvrđena individualno za svaki subjekat koristeći petogenski potpis IFN tipa I (IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, i RSAD2), kao i u koži sa lezijama od 16 SLE, i 22 SSc subjekata, biopsijama mišića od 37 DM i 36 PM subjekata i sinovijalno tkivo od 20 RA subjekata. Drugi potpisi citokinskih gena kao što su TNF-a, ILip, IL-10, IL-13, IL-17 i GM-CSF su takođe utvrđeni za putanju aktivacije u WB ovih subjekata. Osim toga, molekularna klasifikacija bolesnih i zdravih subjekata je sprovedena postupkom klasterovanja koristeći profile ekspresije transkripata koji se mogu indukovati preko IFN tipa I i IFN koji nije tipa I.
[0123]Ovaj 5-genski panel koji se koristi za utvrđivanje aktivacije putanje IFN tipa I kod subjekata je identifikovan iz grupe od 21 gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I i koji se koriste za merenje farmakodinamike anti-IFN-a mAb kod subjekata sa DM, PM, i SLE, kao što je opisano u Yao et al., 2009. Pokazalo se daje tih 5 gena najviše prekomerno eksprimovano od pomenutog 21 gena kod subjekata sa SLE, DM, PM, SSc, RA, i Sjogrenovom bolešću u poređenju sa normalnim zdravim donorima (tabela 3). Geni u tabeli 3 se sortiraju opadajuće za svaki blok od 21 gena (u okviru svake pojedinačne bolesti), radi ilustracije rangiranja 5 gena među tih 21 gena.
[0124]Utvrdili smo daje proporcija SLE, DM, PM, SSc, i RA subjekata koji su bili pozitivni za aktivaciju putanje IFN tipa I u WB iznosila 72% za SLE, 66% za DM, 61% za PM, 50% za SSc, i 33% za RA. Usaglašena prekomerna ekspresija transkripata koji se mogu indukovati preko IFN tipa I je utvrđena kako u tkivu tako i u WB.
[0125]U ovim studijama je konstantno praćena aktivacija putanje IFN tipa I kod populacije subjekata sa SLE, DM, PM, SSc, i RA. Podgrupe subjekata sa PM i RA su takođe pokazivale aktivaciju putanje TNF-a i podgrupa subjekata sa SSc je pokazala jaku aktivaciju putanje IL-17. Zajednički skup od 36 transkripata koji se mogu ibndukovati preko IFN tipa I su se nalazili među najvećim brojem prekomerno eksprimovanih transkripata u WB subjekata. Stoga ove studije pokazuju daje moguće klasifikovati sve subjekte sa različitim manifestacijama bolesti prema molekularnim svojstvima, a ne da se prezentuje klasična SLE, DM, PM, SSc, i RA nomenklatura.
B. Rezultati
[0126]Rezultati za potpise gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I izračunati koristeći pet gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I u WB za pojedine SLE, DM, PM, SSc, i RA subjekte i zdrave subjekte su prikazani na slici 11 A. Kompozitni rezultati relativne ekspresije više gena može da obezbedi robusno merenje aktivnosti putanje. Pacijenti sa kompozitnim rezultatima većim od 4 su smatrani pozitivnim na potpis gena koji se može indukovati preko IFN tipa I. Granica za pozitivan/negativan status potpisa gena IFN tipa I koristeći 5-genski panel određena je koristeći distribuciju vrednosti potpisa kod zdravih normalnih donora. Pošto je veličina uzorka za ta 24 normalna zdrava donora skromna, ugradili smo konzervativnu procenu granice statusa potpisa. Maksimalna vrednost potpisa gena IFN tipa I kod normalnih zdravih donora iznosi 3. Granična vrednost 4 omogućava dodatnu varijansu koja će verovatnije biti u skladu sa opštom populacijom. Rezultati prekomerne ekspresije potpisa gena koji se može indukovati preko TFN tipa I u WB ovih subjekata su bili značajni u poređenju sa onima kod zdravih subjekata (medijan rezultati za zdrave normalne, SLE, DM, PM, RA i SSc subjekte su 1.1, 34.5, 12.4, 5.3, 2.3, i 4.3, respektivno; p-vrednosti su 7.8* IO"47, 7.5<x>l0"<7>, 6.6<x>l0"<4>, 4.7* IO"5, i 5.2xl0'<4>za SLE, DM, PM, RA, i SSc subjekata, respektivno).
[0127]Za svaku autoimunu bolest, procenat subjekata koji su ocenjeni kao "pozitivni u odnosu na potpis" za aktivaciju putanja IFN tipa I je koristio 5-genski rezultat u pogledu potpisa IFN tipa I (tabela 4). Pacijenti koji su pozitivni u odnosu na potpis za aktivaciju putanje IFN tipa 1 u okviru svake autoimune bolesti su: 73% SLE, 66% DM, 61% PM, i 50% SSc, 33% RA. Ovaj postupak za identifikaciju sličnih subjekata sa pozitivnim potpisom (ili negativnim potpisom) ukazuje na robusno prisustvo prekomerne ekspresije gena IFN tipa I u specifičnoj podgrupi ovih autoimunih bolesti.
[0128]Takođe smo utvrdili prekomernu ekspresiju gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I u bolesnim tkivima (koža sa lezijama od SLE i SSc subjekata, uzorci mišića od DM i PM subjekata i sinovijalno tkivo RA subjekata). Koristili smoin vitrostimulaciju primarnog humanog keratinocit/fibroblast modela i mioblastičnu liniju mišićnih ćelija (SkMC) sa IFN-a ili IFN-P radi identifikacije potencijalnih transkripata koji se mogu indukovati preko IFN tipa I u ćelijama karakterističnih za kožu i mišiće. Većina transkripata indukovanih preko IFN tipa I u rezidentnim ćelijama kože ili linijama ćelija mišića su se takođe mogli indukovati u WB (podaci za kožu su opisani u Yao Y, Jallal J, et al. Type I IFN as a potential therapeutic target for psoriasis. PLoS ONE 2008; 3(7): e2737. doi:10.1371/journal.pone.0002737.) U sledećim veličinama uzorka, 16 SLE, 37 DM, 36 PM, 22 SSc, i 20 RA subjekata, utvrđena je visoka prekomerna ekspresija gena koja se može indukovati preko IFN tipa I na mestima pogođenim bolešću u velikom podskupu SLE, SSc, DM, PM, i RA subjekata koji su ocenjivani (p-vrednosti <0.01 za SLE, SSc, DM, i PM subjekte, respektivno; medijane 5-genskog potpisa za IFN tipa I su iznosile 0.8, 13.6, 4.5 za kožu normalnih zdravih donora, SLE i SSc subjekata; 0.9, 15.3, i 5 za uzorak mišića normalnih zdravih donora, DM i PM subjekata; 1.0 i 7.1 za sinovijalna tkiva i normalne zdrave donore i RA subjekte (kod poređenja sa RA je veličina normaln og kontrolnog uzorka bila previše mala za ocenjivanje); Slika 11 B).
[0129]U analizi između onih pacijenata koji imaju pozitivne potpise gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I (koristeći 5-genski potpis) kod uzoraka WB i bolesnog tkiva koji se poklapaju, 13 od 16 SLE subjekata je pokazalo uporedive rezultate za potpis gena koji se može indukovati preko IFN tipa I u WB i koži sa lezijama (P<0.05 koristeći tačan Fišerov test). Za 10 DM i 9 PM subjekata sa uparenim uzorcima WB i mišića, 2 uzorka DM mišića, 1 uzorak PM mišića i 1 uzorak PM WB (od istog pacijenta) su bila negativna u odnosu na potpis gena koji se može indukovati preko IFN tipa I. Za 10 SSc subjekata sa uparenim uzorcima WB i kože, 7 subjekata je pokazalo uporedive vrednosti potpisa gena koji se može indukovati preko IFN tipa I. Ova posmatranja su pokazala jak trend usaglašene ekspresije gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I u WB i bolesnim tkivima SLE, DM, PM, i SSc subjekata.
[0130]U dodatnoj analizi smo proučavali četvorogenski potpis (IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2) i utvrdili da takođe pokazuje jak trend usaglašene ekspresije četvorogenskih gena koji se mogu indukovati preko IFN tipa I u WB i bolesnim tkivima SLE, DM, PM, i SSc subjekata.Pogledajteslike 12A i B.

Claims (14)

1.Postupak identifikacije subjekta pogodnog za lečenje lupusa antiinterferonskim alfa antitelom ili antiinterferonskim alfa receptorskim antitelom koje moduliše aktivnost interferona tipa 1, koji obuhvata detektovanje povećane mRNK grupe gena koja se sastoji od IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2 u uzorku subjekta, pri čemu srednja vrednost promene mRNK grupe gena od najmanje četiri puta ukazuje na subjekat pogodan za lečenje lupusa antitelom, kod kog je povećanje u relaciji sa a) povećanjem kod uzorka iz tkiva ili od osobe koja nema bolest, ili b) ekspresijom jednog ili više kontrolnih gena.
2. Postupak prema zahtevu 1, kod kog je antiinterferonsko antitelo sifalimumab.
3. Postupak prema zahtevu 1, kod kog antiinterferonsko antitelo nije sifalimumab.
4. Postupak prema zahtevu 1, kod kog detektovanje mRNK kod IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2 obuhvata a) izolovanje RNK iz uzorka dobijenog od subjekta; b) sintetizovanje cDNK iz RNK; c) hibridizovanje cDNK oligonukleotidima koji hibridizuju u sekvence nukleinske kiseline sa R.BR.:: 25 do 28 i 32; i d) pojačanje cDNK i detektovanje pojačanih proizvoda.
5. Postupak prema zahtevu 4, kod kog se oligonukleotidi biraju od oligonukleotida koji sadrže sekvence sa ID BR.: 13 do 24.
6. Antiinterferonsko alfa antitelo ili antiinterferonsko alfa receptorsko antitelo koje moduliše aktivnost interferona tipa 1 za upotrebu kod lečenja lupusa kod pogodnog subjekta, pri čemu se subjekat pogodan za lečenje identifikuje detektovanjem povećane mRNK grupe gena koja se sastoji od IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2 u uzorku subjekta, pri čemu srednja promena mRNK grupe gena od najmanje 4 puta ukazuje na subjekat pogodan za lečenje lupusa, kod kog je povećanje u relaciji sa a) povećanjem kod uzorka iz tkiva ili od osobe koja nema bolest, ili b) ekspresijom jednog ili više kontrolnih gena.
7. Antitelo za upotrebu prema zahtevu 6, kod kog je antiinterferonsko antitelo sifalimumab.
8. Antitelo za upotrebu prema zahtevu 6, kod kog antiinterferonsko antitelo nije sifalimumab.
9. Antitelo za upotrebu prema zahtevu 6 kod kog detektovanje mRNK kod IFI27, IFI44, IFI44L, i RSAD2 obuhvata a) izolovanje RNK iz uzorka dobijenog od subjekta; b) sintetizovanje cDNK iz RNK; c) hibridizovanje cDNK oligonukleotidima koji hibridizuju u sekvence nukleinske kiseline sa ID BR.:: 25 do 28 i 32; i d) pojačanje cDNK i detektovanje pojačanih proizvoda.
10. Antitelo za upotrebu prema zahtevu 9, kod kog se oligonukleotidi biraju od oligonukleotida koji imaju sekvence sa ID BR.: 13 do 24.
11. Postupak prema bilo kom od zahteva 1 do 5 ili antitelo za upotrebu prema bilo kom od zahteva 6 do 10, kod kog je povišena mRNK u relaciji sa prikupljenim uzorcima od zdravih pacijenata.
12. Postupak prema bilo kom od zahteva 1 b) ili 2 do 5 ili 11, u meri u kojoj se zahtevi 2 do 5 i 11 odnose na zahtev 1 b), ili antitelo za upotrebu prema bilo kom od zahteva 6b) ili 7 do 11, umeri u kojoj se zahtevi 7 do 11 odnose na zahtev 6b), pri čemu se kontrolni geni biraju između ACTB, GAPDH, i 18S rRNK.
13. Postupak prema bilo kom od zahteva 1 do 5, 11 ili 12 ili antitelo za upotrebu prema bilo kom od zahteva 6 do 12, kod kog je uzorak donirana krv ili serum.
14. Postupak prema bilo kom od zahteva 1 do 5, ili 11 do 13 ili antitelo za upotrebu prema bilo kom od zahteva 6 do 13, kod kog je subjektu subject potrebno lečenje sistemskog lupusa eritematozusa.
RS20170089A 2009-09-03 2010-09-02 Dijagnostičko sredstvo interferon tipa 1 RS55641B1 (sr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US23963009P 2009-09-03 2009-09-03
PCT/US2010/047721 WO2011028933A1 (en) 2009-09-03 2010-09-02 Type 1 interferon diagnostic

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS55641B1 true RS55641B1 (sr) 2017-06-30

Family

ID=43649646

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20170089A RS55641B1 (sr) 2009-09-03 2010-09-02 Dijagnostičko sredstvo interferon tipa 1

Country Status (23)

Country Link
US (3) US20120251546A1 (sr)
EP (1) EP2473636B1 (sr)
JP (2) JP5727484B2 (sr)
KR (1) KR20120101340A (sr)
CN (1) CN102753704A (sr)
AU (1) AU2010289383B2 (sr)
BR (1) BR112012004781A2 (sr)
CA (1) CA2772921A1 (sr)
CY (1) CY1118566T1 (sr)
DK (1) DK2473636T3 (sr)
ES (1) ES2613055T3 (sr)
HR (1) HRP20170091T1 (sr)
HU (1) HUE032917T2 (sr)
LT (1) LT2473636T (sr)
ME (1) ME02599B (sr)
MX (1) MX2012002640A (sr)
PL (1) PL2473636T3 (sr)
PT (1) PT2473636T (sr)
RS (1) RS55641B1 (sr)
RU (1) RU2012112802A (sr)
SI (1) SI2473636T1 (sr)
SM (2) SMT201700063T1 (sr)
WO (1) WO2011028933A1 (sr)

Families Citing this family (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2488632A1 (en) * 2002-06-11 2003-12-18 Idaho Research Foundation Type i interferon-inducible proteins to detect viral infection
EP2077858A4 (en) * 2006-12-06 2011-07-20 Medimmune Llc INTERFERON ALPHA-INDUCED PHARMACODYNAMIC MARKERS
EP2076590A4 (en) * 2007-05-03 2011-06-01 Medimmune Llc SELF-IMMUNE DISEASE SELF-ANTIBODY MARKERS
AU2012249601A1 (en) * 2011-04-26 2013-05-09 Genentech, Inc. Compositions and method for treating autoimmune diseases
WO2013101771A2 (en) * 2011-12-30 2013-07-04 Genentech, Inc. Compositions and method for treating autoimmune diseases
AU2013274389A1 (en) * 2012-06-13 2015-01-22 Astrazeneca Ab Fixed dosage regimens for anti-type I interferon receptor (IFNAR) antibodies
JP6531306B2 (ja) * 2015-02-20 2019-06-19 一三 西野 炎症性筋疾患鑑別マーカー及びそれを用いた炎症性筋疾患と非炎症性筋疾患の鑑別方法
CN105316404B (zh) * 2015-02-27 2017-02-22 中南大学湘雅二医院 系统性红斑狼疮生物标志物及其诊断试剂盒
RU2756109C2 (ru) 2016-03-10 2021-09-28 Виела Байо, Инк. Связывающие ilt7 молекулы и способы их применения
CN105567861B (zh) * 2016-03-16 2018-12-14 宫蕊 Ifi27作为冠心病诊断标志物的用途
EP3924383A1 (en) * 2019-02-15 2021-12-22 Astrazeneca AB Type i interferon-mediated disorders
KR102766960B1 (ko) 2019-11-11 2025-02-11 아스트라제네카 아베 전신성 홍반성 루푸스에서 i형 인터페론 억제
CN115667309A (zh) 2020-05-29 2023-01-31 阿斯利康(瑞典)有限公司 使用i型干扰素信号传导的抑制剂治疗心血管代谢疾病
AR123650A1 (es) * 2020-10-02 2022-12-28 Celgene Corp Métodos para el tratamiento del lupus eritematoso sistémico y el uso de biomarcadores como un predictor de sensibilidad clínica a terapias
TW202237647A (zh) 2020-10-08 2022-10-01 瑞典商阿斯特捷利康公司 狼瘡發作之治療
JP2023549872A (ja) 2020-11-18 2023-11-29 アストラゼネカ・アクチエボラーグ ステロイド節約
PT4192882T (pt) 2021-04-23 2025-05-02 Astrazeneca Ab Tratamento de nefrite lúpica com anticorpo anifrolumab de recetor inf anti-tipo i
BR112023021868A2 (pt) 2021-04-23 2023-12-19 Astrazeneca Ab Tratamento de lúpus eritematoso cutâneo
HRP20231255T1 (hr) 2021-04-23 2024-02-02 Astrazeneca Ab Režim doziranja anti-ifnar1 za potkožnu injekciju
IL308132A (en) * 2021-05-04 2023-12-01 Viela Bio Inc Methods of treatment of autoimmune disorders using ilt7 binding proteins
US20250002591A1 (en) 2021-05-12 2025-01-02 Astrazeneca Ab Inhibitor of type 1 interferon receptor steroid sparing in systemic lupus erythermatosus patients
CA3226744A1 (en) 2021-07-27 2023-02-02 Astrazeneca Ab Treatment of lupus
WO2023057369A2 (en) 2021-10-04 2023-04-13 Astrazeneca Ab Treatment of lupus
EP4587005A1 (en) 2022-09-14 2025-07-23 Viatris Asia Pacific Pte. Ltd. Sip 1 receptor modulators for use in the treatment of type 1 ifn mediated diseases
JP2025533978A (ja) 2022-10-13 2025-10-09 アストラゼネカ・アクチエボラーグ ループスの治療
CN121127499A (zh) 2023-05-19 2025-12-12 阿斯利康(瑞典)有限公司 狼疮的治疗
WO2025022280A1 (en) 2023-07-21 2025-01-30 Astrazeneca Ab Treatment of neurodegenerative diseases
GB202315831D0 (en) 2023-10-16 2023-11-29 Astrazeneca Ab Treatment of skin disease
GB202402824D0 (en) 2024-02-28 2024-04-10 Astrazeneca Ab Treatment of chronic kidney disease

Family Cites Families (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0139676B1 (en) 1983-02-04 1992-11-25 Cytoclonal Pharmaceutics Inc. Production and characterization of hybridoma antibodies directed specifically against common determinant(s) present among closely related, but distinct proteins
GB8303165D0 (en) 1983-02-04 1983-03-09 Secher D S Monoclonal antibody
DE3306060A1 (de) 1983-02-22 1984-08-23 Boehringer Ingelheim International GmbH, 6507 Ingelheim Neue immunglobulin-produzierende hybridzellinien, deren verwendung und verfahren zu deren herstellung
EP0205404B1 (en) 1985-06-11 1992-07-15 Ciba-Geigy Ag Hybrid interferons
US7247425B2 (en) * 1998-01-30 2007-07-24 Evolutionary Genomics, Llc Methods to identify polynucleotide and polypeptide sequences which may be associated with physiological and medical conditions
US7087726B2 (en) 2001-02-22 2006-08-08 Genentech, Inc. Anti-interferon-α antibodies
JP2008500009A (ja) * 2003-03-03 2008-01-10 ジェネンテック・インコーポレーテッド 全身性エリテマトーデスの治療のための組成物と方法
CA2458085A1 (en) * 2003-03-21 2004-09-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Transcriptional activity assay
KR100872210B1 (ko) 2003-04-23 2008-12-05 메다렉스, 인코포레이티드 인터페론 알파 수용체-1 (ｉｆｎａｒ-1)에 대한 인체화항체
NZ547157A (en) 2003-12-10 2009-07-31 Medarex Inc Interferon Alpha Antibodies and their uses
US8019552B2 (en) * 2004-03-05 2011-09-13 The Netherlands Cancer Institute Classification of breast cancer patients using a combination of clinical criteria and informative genesets
HUE035082T2 (en) 2004-06-21 2018-05-02 Squibb & Sons Llc Interferon alpha receptor 1 antibodies and their use
PT2327792E (pt) * 2005-08-05 2013-11-21 Genentech Inc Métodos e composições para a detecção de distúrbios autoimunes
US8211649B2 (en) * 2006-03-31 2012-07-03 Human Genome Sciences, Inc. Methods of diagnosing and prognosing hodgkin's lymphoma
US20100120627A1 (en) * 2006-08-02 2010-05-13 Abdelmajid Belouchi Genemap of the human genes associated with psoriasis
EP2077858A4 (en) * 2006-12-06 2011-07-20 Medimmune Llc INTERFERON ALPHA-INDUCED PHARMACODYNAMIC MARKERS
EP2076590A4 (en) * 2007-05-03 2011-06-01 Medimmune Llc SELF-IMMUNE DISEASE SELF-ANTIBODY MARKERS
US20100209914A1 (en) * 2007-05-25 2010-08-19 Ore Pharmaceuticals , Inc. Methods, systems, and kits for evaluating multiple sclerosis
SG188147A1 (en) * 2008-02-08 2013-03-28 Medimmune Llc Disease markers and uses thereof
WO2009130176A1 (en) * 2008-04-21 2009-10-29 Novartis Forschungsstiftung Zweigniederlassung Friedrich Miescher Institute For Biomedical Research Antiviral Therapy
WO2009149319A2 (en) * 2008-06-05 2009-12-10 Wyeth Gene expression profiles associated with asthma exacerbation attacks

Also Published As

Publication number Publication date
HRP20170091T1 (hr) 2017-03-24
JP2013503642A (ja) 2013-02-04
MX2012002640A (es) 2012-06-25
US20120251546A1 (en) 2012-10-04
ME02599B (me) 2017-06-20
KR20120101340A (ko) 2012-09-13
DK2473636T3 (en) 2017-02-06
AU2010289383A1 (en) 2012-04-19
AU2010289383B2 (en) 2015-04-16
US20160024205A1 (en) 2016-01-28
EP2473636A1 (en) 2012-07-11
PT2473636T (pt) 2017-02-06
LT2473636T (lt) 2017-02-10
PL2473636T3 (pl) 2017-05-31
HUE032917T2 (hu) 2017-11-28
JP5727484B2 (ja) 2015-06-03
US20150191788A1 (en) 2015-07-09
RU2012112802A (ru) 2013-10-10
EP2473636B1 (en) 2016-10-26
SI2473636T1 (sl) 2017-04-26
EP2473636A4 (en) 2013-02-27
JP2015147788A (ja) 2015-08-20
CA2772921A1 (en) 2011-03-10
BR112012004781A2 (pt) 2017-02-14
WO2011028933A1 (en) 2011-03-10
ES2613055T3 (es) 2017-05-22
SMT201700063T1 (it) 2017-03-08
CY1118566T1 (el) 2017-07-12
CN102753704A (zh) 2012-10-24
SMT201700063B (it) 2017-03-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP2473636B1 (en) Type 1 interferon diagnostic
JP5411129B2 (ja) インターフェロンα誘導性薬力学的マーカー
KR101532797B1 (ko) 인터페론 알파 유도성 약력학적 마커
CN101999001B (zh) 疾病标志物及其用途
US20110287022A1 (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
CN101594882A (zh) 干扰素α诱导的药代动力学标记物
US20100261172A1 (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
WO2009155559A1 (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
AU2014200127A1 (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
AU2014200128A1 (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
HK1140406A (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers