RS64555B1 - Sojevi i procesi za produkciju jednoćelijskog proteina ili biomase - Google Patents

Sojevi i procesi za produkciju jednoćelijskog proteina ili biomase

Info

Publication number
RS64555B1
RS64555B1 RS20230776A RSP20230776A RS64555B1 RS 64555 B1 RS64555 B1 RS 64555B1 RS 20230776 A RS20230776 A RS 20230776A RS P20230776 A RSP20230776 A RS P20230776A RS 64555 B1 RS64555 B1 RS 64555B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
identity
sequence
seq
gene encoding
given
Prior art date
Application number
RS20230776A
Other languages
English (en)
Inventor
Sami Holmström
Juha-Pekka Pitkänen
Original Assignee
Solar Foods Oy
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Solar Foods Oy filed Critical Solar Foods Oy
Publication of RS64555B1 publication Critical patent/RS64555B1/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • C12N1/205—Bacterial isolates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52—Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23K—FODDER
    • A23K10/00—Animal feeding-stuffs
    • A23K10/10—Animal feeding-stuffs obtained by microbiological or biochemical processes
    • A23K10/16—Addition of microorganisms or extracts thereof, e.g. single-cell proteins, to feeding-stuff compositions
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23L—FOODS, FOODSTUFFS OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; PREPARATION OR TREATMENT THEREOF
    • A23L33/00—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof
    • A23L33/10—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof using additives
    • A23L33/135—Bacteria or derivatives thereof, e.g. probiotics
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P1/00—Preparation of compounds or compositions, not provided for in groups C12P3/00 - C12P39/00, by using microorganisms or enzymes
    • C12P1/04—Preparation of compounds or compositions, not provided for in groups C12P3/00 - C12P39/00, by using microorganisms or enzymes by using bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12R—INDEXING SCHEME ASSOCIATED WITH SUBCLASSES C12C - C12Q, RELATING TO MICROORGANISMS
    • C12R2001/00—Microorganisms ; Processes using microorganisms
    • C12R2001/01—Bacteria or Actinomycetales ; using bacteria or Actinomycetales

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Polymers & Plastics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Nutrition Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Animal Husbandry (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Coloring Foods And Improving Nutritive Qualities (AREA)
  • Fodder In General (AREA)

Description

Opis
Oblast pronalaska
[0001] Ovaj pronalazak se odnosi na produkciju proteina i/ili ostalih makromolekula pomoću mikroorganizama. Pronalazak se naročito odnosi na nove bakterijske sojeve i kontinuirane procese kulture za proizvodnju proteina ili biomase pomoću bakterija pri čemu se ćelije snabdevaju gasovima i mineralima. Pronalazak se odnosi i na proizvode ovih procesa i korišćenje ovih proizvoda npr. u stočnoj i ljudskoj hrani.
Pozadina pronalaska
[0002] Rastuća svetska populacija, klimatske promene i nedostatak vode predstavljaju sve veću pretnju za tradicionalnu poljoprivredu i time postavlja pitanje dovoljne zalihe stočne i ljudske hrane. Prema tome, istražuju se alternativni izvori organskih molekula, kao što su proteini. Moguća alternativa je proizvodnja jedne ćelije, odnosno proizvodnja proteina i/ili drugih makromolekula pomoću mikroorganizama.
[0003] Opisani su hemoautotropski mikroorganizmi koji mogu da rastu na minimalnom mineralnom medijumu sa gasom vodonik kao energetskim izvorom i ugljen-dioksidom kao jedinim izvorom ugljenika. Za pregled ovih mikroorganizama, videti npr. Shively et al. (1998) Annu Rev Microbiol 52:191. Aplikacija WO2018144965 za patent opisuje različite mikroorganizme i biološke procese za pretvaranje gasovitih supstrata u visokoproteinsku biomasu.
[0004] Međutim, razni hemoautotropski mikroorganizmi imaju različita svojstva sa aspekta stope rasta, prinosa, sastava biomase, kao i svojstava povezanih sa njihovim korišćenjem kao sastojkom hrane, kao što su bezbednost za ljudsku konzumaciju, ukus, miris, osećaj u ustima, tehničke i funkcionalne karakteristike prilikom kuvanja itd. Nema svaki hemoautotropski mikroorganizam dovoljnu stopu rasta i ne daje zadovoljavajući prinos i ne može svaki proces realno da bude izdignut u ekonomski održiv proces velikog obima. Da bi se ostvarila zadovoljavajuća produkcija funkcionalnog proteina, na primer, za primenu kao ljudska ili stočna hrana, važno je naći odgovarajući proizvodni organizam i odgovarajući proces koji se može izvesti u velikim razmerama. Ovaj pronalazak se odnosi na ovu potrebu.
Kratak pregled pronalaska
[0005] U prvom glavnom aspektu, pronalazak se odnosi na izolovani bakterijski soj VTT-E-193585 ili genetski modifikovan ili mutiran soj generisan pomoću pomenutog bakterijskog soja, pri čemu je navedeni genetski modifikovani ili mutirani soj zadržao sposobnost rasta pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika.
[0006] U daljim aspektima, pronalazak se odnosi na kulturu koja sadrži bakterijski soj pronalaska ili genetski modifikovan ili mutiran soj generisan pomoću pomenutog bakterijskog soja, pri čemu je navedeni genetski modifikovani ili mutirani soj zadržao sposobnost rasta pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika. Takođe, pronalazak se odnosi na proces proizvodnje biomase i/ili proteina, pri čemu se pomenuti proces sastoji od kultivisanja bakterijskog soja pronalaska ili genetski modifikovanog ili mutiranog soja generisanog pomoću pomenutog bakterijskog soja, pri čemu je navedeni genetski modifikovani ili mutirani soj zadržao sposobnost rasta pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika.
Kratak opis slika
[0007]
Slika 1 Optička gustina izmerena na 600 nm (crni krugovi) i očitavanja sonde optičke gustine tokom hemoautotropskog 200-L kultivisanja izolovanog bakterijskog soja deponovanog kao VTT-E-193585.
Slika 2 Optička gustina izmerena na 600 nm tokom paralelnih hemoautotropnih 200-mL kultivacija izolovanog bakterijskog soja deponovanog kao VTT-E-193585 na raznim izvorima azota.
Detaljan opis pronalaska
Definicije
[0008] Kada se koristi u ovom dokumentu, pojam „izolovan”, npr. u kontekstu soja, znači izolovan od svoje prirodne sredine. Poželjno, izolovani soj je čist, odnosno ne sadrži druge sojeve.
[0009] Pojam „derivat”, kada se koristi u ovom dokumentu u kontekstu soja, odnosi se na soj koji je izveden iz referentnog soja, odnosno generisan pomoću referentnog soja kao početne tačke. Na primer, soj izmenjen genetskim inženjeringom ili mutiran na drugi način ili genetski modifikovan predstavlja oličenje takvog derivata. Genetske modifikacije obuhvataju tačkaste mutacije, kao i insercije ili delecije, uključujući insercije ili delecije celih lokusa ili njihovih fragmenata. Poželjno derivat ima manje od 10 genetskih modifikacija, na primer manje od 5, kao 4, 3, 2 ili 1 genetsku modifikaciju u poređenju sa referentnim sojem.
[0010] Kada se koristi u ovom tekstu, imenica „kultura” odnosi se na suspenziju održivih ćelija u tečnom medijumu.
[0011] Pojam „biomasa” ima uobičajeno značenje u oblasti bakterijske fragmentacije i odnosi se na ćelijski materijal.
[0012] Pojam „kontinuirana kultura”, kada se koristi u ovom tekstu, odnosi se na proces kultivisanja pri čemu se kulturi kontinuirano dodaje svež medijum, a medijum s bakterijskom kulturom se kontinuirano uklanja, suštinski istom stopom.
Aspekti i realizacije pronalaska
[0013] U prvom glavnom aspektu, pronalazak se odnosi na izolovani bakterijski soj VTT-E-193585 ili genetski modifikovan ili mutiran soj generisan pomoću pomenutog bakterijskog soja, pri čemu je navedeni genetski modifikovani ili mutirani soj zadržao sposobnost rasta pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika.
[0014] Soj VTT-E-193585 je izolovan sa obale Baltičkog mora u gradiću Nantali, u Finskoj. Ovaj organizam može da raste u odgovarajućim uslovima bioreaktora sa minimalnim mineralnim medijumom sa vodonikom kao energetskim izvorom i ugljen-dioksidom kao izvorom ugljenika pri ograničenim uslovima kiseonika. 16S sekvenciranje i Illumina metagenomsko sekvenciranje je pokazalo da je soj najverovatnije član roda Xanthobacter, ali nije poznate vrste. Bakterijski soj je veoma pogodan za primenu u ljudskoj i stočnoj hrani zbog toga što prah od osušenih ćelija ima visok sadržaj proteina i sadrži sve esencijalne aminokiseline. Takođe sadrži više nezasićenih nego zasićenih masnih kiselina i visok nivo vitamina iz B grupe. Nivoi peptidoglikana i lipopolisaharida, koji mogu da izazovu alergiju ili toksičnost, niski su. Izvršena je analiza toksičnosti i za soj nije zabeležena genotoksičnost ili citotoksičnost. Pored toga, soj je uglavnom osetljiv na antibiotike.
[0015] Soj VTT-E-193585 (SoF1) je deponovan 11. juna 2019. godine u Zbirci kultura VTT u Tehničkom istraživačkom centru Finske VTT, P. fah 1000, FI-02044 VTT, Finska, međunarodni depozitni organ u saglasnosti sa Budimpeštanskim sporazumom. Dodatne informacije o karakteristikama soja i metoda kultivisanja soja date su u Primerima u ovom tekstu.
[0016] U poželjnoj realizaciji, ako je soj derivat soja VTT-E-193585, derivat je zadržao sposobnost da raste pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika.
[0017] U jednoj realizaciji, ako je soj derivat soja VTT-E-193585, derivat sadrži 16S ribosomalnu RNK navedenu u SEQ ID NO:1 ili 16S ribosomalnu RNK koja ima do 20 nukleotidnih razlika sa SEQ ID NO:1, npr. od 1 do 10, kao što je od 1 do 5 npr. jedna, dve ili tri nukleotidne razlike sa SEQ ID NO:1.
SEQ ID NO:1.16S ribosomalna RNK sekvenca soja VTT-E-193585:
CTTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGCGAACGCTGGCGGCAGGC CTAACACATGCAAGTCGAGCGCCCAGCAATGGGAGCGGCAGACGGGTGAGT AACGCGTGGGGATGTGCCCAATGGTACGGAATAACCCAGGGAAACTTGGAC TAATACCGTATGAGCCCTTCGGGGGAAAGATTTATCGCCATTGGATCAACCC GCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAG TAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAG ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTG ATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGATGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCACTTTC GCCGGTGAAGATAATGACGGTAACCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGG GCGTAAAGCGCACGTAGGCGGATCGTTAAGTCAGGGGTGAAATCCTGGAGC TCAACTCCAGAACTGCCCTTGATACTGGCGACCTTGAGTTCGAGAGAGGTTG GTGGAACTGCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAG TGGCGAAGGCGGCCAACTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTG GGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTC CACGCCGTAAACGATGGATGCTAGCCGTTGGGCAGCTTGCTGTTCAGTGGC GCAGCTAACGCATTAAGCATCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAA CTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATT CGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCTTTGACATGGCAGGACGATTTCCA GAGATGGATCTCTTCCAGCAATGGACCTGCACACAGGTGCTGCATGGCTGTC GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT CGCCTCTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGGTGAT AAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGC TGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGATGCGAAAGGGCGA CCTCTAGCAAATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCG AGTGCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAA TACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGCTTT ACCCGAAGGCGCTGCGCTAACCCGCAAGGGAGGCAGGCGACCACGGTAGG GTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGG CTGGATCACCTCCTTT
[0018] U daljem aspektu, pronalazak se odnosi na kulturu koja sadrži bakterijski soj pronalaska ili genetski modifikovan ili mutiran soj generisan pomoću pomenutog bakterijskog soja, pri čemu je navedeni genetski modifikovani ili mutirani soj zadržao sposobnost rasta pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika. U poželjnoj realizaciji, volumen kulture je 100 mL ili više, npr.1 L ili više, kao što je 10 L ili više, npr.1.000 L ili više, kao što je 10.000 L ili više, npr.50.000 L ili više, kao što je 100.000 L ili više, npr.200.000 L ili više.
[0019] U daljem aspektu, pronalazak se odnosi na proces proizvodnje biomase i/ili proteina, pri čemu se pomenuti proces sastoji od kultivisanja bakterijskog soja pronalaska ili genetski modifikovanog ili mutiranog soja generisanog pomoću pomenutog bakterijskog soja, pri čemu je navedeni genetski modifikovani ili mutirani soj zadržao sposobnost rasta pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika. U jednoj realizaciji, proces sadrži kultivisanje soja u kontinuiranoj kulturi sa vodonikom kao energetskim izvorom i izvorom neorganskog ugljenika, gde izvor neorganskog ugljenika sadrži ugljen-dioksid. Različite dalje realizacije procesa opisane su u nastavku.
[0020] Prema sekvenci genoma, soj deponovan pod brojem VTT-E-193585 najverovatnije koristi Kalvinov ciklus za fiksaciju ugljenika gde je molekul ugljen-dioksida povezan sa 5-ugljeničnim lancem ribuloza 1,5-bifosfata formirajući dva molekula glicerata 3-fosfata. Ovo omogućava soju da sintetizuje sve druge organske molekule koji su mu potrebni za rast. Energija iz vodonika najverovatnije dolazi u ćeliju preko hidrogenaza koji smanjuju NAD<+>i/ili NiFeSe-hidrogenaza. U suštini to je redoks reakcija gde se vodonik (H2) oksiduje u H<+>a NAD<+>se redukuje u NADH. Pored ATP, NADH je jedan od glavnih nosilaca energije unutar živih organizama. Alternativno, neki drugi energetski ekvivalent se redukuje drugim enzimom hidrogenaze pomoću H2. Kalvinov ciklus zahteva energiju u obliku ATP i NADH/NADPH kako bi se fiksirao COz. Soj najverovatnije generiše ATP preko oksidativne fosforilacije, koja se sastoji od četiri proteinska kompleksa stvarajući gradijent protona preko membrane. Gradijent protona se stvara uglavnom koristeći energiju iz NADH. Gradijent protona pokreće kompleks ATP sintaze koji stvara ATP. Prema sekvenci genoma, soj ima bakterijsku ATP sintazu F tipa.
[0021] Treba razumeti da kada je navedeno da proces sadrži kultivisanje soja sa izvorom neorganskog ugljenika, taj izvor neorganskog ugljenika je glavni izvor ugljenika u kulturi. Prema tome, u kulturi mogu biti prisutne male količine izvora organskih ugljenika ali glavni metabolizam i rast kulture zasniva se na korišćenju izvora neorganskog ugljenika, poželjno ugljen-dioksida, kao izvora ugljenika. Poželjno je da je udeo ugljenika dostavljenog kulturi koja je organska manji od 5 %, kao što je manji od 1 % npr. manji od 0,1 % celokupnog ugljenika dostavljenog kulturi tokom procesa. Poželjno je da se u proces ne dovode izvori organskog ugljenika.
[0022] Slično tome, treba razumeti da kada je navedeno da proces sadrži kultivisanje soja sa ugljenikom (H2) kao izvorom energije, ugljenik je glavni izvor energije u kulturi. Prema tome, u kulturi mogu biti prisutni drugi mali izvori energije, kao što je amonijak, koji može biti dostavljen kao izvor azota, ili male količine organskih jedinjenja, ali glavni metabolizam i rast kulture se zasniva na korišćenju vodonika kao izvora energije. U celokupnom procesu vodonik se poželjno proizvodi elektrolizom vode; odnosno, podelom vode električnom energijom na gasove vodonik i kiseonik. Prema tome, gasovi vodonik i kiseonik se dostavljaju u bioreaktor iz elektrolizera u blizini. Alternativno, u bioreaktor se mogu postaviti elektrode da produciraju vodonik i kiseonik u bioreaktoru a ne u odvojenom elektrolizeru.
[0023] Izvor neorganskog ugljenika koji sadrži ugljen dioksid može da sadrži i druge izvore neorganskog ugljenika, npr. ugljen-monoksid. U jednoj realizaciji, kulturi se dostavljaju samo izvori ugljenika u gasovitom obliku. U poželjnoj realizaciji, ugljen-dioksid je jedini izvor neorganskog ugljenika, u stvari jedini izvor ugljenika, koji se dostavlja kulturi. U jednoj realizaciji, kulturi se dostavljaju samo gasovi i minerali a nivo ugljen-dioksida u dostavljenom gasu je između 10 % i 50 %, npr. između 15 % i 45 %, kao što je između 20 % i 40 %, npr. između 25 % i 35 %, kao što je između 26 % i 30 %.
[0024] U još jednoj realizaciji, kulturi se dostavljaju gasovi i minerali, a nivo vodonika (H2) u dostavljenom gasu je između 30 % i 80 %, npr. između 35 % i 75 %, kao što je između 40 % i 70 %, npr. između 45 % i 65 %, kao što je između 50 % i 60 %.
[0025] U još jednoj realizaciji, kulturi se dostavljaju gasovi i minerali a nivo kiseonika (Oz) u dostavljenom gasu je između 10 % i 25 %, npr. između 15 % i 20 %, kao što je između 16 % i 18 %. U još jednoj realizaciji, nivo dostavljenog kiseonika je takav da se nivo rastvorenog kiseonika u kulturi održava na nivou između 5 % i 10 %.
[0026] U poželjnoj realizaciji, kulturi se dostavljaju samo gasovi i minerali, pri čemu dostavljeni gasovi sačinjavaju H2, CO2 i O2, gde je procenat H2 između 40 % i 70 %, procenat COz je između 18 % i 28 % a procenat Oz je između 12 % i 22 %.
[0027] Tipično, proces pronalaska uključuje dodatak izvora azota. Izvor azota npr. može da se dostavi u obliku amonijum-hidroksida, amonijum soli, kao što je amonijum-sulfat ili amonijum-hlorid, amonijaka, ureje ili nitrata, npr. kalijumnitrata. U drugim realizacijama, gas azot (N2) se dostavlja kao izvor azota. U poželjnoj realizaciji, izvor azota je amonijum-hidroksid ili amonijumova so, kao što je amonijum-sulfat.
[0028] U jednoj realizaciji, izvor azota je amonijum-hidroksid u koncentraciji između 100 mg/L i 10 g/L, kao što je između 250 mg/L i 4 g/L, npr. između 0,5 g/L i 2 g/L, kao što je između 0,75 g/L i 1,5 g/L.
[0029] Tipično, proces pronalaska uključuje dodavanje minerala, kao što su minerali koji sadrže amonijum, fosfat, kalijum, natrijum, vanadijum, gvožđe, sulfat, magnezijum, kalcijum, molibden, mangan, bor, cink, kobalt, selen, jod, bakar i/ili nikal. Pogodni mineralni medijumi su dobro poznata umešnost, a opisani su npr. u Thermophilic Bacteria, CRC Press, Boca Raton, FL, Jacob K. Kristjansson, ed., 1992, na primer, na str.87, Tabela 4.
[0030] U jednoj realizaciji, dodati minerali uključuju jedno ili više sledećeg: amonijak, amonijum (npr. amonijum-hlorid (NH4Cl), amonijum-sulfat ((NH4)2SO4)), nitrat (npr. kalijum nitrat (KNO3)), ureu ili organski izvor azota; fosfat (npr. dinatrijum fosfat (Na2HPO4), kalijum fosfat (KH2PO4), fosfornu kiselinu (H3PO4), kalijum ditiofosfat (K3PS2O2), kalijum ortofosfat (K3PO4), dinatrijum fosfat (Na2HPO4-2H2O) dikalijum fosfat (K2HPO4) ili monokalijum fosfat (KH2PO4); sulfat; ekstrakt kvasca; helatirano gvožđe (helatirano npr. sa EDTA ili limunskom kiselinom); kalijum (npr., kalijum fosfat (KH2PO4), kalijum nitrat (KNO3), kalijum jodid (KI), kalijum bromid (KBr)); i druge neorganske soli, minerale i nutriente u tragovima (npr. natrijum hlorid (NaCl), magnezijum sulfat (MgSO4·7H2O) ili magnezijum hlorid (MgCl2), kalcijum hlorid (CaCl2), kalcijum sulfat (CaSO4) ili kalcijum karbonat (CaCO3), mangan sulfat (MnSO4·7H2O) ili mangan hlorid (MnCl2), gvozdeni hlorid (FeCl2), ferosulfat (FeSO47H2O) ili ferohlorid (FeCl24H2O), natrijum bikarbonat (NaHCO3) ili natrijum karbonat (Na2CO3), cink sulfat (ZnSO4) ili cink hlorid (ZnCl2), amonijum molibdat (NH4MoO4) ili natrijum molibdat (Na2MoO4·2H2O), bakar sulfat (CuSO4) ili bakar hlorid (CuCl2·2H2O), kobalt hlorid (CoCl2·6H2O) ili kobalt sulfat (CoSO4), aluminijum hlorid (AlCl3·6H2O), litijum hlorid (LiCl), bornu kiselinu (H3BO3), nikal hlorid NiCl2·6H2O) ili nikal sulfat (NiSO4), kalaj hlorid (SnCl2·H2O), barijum hlorid (BaCl2·2H2O), bakar selenat (CuSeO45H2O), natrijum selenat (Na2SeO4) ili natrijum selenit (Na2SeO3), natrijum metavanadat (NaVOs), soli hroma).
[0031] U poželjnoj realizaciji, proces pronalaska uključuje dodavanje jednog, više ili svih: NH4OH, KH2PO4, Na2HPO4·2H2O, NaVO3·H2O, FeSO4×7H2O, MgSO4·7H2O, CaSO4, Na2MoO4·2H2O, MnSO4·7H2O, ZnSO4·7H2O, H3BO3, CoSO4, CuSO4, NiSO4.
[0032] U jednoj realizaciji, medijum dostavljen ćelijama sadrži manje od 1 g/L hloridnih soli, kao što je manje od 0,25 g/L hloridnih soli, npr. manje od 0,1 g/L hloridnih soli, kao što je manje od 0,025 g/L hloridnih soli, npr. manje od 0,01 g/L hlorida. U jednoj realizaciji, kulturi se ne dostavljaju hloridne soli.
[0033] U još jednoj realizaciji, tokom procesa nisu dostavljani vitamini, odnosno medijum dostavljen kulturi ne sadrži vitamine.
[0034] U još jednoj realizaciji, tokom procesa nisu dodavane aminokiseline, odnosno medijum dostavljen kulturi ne sadrži aminokiseline.
[0035] U još jednoj realizaciji, tokom procesa nisu dodavana organska jedinjenja, odnosno medijum dostavljen kulturi ne sadrži organska jedinjenja.
[0036] U određenim realizacijama, pH bakterijske kulture je kontrolisan na određenom nivou. U određenim realizacijama, pH je kontrolisan u okviru optimalnog opsega bakterijskog održavanja i/ili rasta i/ili produkcije organskih jedinjenja. U jednoj realizaciji, pH u kulturi se održava između 5,5 i 8,0, npr. između 6,5 i 7,0, kao što je 6,8.
[0037] U određenim realizacijama, kontroliše se temperatura bakterijske kulture. U određenim realizacijama, temperatura se kontroliše u okviru optimalnog opsega za bakterijsko održavanje i/ili rast i/ili proizvodnju organskih jedinjenja. U jednoj realizaciji, kultura se odgaja između 25 °C i 40 °C, npr. između 28 °C i 32 °C, kao što je 30 °C.
1
[0038] Tipično, proces pronalaska se sprovodi u bioreaktoru. Bioreaktor se koristi za kultivisanje ćelija, koje mogu da se održavaju u određenim fazama u njihovoj krivi rasta. Korišćenje bioreaktora ima prednost na više načina za kultivisanje hemoautotropskog rasta. Generalno, u bioreaktoru je olakšana kontrola uslova rasta, uključujući kontrolu rastvorenog ugljen-dioksida, kiseonika i ostalih gasova kao što je vodonik, kako i drugih rastvorenih nutrienata, elemenata u tragovima, temperature i pH. Hranljivi medijumi, kao što su gasovi, mogu se dodati bioreaktoru kao serijsko dodavanje ili periodično, ili kao odgovor na detektiranu depleciju ili programiranu utvrđenu tačku, ili kontinuirano, u periodu dok kulture raste i/ili se održava. U kontinuiranom procesu kulture, bioreaktoru se stalno dodaju hranljivi medijumi, kao i gasovi. Pored toga, iz bioreaktora se stalno uklanja medijum koji sadrži bakterije.
[0039] U poželjnoj realizaciji, volumen bakterijske kulture je 100 mL ili više, kao što je 1 L ili više, npr.10 L ili više, kao što je 100 L ili više, npr.1.000 L ili više, kao što je 10.000 L ili više, npr.50.000 L ili više, kao što je 100.000 L ili više, npr. 200.000 L ili više.
[0040] U jednoj realizaciji, produktivnost kulture je više od 0,1 g težine suve ćelije na litar na sat, kao što je više od 0,2 npr. više od 0,3, kao što je više od 0,4, npr. više od 0,5, kao što je više od 0,6, npr. više od 0,7, kao što je više od 0,8, npr. više od 0,9, kao što je više od 1 g na litar na sat.
[0041] Bakterije se mogu inokulirati direktno iz banke ćelija ili preko kulture semena, u manjem obimu. Poželjno, dostavljanje svežeg medijuma kulturi i uklanjanje iskorišćenog medijuma sa bakterijama nastaje po istoj stopi, tako da obim u bioreaktoru ostaje isti.
[0042] U jednoj realizaciji, nakon prvobitne faze dostizanja pogodne gustine ćelije, bakterije rastu u stabilnom ili pseudo stabilnom stanju, ostajući kontinuirano u svojoj log fazi, pri OD600 iznad 5, kao što je iznad 10, npr. iznad 20, kao što je između 50 i 200, npr. između 50 i 100.
[0043] U jednoj realizaciji procesa pronalaska, bakterijski soj ima stopu rasta od 0,04 – 0,12 h<-1>.
[0044] U još jednoj realizaciji procesa pronalaska, stopa tečnog hranjenja u kontinuiranoj fazi je 50 %–80 % stope rasta.
[0045] U jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska bira se iz grupe koja se sastoji od: X. agilis, X. aminoxidans, X. autotrophicus, X. flavus, X. tagetidis, X. viscosus, Xanthobacter sp. 126, Xanthobacter sp.91 i soja VTT-E-193585.
[0046] U poželjnoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska je VTT-E-193585 ili X. tagetidis. Najpoželjnije, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska je VTT-E-193585.
[0047] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska obuhvata 16S ribosomalnu RNK datu u SEQ ID NO:1 ili 16S ribosomalnu RNK koja ima do 20 nukleotidnih razlika sa SEQ ID NO:1, npr.1 do 10, kao što je 1 do 5, npr. jedna, dve ili tri nukleotidne razlike sa SEQ ID NO:1.
[0048] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira veliki lanac ribuloza-1,5-bifosfat karboksilaze/oksigenaze (rubisco) koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:3 ili sekvencu koja ima identitet od više od 93 %, npr. identitet od više od 95 %, kao što je identitet od više od 96 %, npr. identitet od više od 97 %, kao što je identitet od više od 98 %, npr. identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu datu u SEQ ID NO:3.
[0049] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira mali lanac ribuloza-1,5-bifosfat karboksilaze/oksigenaze (rubisco) koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:5 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 83 %, npr. više od 86 %, identitet kao što je više od 90 %, npr. identitet od više od 95 %, kao što je identitet od više od 96 %, npr. identitet od više od 97 %, kao što je identitet od više od 98 %, npr. identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu datu u SEQ ID NO:5.
SEQ ID NO:2:
Nukleotidna sekvenca velikog lanca ribuloza bifosfat karboksilaze: ATGGGTGCCGAAGCAACCGTCGGGCAGATCACGGACGCCAAGAA GAGATACGCCGCCGGCGTGCTGAAGTACGCCCAGATGGGCTACTGGAACGG CGACTACGTTCCCAAGGACACCGACCTCCTGGCGGTGTTCCGCATCACCCC CCAGGCGGGCGTGGACCCGGTGGAAGCCGCCGCGGCGGTCGCCGGCGAA AGCTCCACCGCTACCTGGACCGTGGTGTGGACCGACCGGCTCACCGCCGCC GACGTCTACCGCGCCAAGGCCTACAAGGTGGAGCCGGTGCCGGGCCAGGA AGGCCAGTATTTCTGCTACATCGCCTATGATCTCGATTTGTTCGAGGAAGGCT CCATCGCCAACCTCACGGCG TCGATCATCGGCAACGTCTTCTCCTTCAAGCCGCTGAAGGCGGCGCGGCTG GAGGACATGCGGCTTCCCGTCGCCTATGTGAAGACCTTCCGCGGCCCGCCC ACCGGCATCGTGGTCGAGCGCGAGCGCCTGGACAAGTTCGGCCGCCCCCTT CTGGGCGCCACCACCAAGCCGAAGCTTGGCCTC TCGGGCAAGAATTACGGCCGCGTGGTCTATGAGGCCCTCAAGGGCGGCCTC GACTTCGTGAAGGACGACGAGAACATCAACTCGCAGCCCTTCATGCACTGGC GCGATCGCTTCCTCTATTGCATGGAGGCCGTCAACAAGGCCCAGGCCGAGA CCGGCGAGGTGAAGGGGCACTATCTCAACATCACCGCCGGGACCATGGAGG AGATGTACCGCCGCGCCGAGTTCGCCAAGGAACTGGGCTCCGTGGTGGTGA TGGTGGATCTCATCATCGGCTGGACCGCCATCCAGTCCATGTCCAACTGGTG CCGCGAGAACGACATGATCCTGCACATGCACCGTGCGGGCCATGGCACCTA CACGCGCCAGAAGAGCCACGGCGTCTCCTTCCGCGTCATCGCCAAGTGGCT GCGGCTCGCCGGCGTCGACCACCTGCACACCGGCACCGCCGTGGGCAAGC TGGAAGGCGACCCCATGACCGTGCAGGGCTTCTACAATGTCTGCCGCGAGA CGACGACGCAGCAGGACCTCACCCGCGGCCTGTTCTTCGAGCAGGACTGGG GCGGCATCCGCAAGGTGATGCCGGTGGCCTCCGGCGGCATCCATGCGGGC CAGATGCACCAGCTCATCGACCTGTTCGGCGAGGACGTGGTGCTCCAGTTC GGCGGCGGCACCATCGGCCACCCGGACGGCATCCAGGCCGGCGCCACCGC CAACCGCGTGGCGCTGGAAACCATGATCCTCGCCCGCAACGAGGGCCGCGA CATCAGGAACGAGGGCCCGGAAATCCTGGTGGAAGCCGCCAAATGGTGCCG TCCGCTGCGCGCGGCGCTCGATACCTGGGGCGAGGTGACCTTCAACTACGC CTCCACCGACACGTCCGATTACGTGCCCACCGCGTCCGTCGCCTGA
SEQ ID NO: 3:
Aminokiselinska sekvenca velikog lanca ribuloza bifosfat karboksilaze:
1
MGAEATVGQITDAKKRYAAGVLKYAQMGYWNGDYVPKDTDLLAVFRI TPQAGVDPVEAAAAVAGESSTATWTVVWTDRLTAADVYRAKAYKVEPVPGQEG QYFCYIAYDLDLFEEGSIANLTASIIGNVFSFKPLKAARLEDMRLPVAYVKTFRGPP TGIVVERERLDKFGRPLLGATTKPKLGLSGKNYGRVVYEALKGGLDFVKDDENIN SQPFMHWRDRFLYCMEAVNKAQAETGEVKGHYLNITAGTMEEMYRRAEFAKEL GSVVVMVDLIIGWTAIQSMSNWCRENDMILHMHRAGHGTYTRQKSHGVSFRVIA KWLRLAGVDHLHTGTAVGKLEGDPMTVQGFYNVCRETTTQQDLTRGLFFEQDW GGIRKVMPVASGGIHAGQMHQLIDLFGEDVVLQFGGGTIGHPDGIQAGATANRV ALETMILARNEGRDIRNEGPEILVEAAKWCRPLRAALDTWGEVTFNYASTDTSDY VPTASVA
SEQ ID NO: 4:
Nukleotidna sekvenca malog lanca ribuloza bifosfat karboksilaze:
ATGCGCATCACCCAAGGCTCCTTCTCCTTCCTGCCGGACCTCACC GACACGCAGATCAAGGCCCAGGTGCAATATTGCCTGGACCAGGGCTGGGCG GTCTCGGTGGAGCACACCGACGATCCCCACCCGCGCAACACCTATTGGGAG ATGTGGGGCCCGCCCATGTTCGATCTGCGCGACGCGGCC GGCGTCTTCGGCGAGATCGAAGCCTGCCGGGCCGCCAATCCCGAGCATTAT GTGCGGGTGAACGCCTTCGATTCCAGCCGCGGATGGGAGACGATCCGCCTG TCCTTCATCGTTCAGCGGCCCACCGTGGAAGAGGGCTTCCGCCTCGACCGC ACCGAAGGCAAGGGCCGCAACCAGAGCTACGCCATGCGCTACCGGGCGCA GTTCGCGCCGCGCTGA
SEQ ID NO: 5:
Aminokiselinska sekvenca malog lanca ribuloza bifosfat karboksilaze:
MRITQGSFSFLPDLTDTQIKAQVQYCLDQGWAVSVEHTDDPHPRNTY WEMWGPPMFDLRDAAGVFGEIEACRAANPEHYVRVNAFDSSRGWETIRLSFIV QRPTVEEGFRLDRTEGKGRNQSYAMRYR AQFAPR
[0050] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira alfa podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:7 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet više od 96 %, kao što je identitet više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:7.
[0051] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira beta podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:9 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 77 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet više od 96 %, kao što je identitet više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:9.
[0052] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira gama podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:11 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet više od 96 %, kao što je identitet više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:11.
[0053] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira delta podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:13 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 79 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet više od 96 %, kao što je identitet više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:13.
SEQ ID NO:6:
Nukleotidna sekvenca alfa podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
ATGATGCCATCTGAGCCGCACGGCGCGGGCATGCCGCCCCCACG GGAAGCGGCCGCGGTTOCCACCCCCCAGGAGGTGAGCGCGGTGGTGGCCG AGGTGGTCGCGGATGCCGTGGCATCGGTGGGCGGCGCACGCACCCGGCTC
1
ATGGACATCGTCCAGCTGGCCCAGCAGCGTCTCGGCCATCTCTCCGAAGAG ACCATGGCGGCCATTGCCGCGCGGCTCGCCATTCCGCCGGTGGAAGTGGC GGACATGGTGTCCTTCTACGCCTTCCTGAACCGCGCGCCCAAGGGCCGCTA CCACATCCGCCTGTCGCGCAGCCCCATCTCGCTGATGAAGGGCGCCGAGGC GGTGGCTGCCGCCTTCTGCCA GATCCTCGGCATCGCCATGGGCGAGACCTCGCAGGATGGCGACTTCACCCT GGAATGGACCAACGACATCGGCATGGCCGACCAGGAGCCGGCCGCCCTCGT CAACGGCACGGTGATGACGCAGCTCGCGCCCGGCGATGCGGCCATCATCGT CGGCCGGCTGCGGGCCCATCACGCGCCCAAT GCCCTGCCGCTGTTCCCTGGAGCCGGCGTGGCCGGCTCCGGCCTGCCCCA TGCCCGGATCCGCCCCAGCCTGGTGATGCCGGGACAGCTTCTGTTCCGCGA GGACCACACGACGCCGGGCGCCGGCATCAAGGCGGCACTCGCCCTCACCC CGGACGAAGTGGTGCAGAAGGTCTCCGCCGCG CGCCTGCGCGGGCGGGGTGGCGCCGGCTITCCCACCGGTCTCAAATGGAAG CTCTGCCGCCAGTCGCCCGCCACCACCCGCCATGTGATCTGCAATGCGGAC GAGGGCGAGCCCGGCACCTTOAAGGATCGCGTGCTGCTCACGCAGGCGCC GCACCTCATGTTCGACGGCATGACCATCGCCGGCTACGCCTTGGGGGCGCG GGAGGGCGTGGTCTATCTGCGCGGCGAGTACGCCTATCTGTGGGAGCCTCT GCATGCGGTCCTGCGCGAGCGCTATGGGCTCGGGCTCGCCGGCGCGAACA TCCTGGGACACGCGGGCTTCGACTTCGACATCCGCATCCAGCTGGGCGCCG GCGCCTATATCTGO GGCGAGGAATCCGCGCTGGTGGAATCGCTGGAAGGCAAGCGCGGCTCGCC CCGCGACCGCOCCCCCTTCCCCACCGTGCGCGGCCATCTCCAGCAGCCCAC CGCCGTGGACAATGTGGAGACOTTCGCCTGCGCCGCCCGCATCCTGGAGGA TGGCGTGGAGGCGTTCGCGGGCATCGGCACGC
CCGAATCCGCCGGCACGAAGCTCCTCTCGGTGTCGGGCGATTGC CCGCGCCCCGGCGTGTATGAGGTGCCCTTCGGCCTCACGGTGAACGCGCTG CTCGACCTTGTCGGCGCGCCGGACGCCGCCTTCGTGCAGATGGGTGGGCC GTCCGGCCAATGCGTGGCGCCGAAGGATTACGGCCGCCG CATCGCCTTCGAGGACCTGCCCACCGGCGGCTCGGTGATGGTGTTCGGCCC GGGGCGCGACGTGCTCGCCATGGTGCGCGAGTTCGCGGATTTCTTCGCCGG CGAATCCTGCGGCTGGTGCACGCCCTGCCGGGTGGGCACCACCTTGCTCAA GGAAGAGCTGGACAAGCTCCTCGCCAACCGCGCCACCCTCGCCGACATCCG
1
CGCGCTGGAGACCCTGGCCACGACCGTCTCCCGCACCAGCCGCTGCGGCC TCGGCCAGACGGCGCCCAACCCCATCCTTTCCACCATGCGCAACCTGCCGG AAGCCTATGAGGCGAGGCTGAGGCCCGAAGACTTCCTGCCCTGGGCCTCGC TCGACGAGGCGCTGAAGCCCGCCATCGTCATCCAGGGCCGCGCGCCCGTG CCGGAGGAAGAGGCATGA
SEQ ID NO: 7:
Aminokselinska sekvenca alfa podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
MMPSEPHGAGMPPPREAAAVPTPQEVSAVVAEVVADAVASVGGART RLMDIVQLAQQRLGHLSEETMAAIAARLAIPPVEVADMVSFYAFLNRAPKGRYHI RLSRSPISLMKGAEAVAAAFCQILGIAMGETSQDGDFTLEWTNDIGMADQEPAAL VNGTVMTQLAPGDAAIIVGRLRAHHAPNALPLFPGAGVAGSGLPHARIRPSLVMP GQLLFREDHTTPGAGIKAALALTPDEVVQKVSAARLRGRGGAGFPTGLKWKLCR QSPATTRHVICNADEGEPGTFKDRVLLTQAPHLMFDGMTIAGYALGAREGVVYL RGEYAYLWEPLHAVLRERYGLGLAGANILGHAGFDFDIRIQLGAGAYICGEESAL VESLEGKRGSPRDRPPFPTVRGHLQQPTAVDNVETFACAARILEDGVEAFAGIG TPESAGTKLLSVSGDCPRPGVYEVPFGLTVNALLDLVGAPDAAFVQMGGPSGQ CVAPKDYGRRIAFEDLPTGGSVMVFGPGRDVLAMVREFADFFAGESCGWCTPC RVGTTLLKEELDKLLANRATLADIRALETLATTVSRTSRCGLGQTAPNPILSTMRN LPEAYEARLRPEDFLPWASLDEALKPAIVIQGRAPVPEEEA
SEQ ID NO: 8:
Nukleotidna sekvenca beta podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
ATGAGCCGGGGATCCCCCGATGCCGGGAAAGACCGCACCATGAG CGCCACCGACGGCACCACCGCCCCCCGCAAGATCGTCATCGATCCGGTGAC CCGCGTGGAGGGCCACGGCAAGGTCACCATCCGCCTGGATGAAGCCGGCG CGGTGGAGGATGCGCGTTTCCACATCGTGGAGTTCCGCGGCTTCGAGCGGT TCATCCAGGGCCGGATGTACTGGGAAGTGCCCCTTATCATCCAGCGGCTGTG CGGCATCTGCCCGGTGAGCCACCATCTGGCGGCGGCGAAAGCCATGGACCA GGTGGCGGGCGTGGACCGCGTACCGCCCACCGCCGAGAAACTGCGCCGGC
1
TGATGCATTATGGGCAGGTGCTGCAATCCAACGCTTTGCACATCTTCCACCTC GCCTCGCCCGACCTCCTGTTCGGCTTCGACGCGCCGGCCGAGCAGCGCAAC ATCATCGCCGTGCTCCAGCGTTATCCGGAGATCGGCAAA TGGGCGATCTTCATCAGGAAGTTCGGCCAGGAGGTCATCAAGGCCACCGGC GGGCGCAAGATCCATCCCACCAGCGCCATTCCCGGCGGGGTCAACCAGAAC CTCGCCGTGGAGGACCGCGAOGCCCTGCGCGCCAAGGTGGGCGAGATCAT CAGCTGGTGCATGGCGGCGCTGGACCATCACA AGGCCTATGTGGCGGAAAACCGGGCGCTGCATGACAGCTTCGCCGCCTTCC CCTCCGCCTTOATGAGCCTCGTGGGGCCGGATGGCGGCATGGACCTTTATG ACGGCACCCTGCGGGTGATCGATGCCGAGGGCGCCCCCCTCATCGAAGGC GCGCCGCCCGCCTCCTACCGCGACCACCTCAT GAGGAGGTGCGGCCCTGGAGCTATCTGAAATTCCCCCATCTGCGCGCCTTC GGCCGCGACGTGGCTGGTATCGGGTCGGCCCCCTCGCCCAGGTCAATTGCG CCGCGTCCATCGACACGCCCGCGCCGAGGCGGCCCGGCGGGACTTCATGG CCGAGGGCGGCGGCAAGCCGGTGCATGCCA CCCTCGCTTATCACTGGGCGCGGCTCATCGTGCTGGTCCATTGCGCGGAGA AGATCGAACAGCTGCTGTTCGACGACGACCTGCAAGGCTGCGATCTGCGTG CGGAGGGCACCCGGCGCGGGOAAGGCGTCGCCTGGATCGAGGCGCCGCG CGGCACCCTCATCCACCATTACGAGGTGGACGA GAACGACCAGGTGCGCCGCGCCAACCTCATCGTCTCCACCACCCACAATAAC GAGGCCATGAACCGCGCCGTGCGGCAGGTGGCGAAGACGGACCTTTCCGG TCGCGAGATCACCGAAGGGCTGCTGAACCATATCGAGGTGGCCATCCGCGC CTTCGACCCCTGCCTGTCCTGCGCCACCCATG CGCTGGGCCAGATGCCGCTGATCGTGACGCTTGAAGATGCCTCCGGCGCAG AGATCGCCCGCGGAGTGGAAGGAATGA
SEQ ID NO: 9:
Aminokselinska sekvenca beta podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
MSRGSPDAGKDRTMSATDGTTAPRKIVIDPVTRVEGHGKVTIRLDEA GAVEDARFHIVEFRGFERFIQGRMYWEVPLIIQRLCGICPVSHHLAAAKAMDQVA GVDRVPPTAEKLRRLMHYGQVLQSNALHIFHLASPDLLFGFDAPAEQRNIIAVLQ RYPEIGKWAIFIRKFGQEVIKATGGRKIHPTSAIPGGVNQNLAVEDRDALRAKVGE
1
IISWCMAALDHHKAYVAENRALHDSFAAFPSAFMSLVGPDGGMDLYDGTLRVID AEGAPLIEGAPPASYRDHLIEEVRPWSYLKFPHLRAFGRDDGWYRVGPLAQVNC AASIDTPRAEAARRDFMAEGGGKPVHATLAYHWARLIVLVHCAEKIEQLLFDDDL QGCDLRAEGTRRGEGVAWIEAPRGTLIHHYEVDENDQVRRANLIVSTTHNNEAM NRAVRQVAKTDLSGREITEGLLNHIEVAIRAFDPCLSCATHALGQMPLIVTLEDAS GAEIARGVKE
SEQ ID NO: 10:
Nukleotidna sekvenca gama podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
ATGAGCGAGACCCCCTTCACCTTTACCGTGGACGGCATCGCGGTC CCGGCCACCCCCGGCCA GAGCGTCATCGAGGCGTGCGATGCGGCGGGCATCTATATCCCGCGCCTGTG CCACCACCCGGACCTGCCGCCGGCGGGCCATTGCCGGGTGTGCACCTGCAT CATCGACGGGCGGCCGGCCAGCGCCTGCACCATGCCCGCCGCCAGGGGCA TGGTGGTGGAGAACGAGACGCCCGCTTTGCTGGCGGAGCGGCGCACGCTG ATCGAGATGCTGTTCGCGGAAGGCAACCATTTCTGCCAGTTCTGCGAGGCGA GCGGCGATTGCGAATTGCAGGCGCTGGGCTACCTGTTCGGCATGGTGGCCC CGCCCTTCCCCCATCTGTGGCCGAAGCGGCCGGTGGATGCCAGCCATCCGG ATATCTATATCGACCACAATCGCTGCATCCTGTGCTCGCGCTGCGTGCGCGC CTCGCGCACCCTGGACGGCAAGTCCGTGTTCGGCTTCGAGGGGCGCGGCAT CGAGATGCATCTGGCGGTGACCGGCGGGCACCTGGACGACAGCGCCATCG CCGCCGCCGACAGGGCGGTTGAGATGTGCCCGGTGGGCTGCATCGTCCTCA AGCGCACCGGCTACCGCACGCCCTATGGCCGGCGGCGCTACGACGCCGCG CCCATCGGCTCCGACATCACCGCCCGGCGCGGCGGCGCGAAGGACTGA
SEQ ID NO: 11:
Aminokselinska sekvenca gama podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
MSETPFTFTVDGIAVPATPGQSVIEACDAAGIYIPRLCHHPDLPPAGHC RVCTCIIDGRPASACTMPAARGMVVENETPALLAERRTLIEMLFAEGNHFCQFCE ASGDCELQALGYLFGMVAPPFPHLWPKRPVDASHPDIYIDHNRCILCSRCVRAS
1
RTLDGKSVFGFEGRGIEMHLAVTGGHLDDSAIAAADRAVEMCPVGCIVLKRTGY RTPYGRRRYDAAPIGSDITARRGGAKD
SEQ ID NO: 12:
Nukleotidna sekvenca delta podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
ATGGCCAAGCCCAAACTCGCCACCTGCGCGCTGGCCGGCTGCTT CGGCTGCCACATGTCCTTCCTGGACATGGACGAGCGCATCGTCGAGCTCATC GACCTGGTGGACCTCGACGTCTCGCCCCTCGACGACAAGAAAAACTTCACCG GCATGGTGGAAATCGGCCTGGTGGAAGGCGGCTGCGCCGACGAGCGCCAT GTGAAGGTGCTGCGCGAGTTCCGCGAGAAATCCCGCATCCTGGTGGCGGTG GGCGCCTGCGCCATCACCGGCGGCATCCCGGCATTGCGCAACCTCGCCGG CCTCGACGAATGCCTGAGGGAAGCCTACCTCACCGGCCCCACGGTGGAAGG CGGCGGGCTCATTCCCAACGACCCGGAGCTGCCGCTGCTGCTGGACAAGGT CTATCCGGTGCAGGACTTCGTGAAGATCGACCATTTCCTGCCCGGCTGCCCG CCCTCGGCCGACGCCATCTGGGCGGCTCTGAAGGCGCTGCTGACCGGCAC CGAGCCGCATCTGCCCTACCCGCTTTCAAGTACGAATGA
SEQ ID NO: 13:
Aminokselinska sekvenca delta podjedinice NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS:
MAKPKLATCALAGCFGCHMSFLDMDERIVELIDLVDLDVSPLDDKKNF TGMVEIGLVEGGCADERHVKVLREFREKSRILVAVGACAITGGIPALRNLAGLDE CLREAYLTGPTVEGGGLIPNDPELPLLLDKVYPVQDFVKIDHFLPGCPPSADAIWA ALKALLTGTEPHLPYPLFKYE
[0054] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira veliku podjedinicu NiFeSe hidrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:15 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 84 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:15.
2
[0055] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira malu podjedinicu NiFeSe hidrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:17 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. identitet više od 98 %, kao što je identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:17.
SEQ ID NO: 14:
Nukleotidna sekvenca velike podjedinice periplazmične [NiFeSe] hidrogenaze:
TCCAGACCCGGGCAACATTGCTCCATGTGCTGGGCACCCTGGCC GGCCGCTGGCCCCATACCCTCGCGCTCCAGCCCGGCGGGGTGACCCGAAG CGCCGACCAGCACGACCGCATGCGCCTGCTCGCGACGCTGAAGGCGGTGC GGGCGGCGCTGGAAGAGACCTTGTTCGGCGCGCCTTTGGA AGAGGTGGCGGCCCTGGACGGCGCCGCCGCCGTGGAGGCCTGGCGCGCC AACGGCCCGGAAGGGGATTTCCGCCTGTTCCTGGAGATCGCCGCCGACCTG GAGCTGGACCGGCTCGGCCGCGCGCACGACCGCTTTCTCTCCTTCGGCGCC TACGCCCAGGACGAGGGGCGCCTTTATGGCGCCGGCACCTTCGAGGCCGG GACGGCGGGAGGGCTCGATCCCAACGCCATCACCGAGGACCACGCCTTCGC CCGCATGGAGGACCGCGCGGCGCCCCATGCGCCCTTTGACGGCTCCACCTT CCCCGATGCCGACGACACCGAGGGCTACACCTGGTGCAAGGCGCCGCGCC TTGCCGGCCTGCCC TTCGAGACCGGCGCCTTCGCCCGGCAGGTGGTGGCGGGCCATCCGCTCGC CCGGGACCTCGTGACGCGGGAAGGCGGCACTGTGCGCAGCCGCGTGGTCG GCCGGCTGCTGGAAACCGCGCGCACCCTGATCGCCATGGAGGGCTGGGTG AAGGAACTGCGGCCCGAAGGGCCCTGGTGCGC CCAGGGCCACCTGCCCCAGGAAGGCCGCGCCTTCGGCCTCACCGAGGCGG CGCGCGGGGCGCTCGGCCACTGGATGGTGGTGGAGAAGGGCCGCATTGCC CGCTACCAGATCATCGCCCCCACCACCTGGAACTTCTCCCCCCGCGACGGC GCGGGCCTGCCCGGCCCGCTGGAGACGGCCCTGGTGGGCGCGCCCGTGC GGCAGGGAGAGACGACGCCCGTGAGCGTGCAGCACATCGTGCGCTCCTTCG ACCCGTGCATGGTCTGCACTGTGCATTGA
SEQ ID NO: 15:
Aminokiselinska sekvenca velike podjedinice periplazmične [NiFeSe] hidrogenaze:
MSAETRRLVVGPFNRVEGDLEVRLDVQDGRVQQAFVSSPLFRGFERI LEGRDPRDALVIAPRICGICSVSQSHAAALALAGLQGIAPTHDGRIATNLIVAAENV ADHLTHFHVFFMPDFARAVYEDRPWFAQAARRFKANQGVSVRRALQTRATLLH VLGTLAGRWPHTLALQPGGVTRSADQHDRMRLLATLKAVRAALEETLFGAPLEE VAALDGAAAVEAWRANGPEGDFRLFLEIAADLELDRLGRAHDRFLSFGAYAQDE GRLYGAGTFEAGTAGGLDPNAITEDHAFARMEDRAAPHAPFDGSTFPDADDTE GYTWCKAPRLAGLPFETGAFARQVVAGHPLARDLVTREGGTVRSRVVGRLLET ARTLIAMEGWVKELRPEGPWCAQGHLPQEGRAFGLTEAARGALGHWMVVEKG RIARYQIIAPTTWNFSPRDGAGLPGPLETALVGAPVRQGETTPVSVQHIVRSFDP CMVCTVH
SEQ ID NO: 16:
Nukleotidna sekvenca male podjedinice periplazmične [NiFeSe] hidrogenaze
ACGGGGGAGGAAGCCCGCGCCATCTTCGACGCCATCCTTGCCGG CGTTATCGTCCTCGACGCCTGTGCGTGGAAGGCGCGCTGCTGCGCGGGCCG AACGGCACCGGGCGCTTCCATGTGCTGGCGGGCACGGACACCCCCACCATC GACTGGGCGCGGCAGCTCGCCGGCATGGCGCGCCACTGGTGGCGGTGGGC ACCTGCGCCGCCTATGGGGGCGTGACGGCGGCGGGCATCAACCCCACGAT GCCTGCGGCCTCCAGTTCGACGGACGCCGGAAGGGTGGGGCGCTGGGGGC GGACTTCGCTCCCGCTCGGGGCTTCCGGTCATCAATGTGGCCGGCTGCCCC ACCCATCCCAACTGGGTGACGGAAACCCTGATGCTGCTCGCCTGCGGCCTG CTGGGCGAGGCCGACCTCGACGTCTATGCCGCCCGCGCTTCTATGCGGACC TGCTGGTGCATCACGGCTGCCCGCGCAACGAATACTATGAATACAAGGCGAG CGCCGAGAAGATGAGCGACCTCGGCTGCATGATGGAGCATCTGGGCTGCCT CGGCACCCAGGCCCACGCCGACTGCAACACGCGCCTTTGGAATGGCGAGG GCTCGTGCACCCGCGGCGGCTATGCCTGCATCAACTGCACGGCGCCGGAAT TCGAGGAGCCGGGCCACGCCTTCCTGGAGACGCCCAAGATCGGCGGCATCC CCATCGGCCTGCCCACCGACATGCCCAAGGCCTGGTTCATCGCCTTGTCCTC CCTCGCCAAGGCGGCGACGCCGGAGCGGCTGCGCAAGAACGCGGTGTCCG ACCATGTGGTCACGCCGCCCGCCGTCAAGGACATCAAGCGGCGATGA
SEQ ID NO: 17:
Aminokiselinska sekvenca male podjedinice periplazmične [NiFeSe] hidrogenaze
MSTPFSVLWLQSGGCGGCTMSLLCAEAPDLATTLDAAGIGFLWHPAL SEETGEEARAIFDAILAGVIVLDALCVEGALLRGPNGTGRFHVLAGTDTPTIDWAR QLAGMARHVVAVGTCAAYGGVTAAGINPTDACGLQFDGRRKGGALGADFRSRS GLPVINVAGCPTHPNWVTETLMLLACGLLGEADLDVYGRPRFYADLLVHHGCPR NEYYEYKASAEKMSDLGCMMEHLGCLGTQAHADCNTRLWNGEGSCTRGGYAC INCTAPEFEEPGHAFLETPKIGGIPIGLPTDMPKAWFIALSSLAKAATPERLRKNAV SDHVVTPPAVKDIKRR
[0056] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpG_1 gama lanac ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:19 ili sekvencu koja ima identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:19.
[0057] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpA_1 alfa podjedinicu ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:21 ili sekvencu koja ima identitet od više od 78 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:21.
[0058] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpF_1 b podjedinicu ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:23 ili sekvencu koja ima identitet od više od 62 %, npr. identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više
2
od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:23.
[0059] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpE_1 specifičan za natrijumove jone c podjedinice ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:25 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:25.
[0060] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpB_1 a podjedinicu ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:27 ili sekvencu koja ima identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:27.
[0061] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpC_1 lanac epsilon ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:29 ili sekvencu koja ima identitet od više od 71 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:29.
[0062] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpD_1 beta podjedinicu ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:31 ili sekvencu koja ima identitet od više od 84 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:31.
[0063] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpD_2 beta podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:33 ili sekvencu koja ima identitet od više od 97 %, npr. identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:33.
[0064] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpG_2 gama lanac ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:35 ili sekvencu koja ima identitet od više od 86 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:35.
[0065] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpA_2 alfa podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:37 ili sekvencu koja ima identitet od više od 98 %, npr. identitet od sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:37.
[0066] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpH delta podjedinicu ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:39 ili sekvencu koja ima identitet od više od 85 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:39.
[0067] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpF_2 b podjedinicu ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:41 ili sekvencu koja ima identitet od više od 87 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:41.
[0068] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpG_3 b podjedinicu ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:43 ili sekvencu koja ima identitet od više od 81 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više
2
od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:43.
[0069] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpE_2 c podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:45 ili sekvencu koja ima identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:45.
[0070] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpB_2 a podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:47 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 92 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:47.
[0071] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira atpI I protein ATP sintaze koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:49 ili sekvencu koja ima identitet od više od 60 %, npr. identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:49.
SEQ ID NO: 18:
Nukleotidna sekvenca atpG 1 lanca gama ATP sintaze
GTGACCGAGCGCCTGTCCGACGTCAACGCCCGCATCGCCTCGGT GCGGCAGCTCTCATCGGTCATCACGGCCATGCGGGGCATTGCGGCGGCGC GGGCGCGGGAGGCGCGGGGTCGGCTCGACGGCATCCGCGCCTATGCGCAG ACCATCGCCGAGGCCATCGGCCATGTGCTCGCCGTGCTGCCCGAGGAGGCC CGCGCCCGGTCCTCCGGGCACCGGCATCGGGGCCATGCGGTCATCGCCCT GTGCGCGGAGCAGGGCTTTGCCGGCGTCTTCAACGAGCGGGTGCTGGACG AGGCCGCCCGGCTGCTGACCGGCGGGGCGGGGCCGGCCGAGCTGCTGCT GGTGGGCGACCGGGGCCTGATGGTGGCCCGCGAGCGGGGGCTCGATGTCT
2
CCTGGTCGGTGCCCATGGTGGCCCATGCGGGCCAGGCCTCGGCGCTGGCG GACCGCATCAGCGAGGAGCTCTACCGGCGGATCGATGCGGGACGGGTGAC GCGGGTGTCGGTGGTGCACGCCGAGCCCGCCGCGTCCGCCGCCATCGAGA CGGTG GTGAAAGTGCTGGTGCCGTTCGACTTCGCCCGCTTCCCCCTGGCGCGGGTG GCATCCGCCCCGCTCATGACCATGCCGCCGCCGCGGCTGCTGGCCCAGCTG TCGGAGGAATATGTGTTCGCCGAGCTGTGCGAGGCGCTCACCTTGTCCTTCG CGGCGGAGAACGAGGCCCGCATGCGGGCCATGATCGCCGCCCGCGCCAAT GTGGCCGATACCCTGGAGGGCCTCGTCGGCCGCGCCCGGCAGATGCGCCA GGAGGAGATCACCAACGAGATCATCGAGCTGGAAGGCGGCGCCGGCAGCG CCCGGCATGCGGATTGA
SEQ ID NO: 19:
Aminokiselinska sekvenca atpG 1 lanca gama ATP sintaze
MTERLSDVNARIASVRQLSSVITAMRGIAAARAREARGRLDGIRAYAQ TIAEAIGHVLAVLPEEARARSSGHRHRGHAVIALCAEQGFAGVFNERVLDEAARL LTGGAGPAELLLVGDRGLMVARERGLDVSWSVPMVAHAGQASALADRISEELY RRIDAGRVTRVSVVHAEPAASAAIETVVKVLVPFDFARFPLARVASAPLMTMPPP RLLAQLSEEYVFAELCEALTLSFAAENEARMRAMIAARANVADTLEGLVGRARQ MRQEEITNEIIELEGGAGSARHAD
SEQ ID NO: 20:
Nukleotidna sekvenca atpA 1 alfa podjedinice ATP sintaze
ATGAGCACGGGCGCGCAAGCGAGCGAGGATTGGCTCACCCGGAG CCGGGCGGCCCTGGCCGGGACGCGCCTTTCCCAGCAATCCCAATCGGTGG GCCGGGTGGAGGAGATGGCCGACGGCATCGCCCGCGTCTCCGGCCTGCCG GATGTGCGGCTCGACGAGCTTCTCACCTTCGAGGGCGGCCAGACCGGCTAT GCCCTCACCCTCGATCGCACCGAGATCGCCGTGGTGCTGCTGGATGACGCC TCCGGCGTGGAGGCGGGCGCCCGGGTGTTCGGCACCGGCGAGGTGGTGAA GGTGCCGGTGGGGCCGGGGCTGCTGGGCCGCATCGTCGACCCCCTCGGCC GGCCCATGGACCGCTCCGAGCCGGTGGTGGCGCAGGCGCACCATCCCATC GAGCGGCCGGCGCCGGCCATCATCGCCCGCGACCTGGTCTCGCAGCCGGT
2
TCAGACCGGCACGCTGGTGGTGGATGCGCTGTTCTCCCTCGGCCGGGGCCA GCGCGAGCTCATCATCGGCGACCGGGCTACCGGCAAGACCGCCATCGCGGT GG ACACCATCATCAGCCAGAAGCATTCGGACATCGTGTGCATCTACGTGGCGGT GGGCCAGCGOGCCGCCGCCGTGGAGCGGGTGGTGGAGGCGGTGCGCGCC CACGGGGCGATCGAGCGCTGOATCTTCGTGGTCGCCTCGGCCGCCGCCTC GCCAGGGCTGCAATGGATCGCGCCGTTCGCCGGCATGACCATGGCGGAATA TTTCCGCGACAACGGCCAGCATGCGCTCATCATCATCGATGATCTCACCAAG CATGCGGCCACCCATCGCGAGCTGGCGCTGCTCACCCACGAGCCGCCGGG CCGCGAGGCCTATCCCGGCGACATCTTCTATGTGCACGCCCGCCTTCTGGA GCGGGCCGCCAAGCT CTCCGCCGAGCTGGGCGGTGGCTCGCTCACGGCCCTGCCCATCGCGGAGA CGGACGCGGGAAACCTCTCCGCCTATATCCCCACCAACCTCATCTCCATCAC CGATGGGCAGATCGTGCTGGATTCGCGGCTGTTCGCGGCCAACCAGCGCCC GGCGGTGGATGTGGGCCTCTCCGTGAGCCGGG TGGGCGGCAAGGCGCAGCATCCCGCGCTTCGGGCCGTGTCCGGGCGCATC CGGCTCGATTATTCCCAGTTCCTGGAGCTGGAAATGTTCACCCGCTTCGGCG GCATCACCGATACCCGCGTGAAGGCGCAGATCACCCGGGGCGAGCGCATCC GCGCGCTGCTCACCCAGCCGCGCTTTTCCACCOTGCGCCTTCAGGACGAGG TGGCGCTGCTGGCCGCGCTGGCGGAGGGGGTGTTCGACACTTTGGCCCCG GGGCTGATGGGCGCCGTGCGTGCCCGCATTCCGGCCCAGCTGGATGCGCA GGTOAAGGACGTGGCCTCGGCCCTCGCCGAGGGCAAGGTGCTGGAGGAGG GCTTGCACGCCCGTOTCGTGGCGGCCGTGCGGGCCGTCGCGGCGGACGTG GCCGCGACCGCGAAGGCCGGGCCGTGA
SEQ ID NO: 21:
Aminokiselinska sekvenca atpA 1 alfa podjedinice ATP sintaze
MSTGAQASEDWLTRSRAALAGTRLSQQSQSVGRVEEMADGIARVSG LPDVRLDELLTFEGGQTGYALTLDRTEIAVVLLDDASGVEAGARVFGTGEVVKVP VGPGLLGRIVDPLGRPMDRSEPVVAQAHHPIERPAPAIARDLVSQPVQTGTLVVD ALFSLGRGQRELIIGDRATGKTAIAVDTIISQKHSDIVCIYVAVGQRAAAVERVVEA VRAHGAIERCIFVVASAAASPGLQWIAPFAGMTMAEYFRDNGQHALIIIDDLTKHA ATHRELALLTHEPPGREAYPGDIFYVHARLLERAAKLSAELGGGSLTALPIAETDA
2
GNLSAYIPTNLISITDGQIVLDSRLFAANQRPAVDVGLSVSRVGGKAQHPALRAVS GRIRLDYSQFLELEMFTRFGGITDTRVKAQITRGERIRALLTQPRFSTLRLQDEVA LLAALAEGVFDTLAPGLMGAVRARIPAQLDAQVKDVASALAEGKVLEEGLHARLV AAVRAVAADVAATAKAGP
SEQ ID NO: 22:
Nukleotidna sekvenca atpF 1 b podjedinice ATP sintaze
ATGCAGATCGACTGGTGGACGCTGGGCCTGCAGACGGTCAACGT CCTCGTTCTCATCTGGCTCCTGAGCCGCTTCCTGTTCAAGCCGGTGGCGCAG GTCATCGCGCAGCGCCGTGCCGAGATCGAGAAGCTGGTGGAGGATGCGCG CGCCGCCAAGGCCGCCGCCGAGGCCGAGCGGGACACGGCGAAGGCGGAG GAGGCGCGCCTTGCCGCCGAGCGCGGCGCCCGCATGGCGGCGGTCGCCAA GGAGGCGGAGGCGCAGAAGGCGGCATTGCTGGCCGCCGCCAAGACCGAGG CCGAGGCCCTGCACGCGGCCGCGGAAGCGGCCATCGTCCGGGCGCGGGC GAGCGAGGAGGAAGCCGCCGCCGACCGCGCCAGCCGCCTTGCCGTGGACA TCGCCGCCAAGCTGCTGGACCGGCTGCCCGACGACGCCCGGGTCGCGGGC TTCATCGATGGCCTCGCCGAGGGGCTTGAAGCCCTGCCCGAGGCGAGCCGG GCGGTGATCGGCGTCGACGGCGCGCCAGTGCGCGTGACGGCCGCGCGCGC CCTTATGCCGGCGGAGGAGGAGGCCTGCCGCACGCGGCTCTCCCAGGCGC TGGGCCGTCCGGTGACGCTGGCCGTGACCATCGACCCCGCCCTCATCGCCG GCCTGGAGATGGAGACGCCCCACGCGGTGGTGCGCAATTCCTTCAAGGCCG ATCTCGACCGCGTCACCGCGGCGCTCACCCATCATGGGACCTGA
SEQ ID NO: 23:
Aminokiselinska sekvenca atpF 1 b podjedinice ATP sintaze
MQIDWWTLGLQTVNVLVLIWLLSRFLFKPVAQVIAQRRAEIEKLVEDA RAAKAAAEAERDTAKAEEARLAAERGARMAAVAKEAEAQKAALLAAAKTEAEAL HAAAEAAIVRARASEEEAAADRASRLA!DIAAKLLDRLPDDARVAGFIDGLAEGLE ALPEASRAVIGVDGAPVRVTAARALMPAEEEACRTRLSQALGRPVTLAVTIDPALI AGLEMETPHAVVRNSFKADLDRVTAALTHHGT
2
SEQ ID NO: 24:
Nukleotidna sekvenca atpE 1 specifičnog za natrijumove jone c podjedinice ATP sintaze
ATGACTGTCGAGATGGTCAGCATCTTCGCGGCGGCGCTCGCCGTC TCCTTCGGCGCCATCGGGCCGGCCCTGGGCGAGGGCCGGGCGGTGGCCGC GGCCATGGACGCCATCGCCCGCCAGCCGGAGGCGGCCGGAACCTTGTCGC GCACGCTCTTCGTCGGCCTCGCCATGATCGAGACCATGG CGATCTACTGCCTGGTGATCGCGCTCCTGGTGCTCTTCGCCAATCCGTTCGT GAAGTGA
SEQ ID NO: 25:
Aminokiselinska sekvenca atpE 1 specifičnog za natrijumove jone c podjedinice ATP sintaze
MTVEMVSIFAAALAVSFGAIGPALGEGRAVAAAMDAIARQPEAAGTLS RTLFVGLAMIETMAIYCLVIALLVLFANPFVK
SEQ ID NO: 26:
Nukleotidna sekvenca atpB 1 a podjedinice ATP sintaze
ATGGGCTCGCCGCTGATCCTCGAACCCCTGTTCCATATCGGGCCC GTGCCCATCACCGCGCCGGTGGTGGTCACCTGGCTCATCATGGCCGCCTTC ATTGGGCTGGCGCGGCTCATCACCCGGAAGCTTTCCACCGATCCCACCCGG ACCCAGGCGGCGGTGGAAACGGTGCTGACCGCCATCGATTCCCAGATCGCC GACACCATGCAGGCCGATCCCGCGCCTTATCGCGCGCTCATCGGCACCATC TTCCTTTATGTGCTGGTGGCCAACTGGTCCTCGCTCATCCCGGGCATCGAGC CGCCCACGGCGCATATCGAGACCGATGCGGCGCTCGCTITCATCGTGTTCGC CGCCACCATCGGGTTCGGGTTGAAGACAAGGGGTGTGAAGGGCTATCTCGC CACCTTCGCCGAACCCTCCTGGGTGATGATCCCGCTCAATGTGGTGGAGCA GATCACCCGGACCTTCTCGCTCATCGTGCGCCTGTTCGGCAACATCATGAGC GGGGTGTTCGTGGTCGGCATCATCCTGTCCCTCGCCGGGCTGCTGGTGCCC ATCCссстCATGGCGCTCGATCTCCTGACCGGCGCCGTGCAGGCCTACATCTT CGCGGTGCTGGCCTGCGTGTTCATCGGCGCGGCCATTGGCGAGGCGCCGG CAAAGCCCCAATCGAAGGAGCCAGGGAAAACATCATGA
SEQ ID NO: 27:
Aminokiselinska sekvenca atpB 1 a podjedinice ATP sintaze
MGSPLILEPLFHIGPVPITAPVVVTWLIMAAFIGLARLITRKLSTDPTRTQ AAVETVLTAIDSQIADTMQADPAPYRALIGTIFLYVLVANWSSLIPGIEPPTAHIETD AALAFIVFAATIGFGLKTRGVKGYLATFAEPSWVMIPLNVVEQITRTFSLIVRLFGNI MSGVFVVGIILSLAGLLVPIPLMALDLLTGAVQAYIFAVLACVFIGAAIGEAPAKPQS KEPGKTS
SEQ ID NO: 28:
Nukleotidna sekvenca atpC 1 lanca epsilon ATP sintaze
GTGAGCGCGCCGCTGCACCTCACCATCACCACGCCGGCCGCCGT TCTGGTGGACCGTGCCGACATCGTGGCCCTGCGTGCCGAGGACGAGAGCG GCAGCTTCGGCATCCTGCCCGGCCATGCGGATTTCCTGACCGTTCTGGAGG CCTGCGTGGTGCGCTTCAAGGATGGGGCCGACGGCGTGCATTATTGTGCTC TCAGTGGTGGCGTGCTGTCGGTCGAGGAGGGCCGGCGCATCGCCATCGCCT GTTCGGCGGAGAGCGATGCCGACAAGCGGGCCCGGGTGGAGCAGATGCGC CTTCATGCCCAGCCGTCAGGGCACGGTGAGCGACGACCTGGTCGCCCTGGA AGGGGCGGTGGACGCCATGCCGCCGTGCGCCAGCTCCTGCACTATCTGCG GCCCGGCCGGGCCGGCGGCGTGGCGCCGGCCGCCGCGCCGGAGGAGGG GCCGTCATGA
SEQ ID NO: 29:
Aminokiselinska sekvenca atpC 1 lanca epsilon ATP sintaze
MSAPLHLTITTPAAVLVDRADIVALRAEDESGSFGILPGHADFLTVLEA CVVRFKDGADGVHYCALSGGVLSVEEGRRIAIACRQGTVSDDLVALEGAVDAMR SAESDADKRARVEQMRLHAHAVRQLLHYLRPGRAGGVAPAAAPEEGPS
SEQ ID NO: 30:
Nukleotidna sekvenca atpD 1 beta podjedinice ATP sintaze
1
ATGGCAGCGGCAGATGAGGAGGCGCAATCGGCCGCCGGCCCCG CCTCGGGCCGGGTGGTGGCCGTGCGCGGCGCGGTGATCGACATCGCCTTT GCCCAGCCTCCGCTGCCGCCGCTGGACGACGCCCTTCTCATCACCGACGGC CGGGGCGGCACGGTGCTGGTGGAGGTGCAGAGCCATATGGATCGGCACAC GGTGCGCGCCATCGCCCTTCAGGCCACCACCGGCCTCAGCCGGGGGCTGG AGGCGGCGCGGGTGGGCGGGCCGGTGAAGGTGCCGGTGGGAGACCATGT GCTCGGCCGCCTCCTGGATGTCACCGGCGCCATCGGCGACAAGGGCGGGC CGCTGCCGGCCGACGTGCCCA CGCGGCCGATCCACCACGCGCCGCCATCCTTCGCCGCGCAGGGCGGCACG TCCGATCTGTTTCGCACCGGCATCAAGGTCATCGACCTCCTGGCGCCCCTCG CCCAGGGCGGCAAGGCGGCCATGTTCGGCGGGGCCGGCGTGGGCAAGACC GTGCTGGTGATGGAGCTGATCCACGCCATGGTGGCGAGCTACAAGGGCATC TCGGTGTTTGCCGGCGTGGGGGAGCGCTCCCGCGAGGGCCACGAGATGCT GCTGGACATGACCGATTCCGGCGTGCTCGACCGCACCGTTCTGGTCTATGG CCAGATGAACGAGCCCCCCGGGGCCCGCTGGCGGGTGCCCATGACGGCGC TGACCATCGCCGAATATTTCCGCGACGAGAAGCACCAGAACGTCCTGCTGCT GATGGACAACATCTTCCGCTTCGTCCAGGCGGGGGCGGAGGTCTCCGGCCT TTTGGGCCGTCCGCCCTCCCGGGTGGGATACCAGCCGACGCTGGCGAGCG AGGTGGCGGCGCTCCAGGAACGCATCACCTCCGTGGGCGAGGCCTCGGTG ACCGCCATCGAGGCGGTCTACGTGCCGGCGGATGACTTCACCGATCCCGCC GTGACCACCATCGCCGCCCACGTGGATTCCATGGTGGTGCTCTCCCGCGCC ATGGCGGCGGAGGGCATGTATCCGGCGGTGGACCCCATCTCCTCCTCGTCG GTGCTGCTCGACCCGCTCATCGTGGGGGACGAGCATGCGCGCGTCGCCAAC GAGGTGCGCCGGACCATCGAGCATTATCGCGAGCTTCAGGATGTGATCTCG CTGCTGGGCATGGAGGAATTGGGCACCGAGGATCGCCGCATCGTGGAGCG GGCGCGCCGGCTCCAGCGCTTCCTCACCCAGCCCTTCACGGTCACCGAGGC CTTCACCGGCGTGCCCGGCCGCTCGGTGGCCATCGCCGACACCATCGCCG GCTGCAGGATGATCCTGTCCGGCGCCTGCGACGACTGGCAGGAAAGCGCCC TCTACATGGTGGGCACCATCGACGAGGCCCGCCAGAAGGAGGAGGCCGCTC GCGCCAAGGCGGGGCAGGGCGCCCCGGCCGGGACGGCAGCCGAGACGGC GGAGGCCGCCCCGTGA
SEQ ID NO: 31:
Aminokiselinska sekvenca atpD 1 beta podjedinice ATP sintaze
2
MAAADEEAOSAAGPASGRVVAVRGAVIDIAFAOPPLPPLDDALLITDG RGGTVLVEVOSHMDRHTVRAIALQATTGLSRGLEAARVGGPVKVPVGDHVLGR LLDVTGAIGDKGGPLPADVPTRPIHHAPPSFAAQGGTSDLFRTGIKVIDLLAPLAQ GGKAAMFGGAGVGKTVLVMELIHAMVASYKGISVFAGVGERSREGHEMLLDMT DSGVLDRTVLVYGQMNEPPGARWRVPMTALTIAEYFRDEKHQNVLLLMDNIFRF VQAGAEVSGLLGRPPSRVGYQPTLASEVAALQERITSVGEASVTAIEAVYVPADD FTDPAVTTIAAHVDSMVVLSRAMAAEGMYPAVDPISSSSVLLDPLIVGDEHARVA NEVRRTIEHYRELQDVISLLGMEELGTEDRRIVERARRLQRFLTQPFTVTEAFTGV PGRSVAIADTIAGCRMILSGACDDWQESALYMVGTIDEARQKEEAARAKAGQGA PAGTAAETAEAAP
SEQ ID NO: 32:
Nukleotidna sekvenca atpD 2 beta podjedinice ATP sintaze
ATGGCGAACAAGGTCGGACGCATCACCCAGATCATCGGCGCCGT CGTCGACGTGCAGTTCGACGGGCATCTGCCGGCGATTCTCAACGCGATCGA GACCACCAACCAGGGCAACCGGCTGGTGCTCGAAGTGGCTCAGCATCTCGG CGAGAACACCGTGCGCTGCATCGCCATGGATGCCACTGAAGGCCTGGTGCG TGGCCAGGAGGTGGCCGACACCGATGCGCCCATCCAGGTGCCCGTGGGCG CCGCCACCCTCGGCCGCATCATGAACGTGATCGGCGAGCCGGTGGACGAGC TGGGCCCCATCGAGGGCGAAGCGCTGCGCGGCATCCATCAGCCGGCCCCC TCCTATGCGGAGCAGGCCACGGAAGCTGAGATCCTCGTCACCGGCATCAAG GTGGTGGATCTGCTGGCGCCCTATTCCAAGGGCGGCAAGGTGGGCCTGTTC GGCGGCGCCGGCGTGGGCAAGACCGTGCTCATCATGGAGCTGATCAACAAC GTGGCCAAGGCGCACGGCGGCTATTCCGTGTTCGCCGGCGTGGGTGAGCG CA CCCGCGAGGGCAACGACCTCTACCACGAGATGATCGAGTCCAACGTGAACA AGGACCCGCACGAGAACAATGGCTCGGCGGCCGGTTCCAAGTGCGCCCTGG TCTATGGCCAGATGAACGAGCCGCCCGGCGCCCGCGCCCGCGTGGCCCTC ACCGGCCTCACCGTCGCCGAGCATTTCCGCGACCAGGGCCAGGACGTGCTG TTCTTCGTGGACAACATCTTCCGCTTCACCCAGGCGGGCTCCGAGGTGTCGG CGCTTCTCGGCCGCATCCCCTCGGCGGTGGGCTACCAGCCGACGCTGGCCA CCGACATGGGCCAGCTGCAGGAGCGCATCACCACCACCACCAAGGGCTCCA TCACCTCGGTGCAGGCCATCTACGTGCCGGCGGACGATCTGACCGATCCGG CGCCGGCCGCCTCCTTCGCCCATC
SEQ ID NO: 33:
Aminokiselinska sekvenca atpD 2 beta podjedinice ATP sintaze
MANKVGRITQIIGAVVDVQFDGHLPAILNAIETTNQGNRLVLEVAQHLG ENTVRCIAMDATEGLVRGQEVADTDAPIQVPVGAATLGRIMNVIGEPVDELGPIE GEALRGIHQPAPSYAEQATEAEILVTGIKVVDLLAPYSKGGKVGLFGGAGVGKTV LIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESNVNKDPHENNGSAAG SKCALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEHFRDQGQDVLFFVDNIFRFTQAGSE VSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGQLQERITTTTKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPA ASFAHLDATTVLSRSIAEKGIYPAVDPLDSTSRMLSPAILGDEHYNTARQVQQTLQ RYKALQDIIAILGMDELSEEDKLTVARARKIERFLSQPFHVAEVFTGSPGKLVDLA DTIKGFKGLVDGKYDYLPEQAFYMVGTIEEAIEKGKKLAAEAA
SEQ ID NO: 34:
Nukleotidna sekvenca atpG 2 lanca gama ATP sintaze
ATGGCGAGTCTGAAGGACCTGAGAAACCGCATTGCCTCGGTGAAG GCGACGCAGAAGATCACCAAGGCGATGCAGATGGTCGCCGCGGCGAAGCTG CGTCGCGCCCAGGCGGCGGCTGAAGCGGCCCGTCCCTATGCGGAACGCAT GGAGACGGTGCTCGGAAATCTTGCCTCCGGCATGGTGGTGGGCGCGCAGG CGCCTGTTCTCATGACCGGGACGGGCAAGAGCGACACCCACCTGCTGCTGG TGTGCACCGGCGAGCGCGGCCTGTGCGGCGCCTTCAACTCGTCCATCGTGC GCTTCGCCOIGCGAGCGGGCGCAGCTGCTGCTGGCCGAGGGCAAGAAGGTG AAAATCCTGTGCGTGGGCCGCAAGGGCCACGAGCAGCTGCGCCGCATCTAC CCGGACAACATCATCGACGTGGTGGACCTGOGCGCGGTGCGCAACATCGGC TTCAAGGAGGCCGACGCCATCGCCCGCAAGGTGCTGGCCCTGCTCGATGAA GGCGCATTCGACGTCTGCACGCTCTTCTACTCCCACTTCAGGAGCGTGATCG OCCAGGTGCCGACGGCCCAGCAGCTCATTCCGGCCACCTTCGACGAGCGGC CGGCCGTCGCCGATGCGCCGGTCTATGAATATGAGCCGGAGGAGGAGGAGA TCCTCGCCGAGCTGCTGCCGCGCAACGTGGCGGTGCAGATCTTCAAGGCCC TCCTCGAGAACCAGGCTTCTTTCTATGGCTCCCAGATGAGCGCCATGGACAA
4
CGCCACGCGCAATGCGGGCGAGATGATCAAGAAGCAGACGCTCACCTACAA CCGTACCCGCCAGGCCATGATCACGAAGGAACTCATCGAGATCATCTCCGGC GCCGAGGCCGTCTGA
SEQ ID NO: 35:
Aminokiselinska sekvenca atpG 2 lanca gama ATP sintaze
MASLKDLRNRIASVKATQKITKAMQMVAAAKLRRAQAAAEAARPYAE RMETVLGNLASGMVVGAQAPVLMTGTGKSDTHLLLVCTGERGLCGAFNSSIVRF ARERAQLLLAEGKKVKILCVGRKGHEQLRRIYPDNIIDVVDLRAVRNIGFKEADAIA RKVLALLDEGAFDVCTLFYSHFRSVIAQVPTAQQLIPA TFDERPAVADAPVYEYEPEEEEILAELLPRNVAVQIFKALLENQASFYGSQMSAM DNATRNAGEMIKKQTLTYNRTRQAMITKELIEIISGAEAV
SEQ ID NO: 36:
Nukleotidna sekvenca atpA 2 alfa podjedinice ATP sintaze
ATGGACATTCGAGCCGCTGAAATCTCTGCCATCCTGAAAGAGCAG ATCCAGAATTTCGGCCAGGAGGCGGAAGTCTCCGAGGTGGGTCAGGTTCTG TCCGTGGGTGACGGCATCGCGCGCGTCTACGGCCTCGACAACGTCCAGGCG GGCGAGATGGTCGAGTTCGAGAACGGCACGCGCGGCATGGCGCTGAACCTC GAGCTCGACAATGTCGGCATCGTGATCTTCGGTTCCGACCGCGAGATCAAGG AAGGCCAGACCGTCAAGCGGACCGGCGCCATCGTGGACGCCCCCGTCGGC AAGGGCCTGCTCGGCCGCGTCGTGGACGCTCTCGGCAACCCGATCGACGG CAAGGGCCCGATCATGTTCACCGAGCGTCGCCGGGTCGACGTGAAGGCGCC GGGCATCATCCCGCGCAAGTCGGTGCACGAGCCCATGCAGACCGGCCTGAA GGCCATCGATGCGCTCATCCCCATCGGCCGCGGCCAGCGCGAGCTCATCAT CGGCGACCGCCAGACCGGCAAGACCGCCGTGGCGCTCGACTCGATCCTGAA CCAGAAGCCCATCAACCAGGGCGACGACGAGAAGGCCAAGCTCTACTGCGT CTATGTCGCGGTGGGCCAGAAGCGTTCCACTGTCGCGCAGTTCGTGAAGGT GCTCGAGGAGCACGGCGCGCTGGAATATTCCATCGTCGTCGCCGCCACCGC CTCGGACGCGGCCCCCATGCAGTTCCTGGCGCCGTTCACCGGCACCGCCAT GGGCGAGTATTTCCGCGACAACGGCATGCACGCCCTCATCATCCATGATGAC CTGTCCAAGCAGGCCGTGGCCTACCGCCAGATGTCGCTGCTGCTGCGCCGC CCGCCGGGCCGCGAGGCCTATCCCGGCGATGTGTTCTACCTGCACTCCCGC CTCTTGGAGCGCG CCGCCAAGCTCAATGACGAGCACGGCGCCGGCTCGCTGACCGCCCTGCCG GTGATCGAGACCCAGGCCAACGACGTGTCGGCCTACATCCCGACCAACGTG ATCTCCATCACCGACGGTCAGATCTTCCTTGAATCCGATCTGTTCTACCAGGG CATCCGCCCGGCGGTGAACGTGGGCCTGTCGGTGTCGCGCGTGGGCTCTTC GGCCCAGATCAAGGCGATGAAGCAGGTGGCCGGCAAGATCAAGGGCGAGCT CGCCCAGTATCGCGAGCTGGCGGCCTTCGCCCAGTTCGGTTCGGACCTGGA CGCGGCCACCCAGAAGCTGCTGAACCGCGGCGCCCGCCTCACCGAGCTGC TGAAGCAGAGCCAGTTCTCGCCCCTCAAGGTGGAGGAGCAGGTGGCGGTGA TCTATGCCGGCACCAATGGCTATCTCGATCCGCTGCCGGTCTCCAAGGTGCG CGAGTTCGAGCAGGGTCTGCTCCTGTCGCTGCGCTCGCAGCATCCGGAGAT CCTGGACGCCATCCGCACGTCCAAGGAGCTTTCCAAGGACACCGCCGAGAA GCTGACGAAGGCCATCGACGCCTTCGCCAAGAGCTTCTCCTGA
SEQ ID NO: 37:
Aminokiselinska sekvenca atpA 2 alfa podjedinice ATP sintaze
MDIRAAEISAILKEQIQNFGQEAEVSEVGQVLSVGDGIARVYGLDNVQ AGEMVEFENGTRGMALNLELDNVGIVIFGSDREIKEGQTVKRTGAIVDAPVGKGL LGRVVDALGNPIDGKGPIMFTERRRVDVKAPGIIPRKSVHEPMQTGLKAIDALIPIG RGQRELIIGDRQTGKTAVALDSILNQKPINQGDDEKAKLYCVYVAVGQKRSTVAQ FVKVLEEHGALEYSIVVAATASDAAPMQFLAPFTGTAMGEYFRDNGMHALIIHDD LSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLNDEHGAGSLTAL PVIETQANDVSAYIPTNVISITDGQIFLESDLFYQGIRPAVNVGLSVSRVGSSAQIK AMKQVAGKIKGELAQYRELAAFAQFGSDLDAATQKLLNRGARLTELLKQSQFSP LKVEEQVAVIYAGTNGYLDPLVSKVREFEQGLLLSLRSQHPEILDAIRTSKELSKD TAEKLTKAIDAFAKSFS
SEQ ID NO: 38:
Nukleotidna sekvenca atpH delta podjedinice ATP sintaze
GTGGCGGAAACGATCGTGTCAGGCATGGCGGGACGCTATGCGAC CGCGCTGTTCGAGCTGGCGGACGAAGCCGGTGCCATCGATTCCGTCCAGGC GGATCTTGATCGCCTGTCCGGCCTTCTGGCCGAGAGCGCGGATCTGGCGCG GCTGGTCAAGAGCCCGGTCTTCACCGCCGAGCAGCAGC TCGGCGCGATGGCGGCCATTCTCGATCAAGCAGGCATTTCCGGCCTTGCGG GCAAATTCGTGAAGCTGGTGGCGCAGAACCGCCGCCTGTTCGCACTGCCGC GCATGATTGCCGAATACGCCGTCCTGGTGGCCCGGAAGAAGGGCGAGACCT CGGCGAGCGTGACCGTTGCCACCCCCCTGAGCGATGAGCATCTGGCCACGC TCAAGGCGGCCCTGGCTGAAAAGACCGGCAAGGACGTGAAGCTCGACGTCA CCGTCGATCCGTCCATCCTCGGTGGTCTCATCGTGAAGCTCGGCTCGCGCAT GGTCGATGCTTCCCTGAAGACCAAACTCAATTCTATCCGGCATGCGATGAAA GAGGTCCGCTGA
SEQ ID NO: 39:
Aminokiselinska sekvenca atpH delta podjedinice ATP sintaze
MAETIVSGMAGRYATALFELADEAGAIDSVQADLDRLSGLLAESADLA RLVKSPVFTAEQQLGAMAAILDQAGISGLAGKFVKLVAQNRRLFALPRMIAEYAV LVARKKGETSASVTVATPLSDEHLATLKAALAEKTGKDVKLDVTVDPSILGGLIVK LGSRMVDASLKTKLNSIRHAMKEVR
SEQ ID NO: 40:
Nukleotidna sekvenca atpF 2 b podjedinice ATP sintaze
ATGACCGAAATGGAACTGGCTGAGCTCTGGGTCGCCATCGCCTTC CTGGTTTTCGTAGGCCTCCTGATCTATGCGGGCGCCCACCGCGCCATCGTCT CCGCCCTGGATTCCCGCGGCTCGCGCATCGCCTCGGAACTGGAGGAGGCC CGTCGGCTCAAGGAAGAGGCCCAGAAGCTGGTGGCCGAA TTCAAGCGCAAGCAGCGCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGAATCCATCGTCACC GGCGCCAAGGCCGAGGCCGAGCGCCTCGCCGCCGAGGCCAAGGCGAAGAT CGAGGATTTCGTCACCCGCCGCACCAAGATGGCCGAGGACAAGATCGCCCA GGCCGAGCATCAGGCTCTGGCGGACGTGAAGGCGGAGCGTCTGCTGTCGO GTCAAGACCAAGCTCAACTGA
SEQ ID NO: 41:
Aminokiselinska sekvenca atpF 2 b podjedinice ATP sintaze
GLLIYAGAHRAIVSALDSRGSRIASELEEARRLKEEAOKLVAEFKRKVT GAKAFAFRLAAFAKAKTEDEVTRRTKMAEDKTAOAFHOAL ADVKSTAAFAAAL
SEQ ID NO: 42:
Nukleotidna sekvenca atpG 3 b' podjedinice ATP sintaze
ATGATGATTGCATGGAAGCGGACCTTCGCAGTCGTGACCTTCGGG GCCGCCCTGATGGCCATGCCCGTCGCGGGCGTGGTCGCAGCTGAGACTTCT CCCGCTCCGGCGGCAGTGGCGCAGGCOGATCATGCGGTGCCCACCGAGGC GGCCGGCCAGGGCACCGCCGATGCGGCCCATGCCGCCO CGCCGGGCGAGGCCGCCCATGGTGGCGCGGCCAAGCACGAAACCCATTTC CCGCCCTTCGACGGCACCACCTTCGCCTCCCAGTTGCTGTGGCTCGCCGTC ACCTTCGGCCTGCTTTACTACCTCATGAGCAAGGTCACGCTGCCGCGCATCG GCCGCATCCTGGAAGAGCGCCACGACCGCATCGCCGATGATCTGGAGGAAG CCTCCAAGCATCGCGCCGAGAGCGAGGCCGCCCAGCGGGCCTATGAGAAG GCGCTGAGCGAGGCCCGCGCGAAGGCCCATTCCATCGCCGCGGAAACCCG CGACCGCCTTGCCGCCCACGCCGACACCAACCGCAAGGCGCTGGAGAGCG AGCTCACCGCCAAGCTGCAGGCGGCCGAGGAGCGCATCGCCACCACCAAGA GCGAAGCCCTCACCCATGTGCGCGGCATCGCGGTGGACGCCACCCAATCCA TCGTCTCCACCCTCATCGGTGTCGCGCCCGCGGCGGCCGACGTGGAAAAAG CGGTGGACGGCGCCCTGTCCCAGCACGGCCAGGCCTGA
SEQ ID NO: 43:
Aminokiselinska sekvenca atpG 3 b' podjedinice ATP sintaze
MMIAWKRTFAVVTFGAALMAMPVAGVVAAETSPAPAAVAQADHAVP TEAAGQGTADAAHAAAPGEAAHGGAAKHETHFPPFDGTTFASQLLWLAVTFGLL YYLMSKVTLPRIGRILEERHDRIADDLEEASKHRAESEAAQRAYEKALSEARAKA HSIAAETRDRLAAHADTNRKALESELTAKLQAAEERIATTKSEALTHVRGIAVDAT QSIVSTLIGVAPAAADVEKAVDGALSQHGQA
SEQ ID NO: 44:
Nukleotidna sekvenca atpE 2 c podjedinice ATP sintaze
ATGGAAGCGGAAGCTGGAAAGTTCATCGGTGCCGGCCTCGCCTG CCTCGGCATGGGTCTCGCTGGCGTCGGCGTCGGTAACATCTTCGGTAACTTC CTCTCCGGCGCCCTGCGCAACCCGTCCGCTGCCGACGGCCAGTTCGCCCGC GCCTTCATCGGCGCCGCCCTCGCGGAAGGTCTCGGCATOTTCTCGCTGGTC GTTGCGCTCGTCCTGCTGTTCGTGGCCTGA
SEQ ID NO: 45:
Aminokiselinska sekvenca atpE 2 c podjedinice ATP sintaze
MEAEAGKFIGAGLACLGMGLAGVGVGNIFGNFLSGALRNPSAADGQF ARAFIGAALAEGLGIFSLVVAIVLLFVA
SEQ ID NO: 46:
Nukleotidna sekvenca atpB 2 a podjedinice ATP sintaze
ATGACCGTCGATCCGATCCACCAGTTCGAGATCAAGCGCTACGTG GATCTGCTGAACGTCGGCGGTGTCCAGTTCTCCTTCACCAACGCAACGGTGT TCATGATTGGCATCGTCCTGGTGATTTTCTTCTTCCTGACTTTCGCGACACGC GGTCGCACCCTTGTGCCGGGCCGGATGCAGTCGGCGGCGGAGCTGAGCTA CGAGTTCATCGCCAAGATGGTGCGCGACGCGGCCGGCAGCGAGGGAATGG TGTTCTTTCCCTTCGTCTTCTCGCTCTTCATGTTCGTGCTGGTGGCGAACGTA TTGGGGCTCATCCCCTACACCTTCACGGTGACCGCCCACCTCATCGTCACCG CCGCCCTGGCGGCGACGGTGATCCTCACCGTCATCATCTACGGCTTCGTGC GGCACGGCACCCACTTCCTGCACCTGTTCGTGCCGTCGGGCGTGCCGGGCT TCCTCCTGCCCTTCCTCGTGGTGATCGAGGTGGTGTCGTTCCTGTCGCGGCC CATCAGCCTCTCGCTGCGTCTGTTCGCCAACATGCTGGCGGGCCACATCGC CCTCAAGGTGTTCGCCTTCTTCGTCGTGGGACTGGCCTCGGCCGGCGCGAT CGGCTGGTTCGGCGCCACCCTGCCCTTCTTCATGATCGTGGCGCTCACCGC GCTGGAGCTGCTGGTGGCGGTGCTGCAGGCCTACGTGTTCGCGGTGCTGAC CTCGATCTACCTCAACGACGCCATCCATCCCGGCICACTGA
SEQ ID NO: 47:
Aminokiselinska sekvenca atpB 2 a podjedinice ATP sintaze
MTVDPIHQFEIKRYVDLLNVGGVQFSFTNATVFMIGIVLVIFFFLTFATR GRTLVPGRMQSAAELSYEFIAKMVRDAAGSEGMVFFPFVFSLFMFVLVANVLGLI PYTFTVTAHLIVTAALAATVILTVIIYGFVRHGTHFLHLFVPSGVPGFLLPFLVVIEVV SFLSRPISLSLRLFANMLAGHIALKVFAFFVVGLASAGAIGWFGATLPFFMIVALTA LELLVAVLQAYVFAVLTSIYLNDAIHPGH
SEQ ID NO: 48:
Nukleotidna sekvenca atpI I proteina ATP sintaze
ATGTCCGAGCCGAATGATCCATCCCGCAGGGACGGTGCGAAGGC GAAAGACGAGACGCAGGACTCCCGGCCCGGTGAGGCGGATCTTGCTCGGC GCCTCGATGCGCTCGGCACCTCCATCGGTCAGGTCAAGTCCAGAAGCGGGG AGCCCGCGGCGACGCCGCGCAAGGACACCTCCTCGGCCTCCGGCGCGGCC CTGGCGTTTCGGCTGGGCGCCGAGTTTGTTTCAGGCGTGCTGGTGGGCTCG CTCATCGGCTACGGGTTGGATTATGCGTTTGCGATTTCGCCCTGGGGGCTGA TCGCCTTCACGCTGATCGGCTTGCCGCCGGCGTCCTGAACATGCTGCGCGT GGCGAACAGCGATGCCAAGCGCCACAGCGCGGACAGGTGA
SEQ ID NO: 49:
Aminokiselinska sekvenca atpI I proteina ATP sintaze
MSEPNDPSRRDGAKAKDETQDSRPGEADLARRLDALGTSIGQVKSR SGEPAATPRKDTSSASGAALAFRLGAEFVSGVLVGSLIGYGLDYAFAISPWGLIAF TLIGFAAGVLNMLRVANSDAKRHSADR
[0072] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira nifD_1 lanac alfa molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:51 ili sekvencu koja ima identitet od više od 60 %, npr. identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 92 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:51.
[0073] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira nifD_2 lanac alfa molibden-gvožđanog proteina
4
nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:53 ili sekvencu koja ima identitet od više od 60 %, npr. identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:53.
[0074] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira nifK_1 lanac beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:55 ili sekvencu koja ima identitet od više od 87 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:55.
[0075] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira nifK_2 lanac beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:57 ili sekvencu koja ima identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:57.
[0076] U još jednoj realizaciji, bakterijski soj koji se koristi u procesu pronalaska sadrži gen koji kodira nifH gvožđani protein nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:59 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 98,5 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:59.
SEQ ID NO: 50:
Nukleotidna sekvenca nifD 1 lanca alfa molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
ATGAGTTCGстстCCGCCACTATTCAACAGGTCTTCAACGAGCCGG GCTGCGCGAAGAACCAGAATAAGTCCGAGGCGGAGAAGAAGAAGGGCTGCA CCAAGCAGCTGCAACCCGGCGGAGCGGCCGGCGGCTGCGCGTTCGACGGC GCGAAGATCGCGCTCCAGCCCTTGACCGACGTCGCCC ACCTGGTGCACGGCCCCATCGCCTGCGAAGGCAATTCCTGGGACAATCGTG GCGCCAAGTCCтCCGGCTCGAACATCTGGCGCACCGGCTTCACCACGGACA TCAACGAAACCGACGTGGTGTCGGCGGCGAGAAGCGTCTGTTCAAGTCCAT CAAGGAAATCATCGAGAAGTACGACCCGCCGGCCGTCTTCGTCTATCAGACC TGCGTCCCCGCCATGATCGGCGACGACATCGACGCGGTGTGCAAGGCGGCC AGGGAGAAGTTCGGAAAGCCGGTGATCCCGATCAATTCCCCCGGCTTCGTG GGGCCGAAGAATCTCGGCAACAAGCTCGCCGGCGAGGCGCTCCTCGACCAT GTGATCGGCACC GAGGAGCCCGATTACACGACGGCCTACGACATCAACATCATCGGCGAATACA ATCTCTCCGGCGAGTTGTGGCAGGTGAAGCCGCTGCTGGACGAGCTGGGCA TCCGCATCCTCGCCTGCATCTCCGGCGACGGGAAGTACAAGGATGTGGCGT CCTCCCACCGCGCCAAGGCGGCGATGATGGT GTGCTCCAAGGCCATGATCAACGTGGCCCGCAAGATGGAGGAGCGCTACGA CATCCCCTTCTTCGAAGGCTCCTTCTACGGCATCGAGGATAGCTCCGATTCC CTGCGCGAGATTGCGCGCATGCTCATCGAGAAGGGCGCCGATCCGGAGCTG ATGGACCGCACCGAGGCGCTGATTGAGCGGG AAGAGAAGAAGGCGTGGGACGCCATCGCCGCCTACAAGCCCCGCTTCAAGG ACAAGAAGGTGCTGCTCATCACCGGCGGCGTGAAATCCTGGTCGGTGGTGG CAGCGCTCCAGGAAGCCGGCCTCGAACTGGTGGGCACCTCGGTGAAGAAGT CCACCAAGGAGGACAAGGAGCGCATCAAGG AACTGATGGGCCAGGACGCCCACATGATCGACGACATGACGCCCCGCGAAA TGTACAAGATGCTGAAGGACGCCAAGGCGGACATCATGCTCTCGGGCGGGC GCTCGCAATTCATCGCGCTCAAGGCCGCCATGCCCTGGCTCGACATCAACCA GGAGCGCCACCACGCCTATATGGGCTATGTGGGCATGGTGAAGCTGGTCGA GGAGATCGACAAGGCGCTCTACAATCCCGTGTGGGAACAGGTGCGCAAGCC CGCCCCGTGGGAAAATCCGGAAGACACCTGGCAGGCCCGTGCGCTCGCCG AAATGGAGGCGGAGGCCGCCGCGCTCGCCGCCGATCCGGTGCGCGCGGAA GAGGTGCGCCGGTCCAAGAAGATCTGCAATTGCAAGAGCGTCGACCTCGGA ACCATTGAGGACGCCATCAAGGCTCACGCGCTGACCACCGTGGAGGGTGTG CGAGAGCACACCAATGCCTCGGGAGGCTGCGGAGCCTGCAGCGGGCGGAT CGAGGAGATCTTCGAGGCCGTGGGCGTTGTCGCCGCCCCGCCTCCCGCGG AGGCCGCCCCGTCTCCGCAGGAGATCGCGCCCGATCCGCTCGCTGCGGAG GAAAAGCGCCGCGCCAAGAAGGCCTGCGGCTGCAAGGAGGTAGCGGTCGG CACCATTGAGGATGCCATCCGCGCCAAGGGTCTGCGAAACATCGCGGAGGT GCGTGCGGCCACCGATGCCAACACCGGCTGCGGCAATTGCCAGGAGCGGG TGGAGGGCATCCTCGACCGGGTTCTCGCCGAGGCGGCCTCAGAACTCCAGG CGGCGGAATAGATGAGTTCGCTCTCCGCCACTATTCAACAGGTCTTCAACGA GCCGGGCTGCGCGAAGAACCAGAATAAGTCCGAGGCGGAGAAGAAGAAGG GCTGCACCAAGCAGCTGCAACCCGGCGGAGCGCCGGCGGCTGCGCGTTCG ACGGCGCGAAGATCGCGCTCCAGCCCTTGACCGACGTCGCOACCTGGTGCA CGGCCCCATCGCCTGCGAAGGCAATTCCTGGGACAATCGTGGCGCCAAGTT CCGGCTCGAACATCTGGCGCACCGGCTTCACCACGGACATCAACGAAACCG ACGTGGTGTCGGCGGCGAGAAGCGTCTGTTCAAGTCCATCAAGGAAATCATC GAGAAGTACGACCCGCCGCCGTCTTCGTCTATCAGACCTGCGTCCCCGCCAT GATCGGCGACGACATCGACGCGGTGTOAAGGCGGCCAGGGAGAAGTTCGG AAAGCCGGTGATCCCGATCAATTCCCCCGGCTTCGTGGGCCGAAGAATCTCG GCAACAAGCTCGCCGGCGAGGCGCTCCTCGACCATGTGATCGGCAGAGGAG CCCGATTACACGACGGCCTACGACATCAACATCATCGGCGAATACAATCTCT CCGOCGAGTTGTGGCAGGTGAAGCCGCTGCTGGACGAGCTGGGCATCCGC ATCCTCGCCTGCATOCCGGCGACGGGAAGTACAAGGATGTGGCGTCCTCCC ACCGCGCCAAGGCGGCGATGATGGGTGCTCCAAGGCCATGATCAACGTGGC CCGCAAGATGGAGGAGCGCTACGACATCCCCTTOTCGAAGGCTCCTTCTACG GCATCGAGGATAGCTCCGATTCCCTGCGCGAGATTGCGCGCATOCTCATCGA GAAGGGCGCCGATCCGGAGCTGATGGACCGCACCGAGGCGCTGATTGAGC GGAAGAGAAGAAGGCGTGGGACGCCATCGCCGCCTACAAGCCCCGCTTCAA GGACAAGAAGGTGCTGCTCATCACCGGCGGCGTGAAATCCTGGTCGGTGGT GGCAGCGCTCCAGGAAGCCGGCTCGAACTGGTGGGCACCTCGGTGAAGAA GTCCACCAAGGAGGACAAGGAGCGCATCAAGAACTGATGGGCCAGGACGCC CACATGATCGACGACATGACGCCCCGCGAAATGTACAAGATCTGAAGGACGC CAAGGCGGACATCATGCTCTCGGGCGGGCGCTCGCAATTCATCGCGCTCAG GCCGCCATGCCCTGGCTCGACATCAACCAGGAGCGCCACCACGCCTATATG GGCTATGTGGCATGGTGAAGCTGGTCGAGGAGATCGACAAGGCGCTCTACA ATCCCGTGTGGGAACAGGTGCGCAAGCCCGCCCCGTGGGAAAATCCGGAAG ACACCTGGCAGGCCCGTGCGCTCGCCGAATGGAGGCGGAGGCCGCCGCGC TCGCCGCCGATCCGGTGCGCGCGGAAGAGGTGCGCCGTCCAAGAAGATCTG CAATTGCAAGAGCGTCGACCTCGGAACCATTGAGGACGCCATCAAGGTCACG CGCTGACCACCGTGGAGGGTGTGCGAGAGCACACCAATGCCTCGGGAGGCT GCGGGCCTGCAGCGGGCGGATCGAGGAGATCTTCGAGGCCGTGGGCGTTG TCGCCGCCCCGCCTCCGCGGAGGCCGCCCCGTCTCCGCAGGAGATCGCGC CCGATCCGCTCGCTGCGGAGGAANGCGCCGCGCCAAGAAGGCCTGCGGCT GCAAGGAGGTAGCGGTCGGCACCATTGAGGATGATCCGCGCCAAGGGTCTG
4
CGAAACATCGCGGAGGTGCGTGCGGCCACCGATGCCAACACCOGCTGCGG CAATTGCCAGGAGCGGGTGGAGGGCATCCTCGACCGGGTTCTCGCCGAGGC GGCTCAGAACTCCAGGCGGCGGAATAG
SEQ ID NO: 51:
Aminokiselinska sekvenca nifD 1 lanca alfa molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
MSSLSATIQQVFNEPGCAKNQNKSEAEKKKGCTKQLQPGGAAGGCA FDGAKIALQPLTDVAHLVLHGPIACEGNSWDNRGAKSSGSNIWRTGFTTDINETD VVFGGEKRLFKSIKEIIEKYDPPAVFVYQTCVPAMIGDDIDAVCKAAREKFGKPVIP INSPGFVGPKNLGNKLAGEALLDHVIGTEEPDYTTAYDINIIGEYNLSGELWQVKP LLDELGIRILACISGDGKYKDVASSHRAKAAMMVCSKAMINVARKMEERYDIPFFE GSFYGIEDSSDSLREIARMLIEKGADPELMDRTEALIEREEKKAWDAIAAYKPRFK DK KVLLITGGVKSWSVVAALQEAGLELVGTSVKKSTKEDKERIKELMGQDAHMIDDM TPREMYKML KDAKADIMLSGGRSQFIALKAAMPWLDINQERHHAYMGYVGMVKLVEEIDKALY NPVWEQVRKPAPWENPEDTWQARALAEMEAEAAALAADPVRAEEVRRSKKICN CKSVDLGTIEDAIKAHALTTVEGVREHTNASGGCGACSGRIEEIFEAVGVVAAPP PAEAAPSPQEIAPDPLAAEEKRRAKKACGCKEVAVGTIEDAIRAKGLRNIAEVRAA TDANTGCGNCQERVEGILDRVLAEAASELQAAE
SEQ ID NO: 52:
Nukleotidna sekvenca nifD 2 lanca alfa molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
ATGAGTGTCGCACAGTCCCAGAGCGTCGCCGAGATCAAGGCGCG CAACAAGGAACTCATCGAAGAGGTCCTCAAGGTCTATCCCGAGAAGACCGCC AAGCGCCGCGCCAAGCACCTGAACGTCCACGAAGCCGGCAAGTCCGACTGC GGCGTGAAGTCCAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACCATCCGCGGT TGCGCTTATGCCGGCTCCAAGGGTGTGGTGTGGGGTCCCATCAAGGACATG ATCCACATCTCCCACGGCCCGGTGGGCTGCGGCCAGTATAGCTGGGCCGCC CGCCGCAACTACTATATCGGCACGACCGGCATCGACACCTTCGTGACGATGC AGTTCACCTCCGACTTCCAGGAGAAGGACATCGTCTTCGGCGGCGACAAGAA GCTCGCCAAGATCATGGACGAGATCCAGGAGCTGTTCCCGCTGAACAACGG CATCACCGTTCAGTCCGAGTGCCCCATCGGCCTCATCGGCGACGACATCGA GGCCGTCTCCAAGCAGAAGTCCAAGGAGTATGAGGGCAAGACCATCGTGCC GGTGCGCTGCGAGGGCTTCCGCGGCGTGTCCCAGTCCCTGGGCCACCACAT CGCCAACGACGCOATCCGCGATTGGGTGTTCGACAAGATCGCGCCCGACGC CGAGCCGCGCTTTGAGCCGACCCCGTACGACGTCGCCATCATCGGCGACTA CAATATCGGTGGTGACGCCTGGTCGTCCCGTATCCTCCTGGAGGAGATGGG CCTGCGCGTGATCGCCCAGTGGTCCGGCGACGGTTCGCTCGCTGAGCTGGA GGCCACCCCGAAGGCCAAGCTCAACGTGCTGCACTGCTACCGCTCCATGAA CTACATCTCGCGCCACATGGAAGAGAAGTACGGTATCCCGTGGTGCGAGTAC AACTTCTTCGGTCCTTOCAAGATCGCCGAGTCCCTGCGCAAGATCGCCAGCT ACTTCGACGACAAGATCAAGGAAGGCGCGGAGCGCGTCATCGCCAAGTATC AGCCGCTCATGGATGCGGTGATCGCGAAGTATCGTCCCCGCCTCGAGGGCA AGACCGTGATGCTGTACGTGGGCGGCCTGCGTCCCCGTCACGTCATCGGCG CCTACGAGGACCTGGGCATGGAAGTGGTCGGCACGGGCTACGAGTTCGCCC ATAACGACGACTACCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGGATGGCACCAT CATCTATGACGACGTGACCGGCTACGAGTTCGAGAAGTTCGTCGAGAAGATC CAGCCGGACCTGGTCGGTTCGGGCATCAAGGAAAAGTACGTCTTCCAGAAG ATGGGCGTGCCGTTCCGCCAGATGCACTCCTGGGACTACTCGGGCCCGTAC CACGGCTATGACGGCTTCGCGATCTTCGCGCGCGACATGGACATGGCCATC AACAGCCCCGTGTGGAAGATGACCCAGGCTCCGTGGAAGAGCGTCCCCAAG CCGACGATGCTCGCGGCTGAATGA
SEQ ID NO: 53:
Aminokiselinska sekvenca nifD 2 lanca alfa molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
MSVAQSQSVAEIKARNKELIEEVLKVYPEKTAKRRAKHLNVHEAGKSD CGVKSNIKSIPGVMTIRGCAYAGSKGVVWGPIKDMIHISHGPVGCGQYSWAARR NYYIGTTGIDTFVTMQFTSDFQEKDIYFGGDKKLAKIMDEIQELFPLNNGITVQSEC PIGLIGDDIEAVSKQKSKEYEGKTIVPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDAIRDWVFDK IAPDAEPRFEPTPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRVIAQWSGDGSLAELE ATPKAKLNVLHCYRSMNYISRHMEEKYGIPWCEYNFFGPSKIAESLRKIASYFDD
4
KIKEGAERVIAKYQPLMDAVIAKYRPRLEGKTVMLYVGGLRPRHVIGAYEDLGME VVGTGYEFA HNDDYQRTAQHYVKDGTIIYDDVTGYEFEKFVEKIQPDLVGSGIKEKYVFQKMGV PFRQMHSWDYSGPYHGYDGFAIFARDMDMAINSPVWKMTQAPWKSVPKPTML AAE
SEQ ID NO: 54:
Nukleotidna sekvenca nifK 1 lanca beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
ATGGCCACCGTTTCCGTCTCCAAGAAGGCCTGCGCGGTCAACCCC CTCAAGATGAGCCAGCCGGTGGGCGGCGCGCTCGCCTTCATGGGCGTGCG CAAGGCCATGCCGCTGCTGCACGGCTCGCAGGGCTGCACCTCCTTCGGCCT GGTGCTGTTCGTGCGCCACTTCAAGGAAGCCATCCCCATGCAGACCACCGC CATGAGCGAGGTGGCGACGGTTCTGGGCGGCCTTGAGAATGTGGAGCAGGC CATTCTCAACATCTACAATCGCACCAAGCCGGAGATCATCGGCATCTGCTCC ACCGGCGTCACCGAGACCAAGGGCGATGATGTCGACGGCTACATCAAGCTG ATCCGGGACAAGTATCCCCAGCTGGCCGACTTCCCGCTGGTCTATGTCTCCA CCCCCGATTTCAAGGACGCCTTCCAGGACGGTTGGGAGAAGACCGTGGCGA AGATGGTGGAGGCGCTGGTGAAGCCCGCCGCCGACAAGCAGAAGGACAAG ACCCGCGTCAACGTCCTGCCCGGCTGCCACCTCACGCCCGGCGATCTGGAT GAGATGCGGACCATCTTCGAGGATTTCGGGCTCACACCCTATTTCCTGCCGG ATCTGGCCGGCTCGCTGGATGGGCATATCCCCGAGGACTTCTCGCCCACCA CCATCGGCGGCATCGGCATCGATGAGATCGCCACCATGGGCGAGGCGGCC CACACCATCTGCATCGGCGCGCAGATGCGCCGGG CGGGCGAGGCCATGGAGAAGAAGACCGGCATTCCCTTCAAGCTGTTCGAGC GCCTGTGCGGCCTGGAGGCGAACGACGCCTTCATCATGCACCTGTCGCAGA TCTCCGGCCGGCCGGTGCCGGTGAAGTATCGCCGGCAGCGGGGCCAGCTG GTGGATGCCATGCTGGACGGCCACTTCCATCTG GGCGGTCGCAAGGTGGCCATGGGGGCGGAGCCGGACCTGCTCTACGACGT GGGCTCCTTCCTGCACGAGATGGGCGCCCACATCCTTTCCGCGGTCACCAC CACCCAGTCGCCGGTGCTGGCGCGCCTGCCTGCCGAGGAGGTGCTTATCGG CGACCTGGAGGATCTGGAGACCCAGGCGAAGGCGCGCGGATGCGATCTCCT GCTCACCCATTCCCATGGGCGCCAGGCGGCGGAGCGCCTCCACATCCCCTT
4
CTACCGGATCGGCATTCCCATGTTTGACCGGCTGGGGGCGGGGCATCTGTT GTCGGTGGGCTATCGCGGCACCCGCGACCTCATCTTCCATCTCGCCAACCTT GTGATCGCCGACCA CGAGGAAAATCACGAGCCGACGCCCGACACCTGGGCCACCGGCCATGGCG AGCATGCCGCC GCCCCCACTTCCCATTGA
SEQ ID NO: 55:
Aminokiselinska sekvenca nifK 1 lanca beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
MATVSVSKKACAVNPLKMSQPVGGALAFMGVRKAMPLLHGSQGCTS FGLVLFVRHFKEAIPMQTTAMSEVATVLGGLENVEQAILNIYNRTKPEIIGICSTGV TETKGDDVDGYIKLIRDKYPQLADFPLVYVSTPDFKDAFQDGWEKTVAKMVEALV KPAADKQKDKTRVNVLPGCHLTPGDLDEMRTIFEDFGLTPYFLPDLAGSLDGHIP EDFSPTTIGGIGIDEIATMGEAAHTICIGAQMRRAGEAMEKKTGIPFKLFERLCGLE ANDAFIMHLSQISGRPVPVKYRRQRGQLVDAMLDGHFHLGGRKVAMGAEPDLL YDVGSFLHEMGAHILSAVTTTQSPVLARLPAEEVLIGDLEDLETQAKARGCDLLLT HSHGRQAAERLHIPFYRIGIPMFDRLGAGHLLSVGYRGTRDLIFHLANLVIADHEE NHEPTPDTWATGHGEHAAAPTSH
SEQ ID NO: 56:
Nukleotidna sekvenca nifK 2 lanca beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
ATGCCACAAAATGCTGACAATGTGCTCGATCACTTCGAGCTCTTCC GTGGTCCCGAATACCAGCAGATGCTGGCCAATAAGAAAAAGATGTTCGAGAA CCCCCGCGATCCGGCCGAAGTCGAGCGCGTGCGGGAATGGGCGAAGACTC CTGAATACAAGGAGCTGAACTTCGCCCGCGAGGCGCTC ACCGTGAATCCGGCCAAGGCTTGTCAGCCGCTGGGCGCGGTGTTCGTCGCC GTCGGCTTCGAGAGCACGATCCCCTTCGTGCACGGCTCGCAGGGTTGCGTC GCGTATTACCGCTCGCACCTCTCCCGCCACTTCAAGGAGCCGTCCTCCTGCG TCTCCTCGTCCATGACCGAGGATGCGGCGGTGTTCGGCGGCCTCAACAACA TGATTGACGGCCTCGCCAACACCTACAACATGTACAAGCCGAAGATGATCGC CGTCTCCACCACCTGCATGGCGGAAGTCATCGGCGACGATCTGAACGCCTTC
4
ATOAAGACCGCGAAGGAAAAGGGCTCGGTTCCGGCCGAATACGACGTGCCC TTCGCCCACACCCOGGCGTTCGTCGGCAGCCATGTCACCGGCTACGACAAT GCGCTCAAGGGCATCCTCGAGCACTTCTGGGACGGCAAGGCCGGCACCGC GCCGAAGCTGGAGCGCGTTCCCAACGAGAAGATCAACTTCATCGGCGGCTT CGACGGCTACACCGTCGGCAACACTCGCGAAGTGAAGCGCATCTTCGAGGC GTTCGGCGCCGATTACACCATCCTCGCCGACAATTCCGAAGTGTTCGACACC CCGACCGACGGCGAGTTCCGCATGTATGACGGCGGCACGACCCTGGAGGAC GCGGCGAACGCGGTGOACGCCAAGGCCACCATCTCCATGCAGGAATACTGC ACGGAGAAGACCCTGCCCATGATCGCCGGTCATGGCCAGGACGTGGTCGCC CTCAACCACCCCGTGGGCGTGGGCGGCACCGACAAGTTCCTCATGGAGATC GCCCGCCTCACCGGCAAGGAGATCCCCGAGGAGCTGACCCGCGAGCGCGG CCGTCTCGTGGACGCTATCGCGGACTCTTCCGCGCACATCCACGGCAAGAA GTTCGCCA TCTACGGCGATCCGGATCTGTGCCTGGGCCTCGCCGCGTTCCTGCTGGAGC TGGGCGCCGAGCCGACCCATGTGCTGGCCACCAACGGCACCAAGAAGTGG GCCGAGAAGGTTCAGGAACTGTTCGACTCTTCGCCGTTCGGCGCCAACTGCA AGGTCTATCCCGGCAAGGACCTGTGGCACATGCGCTCGCTCCTGTTCGTGG AGCCGGTGGATTTCATCATCGGCAACACCTACGGCAAGTATCTCGAGCGCGA CACGGGCACCCCGCTGATCCGTATCGGCTTCCCGGTGTTCGACCGTCACCA CCACCACCGCCGTCCGGTGTGGGGCTATCAGGGCGGCATGAACGTCCTGAT CACGATCCTCGACAAGATCTTTGACGAGATCGACCGCAACACCAACGTGCCG GCCAAGACCGACTACTCGTTCGACATCATTCGTTGA
SEQ ID NO: 57:
Aminokiselinska sekvenca nifK 2 lanca beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze
MPQNADNVLDHFELFRGPEYQQMLANKKKMFENPRDPAEVERVRE WAKTPEYKELNFAREALTVNPAKACQPLGAVFVAVGFESTIPFVHGSQGCVAYY RSHLSRHFKEPSSCVSSSMTEDAAVFGGLNNMIDGLANTYNMYKPKMIAVSTTC MAEVIGDDLNAFIKTAKEKGSVPAEYDVPFAHTPAFVGSHVTGYDNALKGILEHF WDGKAGTAPKLERVPNEKINFIGGFDGYTVGNTREVKRIFEAFGADYTILADNSE VFDTPTDGEFRMYDGGTTLEDAANAVHAKATISMQEYCTEKTLPMIAGHGQDVV ALNHPVGVGGTDKFLMEIARLTGKEIPEELTRERGRLVDAIADSSAHIHGKKFAIY
4
GDPDLCLGLAAFLLELGAEPTHVLATNGTKKWAEKVQELFDSSPFGANCKVYPG KDLWHMRSLLFVEPVDFIIGNTYGKYLERDTGTPLIRIGFPVFDRHHHHRRPVWG YQGGMNVLITILDKIFDEIDRNTNVPAKTDYSFDIIR
SEQ ID NO: 58:
Nukleotidna sekvenca nifH gvožđanog proteina nitrogenaze
GTGGAGTCCGGTGGTCCTGAGCCGGGCGTGGGCTGCGCCGGCC GCGGCGTGATCACCTCCATCAACTTCCTGGAGGAGAACGGCGCCTACGAGG ACATCGACTATGTGTCCTACGACGTGCTGGGCGACGTGGTGTGCGGCGGCT TCGCCATGCCCATCCGCGAGAACAAGGCGCAGGAAATCTACATCGTGATGTC CGGCGAGATGATGGCCATGTATGCGGCCAACAACATCTCCAAGGGCATCCT GAAGTATGCCAATTCCGGCGGCGTGCGCCTGGGCGGGCTGGTCTGCAACGA GCGCCAGACCGACAAGGAGCTGGAGCTGGCGGAGGCTCTGGCGAAGAAGC TCGGCACCGAGCTGATCTA CTTCGTGCCGCGCGACAACATCGTGCAGCATGCCGAGCTGCGCCGCATGAC AGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCCGCCCAGGCCCAGCACTACCGGAACCT GGCCGAGAAGGTGCACGCCAAOAAGGGCAACGGCATCATCCCGACCCCGAT CACCATGGACGAGCTGGAAGACATGCTCATGGAGCACGGCATCATGAAGGC CGTGGACGAGAGCCAGATCGGCAAGACCGCCGCCGAGCTCGCCGTCTGA
SEQ ID NO: 59:
Aminokiselinska sekvenca nifH gvožđanog proteina nitrogenaze
MESGGPEPGVGCAGRGVITSINFLEENGAYEDIDYVSYDVLGDVVCG GFAMPIRENKAQEIYIVMSGEMMAMYAANNISKGILKYANSGGVRLGGLVCNER QTDKELELAEALAKKLGTELIYFVPRDNIVQHAELRRMTVIEYAPDSAQAQHYRNL AEKVHANKGNGIIPTPITMDELEDMLMEHGIMKAVDESQIGKTAAELAV
Nizvodna obrada
[0077] U jednoj realizaciji, proces pronalaska sadrži dalji korak sakupljanja biomase proizvedene tokom kultivisanja. Biomasa se npr. može sakupljati putem sedimentacije (taloženja na osnovu gravitacije), filtracije, centrifugiranja ili flokulacije. Flokulacija može zahtevati dodavanje agensa za
4
flokulaciju. Centrifugiranje se npr. može izvršiti pomoću kontinuiranog toka centrifuge.
[0078] U jednoj realizaciji, sakupljena biomasa se naknadno suši. Sušenje se npr. može obavljati dobro poznatim metodama, uključujući centrifugiranje, sušenje u bubnju, isparavanje, sušenje zamrzavanjem, zagrevanje, sušenje rasprskavanjem, sušenje vakuumiranjem ii/ili vakuum filtracijom. Osušena biomasa se naknadno može koristiti u proizvodu, npr. prehrambenom proizvodu za ljudsku ili stočnu ishranu ili sastojku stočne ili ljudske hrane.
[0079] U još jednoj realizaciji, ćelije sakupljene biomase se liziraju. U nekim realizacijama lizat može da se podeli u nerastvorive i rastvorive frakcije, a jedna od njih ili obe frakcije mogu naknadno da se koncentrišu ili suše i naknadno da se koriste u proizvodu, npr. proizvodu za ljudsku ili stočnu ishranu.
[0080] U jednoj realizaciji, biomasa se sakuplja i iz navedene biomase se izoluju proteini, što ima za rezultat proteinsku frakciju i frakciju koja sadrži neproteinske komponente. U zavisnosti od metode izolacije proteina, frakcije koje su rezultat toga mogu biti čiste ili manje čiste. Tako, pojam „frakcija proteina” znači frakcija obogaćena proteinima. Frakcija proteina još uvek može da sadrži značajnu količinu drugih komponenti a takođe i značajne količine proteina mogu da završe u „frakciji koja sadrži neproteinske komponente.”
[0081] Izolacija proteina može se izvršiti pomoću bilo koje prigodne metode. Na primer, u jednoj realizaciji, proteini se izoluju mehaničkim lomljenjem ćelija i odvajanjem proteina iz ostataka ćelija preko jednog ili više koraka filtracije, npr. sukcesivno filtriranje preko višestrukih filtera smanjenjem veličina pora. Mehaničko lomljenje može se obavljati pomoću odgovarajuće metode, npr. mlevenjem kuglicama, sonikacijom, homogenizacijom, homogenizacijom pod visokim pritiskom, mehaničkim smicanjem itd. Dobijena isfiltrirana frakcija proteina biće obogaćena proteinima, ali će još uvek sadržati i druge manje komponente. Protein se može po želji dodatno pročišćavati od ove frakcije pomoću odgovarajuće metode.
[0082] U još jednoj realizaciji, proteinska frakcija se izoluje izvođenjem ekstrakcije etanolom nakon čega sledi jedan ili više koraka filtracije. Takve metode su npr. poznate iz dobijanja proteina sojinog zrna (videti npr. Poglavlje 5 ’Koncentrati proteina sojinog zrna’ u „Technology of production of edible flours and protein products from soybeans” (Tehnologija proizvodnje jestivih vrsta brašna i proteinskih proizvoda iz zrna soje), Berk FAO Agricultural Services Bulletin No. 97 (1992). Dobijena proteinska frakcija će biti obogaćena proteinima, ali još uvek sadrži druge komponente. Protein se može po želji dodatno pročišćavati od ove frakcije pomoću odgovarajuće metode.
[0083] U jednoj realizaciji, proces pronalaska sadrži dalji korak hidrolize proteinske frakcije dobijene iz procesa pronalaska u cilju dobijanja aminokiselina i malih peptida.
[0084] U jednoj realizaciji procesa pronalaska, proces sadrži dalji korak proizvodnje prehrambenog proizvoda ili stočne hrane iz navedene biomase, iz navedene proteinske frakcije ili iz navedene frakcije koja sadrži neproteinske komponente. Navedeni dalji korak jednostavno može da obuhvati inkorporiranje navedene biomase, proteinske frakcije ili frakcije koja sadrži neproteinske komponente u prehrambenom proizvodu ili proizvedenoj stočnoj hrani, njegovim dodavanjem tokom proizvodnje prehrambenog proizvoda ili stočne hrane. U drugim realizacijama, dalje pročišćavanje ili modifikacija biomase ili njene frakcije obavlja se tokom njene inkorporacije u prehrambeni proizvod ili proizvedenu stočnu hranu.
[0085] Pronalazak je dalje ilustrovan sledećim, neograničavajućim, primerima:
Primeri
Primer 1 Izolacija bakterijskog lanca sposobnog za hemoautotrofni rast
[0086] Uzorak od 50 mL koji sadrži zemlju i morsku vodu sakupljen je u sterilnu Falcon epruvetu za centrifugu sa obale Baltičkog mora u Nantaliju u Finskoj. Deo uzorka zemlje izmešan je sa 10 mL mineralnog medijuma u sterilnoj Erlenmejer konusnoj tikvici. Medijum se sastojao od 1 g/L NH4OH, 0,23 g/L KH2PO4, 0,29 g/L Na2HPO4 · 2 H2O, 0,005 g/L NaVO3 · H2O, 0,2 g/L FeSO4 · 7 H2O, 0,5 g/L MgSO4 · 7 H2O, 0,01 g/L CaSO4, 0,00015 g/L Na2MoO4· 2 H2O, 0,005 g/L MnSO4, 0,0005 g/L ZnSO4 · 7 HzO, 0,0015 g/L H3BO3, 0,001 g/L CoSO4, 0,00005 g/L CuSO4 i
1
0,0001 g/L NiSO4 pripremljen u vodi sa česme. Suspenzija zemlje i medijuma bila je inkubirana u inkubatoru za mućkanje na temperaturi od 30 °C u zaptivenoj čeličnoj kutiji koja se kontinuirano ispirala gasovitom mešavinom: 150 mL/min of N2, 18 mL/min of H2, 3 mL/min of O2 i 6 mL/min of COz. Kultivisanje je osvežavano u intervalima od sedam dana uzimanjem 1 mL suspenzije, koja je dodavana u sterilnim uslovima medijumu od 9 mL u Erlenmejerovoj konusnoj tikvici, a zatim postavljena nazad u inkubacionu kutiju. Nakon četvrtog razređivanja u suspenziji nije ostala primetna zemlja. Zapremina ćelijske suspenzije je povećana na 100 mL da bi se uzgajala biomasa za bioreaktorsku kultivaciju. Optička gustina (OD600) suspenzije bila je 1,53 kada je inokulirana na 190 mL mineralnog medijuma u paralelnom bioreaktorskom sistemu od 15 sudova, 200-mL (Medicel Explorer, Medicel Oy, Finland). Uslovi kultivisanja bili su agitacija od 800 rpm, temperatura od 30 °C a pH je podešen na 6,8, kontrolisan sa 1 M NaOH. Gas je dodavan preko prskalice sa gasnom mešavinom koja se sastojala od 14 mL/min H2, 3 mL/min O2 i 6 mL/min CO2. Prednji prostor reaktora ispran je sa 300 mL/min vazduha. Kontinuiranom kultivisanju dodavan je mineralni medijum 6 mL/h a iz reaktora je izvučena ćelijska suspenzija preko kapilarnog zadržavanja zapremine konstantnom na 200 mL. Ćelijska suspenzija izvučena iz reaktora bila je skladištena na 4 °C. Automatski je svakog dana iz bioreaktora uziman uzorak, a za praćenje rasta je merena apsorpcija na 600 nm. Nakon 498 sati kultivisanja bioreaktora, uzorci su izvučeni aseptički a suspenzija je razređena i postavljena na ploče sa mineralnim medijumom za agar koji je sadržavao gorenavedene minerale i 2 % bakteriološkog agara. Ploče su bile inkubirane u istim uslovima kao što je opisano gore za Erlenmejer konusnu tikvicu. Zatim su sa ploča sa agarom sakupljene kolonije i postavljene na nove agar ploče kako bi se jedan organizam izolovao u jednu koloniju. Ovo je ponovljeno dvaput. Jedinačne kolonije su sakupljene i suspendovane u 200 µL medijuma u mikrotitarskoj ploči sa 96 jažica. Suspenzija je inkubirana na temperaturi od 30 °C i protresena sa 625 rpm u EnzyScreen kutiji nepropusnoj za gas koja je kontinuirano ispirana sa 150 mL/min N2, 18 mL/min H2, 3 mL/min Oz i 6 mL/min COz. Suspenzija iz jedne jažice prebačena je u Erlenmejer konusnu tikvicu i dopunjena svežim medijumom. Zapremina je povećavana dok nije bilo dovoljno biomase da bi se izvršilo kultivisanje bioreaktora. Organizam je deponovan u zbirci kulture VTT kao VTT-E-193585.
2
[0087] 16S rRNA sekvenciranje uzorka pokazalo je da je uzorak sadržao samo jedan organizam. Isti uzorak je upotrebljen za Illumina NextSeq sekvenciranje obezbeđujući 1x150 bp metagenomske sekvence sačmarice. Pomoću Unicycler (Wick et al, 2017 PLoS computational biology 13:e1005595), de novo sklop je napravljen za metagenomske sekvence koje se sastoje od 101 kontige. Ukupna dužina genoma bila je 4.846.739 bp a sadržaj GC je 67,9 %. Predviđanja gena i funkcionalne anotacije izvršeni su pomoću Prokka (Seemann, 2014 Bioinformatics 30:2068). Anotacija gena producirala je 4.429 gena. Pangenomskim podešavanjem Roary (Page et al, 2015 Bioinformatics 31:3691) grupisan je VTT-E-193585 između vrsta Xanthobacter. Prema tome, soj je identifikovan kao Xanthobacter sp., pri čemu je najbliži genom Xanthobacter tagetidis. Obračun zasnovan na podešavanju prosečnog nukleotidnog identiteta kojim se uzimaju u obzir samo ortološki fragmenti (OrthoANI) (Lee et al, 2016 Int 3 Syst Evol Microbiol 66:1100) dao je najbolje podudaranje od 80,4 % za Xanthobacter tagetidis (ATCC 700314; GCF_003667445.1), dok je graničan presek predložene vrste 95–96 % (videti npr. Chun et al., 2018 Int 3 Syst Evol Microbiol, 68: 461-466). Xanthobacter autotrophicus Py2 je pokazao podudaranje od 79,6 %, dok je podudaranje za Xanthobacter sp. 91 bilo 79,0 %. Prema tome, moglo bi se zaključiti da izolovani bakterijski soj deponovan kao VTT-E-193585 pripada grani: Proteobacteria; klasi: Alpha Proteobacteria; i redu: Rhizobiales. Najverovatnija porodica je Xanthobacteraceae, a gen Xanthobacter. Bakterijski soj VTT-E-193585 ne bi se mogao nedvosmisleno pripisati nijednoj poznatoj vrsti.
[0088] Izvršeno je pretraživanje pretpostavljenih gena otpornih na antimikrobe. Za pretraživanje genoma u odnosu na Arg-Annot, NCBI, ResFinder, ecOH, Megares korišćen je alat ABRicate (https://github.com/tseemann/abricate), a za baze podataka VFDB blastn ili blastp. Za identitet i pokrivenost, kako na nivou nukleotida, tako i proteina, postavljen je prag od 50 %. Identifikovana su samo dva pretpostavljena gena otporna na antimikrobe. Ova dva gena nisu sadržala aminokiselinske promene povezane sa otpornošću na antibiotike te se stoga ne očekuje otporan fenotip.
Primer 2 Pilot kultivisanje i analiza izolovanog bakterijskog soja
[0089] Izolovani bakterijski soj deponovan kao VTT-E-193585 kultivisan je u konvencionalnom 200-litarskom rezervoaru bioreaktora uz mešanje (MPF-U, Marubishi Ltd, Japan). Mešanje se obavljalo lopaticama tipa Rushton koje su rotirale brzinom od 400 rpm. Temperatura kulture održavana je na 30 °C. pH vrednost je održavana na 6,8±0,2 dodavanjem 8 M NaOH ili 3,6 M H3PO4 i regulisana putem softvera. Medijum kulture se sastojao od 1 g/L NH4OH, 0,23 g/L KH2PO4, 0,29 g/L Na2HPO4 · 2 H2O, 0,005 g/L NaVO3 · H2O, 0,2 g/L FeSO4 · 7 H2O, 0,5 g/L MgSO4 · 7 H2O, 0,01 g/L CaSO4, 0,00015 g/L Na2MoO4 · 2 H2O, 0,005 g/L MnSO4, 0,0005 g/L ZnSO4 · 7 H2O, 0,0015 g/L H3BO3, 0,001 g/L CoSO4, 0,00005 g/L CuSO4 i 0,0001 g/L NiSO4 pripremljen u vodi sa česme. Konstantno se kao glavni izvor energije i ugljenika dostavljala smesa koja je sadržala 1,8–10,5 L/min vodonika, 0,6–2,5 L/min kiseonika i 1,8–5 L/min ugljen-dioksida. Nivo razređenog kiseonika održavan je na 7,2±0,5 % podešavanjem sastava smese gasova. Inokulum za kultivisanje bio je pripremljen kako je opisano u Primeru 1. Rast je nadgledan uzimanjem uzoraka ručno i analizom gustine ćelija kao optičke gustine, merenjem apsorpcije pri 600 nm (Ultrospec 2100 pro UV/visible spectrophotometer, Biochrom Ltd., Engleska) i merenjem težine suvih ćelija (CDW) sušenjem u peći tokom noći na temperaturi od 105 °C. Optička gustina je takođe praćena korišćenjem in situ sonde za apsorpciju (Trucell 2, Finesse Ltd, SAD). Kriva rasta kulture predstavljena je na Slici 1. Maksimalna stopa rasta u fazi serije bila je 0,06 h<-1>. Maksimalna gustina ćelije bila je 4,5 g_CDW/L u 92 sata. Nakon 92 sata kultivisanja, započeto je dodavanje svežeg medijuma kulture kao što je opisano gore, po stopi rastvaranja od 0,01 h<-1>. Tokom daljeg dodavanja, gustina ćelije bila je u proseku 2,9 g_CDW/L. Tečnost kulture konstantno se sakupljala u rashlađeni (+10 °C) rezervoar iz koga je zatim dodavana u 300-litarske serije u kontinuirani centrifugalni separator (BTPX-205, Alfa-Laval AB, Švedska). Mulj koji sadrži ćelije, sakupljen iz separatora, stavljan je u atmosfersku sušilicu sa duplim bubnjem (Buflovak 6x8 ADDD, Hebeler process solutions Llc., SAD), zagrevanu parom od 4 bara, dok su bubnjevi rotirali brzinom od 3,5 rpm. Dobijen je osušeni ćelijski prah sa približnom sadržinom suve materije od 96 %. Rezultati analize osušenog ćelijskog praha dati su u Tabeli 1 u odnosu na približni sastav, u Tabeli 2 u odnosu na aminokiselinski sastav, u Tabeli 3 u odnosu na sastav masnih kiselina i u Tabeli 4 u odnosu na sadržaj vitamina. Analize pokazuju da osušeni ćelijski prah ima visok sadržaj proteina sa svim esencijalnim aminokiselinama. Takođe sadrži više nezasićenih nego zasićenih
4
masnih kiselina i mnogo vitamina iz B grupe. Sadržaj peptidoglikana bio je samo 0,002 mg/g_CDW i sadržaj lipopolisaharida je bio 0,01 mg/g_CDW. Bilo bi korisno da ove koncentracije budu što je moguće manje. Za upoređenje, u komercijalnom preparatu bakterija mlečne kiseline analiziranom u isto vreme, sadržaj peptoglikana je bio 0,244 mg/g_DW a sadržaj lipopolisaharida 0,015 mg/g_DW. Izvršeni su testovi citotoksičnosti i genotoksičnosti pomoću supernatant uzoraka kulture. Nije opažena citotoksičnost u odnosu na HepG2 ili HeLa229 linije ljudskih ćelija. Nije opažena genotoksičnost u odnosu na sojeve Escherichia coli WP2 trp-ili CM871 uvrA recA lexA.
Tabela 1 Analiza rezultata osušenog ćelijskog praha izolovanog bakterijskog soja deponovanog kao VTT-E-193585.
Tabela 2 Aminokiselinski sastav osušenog ćelijskog praha izolovanog bakterijskog soja deponovanog kao VTT-E-193585.
Tabela 3 Masnokiselinski sastav osušenog ćelijskog praha izolovanog bakterijskog soja deponovanog kao VTT-E-193585.
Tabela 4 Sadržaj vitamina osušenog ćelijskog praha izolovanog bakterijskog soja deponovanog kao VTT-E-193585.
Primer 3 Kultivisanje izolovanog bakterijskog soja na različitim izvorima azota.
[0090] Izolovani bakterijski soj deponovan kao VTT-E-193585 kultivisan je u sistemu bioreaktora sa paralelnih 15 sudova zapremine 200 mL (Medicel Explorer, Medicel Oy, Finska). Mešanje se obavljalo lopaticama tipa Rushton koje su rotirale brzinom od 800 rpm. Temperatura kulture održavana je na 30 °C. pH vrednost je održavana na 6,8 dodavanjem 1 M NaOH. Medijum kulture se sastojao od 0,23 g/L KH2PO4, 0,29 g/L Na2HPO4· 2 H2O, 0,005 g/L NaVO3 · H2O, 0,2 g/L FeSO4· 7 H2O. 0,5 g/L MgSO4· 7 H2O. 0,01 g/L CaSO4, 0,00015 g/L Na2MoO4· 2 H2O. 0,005 g/L MnSO4, 0,0005 g/L ZnSO4· 7 H2O, 0,0015 g/L H3BO3, 0,001 g/L CoSO4, 0,00005 g/L CuSO4,i 0,0001 g/L NiSO4 pripremljen u vodi sa česme. Takođe, izvor azota se razlikovao u kulturama tako da su četiri kulture sadržale 18,7 mM NH4OH, četiri su sadržale 9,34 mM uree (OC(NH2)2), četiri kulture su sadržale 18,7 mM kalijum nitrata (KNO3), a tri kulture su ostavljene bez izvora azota u medijumu. Konstantno se kao glavni izvor energije i ugljenika dostavljala smesa koja je sadržala 22 mL/min vodonika, 3,2 mL/min vazduha i 6,4 mL/min ugljendioksida. Tako, sa vazduhom, sve kulture su snabdevane i gasom azotom. Rast je nadgledan automatskim uzimanjem uzoraka i analizom gustine ćelija kao optičke gustine, merenjem apsorpcije pri 600 nm (Ultrospec 2100 pro UV/visible spectrophotometer, Biochrom Ltd., Engleska). Kriva rasta kultura predstavljena je na Slici 2. Komparable su bile rast na amonijaku i rast na urei. Rast na nitratu ili azotu bio je vidljivo sporiji od rasta na amonijaku i urei. Prema kraju kultivisanja, rast na nitratu je bio bolji od rasta na gasu azota kao jedinom izvoru azota. Ipak, postojao je rast i u kulturama u kojima je azot bio jedini izvor azota, što pokazuje da je izolovani bakterijski soj deponovan kao VTT-E-193585 sposoban za azotnu fiksaciju.
Primer 4 Karakterizacija osetljivosti na antibiotike
Osetljivost na antibiotike gentamicin, kanamycin, streptomycin, tetracycline, ampicillin, ciprofloxacin, colistin i fosfomycin za izolovani bakterijski soj deponovan kao VTT-E-193585 analizirana je prema standardu CLSI M07-A111 (Clinical and laboratory standards institute. Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically, 11th ed. CLSI standard M07, 2018) sa ručno izrađenom pločom za mikrorazređivanje za ampicillin, ciprofloxacin i colistin, sa pločom VetMIC Lact-1 (SVA Nacionalni veterinarni institut, Upsala, Švedska) za gentamicin, kanamycin, streptomycin i tetracycline pomoću metode mikrorazređivanja bujona i za fosfomycin pomoću razređivanja agara u aerobnim uslovima na temperaturi od 35 ± 2 °C za 48 ± 1 sati korišćenjem medijuma Mueller Hinton Broth sa prilagođenim katjonom (LabM, LAB114, katjoni Mg<2+>i Ca<2+>su dodavani odvojeno). Kao soj za kontrolu kvaliteta korišćen je Escherichia coli ATCC 25922 a bio je inkubiran u aerobnim uslovima, na temperaturi od 35 ± 2 °C u periodu od 18 ± 2 sati. Rezultati antibiotske osetljivosti sojeva dati su u Tabeli 5. Utvrđeno je da je izolovani bakterijski soj generalno osetljiv na antibiotike. Za gentamicin, kanamycin, streptomycin i tetracycline vrednosti za minimalnu inhibitornu koncentraciju (MIC) za VTT-E-193585 bile su niže ili uporedive sa E. coli ATCC 25922, dok su za ampicillin, ciprofloxacin, colistin i fosfomycin vrednosti MIC bile više u VTT-E-193585.
Tabela 5 Vrednosti minimalne inhibitorne koncentracija (MIC, µg/ml) -vrednosti antibiotika za soj VTT-E-193585 i Escherichia coli ATCC 25922

Claims (16)

ZAHTEVI
1. Izolovani bakterijski soj deponovan pod brojem VTT-E-193585 ili genetski modifikovan ili mutiran soj generisan pomoću pomenutog bakterijskog soja, pri čemu je navedeni genetski modifikovani ili mutirani soj zadržao sposobnost rasta pomoću gasa vodonik kao energetskog izvora i ugljen-dioksida kao jedinog izvora ugljenika.
2. Kultura koju sačinjava bakterijski soj prema zahtevu 1.
3. Proces za proizvodnju biomase, pri čemu navedeni proces sadrži kultivisanje bakterijskog soja iz zahteva 1.
4. Proces prema zahtevu 3 koji sadrži kultivisanje bakterijskog soja u kontinuiranoj kulturi sa vodonikom kao energetskim izvorom i izvorom neorganskog ugljenika, gde izvor neorganskog ugljenika sadrži ugljen-dioksid.
5. Proces prema zahtevu 4, pri čemu se rastvoreni kiseonik u kulturi održava između 5 % i 10 %.
6. Proces prema zahtevu 4 ili 5, pri čemu se amonijum, urea, nitrat i/ili gas azot koristi kao izvor azota.
7. Proces prema bilo kom od zahteva od 4 do 6, pri čemu medijum sa kulturom sadrži minerale gde navedeni minerali sadrže manje od 1 g/L hloridnih soli, kao što je manje od 0,25 g/L hloridnih soli, npr. manje od 0,1 g/l hloridnih soli, poželjno bez hloridnih soli.
8. Proces prema bilo kom od zahteva od 4 do 7, pri čemu medijum sa kulturom ne sadrži vitamine.
9. Obrada prema bilo kom od zahteva od 4 do 8, pri čemu se pH u kulturi održava između 5,5 i 8,0, npr. između 6,5 i 7,0, kao što je 6,8.
10. Proces prema bilo kom od zahteva od 4 do 9 pri čemu se pomenuta kultura uzgaja na temperaturi između 25 °C i 40 °C, npr. između 28 °C i 32 °C, kao što je 30 °C.
11. Proces prema bilo kom od zahteva od 4 do 10, pri čemu bakterijski soj ima stopu rasta od 0,04–0,12 h<-1>.
12. Proces prema bilo kom od zahteva od 4 do 11, pri čemu bakterijski soj sadrži 16S ribosomalnu RNK navedenu u SEQ ID NO:1 ili 16S ribosomalnu RNK koja ima do 20 nukleotidnih razlika sa SEQ ID NO:1, npr. od 1 do 10, kao što je od 1 do 5, npr. jednu, dve ili tri nukleotidne razlike sa SEQ ID NO:1.
13. Proces prema bilo kom od zahteva od 4 do 12, pri čemu bakterijski soj sadrži:
i) gen koji kodira veliki lanac ribuloza-1,5-bifosfat karboksilaze/oksigenaze (rubisco) koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:3 ili sekvencu koja ima identitet od više od 93 %, npr. identitet od više od 95 %, kao što je identitet od više od 96 %, npr. identitet od više od 97 %, kao što je identitet od više od 98 %, npr. identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu datu u SEQ ID NO:3., i/ili
ii) gen koji kodira mali lanac ribuloza-1,5-bifosfat karboksilaze/oksigenaze (rubisco) koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:5 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 83 %, npr. više od 86 %, identitet kao što je više od 90 %, npr. identitet od više od 95 %, kao što je identitet od više od 96 %, npr. identitet od više od 97 %, kao što je identitet od više od 98 %, npr. identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu datu u SEQ ID NO:5., i/ili
iii) gen koji kodira alfa podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:7 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:7, i/ili
iv) gen koji kodira beta podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:9 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više
1
od 77 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:9, i/ili
v) gen koji kodira gama podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:11 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:11, i/ili
vi) gen koji kodira delta podjedinicu NAD<+>-reducirajuće hidrogenaze HoxS, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:13 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 79 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:13, i/ili
vii) gen koji kodira veliku podjedinicu NiFeSe hidrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:15 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 84 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:15, i/ili
viii) gen koji kodira malu podjedinicu NiFeSe hidrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:17 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:17, i/ili
ix) gen koji kodira atpG_1 gama lanac ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:19 ili sekvencu koja ima identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %,
2
kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:19, i/ili
x) gen koji kodira atpA_1 alfa podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:21 ili sekvencu koja ima identitet od više od 78 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:21, i/ili
xi) gen koji kodira atpF_1 b podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:23 ili sekvencu koja ima identitet od više od 62 %, npr. identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:23, i/ili
xii) gen koji kodira atpE_1 specifičan za natrijumove jone c podjedinice ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:25 ili sekvencu koja ima identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:25, i/ili
xiii) gen koji kodira atpB_1 a podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:27 ili sekvencu koja ima identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:27, i/ili
xiv) gen koji kodira atpC_1 lanac epsilon ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:29 ili sekvencu koja ima identitet od više od 71 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:29, i/ili
xv) gen koji kodira atpD_1 beta podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:31 ili sekvencu koja ima identitet od više od 84 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:31, i/ili
xvi) gen koji kodira atpD_2 beta podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:33 ili sekvencu koja ima identitet od više od 97 %, npr. identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:33., i/ili
xvii) gen koji kodira atpG_2 gama lanac ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:35 ili sekvencu koja ima identitet od više od 86 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:35, i/ili
xviii) gen koji kodira atpA_2 alfa podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:37 ili sekvencu koja ima identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:37., i/ili
xix) gen koji kodira atpH delta podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:39 ili sekvencu koja ima identitet od više od 85 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:39, i/ili
xx) gen koji kodira atpF_2 b podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:41 ili sekvencu koja ima identitet od više od 87 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:41, i/ili
xxi) gen koji kodira atpG_3 b’ podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:43 ili sekvencu koja ima identitet od više od 81 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %,
4
kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:43, i/ili
xxii) gen koji kodira atpE_2 c podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:45 ili sekvencu koja ima identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:45., i/ili
xxiii) gen koji kodira atpB_2 a podjedinicu ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:47 ili sekvencu koja ima identitet od više od 92 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:47, i/ili
xiv) gen koji kodira atpI I proteina ATP sintaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:49 ili sekvencu koja ima identitet od više od 60 %, npr. identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 80 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:49, i/ili
xv) gen koji kodira nifD_1 lanac alfa molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:51 ili sekvencu koja ima identitet od više od 60 %, npr. identitet od više od 70 %, kao što je identitet od više od 92 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:51, i/ili
xvi) gen koji kodira nifD_2 lanac alfa molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:53 ili sekvencu koja ima identitet od više od 60 %, npr. identitet od više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:53, i/ili
xvii) gen koji kodira nifK_1 lanac beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:55 ili sekvencu koja ima identitet od više od 87 %, npr. identitet od više od 90 %, kao što je identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:55, i/ili
xviii) gen koji kodira nifK_2 lanac beta molibden-gvožđanog proteina nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:57 ili sekvencu koja ima identitet od više od 95 %, npr. identitet od više od 96 %, kao što je identitet od više od 97 %, npr. više od 98 %, kao što je identitet sekvence od više od 99 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:57, i/ili
xxix) gen koji kodira nifH gvožđani protein nitrogenaze, koji ima sekvencu datu u SEQ ID NO:59 ili sekvencu koja ima identitet sekvence od više od 98,5 % u odnosu na sekvencu navedenu u SEQ ID NO:59, pri čemu soj poželjno sadrži:
• gene opisane u iii), iv), v) i vi),
• gene opisane u vii) i viii), ili
• gene opisane u iii), iv), v), vi), vii) i viii).
14. Proces prema bilo kom od zahteva od 4 do 13, koji sadrži dalji korak sakupljanja biomase proizvedene tokom kultivisanja, a koji po izboru sadrži dalji korak sušenja biomase.
15. Proces proizvodnje proteina, koji se sastoji od izvršenja procesa prema zahtevu 14 i daljeg koraka izolovanja proteina iz navedene biomase, pri čemu proces rezultira proteinskom frakcijom i frakcijom koja sadrži neproteinske komponente.
16. Proces prema zahtevu 14 ili 15, koji sadrži dalji korak proizvodnje prehrambenog proizvoda ili stočne hrane iz navedene biomase, iz navedene proteinske frakcije ili iz navedene frakcije koja sadrži neproteinske komponente.
RS20230776A 2019-10-29 2019-10-29 Sojevi i procesi za produkciju jednoćelijskog proteina ili biomase RS64555B1 (sr)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP19205786.7A EP3816293B1 (en) 2019-10-29 2019-10-29 Strains and processes for single cell protein or biomass production

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS64555B1 true RS64555B1 (sr) 2023-10-31

Family

ID=68392723

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20230776A RS64555B1 (sr) 2019-10-29 2019-10-29 Sojevi i procesi za produkciju jednoćelijskog proteina ili biomase

Country Status (19)

Country Link
US (2) US12600940B2 (sr)
EP (2) EP3816293B1 (sr)
JP (2) JP7514918B2 (sr)
KR (2) KR102795704B1 (sr)
CN (1) CN114599779B (sr)
AU (1) AU2020375167B2 (sr)
CL (1) CL2022000747A1 (sr)
CO (1) CO2022003736A2 (sr)
ES (1) ES2958737T3 (sr)
HR (1) HRP20230881T1 (sr)
HU (1) HUE062442T2 (sr)
IL (1) IL292282A (sr)
MX (1) MX2022003927A (sr)
PE (1) PE20220605A1 (sr)
PH (1) PH12022550437A1 (sr)
PL (1) PL3816293T3 (sr)
RS (1) RS64555B1 (sr)
WO (1) WO2021084159A1 (sr)
ZA (1) ZA202203922B (sr)

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20220123019A (ko) 2019-12-31 2022-09-05 에어 프로틴 인코포레이티드 고단백질 식품 조성물
WO2022207963A1 (en) * 2021-03-31 2022-10-06 Solar Foods Oy Methods and systems for growing microbial mass
FI129711B (en) * 2021-04-27 2022-07-29 Solar Foods Oy Method of producing meat analogue food ingredients
FI129784B (en) * 2021-04-27 2022-08-31 Solar Foods Oy Methods of producing microbial product
FI129706B (en) * 2021-04-27 2022-07-15 Solar Foods Oy Meat analogue food product and method of producing thereof
FI129574B (en) * 2021-04-28 2022-05-13 Solar Foods Oy Variant bacterial strains and processes for protein or biomass production
WO2022261288A2 (en) * 2021-06-09 2022-12-15 Cemvita Factory, Inc. Methods and compositions
CN115704045B (zh) * 2021-08-12 2024-07-05 天津国家合成生物技术创新中心有限公司 一种生产单细胞蛋白的方法及碳固定系统
CN115786169B (zh) * 2022-09-01 2025-06-24 中国科学院成都生物研究所 一株黄黄色杆菌及用其合成生物蛋白质的方法

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS6258989A (ja) * 1985-09-07 1987-03-14 Agency Of Ind Science & Technol 微生物菌体の製造法
US4846739A (en) 1987-12-08 1989-07-11 Interconnect Devices, Inc. Gas impervious crimp connection
WO2013148348A1 (en) 2012-03-28 2013-10-03 Kiverdi, Inc. Engineered co2-fixing chemotrophic microorganisms producing carbon-based products and methods of using the same
WO2015027209A2 (en) * 2013-08-22 2015-02-26 Kiverdi, Inc. Microorganisms for biosynthesis of limonene on gaseous substrates
CN106029870A (zh) 2014-01-16 2016-10-12 凯利斯塔公司 用于增强的氨基酸产生的微生物及相关方法
WO2017048773A1 (en) * 2015-09-14 2017-03-23 President And Fellows Of Harvard College Carbon fixation systems and methods
IL317232A (en) * 2016-03-19 2025-01-01 Kiverdi Inc Microorganisms and artificial ecosystems for the production of protein, food and useful co-products from C1 substrates
EP3512931B1 (en) 2016-09-15 2020-08-05 KWR Water B.V. Bioreactor for aerobic hydrogenotrophic fermentation
DK3558026T3 (da) 2016-12-21 2026-01-12 Int N&H Denmark Aps Fremgangsmåder til anvendelse af termostabile serinproteaser
CA3047764A1 (en) 2016-12-22 2018-06-28 Synata Bio, Inc. Methods and systems using ionophores to control contamination in fermentation of gaseous substrates
EA201891926A1 (ru) 2017-02-03 2019-04-30 Киверди, Инк. Микроорганизмы и искусственные экосистемы для производства белка, продуктов питания и полезных побочных продуктов из субстратов c1
WO2018213568A1 (en) 2017-05-17 2018-11-22 President And Fellows Of Harvard College Biofertilzer and methods of making and using same

Also Published As

Publication number Publication date
EP4073255A1 (en) 2022-10-19
ES2958737T3 (es) 2024-02-14
JP7514918B2 (ja) 2024-07-11
HRP20230881T1 (hr) 2023-11-10
JP7846715B2 (ja) 2026-04-15
IL292282A (en) 2022-06-01
AU2020375167A1 (en) 2022-04-14
AU2020375167B2 (en) 2023-11-02
ZA202203922B (en) 2023-07-26
KR20250057065A (ko) 2025-04-28
KR20220053683A (ko) 2022-04-29
JP2023500430A (ja) 2023-01-06
CO2022003736A2 (es) 2022-05-20
NZ786490A (en) 2025-02-28
PL3816293T3 (pl) 2023-09-18
PE20220605A1 (es) 2022-04-25
CL2022000747A1 (es) 2022-11-11
MX2022003927A (es) 2022-04-25
CN114599779A (zh) 2022-06-07
WO2021084159A1 (en) 2021-05-06
HUE062442T2 (hu) 2023-11-28
EP3816293C0 (en) 2023-07-19
EP3816293A1 (en) 2021-05-05
US20240093141A1 (en) 2024-03-21
EP3816293B1 (en) 2023-07-19
US12600940B2 (en) 2026-04-14
CN114599779B (zh) 2024-05-24
PH12022550437A1 (en) 2022-12-12
KR102795704B1 (ko) 2025-04-15
JP2024056855A (ja) 2024-04-23
CA3153196A1 (en) 2021-05-06
US20260062667A1 (en) 2026-03-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RS64555B1 (sr) Sojevi i procesi za produkciju jednoćelijskog proteina ili biomase
CN118064297A (zh) 一种耐盐解磷菌及其应用
CN110791462B (zh) 一株枯草芽孢杆菌及其在发酵生产腺苷中的应用
CN117683652B (zh) 一株解磷弗拉特氏菌及其应用
CN116891809B (zh) 一株亚洲假单胞菌及微生物菌剂和应用
CA3153196C (en) Strains and processes for single cell protein or biomass production
WO2017035856A1 (zh) 嗜硒微生物Wautersiella enshiensis YLX-1及其应用
JP7693018B2 (ja) タンパク質又はバイオマス生成のための変異体細菌株及び方法
RU2806550C1 (ru) Штаммы и способы для получения белка одноклеточных организмов или биомассы
CN116083319B (zh) Ai红假单胞菌新物种及其应用
RU2808127C1 (ru) Штамм бактерий methylobacillus methanolivorans gsa - продуцент кормового белка
Prihanto et al. Mangrove ecosystem as a source of L-methioninase-producing bacteria
WO2019034992A1 (en) BIO-AVAILABLE FORMS DERIVED NATURALLY FROM NITROGEN, PHOSPHORUS AND POTASSIUM USING MICROBIAL FERMENTATION
Goginyan et al. Purple Photosynthetic Bacteria: A Brief
CN121667241A (zh) 菌株mfbs21在提高植物对金属离子的耐受性中的应用
CN115927115A (zh) 光合固氮红细菌新物种及其应用
CN121991838A (zh) 一种海带内生菌巨大普利斯特菌Priestia megaterium H403及其应用
WO2021130736A1 (en) Enhanced naturally derived bio-available forms of nitrogen, phosphorous and potash using microbial fermentation
HK40066266A (zh) 用於单细胞蛋白质或生物质生产的菌株和方法