RS64747B1 - Postupci i sistemi za odabir i lečenje pacijenata sa inflamatornim bolestima - Google Patents

Description

Opis

UNAKRSNO POVEZIVANJE

[0001] Ova prijava zahteva pravo prvenstva prema SAD privremenoj prijavi serijskog broja 62/664,720 koja je podneta 30. aprila 2018, SAD privremenoj prijavi serijskog broja 62/681,557 koja je podneta 6. juna 2018, i SAD privremenoj prijavi serijskog broja 62/784,179 koja je podneta 21. decembra 2018.

LISTA SEKVENCI

[0002] Trenutna prijava sadrži listu sekvenci koja je dostavljena elektronski u ASCII formatu i ovim je u celini inkorporisana putem reference. Navedena ASCII kopija koja je kreirana 19. aprila 2019. nazvana je 52388-740_601_SL.txt i veličine je 7.862.716 bajtova.

POZADINA

[0003] Inflamatorna bolest, fibrostenotička bolest, i fibrotička bolest predstavljaju značajno opterećenje za zdravstveni sistem širom sveta usled velikog broja obolelih pojedinaca i heterogene patogeneze bolesti i različitih kliničkih manifestacija. Jedna takva bolest je inflamatorna bolest creva (IBD), koja ima dva uobičajena oblika, Kronovu (Crohn 's) bolest' (CD) i ulcerozni kolitis (UC). IBD se sastoji od hroničnih, relapsirajućih inflamatornih poremećaja gastrointestinalnog trakta. Incidence IBD su rasprostranjene, pogađajući skoro tri miliona pojedinaca samo u Sjedinjenim Državama. Svaki od ovih oblika ima različita podstanja poznata kao podklinički fenotipovi koji su prisutni u podpopulacijama pacijenata sa CD i UC. Jedno takvo stanje je opstruktivna Kronova bolest, koja može rezultovati od dugotrajne inflamacije koja može dovesti do formiranja ožiljačnog tkiva u crevnom zidu (fibrostenoza) ili otoka. Oba ishoda mogu uzrokovati suženje, ili opstrukciju, i poznati su bilo kao fibrotičke ili inflamatorne strikture. Ozbiljne strikture mogu dovesti do začepljenja creva, što dovodi do bolova u stomaku, nadimanja, mučnine i nemogućnosti izbacivanja stolice.

[0004] Pacijentima koji pate od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti dostupno je nekoliko opcija lečenja. Postojeća antiinflamatorna terapija kao što su steroidi i inhibitori faktora nekroze tumora (TNF) uobičajeno se upotrebljavaju kao prva linija lečenja za lečenje IBD. Nažalost, značajan broj pacijenata doživljava nedostatak odgovora ili gubitak odgovora na postojeće antiinflamatorne terapije, naročito inhibitore TNF. Dok se pacijent leči antiinflamatornom terapijom koja je neefikasna, bolest se pogoršava. Hirurgija, u vidu strukturne plastike (preoblikovanje creva) ili resekcije (uklanjanje creva), je jedina opcija lečenja za pacijente koji ne reaguju na terapije prve linije. Hirurška lečenja za IBD su invazivna, uzrokujući postoperativne rizike za procenjuje se trećinu pacijenata koji su podvrgnuti operaciji, kao što su anastomotsko curenje, infekcija, i krvarenje. US2006/280741A1 se odnosi na postupke za lečenje autoimunskih i hroničnih inflamatornih stanja upotrebom antagonista CD30 ili CD30L.

[0005] Smatra se da patogeneza inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti, kao što je IBD, uključuje nekontrolisani imunski odgovor koji može biti izazvan određenim faktorima životne sredine kod genetički podložnog domaćina. Heterogenost patogeneze bolesti i kliničkog toka, u kombinaciji sa promenljivim odgovorom na lečenje i povezanim neželjenim efektima, sugeriše da je personalizovani medicinski pristup lečenju ovih bolesti najbolja strategija lečenja. Ipak postoji vrlo malo personalizovanih terapija koje su dostupne pacijentima. U skladu sa time, postoji potreba da se identifikuju ciljani terapijski pristupi za lečenje inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti i njihovih podkliničkih fenotipova, a još veća potreba da se razvije pouzdana metodologija za identifikovanje pacijenata koji, na osnovu svog genotipa, mogu odgovoriti na bilo koji terapijski pristup. Potrebne metodologije bi takođe identifikovale subjekte kojima još uvek nije postavljena dijagnoza, a koji su u riziku od razvoja bolesti, za koje bi se mogle propisati preventivne intervencije kako bi se smanjilo rastuće opterećenje za zdravstveni sistem.

SAŽETAK

[0006] Predmetni pronalazak je definisan priloženim patentnim zahtevima. CD30 ligand (CD30L) je ligand za CD30 koji je kodiran genom superporodice receptora faktora nekroze tumora 8 ili (TNFSF8). CD30L je član superporodice faktora nekroze tumora i važan je u kostimulaciji imunskih ćelija da indukuje ćelijsku proliferaciju i proizvodnju citokina. U nekim slučajevima, CD30L deluje na proinflamatorne citokine, kao što je interleukin 6 (IL-6). Preliminarne studije sugerišu da je CD30L put dominantan put u patogenezi inflamatorne, fibrotičke i fibrostenotičke bolesti kao što je IBD, naročito kod određenih podgrupa pacijenata sa komplikovanim oblicima bolesti (npr. kao što su strikturirajući, penetrirajući, ili opstruktivni fenotipovi bolesti).

[0007] Aspekti predmetne prijave obezbeđuju postupke i sistem za lečenje inflamatorne bolesti kod subjekta sa inhibitorom CD30L. U nekim slučajevima, inhibitor CD30L inhibira, slabi, ili na drugi način ometa biološki odgovor povezan sa interakcijom CD30L sa njegovim srodnim antigenom, CD30. U skladu sa time, u nekim slučajevima lečenje sa inhibitorom CD30L je korisno za lečenje stanja sa kojima je povezana ekspresija ili aktivnost CD30 liganda ili CD30.

[0008] Pozivanja na postupke lečenja, npr. u paragrafu 0007 ovog opisa, treba tumačiti kao pozivanja na jedinjenja, farmaceutske kompozicije i medikamente iz predmetnog pronalaska za upotrebu u postupku za lečenje ljudskog (ili životinjskog) tela terapijom (ili za dijagnozu).

[0009] Ovde su takođe opisani polimorfizmi i njihovi haplotipovi na TNFSF8 genu ili genskom lokusu koji su povezani sa inflamatornom, fibrotičom ili fibrostenotičkom bolešću. Polimorfizmi TNFSF8 mogu biti povezani sa inflamatornom bolešću creva (IBD) i različitim podkliničkim fenotipovima IBD. Pored toga, ovi polimorfizmi utiču na ekspresiju CD30L, i u nekim slučajevima i CD30. Genotipovi koji sadrže polimorfizme TNFSF8 koji su ovde opisani mogu se detektovati u uzorku koji je dobijen od subjekta kome može ili ne mora biti dijagnostikovana IBD. Detekcija genotipova, olakšana postojećim testovima genotipizacije, može se obaviti na mestu potrebe ili u zdravstvenoj ustanovi. Primeri testova genotipizacije uključuju testove hibridizacije upotrebom proba nukleinske kiseline specifičnih za navedene polimorfizme.

[0010] Ovde su obezbeđene praktične primene povezanosti između genotipova koji su ovde opisani i incidenci kliničkih i podkliničkih fenotipova u određenim populacijama pojedinaca. Na primer, genotipovi iz predmetne objave mogu se upotrebljavati za predviđanje rizika da će subjekt razviti inflamatornu bolest, fibrostenotičku bolest, ili fibrotičku bolest. Genotipovi su takođe korisni za predviđanje da li će pacijent sa dijagnozom nekog oblika inflamatorne, fibrotičke ili fibrostenotičke bolesti razviti teški oblik bolesti, kao što je njen podklinički fenotip. Pored toga, ili alternativno, genotipovi koji su ovde objavljeni povezani su sa varijacijama u ekspresiji CD30 ili CD30L, što u nekim slučajevima znači da se genotipovi mogu upotrebljavati za identifikaciju pacijenta koji može biti pogodan za lečenje sa ciljanom CD30L terapijom (npr. pacijent koji nosi genotip povezan sa povećanjem CD30L može biti pogodan za lečenje sa anti-CD30L ili anti-CD30 terapijom). Primeri stanja uključuju i Kronovu bolest (CD) i primarni sklerozirajući holangitis. U nekim slučajevima, subjektu se primenjuje terapijski agens (npr. inhibitor CD30L, inhibitor TL1A) pod uslovom da je genotip koji je ovde objavljen detektovan u uzorku koji je dobijen od subjekta. Dodatni primer praktičnih primena koje su ovde objavljene uključuju laboratorijske postupke detektovanja trenutnih genotipova, kao što su kvantitativna PCR (qPCR) i metodologije sekvenciranja.

[0011] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke inhibiranja ili redukovanja aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda kod subjekta, postupak sadrži: (a) odabir subjekta koji ima, ili se sumnja da ima, najmanje jednu od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti; (b) identifikovanje subjekta kao nosioca genotipa koji sadrži polimorfizam najmanje jedan od rs911605 i rs1006026; i (c) primenu subjektu efikasne količine inhibitora CD30 liganda kako bi se inhibirala ili redukovala aktivnost ili ekspresija CD30 liganda kod subjekta. U nekim primerima izvođenja, polimorfizam na rs911605 sadrži "A" alel na nukleobazi 501 unutar rs911605 (SEQ ID NO: 1), i pri čemu polimorfizam na rs1006026 sadrži "G" alel na nukleobazi 501 unutar rs1006026 (SEQ ID NO: 3). U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam na rs911605 i polimorfizam na rs1006026. U nekim primerima izvođenja, polimorfizam na rs911605 sadrži "A" alel na nukleobazi 501 unutar rs911605 (SEQ ID NO: 1), i polimorfizam na rs1006026 sadrži "G" alel na nukleobazi 501 unutar rs1006026 (SEQ ID NO: 3). U nekim primerima izvođenja, identifikovanje subjekta kao nosioca genotipa sadrži: (a) dovođenje u kontakt uzorka koji je dobijen od subjekta koji sadrži genetički materijal sa sekvencom nukleinske kiseline sposobnom da hibridizuje sa najmanje 10 susednih nukleobaza između nukleobaze 400 i nukleobaze 600 najmanje jedne od SEQ ID NO: 1 i SEQ ID NO: 3 pod standardnim uslovima hibridizacije, pri čemu najmanje 10 susednih nukleobaza sadrži nukleobazu na poziciji 501 iz najmanje jedne od SEQ ID NO: 1 i SEQ ID NO: 3; i (b) detektovanje vezivanja između sekvence nukleinske kiseline i najmanje 10 susednih nukleobaza između nukleobaze 400 i nukleobaze 600 najmanje jedne od SEQ ID NO: 1 i SEQ ID NO: 2. U nekim primerima izvođenja, inhibitor CD30 liganda je antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na CD30 ligand ili CD30, ili njihovu kombinaciju. U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže primenu subjektu dodatnog terapijskog agensa. U nekim primerima izvođenja, dodatni terapijski agens je modulator ekspresije gena ili ekspresije ili aktivnosti proizvoda ekspresije gena, gen je odabran iz grupe koja se sastoji od mitogenom-aktivirane protein kinaza kinaza kinaza kinaze 4 (MAP4K4), prostaglandin E receptora 4 (PTGER4), interleukin 18 receptora 1 (IL18R1), 6-fosfofrukto-2-kinaza/fruktoza-2,6-bifosfataze 3 (PFKFB3), dodatnog proteina receptora interleukina 18 (IL18RAP), adenilat ciklaze 7 (ADCY7), B limfoidne tirozin kinaze (BLK), receptora 65 spregnutog sa G-proteinom (GPR65), Sprouty srodnog EVH1 domena koji sadrži 2 (SPRED2), fosfoproteina 2 povezanog sa Src kinazom (SKAP2), receptora interagujuće serin/treonin kinaze 2 (RIPK2), i člana 15 superporodice liganda TNF (TNFSF15), Janus kinaze 1 (JAK1), receptora 35 spregnutog sa G-proteinom (GPR 35), i gasdermina B (GSDMB). U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže primenu subjektu efikasne količine inhibitora člana 15 superporodice liganda faktora nekroze tumora (TL1A). U nekim primerima izvođenja, inhibitor TL1A je antagonist antitelo ili antigenvezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A. U nekim primerima izvođenja, antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A je obezbeđen u Tabeli 15.

[0012] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke lečenja umerene do teške Kronove bolesti kod subjekta, postupak sadrži: (a) identifikovanje subjekta sa Kronovom bolešću (CD) kao nosioca genotipa koji sadrži polimorfizam najmanje jedan od rs911605 i rs1006026, genotipa koji je povezan sa rizikom da će subjekt razviti umereni do teški oblik CD koja sadrži opstruktivnu CD; i (b) primenu subjektu terapijski efikasne količine inhibitora aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda. U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže određivanje da li subjekt ima ili će razviti najmanje jedno od izostanka odgovora ili gubitka odgovora na standardno lečenje. U nekim primerima izvođenja, standardno lečenje je odabrano iz grupe koja se sastoji od glukokortikosteroida, anti-TNF terapije, anti-a4-b7 terapije (vedolizumab), anti-IL12p40 terapije (ustekinumab), talidomida, i citoksina. U nekim primerima izvođenja, polimorfizam na rs911605 sadrži "A" alel na nukleobazi 501 unutar rs911605 (SEQ ID NO: 1), i pri čemu polimorfizam na rs1006026 sadrži "G" alel na nukleobazi 501 unutar rs1006026 (SEQ ID NO: 3). U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam na rs911605 i polimorfizam na rs1006026. U nekim primerima izvođenja, inhibitor aktivnosti CD30 liganda je antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na CD30 ligand ili CD30, ili njihovu kombinaciju. U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže primenu subjektu dodatnog terapijskog agensa. U nekim primerima izvođenja, dodatni terapijski agens je modulator ekspresije gena ili ekspresije ili aktivnosti proizvoda ekspresije gena, gen je odabran iz grupe koja se sastoji od mitogenomaktivirane protein kinaza kinaza kinaza kinaze 4 (MAP4K4), prostaglandin E receptora 4 (PTGER4), interleukin 18 receptora 1 (IL18R1), 6-fosfofrukto-2-kinaza/fruktoza-2,6-bifosfataze 3 (PFKFB3), dodatnog proteina receptora interleukina 18 (IL18RAP), adenilat ciklaze 7 (ADCY7), B limfoidne tirozin kinaze (BLK), receptora 65 spregnutog sa G-proteinom (GPR65), Sprouty srodnog EVH1 domena koji sadrži 2 (SPRED2), fosfoproteina 2 povezanog sa Src kinazom (SKAP2), receptora interagujuće serin/treonin kinaze 2 (RIPK2), i člana 15 superporodice liganda TNF (TNFSF15), Janus kinaze 1 (JAK1), receptora 35 spregnutog sa G-proteinom (GPR 35), i gasdermina B (GSDMB). U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže primenu subjektu efikasne količine inhibitora člana 15 superporodice liganda faktora nekroze tumora (TL1A). U nekim primerima izvođenja, inhibitor TL1A je antagonist antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A. U nekim primerima izvođenja, antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A je obezbeđen u Tabeli 15.

[0013] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke karakterizovanja inflamatorne bolesti kod subjekta, postupak sadrži: (a) testiranje genetičkog materijala u uzorku koji je dobijen od subjekta sa inflamatornom bolešću kako bi se detektovalo prisustvo ili odsustvo genotipa koji sadrži najmanje jedan od rs911605 i rs1006026; i (b) karakterizovanje inflamatorne bolesti kao Kronove bolesti (CD) pod uslovom da je prisustvo genotipa detektovano u koraku (a). U nekim primerima izvođenja, testiranje genetičkog materijala u uzorku iz koraka (a) sadrži: (a) amplifikovanje iz genetičkog materijala najmanje 15 nukleobaza unutar SEQ ID NO: 5 ili SEQ ID NO: 6, najmanje 15 nukleobaza koje sadrže nukleobazu na poziciji označenoj sa [A/G] u SEQ ID NO: 5 ili [A/G] u SEQ ID NO: 6; i (b) hibridizovanje sa genetičkim materijalom nukleinske kiseline koja sadrži sekvencu nukleinske kiseline koja sadrži najmanje jednu od SEQ ID NO: 5 i SEQ ID NO: 6. U nekim primerima izvođenja, testiranje genetičkog materijala u uzorku iz koraka (a) sadrži: (a) amplifikovanje iz genetičkog materijala najmanje 15 nukleobaza unutar SEQ ID NO: 7 ili SEQ ID NO: 8, najmanje 15 nukleobaza koje sadrže nukleobazu na poziciji označenoj sa [A/G] u SEQ ID NO: 7 ili [A/G] u SEQ ID NO: 8; i (b) hibridizovanje sa genetičkim materijalom nukleinske kiseline koja sadrži sekvencu nukleinske kiseline koja sadrži najmanje jednu od SEQ ID NO: 7 i SEQ ID NO: 8. U nekim primerima izvođenja, nukleinska kiselina sadrži detektabilan molekul. U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže primenu subjektu inhibitora aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda, pod uslovom da je inflamatorna bolest okarakterisana kao umerena do teška u koraku (b). U nekim primerima izvođenja, inhibitor aktivnosti CD30 liganda je antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na CD30 ligand ili CD30, ili njihovu kombinaciju. U nekim primerima izvođenja, karakterizovanje inflamatorne bolesti kao CD iz koraka (b) dodatno sadrži karakterizovanje inflamatorne bolesti kao refraktorne na standardno lečenje odabrano iz grupe koja se sastoji od pri čemu je standardno lečenje odabrano iz grupe koja se sastoji od glukokortikosteroida, anti-TNF terapije, anti-a4-b7 terapije (vedolizumab), anti-IL12p40 terapije (ustekinumab), talidomida, i citoksina. U nekim primerima izvođenja, CD je dodatno okarakterisana kao opstruktivna CD. U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže primenu subjektu dodatnog terapijskog agensa. U nekim primerima izvođenja, dodatni terapijski agens je modulator ekspresije gena ili ekspresije ili aktivnosti proizvoda ekspresije gena, gen je odabran iz grupe koja se sastoji od mitogenomaktivirane protein kinaza kinaza kinaza kinaze 4 (MAP4K4), prostaglandin E receptora 4 (PTGER4), interleukin 18 receptora 1 (IL18R1), 6-fosfofrukto-2-kinaza/fruktoza-2,6-bifosfataze 3 (PFKFB3), dodatnog proteina receptora interleukina 18 (IL18RAP), adenilat ciklaze 7 (ADCY7), B limfoidne tirozin kinaze (BLK), receptora 65 spregnutog sa G-proteinom (GPR65), Sprouty srodnog EVH1 domena koji sadrži 2 (SPRED2), fosfoproteina 2 povezanog sa Src kinazom (SKAP2), receptora interagujuće serin/treonin kinaze 2 (RIPK2), i člana 15 superporodice liganda TNF (TNFSF15), Janus kinaze 1 (JAK1), receptora 35 spregnutog sa G-proteinom (GPR 35), i gasdermina B (GSDMB). U nekim primerima izvođenja, postupci dodatno sadrže primenu subjektu efikasne količine inhibitora člana 15 superporodice liganda faktora nekroze tumora (TL1A). U nekim primerima izvođenja, inhibitor TL1A je antagonist antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A. U nekim primerima izvođenja, antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A je obezbeđen u Tabeli 15.

[0014] Upotreba jedinjenja koje sadrži inhibitor CD30 liganda za lečenje subjekta koji je identifikovan kao nosilac genotipa koji sadrži "A" alel na nukleopoziciji 501 unutar SEQ ID NO: 2, "G" alel na nukleopoziciji 501 unutar SEQ ID NO: 4, ili njihovu kombinaciju. U nekim primerima izvođenja, subjekt je identifikovan kao subjekt koji ima, ili je podložan razvoju, najmanje jednog od izostanka odgovora ili gubitka odgovora na standardno lečenje odabrano iz grupe koja se sastoji od glukokortikosteroida, anti-TNF terapije, anti-a4-b7 terapije (vedolizumab), anti-IL12p40 terapije (ustekinumab), talidomida, i citoksina.

[0015] Upotreba kombinovane terapije koja sadrži inhibitor CD30 liganda i inhibitor člana 15 superporodice liganda faktora nekroze tumora (TL1A) za lečenje subjekta koji je identifikovan kao nosilac genotipa koji sadrži "A" alel na nukleopoziciji 501 unutar SEQ ID NO: 2, "G" alel na nukleopoziciji 501 unutar SEQ ID NO: 4, ili njihovu kombinaciju. U nekim primerima izvođenja, inhibitor CD30 liganda i inhibitor TL1A primenjuju se subjektu odvojeno. U nekim primerima izvođenja, subjekt je identifikovan da ima, ili je podložan razvoju, najmanje jednog od izostanka odgovora ili gubitka odgovora na standardno lečenje odabrano iz grupe koja se sastoji od glukokortikosteroida, anti-TNF terapije, anti-a4-b7 terapije (vedolizumab), anti-IL12p40 terapije (ustekinumab), talidomida, i citoksina. U nekim primerima izvođenja, inhibitor TL1A je antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A. U nekim primerima izvođenja, antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A je obezbeđen u Tabeli 15.

KRATAK OPIS CRTEŽA

[0016]

SL. 1 pokazuje da je rizični alel, "A" unutar rs911605 (P=4.41x10<-4>) (rs911605A ili rs911605AA) povezan sa povećanom ekspresijom iRNK superporodice receptora faktora nekroze tumora 8 (TNFSF8) u tankom crevu upotrebom cis-ekspresije lokusa kvantitativne osobine (cis-eQTL), u poređenju sa pojedincima koji ne nose rizični alel ("nerizični, GG").

SL. 2 pokazuje da je ekspresija CD30L proteina povećana na T ćelijama i B ćelijama u uzorcima koji su dobijeni od subjekata koji nose rs911605A ili rs911605AA rizične genotipove, u poređenju sa nerizičnim ("NR") pojedincem koji ne eksprimira rizične genotipove.

SL. 3 pokazuje povećanje ekspresije interferona gama (IFN-gama ili IFNg) u uzorcima koji su dobijeni od subjekata, u poređenju sa nerizičnim ("NR") pojedincem koji ne eksprimira rizične genotipove.

SL. 4 pokazuje povećanje ekspresije faktora nekroze tumora alfa (TNFa) u uzorcima koji su dobijeni od subjekata, u poređenju sa nerizičnim ("NR") pojedincem koji ne eksprimira rizične genotipove.

SL. 5 pokazuje povećanje ekspresije interleukina 6 (IL-6) u uzorcima koji su dobijeni od subjekata, u poređenju sa nerizičnim ("NR") pojedincem koji ne eksprimira rizične genotipove.

SL. 6A-6C pokazuje da je ekspresija CD30L u korelaciji sa nivoima solubilnog CD30 (sCD30) u populaciji pacijenata koji nose različite genotipove, uključujući rs911605AA i rs1006026 AA/GA/GG genotipove (SL. 6A), rs911605AA i rs1006026 GA/GG genotipove (SL. 6B), i rs911605AA i rs1006026 GG genotipove (SL.6C).

SL. 7A-7C pokazuje da su rizični genotipovi rs911605AA i rs1006026 AA/GA/GG (SL. 7A), rs911605AA i rs1006026 GA/GG (SL. 7B), i rs911605AA i rs1006026 GG (SL. 7C), u korelaciji sa nivoima za sCD30 i procentom CD30L kod B ćelija.

DETALJAN OPIS PRONALASKA

[0017] Predmetna objava obezbeđuje postupke i sisteme za detektovanje prisustva ili odsustva određenog genotipa kod subjekta, što je u nekim slučajevima korisno za odabir subjekata za određeno lečenje određene bolesti ili stanja, identifikujući rizik od razvoja kliničkog ili podkliničkog fenotipa, ili njihove kombinacije. U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam na rs911605 (SEQ ID NO: 1) i opciono rs1006026 (SEQ ID NO: 3). Kao primer, genotip je haplotip koji sadrži polimorfizam i na rs911605 i na rs1006026. U nekim slučajevima, prisustvo određenog genotipa ukazuje na to da subjekt ima povišenu ekspresiju CD30 liganda (CD30L). U nekim slučajevima, prisustvo određenog genotipa ukazuje na to da subjekt ima povišen nivo solubilnog CD30. U nekim slučajevima, prisustvo određenog genotipa ukazuje na to da subjekt ima povišenu ekspresiju citokina porodice faktora nekroze tumora (TNF), TL1A (TNFSF15). U skladu sa time, subjekti koji su pozitivni za navedeni genotip mogu biti pogodni za lečenje sa inhibitorom CD30L, kao što je anti-CD30L antitelo. Subjekt koji je pozitivan za navedeni genotip takođe može biti pogodan za lečenje sa inhibitorom TL1A. Na primer, inhibitor CD30L i inhibitor TL1A mogu biti korisni za lečenje bolesti ili stanja koja su povezana sa aktivnošću CD30L/CD30 ili TL1A, kao što je najmanje jedna od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti. Neograničavajući primeri inflamatornih bolesti uključuju bolesti gastrointestinalnog trakta, jetre, i žučne kese; uključujući Kronovu bolest (CD). Primer fibrotičke bolesti je primarni sklerozirajući holangitis (PSC).

[0018] U nekim primerima izvođenja, obezbeđeni su postupci i sistemi za identifikovanje da li ili ne subjekt ima polimorfizam na rs911605 i/ili rs1006026. U nekim slučajevima, polimorfizam sadrži "A" alel na poziciji 501 rs911605 (SEQ ID NO: 2). U nekim slučajevima, polimorfizam sadrži "G" alel na poziciji 501 rs1006026 (SEQ ID NO: 4). Primeri postupaka uključuju test hibridizacije koji sadrži dovođenje u kontakt genetičkog materijala subjekta sa probom koja sadrži sekvencu nukleinske kiseline koja može hibridizovati sa najmanje delom (npr. najmanje oko 10 nukleobaza) sekvence nukleinske kiseline koja sadrži polimorfizam. Kao primer, postupak sadrži dovođenje u kontakt genetičkog materijala sa probom koja sadrži najmanje oko 10 susednih nukleobaza rs911605 (SEQ ID NO: 1 ili SEQ ID NO: 2), pri čemu proba sadrži najmanje nukleobazu na poziciji 501. Kao sledeći primer, postupak sadrži dovođenje u kontakt genetičkog materijala sa probom koja sadrži najmanje oko 10 susednih nukleobaza rs1006026 (SEQ ID NO: 3 ili SEQ ID NO: 4), pri čemu proba sadrži najmanje nukleobazu na poziciji 501. Dopunske probe uključuju one koje imaju sekvencu koja je reverzni komplement onima koje su ovde opisane, npr. reverzni komplement bilo kojoj od SEQ ID NO: 1-4. U nekim slučajevima, postupak sadrži multipleksni test koji sadrži dovođenje u kontakt genetičkog materijala sa dve ili više proba, npr. jednom ili više proba koje su specifične za polimorfizam na rs911605 i jednom ili više proba koje su specifične za polimorfizam na rs1006026. Pogodni testovi hibridizacije uključuju kvantitativnu lančanu reakciju polimeraze (qPCR). Na primer, qPCR je TaqMan<™>test.

[0019] Dodatno su obezbeđene kompozicije i kompleti za detektovanje prisustva određenog genotipa ili haplotipa, npr. polimorfizma na rs911605 i/ili rs1006026. U nekim slučajevima, kompleti sadrže reagense kao što su prajmeri i/ili probe koje su konfigurisane da amplifikuju i/ili detektuju genotip iz genetičkog uzorka subjekta. U nekim slučajevima, kompleti sadrže uređaj za sakupljanje uzoraka. Neki takvi uređaji su korisni za dobijanje uzorka koji sadrži genetički materijal od subjekta. Primer uređaja za sakupljanje je štapić za bris. Za upotrebu u sakupljanju uzoraka, jedan postupak uključuje dovođenje u kontakt štapića za bris sa površinom subjekta koji se testira, na primer, unutrašnjom stranom obraza. Sledeći primer uređaja za sakupljanje je epruveta za uzimanje uzorka krvi od subjekta. U nekim slučajevima epruveta sadrži aditiv za konzervaciju i/ili za olakšavanje analize. Na primer, epruveta sadrži heparin, kalijum oksalat, natrijum fluorid, etilendiamintetrasirćetnu kiselinu (EDTA), natrijum citrat, reagense koji aktiviraju ili redukuju zgrušavanje, reagense koji odvajaju serum, ili njihovu kombinaciju.

[0020] Dodatno su obezbeđeni inhibitori CD30L i drugi terapijski agensi, koji se mogu primenjivati pacijentu koji ima inflamatornu bolest, fibrostenotičku bolest, i/ili fibrotičku bolest. U nekim slučajevima drugi terapijski agens može da sadrži inhibitor TL1A. Neograničavajući primer inhibitora CD30L je anti-CD30L antitelo, kao što su antitela koja su objavljena ovde na drugom mestu. Neograničavajući primer inhibitora TL1A je anti-TL1A antitelo, kao što su antitela koja su ovde objavljena. U nekim primerima izvođenja, pacijent sadrži genotip koji je ovde objavljen, npr. polimorfizam na rs911605 i/ili rs1006026.

PREGLED

[0021] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju genotipove subjekta. Genotipovi se mogu detektovati u uzorku koji je dobijen od subjekta analizom genetičkog materijala u uzorku. Genotipovi koji su ovde objavljeni mogu biti povezani sa bolešću ili stanjem, ili podkliničkim fenotipom bolesti ili stanja. Genotipovi koji su ovde objavljeni mogu biti povezani sa povećanjem ili smanjenjem ekspresije gena, ili proizvoda ekspresije gena koji se eksprimira sa gena. Genotipovi mogu dodatno biti povezani sa prisustvom drugih biomarkera, kao što su serološki markeri.

[0022] Određivanje prisustva genotipova koji su ovde objavljeni može biti korisno za najmanje jedno od dijagnostikovanja, prognoziranja, praćenja, preveniranja, i lečenja subjekta sa bolešću ili stanjem, ili njihovim podkliničkim fenotipom ili simptomom. Genotipovi koji su ovde objavljeni takođe mogu biti korisni za identifikovanje subjekata za koje postoji verovatnoća da će doživeti izostanak odgovora ili gubitak odgovora na standardno lečenje, kao što su određene terapije prve linije (npr. anti-TNF terapije, steroidi, ili drugi imunomodulatori). Slično, genotipovi koji su ovde objavljeni mogu da se upotrebljavaju za identifikovanje subjekata za koje je verovatno da će doživeti pozitivan (npr. terapijski) odgovor na terapijske agense ili dopunske terapijske agense koji su ovde objavljeni (npr. anti-TL1A terapija).

Subjekt

[0023] Subjekt koji je ovde objavljen može biti sisar, kao što je na primer miš, pacov, zamorac, zec, ne-humani primat, ili životinja sa farme. U nekim slučajevima, subjekt je čovek. U nekim slučajevima, subjekt je pacijent kome je dijagnostikovana bolest ili stanje koje je ovde objavljeno. U nekim slučajevima, subjektu nije dijagnostikovana bolest ili stanje. U nekim slučajevima, subjekt pati od simptoma koji je u vezi sa bolešću ili stanjem koje je ovde objavljeno (npr. bol u stomaku, grčevi, dijareja, rektalno krvarenje, groznica, gubitak težine, umor, gubitak apetita, dehidratacija, i neuhranjenost, anemija, ili čirevi).

U nekim primerima izvođenja, subjekt je podložan toksičnosti tiopurina, ili mu je nanesena toksičnost tiopurina, ili je podložan bolesti uzrokovanoj toksičnošću tiopurina (kao što je pankreatitis ili leukopenija). Subjekt može doživeti, ili se sumnja da može doživeti, izostanak odgovora ili gubitak odgovora na standardno lečenje (npr. anti-TNF alfa terapija, anti-a4-b7 terapija (vedolizumab), anti-IL12p40 terapija (ustekinumab), talidomid, ili citoksin).

Bolest ili stanje

[0024] Bolest ili stanje koje je ovde objavljeno je najmanje jedno od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti. Neograničavajući primeri inflamatornih bolesti uključuju bolesti gastrointestinalnog (GI) trakta, jetre, žučne kese, i zglobova. U nekim slučajevima, inflamatorna bolest inflamatorna bolest creva (IBD), Kronova bolest (CD), ili ulcerozni kolitis, sistemski eritemski lupus (SLE), ili reumatoidni artritis. Subjekt može da pati od fibroze, fibrostenoze, ili fibrotičke bolesti, bilo izolovane ili u kombinaciji sa inflamatornom bolešću. U nekim slučajevima, CD je opstruktivna CD. Opstruktivna CD može rezultovati od inflamacije koja je dovela do formiranja ožiljačnog tkiva u crevnom zidu (fibrostenoza) i/ili otoka. U nekim slučajevima, CD karakteriše prisustvo fibrotičkih i/ili inflamatornih striktura. Strikture se mogu odrediti kompjuterizovanom tomografskom enterografijom (CTE), i enterografijom magnetnom rezonancom (MRE). U nekim primerima izvođenja, bolest je primarni sklerozirajući holangitis (PSC). Primeri postupaka dijagnostikovanja PSC uključuju holangiopankreatografiju magnetnom rezonancom (MRCP), testove funkcije jetre, i histologiju. Testovi funkcije jetre su vredni u laboratorijskim ispitivanjima, i mogu uključivati merenje nivoa serumske alkalne fosfataze, serumske aminotransferaze, gama glutamil transpeptidaze, i prisustva hipergamaglobulinemije. Bolest ili stanje može sadržati toksičnost tiopurina, ili bolest uzrokovanu toksičnošću tiopurina (kao što su pankreatitis ili leukopenija). U dodatnim obezbeđenim primerima izvođenja, subjekt doživljava izostanak odgovora na indukciju terapije, ili gubitak odgovora na terapiju posle uspešne indukcije terapije. Neograničavajući primeri standardnog lečenja uključuju glukokortikosteroide, anti-TNF terapiju, anti-a4-b7 terapiju (vedolizumab), anti-IL12p40 terapiju (ustekinumab), talidomid, i citoksin.

Genotipovi

[0025] Ovde su objavljeni, u nekim primerima izvođenja genotipovi koji su detektovani u uzorku koji je dobijen od subjekta analizom genetičkog materijala u uzorku. U nekim slučajevima, subjekt može biti čovek. U nekim primerima izvođenja, genetički materijal je dobijen od subjekta koji ima bolest ili stanje koje je ovde objavljeno. U nekim slučajevima, genetički materijal se dobija iz krvi, seruma, plazme, znoja, kose, suza, urina, i drugim tehnikama poznatim onima sa iskustvom u struci. U nekim slučajevima, genetički materijal se dobija za biopsiju, npr. iz intestinalnog trakta subjekta.

[0026] Genotipovi iz predmetne objave sadrže genetički materijal koji je dezoksiribonukleinska kiselina (DNK). U nekim slučajevima, genotip sadrži denaturisani molekul DNK ili njegov fragment. U nekim slučajevima, genotip sadrži DNK koja je odabrana od: genomske DNK, virusne DNK, mitohondrijalne DNK, plazmidne DNK, amplifikovane DNK, cirkularne DNK, cirkulišuće DNK, bezćelijske DNK, ili egzozomalne DNK. U nekim slučajevima, DNK je jednolančana DNK (ssDNA), dvolančana DNK, denaturišuća dvolančana DNK, sintetička DNK, i njihove kombinacije. Cirkularna DNK može biti isečena ili fragmentisana.

[0027] Genotipovi koji su ovde objavljeni sadrže najmanje jedan polimorfizam na genu ili genskom lokusu koji je ovde opisan. U nekim slučajevima, gen ili genski lokus sadrži superporodicu faktora nekroze tumora (ligand), član 8 (TNFSF8). U nekim slučajevima, gen ili genski lokus sadrži član 15 superporodice TNF (TNFSF15). U nekim slučajevima, polimorfizam je na genskom lokusu koji je intergenski, obuhvatajući i TNFSF8 i TNFSF15. Genotipovi koji su ovde objavljeni su, u nekim slučajevima, haplotip. U nekim slučajevima, genotip sadrži određeni polimorfizam, polimorfizam u neravnoteži veze (LD) sa njim, ili njihovu kombinaciju. U nekim slučajevima, LD je definisana sa r<2>od najmanje ili oko 0,70, 0,75, 0,80, 0,85, 0,90, ili 0,1. Genotipovi koji su ovde objavljeni mogu sadržati najmanje ili oko 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, ili više polimorfizama.

[0028] Polimorfizmi koji su ovde opisani mogu biti polimorfizam jednog nukleotida, ili indel (insercija/delecija). U nekim slučajevima, polimorfizam je insercija ili delecija najmanje jedne nukleobaze (npr. indel). U nekim slučajevima, genotip može da sadrži varijaciju broja kopija (CNV), što je varijacija u broju sekvence nukleinske kiseline između pojedinaca u datoj populaciji. U nekim slučajevima, CNV sadrži najmanje ili oko dva, tri, četiri, pet, šest, sedam, osam, devet, deset, dvadeset, trideset, četrdeset ili pedeset molekula nukleinske kiseline. U nekim slučajevima, genotip je heterozigotan. U nekim slučajevima, genotip je homozigotan.

[0029] Genotipovi koji su ovde predstavljeni su u nekim slučajevima povezani sa prisustvom serološkog markera. Serološki marker je vrsta biomarkera, kao što je autoantigen, koji predstavlja serološki odgovor na mikrobne antigene u telu subjekta. Neograničavajući primeri seroloških markera uključuju anti-neutrofilno citoplazmatsko antitelo (ANCA), anti-Saccharomyces cerevisiae antitelo (ASCA), anti-flagelin (CBirl) antitelo, i protein C porina spoljašnje membrane E. coli (OmpC). Serološki markeri koji su ovde objavljeni su korisni za odabir pacijenata za lečenje, bilo sami, ili u kombinaciji sa genotipovima koji su ovde objavljeni. Serološki markeri koji su ovde objavljeni takođe su korisni za dijagnozu, prognozu, prevenciju, lečenje, i/ili praćenje bolesti ili stanja koja su ovde objavljena, bilo sami, ili u kombinaciji sa genotipovima koji su ovde objavljeni.

[0030] U nekim slučajevima, genotip sadrži jedan ili više polimorfizama na genu ili genskom lokusu koji sadrži superporodicu faktora nekroze tumora (ligand), član 8 (TNFSF8) i/ili član 15 superporodice TNF (TNFSF15).

[0031] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju genotipove koji su povezani sa, i prema tome, indikativni za subjekta koji ima ili je podložan (npr. u riziku) da razvije određenu bolest ili stanje, ili njihov podklinički fenotip. Tabela 1 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa CD. Tabela 2 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa UC. Tabela 3 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa IBD. Tabela 4 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa gubitkom odgovora anti-TNF. Tabela 5 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa primarnim sklerozirajućim holangitisom (PSC). Tabela 6 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa prisustvom ASCA. Tabela 7 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa prisustvom antigenskog odgovora na Cbir1 flagelin.

Tabela 1. Primeri polimorfizama koji su povezani sa Kronovom bolešću

Tabela 2. Primeri polimorfizama koji su povezani sa ulceroznim kolitisom

Tabela 3. Primeri polimorfizama koji su povezani sa inflamatornom bolešću creva

Tabela 4. Primeri polimorfizama koji su povezani sa anti-TNF gubitkom odgovora

Tabela 5. Primeri polimorfizama koji su povezani sa primarnim sklerozirajućim holangitisom (PSC)

Tabela 6. Primeri polimorfizama koji su povezani sa prisustvom ASCA

Tabela 7. Primeri polimorfizama koji su povezani sa prisustvom Cbir1 antigenskog odgovora

[0032] U jednom aspektu, ovde su predstavljeni genotipovi koji su povezani sa, i prema tome, indikativni za, subjekta koji ima ili razvija određeni podklinički fenotip bolesti ili stanja. Podklinički fenotip može biti specifičan fenotip koji je povezan sa bolešću ili stanjem, ili mera za merenje progresije bolesti koja je karakteristična za teške ili neobične oblike bolesti. U nekim slučajevima, podklinički fenotip se može dijagnostikovati. U nekim slučajevima, podklinički fenotip se ne može dijagnostikovati. Neograničavajući primeri podkliničkih fenotipova IBD uključuju, ali nisu ograničeni na, nestrikturirajuću bolest, strikturirajuću bolest, strikturirajuću i penetrirajuću bolest, perianalnu Kronovu bolest (pCD), defekte Panetovih ćelija, PSC, i razvoj krvnih ugrušaka (npr. tromba). Vreme do prve operacije, i vreme do druge operacije su podklinički fenotipovi koji se upotrebljavaju za identifikaciju subjekata koji je u riziku od teških oblika bolesti. U kontekstu inflamatorne bolesti creva, vreme do prve operacije može biti vreme od simptoma inflamatorne bolesti creva do operacije. Vreme do prve operacije može biti vreme od prve dijagnoze IBD do vremena prve operacije. Vreme do druge operacije može biti vreme od prve operacije do vremena druge operacije. Prva i/ili druga operacija mogu sadržati operaciju na najmanje delu gastrointestinalnog trakta subjekta. Neograničavajuće operacije uključuju resekciju creva, kolektomiju, perianalnu operaciju, i strikturoplastiku. Simptom može biti simptom koji je ovde opisan. Deo gastrointestinalnog trakta se može odabrati od anusa, kolona, debelog creva, tankog creva, želuca, i jednjaka. Tabela 8 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa vremenom do prve operacije. Tabela 9 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa vremenom do druge operacije. Tabela 10 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani sa različitim fenotipovima Panetovih ćelija. Tabela 11 obezbeđuje primere SNP koji su povezani sa razvojem tromba. Tabela 12 obezbeđuje primere polimorfizama koji su povezani bilo sa nestrikturirajućom i nepenetrirajućom bolešću, ili sa strikturirajućom i penetrirajućom bolešću u različitim delovima tankog creva.

Tabela 8. Primeri polimorfizama koji su povezani sa vremenom do prve operacije

Tabela 9. Primeri polimorfizama koji su povezani sa vremenom do druge operacije

Tabela 10. Primeri polimorfizama koji su povezani sa različitim defektima Panetovih ćelija

Tabela 11. Primeri polimorfizama koji su povezani sa razvojem tromba

Tabela 12. Primeri polimorfizama koji su povezani sa strikturirajućom i/ili penetrirajućom bolešću na različitim lokacijama bolesti

[0033] CD30, i nukleinske kiseline koje kodiraju CD30 (TNFSF8) karakteriše NCBI Entrez gen ID 944. CD30 je transmembranski receptor za svoj ligand, CD30L, od kojih svaki pripada porodici faktora nekroze tumora (TNF). U nekim primerima izvođenja, prisustvo genotipa koji sadrži jedan ili više polimorfizama u Tabeli 13, povezano je sa smanjenim nivoom CD30, u poređenju sa nivoom CD30 kod pojedinca koji nema genotip. U nekim primerima izvođenja, prisustvo genotipa koji sadrži jedan ili više polimorfizama u Tabeli 14 povezano je sa povećanjem nivoa CD30, u poređenju sa nivoom CD30 kod pojedinca koji nema genotip. U nekim slučajevima, detekcija genotipa koji je povezan sa smanjenjem CD30 u uzorku koji je dobijen od subjekta indikativna je da subjekt ima smanjen nivo CD30, u poređenju sa pojedincem koji nema genotip. U nekim slučajevima, detekcija genotipa koji je povezan sa povećanjem CD30 u uzorku koji je dobijen od subjekta indikativna je da subjekt ima povećan nivo CD30, u poređenju sa pojedincem koji nema genotip. Povećanje ili smanjenje CD30 može sugerisati odgovarajuće povećanje ili smanjenje njegovog liganda, CD30L.

[0034] U nekim slučajevima, povećanje ili smanjenje CD30 ili CD30L izražava se kao strukapromena. "Struka-promena", kao što se ovde upotrebljava, označava promenu količine ili nivoa ekspresije gena, ili produkta ekspresije gena, od početne do krajnje vrednosti. Strukapromena se može izmeriti tokom određenog vremenskog perioda, ili u jednoj tački u vremenu, ili u njihovoj kombinaciji. Struka-promena može biti povećanje ili smanjenje u poređenju sa početnom vrednošću. U nekim primerima izvođenja, gen sadrži dezoksiribonukleinsku kiselinu (DNK). U nekim primerima izvođenja, proizvod ekspresije gena sadrži ribonukleinsku kiselinu (RNK), ili protein, ili oba. U nekim primerima izvođenja, RNK sadrži informacionu RNK (iRNK). U nekim primerima izvođenja, struka-promena povećanja ili smanjenja CD30 ili CD30L sadrži 1,1-struko, 1,2-struko, 1,3-struko, 1,4-struko, 1,5-struko, 1,6-struko, 1,7-struko, 1,8-struko, 1,9-struko, 2,0-struko, 2,1-struko, 2,2-struko, 2,3-struko, 2,4-struko, 2,5-struko, 2,6-struko, 2,7-struko, 2,8-struko, 2,0-struko, 3,0-struko, 3,1-struko, 3,2-struko, 3,3-struko, 3,4-struko, 3,5-struko, 4-struko, 5-struko, 10-struko, 20-struko, 30-struko, 40-struko, 50-struko, 60-struko, 70-struko, 80-struko, 90-struko, ili 100-struko ili veće povećanje između uzorka koji je dobijen od subjekta i ekspresije CD30 ili CD30L kod pojedinca koji nema genotip koji je povezan sa strukom-promenom povećanja ili smanjenja.

[0035] U nekim primerima izvođenja, povećanje ili smanjenje CD30 ili CD30L kod subjekta indikativno je da subjekt ima, ili će razviti, određenu bolest ili stanje. U nekim slučajevima, subjekt koji ima određenu bolest ili stanje koje je povezano sa prisustvom genotipa koji je povezan sa povećanim nivoima CD30 ili CD30L kod subjekta pogodan je za lečenje sa inhibitorom CD30L, kao što je anti-CD30L antitelo. U nekim slučajevima, subjekt koji ima određenu bolest ili stanje koje je povezano sa prisustvom genotipa koji je povezan sa smanjenim nivoima CD30 ili CD30L kod subjekta pogodan je za lečenje sa agonistom CD30L ili CD30.

Tabela 13. Primeri polimorfizama koji su povezani sa smanjenjem ekspresije CD30

Tabela 14. Primeri polimorfizama koji su povezani sa povećanjem ekspresije CD30

[0036] U nekim primerima izvođenja, genotip je homozigotan, što znači da su prisutne dve kopije istog alela na istom SNP. U nekim primerima izvođenja, genotip je heterozigotan, što znači da je prisutna jedna kopija alela na istom SNP. U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam na rs911605 (SEQ ID NO: 1). Na primer, genotip sadrži "A" alel na poziciji 501 unutar rs911605, kao što je naznačeno pomoću SEQ ID NO: 2. U nekim slučajevima, subjekt koji ima ovaj genotip je homozigotan za "A" alel (rs911605AA). U nekim slučajevima, subjekt koji ima ovaj genotip je heterozigotan (rs911605A). U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam na rs1006026 (SEQ ID NO: 3). Na primer, genotip sadrži "G" alel na poziciji 501 unutar rs1006026, kao što je naznačeno pomoću SEQ ID NO: 4. U nekim slučajevima, subjekt koji ima ovaj genotip je homozigotan za "G" alel (rs1006026GG). U nekim slučajevima, subjekt koji ima ovaj genotip je heterozigotan (rs1006026G).

[0037] Dodatno je obezbeđen haplotip koji sadrži polimorfizam na rs911605 (SEQ ID NO: 1) i polimorfizam na rs1006026 (SEQ ID NO: 3). "Haplotip", kao što se ovde upotrebljava označava, u nekim slučajevima, skup polimorfizama koji imaju tendenciju da se nasleđuju zajedno. U nekim slučajevima, polimorfizam na rs911605 sadrži "A" alel na poziciji 501 unutar rs911605, kao što je naznačeno pomoću SEQ ID NO: 2. U nekim slučajevima, polimorfizam na rs1006026 sadrži "G" alel na poziciji 501 unutar rs1006026, kao što je naznačeno pomoću SEQ ID NO: 4. U nekim slučajevima, haplotip sadrži rs911605AA i rs1006026GG.

POSTUPCI

Postupci detektovanja genotipa

[0038] Postupci koji su ovde objavljeni za detektovanje genotipa u uzorku od subjekta sadrže analizu genetičkog materijala u uzorku kako bi se detektovalo najmanje jedno od prisustva, odsustva, i količine sekvence nukleinske kiseline koja obuhvata genotip od interesa. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži DNK. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži denaturisani molekul DNK ili njegov fragment. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži DNK koja je odabrana od: genomske DNK, virusne DNK, mitohondrijalne DNK, plazmidne DNK, amplifikovane DNK, cirkularne DNK, cirkulišuće DNK, bezćelijske DNK, ili egzozomalne DNK. U nekim slučajevima, DNK je jednolančana DNK (ssDNA), dvolančana DNK, denaturišuća dvolančana DNK, sintetička DNK, i njihove kombinacije. Cirkularna DNK može biti isečena ili fragmentisana. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži RNK. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži fragmentisanu RNK. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži delimično degradiranu RNK. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži mikroRNK ili njen deo. U nekim slučajevima, sekvenca nukleinske kiseline sadrži molekul RNK ili fragmentisani molekul RNK (fragmenti RNK) koja je odabrana od: mikroRNK (miRNA), pre-miRNA, pri-miRNA, iRNK, pre-iRNK, virusne RNK, viroidne RNK, virusoidne RNK, cirkularne RNK (circRNA), ribozomalne RNK (rRNA), transfer RNK (tRNA), pre-tRNA, duge nekodirajuće RNK (lncRNA), male nukleusne RNK (snRNA), cirkulišuće RNK, bezćelijske RNK, egzozomalne RNK, vektorsko-eksprimirane RNK, RNK transkripta, sintetičke RNK, i njihovih kombinacija.

[0039] Tehnike detekcije zasnovane na nukleinskim kiselinama koje mogu biti korisne za postupke u ovom tekstu uključuju kvantitativnu lančanu reakciju polimeraze (qPCR), gel elektroforezu, imunohemiju, in situ hibridizaciju kao što je fluorescentna in situ hibridizacija (FISH), citohemiju, i sekvenciranje sledeće generacije. U nekim primerima izvođenja, postupci uključuju TaqMan<™>qPCR, koja uključuje reakciju amplifikacije nukleinske kiseline sa specifičnim parom prajmera, i hibridizaciju amplifikovanih nukleinskih kiselina sa hidrolizabilnom probom specifičnom za ciljnu nukleinsku kiselinu. Predmetna objava obezbeđuje primere proba koje mogu hibridizovati sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline unutar rs911605. Predmetna objava takođe obezbeđuje primere proba koje mogu hibridizovati sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline unutar rs 1006026.

[0040] U nekim slučajevima, postupci uključuju testove hibridizacije i/ili amplifikacije koji uključuju, ali nisu ograničeni na, Southern ili Northern analize, analize lančane reakcije polimeraze, i probe čipove. Neograničavajuće reakcije amplifikacije uključuju, ali nisu ograničene na, qPCR, samoodrživu replikaciju sekvence, sistem transkripcione amplifikacije, Q-beta replikazu, replikaciju mehanizmom kotrljajućeg kruga, ili bilo koju drugu amplifikaciju nukleinske kiseline koja je poznata u struci. Kao što je diskutovano, pozivanje na qPCR ovde uključuje upotrebu TaqMan<™>postupaka. Dopunski primer testa hibridizacije uključuje upotrebu proba nukleinske kiseline konjugovanih ili na drugi način imobilizovanih na perlu, ploču sa više bunarića, ili drugi supstrat, pri čemu su probe nukleinske kiseline konfigurisane tako da hibridizuju sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline genotipa koji je ovde obezbeđen. Neograničavajući postupak je onaj koji se koristi u Anal Chem. 2013 Feb 5; 85(3):1932-9.

[0041] U nekim primerima izvođenja, detektovanje prisustva ili odsustva genotipa sadrži sekvenciranje genetičkog materijala od subjekta. Sekvenciranje se može izvesti bilo kojom odgovarajućom tehnologijom sekvenciranja, uključujući, ali ne ograničavajući se na sekvenciranje jednog molekula u realnom vremenu (SMRT), Poloni sekvenciranje, sekvenciranje ligacijom, reverzibilno sekvenciranje terminatora, sekvenciranje detekcije protona, sekvenciranje jonskih poluprovodnika, sekvenciranje nanopora, elektronsko sekvenciranje, pirosekvenciranje, Maksam-Gilbertovo (Maxam-Gilbert) sekvenciranje, sekvenciranje završetka lanca (npr. Sanger), S sekvenciranje, ili sekvenciranje sintezom. Postupci sekvenciranja takođe uključuju sekvenciranje sledeće generacije, npr. moderne tehnologije sekvenciranja kao što su Illumina sekvenciranje (npr. Solexa), Roche 454 sekvenciranje, ion torrent sekvenciranje, i SOLiD sekvenciranje. U nekim slučajevima, sekvenciranje sledeće generacije uključuje postupke sekvenciranja visoke propusnosti. Mogu se koristiti i dopunski postupci sekvenciranja koji su dostupni onima sa iskustvom u struci.

[0042] U nekim slučajevima, broj nukleotida koji se sekvenciraju je najmanje 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 150, 200, 300, 400, 500, 2000, 4000, 6000, 8000, 10000, 20000, 50000, 100000, ili više od 100000 nukleotida. U nekim slučajevima, broj nukleotida koji se sekvenciraju je u opsegu od oko 1 do oko 100000 nukleotida, oko 1 do oko 10000 nukleotida, oko 1 do oko 1000 nukleotida, oko 1 do oko 500 nukleotida, oko 1 do oko 300 nukleotida, oko 1 do oko 200 nukleotida, oko 1 do oko 100 nukleotida, oko 5 do oko 100000 nukleotida, oko 5 do oko 10000 nukleotida, oko 5 do oko 1000 nukleotida, oko 5 do oko 500 nukleotida, oko 5 do oko 300 nukleotida, oko 5 do oko 200 nukleotida, oko 5 do oko 100 nukleotida, oko 10 do oko 100000 nukleotida, oko 10 do oko 10000 nukleotida, oko 10 do oko 1000 nukleotida, oko 10 do oko 500 nukleotida, oko 10 do oko 300 nukleotida, oko 10 do oko 200 nukleotida, oko 10 do oko 100 nukleotida, oko 20 do oko 100000 nukleotida, oko 20 do oko 10000 nukleotida, oko 20 do oko 1000 nukleotida, oko 20 do oko 500 nukleotida, oko 20 do oko 300 nukleotida, oko 20 do oko 200 nukleotida, oko 20 do 100 nukleotida, oko 30 do oko 100000 nukleotida, oko 30 do oko 10000 nukleotida, oko 30 do oko 1000 nukleotida, oko 30 do oko 500 nukleotida, oko 30 do oko 300 nukleotida, oko 30 do oko 200 nukleotida, oko 30 do oko 100 nukleotida, oko 50 do oko 100000 nukleotida, oko 50 do oko 10000 nukleotida, oko 50 do oko 1000 nukleotida, oko 50 do oko 500 nukleotida, oko 50 do oko 300 nukleotida, oko 50 do oko 200 nukleotida, ili oko 50 do oko 100 nukleotida.

[0043] U nekim slučajevima, postupak koji je ovde obezbeđen sadrži određivanje prisustva, odsustva, i/ili količine sekvence nukleinske kiseline iz određenog genotipa. U nekim primerima izvođenja, obezbeđen je postupak detektovanja genotipa koji sadrži detektovanje prisustva, odsustva, i/ili količine sekvence nukleinske kiseline, ili njenog dela, koja je odabrana od SEQ ID NO: 5-8, ili njihove kombinacije. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja je ovde obezbeđena sadrži najmanje oko 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, ili 50 susednih nukleobaza. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja je ovde obezbeđena sadrži između oko 10 i oko 50 susednih nukleobaza, između oko 10 i oko 40 susednih nukleobaza, između oko 15 i oko 50 susednih nukleobaza, između oko 15 i oko 40 susednih nukleobaza, između oko 20 i oko 50 susednih nukleobaza, i između oko 20 i oko 40 susednih nukleobaza. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja je ovde obezbeđena sadrži oko 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, ili 50 susednih nukleobaza. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 5 sadrži "A" alel na poziciji u zagradi. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 5 sadrži "G" alel na poziciji u zagradi. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 6 sadrži "A" alel na poziciji u zagradi. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 6 sadrži "G" alel na poziciji u zagradi. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 7 sadrži "A" alel na poziciji u zagradi. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 7 sadrži "G" alel na poziciji u zagradi. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 8 sadrži "A" alel na poziciji u zagradi. U nekim slučajevima, deo sekvence nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 8 sadrži "G" alel na poziciji u zagradi.

[0044] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva genotipa rs911605A u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva: SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, dela SEQ ID NO: 5, dela SEQ ID NO: 6, ili njihove kombinacije, u genetičkom materijalu. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži genotip rs911605A, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs911605A, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0045] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva genotipa rs911605A u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva: sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 6, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 6, ili njihove kombinacije, u genetičkom materijalu. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži genotip rs911605A, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs911605A, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0046] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva genotipa rs911605A u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva: sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 6, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 6, ili njihove kombinacije, u genetičkom materijalu. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži genotip rs911605A, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs911605A, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0047] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva genotipa rs1006026G u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva: SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, dela SEQ ID NO: 7, dela SEQ ID NO: 8, ili njihove kombinacije, u genetičkom materijalu. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži genotip rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0048] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva genotipa rs1006026G u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva: sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 8, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 8, ili njihove kombinacije, u genetičkom materijalu. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži genotip rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0049] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva genotipa rs1006026G u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva: sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 8, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 8, ili njihove kombinacije, u genetičkom materijalu. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži genotip rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0050] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva haplotipa koji sadrži rs911605A i rs1006026G u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva u genetičkom materijalu: (a) SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, dela SEQ ID NO: 5, dela SEQ ID NO: 6, ili njihove kombinacije; i (b) SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, dela SEQ ID NO: 7, dela SEQ ID NO: 8, ili njihove kombinacije. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži rs911605A i rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs911605A i homozigotan za rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0051] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva haplotipa koji sadrži rs911605A i rs1006026G u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva u genetičkom materijalu: (a) sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 6, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 6, ili njihove kombinacije; i (b) sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična sa SEQ ID NO: 8, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 90% identična delu SEQ ID NO: 8, ili njihove kombinacije. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži rs911605A i rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs911605A i homozigotan za rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0052] U nekim primerima izvođenja, postupak sadrži određivanje prisustva ili odsustva haplotipa koji sadrži rs911605A i rs1006026G u uzorku genetičkog materijala od subjekta, što se određuje detektovanjem prisustva ili odsustva u genetičkom materijalu: (a) sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 6, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 5, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 6, ili njihove kombinacije; i (b) sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična sa SEQ ID NO: 8, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 7, sekvence nukleinske kiseline koja je najmanje ili oko 95% identična delu SEQ ID NO: 8, ili njihove kombinacije. U nekim slučajevima, ukoliko subjekt sadrži rs911605A i rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L. U nekim slučajevima, ukoliko je subjekt homozigotan za rs911605A i homozigotan za rs1006026G, subjektu se primenjuje inhibitor CD30L.

[0053] U nekim slučajevima, postupak detektovanja genotipa sadrži dovođenje u kontakt nukleinskih kiselina iz uzorka subjekta sa polimerom nukleinske kiseline koji hibridizuje sa regionom sekvence ciljne nukleinske kiseline. U nekim slučajevima, sekvenca ciljne nukleinske kiseline je sekvenca koja sadrži najmanje oko 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, ili sve SEQ ID NO: 1, pri čemu sekvenca ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501. U nekim slučajevima, region sekvence ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 1. U nekim slučajevima, sekvenca ciljne nukleinske kiseline je sekvenca koja sadrži najmanje oko 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, ili sve SEQ ID NO: 2, pri čemu sekvenca ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501. U nekim slučajevima, region sekvence ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 2. U nekim slučajevima, sekvenca ciljne nukleinske kiseline je sekvenca koja sadrži najmanje oko 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, ili sve SEQ ID NO: 3, pri čemu sekvenca ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501. U nekim slučajevima, region sekvence ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 3. U nekim slučajevima, sekvenca ciljne nukleinske kiseline je sekvenca koja sadrži najmanje oko 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, ili sve SEQ ID NO: 4, pri čemu sekvenca ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501. U nekim slučajevima, region sekvence ciljne nukleinske kiseline sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 4. U nekim slučajevima, postupak je multipleksni test gde se detektuju dve ili više sekvenci ciljne nukleinske kiseline. Kao primer, postupak sadrži detektovanje sekvence ciljne nukleinske kiseline koja sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 1 i sekvence ciljne nukleinske kiseline koja sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 3. Kao sledeći primer, postupak sadrži detektovanje sekvence ciljne nukleinske kiseline koja sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 2 i sekvence ciljne nukleinske kiseline koja sadrži nukleobazu na poziciji 501 SEQ ID NO: 4.

[0054] Polimer nukleinske kiseline može sadržati oligonukleotid dužine od najmanje ili oko 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100 ili više nukleobaza i dovoljan da specifično hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline kao što je ovde opisano. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline sadrži između oko 10 i oko 100 nukleobaza, između oko 10 i oko 75 nukleobaza, između oko 10 i oko 50 nukleobaza, između oko 15 i oko 100 nukleobaza, između oko 15 i oko 75 nukleobaza, između oko 15 i oko 50 nukleobaza, između oko 20 i oko 100 nukleobaza, između oko 20 i oko 75 nukleobaza, između oko 20 i oko 50 nukleobaza, između oko 25 i oko 100 nukleobaza, između oko 25 i oko 75 nukleobaza, ili između oko 25 i oko 50 nukleobaza. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa regionom sekvence ciljne nukleinske kiseline najmanje jedne od SEQ ID NO: 1-8. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 1. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 2. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 3. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 4. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 5. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 6. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 7. U nekim slučajevima, polimer nukleinske kiseline hibridizuje sa sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja sadrži SEQ ID NO: 8. Do hibridizacije može doći na standardnim temperaturama hibridizacije, npr. između oko 35 °C i oko 65 °C u standardnom puferu za PCR.

[0055] Dodatno su obezbeđeni prajmeri korisni za amplifikovanje nukleinske kiseline ciljne nukleinske kiseline koja je ovde opisana. Na primer, za upotrebu u testu amplifikacije kao što je qPCR. U nekim slučajevima, prajmeri hibridizuju sa najmanje delom jedne od SEQ ID NO: 1-8. U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje oko 10 susednih baza SEQ ID NO: 1, i nishodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje 10 susednih baza SEQ ID NO: 1, tako da ushodni i nishodni prajmer omeđe poziciju nukleobaze 501 u SEQ ID NO: 1. U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje oko 10 susednih baza SEQ ID NO: 2, i nishodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje 10 susednih baza SEQ ID NO: 2, tako da ushodni i nishodni prajmer omeđe poziciju nukleobaze 501 u SEQ ID NO: 2. U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje oko 10 susednih baza SEQ ID NO: 3, i nishodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje 10 susednih baza SEQ ID NO: 3, tako da ushodni i nishodni prajmer omeđe poziciju nukleobaze 501 u SEQ ID NO: 3. U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje oko 10 susednih baza SEQ ID NO: 4, i nishodni prajmer koji hibridizuje sa najmanje 10 susednih baza SEQ ID NO: 4, tako da ushodni i nishodni prajmer omeđe poziciju nukleobaze 501 u SEQ ID NO: 4.

[0056] U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO 9. U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 9. U nekim slučajevima, obezbeđen je nishodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO 10. U nekim slučajevima obezbeđen je nishodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 10. U nekim slučajevima, obezbeđen je par prajmera koji sadrži ushodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO: 9 i nishodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO: 10. U nekim slučajevima, obezbeđen je par prajmera koji sadrži ushodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 9, i nishodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 10.

[0057] U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO 11. U nekim slučajevima, obezbeđen je ushodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 11. U nekim slučajevima, obezbeđen je nishodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO 12. U nekim slučajevima obezbeđen je nishodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 12. U nekim slučajevima, obezbeđen je par prajmera koji sadrži ushodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO: 11 i nishodni prajmer koji sadrži SEQ ID NO: 12. U nekim slučajevima, obezbeđen je par prajmera koji sadrži ushodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 11, i nishodni prajmer koji sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 12.

[0058] Dodatno su obezbeđene probe ili reporterske sekvence koje hibridizuju sa ciljnom nukleinskom kiselinom koja je ovde opisana. Kao neograničavajući primer, sa ciljnom nukleinskom kiselinom rs911605 i/ili rs1006026. U nekim slučajevima probe su reporteri koji sadrže boju obeleživač na jednom kraju i strukturu za gašenje na drugom kraju. Kada su probe hibridizovane sa ciljnom nukleinskom kiselinom, dodata DNK polimeraza može da iseca te hibridizovane probe, odvajajući boju reportera od strukture za gašenje, i stoga povećavajući fluorescenciju reportera. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži sekvencu polimera nukleinske kiseline koja je ovde prethodno opisana. Probe se mogu upotrebljavati za detekciju i/ili kvantifikaciju prisustva ciljne nukleinske kiseline u datom uzorku.

[0059] U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži SEQ ID NO: 13. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži najmanje 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 13. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži SEQ ID NO: 14. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži najmanje 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 14. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži SEQ ID NO: 15. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži najmanje 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 15. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži SEQ ID NO: 16. U nekim slučajevima, obezbeđena je proba koja sadrži najmanje 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 16.

[0060] Primeri molekula koji se koriste kao probe uključuju, ali nisu ograničeni na, RNK i DNK. U nekim primerima izvođenja, termin "proba" u vezi sa nukleinskim kiselinama, označava bilo koji molekul koji je sposoban da se selektivno vezuje za specifično predviđenu sekvencu ciljne nukleinske kiseline. U nekim slučajevima, probe su specifično dizajnirane tako da budu obeležene, na primer, radioaktivnim obeleživačem, fluorescentnim obeleživačem, enzimom, hemiluminescentnom oznakom, kolorimetrijskom oznakom, ili drugim obeleživačima ili oznakama koje su poznate u struci. U nekim slučajevima, fluorescentni obeleživač sadrži fluoroforu. U nekim slučajevima, fluorofora je aromatično ili heteroaromatično jedinjenje. U nekim slučajevima, fluorofora je piren, antracen, naftalen, akridin, stilben, benzoksaazol, indol, benzindol, oksazol, tiazol, benzotiazol, kanin, karbocijanin, salicilat, antranilat, ksantenska boja, kumarin. Primeri ksantenskih boja uključuju, npr. boje fluorescein i rodamin. Boje fluorescein i rodamin uključuju, ali nisu ograničene na 6-karboksifluorescein (FAM), 2'7'-dimetoksi-4'5'-dihloro-6-karboksifluorescein (JOE), tetrahlorofluorescein (TET), 6-karboksirodamin (R6G), N,N,N; N’-tetrametil-6-karboksirodamin (TAMRA), 6-karboksi-X-rodamin (ROX). Pogodne fluorescentne probe takođe uključuju naftilaminske boje koje imaju amino grupu u alfa ili beta poziciji. Na primer, naftilamino jedinjenja uključuju 1-dimetilaminonaftil-5-sulfonat, 1-anilino-8-naftalen sulfonat i 2-p-toluidinil-6-naftalen sulfonat, 5-(2'-aminoetil)aminonaftalen-1-sulfonsku kiselinu (EDANS). Primeri kumarina uključuju, npr.3-fenil-7-izocijanatokumarin; akridine, kao što su 9-izotiocijanatoakridin i akridin oranž; N-(p-(2-benzoksazolil)fenil) maleimid; cijanine, kao što su, npr. indodikarbocijanin 3 (Cy3), indodikarbocijanin 5 (Cy5), indodikarbocijanin 5,5 (Cy5.5), 3-(-karboksi-pentil)-3'-etil-5,5'-dimetiloksakarbocijanin (CyA); 1H, 5H, 11H, 15H-ksanteno[2,3,4-ij: 5,6,7-i'j']dikvinolizin-18-ijum, 9-[2 (ili 4)-[[[6-[2,5-diokso-1-pirolidinil)oksi]-6-oksoheksil]amino]sulfonil]-4 (ili 2)-sulfofenil]-2,3,6,7,12,13,16,17-oktahidro-unutrašnja so (TR ili Texas Red); ili BODIPYTM boje. U nekim slučajevima, proba sadrži FAM kao boju obeleživač.

[0061] U nekim slučajevima, prajmeri i/ili probe koji su ovde opisani za detektovanje ciljne nukleinske kiseline upotrebljavaju se u reakciji amplifikacije. U nekim slučajevima, reakcija amplifikacije je qPCR. Primer qPCR je postupak koji koristi TaqMan<™>test.

[0062] U nekim slučajevima, qPCR sadrži upotrebu interkaltorske boje. Primeri interkalatorskih boja uključuju SYBR zelenu I, SYBR zelenu II, SYBR zlato, etidijum bromid, metilen plavo, pironin Y, DAPI, akridin oranž, Blue view ili fikoeritrin. U nekim slučajevima, interkalatorska boja je SYBR.

[0063] U nekim slučajevima, broj ciklusa amplifikacije za detektovanje ciljne nukleinske kiseline u testu amplifikacije je oko 5 do oko 30 ciklusa. U nekim slučajevima, broj ciklusa amplifikacije za detektovanje ciljne nukleinske kiseline je najmanje oko 5 ciklusa. U nekim slučajevima, broj ciklusa amplifikacije za detektovanje ciljne nukleinske kiseline je najviše oko 30 ciklusa. U nekim slučajevima, broj ciklusa amplifikacije za detektovanje ciljne nukleinske kiseline je oko 5 do oko 10, oko 5 do oko 15, oko 5 do oko 20, oko 5 do oko 25, oko 5 do oko 30, oko 10 do oko 15, oko 10 do oko 20, oko 10 do oko 25, oko 10 do oko 30, oko 15 do oko 20, oko 15 do oko 25, oko 15 do oko 30, oko 20 do oko 25, oko 20 do oko 30, ili oko 25 do oko 30 ciklusa.

[0064] U jednom aspektu, postupci koji su ovde obezbeđeni za određivanje prisustva, odsustva, i/ili količine sekvence nukleinske kiseline iz određenog genotipa sadrže reakciju amplifikacije kao što je qPCR. U primeru postupka, genetički materijal se dobija iz uzorka subjekta, npr. uzorka krvi ili seruma. U određenim primerima izvođenja gde se nukleinske kiseline ekstrahuju, nukleinske kiseline se ekstrahuju upotrebom bilo koje tehnike koja ne ometa naknadnu analizu. U određenim primerima izvođenja, ova tehnika upotrebljava alkoholnu precipitaciju upotrebom etanola, metanola ili izopropil alkohola. U određenim primerima izvođenja, ova tehnika upotrebljava fenol, hloroform, ili bilo koju njihovu kombinaciju. U određenim primerima izvođenja, ova tehnika upotrebljava cezijum hlorid. U određenim primerima izvođenja, ova tehnika upotrebljava natrijum, kalijum ili amonijum acetat ili bilo koju drugu so koja se uobičajeno upotrebljava za precipitaciju DNK. U određenim primerima izvođenja, ova tehnika koristi šemu prečišćavanja nukleinske kiseline zasnovanu na koloni ili smoli, kao što su one koje se uobičajeno prodaju komercijalno, jedan neograničavajući primer bio bi GenElute Bacterial Genomic DNA Kit koji je dostupan od Sigma Aldrich. U određenim primerima izvođenja, posle ekstrakcije nukleinska kiselina se čuva u vodi, Tris puferu, ili Tris-EDTA puferu pre naknadne analize. U tipičnom primeru izvođenja, materijal nukleinske kiseline se ekstrahuje u vodi. U nekim slučajevima, ekstrakcija ne sadrži prečišćavanje nukleinske kiseline.

[0065] U primeru qPCR testa, uzorak nukleinske kiseline se kombinuje sa prajmerima i probama koji su specifični za ciljnu nukleinsku kiselinu koja može ili ne mora biti prisutna u uzorku, i DNK polimerazom. Reakcija amplifikacije se izvodi sa termalnim ciklerom koji zagreva i hladi uzorak za amplifikaciju nukleinske kiseline, i osvetljava uzorak na specifičnoj talasnoj dužini kako bi pobudio fluoroforu na probi i detektovao emitovanu fluorescenciju. Za TaqMan<™>postupke, proba može biti proba koja se može hidrolizovati koja sadrži fluoroforu i strukturu za gašenje koja se hidrolizuje pomoću DNK polimeraze kada hibridizuje sa ciljnom nukleinskom kiselinom. U nekim slučajevima, prisustvo ciljne nukleinske kiseline se određuje kada je broj ciklusa amplifikacije koji dostižu graničnu vrednost manji od 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, ili 20 ciklusa. U nekim slučajevima, ciljna nukleinska kiselina sadrži SEQ ID NO: 5, i prisustvo ciljne nukleinske kiseline indikativno je za genotip rs911605A. U nekim slučajevima, ciljna nukleinska kiselina sadrži SEQ ID NO: 6, i prisustvo ciljne nukleinske kiseline indikativno je za genotip rs911605A. U nekim slučajevima, ciljna nukleinska kiselina sadrži SEQ ID NO: 7, i prisustvo ciljne nukleinske kiseline indikativno je za genotip rs1006026G. U nekim slučajevima, ciljna nukleinska kiselina sadrži SEQ ID NO: 8, i prisustvo ciljne nukleinske kiseline indikativno je za genotip rs1006026G. Prajmeri i probe u testu mogu uključivati bilo koju kombinaciju prajmera i proba koje su ovde opisane. Kao takav, može se izvesti multipleksni test gde je haplotip koji sadrži rs911605A i rsl006026G detektabilan u testu.

Postupci detektovanja i kvantifikovanja solubilnog CD30

[0066] Aspekti koji su ovde obezbeđeni su postupci analiziranja nivoa CD30 proteina kod subjekta pomoću detektovanja i kvantifikovanja navedenih nivoa iz uzorka subjekta. Neograničavajući primeri materijala za uzorke uključuju serum, plazmu, i/ili punu krv. CD30 se može detektovati upotrebom testa zasnovanog na antitelu, gde se koristi anti-CD30 antitelo. Za postupke detektcije zasnovane na antitelima, anti-CD30 antitelo se može vezati za bilo koji region CD30. U nekim slučajevima, anti-CD30 antitelo se vezuje za region CD30 proteina koji ima SEQ ID NO: 17, ili SEQ ID NO: 18, ili sekvencu bilo koje izoforme koja kodira CD30 protein (npr. P28908). U nekim slučajevima, anti-CD30 antitelo se vezuje za region CD30 proteina koji ima sekvencu koja ima najmanje ili oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, ili 100% identičnosti sekvence SEQ ID NO: 17. Primer postupka analize sadrži izvođenje enzimskog imunosorbent testa (ELISA).

ELISA test može biti sendvič ELISA ili direktna ELISA. Drugi primeri postupaka detekcije uključuju imunohistohemiju i test lateralnog protoka.

[0067] U nekim slučajevima, CD30 protein se može detektovati detektovanjem vezivanja između CD30 i CD30L. Postupci analize vezivanja između CD30 i CD30L sadrže izvođenje testa in vivo ili in vitro, ili ex vivo. U nekim slučajevima, test može da sadrži koimunoprecipitaciju (co-IP), svlačenje, analizu interakcije unakrsnog povezivanja proteina, analizu interakcije obeleženog transfer proteina, ili Far-western blot analizu, test zasnovan na FRET, uključujući, na primer, FRET-FLIM, dvohibridni test kvasca, BiFC, ili test podeljene luciferaze.

Postupci karakterizovanja bolesti ili stanja ili njihovog podtipa

[0068] Ovde su objavljeni postupci karakterizovanja bolesti ili stanja, ili podtipa ili simptoma bolesti ili stanja kod subjekta. U nekim slučajevima, bolest ili stanje je najmanje jedna od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti. U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je Kronova bolest (CD). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je ulcerozni kolitis (UC). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je sistemski eritemski lupus (SLE). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je reumatoidni artritis (RA). U nekim slučajevima, fibrotička bolest je primarni sklerozirajući holangitis (PSC). Subjektu se može dijagnostikovati bolest ili stanje, i primeri izvođenja koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke karakterizovanja bolesti ili stanja kao teškog oblika bolesti ili stanja (npr. refraktorna bolest). U nekim slučajevima, teški oblik bolesti karakteriše prisustvo, ili podložnost razvoju, podkliničkog fenotipa bolesti ili stanja, kao što je na primer, perianalna bolest (npr. pCD), strikturirajuća bolest, penetrirajuća bolest, strikturirajuća i penetrirajuća bolest, bolest ileuma, i bolest ileokolona.

[0069] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke karakterizovanja bolesti ili stanja, ili podtipa bolesti ili stanja koji sadrže: (a) podvrgavanje uzorka koji je dobijen od subjekta testu konfigurisanom tako da detektuje prisustvo, odsustvo, ili nivo genotipa; i (b) karakterizovanje bolesti kao teškog oblika bolesti ili stanja, pod uslovom da je prisustvo ili nivo genotipa detektovano u uzorku koji je dobijen od subjekta. U nekim slučajevima, genotip sadrži najmanje jedan polimorfizam koji je odabran iz Tabela 1-14. U nekim slučajevima, genotip sadrži genotip rs911605A (npr. sadrži "A" alel na poziciji 501 rs911605). U nekim slučajevima, genotip je haplotip koji sadrži genotip rs911605A (npr. sadrži "A" alel na poziciji 501 rs911605) i genotip rs1006026G (npr. sadrži "G" alel na poziciji 501 rs1006026) detektovan u uzorku koji je dobijen od subjekta. U nekim slučajevima, genotip sadrži genotip rs1006026G (npr. sadrži "G" alel na poziciji 501 rs1006026). U nekim slučajevima, podtip bolesti ili stanja sadrži podklinički fenotip koji je odabran iz grupe koja se sastoji od nestrikturirajuće bolesti, strikturirajuće bolesti, strikturirajuće i penetrirajuće bolesti, perianalne Kronove bolesti (pCD), defekata Panetovih ćelija, PSC, i razvoja krvnih ugrušaka (npr. tromb). U nekim slučajevima, terapijski agens se primenjuje subjektu, pod uslovom da je prisustvo genotipa detektovano u uzorku koji je dobijen od subjekta. U nekim slučajevima, terapijski agens je inhibitor CD30 liganda, TL1A, ili njihova kombinacija. U nekim slučajevima, genotip se detektuje u uzorku koji je dobijen od subjekta upotrebom postupaka koji su ovde opisani, kao što je, npr. uređaj za genotipizaciju (npr. qPCR, sekvencer, mikročip, i slično).

Postupci dijagnoze i prognoze

[0070] Ovde su objavljeni postupci dijagnostikovanja ili određivanja podložnosti razvoju (npr. davanje prognoze) bolesti ili stanja, ili podtipa ili simptoma bolesti ili stanja kod subjekta. U nekim slučajevima, bolest ili stanje je najmanje jedna od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti. U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je Kronova bolest (CD). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je ulcerozni kolitis (UC). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je sistemski eritemski lupus (SLE). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je reumatoidni artritis (RA). U nekim slučajevima, fibrotička bolest je primarni sklerozirajući holangitis (PSC). Subjektu se može dijagnostikovati bolest ili stanje, i primeri izvođenja koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke karakterizovanja bolesti ili stanja kao teškog oblika bolesti ili stanja (npr. refraktorna bolest). U nekim slučajevima, teški oblik bolesti karakteriše prisustvo, ili podložnost razvoju, podkliničkog fenotipa bolesti ili stanja, kao što je, na primer, perianalna bolest (npr. pCD), strikturirajuća bolest, penetrirajuća bolest, strikturirajuća i penetrirajuća bolest, bolest ileuma, i bolest ileokolona.

[0071] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke dijagnostikovanja bolesti ili stanja kod subjekta, ili podtipa bolesti ili stanja koji sadrže: (a) podvrgavanje uzorka koji je dobijen od subjekta testu konfigurisanom tako da detektuje prisustvo, odsustvo, ili nivo genotipa; i (b) dijagnostikovanje bolesti kao teškog oblika bolesti ili stanja, pod uslovom da je prisustvo ili nivo genotipa detektovano u uzorku koji je dobijen od subjekta.

[0072] Ovde su takođe obezbeđeni postupci za određivanje podložnosti razvoju bolesti ili stanja, ili podtipu bolesti ili stanja, kod subjekta, postupci sadrže: (a) podvrgavanje uzorka koji je dobijen od subjekta testu konfigurisanom tako da detektuje prisustvo, odsustvo, ili nivo genotipa; i (b) određivanje rizika od razvoja bolesti ili stanja, ili podtipa bolesti ili stanja, kod subjekta, pod uslovom da je prisustvo ili nivo genotipa detektovano u uzorku koji je dobijen od subjekta.

[0073] U nekim slučajevima, genotip sadrži najmanje jedan polimorfizam koji je odabran iz Tabela 1-14. U nekim slučajevima, genotip sadrži genotip rs911605A (npr. sadrži "A" alel na poziciji 501 rs911605). U nekim slučajevima, genotip je haplotip koji sadrži genotip rs911605A (npr. sadrži "A" alel na poziciji 501 rs911605) i genotip rs1006026G (npr. sadrži "G" alel na poziciji 501 rs1006026) detektovan u uzorku koji je dobijen od subjekta. U nekim slučajevima, genotip sadrži genotip rs1006026G (npr. sadrži "G" alel na poziciji 501 rs1006026). U nekim slučajevima, podtip bolesti ili stanja sadrži podklinički fenotip koji je odabran iz grupe koja se sastoji od nestrikturirajuće bolesti, strikturirajuće bolesti, strikturirajuće i penetrirajuće bolesti, perianalne Kronove bolesti (pCD), defekata Panetovih ćelija, PSC, i razvoja krvnih ugrušaka (npr. tromb). U nekim slučajevima, prisustvo genotipa indikativno je za povećan nivo CD30 liganda kod subjekta, u poređenju sa pojedincem koji ne nosi genotip. U nekim slučajevima, terapijski agens se primenjuje subjektu, pod uslovom da je prisustvo genotipa detektovano u uzorku koji je dobijen od subjekta. U nekim slučajevima, terapijski agens je inhibitor CD30 liganda, TL1A, ili njihova kombinacija. U nekim slučajevima, genotip se detektuje u uzorku koji je dobijen od subjekta upotrebom postupaka koji su ovde opisani, kao što je, npr. uređaj za genotipizaciju (npr. qPCR, sekvencer, mikročip, i slično).

Postupci lečenja

[0074] Ovde su dodatno obezbeđeni postupci lečenja bolesti ili stanja kod subjekta. U nekim slučajevima, bolest ili stanje je najmanje jedna od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti. U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je Kronova bolest (CD). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je ulcerozni kolitis (UC). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je sistemski eritemski lupus (SLE). U nekim slučajevima, inflamatorna bolest je reumatoidni artritis (RA). U nekim slučajevima, fibrotička bolest je primarni sklerozirajući holangitis (PSC).

[0075] Ovde su objavljeni postupci lečenja bolesti ili stanja koja su ovde opisana kod subjekta primenom inhibitora CD30L subjektu, pod uslovom da je genotip koji je ovde objavljen detektovan u uzorku koji je dobijen od subjekta. Genotip može biti bilo koji od genotipova koji su opisani u primerima izvođenja koji su obezbeđeni u predmetnoj objavi, uključujući, ali ne ograničavajući se na bilo koji jedan, ili kombinaciju, polimorfizama iz Tabela 1-14. U nekim slučajevima, genotip sadrži genotip rs911605A (npr. sadrži "A" alel na poziciji 501 rs911605). U nekim slučajevima, ovde su objavljeni postupci lečenja subjekta koji pati od bolesti ili stanja koje je ovde objavljeno primenom inhibitora CD30L subjektu, pod uslovom da je haplotip koji sadrži genotip rs911605A (npr. sadrži "A" alel na poziciji 501 rs911605) i genotip rs1006026G (npr. sadrži "G" alel na poziciji 501 rs1006026) detektovan u uzorku koji je dobijen od subjekta. U nekim slučajevima, genotip se detektuje u uzorku koji je dobijen od subjekta upotrebom postupaka detekcije koji su ovde objavljeni.

[0076] Aspekti koji su ovde objavljeni obezbeđuju postupke praćenja progresije lečenja subjekta sa inhibitorom CD30L. U nekim slučajevima, praćenje sadrži kvantifikaciju nivoa solubilnih CD30 ili CD30L u uzorku od subjekta pre i posle primene inhibitora CD30L. Ovde su takođe objavljeni postupci optimizovanja lečenja subjekta koji sadrže: određivanje količine CD30 i/ili CD30L u uzorku od lečenog subjekta i modifikovanje, prekid, ili nastavak lečenja na osnovu količine.

Inhibitori CD30L

[0077] U nekim slučajevima, lečenje sadrži primenu pojedincu terapijskog agensa koji sadrži inhibitor CD30L. U nekim primerima izvođenja, inhibitor CD30L se specifično vezuje direktno ili indirektno za CD30L, CD30, ili molekul koji direktno ili indirektno ometa vezivanje između CD30L i CD30. U nekim primerima izvođenja, kao što se ovde upotrebljava, inhibitor CD30L sadrži agens koji modulira najmanje jednu funkcionalnu aktivnost CD30L, kao što je vezivanje za CD30. Neograničavajući primeri inhibitora CD30L uključuju agense koji se specifično vezuju za CD30L, uključujući polipeptid kao što je anti-CD30L antitelo ili njegov antigen-vezujući fragment, i nukleinsku kiselinu, npr. antisens konstrukt, siRNA, i ribozim. Antisens konstrukt uključuje ekspresioni plazmid koji kada se transkribuje u ćeliji proizvodi RNK komplementarnu delu iRNK koja kodira CD30L, i oligonukleotid koji inhibira ekspresiju proteina hibridizacijom sa CD30L iRNK. U nekim primerima izvođenja inhibitor CD30L sadrži deo koji nije polipeptid ili koji nije nukleinska kiselina kao aktivni agens koji se vezuje i inhibira aktivnost CD30L.

[0078] U nekim primerima izvođenja, inhibitor CD30L je polipeptid koji se vezuje za CD30L i/ili CD30. U nekim slučajevima, polipeptid je CD30 polipeptid ili njegov deo, pri čemu deo zadržava sposobnost vezivanja za CD30L. Deo CD30 polipeptida uključuje najmanje oko 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, ili 50 amino-kiselina koje imaju najmanje oko 85%, 90%, ili 95% identičnosti sa humanim CD30 koji ima SEQ ID NO: 17 ili SEQ ID NO: 18. Na primer, inhibitor CD30L sadrži CD30 polipeptid koji sadrži ceo ili deo vanćelijskog regiona humanog CD30. U nekim primerima izvođenja, CD30 polipeptid sadrži amino-kiseline 19-390 SEQ ID NO: 18 ili njihov vezujući fragment, koji ima najmanje oko 85%, 90%, ili 95% identičnosti sekvence sa CD30. U nekim primerima izvođenja, CD30 polipeptid je homolog sa CD30 sisara, npr. CD30 polipeptid inhibitor CD30L je virusni CD30 polipeptid ili njegov fragment. Kao neograničavajući primer, virusni CD30 polipeptid sadrži virusni CD30 iz virusa boginja, kao što je ektromelija virus ili virus kravljih boginja.

[0079] U neograničavajućem primeru, inhibitor je anti-CD30L antitelo ili anti-CD30 antitelo. Kao što se ovde upotrebljava, antitelo uključuje antigen-vezujući fragment antitela pune dužine, npr. Fab ili scFv. U nekim primerima izvođenja, antitelo se vezuje za vanćelijski domen CD30L. U nekim primerima izvođenja, anti-CD30L antitelo sadrži teški lanac koji sadrži tri regiona koja određuju komplementarnost: HCDR1, HCDR2, i HCDR3; i laki lanac koji sadrži tri regiona koja određuju komplementarnost: LCDR1, LCDR2, i LCDR3. U nekim primerima izvođenja, anti-CD30L antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 100, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 101, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 102, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 103, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 104, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 105.

[0080] U nekim primerima izvođenja, anti-CD30L antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 106, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 107, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 108, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 109, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 110, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 111.

[0081] U nekim primerima izvođenja, anti-CD30L antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 112, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 113, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 114, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 115, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 116, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 117.

[0082] U nekim primerima izvođenja, anti-CD30L antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 118, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 119, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 120, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 121, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 122, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 123.

[0083] U nekim primerima izvođenja, anti-CD30L antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 124, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 125, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 126, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 127, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 128, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 129.

[0084] U nekim primerima izvođenja, anti-CD30L antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 130, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 131, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 132, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 133, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 134, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 135.

[0085] U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 136 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 137. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 138 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 139. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 140 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 141. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 142 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 143. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 144 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 145. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 146 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 147 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 148 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 149 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 150 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 151 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 152 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154. U nekim slučajevima, anti-CD30L antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 153 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 154.

[0086] U nekim primerima izvođenja, anti-CD30 antitelo sadrži varijabilni region teškog lanca koji sadrži SEQ ID NO: 19 i varijabilni region lakog lanca koji sadrži SEQ ID NO: 20. Neograničavajući primeri anti-CD30 antitela uključuju MDX-60, Ber-H2, SGN-30 (cAC10), Ki-4.dgA, HRS-3/A9, AFM13, i H22xKi-4.

[0087] U nekim primerima izvođenja, CD30L konjugat sadrži anti-CD30L antitelo koje sadrži najmanje jednu amino-kiselinu i konjugujuću funkcionalnu grupu vezanu za najmanje jednu amino-kiselinu. U nekim primerima izvođenja, najmanje jedna amino-kiselina locirana je proksimalno od N-terminusa (npr. proksimalno od N-terminusnog ostatka). Na primer, najmanje jedna amino-kiselina je opciono locirana unutar prvih 10, 20, 30, 40, ili 50 ostataka od N-terminusa. U nekim slučajevima, najmanje jedna amino-kiselina locirana je na N-terminusu (tj. najmanje jedna amino-kiselina je N-terminusni ostatak CD30L polipeptida). U drugim primerima izvođenja, najmanje jedna amino-kiselina locirana je proksimalno od C-terminusa (npr. proksimalno od C-terminusnog ostatka). Na primer, najmanje jedna aminokiselina je opciono locirana unutar prvih 10, 20, 30, 40, ili 50 ostataka od C-terminusa. U nekim slučajevima, najmanje jedna amino-kiselina locirana je na C-terminusu (tj. najmanje jedna amino-kiselina je C-terminusni ostatak CD30L polipeptida). U nekim slučajevima, CD30L konjugat ima produženi poluživot u plazmi, kao što su poluživoti koji su ovde opisani. U nekim primerima izvođenja, CD30L konjugat je funkcionalno aktivan (npr. zadržava aktivnost). U nekim primerima izvođenja, CD30L konjugat nije funkcionalno aktivan (npr. lišen je aktivnosti). U nekim primerima izvođenja, konjugujuća funkcionalna grupa sadrži polimer koji sadrži polietilen glikol (PEG). U nekim primerima izvođenja, konjugujuća funkcionalna grupa je lek, kao što je dopunski terapijski agens koji je ovde objavljen. U nekim primerima izvođenja, anti-CD30 antitelo sadrži antitelo lek konjugat. Kao neograničavajući primer, antitelo lek konjugat je brentuksimab, anti-CD30 antitelo konjugovano za monometil auristatin E.

Dopunski terapijski agensi

[0088] Lečenja korisna sa postupcima koji su ovde opisani uključuju terapijske agense koji se mogu upotrebljavati sami, ili u kombinaciji sa inhibitorom CD30L. U nekim primerima izvođenja, lečenje sadrži primenu prvog terapijskog agensa, a zatim inhibitora CD30L. U nekim primerima izvođenja, lečenje sadrži primenu prvog terapijskog agensa i inhibitora CD30L zajedno. U nekim primerima izvođenja, lečenje sadrži primenu inhibitora CD30L, a zatim prvog terapijskog agensa. Kombinovane terapije se mogu primenjivati u toku istog dana, ili se mogu primenjivati u razmaku od jednog ili više dana, nedelja, meseci, ili godina. U nekim slučajevima, inhibitor CD30L se primenjuje ukoliko se odredi da subjekt ne reaguje na prvu liniju terapije, npr. kao što je inhibitor TNF i/ili steroid. Takvo određivanje se može izvršiti lečenjem sa terapijom prve linije i praćenjem stanja bolesti i/ili dijagnostičkim određivanjem da subjekt ne bi reagovao na terapiju prve linije.

[0089] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži anti-TNF terapiju, npr. anti-TNFα terapiju. U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži drugu liniju lečenja u odnosu na anti-TNF terapiju. U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži imunosupresiv, ili klasu lekova koji suprimiraju, ili redukuju, snagu imunskog sistema. U nekim primerima izvođenja, imunosupresiv je antitelo. Neograničavajući primeri imunosupresivnih terapijskih agenasa uključuju STELARA<®>(ustekinumab) azatioprin (AZA), 6-merkaptopurin (6-MP), metotreksat, ciklosporin A (CsA).

[0090] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži selektivni antiinflamatorni lek, ili klasu lekova koji specifično ciljaju proinflamatorne molekule u telu. U nekim primerima izvođenja, antiinflamatorni lek sadrži antitelo. U nekim primerima izvođenja, antiinflamatorni lek sadrži mali molekul. Neograničavajući primeri antiinflamatornih lekova uključuju ENTYVIO (vedolizumab), kortikosteroide, aminosalicilate, mesalamin, balsalazid (kolazal) i olsalazin (dipentum).

[0091] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži terapiju matičnim ćelijama. Ćelije iz terapije matičnim ćelijama mogu biti embrionalne ili somatske matične ćelije. Matične ćelije mogu biti izolovane iz donora (alogene) ili izolovane iz subjekta (autologne). Matične ćelije mogu biti umnožene matične ćelije poreklom iz masnog tkiva (eASC), hematopoetske matične ćelije (HSC), mezenhimske matične (stromalne) ćelije (MSC), ili indukovane pluripotentne matične ćelije (iPSC) poreklom iz ćelija subjekta. U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži Cx601 / Alofisel<®>(darvadstrocel).

[0092] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži mali molekul. Mali molekul se može upotrebljavati za lečenje inflamatornih bolesti ili stanja, ili fibrostenotičke ili fibrotičke bolesti. Neograničavajući primeri malih molekula uključuju Otezla<®>(apremilast), alikaforsen, ili ozanimod (RPC-1063).

[0093] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži agonist mitogenom-aktivirane protein kinaze kinaze kinaze kinaze 4 (MAP4K4), receptor prostaglandina E 4 (PTGER4), receptor 1 interleukina 18 (IL18R1), 6-fosfofrukto-2-kinaza/fruktoza-2,6-bifosfatazu 3 (PFKFB3), dodatni protein receptora interleukina 18 (IL18RAP), adenilat ciklazu 7 (ADCY7), B limfoidnu tirozin kinazu (BLK), receptor 65 spregnut sa G-proteinom (GPR65), Sprouty srodan EVH1 domen koji sadrži 2 (SPRED2), fosfoprotein 2 povezan sa Src kinazom (SKAP2), receptor interagujuće serin/treonin kinaze 2 (RIPK2), i člana 15 superporodice TNF liganda (TL1A), Janus kinazu 1 (JAK1), receptor 35 spregnut sa G-proteinom (GPR 35), i gasdermin B (GSDMB), i proizvode ekspresije gena iz gena koji su uključeni u patogenezu inflamatorne, fibrotičke, ili fibrostenotičke bolesti. Terapijski agens može biti alosterički modulator MAP4K4, PTGER4, IL18R1, PFKFB3, IL18RAP, ADCY7, GPR65, SPRED2, SKAP2, RIPK2, TL1A, JAK1, GPR35, i GSDMB, i proizvoda ekspresije gena iz gena koji su uključeni u patogenezu inflamatorne, fibrotičke, ili fibrostenotičke bolesti.

[0094] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens sadrži antagonist. Antagonist može sadržati inhibitor aktivnosti ili ekspresije MAP4K4, PTGER4, IL18R1, PFKFB3, IL18RAP, ADCY7, GPR65, SPRED2, SKAP2, RIPK2, TL1A, JAK1, GPR35, i GSDMB, i proizvoda ekspresije gena iz gena koji su uključeni u patogenezu inflamatorne, fibrotičke, ili fibrostenotičke bolesti. Neograničavajući primeri inhibitora JAK1 uključuju ruksolitinib (INCB018424), s-ruksolitinib (INCB018424), baricitinib (LY3009104, INCB028050), filgotinib (GLPG0634), momelotinib (CYT387), cerdulatinib (PRT062070, PRT2070), LY2784544, NVP-BSK805, 2HCl, tofacitimb (CP-690550, tasocitinib), XL019, pakritinib (SB1518), ili ZM 39923 HCl.

[0095] U nekim primerima izvođenja dopunski terapijski agens sadrži inhibitor ekspresije ili aktivnosti TL1A. U nekim slučajevima, inhibitor ekspresije ili aktivnosti TL1A je efikasan da inhibira vezivanje TL1A-DR3. U nekim primerima izvođenja, inhibitor ekspresije ili aktivnosti TL1A sadrži alosterički modulator TL1A. Alosterički modulator TL1A može indirektno uticati na efekte TL1A na DR3, ili TR6/DcR3 na TL1A ili DR3. Inhibitor ekspresije ili aktivnosti TL1A može biti direktni inhibitor ili indirektni inhibitor. Neograničavajući primeri inhibitora ekspresije TL1A uključuju inhibitore translacije RNK u TL1A protein, antisens oligonukleotide koji ciljno deluju na iRNK TNFSF15 (kao što su miRNA, ili siRNA), epigenetsko editovanje (kao što je ciljno delovanje DNK-vezujućeg domena TNFSF15, ili post-translacione modifikacije histonskih repova i/ili molekula DNK). Neograničavajući primeri inhibitora aktivnosti TL1A uključuju antagoniste TL1A receptora (DR3 i TR6/DcR3), antagoniste TL1A antigena, i antagoniste proizvoda ekspresije gena koji su uključeni u TL1A posredovanu bolest. Antagonisti kao što su ovde objavljeni, mogu uključivati, ali nisu ograničeni na, anti-TL1A antitelo, TL1A-vezujući fragment antitela, ili mali molekul. Mali molekul može biti mali molekul koji se vezuje za TL1A ili DR3. AntiTL1A antitelo može biti monoklonalno ili poliklonalno. Anti-TL1A antitelo može biti humanizovano ili himerno. Anti-TL1A antitelo može biti fuzioni protein. Anti-TL1A antitelo može biti blokirajuće anti-TL1A antitelo. Blokirajuće antitelo blokira vezivanje između dva proteina, npr. liganda i njegovog receptora. Prema tome, TL1A blokirajuće antitelo uključuje antitelo koje sprečava vezivanje TL1A za DR3 ili TR6/DcR3 receptore. U neograničavajućem primeru, TL1A blokirajuće antitelo se vezuje za DR3. U sledećem primeru, TL1A blokirajuće antitelo se vezuje za DcR3. U nekim slučajevima, TL1A antitelo je anti-TL1A antitelo koje se specifično vezuje za TL1A.

[0096] Anti-TL1A antitelo može da sadrži jednu ili više sekvenci antitela iz Tabele 16 i/ili Tabele 17. Anti-DR3 antitelo može da sadrži amino-kiselinsku sekvencu koja je najmanje 85% identična bilo kojoj od SEQ ID NO: 200258-200270 i amino-kiselinsku sekvencu koja je najmanje 85% identična bilo kojoj od SEQ ID NO: 200271-200275. Anti-DR3 antitelo može da sadrži amino-kiselinsku sekvencu koja sadrži HCDR1, HCDR2, HCDR3 domene bilo koje od SEQ ID NO: 200258-200270 i LCDR1, LCDR2, i LCDR3 domene bilo koje od SEQ ID NO: 200271-200275.

[0097] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži teški lanac koji sadrži tri regiona koji određuju komplementarnost: HCDR1, HCDR2, i HCDR3; i laki lanac koji sadrži tri regiona koji određuju komplementarnost: LCDR1, LCDR2, i LCDR3. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200109, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200110, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200111, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200112, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200113, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200114. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200115 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200116.

[0098] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200117, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200118, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200119, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200120, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200121, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200122. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200123 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200124.

[0099] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200125, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200126, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200127, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200128, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200129, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200130. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200131 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200132.

[0100] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200133, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200134, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200135, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200139, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200140, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200141. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 2000136, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200137, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200138, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200139, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200140, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200141. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200142 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200143. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži teški lanac koji sadrži SEQ ID NO: 200144. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži laki lanac koji sadrži SEQ ID NO: 200145.

[0101] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200146, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200147, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200148, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200149, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200150, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200151. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200152 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200153.

[0102] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200154, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200155, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200156, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200157, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200158, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200159. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200160 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200161.

[0103] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200162, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200164, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200165, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200167, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200169, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200170. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200175. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200176. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200177. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200178.

[0104] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200162, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200164, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200165, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200168, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200169, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200170. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200179. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200180. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200181. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200171 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200182.

[0105] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200162, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200164, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200165, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200167, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200169, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200170. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200175. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200176. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200177. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200178.

[0106] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200162, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200164, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200165, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200168, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200169, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200170. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200179. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200180. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200181. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200172 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200182.

[0107] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200163, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200164, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200166, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200167, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200169, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200170. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200175. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200176. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200177. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200178. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200179. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200180. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200181. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200173 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200182.

[0108] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200163, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200164, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200166, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200168, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200169, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200170. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200179. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200180. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200181. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200182. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200175. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200176. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200177. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200174 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200178.

[0109] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200183, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200184, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200185, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200186, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200187, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200188. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200189 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200194. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200189 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200195. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200189 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200196. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200189 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200197. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200190 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200194. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200190 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200195. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200190 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200196. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200190 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200197. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200191 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200194. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200191 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200195. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200191 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200196. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200191 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200197. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200192 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200194. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200192 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200195. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200192 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200196. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200192 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200197. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200193 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200194. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200193 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200195. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200193 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200196. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200193 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200197.

[0110] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200198, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200199, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200200, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200201, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200202, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200203. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200204 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200205. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200206 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200207. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200208 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200209. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200210 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200211. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200212 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200213. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200214 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200215. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200216 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200217. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200218 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200219. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200220 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200221. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200222 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200223. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200224 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200225. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200226 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200227.

[0111] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200228, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200229, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200230, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200231, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200232, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200233. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200234 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200235.

[0112] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200236, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200237, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200238, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200239, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200240, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200241. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200242 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200243.

[0113] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200246, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200247, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200248, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200249, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200250, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200251. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200244 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200245. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200252 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200253. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200254 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200255. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200256 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200257.

[0114] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200276, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200277, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200278, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200279, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200280, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200281. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200282 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200283.

[0115] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži HCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200284, HCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200285, HCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200286, LCDR1 koji sadrži SEQ ID NO: 200287, LCDR2 koji sadrži SEQ ID NO: 200288, i LCDR3 koji sadrži SEQ ID NO: 200299. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo sadrži varijabilni domen teškog lanca (HC) koji sadrži SEQ ID NO: 200290 i varijabilni domen lakog lanca (LC) koji sadrži SEQ ID NO: 200291.

[0116] U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo sadrži jedno ili više od A101-A177 iz Tabele 15. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A100. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A101. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A102. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A103. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A104. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A105. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A106. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A107. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A108. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A109. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A110. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A111. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A112. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A113. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A114. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A115. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A116. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A117. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A118. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A119. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A120. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A121. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A122. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A123. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A124. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A125. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A126. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A127. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A128. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A129. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A130. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A131. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A132. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A133. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A134. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A135. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A136. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A137. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A138. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A139. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A140. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A141. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A142. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A143. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A144. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A145. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A146. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A147. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A148. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A149. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A150. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A151. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A152. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A153. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A154. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A155. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A156. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A157. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A158. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A159. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A160. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A161. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A162. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A163. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A164. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A165. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A166. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A167. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A168. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A169. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A170. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A171. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A172. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A173. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A174. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A175. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A176. U nekim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo je A177.

[0117] U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A178. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A179. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A180. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A181. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A182. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A183. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A184. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A185. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A186. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A187. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A188. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A189. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A190. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A191. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A192. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A193. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A194. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A195. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A196. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A197. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A198. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A199. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A200. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A201. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A202. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A203. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A204. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A205. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A206. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A207. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A208. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A209. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A210. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A211. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A212. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A213. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A214. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A215. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A216. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A217. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A218. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A219. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A220. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A221. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A222. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A223. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A224. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A225. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A226. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A227. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A228. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A229. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A230. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A231. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A232. U nekim primerima izvođenja, antiDR3 je A233. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A234. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A235. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A236. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A237. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A238. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A239. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A240. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A241. U nekim primerima izvođenja, anti-DR3 je A242.

Tabela 15. Neograničavajući primeri anti-TL1A i anti-DR3 antitela

[0118] U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo se vezuje za najmanje jedan ili više istih ostataka humanog TL1A kao antitelo koje je ovde opisano. Na primer, anti-TL1A antitelo se vezuje za najmanje jedan ili više istih ostataka humanog TL1A kao antitelo koje je odabrano od A100-A177 iz Tabele 17. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo se vezuje za isti epitop humanog TL1A kao antitelo koje je odabrano od A100-A177. U nekim slučajevima, anti-TL1A antitelo se vezuje za isti region humanog TL1A kao antitelo koje je odabrano od A100-A177.

[0119] U određenim primerima izvođenja, anti-TL1A antitelo ili antigen-vezujući fragment sadrži (a) varijabilni region teškog lanca koji sadrži amino-kiselinsku sekvencu koja je najmanje oko 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, ili 100 % identična bilo kojoj od SEQ ID NO: 491, 493, 495, 497, 499, 501, 503, 505, 507, 509, 511, 513, 515, 517, 519, 521, 523, 525, 527, 529, 531, 533, 535, 537, 539, ili 541; i (b) varijabilni region lakog lanca koji sadrži amino-kiselinsku sekvencu koja je najmanje oko 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, ili 100% identična bilo kojoj od SEQ ID NO: 490, 492, 494, 496, 498, 500, 502, 504, 506, 508, 510, 512, 514, 516, 518, 520, 522, 524, 526, 528, 530, 532, 534, 536, 538, ili 540.

[0120] Neograničavajući postupci za određivanje da li se anti-TL1A antitelo vezuje za isti region referentnog antitela su poznati u struci. Primer postupka sadrži test kompeticije. Na primer, postupak sadrži određivanje da li referentno antitelo može biti u kompeticiji sa vezivanjem između referentnog antitela i TL1A proteina ili njegovog dela, ili određivanje da li referentno antitelo može biti u kompeticiji sa vezivanjem između referentnog antitela i TL1A proteina ili njegovog dela. Primeri postupaka uključuju upotrebu rezonance površinskog plazmona kako bi se procenilo da li anti-TL1A antitelo može biti u kompeticiji sa vezivanjem između TL1A i drugog anti-TL1A antitela. U nekim slučajevima, rezonanca površinskog plazmona se koristi u testu kompeticije.

Farmaceutske kompozicije, formulacije, i postupci primene

[0121] U jednom aspektu, postupak za lečenje bilo kojih od bolesti ili stanja koja su ovde opisana kod subjekta kome je potrebno takvo lečenje, uključuje primenu farmaceutskih kompozicija koje uključuju terapijski agens koji je ovde opisan, npr. inhibitor CD30L, u terapijski efikasnim količinama navedenom subjektu. U nekim primerima izvođenja, terapijski agens koji je ovde opisan upotrebljava se u pripremi medikamenata za lečenje inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i/ili fibrotičke bolesti. Farmaceutske kompozicije kao što se ovde upotrebljava uključuju kompozicije koje sadrže inhibitor CD30L i opciono dodatni terapijski agens.

[0122] U određenim primerima izvođenja, kompozicije koje sadrže terapijski agens koji je ovde opisan primenjuju se za profilaktičko i/ili terapijsko lečenje. U određenim terapijskim primenama, kompozicije se primenjuju pacijentu koji već pati od bolesti ili stanja, u količini koja je dovoljna da izleči ili najmanje delimično zaustavi najmanje jedan od simptoma bolesti ili stanja. Količine koje su efikasne za ovu upotrebu zavise od težine i toka bolesti ili stanja, prethodne terapije, zdravstvenog statusa pacijenta, telesne težine, i odgovora na lekove, kao i od procene ordinirajućeg lekara. Terapijski efikasne količine se opciono određuju postupcima koji uključuju, ali se ne ograničavaju na, kliničko ispitivanje eskalacije doze. U nekim slučajevima, inhibitor CD30L se primenjuje pacijentu koji pati od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i/ili fibrotičke bolesti.

[0123] U profilaktičkim primenama, kompozicije koje sadrže terapijski agens koji je ovde opisan primenjuju se pacijentu koji je podložan ili na drugi način u riziku od određene bolesti, poremećaja ili stanja, npr. inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i/ili fibrotičke bolesti. Takva količina je definisana kao "profilaktički efikasna količina ili doza". U ovoj upotrebi, precizne količine takođe zavise od pacijentovog zdravstvenog stanja, telesne težine i slično. Kada se upotrebljava kod pacijenata, efikasne količine za ovu upotrebu će zavisiti od težine i toka bolesti, poremećaja ili stanja, prethodne terapije, pacijentovog zdravstvenog statusa i odgovora na lekove, kao i od procene ordinirajućeg lekara. U jednom aspektu, profilaktička lečenja uključuju primenu sisaru, koji je prethodno imao najmanje jedan simptom bolesti koja se leči i koji je trenutno u remisiji, farmaceutske kompozicije koja sadrži inhibitor CD30L kako bi se sprečilo vraćanje simptoma bolesti ili stanja.

[0124] U određenim primerima izvođenja pri čemu se stanje pacijenta ne poboljšava, po nahođenju lekara, primena terapijskog agensa se primenjuje hronično, to jest, tokom dužeg vremenskog perioda, uključujući i tokom celog života pacijenta kako bi se poboljšali ili na drugi način kontrolisali ili ograničili simptomi bolesti ili stanja pacijenta.

[0125] U određenim primerima izvođenja pri čemu se status pacijenta poboljšava, doza terapijskog agensa koji se primenjuje može biti privremeno redukovana ili privremeno suspendovana na određeni vremenski period (tj. "odmor od leka"). U specifičnim primerima izvođenja, dužina odmora od leka je između 2 dana i 1 godine, uključujući samo putem primera, 2 dana, 3 dana, 4 dana, 5 dana, 6 dana, 7 dana, 10 dana, 12 dana, 15 dana, 20 dana, 28 dana, ili više od 28 dana. Redukcija doze tokom odmora od leka je, samo putem primera, za 10%-100%, uključujući samo putem primera 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, i 100%.

[0126] U određenim primerima izvođenja, doza leka koji se primenjuje može biti privremeno redukovana ili privremeno suspendovana na određeni vremenski period (tj. "diverzija leka"). U specifičnim primerima izvođenja, dužina diverzije leka je između 2 dana i 1 godine, uključujući samo putem primera, 2 dana, 3 dana, 4 dana, 5 dana, 6 dana, 7 dana, 10 dana, 12 dana, 15 dana, 20 dana, 28 dana, ili više od 28 dana. Redukcija doze tokom diverzije leka je, samo putem primera, za 10%-100%, uključujući samo putem primera 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, i 100%. Posle pogodnog vremenskog perioda, uobičajeni raspored doziranja se opciono ponovo uspostavlja.

[0127] U nekim primerima izvođenja, kada dođe do poboljšanja stanja pacijenta, doza održavanja se primenjuje ukoliko je potrebno. Nakon toga, u specifičnim primerima izvođenja, doza ili učestalost primene, ili oba, se redukuju, kao funkcija simptoma, do nivoa na kome se zadržava poboljšana bolest, poremećaj ili stanje. U određenim primerima izvođenja, međutim, pacijentu je potrebno periodično lečenje na dugotrajnoj osnovi nakon bilo kakvog ponovnog pojavljivanja simptoma.

[0128] Količina datog terapijskog agensa koja odgovara takvoj količini varira u zavisnosti od faktora kao što su određeni terapijski agens, stanje bolesti i njena težina, identitet (npr. telesna težina, pol) subjekta kome je potrebno lečenje, ali i pored toga treba je odrediti u skladu sa posebnim okolnostima koje okružuju slučaj, uključujući, npr. specifičan agens koji se primenjuje, način primene, stanje koje se leči, i subjekta ili domaćina koji se leči. Generalno, međutim, doze koje se koriste za lečenje odraslih ljudi su tipično u opsegu od 0,01 mg-5000 mg dnevno. U jednom aspektu, doze koje se koriste za lečenje odraslih ljudi su od oko 1 mg do oko 1000 mg dnevno. U jednom primeru izvođenja, željena doza je pogodno predstavljena u jedničnoj dozi ili u podeljenim dozama koje se primenjuju istovremeno (ili u kratkom vremenskom periodu) ili u odgovarajućim intervalima, na primer kao dve, tri, četiri ili više poddoza dnevno.

[0129] U nekim primerima izvođenja, kako pacijent počinje sa režimom terapijskog agensa, pacijent se takođe odbija od (npr. postepeno mu se smanjuje doza) drugog režima lečenja.

[0130] U jednom primeru izvođenja, dnevne doze prikladne za inhibitor CD30L ovde su od oko 0,01 do oko 10 mg/kg telesne težine. U specifičnim primerima izvođenja, naznačena dnevna doza kod velikih sisara, uključujući, ali ne ograničavajući se na ljude, je u opsegu od oko 0,5 mg do oko 1000 mg, pogodno primenjena u podeljenim dozama, uključujući, ali ne ograničavajući se na, do četiri puta dnevno. U nekim primerima izvođenja, dnevna doza se primenjuje u obliku sa produženim oslobađanjem. U određenim primerima izvođenja, pogodni jedinični dozni oblici za oralnu primenu sadrže od oko 1 do 500 mg aktivnog sastojka. U nekim primerima izvođenja, dnevna doza ili količina aktivnog sastojka u doznom obliku su niže ili više od opsega koji su ovde navedeni, na osnovu brojnih varijabli u pogledu pojedinačnog režima lečenja. U različitim primerima izvođenja, dnevne i jedinične doze se menjaju u zavisnosti od brojnih varijabli uključujući, ali ne ograničavajući se na, aktivnost upotrebljenog terapijskog agensa, bolest ili stanje koje se leči, način primene, zahteve pojedinačnog subjekta, težinu bolesti ili stanja koje se leči, i procenu lekara.

[0131] Toksičnost i terapijska efikasnost takvih terapijskih režima određuju se standardnim farmaceutskim procedurama u ćelijskim kulturama ili eksperimentalnim životinjama, uključujući, ali ne ograničavajući se na, određivanje LD50i ED50. Odnos doze između toksičnih i terapijskih efekata je terapijski indeks i izražava se kao odnos između LD50i ED50. U određenim primerima izvođenja, podaci koji su dobijeni iz testova ćelijske kulture i studija na životinjama upotrebljavaju se u formulisanju terapijski efikasnog opsega dnevne doze i/ili terapijski efikasne količine jedinične doze za upotrebu kod sisara, uključujući ljude. U nekim primerima izvođenja, količina dnevne doze terapijskog agensa koji je ovde opisan leži unutar opsega cirkulišućih koncentracija koje uključuju ED50sa minimalnom toksičnošću. U određenim primerima izvođenja, opseg dnevne doze i/ili količina jedinične doze varira unutar ovog opsega u zavisnosti od upotrebljenog doznog oblika i korišćenog puta primene.

[0132] Ovde su objavljeni terapijski agensi formulisani u farmaceutske kompozicije. Farmaceutska kompozicija može da sadrži inhibitor anti-CD30L. Farmaceutska kompozicija može da sadrži antitelo. Farmaceutska kompozicija može da sadrži anti-CD30L antitelo.

[0133] Farmaceutske kompozicije su formulisane na konvencionalan način upotrebom jednog ili više farmaceutski prihvatljivih neaktivnih sastojaka koji olakšavaju preradu aktivnog terapijskog agensa u preparate koji se mogu farmaceutski upotrebljavati. Odgovarajuća formulacija zavisi od odabranog puta primene. Sažetak farmaceutskih kompozicija koje su ovde opisane može se pronaći, na primer, u Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Nineteenth Ed (Easton, Pa.: Mack Publishing Company, 1995); Hoover, John E., Remington’s Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pennsylvania 1975; Liberman, H.A. and Lachman, L., Eds., Pharmaceutical Dosage Forms, Marcel Decker, New York, N.Y., 1980; i Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Seventh Ed. (Lippincott Williams & Wilkins, 1999).

[0134] Ovde su obezbeđene farmaceutske kompozicije koje uključuju inhibitor CD30L, i najmanje jedan farmaceutski prihvatljiv neaktivni sastojak. Opciono, kompozicije uključuju drugi terapijski agens kao što je ovde diskutovano. U nekim primerima izvođenja, terapijski agensi koji su ovde opisani primenjuju se kao farmaceutske kompozicije u kojima su terapijski agensi pomešani sa drugim aktivnim sastojcima, kao u kombinovanoj terapiji. U nekim primerima izvođenja, farmaceutske kompozicije uključuju druge medicinske ili farmaceutske agense, nosače, adjuvanse, agense za konzerviranje, stabilizovanje, vlaženje ili emulgovanje, promotore rastvora, soli za regulisanje osmotskog pritiska, i/ili pufere. U nekim primerima izvođenja, farmaceutske kompozicije uključuju druge terapijski vredne supstance.

[0135] Farmaceutska kompozicija, kao što se ovde upotrebljava, označava smešu terapijskog agensa, npr. inhibitora CD30L, sa drugim hemijskim komponentama (tj. farmaceutski prihvatljivim neaktivnim sastojcima), kao što su nosači, ekscipijensi, bajnderi, agensi za punjenje, agensi za suspendovanje, agensi za poboljšavanje ukusa, agensi za zaslađivanje, agensi za dezintegrisanje, agensi za dispergovanje, surfaktanti, lubrikanti, boje, razblaživači, solubilizatori, agensi za hidratizovanje, plastifikatori, stabilizatori, pojačivači penetracije, agensi za vlaženje, agensi protiv penjenja, antioksidansi, konzervansi, ili jedna ili više njihovih kombinacija. Opciono, kompozicije uključuju dva ili više terapijskih agenasa kao što je ovde diskutovano. U primeni postupaka lečenja ili upotrebe koji su ovde obezbeđeni, terapijski efikasne količine terapijskih agenasa koji su ovde opisani primenjuju se u farmaceutskoj kompoziciji sisaru koji ima bolest, poremećaj, ili stanje koje treba lečiti, npr. inflamatornu bolest, fibrostenotičku bolest, i/ili fibrotičku bolest. U nekim primerima izvođenja, sisar je čovek. Terapijski efikasna količina može da varira u velikoj meri u zavisnosti od težine bolesti, starosti i relativnog zdravlja subjekta, potentnosti terapijskog agensa koji se upotrebljava i drugih faktora. Terapijski agensi se mogu upotrebljavati pojedinačno ili u kombinaciji sa jednim ili više terapijskih agenasa kao komponente smeša.

[0136] Farmaceutske formulacije koje su ovde opisane primenjuju se subjektu pogodnim putevima primene, uključujući, ali ne ograničavajući se na, oralne, parenteralne (npr. intravenski, subkutani, intramuskularni), intranazalne, bukalne, topikalne, ili transdermalne puteve primene. Farmaceutske formulacije koje su ovde opisane uključuju, ali nisu ograničene na, vodene tečne disperzije, samo-emulgujuće disperzije, čvrste rastvore, lipozomske disperzije, aerosole, čvrste dozne oblike, praškove, formulacije sa trenutnim oslobađanjem, formulacije sa kontrolisanim oslobađanjem, formulacije sa brzim otapanjem, tablete, kapsule, pilule, formulacije sa odloženim oslobađanjem, formulacije sa produženim oslobađanjem, formulacije sa pulsirajućim oslobađanjem, multičestične formulacije, i mešovite formulacije sa trenutnim i kontrolisanim oslobađanjem.

[0137] Farmaceutske kompozicije koje uključuju terapijski agens, npr. inhibitor anti-CD30L, proizvode se na konvencionalni način, kao što je, samo putem primera, pomoću procesa konvencionalnog mešanja, rastvaranja, granulisanja, pravljenja dražeja, levigiranja, emulgovanja, inkapsuliranja, zarobljavanja ili komprimovanja. Opciono, kompozicije uključuju još jedan terapijski agens, npr. onaj kao što je ovde diskutovano.

[0138] Farmaceutske kompozicije mogu uključivati najmanje terapijski agens, npr. inhibitor anti-CD30L, kao aktivni sastojak u obliku slobodne kiseline ili slobodne baze, ili u obliku farmaceutski prihvatljive soli. Pored toga, postupci i farmaceutske kompozicije koji su ovde opisani uključuju upotrebu N-oksida (ukoliko je prikladno), kristalnih oblika, amorfnih faza, kao i aktivnih metabolita ovih jedinjenja koji imaju isti tip aktivnosti. U nekim primerima izvođenja, terapijski agensi postoje u nesolvatnom obliku ili u solvatnim oblicima sa farmaceutski prihvatljivim rastvaračima kao što su voda, etanol, i slično. Takođe se smatra da su solvatni oblici terapijskih agenasa ovde objavljeni.

[0139] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens postoji kao tautomer. Svi tautomeri su uključeni unutar opsega agenasa koji su ovde predstavljeni. Tako, treba razumeti da terapijski agens ili njegova so mogu da ispolje fenomen tautomerizma gde su dva hemijska jedinjenja sposobna za laku međukonverziju razmenom atoma vodonika između dva atoma, sa svakim od kojih formiraju kovalentnu vezu. Pošto tautomerna jedinjenja postoje u mobilnoj ravnoteži jedno sa drugim, mogu se smatrati različitim izomernim oblicima istog jedinjenja.

[0140] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens postoji kao enantiomer, dijastereomer, ili drugi steroizomerni oblik. Agensi koji su ovde objavljeni uključuju sve enantiomerne, dijastereomerne, i epimerne oblike kao i njihove smeše.

[0141] U nekim primerima izvođenja, terapijski agensi koji su ovde opisani mogu biti pripremljeni kao prolekovi. "Prolek" označava agens koji se in vivo konvertuje u roditeljski lek. Prolekovi su često korisni pošto, u nekim situacijama, mogu biti lakši za primenu od roditeljskog leka. Oni mogu, na primer, biti bioraspoloživi oralnom primenom, dok roditeljski lek nije. Prolek takođe može imati poboljšanu solubilnost u farmaceutskim kompozicijama u odnosu na roditeljski lek. Primer, bez ograničavanja, proleka bio bi terapijski agens koji je ovde opisan, koji se primenjuje kao estar ("prolek") kako bi se olakšao prenos kroz ćelijsku membranu gde je solubilnost u vodi štetna za mobilnost, ali koji se zatim metabolički hidrolizuje do karboksilne kiseline, aktivni entitet, kada je unutar ćelije gde je solubilnost u vodi korisna. Dodatni primer proleka može biti kratki peptid (poliaminokiselina) vezan za kiselu grupu gde se peptid metaboliše kako bi se otkrila aktivna funkcionalna grupa. U određenim primerima izvođenja, nakon primene in vivo, prolek se hemijski konvertuje u biološki, farmaceutski ili terapijski aktivan oblik terapijskog agensa. U određenim primerima izvođenja, prolek se enzimski metaboliše pomoću jednog ili više koraka ili procesa do biološki, farmaceutski ili terapijski aktivnog oblika terapijskog agensa.

[0142] Oblici proleka terapijskih agenasa, pri čemu se prolek metaboliše in vivo kako bi se proizveo agens kao što je ovde izneto, uključeni su unutar obima patentnih zahteva. Oblici proleka terapijskih agenasa koji su ovde opisani, pri čemu se prolek metaboliše in vivo kako bi se proizveo agens kao što je ovde izneto, uključeni su unutar obima patentnih zahteva. U nekim slučajevima, neki od terapijskih agenasa koji su ovde opisani mogu biti prolek za drugi derivat ili aktivno jedinjenje. U nekim primerima izvođenja koji su ovde opisani, hidrazoni se metabolišu in vivo kako bi se proizveo terapijski agens.

[0143] U određenim primerima izvođenja, kompozicije koje su ovde obezbeđene uključuju jedan ili više konzervanasa za inhibiranje mikrobne aktivnosti. Pogodni konzervansi uključuju supstance koje sadrže živu kao što su merfen i tiomersal; stabilizovani hlor dioksid; i kvaternarna jedinjenja amonijaka kao što su benzalkonijum hlorid, cetiltrimetilamonijum bromid i cetilpiridinijum hlorid.

[0144] U nekim primerima izvođenja, formulacije koje su ovde opisane imaju koristi od antioksidanasa, agenasa za heliranje metala, jedinjenja koja sadrže tiol i drugih opštih agenasa za stabilizovanje. Primeri takvih agenasa za stabilizovanje uključuju, ali nisu ograničeni na: (a) oko 0,5% do oko 2% tež./zapr. glicerol, (b) oko 0,1% do oko 1% tež./zapr. metionin, (c) oko 0,1% do oko 2% tež./zapr. monotioglicerol, (d) oko 1 mM do oko 10 mM EDTA, (e) oko 0,01% do oko 2% tež./zapr. askorbinsku kiselinu, (f) 0,003% do oko 0,02% tež./zapr. polisorbat 80, (g) 0,001% do oko 0,05% tež./zapr. polisorbat 20, (h) arginin, (i) heparin, (j) dekstran sulfat, (k) ciklodekstrine, (1) pentosan polisulfat i druge heparinoide, (m) dvovalentne katjone kao što su magnezijum i cink; ili (n) njihove kombinacije.

[0145] Farmaceutske kompozicije koje su ovde opisane, koje uključuju terapijski agens kao što je inhibitor CD30L, formulisane su u bilo kom pogodnom doznom obliku, uključujući, ali ne ograničavajući se na, vodene oralne disperzije, tečnosti, gelove, sirupe, eliksire, kaše, suspenzije, čvrste oralne dozne oblike, aerosole, formulacije sa kontrolisanim oslobađanjem, formulacije sa brzim otapanjem, šumeće formulacije, liofilizovane formulacije, tablete, praškove, pilule, dražeje, kapsule, formulacije sa odloženim oslobađanjem, formulacije sa produženim oslobađanjem, formulacije sa pulsirajućim oslobađanjem, multičestične formulacije, i mešovite formulacije sa trenutnim oslobađanjem i kontrolisanim oslobađanjem. U jednom aspektu, terapijski agens kao što je ovde diskutovano, npr. inhibitor CD30L formulisan je u farmaceutsku kompoziciju pogodnu za intramuskularnu, subkutanu, ili intravensku injekciju. U jednom aspektu, formulacije pogodne za intramuskularnu, subkutanu, ili intravensku injekciju uključuju fiziološki prihvatljive sterilne vodene ili nevodene rastvore, disperzije, suspenzije ili emulzije, i sterilne praškove za rekonstituciju u sterilne rastvore ili disperzije za injekcije. Primeri pogodnih vodenih i nevodenih nosača, razblaživača, rastvarača, ili vehikuluma uključuju vodu, etanol, poliole (propilenglikol, polietilen-glikol, glicerol, kremofor i slično), njihove pogodne smeše, biljna ulja (kao što je maslinovo ulje) i injekcione organske estre kao što je etil oleat. Odgovarajuća fluidnost se može održati, na primer, upotrebom obloge kao što je lecitin, održavanjem potrebne veličine čestica u slučaju disperzija, i upotrebom surfaktanata. U nekim primerima izvođenja, formulacije pogodne za subkutanu injekciju takođe sadrže aditive kao što su agensi za konzerviranje, vlaženje, emulgovanje, i doziranje. Sprečavanje rasta mikroorganizama može se obezbediti pomoću različitih antibakterijskih i antifungalnih agenasa, kao što su parabeni, hlorobutanol, fenol, sorbinska kiselina, i slično. U nekim slučajevima poželjno je uključiti izotonične agense, kao što su šećeri, natrijum hlorid, i slično. Produžena apsorpcija injekcionog farmaceutskog oblika može se postići upotrebom agenasa koji odlažu apsorpciju, kao što su aluminijum monostearat i želatin.

[0146] Za intravenske injekcije ili dripove ili infuzije, terapijski agens koji je ovde opisan formulisan je u vodenim rastvorima, poželjno u fiziološki kompatibilnim puferima kao što su Hankov (Hankꞌs) rastvor, Ringerov (Ringerꞌs) rastvor, ili puferisan fiziološki rastvor. Za transmukoznu primenu, u formulaciji se upotrebljavaju penetranti koji odgovaraju barijeri koja se prožima. Takvi penetranti su generalno poznati u struci. Za druge parenteralne injekcije, odgovarajuće formulacije uključuju vodene ili nevodene rastvore, poželjno sa fiziološki kompatibilnim puferima ili ekscipijensima. Takvi ekscipijensi su poznati.

[0147] Parenteralne injekcije mogu uključivati bolus injekciju ili kontinuiranu infuziju. Formulacije za injekcije mogu biti predstavljene u jediničnom doznom obliku, npr. u ampulama ili u kontejnerima sa više doza, sa dodatkom konzervansa. Farmaceutska kompozicija koja je ovde opisana može biti u obliku koji je pogodan za parenteralnu injekciju kao sterilne suspenzije, rastvori ili emulzije u uljnim ili vodenim vehikulumima, i može da sadrži agense za formulisanje kao što su agensi za suspendovanje, stabilizovanje i/ili dispergovanje. U jednom aspektu, aktivni sastojak je u obliku praška za konstituisanje sa pogodnim vehikulumom, npr. sterilnom vodom bez pirogena, pre upotrebe.

[0148] Za primenu inhalacijom, terapijski agens je formulisan za upotrebu kao aerosol, magla ili prašak. Farmaceutske kompozicije koje su ovde opisane uobičajeno se isporučuju u obliku aerosolnog spreja iz pakovanja pod pritiskom ili nebulizatora, uz upotrebu pogodnog propelanta, npr. dihlorodifluorometana, trihlorofluorometana, dihlorotetrafluoroetana, ugljen dioksida ili drugog pogodnog gasa. U slučaju aerosola pod pritiskom, dozna jedinica se može odrediti obezbeđivanjem ventila za isporuku odmerene količine. Kapsule i kertridži, kao što je, samo putem primera, želatin za upotrebu u inhalatoru ili insuflatoru mogu biti formulisani tako da sadrže smešu praška terapijskog agensa koji je ovde opisan i pogodnu bazu u prašku kao što je laktoza ili skrob.

[0149] Reprezentativne intranazalne formulacije opisane su u, na primer, S.A.D. patentima br.

4,476,116, 5,116,817 i 6,391,452. Formulacije koje uključuju terapijski agens pripremaju se kao rastvori u fiziološkom rastvoru, koristeći benzil alkohol ili druge pogodne konzervanse, fluorougljenike, i/ili druge agense za solubilizovanje ili dispergovanje koji su poznati u struci. Videti, na primer, Ansel, H. C. et al., Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Sixth Ed. (1995). Poželjno, ove kompozicije i formulacije pripremaju se sa pogodnim netoksičnim farmaceutski prihvatljivim sastojcima. Ovi sastojci su poznati onima sa iskustvom u pripremi nazalnih doznih oblika, a neki od njih se mogu pronaći u REMINGTON: THE SCIENCE AND PRACTICE OF PHARMACY, 21st edition, 2005. Odabir pogodnih nosača zavisi od tačne prirode željenog nazalnog doznog oblika, npr.

rastvori, suspenzije, masti, ili gelovi. Nazalni dozni oblici uglavnom sadrže velike količine vode pored aktivnog sastojka. Opciono su prisutne manje količine drugih sastojaka kao što su pH regulatori, emulgatori ili agensi za dispergovanje, konzervansi, surfaktanti, agensi za želiranje, ili agensi za puferisanje i drugi agensi za stabilizovanje i solubilizovanje. Poželjno, nazalni dozni oblik treba da bude izotoničan sa nazalnim sekretom.

[0150] Farmaceutski preparati za oralnu upotrebu dobijaju se mešanjem jednog ili više čvrstih ekscipijenasa sa jednim ili više terapijskih agenasa koji su ovde opisani, opciono mlevenjem rezultujuće smeše, i preradom smeše granula, posle dodavanja pogodnih pomoćnih supstanci, ukoliko se želi, kako bi se dobile tablete ili jezgra dražeja. Pogodni ekscipijensi uključuju, na primer, filere kao što su šećeri, uključujući laktozu, saharozu, manitol, ili sorbitol; preparate celuloze kao što su, na primer, kukuruzni skrob, pšenični skrob, pirinčani skrob, krompirov skrob, želatin, tragakant guma, metilceluloza, mikrokristalna celuloza, hidroksipropilmetilceluloza, natrijum karboksimetilceluloza; ili druge kao što su: polivinilpirolidon (PVP ili povidon) ili kalcijum fosfat. Ukoliko se želi, dodaju se agensi za dezintegrisanje, kao što je umrežena natrijum kroskarmeloza, polivinilpirolidon, agar, ili alginska kiselina ili njena so, kao što je natrijum alginat. U nekim primerima izvođenja, bojila ili pigmenti se dodaju u tablete ili obloge za dražeje radi identifikacije ili karakterizacije različitih kombinacija doza aktivnog terapijskog agensa.

[0151] U nekim primerima izvođenja, farmaceutske formulacije terapijskog agensa su u obliku kapsula, uključujući push-fit kapsule napravljene od želatina, kao i meke, zatvorene kapsule napravljene od želatina i plastifikatora, kao što su glicerol ili sorbitol. Push-fit kapsule sadrže aktivne sastojke u smeši sa filerom kao što je laktoza, bajnderima kao što su skrobovi, i/ili lubrikantima kao što su talk ili magnezijum stearat i, opciono, stabilizatorima. U mekim kapsulama, aktivni terapijski agens je rastvoren ili suspendovan u pogodnim tečnostima, kao što su masna ulja, tečni parafin, ili tečni polietilen glikoli. U nekim primerima izvođenja dodaju se stabilizatori. Kapsula se može pripremiti, na primer, stavljanjem mešavine u rasutom stanju formulacije terapijskog agensa unutar kapsule. U nekim primerima izvođenja, formulacije (nevodene suspenzije i rastvori) stavljaju se u meku želatinsku kapsulu. U drugim primerima izvođenja, formulacije se stavljaju u standardne želatinske kapsule ili neželatinske kapsule kao što su kapsule koje sadrže HPMC. U drugim primerima izvođenja, formulacija se stavlja u kapsulu za prskanje, pri čemu se kapsula proguta cela ili se kapsula otvori i sadržaj se pospe po hrani pre jela.

[0152] Sve formulacije za oralnu primenu su u dozama koje su pogodne za takvu primenu. U jednom aspektu, čvrsti oralni dozni oblici se pripremaju mešanjem terapijskog agensa sa jednim ili više od sledećeg: antioksidansi, agensi za poboljšavanje ukusa, i materijali nosači kao što su bajnderi, agensi za suspendovanje, agensi za dezintegrisanje, agensi za punjenje, surfaktanti, solubilizatori, stabilizatori, lubrikanti, agensi za vlaženje, i razblaživači. U nekim primerima izvođenja, čvrsti dozni oblici koji su ovde objavljeni su u obliku tablete, (uključujući tabletu za suspenziju, tabletu koja se brzo otapa, tabletu koja se dezintegriše prilikom ugriza, tabletu za brzo dezintegrisanje, šumeću tabletu, ili kaplet), pilule, praška, kapsule, čvrste disperzije, čvrstog rastvora, bioerodibilnog doznog oblika, formulacije sa kontrolisanim oslobađanjem, doznih oblika sa pulsirajućim oslobađanjem, multičestičnih doznih oblika, perli, peleta, granula. U drugim primerima izvođenja, farmaceutska formulacija je u obliku praška. Komprimovane tablete su čvrsti dozni oblici koji su pripremljeni sabijanjem mešavine u rasutom stanju formulacija koje su prethodno opisane. U različitim primerima izvođenja, tablete će uključivati jedan ili više agenasa za poboljšavanje ukusa. U drugim primerima izvođenja, tablete će uključivati film koji okružuje krajnju komprimovanu tabletu. U nekim primerima izvođenja, film obloga može da obezbedi odloženo oslobađanje terapijskog agensa iz formulacije. U drugim primerima izvođenja, film obloga pomaže u pridržavanju pacijenata (npr. Opadry<®>obloga ili šećerna obloga). Film obloge uključujući Opadry<®>su tipično u opsegu od oko 1% do oko 3% težine tablete. U nekim primerima izvođenja, čvrsti dozni oblici, npr. tablete, šumeće tablete, i kapsule, pripremaju se mešanjem čestica terapijskog agensa sa jednim ili više farmaceutskih ekscipijenasa kako bi se formirala kompozicija mešavine u rasutom stanju. Mešavina u rasutom stanju se lako deli na podjednako efikasne jedinične dozne oblike, kao što su tablete, pilule, i kapsule. U nekim primerima izvođenja, pojedinačne jedinične doze uključuju film obloge. Ove formulacije se proizvode pomoću konvencionalnih tehnika formulacije.

[0153] U sledećem aspektu, dozni oblici uključuju mikroinkapsulirane formulacije. U nekim primerima izvođenja, jedan ili više drugih kompatibilnih materijala su prisutni u materijalu za mikroinkapsuliranje. Primeri materijala uključuju, ali nisu ograničeni na, pH modifikatore, olakšivače erozije, agense protiv penjenja, antioksidanse, agense za poboljšavanje ukusa, i materijale nosače kao što su bajnderi, agensi za suspendovanje, agensi za dezintegrisanje, agensi za punjenje, surfaktanti, solubilizatori, stabilizatori, lubrikanti, agensi za vlaženje, i razblaživači. Primeri korisnih materijala za mikroinkapsuliranje uključuju, ali nisu ograničeni na, etre hidroksipropil celuloze (HPC) kao što su Klucel<®>ili Nisso HPC, nisko-supstituisane etre hidroksipropil celuloze (L-HPC), etre hidroksipropil metil celuloze (HPMC) kao što su Seppifilm-LC, Pharmacoat<®>, Metolose SR, Methocel<®>-E, Opadry YS, PrimaFlo, Benecel MP824, i Benecel MP843, metilcelulozne polimere kao što su Methocel<®>-A, hidroksipropilmetilceluloza acetat stearat Aqoat (HF-LS, HF-LG, HF-MS) i Metolose<®>, etilceluloze (EC) i njihove smeše kao što su E461, Ethocel<®>, Aqualon<®>-EC, Surelease<®>, polivinil alkohol (PVA) kao što je Opadry AMB, hidroksietilceluloze kao što je Natrosol<®>, karboksimetilceluloze i soli karboksimetilceluloze (CMC) kao što su Aqualon<®>-CMC, kopolimere polivinil alkohola i polietilen glikola kao što je Kollicoat IR<®>, monogliceride (Miverol), trigliceride (KLX), polietilen glikole, modifikovani skrob za hranu, akrilne polimere i smeše akrilnih polimera sa etrima celuloze kao što su Eudragit<®>EPO, Eudragit<®>L30D-55, Eudragit<®>FS 30D, Eudragit<®>L100-55, Eudragit<®>L100, Eudragit<®>S100, Eudragit<®>RD100, Eudragit<®>E100, Eudragit<®>L12.5, Eudragit<®>S12.5, Eudragit<®>NE30D, i Eudragit<®>NE 40D, celuloza acetat ftalat, sepifilmove kao što su smeše HPMC i stearinske kiseline, ciklodekstrine, i smeše ovih materijala.

[0154] Dozni oblici tečne formulacije za oralnu primenu su opciono vodene suspenzije koje su odabrane iz grupe koja uključuje, ali nije ograničena na, farmaceutski prihvatljive vodene oralne disperzije, emulzije, rastvore, eliksire, gelove, i sirupe. Videti, npr. Singh et al., Encyclopedia of Pharmaceutical Technology, 2nd Ed., pp. 754-757 (2002). Pored terapijskog agensa, tečni dozni oblici opciono uključuju aditive, kao što su: (a) agensi za dezintegrisanje; (b) agensi za dispergovanje; (c) agensi za vlaženje; (d) najmanje jedan konzervans, (e) agensi za povećanje viskoziteta, (f) najmanje jedan agens za zaslađivanje, i (g) najmanje jedan agens za poboljšavanje ukusa. U nekim primerima izvođenja, vodene disperzije dodatno uključuju inhibitor formiranja kristala.

[0155] U nekim primerima izvođenja, farmaceutske formulacije koje su ovde opisane su samoemulgujući sistemi za isporuku leka (SEDDS). Emulzije su disperzije jedne nemešljive faze u drugoj, uobičajeno u obliku kapljica. Generalno, emulzije se stvaraju snažnom mehaničkom disperzijom. SEDDS, za razliku od emulzija ili mikroemulzija, spontano formiraju emulzije kada se dodaju u višak vode bez ikakve spoljne mehaničke disperzije ili mešanja. Prednost SEDDS je u tome što je potrebno samo nežno mešanje kako bi se kapljice rasporedile po rastvoru. Dodatno, voda ili vodena faza se opciono dodaju neposredno pre primene, što obezbeđuje stabilnost nestabilnog ili hidrofobnog aktivnog sastojka. Stoga, SEDDS obezbeđuje efikasan sistem isporuke za oralnu i parenteralnu isporuku hidrofobnih aktivnih sastojaka. U nekim primerima izvođenja, SEDDS obezbeđuje poboljšanja u bioraspoloživosti hidrofobnih aktivnih sastojaka. Postupci proizvodnje samoemulgujućih doznih oblika uključuju, ali nisu ograničeni na, na primer, S.A.D. patente br. 5,858,401, 6,667,048, i 6,960,563.

[0156] Bukalne formulacije koje uključuju terapijski agens primenjuju se upotrebom različitih formulacija koje su poznate u struci. Na primer, takve formulacije uključuju, ali nisu ograničene na, S.A.D. patente br. 4,229,447, 4,596,795, 4,755,386, i 5,739,136. Pored toga, bukalni dozni oblici koji su ovde opisani mogu dodatno da uključuju bioerodibilni (hidrolizabilni) polimerni nosač koji takođe služi za pričvršćivanje doznog oblika na bukalnu mukozu. Za bukalnu ili sublingvalnu primenu, kompozicije mogu biti u obliku tableta, lozenga, ili gelova koji su formulisani na konvencionalni način.

[0157] Za intravenske injekcije, terapijski agens je opciono formulisan u vodenim rastvorima, poželjno u fiziološki kompatibilnim puferima kao što su Hankov rastvor, Ringerov rastvor, ili puferisan fiziološki rastvor. Za transmukoznu primenu, u formulaciji se upotrebljavaju penetranti koji odgovaraju barijeri koja se prožima. Za druge parenteralne injekcije, odgovarajuće formulacije uključuju vodene ili nevodene rastvore, poželjno sa fiziološki kompatibilnim puferima ili ekscipijensima.

[0158] Parenteralne injekcije opciono uključuju bolus injekciju ili kontinuiranu infuziju. Formulacije za injekcije su opciono predstavljene u jediničnom doznom obliku, npr. u ampulama ili u kontejnerima sa više doza, sa dodatkom konzervansa. U nekim primerima izvođenja, farmaceutska kompozicija koja je ovde opisana je u obliku koji je pogodan za parenteralnu injekciju kao sterilne suspenzije, rastvori ili emulzije u uljnim ili vodenim vehikulumima, i sadrži agense za formulisanje kao što su agensi za suspendovanje, stabilizovanje i/ili dispergovanje. Farmaceutske formulacije za parenteralnu primenu uključuju vodene rastvore agensa koji modulira aktivnost karotidnog tela u obliku koji je solubilan u vodi. Pored toga, suspenzije agensa koji modulira aktivnost karotidnog tela opciono se pripremaju prema potrebi, npr. uljne suspenzije za injekcije.

[0159] Konvencionalne tehnike formulacije uključuju, npr. jedan ili kombinaciju postupaka: (1) suvo mešanje, (2) direktno komprimovanje, (3) mlevenje, (4) suvu ili nevodenu granulaciju, (5) vlažnu granulaciju, ili (6) fuziju. Drugi postupci uključuju, npr. sušenje raspršivanjem, oblaganje u posudi, granulaciju rastopa, granulaciju, sušenje raspršivanjem ili oblaganje u fluidizovanom sloju (npr. vurster (wurster) obloga), tangencijalno oblaganje, prskanje odozgo, tabletiranje, ekstrudiranje i slično.

[0160] Pogodni nosači za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, ali nisu ograničeni na, akaciju, želatin, koloidni silicijum dioksid, kalcijum glicerofosfat, kalcijum laktat, maltodekstrin, glicerin, magnezijum silikat, natrijum kazeinat, sojin lecitin, natrijum hlorid, trikalcijum fosfat, dikalijum fosfat, natrijum stearoil laktilat, karagenan, monoglicerid, diglicerid, preželatinizovani skrob, hidroksipropilmetilcelulozu, hidroksipropilmetilceluloza acetat stearat, saharozu, mikrokristalnu celulozu, laktozu, manitol i slično.

[0161] Pogodni agensi za punjenje za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, ali nisu ograničeni na, laktozu, kalcijum karbonat, kalcijum fosfat, dvobazni kalcijum fosfat, kalcijum sulfat, mikrokristalnu celulozu, celulozni prašak, dekstrozu, dekstrate, dekstran, skrobove, preželatinizovani skrob, hidroksipropilmetilcelulozu (HPMC), hidroksipropilmetilceluloza ftalat, hidroksipropilmetilceluloza acetat stearat (HPMCAS), saharoza, ksilitol, laktitol, manitol, sorbitol, natrijum hlorid, polietilen glikol, i slično.

[0162] Pogodni dezintegranti za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, ali nisu ograničeni na, prirodni skrob kao što je kukuruzni skrob ili krompirov skrob, preželatinizovani skrob, ili natrijum skrob glikolat, celulozu kao što je metil kristalna celuloza, metilceluloza, mikrokristalna celuloza, kroskarmeloza, ili umreženu celulozu, kao što je umrežena natrijum karboksimetilceluloza, umrežena karboksimetilceluloza, ili umrežena kroskarmeloza, umreženi skrob kao što je natrijum skrob glikolat, umreženi polimer kao što je krospovidon, umreženi polivinilpirolidon, alginat kao što je alginska kiselina, ili so alginske kiseline kao što je natrijum alginat, gumu kao što je agar, guar, semena rogača, karaja, pektin, ili tragakant, natrijum skrob glikolat, bentonit, natrijum lauril sulfat, natrijum lauril sulfat u kombinaciji skroba, i slično.

[0163] Bajnderi daju kohezivnost čvrstim formulacijama oralnih doznih oblika: za formulaciju kapsula punjenih praškom, pomažu u formiranju čepa koji se može puniti u kapsule sa mekom ili tvrdom ljuskom, a za formulaciju tableta, osiguravaju da tableta ostane intaktna posle komprimovanja i pomaže da se obezbedi uniformnost mešavine pre koraka komprimovanja ili punjenja. Materijali pogodni za upotrebu kao bajnderi u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, ali nisu ograničeni na, karboksimetilcelulozu, metilcelulozu, hidroksipropilmetilcelulozu, hidroksipropilmetilceluloza acetat stearat, hidroksietilcelulozu, hidroksipropilcelulozu, etilcelulozu, i mikrokristalnu celulozu, mikrokristalnu dekstrozu, amilozu, magnezijum aluminijum silikat, polisaharidne kiseline, bentonite, želatin, polivinilpirolidon/vinil acetat kopolimer, krospovidon, povidon, skrob, preželatinizovani skrob, tragakant, dekstrin, šećer, kao što su saharoza, glukoza, dekstroza, melasa, manitol, sorbitol, ksilitol, laktoza, prirodnu ili sintetičku gumu kao što je akacija, tragakant, gati guma, sluz od pleve isapola, skrob, polivinilpirolidon, arabinogalaktan ariša, polietilen glikol, voskove, natrijum alginat, i slično.

[0164] Generalno, nivo bajndera od 20-70% upotrebljava se u formulacijama želatinskih kapsula punjenih praškom. Nivo upotrebe bajndera u formulacijama tableta varira s obzirom na to da li je direktno komprimovanje, vlažna granulacija, sabijanje na valjcima, ili upotreba drugih ekscipijenasa kao što su fileri koji sami po sebi mogu da deluju kao umereni bajnder. Nivo bajndera do 70% u formulacijama tableta je uobičajen.

[0165] Pogodni lubrikanti ili glidanti za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, ali nisu ograničeni na, stearinsku kiselinu, kalcijum hidroksid, talk, kukuruzni skrob, natrijum stearil fumerat, soli alkalnih metala i zemnoalkalnih metala, kao što su aluminijum, kalcijum, magnezijum, cink, stearinsku kiselinu, natrijum stearat, magnezijum stearat, cink stearat, voskove, Stearowet<®>, bornu kiselinu, natrijum benzoat, natrijum acetat, natrijum hlorid, leucin, polietilen glikol ili metoksipolietilen glikol kao što je Carbowax<™,>PEG 4000, PEG 5000, PEG 6000, propilen glikol, natrijum oleat, gliceril behenat, gliceril palmitostearat, gliceril benzoat, magnezijum ili natrijum lauril sulfat, i slično.

[0166] Pogodni razblaživači za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, ali nisu ograničeni na, šećere (uključujući laktozu, saharozu, i dekstrozu), polisaharide (uključujući dekstrate i maltodekstrin), poliole (uključujući manitol, ksilitol, i sorbitol), ciklodekstrine, i slično.

[0167] Pogodni agensi za vlaženje za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, na primer, oleinsku kiselinu, gliceril monostearat, sorbitan monooleat, sorbitan monolaurat, trietanolamin oleat, polioksietilen sorbitan monooleat, polioksietilen sorbitan monolaurat, kvaternarna jedinjenja amonijaka (npr. Polyquat 10<®>), natrijum oleat, natrijum lauril sulfat, magnezijum stearat, natrijum dokusat, triacetin, vitamin E TPGS i slično.

[0168] Pogodni surfaktanti za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, na primer, natrijum lauril sulfat, sorbitan monooleat, polioksietilen sorbitan monooleat, polisorbate, polaksomere, žučne soli, gliceril monostearat, kopolimere etilen oksida i propilen oksida. npr. Pluronic<®>(BASF), i slično.

[0169] Pogodni agensi za suspendovanje za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, ali nisu ograničeni na, polivinilpirolidon, npr. polivinilpirolidon K12, polivinilpirolidon K17, polivinilpirolidon K25, ili polivinilpirolidon K30, polietilen glikol, npr. polietilen glikol koji može imati molekulsku težinu od oko 300 do oko 6000, ili oko 3350 do oko 4000, ili oko 7000 do oko 5400, vinil pirolidon/vinil acetat kopolimer (S630), natrijum karboksimetilcelulozu, metilcelulozu, hidroksi-propilmetilcelulozu, polisorbat-80, hidroksietilcelulozu, natrijum alginat, gume, kao što su, npr. tragakant guma i guma akacija, guar guma, ksantane, uključujući ksantan gumu, šećere, celuloze, kao što su, npr. natrijum karboksimetilceluloza, metilceluloza, natrijum karboksimetilceluloza, hidroksipropilmetilceluloza, hidroksietilceluloza, polisorbat-80, natrijum alginat, polietoksilovani sorbitan monolaurat, polietoksilovani sorbitan monolaurat, povidon i slično.

[0170] Pogodni antioksidansi za upotrebu u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani uključuju, na primer, butilisani hidroksitoluen (BHT), natrijum askorbat, i tokoferol.

[0171] Treba imati na umu da postoji značajno preklapanje između aditiva koji se upotrebljavaju u čvrstim doznim oblicima koji su ovde opisani. Stoga, prethodno navedene aditive treba uzeti samo kao primere, a ne kao ograničavajuće tipove aditiva koji mogu biti uključeni u čvrste dozne oblike farmaceutskih kompozicija koje su ovde opisane. Količine takvih aditiva može lako odrediti onaj sa iskustvom u struci, u skladu sa određenim željenim osobinama.

[0172] U različitim primerima izvođenja, čestice terapijskog agensa i jednog ili više ekscipijenasa suvo su pomešane i komprimovane u masu, kao što je tableta, koja ima tvrdoću dovoljnu da obezbedi farmaceutsku kompoziciju koja se suštinski dezintegriše unutar manje od oko 30 minuta, manje od oko 35 minuta, manje od oko 40 minuta, manje od oko 45 minuta, manje od oko 50 minuta, manje od oko 55 minuta, ili manje od oko 60 minuta, posle oralne primene, čime se formulacija oslobađa u gastrointestinalnu tečnost.

[0173] U drugim primerima izvođenja, prašak koji uključuje terapijski agens formulisan je tako da uključuje jedan ili više farmaceutskih ekscipijenasa i aroma. Takav prašak se priprema, na primer, mešanjem terapijskog agensa i opcionih farmaceutskih ekscipijenasa kako bi se formirala kompozicija mešavine u rasutom stanju. Dopunski primeri izvođenja takođe uključuju agens za suspendovanje i/ili agens za vlaženje. Ova mešavina u rasutom stanju je uniformno podeljena na pakovanje sa jediničnim dozama ili pakovanje sa više doza.

[0174] U još nekim primerima izvođenja, takođe se pripremaju šumeći praškovi. Šumeće soli se upotrebljavaju za dispergovanje lekova u vodi za oralnu primenu.

[0175] U nekim primerima izvođenja, farmaceutski dozni oblici formulisani su da obezbede kontrolisano oslobađanje terapijskog agensa. Kontrolisano oslobađanje označava oslobađanje terapijskog agensa iz doznog oblika u koji je inkorporisan u skladu sa željenim profilom tokom dužeg vremenskog perioda. Profili sa kontrolisanim oslobađanjem uključuju, na primer, profile sa neprekidnim oslobađanjem, produženim oslobađanjem, pulsirajućim oslobađanjem, i odloženim oslobađanjem. Za razliku od kompozicija sa trenutnim oslobađanjem, kompozicije sa kontrolisanim oslobađanjem omogućavaju isporuku agensa subjektu tokom dužeg vremenskog perioda u skladu sa unapred određenim profilom. Takve stope oslobađanja mogu da obezbede terapijski efikasne nivoe agensa tokom dužeg vremenskog perioda i na taj način obezbede duži period farmakološkog odgovora uz minimalizovanje neželjenih efekata u poređenju sa konvencionalnim doznim oblicima sa brzim oslobađanjem. Takvi duži periodi odgovora obezbeđuju mnoge inherentne prednosti koje se ne postižu odgovarajućim preparatima kratkog dejstva, sa trenutnim oslobađanjem.

[0176] U nekim primerima izvođenja, čvrsti dozni oblici koji su ovde opisani formulisani su kao enterički obloženi oralni dozni oblici sa odloženim oslobađanjem, tj. kao oralni dozni oblik farmaceutske kompozicije kao što je ovde opisano koja koristi enteričku oblogu da utiče na oslobađanje u tankom ili debelom crevu. U jednom aspektu, enterički obloženi dozni oblik je komprimovana ili oblikovana ili ekstrudirana tableta/kalup (obložena ili neobložena) koja sadrži granule, prašak, pelete, perle ili čestice aktivnog sastojka i/ili druge komponente kompozicije, koje su same po sebi obložene ili neobložene. U jednom aspektu, enterički obloženi oralni dozni oblik je u obliku kapsule koja sadrži pelete, perle ili granule, koje uključuju terapijski agens koje su obložene ili neobložene.

[0177] Bilo koja obloga treba da se nanese do dovoljne debljine tako da se cela obloga ne rastvori u gastrointestinalnim tečnostima pri pH ispod oko 5, ali da se rastvara pri pH oko 5 i višoj. Obloge su tipično odabrane od bilo koje od sledećih: šelak - ova obloga se rastvara u medijumu sa pH >7; akrilni polimeri - primeri pogodnih akrilnih polimera uključuju kopolimere metakrilne kiseline i kopolimere amonijum metakrilata. Eudragit serije E, L, S, RL, RS i NE (Rohm Pharma) su dostupne kao solubilizovane u organskom rastvaraču, vodenoj disperziji, ili suvim praškovima. Eudragit serije RL, NE, i RS su insolubilne u gastrointestinalnom traktu, ali su permeabilne i upotrebljavaju se prvenstveno za ciljano delovanje na kolon. Eudragit serije E se rastvara u želucu. Eudragit serije L, L-30D i S su insolubilne u želucu i rastvaraju se u crevima; polivinil acetat ftalat (PVAP) - PVAP se rastvara u pH >5, i mnogo je manje permeabilan za vodenu paru i želudačne tečnosti. Za nanošenje obloga koriste se konvencionalne tehnike oblaganja kao što su sprej ili oblaganje u posudi. Debljina obloge mora biti dovoljna da obezbedi da oralni dozni oblik ostane intaktan sve dok se ne dostigne željeno mesto za topikalnu isporuku u intestinalnom traktu.

[0178] U drugim primerima izvođenja, formulacije koje su ovde opisane isporučuju se upotrebom pulsirajućeg doznog oblika. Pulsirajući dozni oblik je sposoban da obezbedi jedan ili više impulsa trenutnog oslobađanja u unapred određenim vremenskim tačkama posle kontrolisanog vremena kašnjenja ili na određenim mestima. Primeri pulsirajućih doznih oblika i postupci njihove proizvodnje objavljeni su u S.A.D. patentima br. 5,011,692, 5,017,381, 5,229,135, 5,840,329 i 5,837,284. U jednom primeru izvođenja, pulsirajući dozni oblik uključuje najmanje dve grupe čestica, (tj. multičestično) od kojih svaka sadrži formulaciju koja je ovde opisana. Prva grupa čestica obezbeđuje suštinski trenutnu dozu terapijskog agensa nakon gutanja od strane sisara. Prva grupa čestica može biti bilo bez obloge ili može uključivati oblogu i/ili zaptivač. U jednom aspektu, druga grupa čestica sadrži obložene čestice. Obloga na drugoj grupi čestica obezbeđuje odlaganje od oko 2 sata do oko 7 sati nakon gutanja pre oslobađanja druge doze. Pogodne obloge za farmaceutske kompozicije su ovde opisane ili su poznate u struci.

[0179] U nekim primerima izvođenja, obezbeđene su farmaceutske formulacije koje uključuju čestice terapijskog agensa i najmanje jedan agens za dispergovanje ili agens za suspendovanje za oralnu primenu subjektu. Formulacije mogu biti prašak i/ili granule za suspenziju, a nakon mešanja sa vodom dobija se suštinski uniformna suspenzija.

[0180] U nekim primerima izvođenja, čestice formulisane za kontrolisano oslobađanje su inkorporisane u gel ili flaster ili zavoj za ranu.

[0181] U jednom aspektu, dozni oblici tečne formulacije za oralnu primenu i/ili za topikalnu primenu kao ispiranje su u obliku vodenih suspenzija koje su odabrane iz grupe koja uključuje, ali nije ograničena na, farmaceutski prihvatljive vodene oralne disperzije, emulzije, rastvore, eliksire, gelove, i sirupe. Videti, npr. Singh et al., Encyclopedia of Pharmaceutical Technology, 2nd Ed., pp.754-757 (2002). Pored čestica terapijskog agensa, tečni dozni oblici uključuju aditive, kao što su: (a) agensi za dezintegrisanje; (b) agensi za dispergovanje; (c) agensi za vlaženje; (d) najmanje jedan konzervans, (e) agensi za povećanje viskoziteta, (f) najmanje jedan agens za zaslađivanje, i (g) najmanje jedan agens za poboljšavanje ukusa. U nekim primerima izvođenja, vodene disperzije mogu dodatno da uključuju inhibitor kristala.

[0182] U nekim primerima izvođenja, tečne formulacije takođe uključuju inertne razblaživače koji se uobičajeno upotrebljavaju u struci, kao što su voda ili drugi rastvarači, agensi za solubilizovanje, i emulgatori. Primeri emulgatora su etil alkohol, izopropil alkohol, etil karbonat, etil acetat, benzil alkohol, benzil benzoat, propilenglikol, 1,3-butilenglikol, dimetilformamid, natrijum lauril sulfat, natrijum dokuzat, holesterol, estri holesterola, tauroholna kiselina, fosfatidilholin, ulja, kao što su ulje semena pamuka, ulje kikirikija, ulje kukuruznih klica, maslinovo ulje, ricinusovo ulje, i susamovo ulje, glicerol, tetrahidrofurfuril alkohol, polietilen glikoli, estri masnih kiselina sorbitana, ili smeše ovih supstanci, i slično.

[0183] Štaviše, farmaceutske kompozicije opciono uključuju jedan ili više agenasa za podešavanje pH ili agenasa za puferisanje, uključujući kiseline kao što su sirćetna, borna, limunska, mlečna, fosforna, i hlorovodonična kiselina; baze kao što su natrijum hidroksid, natrijum fosfat, natrijum borat, natrijum citrat, natrijum acetat, natrijum laktat, i trishidroksimetilaminometan; i pufere kao što su citrat/dekstroza, natrijum bikarbonat i amonijum hlorid. Takve kiseline, baze i puferi uključeni su u količini koja je potrebna za održavanje pH kompozicije u prihvatljivom opsegu.

[0184] Pored toga, farmaceutske kompozicije opciono uključuju jednu ili više soli u količini koja je potrebna da se osmolalnost kompozicije dovede u prihvatljiv opseg. Takve soli uključuju one koje imaju katjone natrijuma, kalijuma ili amonijuma i anjone hlorida, citrata, askorbata, borata, fosfata, bikarbonata, sulfata, tiosulfata ili bisulfita; pogodne soli uključuju natrijum hlorid, kalijum hlorid, natrijum tiosulfat, natrijum bisulfit i amonijum sulfat.

[0185] Druge farmaceutske kompozicije opciono uključuju jedan ili više konzervanasa za inhibiranje mikrobne aktivnosti. Pogodni konzervansi uključuju supstance koje sadrže živu kao što su merfen i tiomersal; stabilizovani hlor dioksid; i kvaternarna jedinjenja amonijaka kao što su benzalkonijum hlorid, cetiltrimetilamonijum bromid i cetilpiridinijum hlorid.

[0186] U jednom primeru izvođenja, vodene suspenzije i disperzije koje su ovde opisane ostaju u homogenom stanju, kao što je definisano u USP Pharmacistsꞌ Pharmacopeia (izdanje iz 2005. poglavlje 905), tokom najmanje 4 sata. U jednom primeru izvođenja, vodena suspenzija se resuspenduje u homogenu suspenziju fizičkim mešanjem koje traje manje od 1 minuta. U još jednom primeru izvođenja, nije potrebno mešanje kako bi se održala homogena vodena disperzija.

[0187] Primeri agenasa za dezintegrisanje za upotrebu u vodenim suspenzijama i disperzijama uključuju, ali nisu ograničeni na, skrob, npr. prirodni skrob kao što je kukuruzni skrob ili krompirov skrob, preželatinizovani skrob, ili natrijum skrob glikolat; celulozu kao što je metilkristalna celuloza, metilceluloza, kroskarmeloza, ili umrežena celuloza, kao što je umrežena natrijum karboksimetilceluloza, umrežena karboksimetilceluloza, ili umrežena kroskarmeloza; umreženi skrob kao što je natrijum skrob glikolat; umreženi polimer kao što je krospovidon; umreženi polivinilpirolidon; alginat kao što je alginska kiselina ili so alginske kiseline kao što je natrijum alginat; gumu kao što je agar, guar, semena rogača, karaja, pektin, ili tragakant; natrijum skrob glikolat; bentonit; prirodni sunđer; surfaktant; smolu kao što je katjonsko-izmenjivačka smola; pulpu citrusa; natrijum lauril sulfat; natrijum lauril sulfat u kombinaciji skroba; i slično.

[0188] U nekim primerima izvođenja, agensi za dispergovanje pogodni za vodene suspenzije i disperzije koje su ovde opisane uključuju, na primer, hidrofilne polimere, elektrolite, Tween<®>60 ili 80, PEG, polivinilpirolidon, i agense za dispergovanje na bazi ugljenih hidrata kao što je, na primer, hidroksipropilceluloza i etri hidroksipropil celuloze, hidroksipropil metilceluloza i etri hidroksipropil metilceluloze, natrijum karboksimetilceluloza, metilceluloza, hidroksietilceluloza, hidroksipropilmetil-celuloza ftalat, hidroksipropilmetilceluloza acetat stearat, nekristalna celuloza, magnezijum aluminijum silikat, trietanolamin, polivinil alkohol (PVA), polivinilpirolidon/vinil acetat kopolimer, 4-(1,1,3,3-tetrametilbutil)-fenol polimer sa etilen oksidom i formaldehidom (takođe poznat kao tiloksapol), poloksameri; i poloksamini. U drugim primerima izvođenja, agens za dispergovanje je odabran iz grupe koja ne sadrži jedan od sledećih agenasa: hidrofilni polimeri; elektroliti; Tween<®>60 ili 80; PEG; polivinilpirolidon (PVP); hidroksipropilceluloza i etri hidroksipropil celuloze; hidroksipropil metilceluloza i etri hidroksipropil metilceluloze; natrijum karboksimetilceluloza; metilceluloza; hidroksietilceluloza; hidroksipropilmetilceluloza ftalat; hidroksipropilmetil-celuloza acetat stearat; nekristalna celuloza; magnezijum aluminijum silikat; trietanolamin; polivinil alkohol (PVA); 4-(1,1,3,3-tetrametilbutil)-fenol polimer sa etilen oksidom i formaldehidom; poloksameri; ili poloksamini.

[0189] Agensi za vlaženje pogodni za vodene suspenzije i disperzije koje su ovde opisane uključuju, ali nisu ograničeni na, cetil alkohol, glicerol monostearat, estre polioksietilen sorbitan masnih kiselina (npr. komercijalno dostupni Tween<®>kao što su npr. Tween 20<®>i Tween 80<®>, i polietilen glikole, oleinsku kiselinu, gliceril monostearat, sorbitan monooleat, sorbitan monolaurat, trietanolamin oleat, polioksietilen sorbitan monooleat, polioksietilen sorbitan monolaurat, natrijum oleat, natrijum lauril sulfat, natrijum dokuzat, triacetin, vitamin E TPGS, natrijum tauroholat, simetikon, fosfatidilholin i slično.

[0190] Pogodni konzervansi za vodene suspenzije ili disperzije koje su ovde opisane uključuju, na primer, kalijum sorbat, parabene (npr. metilparaben i propilparaben), benzoevu kiselinu i njene soli, druge estre parahidroksibenzoeve kiseline kao što je butilparaben, alkohole kao što su etil alkohol ili benzil alkohol, fenolna jedinjenja kao što je fenol, ili kvaternarna jedinjenja kao što je benzalkonijum hlorid. Konzervansi, kao što se ovde upotrebljava, inkorporisani su u dozni oblik u koncentraciji dovoljnoj da inhibiraju rast mikroba.

[0191] Pogodni agensi za povećanje viskoziteta za vodene suspenzije ili disperzije koje su ovde opisane uključuju, ali nisu ograničeni na, metil celulozu, ksantan gumu, karboksimetil celulozu, hidroksipropil celulozu, hidroksipropilmetil celulozu, Plasdon<®>S-630, karbomer, polivinil alkohol, alginate, akaciju, hitozane i njihove kombinacije. Koncentracija agensa za povećanje viskoziteta zavisiće od agensa koji je odabran i željenog viskoziteta.

[0192] Primeri agenasa za zaslađivanje koji su pogodni za vodene suspenzije ili disperzije koje su ovde opisane uključuju, na primer, sirup od akacije, acesulfam K, alitam, aspartam, čokoladu, cimet, citruse, kakao, ciklamat, dekstrozu, fruktozu, đumbir, gliciretinat, gliciriza (sladić) sirup, monoamonijum glirizinat (MagnaSweet<®>), malitol, manitol, mentol, neohesperidin DC, neotam, Prosweet<®>prašak, saharin, sorbitol, steviju, sukralozu, saharozu, natrijum saharin, saharin, aspartam, acesulfam kalijum, manitol, sukralozu, tagatozu, taumatin, vanilu, ksilitol, ili bilo koju njihovu kombinaciju.

[0193] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens se priprema kao transdermalni dozni oblik. U nekim primerima izvođenja, transdermalne formulacije koje su ovde opisane uključuju najmanje tri komponente: (1) terapijski agens; (2) pojačivač penetracije; i (3) opcioni vodeni adjuvans. U nekim primerima izvođenja transdermalne formulacije uključuju dopunske komponente kao što su, ali nisu ograničene na, agense za želiranje, baze za kreme i masti, i slično. U nekim primerima izvođenja, transdermalna formulacija predstavljena je kao flaster ili zavoj za ranu. U nekim primerima izvođenja, transdermalna formulacija dodatno uključuje tkani ili netkani materijal za potporu da poboljša apsorpciju i spreči uklanjanje transdermalne formulacije sa kože. U drugim primerima izvođenja, transdermalne formulacije koje su ovde opisane mogu da održavaju zasićeno ili superzasićeno stanje kako bi promovisale difuziju u kožu.

[0194] U jednom aspektu, formulacije pogodne za transdermalnu primenu terapijskog agensa koji je ovde opisan koriste uređaje za transdermalnu isporuku i flastere za transdermalnu isporuku i mogu biti lipofilne emulzije ili puferisani, vodeni rastvori, rastvoreni i/ili dispergovani u polimeru ili adhezivu. U jednom aspektu, takvi flasteri su konstruisani za kontinuiranu, pulsirajuću, ili isporuku na zahtev farmaceutskih agenasa. Pored toga, transdermalna isporuka ovde opisanih terapijskih agenasa može se postići pomoću jontoforetskih flastera i slično. U jednom aspektu, transdermalni flasteri obezbeđuju kontrolisanu isporuku terapijskog agensa. U jednom aspektu, transdermalni uređaji su u obliku zavoja koji sadrži potporni element, rezervoar koji sadrži terapijski agens opciono sa nosačima, opciono barijeru koja kontroliše stopu za isporuku terapijskog agensa na kožu domaćina kontrolisanom i unapred određenom stopom tokom dužeg vremenskog perioda, i sredstva da se uređaj pričvrsti za kožu.

[0195] U dodatnim primerima izvođenja, topikalne formulacije uključuju gel formulacije (npr. gel flastere koji se lepe na kožu). U nekim od takvih primera izvođenja, gel kompozicija uključuje bilo koji polimer koji formira gel nakon kontakta sa telom (npr. gel formulacije koje sadrže hijaluronsku kiselinu, pluronske polimere, polimere na bazi poli(mlečne-ko-glikolne kiseline (PLGA) ili slično). U nekim oblicima kompozicija, formulacija sadrži vosak sa niskom tačkom topljenja kao što je, ali nije ograničeno na, smešu glicerida masnih kiselina, opciono u kombinaciji sa kakao puterom koji se prvo rastopi. Opciono, formulacije dodatno sadrže agens za hidratizovanje.

[0196] U određenim primerima izvođenja, mogu se koristiti sistemi za isporuku farmaceutskih terapijskih agenasa, kao što su, na primer, lipozomi i emulzije. U određenim primerima izvođenja, kompozicije koje su ovde obezbeđene takođe mogu uključivati mukoadhezivni polimer, koji je odabran između, na primer, karboksimetilceluloze, karbomera (polimera akrilne kiseline), poli(metilmetakrilata), poliakrilamida, polikarbofila, akrilna kiselina/butil akrilat kopolimera, natrijum alginata i dekstrana.

[0197] U nekim primerima izvođenja, terapijski agens koji je ovde opisan može se primeniti topikalno i može biti formulisan u različite kompozicije za topikalnu primenu, kao što su rastvori, suspenzije, losioni, gelovi, paste, štapići sa lekom, balzami, kreme ili masti. Takvi farmaceutski terapijski agensi mogu da sadrže solubilizatore, stabilizatore, agense za poboljšanje toničnosti, pufere i konzervanse.

Postupci praćenja lečenja

[0198] U određenim primerima izvođenja, ovde su opisani postupci za procenu efekta lečenja koje je ovde opisano. U nekim slučajevima, lečenje sadrži primenu inhibitora CD30L i opciono, jednog ili više dopunskih terapijskih agenasa. U nekim slučajevima, lečenje se prati pomoću procene količine CD30 kod subjekta pre i/ili posle primene terapijskog agensa, kao što je inhibitor CD30L.

KOMPLETI

[0199] Objava takođe obezbeđuje komplete koji nisu deo pronalaska za koji se zahteva patentna zaštita, za detektovanje prisustva, odsustva, i/ili količine ciljne nukleinske kiseline koja je ovde opisana. U nekim slučajevima, obezbeđeni su kompleti za detektovanje i/ili kvantifikovanje sekvence nukleinske kiseline genotipa koji je ovde objavljen, uključujući polimorfizam na rs911605 sa "A" na poziciji 501. U nekim slučajevima, kompleti obezbeđuju detekciju da li je ili ne subjekt homozigotan ili heterozigotan za "A" alel na rs911605. U nekim slučajevima, obezbeđeni su kompleti za detektovanje i/ili kvantifikovanje sekvence nukleinske kiseline koja sadrži alel na rs1106026. U nekim slučajevima, alel na rs1106026 sadrži "G." U nekim slučajevima, kompleti obezbeđuju detekciju da li je ili ne subjekt homozigotan ili heterozigotan za "G" alel na rs1006026.

[0200] U nekim primerima izvođenja, komplet uključuje reagense za izolaciju nukleinske kiseline ili polipeptida. U nekim primerima izvođenja, komplet uključuje jedan ili više reagenasa za detekciju, na primer probe i/ili prajmere za amplifikaciju, ili hibridizaciju sa, sekvencom ciljne nukleinske kiseline koja je u vezi sa bolešću ili stanjem, kao što je inflamatorna bolest, fibrostenotička bolest, i/ili fibrotička bolest. U nekim primerima izvođenja, komplet uključuje prajmere i probe za kontrolne gene, kao što su housekeeping geni. U nekim primerima izvođenja, prajmeri i probe za kontrolne gene upotrebljavaju se, na primer, u ΔCtproračunima. U nekim primerima izvođenja, probe ili prajmeri su obeleženi enzimskim, fluorescentnim, ili radionuklidnim obeleživačem.

[0201] U nekim slučajevima, kompleti sadrže prajmere za identifikovanje polimorfizma na rs911605. U nekim slučajevima, kompleti sadrže prajmere za identifikovanje polimorfizma na rs1006026. U nekim slučajevima, kompleti sadrže prvi par prajmera za identifikovanje rs911605 i drugi par prajmera za identifikovanje rs1006026. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 1. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 1. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 2. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 2. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 3. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 3. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 4. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 4. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 5. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 5. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 6. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 6. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 7. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 7. u nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza SEQ ID NO: 8. U nekim slučajevima, prajmer sadrži sekvencu od najmanje oko 10 susednih nukleobaza nishodnog komplementa SEQ ID NO: 8.

[0202] U nekim slučajevima, par prajmera sadrži SEQ ID NO: 9 i 10. U nekim slučajevima, prajmer sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 9. U nekim slučajevima, prajmer sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 10. U nekim slučajevima, par prajmera sadrži SEQ ID NO: 11 i 12. U nekim slučajevima, prajmer sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 11. U nekim slučajevima, prajmer sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 12.

[0203] U nekim slučajevima, kompleti koji su ovde opisani sadrže probu. U nekim slučajevima, proba hibridizuje sa polinukleotidnom sekvencom koja sadrži alel na rs911605. U nekim slučajevima, alel na rs911605 je "A" alel. U nekim slučajevima, proba hibridizuje sa polinukleotidnom sekvencom koja sadrži alel na rs1006026. U nekim slučajevima, alel na rs1006026 je "G" alel. U nekim slučajevima, proba sadrži SEQ ID NO: 13. U nekim slučajevima, proba sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 13. U nekim slučajevima, proba sadrži SEQ ID NO: 14. U nekim slučajevima, proba sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 14. U nekim slučajevima, proba sadrži SEQ ID NO: 15. U nekim slučajevima, proba sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 15. U nekim slučajevima, proba sadrži SEQ ID NO: 16. U nekim slučajevima, proba sadrži najmanje oko 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ili 99% identičnosti sekvence sa SEQ ID NO: 16.

[0204] Kompleti koji su ovde opisani mogu se upotrebljavati za identifikovanje određenog genotipa. U nekim slučajevima, kompleti se upotrebljavaju za amplifikaciju materijala nukleinske kiseline koji sadrži ili se sumnja da sadrži sekvencu ciljne nukleinske kiseline rs911605A genotipa. U nekim slučajevima, kompleti se upotrebljavaju za amplifikaciju materijala nukleinske kiseline koji sadrži ili se sumnja da sadrži sekvencu ciljne nukleinske kiseline rs1006026G genotipa. U nekim slučajevima, kompleti se upotrebljavaju za amplifikaciju materijala nukleinske kiseline koji sadrži ili se sumnja da sadrži sekvencu ciljne nukleinske kiseline rs911605A genotipa i ciljne nukleinske kiseline rs1006026G genotipa.

[0205] U nekim primerima izvođenja, kompleti uključuju nosač, pakovanje, ili kontejner koji je podeljen u kompartmente tako da primi jedan ili više kontejnera kao što su bočice, epruvete, i slično, pri čemu svaki od kontejnera uključuje jedan od zasebnih elemenata koji se upotrebljavaju u postupku koji je ovde opisan. Pogodni kontejneri uključuju, na primer, boce, bočice, špriceve, i test epruvete. U drugim primerima izvođenja, kontejneri su formirani od različitih materijala kao što su staklo ili plastika.

[0206] U nekim primerima izvođenja, komplet uključuje jedan ili više dopunskih kontejnera, svaki sa jednim ili više različitih materijala (kao što su reagensi, opciono u koncentrovanom obliku, i/ili uređaji) poželjni sa komercijalnog i korisničkog stanovišta za upotrebu koja je ovde opisana. Neograničavajući primeri takvih materijala uključuju, ali nisu ograničeni na, pufere, prajmere, enzime, razblaživače, filtere, nosače, pakovanje, kontejner, etikete za bočice i/ili epruvete sa spiskom sadržaja i/ili uputstva za upotrebu i umetke pakovanja sa uputstvima za upotrebu. Skup uputstava je opciono uključen. U dodatnom primeru izvođenja, etiketa je na ili povezana sa kontejnerom. U još jednom primeru izvođenja, etiketa je na kontejneru kada su slova, brojevi ili drugi znakovi koji formiraju etiketu prikačeni, otisnuti na, ili urezani na sam kontejner; etiketa je povezana sa kontejnerom kada je prisutna unutar posude ili nosača koji takođe drži kontejner, npr. kao umetak pakovanja. U drugim primerima izvođenja, etiketa se upotrebljava da ukaže da se sadržaj upotrebljava za specifičnu terapijsku primenu. U još jednom primeru izvođenja, etiketa takođe ukazuje na uputstva za upotrebu sadržaja, kao što je u postupcima koji su ovde opisani.

SISTEMI

[0207] Ovde je objavljen, u nekim primerima izvođenja, sistem za detektovanje određenog genotipa kod subjekta. U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam u rs911605. U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam u rs 1006026. U nekim primerima izvođenja, genotip je haplotip koji sadrži polimorfizam u rs911605 i polimorfizam u rs 1006026. Sistem je konfigurisan tako da implementira postupke koji su opisani u ovoj objavi, uključujući, ali ne ograničavajuči se na, detektovanje prisustva određenog genotipa kako bi se odredilo da li je subjekt pogodan za lečenje sa inhibitorom CD30L.

[0208] U nekim primerima izvođenja, ovde je objavljen sistem za detektovanje genotipa kod subjekta, koji sadrži: (a) uređaj za računarsku obradu, opciono povezan sa računarskom mrežom; i (b) softverski modul koga kontroliše uređaj za računarsku obradu za analizu sekvence ciljne nukleinske kiseline genotipa koji sadrži polimorfizam na rs911605 i/ili rs1006026 u uzorku subjekta. U nekim slučajevima, genotip sadrži rs911605A i/ili rs1006026G. U nekim slučajevima, sistem sadrži centralnu jedinicu za obradu (CPU), memoriju (npr. RAM memorija, fleš memorija), elektronsku jedinicu za skladištenje, računarski program, komunikacioni interfejs za komunikaciju sa jednim ili više drugih sistema, i bilo koju njihovu kombinaciju. U nekim slučajevima, sistem je povezan sa računarskom mrežom, na primer, internetom, intranetom, i/ili ekstranetom koji je u komunikaciji sa internetom, telekomunikacionom mrežom, ili mrežom podataka. U nekim primerima izvođenja, sistem sadrži jedinicu za skladištenje za skladištenje podataka i informacija u vezi sa bilo kojim aspektom postupaka koji su opisani u ovoj objavi. Različiti aspekti sistema su proizvod ili artikal ili proizvodnja.

[0209] Jedna odlika računarskog programa uključuje sekvencu instrukcija, izvršnih u CPU uređaja za digitalnu obradu, koje su napisane za obavljanje određenog zadatka. U nekim primerima izvođenja, računarski čitljive instrukcije implementiraju se kao programski moduli, kao što su funkcije, odlike, interfejsi za programiranje aplikacija (API), strukture podataka, i slično, koji obavljaju određene zadatke ili implementiraju određene apstraktne tipove podataka. U nekim primerima izvođenja, računarski program je konfigurisan da (a) primi podatke koji odgovaraju prisustvu ili odsustvu genotipa subjekta; (b) detektuje prisustvo ili odsustvo rs911605 i/ili rs1006026 (npr. rs911605A i/ili rs1006026G) i generiše rezultat koji je indikativan za rizik da subjekt ima, ili će razviti bolest ili poremećaj i/ili reagovati na terapijski agens koji je ovde opisan. U nekim primerima izvođenja, rezultat je bilo pozitivan ili negativan za bolest ili poremećaj i/ili odgovor na terapijski agens. U nekim primerima izvođenja, računarski program je istreniran sa mnoštvom trening uzoraka, i pri čemu je uzorak subjekta nezavisan od mnoštva trening uzoraka. U nekim primerima izvođenja, trening uzorci su poreklom iz referentne populacije pojedinaca sa dijagnozom bolesti ili poremećaja, i referentne populacije pojedinaca koji su normalni (npr. nemaju dijagnozu, i nemaju bolest ili poremećaj). U nekim primerima izvođenja, izračunava se ocena poligenskog rizika (PRS). U nekim primerima izvođenja, PRS sadrži normalizovani ponderisani zbir broja rizičnih alela unutar genotipa koji je prisutan kod subjekta sa težinama proporcionalnim beta vrednosti ili odnosu verovatnoće povezanosti između genotipa sa bolešću ili stanjem. U meri u kojoj je detektovano odsustvo genotipa, sistemi koji su ovde objavljeni dodatno sadrže korišćenje podataka koji odgovaraju prisustvu ili odsustvu surogat genotipa za izračunavanje PRS. U nekim primerima izvođenja, surogat genotip je odabran ukoliko je neravnoteža veze (LD) sa odsustnim genotipom, kao što je određeno pomoću r<2>vrednosti od najmanje oko, 0,8, oko 0,85, oko 0,90, oko 0,95, ili oko 1,0.

[0210] Funkcionalnost računarski čitljivih instrukcija kombinuje se ili distribuira po želji u različitim okruženjima. U nekim slučajevima, računarski program sadrži jednu sekvencu instrukcija ili mnoštvo sekvenci instrukcija. Računarski program se može obezbediti sa jedne lokacije. Računarski program se može obezbediti sa više lokacija. U nekom primeru izvođenja, računarski program uključuje jedan ili više softverskih modula. U nekim primerima izvođenja, računarski program uključuje, delimično ili u celini, jednu ili više veb aplikacija, jednu ili više mobilnih aplikacija, jednu ili više samostalnih (standalone) aplikacija, jednu ili više dodatnih komponenti (plug-in), ekstenzija, dodataka (add-in), ili nadogradnji (add-on) za veb pretraživač, ili njihove kombinacije.

Veb aplikacija

[0211] U nekim primerima izvođenja, računarski program uključuje veb aplikaciju. U svetlu objave koja je ovde obezbeđena, oni sa iskustvom u struci prepoznaće da veb aplikacija može da koristi jedan ili više softverskih okvira i jedan ili više sistema baza podataka. Veb aplikacija se, na primer, kreira na softverskom okviru kao što je Microsoft<®>.NET ili Ruby on Rails (RoR). Veb aplikacija, u nekim slučajevima, koristi jedan ili više sistema baza podataka uključujući, putem neograničavajućih primera, relacione, nerelacione, orijentisane na odlike, asocijativne, i XML sisteme baza podataka. Pogodni relacioni sistemi baza podataka uključuju, putem neograničavajućih primera, Microsoft<®>SQL Server, mySQL<™>, i Oracle<®>. Oni sa iskustvom u struci će takođe prepoznati da veb aplikacija može biti napisana na jednoj ili više verzija jednog ili više jezika. U nekim primerima izvođenja, veb aplikacija je napisana na jednom ili više jezika za označavanje, jezika definicije prezentacije, skriptnih jezika na strani klijenta, jezika za kodiranje na strani servera, jezika upita baze podataka, ili njihovim kombinacijama. U nekim primerima izvođenja, veb aplikacija je napisana u određenoj meri u jeziku za označavanje kao što je Hypertext Markup Language (HTML), Extensible Hypertext Markup Language (XHTML), ili Extensible Markup Language (XML). U nekim primerima izvođenja, veb aplikacija je napisana u određenoj meri u jeziku definicije prezentacije kao što je Cascading Style Sheets (CSS). U nekim primerima izvođenja, veb aplikacija je napisana u određenoj meri u jeziku za skriptovanje na strani klijenta kao što je asinhroni javascript i XML (AJAX), Flash<®>Actionscript, Javascript, ili Silverlight<®>. U nekim primerima izvođenja, veb aplikacija je napisana u određenoj meri u jeziku kodiranja na strani servera kao što je Active Server Pages (ASP), ColdFusion<®>, Perl, Java<™>, JavaServer Pages (JSP), Hypertext Preprocessor (PHP), Python<™>, Ruby, Tel, Smalltalk, WebDNA<®>, ili Groovy. U nekim primerima izvođenja, veb aplikacija je u određenoj meri napisana na jeziku upita baze podataka kao što je Structured Query Language (SQL). Veb aplikacija može da integriše serverske proizvode preduzeća kao što je IBM<®>Lotus Domino<®>. Veb aplikacija može da uključuje element medija plejera. Element medija plejera može da koristi jednu ili više od mnogih odgovarajućih multimedijalnih tehnologija uključujući, putem neograničavajućih primera, Adobe<®>Flash<®>, HTML 5, Apple<®>QuickTime<®>, Microsoft<®>Silverlight<®>, Java<™>, i Unity<®>.

Mobilna aplikacija

[0212] U nekim slučajevima, računarski program uključuje mobilnu aplikaciju koja je obezbeđena mobilnom uređaju za digitalnu obradu. Mobilna aplikacija se može obezbediti mobilnom uređaju za digitalnu obradu u vreme kada se proizvodi. Mobilna aplikacija se može obezbediti mobilnom uređaju za digitalnu obradu preko računarske mreže koja je ovde opisana.

[0213] Mobilna aplikacija je kreirana tehnikama poznatim onima sa iskustvom u struci upotrebom hardvera, jezika, i razvojnih okruženja koja su poznata u struci. Oni sa iskustvom u struci prepoznaće da mobilne aplikacije mogu biti napisane na nekoliko jezika. Odgovarajući programski jezici uključuju, putem neograničavajućih primera, C, C++, C#, Featureive-C, Java<™>, Javascript, Pascal, Feature Pascal, Python<™>, Ruby, VB.NET, WML, i XHTML/HTML sa ili bez CSS, ili njihove kombinacije.

[0214] Pogodna razvojna okruženja mobilnih aplikacija dostupna su iz nekoliko izvora. Komercijalno dostupna razvojna okruženja uključuju, putem neograničavajućih primera, AirplaySDK, alcheMo, Appcelerator<®>, Celsius, Bedrock, Flash Lite, .NET Compact Framework, Rhomobile, i WorkLight Mobile Platform. Druga razvojna okruženja mogu biti dostupna bez troškova uključujući, putem neograničavajućih primera, Lazarus, MobiFlex, MoSync, i Phonegap. Takođe, proizvođači mobilnih uređaja distribuiraju komplete za razvoj softvera uključujući, putem neograničavajućih primera, iPhone i iPad (iOS) SDK, Android<™>SDK, BlackBerry<®>SDK, BREW SDK, Palm<®>OS SDK, Symbian SDK, webOS SDK, i Windows<®>Mobile SDK.

[0215] Oni sa iskustvom u struci prepoznaće da je dostupno nekoliko komercijalnih foruma za distribuciju mobilnih aplikacija, uključujući, putem neograničavajućih primera, Apple<®>App Store, Android<™>Market, BlackBerry<®>App World, App Store za Palm uređaje, App Catalog za webOS, Windows<®>Marketplace za mobilne uređaje, Ovi Store za Nokia<®>uređaje, Samsung<®>Apps, i Nintendo<®>DSi Shop.

Samostalna aplikacija

[0216] U nekim primerima izvođenja, računarski program uključuje samostalnu aplikaciju, koja je program koji se može pokrenuti kao nezavisni računarski proces, a ne kao nadogradnja postojećem procesu, npr. ne kao dodatna komponenta. Oni sa iskustvom u struci prepoznaće da se samostalne aplikacije ponekad kompajliraju. U nekim slučajevima, kompajler je jedan ili više računarskih programa koji transformiše izvorni kod koji je napisan na programskom jeziku u binarni kod odlika kao što je jezik asemblera ili mašinski kod. Pogodni kompajlirani programski jezici uključuju, putem neograničavajućih primera, C, C++, Featureive-C, COBOL, Delphi, Eiffel, Java<™>, Lisp, Python<™>, Visual Basic, i VB NET, ili njihove kombinacije. Kompilacija se često može izvesti, barem delimično, kako bi se kreirao izvršni program. U nekim slučajevima, računarski program uključuje jednu ili više izvršnih kompajliranih aplikacija.

Dodatna komponenta za veb pretraživač

[0217] Računarski program, u nekim aspektima, uključuje dodatnu komponentu za veb pretraživač. U računarstvu, dodatna komponenta je, u nekim slučajevima, jedna ili više softverskih komponenti koje dodaju specifičnu funkcionalnost većoj softverskoj aplikaciji. Proizvođači softverskih aplikacija mogu podržavati dodatne komponente kako bi omogućili programerima iz drugih kompanija da kreiraju mogućnosti koje proširuju aplikaciju, da podržavaju lako dodavanje novih odlika, i da smanjuju veličinu aplikacije. Kada su podržane, dodatne komponente omogućavaju prilagođavanje funkcionalnosti softverske aplikacije. Na primer, dodatne komponente se uobičajeno upotrebljavaju u veb pretraživačima za reprodukciju video zapisa, generisanje interaktivnosti, skeniranje na viruse, i prikazivanje određenih tipova datoteka. Oni sa iskustvom u struci biće upoznati sa nekoliko dodatnih komponenti za veb pretraživač uključujući Adobe<®>Flash<®>Player, Microsoft<®>Silverlight<®>, i Apple<®>QuickTime<®>. Bar sa alatima može da sadrži jednu ili više ekstenzija veb pretraživača, dodataka, ili nadogradnji. Bar sa alatima može da sadrži jedan ili više istraživačkih (explorer) barova, traka sa alatom, ili traka na radnoj površini.

[0218] Imajući u vidu objavu koja je ovde obezbeđena, oni sa iskustvom u struci prepoznaće da je dostupno nekoliko okvira dodatnih komponenti koji omogućavaju razvoj dodatnih komponenti u različitim programskim jezicima, uključujući, putem neograničavajućih primera, C++, Delphi, Java<™>, PHP, Python<™>, i VB.NET, ili njihove kombinacije.

[0219] U nekim primerima izvođenja, veb pretraživači (koji se takođe nazivaju internet pretraživači) su softverske aplikacije, dizajnirane za upotrebu sa uređajima za digitalnu obradu koji su povezani na mrežu, za pronalaženje, predstavljanje, i prelaženje informacionih resursa na svetskoj mreži (world wide web). Odgovarajući veb pretraživači uključuju, putem neograničavajućih primera, Microsoft<®>Internet Explorer<®>, Mozilla<®>Firefox<®>, Google<®>Chrome, Apple<®>Safari<®>, Opera Software<®>Opera<®>, i KDE Konqueror. Veb pretraživač je, u nekim slučajevima, mobilni veb pretraživač. Mobilni veb pretraživači (koji se takođe nazivaju mikropretraživači, mini pretraživači, i bežični pretraživači) mogu biti dizajnirani za upotrebu na mobilnim uređajima za digitalnu obradu uključujući, putem neograničavajućih primera, prenosive računare, tablet računare, netbook računare, subnotebook računare, pametne telefone, muzičke plejere, lične digitalne asistente (PDA), i prenosive sisteme za video igre. Pogodni mobilni veb pretraživači uključuju, putem neograničavajućih primera, Google<®>Android<®>pretraživač, RIM BlackBerry<®>pretraživač, Apple<®>Safari<®>, Palm<®>Blazer, Palm<®>WebOS<®>pretraživač, Mozilla<®>Firefox<®>za mobilne uređaje, Microsoft<®>Internet Explorer<®>Mobile, Amazon<®>Kindle<®>Basic Web, Nokia<®>pretraživač, Opera Software<®>Opera<®>Mobile, i Sony<®>PSP<™>pretraživač.

Softverski moduli

[0220] Medijum, postupak, i sistem koji su ovde objavljeni sadrže jedan ili više softvera, servera, i modula baze podataka, ili upotrebu istih. Imajući u vidu objavu koja je ovde obezbeđena, softverski moduli se mogu kreirati pomoću tehnika koje su poznate onima sa iskustvom u struci upotrebom mašina, softvera, i jezika koji su poznati u struci. Softverski moduli koji su ovde objavljeni mogu se implementirati na mnogo načina. U nekim primerima izvođenja, softverski modul sadrži datoteku, deo koda, programsku odliku, programsku strukturu, ili njihove kombinacije. Softverski modul može da sadrži mnoštvo datoteka, mnoštvo delova koda, mnoštvo programskih odlika, mnoštvo programskih struktura, ili njihove kombinacije. Putem neograničavajućih primera, jedan ili više softverskih modula sadrže veb aplikaciju, mobilnu aplikaciju, i/ili samostalnu aplikaciju. Softverski moduli mogu biti u jednom računarskom programu ili aplikaciji. Softverski moduli mogu biti u više od jednog računarskog programa ili aplikacije. Softverski moduli mogu biti smešteni na jednoj mašini. Softverski moduli mogu biti smešteni na više od jedne mašine. Softverski moduli mogu biti smešteni na računarskim platformama u oblaku. Softverski moduli mogu biti smešteni na jednoj ili više mašina na jednoj lokaciji. Softverski moduli mogu biti smešteni na jednoj ili više mašina na više od jedne lokacije.

Baze podataka

[0221] Medijum, postupak, i sistem koji su ovde objavljeni sadrže jednu ili više baza podataka, ili upotrebu istih. Imajući u vidu objavu koja je ovde obezbeđena, oni sa iskustvom u struci prepoznaće da su mnoge baze podataka pogodne za skladištenje i pronalaženje geološkog profila, aktivnosti operatera, podelu interesa, i/ili kontakt informacije vlasnika autorskih prava. Pogodne baze podataka uključuju, putem neograničavajućih primera, relacione baze podataka, nerelacione baze podataka, baze podataka orijentisane na odlike, baze podataka o odlikama, baze podataka modela entitet-relacija, asocijativne baze podataka, i XML baze podataka. U nekim primerima izvođenja, baza podataka je bazirana na internetu. U nekim primerima izvođenja, baza podataka je bazirana na vebu. U nekim primerima izvođenja, baza podataka je bazirana na računarstvu u oblaku. Baza podataka može biti bazirana na jednom ili više lokalnih računarskih uređaja za skladištenje.

Prenos podataka

[0222] Tema koja je ovde opisana, uključujući postupke za detektovanje određenog genotipa, konfigurisana je da se izvodi u jednom ili više objekata na jednoj ili više lokacija. Lokacije objekata nisu ograničene zemljom i uključuju bilo koju zemlju ili teritoriju. U nekim slučajevima, jedan ili više koraka izvode se u drugoj zemlji od sledećeg koraka iz postupka. U nekim slučajevima, jedan ili više koraka za dobijanje uzorka izvode se u drugoj zemlji od jednog ili više koraka za detektovanje prisustva ili odsustva određenog genotipa iz uzorka. U nekim primerima izvođenja, jedan ili više koraka iz postupka koji uključuju računarski sistem izvode se u drugoj zemlji od sledećeg koraka iz postupaka koji su ovde obezbeđeni. U nekim primerima izvođenja, obrada podataka i analize izvode se u drugoj zemlji ili lokaciji od jednog ili više koraka iz postupaka koji su ovde opisani. U nekim primerima izvođenja, jedan ili više artikala, proizvoda, ili podataka prenosi se iz jednog ili više objekata u jedan ili više različitih objekata radi analize ili dodatne analize. Artikal uključuje, ali nije ograničen na, jednu ili više komponenti koje su dobijene od subjekta, npr. obrađeni ćelijski materijal. Obrađeni ćelijski materijal uključuje, ali nije ograničen na, cDNA koja je reverzno transkribovana iz RNK, amplifikovanu RNK, amplifikovanu cDNA, sekvenciranu DNK, izolovanu i/ili prečišćenu RNK, izolovanu i/ili prečišćenu DNK, i izolovani i/ili prečišćeni polipeptid. Podaci uključuju, ali nisu ograničeni na, informacije u vezi sa genotipom subjekta, količinom CD30, i bilo kojim podacima koji su dobijeni postupcima koji su ovde objavljeni. U nekim primerima izvođenja postupaka i sistema koji su ovde opisani, analiza se izvodi i sledeći korak prenosa podataka će sprovesti ili preneti rezultate analize.

[0223] U nekim primerima izvođenja, bilo koji korak iz bilo kog postupka koji je ovde opisan izvodi se pomoću softverskog programa ili modula na računaru. U dopunskim ili dodatnim primerima izvođenja, podaci iz bilo kog koraka iz bilo kog postupka koji je ovde opisan prenose se u i iz objekata u kom se nalaze unutar iste ili različitih zemalja, uključujući analizu koja je obavljena u jednom objektu na određenoj lokaciji i podatke koji se šalju na drugu lokaciju ili direktno pojedincu u istoj ili drugoj zemlji. U dopunskim ili dodatnim primerima izvođenja, podaci iz bilo kog koraka iz bilo kog postupka koji je ovde opisan prenose se u i/ili se primaju iz objekta koji se nalazi unutar iste ili različitih zemalja, uključujući analizu unetih podataka, kao što je genetički ili obrađeni ćelijski materijal, koja se obavlja u jednom objektu na određenoj lokaciji i odgovarajući podaci se prenose na drugu lokaciju, ili direktno pojedincu, kao što su podaci koji se odnose na dijagnozu, prognozu, odgovor na terapiju, ili slično, na istoj ili drugoj lokaciji ili zemlji.

DEFINICIJE

[0224] U sledećem opisu, izneti su određeni specifični detalji kako bi se obezbedilo temeljno razumevanje različitih primera izvođenja. Međutim, onaj sa iskustvom u struci razumeće da se obezbeđeni primeri izvođenja mogu praktikovati bez ovih detalja. Osim ukoliko kontekst ne zahteva drugačije, u celoj specifikaciji i patentnim zahtevima koji slede, reč "sadrži" i njene varijacije, kao što su "sadržati" i "koji sadrži" treba tumačiti u otvorenom, inkluzivnom smislu, to jest kao "koji uključuje, ali nije ograničen na". Kao što se upotrebljava u ovoj specifikaciji i priloženim patentnim zahtevima, oblici jednine neodređenih i određenih članova uključuju reference množine osim ukoliko sadržaj jasno ne nalaže drugačije. Takođe treba napomenuti da se termin "ili" generalno koristi u svom smislu uključujući "i/ili" osim ukoliko sadržaj jasno ne nalaže drugačije. Dodatno, naslovi koji su ovde obezbeđeni su samo radi pogodnosti i ne tumače obim ili značenje primera izvođenja za koje se zahteva patentna zaštita.

[0225] Kao što se ovde upotrebljava, termini "homologna", "homologija", ili "procenat homologije" kada se ovde upotrebljavaju za opisivanje amino-kiselinske sekvence ili sekvence nukleinske kiseline, u odnosu na referentnu sekvencu, mogu se odrediti upotrebom formule koju su opisali Karlin i Altschul (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 2264-2268, 1990, modifikovano kao u Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877, 1993). Takva formula je inkorporisana u osnovne programe alata za pretragu lokalnog poravnanja (BLAST) od Altschul et al. (J Mol Biol. 1990 Oct 5;215(3):403-10; Nucleic Acids Res. 1997 Sep 1;25(17):3389-402). Procenat homologije sekvenci može se odrediti upotrebom najnovije verzije BLAST, počevši od datuma podnošenja ove prijave. Procenat identičnosti sekvenci može se odrediti upotrebom najnovije verzije BLAST, počevši od datuma podnošenja ove prijave.

[0226] Termini "povećano", ili "povećanje" ovde se upotrebljavaju generalno da znače povećanje za statički značajan iznos. U nekim primerima izvođenja, termini "povećano", ili "povećanje", znače povećanje od najmanje 10% u poređenju sa referentnim nivoom, na primer povećanje od najmanje oko 10%, najmanje oko 20%, ili najmanje oko 30%, ili najmanje oko 40%, ili najmanje oko 50%, ili najmanje oko 60%, ili najmanje oko 70%, ili najmanje oko 80%, ili najmanje oko 90% ili do i uključujući povećanje od 100% ili bilo koje povećanje između 10-100% u poređenju sa referentnim nivoom, standardom, ili kontrolom. Drugi primeri "povećanja" uključuju najmanje 2-struko, najmanje 5-struko, najmanje 10-struko, najmanje 20-struko, najmanje 50-struko, najmanje 100-struko, najmanje 1000-struko ili veće povećanje u poređenju sa referentnim nivoom.

[0227] Termini "smanjeno", ili "smanjenje" ovde se upotrebljavaju generalno da znače smanjenje za statistički značajan iznos. U nekim primerima izvođenja, "smanjeno", ili "smanjenje", znače redukciju za najmanje 10% u poređenju sa referentnim nivoom, na primer smanjenje za najmanje oko 20%, ili najmanje oko 30%, ili najmanje oko 40%, ili najmanje oko 50%, ili najmanje oko 60%, ili najmanje oko 70%, ili najmanje oko 80%, ili najmanje oko 90% ili do i uključujući smanjenje od 100% (npr. odsutan nivo ili nedetektabilan nivo u poređenju sa referentnim nivoom), ili bilo koje smanjenje između 10-100% u poređenju sa referentnim nivoom. U kontekstu markera ili simptoma, pod ovim terminima se podrazumeva statistički značajno smanjenje tog nivoa. Smanjenje može biti, na primer, najmanje 10%, najmanje 20%, najmanje 30%, najmanje 40% ili više, i poželjno je do nivoa koji je prihvaćen kao unutar opsega normale za pojedinca bez date bolesti.

[0228] Termin "subjekt" obuhvata sisare. Neograničavajući primeri sisara uključuju, bilo kog člana klase sisara: ljude, ne-humane primate kao što su šimpanze, i druge vrste bezrepih majmuna i repatih majmuna; životinje sa farme kao što su goveda, konji, ovce, koze, svinje; domaće životinje kao što su zečevi, psi, i mačke; laboratorijske životinje uključujući glodare, kao što su pacovi, miševi i zamorci, i slično. U jednom aspektu, sisar je čovek. Termin "životinja" kao što se ovde upotrebljava sadrži ljudska bića i ne-humane životinje. U jednom primeru izvođenja, "ne-humana životinja" je sisar, na primer glodar kao što je pacov ili miš. U nekim slučajevima, humani subjekt je "pacijent", što kao što se ovde upotrebljava, označava subjekta kome se može dijagnostikovati bolest ili stanje koje je ovde objavljeno.

[0229] Termin "gen", kao što se ovde upotrebljava, označava segment nukleinske kiseline koji kodira pojedinačni protein ili RNK (koji se takođe označava kao "kodirajuća sekvenca" ili "kodirajući region"), opciono zajedno sa povezanim regulatornim regionom kao što je promotor, operator, terminator i slično, koji mogu biti locirani uzvodno ili nizvodno od kodirajuće sekvence. "Genski lokus" koji se ovde pominje je određena lokacija unutar gena.

[0230] Termin, "genotip" kao što je ovde objavljeno, označava hemijsku kompoziciju polinukleotidnih sekvenci unutar genoma pojedinca. U nekim primerima izvođenja, genotip sadrži polimorfizam jednog nukleotida (SNP) ili i indel (inserciju ili deleciju, nukleobaze unutar polinukleotidne sekvence). U nekim primerima izvođenja, genotip za određeni SNP, ili indel je heterozigotan. U nekim primerima izvođenja, genotip za određeni SNP, ili indel je homozigotan.

[0231] "Polimorfizam" kao što se ovde upotrebljava označava aberaciju (npr. mutacija), ili (npr. insercija/delecija), sekvence nukleinske kiseline, u poređenju sa sekvencom nukleinske kiseline u referentnoj populaciji. U nekim primerima izvođenja, polimorfizam je uobičajen u referentnoj populaciji. U nekim primerima izvođenja, polimorfizam je redak u referentnoj populaciji.

[0232] Termin, "polimorfizam jednog nukleotida" ili SNP kao što je ovde objavljeno, označava varijaciju jednog nukleotida unutar polinukleotidne sekvence. Termin ne treba tumačiti kao ograničavanje učestalosti SNP u datoj populaciji. Varijacija SNP može imati više različitih oblika. Jedan oblik SNP se označava kao "alel". SNP može biti mono-, bi-, tri-, ili tetra-alelni. SNP može uključivati "rizični alel", "zaštitni alel", ili nijedno od toga. Kao primer, referentna polinukleotidna sekvenca glasi u 5ꞌ do 3ꞌ smeru TTACG. SNP na poziciji 3 alela (od 5ꞌ-TTACG-3ꞌ) sadrži supstituciju referentnog alela, "A" nereferentnim alelom, "C". Ukoliko je "C" alel SNP povezan sa povećanom verovatnoćom razvoja fenotipske osobine, alel se smatra "rizičnim" alelom. Međutim, isti SNP takođe može da sadrži supstituciju "A" alela "T" alelom na poziciji 3. Ukoliko je T alel SNP povezan sa smanjenom verovatnoćom razvoja fenotipske osobine, alel se smatra "zaštitnim" alelom. SNP se može uočiti kod najmanje 1% date populacije. U nekim primerima izvođenja, SNP je predstavljen "rs" brojem, koji označava pristupanje referentnog klastera još jednog podnetog SNP u bazi podataka o bioinformatici dbSNP počevši od datuma podnošenja ove patentne prijave, a koji je uključen unutar sekvence koja sadrži ukupan broj nukleobaza od 5' do 3'. U nekim primerima izvođenja, SNP može biti dodatno definisan pozicijom SNP (nukleobaze) unutar dbSNP sekvence, čija pozicija je uvek u odnosu na 5' dužinu sekvence plus 1. U nekim primerima izvođenja, SNP je definisan kao genomska pozicija u referentnom genomu i promena alela (npr. hromozom 7 na poziciji 234,123,567 od G alela do A alela u referentnoj građi humanog genoma 37). U nekim primerima izvođenja, SNV je definisan kao genomska pozicija identifikovana sa [zagradama] ili "N" u sekvenci koja je ovde objavljena.

[0233] Termin, "indel", kao što je ovde objavljeno, označava inserciju, ili deleciju, nukleobaze unutar polinukleotidne sekvence. Indel može biti mono-, bi-, tri-, ili tetra-alelni. Indel može biti "rizičan", "zaštitni" ili nijedno od toga, za fenotipsku osobinu. U nekim primerima izvođenja, indel je predstavljen "rs" brojem, koji označava pristupanje referentnog klastera još jednog podnetog indela u bazi podataka o bioinformatici dbSNP počevši od datuma podnošenja ove patentne prijave, a koji je uključen unutar sekvence koja sadrži ukupan broj nukleobaza od 5' do 3'. U nekim primerima izvođenja, indel može biti dodatno definisan pozicijom insercije/delecije unutar dbSNP sekvence, čija pozicija je uvek u odnosu na 5' dužinu sekvence plus 1. U nekim primerima izvođenja, indel je definisan kao genomska pozicija u referentnom genomu i promena alela. U nekim primerima izvođenja, indel je definisan kao genomska pozicija identifikovana sa [zagradama] ili "N" u sekvenci koja je ovde objavljena.

[0234] "Haplotip" kao što se ovde upotrebljava, obuhvata grupu jednog ili više genotipova, koji imaju tendenciju da se zajedno nasleđuju u referentnoj populaciji. U nekim primerima izvođenja, haplotip sadrži određeni polimorfizam ili drugi polimofizam u neravnoteži veze (LD) sa njim.

[0235] "Neravnoteža veze", ili "LD", kao što se ovde upotrebljava označava nenasumično povezivanje alela ili indela u različitim genskim lokusima u datoj populaciji. LD se može definisati pomoću D' vrednosti koja korespondira razlici između učestalosti uočenih i očekivanih alela ili indela u populaciji (D=Pab-PaPb), koja je skalirana teorijskom maksimalnom vrednošću D. LD se može definisati pomoću r<2>vrednosti koja korespondira razlici između učestalosti uočene i očekivane jedinice rizika u populaciji (D=Pab-PaPb), koja je skalirana pojedinačnim učestalostima različitih lokusa. U nekim primerima izvođenja, D' sadrži najmanje 0,20. U nekim primerima izvođenja, r<2>sadrži najmanje 0,70.

[0236] Termin "medicinski refraktorno", ili "refraktorno", kao što se ovde upotrebljava, označava neuspeh standardnog lečenja da indukuje remisiju bolesti. U nekim primerima izvođenja, bolest sadrži inflamatornu bolest koja je ovde objavljena. Neograničavajući primer refraktorne inflamatorne bolesti uključuje refraktornu Kronovu bolest, i refraktorni ulcerozni kolitis (npr. mrUC). Neograničavajući primeri standardnog lečenja uključuju glukokortikosteroide, anti-TNF terapiju, anti-a4-b7 terapiju (vedolizumab), anti-IL12p40 terapiju (ustekinumab), talidomid, i citoksin.

[0237] Termini "leči", "lečiti" i "lečenje" kao što se ovde upotrebljavaju označavaju ublažavanje ili ukidanje poremećaja, bolesti, ili stanja; ili jednog ili više simptoma povezanih sa poremećajem, bolešću, ili stanjem; ili ublažavanje ili iskorenjivanje samog uzroka poremećaja, bolesti, ili stanja. Poželjni efekti lečenja mogu uključivati, ali nisu ograničeni na, sprečavanje pojavljivanja ili ponovnog pojavljivanja bolesti, ublažavanje simptoma, smanjenje bilo kakvih direktnih ili indirektnih patoloških posledica bolesti, sprečavanje metastaza, smanjenje stope progresije bolesti, poboljšanje ili ublažavanje stanja bolesti i remisije ili poboljšanu prognozu.

[0238] Termin "terapijski efikasna količina" označava količinu jedinjenja ili terapije koja je, kada se primenjuje, dovoljna da spreči razvoj, ili u određenoj meri ublaži, jedan ili više simptoma poremećaja, bolesti, ili stanja bolesti; ili količinu jedinjenja koja je dovoljna da izazove biološki ili medicinski odgovor ćelije, tkiva, sistema, životinje, ili čoveka koju traži istraživač, veterinar, lekar, ili kliničar.

[0239] Termin "farmaceutski prihvatljiv nosač", "farmaceutski prihvatljiv ekscipijens", "fiziološki prihvatljiv nosač", ili "fiziološki prihvatljiv ekscipijens" označava farmaceutski prihvatljiv materijal, kompoziciju ili vehikulum, kao što je tečni ili čvrsti filer, razblaživač, ekscipijens, rastvarač, ili materijal za inkapsuliranje. Komponenta može biti "farmaceutski prihvatljiva" u smislu da je kompatibilna sa drugim sastojcima farmaceutske formulacije. Takođe može biti pogodna za upotrebu u kontaktu sa tkivom ili organom ljudi i životinja bez prekomerne toksičnosti, iritacije, alergijskog odgovora, imunogenosti, ili drugih problema ili komplikacija, srazmerno razumnom odnosu koristi i rizika. Videti, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st Edition; Lippincott Williams & Wilkins: Philadelphia, PA, 2005; Handbook of Pharmaceutical Excipients, 5th Edition; Rowe et al., Eds., The Pharmaceutical Press and the American Pharmaceutical Association: 2005; i Handbook of Pharmaceutical Additives, 3rd Edition; Ash and Ash Eds., Gower Publishing Company: 2007; Pharmaceutical Preformulation and Formulation, Gibson Ed., CRC Press LLC: Boca Raton, FL, 2004).

[0240] Termin "farmaceutska kompozicija" označava smešu jedinjenja koje je ovde objavljeno sa drugim hemijskim komponentama, kao što su razblaživači ili nosači.

Farmaceutska kompozicija može olakšati primenu jedinjenja organizmu. U struci postoji više tehnika primene jedinjenja, uključujući, ali ne ograničavajući se na, oralnu, injekcionu, aerosolnu, parenteralnu, i topikalnu primenu.

[0241] Termin "inflamatorna bolest creva" ili "IBD" kao što se ovde upotrebljava označava gastrointestinalne poremećaje gastrointestinalnog trakta. Neograničavajući primeri IBD uključuju Kronovu bolest (CD), ulcerozni kolitis (UC), neodređeni kolitis (IC), mikroskopski kolitis, diverzioni kolitis, Bečetovu (Behcetꞌs) bolest, i druge neubedljive oblike IBD. U nekim slučajevima, IBD sadrži fibrozu, fibrostenozu, strikturirajuću i/ili penetrirajuću bolest, opstruktivnu bolest, ili bolest koja je refraktorna (npr. mrUC, refraktorna CD), perianalnu CD, ili druge komplikovane oblike IBD.

[0242] Neograničavajući primeri "uzorka" uključuju bilo koji materijal iz kojeg se mogu dobiti nukleinske kiseline i/ili proteini. Kao neograničavajući primeri, ovo uključuje punu krv, perifernu krv, plazmu, serum, pljuvačku, sluz, urin, spermu, limfu, fekalni ekstrakt, bris sa unutrašnje strane obraza, ćelije ili drugu telesnu tečnost ili tkivo, uključujući, ali ne ograničavajući se na tkivo koje je dobijeno putem hirurške biopsije ili hirurške resekcije. U različitim primerima izvođenja, uzorak sadrži tkivo iz debelog i/ili tankog creva. U različitim primerima izvođenja, uzorak debelog creva sadrži cekum, kolon (uzlazni kolon, poprečni kolon, silazni kolon, i sigmoidni kolon), rektum i/ili analni kanal. U nekim primerima izvođenja, uzorak tankog creva sadrži duodenum, jejunum, i/ili ileum. Alternativno, uzorak se može dobiti putem primarnih ćelijskih linija poreklom od pacijenta, ili arhiviranih uzoraka pacijenata u obliku sačuvanih uzoraka, ili sveže zamrznutih uzoraka.

[0243] Termin "biomarker" sadrži merljivu supstancu kod subjekta čije prisustvo, nivo, ili aktivnost ukazuje na fenomen (npr. fenotipska ekspresija ili aktivnost; bolest, stanje, podklinički fenotip bolesti ili stanja, infekcija; ili stimulansi životne sredine). U nekim primerima izvođenja, biomarker sadrži gen, proizvod ekspresije gena (npr. RNK ili protein), ili ćelijski tip (npr. imunska ćelija).

[0244] Termin "serološki marker", kao što se ovde upotrebljava, označava tip biomarkera koji predstavlja antigenski odgovor kod subjekta koji se može detektovati u serumu subjekta. U nekim primerima izvođenja, serološki sadrži antitelo prema različitim gljivičnim antigenima. Neograničavajući primeri serološkog markera sadrže anti-Saccharomyces cerevisiae antitelo (ASCA), anti-neutrofilno citoplazmatsko antitelo (ANCA), protein C porina spoljašnje membrane E. coli (OmpC), anti-Malassezia restricta antitelo, anti-Malassezia pachydermatis antitelo, anti-Malassezia furfur antitelo, anti-Malassezia globasa antitelo, anti-Cladosporium albicans antitelo, anti-laminaribioza antitelo (ALCA), anti-hitobiozid antitelo (ACCA), antilaminarin antitelo, anti-hitin antitelo, pANCA antitelo, anti-I2 antitelo, i anti-Cbir1 flagelin antitelo.

[0245] Termin "mikrobiom" i njegova varijacija koji se ovde upotrebljavaju opisuju populacije i interakcije bakterija, gljivica, protista, i virusa koji usklađuju gastrointestinalni trakt subjekta. Subjekt koji je oboleo od IBD može imati prisustvo, odsustvo, višak, umanjenje, ili njihovu kombinaciju mikrobioma u poređenju sa zdravim subjektom.

[0246] Termini "izostanak odgovora", ili "gubitak odgovora", kao što se ovde upotrebljavaju, označavaju fenomene u kojima subjekt ili pacijent ne reaguje na indukciju standardnog lečenja (npr. anti-TNF terapija), ili doživljava gubitak odgovora na standardno lečenje posle uspešne indukcije terapije. Indukcija standardnog lečenja može uključivati 1, 2, 3, 4, ili 5 doza terapije. "Uspešna indukcija" terapije može biti inicijalni terapijski odgovor ili korist koju obezbeđuje terapija. Gubitak odgovora može biti okarakterisan ponovnom pojavom simptoma koji su u skladu sa rasplamsavanjem posle uspešne introdukcije terapije.

PRIMERI

[0247] Dok su poželjni primeri izvođenja prikazani i opisani ovde, onima sa iskustvom u struci biće očigledno da su takvi primeri izvođenja obezbeđeni samo kao primer. Onima sa iskustvom u struci će se sada javiti brojne varijacije, promene, i supstitucije bez odstupanja od obezbeđenih primera izvođenja. Trebalo bi razumeti da se mogu koristiti različite alternative ovde opisanim primerima izvođenja.

Primer 1: Identifikacija genotipova

[0248] Pacijenti sa IBD regrutovani su u Centrima za inflamatorne bolesti creva Cedars-Sinai. Dijagnoza svakog pacijenta zasnovana je na standardnim endoskopskim, histološkim, i radiografskim odlikama. Uzorci krvi su sakupljeni od pacijenata u vreme pristupanja studiji. Uzorci krvi su takođe sakupljeni od pojedinaca bez IBD. Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na svim sakupljenim uzorcima. Markeri/SNP su isključeni iz analize ukoliko: postoje odstupanja u Hardi-Vajnberg (Hardy-Weinberg) ravnoteži u kontrolama sa p ≤0,0001; postoje nedostaci SNP >2% i učestalost minornog alela <1%. Srodni pojedinci (Pi-hat ocene >0,25) identifikovani su upotrebom identiteta po poreklu i isključeni iz analize (PLINK). Mešavina je upotrebljena za generisanje procena proporcija etničke pripadnosti za sve pojedince. Samo subjekti koji su pomoću mešavine identifikovani kao pripadnici bele rase (proporcija <0,75) uključeni su u analizu.

[0249] Izvedene su višestruke povezane studije slučaj-kontrola u velikoj razmeri koje su uključivale inflamatornu bolest creva (IBD), Kronovu bolest (CD), i ulcerozni kolitis (UC) u populacijama pripadnika bele rase upotrebom markera polimorfizma jednog nukleotida (SNP) zasnovanih na genu. Studije su uključivale pacijente koji su regrutovani u Centrima za inflamatorne bolesti creva Cedars-Sinai sa inflamatornom bolešću creva (IBD) (n=9360), Kronovom bolešću (CD) (n=7965), i ulceroznim kolitisom (UC) (n=6864). Studije su takođe uključivale GWAS podatke izvedene iz Međunarodnog genetičkog konzorcijuma za inflamatorne bolesti creva (IIBDGC). Upotrebljena je granična P vrednost od 0,05. Tabela 2 obezbeđuje SNP identifikovane kao povezane sa IBD. Tabela 1 obezbeđuje SNP identifikovane kao povezane sa CD. Tabela 3 obezbeđuje SNP identifikovane kao povezane sa UC. Pokazano je da je "A" alel unutar rs911605 (rs911605A) SNP značajno povezan sa IBD (P=5,21 x 10<-4>), Kronovom bolešću (CD) (rP=1,70 x 10<-3>), i ulceroznim kolitisom (UC) (P=4,54 x 10<-2>). Pokazano je da je rs1006026G umereno povezan sa IBD (P=6,67 x 10<-1>), CD (P=4,43 x 10<-1>), i UC (P=8,92 x 10<-1>).

Primer 2: eQTL u resekciji tankog creva identifikuje polimorfizme kao funkcionalno povezane sa ekspresijom CD30L proteina

[0250] 85 pacijenata pripadnika bele rase sa Kronovom bolešću (CD) koji su bili podvrgnuti resekciji tankog creva regrutovano je u Centrima za inflamatorne bolesti creva Cedars-Sinai. Dijagnoza svakog pacijenta zasnovana je na standardnim endoskopskim, histološkim, i radiografskim odlikama. Pacijenti su odabrani na osnovu dijagnoze CD i time što su podvrgnuti resekciji tankog creva zbog bolesti. Uzorci biopsije tkiva sakupljeni su iz neuključenih preseka tkiva koji su uzeti iz resekcije tankog creva posle operacije. Na ovim uzorcima je izvršeno mapiranje ekspresije lokusa kvantitativne osobine (eQTL). Tabela 13 obezbeđuje polimorfizme povezane sa smanjenjem CD30. Tabela 14 obezbeđuje polimorfizme povezane sa povećanjem CD30. Negativne beta vrednosti predstavljaju smanjenje ekspresije gena, dok pozitivne beta vrednosti predstavljaju povećanje ekspresije gena, u uzorcima tkiva. Uočene su pozitivne beta vrednosti za polimorfizme rs911605 (SEQ ID NO: 2) i rs1006026 (SEQ ID NO: 4). SL 1 pokazuje da je rizični alel, "A" unutar rs911605 (P=4,41 x 10<-4>) - rs911605A (X=1) ili rs911605AA (X=2) povezan sa povećanom ekspresijom TNFSF8 iRNK u tankom crevu upotrebom cis-eQTL, u poređenju sa pojedincima koji ne nose rizični alel, ili "nerizični, GG" (X=0). Bez da bude vezano bilo kakvom posebnom teorijom, ovo je veoma sugestivno da je ekspresija ovih polimorfizama povezana sa povećanom ekspresijom CD30L proteina kod subjekata sa CD. Povećani CD30L se definiše kao 2 standardne devijacije u odnosu na nivo srednje vrednosti CD30L u kontroli koja je izvedena od neobolelog pojedinca ili populacije neobolelih pojedinaca.

Primer 3. Ekspresija polimorfizma utiče na ekspresiju i funkciju CD30L i proinflamatornih citokina u perifernoj krvi

[0251] Pacijenti sa Kronovom bolešću (CD) regrutovani su u Centrima za inflamatorne bolesti creva Cedars-Sinai. Dijagnoza svakog pacijenta zasnovana je na standardnim endoskopskim, histološkim, i radiografskim odlikama. Pacijenti su odabrani na osnovu dijagnoze CD. Uzorci periferne krvi su sakupljeni od pacijenata u vreme pristupanja studiji. Mononukleusne ćelije periferne krvi (PBMC) su izolovane na standardnim Ficoll-Hypaque gradijentima gustine. PBMC su stimulisane in vitro pod uslovima koji bi povećali ekspresiju bilo CD30L (forbol 12-miristat 13-acetat (PMA) i jonomicin) ili CD30 (anti-CD3 antitelo i anti-CD28 antitelo) tokom 72 sata. Supernatanti su sakupljeni za analizu citokina na 6, 24 i 72 sata, a ćelije su sakupljene posle 72 sata i analizirane na ekspresiju CD30 i CD30L pomoću protočne citometrije. I T i B ćelije su eksprimirale povećane nivoe CD30L kod subjekata koji su nosili (bilo homozigotni ili heterozigotni) rizični polimorfizam za rs911605 (rs911605A ili rs911605AA) (SL. 2). Analiza TNF-alfa, interleukina 6 (IL-6), i interferona-gama (IFN-gama) u supernatantima iz kultura pokazala je da ćelije pacijenata koji su nosili polimorfizam za rs911605 proizvode povišene nivoe proinflamatornih citokina nakon stimulacije (SL.3-5). Bez da bude vezano bilo kakvom posebnom teorijom, ovi nalazi su veoma sugestivni da je genotip koji sadrži rs911605A ili rs911605AA u korelaciji sa povećanjem ekspresije CD30L i proinflamatornih citokina koji su uključeni u patogenezu IBD.

Primer 4. Nivoi solubilnog CD30 (sCD30) koreliraju sa ekspresijom CD30L na T i B ćelijama kod subjekta koji nosi genotipove rafinisanog odabira pacijenata

[0252] PBMC su stimulisane in vitro pod uslovima koji bi povećali ekspresiju bilo CD30L (forbol 12-miristat 13-acetat (PMA) i jonomicin) ili CD30 (anti-CD3 antitelo i anti-CD28 antitelo) tokom 72 sata. Supernatanti su sakupljeni za analizu sCD30 na 72 sata, a ćelije su sakupljene posle 72 sata i analizirane na ekspresiju CD30 i CD30L pomoću protočne citometrije. Analiza je pokazala da nivoi sCD30 koreliraju sa ekspresijom CD30L na T i B ćelijama u genetički rafinisanoj populaciji pacijenata (rs911605AA+ rs1006026GG). SL. 6A pokazuje da nivoi sCD30 koreliraju sa ekspresijom CD30L na T ćelijama u genetički rafinisanoj populaciji pacijenata definisanoj sa rs911605AA rs1006026AA/GA/GG. SL. 6B pokazuje da nivoi sCD30 koreliraju sa ekspresijom CD30L na T ćelijama u genetički rafinisanoj populaciji pacijenata definisanoj sa rs911605AA rs1006026GA/GG. SL. 6C pokazuje da nivoi sCD30 koreliraju sa ekspresijom CD30L na T ćelijama u genetički rafinisanoj populaciji pacijenata definisanoj sa rs911605AA rs1006026GG. SL. 7A pokazuje da nivoi sCD30 koreliraju sa ekspresijom CD30L na B ćelijama u genetički rafinisanoj populaciji pacijenata definisanoj sa rs911605AA rs1006026AA/GA/GG. SL. 7B prikazuje da nivoi sCD30 koreliraju sa ekspresijom CD30L na B ćelijama u genetički rafinisanoj populaciji pacijenata definisanoj sa rs911605AA rs1006026GA/GG. SL. 7C pokazuje da nivoi sCD30 koreliraju sa ekspresijom CD30L na B ćelijama u genetički rafinisanoj populaciji pacijenata definisanoj sa rs911605AA rs1006026GG.

Primer 5. Polimorfizmi povezani sa podkliničkim fenotipovima inflamatorne bolesti creva (Cedars-Sinai kohorta)

[0253] Pacijenti sa IBD regrutovani su u Centrima za inflamatorne bolesti creva Cedars-Sinai. Dijagnoza svakog pacijenta zasnovana je na standardnim endoskopskim, histološkim, i radiografskim odlikama. Uzorci krvi su sakupljeni od pacijenata u vreme pristupanja studiji. Uzorci krvi su takođe sakupljeni od pojedinaca bez IBD. Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na svim sakupljenim uzorcima. Markeri/SNP su isključeni iz analize ukoliko: postoje odstupanja u Hardi-Vajnberg ravnoteži u kontrolama sa p ≤0,0001; postoje nedostaci SNP >2% i učestalost minornog alela <1%. Srodni pojedinci (Pihat ocene >0,25) identifikovani su upotrebom identiteta po poreklu i isključeni iz analize (PLINK). Mešavina je upotrebljena za generisanje procena proporcija etničke pripadnosti za sve pojedince. Samo subjekti koji su pomoću mešavine identifikovani kao pripadnici bele rase (proporcija <0,75) uključeni su u analizu.

Polimorfizmi povezani sa serologijama

[0254] Uzorci seruma su dobijeni od svih pacijenata i testirani na prisustvo antitela prema Saccharomyces cerevisiae (ASCA), i Cbir1 flagelinu. Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata. Rezultati su pokazali, obezbeđeni u Tabeli 6, polimorfizme koji su značajno povezani sa prisustvom ASCA kod pacijenata sa dijagnozom ulceroznog kolitisa. Rezultati su takođe pokazali, kao što je obezbeđeno u Tabeli 7, polimorfizme koji su značajno povezani sa prisustvom anti-Cbir1 antitela kod pacijenata sa dijagnozom ulceroznog kolitisa.

Polimorfizmi povezani sa gubitkom odgovora na anti-TNF terapiju

[0255] Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata sa UC (n=99) koji pate od sekundarnog gubitka odgovora na anti-TNF terapiju. Sekundarni izostanak odgovora, ili "gubitak odgovora", označava gubitak odgovora tokom održavanja posle uspešne indukcije anti-TNF terapije. Tabela 4 obezbeđuje listu polimorfizama koji su povezani sa gubitkom odgovora na anti-TNF terapiju kod pacijenata sa UC.

Polimorfizmi povezani sa primarnim sklerozirajućim holangitisom

[0256] Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata sa UC (n=115) koji pate od primarnog sklerozirajućeg holangitisa (PSC). Tabela 5 obezbeđuje listu polimorfizama koji su povezani sa PSC kod pacijenata sa UC.

Polimorfizmi povezani sa vremenom do prve operacije i vremenom do druge operacije

[0257] Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata sa CD (n=1091) koji su bili podvrgnuti prvoj operaciji, uobičajeno resekciji tankog creva. Genotipizacija je obavljena na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata sa UC (n=181) koji su bili podvrgnuti drugoj operaciji. Prva operacija se definiše kao vreme između prve dijagnoze CD i vremena prve hirurške intervencije za lečenje CD. Druga operacija se definiše kao vreme između prve operacije i druge hirurške intervencije za lečenje CD. Tabela 8 i 9 obezbeđuju listu polimorfizama koji su povezani sa bržim vremenom do prve operacije, odnosno bržim vremenom do druge operacije, kod pacijenata sa CD.

Polimorfizmi povezani sa defektima Panetovih ćelija

[0258] Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata sa CD sa D0 (n=297), D1234 (n=297), D2 (n=297), D3 (n-297), i D5 (n=155), fenotipovima Panetovih ćelija kao što su odredili VanDussen et al., Genetic Variants Synthesize to Produce Paneth Cell Phenotypes That Define Subtypes of Crohn’s Disease, Gastroenterology 2014;146:200-209. Tabela 10 obezbeđuje listu polimorfizama koji su povezani sa prethodno navedenim fenotipovima Panetovih ćelija kod pacijenata sa CD.

Polimorfizmi povezani sa razvojem tromba

[0259] Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata sa UC (n=116) sa formiranjem tromba. Tabela 11 obezbeđuje listu polimorfizama koji su povezani sa prethodno navedenim formiranjem tromba kod pacijenata sa UC.

Polimorfizmi povezani sa strikturirajućom i/ili penetrirajućom bolešću

[0260] Genotipizacija je obavljena u medicinskom centru Cedars-Sinai upotrebom Illumina čipova celog genoma prema protokolu proizvođača (Illumina, San Diego, CA) na uzorcima krvi koji su sakupljeni od pacijenata sa CD sa nestrikturirajućom i nepenetrirajućom bolešću u ileumu tankog creva (n=2906), strikturirajućom i penetrirajućom bolešću u ileumu (n=6002), i strikturirajućom i penetrirajućom bolešću u ileokolonskom regionu creva (n=6064). Tabela 12 obezbeđuje listu polimorfizama koji su povezani sa strikturirajućom i/ili penetrirajućom bolešću kod pacijenata sa CD.

Primer 6. Genotipizacija pomoću kvantitativne lančane reakcije polimeraze (qPCR)

[0261] Prisustvo ili odsustvo genotipa rs911605A kod subjekta vrši se pomoću kvantitativne lančane reakcije polimeraze (qPCR). Opciono, prisustvo ili odsustvo rs1006026G kod subjekta vrši se pomoću qPCR. Subjekt ima opstruktivnu Kronovu bolest.

[0262] Genomska DNK je prečišćena iz uzorka seruma subjekta. DNK je alikvotirana u bunarić PCR ploče ili PCR tubu. Pripremljena je smeša koja sadrži prajmere (SEQ ID NO: 9, 10), i opciono, (SEQ ID NO: 11, 12) i TaqMan master smešu, i alikvot smeše je dodat u PCR bunarić ili tubu koja sadrži DNK. qPCR je izvedena na sledeći način: 95 °C tokom 10 minuta; 40 ciklusa od 95 °C u trajanju od .15 sekundi i 60 °C u trajanju od 1 minuta; i držano je na 4 °C. Reporter boja je FAM, a boja za gašenje je MGB-NFQ.

[0263] Procenjen je broj ciklusa koji je potreban kako bi se dostigao prag ciklusa (Ct), gde Ct vrednosti ispod 30 ciklusa ukazuju na prisustvo genotipa. Subjekt ima Ct vrednost ispod 30 ciklusa.

Primer 7. Lečenje sa anti-CD30L antitelom

[0264] Subjekt koji ima prisustvo genotipa rs911605A iz Primera 3 leči se sa anti-CD30L antitelom koje je odabrano od: antitela koje sadrži varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 136 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 137, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 138 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 139, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 140 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 141, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 142 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 143, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 144 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 145, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 146 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 147 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 148 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 149 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 150 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 151 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 152 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, i varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 153 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154.

Primer 8. Kvantifikacija solubilnog CD30

[0265] Količina solubilnog CD30 određena je iz uzorka seruma od subjekta. Test koristi antitelo specifično za humani CD30 koje je obloženo na ploči sa 96 bunarića. Standardi i uzorak od subjekta su pipetirani u bunariće i CD30 prisutan u uzorku je vezan za bunariće pomoću imobilizovanog antitela. Bunarići su isprani i dodato je biotinilisano anti-humano CD30 antitelo. Posle ispiranja nevezanog biotinilisanog antitela, HRP-konjugovani streptavidin je pipetiran u bunariće. Bunarići su ponovo isprani, dodat je rastvor TMB supstrata u bunariće i boja se razvila proporcionalno količini vezanog CD30. Stop rastvor menja boju iz plave u žutu, a intenzitet boje je izmeren na 450 nm. Količina CD30 u uzorku od subjekta određena je poređenjem sa standardnom krivom. Subjekt se leči ukoliko ima povišen nivo CD30, koji se može definisati sa 2 standardne devijacije iznad srednje vrednosti za kontrolu koja je izvedena od neobolelog pojedinca, ili populacije neobolelih pojedinaca.

Primer 9. Lečenje sa anti-CD30L antitelom

[0266] Subjekt koji ima povišen CD30 leči se sa anti-CD30L antitelom koje je odabrano od: antitela koje sadrži varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 136 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 137, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 138 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 139, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 140 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 141, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 142 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 143, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 144 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 145, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 146 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 147 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 148 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 149 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 150 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 151 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 152 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154, i varijabilni domen HC koji sadrži SEQ ID NO: 153 i varijabilni domen LC koji sadrži SEQ ID NO: 154.

Primer 10. Faza 1A kliničkog ispitivanja

[0267] Faza 1 kliničkog ispitivanja izvedena je kako bi se procenila bezbednost, podnošljivost, farmakokinetika i farmakodinamika anti-CD30L antitela kod subjekata koji imaju rs911605A pozitivnu Kronovu bolest (nosilac "A" na poziciji 501 SEQ ID NO: 1).

[0268] Grupe sa pojedinačnim rastućim dozama (SAD): Subjekti u svakoj grupi (subjekti su grupisani na osnovu prisustva ili odsustva rs911605A genotipa) primaju bilo jednu dozu antitela ili placebo. Primeri doza su 1, 3, 10, 30, 100, 300, 600 i 800 mg antitela. Bezbednosno praćenje i procene PK vršene su u unapred određeno vreme. Na osnovu procene PK podataka, i ukoliko se smatra da se antitelo dobro podnosi, dolazi do povećanja doze, bilo unutar istih grupa ili druge grupe zdravih subjekata. Povećanje doze se nastavlja sve dok se ne postigne maksimalna doza osim ukoliko se ne dostigne unapred definisana maksimalna izloženost ili ne postanu očigledni nepodnošljivi neželjeni efekti.

[0269] Grupe sa višestrukim rastućim dozama (MAD): Subjekti u svakoj grupi (subjekti su grupisani na osnovu prisustva ili odsustva rs911605A genotipa) primaju višestruke doze antitela ili placeba. Nivoi doze i intervali doziranja odabrani su kao oni za koje se predviđa da će biti bezbedni na osnovu SAD podataka. Nivoi doze i učestalost doziranja odabrani su tako da se postignu terapijski nivoi leka u sistemskoj cirkulaciji koji se održavaju u stabilnom stanju tokom nekoliko dana kako bi se omogućilo praćenje odgovarajućih bezbednosnih parametara. Uzorci su sakupljeni i analizirani kako bi se odredili profili PK.

[0270] Kriterijumi za uključivanje: Subjekti koji nemaju potencijal za rađanje, starosti između 18 i 55 godina koji imaju opstruktivnu Kronovu bolest. Subjekti ženskog pola koji nemaju potencijal za rađanje moraju ispuniti najmanje jedan od sledećih kriterijuma: (1) postignut postmenopauzalni status, definisan kao: prestanak redovnih menstruacija tokom najmanje 12 uzastopnih meseci bez alternativnog patološkog ili fiziološkog uzroka; i imaju nivo folikulostimulirajućeg hormona (FSH) u serumu unutar laboratorijskog referentnog opsega za žene u postmenopauzi; (2) podvrgnute su dokumentovanoj histerektomiji i/ili bilateralnoj ooforektomiji; (3) imaju medicinski potvrđenu insuficijenciju jajnika. Smatraće se da svi ostali subjekti ženskog pola (uključujući žene sa podvezanim jajovodima i žene koje nemaju dokumentovanu histerektomiju, bilateralnu ooforektomiju i/ili insuficijenciju jajnika) imaju potencijal za rađanje. Indeks telesne mase (BMI) od 17,5 do 30,5 kg/m2; i ukupna telesna težina >50 kg (110 lbs). Dokaz o lično potpisanom i datiranom dokumentu o informisanoj saglasnosti koji pokazuje da je subjekt (ili zakonski zastupnik) informisan o svim relevantnim aspektima studije.

[0271] Odabrane su dve grupe subjekata: subjekti koji imaju rs911605A genotip, i subjekti kojima nedostaje genotip.

[0272] Kriterijumi za isključivanje: Dokazi ili istorija klinički značajnih hematoloških, bubrežnih, endokrinih, pulmonarnih, gastrointestinalnih, kardiovaskularnih, hepatičkih, psihijatrijskih, neuroloških, ili alergijskih bolesti (uključujući alergije na lekove, ali isključujući nelečene, asimptomatske, sezonske alergije u vreme doziranja) ili tada Kronova bolest. Subjekti sa istorijom ili trenutno pozitivnim rezultatima za bilo koji od sledećih seroloških testova: površinski antigen hepatitisa B (HBsAg), antitela jezgra hepatitisa B (HBcAb), anti-hepatitis C antitelo (HCV Ab) ili virus humane imunodeficijencije (HIV). Subjekti sa istorijom alergijske ili anafilaktičke reakcije na terapijski lek. Lečenje sa ispitivanim lekom unutar 30 dana (ili kako je određeno lokalnim zahtevima, šta god je duže) ili 5 poluživota ili 180 dana za biološke lekove koji prethode prvoj dozi medikamenta iz studije. Trudnice; žene koje doje; i žene sa potencijalom za rađanje.

[0273] Mere primarnog ishoda: Učestalost neželjenih događaja (AE) koji se odnose na ograničavanje doze ili netoleranciju na lečenje [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Učestalost, težina i uzročna veza hitnih AE koji su povezani sa lečenjem (TEAE) i povlačenja usled hitnih neželjenih događaja koji su povezani sa lečenjem [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Učestalost i magnituda abnormalnih laboratorijskih nalaza [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Abnormalne i klinički značajne promene u vitalnim znacima, parametrima krvnog pritiska (BP) i elektrokardiograma (EKG) [Vremenski okvir: 12 nedelja].

Mere sekundarnog ishoda:

[0274] Pojedinačna rastuća doza: Maksimalna uočena koncentracija u plazmi (Cmax) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Vreme do dostizanja maksimalne uočene koncentracije u plazmi (Tmax) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula do 14 dana (AUC14 dana) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula ekstrapolirano do beskonačnog vremena (AUCinf) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula do vremena poslednje koncentracije koja se može kvantifikovati (AUClast) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Dozom normalizovana maksimalna koncentracija u plazmi (Cmax[dn]) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Dozom normalizovana površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula ekstrapolirano do beskonačnog vremena (AUCinf[dn]) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Dozom normalizovana površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula do vremena poslednje koncentracije koja se može kvantifikovati (AUClast[dn]) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Poluživot raspada u plazmi (t1/2) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Poluživot raspada u plazmi je izmereno vreme u kome se koncentracija u plazmi smanji za polovinu. Pojedinačna rastuća doza: Srednja vrednost vremena boravka (MRT) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Pojedinačna rastuća doza: Zapremina distribucije u stabilnom stanju (Vss) [Vremenski okvir: 6 nedelja]. Zapremina distribucije se definiše kao teorijska zapremina u kojoj bi ukupna količina leka trebalo da bude uniformno distribuirana kako bi se proizvela željena koncentracija leka u krvi. Zapremina distribucije u stabilnom stanju (Vss) je prividna zapremina distribucije u stabilnom stanju. Pojedinačna rastuća doza: sistemski klirens (CL) [Vremenski okvir: 6 nedelja]. CL je kvantitativna mera stope kojom se lekovita supstanca uklanja iz tela.

[0275] Višestruka rastuća doza Prva doza: Maksimalna uočena koncentracija u plazmi (Cmax) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Prva doza: Vreme do dostizanja maksimalne uočene koncentracije u plazmi (Tmax) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Prva doza: Površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula do vremena τ, interval doziranja gde je τ=2 nedelje (AUCτ) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Prva doza: Dozom normalizovana maksimalna koncentracija u plazmi (Cmax[dn]) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Prva doza: Dozom normalizovana površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula do vremena τ, interval doziranja gde je τ=2 nedelje (AUCτ [dn]) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Poluživot raspada u plazmi (t1/2) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Poluživot raspada u plazmi je izmereno vreme u kome se koncentracija u plazmi smanji za polovinu. Višestruka rastuća doza Prva doza: Srednja vrednost vremena boravka (MRT) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Prividna zapremina distribucije (Vz/F) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Zapremina distribucije se definiše kao teorijska zapremina u kojoj bi ukupna količina leka trebalo da bude uniformno distribuirana kako bi se proizvela željena koncentracija leka u plazmi. Na prividnu zapreminu distribucije posle oralne doze (Vz/F) utiče apsorbovana frakcija. Višestruka rastuća doza Prva doza: Zapremina distribucije u stabilnom stanju (Vss) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Zapremina distribucije se definiše kao teorijska zapremina u kojoj bi ukupna količina leka trebalo da bude uniformno distribuirana kako bi se proizvela željena koncentracija leka u krvi. Zapremina distribucije u stabilnom stanju (Vss) je prividna zapremina distribucije u stabilnom stanju. Višestruka rastuća doza Prva doza: Prividni oralni klirens (CL/F) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Klirens leka je mera stope kojom se lek metaboliše ili eliminiše normalnim biološkim procesima. Klirens koji je dobijen posle oralne doze (prividni oralni klirens) je pod uticajem frakcije apsorbovane doze. Klirens se procenjuje na osnovu modelovanja populacione farmakokinetike (PK). Klirens leka je kvantitativna mera stope kojom se lekovita supstanca uklanja iz krvi. Višestruka rastuća doza Prva doza: Sistemski klirens (CL) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. CL je kvantitativna mera stope kojom se lekovita supstanca uklanja iz tela.

[0276] Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Maksimalna uočena koncentracija u plazmi (Cmax) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Vreme do dostizanja maksimalne uočene koncentracije u plazmi (Tmax) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula do vremena τ, interval doziranja gde je τ=2 nedelje (AUCτ) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Dozom normalizovana maksimalna koncentracija u plazmi (Cmax[dn]) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Dozom normalizovana površina ispod profila koncentracija u plazmi-vreme od vremena nula do vremena τ, interval doziranja gde je τ=2 nedelje (AUCτ [dn]) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Poluživot raspada u plazmi (t1/2) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Poluživot raspada u plazmi je izmereno vreme u kome se koncentracija u plazmi smanji za polovinu. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Prividna zapremina distribucije (Vz/F) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Zapremina distribucije se definiše kao teorijska zapremina u kojoj bi ukupna količina leka trebalo da bude uniformno distribuirana kako bi se proizvela željena koncentracija leka u plazmi. Na prividnu zapreminu distribucije posle oralne doze (Vz/F) utiče apsorbovana frakcija. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Zapremina distribucije u stabilnom stanju (Vss) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Zapremina distribucije se definiše kao teorijska zapremina u kojoj bi ukupna količina leka trebalo da bude uniformno distribuirana kako bi se proizvela željena koncentracija leka u krvi. Zapremina distribucije u stabilnom stanju (Vss) je prividna zapremina distribucije u stabilnom stanju.

[0277] Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Prividni oralni klirens (CL/F) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Klirens leka je mera stope kojom se lek metaboliše ili eliminiše normalnim biološkim procesima. Klirens koji je dobijen posle oralne doze (prividni oralni klirens) je pod uticajem frakcije apsorbovane doze. Klirens se procenjuje na osnovu modelovanja populacione farmakokinetike (PK). Klirens leka je kvantitativna mera stope kojom se lekovita supstanca uklanja iz krvi. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Sistemski klirens (CL) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. CL je kvantitativna mera stope kojom se lekovita supstanca uklanja iz tela. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Minimalna uočena najniža koncentracija u plazmi (Cmin) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Prosečna koncentracija u stabilnom stanju (Cav) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Uočeni odnos akumulacije (Rac) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Višestruka doza: Fluktuacija od najvišeg do najnižeg nivoa (PTF) [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Višestruka rastuća doza Dodatni parametar: Procena bioraspoloživosti (F) za subkutanu primenu u odgovarajućoj intravenskoj dozi [Vremenski okvir: 12 nedelja]. Imunogenost i za pojedinačnu rastuću dozu i višestruku rastuću dozu: razvoj anti-lek antitela (ADA) [Vremenski okvir: 12 nedelja].

Primer 11: Faza 1B kliničkog ispitivanja

[0278] Otvorena faza 1b kliničkog ispitivanja izvedena je kako bi se procenila efikasnost anti-CD30L antitela na pacijentima koji imaju rs911605A genotip (nosilac "A" na poziciji 501 SEQ ID NO: 1) i opstruktivnu Kronovu bolest.

[0279] Grupe: Kod 10 pacijenata koji su pozitivni na rs911605A primenjeno je antitelo. Kod 5-10 pacijenata koji su negativni na rs911605A primenjeno je antitelo. Pacijenti su praćeni u realnom vremenu. Koristi se centralna priprema za endoskopiju i biopsiju, sa ispitivačima kojima su uskraćene informacije za vremensku tačku lečenja i krajnje tačke.

[0280] Kriterijumi za uključivanje: Odabrane su dve grupe subjekata: subjekti koji imaju rs911605A genotip, i subjekti kojima nedostaje rs911605A genotip.

[0281] Mere primarnog ishoda: Jednostavna endoskopska ocena za Kronovu bolest (SESCD), indeks aktivnosti Kronove bolesti (CDAI), i prijavljeni ishod pacijenata (PRO). Ukoliko grupa pozitivna na rs911605A genotip pokaže smanjenje od 50% u odnosu na početnu vrednost, izvodi se faza 2a kliničkog ispitivanja.

[0282] Kriterijumi za uključivanje: Kriterijumi za ulazak prema PRO: ocena bola u stomaku od 2 ili više i/ili ocena učestalosti stolice od 4 ili više. Primarni ishod bi bio ocena bola od 0 ili 1 i ocena učestalosti stolice 3 ili manje bez pogoršanja u odnosu na početnu vrednost. Kriterijumi za ulazak prema endoskopiji: Ulaze samo SESCD ileuma sa ocenom 4 i 6 ukoliko je zahvaćen kolon. Primarni endoskopski ishod je 40-50% delta srednje vrednosti SESCD.

Primer 12: Faza 2A kliničkog ispitivanja

[0283] Faza 2A kliničkog ispitivanja izvedena je kako bi se procenila efikasnost anti-CD30L antitela na pacijentima koji imaju rs911605A genotip (nosilac "A" na poziciji 501 SEQ ID NO: 1) i opstruktivnu Kronovu bolest.

[0284] Grupe: 40 pacijenata po grupi (antitelo i placebo grupe) lečeni su antitelima ili placebom tokom 12 nedelja. Privremena analiza je izvedena pošto je 20 pacijenata iz svake grupe lečeno sa najvišom dozom kako bi se odredila razlika od 40-50% između placeba i lečene grupe u primarnom ishodu (50% redukcije u odnosu na početnu vrednost u SESCD, CDAI, i PRO).

[0285] Mere primarnog ishoda: Jednostavna endoskopska ocena za Kronovu bolest (SESCD), indeks aktivnosti Kronove bolesti (CDAI), i prijavljeni ishod pacijenata (PRO).

[0286] Kriterijumi za uključivanje: Kriterijumi za ulazak prema PRO: ocena bola u stomaku od 2 ili više i/ili ocena učestalosti stolice od 4 ili više. Primarni ishod bi bio ocena bola od 0 ili 1 i ocena učestalosti stolice 3 ili manje bez pogoršanja u odnosu na početnu vrednost. Kriterijumi za ulazak prema endoskopiji: Ulaze samo SESCD ileuma sa ocenom 4 i 6 ukoliko je zahvaćen kolon. Primarni endoskopski ishod je 40-50% delta srednje vrednosti SESCD.

[0287] Dok su ovde pokazani i opisani poželjni primeri izvođenja, onima sa iskustvom u struci biće očigledno da su takvi primeri izvođenja obezbeđeni samo kao primer. Mnogobrojne varijacije, promene, i supstitucije će se javiti onima sa iskustvom u struci. Različite alternative ovde opisanim primerima izvođenja mogu se koristiti u praksi objave ove prijave.

Claims (15)

Patentni zahtevi

1. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u postupku lečenja najmanje jedne od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti, pomoću inhibiranja ili redukovanja aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda kod subjekta, naznačeno time što postupak sadrži:

a) odabir subjekta koji ima, ili se sumnja da ima, najmanje jednu od inflamatorne bolesti, fibrostenotičke bolesti, i fibrotičke bolesti;

b) identifikovanje subjekta kao nosioca genotipa koji sadrži polimorfizam na najmanje jednom od rs911605 i rs1006026; i

c) primenu subjektu efikasne količine inhibitora CD30 liganda kako bi se inhibirala ili redukovala aktivnost ili ekspresija CD30 liganda kod subjekta.

2. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 1, naznačeno time što polimorfizam na rs911605 sadrži "A" alel na nukleobazi 501 unutar rs911605 (SEQ ID NO: 1), i pri čemu polimorfizam na rs 1006026 sadrži "G" alel na nukleobazi 501 unutar rs1006026 (SEQ ID NO: 3).

3. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 1, naznačeno time što genotip sadrži polimorfizam na rs911605 i polimorfizam na rs 1006026.

4. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 3, naznačeno time što polimorfizam na rs911605 sadrži "A" alel na nukleobazi 501 unutar rs911605 (SEQ ID NO: 1), i polimorfizam na rs1006026 sadrži "G" alel na nukleobazi 501 unutar rs1006026 (SEQ ID NO: 3).

5. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 1, naznačeno time što identifikovanje subjekta kao nosioca genotipa sadrži:

a) dovođenje u kontakt uzorka koji je dobijen od subjekta koji sadrži genetički materijal sa sekvencom nukleinske kiseline sposobnom da hibridizuje sa najmanje 10 susednih nukleobaza između nukleobaze 400 i nukleobaze 600 najmanje jedne od SEQ ID NO: 1 i SEQ ID NO: 3 pod standardnim uslovima hibridizacije, pri čemu najmanje 10 susednih nukleobaza sadrži nukleobazu na poziciji 501 iz najmanje jedne od SEQ ID NO: 1 i SEQ ID NO: 3; i

b) detektovanje vezivanja između sekvence nukleinske kiseline i najmanje 10 susednih nukleobaza između nukleobaze 400 i nukleobaze 600 najmanje jedne od SEQ ID NO: 1 i SEQ ID NO: 2.

6. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 1, naznačeno time što je inhibitor CD30 liganda antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na CD30 ligand ili CD30, ili njihovu kombinaciju.

7. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 1, naznačeno time što dodatno sadrži primenu subjektu efikasne količine inhibitora člana 15 superporodice liganda faktora nekroze tumora (TL1A).

8. Inhibitor CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 7, naznačeno time što je inhibitor TL1A antagonist antitelo ili antigen-vezujući fragment koji ciljno deluje na TL1A.

9. Inhibitor aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda za upotrebu u postupku lečenja umerene do teške Kronove bolesti kod subjekta, naznačeno time što postupak sadrži:

(a) identifikovanje subjekta sa Kronovom bolešću (CD) kao nosioca genotipa koji sadrži polimorfizam najmanje jedan od rs911605 i rs 1006026, genotipa koji je povezan sa rizikom da će subjekt razviti umereni do teški oblik CD koja sadrži opstruktivnu CD; i

(b) primenu subjektu terapijski efikasne količine inhibitora aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda.

10. Inhibitor aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 9, naznačeno time što dodatno sadrži određivanje da li subjekt ima ili će razviti najmanje jedno od izostanka odgovora ili gubitka odgovora na standardno lečenje.

11. Inhibitor aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 10, naznačeno time što je standardno lečenje odabrano iz grupe koja se sastoji od glukokortikosteroida, anti-TNF terapije, anti-a4-b7 terapije (vedolizumab), anti-IL12p40 terapije (ustekinumab), talidomida, i citoksina.

12. Inhibitor aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 9, naznačeno time što polimorfizam na rs911605 sadrži "A" alel na nukleobazi 501 unutar rs911605 (SEQ ID NO: 1), i pri čemu polimorfizam na rs1006026 sadrži "G" alel na nukleobazi 501 unutar rs1006026 (SEQ ID NO: 3).

13. Inhibitor aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 12, naznačeno time što genotip sadrži polimorfizam na rs911605 i polimorfizam na rs1006026.

14. Inhibitor aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 9, naznačeno time što je inhibitor aktivnosti CD30 liganda antitelo ili antigenvezujući fragment koji ciljno deluje na CD30 ligand ili CD30, ili njihovu kombinaciju.

15. Inhibitor aktivnosti ili ekspresije CD30 liganda za upotrebu u skladu sa patentnim zahtevom 9, naznačeno time što dodatno sadrži primenu subjektu efikasne količine inhibitora člana 15 superporodice liganda faktora nekroze tumora (TL1A).