RU2013113407A - Способы улавливания и секвенирования нуклеиновых кислот - Google Patents
Способы улавливания и секвенирования нуклеиновых кислот Download PDFInfo
- Publication number
- RU2013113407A RU2013113407A RU2013113407/10A RU2013113407A RU2013113407A RU 2013113407 A RU2013113407 A RU 2013113407A RU 2013113407/10 A RU2013113407/10 A RU 2013113407/10A RU 2013113407 A RU2013113407 A RU 2013113407A RU 2013113407 A RU2013113407 A RU 2013113407A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acid
- polymerase
- genomic dna
- solid support
- primer
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract 36
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract 30
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract 30
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract 25
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims abstract 16
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims abstract 12
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract 9
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract 9
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 claims abstract 7
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 claims abstract 7
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims abstract 5
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims abstract 4
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims abstract 3
- 235000021317 phosphate Nutrition 0.000 claims abstract 3
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical group 0.000 claims abstract 3
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims abstract 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims abstract 2
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims abstract 2
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims abstract 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims abstract 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 12
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 claims 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1072—Differential gene expression library synthesis, e.g. subtracted libraries, differential screening
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ улавливания и секвенирования молекулы искомой нуклеиновой кислоты, включающий в себя:(a) приведение твердой подложки в контакт со смесью нуклеиновых кислот, содержащей молекулу искомой нуклеиновой кислоты, в условиях гибридизации, при которых указанная молекула искомой нуклеиновой кислоты образует специфический гибридизационный комплекс с праймером, иммобилизованным на указанной твердой подложке в конфигурации, совместимой с его активностью в качестве праймера;(b) отделение несвязанных нуклеиновых кислот и нуклеиновых кислот, связанных неспецифически, от твердой подложки;(c) приведение твердой подложки в контакт с полимеразой и нуклеотидами в условиях полимеризации; и(d) определение последовательности нуклеиновой кислоты молекулы искомой нуклеиновой кислоты посредством детектирования полимеризации нуклеиновой кислоты от иммобилизованного праймера, осуществляемой указанной полимеразой с использованием молекулы искомой нуклеиновой кислоты в качестве матрицы.2. Способ по п.1, где молекула искомой нуклеиновой кислоты происходит из участка геномной ДНК.3. Способ по п.2, где искомая нуклеиновая кислота содержит весь экзон или его часть.4. Способ по п.1, где молекула искомой нуклеиновой кислоты представляет собой РНК, полимераза представляет собой обратную транскриптазу, а праймер содержит 3'-поли-T-последовательность.5. Способ по п.1, где молекула искомой нуклеиновой кислоты представляет собой ДНК, а полимераза представляет собой ДНК-полимеразу.6. Способ по п.1, где нуклеотиды являются мечеными по их концевым фосфатам.7. Способ по п.6, где полимераза является меченой донором FRET, а нуклеотиды являются ме
Claims (16)
1. Способ улавливания и секвенирования молекулы искомой нуклеиновой кислоты, включающий в себя:
(a) приведение твердой подложки в контакт со смесью нуклеиновых кислот, содержащей молекулу искомой нуклеиновой кислоты, в условиях гибридизации, при которых указанная молекула искомой нуклеиновой кислоты образует специфический гибридизационный комплекс с праймером, иммобилизованным на указанной твердой подложке в конфигурации, совместимой с его активностью в качестве праймера;
(b) отделение несвязанных нуклеиновых кислот и нуклеиновых кислот, связанных неспецифически, от твердой подложки;
(c) приведение твердой подложки в контакт с полимеразой и нуклеотидами в условиях полимеризации; и
(d) определение последовательности нуклеиновой кислоты молекулы искомой нуклеиновой кислоты посредством детектирования полимеризации нуклеиновой кислоты от иммобилизованного праймера, осуществляемой указанной полимеразой с использованием молекулы искомой нуклеиновой кислоты в качестве матрицы.
2. Способ по п.1, где молекула искомой нуклеиновой кислоты происходит из участка геномной ДНК.
3. Способ по п.2, где искомая нуклеиновая кислота содержит весь экзон или его часть.
4. Способ по п.1, где молекула искомой нуклеиновой кислоты представляет собой РНК, полимераза представляет собой обратную транскриптазу, а праймер содержит 3'-поли-T-последовательность.
5. Способ по п.1, где молекула искомой нуклеиновой кислоты представляет собой ДНК, а полимераза представляет собой ДНК-полимеразу.
6. Способ по п.1, где нуклеотиды являются мечеными по их концевым фосфатам.
7. Способ по п.6, где полимераза является меченой донором FRET, а нуклеотиды являются мечеными акцептором FRET.
8. Способ по п.7, где донор FRET представляет собой флуоресцентную наночастицу.
9. Способ определения статуса метилирования фрагмента геномной ДНК, причем указанный способ включает:
(a) иммобилизацию фрагмента геномной ДНК на твердой подложке;
(b) определение последовательности нуклеиновой кислоты иммобилизованного фрагмента геномной ДНК на твердой подложке посредством детектирования полимеризации нуклеиновой кислоты, осуществляемой полимеразой с использованием иммобилизованного фрагмента геномной ДНК в качестве матрицы;
(c) обработку иммобилизованного фрагмента геномной ДНК бисульфитом;
(d) определение последовательности нуклеиновой кислоты иммобилизованного, обработанного бисульфитом, фрагмента геномной ДНК на твердой подложке посредством детектирования полимеризации нуклеиновой кислоты, осуществляемой полимеразой с использованием иммобилизованного, обработанного бисульфитом, фрагмента геномной ДНК в качестве матрицы;
(e) сравнение последовательности нуклеиновой кислоты, определенной на стадии (b), с последовательностью, определенной на стадии (d), где преобразование остатка цитозина в фрагменте геномной ДНК свидетельствует о том, что в фрагменте геномной ДНК до его обработки бисульфитом указанный остаток был неметилированным, а отсутствие преобразования остатка цитозина в фрагменте геномной ДНК свидетельствует о том, что в фрагменте геномной ДНК до его обработки бисульфитом указанный остаток был метилированным.
10. Способ по п.9, где фрагмент геномной ДНК иммобилизован на твердой подложке посредством адаптера.
11. Способ по п.10, где адаптер содержит сайт связывания праймера и где цитозины в сайте связывания праймера являются защищенными.
12. Способ по п.11, где полимераза стадии (b) и/или (d) полимеризует цепь нуклеиновой кислоты от праймера, подвергнутого отжигу с сайтом связывания праймера.
13. Способ по п.9, где полимеризацию нуклеиновой кислоты стадии (b) и/или (d) детектируют посредством детектирования включения меченых нуклеотидов.
14. Способ по п.13, где меченые нуклеотиды являются мечеными по их концевым фосфатам.
15. Способ по п.14, где полимераза стадии (b) и/или (d) является меченой донором FRET, а нуклеотиды являются мечеными акцептором FRET.
16. Способ по п.15, где донор FRET представляет собой флуоресцентную наночастицу.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US40235010P | 2010-08-27 | 2010-08-27 | |
| US61/402,350 | 2010-08-27 | ||
| PCT/US2011/049151 WO2012027572A2 (en) | 2010-08-27 | 2011-08-25 | Methods for nucleic acid capture and sequencing |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2013113407A true RU2013113407A (ru) | 2014-10-10 |
Family
ID=44545975
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2013113407/10A RU2013113407A (ru) | 2010-08-27 | 2011-08-25 | Способы улавливания и секвенирования нуклеиновых кислот |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20130324419A1 (ru) |
| EP (1) | EP2609214A2 (ru) |
| JP (1) | JP2013535986A (ru) |
| KR (1) | KR20130101031A (ru) |
| CN (1) | CN103080338A (ru) |
| BR (1) | BR112013002299A2 (ru) |
| CA (1) | CA2803693A1 (ru) |
| MX (1) | MX2013001799A (ru) |
| RU (1) | RU2013113407A (ru) |
| WO (1) | WO2012027572A2 (ru) |
Families Citing this family (18)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US9074251B2 (en) | 2011-02-10 | 2015-07-07 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| CN103443338B (zh) | 2011-02-02 | 2017-09-22 | 华盛顿大学商业化中心 | 大规模平行邻接作图 |
| NO2694769T3 (ru) | 2012-03-06 | 2018-03-03 | ||
| CA2876505A1 (en) * | 2012-07-17 | 2014-01-23 | Counsyl, Inc. | System and methods for detecting genetic variation |
| US9683230B2 (en) | 2013-01-09 | 2017-06-20 | Illumina Cambridge Limited | Sample preparation on a solid support |
| DK2970951T3 (da) | 2013-03-13 | 2019-05-13 | Illumina Inc | Fremgangsmåder til nukleinsyresekventering |
| EP3957750B1 (en) | 2013-12-20 | 2025-01-29 | Illumina, Inc. | Preserving genomic connectivity information in fragmented genomic dna samples |
| RU2736728C2 (ru) | 2014-10-17 | 2020-11-19 | Иллумина Кембридж Лимитед | Транспозиция с сохранением сцепления генов |
| EP3207134B1 (en) * | 2014-10-17 | 2019-07-03 | Illumina Cambridge Limited | Contiguity preserving transposition |
| CA2971589C (en) | 2014-12-18 | 2021-09-28 | Edico Genome Corporation | Chemically-sensitive field effect transistor |
| US10006910B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-06-26 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems, and methods for manufacturing and using the same |
| US10020300B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-07-10 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
| US9857328B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems and methods for manufacturing and using the same |
| US9859394B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
| US9618474B2 (en) | 2014-12-18 | 2017-04-11 | Edico Genome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
| US10395759B2 (en) * | 2015-05-18 | 2019-08-27 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Methods and systems for copy number variant detection |
| WO2017201081A1 (en) | 2016-05-16 | 2017-11-23 | Agilome, Inc. | Graphene fet devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
| EP3650553B1 (en) * | 2018-11-07 | 2023-07-12 | Siemens Healthcare GmbH | Method for detection of specific nucleic acids |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| NO165894C (no) * | 1988-05-24 | 1991-04-24 | Gunnar Paulsen | Analysemetode for gener. |
| US6982146B1 (en) * | 1999-08-30 | 2006-01-03 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | High speed parallel molecular nucleic acid sequencing |
| WO2008115185A2 (en) | 2006-04-24 | 2008-09-25 | Nimblegen Systems, Inc. | Use of microarrays for genomic representation selection |
| WO2008096146A1 (en) * | 2007-02-07 | 2008-08-14 | Solexa Limited | Preparation of templates for methylation analysis |
| US20100035268A1 (en) * | 2007-02-21 | 2010-02-11 | Joseph Beechem | Materials and methods for single molecule nucleic acid sequencing |
| CN101802223A (zh) * | 2007-08-15 | 2010-08-11 | 香港大学 | 用于高通量亚硫酸氢盐dna-测序的方法和组合物及其用途 |
| US20110281740A1 (en) | 2008-06-30 | 2011-11-17 | Joseph Beechem | Methods for Real Time Single Molecule Sequencing |
| US8795961B2 (en) * | 2008-09-05 | 2014-08-05 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Preparations, compositions, and methods for nucleic acid sequencing |
| US20120149593A1 (en) | 2009-01-23 | 2012-06-14 | Hicks James B | Methods and arrays for profiling dna methylation |
-
2011
- 2011-08-25 CA CA2803693A patent/CA2803693A1/en not_active Abandoned
- 2011-08-25 US US13/819,657 patent/US20130324419A1/en not_active Abandoned
- 2011-08-25 BR BR112013002299A patent/BR112013002299A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2011-08-25 WO PCT/US2011/049151 patent/WO2012027572A2/en not_active Ceased
- 2011-08-25 KR KR1020137007586A patent/KR20130101031A/ko not_active Withdrawn
- 2011-08-25 CN CN2011800416596A patent/CN103080338A/zh active Pending
- 2011-08-25 JP JP2013526153A patent/JP2013535986A/ja active Pending
- 2011-08-25 RU RU2013113407/10A patent/RU2013113407A/ru not_active Application Discontinuation
- 2011-08-25 EP EP11752056.9A patent/EP2609214A2/en not_active Withdrawn
- 2011-08-25 MX MX2013001799A patent/MX2013001799A/es not_active Application Discontinuation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20130324419A1 (en) | 2013-12-05 |
| JP2013535986A (ja) | 2013-09-19 |
| EP2609214A2 (en) | 2013-07-03 |
| MX2013001799A (es) | 2013-05-20 |
| BR112013002299A2 (pt) | 2016-05-24 |
| WO2012027572A2 (en) | 2012-03-01 |
| CA2803693A1 (en) | 2012-03-01 |
| KR20130101031A (ko) | 2013-09-12 |
| WO2012027572A3 (en) | 2012-06-07 |
| CN103080338A (zh) | 2013-05-01 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2013113407A (ru) | Способы улавливания и секвенирования нуклеиновых кислот | |
| JP5986572B2 (ja) | 固定化プライマーを使用した標的ｄｎａの直接的な捕捉、増幅、および配列決定 | |
| Teer et al. | Systematic comparison of three genomic enrichment methods for massively parallel DNA sequencing | |
| US9944924B2 (en) | Polynucleotide modification on solid support | |
| US8329394B2 (en) | Methods and substances for isolation and detection of small polynucleotides | |
| KR102390285B1 (ko) | 핵산 프로브 및 게놈 단편을 검출하는 방법 | |
| CN103937896B (zh) | 一种snp分型方法及试剂盒 | |
| US20140296094A1 (en) | Systems and methods for detection of genomic copy number changes | |
| CN103806111A (zh) | 高通量测序文库的构建方法及其应用 | |
| CN101067156A (zh) | 一种基于选择性探针的多重pcr方法及其应用 | |
| US20100273164A1 (en) | Targeted and Whole-Genome Technologies to Profile DNA Cytosine Methylation | |
| JP2016539624A5 (ru) | ||
| JP2016512437A (ja) | 多重メチル化特異的増幅システムおよび方法 | |
| GB2612412A (en) | Systems and methods for targeted nucleic acid capture | |
| CA2888953A1 (en) | Method for the simultaneous amplification of a plurality of different nucleic acid target sequences | |
| RU2014126423A (ru) | Высокопроизводительный анализ однонуклеотидных полиморфизмов | |
| WO2012083481A1 (zh) | 用于hpa基因分型的方法及所用引物 | |
| CN114787385A (zh) | 用于检测核酸修饰的方法和系统 | |
| CN103320518B (zh) | 突触核蛋白内含子1甲基化水平检测方法 | |
| WO2008093336A3 (en) | Genome determination assay | |
| Qiu et al. | Mitochondrial single nucleotide polymorphism genotyping by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry using cleavable biotinylated dideoxynucleotides | |
| ES2421459B1 (es) | Cebadores especiales para la reacción en cadena de la polimerasa | |
| CN111073958A (zh) | 引物探针组合、试剂盒及其用于检测actn3基因突变的应用 | |
| RU2014107505A (ru) | Генетический маркер для диагностики деменции с тельцами леви | |
| Reinders | Amplification of bisulfite-converted DNA for genome-wide DNA methylation profiling |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20160608 |