RU2017127628A - Способ и композиция для анализа клеточных компонентов - Google Patents

Способ и композиция для анализа клеточных компонентов Download PDF

Info

Publication number
RU2017127628A
RU2017127628A RU2017127628A RU2017127628A RU2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A RU 2017127628 A RU2017127628 A RU 2017127628A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
paragraphs
reporter
cell
reporter groups
Prior art date
Application number
RU2017127628A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2717491C2 (ru
RU2017127628A3 (ru
Inventor
Кевин Л. ГУНДЕРСОН
Фрэнк Дж. СТИМЕРС
Джеффри С. ФИШЕР
Роберто РИГАТТИ
Original Assignee
Иллюмина, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллюмина, Инк. filed Critical Иллюмина, Инк.
Publication of RU2017127628A3 publication Critical patent/RU2017127628A3/ru
Publication of RU2017127628A publication Critical patent/RU2017127628A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2717491C2 publication Critical patent/RU2717491C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/149—Particles, e.g. beads
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/159—Microreactors, e.g. emulsion PCR or sequencing, droplet PCR, microcapsules, i.e. non-liquid containers with a range of different permeability's for different reaction components
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/185—Nucleic acid dedicated to use as a hidden marker/bar code, e.g. inclusion of nucleic acids to mark art objects or animals

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (148)

1. Способ анализа по меньшей мере двух или более анализируемых веществ единичной клетки, который включает:
(a) обеспечение наличия множества элементов, сохраняющих связность (СЕ), где каждый СЕ включает единичную клетку;
(b) проведение лизиса единичных клеток, находящихся в СЕ, при котором анализируемые вещества, находящиеся в единичной клетке, высвобождаются в СЕ;
(c) обеспечение наличия первой репортерной группы для первого анализируемого вещества, находящегося в единичной клетке в каждом СЕ;
(d) обеспечение наличия второй репортерной группы для второго анализируемого вещества, находящегося в единичной клетке в каждом СЕ;
(e) модификацию анализируемых веществ, в результате которой по меньшей мере часть первого и второго анализируемых веществ, содержащихся в СЕ, включает первую и вторую репортерные группы, соответственно;
(f) объединение СЕ, включающего анализируемые вещества, включающие репортерные группы;
(g) компартментализацию СЕ, включающего первое и второе анализируемые вещества, включающие первую и вторую репортерные группы, соответственно, с образованием множества компартментов;
(h) обеспечение наличия третьей репортерной группы для первого анализируемого вещества, включающего первую репортерную группу, в каждом СЕ;
(i) обеспечение наличия четвертой репортерной группы для второго анализируемого вещества, включающего вторую репортерную группу, в каждом СЕ;
(j) дополнительную модификацию анализируемых веществ, в результате которой по меньшей мере часть первых анализируемых веществ включает первую и третью репортерные группы, а по меньшей мере часть вторых анализируемых веществ включает вторую и четвертую репортерные группы;
(j) анализ анализируемых веществ, включающих репортерные группы, в каждом компартменте, причем в проводимом анализе производят обнаружение анализируемых веществ единичной клетки.
2. Способ по п. 1, в котором первая и вторая репортерные группы идентифицируют источник анализируемых веществ.
3. Способ по п. 1, в котором комбинация репортерных групп идентифицирует источник анализируемых веществ.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором определение анализируемых веществ производят одновременно.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором первое анализируемое вещество представляет собой геномную ДНК, а второе анализируемое вещество представляет собой кДНК или РНК.
6. Способ по п. 5, в котором модификацию по меньшей мере части геномной ДНК, кДНК или РНК с целью включения первой и второй репортерных групп включает приведение в контакт геномной ДНК, кДНК или РНК со множеством транспосом, причем каждая транспосома включает транспозазу и последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу или вторую репортерную группу, в таких условиях, при которых по меньшей мере часть последовательностей транспозона встраиваются в геномную ДНК, кДНК или РНК.
7. Способ по п. 6, в котором этап (g) дополнительно включает удаление транспозазы из геномной ДНК, кДНК или РНК.
8. Способ по п. 7, в котором транспозазу удаляют после проведения модификации анализируемых веществ при выполнении этапа (е).
9. Способ по п. 8, в котором удаление транспозазы включает способ, выбранный из группы, состоящей из добавления моющего средства, изменения температуры, изменения рН, добавления протеазы, добавления шаперона, изменения концентрации соли и добавления полимеразы, замещающей цепь.
10. Способ по п. 6, в котором этап (е) включает приведение в контакт целевой нуклеиновой кислоты со множеством транспосом, где каждый транспозон включает первую последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, вторая последовательность транспозона не составляет непрерывной последовательности с первой последовательностью транспозона, и транспозаза связана с первой последовательностью транспозона и второй последовательностью транспозона.
11. Способ по любому из пп. 6-10, в котором первая последовательность транспозона включает первый участок связывания праймера, а вторая последовательность транспозона включает второй участок связывания праймера.
12. Способ по п. 13, в котором первый участок связывания праймера дополнительно включает первый штрих-код, и второй участок связывания праймера дополнительно включает второй штрих-код.
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором первая, вторая, третья или четвертая репортерная группа включает штрих-код.
14. Способ по п. 1, в котором одно анализируемое вещество представляет собой белок, и белок необязательно представляет собой белок, меченый репортерной группой на основе нуклеиновой кислоты, и дополнительно необязательно репортерная группа на основе нуклеиновой кислоты включает полученный комбинаторным образом набор штрих-кодов.
15. Способ по п. 14, в котором белок представляет собой белок единичной клетки.
16. Способ по любому из пп. 1-15, в котором этапы (c)-(j) повторяют по меньшей мере еще один раз.
17. Способ по п. 16, в котором дополнительные репортерные группы в каждом из дополнительных этапов отличаются от первой, второй, третьей и четвертой репортерных групп.
18. Способ анализа анализируемых веществ, который включает:
(a) обеспечение наличия элементов, сохраняющих связность (СЕ), где каждый СЕ включает по меньшей мере одно анализируемое вещество;
(b) компартментализацию СЕ, включающего по меньшей мере одно анализируемое вещество с образованием множества первых компартментов;
(c) обеспечение наличия первого набора репортерных групп для анализируемого вещества каждого СЕ в первом компартменте, где первый набор репортерных групп идентифицирует СЕ;
(d) такую модификацию анализируемого вещества, при которой по меньшей мере часть анализируемых веществ СЕ включают первую репортерную группу;
(e) объединение СЕ, включающего анализируемое вещество, включающее первую репортерную группу;
(f) компартментализацию СЕ, включающего анализируемое вещество, включающее первую репортерную группу, с образованием множества вторых компартментов;
(g) обеспечение наличия второго набора репортерных групп для анализируемого вещества, включающего первую репортерную группу каждого СЕ;
(h) такую дополнительную модификацию анализируемого вещества, при которой по меньшей мере часть анализируемых веществ включают вторую репортерную группу;
(i) анализ анализируемого вещества, включающего первую и вторую репортерные группы, в каждом из вторых компартментов.
19. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество включает нуклеиновую кислоту.
20. Способ по п. 19, в котором нуклеиновая кислота включает ДНК.
21. Способ по п. 20, в котором ДНК включает геномную ДНК.
22. Способ по п. 19, в котором нуклеиновая кислота включает РНК или кДНК.
23. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество выбрано из группы, состоящей из среза ткани, органеллы, липида, углевода и продукта метаболизма клетки.
24. Способ по п. 19, в котором этап (d) включает приведение в контакт нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, каждая из которых включает транспозазу и последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, в условиях, при которых по меньшей мере часть последовательностей транспозона встраиваются в целевую нуклеиновую кислоту.
25. Способ по п. 19, в котором этап (d) включает приведение в контакт целевой нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, где каждый транспозон включает первую последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, вторая последовательность транспозона не составляет непрерывной последовательности с первой последовательностью транспозона, и транспозаза связана с первой последовательностью транспозона и второй последовательностью транспозона.
26. Способ по п. 19, в котором этап (f) включает удаление транспозазы из компартментализованных первых проиндексированных матричных нуклеиновых кислот.
27. Способ по п. 26, в котором удаление транспозазы производят после проведения этапа (d).
28. Способ по п. 26, в котором удаление транспозазы производят до проведения этапа (i).
29. Способ по п. 26, в котором удаление транспозазы включает способ, выбранный из группы, состоящей из добавления моющего средства, изменения температуры, изменения рН, добавления протеазы, добавления шаперона, изменения концентрации соли и добавления полимеразы, замещающей цепь.
30. Способ по любому из пп. 24-29, в котором первая последовательность транспозона включает первый участок связывания праймера, а вторая последовательность транспозона включает второй участок связывания праймера.
31. Способ по п. 30, в котором первый участок связывания праймера дополнительно включает первый штрих-код, а второй участок связывания праймера дополнительно включает второй штрих-код.
32. Способ по п. 18, в котором первая репортерная группа включает праймер, и в котором этап (d) включает амплификацию нуклеиновой кислоты с участием по меньшей мере одного праймера.
33. Способ по п. 18, в котором первая репортерная группа включает праймер, и в котором этап (d) включает лигирование нуклеиновой кислоты с участием по меньшей мере одного праймера.
34. Способ по любому из пп. 18-33, в котором первая репортерная группа, доставляемая к анализируемому веществу каждого из первых компартментов, отличается от других.
35. Способ по любому из пп. 18-34, в котором анализируемые вещества представляют собой компоненты единичной клетки, где каждая из первых и/или вторых репортерных групп уникальна для первой клетки, и где первая и/или вторая репортерные группы идентифицируют единичную клетку.
36. Способ по любому из пп. 18-35, в котором на этапе (с), дополнительно вводят в СЕ плазмиду, и при этом при проведении этапов (d)-(h) эту плазмиду подвергают модифицикации для включения в нее первой и/или второй репортерных групп, и плазмида включает первую или вторую репортерные группы, идентифицирующие СЕ.
37. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество представляет собой белок.
38. Способ по п. 37, в котором белок представляет собой белок из единичной клетки.
39. Способ по любому из пп. 18-37, в котором этапы (c)-(h) повторяют по меньшей мере еще один раз.
40. Способ по п. 39, в котором дополнительные наборы репортерных групп в каждом из дополнительных этапов отличаются от первого и второго наборов репортерных групп.
41. Способ по п. 18, в котором анализируемое вещество представляет собой мРНК или кДНК.
42. Способ по п. 41, в котором мРНК или кДНК представляет собой мРНК или кДНК единичной клетки.
43. Способ по любому из пп. 41 и 42, в котором СЕ включает твердую подложку, на которой может быть иммобилизована мРНК или кДНК.
44. Способ по п. 43, в котором твердая подложка включает олигонуклеотидные (dT) зонды, иммобилизованные на твердой подложке.
45. Способ по любому из пп. 41-44, в котором первый набор репортерных групп включает первую последовательность штрих-кода.
46. Способ по любому из пп. 41-45, в котором второй набор репортерных групп включает вторую последовательность штрих-кода.
47. Способ по любому из пп. 41-44, в котором этап (d) включает приведение в контакт нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, каждая из которых включает транспозазу и последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, в условиях, при которых по меньшей мере часть последовательностей транспозона встраивается в целевую нуклеиновую кислоту.
48. Способ по любому из пп. 41-44, в котором этап (d) включает приведение в контакт целевой нуклеиновой кислоты с множеством транспосом, где каждый транспозон включает первую последовательность транспозона, включающую первую репортерную группу, вторая последовательность транспозона не составляет непрерывной последовательности с первой последовательностью транспозона, и транспозаза связана с первой последовательностью транспозона и второй последовательностью транспозона.
49. Способ по любому из пп. 47 и 48, в котором этап (f) включает удаление транспозазы из компартментализованных первых проиндексированных матричных нуклеиновых кислот.
50. Способ по п. 49, в котором удаление транспозазы производят после проведения этапа (d).
51. Способ по п. 49, в котором удаление транспозазы производят до проведения этапа (i).
52. Способ по п. 49, в котором удаление транспозазы включает способ, выбранный из группы, состоящей из добавления моющего средства, изменения температуры, изменения рН, добавления протеазы, добавления шаперона, изменения концентрации соли и добавления полимеразы, замещающей цепь.
53. Способ по любому из пп. 41-52, в котором первая и вторая репортерные группы идентифицируют источник анализируемых веществ.
54. Способ по любому из пп. 41-52, в котором комбинация репортерных групп идентифицирует источник анализируемых веществ.
55. Способ по пп. 41-54, в котором этапы (d)-(i) повторяют по меньшей мере еще один раз.
56. Способ по п. 55, в котором дополнительные наборы репортерных групп в каждом из дополнительных этапов отличаются от первого и второго наборов репортерных групп.
57. Способ по любому из пп. 1-56, в котором единичная клетка связана с заболеванием.
58. Способ по п. 57, в котором единичная клетка связана с раковым заболеванием.
59. Способ по п. 57, в котором единичная клетка связана с генетическим заболеванием.
60. Способ получения информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты, содержащейся в единичной клетке, который включает:
a) введение клеточной суспензии в первый капельный манипулятор;
b) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для такого дозирования множества капель, включающих клеточную суспензию, при котором каждая капля включает единичную клетку;
c) введение буфера лизиса клеток во второй капельный манипулятор;
c) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих буфер лизиса клеток;
d) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель буфера лизиса клеток и множества капель клеточной суспензии, что приводит к получению множества капель лизата клеток;
e) введение раствора реагента, включающего первую репортерную группу и ферменты, в третий капельный манипулятор, где по меньшей мере один фермент обладает способностью вводить первую репортерную группу в целевую нуклеиновую кислоту, и при этом первая репортерная группа идентифицирует единичную клетку;
f) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих раствор реагента;
g) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель лизата клеток с каплями реагента, которое приводит к образованию множества капель, включающих первую репортерную группу, в котором репортерные группы введены в нуклеиновые кислоты, содержащиеся в каплях клеточного лизата;
h) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих промывной раствор;
i) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель, включающих первую репортерную группу, с каплями промывного раствора, что приводит к удалению фермента, остающегося после реакции, из нуклеиновой кислоты и образованию множества капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, причем целевая нуклеиновая кислота включает первую репортерную группу;
(j) по меньшей мере однократное повторение этапов (e)-(i), в котором последующие растворы реагентов включают репортерные группы, отличающиеся от первой репортерной группы, что приводит к образованию множества капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп;
(k) получение информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты, включающей одну или более репортерных групп, и сопоставление информации о последовательности с единичной клеткой.
61. Способ по п. 60, дополнительно включающий:
(l) введение в капельный манипулятор раствора реагента для мечения белка, включающего метки, специфичные для белков;
(m) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих раствор реагента для мечения белка;
(n) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества растворов реагента для мечения белка с множеством капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп, где по меньшей мере часть белков из единичной клетки включает метку, уникальную для единичной клетки, и идентификацию по меньшей мере части белков, включающих метки.
62. Способ по п. 61, в котором способ получения информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты осуществляют одновременно с идентификацией по меньшей мере части белков, включающих метки.
63. Способ по любому из пп. 60-62, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
64. Способ по любому из пп. 60-62, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой ДНК.
65. Способ по п. 64, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой геномную ДНК.
66. Способ по любому из пп. 60-62, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой и РНК, и ДНК.
67. Способ по любому из пп. 60-66, в котором первая репортерная группа введена в целевую нуклеиновую кислоту посредством лигирования.
68. Способ по любому из пп. 60-67, дополнительно включающий:
(i) введение раствора реагента, включающего репортерные группы, специфичные для продуктов метаболизма клетки, в капельный манипулятор;
(ii) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель реагента, включающего репортерные группы, специфичные для продуктов метаболизма клетки;
(iii) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель реагента с множеством капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп, где по меньшей мере часть продуктов метаболизма клетки, получаемых из единичной клетки, включает репортерную группу, уникальную для единичной клетки, и идентификацию по меньшей мере части продуктов метаболизма клетки.
69. Способ получения информации о последовательности из клеточной нуклеиновой кислоты, который включает:
(a) нанесение одной или более клеток на твердую подложку, где твердая подложка включает группы, иммобилизующие клетки, и в результате такого нанесения одна или более клеток оказываются иммобилизованными на твердой подложке;
(b) проведение лизиса клеток, иммобилизованных на твердой подложке, с образованием клеточного лизата;
(c) обеспечение наличия репортерной группы для нуклеиновой кислоты, содержащейся в клеточном лизате, и модификацию нуклеиновой кислоты с образованием нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу;
(d) получение информации о последовательности из нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу.
70. Способ по п. 69, в котором нуклеиновая кислота представляет собой геномную ДНК.
71. Способ по п. 69, в котором нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
72. Способ по п. 71, дополнительно включающий обратную транскрипцию РНК в кДНК.
73. Способ по любому из пп. 69-72, дополнительно включающий обеспечение наличия дополнительных репортерных групп для нуклеиновой кислоты этапа (с), включающей первую репортерную группу, и модификацию нуклеиновой кислоты этапа (с) с целью дополнительного включения одной или более дополнительных репортерных групп.
74. Способ по п. 73, в котором дополнительные репортерные группы отличаются от первой репортерной группы.
75. Способ по любому из пп. 69-74, в котором первая репортерная группа уникальна для каждой клетки, что позволяет идентифицировать клеточный источник нуклеиновой кислоты, включающей первый индекс.
76. Способ по любому из пп. 69-75, в котором нуклеиновая кислота представляет собой нуклеиновую кислоту из единичной клетки.
77. Способ по любому из пп. 69-76, в котором нуклеиновая кислота представляет собой и РНК, и ДНК.
78. Способ по любому из пп. 69-77, в котором твердая подложка выбрана из группы, состоящей из проточных ячеек, гранул и микролунок.
79. Способ по любому из пп. 69-78, в котором группы, иммобилизующие клетки, представляют собой антитела, где антитела связываются с белками клеточной поверхности.
80. Способ по п. 69, в котором антитела представляют собой моноклональные антитела.
81. Способ по любому из пп. 61 и 62, в котором антитела специфично связываются с белками клеточной поверхности, специфичными для раковых клеток.
82. Способ по любому из пп. 69-81, дополнительно включающий воздействие на клеточный лизат меток, специфичных для белков, где по меньшей мере часть белка клетки включает метку, уникальную для клетки, и идентификацию по меньшей мере части белков, включающих метки.
83. Способ по п. 82, в котором идентификация по меньшей мере части белков, включающих метки, и получение информации о последовательности из клеточной нуклеиновой кислоты производят одновременно.
84. Способ по любому из пп. 69-83, в котором одна или более репортерные группы включают по меньшей мере один штрих-код.
85. Способ по любому из пп. 69-84, в котором одна или более репортерные группы включают участок связывания праймера.
86. Способ по любому из пп. 69-85, в котором модификацию нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу, производят лигированием.
87. Способ по любому из пп. 69-84, в котором модификацию нуклеиновой кислоты, включающей одну или более дополнительных репортерных групп, производят лигированием.
88. Способ по любому из пп. 69-87, в котором модифицированную нуклеиновую кислоту, включающую первую репортерную группу, подвергают амплификации до получения информации о последовательности.
89. Способ по любому из пп. 69-88, в котором модифицированную нуклеиновую кислоту, включающую две или более репортерные группы, подвергают амплификации до получения информации о последовательности.
90. Способ по любому из пп. 69-88, в котором по меньшей мере часть клеток связана с заболеванием.
91. Способ по п. 90, в котором по меньшей мере часть клеток связана с раковым заболеванием.
92. Способ анализа клеточных компонентов, включающий
(a) нанесение одной или более клеток на твердую подложку, где твердая подложка включает группы, иммобилизующие клетки, и в результате такого нанесения одна или более клеток оказываются иммобилизованными на твердой подложке;
(b) проведение лизиса клеток, иммобилизованных на твердой подложке, с образованием клеточного лизата;
(c) включение одной или более репортерных групп в клеточный лизат, в результате чего одно или более анализируемых веществ, находящихся в клеточном лизате, включают одну или более репортерных групп, и при этом одна или более репортерных групп идентифицирует клетку;
(d) анализ анализируемых веществ, включающих одну или более репортерных групп, причем такой анализ позволяет идентифицировать клетки и обнаруживать компоненты клетки.
93. Способ по п. 92, в котором единичные клетки иммобилизованы на твердой подложке.
94. Способ по любому из пп. 92 и 93, в котором в котором твердая подложка выбрана из группы, состоящей из проточных ячеек, гранул и микролунок.
95. Способ по любому из пп. 92-94, в котором группы, иммобилизующие клетки, представляют собой антитела, где антитела связываются с белками клеточной поверхности.
96. Способ по п. 95, в котором антитела представляют собой моноклональные антитела.
97. Способ по любому из пп. 95 и 96, в котором антитела специфично связываются с белками клеточной поверхности, специфичными для раковых клеток.
98. Способ по п. 90, в котором анализируемые вещества выбраны из группы, состоящей из белка, нуклеиновой кислоты, органелл, липидов, углеводов, продуктов метаболизма клетки.
99. Способ по любому из пп. 1-13, в котором первая, вторая, третья или четвертая репортерные группы включают участок связывания праймера.
100. Способ по любому из пп. 1-17, в котором первое, второе или оба анализируемых вещества представляют собой нуклеиновые кислоты.
101. Способ по п. 100, в котором перед проведением анализа нуклеиновые кислоты, включающие репортерные группы, подвергают амплификации.
102. Способ по любому из пп 100 и 101, в котором анализ нуклеиновой кислоты производят секвенированием.
RU2017127628A 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов RU2717491C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562114505P 2015-02-10 2015-02-10
US62/114,505 2015-02-10
PCT/US2016/017391 WO2016130704A2 (en) 2015-02-10 2016-02-10 Methods and compositions for analyzing cellular components

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020110764A Division RU2761432C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2017127628A3 RU2017127628A3 (ru) 2019-03-12
RU2017127628A true RU2017127628A (ru) 2019-03-12
RU2717491C2 RU2717491C2 (ru) 2020-03-23

Family

ID=55587329

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020110764A RU2761432C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов
RU2017127628A RU2717491C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020110764A RU2761432C2 (ru) 2015-02-10 2016-02-10 Способ и композиция для анализа клеточных компонентов

Country Status (14)

Country Link
US (3) US11634707B2 (ru)
EP (2) EP3256604B1 (ru)
JP (1) JP7001475B2 (ru)
KR (4) KR20210135626A (ru)
CN (3) CN107406890B (ru)
AU (2) AU2016219328B2 (ru)
BR (1) BR112017017025B1 (ru)
CA (2) CA2975739C (ru)
DK (1) DK3256604T3 (ru)
ES (2) ES2786652T3 (ru)
PT (1) PT3256604T (ru)
RU (2) RU2761432C2 (ru)
SG (2) SG10202104816QA (ru)
WO (1) WO2016130704A2 (ru)

Families Citing this family (147)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ES2625288T3 (es) 2011-04-15 2017-07-19 The Johns Hopkins University Sistema de secuenciación segura
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
CA3216609C (en) 2012-08-14 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Microcapsule compositions and methods
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10584381B2 (en) 2012-08-14 2020-03-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
AU2013338393C1 (en) 2012-10-29 2024-07-25 The Johns Hopkins University Papanicolaou test for ovarian and endometrial cancers
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
WO2014093676A1 (en) 2012-12-14 2014-06-19 10X Technologies, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
AU2014214682B2 (en) 2013-02-08 2018-07-26 10X Genomics, Inc. Polynucleotide barcode generation
PL3102722T3 (pl) 2014-02-04 2021-03-08 Jumpcode Genomics, Inc. Frakcjonowanie genomu
WO2015157567A1 (en) 2014-04-10 2015-10-15 10X Genomics, Inc. Fluidic devices, systems, and methods for encapsulating and partitioning reagents, and applications of same
MX2016016904A (es) 2014-06-26 2017-03-27 10X Genomics Inc Analisis de secuencias de acidos nucleicos.
US12312640B2 (en) 2014-06-26 2025-05-27 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
CN113249435B (zh) 2014-06-26 2024-09-03 10X基因组学有限公司 分析来自单个细胞或细胞群体的核酸的方法
US9975122B2 (en) 2014-11-05 2018-05-22 10X Genomics, Inc. Instrument systems for integrated sample processing
CN112782140A (zh) 2014-12-03 2021-05-11 伊索普莱西斯公司 细胞分泌特征的分析和筛选
SG11201705615UA (en) 2015-01-12 2017-08-30 10X Genomics Inc Processes and systems for preparing nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same
EP4286516A3 (en) 2015-02-24 2024-03-06 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
WO2016138292A1 (en) * 2015-02-25 2016-09-01 Igenomx International Genomics Corporation Methods and compositions for in silico long read sequencing
US11286531B2 (en) 2015-08-11 2022-03-29 The Johns Hopkins University Assaying ovarian cyst fluid
US11371094B2 (en) 2015-11-19 2022-06-28 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides
US11339427B2 (en) 2016-02-12 2022-05-24 Jumpcode Genomics, Inc. Method for target specific RNA transcription of DNA sequences
AU2017259794B2 (en) 2016-05-02 2023-04-13 Encodia, Inc. Macromolecule analysis employing nucleic acid encoding
WO2017197343A2 (en) 2016-05-12 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic on-chip filters
WO2017197338A1 (en) 2016-05-13 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic systems and methods of use
US10894990B2 (en) 2016-05-17 2021-01-19 Shoreline Biome, Llc High throughput method for identification and sequencing of unknown microbial and eukaryotic genomes from complex mixtures
GB201609221D0 (en) 2016-05-25 2016-07-06 Oxford Nanopore Tech Ltd Method
WO2017214557A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 Counsyl, Inc. Nucleic acid sequencing adapters and uses thereof
CN117822128A (zh) 2016-07-22 2024-04-05 俄勒冈健康与科学大学 单细胞全基因组文库及制备其的组合索引方法
EP3510398B1 (en) 2016-09-12 2026-02-25 Isoplexis Corporation System and methods for multiplexed analysis of cellular and other immunotherapeutics
WO2018057779A1 (en) * 2016-09-23 2018-03-29 Jianbiao Zheng Compositions of synthetic transposons and methods of use thereof
EP3518974A4 (en) 2016-09-29 2020-05-27 Myriad Women's Health, Inc. NON-INVASIVE PRENATAL SCREENING USING DYNAMIC ITERATIVE DEEP OPTIMIZATION
EP4036578A1 (en) * 2016-11-11 2022-08-03 Isoplexis Corporation Compositions and methods for the simultaneous genomic, transcriptomic and proteomic analysis of single cells
CN110226084A (zh) 2016-11-22 2019-09-10 伊索普莱克西斯公司 用于细胞捕获的系统、装置和方法，以及其制造方法
US10815525B2 (en) 2016-12-22 2020-10-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10011872B1 (en) 2016-12-22 2018-07-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
AU2017386533B2 (en) * 2016-12-29 2024-05-09 Illumina, Inc. Analysis system for orthogonal access to and tagging of biomolecules in cellular compartments
CA3046617C (en) * 2017-01-27 2023-02-14 Integrated Dna Technologies, Inc. Construction of next generation sequencing (ngs) libraries using competitive strand displacement
US10894979B2 (en) 2017-01-27 2021-01-19 Integrated Dna Technologies, Inc. Construction of next generation sequencing (NGS) libraries using competitive strand displacement
CN110214186B (zh) 2017-01-30 2023-11-24 10X基因组学有限公司 用于基于微滴的单细胞条形编码的方法和系统
US10968447B2 (en) 2017-01-31 2021-04-06 Myriad Women's Health, Inc. Methods and compositions for enrichment of target polynucleotides
US10752946B2 (en) 2017-01-31 2020-08-25 Myriad Women's Health, Inc. Methods and compositions for enrichment of target polynucleotides
US10995333B2 (en) 2017-02-06 2021-05-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation
KR20250143875A (ko) 2017-02-21 2025-10-02 일루미나, 인코포레이티드 링커를 갖는 고정된 트랜스포좀을 사용한 태그먼트화
EP3602359A4 (en) 2017-03-24 2021-01-06 Myriad Women's Health, Inc. COPY NUMBER VARIANT CALLER
CA3059840C (en) 2017-04-23 2022-04-26 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
EP3615671B1 (en) 2017-04-23 2021-07-21 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
EP3872187B1 (en) 2017-04-23 2022-09-21 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
FI3842545T3 (fi) 2017-04-23 2023-01-31 Koostumuksia ja menetelmiä näytteiden tunnistuksen parantamiseksi indeksoiduissa nukleiinihappokirjastoissa
US12584169B2 (en) 2017-04-23 2026-03-24 Illumina, Inc. Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
US11028435B2 (en) 2017-05-01 2021-06-08 Illumina, Inc. Optimal index sequences for multiplex massively parallel sequencing
KR20200004335A (ko) * 2017-05-05 2020-01-13 스키피오 바이오사이언스 하이드로겔 내의 별개의 생물학적 단위를 트래핑하고 바코딩하는 방법
ES2989056T3 (es) 2017-05-08 2024-11-25 Illumina Inc Método de secuenciación usando adaptadores cortos universales para la indexación de muestras de polinucleótidos
CN111356795B (zh) * 2017-05-23 2024-04-26 哈佛学院董事及会员团体 核酸的多重末端标记扩增
CN109526228B (zh) 2017-05-26 2022-11-25 10X基因组学有限公司 转座酶可接近性染色质的单细胞分析
US10844372B2 (en) 2017-05-26 2020-11-24 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
FI3981884T3 (fi) 2017-06-07 2023-09-21 Univ Oregon Health & Science Yksittäissolujen kokogenomikirjastoja metylaatiosekvensointia varten
WO2019027767A1 (en) 2017-07-31 2019-02-07 Illumina Inc. SEQUENCING SYSTEM COMPRISING AGGREGATION OF MULTIPLEXED BIOLOGICAL SAMPLES
FI3662083T3 (fi) 2017-08-01 2024-11-20 Illumina Inc Geneettisen materiaalin ja kirjastovalmisteen spatiaalinen indeksointi hydrogeelihelmiä ja virtauskennoja käyttämällä
IL319255A (en) 2017-08-07 2025-04-01 Univ Johns Hopkins Methods and materials for cancer assessment and treatment
DK4339298T3 (da) 2017-09-25 2025-12-08 Fred Hutchinson Cancer Center Højeffektiv, in situ-målrettet genom-bred profilering
US10837047B2 (en) 2017-10-04 2020-11-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
US10590244B2 (en) 2017-10-04 2020-03-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
MX2020004559A (es) 2017-10-31 2020-10-05 Encodia Inc Kits para análisis utilizando codificación y/o etiqueta de ácido nucleico.
EP3954782A1 (en) 2017-11-15 2022-02-16 10X Genomics, Inc. Functionalized gel beads
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
KR102369895B1 (ko) * 2018-01-08 2022-03-03 일루미나, 인코포레이티드 칩-기반 서열분석기를 위한 고-처리율 염기 콜링
NL2020621B1 (en) 2018-01-08 2019-07-15 Illumina Inc Multiplexing of an active sensor detector using structured illumination
WO2019157529A1 (en) 2018-02-12 2019-08-15 10X Genomics, Inc. Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
EP4083225A1 (en) 2018-02-13 2022-11-02 Illumina, Inc. Dna sequencing using hydrogel beads
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
US12188012B2 (en) 2018-04-02 2025-01-07 Illumina, Inc. Compositions and methods for making controls for sequence-based genetic testing
CN112262218B (zh) 2018-04-06 2024-11-08 10X基因组学有限公司 用于单细胞处理中的质量控制的系统和方法
KR20200026250A (ko) 2018-04-20 2020-03-10 일루미나, 인코포레이티드 단일 세포를 캡슐화하는 방법, 캡슐화된 세포 및 이의 용도
JP6877804B2 (ja) * 2018-05-07 2021-05-26 ｂｉｔＢｉｏｍｅ株式会社 シングルセル解析を行う方法およびそのための装置
WO2019217758A1 (en) 2018-05-10 2019-11-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for molecular library generation
IL271454B2 (en) 2018-05-17 2025-04-01 Illumina Inc Rapid single-cell genetic sequencing with low Aggregation bias
CN111247248A (zh) * 2018-06-04 2020-06-05 伊鲁米纳公司 高通量单细胞转录组文库及制备和使用方法
US11703427B2 (en) 2018-06-25 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for cell and bead processing
US20200032335A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 10X Genomics, Inc. Systems and methods for metabolome analysis
US12065688B2 (en) 2018-08-20 2024-08-20 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for cellular processing
MY202795A (en) 2018-10-26 2024-05-22 Illumina Inc Modulating polymer beads for dna processing
US20220010373A1 (en) * 2018-11-07 2022-01-13 The University Of Tokyo Method for detecting genome-related information of cell coexisting with at least one type of test substance
CN109540855B (zh) * 2018-11-07 2021-03-23 沈阳化工大学 一种荧光金壳磁性椭球的制备方法
EP4477758B1 (en) * 2018-11-30 2026-04-22 Illumina, Inc. Analysis of multiple analytes using a single assay
SG11202012762WA (en) 2018-12-05 2021-01-28 Illumina Cambridge Ltd Methods and compositions for cluster generation by bridge amplification
US11459607B1 (en) 2018-12-10 2022-10-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes
WO2020126602A1 (en) 2018-12-18 2020-06-25 Illumina Cambridge Limited Methods and compositions for paired end sequencing using a single surface primer
EP3899037B1 (en) 2018-12-19 2023-10-18 Illumina, Inc. Methods for improving polynucleotide cluster clonality priority
US20220127600A1 (en) * 2019-01-09 2022-04-28 Qiagen Sciences, Llc Methods of Detecting Analytes and Compositions Thereof
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
TWI857001B (zh) 2019-01-29 2024-10-01 美商伊路米納有限公司 定序套組
TWI873119B (zh) 2019-01-29 2025-02-21 美商伊路米納有限公司 流通槽及製備其之方法
TWI857000B (zh) 2019-01-29 2024-10-01 美商伊路米納有限公司 流體槽以及將複合物引入至流體槽之方法
EP3921081A4 (en) 2019-02-04 2022-11-30 Illumina Inc MICROFLUIDIC DROPLET GENERATORS
US11851683B1 (en) 2019-02-12 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods and systems for selective analysis of cellular samples
CA3113841A1 (en) 2019-03-01 2020-09-10 Illumina, Inc. High-throughput single-nuclei and single-cell libraries and methods of making and of using
SG11202102801TA (en) 2019-04-29 2021-04-29 Illumina Inc Identification and analysis of microbial samples by rapid incubation and nucleic acid enrichment
EP3963070A4 (en) 2019-04-30 2023-02-22 Encodia, Inc. METHODS OF PREPARATION OF ANALYTES AND RELATED KITS
EP3976827A4 (en) * 2019-05-31 2023-10-18 Illumina, Inc. Obtaining information from a biological sample in a flow cell
US12235262B1 (en) 2019-09-09 2025-02-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for single cell protein analysis
CN111088331B (zh) * 2019-12-16 2023-04-14 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 一种基于压电声波传感器的单分子测序方法
EP3927824A2 (en) 2019-12-19 2021-12-29 Illumina, Inc. High-throughput single-cell libraries and methods of making and of using
WO2021141924A1 (en) 2020-01-07 2021-07-15 Encodia, Inc. Methods for stable complex formation and related kits
JP2023513606A (ja) 2020-02-14 2023-03-31 ザ・ジョンズ・ホプキンス・ユニバーシティー 核酸を評価するための方法および材料
KR20230035237A (ko) 2020-05-12 2023-03-13 일루미나, 인코포레이티드 재조합 말단 데옥시뉴클레오티딜 트랜스퍼라제를 사용하여 변형된 염기를 갖는 핵산의 생성
WO2021252617A1 (en) 2020-06-09 2021-12-16 Illumina, Inc. Methods for increasing yield of sequencing libraries
AU2021299216A1 (en) 2020-06-30 2022-12-08 Illumina, Inc. Catalytically controlled sequencing by synthesis to produce scarless DNA
KR20230038145A (ko) 2020-07-08 2023-03-17 일루미나, 인코포레이티드 트랜스포좀 담체로서의 비드
US20230265499A1 (en) * 2020-08-14 2023-08-24 Factorial Diagnostics, Inc. In Situ Library Preparation for Sequencing
CN116323971A (zh) 2020-08-18 2023-06-23 Illumina公司 核酸的序列特异性靶向转座和选择以及分选
WO2022040098A1 (en) 2020-08-19 2022-02-24 Encodia, Inc. Sequential encoding methods and related kits
AU2021360589A1 (en) 2020-10-15 2023-06-22 Board Of Regents, The University Of Texas System Detection and analysis of structural variations in genomes
KR102576409B1 (ko) * 2021-01-18 2023-09-08 충남대학교병원 알지네이트 비드 매개의 세포절편 제작방법
CN120158497A (zh) 2021-02-23 2025-06-17 10X基因组学有限公司 基于探针的核酸和蛋白质分析
KR102526386B1 (ko) * 2021-03-19 2023-05-02 충남대학교병원 알지네이트와 pva 복합비드를 매개로 하는 세포절편 제작방법
US20220380838A1 (en) * 2021-06-01 2022-12-01 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for analyte detection and probe resolution
EP4359555A1 (en) 2021-06-23 2024-05-01 Illumina, Inc. Compositions, methods, kits, cartridges, and systems for sequencing reagents
US20230159914A1 (en) * 2021-06-24 2023-05-25 Digenomix Corporation Methods for reconstructing single cell genome
EP4430206A1 (en) 2021-11-10 2024-09-18 Encodia, Inc. Methods for barcoding macromolecules in individual cells
EP4453250A1 (en) 2021-12-21 2024-10-30 Illumina, Inc. Wax-microsphere matrix compositions and methods of making and using the same
US12043862B2 (en) 2021-12-28 2024-07-23 Encodia, Inc. High-throughput serotyping and antibody profiling assays
CA3222937A1 (en) 2021-12-29 2023-07-06 Jonathan Mark Boutell Methods of nucleic acid sequencing using surface-bound primers
CN119053701A (zh) 2022-04-07 2024-11-29 因美纳有限公司 经改变的胞苷脱氨酶和使用方法
US20230348967A1 (en) 2022-04-29 2023-11-02 Illumina Cambridge Limited Methods and systems for encapsulating lyophilised microspheres
EP4272764A1 (en) 2022-05-03 2023-11-08 Scipio Bioscience Method of complexing biological units with particles
GB202208728D0 (en) * 2022-06-14 2022-07-27 Cambridge Entpr Ltd Methods for spatial genomic, epigenomic and multi-omic profiling using transposases and light-activated spatial barcoding
WO2023245129A2 (en) * 2022-06-15 2023-12-21 Quantum-Si Incorporated Directed protein evolution
WO2024073043A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Methods of using cpg binding proteins in mapping modified cytosine nucleotides
WO2024073047A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Cytidine deaminases and methods of use in mapping modified cytosine nucleotides
EP4594481A1 (en) 2022-09-30 2025-08-06 Illumina, Inc. Helicase-cytidine deaminase complexes and methods of use
WO2024118903A1 (en) 2022-11-30 2024-06-06 Illumina, Inc. Chemoenzymatic correction of false positive uracil transformations
CN119301271A (zh) 2023-01-06 2025-01-10 因美纳有限公司 通过聚合酶减少尿嘧啶
WO2024249200A1 (en) 2023-05-26 2024-12-05 Illumina, Inc. Methods for preserving methylation status during clustering
WO2024249591A1 (en) 2023-05-31 2024-12-05 Illumina, Inc. Methods for double-stranded sequencing by synthesis
WO2024249466A1 (en) 2023-05-31 2024-12-05 Illumina, Inc. False positive reduction by translesion polymerase repair
WO2025072793A1 (en) 2023-09-28 2025-04-03 Illumina, Inc. Altered cytidine deaminases and methods of use
WO2025081064A2 (en) 2023-10-11 2025-04-17 Illumina, Inc. Thermophilic deaminase and methods for identifying modified cytosine
WO2025137222A1 (en) 2023-12-19 2025-06-26 Illumina, Inc. Methylation detection assay
WO2025264831A1 (en) 2024-06-18 2025-12-26 Illumina, Inc. Methods for increasing sequencing quality of gc-rich regions
WO2025264836A1 (en) 2024-06-18 2025-12-26 Illumina, Inc. Methods for increasing sequencing quality of gc-rich regions
WO2026006314A1 (en) 2024-06-28 2026-01-02 Illumina, Inc. Tagging target regions prior to nucleotide sequencing
WO2026006774A1 (en) 2024-06-28 2026-01-02 Illumina, Inc. Altered cytidine deaminases and methods of use

Family Cites Families (94)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
CA2044616A1 (en) 1989-10-26 1991-04-27 Roger Y. Tsien Dna sequencing
US5386023A (en) 1990-07-27 1995-01-31 Isis Pharmaceuticals Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US5644048A (en) 1992-01-10 1997-07-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Process for preparing phosphorothioate oligonucleotides
US5637684A (en) 1994-02-23 1997-06-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Phosphoramidate and phosphorothioamidate oligomeric compounds
US5677170A (en) 1994-03-02 1997-10-14 The Johns Hopkins University In vitro transposition of artificial transposons
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
JP2002503954A (ja) 1997-04-01 2002-02-05 グラクソ、グループ、リミテッド 核酸増幅法
US6969488B2 (en) 1998-05-22 2005-11-29 Solexa, Inc. System and apparatus for sequential processing of analytes
CA2256128A1 (en) 1998-12-29 2000-06-29 Stephen William Davies Coded dna processing
US6565727B1 (en) 1999-01-25 2003-05-20 Nanolytics, Inc. Actuators for microfluidics without moving parts
US6294063B1 (en) 1999-02-12 2001-09-25 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and apparatus for programmable fluidic processing
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
WO2002004680A2 (en) 2000-07-07 2002-01-17 Visigen Biotechnologies, Inc. Real-time sequence determination
WO2002007503A1 (en) 2000-07-25 2002-01-31 The Regents Of The University Of California Electrowetting-driven micropumping
US6773566B2 (en) 2000-08-31 2004-08-10 Nanolytics, Inc. Electrostatic actuators for microfluidics and methods for using same
US7211414B2 (en) 2000-12-01 2007-05-01 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
IL161357A0 (en) * 2001-10-26 2004-09-27 Immunivest Corp Multiparameter analysis of comprehensive nucleic acids and morphological features on the same sample
AU2002359508A1 (en) 2001-11-26 2003-06-10 Keck Graduate Institute Method, apparatus and article for microfluidic control via electrowetting, for chemical, biochemical and biological assays and the like
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
FR2841063B1 (fr) 2002-06-18 2004-09-17 Commissariat Energie Atomique Dispositif de deplacement de petits volumes de liquide le long d'un micro-catenaire par des forces electrostatiques
EP3002289B1 (en) 2002-08-23 2018-02-28 Illumina Cambridge Limited Modified nucleotides for polynucleotide sequencing
US6911132B2 (en) 2002-09-24 2005-06-28 Duke University Apparatus for manipulating droplets by electrowetting-based techniques
US7547380B2 (en) 2003-01-13 2009-06-16 North Carolina State University Droplet transportation devices and methods having a fluid surface
CA2518677A1 (en) * 2003-03-03 2004-12-09 Nagaoka & Co., Ltd. Methods and apparatus for use in detection and quantitation of various cell types and use of optical bio-disc for performing same
TW200510723A (en) 2003-07-15 2005-03-16 Bioarray Solutions Ltd Concurrent optimization in selection of primer and capture probe sets for nucleic acid analysis
GB0321306D0 (en) 2003-09-11 2003-10-15 Solexa Ltd Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues
US7470397B2 (en) 2003-10-24 2008-12-30 Adhesives Research, Inc. Disintegratable films for diagnostic devices
CN100478075C (zh) 2003-11-17 2009-04-15 皇家飞利浦电子股份有限公司 用于操纵流体实体的系统
EP1701785A1 (en) 2004-01-07 2006-09-20 Solexa Ltd. Modified molecular arrays
FR2866493B1 (fr) 2004-02-16 2010-08-20 Commissariat Energie Atomique Dispositif de controle du deplacement d'une goutte entre deux ou plusieurs substrats solides
FR2872715B1 (fr) 2004-07-08 2006-11-17 Commissariat Energie Atomique Microreacteur goutte
FR2872809B1 (fr) 2004-07-09 2006-09-15 Commissariat Energie Atomique Methode d'adressage d'electrodes
JP2006058031A (ja) 2004-08-17 2006-03-02 Hitachi High-Technologies Corp 化学分析装置
US7315019B2 (en) 2004-09-17 2008-01-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Arrays of optical confinements and uses thereof
WO2006064199A1 (en) 2004-12-13 2006-06-22 Solexa Limited Improved method of nucleotide detection
US7458661B2 (en) 2005-01-25 2008-12-02 The Regents Of The University Of California Method and apparatus for promoting the complete transfer of liquid drops from a nozzle
EP1859330B1 (en) 2005-01-28 2012-07-04 Duke University Apparatuses and methods for manipulating droplets on a printed circuit board
WO2006120433A1 (en) 2005-05-10 2006-11-16 Solexa Limited Improved polymerases
US20090081688A1 (en) 2005-06-20 2009-03-26 Advanced Cell Diagnostics Methods of detecting nucleic acids in individual cells and of identifying rare cells from large heterogeneous cell populations
US7464936B2 (en) 2005-07-19 2008-12-16 New Vision Gaming & Development, Inc. Method of playing a video poker game
GB0514936D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Preparation of templates for nucleic acid sequencing
US20070023292A1 (en) 2005-07-26 2007-02-01 The Regents Of The University Of California Small object moving on printed circuit board
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
EP3722409A1 (en) 2006-03-31 2020-10-14 Illumina, Inc. Systems and devices for sequence by synthesis analysis
EP2016189B1 (en) 2006-04-18 2012-01-25 Advanced Liquid Logic, Inc. Droplet-based pyrosequencing
CN101490562B (zh) 2006-07-10 2012-12-19 株式会社日立高新技术 液体输送设备
US7414163B1 (en) 2006-07-28 2008-08-19 Uop Llc Iridium and germanium-containing catalysts and alkylaromatic transalkylation processes using such catalysts
US8343746B2 (en) 2006-10-23 2013-01-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
US9266076B2 (en) 2006-11-02 2016-02-23 The Regents Of The University Of California Method and apparatus for real-time feedback control of electrical manipulation of droplets on chip
US7835871B2 (en) * 2007-01-26 2010-11-16 Illumina, Inc. Nucleic acid sequencing system and method
EP2109774B1 (en) 2007-02-15 2018-07-04 Advanced Liquid Logic, Inc. Capacitance detection in a droplet actuator
WO2008109176A2 (en) 2007-03-07 2008-09-12 President And Fellows Of Harvard College Assays and other reactions involving droplets
WO2008134153A1 (en) 2007-04-23 2008-11-06 Advanced Liquid Logic, Inc. Bead-based multiplexed analytical methods and instrumentation
WO2009003184A1 (en) 2007-06-27 2008-12-31 Digital Biosystems Digital microfluidics based apparatus for heat-exchanging chemical processes
US8093064B2 (en) 2008-05-15 2012-01-10 The Regents Of The University Of California Method for using magnetic particles in droplet microfluidics
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
WO2010062913A2 (en) 2008-11-26 2010-06-03 Illumina, Inc. Methods and systems for analysis of sequencing data
US20100323348A1 (en) 2009-01-31 2010-12-23 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process
KR101423936B1 (ko) 2009-03-11 2014-07-29 (주)바이오니아 실시간 핵산 분석 통합 장치 및 이를 이용한 타겟 핵산의 검출방법
WO2011002957A2 (en) 2009-07-01 2011-01-06 Advanced Liquid Logic, Inc. Droplet actuator devices and methods
US20130023433A1 (en) * 2009-09-28 2013-01-24 Yuling Luo Methods of detecting nucleic acid sequences with high specificity
PL2539450T3 (pl) 2010-02-25 2016-08-31 Advanced Liquid Logic Inc Sposób wytwarzania bibliotek kwasu nukleinowego
EP2625320B1 (en) * 2010-10-08 2019-03-27 President and Fellows of Harvard College High-throughput single cell barcoding
CA2821299C (en) 2010-11-05 2019-02-12 Frank J. Steemers Linking sequence reads using paired code tags
US9074251B2 (en) * 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US8829171B2 (en) * 2011-02-10 2014-09-09 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
JP6069224B2 (ja) * 2011-01-31 2017-02-01 アプライズ バイオ， インコーポレイテッド 細胞において複数のエピトープを同定する方法
US10457936B2 (en) * 2011-02-02 2019-10-29 University Of Washington Through Its Center For Commercialization Massively parallel contiguity mapping
WO2012108864A1 (en) 2011-02-08 2012-08-16 Illumina, Inc. Selective enrichment of nucleic acids
EP3736281A1 (en) * 2011-02-18 2020-11-11 Bio-Rad Laboratories, Inc. Compositions and methods for molecular labeling
SG10201605049QA (en) * 2011-05-20 2016-07-28 Fluidigm Corp Nucleic acid encoding reactions
GB201108678D0 (en) 2011-05-24 2011-07-06 Olink Ab Multiplexed proximity ligation assay
EP2718465B1 (en) 2011-06-09 2022-04-13 Illumina, Inc. Method of making an analyte array
CA2856163C (en) 2011-10-28 2019-05-07 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
WO2013078470A2 (en) * 2011-11-22 2013-05-30 MOTIF, Active Multiplex isolation of protein-associated nucleic acids
CN102703426A (zh) * 2012-05-21 2012-10-03 吴江汇杰生物科技有限公司 构建核酸库的方法、试剂及试剂盒
US9977861B2 (en) 2012-07-18 2018-05-22 Illumina Cambridge Limited Methods and systems for determining haplotypes and phasing of haplotypes
AU2013302867A1 (en) * 2012-08-13 2015-02-26 The Regents Of The University Of California Methods and systems for detecting biological components
AU2014214682B2 (en) * 2013-02-08 2018-07-26 10X Genomics, Inc. Polynucleotide barcode generation
WO2014142850A1 (en) * 2013-03-13 2014-09-18 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
WO2014145555A1 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 Lariat Biosciences, Inc. Microfluidic methods for manipulating dna
CN104032377A (zh) * 2014-06-30 2014-09-10 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 单细胞转录组测序文库的构建方法及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CA2975739A1 (en) 2016-08-18
PT3256604T (pt) 2020-05-18
KR20200020997A (ko) 2020-02-26
RU2020110764A3 (ru) 2021-04-21
SG10202104816QA (en) 2021-06-29
AU2016219328A1 (en) 2017-08-17
AU2022202345B2 (en) 2025-10-23
EP3725893A1 (en) 2020-10-21
WO2016130704A2 (en) 2016-08-18
RU2761432C2 (ru) 2021-12-08
RU2717491C2 (ru) 2020-03-23
CA2975739C (en) 2022-12-06
US20240247254A1 (en) 2024-07-25
US11634707B2 (en) 2023-04-25
KR20240091073A (ko) 2024-06-21
EP3725893B1 (en) 2026-01-14
EP3725893C0 (en) 2026-01-14
US20230374493A1 (en) 2023-11-23
RU2017127628A3 (ru) 2019-03-12
ES2786652T3 (es) 2020-10-13
BR112017017025A2 (pt) 2018-04-10
US20180273933A1 (en) 2018-09-27
CN107406890A (zh) 2017-11-28
AU2022202345A1 (en) 2022-04-28
SG11201706504RA (en) 2017-09-28
CN107406890B (zh) 2023-07-18
JP7001475B2 (ja) 2022-01-19
KR20210135626A (ko) 2021-11-15
JP2018509140A (ja) 2018-04-05
CN116083546A (zh) 2023-05-09
KR20170135834A (ko) 2017-12-08
EP3256604B1 (en) 2020-03-25
CN117106871A (zh) 2023-11-24
EP3256604A2 (en) 2017-12-20
WO2016130704A3 (en) 2016-10-06
ES3062422T3 (en) 2026-04-10
BR112017017025B1 (pt) 2024-01-02
AU2016219328B2 (en) 2022-04-21
RU2020110764A (ru) 2020-05-29
CA3174951A1 (en) 2016-08-18
DK3256604T3 (da) 2020-05-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017127628A (ru) Способ и композиция для анализа клеточных компонентов
US12576381B2 (en) Methods and compositions for tagging and analyzing samples
US20250043366A1 (en) Tiled assays using crispr-cas based detection
Lovatt et al. Transcriptome in vivo analysis (TIVA) of spatially defined single cells in live tissue
US20240263227A1 (en) Methods of barcoding nucleic acid for detection and sequencing
US9850482B2 (en) Heterologous DNA barcoding method
CN107208157B (zh) 用于条形编码核酸以用于测序的方法和组合物
ES2891085T3 (es) Obtención de imágenes sin microscopio
US20240043919A1 (en) Method for traceable medium-throughput single-cell copy number sequencing
US20240011021A1 (en) Methods and systems for performing single cell analysis of molecules and molecular complexes
CA2337045A1 (en) Cis acting nucleic acid elements and methods of use
RU2017137402A (ru) Платформа для обнаружения и анализа терапевтических агентов
EP3363899B1 (en) Molecular clone extracting and verifying method
JP7049103B2 (ja) 単一細胞の網羅的３’末端遺伝子発現解析法
Wakimoto et al. Isolation of Single‐Stranded DNA
WO2022147239A9 (en) High-spatial-resolution epigenomic profiling
US11352714B1 (en) Xseq
Matsumura et al. SuperSAGE
US20250027077A1 (en) DEVICES AND METHODS FOR mtDNA EXTRACTION
RU2021133017A (ru) Способ и композиция для анализа клеточных компонентов
US20240417788A1 (en) Spatially resolved epigenome-transcriptome co-profiling
CN120569491A (zh) 获得单细胞的相联系功能数据和序列数据的方法和组合物