RU2400538C2 - Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется - Google Patents

Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется Download PDF

Info

Publication number
RU2400538C2
RU2400538C2 RU2007132657/10A RU2007132657A RU2400538C2 RU 2400538 C2 RU2400538 C2 RU 2400538C2 RU 2007132657/10 A RU2007132657/10 A RU 2007132657/10A RU 2007132657 A RU2007132657 A RU 2007132657A RU 2400538 C2 RU2400538 C2 RU 2400538C2
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
specificity
region
nucleic acid
oligonucleotide
low
Prior art date
Application number
RU2007132657/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2007132657A (ru
Inventor
Джон-Ён ЧХУН (KR)
Джон-Ён ЧХУН
Original Assignee
Сиджен, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from PCT/KR2005/001206 external-priority patent/WO2006095941A1/en
Application filed by Сиджен, Инк. filed Critical Сиджен, Инк.
Publication of RU2007132657A publication Critical patent/RU2007132657A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2400538C2 publication Critical patent/RU2400538C2/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/117—Modifications characterised by incorporating modified base
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/161—Modifications characterised by incorporating target specific and non-target specific sites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/107—Temperature of melting, i.e. Tm
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2535/00—Reactions characterised by the assay type for determining the identity of a nucleotide base or a sequence of oligonucleotides
    • C12Q2535/125—Allele specific primer extension

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности, к олигонуклеотиду с двойной специфичностью, способу его получения и способам, в которых он используется. Олигонуклеотид с двойной специфичностью для синтеза молекулы нуклеиновой кислоты в реакции удлинения по матрице имеет следующую общую формулу: 5'-Xp-Yq-Zr-3'. Способ получения олигонуклеотида с двойной специфичностью предусматривает выбор последовательности целевой нуклеиновой кислоты. После чего осуществляют конструирование последовательности олигонуклеотида, содержащего гибридизующуюся последовательность и разделяющий участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания, так что разделяющий участок внедряется в гибридизующуюся последовательность, с получением в этом олигонуклеотиде трех участков. Далее проводят определение положения разделяющего участка в этом олигонуклеотиде. Представленное изобретение позволяет проводить матрично-зависимые реакции с намного более высокой специфичностью. 8 н. и 20 з.п. ф-лы, 10 ил., 1 табл.

Description

Текст описания приведен в факсимильном виде.
Figure 00000001
Figure 00000002
Figure 00000003
Figure 00000004
Figure 00000005
Figure 00000006
Figure 00000007
Figure 00000008
Figure 00000009
Figure 00000010
Figure 00000011
Figure 00000012
Figure 00000013
Figure 00000014
Figure 00000015
Figure 00000016
Figure 00000017
Figure 00000018
Figure 00000019
Figure 00000020
Figure 00000021
Figure 00000022
Figure 00000023
Figure 00000024
Figure 00000025
Figure 00000026
Figure 00000027
Figure 00000028
Figure 00000029
Figure 00000030
Figure 00000031
Figure 00000032
Figure 00000033
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000036
Figure 00000037
Figure 00000038
Figure 00000039
Figure 00000040
Figure 00000041
Figure 00000042
Figure 00000043
Figure 00000044
Figure 00000045
Figure 00000046
Figure 00000047
Figure 00000048
Figure 00000049
Figure 00000050
Figure 00000051
Figure 00000052
Figure 00000053
Figure 00000054
Figure 00000055
Figure 00000056
Figure 00000057
Figure 00000058
Figure 00000059

Claims (28)

1. Олигонуклеотид с двойной специфичностью для синтеза молекулы нуклеиновой кислоты в реакции удлинения по матрице, который представлен следующей общей формулой: 5'-Xp-Yq-Zr-3',
где Хр представляет 5'-участок специфичности с высокой Тпл, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную участку матричной нуклеиновой кислоты, с которым ему надлежит гибридизоваться, Yq представляет разделяющий участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания, Zr представляет 3'-участок специфичности с низкой Тпл, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную участку матричной нуклеиновой кислоты, с которым ему надлежит гибридизоваться, p, q и r представляют число нуклеотидов, причем p представляет собой целое число от 15 до 40, q представляет собой целое число от 3 до 10 и г представляет собой целое число от 3 до 15, а X, Y и Z - это дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл выше, чем Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл, разделяющий участок имеет из трех участков самую низкую Тпл, причем Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл находится в пределах от 40 до 80°С, Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл находится в пределах от 10 до 40°С, а разделяющий участок имеет Тпл в пределах от 3 до 15°С; разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, обеспечивая разделение 5'-участка специфичности с высокой Тпл и 3'-участка специфичности с низкой Тпл, посредством чего специфичность отжига олигонуклеотида определяется двояко 5'-участком специфичности с высокой Тпл и 3'-участком специфичности с низкой Тпл, так что повышается общая специфичность отжига олигонуклеотида.
2. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что универсальное основание в разделяющем участке выбрано из группы, состоящей из дезоксиинозина, инозина, 7-деаза-2'-дезоксиинозина, 2-аза-2'-дезоксиинозина, 2'-ОМе инозина, 2'-F-инозина, дезокси-3-нитропиррола, 3-нитропиррола, 2'-ОМе 3-нитропиррола, 2'-F-3-нитропиррола, 1-(2'-дезокси-β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррола, дезокси-5-нитроиндола, 5-нитроиндола, 2'-ОМе 5-нитроиндола, 2'-F-5-нитроиндола, дезокси-4-нитробензимидазола, 4-нитробензимидазола, дезокси-4-аминобензимидазола, 4-аминобензимидазола, дезокси-небуларина, 2'-F-небуларина, 2'-F-4-нитробензимидазола, ПНК-5-нитроиндола, ПНК-небуларина, ПНК-инозина, ПНК-4-нитробензимидазола, ПНК-3-нитропиррола, морфолин-5-нитроиндола, морфолин-небуларина, морфолин-инозина, морфолин-4-нитробензимидазола, морфолин-3-нитропиррола, фосфоамидат-5-нитроиндола, фосфоамидат-небуларина, фосфоамидат-инозина, фосфоамидат-4-нитробензимидазола, фосфоамидат-3-нитропиррола, 2'-О-метоксиэтил-инозина, 2'-О-метоксиэтил-небуларина, 2'-О-метоксиэтил-5-нитроиндола, 2'-О-метоксиэтил-4-нитро-бензимидазола, 2'-О-метоксиэтил-3-нитропиррола и их комбинаций.
3. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.2, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин, 1-(2'-дезокси-(β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррол или 5-нитроиндол.
4. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.3, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин.
5. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что разделяющий участок содержит прилегающие друг к другу нуклеотиды, имеющие универсальные основания.
6. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что 5'-участок специфичности с высокой Тпл длиннее, чем 3'-участок специфичности с низкой Тпл.
7. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что 3'-участок специфичности с низкой Тпл имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, полностью комплементарную участку на матричной нуклеиновой кислоте, с которым ему надлежит гибридизоваться.
8. Олигонуклеотид с двойной специфичностью по п.1, отличающийся тем, что p представляет собой целое число от 15 до 25.
9. Способ синтеза молекулы нуклеиновой кислоты с использованием олигонуклеоида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8 в реакции удлинения по матрице, включающий следующие этапы:
(а) отжиг олигонуклеотида с двойной специфичностью с молекулой матричной нуклеиновой кислоты, причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, причем отжиг производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С; и
(б) удлинение олигонуклеотида с двойной специфичностью, чтобы синтезировать молекулу нуклеиновой кислоты, комплементарную матричной нуклеиновой кислоте.
10. Способ согласно п.9, где синтез последовательности целевой нуклеиновой кислоты достигается повторением процесса реакции удлинения по матрице, в которой за этапами отжига и удлинения олигонуклеотида с двойной специфичностью следует этап денатурации.
11. Способ избирательной амплификации последовательности целевой нуклеиновой кислоты с ДНК или смеси нуклеиновых кислот, который включает амплификацию последовательности целевой нуклеиновой кислоты путем проведения по меньшей мере двух циклов отжига праймера, удлинения праймера и денатурации с использованием набора праймеров, который содержит по меньшей мере один олигонуклеотид с двойной специфичностью по любому из пп.1-8; при этом разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеиновой кислотой; при этом отжиг в реакции амплификации производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С.
12. Способ согласно п.11, отличающийся тем, что амплификацию проводят в соответствии с полимеразной цепной реакцией.
13. Способ одновременной амплификации двух или более целевых нуклеотидных последовательностей с использованием в одной реакции двух или более пар праймеров, который включает амплификацию целевых нуклеотидных последовательностей путем проведения по меньшей мере двух циклов отжига праймеров, удлинения праймеров и денатурации, с использованием двух или более пар праймеров, где по меньшей мере один праймер из пары праймеров представляет собой олигонуклеотид с двойной специфичностью по любому из пп.1-8, причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеотидной последовательностью; при этом отжиг в реакции амплификации производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеотидной последовательностью, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С.
14. Способ согласно п.13, отличающийся тем, что амплификацию проводят в соответствии с полимеразной цепной реакцией.
15. Способ секвенирования молекулы целевой нуклеиновой кислоты с использованием олигонуклеотида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8 из ДНК или смеси нуклеиновых кислот, который включает следующие этапы:
(а) синтез молекулы комплементарной нуклеиновой кислоты, которая комплементарна молекуле нуклеиновой кислоты, которую следует секвенировать, путем проведения по меньшей мере двух циклов отжига праймера, удлинения праймера и денатурации, с использованием в качестве секвенирующего праймера олигонуклеотида с двойной специфичностью; причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с молекулой целевой нуклеиновой кислоты; при этом отжиг в реакции синтеза производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с молекулой матричной нуклеиновой кислоты, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С; и
(б) определение нуклеотидной последовательности синтезированной молекулы комплементарной нуклеиновой кислоты.
16. Способ согласно п.15, отличающийся тем, что подлежащая секвенированию молекула целевой нуклеиновой кислоты содержится в геномной ДНК или в популяции к ДНК.
17. Способ детектирования молекулы нуклеиновой кислоты с генетическим разнообразием в реакции удлинения по матрице олигонуклеотида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8, который включает следующие этапы:
(а) отжиг олигонуклеотида с двойной специфичностью с молекулой матричной нуклеиновой кислоты, причем разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой; при этом отжиг производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с матричной нуклеиновой кислотой, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и/или 3'-участок специфичности с низкой Тпл имеют одно или более чем одно основание, не подходящее для спаривания с его участком-мишенью; причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С;
(б) удлинение олигонуклеотида с двойной специфичностью, чтобы синтезировать молекулу нуклеиновой кислоты, комплементарную матрице;
(в) детектирование наличия удлинения по матрице олигонуклеотида с двойной специфичностью.
18. Способ согласно п.17, где синтез последовательности целевой нуклеиновой кислоты достигается повторением процесса реакции удлинения по матрице, в которой за этапами отжига и удлинения олигонуклеотида с двойной специфичностью следует этап денатурации.
19. Способ согласно п.17, где молекулой нуклеиновой кислоты с генетическим разнообразием является нуклеиновая кислота вируса, обладающего генетическим разнообразием.
20. Способ детектирования целевой нуклеотидной последовательности в образце нуклеиновой кислоты с помощью реакции удлинения по матрице олигонуклеотида с двойной специфичностью по любому из пп.1-8, который включает следующие этапы:
(а) удлинение олигонуклеотида с двойной специфичностью как зонда, иммобилизованного на подложке, включающее по меньшей мере один цикл гибридизации, удлинения по матрице и денатурации, причем гибридизацию осуществляют путем приведения олигонуклеотида с двойной специфичностью в контакт с образцом нуклеиновой кислоты, где разделяющий участок образует подобную пузырьку структуру без спаривания оснований при условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл отжигаются с целевой нуклеотидной последовательностью; при этом гибридизация производится в условиях, когда 5'-участок специфичности с высокой Тпл и 3'-участок специфичности с низкой Тпл гибридизуются с целевой нуклеоиновой кислотой, причем этот отжиг осуществляют при температуре от 40 до 75°С; и
(б) анализ наличия удлинения по матрице.
21. Способ получения олигонуклеотида с двойной специфичностью, включающий следующие этапы:
(а) выбор последовательности целевой нуклеиновой кислоты;
(б) конструирование последовательности олигонуклеотида, содержащего (i) гибридизующуюся последовательность, по существу комплементарную целевой нуклеиновой кислоте и (ii) разделяющий участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания, так что разделяющий участок внедряется в гибридизующуюся последовательность, с получением в этом олигонуклеотиде трех участков; и
(в) определение положения разделяющего участка в этом олигонуклеотиде, чтобы обеспечить для участка, расположенного в 5'-направлении от разделяющего участка, более высокую Тпл; чем у участка, расположенного в 3'-направлении от разделяющего участка, и обеспечить для разделяющего участка наиболее низкую Тпл среди трех участков, таким образом приводя к олигонуклеотиду, имеющему три различных участка, отличающихся друг от друга величинами Тпл, из которых (i) 5'-участок специфичности с высокой Тпл этого олигонуклеотида имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную целевой нуклеиновой кислоте, (ii) 3'-участок специфичности с низкой Тпл этого олигонуклеотида имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, по существу комплементарную целевой нуклеиновой кислоте; и (iii) разделяющий участок этого олигонуклеотида между 5'-участком специфичности с высокой Тпл и 3'-участком специфичности с низкой Тпл, содержит по меньшей мере три универсальных основания; Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл выше, чем Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл, и разделяющий участок имеет самую низкую Тпл среди трех участков, посредством чего специфичность отжига олигонуклеотида с целевой нуклеиновой кислотой определяется двояко и 5'-участком специфичности с высокой Тпл, и 3'-участком специфичности с низкой Тпл; где число нуклеотидов в 5'-участке специфичности с высокой Тпл составляет от 15 до 40, число нуклеотидов в 3'-участке специфичности с низкой Тпл составляет от 3 до 15, и число нуклеотидов в разделяющем участке составляет от 3 до 10; и Тпл 5'-участка специфичности с высокой Тпл находится в диапазоне от 40 до 80°С, Тпл 3'-участка специфичности с низкой Тпл находится в диапазоне от 10 до 40°С, а Тпл разделяющего участка находится в диапазоне от 3 до 15°С.
22. Способ по п.21, отличающийся тем, что универсальное основание в разделяющем участке выбрано из группы, состоящей из дезоксиинозина, инозина, 7-деаза-2'-дезоксиинозина, 2-аза-2'-дезоксиинозина, 2'-ОМе инозина, 2'-F инозина, дезокси-3-нитропиррола, 3-нитропиррола, 2'-ОМе 3-нитропиррола, 2'-F3-нитропиррола, 1-(2'-дезокси-β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррола, дезокси-5-нитроиндола, 5-нитроиндола, 2'-ОМе 5-нитроиндола, 2'-F 5-нитроиндола, дезокси-4-нитробензимидазола, 4-нитробензимидазола, дезокси-4-аминобензимидазола, 4-аминобензимидазола, дезокси-небуларина, 2'-F-небуларина, 2'-F-4-нитробензимидазола, ПНК-5-нитроиндола, ПНК-небуларина, ПНК-инозина, ПНК-4-нитробензимидазола, ПНК-3-нитропиррола, морфолин-5-нитроиндола, морфолин-небуларина, морфолин-инозина, морфолин-4-нитробензимидазола, морфолин-3-нитропиррола, фосфоамидат-5-нитроиндола, фосфоамидат-небуларина, фосфоамидат-инозина, фосфоамидат-4-нитробензимидазола, фосфоамидат-3-нитропиррола, 2'-О-метоксиэтил-инозина, 2'-О-метоксиэтил-небуларина, 2'-О-метоксиэтил-5-нитроиндола, 2'-O-метоксиэтил-4-нитро-бензимидазола, 2'-O-метоксиэтил-3-нитропиррола и их комбинаций.
23. Способ по п.22, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин, 1-(2'-дезокси-β-D-рибофуранозил)-3-нитропиррол или 5-нитроиндол.
24. Способ по п.23, отличающийся тем, что универсальным основанием является дезоксиинозин.
25. Способ по п.21, отличающийся тем, что разделяющий участок содержит прилегающие друг к другу нуклеотиды, имеющие универсальные основания.
26. Способ по п.21, отличающийся тем, что 5'-участок специфичности с высокой Тпл длиннее, чем 3'-участок специфичности с низкой Тпл.
27. Способ по п.21, отличающийся тем, что 3'-участок специфичности с низкой Тпл имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, полностью комплементарную участку на матричной нуклеиновой кислоте, с которым ему надлежит гибридизоваться.
28. Способ по п.21, отличающийся тем, что число нуклеотидов в 5'-участке специфичности с высокой Тпл составляет от 15 до 25.
RU2007132657/10A 2005-03-05 2006-03-03 Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется RU2400538C2 (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR10-2005-0018419 2005-03-05
KR20050018419 2005-03-05
PCT/KR2005/001206 WO2006095941A1 (en) 2005-03-05 2005-04-26 Processes using dual specificity oligonucleotide and dual specificity oligonucleotide
KRPCT/KR2005/001206 2005-04-26

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2007132657A RU2007132657A (ru) 2009-04-10
RU2400538C2 true RU2400538C2 (ru) 2010-09-27

Family

ID=36953549

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007132657/10A RU2400538C2 (ru) 2005-03-05 2006-03-03 Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется

Country Status (3)

Country Link
KR (2) KR20100099333A (ru)
RU (1) RU2400538C2 (ru)
WO (1) WO2006095981A1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2809712C2 (ru) * 2018-12-20 2023-12-15 Лайф Текнолоджис Корпорейшн Модифицированный краситель родаминового ряда и его применение в биологических анализах

Families Citing this family (57)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8871469B1 (en) * 2004-11-13 2014-10-28 Steven Albert Benner Self-avoiding molecular recognition systems in DNA priming
US8192940B2 (en) * 2006-05-04 2012-06-05 Seegene, Inc. Method for amplifying unknown DNA sequence adjacent to known sequence
ATE543828T1 (de) * 2006-12-26 2012-02-15 Siemens Healthcare Diagnostics Heteropolynukleotid-duplexe mit purin-purin- paarung
ES2561426T3 (es) 2008-09-03 2016-02-26 Quantumdx Group Limited Diseño, síntesis y uso de nucleótidos sintéticos que comprenden grupos informadores iónicos
EP2321429B1 (en) 2008-09-03 2016-08-17 Quantumdx Group Limited Methods and kits for nucleic acid sequencing
ES2574137T3 (es) 2008-09-03 2016-06-15 Quantumdx Group Limited Estrategias y métodos de detección de ácidos nucleicos mediante biosensores
US10759824B2 (en) 2008-09-03 2020-09-01 Quantumdx Group Limited Design, synthesis and use of synthetic nucleotides comprising charge mass tags
US9492797B2 (en) 2008-09-23 2016-11-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US9417190B2 (en) 2008-09-23 2016-08-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Calibrations and controls for droplet-based assays
US8951939B2 (en) 2011-07-12 2015-02-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital assays with multiplexed detection of two or more targets in the same optical channel
US12090480B2 (en) 2008-09-23 2024-09-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US12162008B2 (en) 2008-09-23 2024-12-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US10512910B2 (en) 2008-09-23 2019-12-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based analysis method
US9156010B2 (en) 2008-09-23 2015-10-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
US11130128B2 (en) 2008-09-23 2021-09-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection method for a target nucleic acid
US8633015B2 (en) 2008-09-23 2014-01-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Flow-based thermocycling system with thermoelectric cooler
US8709762B2 (en) 2010-03-02 2014-04-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for hot-start amplification via a multiple emulsion
US9132394B2 (en) 2008-09-23 2015-09-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US9764322B2 (en) 2008-09-23 2017-09-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for generating droplets with pressure monitoring
US9598725B2 (en) 2010-03-02 2017-03-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Emulsion chemistry for encapsulated droplets
CA2738578C (en) 2008-09-23 2021-05-04 Quantalife, Inc. Droplet-based assay system
CA2767056C (en) 2009-09-02 2018-12-04 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for mixing fluids by coalescence of multiple emulsions
WO2011027966A2 (en) 2009-09-03 2011-03-10 Seegene, Inc. Td probe and its uses
KR20110050327A (ko) * 2009-11-07 2011-05-13 주식회사 씨젠 Ｔｈｄ 프라이머 타겟 검출
US9845492B2 (en) 2009-12-21 2017-12-19 Seegene, Inc. TSG primer target detection
EP2516678A4 (en) * 2009-12-24 2013-06-19 Seegene Inc REAL TIME MULTIPLEX DETECTION OF TARGET NUCLEIC ACID SEQUENCES WITH FALSE SIGNAL REMOVAL
WO2011087928A1 (en) 2010-01-12 2011-07-21 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Oligonucleotides and methods for detecting kras and pik3ca mutations
EP2556170A4 (en) 2010-03-25 2014-01-01 Quantalife Inc TRAPPING TRANSPORT AND DETECTION SYSTEM
CA2767182C (en) 2010-03-25 2020-03-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet generation for droplet-based assays
CA2767113A1 (en) 2010-03-25 2011-09-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection system for droplet-based assays
KR20120042100A (ko) 2010-10-22 2012-05-03 주식회사 씨젠 이중표지 고정화 프로브를 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출
SG190074A1 (en) 2010-11-01 2013-06-28 Bio Rad Laboratories System for forming emulsions
MX340258B (es) 2011-01-11 2016-07-01 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto.
US12097495B2 (en) 2011-02-18 2024-09-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for detecting genetic material
AU2012231098B2 (en) 2011-03-18 2016-09-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiplexed digital assays with combinatorial use of signals
EP2691543B1 (en) 2011-03-29 2017-11-01 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent cleavage
WO2012149042A2 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
MX342067B (es) 2011-05-04 2016-09-09 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo por desdoblamiento e hibridización de oligonucleótido de sonda.
WO2013019751A1 (en) 2011-07-29 2013-02-07 Bio-Rad Laboratories, Inc., Library characterization by digital assay
CN102559661B (zh) * 2012-01-18 2014-06-04 厦门基科生物科技有限公司 一种新型连接酶反应介导的扩增方法及用途
CN104388426B (zh) * 2012-02-28 2017-08-08 盛司潼 一种Oligo dT引物及构建cDNA文库的方法
CA2864523C (en) 2012-03-05 2019-02-05 Seegene, Inc. Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension assay
WO2013155531A2 (en) 2012-04-13 2013-10-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Sample holder with a well having a wicking promoter
US9909159B2 (en) 2013-02-07 2018-03-06 Rutgers, The State University Of New Jersey Highly selective nucleic acid amplification primers
EP2770065B1 (en) 2013-02-25 2017-12-13 Seegene, Inc. Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence
EP2971115B1 (en) 2013-03-13 2022-07-27 Seegene, Inc. Quantification of target nucleic acid using melting peak analysis
WO2015008985A1 (en) 2013-07-15 2015-01-22 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent immobilized oligonucleotide hybridization
EP3058105B1 (en) 2013-10-18 2019-05-22 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence on solid phase by pto cleavage and extension using hcto assay
KR101742681B1 (ko) * 2015-01-30 2017-06-01 에스디 바이오센서 주식회사 상보적 염기서열 내지는 미스-매치된 염기를 포함하는 상보적인 염기서열과 연결된 pcr 프라이머 및 이를 이용한 핵산 증폭 방법
EP3400444A4 (en) 2016-01-04 2019-10-16 QuantuMDx Group Limited DESIGN, SYNTHESIS AND USE OF SYNTHETIC NUCLEOTIDES WITH LOADING MASS MARKINGS
KR101785687B1 (ko) * 2016-07-20 2017-10-17 (주)다이오진 다중 증폭 이중 시그널 증폭에 의한 타겟 핵산 서열의 검출 방법
CN111742056B (zh) * 2017-06-23 2023-09-01 荣研化学株式会社 核酸检测方法、核酸检测用引物以及核酸检测用试剂盒
WO2019066461A2 (en) 2017-09-29 2019-04-04 Seegene, Inc. DETECTION OF TARGET NUCLEIC ACID SEQUENCES BY CLEAVAGE ANALYSIS AND EXTENSION OF PTO
AU2021333063A1 (en) 2020-08-31 2023-05-04 Seegene, Inc. Computer-implemented method for providing nucleic acid sequence data set for design of oligonucleotide
WO2024054924A1 (en) * 2022-09-08 2024-03-14 Gen-Probe Incorporated Method of detecting nucleic acid analytes using dual-specificity primers
WO2024106890A1 (ko) 2022-11-16 2024-05-23 주식회사 씨젠 퀀칭-pto 절단 및 연장(quenching-pto cleavage and extension; q-ptoce) 어세이에 의한 타겟 핵산의 검출
KR20260034658A (ko) 2023-07-25 2026-03-11 주식회사 씨젠 타겟 핵산 서열에 대한 올리고뉴클레오타이드 서열의 얼라인먼트 정보를 제공하는 컴퓨터-구현 방법

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003050305A1 (en) * 2001-12-08 2003-06-19 Seegene, Inc. Annealing control primer and its uses

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4800159A (en) 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
US20030165888A1 (en) 2001-07-18 2003-09-04 Brown Bob D. Oligonucleotide probes and primers comprising universal bases for diagnostic purposes

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003050305A1 (en) * 2001-12-08 2003-06-19 Seegene, Inc. Annealing control primer and its uses

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HWANG et al.: "Annealing control primer system for improving specificity of PCR amplification", Biotichniques, Vol 35(6), pp.1180-1184, 2003. HWANG et al.: "Indentification of differentially regulated genes in bovine blastocysts using an annealing control primer system", Mol. Reprod. Dev., Vol.69(1), pp.43-51. 2004. ПАТРУШЕВ Л.И. Искусственные генетические системы. - М.: Наука, 2004, т.1, с.195-198. *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2809712C2 (ru) * 2018-12-20 2023-12-15 Лайф Текнолоджис Корпорейшн Модифицированный краситель родаминового ряда и его применение в биологических анализах
RU2846775C1 (ru) * 2020-01-10 2025-09-15 ЭсБиАй БАЙОТЕК КО., ЛТД. Новые агонисты tlr9

Also Published As

Publication number Publication date
WO2006095981A1 (en) 2006-09-14
KR20100099333A (ko) 2010-09-10
RU2007132657A (ru) 2009-04-10
KR100977186B1 (ko) 2010-08-23
KR20070111543A (ko) 2007-11-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2007132657A (ru) Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется
CA2528577A1 (en) Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
US20100273159A1 (en) Nested Multiplex Amplification Method for Identification of Multiple Biological Entities
DK2004847T3 (en) Oligonucleotides comprising signaling pairs and hydrophobic nucleotides, "stemless beacons", for detection of nucleic acids, methylation status and mutants of nucleic acids
US10174352B2 (en) Methods for amplification of nucleic acids on solid support
JP2011507488A5 (ru)
JP2007525998A5 (ru)
JP2013509871A5 (ru)
US20190177760A1 (en) Methods for Amplification of Nucleic Acids Utilizing Clamp Oligonucleotides
KR101875662B1 (ko) 등온 핵산 증폭을 위한 리포터 염료, 퀀처가 포함되는 등온 기반 이중 기능성 올리고뉴클레오타이드 및 이를 이용한 핵산 증폭과 측정 방법
JP6971276B2 (ja) クランプオリゴヌクレオチドを利用する核酸増幅方法
JP7245126B2 (ja) 標的核酸を検出する方法
JP2005518216A (ja) 融解温度依存ｄｎａ増幅
US20050176014A1 (en) Fluorescent hybridization probes with reduced background
JP7191115B2 (ja) エンドヌクレアーゼ媒介移動平衡（ＥＭ－ＳＥｑ）による核酸の増幅のための方法
KR101785687B1 (ko) 다중 증폭 이중 시그널 증폭에 의한 타겟 핵산 서열의 검출 방법
JP4406366B2 (ja) 多型配列部位を有する核酸の識別方法
US10072290B2 (en) Methods for amplifying fragmented target nucleic acids utilizing an assembler sequence
CN111334562A (zh) 一种含有修饰引物的核酸扩增方法和试剂盒
JP4455168B2 (ja) Ｄｎａ増幅方法
JP2007143420A (ja) 塩基配列の判別方法
CA2904863C (en) Methods for amplifying fragmented target nucleic acids utilizing an assembler sequence
JP6523874B2 (ja) 核酸増幅基板、該基板を用いた核酸増幅方法、及び核酸検出キット
RU2021136364A (ru) Способы детектирования вариантов нуклеиновых кислот
KR20100082214A (ko) 표적 핵산의 서열을 분석하는 방법 및 표적 핵산의 서열을 분석하기 위한 키트