SE520734C2 - Handhållen anordning för analys av nukleotidsekvenser - Google Patents

Description

30 520734 2 Emellertid finns det ett antal algoritmer tillgängliga och resultaten kan variera bero- ende på vilken algoritm som används. Den upprepade och frekventa användningen av kon- ventionella datorer eller referenslitteratur i laboratoriemiljö är bekymmersam och krånglig.

Beroende därav återstår det ett behov för en användarvänlig handhållen anordning lämpad för de förut beskrivna funktionerna.

SAMMANFATTNING AV UPPFINNINGEN Föreliggande uppfinning tillhandahåller en handhållen anordning i enlighet med bi- lagda krav. Denna anordning är väl lämpad för användning i ett laboratorium specifikt anpas- sad för analys av nukleotidsekvenser och saknar de nackdelar som förknippas med nu kända anordningar, huvudsakligen persondatorer, och förfaranden enligt teknikens ståndpunkt, hu- vudsakligen manuella beräkningar och användandet av referensmanualer.

KORTFATTAD BESKRIVNING AV RITNINGARNA Föreliggande uppfinning kommer att beskrivas mer detaljerat nedan, med hänvisning till bilagda ritningar, i vilka Fig. 1 visar ett schematiskt blockdiagrarn som illustrerar anordningen och organ in- nefattade i densamma, Fig. 2 visar en vy framifrån av en anordning i enlighet med uppfinningen, Fig. 3 visar en perspektivvy av anordningen i frg. 2, och Fig. 4 visar en vy framifrån av en anordning i enlighet med en utföringsfonn av upp- frnningen.

BESKRIVNING AV UPPFINNINGEN Såsom är väl känt så är den variabla delen hos DNA dess sekvenser av baser. DNA innehåller fyra sorters baser. De två purinema är adenin (A) och guanin (G). De två pyrimidi- nerna är tymin (T) och cytosin (C). I RNA är tymin utbytt mot uracil (U). En anordning som är specifikt anpassad för analys behöver således endast ha organ för inmatning av denna in- formation och grundkommandon för utförande av stegen för analysen av den inmatade infor- mationen. Oavsett detta använder nu tillgängliga organ hela tangentbordet för en typisk kon- ventionell dator. Detta gör det praktiskt omöjligt att minimera anordningen.

Föreliggande uppfinning tillhandahåller för första gången en handhållen anordning innefattande följande organ: a) inmatningsorgan (1) speciellt anpassade för inmatning av nukleotidsekvenser, dvs. de fyra bokstäverna A, C, G och T eller för RNA; A, C, G och U som representerar de fyra baserna som utgör DNA respektive RNA. Nämnda inmatningsorgan kan implementeras som nedtryckningsbara tangenter eller dynor, piezoelektriska ytor eller beröringskänsliga områden O :\users\EIP\DOK\WORD-DOK\ 103 347900 .doc 10 15 20 25 30 520734 3 på en display. Det är viktigt att antalet imnatningsorgan begränsas till fyra motsvarande de fyra basema A, C, G och T/U, utökade med organ för aktivering av anordningen, såsom en på-av-omkopplare och eventuella tangenter för val av arbetsmod. b) minnesorgan (4) för förvaring av den inmatade infonnationen, såsom konventio- nella minnesmoduler, exempelvis kommersiellt tillgängliga RAM-minnen, c) organ (2) för analysering av den inmatade informationen såsom konventionella mikroprocessorer, d) organ (3) för grafisk visning av den sekundära strukturen hos den inmatade se- kvensen, såsom en konventionell flytande kristalldisplay (LCD) eller liknande displayanord- ning, med förrnågan att åstadkomma en nöjaktig upplösning.

Företrädesvis innefattar anordningen enligt föreliggande uppfinning vidare e) organ (5) för överföring av information mellan nämnda anordning och en stationär dator, t.ex. IR-emitterande och -registrerande organ. Den stationära datorn kan i sig vara en del av ett nätverk, såsom ett lokalt nätverk (LAN), vilket ytterligare kan innefatta anslutningar mot CD-ROM-behandlingsutrustning, modem för access mot Intemet, för att endast nämna ett fåtal exempel. Närnnda organ för överföring av information mellan nämnda anordning och en stationär dator kan också implementeras som dockningsstationer, vilka möjliggör fast data- överföring och samtidig laddning av batterierna i nämnda handhållna anordning i enlighet med uppfinningen. Mest föredraget är anordningen i enlighet med uppfinningen implemente- rad såsom en handhållen nätverksdator (NC) specifikt anpassad för nukleotidanalys.

Ytterligare så innefattar anordningen enligt föreliggande uppfinning f) en tidräknare.

Genom att konstruera en högt specialiserad anordning elimineras en uppsättning av funktioner som är onödiga för analysen av nukleotidsekvenser, det är därvid möjligt att åstad- komma en anordning med många fördelar i förhållande till anordningar enligt teknikens ståndpunkt. Den innovativa anordningen kan produceras till en kostnad som är signifikant lägre än den för nu tillgängliga datorer, även i jämförelse med nu tillgängliga bärbara univer- sella dator s.k. palm top datorer. Den innovativa anordningen åstadkoms företrädesvis stöt- och vattenresistent, varvid den bättre anpassas för användningen i laboratoriemiljö. Ytterliga- re så åstadkommes det mycket förenklade tangentbordet mer användarvänligt och möjliggör en ökning av arbetshastigheten, exempelvis för inmatning av information, vilket inte är möj- ligt med ett konventionell tangentbord.

O:\users\EJP\DOK\WORD-DOK\l03347900.doc 10 15 20 "520734 4 Exempel En anordning i enlighet med uppfinningen sammansätts under användandet av en konventionell mikroprocessor, såsom en kommersiellt tillgänglig processor av typen 386 eller andra jämförbara processorer. Naturligtvis kan en kraftfullare processor användas såsom av . ® . . typen 486 eller 586, en s.k. Pentium -processor (Intel Inc.). Valet av hårdvara är valfritt inom verksamhetsfältet för uppfinningen och den mest användbara hårdvaran kan väljas av fack- mannen, utan att avvika från verksamhetsfältet eller uppfinningen.

Lämpliga tangenter (9) är innefattade i anordningen, såsom nedtryckbara tangenter eller beröringskänsliga tangenter. Extra tangenter kan anordnas såsom en av-på-kopplare och en eller flera tangenter för val av arbetsmod (8).

Ytterligare väljs en lärnplig display (7), såsom en LCD av lämplig storlek och upp- lösning. Konventionella elektronikkomponenter väljs av fackmarinen i enligheten med kraven som tidigare presenterats för att kunna sätta ihop en stöt- och vattenresistent anordning till en låg produktionskostnad. Anordningen förses slutligen med en omslutning eller ett hölje (6) lämpat för den tänkta användningen, företrädesvis med en ergonomiskt anpassad form. Slutli- gen förses den innovativa anordningen med en omslutning med dimensioner som inte översti- ger omkring 15 cm och företrädesvis mindre än 10 x 10 cm, vilket gör den lämpad att bäras i en ficka såsom en bröstficka i en skjorta eller skyddskläder som normalt används i ett labora- torium. Även om uppfinningen har beskrivits med avseende på dess föredragna utförings- former, vilka utgör de bästa utföringsformema som för närvarande är kända för uppfinnarna.

Det bör förstås att många ändringar och modifieringar som är uppenbara för en fackman inom teknikområdet kan åstadkommas, utan att avvika från verksamhetsfältet för uppfinningen, vilket framställs i bilagda patentkrav. 0:\users\EIP\DOK\WORD-DOK\l033479()0.d0c

Claims (3)

10 15 520734 Patentkrav

1. Handhållen anordning för analys av nukleotidsekvenser, kännetecknad av att den är väl lämpad för användning i ett laboratorium, varvid nämnda anordning innefattar a) inmatningsorgan (1, 9) specifikt anpassade för inmatning av nukleotidsekvenser, dvs. inmatningsorgan som motsvarar de fyra nukleotiderna A, C, G och T/U, b) minnesorgan (4) för lagring av inmatad information, c) organ (2) för analys av den inmatade informationen d) organ (3, 7) för grafisk visning av den sekundära strukturen hos den inmatade sekvensen, varvid den eliminerar en uppsättning av funktioner som är onödiga för analys av nämnda sekvenser, och därmed minskar risken för fel vid analysen.

2. Handhållen anordning enligt krav 1, kännetecknad av att den ytterligare innefattar e) organ (5) för överföring av information mellan nämnda anordning och en stationär dator, t.ex. IR-emitterande och -registrerande organ.

3. Handhållen anordning enligt något av kraven 1 och 2, kännetecknad av att den ytterligare innefattar f) en tidräknare. K:\Patent\10-\1033479008E\030522Patentkrav,doc