TH128855A - ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง - Google Patents
ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งInfo
- Publication number
- TH128855A TH128855A TH601002352A TH0601002352A TH128855A TH 128855 A TH128855 A TH 128855A TH 601002352 A TH601002352 A TH 601002352A TH 0601002352 A TH0601002352 A TH 0601002352A TH 128855 A TH128855 A TH 128855A
- Authority
- TH
- Thailand
- Prior art keywords
- dna
- sample
- pyrosequencing
- sequencer
- mapper
- Prior art date
Links
Abstract
DC60 (31/09/55) การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่าน ลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง ที่ประกอบด้วย เครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง สำหรับอ่านข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการทำแม็ปปิ้ง เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ ที่ อย่างน้อยที่สุดประกอบด้วยหน่วยประมวลผลกลาง GPU หน่วยความจำ RAM ฮาร์ดดิสก์ พอร์ตอินพุต และ จอแสดงผล และอุปกรณ์เชื่อมต่อระหว่างเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งดังกล่าวกับ พอร์ตอินพุตของเครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ เพื่อรับข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการ ทำแม็ปปิ้งดังกล่าว โดยมีลัษณะเฉพาะ คือ เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอทำงานตามขั้นตอนดังนี้ (1) ขั้นตอนการจัดเตรียมสายดีเอ็นเอตัวอย่างที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งและ สายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการเข้ารหัสซีดเมอร์แบบเลื่อนทีละ 1 เบส (2) ขั้นตอนการเรียงลำดับสายดีเอ็นเอ ตัวอย่างเทียบกับสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการหาตำแหน่งของซีดเมอร์ของสายดีเอ็นเอตัวอย่างเทียบกับซีด เมอร์ของสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยหลักการไบนารี่เสิร์ช เพื่อระบุตำแหน่งการเรียงตัวและนำไปสู่การค้นหา ตำแหน่งและค้นหาความแปรผันในลำดับเบสของสายดีเอ็นเอตัวอย่าง ระบบอัตโนมัติตามการประดิษฐ์นี้ นอกจากจะช่วยแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอได้อย่างถูกต้องแล้ว ระบบยังทำงานได้อย่างรวดเร็วเนื่องจากมี การนำ GPU มาทำงานร่วมกับขั้นตอนที่มีประสิทธิภาพในการคำนวณสูง นอกจากนี้ ระบบยังมีการรายงาน ผลข้อมูลสนิปและการแทรกหรือการขาดหายไปของนิวคลีโอไทด์ซึ่งมีประโยชน์ในการนำไปใช้งานต่อได้อีก ด้วย การประดิษฐ์นี้เป็นการพัฒนาระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่าน ลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง ที่ประกอบด้วย เครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง สำหรับอ่านข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการทำแม็ปปิ้ง เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ ที่ อย่างน้อยที่สุดประกอบด้วยหน่วยประมวลผลกลาง GPU หน่วยความจำ RAM ฮาร์ดดิสก์ พอร์ตอินพุต และ จอแสดงผล และอุปกรณ์เชื่อมต่อระหว่างเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งดังกล่าวกับ พอร์ตอินพุตของเครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ เพื่อรับข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่างที่ต้องการ ทำแม็ปปิ้งดังกล่าว โดยมีลัษณะเฉพาะ คือ เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอทำงานตามขั้นตอนดังนี้ (1) ขั้นตอนการจัดเตรียมสายดีเอ็นเอตัวอย่างที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่งและ สายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการเข้ารหัสซีดเมอร์แบบเลื่อนทีละ 1 เบส (2) ขั้นตอนการเรียงลำดับสายดีเอ็นเอ ตัวอย่างเทียบกับสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยการหาตำแหน่งของซีดเมอร์ของสายดีเอ็นเอตัวอย่างเทียบกับซีด เมอร์ของสายดีเอ็นเออ้างอิงด้วยหลักการไบนารี่เสิร์ช เพื่อระบุตำแหน่งการเรียงตัวและนำไปสู่การค้นหา ตำแหน่งและค้นหาความแปรผันในลำดับเบสของสายดีเอ็นเอตัวอย่าง ระบบอัตโนมัติตามการประดิษฐ์นี้ นอกจากจะช่วยแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอได้อย่างถูกต้องแล้ว ระบบยังทำงานได้อย่างรวดเร็วเนื่องจากมี การนำ GPU มาทำงานร่วมกับขั้นตอนที่มีประสิทธิภาพในการคำนวณสูง นอกจากนี้ ระบบยังมีการรายงาน ผลข้อมูลสนิปและการแทรกหรือการขาดหายไปของนิวคลีโอไทด์ซึ่งมีประโยชน์ในการนำไปใช้งานต่อได้อีก ด้วย
Claims (1)
1. ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโร ซีเคว้นซิ่ง ที่ประกอบด้วย (สูตร) เครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง สำหรับอ่านข้อมูลลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่าง ที่ต้องการทำแม็ปปิ้ง (สูตร) เครื่องแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอ ที่อย่างน้อยที่สุดประกอบด้วยหน่วยประมวลผลกลาง GPU หน่วยความจำ RAM ฮาร์ดดิสก์ พอร์ตอินพุต และจอแสดงผล (สูตร) อุปกรณ์เชื่อมต่อระหว่างเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไแท็ก :
Publications (4)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TH82440A TH82440A (th) | 2007-01-11 |
| TH128855A true TH128855A (th) | 2013-11-07 |
| TH41775B TH41775B (th) | 2014-10-07 |
| TH82440B TH82440B (th) | 2021-04-23 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP4397774A3 (en) | Methods for barcoding nucleic acid molecules from individual cells or cell populations | |
| Lymbery et al. | The molecular epidemiology of parasite infections: tools and applications | |
| EP4604127A3 (en) | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations | |
| CN102758009B (zh) | 一种牡蛎近缘物种鉴定的方法 | |
| BR112013012955A2 (pt) | método para identificação de um código de barras mono ou bidimensional em dados de imagem de entrada, dispositivo de leitura de código de barras, programa de computador e produto de programa de computador | |
| MX2017008916A (es) | Sistemas y metodos para visualizar informacion de fases y variaciones estructurales. | |
| GB2534067A (en) | Methods and systems for genomic analysis | |
| Froeschke et al. | A review of molecular approaches for investigating patterns of coevolution in marine host–parasite relationships | |
| MX2016016902A (es) | Metodos para analizar acidos nucleicos de celulas individuales o poblaciones de celulas. | |
| PH12016501255A1 (en) | Improved molecular breeding methods | |
| WO2012042374A3 (en) | Method of determining number or concentration of molecules | |
| EP2800404A3 (en) | Information providing apparatus and method thereof | |
| RU2016113791A (ru) | Способ и устройство для построения шаблона и способ и устройство для идентификации информации | |
| MX2016003888A (es) | Metodo y aparato para recomendar informacion de contacto. | |
| MX355973B (es) | Analíticas de series temporales. | |
| JO3514B1 (ar) | نظام وطريقة للوصول إلى صور من خلال الاستعلام عن صورة ملتقطة | |
| EP4300501A3 (en) | Methods of sequencing data read realignment | |
| Nakamura | Contributions of local agglomeration to productivity: Stochastic frontier estimations from Japanese manufacturing firm data | |
| EA201691168A1 (ru) | Способы исследования бета-глюкана | |
| TH128855A (th) | ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง | |
| MX2018000171A (es) | Seguimiento de infecciones en el ambito hospitalario. | |
| Kealhofer et al. | Scaling ceramic provenience at Lydian Sardis, western Turkey | |
| WO2013006278A3 (en) | Identity elucidation of unknown metabolites | |
| EP4235680A3 (en) | Method and apparatus for compact representation of bioinformatics data | |
| TH82440B (th) | ระบบอัตโนมัติสำหรับแม็ปปิ้งลำดับเบสของดีเอ็นเอที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบสที่ใช้เทคโนโลยีไพโรซีเคว้นซิ่ง |