TW201920648A - 使用布勞特氏(blautia)菌株治療癌症 - Google Patents

使用布勞特氏(blautia)菌株治療癌症 Download PDF

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Abstract

本發明提供與布勞特氏(Blautia )菌株A相關之方法及組合物，其適用作治療劑。

Description

使用布勞特氏(BLAUTIA)菌株治療癌症
在某些態樣中，本文提供與治療個體(例如人類個體)之癌症相關之方法及組合物，其包含投與包含布勞特氏(Blautia )菌株A的細菌組合物。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為馬賽布勞特氏菌株A (Blautia massiliensis Strain A) (ATCC寄存號PTA-125134)。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為包含與布勞特氏菌株A之核苷酸序列具有以下序列一致性之菌株：至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性(例如至少99.5%序列一致性、至少99.6%序列一致性、至少99.7%序列一致性、至少99.8%序列一致性、至少99.9%序列一致性)。在一些實施例中，本文提供生物反應器，其包含本文所揭示之布勞特氏菌株A。在一些實施例中，投與細菌組合物誘導個體中針對腫瘤之免疫反應。在一些實施例中，投與細菌組合物治療個體之癌症。在一些實施例中，投與加強個體中之腫瘤微環境。在一些實施例中，癌症為結腸直腸癌。
在某些實施例中，本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與包含布勞特氏菌株A (例如滅活細菌、活細菌及/或減毒細菌)的細菌組合物。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為包含與布勞特氏菌株A之核苷酸序列具有以下序列一致性之菌株：至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性(例如至少99.5%序列一致性、至少99.6%序列一致性、至少99.7%序列一致性、至少99.8%序列一致性、至少99.9%序列一致性)。在一些實施例中，細菌組合物中至少50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之細菌為布勞特氏菌株A。在一些實施例中，細菌調配物中之所有或實質上所有細菌為布勞特氏菌株A。在一些實施例中，細菌調配物包含至少1 × 105 、5 × 105 、1 × 106 、2 × 106 、3 × 106 、4 × 106 、5 × 106 、6 × 106 、7 × 106 、8 × 106 、9 × 106 、1 × 107 、2 × 107 、3 × 107 、4 × 107 、5 × 107 、6 × 107 、7 × 107 、8 × 107 、9 × 107 、1 × 108 、2 × 108 、3 × 108 、4 × 108 、5 × 108 、6 × 108 、7 × 108 、8 × 108 、9 × 108 或1 × 109 個菌落形成單位之布勞特氏菌株A。
在某些實施例中，本文提供細菌組成物，其包含布勞特氏菌株A (例如滅活細菌、活細菌及/或減毒細菌)。在一些實施例中，細菌組合物中至少50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之細菌為布勞特氏菌株A。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為包含與布勞特氏菌株A之核苷酸序列具有至少99%序列一致性(例如至少99.5%序列一致性、至少99.6%序列一致性、至少99.7%序列一致性、至少99.8%序列一致性、至少99.9%序列一致性)之菌株。在一些實施例中，細菌調配物中之所有或實質上所有細菌為布勞特氏菌株A。在一些實施例中，細菌調配物包含至少1 × 105 、5 × 105 、1 × 106 、2 × 106 、3 × 106 、4 × 106 、5 × 106 、6 × 106 、7 × 106 、8 × 106 、9 × 106 、1 × 107 、2 × 107 、3 × 107 、4 × 107 、5 × 107 、6 × 107 、7 × 107 、8 × 107 、9 × 107 、1 × 108 、2 × 108 、3 × 108 、4 × 108 、5 × 108 、6 × 108 、7 × 108 、8 × 108 、9 × 108 或1 × 109 個菌落形成單位之布勞特氏菌株A。
在一些實施例中，細菌組合物係經口、靜脈內、腫瘤內或皮下投與。在一些實施例中，細菌組合物以2次或更多次(例如3次或更多次、4次或更多次或5次或更多次劑量)投與。在一些實施例中，向個體之兩次或更多次劑量之投與相隔至少1小時、2小時、3小時、4小時、5小時、6小時、7小時、8小時、9小時、10小時、11小時、12小時、13小時、14小時、15小時、16小時、17小時、18小時、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天或21天。在一些實施例中，投與作為生態共生物種之部分的第二細菌。
在一些實施例中，方法進一步包含向該個體投與抗生素。在一些實施例中，方法進一步包含向該個體投與一或多個其他癌症療法。在一些實施例中，其他癌症療法為手術移除腫瘤、投與化學治療劑、投與放射線療法、投與抗生素、投與癌症免疫療法(例如免疫檢查點抑制劑、癌症特異性抗體、癌症疫苗、激活的抗原呈遞細胞、癌症特異性T細胞、癌症特異性嵌合抗原受體(CAR) T細胞、免疫活化蛋白、佐劑)及/或投與另一治療性細菌。
在一些實施例中，個體為哺乳動物。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，個體為非人類哺乳動物(例如狗、貓、牛、馬、豬、驢、山羊、駱駝、小鼠、大鼠、天竺鼠、綿羊、駱馬、猴、大猩猩或黑猩猩)。
相關申請案
本申請案主張2017年8月29日提交之序號62/551,554、2017年10月17日提交之序號62/573,406及2018年7月11日提交之序號62/696,429的美國臨時專利申請案的優先權，其各者的內吞在此以全文引用之方式併入本文中。一般
在某些態樣中，本文提供治療個體之癌症之方法，其包含向該個體投與包含布勞特氏菌株A的細菌組合物。定義
「佐劑」或「佐劑療法」廣泛地係指影響患者或個體之免疫或生理學反應的藥劑。舉例而言，佐劑可增加抗原隨著時間推移之存在，或對於所關注區域(如腫瘤)，有助於吸收抗原呈遞細胞抗原，活化巨噬細胞及淋巴球且支持細胞介素之生產。藉由改變免疫反應，佐劑可准許較小劑量之免疫相互作用藥劑增加特定劑量之免疫相互作用藥劑的效果或安全性。舉例而言，佐劑可防止T細胞耗竭，且因此增加特定免疫相互作用藥劑之效果或安全性。
「投與」廣泛地係指向個體投與組合物之途徑。投與途徑之實例包括經口投與、直腸投與、局部投與、吸入(經鼻)或注射。藉由注射之投與包括靜脈內(IV)、肌肉內(IM)、腫瘤內(IT)及皮下(SC)投與。本文所描述之醫藥組合物可藉由任何有效途徑以任何形式來投與，該途徑包括(但不限於)：腫瘤內、經口、非經腸、腸內、靜脈內、腹膜內、局部、經皮(例如使用任何標準貼片)、皮內、經眼、經鼻(鼻內)、局部、非經口，諸如氣霧劑、吸入、皮下、肌肉內、頰內、舌下、直腸(經直腸)、陰道、動脈內及鞘內，經黏膜(例如舌下、經舌頰內(經頰)、尿道(經尿道)、陰道(例如經陰道及陰道周)、膀胱內、肺內、十二指腸內、胃內及支氣管內。在較佳實施例中，本文所描述之醫藥組合物藉由注射經口、經直腸、腫瘤內、體表、膀胱內投與至引流淋巴結中，或藉由吸入或氣霧劑靜脈內投與或皮下投與至引流淋巴結鄰近處。
如本文所用，術語「抗體」可指代完整抗體及其抗原結合片段兩者。完整抗體為包括藉由二硫鍵互連之至少兩條重(H)鏈及兩條輕(L)鏈的糖蛋白。各重鏈包括重鏈可變區(本文中縮寫為VH )及重鏈恆定區。各輕鏈包括輕鏈可變區(本文中縮寫為VL )及輕鏈恆定區。VH 及VL 區可進一步細分成被稱為互補決定區(CDR)之高變區，穿插被稱為構架區(FR)之更保守區。各VH 及VL 係由自胺基端至羧基端按以下順序排列之三個CDR及四個FR構成：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重鏈及輕鏈之可變區含有與抗原相互作用之結合域。術語「抗體」包括例如單株抗體、多株抗體、嵌合抗體、人類化抗體、人類抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體)、單鏈抗體及抗原結合抗體片段。
如本文所用，術語抗體之「抗原結合片段」或「抗原結合部分」係指抗體之保留與抗原結合之能力的一或多個片段。涵蓋在術語抗體之「抗原結合片段」內之結合片段之實例包括Fab、Fab'、F(ab')2 、Fv、scFv、二硫鍵連接的Fv、Fd、雙功能抗體、單鏈抗體、NANOBODIES®、經分離CDRH3及保留完整抗體之可變區的至少一部分的其他抗體片段。此等抗體片段可使用習知重組及/或酶催化技術來獲得，且可以與完整抗體相同的方式篩選抗原結合。
「癌症」廣泛地係指宿主自身細胞之不受控制的異常生長，導致侵襲周圍組織及遠離宿主之異常細胞生長初始部位的可能組織。主要類別包括：為上皮組織(例如皮膚、鱗狀細胞)之癌症的癌瘤；為結締組織(例如骨骼、軟骨、脂肪、肌肉、血管等)之癌症的肉瘤；為血液形成組織(例如骨髓組織)之癌症的白血病；為免疫細胞之癌症的淋巴瘤及骨髓瘤；及包括大腦及脊椎組織之癌症的中樞神經系統癌症。「癌症」、「贅瘤」及「腫瘤」在本文中互換所用。如本文所用，「癌症」係指所有類型之癌症或贅瘤或惡性腫瘤，包括白血病、癌瘤及肉瘤，不論新的或復發的。癌症之具體實例為：癌瘤、肉瘤、骨髓瘤、白血病、淋巴瘤及混合類型腫瘤。癌症之非限制性實例為以下之新的或復發癌症：腦癌、黑素瘤、膀胱癌、乳房癌、子宮頸癌、結腸癌、頭頸癌、腎癌、肺癌、非小細胞肺癌、間皮瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宮癌及神經管胚細胞瘤。兒童及成人腫瘤包括(但不限於)以下腫瘤：膀胱癌、腦癌、乳房癌、骨癌、子宮頸癌、結腸癌、結締組織癌、脂肪癌、頭頸癌、腎癌、肝癌、肺癌、間皮瘤、黑素細胞癌(黑素瘤)、肌肉癌、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、胃癌、小腸癌及子宮癌。
術語「降低」或「消耗」意謂，使得當相較於處理前狀態時，處理之後的差異(視情況而定)為以下的變化：至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、1/100、1/1000、1/10,000、1/100,000、1/1,000,000或不可偵測的。
術語「生態共生物種」為與經由活化互補宿主路徑誘導宿主協同作用以進行改良功效的兩種細菌相比，彼此交換代謝物及正向共調節的一組細菌。
術語「抗原決定基」意謂能夠與抗體特異性結合之蛋白質決定子。抗原決定基通常由諸如胺基酸或糖側鏈之分子之化學活性表面基團組成。某些抗原決定基可由特定胺基酸序列定義，抗體能夠與該等胺基酸結合。
術語「基因」廣泛地用於指代與生物功能相關聯之任何核酸。術語「基因」適用於特定的基因組序列以及由該基因組序列編碼的cDNA或mRNA。
兩個核酸分子之核酸序列之間的「一致性」，可使用已知電腦演算法(諸如「FASTA」程式)，使用例如如Pearson等人 (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444中之預設參數(其他程式包括GCG程式包(Devereux, J.等人, Nucleic Acids Research 12(I):387 (1984))、BLASTP、BLASTN、FASTA Atschul, S. F.等人, J Molec Biol 215:403 (1990)；Guide to Huge Computers, Mrtin J. Bishop編, Academic Press, San Diego, 1994, 及Carillo等人 (1988) SIAM J Applied Math 48:1073)，測定為一致性的百分比。舉例而言，國家生物技術資訊資料庫中心(National Center for Biotechnology Information database)之BLAST功能可用於測定一致性。其他商業或公開可用的程式包括DNAStar 「MegAlign」程式(Madison, Wis.)及威斯康星大學遺傳電腦小組(University of Wisconsin Genetics Computer Group) (UWG)「Gap」程式(Madison Wis.)。
「免疫療法」為使用個體之免疫系統來治療癌症的治療，且包括例如檢查點抑制劑、癌症疫苗、細胞介素、細胞療法、CAR-T細胞及樹突狀細胞療法。
術語「增加」意謂當相較於處理前狀態時，使得處理之後之差異(視而定情況)為高至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、2倍、4倍、10倍、100倍、10^3倍、10^4倍、10^5倍、10^6倍及/或10^7倍的變化。可增加之特性包括免疫細胞、細菌細胞、基質細胞、骨髓衍生之抑制細胞、纖維母細胞、代謝物及細胞介素。
「先天性免疫促效劑」或「免疫佐劑」為特異性靶向先天性免疫受體之小分子、蛋白質或其他藥劑，該等先天性免疫受體包括Toll樣受體、NOD受體、STING路徑組分。舉例而言，LPS為細菌衍生或合成的TLR-4促效劑，且鋁可用作免疫刺激佐劑。免疫佐劑為較廣佐劑或佐劑療法之特異性類別。
術語「經分離」或「富集」涵蓋已進行以下的微生物、細菌或其他實體或物質：(1)與至少一些其當最初生產(不論在自然界中還是在實驗環境中)時結合之組分分離，及/或(2)由人工生產、製備、純化及/或製造。經分離之微生物可與其最初結合之其它組分之至少約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或更多進行分離。在一些實施例中，經分離之微生物為約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或高於約99%純。如本文中所用，若物質大體上不含其他組分，則該物質為「純的」。術語「純化(purify/purifying/purified)」係指，微生物或其他材料已與至少一些其當最初生產或產生(例如不論在自然界中或在實驗環境中)時或在其初次生產後之任何時間期間結合之組分分離。若微生物或微生物群體在生產時或之後諸如與含有該微生物或微生物群體之材料或環境分離，則該微生物或微生物群體可視為經純化的，且經純化之微生物或微生物群體可含有至多約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或高於約90%的其他材料，且仍視為「經分離的」。在一些實施例中，經純化之微生物或微生物群體為高於約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或高於約99%純。在本文提供之微生物組合物之例子中，存在於組合物中之一或多種微生物類型可獨立地自所生產及/或含有微生物類型之材料或環境中存在之一或多種其他微生物純化。微生物組合物及其微生物組分一般自殘餘環境產物純化。
如本文所用，若基因在工程改造細菌中在至少一些條件下以比其由相同物種之野生型細菌在相同條件下表現之水準高的水準表現，則該基因在細菌中「過度表現」。類似地，若基因在工程改造細菌中在至少一些條件下以比其由相同物種之野生型細菌在相同條件下表現之水準低的水準表現，則該基因在細菌中「過低表現」。
術語「聚核苷酸」及「核酸」可互換地使用。其係指任何長度之核苷酸(去氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)之聚合形式或其類似物。聚核苷酸可具有任何三維結構且可執行任何功能。以下為聚核苷酸之非限制性實例：基因或基因片段之編碼或非編碼區域、自連接分析所定義之基因座(loci/locus)、外顯子、內含子、信使RNA (mRNA)、轉移RNA、核糖體RNA、核糖核酸酶、cDNA、重組聚核苷酸、分支鏈聚核苷酸、質體、載體、經分離之任何序列DNA、經分離之任何序列RNA、核酸探針及引子。聚核苷酸可包含經修飾之核苷酸，諸如甲基化核苷酸及核苷酸類似物。若存在，可在聚合物組裝之前或之後賦予核苷酸結構之修飾。可諸如藉由與標記組分結合進一步修飾聚核苷酸。在本文中所提供之所有核酸序列中，U核苷酸可與T核苷酸互換。
「操作分類單位」及「OTU」係指系統發生樹中之末端葉片，且由核酸序列，例如在物種層級上，全基因組或特異性基因序列及與此核酸序列共用序列一致性之所有序列定義。在一些實施例中，特異性基因序列可為16S序列或16S序列之一部分。在其他實施例中，對兩個實體之全基因組進行定序，且進行比較。在另一實施例中，可對選擇區域，諸如多位點序列標籤(MLST)、特異性基因或基因集合，進行基因比較。對於16S，全16S或16S之一些可變區共用≥97%平均核苷酸一致性的OTU視為相同OTU。參見例如Claesson MJ, Wang Q, O'Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole JR, Ross RP及O'Toole PW. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200. Konstantinidis KT, Ramette A及Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940。對於全基因組、MLST、除16S以外之特異性基因或基因集合，共用≥95%平均核苷酸一致性之OTU視為相同OTU。參見例如Achtman M, and Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6: 431-440. Konstantinidis KT, Ramette A, and Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940。OTU通常藉由比較生物體之間的序列來定義。一般而言，具有小於95%序列一致性之序列不視為形成相同OTU之一部分。OTU亦可特徵為核苷酸標記或基因，尤其高度保守基因(例如「管家」基因)或其組合之任何組合。本文提供對例如屬、物種及系統發生進化枝進行分類分配的操作分類單位(OTU)。
如本文所用，「特異性結合」係指抗體與預定抗原結合之能力或多肽與其預定結合搭配物結合之能力。通常，抗體或多肽以對應於約10-7 M或更少之KD 的親和力，與其預定抗原或結合搭配物特異性結合；且以比其與非特異性及無關抗原/結合搭配物(例如BSA、酪蛋白)結合的親和力低至少10倍、至少100倍或至少1000倍的親和力(如由KD 表示)，與預定抗原/結合搭配物結合。或者，特異性結合更廣泛地應用於兩組分系統，其中一個組分為蛋白質、脂質或碳水化合物或其組合，且以特異性方法與第二組分接合，該第二組分為蛋白質、脂質碳水化合物或其組合。
術語「個體」或「患者」係指任何動物。描述為「有需要之」個體或患者係指需要治療疾病的個體或患者。哺乳動物(Mammal/mammalian animal)包括人類、實驗室動物(例如靈長類、大鼠、小鼠)、家畜(例如牛、綿羊、山羊、豬)及家養寵物(例如狗、貓、嚙齒動物)。舉例而言，個體可為非人類哺乳動物，包括(但不限於)狗、貓、牛、馬、豬、驢、山羊、駱駝、小鼠、大鼠、天竺鼠、綿羊、駱馬、猴、大猩猩或黑猩猩。個體或患者可為健康的，或可罹患處於任何發展階段之贅瘤，其中階段中之任一者係由癌症相關或致病病原體引起或機會性地支持，或可處於發展贅瘤、傳輸癌症相關或癌症致病病原體至其他處的風險下。在一些實施例中，患者患有肺癌、膀胱癌、前列腺癌、卵巢癌及/或黑素瘤。患者可患有展示巨胞飲增強(其中此過程之基礎基因組學包括Ras活化)的腫瘤。在其他實施例中，患者罹患其他癌症。在一些實施例中，個體已經受癌症療法。
「菌株」係指具有基因標誌之細菌物種成員，該基因標誌使得該細菌物種成員可與相同細菌物種之緊密相關成員區別開。基因標誌可為不存在至少一個基因之全部或部分、不存在至少調節區(例如啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點)之全部或部分、不存在(「固化」)至少一個原生質體、存在至少一個重組基因、存在至少一個突變基因、存在至少一個外源基因(來源於另一物種之基因)、存在至少一個突變調節區(例如啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點)、存在至少一個非天然質體、存在至少一個抗生素抗性盒或其組合。可藉由PCR擴增，視情況接著對所關注的基因組區域或全基因組進行DNA定序，來鑑別不同菌株之間的基因標誌。在一個菌株(相較於相同物種之另一菌株)已獲得或失去抗生素抗性、或獲得或失去生物合成能力(諸如營養缺陷型菌株)之情況下，菌株可藉由分別使用抗生素或營養物/代謝物進行選擇或反選擇來區別開。
如本文中所用，術語「治療」個體之疾病或「治療」患有或疑似患有疾病之個體，係指使個體經受醫藥治療，例如，投與一或多種藥劑，以使得疾病之至少一個症狀減小或預防惡化。因此，在一個實施例中，「治療」尤其係指延遲進展、加速緩解、誘導緩解、增強緩解、加速恢復、增加替代性療法之功效或降低對替代性療法之耐藥性或其組合。在某些實施例中，若個體在治療之後經受比預期在不存在治療的情況下的腫瘤大小減少、腫瘤數目減少、腫瘤生長減少、癌轉移減少及/或總癌細胞數目減少，則癌症經治療。細菌
在某些態樣中，本文提供使用細菌組合物之方法，該細菌組合物包含布勞特氏菌株A。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為包含與布勞特氏菌株A之核苷酸序列具有以下序列一致性之菌株：至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性(例如至少99.5%序列一致性、至少99.6%序列一致性、至少99.7%序列一致性、至少99.8%序列一致性、至少99.9%序列一致性)。
根據布達佩斯條約(Budapest Treaty)關於出於專利程序之目的之微生物寄存的國際識別條款，布勞特氏菌株A在2018年6月7日寄存於10801 University Boulevard, Manassas, Va. 20110-2209 USA之美國菌種寄存中心(American Type Culture Collection；ATCC)，且指定ATCC登錄號為PTA-125134。
申請人表示，ATCC為提供持久性寄存且公眾(若專利被授予)易於獲得的儲藏所。在授予專利後將不可撤消的消除對於公眾獲取如此寄存之材料的所有限制。在專利申請案懸而未決期間，由在下37 CFR 1.14及35 U.S.C. 122授權的專員判定的人將容易的獲得材料。寄存材料將得到所有必要的小心維護，使其在最近一次提供寄存材料樣本的請求之後至少五年內、而且在任何情況下在寄存日之後至少三十(30)年內或專利有效期內(取二者之中較長的)保持存活且不受污染。由於寄存物狀況使得無法由儲藏所提供樣本時，申請人承擔替換寄存物的責任。
在一些實施例中，本文所描述之細菌經修飾，以改良定殖及/或移植於哺乳動物胃腸道中(例如經調節的代謝，諸如改良的黏蛋白降解、增強的競爭特性、增加的運動性、增加的至腸上皮細胞之黏附、經調節的趨化性)。在一些實施例中，本文所描述之細菌經修飾，以增強其免疫調節及/或治療效果(例如單獨或與另一治療性藥劑組合)。在一些實施例中，本文所描述之細菌經修飾，以增強免疫活化(例如經由多醣、菌毛、繖毛、黏附素、外膜囊泡之經調節生產)。在一些實施例中，本文所描述之細菌經修飾，以改良細菌生產(例如較高氧耐受性、改良的凍融耐受性、較短產生時間)。
可根據此項技術中已知之方法來培養布勞特氏菌株A。舉例而言，布勞特氏菌株可使用例如以下中所揭示之方法在ATCC培養基2722、ATCC培養基1490或其他培養基中生長：Caballero等人, 2017. 「Cooperating Commensals Restore Colonization Resistance to Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium」 Cell Host & Microbe 21:592-602，其以全文引用之方式併入本文中。細菌組合物
在某些態樣中，本文提供細菌組合物，其包含布勞特氏菌株A。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。在一些實施例中，布勞特氏菌株A為包含與布勞特氏菌株A之核苷酸序列具有以下序列一致性之菌株：至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性(例如至少99.5%序列一致性、至少99.6%序列一致性、至少99.7%序列一致性、至少99.8%序列一致性、至少99.9%序列一致性)。在一些實施例中，細菌調配物包含細菌及/或本文所描述之細菌與醫藥學上可接受之載劑之組合。
在某些實施例中，細菌組合物中至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之細菌為布勞特氏菌株A。在某些實施例中，細菌組合物中之實質上所有細菌為布勞特氏菌株A。在某些實施例中，細菌組合物包含至少1 × 103 個菌落形成單位(CFU)、1 × 104 個菌落形成單位(CFU)、1 × 105 個菌落形成單位(CFU)、5 × 105 個菌落形成單位(CFU)、1 × 106 個菌落形成單位(CFU)、2 × 106 個菌落形成單位(CFU)、3 × 106 個菌落形成單位(CFU)、4 × 106 個菌落形成單位(CFU)、5 × 106 個菌落形成單位(CFU)、6 × 106 個菌落形成單位(CFU)、7 × 106 個菌落形成單位(CFU)、8 × 106 個菌落形成單位(CFU)、9 × 106 個菌落形成單位(CFU)、1 × 107 個菌落形成單位(CFU)、2 × 107 個菌落形成單位(CFU)、3 × 107 個菌落形成單位(CFU)、4 × 107 個菌落形成單位(CFU)、5 × 107 個菌落形成單位(CFU)、6 × 107 個菌落形成單位(CFU)、7 × 107 個菌落形成單位(CFU)、8 × 107 個菌落形成單位(CFU)、9 × 107 個菌落形成單位(CFU)、1 × 108 個菌落形成單位(CFU)、2 × 108 個菌落形成單位(CFU)、3 × 108 個菌落形成單位(CFU)、4 × 108 個菌落形成單位(CFU)、5 × 108 個菌落形成單位(CFU)、6 × 108 個菌落形成單位(CFU)、7 × 108 個菌落形成單位(CFU)、8 × 108 個菌落形成單位(CFU)、9 × 108 個菌落形成單位(CFU)、1 × 109 個菌落形成單位(CFU)、5 × 109 個菌落形成單位(CFU)、1 × 1010 個菌落形成單位(CFU)、5 × 1010 個菌落形成單位(CFU)、1 × 1011 個菌落形成單位(CFU)、5 × 1011 個菌落形成單位(CFU)、1 × 1012 個菌落形成單位(CFU)、5 × 1012 個菌落形成單位(CFU)、1 × 1013 個菌落形成單位(CFU)之布勞特氏菌株A。
在一些實施例中，組合物中至少10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%之細菌，係選自本文所描述之細菌物種。組合物中至少10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%之細菌，係選自本文所描述之菌株。
在一些實施例中，本文中所描述之組合物可僅包括本文所描述之一種細菌物種，或可包括本文所描述之兩種或更多種細菌物種。舉例而言，本文所描述之1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種物種，呈任何組合形式，可包括於本文提供之組合物中。
如下文詳細描述，本文所揭示之醫藥組合物可專門調配用於以固體或液體形式，包括適用於經口或直腸投與之彼等形式投與。
在一些實施例中，本文所描述之組合物可為醫藥組合物、膳食補充品或食品產品(例如食物或飲料)。在一些實施例中，食品產品為動物飼料。
在某些實施例中，本文所描述之用於經口投與之醫藥組合物包含能夠將細菌有效遞送至結腸之額外組分。在一些實施例中，可使用能夠將細菌遞送至結腸之醫藥製劑。此類調配物之實例包括pH敏感組合物，諸如經緩衝之藥囊調配物或腸聚合物，當在腸聚合物穿過胃之後pH變成鹼性時，該等藥囊調配物或腸聚合物釋放其內含物。當pH敏感組合物用於調配醫藥製劑時，pH敏感組合物可為組合物分解之pH臨限值在約6.8與約7.5之間的聚合物。
適用於將細菌遞送至結腸之醫藥組合物之另一實施例為，藉由延遲釋放細菌大致3至5小時(其對應於小腸輸送時間)確保遞送至結腸的醫藥組合物。在一些實施例中，用於延遲釋放之醫藥組合物包括水凝膠殼。水凝膠為水合的，且在與腸胃流體接觸後膨脹，結果為有效地釋放內含物(主要在結腸中釋放)。延遲釋放劑量單位包括含細菌組合物，其具有包衣或選擇性包衣細菌的材料。此類選擇性包衣材料之實例包括活體內可降解聚合物、可逐漸水解之聚合物、可逐漸溶於水之聚合物及/或酶可降解聚合物。用於有效延遲釋放之廣泛多種包衣材料為可獲得的，且包括例如：纖維素類聚合物，諸如羥丙基纖維素；丙烯酸聚合物及共聚物，諸如甲基丙烯酸聚合物及共聚物；及乙烯聚合物及共聚物，諸如聚乙烯吡咯啶酮。
能夠遞送至結腸之組合物之實例進一步包括：生物黏附組合物，其特異性黏附於結腸黏膜(例如美國專利第6,368,586號之說明書中描述之聚合物，其以引用之方式併入本文中)；及組合物，其中併入蛋白酶抑制劑以用於尤其在腸胃段中保護生物藥劑歸因於蛋白酶之活性而分解。
能夠遞送至結腸之系統之實例為藉由壓力變化，以使得藉由使用由在胃之遠端部分處細菌醱酵中產生氣體引起之壓力變化而釋放內含物的方式，將組合物遞送至結腸之系統。此類系統不受特別限制，且其更特定實例為將內含物分散於栓劑基質中且用疏水性聚合物(例如乙基纖維素)包衣的膠囊。
能夠遞送至結腸之系統之另一實例為將組合物遞送該結腸之系統，該系統特異性由結腸中存在之酶(例如碳水化合物羥化酶或碳水化合物還原酶)分解。此類系統不受特別限制，且其更具體實例包括使用食物組分(諸如非澱粉多醣、直鏈澱粉、三仙膠及偶氮聚合物)之系統。
在一些實施例中，含有布勞特氏菌株A之調配物呈囊封、腸溶包衣或粉劑形式提供，其中劑量範圍高達1011 cfu(例如高達1010 cfu)。在一些實施例中，在膠囊中，組合物包含5 × 1011 cfu之布勞特氏菌株A及10% (w/w)玉米澱粉。在一些實施例中，膠囊為腸溶包衣的，以在pH 5.5下在十二指腸釋放。在一些實施例中，組合物包含經冷凍乾燥之布勞特氏菌株A之粉劑，其認為為「安全資格推定(Qualified Presumption of Safety)」(QPS)狀態。在一些實施例中，組合物在冷凍或冷藏溫度下為穩定的。
用於生產微生物組合物之方法可包括三個主要處理步驟。該等步驟為：生物體儲備、生物體生產及保存。在某些實施例中，含有大量布勞特氏菌株A之樣本可藉由避免分離步驟來培養。
對於儲備，包括於微生物組合物中之菌株可：(1)直接與樣品分離或獲自備用儲備液，(2)視情況在支持生長以產生活生物量之營養物瓊脂或培養液上培養，及(3)生物量視情況保存在長期儲存之多個等分試樣中。
在實施例中，使用培養步驟，瓊脂或培養液可含有提供使得能夠進行生長之基本元素及特定因子的營養物。實例應為由以下構成之培養基：20 g/L葡萄糖、10 g/L酵母提取物、10 g/L大豆蛋白腖、2 g/L檸檬酸、1.5 g/L磷酸二氫鈉、100 mg/L檸檬酸鐵銨、80 mg/L硫酸鎂、10 mg/L氯化血紅素、2 mg/L氯化鈣、1 mg/L甲萘醌。另一實例應為由以下構成之培養基：10 g/L牛肉提取物、10 g/L蛋白腖、5 g/L氯化鈉、5 g/L右旋糖、3 g/L酵母提取物、3 g/L乙酸鈉、1 g/L可溶澱粉及0.5 g/L L-半胱胺酸-HCl，pH 6.8。各種微生物培養基及變異形式為此項技術中所熟知(例如R.M. Atlas, Handbook of Microbiological Media (2010) CRC Press)。培養基可在開始時添加至培養物，可在培養期間添加，或可間歇地/連續流過培養物。細菌組合物中之菌株可作為微生物組合物之子集或作為包含微生物組合物之整個集合單獨培養。作為一實例，第一菌株可與第二菌株一起在混合連續培養中在低於任一細胞之最大生長速率之稀釋速率下培養，以防止培養物自培養中洗滌出。
使接種培養物在有利條件下培育足以建構生物量的一段時間。對於人類用途之微生物組合物，此通常在37℃溫度下，pH及其他參數具有類似於正常人類生態棲位的值。環境可進行主動地控制、被動地控制(例如經由緩衝液)或允許偏移。舉例而言，對於厭氧性細菌組合物，可採用缺氧/還原環境。此可藉由向培養液中添加還原劑(諸如半胱胺酸)及/或去除氧來實現。作為一實例，細菌組合物之培養物可在37℃下、pH 7、在用1 g/L半胱胺酸-HCl預還原之以上培養基中生長。
當培養物已產生足夠生物量時，可將其保存備用。可將生物體置放於化學環境中，該化學環境保護其免於冷凍(添加『低溫保護劑』)中、乾燥(『凍乾保護劑』)及/或滲壓衝擊(『滲透保護劑』)、分配至多個(視情況相同)容器中以產生均一庫且隨後處理培養物以進行保存。容器一般為不可滲透的，且具有確保與環境隔開的封閉件。低溫保存處理藉由在超低溫度(例如處於或低於-80℃)下冷凍液體來實現。乾燥保存藉由蒸發(在噴霧乾燥或『冷卻乾燥』之情況下)或藉由昇華(例如對於冷凍乾燥、噴霧冷凍乾燥)而自培養物移除水。移除水改良在高於低溫條件之高溫下的長期微生物組合物儲存穩定性。若微生物組合物包含例如產芽孢物種且導致產生芽孢，則最終組分可藉由額外手段(諸如密度梯度離心)來純化且使用上文所描述之技術來保存。微生物組合物儲備可藉由獨立地培養及保存菌株，或藉由將菌株混合在一起來產生組合庫來進行。作為低溫保存之一實例，微生物組合物培養物可藉由離心以使來自培養基之細胞集結(pellet)來收集，對上清液進行傾析且用含有15%甘油之新鮮培養液置換。隨後，可將培養物等分至1 mL冷凍管中，密封且置放於-80℃下以長期保留存活力。在自冷凍儲存恢復後，此程序達成可接受的存活力。
微生物生產可使用類似於儲備之培養步驟來進行，包括上文所描述之培養基組合物及培養條件。其可在較大操作規模下進行，尤其對於臨床研發或商業生產。在較大規模下，可在最終培養之前對微生物組合物進行數次轉種。在培養結束時，收集培養物，以使得能夠進一步調配成用於投與之劑型。此可涉及濃度、移除非所需培養基組分及/或引入至化學環境中，該化學環境保持微生物組合物且使其可經由所選擇途徑來投與。舉例而言，微生物組合物可培養至1010 CFU/mL之濃度，隨後藉由切向流微過濾濃縮20倍；用過的培養基可藉由透濾用由2%明膠、100 mM海藻糖及10 mM磷酸鈉緩衝液組成之保存培養基來更換。隨後，可將懸浮液冷凍乾燥成粉末，且進行滴定。
在乾燥之後，粉末可經摻合至適當效能，且與其他培養物及/或填充物(諸如對於稠度及易於操作，微晶纖維素；及如本文所提供所調配之細菌組合物)混合。
在某些態樣中，提供用於投與個體之細菌組合物。在一些實施例中，將細菌組合物與額外活性及/或無活性材料組合，以便產生最終產物，該最終產物可呈單一劑量單位或呈多劑量格式。
在一些實施例中，組合物包含至少一種碳水化合物。「碳水化合物」係指糖或糖聚合物。術語「糖」、「多醣」、「碳水化合物」及「寡醣」可互換使用。大部分碳水化合物為具有多個羥基之醛類或酮類，通常一個羥基在分子之各碳原子上。碳水化合物一般具有分子式Cn H2n On 。碳水化合物可為單醣、雙醣、三醣、寡醣或多醣。大部分基礎碳水化合物為單醣，諸如葡萄糖、半乳糖、甘露糖、核糖、阿拉伯糖、木糖及果糖。雙醣為兩個接合的單糖。例示性雙醣包括蔗糖、麥芽糖、纖維二糖及乳糖。通常，寡醣包括三個與六個之間的單醣單位(例如棉子糖、水蘇糖)，且多醣包括六個或更多個單醣單位。例示性多醣包括澱粉、肝醣及纖維素。碳水化合物可含有經修飾之醣單位，諸如2'-去氧核糖，其中羥基經移除；2'-氟核糖，其中羥基用氟置換；或N-乙醯葡萄糖胺，一種葡萄糖之含氮形式(例如2'-氟核糖、去氧核糖及己醣)。碳水化合物可以多種不同形式存在，例如構象異構體、環狀形式、非環狀形式、立體異構體、互變異構體、端基異構體及異構體。
在一些實施例中，組合物包含至少一種脂質。如本文所用，「脂質」包括脂肪、油、甘油三酯、膽固醇、磷脂、呈任何形式之脂肪酸(包括游離脂肪酸)。脂肪、油及脂肪酸可為飽和、不飽和(順式或反式)或部分不飽和(順式或反式)的。在一些實施例中，脂質包含選自以下之至少一種脂肪酸：月桂酸(12:0)、肉豆蔻酸(14:0)、棕櫚酸(16:0)、棕櫚油酸(16:1)、十七烷酸(17:0)、十七碳烯酸(17:1)、硬脂酸(18:0)、油酸(18:1)、亞麻油酸(18:2)、次亞麻油酸(18:3)、十八碳四烯酸(18:4)、花生酸(20:0)、二十碳烯酸(20:1)、二十碳二烯酸(20:2)、二十碳四烯酸(20:4)、二十碳五烯酸(20:5) (EPA)、二十二烷酸(22:0)、二十二碳烯酸(22:1)、二十二碳五烯酸(22:5)、二十二碳六烯酸(22:6) (DHA)及二十四烷酸(24:0)。在一些實施例中，組合物包含至少一種經修飾脂質，例如已藉由蒸煮來修飾之脂質。
在一些實施例中，組合物包含至少一種補充礦物質或礦物質源。礦物質之實例包括(但不限於)：氯、鈉、鈣、鐵、鉻、銅、碘、鋅、鎂、錳、鉬、磷、鉀及硒。前述礦物質中之任一者之合適形式包括可溶礦物鹽、微溶礦物鹽、不可溶礦物鹽、螯合礦物質、礦物質錯合物、非反應性礦物質(諸如羰基礦物質)及還原礦物質及其組合。
在一些實施例中，組合物包含至少一種補充維生素。該至少一種維生素可為脂溶性或水溶性維生素。合適的維生素包括(但不限於)維生素C、維生素A、維生素E、維生素B12、維生素K、核黃素、菸酸、維生素D、維生素B6、葉酸、吡哆醇、硫胺素、泛酸及生物素。前述中之任一者之合適形式為維生素之鹽、維生素之衍生物、具有維生素之相同或類似活性之化合物及維生素之代謝物。
在一些實施例中，組合物包含賦形劑。合適賦形劑之非限制性實例包括緩衝劑、保存劑、穩定劑、黏合劑、壓緊劑、潤滑劑、分散增強劑、崩解劑、調味劑、甜味劑及著色劑。
在一些實施例中，賦形劑為緩衝劑。合適的緩衝劑之非限制性實例包括檸檬酸鈉、碳酸鎂、碳酸氫鎂、碳酸鈣及碳酸氫鈣。
在一些實施例中，賦形劑包含保存劑。合適的保存劑之非限制性實例包括抗氧化劑，諸如α-生育酚及抗壞血酸酯；及抗菌劑，諸如對羥苯甲酸酯、氯丁醇及苯酚。
在一些實施例中，組合物包含黏合劑作為賦形劑。合適的黏合劑之非限制性實例包括澱粉、預膠凝澱粉、明膠、聚乙烯吡咯啶酮、纖維素、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、乙基纖維素、聚丙烯醯胺、聚乙烯唑烷酮、聚乙烯醇、C12 -C18 脂肪酸乙醇、聚乙二醇、多元醇、醣、寡醣及其組合。
在一些實施例中，組合物包含潤滑劑作為賦形劑。合適的潤滑劑之非限制性實例包括硬脂酸鎂、硬脂酸鈣、硬脂酸鋅、氫化植物油、sterotex、聚氧乙烯單硬脂酸酯、滑石、聚乙二醇、苯甲酸鈉、月桂基硫酸鈉、月桂基硫酸鎂及輕質礦物油。
在一些實施例中，組合物包含分散增強劑作為賦形劑。合適的分散劑之非限制性實例包括澱粉、褐藻酸、聚乙烯吡咯啶酮、瓜爾豆膠、高嶺土、膨潤土、純化木材纖維素、羥基乙酸澱粉鈉、異非晶形矽酸鹽及微晶纖維素作為高HLB乳化劑界面活性劑。
在一些實施例中，組合物包含崩解劑作為賦形劑。在一些實施例中，崩解劑為非發泡崩解劑。合適的非發泡崩解劑之非限制性實例包括澱粉，諸如玉米澱粉、馬鈴薯澱粉、預膠凝及其經改質澱粉；甜味劑；黏土，諸如膨潤土；微晶纖維素；海藻酸鹽；羥基乙酸澱粉鈉；樹膠，諸如瓊脂、瓜爾豆膠、刺槐豆膠、加拉亞膠、果膠及黃蓍膠。在一些實施例中，崩解劑為發泡崩解劑。合適的發泡崩解劑之非限制性實例包括碳酸氫鈉與檸檬酸組合及碳酸氫鈉與酒石酸組合。
在一些實施例中，細菌調配物包含腸溶包衣或微囊包封。在某些實施例中，腸溶包衣或微囊包封改良靶向胃腸道之所需區域。舉例而言，在某些實施例中，細菌組合物包含在與胃腸道之特定區域相關聯之pH下溶解的腸溶包衣及/或微膠囊。在一些實施例中，腸溶包衣及/或微膠囊在約5.5-6.2之pH下溶解，以在十二指腸中釋放；在約7.2-7.5之pH值下溶解，以在回腸中釋放；及/或在約5.6-6.2之pH值下溶解，以在結腸中釋放例示性腸溶包衣及微膠囊描述於例如美國專利公開案第2016/0022592號中，該專利公開案以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中，組合物為食品產品(例如食物或飲料)，諸如：健康食物或飲料；嬰兒食物或飲料；妊娠期婦女、運動員、老年人或其他指定群體之食物或飲料、功能性食物；飲料；指定健康用途之食物或飲料；膳食補充品；患者之食物或飲料或動物飼料。食品及飲料之具體實例包括：各種飲料，諸如果汁、提神飲料、茶飲料、飲用製劑、果凍飲料及功能性飲料；酒精性飲料，諸如啤酒；含碳水化合物食品，諸如稻米食品產品、麵條、麵包及意大利麵；膏狀產品，諸如魚腸、香腸、海產食品之膏狀產品；蒸餾袋裝產品，諸如咖喱、用濃厚澱粉調味醬調味的食物及中國湯；湯；乳製品，諸如奶品、乳飲料、冰淇淋、乾酪及乳果；醱酵產品，諸如醱酵豆醬、乳果、醱酵飲料及醃菜；豆製品；各種糖果產品，包括餅乾、甜餅及其類似物、糖果、口香糖、膠質糖、冷甜點(包括果凍)、焦糖奶油及冷凍甜點；速食食品，諸如速食湯及速食大豆湯；微波食品；及類似物。此外，實例亦包括以粉劑、顆粒、錠劑、膠囊、液體、膏體及果凍形式製備之健康食品及飲料。
在某些實施例中，本文所揭示之細菌結合益生元向該個體投與。益生元為一般難以由宿主動物消化且選擇性地由細菌醱酵或代謝的碳水化合物。益生元可為改變宿主中之微生物群落之組成或代謝之短鏈碳水化合物(例如寡醣)及/或簡單糖(例如單醣及二醣)及/或黏蛋白(高度糖基化之蛋白質)。短鏈碳水化合物亦被稱作寡醣，且通常含有2或3及至多8、9、10、15或更多個糖部分。當將益生元引入至宿主中時，益生元影響宿主體內之細菌且並不直接影響宿主。在某些態樣中，益生元組合物可選擇性地刺激宿主中有限數目之細菌中之一者的生長及/或活性。益生元包括寡醣，諸如果寡醣(FOS) (包括菊糖)、半乳寡醣(GOS)、反式半乳寡醣、木寡醣(XOS)、殼寡醣(COS)、大豆寡醣(例如水蘇糖及棉子糖)、龍膽寡醣、異麥芽糖寡醣、甘露寡醣(mannooligosaccharide)、麥芽糖寡醣及甘露寡醣(mannanoligosaccharides)。寡醣不一定為單一組分，且可為含有不同寡聚程度之寡醣的混合物，有時包括母體雙醣及單體糖。在許多常見食品，包括水果、蔬菜、奶品及蜂蜜中，發現呈天然組分之各種類型的寡醣。寡醣之具體實例為乳酮糖、乳果糖、巴拉金糖(palatinose)、糖基蔗糖、瓜爾豆膠、阿拉伯膠、塔格糖(tagalose)、直鏈澱粉、支鏈澱粉、果膠、木聚糖及環糊精。益生元亦可經純化或以化學或酶促方式合成。投藥
在某些態樣中，本文提供一種將本文所描述之細菌及/或細菌組合物遞送至個體之方法。在本文所提供之方法之一些實施例中，結合投與癌症治療來投與細菌。在一些實施例中，將細菌與癌症治療共調配於醫藥組合物中。在一些實施例中，共投與細菌與癌症治療。在一些實施例中，在投與細菌之前(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘前，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時前，或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天前)，向個體投與癌症治療。在一些實施例中，在投與細菌之後(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘後，約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時後，或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天後)，向個體投與癌症治療。在一些實施例中，使用相同遞送模式來遞送細菌及癌症治療兩者。在一些實施例中，使用不同遞送模式來投與細菌及癌症治療。舉例而言，在一些實施例中，經口投與細菌，而經由注射(例如靜脈內、肌肉內及/或腫瘤內注射)投與癌症治療。
在某些實施例中，可結合任何其他習知抗癌治療，諸如放射線療法及手術切除腫瘤，來投與本文所描述之醫藥組合物、劑型及套組。此等治療可視需要及/或如所指示施加，且可發生在投與本文所描述之醫藥組合物、劑型及套組之前、同時或之後。
給藥方案可為各種方法及量中之任一者，且可藉由熟習此項技術者根據已知臨床因素來判定。如醫學技術中所知，任一患者之劑量可視多種因素而定，包括個體之物種、身材、身體表面積、年齡、性別、免疫能力及一般健康、待投與之特定微生物、投與持續時間及途徑、疾病之種類及階段(例如腫瘤大小)，及諸如同時投與之藥物的其他化合物。除以上因素以外，此類水準可受微生物之感染性及微生物之性質影響，該等感染性及性質如可藉由熟習此項技術者來測定。在本發明方法中，微生物之適當最小劑量水準可為在腫瘤或癌轉移中微生物足以存活、生長及複製的水準。本文所描述之治療方法可適合於治療原發性腫瘤、繼發性腫瘤或癌轉移，以及適合於復發腫瘤或癌症。本文所描述之醫藥組合物之劑量可適當根據劑型、投與途徑、靶向疾病之程度或階段及其類似者來設定或調整。舉例而言，藥劑之一般有效劑量可介於0.01 mg/kg體重/天與1000 mg/kg體重/天之間、0.1 mg/kg體重/天與1000 mg/kg體重/天之間、0.5 mg/kg體重/天與500 mg/kg體重/天之間、1 mg/kg體重/天與100 mg/kg體重/天之間，或5 mg/kg體重/天與50 mg/kg體重/天之間。有效劑量可為0.01、0.05、0.1、0.5、1、2、3、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、500或1000 mg/kg體重/天或更多，但劑量不限於此。
在一些實施例中，向個體投與之劑量足以預防癌症、延遲其發作、或減緩或終止其進展或預防癌症復發。熟習此項技術者應認識到，劑量將視各種因素而定，包括所採用之特定化合物之強度，以及個體之年齡、物種、狀況及體重。劑量之大小亦將藉由以下來判定：投與之途徑、時序及頻率，以及可伴隨特定化合物之投與之任何不良副作用的存在、性質及程度，以及所需生理學效果。
合適的劑量及給藥方案可藉由一般技術者已知的習知範圍探求技術判定。一般而言，治療係以小於化合物之最佳劑量之較小劑量開始。其後，劑量以小增量增加，直至達到在該等情況下之最佳效果。有效劑量及治療方案可藉由常規及習知手段判定，開始例如在實驗動物中使用低劑量，且隨後增加劑量，同時監測效果，且同樣系統地改變給藥方案。常用動物研究以測定呈生物活性試劑/公斤重量之最大耐受劑量(MTD)。熟習此項技術者通常推知其他物種(包括人類)中之功效劑量，同時避免毒性。
根據上文，在治療性應用中，在影響所選擇之劑量之其他因素中，根據本發明使用之活性劑的劑量視以下而變化：活性劑，接受者患者的年齡、體重及臨床病狀，及投與療法的臨床師或醫師的經驗及判斷。一般而言，劑量應足以引起減緩腫瘤之生長，及較佳地使腫瘤消退，且最佳地引起癌症完全消退。
獨立投與可包括任何數目之兩次或更多次投與(例如劑量)，包括兩次、三次、四次、五次或六次投與。熟習此項技術者可根據此項技術中已知之用於監測治療方法之方法及本文提供之其他監測方法，容易地判定執行投與的數目或執行一或多個額外投與的客觀需要。在一些實施例中，劑量可相隔至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天，或1、2、3或4週。因此，本文所提供之方法包括向個體提供一或多次細菌投與之方法，其中投與之數目可藉由監測個體及基於監測結果來判定，判定是否提供一或多次額外投與。關於是否提供一或多次額外投與之決定可基於各種監測結果，包括(但不限於)：腫瘤生長或腫瘤生長抑制之指示、出現新癌轉移或癌轉移抑制、個體之抗細菌抗體效價、個體之抗腫瘤抗體效價、個體之總體健康狀況及/或個體之體重。
投與之間的時段可為各種時段中之任一者。投與之間的時段可取決於各種因素中之任一者，包括如關於投與數目中所描述之監測步驟、個體建立免疫反應之時段及/或個體自正常組織清除細菌之時段。在一個實例中，時段可取決於個體建立免疫反應之時段；舉例而言，時段可超過個體建立免疫反應之時段，諸如超過約一週、超過約十天、超過約兩週、或超過約譯月；在另一實例中，時段可小於個體建立免疫反應之時段，諸如小於約一週、小於約十天、小於約兩週或小於約一月。在另一實例中，時段可取決於個體自正常組織清除細菌之時段；舉例而言，時段可超過個體自正常組織清除細菌之時段，諸如超過約一天、超過約兩天、超過約三天、超過約五天、或超過約一週。
在一些實施例中，結合本文所描述之細菌遞送癌症治療，降低不良效果及/或改良癌症治療之功效。
本文所描述之癌症治療之有效劑量為治療劑有效達成特定患者、組合物及投藥模式之所需治療反應，對於患者具有最小毒性的量。有效劑量水準可使用本文所描述之方法來鑑別，且將視多種藥物代謝動力學因素而定，該等因素包括：所投與之特定組合物的活性；投與途徑；投與時間；所採用之特定化合物之排泄速率；治療持續時間；與所採用之特定組合物組合使用的其他藥物、化合物及/或材料；所治療患者之年齡、性別、體重、病狀、一般健康狀況及先前病史；及醫學技術中熟知之類似因素。一般而言，癌症療法之有效劑量將為治療劑有效產生治療效果之最低劑量的量。此類有效劑量通常視上述因素而定。
癌症療法之毒性為個體在治療期間及之後經歷之不良效果的水準。與癌症療法毒性相關聯之不良事件包括(但不限於)：腹痛、酸消化不良、酸逆流、過敏反應(allergic reaction)、禿髮、全身性過敏反應(anaphylaxis)、貧血、焦慮、食慾不振、關節痛、乏力、運動失調、氮質血症、失去平衡、骨痛、出血、血凝塊、血壓降低、血壓升高、呼吸困難(difficulty breathing)、支氣管炎、淤血、白血球計數降低、紅血球計數降低、血小板計數降低、心臟毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、心律不整、心瓣膜疾病、心肌病、冠狀動脈疾病、白內障、中樞神經毒性、認知障礙、意識模糊、結膜炎、便秘、咳嗽、痙攣、深層靜脈栓塞、脫水、抑鬱、腹瀉、眩暈、口乾、皮膚乾燥、消化不良、呼吸困難(dyspnea)、水腫、電解質不平衡、食道炎、疲乏、生育力喪失、發熱、胃腸積氣、面紅、胃逆流、胃食道逆流病、生殖器疼痛、顆粒球減少症、男性女乳症、青光眼、脫髮、手腳症候群、頭痛、聽覺損失、心臟衰竭、心悸、胃灼熱、血腫、肝毒性、高澱粉酶血症、高鈣血症、高氯血症、高糖血症、高鉀血症、高脂血症、高鎂血症、高鈉血症、高磷酸鹽血症、色素過多、高三酸甘油酯血症、高尿酸血症、低白蛋白血症、低鈣血症、低氯血症、低血糖症、低鉀血症、低鎂血症、低鈉血症、低磷酸鹽血症、陽萎、感染、注射位點反應、失眠、鐵缺乏、瘙癢、關節痛、腎衰竭、白血球減少症、肝功能障礙、記憶損失、閉經、口瘡、黏膜炎、肌肉痛、肌痛、骨髓抑制、心肌炎、嗜中性顆粒球減少性發熱、噁心、腎毒性、嗜中性白血球減少症、流鼻血、麻木、耳毒性、疼痛、手足症候群(palmar-plantar erythrodysesthesia)、全部血球減少症、心包炎、周邊神經病變、咽炎、畏光、光敏感、肺炎(pneumonia)、局部肺炎(pneumonitis)、蛋白尿、肺血栓、肺性纖維化、肺毒性、皮疹、心跳快、直腸出血、坐立不安、鼻炎、癲癇、呼吸短促、鼻竇炎、血小板減少症、耳鳴、泌尿道感染、陰道出血、陰道乾燥、頭暈、水滯留(water retention)、虛弱、體重減輕、體重增加及口乾症(xerostomia)。一般而言，若經由療法達成之對於個體之益處勝過個體歸因於療法所經歷之不良事件，則毒性為可接受的。
在一些實施例中，投與細菌組合物治療癌症。在一些實施例中，細菌組合物誘導個體中之抗腫瘤免疫反應。治療劑
在某些態樣中，本文所提供之方法包括向個體單獨或與另一癌症治療組合投與本文所描述之細菌及/或細菌組合物(例如含布勞特氏菌株A之細菌組合物)。其他癌症治療可包括例如手術切除、放射線療法或癌症治療劑。在一些實施例中，可按任何次序向個體投與細菌組合物及其他癌症療法。在一些實施例中，為結合投與細菌組合物及其他癌症療法。
在一些實施例中，在投與癌症治療之前(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時前，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天前)，向個體投與細菌。在一些實施例中，在投與癌症治療之後(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時後，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天後)，向個體投與細菌。在一些實施例中，向個體同時或幾乎同時(例如投與發生在彼此一小時內)投與細菌及癌症治療。在一些實施例中，在向個體投與細菌之前(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時前，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天前)，向個體投與抗生素。在一些實施例中，在向個體投與細菌之後(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時後，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天後)，向個體投與抗生素。在一些實施例中，向個體同時或幾乎同時(例如投與發生在彼此一小時內)投與細菌及抗生素。
在某些實施例中，個體可進行手術。手術之類型包括(但不限於)預防性、診斷性或階段性、治療性及姑息性手術。治療性手術為可與其他療法結合使用之癌症治療，諸如本發明之治療、化療、放射線療法、激素療法、基因療法、免疫療法及/或替代療法。
治療性手術包括切除，其中癌組織之全部或一部分經物理移除、切除及/或破壞。腫瘤切除係指物理移除腫瘤之至少一部分。除腫瘤切除以外，手術治療包括雷射手術、冷凍手術、電手術及顯微鏡控制手術(莫氏手術(Mohs' surgery))。在切除一部分或所有癌細胞、組織或腫瘤後，可在體內形成空腔。
在某些實施例中，個體可進行放射線療法。放射線療法包括投與或施用放射性治療劑及因子，除塔盤(tray)以外，該等因子包括(但不限於) UV-輻射、微波爐、電子發射及放射性同位素。局部腫瘤位點可經輻射，包括藉由上文所描述之一或多者形成放射線。所有此等因子可影響大範圍DNA損傷、影響DNA之前體、DNA之複製及修復、以及染色體之組裝及維持。
X射線之劑量範圍在50至200倫琴日劑量持續較長時段(3至4週)至2000至6000倫琴之單次劑量範圍內。放射性同位素之劑量範圍變化極大，且視同位素之半衰期、所發出之輻射強度及類型，及贅生性細胞之吸收情況而定。
在某些態樣中，本文所提供之方法進一步包含向個體投與另一癌症治療。
在一些實施例中，癌症治療為化學治療劑。此類化學治療劑之實例包括(但不限於)：烷基化劑，諸如噻替派及環磷醯胺；磺酸烷基酯，諸如硫酸布他卡因(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶(aziridine)，諸如苯唑多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米特多巴(meturedopa)及尤利多巴(uredopa)；伸乙亞胺及甲基三聚氰胺，包括六甲蜜胺、曲他胺(triethylenemelamine)、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫代磷醯胺及三羥甲基三聚氰胺；多聚乙醯(尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；喜樹鹼(包括合成的類似物拓朴替康(topotecan))；苔蘚蟲素；海洋抑素；CC-1065 (包括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)及比折來新(bizelesin)合成類似物)；念珠藻素(特定言之克瑞托欣(cryptophycin) 1及克瑞托欣8)；海兔毒素；倍癌黴素(包括合成類似物KW-2189及CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；盤克斯塔叮(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇；海綿抑素；氮芥，諸如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷醯胺、雌氮芥、異環磷醯胺、甲基二(氯乙基)胺、甲基二(氯乙基)胺氧化物鹽酸鹽、美法侖(melphalan)、新氮芥、苯芥膽甾醇、潑尼氮芥、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥；亞硝基脲，諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，諸如烯二炔抗生素(例如卡奇黴素(calicheamicin)，尤其卡奇黴素γI及卡奇黴素ω1；達米辛(dynemicin)，包括達米辛A；雙膦酸鹽，諸如氯屈膦酸鹽；埃斯培拉黴素(esperamicin)；以及新抑癌蛋白發色團及相關色蛋白烯二炔抗生素發色團、阿克拉黴素(aclacinomysin)、放射菌素、奧納黴素(authrarnycin)、偶氮絲胺酸、博來黴素、放線菌素C、卡拉比辛(carabicin)、洋紅黴素、嗜癌菌素、色黴素、放線菌素D、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星、6-重氮-5-側氧基-L-正白胺酸、小紅莓(包括嗎啉基-小紅莓、氰基-N-嗎啉基-小紅莓、2-吡咯啉基-小紅莓及去氧小紅莓)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、艾達黴素(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素(諸如絲裂黴素C)、黴酚酸、諾加黴素(nogalamycin)、橄欖黴素、培洛黴素(peplomycin)、潑非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素、奎那黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素、鏈脲菌素、殺結核菌素、烏苯美司(ubenimex)、淨司他丁(zinostatin)、左柔比星(zorubicin)；抗代謝物，諸如甲胺喋呤及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，諸如迪諾特寧(denopterin)、甲胺喋呤、蝶羅呤、曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱(fludarabine)、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷；雄激素，諸如卡魯睪酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪內酯；抗腎上腺素，諸如胺魯米特、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如亞葉酸；醋葡醛內酯；醛磷醯胺糖苷；胺基乙醯丙酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；貝斯布西(bestrabucil)；比山群(bisantrene)；艾達曲克(edatraxate)；得弗伐胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；艾福米辛(elformithine)；依利醋銨(elliptinium acetate)；埃坡黴素(epothilone)；依託格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥基脲；磨菇多糖；氯尼達明(lonidainine)；類美登素(maytansinoid)，諸如美登素(maytansine)及安絲菌素(ansamitocin)；丙脒腙；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫比達摩(mopidanmol)；二胺硝吖啶；噴司他汀(pentostatin)；苯來美特(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸；2-乙基醯肼；丙卡巴肼(procarbazine)；PSK多醣複合物)；雷佐生(razoxane)；根瘤菌素(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；螺旋鍺；細交鏈孢菌酮酸；三亞胺醌；2,2',2''-三氯三乙胺；新月毒素(尤其T-2毒素、弗納庫林(verracurin) A、桿孢菌素(roridin) A及胺癸叮(anguidine))；尿烷；長春地辛；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴衛矛醇；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；阿拉伯糖苷(「Ara-C」)；環磷醯胺；噻替派(thiotepa)；類紫杉醇，例如太平洋紫杉醇及多西他賽(doxetaxel)；苯丁酸氮芥；吉西他濱(gemcitabine)；6-硫代鳥嘌呤；巰基嘌呤；甲胺喋呤；鉑(platinum)配位錯合物，諸如順鉑(cisplatin)、奧沙利鉑(oxaliplatin)及卡鉑(carboplatin)；長春鹼；鉑；依託泊苷(etoposide) (VP-16)；異環磷醯胺；米托蒽醌；長春新鹼；長春瑞賓(vinorelbine)；米托蒽醌；替尼泊苷(teniposide)；依達曲沙(edatrexate)；道諾黴素(daunomycin)；胺基喋呤；截瘤達(xeloda)；伊班膦酸鹽(ibandronate)；伊立替康(irinotecan) (例如CPT-11)；拓樸異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(DMFO)；類視黃素，諸如視黃酸；卡培他濱(capecitabine)；及以上中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。
在一些實施例中，癌症治療為癌症免疫療法藥劑。免疫療法係指使用個體之免疫系統治療癌症之治療，例如檢查點抑制劑、癌症疫苗、細胞介素、細胞療法、CAR-T細胞及樹突狀細胞療法。免疫療法之非限制性實例為檢查點抑制劑，包括納武單抗(Nivolumab) (BMS，抗PD-1)、帕博利珠單抗(Pembrolizumab) (Merck，抗PD-1)、伊匹單抗(Ipilimumab) (BMS，抗CTLA-4)、MEDI4736 (AstraZeneca，抗PD-L1)及MPDL3280A (Roche，抗PD-L1)。其他免疫療法可為腫瘤疫苗，諸如Gardail、Cervarix、BCG、sipulencel-T、Gp100:209-217、AGS-003、DCVax-L、Algenpantucel-L、Tergenpantucel-L、TG4010、ProstAtak、Prostvac-V/R-TRICOM、Rindopepimul、乙酸E75肽、IMA901、POL-103A、Belagenpumatucel-L、GSK1572932A、MDX-1279、GV1001及Tecemotide。免疫療法可經由注射(例如靜脈內、腫瘤內、皮下或至淋巴結中)投與，但亦可經口、局部或經由氣霧劑投與。免疫療法可包含佐劑，諸如細胞介素。
在一些實施例中，免疫療法藥劑為免疫檢查點抑制劑。免疫檢查點抑制廣泛地係指抑制癌細胞可產生以預防或下調免疫反應的檢查點。免疫檢查點蛋白之實例包括(但不限於)：CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。免疫檢查點抑制劑可為與免疫檢查點蛋白結合且抑制免疫檢查點蛋白之抗體或其抗原結合片段。免疫檢查點抑制劑之實例包括(但不限於)：納武單抗、帕博利珠單抗、皮立珠單抗(pidilizumab)、AMP-224、AMP-514、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012及STI-A1010。
在某些實施例中，免疫檢查點抑制劑可為抑制免疫檢查點蛋白之表現之抑制性核酸分子(例如siRNA分子、shRNA分子或反義RNA分子)。
在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑為siRNA分子。此類siRNA分子應包括與目標區域具有足夠同源性之區域，且具有足夠的核苷酸長度，使得siRNA分子下調靶標RNA (例如免疫檢查點蛋白之RNA)。在經修飾RNA或核苷酸替代物之情況下，術語「核糖核苷酸」或「核苷酸」可亦係指在一或多個位置處之經修飾核苷酸或替代物置換部分。在siRNA分子與靶標之間不必完美互補，但對應性必須足以使得siRNA分子能夠直接序列特異性靜默，諸如藉由靶標RNA之RNAi裂解。在一些實施例中，有義股僅需要與反義股充分互補以維持分子之總體雙股特性。
另外，siRNA分子可經修飾或包括核苷替代物。siRNA分子之單鏈區域可經修飾或包括核苷替代物，例如未配對區域或髮夾結構之區域，例如連接兩個互補區之區域，可具有修飾或核苷替代物。使siRNA分子之一或多個3'或5'端穩定(例如抵抗核酸外切酶)或促進反義siRNA藥劑進入RISC之修飾亦為適用的。修飾可包括C3 (或C6、C7、C12)胺基連接子、巰基連接子、羧基連接子、非核苷酸間隔子(C3、C6、C9、C12、無鹼基、三乙二醇、六甘醇)、特定生物素或螢光素試劑，該等特定生物素或螢光素試劑作為胺基磷酸酯出現且具有另一DMT保護的羥基，允許在RNA合成期間進行多次偶合。
siRNA分子之各股之長度可等於或小於35、30、25、24、23、22、21或20個核苷酸。在一些實施例中，股之長度為至少19個核苷酸。舉例而言，各股之長度可在21與25個核苷酸之間。在一些實施例中，siRNA藥劑具有17、18、19、29、21、22、23、24或25個核苷酸對之雙螺旋區；及一或多個2-3個核苷酸之突出端，諸如一或兩個3'突出端。
在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑為shRNA分子。「小髮夾RNA」或「短髮夾RNA」或「shRNA」包括使得緊密髮夾轉動之短RNA序列，其可用於經由RNA干擾使基因表現靜默。本文提供之shRNA可以化學方式合成，或自DNA質體中之轉錄盒轉錄。shRNA髮夾結構藉由細胞機制裂解成siRNA，該siRNA隨後與RNA誘導靜默錯合物(RISC)結合。
在一些實施例中，shRNA為約15-60、15-50或15-40 (雙螺旋)個核苷酸長度，約15-30、15-25或19-25 (雙螺旋)核苷酸長度，或為約20-24、21-22或21-23 (雙螺旋)核苷酸長度(例如雙股shRNA之各互補序列為15-60、15-50、15-40、15-30、15-25或19-25個核苷酸長度，或約20-24、21-22或21-23個核苷酸長度，及雙股shRNA為約15-60、15-50、15-40、15-30、15-25或19-25個鹼基對長度，或約18-22、19-20或19-21個鹼基對長度)。shRNA雙螺旋可包含：反義股上之3'突出端，其約1至約4個核苷酸或約2至約3個核苷酸；及/或有義股上之5'-磷酸末端。在一些實施例中，shRNA包含有義股及/或反義股序列，該有義股及/或反義股序列為約15至約60個核苷酸長度(例如約15-60、15-55、15-50、15-45、15-40、15-35、15-30或15-25個核苷酸長度)，或為約19至約40個核苷酸長度(例如約19-40、19-35、19-30或19-25個核苷酸長度)，或為約19至約23個核苷酸長度(例如19、20、21、22或23個核苷酸長度)。
shRNA之非限制性實例包括由單股分子組裝之雙股聚核苷酸分子，其中有義及反義區域藉由核酸類或非核酸類連接子連接；及具有髮夾二級結構之雙股聚核苷酸分子具有自補有義及反義區域。在一些實施例中，shRNA之有義及反義股藉由環結構連接，該環結構包含約1至約25個核苷酸、約2至約20個核苷酸、約4至約15個核苷酸、約5至約12個核苷酸，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多個核苷酸。
與shRNA相關之其他實施例以及設計及合成此類shRNA之方法，描述於美國專利申請公開案第2011/0071208號中，出於所有目的，該專利申請公開案之揭示內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑為抑制免疫檢查點蛋白之表現之反義寡核苷酸化合物。在某些實施例中，靶序列與反義靶向序列之間的互補程度足以形成穩定雙螺旋。反股寡核苷酸與靶向RNA序列之互補區可能短至8-11個鹼基，但可為12-15個鹼基或更多，例如10-40個鹼基、12-30個鹼基、12-25個鹼基、15-25個鹼基、12-20個鹼基或15-20個鹼基，包括此等範圍之間的所有整數。約14-15個鹼基之反義寡核苷酸一般足夠長以具有獨特互補序列。
在某些實施例中，反股寡核苷酸可與靶序列100%互補，或可包括錯配，例如以改良含有疾病相關突變之等位基因的選擇性靶向，只要寡核苷酸與靶序列之間形成的異雙螺旋充分穩定以抵擋細胞核酸酶之作用及活體內可發生之其他降解模式即可。因此，在寡核苷酸與靶序列之間，某些寡核苷酸可具有約或至少約70%序列互補，例如70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列互補。本文中論述對核酸酶裂解較不敏感之寡核苷酸主鏈。朝向雜交雙螺旋之末端區域之錯配(若存在)，通常比在中間之錯配更不穩定。根據充分理解雙螺旋穩定性之原理，允許之錯配之數目將視以下而定：寡核苷酸之長度、雙螺旋中之G:C鹼基對之百分比及雙螺旋中之錯配之位置。
抑制性核酸分子可例如藉由化學合成、活體外轉錄或長dsRNA藉由RNA酶III或內切酶消化來製備。可藉由轉染、電穿孔或此項技術中已知之其他方法，將此等引入至細胞中。參見Hannon, GJ, 2002, RNA Interference, Nature 418: 244-251；Bernstein E等人, 2002, The rest is silence. RNA 7: 1509-1521；Hutvagner G等人, RNAi: Nature abhors a double-strand. Curr. Opin. Genetics & Development 12: 225-232；Brummelkamp, 2002, A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells. Science 296: 550-553；Lee NS, Dohjima T, Bauer G, Li H, Li M-J, Ehsani A, Salvaterra P及Rossi J. (2002). Expression of small interfering RNAs targeted against HIV-1 rev transcripts in human cells. Nature Biotechnol. 20:500-505；Miyagishi M及Taira K. (2002). U6-promoter-driven siRNAs with four uridine 3' overhangs efficiently suppress targeted gene expression in mammalian cells. Nature Biotechnol. 20:497-500；Paddison PJ, Caudy AA, Bernstein E, Hannon GJ及Conklin DS. (2002). Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells. Genes & Dev. 16:948-958；Paul CP, Good PD, Winer I及Engelke DR. (2002). Effective expression of small interfering RNA in human cells. Nature Biotechnol. 20:505-508；Sui G, Soohoo C, Affar E-B, Gay F, Shi Y, Forrester WC及Shi Y. (2002). A DNA vector-based RNAi technology to suppress gene expression in mammalian cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(6):5515-5520；Yu J-Y, DeRuiter SL及Turner DL. (2002). RNA interference by expression of short-interfering RNAs and hairpin RNAs in mammalian cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(9):6047-6052。
在本發明方法中，可與遞送試劑組合向該個體投與抑制性核酸分子，例如呈裸核酸形式，及/或呈包含表現干擾核酸分子之序列的核酸形式。在一些實施例中，在載體(例如質體、病毒及細菌載體)內，遞送包含表現干擾核酸分子之序列之核酸。在本文所描述之方法中，可使用此項技術中已知之任何核酸遞送方法。合適的遞送試劑包括(但不限於)例如Mirus Transit TKO親脂性試劑；脂染劑(lipofectin)；脂染胺(lipofectamine)；cellfectin；聚陽離子(例如，聚離胺酸)、去端肽膠原(atelocollagen)、nanoplexe及脂質體(liposome)。去端肽膠原作為核酸分子之遞送媒劑之用途，描述於Minakuchi等人 Nucleic Acids Res., 32(13):e109 (2004)；Hanai等人 Ann NY Acad Sci., 1082:9-17 (2006)；及Kawata 等人 Mol Cancer Ther., 7(9):2904-12 (2008)中，該等文獻中之各者以其全文併入本文中。例示性干擾核酸遞送系統提供於美國專利第8,283,461號、第8,313,772號、第8,501,930號、第8,426,554號、第8,268,798號及第8,324,366號中，該等文獻中之各者以其全文併入本文中。
在一些實施例中，免疫療法藥劑為例如與癌症相關抗原結合之抗體或其抗原結合片段。癌症相關抗原之實例包括(但不限於)：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些實施例中，抗原為新抗原。
在一些實施例中，免疫療法藥劑為癌症疫苗及/或癌症疫苗之組分(例如抗原肽及/或蛋白質)。癌症疫苗可為蛋白質疫苗、核酸疫苗或其組合。舉例而言，在一些實施例中，癌症疫苗包含含有癌症相關抗原之抗原決定基之多肽。在一些實施例中，癌症疫苗包含編碼癌症相關抗原之抗原決定基之核酸(例如DNA或RNA，諸如mRNA)。在一些實施例中，核酸為載體(例如細菌載體、病毒載體)。細菌載體之實例包括(但不限於)：牛分支桿菌(Mycobacterium bovis) (BCG)、鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella Typhimurium)亞種、傷寒沙門氏菌(Salmonella Typhi)亞種、梭菌屬(Clostridium)芽孢種、大腸桿菌(Escherichia coli)Nissle 1917、大腸桿菌K-12/LLO、單核球增多性李氏菌(Listeria monocytogenes)及弗氏志賀菌(Shigella flexneri)。病毒載體之實例包括(但不限於)：牛痘、腺病毒、RNA病毒及複製缺陷型禽痘、複製缺陷型鳥痘、複製缺陷型金絲雀痘、複製缺陷型MVA及複製缺陷型腺病毒。
在一些實施例中，癌症免疫療法包含投與用癌症特異性抗原激活之抗原呈遞細胞(APC)。在一些實施例中，APC為樹突狀細胞、巨噬細胞或B細胞。
癌症相關抗原之實例包括(但不限於)：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些實施例中，抗原為新抗原。
在一些實施例中，癌症免疫療法包含投與癌症特異性嵌合抗原受體(CAR)。在一些實施例中，將CAR投與在T細胞表面上。在一些實施例中，CAR與癌症相關抗原特異性結合。
在一些實施例中，癌症免疫療法包含向個體投與癌症特異性T細胞。在一些實施例中，T細胞為CD4+ T細胞。在一些實施例中，CD4+ T細胞為TH 1 T細胞、TH 2 T細胞或TH 17 T細胞。在一些實施例中，T細胞表現對癌症相關抗原具有特異性的T細胞受體。
在一些實施例中，投與癌症疫苗與佐劑。佐劑之實例包括(但不限於)：免疫調節蛋白、佐劑65、α-GalCer、磷酸鋁、氫氧化鋁、磷酸鈣、β-葡聚醣肽、CpG DNA、GPI-0100、脂質A、脂多醣、Lipovant、孟塔納(Montanide)、N-乙醯基-胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸、Pam3CSK4、quil A及海藻糖二黴菌酸酯。
在一些實施例中，免疫療法藥劑為向個體投與之免疫調節蛋白。在一些實施例中，免疫調節蛋白為細胞介素。免疫調節蛋白之實例包括(但不限於)：B淋巴球化學引誘劑(「BLC」)、C-C模體趨化介素11 (「伊紅趨素-1」)、嗜酸性球趨化性蛋白2 (「伊紅趨素-2」)、顆粒球群落刺激因子(「G-CSF」)、顆粒球巨噬細胞群落刺激因子(「GM-CSF」)、1-309、細胞間黏附分子1 (「ICAM-1」)、干擾素γ (「IFN-γ」)、介白素-1α (「IL-1α」)、介白素-1β (「IL-1β」)、介白素1受體拮抗劑(「IL-1 ra」)、介白素-2 (「IL-2」)、介白素-4 (「IL-4」)、介白素-5 (「IL-5」)、介白素-6 (「IL-6」)、介白素-6可溶受體(「IL-6 sR」)、介白素-7 (「IL-7」)、介白素-8 (「IL-8」)、介白素-10 (「IL-10」)、介白素-11 (「IL-11」)、介白素-12之β次單元 (「IL-12 p40」或「IL-12 p70」)、介白素-13 (「IL-13」)、介白素-15 (「IL-15」)、介白素-16 (「IL-16」)、介白素-17 (「IL-17」)、趨化介素(C-C模體)配體2 (「MCP-1」)、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF」)、由γ干擾素誘導之單核球激素(「MIG」)、趨化介素(C-C模體)配體2 (「MIP-1α」)、趨化介素(C-C模體)配體4 (「MIP-1β」)、巨噬細胞發炎性蛋白-1-δ (「MIP-1δ」)、血小板源生長因子次單元B (「PDGF-BB」)、調節活化正常T細胞表現及分泌(「RANTES」)之趨化介素(C-C模體)配體5、TIMP金屬肽酶抑制劑1 (「TIMP-1」)、TIMP金屬肽酶抑制劑2 (「TIMP-2」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-α (「TNFα」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-β (「TNFβ」)、1型可溶TNF受體(「sTNFRI」)、sTNFRIIAR、腦衍生神經營養因子(「BDNF」)、鹼性纖維母細胞生長因子(「bFGF」)、骨成形性蛋白4 (「BMP-4」)、骨成形性蛋白5 (「BMP-5」)、骨成形性蛋白7 (「BMP-7」)、神經生長因子(「b-NGF」)、表皮生長因子(「EGF」)、表皮生長因子受體(「EGFR」)、內分泌腺體衍生血管內皮生長因子(「EG-VEGF」)、纖維母細胞生長因子4 (「FGF-4」)、角質細胞生長因子(「FGF-7」)、生長分化因子15 (「GDF-15」)、膠細胞衍生神經營養因子(「GDNF」)、生長激素、肝素結合EGF樣生長因子(「HB-EGF」)、肝細胞生長因子(「HGF」)、胰島素樣生長因子結合蛋白1 (「IGFBP-1」)、胰島素樣生長因子結合蛋白2 (「IGFBP-2」)、胰島素樣生長因子結合蛋白3 (「IGFBP-3」)、胰島素樣生長因子結合蛋白4 (「IGFBP-4」)、胰島素樣生長因子結合蛋白6 (「IGFBP-6」)、胰島素樣生長因子1 (「IGF-1」)、胰島素、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF R」)、神經生長因子受體(「NGF R」)、神經營養蛋白-3 (「NT-3」)、神經營養蛋白-4 (「NT -4」)、破骨細胞生成抑制因子(「骨保護素」)、血小板源生長因子受體(「PDGF-AA」)、磷脂醯肌醇-聚糖生物合成(「PIGF」)、Skp、Cullin、含有F盒之複合物(「SCF」)、幹細胞因子受體(「SCF R」)、轉形生長因子α (「TGFα」)、轉形生長因子β-1 (「TGFβ1」)、轉形生長因子β-3 (「TGFβ3」)、血管內皮生長因子(「VEGF」)、血管內皮生長因子受體2 (「VEGFR2」)、血管內皮生長因子受體3 (「VEGFR3」)、VEGF-D 6Ckine、酪胺酸-蛋白激酶受體UFO (「Axl」)、β細胞調節素(「BTC」)、黏膜相關上皮趨化介素(「CCL28」)、趨化介素(C-C模體)配體27 (「CTACK」)、趨化介素(C-X-C模體)配體16 (「CXCL16」)、C-X-C模體趨化介素5 (「ENA-78」)、趨化介素(C-C模體)配體26 (「伊紅趨素-3」)、顆粒球趨化性蛋白2 (「GCP-2」)、GRO、趨化介素(C-C模體)配體14 (「HCC-l」)、趨化介素(C-C模體)配體16 (「HCC-4」)、介白素-9 (「IL-9」)、介白素-17 F (「IL-17F」)、介白素-18-結合蛋白(「IL-18 BPa」)、介白素-28 A (「IL-28A」)、介白素29 (「IL-29」)、介白素31 (「IL-31」)、C-X-C模體趨化介素10 (「IP-10」)、趨化介素受體CXCR3 (「I-TAC」)、白血病抑制因子(「LIF」)、Light、趨化介素(C模體)配體(「淋巴球趨化介素」)、單核球化學引誘蛋白2 (「MCP-2」)、單核球化學引誘蛋白3 (「MCP-3」)、單核球化學引誘蛋白4 (「MCP-4」)、巨噬細胞衍生趨化介素(「MDC」)、巨噬細胞遷移抑制因子(「MIF」)、趨化介素(C-C模體)配體20 (「MIP-3α」)、C-C模體趨化介素19 (「MIP-3β」)、趨化介素(C-C模體)配體23 (「MPIF-1」)、巨噬細胞刺激蛋白α鏈(「MSPα」)、核小體組裝蛋白1樣4 (「NAP-2」)、分泌性磷蛋白1 (「骨橋蛋白」)、肺及活化調節細胞介素(「PARC」)、血小板因子4 (「PF4」)、基質細胞衍生因子-1α (「SDF-1α」)、趨化介素(C-C模體)配體17 (「TARC」)、胸腺表現之趨化介素(「TECK」)、胸腺基質淋巴生成素(「TSLP 4-IBB」)、CD 166抗原(「ALCAM」)、分化簇80 (「B7-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員17 (「BCMA」)、分化簇14 (「CD14」)、分化簇30 (「CD30」)、分化簇40 (「CD40配體」)、癌胚抗原相關細胞黏附分子1 (膽醣蛋白) (「CEACAM-1」)、死亡受體6 (「DR6」)、去氧胸苷激酶(「Dtk」)、1型膜醣蛋白(「內皮因子」)、受體酪胺酸-蛋白激酶erbB-3 (「ErbB3」)、內皮-白血球黏附分子1 (「E-選擇蛋白」)、細胞凋亡抗原1 (「Fas」)、Fms樣酪胺酸激酶3 (「Flt-3L」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員1 (「GITR」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員14 (「HVEM」)、細胞間黏附分子3 (「ICAM-3」)、IL-1 R4、IL-1 RI、IL-10 Rβ、IL-17R、IL-2Rγ、IL-21R、溶酶體膜蛋白2 (「LIMPII」)、嗜中性白血球明膠酶相關脂質運載蛋白(「脂質運載蛋白-2」)、CD62L (「L-選擇素」)、淋巴性內皮(「LYVE-1」)、MHC I類多肽相關序列A (「MICA」)、MHC I類多肽相關序列B (「MICB」)、NRGl-βl、β型血小板源生長因子受體(「PDGF Rβ」)、血小板內皮細胞黏附分子(「PECAM-1」)、RAGE、A型肝炎病毒細胞受體1 (「TIM-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員IOC (「TRAIL R3」)、Trappin蛋白轉麩醯胺酸酶結合域(「Trappin-2」)、尿激酶受體(「uPAR」)、血管細胞黏附蛋白1 (「VCAM-1」)、XEDARActivin A、Agouti相關蛋白(「AgRP」)、核糖核酸酶5 (「血管生成素」)、血管生成素1、血管生長抑素、Catheprin S、CD40、隱性家族蛋白IB (「Cripto -1」)、DAN、Dickkopf相關蛋白1 (「DKK-1」)、E-鈣黏素、上皮細胞黏附分子(「EpCAM」)、Fas配體(FasL或CD95L)、Fcg RIIB/C、FoUistatin、半乳糖凝集素-7、細胞間黏附分子2 (「ICAM-2」)、IL-13 Rl、IL-13R2、IL-17B、IL-2 Ra、IL-2 Rb、IL-23、LAP、神經元細胞黏附分子(「NrCAM」)、纖維蛋白溶酶原活化物抑制劑-1 (「PAI-1」)、血小板衍生生長因子受體(「PDGF-AB」)、抵抗素、基質細胞衍生因子1 (「SDF-1β」)、sgpl30、分泌性捲曲相關蛋白2 (「ShhN」)、唾液酸結合免疫球蛋白型凝集素(「Siglec-5」)、ST2、轉形生長因子-β2 (「TGFβ2」)、Tie-2、血小板生成素(「TPO」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10D (「TRAIL R4」)、骨髓細胞上表現之觸發受體1 (「TREM-1」)、血管內皮生長因子C (「VEGF-C」)、VEGFRlA脂聯素、脂肪酶(「AND」)、α-胎蛋白(「AFP」)、血管生成素樣4 (「ANGPTL4」)、β-2-微球蛋白(「B2M」)、基細胞黏附分子(「BCAM」)、碳水化合物抗原125 (「CA125」)、癌症抗原15-3 (「CA15-3」)、癌胚抗原(「CEA」)、cAMP受體蛋白(「CRP」)、人類表皮生長因子受體2 (「ErbB2」)、卵泡抑素、促卵泡激素(「FSH」)、趨化介素(C-X-C模體)配體1 (「GROα」)、人絨毛膜促性腺激素(「βHCG」)、胰島素樣生長因子1受體(「IGF-1 sR」)、IL-1 sRII、IL-3、IL-18 Rb、IL-21、瘦素、基質金屬蛋白酶-1 (「MMP-1」)、基質金屬蛋白酶-2 (「MMP-2」)、基質金屬蛋白酶-3 (「MMP-3」)、基質金屬蛋白酶-8 (「MMP-8」)、基質金屬蛋白酶-9 (「MMP-9)、基質金屬蛋白酶-10 (「MMP-10」)、基質金屬蛋白酶-13 (「MMP-13」)、神經細胞黏附分子(「NCAM-1」)、巢蛋白(「Nidogen-1」)、神經元特異性烯醇酶(「NSE」)、抑瘤素M (「OSM」)、降鈣素原、促乳素、前列腺特異性抗原(「PSA」)、唾液酸結合Ig樣凝集素9 (「Siglec-9」)、ADAM 17內肽酶(「TACE」)、甲狀腺球蛋白、金屬蛋白酶抑制劑4 (「TIMP-4」)、TSH2B4、解整合素及含金屬蛋白酶域之蛋白9 (「ADAM-9」)、血管生成素2、腫瘤壞死因子配體超家族成員13/酸性富白胺酸細胞核磷蛋白32家族成員B (「APRIL」)、骨成形性蛋白2 (「BMP-2」)、骨成形性蛋白9 (「BMP-9」)、補體組分5a (「C5a」)、組織蛋白酶L、CD200、CD97、趨化素、腫瘤壞死因子受體超家族成員6B (「DcR3」)、脂肪酸結合蛋白2 (「FABP2」)、纖維母細胞活化蛋白α (「FAP」)、纖維母細胞生長因子19 (「FGF-19」)、半乳糖凝集素-3、肝細胞生長因子受體(「HGF R」)、IFN-γα/βR2、胰島素樣生長因子2 (「IGF-2」)、胰島素樣生長因子2受體(「IGF-2 R」)、介白素-1受體6 (「IL-1R6」)、介白素24 (「IL-24」)、介白素33 (「IL-33」)、激肽釋放素14、天冬醯胺醯基內肽酶(「豆莢蛋白」)、經氧化低密度脂蛋白受體1 (「LOX-1」)、甘露糖結合凝集素(「MBL」)、腦啡肽酶(「NEP」)、易位相關(果蠅)之Notch同源物1 (「Notch-1」)、腎母細胞瘤過度表現(「NOV」)、骨活素、計劃性細胞死亡蛋白1 (「PD-1」)、N-乙醯胞壁醯-L-丙胺酸醯胺酶(「PGRP-5」)、絲胺酸蛋白酶抑因子A4、分泌性捲曲相關蛋白3 (「sFRP-3」)、凝血調節蛋白、類鐸受體2 (「TLR2」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10A (「TRAIL Rl」)、轉鐵蛋白(「TRF」)、WIF-lACE-2、白蛋白、AMICA、血管生成素4、B細胞活化因子(「BAFF」)、碳水化合物抗原19-9 (「CA19-9」)、CD 163、群集素、CRT AM、趨化介素(C-X-C模體)配體14 (「CXCL14」)、胱抑素C、核心蛋白聚糖(「DCN」)、Dickkopf相關蛋白3 (「Dkk-3」)、δ樣蛋白1 (「DLL1」)、胎球蛋白A、肝素結合生長因子1 (「aFGF」)、葉酸受體α (「FOLR1」)、弗林蛋白酶(Furin)、GPCR相關分選蛋白1 (「GASP-1」)、GPCR相關分選蛋白2 (「GASP-2」)、顆粒球群落刺激因子受體(「GCSF R」)、絲胺酸蛋白酶第二型穿膜絲胺酸蛋白酶(「HAI-2」)、介白素-17B受體(「IL-17B R」)、介白素27 (「IL-27」)、淋巴球活化基因3 (「LAG-3」)、脂蛋白元A-V(「LDL R」)、胃蛋白酶原I、視黃醇結合蛋白4 (「RBP4」)、SOST、硫酸肝素蛋白聚糖(「多配體蛋白聚糖-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員13B (「TACI」)、組織因子路徑抑制劑(「TFPI」)、TSP-1、腫瘤壞死因子受體超家族成員10b (「TRAIL R2」)、TRANCE、肌鈣蛋白I、尿激酶纖維蛋白溶酶原活化物(「uPA」)、鈣黏素5、亦稱為CD144 (「VE-鈣黏素」)之2型或VE鈣黏素(血管內皮)、WNTl誘導性信號傳導路徑蛋白1 (「WISP-1」)及核因子κB之受體活化物(「RANK」)。
在一些實施例中，癌症治療為包含放射性核種之放射性部分。例示性放射性核種包括(但不限於)：Cr-51、Cs-131、Ce-134、Se-75、Ru-97、I-125、Eu-149、Os-189m、Sb-119、I-123、Ho-161、Sb-117、Ce-139、In-111、Rh-103m、Ga-67、Tl-201、Pd-103、Au-195、Hg-197、Sr-87m、Pt-191、P-33、Er-169、Ru-103、Yb-169、Au-199、Sn-121、Tm-167、Yb-175、In-113m、Sn-113、Lu-177、Rh-105、Sn-117m、Cu-67、Sc-47、Pt-195m、Ce-141、I-131、Tb-161、As-77、Pt-197、Sm-153、Gd-159、Tm-173、Pr-143、Au-198、Tm-170、Re-186、Ag-111、Pd-109、Ga-73、Dy-165、Pm-149、Sn-123、Sr-89、Ho-166、P-32、Re-188、Pr-142、Ir-194、In-114m/In-114及Y-90。
在一些實施例中，癌症治療為向個體投與之血管生成抑制劑。此類血管生成抑制劑之實例包括(但不限於)：貝伐單抗(Bevacizumab) (Avastin®)、Ziv-阿柏西普(aflibercept) (Zaltrap®)、索拉非尼(Sorafenib) (Nexavar®)、舒尼替尼(Sunitinib) (Sutent®)、帕佐泮尼(Pazopanib) (Votrient®)、瑞戈非尼(Regorafenib) (Stivarga®)及卡博替尼(Cabozantinib) (Cometriq™)。
在一些實施例中，癌症治療為抗生素。舉例而言，若根據本文所提供之方法偵測癌症相關細菌之存在及/或癌症相關微生物群落分佈，則可投與抗生素以自個體消除癌症相關細菌。「抗生素」廣泛地係指能夠抑制或預防細菌性感染之化合物。抗生素可以多種方式分類，包括其用於特異性感染之用途、其作用機制、其生物可用性或其靶標微生物譜(例如革蘭氏陰性與革蘭氏陽性細菌，好氧性與厭氧性細菌等)，且此等抗生素可用於在宿主(「生態棲位」)特異性區域中殺死特異性細菌(Leekha等人 2011. General Principles of Antimicrobial Therapy. Mayo Clin Proc. 86(2): 156-167)。在某些實施例中，抗生素可用於選擇性地靶向特異性生態棲位之細菌。在一些實施例中，已知治療特定感染(包括癌症生態棲位)之抗生素可用於靶向癌症相關微生物，包括該生態棲位之癌症相關細菌。在其他實施例中，在細菌治療之後，投與抗生素。在一些實施例中，在細菌治療之後，投與抗生素以移除移植。
在一些態樣中，可基於抗生素之殺菌或抑菌特性來選擇抗生素。殺菌抗生素包括破壞細胞壁(例如β-內醯胺)、細胞膜(例如達托黴素(daptomycin))或細菌DNA (例如氟喹諾酮(fluoroquinolone))之作用機制。抑菌藥劑抑制細菌複製，且包括磺醯胺、四環素及巨環內酯，且藉由抑制蛋白質合成而起作用。此外，儘管一些藥物在某些生物體中可為殺菌性而在其他生物體中為抑菌的，所以知曉靶標生物體將允許熟習此項技術者選擇具有適當特性之抗生素。在某些處理條件下，抑菌抗生素抑制殺菌抗生素之活性。因此，在某些實施例中，不將殺菌及抑菌抗生素組合。
抗生素包括(但不限於)：胺基糖苷、安莎黴素(ansamycin)、碳頭孢烯、碳青黴烯、頭孢菌素、醣肽、林可醯胺、脂肽、巨環內酯、單醯胺菌素、硝基呋喃、噁唑烷酮、青黴素、多肽抗生素、喹諾酮、氟喹諾酮、磺醯胺、四環素及抗分支桿菌化合物及其組合。
胺基糖苷包括(但不限於)：阿米卡星(Amikacin)、慶大黴素(Gentamicin)、卡那黴素(Kanamycin)、新黴素、奈替黴素(Netilmicin)、托普黴素(Tobramycin)、巴龍黴素(Paromomycin)及大觀黴素(Spectinomycin)。胺基糖苷對於例如革蘭氏陰性細菌為有效的，該革蘭氏陰性細菌諸如大腸桿菌、克雷伯氏菌(Klebsiella)、綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa)及土拉熱弗朗西絲菌(Francisella tularensis)；及對於某些好氧性細菌有效但對於專性/兼性厭氧菌不太有效。認為胺基糖苷與細菌30S或50S核糖體次單元結合，從而抑制細菌蛋白質合成。
安莎黴素包括(但不限於)：格爾德黴素(Geldanamycin)、除莠黴素(Herbimycin)、利福黴素(Rifamycin)及曲張鏈絲菌素(Streptovaricin)。認為格爾德黴素及除莠黴素抑制或改變熱休克蛋白90之功能。
碳頭孢烯包括(但不限於)氯碳頭孢。認為碳頭孢烯抑制細菌細胞壁合成。
碳青黴烯包括(但不限於)厄他培南(Ertapenem)、多尼培南(Doripenem)、亞胺培南(Imipenem)/西司他汀(Cilastatin)及美羅培南(Meropenem)。碳青黴烯作為廣譜抗生素對於革蘭氏陽性及革蘭氏陰性細菌兩者均具有殺菌性。認為碳青黴烯抑制細菌細胞壁合成。
頭孢菌素包括(但不限於)：頭孢羥胺苄(Cefadroxil)、頭孢唑林(Cefazolin)、頭孢噻吩(Cefalotin)、頭孢菌素(Cefalothin)、頭孢胺苄(Cefalexin)、頭孢克洛(Cefaclor)、頭孢孟多(Cefamandole)、頭孢西丁(Cefoxitin)、頭孢羅齊(Cefprozil)、頭孢呋辛(Cefuroxime)、頭孢克肟(Cefixime)、頭孢地尼(Cefdinir)、頭孢托侖(Cefditoren)、頭孢哌酮(Cefoperazone)、頭孢噻肟(Cefotaxime)、頭孢泊肟(Cefpodoxime)、頭孢他啶(Ceftazidime)、頭孢布坦(Ceftibuten)、頭孢唑肟(Ceftizoxime)、頭孢曲松(Ceftriaxone)、頭孢吡肟(Cefepime)、頭孢洛林酯(Ceftaroline fosamil)及頭孢吡普(Ceftobiprole)。所選擇頭孢菌素例如對於革蘭氏陰性細菌及對於革蘭氏陽性細菌(包括假單胞菌(Pseudomonas ))有效，某些頭孢菌素對於抗甲氧西林金黃色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus) (MRSA)有效。認為頭孢菌素藉由干擾細菌細胞壁之肽聚糖層之合成而抑制細菌細胞壁合成。
醣肽包括(但不限於)替考拉寧(Teicoplanin)、萬古黴素(Vancomycin)及特拉萬星(Telavancin)。醣肽例如對於好氧性及厭氧性革蘭氏陽性細菌(包括MRSA及艱難梭菌(Clostridium difficile ))有效。認為醣肽藉由干擾細菌細胞壁之肽聚糖層之合成而抑制細菌細胞壁合成。
林可醯胺包括(但不限於)克林達黴素(Clindamycin)及林可黴素(Lincomycin)。林可醯胺類例如對於厭氧性細菌以及葡萄球菌(Staphylococcus)及鏈球菌(Streptococcus)有效。認為林可醯胺與細菌50S核糖體次單元結合，從而抑制細菌蛋白質合成。
脂肽包括(但不限於)達托黴素(Daptomycin)。脂肽例如對於革蘭氏陽性細菌有效。認為脂肽與細菌膜結合，且導致快速去極化。
巨環內酯包括(但不限於)：阿奇黴素(Azithromycin)、克拉黴素(Clarithromycin)、地紅黴素(Dirithromycin)、紅黴素(Erythromycin)、羅紅黴素(Roxithromycin)、醋竹桃黴素(Troleandomycin)、泰利黴素(Telithromycin)及螺旋黴素(Spiramycin)。巨環內酯例如對於鏈球菌及黴漿菌有效。認為巨環內酯與細菌50S核糖體次單元結合，從而抑制細菌蛋白質合成。
單醯胺菌素包括(但不限於)安曲南(Aztreonam)。單醯胺菌素例如對於革蘭氏陰性細菌有效。認為單醯胺菌素藉由干擾細菌細胞壁之肽聚糖層之合成而抑制細菌細胞壁合成。
硝基呋喃包括(但不限於)呋喃唑酮(Furazolidone)及呋喃妥因(Nitrofurantoin)。
噁唑烷酮包括(但不限於)利奈唑胺(Linezolid)、泊斯唑胺(Posizolid)、雷德唑胺(Radezolid)及特地佐利(Torezolid)。認為噁唑烷酮為蛋白質合成抑制劑。
青黴素包括(但不限於)：阿莫西林(Amoxicillin)、胺苄青黴素(Ampicillin)、阿洛西林(Azlocillin)、羧苄青黴素(Carbenicillin)、氯唑西林(Cloxacillin)、雙氯西林(Dicloxacillin)、氟氯西林(Flucloxacillin)、美洛西林(Mezlocillin)、二甲氧苯青黴素(Methicillin)、萘夫西林(Nafcillin)、苯唑西林(Oxacillin)、青黴素G、青黴素V、哌拉西林(Piperacillin)、替莫西林(Temocillin)及替卡西林(Ticarcillin)。青黴素例如對於革蘭氏陽性細菌、兼性厭氧菌(例如鏈球菌、疏螺旋體屬(Borrelia)及密螺旋體屬(Treponema))有效。認為青黴素藉由干擾細菌細胞壁之肽聚糖層之合成而抑制細菌細胞壁合成。
青黴素組合包括(但不限於)：阿莫西林/棒酸鹽、胺苄青黴素/舒巴坦(sulbactam)、哌拉西林/他唑巴坦及替卡西林/棒酸鹽。
多肽抗生素包括(但不限於)：桿菌肽(Bacitracin)、可利斯汀(Colistin)及多黏菌素(Polymyxin) B及E。多肽抗生素例如對於革蘭氏陰性細菌有效。認為某些多肽抗生素抑制涉及細菌細胞壁之肽聚糖層之合成的異戊二烯基焦磷酸酯，而其他多肽抗生素藉由置換細菌反離子而使細菌外膜不穩定。
喹諾酮及氟喹諾酮包括(但不限於)：環丙沙星(Ciprofloxacin)、依諾沙星(Enoxacin)、加替沙星(Gatifloxacin)、吉米沙星(Gemifloxacin)、左氧氟沙星(Levofloxacin)、洛美沙星(Lomefloxacin)、莫西沙星(Moxifloxacin)、萘啶酸(Nalidixic acid)、諾氟沙星(Norfloxacin)、氧氟沙星(Ofloxacin)、曲伐沙星(Trovafloxacin)、格帕沙星(Grepafloxacin)、司帕沙星(Sparfloxacin)及替馬沙星(Temafloxacin)。喹諾酮/氟喹諾酮例如對於鏈球菌及奈瑟氏菌(Neisseria )有效。認為喹諾酮/氟喹諾酮抑制細菌DNA旋轉酶或拓樸異構酶IV，從而抑制DNA複製及轉錄。
磺醯胺包括(但不限於)：磺胺米隆(Mafenide)、磺胺醋醯胺(Sulfacetamide)、磺胺嘧啶、磺胺嘧啶銀、磺胺二甲氧嗪、磺胺甲二唑、磺胺甲基異噁唑、胺苯磺胺、柳氮磺胺吡啶、磺胺異噁唑、甲氧苄啶-磺胺甲基異噁唑(增效磺胺甲基異噁唑)及磺醯胺基柯衣定(Sulfonamidochrysoidine)。認為磺醯胺藉由競爭性抑制二氫葉酸合成酶而抑制葉酸合成，從而抑制核酸合成。
四環素包括(但不限於)：地美環素(Demeclocycline)、多西環素(Doxycycline)、二甲胺四環素(Minocycline)、土黴素(Oxytetracycline)及四環素。四環素例如對於革蘭氏陰性菌有效。認為四環素與細菌30S核糖體次單元結合，從而抑制細菌蛋白質合成。
抗分支桿菌化合物包括(但不限於)：氯法齊明(Clofazimine)、二胺苯碸(Dapsone)、卷麯黴素(Capreomycin)、環絲胺酸、乙胺丁醇、乙硫異菸胺、異菸肼、吡嗪醯胺、立複黴素(Rifampicin)、利福布汀(Rifabutin)、利福噴丁(Rifapentine)及鏈黴素。
合適的抗生素亦包括：阿斯凡納明(arsphenamine)、氯黴素(chloramphenicol)、磷黴素(fosfomycin)、梭鏈孢酸(fusidic acid)、甲硝噠唑(metronidazole)、莫匹羅星(mupirocin)、平板黴素(platensimycin)、奎奴普丁(quinupristin)/達福普汀(dalfopristin)、泰格環黴素(tigecycline)、磺甲硝咪唑(tinidazole)、甲氧苄啶阿莫西林(trimethoprim amoxicillin)/棒酸鹽、胺苄青黴素/舒巴坦、安福黴素(amphomycin)、瑞斯特黴素(ristocetin)、阿奇黴素(azithromycin)、桿菌肽、蟾蜍素II、嘉寶黴素(carbomycin)、殺菌肽Pl、克拉黴素(clarithromycin)、紅黴素、呋喃唑酮、梭鏈孢酸、褐酶酸鈉(Na fusidate)、短桿菌素(gramicidin)、亞胺培南(imipenem)、肽抗生素、交沙黴素(josamycin)、馬加寧(magainan) II、甲硝噠唑、硝基咪唑、蜜柑黴素(mikamycin)、誘變素B-Ny266、誘變素B-JHl 140、誘變素J-T8、乳鏈菌肽、乳鏈菌肽A、新生黴素、竹桃黴素、牡蠣菌素、哌拉西林/他唑巴坦、普那黴素(pristinamycin)、雷莫拉寧(ramoplanin)、蘭那雷辛(ranalexin)、無蛋白菌質(reuterin)、利福昔明(rifaximin)、薔薇黴素(rosamicin)、羅沙米星(rosaramicin)、大觀黴素、螺旋黴素、抗金葡黴素(staphylomycin)、鏈黴殺陽素(streptogramin)、鏈黴殺陽素A、協同素(synergistin)、滔羅定(taurolidine)、替考拉寧(teicoplanin)、泰利黴素(telithromycin)、替卡西林/克拉維酸(clavulanic acid)、三乙醯竹桃黴素(triacetyloleandomycin)、泰樂菌素(tylosin)、短桿菌酪肽(tyrocidin)、短桿菌素(tyrothricin)、萬古黴素、維莫黴素(vemamycin)及維吉黴素(virginiamycin)。
在一些實施例中，癌症療法包含向個體投與治療性細菌及/或細菌治療組合，因此健康微生物群落可在該個體中復原。在一些實施例中，治療性細菌為非癌症相關細菌。在一些實施例中，治療性細菌為益生細菌。癌症
在一些實施例中，本文所描述之方法及組合物係關於癌症之治療。可藉由本文所描述之方法治療之癌症的實例包括(但不限於)：惡性血液病、急性非淋巴球性白血病、慢性淋巴球性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前髓細胞性白血病、成人T細胞白血病、白血球缺乏性白血病、白血球性白血病、嗜鹼性白血病、母細胞性白血病、牛白血病、慢性骨髓細胞性白血病、皮膚白血病、胚胎性白血病、嗜酸性白血病、格羅斯白血病(Gross' leukemia)、里德爾細胞白血病(Rieder cell leukemia)、希林氏白血病(Schilling's leukemia)、亞白血性白血病、未分化細胞白血病、毛細胞白血病、血母細胞性白血病(hemoblastic leukemia)、血母細胞性白血病(hemocytoblastic leukemia)、組織細胞白血病、幹細胞性白血病、急性單核球性白血病、白血球減少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母細胞白血病、淋巴球性白血病、淋巴生成白血病、類淋巴球性白血病、淋巴肉瘤細胞白血病、肥大細胞白血病、巨核細胞白血病、小骨髓母細胞性白血病、單核球性白血病、骨髓母細胞性白血病、骨髓細胞性白血病、骨髓顆粒球性白血病、骨髓單核球性白血病、內格利白血病、漿細胞白血病、漿球性白血病、前髓細胞性白血病、腺泡癌、腺泡狀癌瘤、腺囊癌、腺樣囊性癌、腺瘤癌、腎上腺皮質癌、肺泡癌、肺泡細胞癌、基底細胞癌、基底樣細胞癌、基底樣癌瘤、基底鱗狀細胞癌、細支氣管肺泡癌、細支氣管癌、支氣管癌、腦癌、膽管細胞癌、絨毛膜癌、膠樣癌、粉刺癌、子宮體癌、篩狀癌、鎧甲狀癌、皮狀癌、柱狀癌、柱狀細胞癌、導管癌、硬癌、胚胎性瘤、腦狀癌瘤、表皮樣癌、腺狀上皮癌、外生性癌、潰瘍性癌、纖維癌、膠樣癌、膠狀癌、巨細胞癌、印戒細胞癌、單純癌、小細胞癌、馬鈴薯狀癌、球狀細胞癌、梭細胞癌、髓狀癌、鱗狀癌、鱗狀細胞癌、繩捆癌、毛細管擴張癌(carcinoma telangiectaticum)、血管擴張性癌(carcinoma telangiectodes)、移行細胞癌、塊狀癌、結節性癌、疣狀癌、絨毛狀癌、巨細胞癌、腺癌、粒層細胞癌、毛髮基質癌、血樣癌、肝細胞癌、何氏細胞癌(Hurthle cell carcinoma)、透明細胞癌、腎上腺樣癌、幼稚型胚胎性瘤、原位癌、表皮內癌瘤、上皮內癌瘤、侵蝕性潰瘍(Krompecher's carcinoma)、庫爾契茨基細胞癌(Kulchitzky-cell carcinoma)、大細胞癌、豆狀癌(lenticular carcinoma)、豆狀癌瘤(carcinoma lenticulare)、脂肪瘤樣癌、淋巴上皮癌、髓樣癌(carcinoma medullare)、髓性癌、黑色素癌、軟癌(carcinoma molle)、黏液性癌、黏液癌、黏液細胞癌、黏液表皮樣癌、黏膜癌、黏液癌瘤、黏液瘤樣癌、鼻咽癌、燕麥細胞癌、骨化性癌、骨樣癌、乳頭狀癌、門脈周性癌、未侵襲癌(preinvasive carcinoma)、棘細胞癌、糜爛性癌、腎臟腎細胞癌、儲備細胞癌、肉瘤樣癌、施耐德癌(schneiderian carcinoma)、硬癌(scirrhous carcinoma)、陰囊癌、軟骨肉瘤、纖維肉瘤、淋巴肉瘤、黑素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宮內膜肉瘤、基質肉瘤、尤文氏肉瘤(Ewing' s sarcoma)、筋膜肉瘤、纖維母細胞肉瘤、巨細胞肉瘤、艾伯內西式肉瘤(Abemethy's sarcoma)、脂肉瘤(adipose sarcoma)、脂肪肉瘤(liposarcoma)、軟組織肺泡狀肉瘤、釉質母細胞肉瘤、葡萄樣肉瘤、綠色瘤、絨膜癌瘤、胚胎肉瘤、威耳姆士腫瘤(Wilms'tumor sarcoma)、顆粒球性肉瘤、霍奇金氏肉瘤(Hodgkin's sarcoma)、特發性多發性色素性出血性肉瘤、B細胞之免疫母細胞肉瘤、淋巴瘤、T細胞之免疫母細胞肉瘤、詹恩遜氏肉瘤(Jensen's sarcoma)、卡堡氏肉瘤(Kaposi's sarcoma)、庫普弗細胞肉瘤(Kupffer cell sarcoma)、血管肉瘤、白血病性肉瘤、惡性間質瘤、骨膜外肉瘤、網狀細胞肉瘤、橫紋肌肉瘤、漿液囊性肉瘤、滑液肉瘤、毛細管擴張性肉瘤、霍奇金氏疾病(Hodgkin's Disease)、非霍奇金氏淋巴瘤(Non-Hodgkin's Lymphoma)、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、膀胱癌、乳癌、卵巢癌、肺癌、結腸直腸癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰臟瘤(malignant pancreatic insulanoma)、惡性類癌、癌前皮膚病變、睪丸癌、淋巴瘤、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、子宮頸癌、子宮內膜癌、腎上腺皮質癌、哈帕二氏黑素瘤(Harding-Passey melanoma)、幼年黑素瘤、惡性小痣性黑素瘤、惡性黑素瘤、肢端小痣性黑素瘤、無黑色素性黑素瘤、良性幼年黑素瘤、克勞德曼黑素瘤(Cloudman's melanoma)、S91黑素瘤、結節性黑素瘤、陰囊黑素瘤、淺表擴散性黑素瘤、漿細胞瘤、結腸直腸癌及直腸癌。
在一些實施例中，本文提供之方法及組合物係關於白血病之治療。術語「白血病」廣泛地意謂造血器官/系統之進展性惡性疾病，且一般特徵為血液及骨髓中之白血球及其前體之畸變增殖及發展。白血病疾病之非限制性實例包括：急性非淋巴球性白血病、慢性淋巴球性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前髓細胞性白血病、成人T細胞白血病、白血球缺乏性白血病、白血球性白血病、嗜鹼性白血病、母細胞性白血病、牛白血病、慢性骨髓細胞性白血病、皮膚白血病、胚胎性白血病、嗜酸性白血病、格羅斯白血病(Gross' leukemia)、里德爾細胞白血病(Rieder cell leukemia)、希林氏白血病(Schilling's leukemia)、亞白血性白血病、未分化細胞白血病、毛細胞白血病、血母細胞性白血病(hemoblastic leukemia)、血母細胞性白血病(hemocytoblastic leukemia)、組織細胞白血病、幹細胞性白血病、急性單核球性白血病、白血球減少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母細胞白血病、淋巴球性白血病、淋巴生成白血病、類淋巴球性白血病、淋巴肉瘤細胞白血病、肥大細胞白血病、巨核細胞白血病、小骨髓母細胞性白血病、單核球性白血病、骨髓母細胞性白血病、骨髓細胞性白血病、骨髓顆粒球性白血病、骨髓單核球性白血病、內格利白血病(Naegeli leukemia)、漿細胞白血病、漿球性白血病及前髓細胞性白血病。
在一些實施例中，本文提供之方法及組合物係關於癌瘤之治療。術語「癌瘤」係指由上皮細胞構成之惡性生長，傾向於浸潤周圍組織及/或抵抗生理學及非生理學細胞死亡信號且產生癌轉移。癌瘤之非限制性例示性類型包括：腺泡癌、腺泡狀癌瘤、腺囊癌、腺樣囊性癌、腺瘤癌、腎上腺皮質癌、肺泡癌、肺泡細胞癌、基底細胞癌、基底樣細胞癌、基底樣癌瘤、基底鱗狀細胞癌、細支氣管肺泡癌、細支氣管癌、支氣管癌、腦癌、膽管細胞癌、絨毛膜癌、膠樣癌、粉刺癌、子宮體癌、篩狀癌、鎧甲狀癌、皮狀癌、柱狀癌、柱狀細胞癌、導管癌、硬癌、胚胎性瘤、腦狀癌瘤、表皮樣癌、腺狀上皮癌、外生性癌、潰瘍性癌、纖維癌、膠樣癌、膠狀癌、巨細胞癌、印戒細胞癌、單純癌、小細胞癌、馬鈴薯狀癌、球狀細胞癌、梭細胞癌、髓狀癌、鱗狀癌、鱗狀細胞癌、繩捆癌、毛細管擴張癌(carcinoma telangiectaticum)、血管擴張性癌(carcinoma telangiectodes)、移行細胞癌、塊狀癌、結節性癌、疣狀癌、絨毛狀癌、巨細胞癌、腺癌、粒層細胞癌、毛髮基質癌、血樣癌、肝細胞癌、何氏細胞癌(Hurthle cell carcinoma)、透明細胞癌、腎上腺樣癌、幼稚型胚胎性瘤、原位癌、表皮內癌瘤、上皮內癌瘤、侵蝕性潰瘍(Krompecher's carcinoma)、庫爾契茨基細胞癌(Kulchitzky-cell carcinoma)、大細胞癌、豆狀癌(lenticular carcinoma)、豆狀癌瘤(carcinoma lenticulare)、脂肪瘤樣癌、淋巴上皮癌、髓樣癌(carcinoma medullare)、髓性癌、黑色素癌、軟癌(carcinoma molle)、黏液性癌、黏液癌、黏液細胞癌、黏液表皮樣癌、黏膜癌、黏液癌瘤、黏液瘤樣癌、鼻咽癌、燕麥細胞癌、骨化性癌、骨樣癌、乳頭狀癌、門脈周性癌、未侵襲癌(preinvasive carcinoma)、棘細胞癌、糜爛性癌、腎臟之腎細胞癌、儲備細胞癌、肉瘤樣癌、施耐德癌(schneiderian carcinoma)、硬癌(scirrhous carcinoma)、陰囊癌、梅克爾細胞癌(merkel cell carcinoma)及唾液腺癌。
在一些實施例中，本文提供之方法及組合物係關於肉瘤之治療。術語「肉瘤」一般係指由如胚胎結締組織之物質構成且一般由包埋於纖維狀異質或同質之物質中的緊實細胞構成的腫瘤。肉瘤包括(但不限於)：軟骨肉瘤、纖維肉瘤、淋巴肉瘤、黑素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宮內膜肉瘤、基質肉瘤、尤文氏肉瘤(Ewing' s sarcoma)、筋膜肉瘤、纖維母細胞肉瘤、巨細胞肉瘤、艾伯內西式肉瘤(Abemethy's sarcoma)、脂肉瘤、脂肪肉瘤、軟組織肺泡狀肉瘤、釉質母細胞肉瘤、葡萄樣肉瘤、綠色瘤、絨膜癌瘤、胚胎肉瘤、威耳姆士腫瘤(Wilms' tumor sarcoma)、顆粒球性肉瘤、霍奇金氏肉瘤(Hodgkin's sarcoma)、特發性多發性色素出血性肉瘤、B細胞之免疫母細胞肉瘤、淋巴瘤、T細胞之免疫母細胞肉瘤、詹恩遜氏肉瘤(Jensen's sarcoma)、卡堡氏肉瘤(Kaposi's sarcoma)、庫普弗細胞肉瘤(Kupffer cell sarcoma)、血管肉瘤、白血病性肉瘤、惡性間質瘤、骨膜外肉瘤、網狀細胞肉瘤、勞斯肉瘤(Rous sarcoma)、漿液囊性肉瘤、滑液肉瘤及毛細管擴張性肉瘤。
可使用本文所描述之方法及組合物治療之額外例示性贅瘤包括：霍奇金氏疾病、非霍奇金氏淋巴瘤、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、乳癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰臟瘤、惡性類癌、癌前皮膚病變、睪丸癌、淋巴瘤、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、子宮頸癌、子宮內膜癌及腎上腺皮質癌。
在一些實施例中，所治療癌症為黑素瘤。術語「黑素瘤」用於意謂由皮膚及其他器官之黑色素細胞系統產生之腫瘤。黑素瘤之非限制性實例為：哈帕二氏黑素瘤、幼年期黑素瘤、惡性小痣性黑素瘤、惡性黑素瘤、肢端小痣性黑素瘤、無黑色素性黑素瘤、良性幼年期黑素瘤、克勞德曼黑素瘤、S91黑素瘤、結節性黑素瘤、陰囊黑素瘤及淺表擴散性黑素瘤。
可使用本文所描述之方法及組合物治療之腫瘤之特定類別包括：淋巴增生病症、乳癌、卵巢癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮內膜癌、骨癌、肝癌、胃癌、結腸癌、結腸直腸癌、胰臟癌、甲狀腺癌、頭頸癌、中樞神經系統癌、周邊神經系統癌、皮膚癌、腎癌以及所有以上之癌轉移。腫瘤之特定類型包括：肝細胞癌、肝細胞瘤、肝母細胞瘤、橫紋肌肉瘤、食道癌、甲狀腺癌、神經節母細胞瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、骨原性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、尤文氏腫瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、侵襲性乳腺管癌、乳頭狀腺癌、黑素瘤、肺鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌(高分化、中分化、低分化或未分化)、細支氣管肺泡癌、腎細胞癌、腎上腺樣瘤、腎上腺樣腺癌、膽管癌、絨膜癌、精細胞癌、胚胎性瘤、威耳姆士腫瘤、睪丸腫瘤、肺癌瘤(包括小細胞、非小細胞及大細胞肺癌瘤)、膀胱癌、神經膠質瘤、星形細胞瘤、神經管胚細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、視網膜母細胞瘤、神經母細胞瘤、結腸癌、直腸癌、造血性惡性病(包括所有白血病及淋巴瘤類型，包括：急性骨髓性白血病、急性骨髓細胞性白血病、急性淋巴球性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴球性白血病、肥大細胞白血病、多發性骨髓瘤、骨髓淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤)。
在某些實施例中，所治療之癌症亦包括癌變前病變，例如光化性角化症(日光性角化症)、痣(發育異常痣)、光化性唇炎(農民唇)、皮膚角、巴雷斯特氏食道症(Barrett's esophagus)、萎縮性胃炎、先天性角化不良、缺鐵性吞咽困難、扁平苔癬、口腔黏膜下纖維化、光化性(日光性)彈性組織變性及頸椎發育異常。
在一些實施例中，所治療之癌症包括例如內胚層、外胚層或間葉細胞來源之非癌性或良性腫瘤，包括(但不限於)膽管瘤、結腸息肉、腺瘤、乳頭瘤、囊腺瘤、肝細胞腺瘤、水囊狀胎塊、腎源性小管性腺瘤、鱗狀細胞乳頭瘤、胃息肉、血管瘤、骨瘤、軟骨瘤、脂肪瘤、纖維瘤、淋巴管瘤、平滑肌瘤、橫紋肌瘤、星形細胞瘤、斑痣、腦膜瘤及神經節細胞瘤。實例 實例 1 ：馬賽布勞特氏菌株 A 在選擇性培養基上之培養
所需設備： 厭氧室(10% H2 、5% CO2 、85% N2 氛圍，在35-37℃下) 多樣本渦旋 100 μL移液器
消耗品： 無菌環 菌落塗佈器 移液管 移液管尖端 96孔無菌培養盤 96孔深孔培養盤
培養基： 表1.培養基製備表。
難養厭氧菌瓊脂(FAAy) (Acumedia7531A)與抗生素。在Epiva製備之選擇培養基。
向培養基中添加此等抗生素，以抑制可干擾布勞特氏菌株分離之其他細菌群之生長。 FAA+50 μg/ml 胺苄青黴素 FAA+16 μg/ml紅黴素 FAA+16 μg/ml環丙沙星
FAA+32 μg四環素難養厭氧菌瓊脂為用於培養來自臨床及非臨床樣品之各種難養厭氧菌的常規調配物。在難養厭氧菌瓊脂中，蛋白腖提供氮源及維生素源。氯化鈉保持培養基之滲透平衡。存在可溶澱粉以吸附任何有毒代謝物。碳酸氫鈉藉由充當去氧劑而增加耐氧性。焦磷酸鈉為緩衝劑。葡萄糖為碳源。添加丙酮酸鈉作為糖酵解球菌(asaccharolytic cocci) (包括韋榮氏球菌亞種(Veillonella spp.))之能量源及作為去氧劑。L-半胱胺酸HCl•H2 O為厭氧菌之還原劑及生長刺激劑。添加L-精胺酸以確保遲鈍真桿菌(Eubacterium lentum)之生長，且血紅素及維生素K為數種擬桿菌亞種(Bacteroides spp.)所需之生長因子。丁二酸鈉改良產黑色普雷沃菌(Prevotella melaninogenica)及擬桿菌亞種之生長。厭氧菌基礎瓊脂。 (Oxoid CM0972)
厭氧菌基礎瓊脂含有作為維生素源之蛋白腖及酵母提取物，該等蛋白腖經謹慎選擇以支持厭氧性細菌之良好生長。存在澱粉以吸附任何有毒代謝物。添加足夠的精胺酸以確保遲鈍真桿菌之生長，血紅素及維生素K為多種擬桿菌物種所需之生長因子。血紅素亦為卟啉單胞菌物種所需。丁二酸鈉改良產黑色普雷沃菌及擬桿菌物種之生長。添加丙酮酸鈉作為糖酵解球菌(諸如韋榮氏球菌)之能量源。其亦類似於催化酶起作用，且降低痕量過氧化氫，該過氧化氫可由分子氧作用於培養基化合物而產生。L-半胱胺酸鹽酸鹽及二硫蘇糖醇為還原劑，且亦已展示半胱胺酸刺激一些厭氧菌之生長。Gifu 厭氧培養基 (GAM 培養液 ) (HIMEDIA M1801) 瓊脂 (FisherBP1423)
此為厭氧細菌之液體培養基。由於此培養基含有具有血紅素、用作基本生長因子之經消化血清，且氯化鈉保持滲透均衡。亦含有硫代乙酸鈉，且L-半胱胺酸為添加於此培養基中之還原劑以提供適當缺氧。動物組織之胃蛋白酶消化物及酵母提取物提供氮源、碳源及維生素源。澱粉吸附所產生之有毒代謝物。厭氧性生物體需要還原性條件及在培養基中不存在溶解氧。嚴格的厭氧菌經由使用除氧以外之氫受體氧化來獲得其能量及中間物。蛋白腖酵母膏 (PY)(AS-821) 具有 ： 肝醣、 N-Acetil-D- 葡糖胺、纖維二糖。
基於PRAS (預還原的厭氧無菌)蛋白腖酵母提取物培養液之培養基(PY)為在生長及部分鑑別厭氧性細菌中使用之富集非選擇性培養液培養基。具有碳水化合物/生物化學添加劑之基於蛋白腖酵母提取物培養液之培養基，經設計以用於測定厭氧性細菌的特異性生物化學特徵。使用此生物化學測定來輔助厭氧性細菌之決定性鑑別。基於蛋白腖酵母提取物培養液之培養基富集非選擇性培養基，其補充有血紅素及維生素K1以便於使較難養生物體(諸如普雷沃菌(Prevotella)、卟啉單胞菌(Porphyromonas)及脆弱類擬桿菌(Bacteroides fragilis)群組)恢復。添加刃青天(Resazurin)作為氧化還原指示劑。PRAS生物化學製品視為為生物化學測試及厭氧菌表徵之「最高準則(gold standard)」。在添加特異性生物化學物質之情況下，基於蛋白腖酵母提取物培養液之培養基用來判定厭氧性細菌是否將利用該生物化學物質，或生長是受該生物化學物質刺激還是抑制。程序 步驟 1 . 來自 冷凍大便樣本之細菌的恢復。
將冷凍大便樣本轉移至厭氧室以進行處理。
將留置於拭子上之樣本置放於新的無菌傳遞培養基上，以儘可能快地儲存在-80℃冷凍機，以保存樣本以用於進一步應用。
在含有大便樣本之其餘部分之傳遞培養基(原始樣本)中添加2.5 ml無菌磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)。將混合物充分混合，必要時，平緩地渦旋。
移取1 ml等分試樣，且添加至含有所得9 mL無菌磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)之試管中，得到(1:10稀釋)。將混合物平緩地渦旋。將殘餘樣本冷凍在-80℃下。
自1:10 (10-1 )，將1 mL轉移至9 mL PBS試管中，得到1:100 (10-2 )。繼續連續稀釋至達到10-5 之稀釋。步驟 2. 固體培養基之計數。
以下瓊脂培養盤標記有個體資訊及稀釋因數： GAM與瓊脂， 厭氧菌基礎瓊脂， FAA+50 μg/ml胺苄青黴素， FAA+32 μg/ml紅黴素， FAA+16 μg/ml環丙沙星， FAA+16 μg/ml四環素， PY-肝醣， PY-N-Acetil-D-葡糖胺， PY-纖維二糖
將稀釋液10-3 、10-4 、10-5 之100 μL等分試樣轉移至瓊脂培養盤表面上。此得到最終稀釋範圍為10-4 、10-5 及10-6 CFU/ml的大便。
各培養盤中之一者標記為陰性對照。將100 μL無菌PBS轉移至培養盤表面上。此係為了驗證PBS、培養基培養盤及菌落塗佈器在使用時的無菌性。
在塗鋪之後，將稀釋樣本儲存在RT下。
使用菌落塗佈器以將等分試樣均勻塗佈在瓊脂表面。使培養盤靜置大致10 min (或直至乾燥為止)，以使培養盤吸收所塗佈接種液。
在37℃下在厭氧室中培育倒置培養盤48-72小時(或直至群落可見為止，至多5天)。
基於菌落形態檢查培養盤，挑取3個相同形態之經分離菌落進行PCR，且在BHI或CDC血液瓊脂板上對其進行再分離，以執行進一步測試及/或自純培養物分離出單一菌落進行PCR。
菌落使用一次性無菌環或移液管尖端來挑取，且稀釋於100 μL蒸餾水中(最容易進行此操作係在96孔培養盤中)。
隨後，在腔室外循環此等懸浮液，而培養盤留下以用於所關注菌株之下游回收。
使用以下反應混合物來進行PCR (在96孔PCR培養盤中)： a-12.5 μL Go Taq Green主混合液(Promega，目錄號M7123) b-0.2 μL 16S rDNA引子27F (5' AGAGTTTGATCMTGGCTCAG 3') c-0.2 μL 16S rDNA引子1492R (5' TACGGYTACCTTGTTACGACTT 3') d-11.1 μL不含核酸酶之蒸餾水(與主混合物一起發送) e-1 μL稀釋細胞接種液 PCR方案如下： a.在95℃下，10分鐘變性 b.在95℃下，30秒 c.在59℃下，30秒 d.在72℃下，30秒 e.(重複b-d 30次) f.在72℃下，5分鐘 g.保持在4℃下
使用凝膠電泳，對於18個反應確認PCR成功。若超過60%成功，則將PCR之96孔培養盤送至Genewiz進行定序。使藉由PCR確認之經分離菌落如上文所描述在液體培養物中生長，且進行低溫保存。使用顯微鏡(100x放大倍數)獲取菌落形態及革蘭氏染色之圖像。若鑑別多個分離株，則使細菌在96深孔培養盤中生長且進行儲存。實例 2 ：馬賽布勞特氏菌株 A 生產
使用富集培養基來生長，且針對活體外及活體內用途，製備馬賽布勞特氏菌株。舉例而言，培養基可含有糖、酵母提取物、蛋白腖、微量元素及維生素。或者，可如本領域中已知來製備培養基，且使馬賽布勞特氏菌株生長。醱酵時間、低溫保護劑及細胞之中和之影響集中於在無奶類成分的情況下產生馬賽布勞特氏菌株細胞之冷凍-乾燥存活、儲存穩定性，及酸及膽液暴露。
在大規模下，培養基為無菌的。可藉由超高溫(UHT)處理來滅菌。在極高溫下進行UHT處理短時間段。UHT範圍可為135-180℃。舉例而言，培養基可利用在135℃下10至30秒來滅菌。
可在燒瓶中或在較小生物反應器中製備接種液，且監測生長。舉例而言，接種液大小可在總生物反應器體積之大致0.5與3%之間。視應用及材料之需求而定，生物反應器體積可為至少2 L、10 L、80 L、100 L、250 L、1000 L、2500 L、5000 L、10,000 L。
在接種之前，製備生物反應器且準備好在所需pH、溫度及氧濃度下之培養基。舉例而言，pH可設定在4.5與8.0之間。在醱酵期間，可經由使用氫氧化鈉、氫氧化鉀或氫氧化銨來控制pH。溫度可控制在25℃至45℃，例如在37℃下。藉由將培養液中之氧水準自約8 mg/L降低至0 mg/L，來產生厭氧條件。舉例而言，可使用氮氣或氣體混合物(N2 、CO2 及H2 )，以建立厭氧條件。或者，不使用氣體，且藉由細胞消耗來自培養基之殘餘氧氣來建立厭氧條件。視菌株及接種液大小而定，生物反應器醱酵時間可變化。舉例而言，醱酵時間可在大致5小時至48小時之間變化。
可藉由連續離心來進行收集。用各種賦形劑，將產物再懸浮至所需最終濃度。可添加賦形劑以用於低溫保護或用於在凍乾期間進行保護。賦形劑可包括(但不限於)蔗糖、海藻糖或乳糖，且或者此等可與緩衝液及抗氧化劑混合。在凍乾之前，將數滴與賦形劑混合之細胞集結粒浸沒在液氮中。
材料(包括活細菌)之凍乾，以初級乾燥開始。在初級乾燥階段期間，移除冰。此處，產生真空，且向材料供應適量熱以使冰昇華。在二級乾燥階段期間，移除結合水分子之產物。此處，使溫度升高高於初級乾燥階段，以破壞水分子與產物材料之間已形成的任何物理-化學相互作用。亦可降低壓力，以進一步增強此階段期間之解吸附。在完成冷凍乾燥過程之後，腔室可用惰性氣體(諸如氮氣)填充。可在乾燥條件下，將產物密封在冷凍乾燥器內，從而防止暴露於大氣水及污染物。實例 3 ： 馬賽布勞特氏菌株 A 醱酵過程 TSBF 製備 ： 表2.第1組組分
將第1組組分併入適當體積之DI水中，記住用所需公升數乘以1 L。隨後，使混合物高壓滅菌60分鐘，其中各容器中之最大體積為2.5 L。 第2組組分：L-半胱胺酸-HCl (50 g/L)與FeSO4 (5 g/L)
將第2組組分與適當體積之DI水組合。將混合物等分成100 mL體積於200 mL瓶子中。插入橡膠塞子及捲曲金屬帽。隨後，將混合物高壓滅菌30分鐘。葡萄糖
存在兩種(2)葡萄糖儲備液類型。一種為來自Sigma Aldrich之預先無菌45%葡萄糖溶液(使用11.1 ml/L)。另一種為自產的50%過濾無菌儲備液(使用10.0 ml/L)。
為了製備50%儲備液，在微波中加熱1 L DI水2.5分鐘。劇烈攪拌400 mL加熱水，同時緩慢添加500 g葡萄糖，不允許葡萄糖在溶液中凝集。在所有葡萄糖溶解之後，使溶液繼續混合同時在攪拌培養盤上加熱5分鐘。隨後，添加熱DI水直至1 L體積。使用0.2 μm真空過濾器，來對混合物進行過濾滅菌。5 g/L為最終培養基中之葡萄糖濃度。 組合：對於每一公升之第1組，添加10 mL第2組。隨後，添加適當體積之葡萄糖儲備溶液。
目標：為了研究pH及替代性低溫保護劑對於馬賽布勞特氏菌株A之生長及穩定性的影響。為了觀測CFU與GDA之間的相關性，以及此等分析方法之間的差異。GDA資料用來尋找允許高解析度及GDA與CFU之間的比較的可接受稀釋度。D002亦用於測試pH控制PID之變化。最終，根據在D002期間得到之改良，改變程序及運行表。用4個不同穩定劑及一個對照來進行下游取樣。
程序：以下程序用於設置及執行DasGip醱酵操作D002。參見與各所列程序相關聯之材料及方法的程序存檔。 DasGip設置實驗室程序v0.1 厭氧性接種液製備實驗室程序v0.1 生物反應器接種實驗室程序v0.1 DasGip取樣及分析實驗室程序v0.1 菌落形成單位實驗室程序v0.1 光密度及生長偵測分析實驗室程序v0.1
方法：選擇方法及參數以及不包括於以上程序中及/或不同於所提及程序的任何方法在下文描述。
培養基：根據基礎培養基「BM1」培養基製備型調配v0.1，製備用於醱酵及接種液之培養基。使用以下批次：BM109271601。在無菌條件下，向生物安全箱之各容器中添加培養基。使用DasGip控制器(10N NaOH)進行pH調整。在接種之前，在混合氣體鼓泡(5% H2 、5% CO2 、其餘N2 )下，使培養基脫氣隔夜。在脫氣之後，經由無菌注射器，添加10 ppm無菌消泡劑乳液C。
校正：在容器之高壓滅菌之前，進行pH及RD探針之校正。在將基線至各容器之前，對於泵「B」進行就地清潔程序。下文列舉校準值及探針序號。 表3
頂板/導管：在運行之前，製備容器頂板及導管，清潔且檢驗。自先前運行，所有魯爾(luer)閥均更換。
高壓滅菌/設置：根據設置程序，對容器進行高壓滅菌，各容器含有在充填培養基之前傾析的300 mL 1x PBS。製備數瓶基質，每一容器1瓶。在生物安全箱中用10N氫氧化鈉填充瓶子，然而氫氧化鈉歸因於黏度未進行無菌過濾。連接所有線，且在接種之前啟動控制環路。在接種之前，使所有程序參數達到均衡。
接種液：在BM1培養基中製備D002之接種培養物(馬賽布勞特氏菌株A)，且使其生長12小時。隨後，向各容器中添加10 mL培養物。接種培養物之OD為0.658。在菌株庫主檔案中記錄接種液生長之結果。在接種時，所有容器之pH大致為7.00。
程序參數：在操作期間使用以下程序參數。在接種之後，參數不改變。 溫度：37℃ 鼓泡器流速：145 mL/min 重疊流速：85 mL/min 攪動：150 RPM pH： 容器1：5.20 容器2：5.80 容器3：6.40 容器4：7.00
下文為關於過程之細節。 pH控制在7.0下 溫度37℃ 接種液大小1% 氣體90% N2 +5% CO2 鼓泡0.1vvm 攪動300 rpm
取樣及分析：進行取樣及分析。在使用樣本1及3進行下游分析期間，自各容器取額外五個真空管樣本。在樣本2進行相同目的期間，自各容器取十個額外真空管樣本。緊接著在拆卸經由16S PCR進行品質控制分析之前，自各容器取一真空管樣本。取樣時間列於下表4中。 表4：取樣
反應器拆卸：一天後終止運行，且進行所有拆卸程序。
關鍵製程參數：D002通過所有關鍵製程參數檢查。
資料：為了易於參考，下文再現呈一些資料之其未處理形式。表 5 ： CFU 表 6 ： 光密度 結果：
圖9展示在控制pH下在不同設定點處之厭氧性生物反應器過程。圖10展示在醱酵過程期間之總基質添加；在指定點處獲取樣本S1及S3。圖11展示在下游處理之後之細胞回收。圖12展示在下游處理之後，樣本S1及S3之相對細胞存活率。
結論：pH資料指示，所使用PID設定在DasGip系統中提供穩固的pH控制(圖9)。圖10中之總基質添加可展示自指數期至穩定期之作為細胞開關的代謝開關。細菌在生物反應器中生長直至5×109 CFU/mL (圖11)。然而，在不同pH設定點處之生長類似，在空氣環境下游處理之後的回收顯著地受生物反應器pH影響(圖11)。早期點之收集得到較佳回收(圖12)。實例 4 ：經口投與布勞特氏菌株 A 抑制結腸直腸癌腫瘤生長
自Taconic (Germantown，NY)獲得雌性6-8週齡Balb/c小鼠。在存在50%基質膠之情況下，將100,000個CT-26結腸直腸腫瘤細胞(ATCC CRL-2638)再懸浮於無菌PBS中，且接種。將CT-26腫瘤細胞皮下注射至各小鼠之一個後側腹中。當腫瘤體積時達到平均100 mm3 (大致在腫瘤細胞接種後10-12天)，將動物分配至以下群組中：1)媒劑+ PBS；2)抗PD-1抗體；及3)馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。在第1天開始，每四天以100 μg/小鼠(100 μl最終體積)腹膜內投與抗體，且在第1天開始，每天一次藉由經口管飼(p.o.)投與布勞特氏菌株A細菌(5.5×104 )，直至研究結束為止。布勞特氏菌株A群組展示與在抗PD-1群組中所看到的相當的腫瘤生長抑制(圖 1 及圖 2 )。實例 5 ：小鼠黑素瘤模型中之布勞特氏菌株 A
自Taconic (Germantown，NY)獲得雌性6-8週齡C57Bl/6小鼠。將100,000個B16-F10 (ATCC CRL-6475)腫瘤細胞再懸浮於含有50%基質膠之無菌PBS中，且以100 μl最終體積接種至各小鼠之一個後側腹(第一側腹)中。將動物分配至以下群組中：1)媒劑+ PBS；2)抗PD-L1抗體；及3)馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。在第1天開始，每四天以100 μg/小鼠(100 μl最終體積)腹膜內投與抗體，且在第1天開始，每天一次藉由經口管飼(p.o.)投與布勞特氏菌株A細菌(6.1×107 )，直至研究結束為止。布勞特氏菌株A群組展示相較於在抗PD-L1群組中所看到的更佳的腫瘤生長抑制(圖 3 及圖 4 )。實例 6 ： 使用馬賽布勞特氏菌株菌株 A 與抗 PD-L1 組合之黑素瘤治療
如實例5中所描述，將B16-F10 (ATCC CRL-6475)腫瘤細胞接種至小鼠之一個後側腹(第一側腹)中，且將動物分配至以下群組中：1)媒劑+ PBS；2)媒劑+抗PD-L1抗體；3)馬賽布勞特氏菌株A + PBS；及4)馬賽布勞特氏菌株A +抗PD-L1。在第1天開始，每四天以100 μg/小鼠(100 μl最終體積)腹膜內投與抗體，且在第1天開始，每天一次藉由經口管飼(p.o.)投與布勞特氏菌株A細菌(6.1×107 )，直至研究結束為止。布勞特氏菌株A +抗PD-L1群組展示最佳腫瘤生長抑制(圖 5 )。實例 7 ： CD3+ 細胞之浸潤在經口管飼馬賽布勞特氏菌株 A 之 小鼠之 CT26 及 B16-F10 腫瘤中顯著增加。
在一些研究中，在不同時間點，處死小鼠，且可使用此項技術中已知之方法，移除腫瘤、淋巴結或其他組織以進行離體流動式細胞量測分析。舉例而言，根據製造商之說明書，使用Miltenyi腫瘤解離酶混合物將腫瘤解離。記錄腫瘤重量，且將腫瘤切碎，隨後置放於含有酶混合物之15 ml試管中，且置放於冰上。隨後，將樣本置放於37℃下之平緩振盪器上45分鐘，且用至多15 ml完全RPMI淬滅。各細胞懸浮液經由70 μm過濾器過濾至50 ml falcon管中，且在1000 rpm下離心10分鐘。將細胞再懸浮於FACS緩衝液中，且洗滌以移除殘餘碎片。必要時，使樣本經由第二70 μm過濾器再次過濾至新試管中。使用此項技術中已知技術，對細胞進行染色以藉由流式細胞測量術進行分析。染色抗體可包括抗CD11c (樹突狀細胞)、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析之其他標記包括泛免疫細胞標記CD45、T細胞標記(CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Rorγt、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4)及巨噬細胞/骨髓標記(CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1)。除免疫表型以外，使用此項技術中已知之技術，分析包括(但不限於)以下的細胞介素：IP-10、TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可分析對於自淋巴結或其他組織、腫瘤部分、解離腫瘤細胞獲得的免疫細胞，及/或對於離體獲得的純化CD45+腫瘤浸潤免疫細胞的細胞介素分析。可使用各種染色技術、qPCR或此項技術中已知之其他技術，來確認細胞介素水準。亦可使用此項技術中已知之技術，對於腫瘤部分進行免疫組織化學，以量測T細胞、巨噬細胞、樹突狀細胞及檢查點分子或其他蛋白質表現。
對小鼠接種CT26或B16-F10腫瘤細胞，且如上文所描述分配至各群組中，且每天一次經口管飼馬賽布勞特氏菌株A 8.3×10^9 CFU/小鼠。其他小鼠給予媒劑作為陰性對照。在第10天，將來自此研究之小鼠處死，且收集腫瘤進行分析。使用上文所描述之已知技術，對腫瘤部分進行抗CD3抗體(T細胞標記)染色，以評定平均CD3+細胞/腫瘤部分，且藉由qPCR使用如下TaqMan分析來分析腫瘤基因表現：用Qiagen's RNeasy小型套組(目錄號74104)，使用製造商之方案來分離腫瘤RNA。使用BioRad's iScript™ cDNA合成套組，根據製造商之方案(目錄號1708891)，分離cDNA。使用SsoAdvanced™通用探針超混合液1725281，使用製造商之方案，在BioRad CFX384儀器上運行qPCR反應。TaqMan小鼠特異性探針係來自Invitrogen之MHC I (b2m) Mm00437762_m1及用於標準化基因表現的β-肌動蛋白Mm01205647_g1。使用β-肌動蛋白作為參考基因，計算MHC I之各腫瘤的△Ct值。使用式各小鼠腫瘤之2^-△Ct，計算MHC I之表現，且將此值除以研究結束時之其各別最終腫瘤體積。
在CD3+免疫細胞浸潤及MHC I類表現分析之前，獲取腫瘤體積。相對於媒劑，馬賽布勞特氏菌株菌株A群組中之CD3+免疫細胞之浸潤在小鼠結腸直腸癌模型( 圖 6 ) 中及在小鼠黑素瘤模型( 圖 7 ) 中顯著增加。馬賽布勞特氏菌株A誘導MHC I類表現明顯上調( 圖 8 ) 。
並非處死，一些小鼠可用腫瘤細胞注射至對側側腹(或其他區域)中來再處理，以測定免疫系統之記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 8 ：小鼠肺癌模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠肺癌模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
將1×106 個LLC1細胞或適當數目之來自另一肺癌細胞株之肺癌細胞，注射至同基因型小鼠之後側腹中。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。一些小鼠處死，以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析。其他小鼠可利用將腫瘤細胞注射至對側側腹中再處理，以測定免疫系統之記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 9 ：小鼠乳癌模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠乳癌模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
自ATCC獲得4T1小鼠乳房癌細胞，且將含1×106 個細胞之50 μl PBS皮下注射至Balb/c雌性小鼠之一個或兩個後肢中(如Wang等人2003, Systemic dissemination of viral vectors during intratumoral injection. Molecular Cancer Therapeutics; 2(11)所描述。或者，自ATCC獲得EMT6小鼠乳房癌細胞，且將含1×106 個細胞之50 μl PBS皮下注射至Balb/c雌性6-8週齡小鼠之一個或兩個後肢中(如Guo等人 2014, Combinatorial Photothermal and Immuno Cancer Therapy Using Chitosan-Coated Hollow Copper Sulfide Nanoparticles. ASC Nano.; 8(6): 5670-5681所描述)。另外，可使用其他可獲得的小鼠乳房細胞株。
以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析。其他小鼠可利用將腫瘤細胞注射至對側側腹中再處理，以測定免疫系統之記憶反應對於腫瘤生長的影響。
或者，可在原位鼠類乳癌模型中使用4T1細胞，如Tao等人(Tao等人 2008. Imagable 4T1 model for the study of late stage breast cancer. 8: 288)所描述。將小鼠處死以進行離體腫瘤分析。藉由流式細胞測量術及免疫組織化學來分析腫瘤。實例 10 ：小鼠胰臟癌模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠胰臟癌模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
將Panc02細胞維持在補充有10%胎牛血清及1%青黴素/鏈黴素之DMEM中，且在37℃、5% CO2 下培育。自Charles River, Inc.或其他認證供應商獲得雌性8-10週齡C57Bl/6小鼠。將1×106 個Panc02細胞，皮下注射至雌性C57Bl/6小鼠之右後側腹中。此方案係基於標準Panc02腫瘤模型Maletzki等人 2008. Pancreatic cancer regression by intratumoral injection of live streptococcus pyogenes in a syngeneic mouse model. Gut. 57:483-491)。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。
或者，可在原位鼠類胰臟癌模型中使用Panc02、6606PDA或Capan-1細胞株，如Partecke等人(Partecke等人 2011. A syngeneic orthotopic murine model of pancreatic adenocarcinoma in the C57/Bl6 mouse using the Panc02 and 6606PDA cell lines. Eur. Surg. Res. 47(2):98-107)或Chai等人(Chai等人 2013. Bioluminescent orthotopic model of pancreatic cancer progression. J. Vis. Exp. 76: 50395)所描述。將小鼠處死以進行離體腫瘤分析。藉由流式細胞測量術及免疫組織化學來分析腫瘤。實例 11：小鼠肝細胞癌模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠肝細胞癌模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
藉由皮下接種1×106 個Hepa129細胞(自NCI或其他來源獲得)、或適當數目之來自其他肝細胞癌細胞株之細胞，在小鼠中誘導肝細胞癌(如Gonzalez-Carmona等人 2008. CD40 ligand-expressing dendritic cells induce regression of hepatocellular carcinoma by activating innate and acquired immunity in vivo. Hepatology. 48(1):157-168所描述)。將腫瘤細胞接種至一個或兩個側腹中。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 12 ：小鼠淋巴瘤模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠淋巴瘤模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
一個淋巴瘤細胞株為A20淋巴瘤，但同基因型小鼠可使用其他淋巴瘤細胞株。A20淋巴瘤細胞獲自ATCC，且將含5×106 個細胞之50 μl PBS皮下注射至Balb/c雌性小鼠之一個或兩個後肢中(如Houot等人 2009. T-cell modulation combined with intratumoral CpG cures lymphoma in a mouse model without the need for chemotherapy. Blood. 113(15): 3546-3552所描述)。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 13 ：小鼠前列腺癌模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠前列腺癌模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
將小鼠前列腺癌細胞(1×105 個RM-1細胞或適當數目之來自另一前列腺癌細胞株之細胞)注射至同基因型小鼠中。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 14 ：小鼠漿細胞瘤模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠漿細胞瘤模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。礦物油誘導之漿細胞瘤模型
為了檢查布勞特氏菌株A在漿細胞瘤或多發性骨髓瘤模型中之功效，在0與60天之間的不同時間點，用500 μl之2,6,10,12-四甲基十五烷(「姥鮫烷油」)對小鼠腹膜內注射三次，如Potter等人1983. Peritoneal plasmacytomagenesis in mice: comparison of different pristane dose regimens. J. Natl. Cancer Inst. 71(2):391-5所描述(亦參見Lattanzio等人 1997. Defective Development of Pristane-Oil Induced Plasmacytomas in Interleukin-6-Deficient BALB/C Mice. Am. J. Pathology: 151(3):689696)。藉由腹脹之程度及腹水中之免疫細胞及顆粒，來量測疾病之進展。藉由流式細胞測量術，來分析腹水流體之免疫細胞表型。細胞株誘導之漿細胞瘤模型
為了檢查布勞特氏菌株A在漿細胞瘤或多發性骨髓瘤模型中之功效，將MOPC-104E細胞或J558漿細胞瘤細胞(TIB-6 ATCC) (5×106 個細胞)皮下注射至Balb/c小鼠之一或多個後側腹中，基於由Bhoopalam等人 1980. Effect of dextran-S (alpha, 1-3 dextran) on the growth of plasmacytomas MOPC-104E and J558. J. Immunol. 125(4):1454-8所描述之模型(亦參見Wang等人 2015. IL-10 enhances CTL-mediated tumor rejection by inhibiting highly suppressive CD4+ T cells and promoting CTL persistence in a murine model of plasmacytoma. OncoImmunology. 4(7): e1014232-1-9)。將小鼠分成藉由經口管飼及在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株菌株A的群組。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 15 ： SCID 小鼠骨髓瘤模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在SCID小鼠骨髓瘤模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
為了檢查布勞特氏菌株A在人類血漿細胞白血病小鼠模型中之功效，使用1×107 個人類骨髓瘤細胞株ARH77細胞(ARH77-ATCC CRL-1621，或適當數目之來自另一骨髓瘤細胞株(諸如KPMM2)之細胞)。將骨髓瘤細胞皮下注射至SCID小鼠之一個或兩個後側腹中(參見Caers等人 2004. Of mice and men: disease models of multiple myeloma. Drug Discovery Today: Disease Models. 1(4):373-380)。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 16 ：小鼠腎細胞癌模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠腎細胞癌模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
為了檢查布勞特氏菌株A在小鼠腎細胞癌模型中之功效，將Renca細胞(ATCC CRL-2947)或其他腎細胞癌細胞(含5×106 個之0.1 ml PBS)皮下注射至7-8週齡同基因型Balb/c小鼠之一個或兩個側腹中。以規則間隔，用測徑規量測來自不同處理組的腫瘤。將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 17 ：小鼠膀胱癌模型中之布勞特氏菌株 A
測試布勞特氏菌株A，單獨或與其他癌症療法(包括檢查點抑制劑)組合，其在小鼠膀胱癌模型中的功效。將小鼠分成在具有或不具有檢查點抑制劑處理之情況下接受布勞特氏菌株A的群組。以限定間隔，以不同劑量投與布勞特氏菌株A。舉例而言，一些小鼠在腫瘤細胞注射後之日(第1天)接受布勞特氏菌株A (p.o.)。一些小鼠接受七(7)個連續劑量之布勞特氏菌株A (在第14-21天，每天一個劑量)。其他小鼠每天一次接受給藥，或替代地，一些小鼠每隔一天接受給藥。或者，在限定時間點(例如在第13天)或當腫瘤達到某一大小(例如100 mm3 )時，將小鼠隨機分為不同處理組，且因此隨後起始處理。
在接種之日，收集MBT-2細胞(或其他膀胱癌細胞株)，且將其再懸浮於1:1 PBS/基質膠混合物中。將2×105 個MBT-2細胞懸浮於100 μl混合物中，且皮下注射至同基因型小鼠之一個或兩個後側腹中。以規則間隔，用測徑規來量測腫瘤。
將一些小鼠處死以使用流式細胞測量術進行離體腫瘤分析，而將其他小鼠進行再處理以測定記憶反應對於腫瘤生長的影響。實例 18 ：將 布勞特氏菌株 A 在癌症模型中之功效與其他布勞特氏菌株之功效 進行比較
使用上文所描述之方法，測試不同布勞特氏菌株A及其他布勞特氏菌株，且比較在各種癌症模型中的功效。此類模型可包括(但不限於)：黑素瘤、肺癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、胰臟癌、肝細胞癌、淋巴瘤、前列腺癌、漿細胞瘤、SCID骨髓瘤模型、腎細胞癌及/或膀胱癌。實例 19 ： 布勞特氏菌株 A 經口治療在患有轉移性結腸直腸癌之患者中之安全性、耐受性及功效的開放標記研究
進行多中心開放標記臨床研究，該臨床研究具有劑量遞增及劑量擴增以評定布勞特氏菌株A之初步安全性、耐受性及功效。研究以三個部分進行：部分A：在微隨體穩定(MSS)的轉移性結腸直腸癌(CRC)及替代性適應症中之劑量遞增；部分B：MSS CRC及替代性適應症；及部分C：微隨體不穩定的(MSI) CRC。劑量遞增發生於標準3+3設計中，如表4中所闡述。在部分A中，9至18個患者參與。部分B及C同時參與。在部分B中，至多15且不少於10個患者參與。在部分C中，不少於5且至多10個患者參與。基於同種異體移植攜帶小鼠之活體內研究，例示性估計人類有效劑量為2×1011 個生物體/天，以腸膠囊遞送。
研究之初級目標包括：測定在所測試劑量範圍內，布勞特氏菌株A在患有晚期惡性疾病之患者中的最大耐受劑量；測定布勞特氏菌株A在CRC中的推薦階段2劑量；評價布勞特氏菌株A的安全性及耐受性，包括劑量限制毒性；及證明布勞特氏菌株A在患有CRC (MSI 及MSS )之患者中的抗腫瘤活性。將藉由以下來評定抗腫瘤活性：監測循環腫瘤細胞、血液及腫瘤中之免疫細胞子集及腫瘤存活力之變化；反應之客觀反應率及持續時間；無進展存活期；總存活率；臨床效益率及臨床效益率之持續時間；及疾病控制率及疾病控制率之持續時間。二級目標係測定布勞特氏菌株A之人類分佈及消除。探索性目標係評價布勞特氏菌株A反應與同各腫瘤類型相關之分子標記的相關性，及鑑別對布勞特氏菌株A之耐受的可能機制。納入及排除標準：
研究之所有部分之納入標準包括以下： 1. 在任何篩選程序之前，且根據聯邦、當地及機構指南，獲得書面知情同意書。 2. 年齡≥ 18歲。 3. 適當肝功能： a. 總膽紅素≤正常值上限(ULN) 2倍(患有吉伯特氏(Gilbert's)症候群[間接遺傳性高膽紅素血症]之患者除外，該等患者之總膽紅素必須≤ 3倍ULN)， b. 天冬胺酸轉胺酶(AST)及丙胺酸轉胺酶(ALT) ≤ 2.5倍ULN (已知肝受累其腫瘤之患者除外，該等患者之其AST及ALT必須≤5.0倍ULN)。 4. 適當腎功能：估計肌酐清除≥ 30 mL/min，其使用以下式來計算：Cockcroft及Gault (140-年齡)•質量(kg)/(72•肌酐 mg/dL)；若為女性，則乘以0.85。 5. 部分B + C中之所有患者必須願意在療法開始及療法4週後進行新鮮活組織檢查。 6. 避孕：兒童攜帶可能之女性患者必須同意使用雙重避孕方法(包括一個高度有效避孕方法及一個有效避孕方法)，且在篩選時具有陰性血清妊娠測試；且若男性患者與兒童攜帶可能之女性有性行為，則男性患者必須使用有效屏障避孕方法。對於男性及女性患者，在整個研究中及最後劑量後之3個月，必須使用有效避孕方法。
對於測試復發性/再加工(refactory)結腸直腸癌之研究之部分，納入標準亦包括以下： 7. 結腸或直腸腺癌之組織學或細胞學資料。 8. 已知MSI/MSS情況。 9. 可藉由RECIST v1.1量測疾病。 10. 不適合於先行治療性目的手術之轉移性疾病。 11. 根據RECIST v1.1之進展性疾病的記錄證據。 12. 具有以下中之每一者之先前治療(隨著完成療法時程、或至疾病進展或不耐受性)： a. 基於氟嘧啶、基於奧沙利鉑、基於伊立替康之化學療法(例如FOLFOX及FOLFIRI) b. 若KRAS野生型，則抗EGFR療法， c. 瑞戈非尼或TAS 102 (部分A需要，部分B+C視情況選用) d. 放射線及手術不視為先前抗癌方案 13. 患者不應為輸注依賴型。 14. 適當造血功能：ANC ≥ 1000/mm3 ，血色素(Hb) ≥9.0 g/dL，且血小板計數≥ 100,000/mm3 。 15. 東部腫瘤協作組織(ECOG)效能狀態≤ 1。 16. 預期壽命≥ 3個月。
以下患者類別排除在研究外： 1. 懷孕或哺乳期之女性患者。 2. 在C1D1之前4週內大手術。 3. 心肌功能減弱或臨床上顯著心肌疾病，其包括以下中之任一種： a. 在C1D1之前≤ 3個月，不穩定心絞痛或急性心肌梗塞； b. 臨床上顯著心臟病(例如症狀性充血性心臟衰竭[例如＞NYHA 2類]；不受控制的心律不整或高血壓；不穩定高血壓病史或抗高血壓療法順應性較差)。 4. 在C1D1之前一週內需要非經腸抗生素、抗病毒劑或抗真菌劑之不受控制的活性嚴重全身性感染。 5. 在療法起始之前尚未停止至少3天之任何進行中的抗生素治療 6. 患有已知症狀性大腦癌轉移的患者不適合於參與。患有無征狀穩定經治療腦轉移瘤之患者適合進入研究。 7. 患有已知人類免疫缺乏病毒(HIV)病史之患者；HIV測試不需要作為此研究之部分。 8. 已知活性A、B或C型肝炎感染；或已知對於HCV RNA或HBsAg (HBV表面抗原)呈陽性。 9. 先前惡性疾病： a. 充分切除皮膚之基礎或鱗狀細胞癌或充分切除原位癌(亦即宮頸癌)之患者可參與，不論診斷時間。 b. 可能干擾研究之解釋的先前惡性疾病。先前用治療性意圖＜5年治療之癌症將不允許，除非經發起人批准。先前用治療性意圖＞5年治療且無復發跡象之癌症將被允許。 10. 患有活性中樞神經系統(CNS)惡性疾病之患者。僅已進行針對CNS疾病之預防性鞘內或靜脈內化療之患者為適合的。 11. 患有可能干擾EVP001吸收之胃腸道疾病(或不受控制的嘔吐或腹瀉)的患者。 12. 以研究者之觀點，可能干擾治療、順應性或提供同意書能力之嚴重精神或醫學病狀。 13. 患者不願意遵守方案，該方案包括所需活組織檢查及量測疾病所需之樣本收集。 14. 在篩選前兩週內放射線療法。患者必須已自臨床上顯著毒性恢復。
在研究期間，允許使用認為護理患者所必需之任何伴隨藥品/療法，包括非處方(OTC)藥品。允許治療AE、控制癌症症狀、併發性穩定疾病所需之藥品；及支持性護理藥劑(例如血液產品輸血)、止痛藥、止吐藥及止瀉藥。允許利用生長因子之並行療法。任何免疫抑制劑之使用，必須根據具體情況，在研究者與醫學監測者之間進行討論。應記錄在研究時間期間進行之任何診斷性、治療性或手術程序，包括程序之日期、描述，以及任何臨床研究結果(若可行)。禁忌所有抗生素。
在育齡婦女中允許激素避孕藥。激素避孕藥包括任何出售的避孕藥，其包括雌激素及/或促孕藥。
在研究期間，不允許除布勞特氏菌株A以外之研究用或市售抗癌劑。任何非方案特異性抗腫瘤治療之起始視為疾病復發/進展之指示，且應適當地以電子案例報導形式記錄。
允許對於非靶病變之姑息性放射線療法，但在姑息性放射線療法開始之前，保持研究治療≥1天，且在各劑量之姑息性放射線療法之後，研究治療保持≥ 1天。僅歸因於姑息性放射線，不停止用布勞特氏菌株A之治療。
在參與此研究期間，應向患者提供最佳醫學護理之支持性措施。此等應基於機構及/或國家綜合癌症網路(NCCN)指南。劑量遞增研究
患者在7天治療期期間接受所有布勞特氏菌株A劑量，或已在視為可評價劑量遞增決策之治療期內具有劑量限制性毒性(DLT)。布勞特氏菌株A作為錠劑或腸溶包衣膠囊經口投與。劑量遞增決策在患者群組已滿足此等標準時發生。
DLT定義為在用布勞特氏菌株A治療之首個7天內發生的不良事件(AE)或異常實驗室值，除明確且毋庸置疑歸因於潛在疾病、疾病進展或額外原因以外之彼等不良事件或異常實驗室值，且DLT滿足包括於表7中之任一標準。對於所有定級，使用國家癌症研究所不良事件常見術語標準(National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events) (NCI CTCAE) (版本4.03)。另外，錯過＞ 4個劑量之布勞特氏菌株A將視為DLT。劑量遞增決策在患者群組已滿足此等標準時發生。 表7：限定DLT之標準
為了實施劑量遞增決策，由參與研究者及發起人醫學監測者在劑量決策會議或電話會議上，評價可獲得的毒性資訊(亦即所有AE及所有實驗室異常，不管DLT評定)。決策係基於獲自在進行中研究中評價之所有劑量群組之所有相關資料的評價，該資料包括在第1週期期間來自可評價患者的安全性資訊、DLT、所有NCI CTCAE版本4.03毒性資料。在下一較高劑量群組之藥物投與可不進行，直至研究者自發起人接收書面確認為止，該書面確認指示，評價先前劑量群組之結果，及容許繼續進行下一較高劑量群組。
下表8描述起始劑量及可在研究期間對研究之所有部分進行評價的劑量水準。 表8： 布勞特氏菌株A劑量遞增水準
標準3+3劑量遞增如下進行： ● 若3個患者中之0個經受DLT，則遞增至下一較高劑量群組。 ● 若3個患者中之1個經受DLT，則該群組將擴增至6個患者。若6個患者中之1個經受DLT，則遞增至下一較高劑量群組； ● 若3個患者中之≥2個或6個患者中之≥2個試驗DLT，則超過最大耐受劑量(MTD)。 ● 若超過MTD，則參與之額外患者將在較低劑量水準下。若起始劑量不清除DLT評定，則將使用標準3+3規則進行劑量去遞增
在預期劑量水準已展示為安全(亦即，在預期劑量水準下治療之所有患者完成DLT評定，且≤ 1個患者經歷DLT)之後，所有群組允許患者內劑量遞增。
對於在7天之後劑量遞增之患者，及劑量擴增患者，若在任何時間，在＞33%之患者中觀測到滿足DLT定義但未必在首個21天內發生之事件，或若＞33%之治療患者已歸因於毒性而撤回同意書，則將保持參與，且將進行與所有研究者及發起人的會議，以審查事件並討論其臨床意義。基於此審查，發起人可選擇降低所參與患者之劑量，及選擇恢復在此較低劑量下之擴增群組之參與，或可終止參與進擴增群組。
藉助於DLT (僅劑量遞增群組)、AE報導、體檢、心電圖及實驗室安全性評估，來評價安全性及耐受性。
抗腫瘤活性由研究者根據疾病特異性反應標準來評定，且關於客觀反應率、反應持續時間、無進展存活期、臨床效益率、總存活率及疾病控制率進行描述。
在部分A中：分析在基線及第7天的周邊血液WBC子集及細胞介素。另外，分析在24及48小時的細胞介素。
在部分B及C中：分析之在基線及第7天及第21天的周邊血液WBC子集及細胞介素。分析基線及第28天腫瘤活組織檢查的免疫子集浸潤，以及血管生成、增殖及死亡的產生者。
患者繼續接受布勞特氏菌株A，直至患者已確認藥效學，撤回同意書，失去追蹤，經受杜絕進一步用布勞特氏菌株A處理之不耐受毒性，或由患者、研究者或發起人決定停止治療為止。具有目標疾病進展但具有總體臨床益處跡象之患者，在治療醫師要求下，在與醫學監測者討論之後，繼續用布勞特氏菌株A治療。參考文獻之併入
本文提及之所有公開案及專利申請案均以全文引用的方式併入本文中，如同各個別公開案或專利申請案特異性地且獨立地以引用的方式併入本文中。在有衝突的情況下，以本申請案(包括本文中之任何定義)為準。等效物
熟習此項技術者將認識到，或能夠僅使用常規實驗即可確定本文所描述之本發明之特定實施例的許多等效物。此類等效物意欲由隨附申請專利範圍涵蓋。
圖 1 展示，在小鼠結腸直腸癌模型中，經口投與布勞特氏菌株A相較於腹膜內(i.p.)投與抗PD-1之功效。
圖 2 展示，在小鼠結腸直腸癌模型中，經口投與布勞特氏菌株A相較於腹膜內(i.p.)投與抗PD-1，腫瘤生長(按體積計)的抑制。
圖 3 展示，在小鼠黑素瘤模型中，將經口投與布勞特氏菌株A之功效與腹膜內(i.p.)投與抗PD-L1之功效進行比較。
圖 4 展示，在小鼠結腸直腸癌模型中，經口投與布勞特氏菌株A相較於腹膜內(i.p.)投與抗PD-L1，腫瘤生長(按體積計)的抑制。
圖 5 展示，在小鼠黑素瘤模型中，投與馬賽布勞特氏菌株A及抗PD-L1之組合療法的功效。
圖 6 展示，在小鼠結腸直腸癌模型中，相對於媒劑組，CD3+免疫細胞之浸潤顯著地增加抗PD-1組及馬賽布勞特氏菌株A組。
圖 7 展示，在小鼠黑素瘤模型中，相對於媒劑組，CD3+免疫細胞之浸潤顯著地增加抗PD-L1組及馬賽布勞特氏菌株A組。
圖 8 展示，在小鼠結腸直腸癌模型中，相對於媒劑組，馬賽布勞特氏菌株A誘導MHC I類表現顯著上調。
圖 9 展示在控制pH下在不同設定點處之厭氧性生物反應器過程。
圖 10 展示在醱酵過程期間之總基質添加；在指定點處獲取樣本S1及S3。
圖 11 展示在下游處理之後之細胞回收。
圖 12 展示在下游處理之後，樣本S1及S3之相對細胞存活率。
食品工業發展研究所生物資源保存及研究中心；107年11月27日；BCRC910863 American Type Culture Collection (ATCC) ；107年06月07日；PTA-125134

Claims (110)

  1. 一種治療個體之癌症之方法，其包含向該個體投與包含布勞特氏(Blautia )菌株A的細菌組合物。
  2. 如請求項1之方法，其中該布勞特氏菌株A為包含與馬賽布勞特氏(Blautia massiliensis )菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)之核苷酸序列至少90%序列一致性的菌株。
  3. 如請求項1之方法，其中該布勞特氏菌株A為包含與馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)之核苷酸序列至少99%序列一致性的菌株。
  4. 如請求項1之方法，其中該布勞特氏菌株A為馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。
  5. 如請求項1至4中任一項之方法，其中該癌症係選自由以下組成之群：惡性血液病、急性非淋巴球性白血病、慢性淋巴球性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前髓細胞性白血病、成人T細胞白血病、白血球缺乏性白血病、白血球性白血病、嗜鹼性白血病、母細胞性白血病、牛白血病、慢性骨髓細胞性白血病、皮膚白血病、胚胎性白血病、嗜酸性白血病、格羅斯白血病(Gross' leukemia)、里德爾細胞白血病(Rieder cell leukemia)、希林氏白血病(Schilling's leukemia)、亞白血性白血病、未分化細胞白血病、毛細胞白血病、血母細胞性白血病(hemoblastic leukemia)、血母細胞性白血病(hemocytoblastic leukemia)、組織細胞白血病、幹細胞性白血病、急性單核球性白血病、白血球減少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母細胞白血病、淋巴球性白血病、淋巴生成白血病、類淋巴球性白血病、淋巴肉瘤細胞白血病、肥大細胞白血病、巨核細胞白血病、小骨髓母細胞性白血病、單核球性白血病、骨髓母細胞性白血病、骨髓細胞性白血病、骨髓顆粒球性白血病、骨髓單核球性白血病、內格利白血病、漿細胞白血病、漿球性白血病、前髓細胞性白血病、腺泡癌、腺泡狀癌瘤、腺囊癌、腺樣囊性癌、腺瘤癌、腎上腺皮質癌、肺泡癌、肺泡細胞癌、基底細胞癌、基底樣細胞癌、基底樣癌瘤、基底鱗狀細胞癌、細支氣管肺泡癌、細支氣管癌、支氣管癌、腦癌、膽管細胞癌、絨毛膜癌、膠樣癌、粉刺癌、子宮體癌、篩狀癌、鎧甲狀癌、皮狀癌、柱狀癌、柱狀細胞癌、導管癌、硬癌、胚胎性瘤、腦狀癌瘤、表皮樣癌、腺狀上皮癌、外生性癌、潰瘍性癌、纖維癌、膠樣癌、膠狀癌、巨細胞癌、印戒細胞癌、單純癌、小細胞癌、馬鈴薯狀癌、球狀細胞癌、梭細胞癌、髓狀癌、鱗狀癌、鱗狀細胞癌、繩捆癌、毛細管擴張癌(carcinoma telangiectaticum)、血管擴張性癌(carcinoma telangiectodes)、移行細胞癌、塊狀癌、結節性癌、疣狀癌、絨毛狀癌、巨細胞癌、腺癌、粒層細胞癌、毛髮基質癌、血樣癌、肝細胞癌、何氏細胞癌(Hurthle cell carcinoma)、透明細胞癌、腎上腺樣癌、幼稚型胚胎性瘤、原位癌、表皮內癌瘤、上皮內癌瘤、侵蝕性潰瘍(Krompecher's carcinoma)、庫爾契茨基細胞癌(Kulchitzky-cell carcinoma)、大細胞癌、豆狀癌(lenticular carcinoma)、豆狀癌瘤(carcinoma lenticulare)、脂肪瘤樣癌、淋巴上皮癌、髓樣癌(carcinoma medullare)、髓性癌、黑色素癌、軟癌(carcinoma molle)、黏液性癌、黏液癌、黏液細胞癌、黏液表皮樣癌、黏膜癌、黏液癌瘤、黏液瘤樣癌、鼻咽癌、燕麥細胞癌、骨化性癌、骨樣癌、乳頭狀癌、門脈周性癌、未侵襲癌(preinvasive carcinoma)、棘細胞癌、糜爛性癌、腎臟腎細胞癌、儲備細胞癌、肉瘤樣癌、施耐德癌(schneiderian carcinoma)、硬癌(scirrhous carcinoma)、陰囊癌、軟骨肉瘤、纖維肉瘤、淋巴肉瘤、黑素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宮內膜肉瘤、基質肉瘤、尤文氏肉瘤(Ewing' s sarcoma)、筋膜肉瘤、纖維母細胞肉瘤、巨細胞肉瘤、艾伯內西式肉瘤(Abemethy's sarcoma)、脂肉瘤(adipose sarcoma)、脂肪肉瘤(liposarcoma)、軟組織肺泡狀肉瘤、釉質母細胞肉瘤、葡萄樣肉瘤、綠色瘤、絨膜癌瘤、胚胎肉瘤、威耳姆士腫瘤(Wilms'tumor sarcoma)、顆粒球性肉瘤、霍奇金氏肉瘤(Hodgkin's sarcoma)、特發性多發性色素性出血性肉瘤、B細胞之免疫母細胞肉瘤、淋巴瘤、T細胞之免疫母細胞肉瘤、詹恩遜氏肉瘤(Jensen's sarcoma)、卡堡氏肉瘤(Kaposi's sarcoma)、庫普弗細胞肉瘤(Kupffer cell sarcoma)、血管肉瘤、白血病性肉瘤、惡性間質瘤、骨膜外肉瘤、網狀細胞肉瘤、勞斯肉瘤(Rous sarcoma)、漿液囊性肉瘤、滑液肉瘤、毛細管擴張性肉瘤、霍奇金氏疾病(Hodgkin's Disease)、非霍奇金氏淋巴瘤(Non-Hodgkin's Lymphoma)、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、膀胱癌、乳癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰臟瘤(malignant pancreatic insulanoma)、惡性類癌、癌前皮膚病變、睪丸癌、淋巴瘤、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、子宮頸癌、子宮內膜癌、腎上腺皮質癌、哈帕二氏黑素瘤(Harding-Passey melanoma)、幼年黑素瘤、惡性小痣性黑素瘤、惡性黑素瘤、肢端小痣性黑素瘤、無黑色素性黑素瘤、良性幼年黑素瘤、克勞德曼黑素瘤(Cloudman's melanoma)、S91黑素瘤、結節性黑素瘤、陰囊黑素瘤及淺表擴散性黑素瘤。
  6. 如請求項1至4中任一項之方法，其中該癌症為前列腺癌、肺癌、結腸癌、結腸直腸癌、黑素瘤、乳癌、胰臟癌、肝細胞癌或淋巴瘤。
  7. 如前述請求項中任一項之方法，其中該細菌組合物經口、經直腸、靜脈內、腫瘤內或皮下投與。
  8. 如請求項1至7中任一項之方法，其中該細菌組合物中至少50%之細菌為布勞特氏菌株A。
  9. 如請求項1至7中任一項之方法，其中該細菌組合物中至少90%之細菌為布勞特氏菌株A。
  10. 如請求項1至7中任一項之方法，其中該細菌組合物中實質上所有之細菌為布勞特氏菌株A。
  11. 如請求項1至10中任一項之方法，其中該細菌組合物包含至少1 × 106 個菌落形成單位(CFU)之布勞特氏菌株A。
  12. 如請求項11之方法，其中該細菌組合物包含至少1 × 107 CFU之布勞特氏菌株A。
  13. 如請求項1之方法，其中該細菌組合物包含至少1 × 108 CFU之布勞特氏菌株A。
  14. 如請求項1至13中任一項之方法，其中該細菌組合物以兩次或更多次劑量投與。
  15. 如請求項14之方法，其中向該個體之該兩次或更多次劑量的投與相隔至少1天。
  16. 如請求項15之方法，其中該兩次或更多次劑量之投與相隔至少1週。
  17. 如請求項1至16中任一項之方法，其中該細菌組合物包含活細菌。
  18. 如請求項1至16中任一項之方法，其中該細菌組合物包含減毒細菌。
  19. 如請求項1至16中任一項之方法，其中該細菌組合物包含滅活細菌。
  20. 如請求項1至19中任一項之方法，其中投與該細菌組合物治療該癌症。
  21. 如請求項1至20中任一項之方法，其中投與該細菌組合物誘導抗癌免疫反應。
  22. 如請求項1至21中任一項之方法，其中該方法進一步包含向該個體投與第二癌症療法。
  23. 如請求項22之方法，其中該第二癌症療法包含向該個體投與化療藥劑。
  24. 如請求項23之方法，其中該化療藥劑係選自由以下組成之群：噻替派、環磷醯胺、硫酸布他卡因、英丙舒凡(improsulfan)、哌泊舒凡(piposulfan)、苯唑多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米特多巴(meturedopa)、尤利多巴(uredopa)、六甲蜜胺、曲他胺(triethylenemelamine)、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫代磷醯胺、三羥甲基三聚氰胺、布拉他辛(bullatacin)、布拉他辛酮(bullatacinone)、喜樹鹼、拓朴替康(topotecan)、苔蘚蟲素、海洋抑素、CC-1065、克瑞托欣 (cryptophycin ) 1、克瑞托欣(cryptophycin) 8、海兔毒素、倍癌黴素、艾榴塞洛素(eleutherobin)、盤克斯塔叮(pancratistatin)、匍枝珊瑚醇、海綿抑素、苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷醯胺、雌氮芥、異環磷醯胺、甲基二(氯乙基)胺、甲基二(氯乙基)胺氧化物鹽酸鹽、美法侖(melphalan)、新氮芥、苯芥膽甾醇、潑尼氮芥(prednimustine)、曲磷胺、尿嘧啶氮芥、卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷莫司汀(ranimnustine)、卡奇黴素(calicheamicin)、達米辛(dynemicin)、氯屈膦酸鹽、埃斯培拉黴素(esperamicin)；新抑癌蛋白發色團、阿克拉黴素(aclacinomysins)、放射菌素、奧納黴素(authrarnycin)、偶氮絲胺酸、博來黴素(bleomycins)、放線菌素C、卡拉比辛(carabicin)、洋紅黴素、嗜癌菌素、色黴素、放線菌素D、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-側氧基-L-正白胺酸、小紅莓、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、艾達黴素(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素、絲裂黴素C、黴酚酸、諾加黴素(nogalamycin)、橄欖黴素、培洛黴素(peplomycin)、潑非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素、奎那黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素、鏈脲菌素、殺結核菌素、烏苯美司(ubenimex)、淨司他丁(zinostatin)、左柔比星(zorubicin)、5-氟尿嘧啶(5-FU)、迪諾特寧(denopterin)、甲胺喋呤、蝶羅呤、曲美沙特、氟達拉濱(fludarabine)、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤、安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷、卡魯睪酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪內酯、胺魯米特、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)、亞葉酸、醋葡醛內酯、醛磷醯胺糖苷、胺基乙醯丙酸、恩尿嘧啶(eniluracil)、安吖啶(amsacrine)、貝斯布西(bestrabucil)、比山群(bisantrene)、艾達曲克(edatraxate)、得弗伐胺(defofamine)、地美可辛(demecolcine)、地吖醌(diaziquone)、艾福米辛(elformithine)、依利醋銨(elliptinium acetate)、埃坡黴素(epothilone)、依託格魯(etoglucid)、硝酸鎵、羥基脲、磨菇多醣、氯尼達明(lonidainine)、美登素(maytansine)、安絲菌素、丙脒腙、米托蒽醌(mitoxantrone)、莫比達摩(mopidanmol)、二胺硝吖啶、噴司他汀(pentostatin)、苯來美特(phenamet)、吡柔比星(pirarubicin)、洛索蒽醌(losoxantrone)、鬼臼酸、2-乙基醯肼、丙卡巴肼、PSK多醣複合物、雷佐生(razoxane)、根瘤菌素、西佐喃(sizofuran)、螺旋鍺、細交鏈孢菌酮酸、三亞胺醌；2,2',2''-三氯三乙胺、新月毒素、T-2毒素、弗納庫林A、桿孢菌素A、胺癸叮、胺基甲酸酯、長春地辛、達卡巴嗪(dacarbazine)、甘露醇氮芥、二溴甘露醇、二溴衛矛醇、哌泊溴烷(pipobroman)、加西托星(gacytosine)、阿拉伯糖苷、(arabinoside)、環磷醯胺、噻替派(thiotepa)、太平洋紫杉醇、多西他賽(doxetaxel)、苯丁酸氮芥、吉西他濱(gemcitabine)、6-硫代鳥嘌呤、巰基嘌呤、甲胺喋呤、順鉑(cisplatin)、奧沙利鉑(oxaliplatin)、卡鉑(carboplatin)、長春鹼、鉑(platinum)、依託泊苷(etoposide)、異環磷醯胺、米托蒽醌(mitoxantrone)、長春新鹼、長春瑞賓(vinorelbine)、諾安托(novantrone)、替尼泊苷(teniposide)、依達曲沙(edatrexate)、道諾黴素(daunomycin)、胺基喋呤、截瘤達(xeloda)、伊班膦酸鹽(ibandronate)、伊立替康(irinotecan)、RFS 2000、二氟甲基鳥胺酸、視黃酸及卡培他濱(capecitabine)。
  25. 如請求項22至24中任一項之方法，其中該第二癌症療法包含癌症免疫療法。
  26. 如請求項25之方法，其中該癌症免疫療法包含向該個體投與免疫檢查點抑制劑。
  27. 如請求項26之方法，其中該免疫檢查點抑制劑為與免疫檢查點蛋白特異性結合之抗體或其抗原結合片段。
  28. 如請求項27之方法，其中該免疫檢查點抑制劑為抑制免疫檢查點蛋白之表現之siRNA分子、shRNA分子或反義RNA分子。
  29. 如請求項27或28之方法，其中該免疫檢查點蛋白為CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。
  30. 如請求項26之方法，其中該免疫檢查點抑制劑為阿特珠單抗(atezolizumab)、阿維魯單抗(avelumab)、德瓦魯單抗(durvalumab)、伊匹單抗(ipilimumab)、納武單抗(nivolumab)、帕博利珠單抗(pembrolizumab)、皮立珠單抗(pidilizumab)、AMP-224、AMP-514、BGB-A317、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012或STI-A1010。
  31. 如請求項25至30中任一項之方法，其中該癌症免疫療法包含向該個體投與癌症特異性抗體或其抗原結合片段。
  32. 如請求項31之方法，其中該癌症特異性抗體或其抗原結合片段與癌症相關抗原特異性結合。
  33. 如請求項32之方法，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
  34. 如請求項32之方法，其中該癌症相關抗原為新抗原。
  35. 如請求項25至34中任一項方法，其中該癌症免疫療法包含向該個體投與癌症疫苗。
  36. 如請求項35之方法，其中該癌症疫苗包含多肽，該多肽包含癌症相關抗原之抗原決定基。
  37. 如請求項36之方法，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
  38. 如請求項36之方法，其中該癌症相關抗原為新抗原。
  39. 如請求項36至38中任一項之方法，其中該多肽為融合蛋白。
  40. 如請求項35之方法，其中該癌症疫苗包含編碼癌症相關抗原之抗原決定基之核酸。
  41. 如請求項40之方法，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
  42. 如請求項40之方法，其中該癌症相關抗原為新抗原。
  43. 如請求項40至42中任一項之方法，其中該核酸為DNA。
  44. 如請求項40至42中任一項之方法，其中該核酸為RNA。
  45. 如請求項44之方法，其中該RNA為mRNA。
  46. 如請求項40至45中任一項之方法，其中該核酸係在載體中。
  47. 如請求項46之方法，其中該載體為細菌載體。
  48. 如請求項47之方法，其中該細菌載體係選自由以下組成之群：牛分支桿菌(Mycobacterium bovis；BCG)、鼠傷寒沙門氏菌亞種(Salmonella Typhimurium ssp.)、傷寒沙門氏菌亞種(Salmonella Typhi ssp.)、梭菌屬芽孢(Clostridium sp.spores)、大腸桿菌(Escherichia coli) Nissle 1917、大腸桿菌K-12/LLO、單核球增多性李氏菌(Listeria monocytogenes)及弗氏志賀菌(Shigella flexneri)。
  49. 如請求項46之方法，其中該載體為病毒載體。
  50. 如請求項49之方法，其中該病毒載體係選自由以下組成之群：牛痘、腺病毒、RNA病毒及複製缺陷型禽痘、複製缺陷型鳥痘、複製缺陷型金絲雀痘、複製缺陷型MVA及複製缺陷型腺病毒。
  51. 如請求項25至50中任一項之方法，其中該癌症免疫療法包含投與用癌症特異性抗原激活之抗原呈遞細胞(APC)。
  52. 如請求項51之方法，其中該APC為樹突狀細胞、巨噬細胞或B細胞。
  53. 如請求項51或請求項52之方法，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
  54. 如請求項51或52之方法，其中該癌症相關抗原為新抗原。
  55. 如請求項25至54中任一項之方法，其中該癌症免疫療法包含投與癌症特異性嵌合抗原受體(CAR)。
  56. 如請求項55之方法，其中該CAR係投與在T細胞表面上。
  57. 如請求項55或56之方法，其中該CAR與癌症相關抗原特異性結合。
  58. 如請求項57之方法，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
  59. 如請求項57之方法，其中該癌症相關抗原為新抗原。
  60. 如請求項25至59中任一項之方法，其中該癌症免疫療法包含向該個體投與癌症特異性T細胞。
  61. 如請求項60之方法，其中該T細胞為CD4+ T細胞。
  62. 如請求項61之方法，其中該CD4+ T細胞為TH 1 T細胞、TH 2 T細胞或TH 17 T細胞。
  63. 如請求項60至62中任一項之方法，其中該T細胞表現對癌症相關抗原具有特異性的T細胞受體。
  64. 如請求項63之方法，其中該癌症相關抗原係選自由以下組成之群：親脂素、AIM-2、ALDH1A1、α輔肌動蛋白-4、α胎蛋白(「AFP」)、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX (L)、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β連環蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原(「CEA」)、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期素D1、細胞週期素A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH (hMena)、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原(「ETA」)、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂肌醇蛋白聚醣-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、第二型穿膜絲胺酸蛋白酶、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放酶4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、亦稱為CCDC110之KMHN1、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、Lengsin、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺球蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、肌凝蛋白I類、N-raw、NA88-A、neo-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多形上皮黏蛋白(「PEM」)、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活素、SYT-SSX1或SYT-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、丙糖磷酸異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶(「TYR」)、VEGF、WT1及XAGE-1b/GAGED2a。
  65. 如請求項25至64中任一項之方法，其中該癌症免疫療法包含向該個體投與免疫調節蛋白。
  66. 如請求項65之方法，其中該免疫調節蛋白為細胞介素。
  67. 如請求項66之方法，其中該免疫調節蛋白係選自由以下組成之群：B淋巴球化學引誘劑(「BLC」)、C-C模體趨化介素11 (「伊紅趨素-1」)、嗜酸性球趨化性蛋白2 (「伊紅趨素-2」)、顆粒球群落刺激因子(「G-CSF」)、顆粒球巨噬細胞群落刺激因子(「GM-CSF」)、1-309、細胞間黏附分子1 (「ICAM-1」)、干擾素γ (「IFN-γ」)、介白素-1α (「IL-1α」)、介白素-1β (「IL-1β」)、介白素1受體拮抗劑(「IL-1 ra」)、介白素-2 (「IL-2」)、介白素-4 (「IL-4」)、介白素-5 (「IL-5」)、介白素-6 (「IL-6」)、介白素-6可溶受體(「IL-6 sR」)、介白素-7 (「IL-7」)、介白素-8 (「IL-8」)、介白素-10 (「IL-10」)、介白素-11 (「IL-11」)、介白素-12之β次單元(「IL-12 p40」或「IL-12 p70」)、介白素-13 (「IL-13」)、介白素-15 (「IL-15」)、介白素-16 (「IL-16」)、介白素-17 (「IL-17」)、趨化介素(C-C模體)配體2 (「MCP-1」)、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF」)、由γ干擾素誘導之單核球激素(「MIG」)、趨化介素(C-C模體)配體2 (「MIP-1α」)、趨化介素(C-C模體)配體4 (「MIP-1β」)、巨噬細胞發炎性蛋白-1-δ (「MIP-1δ」)、血小板源生長因子次單元B (「PDGF-BB」)、調節活化正常T細胞表現及分泌(「RANTES」)之趨化介素(C-C模體)配體5、TIMP金屬肽酶抑制劑1 (「TIMP-1」)、TIMP金屬肽酶抑制劑2 (「TIMP-2」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-α (「TNFα」)、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-β (「TNFβ」)、1型可溶TNF受體(「sTNFRI」)、sTNFRIIAR、腦衍生神經營養因子(「BDNF」)、鹼性纖維母細胞生長因子(「bFGF」)、骨成形性蛋白4 (「BMP-4」)、骨成形性蛋白5 (「BMP-5」)、骨成形性蛋白7 (「BMP-7」)、神經生長因子(「b-NGF」)、表皮生長因子(「EGF」)、表皮生長因子受體(「EGFR」)、內分泌腺體衍生血管內皮生長因子(「EG-VEGF」)、纖維母細胞生長因子4 (「FGF-4」)、角質細胞生長因子(「FGF-7」)、生長分化因子15 (「GDF-15」)、膠細胞衍生神經營養因子(「GDNF」)、生長激素、肝素結合EGF樣生長因子(「HB-EGF」)、肝細胞生長因子(「HGF」)、胰島素樣生長因子結合蛋白1 (「IGFBP-1」)、胰島素樣生長因子結合蛋白2 (「IGFBP-2」)、胰島素樣生長因子結合蛋白3 (「IGFBP-3」)、胰島素樣生長因子結合蛋白4 (「IGFBP-4」)、胰島素樣生長因子結合蛋白6 (「IGFBP-6」)、胰島素樣生長因子1 (「IGF-1」)、胰島素、巨噬細胞群落刺激因子(「M-CSF R」)、神經生長因子受體(「NGF R」)、神經營養蛋白-3 (「NT-3」)、神經營養蛋白-4 (「NT -4」)、破骨細胞生成抑制因子(「骨保護素」)、血小板源生長因子受體(「PDGF-AA」)、磷脂醯肌醇-聚糖生物合成(「PIGF」)、Skp、Cullin、含有F盒之複合物(「SCF」)、幹細胞因子受體(「SCF R」)、轉形生長因子α (「TGFα」)、轉形生長因子β-1 (「TGFβ1」)、轉形生長因子β-3 (「TGFβ3」)、血管內皮生長因子(「VEGF」)、血管內皮生長因子受體2 (「VEGFR2」)、血管內皮生長因子受體3 (「VEGFR3」)、VEGF-D 6Ckine、酪胺酸-蛋白激酶受體UFO (「Axl」)、β細胞調節素(「BTC」)、黏膜相關上皮趨化介素(「CCL28」)、趨化介素(C-C模體)配體27 (「CTACK」)、趨化介素(C-X-C模體)配體16 (「CXCL16」)、C-X-C模體趨化介素5 (「ENA-78」)、趨化介素(C-C模體)配體26 (「伊紅趨素-3」)、顆粒球趨化性蛋白2 (「GCP-2」)、GRO、趨化介素(C-C模體)配體14 (「HCC-l」)、趨化介素(C-C模體)配體16 (「HCC-4」)、介白素-9 (「IL-9」)、介白素-17 F (「IL-17F」)、介白素-18-結合蛋白(「IL-18 BPa」)、介白素-28 A (「IL-28A」)、介白素29 (「IL-29」)、介白素31 (「IL-31」)、C-X-C模體趨化介素10 (「IP-10」)、趨化介素受體CXCR3 (「I-TAC」)、白血病抑制因子(「LIF」)、Light、趨化介素(C模體)配體(「淋巴球趨化介素」)、單核球化學引誘蛋白2 (「MCP-2」)、單核球化學引誘蛋白3 (「MCP-3」)、單核球化學引誘蛋白4 (「MCP-4」)、巨噬細胞衍生趨化介素(「MDC」)、巨噬細胞遷移抑制因子(「MIF」)、趨化介素(C-C模體)配體20 (「MIP-3α」)、C-C模體趨化介素19 (「MIP-3β」)、趨化介素(C-C模體)配體23 (「MPIF-1」)、巨噬細胞刺激蛋白α鏈(「MSPα」)、核小體組裝蛋白1樣4 (「NAP-2」)、分泌性磷蛋白1 (「骨橋蛋白」)、肺及活化調節細胞介素(「PARC」)、血小板因子4 (「PF4」)、基質細胞衍生因子-1α (「SDF-1α」)、趨化介素(C-C模體)配體17 (「TARC」)、胸腺表現之趨化介素(「TECK」)、胸腺基質淋巴生成素(「TSLP 4-IBB」)、CD 166抗原(「ALCAM」)、分化簇80 (「B7-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員17 (「BCMA」)、分化簇14 (「CD14」)、分化簇30 (「CD30」)、分化簇40 (「CD40配體」)、癌胚抗原相關細胞黏附分子1 (膽醣蛋白) (「CEACAM-1」)、死亡受體6 (「DR6」)、去氧胸苷激酶(「Dtk」)、1型膜醣蛋白(「內皮因子」)、受體酪胺酸-蛋白激酶erbB-3 (「ErbB3」)、內皮-白血球黏附分子1 (「E-選擇蛋白」)、細胞凋亡抗原1 (「Fas」)、Fms樣酪胺酸激酶3 (「Flt-3L」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員1 (「GITR」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員14 (「HVEM」)、細胞間黏附分子3 (「ICAM-3」)、IL-1 R4、IL-1 RI、IL-10 Rβ、IL-17R、IL-2Rγ、IL-21R、溶酶體膜蛋白2 (「LIMPII」)、嗜中性白血球明膠酶相關脂質運載蛋白(「脂質運載蛋白-2」)、CD62L (「L-選擇素」)、淋巴性內皮(「LYVE-1」)、MHC I類多肽相關序列A (「MICA」)、MHC I類多肽相關序列B (「MICB」)、NRGl-βl、β型血小板源生長因子受體(「PDGF Rβ」)、血小板內皮細胞黏附分子(「PECAM-1」)、RAGE、A型肝炎病毒細胞受體1 (「TIM-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員IOC (「TRAIL R3」)、Trappin蛋白轉麩醯胺酸酶結合域(「Trappin-2」)、尿激酶受體(「uPAR」)、血管細胞黏附蛋白1 (「VCAM-1」)、XEDARActivin A、Agouti相關蛋白(「AgRP」)、核糖核酸酶5 (「血管生成素」)、血管生成素1、血管生長抑素、Catheprin S、CD40、隱性家族蛋白IB (「Cripto -1」)、DAN、Dickkopf相關蛋白1 (「DKK-1」)、E-鈣黏素、上皮細胞黏附分子(「EpCAM」)、Fas配體(FasL或CD95L)、Fcg RIIB/C、FoUistatin、半乳糖凝集素-7、細胞間黏附分子2 (「ICAM-2」)、IL-13 Rl、IL-13R2、IL-17B、IL-2 Ra、IL-2 Rb、IL-23、LAP、神經元細胞黏附分子(「NrCAM」)、纖維蛋白溶酶原活化物抑制劑-1 (「PAI-1」)、血小板衍生生長因子受體(「PDGF-AB」)、抵抗素、基質細胞衍生因子1 (「SDF-1β」)、sgpl30、分泌性捲曲相關蛋白2 (「ShhN」)、唾液酸結合免疫球蛋白型凝集素(「Siglec-5」)、ST2、轉形生長因子-β2 (「TGFβ2」)、Tie-2、血小板生成素(「TPO」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10D (「TRAIL R4」)、骨髓細胞上表現之觸發受體1 (「TREM-1」)、血管內皮生長因子C (「VEGF-C」)、VEGFRlA脂聯素、脂肪酶(「AND」)、α-胎蛋白(「AFP」)、血管生成素樣4 (「ANGPTL4」)、β-2-微球蛋白(「B2M」)、基細胞黏附分子(「BCAM」)、碳水化合物抗原125 (「CA125」)、癌症抗原15-3 (「CA15-3」)、癌胚抗原(「CEA」)、cAMP受體蛋白(「CRP」)、人類表皮生長因子受體2 (「ErbB2」)、卵泡抑素、促卵泡激素(「FSH」)、趨化介素(C-X-C模體)配體1 (「GROα」)、人絨毛膜促性腺激素(「βHCG」)、胰島素樣生長因子1受體(「IGF-1 sR」)、IL-1 sRII、IL-3、IL-18 Rb、IL-21、瘦素、基質金屬蛋白酶-1 (「MMP-1」)、基質金屬蛋白酶-2 (「MMP-2」)、基質金屬蛋白酶-3 (「MMP-3」)、基質金屬蛋白酶-8 (「MMP-8」)、基質金屬蛋白酶-9 (「MMP-9)、基質金屬蛋白酶-10 (「MMP-10」)、基質金屬蛋白酶-13 (「MMP-13」)、神經細胞黏附分子(「NCAM-1」)、巢蛋白(「Nidogen-1」)、神經元特異性烯醇酶(「NSE」)、抑瘤素M (「OSM」)、降鈣素原、促乳素、前列腺特異性抗原(「PSA」)、唾液酸結合Ig樣凝集素9 (「Siglec-9」)、ADAM 17內肽酶(「TACE」)、甲狀腺球蛋白、金屬蛋白酶抑制劑4 (「TIMP-4」)、TSH2B4、解整合素及含金屬蛋白酶域之蛋白9 (「ADAM-9」)、血管生成素2、腫瘤壞死因子配體超家族成員13/酸性富白胺酸細胞核磷蛋白32家族成員B (「APRIL」)、骨成形性蛋白2 (「BMP-2」)、骨成形性蛋白9 (「BMP-9」)、補體組分5a (「C5a」)、組織蛋白酶L、CD200、CD97、趨化素、腫瘤壞死因子受體超家族成員6B (「DcR3」)、脂肪酸結合蛋白2 (「FABP2」)、纖維母細胞活化蛋白α (「FAP」)、纖維母細胞生長因子19 (「FGF-19」)、半乳糖凝集素-3、肝細胞生長因子受體(「HGF R」)、IFN-γα/βR2、胰島素樣生長因子2 (「IGF-2」)、胰島素樣生長因子2受體(「IGF-2 R」)、介白素-1受體6 (「IL-1R6」)、介白素24 (「IL-24」)、介白素33 (「IL-33」)、激肽釋放素14、天冬醯胺醯基內肽酶(「豆莢蛋白」)、經氧化低密度脂蛋白受體1 (「LOX-1」)、甘露糖結合凝集素(「MBL」)、腦啡肽酶(「NEP」)、易位相關(果蠅)之Notch同源物1 (「Notch-1」)、腎母細胞瘤過度表現(「NOV」)、骨活素、計劃性細胞死亡蛋白1 (「PD-1」)、N-乙醯胞壁醯-L-丙胺酸醯胺酶(「PGRP-5」)、絲胺酸蛋白酶抑因子A4、分泌性捲曲相關蛋白3 (「sFRP-3」)、凝血調節蛋白、類鐸受體2 (「TLR2」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員10A (「TRAIL Rl」)、轉鐵蛋白(「TRF」)、WIF-lACE-2、白蛋白、AMICA、血管生成素4、B細胞活化因子(「BAFF」)、碳水化合物抗原19-9 (「CA19-9」)、CD 163、群集素、CRT AM、趨化介素(C-X-C模體)配體14 (「CXCL14」)、胱抑素C、核心蛋白聚糖(「DCN」)、Dickkopf相關蛋白3 (「Dkk-3」)、δ樣蛋白1 (「DLL1」)、胎球蛋白A、肝素結合生長因子1 (「aFGF」)、葉酸受體α (「FOLR1」)、弗林蛋白酶(Furin)、GPCR相關分選蛋白1 (「GASP-1」)、GPCR相關分選蛋白2 (「GASP-2」)、顆粒球群落刺激因子受體(「GCSF R」)、絲胺酸蛋白酶第二型穿膜絲胺酸蛋白酶(「HAI-2」)、介白素-17B受體(「IL-17B R」)、介白素27 (「IL-27」)、淋巴球活化基因3 (「LAG-3」)、脂蛋白元A-V(「LDL R」)、胃蛋白酶原I、視黃醇結合蛋白4 (「RBP4」)、SOST、硫酸肝素蛋白聚糖(「多配體蛋白聚糖-1」)、腫瘤壞死因子受體超家族成員13B (「TACI」)、組織因子路徑抑制劑(「TFPI」)、TSP-1、腫瘤壞死因子受體超家族成員10b (「TRAIL R2」)、TRANCE、肌鈣蛋白I、尿激酶纖維蛋白溶酶原活化物(「uPA」)、鈣黏素5、亦稱為CD144 (「VE-鈣黏素」)之2型或VE鈣黏素(血管內皮)、WNTl誘導性信號傳導路徑蛋白1 (「WISP-1」)及核因子κB之受體活化物(「RANK」)。
  68. 如請求項25至67中任一項之方法，其中該癌症免疫療法包含向該個體投與佐劑。
  69. 如請求項68之方法，其中該佐劑係選自由以下組成之群：免疫調節蛋白、佐劑65、α-GalCer、磷酸鋁、氫氧化鋁、磷酸鈣、β-葡聚醣肽、CpG DNA、GPI-0100、脂質A、脂多醣、Lipovant、孟塔納(Montanide)、N-乙醯基-胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸、Pam3CSK4、quil A及海藻糖二黴菌酸酯。
  70. 如請求項22至69中任一項之方法，其中該第二癌症療法包含向該個體投與血管生成抑制劑。
  71. 如請求項70之方法，其中該血管生成抑制劑係選自由以下組成之群：貝伐單抗(Bevacizumab) (Avastin®)、Ziv-阿柏西普(Ziv-aflibercept) (Zaltrap®)、索拉非尼(Sorafenib) (Nexavar®)、舒尼替尼(Sunitinib) (Sutent®)、帕佐泮尼(Pazopanib) (Votrient®)、瑞戈非尼(Regorafenib) (Stivarga®)及卡博替尼(Cabozantinib) (Cometriq™)。
  72. 如請求項22至71中任一項之方法，其中該第二癌症療法包含放射線療法。
  73. 如請求項22至72中任一項之方法，其中該癌症療法包含向該個體投與抗生素。
  74. 如請求項73之方法，其中該抗生素係選自由以下組成之群：胺基糖苷、安莎黴素(ansamycin)、碳頭孢烯、碳青黴烯、頭孢菌素、醣肽、林可醯胺、脂肽、巨環內酯、單醯胺菌素、硝基呋喃、噁唑烷酮、青黴素、多肽抗生素、喹諾酮、氟喹諾酮、磺醯胺、四環素、抗分支桿菌化合物及其組合。
  75. 如請求項22至74中任一項之方法，其中該癌症療法包含向該個體投與第二治療性細菌。
  76. 如請求項1至75中任一項之方法，其中該方法進一步包含向該個體投與益生元。
  77. 如請求項76之方法，其中該益生元為果寡醣、半乳寡醣、反式半乳寡醣、木寡醣、殼寡醣、大豆寡醣、龍膽寡醣、異麥芽糖寡醣、甘露寡醣(mannooligosaccharide)、麥芽糖寡醣、甘露寡醣(mannanoligosaccharide)、乳酮糖、乳果糖、巴拉金糖(palatinose)、糖基蔗糖、瓜爾豆膠(guar gum)、阿拉伯膠、塔格糖(tagalose)、直鏈澱粉、支鏈澱粉、果膠、木聚糖或環糊精。
  78. 一種增強個體中之含有免疫細胞之腫瘤環境的方法，其包含向該個體投與包含布勞特氏菌株A的細菌組合物。
  79. 如請求項78之方法，其中該免疫細胞為抗原呈遞細胞、樹突狀細胞、T細胞、B細胞、NK細胞、NKT細胞、巨噬細胞或嗜中性白血球。
  80. 如請求項78或請求項79之方法，其中該組合物係經口投與。
  81. 一種增強個體中之包含患者選擇生物標記之腫瘤環境的方法，其包含向該個體投與包含布勞特氏菌株A的細菌組合物。
  82. 如請求項81之方法，其中該生物標記為PD-L1，且該療法為檢查點抑制劑。
  83. 一種增強個體中之包含與免疫細胞活性相關聯之生物標記之腫瘤環境的方法，其包含向該個體投與包含布勞特氏菌株A的細菌組合物。
  84. 如請求項83之方法，其中該生物標記為CD86、CD80或CD206。
  85. 如請求項83或請求項84之方法，其中該組合物係經口投與。
  86. 如請求項1至85中任一項之方法，其中該個體為人類。
  87. 如請求項1至85中任一項之方法，其中該個體為非人類哺乳動物。
  88. 如請求項87之方法，其中該哺乳動物係選自由以下組成之群：狗、貓、牛、馬、豬、驢、山羊、駱駝、小鼠、大鼠、天竺鼠、綿羊、駱馬、猴、大猩猩或黑猩猩。
  89. 如請求項1至88中任一項之方法，其中第二細菌係作為生態共生物種之部分投與。
  90. 一種細菌組合物，其包含布勞特氏菌株A及醫藥學上可接受之載劑。
  91. 如請求項90之細菌組合物，其中該布勞特氏菌株A為包含與馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)之核苷酸序列至少99%序列一致性的菌株。
  92. 如請求項90之細菌組合物，其中該布勞特氏菌株A為包含與馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)之核苷酸序列至少99.9%序列一致性的菌株。
  93. 如請求項90之細菌組合物，其中該布勞特氏菌株A為馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)。
  94. 如請求項90至93中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物經調配用於經口、經直腸、靜脈內、腫瘤內或皮下投與。
  95. 如請求項90至94中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物中至少50%之細菌為布勞特氏菌株A。
  96. 如請求項90至94中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物中至少90%之細菌為布勞特氏菌株A。
  97. 如請求項90至96中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物中實質上所有之細菌為布勞特氏菌株A。
  98. 如請求項90至97中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物包含至少1 × 106 個菌落形成單位(CFU)之布勞特氏菌株A。
  99. 如請求項98之細菌組合物，其中該細菌組合物包含至少1 × 107 CFU布勞特氏菌株A。
  100. 如請求項98之細菌組合物，其中該細菌組合物包含至少1 × 108 CFU布勞特氏菌株A。
  101. 如請求項90至100中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物包含活細菌。
  102. 如請求項90至100中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物包含減毒細菌。
  103. 如請求項90至100中任一項之細菌組合物，其中該細菌組合物包含滅活細菌。
  104. 如請求項90至103中任一項之細菌組合物，其中投與該細菌組合物治療癌症。
  105. 如請求項90至104中任一項之細菌組合物，其中投與該細菌組合物誘導抗癌免疫反應。
  106. 如請求項90至104中任一項之細菌組合物，其中該布勞特氏菌株A經調配具有腸溶包衣或微囊包封。
  107. 一種生物反應器，其包含布勞特氏菌株A細菌。
  108. 如請求項107之生物反應器，其中該細菌為包含與馬賽布勞特氏菌株A (ATCC寄存號PTA-125134)之核苷酸序列至少90%基因組、16S及/或CRISPR序列一致性的菌株。
  109. 如請求項107之生物反應器，其中該細菌為包含與馬賽布勞特氏菌株A(ATCC 寄存號 PTA-125134) 之核苷酸序列至少99%基因組、16S及/或CRISPR序列一致性的菌株。
  110. 一種在生物反應器中生長細菌之方法，其包含 提供如請求項107至109中任一項之生物反應器；及 使該細菌醱酵一段時間。
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