TWI754201B - 用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病的基因標記 - Google Patents

用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病的基因標記 Download PDF

Info

Publication number
TWI754201B
TWI754201B TW108148144A TW108148144A TWI754201B TW I754201 B TWI754201 B TW I754201B TW 108148144 A TW108148144 A TW 108148144A TW 108148144 A TW108148144 A TW 108148144A TW I754201 B TWI754201 B TW I754201B
Authority
TW
Taiwan
Prior art keywords
gene
protein
helicobacter pylori
receptor
pylori
Prior art date
Application number
TW108148144A
Other languages
English (en)
Other versions
TW202039861A (zh
Inventor
李東潤
崔承惠
吳智暎
Original Assignee
南韓商Ｃｊ第一製糖股份有限公司
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 南韓商Ｃｊ第一製糖股份有限公司 filed Critical 南韓商Ｃｊ第一製糖股份有限公司
Publication of TW202039861A publication Critical patent/TW202039861A/zh
Application granted granted Critical
Publication of TWI754201B publication Critical patent/TWI754201B/zh

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y404/00—Carbon-sulfur lyases (4.4)
    • C12Y404/01—Carbon-sulfur lyases (4.4.1)
    • C12Y404/01001—Cystathionine gamma-lyase (4.4.1.1)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/573—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for enzymes or isoenzymes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/74—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving hormones or other non-cytokine intercellular protein regulatory factors such as growth factors, including receptors to hormones and growth factors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/195—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from bacteria
    • G01N2333/205—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from bacteria from Campylobacter (G)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/475—Assays involving growth factors
    • G01N2333/50—Fibroblast growth factors [FGF]
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/988—Lyases (4.), e.g. aldolases, heparinase, enolases, fumarase

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)

Abstract

本申請案係關於：一種用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，該組成物包含用於量測幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現量的製劑；及其用途。

Description

用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病的基因標記
本申請案係關於一種基因標記，其可有效地用於診斷及治療與幽門螺旋桿菌(Helicobacter pylori)相關之疾病。
在1983年，澳大利亞微生物學家Marchall及Warren在患有B型胃炎之患者之胃黏膜生檢組織中首次發現彎曲細菌，且隨後培育細菌，且鑑別出其為與彎曲桿菌屬(Campylobacter genus)相關之新穎物種。此後，已對幽門螺旋桿菌與上部胃腸道疾病(諸如胃炎、消化性潰瘍、及類似者)之間之相關性進行眾多研究。幽門螺旋桿菌為革蘭氏陰性芽孢桿菌，具有被薄膜包圍之鞭毛，釋放大量脲酶，且已知藉由糞口途徑擴散，且為在全世界吸引極大關注之病原體，因為世界衛生組織(WHO)在1994年鑑別出其為明確致癌物。
當前，由幽門螺旋桿菌引起之疾病之發病機制已知如下：隨著食物進入胃內腔之細菌藉由具有強運動性之鞭毛穿透胃黏液層，且寄居於上部上皮層及胃黏液層中之細胞之間的接合，且釋放大量脲酶以將黏液層變為鹼性，從而引起胃泌素胃酸分泌之異常過度刺激，且隨即導致發炎及潰瘍。另外，根據發現幽門螺旋桿菌為胃腺癌發病機制之重要危險因素的近期研究，世界衛生組織已劃定幽門螺旋桿菌為第I類致癌物。
特定言之，已報導包括南韓之開發中國家中常常出現幽門螺旋桿 菌的感染。根據對無上胃腸道症狀之5,732人進行的國家流行病調查，幽門螺旋桿菌感染之總盛行病率為46.6%，且16歲以上成人之感染率為69.4%，且當人在其40多歲老化時尤其高(78.5%)。另外，根據對患有消化性潰瘍之1,031個患者進行之研究，發現66%的胃潰瘍患者及79%的十二指腸潰瘍患者感染有幽門螺旋桿菌，且71%的患有胃及十二指腸潰瘍之患者據報導感染有幽門螺旋桿菌。
多種疾病狀態之特徵為透過基因DNA之複本數之變化或透過特定基因之轉錄量之變化(例如，透過控制起始、提供RNA前驅體、RNA處理、等等)的各種基因之表現量之差異。舉例而言，基因物質之喪失及增加在惡性轉形及進展中起重要作用。咸認此等增加及喪失為由至少兩種類型之基因(致癌基因及腫瘤抑制基因)「驅使」。致癌基因為腫瘤形成之正調節子，而腫瘤抑制基因為腫瘤形成之負調節子。因此，特定基因(例如，致癌基因或腫瘤抑制基因)之表現(轉錄)量之變化可作為各種癌症之存在及進展的標誌。
幽門螺旋桿菌感染逆轉此等基因表現模式之一些或全部。因此，此等基因之一些或全部之表現模式變化可用作監測或預測藥物之功效之方法。基因表現變化之分析可在相關目標組織(例如，腫瘤)中或在一些替代細胞群體(例如，周邊血液白血球)中進行。在後一種情況下，基因表現變化與功效(例如，腫瘤收縮或不生長)之相關性對於待用作功效之標記之基因表現變化模式必須尤其強。用於偵測幽門螺旋桿菌感染之多種習知診斷性製劑於發明所述技術領域中係已知的(專利文件1及專利文件2)。
然而，迄今為止，幾乎不知道關於可能由於幽門螺旋桿菌感染而改變其表現模式之特別基因之組的資訊及用於藉由使用如此資訊診斷或預測與幽門螺旋桿菌相關之疾病之發展、進展及預後的方法。
先前技術文件
專利文件
(專利文件1)韓國未審查公開案第2003-0001506號
(專利文件2)韓國未審查公開案第2000-0033013號
本申請案之目標係提供：用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，該組成物包含用於量測幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現量的製劑；及藉由使用如此組成物協助患有與幽門螺旋桿菌相關之疾病之患者之診斷、預測預後及決定治療策略的方法。
另外，本申請案之另一目標係提供：鑑別及分析哺乳動物組織或細胞樣本中之幽門螺旋桿菌感染特異性改變其表現之基因之組；及藉由使用如此基因之組作為生物標記在哺乳動物個體中診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病及預測治療效果之方法。
為達成以上目標，本申請案之一個方面提供一種用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物及套組，該組成物及套組包含用於量測幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現量的製劑。
本申請案之另一方面提供一種用於提供關於診斷或預後預測之資訊的方法，該方法包含以下步驟：量測存在於感染有幽門螺旋桿菌之患者之生物樣本中的幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之mRNA或由該基因表現之蛋白質之量，且比較該量與正常個體之樣本中所量測之量。
在本申請案中，鑑別出其表現相對於幽門螺旋桿菌感染特異性增加或減少之基因之組，且在解決幽門螺旋桿菌感染時，已發現該組基因之表現恢復至正常狀態。因此，本發明之組成物及套組可有效地用於診斷或預後預測與幽門螺旋桿菌相關之疾病。
然而，本申請案之功效不限於以上提及之功效，且未提及之其他功效將由本發明所屬技術領域中具有通常知識者由以下描述明確理解。
[圖1]為展示幽門螺旋桿菌感染特異性增加其表現之基因之類型的圖。
[圖2]為展示基因之列表的熱圖及電泳圖，該等基因之表現在感染有幽門螺旋桿菌且因此增加特定基因之表現之細胞系用本申請案之韓國泡菜萃取物處理時恢復至正常狀態。
[圖3]為展示幽門螺旋桿菌感染特異性減少其表現之基因之類型的圖。
[圖4]為展示基因之列表的熱圖及電泳圖，該等基因之表現在感染有幽門螺旋桿菌且因此減少特定基因之表現之細胞系用本申請案之韓國泡菜萃取物處理時恢復至正常狀態。
[圖5]為展示在動物模型中，本申請案之韓國泡菜萃取物之處理使導因於幽門螺旋桿菌感染的對於ER壓力的基因之增加的表現恢復至正常狀態的圖。
[圖6]為展示在動物模型中，本申請案之韓國泡菜萃取物之處理使導因於幽門螺旋桿菌感染的對於抗氧化的基因之減少的表現恢復至正常狀態的圖。
在下文中，將特定描述本申請案。
除非本文中另外定義，否則本文所用之所有技術及科學術語皆與發明所屬技術領域中具有通常知識者所通常理解者意義相同。大體而言，本文所用之命名法及將在下文描述之實驗方法為發明所屬技術領域中熟知且通常採用者。
在下文中，將更詳細地描述本發明。
1.用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物及套組
本申請案提供：用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，該組成物包含用於量測幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現量的製劑；及包含該組成物之用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之套組。在本申請案之一個實施方式中，幽門螺旋桿菌感染增加其表現之基因可選自由以下組成之群：纖維母細胞生長因子21(fibroblast growth factor 21，FGF21，基因ID：26291)、胱硫醚g-裂解酶(cystathionine g-lyase，CTH，基因ID：1491)、cAMP反應元件結合蛋白(cAMP responsive element binding protein，CREBRF，基因ID：153222)、δ樣4(delta-like 4，DLL4，基因ID：54567)、纖維母細胞生長因子18(FGF18，基因ID：8817)、Fos原癌基因，AP-1轉錄因子次單元(Fos proto-oncogene,AP-1 transcription factor subunit，FOS，基因ID：2353)、磷酸肌醇依賴性激酶-1(phosphoinositide-dependent kinase-1，PDK1，基因ID：5170)、受體型酪胺酸蛋白質磷酸酶樣N(receptor-type tyrosine-protein phosphatase-like N，PTPRN，基因ID：5798)、氯離子胞內通道4(chloride intracellular channel 4，CLIC4，基因ID：25932)、蛋白質酪胺酸磷酸酶，受體B型(protein tyrosine phosphatase,receptor type B，PTPRB，基因ID：5787)、蛋白質磷酸酶1調節次單元15A(protein phosphatase 1 regulatory subunit 15A，PPP1R15A，基因ID：23645)、蛋白質酪胺酸磷酸酶，受體H型(protein tyrosine phosphatase,receptor type H，PTPRH，基因ID：5794)、DNA受損誘導性轉錄物3(DNA damage inducible transcript 3，DDIT3，基因ID：1649)、含桿狀病毒IAP重複序列3(baculoviral IAP repeat containing 3，BIRC3，基因ID：330)、叉頭框O3(forkhead box O3，FOXO3，基因ID：2309)、BCL2(BCL2，凋亡調節子，基因ID：596)、蛋白激酶Cε(protein kinase C epsilon，PRKCE，ID：5581)、帶電多囊泡體蛋白4C(charged multivesicular body protein 4C，CHMP4C，基因ID：92421)、密連蛋白14(claudin 14，CLDN14，基因ID：23562)、溶質載體家族7成員11(solute carrier family 7 member 11，SLC7A11，基因ID：23657)、BOC細胞黏附相關的、致癌基因調節的(BOC cell adhesion associated,oncogene regulated，BOC，基因ID：91653)、ajuba LIM蛋白(ajuba LIM protein，AJUBA，基因ID：84962)、LIM結構域7(LIM domain 7，LMO7，基因ID：4008)、基質金屬肽酶24(matrix metallopeptidase 24，MMP24，基因ID：10893)、發散蛋白激酶結構域2A(divergent protein kinase domain 2A，C3orf58，基因ID：205428)、Kruppel樣因子10(Kruppel like factor 10，KLF10，基因ID：7071)、硫酸軟骨素N-乙醯基半乳糖胺基轉移酶1(chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1，CSGALNACT1，基因ID：55790)、中心體蛋白120(centrosomal protein 120，CEP120，基因ID：153241)、ChaC麩胱甘肽特異性γ-麩胺醯基環轉移酶1(ChaC glutathione specific gamma-glutamylcyclotransferase 1，CHAC1，基因ID：79094)、天冬醯胺合成酶(麩醯胺酸水解)(asparagine synthetase(glutamine-hydrolyzing)，ASNS，基因ID：440)、核因子紅血球系2樣2(nuclear factor,erythroid 2 like 2，NFE2L2，基因ID：4780)、RIO激酶3(RIO kinase 3，RIOK3，基因ID：8780)、硫氧還原蛋白相互 作用蛋白質(thioredoxin interacting protein，TXNIP，基因ID：10628)、5-甲基四氫葉酸-高半胱胺酸甲基轉移酶(5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase，MTR，基因ID：4548)、干擾素相關發育調節子1(interferon related developmental regulator 1，IFRD1，基因ID：3475)、及其等之組合，但本申請案不限於其等。測定該基因之表現是否增加允許診斷幽門螺旋桿菌感染。在本申請案之一個實施方式中，幽門螺旋桿菌感染增加其表現之基因可選自由以下組成之群：FGF21、CTH、CREBRF、PTPRN、及其等之組合，但本申請案不限於其等。
在本申請案之另一個實施方式中，幽門螺旋桿菌感染減少其表現之基因可選自由以下組成之群：黏附性G蛋白偶合受體A2(adhesion G protein-coupled receptor A2，ADGRA2，基因ID：25960)、T-box 4(TBX4，基因ID：9496)、ovo樣鋅指2(ovo like zinc finger 2，OVOL2，基因ID：58495)、活化素A受體樣1型(activin A receptor like type 1，ACVRL1，基因ID：94)、白蛋白(albumin，ALB，基因ID：213)、jade家族PHD指1(jade family PHD finger 1，JADE1，基因ID：79960)、MLLT11，轉錄因子7輔因子(MLLT11,transcription factor 7 cofactor，MLLT11，基因ID：10962)、腺苷A1受體(adenosine A1 receptor，ADORA1，基因ID：134)、TNF受體超家族成員8(TNF receptor superfamily member 8，TNFRSF8，基因ID：943)、NLR家族含濃素域12(NLR family pyrin domain containing 12，NLRP12，基因ID：91662)、凋亡蛋白酶14(caspase 14，CASP14，基因ID：23581)、淋巴毒素α(lymphotoxin alpha，LTA，基因ID：4049)、小細胞黏附性醣蛋白(small cell adhesion glycoprotein，SMAGP，基因ID：57228)、再生蛋白前驅體1(neogenin precursorl，NEO1，基因ID：4756)、MTSS1，含I-BAR域(MTSS1,I-BAR domain containing，MTSS1，基因ID：9788)、四跨膜蛋白32(tetraspanin 32，TSPAN32，基因ID：10077)、密連蛋白8(claudin 8， CLDN8，基因ID：9073)、肌凝蛋白結合蛋白H(myosin binding protein H，MYBPH，基因ID：4608)、肌聚糖ε(sarcoglycan epsilon，SGCE，基因ID：8910)、鈣黏蛋白15(cadherin 15，CDH15，基因ID：1013)、ρ GTP酶活化蛋白6(Rho GTPase activating protein 6，ARHGAP6，基因ID：395)、ZFP36環指蛋白樣2(ZFP36 ring finger protein like 2，ZFP36L2，基因ID：678)、ETS同源因子(ETS homologous factor，EHF，基因ID：26298)、SLAM家族成員6(SLAM family member 6，SLAMF6，基因ID：114836)、主要組織相容複合體，第II類，DP β1(major histocompatibility complex,class II,DP beta 1，HLA-DPB1，基因ID：3115)、具有5個結構域之清道夫受體富半胱胺酸家族成員(scavenger receptor cysteine rich family member with 5 domains，SSC5D，基因ID：284297)、C-C模體趨化因子受體4(C-C motif chemokine receptor 4，CCR4，基因ID：1233)、C-C模體趨化因子受體7(C-C motif chemokine receptor 7，CCR7，基因ID：1236)、殺手細胞凝集素樣受體亞家族G成員1(killer cell lectin-like receptor subfamily G member 1，KLRG1，基因ID：10219)、B細胞連接子(B cell linker，BLNK，基因ID：29760)、胰島素樣生長因子=結合蛋白1(insulin-like growth factor=binding protein 1，IGFBP1，基因ID：3484)、巨噬細胞遷移抑制因子(macrophage migration inhibitory factor，GIF(MIF)，基因ID：4282)、及其等之組合，但本申請案不限於其等。測定該基因之表現是否減少允許診斷幽門螺旋桿菌感染。
在本申請案中，如以上所例示之幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之核苷酸序列及由該基因表現之蛋白質之胺基酸序列可由發明所屬技術領域中具有通常知識者自公開的資料庫(諸如NCBI基因庫)或文獻輕易獲得。特定言之，可藉由使用國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information；NCBI)之獨特標識符(unique identifier，UID)藉由NCBI基因檢索(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)鑑別出本申請案之基因ID。
在本申請案之一個實施方式中，用於量測幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現量的製劑可為用於量測該基因之mRNA之量或由該基因表現之蛋白質之量的製劑。用於量測基因之mRNA之量的製劑係指能夠特異性結合於及識別基因之mRNA或擴增基因之mRNA之量的製劑。作為一具體實例，其可為但不限於特異性結合於mRNA或藉由逆轉錄mRNA製備之cDNA之核苷酸序列之探針對或探針。
在本申請案中，「引子」係指具有自由3'端羥基之短核酸序列，互補模板股與該自由3'端羥基形成鹼基對，且因此該自由3'端羥基用以在核酸聚合酶複製及擴增該模板股時提供起始點。「探針」係指長度為幾個至數百個鹼基、由能夠特異性結合於mRNA或cDNA之序列組成的核酸片段。
在本申請案之一個實施方式中，基因之mRNA之量可藉由諸如PCR、RT-PCR、競爭性RT-PCR及即時RT-PCR之方法，使用該基因之序列之意義及反義引子來量測，且可藉由諸如北方印漬術(Northern blotting)及微陣列之方法，使用具有能夠特異性結合於該基因之mRNA或藉由逆轉錄製備之cDNA的序列的探針來量測，且此外，可藉由諸如核糖核酸酶保護分析及定序之方法量測，但本申請案不限於其等，且可使用對於使用發明所屬技術領域中具有通常知識者已知之任何方法所需的任何製劑。
用於量測由基因表現之蛋白質之量的製劑係指能夠特異性結合於及識別蛋白質的製劑。作為一實施方式，其可為但不限於特異性結合於蛋白質之抗體或適體。
「抗體」係指免疫特異性結合於蛋白質之抗原決定基且具有反應性之免疫球蛋白分子，且其意欲包括但不限於單株抗體、多株抗體、具有全長鏈結構之抗體、具有至少抗原結合功能之功能性片段之抗體、及重組抗體。適體係指具有穩定三維結構之單股核酸分子，其特徵為能夠靶向且特異性結合於 蛋白質，且對蛋白質具有特異性之適體可藉由使用利用指數富集的系統性配位體演化(systemic evolution of ligands by exponential enrichment，SELEX)技術及類似者來合成。
在本申請案之一個實施方式中，由基因表現的蛋白質之量可藉由諸如西方印漬術、蛋白質微陣列(蛋白質晶片)、酶聯免疫吸附分析(ELISA)、2維電泳、免疫組織化學(IHC)、免疫螢光、共免疫沈澱分析、螢光激發細胞分選儀(FACS)、放射免疫分析(RIA)、放射免疫擴散、基質輔助雷射脫附/游離飛行時間質譜法(MALDI-TOF)、及類似者之方法，使用抗體或適體來量測，但本申請案不限於其等，且可使用對於使用發明所屬技術領域中具有通常知識者已知之任何方法而言所需的任何製劑。
包含用於量測基因表現之量之製劑的組成物可用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病，以及可用於預測患有該疾病之患者之預後。在本申請案之一個實施方式中，在量測基因表現之量且結果為基因表現之量增加或減少時，預測患有與幽門螺旋桿菌相關之疾病之患者將具有不良預後是可能的。因此，建立用於治療之策略及對策是可能的。
在本申請案中，術語「診斷」為鑑別病理性病況之存在或特徵，且出於本發明之目的，其係指基於癌症患者之轉移判定針對癌症之治療功效的差異，以及判定相應個體在癌症治療之後是否有復發、藥物反應、抗藥性、等等。較佳地，在使用本發明之基因之突變時，藉由檢查患有腎癌之患者之試樣中是否有突變來預測存活率差異亦是可能的。在此情況下，基於患有腎癌之相應患者之轉移的針對腎癌之治療功效及未來相應患者之預後之差異可由存活率差異判定。
在本申請案中，術語「預後」係指疾病之進展及完全恢復，包括例如與幽門螺旋桿菌相關之疾病之復發及轉移性擴散及抗藥性。在本申請案之 一個實施方式中，與幽門螺旋桿菌相關之疾病可包括但不限於胃炎、胃潰瘍、胃癌、及類似者。
在本申請案中，術語「癌症」意欲包括特徵為異常細胞之不受控生長之疾病類型的任何成員。此術語包括所有已知癌症及贅生性病況(無論其特徵為惡性、良性、軟組織、或固體)及所有期及級之癌症，包括轉移前及轉移後癌症。
在本申請案中，術語「基因」及其經修飾產物包括涉及多肽鏈之合成之DNA片段，且包括編碼區上游及下游的區域，例如分別為啟動子及3'-未轉譯區，且亦包括各別編碼片段(外顯子)之間之介入序列(內含子)。
在本申請案之一個實施方式中，基因之突變可包括任何一或多種突變，且可例如具有至少一種選自由以下組成之群之突變：截斷突變、誤義突變、無意義突變、框移突變、框內突變、剪接突變及剪接區突變。框移突變可為選自框移插入(FS ins)突變及框移缺失(FS del)突變之至少一種。框內突變可為選自框內插入(IF ins)突變及框內缺失(IF del)突變之至少一種。
在多肽序列中突變之上下文中之術語「X#Y」由發明所屬技術領域中具有通常知識者明顯地識別，其中「#」指示就多肽之胺基酸數而言突變之位置，「X」指示在野生型胺基酸序列中該位置處發現的胺基酸，且「Y」指示在該位置處之突變胺基酸。
用於藉由使用基因表現之增加或減少來診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之預後之分析方法之實例為次世代定序(NGS)法、RT-PCR、直接核酸定序法、微陣列、及類似者，但本申請案不限於其等。在本申請案之一個實施方式中，可偵測地標記用於判定基因表現之增加或減少之抗體或核酸探針。標記可選自由以下組成之群：免疫螢光標記、化學發光標記、磷光標記、酶標記、放射性標記、抗生素蛋白/生物素、膠體金顆粒、著色顆粒及磁性顆粒，但 本申請案不限於其等。在本申請案之另一個實施方式中，基因表現之增加或減少可藉助於放射免疫分析、西方印漬分析、免疫螢光分析、酶免疫分析、免疫沈澱分析、化學發光分析、免疫組織化學分析、點式印漬分析(dot-blot assay)、槽式印漬分析(slot-blot assay)、或流動式細胞量測術分析來測定，但本申請案不限於其等。
在本申請案中，術語「聚核苷酸」一般係指可為未修飾RNA或DNA或經修飾RNA或DNA之任何聚核糖核苷酸或聚去氧核糖核苷酸。因此，如本文所定義之聚核苷酸可能但不限於包括單股及雙股DNA、包括單股及雙股區域之DNA、單股及雙股RNA、及包括DNA及RNA且可為單股或更典型為雙股或可包括單股及雙股區域的雜交分子。因此，由於其穩定性或其他原因而具有經修飾主鏈之DNA或RNA對應於如本文中所意欲之術語中所述之「聚核苷酸」。另外，含有異常鹼基(諸如肌苷)或經修飾之鹼基(諸如氚化鹼基)之DNA或RNA被涵蓋於如本文所定義之術語「聚核苷酸」中。大體而言，術語「聚核苷酸」包括未修飾聚核苷酸之所有化學、酶促及/或代謝修飾之形式。聚核苷酸可藉由包括試管內重組DNA介導技術的各種方法製備以及藉由細胞及生物中之DNA表現製備，但本申請案不限於其等。
本申請案之套組包括如上所述之本申請案之組成物，且成本非常低，而此係因為與習知基因檢索方法相比可節約時間及費用。在本申請案之一個實施方式中，可將能夠偵測各種基因之表現量之一組引子一起堆疊在本申請案之套組中之一個晶片中，且因此與習知方法相比可節約時間及費用。
2.用於提供對於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病而言所必需之資訊的方法
本申請案之另一方面提供一種用於提供對於診斷個體之與幽門螺旋桿菌相關之疾病而言所必需的資訊之方法，該方法包含以下步驟：自個體 之樣本製備試樣DNA；使用本申請案之組成物或套組擴增該試樣DNA；及自擴增結果測定幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現量。
本申請案之另一方面提供一種用於提供對於判斷感染有幽門螺旋桿菌之個體之治療功效的差異而言所必需的資訊之方法，該方法包含以下步驟：用用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病之任何治療候選材料治療個體或利用任何方法治癒該個體，該個體中鑑別出幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因；及在該疾病被任何治療候選材料或任何治療方法改善或治療時，選擇該任何治療候選材料或該任何方法作為適用於該患者之治療候選材料或治療方法。
本申請案之再一方面提供一種用於提供對於診斷感染有幽門螺旋桿菌之患者之與幽門螺旋桿菌相關之疾病(例如診斷其預後)而言所必需的資訊之方法，該方法包含以下步驟：自感染有幽門螺旋桿菌之患者之樣本製備試樣DNA；使用本申請案之組成物或套組擴增該試樣DNA；及自擴增結果測定幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因的表現量。
「用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物及套組」之描述與「1.用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物及套組」中所述者相同，且因此省略其詳細描述。
任何治療候選材料可為通常用以治療與幽門螺旋桿菌相關之疾病之治療劑或其對於疾病之治療功效未知的新穎材料，但本申請案不限於其等。該任何治療候選材料是否對某一組患者具有治療功效可藉由用該任何治療候選材料治療感染有幽門螺旋桿菌之患者以檢查治療功效來判定。當該治療候選材料對於由幽門螺旋桿菌感染引起之胃炎具有治療功效時，可預測在該治療候選材料被施用於患有由幽門螺旋桿菌感染引起之另一種疾病(例如胃潰瘍或胃癌)之患者組時，該治療候選材料具有高治療功效，從而提供有用資訊以決定治療策略。另外，當使用該任何治療候選材料不發揮對於由幽門螺旋桿菌感 染引起之胃炎的治療功效時，不需要藉由暫停用於患有由幽門螺旋桿菌感染引起之另一種疾病(例如胃潰瘍或胃癌)之患者組的療法來執行該非必需治療。因此，可有效地設計治療策略。
在本申請案中，術語「樣本」意欲包括但不限於自患者獲得之任何生物試樣。在本申請案之一個實施方式中，樣本可包括但不限於自患者之胃獲得之細針抽出物(例如，藉由隨機乳腺細針抽出收集之抽出物)、組織樣本(例如，胃炎、胃潰瘍、胃癌組織)，例如腫瘤生檢(例如，腫瘤之抽出生檢、手術切除)、及其細胞萃取物。在一個實施方式中，樣本為例如自胃炎、胃潰瘍或胃癌製備之福馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣本。在本申請案之另一個實施方式中，樣本為來由自患有胃炎、胃潰瘍、或胃癌之個體獲得之冷凍組織製備之組織溶胞產物或萃取物。
本申請案之「個體」可為所有動物，諸如大鼠、小鼠及家畜，包括人類。特定言之，個體可為感染或疑似感染有幽門螺旋桿菌之個體。作為另一實例，個體可為患有或有可能罹患與幽門螺旋桿菌相關之疾病之個體。更特定言之，個體可為感染有幽門螺旋桿菌之患者。
在本申請案中，術語「患者」意欲典型地包括人類，且亦包括其他動物，諸如其他靈長類動物、嚙齒動物、犬科動物、貓科動物、馬科動物、綿羊、豬、及類似者。
在本申請案中，術語「改善」係指但不限於至少降低與治療相關之參數，諸如症狀程度之所有作用。
在本申請案中，術語「預防」意欲包括抑制或延緩與幽門螺旋桿菌相關之疾病之症狀之所有作用。
在本申請案中，術語「治療」意欲包括改善或有益地改變與幽門螺旋桿菌相關之疾病之症狀之所有作用。
另外，在本申請案中，術語「投予」係指以適當方式將預定物質引入個體中。
在本申請案中，可分析在患有與幽門螺旋桿菌相關之疾病之患者之樣本中揭示於本申請案中之幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現以判定具有目標試樣之個體針對與幽門螺旋桿菌相關之疾病之預後如何。在本申請案之一個實施方式中，幽門螺旋桿菌感染增加其表現之基因可選自由以下組成之群：FGF21、CTH、CREBRF、DLL4、FGF18、FOS、PDK1、PTPRN、CLIC4、PTPRB、PPP1R15A、PTPRH、DDIT3、BIRC3、FOXO3、BCL2、PRKCE、CHMP4C、CLDN14、SLC7A11、BOC、AJUBA、LMO7、MMP24、C3orf58、KLF10、CSGALNACT1、CEP120、CHAC1、ASNS、NFE2L2、RIOK3、TXNIP、MTR、IFRD1、及其等之組合，且具體言之可選自由以下組成之群：FGF21、CTH、CREBRF、PTPRN、及其等之組合，但本申請案不限於其等。在本申請案之另一個實施方式中，幽門螺旋桿菌感染減少其表現之基因可選自由以下組成之群：ADGRA2、TBX4、OVOL2、ACVRL1、ALB、JADE1、MLLT11、ADORA1、TNFRSF8、NLRP12、CASP14、LTA、SMAGP、NEO1、MTSS1、TSPAN32、CLDN8、MYBPH、SGCE、CDH15、ARHGAP6、ZFP36L2、EHF、SLAMF6、HLA-DPB1、SSC5D、CCR4、CCR7、KLRG1、BLNK、IGFBP1、GIF、及其等之組合，但本申請案不限於其等。
本發明之發明人首次發現，基因之表現之增加或減少可用作能夠預測患有與幽門螺旋桿菌相關之疾病之患者之治療功效的差異或診斷患有與幽門螺旋桿菌相關之疾病之患者之預後的診斷性標記。在本申請案之一個實施方式中，用於提供對於本申請案之與幽門螺旋桿菌相關之疾病之預後之診斷而言所必需的資訊之方法可用於診斷疾病發生率、提高存活率、或降低患有疾病之患者之復發率。在本申請案之另一個實施方式中，藉由本申請案之方法，可預 測針對疾病之治療功效，或可預測患有疾病之患者之存活率或復發率，且因此可提供用於發現適用於各患者的治療劑及選擇治療方法之資訊。因此，可有效地設計用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病之治療策略。
本申請案提供用於藉由分析幽門螺旋桿菌感染之後活體內基因表現之變化診斷及預後疾病之方法。在本申請案之一個實施方式中，分類允許最佳化治療、及判定是否繼續進行特定療法、及最佳化治療之劑量、選擇、及類似者。單一細胞之一組基因之表現模式之分析亦提供靶向疾病狀態細胞中的突變及/或路徑的療法之鑑別及開發。
在本申請案之另一個實施方式中，提供用於檢查及分析哺乳動物中組織或細胞樣本中之一或多個基因標記之表現的方法。在一個實施方式中，一或多個基因標記之表現指示組織或細胞樣本自其收集的哺乳動物個體十分有可能患有與幽門螺旋桿菌相關之疾病。
在本申請案之一個實施方式中，可藉由使感染有幽門螺旋桿菌之個體攝取包括乳酸菌之韓國泡菜或向該個體投予包括乳酸菌之韓國泡菜來改善或治療與幽門螺旋桿菌相關之疾病之症狀。在本申請案之一個實施方式中，韓國泡菜可為但不限於包括腸膜狀明串珠菌CJLM119及胚芽乳酸桿菌CJLP133之韓國泡菜。腸膜狀明串珠菌CJLM119為以寄存編號KCTC 13043BP寄存在韓國生物科學及生物技術研究院(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology)基因庫之微生物菌株，且韓國專利第1,807,995號中具體揭示了此菌株之分離方法及鑑別。另外，胚芽乳酸桿菌CJLP133為以寄存編號KCTC 11403BP寄存在韓國生物科學及生物技術研究院基因庫之微生物菌株，且韓國專利第1,486,999號中具體揭示了此菌株之分離方法及鑑別。
「韓國泡菜」意欲包括但不限於藉由對蔬菜加鹽及調味，且隨後使其醱酵而製備之食品。舉例而言，蔬菜可為大白菜(Kimchi cabbage)、白蘿 蔔、大蔥、芥菜、黃瓜、及類似者。特定言之，蔬菜可為大白菜，且任何其他蔬菜可用作韓國泡菜之原料。在本申請案之一個實施方式中，蔬菜可為但不限於大白菜，且具體言之具有高含量番茄紅素之大白菜。
在本申請案之一個實施方式中，調味料藉由混合諸如紅辣椒粉、大蒜、薑、鹹魚、等等之成分來製備，且除此等之外，對於組成調味料之成分而言，在必要時視個人偏好、醱酵方法、醱酵時間段、等等而定，可視需要添加或排除任何其他成分。本申請案之韓國泡菜可根據製備韓國泡菜之習用方法，藉由使鹽漬蔬菜(例如鹽漬大白菜)與調味料混合，且隨後使其醱酵的方法來製備。對於大白菜，使用具有高含量番茄紅素之大白菜是更適合的。然而，本申請案不限於其等，且可使用習知大白菜但不限於其以製備韓國泡菜。
根據本申請案之一個實施方式，幽門螺旋桿菌感染可試管內或活體內增加諸如用於ER壓力之基因、用於氧化壓力之基因、用於組織再生之基因、用於血管新生之基因、及類似者的基因之表現(參見圖1、圖2及圖5)。
根據本申請案之另一實施方式，幽門螺旋桿菌感染可試管內或活體內減少諸如用於細胞防禦反應之基因、用於組織再生之基因、用於抗氧化之基因、用於細胞黏附之基因、及類似者的基因之表現(參見圖3、圖4及圖6)。
因此，在本申請案中鑑別出之幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因列表可有效地用於預防、治療、或改善可由幽門螺旋桿菌引起之各種疾病，例如胃炎、胃潰瘍及胃癌。
在下文中，將藉由實施例及實驗實施例詳細描述本發明。
然而，以下實施例及實驗實施例僅說明本發明，且本發明之內容不受以下實施例及實驗實施例限制。
在以下實施例及實驗實施例中，統計分析用GraphPad Prism (GraphPad Software，拉荷雅，CA,USA)及SPSS軟體(12.0版；SPSS Inc.，芝加哥，IL,USA)進行。各組之間之統計顯著性藉由Mann-Whitney U測試測定。統計顯著性在p<0.05下為可接受的。
實施例1：製備經幽門螺旋桿菌感染的胃癌細胞及動物模型 <1-1>經幽門螺旋桿菌感染的胃癌細胞模型
胃腺癌細胞系(AGS)係購自ATCC(馬納沙斯，VA)，並儲存及使用之。在復蘇後，不使用所有細胞超過6個月。將AGS細胞在37℃、5% CO2下在含有RPMI-1640培養液(Gibco BRL，蓋瑟士堡，MD)及10%胎牛血清(FBS,Gibco BRL)之培養基中培養。將細胞以105個細胞/毫升之濃度分配在6孔板中，吸附24小時，且隨後暴露於50 MOI(5005 CFU)的幽門螺旋桿菌6小時以感染細胞。
<1-2>製備抗癌韓國泡菜
韓國泡菜係根據習用韓國泡菜製備方法製備。抗癌韓國泡菜(在下文中，有時稱為『Cp韓國泡菜』或『CPK』)藉由與用於製備標準韓國泡菜(在下文中，有時稱為『s韓國泡菜』或『SK』)者相同的方法製備，不同之處在於：作為主要材料，使用具有高含量番茄紅素之大白菜代替一般大白菜，且使用兩種乳酸菌腸膜狀明串珠菌CJLM119及胚芽乳酸桿菌CJLP133。腸膜狀明串珠菌CJLM119為以寄存編號KCTC 13043BP寄存在韓國生物科學及生物技術研究院基因庫之微生物菌株，且韓國專利第10-1807995號中具體揭示了此菌株之分離方法及鑑別。另外，胚芽乳酸桿菌CJLP133為以寄存編號KCTC 11403BP寄存在韓國生物科學及生物技術研究院基因庫之微生物菌株，且在韓國專利第101486999號中具體揭示了此菌株之分離方法及鑑別。因此，省略其詳細描述。
<1-3>製備韓國泡菜萃取物之濃縮物
將在實施例<1-2>中製備之韓國泡菜冷凍乾燥，且隨後碾磨成粉末。向粉末中添加20倍重量之甲醇粉末，且隨後用攪拌器進行萃取12小時。將所萃取上清液經由濾紙過濾，且再次將甲醇添加至殘留沈澱物以進行萃取12小時。將萃取物在約40℃之溫度下利用濃縮器進行熱濃縮以製備濃縮物，且將濃縮物在4℃下儲存以用於進一步實驗。
<1-4>製備試管內及活體內實驗模型
對於試管內實驗，將在實施例<1-3>中製備之韓國泡菜萃取物之濃縮物分別以5mg/ml及10mg/ml使用。用於活體內實驗之韓國泡菜攝取設定如下：視個人偏好而定，韓國人之通常韓國泡菜攝取為每日約30至100g，且將抗癌韓國泡菜萃取物之濃縮物與一週一次的動物模型之飼料丸粒混合，兩倍重量，且以1.7公克/公斤/天及5.1公克/公斤/天之比率，且將所得混合物轉化為韓國人之通常韓國泡菜攝取，且使用。
<1-5>RNA分離及RT-PCR效能
藉由抽吸移除實施例<1-1>中製備之經幽門螺旋桿菌感染的胃癌細胞之培養基，且隨後用杜爾貝科氏PBS(Dulbecco's PBS)洗滌細胞兩次。將RiboEX(500μl，GeneAll，首爾，南韓)添加至在4℃下培育10分鐘之板。將RiboEX收集，且轉移至1.5ml管中，且緩慢添加100μl氯仿並混合。在冰上靜置10分鐘之後，以10,000g離心樣本30分鐘。將上清液與200μl異丙醇混合，且隨後將混合物靜置在4℃下1小時。以13,000g離心30分鐘之後，將沈澱物用70%(vol/vol)乙醇洗滌。完全蒸發乙醇，且隨後將沈澱物溶解於100μl用焦碳酸二 伸乙酯(DEPC)(Invitrogen Life Technologies，卡爾斯巴德，CA)處理的水中。cDNA係使用衍生自Moroni鼠類白血病病毒(Promega，麥迪遜，WI)之逆轉錄酶製備。PCR係使用30次循環的在94℃下20秒、在58℃下30秒、及在72℃下45秒進行。
<1-6>mRNA定序
從2μg總RNA，使用SMARTer Stranded RNA-Seq套組(Clontech Laboratories,Inc.,USA)製備文庫。使用Poly(A)RNA SelectionKit(LEXOGEN,Inc.，澳洲)進行mRNA之分離。將經分離mRNA用於cDNA合成及裂解。使用Illumina指標1至12進行加指標，且藉由PCR執行擴增。隨後，藉由用Agilent 2100生物分析儀(DNA高敏感性套組)檢查文庫來評估片段之平均尺寸。對於定量，使用利用步驟一即時PCR系統(Life Technologies,Inc.,USA)之文庫定量套組。高通量定序藉由成對末端100定序使用HiSeq 2500(Illumina,Inc.,USA)執行。
<1-7>數據分析
對於mRNA-Seq分析，使用TopHat軟體(Cole Trapnell等人，2009)工具以獲得排比檔案。有差異地表現之基因使用Bedtools(Quinlan AR,2010)之覆蓋率基於來自唯一及多個排比之計數而判定。讀數(Read Count，RT)數據係基於Quantile標準化方法使用統計程式R內的EdgeR(R development Core Team,2016)使用Bioconductor(Gentleman等人，2004)處理。亦使用排比數據以使用Cufflinks組裝轉錄物、估計其豐度及偵測基因或同功異構物之差異性表現。使用每百萬片段中每千鹼基外顯子的片段(FPKM)以測定基因區域之表現量。基因分類係基於用DAVID(<http：//david.abcc.ncifcrf.gov/>)進行之檢索結果。
實施例2：幽門螺旋桿菌感染之後特異性增加之基因 <2-1>藉由RNAseq鑑別基因
進行RNAseq分析以發現幽門螺旋桿菌感染誘發之目標基因，且在基因中，鑑別出幽門螺旋桿菌感染增加其表現但利用Cp韓國泡菜之組合處理正常化其表現的126個基因。發現此等基因為用於ER壓力之基因、用於氧化壓力之基因、用於組織再生之基因、用於血管新生之基因、等等(圖1)。
<2-2>利用RT-PCR之RNAseq結果之驗證
RNAseq熱圖分析結果係利用RT-PCR驗證。在用於血管新生之基因中，DLL4(δ樣4)及FGF18(纖維母細胞生長因子18)之表現在利用Cp韓國泡菜之組合處理之後顯著減少。在用於ER壓力之基因中，FGF21(纖維母細胞生長因子21)、CTH(胱硫醚裂解酶)及CREBPF(cAMP反應元件結合蛋白)的表現在利用Cp韓國泡菜的組合處理之後顯著減少，且在用於氧化壓力之基因中，FOS、PDK1(磷酸肌醇依賴性激酶-1)及PTPRN(受體型酪胺酸蛋白質磷酸酶樣N)的表現在利用Cp韓國泡菜的組合處理之後顯著減少(圖2)。
實施例3：幽門螺旋桿菌感染減少其表現之基因 <3-1>藉由RNAseq鑑別基因
在基因中，分析幽門螺旋桿菌感染減少其表現但利用Cp韓國泡菜的處理正常化且因此增加其表現的基因。鑑別出總計262個基因。幽門螺旋桿菌感染減少其表現但利用Cp韓國泡菜之組合的處理正常化的基因其表現被分類為用於細胞防禦反應之基因、用於組織再生之基因、用於抗氧化之基因、用於細胞黏附之基因、等等(圖3)。
<3-2>利用RT-PCR之RNAseq結果之驗證
RNAseq熱圖分析結果係利用RT-PCR驗證。對於ALB、NEO1(再生蛋白前驅體1)、CLDN8(密連蛋白8)、KLRG1(殺手細胞凝集素樣受體亞家族G成員1)及IGFBP1(胰島素樣生長因子結合蛋白1)，發現到減少的基因之表現在利用Cp韓國泡菜的處理之後正常化(圖4)。
實施例4：活體內驗證幽門螺旋桿菌感染特異性增加之基因
在幽門螺旋桿菌感染動物模型實驗中，鑑別用於ER壓力之基因的表現，其與RNAseq結果相同。在經幽門螺旋桿菌感染之第2組中，用於ER壓力之基因的表現顯著增加，這與RNAseq結果相符。涉及ER壓力之此等基因在投予Cp韓國泡菜之第3組及第4組中顯著增加，這亦與RNAseq結果相符(圖5)。
實施例5：活體內驗證幽門螺旋桿菌感染特異性減少之基因
在幽門螺旋桿菌感染動物模型中，鑑別用於抗氧化之基因的表現，其與RNAseq結果相同。用於抗氧化之基因的表現在經幽門螺旋桿菌感染之第2組中顯著減少，但在投予Cp韓國泡菜之第3組及第4組中皆顯著增加及恢復(圖6)。
儘管上文已描述本申請案之例示性實施方式，但本申請案之範圍不限於如上所述之特定實施方式，發明所屬技術領域中具有通常知識者可在本申請案之申請專利範圍中所述之範圍內改變本申請案。

Claims (11)

  1. 一種用於診斷與幽門螺旋桿菌(Helicobacter pylori)相關之疾病之組成物，其包含用於量測纖維母細胞生長因子21(fibroblast growth factor 21，FGF21，基因ID：26291)基因之表現量之製劑，其中該幽門螺旋桿菌相關之疾病係至少一種選自由胃炎、胃潰瘍、與胃癌組成的群組的由幽門螺旋桿菌造成的疾病。
  2. 如請求項1之用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，其進一步包含用於量測胱硫醚g-裂解酶(cystathionine g-lyase，CTH，基因ID：1491)或cAMP反應元件結合蛋白(cAMP responsive element binding protein，CREBRF，基因ID：153222)基因之表現量的製劑。
  3. 如請求項2之用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，其進一步包含用於量測選自由以下組成之群之基因之表現量的製劑：δ樣4(delta-like 4，DLL4，基因ID：54567)、纖維母細胞生長因子18(FGF18，基因ID：8817)、Fos原癌基因，AP-1轉錄因子次單元(Fos proto-oncogene,AP-1 transcription factor subunit，FOS，基因ID：2353)、磷酸肌醇依賴性激酶-1(phosphoinositide-dependent kinase-1，PDK1，基因ID：5170)、受體型酪胺酸蛋白質磷酸酶樣N(receptor-type tyrosine-protein phosphatase-like N，PTPRN，基因ID：5798)、氯離子胞內通道4(chloride intracellular channel 4，CLIC4，基因ID：25932)、蛋白質酪胺酸磷酸酶，受體B型(protein tyrosine phosphatase,receptor type B，PTPRB，基因ID：5787)、蛋白質磷酸酶1調節次單元15A(protein phosphatase 1 regulatory subunit 15A，PPP1R15A，基因ID：23645)、蛋白質酪胺酸磷酸酶，受體H型(protein tyrosine phosphatase,receptor type H，PTPRH，基因ID：5794)、DNA受損誘導性轉錄物3(DNA damage inducible transcript 3，DDIT3，基因ID：1649)、含桿狀病毒IAP重複序列3(baculoviral IAP repeat containing 3，BIRC3，基因ID：330)、叉頭框O3(forkhead box O3，FOXO3，基因ID：2309)、BCL2(BCL2，凋亡調節子，基因ID：596)、蛋白激酶Cε(protein kinase C epsilon，PRKCE，ID：5581)、帶電多囊泡體蛋白4C(charged multivesicular body protein 4C，CHMP4C，基因ID：92421)、密連蛋白14(claudin 14，CLDN14，基因ID：23562)、溶質載體家族7成員11(solute carrier family 7 member 11，SLC7A11，基因ID：23657)、BOC細胞黏附相關的、致癌基因調節的(BOC cell adhesion associated,oncogene regulated，BOC，基因ID：91653)、ajuba LIM蛋白(ajuba LIM protein，AJUBA，基因ID：84962)、LIM結構域7(LIM domain 7，LMO7，基因ID：4008)、基質金屬肽酶24(matrix metallopeptidase 24，MMP24，基因ID：10893)、發散蛋白激酶結構域2A(divergent protein kinase domain 2A，C3orf58，基因ID：205428)、Kruppel樣因子10(Kruppel like factor 10，KLF10，基因ID：7071)、硫酸軟骨素N-乙醯基半乳糖胺基轉移酶1(chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1，CSGALNACT1，基因ID：55790)、中心體蛋白120(centrosomal protein 120，CEP120，基因ID：153241)、ChaC麩胱甘肽特異性γ-麩胺醯基環轉移酶1(ChaC glutathione specific gamma-glutamylcyclotransferase 1，CHAC1，基因ID：79094)、天冬醯胺合成酶(麩醯胺酸水解)(asparagine synthetase(glutamine-hydrolyzing)，ASNS，基因ID：440)、核因子紅血球系2樣2(nuclear factor,erythroid 2 like 2，NFE2L2，基因ID：4780)、RIO激酶3(RIO kinase 3，RIOK3，基因ID：8780)、硫氧還原蛋白相互作用蛋白質(thioredoxin interacting protein，TXNIP，基因ID：10628)、5-甲基四氫葉酸-高半胱胺酸甲基轉移酶(5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase，MTR，基因ID：4548)、干擾素相關發育調節子1(interferon related developmental regulator 1，IFRD1，基因ID：3475)、黏附性G蛋白偶合受體A2(adhesion G protein-coupled receptor A2，ADGRA2，基因ID：25960)、T-box 4(TBX4，基因ID：9496)、ovo樣鋅指2(ovo like zinc finger 2，OVOL2，基因ID：58495)、活化素A受體樣1型(activin A receptor like type 1，ACVRL1，基因ID：94)、白蛋白(albumin，ALB，基因ID：213)、jade家族PHD指1(jade family PHD finger 1，JADE1，基因ID：79960)、MLLT11，轉錄因子7輔因子(MLLT11,transcription factor 7 cofactor，MLLT11，基因ID：10962)、腺苷A1受體(adenosine A1 receptor，ADORA1，基因ID：134)、TNF受體超家族成員8(TNF receptor superfamily member 8，TNFRSF8，基因ID：943)、NLR家族含濃素域12(NLR family pyrin domain containing 12，NLRP12，基因ID：91662)、凋亡蛋白酶14(caspase 14，CASP14，基因ID：23581)、淋巴毒素α(lymphotoxin alpha，LTA，基因ID：4049)、小細胞黏附性醣蛋白(small cell adhesion glycoprotein，SMAGP，基因ID：57228)、再生蛋白前驅體1(neogenin precursor1，NEO1，基因ID：4756)、MTSS1，含I-BAR域(MTSS1,I-BAR domain containing，MTSS1，基因ID：9788)、四跨膜蛋白32(tetraspanin 32，TSPAN32，基因ID：10077)、密連蛋白8(claudin 8，CLDN8，基因ID：9073)、肌凝蛋白結合蛋白H(myosin binding protein H，MYBPH，基因ID：4608)、肌聚糖ε(sarcoglycan epsilon，SGCE，基因ID：8910)、鈣黏蛋白15(cadherin 15，CDH15，基因ID：1013)、ρ GTP酶活化蛋白6(Rho GTPase activating protein 6，ARHGAP6，基因ID：395)、ZFP36環指蛋白樣2(ZFP36 ring finger protein like 2，ZFP36L2，基因ID：678)、ETS同源因子(ETS homologous factor，EHF，基因ID：26298)、SLAM家族成員6(SLAM family member 6，SLAMF6，基因ID：114836)、主要組織相容複合體，第II類，DP β1(major histocompatibility complex,class II,DP beta 1，HLA-DPB1，基因ID：3115)、具有5個結構域之清道夫受體富半胱胺酸家族成員(scavenger receptor cysteine rich family member with 5 domains，SSC5D，基因ID：284297)、C-C模體趨化因子受體4(C-C motif chemokine receptor 4，CCR4，基因ID：1233)、C-C模體趨化因 子受體7(C-C motif chemokine receptor 7，CCR7，基因ID：1236)、殺手細胞凝集素樣受體亞家族G成員1(killer cell lectin-like receptor subfamily G member 1，KLRG1，基因ID：10219)、B細胞連接子(B cell linker，BLNK，基因ID：29760)、胰島素樣生長因子=結合蛋白1(insulin-like growth factor=binding protein 1，IGFBP1，基因ID：3484)、巨噬細胞遷移抑制因子(macrophage migration inhibitory factor，GIF(MIF)，基因ID：4282)基因、及其等之組合。
  4. 如請求項1之用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，其中該用於量測該基因之表現量的製劑為用於量測該基因之mRNA之量的製劑、用於量測由該基因表現之蛋白質之量的製劑、或兩者。
  5. 如請求項4之用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，其中該用於量測該基因之mRNA之量的製劑包含特異性結合於該基因之mRNA或cDNA的引子或探針。
  6. 如請求項4之用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之組成物，其中該用於量測由該基因表現之蛋白質之量的製劑包含對由該基因表現之蛋白質具有特異性之抗體或適體。
  7. 一種用於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病之套組，其包含如請求項1至6中任一項之組成物，其中該幽門螺旋桿菌相關之疾病係至少一種選自由胃炎、胃潰瘍、與胃癌組成的群組的由幽門螺旋桿菌造成的疾病。
  8. 一種用於提供對於診斷感染有幽門螺旋桿菌之患者之與幽門螺旋桿菌相關之疾病而言所必需的資訊之方法，該方法包含以下步驟：自感染有幽門螺旋桿菌之患者之樣本製備試樣DNA；使用如請求項1至6中任一項之組成物擴增該試樣DNA；及自擴增結果測定幽門螺旋桿菌感染增加或減少其表現之基因之表現量， 其中該幽門螺旋桿菌相關之疾病係至少一種選自由胃炎、胃潰瘍、與胃癌組成的群組的由幽門螺旋桿菌造成的疾病。
  9. 如請求項8之用於提供對於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病而言所必需的資訊之方法，其中該測定該基因之表現量之步驟為量測該基因之mRNA之量、由該基因表現之蛋白質之量、或兩者。
  10. 如請求項9之用於提供對於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病而言所必需的資訊之方法，其中量測該基因之mRNA之量藉由使用特異性結合於該基因之mRNA或cDNA之引子或探針來執行。
  11. 如請求項9之用於提供對於診斷與幽門螺旋桿菌相關之疾病而言所必需的資訊之方法，其中量測由該基因表現之蛋白質之量藉由使用對由該基因表現之蛋白質具有特異性之抗體或適體來執行。
TW108148144A 2018-12-28 2019-12-27 用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病的基因標記 TWI754201B (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR10-2018-0171846 2018-12-28
KR1020180171846A KR102637908B1 (ko) 2018-12-28 2018-12-28 헬리코박터 파일로리 연관 질환에 대한 유전자 마커

Publications (2)

Publication Number Publication Date
TW202039861A TW202039861A (zh) 2020-11-01
TWI754201B true TWI754201B (zh) 2022-02-01

Family

ID=71129227

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW108148144A TWI754201B (zh) 2018-12-28 2019-12-27 用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病的基因標記

Country Status (10)

Country Link
US (1) US20220064734A1 (zh)
EP (1) EP3904534B1 (zh)
JP (1) JP7374196B2 (zh)
KR (1) KR102637908B1 (zh)
CN (1) CN113490752A (zh)
AU (1) AU2019416610B2 (zh)
CA (1) CA3125106C (zh)
SG (1) SG11202107005YA (zh)
TW (1) TWI754201B (zh)
WO (1) WO2020139021A1 (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP4442127A4 (en) * 2021-11-30 2025-03-19 CJ CheilJedang Corporation LEUCONOSTOC MESENTEROIDES CJLM119 strain and food fermentation composition containing a culture product thereof

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1682115A (zh) * 2002-09-06 2005-10-12 拜奥希特公司 在个体中检测酸相关性疾病危险性的方法
US20110065758A1 (en) * 2009-07-31 2011-03-17 Chun-Hung Lin Compositions and assays for treatment and diagnosis of helicobacter pylori infection and conditions
WO2018087419A1 (en) * 2016-11-14 2018-05-17 Biohit Oyj Improved method for detection of helicobacter pylori -gastritis and atrophic gastritis with related risks

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5856094A (en) * 1995-05-12 1999-01-05 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method of detection of neoplastic cells
US5989885A (en) * 1997-01-10 1999-11-23 Myriad Genetics, Inc. Specific mutations of map kinase 4 (MKK4) in human tumor cell lines identify it as a tumor suppressor in various types of cancer
KR100306587B1 (ko) 1998-11-19 2001-11-30 이종욱 헬리코박터파이로리감염의진단방법및그를위한신속요소분해효소반응키트
KR100774014B1 (ko) 2000-05-19 2007-11-08 오츠카 세이야쿠 가부시키가이샤 헬리코박터 파이로리 감염의 진단용 제제
CL2008001520A1 (es) * 2008-05-26 2009-06-05 Univ Concepcion Procedimiento para detectar la virulencia de una cepa de helicobacter pylori; y kit de deteccion de dichas cepas
TWI381845B (zh) * 2009-05-21 2013-01-11 國立台灣大學 預防和治療幽門螺旋桿菌感染的組成物
KR101486999B1 (ko) 2009-07-22 2015-01-28 씨제이제일제당 주식회사 신규한 락토바실러스 플란타룸 및 이를 포함하는 조성물
US9574002B2 (en) * 2011-06-06 2017-02-21 Amgen Inc. Human antigen binding proteins that bind to a complex comprising β-Klotho and an FGF receptor
US20140206023A1 (en) * 2013-01-24 2014-07-24 Ping Gao Methods, Kits & Antibodies for Detecting Intact Fibroblast Growth Factor 21
CN104561322A (zh) * 2015-01-13 2015-04-29 石河子大学 基于幽门螺旋杆菌dna分子定量的胃癌患者生存预测及个体化随访时间评估方法
US11236159B2 (en) * 2015-08-03 2022-02-01 Novartis Ag Methods of treating FGF21-associated disorders
EP3486310B1 (en) 2016-07-15 2021-03-03 Cj Cheiljedang Corporation Leuconostoc mesenteroides
JP7142872B2 (ja) * 2016-09-30 2022-09-28 国立研究開発法人国立がん研究センター 胃癌発症リスクの診断補助方法ならびに当該方法に利用される人工ｄｎａおよび胃癌発症リスク診断用キット

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1682115A (zh) * 2002-09-06 2005-10-12 拜奥希特公司 在个体中检测酸相关性疾病危险性的方法
US20110065758A1 (en) * 2009-07-31 2011-03-17 Chun-Hung Lin Compositions and assays for treatment and diagnosis of helicobacter pylori infection and conditions
WO2018087419A1 (en) * 2016-11-14 2018-05-17 Biohit Oyj Improved method for detection of helicobacter pylori -gastritis and atrophic gastritis with related risks

Also Published As

Publication number Publication date
TW202039861A (zh) 2020-11-01
WO2020139021A1 (ko) 2020-07-02
CA3125106C (en) 2025-05-13
CA3125106A1 (en) 2020-07-02
KR102637908B1 (ko) 2024-02-20
EP3904534A4 (en) 2022-09-14
US20220064734A1 (en) 2022-03-03
SG11202107005YA (en) 2021-07-29
AU2019416610B2 (en) 2023-06-01
JP7374196B2 (ja) 2023-11-06
EP3904534A1 (en) 2021-11-03
KR20200081879A (ko) 2020-07-08
AU2019416610A1 (en) 2021-07-22
EP3904534B1 (en) 2025-12-10
JP2022516117A (ja) 2022-02-24
CN113490752A (zh) 2021-10-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6430560B2 (ja) 前立腺癌マーカーとしてのホスホジエステラーゼ４ｄ７
US9315869B2 (en) Marker for predicting gastric cancer prognosis and method for predicting gastric cancer prognosis using the same
JP2010502229A (ja) 消化器がんのスクリーニング法
US20210363593A1 (en) CXCL13 Marker For Predicting Immunotherapeutic Responsiveness In Patient With Lung Cancer And Use Thereof
EP2585089B1 (en) Blockade of ccl18 signaling via ccr6 as a therapeutic option in fibrotic diseases and cancer
TWI754201B (zh) 用於與幽門螺旋桿菌相關之疾病的基因標記
US20060204960A1 (en) Method for diagnosing diffuse-type gastric cancers
KR101657033B1 (ko) V-ATPase subunit V1E1의 단백질 발현 수준을 측정하여 식도암 환자의 생존율과 예후를 예측하는 방법
TW202122584A (zh) 預測癌症預後之方法及其應用
RU2807347C2 (ru) Генетический маркер для связанного с helicobacter pylori заболевания
CN103083686B (zh) Dkk4基因及其编码蛋白在制备药物中的应用
HK40055100A (zh) 幽门螺杆菌相关疾病的遗传标志物
WO2022239855A1 (ja) 上皮間葉転換（ｅｍｔ）を伴う難治性がんの新規治療標的
KR20230020110A (ko) 대장암 예후 예측용 조성물 및 이의 응용
EP4674982A1 (en) Use of n6-methyladenosine-modified rp11-108m9.4 for diagnosing or treating recurrent liver cancer
CN118667954A (zh) 一种肝癌干细胞分子标志物page5及其应用
JP6833226B2 (ja) 大腸がんの予後バイオマーカー
Yang et al. Lactobacillus paracasei ZJUZ2-3 suppresses gastric tumorigenesis by inhibiting NF-κB pathway via metabolite 3-IAA
Tsukui Role of cyclooxygenase (COX)-2 on the production of vascular endothelial growth factor (VEGF) in gastric cancer cells in vitro
Mizoshita et al. The intestine specific homeobox genes, Cdx1 and Cdx2, are key molecules in intestinal phenotypic expression of gastric carcinoma cells
Di Caro et al. Gene expression proflies for diagnosis of gastric adenocarcinoma identified by oligonucleotide microarray analysis
Fykse et al. Treatment of ECL cell carcinoids with octreotide LAR
US20140024811A1 (en) Cancer detection
HK1182318B (zh) 通过ccr6阻断ccl18信号转导作为纤维化疾病和癌症的治疗选择