WO1997021829A1 - Verfahren zur herstellung von rekombinanten proteinen in e. coli mittels hochzelldichte-fermentation - Google Patents

Verfahren zur herstellung von rekombinanten proteinen in e. coli mittels hochzelldichte-fermentation Download PDF

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Siegfried Matzku
Dieter Riesenberg
Uwe Horn
Uwe Knüpfer
Marian Kujau
Rolf Wenderoth
Andreas Plückthun
Anke Krebber
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    • C12P21/00—Preparation of peptides or proteins
    • C12P21/02—Preparation of peptides or proteins having a known sequence of two or more amino acids, e.g. glutathione

Definitions

  • the invention relates to a fed-batch fermentation process with special host vector systems from E. coli for the effective formation of recombinant proteins, in particular recombinant antibody molecules, in particular antibody fragments, such as e.g. Mini antibody.
  • the E. co // cells can grow at a maximum specific growth rate up to very high cell densities. After activation of the recombinant product formation, only the product formed has a limiting effect on the growth; there is no growth limitation through substrates or metabolic by-products. In this way and in conjunction with the new expression vectors specially adapted for this purpose and having high stability, high space-time yields of recombinant proteins can be achieved which, in particular in the case of antibody fragments, have high biological activity.
  • An essential prerequisite for effective recombinant protein formation is the cultivation of E. coli cells to high cell densities.
  • Fed-batch cultivations in which, according to open regulations, larger amounts of C sources are added to the culture at longer intervals to avoid substrate initiations, are expenmentally complex and have the disadvantage that the concentration of the C source changes constantly during the entire fermentation (eg Pack et al 1993 Biotechnol, ⁇ ol 1 1, 1271-1277, Hahrn et al 1994 Appl Microbiol Biotechnol 42. 100-107)
  • E. coli K12 include phosphotransacetylase-negative mutants (Bauer et al. 1990. Appl. Environ. Microbiol., Vol. 56, 1296-1302; Hahm et al. 1994. Appl. Microbiol. Biotechnol., vol. 42, 100-107.), which, however, are greatly reduced in growth in glucose mineral salt media. Phelps and co-workers (see above) used the E.
  • this E. coli strain which apparently does not accumulate too much acetate, is not a K-I2 strain.
  • E. coli TOPP5 forms hemolysin and is therefore a pathogenic strain which, for safety reasons, is not suitable as a host for the formation of recombinant DNA products in the industrial sector.
  • ALS acetolactate synthase
  • miniantibodyer is to be understood according to the invention as meaning a bivalent or bispecific smgle-cham Fv fragment linked via a pseudo-hinge region. Large amounts of this can become important, for example in cancer therapy
  • Fab fragments are expanded as insoluble cytoplasmic or penplasmic aggregates and refolded in vitro.
  • Yields of about 0 14 g / l are achieved with low cell density (Condra et al, 1990, J Biol Chem 265, 2292-2295) and up to about 1-2 g / l of insoluble antibodies at medium cell density (Shibui et al, 1993, Appl Microbiol Biotechnol 38, 770-775) also uses bivalent mini antibodies (Pack et al. 1993, Biotechnol 1 1, 1993, 1271-1277) can be used in biological-functional form in yields of about O 97/21829 6 PC17EP96 / 05260
  • 0.2 g / 1 can be obtained in E. coli. On average, about 5 to 45% of these yields are properly folded back.
  • the foreign protein formation is generally switched on in a suitable manner after reaching appropriate cell densities in accordance with the expression system by means of a regulatable promoter system.
  • a regulatable promoter system examples include (i) the araBAD promoter in the presence of the AraC repressor (inducible by arabinose) (e.g. Better et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sei. (USA) 90, 457-461), (ii ) the phoA
  • Promoters inducible by phosphate withdrawal
  • / ⁇ c promoter system inducible by IPTG
  • IPTG IPTG
  • pHKK a special vector
  • MAb 425 (ATCC HB 9629) is a murine monoclonal antibody which has been isolated from the known human A432 cancer cell line (ATCC CRL 1555) and to the epitope of human epidermic growth factor Receptor (EGFR, a glycoprotein of approximately 170 kD) binds by inhibiting the binding of the natural ligand EGF. It has been shown that MAb 425 has a cytotoxic effect on tumor cells or can prevent them from growing (Rodeck et al. Cancer Res. 1987. 47:
  • WO 92/15683 discloses humanized and chimeric forms of MAb 425, including the DNA and amino acid sequences of their light and heavy chains.
  • HCDC High Cell Density Culture
  • cell densities 100 to 150 g / 1 (organic dry matter) can be achieved.
  • the growth is also not significantly inhibited by acetate accumulation since, surprisingly, such is not particularly pronounced under the chosen conditions, in particular when using E. coli strains, which anyway tend only to reduced acetate formation during the fermentation .
  • This is also achieved using a number of other additional measures, in particular in that in the fed-batch phase following a batch phase, the concentration of the carbon source in the medium is kept constant in a defined range while maintaining unlimited cell growth.
  • the invention thus relates to processes for the production of foreign protein in E coli cells which have been transformed with a plasmid carrying the foreign gene and a m-Q-inducible promoter by means of
  • the values according to the invention for the required concentration of the carbon source during the fed-batch phase lie in a range between 0 1 g to 25 g / 1.
  • a preferred range lies between 0 5 and 15 g 35/1, in particular between 1 0 to 5 g / l, or between 1 0 to 3 g / 1.
  • the particularly preferred concentration is 1 5 g / 1 as carbon source preferably to call glucose or glycenn or mixtures of both.
  • the carbon source is added in a continuous manner (on-lme) by means of an automatic or semi-automatic addition and analysis system.
  • An on-line flow injection analysis system (FIA) is preferably used.
  • the feed of usable nitrogen, preferably ammonium nitrogen and phosphate, for example diammomium hydrogen phosphate or ammonium dihydrogen phosphate, as well as trace elements, for example salts of boron, manganese, copper, molybdenum and copper, iron or zinc, are carried out in a batch manner.
  • Phase downstream fed-batch phase preferably after activation of the protein synthesis by the regulatable promoter at a cell density of 50 to 80 g / 1 (bio dry mass), preferably at about 70 g / 1 at a total growth rate of 100 to 150, preferably 140 g / 1
  • the activation of the protein synthesis by activating the regulatable promoter system is carried out according to the invention at a cell density of 10 to 80 g / 1, preferably between 20 to 60 g / 1, the range from 40 to 50 g / 1 being particularly preferred
  • the partial oxygen pressure is between 5 and 25%, preferably between 15 and 25%, very particularly preferably 20%, during the fed-batch phase.
  • the pH of the fermentation medium is to be set between 6 5 and 7.0, preferably between 6 7 and 6 9, in particular at 6.8, during the entire batch.
  • the invention furthermore relates to a corresponding method in which an expression vector with an expression cassette flanked by two foreign terminator sequences is used.
  • These terminator sequences. in particular the "upstream" positions prevent consequently undesired expression of protein before activation by the promoter system.
  • the terminator t hp (Nohno et al., 1988, J. Bacte ⁇ ol. 170, 4097-4102) is particularly suitable, but other known terminator sequences can also be used.
  • the invention furthermore relates to a method in which the expression vector used additionally contains a suicide system.
  • the suicide system produces a protein which, without the presence of the plasma,
  • a particularly suitable suicide system for the invention is the hok-sok system (eg Gerdes K, 1988. Biotechnol. 6, 1402-1405).
  • hok-sok system eg Gerdes K, 1988. Biotechnol. 6, 1402-1405.
  • Vector system is characterized in the high cell density range by a high plasmid stability, low recombinant basal expression and high product formation.
  • Suicide systems in combination with recombinant coordinators through terminology ⁇ Q flanked expression cassettes are vector-specific.
  • the invention also relates to a corresponding method in which an external gene is used which codes for an antibody fragment, in particular a mini antibody
  • E coli strains suitable for production on an industrial scale can advantageously be used as strains which accumulate relatively little acetate when growing to high cell densities.
  • Strains which have an acetate concentration of below 5 5 g / l are surprisingly particularly suitable due to the selected conditions of the method according to the invention, the acetate accumulation in particular be kept deep.
  • Particularly suitable in this respect is the E. all ⁇ common known and commercially available co // - strain RV308 (A T CC 31608), and its effect same variants.
  • the invention thus relates in particular to a corresponding method in which an E. co // strain with an acetate accumulation of less than 5 g / l is used in the culture medium during the fermentation.
  • the invention also relates to an E. co // expression vector suitable for the expression of foreign proteins under high cell density fermentation conditions, which has the following features:
  • the promoter system can also be replaced by other suitable systems, for example those mentioned above.
  • the invention also encompasses other signal and control sequences with the same effect.
  • the invention relates to the expression vector pHKK (FIG. 2), which is defined by its construction, and which contains the sequences for the miniantibody derived from MAb 425, as well as a special recombinant E. coli host RV308 [special embodiments. pHKK]. Description of the pictures:
  • Fig. 1 Experimental experimental setup of the bioreactor for the production of proteins under high cell density conditions.
  • the system is equipped with a measurement, display, control and dosing device
  • the vector essentially consists of sections of the known vectors pASK40, pAK 100 and pKG 1022.
  • the method according to the invention uses transformed E coli host cells.
  • the selected plasmid constructions depend on the type of protein to be expanded. Favorable features of such plasmid constructions are described further below.
  • the techniques and required for plasmid construction and host cell transformation Methods are all known and are described in detail in the literature (for example Sambrook et al, 1989, Molecular Clonmg A Laboratory Manual, Cold Spnng Harbor). They are also illustrated in the examples using the special embodiments of the invention. mide or plasmid parts are either commercially available or can be constructed using standard methods based on known construction schemes
  • Subphase I The preceding batch phase of a typical fermentation according to the invention of transformed E coli cells is divided into two subphases.
  • This setting (by introducing air enriched with residual oxygen) should be made about 6 to 12 hours after the start of fermentation of the main culture
  • the glucose concentration which is preferably initially between 20 to 35 g / l, decreases until the end of subphase II, which is also the end of Fed-B atch phase precedes batch phase, starting with values of 0 1 g / 1 should not be underestimated in this case. This is prevented from now on by correspondingly adding glucose (subphase III, Fig. 3a, start of the Fed Batch phase)
  • the glucose value is kept constant between 0 1 and 25 g / 1, but preferably between 1 and 3 g / 1.
  • the feed medium FS I (Tab 1) can be used, for example, since this glucose concentration range is wide enough about the K s - for glucose draines (Bergter, 1983, "growth of microorganisms", S 41, Gustav Fischer Verlag, Jena), the cells can gohm at ⁇ mav grow the control and regulation of the glucose concentration is er ⁇ findungsgelitz with an automatic or semi-automatic system
  • Flow injection analyzer systems are particularly suitable in on-line operation. Purely manual or largely manual systems have proven to be unfavorable.
  • the fed-batch phase begins between the 15 and 22 hours, but ultimately depends on various individual factors such as temperature, Media composition and concentration, reactor size, etc., but in particular also on the type of Eco // strain used.
  • the synthesis of the foreign protein is switched on about 4 to 8 hours after the start of the fed-batch phase.
  • cell densities between 10 and 80 g / 1, preferably between 20 and 60 g / 1 smd are particularly favorable if the cell density of the culture has already been reached at this point, if final cell densities of 100 to 150 g / 1 can be achieved It is therefore generally favorable for the start of the protein synthesis if about 10 to 60% of the maximum cell density to be reached at the induction time point present
  • Protein synthesis is effected by switching on the adjustable promoter system. Depending on the system used, this switching on is usually carried out by adding a substance or by changing a physiological GIoss. In the preferred lac system (promoter, operator, inductor) by adding IPTG (isopropyl-thio-galactopyranoside)
  • lac system promoter, operator, inductor
  • IPTG isopropyl-thio-galactopyranoside
  • the fermentation medium becomes depleted of nitrogen and phosphate (Fig. 3a, b).
  • nitrogen and phosphate are preferably also em appropriate continuous process fed.
  • Nitrogen is expediently added in the form of ammonium salts, since this can also influence the pH at the same time (6.5 to 7.0, preferably 6.8).
  • the solution FS2 (Tab. 1) is suitable.
  • Subphase IV is characterized by the addition of trace elements (eg boron, manganese, iron, cobalt, molybdenum, tin) according to the invention in the form of their soluble salts. The addition is generally carried out continuously at a constant rate.
  • Subphase V is characterized by a diminished one
  • Antibody fragments in particular mini-antibodies, can preferably be produced effectively using the described method, including the expression plasmids specially designed and adapted for this purpose.
  • Suitable proteins are hybrid streptokinase, glucose dehydrogenase or else proteins which have an effect on blood coagulation, such as, for example, B. hirudin, thrombin, hementin or theromin.
  • J 5 Table 1 Composition of the media; FS I, FS2 and FS3 represent the feed media that are used in the various sub-phases of the fed-batch phase
  • the prototrophic E. co // -C 12 strain RV308 (lac74-galISII :: OP308strA), (Maurer et al., 1980, J. Mol. Biol. 139, 147- 161; ATCC 31608) is used.
  • the transformation with a vector suitable for expression and all other necessary DNA manipulations were carried out, unless otherwise explained, according to standard methods.
  • Plasmid-free E. coli RV308 cells were used as a control in a corresponding high cell density fermentation.
  • the vector pHKK was constructed as follows (Fig. 2): the small mill
  • the modified BamHI fragment from pKG1022 was cloned into the only BamHI site of the first cloning product.
  • the miniantibody is derived from a single-chain fragment in which the variable domains in the V ⁇ r V L direction were connected with a flexible linker (gly 4 ser) 3 , followed by a protein-rich hinge region and a modified " helix-turn-helix "domain (dhlx) (Pack et al., 1993, Biotechnol. 1 1, 1271-1277).
  • the DNA sequences, primers, amplifications and clonings of the light and heavy chain of murine / humanized MAb 425 are described in detail in WO 92/15683.
  • the V H domain was fused N-terminal to the pelB signal sequence.
  • the T7g 10 ribosome binding site (Shine Dalgamo) was cloned into the Xbal and Sfil interfaces of pEGl (Strittmatter et al, 1995) using PCR methodology.
  • the finished scFv425dhlx expression cassette was cloned between the Xhal and Hindill interfaces. This resulted in the expression vector pHKK according to Fig. 2.
  • Example 2 Example 2:
  • compositions of the media for the precultures in Erlenmeyer flasks, the main culture in a tank reactor equipped with a stirring mechanism (Biostat ED10, B. Braun, Biotech International, Melsungen, FRG) and the feed media FS I, FS2 and FS3 are shown in Table 1 put together.
  • the main culture medium (8 1) was modified compared to the medium in Riesenberg et al., 1991 (see above). In order to prevent precipitation, the components were added in the order given in Table 1. Glucose and magnesium sulfate were added as separately autoclave solutions.
  • the reactor was operated at 26 ° C, a pressure of 0.15 MPa, a pH of 6.8 and an average aeration rate of 10 1 / min.
  • aqueous ammonia 25% aqueous ammonia was used to adjust the pH.
  • Ammonia and Ucolub N 15 ® (Fragol Industrieschmierstoffe GmbH, Mühleim / Ruhr, FRG) were added by means of sensor control during the fermentation to regulate the pH or as an anti-foaming agent.
  • FS I was prepared as follows: 750 g of glucose and 22.2 g of MgSO 4 ⁇ 7H 2 O were dissolved separately in 600 ml and 50 ml of H 2 O, respectively. After autoclaving, the solutions were mixed with one another.
  • FS2 was prepared by dissolving 227 g (NFL;) 2 HPO 4 and 169.5 g (NH 4 ) H 2 PO 4 in water with the addition of 60 ml 25% NH 3 to bring the pH to 6.8 before autoclaving adjust.
  • FS3 was prepared from stock solutions in the following order: 50 ml Fe (III) citrate hydrate (6 g / 1).
  • 0.5 ml H 3 B0 3 (30 g / 1), 0.5 ml MnCl 2 x 4H 2 0 (10 g / 1), 0.5 ml EDTA x 2H 2 0 (84 g / 1), 0.5 ml CuCl 2 x 2H 2 0 (15 g / 1), 0.5 ml Na 2 Mo0 4 x 2H 2 0 (25 g / 1), 0.5 ml CoCl 2 x 2H 2 0 (25 g / 1) and 10 ml Zn (CH 3 COO ) 2 x 2H 2 0 (4 g / 1).
  • the structure of the 10 1 bioreactor with accessories and control devices is shown in Fig. 1.
  • the cultivation on a high cell density fermentation scale was carried out by means of a digital measuring and control unit (DCU), a multifermenter control system (MFCS) and a gas flow control unit. C0 2 - and oxygen release were measured continuously.
  • the MX-3 bio-sampler (New Brunswick Scientific, Watford, UK) was used to take aseptic samples and enable off-line data analysis (Webb et al., 1990, Biotechnol. 8, 926-928).
  • the control units maintained a single gas flow rate of 10 1 / min, a pH of 6.8, a temperature of 26 ° C and a pressure of 0.15 MPa. Two control loops guaranteed aerobic growth conditions with a p0 2 value of 20%. All important physical quantities were displayed and recorded during the entire fermentation.
  • the glucose concentration in the culture is kept at 1.5 g / l.
  • a modified flow injection analyzer (FIAstar 5020 analyzer with photometer and detection control unit, Tecator AB, Sweden) was used for this. Details of this system and its mode of operation are described in the prior art (eg Pfaff et al., 1995, In Munack A., Schügerl K (eds.): Computer Applications in Biotechnology, Else four Science Ltd., Oxford , 6- 1 1).
  • the cell density was calculated from the measurement of the optical density at 550 nm. Plasmid stability was determined according to Pack et al, 1993 (see above).
  • the quantitative determination of the synthesized mini-antibodies was carried out according to the method of Pack et al., 1993 (see above).
  • the amount of functional miniantibodies was determined by ELISA, the total amount of miniantibodies by SDS-PAGE in 12% polyacrylamide gel according to Laemmli (1970), followed by gel scanning.
  • ELISAs microtiter plates were coated with human EGFR receptor (eg from WO 92/15683).
  • the bound miniantibodies were treated with anti-scFv425 rabbit serum and peroxidase-conjugated goat anti-rabbit IgG (Jackson Immunorese-arch Ine, USA) detected.
  • the yield of active miniantibodies was calculated from the dilution series of the purified miniantibodies.
  • the anti-scFv425 rabbit serum has no detectable cross-reaction with other components of the plasmid-free crude extract of E. coli RV308.
  • the addition of this crude extract to a dilution series of the same antibody in the purified form had no core effect on the ELISA signals.
  • Coomassie Brilliant Blue stained gels were detected photometrically, and the concentration of the mini antibodies was calculated from a dilution series of the purified mini antibodies, which had been separated on the same gel.
  • An analogous approach was used as a control, in which E. coli host cells were used which did not produce mini-antibodies,

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Abstract

Die Erfindung betrifft ein Fed-Batch Fermentationsverfahren mit speziellen Wirts-Vektor-Systemen von E. coli zur effektiven Bildung rekombinanter Proteine, insbesondere rekombinanter Antikörpermoleküle, vorzugsweise Antikörperfragmente wie Miniantikörper. Unter den gegebenen Bedingungen können die E. coli-Zellen mit maximaler spezifischer Wachstumsrate bis zu sehr hohen Zelldichten wachsen. Nach Anschaltung der rekombinanten Produktbildung wirkt nur das gebildete Produkt begrenzend auf das Wachstum; eine Wachstumsbegrenzung durch Substrate oder metabolische Nebenprodukte erfolgt nicht. Auf diese Weise können hohe Raum-Zeit-Ausbeuten an rekombinanten Proteinen erzielt werden.

Description

Verfahren zur Herstellung von rekombinanten Proteinen in E. coli mittels Hochzelldichte-Fermentation
Die Erfindung betrifft ein Fed-Batch Fermentationsverfahren mit speziellen Wirts-Vektor-Systemen von E. coli zur effektiven Bildung rekombinanter Proteine, insbesondere rekombinanter Antikörpermoleküle, insbesondere Antikörperfragmente, wie z.B. Miniantikörper.
Unter den erfindungsgemäßen Bedingungen können die E. co//-Zellen mit maximaler spezifischer Wachstumsrate bis zu sehr hohen Zelldichten wach¬ sen Nach Anschaltung der rekombinanten Produktbildung wirkt nur das gebildete Produkt begrenzend auf das Wachstum; eine Wachstumsbegren- zung durch Substrate oder metabolische Nebenprodukte erfolgt nicht. Auf diese Weise und in Verbindung mit den speziell hierfür angepaßten und ho¬ he Stabilität aufweisenden neuen Expressionvektoren können hohe Raum- Zeit-Ausbeuten an rekombinanten Proteinen erzielt werden, die insbesonde¬ re im Fall von Antikörperfragmenten hohe biologische Aktivität aufweisen.
Eine wesentliche Voraussetzung für effektive rekombinante Proteinbildun¬ gen ist die Kultivierung von E. coli - Zellen zu hohen Zelldichten. Hierfür sind folgende Kultivierungen Stand der Verfahrenstechnik: Nach unlimitier¬ tem Wachstum (μ = μmaχ) m der Batch-Phase wird üblicherweise in der sich anschließenden Fed-Batch-Phase eine Kohlenstoffquelle (Glucose oder Glycenn) so begrenzt zudosiert, daß die Bildung von wachsrumsinliibitori- schen Nebenprodukten wie z.B. Acetat vermieden wird mit der Konsequenz, daß das Wachstum dann bis zum Erreichen hoher Zelldichten nur substrat- limitiert (μ < μmax) fortgesetzt werden kann (z.B. Riesenberg et al., 1991. J. Biotechnol., vol.20. 17-28; Strandberg et al. 1994. FEMS Microbiol. Rev., vol. 14, 53-56; Korz et al. 1995. J Biotechnol.39, 59-65; EP-B-0 51 1 226). Wachstum mit reduzierter Wachstumsrate hat natürlich lange Fermen- tationszeiten und somit folglich auch genngere Raum-Zeit-Ausbeuten zur Folge Bei diesen Fermentationen ist aufgrund des sofortigen Verbrauchs die Konzentration der Kohlenstoffquelle in der Kulturlosung nahezu Null Nach Anschaltung der rekombinanten Produktbildung ändert sich an den substrat- lrmitierten Verhältnissen nichts
Es sind auch Fed-Batch Kultivierungen mit E coli bekannt, bei denen die Kohlenstoffquelle diskontinuierlich m größeren Zeitabstanden und dann m größeren Mengen zugegeben wird, wobei meist em Anstieg des pθ2-Wertes als Indikator für die Substraterschopfung zur Initialisierung der folgenden Dosierung der C-Quelle verwendet wird (z B Eppstem et al 1989 Biotech- nol 7, 1 178-1181) Diese Verfahrensweise bedeutet einen häufigen Wechsel von langerfhstigen Substratuberschußbedingungen zu Substratlimitbedin- gungen und impliziert somit metabolische Imbalanzen
Im folgenden wird auf Fed-Batch Kultivierungen eingegangen, bei denen die Zellen m der Fed-Batch-Phase mit maximaler spezifischer Wachstumsrate (μ = μmaχ) wachsen können Fed-Batch Kultivierungen, bei denen nach off-lme Bestimmungen größere Mengen an C-Quelle in größeren Zeitab¬ standen der Kultur zur Vermeidung von Substratliniitationen zugegeben werden, sind expenmentell aufwendig und haben den Nachteil, daß sich wahrend der gesamten Fermentation die Konzentration der C-Quelle standig ändert (z B Pack et al 1993 Biotechnol , \ ol 1 1, 1271-1277, Hahrn et al 1994 Appl Microbiol Biotechnol 42. 100- 107)
Es sind auch Fed-Batch Kultivierungen beschπeben, bei denen die Konzen- tration der C-Quelle on-hne gemessen und geregelt wird, sodaß Limitationen vermieden werden, obwohl sie - insbesondere im Hochzelldichtebereich - mit den nachfolgend beschnebenen Nachteilen behaftet sind Uniangst ist ein autoklavierbarer Glucose-Biosensor zum Emsatz i n mikrobiellen Fer- mentationen in Ruhrkesselfermentem beschneben worden (M R Phelps et al 1995 Biotechnol Bioeng , voi 46, 5 14-524) Er wurde für E coli- Kulturen eingesetzt. Dieser in-situ-Sensor liefert in einer Zeitverzögerung von etwa 2 Minuten den aktuellen Wert in der Kulturlösung. Das vom Glucose-Sensor gelieferte Signal ist unter anderem pH- und pG^-abhängig. Im Hochzelldichtebereich X > 80 g / 1 ist der Sensor nicht erprobt. Erfah¬ rungsgemäß können Bewachsungen von in situ-Sonden mit E. coli bei sehr hohen Zelldichten zu weiteren Fehl werten führen. Außerdem ist der Sensor während einer laufenden Fermentation nicht exakt rekalibrierbar. Andere Verfahren basieren nicht auf Messungen mit einem in situ-Sensor, sondern gründen sich z.B. auf der Bestimmung der Kohlenstoffquellen mittels on- line-Fließinjektions-Analysatoren (FIA) oder on-line-HPLC in zellfrei ge¬ machter Kulrurlösung, die aus dem Fermenter semikontinuierlich entnom¬ men und einer Filtration oder Mikrozentrifugation unterworfen wird (Kleman et al. 1991. Appl. Environ. Microbiol. 57, 910-917 und 918-923; Turner et al. 1994. Biotechnol. Bioeng. 44, 819-829). Vorhersage- und Rückkopplungs-Kontrollalgoπthmen verringerten die Schwankungen der Glucosekonzentration beim Wachstum bis X= 65 g/1 (Kleman et al. 1991. Appl. Environ. Microbiol. vol. 57, 910-917.). Im Bereich sehr hoher Zell¬ dichten (ab ca. 80 g / 1 bis 150 g / 1) wird die Separation von Zellen und Nährlösung zunehmend schwieriger und zeitaufwendiger, so daß auch die Zeitverzögerung zur Bestimmung des aktuellen Glucosewenes im Fermenter biomasseabhängig zunimmt und die Konstanthalrung des Glucosespiegels erschwert bzw. unmöglich macht. Mit konstanter und kurzer Zeitverzöge¬ rung dagegen wird die Glucosekonzentration gemessen bei einer Apparatur, die auf diese Zellseparation verzichtet (Pfaff et al. 1995. p. 6-1 1. In: Proceedings of the 6th International Conference on Computer Appl. in Bio¬ technol. Garmisch-Partenkirchen, FRG). Nach Pfaff et al. wird in unmittel¬ barer Nähe der Probennahmestelle nach Verdünnung der Kultur mit einem Wachstumsinhibitor eine FIA mit enzymatisch-amperiometrischem Glucose- sensor zum Einsatz gebracht . Bei der aeroben Kultivierung bilden E. co//'-Zellen, die nicht durch Dosie¬ rungsregime zum substratlimitierten Wachstum gezwungen werden, übli¬ cherweise verstärkt das metabolische Nebenprodukt Acetat (Riesenberg 1991. Curr. Opinion Biotechnol., vol. 2, 380-384.), das sich in der Nährlö¬ sung akkumuliert und in größeren Mengen wachstumsinhibitorisch wirkt (Pan et al. 1987. Biotechnol. Lett., vol. 2, 89-94). Deshalb sind bisher diese Fed-Batch-Kultivierungen zu hohen Zelldichten nur mit besonderen E. coli- Stämmen möglich, deren Acetat-Akkumulation durch gezielte genetische Veränderungen reduziert wurde bei Tolerierung anderer damit verbundener Nachteile. Zu den Abkömmlingen von E.coli K12 gehören phosphotransace- tylase-negative Mutanten (Bauer et al. 1990. Appl. Environ. Microbiol., vol. 56, 1296-1302; Hahm et al. 1994. Appl. Microbiol. Biotechnol., vol. 42, 100- 107.), die jedoch in Glucose-Mineralsalzmedien stark im Wachstum reduziert sind. Phelps und Mitarbeiter (s.o.) verwendeten als Wirt den E. coli Stamm TOPP5 für die nicht substratlimitierte Kultivierung bis zu einer Biomasse von X= 85 g/1. Dieser E. coli Stamm, der offenbar nicht stark Acetat akkumuliert, ist jedoch kein K- I2 Stamm. E. coli TOPP5 bildet Hä- molysin und ist somit ein pathogener Stamm, der aus Sicherheitsgründen nicht als Wirt für die Bildung rekombinanter DNA-Produkte im Industrie¬ sektor in Frage kommt. Durch Transformation von E. coli-Zellen mit einem Plasmid, das ein Gen zur Codierung von Acetolactatsynthase (ALS) enhält, konnte durch gezielte Reorientierung des intermediären Stoffwechsels eine Reduktion der Acetatakkumulation erzielt werden (San et al. 1994. In: Ann- N-Y-Acad-Sci, vol.721 , 257-267). Diese Verfahrensweise ist aber mit dem Nachteil behaftet, daß bei Verwendung eines ALS-codierenden Plasmides in Kombination mit einem zweiten, das "Produktions"-Gen tragenden Plasmids unter Hochzelldichtebedingungen üblicherweise Instabilitäten auftreten. Durch Plasmidinstabilitäten, die insbesondere bei der Kultivierung zu sehr hohen Zelldichten verstärkt auftreten, wird die Effizienz von rekombinanten Produktbildungen häufig vernngert
Antikörper oder Antikoφerfragmente, wie Fab', F(ab')2, Miniantikoφer oder single-cham Fv's, erlangen im zunehmenderen Ausmaß Bedeutung im me¬ dizinischen und biotechnischen Bereich. Unter Miniantikoφer ist im folgen¬ den erfindungsgemaß ein bivalenter oder bispezifischer über pseudo-Hinge- Region verknüpftes smgle-cham Fv-Fragment zu verstehen Dabei kann es wichtig werden, wie zum Beispiel in der Krebstherapie, große Mengen an
Antikoφern (etwa 1 g / Dosis) zur Verfügung zu stellen. In E. coli können nun besonders leicht und gut monovalente Antikoφerfragmente oder Fu- sionsproteme von diesen, bzw mulümere oder multispezifische Varianten davon, hergestellt werden Diese Fragmente bzw Vananten weisen eine kleine Große verbunden mit emer hohen spezifischen Bmdungsfahigkeit auf (z B Pluckthun A . 1992, Immunol Rev 130, 151- 188, Pack et al, 1995, J. Mol Biol 246, 28-34) Proteme und insbesondere Antikoφer müssen aber nchtig gefaltet sem, um biologisch und funktionell wirksam zu sem Dieses
Problem muß bei der Ausbeutebetrachtung von gebildetem Antikoφerfrag- ment pro Zelle in Zusammenhang mit der Zelldichte beachtet werden Fer¬ ner spielt die Pnmarsequenz des Antikoφers eine wichtige Rolle bei der Bestimmung der Ausbeute m vitro und der Faltung in vivo (Knappik A und Pluckthun A , 1995, Protein Engin 8, 81-89) So werden z B Fab- Fragmente als unlösliche cytoplasmatische oder penplasmatische Aggregate expnmiert und in vitro ruckgefaltet So wird über Ausbeuten von etwa 0 14 g / 1 bei niednger Zelldichte (Condra et al , 1990, J Biol Chem 265. 2292- 2295) und bis etwa 1-2 g / 1 unlöslicher Antikoφer bei mittlerer Zelldichte (Shibui et al, 1993, Appl Microbiol Biotechnol 38, 770-775) benchtet Auch bivalente Miniantikoφer (Pack et al . 1993, Biotechnol 1 1, 1993, 1271- 1277) können in biologisch-fünktioneller Form in Ausbeuten von etwa O 97/21829 6 PC17EP96/05260
0.2 g / 1 in E. coli erhalten werden. Durchschnittlich sind bei diesen Ausbeu¬ ten ca. 5 - 45 % ordnungsgemäß rückgefaltet.
In den bekannten E. co//-Sytemen wird die Fremdprotein-Bildung in der Re- gel auf geeignete Weise nach Eneichen angemessener Zelldichten entspre¬ chend dem Expressionssystem durch ein regulierbares Promotersystem an¬ geschaltet. Hier sind beispielsweise zu nennen (i) der araBAD Promoter in Gegenwart des AraC Repressors (induzierbar durch Arabinose) (z.B. Better et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sei. (USA) 90, 457-461), (ii) der phoA-
Promoter (induzierbar durch Phosphat-Entzug) (z.B. Carter et al, 1992, Biotechnol. 10, 163-167), und (iii) das /αc-Promotersystem (induzierbar durch IPTG) (Pack et al. 1993, I.e.). Das /αc-System, das in der Regel eine gute Expression bewirkt, hat aber den Nachteil, daß einerseits eme uner¬ wünschte Grundexpression vor Induktion des Promoters und andrerseits eine Plasmidinstabilität nach Induktion mit IPTG zu beobachten ist.
In einer besonderen Ausführungsform der Erfindung wird ein spezieller Vektor (pHKK) beschrieben, der als Fremdgen Sequenzen enthält, die für
Fragmente des murinen bzw. humaniersierten Antiköφers MAb 425 codie¬ ren. MAb 425 (ATCC HB 9629) ist ein muriner monoklonaler Antiköφer, der aus der bekannte menschlichen A432 Krebszellinie (ATCC CRL 1555) isoliert wurde und an das Epitop des humanen epidermischen Wachstums¬ faktor-Rezeptors (EGFR, ein Glycoprotein von etwa 170 kD) bindet unter Inhibierung der Bindung des natürlichen Liganden EGF. Es ist gezeigt wor¬ den, daß MAb 425 cytotoxische Wirkung auf Tumorzellen hat, bzw. diese am Wachstum zu hindern vermag (Rodeck et al.. Cancer Res. 1987. 47:
3692). Aus der WO 92/15683 sind humanisierte sowie chimere Formen des MAb 425 bekannt, einschließlich der DNA- und Aminosäuresequenzen ihrer leichten und schweren Ketten. Ziel der Erfindung war es nun, ein Verfahren zur Herstellung von Fremdproteinen, insbesondere Antiköφerfragmenten, in rekombinanten E. coli- Zellen unter Hochzelldichte-Bedingungen (HCDC = High Cell Density Culture) mit hohen Raum-Zeit-Ausbeuten und ohne wesentliche Wachstumsbeeinträchtigung durch Substrate oder Metaboliten und ohne nennenswerte Plasmidverluste, bzw. Plasmidinstabilitäten unter Gewährlei¬ stung eines großen Prozentsatzes an wirksamer biologischer Aktivität (Bindungsfähigkeit, korrekte Faltung) des exprimierten Proteins zur Verfü¬ 0 gung zu stellen.
Das erfindungsgemaße Verfahren ist ein mehrstufiges Batch- Verfahren, daß sich in erster Linie dadurch auszeichnet, daß die Zellen während des gesam- 5 ten Batches maximal wachsen können (μ = μmax) So können mit dem be¬ schriebenen Verfahren letztlich Zelldichten von 100 bis 150 g / 1 (Bio¬ trockenmasse) erreicht werden. Das Wachstum wird auch nicht wesentlich durch Acetat-Akkumulation inhibiert, da eine solche unter den gewählten o Bedingungen überraschenderweise nicht besonders ausgeprägt ist, insbeson¬ dere bei Verwendung von E. Coli- Stämmen, die ohnedies nur zu vermin¬ derter Acetatbildung während der Fermentation neigen. Dies wird auch unter einer Reihe anderer zusätzlicher Maßnahmen vorallem dadurch erreicht, daß in der einer Batch-Phase nachgeschalteten Fed-Batch-Phase die Konzentra¬ tion der Kohlenstoffquelle im Medium in einem definierten Bereich unter Beibehaltung von unlimitiertem Wachstum der Zellen konstant gehalten wird. Durch entsprechende Gestaltung des entsprechenden Expressionsvek- tors kann auch die unerwünschte Basalexpression von Protein vor Anschal¬ tung der Proteinsynthese durch ein regulierbares Promotersystem nahezu ausgeschaltet werden, ebenso wie der zum Teil erhebliche Plasmidverlust, der, wie oben bereits erwähnt, normalerweise in Expressionssystemen mit starken Promotern wie z.B. das /αc-Promotersystem, zu beobachten ist. - ö -
Es können durchschnittlich Proteinausbeuten von 3 bis 5 g / 1 nach ca 25 bis 35 Stunden Gesamtkultivierung erreicht werden Im Falle der wegen ih¬ rer Faltungkskπtenen besonders kntischen Antikoφerfragmente. msbeson- dere Miniantikoφer, sind etwa 80 % des synthetisierten Matenals biologisch aktiv und konekt gefaltet
Gegenstand der Erfindung ist somit Verfahren zur Herstellung von Fremdprotein in E coli- Zellen, die mit einem das Fremdgen und emen m- \Q duzierbaren Promoter tragenden Plasmid transformiert wurden, mittels
Hochzelldichtefermentation über Batch- und Fed-Batch Stufen ohne jegliche Wachstumsbegrenzung durch Substrate oder metabolische Nebenprodukte, und Isolierung und Aufreinigung des exprimierten Proteins aus dem Kultur- 15 medium, wobei die Konzentraüon an Substraten in der Fed-Batch Phase über em kontinuierliches automatisches oder semi-automatisches Analyse- und Zugabesystem gesteuert wird, wobei in der Fed-Batch Phase (1) die Konzentration der Kohlenstoffquelle im Medium in einem Bereich zwi- jr. sehen 0 1 g / 1 und 25 g / 1 untei Beibehaltung von unlimitiertem Wachstum der Zellen (μ = μmax ) konstant gehalten wird, (11) die Produktion des Fremdproteins innerhalb besagter Fed-Batch-Phase bei einer Zelldichte zwi¬ schen 10 und 80 g / 1 durch Induküon des Promoters gestartet wird, und (111)
2c nach erfolgter Produktsynthese-Induktion verwertbarer Stickstoff und Phos¬ phat sowie Salze von Spurenelementen kontinuierlich zugefüttert w eiden, wobei (IV) wahrend der gesamten Fed-Batch Phase der p02-Wert durch ent¬ sprechende Sauerstoffeinleitung in die Fermentationsbruhe zwischen 5 und
_ 25 % eingestellt wird
Die erfindungsgemaßen Werte fur die erforderliche Konzentration der Koh¬ lenstoffquelle wahrend dei Fed-Batch-Phase hegt in emem Bereich zwi¬ schen 0 1 g bis 25 g / 1 Ein bevorzugter Bereich hegt zwischen 0 5 und 15 g 35 / 1, insbesondere zwischen 1 0 bis 5 g /l, bzw zwischen 1 0 bis 3 g / 1 Die besonders bevorzugte Konzentration ist 1 5 g / 1 Als Kohlenstoffquelle sind vorzugsweise Glucose oder Glycenn oder Gemische aus beiden zu nennen Erfindungsgemaß erfolgt die Zugabe der Kohlenstoffquelle mittels eines automatischen oder halbautomaüschen Zugabe- und Analysesystems in kontinuierlicher Weise (on-lme). Vorzugsweise wird ein on-line Fließinjek- tionsanalyse-System (FIA) eingesetzt.
Die Zufütterung von verwertbarem Stickstoff, vorzugsweise Ammonium- Stickstoff und Phosphat, beispielsweise Diammomumhydrogenphosphat oder Amrnoniumdihydrogenphosphat, sowie Spurenelementen, beispielswei¬ se im Medium lösliche Salze von Bor, Mangan, Kupfer, Molybdän und Ko¬ balt Eisen oder Zink, erfolgt m der der Batch-Phase nachgeschalteten Fed- Batch-Phase, vorzugsweise nach Anschaltung der Proteinsynthese durch den regulierbaren Promoter bei einer Zelldichte von 50 bis 80 g / 1 (Bio¬ trockenmasse), vorzugsweise bei etwa 70 g / 1 bei emer Gesamtwachstums¬ rate von 100 bis 150, vorzugsweise 140 g / 1
Das Anschalten der Protemsynthese durch Aktivierung des regulierbaren Promotersystems erfolgt erfindungsgemaß bei einer Zelldichte von 10 bis 80 g / 1, vorzugsweise zwischen 20 bis 60 g / 1, ganz besonders bevorzut ist der Bereich von 40 bis 50 g / 1
Der Partialsauerstoffdruck hegt während der Fed-Batch-Phase zwischen 5 und 25%, vorzugsweise zwischen 15 und 25%, ganz besonders bevorzugt bei 20 %
Der pH-Wert des Fermentationsmediums ist erfindungsgemaß wahrend des gesamten Batches zwischen 6 5 und 7.0, vorzugsweise zwischen 6 7 und 6 9, insbesondere bei 6.8, einzustellen.
Gegnstand der Erfindung ist ferner ein entspiechendes Verfahren bei dem ein Expressionsvektor mit einer von zwei Terminatorsequenzen flankierten das Fremgen entna ltendenExpressionskassette eingesetzt wird Diese Termi- nator-Sequenzen. insbesondere die "upstream" positionierte, verhindern er- folgreich eine unerwünschte Expression von Protein vor der Anschaltung durch das Promotersystem. Besonders geeignet ist der Terminator thp (Nohno et al., 1988, J. Bacteπol. 170, 4097-4102) aber auch andere bekann- , te Terminator-Sequemzen können eingesetzt werden.
Weiterhin ist Gegenstand der Erfindung ein Verfahren, bei dem der verwen¬ dete Expressionsvektor zusätzlich ein Suizidsystem enthalt. Das Suizid¬ system produziert ein Protein, welches ohne das Vorhandensein des Plas-
10 mids in der Zelle für diese toxisch ist. Geeignete Suizidsysteme sind in der
Literatur bekannt. Ein für die Erfindung besonders geeignetes Suizidsystem ist das hok-sok-System (z. B. Gerdes K , 1988. Biotechnol. 6, 1402- 1405). Fur das Verfahren zur effektiven Bildung rekombinanter Proteine, msbeson-
15 dere von Antiköφermolekülen, ist es namlich wichtig, daß das Wirts-
Vektor-System sich im Hochzelldichtebereich durch eine hohe Plasmidsta- bihtat, geringe rekombinante Basalexpression und hohe Produktbildung aus¬ zeichnet. Suizid-Systeme in Kombination mit rekombinanten, durch Termi- ^Q natoren flankierten Expressionskassetten sind dabei vektorspezifisch.
Femer ist Gegenstand der Erfindung ein entsprechendes Verfahren, bei dem em Fremdgen eingesetzt wird, das für ein Antikoφerfragment, insbesondere einen Miniantikoφer codiert
*-D Weiter ist Gegenstand der Erfindung ein Verfahren, bei dem Expressions¬ vektoren mit zusätzlichen, unten beschriebenen Merkmalen eingesetzt wer¬ den. Pnnzipiell sind die meisten bekannten, für die Rekombinationstechnik und
30 für die Produktion im technischen Maßstab geeigneten E coli- Stamme ein¬ setzbar Vorteilhafterweise finden solche Stamme bevorzugte Verwendung, die bei Wachstum zu hohen Zelldichten relativ wenig Acetat akkumulieren Besonders geeignet sind Stämme, die eme Acetatanreicherung von unterhalb 5 5 g / 1 aufweisen Überraschenderweise kann durch die gewählten Bedin¬ gungen des erfindungsgemaßen Verfahrens die Acetatakkumulation beson- ders tief gehalten werden. Besonders geeignet in dieser Hinsicht ist der all¬ gemein bekannte und käuflich erhältliche E. co//-Stamm RV308 (A TCC 31608) sowie seine wirkungsgleichen Varianten. Gegenstand der Erfindung ist so insbesondere ein entsprechendes Verfahren, bei dem ein E. co//-Stamm mit einer Acetat- Akkumulation von unter 5 g / 1 im Kulturmedium während der Fermentation eingesetzt wird.
Gegenstand der Erfindung ist außerdem ein E. co//-Expressionsvektor, geei¬ genet für die Expression von Fremdproteinen unter Hochzelldichtefermenta- tions-Bedingungen, der folgende Merkmale aufweist:
(i) eine „upstream"- und eine „downstream"- Terminatorsequenz,
(ii) das lac Promoter/Operatorsystem,
(iii) T7gl0- Shine Delgarno-Sequenz,
(iv) die pelB- oder ompA-Signalsequenz,
(v) die Sequenz des Fremdgens, und in einer bevorzugten Ausführungsform zusätzlich, ein Suizidsystem, insbesondere das ΛoKsoΛr-Suizidsystem.
Erfindungsgemaß kann das Promotersystem auch durch andere geeignete, beispielsweise oben genannte Systeme ersetzt werden. Ebenso werden von der Erfindung auch andere gleichwirkende Signal-und Steuerungssequenzen umfaßt.
Als spezielle Ausführungsformen sind letztlich Gegenstand der Erfindung der durch seine Konstruktion definierte Expressionsvektor pHKK (Abb. 2), der die Sequenzen für den Miniantiköφer, welcher sich aus MAb 425 ablei¬ tet, enthält, sowie ein spezieller rekombinater E. coli- Wirt RV308[pHKK]. Beschreibung der Abbildungen:
Abb. 1 : Experimenteller Versuchsaufbau des Bioreaktors zur Herstellung von Proteinen unter Hochzelldichte-Bedingungen Das System ist mit einer Meß-, Anzeige-, Kontroll- und Dosierungsvornchtung ausgestattet
Abb. 2 Optimierter Expressionvektor pHKK sowie Teilstucke seiner
Konstruktion Der Vektor setzt sich im wesentlichen aus Teilstücken der bekannten Vektoren pASK40, pAK 100 und pKG 1022 zusammen.
Abb. 3(a-d): HCD-Kultivierung von rekombinanten h coli am Beispiel von E coli RV308[pHKK] zeitlicher Verlauf von Biomasse, Glucose, Ammonium-Stickstoff, Phosphat. Acetat, Ruhrergeschwindigkeit, pθ2, 02 und C02 im Abgas, Plasmidstabihtät (ausgedruckt durch % von ß-lactamase- positive Kolonien) und Bildung von Protein (hier scFv425dhlx). Die Batch- und Fed-Batch-Phasen sind m 5 Subphasen unterteilt Der IPTG-Pfeil gibt den Start der Proteinproduktion an
Das erfindungsgemaße Verfahren verwendet transformierte E coli- Wirts¬ zellen Die ausgewählten Plasmidkonstruktionen richten sich nach der Art des zu expπmierenden Proteins Besonders gunstige Merkmale solcher Plasmidkonstruktionen werden weiter unten beschneben Die für die Plas- mid-Konstruktion und die Wirtszellen-Transformation erforderlichen Tech¬ niken und Methoden sind allesamt bekannt und in der Literatur ausführlich beschπeben (z B Sambrook et al, 1989, Molecular Clonmg A Laboratory Manual, Cold Spnng Harbor) Sie sind zudem anhand der besonderen Aus¬ fuhrungsformen der Erfindung m den Beispielen dargelegt Ausgangspias- mide oder Plasmidteile sind entweder käuflich erhältlich oder können nach Standardmethoden auf Basis von bekannten Konstruktionsschemata ohne weiteres konstruiert werden
Die vorangeschaltete Batch-Phase einer typischen erfindungsgemaßen Fer¬ mentation von transformierten E coli Zellen ist m zwei Subphasen unter¬ teilt Nach Ammpfung mit emer entsprechenden Vorkultur ist Subphase I gekennzeichnet durch eme Lag-Phase, m der sich die Zellen adaptieren und die Wachstumsrate μ anschließend auf μmax ansteigt Wahrend der Subphase II wachsen die Zellen exponentiell bei μ=μmax Nach einem Abfall von p02 von 100% Sättigung auf unter 5-15 % wud der p02-Wert durch Kontrollie¬ ren der Geschwindigkeit des p02-Ruhrers auf vorzugsweise auf p02-Werte zwischen 15 bis 25%, insbesondere um 20 % eingestellt (Abb 3c) Diese Einstellung (durch Einleiten von mit remem Sauerstoff angereicherter Luft) sollte etwa nach 6 bis 12 Stunden nach Beginn der Fermentation der Haupt- kultur vorgenommen werden Die GIucose-Konzentration, die anfänglich vorzugsweise zwischen 20 bis 35 g / 1 gelegen ist, sinkt bis zum Ende der Subphase II, welche auch das Ende der der Fed-Batch-Phase vorangeschalte¬ ten Batch-Phase darstellt, ab Dabei sollten Werte von 0 1 g / 1 auf kernen Fall unterschntten werden Dies wird von nun an verhindert durch entspre¬ chendes Zufüttern von Glucose (Subphase III, Abb 3a, Start der Fed-Batch- Phase) Erfindungsgemaß wird der Glucosewert zwischen 0 1 und 25 g / 1, vorzugsweise aber zwischen 1 und 3 g / 1 konstant gehalten werden Hierzu kann beispielsweise das Zufütterungsmedium FS I (Tab 1) verwendet wer¬ den Da dieser Glucose-Konzentrationsbereich weit genug über dem Ks- Wert für Glucose hegt (Bergter, 1983, "Wachstum von Mikroorganismen", S 41, Gustav Fischer Verlag, Jena), können die Zellen weiterhm bei μmav wachsen Die Kontrolle und Regelung der Glucosekonzentration erfolgt er¬ findungsgemaß mit einem automatischen oder halbautomatischen System Besonders geeignet sind Fließinjektionsanalysator-Syteme im on-line- Betπeb Rein manuelle oder weitgehend manuelle Systeme haben sich als ungunstig erwiesen Die Fed-Batch-Phase beginnt etwa zwischen der 15 und 22 Stunde, hangt aber letztlich von verschiedenen individuellen Fakto¬ ren wie Temperatur, Medienzusammensetzung und -Konzentration, Reak¬ torgroße usw ab, insbesondere aber auch von der .Art des verwendeten E co//-Stammes Vorteilhafterweise erfolgt etwa 4 bis 8 Stunden nach Beginn der Fed-Batch-Phase das Anschalten der Synthese des Fremdproteins Der genaue Zeitpunkt nchtet sich aber letztlich nach der zu diesem Zeitpunkt be¬ reits erreichten Zelldichte der Kultur Zelldichten zwischen 10 und 80 g / 1, vorzugsweise zwischen 20 und 60 g / 1 smd besonders gunstig, falls finale Zelldichten von 100 bis 150 g / 1 erreicht werden können Allgemem gunstig für das Starten der Protemsynthese ist es somit, wenn etwa 10 bis 60 % der maximal zu eneichenden Zelldichte zum Induktionszeitpunkt vorliegen
Die Proteinsynthese wird durcht Anschalten des regulierbaren Promotersy- stems bewirkt Dieses Anschalten erfolgt je nach verwendetem System m der Regel durch Zugabe einer Substanz oder duch Veränderung einer physi¬ kalischen Gioße Im Falle des bevorzugten lac-Systems (Promoter, Operator, Induktor) durch Zugabe von IPTG (Isopropyl-thio-galactopyranosid) Das weitere Wachstum der Zellen ist jetzt nur noch durch das sich akkumulie¬ rende Produkt begrenzt Deshalb ist es erfindungsgemaß wichtig, daß vor Induktion keine nennenswerte Basalexpression stattfinden kann, die auf das Gesamtwachstum und damit auf die Gesamtausbeute einen ungunstigen Einfluß ausüben wui de Dies wird erfindungsgemaß dadurch bewerkstelligt, daß die Expressionskassette in dem Plasmid von wirksamen Terminatorse¬ quenzen flankiert wud
Ab dem Zeitpunkt der Glucose-Zufütterung verarmt das Fermentationsmedi- um an Stickstoff und Phosphat (Abb 3a,b) Um Limitationen jeglicher Art zu vermeiden, wird Stickstoff und Phosphat vorzugsweise ebenfalls über em entsprechendes kontinuierliches Verfahren zugefüttert. Stickstoff wird zweckmäßigerweise in Form von Ammoniumsalzen zugeführt, da hierdurch gleichzeitig auch auf den pH- Wert Einfluß genommen werden kann (6.5 bis 7.0, vorzugsweise 6.8). Beispielsweise eignet sich die Lösung FS2 (Tab. 1). Subphase IV ist gekennzeichnet durch erfindungsgemäßer Zuführung von Spurenelementen (z.B. Bor, Mangan, Eisen, Cobalt, Molybdän, Zinn) in Form ihrer löslichen Salze. Die Zugabe erfolgt in der Regel kontinuierlich mit ei¬ ner konstanten Rate. Subphase V ist gekennzeichnet durch ein vermindertes
10 Wachstum, in erster Linie bedingt durch Produktakkumulation. Außerdem ist ein geringfügiges Ansteigen der Acetatkonzentration zu beobachten. Dennoch ist die Acetatakkumulation bzw. -Konzentration im Medium über¬ raschend niedrig. Dies ist auch auf die speziellen Verfahrensbedingungen
15 zurückzuführen. E. co//-Stämme mit einer maximalen Acetatanreicherung von < 5 g / 1 während der Fermentation verstärken diesen Effekt noch deut¬ lich.
20 Die Ausbeuten an Protein variieren je nach Art des Proteins durchschnittlich zwischen 2 und 6 g / 1. Davon sind, wiederum je nach Art des Proteins, zwi¬ schen 50 und 95 % biologisch aktiv. Im Falle von Antiköφerfragmenten er¬ hält man über 80 % rückgefaltetes Protein. Diese Werte übersteigen deut¬ lich die bisher im Stand der Technik beschriebenen vergleichbaren Verfah¬
25 ren.
Vorzugsweise können mit dem geschilderten Verfahren unter Einbezug der speziell hierfür konstruierten und angepaßten Expressionsplasmide Antikör¬ perfragmente, insbesondere Miniantiköφer, effektiv hergestellt werden.
30 Aber auch die Herstellung vieler anderer Proteine, Fusionsproteine oder En¬ zyme ist gemäß des erfindungsgemäßen Verfahrens in vorteilhafter Weise möglich. Beispiele für' solche geeigneten Proteine sind Hybridstreptokinase, Glucosedehydrogenase oder auch Proteine, die Wirkung auf die Blutgerin¬ nung haben, wie z. B. Hirudin, Thrombin, Hementin oder Theromin. J 5 Tabelle 1: Zusammensetzung der Medien; FS I, FS2 und FS3 stellen die Zufütterungs-Medien dar, die in den verschiedenen Subphasen der Fed-Batch-Phase verwendet werden
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Beispiel 1 :
Zur Herstellung eines rekombinanten E. coli- Wirts wurde der prototrophe E. co//-K 12-Stamm RV308 (lac74-galISII::OP308strA), (Maurer et al., 1980, J. Mol. Biol. 139, 147- 161 ; ATCC 31608) verwendet. Die Transfor¬ mation mit einem zur Expression geeigneten Vektor sowie alle anderen er¬ forderlichen DNA-Manipulationen erfolgten, sofern nicht anderswo erläu¬ tert, nach Standardmethoden. Plasmidfreie E. coli RV308 Zellen wurden als Kontrolle in einer entsprechenden Hochzelldichte-Fermentation eingesetzt. Der Vektor pHKK wurde, wie folgt, konstruiert (Abb. 2): das kleine Mlul-
Fragment aus pAKlOO (Krebber u. Plückthun, 1995), das den starken trans- kriptionalen Terminator tnP ( Nohno et al., s. o.) in der "upstream"- Region von lac p/o enthält, wurde in das Plasmid pASK40 (Skerra et al.. 1991, Bio¬ technol. 9, 273-278) insertiert. Die Insertion von hok-sok DNA wurde durch zwei weitere Klonierungsschritte bewerkstelligt: das aphA-Gen aus pKG1022 (Gerdes, 1988, s. 0.) wurde durch zweifache Verdauung mit Xhol und EcoRI entfernt, mit DNA Polymerase I (Klenow Fragment) aufgefüllt und religiert. In einem zweiten Schritt wurde das modifizierte BamHI- Fragment aus pKG1022 in die einzige BamHI-Schnittstelle des ersten Klo- nierungsproduktes kloniert. Der Miniantikörper stammt von einem single- chain Fragment ab, in dem die variablen Domänen in V}rVL-Richtung mit einem flexiblen Linker (gly4ser)3 verbunden wurden, gefolgt von einer pro- linreichen Hinge-Region und einer abgewandelten "helix-turn-helix"- Do¬ mäne (dhlx) (Pack et al., 1993, Biotechnol. 1 1, 1271-1277). Die DNA- Sequenzen, Primer, Amplifikationen und Klonierungen der leichten und schweren Kette von murinem/humanisiertem MAb 425 ist in der WO 92/15683 ausführlich beschrieben. Zur Sekretion des scFv425dhlx- Fragmentes in das Periplasma wurde die VH-Domäne N-terminal an die pelB-Signalsequenz fusioniert. Die T7g l0-Ribosomen-Bindungsstelle (Shine Dalgamo) wurde mittels PCR-Methodik in die Xbal und Sfil -Schnittstellen von pEGl (Strittmatter et al, 1995) kloniert. Die fertige scFv425dhlx Ex- prssionskassette wurde zwischen die Xhal und Hindill Schnittstellen klo¬ niert. Hieraus ergab sich der Expressionsvektor pHKK gemäß Abb. 2. Beispiel 2:
Die Zusammensetzungen der Medien für die Vorkulturen in Erlenmeyer- Kolben, der Hauptkultur in einem mit Rührmechanik ausgestatteten Tankre¬ aktor (Biostat ED10, B. Braun, Biotech International, Melsungen, FRG) sowie der Zufütterungsmedien FS I, FS2 und FS3 sind in Tabelle 1 zusam¬ mengestellt. Das Hauptkulturmedium (8 1) wurde im Vergleich zu dem Medium bei Riesenberg et al., 1991 (s. o.) modifiziert. Um Prezipitationen zu verhindern, wurden die Bestandteile in der angegebenen Reihenfolge der Tab. 1 hinzugegeben. Glucose und Magnesiumsulfat wurden als seperat au- toklavierte Lösungen hinzugegeben. Der Reaktor wurde bei 26° C , einem Druck von 0.15 MPa, einem pH- Wert von 6.8 und einer durchschnittlichen Belüftungsrate von 10 1 / min betrieben. Zur Einstellung des pH-Wertes wurde 25% -iger wäßriger Ammoniak verwendet. Ammoniak und Ucolub N l 15® (Fragol Industrieschmierstoffe GmbH, Mühleim/Ruhr, FRG) wurden mittels Sensorkontrolle während der Fermentation zur pH-Regulierung, bzw. als Antischaummittel hinzugegeben. FS I wurde w ie folgt, hergestellt: 750 g Glucose und 22.2 g MgS04 x 7H20 wurden getrennt in 600 ml bzw. 50 ml H20 gelöst. Die Lösungen wurden nach erfolgter Autoklavierung miteinan¬ der gemischt. FS2 wurde hergestellt durch Auflösen von 227 g (NFL;)2HPθ4 und 169.5 g (NH4)H2P04 in Wasser unter Hinzufügung von 60 ml 25%- igem NH3, um den pH- Wert auf 6.8 vor dem Autoklavieren einzustellen. FS3 wurde aus Stocklösungen in folgender Reihenfolge zubereitet: 50 ml Fe(III)-citrat-hydrat (6 g / 1). 0.5 ml H3B03 (30 g / 1), 0.5 ml MnCl2 x 4H20 (10 g / 1), 0.5 ml EDTA x 2H20 (84 g / 1), 0,5 ml CuCl2 x 2H20 (15 g / 1), 0.5 ml Na2Mo04 x 2H20 (25 g / 1), 0,5 ml CoCl2 x 2H20 (25 g / 1) und 10 ml Zn(CH3COO)2 x 2H20 (4 g / 1).
Beispiel 3:
Mehrere Kolonien aus einer Petrischale, gewachsen auf LB-Agar bei 26 °C, dienten dazu, 20 ml Flüssig-LB-Medium zu überimpfen. Nach 5-stündigem
Schütteln (200 rpm, 26 °C) wurde 1ml in 100 ml Vorkulturmedium in einen 500 ml Kolben überführt und weiterinkubiert. 10 ml dieser Vorkultur wur¬ den benutzt, um 100 ml neues Vorkulturmedium zu überimpfen. Auf diese Weise wurden 9 Vorkulturen erzeugt, die dazu benutzt wurden, zusammen 8 1 Hauptkulturmedium im Fermenter mit einem anfänglichen OD550 ~ 0.2 zu überimpfen. Beispiel 4
Der Aufbau des 10 1-Bioreaktors mit Zubehör und Kontrolleinrichtungen ist in Abb. 1 dargestellt. Die Kultivierung im Hochzelldichtefermentations- Maßstab erfolgte mittels einer digitalen Meß-und Kontrolleinheit (DCU), ei¬ nem Multifermenter-Kontrollsystem (MFCS) und einer Gasfluß- Konrolleinheit. C02- und Sauerstoff-Abgabe wurden ständig gemessen. Nach Überimpfüng diente der Bioprobensammler MX-3 (New Brunswick Scientific, Watford, UK), um aseptische Proben zu nehmen und off-line Datenanalyse zu ermöglichen (Webb et al., 1990, Biotechnol. 8, 926-928). Die Kontrolleinheiten hielten eine Einsrrömgasflußrate von 10 1 / min, einen pH-Wert von 6.8, eine Temperatur von 26°C und einem Druck von 0.15 MPa aufrecht. Zwei Kontrollschleifen garantierten aerobe Wachstumsbedin¬ gungen bei einem p02-Wert von 20%. Alle wichtigen physikalischen Grö¬ ßen wurden während der ganzen Fermentation angezeigt und aufgezeichnet.
Während der Fed-Batch-Phase wird die Glucose-Konzentration in der Kul¬ tur bei 1.5 g / 1 gehalten. Hierzu wurde ein modifiziertes Flußinjektionsana- lysegerät (FIAstar 5020 Analyzer mit Photometer und Detektionkontrollein- heit, Tecator AB, Schweden) eingesetzt. Details dieses Systems und seiner Arbeitsweise sind im Stand der Technik beschrieben (z. B. Pfaff et al., 1995, In Munack A., Schügerl K (eds.): Computer Applications in Biotech- nology, Else vier Science Ltd., Oxford, 6- 1 1).
Die Zelldichte wurde aus Messung der optischen Dichte bei 550 nm errech¬ net. Die Plasmidstabilität wurde nach Pack et al, 1993 (s. o.) bestimmt.
Beispiel 5:
Die quantitative Bestimmung der synthetisierten Miniantikörper erfolgte nach der Methode von Pack et al., 1993 (s. o.). Die Menge der funktionsfä¬ higen Miniantikörper wurde durch ELISA, die Gesamtmenge an Minianti- köφer durch SDS-PAGE in 12 % Polyacrylamidgel nach Laemmli ( 1970) gefolgt von Gelscannen. Für die ELISAs wurden Mikrotiterplatten mit hu¬ manen EGFR-Rezeptor (z.B. aus WO 92/15683) beschichtet Die gebunde¬ nen Miniantikörper wurden mit anti-scFv425 Kanninchen-Serum und Per- oxidase-konjugiertem Ziegen anti-Kanninchen IgG (Jackson Immunorese- arch Ine, USA) detectiert. Die Ausbeute von aktiven Miniantikörpern wurde aus Verdünnungsreihen der aufgereinigten Miniantikörper errechnet. In ei- ner Kontrolle wurde gezeigt, daß das antι-scFv425 Kanmnchen-Serum keine feststellbare Kreuzreaktion mit anderen Komponenten des plasmidfreien Rohextraktes von E. coli RV308 aufweist Ferner hatte der Zusatz von die¬ sem Rohextrakt zu einer Verdunnungsreihe des gleichen Antikoφers m auf- gereinigter Form kernen Effekt auf die ELISA-Signale. Zur Bestimmung der
Gesamtmenge an Miniantikoφer wurden Coomassie Brilliantblau gefärbte Gele photometrisch detektiert und die Konzentraüon der Minianükoφer wurde aus einer Verdunnungsreihe des aufgeremigten Miniantikόφers, der auf demselben Gel aufgetrennt worden war, errechnet. Als Kontrolle diente ein analoger Ansatz, bei dem E. coli Wirtszellen verwendet wurden, die kei¬ ne Miniantiköφer produzierten,

Claims

Patentansprüche:
1. Verfahren zur Herstellung von Fremdprotein in E. coli- Zellen, die mit ei- nem das Fremdgen und einen induzierbaren Promoter tragenden Plasmid üansformiert wurden, mittels Hochzelldichtefermentation über Batch- und Fed-Batch Stufen ohne jegliche Wachstumsbegrenzung durch Substrate oder metabolische Nebenprodukte, und Isolierung und Aufreinigung des expri- mierten Proteins aus dem Kulturmedium, wobei die Konzentration an
Substraten in der Fed-Batch Phase über ein kontinuierliches automatisches oder semi-automatisches Analyse- und Zugabesystem geregelt und / oder gesteuert wird, dadurch gekennzeichnet, daß in der Fed-Batch Phase (i) die Konzentration der Kohlenstoffquelle im Me¬ dium in einem Bereich zwischen 0.1 g / l und 25 g / 1 unter Beibehaltung von unlimitiertem Wachstum der Zellen (μ = μmax ) konstant gehalten wird, (ii) die Produktion des Fremdproteins innerhalb besagter Fed-Batch Phase bei einer Zelldichte zwischen 10 und 80 g / 1 durch Induktion des Promoters gestartet wird, und (iii) nach erfolgter Produktsynthese-Induktion verwertba¬ rer Stickstoff und Phosphat sowie Salze von Spurenelementen kontinuier¬ lich zugefüttert werden, wobei (iv) während der gesamten Fed-Batch Phase der pO 2-Wert durch entsprechende Sauerstoffeinleitung in die Fermentati¬ onsbrühe zwischen 5 und 25 % eingestellt wird.
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß die Konzentration der Kohlenstoffquelle während der Fed-Batch Phase in einem Bereich zwi¬ schen 1 und 3 g / 1 konstant gehalten wird.
3. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, daß Stickstoff, Phosphat und Spurenelemente bei einer Zelldichte zwischen 50 und 80 g / 1 zugesetzt werden.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, daß die Zelldichte gemäß (ii) aus Anspruch 1 20 bis 60 g / 1 beüägt.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, daß
Zelldichten zwischen 100 und 150 g / 1 in der Fed-Batch Phase erreicht wer¬ den können.
6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, dadurch gekennzeichnet, daß ein Expressionsvektor mit einer von zwei Terminatorsequenzen flankierten das Fremdgen -enthaltenden Expressionskassette eingesetzt wird.
7. Verfahren nach Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, daß der verwendete Expressionsvektor zusätzlich ein Suizidsystem, vorzugsweise das hok-sok- Suizidsystem enthält.
8. Verfahren nach Anspruch 6 oder 7, dadurch gekennzeichnet, daß ein Fremdgen eingesetzt wird, das für ein Antiköφerfragment, insbesondere ei¬ nen Miniantiköφer codiert.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, daß ein Expressionsvektor gemäß einem der Ansprüche 12 - 16 eingesetzt wird.
10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, daß em E. co//-Stamm eingesetzt wud, der während der Fermentationsphase nicht mehr als 5 g / 1 Acetat im Kulturmedium akkumuliert.
1 1. Verfahren nach Anspruch 10, dadurch gekennzeichnet, daß der E. coli- Stamm RV308 (ATCC 3 1608) eingesetzt wird.
12. E. co//-Expressιonsvektor, geeigenet für die Expression von Fremdprotei¬ nen unter Hochzelldichtefermentations-Bedingungen, dadurch gekennzeich¬ net, daß er folgende Merkmale enthält:
(i) eine upstream- und eine downstream-Terminatorsequenz,
(ii) das lac Promoter/Operatorsystem,
(iii) T7gl0- Shme Dalgarno-Sequenz,
(iv) die pelB- oder ompA-Signalsequenz,
(v) die Sequenz des Fremdgens,
13. Vektor nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, daß er zusatzlich ein Suizid-Sytem, insbesondere das hok-sok Suizidsystem-Sequenz enthält
14 Vektor nach Anspruch 12 oder 13, dadurch gekennzeichnet, daß die
„upstream"- Terminatorsequenz tHp und „downstream"-Terminatorsequenz tLPP ist
5 Vektor nach einem der Anspruch 12 bis 14, dadurch gekennzeichnet, daß das Fremdgen eme Sequenz enthalt, die für die VH- und die VL-Kette eines
Miniantiköφers codiert.
6 Expressionsvektor mit der Bezeichnung pHKK gemäß dem Konstrukti- onsschema der Abb 2
7 Transformierter E co//-Expressionswirt RV308[pHKK], erhältlich durch
Transformation von RV308 (ATCC 3 1608) mit einem Expressionsvektor nach Anspruch 14
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