WO2004011945A2 - Molekulare marker für das cholangioläre karzinom - Google Patents

Molekulare marker für das cholangioläre karzinom Download PDF

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Definitions

  • the present invention relates to molecular markers that occur in cholangiolar carcinoma (CCC).
  • CCC cholangiolar carcinoma
  • the invention further relates to a CCC-specific cluster as a unique diagnostic agent for CCC.
  • the invention further relates to the discrimination of CCC and HCC (liver cell carcinoma).
  • Cholangiocellular carcinoma is a carcinoma that originates from the cells of the bile ducts, the cholangiocytes.
  • the CCC is therefore a carcinoma of the bile ducts, mostly an adenocarcinoma and thus localized in the liver and in the laxative bile ducts.
  • HCC liver cell carcinoma
  • hepatocytes, bile duct cells are the cellular origin of the CCC.
  • nucleic acid which (i) is shown in Table I, in Table II, in Table III or in Table IV, (ii) a sequence from (i) in the context of the degeneration of the genetic code (iii) has a partial sequence of a sequence from (i) or / and (ii) with a length of at least 25, preferably at least 50 and more preferably at least 100 nucleotides, (iv) with a sequence from (i), (ii ) or / and (iii) hybridizes under stringent conditions or / and (v) has a sequence complementary to a sequence from (i), (ii), (iii) or / and (iv), or one encoded by such a nucleic acid Polypeptide as a target for cholangiolar carcinoma (CCC).
  • CCC cholangiolar carcinoma
  • a stringent hybridization according to the present invention is preferably present if, after washing for 1 hour with 1 ⁇ SSC and 0.1% SDS at 50 ° C., preferably at 55 ° C., more preferably at 62 ° C. and most preferably at 68 ° C and more preferably for 1 hour with 0.2 x SSC and 0.1% SDS at 50 ° C, preferably at 55 ° C, more preferably a positive hybridization signal is observed at 62 ° C and most preferably at 68 ° C.
  • the genes identified in the context of the present invention represent effective targets and, in particular, suitable markers for CCC.
  • the genes in Table IA and / or the genes in Table IIA are particularly preferably used, in which an increase or decrease in expression in 100% of the investigated Patient has been identified. For many applications, however, it is already sufficient to use at least one gene from Table IIIA, ie genes in which increased expression has been found in at least 80% of the patients examined.
  • genes are preferably used which, compared to non-cancerous or normal liver cells, by a factor of are at least 1, 5 down or up regulated, more preferably by a factor of at least 2, even more preferably by a factor of at least 3 and most preferably by a factor of at least 4.
  • the genes found according to the invention are preferably combined into groups which are specific for CCC and allow a clear differentiation from CCC to other cells, including other pathologically changed cells.
  • the genes shown in Tables I, II, III and IV are preferably used for the detection or / and for the diagnosis and / or for the prognosis of CCC.
  • the identified groups of genes can also be used to identify clear identifying features for the discrimination against different (liver) tumors.
  • a CCC - specific pattern for the diagnosis of CCC positive tissue samples compared to other tissue samples of the liver was identified by cluster analysis.
  • At least 20, in particular at least 40 genes are used with which particularly good differentiation can be achieved, namely the genes in Table IA, in particular genes Nos. 1 to 14 in Table IA and the genes in Table IIA in particular genes Nos. 1 to 34 in Table NA.
  • at least 10 are preferably upregulated and at least 10 downregulated genes were used, whereby a cluster analysis enables a 100% differentiation between tumor liver tissue and non-malignant liver tissue.
  • all genes listed in Tables I, II and III are used. With these 143 differentially expressed genes, a clear assignment (tumor to non-tumor) is possible due to the expression homogeneity of the CCC.
  • genes listed in Tables IB and NB are used and in a further preferred embodiment the genes listed in Tables IA and IIA, i.e. all genes up or down regulated in 100% of cases.
  • nucleic acids provided as targets according to the invention or their amount, for example the amount expressed in a cell can be determined by means of suitable assays and thus used for the diagnosis of CCC.
  • probes are preferably provided or formed which bind to the nucleic acids shown in the tables.
  • sequences complementary to the specified genes or complementary sequence sections can be used.
  • clusters to discriminate between different tumors of the liver for example benign-malignant or malignant-malignant (liver carcinoma or metastases of colon cancer-CCC) or clusters to differentiate between different stages of individual tumors, the genes from Tables I to IV being used in each case where a particularly clear or particularly consistent change can be observed.
  • These differentiations are often difficult or impossible to achieve today using the methods currently available.
  • cholangiocellular carcinoma which originates from the cells of the bile ducts, the cholangiocytes, there is also HCC in the liver, which originates from the "real" liver cells, the hepatocytes, as a carcinoma.
  • HCC cholangiocellular carcinoma
  • a diagnostic agent which uses at least one, in particular at least 5, more preferably at least 10 and up to all of the genes shown in Tables IB, IIB, IIIB and IV which are specific for CCC as a target , It is preferred to use at least 1, more preferably at least 5 and even more preferably at least 10 of the genes shown in Tables IB, IIB and / or IIIB, in particular the genes shown in Tables IB and / or IIB. Most preferably, a differentiation is made between CCC and HCC with all 42 genes shown in Tables IB, IIB and IIIB. The genes shown in Tables IB, IIB, IIIB and IV can also be used to distinguish the CCC from normal tissue or non-malignant tissue.
  • the presence of a consistent pattern of genetic changes in the CCC offers the possibility of examining various stages, causes or / and subgroups of the CCC with regard to specific genetic patterns. For example, an indication of the probability of developing a malignant tumor from previously damaged tissue can be given here (prognosis). Such a pattern also offers the possibility of clearly differentiating in the histological differentiation between tumor cells and non-malignant transformed cells. In this way, a diagnosis that is largely independent of the investigator can be made (gene cluster analysis - genome pathology, gene profile pathology).
  • overexpressed genes can act as significantly more specific and - if they appear in the early stages of tumor development - more sensitive tumor markers than the previously known and used ones.
  • the selected genes can also be used as a coupling site for potential therapeutic targets.
  • the invention it is also possible to differentiate between different forms or subgroups of CCC. Since surgical therapy is more promising in early tumor stages, early prognostic parameters for CCC, as provided by the genes according to the invention and in particular the cluster analyzes according to the invention, are essential for successful therapy. In addition, according to the invention, targeted screening of risk groups can be carried out using the data provided here. Also to be emphasized is the possibility of providing a serum marker for the development of a CCC and the possibility of an anti-CCC vaccine based on the data presented here for the risk groups mentioned.
  • Another advantage that can be obtained with the present invention is that with the genes provided according to the invention one Risk group diagnosis can be carried out. For this purpose, for example, patients are examined and divided into corresponding risk groups based on the overexpressed or underexpressed genes.
  • fetal-expressed genes are of particular interest as tumor markers.
  • Genes that code for receptors and oncogenes as well as genes involved in the cell cycle (cdc) and signal transduction elements are particularly suitable for therapeutic approaches.
  • the invention thus encompasses gene sequences as a diagnostic detection method and as potential therapeutic targets in connection with a CCC as well as a CCC-specific cluster from e.g. 143 genes (indicator genes - genome pathology) as a unique diagnostic tool.
  • the economic benefits result on the one hand, for example, from the use of the expression pattern as a detection method for molecular tumor identification (specific serum markers, specific gene clusters, immunohistochemical markers), on the other hand those genes that are suitable for therapeutic approaches for molecular therapies such as Gene therapy and / or tumor vaccination are considered, checked accordingly and used for the development of therapy.
  • the invention further relates to a method for diagnosing CCC, in which the amount of at least one nucleic acid, more preferably of at least 2 nucleic acids, even more preferably of at least 5 nucleic acids in a sample, which is shown in Table I, II, III or / and IV are shown or a protein encoded thereof is determined.
  • the invention further relates to a method for the therapy of CCC, in which the amount of at least one nucleic acid shown in Table I, II, II or / and IV or a protein encoded therein is influenced.
  • the influencing can comprise an increase or decrease in the amount, for example by adding the at least one nucleic acid or a protein encoded thereby (in particular in the case of downregulated genes of Tables II or / and III) or by intercepting genes produced in excess or proteins encoded thereby, for example by means of antisense molecules or suitable antibodies (in particular in the case of up-regulated genes of Tables I or / and IV).
  • the invention further comprises a CCC-specific cluster or an expression profile associated with CCC, which comprises at least 5, in particular at least 10 and up to all of the genes Tables IA, IIA and / or IIIA.
  • genes identified by means of gene chip analysis are shown in the tables.
  • the database access numbers of the genes and the name of the genes or the polypeptide or EST number coded by them are given in the tables.
  • Table IA shows genes that are specifically upregulated in human CCC compared to non-cancerous liver cells in 100% of the examined patients by at least twice. The extent of the up-regulation is also indicated.
  • Table IB shows those genes from Table IA which are differentially expressed in the CCC compared to human primary HCC in 100% of the CCC patients examined.
  • Table IIB again shows the genes that are differentially expressed in the CCC compared to human primary HCC in 100% of the CCC patients.
  • Table INA shows genes that are specifically down-regulated in 80% of the patients in the CCC compared to non-cancerous liver cells.
  • Table IIIB shows the genes that are differentially expressed in the CCC compared to the HCC in 80% of the CCC patients.
  • Table IV shows genes that are upregulated in the CCC and are not differentially regulated in the HCC.
  • the gene expression analyzes are a selection of the significantly over- (red tones) and under-expressed (green tones) genes (applied vertically) from the respective tissue samples (shown horizontally).
  • FIG. 1 shows a gene cluster analysis of a CCC in comparison to non-malignant tissue based on 143 genes from Tables IA, IIA and INA.
  • Each track in the figure shows a tissue sample, the individual color pixels per track each a gene or a hybridization signal.
  • CCC tumor tissue (TU) or non-malignant tissue (NG) are plotted in the individual tracks.
  • a red color pixel means that the corresponding gene in the sample is overexpressed, a green color pixel that the corresponding gene is underexpressed.
  • 143 genes were used, which allowed the strongest differential differentiation between the two tissues. The aim of the investigation was to obtain the clearest possible differentiation between tumor tissue and non-malignant tissue in the simplest possible way. It can be clearly seen from FIG. 1 that a distinction between the different cell types is possible in a simple manner, even for a layperson or untrained personnel.
  • RNA liver cancer tissue
  • Table 1 B differentially expressed genes in CCC versus HCC in 100% of the patients
  • NM_006944 secreted phosphoprotein 2, 24kD -3, 27 AF323990 cytosolic beta-glucosidase -3,
  • alpha polypeptide 1 (3-oxo-5 alpha-steroid delta 4-dehydrogenase alpha 1) -2.5 93AJ277280 hepcidin antimicrobial peptide -2.5 94 D16350 SA hypertension-associated homolog (rat) -2.4 95J02639 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A (alpha-1 antiproteinase, antitrypsin), member 5 -2.2
  • cytochrome P450 subfamily VIIA (cholesterol 7 alpha-monooxygenase), polypeptides 1 -6.2
  • AI003579 solute carrier family 6 neurotransmitter transporter, GABA
  • GABA neurotransmitter transporter
  • member 1 -3.8
  • 22AI478172 homogentisate 1, 2-dioxygenase (homogentisate oxidase) -3.8 23 AF232009 peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase; putative short chain alcohol dehydrogenase -3.7 24X06399 cytochrome P450, subfamily IIB (phenobarbital-inducible), polypeptide 6 -3.6 25 BC002477 KIAA1630 protein -3.6 26X04300 cytochrome P450, subfamily I (aromatic compound-inducible), polypeptide 1 -3.3
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • CCC cholangiocellular carcinoma
  • Consensus includes Homo sapiens ELISC-1 mRNA, partial cds 3,4
  • Consensus includes ribosomal protein L13a 2.8
  • Consensus includes Homo sapiens clone 23570 mRNA sequence 2.0
  • Consensus includes Human DNA sequence from clone LA16-358B7 on chromosome 16 1, 8
  • Consensus includes ... protein-coupled receptor, family C, group 5, member B 1, 6

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Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft molekulare Marker, die beim cholangiolären Karzinom (CCC) auftreten. Sie umfasst insbesondere Gensequenzen bzw. davon codierte Peptide, die beim CCC gegenüber nicht malignen bzw. normalen Leberzellen in der Expression herauf- oder herabreguliert sind, sowie die Verwendung dieser Sequenzen zur Diagnose oder/und Therapie von CCC sowie zum Screening zur Identifizierung neuer Wirkstoffe für CCC. Weiterhin betrifft die Erfindung ein CCC-spezifisches Cluster als einzigartiges diagnostisches Mittel für CCC. Weiterhin betrifft die Erfindung die Diskriminierung von CCC und HCC (Leberzellkarzinom).

Description

Molekulare Marker für das cholangioläre Karzinom
Beschreibung
Die vorliegende Erfindung betrifft molekulare Marker, die beim cholangiolaren Karzinom (CCC) auftreten. Sie umfasst insbesondere Gensequenzen bzw. davon codierte Peptide, die beim CCC gegenüber nicht malignen bzw. normalen Leberzellen in der Expression herauf- oder herabreguliert sind, sowie die Verwendung dieser Sequenzen zur Diagnose oder/und Therapie von CCC sowie zum Screening zur Identifizierung neuer Wirkstoffe für CCC. Weiterhin betrifft die Erfindung ein CCC-spezifisches Cluster als einzigartiges diagnostisches Mittel für CCC. Weiterhin betrifft die Erfindung die Diskriminierung von CCC und HCC (Leberzellkarzinom).
Das cholangiocelluläre Karzinom (CCC) ist ein Karzinom, das von den Zellen der Gallengänge, den Cholangiocyten ausgeht. Das CCC ist also ein Karzinom der Gallengänge, meistens ein Adenokarzinom und damit in der Leber sowie in den abführenden Gallengängen lokalisiert. Anders als bei dem ebenfalls in der Leber lokalisierten Leberzellkarzinom (HCC), das von den echten Leberzellen, den Hepatocyten, ausgeht, sind Gallengangszellen der zelluläre Ursprung des CCC.
Die Früherkennung eines CCC ist von entscheidender Bedeutung für das Überleben der betroffenen Patienten. Somit besteht von medizinischklinischer Seite ein eindeutiger Bedarf an Tumormarkem mit sehr hoher Sensitivität und Spezifität für CCC.
Weiterhin sind für die Therapie des CCC neue und innovative Ansätze wünschenswert. Es ist bekannt, dass das Entstehen von Krebs ein Prozess ist, bei welchem sehr viele und verschiedene genetische Veränderungen stattfinden und miteinander interagieren. Dies zeigt sich z.B. in der Aktivierung oder Überexpression von Onkogenen und Inaktivierung bzw. komplettem Verlust von Tumorsuppressorgenen in den entsprechenden Tumorzellen. Jedoch ist bislang kein kohärentes Muster von genetischen Veränderungen beim CCC definiert worden.
Eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung war es deshalb, neue Tumormarker für CCC bereitzustellen, sowie neue Möglichkeiten für die Therapie von CCC aufzuzeigen.
Diese Aufgabe wird erfindungsgemäß gelöst durch die Verwendung mindestens einer Nukleinsäure, die (i) in Tabelle I, in Tabelle II, in Tabelle III oder in Tabelle IV gezeigt ist, (ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entspricht, (iii) eine Teilsequenz einer Sequenz aus (i) oder/und (ii) mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens 100 Nukleotiden aufweist, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten Bedingungen hybridisiert oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweist, oder eines von einer solchen Nukleinsäure codierten Polypeptids als Target für das cholangioläre Karzinom (CCC).
Der Ausdruck "Hybridisierung unter stringenten Bedingungen" wird hierin verwendet, wie bei Sambrook et al. (Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989), 1 .101 -1 .104) verwendet. Bevorzugt liegt eine stringente Hybridisierung gemäß der vorliegenden Erfindung vor, wenn nach Waschen für eine Stunde mit 1 x SSC und 0,1 % SDS bei 50 °C, bevorzugt bei 55 °C, mehr bevorzugt bei 62 °C und am meisten bevorzugt bei 68 °C und mehr bevorzugt für 1 Stunde mit 0,2 x SSC und 0,1 % SDS bei 50 °C, bevorzugt bei 55 °C, mehr bevorzugt bei 62 °C und am meisten bevorzugt bei 68 °C noch ein positives Hybridisierungssignal beobachtet wird.
Im Rahmen der vorliegenden Erfindung wurde ein neues Verfahren der modernen Genomforschung benutzt, um über- und unterexprimierte Gene bei CCC zu identifizieren.
Mit Hilfe dieser erst jüngst etablierten DNA Chip-Technologie (siehe z.B. P. Brown et al., Nature Genetics Supplement, 21 (1999) 33-37; K. Cole et al., Nature Genetics Supplement, 21 (1999) 38-41 ; R. Lipshulz et al., Nature Genetics Supplement, 21 (1999) 20-24) ist es gelungen, Gene zu ermitteln, die in CCC von verschiedenen Patienten signifikant über- oder unterexprimiert waren. Durch die anschließende Softwareanalyse ließen sich Gruppen von Genen bestimmen, die konsistent, d.h. in sämtlichen (100 %) oder den meisten (80 %) der CCC über- oder unterexprimiert sind (siehe hierzu auch die Tabellen I, II, III und IV). Sämtliche dieser mit Hilfe der Genchipanalyse identifizierten Gene werden bei Vorliegen eines CCC häufiger und konsistenter überexprimiert bzw. unterexprimiert als derzeit klinisch zur Verfügung stehende Marker.
Deshalb stellen die im Rahmen der vorliegenden Erfindung identifizierten Gene wirkungsvolle Targets und insbesondere geeignete Marker für CCC dar. Besonders bevorzugt werden die Gene der Tabelle IA oder/und die Gene der Tabelle IIA verwendet, bei denen eine Expressionserhöhung bzw. Expressionserniedrigung in 100 % der untersuchten Patienten festgestellt worden ist. Für viele Anwendungen ist es jedoch bereits ausreichend, mindestens ein Gen der Tabelle IIIA einzusetzen, also Gene, bei denen eine erhöhte Expression in mindestens 80 % der untersuchten Patienten festgestellt worden ist.
Erfindungsgemäß bevorzugt werden Gene eingesetzt, die, verglichen mit nicht krebsartigen bzw. normalen Leberzellen um einen Faktor von mindestens 1 ,5 herab- bzw. heraufreguliert sind, mehr bevorzugt um einen Faktor von mindestens 2, noch mehr bevorzugt um einen Faktor von mindestens 3 und am meisten bevorzugt um einen Faktor von mindestens 4.
Während bereits durch die Verwendung eines einzigen, in der vorliegenden Erfindung identifizierten Gens in Zusammenhang mit CCC Verbesserungen erhalten werden, können weitere vorteilhafte Wirkungen durch Verwendung von mehreren der erfindungsgemäß aufgefundenen Gene, insbesondere von mindestens 5, mehr bevorzugt von mindestens 10, noch mehr bevorzugt von mindestens 20 und am meisten bevorzugt von mindestens 40 Genen erzielt werden. Erfindungsgemäß bevorzugt werden die aufgefundenen Gene zu Gruppen zusammengefasst, die für CCC spezifisch sind und eine eindeutige Unterscheidung von CCC zu anderen Zellen, auch anderen pathologisch veränderten Zellen erlauben.
Erfindungsgemäß werden die in den Tabellen I, II, III bzw. IV gezeigten Gene bevorzugt zum Nachweis oder/und zur Diagnose oder/und zur Prognose von CCC eingesetzt.
Mit den identifizierten Gruppen von Genen lassen sich auch eindeutige Erkennungsmerkmale für die Diskriminierung von verschiedenen (Le- ber-)Tumoren identifizieren. So konnte durch Clusteranalyse ein CCC - spezifisches Muster für die Diagnostik von CCC positiven Gewebeproben gegenüber anderen Gewebemustern der Leber identifiziert werden.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform werden mindestens 20, insbesondere mindestens 40 Gene eingesetzt, mit denen eine besonders gute Differenzierung erreichbar ist, nämlich die Gene der Tabelle IA, insbesondere die Gene Nr. 1 bis 14 in Tabelle IA sowie die Gene in der Tabelle IIA, insbesondere die Gene Nr. 1 bis 34 in Tabelle NA. Bei diesem Satz werden vorzugsweise mindestens 10 heraufregulierte und mindestens 10 herabregulierte Gene eingesetzt, wobei mittels Clusteranalyse eine 100 %-ige Differenzierung zwischen Tumorlebergewebe und nicht malignem Lebergewebe möglich ist. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform werden alle in den Tabellen I, II und III aufgeführten Gene eingesetzt. Mit diesen 143 differenziell exprimierten Genen ist aufgrund der Expressionshomogenität des CCC eine eindeutige Zuordung (Tumor zu Nichttumor) möglich.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform werden die in den Tabellen IB und NB aufgeführten Gene eingesetzt und in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform die in den Tabellen IA und IIA aufgeführten Gene, d.h. alle in 100 % der Fälle herauf- bzw. herabregulierten Gene.
Weiterhin ist es bevorzugt, mindestens 2, insbesondere mindestens 5 und noch mehr bevorzugt mindestens 10 Gene der Tabelle IA oder/und der Tabelle IIA einzusetzen und gegebenenfalls zusätzlich weitere, insbesondere mindestens 2, bevorzugt mindestens 5 und noch mehr bevorzugt mindestens 10 Gene aus der Tabell III und gegebenenfalls weitere Gene aus der Tabelle IV.
Die erfindungsgemäß als Target bereitgestellten Nukleinsäuren bzw. deren Menge, beispielsweise die in einer Zelle exprimierte Menge, können mittels geeigneter Assays bestimmt und somit zur Diagnose von CCC herangezogen werden. Bevorzugt werden ausgehend von den hierin gelieferten Sequenzinformationen Sonden bereitgestellt oder gebildet, welche an die in den Tabellen gezeigten Nukleinsäuren binden. Hierzu können beispielsweise zu den angegebenen Gene komplementäre Sequenzen bzw. komplementäre Sequenzabschnitte verwendet werden.
Für spezielle Anwendungen können weitere Gengruppierungen oder Gencluster zusammengestellt werden, um spezifische analytische Fragestellungen zu lösen. Auf diese Weise können beispielsweise Cluster zur Diskriminierung verschiedener Tumore der Leber, z.B. gutartig-bösartig oder bösartig-bösartig (Leberkarzinom- oder Metastasen des Darmkrebs- CCC) oder Cluster zur Unterscheidung verschiedener Stadien einzelner Tumore erstellt werden, wobei jeweils die Gene aus den Tabellen I bis IV herangezogen werden, bei denen eine besonders deutliche oder besonders konsistente Änderung beobachtet werden kann. Diese Differenzierungen sind heute mit den aktuell zur Verfügung stehenden Methoden oft nicht oder nur sehr schwierig zu bewerkstelligen.
Neben dem cholangiozellulären Karzinom (CCC), das von den Zellen der Gallengänge, den Cholangiocyten, ausgeht, gibt es in der Leber noch das HCC, das als Karzinom von den "echten" Leberzellen, den Hepatocyten, ausgeht. Erfindungsgemäß konnten Expressionsmuster festgestellt werden, die eine eindeutige Diskriminierung dieser beiden Tumore ermöglichen. Gene, die eine Differenzierung zwischen den beiden Karzinomen HCC und CCC ermöglichen, sind in den Tabellen IB, IIB, IIIB und IV, dargestellt. So wurden spezifische Cluster identifiziert mit Genen, die nur im CCC heraufreguliert oder herunterreguliert sind. Zur Unterscheidung der beiden Cluster wird somit bevorzugt ein diagnostisches Mittel verwendet, welches mindestens ein, insbesondere mindestens 5, mehr bevorzugt mindestens 10 und bis zu alle in den Tabelle IB, IIB, IIIB und IV dargestellten Gene, die für CCC spezifisch sind als Target nutzt. Bevorzugt verwendet man mindestens 1 , mehr bevorzugt mindestens 5 und noch mehr bevorzugt mindestens 10 der in den Tabellen IB, IIB und/oder IIIB, insbesondere der in den Tabellen IB und/oder IIB dargestellten Gene. Am meisten bevorzugt wird eine Differenzierung zwischen CCC und HCC mit allen 42 in den Tabellen IB, IIB und IIIB dargestellten Genen durchgeführt. Die in den Tabellen IB, IIB, IIIB und IV dargestellten Gene können aber auch genutzt werden, um das CCC im Gegensatz zu Normalgewebe oder nicht-malignen Gewebe zu unterscheiden. Das Vorhandensein eines konsistenten Musters genetischer Veränderungen beim CCC, wie es erfindungsgemäß festgestellt worden ist, bietet prinzipiell die Möglichkeit, verschiedene Stadien, Ursachen oder/und Subgruppen des CCC im Hinblick auf bestimmte genetische Muster zu untersuchen. So kann hier z.B. ein Hinweis auf die Wahrscheinlichkeit der Entstehung eines bösartigen Tumors aus bereits vorgeschädigtem Gewebe gegeben werden (Prognose). Ein solches Muster bietet zudem auch die Möglichkeit, bei der histologischen Unterscheidung zwischen Tumorzellen und nicht malignen transformierten Zellen eindeutig zu differenzieren. So kann eine weitgehend untersucherunabhängige Diagnose gestellt werden (GenCluster-Analyse - Genompathologie, Genprofilpathologie). Weiterhin können anhaltend überexprimierte Gene (bzw. die von ihnen codierten Proteine) als wesentlich spezifischere und - wenn sie bereits in frühen Stadien der Tumorentstehung auftauchen - sensitivere Tumormarker als die bislang bekannten und angewandten fungieren. Die selektierten Gene können auch als Kopplungsstelle für potenzielle therapeutische Targets benutzt werden.
Erfindungsgemäß ist es weiterhin möglich, zwischen verschiedenen Formen bzw. Subgruppen von CCC zu differenzieren. Da bei frühen Tumorstadien eine chirurgische Therapie erfolgversprechender ist, sind frühzeitige Prognoseparameter für CCC, wie durch die erfindungsgemäßen Gene und insbesondere die erfindungsgemäßen Clusteranalysen bereitgestellt, für eine erfolgreiche Therapie von essenzieller Wichtigkeit. Weiterhin kann erfindungsgemäß ein gezieltes Screening von Risikogruppen mit Hilfe der hierin bereitgestellten Daten erfolgen. Weiterhin hervorzuheben ist die Möglichkeit, einen Serummarker für die Entstehung eines CCCs bereitzustellen sowie die Möglichkeit eines auf den hierin präsentierten Daten basierenden Anti-CCC-lmpfstoffes für die genannten Risikogruppen.
Ein weiterer Vorteil der mit der vorliegenden Erfindung erhalten werden kann, ist, dass mit den erfindungsgemäß bereitgestellten Genen eine Risikogruppendiagnose durchgeführt werden kann. Hierzu werden beispielsweise Patienten untersucht und anhand der über- oder unterexprimierten Gene in entsprechende Risikogruppen eingeteilt.
Aus den in den Tabellen dargestellten Gene sind foetal exprimierte Gene als Tumormarker von besonderem Interesse. Für Therapieansätze eignen sich insbesondere Gene, die für Rezeptoren codieren sowie Onkogene als auch in den Zellzyklus involvierte Gene (cdc) und Signaltransduktionselemente.
Werden die Genprodukte (Proteine) oder ein Teil davon ins Blut sezerniert, so besteht ein enorm hohes Potenzial für ein einfaches Detektionsverfahren für die Entstehung eines CCC. Mit Hilfe dieser Marker bzw. dieses Detektionsverfahrens können beispielsweise in Form eines einfachen Serumbluttests Risikopatienten auf die Entstehung eines CCC problemlos, sicher und schnell getestet werden. In der Folge könnte bei einem positiven Detektionstest dann eine weitere spezifisch auf das Ergebnis dieses Tests abgestimmte Diagnostik oder/und Therapie durchgeführt werden. Eine Detektion von tumorspezifischen Zelloberflächenproteinen ist damit ebenso möglich.
Die Erfindung umfasst somit Gensequenzen als diagnostisches Nachweisverfahren und als potenzielle therapeutische Angriffspunkte im Zusammenhang mit einem CCC sowie ein CCC-spezifisches Cluster aus z.B. 143 Genen (Indikatorgene - Genompathologie) als einzigartiges diagnostisches Instrument.
Der wirtschaftliche Nutzen ergibt sich einerseits z.B. in der Benutzung der Expressionsmuster als Detektionsverfahren für die molekulare Tumoridentifikation (spezifische Serummarker, spezifische GenCluster, immunhistochemische Marker), andererseits können jene Gene, welche als geeignet für therapeutische Ansätze für molekulare Therapien wie Gentherapie und/oder Tumorvakzinierung angesehen werden, entsprechend geprüft und zur Therapieentwicklung herangezogen werden.
Die Erfindung betrifft weiterhin ein Verfahren zur Diagnose von CCC, bei den man in einer Probe die Menge an mindestens einer Nukleinsäure, mehr bevorzugt an mindestens 2 Nukleinsäuren, noch mehr bevorzugt an mindestens 5 Nukleinsäuren, die in Tabelle I, II, III oder/und IV gezeigt sind bzw. eines davon codierten Proteins bestimmt.
Weiterhin betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Therapie von CCC, bei dem man die Menge an mindestens einer Nukleinsäure, die in Tabelle I, II, II oder/und IV gezeigt sind oder eines davon codierten Proteins beeinflusst. Die Beeinflussung kann eine Erhöhung oder Verminderung der Menge umfassen, beispielweise durch Zugabe der mindestens einen Nukleinsäure bzw. eines davon codierten Proteins (insbesondere bei herabregulierten Genen der Tabellen II oder/und III) oder durch Abfangen von in Überschuss produzierten Genen oder davon codierten Proteinen, beispielsweise durch Antisense-Moleküle oder geeignete Antikörper (insbesondere bei herauf regulierten Genen der Tabellen I oder/und IV).
Die Erfindung umfasst weiterhin ein CCC-spezifisches Cluster bzw. ein mit CCC assoziiertes Expressionsprofil, welches mindestens 5, insbesondere mindestens 10 und bis zu alle der Gene Tabelle IA, IIA und/oder IIIA umfasst.
In den Tabellen sind die mittels Genchipanalyse identifizierten Gene dargestellt. In den Tabellen sind die Datenbankzugangsnummern der Gene sowie die Bezeichnung der Gene bzw. das von ihnen codierte Polypeptid bzw. EST Nummer angegeben.
Die Tabelle IA zeigt Gene, die in humanem CCC, verglichen mit nicht krebsartigen Leberzellen spezifisch heraufreguliert sind, und zwar in 100 % der untersuchten Patienten um mindestens das 2-fache. Ebenfalls angegeben ist das Ausmaß der Heraufregulierung.
Tabelle IB zeigt diejenigen Gene aus Tabelle IA, die beim CCC verglichen mit humanem primärem HCC, in 100 % der untersuchten CCC-Patienten differenziell exprimiert werden.
Tabelle IIA zeigt Gene, die bei 100 % der untersuchten CCC-Patienten im Vergleich zu normalem Lebergewebe herabreguliert sind.
Tabelle IIB zeigt davon wiederum die Gene, die beim CCC im Vergleich zu humanem primärem HCC in 100 % der CCC-Patienten differenziell exprimiert werden.
Tabelle INA zeigt Gene, die beim CCC, verglichen mit nicht krebsartigen Leberzellen, spezifisch bei 80 % der Patienten herabreguliert sind.
Tabelle IIIB zeigt davon wiederum die Gene, die beim CCC im Vergleich zum HCC in 80 % der CCC-Patienten differenziell exprimiert werden.
Tabelle IV zeigt Gene, die im CCC heraufreguliert und im HCC nicht differenziell reguliert sind.
Die Erfindung wird durch folgende Beispiele und Figuren weiter erläutert.
Bei den Genexpressionsanalysen handelt es sich um eine Auswahl der signifikant über- (Rottöne) und unterexprimierten (Grüntöne) Gene (vertikal aufgetragen) aus den jeweiligen Gewebeproben (horizontal dargestellt). Die Farben verdeutlichen die signifikanten Unterschiede in den Aktivitäten der Gene. Eindrucksvoll kann nicht nur Tumorgewebe von "normalem" Lebergewebe unterschieden werden, sondern ebenso eine eindeutige Differenzierung zwischen gutartigen Leberveränderungen (Adenomen) oder Metastasen eines Kolonkarzinoms oder dem hepatozellulären Karzinom (Tumor = HCC) und CCC vorgenommen werden.
Figur 1 zeigt eine Genclusteranalyse eines CCC im Vergleich zu nicht malignem Gewebe basierend auf 143 Genen der Tabellen IA, IIA und INA. Jede Spur in der Figur zeigt eine Gewebeprobe, die einzelnen Farbpixel pro Spur jeweils ein Gen bzw. ein Hybridisierungssignal. In den einzelnen Spuren sind CCC-Tumorgewebe (TU) bzw. nicht malignes Gewebe (NG) aufgetragen. Ein roter Farbpixel bedeutet, dass das entsprechende Gen in der Probe überexprimiert ist, ein grüner Farbpixel, dass das entsprechende Gen unterexprimiert ist. Eingesetzt wurden 143 Gene, welche die stärkste differenzielle Differenzierung zwischen den beiden Geweben erlaubten. Ziel der Untersuchung war es, eine möglichst eindeutige Differenzierung zwischen Tumorgewebe und nicht malignem Gewebe auf möglichst einfachem Wege zu erhalten. Aus Figur 1 kann man deutlich ersehen, dass auf einfache Weise eine Unterscheidung der verschiedenen Zelltypen, selbst für einen Laien oder ungeschultes Personal, möglich ist.
Beispiel 1 Bestimmung von Genen, die in CCC herauf- oder herabreguliert sind
Es wurde ein Chip mit ca. 22.000 menschlichen Gensonden eingesetzt, wobei die Selektion durch spezifische Hybridisierung mit hochgereinigtem Leberkrebsgewebe (RNA) erfolgte. Dabei wurde auf hohe Stringenz, hohe Robustheit und hohe Konsistenz sowie Spezifität geachtet. Durch die primär digitale Aufbereitung der Daten ist eine Clusteranalyse mit hoher Spezifität möglich. Darauf beruht die letztendliche Selektion (durch stringente Auswahlkriterien) einzelner Gene aus der Basis von mehreren tausend untersuchten Genen. Tabelle IA > 2fach heraufregulierte Gene in 100 % der Patienten
Figure imgf000013_0001
Tabelle 1 B differenziell exprimierte Gene im CCC versus HCC in 100 % der Patienten
Figure imgf000014_0001
Tabelle II A_CCC >2 fach herunterregulierte Gene in 100 % der Patienten durchschnittlich
Accession Nr, Gen Name Veränderung x fac
-16,
1 AB017551 fetuin B -12, 2AF116651 hypothetical protein PRO0800 -9, 3 AF 101477 glycine N-methyltransferase ■6, 4AV647713 tyrosine arninotransferase -7, 5 U77086 solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 1 -6, 6 AF110330 breast cell glutaminase -6, 7 AF091582 ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 11 -6, 8 AF182275 cytochrome P450, subfamily IIA (phenobarbital-inducible), polypeptide 6 -6, 9 21758 glutathione S-transferase A2 -5, 10 U22029 cytochrome P450, subfamily IIA (phenobarbital-inducible), polypeptide 7 -5, 11 AB045829 aldo-keto reductase family 1 , member C4 (chlordecone reductase; 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase -5, 12AW024233 glycine-N-acyltraπsferase -5, 13 T67741 cytochrome P450, subfamily IIA (phenobarbital-inducible), polypeptide 6 -5, 14 X65962 cytochrome P450, subfamily HO (mephenytoin 4-hydroxylase), polypeptide 19 -5, 15 AF261715 folate hydrolase (prostate-specific embrane antigen) 1 -5, 16 M33318 cytochrome P450, subfamily IIA (phenobarbital-inducible), polypeptide 6 -5, 17 AC004522 Homo sapiens PAC clone RP4-604G5 fro 7q22-q31.1 -5, 18 J05037 serine dehydratase -5, 19 U50929 betaine-homocysteine methyltransferase -4, 20 AF237982 oxysterol 7alpha-hydroxylase -4, 21 U96876 insulin induced gene 1 -4, 22 X13929 EST -4,
23 M99.487 folate hydrolase (prostate-specific membrane antigen) 1 -3,
24 AF148505 aldehyde dehydrogenase 6 family, member A1 -3, 25 X95190 acyl-Coenzyme A oxidase 2, branched chain -3,
26 NM_006944 secreted phosphoprotein 2, 24kD -3, 27 AF323990 cytosolic beta-glucosidase -3,
28 AW168915 Homo sapiens prostate-specific membrane antigen PSM mRNA, exon 6 alternative splice variant, partial -3,
29 AF136523 ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 11 -3, 30 AF250136 peroxisomal membrane protein 2 (22kD)
Tabelle II A_CCC - Fortsetzung
31 AF152562 angiopoietin-like 3 -2,9 32 M84127 UDP glycosyltransferase 1 family, polypeptide A3 -2,7 33 M15331 cytochrome P450, subfamily IIC (mephenytoin 4-hydroxylase), polypeptide 9 -2,6 34AY028632 catalase -2,3
Tabelle II B_CCC_HCC differentiell exprimierte Gene im CCC versus HCC in 100% der Patienten
Accession Nr, Gen Name durchschnittliche Veränderung x fach
1 AB045829 aldo-keto reductase family 1 , member C4 (chlordecone reductase; 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase -5,8
2 X65962 cytochrome P450, subfamily IIC (mephenytoin 4-hydroxylase), polypeptide 19 -5,4
3 AF136523 ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 11 -3,3
4 M84127 UDP glycosyltransferase 1 family, polypeptide A3 -2,7
5AY028632 catalase -2,3
Tabelle III A CCC >2 fach herunterregulierte Gene in 80 % der Patienten
Accession Nr, Gen Name durchschnittliche Veränderung x fach
1 D13368 alanine-glyoxylate aminotransferase (oxalosis I; hyperoxaluria I; glycolicaciduria; serine-pyruvate -26,0 2AF064255 very long-chain acyl-CoA synthetase homolog 2 -25,1 3AV695711 sialyltransferase 1 (beta-galactoside alpha-2,6-sialytransferase) -19,6 4 M12849 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade D (heparin cofactor), member 1 -16,8 5AF016495 aquaporin 9 -16,7 6 M16961 alpha-2-HS-glycoprotein -16,7 7AF223225 3-hydroxysteroid epimerase -16,3 8 X69078 methionine adenosyltransferase I, alpha -16,1 9AF245219.2 CD209 antigen-like -15,7 10 S70004 glycogen synthase 2 (liver) -14,1 11 AK001709 hypothetical protein FLJ 10847 -13,8 12AF182274 cytochrome P450, subfamily I (aromatic compound-inducible), polypeptide 2 -13,4 13 Z28339 aldo-keto reductase family 1 , member D1 (delta 4-3-ketosteroid-5-beta-reductase) -13,3 14 AF153821 alcohol dehydrogenase IB (dass I), beta polypeptide -12,6 15 AF162690 transthyretin (prealbumin, amyloidosis type I) -12,6 16 AF052732 formyltetrahydrofolate dehydrogenase -12,0 17 M74220 plasminogen -1 1 ,8 18 M29874 cytochrome P450, subfamily IIB (phenobarbital-inducible), polypeptide 6 -11 ,6' 19 Z70723 paraoxonase 1 -11 ,5 20 W80357 carbamoyl-phosphate synthetase 1 , mitochondrial -11 ,3
21 AL354872 cystathionase (cystathionine gamma-Iyase) -9,7
22 U32989 tryptophan 2,3-dioxygenase -9,6
23 BC005844 3-hydroxybutyrate dehydrogenase (heart, mitochondrial) -9,3 24AF305814 solute carrier family 38, member 4 -9,3 25X92720 phosphoenolpyruvate carboxykinase 2 (mitochondrial) -8,1 26 X51823 coagulation factor XIll, B polypeptide -7,9
Tabelle III A CCC - Fortsetzung
7 AF113123 carbonyl reductase -7,8 AF280109 cytochrome P450 polypeptide 43 -7,8 AI732905 ESTs, Weakly similar to PROSTATIC SPERMINE-BINDING PROTEIN PRECURSOR [M.musculus] -7 J05594 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) -7,6 1 AB026256 solute carrier family 21 (organic anioπ transporter), member 9 -7,4 L27050 apolipoprotein F -7,0 3 AB013094 N-acetyltransferase 8 (camello like) -6,9 4 M 16541 butyrylcholinesterase -6,9 5 AK024848 hypothetical protein FLJ21195 similar to protein related to DAC and cerberus -6,5 6 X52520 tyrosine aminotransferase -6,5 7 BE971373 cytochrome P450, subfamily IIC (mephenytoin 4-hydroxylase), polypeptide 9 -6,5 8 N54942 ESTs -6,2 9 AF010248 guanidinoacetate N-methyltransferase -6,2 0 X56088 cytochrome P450, subfamily VIIA (cholesterol 7 alpha-monooxygenase), polypeptide 1 -6,2 1 AF162428 sarcosine dehydrogenase -6,2 2 AB026257 solute carrier family 21 (organic anion transporter), member 6 -6,2 3 L11701 glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1 -6,1 4 Z30425 nuclear receptor subfamily 1 , group I, member 3 -6,1 5 U66495 leptin receptor -5,9 6 NM_000689 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A1 -5,9 7 L34081 bile acid Coenzyme A: amino acid N-acyltransferase (glycine N-choloyltransferase) -5,9 8 AF182273 cytochrome P450, subfamily IIIA (niphedipine oxidase), polypeptide 4 -5,8 9 AF000573 homogentisate 1 ,2-dioxygenase (homogentisate oxidase) -5,8 0 M29873 cytochrome P450, subfamily IIB (phenobarbital-inducible), polypeptide 7 -5,7 1 U12778 acyl-Coenzyme A dehydrogenase, short/branched chain -5J 2D31815 regucalcin (senescence marker protein-30) -5,6 3K02100 ornithine carbamoyltransferase -5,5 4U52914 leptin receptor -5,5 5AL574184 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) -5,2 6AF239613 potassium intermediate/small conductance calcium-activated Channel, subfamily N, member 2 -5,1 7D16626 histidine ammonia-lyase -5,0
Tabelle III A CCC - Fortsetzung
AF161454 apolipoprotein M -5, D12485 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1 -4, AJ245434 apolipoprotein M -4, L23928 serine hydroxymethyltransferase 1 (soluble) -4, U11079 cold shock domain protein A -4, AB042410 G-protein coupled receptor 88 -4, AV652420 cytochrome P450, subfamily IIC (mephenytoin 4-hydroxylase), polypeptide 9 -4, S52784 cystathionase (cystathionine gamma-lyase) -4, L48516 paraoxonase 3 -4, BE300521 insulin induced gene 1 -4, U63296 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) -4, AL547946 progesterone receptor membrane component 1 -4, U49082 solute carrier family 38, member 3 -3, M84402 alcohol dehydrogenase 6 (class V) -3, AI003579 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, GABA), member 1 -3, AI478172 homogentisate 1 ,2-dioxygenase (homogentisate oxidase) -3, AF232009 peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase; putative short chain alcohol dehydrogenase -3, X06399 cytochrome P450, subfamily IIB (phenobarbital-inducible), polypeptide 6 -3, J03058 argininosuccinate lyase -3, BC002477 KIAA1630 protein -3, M80482 paired basic amino acid cleaving system 4 -3, AK023446 EST -3, X04300 cytochrome P450, subfamily I (aromatic compound-inducible), polypeptide 1 -3, N54448 translational inhibitor protein p1 .5 -3, M95585 hepatic leukemia factor -3, S69232 electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase -3, BE300521 insulin induced gene 1 -3, AF051852 UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase -3, U43168 leptin receptor -2, D88308 fatty-acid-Coenzyme A ligase, very loπg-chain 1 -2, AF087853 gro th arrest and DNA-damage-inducible, beta -2,
Tabelle III A_CCC - Fortsetzung
89 AF233336 epoxide hydrolase 2, cytoplasmic -2,8
90 M36532 carbonic anhydrase II -2,6
91 BC015520 ribonuclease, RNase A family, 4 -2,5
92AF113128 steroid-5-alpha-reductase, alpha polypeptide 1 (3-oxo-5 alpha-steroid delta 4-dehydrogenase alpha 1 ) -2,5 93AJ277280 hepcidin antimicrobial peptide -2,5 94 D16350 SA hypertension-associated homolog (rat) -2,4 95J02639 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A (alpha-1 antiproteinase, antitrypsin), member 5 -2,2
Tabelle III B_CCC_HCC differentiell exprimierte Gene im CCC versus HCC in 80 % der Patienten Accession Nr, Gen Name durchschnittliche Veränderung x fach
1 M12849 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade D (heparin cofactor), member 1 -16,8
2 AK001709 hypothetical protein FLJ10847 -13,8
3 BC005844 3-hydroxybutyrate dehydrogenase (heart, mitochondrial) -9,3
4 AB026256 solute carrier family 21 (organic anion transporter), member 9 -7,4
5AK024848 hypothetical protein FLJ21195 similar to protein related to DAC and cerberus -6,5
6 X56088 cytochrome P450, subfamily VIIA (cholesterol 7 alpha-monooxygenase), polypeptide 1 -6,2
7 AF162428 sarcosine dehydrogenase -6,2
8 L11701 glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1 -6,1
9 NM_000689 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A1 -5,9 10 U12778 acyl-Coenzyme A dehydrogenase, short/branched chain -5,7 11 D31815 regucalcin (senescence marker protein-30) -5,6 12 K02100 ornithine carbamoyltransferase -5,5
Tabelle III B CCC_H.CC
13 U52914 leptin receptor -5,5
14 L23928 serine hydroxymethyltransferase 1 (soluble) -4,6
15 U11079 cold shock domain protein A -4,5
16 AB042410 G-protein coupled receptor 88 -4,5
17 U63296 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) -4,1
18AL547946 progesterone receptor membrane component 1 -4,0
19 U49082 solute carrier family 38, member 3 -3,8
20 M84402 alcohol dehydrogenase 6 (dass V) -3,8
21 AI003579 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, GABA), member 1 -3,8 22AI478172 homogentisate 1 ,2-dioxygenase (homogentisate oxidase) -3,8 23 AF232009 peroxisomal trans 2-enoyl CoA reductase; putative short chain alcohol dehydrogenase -3,7 24X06399 cytochrome P450, subfamily IIB (phenobarbital-inducible), polypeptide 6 -3,6 25 BC002477 KIAA1630 protein -3,6 26X04300 cytochrome P450, subfamily I (aromatic compound-inducible), polypeptide 1 -3,3
27 95585 hepatic leukemia factor -3,2
28 BC015520 ribonuclease, RNase A family, 4 -2,5
Tabelle IV
Gene die im Hepatozellulären Karzinom (HCC) nicht lfferentiell reguliert sind und gleichzeitig im Cholangiozellulärem Karzinom (CCC) in 100 % der Fälle heraufreguliert sind.
Anzahl Chip Ident Nr. Accession Nr. Gen Bezeichnung durchschn.
Veränderung x-fach
1 201650_at N _002276.1 keratin 19 110,4
2 202826_at NM_003710.1 hepatocyte growth factor activator inhibitor precursor 24,5
3 209524_at N _016073.1 CGI-142 16,6
4 204990_s_at N _000213.1 integrin, beta 4 13,8
5 203397_s_at BF063271 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 3 12,4
6 211184_s_at AB006955.1 PDZ-73 protein 11 ,0
7 219564_at NM 018658.1 potassium inwardly-rectifying Channel, subfamily J, member 16 10,8
8 219513_s_at NM_005490.1 SH2 domain-containing 3A 9,7
9 212256_at BE906572 hypothetical protein DKFZp586H0623 9,6
10 201462_at NM_014766.1 KIAA0193 gene product 9,2
11 219850_s_at NM_012153.1 ets homologous factor 9,0
12 209153_s_at M31523.1 Human transcription factor (E2A) mRNA, 8,4
13 205137_x_at NM_005709.1 PDZ-73 protein 8,1
14 202267_at NM_005562.1 laminin, gamma 2, isoform a precursor 8,1
15 209215_at L11669.1 tetracycline transporter-like protein 7,8
16 221173_at NM_025034.1 hypothetical protein FLJ21290 7,3
17 220468_at NM_025047.1 hypothetical protein FLJ22595 7,1
18 218376_s_at N J322765.1 CasL interacting molecule 6,5
19 204202_at NM_017604.1 hypothetical protein DKFZp434l0118 6,4
20 31845_at U32645 E74-Iike factor 4 (ets domain transcription factor) 6,3
21 209369_at 63310.1 annexin A3 6,0
22 210715_s_at AF027205.1 serine protease inhibitor, Kunitz type, 2 5,7
23 209270_at L25541.1 laminin subunit beta 3 precursor 5,7
24 209675_s_at BC004242.1 E1 B-55kDa-associated protein 5 5,6
25 211657_at 18728.1 Human nonspecific crossreacting antigen mRNA, complete cds. 5,6
26 209892 at AF305083.1 ConHomo sapiens alpha(1 ,3)-fucosyltransferase IV (FUTIV) gene, 5,5
27 204718_at NM_004445.1 ephrin receptor EphBΘ precursor 5,4
28 1007_s_at U48705 discoidin receptor tyrosine kinase isoform b 5,4
29 212336_at AB002336.1 Consensus includes erythrocyte membrane protein band 4.1-like 1 5,1
30 208779_x_at L20817.1 discoidin receptor tyrosine kinase isoform b 4,8
31 210150_s_at BC003355.1 laminin alpha 5 4,3
32 210749_x_at L11315.1 discoidin receptor tyrosine kinase isoform b 4,3
33 215287_at AA975427 Consensus includes Homo sapiens ELISC-1 mRNA, partial cds 3,4
34 210933_s_at BC004908.1 hypothetical protein MGC4655 3,4
35 222240_s_at AL137749.1 myo-inositol 1-phosphate synthase A1 3,4
36 214705_at AJ001306.1 PDZ domain protein (Drosophiia inaD-like) 3,3
37 218456_at NM_023925.1 hypothetical protein FLJ22569 3,3
38 213244_at AI207792 secretory carrier membrane protein 4 3,2
39 208540_x_at NM_021039.1 calgizzarin 3,1
40 210910_s_at BC000487.1 POM (POM121 rat homolog) and ZP3 fusion 2,9
41 211066_x_at BC006439.1 protocadherin gamma subfamily C, 3, isoform 1 2,9
42 210260_s_at BC005352.1 TNF-induced protein 2,8
43 201406_at NM_021029.1 ribosomal protein L36a 2,8
44 211942_x_at BF979419 Consensus includes ribosomal protein L13a 2,8
45 201412_at NM_014045.1 DKFZP564C 1940 protein 2,8
46 205328_at NM_006984.1 claudin 10 2,7
47 212079_s_at NM_005933.1 myeioid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophiia); trän 2,7
48 201411_s_at NM_017958.1 hypothetical protein FLJ20783 2,7
49 208161_s_at NM_020037.1 ATP-binding cassette, sub-family C, member 3, 2,6
50 201746_at NM_ 000546.2 tumor protein p53 2,5
51 44654_at AI669655 Cluster In . Homo sapiens cDNA, 3 end /clone 2,5
52 219359_at NM_025092.1 hypothetical protein FLJ22635 2,5
53 207966_s_at NM_012201.1 golgi apparatus protein 1 2,5
54 221580_s_at BC001972.1 hypothetical protein MGC5306 2,4
55 213720_S_at AI831675 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin a4 2,3
56 213890_x_at AI200589 ribosomal protein S16 2,3
57 203688_at NM_000297.1 polycystin 2 2,3
58 209549_s_at BC001121.1 deoxyguanosine kinase, isoform c precursor 2,3
59 203286_at NM_014901.1 KIAA1100 protein 2,2
60 212537 x at BE733979 ribosomal protein L17 2,2
61 201410_at AI983043 hypothetical protein FLJ20783 /FL=gb:NM_017958.1 2,2
62 201874_at BF978611 hypothetical protein FLJ21047 2,1
63 212790_x_at BF942308 ribosomal protein L13a 2,1
64 201871_s_at NM_015853.1 unknown protein OC51035 2,1
65 217986_s_at NM_013448.1 bromodomain adjacent to zinc finger domain, 1 A 2,1
66 201080_at BF338509 phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type II beta, 2,0
67 203407_at NM_002705.1 periplakin 2,0
68 212799_at AF038202.1 Consensus includes Homo sapiens clone 23570 mRNA sequence 2,0
69 201049_s_at NM_022551.1 ribosomal protein S18 2,0
70 222380_s_at AI907083 Consensus. includes gb:AI907083 /FEA=EST /DB_XREF=gi:6497611 /DB_XREF=est:PM- 2,0
BT134-050499-650 /UG=Hs.124620 ESTs
71 213396_s_at AA456929 A kinase (PRKA) anchor protein 10 1 ,9
72 201023_at N _005642.1 TATA box-binding protein-associated factor 2F 1 ,9
73 201850_at NM_001747.1 capping protein (actin filament), gelsolin-like 1 ,9
74 201928_at NM_003628.2 plakophilin 4 1 ,9
75 202421_at AB007935.1 immunoglobulin superfamily, member 3 1 ,9
76 213084_x_at BF125158 ribosomal protein S2 1 ,9
77 212037_at Y09703.1 pinin, desmosome associated protein 1 ,9
78 212377_s_at AU158495 Notch homolog 2 1 ,8
79 208760_at NM_003345.1 Consensus includes Human DNA sequence from clone LA16-358B7 on chromosome 16 1 ,8
80 217720_at NM_016139.1 16.7Kd protein 1 ,8
81 201665_x_at NM_001021.1 ribosomal protein S17 1 ,8
82 211487_x_at BC004886.1 ribosomal protein S17 1 ,8
83 213883_s_at AA012917 beta-amyloid binding protein precursor 1 ,8
84 200809_x_at NM_000976.1 ribosomal protein L12 1 ,8
85 210210_at AF181660.1 myelin protein zero-like 1 U
86 200088_x_at AK026491.1 FLJ22838 fis, clone KAIA4494, highly similar to HUML12A Human ribosomal protein L12 1 ,7 mRNA.
87 204366_s_at NM_001521.1 general transcription factor NIC, polypeptide 2 (beta subunit, 110kD) 1 ,7
88 220467_at NM_025032.1 hypothetical protein FLJ21272 1 ,6
89 213392 at AW070229 Consensus includes ... protein-coupled receptor, family C, group 5, member B 1 ,6

Claims

Ansprüche
1. Verwendung mindestens einer Nukleinsäure, die (i) in Tabelle I, II, III oder IV gezeigt ist,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entspricht,
(iii) eine Teilsequenz einer Sequenz aus (i) oder/und (ii) mit einer
Länge von mindestens 20, insbesondere mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
100 Nukleotiden aufweist,
(iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisiert oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweist, oder eines von einer solchen Nukleinsäure codierten Polypeptids als Target für das cholangioläre Karzinom (CCC).
Verwendung nach Anspruch 1 zur Diagnose von CCC.
Verwendung nach Anspruch 1 zur Therapie von CCC.
4. Verwendung nach Anspruch 1 in einem Screeningverfahren zur Identifizierung neuer Wirkstoffe für CCC.
5. Verwendung nach einem der vorhergehenden Ansprüche, d a d u rc h g e ke n n ze i c h n et, dass mindestens 5 Nukleinsäuren eingesetzt werden.
6. Verwendung nach einem der vorhergehenden Ansprüche, d a d urc h g e ken nzei chnet, dass mindestens 5 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die (i) in Tabelle I gezeigt sind,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen, (iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
100 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisieren oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und davon codierten Polypeptiden sowie mindestens 5 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die (i) in Tabelle II gezeigt sind,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen,
(iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
100 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten Bedingungen hybridisieren oder/und
(v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und davon codierten Polypeptiden eingesetzt werden.
Verwendung nach Anspruch 6, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n e t , dass mindestens 5 Targets, insbesondere mindestens 7 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die
(i) in Tabelle IB gezeigt sind, (ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen, (iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
100 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten Bedingungen hybridisieren oder/und
(v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und/oder davon codierten Polypeptiden sowie mindestens 2 Targets, insbesondere mindestens 4 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die
(i) in Tabelle IIB gezeigt sind,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen, (iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
100 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisieren oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und/oder davon codierten Polypeptiden eingesetzt werden.
8. Verwendung nach Anspruch 6 oder 7, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n e t , dass ein CCC-spezifisches Muster mindestens bestehend aus den
Genen der Tabelle IA, der Tabelle IIA, und der Tabelle IIIA eingesetzt wird.
9. Verwendung mindestens einer Nukleinsäure, die (i) in Tabelle IB, IIB, IIIB oder IV gezeigt ist,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entspricht, (iii) eine Teilsequenz einer Sequenz aus (i) oder/und (ii) mit einer Länge von mindestens 20, insbesondere mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens 100 Nukleotiden aufweist, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisiert oder/und
(v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweist, oder eines von einer solchen Nukleinsäure codierten Polypeptids zur Differenzierung zwischen cholangiozellulärem Karzinom (CCC) und hepatozellulärem Karzinom (HCC).
10. Verfahren zur Diagnose von CCC, d a d u rc h g e ke n n zei c h n et , dass man in einer Probe die Menge an mindestens einer
Nukleinsäure, die in Tabelle I, II, III oder/und IV gezeigt sind, bestimmt.
11. Verfahren nach Anspruch 12, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n et , dass man die Menge an mindestens 10, insbesondere mindestens 20, vorzugsweise mindestens 50 Nukleinsäuren, die in Tabelle I, II, III oder/und IV gezeigt sind, bestimmt.
12. Verfahren zur Therapie von CCC, d ad u rc h g eke n n zeic h n et, dass man die Menge an mindestens einer Nukleinsäure, die in
Tabelle I, II, III oder/und IV gezeigt sind, beeinflusst.
13. Verfahren nach Anspruch 12, d a d u rc h g e ke n n zeich n et, dass man eine Nukleinsäure beeinflusst ausgewählt aus Genen für Rezeptoren, Onkogenen, in den Zeilzyklus involvierten Genen (cdc) oder/und Signaltransduktionselementen.
14. CCC-spezifischer Cluster, umfassend mindestens 5 Gene der Tabelle IB, und mindestens 2 Gene der Tabelle IIB.
15. Expressionsprofil, insbesondere zur Verwendung als diagnostisches Mittel, assoziiert mit CCC, d ad u r c h ge kenn z eic h net, dass es mindestens 5 der Gene der Tabelle IA um mindestens das 1,5fache erhöht und mindestens 5 der Gene der Tabelle IIA um mindestens das 2-fache verringert gegenüber nicht krebsartigen oder normalen Leberzellen aufweist.
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