WO2005029074A1 - 生体関連物質の反応装置 - Google Patents

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Definitions

  • the present invention is used for testing biologically related substances such as genes, for example, reading a microarray chip used for DNA analysis, epidemiological analysis, etc., and more specifically, light for measuring fluorescence of a microarray chip.
  • the present invention relates to a measuring device and method.
  • microarray technology is used for research to search for DNA that affects various genetic diseases, including enzyme immunoassays and fluorescent antibody methods that use antigen-antibody reactions and are used for various diagnoses. Let's do it.
  • the microarray technology uses, for example, a microarray chip in which cDNA or oligo DNA is spotted in a matrix at a high density (interval of several hundred ⁇ m or less) as a probe on a Si wafer, a slide glass, or a membrane filter.
  • a microarray chip in which cDNA or oligo DNA is spotted in a matrix at a high density (interval of several hundred ⁇ m or less) as a probe on a Si wafer, a slide glass, or a membrane filter.
  • Such microarray technology uses, for example, pipetting DNA extracted from cells of a healthy subject labeled with a fluorescent dye or DNA extracted from cells of a sample having a genetic disease labeled with a fluorescent dye. Is dropped on each probe of the microarray chip. Then, the DNA of each sample is hybridized with the probe, and in this state, each probe is irradiated with excitation light for exciting each fluorescent dye, and the fluorescence emitted from the probe is detected by a photodetector. I do. Then, from the results of the fluorescence detection from the microarray chip, the DNA of each sample was determined with which probe was hybridized, and the DNA expressed by the disease or DNA was compared by comparing the hybridized DNA. The missing DNA was identified.
  • JP-T-2003-509663 discloses an analytical test apparatus and a method having a substrate for deciding a through channel, a method thereof, and an apparatus using the apparatus.
  • WO 03/027673 pamphlet describes a genetic test apparatus and a standard using the same. Methods for detecting nucleic acids are disclosed.
  • a pressure difference is applied to the substrate by a pump driver via a piping system in order to allow the reaction liquid to pass through the substrate. For example, if a problem such as clogging occurs in the piping system, an appropriate pressure difference cannot be applied to the substrate. For this reason, the sample cannot sufficiently pass through the substrate, and correct analysis, for example, hybridization has not been performed. However, since this device does not have means for detecting such an abnormal situation, it is not possible to warn the user of the abnormal situation or to stop the work and perform an appropriate process.
  • the present invention has been made in view of such circumstances, and an object of the present invention is to provide a reaction apparatus for a biological substance that can detect an abnormal situation in a piping system.
  • the present invention is directed, in part, to a reaction device for a biological substance.
  • the reaction device of the present invention is a reaction solution driving means for driving a reaction solution containing a biological substance given to a reaction chip, and is provided between the reaction chip and the reaction solution driving means.
  • FIG. 1 shows a reaction vessel applied to a reaction apparatus according to an embodiment of the present invention.
  • FIG. 2 shows a reaction chip housed in the reaction container shown in FIG. 1.
  • FIG. 3 schematically shows a configuration of a reaction apparatus according to an embodiment of the present invention.
  • FIG. 4 shows a cross section of the incubator and reaction vessel shown in FIG.
  • FIG. 5 shows the internal configuration of the control unit shown in FIG. [FIG. 6]
  • FIG. 6 shows pressure fluctuations in the reaction solution driving tube during pump operation.
  • FIG. 7A shows a pressure fluctuation of a reaction liquid driving tube in a state where the reaction liquid driving is not performed normally due to a crack of a solid carrier of a reaction chip.
  • FIG. 7B shows the pressure fluctuation of the reaction liquid driving tube in a state where the reaction liquid driving is normally performed.
  • Fig. 8 shows a pressure change of the reaction solution driving tube in a state where a clogging or the like occurs in the pipeline.
  • FIG. 1 shows a reaction vessel applied to a reaction apparatus according to an embodiment of the present invention.
  • FIG. 2 shows a reaction chip housed in the reaction vessel shown in FIG.
  • the reaction container 100 includes an upper container half 101 and a lower container half 102 that hold a reaction chip 103 therebetween.
  • the upper container half 101 and the lower container half 102 are made of, for example, polycarbonate, are fixed to each other by an appropriate method such as screwing or bonding, and hold the reaction chip 103.
  • the upper half container 101 has a reaction solution storage portion 101a that stores a reaction solution containing a biological substance to be tested.
  • the reaction vessel 100 of the present embodiment has four reaction liquid storage portions 10 la.
  • the number of the forces is not limited to this, and may be one, for example.
  • the lower container half 102 has a connection portion 102a for transmitting pressure for driving the reaction solution on the side surface.
  • the reaction chip 103 shown in FIG. 2 is, for example, a DNA chip for DNA testing, but is not limited to this, and may be any chip for widely detecting biological substances. Including.
  • the reaction chip 103 includes a solid support 105 and two support members 104 attached to the upper and lower surfaces of the solid support 105.
  • the two support members 104 both have openings at corresponding positions. Opening force of the support member 104
  • the exposed part of the solid-phase carrier 105 constitutes a reaction part used for a reaction with a biological substance to be examined.
  • a plurality of spots are formed, and each spot has a probe for capturing a specific biological substance.
  • the solid support 105 has a large number of fine holes penetrating vertically, and the probe is fixed in those holes.
  • biologically-related substance includes not only cells of animals, plants, microorganisms, and the like, but also substances derived from viruses and the like that cannot multiply on their own unless they infest them.
  • Bio-related substances include not only those in natural form directly extracted and isolated from these cells and the like, but also those produced using genetic optical techniques and those chemically modified. More specifically, they include hormones, enzymes, antibodies, antigens, abzymes, other proteins, nucleic acids, and the like.
  • probe refers to a substance that specifically binds to the above-mentioned biological substance, for example, a ligand such as a hormone and its receptor, an enzyme and its substrate, an antigen and its antibody, And a nucleic acid having a specific sequence and a nucleic acid having a sequence complementary thereto are included.
  • the solid phase carrier 105 located between the upper container half 101 and the lower container half 102 allows the passage of the reaction solution contained in the reaction solution container 101a. That is, the reaction solution contained in the reaction solution containing portion 101a can pass between the upper container half 101 and the lower container half 102 through the solid phase carrier 105 of the reaction chip 103.
  • FIG. 3 schematically shows a configuration of the reaction apparatus according to the embodiment of the present invention.
  • FIG. 4 shows a cross section of the incubator and the reaction vessel shown in FIG.
  • the reaction apparatus includes an incubator 200 that accommodates and holds the reaction container 100, a pump 600 that is a driving unit for driving a reaction solution containing a biological substance in the reaction container 100, and a pressure fluctuation from the pump 600. And a pressure sensor 500 as pressure detecting means for detecting a pressure state of the reaction solution driving tube 400.
  • the incubator 200 has a function of keeping the temperature of the reaction vessel 100 at a predetermined temperature in order to cause a reaction in the reaction vessel 100 or to control the reaction in the reaction vessel 100. I have.
  • the incubator 200 includes an upper incubator connected to be openable and closable by a hinge 205. And a lower incubator 202, which can be opened and closed by a hinge 205.
  • FIG. 3 shows the state where the incubator 200 is open
  • FIG. 4 shows the state where the incubator 200 is closed.
  • the lower incubator 202 has a recess capable of storing the reaction vessel 100, and the operator sets the reaction vessel 100 in the recess of the lower incubator 202, and lowers the set lever (not shown) to the "mounting" side.
  • the pressing arm 203 functions to press the reaction container 100 against the wall of the incubator, and the reaction container 100 is set.
  • the upper incubator 201 has a cover glass 204 serving as an optical window.
  • the reaction solution in the reaction container 100 is opened.
  • the cover glass 204 comes into close contact with the cover 101a directly above. Thanks to such a structure, the reaction state of the spot existing on the solid support 105 of the reaction chip 103 can be changed from above the incubator 200 by an optical system (not shown) such as a microscope and the CCD camera 1000. Etc. can be measured.
  • the CCD camera 1000 is mounted on an optical system (not shown) provided between the CCD camera 1000 and the incubator 200, and is electrically connected to the computer 800 by a dedicated cable 1000a.
  • the computer 800 includes a camera interface PCI board (not shown), and instructs the CCD camera 1000 to capture an image or captures a captured image.
  • the upper incubator 201 has a heater 206 and a resistance temperature detector 207 therein, and the heater 206 and the resistance temperature detector 207 are connected to the temperature controller 300 via signal lines 300a and 300b, respectively. It is connected.
  • the lower incubator 202 has a heater 208 and a resistance temperature detector 209 inside the lower incubator 202. The heater 208 and the resistance bulb 209 are connected to the temperature controller 300 via a signal line 300a and a signal line 300b, respectively.
  • the temperature controller 300 controls the heater based on the information obtained by the resistance temperature detector 207 and the resistance temperature detector 209 so that the reaction vessel 100 held in the incubator 200 is kept at a specified temperature.
  • the heater 206, the resistance temperature detector 207, the heater 208, the resistance temperature detector 209, and the temperature controller 300 in the incubator 200 constitute a temperature control means for controlling the temperature of the reaction liquid.
  • a reaction solution driving tube 400 is connected to the lower incubator 202.
  • reaction A pressure transmission tunnel 202a is formed from the connection end of the liquid drive tube 400 to the inside of the lower incubator 202, and a connection portion formed on a side surface of the lower container half 102 of the reaction container 100. It is connected to 102a.
  • the inside of the reaction solution driving tube 400 is filled with pure water.
  • a pressure sensor 500 is connected to each of the reaction solution driving tubes 400 in the respective conduits.
  • the pressure sensor 500 is a gauge pressure type pressure sensor that detects a pressure difference with respect to the current pressure, and can measure a pressure up to _100 kPa 100 kPa. In detail, it operates with a power supply voltage of 5 V, and outputs 2.48 V when it is placed under atmospheric pressure according to the specifications. At positive pressure, the voltage rises by 22.5 mv per lkPa (up to 4 kPa at 100 kPa). 73V), and at negative pressure, the voltage drops by 22.5mV per lkPa (0.23V at a minimum of 100kPa).
  • the pressure sensor 500 is connected to the control unit 700 through connectors 700a to 700d through a connection cable, and the connection cable serves as an interface for power supply and output signals of the pressure sensor 500.
  • a pump 600 is connected to one end of the reaction solution driving tube 400.
  • the pump 600 has a 250 ⁇ l syringe-type syringe (not shown) and a syringe operation motor 1 inside the pump 600, and drives the reaction solution in units of ⁇ within a range of 250 ⁇ l / il.
  • Pressure can be transmitted to the reaction container 100 by sucking and discharging the pressure transmission medium inside the reaction tube 400.
  • the pump 600 operates at a power supply voltage of 24 V, and includes a communication interface circuit (not shown) and a CPU for overall control. By daisy-chaining the communication connectors 600a and 600b with the communication lines 600c and 600d, up to 16 pumps 600 can be operated by one communication line. In the present embodiment, the pump 600 communicates with RS_232C (9600 bps) (trowel communication is performed).
  • the temperature controller 300 can control the temperature of the two heaters 206 and 208, and performs the temperature setting and information on the current temperature via the communication line 300e using RS-232C (9600bps). be able to.
  • Computer 800 is connected to keyboard 810 by cable 810a. Computer 800 is activated by operator via keyboard 810. When various conditions (temperature, number of times of driving the reaction solution, number of times of CCD camera shooting, etc.) for the hybridization of the reaction solution are input, each component device is driven based on the indicated value, For example, the current status of the hybridization is notified.
  • the computer 800 is connected to the monitor 900 by the Cape Knore 900a, and the monitor 900 displays a hybridization condition setting screen by dedicated control software, and a status of hybridization and hybridization.
  • the computer 800 is connected to the control unit 700 via the RS-232C communication line 800a.
  • FIG. 5 shows an internal configuration of the control section 700 shown in FIG.
  • an FPGA 705 is mounted at the center of the control unit 700.
  • the FPGA 705 is a semiconductor whose internal circuits can be freely designed and rewritten, and the CPU core 706 can be incorporated by a soft macro that can only incorporate R ⁇ M, RAM, and user logic inside.
  • the FPGA 705 of the present embodiment is an FPGA manufactured by ALTERA and has a Nios (registered trademark) processor, which is a soft macro CPU.
  • Nios registered trademark
  • the CPU core 706 inside the FPGA 705 it is not affected by the disconnect as in the off-the-shelf CPU, and the number of UARTs can be freely set and changed.
  • a multiprocessor mode in which two or more CPUs are installed inside the FPGA can be realized to meet future demands for function expansion and operating speed improvements.
  • the CPU core 706 transmits and receives commands in the RS-232C communication with the computer 800, the RS-232C communication with the pump 600, and the RS-232C communication with the temperature controller 300.
  • the AZD converter 701 converts the voltage output from the pressure sensor 500 into 8-bit digital data.
  • the voltages output from the pressure sensor 500 are received by the connectors 700a to 700d, respectively, and are converted into digital data by the respective AZD converters 701.
  • the converted 8-bit data is input to the FPGA 705 via signal lines 701a to 701d.
  • the signal 701e output from the FPGA 705 is an A / D clock and has a frequency of ⁇ . This A / D clock outputs the A / D clock 701e only when the voltage of the pressure sensor 500 is required so that AZD conversion can be performed. 05 is controlling.
  • the RS-232C interface ICs 702, 703, and 704 interface the CMOS voltage and the RS-232C voltage.
  • FPGA 705 ⁇ IJ signal 705a, 705b, 705c Force S CMOS leveler, connector 700e, 700f, 700g Tsukuda J level RS_232C leveler, so interface the voltage difference between the two.
  • the operator turns on a main switch (not shown) to activate each device of the reaction apparatus for a biological substance and to perform self-initialization. Further, the operator opens the incubator 200, places the reaction vessel 100 in the lower incubator 202, and lowers the set lever (not shown) to the “mounting” side. Then, the pressing arm 203 presses the reaction container 100 against the side surface of the lower incubator 202, and the setting of the reaction container 100 is completed. Then, the upper incubator 201 is closed so as to cover the lower incubator 202.
  • the computer 800 that has received the instruction to start the hybridization sends the operation parameters of each device to the control unit via the communication line 800a.
  • the control unit 700 which receives the operation parameters from the computer 800, operates the CPU core 706 in the FPGA 705 to connect the communication line 705c, the RS-232C interface IC704, the connector 700g, and the communication line 300e to the temperature controller 300.
  • the set temperature of the incubator 200 (the set temperature of the upper incubator 201 and the set temperature of the lower incubator 202, respectively) is sent out via the control unit.
  • the control unit 700 When the control unit 700 receives a parameter reception completion command from the temperature controller 300 and the current temperature data of the upper incubator 201 and the lower incubator 202, the communication unit 705a and the RS-232C interface are subsequently operated by the operation of the CPU core 706. Through the IC702, the connector 700e, and the communication line 600c, the size of the syringe built into the pump, the minimum operation resolution, the drive current value of the syringe operation motor, and the like are transmitted.
  • control unit 700 When the control unit 700 receives a parameter reception completion command from all pumps 600, the control unit 700 continuously and repeatedly receives the current temperature data of the upper incubator 201 and the lower incubator 202 from the temperature controller 300. Further, the control unit 700 continuously transmits the current temperature data of the upper incubator 201 and the lower incubator 202 to the combustor 800.
  • the computer 800 continues to receive this data, displays a message such as "Please wait until the set temperature is reached" on the monitor 900 screen until the temperature set by the operator is reached, and enters a wait state. .
  • computer 800 sends a command to control unit 700 to cause four pumps 600 to perform a 50 / i 1 suction operation in order to perform hybridization in reaction container 100.
  • the control unit 700 having received the command sends a command to the pump 600 to perform an operation based on an instruction from the computer 800.
  • the FPGA 705 in the control unit 700 sends an A / D clock 701e to the A / D converter 701, and performs A / D conversion of the pressure in the pipeline output from the pressure sensor 500.
  • the digital data 701a-701d transmitted from the A / D converter 701 are taken in.
  • FIG. 6 shows the pressure fluctuation in the reaction solution driving tube 400 during the pump operation.
  • the state 6a is before the operation of the pump 600 is started, and the internal pressure of the reaction solution driving tube 400 is equal to the atmospheric pressure.
  • the pressure sensor 500 outputs 2.48 V (reference voltage) at atmospheric pressure according to specifications.
  • state 6b is a state in which pump 600 is performing a suction operation.
  • the pressure of the reaction solution driving tube 400 decreases.
  • the FPGA 705 of the control section 700 sends the A / D clock 701e to the A / D converter 701, converts the voltage output from the pressure sensor 500 to digital data in a rearranged manner, and Take it inside.
  • the CPU core 706 subtracts the current A / D converted digital data from the reference voltage to calculate the actual pressure.
  • the subtraction result is a voltage value.
  • the change in pressure may be monitored by assuming the magnitude of the voltage value of the subtraction as pressure as it is, or as described above, it is known that there is a voltage change of 22.5 mV per lKpa, so the calculated voltage value May be divided by 22.5 mV to treat the actual pressure in kPa.
  • the operation speed is improved, and the subtracted voltage value is used as it is without performing division.
  • State 6c shows a state in which the reaction solution is gradually returned to the atmospheric pressure due to the pressure S of the reaction solution driving tube 400 and the movement of the reaction solution, which have been in a large negative pressure state.
  • the pressure almost reaches the atmospheric pressure, and when the pressure returns to a certain level, the movement of the reaction solution ends.
  • the CPU core 706 inside the FPGA 705 subtracts the reference voltage and the current A / D converted digital data to calculate the actual pressure. However, the subtraction is (current A / D converted digital data)-(reference voltage). This is because the pump 600 is performing a discharging operation, and the inside of the reaction solution driving tube 400 is a force having a positive pressure.
  • the CPU core 706 changes the operation according to the current operation state of the pump 600.
  • FIG. 7A shows the pressure fluctuation of the reaction solution driving tube 400 in a state where the solid phase carrier 105 of the reaction chip 103 is not broken and the reaction solution is normally driven.
  • FIG. 8 shows the reaction solution driving tube 4 in a state where clogging or the like occurs in the pipeline.
  • the pressure fluctuation of 00 is shown.
  • a state 8a indicates a period during which the pump 600 performs the suction operation.
  • the output voltage of the pressure sensor 500 becomes 8b or less.
  • Nanare when clogging or the like occurs in the pipeline, the pressure of the reaction solution driving tube 400 becomes much lower than usual, and the output voltage of the pressure sensor 500 drops to voltage 8c. That is, the pressure of the reaction solution driving tube 400 is significantly reduced than usual.
  • a memory (not shown) inside the FPGA 705 of the control unit 700 stores the pressure value of the reaction solution driving tube 400 when the suction operation is normally completed and the pump is stopped when the reaction container 100 is mounted (reference). Voltage) is stored as (the pressure sensor output voltage when the pump is stopped), and the pressure value of the reaction solution drive tube 400 when the pump is stopped after the discharge operation is completed normally when the reaction vessel 100 is installed is (the pump stopped). When the pressure sensor output voltage)-(reference voltage) is stored.
  • the FPGA 705 inside the control unit 700 calculates the operation between the pump 600 and the reference voltage based on the digital data 701a-701d sent from the A / D converter 701 at the same time as the operation of the pump 600, Compare with the voltage value stored in memory.
  • control unit 700 causes computer 800 to operate normally. Command.
  • the control unit 700 informs the computer 800 of pressure leakage in the pipeline, cracking of the solid support 105 of the reaction chip 103, Returns an abnormal end command indicating that the reaction vessel 100 has been improperly installed in the incubator 200.
  • the computer 800 displays on the monitor 900 "Pressure error. Check if the chip is broken, the chip is improperly attached to the incubator, or the pressure leaks from the piping system.” Message to alert the operator.
  • the control unit 700 returns to the computer 800 an abnormal termination command indicating that pressure leakage in the pipeline, cracking of the solid support 105 of the reaction chip 103, or improper mounting of the reaction container 100 to the incubator 200 has occurred.
  • the computer 800 displays on the monitor 900 "Pressure error. Check if the chip is broken, the chip is improperly attached to the incubator, or the pressure leaks from the piping system.” Message to alert the operator.
  • Unit 700 returns an abnormal termination command to computer 800 indicating a line blockage.
  • the computer 800 that receives this command displays a message on the monitor 900, such as “Abnormal pressure. Check if the piping system is clogged. Prompt.
  • the operator can operate the keyboard 810 to arbitrarily view the log of the pressure value during the pump operation as a graph on the monitor 900.
  • control unit 700 detects the occurrence of an abnormality in the pressure state by determining the pressure state detected by pressure sensor 500 at a specific timing of the operation of pump 600. The detection of the occurrence of an abnormality in the pressure state is performed by comparing the output value (output voltage) of the pressure sensor 500 with a predetermined reference value (reference voltage).
  • control unit 700 causes monitor 900 to display a message indicating the occurrence of the abnormality in the pressure state via computer 800.
  • the pump 600 repeats the suction / discharge operation a specified number of times, proceeds with no / evolution, and finally, the reaction result is obtained by the CCD camera 1000.
  • the computer 800 controls the CCD camera so that the CCD camera 1000 takes a picture synchronously when the pump 600 completes the suction operation of 50 ⁇ and the reaction liquid completely disappears from the reaction chip 103. Control 1000.
  • control section 700 When detecting the occurrence of an abnormality in the pressure state, the control section 700 returns the pump 600 in the pressure state to the initial state, performs an end process, and displays on the monitor 900 a message for suspending the hybridization. You can return the command to computer 800.
  • control unit 700 controls the pump 600 based on the pressure state detected by the pressure sensor 500, and continues the hybridization while the pressure state is normal.
  • the pump 600 is driven and an abnormality in the pressure state is detected, the pump 600 is stopped.
  • pressure state detected by pressure sensor 500 may be constantly displayed on monitor 900.
  • the description has been made on the assumption that the operating speed of the pump 600 is constant, and that the reaction liquid permeability of the reaction chip 103 to be used and the viscosity of the reaction liquid are always constant.
  • the pressure of the reaction solution driving tube 400 becomes Greatly varies depending on the combination of If the reaction liquid permeability of the reaction chip 103 is very good and the viscosity of the reaction liquid is low, the operating speed of the pump 600 should be increased.
  • the operation speed of the pump 600 is increased and the reaction liquid is driven. If this happens, a large strain load is applied to the reaction chip 103, and in the worst case, the reaction chip 103 may be damaged. If the operating speed of the pump 600 is set to always low so that the reaction liquid permeability is the worst and the viscosity of the reaction liquid is the lowest and the reaction chip 103 is not damaged in the combination, the reaction liquid driving time This can happen.
  • the operating speed of the pump 600 is varied within a predetermined range so that the pressure of the reaction liquid driving tube 400 falls within a predetermined range. This can also be realized without changing the configuration of the present embodiment by simply changing the control program.
  • the operator turns on and initializes each device by turning on a main switch (not shown). At this time, a failure check operation of the piping system is performed at the same time. You may. Specifically, after the reaction device confirms that the reaction vessel is not mounted, the control unit 700 instructs the pump 600 to perform a suction operation, and at the same time, the digital data 701a transmitted from the A / D converter 701— Based on 701d, calculate with reference voltage to determine the force that is below specified voltage value. If the piping system is clogged or the pressure transmission medium is deteriorated to have a high viscosity, the calculated voltage will be higher than specified. Since the reaction vessel is not mounted, it can be determined that the reaction apparatus has an abnormality in the piping system.
  • the test of a gene reaction using a DNA chip has been described as an example.
  • the present invention provides a substrate on which a probe for testing a bio-related substance other than a gene is immobilized.
  • the present invention may be applied to the detection of other biologically-related substances using other test chips made of, for example, tests for immune reactions and the like.
  • various types of substrates can be applied to a substrate on which various probes are immobilized.
  • a two-dimensional substrate such as a silicon wafer or glass, various beads, various porous substrates, and various gels can be applied.

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Abstract

 反応装置は、反応容器(100)を収容し保持するインキュベータ(200)と、反応容器(100)内の生体関連物質を含む反応液を駆動させるためのポンプ(600)と、ポンプ(600)からの圧力変動を反応液に伝達するための反応液駆動用チューブ(400)と、反応液駆動用チューブ(400)の圧力状態を検出する圧力センサー(500)とを備えている。

Description

明 細 書
生体関連物質の反応装置
技術分野
[0001] 本発明は、遺伝子などの生体関連物質の検査に用いられ、例えば、 DNA解析、疫 学的解析などに用いられるマイクロアレイチップの読み取り、詳細にはマイクロアレイ チップ力もの蛍光などを測定する光測定装置および方法に関するものである。
背景技術
[0002] 近年、遺伝子工学分野における技術の発展は目覚しいものがあり、例えば、 10万 個にも及ぶと考えられるヒトゲノムの塩基配列を解読する研究が進められている。
[0003] 一方、各種の診断に使用され抗原抗体反応を利用する酵素免疫測定法や蛍光抗 体法を始め、各種遺伝子疾患に影響を与える DNAを探索する研究などには、マイク ロアレイ技術が用いられてレ、る。
[0004] マイクロアレイ技術は、例えば、 Siウェハやスライドグラスやメンブレンフィルタ上に、 プローブとして、 cDNAやオリゴ DNAをマトリックス状に高密度(数百 μ m以下の間 隔)でスポットしたマイクロアレイチップを用いる技術である。
[0005] このようなマイクロアレイ技術は、例えば、蛍光色素で標識された健常者の細胞から 取り出した DNAや、蛍光色素で標識された遺伝子疾患を有する検体の細胞から取 り出した DNAを、ピペットを用いてマイクロアレイチップの各プローブに滴下する。そ して、各検体の DNAとプローブとをハイブリタイズさせ、この状態で各プローブにつ いて、それぞれの蛍光色素を励起する励起光を照射し、プローブから発せられる蛍 光を光検出器で検出する。その後、マイクロアレイチップ上からの蛍光検出の結果か ら、各検体の DNAがいずれのプローブとハイブリタイズされているかを求め、さらに、 ハイプリタイズされた DNAを比較することにより、疾病により発現した DNAまたは欠 損した DNAを特定するようにしたものである。
[0006] 特表 2003— 509663号公報は、通り抜けチャンネルを方向決めする基板を有する 分析テスト装置およびその方法ならびにその装置を用いた機器を開示している。また 、国際公開 03/027673号パンフレットは、遺伝子検査装置およびそれを用いた標 的核酸検出方法を開示してレ、る。
発明の開示
[0007] 特表 2003—509663号公報に開示されている装置において、基板に対して圧力 差を付与する際に、例えば基板が割れていた場合、基板におけるチャンネルの毛管 圧力は著しく低下してしまう。このため、基板を通り抜けた試料はその流れを止めるこ とができず、そのまま滴として滴下してしまう。しかし、この装置は、このような異常事 態を検出する手段を有していないため、異常事態をユーザーに警告したり、作業を 停止して適切な処理を施したりすることができない。
[0008] また、国際公開 03/027673号パンフレットに開示されている装置では、基板に反 応液を通すために、配管系を介してポンプドライバにより基板に対して圧力差を与え ている。例えば配管系に目詰まり等の不具合が発生していた場合、基板に対して適 切な圧力差を付与することができない。このため、試料は基板の中を十分に通り抜け ることができず、正しい分析、例えばハイブリダィゼーシヨンが行われていない。しかし 、この装置は、このような異常事態を検出する手段を有していないため、異常事態を ユーザーに警告したり、作業を停止して適切な処理を施したりすることができない。
[0009] 本発明は、このような実状を考慮して成されたものであり、その目的は、配管系の異 常事態を検出可能な生体関連物質の反応装置を提供することである。
[0010] 本発明は、ひとつには、生体関連物質の反応装置に向けられている。本発明の反 応装置は、反応チップに与えられた生体関連物質を含む反応液を駆動させるための 反応液駆動手段と、反応チップと反応液駆動手段との間にあり、反応液駆動手段か らの圧力変動を反応液に伝達するための圧力伝達媒体と、圧力伝達媒体の圧力状 態を検出する圧力検出手段とを備えている。
図面の簡単な説明
[0011] [図 1]図 1は、本発明の実施形態の反応装置に適用される反応容器を示している。
[図 2]図 2は、図 1に示した反応容器に収容されている反応チップを示している。
[図 3]図 3は、本発明の実施形態の反応装置の構成を概略的に示している。
[図 4]図 4は、図 3に示されたインキュベータと反応容器の断面を示している。
[図 5]図 5は、図 3に示されている制御部の内部構成を示している。 [図 6]図 6は、ポンプ動作時の反応液駆動用チューブ内の圧力変動を示している。
[図 7A]図 7Aは、反応チップの固相坦体の割れにより、反応液駆動が正常に行われ ていない状態における反応液駆動用チューブの圧力変動を示している。
[図 7B]図 7Bは、反応液駆動が正常に行われている状態における反応液駆動用チュ ーブの圧力変動を示してレ、る。
[図 8]図 8は、管路中に詰まりなどが発生している状態における反応液駆動用チュー ブの圧力変化を示している。
発明を実施するための最良の形態
[0012] 以下、図面を参照しながら本発明の実施の形態について説明する。
[0013] 第一実施形態
本実施形態は、遺伝子などの生体関連物質の反応装置に向けられている。図 1は 、本発明の実施形態の反応装置に適用される反応容器を示している。また、図 2は、 図 1に示した反応容器に収容されてレ、る反応チップを示してレ、る。
[0014] 図 1に示されるように、反応容器 100は、反応チップ 103をそれらの間に挟んで保 持する上側容器半体 101と下側容器半体 102とを備えている。上側容器半体 101と 下側容器半体 102は、例えばポリカーボネート製であり、ねじ止めや接着など、適当 な手法によって互いに固定され、反応チップ 103を保持する。
[0015] 上側容器半体 101は、検査対象の生体関連物質を含む反応液を収容する反応液 収容部 101aを有している。本実施形態の反応容器 100は、 4つの反応液収容部 10 laを有している力 その個数はこれに限定されるものではなぐ例えば 1つであっても よい。下側容器半体 102は、その側面は、反応液を駆動させるための圧力を伝達す る接続部 102aを有している。
[0016] 図 2に示される反応チップ 103は、例えば、 DNA検査のための DNAチップである が、特にこれに限定されるものではなぐ広く生体関連物質を検查するためのあらゆ るチップを含む。反応チップ 103は、固相坦体 105と、固相坦体 105の上下面に貼り 合わされた二枚の支持部材 104とからなる。二枚支持部材 104は共に対応する位置 に開口を有している。支持部材 104の開口力 露出している固相坦体 105の部分は 、検査される生体関連物質との反応に供される反応部を構成している。反応部には 複数のスポットが形成されており、それぞれのスポットは特定の生体関連物質を捕捉 するためのプローブを有している。固相坦体 105は、上下に貫通した多数の微細な 孔を有しており、プローブはそれらの孔の中に固定されている。
[0017] 本明細書にぉレ、て、「生体関連物質」とは、動物、植物、微生物等の細胞のみなら ず、これらに寄生しなければ自ら増殖できないウィルス等に由来する物質をも含む。 生体関連物質は、これらの細胞などより直接抽出 ·単離された天然形態のもののみな らず、遺伝子光学的手法を利用して生産されたもの、化学的に修飾されたものも含 む。より具体的には、ホルモン類、酵素、抗体、抗原、アブザィム、その他のタンパク 質、核酸等が含まれる。
[0018] また、「プローブ」とは、上記の生体関連物質に対して特異的に結合する物質を意 味し、例えば、ホルモン等のリガンドとその受容体、酵素とその基質、抗原とその抗体 、特定配列を有する核酸とこれに相補的な配列を有する核酸等の関係にある、いず れかが含まれる。
[0019] 上側容器半体 101と下側容器半体 102の間に位置する固相坦体 105は、反応液 収容部 101aに収容された反応液の通過を許す。つまり、反応液収容部 101aに収容 された反応液は、反応チップ 103の固相坦体 105を通過して、上側容器半体 101と 下側容器半体 102の間を行き来し得る。
[0020] 図 3は、本発明の実施形態の反応装置の構成を概略的に示している。また、図 4は 、図 3に示されているインキュベータと反応容器の断面を示している。
[0021] 反応装置は、反応容器 100を収容し保持するインキュベータ 200と、反応容器 100 内の生体関連物質を含む反応液を駆動させるための駆動手段であるポンプ 600と、 ポンプ 600からの圧力変動を反応液に伝達するための圧力伝達媒体である反応液 駆動用チューブ 400と、反応液駆動用チューブ 400の圧力状態を検出する圧力検 出手段である圧力センサー 500とを備えている。
[0022] インキュベータ 200は、反応容器 100内で反応を起こさせるために、あるいは反応 容器 100内の反応を制御するために、反応容器 100の温度を所定の温度に保温す る機能を有している。
[0023] インキュベータ 200は、ヒンジ 205によって開閉可能に連結された上側インキュベー タ 201と下側インキュベータ 202とに分力れ、ヒンジ 205によって開閉できるようにな つている。インキュベータ 200が開いた状態が図 3に、また、インキュベータ 200が閉 じた状態が図 4に示されている。
[0024] 下側インキュベータ 202は反応容器 100を格納できる窪みを有しており、オペレー ターは下側インキュベータ 202の窪みに反応容器 100をセットし、不図示のセットレ バーを「装着」側に倒すことによって、押圧アーム 203が反応容器 100をインキュべ ータ壁面に押し付けるように働き、反応容器 100はセットされる。
[0025] 上側インキュベータ 201は、光学的な窓として働くカバーガラス 204を有しており、 上側インキュベータ 201が閉じて下側インキュベータ 202の上に重なった状態になつ たときに反応容器 100の反応液収容部 101aの真上にカバーガラス 204が密着する ようになつている。このような構造のおかげで、顕微鏡等の不図示の光学系および C CDカメラ 1000によって、反応チップ 103の固相坦体 105上に存在するスポットの反 応状態をインキュベータ 200の上方から CCDカメラ 1000等で測定することができる。
[0026] CCDカメラ 1000は、インキュベータ 200との間に設置された不図示の光学系に組 み付けられていて、電気的にはコンピュータ 800と専用ケーブル 1000aで接続され ている。コンピュータ 800は、不図示のカメラインターフェース PCIボードを備えており 、 CCDカメラ 1000へ撮像指示をしたり、撮像された画像を取り込んだりする。
[0027] 上側インキュベータ 201は、その内部にヒーター 206と測温抵抗体 207を有し、ヒー ター 206と測温抵抗体 207はそれぞれ信号線 300aと信号線 300bを介して温度調 節器 300に接続されている。同様に、下側インキュベータ 202は、その内部にヒータ 一 208と測温抵抗体 209を有してレヽる。ヒーター 208と測温抵抗体 209はそれぞれ 信号線 300aと信号線 300bを介して温度調節器 300に接続されている。
[0028] 温度調節器 300は、インキュベータ 200に保持された反応容器 100が指定された 温度で保温されるように、測温抵抗体 207と測温抵抗体 209で得られる情報に基づ いてヒーター 206とヒーター 208を制御する。これらインキュベータ 200内のヒーター 2 06と測温抵抗体 207とヒーター 208と測温抵抗体 209および温度調節器 300は、反 応液の温度を制御する温度制御手段を構成している。
[0029] 下側インキュベータ 202には反応液駆動用チューブ 400が接続されている。反応 液駆動用チューブ 400の接続端から下側インキュベータ 202の内側に向けて圧力伝 達用のトンネル 202aが形成されていて、反応容器 100の下側容器半体 102の側面 に形成されている接続部 102aと接続されるようになっている。反応液駆動用チュー ブ 400内部は純水で満たされている。
[0030] 反応液駆動用チューブ 400のそれぞれの管路中には圧力センサー 500が接続さ れている。この圧力センサー 500は、現在の圧力に対する圧力差を検出するゲージ 圧タイプの圧力センサーであり、 _100kPa lOOkPaまでの圧力を測定することが できる。詳細には、電源電圧 5Vで動作し、スペック上、大気圧状態に置かれていると きに 2. 48Vを出力し、正圧では lkPa毎に 22. 5mvずつ電圧が上昇(最大 100kPa 時 4. 73V)して行き、負圧では lkPa毎に 22. 5mVずつ電圧が下降(最小一 100kP a時 0. 23V)するものである。
[0031] 圧力センサー 500は接続ケーブルを通してコネクタ 700a— 700dによって制御部 7 00に接続されており、この接続ケーブルによって圧力センサー 500の電源供給や出 力信号のインターフェースをしてレ、る。
[0032] 反応液駆動用チューブ 400の片端にはポンプ 600が接続されている。このポンプ 6 00は、その内部に不図示の 250 μ 1容量の注射器型シリンジとシリンジ動作用モータ 一とを有しており、 1一 250 /i lの範囲内において Ι μ ΐ単位で反応液駆動用チューブ 400内部の圧力伝達媒体を吸引、排出して反応容器 100に圧力を伝達することがで きる。
[0033] ポンプ 600は、電源電圧 24Vで動作し、内部に不図示の通信用インターフェース 回路および全体制御用 CPUを搭載している。ポンプ 600は、通信用コネクタ 600aお よび 600bを通信線 600cおよび 600dにてディジーチェーンすることによって一本の 通信線で最大 16台まで動作させることができる。本実施形態では、ポンプ 600は RS _232C (9600bps) (こて通信するよう (こなってレヽる。
[0034] 温度調節器 300は二台のヒーター 206と 208の温度制御をすることができ、その温 度設定や現在温度の情報などを RS—232C (9600bps)にて通信線 300eを介して 行うことができる。コンピュータ 800は、ケーブル 810aによってキーボード 810と接続 されている。コンピュータ 800は、キーボード 810を介して、オペレーターによって反 応液のハイブリダィゼーシヨンを行うための各種条件(温度、反応液駆動回数、 CCD カメラの撮影回数など)が入力されると、その指示値に基づき各構成装置を駆動させ たり、オペレーターにハイブリダィゼーシヨンの現在状況などを通知したりする。
[0035] コンピュータ 800は、ケープノレ 900aによってモニター 900と接続され、モニター 90 0には、専用制御ソフトウェアによるハイブリダィゼーシヨン条件設定画面や、ノ、イブリ ダイゼーシヨン状況が表示される。コンピュータ 800は RS—232C通信線 800aにて 制御部 700と接続されている。
[0036] 図 5は、図 3に示されている制御部 700の内部構成を示している。図 5に示されるよ うに、制御部 700の中心部には FPGA705が実装されている。 FPGA705は内部の 回路を自由に設計'書き換えができる半導体であり、内部に R〇M、 RAM,ユーザー ロジックを組み込めるだけでなぐソフトマクロによって CPUコア 706を組み込むこと ができる。
[0037] 本実施形態の FPGA705は、 ALTERA社の FPGAでソフトマクロ CPUである Nio s (登録商標)プロセッサを搭載したものである。 FPGA705内部に CPUコア 706を構 成したことで、既製の CPUのようにディスコンの影響を受けることがなぐまた、 UAR Tの数を自由に設定'変更ができる。また、将来の機能拡張や動作速度向上の要望 に対応すべく FPGA内部に二個以上の CPUを置くマルチプロセッサモードも実現で きる。
[0038] 本実施形態では、コンピュータ 800との RS—232C通信およびポンプ 600との RS_ 232C通信および温度調節器 300との RS-232C通信におけるコマンド送受信を CP Uコア 706が行う。
[0039] AZDコンバーター 701は、圧力センサー 500から出力された電圧を 8ビットのデジ タルデータを変換するものである。本実施形態では、圧力センサー 500から出力され た電圧をコネクタ 700a— 700dで夫々受けて、夫々の AZDコンバーター 701でデジ タルデータに変換する。変換された 8ビットデータは 701a— 701dの信号線によって 夫々 FPGA705に入力される。 FPGA705から出力される信号 701eは A/Dクロッ クで、 ΙΚΗζの周波数となっている。また、この A/Dクロックは圧力センサー 500の 電圧を必要なときのみ A/Dクロック 701eを出力して AZD変換できるように FPGA7 05が制御している。
[0040] RS-232Cインターフェース IC702、 703、 704は、 CMOS電圧と RS—232C電圧 とのインターフェースをするものである。 FPGA705仴 IJの信号 705a、 705b, 705c力 S CMOSレべノレであり、コネクタ 700e、 700f、 700g佃 J力 RS_232Cレべノレであるので 、その両者の電圧差をインターフェースする。
[0041] 以下、このように構成された本実施形態の反応装置の具体的な動作を説明する。
[0042] オペレータ一は、不図示のメインスィッチをオンにすることで、生体関連物質の反応 装置の各デバイスの起動および自己イニシャライズをさせる。さらに、オペレータ一は インキュベータ 200を開いて下側インキュベータ 202に反応容器 100を置き、不図示 のセットレバーを「装着」側に倒す。すると押圧アーム 203が反応容器 100を下側イン キュベータ 202側面に押し付け、反応容器 100のセットが完了する。そして、上側ィ ンキュベータ 201を下側インキュベータ 202に被せるように閉じる。
[0043] 続いて、コンピュータ 800のキーボード 810およびモニター 900を使用して、ハイブ リダィゼーシヨンの条件設定を行い、それが完了したらハイブリダィゼーシヨン開始の 指示をキーボード 810で行う。
[0044] ハイブリダィゼーシヨン開始の指示を受けたコンピュータ 800は、通信線 800aにて 制御部に各デバイスの動作パラメーターを送出する。コンピュータ 800から動作パラ メーターを受けた制御部 700では、 FPGA705内部の CPUコア 706の動作により、 温度調節器 300に対して、通信線 705c、 RS—232Cインターフェース IC704、コネク タ 700g、通信線 300eを介してインキュベータ 200の設定温度(上側インキュベータ 2 01および下側インキュベータ 202夫々の設定温度)を送出する。
[0045] 温度調節器 300からパラメーター受信完了コマンドおよび上側インキュベータ 201 、下側インキュベータ 202の現在温度データを制御部 700が受信すると、続いて CP Uコア 706の動作により通信泉 705a、 RS—232Cインターフェース IC702、コネクタ 7 00e、通信線 600cを介して、ポンプに内蔵されているシリンジのサイズや動作最小分 解能、シリンジ動作用モーターの駆動電流値などを送出する。
[0046] 本実施形態では、図 3に示されるように、四台のポンプ 600がデイジ一チェーンで 接続されており、通信線 600cに近い方から「a」、「b」、「c」、「d」とポンプ識別用に自 動的に IDが割り振られている。従って、例えば通信線 600cに一番近いポンプを動 作させる場合は、「a」 +「コマンド」とコマンドを送出して動作させる。四台同時に動作 させる場合は、「a」 +「コマンド」 +「b」 +「コマンド」 +「c」 +「コマンド」 +「d」 +「コマ ンド」と連続して送信する。
[0047] 全てのポンプ 600からパラメーター受信完了コマンドを制御部 700が受信すると、 制御部 700は温度調節器 300から上側インキュベータ 201および下側インキュベー タ 202の現在温度データを連続して繰り返し受信する。さらに、制御部 700はコンビ ユータ 800に対して、上側インキュベータ 201および下側インキュベータ 202の現在 温度データを連続して送信し続ける。
[0048] このデータをコンピュータ 800は受信し続け、オペレーターが設定した温度に到達 するまでモニター 900の画面上に「設定温度に到達するまでお待ちください」等のメ ッセージを表示して待ち状態となる。
[0049] 設定温度に到達すると、コンピュータ 800は、反応容器 100でハイブリダィゼーショ ンを行うために四台のポンプ 600を 50 /i 1吸引動作させるコマンドを制御部 700に送 出する。コマンドを受けた制御部 700は、ポンプ 600に対してコンピュータ 800からの 指示に基づいた動作をさせるベくコマンドを送出する。それと同時に制御部 700にあ る FPGA705は A/Dコンバーター 701に A/Dクロック 701eを送出し圧力センサー 500から出力される管路内圧力の電圧を A/D変換させる。それと同時に A/Dコン バーター 701各々力 送出されてくるデジタルデータ 701a— 701dのデータを取り込 む。
[0050] 図 6は、ポンプ動作時の反応液駆動用チューブ 400内の圧力変動を示している。
図 6において、状態 6aはポンプ 600の動作を開始する前で、反応液駆動用チューブ 400の内部圧力は大気圧と同じ圧力となっている。圧力センサー 500は、スペック上 、大気圧の状態で 2. 48V (リファレンス電圧)を出力する。
[0051] 図 6において、状態 6bはポンプ 600が吸引動作をしている状態である。吸引が進 むにつれて反応液駆動用チューブ 400の圧力は下がって行く。このとき制御部 700 の FPGA705は A/Dコンバーター 701に A/Dクロック 701eを送出して、リアノレタイ ムに圧力センサー 500から出力される電圧をデジタルデータに変換し、 FPGA705 内部に取り込む。続いて CPUコア 706はリファレンス電圧から現在 A/D変換したデ ジタルデータを引き算し、実際の圧力を算出する。
[0052] 現時点で引き算結果は電圧値となっている。このまま引き算結果の電圧値の大きさ を圧力とみなして圧力の変化をモニターしてもよいし、前述のとおり lKpaあたり 22. 5mVの電圧変化があることが判っているので、算出された電圧値を 22. 5mVで割り 算して実際の圧力を kPaで扱ってもよい。本実施形態では、演算速度の向上を図り、 割り算はせずに、引き算された電圧値をそのまま扱う。
[0053] ポンプ 600の吸引動作が終了すると、図 6の状態 6cになる。状態 6cでは、大きな負 圧状態であった反応液駆動用チューブ 400の圧力力 S、反応液の移動によって徐々 に大気圧まで戻って行く状態を示している。状態 6cの最終段階にて概ね大気圧に近 レ、ところまで圧力が戻ると、反応液の移動が終了する。
[0054] 続いて、ポンプ 600が排出動作を開始すると状態 6dになり圧力が徐々に上がって 行く。このとき、 FPGA705内部の CPUコア 706は、リファレンス電圧と現在 A/D変 換したデジタルデータとの間で引き算をして、実際の圧力を算出する。ただし、引き 算は(現在 A/D変換したデジタルデータ)— (リファレンス電圧)となる。なぜならば、 ポンプ 600は排出動作をしているため、反応液駆動用チューブ 400の内部は正圧と なっている力らである。 CPUコア 706は、ポンプ 600の現在の動作状態に応じて演 算を変更する。
[0055] ポンプ 600の排出動作が終了すると図 6の状態 6eとなり、圧力は徐々に大気圧に 近づいて行く。このとき、反応液はゆっくりと反応容器 100の上側容器半体 101の反 応液収容部 101aに戻ってくる。正常な反応液駆動動作が行われているときには、図 6で示されるような圧力変動をする。
[0056] ところで、反応容器 100内部にある反応チップ 103の固相坦体 105に割れが生じて 、反応液が反応チップ 103の固相坦体 105の割れ部分から大量に漏れ出してしまう と、反応液駆動用チューブ 400の圧力は、図 7Aに示されるように、ほとんど上昇しな くなる。図 7Bは、反応チップ 103の固相坦体 105が割れておらず正常に反応液駆動 が行われている状態における反応液駆動用チューブ 400の圧力変動を示している。
[0057] 図 8は、管路中に詰まりなどが発生している状態における反応液駆動用チューブ 4 00の圧力変動を示している。図 8において、状態 8aはポンプ 600が吸引動作をして レ、る期間を示している。通常、反応容器 100内部にある反応チップ 103の固相坦体 1 05に問題がない状態では、ポンプ 600が 50 μ ΐの吸引動作を停止したときに、圧力 センサー 500の出力電圧は電圧 8b以下にならなレ、。しかし、管路中に詰まりなどが 発生した場合には、反応液駆動用チューブ 400の圧力は通常よりも大幅に低くなり、 圧力センサー 500の出力電圧は電圧 8cまで低下する。つまり、反応液駆動用チュー ブ 400の圧力が通常よりも大幅に低下する。
[0058] また、ポンプ 600が 50 μ ΐの吸引動作を停止したあとも、状態 8dで示されるように、 圧力センサー 500の出力電圧は変化せず、つまり、圧力が下がったままもとの大気 圧付近まで戻ろうとしない。
[0059] 制御部 700の FPGA705内部にある不図示のメモリーには、反応容器 100装着時 に正常に吸引動作が終了してポンプが停止したときの反応液駆動用チューブ 400の 圧力値が(リファレンス電圧)一 (ポンプ停止時の圧力センサー出力電圧)として記憶さ れ、反応容器 100装着時に正常に排出動作が終了してポンプが停止したときの反応 液駆動用チューブ 400の圧力値が(ポンプ停止時の圧力センサー出力電圧) - (リフ アレンス電圧)として記憶されている。
[0060] 具体的には、正常な吸引動作時の圧力値(電圧)は、 0. 191V— 0. 233Vであり( ばらつきを考慮)、正常な排出動作時の圧力値 (電圧)は、 0. 285V— 0. 32Vである (ばらつきを考慮)。従って、吸引動作時、制御部 700内部の FPGA705は、ポンプ 6 00の動作開始と同時に、 A/Dコンバーター 701から送出されるデジタルデータ 701 a— 701dを元にリファレンス電圧との間で演算し、メモリーされている電圧値と比較し 糸 ける。
[0061] ポンプ 600が 50 μ ΐの吸引動作を終了した時点で、演算結果が 0. 191V 0. 233 Vの範囲に入っていれば正常と判断し、制御部 700はコンピュータ 800に動作正常 終了のコマンドを返す。
[0062] し力、し、ポンプ 600力 0 μ 1の吸引動作を終了しても、演算結果が 0 0. 190Vの 間にあった場合は、圧力が規定値よりも下がっていない状態であるため、制御部 700 はコンピュータ 800に、管路の圧力漏れや反応チップ 103の固相坦体 105の割れや 反応容器 100のインキュベータ 200への装着不良が起きていることを示す異常終了 コマンドを返す。このコマンドを受信したコンピュータ 800は、モニター 900上に「圧力 異常。チップの割れやインキュベータへの装着不良や配管系の圧力漏れが発生して レヽなレ、か確認してくださレ、。」等のメッセージを表示してオペレーターに注意を促す。
[0063] 反対に、ポンプ 600が 50 μ ΐの吸引動作を終了しても、演算結果が 0. 234V以上 あった場合は、圧力が規定値よりも下力 ^過ぎている状態であるため、制御部 700は コンピュータ 800に、管路の詰まりが起きていることを示す異常終了コマンドを返す。 このコマンドを受信したコンピュータ 800は、モニター 900上に「圧力異常。配管系に 詰まりが発生していない力、確認してください。」等のメッセージを表示してオペレータ 一に注意を促す。
[0064] ポンプ排出動作の場合も同様のアルゴリズムが適用される。排出動作において、ポ ンプ 600が 50 μ ΐの排出動作を終了した時点で、演算結果が 0. 285V-0. 32Vの 範囲に入っていれば正常と判断し、制御部 700はコンピュータ 800に動作正常終了 のコマンドを返す。
[0065] し力し、ポンプ 600力 S50 μ 1の排出動作を終了しても、演算結果が 0— 0. 285Vの 間にあった場合は、圧力が規定値よりも上がっていない状態であるため、制御部 700 はコンピュータ 800に、管路の圧力漏れや反応チップ 103の固相坦体 105の割れや 反応容器 100のインキュベータ 200への装着不良が起きていることを示す異常終了 コマンドを返す。このコマンドを受信したコンピュータ 800は、モニター 900上に「圧力 異常。チップの割れやインキュベータへの装着不良や配管系の圧力漏れが発生して レヽなレ、か確認してくださレ、。」等のメッセージを表示してオペレーターに注意を促す。
[0066] 反対に、ポンプ 600が 50 μ 1の排出動作を終了した時点で、演算結果が 0. 33V以 上あった場合は、圧力が規定値よりも上がり過ぎている状態であるため、制御部 700 はコンピュータ 800に管路の詰まりを示す異常終了コマンドを返す。このコマンドを受 信したコンピュータ 800は、モニター 900上に「圧力異常。配管系に詰まりが発生して レヽなレ、か確認してくださレ、。」等のメッセージを表示してオペレーターに注意を促す。
[0067] 異常が発生しているときは、オペレーターがキーボード 810を操作することによって 任意にポンプ動作時の圧力値のログをモニター 900上にグラフとしてみることができ る。
[0068] このように、制御部 700は、ポンプ 600の動作の特定のタイミングで、圧力センサー 500で検出される圧力状態を判断することにより、圧力状態の異常の発生を検出す る。圧力状態の異常の発生の検出は、圧力センサー 500の出力値(出力電圧)を所 定の基準値(リファレンス電圧)と比較することにより行われる。制御部 700は、圧力状 態の異常の発生を検出した際には、コンピュータ 800を介して、圧力状態の異常の 発生を示すメッセージをモニター 900に表示させる。
[0069] 圧力異常が発生していない場合、ポンプ 600は、指定された回数だけ吸引 ·排出 動作を繰り返し、ノ、イブリダィゼーシヨンを進行させ、最後に CCDカメラ 1000にて反 応結果を撮影し全てのプロセスを終了する。この際、ポンプ 600が 50 μ ΐの吸引動作 を終了し反応液が反応チップ 103から完全になくなった状態になったときに同期して CCDカメラ 1000によって撮影が行われるようにコンピュータ 800は CCDカメラ 1000 を制御する。
[0070] 制御部 700は、圧力状態の異常の発生を検出した際に、圧力状態のポンプ 600を 初期状態に戻し終了処理を行うと共に、ハイブリダィゼーシヨンを中断するメッセージ をモニター 900に表示させるコマンドをコンピュータ 800に返してもよレ、。
[0071] この場合、制御部 700は、圧力センサー 500で検出される圧力状態に基づいてポ ンプ 600を制御し、圧力状態が正常である間は、ハイブリダィゼーシヨンを継続するよ うにポンプ 600を駆動し、圧力状態の異常を検出した際には、ポンプ 600を停止させ る。
[0072] また、モニター 900には、圧力センサー 500で検出される圧力状態が常時表示され てもよい。
[0073] 本実施形態では、ポンプ 600の動作速度を一定として、さらに使用する反応チップ 103の反応液透過性と反応液の粘性が常に一定であると仮定して説明した。しかし、 使用する反応チップ 103の反応液透過性の違いや、使用する反応液の粘性に違い 力 Sある場合、ポンプ 600の動作速度が一定であると、反応液駆動用チューブ 400の 圧力はこれらの組み合わせによって大きく変動する。反応チップ 103の反応液透過 性が非常に良ぐかつ反応液の粘性が低い場合には、ポンプ 600の動作速度を早く しても問題がないが、反応チップ 103の反応液透過性が非常に悪ぐかつ反応液の 粘性が非常に高い場合には、ポンプ 600の動作速度が早レ、まま反応液駆動をしてし まうと、反応チップ 103に大きな歪負荷がかかり、最悪の場合、反応チップ 103が破 損してしまう可能性がある。反応液透過性が最も悪くかつ反応液の粘性が最も低レ、 組み合わせにおいて反応チップ 103が破損しないようにポンプ 600の動作速度を常 時遅く設定してしまうと、無駄に反応液駆動時間力 Sかかることもありうる。そこで、圧力 の大きさや変化の具合をモニターしながら、反応液駆動用チューブ 400の圧力が一 定の範囲内に入るように、ポンプ 600の動作速度を所定の範囲内で可変して反応液 駆動するようにすることも、制御プログラムを変更するだけで本実施形態の構成を一 切変更することなく実現できる。
[0074] なお、本生体関連物質の反応装置では、オペレーターが不図示のメインスィッチを オンにする事で各デバイスの起動およびイニシャライズを行うが、このときに同時に配 管系の不具合確認動作を行ってもよい。具体的には、反応容器が装着されていない ことを反応装置が確認した後、制御部 700がポンプ 600に対して吸引動作を指示し、 同時に A/Dコンバーター 701から送出されるデジタルデータ 701a— 701dを元にリ ファレンス電圧との間で演算し規定の電圧値以下になっている力を判断する。もしも 、配管系に詰まりがあったり圧力伝達媒体が劣化して高い粘性を持ってしまったりし た場合、演算後の電圧は規定よりも高くなる。反応容器は装着されていない状態であ るので、これにより、反応装置は配管系に異常があると判断できる。
[0075] 上述した実施形態では、 DNAチップを用いた遺伝子反応の検査を例にあげて説 明したが、本発明は、遺伝子以外の生体関連物質の検査のためのプローブを固相 化した基板から成る他の検查チップを用いた他の生体関連物質の検查、例えば免疫 反応等の検査に適用されてもよい。さらに、種々のプローブを固相化する基板は、種 々の形態のものを適用することが可能である。例えば、シリコンウェハやガラスのよう な二次元基板、種々のビーズ、種々の多孔質基板、種々のゲルを適用することが可 能である。
[0076] これまで、図面を参照しながら本発明の実施の形態を述べたが、本発明は、これら の実施の形態に限定されるものではなぐその要旨を逸脱しない範囲において様々 な変形や変更が施されてもよレ、。

Claims

請求の範囲
[1] 生体関連物質の反応装置であり、
反応チップに与えられた生体関連物質を含む反応液を駆動させるための反応液駆 動手段と、
反応チップと反応液駆動手段との間にあり、反応液駆動手段からの圧力変動を反 応液に伝達するための圧力伝達媒体と、
圧力伝達媒体の圧力状態を検出する圧力検出手段とを備えている、生体関連物 質の反応装置。
[2] 圧力検出手段で検出される圧力状態を判断して圧力状態の異常の発生を検出す る制御手段をさらに備えている、請求項 1に記載の生体関連物質の反応装置。
[3] 制御手段は、反応液駆動手段の動作の特定のタイミングにおいて圧力状態の判断 を行う、請求項 2に記載の生体関連物質の反応装置。
[4] 圧力状態の異常の発生を表示する表示手段をさらに備えている、請求項 2に記載 の生体関連物質の反応装置。
[5] 制御手段は、圧力状態に基づいて反応液駆動手段の動作を制御する、請求項 2に 記載の生体関連物質の反応装置。
[6] 生体関連物質の反応中または反応後の状態を撮影する撮影手段を有している、請 求項 1に記載の生体関連物質の反応装置。
[7] 反応液の温度を制御する温度制御手段を有してレ、る、請求項 1に記載の生体関連 物質の反応装置。
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