WO2009142257A1 - 食道ガン判定用組成物及び方法 - Google Patents

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WO2009142257A1
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esophageal cancer
polynucleotide
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妙本陽
小園聡子
秋山英雄
信正均
嶋田裕
辻本豪三
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Toray Industries Inc
Kyoto University NUC
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Toray Industries Inc
Kyoto University NUC
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    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/5753—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer of the stomach or small intestine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Definitions

  • the present invention relates to a diagnostic (determination or detection) composition useful for determination or detection of esophageal cancer, an esophageal cancer detection or determination method using the composition, and an esophageal cancer diagnosis or detection kit using the composition. .
  • the esophagus is a luminal organ that connects the pharynx and stomach, mostly in the thoracic cavity and partly in the neck and abdominal cavity.
  • the upper part of the thoracic cavity is between the trachea and the spine, and the lower part is surrounded by the heart, aorta and lungs.
  • the esophagus serves to send food from the mouth to the stomach.
  • Japanese death rate from cancer in 2001 is 238.8 out of 100,000.
  • the proportion of esophageal cancer among death causes is increasing year by year. In 2001, 5.0% of all cancer deaths were in men and 1.4% in women.
  • the peak age of onset of esophageal cancer is in the 60s to 70s, and men often have onset.
  • environmental factors such as smoking, drinking, and hot foods are closely related to the occurrence.
  • the esophageal wall and its surroundings are rich in blood vessels and lymphatic vessels, it is known that there are many metastasis of cancer that has occurred.
  • Treatment for esophageal cancer is determined in consideration of the degree of progression (Japanese Esophageal Disease Research Group, Clinical / Pathology, esophageal cancer handling regulations 1999), metastasis, and general condition. Standard treatment methods for esophageal cancer are described in “esophageal cancer treatment guidelines” (2002) edited by the Japan Esophageal Disease Research Group.
  • the most common therapy at present is surgical treatment, and the esophagus including cancer and surrounding tissues including lymph nodes are removed (lymphadenectomy), and then the esophagus is reconstructed using other organs such as the stomach.
  • surgical therapy especially wide-area lymph node dissection, places a heavy burden on patients and requires consideration for lowering QOL after surgery.
  • Endoscopic mucosal resection may be possible for early cancers that remain in the mucosa.
  • Radiation may be performed from both radical treatment and symptomatic treatment.
  • chemotherapy is performed in combination with surgery and radiation therapy.
  • the combination therapy of 5-fluorouracil and cisplatin is considered to be the most effective for chemotherapy.
  • Oesophageal cancer is often found in patients who have had subjective symptoms such as discomfort during swallowing, difficulty swallowing, pain in the sternum and discomfort in the chest. However, these symptoms appear as a result of cancer growing in the esophagus, and cancers discovered at the time of consultation by self-examination often have an extra-esophageal wall progression or metastasis and often have a poor prognosis.
  • Esophageal cancer is diagnosed by esophageal angiography, endoscopy, and biopsy tissue examination. Biopsy specimens are collected at the time of endoscopy or surgery, and pathological specimens are prepared and diagnosed by histopathological classification. At this time, development of a quick and simple diagnostic method that can predict the presence or absence of esophageal cancer from the properties of cells obtained by endoscopy is required.
  • Patent Document 6 provides 20 types of genes that determine the presence or absence of esophageal cancer cells by detecting combinations, but that esophageal cancer cells are included and esophageal cancer cells are not included.
  • Patent Document 7 Non-Patent Documents 9 and 10 shown in SPRR3 gene (Small proline-rich protein 3), Non-Patent Document 11 fgf3 gene, Patent Document 7, CSTB genes (cystatin B, liver thiol proteinase inhibitor) shown in Non-Patent Literature 12, UCP2 genes (mitochondrial uncoupling protein 2) and COL3A1 (3 'region-formal patent, patent 3) UPK1A gene (uroplatink1A) shown in Reference 7 and HSPA1B gene (Heat) shown in Non-Patent Reference 13 "Shock 70 kDa Protein 1)" has been reported. Further, as an epithelial malignant tumor marker, RRM1 gene
  • the present invention relates to a disease determination composition useful for diagnosis and treatment of esophageal cancer, an esophageal cancer determination (or detection) method using the composition, and esophageal cancer determination (or detection or detection) using the composition.
  • the aim is to provide a diagnostic kit.
  • a method of marker search among esophageal cancer cells, a method of comparing the amount of gene expression or protein expression in a patient-derived esophageal cancer cell and a patient-derived non-cancer cell at the time of surgery, or a metabolite of the cell by some means And methods for measuring the amount of genes, proteins, metabolites, etc. contained in body fluids of esophageal cancer patients and non-cancer patients.
  • probes using base sequences corresponding to hundreds to tens of thousands of genes are fixed to the DNA array.
  • the gene in the sample binds to the probe, and the amount of gene expression in the test sample can be known by measuring the amount of binding by some means.
  • the gene corresponding to the probe to be immobilized on the DNA array can be freely selected, and the amount of gene expressed in the sample using esophageal cancer cells and non-cancer cells derived from esophageal cancer patients during surgery or endoscopy It is possible to estimate a gene group that can serve as an esophageal cancer marker.
  • the present inventors analyzed the gene expression of esophageal cancer cells and non-cancer cells derived from esophageal cancer patients at the time of surgery using a DNA chip, and found genes that can be used as detection markers for esophageal cancer. Further, the present inventors have found that the expression levels of these genes are decreased, reduced, increased or increased in esophageal cancer cells compared to non-cancer cells.
  • the present invention provides a diagnostic composition for esophageal cancer comprising three or more polynucleotides selected from the group consisting of the polynucleotides shown in the following (a) to (e), variants or fragments thereof: It is a thing.
  • A a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, a variant thereof, or a fragment thereof comprising 15 or more consecutive bases
  • polynucleotide a polynucleotide comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases
  • SEQ ID NOs: 1 to 38 E
  • E a polynucleotide that hybridizes under stringent conditions with any of the polynucleotides (a) to (d) above, or a sequence of 15 or more sequences Fragment containing the base.
  • composition wherein the fragment is a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases.
  • the fragment includes a base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 100 in the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 1 to 38, and 60 or more consecutive sequences.
  • the above-mentioned composition which is a polynucleotide containing a selected base or a polynucleotide containing a base sequence complementary to the sequence of the polynucleotide.
  • composition wherein the fragment is a polynucleotide comprising the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 100 or a base sequence complementary thereto.
  • composition wherein the fragment is a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases.
  • the fragment contains the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 101 to 124 in the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, and contains 60 or more consecutive bases.
  • the above-mentioned composition which is a polynucleotide containing or a polynucleotide containing a base sequence complementary to the sequence of the polynucleotide.
  • composition wherein the fragment is a polynucleotide comprising the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 101 to 124 or a base sequence complementary thereto.
  • an esophageal cancer diagnostic kit comprising three or more of the polynucleotides, variants and / or fragments thereof described in any one of the above (a) to (e).
  • kit according to any one of the above, further comprising two or more of the polynucleotides shown in (f) to (j), variants thereof and / or fragments thereof.
  • the polynucleotide is a polynucleotide consisting of the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 62, a polynucleotide consisting of the complementary sequence, and stringent conditions with these polynucleotides.
  • the kit as described above which is a hybridizing polynucleotide or a fragment containing 15 or more consecutive bases thereof.
  • the above-mentioned kit wherein the fragment is a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases.
  • the fragment includes a base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 124 in the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 1 to 62, and 60 or more consecutive sequences.
  • kit which is a polynucleotide containing the base sequence complementary to the sequence
  • the above-mentioned kit wherein the fragment is a polynucleotide comprising the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 124 or a base sequence complementary thereto.
  • the above-mentioned kit wherein the fragment is a polynucleotide comprising a base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 124.
  • the kit includes 5 or more to all of a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 63 to 124 or a complementary sequence thereof.
  • polynucleotide according to any one of the above, wherein the polynucleotides are packaged separately or in any combination in different containers.
  • the present invention provides a DNA chip for esophageal cancer diagnosis, comprising three or more of the polynucleotides, mutants and / or fragments thereof described in any one of the above (a) to (e).
  • the above DNA chip further comprising two or more of the polynucleotides, variants thereof and / or fragments thereof described in any one of the above (f) to (j).
  • the above DNA chip comprising 5 or more to all of the polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 63 to 124 or a complementary sequence thereof.
  • a composition according to any of the above a kit according to any of the above, a DNA chip according to any of the above, or a combination thereof, a target in a biological sample derived from a subject
  • the tissue includes esophageal cancer cells using the composition according to any of the above, the kit according to any of the above, the DNA chip according to any of the above, or a combination thereof.
  • a first step of measuring the expression level of a target nucleic acid in a plurality of biological samples known in vitro, and a discriminant using the measured value of the expression level of the target nucleic acid obtained in the first step as a teacher A second step of creating a (support vector machine), a third step of measuring the expression level of the target nucleic acid in a specimen sample derived from the subject's esophagus in vitro as in the first step, the second step Substituting the measured value of the expression level of the target nucleic acid obtained in the third step into the discriminant obtained in the step, and based on the result obtained from the discriminant, esophageal cancer cells are included in the sample sample 4th to determine Including the extent, which is a method of determining the esophageal cancer.
  • the kit described in any of the above, or the DNA chip described in any of the above for predicting the presence or absence of esophageal cancer in vitro in the composition described in any of the above, the kit described in any of the above, or the DNA chip described in any of the above. Is use.
  • the esophageal cancer cell derived from a subject or the polypeptide in blood This is a method for predicting in vitro the presence or absence of esophageal cancer in a subject, comprising measuring the level of peptide in vitro.
  • the method according to the above wherein the level of the polypeptide is measured by further using two or more antibodies or fragments thereof against the polypeptide encoded by the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62 It is.
  • polypeptide has the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 125 to 186.
  • any one of the above, wherein the polypeptide expression level is determined to be esophageal cancer if it is altered in a subject suffering from esophageal cancer compared to a healthy subject. It is a method.
  • the “polynucleotide” is used as a nucleic acid including both RNA and DNA.
  • the DNA includes any of cDNA, genomic DNA, and synthetic DNA.
  • the RNA includes any of total RNA, mRNA, rRNA, and synthetic RNA.
  • the polynucleotide is used interchangeably with the nucleic acid.
  • cDNA includes a full-length DNA strand of a sequence complementary to RNA generated by gene expression and a DNA fragment composed of a partial sequence thereof.
  • cDNA can be synthesized by RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) using RNA as a template and poly-T primers.
  • the term “gene” includes not only double-stranded DNA but also each single-stranded DNA such as a positive strand (or sense strand) or a complementary strand (or antisense strand) constituting the same. Used intentionally. The length is not particularly limited.
  • “gene” refers to double-stranded DNA containing human genomic DNA, single-stranded DNA containing cDNA (positive strand), and single-stranded DNA having a sequence complementary to the positive strand. DNA (complementary strand) and any of these fragments are included.
  • the “gene” is not limited to a “gene” represented by a specific base sequence (or SEQ ID NO), but is a protein having a biological function equivalent to a protein encoded by these, for example, a homolog (ie, homolog).
  • Variants such as splice variants, and “genes” encoding derivatives are included.
  • the “gene” encoding such homologue, variant or derivative is complementary to any one of the specific base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 62 under the stringent conditions described later.
  • a “gene” having a base sequence that hybridizes with the sequence can be mentioned.
  • a homologue of a human-derived protein that is, a homolog
  • a protein or gene of another species corresponding to the protein or a human gene encoding the protein can be exemplified, and these proteins or genes Homologs can be identified by HomoLoGene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homoloGene/).
  • HomoLoGene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homoloGene/
  • a specific human amino acid or base sequence can be obtained by using the BLAST program (Karlin, S. et al., Processedings of the National Academic Sciences USA, 1993, Vol. 90, p.
  • BLAST programs include BLASTN (gene) and BLASTX (protein).
  • UniGeneClusterID number indicated by Hs. Obtained by inputting the registration number from the BLAST search into UniGene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/). Enter in HomoloGene.
  • a gene of another species as a gene homolog corresponding to the human gene indicated by a specific base sequence from the list showing the correlation of the gene homologue between the other species gene and the human gene obtained as a result. it can.
  • a FASTA program http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/fasta-e.html
  • BLASTA program http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/fasta-e.html
  • the “gene” does not ask whether the functional region is different, and can include, for example, an expression control region, a coding region, an exon, or an intron.
  • transcript refers to messenger RNA (mRNA) synthesized using a DNA sequence of a gene as a template.
  • mRNA messenger RNA
  • Messenger RNA is synthesized in such a manner that RNA polymerase binds to a site called a promoter located upstream of the gene and ribonucleotides are bound to the 3 ′ end so as to be complementary to the DNA base sequence.
  • This messenger RNA includes not only the gene itself, but also the entire sequence from the transcription start point to the end of the poly A sequence, including the expression control region, coding region, exon or intron.
  • the “translation product” refers to a protein synthesized based on the messenger RNA synthesized by transcription regardless of whether or not the RNA is subjected to modification such as splicing.
  • ribosome and messenger RNA are first bound, and then amino acids are linked according to the base sequence of messenger RNA, and a protein is synthesized.
  • the “probe” includes a polynucleotide used for specifically detecting RNA produced by gene expression or a polynucleotide derived therefrom and / or a polynucleotide complementary thereto.
  • the “primer” includes a continuous polynucleotide and / or a complementary polynucleotide that specifically recognizes and amplifies RNA generated by gene expression or a polynucleotide derived therefrom.
  • a complementary polynucleotide is a full-length sequence of a polynucleotide consisting of a base sequence defined by a sequence number, or a partial sequence thereof (here, for convenience, this is referred to as a normal strand).
  • a polynucleotide having a base-complementary relationship based on a base pair relationship such as A: T (U) and G: C.
  • a complementary strand is not limited to the case where it forms a completely complementary sequence with the target positive strand base sequence, but has a complementary relationship that allows hybridization with the target normal strand under stringent conditions. There may be.
  • stringent conditions refers to conditions under which a probe hybridizes to its target sequence to a detectably greater extent (eg, at least twice background) than to other sequences. Say. Stringent conditions are sequence-dependent and depend on the environment in which hybridization is performed. By controlling the stringency of the hybridization and / or wash conditions, target sequences that are 100% complementary to the probe can be identified.
  • variant refers to a natural variant caused by polymorphism, mutation, alternative splicing during transcription, or a variant based on the degeneracy of the genetic code, or a sequence.
  • a variant comprising one or more, preferably one or several, base deletions, substitutions, additions or insertions in the base sequence represented by numbers 1 to 62 or a partial sequence thereof, or the base sequence or a partial sequence thereof About 80% or more, about 85% or more, about 90% or more, about 95% or more, about 97% or more, about 98% or more, a variant showing% identity of about 99% or more, or the base sequence or a part thereof Means a nucleic acid that hybridizes with a polynucleotide or oligonucleotide containing the sequence under the stringent conditions defined above, whereas in the case of a protein or peptide, A variant comprising one or more, preferably one or several amino acid deletions, substitutions, additions or insertions, or
  • “several” means an integer of about 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3 or 2.
  • % identity can be determined using the above-mentioned BLAST or FASTA protein or gene search system with or without introducing a gap (Karlin, S .; 1993, Proceedings of the National Academic Sciences, USA, Vol. 90, p. 5873-5877; Altschul, SF, et al., 1990, Journal of Molecular Biology, Vol. 215, p. 403-410; Pearson, WR et al., 1988, Proceedingsingof the National Academic Sciences USA, Vol. 85, pp. 2444-2448).
  • the term “derivative” means, in the case of a nucleic acid, a labeled derivative such as a fluorophore, a modified nucleotide (for example, a nucleotide or a base containing a group such as halogen, alkyl such as methyl, alkoxy such as methoxy, thio, or carboxymethyl)
  • a modified nucleotide for example, a nucleotide or a base containing a group such as halogen, alkyl such as methyl, alkoxy such as methoxy, thio, or carboxymethyl
  • acetylation, acylation, alkylation, phosphorylation etc. It means chemically modified derivatives such as oxidation, sulfation, glycosylation, biotinylation and the like.
  • diagnosis (or detection or determination) composition refers to the presence or absence of esophageal cancer, the degree of morbidity, the presence or absence of improvement, and the degree of improvement, and prevention and improvement of esophageal cancer. Or what is used directly or indirectly in order to screen the candidate substance useful for a treatment.
  • nucleotides, oligonucleotides and polynucleotides are used as probes for detecting the gene expressed in vivo, in tissues or cells based on the above properties, and for amplifying the gene expressed in vivo. It can be effectively used as a primer.
  • the “biological tissue” to be detected and diagnosed refers to a tissue in which the gene of the present invention changes in expression with the occurrence of esophageal cancer. Specifically, it refers to esophageal tissue and surrounding lymph nodes, and other organs suspected of metastasis.
  • EYA2 gene or “EYA2” are the eyes absolute homolog2 gene (DNA) indicated by the specific base sequence (SEQ ID NO: 1), HTG, PRKCBP1, RPS2 unless otherwise specified by SEQ ID NO: And genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof.
  • EYA2 gene GenBank Accession No. AL049540
  • the EYA2 gene was obtained from Zimmerman J. et al. E. Et al., 1997, Genome Res. It can be obtained by the method described in Volume 7, pages 128-141.
  • SERF1A gene refers to the Small EDRK-rich factor1 gene (DNA), 4F5, H4F5, which is represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 2), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , SMA modifier1, its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA) are included.
  • SERF1A gene GenBank Accession No. AF073519 described in SEQ ID NO: 2 and other species homologues are included.
  • the SERF1A gene was obtained from Scharf J. M.M. Et al., 1998, Nat. Genet. , Vol. 20, pages 83-86.
  • IGHG1 gene refers to an immunoglobulin heavy gamma 1 gene (DNA), G1m marker, a specific base sequence (SEQ ID NO: 3), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding FLJ3998, FLJ40036, FLJ40253, FLJ40587, FLJ40789, FLJ40834, MGC45809, DKFZp686H11213, homologues, variants and derivatives thereof. Specifically, the IGHG1 gene (GenBank Accession No. NC — 000014) described in SEQ ID NO: 3 and other species homologues are included. The IGHG1 gene can be found in Hood L. Et al., 1968, Nature, 220, p.764-767.
  • ITSN2 gene or “ITSN2” means the INTERSECTIN2 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 4), SH3domain-containing protein 1B, SH3P18, unless otherwise specified by a SEQ ID NO. And a gene (DNA) encoding SH3P18-like WASP ⁇ ⁇ associated protein, its homologues, mutants and derivatives.
  • ITSN2 gene GenBank Accession No. NM — 019595
  • the ITSN2 gene is Pucharcos C. Et al., FEBS Lett. 478, pp. 43-51.
  • RAB11FIP5 gene refers to the Homo sapiens RAB11 family interacting protein 5 (class I) gene (DNA) indicated by a specific base sequence (SEQ ID NO: 5), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. ), KIAA0853, RIP11, pp75, GAF1, DKFZP434H018, homologues, mutants and derivatives thereof, and the like (DNA).
  • RAB11FIP5 gene GenBank Accession No. BC035013 described in SEQ ID NO: 5 and other species homologues are included.
  • the RAB11FIP5 gene is Ito T. Et al., 1999, J. Am. Clin. Invest. 104, p.1265-1275.
  • HSPA1A gene refers to the Heat shock 70 kDa protein 1A gene (DNA), HAPA1 (DNA) indicated by the specific base sequence (SEQ ID NO: 6), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. ), HSP70.1 (DNA), HSP70-1 / HSP70-2 (DNA), HSPA1B (DNA), HSP72 (DNA), homologues, variants and derivatives thereof, etc.
  • HSPA1A gene described in SEQ ID NO: 6 GenBank Accession No. NM_005345 and other species homologues, etc. are included.
  • HSPA1A gene is Ito T. et al., 1998, J. Biochem. (Tokyo), No. 124, pages 347-353.
  • NMU gene refers to a neuromedin U precursor gene (DNA), neuromedin-U-25 represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 7), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , NmU-25, its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA).
  • SEQ ID NO: 7 a neuromedin U precursor gene
  • SEQ ID NO: 7 a specific base sequence
  • NMU gene GeneBank Accession No. NM_006688
  • the NMU gene is Austin. Et al., 1995; Mol. D Endocrinol. 14, Vol. 14, pp. 157-169.
  • E2F3 gene or “E2F3” means the E2F transcription factor 3 gene (DNA), E2F-3, which is represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 8), unless otherwise specified by a SEQ ID NO.
  • the gene (DNA) which codes the homologue, a variant, a derivative, etc. is included.
  • the E2F3 gene (GenBank Accession No. NM_001949) described in SEQ ID NO: 8 and other species homologues are included.
  • the E2F3 gene is found in Lees J. A. Et al., 1993, Mol. Cell. Biol. , Vol. 13, p7813-7825.
  • ESR2 gene As used herein, the terms “ESR2 gene” or “ESR2”, unless specified by a SEQ ID NO., Are the Estrogen receptor beta gene (DNA), ER-BETA, Erb shown by the specific base sequence (SEQ ID NO: 9). , NR3A2, its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA). Specifically, the ESR2 gene (GenBank Accession No. NM_001437) described in SEQ ID NO: 9 and other species homologues are included. The ESR2 gene was obtained from Dotzlaw H. Et al., 1997; Clin. D Endocrinol. Metab. 82, p. It can be obtained by the method described in 2371-2374.
  • CFDP1 gene means, unless specified by a SEQ ID NO., A Craniofacial development protein 1 gene (DNA), Bucentaur, BCNT, represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 10), It includes genes (DNA) encoding CP27, p97, SWC5, Yeti, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the CFDP1 gene (GenBank Accession No. NM_006324) described in SEQ ID NO: 10 and other species homologues are included. The CFDP1 gene is found in Diekwish T. G. 1999, Gene, Vol. 235, p. It can be obtained by the method described in 19-30.
  • HSPC190 gene or “HSPC190” means the Proapototic casease adapter protein gene (DNA), case-2 binding shown by the specific base sequence (SEQ ID NO: 11), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. and a gene (DNA) encoding protein, MGC29506, its homologues, mutants and derivatives.
  • the HSPC190 gene (GenBank Accession No. NM — 016459) described in SEQ ID NO: 11 and other species homologues are included.
  • the HSPC190 gene was obtained from Katoh M. Et al., 2003, Int. J. NOncol. 23, p. 235-241.
  • the term “COL1A2 gene” or “COL1A2” refers to a Collagen alpha-2 (I) chain precursor gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 12), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , Alpha-2 type I collagen, homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO: 12 specific base sequence
  • COL1A2 gene GeneBank Accession No. Z74616
  • the COL1A2 gene was obtained from Mottes M. Et al., 1998, Hum. Mutat. Vol. 12, p. It can be obtained by the method described in 71-72.
  • GCS1 gene means the Mannosyl-oligosaccharide glucosidase gene (DNA), Processing A-glucosidease represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 13), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. Including genes (DNA) encoding I, homologues, mutants and derivatives thereof.
  • GCS1 gene GenBank Accession No. NM_006302 described in SEQ ID NO: 13 and other species homologues are included.
  • the GCS1 gene is Kalz-FullerFB. Et al., 1995, Eur. J. Biochem. 231, p. 344-351.
  • PARL gene refers to a Presennlins associated protein-like protein protein (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 14), unless specified by the SEQ ID NO: Gene (DNA) encoding the body, mutant and derivative.
  • SEQ ID NO: 14 a specific nucleotide sequence
  • PARL gene Gene (GenBank Accession No. NM — 018622) described in SEQ ID NO: 14 and other species homologues are included.
  • the PARL gene was obtained from Pellegrini L. Et al., 2001, J. Am. Alzheimers Dis. , Volume 3, p. 181-190.
  • CELSR2 gene or “CELSR2” means the Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 2 precursor gene represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 15) unless otherwise specified by the SEQ ID NO. (DNA), epidermal growth factor-like 2, multiple epidermal growth factor-like domain 3, Flamingo 1, homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO: 15 SEQ ID NO. 15
  • CELSR2 gene described in SEQ ID NO: 15 GenBank Accession
  • NM_001408 and other species homologues are included.
  • the CELSR2 gene has been identified by Nakayama M. Et al., 1998, Genomics, 51, p. 27-34.
  • NDRG1 gene refers to the N-myc downstream regulated gene 1 gene (DNA), GC4, which is represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 16), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , RTP, NDR1, NMSL, TDD5, CAP43, CMT4D, HMSNL, RIT42, TARG1, PROXY1, homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO. 16 specific base sequence
  • RTP RTP
  • NDR1, NMSL TDD5
  • CAP43 CAP43
  • CMT4D HMSNL
  • RIT42 TARG1, PROXY1 gene
  • NDRG1 gene GeneBank Accession No. NM_006096
  • the NDRG1 gene is derived from Kokame K. Et al., 1996, J. Am. Biol. Chem. 271, p. It can be obtained by the method described in 29659-29665.
  • SLC25A44 gene or “SLC25A44” means a solid carrier family 25, member 44 gene (DNA) indicated by a specific base sequence (SEQ ID NO: 17), FLJ90431, unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , KIAA0446, RP11-54H19.3, homologues, variants and derivatives thereof, etc. (DNA).
  • SLC25A44 gene GenBank Accession17No. NM_014655
  • the SLC25A44 gene is the protein of Haitina T. Et al., 2006, Genomics, 88, p. 779-790.
  • TUSC2 gene refers to a tumor suppressor candidate 2 gene (DNA), PAP, FUS1, or a specific base sequence (SEQ ID NO: 18), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding PDAP2, C3orf11, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the TUSC2 gene (GenBank Accession No. NM_007275) described in SEQ ID NO: 18 and other species homologues are included. The TUSC2 gene was obtained from Lerman M. I. Et al., 2000, Cancer Res. 60, p. 6116-6133.
  • SLC4A1 gene or “SLC4A1” means a single carrier family 4, anion exchanger, member 1 gene (DNA) indicated by a specific base sequence (SEQ ID NO: 19), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. ), DI, FR, SW, WD, WR, AE1, WD1, BND3, EPB3, CD233, EMPB3, RTA1A, MGC116753, MGC126619, MGC126623, their homologues, mutants and derivatives, etc. To do. Specifically, the SLC4A1 gene (GenBank Accession No. NM_000342) described in SEQ ID NO: 19 and other species homologues are included. The SLC4A1 gene is available from Lux S. E. Et al., 1189, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 86, p. It can be obtained by the method described in 9089-9093.
  • MS4A7 gene refers to a membrane-spanning 4-domains, sanfamily A, member 7 gene represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 20), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. (DNA), CFFM4, MS4A8, 4SPAN2, CD20L4, MGC22368, homologues, mutants and derivatives thereof (DNA) are included.
  • MS4A7 gene (GenBank Accession No. NM_206938) described in SEQ ID NO: 20 and other species homologues are included.
  • the MS4A7 gene is IshibashiK. Et al., 2001, Gene, 264, p. 87-93.
  • thymosin beta-4 gene refers to the thymosin beta-4 gene (DNA), FX indicated by the specific base sequence (SEQ ID NO: 21), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. , TB4X, PTMB4, TMSB4, thymosin beta-4, X-linked, homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • TMSB4X gene GenBank Accession No. NM_021109 described in SEQ ID NO: 21 and other species homologues are included.
  • the TMSB4X gene is available from Gondo H. Et al., 1987; Immunol. 139, p. 3840-3848.
  • PRC1 gene means a protein regulator of cytokinesis 1 gene (DNA) or protein regulation cytokines indicated by a specific base sequence (SEQ ID NO: 22), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. 1, ASE1, MGC1671, MGC3669, homologues, mutants and derivatives thereof, etc. (DNA) are included.
  • SEQ ID NO: 22 protein regulator of cytokinesis 1 gene
  • SEQ ID NO: 22 protein regulation cytokines indicated by a specific base sequence
  • PRC1 gene GeneBank Accession No. NM_003981
  • the PRC1 gene is described in Jiang W. Et al., 1998, Mol. Cell. , Volume 2, p. 877-885.
  • VCP gene refers to a Valosin-containing protein protein (DNA), p97, TERA, represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 23), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding IBMFFD, MGC8560, MGC131997, MGC148092, homologues, variants and derivatives thereof. Specifically, the VCP gene (GenBank Accession No. NM_007126) described in SEQ ID NO: 23 and other species homologues are included. The VCP gene is available from Druck T. Et al., 1995, Genomics, Volume 30, p. 94-97.
  • RBM9 gene refers to an RNA binding protein protein 9 gene (DNA), RTA, fxh represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 24), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , Fox-2, HNRBP2, HRNBP2, dj106I20.3, homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • RBM9 gene GenBank Accession No. NM_014309) described in SEQ ID NO: 24, other species homologues, and the like are included.
  • the RBM9 gene is Norris J. D. Et al., 2002, Mol. D Endocrinol. 16, p. 459-468.
  • GPR126 gene refers to the G protein-coupled receptor 126 gene (DNA), FLJ14937, indicated by a specific base sequence (SEQ ID NO: 25), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. It includes a gene (DNA) encoding DKFZp564D0462, VIGR, DREG, PS1TP2, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the GPR126 gene (GenBank Accession No. BC075798) described in SEQ ID NO: 25 and other species homologues are included. The GPR126 gene was obtained from Stehlik C. Et al., FEBS IV Lett. 569, p. 149-155.
  • HOXA10 gene or “HOXA10” means a homeobox A10 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 26), HOX1.8, MGC12859, unless specified by a SEQ ID NO.
  • the gene (DNA) which codes the homologue, a variant, a derivative, etc. is included.
  • the HOXA10 gene (GenBank Accession No. BC013971) described in SEQ ID NO: 26 and other species homologues are included.
  • the HOXA10 gene is LowneyLP. Et al., 1991, Nucleic Acid Res. 19, p. 3443-3449.
  • PPP1R1A gene or “PPP1R1A” is a protein phosphate 1, regulatory (inhibitor) subunit 1A gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 27), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. ), Homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO: 27 specific base sequence
  • PPP1R1A gene GeneBank Accession No. NM_006741
  • protein phosphatease inhibitor 1, IPP-1, I-1, and other species homologs are included.
  • the PPP1R1A gene is found in Endo S. Et al., 1996, Biochemistry, 35, p. It can be obtained by the method described in 5220-5228.
  • MYO9B gene indicates a myosine IXB gene (DNA), MYR5, CELIAC4, or a homologue thereof, represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 28), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. Gene (DNA) encoding the body, mutant and derivative.
  • SEQ ID NO: 28 specific nucleotide sequence
  • MYO9B gene GenBank Accession No. NM_004145
  • the MYO9B gene was obtained from the Whith J. A. Et al., 1996, J. Am. Cell. Sci. 109, p. 653-661.
  • SLCO4C1 gene or “SLCO4C1” means a solid carrier organic transporter family, member4C1 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 29), unless otherwise specified by a SEQ ID NO.
  • the gene (DNA) which codes the homologue, a variant, a derivative, etc. is included.
  • the SLCO4C1 gene (GenBank Accession No. NM_180991) described in SEQ ID NO: 29 and other species homologues are included.
  • the SLCO4C1 gene is a product of Mikaichi T. et al. Et al., 2004, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101, p. 3569-3574.
  • SERPINB13 gene or “SERPINB13” means the HURPIN gene (DNA) represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 30), HACAT UV-REPRESABLE SERPIN, PROTEASE, unless otherwise specified by the SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding INHIBITOR 13, HEADPIN, SERPIN B13, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the SERPINB13 gene (GenBank Accession No. NM — 012397) described in SEQ ID NO: 30 and other species homologues are included. The SERPINB13 gene is found in Spring P. et al. Et al., 1999, Biochem. Biophys. Res. Commun.
  • SDC2 gene means the Syndecan2 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 31), heparan sulfate protease 1, cell-, unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding associated, fibroglycan, human heparan sulfate protein (HSPG) core protein 3'end, homologues, mutants and derivatives thereof.
  • SDC2 gene GenBank Accession No. J04621 described in SEQ ID NO: 31 and other species homologues are included.
  • the SDC2 gene is de Boeck H. et al. Et al., 1987, Biochem.
  • TOR1A gene means a torsin family, member A gene (DNA), dystonia1, DYT1 represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 32), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , DQ2, torsin A, its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA).
  • SEQ ID NO: 32 a specific base sequence
  • DQ2 torsin A
  • TOR1A gene GenBank Accession No. NM — 000113
  • the TOR1A gene is derived from Ozelius L. et al. J. et al. Et al., 1997, Nat. Genet.
  • RPL18A gene or “RPL18A” means a ribosomal protein L18a gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 33), its homologue, and mutation, unless otherwise specified by SEQ ID NO: The gene (DNA) which codes a body, derivatives, etc. is included. Specifically, the RPL18A gene (GenBank Accession No. NM_000980) described in SEQ ID NO: 33 and other species homologues are included. The RPL18A gene is a product of Adams M. et al. D. 1992, Nature, 355, p. 632-634.
  • GAS7 gene or “GAS7” means the Growth-arrest-specific protein7 gene (DNA), GAS-, which is represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 34), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. 7, gene (DNA) encoding MGC1348, its homologues, mutants and derivatives, and the like.
  • SEQ ID NO: 34 specific base sequence
  • SEQ ID NO. 7 gene encoding MGC1348, its homologues, mutants and derivatives, and the like.
  • GAS7 gene GenBank Accession No. NM — 201432
  • the GAS7 gene is disclosed in Ju Y. et al. T.A. Et al., 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95, p.
  • WISP1 gene means the WNT1 inducible signaling pathway 1 gene (DNA), CCN4, which is represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 35), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding WISP1c, WISP1i, WISP1tc, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the WISP1 gene (GenBank Accession No. NM_003882) described in SEQ ID NO: 35 and other species homologues are included. The WISP1 gene is derived from Pennica D. et al. Et al., 1998, Proc. Natl. Acad.
  • CACNG4 gene refers to a voltage-dependent calcium channel gamma-4 subunit gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 36), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , Neuronal voltage-gate calcium channel gamma-4 subunit, MGC11138, MGC24983, homologues, mutants and derivatives thereof, and the like (DNA).
  • SEQ ID NO: 36 specific base sequence
  • CACNG4 gene Gene (GenBank Accession No. NM — 014405) described in SEQ ID NO: 36 and other species homologues are included.
  • the CACNG4 gene is described in Burgess D. et al. L. Et al., 1999, Genome Res. Vol. 9, p. It can be obtained by the method described in 1204-1213.
  • the term “S100P gene” or “S100P” refers to the S-100P protein gene (DNA) represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 37), S100 calcium binding protein, unless otherwise specified by the SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding P, MIG9, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the S100P gene (GenBank Accession No. NM — 005980) described in SEQ ID NO: 37 and other species homologues are included.
  • the S100P gene is a Becker T. et al. Et al., 1992, Eur. J. et al. Biochem. 207, p. 541-547.
  • the term “UCHL5 gene” or “UCHL5” means the ubiquitin carboxy-terminal hydrolase L5 gene (DNA) represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 38), UCH37, It includes a gene (DNA) encoding CGI-70, its homologues, mutants and derivatives.
  • the UCHL5 gene (GenBank Accession No. NM — 015984) described in SEQ ID NO: 38 and other species homologues are included.
  • the UCHL5 gene is described in Wicks S. et al. J. et al. Et al., 2005, Oncogene, Vol. 24, p. It can be obtained by the method described in 8080-8084.
  • APQ3 gene refers to the Aquaporin 3 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 39), its homologues, and variants, unless otherwise specified by SEQ ID NO: And a gene (DNA) encoding a derivative and the like.
  • SEQ ID NO: 39 specific base sequence
  • APQ3 gene GeneBank Accession No. NM_004925
  • SEQ ID NO: 39 other species homologues, and the like are included.
  • the APQ3 gene was found in KuriyamayH. Et al., 1997, Biochem. Biophys. Res. Commun. 241, p. It can be obtained by the method described in 53-58.
  • NSUN5 gene refers to the NOL1 / NOP2 / Sun domain family, member 5 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 40), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. ), P120, NOL1R, NOL1, MGC986, NSUN5A, WBSCR20, FLJ10267, WBSCR20A, WBSCR20A, p120 (NOL1), homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO: 40 GenBank Accession No. NM_018804
  • the NSUN5 gene is the Doll A. Et al., 2001, Cytogenet. Cell Genet. 95, p. It can be obtained by the method described in 20-27.
  • B4GALT2 gene or “B4GALT2” means the UDP-Gal: betaGlcNAc beta 1,4-galactosyltransferase, polypeptide represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 41), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. 2 genes (DNA), their homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA) are included.
  • SEQ ID NO: 41 specific base sequence
  • B4GALT2 gene GeneBank Accession No. BC096821
  • the B4GALT2 gene is Lo N. W. 1998, Glycobiology, Vol. 8, p. It can be obtained by the method described in 517-526.
  • CD48 gene refers to the CD48 molecule gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 42), BCM1, BLAST, hCD48, unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding mCD48, BLAST1, SLAMF2, MEM-102, homologues, variants and derivatives thereof. Specifically, the CD48 gene described in SEQ ID NO: 42 (GenBank_Accession) No. NM_001778) and other species homologues are included. The CD48 gene is a Wong Y. W. Et al., 1990, J. Am. Exp. Med. 171, p. 2115-2130.
  • DAB2 gene refers to Disabled homomolog 2, mitogen-responsible phosphoprotein gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 43), It includes genes (DNA) encoding DOC2, DOC-2, FLJ26626, homologues, mutants and derivatives thereof.
  • SEQ ID NO: 43 GenBank Accession No. NM_001343 and other species homologues, etc. are included.
  • the DAB2 gene is Albertsen HM et al., 1996, Genomics, Vol. 33, p. It can be obtained by the method described in 207-213.
  • EBI3 gene or “EBI3” means an Epstein-barr virus induced gene 3 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 44), unless otherwise specified by a SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives. Specifically, the EBI3 gene (GenBank Accession No. NM_005755) described in SEQ ID NO: 44 and other species homologues are included. The EBI3 gene was developed by Devergne O. Et al., 1996, J. Am. Virol. 70, p. 1143-1153.
  • MAP3K12 gene refers to a specific base sequence (SEQ ID NO: 45), unless otherwise specified by a SEQ ID NO: mitogen-activated protein kinase kinase 12 gene (DNA), It includes genes (DNA) encoding DLK, MUK, ZPK, ZPKP1, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the MAPK12 gene (GenBank Accession No. NM_006301) described in SEQ ID NO: 45 and other species homologues are included. The MAP3K12 gene is Ready U. R. And Pleasure D. 1994, Biochem. Biophys. Res. Commun. 202, p. 613-620.
  • SPEN gene refers to a spin homolog, transcriptional regulator gene (DNA), MINT, SHARP represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 46), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , KIAA0929, RP1-134O19.1, homologues, mutants and derivatives thereof, etc. (DNA).
  • SPEN gene GenBank Accession No. NM — 0100001
  • SPEN gene is Shi T. Et al., 2001, Genes Dev. Vol. 15, p. It can be obtained by the method described in 1140-1151.
  • ARHGEF3 gene refers to a Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 3 gene (DNA) represented by a specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 47), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , GEF, STA3, XPLN, MGC118905, DKFZP434F2429, homologues, variants and derivatives thereof, and the like (DNA).
  • GEF Rho guanine nucleotide exchange factor
  • DNA specific nucleotide sequence
  • SEQ ID NO: 47 specific nucleotide sequence
  • the ARHGEF3 gene (GenBank Accession No. NM — 019555) described in SEQ ID NO: 47 and other species homologues are included.
  • the ARGGEF3 gene is derived from Thiesen S. et al.
  • the term “COL3A1 gene” or “COL3A1” means a 3 ′ region for pro-alpha (III) collagen gene (SEQ ID NO: 48) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 48), unless otherwise specified by a SEQ ID NO: DNA), its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA) are included.
  • the COL3A1 gene (GenBank Accession No. X06700) described in SEQ ID NO: 48 and other species homologues are included.
  • the COL3A1 gene is a product of Loidl H. et al. R.
  • CSTB gene or “CSTB” means the Cystatin-B gene (DNA), Stefin-B, Liver represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 49), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. It includes a gene (DNA) encoding thiol proteinase inhibitor, CPI-B, its homologues, mutants and derivatives.
  • the CSTB gene (GenBank Accession No. NM — 000100) described in SEQ ID NO: 49 and other species homologues are included.
  • the CSTB gene is described in Jerala, R .; Et al., 1988, FEBS Lett. 239, p. 41-44.
  • SPRR3 gene or “SPRR3” means the Small proline-rich protein 3 gene (DNA), Cornifine, Esophagin represented by the specific base sequence (SEQ ID NO: 50), unless otherwise specified by the SEQ ID NO. And genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the SPRR3 gene described in SEQ ID NO: 50 (GenBank Accession No. NM_005416) and other species homologues are included. The SPRR3 gene was obtained from AbrahamhJ. M.M. Et al., 1996, Cell Growth Differ. 7, p. 855-860.
  • SLIT2 gene means the Slit homolog2 protein gene (DNA), Slit-2, its specific nucleotide sequence (SEQ ID NO: 51), unless otherwise specified by SEQ ID NO: It includes genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives. Specifically, the SLIT2 gene (GenBank Accession No. NM_004787) described in SEQ ID NO: 51 and other species homologues are included. The SLIT2 gene is Holmes G. P. Et al., 1998, Mech. Dev. 79, p. 57-72.
  • CAMK2B gene refers to a Calcium / calmodulin-dependent protein type beta chain gene represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 52) unless specified by a SEQ ID NO ( DNA), CaM-kinase II beta chain, CaM kinase II subunit beta, CaMK-II subunit beta, homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO: 52 DNA
  • CaM-kinase II beta chain CaM kinase II subunit beta
  • CaMK-II subunit beta homologues, mutants and derivatives thereof
  • CAMK2B3 gene GeneBank Accession No. NM_001220
  • the CAMK2B gene is derived from Tombes® R. M.M. Et al., 1997, Biochem. Biophys. Acta. 1355, p.281-292.
  • SLC2A14 gene or “SLC2A14” is used unless otherwise specified by a SEQ ID NO .: Solute carrier family 2 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 53), facile glucose transporter member 14. Genes (DNA) encoding glucose transporter type 14, GLUT 14, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the SLC2A14 gene (GenBank Accession No. NM_153449) described in SEQ ID NO: 53 and other species homologues are included. The SLC2A14 gene can be obtained by the method described in Wu X et al., 2002, Genomics, 80, p.553-557.
  • the term “SATB2 gene” or “SATB2” refers to a DNA-binding protein protein protein SATB2 gene (DNA), Special AT-, which is represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 54), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. It includes genes (DNA) encoding rich sequence-binding protein 2, FLJ21474, KIAA1034, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the SATB2 gene (GenBank Accession54No. NM_015265) described in SEQ ID NO: 54 and other species homologues are included. The SATB2 gene is FitzPatrickrD. R. Et al., 2003, Hum. Mol. Genet. , Vol. 12, pp. 2491-2501.
  • SEPT6 gene means the Septin-6 gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 55), KIAA0128, MGC16619, MGC20339, unless otherwise specified by a SEQ ID NO. , SEP2, SEPT2, its homologues, mutants and derivatives, etc. (DNA) are included.
  • SEPT6 gene GenBank Accession No. NM_015129 described in SEQ ID NO: 55 and other species homologues are included.
  • the SEPT6 gene is derived from Sui L. Et al., 2003, Biochem. Biophys. Res. Commun. 304, p. 393-398.
  • GALNS gene refers to a Galactosamine (N-acetyl) -6-sulfate sulfate gene represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 56) unless otherwise specified by a SEQ ID NO: DNA), a gene (DNA) encoding Morquio syndrome, mucopolysaccharidosis type IVA, its homologues, mutants and derivatives, and the like.
  • GALNS gene GenBank Accession No. NM_000512
  • the GALNS gene was obtained from Nakashima Y. Et al., 1994, Genomics, Volume 20, p. 99-104.
  • TROAP gene means that unless specified by a SEQ ID NO, a Trophinin associated protein gene (DNA), tastin, or a homologue thereof represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 57) And genes (DNA) encoding mutants and derivatives.
  • TROAP gene GenBank Accession No. NM_005480
  • SEQ ID NO: 57 a specific base sequence
  • TROAP gene Genes Dev. Vol. 9, p. 1199-1210.
  • XRCC3 gene or “XRCC3” means an X-rayrarepair complementing defective in Chinese hamster cells 3 gene represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 58), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. Gene (DNA) encoding (DNA), its homologues, mutants and derivatives.
  • SEQ ID NO: 58 SEQ ID NO. Gene (DNA) encoding (DNA), its homologues, mutants and derivatives.
  • the XRCC3 gene (GenBank Accession No. NM_005432) described in SEQ ID NO: 58 and other species homologues are included.
  • the XRCC3 gene is a Tebbs R. S. Et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 92, p. It can be obtained by the method described in 6354-6358.
  • FGF3 gene refers to the Fibroblast growthfactor 3 gene (DNA), murine mammary tumor virus represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 59), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. It includes a gene (DNA) encoding an integration site (v-int-2) oncogene homolog, INT-2, HBGF-3, homologues, mutants and derivatives thereof. Specifically, the FGF3 gene (GenBank Accession No.GNM_005247) described in SEQ ID NO: 59 and other species homologues are included. The FGF3 gene is derived from Brookes S. et al. Et al., 1989, Oncogene, Volume 4, p. 429-436.
  • EIF4EBP2 gene refers to the eukaryotic translation initiation factor 2 gene (DNA), 4EBP2 indicated by a specific base sequence (SEQ ID NO: 60), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. And genes (DNA) encoding homologues, mutants and derivatives thereof.
  • EIF4EBP2 gene (GenBank Accession No. NM_004096) described in SEQ ID NO: 60 and other species homologues are included.
  • the EIF4EBP2 gene is Pause A. Et al., 1994, Nature. 371, p. 762-767. It is shown in Kawama H. et al., 2003, Cancer Science, Vol. 94, p. 699-706 that the EIF4EBP2 gene is expressed in a metastatic sub-line of esophageal cancer cell lines.
  • RRM1 gene is a ribonucleotide reductase M1 polypeptide gene (DNA), R1, RR1, It includes a gene (DNA) encoding RIR1, its homologues, mutants and derivatives. Specifically, the RRM1 gene described in SEQ ID NO: 61 (GenBank Accession No. NM_001033) and other species homologues are included. The RRM1 gene is Parker N. J. et al. Et al., 1994, Genomics, Vol. 19, p. 91-96.
  • M6PR gene refers to a mannose-6-phosphate receptor (cation dependent) gene (DNA) represented by a specific base sequence (SEQ ID NO: 62), unless otherwise specified by a SEQ ID NO. ), Homologues, mutants and derivatives thereof (DNA).
  • SEQ ID NO: 62 specific base sequence
  • M6PR gene GenBank Accession No. NM — 002355
  • the M6PR gene is a product of Pohlmann R.I. Et al., 1987, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol. 84, p. It can be obtained by the method described in 5575-5579.
  • the present invention provides a composition for determining a disease useful for diagnosis and treatment of esophageal cancer and a method for determining (or detecting) esophageal cancer using the composition. It has a special effect of providing a determination method that is both simple and high in prediction rate and quick and simple.
  • the detection rate of the presence of esophageal cancer cells when the polynucleotides of SEQ ID NOs: 63 to 124 corresponding to the genes listed in Table 1 are used in combination is shown.
  • the vertical axis represents the probability that the presence of esophageal cancer tissue in the specimen can be detected, and the horizontal axis represents the total number of genes necessary for esophageal cancer detection, which are sequentially increased in the SEQ ID NOs shown in Table 1.
  • the detection rate of the presence of esophageal cancer cells when the polynucleotides of SEQ ID NOs: 63 to 124 corresponding to the genes listed in Table 1 are used in combination is shown.
  • the vertical axis represents the probability of the presence of esophageal cancer tissue in the specimen
  • the horizontal axis represents the ratio of total RNA obtained from esophageal cancer tissue and tissue RNA obtained from tissue not containing esophageal cancer in order from the left: 9: 1
  • Data obtained from cocktails of RNA mixed to 8: 2, 7: 3, 6: 4, 5: 5, 4: 6, 3: 7, 2: 8, 1: 9 are shown respectively.
  • the presence detection rate of esophageal cancer cells derived from biopsy tissues when the polynucleotides of SEQ ID NOs: 63 to 124 corresponding to the genes shown in Table 1 are used in combination is shown.
  • the vertical axis is the probability of the presence of esophageal cancer tissue during biopsy
  • the horizontal axis is the data obtained from the biopsy tissue without esophageal cancer of the esophageal cancer patient collected by the endoscope on the left frame
  • Each frame shows data obtained from a biopsy tissue including esophageal cancer of an esophageal cancer patient collected by an endoscope.
  • the presence detection rate of an esophageal cancer cell at the time of using combining the polynucleotide corresponding to the composition for esophageal cancer diagnosis of international publication 2006/118308 is shown.
  • the discrimination machine created a discrimination machine for cancer discrimination to determine the presence rate of esophageal cancer tissue during biopsy.
  • the vertical axis is the probability of the presence of esophageal cancer tissue during biopsy
  • the horizontal axis is the data obtained from the biopsy tissue without esophageal cancer of the esophageal cancer patient collected by the endoscope on the left frame
  • Each frame shows data obtained from a biopsy tissue including esophageal cancer of an esophageal cancer patient collected by an endoscope.
  • the presence detection rate of an esophageal cancer cell at the time of using combining the polynucleotide corresponding to the composition for esophageal cancer diagnosis of international publication 2006/118308 is shown.
  • the discrimination machine created a non-cancer discrimination machine to determine the presence rate of esophageal cancer tissue during biopsy.
  • the vertical axis is the probability of the presence of esophageal cancer tissue during biopsy
  • the horizontal axis is the data obtained from the biopsy tissue without esophageal cancer of the esophageal cancer patient collected by the endoscope on the left frame
  • Each frame shows data obtained from a biopsy tissue including esophageal cancer of an esophageal cancer patient collected by an endoscope.
  • the presence detection rate of an esophageal cancer cell at the time of using combining the polynucleotide corresponding to the composition for esophageal cancer diagnosis of international publication 2006/118308 is shown.
  • a discrimination machine was created using the method described herein to determine the prevalence of esophageal cancer tissue during biopsy.
  • the vertical axis is the probability of the presence of esophageal cancer tissue during biopsy
  • the horizontal axis is the data obtained from the biopsy tissue without esophageal cancer of the esophageal cancer patient collected by the endoscope on the left frame
  • Each frame shows data obtained from a biopsy tissue including esophageal cancer of an esophageal cancer patient collected by an endoscope.
  • Target nucleic acid for esophageal cancer Target nucleic acid as an esophageal cancer marker for determining the presence and / or absence of esophageal cancer or esophageal cancer cells using the composition and kit for esophageal cancer diagnosis as defined above of the present invention
  • human genes comprising the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 62 (ie, EYA2, SERF1A, IGHG1, ITSN2, RAB11FIP5, HSPA1A, NMU, E2F3, ESR2, CFDP1, HSPC190, COL1A2, GCS1, and PARL, respectively) , CELSR2, NDRG1, SLC25A44, TUSC2, SLC4A1, MS4A7, TMSB4X, PRC1, VCP, RBM9, GPR126, HOXA10, PPP1R1A, MYO9B, SLCO4C1, SERPINB13, SDC2, TOR1A, PL18
  • a preferred target nucleic acid is a human gene containing the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 62, a transcription product or cDNA thereof, and more preferably the transcription product or cDNA.
  • any of the above genes that are targets for esophageal cancer has an increased / decreased expression level in subjects suffering from esophageal cancer compared to healthy subjects (see Table 1 in Examples below). .
  • the first target nucleic acid is an EYA2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the EYA2 gene or its transcription product can be a marker for esophageal cancer.
  • the second target nucleic acid is the SERF1A gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the SERF1A gene or a transcription product thereof can be a marker for esophageal cancer.
  • the third target nucleic acid is an IGHG1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that an increase in the expression of the IGHG1 gene or a transcription product thereof can be a marker for esophageal cancer.
  • the fourth target nucleic acid is the ITSN2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the ITSN2 gene or its transcription product can be a marker for esophageal cancer.
  • the fifth target nucleic acid is the RAB11FIP5 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the RAB11FIP5 gene and its transcription product can be a marker for esophageal cancer.
  • the sixth target nucleic acid is the HSPA1A gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the HSPA1A gene and its transcript can serve as a marker for esophageal cancer.
  • the seventh target nucleic acid is an NMU gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the NMU gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the eighth target nucleic acid is the E2F3 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the E2F3 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the ninth target nucleic acid is an ESR2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the ESR2 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the tenth target nucleic acid is a CFDP1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no report that an increase in the expression of the CFDP1 gene and its transcription product can be a marker for esophageal cancer.
  • the eleventh target nucleic acid is the HSPC190 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the HSPC190 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the twelfth target nucleic acid is a COL1A2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the COL1A2 gene and its transcription product can be a marker for esophageal cancer.
  • the thirteenth target nucleic acid is a GCS1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the GCS1 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 14th target nucleic acid is a PARL gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no report that a decrease in the expression of the PRL gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the fifteenth target nucleic acid is the CELSR2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the CELSR2 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the sixteenth target nucleic acid is an NDRG1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the NDRG1 gene and its transcription product can serve as a marker for esophageal cancer.
  • the 17th target nucleic acid is the SLC25A44 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no report that an increase in the expression of the SLC25A44 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 18th target nucleic acid is a TUSC2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the TUSC2 gene and its transcription product can serve as a marker for esophageal cancer.
  • the nineteenth target nucleic acid is the SLC4A1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the SLC4A1 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 20th target nucleic acid is the MS4A7 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that a decrease in the expression of the MS4A7 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 21st target nucleic acid is a TMSB4X gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the TMSB4X gene and its transcript can serve as a marker for esophageal cancer.
  • the 22nd target nucleic acid is a PRC1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 23rd target nucleic acid is a VCP gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. To date, there has been no report that increased expression of the VCP gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 24th target nucleic acid is an RBM9 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the RBM9 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 25th target nucleic acid is GPR126 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the GPR126 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the twenty-sixth target nucleic acid is the HOXA10 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the HOXA10 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 27th target nucleic acid is a PPP1R1A gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there has been no report that increased expression of the PPP1R1A gene and its transcription product can be a marker for esophageal cancer.
  • the 28th target nucleic acid is a MYO9B gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, there is no known report that increased expression of the MYO9B gene and its transcript can serve as a marker for esophageal cancer.
  • the 29th target nucleic acid is a SLCO4C1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • SLCO4C1 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 30th target nucleic acid is a SERPINB13 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • SERPINB13 gene a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • increased expression of the SERPINB13 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the thirty-first target nucleic acid is an SDC2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • SDC2 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the thirty-second target nucleic acid is a TOR1A gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • TOR1A gene a gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • increased expression of the TOR1A gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 33rd target nucleic acid is an RPL18A gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • RPL18A gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 34th target nucleic acid is a GAS7 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. There is no known report that increased expression of the GAS7 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 35th target nucleic acid is a WISP1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • WISP1 gene a gene that has decreased expression of the WISP1 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the thirty-sixth target nucleic acid is a CACNG4 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • CACNG4 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 37th target nucleic acid is an S100P gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. There is no known report that decreased expression of the S100P gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the thirty-eighth target nucleic acid is a UCHL5 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • a UCHL5 gene a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • decreased expression of the UCHL5 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer.
  • the 39th target nucleic acid is an AQP3 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It has been known so far that expression of the AQP3 gene and its transcription product serves as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 40th target nucleic acid is NSUN5 gene, homologues thereof, transcription product or cDNA thereof, or variant or derivative thereof. It has been known so far that the expression of NSUN5 gene and its transcription product is a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 41st target nucleic acid is a B4GALT2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It has been known so far that the expression of the B4GALT2 gene and its transcription product serves as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the forty-second target nucleic acid is a CD48 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It has been known so far that expression of the CD48 gene and its transcription product is a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 43rd target nucleic acid is a DAB2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It has been known so far that expression of the DAB2 gene and its transcription product serves as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 44th target nucleic acid is an EBI3 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It has been known so far that expression of the EBI3 gene and its transcription product is a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 45th target nucleic acid is a MAP3K12 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It has been known so far that expression of the MAP3K12 gene and its transcription product serves as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 46th target nucleic acid is a SPEN gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It is known that the expression of the SPEN gene and its transcription product serve as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 47th target nucleic acid is an ARGGEF3 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It is known that expression of the ARGGEF3 gene and its transcription product is a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 48th target nucleic acid is a COL3A1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It is known that expression of the COL3A1 gene and its transcript can be a marker for esophageal cancer (Su, H. et al., 2003, Cancer Research, 63, p. 3872-3876).
  • the 49th target nucleic acid is a CSTB gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. It has been known so far that expression of a CSTB gene or a transcription product thereof can be a marker of esophageal cancer (WO0302661, Shirai, T. et al., 1998, InternationalInJournal of Cancer, Vol. 79, p. 175). -178).
  • the 50th target nucleic acid is an SPRR3 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the SPRR3 gene is known to be a marker for esophageal cancer (WO06118308, International Publication No. 2003/042661 pamphlet, Chem, BS, et al., 2000, Carcinogenesis, p21247-2150, Abraham, J. et al. M. et al., 1996, Cell Growth & Differentiation, Volume 7, p 855-860).
  • the 51st target nucleic acid is a SLIT2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof. So far, it has been known that the SLIT2 gene is a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 52nd target nucleic acid is a CAMK2B gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the CAMK2B gene is known to be a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 53rd target nucleic acid is the SLC2A14 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the SLC2A14 gene is known to be a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 54th target nucleic acid is a SATB2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the SATB2 gene is known to serve as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 55th target nucleic acid is a SEPT6 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the 56th target nucleic acid is a GALNS gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the GALNS gene is known to serve as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 57th target nucleic acid is a TROAP gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the TROAP gene is known to be a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 58th target nucleic acid is the XRCC3 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the XRCC3 gene is known to serve as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 59th target nucleic acid is the FGF3 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the FGF3 gene is known to serve as a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 60th target nucleic acid is the EIF4EBP2 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the EIF4EBP2 gene is known to be a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • the 61st target nucleic acid is an RRM1 gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the RRM1 gene is known to serve as a marker for epithelial malignant tumors (WO06119464A1).
  • the 62nd target nucleic acid is an M6PR gene, a homologue thereof, a transcription product or cDNA thereof, or a variant or derivative thereof.
  • the M6PR gene is known to be a marker for esophageal cancer (WO06118308).
  • Target polypeptide for esophageal cancer Target polypeptide as an esophageal cancer marker for determining the presence and / or absence of esophageal cancer or esophageal cancer cells using the composition and kit for esophageal cancer diagnosis as defined above of the present invention
  • human genes comprising the nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 62 (ie, EYA2, SERF1A, IGHG1, ITSN2, RAB11FIP5, HSPA1A, NMU, E2F3, ESR2, CFDP1, HSPC190, COL1A2, GCS1 respectively) , PARL, CELSR2, NDRG1, SLC25A44, TUSC2, SLC4A1, MS4A7, TMSB4X, PRC1, VCP, RBM9, GPR126, HOXA10, PPP1R1A, MYO9B, SLCO4C1, SERPINB13, SDC , TOR1A
  • the level of the polypeptide in is characterized by an increase / decrease in subjects suffering from esophageal cancer compared to healthy subjects.
  • Esophageal cancer diagnostic composition 3.1 nucleic acid
  • a nucleic acid composition that can be used to determine esophageal cancer or to diagnose esophageal cancer is human-derived EYA2 as a target nucleic acid for esophageal cancer.
  • the expression level of the above target nucleic acid is increased or decreased (“increase / decrease”) in subjects suffering from esophageal cancer compared to healthy subjects. Therefore, the composition of the present invention can be effectively used for measuring the expression level of a target nucleic acid in esophageal cancer tissue and normal esophageal tissue and comparing them.
  • composition that can be used in the present invention comprises a polynucleotide group comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 62 and a complementary polynucleotide group thereof in a living tissue of a patient suffering from esophageal cancer, complementary to the nucleotide sequence 15 or more, preferably 20 or more, and more preferably 25 or more in the base sequence of the polynucleotide group and its complementary polynucleotide group that hybridize with DNA comprising a simple base sequence under stringent conditions, and the polynucleotide sequences thereof.
  • composition of the present invention can include one or more (preferably 3 or more, more preferably 5 or more) of the following polynucleotides or fragments thereof.
  • a polynucleotide group consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 62, variants thereof, or fragments containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 62.
  • a polynucleotide group consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 62, variants thereof, or fragments containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38.
  • a polynucleotide group consisting of a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38.
  • a polynucleotide group that hybridizes under stringent conditions with DNA comprising a base sequence complementary to each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases .
  • a polynucleotide group consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62.
  • a polynucleotide group consisting of a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62.
  • a polynucleotide group that hybridizes under stringent conditions with DNA comprising each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • each of the polynucleotide fragments comprising the nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 62 is the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 63 to 124 or a complementary sequence thereof, or a contiguous 15 thereof. It preferably includes a partial sequence of bases or more.
  • polynucleotides are included in the composition of the present invention.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38 or its complementary sequence.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases in each of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 38 or its complementary sequence.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62 or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases in each of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62 or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 63 to 100 in the base sequence represented by SEQ ID NO: 1-38, and comprising 60 or more consecutive bases.
  • the sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 to 38 includes a sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 63 to 100, respectively, and includes 60 or more consecutive bases Polynucleotide.
  • a polynucleotide comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 101 to 124 in the base sequence represented by SEQ ID NO: 39 to 62 and comprising 60 or more consecutive bases.
  • the sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 39 to 62 includes a sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 101 to 124, respectively, and includes 60 or more consecutive bases Polynucleotide.
  • Any of the above polynucleotides or fragments thereof used in the present invention may be DNA or RNA.
  • the polynucleotide as the composition of the present invention can be prepared using a general technique such as a DNA recombination technique, a PCR method, a method using a DNA / RNA automatic synthesizer.
  • DNA recombination techniques and PCR methods include, for example, Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Willy & Sons, US (1993); Sambrook et al., Molecular Cloning A Laboratory A Laboratory. The techniques described can be used.
  • the polynucleotide constituting the composition of the present invention can be chemically synthesized using an automatic DNA synthesizer.
  • an automatic DNA synthesizer In general, the phosphoramidite method is used for this synthesis, and single-stranded DNA of up to about 100 bases can be automatically synthesized by this method.
  • Automatic DNA synthesizers are commercially available from, for example, Polygen, ABI, Applied BioSystems, and the like.
  • the polynucleotide of the present invention can also be prepared by a cDNA cloning method.
  • a cDNA library is prepared by RT-PCR from poly A (+) RNA obtained by treating total RNA extracted from a living tissue such as an esophageal tissue in which the above target gene is expressed with an oligo dT cellulose column.
  • the target cDNA clone can be obtained from this library by screening such as hybridization screening, expression screening, and antibody screening. If necessary, cDNA clones can be amplified by PCR.
  • the probe or primer can be selected from among the contiguous sequences of 15 to 100 bases based on the base sequences shown in SEQ ID NOs: 1 to 62 and synthesized.
  • the present invention further includes an esophageal cancer diagnostic kit comprising one or more (preferably three or more) antibodies, fragments thereof, or chemically modified derivatives thereof against the polypeptide having the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 125 to 162. I will provide a.
  • the kit of the present invention may further comprise one or more (preferably two or more) antibodies, fragments thereof or chemically modified derivatives thereof against the polypeptide having the amino acid sequence represented by SEQ ID NOs: 163 to 186.
  • the combined use of these antibodies can increase the accuracy for prognosis prediction.
  • polypeptides can be obtained by DNA recombination techniques.
  • the cDNA clone obtained as described above can be obtained from the cell or culture supernatant by incorporating the cDNA clone obtained in the expression vector and culturing a prokaryotic or eukaryotic host cell transformed or transfected with the vector.
  • Vectors and expression systems are available from Novagen, Takara Shuzo, Daiichi Chemicals, Qiagen, Stratagene, Promega, Roche Diagnostics, Invitrogen, Genetics Institute, Amersham Bioscience, and the like.
  • prokaryotic cells such as bacteria (eg, Escherichia coli, Bacillus subtilis), yeast (eg, Saccharomyces cerevisiae), insect cells (eg, Sf cells), mammalian cells (eg, COS, CHO, BHK) and the like can be used. it can.
  • the vector can contain regulatory elements such as promoters, enhancers, polyadenylation signals, ribosome binding sites, replication origins, terminators, selectable markers, and the like.
  • a fusion polypeptide in which a labeled peptide is attached to the C-terminal or N-terminal of the polypeptide may be used.
  • Typical labeled peptides include histidine repeats of 6 to 10 residues, FLAG, myc peptide, GFP polypeptide, etc., but the labeled peptide is not limited to these.
  • DNA recombination technology Sambrook, J. J. et al. & Russel, D. (Above).
  • examples of the purification method include a method by ion exchange chromatography. In addition to this, a method of combining gel filtration, hydrophobic chromatography, isoelectric point chromatography and the like may be used.
  • a labeled peptide such as histidine repeat, FLAG, myc, or GFP
  • An expression vector that facilitates isolation and purification may be constructed. In particular, if an expression vector is constructed so that it is expressed in the form of a fusion polypeptide of a polypeptide and a labeled peptide, and the polypeptide is genetically engineered, isolation and purification are easy.
  • the antibody that recognizes the polypeptide thus obtained can specifically bind to the polypeptide via the antigen-binding site of the antibody.
  • a polypeptide having an amino acid sequence of SEQ ID NOs: 125 to 186 or a fragment thereof, a mutant polypeptide or a fusion polypeptide thereof is used as an immunogen for producing antibodies that are immunoreactive with each other. Is possible.
  • polypeptides, fragments, variants, fusion polypeptides, etc. contain antigenic determinants or epitopes that elicit antibody formation, but these antigenic determinants or epitopes may be linear or higher order. It may be a structure (intermittent).
  • the antigenic determinant or epitope can be identified by any method known in the art.
  • the antibody of all aspects is induced by the polypeptide of the present invention. If all or part of the polypeptide or epitope is isolated, both polyclonal and monoclonal antibodies can be prepared using conventional techniques. Methods include, for example, Kennet et al. (Supervised), Monoclonal Antibodies, Hybridomas: A A NewA Dimension in Biological Analyzes, Pleumnum Press, New York, 1980.
  • the antibody of the present invention is not particularly limited as long as it specifically binds to the target polypeptide of the present invention or a fragment thereof, and either a monoclonal antibody or a polyclonal antibody can be used, but a monoclonal antibody is used. Is preferred.
  • the globulin type of the antibody of the present invention is not particularly limited as long as it has the above characteristics, and may be any of IgG, IgM, IgA, IgE, and IgD.
  • ⁇ Preparation of monoclonal antibody> Collection of immunity and antibody-producing cells An immunogen comprising a target polypeptide is administered to a mammal such as a rat, a mouse (for example, Balb / c of an inbred mouse), a rabbit or the like. A single dose of the immunogen is appropriately determined according to the type of animal to be immunized, the route of administration, etc., and is about 50 to 200 ⁇ g per animal. Immunization is performed mainly by injecting an immunogen subcutaneously or intraperitoneally.
  • the immunization interval is not particularly limited, and after the initial immunization, booster immunization is performed 2 to 10 times, preferably 3 to 4 times at intervals of several days to several weeks, preferably at intervals of 1 to 4 weeks.
  • the antibody titer in the serum of the immunized animal is repeatedly measured by ELISA (Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay) method. When the antibody titer reaches a plateau, the immunogen is injected intravenously or intraperitoneally. Inject and give final immunization. Then, antibody-producing cells are collected 2 to 5 days, preferably 3 days after the last immunization. Examples of antibody-producing cells include spleen cells, lymph node cells, peripheral blood cells, etc., but spleen cells or local lymph node cells are preferred.
  • hybridoma cell line producing a monoclonal antibody specific for each target polypeptide is prepared. Such hybridomas can be produced and identified by conventional techniques.
  • One method for producing such a hybridoma cell line is to immunize an animal with the protein of the invention, collect spleen cells from the immunized animal, and fuse the spleen cells to a myeloma cell line, thereby producing a hybridoma. Identifying a hybridoma cell line that produces cells and produces a monoclonal antibody that binds to the enzyme.
  • a myeloma cell line to be fused with an antibody-producing cell a generally available cell line of an animal such as a mouse can be used.
  • the cell line used has drug selectivity and cannot survive in a HAT selection medium (including hypoxanthine, aminopterin, and thymidine) in an unfused state, but can survive only in a state fused with antibody-producing cells. Those having the following are preferred.
  • the cell line is preferably derived from an animal of the same species as the immunized animal. Specific examples of myeloma cell lines include BALB / c mouse-derived hypoxanthine / guanine / phosphoribosyl transferase (HGPRT) -deficient cell line P3X63-Ag. 8 strains (ATCC TIB9).
  • cell fusion is performed between the myeloma cell line and antibody-producing cells.
  • antibody-producing cells and myeloma cell lines are mixed at a ratio of about 1: 1 to 20: 1 in animal cell culture media such as serum-free DMEM and RPMI-1640 media, and cell fusion is performed.
  • the fusion reaction is performed in the presence of an accelerator.
  • an accelerator As a cell fusion promoter, polyethylene glycol having an average molecular weight of 1500 to 4000 daltons can be used at a concentration of about 10 to 80%.
  • an auxiliary agent such as dimethyl sulfoxide may be used in combination in order to increase the fusion efficiency.
  • antibody-producing cells and myeloma cell lines can be fused using a commercially available cell fusion device utilizing electrical stimulation (for example, electroporation).
  • the target hybridoma is selected from the cells after cell fusion treatment.
  • the cell suspension is appropriately diluted with, for example, fetal bovine serum-containing RPMI-1640 medium, and then plated on a microtiter plate at about 2 million cells / well, and a selective medium is added to each well. Cultivate by changing the selective medium.
  • the culture temperature is 20 to 40 ° C., preferably about 37 ° C.
  • the myeloma cells are of HGPRT-deficient strain or thymidine kinase-deficient strain, cells having the ability to produce antibodies and myeloma cell lines by using a hypoxanthine / aminopterin / thymidine-containing selective medium (HAT medium) Only those hybridomas can be selectively cultured and propagated. As a result, cells that grow from about 14 days after the start of culture in the selective medium can be obtained as hybridomas.
  • HAT medium hypoxanthine / aminopterin / thymidine-containing selective medium
  • Hybridoma screening is not particularly limited, and may be carried out according to ordinary methods. For example, a part of the culture supernatant contained in a well grown as a hybridoma is collected and performed by enzyme immunoassay (EIA: Enzyme Immuno Assay and ELISA), radioimmunoassay (RIA: Radio Immuno Assay), etc. Can do. Cloning of the fused cells is performed by limiting dilution or the like, and finally a hybridoma that is a monoclonal antibody-producing cell is established. As described later, the hybridoma of the present invention is stable in culture in a basic medium such as RPMI-1640 and DMEM, and produces and secretes a monoclonal antibody that reacts specifically with the target polypeptide.
  • a basic medium such as RPMI-1640 and DMEM
  • Monoclonal antibodies can be recovered by conventional techniques. That is, as a method for collecting a monoclonal antibody from the established hybridoma, a normal cell culture method or ascites formation method can be employed. In the cell culture method, the hybridoma is cultured in an animal cell culture medium such as RPMI-1640 medium containing 10% fetal bovine serum, MEM medium, or serum-free medium under normal culture conditions (eg, 37 ° C., 5% CO 2 concentration). Cultivate for 2-10 days and obtain antibody from the culture supernatant.
  • an animal cell culture medium such as RPMI-1640 medium containing 10% fetal bovine serum, MEM medium, or serum-free medium under normal culture conditions (eg, 37 ° C., 5% CO 2 concentration).
  • hybridomas In the case of the ascites formation method, about 10 million hybridomas are administered into the abdominal cavity of a myeloma cell-derived mammal and the same type of animal, and the hybridomas are proliferated in large quantities. Ascites fluid or serum is collected after 1 to 2 weeks.
  • a known method such as ammonium sulfate salting-out method, ion exchange chromatography, affinity chromatography, gel chromatography or the like is appropriately selected or these are used. By combining, a purified monoclonal antibody can be obtained.
  • ⁇ Preparation of polyclonal antibody> an animal such as a rabbit is immunized as described above, and 6 to 60 days after the last immunization, enzyme immunoassay (EIA and ELISA), radioimmunoassay (RIA), etc. The antibody titer is measured, and blood is collected on the day when the maximum antibody titer is shown to obtain antiserum. Thereafter, the reactivity of the polyclonal antibody in the antiserum is measured by an ELISA method or the like.
  • EIA and ELISA enzyme immunoassay
  • RIA radioimmunoassay
  • a sample sample of a subject comprising measuring in vitro the level of the polypeptide in a biological sample such as an esophageal cancer cell or blood derived from a subject using the antibody of the present invention.
  • a method for determining in vitro that an esophageal cancer cell is not contained therein or / or that an esophageal cancer cell is contained therein is provided.
  • immunological measurement methods include enzyme immunoassay (ELISA, EIA), fluorescence immunoassay, radioimmunoassay (RIA), luminescence immunoassay, immunoturbidimetric method, latex agglutination, latex turbidimetric method, Examples include hemagglutination, particle agglutination, and Western blotting.
  • ELISA enzyme immunoassay
  • EIA fluorescence immunoassay
  • RIA radioimmunoassay
  • luminescence immunoassay immunoturbidimetric method
  • latex agglutination latex agglutination
  • latex turbidimetric method examples include hemagglutination, particle agglutination, and Western blotting.
  • the antibody of the present invention is immobilized, or the components in the sample are immobilized and their immunological reaction is performed. Can do.
  • beads made of materials such as polystyrene, polycarbonate, polyvinyl toluene, polypropylene, polyethylene, polyvinyl chloride, nylon, polymethacrylate, latex, gelatin, agarose, cellulose, sepharose, glass, metal, ceramics, or magnetic materials
  • Insoluble carriers in the form of microplates, test tubes, sticks or test pieces can be used.
  • the solid phase can be formed by binding the solid phase carrier and the antibody or sample component of the present invention according to a known method such as a physical adsorption method, a chemical binding method, or a combination thereof.
  • the reaction of the present invention in order to easily detect the reaction between the antibody of the present invention and a target polypeptide in a sample, the reaction of the present invention is directly detected by labeling the antibody of the present invention or labeled. Detection is indirectly by using a secondary antibody. In the detection method of the present invention, it is preferable to use the latter indirect detection (eg, sandwich method) from the viewpoint of sensitivity.
  • labeling substance in the case of enzyme immunoassay, peroxidase (POD), alkaline phosphatase, ⁇ -galactosidase, urease, catalase, glucose oxidase, lactate dehydrogenase, amidase or biotin- avidin complex, etc.
  • POD peroxidase
  • alkaline phosphatase alkaline phosphatase
  • ⁇ -galactosidase urease
  • catalase glucose oxidase
  • lactate dehydrogenase lactate dehydrogenase
  • amidase or biotin- avidin complex etc.
  • fluorescein isothiocyanate fluorescein isothiocyanate, tetramethylrhodamine isothiocyanate, substituted rhodamine isothiocyanate, dichlorotriazine isothiocyanate, Alexa or AlexaFluoro, etc.
  • a radioimmunoassay tritium, iodine 125 or iodine 131, etc.
  • NADH-, FMNH2-, luciferase system, luminol-hydrogen peroxide-POD system, acridinium ester system, dioxetane compound system, etc. can be used for the luminescence immunoassay.
  • the binding method between the labeling substance and the antibody is a known method such as glutaraldehyde method, maleimide method, pyridyl disulfide method or periodate method in the case of enzyme immunoassay, and chloramine T in the case of radioimmunoassay.
  • a known method such as the Bolton Hunter method can be used.
  • the operation method of measurement can be performed by a known method (Current protocol in Protein Sciences, 1995, John Wiley & Sons Inc., Current protocol in Immunology, 2001, JohnIns.).
  • the components in the sample are immobilized and contacted with the labeled antibody of the present invention to form a complex of the marker polypeptide and the antibody of the present invention. Unbound labeled antibody can be washed and separated, and the amount of target polypeptide in the sample can be measured from the amount of bound labeled antibody or the amount of unbound labeled antibody.
  • the antibody of the present invention and the sample are reacted (primary reaction), and further the labeled secondary antibody is reacted (secondary reaction).
  • the primary reaction and the secondary reaction may be performed in the reverse order, may be performed simultaneously, or may be performed at different times.
  • the substrate is reacted with the labeled enzyme under the optimum conditions, and the amount of the reaction product is measured by an optical method or the like.
  • fluorescent immunoassay the fluorescence intensity by the fluorescent substance label is measured, and in the case of radioimmunoassay, the amount of radioactivity by the radioactive substance label is measured.
  • the luminescence immunoassay the amount of luminescence by the luminescence reaction system is measured.
  • the formation of immune complex aggregates such as immunoturbidimetric method, latex agglutination reaction, latex turbidimetric method, erythrocyte agglutination reaction or particle agglutination reaction, and the transmitted light and scattered light are measured by an optical method.
  • a phosphate buffer, glycine buffer, Tris buffer, Good buffer, or the like can be used as a solvent, and further, a reaction accelerator such as polyethylene glycol or the like can be used.
  • a specific reaction inhibitor may be included in the reaction system.
  • kits of the present invention may exist individually or in the form of a mixture, or may be bound to a solid support or in a free form.
  • the kit of the present invention contains a labeled secondary antibody, a carrier, a washing buffer, a sample diluent, an enzyme substrate, a reaction stop solution, a purified marker (target) polypeptide as a standard substance, instructions for use, etc. Can do.
  • Esophageal cancer diagnostic kit (nucleic acid)
  • the present invention also provides an esophageal cancer diagnosis comprising one or more (preferably 3 or more, more preferably 5 or more) of the same polynucleotides, variants and / or fragments thereof as included in the composition of the present invention ( Detection) kit is provided.
  • the kit of the present invention preferably contains one or a plurality of polynucleotides selected from the polynucleotides described in 3.1 above or fragments thereof.
  • the kit of the present invention comprises a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, a polynucleotide comprising the complementary sequence thereof, a polynucleotide that hybridizes with these polynucleotides under stringent conditions, or a Three or more fragments of the polynucleotide can be included.
  • the kit of the present invention further comprises a polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, a polynucleotide comprising the complementary sequence thereof, a polynucleotide that hybridizes with these polynucleotides under stringent conditions, or these Two or more fragments of the polynucleotide can be included.
  • the polynucleotide fragment that can be included in the kit of the present invention is, for example, 5 or more DNAs selected from the group consisting of the following (1) to (5): (1) A DNA comprising 15 or more consecutive bases in the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 62 or a complementary sequence thereof.
  • the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 to 62 or its complementary sequence includes the base sequence represented by SEQ ID NO: 63 to 124 or its complementary sequence, respectively, and includes 60 or more consecutive bases DNA.
  • DNA comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 63 to 124.
  • the polynucleotide is a polynucleotide comprising the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 1 to 38, a polynucleotide comprising the complementary sequence thereof, and hybridizing with these polynucleotides under stringent conditions. Or a fragment thereof containing 15 or more, preferably 20 or more, more preferably 25 or more consecutive bases.
  • the kit of the present invention comprises, in addition to the above-mentioned polynucleotide, a polynucleotide comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 47, a polynucleotide comprising the complementary sequence thereof, those polynucleotides and strings. It may further comprise a polynucleotide that hybridizes under gentle conditions, or a fragment comprising 15 or more consecutive bases thereof.
  • the fragment may be a polynucleotide comprising 15 or more, preferably 20 or more, more preferably 25 or more, and even more preferably 60 or more consecutive bases.
  • the fragment comprises the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 124 in the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 1 to 62, and 60 or more contiguous sequences Or a polynucleotide containing a base sequence complementary to the sequence of the polynucleotide.
  • the fragment is a polynucleotide comprising the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 124.
  • the fragment is a polynucleotide comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 124.
  • the fragment is a polynucleotide comprising a base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 63 to 124.
  • Examples of the above combinations include polynucleotides containing the nucleotide sequences shown in SEQ ID NOs: 1 to 62 or their complementary sequences, polynucleotides that hybridize with these polynucleotides under stringent conditions, and / or fragments thereof (for example, sequences Nos. 63 to 124) are to combine genes in descending order of gene priority (from the first to the 62nd) shown in Table 1 described later.
  • the probability is, for example, SPRR3 (SEQ ID NO: 50).
  • the preferred minimal combination is that of SPRR3 (SEQ ID NO: 50), CSTB (SEQ ID NO: 49), EYA2 (SEQ ID NO: 1), SERF1A (SEQ ID NO: 2) and IGHG1 (SEQ ID NO: 3).
  • Each of the polynucleotides or fragments constituting the combination is a polynucleotide comprising the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 50, 49, 1, 2, or 3 or a complementary sequence thereof, under stringent conditions with those polynucleotides. Selected from hybridizing polynucleotides and / or fragments thereof.
  • the other genes shown in Table 1 can be added to the above five genes, thereby increasing the probability to, for example, 89% or more, 91% or more, 92% or more, or 96% or more. .
  • the kit of the present invention comprises 3 or more (preferably 5 or more) to all of the polynucleotide comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 63 to 124 or a complementary sequence thereof. Can do.
  • the size of the fragment of the polynucleotide is, for example, the total number of bases of 15 to 15 sequences, 15 to 5000 bases, 15 to 4500 bases, 15 to 4000 bases, 15 to 3500 in the base sequence of each polynucleotide.
  • Base 15-3000 base, 15-2500 base, 15-2000 base, 15-1500 base, 15-1000 base, 15-900 base, 15-800 base, 15-700 base, 15-600 base, 15-500 Base, 15-400 base, 15-300 base, 15-250 base, 15-200 base, 15-150 base, 15-140 base, 15-130 base, 15-120 base, 15-110 base, 15-100 Base, 15-90 base, 15-80 base, 15-70 base, 15-60 base, 15-50 base, 15-4 Base, 15-30 bases or 15-25 bases; 25-total number of bases in the sequence, 25-1000 bases, 25-900 bases, 25-800 bases, 25-700 bases, 25-600 bases, 25-500 bases, 25-400 bases, 25-300 bases, 25-250 bases, 25-200 bases, 25-150 bases, 25-140 bases, 25-130 bases, 25-120 bases, 25-110 bases, 25-100 bases, 25-90 bases, 25-80 bases, 25-70 bases, 25-60 bases, 25-50 bases or 25-40 bases; 50-
  • the kit of the present invention can include a known or future-found polynucleotide that enables detection of esophageal cancer, in addition to the above-described polynucleotide, variant or fragment thereof of the present invention.
  • polynucleotides, variants or fragments thereof contained in the kit of the present invention are packaged individually or in any combination in different containers.
  • DNA chip The present invention further includes the same polynucleotide as that contained in the composition and / or kit of the present invention (or the polynucleotide described in the above-mentioned composition in Section 3.1 and / or the kit in Section 4).
  • An esophageal cancer diagnostic DNA chip comprising a mutant, a fragment, and a combination thereof is provided.
  • the substrate of the DNA chip is not particularly limited as long as DNA can be solid-phased, and examples thereof include a slide glass, a silicon chip, a polymer chip, and a nylon membrane. Further, these substrates may be subjected to a surface treatment such as poly L lysine coating, introduction of functional groups such as amino groups and carboxyl groups.
  • the solid phase immobilization method is not particularly limited as long as it is a commonly used method, such as a method of spotting DNA using a high-density dispenser called a spotter or an arrayer, a fine droplet from a nozzle, a piezoelectric element, etc.
  • a high-density dispenser called a spotter or an arrayer
  • Examples include a method of spraying DNA onto a substrate using an apparatus (inkjet) ejected by the above, or a method of sequentially synthesizing nucleotides on a substrate.
  • a high-density dispenser for example, put different gene solutions in each well of a plate with a large number of wells, pick up this solution with a pin (needle), and spot it on the substrate in order. by.
  • genes are ejected from a nozzle, and the genes are arranged and arranged at high speed on a substrate.
  • the base bonded to the substrate is protected with a functional group that can be removed by light or heat, and the functional group is removed by applying light or heat only to the base at a specific site by using a mask. Let Thereafter, the step of adding a base to the reaction solution and coupling with the base on the substrate is repeated.
  • the polynucleotide to be immobilized is all the polynucleotides of the present invention described above.
  • such a polynucleotide can include one or more (preferably 5 or more) of the following polynucleotides or fragments thereof.
  • a polynucleotide group consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 62, variants thereof, or fragments containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 62.
  • a polynucleotide group consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, variants thereof, or fragments containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, a variant thereof, or a fragment thereof comprising 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group consisting of a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38.
  • a polynucleotide group that hybridizes under stringent conditions with DNA comprising a base sequence complementary to each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases .
  • a polynucleotide group consisting of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising the nucleotide sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, a variant thereof, or a fragment thereof comprising 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group consisting of a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, a variant thereof, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide group comprising a base sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62.
  • a polynucleotide group that hybridizes under stringent conditions with DNA comprising each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, or a fragment thereof containing 15 or more consecutive bases.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38 or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases in each of the base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 38 or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 15 or more consecutive bases in each of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62 or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising 60 or more consecutive bases in each of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 39 to 62 or a complementary sequence thereof.
  • a polynucleotide comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 63 to 100 in the base sequence represented by SEQ ID NO: 1-38, and comprising 60 or more consecutive bases.
  • the sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 to 38 includes a sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 63 to 100, respectively, and includes 60 or more consecutive bases Polynucleotide.
  • a polynucleotide comprising the base sequences represented by SEQ ID NOs: 39 to 62 in the base sequences represented by SEQ ID NOs: 39 to 62, and comprising 60 or more consecutive bases.
  • the sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 39 to 62 includes a sequence complementary to the base sequence represented by SEQ ID NO: 39 to 62, respectively, and includes 60 or more consecutive bases Polynucleotide.
  • the DNA chip of the present invention can comprise 5 or more to all of the polynucleotide comprising the base sequence represented by SEQ ID NOs: 63 to 124 or a complementary sequence thereof.
  • the polynucleotide to be immobilized may be any of genomic DNA, cDNA, RNA, synthetic DNA, and synthetic RNA, or may be single-stranded or double-stranded.
  • a method of immobilizing a previously prepared probe on a solid surface can be used.
  • a polynucleotide having a functional group introduced therein is synthesized, and an oligonucleotide or polynucleotide is spotted on the surface of the surface-treated solid support and covalently bonded (for example, J. B. Lamture et al., Nucleic. Acids. Research, 1994, Vol. 22, p. 2121-2125, Z. Guo et al., Nucleic. Acids. Research, 1994, Vol. 22, p. 5465).
  • a polynucleotide is covalently bound to a surface-treated solid support via a spacer or a crosslinker.
  • a method is also known in which polyacrylamide gel fragments are aligned on a glass surface, and a synthetic polynucleotide is covalently bound thereto (G. Yershov et al., Processedings of the National Sciences Sciences USA, 1996, 94, p. 4913).
  • an array of microelectrodes was prepared on a silica microarray, an agarose permeation layer containing streptavidin was provided on the electrode as a reaction site, and this site was positively charged to immobilize the biotinylated polynucleotide.
  • a method is also known that enables high-speed and precise hybridization by controlling the charge of the site (RG Sonoski et al., Proceedings of the National AcademicmSciences USA, 1997, No. 1). 94, pp. 1119-1123).
  • the present invention is a method for determining in vitro whether or not esophageal cancer cells are contained in a sample using the composition, kit, DNA chip, or combination thereof of the present invention. Compare the amount of expressed genes in the sample using esophageal cancer cells derived from esophageal cancer patients and non-cancer cells at the time of surgery or endoscopy, and increase the expression level of the target nucleic acid of the cells in the sample Determining that esophageal cancer cells are present in the specimen sample, wherein the target nucleic acid is contained in the composition, kit or DNA chip, variant thereof or the Methods are provided that are detectable by fragments.
  • the present invention also provides the use of the composition, kit or DNA chip of the present invention for in vivo detection of esophageal cancer in a specimen sample derived from a subject.
  • compositions, a kit or a DNA chip which contains the polynucleotide of the present invention, a variant thereof or a fragment thereof, as described above, alone or in any possible combination.
  • the polynucleotide, its variant or fragment contained in the composition, kit or DNA chip of the present invention can be used as a primer or a probe.
  • a primer those having a base length of usually 15 to 50 bases, preferably 15 to 30 bases, more preferably 18 to 25 bases can be exemplified.
  • detection probe for example, those having a base length of 15 bases to the entire sequence, preferably 25 to 1000 bases, more preferably 25 to 100 bases can be exemplified, but the invention is not limited to this range.
  • the polynucleotide, variant or fragment thereof contained in the composition or kit of the present invention is a specific gene such as Northern blot method, Southern blot method, RT-PCR method, in situ hybridization method, Southern hybridization method, etc.
  • a known method for specifically detecting it can be used as a primer or a probe according to a conventional method.
  • the measurement target sample may be a living body obtained by collecting a part or all of a subject's esophageal tissue or a biological tissue suspected of having esophageal cancer cells with a biopsy or by surgery. Collect from tissue.
  • total RNA prepared from the RNA according to a conventional method may be used, and various polynucleotides including cDNA and poly A (+) RNA prepared based on the RNA may be used.
  • the expression level of a nucleic acid such as the gene, RNA, and cDNA of the present invention in living tissue can be detected or quantified using a DNA chip (including a DNA macroarray).
  • a DNA chip including a DNA macroarray
  • the composition or kit of the present invention can be used as a probe for a DNA chip (for example, Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array uses a 25-base long polynucleotide probe).
  • a DNA chip is hybridized with labeled DNA or RNA prepared based on RNA collected from a biological tissue, and a complex of the probe and labeled DNA or RNA formed by the hybridization is labeled with the labeled DNA or RNA.
  • RNA labeling By detecting RNA labeling as an index, the presence or absence or expression level (expression level) of the esophageal cancer-related gene of the present invention in living tissue can be evaluated.
  • a DNA chip can be preferably used, which can evaluate the presence / absence or expression level of a plurality of genes for one biological sample at the same time.
  • the composition, kit or DNA chip of the present invention is useful for diagnosis, determination or detection of esophageal cancer (diagnosis of presence or absence of disease and degree of disease).
  • diagnosis of esophageal cancer using the composition, kit or DNA chip is carried out by using esophageal cancer cells derived from esophageal cancer patients and non-cancer cells at the time of surgery or endoscopy.
  • Comparison of gene dosage, or comparison of esophageal cancer cells from esophageal cancer patients with living tissues equivalent to non-cancer cells at the time of surgery or endoscopy, and the level of gene expression detected by the diagnostic composition This can be done by determining the difference.
  • the difference in gene expression level is not only the presence or absence of expression, but also when the expression level between the esophageal cancer patient-derived esophageal cancer cells and non-cancerous cell vesicles is expressed.
  • EYA2 gene since the expression of EYA2 gene is induced / decreased in esophageal cancer, it is expressed / decreased in the esophageal cancer tissue of the subject, and if there is a difference between the expression level and the expression level of normal esophageal tissue, It can be determined that no cancer cells are included or / or esophageal cancer cells are included.
  • a method for detecting that esophageal cancer cells are not contained in a specimen sample using the composition, kit or DNA chip of the present invention and / or that esophageal cancer cells are contained is obtained by biopsying a part or all of a living tissue of a subject. Or the like, or collected from a living tissue extracted by surgery, and the gene contained therein is used by using one or a plurality of polynucleotides selected from the polynucleotide group of the present invention, variants thereof or fragments thereof. This includes diagnosing the presence or degree of esophageal cancer by detecting and measuring the gene expression level.
  • the method for detecting esophageal cancer of the present invention can also detect, determine or diagnose whether or not the disease has been improved or not when the therapeutic agent is administered to improve the disease in an esophageal cancer patient, for example. .
  • the method of the present invention includes, for example, the following steps (a), (b) and (c): (A) contacting a specimen sample derived from a subject with the polynucleotide of the composition, kit or DNA chip of the present invention; (B) measuring the expression level of the target nucleic acid in the biological sample using the polynucleotide as a probe; (C) determining the presence or absence of esophageal cancer (cells) in the sample based on the result of (b), Can be included.
  • Specimen samples used in the method of the present invention can include samples prepared from a subject's biological tissue, such as esophageal tissue and its surrounding tissues, tissue suspected of esophageal cancer, and the like.
  • a subject's biological tissue such as esophageal tissue and its surrounding tissues, tissue suspected of esophageal cancer, and the like.
  • an RNA-containing sample prepared from the tissue or a sample containing a polynucleotide further prepared therefrom is a living body obtained by collecting a part or the whole of a subject's biological tissue with a biopsy or the like, or removed by surgery. It can be recovered from the tissue and prepared from it according to conventional methods.
  • subject refers to mammals such as, but not limited to, humans, monkeys, mice, rats, etc., and preferably humans.
  • the method of the present invention can change the process according to the type of biological sample used as a measurement target.
  • RNA When RNA is used as a measurement object, detection of esophageal cancer (cells) is performed, for example, by the following steps (a), (b) and (c): (A) a step of binding RNA prepared from a biological sample of a subject or a complementary polynucleotide (cDNA) transcribed therefrom with the polynucleotide of the composition, kit or DNA chip of the present invention; (B) a step of measuring RNA derived from a biological sample bound to the polynucleotide or a complementary polynucleotide transcribed from the RNA using the polynucleotide as a probe; (C) A step of determining the presence or absence of esophageal cancer (cells) based on the measurement result of (b) above, Can be included.
  • steps (a), (b) and (c) A) a step of binding RNA prepared from a biological sample of a subject or a complementary polynucleotide (cDNA
  • hybridization methods for example, Northern blot method, Southern blot method, RT-PCR method, DNA chip analysis method, in situ hybridization method, Southern hybridization method and the like can be used.
  • the presence or absence of each gene expression and its expression level in RNA can be detected and measured by using the diagnostic composition of the present invention as a probe.
  • the diagnostic composition of the present invention (complementary strand) labeled with a radioactive isotope (such as 32 P, 33 P, 35 S ) or a fluorescent substance, transfers etc.
  • the diagnostic composition (DNA) and RNA duplex formed are labeled with the diagnostic composition (radioisotope or fluorescent substance)
  • a method of detecting and measuring a signal derived from a radiation detector such as BAS-1800II, Fuji Photo Film Co., Ltd.
  • a fluorescence detector such as STORM860, Amersham Bioscience, etc.
  • the presence or absence of gene expression in RNA and its expression level can be detected and measured by using the diagnostic composition of the present invention as a primer.
  • the diagnostic composition of the present invention so that cDNA can be prepared from RNA derived from the biological tissue of the subject according to a conventional method, and the region of each target gene can be amplified using this as a template.
  • a method of detecting the resulting double-stranded DNA by hybridizing the pair of primers (consisting of a positive strand and a reverse strand that binds to the cDNA) to cDNA, performing PCR by a conventional method, and it can.
  • the above PCR is performed using a primer previously labeled with a radioisotope or a fluorescent substance, the PCR product is electrophoresed on an agarose gel, and then is detected with ethidium bromide or the like.
  • a method of detecting by staining a double-stranded DNA a method of detecting by detecting a diagnostic composition labeled by transferring the produced double-stranded DNA to a nylon membrane or the like according to a conventional method, and hybridizing with this as a probe be able to.
  • a DNA chip in which the above-described diagnostic composition of the present invention is attached to a substrate as a DNA probe is used.
  • Those obtained by immobilizing a gene group on a substrate generally have names of DNA chip and DNA array, and the DNA array includes a DNA macroarray and a DNA microarray. DNA array is included.
  • Hybridization conditions are not limited. For example, hybridization is performed at 30 to 50 ° C. in 3 to 4 ⁇ SSC, 0.1 to 0.5% SDS for 1 to 24 hours, more preferably 40 to 45 ° C. At 1-24 hours in 3 ⁇ SSC, 0.3% SDS, followed by washing.
  • washing conditions for example, a solution containing 3 ⁇ SSC and 0.1% SDS at 30 ° C., a solution containing 0.3 ⁇ SSC 0.1% SDS at 42 ° C., and a 0.1 ⁇ SSC solution at 30 ° C.
  • the conditions such as continuous washing with can be mentioned.
  • 1 ⁇ SSC is an aqueous solution (pH 7.2) containing 150 mM sodium chloride and 15 mM sodium citrate.
  • the complementary strand maintain a hybridized state with the target positive strand even when washed under such conditions.
  • a complementary strand composed of a base sequence that is completely complementary to the base sequence of the target positive strand, and a strand composed of a base sequence having at least 80% homology with the strand can be illustrated.
  • Examples of stringent hybridization conditions when PCR is performed using the polynucleotide fragment of the composition or kit of the present invention as a primer include, for example, 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCl, 1-2 mM MgCl 2 and the like.
  • Tm 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCl, 1-2 mM MgCl 2 and the like.
  • Tm 2 ⁇ (number of adenine residues + number of thymine residues) + 4 ⁇ (number of guanine residues + number of cytosine residues).
  • the present invention also measures the expression level of a target nucleic acid or gene in a specimen sample derived from a subject using the composition, kit, DNA chip, or a combination thereof of the present invention, and generates genes for esophageal cancer tissue and normal tissue.
  • SVM support vector machine
  • the present invention further uses the composition, kit, DNA chip, or combination thereof of the present invention to determine whether or not esophageal cancer cells are contained in a sample sample.
  • a second step of creating a (support vector machine) a third step of measuring the expression level of the target nucleic acid in a specimen sample derived from the subject's esophagus in vitro as in the first step, the second step Substitute the measured value of the expression level of the target acetic acid obtained in the third step into the discriminant obtained in the step, and based on the result obtained from the discriminant, esophageal cancer cells are included in the sample sample Inability to escape / or esophagus Including a fourth step of determining that a cell is contained, wherein the target nucleic
  • the method of the present invention includes, for example, the following steps (a), (b) and (c):
  • B A step of creating a discriminant called SVM by substituting the measured value of the expression level measured in (a) into the following equations 1 to 5.
  • (C) The expression level of the target gene in the specimen sample derived from the subject is measured using the diagnostic (detection) composition, kit or DNA chip according to the present invention, and these are expressed in the discriminant created in (b). Substituting and determining whether esophageal cancer cells are contained in the specimen sample based on the obtained results; Can be included.
  • SVM was created in 1995 to solve the two-class classification problem. It is a learning machine proposed in the framework of statistical learning theory by Vapnik (The Nature of Statistical Leaning Theory, Springer, 1995). The SVM is a linear discriminator, but can handle nonlinear problems by combining kernels described later. For a different class of training samples, among the many hyperplanes that identify them, the hyperplane that minimizes the minimum distance between the hyperplane and the training sample is used as the discriminating surface. Can be most accurately identified as belonging to a class.
  • SVM can handle only linear problems, but as a method for dealing with inherently nonlinear problems, a method is known in which feature vectors are nonlinearly transformed into a higher dimension and linear identification is performed in that space. . This is equivalent to using a nonlinear model in the original space.
  • mapping to higher dimensions requires a huge amount of computation and reduces the generalization ability.
  • the discriminant function is dependent only on the inner product of the input pattern. If the inner product can be calculated, an optimum discriminant function can be constructed.
  • An expression in which the inner product of two elements in a non-linearly mapped space is expressed only by the input in the original space is called the kernel, and it is actually mapped while mapping in high dimensions.
  • the training sample x i belongs to either a tissue group including esophageal cancer cells or a normal tissue group classified by (+1, ⁇ 1).
  • the discriminant function is for example:
  • the discriminant function can be uniquely obtained.
  • x for the specimen sample (expressed gene amount of unknown tissue whether or not it contains esophageal cancer cells) newly given to this function, f (x) is classified (ie, +1 or ⁇ 1) To identify which class (ie, a group of tissues containing esophageal cancer cells or a group of tissues not containing esophageal cancer cells) the specimen sample belongs to.
  • this training sample is an expression gene (gene x 1 , x 2 ,... X i ,... X n ) obtained from a tissue containing esophageal cancer cells of esophageal cancer patients. set that corresponds to the patient, and "expressed gene obtained from tissue that does not contain esophageal cancer cells of esophageal cancer patients (gene x 1, x 2, .. x i, ... x n) " corresponding to each patient Two groups.
  • the number of expressed genes (n) measured for each of these sets varies depending on the design of the experiment. However, for each gene, there is a large difference between the two groups in any experiment and the difference between the two groups. A small or no difference is observed. In order to improve the accuracy of the discriminant expression by SVM, it is a condition that there is a clear difference between the two groups as training samples, so only genes that have a difference in expression level between the two groups from the gene set are selected. It is necessary to extract and use.
  • the genes belonging to the gene set used in the discriminant formula by SVM is a nonparametric analysis. Using a Mann-Whitney U test or the like, the expression level difference between the two groups of each gene is determined. Next, genes are incorporated into the set in the order in which the difference in expression level between the two groups determined here is large, and the determination rate (probability) is calculated each time. Incorporation of genes into this gene set is repeated until the calculated determination rate reaches a maximum, and the set of genes at the time when the maximum determination rate is obtained is adopted.
  • An esophageal cancer tissue derived from an esophageal cancer patient and an esophagus derived from an esophageal cancer patient using any combination of one or a plurality of (preferably 5 or more) polynucleotides, and the expression levels of the 62 target genes are all By measuring the expression level of these 62 genes by using as an index that the expression is increased / decreased in an esophageal cancer tissue derived from an esophageal cancer patient, which differs between tissues not containing cancer (normal tissue), It is possible to identify esophageal cancer with a probability of 80% or more, 85% or more, preferably 90% or more, more preferably 92% or more, and still more preferably 95% or more. (Fig.
  • the present invention further includes polypeptides encoded by the above 62 genes (eg, corresponding to SEQ ID NOs: 1 to 62) or fragments thereof (eg, corresponding to SEQ ID NOs: 63 to 124), such as SEQ ID NOs: 125 to 186.
  • An esophageal cancer patient-derived esophageal cancer tissue and an esophageal cancer patient-derived esophageal cancer tissue using one or more (preferably 5 or more) antibodies or fragments thereof against the polypeptide comprising the amino acid sequence represented by The present invention provides a method for detecting esophageal cancer, comprising measuring in vitro the expression level of the polypeptide or the level (or abundance) of the polypeptide in blood.
  • Such antibodies or fragments include polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, synthetic antibodies, recombinant antibodies, multispecific antibodies (including bispecific antibodies), single chain antibodies, Fab fragments, F (ab ′) 2 fragments, and the like.
  • Polyclonal antibodies can be prepared as specific antibodies by the so-called absorption method, which involves binding a purified polypeptide to a bound affinity column.
  • the measurement can include a step of bringing an antibody or fragment labeled with a conventional enzyme or fluorophore into contact with a tissue section or a homogenized tissue, and a step of qualitatively or quantitatively measuring an antigen-antibody complex. .
  • the detection is performed by, for example, a method for measuring the presence and level of the target polypeptide by immunoelectron microscopy, a method for measuring the level of the target polypeptide by a conventional method such as ELISA or fluorescent antibody method, and the like.
  • the expression level of the target polypeptide is increased / decreased in the esophageal cancer tissue derived from an esophageal cancer patient compared to the tissue and the tissue not containing esophageal cancer derived from the patient, or the level of the polypeptide in the blood is If an esophageal cancer tissue derived from an esophageal cancer patient is compared with a tissue not containing esophageal cancer derived from an esophageal cancer patient and the esophageal cancer tissue derived from an esophageal cancer patient is increased / decreased, it is determined that there is esophageal cancer.
  • the increase / decrease may include a statistically significant difference (p ⁇ 0.05).
  • RNA Extraction and cDNA Preparation As samples, esophageal cancer lesion tissue and non-lesion tissue in esophageal cancer patients were used. Total RNA was prepared from each tissue using TRIzol Reagent (Invitrogen) according to the recommended protocol.
  • RNA ⁇ obtained by the above method, using oligo (dT) primer and random nonamer together, reverse transcription reaction with Cyscribe C First-Strand cDNA Labeling Kit (GE Healthcare) using the protocol recommended by the manufacturer went.
  • Cy3-dUTP GE Healthcare
  • Cy5-dUTP GE Healthcare
  • Human Universal Reference RNA GE Healthcare
  • CDNA was labeled during the copying reaction.
  • the labeled cDNA was purified by QIAquick PCR purification Kit (Qiagen) and used for hybridization.
  • the extracted 1119 genes were synthesized by selecting and synthesizing 60-70 residues of sequences with high sequence specificity so as not to cause sequence duplication, and using Toray's 1296-pillar 3D-Gene substrate. Created a custom chip.
  • Hybridization Each 1 ⁇ g of labeled cDNA was collected, dissolved in a hybridization buffer (Toray Industries, Japan), and hybridized at 42 ° C. for 16 hours. After completion of hybridization, the DNA chip was subjected to a solution containing 3 ⁇ SSC and 0.1% SDS at 30 ° C., a solution containing 0.3 ⁇ SSC and 0.1% SDS at 42 ° C., and a 0.1% solution at 30 ° C. X Washed under continuous conditions with SSC solution.
  • a discrimination machine is created in 56 cases except for one of the set of 57 esophageal cancer lesioned tissue and esophageal cancer non-lesioned tissue, and the remaining one of the discrimination machine
  • the accuracy was evaluated by the method of calculating.
  • the tissue of the esophageal cancer lesion part and the tissue of the esophageal cancer non-lesion part are respectively represented by SEQ ID NOs: 63 to 65.
  • RNA obtained from esophageal cancer tissue and obtained from tissues that do not contain esophageal cancer The RNA cocktail was mixed so that the ratio of total RNA was 9: 1, 8: 2, 7: 3, 6: 4, 5: 5, 4: 6, 3: 7, 2: 8, 1: 9.
  • CDNA was prepared, hybridization, and gene expression level measurement were performed to obtain data.
  • the discrimination machine discriminates the data as a cancer part. (FIG. 2).
  • biopsy tissues of the esophagus were obtained at the time of esophageal biopsy from 55 esophageal cancer patients who also obtained informed consent.
  • Total RNA extraction, cDNA preparation, hybridization, and gene expression level measurement were performed to obtain data.
  • an esophageal cancer tissue derived from an esophageal cancer patient and an esophageal cancer derived from an esophageal cancer patient had an accuracy of 85.5%.
  • the probability of discriminating a tissue not containing esophageal cancer derived from an esophageal cancer patient at this time was 100% (FIG. 3).
  • the discrimination machine for the discrimination discriminates the esophageal cancer tissue derived from the esophageal cancer patient and the tissue not containing the esophageal cancer patient from the esophageal cancer patient with a probability of 61.8% (FIG. 4).
  • An esophageal cancer tissue derived from an esophageal cancer patient and a tissue not containing an esophageal cancer derived from an esophageal cancer patient were discriminated with a probability of 47.3% (FIG. 5).
  • a composition for esophageal cancer determination excellent in specificity and sensitivity can be provided. Therefore, at least the proportion of esophageal cancer tissue contained in tissues collected from esophageal cancer patients at the time of surgery or endoscopy Very useful for discriminating.

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Abstract

　この発明は、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を比べて食道ガン患者由来の食道ガン組織において発現レベルの変化が認められるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される複数のポリヌクレオチドを含む食道ガン診断用組成物、キット又はＤＮＡチップ、或いは、該組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて食道ガンを検出する方法。

Description

食道ガン判定用組成物及び方法
　本発明は、食道ガンの判定又は検出に有用な診断（判定又は検出）用組成物、該組成物を利用した食道ガン検出又は判定方法、及び該組成物を利用した食道ガン診断又は検出キットに関する。
　食道は咽頭と胃の間をつなぐ管腔状の臓器であり、大部分は胸腔、一部は頸部と腹腔に存在する。胸腔の上部では気管と脊椎の間にあり、下部では心臓、大動脈と肺に囲まれている。食道は口から食べた食物を胃に送る働きをする。
　日本人の２００１年のガンによる死亡率は１０万人中２３８．８人である。死亡原因の中で食道ガンが占める割合は年々増加しており、２００１年度には男性では全ガン死亡例の５．０％、女性では１．４％が食道ガンであった。食道ガンの発症年齢のピークは６０～７０歳代にあり、男性に発症が多い。また喫煙、飲酒、熱い嗜好物などの環境要因が発生に密接に関連する。さらに食道壁内部や周辺は血管やリンパ管が豊富であるため、発生したガンの転移が多いことが知られている。
　食道ガンの治療は進行度（日本食道疾患研究会編　臨床・病理　食道ガン取り扱い規約 １９９９年）や転移、全身状態を考慮して決定する。食道ガンの標準的な治療法は日本食道疾患研究会編「食道ガン治療ガイドライン」（２００２年）に示されている。現在最も一般的な療法は手術療法であり、ガンを含めた食道とリンパ節を含む周囲の組織を切除（リンパ節郭清）した上で、胃など他の臓器を用いて食道を再建する。ただし手術療法、特に広範囲のリンパ節郭清は患者に大きな負担を与え、手術後のＱＯＬ低下への配慮も必要である。粘膜内にとどまる早期のガンの場合には内視鏡的粘膜切除術が可能である場合がある。また根治療法、対症療法の両面から放射線照射が行われる場合がある。さらに手術療法や放射線療法と組み合わせて化学療法が行われる。化学療法では現在、５－ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌとｃｉｓｐｌａｔｉｎの併用療法が最も有効であると考えられている。
　食道ガンは嚥下時の違和感、嚥下困難、胸骨後部痛や胸部違和感といった自覚症状を覚えた患者の受診によって発見されることが多い。しかしながらこれらの症状が発現するのは食道内でガンが成長した結果であり、自己所見による受診時に発見されるガンはすでに食道壁外進展や転移が起こっており予後不良であることが多い。
　食道ガンは食道造影検査及び内視鏡検査と生検組織検査にて診断が確定される。生検標本は内視鏡検査時や手術時に採取され、病理標本を作製した上で病理組織学的分類によって診断される。この時、内視鏡検査で得られた細胞の性質から食道ガンの有無が予測できる、迅速で簡便な診断法の開発が求められている。
　現在までに、食道ガン組織に特異的に含まれるマーカーを用いた分子生物学的診断方法が提案されている。この方法は迅速で客観的な結果をもたらし、迅速な診断の助けとなる。
　これまでに食道ガンの臨床検査用マーカーとして血清中のタンパク質マーカーであるＳＣＣ、ＣＹＦＲＡ２１－１、ＣＥＡなどが活用されているほか、特許文献１、２に記載のタンパク質などが報告されている。しかしこれらのマーカーは感度、特異度が乏しく、もっとも感度が高いとされているＣＹＦＲＡ２１－１についても、その感度は３３．９％（非特許文献１）から４３．９％（非特許文献２）程度である。したがってこれらの血清中マーカー及びその組み合わせの検出によって食道ガン細胞の存在の有無が確定されるという段階には至っていない。
　また、被験者より採取された生検試料に食道ガン細胞が含まれているか否かを特異的に判断するための遺伝子を利用したマーカーとしては、染色体異常（例えば特許文献３，４参照）や遺伝子の後成的配列（例えば特許文献５）が開示されているほか、ＤＮＡチップによる網羅的遺伝子発現解析の結果が複数報告されている（例えば特許文献６、非特許文献３～８参照）。特に特許文献６においては組み合わせの検出によって食道ガン細胞の存在の有無を確定する２０種類の遺伝子が提供されているが、食道ガン細胞が含まれていることと食道ガン細胞が含まれていないことの判断をそれぞれ異なる判別マシーンを用いるため診断が複雑になるだけでなく、片方の判別マシーンが食道ガンを含むと予測し、もう片方が食道ガンを含まないと予測した場合に診断不可能となってしまう場合がある。さらに単独の遺伝子発現を指標としたマーカーとしては特許文献７、非特許文献９、１０に示されるＳＰＲＲ３遺伝子（Ｓｍａｌｌ　ｐｒｏｌｉｎｅ―ｒｉｃｈ ｐｒｏｔｅｉｎ　３）、非特許文献１１に示されるｆｇｆ３遺伝子、特許文献７、非特許文献１２に示されるＣＳＴＢ遺伝子（ｃｙｓｔａｔｉｎ Ｂ、ｌｉｖｅｒ ｔｈｉｏｌ ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ　ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）、特許文献８に示されるＵＣＰ２遺伝子（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ｕｎｃｏｕｐｌｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ２）およびＣＯＬ３Ａ１（３’　ｒｅｇｉｏｎ　ｆｏｒ　ｐｒｏ－ａｌｐｈａ（ＩＩＩ）　ｃｏｌｌａｇｅｎ）、特許文献７に示されるＵＰＫ１Ａ遺伝子（ｕｒｏｐｌａｋｉｎ １Ａ）、非特許文献１３に示されるＨＳＰＡ１Ｂ遺伝子（Ｈｅａｔ　Ｓｈｏｃｋ　７０ｋＤａ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　１）などが報告されている。また、上皮系悪性腫瘍のマーカーとしては特許文献９に示されるＲＲＭ１遺伝子（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ｒｅｄｕｃｔａｓｅ　Ｍ１　ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ）などが知られている。しかし、これらによっても食道ガンの存在の有無を診断することは十分でない。
特開２００３-２５９８７２号公報 特表２０００-５１１５３６号公報 特開２００１-１７２００号公報 特開２００２-２７２４９７号公報 特表２００４-５０５６１２号公報 国際公開第２００６／１１８３０８号パンフレット 国際公開第２００３／０４２６６１号パンフレット 国際公開第２００３／０７６５９４号パンフレット 国際公開第２００６／１１９４６４号パンフレット
Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｔ．ら、１９９８、Ｄｉｓｅａｓｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｅｓｏｐｈａｇｕｓ、第１１巻、ｐ．３５－３９ Ｋａｗａｇｕｃｈｉ，Ｈら、２０００、Ｃａｎｃｅｒ、第８９巻、ｐ．１４１３－１４１７ Ｌｕｏ, Ａ．ら、２００４年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第２３巻、ｐ.１２９１-１２９９ Ｚｈｉ, Ｈ．ら、２００３年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第１０６巻、ｐ.３２７-３３３ Ｌｕ, Ｊ．ら、２００１年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第９１巻、ｐ.２８８-２９４ Ｋａｚｅｍｉ-Ｎｏｕｒｅｉｎｉ，Ｓ．ら、２００４年、Ｗｏｒｌｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ 、第１０巻、ｐ.１７１６-１７２１ Ｘｕ, Ｓ．Ｈ．ら、２００３年、Ｗｏｒｌｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ 、第９巻、ｐ.４１７-４２２ Ｓｕ, Ｈ．ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６３巻、ｐ.３８７２-３８７６ Ｃｈｅｎ, Ｂ.Ｓ. ら、２０００年、Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ、第２１巻、ｐ.２１４７-２１５０ Ａｂｒａｈａｍ, Ｊ.Ｍ.ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ Ｇｒｏｗｔｈ　＆ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ、第７巻、ｐ.８５５-８６０ Ｋｉｔａｇａｗａ, Ｙ．ら、１９９１年、Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５１巻、p.１５０４-１５０８ Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ,Ｔ．ら、１９９８年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第７９巻、ｐ.１７５-１７８ Ｋａｗａｎｉｓｈｉ，Ｋ．ら、１９９９年、Ｃａｎｃｅｒ、第８５巻、ｐ.１６４９-１６５７
　しかしながら、上記の既存の指標は特異性及び／又は感受性に乏しいことや、生体試料からのその効率的な検出方法が確立していないことから一般に臨床上の利用は行われておらず、特異性及び感受性が高い食道ガンマーカーが切望されている。
　本発明は、食道ガンの診断及び治療に有用な疾患判定用組成物、該組成物を用いた食道ガンの判定（又は検出）方法、及び該組成物を利用した食道ガンの判定（又は検出又は診断）キットを提供することを目的とする。
　マーカー探索の方法としては、食道ガン細胞のうち、手術時に患者由来の食道ガン細胞と患者由来の非ガン細胞における遺伝子発現やタンパク質発現、又は細胞の代謝産物などの量を何らかの手段によって比較する方法や食道ガン患者と非ガン患者の体液中に含まれる遺伝子、タンパク質、代謝産物などの量を測定する方法が挙げられる。
　ＤＮＡアレイを用いた遺伝子発現量解析は、近年、このようなマーカー探索の手法として特に汎用されている。ＤＮＡアレイには数百から数万種の遺伝子に対応した塩基配列を利用したプローブが固定されている。被検試料をＤＮＡアレイに添加することによって試料中の遺伝子がプローブと結合し、この結合量を何らかの手段によって測定することにより、被検試料中の遺伝子発現量を知ることができる。ＤＮＡアレイ上に固定化するプローブに対応した遺伝子の選択は自由であり、また手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較することによって食道ガンマーカーとなりうる遺伝子群を推定することが可能である。
　上記の課題を解決するために、本発明者らは、手術時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞の遺伝子発現をＤＮＡチップによって解析し、食道ガンの検出マーカーに使用可能な遺伝子を見出し、さらにそれらの遺伝子の発現量が、非ガン細胞に比較して食道ガン細胞において減少、低減もしくは増加、増大していることを見出し、本発明を完成させた。
１．発明の概要
　本発明は、以下の特徴を有する。
　本発明は第一の実施態様において、下記の(a)～(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される３以上のポリヌクレオチドを含む、食道ガン診断用組成物である。
（a）配列番号１～３８で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（b）配列番号１～３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（c）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（d）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（e）前記（a）～（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。
　また別の実施形態において、前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである上記の組成物である。
　また別の実施形態において、前記断片が、配列番号１～３８のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３～１００のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。
　また別の実施形態において、前記断片が、配列番号６３～１００のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。
　また別の実施形態において、下記の(f)～(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される２以上のポリヌクレオチドをさらに含む、上記のいずれかに記載の組成物である。
（f）配列番号３９～６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（g）配列番号３９～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（h）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（i）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（j）前記（f）～（i）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。
　また別の実施形態において、前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。
　また別の実施形態において、前記断片が、配列番号３９～６２で表される塩基配列において、それぞれ配列番号１０１～１２４のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。
　また別の実施形態において、前記断片が、配列番号１０１～１２４のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。
　本発明の第２の態様として、上記のいずれかに記載の(a)～(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用キットである。
　また別の実施形態において、上記のいずれかに記載の(f)～(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、上記のキットである。
　また別の実施形態において、前記ポリヌクレオチドが、配列番号１～６２のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、上記のキットである。
　また別の実施形態において、前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、上記のキットである。
　また別の実施形態において、前記断片が、配列番号１～６２のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記のキットである。
　また別の実施形態において、前記断片が、配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記のキットである。
　また別の実施形態において、前記断片が、配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、上記のキットである。
　また別の実施形態において、配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上から全部を含む、上記のキットである。
　また別の実施形態において、前記ポリヌクレオチドが、別個に又は任意に組み合わせて異なる容器に包装されている、上記のいずれか１項に記載のキットである。
　また別の実施形態において、上記のいずれかに記載の(a)～(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用ＤＮＡチップである。
　本発明の第３の態様として、上記いずれかに記載の(f)～(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、上記のＤＮＡチップである。
　また別の実施形態において、配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上～全部を含む、上記のＤＮＡチップである。
　第４の態様として、上記のいずれかに記載の組成物、上記のいずれかに記載のキット、上記のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の生体試料における標的核酸の発現レベルを測定することによって、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれるかどうかをｉｎ　ｖｉｔｒｏで判定する方法である。
　また別の実施形態において、ＤＮＡチップを用いる上記の方法である。
　また別の実施形態において、いずれかに記載の組成物、上記のいずれかに記載のキット、上記のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、食道ガン細胞を含む組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ　ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ　ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、食道ガンを判定する方法である。
　また別の実施形態において、上記のいずれかに記載の組成物、上記のいずれかに記載のキット、又は上記のいずれかに記載のＤＮＡチップの、食道ガンの有無をｉｎ ｖｉｔｒｏで予測するための使用である。
　また別の実施形態において、配列番号１～３８で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する３以上の抗体又はその断片を用いて、被検者由来の食道ガン細胞或いは血液中の該ポリペプチドのレベルをｉｎ ｖｉｔｒｏで測定することを含む、被検者の食道ガンの有無をｉｎ　ｖｉｔｒｏで予測する方法である。
　また別の実施形態において、配列番号３９～６２で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する２以上の抗体又はその断片をさらに使用して、該ポリペプチドのレベルを測定する、上記の方法である。
　また別の実施形態において、前記ポリペプチドが、配列番号１２５～１８６で表されるアミノ酸配列を有する、上記の方法である。
　また別の実施形態において、前記ポリペプチドの発現レベルが、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において変化している場合、食道ガンであると決定する、上記のいずれか１項に記載の方法である。
２．定義
　本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
　ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質などの略号による表示は、「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」（日本国特許庁編）及び当技術分野における慣用に従うものとする。
　本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、ＲＮＡ及びＤＮＡのいずれも包含する核酸として用いられる。なお、上記ＤＮＡには、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、及び合成ＤＮＡのいずれもが含まれる。また上記ＲＮＡには、ｔｏｔａｌ　ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、及び合成ＲＮＡのいずれもが含まれる。また、本明細書では、ポリヌクレオチドは核酸と互換的に使用される。
　本明細書において「ｃＤＮＡ」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡに相補的な配列のＤＮＡ鎖全長、及びその部分配列からなるＤＮＡ断片、を包含する。ｃＤＮＡは、ＲＮＡを鋳型にして、ポリＴプライマーを用いるＲＴ－ＰＣＲ(逆転写－ポリメラーゼ連鎖反応)によって合成されうる。
　本明細書において「遺伝子」とは、２本鎖ＤＮＡのみならず、それを構成する正鎖（又はセンス鎖）又は相補鎖（又はアンチセンス鎖）などの各１本鎖ＤＮＡを包含することを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。
　従って、本明細書において「遺伝子」は、特に言及しない限り、ヒトゲノムＤＮＡを含む２本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡを含む１本鎖ＤＮＡ（正鎖）、該正鎖と相補的な配列を有する１本鎖ＤＮＡ（相補鎖）、及びこれらの断片のいずれも含む。また該「遺伝子」は特定の塩基配列（又は配列番号）で示される「遺伝子」だけではなく、これらによってコードされるタンパク質と生物学的機能が同等であるタンパク質、例えば同族体（すなわち、ホモログ）、スプライスバリアントなどの変異体、及び誘導体をコードする「遺伝子」が包含される。かかる同族体、変異体又は誘導体をコードする「遺伝子」としては、具体的には、後に記載したストリンジェントな条件下で、上記の配列番号１～６２で示されるいずれかの特定塩基配列の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有する「遺伝子」を挙げることができる。
　例えばヒト由来のタンパク質の同族体（すなわち、ホモログ）又はそれをコードする遺伝子としては、当該タンパク質又はそれをコードするヒト遺伝子に対応する他生物種のタンパク質又は遺伝子が例示でき、これらのタンパク質又は遺伝子ホモログは、ＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ｈｏｍｏｌｏＧｅｎｅ/）により同定することができる。具体的には特定のヒトアミノ酸又は塩基配列をＢＬＡＳＴプログラム（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ.Ｓ.Ａ.、 １９９３年、第９０巻、ｐ.５８７３―５８７７、 ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＢＬＡＳＴ/）にかけて一致する（Ｓｃｏｒｅが最も高く、Ｅ－ｖａｌｕｅが０でかつＩｄｅｎｔｉｆｙが１００％を示す）配列の登録番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　ｎｕｍｂｅｒ）を取得することができる。ＢＬＡＳＴプログラムとしては、ＢＬＡＳＴＮ（遺伝子）、ＢＬＡＳＴＸ(タンパク質)などが知られている。例えば、遺伝子検索の場合、上記ＢＬＡＳＴ検索からの登録番号をＵｎｉＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＵｎｉＧｅｎｅ/）に入力して得られたＵｎｉＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒＩＤ（Ｈｓ．で示す番号）をＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅに入力する。結果として得られた他生物種遺伝子とヒト遺伝子との遺伝子ホモログの相関を示したリストから、特定の塩基配列で示されるヒト遺伝子に対応する遺伝子ホモログとして、他生物種の遺伝子を選抜することができる。またこの方法において、ＢＬＡＳＴプログラムの代わりにＦＡＳＴＡプログラム（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｄｄｂｊ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／ｓｅａｒｃｈ／ｆａｓｔａ－ｅ．ｈｔｍｌ）を用いてもよい。
　なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではなく、例えば発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンを含むことができる。
　本明細書において「転写産物」とは、遺伝子のＤＮＡ配列を鋳型にして合成されたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）のことをいう。ＲＮＡポリメラーゼが遺伝子の上流にあるプロモーターと呼ばれる部位に結合し、ＤＮＡの塩基配列に相補的になるように３'末端にリボヌクレオチドを結合させていく形でメッセンジャーＲＮＡが合成される。このメッセンジャーＲＮＡには遺伝子そのもののみならず、発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンをはじめとする転写開始点からポリＡ配列の末端にいたるまでの全配列が含まれる。
　本明細書において「翻訳産物」とは、転写によって合成されたメッセンジャーＲＮＡが、スプライシングなどの修飾を受ける/受けないにかかわらず、その情報を元に合成されたタンパク質を示す。メッセンジャーＲＮＡの翻訳過程においては、まずリボソームとメッセンジャーＲＮＡが結合し、次にメッセンジャーＲＮＡの塩基配列に従ってアミノ酸がつながっていき、タンパク質が合成される。
　本明細書において「プローブ」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡ又はそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に検出するために使用されるポリヌクレオチド及び／又はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
　本明細書において「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡ又はそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅する、連続するポリヌクレオチド及び／又はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
　ここで相補的なポリヌクレオチド（相補鎖、逆鎖）とは、配列番号によって定義される塩基配列からなるポリヌクレオチドの全長配列、又はその部分配列、（ここでは便宜上、これを正鎖と呼ぶ）に対してＡ：Ｔ（Ｕ）、Ｇ：Ｃといった塩基対関係に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。ただし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズできる程度の相補関係を有するものであってもよい。
　本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、プローブが他の配列に対するよりも、検出可能により大きな程度（例えばバックグラウンドよりも少なくとも２倍）で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、ハイブリダイゼーションが行われる環境によって異なる。ハイブリダイゼーション及び／又は洗浄条件のストリンジェンシーを制御することにより、プローブに対して１００％相補的である標的配列が同定され得る。
　本明細書において「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異、転写時の選択的スプライシングなどに起因した天然の変異体、あるいは遺伝暗号の縮重に基づく変異体、あるいは配列番号１～６２で表される塩基配列又はその部分配列において１以上、好ましくは１もしくは数個、の塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは該塩基配列又はその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体、あるいは該塩基配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドと上記定義のストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸を意味し、一方、タンパク質又はペプチドの場合、配列番号１２５～１８６で表されるアミノ酸配列又はその部分配列おいて１以上、好ましくは１もしくは数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは該アミノ酸配列又はその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体を意味する。
　本明細書において「数個」とは、約１０、９、８、７、６、５、４、３又は２個の整数を意味する。
　本明細書において「％同一性」は、上記のＢＬＡＳＴやＦＡＳＴＡによるタンパク質又は遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して、又はギャップを導入しないで、決定することができる（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、１９９３年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９０巻、ｐ.５８７３-５８７７；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、１９９０年、Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ、第２１５巻、ｐ．４０３－４１０；Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｗ．Ｒ．ら、１９８８年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８５巻、ｐ.２４４４-２４４８）。
　本明細書において「誘導体」とは、核酸の場合、蛍光団などによるラベル化誘導体、修飾ヌクレオチド(例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシなどのアルコキシ、チオ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチド及び塩基の再構成、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチドなど)を含む誘導体など、一方、タンパク質の場合、アセチル化、アシル化、アルキル化、リン酸化、硫酸化、グリコシル化、ビオチン化などの化学修飾誘導体を意味する。
　本明細書において「診断（又は検出又は判定）用組成物」とは、食道ガンの罹患の有無、罹患の程度もしくは改善の有無や改善の程度を診断するために、また食道ガンの予防、改善又は治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接又は間接的に利用されるものをいう。これには食道ガンの罹患に関連して生体内、特に食道組織において発現が変動する遺伝子を特異的に認識し、また結合することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチド、及び該遺伝子の翻訳産物であるタンパク質を検出することができる抗体が包含される。これらのヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは、上記性質に基づいて生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブとして、また生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用することができる。
　本明細書において検出・診断対象となる「生体組織」とは、食道ガンの発生にともない本発明の遺伝子が発現変化する組織を指す。具体的には食道組織及びその周辺のリンパ節、また転移が疑われる他臓器などを指す。
　本明細書で使用される「ＥＹＡ２遺伝子」又は「ＥＹＡ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１）で示されるｅｙｅｓ　ａｂｓｅｎｔ　ｈｏｍｏｌｏｇ２遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＴＧ、ＰＲＫＣＢＰ１、ＲＰＳ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１に記載のＥＹＡ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＡＬ０４９５４０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＹＡ２遺伝子はＺｉｍｍｅｒｍａｎ　Ｊ．Ｅ．ら、１９９７年、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．第７巻、ｐ.１２８－１４１に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＥＲＦ１Ａ遺伝子」又は「ＳＥＲＦ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２）で示されるＳｍａｌｌ　ＥＤＲＫ－ｒｉｃｈ　ｆａｃｔｏｒ１遺伝子（ＤＮＡ）、４Ｆ５、Ｈ４Ｆ５、ＳＭＡ　ｍｏｄｉｆｉｅｒ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２に記載のＳＥＲＦ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＡＦ０７３５１９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＥＲＦ１Ａ遺伝子はＳｃｈａｒｆ Ｊ．Ｍ．ら、１９９８年、Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ．、第２０巻、ｐ.８３－８６に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＩＧＨＧ１遺伝子」又は「ＩＧＨＧ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３）で示されるｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ　ｈｅａｖｙ ｃｏｎｓｔａｎｔ　ｇａｍｍａ　１遺伝子（ＤＮＡ）、Ｇ１ｍ　ｍａｒｋｅｒ、ＦＬＪ３９９８８、ＦＬＪ４００３６、ＦＬＪ４０２５３、ＦＬＪ４０５８７、ＦＬＪ４０７８９、ＦＬＪ４０８３４、ＭＧＣ４５８０９、ＤＫＦＺｐ６８６Ｈ１１２１３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３に記載のＩＧＨＧ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＣ＿００００１４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＩＧＨＧ１遺伝子はＨｏｏｄ　Ｌ．ら、１９６８年、Ｎａｔｕｒｅ、第２２０巻、ｐ.７６４－７６７に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＩＴＳＮ２遺伝子」又は「ＩＴＳＮ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４）で示されるＩＮＴＥＲＳＥＣＴＩＮ２遺伝子（ＤＮＡ）、ＳＨ３ｄｏｍａｉｎ－ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ １Ｂ、ＳＨ３Ｐ１８、ＳＨ３Ｐ１８－ｌｉｋｅ ＷＡＳＰ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４に記載のＩＴＳＮ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１９５９５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＩＴＳＮ２遺伝子はＰｕｃｈａｒｃｏｓ Ｃ．ら、２０００年、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．、第４７８巻、ｐ.４３－５１に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子」又は「ＲＡＢ１１ＦＩＰ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５）で示されるＨｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ　ＲＡＢ１１　ｆａｍｉｌｙ　ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎ　５（ｃｌａｓｓＩ）遺伝子（ＤＮＡ）、ＫＩＡＡ０８５３、ＲＩＰ１１、ｐｐ７５、ＧＡＦ１、ＤＫＦＺＰ４３４Ｈ０１８、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５に記載のＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０３５０１３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子はＩｔｏ Ｔ．ら、１９９９年、Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ．、第１０４巻、ｐ.１２６５－１２７５に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＨＳＰＡ１Ａ遺伝子」又は「ＨＳＰＡ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６）で示されるＨｅａｔ　ｓｈｏｃｋ　７０ｋＤａ　ｐｒｏｔｅｉｎ　１Ａ遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＡＰＡ１（ＤＮＡ）、ＨＳＰ７０．１（ＤＮＡ）、ＨＳＰ７０－１／ＨＳＰ７０－２（ＤＮＡ）、ＨＳＰＡ１Ｂ（ＤＮＡ）、ＨＳＰ７２（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６に記載のＨＳＰＡ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００５３４５やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＳＰＡ１Ａ遺伝子はＩｔｏ Ｔ．ら、１９９８年、Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．（Ｔｏｋｙｏ）、第１２４巻、ｐ.３４７－３５３に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＮＭＵ遺伝子」又は「ＮＭＵ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号７）で示されるｎｅｕｒｏｍｅｄｉｎ　Ｕ　ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、ｎｅｕｒｏｍｅｄｉｎ－Ｕ－２５、ＮｍＵ－２５、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号７に記載のＮＭＵ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６６８８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＭＵ遺伝子はＡｕｓｔｉｎ Ｕ．ら、１９９５年、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．、第１４巻、ｐ.１５７－１６９に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「Ｅ２Ｆ３遺伝子」又は「Ｅ２Ｆ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号８）で示されるＥ２Ｆ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ　ｆａｃｔｏｒ　３遺伝子（ＤＮＡ）、Ｅ２Ｆ－３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号８に記載のＥ２Ｆ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１９４９）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｅ２Ｆ３遺伝子はＬｅｅｓ Ｊ．Ａ．ら、１９９３年、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．、第１３巻、ｐ７８１３－７８２５に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＥＳＲ２遺伝子」又は「ＥＳＲ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号９）で示されるＥｓｔｒｏｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｂｅｔａ遺伝子（ＤＮＡ）、ＥＲ－ＢＥＴＡ、Ｅｒｂ、ＮＲ３Ａ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号９に記載のＥＳＲ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１４３７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＳＲ２遺伝子はＤｏｔｚｌａｗ Ｈ．ら、１９９７年、Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ． Ｍｅｔａｂ．、第８２巻、ｐ．２３７１－２３７４に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＣＦＤＰ１遺伝子」又は「ＣＦＤＰ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１０）で示されるＣｒａｎｉｏｆａｃｉａｌ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ １遺伝子（ＤＮＡ）、Ｂｕｃｅｎｔａｕｒ、ＢＣＮＴ、ＣＰ２７、ｐ９７、ＳＷＣ５、Ｙｅｔｉ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１０に記載のＣＦＤＰ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６３２４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＦＤＰ１遺伝子はＤｉｅｋｗｉｓｃｈ Ｔ．Ｇ．ら、１９９９年、Ｇｅｎｅ、第２３５巻、ｐ．１９－３０に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＨＳＰＣ１９０遺伝子」又は「ＨＳＰＣ１９０」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１１）で示されるＰｒｏａｐｏｐｔｏｔｉｃ ｃａｓｐａｓｅ ａｄａｐｔｏｒ　ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ｃａｓｐａｓｅ－２　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎ、ＭＧＣ２９５０６、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１１に記載のＨＳＰＣ１９０遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１６４５９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＳＰＣ１９０遺伝子はＫａｔｏｈ Ｍ．ら、２００３年、Ｉｎｔ． Ｊ． Ｏｎｃｏｌ．、第２３巻、ｐ．２３５－２４１に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＣＯＬ１Ａ２遺伝子」又は「ＣＯＬ１Ａ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１２）で示されるＣｏｌｌａｇｅｎ ａｌｐｈａ－２（Ｉ） ｃｈａｉｎ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、Ａｌｐｈａ－２ ｔｙｐｅ Ｉ ｃｏｌｌａｇｅｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１２に記載のＣＯＬ１Ａ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． Ｚ７４６１６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＯＬ１Ａ２遺伝子はＭｏｔｔｅｓ Ｍ．ら、１９９８年、Ｈｕｍ． Ｍｕｔａｔ．、第１２巻、ｐ．７１－７２に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＧＣＳ１遺伝子」又は「ＧＣＳ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１３）で示されるＭａｎｎｏｓｙｌ－ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ ｇｌｕｃｏｓｉｄａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ａ－ｇｌｕｃｏｓｉｄａｓｅ Ｉ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１３に記載のＧＣＳ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６３０２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＣＳ１遺伝子はＫａｌｚ－Ｆｕｌｌｅｒ Ｂ．ら、１９９５年、Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．、第２３１巻、ｐ．３４４－３５１に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＰＡＲＬ遺伝子」又は「ＰＡＲＬ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４）で示されるＰｒｅｓｅｎｉｌｌｉｎｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｒｈｏｍｂｏｉｄ－ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４に記載のＰＡＲＬ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１８６２２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＡＲＬ遺伝子はＰｅｌｌｅｇｒｉｎｉ Ｌ．ら、２００１年、Ｊ． Ａｌｚｈｅｉｍｅｒｓ Ｄｉｓ．、第３巻、ｐ．１８１－１９０に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＣＥＬＳＲ２遺伝子」又は「ＣＥＬＳＲ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５）で示されるＣａｄｈｅｒｉｎ ＥＧＦ ＬＡＧ ｓｅｖｅｎ－ｐａｓｓ Ｇ－ｔｙｐｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ２ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、ｅｐｉｄｅｒｍａｌ　ｇｒｏｗｔｈ　ｆａｃｔｏｒ－ｌｉｋｅ　２、ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ｅｐｉｄｅｒｍａｌ　ｇｒｏｗｔｈ　ｆａｃｔｏｒ－ｌｉｋｅ　ｄｏｍａｉｎｓ　３、Ｆｌａｍｉｎｇｏ １、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５に記載のＣＥＬＳＲ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１４０８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＥＬＳＲ２遺伝子はＮａｋａｙａｍａ Ｍ．ら、１９９８年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第５１巻、ｐ．２７－３４に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＮＤＲＧ１遺伝子」又は「ＮＤＲＧ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１６）で示されるＮ－ｍｙｃ ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｇｅｎｅ １遺伝子（ＤＮＡ）、ＧＣ４、ＲＴＰ、ＮＤＲ１、ＮＭＳＬ、ＴＤＤ５、ＣＡＰ４３、ＣＭＴ４Ｄ、ＨＭＳＮＬ、ＲＩＴ４２、ＴＡＲＧ１、ＰＲＯＸＹ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１６に記載のＮＤＲＧ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６０９６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＤＲＧ１遺伝子はＫｏｋａｍｅ Ｋ．ら、１９９６年、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、第２７１巻、ｐ．２９６５９－２９６６５に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子」又は「ＳＬＣ２５Ａ４４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１７）で示されるｓｏｌｕｔｅ　ｃａｒｒｉｅｒ　ｆａｍｉｌｙ　２５，ｍｅｍｂｅｒ　４４遺伝子（ＤＮＡ）、ＦＬＪ９０４３１、ＫＩＡＡ０４４６、ＲＰ１１－５４Ｈ１９．３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１７に記載のＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１４６５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子はＨａｉｔｉｎａ Ｔ．ら、２００６年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第８８巻、ｐ．７７９－７９０に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＴＵＳＣ２遺伝子」又は「ＴＵＳＣ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１８）で示されるｔｕｍｏｒ　ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ　ｃａｎｄｉｄａｔｅ　２遺伝子（ＤＮＡ）、ＰＡＰ，ＦＵＳ１、ＰＤＡＰ２、Ｃ３ｏｒｆ１１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１８に記載のＴＵＳＣ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００７２７５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＵＳＣ２遺伝子はＬｅｒｍａｎ Ｍ．Ｉ．ら、２０００年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．、第６０巻、ｐ．６１１６－６１３３に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＬＣ４Ａ１遺伝子」又は「ＳＬＣ４Ａ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１９）で示されるＳｏｌｕｔｅ　ｃａｒｒｉｅｒ　ｆａｍｉｌｙ　４，ａｎｉｏｎ　ｅｘｃｈａｎｇｅｒ，ｍｅｍｂｅｒ　１遺伝子（ＤＮＡ）、ＤＩ、ＦＲ、ＳＷ、ＷＤ、ＷＲ、ＡＥ１、ＷＤ１、ＢＮＤ３、ＥＰＢ３、ＣＤ２３３、ＥＭＰＢ３、ＲＴＡ１Ａ、ＭＧＣ１１６７５３、ＭＧＣ１２６６１９、ＭＧＣ１２６６２３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１９に記載のＳＬＣ４Ａ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０００３４２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ４Ａ１遺伝子はＬｕｘ　Ｓ．Ｅ．ら、１１８９年、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ．、第８６巻、ｐ．９０８９－９０９３に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＭＳ４Ａ７遺伝子」又は「ＭＳ４Ａ７」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２０）で示されるＭｅｍｂｒａｎｅ－ｓｐａｎｎｉｎｇ　４－ｄｏｍａｉｎｓ，ｓｕｎｆａｍｉｌｙ Ａ，ｍｅｍｂｅｒ ７遺伝子（ＤＮＡ）、ＣＦＦＭ４、ＭＳ４Ａ８、４ＳＰＡＮ２、ＣＤ２０Ｌ４、ＭＧＣ２２３６８、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２０に記載のＭＳ４Ａ７遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿２０６９３８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＳ４Ａ７遺伝子はＩｓｈｉｂａｓｈｉ Ｋ．ら、２００１年、Ｇｅｎｅ、第２６４巻、ｐ．８７－９３に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ｔｈｙｍｏｓｉｎ　ｂｅｔａ－４遺伝子」又は「ＴＭＳＢ４Ｘ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２１）で示されるｔｈｙｍｏｓｉｎ　ｂｅｔａ－４遺伝子（ＤＮＡ）、ＦＸ、ＴＢ４Ｘ、ＰＴＭＢ４、ＴＭＳＢ４、ｔｈｙｍｏｓｉｎ　ｂｅｔａ－４，　Ｘ－ｌｉｎｋｅｄ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２１に記載のＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０２１１０９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子はＧｏｎｄｏ Ｈ．ら１９８７年、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、第１３９巻、ｐ．３８４０－３８４８に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＰＲＣ１遺伝子」又は「ＰＲＣ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２２）で示されるｐｒｏｔｅｉｎ　ｒｅｇｕｌａｔｏｒ　ｏｆ　ｃｙｔｏｋｉｎｅｓｉｓ　１遺伝子（ＤＮＡ）、ｐｒｏｔｅｉｎ　ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｇ　ｃｙｔｏｋｉｎｅｓｉｓ　１、ＡＳＥ１、ＭＧＣ１６７１、ＭＧＣ３６６９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２２に記載のＰＲＣ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００３９８１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＲＣ１遺伝子はＪｉａｎｇ Ｗ．ら、１９９８年、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ．、第２巻、ｐ．８７７－８８５に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＶＣＰ遺伝子」又は「ＶＣＰ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２３）で示されＶａｌｏｓｉｎ－ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ｐ９７、ＴＥＲＡ、ＩＢＭＰＦＤ、ＭＧＣ８５６０、ＭＧＣ１３１９９７、ＭＧＣ１４８０９２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２３に記載のＶＣＰ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００７１２６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＶＣＰ遺伝子はＤｒｕｃｋ Ｔ．ら、１９９５年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第３０巻、ｐ．９４－９７に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＲＢＭ９遺伝子」又は「ＲＢＭ９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２４）で示されるＲＮＡ ｂｉｎｄｉｎｇ ｍｏｔｉｆ ｐｒｏｔｅｉｎ　９遺伝子（ＤＮＡ）、ＲＴＡ、ｆｘｈ、Ｆｏｘ－２、ＨＮＲＢＰ２、ＨＲＮＢＰ２、ｄｊ１０６I２０．３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２４に記載のＲＢＭ９遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１４３０９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＢＭ９遺伝子はＮｏｒｒｉｓ Ｊ．Ｄ．ら、２００２年、Ｍｏｌ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．、第１６巻、ｐ．４５９－４６８に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＧＰＲ１２６遺伝子」又は「ＧＰＲ１２６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２５）で示されるＧ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ　１２６遺伝子（ＤＮＡ）、ＦＬＪ１４９３７、ＤＫＦＺｐ５６４Ｄ０４６２、ＶＩＧＲ、ＤＲＥＧ、ＰＳ１ＴＰ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２５に記載のＧＰＲ１２６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０７５７９８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＰＲ１２６遺伝子はＳｔｅｈｌｉｋ Ｃ．ら、２００４年、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．、第５６９巻、ｐ．１４９－１５５に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＨＯＸＡ１０遺伝子」又は「ＨＯＸＡ１０」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２６）で示されるＨｏｍｅｏｂｏｘ　Ａ１０遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＯＸ１．８、ＭＧＣ１２８５９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２６に記載のＨＯＸＡ１０遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０１３９７１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＯＸＡ１０遺伝子はＬｏｗｎｅｙ Ｐ．ら、１９９１年、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．、第１９巻、ｐ．３４４３－３４４９ に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子」又は「ＰＰＰ１Ｒ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２７）で示されるｐｒｏｔｅｉｎ　ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ　１，ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ（ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）ｓｕｂｕｎｉｔ　１Ａ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２７に記載のＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６７４１）やｐｒｏｔｅｉｎ　ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ　ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ　１、ＩＰＰ－１、Ｉ－１、その他生物種ホモログなどが包含される。ＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子はＥｎｄｏ Ｓ．ら、１９９６年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第３５巻、ｐ．５２２０－５２２８に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＭＹＯ９Ｂ遺伝子」又は「ＭＹＯ９Ｂ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２８）で示されｍｙｏｓｉｎｅ　ＩＸＢ遺伝子（ＤＮＡ）、ＭＹＲ５、ＣＥＬＩＡＣ４、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２８に記載のＭＹＯ９Ｂ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４１４５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＹＯ９Ｂ遺伝子はＷｉｒｔｈ　Ｊ．Ａ．ら、１９９６年、Ｊ． Ｃｅｌｌ． Ｓｃｉ．、第１０９巻、ｐ．６５３－６６１に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子」又は「ＳＬＣＯ４Ｃ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２９）で示されるｓｏｌｕｔｅ　ｃａｒｒｉｅｒ　ｏｒｇａｍｉｃ　ａｎｉｏｎ　ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ　ｆａｍｉｌｙ、ｍｅｍｂｅｒ４Ｃ１遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２９に記載のＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿１８０９９１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子はＭｉｋｋａｉｃｈｉ　Ｔ．ら、２００４年、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ．　Ａｃａｄ．　Ｓｃｉ．　ＵＳＡ．、第１０１巻、ｐ．３５６９-３５７４に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子」又は「ＳＥＲＰＩＮＢ１３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３０）で示されるＨＵＲＰＩＮ 遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＡＣＡＴ　ＵＶ－ＲＥＰＲＥＳＳＩＢＬＥ　ＳＥＲＰＩＮ、ＰＲＯＴＥＡＳＥ　ＩＮＨＩＢＩＴＯＲ　１３、ＨＥＡＤＰＩＮ，ＳＥＲＰＩＮ　Ｂ１３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３０に記載のＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１２３９７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子はＳｐｒｉｎｇ　Ｐ．ら、１９９９年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．、第２６４巻、ｐ．２９９－３０４に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＳＤＣ２遺伝子」又は「ＳＤＣ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３１）で示されるＳｙｎｄｅｃａｎ２遺伝子（ＤＮＡ）、ｈｅｐａｒａｎ　ｓｕｌｆａｔｅ　ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ　１，ｃｅｌｌ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ，ｆｉｂｒｏｇｌｙｃａｎ、Ｈｕｍａｎ　ｈｅｐａｒａｎ　ｓｕｌｆａｔｅ　ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ（ＨＳＰＧ）ｃｏｒｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　３‘ｅｎｄ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３１に記載のＳＤＣ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．Ｊ０４６２１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＤＣ２遺伝子はｄｅ　Ｂｏｅｃｋ　Ｈ．ら、１９８７年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．　Ｊ．、第２４７巻、ｐ．７６５－７７１に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＴＯＲ１Ａ遺伝子」又は「ＴＯＲ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３２）で示されるｔｏｒｓｉｎ　ｆａｍｉｌｙ，ｍｅｍｂｅｒ　Ａ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｄｙｓｔｏｎｉａ１、ＤＹＴ１、ＤＱ２、ｔｏｒｓｉｎ　Ａ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３２に記載のＴＯＲ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０００１１３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＯＲ１Ａ遺伝子はＯｚｅｌｉｕｓ　Ｌ．Ｊ．ら、１９９７年、Ｎａｔ．　Ｇｅｎｅｔ．、第１７巻、ｐ．４０－４８に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＲＰＬ１８Ａ遺伝子」又は「ＲＰＬ１８Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３３）で示されるｒｉｂｏｓｏｍａｌ　ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｌ１８ａ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３３に記載のＲＰＬ１８Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０００９８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＰＬ１８Ａ遺伝子はＡｄａｍｓ　Ｍ．Ｄ．ら、１９９２年、Ｎａｔｕｒｅ、第３５５巻、ｐ．６３２－６３４に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＧＡＳ７遺伝子」又は「ＧＡＳ７」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３４）で示されるＧｒｏｗｔｈ－ａｒｒｅｓｔ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ　ｐｒｏｔｅｉｎ７遺伝子（ＤＮＡ）、ＧＡＳ－７、ＭＧＣ１３４８、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３４に記載のＧＡＳ７遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿２０１４３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＡＳ７遺伝子はＪｕ　Ｙ．Ｔ．ら、１９９８年、Ｐｒｏｃ．　Ｎａｔｌ．　Ａｃａｄ．　Ｓｃｉ．　ＵＳＡ．、第９５巻、ｐ．１１４２３－１１４２８に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＷＩＳＰ１遺伝子」又は「ＷＩＳＰ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３５）で示されるＷＮＴ１　ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ　ｓｉｇｎａｌｉｎｇ　ｐａｔｈｗａｙ　ｐｒｏｔｅｉｎ　１遺伝子（ＤＮＡ）、ＣＣＮ４、ＷＩＳＰ１ｃ、ＷＩＳＰ１ｉ、ＷＩＳＰ１ｔｃ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３５に記載のＷＩＳＰ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００３８８２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＷＩＳＰ１遺伝子はＰｅｎｎｉｃａ　Ｄ．ら、１９９８年、Ｐｒｏｃ．　Ｎａｔｌ．　Ａｃａｄ．　Ｓｃｉ．　ＵＳＡ．、第９５巻、ｐ．１４７１７－１４７２２に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＣＡＣＮＧ４遺伝子」又は「ＣＡＣＮＧ４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３６）で示されるＶｏｌｔａｇｅ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ　ｃａｌｃｉｕｍ　ｃｈａｎｎｅｌ　ｇａｍｍａ－４　ｓｕｂｕｎｉｔ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｎｅｕｒｏｎａｌ　ｖｏｌｔａｇｅ－ｇａｔｅｄ　ｃａｌｃｉｕｍ　ｃｈａｎｎｅｌ　ｇａｍｍａ－４　ｓｕｂｕｎｉｔ、ＭＧＣ１１１３８、ＭＧＣ２４９８３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３６に記載のＣＡＣＮＧ４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１４４０５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＡＣＮＧ４遺伝子はＢｕｒｇｅｓｓ　Ｄ．Ｌ．ら、１９９９年、Ｇｅｎｏｍｅ　Ｒｅｓ．、第９巻、ｐ．１２０４－１２１３に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「Ｓ１００Ｐ遺伝子」又は「Ｓ１００Ｐ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３７）で示されるＳ－１００Ｐ　ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓ１００　ｃａｌｃｉｕｍ　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｐ、ＭＩＧ９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３７記載のＳ１００Ｐ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００５９８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｓ１００Ｐ遺伝子はＢｅｃｋｅｒ　Ｔ．ら、１９９２年、Ｅｕｒ．　Ｊ．　Ｂｉｏｃｈｅｍ．、第２０７巻、ｐ．５４１－５４７に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＵＣＨＬ５遺伝子」又は「ＵＣＨＬ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３８）で示されるｕｂｉｑｕｉｔｉｎ　ｃａｒｂｏｘｙｌ－ｔｅｒｍｉｎａｌ　ｈｙｄｒｏｌａｓｅ　Ｌ５遺伝子（ＤＮＡ）、ＵＣＨ３７、ＣＧＩ－７０、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３８に記載のＵＣＨＬ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１５９８４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＵＣＨＬ５遺伝子はＷｉｃｋｓ　Ｓ．Ｊ．ら、２００５年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第２４巻、ｐ．８０８０－８０８４に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＡＰＱ３遺伝子」又は「ＡＰＱ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３９）で示されるＡｑｕａｐｏｒｉｎ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３９に記載のＡＰＱ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．　ＮＭ＿００４９２５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＰＱ３遺伝子はＫｕｒｉｙａｍａ Ｈ．ら、１９９７年、Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ．、第２４１巻、ｐ．５３－５８に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＮＳＵＮ５遺伝子」又は「ＮＳＵＮ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４０）で示されるＮＯＬ１／ＮＯＰ２／Ｓｕｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ，ｍｅｍｂｅｒ ５遺伝子（ＤＮＡ）、ｐ１２０、ＮＯＬ１Ｒ、ＮＯＬ１、ＭＧＣ９８６、ＮＳＵＮ５Ａ、ＷＢＳＣＲ２０、ＦＬＪ１０２６７、ＷＢＳＣＲ２０Ａ、ｐ１２０（ＮＯＬ１）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４０に記載のＮＳＵＮ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１８０４４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＳＵＮ５遺伝子はＤｏｌｌ Ａ．ら、２００１年、Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ． Ｃｅｌｌ Ｇｅｎｅｔ．、第９５巻、ｐ．２０－２７に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子」又は「Ｂ４ＧＡＬＴ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４１）で示されるＵＤＰ－Ｇａｌ：ｂｅｔａＧｌｃＮＡｃ ｂｅｔａ　１，４－ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ，ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４１に記載のＢ４ＧＡＬＴ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０９６８２１）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子はＬｏ Ｎ．Ｗ．ら、１９９８年、Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ、第８巻、ｐ．５１７－５２６に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＣＤ４８遺伝子」又は「ＣＤ４８」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４２）で示されるＣＤ４８ ｍｏｌｅｃｕｌｅ遺伝子（ＤＮＡ）、ＢＣＭ１、ＢＬＡＳＴ、ｈＣＤ４８、ｍＣＤ４８、ＢＬＡＳＴ１、ＳＬＡＭＦ２、ＭＥＭ－１０２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４２に記載のＣＤ４８遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１７７８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＤ４８遺伝子はＷｏｎｇ Ｙ．Ｗ．ら、１９９０年、Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．、第１７１巻、ｐ．２１１５－２１３０に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＤＡＢ２遺伝子」又は「ＤＡＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４３）で示されるＤｉｓａｂｌｅｄ ｈｏｍｏｌｏｇ ２，ｍｉｔｏｇｅｎ－ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｐｈｏｓｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ＤＯＣ２、ＤＯＣ－２、ＦＬＪ２６６２６、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４３に記載ＤＡＢ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１３４３やその他生物種ホモログなどが包含される。ＤＡＢ２遺伝子はＡｌｂｅｒｔｓｅｎ Ｈ．Ｍ．ら、１９９６年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第３３巻、ｐ．２０７－２１３に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＥＢＩ３遺伝子」又は「ＥＢＩ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４４）で示されるＥｐｓｔｅｉｎ－ｂａｒｒ　ｖｉｒｕｓ　ｉｎｄｕｃｅｄ　ｇｅｎｅ　３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４４に記載のＥＢＩ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５７５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＢＩ３遺伝子はＤｅｖｅｒｇｎｅ Ｏ．ら、１９９６年、Ｊ． Ｖｉｒｏｌ．、第７０巻、ｐ．１１４３－１１５３に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子」又は「ＭＡＰ３Ｋ１２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４５）で示されｍｉｔｏｇｅｎ－ａｃｔｉｖａｔｅｄ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｋｉｎａｓｅ　ｋｉｎａｓｅ　ｋｉｎａｓｅ　１２遺伝子（ＤＮＡ）、ＤＬＫ、ＭＵＫ、ＺＰＫ、ＺＰＫＰ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４５に記載のＭＡＰＫ１２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００６３０１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子はＲｅａｄｙ Ｕ．Ｒ．とＰｌｅａｓｕｒｅ　Ｄ．、１９９４年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．　Ｂｉｏｐｈｙｓ．　Ｒｅｓ．　Ｃｏｍｍｕｎ．、第２０２巻、ｐ．６１３－６２０に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＰＥＮ遺伝子」又は「ＳＰＥＮ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４６）で示されるｓｐｅｎ　ｈｏｍｏｌｏｇ，ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ　ｒｅｇｕｌａｔｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、ＭＩＮＴ，ＳＨＡＲＰ，ＫＩＡＡ０９２９，ＲＰ１－１３４Ｏ１９．１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４６に記載のＳＰＥＮ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１５００１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＰＥＮ遺伝子はＳｈｉ　Ｔ．ら、２００１年、Ｇｅｎｅｓ　Ｄｅｖ．、第１５巻、ｐ．１１４０－１１５１に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子」又は「ＡＲＨＧＥＦ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４７）で示されるＲｈｏ　ｇｕａｎｉｎｅ　ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ｅｘｃｈａｎｇｅ　ｆａｃｔｏｒ（ＧＥＦ）３遺伝子（ＤＮＡ）、ＧＥＦ、ＳＴＡ３、ＸＰＬＮ、ＭＧＣ１１８９０５、ＤＫＦＺＰ４３４Ｆ２４２９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４７に記載のＡＲＨＧＥＦ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１９５５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子はＴｈｉｅｓｅｎ　Ｓ．ら、２０００年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．　Ｂｉｏｐｈｙｓ．　Ｒｅｓ．　Ｃｏｍｍｕｎ．、第２７３巻、ｐ．３６４－３６９に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＣＯＬ３Ａ１遺伝子」又は「ＣＯＬ３Ａ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４８）で示される３‘　ｒｅｇｉｏｎ　ｆｏｒ　ｐｒｏ－ａｌｐｈａ（ＩＩＩ）　ｃｏｌｌａｇｅｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４８に記載のＣＯＬ３Ａ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．Ｘ０６７００）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＯＬ３Ａ１遺伝子はＬｏｉｄｌ　Ｈ．Ｒ．ら、１９８４年、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．、第１６巻、ｐ．９３８３－９３９４に記載される方法によって得ることができる。　
　本明細書で使用される「ＣＳＴＢ遺伝子」又は「ＣＳＴＢ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４９）で示されるＣｙｓｔａｔｉｎ－Ｂ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓｔｅｆｉｎ－Ｂ、Ｌｉｖｅｒ ｔｈｉｏｌ ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ、ＣＰＩ－Ｂ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４９に記載のＣＳＴＢ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ＮＭ＿０００１００）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＳＴＢ遺伝子は、Ｊｅｒａｌａ， Ｒ．ら、１９８８年、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．、第２３９巻、ｐ.４１－４４に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＰＲＲ３遺伝子」又は「ＳＰＲＲ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５０）で示されるＳｍａｌｌ　ｐｒｏｌｉｎｅ－ｒｉｃｈ　ｐｒｏｔｅｉｎ３遺伝子（ＤＮＡ）、Ｃｏｒｎｉｆｉｎｅ、Ｅｓｏｐｈａｇｉｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５０に記載のＳＰＲＲ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５４１６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＰＲＲ３遺伝子はＡｂｒａｈａｍ Ｊ．Ｍ．ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ Ｇｒｏｗｔｈ Ｄｉｆｆｅｒ．、第７巻、ｐ.８５５－８６０に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＬＩＴ２遺伝子」又は「ＳＬＩＴ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５１）で示されるＳｌｉｔ ｈｏｍｏｌｏｇ２　ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓｌｉｔ－２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５１に記載のＳＬＩＴ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４７８７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＩＴ２遺伝子はＨｏｌｍｅｓ Ｇ．Ｐ．ら、１９９８年、Ｍｅｃｈ． Ｄｅｖ．、第７９巻、ｐ.５７－７２に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子」又は「ＣＡＭＫ２Ｂ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５２）で示されるＣａｌｃｉｕｍ／ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｋｉｎａｓｅ　ｔｙｐｅ　ＩＩ　ｂｅｔａ　ｃｈａｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ＣａＭ－ｋｉｎａｓｅ　ＩＩ　ｂｅｔａ　ｃｈａｉｎ、ＣａＭ　ｋｉｎａｓｅ　ＩＩ　ｓｕｂｕｎｉｔ　ｂｅｔａ、ＣａＭＫ－ＩＩ　ｓｕｂｕｎｉｔ　ｂｅｔａ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５２に記載ＣＡＭＫ２Ｂ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１２２０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子はＴｏｍｂｅｓ Ｒ．Ｍ．ら、１９９７年、Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ．、第１３５５巻、ｐ.２８１－２９２に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子」又は「ＳＬＣ２Ａ１４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５３）で示されるＳｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ　２遺伝子（ＤＮＡ）、ｆａｃｉｌｉｔａｔｅｄ　ｇｌｕｃｏｓｅ　ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ　ｍｅｍｂｅｒ　１４、Ｇｌｕｃｏｓｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ ｔｙｐｅ　１４、ＧＬＵＴ１４、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５３に記載のＳＬＣ２Ａ１４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿１５３４４９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子はＷｕ Ｘら、２００２年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第８０巻、ｐ.５５３－５５７に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＡＴＢ２遺伝子」又は「ＳＡＴＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５４）で示されるＤＮＡ－ｂｉｏｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ＳＡＴＢ２遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓｐｅｃｉａｌ ＡＴ－ｒｉｃｈ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ－ｂｉｎｄｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎ　２、ＦＬＪ２１４７４、ＫＩＡＡ１０３４、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５４に記載のＳＡＴＢ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１５２６５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＡＴＢ２遺伝子はＦｉｔｚＰａｔｒｉｃｋ Ｄ．Ｒ．ら、２００３年、Ｈｕｍ． Ｍｏｌ． Ｇｅｎｅｔ．、第１２巻、ｐ.２４９１－２５０１に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＳＥＰＴ６遺伝子」又は「ＳＥＰＴ６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５５）で示されるＳｅｐｔｉｎ－６遺伝子（ＤＮＡ）、ＫＩＡＡ０１２８、ＭＧＣ１６６１９、ＭＧＣ２０３３９、ＳＥＰ２、ＳＥＰＴ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５５に記載のＳＥＰＴ６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１５１２９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＥＰＴ６遺伝子はＳｕｉ Ｌ．ら、２００３年、Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ．、第３０４巻、ｐ. ３９３－３９８に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＧＡＬＮＳ遺伝子」又は「ＧＡＬＮＳ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５６）で示されるＧａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ（Ｎ－ａｃｅｔｙｌ）－６－ｓｕｌｆａｔｅ　ｓｕｌｆａｔａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｍｏｒｑｕｉｏ ｓｙｎｄｒｏｍｅ，ｍｕｃｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｏｓｉｓ ｔｙｐｅ ＩＶＡ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５６に記載のＧＡＬＮＳ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０００５１２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＡＬＮＳ遺伝子はＮａｋａｓｈｉｍａ Ｙ．ら、１９９４年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第２０巻、ｐ．９９－１０４に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＴＲＯＡＰ遺伝子」又は「ＴＲＯＡＰ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５７）で示されるＴｒｏｐｈｉｎｉｎ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ｔａｓｔｉｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５７に記載のＴＲＯＡＰ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５４８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＲＯＡＰ遺伝子はＦｕｋｕｄａ Ｍ．Ｎ．ら、１９９５年、Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．、第９巻、ｐ．１１９９－１２１０に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＸＲＣＣ３遺伝子」又は「ＸＲＣＣ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５８）で示されるＸ－ｒａｙ ｒｅｐａｉｒ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔｉｎｇ ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ ｒｅｐａｉｒ ｉｎ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｃｅｌｌｓ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５８に記載のＸＲＣＣ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５４３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＸＲＣＣ３遺伝子はＴｅｂｂｓ Ｒ．Ｓ．ら、１９９５年、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、第９２巻、ｐ．６３５４－６３５８に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＦＧＦ３遺伝子」又は「ＦＧＦ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５９）で示されるＦｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ３遺伝子（ＤＮＡ）、ｍｕｒｉｎｅ　ｍａｍｍａｒｙ　ｔｕｍｏｒ　ｖｉｒｕｓ　ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ　ｓｉｔｅ（ｖ－ｉｎｔ－２）ｏｎｃｏｇｅｎｅ　ｈｏｍｏｌｏｇ、ＩＮＴ－２、ＨＢＧＦ－３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５９に記載のＦＧＦ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５２４７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＦＧＦ３遺伝子はＢｒｏｏｋｅｓ Ｓ．ら、１９８９年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第４巻、ｐ．４２９－４３６に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子」又は「ＥＩＦ４ＥＢＰ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６０）で示されるｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ　ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ　ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ　ｆａｃｔｏｒ　４Ｅ　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎ２遺伝子（ＤＮＡ）、４ＥＢＰ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６０に記載のＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４０９６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子はＰａｕｓｅ Ａ．ら、１９９４年、Ｎａｔｕｒｅ．、第３７１巻、ｐ．７６２－７６７に記載される方法によって得ることができる。ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子は食道ガン株化細胞の転移性亜株で発現が増加していることが、Ｋａｗａｍａｔａ　Ｈ.ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ　Ｓｃｉｅｎｃｅ、第９４巻、ｐ.６９９―７０６に示されている。
　本明細書で使用される「ＲＲＭ１遺伝子」又は「ＲＲＭ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６１）で示されるｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ｒｅｄｕｃｔａｓｅ　Ｍ１　ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｒ１、ＲＲ１、ＲＩＲ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６１に記載のＲＲＭ１ 遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１０３３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＲＭ１遺伝子はＰａｒｋｅｒ Ｎ．Ｊ．ら、１９９４年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第１９巻、ｐ．９１－９６に記載される方法によって得ることができる。
　本明細書で使用される「Ｍ６ＰＲ遺伝子」又は「Ｍ６ＰＲ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６２）で示されるｍａｎｎｏｓｅ－６－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ　ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ｃａｔｉｏｎ　ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ）遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６２に記載のＭ６ＰＲ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００２３５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｍ６ＰＲ遺伝子はＰｏｈｌｍａｎｎ　Ｒ．ら、１９８７年、Ｐｒｏｃ．　Ｎａｔｌ．　Ａｃａｄ．　Ｓｃｉ．　ＵＳＡ、第８４巻、ｐ．５５７５－５５７９に記載される方法によって得ることができる。
　本発明は、食道ガンの診断及び治療に有用な疾患判定用組成物及び該組成物を用いた食道ガンの判定（又は検出）方法を提供するものであり、これによって、食道ガンに対して特異的かつ高予測率の、及び迅速でかつ簡便な、判定方法を提供するという格別の作用効果を有する。
　本明細書は本願の優先権の基礎である日本国特許出願2008-133491号の明細書および／または図面に記載される内容を包含する。
表１に記載の遺伝子に対応する配列番号６３～１２４のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、検体中の食道ガン組織の存在を検出できる確率、横軸は、表１に記載の配列番号において、順に増やした、食道ガン検出に必要な遺伝子の合計数をそれぞれ示す。 表１に記載の遺伝子に対応する配列番号６３～１２４のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、検体中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左から順に食道ガン組織から得たｔｏｔａｌ　ＲＮＡと食道ガンを含まない組織から得たｔｏｔａｌ　ＲＮＡの比率が９：１，８：２，７：３，６：４，５：５，４：６，３：７，２：８，１：９となるように混合したＲＮＡのカクテルから得たデータをそれぞれ示す。 表１に記載の遺伝子に対応する配列番号６３～１２４のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の生検組織由来の食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。 国際公開第２００６／１１８３０８号に記載の食道ガン診断用組成物に対応するポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。判別マシーンは特許文献６に記載の方法に従い、ガン判別用判別マシーンを作成して生検中の食道ガン組織の存在率を判別した。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。 国際公開第２００６／１１８３０８号に記載の食道ガン診断用組成物に対応するポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。判別マシーンは特許文献６に記載の方法に従い、非ガン判別用判別マシーンを作成して生検中の食道ガン組織の存在率を判別した。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。 国際公開第２００６／１１８３０８号に記載の食道ガン診断用組成物に対応するポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。判別マシーンは本明細書に記載の方法を用いて作成して生検中の食道ガン組織の存在率を判別した。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。
　以下に本発明をさらに具体的に説明する。
１．食道ガンの標的核酸
　本発明の上記定義の食道ガン診断用組成物及びキットを使用して食道ガン又は食道ガン細胞の存在及び／又は不存在を判定するための食道ガンマーカーとしての標的核酸には、例えば、配列番号１～６２で表される塩基配列を含むヒト遺伝子（すなわち、それぞれ、ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ）、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、遺伝子、同族体、転写産物、ｃＤＮＡ、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的核酸は、配列番号１～６２で表される塩基配列を含むヒト遺伝子、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、より好ましくは該転写産物又はｃＤＮＡである。
　本発明において食道ガンの標的となる上記遺伝子はいずれも、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において発現レベルが増加／低下しているものである（後述の実施例の表１参照）。
　第１の標的核酸は、ＥＹＡ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＹＡ２遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２の標的核酸は、ＳＥＲＦ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＥＲＦ１Ａ遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３の標的核酸は、ＩＧＨＧ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＩＧＨＧ１遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第４の標的核酸は、ＩＴＳＮ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＩＴＳＮ２遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第５の標的核酸は、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第６の標的核酸は、ＨＳＰＡ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＨＳＰＡ１Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第７の標的核酸は、ＮＭＵ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＭＵ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第８の標的核酸は、Ｅ２Ｆ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥ２Ｆ３遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第９の標的核酸は、ＥＳＲ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＳＲ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１０の標的核酸は、ＣＦＤＰ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＦＤＰ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１１の標的核酸は、ＨＳＰＣ１９０遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＨＳＰＣ１９０遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１２の標的核酸は、ＣＯＬ１Ａ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＯＬ１Ａ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１３の標的核酸は、ＧＣＳ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＣＳ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１４の標的核酸は、ＰＡＲＬ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＡＲＬ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１５の標的核酸は、ＣＥＬＳＲ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＥＬＳＲ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１６の標的核酸は、ＮＤＲＧ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＤＲＧ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１７の標的核酸は、ＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１８の標的核酸は、ＴＵＳＣ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＴＵＳＣ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第１９の標的核酸は、ＳＬＣ４Ａ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＣ４Ａ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２０の標的核酸は、ＭＳ４Ａ７遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＭＳ４Ａ７遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２１の標的核酸は、ＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２２の標的核酸は、ＰＲＣ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＲＣ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２３の標的核酸は、ＶＣＰ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＶＣＰ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２４の標的核酸は、ＲＢＭ９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＲＢＭ９遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２５の標的核酸は、ＧＰＲ１２６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＰＲ１２６遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２６の標的核酸は、ＨＯＸＡ１０遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＨＯＸＡ１０遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２７の標的核酸は、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２８の標的核酸は、ＭＹＯ９Ｂ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＭＹＯ９Ｂ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第２９の標的核酸は、ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３０の標的核酸は、ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３１の標的核酸は、ＳＤＣ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＤＣ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３２の標的核酸は、ＴＯＲ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＴＯＲ１Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３３の標的核酸は、ＲＰＬ１８Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＲＰＬ１８Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３４の標的核酸は、ＧＡＳ７遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＧＡＳ７遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３５の標的核酸は、ＷＩＳＰ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＷＩＳＰ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３６の標的核酸は、ＣＡＣＮＧ４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＣＡＣＮＧ４遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３７の標的核酸は、Ｓ１００Ｐ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。Ｓ１００Ｐ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３８の標的核酸は、ＵＣＨＬ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＵＣＨＬ５遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第３９の標的核酸は、ＡＱＰ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＱＰ３遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４０の標的核酸は、ＮＳＵＮ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＳＵＮ５遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４１の標的核酸は、Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＢ４ＧＡＬＴ２遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４２の標的核酸は、ＣＤ４８遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＤ４８遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４３の標的核酸は、ＤＡＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＤＡＢ２遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４４の標的核酸は、ＥＢＩ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＢＩ３遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４５の標的核酸は、ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４６の標的核酸は、ＳＰＥＮ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＰＥＮ遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４７の標的核酸は、ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第４８の標的核酸は、ＣＯＬ３Ａ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＣＯＬ３Ａ１遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーになりうるということは知られている（Ｓｕ, Ｈ．ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６３巻、ｐ.３８７２-３８７６）。
　第４９の標的核酸は、ＣＳＴＢ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＳＴＢ遺伝子又はその転写産物の発現が食道ガンのマーカーになりうるということが知られている（ＷＯ０３０４２６６１、Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ,Ｔ．ら、１９９８年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第７９巻、ｐ.１７５-１７８）。
　第５０の標的核酸は、ＳＰＲＲ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＰＲＲ３遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８、国際公開２００３／０４２６６１パンフレット、Ｃｈｅｍ，Ｂ．Ｓ．ら、２０００年、Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ、第２１巻、ｐ２１４７－２１５０、Ａｂｒａｈａｍ，Ｊ．Ｍ．ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ　Ｇｒｏｗｔｈ　＆　Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ、第７巻、ｐ８５５－８６０）。
　第５１の標的核酸は、ＳＬＩＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＩＴ２遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第５２の標的核酸は、ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第５３の標的核酸は、ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第５４の標的核酸は、ＳＡＴＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＡＴＢ２遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第５５の標的核酸は、ＳＥＰＴ６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＥＰＴ６遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
　第５６の標的核酸は、ＧＡＬＮＳ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＧＡＬＮＳ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第５７の標的核酸は、ＴＲＯＡＰ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＴＲＯＡＰ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第５８の標的核酸は、ＸＲＣＣ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＸＲＣＣ３遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第５９の標的核酸は、ＦＧＦ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＦＧＦ３遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第６０の標的核酸は、ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
　第６１の標的核酸は、ＲＲＭ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＲＲＭ１遺伝子は上皮系悪性腫瘍のマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１９４６４Ａ１）。
　第６２の標的核酸は、Ｍ６ＰＲ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。Ｍ６ＰＲ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
２．食道ガンの標的ポリペプチド
　本発明の上記定義の食道ガン診断用組成物及びキットを使用して食道ガン又は食道ガン細胞の存在及び／又は不存在を判定するための食道ガンマーカーとしての標的ポリペプチドには、例えば、配列番号１～６２で表される塩基配列を含むヒト遺伝子（すなわち、それぞれ、ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ）によってコードされるポリペプチド、例えば、配列番号１２５～１８６で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、ポリペプチド、同族体、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的ポリペプチドは、配列番号１２５～１８６で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチドである。
　本発明において食道ガンの標的となる上記ポリペプチドはいずれも、対応する遺伝子及びその転写産物の発現量と同様に、非ガン組織に比べて食道ガン組織においてその発現量が低下すること、或いは血液中の該ポリペプチドのレベルが健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において増加／低下することによって特徴付けられる。
３．食道ガン診断用組成物
３．１核酸
　本発明において、食道ガンを判定するための、あるいは食道ガンを診断するために使用可能な核酸組成物は、食道ガンの標的核酸としての、ヒト由来のＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体の存在、発現レベル又は存在量を定性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
　上記の標的核酸は、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者においてその発現レベルが増加又は低下（「増加／低下」）する。それゆえ、本発明の組成物は、食道ガン組織と正常食道組織について標的核酸の発現レベルを測定し、それらを比較するために有効に使用することができる。
　本発明で使用可能な組成物は、食道ガンに罹患した患者の生体組織において配列番号１～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、該塩基配列に相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、ならびにそれらのポリヌクレオチド群の塩基配列において１５以上、好ましくは２０以上、より好ましくは２５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群から選ばれた１又は複数（好ましくは３以上、より好ましくは５以上）のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。
　具体的には、本発明の組成物は、以下の１又は複数（好ましくは３以上、より好ましくは５以上）のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
（１）配列番号１～６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１～６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１～３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（５）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１～３８で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１～３８で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号３９～６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号３９～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１１）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号３９～６２で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１４) 配列番号３９～６２で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
　上記（１）～(１４)のポリペプチドの断片は、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５～配列の全塩基数、１５～５０００塩基、１５～４５００塩基、１５～４０００塩基、１５～３５００塩基、１５～３０００塩基、１５～２５００塩基、１５～２０００塩基、１５～１５００塩基、１５～１０００塩基、１５～９００塩基、１５～８００塩基、１５～７００塩基、１５～６００塩基、１５～５００塩基、１５～４００塩基、１５～３００塩基、１５～２５０塩基、１５～２００塩基、１５～１５０塩基、１５～１４０塩基、１５～１３０塩基、１５～１２０塩基、１５～１１０塩基、１５～１００塩基、１５～９０塩基、１５～８０塩基、１５～７０塩基、１５～６０塩基、１５～５０塩基、１５～４０塩基、１５～３０塩基又は１５～２５塩基；２５～配列の全塩基数、２５～１０００塩基、２５～９００塩基、２５～８００塩基、２５～７００塩基、２５～６００塩基、２５～５００塩基、２５～４００塩基、２５～３００塩基、２５～２５０塩基、２５～２００塩基、２５～１５０塩基、２５～１４０塩基、２５～１３０塩基、２５～１２０塩基、２５～１１０塩基、２５～１００塩基、２５～９０塩基、２５～８０塩基、２５～７０塩基、２５～６０塩基、２５～５０塩基又は２５～４０塩基；５０～配列の全塩基数、５０～１０００塩基、５０～９００塩基、５０～８００塩基、５０～７００塩基、５０～６００塩基、５０～５００塩基、５０～４００塩基、５０～３００塩基、５０～２５０塩基、５０～２００塩基、５０～１５０塩基、５０～１４０塩基、５０～１３０塩基、５０～１２０塩基、５０～１１０塩基、５０～１００塩基、５０～９０塩基、５０～８０塩基、５０～７０塩基又は５０～６０塩基；６０～配列の全塩基数、６０～１０００塩基、６０～９００塩基、６０～８００塩基、６０～７００塩基、６０～６００塩基、６０～５００塩基、６０～４００塩基、６０～３００塩基、６０～２５０塩基、６０～２００塩基、６０～１５０塩基、６０～１４０塩基、６０～１３０塩基、６０～１２０塩基、６０～１１０塩基、６０～１００塩基、６０～９０塩基、６０～８０塩基又は６０～７０塩基などの範囲の塩基数を含むことができるが、これらに限定されないものとする。
　本発明の実施形態により、配列番号１～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチドの断片はそれぞれ、配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列、あるいはそれらの連続する１５塩基以上の部分配列、を含むことが好ましい。
　本発明の組成物には、例えば以下のポリヌクレオチドが包含される。
(１)配列番号１～３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２)配列番号１～３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(３)配列番号３９～６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(４)配列番号３９～６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(５)配列番号１～３８で表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３～１００で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(６)配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号６３～１００で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(７)配列番号３９～６２で表される塩基配列において、配列番号１０１～１２４で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(８)配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号１０１～１２４で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
　本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類又はその断片類はいずれもＤＮＡでもよいしＲＮＡでもよい。
本発明の組成物としてのポリヌクレオチドは、ＤＮＡ組換え技術、ＰＣＲ法、ＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
　ＤＮＡ組換え技術及びＰＣＲ法は、例えばＡｕｓｕｂｅｌら，　Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，　Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ，　ＵＳ　（１９９３）；　Ｓａｍｂｒｏｏｋら，　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ　　Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，　Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｐｒｅｓｓ，　ＵＳ　（１９８９）などに記載される技術を使用することができる。
　ヒト由来の、ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ遺伝子は公知であり、前述のようにその取得方法も知られている。このため、これらの遺伝子をクローニングすることによって、本発明の組成物としてのポリヌクレオチドを作製することができる。
　本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ自動合成装置を用いて化学的に合成することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によって約１００塩基までの一本鎖ＤＮＡを自動合成することができる。ＤＮＡ自動合成装置は、例えばＰｏｌｙｇｅｎ社、ＡＢＩ社、Ａｐｐｌｉｅｄ　ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ社などから市販されている。
　あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡクローニング法によって作製することもできる。本発明において標的である上記遺伝子が発現される食道組織などの生体組織から抽出したｔｏｔａｌ　ＲＮＡをオリゴｄＴセルロースカラムで処理して得られるポリＡ（＋）ＲＮＡからＲＴ－ＰＣＲ法によってｃＤＮＡライブラリーを作製し、このライブラリーからハイブリダイゼーションスクリーニング、発現スクリーニング、抗体スクリーニングなどのスクリーニングによって目的のｃＤＮＡクローンを得ることができる。必要に応じて、ｃＤＮＡクローンをＰＣＲ法によって増幅することもできる。プローブ又はプライマーは、配列番号１～６２に示される塩基配列に基づいて１５～１００塩基の連続する配列の中から選択し、合成しうる。ｃＤＮＡクローニング技術は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．& Ｒｕｓｓｅｌ，Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２～７．４５、第２巻８．９～８．１７に記載されている。
３．２食道ガン診断用キット（抗体）
　本発明はさらに、配列番号１２５～１６２で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドに対する１又は複数（好ましくは３以上）の抗体、その断片、又はそれらの化学修飾誘導体を含む、食道ガン診断用キットを提供する。
　本発明のキットは、配列番号１６３～１８６で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドに対する１又は複数（好ましくは２以上）の抗体、その断片又はそれらの化学修飾誘導体をさらに含むことができる。これらの抗体の併用によって、予後予測のための精度を高めることができる。
　すなわち、本発明により、食道ガンマーカーとしての、上記ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体を検出するために、これらのポリペプチドに対する抗体を１又は複数組み合わせて用いることができる。
　これらのポリペプチドは、ＤＮＡ組換え技術によって得ることができる。例えば、上記のようにして得られたｃＤＮＡクローンを発現ベクターに組み込み、該ベクターによって形質転換又はトランスフェクションされた原核又は真核宿主細胞を培養することによって該細胞又は培養上清から得ることができる。ベクター及び発現系はＮｏｖａｇｅｎ社、宝酒造、第一化学薬品、Ｑｉａｇｅｎ社、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社、Ｐｒｏｍｅｇａ社、Ｒｏｃｈｅ　Ｄｉａｇｎｏｓｉｔｉｃｓ社、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ社、Ａｍｅｒｓｈａｍ　Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社などから入手可能である。宿主細胞としては、細菌などの原核細胞（例えば大腸菌、枯草菌）、酵母（例えばサッカロマイセス・セレビシアエ）、昆虫細胞（例えばSf細胞）、哺乳動物細胞（例えばＣＯＳ、ＣＨＯ、ＢＨＫ）などを用いることができる。ベクターには、該ポリペプチドをコードするＤＮＡの他に、調節エレメント、例えばプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位、複製開始点、ターミネーター、選択マーカーなどを含むことができる。またポリペプチドの精製を容易にするために標識ペプチドをポリペプチドのＣ末端又はＮ末端につけた融合ポリペプチドとしてもよい。代表的な標識ペプチドには、６～１０残基のヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃペプチド、ＧＦＰポリペプチドなどが挙げられるが、標識ペプチドはこれらにかぎられるものではない。またＤＮＡ組換え技術については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ． & Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ．（上記）に記載されている。
　標識ペプチドを付けずに本発明に係るポリペプチドを生産した場合には、その精製法として例えばイオン交換クロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。またこれに加えて、ゲルろ過や疎水性クロマトグラフィー、等電点クロマトグラフィーなどを組み合わせる方法でもよい。一方、当該タンパクにヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃ、ＧＦＰといった標識ペプチドを付けている場合には、一般に用いられるそれぞれの標識ペプチドに適したアフィニティークロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。単離・精製が容易となるような発現ベクターを構築するとよい。特にポリペプチドと標識ペプチドとの融合ポリペプチドの形態で発現するように発現ベクターを構築し、遺伝子工学的に当該ポリペプチドを調製すれば、単離・精製も容易である。
　このようにして得られたポリペプチドを認識する抗体は、抗体の抗原結合部位を介して、該ポリペプチドに特異的に結合し得る。具体的には、配列番号１２５～１８６のアミノ酸配列を有するポリペプチド又はその断片、その変異体ポリペプチド又は融合ポリペプチドなどを、それぞれに免疫反応性である抗体を産生するための免疫原として使用することが可能である。
　より具体的には、ポリペプチド、断片、変異体、融合ポリペプチドなどは、抗体形成を引き出す抗原決定基又はエピトープを含むが、これら抗原決定基又はエピトープは、直鎖でもよいし、より高次構造（断続的）でもよい。なお、該抗原決定基又はエピトープは、当該技術分野に知られるあらゆる方法によって同定できる。
　本発明のポリペプチドによってあらゆる態様の抗体が誘導される。該ポリペプチドの全部若しくは一部又はエピトープが単離されていれば、慣用的技術を用いてポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体のいずれも調製可能である。方法には例えば、Ｋｅｎｎｅｔら（監修），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ　Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ： 　Ａ　Ｎｅｗ 　Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ　ｉｎ　Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　Ａｎａｌｙｓｅｓ，Ｐｌｅ ｎｕｍ　Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ，１９８０に挙げられた方法がある。
　本発明の抗体としては、本発明の標的ポリペプチド又はその断片と特異的に結合するものであれば特に限定されず、モノクローナル抗体でもポリクローナル抗体でも使用することができるが、モノクローナル抗体を使用するのが好ましい。また、本発明の抗体のグロブリンタイプは、上記特徴を有するものである限り特に限定されるものではなく、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤのいずれでもよい。
＜モノクローナル抗体の作製＞
（１）免疫及び抗体産生細胞の採取
　標的ポリペプチドからなる免疫原を、哺乳動物、例えばラット、マウス（例えば近交系マウスのＢａｌｂ／ｃ）、ウサギなどに投与する。免疫原の１回の投与量は、免疫動物の種類、投与経路などにより適宜決定されるものであるが、動物１匹当たり約５０～２００μｇとされる。免疫は主として皮下、腹腔内に免疫原を注入することにより行われる。また、免疫の間隔は特に限定されず、初回免疫後、数日から数週間間隔で、好ましくは１～４週間間隔で、２～１０回、好ましくは３～４回追加免疫を行う。初回免疫の後、免疫動物の血清中の抗体価の測定をＥＬＩＳＡ（Ｅｎｚｙｍｅ－Ｌｉｎｋｅｄ　Ｉｍｍｕｎｏ　Ｓｏｒｂｅｎｔ　Ａｓｓａｙ）法などにより繰り返し行い、抗体価がプラトーに達したときは、免疫原を静脈内又は腹腔内に注射し、最終免疫とする。そして、最終免疫の日から２～５日後、好ましくは３日後に、抗体産生細胞を採取する。抗体産生細胞としては、脾臓細胞、リンパ節細胞、末梢血細胞等が挙げられるが、脾臓細胞又は局所リンパ節細胞が好ましい。
（２）細胞融合
　各標的ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を作製する。こうしたハイブリドーマは、慣用的技術によって産生し、そして同定することが可能である。こうしたハイブリドーマ細胞株を産生するための１つの方法は、動物を本発明のタンパク質で免疫し、免疫された動物から脾臓細胞を採取し、該脾臓細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイブリドーマ細胞を生成し、そして該酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を同定することを含む。抗体産生細胞と融合させる骨髄腫細胞株としては、マウスなどの動物の一般に入手可能な株化細胞を使用することができる。使用する細胞株としては、薬剤選択性を有し、未融合の状態ではＨＡＴ選択培地（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジンを含む）で生存できず、抗体産生細胞と融合した状態でのみ生存できる性質を有するものが好ましい。また株化細胞は、免疫動物と同種系の動物に由来するものが好ましい。骨髄腫細胞株の具体例としては、ＢＡＬＢ／ｃマウス由来のヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシル・トランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ）欠損細胞株であるＰ３Ｘ６３－Ａｇ．８株（ＡＴＣＣ　ＴＩＢ９）などが挙げられる。
　次に、上記骨髄腫細胞株と抗体産生細胞とを細胞融合させる。細胞融合は、血清を含まないＤＭＥＭ、ＲＰＭＩ－１６４０培地などの動物細胞培養用培地中で、抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを約１：１～ ２０：１の割合で混合し、細胞融合促進剤の存在下にて融合反応を行う。細胞融合促進剤として、平均分子量１５００～４０００ダルトンのポリエチレングリコール等を約１０～８０％の濃度で使用することができる。また場合によっては、融合効率を高めるために、ジメチルスルホキシドなどの補助剤を併用してもよい。さらに、電気刺激（例えばエレクトロポレーション）を利用した市販の細胞融合装置を用いて抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを融合させることもできる。
（３）ハイブリドーマの選別及びクローニング
　細胞融合処理後の細胞から目的とするハイブリドーマを選別する。その方法として、細胞懸濁液を、例えばウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ－１６４０培地などで適当に希釈後、マイクロタイタープレート上に２００万個/ウエル程度まき、各ウエルに選択培地を加え、以後適当に選択培地を交換して培養を行う。培養温度は、２０～４０℃ 、好ましくは約３７℃である。ミエローマ細胞がＨＧＰＲＴ欠損株又はチミジンキナーゼ欠損株のものである場合には、ヒポキサンチン・アミノプテリン・チミジンを含む選択培地（ＨＡＴ培地）を用いることにより、抗体産生能を有する細胞と骨髄腫細胞株のハイブリドーマのみを選択的に培養し、増殖させることができる。その結果、選択培地で培養開始後、約１４日前後から生育してくる細胞をハイブリドーマとして得ることができる。
　次に、増殖してきたハイブリドーマの培養上清中に、目的とする抗体が存在するか否かをスクリーニングする。ハイブリドーマのスクリーニングは、通常の方法に従えばよく、特に限定されない。例えば、ハイブリドーマとして生育したウエルに含まれる培養上清の一部を採取し、酵素免疫測定法（ＥＩＡ：Ｅｎｚｙｍｅ　Ｉｍｍｕｎｏ　Ａｓｓａｙ、及びＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ：Ｒａｄｉｏ　Ｉｍｍｕｎｏ　Ａｓｓａｙ）等によって行うことができる。融合細胞のクローニングは、限界希釈法等により行い、最終的にモノクローナル抗体産生細胞であるハイブリドーマを樹立する。本発明のハイブリドーマは、後述するように、ＲＰＭＩ－１６４０、ＤＭＥＭ等の基本培地中での培養において安定であり、標的ポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体を産生、分泌するものである。
（４）抗体の回収
　モノクローナル抗体は、慣用的技術によって回収可能である。すなわち樹立したハイブリドーマからモノクローナル抗体を採取する方法として、通常の細胞培養法又は腹水形成法等を採用することができる。細胞培養法においては、ハイブリドーマを１０％ ウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ－１６４０培地、ＭＥＭ培地又は無血清培地等の動物細胞培養培地中で、通常の培養条件（例えば３７℃、５％ＣＯ２濃度）で２～１０日間培養し、その培養上清から抗体を取得する。腹水形成法の場合は、ミエローマ細胞由来の哺乳動物と同種系動物の腹腔内にハイブリドーマを約１０００万個投与し、ハイブリドーマを大量に増殖させる。そして、１～２週間後に腹水又は血清を採取する。
　上記抗体の採取方法において、抗体の精製が必要とされる場合は、硫安塩析法、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ゲルクロマトグラフィーなどの公知の方法を適宜に選択して、又はこれらを組み合わせることにより、精製されたモノクローナル抗体を得ることができる。
＜ポリクローナル抗体の作製＞
　ポリクローナル抗体を作製する場合は、前記と同様にウサギ等の動物を免疫し、最終の免疫日から６～６０日後に、酵素免疫測定法（ＥＩＡ及びＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）等で抗体価を測定し、最大の抗体価を示した日に採血し、抗血清を得る。その後は、抗血清中のポリクローナル抗体の反応性をＥＬＩＳＡ法などで測定する。
＜検出法＞
　本発明によれば、本発明の上記抗体を用いて、被検者由来の食道ガン細胞、血液等の生体試料中の該ポリペプチドのレベルをｉｎ ｖｉｔｒｏで測定することを含む、被験者の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ　ｖｉｔｒｏで判定する方法が提供される。
　免疫学的測定法として例えば、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ、ＥＩＡ）、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、発光免疫測定法、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応、粒子凝集反応又はウェスタンブロット法が挙げられる。
　上記の方法において、標識を用いた免疫測定法により実施する場合には、本発明の抗体を固相化するか、又は試料中の成分を固相化して、それらの免疫学的反応を行うことができる。
　固相担体としては、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリビニルトルエン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、ナイロン、ポリメタクリレート、ラテックス、ゼラチン、アガロース、セルロース、セファロース、ガラス、金属、セラミックス又は磁性体等の材質よりなるビーズ、マイクロプレート、試験管、スティック又は試験片等の形状の不溶性担体を用いることができる。
　固相化は、固相担体と本発明の抗体又は試料成分とを物理的吸着法、化学的結合法又はこれらの併用等の公知の方法に従って結合させることにより行うことができる。
　さらにまた、本発明においては、本発明の抗体と、試料中の標的ポリペプチドとの反応を容易に検出するために、本発明の抗体を標識することにより該反応を直接検出するか、又は標識二次抗体を用いることにより間接的に検出する。本発明の検出方法においては、感度の点で、後者の間接的検出（ 例えばサンドイッチ法など） を利用することが好ましい。
　標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）、アルカリホスファターゼ、β － ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコースオキシダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミーゼ又はビオチン－ アビジン複合体等を、蛍光免疫測定法の場合には、フルオレセインイソチオシアネート、テトラメチルローダミンイソチオシアネート、置換ローダミンイソチオシアネート、ジクロロトリアジンイソチオシアネート、Ａｌｅｘａ又はＡｌｅｘａＦｌｕｏｒｏ等を、そして放射免疫測定法の場合にはトリチウム、ヨウ素１２５又はヨウ素１３１等を用いることができる。また、発光免疫測定法は、ＮＡＤＨ－、ＦＭＮＨ２－、ルシフェラーゼ系、ルミノール－過酸化水素－ＰＯＤ系、アクリジニウムエステル系又はジオキセタン化合物系等を用いることができる。
　標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合にはグルタルアルデヒド法、マレイミド法、ピリジルジスルフィド法又は過ヨウ素酸法等の公知の方法を、放射免疫測定法の場合にはクロラミンＴ法、ボルトンハンター法等の公知の方法を用いることができる。測定の操作法は、公知の方法（Ｃｕｒｒｅｎｔ　ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１９９５年、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ　Ｉｎｃ．、Ｃｕｒｒｅｎｔ　ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２００１年、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ　Ｉｎｃ．）により行うことができる。例えば、本発明の抗体を直接標識する場合には、試料中の成分を固相化し、標識した本発明の抗体と接触させて、マーカーポリペプチドと本発明の抗体との複合体を形成させる。そして未結合の標識抗体を洗浄分離して、結合標識抗体量又は未結合標識抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
　また、例えば標識二次抗体を用いる場合には、本発明の抗体と試料とを反応させ（一次反応）、さらに標識二次抗体を反応させる（二次反応）。一次反応と二次反応は逆の順序で行ってもよいし、同時に行ってもよいし、又は時間をずらして行ってもよい。一次反応及び二次反応により、固相化した標的ポリペプチド－本発明の抗体－標識二次抗体の複合体、又は固相化した本発明の抗体－標的ポリペプチド－標識二次抗体の複合体が形成する。そして未結合の標識二次抗体を洗浄分離して、結合標識二次抗体量又は未結合標識二次抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
　具体的には、酵素免疫測定法の場合は標識酵素にその至適条件下で基質を反応させ、その反応生成物の量を光学的方法等により測定する。蛍光免疫測定法の場合には蛍光物質標識による蛍光強度を、放射免疫定法の場合には放射性物質標識による放射能量を測定する。発光免疫測定法の場合は発光反応系による発光量を測定する。
　本発明の方法では、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応又は粒子凝集反応等の免疫複合体凝集物の生成を、その透過光や散乱光を光学的方法により測るか、目視的に測る測定法により実施する場合には、溶媒としてリン酸緩衝液、グリシン緩衝液、トリス緩衝液又はグッド緩衝液等を用いることができ、更にポリエチレングリコール等の反応促進剤や非特異的反応抑制剤を反応系に含ませてもよい。
　本発明のキットに含まれる抗体は、個別に又は混合物の形態で存在しるし、あるいは固相担体に結合されていてもよいし又は遊離の形態でもよい。さらに本発明のキットは、標識二次抗体、担体、洗浄バッファー、試料希釈液、酵素基質、反応停止液、精製された標準物質としてのマーカー(標的)ポリペプチド、使用説明書、等を含むことができる。
４．食道ガン診断用キット（核酸）
　本発明はまた、本発明の組成物に含まれるものと同じポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の１つ又は複数(好ましくは３以上、より好ましくは５以上)を含む食道ガン診断（検出）用キットを提供する。
　本発明のキットは、好ましくは、上記３．１に記載したポリヌクレオチド類から選択される１又は複数のポリヌクレオチド又はその断片を含む。
　本発明のキットは、配列番号１～３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を３以上含むことができる。
　本発明のキットは、さらに配列番号３９～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を２以上含むことができる。
　本発明のキットに含むことができるポリヌクレオチド断片は、例えば下記の（１）～（５）からなる群より選択される５以上のＤＮＡである：
（１）配列番号１～６２で表される塩基配列又はその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（２）配列番号１～６２で表される塩基配列又はその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（３）配列番号１～６２で表される塩基配列又はその相補的配列において、それぞれ配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
（４）配列番号６３～１２４で表される塩基配列からなるＤＮＡ。
（５）配列番号６３～１２４で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むＤＮＡ。
　好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号１～３８のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上、好ましくは２０以上、より好ましくは２５以上の連続した塩基を含む断片である。
　別の好ましい実施形態では、本発明のキットは、上記のポリヌクレオチドに加えて、配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片をさらに含むことができる。
　好ましい実施形態では、前記断片は、１５以上、好ましくは２０以上、より好ましくは２５以上、さらに好ましくは６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
　別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１～６２のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
　別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
　別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
　別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
　上記の組み合わせの例は、配列番号１～６２に示した塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片（例えば配列番号６３～１２４）について、後述の表１に示す遺伝子の優先順位（第１番目から第６２番目まで）の高い方から順番に遺伝子を組み合わせることである。この仕方で６２種の遺伝子を順番に組み合わせたときの、食道ガンの存在検出確率（％）を、食道ガン検出に必要な遺伝子数に対してプロットすると、確率は、例えば、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）のみで４２．１％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）及びＣＳＴＢ（配列番号４９）の組み合わせで５２．６％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）及びＥＹＡ２（配列番号１）の組み合わせで５９．６％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）、ＥＹＡ２（配列番号１）及びＳＥＲＦ１Ａ（配列番号２）の組み合わせで５９．７％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）、ＥＹＡ２（配列番号１）、ＳＥＲＦ１Ａ（配列番号２）及びＩＧＨＧ１（配列番号３）の組み合わせで８６．０％となり、同様にして、６２種の遺伝子すべてを組み合わせたとき、確率は９６．５％となる（図１）。
　従って、本発明の実施形態において、好ましい最少の組み合わせは、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）、ＥＹＡ２（配列番号１）、ＳＥＲＦ１Ａ（配列番号２）及びＩＧＨＧ１（配列番号３）の組み合わせであり、それを構成する各ポリヌクレオチド又は断片は、配列番号５０、４９、１、２又は３に示した塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片から選択される。さらに、上記の５種の遺伝子に、表１に示す他の遺伝子を追加することができ、これによって確率を、例えば８９％以上、９１％以上、９２％以上、９６％以上に高めることができる。
　別のより好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの３以上（好ましくは５以上）～全部を含むことができる。
　本発明において、ポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５～配列の全塩基数、１５～５０００塩基、１５～４５００塩基、１５～４０００塩基、１５～３５００塩基、１５～３０００塩基、１５～２５００塩基、１５～２０００塩基、１５～１５００塩基、１５～１０００塩基、１５～９００塩基、１５～８００塩基、１５～７００塩基、１５～６００塩基、１５～５００塩基、１５～４００塩基、１５～３００塩基、１５～２５０塩基、１５～２００塩基、１５～１５０塩基、１５～１４０塩基、１５～１３０塩基、１５～１２０塩基、１５～１１０塩基、１５～１００塩基、１５～９０塩基、１５～８０塩基、１５～７０塩基、１５～６０塩基、１５～５０塩基、１５～４０塩基、１５～３０塩基又は１５～２５塩基；２５～配列の全塩基数、２５～１０００塩基、２５～９００塩基、２５～８００塩基、２５～７００塩基、２５～６００塩基、２５～５００塩基、２５～４００塩基、２５～３００塩基、２５～２５０塩基、２５～２００塩基、２５～１５０塩基、２５～１４０塩基、２５～１３０塩基、２５～１２０塩基、２５～１１０塩基、２５～１００塩基、２５～９０塩基、２５～８０塩基、２５～７０塩基、２５～６０塩基、２５～５０塩基又は２５～４０塩基；５０～配列の全塩基数、５０～１０００塩基、５０～９００塩基、５０～８００塩基、５０～７００塩基、５０～６００塩基、５０～５００塩基、５０～４００塩基、５０～３００塩基、５０～２５０塩基、５０～２００塩基、５０～１５０塩基、５０～１４０塩基、５０～１３０塩基、５０～１２０塩基、５０～１１０塩基、５０～１００塩基、５０～９０塩基、５０～８０塩基、５０～７０塩基又は５０～６０塩基；６０～配列の全塩基数、６０～１０００塩基、６０～９００塩基、６０～８００塩基、６０～７００塩基、６０～６００塩基、６０～５００塩基、６０～４００塩基、６０～３００塩基、６０～２５０塩基、６０～２００塩基、６０～１５０塩基、６０～１４０塩基、６０～１３０塩基、６０～１２０塩基、６０～１１０塩基、６０～１００塩基、６０～９０塩基、６０～８０塩基又は６０～７０塩基などの範囲の塩基数である。
　本発明のキットを構成する上記の組み合わせは、あくまでも例示であり、他の種々の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるものとする。
　本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片に加えて、食道ガンの検出を可能とする既知の又は将来見出されるポリヌクレオチドも包含させることができる。
　本発明のキットに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片は、個別に又は任意に組み合わせて異なる容器に包装される。
５．ＤＮＡチップ
　本発明はさらに、本発明の組成物及び/又はキットに含まれるものと同じポリヌクレオチド(或いは、上記の３．１節の組成物及び/又は４節のキットに記載されたポリヌクレオチド)、変異体、断片及びそれらの組み合わせを含む食道ガン診断用ＤＮＡチップを提供する。
　ＤＮＡチップの基板としては、ＤＮＡを固相化できるものであれば特に制限はなく、スライドガラス、シリコン製チップ、ポリマー製チップ及びナイロンメンブレンなどを例示することができる。またこれらの基板にはポリＬリジンコートやアミノ基、カルボキシル基などの官能基導入などの表面処理がされていてもよい。
　また固相化法については一般に用いられる方法であれば特に制限はなく、スポッター又はアレイヤーと呼ばれる高密度分注機を用いてＤＮＡをスポットする方法や、ノズルより微少な液滴を圧電素子などにより噴射する装置（インクジェット）を用いてＤＮＡを基板に吹き付ける方法、又は基板上で順次ヌクレオチド合成を行う方法を例示することができる。高密度分注機を用いる場合には、例えば多数のウェルを持つプレートのおのおののウェルに異なった遺伝子溶液を入れておき、この溶液をピン（針）で取り上げて基板上に順番にスポットすることによる。インクジェット法では、ノズルより遺伝子を噴射し，基板上に高速度で遺伝子を整列配置することによる。基板上でのＤＮＡ合成は、基板上に結合した塩基を光又は熱によって脱離する官能基で保護し、マスクを用いることにより特定部位の塩基だけに光又は熱を当て、官能基を脱離させる。その後、塩基を反応液に加えて、基板上の塩基とカップリングさせる工程を繰り返すことによって行われる。
　固相化されるポリヌクレオチドは、上記で説明した本発明の全てのポリヌクレオチドである。
　例えば、そのようなポリヌクレオチドは、以下の１又は複数（好ましくは５以上）のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
（１）配列番号１～６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（２）配列番号１～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（３）配列番号１～３８で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（４）配列番号１～３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（５）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（６）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（７）配列番号１～３８で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（８）配列番号１～３８で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（９）配列番号３９～６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１０）配列番号３９～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１１）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
（１２）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
（１３）配列番号３９～６２で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１４)配列番号３９～６２で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
(１５)配列番号１～３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１６)配列番号１～３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１７)配列番号３９～６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１８)配列番号３９～６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(１９)配列番号１～３８で表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３～１００で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２０)配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号６３～１００で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２１)配列番号３９～６２で表される塩基配列において、それぞれ配列番号３９～６２で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(２２)配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
　好ましい実施形態によれば、本発明のＤＮＡチップは、配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上から全部を含むことができる。
　本発明において、固相化されるポリヌクレオチドは、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、合成ＤＮＡ、合成ＲＮＡのいずれでもよいし、あるいは１本鎖でもよいし又は２本鎖でもよい。
　標的遺伝子、ＲＮＡ又はｃＤＮＡの発現レベルを検出、測定することができるＤＮＡチップの例としては、東レ株式会社の３Ｄ－Ｇｅｎｅ、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＧｅｎｅ Ｃｈｉｐ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ、Ａｇｉｌｅｎｔ社のＷｈｏｌｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｏｌｉｇｏ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ、タカラバイオ社のＩｎｔｅｌｌｉＧｅｎｅ（登録商標）ＨＳ Ｈｕｍａｎ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ＣＨＩＰなどを挙げることができる。
　ＤＮＡチップの作製について、例えば予め調製したプローブを固相表面に固定化する方法を使用することができる。予め調製したポリヌクレオチドプローブを固相表面に固定化する方法では、官能基を導入したポリヌクレオチドを合成し、表面処理した固相担体表面にオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを点着し、共有結合させる（例えば、Ｊ．Ｂ．Ｌａｍｔｕｒｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．２１２１－２１２５、Ｚ．Ｇｕｏら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．５４５６－５４６５）。ポリヌクレオチドは、一般的には、表面処理した固相担体にスペーサーやクロスリンカーを介して共有結合される。ガラス表面にポリアクリルアミドゲルの微小片を整列させ、そこに合成ポリヌクレオチドを共有結合させる方法も知られている（Ｇ．Ｙｅｒｓｈｏｖら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９６年、第９４巻、ｐ．４９１３）。また、シリカマイクロアレイ上に微小電極のアレイを作製し、電極上にはストレプトアビジンを含むアガロースの浸透層を設けて反応部位とし、この部位をプラスに荷電させることでビオチン化ポリクレオチドを固定し、部位の荷電を制御することで、高速で厳密なハイブリダイゼーションを可能にする方法も知られている（Ｒ．Ｇ．Ｓｏｓｎｏｗｓｋｉら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９７年、第９４巻、ｐ．１１１９―１１２３）。
６．食道ガンの検出法
　本発明は、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれるかどうかをｉｎ　ｖｉｔｒｏで判定する方法であって、手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較して、該検体試料中の細胞の標的核酸の発現量が増加／低下している場合、該検体試料中に食道ガン細胞が存在すると判定することを含み、ここで、該標的核酸が該組成物、キット又はＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片によって検出可能なものである、方法を提供する。
　本発明はまた、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップの、被験者由来の検体試料中の食道ガンのｉｎ　ｖｉｖｏ検出のための使用を提供する。
　本発明の上記方法において、組成物、キット又はＤＮＡチップは、上で説明したような、本発明のポリヌクレオチド、その変異体又はその断片を単一であるいはあらゆる可能な組み合わせで含むものが使用される。
　本発明の食道ガンの検出、判定又は（遺伝子）診断において、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片は、プライマーとして又はプローブとして用いることができる。プライマーとして用いる場合には、通常１５～５０塩基、好ましくは１５～３０塩基、より好ましくは１８～２５塩基の塩基長を有するものが例示できる。また検出プローブとして用いる場合には、例えば１５塩基～全配列の塩基数、好ましくは２５～１０００塩基、より好ましくは２５～１００塩基の塩基長を有するものが例示できるが、この範囲に限定されない。
　本発明の組成物又はキットに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片は、ノーザンブロット法、サザンブロット法、ＲＴ－ＰＣＲ法、ｉｎ　ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法において、定法に従ってプライマー又はプローブとして利用することができる。測定対象試料としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験者の食道組織又は食道ガン細胞の存在が疑われる生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収する。さらにそこから常法に従って調製したｔｏｔａｌ ＲＮＡを用いてもよいし、さらに該ＲＮＡをもとにして調製される、ｃＤＮＡ、ポリＡ（＋）ＲＮＡを含む各種のポリヌクレオチドを用いてもよい。
　あるいは、生体組織における本発明の遺伝子、ＲＮＡ、ｃＤＮＡなどの核酸の発現量は、ＤＮＡチップ（ＤＮＡマクロアレイを含む）を用いて検出あるいは定量することができる。この場合、本発明の組成物又はキットはＤＮＡチップのプローブとして使用することができる（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＨｕｍａｎ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｕ１３３　Ｐｌｕｓ　２．０　Ａｒｒａｙでは２５塩基の長さのポリヌクレオチドプローブが用いられる）。かかるＤＮＡチップを生体組織から採取したＲＮＡをもとに調製される標識ＤＮＡ又はＲＮＡとハイブリダイズさせ、該ハイブリダイズによって形成された上記プローブと標識ＤＮＡ又はＲＮＡとの複合体を、該標識ＤＮＡ又はＲＮＡの標識を指標として検出することにより、生体組織中での本発明食道ガン関連遺伝子の発現の有無又は発現レベル（発現量）を評価することができる。本発明の方法では、ＤＮＡチップを好ましく使用できるが、これは、ひとつの生体試料について同時に複数遺伝子の発現の有無又は発現レベルの評価が可能である。
　本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップは、食道ガンの診断、判定又は検出（罹患の有無や罹患の程度の診断）のために有用である。具体的には、該組成物、キット又はＤＮＡチップを使用した食道ガンの診断は、手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較、又は手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞と同等の生体組織との比較を行い、該診断用組成物で検出される遺伝子の発現レベルの違いを判定することによって行うことができる。この場合、遺伝子発現レベルの違いには、発現の有無だけではなく、食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞胞の両者ともに発現がある場合でも、両者間の発現量を比較した時の差がある場合が含まれる。例えばＥＹＡ２遺伝子は食道ガンで発現誘導／減少を示すので、被験者の食道ガン組織では発現／減少しており、該発現量と正常食道組織の発現量と比べて差があれば、試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることを判定できる。
　本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを利用した検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることの検出方法は、被験者の生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこに含まれる遺伝子を、本発明のポリヌクレオチド群から選ばれた単数又は複数のポリヌクレオチド、その変異体又はその断片を用いて検出し、その遺伝子発現量を測定することにより、食道ガンの有無又はその程度を診断することを含む。また本発明の食道ガンの検出方法は、例えば食道ガン患者において、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における該疾患の改善の有無又はその程度を検出、判定又は診断することもできる。
　本発明の方法は、例えば以下の（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）の工程：
（ａ）被験者由来の検体試料を、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップのポリヌクレオチドと接触させる工程、
（ｂ）生体試料中の標的核酸の発現レベルを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ）（ｂ）の結果をもとに、該検体試料中の食道ガン（細胞）の存在又は不存在を判定する工程、
を含むことができる。
　本発明方法で用いられる検体試料としては、被験者の生体組織、例えば食道組織及びその周辺組織、食道ガンが疑われる組織など、から調製される試料を挙げることができる。具体的には該組織から調製されるＲＮＡ含有試料、或いはそれからさらに調製されるポリヌクレオチドを含む試料は、被験者の生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこから常法に従って調製することができる。
　ここで被験者とは、哺乳動物、例えば非限定的にヒト、サル、マウス、ラットなどを指し、好ましくはヒトである。
　本発明の方法は、測定対象として用いる生体試料の種類に応じて工程を変更することができる。
　測定対象物としてＲＮＡを利用する場合、食道ガン（細胞）の検出は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）：
（ａ）被験者の生体試料から調製されたＲＮＡ又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド（ｃＤＮＡ）を、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップのポリヌクレオチドと結合させる工程、
（ｂ） 該ポリヌクレオチドに結合した生体試料由来のＲＮＡ又は該ＲＮＡから転写された相補的ポリヌクレオチドを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ） 上記（ｂ）の測定結果に基づいて、食道ガン（細胞）の存在又は不存在を判定する工程、
を含むことができる。
　本発明によって食道ガン（細胞）を検出、判定又は診断するために、例えば種々のハイブリダイゼーション法を使用することができる。かようなハイブリダイゼーション法には、例えばノーザンブロット法、サザンブロット法、ＲＴ－ＰＣＲ法、ＤＮＡチップ解析法、ｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などを使用することができる。
　ノーザンブロット法を利用する場合は、本発明の診断用組成物をプローブとして用いることによって、ＲＮＡ中の各遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、本発明の診断用組成物（相補鎖）を放射性同位元素（３２Ｐ、３３Ｐ、３５Ｓなど）や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーした被検者の生体組織由来のＲＮＡとハイブリダイズさせたのち、形成された診断用組成物（ＤＮＡ）とＲＮＡとの二重鎖を診断用組成物の標識物（放射性同位元素又は蛍光物質）に由来するシグナルを放射線検出器（ＢＡＳ-１８００ＩＩ、富士写真フィルム株式会社、などを例示できる）又は蛍光検出器（ＳＴＯＲＭ８６０、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社、などを例示できる）で検出、測定する方法を例示することができる。
　定量ＲＴ―ＰＣＲ法を利用する場合には、本発明の上記診断用組成物をプライマーとして用いることによって、ＲＮＡ中の遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、被検者の生体組織由来のＲＮＡから常法にしたがってｃＤＮＡを調製して、これを鋳型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように、本発明の診断用組成物から調製した１対のプライマー（上記ｃＤＮＡに結合する正鎖と逆鎖からなる）をｃＤＮＡとハイブリダイズさせて常法によりＰＣＲ法を行い、得られた二本鎖ＤＮＡを検出する方法を例示することができる。なお、二本鎖ＤＮＡの検出法としては、上記ＰＣＲをあらかじめ放射性同位元素や蛍光物質で標識しておいたプライマーを用いて行う方法、ＰＣＲ産物をアガロースゲルで電気泳動し、エチジウムブロマイドなどで二本鎖ＤＮＡを染色して検出する方法、産生された二本鎖ＤＮＡを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせて標識した診断用組成物をプローブとしてこれとハイブリダイズさせて検出する方法をとることができる。
　ＤＮＡチップ解析を利用する場合は、本発明の上記診断用組成物をＤＮＡプローブ（一本鎖又は二本鎖）として基板に貼り付けたＤＮＡチップを用いる。遺伝子群を基板に固相化したものには、一般にＤＮＡチップ及びＤＮＡアレイという名称があり、ＤＮＡアレイにはＤＮＡマクロアレイとＤＮＡマイクロアレイが包含されるが、本明細書ではＤＮＡチップといった場合、該ＤＮＡアレイを含むものとする。
　ハイブリダイゼーション条件は、限定されないが、例えば３０℃～５０℃で、３～４×ＳＳＣ、０．１～０．５％ ＳＤＳ中で１～２４時間のハイブリダイゼーション、より好ましくは４０℃～４５℃で、３×ＳＳＣ、０．３％ＳＤＳ中で１～２４時間のハイブリダイゼーション、そしてその後の洗浄を含む。洗浄条件としては、例えば、３０℃の３×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び４２℃の０．３×ＳＳＣ０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び３０℃の０．１×ＳＳＣ溶液による連続した洗浄などの条件を挙げることができる。ここで、１×ＳＳＣは、１５０ｍＭ塩化ナトリウム及び１５ｍＭクエン酸ナトリウムを含む水溶液（ｐＨ７．２）である。相補鎖はかかる条件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが望ましい。具体的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係にある塩基配列からなる鎖、並びに該鎖と少なくとも８０％の相同性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
　本発明の組成物又はキットのポリヌクレオチド断片をプライマーとしてＰＣＲを実施する際のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例としては、例えば１０ｍＭＴｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ８．３）、５０ｍＭＫＣｌ、１～２ｍＭ　ＭｇＣｌ２などの組成のＰＣＲバッファーを用い、当該プライマーの配列から計算されたＴｍ±５～１０℃において１５秒から１分程度処理することなどが挙げられる。かかるＴｍの計算方法としてＴｍ＝２×(アデニン残基数+チミン残基数)＋４×(グアニン残基数+シトシン残基数)などが挙げられる。
　これらのハイブリダイゼーションにおける「ストリンジェントな条件」の他の例については、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ． & Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２～７．４５、第２巻８．９～８．１７などに記載されており、本発明において利用できる。
　本発明はまた、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の検体試料中の標的核酸又は遺伝子の発現量を測定し、食道ガン組織と正常組織の遺伝子発現量を教師（訓練サンプル）としたサポートベクターマシーン（ＳＶＭ）を判別式として、検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと及び／又は含まれることを判定する方法を提供する。
　すなわち、本発明はさらに、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることを判定することが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ　ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ　ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的酢酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、ここで、該標的核酸が該組成物、キット又はＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片によって検出可能なものである、前記方法を提供する。
　あるいは、本発明の方法は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）：
（ａ）食道ガン患者由来の食道ガン細胞を含む組織及び／又は食道ガン患者由来の食道ガン細胞を含まない組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を、本発明による診断（検出）用組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて測定する工程、
（ｂ）（ａ）で測定された発現量の測定値を、下記の数１～数５の式に代入して、ＳＶＭと呼ばれる判別式を作成する工程、
（ｃ）被験者由来の検体試料中の該標的遺伝子の発現量を、本発明による診断（検出）用組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて測定し、（ｂ）で作成した判別式にそれらを代入して、得られた結果に基づいて該検体試料中に食道ガン細胞が含まれるかどうかを判定する工程、
を含むことができる。
　ＳＶＭとは２クラスの分類問題を解くためにつくられた１９９５年にＡＴ＆ＴのＶ．Ｖａｐｎｉｋ（Ｔｈｅ　Ｎａｔｕｒｅ　ｏｆ　Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ　Ｌｅａｎｉｎｇ　Ｔｈｅｏｒｙ、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ、１９９５年発行）によって統計的学習理論の枠組みで提案された学習機械である。ＳＶＭは線形の識別器であるが、後述するカーネルを組み合わせることによって非線形問題を扱うことができる。異なるクラスの訓練サンプルについて、それらを識別する多数の超平面のうち、その超平面と訓練サンプルとの最小距離が最大となる超平面を識別面とすることにより、新たに与えられるテストサンプルがどのクラスに属するかを最も正確に識別することができる。
　ＳＶＭでは線形問題のみしか扱うことができないが、本質的に非線形な問題に対応するための方法として、特徴ベクトルを高次元へ非線形変換し、その空間で線形の識別を行う方法が知られている。こうすれば、元の空間で非線形モデルを用いているのと等価となる。しかし高次元への写像を行うと膨大な計算量が必要となり、汎化能力も減少する。ＳＶＭでは識別関数が入力パターンの内積のみに依存した形になっており、内積が計算できれば最適な識別関数を構成することが可能である。非線形に写像した空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表現されるような式のことをカーネルと呼び、高次元に写像しながら、実際には写像された空間での特徴の計算を避けてカーネルの計算のみで最適な識別関数、すなわち判別式を構成することができる（例えば、麻生英樹ら著、統計科学のフロンテイア６「パターン認識と学習の統計学　新しい概念と手法」、岩波書店（２００４年））。
　本発明の方法で使用可能な判別式の算出例を以下に示す。
ＳＶＭを決めるためには食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を教師（訓練サンプル）として用意し、以下の手順によって識別関数の定数を決定することができる。
　訓練サンプルｘｉは（＋１、－１）でクラス分けされる、食道ガン細胞を含む組織群、又は正常組織群のいずれかに属しているとする。これらの訓練サンプルが超平面によって線形分離できるとき、識別関数は例えば次式となる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000001
（ここで、ｗは重み係数、ｂはバイアス定数、ｘはサンプルの変数を表す。）
ただし、この関数には制約条件：
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000002
（ここで、Ｔは内積、ｙはサンプルのクラス、ζはスラック変数を表す。）
があるため、Ｌａｇｕｒａｎｇｅの未定乗数法を用いることによりＬａｇｕｒａｎｇｅ乗数αを用いた以下の最適化問題に帰着する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000003
ここで、
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000004
（ここで、Ｃは実験により決定される制限条件パラメーターを表す。）
この問題を解くと最終的に、
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000005
が得られ、識別関数を一義的に得ることができる。この関数に新たに与えられる検体試料（食道ガン細胞を含むかどうか未知の組織の発現遺伝子量）についてのｘを代入することによって、ｆ（ｘ）をクラス分け（すなわち、＋１又は－１）することができ、検体試料がどちらのクラス（すなわち、食道ガン細胞を含む組織群又は食道ガン細胞を含まない組織群）に属するかを識別する。
　以上に示すように、未知試料のクラス分けを行うためのＳＶＭによる判定式の作成には２群の教師（訓練サンプル）が必要となる。この訓練サンプルは例えば今回の発明の場合、「食道ガン患者の食道ガン細胞を含む組織から得られた発現遺伝子（遺伝子　ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、及び「食道ガン患者の食道ガン細胞を含まない組織から得られた発現遺伝子（遺伝子　ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、の２群である。これらのセットについてそれぞれ測定される発現遺伝子数（ｎ）は実験のデザインによって様々ではあるが、個々の遺伝子については、どのような実験においても２群間で大きく差がある場合と、比較的差が少ない、あるいは差がない場合が観察される。ＳＶＭによる判別式の精度を上げるためには、訓練サンプルとなる２群に、明確な差があることが条件となるため、遺伝子セットの中から２群間で発現量に差がある遺伝子のみを抽出して利用することが必要である。
　また、ＳＶＭによる判別式に用いる遺伝子セットに属する遺伝子の抽出は、次のように行うことが好ましい。まず、食道ガン細胞を含む組織群と正常組織群について、群内発現量の中央値、群内発現量の平均値、平均値の差を検出するパラメトリック解析であるｔ検定、ノンパラメトリック解析であるＭａｎｎ―ＷｈｉｔｎｅｙのＵ検定などを利用して、各遺伝子の２群間の発現量の差を求める。次に、ここで求めた２群間の発現量の差が大きいと認められる順に遺伝子を１個ずつセットに組み込み、その都度判定率（確率）を算出する。この遺伝子セットへの遺伝子の組み込みは、算出される判定率が最大となるまで繰り返し、最大の判定率を得られた時点の遺伝子のセットを採用する。
　本発明の方法において、例えば、上に記載したような配列番号１～６２に基づく１又は複数（好ましくは５以上）の上記ポリヌクレオチド、並びに/或いは、上に記載したような１～６２に基づく１又は複数（好ましくは５以上）のポリヌクレオチド、からの任意の組み合わせを用いて、かつ上記の６２種の標的遺伝子の発現量がすべて食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織（正常組織）間で異なり、食道ガン患者由来の食道ガン組織において発現が増加／減少していることを指標にして、これら６２種の遺伝子について発現量を測定することにより、食道ガンを８０％以上、８５％以上、好ましくは９０％以上、より好ましくは９２％以上、さらに好ましくは９５％以上の確率で見分けることができる（図１）。
　本発明はさらに、上記６２種の遺伝子（例えば、配列番号１～６２に相当する）又はその断片（例えば、配列番号６３～１２４に相当する）によってコードされるポリペプチド、例えば配列番号１２５～１８６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に対する１又は複数（好ましくは５以上）の抗体又はその断片を用いて、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織間での該ポリペプチドの発現量、或いは血液中の該ポリペプチドのレベル(又は存在量)、をｉｎ　ｖｉｔｒｏで測定することを含む、食道ガンの検出方法を提供する。
　かかる抗体又は断片は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、単鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片などを含む。ポリクローナル抗体は、精製ポリペプチドを結合した親和性カラムに結合させることを含む、いわゆる吸収法によって、特異的抗体として調製することができる。
　測定は、慣用の酵素又は蛍光団で標識した抗体又は断片と、組織切片又はホモゲナイズした組織とを接触させる工程、抗原－抗体複合体を定性的に又は定量的に測定する工程を含むことができる。検出は、例えば免疫電顕により標的ポリペプチドの存在とレベルを測定する方法、ＥＬＩＳＡや蛍光抗体法などの慣用法によって標的ポリペプチドのレベルを測定する方法などによって行い、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を比べて食道ガン患者由来の食道ガン組織において標的ポリペプチドの発現量が増加／減少している場合、或いは血液中の該ポリペプチドのレベルが、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を比べて食道ガン患者由来の食道ガン組織において増加／低下している場合、食道ガンがあると決定する。言い換えれば、前記ポリペプチドの発現量又はレベルが、食道ガン患者由来の食道ガン細胞の値と比較して増加／低下している場合、食道ガンがあると決定する。ここで、増加／低下とは、統計学的に有意な差（ｐ≦０．０５）があってもよい。
　本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明は、この実施例によって制限されないものとする。
１．実験者の臨床病理学的所見
　インフォームドコンセントを得た５７名の食道ガン患者から、食道ガン摘出手術時又は食道生検実施時に食道の摘出組織を得た。摘出された組織片について肉眼的及び／又は病理組織学的に食道ガン組織を判断し、食道ガン病変部と正常組織部を分けてただちに凍結し、液体窒素中で保存した。
２．ｔｏｔａｌ　ＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製
　試料として食道ガン患者の食道組織における食道ガン病変部の組織及び非病変部の組織を用いた。おのおのの組織から、ＴＲＩｚｏｌ Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いて、同社推奨のプロトコールによりｔｏｔａｌ　ＲＮＡを調製した。
　上述の方法で得られたｔｏｔａｌ　ＲＮＡ １μgについて、ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）プライマー及びランダムノナマーを併用し、ＣｙＳｃｒｉｂｅ Ｆｉｒｓｔ-Ｓｔｒａｎｄ ｃＤＮＡ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（ＧＥヘルスケア社）を用いてメーカー推奨のプロトコールで逆転写反応を行った。食道ガン組織由来のｔｏｔａｌ　ＲＮＡにはＣｙ３－ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を、Ｈｕｍａｎ　Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ　Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ　ＲＮＡ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）にはＣｙ５－ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を添加して、メーカー推奨のプロトコールで逆転写反応時にｃＤＮＡの標識を行った。標識されたｃＤＮＡはＱＩＡｑｕｉｃｋ ＰＣＲ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）で精製してからハイブリダイズに用いた。
３．ＤＮＡチップの作製
　ＤＮＡチップとしては東レ株式会社３Ｄ－Ｇｅｎｅヒト全遺伝子型ＤＮＡチップを用いて遺伝子の絞込みを行った。３Ｄ－Ｇｅｎｅヒト全遺伝子型ＤＮＡチップの操作については、同社の定める手順に基づいて実施した。３Ｄ－Ｇｅｎｅヒト全遺伝子型ＤＮＡチップを用いた解析の結果、食道ガンによって発現変動が起こる可能性がある遺伝子を重複なく計１１１９種抽出した。
　抽出した１１１９種の遺伝子について、配列の重複をおこさないように配列特異性が高い部位の配列６０－７０残基をそれぞれ選択して合成し、東レ株式会社の１２９６柱の３Ｄ－Ｇｅｎｅ基板を用いたカスタムチップを作成した。
４．ハイブリダイゼーション
　標識したｃＤＮＡをそれぞれ１μｇずつ分取し、ハイブリダイゼーションバッファー（東レ株式会社、日本）に溶解し、４２℃で１６時間ハイブリダイズを行った。ハイブリダイズ終了後、ＤＮＡチップを３０℃の３×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び４２℃の０．３×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び３０℃の０．１×ＳＳＣ溶液による連続した条件で洗浄した。
５．遺伝子発現量の測定
　上述の方法によりハイブリダイゼーションを行ったＤＮＡチップをＤＮＡアレイスキャナー（ＳｃａｎＡｒｒａｙＬｉｔｅ、パーキンエルマージャパン）を用いてスキャンし、画像を取得してＧｅｎｅＰｉｘ　Ｐｒｏ５．０（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｅｖｉｃｅ）にて蛍光強度を数値化した。統計学的処理はＳｐｅｅｄ Ｔ．著「Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ」Ｃｈａｐｍａｎ & Ｈａｌｌ/ＣＲＣ，及びＣａｕｓｔｏｎ Ｈ．Ｃ．ら著「Ａ ｂｅｇｉｎｎｅｒ’ｓ ｇｕｉｄｅ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇを参考にして行った。すなわちハイブリダイズ後の画像解析から得られたデータについて、それぞれの対数値をとり、ｇｌｏｂａｌ ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎにてノーマライゼーション補正を行った。その結果、食道ガン病変部の組織における発現量が、食道ガン非病変部の組織よりも減少、低減もしくは増加、増大している遺伝子を見出すことができた。これらの遺伝子を食道ガン検出用遺伝子として利用することができると考えられる。
６．予測スコアリングシステム
　５７例の患者から得た検体を教師として、Ｇｅｎｏｍｉｃ　Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（三井情報開発、日本）に搭載したＳＶＭを用いる判別式を作成した。この判別式によって、ノーマライゼーションを行った全５７例のデータについて、データの予測を行った。なおカーネルは、ｌｉｎｅａｒ　ｋｅｒｎｅｌを用いた。また遺伝子は二群間（食道ガン病変部の組織と食道ガン非病変部の組織）での群内発現量の中央値の差が大きい順に決定した。（表１：食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織（正常組織）での遺伝子転写産物の発現量比較）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
　表１の第７列に示す順位の上位から６２種の遺伝子を選び、食道ガン組織を識別するためのＳＶＭによる判別マシーンを作成した。第７列は、該当遺伝子の発現量について食道ガン組織の中央値（第５列）と正常組織の遺伝子発現量の中央値（第４列）を算出し、両群の中央値の差の絶対値が大きい順を示したものである。判別マシーンに利用する遺伝子数を決定するに当たり、第７列の順位の順に遺伝子を選定した。判別マシーンの作成には、５７例の食道ガン病変部の組織及び食道ガン非病変部の組織のセットのうち１例を除いた５６例で判別マシーンを作成し、残りの１例で判別マシーンの精度を計算する方法で評価した。その結果、プローブとして配列番号６３～１２４のポリヌクレオチドの組合せを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、食道ガン病変部の組織と食道ガン非病変部の組織を、各々配列番号６３～６５、１１１、１１２の５種のポリヌクレオチドの組合せによって８６．０％、配列番号６３～６７、１１１～１１５の１０種のポリヌクレオチドの組合せによって８７．７％、配列番号６３～７１、１１１～１１７の１６種のポリヌクレオチドの組合せによって９１．２％、配列番号６３～７５、１１１～１１７の２０種のポリヌクレオチドの組合せによって９３．０％、配列番号６３～１２４の６２種のポリヌクレオチドの組合せによって９６％以上の確率で判別できるマシーンを得た（図１）。なお、この時、配列番号１１２のポリヌクレオチドのみをプローブとして遺伝子発現を検討した場合、食道ガン病変部の組織と食道ガン非病変部の組織を判別する確率は４２．１％であった。
　次に、作成した判別マシーンが判別できる食道ガン患者由来の組織に混入した食道ガンを含まない組織の割合を確認するために、食道ガン組織から得たｔｏｔａｌ　ＲＮＡと食道ガンを含まない組織から得たｔｏｔａｌ　ＲＮＡの比率が９：１，８：２，７：３，６：４，５：５，４：６，３：７，２：８，１：９となるように混合したＲＮＡのカクテルを用いてｃＤＮＡの調製、ハイブリダイゼーション及び遺伝子発現量の測定を実施し、データを得た。これらのデータを５５例の患者から得た検体のデータを作成した判別マシーンを用いて予測したところ、食道ガンを含む組織の割合が６０％を超える場合、判別マシーンはデータをガン部と判別することが示された（図２）。
　更に、作成した判別マシーンのより一般的な精度を確認するために、同じくインフォームドコンセントを得た５５名の食道ガン患者から、食道生検実施時に食道の生検組織を入手し、同じ方法でｔｏｔａｌ　ＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製、ハイブリダイゼーション及び遺伝子発現量の測定を実施し、データを得た。これらのデータを５５例の患者から得た検体のデータを作成した判別マシーンを用いて予測したところ、Ａｃｃｕｒａｃｙが８５．５％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別できた。また、このときの食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別する確率は１００％であった（図３）。
［比較例１］
　本発明の食道ガン診断用組成物と特許文献６（国際公開第２００６／１１８３０８号）に記載の食道ガン診断用組成物のより一般的な精度を比較するために、同じくインフォームドコンセントを得た５５名の食道ガン患者から、食道生検実施時に食道の生検組織を入手し、本明細書に記載の方法でｔｏｔａｌ　ＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製、ハイブリダイゼーション及び遺伝子発現量の測定を実施し、データを得た。これらのデータを５５例の患者から得た検体のデータを、特許文献６に記載の食道ガン診断用組成物を特許文献６に記載の方法を用いて判別マシーンを用いて予測したところ、ガン判別用判別マシーンはＡｃｃｕｒａｃｙが６１．８％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別し（図４）、非ガン判別用判別マシーンはＡｃｃｕｒａｃｙが４７．３％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別した（図５）。この結果は本発明の食道ガン診断用組成物と本発明の方法を用いて作成した判別マシーンを用いた食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別する確率よりも低く、特許文献６に記載の食道ガン診断用組成物及び特許文献６に記載の手法は手術検体に対しては高い精度を有するが、生検検体に対しては十分ではなく、本発明の食道ガン診断用組成物と本発明の方法が優位であることがわかった。
［比較例２］
　特許文献６（国際公開第２００６／１１８３０８号）に記載の食道ガン診断用組成物を本発明の方法を用いて判別マシーンを用いて予測したところ、Ａｃｃｕｒａｃｙが７４．５％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別した（図６）。これらは本発明の食道ガン診断用組成物から作成した判別マシーンの精度よりも低くなっており、特許文献６に記載の食道ガン診断用組成物及び特許文献６に記載の手法は手術検体に対しては高い精度を有するが、生検検体に対しては十分ではなく、本発明の食道ガン診断用組成物と本発明の方法が優位であることがわかった。
　本発明により、特異性、感受性に優れた食道ガン判定用組成物を提供することができるため、少なくとも手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者から採取した組織に含まれる食道ガン組織の割合を判別するために非常に有用である。
　本明細書で引用した全ての刊行物、特許および特許出願をそのまま参考として本明細書にとり入れるものとする。

Claims (28)

  1. 　下記の(a)～(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される３以上のポリヌクレオチドを含む、食道ガン診断用組成物：
    （a）配列番号１～３８で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
    （b）配列番号１～３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
    （c）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
    （d）配列番号１～３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
    （e）前記（a）～（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。
  2. 　前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項１に記載の組成物。
  3. 　前記断片が、配列番号１～３８のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３～１００のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項２に記載の組成物。
  4. 　前記断片が、配列番号６３～１００のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項２に記載の組成物。
  5. 　下記の(f)～(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される２以上のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の組成物：
    （f）配列番号３９～６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
    （g）配列番号３９～６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
    （h）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
    （i）配列番号３９～６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
    （j）前記（f）～（i）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。
  6. 　前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項５に記載の組成物。
  7. 　前記断片が、配列番号３９～６２で表される塩基配列において、配列番号１０１～１２４で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項６に記載の組成物。
  8. 　前記断片が、配列番号１０１～１２４で表される塩基配列、又はこれに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項６に記載の組成物。
  9. 　請求項１～４のいずれかに記載の(a)～(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用キット。
  10. 　請求項５～８のいずれかに記載の(f)～(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、請求項９に記載のキット。
  11. 　前記ポリヌクレオチドが、配列番号１～６２のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、請求項９又は１０に記載のキット。
  12. 　前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項１１に記載のキット。
  13. 　前記断片が、配列番号１～６２のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１２に記載のキット。
  14. 　前記断片が、配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１２に記載のキット。
  15. 　前記断片が、配列番号６３～１２４のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１４に記載のキット。
  16. 　配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上から全部を含む、請求項９に記載のキット。
  17. 　前記ポリヌクレオチドが、別個に又は任意に組み合わせて異なる容器に包装されている、請求項９～１６のいずれか１項に記載のキット。
  18. 　請求項１～４のいずれかに記載の(a)～(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用ＤＮＡチップ。
  19. 　請求項５～８のいずれかに記載の(f)～(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、請求項１８に記載のＤＮＡチップ。
  20. 　配列番号６３～１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上～全部を含む、請求項１８又は１９に記載のＤＮＡチップ。
  21. 　請求項１～８のいずれかに記載の組成物、請求項９～１７のいずれかに記載のキット、請求項１８～２０のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の生体試料における標的核酸の発現レベルを測定することによって、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ　ｖｉｔｒｏで判定する方法。
  22. 　ＤＮＡチップを用いる、請求項２１に記載の方法。
  23. 　請求項１～８のいずれかに記載の組成物、請求項９～１７のいずれかに記載のキット、請求項１８～２０のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ　ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ　ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、食道ガンを判定する方法。
  24. 　請求項１～８のいずれかに記載の組成物、請求項９～１７のいずれかに記載のキット、又は請求項１８～２０のいずれかに記載のＤＮＡチップの、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ　ｖｉｔｒｏで判定するための使用。
  25. 　配列番号１～３８で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する３以上の抗体又はその断片を用いて、被検者由来の食道ガン細胞或いは血液中の該ポリペプチドのレベルをｉｎ ｖｉｔｒｏで測定することを含む、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ　ｖｉｔｒｏで判定する方法。
  26. 　配列番号３９～６２で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する２以上の抗体又はその断片をさらに使用して、該ポリペプチドのレベルを測定する、請求項２５に記載の方法。
  27. 　前記ポリペプチドが、配列番号１２５～１８６で表されるアミノ酸配列を有する、請求項２５又は２６に記載の方法。
  28. 　前記ポリペプチドの発現レベルが、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において変化している場合、食道ガンであると決定する、請求項２５～２７のいずれか１項に記載の方法。
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