WO2026097017A2 - Procédés pour améliorer la précision de séquençage - Google Patents

Procédés pour améliorer la précision de séquençage

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Aathavan KARUNAKARAN
Dewei TOH
Shu Ting TAN
Yvonne DEVADAS
Anna TRACZYK
Wei Wei
Hsu Myat NOE
Jing Liang
Niall Gormley
Esther Musgrave-Brown
Andrew Slatter
Jeffrey Fisher
Vicki THOMSON
Jacqueline WEIR
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Abstract

L'invention concerne des procédés permettant d'introduire un identifiant de brin afin de distinguer les descendants d'un brin sens des descendants d'un brin antisens d'un polynucléotide cible double brin, des procédés de préparation de polynucléotides pour le séquençage, et des procédés de séquençage de séquences polynucléotidiques.
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Citations (27)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998044151A1 (fr) 1997-04-01 1998-10-08 Glaxo Group Limited Methode d'amplification d'acide nucleique
WO1998044152A1 (fr) 1997-04-01 1998-10-08 Glaxo Group Limited Methode de sequençage d'acide nucleique
WO2000018957A1 (fr) 1998-09-30 2000-04-06 Applied Research Systems Ars Holding N.V. Procedes d'amplification et de sequençage d'acide nucleique
US6306597B1 (en) 1995-04-17 2001-10-23 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
WO2002006456A1 (fr) 2000-07-13 2002-01-24 Invitrogen Corporation Methodes et compositions d'extraction et d'isolation rapides de proteines et de peptides au moyen d'une matrice de lyse
WO2003074734A2 (fr) 2002-03-05 2003-09-12 Solexa Ltd. Procedes de detection de variations de sequence a l'echelle du genome associees a un phenotype
WO2005068656A1 (fr) 2004-01-12 2005-07-28 Solexa Limited Caracterisation d'acides nucleiques
US20060024681A1 (en) 2003-10-31 2006-02-02 Agencourt Bioscience Corporation Methods for producing a paired tag from a nucleic acid sequence and methods of use thereof
WO2006084132A2 (fr) 2005-02-01 2006-08-10 Agencourt Bioscience Corp. Reactifs, methodes et bibliotheques pour sequençage fonde sur des billes
WO2006110855A2 (fr) 2005-04-12 2006-10-19 454 Life Sciences Corporation Procedes de determination de variantes de sequence utilisant un sequencage des amplicons
WO2006135342A1 (fr) 2005-06-14 2006-12-21 Agency For Science, Technology And Research Procede permettant de traiter et/ou de mapper des sequences ditag a un genome
US20060292611A1 (en) 2005-06-06 2006-12-28 Jan Berka Paired end sequencing
WO2007010252A1 (fr) 2005-07-20 2007-01-25 Solexa Limited Procede de sequencage d'une matrice de polynucleotide
WO2007052006A1 (fr) 2005-11-01 2007-05-10 Solexa Limited Procede pour preparer des bibliotheques de polynucleotides matrices
WO2007091077A1 (fr) 2006-02-08 2007-08-16 Solexa Limited Procédé de séquençage d'une matrice polynucléotidique
WO2007107710A1 (fr) 2006-03-17 2007-09-27 Solexa Limited Procédés isothermiques pour créer des réseaux moléculaires clonales simples
WO2008041002A2 (fr) 2006-10-06 2008-04-10 Illumina Cambridge Limited Procédé de séquençage d'une matrice polynucléotidique
WO2008093098A2 (fr) 2007-02-02 2008-08-07 Illumina Cambridge Limited Procedes pour indexer des echantillons et sequencer de multiples matrices nucleotidiques
US20120316086A1 (en) 2011-06-09 2012-12-13 Illumina, Inc. Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis
US20130079232A1 (en) 2011-09-23 2013-03-28 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
WO2013188582A1 (fr) 2012-06-15 2013-12-19 Illumina, Inc. Amplification par exclusion cinétique de banques d'acides nucléiques
WO2022087150A2 (fr) 2020-10-21 2022-04-28 Illumina, Inc. Modèles de séquençage comprenant de multiples inserts et compositions et procédés d'amélioration du débit de séquençage
WO2023122755A2 (fr) 2021-12-23 2023-06-29 Illumina Cambridge Limited Cuve à circulation et procédés
WO2023175037A2 (fr) 2022-03-15 2023-09-21 Illumina, Inc. Séquençage simultané de brins de complément avant et inverse sur des polynucléotides séparés pour la détection de méthylation
WO2023196572A1 (fr) 2022-04-07 2023-10-12 Illumina Singapore Pte. Ltd. Cytidine désaminases modifiées et méthodes d'utilisation
WO2024069581A1 (fr) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina Singapore Pte. Ltd. Complexes hélicase-cytidine désaminase et procédés d'utilisation
WO2025072783A1 (fr) 2023-09-28 2025-04-03 Illumina, Inc. Cytidine désaminases modifiées et méthodes d'utilisation

Patent Citations (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6306597B1 (en) 1995-04-17 2001-10-23 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
WO1998044152A1 (fr) 1997-04-01 1998-10-08 Glaxo Group Limited Methode de sequençage d'acide nucleique
WO1998044151A1 (fr) 1997-04-01 1998-10-08 Glaxo Group Limited Methode d'amplification d'acide nucleique
WO2000018957A1 (fr) 1998-09-30 2000-04-06 Applied Research Systems Ars Holding N.V. Procedes d'amplification et de sequençage d'acide nucleique
WO2002006456A1 (fr) 2000-07-13 2002-01-24 Invitrogen Corporation Methodes et compositions d'extraction et d'isolation rapides de proteines et de peptides au moyen d'une matrice de lyse
WO2003074734A2 (fr) 2002-03-05 2003-09-12 Solexa Ltd. Procedes de detection de variations de sequence a l'echelle du genome associees a un phenotype
US20060024681A1 (en) 2003-10-31 2006-02-02 Agencourt Bioscience Corporation Methods for producing a paired tag from a nucleic acid sequence and methods of use thereof
WO2005068656A1 (fr) 2004-01-12 2005-07-28 Solexa Limited Caracterisation d'acides nucleiques
WO2006084132A2 (fr) 2005-02-01 2006-08-10 Agencourt Bioscience Corp. Reactifs, methodes et bibliotheques pour sequençage fonde sur des billes
WO2006110855A2 (fr) 2005-04-12 2006-10-19 454 Life Sciences Corporation Procedes de determination de variantes de sequence utilisant un sequencage des amplicons
US20060292611A1 (en) 2005-06-06 2006-12-28 Jan Berka Paired end sequencing
WO2006135342A1 (fr) 2005-06-14 2006-12-21 Agency For Science, Technology And Research Procede permettant de traiter et/ou de mapper des sequences ditag a un genome
WO2007010252A1 (fr) 2005-07-20 2007-01-25 Solexa Limited Procede de sequencage d'une matrice de polynucleotide
WO2007052006A1 (fr) 2005-11-01 2007-05-10 Solexa Limited Procede pour preparer des bibliotheques de polynucleotides matrices
WO2007091077A1 (fr) 2006-02-08 2007-08-16 Solexa Limited Procédé de séquençage d'une matrice polynucléotidique
WO2007107710A1 (fr) 2006-03-17 2007-09-27 Solexa Limited Procédés isothermiques pour créer des réseaux moléculaires clonales simples
WO2008041002A2 (fr) 2006-10-06 2008-04-10 Illumina Cambridge Limited Procédé de séquençage d'une matrice polynucléotidique
WO2008093098A2 (fr) 2007-02-02 2008-08-07 Illumina Cambridge Limited Procedes pour indexer des echantillons et sequencer de multiples matrices nucleotidiques
US20120316086A1 (en) 2011-06-09 2012-12-13 Illumina, Inc. Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis
US20130079232A1 (en) 2011-09-23 2013-03-28 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
WO2013188582A1 (fr) 2012-06-15 2013-12-19 Illumina, Inc. Amplification par exclusion cinétique de banques d'acides nucléiques
WO2022087150A2 (fr) 2020-10-21 2022-04-28 Illumina, Inc. Modèles de séquençage comprenant de multiples inserts et compositions et procédés d'amélioration du débit de séquençage
WO2023122755A2 (fr) 2021-12-23 2023-06-29 Illumina Cambridge Limited Cuve à circulation et procédés
WO2023175037A2 (fr) 2022-03-15 2023-09-21 Illumina, Inc. Séquençage simultané de brins de complément avant et inverse sur des polynucléotides séparés pour la détection de méthylation
WO2023196572A1 (fr) 2022-04-07 2023-10-12 Illumina Singapore Pte. Ltd. Cytidine désaminases modifiées et méthodes d'utilisation
WO2024069581A1 (fr) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina Singapore Pte. Ltd. Complexes hélicase-cytidine désaminase et procédés d'utilisation
WO2025072783A1 (fr) 2023-09-28 2025-04-03 Illumina, Inc. Cytidine désaminases modifiées et méthodes d'utilisation
WO2025072793A1 (fr) 2023-09-28 2025-04-03 Illumina, Inc. Cytidine désaminases modifiées et procédés d'utilisation
WO2025072800A2 (fr) 2023-09-28 2025-04-03 Illumina, Inc. Cytidine désaminases modifiées et procédés d'utilisation

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