BG104533A - Ген за психоматични разстройства - Google Patents
Ген за психоматични разстройства Download PDFInfo
- Publication number
- BG104533A BG104533A BG104533A BG10453300A BG104533A BG 104533 A BG104533 A BG 104533A BG 104533 A BG104533 A BG 104533A BG 10453300 A BG10453300 A BG 10453300A BG 104533 A BG104533 A BG 104533A
- Authority
- BG
- Bulgaria
- Prior art keywords
- disorder
- dna
- sequence
- yac
- gene
- Prior art date
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 133
- 208000019022 Mood disease Diseases 0.000 title abstract description 6
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 84
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 55
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims abstract description 35
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 18
- 210000003917 human chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 74
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 69
- 208000012545 Psychophysiologic disease Diseases 0.000 claims description 62
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 41
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 41
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 29
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 28
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 claims description 27
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 24
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 24
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 24
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 22
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 21
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 18
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 18
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 18
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 16
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 13
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 13
- 108091029523 CpG island Proteins 0.000 claims description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 7
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims description 7
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 7
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 6
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims description 6
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 claims description 6
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 claims description 6
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 6
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 claims description 5
- 239000013601 cosmid vector Substances 0.000 claims description 5
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 5
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 5
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 5
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims description 5
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims description 5
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 claims description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 4
- 125000000404 glutamine group Chemical group N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)* 0.000 claims description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 claims description 3
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 claims description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 3
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 3
- 208000019901 Anxiety disease Diseases 0.000 claims description 2
- 108090000144 Human Proteins Proteins 0.000 claims description 2
- 102000003839 Human Proteins Human genes 0.000 claims description 2
- 230000036506 anxiety Effects 0.000 claims description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 2
- 235000004554 glutamine Nutrition 0.000 claims description 2
- 208000022821 personality disease Diseases 0.000 claims description 2
- 208000020016 psychiatric disease Diseases 0.000 claims description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 2
- 201000000980 schizophrenia Diseases 0.000 claims description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 2
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims 4
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims 4
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 claims 2
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 claims 2
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 claims 2
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 claims 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 claims 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 claims 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 abstract 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 abstract 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 abstract 1
- 210000001106 artificial yeast chromosome Anatomy 0.000 description 124
- 208000020925 Bipolar disease Diseases 0.000 description 22
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 22
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 21
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 19
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 18
- 101000661600 Homo sapiens Steryl-sulfatase Proteins 0.000 description 9
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 9
- 102000054458 human STS Human genes 0.000 description 9
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 9
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 6
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 6
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 6
- 206010026749 Mania Diseases 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 4
- 208000024714 major depressive disease Diseases 0.000 description 4
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 4
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 4
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 3
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 3
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 3
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 3
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 3
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 108091035539 telomere Proteins 0.000 description 3
- 210000003411 telomere Anatomy 0.000 description 3
- 102000055501 telomere Human genes 0.000 description 3
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 3
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 2
- 101100351299 Caenorhabditis elegans pdf-1 gene Proteins 0.000 description 2
- 206010068051 Chimerism Diseases 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 2
- 241000700588 Human alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 2
- 206010021030 Hypomania Diseases 0.000 description 2
- 102100030852 Run domain Beclin-1-interacting and cysteine-rich domain-containing protein Human genes 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 2
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 2
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 2
- JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N carbonyl sulfide Chemical compound O=C=S JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 201000000760 cerebral cavernous malformation Diseases 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 2
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 230000004630 mental health Effects 0.000 description 2
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 2
- 238000003906 pulsed field gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000007670 refining Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 2
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 2
- BAAVRTJSLCSMNM-CMOCDZPBSA-N (2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]-4-carboxybutanoyl]amino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]pentanedioic acid Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 BAAVRTJSLCSMNM-CMOCDZPBSA-N 0.000 description 1
- 241000710929 Alphavirus Species 0.000 description 1
- 108091023043 Alu Element Proteins 0.000 description 1
- 108010039224 Amidophosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 101150014715 CAP2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100129088 Caenorhabditis elegans lys-2 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010053567 Coagulopathies Diseases 0.000 description 1
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 description 1
- 241001301450 Crocidium multicaule Species 0.000 description 1
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 241000450599 DNA viruses Species 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 208000020401 Depressive disease Diseases 0.000 description 1
- 206010013954 Dysphoria Diseases 0.000 description 1
- 244000148064 Enicostema verticillatum Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 241000710831 Flavivirus Species 0.000 description 1
- 208000000666 Fowlpox Diseases 0.000 description 1
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 description 1
- 241000701074 Human alphaherpesvirus 2 Species 0.000 description 1
- 241000701044 Human gammaherpesvirus 4 Species 0.000 description 1
- 101000829171 Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) Effector TSP1 Proteins 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 101150008942 J gene Proteins 0.000 description 1
- 241000713666 Lentivirus Species 0.000 description 1
- 229910009891 LiAc Inorganic materials 0.000 description 1
- 101001097860 Lithospermum erythrorhizon Phenylalanine ammonia-lyase 1 Proteins 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108010021466 Mutant Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000008300 Mutant Proteins Human genes 0.000 description 1
- PKFBJSDMCRJYDC-GEZSXCAASA-N N-acetyl-s-geranylgeranyl-l-cysteine Chemical compound CC(C)=CCC\C(C)=C\CC\C(C)=C\CC\C(C)=C\CSC[C@@H](C(O)=O)NC(C)=O PKFBJSDMCRJYDC-GEZSXCAASA-N 0.000 description 1
- 241000714209 Norwalk virus Species 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000702244 Orthoreovirus Species 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 241000709664 Picornaviridae Species 0.000 description 1
- 108090000614 Plasminogen Activator Inhibitor 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100039419 Plasminogen activator inhibitor 2 Human genes 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- 241000125945 Protoparvovirus Species 0.000 description 1
- 208000028017 Psychotic disease Diseases 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZKHQWZAMYRWXGA-KNYAHOBESA-N [[(2r,3s,4r,5r)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] dihydroxyphosphoryl hydrogen phosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)O[32P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KNYAHOBESA-N 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000037007 arousal Effects 0.000 description 1
- 210000004507 artificial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 210000002230 centromere Anatomy 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000002144 chemical decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 230000035602 clotting Effects 0.000 description 1
- 230000002153 concerted effect Effects 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 208000026725 cyclothymic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000003935 denaturing gradient gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000003001 depressive effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 210000002308 embryonic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000007515 enzymatic degradation Effects 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 108091006047 fluorescent proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000034287 fluorescent proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 239000007943 implant Substances 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 1
- 238000007852 inverse PCR Methods 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 238000000520 microinjection Methods 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 230000036651 mood Effects 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000000541 pulsatile effect Effects 0.000 description 1
- 230000010349 pulsation Effects 0.000 description 1
- 238000000163 radioactive labelling Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 238000004088 simulation Methods 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 210000001082 somatic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 230000003068 static effect Effects 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 108010032276 tyrosyl-glutamyl-tyrosyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 208000007089 vaccinia Diseases 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
- C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/22—Anxiolytics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/24—Antidepressants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6841—In situ hybridisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6897—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids involving reporter genes operably linked to promoters
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/172—Haplotypes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Neurology (AREA)
- Neurosurgery (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Pain & Pain Management (AREA)
- Psychiatry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Изобретението се отнася до използването на един 8,9 сМ участък от човешката хромозома 18 q, разположена между полиморфните маркери D18S68 и D18S979 или техен фрагмент, за идентифициране на най-малко един човешки ген, включително негови мутантни или полиморфни форми, който се асоциира с психосоматични или сродни на тях разстройства. Изобретението се отнася също до методи за определяне податливостта на даден индивид на психосоматични или сродни натях разстройства, които включват анализ на ДНК проба за наличие на експанзия от тринуклеотидни повторения в посочения участък. Описани са също полинуклеотидни последователности, приложими за установяване наличието на такива експанзии от тринуклеотидни повторения.
Description
Изобретението е свързано с определянето на генетичните ί фактори, свързани с психичното здраве със специална препратка до човешки ген или гени, които се определят като или са отговорни за проява на психосоматични разстройства или сродни на тях разстройства у засегнати индивиди. По- специално, макар и неизключително, изобретението предлага метод за определяне и охарактеризиране на такъв ген или гени от човешка хромозома 18, а така също и идентифицирани по този начин гени и техните експресионни продукти. Изобретението е свързано също с методи за определяне на генетичната податливост на даден индивид на психосоматично разстройство или сродно на него разстройство. Под психосоматично разстройство или сродно на него такова се разбират следните разстройства, както са определени в Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, version 4 (DSN-IV) taxonomy (DSM-IV codes in parentesis): - психосоматични разстройства (296.XX, 300.4, 311, 301, 13, 295.70), шизофрения и сродни разстройства (295, 297.1, 298.9, 297.3, 298.9), безпокойство (300.ХХ, 309.81, 308.3), разстройство на регулирането (309.ХХ) и персонални разстройства (кодове 301. XX).
Методите от изобретението са конкретизирани във връзка с генетични фактори, свързани с разстройства от едно семейство, известни като разстройства от биполярния спектър (Bipolar (ВР) spectrum disorders).
Биполярното разстройство (ВР) е тежко психиатричнио състояние, което се характеризира с нарушение на настроението, граничещо от едно състояние на изключителна възбуда (мания) до състояние на силна дисфория (депресия). Описани са два типа биполярно заболяване: тип I ВР заболяване (BPI) се характеризира с големи депресивни епизоди, редуващи се с фази на мания, и тип II заболяване (ВРИ), което се характеризира с големи депресивни епизоди, редуващи се с фази на хипомания. Сродни на ВР пробанди притежават повишен риск за ВР, униполярно разстройство (пациенти преживяващи само депресивни епизоди; UP), циклотимия (епизоди на минорна депресия и хипомания; CY), а така също шизоафективни разстройства от маниакален (Sam) и депресивен (Sad) тип. На базата на тези наблюдения ВР, CY, UP и SA се класифицират като разстройства от ВР спектъра. Включването на генетични фактори в етиологията на разстройства от ВР спектъра са предположени след изследвания на цели семейства, близнаци и осиновявания (Tsuang and Faraone (1990), The Genetics of Mood Disorders, Baltimore, The John Hopkins University Press). Независимо от това, точните образци на трансмисия е неизвестен. В някои изследвания, комплекс от сегрегационни анализи подкрепят съществуването на самостоятелен локус за ВР (Spence et al. (1995), Am J. Med. Genet (Neuropsych. Genet.) 60 pp 370- 376). Други изследователи предлагат модел на прага на отговорността, в който отговорността за развиване на разстройство е резултат от допълнителното комбиниране на множество генетични влияния с влиянието на околната среда (McGuffin et al. (1994), Affective Disorders; Seminars in Psychiatric genetics Gaskell, London pp 110-127).
tWiWmirnOwM^^
Благодарение на комплексния начин на онаследяване, на семейства в които има проявление на ВР разстройство се прилагат стратегии на параметрично и непараметрично свързване по начина на Mendel. Върху хромозоми 11 р15 е установено ранно свързване (Egeland et al. (1987), Nature 325 pp 783- 787) u Xq27- q28 ! (Mendlewicz et al. (1987) The Lancet 1 pp 1230- 1232; Baron et al.
j (1987) Nature 326 pp 289- 292) са били контраверсни и не биха могли да бъдат репликирани (Kelsoe et al. (1989) Nature 242 pp 238243; Baron et al. (1993) Nature Genet 3 pp 49- 55). Със създаването на човешката генетична карта, наситена с високо полиморфни ® маркери и продължаващото развитие на техниките за анализ на данните, започват множество изследвания за нови свързвания. В много изследвания е установено доказателство или предполагаемо доказателство за свързване с определени участъци от хромозоми 4, 12, 18, 21 и X (Blackwood et al. (1996) Nature Genetics 12 pp 427430, Craddock et al. (1994) Brit J. Psychiatry 164 pp 355- 358, Berrettini et al. (1994), Proc Natl. Acad Sci USA 91 pp 5918- 5921, Straub et al. (1994) Nature Genetics 8 pp 291- 296 and Pekkarinen et al. (1995) Genome Research 5 pp 105- 115). C оглед тестване валидността на докладваните резултати за свързване, те следва ® да бъдат възпроизведени в други, независими изследвания.
Напоследък е докладвано за свързване на биполярното разстройство с перицентромерния участък от хромозома 18 (Berrettini et al. 1994). Докладвано е също за кръгова хромозома 18 с точки на прекъсване и делетирани участъци при 18pter- р11 и 18q23-qter в три пациента, които не са родственици, със заболяване ВР или сродни синдроми (Craddock et al. 1994). Хромозомното 18р свързване е възпроизведено от Stine et al. (1995) Am J. Hum Genet 57 pp 1384- 1394, които също докладват за предполагаемо доказателство за локус върху 18q21.2- q21.32 в същото изследване. Интересно е, че Stine et al. наблюдават ефект на произход от родителите: доказателството за свързване е посилно в родословието на родителите, в които родителя на пробанда или един от потомците на родителите на пробанда е повлиян.
В едно независмо изследване, настоящите изобретатели тестват свързване с маркери на хромозома 18 в 10 белгийски семейства с биполярни пробанди. За локализиране генитепричинители в тези семейства, е използван анализ на свързването или метода на вероятността. Този метод изследва в рамките на едно семейство сегрегацията на определен болестен фенотип, с този на полиморфни генетични маркери, разпределени в човешкия геном. Отчитането на вероятността на наблюдавана косегрегация на заболяването и генетичния маркер при свързване спрямо липсата на свързване се изчислява в логъритъма на това отчитане или логаритъма на неравенството и е LOD стойността статистическо z. LOD стойност 3 (или вероятна стойност от 1000 или повече) се приема за статистическо доказателство за свързване. В изследването на изобретателя не е установено доказателство за свързване към перицентромерните участъци, но в едно от семействата, MAD31, белгиийско семейство с ВРИ пробанд, предполагаемо свързване е установено с маркери, локализирани при 18q21.33-q23 (De Bruyn et al. (1996) Biol Psychiatry 39 pp 679- 688). Анализ на свързването в много пунктове дава най- високата LOD стойност в интервалите между STR (Short Tandem Repeats) полиморфизми D18S51 и D18S61, с максимум стойност на LOD от +1.34. Симулативни изследвания показват, че тази LOD стойност е в интервала на това какво може да се очаква за свързан маркер, който дава информация за даденото семейство. По всяка вероятност, един ефективен суб- анализ на двойките също отхвърля нулевата хипотеза за липса на свързване за няколко от изследваните маркери. Две други групи също са намерили доказателство за свързване на биполярното разстройство с 18q (Freimer et al. (1996) Nature Genetics 12 pp 436441, Coon et al. (1996) Biol Psychiatry 39 pp 689 to 696). Макар кандидат участъците в различни изследвания да не могат да се припокрият напълно, те всички предполагат наличие на локус на податливост при> 18q21 - q23.
Изобретателите са провели по- нататъшни изследвания на 18q хромозомния участък в семейство MAD31. Чрез анализ на косегрегацията на биполярното заболяване в MAD31 с дванадесет STR полиморфни маркери, по- рано локализирани между по- рано посочените маркери D18S51 и D18S61 и последващ анализ на LOD стойността както е описано по- горе, изобретателите по- нататък отново откриват кандидат участъка от хромозома 18 в която може да бъде локализиран ген, асоцииран с психосоматични разстройства като такива от спектъра на биполярните разстройства и са конструирали физична карта. Участъка под въпрос може по този начин да бъде използван за локализиране, изолиране и съгласуване на ген или гени , които повлияват психичното здраве и настроение.
Изобретателите са конструирали също и YAC (дрождева изкуствена хромозома), съдържаща карта на кандидат участъка за определяне съответния ред на дванадесетте STR маркери, картирани от косегрегационния анализ и са идентифицирали седем клона от YAC библиотеката, включваща кандидат участъка.
На идентифицираните YAC клонове могат да бъдат приложени множество процедури и, когато е възможно, на ДНК от индивид, засегнат от психосоматично разстройство както е
определено по- горе, в метод за идентифициране и охарактеризиране на релевантния ген или гени. Например, изобретателите са използвали YAC клонове, съединяващи интересния участък в хромозома 18 за определяне чрез CAG или CTG фрагментиране на нови гени, които са включени при проявлението на психосоматични разстройства или сродни на тях разстройства.
Други процедури също могат да бъдат прилагани на посочените YAC клонове за идентифициране на кандидат гените, както е описано по- горе.
След като веднъж гените са идентифицирани, става възможно изпитването на податливостта на даден индивид на психосоматично разстройство или сродно на него разстройство чрез установяване наличието на полиморфизъм, свързан с психосоматично разстройство или сродно разстройство в такива гени.
Съответно, в първи аспект настоящето изобретение включва приложение на 8.9 сМ участък от човешката хромозома 18q, разположен между полиморфните маркери D18S68 и D18S979 и техни фрагменти за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително мутантни или полиморфни негови варианти, който е свързан с психосоматични разстройства или сродни на тях разстройства, както са определени по- горе. Както ще бъде описано по- долу, настоящите изобретатели са идентифицирали този кандидат участък от хромозома 18q за такъв ген, чрез анализ на косегрегация на биполярно заболяване в семейство MAD31 с 12 STR полиморфни маркери, по- рано локализирани между D18S51 и D18S61 и последващ анализ на LOD стойността.
Според друг аспект, настоящето изобретение включва приложението на YAC клон, съдържащ част от човешка хромозома 18q, разположена между полиморфните маркери D18S60 и D18S61 за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително техни мутантни или полиморфни варианти, които се свързват с психосоматични разстройства или сродни разстройства, както са определени по- горе. D18S60 е близък до D18S51, така че конкретните YAC клонове за приложение са онези, които имат изкуствена хромозома, свързваща кандидат участъка от човешката хромозома 18q между полиморфните маркери D18S51 и D18S61, както са определени от настоящите изобретатели в техна поранна публикация (De bruyn et al. (1996)).
Конкретни YACs, покриващи кандидат участъка, който може да бъде използван в съответствие с настоящето изобретение са 961_h_9, 942_с_3, 766_f_12, 731_с_7, 907_е_1, 752-g-8, 717_d_3, за предпочитане 961_h_9, 766_f_12 и 907_е_1, доколкото те притежават минималния път, покриващ кандидат участъка. Подходящи YAC клонове за приложение са тези, притежаващи изкуствено хромозомно свързване на кандидат участъка между D18S68 и D18S979.
Известни са множество методи, които могат да бъдат приложени спрямо кандидат участъците от хромозома 18q както са дефинирани по- горе, независимо дали се намират в YAC или не, за идентифициране на кандидат гена или гените, свързани с психосоматични разстройства или сродни разстройства. Например, по- рано е показано, че явно асоцииране съществува между наличието на тринуклеотидните повторяеми експанзии (TRE) в човешкия геном и феномена на предвиждане на психосоматични
разстройства (Lindblad et al. (1995), Neurobiology of Desease 2: 5562 and O’ Donovan et al. (1995), Nature Genetics 10: 380- 381).
Съответно, в трети аспект настоящето изобретение включва метод за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително негови мутантни или полиморфни форми, които се асоциират с психосоматично разстройство както е определено тук и който включва установяване на нуклеотидни триплетни повторения в участъка на човешка хромозома 18q, разположена между полиморфните маркери D18S68 и D18S979.
Един алтернативен метод за идентифициране на посоченият ген или гени включва фрагментиране на YAC клон, съдържащ част от човешка хромозома 18q, разположена между полиморфни маркери D18S60 и D18S61, например един или повече от седемте посочени по- горе YAC клонове, и установяване на които и да са нуклеотидни триплетни повторения в посочените фрагменти.
Сонди нуклеинови киселини, съдържащи най- малко 5 и за предпочитане поне 10 CTG и/или CAG триплетни повторения, са подходящи средства за установяване, когато са маркирани по подходящ начин. Тринуклеотидни повторения може също да бъдат определени с помощта на известната RED (повторимо установяване на експанзия) система (Shalling et al. (1993), Nature Genetics 4, pp 135-139).
В четвърти вариант на изпълнение, изобретението включва метод за идентифициране на най- малко един ген, включително негови мутантни или полиморфни варианти, който се асоциира с психосоматично разстройство или сродно на него разстройство и който се намира в YAC клон, свързващ участъка на човешка хромозома 18q между полиморфни маркери D18S60 и D18S61, • - ' - - Ι-ί-U. - *.
методът включва етапа на установяване експресионният продукт на ген, включващ нуклеотидни триплетни повторения чрез използване на антитяло, способно да разпознае протеин с амино киселинна последователност, съдържаща поредица от поне 8, но за предпочитане поне 12, постоянни глутаминови остатъка. Такъв метод може да бъде приложен чрез субклониране на на YAC ДНК, например от седемте посочени по- горе YAC клонове, в човешка ДНК експресионна библиотека. Предпочитани средства за установяване на релевантният експресионен продукт е чрез използване на моноклонално антитяло, по- специално mAB 1С2, получаването и свойствата на което са описани в International Patent Publication No WO 97/17445.
Както ще бъде описано подробно по- долу, с оглед идентифициране на кандидат гени, съдържащи триплетни повторения, изобретателите осъществяват директно CAG или CTG фрагментиране на YACs 961_h_9, 766_f_12 и 907_е_1, включващо част от човешка хромозома 18q, разположена между полиморфните маркери D18S60 и D18S61, и са идентифицирали множество последователности, съдържащи CAG или CTG повторения, чиято абнормална експанзия може да бъде включена в генетична податливост към психосоматични разстройства или сродни разстройства.
Съответно, в пети аспект, изобретението предлага нуклеинова киселина, включваща последователността нуклеотиди, показана на която и да е от фигури 15а, 16а, 17а, или 18а.
В още един аспект изобретението предлага мутантна нуклеинова киселина, включваща последователност от нуклеотиди, които се отличават от последователността от нуклеотиди, показани на всяка от фигури 15а, 16а, 17а или 18а само в обхвата на тринукпеотидните повторения.
Изобретението предлага също мутантен протеин, включващ амино киселинна последователност, кодирана от последователност от нуклеотиди, която се отличава от последователността от нуклеотиди, показана на която и да е от фигури 15а, 16а, 17а или 18а само в обхвата на тринуклеотидни повторения.
Следва да се разбере, че изобретението предвижда нуклеотидни последователности, притежаващи най- малко 75% и за предпочитане най- малко 80% хомоложност с която и да е от последователностите, описани по- горе и притежаващи функционална идентичност с която и да е посочените последователности. Хомоложността се изчислява както е описано от Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25: 3389- 3402, Karlin et al. (1990) Proc Natl Acad Sci USA 87: 2264- 68 and Karlin et al. (1993) Proc Natl Acad Sci USA 90: 5873- 5877. Предвидени са също амино киселинни последователности, които се различават от описаните по- горе последователности само по консервативните амино киселинни изменения. Подходящи изменения са добре известни на специалистите в областта.
Познанието за последователностите, описани по- горе, могат да бъдат използвани за създаване на проби за определяне генетичната податливост на даден индивид спрямо психосоматично разстройство или сродно разстройство.
Съответно, в следващ аспект изобретението предоставя метод за определяне податливостта на даден индивид на психосоматично разстройство, който включва етапите:
а) получаване на ДНК проба отдадения индивид;
Ь) осигуряване на праймери, подходящи за
амплифицирането на нукпеотидна последователност, включена в последователността, показана в която и да е от Фигури 15а, 16а, 17а или 18а, които от своя страна фланкират тринуклеотидните повторения, включени в посочената последователност;
c) прилагане на същите праймери спрямо същата ДНК проба и провеждане на реакция на амплифициране;
d) провеждане на същата реакция на амплификация спрямо ДНК проба от контролен индивид;
и
e) сравняване на резултатите от реакцията на амплифициране за същия индивид и за същия контролен индивид;
където присъствието на амплифициран фрагмент от посочения индивид, който е по- голям по размер от този на посочения контролен индивид е индикация за наличие на податливост на психосоматично разстройство или сходно разстройство на дадения индивид. Под контролен индивид се разбира индивид, който не е поразен от психосоматично разстройство и няма в семейната история психосоматични разстройства или сродни такива.
Предпочитани праймери за приложение в този метод са показаните на Фигури 15b, 16b, 17Ь или 18Ь, но могат да бъдат използвани и други подходящи праймери.
В друг аспект изобретението предоставя метод за определяне податливостта на даден индивид на психосоматично разстройство или сродно такова, който метод включва етапите:
a) получаване на протеинова проба от дадения индивид; и
b) определяне наличието на протеин, включващ амино киселинна последователност, кодирана от последователност от нуклеотиди, които се отличават от последователността на нуклеотиди, показана на която и да е от Фигури 15а, 16а, 17а или 18а само в обхвата на тринуклеотидните повторения където наличието на посоченият протеин е индикация за податливост на психосоматично разстройство или сродно разстройство на дадения индивид.
За предпочитане, отбелязаният по- горе протеин е установен с използване на антитяло, способно да разпознае поредица от наймалко 8 съседни глутамини, като например mAB 1С2 антитяло.
Молекулите нуклеинови киселини съгласно изобретението може преимуществено да бъдат включени в експресионен вектор, който може да бъде въведен в гостоприемникова клетка с прокариотичен или еукариотичен произход. Подходящи вектори на експресия включват плазмиди, които може да бъдат използвани за експресия на чужда ДНК в бактериални или еукариотични гостоприемникови клетки, вирусни вектори, дрождеви синтезирани хромозоми или синтезирани хромозоми на бозайници. Векторът може да бъде трансфектиран или трансформиран в гостоприемникови клетки с помощта на подходящи методи, известни в областта, като например, електропорация, микроинжекция, инфекция, липоинфекция и директно отнемане. Такива методи са описани в повече подробности, например, от Sambrook et al., “Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed. (1989) and by Ausbel et al. “Current Protocols in Molecular Biology”, (1994).
i (
Изобретението осигурява също гостоприемникова клетка, тъкан или организъм, съдържащ експресонният вектор съгласно изобретението. Изобретението по- нататък предлага трансгенна гостоприемникова клетка, тъкан или организъм, включващ трансген, способен да кодира протеини от изобретението, които може да съдържат геномна ДНК или сДНК. Трансгенът може да се съдържа в трансгенната гостоприемникова клетка, тъкан или организъм, както стабилно интегриран в генома, така и в екстрахромозомно състояние.
Молекула нуклеинова киселина, съдържаща нуклеотидна последователност, показана на която и да е от Фигури 15а, 16а, 17а или 18а, както и протеина, кодиран от нея, може да бъде терапевтично приложима за лечение на психосоматични разстройства или сродни такива в пациенти, които се намират в експанзии от тринуклеотидни повторения (TRE) в най- малко една от отбелязаните по- горе последователности.
Съответно, в друг от своите аспекти, изобретението предлага
описаните по- горе молекули нуклеинови киселини и протеини за приложение като медикаменти за лечението на индивиди с психосоматично разстройство или сродно такова. За предпочитане, нуклеиновата киселина или протеина се намират в подходящ носител или среда за доставяне. Като пример, нуклеиновата киселина, инсертирана във вектор, например плазмид или вирусен вектор, могат да бъдат трансфектирани в клетка на бозайник като соматична клетка или клетъчна линия от зародиш на бозайник, както е описано по- горе. Клетката, която следва да бъде трансфектирана може да се намира в биологична проба, получена от пацйент, например кръвно или костно вещество, или може да бъде получена от клетъчна култура. След
трансфекция пробата може да бъде върната или отново въведена в пациент съгласно методи, известни на практикуващите в областта, например, методи както са описани в Kasid et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1990) 87: 473; Rosenberg et al. (1990) New Eng. J. Med. 323: 570; Williams et al. (1994) Nature 310: 476; Dick et al. (1985) Cell 42: 71; Keller et al. (1985) Nature 318: 149 and Anderson et al. (1994) US Patent N. 5 399 346.
Ha специалистите в областта са известни множество вирусни вектори, които могат да бъдат използвани за въвеждане на нуклеиновата киселина в клетки на бозайници, например ретровируси, парвовируси, коронавируси, негативно верижни РНК вируси като пикорнавируси или алфавируси и двойно верижни ДНК вируси, включително аденовируси, херпесвируси като Herpes Simplex вирус тип 1 и 2, Epstein- Barr вирус или цитомегаловирус и поксвируси като vaccinia fowlpox или canarypox. Други вируси включват, например, Norwalk вируси, тогавируси, флавивируси, реовируси, паповавируси, хепаднавируси и хепатитни вируси.
ί | Предпочитан метод за въвеждане на нуклеинова киселина, ί
I която кодира желаният протеин в клетки е този чрез използването j Ф на конструирани вирусни вектори. Тези вектори предоставят | средства за въвеждане на нуклеинови киселини в циклични и статични клетки и са модифицирани да редуцират цитотоксичността и да подобрят генетичната стабилност. Получаването и приложението на конструирани вирусни Herpes simplex тип 1 (D. М. Krisky, et al. (1997) Gene Therapy 4(10): 11 ΣΟ1125), аденовирусни (A. Amalfitanl et al. (1998) Journal of Virology 72 j (2): 926- 933), атенюирани лентивирусни (R. Zufferey, et al., Nature
I Biotechnology (1997) 15(9) 871- 875) и аденовирус/ ретровирусни i химерни (M. Feng, et al., nature Biotechnology (1997) 15(9): 866- 870) вектори са известни на специалистите в областта.
Протеинът може да бъде въведен с помощта на методи известни в областта. Например, начинът на въвеждане е за предпочитане при локализацията на мишенните клетки. Въвеждането може да стане чрез инжектиране. Други начини на въвеждане (парентерално, мукозално, системно, имплантно, интраперитонеално и др.) са общоизвестни в областта. Агентите могат за предпочитане, да бъдат въведени във фармацевтично приемлив носител, като солов разтвор, стерилна вода, Рингеров разтвор и изотоничен разтвор на натриев хлорид.
В още един от своите аспекти изобретението предлага методи за изследване за идентифициране на съединения, които са способни да засилват или инхибират експресията на протеини от изобретението. Тези изследвания могат да бъдат проведени, например, чрез трансфектиране на нуклеинова киселина от изобретението в гостоприемникови клетки и след това сравняване нивата на протеина, експресиран от дадените нуклеинови киселини при наличие или отсъствие на съединението.
Могат да бъдат използвани различни методи, добре известни на специалиста в областта с оглед измерване транскрибционните или експресионни нива.
Обратно, възможно е идентифицирането на съединения, които модулират транскрибцията чрез използване на репортерна генна проба от типа, добре известен в областта. При такова изпитване се конструира репортерен плазмид, в който промотора на гена, чиито нива на транскрибция следва да бъдат наблюдавани, се позиционира възходящо на гена, способен да експресира репортерна молекула. Репортерната молекула е молекула, чието ниво на експресия може лесно да бъде установено и може както да бъде транскрибта на репортерния ген, така и протеин с характеристики, които позволяват установяването му. Например, молекулата може да бъде флуоресцентен протеин като зелен флуоресцентен протеин (GFP).
Може да бъдат проведени изследвания на съединението чрез въвеждане на репортерния плазмид, описан по- горе в подходяща гостоприемникова клетка и след това измерване на количеството на репортерната молекула, експресирана в присъствие или отсъствие на съединението, което следва да бъде изпитано.
Изобретението се отнася също до съединения, идентифицирани чрез посочените по- горе методи.
Други варианти на изпълнение на настоящето изобретение се отнася до методи за идентифициране на релевантен ген или гени, които включват суб- клониране на YAC ДНК както е посочено по- горе във вектори като ВАС (бактериална синтетична хромозома) или РАС (Р1 или фагова синтетична хромозома) или козмидни вектори като екзон- трап козмидни вектори. Изходната точка за такива методи е структура на карта от участъка на човешка хромозома 18q между полиморфните маркери D18S60 и D18S61. Към този край изобретателите са подложили на съгласуване крайните участъци от фрагмента на човешка ДНК във всеки от седемте посочени по- горе YAC клонове и тези последователности са описани. Следвайки субклонирайето на YAC ДНК в други вектори както е описано по- горе, могат да бъдат конструирани сонди, съдържащи тези крайни последователности или части от тях, по- специално онези последователности, показани на Фигури 1 до 11 тук, заедно с което и да е известно съгласувано и отбелязано място (STS) в този участък, както е описано в YAC клона, и както може да бъде използвано за установяване припокриването между посочените субклонове и картата. Известните последователности в настоящата YAC поредица може да бъдат използвани за генериране на карта субклоновете.
Един начин, по който ген или гени, свързани с психосоматични разстройства или асоциирани разстройства могат да бъдат идентифицирани чрез използване на известната техника на улавяне на екзоните.
Това е едно изпитване разцепването на синтетична РНК, найчесто давайки възможност използването в настоящите протоколи на специализиран екзон- улавящ козмиден вектор. Векторът съдържа синтетичен миниген, състоящ се от сегмент на SV40 геном, съдържащ източник на репликация и могъща промоторна последователност, два компетентни да разцепват екзона, разделени от интрон, който съдържа място на клониране и SV40 място за полиаденилация.
YAC ДНК се подлага на субклониране в екзон- улавящ вектор и рекомбинантната ДНК се трансфектира в определен щам клетки на бозайник. Транскрибция от SV40 промотора води до получаване на РНК транскрибт, който обикновено се разцепва за индуциране на два екзона в минигена. Ако клонираната ДНК сама по себе си съдържа функционален екзон, тя може да бъде разцепена до екзоните, представени във векторния миниген. С помощта на обратна транскрибтаза може да бъде създадено сДНК копие и с участието на PCR праймери, може да бъде идентифицирано събитието на разцепване, включващо екзони от инсертираната ДНК. Такава проццедура може да установи кодиращи участъци в YAC ДНК, която може да бъде сравнена с еквивалентни участъци на ДНК на личност, поразена от психосоматично разстройство или сродно такова за идентифициране на релевантния ген.
Съответно в по- нататъшен аспект, изобретението включва метод за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително мутантни варианти и техни полиморфни форми, които се асоциират с психосоматично разстройство или сродно разстройство, който включва етапите на:
a) трансфектиране на клетки на бозайник с екзон улавящи козмидни вектори, изготвени и картирани както е описано по- горе;
b) култивиране на посочените клетки на бозайник в подходяща среда;
c) изолиране на РНК транскрибти, експресирани от SV40 промотора;
d) изготвяне на сДНК от посочените РНК транскрибти;
e) идентифициране на събитията на разцепване, включващо екзони на ДНК субклонирана в посочените екзон улавящи козмидни вектори за осветляване позициите на кодиращите участъци в посочената субклонирана ДНК;
f) установяване на различията между посочените кодиращи участъци и еквивалентни участъци в ДНК на индивиди, поразени от посоченото психосоматично разстройство или сродно такова; и
д) идентифициране на посоченият ген или мутантни или полиморфни негови форми, които се асоциират с посоченото психосоматично разстройство или сродно такова.
Като алтернатива на екзоновото улавяне, YAC ДНК може да бъде субклонирана в ВАС, РАС, козмидни или други вектори и карта, конструирана както е посочено по- горе. Известни са много методи, чрез които позицията на релевантните гени върху субклонираната ДНК може да бъде установена както следва:
а) подбор на сДНК или улавяне (наречено също директен подбор и сДНК подбор): този метод включва формиране на
геномна ДНК/сДНК хетеродуплекси чрез хибридизиране на клонирана ДНК (т.е. инсерт на YAC ДНК) с комплексна смес от сДНК, като инсертите на всички сДНК клонове от специфична (напр. мозъчна) сДНК библиотека. Сходни последователности ще хибридизират и могат да бъдат набогатени в последващи етапи с помощта на биотин- стрептавидиново улавяне и PCR (или сходни техники);
в) хибридизиране с тРНК/сДНК: геномен клон (напр. инсерта на специфичен козмид) може да бъде хибридизиран с Northern blot на mPHK от панел на култура клетъчни линии или срещу подходящи (напр. мозъчни) сДНК библиотеки. Позитивен сигнал може да индуцира наличието на ген в рамките на клонирания фрагмент;
c) Идентифициране на CpG острови: CpG или HTF остори са къси (около 1 kb) хипометилирани богати на GC (>60%) последователности, които често са намирани при 5’ краищата на гените. CpG острови често имат места на рестрикция за няколко рестрикционни ензими. Струпването на места на рестрикция е показателно за CpG острови и поради това и за вероятния ген. CpG острови могат да бъдат установени чрез хибридизиране на ДНК клон със Southern blots на геномна ДНК, разградена с рестрикционни ензими, или чрез PCR (изолиране на CpG острови от YACs чрез амплифициране на последователности между острови и съседни А1и- повторения);
d) зоо- блотинг: хибридизиране на ДНК клон (напр. инсертирането на специфичен козмид) при редуцирана строгост на Southern blot на геномни ДНК проби от различни животински видове. Откриването на хибридизационни сигнали могат да предположат съхранени последователности, показващи възможния ген.
Съответно, в следващ аспект изобретението включва метод за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително мутантни или полиморфни негови варианти, които се асоциират с психосоматично разстройство или сродно разстройство и който включва етапите на:
(a) субклониране на YAC ДНК както е описано по- горе в козмидни, ВАС, РАС или други вектори;
(b) с помощта на нуклеотидните последователности, показани на която и да е от Фигури от 1 до 11 или който и да е друго съгласувано белязано място (STS) в този участък както в YAC клона описан тук, или негова част, състояща се отне по- малко от 14 съседни бази или техни комплементи, за откриване припокривания сред субклоновете и структурата на тяхната карта;
(c) идентифициране позицията на гени в рамките на субклонираната ДНК чрез идентифициране на един или повече CPG острови, зоо- блотинг, хибридизация на субклонираната ДНК с сДНК библиотека или Northern blot на mPHK от панел на култивирани клетъчни линии;
d) установяване на различията между посочените гени и еквивалентен участък от ДНК на индивид, поразен от психосоматично разстройство или сродно разстройство;
и (е) идентифициране на посоченият ген, който се асоциира с посочените психосоматични разстройства или сродни на тях.
Ако бъде сугласувана кпонирана YAC ДНК, може да бъде използван компютърен анализ за установяване наличието на релевантни гени. Могат да бъдат приложени техники като търсене на хомоложност и предсказване на хромозоми.
След като веднъж кандидат гена е бил изолиран в съответствие с методите на изобретението, могат да бъдат направени по- детайлни сравнения между гена от нормален индивид и такъв, амплифициран с психосоматично разстройство като разстройство от биполярния спектър. Например, известни са два метода, описани като “тестване за мутация”, чрез които могат да бъдат установени мутация или полиморфизъм в ДНК. В първия, ДНК проба може да бъде тествана за наличие или отсъствие на специфична мутация, но това изисква познаване на вида на мутацията. Във втора проба, ДНК се скринира за каквото и да е отклонение от контролна (нормална) ДНК. Този последен метод и по- приложим за идентифициране на кандидат гени, където не е предварително установена мутация.
В допълнение, на ген идентифициран чрез описаните погоре методи, могат да бъдат приложени техники за идентифициране различията между гените от нормални и здрави индивиди и такива, поразени от психосоматично разстройство или сродно на тях:
а) Техники на Southern blotting: клон се хибридизира към найлонови мембрани, съдържащи геномна ДНК, разградена с различни рестрикционни ензими на пациенти и здрави индивиди. Големи разлики между пациенти и здрави индивиди могат да бъдат визуализирани с помощта на метода на радиоактивното маркиране;
1 ... ________________________
b) хетеродуплексна мобилност в полиакриламидни телове: тази техника се основава на факта, че мобилността на хетеродуплекси в не- денатуриращи полиакриламидни телове е помалка от мобилността на хомодуплекси. Тя е по- ефективна за фрагменти под 200 Ьр;
c) едноверижен конфорамационен полиморфен анализ (SSCP или SSCA): едноверижна ДНК води до формиране на комплексни структури, които са стабилизирани със слаби интрамолекулни връзки. Електрофоретичните мобилности на тези структури в не- денатуриращи телове зависи от дължината на техните вериги и от тяхната конформация;
d) химично разграждане на нееднаквости (ССМ): радиобелязана сонда се хибридизира към тестваната ДНК, и установените нееднаквости чрез серия химични реакции, които разграждат една от веригите на ДНК в мястото на нееднаквост. Това е много чувствителен метод и може да бъде прилаган на проби с дължина една килобаза;
e) ензимно разграждане на нееднаквости: пробата е сходна на ССМ, но разграждането се провежда с определени бактериофагни ензими.
f) денатурираща градиентна гел електрофореза: в тази техника, ДНК дуплекси се стимулират да мигрират през електрофоретичен гел, в който има градиент на повишаващи се количества денатурант (химикал или температура). Миграцията продължава докато ДНК дуплексите достигнат позиция на гела, където веригите се смилат и отделят, след което денатурираната ДНК не мигрира повече. Разлика от една отделна двойка бази е достатъчна да доведе до мигрирането им в различни позиции на гела;
(д) директно съгласуване на ДНК .
Следва да се отбележи, че по отношение на методите, описани тук, в етапа на установяване различията между кодиращите участъци от YAC и ДНК на даден индивид , поразен от псохосоматично разстройство или сродно такова, като даденият индивид може да бъде който и да е, без да е необходимо да бъде © член на семейство MAD31.
В съответствие с други аспекти, настоящето изобретение предлага изолиран човешки ген и негови варианти, асоциирани с психосоматично разстройство или сродно на него и който може да бъде получен по който и да е от описаните по- горе методи, изолиран човешки протеин, кодиран от този ген и сДНК, кодираща този протеин.
Експерименталния доклад, който следва, ще бъде направен съгласно следните фигури:
Фигура 1 показва последователност от нуклеотиди, която е ляво раменна крайна последователност на YAC 766_f_12;
Фигура 2 показва последователност от нуклеотиди, която е дясно раменна крайна последователност на YAC 766_f_12;
Фигура 3 показва последователност от нуклеотиди, която е ляво раменна крайна последователност на YAC 717_d_3;
Фигура 4 показва последователност от нуклеотиди, която е дясно раменна крайна последователност YAC 717_d_3;
Фигура 5 показва последователност от нуклеотиди, която е дясно раменна крайна последователност на YAC 731_с_7;
Фигура 6 показва последователност от нуклеотиди, която е ляво раменна крайна последователност на YAC 752_д_8;
Фигура 7 показва последователност от нуклеотиди, която е ляво раменна крайна последователност на YAC 942_с_3;
Фигура 8 показва последователност от нуклеотиди, която е дясно раменна крайна последователност на YAC 942_с_3;
Фигура 9 показва последователност от нуклеотиди, която е ляво раменна крайна последователност на YAC 961 _h_9;
Фигура 10 показва последователност от нуклеотиди, която е дясно раменна крайна последователност на YAC 961_h_9;
Фигура 11 показва последователност от нуклеотиди, която е ляво раменна крайна последователност на YAC 907_е_1;
Фигура 12 показва родословието на семейство MAD31;
Фигура 13 показва анализ на хаплотипа за семейство MAD13.
Засегнатите индивиди са представени със запълнени кубчета, отворените кубчета представят индивиди, които са асимптоматични в последната психиатрична оценка. Тъмносивите
ивици представят маркери, които не може да се предположат, ако са рекомбинантни; и
Фигура 14 показва YAC картата на участъка на човешка хромозома 18 между полиморфните маркери D18560 и D18561. Черните линии представят позитивните находки. YAC не са начертани на скалата.
Фигура 15 показва (a) CAG повторение (удебелено) и заобикалящата го последователност, изолирана от YAC 961 _h_9. Последователността, представена с наклони знаци е получена от края Rescue на фрагментираната YAC. (b) PCR праймери, които могат да бъдат използвани за определяне обхвата на тринуклеотидните повторения в последователността.
Фигура 16 показва (a) CAG повторение (удебелено) и заобикалящата го нуклеотидна последователност, изолирана от YAC 766DfQl2. Последователността, изразена с наклонени знаци е получена от End Rescue на фрагментираната YAC. (b) PCR ©праймери, които могат да бъдат използвани за определяне обхвата на тринуклеотидните повторения в последователността.
Фигура 17 показва (a) CAG повторение (удебелено) и заобикалящата го нуклеотидна последователност, изолирана от YAC 766_f_12. Последователността, изразена с наклонени знаци е получена от End Rescue на фрагментираната YAC. (b) PCR праймери, които могат да бъдат използвани за определяне обхвата на тринуклеотидните повторения в последователността.
Фигура 18 показва (a) CAG повторение (удебелено) и заобикалящата го нуклеотидна последователност, изолирана от
YAC 907_e_1. Последователността, изразена c наклонени знаци е получена от End Rescue на фрагментираната YAC. (b) PCR праймери, които могат да бъдат използвани за определяне обхвата на тринуклеотидните повторения в последователността.
Експеримент 1
а) Данни за семейството
Клинични диагнози в MAD31, белгийско семейство с ВРИ пробанд, са описани подробно в De bruyan et al 1996. В това изследване са подбрани само 15 члена на семейството за допълнитено генотипизиране. Различните клинични диагнози в семейството са следните:
BPI, 2 ВРИ, 2 UP, 4 силно депресивно разстройство (MDD), 1 Sam и 1 Sad.
Родословната на семейство MAD31 е показано на Фигура 12.
(Ь) Генотипизиране на членовете на семейството
Всички генетични маркери за кратки тандемни повторения (STR) са ди или тетрануклеотиден полиморфизъм. Информация, отнасяща се до използваните генетични маркери в това изследване е получена от няколко източника от Интернет: Genome DataBase (GDB, http://gdbwww.gdb.org/), GenBank (http://www. Ncbi.nlm.nih.gov/), Cooperative Human Linkage Center (CHLC, http:// www.chlc.org/). Eccles Institute of Human Genetics (EIHG, http:// www.genetics.utah.edu/) and Genethon (http:/ / www.genethon.fr/). Стандартни PCR са представени в 25 μΙ обем, съдържащ 100 ng геномна ДНК, 200 тМ от всяка dNTP, 1.25 mM MgCI2, 30 pmol и 0.2 единици Goldstar ДНК полимераза (Eurogentech). Един праймер е крайно- белязан преди PCR с [gamma- 32Р]АТФ и Т4 полинуклеотид киназа. След един начален етап на денатурация при 94ФС за 2 мин, се провеждат 27 цикъла при 94°С за 1 мин при подходяща температура за деспирализиране за 1.5 мин и екстензия при 72ФС за 2 мин. Накрая, се провежда допълнителен етап на елонгация при 72°С за 5 мин. PCR продукти са установени чрез електрофореза върху 6% денатурационен полиакриламиден гел и чрез експониране на чувствителен на Х-лъчи филм. Анализираните STS, STR и EST, покриващи кандидат участъка са подробно описани на страници 36 до 54.
(c) Анализ на LOD стойността
Дву- пунктови lod стойности са изчислени за 3 различни модела с помощта на Fastlink 2. 2 (Cottingham et al. 1993). За всички модели са използвани честота на генното заболяване 1 % и скорост на фенокопиране от 1/1000. Модел 1 включва всички пациенти и незасегнати индивиди, и се отнася към класа на проникване на болестта в зависимост от тяхната възраст при изследването. 9-те класа проникване на заболяването, определени в зависимост от възрастта кякто са описани от De bruyn et al (1996) се умножават по фактор 0.7, съответстващ на редуцирането на максималното проникване от 99% до 70% за индивиди по- възрастни от 60 години (Ott 1991). Модел 2 е сходен на модел 1, но пациентите са отнесени към стойност за диагностично стабилни, определена на базата на клинични данни като броя на епизодите, броя на симптомите по време на най- лошия епизод и история на лечението (Rice et al. 1987, De bruyn et al. 1996). Модел 3 е както модел 1, но включва само пациенти.
(d) Методика на конструиране на YAC
Създаване на YAC и екстракция на YAC ДНК се осъществява съгласно стандартни методики (Silverman, 1995). За конструирането на YAC, покриваща кандидат участъка от хромозома 18q, данните от физичната карта, основани на съгласуваните и белязани места (STS) (Hudson et al. 1995) се сравняват чрез Интернет сайта на Whitehead Institute (Wl) (http://www-qenfome.wi.mit.edu/). СЕРН mega-YAC са получени от YAC Screening Centre Leiden (YSCL, the Netherlands) и от СЕРН (Paris, France). YAC се анализират за наличие на STS и STR, порано локализирани между D18S51 и D18S61, чрез PCR амплификация. Информация за STS/STR е получена от Wl, GDB, Genethon, CHLC and GenBank сайтове на Интернет. Тридесет PCR цикъла се състоят от: денатурация при 94°С за 1 мин, деспирализация (2 цикъла за всяка температура) започвайки от 65°С и понижаване до 51°С за 1.5 мин и екстензия при 72°С за 2 мин. Това е последвано от 10 цикъла на денатурация при 94°С за 1 мин, деспирализация при 50°С за 1.5 мин и екстензия при 72°С за 2 мин. Крайният етап на екстензия се провежда за 10 мин при 72°С. Продуктите на амплификация се визуализират чрез електрофореза върху 1 % ТВЕ агарозен гел и оцветяване с етидиум бромид.
(е) Подреждане на STR маркерите
Двадесет STR маркери, по- рано локализирани между D18S51 и D18S61, се подлагат на тестване за косегрегация с биполярно заболяване в семейство MAD31. Родителските хаплотипове се възстановяват от информацията за генотипа на един от двата потомъка в семейство MAD31 и минимизиране на броя на възможните рекомбинанти. Резултатите от този анализ са показани на Фигура 13. Бащата не носи информация за 3 маркера, майката не носи информация за 5 маркера. Хаплотипове в семейство MAD31 предполагат следното подреждане за анализираните STR маркери: cen- [S51- S68- S346]- [S55- S969S1113- S483- S465]- [S876- S477]- S979- [S466- S817- S61]- tel.
1'
ΜΜΗΜ
Подреждането, сходно на всяко друго от маркерите между скобите не би могло да бъде повлияно от нашите данни за хаплотипа. Подреждането на маркерите в семейство MAD31 е сравнено с подреждането на маркерите, получено с помощта на различни техники на картиране и резултатите са показани на Таблица 1 подолу.
Таблица 1
Сравнение на подреждането на маркерите в рамките на 18q кандидат участъка за биполярно разстройство, сред няколко карти.
| Маркер* | Генетична карта | Радиационна хибридна карта | |
| Genethon | Marshfield | (Giacalone et al. 1996) | |
| D18S51 | (-)3.4сМ | (-)27.9cR | |
| D18S68 | ОсМ | ОсМ | OcR |
| D18S346 | 5.3 СМ | 52.2 cR | |
| D18S55 | 0.1 сМ | ОсМ | 72.5 cR |
| D18S969 | 0.6 | ||
| D18S1113 | 0.7 сМ | ||
| D18S483 | 2.5 сМ | 3.2 сМ | 88 cR |
| D18S465 | 4.5 сМ | 5.3 сМ | 101.3 cR |
| D18S876 | |||
| D18S477 | 4.4 сМ | 5.3 сМ | 166.4 cR |
| D18S979 | 8.9 сМ | ||
| D18S466 | 7.6 сМ | 11.1 сМ | 212.4 cR |
| D18S61 | 8.4 сМ | 11.8 сМ | 249.5 cR |
| D18S817 | 5.3 сМ | 260.6 cR |
‘Подреждане съгласно хаплотипизирани резултати в семейство MAD31.
(-) Маркер е локализиран проксимално на D18S68.
D18S68, общ за всички 3 карти, е приет като изходен пункт, и генетичното разстояние в сМ или cR на другите маркери е дадено
спрямо D18S68. Подреждането на маркерите е в добро съгласие с подреждането на маркерите за публикуваната наскоро радиационна хибридна карта на хромозома 18 (Giacalone et al. (1996) Genomics 37:9-18) и Wl YAC- картата (http://wwwqenome.wi.mit.edu/). Обаче, наблюдавани са известни несъответствия с други карти. Единственото несъответствие с Genethon генетична карта е ревизираното подреждане на D18S465 и D18S477. Наблюдавани са две несъответствия с картата на Marshfield (http://www.marshmed.org/qenetics/)· Изобретателите на настоящето изобретение са картирали D18S346 над D18S55 на © базата на майчините хаплотипове, но на картата на Marshfield
D18S346 е локализиран между D18S483 и D18S979. Изобретателите поставят също D18S817 под D18S979, но на картата на Marshfield този маркер е локализиран между D18S465 D18S477. Обаче, локализацията на D18S346 и D18S817 е в съгласие с радиационната хибридна карта на хромозома 18 на Giacalone et al. (1996). Наблюдавано е също и едно несъответствие с WI радиационната хибридна карта (http://www-qenome.wi.mit.edu/). където D18S68 е локализиран под D18S465. Обаче, изобретателите както на други карти поставят този маркер над С D18S55.
(f) Анализ на Lod стойността и рафиниране на кандидат участъка
Lod стойността дава позитивни резултати с всички маркери, потвърждавайки предишни наблюдения, че 18q21.33- q23 е съпричастен в ВР заболяването, най- малко в семейство MAD31 (De bruyn et al. 1996). Обобщени статистически данни за анализ на lod стойността при всички модели са дадени на Таблица 2 по- долу.
Таблица 2.
Обобщени статистически данни за Lod стойностите в MAD31
| Маркер | Модел 1 | Модел 2 | Модел 3 | ||||||
| Z при 0=0.0 | Zmax | Θ max | Z при 0=0.0 | Zmax | Gmax | Z при 0=0.0 | Zmax | Gmax | |
| D18S51 | -0.19 | 0.73 | 0.1 | 0.94 | 0.94 | 0.01 | 0.08 | 0.54 | 0.1 |
| D18S68 | -0.19 | 0.73 | 0.1 | 0.94 | 0.94 | 0.01 | 0.08 | 0.55 | 0.1 |
| D18S346 | -0.19 | 0.73 | 0.1 | 0.94 | 0.94 | 0.01 | 0.08 | 0.55 | 0.1 |
| D18969 | 1.40 | 1.40 | 0.0 | 1.27 | 1.27 | 0.0 | 1.20 | 1.20 | 0.0 |
| D18S1113 | 2.01 | 2.01 | 0.0 | 1.87 | 1.87 | 0.0 | 1.77 | 1.77 | 0.0 |
| D18S876 | 2.01 | 2.01 | 0.0 | 1.87 | 1.87 | 0.0 | 1.77 | 1.77 | 0.0 |
| D18S477 | 2.01 | 2.01 | 0.0 | 1.87 | 1.87 | 0.0 | 1.77 | 1.77 | 0.0 |
| D18S979 | -0.18 | 0.77 | 0.1 | 1.08 | 1.08 | 0.0 | 0.08 | 0.54 | 0.0 |
| D18S817 | -0.19 | 0.73 | 0.1 | 1.08 | 1.08 | 0.0 | 0.07 | 0.55 | 0.1 |
| D18S61 | -0.21 | 0.73 | 0.1 | 1.08 | 1.08 | 0.0 | 0.07. | 0.54 | 0.1 |
Най- високата дву- точкова Lod стойност (+2.01 при 0=0.0) е получена с маркери D18S1113, D18S876 и D18S477 в модел 1 при отсъствие на рекомбинанти (Таблица 2). В модел 1, всички индивиди с разстройство от ВР спектъра се счита, че са засегнати и напълно съдействащи за анализ на вързването.
Преди точното картиране, кандидат участъка се фланкира от FD18S51 и D18S61, които са разделени от генетично разстояние
15.2 сМ на картата на Marshfield или 13.1 сМ на картата на Genethon. Информационните рекомбинанти с D18S51 и D18S61 са наблюдавани в 2 засегнати индивида (11.10 и 11.11 на Фиг. 13). Независимо от това, доколкото не са тествани други маркери, в рамките на кандидат участъка не е известно дали тези индивиди активно споделят участък идентичен-по-произход (IBD). Допълнителни данни от генно картиране понастоящем показват, че всички засегнати индивиди споделят алели при D18S969, D18S1113, D18S876 и D18S477 (Фигура 13, хаплотип в каре). Така също, алели от маркери D18S483 и D18S465 са вероятно IBD, но тези маркери не са информативни в засегнатият родител 1.1. Облигатни рекомбинанти са наблюдавани със STR маркерите D18S68, D18S979 и D18S817 (Таблица 2, фигура 13). Доколкото са наблюдавани несъответствия между различните карти по отношение на локализациите на D18S346 и D18S817, изобретателите използват D18S68 и D18S979 за да дефинират отново кандидат участъка за заболяването ВР. Генетичното разстояние между тези два маркера е 8.9 сМ, основан на генетичната карта на Marshfield (http.//www.marshmed.org/genetics/).
(g) Конструиране на YAC карта на подреждането
Съгласно WI интегрираната карта, 56 СЕРИ megaYAC са локализирани в изходния кандидат участък, намиращ се между D18S51 и D18S61 (Chumakov et al (1995) Nature 377 Suppl., De bruyn et al. (1996)). От тези YAC, са избрани тези, които са локализирани между D18S60 и D18S61. D18S51 не е представен в WI картата, но е локализиран в близост до D18S60 съгласно генетичната карта на Marshfield (http.//www.marshmed.org/genetics/). За ограничаване броя на потенциалните химерни YACs, елиминират се тези YAC, които са позитивни за не- хромозомни 18 STS. Като такива са подбрани 25 YAC (виж Фигура 14), и са подредени последователно, основавайки се на техниката на YAC последователно картиране, т.е. последователности от места на свързване на секвенции (амино киселинни последователности) (STS), прости тандемни повторения (STR) и експресирани съгласувани белези (EST), известни за картиране между D18S60 и D18S61, се амплифицират чрез PCR върху ДНК от YAC клоновете.
Използваните STS, STR и EST последователности, са описани от страница 36 до 54. Позитивни YAC клонове са съчетани в YAC карта на подреждането (Фигура 14).
В YAC подреждането остават три празни места от които един, между D18S876 и GCT3G01, е локализиран в рафинираният кандидат участък. За затваряне на празнината между D18S876 и GCTG01, се анализират още 14 YAC клонове (Таблица 3, на стр. 62). Получени са крайните фрагменти от YAC клонове YAC 766_f_12 (SV11R), 752_g_8 (SV31L), 942_с_3 (SV10R) и са съгласувани (виж страници 55 - 61). Подбрани са праймери от тези три последователности, и ДНК от всяка от 14 YAC клонове се амплифицират чрез PCR. Както е показано на Таблица 3, получени са припокривания между 7 YAC клона в мястото на центромерата и два YAC клона в мястото на теломерата (717_d_8 и 907_е_1).
Крайното подреждане на YAC е показано на фигура 14. На фигурата са показани само YAC клоновете, които недвусмислено съвпадат с STS, STR EST на хромозома 18. В някои случаи с някои от YAC клоновете са получени също и слаби позитивни сигнали, които като че представят фалшиво позитивни резултати. Обаче, тези сигнали не повлияват подравняването на YAC клоновете. Макар всички известни YAC клонове за картирането на този участък да са тествани така както всички достъпни STS/STR, отначало, празнината в YAC подреждането не е затворена. Обаче, впоследствие това се постига чрез определяне на крайните последователности на осемте подбрани YAC (виж по- долу). Редът на маркерите, даден от YAC картата на подреждането е в пълно съгласие с подреждането на маркерите, предоставено от WI картата, която интегрира информация от генетичната карта, радиационната хибридна карта и STS YAC карта на подреждането (Hudson et al. 1995). Освен това, YAC картата потвърждава редът на STR маркерите, както е предположено от халотипният анализ в
I
семейство MAD31. нещо повече, YAC картата на подреждане предоставя допълнителна информация за сходният ред на STR маркерите. Например, D18S55 е представена в YAC 931_д_10, но не и в 931_f_1 (Фигура 14), разделяйки D18S55 от неговия клустер [S55-S1113-S483- S465], получен чрез хаплотипен анализ на семейство MAD31. Центромерното локализиране на D18S55 се определя от съдържанието на STS/STR от окръжаващите ги YAC (Фигури 14). Ако се комбинират хаплотипните данни и YAC картата на подреждане е получен следният ред на STR маркерите: сеп[S51- S68-S346J-S55- [S969-S1113]-[S483-S465]- S876-S477-S979S466-[S817-S61]-tel.
Извън 25 YAC клоновете, съединяващи цялостното подреждане, са подбрани седем YAC клона с оглед идентифициране на минималния път на нарастване (Таблица 4). Тези 7 YAC клонове покриват цялата рафинирана хромозома 18 участък. Нещо повече, YAC клонове трябва да бъдат не- химерни, т. е. Те трябва само да съдържат фрагменти от човешката хромозома 18. За изследване наличието на химеризъм, двата края на тези YAC се подлагат на субклониране и съгласуване (стр. 55 до 61). За всяка от последователностите са получени праймели и ДНК от монохромозомния панел на картиране се амплифицира чрез PCR с помощта на тези праймери. Както е показано на страници 55 до 61, някои от YAC клоновете съдържащи фрагменти от друга хромозома, освен от човешка хромозома 18.
След това се подбират три YAC клона, съдържащи минималният път на нарастване. Тези три YAC клона са стабилни както е определено чрез пулсативна гел електрофореза и техните размери съответстват добре на публикувания размер. Тези YAC клонове се прехвърлят в други щамове гостоприемници за рестрикционно картиране, и са субект на по- нататъшно субклониране.
Описание на успешно анализирани STS, STR EST, покриващи рафинираният кандидат участък.
Обяснение:
• STS: Място на свързване на последователността • STR: Просто тандемно повторение • EST: Експресирана свързана последователност
Тези маркери са подредени от центромерата към теломерата. Дадени са само маркери, които са ефективно изпитани и които са действащи върху YAC.
Списък:
1. D18S60:
База данни ID: AFM178XE3 (Известни също като 178хеЗ, Z16781,
D18S60
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично маркирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= CCTGGCTCACCTGGCA
Десен= TTGTAGCATCGTTGTAATGTTCC
Дължина на продукта= 157
Преглед на пълната последователност:
AGCTATCCTGGCTCACCTGGCAAAAATACAGTGTATACACACACACACAC
ACACACACACACACACACAGAGTGTNTTANTNATTCCAGCAAATAATATTA
CATATAAAAGATCTAATTGGTTCATCATGTAAATTTAGTAGGAACATTACA
ACGATGCTACAAGANTTTATCCAAAACTGAGATTTCCTTAGAATATCTGTT
AAAAGTAATTTTATTCAGTTAATAGAAATTCTATTGAAAACATCAAACTTAT
AAAGCT
Генна банка ID: Z16781
Описание: Н. sapiens (D18S60) ДНК сегмент, съдържащ (СА) повторение;
Клон
Търсене за GDB влизане
2. WI-9222:
База данни ID: UTR-03540 (известна също като G06101, D 18S1033, 9222.Х63657) ф
Източник: WICGR: Праймери, получени от последователности от генна банка
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= GATCCCATAAAGCTACGAGGG
Десен= GAGTCTAAAGACAAGAAAGCATTGC
Дъжина на продукта= 99
Преглед на пълната последователност:
TCTTCTTACCCCTTGGAAGAAGACTGTTTCCAAATAATTTGAACAGCTTG CTGCTAAATGGGACCCAATTTTTGGCCTATAGACACTTATGTATTGTTTTC GAATACGTCAGATTGGACCAGTGCTCTTCAGGAATGTGGCTGCAAGCAA ф GGGGCTAGAAGTTCACCTCCTGACAGTATTATTAATACTATGCAAATATG GAATAGGAGACCATTTGATTTTCTAGGCTTTGTGGTAGAGAGGTGAAGG TATGAGAATTAATAGCGTGTGAACAAAGTAAAGAACAGGATTCCAGAATG ATCATTAAATTTGTTTCTATTTATTCTTTTTTGCCCCCCTAGAGATTAAGTC CAGAAATGTACTTTCTGGCACATAAAGAAATCTTGAGGACTTTGTTTAAAC CTTCCATAAAAAAACAATTTTCGGTTTCTCGGGTNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT TCTTTCTTTGTGTATTTTATTCAAGATGAGTTGGACCCATTGCCAGTGAGT CTGAATGTCACTGACAGCCCTGTGTTGTGCTCAGGACTCACTCTGCTGC TGGTGGAAACTCATGGCTTCTCTCTCTCTTTGATCCCATAAAGCTACGAG GGGGACGGGAGAGGGCAGTGCAATGGGAAGTAAAGAGATATTTTCCAG TAGGAAAAGCAATGCTTTCTTGTCTTTAGACTCAAATGCTTAGGGAACGT TTCATTTCTCATTCATGGGGAAAGGCAGCCTCCTTAAATGTTTTCTGAAG AGCGGTAAAATCTAGAAGCTTAAGAATTTACAGTTCCTTCAATAACCATGA TGACCTGAAGTTCACCTATCCCATTTTAGCATCTACTTGTTTTTCCCATCT CTTC CTTTC CAATTTTG CTTATACTGCTGTAATATTTTTGTNNNNNN NNN N NNNNNNNNNNNNNNNGACCAGCTAAAATTTTCGACTTGACTTTTTAACTT AACTCATGAATTAATTAAAGCAAATGAAAAAATTAAAAAGTGTGACTTTTT CTCGGAGCATATATGTAGCTTTTAGGAAAGGCTGATGATGGTATAAAGTT TGCTCATTAAGAAAAAAAGACAAGGCTGATTTTGAAGAGAGTTGCTTTTG
-r-/—» a T·/4» A
I
nN
Генна банка ID: X63657
Описание: H. sapiens fvt1 mPHK
Търсене за GDB влизане
3. WI-7336:
База данни ID: UTR-04664 ( известна също като Р15, G00-679-135,
G06527, 7336, U04313)
Източник: WICGR: Праймери получени от последователности от генна банка *
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв: AGACATTCTCGCTTCCCTGA
Десен: AATTTTGACCCCTTATGGGC
Дължина на продукта= 332 Прелед на пълната последователност: TAAGTGGCATAGCCCATGTTAAGTCCTCCCTGACTTTTCTGTGGATGCCG ATTTCTGTAAACTCTGCATCCAGAGATTCATTTTCTAGATACAATAAATTG CTAATGTTGCTGGATCAGGAAGCCGCCAGTACTTGTCATATGTAGCCTTC ACACAGATAGACCNNNNNNNNNNNCCAATTCTATCTTTTGTTTCCTTTTTT CCCATAAGACAATGACATACGCTTTTAATGAAAAGGAATCACGTTAGAGG AAAAATATTTATTCATTATTTGTCAAATTGTCCGGGGTAGTTGGCAGAAAT С ACAGTCTTCCACAAAGAAAATTCCTATAAGGAAGATTTGGAAGCTCTTCT TCCCAGCACTATGCTTTCCTTCTTTGGGATAGAGAATGTTCCAGACATTC TCGCTTCCCTGAAAGACTGAAGAAAGTGTAGTGCATGGGACCCACGAAA CTGCCCTGGCTCCAGTGAAACTTGGGCACATGCTCAGGCTACTATAGGT CCAGAAGTCCTTATGTTAAGCCCTGGCAGGCAGGTGTTTATTAAAATTCT GAATTTTGGGGATTTTCAAAAGATAATATTTTACATACACTGTATGTTATA GAACTTCATGGATCAGATCTGGGGCAGCAACCTATAAATCAACACCTTAA TATGCTGCAACAAAATGTAGAATATTCAGACAAAATGGATACATAAAGACT AAGTAGCCCATAAGGGGTCAAAATTTGCTGCCAAATGCGTATGCCACCA ACTTACAAAAACACTTCGTTCGCAGAGCTTTTCAGATTGTGGAATGTTGG ATAAGGAATTATAGACCTCTAGTAGCTGAAATGCAAGACCCCAAGAGGAA GTTCAGATCTTAATATAAATTCACTTTCATTTTTGATAGCTGTCCCATCTG GTCATGTGGTTGGCACTAGACTGGTGGCAGGGGCTTCTAGCTGACTCG CACAGGGATTCTCACAATAGCCGATATCAGAATTTGiGTTGAAGGAACTT GTCTCTTCATCTAATATGATAGCGGGAAAAGGAGAGGAAACTACTGCCTT TAGAAAATATAAGTAAAGTGATTAAAGTGCTCACGTTACCTTGACACATAG TTTTTCAGTCTATGGGTTTAGTTACTTTAGATGGCAAGCATGTAACTTATA TTAATAGTAATTTGTAAAGTTGGGTGGATAAGCTATCCCTGTTGCCGGTT CATGGATTACTTCTCTATAAAAAATATATATTTACCAAAAAATTTTGTGACA TTCCTTCTCCCATCTCTTCCTTGACATGCATTGTAAATAGGTTCTTCTTGT
Генна банка ID: G06527
Описание: WICGR: STS получени от dbEST последователности
4. WI-8145:
База данни ID: EST102441 (известна също като D18S1234, G00677-827, G06845, 8145, Т49159)
Източник: WICGR: STS получени от dbEST последователности
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= GAAATGCACATAACATATATTTGCC
Десен= TGCTCACTGCCTATTTAATGTAGC
Дължина на продукта: 184
Преглед на пълната последователност:
GTTGTTTGGANGCAGGTTTATTTATTATATACTTGCAATTGAATATAAGAT ACAGACATATATATGTGTTATGTATTTCTAGAAATGCACATAACATATATTT GCCTATTGTTTAATGTTTTTTCCAGANATTTATTACAGAAGGGCATGGAG GGATACCTACTTATTCTTCATTATGAGAACAATTAAAGGCATTTATTAGAT aggaaattaacagancatctgcttctataactttattagctacattaaata GGCAGTGAGCANTAATTTAAAANCTCACCATTATATAAANTANTAAATACC AAAGTAAAAG _______________: ляв и десен праймер
PCR условия
Генна банка ID:T49159
Описание: yb09e07.s1 Homo sapiens сДН К клон 70692 З’аналогичен на gb:J02685
Описание на унигенното струпване: Човешка тРНК за Arg-Serin инхибитор на плазминоген- активатор 2, PAL-1). Търсене за GDB влизане
5, WI-7061
База данни ID: UTR-02902 ( известна също като РА12, G00-678979, G06377, 7061, М18082)
Източник: WICGR: Праймери получени от последователности от генна банка
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= TGCTCTTCTGAACAACTTCTGC
Десен= ATAGAAGGGCATGGAGGGAT
Дължина на продукта= 338
Преглед на пълната последователност:
AACTAAGCGTGCTGCTTCTGCAAAAGATTTTTGTAGATGAGCTGTGTGCC TCAGAATTGCTATTTCAAATTGCCAAAAATTTAGAGATGTTTTCTACATAT TTCTGCTCTTCTGAACAACTTCTGCTACCCACTAAATAAAAACACAGAAAT AATTAGACAATTGTCTATTATAACATGACAACCCTATTAATCATTTGGTCT TCTAAAATGGGATCATGCCCATTTAGATTTTCCTTACTATCAGTTTATTTT TATAACATTAACTTTTACTTTGTTATTTATTATTTTATATAATGGTGAGTTTT AAATTATTGCTCACTGCCTATTTAATGTAGCTAATAAAGTTATAGAAGCAG ATGATCTGTTAATTTCCTATCTAATAAATGCCTTTAATTGTTCTCATAATGA AGAATAAGTAGGTATC С СТСС ATG CCCTTCTATAATAAATATCTGGAAAAA ACATTAAACAATAGGCAAATATATGTTATGTGCATTTCTAGAAATACATAA CACATATATATGTCTGTATCTTATATTCAATTGCAAGTATATAATAAATAAA CCTGCTTCCAAACAACNNNNNNNNNNNNNNGGAATTC
PCR условия
Генна банка ID: G06377
Описание: WICGR: ширина на геномни STS
6, D18S68
База данни ID: AFM248YB9 (известна също като 248ybd9, Z17122, D18S68)
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr 18
Праймери:
Ляв= ATGGGAGACGTAATACACCC
Десен= ATGCTGCTGGTCTGAGG
Дължина на продукта= 285
Преглед на пълната последователност:
AAAGAGTTGGGGTTGTGAATTCCCACACCAGTCAACTATTGGCTATGGG CTTACCATGGGAGACGTAATACACCCGGNACTTCCAACTCACATACCAG AGACATGGCTCTAGCACCCAATGGAAATATGCTGAATGTTGCAGGTGCA AGACAGCAACAAAGCAGACAGAGGCACATAGACAAGGCACCAACAGTGT CCACTATACCCTGACAGTGTGGAAAGTTGTAGATAGGATGAAGAGAAAG ААТАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСАСА CGGTAGANACTTACTACNCAAAGTGTGANCCTCAGACCAGCAGCATCTG GCNAAATGGTGATCTATCACCTTCCAG
Генна банка ID: Z17122
Описание: Н. sapiens (D 18S68) ДНК сегмент, съдържащ (СА) повторение;
Клон
7. WI-3170:
База данни ID: MR3726 (известна също като D18S1037,
G04207,HALd22f2, 3170)
Източник: WICGR: ширина на геномни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= TGTGCTACTGATTAAGGTAAAGGC
Десен= TGCTTCTTCAATTTGTAGAGTTGG
Дължина на продукта= 156
Преглед на пълната последователност:
CTGAGACAAGGCAGGCAAACAACCTCTAAAAATCTACAATTGGTGATTGG TGTGCTACTGATTAAGGTAAAGGCACAGAATTATACATCCAGGTTNCTAT TACTTATGGCAGACTCAGGACCCAGGTTNAGAGACCACTGGCCTTAAGA AAAAAAATGGGGTTCCTGATTTCTGGATAATAATCCAACTCTACAAATTGA AGAAGCAACATACCCTCTTTGTTA
Генна банка ID: G04207
Описание: WICGR: ширина на геномни STS
8. WI-5654
База данни ID:
Праймери:
Ляв= CTTAATGAAAACAATGCCAGAGC
Десен= TGCAAAATGTGGAATAATCTGG
Дължина на продукта= 149
Преглед на пълната последователност:
CTACAAAATGCATGTGGCTTTGGCTTTGAAATAGTACACCCTATCAAAGA CTAAATTTTCTTAATGAAAACAATGCCAGAGCΓΤΤΤΊ ICATGATATTTTGTT TTTAGAGATGGGGAACAATCTGGACGTTGTTTCCTTATCTGGGTGGTAAT CGAGGCTTAGCAATTTCCCACAGCGTTACACAAATCCAGATTATTCCACA TTTTGCAAATA
Генна банка ID: G05278
Описание: WICGR: ширина на геномни STS
9. D18S55
База данни ID& AFM122XC1 (Известна също като 122хс1, Z16621,
D18S55, GC378-D18S55)
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= GGGAAGTCAAATGCAAAATC
Десен= AGCTTCTGAGTAATCTTATGCTGTG
Дължина на продукта= 143
Преглед на пълната последователност:
AGCTGAACATGCCTTTTCATGGAGCAGTTTCNAAATACACTTTTGGTACA ATCTGCAGGTGGATATTTGGAGCTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCA ACATGGTGAAATCCCGTCTCTACTAAAATACAAAAAATTAGCCAGGTGTG GCGGCATGTGCCTGTAGNCCCAGGATGGATTGAGTGGGTGAGATATGG AATAAGTGGTGGGAAGTCAAATGCAAAATCAATTCAGTTTGTCAATATTG ATTCTCTATTCTAGCCTGGCGTGGTTTTTCCTCGTCACACACACACACAC ACACACACACACACACACACACACACACACACAGCATAAGATTACTCAGA AGCT
Генна банка ID: Z16621
Описание: Н. sapiens (D18S55) ДНК сегмент, съдържащ (СА) повторения;
j Клон •f j 10.D18S969:
j База данни ID: GATА-Р18099 (Известна също като G08003, j CHLC.GATA69F01, CHLC.GATA69F01.P18099)
I Д Източник: CHLC: генетично картирани тетрануклеотидни | повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= AACAAGTGTGTAGGGGGTG
Десен= CATATTCACCCAGTTGC
Дължина на продукта= 365
Преглед на пълната последователност:
CAGGGAAATGCAAATCAAAACCACAATGAGTTATCTCCTCATACCTTTAAT GATGGCTAATATTAAACAAGAGATAACAAGTGTGTATGGGGGTGTGGAG AAAAGAGAATGTNCGAACACTCTTGGTTGAAATATAAGTTGGTAGANCCA TTATGCAAAACAGTATGAATCTTTATCAGTATAANATTAGGACCTNGCATA TGATCNCAGCAATCNCCACNTCTGNGNGATCNCACNCNCTATCTCTCTAT АТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТ ATCTGTCTGTCTATCATCTATCTATCTTCTATCTATCTATCTATCTTTCTAT CTATCTATCTGTCTATCTATNCCGGAATATTTTTCAGCCATNNAAATAAGG AAGTCCTGCTATTTGCAACAAACTGGGTGAATATGGAGAACGTTATGCTA AATGCAATATGCTAAAGACAGACACAGAAAGACAAGTATGACCTCACTTA TATGTGGAAACTGAAAAAGCCATACTCATTACAGCAAAGAGTAGAATGTT GGTTACCAGGGGCAAAGAGGGTAGAAATGAGGGGAGTGAGAAAATGTC AATCAAAGTGTAAGAATGTTATAACATAAATAAATTCATAGAG
Генна банка ID: G08003
Описание: човешки STS CHLC.GATA69F01.
14.D18S1113
База данни ID: AFM200VG9 (Известни също като D18S1113,
200vg9, W2403)
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= GTTGACTCAAGTCCAAACCTG
Десен= CAAAGACATTGTAGACGTTCTCTG
Дължина на продукта= 207
Преглед на пълната последователност:
AGCTGCATATAAAACTATTCCATTTCACATTTTTGAAGACATTTGTAGCCA TGATACTTTGCTGTTGTCTGTGGGCCACCTCTTTTTGAAGTGTGTAGTTA ACTGTGCTCCTGTAATCTGTTGTCTGTTGACTCAAGTCCAAACCTGTTCT GCGTGGCATGTTTCTNCAACTTGATGTGATGCTATTTATCACTTTCTTTGA AGTTAAGTCTCTATGTCTTTGTATTCTTTCTGTGTACCCAGGGATATGTTT GTGCATGCACACGCATAAACACACACACACACACACACACACACAGAGA CAGAGACAGAGAACGTCTACAATGTCTTTGTGAG
12. D18S868
База данни ID: GATA-D18S868 (Известна също като G09150,
CHLC.GATA3E12, CHLC.GATA3E12.496,CHLC.496, D18S868)
Източник: HCLC: генетично картирани полиморфни тетрануклеотидни повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
JlflB=AGCCAATACCTTGTAGTAAATATCC
Десен= GATTCTCCAGACAAATAATCCC
Дължина на продукта= 189
Преглед на пълната последователност:
GAGTGAGCCAATACCTTGTAGTAAATATCCATCTATCTTTGATGTATCTAT GTATCTATCTTTGTATCTATATGTCTATGTATCTATGTATGTATGTATCTAT СТАТСАТСТАТСТАТСТАТСАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТ ATCTATCTATATCCNTTTGGGATTATTTGTCTGGAGAATCCTGATTAACAT AGTCTGCTAACTTTTATCTGTATCTCCTATGTGTATGCTTCTCCTTCTTCC TGTCTCTCTCTCTTCTTTGTCCTCATTTAANCTCCTTTCCTGGGNATATTG GNAATTTTGATTGGANTCTGGACANTGTAGGAGTAAAAATTT
Генна банка ID: G09150
Описание: човешки STS CHLC.GATA3E12.P6553 клон GATA3E12.
13.WI-9959
База данни ID: MR12816 (Известна също като D18S1251, G00-678524, G05488, 9959)
Източник: WICGR: ширина на геномни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= TGCCAACAGCAGTCAAGC
Десен= AGCACCTGCAGCAGTAATAGC
Дължина на продукта=110
Преглед на пълната последователност: лгдгг ctgttttatttgaaaaaaaaaatctatctccaaqaagaaaagttcattctACCTGTTGCCAAGAGk AGTCAAGCGGACATGTTTAAAAI I I I ТТAAAAAAGTAl I I I I I I I I θ£ΑΑ0Τ GGNGTTTAATAGCCTCATTTTGGCTTTTGCTATTACTGCTGCAGGTGCTT TNA'I I I I I I ICCTCTGCATTATAATTAC
Генна банка ID: G05488
Описание: WICGR: ширина на геномните STS
Търсене за GDB влизане
14. D18S537:
База данни ID: CHLC.GATA2E06.13 (Известни също като HCLC13,
GATA2E06, D18S537, GATA-D18S537)
Източник: CHLC: генетично картирани полиморфни тетрануклеотидни повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= TCCATCTATCTTTGATGTATCTATG
Десен= AGTTAGCAGACTATGTTAATCAGGA
Дължина на продукта= 191
Преглед на пълната последователност:
©
AAAGCTGAGTGAGC С ААТАС CTTGTAGTAAATATCCATCTATCTTTGATGT ATCTATGTATCTATCTTTGTATCTATATGTCTATGTATCTATGTATGTATGT АТСТАТСТАТСАТСТАТСТАТСТАТСАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТСТАТ CTATCTATCTATCTATATCCNTTNGGTATTATTNGTCTGGNGAATCCTGAT TAACATAGTCTGCTAACTTNTATCTGTATCTNCTATGTGTATGCTTCTNCT TCTTCCTGTCTCTCTCTCTGCTTTGTCCTCAATTNAAATCTCC
Генна банка ID: G07990
Описание: човешки STS CKLC.GATA2E06.P6006 клон GATA2E06.
Търсене за GDB влизане ©
15. D18S483:
База данни ID: AFM324WC9 (Известна също като 32wc9, Z24399,
D18S483)
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= TTCTGCACAATTTCAATAGATTC
Десен= GAACTGAGCAAACGAGTATGA
Дължина на продукта=214
Преглед на пълната последователност:
AGCTCTGCTGGAAGAGCAGGGCTGTTTTCTGCACAATTTCAATAGATTCC CCTACCCTGGGTTTTTCAGTAGATAGATAGATAGATGATAGATAGGTAGA TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGATAGATTTT ATATATAGTATATAAAATCTACACACACACACACACACACACACACACATA TTTGCCTTTCCTTGACTATCATACTCGTTTGCTCAGTTC Г ΓΤΊ'Ί I I Ι Ί Ί ΙΑΑ ATTTTTGTTTGTAAATC CAAAATGCTT
Генна банка ID: Z24399
Описание: H.sapiens (D18S483) ДНК сегмент съдържащ (СА) повторения;
Клон
Търсене за GDB влизане
16. D18S465
База данни ID: AFM260YH1 (звестен също като 260yh1, Z23850, D18S465)
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= ATATTCCCCTATGGAAGTACAG
Десен= AAAGTTAATTTTCAGGCACTCT
Дължина на продукта= 232
Преглед на пълната последователност:
AGCTCTGTCCCTCTAGAGAACGCTGACTAATATATTCCCCTATGGAAGTA CAGATGGTTTTTNTAAAATAAATTTATCTGATTGTGATGAGATAATCATCA
I I I IATGTTCAGTG1 I ГТТСТАААИ I l~TTATTGTTATTG1 I ГТТАТАСТСТ
AAATGGTTTTTAAATATGCACATATGTGCATATTTTACACACACACACACA
CACACACACACTCTCTTTATTTAGAAGCATTATAGATAGAGTGCCTGAAAA
TTAACTTTTAACCNAAGAAAAGACAATAAGGAACAATAGGGAAGTTATCC
TTTGCTAAGGGTATGGAAAATATTCACATATTATTTATAACANGTTAAACC
AAGTCATGCTTGANTATAATAGCT
Генна банка ID: Z23850
Описание: Н. sapiens (D18S465) ДНК сегмент, съдържащ (СА) повторения;
Клон
Търсене за GDB влизане
17. D18S968:
База данни ID: GATA-P34272 (Известна също като G10262, CHLC.GATA117С05, CHLC.GATA117С05.Р34272)
Източник: CHLC: генетично картирани полиморфни тетрануклеотидни повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= GAAATTAACCAGACACTCCTAACC
Десен= CTTAGAATTGCCTTTGCTGC
Дължина на продукта= 147
Преглед на пълната последователност:
GAATAAAAATATGAGGTATTAGAAATTTACAGATAGGAAGAAATTAACCAG ACACTCCTAACCACCGATNAGTTTAAAGAGGAGATAGATAGATAGATGAT AGATAGATAGATAGATAGATAGATACCACTGAAAATGCAANCACAAATTA GCAGATTATATGTGATGCAGCAAAGGCAATTCTAAGTAGATTCTAACTGC TACATTGATAGCAGTACCCACTGACATTACCGGAAAGGATGGTATCCATA ACCACCTACCTATATACCTCCGCAGCTGGANATTAGGNTTAAGCTTCTTN GGGCNCCTGGCGGCCCCNNTTGTGGTCCCCGGTNGGNCCCCGNTTNN GNNTNGCTNNGNTTNCNTTGGNGNCCCCCNNTNGGTTTNNGGNNNNNT NNNNNTNGNNNNNTTNCCCNNNNNNNNTNTNNNNCNNNNNNNNNTNNN NNNNNNNNNNGGNNNNNGGGN
Генна банка ID: G10262
Описание: човешки STS CHLC.GATA117C05.P34272 клон
GATA117C05.
?ямяМймм<№
18. GATA-P6051
База данни ID: GATA-P6051 (Известна също като CHLC.GATA3E08,
CHLC.GATA3E08.P6051)
Източник: CHLC: генетично картирани полиморфни тетрануклеотидни повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= GCAACAACCCTAATGAGTATACG
Десен= GAGTCTCACCAGGGCCTTACA
Дължина на продукта= 149
Преглед на пълната последователност:
AAAGCTGTCTCCTTTTGTAAAGTGTGCTCAGAGGAATCTTTTTCAGTAAAT AAAGTCTGCACCCAGACATCTCACTTTGTATACCACGGAGAATTTACCAT GACTCTTCTCAGTGATAAACGTCAATATAGAATAATCAGGAGAAAAAGAG AAATCCAGTAAAGAAATAAGTCTGTAGAAAGCAACAACCCTAATGAGTAT ACGATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATG NATCTATCTATCTAACATTATATAAAATATATATTTCCTCCTGTATTGGGG CCCTGTGTGTAAGCCCTGGTGAGACTCAAAAATTTGANTATTCCTNTTTN Т
Генна банка ID: G09104
Оисание: човешки STS CHLC.GATАЗЕ08.Р6051 клон GATA3E08
19. D18S875:
База данни ID: GATA-D18S875 (Известна също като G08001,
CHLC.GATA52H04, D18S875)
Източник: CHLC: генетично картирани полиморфни тетрануклеотидни повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= CCTCTCATCTCGGATATGG
Десен= AAGGCCTTTCAGACTTACACTGG
Дължина на продукта= 394
Преглед на пълната последователност:
TTATTTATTCACTCATTCAATAAATATTTATGAATTTCCTTTAATGGCNANG AAAGTATGTTTGGTACTGAATATGGTGAGCAAGATTTTCCTCTCATCTCG GATATGGAAAGATCTTGGAAATCATTATACNTCATACTTACAATANGAAAG AAGCTGAGCAATTTGAAAATCAACAATTTCTTTTGTACNTGTCAGAAAAGT GAAGATATATTAATCAGGGTTCTTCAGAGAAACATAACCAATAGGNCACA GNTCTATATG NC С NC NTTTATCTATCTATCTATCTATCTATCNCTATCTAT CNCANACCNGGNGAANTNATNTTTGNGAGATTNATGCAAGNCTGAGAAA NACCNAAGAANCTGCTCCCTGTNAAACTNGAGATNCAAGAANCTGAANA GTATAGNTCCAGTCCNAAGTCTANAGACCTTAGAATTAGGAAAACTGATA CTATAAATACCAGTGTAAGTCTGAAAGCCTTAAANACCANATAGTGCCAT TGAAAGGGCAGAAGACTGATGTCCCAGTTCAAGCAGGCAAAGTTAGAGA AGCCTTATTTTCTGCAACATTGTTCTATTCAGACCCTTNANANGATTGACN ATGTCCACCCA
Генна банка ID: G08001
Описание: човешки STS CHLC.GATA52H04.P16177 клон
GATA52H04
Търсене за GDB влизане
20. WI-2620
База данни ID: MR1436 (Известна също като G03602, D18S890,
HHAa12h3, 2620)
Източник: WICGR: ширина на геномните STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= TCTCCAAGCTATTGATTGGATAA
Десен= TTAAGAGCCAATTTATATAAAAGCAGC
Дължина на продукта=117
Преглед на пълната последователност:
CCCCTTTTGCCAACGCCATGCTTCACGTAGGGAGCCTGACATGCAGAAA
ACTCTCCAAGCTATTGATTGGATAAAGAGCCAGAGCTGACTGAATTCCAT
ТСТТCTTGAGCCTCTCАТТCTGTGTTTCTCGAAI ΤΙ I IACCAAAGCАТСТТ
GACACACAAATATCTGACTCAAGGAAAAGGAAAAACAACTGCTTTTTCTC
CAGCTGCTl I 1АТАТАААТТ6ССТСТТАААСТТТСТААПТТТАТТАТППАТ
Генна банка ID: G03602
Описание: WICGR: ширина на геномни STS
Търсене за GDB влизане
21. WI-4211
База данни ID: MR6638 (Известна също като G03617, D18S980,
4211)
Източник: WICGR: ширина на геномните STS ф Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= ATGCTTCAGGATGACGTAATAATACA
Десен= AAATTCTCGCTGATTGGAGG
Дължина на продукта= 113
Преглед на пълната последователност:
CTAGTACCATAATCCCTTTTGGAATAAACCATCCCACCTTTAGTCAGANC AGATGCTTCAGGATGACGTAATACATAATAAGCCTACTCAGTTCTACTCT
AATCAGCGAGAATTT
Генна банка ID: G03617 ©
Описание: WICGR: ширина на геномни STS
Търсене за GDB влизане
22. D18S876:
База данни ID: GATA-D18S876 (Известна също като G09963,
CHLC.GATA61E10, D18S876)
Източник: CHLC: генетично картирани полиморфни тетрануклеотидни повторения j Хромозома: Chr18 ,ϊ
Праймери:
Ляв= TCAAACTTATAACTGCAGAGAACG
Десен= ATGGTAAACCCTCCCCATTA
Дължина на продуктаб 171
AAGACTGCAATTACATTTGC ATCAAACTTATAACTGCAGAGAACGTT G QQ, CACTATTTTATACCACACAACAGTATTCTTAGCCAGATTACATCTATCTAT CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTAGC TAGCTATCTATCTATAGAACTAATGGGGAGGGTTTACCATGTTTGGGTGA ACCCAAACATTTTATGGNCAAGGGNTTGGAAAATTACCCTTATCTACAAC TNTTNAACTTGTTTTGGTAGGNGTGNTAATTCCNTGGGNTTGGAANAACT TTTGNAATTTCCTCNTTGTTTNTNATTNNNNATTNNTNNNCATTATTNTGG GGTNTTCNGGGTGGAGGGCTNANTTTGGCCNCCCGGGTCCNNGGNGC NAGTNGGNNNGGNTNNTNGGGTTTNCTTGGGAANCNTNCCNCCTNCNG GGGNTTCANGGGNTTTTTNTTTNNTTG
Генна банка ID: G09963
Описание: човешки STS CHLC.GATA61E10.P17745 клон
GATA61E10.
Търсене за GDB влизане
23. GCTG01:
База данни ID: GCT-P10825 (Известна също като G09484,
CKLC.GCT3G01, CHLC.GC3G01 ,Р10825)
Източник: HCLC: генетично картирани полиморфни тетрануклеотидни повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= CTTTGCAATCTTAGTTAATTGGC
Десен= GAACTATGATATGGAGTAACAGCG
Дължина на продукта= 128
Преглед на пълната последователност:
AG atgtttaactttgcaatcttagttaattggcagaaat GAAATTTAGTTT
CCACAACTTTTATTCGATATTAAAACACCACCACCATCAGCAGCAGC/VaC AGCAGCAGCAGCATCGCTGTTACTCCATATCATAGTTCAGAGCATTTAAA gnggtcaaaatatacaactaggctgacaccngnataaggtttaattttaa accngnggtctnccctctaaggnggntttttttttcttgncntggcttct ttttccntttgcttttgtaaaatatcaaggnatttttgggttnttcntggn anttnncnnantnntnnttnnncncnccccccntttgnggcgggggtc cccnnnttgccccggggttgngtgcagtaggggggtcncgggtnnng j naagtttnggggccct ) Генна банка ID: G09484 ΐ Описание: човешки STS CHLC.GCT3G01 .Р10825 клон GCT3G01.
I ?
I
I 24. WI-528:
i
J База данни ID:MH232 (Известен също като G03589, 528, D18S828) ф Източник: WICGR: ширина на геномни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
! Ляв= TTCTGCCTTTCCTGACCTGACTGTC ! Десен= TGTTTCCCATGTCTTGATGA ΐ Дължина на продукта= 211
I CTACTAAGCAAATTCTGCTCAGCCTTCTGCCTTTCCTGACTGTCTT GTT G
I GCCCTTCCCACTTTAAGGATGCCTGTTTAAGTAGCCACCTCTAATTAGGA j ATCTTCCCTTGTTCTTTCTC AGGAGGCTTAGACACTGT CAGTTT OCT GAA
GACAGAAAATAAGCCTGCATTATCCTAGTAGTGGATTCAAAACTAATTGT j GTCCTGAGTCTTTCAATCATCAAGACATGGGAAACACTCAACAG
J Генна банка ID: G03589 j
| Описание: WICGR: ширина на геномни STS ί Търсене за GDB влизане
25. WI-1783:
База данни ID: MR432 (Известен също като G03587, _shu_31.seq,1783, D18S824)
Източник: WICGR: ширина на геномни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= CCAGTAATTAGACATTGACAGGTTC
Десен= TTTTACTAGACAGGCTTGATAAACAA
Дължина на продукта= 305
Преглед на пълната последователност:
CCAGTAATTAGACATTGACAGGTTCCATACTAGTAATGTAGGGAATAGGG CTGCTGCTTTTTGGGTTTCCTTGAGTATACTTTGTGCTGCATAAATATGG CAATGGATAGTAAATAATTTGTATGCAGACCTTTAGTGTCGATTAACCTGT GAATAAGGGAACAACAATCAAGGACAAAAATCAAAAGACTAATTCTCTAT ACATTTTGAGCTTTTGTAAAAAAGTAAGATTAGCT GAATATAT CT GAAAAA ТТТСТААТСТС СТТТАС AATTTTTTAAATTGTTTATCAAGCCTGTCTAGTAA AAATAATTCAGTTTCGGAATGTGG
Генна банка ID: G03587
Описание: WICGR: ширина на геномни STS
Търсене за GDB влизане
26. D18S477:
База данни ID: AFM301XF5 (Известна също като 301 xf5, Z24212, D18S477)
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= GGACATCCTTGATTTGCTCATAA
Десен= GATTGACTGAAAACAGGCAACAT
Дължина на продукта= 243
Преглед на пълната последователност: GGACATCCTTGATTTGCTCATAATACACTCATTCCTTTCACCATTGAGTGT GCACATATTTCTCTGATTGGAAAGAACTACAGAGGAGGTTTTACNTTTTA CTTTCCAGTTTGCTATTAAAGAGAGAAAACTAACAGAGNGAAATCAAGCA ACTCAAAACAACCTTACACACACACACACACACACACACTCACAAAGATA TTTTGTTCACCATATGTATTGATGTGCCTGTTTTCAGTCAATCCACAGGAA GGGCTAAGGAGAGTGACATCTGGGCTACATTAAAAGGACAGTCACATTG СТС AAAG NACTC AAGTTTAGCCC GAGTAC AGTAGCT
Генна банка ID: Z24212
Описание: Н. sapiens (D18S477) ДНК сегмент, съдържащ (СА) повторения;
Клон
Търсене за GDB влизане
27. D18S979
База данни ID:GATA- Р28080 (известна също като
CHLC.GATA92C08, CHLC.GATA92C08.P28080)
Източник: CHLC: генетично картирани олиморфни тетрануклеотидни повторения
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= AGCTTGCAGATAGCCTGCTA
Десен= TACGGTAGGTAGGTAGATAGATTCG
Дължина на продукта= 155
Преглед на пълната последователност:
CTCTACAGTCTCTNACCTTTGGACTCCAGGACTTTCACCAGCACCCTCAA CATTCCCACTGGGTTCTCAGGACTTTATAGTTGTACTGAGCCATGCCACT GGATCCTAGGGTCTCCAGCTTGCAGATAGCCTGCTATGGGACTTAATCT TTGTAATAAGGTGAGTCAATTCTGCCAATAAACCTACTTTCATCTCTATCT ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATATCTATCATCTATCTATCGAAT CTATCTACCTACCTACCGTATTAGTTCTGTCTCTCTGGAGN
Генна банка ID: G08015
Описание: човешки STS CHLC.GATA92C08.P28080 клон
GATA92C08.
28. WI- 9340:
База данни ID: UTR-05134 (Известна също като G06102, D18S1034,
9340, Х60221).
Източник: WICGR: Праймери получени от генна банка
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= TGAGAGAACGAAATCTCTATCGG
Десен= AGGCAGCAAGTTTTTATAAAGGC
Дължина на продукта= 115
Преглед на пълната последователност:
ATGTATCTATCCCAATTGAGTCAGCTAGAAACAGTTGACTGACTAAATGG AAACTAGTCTATTTGACAAAGTCTTTCTGTGTTGGTGTCTACTGAAGTTAT AGTTTACCCTTCCTAAAAATGAAAAGTTTGTTTCATATAGTGAGAGAACGA AATCTCTATCGGCCAGTCAGATGTTTCTCATCCTTCTTGCTCTGCCTTTG AGTTGTTCCGTGATCATTCTGAATAAGCATTTGCCTTTATAAAAACTTGCT GCCTGACTAAAGATTAACAGGTTATAGTTTAAATTTGTAATTAATTCTACC ATCTT GCAATAAAGTGACAATTGAATG
Генна банка ID: G06101
Описание: WICGR: ширина на геномни STS
Търсене за GDB влизане
29. D18S466:
База данни ID: AFMO094YE5 (Известен също като 094уе5, Z23354,
D18S466)
Източник: J. Weissenbach, Geneton: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери.
Ляв= ACACTGTAGCAGAGGCTTGACC
Десен= AGGCCAAGTTATGTGCCACC
Дължина на продукта= 214
Преглед на пълната последователност:
aaatgacactttaaqqaqqtaacactqtaqcaqaqqcttqaccaccacccaqttctcactagcactqaqg atgctctattggttgggttacccacacacgcatagacatgcacacacacagacacacagacacacacac acacacacacacaccagatatagcattccaaaccatcaatatgctatgcaatactgcattaacaggtcatg cctqtqqtqqcacataacttoqcctagaaaatactqqqqacgtctgcattcccttttattatcqaattgacttact tggcttctgagttttcctcagaagtaatacttcaatacctcttccatttctgccttgancattgtttggggtaccaag tatagct
Генна банка ID: Z23354
Описание: Н. sapiens (D. 18S466) ДНК сегмент съдържащ (СА) повторения;
Клон
Търсене за GDB влизане
30, D18S1092
База данни ID: AFMA112WE9 (Известна също като (D18S1092, W5374, a112we9)
Източник: J. Weissenbach, Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
У
Праймери:
Ляв= CTCTCAAAGTAAGAGCGATGTTGTA
Десен= CCGAAGTAGAAAATCTTGGCA
Дължина на продукта= 163
Преглед на пълната последователност:
agctctcaaaqtaaqaccqatqttqtaactgactgagttgttttgtgaanttttgnttttqqaqtcaqtgqaqcat qttattaqatqtaaatttaaacacacacacacacacacacacacacacacacgagaaqtaaqtqccaac attttctacttcqqcgcctatatttctatatactgattttctqtatttcccaqacttqaatataqattgtctttctgntttat catagacaatctcataataanttaggcataataaggtaatgaggnttttctgggcttcttttcatcatccctgca atttgagtctcntttatagntgaantcttctctgtaataacntcttgttttagct
31. D18S61
База данни ID: AFM193YF8 (Известна също като 19yf8, Z16834, D18S61
Източник: J. Weissenlach.Genethon: генетично картирани полиморфни STS
Хромозома: Chr18
Праймери:
Ляв= ATTTCTAAGAGGACTCCCAAACT
Десен= ATATTTTGAAACTCAGGAGCAT
Дължина на продукта= 174
Преглед на пълната последователност:
CGTCTTACCAAACCAACATAATATAGCAATGGNAACCAAAAATTTCTAAGA GGACTCCCAAACTAC ATTCTTCTN С CTG AATTAAATAC AGGC ATT CAAN А NAAACANACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCACA CCCTTCAAATCNTAGCATAAATTCCNCTTATATAAACATAACCATGCTCCT GAGTTTCAAAATATTGGGTGGTTCGAAGTTCGAAGCAACAAATTTCCAGT TAGTGTCTATTANTTGTTGGACAGCT
Генна банка ID: Z16834
Описание: Н. sapiens (D18S61) ДНК сегмент съдържащ (СА)
повторения;
Клон
Търсене за GDB влизане
Маркери (STS) използвани при рафиниране на кандидат участъка
По- долу са показани маркерите, които са използвани в семейство MAD31 за раиниране на кандидат участъка. Повечето от тези маркери са вече опиани по- горе и поради това само ще бъдат споменати с тяхното име. За допълнителните маркери информацията е дадена тук.
Данните са вече показани за D18S68, D18S55, D18S969,
D18S1113, D18S483, D18S465, D18S876, D18S477, D18S979, D18S466 и D18S61.
Нови данни:
1. D18S51
Други имена: UT574, (D18S379)
Последователност на праймерите:
UT574a: GAGCCATGTTCATGCCACTG
UT57b: CAAACCCGACTACCAGCAAC
AATTGAGCNCAGGAGTTTAAGACCAGCCTGGGTAACACAGTGAGACCCC TGTCTCTACAAAAAAATACAAAAATNAGTTGGGCATGGTGGCACGTGCCT GTAGTCTCAGCTACTTGCAGGGCTGAGGCAGGAGGAGTTCTTGAGCCCA © GAAGGTTAAGGCTGCAGTGAGCCATGTTCATGCCACTGCACTTCACTCT
GAGTGACAAATTGAGACCTTGTCTCAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAA
GAAAGAAAGAAAGAANGAAAGAAAGAAAGTAAGAAAAAGAGAGGGAAAG AAAGAGAAANAGNAAANAAATAGTAGCAACTGTTATTGTAAGACATCTCC ACACACCAGAGAAGTTAATTTTAATTTTAACATGTTAAGAACAGAGAGAAG CCAACATGTCCACCTTAGGCTGACGGTTTGTTTATTTGTGTTGTTGCTGG TAGTCGGGTTTGTTATTTTTAAAGTAGCTTATCCAATACTTCATTAACAAT TTCAGTAAGTTATTTCATCTTTCAACATAAATACGNACAAGGATTTCTTCT GGTCAAGACCAAACTAATATTAGTCCATAGTAGGAGCTAATACTATCACA TTTACTAAGTATTCTATTTGCAATTTGACTGTAGCCCATAGCCTTTTGTCG GCTAAAGTGAGCTTAATGCTGATCGACTCTAGAG
Генна банка ID: L18333
2. D18S346
Друго име: UT575
Праймерни двойки:
Праймер A: TGGAGGTTGCAATGAGCTG
Праймер В: ATGCACACCTAATTGGCG
ДНК последователност:
ACGAGGACAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAACCCCGTT TNTACTAAAANTACAAAANTTGGTCGGGAGGCTGGGGCAGGNGACATGC TTGACCCCAGGAGGTGGAGGTTGCAATGAGCTGAGATTGCACCACTGCA CTNCAGCNTGG......AAGAAAGAGAAAGGANAGNNAGGNAGNNANNAAAC
TACATNTGAAGTCAACACTAGTATTGGTGGGAGAGGAATTTTATGCTGCA ТТС СС С N АС ААС С ACTAG ATACGCCAATTAGGTGTGCATGGTC С ATGCTA Т
Генна банка ID: L26588
3. D18S817
Друго име: UT6365
Праймерни двойки:
Праймер A: GCAAAGCAGAAGTGAGCATG
Праймер В: TAGGACTACAGGCGTGTGC
JlWt - voche.^otode_K\tocJ
CATATGGGTCCACAAGCAACCTCAGTCCTTGTCTCTTCAGAAGAAAGAAT TCTACTGAGGGNCATAAGGCAGAAGGAGAGACCTAGGCAAGTTGCAAAG CAGAAGTGAGCATGTATTAAAAAGCTTTAGAACAGTAAGGAAAGGAAGAA AAGAAAAGAAGGAAAGTTCAACTTGGAAGAGGGCCAAGCCGGCAACTTG GCAGAAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTAAGACCAGTCTGGGCAATATA GTGAGACTCCATCTCTGCATACATACATACATACATACATACATACATACA TACATACATATTGCAGGGTATGATGGCACACGCCTGTAGTCCTAGCTACT CTGGAGGTTGAGATGGGAGGGTCACTGAGCCTGGGAANTTGAGGCTGC NNTGAGCCATGATC
Генна банка ID: L30552
Охарактеризиране на YAC
Подбрани са 8 YAC, покриващи кандидат участъка и фланкиращи празнината. Тези YAC по- нататък се охарактеризират чрез определяне на крайните последователности чрез инверсния- PCR протокол.
Подбраните YAC са: 961_h_9, 942_с_3, 766_f_12, 731_с_7, 907_е_1, 752_g_8, 717_d_3, 745_d_2
Новите STS са основани на крайните последователности (доколкото не е посочено друго, STS се изпитват на монохромозомен панел за картиране за идентифициране химеризма на YAC; ако STS показват такова попадение не върху хромозома 18 q - химерни YACтогава то е означено в текста по- долу):
1. SV32L
Получен от YAC 745_d_2 ляво раменна крайна последователност.
Праймер A: GTTATTACAATGTCACCCTCATT
Праймер В: ACATCTGTAAGAGCTTCACAAACA
ДНК последователност:
ATTCCTTNGTTATTACAATGTCACCCTCATTTAAAAAGTGGAAAGATAAAG AGGAAGCAATCTATTTTTTTCCTTTTTTTCTGATAGCACTTGTTTGTGAAG CTCTTACAGATGTTCTTAAGTAAAATCAACTCCTCCAI I 'Π I I'TTGTAGCA
ACTACACATATTTATCAATAATAGTTCACAAATACATTTTCAAATT
Дължина на амплифицираната последователност: 107 двойки бази (Ьр)
Тази STS няма точно попадение в монохромозомния панел на картиране.
2. SV32R
Получен от YAC 745_d_2 дясно раменна крайна последователност.
Праймер A: ACGTTTCTCAATTGTTTAGTC
Праймер В: TGTCTTGGCATTATTTTTAC
ДНК последователност:
AGACAATGGGAGAAATTGCACTGCCCTGAGTCAGAAATCAGATCTGTTG CCATACAGCTGCCGTTATGTGATCATTTGCAAGTCAACGTTTCTCAATTG TTTAGTCATTTGTAAGACAAAAAGACTGGTTGGATTT CAGAGAATTT GGA ATCCTCCTTCAGGTTTAACAAGCAATAAATGATACTCTTCAGTGTAAAAAT AATGCCAAGACATNATTTGACTTTAAATTAAATCCAAACAAGAT АТ С
Дължина на амплифицираната последователност: 127 Ьр
Тази STS няма точно попадение в монохромозомния панел на картиране.
3. SV11L
Получен от YAC 766_f_12 ляво раменна крайна последователност.
Праймер A: CTATGCTCTGATCTTTGTTACTTT
Праймер В: ATTAACGGGAAAGAATGGTAT
ДНК последователност:
GT CTTTATTTCATATAACTATGCTCTGATCTTTGTTACTTTCTCCTTTTAAC TCAGTTTAAGCTTTATTCTTATTTTCCAGCTGCTGAAGGTATATAGTTAGG TTGTTTATTGGATACCATTCTTTCCCGTTAATGTCAGTGGTTACTGCTATC AATGTAGCAGTTA
Дължина на амплифицираната последователност: 118 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 18 и трябва да бъде локализирана между CHLC.GATA- р6051 и D18S68.
4. SV11R
Получен от YAC 766_f_12 дяснораменна крайна последователност.
Праймер A: AAGGTATATTATTTGTGTCG
Праймер В: АААСТТТТСТТААССТСАТА
ДНК последователност:
AT AAGGT ATATTATTTGTGTC GTG AGTTAAG АААТС АТТААТААСТАТТТТ CAGAATGACAAATGTCATTATATGTTGTAAAAAAGATAAATACGTGAAATT AT GAGGTTAAGAAAAGTTTA
Дължина на амплифицираната последователност: 119 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 18 и следва да бъде локализирана между D18S876 и GCT3G01.
5. SV34L
Получен от YAC 717_d_3 ляво раменна крайна последователност.
Праймер A: TCTACACATATGGGAAAGCAGGA
Праймер В: GCTGGTGGTTTTGGAGGTAGG
ДНК последователност: ACATAAAATGTCGCTCAAAAACAATTATGTGTGTCTACACATATGGGAAA GCAGGAAACAAATTTGTTTACAACATACATTACTTTTGTTTTTTAGGCAAG ATAAAATNTCCTACCTCCAAAACCACCAGCACNGTCCGCAATAACTATAC АТС
Дължина на амплифицираната поледователност: 98 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 18.
6. SV34R
Получен от YAC 717_d_2 дясно раменна крайна последователност.
Праймер A: ATAAGAGACCAGAATGTGATA
Праймер В: TCTTTGGAGGAGGGTAGTC
ДНК последователност:
AATATCATTCTTCACCCACGTTATACATAAGAGACCAGAATGTGATATTGT C ATCTC ACATGGAAAAATCTGCTGTGATCAGTTCCTG AAGCTT GCTGTGA TCCTCCCTTAGGAAAGTAGAAAAATCTTTTTGAAACACTTTATTCTACAAT CAATGAAAATTAGGTGAAGCTACAGAAGCC AGAAATTACTCTAAGATTAG ACAATTATTTAAGANGACCAATTGTCTTTGGTCTTCTTCTGAAGGGTCTG ACTACCCTCCTCCAAAGAATTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCNTGA
Дължина на амплифицираната последователност: 244 bp
Тази STS има попадение с хромозома 1, поради което 717_d_3 е химерна.
7. SV25L
Получен от YAC 731_с_7 ляво раменна крайна последователност.
Праймер A: AAATCTCTTAAGCTCATGCTAGTG
Праймер В: CCTGCCTACCAGCCTGTC
ДНК последователност:
AGTGGAGAGATAGAAAGAGAGGAAGAI I I I I I I i I TTAAATCTCTTAAGCT CATGCTAGTGTAGGTGCTGGCAGGTCTGAACACT CT GT AGGACAGGCTG GTAGGCAGGAA
Дължина на амплифицираната последователност: 72 Ьр
Тази STS няма точно попадение в монохромозомния панел за картиране.
8. SV25R
Получен от YAC 731_с_7 дясно раменна крайна последователност.
Праймер A: TGGGGTGCGCTGTGTTGT
Праймер В: GAGATTTCATGCATTCCTGTAAGA
ДНК последователност:
GGAGGGTGTTNTCACANAAGTCTGGGGTGCGCTGTGTTGTTCATTGTAA AAACCCTTTGGANCATCTGGGAATGTGCTGCCCCACATGTCCAGGTAAC GTTCTCAGGAAGGGGAGGCTGGAAATCTCTGTGTGTTCTTACAGGAATG CATGAAATCTCCCANCCCCTCTTGTTGGAAATTTCCCTCACTTT
Дължина на амплифицираната последователност: 136 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 7; поради това 731_с_7 е химерна.
9.SV31L
Получен от YAC 752_д_8 ляво раменна крайна последователност.
Праймер A: GAGGCACAGCTTACCAGTTCA
Праймер В: АТТСАТТТТСТСАТТТТАТСС
ДНК последователност:
CTTCTCNATGANTGGACAAATGTCATTGGGTCAGCATGAGGCACAGCTT ACCAGTTCAGATTCCAGTAGCTGAGGAACAAATCTTAACTCCAAAAATAA GTAATTGCGTCACTTTGGAGGAATTATTTGACCTTTTCATAACTTTGACAT CACAACAATGAGGGTGAAGTTAGTAAAATAAATGATTATTATGAGGATAA AATGAGAMATGAATTNAGTGCTTAAGACAATGCTTGGTAACTAGTTAAN CCG
Дължина на амплифицираната последователност: 178 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 18 и следва да бъде локализирана между D18S876 и GCT3G01.
10. SV31R
Получен от YAC 752_д_8 дясно раменна крайна последователност.
Праймер A: CAAGATTATGCCTCAACT
Праймер В: TAAGCTCATAATCTGGA
ДНК последователност:
АААСТТТААССААТТТАААСТС С CTAACAGTTCTATAAAATAAGCAAGATT
ATGCCTCAACTTTATGGATAAAGAAATGGAGGCATTAAGAGATAACTAAC
TTGCCCAAGGCCACACAAGTGACTGAGTAAGAATTGCAAAGCCAATGAG
TCTGGCTCCAGAGATTATGAGCTTAATCACCACACTGTGCCACCTCCTGT
GTTTCCTGG
Дължина на амплифицираната последователност: 131 Ьр
Тази STS няма точно попадение в монохромозомния панел за картиране и не дава информация относно химерността на YAC.
11.SV10L
Получен от YAC 942_с_3 ляво раменна крайна последователност.
Праймер A: TCACTTGGTTGGTTAACATTACT
Праймер В: TAGAAAAACAGTTGCATTTGATAT
ДНК последователност:
GGTNTTTCACTTGGTTGGTTAACATTACTTCTAAGT'n I ΓΙΑΊΠΌΠ П I IA TGCTATTGCTAATGGGATTGCTTTCTTAATTTATTTTTTCCAATAGCTTGT TGTTAGTTTATATCAAATGCAACTGI rTTTCTATGCAAATTATGTTTCCT
Дължина на амплифицираната последователност: 130 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 18 и следва да бъде локализирана между CHLC.GATA-p6051 и D18S968.
12. SV10R
Получен от YAC 942_с_3 дясно раменна крайна последователност.
Праймер A: AACCCAAGGGAGCACAACTG
Праймер В: GGCAATAGGCCTTTCCAACAT
ДНК последователност:
TTGGTGGTGCCCTAGGTTTGGCAATTATAAATAAAGCTGCTACAAACATT CATGTGCAGGTCTCCGTGTGGACATAATTTTCCAGTTCATTTGGGTAAAA CCCAAGGGAGCAC AACTGTTGG ATCCTATNATAAAAATATNTCTCGTTTC ATTTAAAAAACCTGGGAAACTATCTNCCCACAGTGGCTGTCCCTTTTTGT ATCCCCACCAACAATGTTGGAAAGCCTATTGCCANCAT
Дължина на амплифицираната последователност: 135 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 18 и следва да бъде локализирана между D18S876 и GCT3G01.
13. SV6L
Получен от YAC 961_h_9 ляво раменна крайна последователност.
Не са създадени праймери, тъй като тази последователност е идентична на известния STR маркер D18S42, който е в действителност картиран в този участък.
Праймер А:
Праймер В:
ДНК последователност:
CATGNCTCACAGTGTTCTGAGGCTGCTCTGGACATGCAATCTTGCATGC TTTTGTCATGACAGGTCTTAAANAGTTTATCAGCTTNCTCAAATAGCTGAA TGACANAACACTGGATTTTTGTTCAAATANCCTATCAACTTGGCNTCTGT GTTGCGGTTGTCACTTGGTAACAAAATAAGTC
Дължина на амплифицираната последователност:
SV6L разпознава D18S42 която трябва да бъде локализирана между WI-7336 и WI-8145 .
14. SV6R
Получен от YAC 961 _h_9 ясно раменна крайна последователност.
Праймер A: TTGTGGATGGCTAAGT
Праймер В: GAAAGTATCAAGGCAGTG
ДНК последователност:
TAATTGACAAATAAAAATTGTATATTTTNCATATTTAACATGTTATGCTAAC АТАТАТАТ GGATTGTGGAATGGCTAAGTCAGAAATTCTTTTAC АТТСАТАТ TTCCATATTATTTACTTTNNGCTTTAAAAAATATGTAAATGANAATACTTAT TTTmCAGTGTCACTOCCTTGATACTnOACATTTNNGTTACATATTATTT CCCTTNCATCTAACAAATATATATTGAGTTTCTATAATGTGTCTGACACTG А
Дължина на амплифицираната последователност: 122 Ьр
SV6R амплифицира сегмент върху хромозома 18. Този сегмент следва да бъде локализиран между WI-2620 и WI-4211.
15. SV26L
Получен от YAC 907_е_1 ляво раменна крайна последователност. Праймер A: TATTTGGTTTGTTTGCTGAGGT
Праймер В: CAAGAAGGATGGATACAAACAAG
TGGTCACTGGTGCCTTATTTGGTTTGTTTGCTGAGGTCATATTTCCTGTG GCCTTCATGCTTGATTTGTTGGAGTCTAGCCATGTAAAANTCTGTTGGAG TCTAGGCATTTAAAAAATAGGTATTTATTGTAATCTTTGCCATTTGCTTGT TTGTATCCATCCTTCTTGGGAAGGCTTTACAGGCATTCAAAAGG
Дължина на амплифицираната последователност: 154 Ьр
Тази STS има попадение с хромозома 13; поради това YAC 907_е_1 е химерна
16. SV26R
Получен от YAC 907_е_1 дясно раменна крайна последователност. Праймер A: CGCTATGCATGGATTTA
Праймер В: GCTGAATTTAGGATGTAA
ДНК последователност:
CGCTATGCATGGATTTAAACTGAGTGTAGTGCACTCACTATGTTGCAGTC Т CTTATTCTAGGTTCCTAATATTTACATCCTAAATTCAGCT
Дължина на амплифицираната последователност: 90 Ьр няма точно попадение в монохромозомния панел за картиране: няма информация относно химерността от тази страна на YAC
Тестване на 3 крайни последователности, фланкиращи празнината в допълнителни YAC: С оглед идентифициране на YAC в противоположните страни на празнината, на Таблица 3 по- долу са показани STS- маркери WI-4211, D18S876 и GCT3G01.
| YACs | STSs | |||||
| WI-4211 | D18S876 | SV31L | SV11R | SV10R | GCT3G01 | |
| 940 Ь 1 | + | + | + | - | - | - |
| 766 f 12 | + | + | + | + | ||
| 846 а 5 | + | - 7 | + | + | ||
| 752 g 8 | + | + | + | + | ||
| 745 d 2 | + | + | + | + | ||
| 961 с 1 | + | + | - | - | ||
| 942 с 3 | + | + | + | + | + | |
| 717 d 3 | - | + | + | -? | + | |
| 972 е 11 | - | + | ||||
| 940 h 10 | + | + | ||||
| 821 е 7 | + | + | ||||
| 731 с 7 | - | + | ||||
| 889 с 4 | + | + | ||||
| 907 е 1 | - | - | + | + | + |
+: позитивно попадение/ -: няма попадение/ ?: забелязват се 2 места, в които се очакват позитивни попадения (в предполагаемия ред на маркерите), но в действителност такива не се наблюдават. Причините за това не са ясни.
YAC 745_d_2 се изключват от по- нататъшен анализ доколкото няма ясно попадение с хромозома 18. От останалите 7 от монохромозомния панел за картиране е определено, че 3 са химерни и 4 не- химерни както е показано на Таблица 4.
Таблица 4
| YAC | Химерни | Хромозома |
| 961_h_9(6) | Не | |
| 942_с_3(10) | Не | |
| 766_f_12(11) | Не | |
| 731_с_7(25) | Да | Хромозома 7 |
| 907_е_1(26) | Да | Хромозома 13 |
| 752_д_8(31) | Не | |
| 717_d_3(34) | Да | Хромозома 1 |
За не- химерни YAC STS, основани на крайната последователност, фланкираща прекъсването (10R, 11R, 31L) се тества върху 14 YAC фланкиращи прекъсването. Показани са припокривания между YAC на противоположни страни от прекъсването: напр. “11R” крайна последователност (766_f_12) установява YAC 766_f_12 и 907_е_1.
След това са подбрани YAC, съдържащи минимума от пътища за нарастване:
Таблица 5
| YAC | Размер | Химерност |
| 961_h_9 | 1180 kb | Не химерна |
| 766_f_12 | 1620 kb | Не химерна |
| 907_е_1 |
Тези три YAC са стабилни както е определено чрез PFGE и техният размер силно съответства на публикуваните размери. Тези YAC се прехвърлят в други дрождеви щамове гостоприемници за рестрикционно картиране.
Експеримент 2
Конструиране на фрагментиран вектор:
Фрагмент на pBLC8.1 с големина 4.5 kb (Lewis et al, 19920), носещ лизин-2 и теломерна последователност директно се клонира в GEM3zf(-), накъсан с EcoRI/Sall. След това в EcoRI мястото се свързва едно End Rescue място. В частично (dATP) запълненото EcoRI място се свързват два олигонуклеотида (верига 1: 5’TTCGGATCCGGTACCATCGAT и 3’ крайна верига 2: 3’GCCTAGGCCATGGTAGCTATT-5’), като по този начин генерират вектора pDF1. Триплетно повторение, съдържащо фрагментирани вектори са конструират чрез клониране на 21 Ьр и 30 bp CAG/CTG адаптер в запълнено с Klenow Pstl място от pDF1. Получава се трансформация и селекция в (CAG)7 и (CTG)10 фрагментиран вектор с ориентацията на повторената последователност 5’ 3’ спрямо теломерата.
Дрождева трансформация:
За трансформиране на YAC клонове 961_h_9, 766_f_12 или 907_е_1 се използва линеаризиран (накъсан с Sall) вектор с помощта на LiAc метода. След трансформация, YAC клоновете се поставят в SDLys панички за подбор на наличието на фрагментирания вектор. След 2-3 дни колониите се поставят в SDLys^rp-Ura’ и SDLys - ТгрUra* панички. Колонии, развивали се в панички SDLys’ - Тгр’ - Ura*, но не и в SDLys’-Trp’-Ura’ съдаржат фрагментираните Yac.
Анализ на фрагментирани YAC
Дрождева ДНК, изолирана от клонове с коректният фенотип се анализират с пулсативна електрофореза (PFGE), последвано от оцветяване и хибридизация с Lys-2 гена и оразмерените фрагменти YAC се изпитват чрез сравняване с ДНК стандарти с известна дължина.
End Rescue:
Фрагментирани YAC, охарактеризирани с общия за други фрагментирани YAC размер, показателен за наличието на голямо CAG или CTG триплетно повторение, се накъсват с един от ензимите от мястото End Rescue, свързват се и се използват за трансформиране на Е. coli. След като трансформираната бактерия порастне, се изолира плазмидната ДНК и краищата на последователностите, фланкиращи изолираните тринуклеотидни повторения се подлагат на съгласуване.
Съгласуването показва, че фрагментирани Yac с еднаква дължина са всички фрагментирани в едно и също място. С идентифицираните последователности се провежда Blast Search на GenBank база данни за идентифициране хомологията с известни последователности. Пълната последователност, покриваща CAG или CTG повторенията на фрагментираните YAC е получена чрез козмидно съгласуване, с помощта на секвенционно специфични праймери и праймери за разкъсване, както е описано по- рано (Fuentes et al. 1992 Hum. Genet. 101: 346- 350) или c използването на кит на “genom walker” (Clontech Laboratories, Palo Alto, USA) и описан в Siebert et al. Nucleic Acid Res (1995) 23(6): 1087- 1088 u Siebert et al (1995) CLONTECHniques X(ll): 7-
3.
Резултати:
YAC 961_h_9 клон се трансформира с (CAG)7 или (CTG)10 фрагментационен вектор. Векторът CTG не показва наличие на каквото и да е CTG повторение. Анализът на дванадесет (CAG)7 фрагментирани YAC показва, че пет от тях притежават един и същи размер от приблизително 100 kb. End Rescue е представен с EcoRI и съгласуването на три от тези фрагменти показва, че всички те споделят крайната последователност, показана с наклонени букви на Фигура 15а. BLAST изследването на Genbank база данни с тази последователност показва наличието на секвенцонна хомология с САР2 гена (GenBank accession number: L40377). Последователността, покриваща CAG повторението, показана на Фигура 15а е получена както чрез козмидно съгласуване, така и със съгласуване с “genom walker”. Последователността се картира между маркери D18S56 и WI3170 чрез картиране на STS съдържанието.
YAC 766-М2 се фрагментира с помощта на (CAG)7 или (CTG)10 фрагментационен вектор. Отново (CTG)10 вектора не показва наличие на никакво повторение. Анализ на двадесет (CAG)7 фрагментирани YAC показва наличието на две групи фрагменти с един и същ размер: пет с приблизително 650 kb и два с приблизително 50 kb.
End Rescue се провежда с помощта на ECORI върху четири от фрагментираните YAC с 650 kb. Съгласуването потвърждава, че те всички споделят идентични 3’ краища, охарактеризирани с последователността, показана с наклонени букви на Фигура 16а. Blast Search показва хомология на тази последователност с последователността от семейството на Alu повторенията. Последователността, покриваща CAG повторението, показана на Фигура 16а е получена чрез козмидно съгласуване.
Последователността между маркери WI-2620 и WI-4211 се картира чрез картиране на STS съдържанието върху YAC картата на подреждането.
End Rescue също се провежда върху двата фрагмента от 50 kb. Съгласуването показва последователността, показана с наклинени букви на Фигура 17а. Blast Search показва отсъствие на секвенционна хомология с която и да е известна последователност. Съгласуване на козмида позволява идентифициране на пълното секвенционно покриване на CAG повторенията, показано на Фигура 17а. Последователността е картирана между маркери D18S968 и D18S875 чрез картиране на STS съдържанието върху YAC картата на подреждането.
Клонът YAC 907_е_1 се трансформира с фрагментационните вектори (CAG)7 или (CTG)10. Векторът (CAG)7 не показва наличие на каквото и да е CAG повторение. Анализът на двадесет и шест (CTG)10 фрагментирани YAC показва, че двадесет и един от тях имат еднакъв размер от порядъка на 900 kb. End Rescue се провежда с Kpnl върху три фрагментирани YAC с този размер. Съгласуването показва нуклеотидната последователност, представена с наклонени букви на Фигура 18а. Blast Search показва наличието на хомология на тази последователност с маркера GCT3G01 (GenBank accession number: G09484). Последователността, покриваща CTG повторението е получена от GenBank Database. Последователността се картира между маркери 10R и WI-528.
Claims (47)
1. Приложение на 8.9 сМ участък от човешката хромозома 18q, разположена между полиморфни маркери D18S68 и D18S979 или техен фрагмент за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително мутантни или полиморфни негови варианти, който се асоциира с психосоматично разстройство или сродно на него разстройство.
2. Приложение на YAC включващ част от човешка хромозома 18q, разположена между полиморфни маркери D18S60 и D18S61 за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително мутантни или полиморфни негови варианти, който се асоциира с психосоматично разстройство или сродно на него разстройство.
3. Приложение съгласно претенция 2, където посочената част включва участък от хромозома 18q между полиморфни маркери D18S68 и D18S979 или фрагмент на този участък.
4. Приложение съгласно претенция 2 или 3, където посоченият YAC клон е 961 _h_9, 942_с_3, 766_f_12, 731_с_7, 907_е_1, 752_д_8 или 717_d_3.
5. Приложение съгласно претенция 4, където посоченят YAC клон е 961_h_9, 766_f_12 или 907_е_1.
6. Приложение съгласно която и да е от предходните претенции, където посоченото психосоматично разстройство или сродно на него разстройство е избрано от таксономията по Диагностично и Статистическо Ръководство за психични разстройства, версия 4 (DSM-IV) и включва психосоматични разстройства (296.ХХ, 300.4, 311, 301, 13, 295.70), шизофрения и сродни разстройства (295, 297.1, 298.9, 297.3, 298.9), безпокойство (300.ХХ, 309.81, 308.3), разстройство на регулирането (309.ХХ) и персонални разстройства (кодове 301.XX).
7. Метод за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително негови мутантни или полиморфни варианти, които се асоциират с психосоматично разстройство или сродно разстройство, което включва установяване на нуклеотидни триплетни повторения в участък на човешка хромозома 18q, разположена между полиморфни маркери D18S68 и D18S979.
8. Метод за идентифициране на най- малко един човешки ген, включително негови мутантни или полиморфни варианти, които се асоциират с психосоматично разстройство или сродно разстройство, което включва фрагментиране на YAC клон както е определено в която и да е от претенции 2 до 4 и установяване на нуклеотидни триплетни повторения.
9. Метод съгласно претенция 7 или 8, където посоченото триплетно повторение е CAG или CTG.
10. Метод съгласно претенция 9, където посоченото триплетно повторение е установено посредством сонда, включваща най- малко 5 CTG и/или CAG повторения.
11. Метод за идентифициране на на най- малко един човешки ген, включващ мутантни или полиморфни негови варианти, които се асоциират с психосоматично разстройство или сродно разстройство, където посоченият ген се намира в ДНК, включена в YAC клоновете както са определени в която и да е от претенции от 2 до 5, който метод включва етапа на установяване на експресионен продукт на посоченият ген с антитяло, способно да разпознае протеин с амино киселинна последователност, съдържаща верига от най- малко 8 непрекъснати глутаминови остатъка.
12. Метод съгласно претенция 11, където посочената ДНК формира част от човешка сДНК експресионна библиотека.
13. Метод съгласно претенция 11 или претенция 12, където посоченото антитяло е mAB 1С2.
14. Метод за получаване на карта на подреждане на YAC клонове от участъка на човешка хромозома 18q между полиморфните маркери D18S60 и D18S61, който включва етапите:
a) субкпониране на YAC клоновете съгласно която и да е от претенции от 2 до 5 в екзон улавящи вектори;
b) използвайки нуклеотидните последователности, показани на която и да е от Фигури от 1 до 11 или друга известна последователности от YAC подреждането описано тук или негова част, състояща се от не по- малко от 14 непрекъснати бази или техни комплементи, за установяване на припокривания между козмидните вектори, и
c) конструиране на козмидна карта на подреждане на YAC клон от посоченият участък.
15. Метод за идентифициране на най- малко един човешки ген или негов мутантен или полиморфен вариант, които са асоциирани с психосоматично разстройство или сродно на него, който включва етапите на:
a) трансфектиране на клетки на бозайник с ДНК последователности, клонирани в екзон улавящ вектор, както е осъществено в претенция 14;
b) култивиране на посочените клетки на бозайник в подходяща среда;
c) изолиране на РНК транскрибти, експресирани от промотор SV40;
d) изготвяне на сДНК от посочените РНК транскрибти;
e) идентифициране на случаите на срастване, включващи екзоните на ДНК, субклонирани в посоченият екзон улавящ вектор съгласно претенция 14 за уточняване позициите на кодиращи участъци в посочената субклонирана ДНК;
f) Установяване различията между посочените кодиращи участъци и еквивалентните участъци в ДНК на един индивид, засегнат от посоченото психосоматично разстройство или сродно на него; и
д) идентифициране на посоченият ген или неговите мутантни или полиморфни форми, който се асоциира с посоченото психосоматично разстройство или сродно на него.
16. Метод за идентифициране на поне един човешки ген или мутантни или полиморфни негови варианти, който се асоциира с психосоматично разстройство или сродно на него, който включва етапите на:
a) субклониране на YAC клонове съгласно която и да е от претенции от 2 до 5 в козмид, ВАС, РАС или друг вектор;
b) използване на нуклеотидните последователности показани на която и да е от фигурите от 1 до 11 или която и да е друга известна присъединена последователност от съседните YAC, описани тук или част от тях, състояща се от не по- малко от 14 съседни бази или комплементни на тях, за установяване на припокривания между субклоновете и структурата на тяхната карта;
c) идентифициране на позицията на гените в субклонираната ДНК чрез идентифициране на един или повече CpG острови, зоо- блотинг, хибридизация на посочената субклонирана ДНК с сДНК библиотека или Нортерн блот на тРНК от панел на култура клетъчни линии;
d) установяване на различията между посочените гени и еквивалентни участъци на ДНК от един индивид, засегнат от психосоматично разстройство или сродно такова; и
e) идентифициране на посоченият ген който, ако може да бъде открит, се асоциира с посоченото психосоматично разстройство или сродно на него.
17. Изолиран човешки ген, включително негови мутантни или полиморфни варианти, които се асоциират с психосоматично разстройство или сродно такова, който може да бъде получен по метода съгласно която и да е от претенции 7 до 13, 15 или 16.
18. Човешки протеин, който, ако може да бъде открит, се асоциира с психосоматично разстройство или сродно на него, който е продукта на експресия на гена съгласно претенция 17.
19. сДНК кодираща протеина от претенция 18, който може да бъде получен по метода съгласно която и да е от претенции от 7 до
13,15 или 16.
20. Приложение на сонда от най- малко 14 съседни нуклеотида от сДНК от претенции 19 или комплементната на тях в метод за установяване в пациент на патологична мутация или генетична вариация, свързана с психосоматично разстройство или сродно на него, който метод включва хибридизация на посочената сонда с проба от посоченият пациент и от контролен индивид.
21. Молекула нуклеинова киселина, която включва последователност от нуклеотиди както е показано на която и да е от фигури 15а, 16а, 17а или 18а.
22. Молекула нуклеинова киселина, която включва последователност от нуклеотиди, която се отличава от последователността от нуклеотиди, както е показано на която и да е от Фигури 15а, 16а, 17а или 18а само в обхвата на тринуклеотидните повторения.
23. Протеин, кодиран от молекула нуклеинова киселина съгласно претенция 21.
24. Протеин, кодиран от молекула нуклеинова киселина съгласно претенция 22.
25. Метод за определяне податливостта на даден индивид на психосоматично разстройство или сродно на него, който метод включва анализиране на проба от ДНК от този индивид за наличието на ДНК полиморфизъм, асоцииран с психосоматично разстройство или сродно разстройство в участък от хромозома 18q, разположен между полиморфните маркери D18S68 и D18S979.
26. Метод съгласно претенция 25, където посоченият ДНК полиморфизъм е в обхвата на тринуклеотидно повторение.
27. Метод съгласно претенция 26, където посоченият обхват на тринуклеотидно повторение е включен в нуклеотидната последователност, която се отличава от последователността от нуклеотиди, показана на която и да е от Фигури 15а, 16а, 17а или 18а само в посоченият тринуклеотиден обхват.
28. Метод съгласно претенция 26 или 27, който включва етапите на:
а) получаване на ДНК проба от даденият индивид;
в) осигуряване на праймери, подходящи за амплифицирането на нуклеотидна последователност, включена в последователността, показана на която и да е от Фигури 15а, 16а, 17а или 18а, като тези праймери са фланкиращи тринуклеотидните повторения, включени в посочената последователност;
c) прилагане на посочените праймери в посочената ДНК сонда и провеждане на реакция на амплификация;
d) провеждане на същата реакция на амплификация на ДНК сонда от контролен индивид; и
e) сравняване на резултатите от реакцията на амплификация за дадения индивид и за дадения контролен индивид;
където наличието на амплифициран фрагмент от дадения индивид, който е по- голям по размер от този на дадения контролен индивид е индикация за наличието на податливост на психосоматично разстройство или сродна на него разстройство на същия индивид.
29. Метод съгласно претенция 28, където нуклеотидната последователност за амплификация е включена в последователността, показана на фигура 15а и посочените праймери имат последователностите, показани на Фигура 15а.
30. Метод съгласно претенция 28, където посочената нуклеотидна последователност за амплифициране е включена в последователността, показана на Фигура 16а и посочените праймери имат последователността, показана на Фигура 16Ь.
31. Метод съгласно претенция 28, където посочената нуклеотидна последователност за амплифициране е включена в последователността, показана на Фигура 17а и посочените праймери притежават последователностите, показани на Фигура 17Ь.
32. Метод съгласно претенция 28, където посочената нуклеотидна последователност за амплифициране е включена в последователността, показана на Фигура 18а и посочените праймери имат последователностите, показани на Фигура 18Ь.
33. Метод за определяне податливостта на даден индивид на психосоматично разстройство или сродно на него, който включва етапите на:
a) получаване на протеинова проба от дадения индивид; и
b) установяване наличието на протеина от претенция 24; където присъствието на посоченият протеин е индикация за податливостта на посоченият индивид на психосоматично разстройство или сродно на него такова.
34. Метод съгласно претенция 33, където посоченият протеин се установява с антитяло, което е способно да разпознае верига от най- малко 8 съседни глутамина.
35.
Метод съгласно претенция 34, антитяло е mAB 1С2.
36. Нуклеинова киселина съгласно където посоченото претенция 21 за приложение като медикамент за лечение на психосоматично разстройство или сродно на него такова.
37. Протеин съгласно претенция 23 за приложение като медикамент за лечение на психосоматично разстройство или сродно на него разстройство.
38. Фармацевтичен състав, който включва нуклеинова киселина съгласно претенция 21 и фармацевтично приемлив носител.
39. Фармацевтичен състав, който включва протеин съгласно претенция 23 и фармацевтично приемлив носител.
40. Вектор на експресия който включва последователност от нуклеотиди съгласно претенции 21 или 22.
41. Репортерен плазмид, който включва промоторният участък на молекула нуклеинова киселина съгласно претенция 21 или 22, позициониран възходящо на репортерния ген, който кодира репортерна молекула така че експресията на посоченият репортерен ген е контролирано от посоченият промоторен участък.
42. Клетъчна линия, трансфектирана с вектора на експресия съгласно претенция 40.
43. Еукариотична клетка или многоклетъчна тъкан или организъм, включващ трансген, който кодира протеин съгласно претенции 23 или 24.
44. Метод за установяване дали дадено съединение е енхансер или инхибитор на експресия на ген, асоцииран с психосоматично разстройство или сродно на него такова, който включва етапите на:
a) контактуване на клетка съгласно претенция 42 с посоченото съединение;
b) установяване и/или количествено определяне наличието на който и да е тРНК транскрибт, съответстващ на нуклеинова киселина съгласно претенции 21 или 22; и
c) сравняване нивото на транскрибция на посочената нуклеинова киселина с нивото на транскрибция на същата нуклеинова киселина в клетка съгласно претенция 42, която не е изложена на въздействието на посоченото съединение;
45. Метод за определяне дали дадено съединение е енхансер или инхибитор на експресия на ген, асоциирано с психосоматично разстройство или сродно на него такова, който включва етапите на:
a) контактуване на клетка съгласно претенция 42 с посоченото съединение;
b) установяване и/или количествено определяне експресията на протеин съгласно претенции 23 или 24 и
с) сравняване нивото на експресия на посоченият протеин с това на същия протеин в клетка, която не е изложена на въздействието на посоченото съединение.
46. Метод за определяне дали дадено съединение е енхансер или инхибитор на експресия на ген, асоцииран с психосоматично разстройство или сродно на него такова, който включва етапите на:
a) контактуване на клетка, трансфектирана с репортерен плазмид съгласно претенция 41 с посоченото съединение;
b) установяване или количествено определяне количеството на експреси раната репортерна молекула; и
c) сравняване на посоченото количество с количеството на експресия на посочената репортерна молекула в клетка, съдържаща посоченият репортерен плазмид и не изложена на посоченото съединение.
47. Съединение, идентифицирано като енхансер или инхибитор на експресията на ген, асоцииран с психосоматично разстройство или сродно на него такова по метода съгласно претенции 44 до 46.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GBGB9726804.9A GB9726804D0 (en) | 1997-12-18 | 1997-12-18 | Mood disorder gene |
| PCT/EP1998/008543 WO1999032643A2 (en) | 1997-12-18 | 1998-12-17 | Mood disorder gene |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| BG104533A true BG104533A (bg) | 2001-04-30 |
Family
ID=10823856
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| BG104533A BG104533A (bg) | 1997-12-18 | 2000-06-15 | Ген за психоматични разстройства |
Country Status (13)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP1038015B1 (bg) |
| JP (1) | JP2001526897A (bg) |
| AT (1) | ATE329044T1 (bg) |
| AU (1) | AU2514999A (bg) |
| BG (1) | BG104533A (bg) |
| CA (1) | CA2314437A1 (bg) |
| DE (1) | DE69834831T2 (bg) |
| ES (1) | ES2262256T3 (bg) |
| GB (1) | GB9726804D0 (bg) |
| HU (1) | HUP0100409A3 (bg) |
| PL (1) | PL341814A1 (bg) |
| TR (1) | TR200001965T2 (bg) |
| WO (1) | WO1999032643A2 (bg) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1285260A4 (en) * | 2000-04-25 | 2006-02-01 | Spectrumedix Llc | ELECTROPHORESIS OF BIOLOGICAL MOLECULES CARRIED OUT WITHOUT DENATURENTS IN HIGH TEMPERATURE CONDITIONS |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AU7089896A (en) * | 1995-09-23 | 1997-04-09 | Medical Research Council | Screening for disorders of serotonergic dysfunction |
| FR2741088B1 (fr) * | 1995-11-10 | 1998-01-30 | Centre Nat Rech Scient | Methode de traitement de maladies neurodegeneratives mettant en oeuvre un anticorps ic2, un fragment ou derive de celui-ci et compositions pharmaceutiques correspondantes |
| EP0983380A4 (en) * | 1996-03-29 | 2001-02-14 | Univ California | METHOD FOR TREATING BIPOLAR MIND DISEASE, INCLUDING MARKERS ON CHROMOSOME 18Q |
-
1997
- 1997-12-18 GB GBGB9726804.9A patent/GB9726804D0/en not_active Ceased
-
1998
- 1998-12-17 HU HU0100409A patent/HUP0100409A3/hu unknown
- 1998-12-17 JP JP2000525561A patent/JP2001526897A/ja active Pending
- 1998-12-17 AU AU25149/99A patent/AU2514999A/en not_active Abandoned
- 1998-12-17 CA CA002314437A patent/CA2314437A1/en not_active Abandoned
- 1998-12-17 WO PCT/EP1998/008543 patent/WO1999032643A2/en not_active Ceased
- 1998-12-17 ES ES98966865T patent/ES2262256T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1998-12-17 EP EP98966865A patent/EP1038015B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1998-12-17 AT AT98966865T patent/ATE329044T1/de not_active IP Right Cessation
- 1998-12-17 TR TR2000/01965T patent/TR200001965T2/xx unknown
- 1998-12-17 DE DE69834831T patent/DE69834831T2/de not_active Expired - Fee Related
- 1998-12-17 PL PL98341814A patent/PL341814A1/xx not_active Application Discontinuation
-
2000
- 2000-06-15 BG BG104533A patent/BG104533A/bg unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| HUP0100409A2 (hu) | 2001-06-28 |
| GB9726804D0 (en) | 1998-02-18 |
| JP2001526897A (ja) | 2001-12-25 |
| WO1999032643A2 (en) | 1999-07-01 |
| DE69834831T2 (de) | 2007-02-01 |
| TR200001965T2 (tr) | 2000-12-21 |
| ES2262256T3 (es) | 2006-11-16 |
| PL341814A1 (en) | 2001-05-07 |
| WO1999032643A3 (en) | 1999-10-21 |
| EP1038015B1 (en) | 2006-06-07 |
| DE69834831D1 (de) | 2006-07-20 |
| AU2514999A (en) | 1999-07-12 |
| HUP0100409A3 (en) | 2003-09-29 |
| CA2314437A1 (en) | 1999-07-01 |
| ATE329044T1 (de) | 2006-06-15 |
| EP1038015A2 (en) | 2000-09-27 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Flavigny et al. | Identification of two novel mutations in the ventricular regulatory myosin light chain gene (MYL2) associated with familial and classical forms of hypertrophic cardiomyopathy | |
| JP4723550B2 (ja) | 生存運動ニューロン（ｓｍｎ）遺伝子；脊髄筋萎縮 | |
| Hes et al. | Genotype-phenotype correlations in families with deletions in the von Hippel-Lindau (VHL) gene | |
| Jeschke et al. | A high risk phenotype of hypertrophic cardiomyopathy associated with a compound genotype of two mutated β-myosin heavy chain genes | |
| KR20000062427A (ko) | 질병의 대규모 유전자형 식별방법 및 척수소뇌성 운동실조 타입 6의 진단방법 | |
| US6566064B1 (en) | Method for anticipating sensitivity to medicine for osteoporosis | |
| AU693562B2 (en) | Method and probes for detecting markers bound to the locus of child spinal muscular atrophies | |
| Growney et al. | Evolutionary divergence of the mouse and human Lgn1/SMA repeat structures | |
| Kanters et al. | Novel donor splice site mutation in the KVLQT1 gene is associated with long QT syndrome | |
| BG104533A (bg) | Ген за психоматични разстройства | |
| AU2004249919B2 (en) | Methods for the diagnosis and prognosis of Alzheimer's disease | |
| JP2006121961A (ja) | 顎骨骨幹異形成症ｇｄｄの原因遺伝子ｇｄｄ１とその用途 | |
| JP4776841B2 (ja) | 脈管形成分野におけるＫｒｉｔ１遺伝子の使用 | |
| Moric-Janiszewska et al. | Mutational screening of SCN5A linked disorders in Polish patients and their family members | |
| JP2000316577A (ja) | 成人発症ｉｉ型シトルリン血症の診断方法 | |
| CN115927354B (zh) | 一种sh3tc2基因致病突变体及其在制备腓骨肌萎缩症4c型诊断试剂盒中的应用 | |
| JP4048555B2 (ja) | 骨粗鬆症薬剤感受性予測方法 | |
| US7803538B2 (en) | Method for detecting Alzheimer's disease | |
| JP3684921B2 (ja) | 骨粗鬆症薬剤感受性予測方法 | |
| CZ20002282A3 (cs) | Gen asociovaný s poruchou nálady, jeho použití a způsob identifikace | |
| Ging | Investigating the Role of Modifiers in Trinucleotide Repeat Diseases | |
| CN116004799A (zh) | Crtap致病突变体及在制备脆骨症ⅶ型诊断试剂盒中的应用 | |
| Goossens | Cloning of candidate genes for bipolar disorder starting from expanded trinucleotide repeats | |
| Esterhuizen | Duchenne muscular dystrophy: mutation profiling in view of the emerging gene-based therapies | |
| HK1090392B (en) | Methods for the diagnosis and prognosis of alzheimer's disease |