BRPI0615001A2 - método e uso de anticorpo para prever a resposta ao tratamento bem como kit e uso de um inibidor de dimerização de her - Google Patents

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Abstract

MéTODO E USO DE ANTICORPO PARA PREVER A RESPOSTA AO TRATAMENTO BEM COMO KIT E USO DE UM INIBI- DOR DE DIMERIZAçãO DE HER A invenção refere-se a um método de prever a resposta a um tratamento com um inibidor de dimerização de HER em um paciente, que compreende as etapas de avaliar um gene marcador ou uma combinação de genes marcadores selecionados a partir do grupo que consiste em um gene marcador de fator de crescimento epidérmico, fator de crescimento transformante alfa e HER2 ou uma combinação de genes marcadores que compreende um gene marcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir de um gene marcador de fator de crescimento epidérmico, fator de crescimento transformante alfa e HER2 em uma amostra biológica do paciente e prever a resposta ao tratamento com o inibidor de dimerização de HER no paciente pela avaliação dos resultados da primeira etapa. Usos e métodos adicionais em que esses marcadores são usados são descritos.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "MÉTODO EUSO DE ANTICORPO PARA PREVER A RESPOSTA AO TRATAMENTOBEM COMO KIT E USO DE UM INIBIDOR DE DIMERIZAÇÃO DE HER".
Campo da invenção
A presente invenção refere-se a um método para prever a res-posta a um tratamento com um inibidor de dimerização de HER em um paci-ente, que compreende as etapas de avaliar um gene marcador ou uma com-binação de genes marcadores selecionados a partir do grupo que consisteem um gene marcador de fator de crescimento epidérmico, fator de cresci-mento transformante alfa e HER2 ou uma combinação de genes marcadoresque compreende um gene marcador de anfiregulina e um gene marcadorselecionado a partir de um gene marcador de fator de crescimento epidérmi-co, fator de crescimento transformante alfa e HER2 em uma amostra biológi-ca do paciente e prever a resposta ao tratamento com o inibidor de dimeri-zação de HER no paciente pela avaliação dos resultados da primeira etapa.Usos e métodos adicionais em que esses marcadores são usados são des-critos.
Antecedentes da Invenção
A família do receptor do fator de crescimento epidérmico huma-no (ErbB ou HER) compreende quatro membros (HER1-4) que, através daativação de uma cascata de sinal complexa, são mediadores importantes docrescimento, sobrevivência e diferenciação celular. Pelo menos 11 produtosgênicos diferentes da superfamília do fator de crescimento epidérmico (EGF)se ligam a três desses receptores, EGFR (também chamado ErbBI ouHER1), HER3 (ErbB3) e HER4 (ErbB4). Embora não tenha sido identificadonenhum Iigante que se ligue e ative HER2 (ErbB2 ou neu), o conhecimentovigente é que HER2 é um correceptor que age em conjunto com outros re-ceptores HER para amplificar e em alguns casos iniciar a sinalização recep-tor-ligante. Dimerização com o mesmo tipo de receptor (homodimerização)ou outro membro da família HER (heterodimerização) é essencial para suaatividade. HER2 é o parceiro de dimerização preferido para outros membrosda família HER. O papel da família HER em diversos tipos de tumor epitelialestá bem documentado e levou ao desenvolvimento racional de novos agen-tes para o câncer direcionados especificamente aos receptores de HER. Oanticorpo monoclonal (MAb) anti-HER2 humanizado recombinante trastuzu-mab é um padrão de tratamento em pacientes com câncer de mama metas-tático (MBC) HER2-positivo. Superexpressão/amplificação de proteína/geneHER2, que ocorre em 20-30% de casos de câncer de mama, é um pré-requisito para tratamento com trastuzumab.
Pertuzumab (Omnitarg®; anteriormente 2C4) é o primeiro deuma nova classe de agentes conhecidos como inibidores de dimerização deHER (HDIs). Pertuzumab se liga a HER2 no seu domínio de dimerização,assim inibindo sua habilidade de formar complexos de receptores diméricosativos e assim bloqueando a cascata de sinal a jusante que no final resultaem crescimento e divisão celular. Pertuzumab é um anticorpo monoclonalrecombinante completamente humanizado direcionado contra o domínio ex-tracelular de HER2. Ligação de Pertuzumab à HER2 sobre células epiteliaishumanas evita que HER2 forme complexos com outros membros da famíliaHER (incluindo EGFR, HER3, HER4) e provavelmente também homodimeri-zação de HER2. Pelo bloqueio da formação de complexo, Pertuzumab evitaos efeitos estimulatórios de crescimento e sinais de sobrevivência celularativados por Iigantes de HER1, HER3 e HER4 (por exemplo, EGF, TGFa,anfiregulina, e as heregulinas). Outros nomes para Pertuzumab são 2C4 ouOmnitarg®. Pertuzumab é um anticorpo monoclonal recombinante comple-tamente humanizado baseado nas seqüências estruturais de IgGI(K) huma-no. A estrutura de Pertuzumab consiste em duas cadeias pesadas (449 resí-duos) e duas cadeias leves (214 resíduos). Comparado a Trastuzumab(Herceptin®), Pertuzumab tem 12 diferenças de aminoácido na cadeia leve e29 diferenças de aminoácido na cadeia pesada de lgG1.
WO 2004/092353 e WO 2004/091384 apresentam investigaçõesde que a formação de heterodímeros de Her2 com outros receptores deveestar ligada à eficácia e compatibilidade de Pertuzumab.
Zabrecky, J.R. et ai, J. Biol. Chem. 266 (1991) 1716-1720 des-crevem que a liberação do domínio extracelular de Her2 pode ter implica-ções na oncogênese e sua detecção poderia ser útil como um diagnóstico decâncer. Colomer1 R. et ai, Clin. Câncer Res. 6 (2000) 2356-2304 descrevemdomínio extracelular de Her2 circulante e resistência a quimioterapia emcâncer de mama avançado. Os valores prognósticos e preditivos do domínioextracelular de Her2 são revisados por Hait, W.N., Clin. Câncer Res. 7(2001)2601-2604.
Sumário da invenção
Ainda há uma necessidade de fornecer métodos adicionais paradeterminar a progressão da doença em um paciente com câncer tratado cominibidor de dimerização de HER.
Portanto, em uma modalidade da invenção, é fornecido um mé-todo de prever a resposta a um tratamento com um inibidor de dimerizaçãode HER em um paciente que compreende as etapas de
a) avaliar em uma amostra biológica do paciente
- um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionados a partir do grupo que consiste em um gene marcador de fatorde crescimento epidérmico, fator de crescimento transformante alfa e HER2ou uma
- combinação de genes marcadores que compreende um genemarcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir de umgene marcador de fator de crescimento epidérmico, fator de crescimentotransformante alfa e HER2, e
b) prever a resposta ao tratamento com o inibidor de dimerização de HER nopaciente pela avaliação dos resultados de etapa a).
Em outra modalidade da invenção, uma sonda que hibridiza como polinucleotídeo marcador do fator de crescimento epidérmico, do fator decrescimento transformante alfa ou de HER2 sob condições estringentes ouum anticorpo que se liga à proteína marcadora do fator de crescimento epi-dérmico, do fator de crescimento transformante alfa ou de HER2 é usadopara prever a resposta ao tratamento com inibidor de dimerização de HERem um paciente ou uma sonda que hibridiza com um polinucleotídeo marca-dor de anfiregulina, de fator de crescimento epidérmico, de fator de cresci-mento transformante alfa ou de HER2 sob condições estringerites ou umanticorpo que se liga à proteína marcadora de anfiregulina, de fator de cres-cimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa ou de HER2é usado para selecionar uma composição para inibir a progressão de doençaem um paciente.
Em ainda outra modalidade da invenção, é fornecido um kit quecompreende uma sonda que anela com o polinucleotídeo marcador de anfi-regulina, de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento trans-formante alfa ou de HER2 sob condições estringentes ou um anticorpo quese liga à proteína marcadora de anfiregulina, de fator de crescimento epi-dérmico, de fator de crescimento transformante alfa ou de HER2.
Ainda em outra modalidade da invenção, é fornecido um métodode selecionar uma composição para inibir a progressão de doença em umpaciente, o método compreendendo:
a) expor separadamente alíquotas de uma amostra biológica deum paciente com câncer na presença de uma variedade de composições deteste;
b) comparar o nível de expressão de um gene marcador ou umacombinação de genes marcadores selecionados a partir do grupo que con-siste no gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento epidérmico,de fator de crescimento transformante alfa e de HER2 nas alíquotas da a-mostra biológica postas em contato com as composições de teste e o nívelde expressão de um gene marcador ou uma combinação de genes marcado-res selecionados a partir do grupo que consiste no gene marcador de anfire-gulina, de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento trans-formante alfa e de HER2 em uma alíquota da amostra biológica não postaem contato com as composições de teste,
c) selecionar uma das composições de teste que altera o nívelde expressão do gene marcador ou da combinação de genes marcadores naalíquota que contém a composição de teste em relação à alíquota não postaem contato com a composição de teste em que pelo menos 10% de diferen-ça entre o nível de expressão do gene marcador ou da combinação de ge-nes marcadores na alíquota da amostra biológica posta em contato com acomposição de teste e o nível de expressão do gene marcador ou da combi-nação de genes marcadores correspondentes na alíquota da amostra bioló-gica não posta em contato com a composição de teste é uma indicação paraa seleção da composição de teste.
Em ainda outra modalidade da invenção, é fornecido um métodode produzir um agente candidato, o dito método compreendendo:
a) colocar uma alíquota de uma amostra biológica de um pacien-te com câncer em contato com o agente candidato e determinar o nível deexpressão de um gene marcador ou de uma combinação de genes marcado-res selecionados a partir do grupo que consiste no gene marcador de anfire-gulina, de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento trans-formante alfa e de HER2 na alíquota,
b) determinar o nível de expressão de um gene marcador cor-respondente ou de uma combinação de genes marcadores correspondentesem uma alíquota da amostra biológica não posta em contato com o agentecandidato,
c) observar o efeito do agente candidato pela comparação donível de expressão do gene marcador ou combinação de genes marcadoresna alíquota da amostra biológica posta em contato com o agente candidato eo nível de expressão do gene marcador correspondente ou combinação degenes marcadores correspondentes na alíquota da amostra biológica nãoposta em contato com o agente candidato,
d) produzir o dito agente a partir do dito efeito observado, emque pelo menos 10% de diferença entre o nível de expressão do gene mar-cador ou combinação de genes marcadores na alíquota da amostra biológicaposta em contato com o agente candidato e o nível de expressão do genemarcador correspondente ou combinação de genes marcadores na alíquotada amostra biológica não posta em contato com o agente candidato é umaindicação de um efeito do agente candidato.
Ainda em outra modalidade, é fornecido um agente candidatoproduzido pelo método de acordo com a invenção ou uma preparação far-macêutica que compreende um agente de acordo com a invenção.
Ainda em outra modalidade da invenção, é fornecido um agentede acordo com a invenção para a preparação de uma composição para otratamento de câncer.
Em ainda outra modalidade da invenção, é fornecido um métodode produzir um fármaco que compreende as etapas do método da invençãoe
i) sintetizar o agente candidato identificado na etapa (c) ou umanálogo ou derivado desse em uma quantidade suficiente para fornecer odito fármaco em uma quantidade terapeuticamente eficaz a um indivíduo;e/ou
ii) combinar o fármaco candidato e o agente candidato identifica-do na etapa (c) ou um análogo ou derivado desse com um veículo farmaceu-ticamente aceitável.
Ainda em outra modalidade da invenção, uma proteína marcado-ra ou um polinucleotídeo marcador selecionado a partir do grupo que consis-te na proteína marcadora ou polinucleotídeo marcador de anfiregulina, defator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfae de HER2 é usado para produzir um agente candidato ou para selecionaruma composição para inibir a progressão de uma doença em um paciente.
Em outra modalidade da invenção, um inibidor de dimerizaçãode HER é usado para a fabricação de um medicamento para tratar um paci-ente humano com câncer caracterizado pelo fato de que o dito tratamentoinclui avaliar em uma amostra biológica do paciente
- um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionados a partir do grupo que consiste em um gene marcador de fatorde crescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa e deHER2ou uma
- combinação de genes marcadores que compreende um genemarcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir do genemarcador de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento trans-formante alfa e de HER2.O artigo "um" e "uma" são usados aqui para se referir a um oumais do que um (isto é, a pelo menos um) do objeto gramatical do artigo.Como forma de exemplo, "um elemento" significa um elemento ou mais deum elemento.
O termo "amostra biológica" deve significar geralmente qualqueramostra biológica obtida a partir de um indivíduo, fluido corporal, linhagemcelular, cultura de tecido, ou outra fonte. Fluidos corporais são, por exemplo,linfa, soro, plasma, urina, sêmen, líquido sinovial ou líquido espinhal. Méto-dos para obter biópsias de tecido e fluidos corporais de mamíferos são bemconhecidos na técnica. Se o termo "amostra" for usado sozinho, ele aindasignificará que a "amostra" é uma "amostra biológica", isto é, os termos sãousados intercambiavelmente.
Os termos "resposta ao tratamento com um inibidor de dimeriza-ção de HER" ou "resposta de um paciente ao tratamento com um inibidor dedimerização de HER" se referem ao benefício clínico conferido a um pacien-te que sofre de uma doença ou condição (tal como câncer) a partir, ou comoum resultado, do tratamento com o inibidor de dimerização de HER. Um be-nefício clínico inclui uma remissão completa, uma remissão parcial, uma do-ença estável (sem progressão), sobrevida livre de progressão, sobrevidalivre de doença, melhora no tempo para progressão (da doença), melhora notempo para morte, ou melhora no tempo de sobrevida global do paciente apartir, ou como um resultado, do tratamento com o inibidor de dimerizaçãode HER. Esses são critérios para determinar a resposta à terapia e essescritérios permitem comparações da eficácia a tratamentos alternativos (Sla-pak & Kufe, Principies of Câncer Therapy, in Harrison's Principies of InternaiMedicine, 13a edição, eds. Isselbacher et ai, McGraw-HiII, Inc., 1994). Porexemplo, uma resposta completa ou remissão completa de câncer é o desa-parecimento de toda a doença maligna detectável. Uma resposta parcial ouremissão parcial de câncer pode ser, por exemplo, uma diminuição de apro-ximadamente 50 por cento no produto dos diâmetros mais perpendicularesde uma ou mais lesões ou onde não há aumento no tamanho de nenhumalesão ou o aparecimento de novas lesões.Como usado aqui, o termo "progressão de câncer" inclui e podese referir à metástase; uma recorrência de câncer, ou um aumento de pelomenos aproximadamente 25 por cento no produto do diâmetro mais perpen-dicular de uma lesão ou o aparecimento de novas lesões. A progressão decâncer, preferivelmente câncer de mama, é "inibida" se recorrência ou me-tástase do câncer for reduzida, atrasada, retardada, ou evitada.
O termo "Tempo para progressão/morte (TTP)" é um sinônimode "Sobrevida livre de Progressão (FPS)". Ele descreve uma meta clínicafreqüentemente usada em testes de oncologia. Aqui, a medida para cadapaciente é igual ao tempo decorrido desde o início do tratamento de um pa-ciente em um teste (como definido no protocolo do teste) até a detecção deuma progressão de malignidade (como definido no protocolo do teste) ou aocorrência de qualquer fatalidade (o que ocorrer primeiro). Se a observaçãodo paciente foi paralisada (por exemplo, no final do estudo) após um períodoe nenhum evento foi observado, então esse tempo de observação t é cha-mado "censura".
O termo "Tempo para morte (TTD)" é um sinônimo para "Sobre-vida Global (OS)". Ele descreve uma meta clínica freqüentemente usada emtestes de oncologia. Aqui a medida para cada paciente é igual ao tempo de-corrido desde o inicio do tratamento de um paciente em um teste (conformedefinido no protocolo) até a ocorrência de qualquer fatalidade. Se a observa-ção do paciente foi paralisada (por exemplo, no final do estudo) após umperíodo t e o paciente sobreviveu a esse tempo, então esse tempo de obser-vação t é chamado "censura".
O termo "covariável" tem o seguinte significado. As metas clíni-cas são freqüentemente consideradas em modelos de regressão, onde ameta representa a variável dependente e os biomarcadores representam asvariáveis independentes principais ou alvos (regressores). Se variáveis adi-cionais do grupo de dados clínicos forem consideradas essas são chamadascovariáveis (clínicas). O termo "covariável clínica" é usado aqui para descre-ver toda a informação clínica sobre o paciente, que está em geral disponívelno início. Essas covariáveis clínicas compreendem informação demográficacomo sexo, idade, etc., outras informações de anamnese, doenças concomi-tantes, terapias concomitantes, resultado de exames físicos, parâmetros delaboratório comuns obtidos, propriedades conhecidas do tumor-alvo, infor-mação que quantifica a extensão de doença maligna, avaliações de desem-penho clínico como ECOG ou índice de Karnofsky, estadiamento clínico dadoença, ajuste e resultado de pré-tratamentos e histórico da doença assimcomo informação similar, que pode estar associada com o prognóstico clínico.
O termo "análise bruta ou não ajustada" se refere aqui a análisesde regressão, onde sobre os biomarcadores considerados nenhuma covari-ável clínica adicional foi usada no modelo de regressão, nem como fatoresindependentes nem como covariável estratificante.
O termo "ajustado por covariáveis" se refere a análises de re-gressão, onde sobre os biomarcadores considerados, foram usadas covariá-veis clínicas adicionais no modelo de regressão, tanto como fatores inde-pendentes ou como covariável estratificanté.
O termo "univariado" se refere aqui a modelos de regressão ouabordagens gráficas onde como variável independente apenas um dos bio-marcadores-alvo é parte do modelo. Esses modelos univariados podem serconsiderados com e sem covariáveis clínicas adicionais.
O termo "multivariado" se refere aqui a modelos de regressão ouabordagens gráficas onde como variáveis independentes mais de um dosbiomarcadores-alvo são parte do modelo. Esses modelos multivariados po-dem ser considerados com e sem covariáveis clínicas adicionais.
"Nucleotídeos" são "nucleosídeos" que incluem ainda um grupofosfato ligado covalentemente à porção de açúcar do nucleosídeo. Para a-queles "nucleosídeos" que incluem um açúcar pentofuranosil, o grupo fosfatopode estar ligado tanto na posição 2', 3' ou 5' da porção de hidroxila do açú-car. Um "nucleotídeo" é a "unidade monomérica" de um "oligonucleotídeo",mais geralmente conhecido aqui como "composto oligomérico", ou um "poli-nucleotídeo", mais geralmente conhecido como um "composto polimérico".Outra expressão geral para isso é ácido desoxirribonucleico (DNA) e ácidoribonucleico (RNA). Como usado aqui o termo "polinucleotídeo" é sinônimode "ácido nucleico".
O termo "sonda" refere-se a ácidos nucleicos produzidos sinteti-camente ou biologicamente (DNA ou RNA) que, por desenho ou seleção,contem seqüências de nucleotídeo específicas que permitem que elas hibri-dizem especificamente sob estringências predeterminadas definidas (isto é,preferivelmente) a "ácidos nucleicos". Uma "sonda" pode ser identificadacomo uma "sonda de captura" significando que ela "captura" o ácido nuclei-co para que ele possa ser separado de materiais indesejáveis que podemmascarar sua detecção. Uma vez que a separação é realizada, a detecçãodo "ácido nucleico alvo" capturado pode ser obtida usando um procedimentoadequado. "Sondas de captura" já estão freqüentemente ligadas a uma fasesolida. De acordo com a presente invenção, ao termo "hibridização" sob"condições estringentes" é dado o mesmo significado que em Sambrook etal. (Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor LaboratoryPress (1989), parágrafo 1.101- 1.104). Preferivelmente, uma "hibridizaçãoestringente" é o caso quando um sinal de hibridização ainda é detectávelapós lavagem em SSC 1x e SDS a 0,1% a 50°C, preferivelmente a 55°C,mais preferivelmente a 62°C, e o mais preferivelmente a 68°C, e mais prefe-rivelmente por 1 hora com SSC 0,2x e SDS a 0,1% a 50°C, preferivelmentea 55°C, mais preferivelmente a 62°C, e o mais preferivelmente a 68°C. Acomposição do tampão SSC é descrita em Sambrook et al. (Molecular Clo-ning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)).
Um "polinucleotídeo transcrito" é um polinucleotídeo (por exem-pio, um RNA, um cDNA, ou um análogo de um de um RNA ou cDNA) que écomplementar ou homólogo a toda ou a uma porção de um RNA maduro portranscrição de um gene, tal como o gene marcador da invenção, e proces-samento pós-traducional normal (por exemplo, "splicing"), se houver, dotranscrito. O termo "cDNA" é uma abreviação para DNA complementar, acópia de DNA de fita simples ou fita dupla de um mRNA. O termo "mRNA" éuma abreviação de mRNA o RNA que serve como um molde para síntese deproteína.O termo "gene marcador" pretende incluir um gene que é útil deacordo com essa invenção para determinar a progressão de câncer em umpaciente, particularmente em um paciente com câncer de mama. Ele tam-bém pode ser chamado de gene marcador de câncer, preferivelmente cân-cer de mama. O termo "polinucleotídeo marcador" pretende incluir transcritode nucleotídeo (hnRNA ou mRNA) codificado por um gene marcador de a-cordo com a invenção, ou cDNA derivado do transcrito de nucleotídeo, ouum segmento do dito transcrito ou cDNA.
O termo "proteína marcadora" ou "polipeptídeo marcador" pre-tende incluir proteína ou polipeptídeo codificado por um gene marcador deacordo com a invenção, ou um polipeptídeo ou fragmento de proteína quecompreende a dita proteína marcadora.
O termo "produto gênico" pretende incluir polinucleotídeo mar-cador e proteína marcadora codificados pelo gene referido.
A expressão de um gene marcador difere "significativamente" donível de expressão do gene marcador em uma amostra de referência se onível de expressão do gene marcador em uma amostra do paciente diferir donível em uma amostra do indivíduo de referência por uma quantidade maiordo que o erro padrão do ensaio empregado para avaliar expressão, e prefe-rivelmente pelo menos 10%, e mais preferivelmente 25%, 50%, 75%, 100%,125%, 175%, 200%, 300%, 400%, 500% ou 1000% dessa quantidade. Alter-nativamente, expressão do gene marcador no paciente pode ser considera-da "significativamente" menor do que o nível de expressão em um indivíduocontrole se o nível de expressão em uma amostra do paciente for menor doque o nível em uma amostra do indivíduo de controle por uma quantidademaior do que maior do que o erro padrão do ensaio empregado para avaliarexpressão, e preferivelmente pelo menos 10%, e mais preferivelmente 25%,50%, 75%, 100%, 125%, 150%, 175%, 200%, 300%, 400%, 500% ou 1000%dessa quantidade.
Um polinucleotídeo marcador ou uma proteína marcadora "cor-responde a" outro polinucleotídeo marcador ou proteína marcadora se ele forrelacionado ao outro, particularmente preferido ele é idêntico ao outro.Os termos "nível de expressão (levei of expression)" e "nível deexpressão (expression levei)" são usados intercambiavelmente e geralmentese referem à quantidade de um polinucleotídeo ou um produto de aminoáci-do ou proteína na amostra. "Expressão" geralmente se refere ao processopelo qual uma informação codificada por um gene é convertida nas estrutu-ras presentes e operantes na célula, portanto de acordo com a invenção otermo "expressão" de um gene (marcador) inclui transcrição em um polinu-cleotídeo, tradução em uma proteína e até mesmo modificação pós-traducional da proteína. Fragmentos dos polinucleotídeos transcritos, da pro-teína traduzida ou da proteína modificada pós-traducionalmente tambémdevem ser considerados como expressos quer eles tenham se originado porexemplo de um transcrito gerado por "splicing" alternativo, um transcrito de-gradado ou a partir de um processamento pós-traducional da proteína, porexemplo, por proteólise. Como usado aqui, "genes expressos" incluem aque-les que são transcritos em um polinucleotídeo como mRNA e então traduzi-dos em uma proteína. Esse termo deve incluir também os genes expressosque são transcritos em RNA que não traduzidos em uma proteína (por e-xemplo, RNAs de transferência e ribossomal). Os termos "superexpressão" e"subexpressão" se referem a um desvio para cima ou para baixo, respecti-vãmente, nos níveis de expressão quando comparados ao nível de expres-são basal em uma amostra usada como um controle, "superexpressão" éportanto também "expressão aumentada" e "subexpressão" é "expressãoreduzida".
O termo "anfiregulina" refere-se a um gene que codifica umaproteína e à proteína em si que é um membro da família do fator de cresci-mento epidérmico. Ele é um fator de crescimento autócrino assim como ummitógeno para astrócitos, células de Schwann, e fibroblastos. Ele está rela-cionado ao fator de crescimento epidérmico (EGF) e fator de crescimentotransformante alfa (TGF-alfa). Essa proteína interage com o receptor deEGF/TGF-alfa para promover o crescimento de células epiteliais normais einibe o crescimento de certas linhagens celulares de carcinoma agressivo.De acordo com a invenção, a seqüência de aminoácido de anfiregulina é aseqüência de aminoácido de acordo com SEQ ID NO: 1. De acordo com ainvenção, a seqüência de ácido nucleico do cDNA de anfiregulina é a se-qüência de ácido nucleico de acordo com SEQ ID NO: 5 que é acessível noGenBank com o número de acesso NM_001657.
O termo "fator de crescimento transformante alfa" refere-se a umgene que codifica uma proteína e à proteína em si que é um membro da fa-mília de fatores de crescimento transformantes (TGFs). Esses são polipeptí-deos biologicamente ativos que conferem de forma reversível o fenótipotransformado em células em cultura. "Fator de crescimento transformantealfa" mostra cerca de 40% de homologia de seqüência com o fator de cres-cimento epidérmico e compete com EGF pela ligação ao receptor de EGF,estimulando sua fosforilação e produzindo uma resposta mitogênica. De a-cordo com a invenção, a seqüência de aminoácido do "fator de crescimentotransformante-alfa" é a seqüência de aminoácido de acordo com SEQ IDNO: 3. De acordo com a invenção, a seqüência de ácido nucleico do cDNAdo "fator de crescimento transformante-alfa" é a seqüência de ácido nucleicode acordo com SEQ ID NO: 7 que está acessível no GenBank com o númerode acesso NM_003236.
O termo "fator de crescimento epidérmico" refere-se a um geneque codifica uma proteína e à proteína em si que é um membro da família defatores de crescimento. "Fator de crescimento epidérmico (EGF)" tem umefeito profundo sobre a diferenciação de células especificas in vivo e é umpotente fator mitogênico para uma variedade de células em cultura tanto deorigem ectodérmica quando mesodérmica. Acredita-se que o precursor deEGF exista como uma molécula ligada à membrana que é clivada proteoliti-camente para gerar o hormônio peptídico de 53 aminoácidos que estimulaas células a se dividir. De acordo com a invenção, a seqüência de aminoáci-do do "fator de crescimento epidérmico" é a seqüência de aminoácido deacordo com SEQ ID NO: 2. De acordo com a invenção, a seqüência de ácidonucleico do cDNA do "fator de crescimento epidérmico (EGF)" é a seqüênciade ácido nucleico de acordo com SEQ ID NO: 6 que é acessível no GenBankcom o número de acesso NM_001963. O "Receptor do Fator de Crescimen-to Epidérmico" abreviado como EGFR, uma glicoproteína de 170-kD, é com-posta de um domínio extracelular N-terminal, um domínio transmembranahidrofóbico, e uma região intracelular C-terminal que contém o domínio qui-nase. O mRNA tem variantes diferentes traduzidas em diferentes proteínasreceptoras. De acordo com a invenção, a seqüência de aminoácido do "re-ceptor do fator de crescimento epidérmico" é a seqüência de aminoácido deacordo com SEQ ID NO: 11 (variante de transcrito 1, número de acesso doGenBank NM_005228), SEQ ID NO: 12 (variante de transcrito 2, número deacesso do GenBank NM_201282), SEQ ID NO: 13 (variante de transcrito 3,número de acesso do GenBank NM_201283), SEQ ID NO: 14 (variante detranscrito 4, número de acesso do GenBank NM_201284). EGFR, codificadopelo gene erbB1, tem sido implicado causalmente em malignidade humana.Em particular, expressão aumentada de EGFR foi observada em câncer demama, bexiga, pulmão cabeça, pescoço, e estômago assim como em glio-blastomas. A dimerização induzida por Iigante de EGFR ativa o domínio RTKintrínseco (um domínio de homologia de Src 1, SH1), resultando em autofos-forilação em seis resíduos de tirosina específicos de EGFR na cauda não-catalítica do domínio citoplasmático. Os efeitos celulares da ativação de EG-FR em uma célula de câncer incluem proliferação aumentada, promoção demobilidade celular, adesão, invasão, angiogênese, e sobrevivência aumen-tada da célula pela inibição de apoptose. EGFR ativado induz proliferação decélula tumoral através da estimulação da cascata de proteína quinase ativa-da por mitógeno (MAPK).
Os termos "neu humano", c-erbB-2", "erbB2", MerbB-2", "HER-2/neu", "Her2" e "HER-2" são usados aqui intercambiavelmente. O termo"Her2" refere-se a um gene que codifica uma proteína e à proteína em si queé um membro da família do receptor do fator de crescimento epidérmico(EGF) de receptor tirosina quinase. Essa proteína não tem seu próprio do-mínio de ligação a Iigante e portanto não pode se ligar a fatores de cresci-mento. Entretanto, ela se liga fortemente a outros membros da família dereceptor de EGF ligados a Iigante que formam um heterodímero, estabilizan-do a ligação ao Iigante e aumentado a ativação mediada por quinase de viasde sinalização a jusante, tais como aquelas que envolvem proteína quinaseativada por mitógeno e fosfatidilinositol-3 quinase. Variações alélicas nasposições de aminoácido 654 e 655 da isoforma a (posições 624 e 625 daisoforma b) foram relatadas, com o alelo mais comum, Ne654/lle655 sendopreferido de acordo com a invenção. Amplificação e/ou superexpressão des-se gene foi relatada em vários cânceres, incluindo tumores de mama e ova-riano. "Splicing' alternativo resulta em várias variantes de transcrito adicio-nais, algumas codificando isoformas diferentes e outras que ainda não foramcompletamente caracterizadas. De acordo com a invenção, a seqüência deaminoácido de Her2 é a seqüência de aminoácido de acordo com SEQ IDNO: 4. De acordo com a invenção, a seqüência de ácido nucleico do cDNAde "Her2" é a seqüência de ácido nucleico de acordo com SEQ ID NO: 8 queé acessível no GenBank com o número de acesso NM_004448.2.
O "domínio extracelular de Her2" ou "domínio extracelular livrede Her2" é uma glicoproteína de entre 97 e 115 kDa que corresponde subs-tancialmente ao domínio extracelular do produto do gene Her2 humano. Elepode ser referido como p105 (Zabrecky, J.R. et ai, J. Biol. Chem. 266 (1991)1716-1720; US 5.401.638; US 5.604.107). A quantificação e detecção dodomínio extracelular de Her2 são descritas em US 5.401.638 e US5.604.107.
O termo "Her3" significa outro membro da família do receptor dofator de crescimento epidérmico (EGFR) de receptores tirosina quinase. Es-sa proteína ligada à membrana não tem um domínio quinase ativo. A proteí-na pode se ligar a Iigantes mas não transmite um sinal para dentro da célula.Ela forma heterodímeros com outros membros da família de receptor deEGF que têm atividade de quinase, o que leva a proliferação e diferenciaçãocelular. Amplificação desse gene e/ou superexpressão dessa proteína é en-contrada em vários cânceres. De acordo com a invenção, a seqüência deaminoácido do cDNA de "Her3" é a seqüência de aminoácido de acordo comSEQ ID NO: 9 que é acessível no GenBank a partir da tradução da seqüên-cia de ácido nucleico de Her3 com o número de acesso NM 001005915. Deacordo com a invenção, a seqüência de ácido nucleico do cDNA de "Her3" éa seqüência de ácido nucleico de acordo com SEQ ID NO: 10 que é acessí-vel no GenBank com o número de acesso NM 001005915.
O termo "anticorpo" é usado aqui no sentido mais abrangente ecobre especificamente anticorpos monoclonais intactos, anticorpos policlo-nais, anticorpos multiespecíficos (por exemplo, anticorpos biespecíficos)formados a partir de pelo menos dois anticorpos intactos, e fragmentos deanticorpo contanto que eles exibam a atividade biológica desejada.
O termo "anticorpo monoclonal" como usado aqui refere-se a umanticorpo obtido a partir de uma população de anticorpos substancialmentehomogênea, isto é, os anticorpos individuais que compreendem a populaçãosão idênticos exceto por possíveis mutações de ocorrência natural que po-dem estar presentes em pequenas quantidades. Anticorpos monoclonais sãoaltamente específicos, estando direcionados contra um único sítio antigêni-co. Além disso, ao contrario de preparações de anticorpo monoclonal queincluem anticorpos diferentes direcionados contra determinantes diferentes(epítopos), cada anticorpo monoclonal é direcionado contra um único deter-minante sobre o antígeno. Além de sua especificidade, os anticorpos mono-clonais são vantajosos em que eles podem ser sintetizados não contamina-dos por outros anticorpos. O modificador "monoclonal" indica o caráter doanticorpo como sendo obtido a partir de uma população substancialmentehomogênea de anticorpos, e não deve ser considerado como requerendoprodução do anticorpo por nenhum método particular. Por exemplo, os anti-corpos monoclonais a serem usados de acordo com a presente invençãopodem ser feitos pelo método do hibridoma primeiro descrito por Kohler, G.et al, Nature 256 (1975) 495-497, ou podem ser feitos por métodos de DNArecombinante (veja, por exemplo US 4.816.567). "Fragmentos de anticorpo"compreendem uma porção de um anticorpo intacto.
Um anticorpo "que se liga" a um antígeno de interesse de acordocom a invenção é um que é capaz de se ligar àquele antígeno com afinidadesuficiente tal que o anticorpo é útil em detectar a presença do antígeno. Oanticorpo de acordo com a invenção é um que se liga a Her2 humano e nãoreage (significativamente) com outras proteínas. Em tais modalidades, a ex-tensão de ligação do anticorpo a outras proteínas será menor do que 10%como determinado por análise de separação celular ativada por fluorescên-cia (FACS) ou radioimunoprecipitação (RIA).
Dimerização - o pareamento de receptores - é essencial para aatividade de sinalização de todos os receptores HER. De acordo com a in-venção, o termo "inibidor de dimerização de Her" ou preferivelmente "inibidorde heterodimerização de Her2" refere-se a um agente terapêutico que seliga a Her2 e inibe a heterodimerização de Her2. Esses são preferivelmenteanticorpos, preferivelmente anticorpos monoclonais, mais preferivelmenteanticorpos humanizados que se ligam a Her2 e inibem a heterodimerizaçãode Her2. Exemplos de anticorpos que se ligam a HER2 incluem 4D5, 7C2,7F3 ou 2C4 assim como variantes humanizadas desses, incluindo hu-MAb4D5-l, huMAb4D5-2, huMAb4D5-3, huMAb4D5-4, huMAb4D5-5, hu-MAb4D5-6, huMAb4D5-7 e huMAb4D5-8 como descrito na Tabela 3 de Pat.U.S. N0 5.821.337; e mutantes de 2C4 números 560, 561, 562, 568, 569,570, 571, 574, ou 56869 como descrito em WO 01/00245. 7C2 e 7F3 e vari-antes humanizadas desses são descritos em WO 98/17797. Esse termo nãodeve se aplicar a anticorpos monoclonais como trastuzumab comercializadosob o nome de Herceptin® já que o mecanismo de ação é diferente e já queesse anticorpo não inibe a dimerização de Her.
Preferido por todo o pedido é o "anticorpo 2C4", em particular avariante humanizada desse (WO 01/00245; produzido pela linhagem celularde hibridoma depositada com a American Type Culture Collection, Manas-sass, VA, EUA sob ATCC BH-12697), que se liga a uma região no domínioextracelular de Her2 (por exemplo, qualquer um ou mais resíduos na regiãodesde cerca do resíduo 22 a cerca de resíduo 584 de Her2, inclusive). O"epítopo 2C4" é a região no domínio extracelular de ErbB2 à qual o anticorpo2C4 se liga. A expressão "anticorpo monoclonal 2C4" refere-se a um anti-corpo que tem resíduos de ligação de antígeno de, ou derivadas do, anticor-po 2C4 murino dos Exemplos em WO 01/00245. Por exemplo o anticorpomonoclonal 2C4 pode ser anticorpo monoclonal murino 2C4 ou uma variantedesse, tal como anticorpo humanizado 2C4, que possui resíduos de aminoá-cido de ligação a antígeno de anticorpo monoclonal murino 2C4. Exemplosde anticorpos 2C4 humanizados são fornecidos no Exemplo 3 de WO01/00245. A menos que indicado de outra maneira, a expressão "rhuMab2C4" quando usada aqui refere-se a um anticorpo que compreende as se-quências da cadeia leve variável (VL) e pesada variável (VH) de SEQ IDNos. 3 e 4 de WO 01/00245, respectivamente, fundidas a seqüências de re-gião constante leve e pesada de IgGI humana (não alotipo A) opcionalmen-te expressas por uma célula de Ovário de Hamster Chinês (CHO). Modali-dades preferidas de WO 01/00245 também são preferidas aqui. O anticorpohumanizado 2C4 também é chamado pertuzumab (Omnitarg®)
Um "kit" é qualquer produto manufaturado (por exemplo, emba-lagem ou recipiente) que compreende pelo menos um reagente, por exem-plo, uma sonda, para detectar especificamente um gene ou proteína marca-dora da invenção. O produto manufaturado é preferivelmente promovido,distribuído, ou comercializado como uma unidade para executar os métodosda presente invenção.
Os verbos "determinar" e "avaliar" terão o mesmo significado esão usados intercambiavelmente por todo o pedido.
Descrição detalhada da invenção
Técnicas convencionais de biologia molecular e química de áci-do nucleico, que estão dentro da perícia na técnica, são explicados na litera-tura. Veja, por exemplo, Sambrook J. et ai, Molecular Cloning: A LaboratoryManual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Novalorque, 1989; Gait, M.J. (ed.), Oligonucleotide synthesis - a practical approa-ch, IRL Press Limited, 1984; Hames, B.D. & Higgins, S.J. (Eds.), Nucleic acidhybridization - a practical approach, IRL Press Limited, 1985; e uma série,Methods in Enzymology, Academic Press, Inc., todos os quais estão incorpo-rados aqui por referência. Todas as patentes, pedidos de patente, e publica-ções mencionadas aqui, tanto acima como abaixo, estão incorporados aquipor referência.
Em uma modalidade da invenção, é fornecido um método deprever a resposta a um tratamento com um inibidor de dimerização de HERem um paciente que compreende as etapas de
a) avaliar em uma amostra biológica do paciente
- um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionado a partir do grupo que consiste em um gene marcador de fator decrescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa e deHER2 ou uma
- combinação de genes marcadores que compreende um genemarcador de anfiregulina, e um gene marcador selecionado a partir de umgene marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimentotransformante alfa e de HER2, e
b) prever a resposta ao tratamento com o inibidor de dimerização de HER nopaciente pela avaliação dos resultados da etapa a).
Preferivelmente, no método de acordo com a invenção, a etapa
a) de avaliar o gene marcador ou a combinação de genes marcadores com-preende
a1) avaliar o nível de expressão do gene marcador ou da combi-nação de genes marcadores,
a2) determinar se o nível de expressão avaliado na etapa a1)está acima ou abaixo de um valor limite.
O valor limite é preferivelmente um valor expresso em mas-sa/volume para soro sangüíneo ou plasma sangüíneo ou massa/massa paratecido tumoral. Ele pode ser medido por métodos conhecidos do versado natécnica e também descritos por essa invenção.
Em uma modalidade preferida da invenção, se o valor de limiteestiver acima ou abaixo do valor de limite, a resposta ao tratamento pode serdeterminada. Com relação ao uso de um único gene marcador de acordocom a invenção, a situação é como se segue para pacientes com câncermetastático. Isso pode, entretanto depender da indicação, mas pode ser de-terminado com base na descrição dessa invenção. Com relação ao genemarcador de fator de crescimento transformante alfa sozinho, baixos níveisde expressão são favoráveis para sobrevida livre de progressão (tempo paramorte ou progressão) e sobrevida global (tempo para morte) quando o tra-tamento com um inibidor de dimerização de HER for considerado para paci-ente com câncer de mama metastático com baixa expressão de Her2, isto é,um baixo nível de expressão de fator de crescimento transformante alfa pre-diz uma boa resposta nesses pacientes a um tratamento com um inibidor dedimerização de HER (veja figura 7). Esse é o caso tanto para covariáveisclínicas brutas como ajustadas. Portanto, é preferido que o nível de expres-são avaliado na etapa a1) do gene marcador de fator de crescimento trans-formante alfa esteja abaixo do valor de limite para prever uma boa respostaa um tratamento com um inibidor de dimerização de HER em pacientes comcâncer de mama metastático com baixa expressão de Her2. Esse também éo caso para o gene marcador Her2 sozinho nesses pacientes, particularmen-te para o domínio extracelular solúvel, e o gene marcador de fator de cres-cimento epidérmico sozinho nesses pacientes.
Com relação ao gene marcador de anfiregulina sozinho, em umaanálise bruta, baixos níveis de expressão são favoráveis para sobrevida livrede progressão (tempo para morte ou progressão) e sobrevida global (tempopara morte) quando tratamento com um inibidor de dimerização de HER éconsiderado em pacientes com câncer de mama metastático com baixa ex-pressão de Her2, isto é, um baixo nível de expressão do gene marcador deanfiregulina prediz uma boa resposta a um tratamento com um inibidor dedimerização de HER nesses pacientes. Esse é o caso tanto para covariáveisclínicas brutas como ajustadas. Análises ajustadas para covariáveis clínicasindicam que altos níveis de expressão são favoráveis para sobrevida livre deprogressão (tempo para morte ou progressão) e sobrevida global (tempopara morte) após tratamento com um inibidor de dimerização de HER nes-ses pacientes.
Já que genes marcadores, em particular no soro, podem ser u-sados em modelos de previsão de múltiplos marcadores incluindo potenci-almente outras covariáveis clínicas, a direção de um efeito benéfico de umúnico gene marcador dentro de tais modelos não pode ser determinada deuma forma simples, e pode contradizer a direção encontrada em análisesunivariadas, isto é, a situação descrita para o uso de um único gene marca-dor.
Mais preferivelmente, no método de acordo com a invenção, ovalor de limite é determinado antes da etapa a1) do método da invenção por
1) avaliar o nível de expressão do gene marcador ou da combi-nação de genes marcadores em uma variedade de amostras biológicas depacientes antes do tratamento com o inibidor de dimerização de HER1
2) tratar os pacientes com o inibidor de dimerização de HER1
3) correlacionar a resposta dos pacientes tratados com o inibidorde dimerização de HER ao nível de expressão do gene marcador ou dacombinação de genes marcadores determinado na etapa a) determinandoassim o valor de limite.
O valor de limite é preferivelmente um valor expresso em mas-sa/volume para soro sangüíneo ou plasma sangüíneo ou massa/massa paratecido tumoral.
A presente invenção também considera mutantes ou variantesdos genes marcadores de acordo com a presente invenção e usados nosmétodos de acordo com a invenção. Nesses mutantes ou variantes a se-qüência nativa do gene marcador é alterada por substituições, deleções ouinserções. "Seqüência nativa" refere-se a uma sequencia de aminoácido ouácido nucleico que é idêntica a uma forma selvagem ou nativa de um geneou proteína marcadora.
A presente invenção também considera mutantes ou variantesdas proteínas de acordo com a presente invenção e usadas nos métodos deacordo com a invenção. "Seqüência de aminoácido mutante", "proteína mu-tante" ou "polipeptídeo mutante" refere-se a um polipeptídeo que tem umaseqüência de aminoácido que é diferente de uma seqüência nativa ou é co-dificada por uma seqüência de nucleotídeo feita intencionalmente diferentede uma seqüência nativa. "Proteína mutante", "proteína variante" ou "muteí-na" significa uma proteína que compreende uma seqüência de aminoácidomutante e inclui polipeptídeos que diferem da seqüência de aminoácido daproteína nativa de acordo com a invenção devido a deleções, substituiçõesde aminoácidos ou ambos.A presente invenção também considera um método de prever aresposta a um tratamento com uma combinação de um inibidor de dimeriza-ção de HER e outra substância ou agente como um agente quimioterápicoou anticorpo terapêutico usado para tratar câncer. O agente quimioterápicopode ser, por exemplo, gencitabina (Gemzar®; nome químico: 2',2'-difluorodesoxicitidina (dFdC)), carboplatina (diamina-ciclobutano-1,1-dicarboxilato(2-)-0,0')-platina), ou paclitaxel (Taxol®, nome químico: éster β-(benzoilamino)-a-hidróxi-,6,12b-bis(acetilóxi)-12-(benzoilóxi)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-dodeca-hidro-4,11-di-hidróxi-4a,8,13,13-tetrametil-5-oxo-7,11 -metano-1 H-ciclodeca(3,4)benz(1,2-b)oxet-9-ílico deácido, (2aR-(2a-a,4-P,4a-P,6-P,9-a(a-R*,P-S*), 11 -a, 12-a, 12a-a, 2b-a))-benzenopropanoico).
Em uma modalidade preferida da invenção, a amostra biológicaé soro sangüíneo, plasma sangüíneo ou tecido tumoral. Tecido tumoral podeser tecido tumoral embebido em parafina fixado com formalina ou tecido tu-moral fresco congelado.
Em outra modalidade preferida da invenção, o inibidor de dimeri-zação de HER inibe a heterodimerização de HER2 com EGFR ou HER3 ouHer4. Preferivelmente, o inibidor de dimerização de HER é um anticorpo,preferivelmente o anticorpo 2C4. Preferido por todo o pedido é o "anticorpo2C4", em particular a variante humanizada desse (WO 01/00245; produzidopela linhagem celular de hibridoma depositada com a American Type CultureCollection, Manassass, VA1 EUA sob ATCC HB-12697), que se liga a umaregião no domínio extracelular de Her2 (por exemplo, qualquer um ou maisresíduos na região desde cerca de resíduo 22 a cerca de resíduo 584 deHer2, inclusive). Exemplos de anticorpos 2C4 humanizados são fornecidosno Exemplo 3 de WO 01/00245. O anticorpo humanizado 2C4 também échamado Omnitarg® ou pertuzumab.
Ainda em outra modalidade preferida da invenção, o paciente éum paciente com câncer, preferivelmente um paciente com câncer de mama,câncer ovariano, câncer de pulmão ou câncer de próstata. O paciente comcâncer de mama é preferivelmente um paciente com câncer de mama me-tastático ou paciente com câncer de mama com baixa expressão de HER2ou metastático, ou um paciente com câncer de mama com alta expressão deHer2 ou metastático. O paciente com câncer ovariano é preferivelmente umpaciente com câncer ovariano metastático. O paciente com câncer de pul-mão é preferivelmente um paciente com câncer de pulmão de células nãopequenas (NSCLC).
É preferido que dois, três ou todos os quatro genes marcadores,polinucleotídeos marcadores ou proteínas marcadoras sejam usados emcombinação, isto é, usados em todas as modalidades descritas da invençãoou métodos, usos ou kits de acordo com a invenção. Preferivelmente, o nívelde expressão de
- uma combinação do gene marcador, proteína marcadora oupolinucleotídeo marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator decrescimento transformante alfa e de HER2,
- uma combinação de genes marcadores que compreende umgene marcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir deum gene marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator de cresci-mento transformante alfa e de HER2,
- uma combinação do gene marcador, proteína marcadora oupolinucleotídeo marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator decrescimento transformante alfa e de HER2, ou
- uma combinação do gene, proteína ou polinucleotídeo marca-dor de fator de crescimento transformante alfa e de HER2 é avaliada.
Em uma modalidade particularmente preferida da invenção, acombinação de genes marcadores consiste no:
- gene marcador de fator de crescimento transformante alfa e doHEr2.
- gene marcador de fator de crescimento transformante alfa e defator de crescimento epidérmico, ou
- gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento epi-dérmico, de fator de crescimento transformante alfa e de HER2.
Em outra modalidade particularmente preferida da invenção, acombinação de genes marcadores consiste no:
- gene marcador de fator de crescimento epidérmico e de HER2,
- gene marcador de anfiregulina e de fator de crescimento epi-dérmico,
- gene marcador de anfiregulina e de fator de crescimento trans-formante alfa,
- gene marcador de anfiregulina e de HER2,
- gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento epi-dérmico, e de fator de crescimento transformante alfa,
- gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento epi-dérmico, e de HER2,
- gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento trans-formante alfa e de HER2, ou
- gene marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator decrescimento transformante alfa e de Her2.
Em uma modalidade preferida da invenção, o nível de expressãodo gene marcador ou da combinação de genes marcadores na amostra éavaliada pela detecção do nível de expressão de uma proteína marcadoraou fragmento dessa ou uma combinação de proteínas marcadoras ou frag-mentos dessa codificadas pelo gene marcador ou pela combinação de ge-nes marcadores. Preferivelmente, o nível de expressão do gene marcadorou fragmento desse ou da combinação de proteínas marcadoras ou frag-mentos dessas é detectado usando um reagente que se liga especificamen-te com a proteína marcadora ou fragmento dessa ou com a combinação deproteínas marcadoras ou fragmentos dessas. Preferivelmente, o reagente éselecionado a partir do grupo que consiste em um anticorpo, um fragmentode um anticorpo ou de um derivado de um anticorpo.
Há vários tipos de imunoensaios que podem ser usados no mé-todo da presente invenção, por exemplo, ensaio imunoabsorvente ligado àenzima (ELISA), ensaio imunoabsorvente fluorescente (FIA), ensaio imuno-absorvente quimio-ligado (CLIA), radioimunoensaio (RIA) e imunoblotting.Para uma revisão dos diferentes imunoensaios que podem ser usados, veja:Lottspeich & Zorbas (eds.), Bioanalytik, 1a edição, 1998, Spektrum Akade-mischer Verlag, Heidelberg, Berlin, Alemanha. Portanto em ainda outra mo-dalidade preferida da invenção o nível de expressão é determinado usandoum método selecionado a partir do grupo que consiste em proteômica, cito-metria de fluxo, imunocitoquímica, imuno-histoquímica, ensaio imunoabsor-vente ligado à enzima, ensaio imunoabsorvente ligado à enzima multicanal,e variações desses métodos. Portanto, mais preferivelmente, o nível de ex-pressão é determinado usando um método selecionado a partir do grupo queconsiste em proteômica, citometria de fluxo, imunocitoquímica, imuno-histoquímica, ensaio imunoabsorvente ligado à enzima, ensaio imunoabsor-vente ligado à enzima multicanal, e variações desses métodos.
Em outra modalidade preferida da invenção, o fragmento da pro-teína marcadora é o domínio extracelular da proteína marcadora Her2. Pre-ferivelmente, o domínio extracelular da proteína marcadora Her2 tem umamassa molecular de aproximadamente 150.000 Daltons. "Dalton" significauma unidade de massa que é igual ao peso de um átomo de hidrogênio ou1,657 χ 10"24 gramas.
Em outra modalidade preferida da invenção
- a seqüência de aminoácido da proteína marcadora de anfiregu-lina é a seqüência de aminoácido SEQ ID NO: 1,
- a seqüência de aminoácido da proteína marcadora de fator decrescimento epidérmico é a seqüência de aminoácido SEQ ID NO: 2,
- a seqüência de aminoácido da proteína marcadora de fator decrescimento transformante alfa é a seqüência de aminoácido SEQ ID NO: 3,
ou
- a seqüência de aminoácido da proteína marcadora de HER2 éa seqüência de aminoácido SEQ ID NO: 4.
Em outra modalidade preferida da invenção, o valor de limite nosoro sangüíneo para
- a proteína marcadora do fator de crescimento transformantealfa está entre 2,0 e 10,0, preferivelmente entre 2,0 e 5,0 pg/ml, mais preferi-velmente cerca de 3,5 pg/ml,- a proteína marcadora do fator de crescimento epidérmico estáentre 100 a 250 pg/ml, preferivelmente cerca de 150 pg/ml, ou
- a proteína marcadora de anfiregulina está entre cerca de 100 a250 pg/ml, preferivelmente cerca de 150 pg/ml, ou
- a proteína marcadora de anfiregulina está entre 6 a 15 pg/ml,preferivelmente cerca de 12 pg/ml.
Em ainda outra modalidade preferida da invenção, o valor delimite no soro sangüíneo para o domínio extracelular da proteína marcadorade Her2 está entre cerca de 12 a 22 ng/Mc, preferivelmente cerca de 18pg/ml.
Em ainda outra modalidade preferida da invenção, o nível deexpressão do gene marcador ou da combinação de genes marcadores naamostra biológica é avaliado pela detecção do nível de expressão de umpolinucleotídeo marcador transcrito codificado pelo gene marcador ou porum fragmento do polinucleotídeo marcador transcrito ou de polinucleotídeosmarcadores transcritos codificados pela combinação de genes marcadoresou fragmentos do polinucleotídeo marcador transcrito. Preferivelmente, opolinucleotídeo marcador transcrito é um cDNA, mRNA, ou hnRNA ou emque os polinucleotídeos marcadores transcritos são cDNA, mRNA ou hnR-NA.
Preferivelmente, a etapa de detectar ainda compreende amplifi-car o polinucleotídeo transcrito. A amplificação é realizada preferivelmentecom a reação em cadeia da polimerase que amplifica especificamente áci-dos nucleicos para quantidades detectáveis. Outras reações de amplificaçãopossíveis são a Reação em Cadeia da Ligase (LCR; Wu D.Y. & WallaceR.B., Genomics 4 (1989) 560-569; e Barany F., Proc. Natl. Acad. Sei. USA88 (1991)189-193); Reação em cadeia da Ligase Polimerase (Barany F.,PCR Methods and Applic. 1 (1991) 5-16); Gap-LCR (WO 90/01069); Reaçãoem cadeia de Reparo (EP 0439182 A2), 3SR (Kwoh, D.Y. et ai, Proc. Natl.Acad. Sei. USA 86 (1989) 1173-1177; Guatellil J.C. et ai, Proc. Natl. Acad.Sei. USA 87 (1990) 1874-1878; WO 92/08808), e NASBA (US 5,130,238).Adicionalmente, há a amplificação por deslocamento de fita (SDA), amplifi-cação mediada por transcrição (TMA)1 e amplificação-QP (para uma revisãoveja, por exemplo, Whelen, A.C. & Persing, D.H., Annu. Rev. Microbiol. 50(1996) 349-373; Abramson, R.D. & Myers T.W., Curr. Opin. Biotechnol. 4(1993) 41-47). Mais preferivelmente, a etapa de detectar é o uso do métodode reação em cadeia da polimerase transcriptase reversa quantitativo.
Outros métodos de detecção de polinucleotídeo adequados sãoconhecidos do versado na técnica e são descritos em livros texto comunscomo Sambrook J. et ai, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold S-pring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Nova Iorque, 1989; eAusubel, F. et al., Current Protocols in Molecular Biology, 1987, J. Wiley andSons, NY. Também pode haver etapas de purificação adicionais antes daetapa de detecção do polinucleotídeo ser realizada como, por exemplo, umaetapa de precipitação. Os métodos de detecção podem incluir, mas não sãolimitados a ligar ou intercalar corantes específicos como brometo de etídeoque se intercala em polinucleotídeos de fita dupla e altera sua fluorescênciaapós isso. O polinucleotídeo purificado também pode ser separado por mé-todos eletroforéticos opcionalmente após uma digestão de restrição e visua-lizado após isso. Também há ensaios a base de sondas que exploram a hi-bridização de oligonucleotídeos a seqüências específicas e subsequentedetecção do híbrido. Também é possível sequenciar o DNA após etapas a-dicionais conhecidas do versado na técnica. A DNA polimerase molde-dependente preferida é Taq polimerase.
Ainda em outra modalidade preferida da invenção, o nível deexpressão do gene marcador é avaliado pela detecção da presença do poli-nucleotídeo marcador transcrito ou fragmento desse em uma amostra comuma sonda que anela com o polinucleotídeo marcador transcrito ou fragmen-to desse sob condições estringentes de hibridização ou o nível de expressãoda combinação dos genes marcadores nas amostras é avaliado pela detec-ção da presença de polinucleotídeos marcadores transcritos ou fragmentosdesses em uma amostra com sondas que anelam com os polinucleotídeosmarcadores ou fragmentos desses sob condições de hibridização estringen-tes. Esse método pode ser realizado em um sistema de ensaio homogêneo.Um exemplo para um sistema de ensaio "homogêneo" é o sistema TaqMan®que foi detalhado em US 5.210.015, US 5.804.375 e US 5.487.972. Resumi-damente, o método se baseia em uma sonda duplamente marcada e a ativi-dade de exonuclease 5-3' da Taq DNA polimerase. A sonda é complementarà sequência-alvo a ser amplificada pelo processo de PCR e está localizadaentre os dois iniciadores de PCR durante cada etapa do ciclo de polimeriza-ção. A sonda tem dois marcadores fluorescentes ligados à ela. Um é um co-rante repórter, tal como 6-carboxifluoresceína (FAM)1 que tem seu espectrode emissão inibido por transferência de energia devido à proximidade espa-ciai de um segundo corante fluorescente, 5-carbóxi-tetrametil-rodamina(TAMRA). No decorrer de cada ciclo de amplificação, a Taq DNA polimeraseno processo de alongar uma fita de DNA iniciada ("primed") desloca e de-grada a sonda anelada, a última devido à atividade de exonuclease 5'-3' in-trínseca da polimerase. Esse mecanismo também libera o corante repórterda atividade inibidora de TAMRA. Como uma conseqüência, a atividade fluo-rescente aumenta com um aumento na clivagem da sonda, que é proporcio-nal à quantidade de produto de PCR formado. Consequentemente, a se-quência-alvo amplificada é medida detectando a intensidade de marcador defluorescência liberado. Outro exemplo para sistemas de ensaio "homogê-neos" são fornecidos pelos formatos usados no instrumento LightCycler®(veja por exemplo, US 6.174.670), alguns desses algumas vezes chamadosformatos "kissing probe". Novamente, o princípio se baseia na interação dedois corantes, entretanto, são caracterizados pelo fato de que o comprimen-to de onda de emissão de um corante doador excita um corante aceptor portransferência de energia de ressonância de fluorescência. O instrumentoCOBAS® AmpIiPrep (Roche Diagnostics GmbH, D-68305 Mannheim, Ale-manha) foi introduzido recentemente para expandir automação pelo isola-mento de seqüências alvo usando sondas de captura sequência-específicabiotiniladas junto com partículas magnéticas revestidas por estreptavidina(Jungkind, D., J. Clin. Virol. 20 (2001) 1-6; Stelzl, E. et ai., J. Clin. Microbiol.40 (2002) 1447-1450). Recentemente ele foi associado a uma ferramentaadicional versátil, o kit Total Nucleic Acid Isolation (TNAI) (Roche Diagnos-tics). Esse reagente de uso em laboratório permite o isolamento genériconão-sequência-específico de todos os ácidos nucleicos do plasma e soro noinstrumento COBAS® AmpIiPrep com base essencialmente no método de-senvolvido por Boom, R. etal., J. Clin. Microbiol. 28 (1990) 495-503.
Em outra modalidade preferida da invenção, a seqüência de áci-do nucleico do polinucleotídeo marcador de anfiregulina é a seqüência deácido nucleico SEQ ID NO: 5,
- a seqüência de ácido nucleico do polinucleotídeo marcador defator de crescimento epidérmico é a seqüência de ácido nucleico SEQ IDNO: 6,
- a seqüência de ácido nucleico do polinucleotídeo marcador defator de crescimento transformante alfa é a seqüência de ácido nucleicoSEQ ID NO: 7, ou
- a seqüência de ácido nucleico do polinucleotídeo marcador deHER2 é a seqüência de ácido nucleico SEQ ID NO: 8.
Em outra modalidade da invenção, uma sonda que hibridiza como polinucleotídeo marcador de fator de crescimento epidérmico, fator decrescimento transformante alfa ou HER2 sob condições estringentes ou umanticorpo que se liga à proteína marcadora de fator de crescimento epidér-mico, fator de crescimento transformante alfa ou HER2 é usado para prevera resposta ao tratamento com um inibidor de dimerização de HER em umpaciente ou uma sonda que hibridiza com o polinucleotídeo marcador deanfiregulina, de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimentotransformante alfa ou de HER2 sob condições estringentes ou um anticorpoque se liga à proteína marcadora de anfiregulina, de fator de crescimentoepidérmico, de fator de crescimento transformante alfa ou de HER2 é usadopara selecionar uma composição para inibir a progressão de doença em umpaciente. A doença é preferivelmente câncer e o paciente é preferivelmenteum paciente com câncer como descrito acima.
Em outra modalidade da invenção, um kit compreendendo umasonda que anela com o polinucleotídeo marcador de anfiregulina, de fator decrescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa ou deHER2 sob condições estringentes ou um anticorpo que se liga à proteínamarcadora de anfiregulina, de fator de crescimento epidérmico, de fator decrescimento transformante alfa ou de HER2 é fornecido. Tais kits conhecidosna técnica compreendem ainda materiais plásticos que podem ser usadosdurante o procedimento de amplificação como, por exemplo, placas de mi-crotitulação no formato de 96 ou 384 poços ou apenas tubos de reação co-muns fabricados, por exemplo, por Eppendorf, Hamburg, Alemanha e todosos outros reagentes para realizar o método de acordo com a invenção, pre-ferivelmente um imunoensaio, por exemplo, ensaio imunoabsorvente ligadoà enzima (ELISA), ensaio imunoabsorvente fluorescente (FIA), ensaio imu-noabsorvente quimio-ligado (CLIA) radioimunoensaio (RIA), e imunoblotting.Para uma revisão dos diferentes imunoensaios e reagentes que podem serusados, veja Lottspeich & Zorbas (Eds.), Bioanalytik, 1a edição, 1998, Spek-trum Akademischer Verlag, Heidelberg, Berlim, Alemanha. Preferivelmentecombinações das sondas ou anticorpos para os vários polinucleotídeos mar-cadores ou proteínas marcadoras são fornecidos na forma de um kit comoas combinações preferidas dos polinucleotídeos marcadores ou proteínasmarcadoras como descrito acima.
Em outra modalidade da invenção, é fornecido um método deselecionar uma composição para inibir a progressão de doença em um paci-ente, o método compreendendo:
a) expor separadamente alíquotas de uma amostra biológica deum paciente com câncer na presença de uma variedade de composições deteste;
b) comparar o nível de expressão de um gene marcador ou umacombinação de genes marcadores selecionados a partir do grupo que con-siste no gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento epidérmico,de fator de crescimento transformante alfa e de HER2 nas alíquotas da a-mostra biológica posta em contato com as composições de teste e o nível deexpressão de um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionados a partir do grupo que consiste no gene marcador de anfireguli-na, de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento transforman-te alfa e de HER2 em uma alíquota da amostra biológica não posta em con-tato com as composições de teste,
c) selecionar uma das composições de teste que altera o nívelde expressão do gene marcador ou da combinação de genes marcadores naalíquota que contém a composição de teste em relação à alíquota não postaem contato com a composição de teste em que uma diferença significativaou de pelo menos 10% entre o nível de expressão do gene marcador ou dacombinação de genes marcadores na alíquota da amostra biológica postaem contato com a composição de teste e qualquer nível de expressão dogene marcador correspondente ou da combinação de genes marcadores naalíquota da amostra biológica não posta em contato com a composição deteste é uma indicação para a seleção da composição de teste. A doença épreferivelmente câncer e o paciente é preferivelmente um paciente com cân-cer como descrito acima.
Em outra modalidade da invenção, é fornecido um método deselecionar uma composição para inibir a progressão de doença em um paci-ente, o método compreendendo:
a) expor separadamente alíquotas de uma amostra biológica deum paciente com câncer na presença de uma variedade de composições deteste;
b) comparar o nível de expressão de
- um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionados a partir do grupo que consiste em um gene marcador de fatorde crescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa e deHER2 ou de
- uma combinação de genes marcadores que compreende umgene marcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir deum fator de crescimento epidérmico, um fator de crescimento transformantealfa e de HER2
nas alíquotas da amostra biológica posta em contato com as composiçõesde teste e o nível de expressão de um
- gene marcador ou uma combinação de genes marcadores se-lecionados a partir do grupo que consiste no gene marcador de fator de cres-cimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa e de HER2ou uma
- combinação de genes marcadores que compreende um genemarcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir de umgene marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimentotransformante alfa e de HER2
em uma alíquota da amostra biológica não posta em contato com as compo-sições de teste,
c) selecionar uma das composições de teste que altera o nívelde expressão do gene marcador ou da combinação de genes marcadores naalíquota que contém esta composição de teste em relação à alíquota nãoposta em contato com a composição de teste em que uma diferença signifi-cativa ou de pelo 10% entre o nível de expressão do gene marcador ou dacombinação de genes marcadores na alíquota da amostra biológica postaem contato com a composição de teste e o nível de expressão do gene mar-cador correspondente ou da combinação de genes marcadores na alíquotada amostra biológica não posta em contato com a composição de teste éuma indicação para a seleção da composição de teste. A doença é preferi-velmente câncer e o paciente é preferivelmente um paciente com câncercomo descrito acima.
A expressão de um gene marcador difere "significativamente" donível de expressão do gene marcador em uma amostra de referência se onível de expressão do gene marcador em uma amostra do paciente diferir donível em uma amostra do indivíduo de referência por uma quantidade maiordo que o erro padrão do ensaio empregado para avaliar a expressão, e pre-ferivelmente pelo menos 10%, e mais preferivelmente 25%, 50%, 75%,100%, 125%, 150%, 175%, 200%, 300%, 400%, 500% ou 1.000% destaquantidade. Alternativamente, expressão do gene marcador no paciente po-de ser considerada "significativamente" menor do que o nível de expressãoem um indivíduo de referência se o nível de expressão em uma amostra dopaciente for menor do que o nível em uma amostra do indivíduo de referên-cia por uma quantidade maior do que o erro padrão do ensaio empregadopara avaliar expressão, e preferivelmente pelo menos 10%, e mais preferi-velmente 25%, 50%, 75%, 100%, 125%, 150%, 175%, 200%, 300%, 400%,500% ou 1.000% desta quantidade. A diferença do nível de expressão podeser de até 10.000 ou 50.000%. A diferença do nível de expressão é preferi-velmente entre 10% a 10.000%, mais preferivelmente 25% a 10.000%, 50%a 10.000%, 100% a 10.000%, ainda mais preferivelmente 25% a 5.000%,50% a 5.000%, 100% a 5.000%.
Em outra modalidade da invenção, um método de derivar (ouidentificar) um agente candidato é fornecido, o dito método compreendendo:
a) colocar uma alíquota de uma amostra biológica de um pacien-te com câncer em contato com um agente candidato e determinar o nível deexpressão de um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionados a partir do grupo que consiste no gene marcador de anfireguli-na, de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento transforman-te alfa e de HER2 na alíquota,
b) determinar o nível de expressão de um gene marcador cor-respondente ou de uma combinação de genes marcadores correspondentesem uma alíquota da amostra biológica não posta em contato com o agentecandidato,
c) observar o efeito do agente candidato pela comparação donível de expressão do gene marcador ou da combinação de genes marcado-res na alíquota da amostra biológica posta em contato com o agente candi-dato e o nível de expressão do gene marcador ou combinação de genesmarcadores correspondentes na alíquota da amostra biológica não posta emcontato com o agente candidato,
d) produzir (ou identificar) o dito agente a partir do dito efeito ob-servado, em que uma diferença de pelo menos 10% entre o nível de expres-são do gene marcador ou da combinação de genes marcadores na alíquotada amostra biológica posta em contato com o agente candidato e o nível deexpressão do gene marcador correspondente ou combinação de genes mar-cadores na alíquota da amostra biológica não posta em contato com o agen-te candidato é uma indicação de um efeito do agente candidato.
Ainda em outra modalidade da invenção, é fornecido um métodode produzir um agente candidato, o dito método compreendendo:
a) colocar uma alíquota de uma amostra biológica de um pacien-te com câncer em contato com o agente candidato e determinar o nível deexpressão na alíquota de um
- gene marcador ou uma combinação de genes marcadores se-lecionados a partir do grupo que consiste no gene marcador de fator de cres-cimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa e de HER2ou uma
- combinação de genes marcadores que compreende um genemarcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir genemarcador de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento trans-formante alfa, e de HER2,
b) determinar o nível de expressão de um gene marcador cor-respondente ou de uma combinação de genes marcadores correspondentesem uma alíquota da amostra biológica não posta em contato com o agentecandidato,
c) observar o efeito do agente candidato pela comparação donível de expressão do gene marcador ou combinação de genes marcadoresna alíquota da amostra biológica posta em contato com o agente candidato eo nível de expressão do gene marcador correspondente ou combinação degenes marcadores correspondentes na alíquota da amostra biológica nãoposta em contato com o agente candidato,
d) produzir o dito agente a partir do dito efeito observado, emque uma diferença de pelo menos 10% entre o nível de expressão do genemarcador ou da combinação de genes marcadores na alíquota da amostrabiológica posta em contato com o agente candidato e o nível de expressãodo gene marcador correspondente ou da combinação de genes marcadorescorrespondentes na alíquota da amostra biológica não posta em contato como agente candidato é uma indicação de um efeito do agente candidato.
Preferivelmente, o agente candidato é um agente candidato ini-bidor. Preferivelmente o dito agente candidato é um agente candidato inten-sificador.
Em outra modalidade da invenção, é fornecido um agente candi-dato produzido pelo método de acordo com a invenção.
Em outra modalidade da invenção, é fornecida uma preparaçãofarmacêutica que compreende um agente de acordo com a invenção.
Ainda em outra modalidade da invenção, um agente de acordocom a invenção é usado para a preparação de uma composição para o tra-tamento de câncer. Formas preferidas de câncer são descritas acima.
Em outra modalidade preferida da invenção, um método de pro-duzir um fármaco compreendendo as etapas do método de acordo com ainvenção e
i) sintetizar o agente candidato identificado na etapa (c) ou umanálogo ou derivado desse em uma quantidade suficiente para fornecer odito fármaco em uma quantidade terapeuticamente eficaz a um indivíduo;e/ou
ii) combinar o fármaco candidato com o agente candidato identi-ficado na etapa (c) ou um análogo ou derivado desse com um veículo farma-ceuticamente aceitável.
Em outra modalidade da invenção, uma proteína marcadora ouum polinucleotídeo marcador selecionado a partir do grupo que consiste emuma proteína marcadora ou polinucleotídeo marcador de anfiregulina, defator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfae de HER2 é usado para produzir um agente candidato ou para selecionaruma composição para inibir a progressão de uma doença em um paciente. Adoença é preferivelmente câncer e o paciente é preferivelmente um pacientecom câncer como descrito acima.
Em outra modalidade da invenção, um inibidor de dimerizaçãode HER é usado para a fabricação de um medicamento para tratar um paci-ente humano com câncer caracterizado pelo fato de que o dito tratamentoinclui avaliar em uma amostra biológica de um paciente
- um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionados a partir do grupo que consiste em um gene marcador de fatorde crescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa e deHER2 ou uma
- combinação de genes marcadores que compreende um genemarcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir de umgene marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimentotransformante alfa e de HER2.
A fabricação de um medicamento para tratar um paciente huma-no com câncer e particularmente a formulação é descrita em WO 01/00245,incorporada aqui por referência, particularmente para o anticorpo 2C4.
Em uma modalidade preferida da invenção, no uso do inibidor dedimerização de Her para a fabricação de um medicamento para tratar umpaciente humano com câncer, o tratamento inclui avaliar o gene marcadorou a combinação de genes marcadores pelo menos uma vez ou repetida-mente durante o tratamento: Preferivelmente, o nível de expressão do genemarcador ou o nível de expressão da combinação de genes marcadores éavaliada. Preferivelmente1 o inibidor de dimerização de HER é um anticorpo,preferivelmente o anticorpo 2C4. Preferivelmente, o paciente é um pacientecom câncer de mama, câncer ovariano, câncer de pulmão ou câncer depróstata.
Em todas as modalidades da invenção, combinações dos genesmarcadores, polinucleotídeos marcadores ou proteínas marcadoras são u-sadas como descrito acima. Em todas as modalidades da invenção, valorespreferidos para a diferença do nível de expressão determinado nas respecti-vas etapas também são como descrito acima.
Os seguintes exemplos, listagem de seqüência e figuras são for-necidos para auxiliar o entendimento da presente invenção, o verdadeiroescopo da qual é descrito nas reivindicações anexas. É entendido que modi-ficações podem ser feitas nos procedimentos descritos sem desconsiderar oespírito da invenção.
Descrição das figuras
Figura 1: Gráfico de dispersão de transformação logarítmica de TGF-alfaversus benefício clínico categorizado.
Figura 2: Gráfico de dispersão de transformação logarítmica de anfireguli-na versus benefício clínico categorizado.
Figura 3: Benefício clínico ordinal de TGF alfa.
Figura 4: Benefício clínico ordinal de anfiregulina.
Figura 5: Benefício clínico ordinal de EGF.
Figura 6: Benefício clínico ordinal de HER2-ECD.
Figura 7: Vista geral de pontos de corte exploratórios e valores de ρ delog-rank para TTP e TTD para anfiregulina, EGF1 TGF-alfa,HER2-ECD.
Figura 8: Representação gráfica de Kaplan Meier de TGF-alfa para o tem-po para progressão/morte com base em ponto de corte explora-tório de marcador único.
Figura 9: Representação gráfica de Kaplan Meier de TGF-alfa para o tem-po para morte em ponto de corte exploratório de marcador único.
Figura 10: Representação gráfica de Kaplan Meier de anfiregulina para otempo para progressão/morte com base em ponto de corte ex-ploratório de marcador único.
Figura 11: Representação gráfica de Kaplan Meier de anfiregulina para otempo para morte com base em ponto de corte exploratório demarcador único.
Figura 12: Representação gráfica de Kaplan Meier de EGF para o tempopara progressão/morte com base em ponto de corte exploratóriode marcador único.
Figura 13: Representação gráfica de Kaplan Meier de EGF para o tempopara morte com base em ponto de corte exploratório de marca-dor único.
Figura 14: Representação gráfica de Kaplan Meier de HER2-ECD para otempo para progressão/morte com base em ponto de corte ex-ploratório de marcador único.
Figura 15: Representação gráfica de Kaplan Meier de HER2-ECD para otempo para morte com base em ponto de corte exploratório demarcador único.
Figura 16: Como exemplo para uma pontuação de combinação, melhoran-do ainda mais separação entre os grupos de maior benefício clí-nico/menor benefício clínico em TTP: Benefício clínico ordinal dacombinação HER2-ECD TGF-alfa.
Figura 17: Visão geral de pontos de corte exploratórios e valores de ρ delog-rank para TTP e TTD para uma combinação de TGF-alfa eHER2-ECD.
Figura 18: Representação gráfica de Kaplan Meier de HER2-ECD/TGF-alfapara o tempo para progressão/morte com base em ponto de cor-te exploratório de marcador único.
Figura 19: Representação gráfica de Kaplan Meier de HER2-ECD/TGF-alfapara o tempo para morte com base em ponto de corte explorató-rio de marcador único.
Exemplos
Observações gerais para regras de previsão:
A forma geral de uma regra de previsão consiste na especifica-ção de uma função de um ou vários biomarcadores incluindo potencialmentecovariáveis clínicas para prever resposta ou não-resposta, ou mais geral-mente, prever benefício ou falta de benefício em termos de metas clínicasadequadamente definidas.
A forma mais simples de uma regra de previsão consiste em ummodelo univariado sem covariáveis, onde a previsão é determinada por meiode um ponto de corte ou limite. Isso pode ser expresso em termos da funçãode Heaviside para um ponto de corte específico c e uma medida de biomar-cador x, onde a previsão binária A ou B deve ser feita, então
Se H (x - c) = 0 então prevê A.
Se H (x - c) = 1 então prevê B.
Essa é a forma mais simples de usar medidas de biomarcadoresunivariados em regras de previsão. Se tal regra simples for suficiente, elapermite uma simples identificação da direção do efeito, isto é, se níveis altosou baixos de expressão são benéficos para o paciente.A situação pode ser mais complicada se covariáveis clínicasprecisarem ser consideradas e/ou se múltiplos biomarcadores forem usadosem regras de previsão multivariada. A fim de ilustrar os problemas, aqui es-tão dois exemplos hipotéticos:
Ajuste de covariável (exemplo hipotético)
Para um biomarcador X descobriu-se em uma população de tes-te clínico que altos níveis de expressão estão associados com pior prognós-tico (análise univariada). Uma análise mais precisa mostra que há dois tiposde tumor na população, um dos quais possui um pior prognóstico do que ooutro e ao mesmo tempo a expressão do biomarcador para esse grupo tu-moral é geralmente maior. Uma análise de covariável ajustada revela quepara cada um dos tipos de tumor a relação de benefício clínico e prognósticoé reversa, isto é, dentro dos tipos de tumor, níveis menores de expressãoestão associados com melhor prognóstico. O efeito oposto global foi masca-rado pelo tipo de tumor da covariável - e a análise ajustada da covariávelcomo parte da regra de previsão reverteu a direção.
Previsão Multivariada (exemplo hipotético)
Para um biomarcador X descobriu-se em uma população de tes-te clínico que níveis altos de expressão estão levemente associados a umpior prognóstico (análise univariada). Para um segundo biomarcador Y, umaobservação similar foi feita por análise univariada. A combinação de X e Yrevelou que um bom prognóstico é visto se ambos os biomarcadores estãobaixos. Isso faz a regra prever benefício clínico se ambos os biomarcadoresestão abaixo de alguns pontos de corte (correlação e- de uma função deprevisão de Heaviside). Para a regra de combinação, não há ainda uma re-gra exprimível em um sentido univariado. Por exemplo, níveis baixos de ex-pressão em X não irão prever automaticamente um prognóstico melhor.
Esses exemplos simples mostram que regras de previsão comou sem covariáveis não podem ser julgadas no nível univariado de cada bi-omarcador. A combinação de múltiplos biomarcadores mais um ajuste po-tencial pelas covariáveis não permite determinar simples relações frente abiomarcadores únicos.Métodos estatísticos
As tarefas estatísticas compreendem as seguintes etapas:
1. Pré-seleção de biomarcadores candidatos
2. Pré-seleção de covariáveis de prognóstico clínico relevantes
3. Seleção de funções de previsão de biomarcador em um nível univariado
4. Seleção de funções de previsão de biomarcador incluindo covariáveis clí-nicas em um nível univariado
5. Seleção de funções de previsão de biomarcador em um nível multivariado.
6. Seleção de funções de previsão de biomarcador incluindo covariáveis clí-nicas em um nível multivariado
O texto a seguir detalha as diferentes etapas:
Ad1: Pré-seleção de biomarcadores candidatos: A pré-seleçãoestatística de biomarcadores candidatos é orientada em direção à força deassociação com medidas de benefício clínico. Para esse propósito, as dife-rentes metas clínicas podem ser transformadas em pontuações representati-vas derivadas, como por exemplo, uma designação ordinal do grau de bene-fício clínico ou pontuações de morbidade em relação a TTP ou TTD que evi-tam observações censuradas. Essas medidas substitutas transformadas po-dem ser facilmente usadas para simples análise de correlação, por exemplo,pela abordagem de correlação de Spearman rank não paramétrico. Umaalternativa aqui é usar medidas de biomarcador como covariáveis métricasem modelos de regressão de tempo até o evento como por exemplo regres-são de risco proporcional de Cox. Dependendo da distribuição estatísticados valores do biomarcador, essa etapa pode requerer algum pré-processamento, como por exemplo, transformações estabilizantes de vari-ância e o uso de escalas adequadas ou, alternativamente, uma etapa depadronização como, por exemplo, usando percentuais ao invés de medidasbrutas. Uma abordagem adicional é a inspeção de gráficos de dispersão bi-variados, por exemplo, apresentando a dispersão de (eixo-x = valor do bio-marcador, eixo-y = medida de benefício clínico) com base em um único pa-ciente. Aqui também alguma linha de regressão não paramétrica como, porexemplo, obtida por suavização de curvas pode ser útil para visualizar a as-sociação de biomarcador e benefício clínico.
O objetivo dessas diferentes abordagens é a pré-seleção decandidatos a biomarcador, que mostram alguma associação com benefícioclínico em pelo menos uma das medidas de benefício empregadas, enquan-to que os resultados para outras medidas não são contraditórios. Quando hágrupos de controle disponíveis, então as diferenças na associação de bio-marcadores com benefício clínico nos diferentes ramos poderiam ser umsinal de previsão diferencial o que torna o biomarcador elegível para consi-deração adicional.
Ad2: Pré-seleção de covariáveis de prognóstico clínico relevan-tes: o termo "covariável clínica" é usado aqui para descrever todas as outrasinformações sobre o paciente, que são em geral disponíveis no início. Essascovariáveis clínicas compreendem informação demográfica como sexo, ida-de, etc., outra informação de anamnese, doenças concomitantes, terapiasconcomitantes, resultado de exames físicos, parâmetros laboratoriais co-muns obtidos, propriedades conhecidas do tumor-alvo, informação quantifi-cando a extensão da doença maligna, avaliação de desempenho clínico co-mo ECOG ou índice de Karnofsky, estadiamento clínico da doença, ajuste eresultado de pré-tratamentos e história da doença assim como informaçãosimilar que pode estar associada com o prognóstico clínico. A pré-seleçãoestatística de covariáveis clínicas compara as abordagens para pré-selecionar biomarcadores e está também orientada em direção à força deassociação com medidas de benefício clínico. Assim, em princípio, os mes-mos métodos se aplicam como considerado em 1. Em adição aos critériosestatísticos, critérios da experiência clínica e conhecimentos teóricos tam-bém se aplicam para pré-selecionar covariáveis clínicas relevantes.
O prognóstico por covariáveis clínicas poderia interagir com oprognóstico dos biomarcadores. Eles serão considerados para as regras deprevisão refinadas se necessário.
Ad3: Seleção de funções de previsão de biomarcador em umnível univariado: o termo "função de previsão" será usado em um sentidocomum para significar uma função numérica de uma medida de um biomar-cador que resulta em um número que é escalado para indicar a previsão alvo.
Um exemplo simples é a escolha da função de Heaviside paraum ponto de corte c específico e uma medida de biomarcador x, onde a pre-visão binária A ou B deve ser feita, então
Se H(x-c)=0 então prevê A.
Se H(x-c)=1 então prevê B.
Essa é provavelmente a forma mais comum de usar medidas debiomarcador univariável em regras de previsão. A definição de uma funçãode previsão geralmente recorre a um conjunto de dados de treinamento exis-tentes que podem ser usados para explorar as possibilidades de previsão. Afim de se obter um ponto de corte c adequado a partir do conjunto de trei-namento, diferentes caminhos podem ser tomados. Primeiro, o gráfico dedispersão com suavização de curvas mencionado em 1 pode ser usado paradefinir o ponto de corte. Alternativamente, algum percentual da distribuiçãopode ser escolhido, por exemplo, a média ou o quartil. Pontos de corte tam-bém podem ser extraídos sistematicamente pela investigação de todos ospontos de corte possíveis de acordo com seus potenciais de previsão comrelação às medidas de benefício clínico. Então, esses resultados podem serplotados para permitir tanto a seleção manual quanto empregar algum algo-ritmo de pesquisa para otimização. Isso foi percebido com base nas metasTTP e TTD usando um modelo de Cox, onde em cada ponto de corte de tes-te o biomarcador foi usado como uma covariável binária. Critérios de previ-são foram as razões de Risco resultantes. Então, esses resultados para TTPe TTD podem ser considerados juntos a fim de escolher um ponto de corteque mostra previsão alinhada com ambos as metas.
Outra abordagem incomum para escolher a função de previsãopode ser baseada em um modelo de regressão de Cox de parâmetro fixoobtido a partir do conjunto de treinamento com valores de biomarcador (pos-sivelmente transformados) como covariável. Então, a previsão poderia sim-plesmente depender da razão de Risco computada ser menor ou maior doque 1.Uma possibilidade adicional é basear a decisão em alguma ra-zão de probabilidade (ou transformação monotônica dela), onde as densida-des da probabilidade alvo foram predeterminadas no conjunto de treinamen-to pela separação dos estados de previsão. Então o biomarcador poderia sercolocado em alguma função das razões de densidade.
Ad4: Seleção de funções de previsão de biomarcador incluindocovariáveis clínicas em um nível univariado: Univariado aqui refere-se a usarapenas um biomarcador - com relação a covariáveis clínicas isso pode serum modelo multivariado. Essa abordagem compara a busca sem covariáveisclínicas, os métodos apenas devem permitir a incorporação de informaçãorelevante da covariável. O método de gráfico de dispersão de escolher umponto de corte permite apenas um uso limitado de covariáveis, por exemplo,uma covariável binária poderia ser codificada com cor dentro do gráfico. Sea análise conta com alguma abordagem de regressão, então o uso de cova-riáveis (também muitas delas em um momento) é geralmente facilitado. Abusca do ponto de corte baseada no modelo de Cox descrito em 3, permiteuma incorporação fácil de covariáveis e, dessa maneira, leva a uma buscade ponto de corte univariável ajustado por covariável. O ajuste por covariá-veis pode ser feito como covariáveis no modelo ou através da inclusão emuma análise estratificada.
As outras escolhas de funções de previsão também permitem aincorporação de covariáveis.
Isso é claro para a escolha do modelo de Cox como função deprevisão. Há uma opção para estimar a influência de covariáveis em um ní-vel de interação, o que significa, por exemplo, que para grupos de idade dife-rente aplicam-se razões de risco diferentes.
Para o tipo de razão de probabilidade de funções de previsão, asdensidades de previsão devem ser estimadas incluindo covariáveis. Aqui ametodologia de reconhecimento de padrão multivariado pode ser usada ouos valores do biomarcador podem ser ajustados por regressão múltipla so-bre as covariáveis (antes da estimativa da densidade).
A tecnologia CART (Árvores de Classificação e Regressão; Bre-iman L., Friedman J.H., Olshen R.A., Stone C.J., Chapman & Hall (Wadswor-th, Inc.), Nova Iorque, 1984) pode ser usada para um biomarcador (nível demedida bruto) mais covariáveis clínicas empregando uma medida de benefí-cio clínico como resposta. Dessa forma, pontos de corte são pesquisados eum tipo de árvore de decisão de funções será encontrado envolvendo ascovariáveis para previsão. Os pontos de corte e algoritmos escolhidos porCART estão freqüentemente próximos do ótimo e podem ser combinados eunificados pela consideração de medidas diferentes de benefício clínico.
Ad5: Seleção de funções de previsão de biomarcador em umnível multivariado: Quando existem diversos candidatos a biomarcador quemantêm seus potenciais de previsão dentro das diferentes escolhas de fun-ção de previsão univariada, então uma melhora adicional pode ser atingidapelas combinações de biomarcadores, isto é, considerando funções de pre-visão multivariadas.
Com base no modelo simples de função de Heaviside, combina-ções de biomarcadores podem ser avaliadas, por exemplo, pela considera-ção de gráficos de dispersão bivariados de valores de biomarcador ondepontos de corte ótimos são indicados. Então, uma combinação de biomarca-dores pode ser obtida pela combinação de função de Heaviside diferentepelos operadores lógicos E e OU a fim de se obter um previsão melhorada.
A tecnologia CART (Árvores de Classificação e Regressão) podeser usada para biomarcadores múltiplos (nível de medida bruto) e uma me-dida de benefício clínico como resposta, a fim de se obter pontos de cortepara biomarcadores e um tipo de árvore de decisão de funções para previ-são. Os pontos de corte e algoritmos escolhidos por CART estão freqüente-mente próximos do ótimo e podem ser combinados e unificados pela consi-deração de medidas diferentes de benefício clínico.
A regressão de COX pode ser empregada em diferentes níveis.Uma primeira é incorporar os biomarcadores múltiplos de uma forma binária(isto é, com base em funções de Heaviside com alguns pontos de corte). Aoutra opção é empregar biomarcadores de uma forma métrica (após trans-formações adequadas), ou uma mistura da abordagem binária e métrica. Afunção de previsão multivariada em desenvolvimento é o tipo de Cox comodescrito em 3.
A abordagem de razão de probabilidade multivariada é difícil deser alcançada, mas também se apresenta como uma opção para funções deprevisão multivariadas.
Ad6: Seleção de funções de previsão de biomarcador incluindocovariáveis clínicas em um nível multivariado: Quando há covariáveis clíni-cas relevantes então uma melhora adicional pode ser obtida pela combina-ção de múltiplos biomarcadores com múltiplas covariáveis clínicas. As dife-rentes escolhas de função de previsão serão avaliadas com relação às pos-sibilidades para incluir covariáveis clínicas.
Com base nas simples combinações lógicas das funções de He-aviside para os biomarcadores, covariáveis clínicas adicionais podem serincluídas na função de previsão com base em um modelo de regressão Ιο-gística obtido no conjunto de treinamento.
A tecnologia de CART e as árvores de decisão em desenvolvi-mento podem ser facilmente utilizadas com covariáveis adicionais, o que asincluiria no algoritmo de previsão.
Todas as funções de previsão baseadas na regressão de Coxpodem usar covariáveis clínicas adicionais. Há a opção de estimar a influen-cia de covariáveis em um nível de interação, o que significa que, por exem-plo, para diferentes grupos diferentes razões de Risco se aplicam.
A abordagem de razão de probabilidade multivariada não é ex-tensível diretamente ao uso de covariáveis adicionais.
Exemplo 1
Soros sangüíneos de referência de pacientes com câncer demama metastático com baixa expressão de HER2 tratados com Pertuzumabforam avaliados para os níveis de Iigantes de HER e HER2 livre (HER2ECD), como descrito abaixo.
Kits usados para avaliação dos biomarcadores no soro:<table>table see original document page 47</column></row><table>
Protocolos:
HER2-ECD:
ELISA para HER2-ECD foi realizado de acordo com as recomendações dofabricante.
Anfiregulina:
- Prepare todos os reagentes (fornecidos com o kit), diluições-padrão (fornecidas com o kit) e amostras
- Forneça fitas de microplaca anti-lgG de camundongo de cabraEvenCoat (R&D, Cat. N0 CP002; não fornecido com o kit) na estrutura. Aestrutura é chamada agora de placa de ELISA.
- Determine o número necessário de poços (número de dilui-ções-padrão + número de amostras).
- Determine o esquema da placa.
- Adicione 100 μΙ de anticorpo de captura diluído (fornecido como kit; 1:180 em PBS) a cada poço.
- Incube a r.t. por 1 hora.- Aspire cada poço e lave, repetindo o processo três vezes porum total de quatro lavagens. Lave por encher cada poço com 400 μΙ deTampão de Lavagem (não fornecido com o kit; Tween-20 0,05% em PBS foiusado), usando um dispensador múltiplo, e subsequente aspiração. Após aúltima lavagem, remova qualquer tampão de Lavagem restante por aspira-ção. Inverta a placa e marque-a contra toalhas de papel limpas.
-Adicione 100 μΙ de diluição padrão ou amostra diluída (vejaabaixo) por poço. Troque a ponteira após cada etapa de pipetagem.
- Cubra a placa com a fita adesiva (fornecida com o kit).
- Incube por 2 horas a r.t. em uma plataforma de agitação.
- Repita a aspiração/lavagem como descrito anteriormente.
- Amostras aspiradas e soluções de lavagem são tratadas comdesinfetante de laboratório.
- Adicione 100 μΙ de Anticorpo de Detecção (fornecido com o kit)diluído 1:180 em diluente de Reagente (não fornecido com o kit; BSA 1% de(Roth; Fração de Albumina V, Cat. N0 T844.2) em PBS foi usada) por poço.
- Incube por 2 horas a r.t.
- Repita a aspiração/lavagem como descrito anteriormente.
- Adicionar 100 μΙ de diluição de trabalho de Estreptavidina-HRPa cada poço (fornecido com o kit; diluição 1:200 em diluente de Reagente).
Cubra com uma nova fita adesiva.
- Incube por 20 min a r.t.
-Adicionar 100 μΙ de Solução de Substrato (R&D, Cat. N0DY999; não fornecido com o kit) a cada poço.
- Incube por 20 min a r.t. Proteja da luz.
- Adicionar 50 μΙ de Solução de Paralisação (H2SO4 a 1,5 M(Schwefelsãure reinst, Merck, Cat. N0 713); não fornecido com o kit) a cadapoço; Misture cuidadosamente.
- Determine a densidade óptica de cada poço imediatamente,usando um leitor de microplacas ajustado para 450 nm.
Curva padrão de anfiregulina:
Uma solução-estoque de anfiregulina a 40 ng/ml foi preparadaem 1% de BSA em PBS aliquotada e armazenada a -80°C. Soluções de anfi-regulina em 20% de BSA em PBS eram instáveis depois de 2 semanas e,portanto, não foram usadas. A partir da solução-estoque de anfiregulina ali-quotada, a curva padrão de anfiregulina foi preparada novamente em 20%de BSA em PBS antes de cada experimento. A maior concentração foi de1000 pg/ml (diluição 1:40 da solução-estoque de anfiregulina). Os padrõesfornecidos com o kit ELISA produziram uma curva padrão linear. Análise emExcel das curvas permitiu a determinação das equações da curva para cadaELISA.
Amostras de anfiregulina:
Quando as amostras foram diluídas 1:1 em Diluente de Reagen-te, todas as amostras estavam dentro de uma faixa linear do ELISA. Cadaamostra foi medida em duplicatas. Dependendo da qualidade dos dados, eem quantidades suficientes de soro, as determinações foram repetidas emexperimentos subsequentes se necessário.
EGF:
- Prepare todos os reagentes (fornecidos com o kit), diluições-padrão (fornecidas com o kit) e amostras
- Remova o excesso fitas de placa de microtitulação revestidacom anticorpo (fornecido com o kit) da estrutura. A estrutura é agora chama-da placa de ELISA.
- Determine o número necessário de poços: (número de dilui-ções-padrão + número de amostras) χ 2
- Determine o esquema da placa.
- Adicione 50 μΙ de Diluente de Ensaio RD1 (fornecido com o kit)a cada poço
- Adicione 200 μΙ de diluição padrão ou amostra diluída (por e-xemplo, 1:20 em Diluente de Calibrador RD6H) por poço. Troque a ponteiraapós cada etapa de pipetagem.
- Cubra a placa com a fita adesiva (fornecida com o kit).
- Incube por 2 horas em r.t. em uma plataforma de agitação.
- Aspire cada poço e lave, repetindo o processo três vezes porum total de quatro lavagens. Lave enchendo cada poço com 400 μΙ de Tam-pão de Lavagem (não fornecido com o kit), usando um dispensador múltiplo,e subsequente aspiração. Após a última lavagem, remova qualquer tampãode Lavagem restante por aspiração. Inverta a placa e marque-a contra toa-lhas de papel limpas.
- As amostras aspiradas e soluções de lavagem são tratadascom desinfetante de laboratório.
- Adicione 200 μΙ de Conjugado (fornecido com o kit) a cada po-ço. Cubra com uma nova fita adesiva.
- Incube por 2 horas a r.t.
- Repita a aspiração/lavagem como descrito anteriormente.
- Adicione 200 μΙ de Solução de Substrato (fornecida com o kit)a cada poço.
- Incube por 20 min a r.t. Proteja da luz.
- Adicione 50 μΙ de Solução de Paralisação (fornecida com o kit)a cada poço. Misture cuidadosamente.
- Determine a densidade óptica de cada poço dentro de 30 minu-tos, usando um leitor de microplaca ajustado para 450 nm.
Curva padrão de EGF:
Os padrões fornecidos com o kit ELISA produziram uma curvapadrão linear. Concentrações muito pequenas também mostraram resulta-dos detectáveis.
Amostras de EGF:
Um total de 4 ensaios com as amostras foi realizado. Cada a-mostra foi medida 2-5 vezes, o número de determinação sendo dependenteda qualidade dos resultados (media +/- SD) e da disponibilidade de quanti-dades suficientes de soro. Quando as amostras foram diluídas 1:20 em Dilu-ente Calibrador RD6H, todas as amostras estavam dentro da variação lineardo ELISA.
TGF-alfa:
- Prepare todos os reagentes (fornecidos com o kit), diluições-padrão (fornecidas com o kit) e amostras- Remova o excesso de fitas de placa de microtitulação revesti-das com anticorpo (fornecidas com o kit) da estrutura. A estrutura agora échamada placa de ELISA.
- Determine o número necessário de poços: (Número de dilui-ções-padrão + número de amostras) χ 2
- Determine a estrutura da placa.
- Adicione 100 μΙ de Diluente de Ensaio RD1W (fornecido com okit) a cada poço
- Adicione 50 μΙ de diluição padrão ou amostra por poço. Troquea ponteira após cada etapa de pipetagem.
- Cubra a placa com a fita adesiva (fornecida com o kit).
- Incube por 2 horas a r.t. em uma plataforma de agitação.
- Aspire cada poço e lave, repetindo processo três vezes por umtotal de quatro lavagens. Lave enchendo cada poço com 400 μΙ de Tampãode Lavagem (fornecido com o kit), usando um dispensador múltiplo, e aspi-ração subsequente. Após a última lavagem, remova qualquer tampão delavagem restante por aspiração. Inverta a placa e marque-a contra toalhasde papel limpas.
- Amostras aspiradas e soluções de lavagem são tratadas comdesinfetante de laboratório.
- Adicione 200 μΙ de conjugado de TGF-alfa (fornecido com o kit)a cada poço. Cuba com uma nova fita adesiva.
- Incube por 2 horas a r.t.
- Repita a aspiração/lavagem como descrito anteriormente.
- Adicione 200 μΙ de Solução de Substrato (fornecida com o kit)a cada poço.
- Incube por 30 min a r.t. Proteja da luz.
- Adicione 50 μΙ de Solução de Paralisação (fornecida com o kit)a cada poço. Misture cuidadosamente.
- Determine a densidade óptica de cada poço dentro de 30 minu-tos, usando um leitor de microplaca ajustado para 450 nm.Curva padrão de TGF-alfa:Os padrões fornecidos com o kit ELISA produziram uma curvapadrão linear. Concentrações muito pequenas mostraram resultados detec-táveis.
Amostras de TGF-alfa:
Um total de quatro ensaios com as amostras foi realizado. Asamostras foram medidas em 2 - 4 ensaios independentes.
Os dados do soro foram analisados para identificar fatores dosníveis do soro basais que poderiam ser associados com a resposta ao tra-tamento com Pertuzumab. Para todos os fatores, um padrão oblíquo da dis-tribuição (média, desvio padrão, mediana, mínimo, máximo) foi observado.Uma transformação monotônica foi usada para reduzir a obliqüidade combase no logaritmo: Log (x+1). Em uma análise univariada, foi explorado sepontos de corte adequados para os fatores poderiam ser definidos o quepoderia se relacionar à probabilidade de resposta (nesse exemplo definidocomo benefício clínico). Aqui, os pacientes com benefício clínico foram defi-nidos como aqueles que alcançaram uma resposta parcial (PR) ou mantive-ram doença estável por pelo menos 6 meses. Gráficos de dispersão dos fa-tores versus as categorias de resposta foram investigados. A Figura 1 e Fi-gura 2 mostram um gráfico das categorias de resposta clínica versus a trans-formação logarítmica dos níveis séricos de TGF-alfa e anfiregulina, respecti-vamente, para exemplificar a abordagem.
Com base nos gráficos de dispersão, foram selecionados pontosde corte para os fatores para definir grupos de pacientes, que experimenta-ram maior benefício clínico. Figura 3 (TGF-alfa), Figura 4 (anfiregulina), Figu-ra 5 (EGF) e Figura 6 (HER2-ECD) mostram o benefício clínico em relaçãoaos diferentes agrupamentos com base nos pontos de corte exploratórioscalculados para as unidades originais do fator. Os pontos de corte separa-ram alguns dos pacientes sem benefício clínico, e daí, elevaram a taxa deresposta para o grupo com maior benefício clínico.
Exemplo 2
Nesse exemplo, os pontos de corte exploratórios do Exemplo 1foram usados para avaliar o efeito univariado dos agrupamentos de fator emdiferentes medidas do benefício clínico do tratamento com Pertuzumab, u-sando tempo para progressão/ou morte (TTP) e tempo para morte (TTD)como metas clínicas alternativas. Efeitos significativos foram observadospara TGF-alfa, anfiregulina, EGF e HER2-ECD em estimativas de KaplanMeier e testes de log-rank para TTP ou TTD1 como mostrado em uma visãogeral na Figura 7.
Os gráficos de Kaplan Meier apresentando a razão de risco sãodados para TTP e TTD (número mais alto de eventos observado) na Figura8 e Figura 9 (TGF-alfa), 10 e 11 (anfiregulina), 12 e 13 (EGF) e 14 e 15(HER2-ECD), mostrando o efeito evidente de um agrupamento com basenesses fatores na evolução clínica de pacientes tratados com Pertuzumab.
Exemplo 3
Nesse exemplo, abordagens multivariadas foram usadas paraidentificar combinações de fatores que poderiam melhorar ainda mais a iden-tificação de pacientes com maior benefício clínico do tratamento com Pertu-zumab. Resultados, como derivados de uma abordagem de CART (Arvoresde Classificação de Regressão), são refletidos. A abordagem de classifica-ção de CART tornou necessário especificar como grupo de benefício todosos valores em benefício clínico acima de 0. Como variáveis níveis séricos deHer2-ECD, TGF-alfa, anfiregulina e EGF foram empregados. Uma combina-ção de níveis de Her2-ECD séricos e TGF alfa séricos foi selecionada paradar os melhores resultados. A partir dos resultados de CART, pontos de cor-te otimizados para uma combinação de Her2-ECD sérico e TGF-alfa séricoforam derivados, resultando em uma regra para categorização exploratóriade benefício clínico na população de estudo - uma combinação de valoresde Her2-ECD séricos baixos e valores de TGF-ala séricos baixos capturando2/2 PR e 2/3 SD>6 meses na população de estudo e excluindo um númerorazoável de pacientes com progressão rápida. A figura 16 mostra o benefícioclínico no ponto de corte exploratório da combinação. A figura 17 resume oefeito de uma combinação de TGF-alfa e HER2-ECD sobre TTP e TTD. Asestimativas de Kaplan Meier e as razões de risco dadas na Figura 18 (TTP)e Figura 19 (TTD) demonstram o efeito significativo do agrupamento combase em uma combinação desses fatores para a evolução clínica dos paci-entes tratados com Pertuzumab.

Claims (18)

1. Método de prever a resposta a um tratamento com um inibidorde dimerização de HER em um paciente, caracterizado pelo fato de quecompreende:avaliar em uma amostra biológica do paciente, em que a amostra biológica ésoro sangüíneo, o nível de expressão de:- uma proteína marcadora codificada pelo gene marcador defator de crescimento transformante alfa ou- uma combinação de proteínas marcadoras codificadas por ge-nes marcadores em que a combinação de proteínas marcadoras codificadaspor genes marcadores consiste nas proteínas marcadoras codificadas pelo- gene marcador de fator de crescimento transformante alfa e deHER2,- gene marcador de fator de crescimento transformante alfa e defator de crescimento epidérmico,- gene marcador de anfiregulina e de fator de crescimento trans-formante alfa,- gene marcador de fator de crescimento transformante alfa, defator de crescimento epidérmico e de HER2,- gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento epi-dérmico e de fator de crescimento transformante alfa,- gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento trans-formante alfa e de HER2,- gene marcador de fator de crescimento epidérmico, de fator decrescimento transformante alfa e de HER2,- gene marcador de anfiregulina, de fator de crescimento epi-dérmico, de fator de crescimento transformante alfa e de HER2.
2. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelofato de que a etapa de avaliação da proteína marcadora codificada pelo ge-ne marcador ou da combinação de proteínas marcadoras codificadas pelosgenes marcadores compreende:a1) avaliar o nível de expressão da proteína marcadora codifica-da pelo gene marcador ou da combinação de proteínas marcadoras codifi-cadas pelos genes marcadores,a2) determinar se o nível de expressão avaliado na etapa a1)está acima ou abaixo de um valor de limite.
3. Método de acordo com a reivindicação 2, caracterizado pelofato de que o valor de limite é determinado antes da etapa a1) através:- 1) da avaliação do nível de expressão da proteína marcadoracodificada pelo gene marcador ou da combinação de proteínas marcadorascodificadas pelos genes marcadores em uma variedade de amostras biológi-cas, em que as amostras biológicas são soro sangüíneo de pacientes antesdo tratamento com o inibidor de dimerização de HER1- 2) da correlação da resposta dos pacientes tratados com o inibi-dor de dimerização de HER ao nível de expressão da proteína marcadoracodificada pelo gene marcador ou da combinação de proteínas marcadorascodificadas pelos genes marcadores determinados na reivindicação 1, de-terminando assim o valor de limite.
4. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelo fato de que o inibidor de dimerização de HER inibe aheterodimerização de HER2 com EGFR ou HER3.
5. Método de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelofato de que o inibidor de dimerização de HER é um anticorpo, preferivelmen-te o anticorpo 2C4.
6. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, caracterizado pelo fato de que o paciente é um paciente com câncer, pre-ferivelmente um paciente com câncer de mama, câncer ovariano, câncer depulmão ou câncer de próstata.
7. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a 6,caracterizado pelo fato de que o nível de expressão da proteína marcadoracodificada pelo gene marcador ou da combinação de proteínas marcadorascodificadas pelos genes marcadores na amostra é avaliado pela detecção donível de expressão de um fragmento da proteína marcadora ou fragmentos dacombinação de proteínas marcadoras codificadas pelos genes marcadores.
8. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a 7, caracterizado pelo fato de que o nível de expressão da proteína marcado-ra ou fragmento dessa ou da combinação de proteínas marcadoras ou frag-mentos dessas é detectado usando um reagente que se liga especificamen-te com a proteína marcadora ou fragmento dessa ou com a combinação deproteínas marcadoras ou fragmentos dessas.
9. Método de acordo com a reivindicação 8, caracterizado pelofato de que o reagente é selecionado a partir do grupo que consiste em umanticorpo, um fragmento de um anticorpo ou um derivado de um anticorpo.
10. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a 9, caracterizado pelo fato de que o nível de expressão é determinado usan-do um método selecionado a partir do grupo que consiste em proteômica,citometria de fluxo, imunocitoquímica, imuno-histoquímica, ensaio imunoab-sorvente ligado a enzima, ensaio imunoabsorvente ligado a enzima multica-nal, e variações desses métodos.
11. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 5 a 10, caracterizado pelo fato de que o fragmento da proteína marcadora é odomínio extracelular da proteína marcadora Her2.
12. Método de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pe-lo fato de que o domínio extracelular da proteína marcadora Her2 tem umamassa molecular de aproximadamente 105.000 Dáltons.
13. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 12, caracterizado pelo fato de que a seqüência de aminoácido da proteínamarcadora de anfiregulina é a seqüência de aminoácido da SEQ ID NO: 1,em que a seqüência de aminoácido da proteína marcadora do fatorde crescimento epidérmico é a seqüência de aminoácido da SEQ ID NO: 2,em que a seqüência de aminoácido da proteína marcadora dofator de crescimento transformante alfa é a seqüência de aminoácido daSEQ ID NO: 3, ouem que a seqüência de aminoácido da proteína marcadoraHER2 é a seqüência de aminoácido da SEQ ID NO: 4.
14. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a- 13, caracterizado pelo fato de que o valor de limite no soro sangüíneo para:- a proteína marcadora do fator de crescimento transformantealfa está entre 2,0 e 5,0 pg/ml, mais preferivelmente cerca de 3,5 pg/ml,- a proteína marcadora do fator de crescimento epidérmico estáentre 100 a 250 pg/ml, preferivelmente cerca de 150 pg/ml, ou- a proteína marcadora de anfiregulina está entre cerca 6 a 15pg/ml, preferivelmente cerca de 12 pg/ml.
15. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a 13, caracterizado pelo fato de que o valor de limite no soro sangüíneo para odomínio extracelular da proteína marcadora Her2 está entre 12 a 22 ng/ml,preferivelmente cerca de 18 ng/ml.
16. Uso de um anticorpo que se liga à proteína marcadora do fatorde crescimento transformante alfa ou de HER2, caracterizado pelo fato de serpara prever a resposta ao tratamento com o anticorpo 2C4 em um paciente.
17. Kit, caracterizado pelo fato de que compreende uma sondaque anela com o polinucleotídeo marcador de anfiregulina, de fator de cres-cimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa ou de HER2sob condições estringentes ou um anticorpo que se liga à proteína marcado-ra de anfiregulina, de fator de crescimento epidérmico, de fator de cresci-mento transformante alfa ou de HER2.
18. Uso de um inibidor de dimerização de HER, caracterizadopelo fato de ser para a fabricação de um medicamento para tratar um paci-ente humano com câncer, em que o dito tratamento inclui avaliar em umaamostra biológica do paciente- um gene marcador ou uma combinação de genes marcadoresselecionados a partir do grupo que consiste em um gene marcador de fatorde crescimento epidérmico, de fator de crescimento transformante alfa e deHER2ou uma- combinação de genes marcadores que compreende um genemarcador de anfiregulina e um gene marcador selecionado a partir do genemarcador de fator de crescimento epidérmico, de fator de crescimento trans-formante alfa e de HER2.
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Families Citing this family (49)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ZA9811162B (en) * 1997-12-12 2000-06-07 Genentech Inc Treatment with anti-ERBB2 antibodies.
KR20130056201A (ko) * 2000-05-19 2013-05-29 제넨테크, 인크. ＥｒｂＢ 길항제에 의한 암 치료요법에 대한 효과적인 반응의 가능성을 개선시키기 위한 유전자 검출 분석
SV2006002143A (es) * 2004-06-16 2006-01-26 Genentech Inc Uso de un anticuerpo para el tratamiento del cancer resistente al platino
KR20140032004A (ko) 2004-07-22 2014-03-13 제넨테크, 인크. Ｈｅｒ２ 항체 조성물
JO3000B1 (ar) 2004-10-20 2016-09-05 Genentech Inc مركبات أجسام مضادة .
JP2008523073A (ja) * 2004-12-07 2008-07-03 ジェネンテック・インコーポレーテッド Ｈｅｒ阻害剤を用いた治療のための患者の選択
CA2592177A1 (en) * 2005-01-21 2006-07-27 Genentech, Inc. Fixed dosing of her antibodies
EP1850874B1 (en) * 2005-02-23 2013-10-16 Genentech, Inc. Extending time to disease progression or survival in ovarian cancer patients using pertuzumab
PE20070207A1 (es) * 2005-07-22 2007-03-09 Genentech Inc Tratamiento combinado de los tumores que expresan el her
ATE520979T1 (de) * 2005-08-24 2011-09-15 Bristol Myers Squibb Co Biomarker und verfahren zur bestimmung der empfindlichkeit gegenüber modulatoren des egf(epidermal growth factor)-rezeptors
MX2009008981A (es) * 2007-03-02 2009-09-02 Genentech Inc Prediccion de respuesta a un inhibidor her.
JP5433189B2 (ja) * 2007-09-28 2014-03-05 承一 尾崎 Ｍｐｏ−ａｎｃａ関連血管炎の被験者に対する治療の効果を予測する材料を提供する方法
CA2711843C (en) * 2007-12-20 2018-11-13 Laboratory Corporation Of America Holdings Her-2 diagnostic methods
NZ586544A (en) * 2007-12-26 2012-07-27 Vaccinex Inc Anti-c35 antibody in combination with an ani-her2 antibody in cancer therapies and methods
TWI472339B (zh) 2008-01-30 2015-02-11 Genentech Inc 包含結合至ｈｅｒ２結構域ii之抗體及其酸性變異體的組合物
SI2260111T1 (sl) * 2008-03-14 2015-10-30 Genentech, Inc. Genetske variante, povezane z odpornostjo proti zdravilom
US8273534B2 (en) 2008-05-14 2012-09-25 Genomic Health, Inc. Predictors of patient response to treatment with EGF receptor inhibitors
BRPI0812682A2 (pt) 2008-06-16 2010-06-22 Genentech Inc tratamento de cáncer de mama metastático
US8470542B2 (en) 2008-12-01 2013-06-25 Laboratory Corporation Of America Holdings Methods and assays for measuring p95 and/or p95 complexes in a sample and antibodies specific for p95
SG172983A1 (en) 2009-01-15 2011-08-29 Lab Corp America Holdings Methods of determining patient response by measurement of her-3
SG172984A1 (en) * 2009-01-15 2011-08-29 Lab Corp America Holdings Methods of determining patient response by measurement of her-2 expression
US9345661B2 (en) * 2009-07-31 2016-05-24 Genentech, Inc. Subcutaneous anti-HER2 antibody formulations and uses thereof
AR078161A1 (es) 2009-09-11 2011-10-19 Hoffmann La Roche Formulaciones farmaceuticas muy concentradas de un anticuerpo anti cd20. uso de la formulacion. metodo de tratamiento.
EP2561356B1 (en) * 2010-04-18 2016-08-03 Yeda Research and Development Co. Ltd. MOLECULES AND METHODS OF USING SAME FOR TREATING ErbB/ErbB LIGANDS ASSOCIATED DISEASES
HUE051738T2 (hu) * 2011-01-07 2021-03-29 Anji Pharma Us Llc Kemoszenzoros receptorligandum-alapú terápiák
US9211263B2 (en) 2012-01-06 2015-12-15 Elcelyx Therapeutics, Inc. Compositions and methods of treating metabolic disorders
US11974971B2 (en) 2011-01-07 2024-05-07 Anji Pharmaceuticals Inc. Compositions and methods for treating metabolic disorders
US11759441B2 (en) 2011-01-07 2023-09-19 Anji Pharmaceuticals Inc. Biguanide compositions and methods of treating metabolic disorders
US9828635B2 (en) * 2011-10-06 2017-11-28 Aveo Pharmaceuticals, Inc. Predicting tumor response to anti-ERBB3 antibodies
WO2013055874A2 (en) 2011-10-14 2013-04-18 Genentech, Inc. Uses for and article of manufacture including her2 dimerization inhibitor pertuzumab
KR20200137035A (ko) 2012-01-06 2020-12-08 앤지 파마 유에스 엘엘씨 바이구아나이드 조성물 및 대사 장애를 치료하는 방법
EA033067B1 (ru) 2012-01-06 2019-08-30 Элселикс Терапьютикс, Инк. Способ лечения метаболических расстройств у пациента, имеющего противопоказание к назначению бигуанидного соединения
RU2019115089A (ru) 2013-04-16 2019-06-11 Дженентек, Инк. Варианты пертузумаба и их аналитическая характеристика
CA2919477A1 (en) * 2013-07-31 2015-02-05 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for modulating thermogenesis using pth-related and egf-related molecules
EP2876442A1 (en) 2013-11-22 2015-05-27 Institut de Cancérologie de l'Ouest Olfactomedin-4, neudesin and desmoplakin as biomarkers of breast cancer
JP2017513901A (ja) 2014-04-25 2017-06-01 ジェネンテック， インコーポレイテッド トラスツズマブ−ｍｃｃ−ｄｍ１及びペルツズマブにより早期の乳癌を処置する方法
EP3169354A4 (en) 2014-07-17 2018-06-13 Brian J. Czerniecki Identification of immunogenic mhc class ii peptides for immune-based therapy
US11406715B2 (en) 2015-05-30 2022-08-09 Genentech, Inc. Methods of treating HER2-positive metastatic breast cancer
EP3325005A4 (en) * 2015-07-17 2019-03-27 Brian J. Czerniecki IDENTIFICATION OF IMMUNOGENIC MHC CLASS II PEPTIDES FOR IMMUNO-BASED THERAPY
WO2017087280A1 (en) 2015-11-16 2017-05-26 Genentech, Inc. Methods of treating her2-positive cancer
CN105403704A (zh) * 2015-12-31 2016-03-16 苏州市博纳泰科生物技术有限公司 Her-2的荧光免疫层析检测方法及试剂盒
AU2017355432A1 (en) 2016-11-04 2019-05-16 F. Hoffmann-La Roche Ag Treatment of HER2-positive breast cancer
AU2017387909A1 (en) 2016-12-28 2019-06-27 Genentech, Inc. Treatment of advanced HER2 expressing cancer
SG11201905622VA (en) 2017-01-17 2019-08-27 Genentech Inc Subcutaneous her2 antibody formulations
US11077189B2 (en) 2017-03-02 2021-08-03 Genentech Inc. Adjuvant treatment of HER2-positive breast cancer
EP3615695A1 (en) 2017-04-24 2020-03-04 Genentech, Inc. Erbb2/her2 mutations in the transmebrane or juxtamembrane domain
KR102746742B1 (ko) 2018-05-25 2024-12-26 (주)바이오니아 엠피레귤린 유전자 특이적 이중가닥 올리고뉴클레오티드 및 이를 포함하는 섬유증 관련 질환 및 호흡기 관련 질환 예방 및 치료용 조성물
AU2020456731A1 (en) 2020-06-29 2023-01-05 F. Hoffmann-La Roche Ag Pertuzumab plus trastuzumab fixed dose combination
CA3264494A1 (en) * 2022-08-09 2024-02-15 Heligenics Inc. METHOD FOR EVALUATING THE CLINICAL RELEVANCE OF A GENETIC VARIANCE

Family Cites Families (20)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US5401638A (en) 1986-06-04 1995-03-28 Oncogene Science, Inc. Detection and quantification of neu related proteins in the biological fluids of humans
EP1400536A1 (en) 1991-06-14 2004-03-24 Genentech Inc. Method for making humanized antibodies
US6759217B2 (en) * 1996-03-26 2004-07-06 Oncomedx, Inc. Method enabling use of extracellular RNA extracted from plasma or serum to detect, monitor or evaluate cancer
CN101412758A (zh) 1996-10-18 2009-04-22 基因技术股份有限公司 抗ErbB2抗体
CA2376596C (en) 1999-06-25 2009-10-06 Genentech, Inc. Humanized anti-erbb2 antibodies and treatment with anti-erbb2 antibodies
US20040013667A1 (en) 1999-06-25 2004-01-22 Genentech, Inc. Treatment with anti-ErbB2 antibodies
CA2992643C (en) 2002-03-13 2019-06-18 Genomic Health, Inc. Gene expression profiling in biopsied tumor tissues
US20040248151A1 (en) 2002-04-05 2004-12-09 Ventana Medical Systems, Inc. Method for predicting the response to HER2-directed therapy
GB0215509D0 (en) 2002-07-04 2002-08-14 Novartis Ag Marker genes
ES2392525T3 (es) * 2002-07-15 2012-12-11 F. Hoffmann-La Roche Ag Tratamiento del cáncer con el anticuerpo dirigido contra ErbB2 rhuMAb 2C4
ES2246191T1 (es) * 2002-12-11 2006-02-16 Ventana Medical Systems, Inc. Metodo para predecir la respuesta a la terapia dirigida a her2.
CA2515096A1 (en) 2003-02-06 2004-08-26 Genomic Health, Inc. Gene expression markers for response to egfr inhibitor drugs
CA2521077A1 (en) 2003-04-01 2004-10-28 Monogram Biosciences, Inc. Erbb surface receptor complexes as biomarkers
JP4724657B2 (ja) 2003-05-30 2011-07-13 アストラゼネカ ユーケー リミテッド プロセス
US20060204966A1 (en) 2003-08-01 2006-09-14 Spector Neil L Treatment of cancers expressing p95 erbb2
US20080113344A1 (en) 2003-10-28 2008-05-15 Ralph Wirtz Methods and Compositions for the Response Prediction of Malignant Neoplasia to Treatment
TWM256978U (en) * 2004-04-02 2005-02-11 Nventec Appliances Corp Electronic device
JP2008523073A (ja) * 2004-12-07 2008-07-03 ジェネンテック・インコーポレーテッド Ｈｅｒ阻害剤を用いた治療のための患者の選択
RU2300111C2 (ru) * 2005-06-15 2007-05-27 Государственное учреждение научно-исследовательский институт онкологии Томского Научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук (ГУ НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН) Способ прогнозирования течения заболевания раком молочной железы

Also Published As

Publication number Publication date
ATE539171T1 (de) 2012-01-15
NO20080371L (no) 2008-05-09
AR057323A1 (es) 2007-11-28
ES2356066T3 (es) 2011-04-04
SI1915460T1 (sl) 2011-04-29
EP2196547B1 (en) 2011-12-28
HRP20110171T1 (hr) 2011-04-30
MA31549B1 (fr) 2010-08-02
US7700299B2 (en) 2010-04-20
EP1915460A2 (en) 2008-04-30
JP2009504142A (ja) 2009-02-05
ATE493514T1 (de) 2011-01-15
ECSP088171A (es) 2008-03-26
RS51859B (sr) 2012-02-29
NZ565270A (en) 2011-05-27
MX2008001926A (es) 2008-03-24
AU2006281746A1 (en) 2007-02-22
CR9686A (es) 2008-02-20
CN101705287A (zh) 2010-05-12
CN101405405A (zh) 2009-04-08
AU2006281746B2 (en) 2011-06-23
UA93989C2 (ru) 2011-03-25
US20070037228A1 (en) 2007-02-15
ZA201102688B (en) 2012-01-25
EP1915460B1 (en) 2010-12-29
RU2008108907A (ru) 2009-09-20
CY1111612T1 (el) 2015-10-07
PT1915460E (pt) 2011-03-17
AU2011202339A1 (en) 2011-06-09
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