CZ2000681A3 - Oligonucleotides allowing the identification of precursors of amidated polypeptide hormones - Google Patents

Oligonucleotides allowing the identification of precursors of amidated polypeptide hormones Download PDF

Info

Publication number
CZ2000681A3
CZ2000681A3 CZ2000681A CZ2000681A CZ2000681A3 CZ 2000681 A3 CZ2000681 A3 CZ 2000681A3 CZ 2000681 A CZ2000681 A CZ 2000681A CZ 2000681 A CZ2000681 A CZ 2000681A CZ 2000681 A3 CZ2000681 A3 CZ 2000681A3
Authority
CZ
Czechia
Prior art keywords
oligonucleotide
sequence
trinucleotide
codes
nucleotides
Prior art date
Application number
CZ2000681A
Other languages
Czech (cs)
Inventor
Jean Martinez
Catherine Goze
Original Assignee
Societe De Conseils De Recherches Et D'applications Scientifiques (S. C. R. A. S.)
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Societe De Conseils De Recherches Et D'applications Scientifiques (S. C. R. A. S.) filed Critical Societe De Conseils De Recherches Et D'applications Scientifiques (S. C. R. A. S.)
Priority to CZ2000681A priority Critical patent/CZ2000681A3/en
Publication of CZ2000681A3 publication Critical patent/CZ2000681A3/en

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Oligonukleotidy ajejich použití jako sond pro identifikaci RNAm, která kóduje pro prekursory amidovaných polypeptidových hormonů, čímž identifikují nové amidované polypeptidové hormony. Olugonukleotidy s popsanou nukleotidovou sekvencí a způsob identifikace prekursorů amidovaných hormonů.Oligonucleotides and their use as probes for identifying mRNA encoding precursors of amidated polypeptide hormones, thereby identifying novel amidated polypeptide hormones. Oligonucleotides with a disclosed nucleotide sequence and a method for identifying precursors of amidated hormones.

Description

Předložený vynález se vztahuje k novým o 1 igonuk1eoti dům a jejich použití jako sondy pro identifikaci mRNA, která kóduje prekursory amidovaných po Iypepti dových hormonů a k identifikaci nových amidovaných po 1ypepti dových hormonů. Vynález se tedy vztahuje k o 1 igonuk1eoti dům, u nichž je nukleotidová sekvence popsána níže a na metodu identifikace prekursorů hormonů.The present invention relates to novel oligonucleotides and their use as probes for identifying mRNA encoding precursors of amidated polypeptide hormones and for identifying novel amidated polypeptide hormones. The invention therefore relates to oligonucleotides having the nucleotide sequence described below and to a method for identifying precursors of hormones.

Dosavadní stav technikyState of the art

Amidované po 1ypepti dové hormony jsou synteti sovány ve formě prekursorů, který podstupuje maturaci. Tato maturace spočívá v amidační reakci.Amidated polypeptide hormones are synthesized in the form of precursors that undergo maturation. This maturation consists of an amidation reaction.

Amidační reakce C-konce je charakteristická reakce amidovaných po 1ypepti dových hormonů. Tato reakce, ke které dochází na prekursorů jednoho nebo více hormonů, dovoluje maturaci hormonu a také zajišťuje jeho biostabilitu ve fyziologickém mediu: vytvořená amidová skupina je méně zranitelná nežli volná kyselá funkce. Hormon je tedy odolnější ke karboxypeptidásám, zůstává v buňce aktivní po delší dobu a uchovává si optimální afinitu pro své receptorové místo.The C-terminal amidation reaction is a characteristic reaction of amidated polypeptide hormones. This reaction, which occurs on the precursors of one or more hormones, allows the maturation of the hormone and also ensures its biostability in the physiological medium: the amide group formed is less vulnerable than the free acid function. The hormone is therefore more resistant to carboxypeptidases, remains active in the cell for a longer period and retains optimal affinity for its receptor site.

Amidace byla široce popsána (Peptide amidation, Alan F. Bradbury a Derek G.Smyth, TIBS .16.: 112 až 115, březen 1991 Functional and structural characterisation of peptidylamidoglyco1 ate lyase, the enzyme catalysing the second step in peptide amidation, A.G.Katopodis, D.S.Ping, C.E.SmithAmidation has been extensively described (Peptide amidation, Alan F. Bradbury and Derek G. Smyth, TIBS .16.: 112 to 115, March 1991 Functional and structural characterisation of peptidylamidoglyco1 ate lyase, the enzyme catalysing the second step in peptide amidation, A.G. Katopodis, D.S. Ping, C.E. Smith

a S.W.May, Biochemistry, 30 (25): 6189 až 6194, červen 1991), a její mechanismus je následující:and S.W.May, Biochemistry, 30 (25): 6189-6194, June 1991), and its mechanism is as follows:

~ štěpení prekursoru po 1ypepti dového řetězce hormonu endoproteásou u dvou základních aminokyselin, to jest argininu a/nebo lysinu,~ cleavage of the hormone polypeptide chain precursor by an endoprotease at two basic amino acids, i.e. arginine and/or lysine,

- následně dochází ke dvěma štěpením karboxypeptidásou, což vede k protaženému meziproduktu glycinu, ~ enzym PAM (peptidy1~g1ycin-a~amidující monooxyganása) obsahuje dvě rozdílné enzymatické aktivity: za prvé, přeměňuje protažený meziprodukt glycinu na derivát a-hydroxyglyci nu, podjednotka enzymu PAM, která zásah provádí, je PHM (peptidyl-glycin-a-hydroxylující monooxygenása). Získaný derivát slouží jako substrát pro druhou podjednotku PAM (označená PAL: peptidy1-a-hydroxyg1ycin-a-amidující lyása), která fixuje aminovou funkci glycinu na aminokyselinu, bezprostředně přiléhá k boku N-termi ná 1 ní mu místu a uvolňuje g1yoxy1át.- then two cleavages by carboxypeptidase occur, leading to an extended glycine intermediate, ~ the enzyme PAM (peptidylglycine-α-amidating monooxygenase) contains two distinct enzymatic activities: first, it converts the extended glycine intermediate into an α-hydroxyglycine derivative, the subunit of the PAM enzyme that performs the action is PHM (peptidylglycine-α-hydroxylating monooxygenase). The derivative obtained serves as a substrate for the second subunit of the PAM (designated PAL: peptidylglycine-α-amidating lyase), which fixes the amino function of glycine to an amino acid, immediately adjacent to the N-terminal site and releases glyoxylate.

Tato reakce vyžaduje přítomnost rozlišovacího místa na prekursoru hormonu nebo hormonů což je místo, které vždy obsahuje sekvenci: glycin a dvě základní aminokyseliny (arginin nebo lysin) (viz A.G.Katopodis a kol., Biochemistry, 30 (25), 6189 až 6194, červen 1991, a citované odkazy).This reaction requires the presence of a recognition site on the precursor of the hormone or hormones, a site which always contains the sequence: glycine and two basic amino acids (arginine or lysine) (see A.G. Katopodis et al., Biochemistry, 30 (25), 6189-6194, June 1991, and references cited).

Je známo, že amidované po 1ypepti dové hormony, které mají být secerovány mimo endoplasmické retikulum, obsahují konsensuální signální sekvenci přibližně patnácti az třiceti aminokyse1 in, přičemž tato sekvence je přítomna na N-terminá1 ovém konci po 1ypepti dového řetězce. Později je rozříznuta signálem peptidásového enzymu, takže v již jednou secerovaném proteinu se již dále nenachází, (viz F.Cuttitta, The Anatomical Record, .236, 87 až 93 (1993) a v citovaných odkazech).It is known that amidated polypeptide hormones intended for secretion outside the endoplasmic reticulum contain a consensus signal sequence of approximately fifteen to thirty amino acids, which sequence is present at the N-terminal end of the polypeptide chain. It is later cleaved by the signal peptidase enzyme, so that it is no longer present in the protein once secreted (see F. Cuttitta, The Anatomical Record, .236, 87-93 (1993) and references cited therein).

Nalezení nového proteinu není v současné době snadné. Proteiny mohou být isolovány a čištěny různými technikami: srážením v isoe1ektrickém bodě, selektivní extrakcí určitými rozpouštědly a poté čistěním krysta1 isací , protiproudou distribucí, adsorpcí, rozdělovači nebo ionexovou chromatografií, e1ektroforesou atd. Tyto techniky však předpokládají znalost vlastností proteinu, který má být isolován. Navíc, jestliže čistý vzorek nového proteinu, o který se jedná, je na terapeutické úrovni k disposici, stále ještě zbývá několik stupňů k tomu, nežli je k disposici geneticky modifikovaný mikroorganismus schopný ho synthet i sovat.Finding a new protein is not easy at present. Proteins can be isolated and purified by various techniques: precipitation at the isoelectric point, selective extraction with certain solvents and then purification by crystallization, countercurrent distribution, adsorption, partition or ion exchange chromatography, electrophoresis, etc. However, these techniques presuppose knowledge of the properties of the protein to be isolated. Moreover, if a pure sample of the new protein in question is available at therapeutic levels, there are still several steps to go before a genetically modified microorganism capable of synthesizing it is available.

Způsob navržený předloženým vynálezem nabízí výhodu použitím charakteristické peptidové sekvence prekursoru všech dosud známých amidovaných hormonů, dovolující simultánní detekci několika nových hormonů této kategorie. Tento průzkum se provádí přímou identifikací nukleotidové sekvence, která kóduje uvedené prekursory v cDNA bankách připravených z tkání, ve kterých prekursory těchto hormonů mohou být syntet i sovány.The method proposed by the present invention offers the advantage of using the characteristic peptide sequence of the precursor of all hitherto known amidated hormones, allowing the simultaneous detection of several new hormones of this category. This screening is carried out by direct identification of the nucleotide sequence encoding said precursors in cDNA libraries prepared from tissues in which the precursors of these hormones can be synthesized.

Průzkum pomocí tohoto způsobu je mnohem méně restrikční nežli výše uvedené běžně používané biochemické techniky protože:Research using this method is much less restrictive than the commonly used biochemical techniques mentioned above because:

- může vést k isolaci něko1 ika rozdí1ných prekursorů pří to mn ýc h ve stejné tkáni na základě stejného principu,- can lead to the isolation of several different precursors in the same tissue based on the same principle,

- dovoluje detekci prekursorů odpovídajících hormonům, majících při stejných technických podmínkách velmi rozdílné biochemické a biologické vlastnosti, ~ dovoluje průvodní identifikaci všech peptidových hormonů, které mohou být obsaženy ve stejném prekursoru.- allows the detection of precursors corresponding to hormones, having very different biochemical and biological properties under the same technical conditions, ~ allows the concomitant identification of all peptide hormones that may be contained in the same precursor.

Výsledkem tohoto vynálezu je, že dovoluje nikoli zanedbatelnou úsporu času a peněz v oblasti, kde náklady na výzkum a vývoj představují velmi vysoký podíl z obratu.The result of this invention is that it allows for a not inconsiderable saving of time and money in an area where research and development costs represent a very high proportion of turnover.

Předkládaný vynález rovněž dovolí far mako 1ogickou studii aktivních látek majících základní fyziologickou roli v organismu savců: hormonů a obzvláště amidovaných po 1ypepti dových neurohorrnonů. Vzhledem k tomu, že je poprvé k disposici aktivním látkám odpovídající cDNA, bude poté možné zavést pomocí genetického inženýrství klonovaný vektor, což povede k syntéze hormonů, majících terapeutické využití pomocí mikroorganismů.The present invention will also allow the pharmacological study of active substances having a fundamental physiological role in the mammalian organism: hormones and in particular amidated polypeptide neurohormones. Since the cDNA corresponding to the active substances is available for the first time, it will then be possible to introduce a cloned vector by genetic engineering, which will lead to the synthesis of hormones having therapeutic use by means of microorganisms.

Podstata vynálezuThe essence of the invention

Vynález se vztahuje nejprve na jednořetězcový o 1 igonuk1eotid OX, který může za mírných podmínek hybridizovat s o 1 i gonuk 1 eot i dem OY sekvence Y1 ~Y2--Y3~-Y4~Y5, kde Y1 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci od 1 do 12 nukleotidů nebo Y1 je potlačen, Y2 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje Gly, Y3 a Y4 nezávisle představují tri nuk 1eotid, který kóduje pro Arg nebo Lys a Y5 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci od 1 do 20 nukleotidů nebo je Y5 potlačen.The invention relates first to a single-stranded oligonucleotide OX which can hybridize under mild conditions to an oligonucleotide OY of the sequence Y1 ~Y2--Y3~-Y4~Y5, where Y1 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or Y1 is suppressed, Y2 represents a trinucleotide that encodes Gly, Y3 and Y4 independently represent a trinucleotide that encodes Arg or Lys and Y5 represents a nucleotide sequence of 1 to 20 nucleotides or Y5 is suppressed.

Pod pojmem nukleotid se rozumí monomerní jednotka RNAThe term nucleotide refers to the monomeric unit of RNA

nebo DNA mající chemickou strukturu fosforečného esteru nukleosidu. Nukleosid vzniká vazbou purinové báze (purin, adenin, guanin nebo analogy) nebo pyrimidinové báze (pyrimidin, cytosin, uracil nebo analogy) s ribosou nebo deoxyri bosou. 01 igonuk1eotid je polymer nukleotidů označující sekvenci primeru, sondu nebo fragment RNA nebo DNA.or DNA having the chemical structure of a phosphate ester of a nucleoside. A nucleoside is formed by the bonding of a purine base (purine, adenine, guanine, or analogs) or a pyrimidine base (pyrimidine, cytosine, uracil, or analogs) to ribose or deoxyribose. An igonucleotide is a polymer of nucleotides that designates a primer sequence, probe, or fragment of RNA or DNA.

Zmíněné o 1 igonuk1eotidy mohou bytí získány syntézou, existuje automatizovaná referenční metoda, která je popsána v následujících publikacích: DNA synthesis , S.A.Narang, Tetrahedron, 39, 3 (1983) a v Synthesis and use of synthetic oligonucleotides, K.Itakura, J.J,.Rossi a R.B.Wallace, Annu . Rev.Biochem., 53, 323 ( 1984) .The oligonucleotides mentioned can be obtained by synthesis, there is an automated reference method which is described in the following publications: DNA synthesis, S.A.Narang, Tetrahedron, 39, 3 (1983) and in Synthesis and use of synthetic oligonucleotides, K.Itakura, J.J,.Rossi and R.B.Wallace, Annu. Rev. Biochem., 53, 323 (1984).

Přednostně OX může hybridizovat s OY za přísných podmí nek .Preferably, OX can hybridize with OY under stringent conditions.

Výhodněji je možná hybridizace OX s o 1 igonukleoti dem OY sekvence Y2-Y3-Y4-Y5.More preferably, hybridization of OX with the OY oligonucleotide of the sequence Y2-Y3-Y4-Y5 is possible.

Ještě více je preferována možná hybridizace OX s o 1 igonuk1eotidem OY sekvence Y1“Y2-Y3-Y4 nebo Y2-Y3-Y4 .Even more preferred is the possible hybridization of OX with the OY nucleotide sequence Y1-Y2-Y3-Y4 or Y2-Y3-Y4.

Ve zvláštním případě může OX hybridizovat s oligonuk1eotidem OY tak, že Y5 představuje nuk 1eotidovou sekvenci Y6-Y7-Y8-Y9, ve které Y6 představuje trinukleotid, který kóduje pro Ser, Thr nebo Tyr, Y7 představuje trinukleotid, který kóduje pro jakoukoli aminokyselinu, Y8 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Glu nebo Asp a Y9 představuje nukleotidovou sekvenci obsahující 1 až 12 nukleotidů. Ve zcela zvláštním případě může OX hybridizovat s oligonukleotidem OY tak, že Y1 a Y9 jsou potlačeny.In a particular case, OX may hybridize to oligonucleotide OY such that Y5 represents the nucleotide sequence Y6-Y7-Y8-Y9, in which Y6 represents a trinucleotide that codes for Ser, Thr or Tyr, Y7 represents a trinucleotide that codes for any amino acid, Y8 represents a trinucleotide that codes for Glu or Asp and Y9 represents a nucleotide sequence containing 1 to 12 nucleotides. In a very particular case, OX may hybridize to oligonucleotide OY such that Y1 and Y9 are suppressed.

V® zcela zvláštním případě může OX hybridizovat s o 1 igonukleoti dem OY, ve kterém Y2 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Gly, Y3 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Lys, Y4 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Arg a Y5 představuje sekvenci 3 nukleotidů, které kódují pro Ser—A1 a ~G1u.In a very special case, OX can hybridize with the oligonucleotide OY, in which Y2 represents a trinucleotide that codes for Gly, Y3 represents a trinucleotide that codes for Lys, Y4 represents a trinucleotide that codes for Arg, and Y5 represents a sequence of 3 nucleotides that codes for Ser—A1 and ~G1u.

Tato sekvence byla určena pomocí statistické studie 27 známých amidovaných míst a vedla k definici daného modelu aminokyselin na 6 polohách: G1y~Lys~Arg-Ser-Ala~G1u.This sequence was determined using a statistical study of 27 known amidation sites and led to the definition of a given amino acid pattern at 6 positions: G1y~Lys~Arg-Ser-Ala~G1u.

Vzhledem k degeneraci genetického kódu a kvůli vysokému počtu kodonů odpovídajících Gly (4 kodony), Arg (6 kodonů) a Ser (6 kodonů) byla sekvence o 1 igonuk1eotidu sestavena pomocí dvou postupů, které dovolují, aby tato degenerace byla vzata v úvahu:Due to the degeneracy of the genetic code and the high number of codons corresponding to Gly (4 codons), Arg (6 codons) and Ser (6 codons), the 1-nucleotide sequence was constructed using two procedures that allow this degeneracy to be taken into account:

- použití určitých poloh inosinu, což je nukleotid, ve kterém se dusíková báze hypoxanti nu váže náhodným způsobem se 4 dusíkovými bázemi, které doplňují DNA, ~ změna povahy na určitých místech včleněné dusíkové báze, čímž se vytváří řada kombinací o 1 igonuk1eotidů úměrná počtu různých zavedených bází.- the use of certain positions of inosine, which is a nucleotide in which the nitrogen base of hypoxanthine binds in a random manner with the 4 nitrogen bases that complement the DNA, ~ the change in the nature of the nitrogen base incorporated at certain positions, thereby creating a series of combinations of 1 igonucleotides proportional to the number of different bases introduced.

Předkládaný vynález se rovněž vztahuje na o 1 igonuk1eotid OY obsahující 9 až 42 nukleotidů sekvence Y1 “Y2~-Y3~Y4“Y5, kde Y1 představuje nukleotid sekvence 1 až 12 nukleotidů nebo Y1 je potlačen, Y2 představuje trinukleotid, který kóduje pro Gly, Y3 a Y4 nezávisle představují tri nuk 1eotid, který kóduje pro Arg nebo Lys a Y5 představu je nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 21 nukleotidů nebo Y5 je potlačen.The present invention also relates to an oligonucleotide OY comprising 9 to 42 nucleotides of the sequence Y1 "Y2~-Y3~Y4"Y5, where Y1 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or Y1 is suppressed, Y2 represents a trinucleotide that codes for Gly, Y3 and Y4 independently represent a trinucleotide that codes for Arg or Lys and Y5 represents a nucleotide sequence of 1 to 21 nucleotides or Y5 is suppressed.

Vynález se přednostně vztahuje na o 1 igonuk1eotid OY tak, že Y1 je potlačen nebo tak, že Y5 je potlačen.The invention preferably relates to the oligonucleotide OY such that Y1 is suppressed or such that Y5 is suppressed.

Vynález se zvláště vztahuje na o 1 igonuk1eotid OY tak, že Y5 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci Y6-Y7-Y8-Y9, ve které Y6 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Ser, Thr nebo Tyr, Y7 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro jakoukoli aminokyselinu, Y8 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje Glu nebo Asp a Y9 představuje nuk 1eotidovou sekvenci, obsahující 1 až 12 nukleotidů.The invention particularly relates to the oligonucleotide OY such that Y5 represents the nucleotide sequence Y6-Y7-Y8-Y9, in which Y6 represents a trinucleotide that codes for Ser, Thr or Tyr, Y7 represents a trinucleotide that codes for any amino acid, Y8 represents a trinucleotide that codes for Glu or Asp and Y9 represents a nucleotide sequence containing 1 to 12 nucleotides.

Vynález se obzvláště vztahuje na o 1 igonuk1eotid OY tak, že Y1 a Y9 jsou potlačeny.The invention particularly relates to the oligonucleotide OY such that Y1 and Y9 are suppressed.

Ve zcela zvláštním případě se vynález vztahuje na o 1 igonuk1eotid OY vyznačující se tím, že Y1 je potlačen, Y2 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Gly, Y3 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Lys, Y4 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Arg a Y5 představuje sekvenci tří trinukleotidů, která kóduje proIn a very particular case, the invention relates to an oligonucleotide OY characterized in that Y1 is suppressed, Y2 represents a trinucleotide that codes for Gly, Y3 represents a trinucleotide that codes for Lys, Y4 represents a trinucleotide that codes for Arg and Y5 represents a sequence of three trinucleotides that codes for

Ser-A1 a —G1u.Ser-A1 and —G1u.

Předložený vynález se rovněž vztahuje na jednořetězový o 1 igonuk1eotid 02 vyznačující se tím, že obsahuje 15 až 39 nukleotidů a je schopen hybridizace s konsensuální signální sekvencí charakteristickou pro amidované po 1ypepti dové hormony, přičemž uvedená sekvence má vzorec 21-22-Z3-24-2526-27, ve kterém 21 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 12 nukleotidů nebo je 21 potlačen, 22 a 23 představují dva tri nuk 1eotidy, které kódují pro Leu, 24 a 25 představují dva tri nuk 1eotidy, které kódují pro kterékoliv dvě aminokyse1 iny, 26 představuje trinukleotid, který kóduje pro Leu a 27 představuje nuk 1eotidovou sekvenci 1 až 12 nukleotidů nebo je potlačen.The present invention also relates to a single-stranded oligonucleotide O2 characterized in that it contains 15 to 39 nucleotides and is capable of hybridizing with a consensus signal sequence characteristic of amidated polypeptide hormones, said sequence having the formula 21-22-Z3-24-2526-27, in which 21 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or 21 is suppressed, 22 and 23 represent two trinucleotides that code for Leu, 24 and 25 represent two trinucleotides that code for any two amino acids, 26 represents a trinucleotide that codes for Leu and 27 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or is suppressed.

V tomto vynálezu budou pod pojmem hormon uvažovány amidované po 1ypeptidové hormony endokrinního systému a obzvláště neurohormony.In this invention, the term hormone will be understood to mean amidated polypeptide hormones of the endocrine system and in particular neurohormones.

Konsensuální signální sekvence je sekvence nesená prekursory proteinů, které jsou secerovány buňkami po jejich maturac i.A consensus signal sequence is a sequence carried by protein precursors that are secreted by cells after their maturation.

Konečně se předkládaný vynález vztahuje na skupinu oligonukleotidů OX nebo 02, která vytváří kombinatoriá1 ní kni hovnu.Finally, the present invention relates to a group of oligonucleotides OX or 02 that form a combinatorial library.

V popsaném vynálezu se pod pojmem kombinatoriá1 ní knihovna rozumí skupina o 1 igonuk1eotidů syntetizovaná takovým způsobem, že za model se bere nukleotidová sekvence, která kóduje pro sekvenci aminokyselin, z nichž některé se mohou měnit. Z důvodu degenerace genetického kódu se získá skupina různých o 1 igonuk1eotidů.In the present invention, the term combinatorial library is understood to mean a group of oligonucleotides synthesized in such a way that a nucleotide sequence is taken as a model, which codes for a sequence of amino acids, some of which may vary. Due to the degeneracy of the genetic code, a group of different oligonucleotides is obtained.

Vynález se rovněž vztahuje na způsob identifikace peptidového prekursoru majícího amidovaný C-~termi ná 1 o vý konec, vyznačující se následujícími postupnými stupni:The invention also relates to a method for identifying a peptide precursor having an amidated C-terminal end, characterized by the following sequential steps:

1- Získání DNA banky,1- Obtaining a DNA bank,

2™ Hybridizace jednoho nebo více o 1 igonuk1eotidu pomocí dané DNA banky,2™ Hybridization of one or more 1 igonucleotides using a given DNA bank,

3~ Identifikace sekvence nebo sekvencí DNA dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eotidem OX,3~ Identification of the DNA sequence or sequences of a given library that hybridizes with the OX oligonucleotide,

4™ Identifikace v této sekvenci nebo v těchto sekvencích jednoho nebo více peptidů s možným amidovaným Ckoncem.4™ Identification in this sequence or sequences of one or more peptides with a possible amidated C-terminus.

Bude upřednostněn takový způsob, že DNA banka je banka cDNA.It will be preferred that the DNA bank is a cDNA bank.

Komplementární DNA (cDNA) je nukleotidový řetězec, jehož sekvence je komplementární se sekvencí mRNA. Reakce, vedoucí k jednořetězcové cDNA, je katalysována inversní transkriptásou. Dvouřetězcová cDNA může být získána účinkem DNA polymerásy, je poté vložena pomocí ligásy do plazmidu nebo vektoru odvozeného od bakteriofágu lambda.Complementary DNA (cDNA) is a nucleotide chain whose sequence is complementary to the sequence of mRNA. The reaction leading to single-stranded cDNA is catalyzed by reverse transcriptase. Double-stranded cDNA can be obtained by the action of DNA polymerase, which is then inserted by ligase into a plasmid or vector derived from bacteriophage lambda.

Banka cDNA obsahuje cDNA odpovídající cytoplasmickým mRNA extrahovaným z dané buňky. Buňka se nazývá kompletní, jestliže obsahuje alespoň jeden bakteriální klon pro každou počáteční mRNA.A cDNA library contains cDNA corresponding to cytoplasmic mRNA extracted from a given cell. A cell is called complete if it contains at least one bacterial clone for each starting mRNA.

K hybridisaci dochází jestliže dva o 1 igonuk1eotidy mají značně komplementární sekvence nukleotidů a mohou se spojovat po jejich délce tím, že vytvářejí mezi komplementárními bázemi vodíkové můstky.Hybridization occurs when two oligonucleotides have highly complementary nucleotide sequences and can associate along their length by forming hydrogen bonds between complementary bases.

Zvláště bude preferován takový způsob, při kterém o 1 igonuk1eotid OX může být zjištěn pomocí značkovacího činidla, jako 32P nebo digoxigen i nu.Particularly preferred will be a method in which the oligonucleotide OX can be detected using a labeling agent such as 32 P or digoxigenin.

Činidla, nejčastěji používaná pro radioaktivní značení, jsou prvky emitující β-paprsky, například 3H, 12Q, 32P, 33P a 3»S.The reagents most commonly used for radiolabeling are β-ray emitting elements, such as 3 H, 12 Q, 32 P, 33 P, and 3 »S.

Značení o 1 igonuk1eotidů se provádí vnesením fosfátové oThe labeling of oligonucleotides is carried out by introducing phosphate

skupiny nesené ( gamma-32 P)-ATP na svůj 5' konec, tato reakce je katalysována enzymem T4-po1ynuk1eoti dovou kinásou. Značení pomocí digoxigeninu je imunoenzymatické, digoxigenin je připojen k dusíkové bázi a začleněn do o 1 igonuk1eotidu. Jeho přítomnost se projeví použitím protilátky namířené proti digoxigeninu a připojené k alkalické fosfatáse. Přítomnost se projeví použitím barvy vyvolané substrátem hydro 1ysováným alkalickou fosfatásou.group carried by (gamma- 32 P)-ATP at its 5' end, this reaction is catalyzed by the enzyme T4-polynucleotide kinase. Labeling with digoxigenin is immunoenzymatic, digoxigenin is attached to a nitrogen base and incorporated into the oligonucleotide. Its presence is detected using an antibody directed against digoxigenin and attached to alkaline phosphatase. The presence is detected using a color induced by the substrate hydrolyzed by alkaline phosphatase.

Mohou být použity jiné techniky značení: o 1 igonuk1eotidy modifikované chemicky tak, že obsahují komplexní kovové činidlo (často se užívají komplexy lanthanidu), skupina obsahující biotin nebo ester akridinu, fluorescenční látka (fluorescein, rhodamin, Texasová červeň) nebo jiné.Other labeling techniques may be used: oligonucleotides chemically modified to contain a complex metal reagent (lanthanide complexes are often used), a biotin-containing group or an acridine ester, a fluorescent substance (fluorescein, rhodamine, Texas red), or others.

Způsob identifikace prekursoru amidovaného polypeptidového hormonu, který ve stupni hybridizace používá kombinatoriální knihovny o 1 igonuk1eotidů OX, bude obzvláště preferován.A method for identifying an amidated polypeptide hormone precursor that uses combinatorial libraries of OX oligonucleotides in the hybridization step will be particularly preferred.

Vynález se rovněž vztahuje na způsob identifikace peptidového prekursoru mající amidovaný C-konec, který se skládá z následujících stupňů:The invention also relates to a method for identifying a peptide precursor having an amidated C-terminus, which consists of the following steps:

získání banky DNA, použití techniky PCR pro amplifikací fragmentu o který je zájem pomocí skupiny o 1 igonuk1eotidů OX a jiné skupiny oligonukleotidů OZ, identifikace DNA sekvence dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eoti dem OX a která byla amp 1 ifikována reakcí PCR,obtaining a DNA bank, using the PCR technique to amplify the fragment of interest using a group of oligonucleotides OX and another group of oligonucleotides OZ, identifying the DNA sequence of the given bank that hybridizes with the OX oligonucleotide and that was amplified by the PCR reaction,

11

identifikace v této sekvenci jednoho nebo více peptidů s možným amidovaným C-koncem.identification in this sequence of one or more peptides with a possible amidated C-terminus.

Pod pojmem fragment, o který je zájem, se rozumí cDNA sekvence, která kóduje pro prekursor jednoho nebo více amidovaných po 1 ypepti dových hormonů.The term fragment of interest refers to a cDNA sequence that encodes a precursor of one or more amidated polypeptide hormones.

Reakce amplifikace DNA pomocí PCR (polymerase chain reaction - řetězová reakce polymerásy) vyžaduje přípravu DNA denaturované zahříváním při 95 °C. Tento preparát je poté spárován s přebytkem dvou komplementárních o 1 igonuk1eotidů na protilehlých řetězcích DNA na obou stranách sekvence, která má být amp 1 ifikována. Každý o 1 igonuk1eotid slouží poté jako primer pro polymerásu DNA (extrahované z termofilní bakterie typu Thermus aquatis: Tag polymerása) pro kopii každého z řetězců DNA. Tento cyklus může byt automatickým způsobem opakován následnými denaturacemi-renaturacemi.The PCR (polymerase chain reaction) reaction requires the preparation of DNA denatured by heating at 95°C. This preparation is then annealed with an excess of two complementary oligonucleotides on opposite DNA strands on either side of the sequence to be amplified. Each oligonucleotide then serves as a primer for DNA polymerase (extracted from a thermophilic bacterium such as Thermus aquatis: Tag polymerase) to make a copy of each of the DNA strands. This cycle can be repeated automatically with subsequent denaturations-renaturations.

Existuje mnoho odkazů podrobně popisujících PR.C protokoly: US patent č. 4 683 192, 4 683 202, 4 800 159 a 4 965 188, PCR technology: principles and applications for DNA amplification, H.Erlich, vyd. Stockton Press, New York (1989) a PCR protocols: a guide to methods and applications, Innis a koi., vyd. Academic Press, San Diego, Kalifornie (1990).There are many references describing the PCR protocols in detail: US Patent Nos. 4,683,192, 4,683,202, 4,800,159 and 4,965,188, PCR technology: principles and applications for DNA amplification, H.Erlich, ed. Stockton Press, New York (1989) and PCR protocols: a guide to methods and applications, Innis et al., ed. Academic Press, San Diego, California (1990).

Daná DNA banka je přednostně cDNA banka.The DNA library is preferably a cDNA library.

Výhodněji může být řečený o 1 igonuk1eotid OX zjištěn pomocí značkovacího činidla, jako je například 32P nebo d i goxi gen i n.More preferably, said oligonucleotide OX can be detected using a labeling agent such as 32 P or digoxigenin.

22

Obzvláště bude upřednostněn způsob identifikace prekursorů amidovaného po 1ypepti dového hormonu vyznačující se tím, že stupeň amplifikace používá kombinatoriá1 ní knihovnu o 1 igonuk1eotidů OX a další kombinatoriá1 ní knihovnu oligonukleotidů 02.Particularly preferred will be a method for identifying precursors of an amidated polypeptide hormone characterized in that the amplification step uses a combinatorial library of oligonucleotides OX and a further combinatorial library of oligonucleotides 02.

Vynález se rovněž vztahuje na způsob identifikace peptidového prekursorů majícího amidovaný C-terminá1 ový konec, který obsahuje následující stupně:The invention also relates to a method for identifying a peptide precursor having an amidated C-terminal end, which comprises the following steps:

získání banky DNA, použití techniky PCR pro amplifikací fragmentu, o který je zájem, pomocí skupiny oligonukleotidů OX, identifikace DNA sekvence, dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eoti dem OX a která byla amp 1 ifikována PCR. reakcí, identifikace v této sekvenci jednoho nebo více peptidů s možným amidovaným C--koncem.obtaining a DNA bank, using the PCR technique to amplify the fragment of interest using a group of OX oligonucleotides, identifying a DNA sequence, of the given bank, which hybridizes with the OX oligonucleotide and which has been amplified by PCR. reaction, identifying in this sequence one or more peptides with a possible amidated C-terminus.

Cílem tohoto způsobu je charakter isovat nukleotidové sekvence, které kódují pro prekursory obsahující více nežli jedno amidované místo.The aim of this method is to characterize nucleotide sequences that code for precursors containing more than one amidation site.

DNA banka je přednostně cDNA banka.The DNA bank is preferably a cDNA bank.

Výhodněji může být daný o 1 igonuk1eotid OX zjištěn pomocí značkovacího činidla, jako je 32P nebo digoxigenin.More preferably, a given OX oligonucleotide can be detected using a labeling agent such as 32 P or digoxigenin.

Obzvláště bude upřednostněn způsob identifikace prekursorů amidovaného po 1ypepti dového hormonu vyznačující seParticularly preferred will be a method for identifying precursors of amidated polypeptide hormone characterized by

33

tím, že amplifikační stupeň využívá kombinatoriá1 ní knihovnu o 1 igonuk1eotidů OX.in that the amplification step uses a combinatorial library of OX oligonucleotides.

Jiný způsob identifikace prekursoru polypeptidu obsahujícího amidovaný C-terminá1 ový konec, navržený předkládaným vynálezem, je char aktér i so ván následujícími stupn i:Another method for identifying a polypeptide precursor containing an amidated C-terminal end, proposed by the present invention, is characterized by the following steps:

získání banky DNA, použití techniky PCR. pro amplifikaci fragmentu, o který je zájem, pomocí o 1 igonuk1eoti du OX a dalšího jednořetězcového o 1 igonuk1eotidu schopného za mírných nebo přísných podmínek hybridizace s universální konsensuální sekvencí obsaženou v sekvenci plazmidového vektoru, ve kterém jsou DNA dané DNA banky klonovány, jako například primery T3, T7, KS, SK, M13, Reverse, identifikace DNA sekvence dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eotidem OX, identifikace v této sekvenci jednoho nebo více peptidů s možným amidovaným C~terminá1 ovým koncem.obtaining a DNA bank, using the PCR technique to amplify the fragment of interest using the OX oligonucleotide and another single-stranded OX oligonucleotide capable of hybridizing under mild or stringent conditions with a universal consensus sequence contained in the sequence of the plasmid vector in which the DNAs of the given DNA bank are cloned, such as primers T3, T7, KS, SK, M13, Reverse, identifying the DNA sequence of the given bank that hybridizes with the OX oligonucleotide, identifying in this sequence one or more peptides with a possible amidated C-terminal end.

Universální konsensuální sekvence je sekvence nesená vektorem, ve kterém je DNA banky klonována. Tato sekvence může sloužit jako primer pro sekvencování. Sekvence nukleotidů těchto primerů jsou k disposici v J.Sambrook, E.F.Fritch, T.Maniatis, ” Molecular cloning, a laboratory manual, 2. vydání, 1989, Colei Spring Harbor Laboratory Press.The universal consensus sequence is the sequence carried by the vector into which the DNA library is cloned. This sequence can serve as a primer for sequencing. The nucleotide sequences of these primers are available in J. Sambrook, E. F. Fritch, T. Maniatis, ” Molecular cloning, a laboratory manual, 2nd edition, 1989, Colei Spring Harbor Laboratory Press.

PCR reakce vyžaduje, aby dva o 1 igonuk1eotidy bylyThe PCR reaction requires that two 1-nucleotides be

fixovány na cDNA klonované ve vektoru, aby došlo k její amp 1 ifikaci . V případě, kde je známa pouze jediná sekvence náležející fragmentu DNA, který má být amp 1 ifi kován, je řešením pro překonání tohoto problému použití oligonukleotidu, který může hybridizovat s nuk 1eoti dovou sekvencí náležející vektoru, ve kterém byla cDNA klonována jako je universální konsensuální sekvence.fixed to the cDNA cloned in the vector in order to amplify it. In the case where only a single sequence belonging to the DNA fragment to be amplified is known, a solution to overcome this problem is to use an oligonucleotide that can hybridize to the nucleotide sequence belonging to the vector in which the cDNA was cloned, such as a universal consensus sequence.

Daná DNA banka je přednostně banka cDNA.The DNA library is preferably a cDNA library.

Bude upřednostněn o 1 igonuk1eotid OY, který může být zjištěn pomocí značkovací ho činidla jako je 32 P nebo d i g o x i g e n i n ..The 1-nucleotide OY will be preferred, which can be detected using a labeling agent such as 32 P or digoxigenin.

Obzvláště bude upřednostněn amplifikační stupeň používající konsensuální knihovnu o 1 igonukleotidů OX.An amplification step using a consensus library of OX oligonucleotides will be particularly preferred.

Příklady provedení vynálezuExamples of embodiments of the invention

Způsob popsaný ve vynálezu byl prohlášen platným jeho aplikací na již isolovaný hormon. Vybraný neurohormon je cholecystokinin (CCK), což je neuromediátor, který je kvantitativně v mozku nejvíce zastoupen.The method described in the invention has been declared valid by its application to an already isolated hormone. The neurohormone chosen is cholecystokinin (CCK), which is the neurotransmitter that is quantitatively most abundant in the brain.

1.1. Příprava matrice DNA sloužící pro reakce PCR z komerční banky Lambda Zapp II (Rat Brain cDNA Library Vector ref. číslo 936 501) ze STRATAGENE (Lafolla, USA).1.1. Preparation of DNA template used for PCR reactions from the commercial Lambda Zapp II library (Rat Brain cDNA Library Vector ref. number 936 501) from STRATAGENE (Lafolla, USA).

Tato Stratagene cDNA banka obsahuje klony cDNA z buňek krysího mozku.This Stratagene cDNA library contains cDNA clones from rat brain cells.

1.1.1 . Uvolnění klonované cDNA ve formě fagemidů Bluescript (Stratagene, Lajolla, USA)1.1.1. Release of cloned cDNA in the form of Bluescript phagemids (Stratagene, Lajolla, USA)

Toto se provádí podle následujícího protokolu: 250 μΐ banky cDNA o koncentraci 2.10® PFU/ml, 200 μΐ XL modré bakterie (genotyp: recA1 endA1 gyrA96 thi~1hsdR17 supE44 relA1 lac/F'proAB lacPZ/X M1 5Tn 1 0( Tetr ) /c ~ srovnej Bullock, Fernandez, Short, Biotechniques, 5, 376 až 379 (1987) - optická hustota při 600 nm: OD - 2,5) a 1 μΐ tágu ExAssist™ (viz B.Hay, J.Short, Strategies, 5, 16 až 18 (1992)) o koncentraci 1O10 PFU/ml jsou uvedeny do kontaktu po dobu 15 minut při 37 °C. Celý systém je poté inkubován na 50 ml LB media (složení: směs 10 g chloridu sodného, 5 g kvasnicového extraktu a 10 g Bactotryptonu na 1 litr sterilní fyziologické vody) po dobu 3 hodin při 37 0 C.. Kultura živné půdy je odstředěna a supernatant je poté aktivován zahříváním při 70 °C po dobu 20 minut.This is done according to the following protocol: 250 μΐ of cDNA bank at a concentration of 2.10® PFU/ml, 200 μΐ XL blue bacteria (genotype: recA1 endA1 gyrA96 thi~1hsdR17 supE44 relA1 lac/F'proAB lacPZ/X M1 5Tn 1 0( Tet r ) / c ~ compare Bullock, Fernandez, Short, Biotechniques, 5, 376 to 379 (1987) - optical density at 600 nm: OD - 2.5) and 1 μΐ of ExAssist™ tag (see B.Hay, J.Short, Strategies, 5, 16 to 18 (1992)) at a concentration of 10 10 PFU/ml are brought into contact for 15 minutes at 37 °C. The entire system is then incubated in 50 ml of LB medium (composition: a mixture of 10 g of sodium chloride, 5 g of yeast extract and 10 g of Bactotrypton per 1 liter of sterile physiological water) for 3 hours at 37 0 C. The culture medium is centrifuged and the supernatant is then activated by heating at 70 °C for 20 minutes.

1.1.2 Získání cDNA ve formě dvouřetězové plazmidové banky1.1.2 Obtaining cDNA in the form of a double-stranded plasmid bank

Tento stupeň vyžaduje při teplotě 37 °C 15 minut, inkubace 100 μΐ i naktivováného supernatantu a 200 μΐ SOLR™ bakterie (genotyp: e14'(McrA') /\ (mcrCB-hsdSMR-mrr)171 sbsC recB recd uvrC umuC::Tn5 (Kan^lac gyrA96 relA1 thi-1 endA1 lambda^/F' proAB lacPZ/X M15/c Su' (nepot1ačující), viz B.Hay, J.M.Short, Strategies 5(1), 16 až 18 (1992) ~ OD = 1 až 600 nm). Po přidání 50 μΐ ampicilinu (o koncentraci 100 mg/ml) a 50 ml LB media, byl celý systém za stálého míchání inkubován po jednu noc při teplotě 37 °C. Plazmidy byly připraveny z 50 ml kultury s použitím QIAGEN Plasmid Midi Kit protokolu a sloupci z QIAGENu (sloupce QIAGEN obsahují aniontový iontoměnič s kladně nabitými diethylamino~ ethanolovými skupinami na svém povrchu, které navzájem reagují s fosfáty skeletu DNA). Takto byl získán roztok DNA o koncentraci 1,37 pg/μΐ.This step requires incubation at 37°C for 15 minutes with 100 μΐ of the activated supernatant and 200 μΐ of SOLR™ bacteria (genotype: e14'(McrA') /\ (mcrCB-hsdSMR-mrr)171 sbsC recB recd uvrC umuC::Tn5 (Kan^lac gyrA96 relA1 thi-1 endA1 lambda^/F' proAB lacPZ/X M15/ c Su' (non-inhibitory), see B.Hay, JMShort, Strategies 5(1), 16 to 18 (1992) ~ OD = 1 to 600 nm). After adding 50 μΐ of ampicillin (100 mg/ml) and 50 ml of LB medium, the whole system was incubated overnight at 37°C with constant stirring. Plasmids were prepared from 50 ml of culture using the QIAGEN Plasmid Midi Kit protocol and columns from QIAGEN (QIAGEN columns contain an anionic ion exchanger with positively charged diethylamino~ethanol groups on their surface, which react with the phosphates of the DNA backbone). This resulted in a DNA solution with a concentration of 1.37 pg/μΐ.

66

1.2. Amplifikace části prekursoru CCK z takto připravené plazmidové banky1.2. Amplification of a part of the CCK precursor from the plasmid bank prepared in this way

1.2.1. Vytvoření sekvencí dvou o 1 igonukIeotidů potřebných pro PCR reakci1.2.1. Generating the sequences of two oligonucleotides required for the PCR reaction

Jeden z těchto dvou nukleotidů bude obsahovat sekvenci komplementární k té, která kóduje pro amidované místo CCK, které je známé a má sekvenci G1y~Arg-Arg-Ser~A1a~G1u. Tento o 1 igonuk1eotid, který bude nazván oligo CCK amid, má jako svoji nuk 1eotidickou sekvenci:One of these two nucleotides will contain a sequence complementary to that coding for the CCK amidation site, which is known to have the sequence G1y~Arg-Arg-Ser~A1a~G1u. This oligonucleotide, which will be called oligo CCK amide, has as its nucleotide sequence:

5'CTCAGCACTGCGCCGGCC 3'5'CTCAGCACTGCGCCGGCC 3'

Druhý o 1 igonuk1eotid, nazvaný oligo CCK 5', odpovídá konsensuální signální sekvenci:The second oligonucleotide, called oligo CCK 5', corresponds to the consensus signal sequence:

5'GTGTGTCTGTGCGT6GTG 3'5'GTGTGTCTGTGCGT6GTG 3'

Velikost očekávaného produktu amplifikace je 315 párů bází, což je vzdálenost mezi sekvencemi, která odpovídá těmto dvěma o 1 igonuk1eoti dům na prekursoru sekvence CCK.The size of the expected amplification product is 315 base pairs, which is the distance between the sequences that corresponds to the two 1 nucleotides on the precursor CCK sequence.

1.2.2. P C R reakce1.2.2. PCR reaction

Připraví se zředěný roztok D1 obsahující 1 μΐ enzymu Taq polymerásy Goldstar 5 U/μΙ (viz P.Reynier, J.F.Pe11 issier, J.R.Harle, Y.Malthiéry, Biochemical and Biophysical Research Communications, 20.5 (1), 375 až 380 ( 1994)) , 1 μΐ pufru 10-krát koncentrovaného ve standartní Taq polymerase a 8 μΐ vody.Prepare a diluted solution D1 containing 1 μΐ of Goldstar Taq polymerase enzyme 5 U/μΙ (see P.Reynier, J.F.Pe11 issier, J.R.Harle, Y.Malthiéry, Biochemical and Biophysical Research Communications, 20.5 (1), 375 to 380 (1994)), 1 μΐ of buffer 10-fold concentrated in standard Taq polymerase and 8 μΐ of water.

Poté se smísí 1 μΐ oligo CCK 5' o koncentraci 250 ng/μΐ, 1 μΐ oligo CCK amidu o koncentraci 250 ng/μΐ, 1 μΐ dNTP o koncentraci 10 mM každý, 1 μΐ banky cDNA o koncentraci 250 ng/μΐ, 5 μΐ pufru koncentrovaného 10~krát v enzymu Taq polymerásy, 2 μΐ chloridu horečnatého o koncentraci 25 mM, 1 μΐ zředěného roztoku D1 a 37 μΐ vody.Then, 1 μΐ oligo CCK 5' at a concentration of 250 ng/μΐ, 1 μΐ oligo CCK amide at a concentration of 250 ng/μΐ, 1 μΐ dNTP at a concentration of 10 mM each, 1 μΐ cDNA library at a concentration of 250 ng/μΐ, 5 μΐ buffer concentrated 10~fold in Taq polymerase enzyme, 2 μΐ magnesium chloride at a concentration of 25 mM, 1 μΐ diluted D1 solution and 37 μΐ water are mixed.

Podmínky amplifikace jsou následující: nejprve se provede tepelné zpracování po dobu 5 minut při teplotě 95 °C, poté se opakuje 30 cyklů. Denaturace se provede při 95 °C po dobu 45 sekund, hybridisace při 60 °C po dobu 30 sekund a prodloužení po dobu 1 minuty při teplotě 72 °C. Nakonec se při teplotě 72 °C a po dobu 10 minut provede doplňkový cyklus s prod 1 o úžení m.The amplification conditions are as follows: first, heat treatment is performed for 5 minutes at 95°C, then 30 cycles are repeated. Denaturation is performed at 95°C for 45 seconds, annealing at 60°C for 30 seconds and extension for 1 minute at 72°C. Finally, an additional cycle is performed at 72°C for 10 minutes with a 1-fold extension.

1.2.3. Výsledky1.2.3. Results

Výsledky se čtou migrací na 0,8 % gelu agarosy z 1/10 produktu PCR. reakce. V přítomnosti 3,8™di ami no-5~ethyl -6“ -íeny1fenanthridiniumbromidu (ethidiumbromidu) je na gelu visualizován jeden intensivní pás o rozměru nepatrně větším nežli značkovací látka o molekulové hmotnosti 300.The results are read by migration on a 0.8% agarose gel from 1/10 of the PCR product. reaction. In the presence of 3,8™diamino-5-ethyl-6“-phenylphenanthridinium bromide (ethidium bromide), one intense band is visualized on the gel with a size slightly larger than the labeling substance with a molecular weight of 300.

1.3 Subklonování produktu PCR do vektoru dovolující sekvencování1.3 Subcloning of the PCR product into a vector allowing sequencing

Použitý vektor je pGEM T-easy Vektor (dodávaný PROGEMA Corporation, Madison, USA, ref . označení A 1380 ~ sekvence udána v příloze I). Etapy jsou následující:The vector used is pGEM T-easy Vector (supplied by PROGEMA Corporation, Madison, USA, ref. designation A 1380 ~ sequence given in Appendix I). The steps are as follows:

- čištění pásu odpovídajícího produktu PCR elektroelucí,- purification of the band corresponding to the PCR product by electroelution,

- ligace po jednu noc při 16 °C s 1 μΐ vektoru pGEM T-easy při 50ng/pl a 1 μΐ pufru používaného při ligaci 1O~krát koncentrovaného.- overnight ligation at 16°C with 1 μΐ of pGEM T-easy vector at 50ng/μl and 1 μΐ of the buffer used in ligation concentrated 10-fold.

- extrakce 3 μΐ produktu z vyčištěného pásu odhadovaného na 20ng/pl, ~ doplnění vodou na 10 μΐ.- extraction of 3 μΐ of product from the purified band estimated at 20ng/pl, ~ replenishment with water to 10 μΐ.

Bakterie JM 109 (genotyp: e14-(McrA) recA1 endA1 gyrA96 thi~1 hsdR17(rk“mk+) supE44 relA1 ,A( 1 ac-pr o AB) /F ' traD36 proAB 1 aď’ Z.Z.\M1 5/-vi z C . Yan i sh-Perron, J.Viera, J.Messing, Gene, 33, 103 až 199 (1985)) se staly kompetenční předchozím zpracováním s chloridem vápenatým a poté pomocí termálního šoku trvajícího 45 sekund transformovány při 45 »C s 1/5 ligační směsi. Buňky byly poté kultivovány přes noc v mediu LB-ampici 1 i nu v Petriho misce při teplotě 37 °C.Bacteria JM 109 (genotype: e14-(McrA) recA1 endA1 gyrA96 thi~1 hsdR17(rk“mk+) supE44 relA1 ,A( 1 ac-pr o AB) /F ' traD36 proAB 1 aď’ Z.Z.\M1 5/-vi z C . Yan i sh-Perron, J.Viera, J.Messing, Gene, 33, 103 to 199 (1985)) were made competent by pretreatment with calcium chloride and then transformed by heat shock for 45 seconds at 45 »C with 1/5 of the ligation mixture. The cells were then cultured overnight in LB-ampicin 1 i nu medium in Petri dishes at 37 °C.

Připraví se plazmidy DNA rekombinací několika klonů.DNA plasmids are prepared by recombining several clones.

Subklonování se potom ověří enzymatickou digescí s Eco RI.Subcloning is then verified by enzymatic digestion with Eco RI.

1.4 Sekvence vání1.4 Sequence of operations

Provádí se klasickou technikou dideoxynuk1eotidů SANGER na vektoru pGEM T-easy Vector, přičemž došlo k začlenění 315 párů bází produktu PCR (připraven ve velkém měřítku použitím soupravy QIAGEN tip 100). Primer použitý pro sekvencování je universální o 1 igonukleotid T7 přítomný na plazmidu pGEMIt is performed using the classical SANGER dideoxynucleotide technique on the pGEM T-easy Vector, incorporating 315 base pairs of PCR product (prepared on a large scale using the QIAGEN tip 100 kit). The primer used for sequencing is the universal T7 oligonucleotide present on the pGEM plasmid.

T-easy Vector.T-easy Vector.

1.5 Výs1edek1.5 Result

Byly získány následující hrubé sekvenceThe following raw sequences were obtained

GTG TGT CTG TGC GTG GTG ATG GCA GTC CTG GCA GCA GGC GCC CTG GCG CAG CCG GTA GTC CCT GTA GAA GCT GTG GAC CCT ATG GAG CAG CGG GCG GAG GAG GCG CCC CGA AGG CAG CTG AGG GCT GTG CTC CGA CCG GAC AGC GAG CCC CGA GCG CGC CTG GGC GCA CTG .CTA GCC CGA TAC ATC CAG CAG GTC CGC AAA GCT CCC TCT GGC CGC ATG TCC GTT CTT AAG AAC CTG CAG GGC CTG GAC CCT AGC CAC AGG ATA AGT GAC CGG GAC TAC ATG GGC TGG ATG GAT TTC GGC CGG CGC AGT GCT GAGGTG TGT CTG TGC GTG GTG ATG GCA GTC CTG GCA GCA GGC GCC CTG GCG CAG CCG GTA GTC CCT GTA GAA GCT GTG GAC CCT ATG GAG CAG CGG GCG GAG GAG GCG CCC CGA AGG CAG CTG AGG GCT GTG CTC CGA CCG GAC AGC GAG CCC CGA GCG CGC CTG GGC GCA CTG .CTA GCC CGA . TAC ATC CAG CAG GTC CGC AAA GCT CCC TCT GGC CGC ATG TCC GTT CTT AAG AAC CTG CAG GGC CTG GAC CCT AGC CAC AGG ATA AGT GAC CGG GAC TAC ATG GGC TGG ATG GAT TTC GGC CGG CGC AGT GCT GAG

Z překladu sekvence získané v aminokyselinách vyplývá :The translation of the sequence obtained in amino acids results in:

VCLCVV MAVLAAGALA QPVVPVEAVD PMEQRAEEAPVCLCVV MAVLAAGALA QPVVPVEAVD PMEQRAEEAP

RRQLRAVLRP DSEPRARLGA 'LLARYIQQVR KAPSGRMSVLRRQLRAVLRP DSEPRARLGA 'LLARYIQQVR KAPSGRMSVL

KNLQGLDPSH RISDRDYMGW MDFGRRSAE což umožňuje snadno nalézt nuk 1eoti dovou sekvenci prekursoru OCR (sekvence, která byla poskytnuta švýcarskou databankou Swiss prot no. p 0 1 3 5 5) .KNLQGLDPSH RISDRDYMGW MDFGRRSAE which allows easy finding of the nucleotide sequence of the OCR precursor (sequence which was provided by the Swiss databank Swiss prot no. p 0 1 3 5 5).

Zkratky aminokyselin jsou následující:The abbreviations of amino acids are as follows:

A1 a n i n A1 a n i n A A Leuc i n Leucine L L Ar g i n Arg i n R R Lys i n Lys i n K To Kyselina aspartová Aspartic acid D D Methi on i n Methionine M M Asparag i n Asparagine N N Fenylalanin Phenylalanine F F Cystein Cysteine C C Pro 1 in For 1 in P P Kysel i na g1utamová Acid and glutamic E E Serin Serine S With

G1utami η G1utami η Q Q Threon i n Threon i n γ γ G1 yc i η G1 yc i η G G Tryptofan Tryptophan w w Hi st i d i η Hi st i d i η H H Tyros i n Tyros i n Y Y I so 1euc i η I am 1euc i η I I Valin Valine v in

Claims (25)

1 až 7 nebo oligonukleotidů 02 podle nároku 14, vyzna čující se t í m, že vytváří kombinatoriá1 ní knihovnu.1 to 7 or oligonucleotides 02 according to claim 14, characterized in that it creates a combinatorial library. 1. Jednořetězcový o 1 igonuk1eotid OX, vyznačuj í c í se t í m, že obsahuje 9 až 42 nukleotidů a za mírných podmínek je schopen hybridizace s o 1 igonuk1eoti dem OY sekvence Y1-Y2-Y3-Y4-Y5, ve které Y1 představuje nuk 1eotidovou sekvenci 1 až 12 nukleotidů nebo Y1 je potlačen, Y2 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Gly, Y3 a Y4 nezávisle představují trinukleotid, který kóduje pro Arg nebo Lys a Y5 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 21 nukleotidů nebo je Y5 potlačen.1. A single-stranded oligonucleotide OX, characterized in that it contains 9 to 42 nucleotides and under mild conditions is capable of hybridizing with an oligonucleotide OY of the sequence Y1-Y2-Y3-Y4-Y5, in which Y1 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or Y1 is suppressed, Y2 represents a trinucleotide that codes for Gly, Y3 and Y4 independently represent a trinucleotide that codes for Arg or Lys and Y5 represents a nucleotide sequence of 1 to 21 nucleotides or Y5 is suppressed. 2 42 4 2. Ol igonukleotid OX podle nároku 1 , v y z n a č u j í c í se t í m, že obsahuje 9 až 42 nukleotidů a je za přísných podmínek schopen hybridizace s o 1 igonuk1eoti dem OY sekvence Y1-Y2-Y3-Y4-Y5, ve které Y1 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 12 nukleotidů nebo je Y1 potlačen, Y2 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Gly, Y3 a Y4 nezávisle představují tri nuk 1eotid, který kóduje pro Arg nebo Lys a Y5 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 21 nukleotidů nebo je Y5 potlačen.2. Oligonucleotide OX according to claim 1, characterized in that it contains 9 to 42 nucleotides and is capable of hybridizing under stringent conditions with oligonucleotide OY of the sequence Y1-Y2-Y3-Y4-Y5, in which Y1 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or Y1 is suppressed, Y2 represents a trinucleotide that codes for Gly, Y3 and Y4 independently represent a trinucleotide that codes for Arg or Lys and Y5 represents a nucleotide sequence of 1 to 21 nucleotides or Y5 is suppressed. 3. , 01 i gonukl eot i d OX podle nároku 1 nebo 2, vyznačující se t í m, že Y1 ie potlačen v o 1 igonuk1eotidu OY.3. The OX oligonucleotide according to claim 1 or 2, characterized in that Y1 is suppressed in the OY oligonucleotide. 4. 01 igonukleotid OX podle nároku 1, 2, nebo 3, vyznačující se t í m, že Y5 je potlačen v o 1 igonuk1eotidu4. The OX oligonucleotide of claim 1, 2, or 3, wherein Y5 is suppressed in the OX oligonucleotide. OY.OY. 5. 01 igonukleotid OX podle nároku 1, 2 nebo 3, vyznačující se t í m, že Y5 představuje v OY nuk 1eoti dovou5. The OX oligonucleotide according to claim 1, 2 or 3, characterized in that Y5 represents a nucleotide in OY. sekvenci Y6-Y7-Y8-Y9, ve které Y6 představuje trinukleotid, který kóduje pro Ser, Thr nebo Tyr, Y7 představuje trinukleotid, který kóduje pro kteroukoliv aminokyselinu, Y8 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Glu nebo Asp a Y9 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci obsahující 1 až 12 nukleotidů.the sequence Y6-Y7-Y8-Y9, in which Y6 represents a trinucleotide that codes for Ser, Thr or Tyr, Y7 represents a trinucleotide that codes for any amino acid, Y8 represents a trinucleotide that codes for Glu or Asp and Y9 represents a nucleotide sequence containing 1 to 12 nucleotides. 6, . 01 igonukleotid OX podle nároku 5, vyznačující se tím, že Y1 a Y9 jsou v o 1 i gonuk 1 e ot i du OY potlačeny..6. The OX oligonucleotide according to claim 5, characterized in that Y1 and Y9 are suppressed in the OY oligonucleotide. 7. 01 igonuk1eotid OX podle nároku 6, vyznačující se tím, že může hybridizovat s daným o 1 igonukleotidem OY, ve kterém Y2 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Gly, Y3 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Lys, Y4 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Arg a Y5 představuje sekvenci tří tri nuk 1eotidů, které kódují pro Ser A 1 a —G 1 u .7. The OX oligonucleotide according to claim 6, characterized in that it can hybridize with a given OY oligonucleotide, in which Y2 represents a trinucleotide that codes for Gly, Y3 represents a trinucleotide that codes for Lys, Y4 represents a trinucleotide that codes for Arg and Y5 represents a sequence of three trinucleotides that code for Ser A 1 and —G 1 u . 8. dednořetězcový o 1 igonuk1eotid OY, vyznačuj í cí se t í m, že obsahuje 9 až 42 nukleotidů sekvence Y1“Y2-Y3-Y4-Y5, ve které Y1 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 12 nukleotidů nebo je Y1 potlačen, Y2 představuje trinukleotid, který kóduje pro Gly, Y3 a Y4 nezávisle představují trinukleotid, který kóduje pro Arg nebo Lys a Y5 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 21 nukleotidů nebo je Y5 potlačen.8. a single-stranded oligonucleotide OY, characterized in that it contains 9 to 42 nucleotides of the sequence Y1-Y2-Y3-Y4-Y5, in which Y1 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or Y1 is suppressed, Y2 represents a trinucleotide that codes for Gly, Y3 and Y4 independently represent a trinucleotide that codes for Arg or Lys and Y5 represents a nucleotide sequence of 1 to 21 nucleotides or Y5 is suppressed. 9. 01 igonukleotid OY podle nároku 8, vyznačující se t í m, že Y1 je potlačen.9. The OY oligonucleotide of claim 8, wherein Y1 is suppressed. 10. Ol igonukleotid OY podle nároku 8 nebo 9, vyznačující se t í m, že Y5 je potlačen.10. Oligonucleotide OY according to claim 8 or 9, characterized in that Y5 is suppressed. 11. 01igonuk1eotid OY podle nároku 8 nebo 9, vyznačující se t í m, že že Y5 představuje nuk 1eotidovou sekvenci Y6-Y7-Y8-Y9, ve které Y6 představuje trinukleotid, který kóduje pro Ser, Thr nebo Tyr , Y7 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro kteroukoliv aminokyselinu, Y8 představuje tri nuk 1eotid, který kóduje pro Glu nebo Asp a Y9 představuje nuk 1eotidovou sekvenci obsahující 1 až 12 nukleotidů.11. The oligonucleotide OY according to claim 8 or 9, characterized in that Y5 represents the nucleotide sequence Y6-Y7-Y8-Y9, in which Y6 represents a trinucleotide that codes for Ser, Thr or Tyr, Y7 represents a trinucleotide that codes for any amino acid, Y8 represents a trinucleotide that codes for Glu or Asp and Y9 represents a nucleotide sequence containing 1 to 12 nucleotides. 12. 01 igonukleotid OY podle nároku 11, vyznačují c í s e t í m, že Y1 a Y9 jsou potlačeny.12. The OY oligonucleotide according to claim 11, wherein Y1 and Y9 are suppressed. 13. 01 igonukleotid OY podle nároku 12, vyznačují c í se tím, že Y2 představuje trinukleotid kódující Gly, Y3 představuje trinukleotid, který kóduje pro Lys, Y4 představuje trinukleotid, který kóduje pro Arg a Y5 představuje sekvenci 3 tri nuk 1eotidů, které kódují pro Ser-Ala-G1u.13. The OY oligonucleotide according to claim 12, wherein Y2 represents a trinucleotide encoding Gly, Y3 represents a trinucleotide encoding Lys, Y4 represents a trinucleotide encoding Arg and Y5 represents a sequence of 3 trinucleotides encoding Ser-Ala-Glu. 14. Jednořetězcový o 1 igonuk1eotid 02, vyznačující se t í m, že obsahuje 15 až 39 nukleotidů a je schopen za mírných nebo přísných podmínek hybridizace s konsensuální signální sekvencí charakteristickou pro amidované po 1ypepti dové hormony, přičemž daná sekvence má vzorec 2 1-22-23-24-25-26-27, ve kterém 21 představuje nuk 1eoti dovou sekvenci 1 až 12 nukleotidů nebo je 21 potlačen, 22 a 23 představují dva tri nuk 1eotidy, které kódují pro Leu, 24 a 25 představují dva tri nuk 1eotidy, které kódují pro kterékoli dvě aminokyseliny, 26 představuje trinukleotid, který kóduje pro Leu a 27 představuje nukleotidovou sekvenci 1 až 12 nukleotidů nebo je 27 potlačen.14. A single-stranded oligonucleotide O2, characterized in that it contains 15 to 39 nucleotides and is capable of hybridizing under mild or stringent conditions with a consensus signal sequence characteristic of amidated polypeptide hormones, said sequence having the formula 21-22-23-24-25-26-27, in which 21 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or 21 is suppressed, 22 and 23 represent two trinucleotides that code for Leu, 24 and 25 represent two trinucleotides that code for any two amino acids, 26 represents a trinucleotide that codes for Leu and 27 represents a nucleotide sequence of 1 to 12 nucleotides or 27 is suppressed. 15. Skupinu o 1 igonuk1eotidů OX podle kteréhokoliv z nároků15. A group of 1 OX oligonucleotides according to any one of claims 16. 2působ identifikace peptidového prekursorů mající amidovaný C~terminá1 ový konec, vyznačující se t í m, že zahrnuje následující postupné stupně:16. A method for identifying a peptide precursor having an amidated C-terminal end, characterized in that it comprises the following sequential steps: ~ získání banky DNA,~ obtaining a DNA bank, - hybridizaci jednoho nebo více oligonukleotidů podle kteréhokoliv z nároků 1 až 7 s danou DNA bankou,- hybridizing one or more oligonucleotides according to any one of claims 1 to 7 with a given DNA library, - identifikaci DNA sekvence nebo sekvencí dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eotidem podle kteréhokoliv z nároků 1 až 7 a- identifying the DNA sequence or sequences of the library that hybridizes with the oligonucleotide according to any one of claims 1 to 7 and - identifikaci v této sekvenci nebo sekvencích jednoho nebo více peptidových prekursorů s možným amidovaným C-~termi ná 1 ovým koncem.- identification in this sequence or sequences of one or more peptide precursors with a possible amidated C-terminal end. 17. 2působ podle nároku 16, vyznačující se t í m, že hybridizační stupeň používá kombinator iá1 ní knihovnu podle nároku 15.17. The method of claim 16, wherein the hybridization step uses a combinatorial library of claim 15. 18. Způsob identifikace peptidového prekursorů majícího amidovaný C—terminá1ový konec vyznačuj í cí ho se t í m, že zahrnuje následující postupné stupně:18. A method for identifying a peptide precursor having an amidated C-terminal end, characterized in that it comprises the following sequential steps: - získání banky DNA,- obtaining a DNA bank, - použití techniky PCR pro amplifikaci fragmentu, o který je zájem, pomocí skupiny oligonukleotidů podle kteréhokoli z nároků 1 až 7 a jiné skupiny oligonukleotidů- using the PCR technique to amplify the fragment of interest using a group of oligonucleotides according to any one of claims 1 to 7 and another group of oligonucleotides podle nároku 14,according to claim 14, - identifikace DNA sekvence nebo sekvencí dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eotidem podle kterékokoli z nároků 1 až 7 a- identification of a DNA sequence or sequences of a given library which hybridizes with an oligonucleotide according to any one of claims 1 to 7 and - identifikace v této sekvenci nebo sekvencích jednoho nebo více peptidových prekursorů s možným amidovaným C-terminá1ovým koncem.- identification in this sequence or sequences of one or more peptide precursors with a possible amidated C-terminal end. 19. Způsob podle nároku 18, vyznačující se t í m, že amplifikační stupeň používá kombinatoriá1 ní knihovny podle nároku 15.19. The method of claim 18, wherein the amplification step uses the combinatorial libraries of claim 15. 20. Způsob pro identifikaci peptidového prekursoru, mající amidovaný C~terminá1 ový konec, vyznačující se t í m, že zahrnuje následující stupně:20. A method for identifying a peptide precursor having an amidated C-terminal end, comprising the following steps: - získání banky DNA,- obtaining a DNA bank, - použití techniky PCR pro amplifikaci fragmentu, o který je zájem, pomocí skupiny o 1 igonuk1eotidu podle kteréhokoli z nároků 1 až 7,- using the PCR technique to amplify the fragment of interest using a group of 1 oligonucleotides according to any one of claims 1 to 7, - identifikace DNA sekvence nebo sekvencí dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eotidem podle kteréhokoli z nároků 1 až 7 a ~ identifikace v této sekvenci nebo sekvencích jednoho nebo více peptidových prekursorů s možným amidovaným C-terminá1ovým koncem.- identification of a DNA sequence or sequences of a given library which hybridizes with an oligonucleotide according to any one of claims 1 to 7 and ~ identification in said sequence or sequences of one or more peptide precursors with a possible amidated C-terminal end. 21. Způsob podle nároku 20, vyznačuj í cí21. The method according to claim 20, characterized in that t í m, že amplifikační stupeň používá kombinatoriá1 ní knihovnu podle nároku 15 ..in that the amplification stage uses a combinatorial library according to claim 15. 22. Způsob identifikace po 1ypepti dového prekursoru majícího amidovaný C-terminá1ový konec, vyznačující se t í m, že zahrnuje následující stupně:22. A method for identifying a polypeptide precursor having an amidated C-terminal end, comprising the following steps: ™ získání banky DNA,™ obtaining a DNA bank, - použití techniky PCR pro amplífikaci fragmentu, o který je zájem, pomocí o 1 igonuk1eotidu podle kteréhokoli z nároků 1 až 7 a jiného jednořetězcového o 1 igonukleotidu schopného, za mírných nebo přísných podmínek, hybridizace s universální konsensuální sekvencí, která je obsažena v sekvenci plasmidového vektoru, ve kterém je cDNA dané DNA banky klonována, jako jsou primery T3 , T7, KS, SK, M13 a Reverse,- using the PCR technique to amplify the fragment of interest using the oligonucleotide according to any one of claims 1 to 7 and another single-stranded oligonucleotide capable, under mild or stringent conditions, of hybridizing with a universal consensus sequence contained in the sequence of the plasmid vector in which the cDNA of the DNA bank is cloned, such as primers T3, T7, KS, SK, M13 and Reverse, - identifikace DNA sekvence dané banky, která hybridizuje s o 1 igonuk1eotidem podle kteréhokoli z nároků 1 a ž 7 a ~ identifikace v této sekvenci jednoho nebo více peptidových prekursorů s možným amidovaným C-terminá1 ovým koncem.- identification of a DNA sequence of a given library which hybridizes with an oligonucleotide according to any one of claims 1 to 7 and ~ identification in this sequence of one or more peptide precursors with a possible amidated C-terminal end. 23. Způsob podle nároku 22, vyznačující se t í m, že amplífikační stupeň používá kombinatoriá1 ní knihovnu podle nároku 15.23. The method of claim 22, wherein the amplification step uses a combinatorial library according to claim 15. 24. Způsob podle kteréhokoli z nároků 16 až 23, vyznačující se t í m, že DNA banka je cDNA banka.24. The method according to any one of claims 16 to 23, wherein the DNA library is a cDNA library. 25. Způsob podle kteréhokoli z nároků 16 až 24, vyznačující se t í m, že jednořetězový o 1 igonuk1eotid může být zjištěn pomocí značkovacího činidla, jako je 32P nebo di goxi gen i n.25. The method of any one of claims 16 to 24, wherein the single-stranded oligonucleotide can be detected using a labeling agent such as 32 P or digoxigenin.
CZ2000681A 1998-08-07 1998-08-07 Oligonucleotides allowing the identification of precursors of amidated polypeptide hormones CZ2000681A3 (en)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CZ2000681A CZ2000681A3 (en) 1998-08-07 1998-08-07 Oligonucleotides allowing the identification of precursors of amidated polypeptide hormones

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CZ2000681A CZ2000681A3 (en) 1998-08-07 1998-08-07 Oligonucleotides allowing the identification of precursors of amidated polypeptide hormones

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CZ2000681A3 true CZ2000681A3 (en) 2000-10-11

Family

ID=5469728

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ2000681A CZ2000681A3 (en) 1998-08-07 1998-08-07 Oligonucleotides allowing the identification of precursors of amidated polypeptide hormones

Country Status (1)

Country Link
CZ (1) CZ2000681A3 (en)

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2693643B2 (en) Oligonucleotide with chiral phosphorus bond
KR100289793B1 (en) Polynucleotide Fixed Support
JP3802925B2 (en) Liquid phase nucleic acid sandwich assay with reduced background noise
CA2056983C (en) Process for nucleic acid hybridization and amplification
US6060596A (en) Encoded combinatorial chemical libraries
US6605611B2 (en) Base analogues
JPH07509368A (en) Nucleic acid sequence amplification
JPH07504087A (en) Applications of fluorescent N-nucleosides and fluorescent N-nucleoside structural analogs
NZ229672A (en) Amplification and detection of nucleic acid sequences
AU5783899A (en) Ligation assembly and detection of polynucleotides on solid-support
JPH10510161A (en) Terminal repeat amplification method
JP7485483B2 (en) A single-channel sequencing method based on autoluminescence
KR20010012175A (en) Two-step hybridization and capture of a polynucleotide
US20040058330A1 (en) Methods of use for thermostable RNA ligases
TWI316964B (en)
JPH10509429A (en) Porphyrin labeling of polynucleotides
US4842996A (en) Probes comprising modified adenine groups, their preparation and their uses
CA3220708A1 (en) Oligo-modified nucleotide analogues for nucleic acid preparation
US7105661B2 (en) Process for manufacturing morpholino-nucleotides, and use thereof for the analysis of and labelling of nucleic acid sequences
JP4651196B2 (en) Method for making complementary oligonucleotide tag sets
CN107250361B (en) Polymerase chain reaction primer linked to complementary base sequence or complementary base sequence containing mismatched base and nucleic acid amplification method using the same
US20050123932A1 (en) Nucleic acid-chelating agent conjugates
JP3084733B2 (en) Target nucleic acid amplification method, detection method, and kit therefor
AU8989598A (en) Oligonucleotides for identifying precursors of amidated polypeptide hormones
US7374882B2 (en) Method for base sequencing and biologically active nucleic acids

Legal Events

Date Code Title Description
PD00 Pending as of 2000-06-30 in czech republic