CZ2013345A3 - Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray - Google Patents
Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray Download PDFInfo
- Publication number
- CZ2013345A3 CZ2013345A3 CZ2013-345A CZ2013345A CZ2013345A3 CZ 2013345 A3 CZ2013345 A3 CZ 2013345A3 CZ 2013345 A CZ2013345 A CZ 2013345A CZ 2013345 A3 CZ2013345 A3 CZ 2013345A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- bydv
- wdv
- baymv
- bsmv
- wsmv
- Prior art date
Links
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 9
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 8
- 244000052613 viral pathogen Species 0.000 title claims abstract description 7
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 title claims abstract description 5
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims description 15
- 244000025254 Cannabis sativa Species 0.000 title description 2
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 claims abstract description 13
- 241000209504 Poaceae Species 0.000 claims abstract description 7
- 241000709756 Barley yellow dwarf virus Species 0.000 claims description 30
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 22
- 241000702302 Wheat dwarf virus Species 0.000 claims description 14
- 241000724306 Barley stripe mosaic virus Species 0.000 claims description 12
- 241000724681 Barley yellow mosaic virus Species 0.000 claims description 12
- 241000723994 Maize dwarf mosaic virus Species 0.000 claims description 12
- 241001429320 Wheat streak mosaic virus Species 0.000 claims description 12
- 241001409283 Spartina mottle virus Species 0.000 claims description 6
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 5
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 abstract 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 abstract 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 11
- 241001135883 Soil-borne wheat mosaic virus Species 0.000 description 8
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- 241000522618 Sugarcane streak mosaic virus Species 0.000 description 4
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 4
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 4
- 238000000034 method Methods 0.000 description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 4
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 240000005979 Hordeum vulgare Species 0.000 description 2
- 235000007340 Hordeum vulgare Nutrition 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 230000003862 health status Effects 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 108010039224 Amidophosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241000629717 Barley dwarf virus Species 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 1
- 150000001735 carboxylic acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000012364 cultivation method Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000012869 ethanol precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 244000000003 plant pathogen Species 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Řešení popisuje oligonukleotidové sondy, které mají specifické genové sekvence a lze je použít pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray.
Description
Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray
Oblast techniky
Řešení popisuje specifické genové sekvence určené pro diagnostiku virů obilnin a trav pomocí techniky Microarray čip, kdy dochází k hybridizaci nukleových kyselin (RNA/DNA) virových patogenů na specifické sondy připevněné na čip. Během jedné reakce je tedy možno zjistit přítomnost více virů najednou, včetně detekce na úrovni jejich kmenů.
Dosavadní stav techniky
Virózy rostlin jsou doposud neléčitelné a zejména u hospodářsky důležitých plodin, jakými obilniny jsou, dokážou způsobit obrovské ztráty na výnosech. Umělé rozšíření druhů Poaceae v ekosystémech, často ve velmi rozsáhlých oblastech, společně s rychlými změnami kultivačních metod, neodvratně přineslo proměny rovnováhy rostlina/patogenní organismus. Poaceae tak hostí mnoho patogenních organismů včetně více jak 100 druhů virů (Lapierre a Signoret, 2004). Téměř 20 % veškerých známých rostlinných virů je schopno napadat Poaceae (Brunt et al., 1996).
Do současnosti bylo vyvinuto a je každodenně využíváno mnoho metod (elektronová mikroskopie, ELISA, PCR, RT-PCR, TaqMan, reverse PAGE, hybridizace nukleových kyselin, metagenomické přístupy, biologické testy, (Boonham et al., 2003). Běžné metody nacházející uplatnění v rutinní diagnostice zahrnují různé variace polymerázové řetězové reakce (PCR), sérologických eseji jako enzyme linked immunosorbent assay ELISA, a dále imufluorescenční testy na protilátky (Melcher et al., 2008; Menzel et al., 2002; Webster et al., 2004). Tyto techniky, ať už založené na nukleových kyselinách nebo na bílkovinách, mají svá omezení, přičemž největším je nutnost presumpce znalosti identity viru ve vzorku, a tudíž neschopnost detekovat viry nové, neznámé, nebo u daného vzorku nepředpokládané (Grover et al., 2010). Rutinně se tedy v ČR i celosvětově obecně testuje pouze na několik nejdůležitějších a nejběžněji se vyskytujících virů, což nebývá zcela přesné.
Podstata vynálezu
Uvedené nedostatky odstraňují specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray, podle vynálezu, jehož podstata spočívá vtom, že diagnostika virů obilnin je prováděna sondami o následujících sekvencích
| Sonda | Virus | Sekvence |
| BaYMV-1 | BaYMV | TO ACAACTG ATG AGGCATGGATCGAT GCCCTCA |
| BaYMV-2 | BaYMV | ACAAGCATGCTGAGAATCAAGTAATGCAAA |
| BaYMV- 1rc | BaYMV | TGAGGGCATCGATCCATGCCTCATCAGTTGTGA |
| BaYMV- 2rc | BaYMV | TTTGCATTACTTGATTCTCAGCATGCTTGT |
| BSMV-3 | BSMV | GGCATGGATGTTGTGAAGAAATTCGCCGT CAT GT CAGT |
| BSMV-4 | BSMV | ATCTTTGGTGAAACGGTTGCTACAGGAACAACCC C |
| BSMV- 3rc | BSMV | ACTG ACATG ACGGCGAATTTCTT CACAACAT CCA TGCC |
| BSMV- 4rc | BSMV | GGGGTTGTTCCTGTAGCAACCG I I ICACCAAAGA T |
| BYDVspc-1 | BYDV | GAGCAGGCGCTTAAGTGGGAACACGGGA |
| BYDVspc-2 | BYDV | GTGAATGAATTCAGTAGGCCGTAG |
| BYDV-1 | BYDV | AAGTCCTACCACCGTTACAAGATCACAA |
| BYDVspc-3 | BYDV | CTGGGAATCATTCGGAGTTGACCCT |
| BYDV-2 | BYDV | TCTTACGGTAAGTGCCCAACT CCA |
| BYDVspc-1rc | BYDV | TCCCGTGTTCCC ACTTAAGCGCCT GCTC |
| BYDVspc-2rc | BYDV | CTACGGCCTACTGAATTCATTCAC |
| BYDV-1rc | BYDV | TTGTGATCTTGTAACGGTGGTAGGACTT |
| BYDVspc-3rc | BYDV | AGGGTCAACTCCGAATGATTCCCAG |
| BYDV-2rc | BYDV | TGGAGTTGGGCACTTACCGTAAGA |
| CoSV-1 | CoSV | AAGATAACRTGTGGAGCTTGTCAAGATCAG |
| CoSV-1rc | CoSV | CTGATCTTGACAAGCTCCACAYGTTAT CTT |
| LLV-1 | LLV | ATCGACCTYTTCTGCCAGTTCCACCCTAGYGTGG A |
| LLV-1rc | LLV | TCCACRCTAGGGTGGAACTGGCAGAARAGGTCG AT |
| MDMV-1 | MDMV | GGGCTGARTTYGATAGATGGTATGARGCAGTRC AGAA |
| MDMV-3 | MDMV | AACTTTCTTACACTGTGGCACGCGACATGAGAAC AACCAATTCA |
| MDMV- | MDMV | TTCTGYACTGCYTCATACCATCTATCRAAYTCAG |
| 1rc | CCC | |
| MDMV- 3rc | MDMV | TGAATTGGTTGTTCTCATGTCGCGT GCCACAGT G TAAGAAAGTT |
| SBWMV- 1 | SBWMV | AAATGACGGTTTGGGTCGAARTAT GA |
| SBWMV- 2 | SBWMV | AGTTGACGGGAYGGCGTCTCGGR |
| SBWMV- 1rc | SBWMV | TCATAYTTCGACCCAAACCGT CATTT |
| SBWMV- 2rc | SBWMV | YCCGAGACGCCRTCCCGTCAACT |
| SCSMV-1 | SCSMV | AGTGGGTTCAGTTCTCGGTTCGTAGCGGGAAAC CCATAATACC |
| SCSMV- 1rc | SCSMV | GGTATTATGGG I I ICCCGCTACGAACCGAGAACT GAACCCACT |
| SpMV-1 | SpMV | GTCTATGTGACTTCCATCCGTAGTGTGG I I I CCA CGAAG |
| SpMV-1rc | SpMV | CTTCGTGGAAACCACACTACGGATGGAAGTCAC ATAGAC |
| WDV-1 | WDV | GCATTGGGATTGGTGATGGAAGCACGAAGCTT G T |
| WDV-2 | WDV | GCAGATGTGGTGATCCATCTTCGTGG |
| WDV-1 rc | WDV | ACAAGCTTCGTGCTTCCATCACCAATCCCAAT GC |
| WDV-2rc | WDV | CCACG AAGATGGATCACCACAT CTGC |
| WDV-3 | WDV | AGATGTTCAI I I I ICCAGCTTTCAAT GGT CT CAT G |
| WDV-3rc | WDV | CATG AGACCATTG AAAGCTGG AAAAAT G AAC AT C T |
| WSMV-1 | WSMV | GCGAAGCCATCACTTCGAGCCATT |
| WSMV-2 | WSMV | GGAGCTCGAGTGATGATCGAGGAGAGTGTTC |
| WSMV- 1rc | WSMV | AATGGCTCGAAGTGATGGCTTCGC |
| WSMV- 2rc | WSMV | G AACACTCTCCTCG ATCATCACT CG AGCT CC |
Proběhne hybridizace a následně čtečka k tomu určená přečte intenzitu signálu a tím určí přítomnost viru.
Specifické genové sekvence podle vynálezu umožňují simultánní stanovení jedenácti obilných virů, což má obrovský význam při šlechtění a pěstování obilnin. Takto rozsáhlých výsledků nebylo dosud dosahováno, protože nově uváděné sondy je možné použít současně, na jednom čipu a tudíž otestovat vzorek na mnoho virů obilnin najednou, což podstatně zrychluje a zpřesňuje celé stanovení nežádoucích virů.
Následující příklad provedení vynález pouze dokládá, aniž by jej jakkoliv omezoval.
Příklady provedení
Příklad 1
Vyhodnocení zdravotního stavu šlechtitelského materiálu určeného pro experimentální hodnocení rezistence vůči jednomu viru v polních podmínkách.
Pro analýzu zdravotního stavu pokusného pozemku šlechtitelských linií ozimého ječmene šlechtěných na rezistenci vůči závažnému viru žluté zakrslosti ječmene na pozemku přihlašovatele, kterým je Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i., Praha, CZ, jsou v listopadu z pokusných pozemků odebrány vzorky listů ječmene z jednotlivých testovaných variant. RNA se izoluje z rostlin pomocí Spectrum Plant Total RNA kitu (Sigma) dle manuálu výrobce. V dalším kroku se RNA přepíše pomocí M-MLV reversní transriptázy do cDNA za použití aminoally-dUTP. V dalším kroku se dosyntetizuje druhé vlákno cDNA pomocí Klenowova fragmentu. Připravená dvouvlákenná cDNA se izoluje pomocí PureLink PCR Purification Kitu (Invitrogen) a následně přečistí a zakoncentruje pomocí etanolové precipitace.
Takto získaná cDNA se smíchá s barvou (např. Alexa Fluoro 647 Carboxylic Acid), obarvená cDNA se rozpustí v 8 μΙ Η2Ο a efektivita navázání barvy se ověří pomocí spektroskopu (např. Nanodrop 2000 (ThermoScience)).
Vzniklá směs je nanesena na sklo obsahující specifické sondy určené k detekci jednotlivých virů. Seznam sond a jejich sekvence jsou uvedeny v následující tabulce:
| Sonda | Virus | Sekvence |
| BaYMV-1 | BaYMV | TCACAACTGATGAGGCATGGATCGATGCCCTCA |
| BaYMV-2 | BaYMV | ACAAGCATGCTGAGAATCAAGTAATGCAAA |
| BaYMV- 1rc | BaYMV | TGAGGGCATCGATCCATGCCTCATCAGTT GT GA |
| BaYMV- 2rc | BaYMV | TTTGCATTACTTGATTCTCAGCATGCTT GT |
| BSMV-3 | BSMV | GGCATGGATGTTGTGAAGAAATTCGCCGTCATGT CAGT |
| BSMV-4 | BSMV | ATCTTTGGTGAAACGGTTGCTACAGGAACAACCC C |
| BSMV- 3rc | BSMV | ACTGACATGACGGCGAATTTCTTCACAACATCCA TGCC |
| BSMV- 4rc | BSMV | GGGGTTGTTCCTGTAGCAACCGTTTCACCAAAGA T |
| BYDVspc-1 | BYDV | GAGCAGGCGCTTAAGTGGGAACACGGGA |
| BYDVspc-2 | BYDV | GTGAATGAATTCAGTAGGCCGTAG |
| BYDV-1 | BYDV | AAGTCCTACCACCGTTACAAGAT CACAA |
| BYDVspc-3 | BYDV | CTGGGAATCATTCGGAGTTGACCCT |
| BYDV-2 | BYDV | TCTTACGGTAAGTGCCCAACT CCA |
| BYDVspc-1rc | BYDV | TCCCGTGTTCCCACTTAAGCGCCTGCTC |
| BYDVspc-2rc | BYDV | CTACGGCCTACTGAATTCATTCAC |
| BYDV-1rc | BYDV | TTGTGATCTTGTAACGGTGGTAGGACTT |
| BYDVspc-3rc | BYDV | AGGGTCAACTCCGAATGATTCCCAG |
| BYDV-2rc | BYDV | TGGAGTTGGGCACTTACCGTAAGA |
| CoSV-1 | CoSV | AAGATAACRTGTGGAGCTTGTCAAGATCAG |
| CoSV-1rc | CoSV | CTGATCTTGACAAGCTCCACAYGTTATCTT |
| LLV-1 | LLV | ATCGACCTYTTCTGCCAGTTCCACCCTAGYGTGG A |
| LLV-1rc | LLV | TCCACRCTAGGGTGGAACTGGCAGAARAGGTCG AT |
| MDMV-1 | MDMV | GGGCTGARTTYGATAGATGGTATGARGCAGTRC |
| AGAA | ||
| MDMV-3 | MDMV | AACTTTCTTACACTGTGGCACGCGACATGAGAAC AACCAATTCA |
| MDMV- 1rc | MDMV | TTCTG YACTGC YTCATACC ATCT ATCRAAYT C AG CCC |
| MDMV- 3rc | MDMV | TGAATTGGTTGTTCTCATGTCGCGTGCCACAGTG TAAGAAAGTT |
| SBWMV- 1 | SBWMV | AAATGACGGTTTGGGTCGAARTATGA |
| SBWMV- 2 | SBWMV | AGTTGACGGGAYGGCGTCTCGGR |
| SBWMV- 1rc | SBWMV | TCATAYTTCGACCCAAACCGTCAI I I |
| SBWMV- 2rc | SBWMV | YCCGAGACGCCRTCCCGTCAACT |
| SCSMV-1 | SCSMV | AGTGGGTTCAGTTCTCGGTTCGTAGCGGGAAAC CCATAATACC |
| SCSMV- 1rc | SCSMV | GGTATTATGGGTTTCCCGCTACGAACCGAGAACT GAACCCACT |
| SpMV-1 | SpMV | GTCTATGTGACTTCCATCCGTAGTGTGGTTTCCA CGAAG |
| SpMV-1rc | SpMV | CTTCGTGG AAACC ACACTACGG AT GG AAGT CAC ATAGAC |
| WDV-1 | WDV | GCATTGGGATTGGTGATGGAAGCACGAAGCTT G T |
| WDV-2 | WDV | GCAGATGTGGTGATCCATCTTCGTGG |
| WDV-1rc | WDV | ACAAGCTTCGTGCTTCCATC ACCAAT CCCAAT GC |
| WDV-2rc | WDV | CCACG AAGATGGATCAČCACAT CTGC |
| WDV-3 | WDV-univ | AG ATGTTC ATTTTTCCAGCTTTCAAT GGT CT CAT G |
| WDV-3rc | WDV-univ | CATGAGACCATTGAAAGCTGGAAAAAT GAACAT C T |
| WSMV-1 | WSMV | GCGAAGCCATCACTTCGAGCCATT |
| WSMV-2 | WSMV | GG AGCTCG AGTGATG ATCG AGGAG AGT GTT C |
| WSMV- 1rc | WSMV | AATGGCTCGAAGTGATGGCTTCGC |
| WSMV- 2rc | WSMV | GAACACTCTCCTCGATCATCACTCGAGCTCC |
Výsledky hybridizace jsou analyzovány v čtečce k tomu určené. Z pokusu jsou následně odstraněny veškeré rostliny, v nichž byl detekován virus jiný než testovaný.
Takto lze testovat jak materiál na šlechtitelských stanicích, tak rostliny z polních odběrů nebo laboratorní izoláty. Protože infekci viry nelze nijak léčit, je jedinou ochranou proti virovým chorobám obilnin používat rezistentní odrůdy.
Průmyslová využitelnost
Microarray čipy se specifickými genovými sekvencemi určenými pro diagnostiku virů obilnin je možno dodávat laboratořím zabývajícím se detekcí rostlinných patogenů jako detekční kit k okamžitému použití (ready - to use), kdy uživateli postačí pouze připravit svůj vzorek testované RNA a provést reakci dle přesně stanovených podmínek. Lze tak hned v počátku odhalit nemocné rostliny a zabránit epidemickým výskytům.
Použitá literatura
Boonham N., Walsh K., Smith P., Madagan K., Graham I., Barker I. 2003. Detection of potato viruses using microarray technology: towards a generic method for plant viral disease diagnosis. J. Virol. Methods 108, 181187.
Brunt A.A., Crabtree K., Dallwitz M.J., Gibb A.J., Watson L. a Zurcher E.J. 1996. Plant viruses online: descriptions and lists from the VIDE Database, Version 20.
Clark M.F., Adams A.N. 1977. Characteristic of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant virus. Journal of General Virology, 34: 51-857.
Grover V., Piercea M. L., Hoyta P., Zhanga F., Melcher U. 2010. Oligonucleotide-based microarray for detection of plant viruses employing sequence-independent amplification of targets. J. Virol. Methods, 163: 57-67.
Lapierre H., Signoret P.A. (Ed): Viruses and virus diseases of Poaceae (Gramineae). INRA edition, Paris, France, pp 453- 455.
Melcher U., Muthukumar V., Wiley G.B., Min B.E., Palmer M. W., Verchot-Lubicz J., Nelson R.S., Roe B.A., Ali A., Thapa V., Pierce M.L. 2008. Evidence for novel viruses by analysis of nucleic acids in virus-like particle fractions from Ambrosia psilostachya. J. Virol. Methods 152: 49-55.
Menzel, W„ Jelkmann, W. and Maiss, E„ 2002. Detection of four apple viruses by multiplex RT-PCR assays with coamplification of plant mRNA as internal control. J. Virol. Methods 99, 81-92.
Webster C.G., Wylie S.J. a Jones M.G.K. 2004. Diagnosis of plant viral pathogens. Curr. Sci. 86, 1604-1607.
Claims (1)
- PATENTOVÉ NÁROKY1. Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray, vyznačující se tím, že diagnostika virů obilnin je prováděna sondami o následujících sekvencích
Sonda Virus Sekvence BaYMV-1 BaYMV TCACAACTGATGAGGCATGGATCGATGCCCTCA BaYMV-2 BaYMV ACAAGCATGCTGAGAATCAAGTAATGCAAA BaYMV-1rc BaYMV TGAGGGCATCGATCCATGCCTCAT CAGTT GT GA BaYMV-2rc BaYMV TTTGCATTACTTGATTCTCAGCATGCTT GT BSMV-3 BSMV GGCATGGATGTTGTGAAGAAATTCGCCGTCATG TCAGT BSMV-4 BSMV ATCTTTGGTGAAACGGTTGCTACAGGAACAACC CC BSMV-3rc BSMV ACTGACATGACGGCGAAI I ICÍTCACAACATCC ATGCC BSMV-4rc BSMV GGGGTTGTTCCTGTAGCAACCGTTT CACCAAAG AT BYDV-spc-1 BYDV GAGCAGGCGCTTAAGTGGGAACACGGGA BYDV-spc-2 BYDV GTG AATG AATTCAGTAGGCCGT AG BYDV-1 BYDV AAGTCCTACCACCGTTACAAGATCACAA BYDV-spc-3 BYDV CTGGGAATCATTCGGAGTTGACCCT BYDV-2 BYDV TCTTACGGTAAGTGCCCAACT CCA BYDV-spc1rc BYDV TCCCGTGTTCCCACTTAAGCGCCTGCT C BYDV-spc2rc BYDV CTACGGCCTACTGAATTCATTCAC BYDV-1rc BYDV TTGTGATCTTGTAACGGTGGTAGGACTT BYDV-spc3rc BYDV AGGGTCAÁCTCCGAAT GATT cccag BYDV-2rc BYDV TGGAGTTGGGCACTTACCGTAAGA CoSV-1 CoSV AAGATAACRTGTGGAGCTTGTCAAGATCAG CoSV-1rc CoSV CTGATCTTGACAAGCTCCACAYGTTATCTT LLV-1 LLV ATCGACCTYTTCTGCCAGTTCCACCCTAGYGTG GA LLV-1rc LLV TCCACRCTAGGGTGGAACTGGCAGAARAGGTC GAT MDMV-1 MDMV GGGCTGARTTYGATAGATGGTATGARGCAGTRC AGAA MDMV-3 MDMV AACTTTCTTACACTGTGGCACGCGACAT GAGAA CAACCAATTCA MDMV-1rc MDMV TTCTGYACTGCYTCATACCATCTATCRAAYTCAG CCC MDMV-3rc MDMV TGAATTGGTTGTTCTCATGTCGCGTGCCACAGT GTAAGAAAGTT SBWMV-1 SBWM V AAATGACGGTTTGGGTCGAARTAT GA SBWMV-2 SBWM V AGTTGACGGGAYGGCGTCTCGGR SBWMV-1 rc SBWM V TCATAYTTCGACCCAAACCGTCAl I l SBWMV-2rc SBWM V YCCGAGACGCCRTCCCGTCAACT SCSMV-1 SCSM V AGTGGGTTCAGTTCTCGGTTCGTAGCGGGAAA CCCATAATACC SCSMV-1rc SCSM V GGTATTATGGGTTTCCCGCTACGAACCGAGAAC TGAACCCACT SpMV-1 SpMV GTCTATGTGACTTCCATCCGTAGTGTGGTTTCC ACGAAG SpMV-1rc SpMV CTTCGTGGAAACCACACT ACGGATGG AAGT CAC ATAGAC WDV-1 WDV GCATTGGGATTGGTGATGGAAGCACGAAGCTT GT WDV-2 WDV GCAGATGTGGTGATCCATCTTCGTGG WDV-1rc WDV ACAAGCTTCGTGCTTCCATCACCAATCCCAATG C WDV-2rc WDV CCACGAAGATGGATCACCACATCTGC WDV-3 WDVuniv AGATGTTCAI I I I TCCAGCTTTCAATGGTCTCAT G WDV-3rc WDVuniv CATGAGACCATTGAAAGCTGGAAAAAT GAACAT CT WSMV-1 WSMV GCGAAGCCATCACTTCGAGCCATT WSMV-2 WSMV GGAGCTCGAGTGATGATCGAGGAGAGTGTTC WSMV-1rc WSMV AATGGCTCGAAGTGATGGCTTCGC WSMV-2rc WSMV GAACACTCTCCTCGATCATCACTCGAGCTCC
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ2013-345A CZ2013345A3 (cs) | 2013-05-13 | 2013-05-13 | Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ2013-345A CZ2013345A3 (cs) | 2013-05-13 | 2013-05-13 | Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ2013345A3 true CZ2013345A3 (cs) | 2014-11-26 |
Family
ID=51939026
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ2013-345A CZ2013345A3 (cs) | 2013-05-13 | 2013-05-13 | Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CZ (1) | CZ2013345A3 (cs) |
-
2013
- 2013-05-13 CZ CZ2013-345A patent/CZ2013345A3/cs unknown
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Wyatt et al. | Detection of subgroup III geminivirus isolates in leaf extracts by degenerate primers and polymerase chain reaction | |
| CN102586461A (zh) | 一种北方根结线虫lamp快速检测方法及应用 | |
| Jiao et al. | Rapid detection of Cucumber green mottle mosaic virus in watermelon through a recombinase polymerase amplification assay | |
| Balme-Sinibaldi et al. | Improvement of Potato virus Y (PVY) detection and quantitation using PVYN-and PVYO-specific real-time RT-PCR assays | |
| Li et al. | An improved reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for the detection of two cherry flexiviruses in Prunus spp. | |
| KR20180115967A (ko) | FCoV, CCoV 및 TGEV를 동시에 검출하기 위한 프라이머 및 이를 이용한 검출 방법 | |
| Byun et al. | Circulation of tick-borne pathogens in wildlife of the Republic of Korea | |
| Orlowska et al. | Comparison of real-time PCR and heminested RT-PCR methods in the detection of rabies virus infection in bats and terrestrial animals | |
| CN102605104A (zh) | 鸭圆环病毒和鸭肝炎病毒二重pcr检测试剂盒 | |
| CZ2013345A3 (cs) | Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray | |
| Almasi et al. | Development and evaluation of a reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay for detection of beet necrotic yellow vein virus | |
| Achachi et al. | Detection of citrus psorosis virus using an improved one-step RT-PCR | |
| CZ25572U1 (cs) | Sonda pro molekulární detekci virových patogenů obilnin a trav pomocí technologie Microarray | |
| Mannan et al. | A molecular tool for differenciation of xanthomonas oryzae pathovars isolated from rice | |
| Áy et al. | Detection of cereal viruses in wheat (Triticum aestivum L.) by serological and molecular methods | |
| CZ2013370A3 (cs) | Specifické genové sekvence jednotlivých oligo-prób pro rodově specifickou detekci virů obilnin a trav pomocí technologie Microarray | |
| JP2018183057A (ja) | ウイルス、細菌および寄生虫等の病原体の型または亜型等の遺伝子型別方法 | |
| JP2022095271A (ja) | ジャガイモシストセンチュウ及びジャガイモシロシストセンチュウの同時検出方法及び当該方法に使用するプライマーセット | |
| RU2499054C1 (ru) | Тест-система для обнаружения рнк вируса блютанга 14-го серотипа методом от-пцр в режиме реального времени | |
| CZ26380U1 (cs) | Oligonukleotidová sonda pro rodově specifickou detekci virů obilnin a trav pomocí technologie Microarray | |
| KR20160029201A (ko) | 특정 프라이머 세트를 포함하는 반코마이신 내성 장구균을 검출하기 위한 등온증폭반응용 프라이머 조성물 및 상기 프라이머 세트를 이용하여 반코마이신 내성 장구균을 검출하는 방법 | |
| Frotscher et al. | Sensitive, fast and easy detection of Grapevine fleck virus from crude extracts by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) | |
| KR100796007B1 (ko) | 인플루엔자 바이러스 검출용 프라이머, 이를 이용한검출방법 및 검출키트 | |
| CN103361445A (zh) | 用于检测狂犬病病毒的lamp引物及其试剂盒 | |
| Youssef et al. | Single-step multiplex reverse transcription-polymerase chain reaction (m-RT-PCR) for simultaneous detection of five RNA viruses affecting stone fruit trees |