DK2423315T3 - Fremgangsmåde til opnåelse af forbedret polypeptidekspression - Google Patents

Fremgangsmåde til opnåelse af forbedret polypeptidekspression Download PDF

Info

Publication number
DK2423315T3
DK2423315T3 DK11163033T DK11163033T DK2423315T3 DK 2423315 T3 DK2423315 T3 DK 2423315T3 DK 11163033 T DK11163033 T DK 11163033T DK 11163033 T DK11163033 T DK 11163033T DK 2423315 T3 DK2423315 T3 DK 2423315T3
Authority
DK
Denmark
Prior art keywords
codon
sequence
coding sequence
predetermined
pair
Prior art date
Application number
DK11163033T
Other languages
English (en)
Inventor
Johannes Andries Roubos
Van Noël Nicolaas Maria Elisabeth Peij
Original Assignee
Dsm Ip Assets Bv
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Dsm Ip Assets Bv filed Critical Dsm Ip Assets Bv
Application granted granted Critical
Publication of DK2423315T3 publication Critical patent/DK2423315T3/da

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/67—General methods for enhancing the expression
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
    • C12N15/81—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi for yeasts
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/24—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2)
    • C12N9/2402—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2) hydrolysing O- and S- glycosyl compounds (3.2.1)
    • C12N9/2405—Glucanases
    • C12N9/2408—Glucanases acting on alpha -1,4-glucosidic bonds
    • C12N9/2411—Amylases
    • C12N9/2414—Alpha-amylase (3.2.1.1.)
    • C12N9/2417—Alpha-amylase (3.2.1.1.) from microbiological source
    • C12N9/242—Fungal source
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/90—Isomerases (5.)
    • C12N9/92—Glucose isomerase (5.3.1.5; 5.3.1.9; 5.3.1.18)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/22—Vectors comprising a coding region that has been codon optimised for expression in a respective host

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)

Claims (16)

1. Fremgangsmåde til optimering af en nukleotidkodende sekvens, der koder for en forudbestemt aminosyresekvens, hvor den kodende sekvens optimeres til ekspression i en forudbestemt værtscelle, hvilken fremgangsmåde omfatter: a) frembringelse af mindst én oprindelig kodende sekvens, der koder for den forudbestemte aminosyresekvens; b) frembringelse af mindst én nydannet kodende sekvens fra den mindst ene oprindelige kodende sekvens ved substitution i den mindst ene oprindelige kodende sekvens af en eller flere kodoner med en synonym kodon; c) bestemmelse af en f itness-værdi for den mindst ene oprindelige kodende sekvens og en fitness-værdi for den mindst ene nydannede kodende sekvens ved anvendelse af en fitness-funktion, der bestemmer mindst én af enkeltkodon-fitness og kodonpar-fitness i forhold til den forudbestemte værtscelle; d) udvælgelse af en eller flere udvalgte kodende sekvenser blandt den mindst ene oprindelige kodende sekvens og den mindst ene nydannede kodende sekvens ifølge et forudbestemt udvælgelseskriterium, således at jo højere fitness-værdien er, jo højere er chancen for at blive udvalgt; e) gentagelse af trin b) til d) ved behandling af den ene eller de flere udvalgte kodende sekvenser som en eller flere oprindelige kodende sekvenser i trin b) til d) , indtil et forudbestemt gentagelses-stopkriterium er opfyldt; hvor fitness-funktionen defineres ved hjælp af:
hvor
cpi er en realværdi større end nul, fitcp(g) er en fitness-funktion for kodonpar, fitsc(g) er en fitness-funktion for en enkelt kodon, w((c(k), c(k + 1)) er vægten af et kodonpar i en kodende sekvens g, |g| er længden af den kodende sekvens, c(k) er den k-ende kodon i sekvensen af kodoner,
er en ønsket andel af kodon c(k), og
er en faktisk andel i den kodende sekvens g.
2. Fremgangsmåde ifølge krav 1, hvor det forudbestemte udvælgelseskriterium er således, at den ene eller de flere udvalgte kodende sekvenser har en bedste fitness-værdi ifølge et forudbestemt kriterium.
3. Fremgangsmåde ifølge krav 1 eller 2, hvor fremgangsmåden efter trin e) omfatter: f) udvælgelse af en bedste individuel kodende sekvens blandt den ene eller de flere udvalgte kodende sekvenser, hvor den bedste individuelle kodende sekvens har en bedre fitness-værdi end andre udvalgte kodende sekvenser.
4. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1-3, hvor det forudbestemte gentagelses-stopkriterium er mindst én af: (a) test af om mindst én of de udvalgte kodende sekvenser har en bedste fitness-værdi over en forudbestemt tærskelværdi; (b) test af om ingen af de udvalgte kodende sekvenser har en bedste fitness-værdi under den forudbestemt tærskelværdi; (c) test af om mindst én af de udvalgte kodende sekvenser har mindst 30 % af kodonparrene med tilknyttede positive kodonparvægte for den forudbestemte værtscelle i den oprindelige kodende sekvens, der er transformeret til kodonpar med tilknyttede negative vægte; og (d) test af om mindst én af de udvalgte kodende sekvenser har mindst 30 % af kodonparrene med tilknyttede positive vægte over 0 for den forudbestemte værtscelle i den oprindelig kodende sekvens, der er transformeret til kodonpar med tilknyttede vægte under 0.
5. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1-4, hvor cpi er mellem 10~4 og 0,5.
6. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1-5, hvor kodonparvægtene w tages fra en 61 χ 61 kodonparmatrix uden stopkodoner eller en 61 χ 64 kodonparmatrix, der inkluderer stopkodoner, og hvor kodonparvægtene w beregnes på basis af en computerbaseret metode ved anvendelse som input af mindst én af: (a) en gruppe af nukleotidsekvenser, der består af mindst 200 kodende sekvenser fra en forudbestemt vært; (b) en gruppe af nukleotidsekvenser, der består af mindst 200 kodende sekvenser fra arten, som den forudbestemte vært tilhører; (c) en gruppe af nukleotidsekvenser, der består af mindst 5 % af de proteinkodende nukleotidsekvenser i en genomsekvens fra den forudbestemte vært; og (d) en gruppe af nukleotidsekvenser, der består af mindst 5 % af de proteinkodende nukleotidsekvenser i en genomsekvens fra en slægt, der er beslægtet med den forudbestemte vært.
7. Fremgangsmåde ifølge krav 6, hvor kodonparvægtene w bestemmes for mindst 5 %, 10 %, 20 %, 50 % og fortrinsvis 100 % af det mulige 61 χ 64 kodonpar, herunder termineringssignalet som stopkodon.
8. Fremgangsmåde ifølge krav 1-7, hvor kodonparvægtene w tages fra en 61 x 61 kodonparmatrix uden stopkodoner eller en 61 χ 64 kodonparmatrix, der inkluderer stopkodoner, og hvor kodonparvægtene w defineres ved hjælp af:
hvor de kombinerede forventede værdier
defineres ved hjælp af:
hvor
angiver enkeltkodonandelen af i datasættet for hele genomet og
forekomsten af et par (Ci,Cj) i den stærkt udtrykte gruppe, og hvor den stærkt udtrykte gruppe er generne, hvis mRNA'er kan detekteres ved et niveau på mindst 20 kopier pr. celle.
9. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af ovennævnte krav, hvor den oprindelige kodende nukleotidsekvens, der koder for en forudbestemt aminosyresekvens, er udvalgt blandt: (a) en vildtypenukleotidsekvens, der koder for den forudbestemte aminosyresekvens; (b) en revers translation af den forudbestemte aminosyresekvens, hvor en kodon for en aminosyreposition i den forudbestemte aminosyresekvens er vilkårligt udvalgt blandt de synonyme kodoner, der koder for aminosyren; og (c) en revers translation af den forudbestemte aminosyresekvens, hvor en kodon for en aminosyreposition i den forudbestemte aminosyresekvens er udvalgt i overenstemmelse med en enkeltkodontendens for den forudbestemte værtscelle eller en art, der er beslægtet med værtscellen.
10. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1-9, hvor den forudbestemte værtscelle er en celle af en mikroorganisme, fortrinsvis en mikroorganisme fra en slægt, der er udvalgt blandt: Bacillus, Actinomycetis, Escherichia, Streptomyces, Aspergillus, Penicillium, Kluyveromyces, Saccharomyces.
11. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1-9, hvor den forudbestemte værtscelle er en celle fra et dyr eller en plante, fortrinsvis en celle fra en cellelinje, der er udvalgt blandt CHO, BHK, NSO, COS, Vero, PER.C6™, HEK-293, Drosophila S2, Spodoptera Sf9 og Spodoptera Sf21.
12. Computer, der omfatter en processor og en hukommelse, hvilken processor er indrettet til at læse fra hukommelsen og skrive ind i hukommelsen, hvilken hukommelse omfatter data og instruktioner, der er beregnet til at få processoren til at udføre fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af kravene 1-11.
13. Computerprogramprodukt, der omfatter data og instruktioner og er beregnet til at blive indlæst i en hukommelse i en computer, der også omfatter en processor, hvilken processor er indrettet til at læse fra hukommelsen og skrive ind i hukommelsen, hvilke data og instruktioner er beregnet til at få processoren til at udføre fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af kravene 1-11.
14. Databærer, der er forsynet med et computerprogramprodukt ifølge krav 13.
15. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1- 11, hvor den kodende sekvens, der koder for en forudbestemt aminosyresekvens, der er frembragt med fremgangsmåden, er indeholdt i et nukleinsyremolekyle, hvor den kodende sekvens ikke er en naturligt forekommende kodende sekvens, og hvor den kodende sekvens har en fitcp{g), der er mindst under -0,1, fortrinsvis under -0,2 og mere fortrinsvis under -0,3, for en forudbestemt værtscelle.
16. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1- 11, hvor den kodende sekvens, der koder for en forudbestemt aminosyresekvens, der er frembragt med fremgangsmåden, er indeholdt i et nukleinsyremolekyle, hvor den kodende sekvens ikke er en naturligt forekommende kodende sekvens, og hvor den kodende sekvens har en fitcp{g), der er mindst under -0,1 og fortrinsvis under -0,2, for en forudbestemt værtscelle, og en fitSCi(g), der er mindst under 0,1, for en forudbestemt værtscelle.
DK11163033T 2006-06-29 2007-06-15 Fremgangsmåde til opnåelse af forbedret polypeptidekspression DK2423315T3 (da)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP06076328 2006-06-29
EP07765439A EP2035561A1 (en) 2006-06-29 2007-06-15 A method for achieving improved polypeptide expression

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DK2423315T3 true DK2423315T3 (da) 2015-04-13

Family

ID=37199000

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DK11163033T DK2423315T3 (da) 2006-06-29 2007-06-15 Fremgangsmåde til opnåelse af forbedret polypeptidekspression

Country Status (12)

Country Link
US (2) US8812247B2 (da)
EP (2) EP2423315B1 (da)
JP (1) JP5250850B2 (da)
CN (1) CN101490262B (da)
AU (1) AU2007263880A1 (da)
BR (1) BRPI0713795B1 (da)
CA (1) CA2657975A1 (da)
DK (1) DK2423315T3 (da)
EA (1) EA015925B1 (da)
ES (1) ES2534282T3 (da)
PL (1) PL2423315T3 (da)
WO (1) WO2008000632A1 (da)

Families Citing this family (134)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE10260805A1 (de) * 2002-12-23 2004-07-22 Geneart Gmbh Verfahren und Vorrichtung zum Optimieren einer Nucleotidsequenz zur Expression eines Proteins
US20090208480A1 (en) * 2006-08-04 2009-08-20 Yue Huang Long half-life recombinant butyrylcholinesterase
AU2008214663B2 (en) 2007-02-15 2013-10-03 Dsm Ip Assets B.V. A recombinant host cell for the production of a compound of interest
WO2009005564A2 (en) * 2007-06-29 2009-01-08 The Regents Of The University Of California Cellulose- and hemicellulose-degradation enzyme -encoding nucleotide sequences with refined translational kinetics and methods of making same
WO2009030254A1 (en) * 2007-09-04 2009-03-12 Curevac Gmbh Complexes of rna and cationic peptides for transfection and for immunostimulation
EP2222854A1 (en) 2007-11-20 2010-09-01 DSM IP Assets B.V. Dicarboxylic acid production in a filamentous fungus
EP2687602A1 (en) 2007-11-20 2014-01-22 DSM IP Assets B.V. Succinic acid production in a eukaryotic cell
US20110104771A1 (en) * 2008-02-15 2011-05-05 Rene Verwall Process for the production of a dicarboxylic acid
JP5625199B2 (ja) * 2008-03-07 2014-11-19 ディーエスエム アイピー アセッツ ビー．ブイ． ペントース糖発酵細胞
BRPI0910812A2 (pt) * 2008-03-07 2019-02-26 Dsm Ip Assets Bv célula de fermentação de açúcar pentose
US9096873B2 (en) 2008-03-11 2015-08-04 Genomatica, Inc. Adipate (ester or thioester) synthesis
US8673599B2 (en) 2008-03-11 2014-03-18 Dsm Ip Assets B.V. Preparation of 6-aminocaproic acid from 5-formylvaleric acid
EP2123767A1 (en) 2008-05-20 2009-11-25 DSM IP Assets B.V. Preparation of epsilon-caprolactam via lysine cyclisation
EP2123768A1 (en) 2008-05-20 2009-11-25 DSM IP Assets B.V. Preparation of (Z)-6,7-dihydro-1H-azepin-2(5H)-one
ES2623932T3 (es) 2008-07-08 2017-07-12 Dsm Ip Assets B.V. Producción de ácido succínico por fermentación a bajo pH
CA2754851A1 (en) 2009-03-10 2010-09-16 Dsm Ip Assets B.V. Method for improving the yield of a polypeptide
US8703463B2 (en) 2009-03-10 2014-04-22 Dsm Ip Assets B.V. Pregastric esterase and derivatives thereof
WO2010104391A2 (en) 2009-03-11 2010-09-16 Dsm Ip Assets B.V. Preparation of adipic acid
WO2010118932A1 (en) 2009-04-15 2010-10-21 Dsm Ip Assets B.V. Dicarboxylic acid production process
CA2758404A1 (en) 2009-04-22 2010-10-28 Dsm Ip Assets B.V. Process for the production of a recombinant polypeptide of interest
UA108853C2 (uk) 2009-07-10 2015-06-25 Спосіб ферментації галактози
WO2011009700A1 (en) 2009-07-22 2011-01-27 Dsm Ip Assets B.V. Improved host cell for the production of a compound of interest
KR101694572B1 (ko) 2009-07-24 2017-01-09 디에스엠 아이피 어셋츠 비.브이. Ｎ-아실 또는 ｎ-구아니딜 보호된 1,4-뷰테인다이아민 전구체를 통한 1,4-뷰테인다이아민의 제조 방법
US9783834B2 (en) 2009-08-27 2017-10-10 Dsm Ip Assets B.V. Dicarboxylic acid fermentation process
CN102549150A (zh) 2009-09-03 2012-07-04 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 作为ssl替代品的烘焙酶组合物
US20120238722A1 (en) 2009-11-24 2012-09-20 Roquette Freres Sa Process for the crystallization of succinic acid
EP2336310A1 (en) 2009-12-16 2011-06-22 Isobionics B.V. Valencene synthase
JP2013526840A (ja) 2009-12-21 2013-06-27 ファーマシーネ，インコーポレイテッド 組み換えブチリルコリンエステラーゼおよびその切断型
JP5521236B2 (ja) * 2009-12-22 2014-06-11 独立行政法人産業技術総合研究所 発現予測装置および発現予測方法
US20160186188A1 (en) * 2010-02-09 2016-06-30 Rutgers, The State University Of New Jersey Methods for altering polypeptide expression and solubility
WO2011157717A1 (en) 2010-06-14 2011-12-22 Dsm Fine Chemicals Austria Nfg. Gmbh & Co Kg Novel polypeptides having nad(p)h oxidase activity and the use thereof
CN103459600B (zh) 2010-07-01 2016-10-19 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 用于生产感兴趣的化合物的方法
EP2593556B1 (en) 2010-07-14 2017-08-30 DPx Holdings B.V. Enzymatic method for (r)-selective amination
BR112013005786A2 (pt) 2010-09-10 2018-04-24 Dsm Ip Assets Bv preparação de ácido 6-aminocapróico de ácido alfa-cetopimélico
WO2012031910A2 (en) 2010-09-10 2012-03-15 Dsm Ip Assets B.V. Method for preparing alpha-ketopimelic acid by c1-elongation
CA2811539A1 (en) 2010-09-24 2012-03-29 Dsm Ip Assets B.V. Dicarboxylic acid production process
EP2495304A1 (en) 2010-12-03 2012-09-05 DSM IP Assets B.V. Dicarboxylic acid production in a yeast cell
WO2012089613A1 (en) 2010-12-28 2012-07-05 Dsm Ip Assets B.V. Process to increase the production of a succinyl-coa derived compound
CN103596970A (zh) 2011-03-11 2014-02-19 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 载体-宿主系统
WO2012131059A1 (en) 2011-04-01 2012-10-04 Dsm Ip Assets B.V. Preparation of 5-formyl valeric acid from alpha-ketopimelic acid
EP2537926A1 (en) 2011-06-21 2012-12-26 Isobionics B.V. Valencene synthase
PL2726624T3 (pl) 2011-07-01 2017-06-30 Dsm Ip Assets B.V. Sposób wytwarzania kwasów dikarboksylowych komórki zatrudniających grzybiczych
EA201490275A1 (ru) * 2011-07-13 2014-06-30 Эметис, Инк. Композиции и способы получения изопрена
WO2013007821A1 (en) 2011-07-14 2013-01-17 Dsm Ip Assets B.V. Screening method
EP2554668A1 (en) 2011-08-04 2013-02-06 DSM IP Assets B.V. A pentose sugar fermenting cell
AR087423A1 (es) 2011-08-04 2014-03-19 Dsm Ip Assets Bv Celula capaz de fermentar azucares pentosas
DK2800809T3 (da) 2012-01-05 2018-05-22 Glykos Finland Oy Protease-defekte filamentøse svampeceller og fremgangsmåder til anvendelse deraf
ES2546630T3 (es) 2012-01-30 2015-09-25 Dsm Ip Assets B.V. Alfa-amilasa
JP6224077B2 (ja) 2012-04-17 2017-11-01 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲーＦ． Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ Ａｋｔｉｅｎｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ 改変された核酸を用いてポリペプチドを発現させるための方法
WO2013174927A1 (en) 2012-05-23 2013-11-28 Novartis International Pharmaceutical Limited Production of fucosylated glycoproteins
US20150147365A1 (en) 2012-05-31 2015-05-28 Dsm Ip Assets B.V. Oral preparation
EP2875136B1 (en) 2012-07-18 2017-04-12 Isobionics B.V. Rhodobacter for preparing terpenoids
AU2013291936B2 (en) 2012-07-19 2019-01-17 Dsm Ip Assets B.V. AgsE-deficient strain
WO2014018552A1 (en) 2012-07-24 2014-01-30 Bp Corporation North America Inc. Xylose isomerases and their uses
IN2015DN01041A (da) 2012-08-28 2015-06-26 Dsm Ip Assets Bv
WO2014033019A1 (en) 2012-08-28 2014-03-06 Dsm Ip Assets B.V. Yeast strains engineered to produce ethanol from acetate
DK2898076T3 (da) 2012-09-19 2018-06-14 Dsm Ip Assets Bv Fremgangsmåde til cellemodificering ved anvendelse af essentielle gener som markører og eventuelt recirkulering af disse
US20140244228A1 (en) * 2012-09-19 2014-08-28 Agency For Science, Technology And Research Codon optimization of a synthetic gene(s) for protein expression
AR093025A1 (es) 2012-10-16 2015-05-13 Dsm Ip Assets Bv Celulas con conversion mejorada de pentosas
WO2014142647A1 (en) 2013-03-14 2014-09-18 Wageningen Universiteit Fungals strains with improved citric acid and itaconic acid production
US10435731B2 (en) 2013-07-10 2019-10-08 Glykos Finland Oy Multiple proteases deficient filamentous fungal cells and methods of use thereof
KR102313341B1 (ko) 2013-08-26 2021-10-18 바이오엔테크 리서치 앤드 디벨롭먼트 인코포레이티드 시알릴-루이스 ａ에 대한 사람 항체 코드화 핵산
AR097480A1 (es) 2013-08-29 2016-03-16 Dsm Ip Assets Bv Células de levadura convertidoras de glicerol y ácido acético con una conversión de ácido acético mejorada
DK3077517T3 (da) 2013-12-02 2019-02-11 Dsm Ip Assets Bv Isstrukturerende protein
WO2015177153A1 (en) 2014-05-19 2015-11-26 Dsm Ip Assets B.V. Proline-specific endoprotease
WO2015177171A1 (en) 2014-05-19 2015-11-26 Dsm Ip Assets B.V. Proline-specific endoprotease
WO2015177152A1 (en) 2014-05-19 2015-11-26 Dsm Ip Assets B.V. Proline-specific endoprotease
DK3154583T3 (da) 2014-06-04 2021-03-22 Biontech Res And Development Inc Humane monoklonale antistoffer mod gangliosid gd2
SG11201700446XA (en) 2014-07-21 2017-02-27 Glykos Finland Oy Production of glycoproteins with mammalian-like n-glycans in filamentous fungi
US10590436B2 (en) 2015-01-06 2020-03-17 Dsm Ip Assets B.V. CRISPR-CAS system for a lipolytic yeast host cell
DK3242950T3 (da) 2015-01-06 2021-12-20 Dsm Ip Assets Bv Crispr-cas-system til en trådformet svampeværtscelle
WO2016110512A1 (en) 2015-01-06 2016-07-14 Dsm Ip Assets B.V. A crispr-cas system for a yeast host cell
WO2016131818A1 (en) 2015-02-16 2016-08-25 Dsm Ip Assets B.V. Process for producing itaconic acid under anaerobic conditions
AR104205A1 (es) 2015-04-09 2017-07-05 Dsm Ip Assets Bv Fosfolipasa c
EP3302076A1 (en) 2015-06-02 2018-04-11 DSM IP Assets B.V. Use of ice structuring protein afp19 expressed in filamentous fungal strains for preparing food
US10724040B2 (en) 2015-07-15 2020-07-28 The Penn State Research Foundation mRNA sequences to control co-translational folding of proteins
WO2017050652A1 (en) 2015-09-25 2017-03-30 Dsm Ip Assets B.V. Asparaginase
EP4361240A3 (en) 2015-11-17 2024-07-31 DSM IP Assets B.V. Preparation of a stable beer
WO2017201731A1 (en) 2016-05-27 2017-11-30 Beijing Vdjbio Co., Ltd. Antibodies, composition and kits comprising same, and methods of use thereof
WO2017211930A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 Dsm Ip Assets B.V. Mutant lipase and use thereof
KR102319845B1 (ko) 2016-07-13 2021-11-01 디에스엠 아이피 어셋츠 비.브이. 조류 숙주 세포에 대한 crispr-cas 시스템
CN109689864B (zh) 2016-07-13 2023-04-04 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 苹果酸脱氢酶
WO2018019948A1 (en) 2016-07-29 2018-02-01 Dsm Ip Assets B.V. Polypeptides having cellulolytic enhancing activity and uses thereof
CN106650307B (zh) * 2016-09-21 2019-04-05 武汉伯远生物科技有限公司 一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法
FI3516056T3 (fi) 2016-09-23 2025-02-28 Dsm Ip Assets Bv Opas-rna:n ilmentämisjärjestelmä isäntäsolulle
EP3559222A1 (en) 2016-12-21 2019-10-30 DSM IP Assets B.V. Lipolytic enzyme variants
MX2019007375A (es) 2016-12-21 2019-09-18 Dsm Ip Assets Bv Variante de enzima lipolitica.
WO2018114938A1 (en) 2016-12-21 2018-06-28 Dsm Ip Assets B.V. Lipolytic enzyme variants
WO2018114912A1 (en) 2016-12-21 2018-06-28 Dsm Ip Assets B.V. Lipolytic enzyme variants
WO2018114576A1 (en) 2016-12-22 2018-06-28 Dsm Ip Assets B.V. Glutathione reductase
US20190376067A1 (en) * 2017-02-13 2019-12-12 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Compositions, methods and uses for multiplexed trackable genomically-engineered polypeptides
NL2018457B1 (en) 2017-03-02 2018-09-21 Isobionics B V Santalene Synthase
CN110431224A (zh) 2017-03-13 2019-11-08 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 锌双核簇转录调控因子缺陷型菌株
CN107353327A (zh) 2017-03-30 2017-11-17 南京百斯杰生物工程有限公司 植酸酶在黑曲霉中表达
US20200032252A1 (en) 2017-04-06 2020-01-30 Dsm Ip Assets B.V. Self-guiding integration construct (sgic)
CN110070913B (zh) * 2017-07-25 2023-06-27 南京金斯瑞生物科技有限公司 一种基于免疫算法的密码子优化方法
NL2019473B1 (en) 2017-09-01 2019-03-11 Isobionics B V Terpene Synthase producing patchoulol and elemol, and preferably also pogostol
WO2019063614A1 (en) 2017-09-26 2019-04-04 Bunge Global Innovation, Llc. ENZYMATIC REMOVAL OF CHLOROPHYLLIC SUBSTRATES FROM TRIACYLGLYCEROL OILS
US11707522B2 (en) 2017-10-13 2023-07-25 Boehringer Ingelheim International Gmbh Human antibodies to Tn antigen
WO2019012162A2 (en) 2017-12-20 2019-01-17 Dsm Ip Assets B.V. GENOMIC EDITING METHOD IN HOST CELL
CN111935981B (zh) 2018-04-05 2024-06-14 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 变体麦芽糖α-淀粉酶
WO2019215102A1 (en) 2018-05-09 2019-11-14 Dsm Ip Assets B.V. Crispr transient expression construct (ctec)
KR20210013097A (ko) 2018-05-18 2021-02-03 디에스엠 아이피 어셋츠 비.브이. 돌연변이체 리파아제 및 이의 용도
WO2019219903A2 (en) 2018-05-18 2019-11-21 Dsm Ip Assets B.V. Mutant lipase and use thereof
WO2019243312A1 (en) 2018-06-19 2019-12-26 Dsm Ip Assets B.V. Lipolytic enzyme variants
JP7542443B2 (ja) * 2018-07-30 2024-08-30 ナンジン ジェンスクリプト バイオテック カンパニー，リミテッド コドン最適化
EP3837692A4 (en) * 2018-08-15 2022-07-06 Zymergen, Inc. BIOREACHABLES PREDICTION TOOL WITH BIOLOGICAL SEQUENCES SELECTION
KR20210124179A (ko) 2018-11-02 2021-10-14 베이징 브이디제이바이오 컴퍼니 리미티드 변형된 ctla4 및 이의 사용 방법
WO2020099303A1 (en) 2018-11-15 2020-05-22 Dsm Ip Assets B.V. Improved production of riboflavin
EP3891281A1 (en) 2018-12-05 2021-10-13 DSM IP Assets B.V. Crispr guide-rna expression strategies for multiplex genome engineering
US11098265B2 (en) 2019-03-27 2021-08-24 Bunge Global Innovation, Llc Silica adsorbent treatment for removal of chlorophyll derivatives from triacylglycerol-based oils
BR112021019224A2 (pt) * 2019-03-28 2021-11-30 Intellia Therapeutics Inc Polinucleotídeos, composições e métodos para expressão de polipeptídeo
EP3990484A1 (en) 2019-06-28 2022-05-04 F. Hoffmann-La Roche AG Method for the production of an antibody
EP3766982A1 (en) 2019-07-18 2021-01-20 Delft Advanced Biofuels B.V. Integrated system for biocatalytically producing and recovering an organic substance
CN110491447B (zh) * 2019-08-05 2021-08-17 浙江省农业科学院 一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法及应用
CN110873833B (zh) * 2019-12-10 2022-04-08 国网河南省电力公司洛阳供电公司 一种含分布式电源的配电网自适应故障区段定位方法
MX2022011117A (es) 2020-03-10 2022-10-03 Dsm Ip Assets Bv Polvo lacteo reducido en lactosa.
EP4015626A1 (en) 2020-12-18 2022-06-22 Isobionics B.V. Enzymes and methods for fermentative production of monoterpene esters
JP2022155412A (ja) * 2021-03-30 2022-10-13 国立大学法人 奈良先端科学技術大学院大学 植物へ導入する遺伝子の人工配列の設計システム
WO2022223010A1 (zh) 2021-04-21 2022-10-27 浙江大学 一种负链rna病毒载体及无需转化的植物基因组编辑方法
WO2022263504A1 (en) 2021-06-17 2022-12-22 Dsm Ip Assets B.V. Improved bacillus host cell
BR112024001952A2 (pt) 2021-08-02 2024-04-30 Basf Se Usos de alfa-ionilidenoetano, de uma alfa-ionilidenoetano sintase e de uma célula hospedeira, métodos para preparar um ou mais compostos aromáticos, para perfumar um produto, conferir e/ou intensificar um odor ou sabor e para produzir alfa-ionona, composto ou composição aromática e/ou composição de fragrância e/ou produto perfumado ou com fragrância, produto perfumado ou com fragrância, e, célula hospedeira para produzir alfa-ionona
PE20241755A1 (es) 2021-11-19 2024-08-28 Mirobio Ltd Anticuerpos pd-1 disenados por ingenieria y usos de estos
PE20251170A1 (es) 2022-04-06 2025-04-23 Mirobio Ltd Anticuerpos cd200r disenados por ingenieria y usos de estos
CN119630280A (zh) 2022-05-14 2025-03-14 诺维信公司 用于预防、处理、抑制和/或消除植物病原性侵染和感染的组合物和方法
US20250304938A1 (en) 2022-05-16 2025-10-02 Dsm Ip Assets B.V. Lipolytic enzyme variants
DE102022118459A1 (de) 2022-07-22 2024-01-25 Proteolutions UG (haftungsbeschränkt) Verfahren zur optimierung einer nukleotidsequenz für die expression einer aminosäuresequenz in einem zielorganismus
EP4567818A4 (en) * 2022-09-09 2025-12-17 Nanjing Genscript Biotech Co Ltd METHOD FOR DESIGNING A SEQUENCE OF HUMANIZED ANTIBODY
EP4365192A1 (en) 2022-11-04 2024-05-08 DSM IP Assets B.V. Microbial production of growth factors
CN121794375A (zh) 2023-07-11 2026-04-03 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 蛋白质精氨酸脱亚胺酶
WO2025099224A1 (en) 2023-11-08 2025-05-15 Dsm Ip Assets B.V. Improved enzyme variants
WO2025099225A1 (en) 2023-11-08 2025-05-15 Dsm Ip Assets B.V. Improved enzyme variants
WO2025144795A1 (en) 2023-12-28 2025-07-03 Dsm Ip Assets B.V. Cells and methods for the production of glycosylated compounds
WO2026003190A1 (en) 2024-06-27 2026-01-02 Basf Se Means and methods for alpha-farnesene production

Family Cites Families (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DK122686D0 (da) 1986-03-17 1986-03-17 Novo Industri As Fremstilling af proteiner
EP0340878B1 (en) 1988-05-06 2001-05-16 Aventis Pharma S.A. Process for the biochemical oxidation of steroids and genetically engineered cells to be used therefor
CA1333777C (en) 1988-07-01 1995-01-03 Randy M. Berka Aspartic proteinase deficient filamentous fungi
US5082767A (en) * 1989-02-27 1992-01-21 Hatfield G Wesley Codon pair utilization
DE69432543T2 (de) 1993-07-23 2003-12-24 Dsm N.V., Te Heerlen Selektionmarker-genfreie rekombinante Stämme: Verfahren zur ihrer Herstellung und die Verwendung dieser Stämme
US5795737A (en) 1994-09-19 1998-08-18 The General Hospital Corporation High level expression of proteins
WO1996014404A1 (en) 1994-11-08 1996-05-17 Novo Nordisk A/S Tripeptidyl aminopeptidase
US5874304A (en) * 1996-01-18 1999-02-23 University Of Florida Research Foundation, Inc. Humanized green fluorescent protein genes and methods
DK0894126T3 (da) 1996-03-27 2006-06-12 Novozymes As Alkalisk phosphatase-deficient trådformet svamp
PL336345A1 (en) 1997-04-11 2000-06-19 Dsm Nv Genic conversion as a tool for constructing recombined filiform fungi
EP1002091B1 (en) * 1997-07-09 2012-02-29 Coridon Pty Limited Nucleic acid sequence and method for selectively expressing a protein in a target cell or tissue
WO1999032617A2 (en) 1997-12-22 1999-07-01 Dsm N.V. Expression cloning in filamentous fungi
JP2002533133A (ja) 1998-12-23 2002-10-08 ノボザイムス アクティーゼルスカブ アスペルギルス変異体細胞におけるポリペプチドの生産方法
ATE315638T1 (de) 1999-02-22 2006-02-15 Novozymes As Oxalacetat-hydrolase defiziente fungale wirtszellen
EP1266011B1 (en) 2000-03-14 2010-05-26 Novozymes A/S Fungal transcriptional activator useful in methods for producing polypeptides
CA2403842C (en) 2000-03-24 2012-09-25 Genencor International, Inc. Increased production of secreted proteins by recombinant eukaryotic cells
JP2005507636A (ja) * 2000-12-22 2005-03-24 ジヤンセン・フアーマシユーチカ・ナームローゼ・フエンノートシヤツプ 酵母及び真菌における薬物標的同定のためのｂａｘ応答遺伝子
WO2002061173A2 (en) 2001-01-29 2002-08-08 The Board Of Regents For Oklahoma State University Advanced composite ormosil coatings
EP1231272A3 (en) 2001-02-08 2002-11-13 Laboratorios Ovejero S.A. Procedure for obtaining bovine chymosin (rennin), curd
AU2003206684A1 (en) 2002-02-20 2003-09-09 Novozymes A/S Plant polypeptide production
US20040005600A1 (en) * 2002-04-01 2004-01-08 Evelina Angov Method of designing synthetic nucleic acid sequences for optimal protein expression in a host cell
CA2513833A1 (en) 2003-02-05 2004-08-19 Dsm Ip Assets B.V. Use of oxalate deficient aspergillus niger strains for producing a polypeptide
DE602004022929D1 (de) 2003-03-31 2009-10-15 Novozymes Inc Verfahren zur produktion biologischer substanzen i
US9243043B2 (en) 2004-04-02 2016-01-26 Dsm Ip Assets B.V. Filamentous fungal mutants with improved homologous recombination efficiency
JP4783359B2 (ja) 2004-04-16 2011-09-28 ディーエスエム アイピー アセッツ ビー．ブイ． 真菌細胞において遺伝子を発現させるための真菌プロモーター
EP1756145B1 (en) 2004-06-16 2014-06-25 DSM IP Assets B.V. Production of polypeptides by improved secretion
CN101094919B (zh) 2004-10-12 2014-09-03 帝斯曼知识产权资产管理有限公司 在生产多肽的方法中有用的真菌转录活化因子
EP1799829B1 (en) 2004-10-15 2012-01-18 DSM IP Assets B.V. Method for production of a compound in a eukaryotic cell
EP1841861A1 (en) * 2005-01-24 2007-10-10 DSMIP Assets B.V. Method for producing a compound of interest in a filamentous fungal cell

Also Published As

Publication number Publication date
BRPI0713795A2 (pt) 2012-11-06
US8812247B2 (en) 2014-08-19
JP2009540845A (ja) 2009-11-26
US20140377800A1 (en) 2014-12-25
EP2423315A1 (en) 2012-02-29
CN101490262A (zh) 2009-07-22
CN101490262B (zh) 2012-09-26
EP2035561A1 (en) 2009-03-18
EA015925B1 (ru) 2011-12-30
WO2008000632A1 (en) 2008-01-03
EA200900096A1 (ru) 2009-06-30
PL2423315T3 (pl) 2015-06-30
AU2007263880A1 (en) 2008-01-03
BRPI0713795B1 (pt) 2018-03-20
CA2657975A1 (en) 2008-01-03
JP5250850B2 (ja) 2013-07-31
US20090286280A1 (en) 2009-11-19
ES2534282T3 (es) 2015-04-21
EP2423315B1 (en) 2015-01-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DK2423315T3 (da) Fremgangsmåde til opnåelse af forbedret polypeptidekspression
AU2006207463B2 (en) Method for producing a compound of interest in a filamentous fungal cell
DK2406386T3 (da) Fremgangsmåde til forbedring af udbyttet af et polypeptid
US20210017487A1 (en) Filamentous fungal strains comprising reduced viscosity phenotypes
Vinck et al. Heterogenic expression of genes encoding secreted proteins at the periphery of Aspergillus niger colonies
CN116888142A (zh) 具有提高的生长速率的重组酵母宿主细胞
AU2005293516B2 (en) Homologous amdS genes as selectable marker
CN115725632B (zh) 一种Aomsn2过表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用
DK2841589T3 (da) Fremgangsmåde til ekspression af polypeptider
Class et al. Patent application title: Method for Achieving Improved Polypeptide Expression Inventors: Johannes Andries Roubos (Echt, NL) Johannes Andries Roubos (Echt, NL) Noël Nicolaas Maria Elisabeth Van Peij (Echt, NL)
US20220267783A1 (en) Filamentous fungal expression system
IL318519A (en) Method for optimising a nucleotide sequence by exchanging synonymous codons for the expression of an amino acid sequence in a target organism
JP4832153B2 (ja) 組換え微生物
Han et al. Characterization and Development of Salt-Resistant Aspergillus oryzae for Marine-Derived Enzyme Expression
JP5686974B2 (ja) 新規ターミネーターおよびその利用
AU2011202558A1 (en) Method for producing a compound of interest in a filamentous fungal cell