ES2235262T3 - Sistemas y dispositivos de autoensamblaje basados en la afinidad para aplicaciones fotonicas y electronicas. - Google Patents
Sistemas y dispositivos de autoensamblaje basados en la afinidad para aplicaciones fotonicas y electronicas.Info
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- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
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- C40B50/14—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support
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- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54366—Apparatus specially adapted for solid-phase testing
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- G—PHYSICS
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- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B6/00—Light guides; Structural details of arrangements comprising light guides and other optical elements, e.g. couplings
- G02B6/10—Light guides; Structural details of arrangements comprising light guides and other optical elements, e.g. couplings of the optical waveguide type
- G02B6/12—Light guides; Structural details of arrangements comprising light guides and other optical elements, e.g. couplings of the optical waveguide type of the integrated circuit kind
- G02B6/122—Basic optical elements, e.g. light-guiding paths
- G02B6/1225—Basic optical elements, e.g. light-guiding paths comprising photonic band-gap structures or photonic lattices
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- G—PHYSICS
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- G06N3/00—Computing arrangements based on biological models
- G06N3/02—Neural networks
- G06N3/06—Physical realisation, i.e. hardware implementation of neural networks, neurons or parts of neurons
- G06N3/061—Physical realisation, i.e. hardware implementation of neural networks, neurons or parts of neurons using biological neurons, e.g. biological neurons connected to an integrated circuit
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- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06N—COMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
- G06N3/00—Computing arrangements based on biological models
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- G11B7/002—Recording, reproducing or erasing systems characterised by the shape or form of the carrier
- G11B7/0037—Recording, reproducing or erasing systems characterised by the shape or form of the carrier with discs
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
- G11B—INFORMATION STORAGE BASED ON RELATIVE MOVEMENT BETWEEN RECORD CARRIER AND TRANSDUCER
- G11B7/00—Recording or reproducing by optical means, e.g. recording using a thermal beam of optical radiation by modifying optical properties or the physical structure, reproducing using an optical beam at lower power by sensing optical properties; Record carriers therefor
- G11B7/004—Recording, reproducing or erasing methods; Read, write or erase circuits therefor
- G11B7/0045—Recording
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
- G11B—INFORMATION STORAGE BASED ON RELATIVE MOVEMENT BETWEEN RECORD CARRIER AND TRANSDUCER
- G11B7/00—Recording or reproducing by optical means, e.g. recording using a thermal beam of optical radiation by modifying optical properties or the physical structure, reproducing using an optical beam at lower power by sensing optical properties; Record carriers therefor
- G11B7/004—Recording, reproducing or erasing methods; Read, write or erase circuits therefor
- G11B7/0045—Recording
- G11B7/00455—Recording involving reflectivity, absorption or colour changes
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
- G11B—INFORMATION STORAGE BASED ON RELATIVE MOVEMENT BETWEEN RECORD CARRIER AND TRANSDUCER
- G11B7/00—Recording or reproducing by optical means, e.g. recording using a thermal beam of optical radiation by modifying optical properties or the physical structure, reproducing using an optical beam at lower power by sensing optical properties; Record carriers therefor
- G11B7/004—Recording, reproducing or erasing methods; Read, write or erase circuits therefor
- G11B7/005—Reproducing
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
- G11B—INFORMATION STORAGE BASED ON RELATIVE MOVEMENT BETWEEN RECORD CARRIER AND TRANSDUCER
- G11B7/00—Recording or reproducing by optical means, e.g. recording using a thermal beam of optical radiation by modifying optical properties or the physical structure, reproducing using an optical beam at lower power by sensing optical properties; Record carriers therefor
- G11B7/004—Recording, reproducing or erasing methods; Read, write or erase circuits therefor
- G11B7/005—Reproducing
- G11B7/0052—Reproducing involving reflectivity, absorption or colour changes
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
- G11B—INFORMATION STORAGE BASED ON RELATIVE MOVEMENT BETWEEN RECORD CARRIER AND TRANSDUCER
- G11B7/00—Recording or reproducing by optical means, e.g. recording using a thermal beam of optical radiation by modifying optical properties or the physical structure, reproducing using an optical beam at lower power by sensing optical properties; Record carriers therefor
- G11B7/24—Record carriers characterised by shape, structure or physical properties, or by the selection of the material
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
- G11B—INFORMATION STORAGE BASED ON RELATIVE MOVEMENT BETWEEN RECORD CARRIER AND TRANSDUCER
- G11B7/00—Recording or reproducing by optical means, e.g. recording using a thermal beam of optical radiation by modifying optical properties or the physical structure, reproducing using an optical beam at lower power by sensing optical properties; Record carriers therefor
- G11B7/24—Record carriers characterised by shape, structure or physical properties, or by the selection of the material
- G11B7/241—Record carriers characterised by shape, structure or physical properties, or by the selection of the material characterised by the selection of the material
- G11B7/242—Record carriers characterised by shape, structure or physical properties, or by the selection of the material characterised by the selection of the material of recording layers
- G11B7/244—Record carriers characterised by shape, structure or physical properties, or by the selection of the material characterised by the selection of the material of recording layers comprising organic materials only
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
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- G—PHYSICS
- G11—INFORMATION STORAGE
- G11C—STATIC STORES
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- H10K10/701—Organic molecular electronic devices
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- H—ELECTRICITY
- H10—SEMICONDUCTOR DEVICES; ELECTRIC SOLID-STATE DEVICES NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
- H10P—GENERIC PROCESSES OR APPARATUS FOR THE MANUFACTURE OR TREATMENT OF DEVICES COVERED BY CLASS H10
- H10P95/00—Generic processes or apparatus for manufacture or treatments not covered by the other groups of this subclass
- H10P95/11—Separation of active layers from substrates
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- H—ELECTRICITY
- H10—SEMICONDUCTOR DEVICES; ELECTRIC SOLID-STATE DEVICES NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
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- H10W90/00—Package configurations
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- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
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Abstract
LA INVENCION SE REFIERE A TECNICAS QUE UTILIZAN ACIDOS NUCLEICOS DE AUTO - MONTAJE, FUNCIONALIZADOS Y PROGRAMABLES, ESTRUCTURAS MODIFICADAS DE ACIDO NUCLEICO Y OTRAS MITADES DE AFINIDAD O UNION SELECTIVA, COMO BLOQUES DE CONSTRUCCION. LA PRESENTE INVENCION ES UN PROCEDIMIENTO PARA LA FABRICACION DE DISPOSITIVOS A MICROESCALA Y NANOESCALA, QUE COMPRENDE LOS PASOS DE: FABRICAR UNOS PRIMEROS DISPOSITIVOS COMPONENTES SOBRE UN PRIMER SOPORTE, SEPARANDO AL MENOS UN PRIMER DISPOSITIVO COMPONENTE DEL PRIMER SOPORTE, TRANSPORTAR EL PRIMER DISPOSITIVO COMPONENTE A UN SEGUNDO SOPORTE Y ACOPLAR EL PRIMER DISPOSITIVO COMPONENTE AL SEGUNDO SOPORTE. LA INVENCION PERMITE IGUALMENTE ORIENTAR UNA ESTRUCTURA EN UN CAMPO ELECTRICO, REACCIONAR A LAS SECUENCIAS DE AFINIDAD Y MONTAR ESTRUCTURAS CROMOFORICAS POR FOTOACTIVACION.
Description
Sistemas y dispositivos de autoensamblaje basados
en la afinidad para aplicaciones fotónicas y electrónicas.
La presente invención se refiere a métodos y
técnicas basados en el empleo de ácidos nucleicos autoensamblantes
con funcionalidad programable, de estructuras de ácidos nucleicos
modificadas y de otros fragmentos con afinidad selectiva o de
fijación como bloques constructivos para: (1) organizar, acoplar e
interconectar nanoestructuras, componentes de tamaño submicrométrico
y micrométrico sobre silicio u otros materiales; (2) organizar,
acoplar e interconectar nanoestructuras, componentes de tamaño
submicrométrico y micrométrico en perímetros de componentes y de
dispositivos microelectrónicos u optoelectrónicos. La presente
invención también se refiere a los correspondientes dispositivos,
sistemas y plataformas de elaboración microelectrónicos y
optoelectrónicos que aportan los campos eléctricos de transporte y
la conducción selectiva de las nanoestructuras y de los componentes
submicrométricos y micrométricos autoensamblantes hacia los puntos
escogidos del propio dispositivo o sobre otros substratos
materiales.
Los campos de la electrónica/fotónica molecular y
de la nanotecnología constituyen una inmensa promesa técnica para el
futuro. La nanotecnología se define como una técnica de diseño
basada en una capacidad general para construir objetos según
especificaciones atómicas complejas. Drexler, Proc. Natl. Acad.
Sci. USA, 78:5275-5278, (1981). La
nanotecnología pretende en general un control átomo por átomo o
molécula por molécula, para organizar y construir estructuras
complejas hasta llegar al nivel macroscópico. La nanotecnología
plantea el trabajo desde la base, al contrario que las estrategias
de tipo vertical, como es el caso de las técnicas litográficas
usadas actualmente en la fabricación de los semiconductores y de los
circuitos integrados. El éxito de la nanotecnología se puede basar
en el desarrollo de unidades moleculares programables
autoensamblantes y de máquinas herramienta a un nivel molecular,
denominadas ensambladoras, que permitirán la construcción de una
amplia variedad de estructuras y dispositivos moleculares. Drexler,
"Engines of Creation" (motores de creación), Doubleday
Publishing Co., New York NY (1986).
La actual tecnología electrónica/fotónica
molecular incluye numerosos esfuerzos de diversos sectores de
científicos e ingenieros. Carter, ed., "Dispositivos electrónicos
moleculares II", Marcel Dekker, Inc, New York NY (1987). Estos
sectores incluyen rectificadores basados en polímeros orgánicos,
Metzger y otros, "Dispositivos electrónicos moleculares II",
Marcel Dekker, New York NY, págs. 5-25 (1987),
polímeros conjugados conductores, MacDiarmid y otros, Metales
sintéticos, 18:285 (1987), propiedades electrónicas de películas
orgánicas delgadas o filmes de Langmuir-Blogett,
Watanabe y otros, Metales sintéticos, 28:C473 (1989),
registradores de cambios moleculares basados en transferencia de
electrones, Hopfield y otros, Science, 241:817 (1988), y un
sistema de autoensamblaje basado en lípidos modificados
sintéticamente que forman una diversidad de microestructuras
"tubulares" diferentes. Singh y otros, "Materiales
poliméricos bioactivos aplicados", Plenum Press, New York, NY,
págs. 239-249 (1988). También se han descrito
dispositivos moleculares ópticos o fotónicos basados en polímeros
orgánicos conjugados, Baker y otros, Metales sintéticos,
28:D639 (1989), y materiales orgánicos no lineales. Potember y
otros, Proc. Annual Conf. IEEE in Medicine and Biology, Part
4/6:1302-1303 (1989).
Sin embargo ninguna de las referencias citadas
describe un nivel sofisticado o programable de autoorganización o de
autoensamblaje. Normalmente, el componente molecular que en realidad
desempeña el mecanismo electrónico y/o fotónico es una proteína u
otra molécula biológica natural. Akaike y otros, Proc. Annual
Conf. IEEE in Medicine and Biology, Part
4/6:1337-1338 (1989). No hay ningún ejemplo de una
molécula totalmente sintética, programable y autoensamblante, que
produzca una estructura, mecanismo o dispositivo eficiente desde el
punto de vista electrónico o fotónico.
Para la nanotecnología es muy importante avanzar
en el conocimiento del autoensamblaje en los sistemas biológicos.
Drexler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA,
78:5275-5278 (1981), y Drexler, "Engines of
Creation" (motores de creación), Doubleday Publishing Co., New
York NY (1986). Entre las áreas de progreso significativo figura la
organización de los sistemas fotosintéticos captadores de luz, los
sistemas de transporte de electrones transductores de energía, el
proceso visual, la conducción nerviosa y la estructura y función de
los componentes proteicos que constituyen estos sistemas. Los
llamados bio-chips describen el empleo de proteínas
modificadas sintética o biológicamente para construir dispositivos
electrónicos moleculares. Haddon y otros, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA, 82:1874-1878 (1985), McAlear y otros,
"Dispositivos electrónicos moleculares II", Carter ed., Marcel
Dekker, Inc., New York NY, págs. 623-633 (1987).
Se han realizado varios trabajos sobre proteínas
sintéticas (polipéptidos), a fin de desarrollar redes conductoras.
McAlear y otros, "Dispositivos electrónicos moleculares",
Carter ed., Marcel Dekker, New York NY, págs.
175-180 (1982). Otros autores han supuesto que los
bio-chips basados en ácido nucleico son más
prometedores. Robinson y otros, "Diseño de un
bio-chip: dispositivo de memoria autoensamblante a
escala molecular", Ingeniería proteica,
1:295-300 (1987).
Asimismo se han dado grandes pasos para
comprender la estructura y la función de los ácidos nucleicos, ácido
desoxirribonucleico o ADN, Watson y otros, en "Biología molecular
del gen", vol. 1, Benjamin Publishing Co., Menlo Park, CA (1987),
el cual es el portador de la información genética en todos los
organismos vivientes (ver fig. 1). En el ADN, la información está
codificada en la secuencia lineal de nucleótidos por sus unidades
básicas de adenina, guanina, citosina y timidina (A, G, C y T). Las
hebras individuales de ADN (o de polinucleótido) tienen la propiedad
única de reconocer y fijarse, por hibridación, a su secuencia
complementaria para formar una estructura doble trenzada de ácido
nucleico. Esto es posible gracias a las facultades de acoplamiento
de bases propias de los ácidos nucleicos: A reconoce T y G reconoce
C. Esta propiedad implica un grado de especificidad muy elevado,
porque cualquier secuencia determinada de polinucleótido solo se
hibridará con su secuencia exactamente complementaria.
Aparte de la biología molecular de los ácidos
nucleicos también se ha progresado mucho en el área de la síntesis
química de los mismos. Esta tecnología ha desarrollado instrumentos
tan automatizados, que actualmente se pueden sintetizar de manera
eficiente secuencias de más de 100 nucleótidos de longitud, a
velocidades de síntesis de 15 nucleótidos por hora. Asimismo se han
desarrollado muchas técnicas para modificar ácidos nucleicos con
grupos funcionales, incluyendo: fluoróforos, cromóforos, marcadores
de afinidad, quelatos de metales, grupos químicamente reactivos y
enzimas. Smith y otros, Nature, 321:674-679
(1986); Agarawal y otros, Investigación de ácidos nucleicos,
14:6227-6245 (1986); Chu y otros, Investigación
de ácidos nucleicos, 16:3671-3691 (1988).
Un incentivo para desarrollar tanto la síntesis
como la modificación de ácidos nucleicos ha sido su potencial de uso
en ensayos de diagnóstico clínico, un campo conocido también como
diagnóstico por examen de ADN. Se han incorporado mecanismos
fotónicos simples a oligonucleótidos modificados, con la intención
de conferir propiedades de detección por fluorescencia a los
sistemas de ensayos diagnósticos por examen de ADN. Esta tentativa
incluía oligonucleótidos fluoróforos y marcados con
quimioluminiscentes, que transfieren energía no radiante de Förster.
Heller y otros, "Detección e identificación rápida de agentes
infecciosos", Kingsbury y otros, eds., Academic Press, New York,
NY págs. 345-356 (1985). La transferencia de energía
no radiante de Förster es un proceso en el que un grupo fluorescente
donante, excitado a una longitud de onda, transfiere la energía
absorbida a un grupo fluorescente aceptor apropiado, mediante un
proceso de acoplamiento dipolar resonante. La eficiencia de la
transferencia de energía entre los grupos adecuados, donante y
aceptor, depende de una distancia 1/r^{6} (véase Lakowicz y otros,
"Principios de espectroscopía fluorescente", Plenum Press, New
York, NY, cap. 10, págs. 305-337 (1983)).
Como dispositivos fotónicos se pueden elaborar
generalmente en matrices compactas empleando técnicas de
microfabricación bien desarrolladas. Sin embargo solo pueden
integrarse sobre pequeñas áreas, limitadas por las densidades de
fallos relativamente elevadas de los substratos empleados. Para que
sean útiles y económicamente viables estos dispositivos deben
utilizarse en muchos casos dentro de circuitos integrados de silicio
de gran superficie. Un buen ejemplo de este producto son los láser
emisores a superficie de cavidad vertical. Para muchas aplicaciones
potenciales sería muy deseable integrar dichos dispositivos en
circuitos integrados de silicio de gran superficie. Un gran
obstáculo en la integración de estos nuevos dispositivos con silicio
es la existencia de incompatibilidades de tipo material y
geométrico. Estos dispositivos tienen que integrarse sobre silicio,
en matrices extensas y poco densas, con la mínima degradación de su
rendimiento, y sin afectar a los circuitos de silicio subyacentes.
Durante estos últimos años se han investigado a fondo varias
tecnologías de ensamblaje de componentes, teniendo en cuenta la
integración sobre silicio de estos dispositivos semiconductores
compuestos. Éstas incluyen el pegado híbrido de chips invertidos o
la separación epitaxial y otros métodos de adherencia directa.
Aunque estas tecnologías híbridas han progresado de manera
significativa y se ha probado la viabilidad de estas técnicas
mediante varias demostraciones de componentes, estos métodos no
afrontan el problema de la incompatibilidad geométrica; es decir,
las dimensiones con que se fabrican los dispositivos especializados
sobre su substrato matriz tienen que conservarse cuando se acoplan
sobre el substrato receptor, lo cual hace económicamente inviable la
integración de dispositivos de pequeña superficie sobre componentes
de gran área.
Un gran obstáculo para la integración de estos
nuevos dispositivos con silicio es la existencia de
incompatibilidades de tipo material y geométrico. Estos dispositivos
tienen que integrarse sobre silicio, formando matrices extensas y
poco densas, con la mínima degradación de su rendimiento, y sin
afectar a los circuitos de silicio subyacentes. Durante estos
últimos años se han investigado a fondo varias tecnologías de
ensamblaje de componentes, teniendo en cuenta la integración sobre
silicio de estos dispositivos semiconductores compuestos. Éstas
incluyen el pegado híbrido de chips invertidos o la separación
epitaxial y otros métodos de adherencia directa. Aunque estas
tecnologías híbridas han progresado de manera significativa y se ha
probado la viabilidad de estas técnicas mediante varias
demostraciones de componentes, estos métodos no afrontan el problema
de la incompatibilidad geométrica; es decir, las dimensiones con que
se fabrican los dispositivos especializados sobre su substrato
matriz deben conservarse cuando se acoplan o se injertan sobre la
placa de silicio.
En el estado técnico anterior no hay ninguna
técnica de integración capaz de crear una matriz poco densa de
dispositivos distribuidos sobre una gran superficie, si en origen se
han fabricado de manera compacta sobre superficies pequeñas, lo cual
hace económicamente inviable los componentes de gran superficie
fabricados mediante la integración de dispositivos de tamaño
micrométrico. Para resolver este problema la industria electrónica
emplea una gradación de técnicas de compactación. Sin embargo, este
problema queda sin resolver cuando se necesita una matriz regular de
dispositivos sobre grandes áreas, con una distancia intermedia
relativamente pequeña. El problema es probablemente más perceptible
por el alto coste asociado a la ejecución de formaciones
matriciales, en que la matriz activa de silicio consta de pequeños
transistores que deben distribuirse sobre una gran superficie. Así
pues, las técnicas de microfabricación del estado técnico previo
limitan los dispositivos a componentes de menor superficie, en la
cual se ha integrado una matriz compacta de dispositivos. Sin
embargo, hay varias aplicaciones importantes que se podrían
beneficiar de dispositivos especializados, integrados de modo más
espaciado sobre grandes superficies.
Un método posible para suprimir las limitaciones
geométricas es el desarrollo adicional de materiales de substrato
semiconductores, hasta conseguir que sus densidades de fallos se
aproximen a los del silicio. Este proceso es largo y caro y requiere
un progreso aumentativo. Una segunda posibilidad es el desarrollo de
robots especiales capaces de manejar dispositivos de tamaño
micrométrico y submicrométrico e injertarlos en sitios apropiados.
Esto parece igualmente impracticable, porque el proceso de injertado
es secuencial, al tener que injertar un dispositivo tras otro, y por
tanto requiere tiempos de proceso inaceptables. En cualquier caso,
ambas propuestas pueden quedar limitadas a unas dimensiones de la
placa matriz del orden de los 10 cm.
En cuanto a las memorias, las máquinas
procesadoras de datos se han separado física y conceptualmente de la
memoria que almacena los datos y los comandos de los programas. Como
que la velocidad de los procesadores se ha ido incrementando con el
tiempo, ha habido una presión constante para ampliar las memorias y
acelerar el acceso. Los recientes avances en la velocidad de los
procesadores han causado cuellos de botella en los sistemas de
acceso a la memoria. Tal limitación es crítica porque los retrasos
en la obtención de instrucciones o de datos pueden provocar tiempos
de espera importantes del procesador, con la consiguiente pérdida de
un valioso tiempo de procesamiento.
Para resolver dichos asuntos se han hecho varias
propuestas. En general las soluciones incluyen diversos tipos de
memoria que tienen distintos atributos. Por ejemplo, es usual el
empleo de una pequeña cantidad de memoria rápida, normalmente cara,
asociada directamente a las unidades de proceso, que suele
denominarse memoria caché. Asimismo, la memoria de mayor capacidad,
aunque generalmente más lenta, como la DRAM o SRAM está asociada a
la UCP. Esta memoria intermedia suele ser suficientemente amplia
para un pequeño número de aplicaciones corrientes, pero no lo
bastante para contener todos los programas y datos del sistema. La
memoria de almacenamiento masivo, que suele ser muy grande, pero
relativamente barata, es bastante lenta. Así como se han hecho
continuos avances para mejorar el tamaño y la velocidad de todos los
tipos de memoria, reduciendo generalmente el coste por bit de
memoria, aún hay una carencia sustancial, especialmente, para
asistir a procesadores cada vez más rápidos.
Durante los últimos 20 años, la mayor parte de
dispositivos de almacenamiento masivo han usado un medio de memoria
giratorio. Los medios magnéticos se han usado en las unidades de
discos, tanto flexibles ("floppies") como duros. La información
se almacena por presencia o ausencia de magnetización en ubicaciones
físicamente definidas del disco. Normalmente, los medios magnéticos
son memorias de "lectura-escritura" que pueden
grabarse y leerse desde el sistema. Los datos se graban en el disco
o se leen del disco mediante cabezales situados cerca de la
superficie del mismo.
Un desarrollo más reciente de los medios
giratorios de almacenamiento masivo son los de tipo óptico. Los
discos compactos son memorias de solo lectura, en los cuales la
presencia o ausencia de deformaciones físicas indica los datos. La
información se lee mediante un rayo láser enfocado, de manera que el
cambio de propiedades reflectantes del disco indica las condiciones
de los datos. En el campo de la óptica también hay memorias que
utilizan propiedades ópticomagnéticas para la escritura y la lectura
de los datos. Estos discos son unidades de solo lectura, de una sola
escritura y muchas lecturas ("WORM") y memorias de
escritura-lectura múltiple. En general se ha
demostrado que los medios ópticos tienen mayor capacidad de memoria,
pero unos costes más elevados por bit y una capacidad de escritura
limitada, en comparación con los medios magnéticos.
Se han hecho diversas propuestas sobre el uso de
polímeros para memorias electrónicas moleculares. Por ejemplo,
Hopfield, J.J., Onuchic, J.N. y Beratan, D.N., en "Memoria de
registro de desplazamiento", Science, 241, p. 817, 1988,
revelan una memoria de registro de desplazamiento basada en un
polímero que incluye grupos de transferencia de carga. Otros autores
han propuesto una memoria electrónica basada en ADN (véase Robinson
y otros, "Diseño de un biochip: dispositivo de memoria
autoensamblante a escala molecular", Ingeniería de
proteínas, 1:295-300 (1987)). En este caso se
emplea ADN con polímeros conductores de electrones. Estos dos
conceptos para memorias electrónicas moleculares no proporcionan
mecanismos viables para la entrada (escritura) y la salida (lectura)
de datos.
Las memorias electrónicas moleculares han sido
particularmente decepcionantes en cuanto a resultados prácticos. A
pesar de las propuestas realizadas y de las comprobaciones de mínima
existencia, estos sistemas no se han plasmado generalmente en
realidades comerciales. Además, un defecto concreto del sistema
arriba descrito es que, para la mayoría de sistemas, una memoria
secuencial suele ser mucho más lenta que una memoria de acceso
aleatorio.
Las memorias ópticas anteriormente descritas
tienen el problema concreto de depender de sistemas ópticos que
están limitados por la difracción, lo cual impone restricciones al
tamaño mínimo de un bit de datos, limitando así la densidad de
memoria. Esta restricción es inherente a los sistemas que almacenan
un simple bit de datos en una posición de memoria físicamente
determinada.
Además, en todos los sistemas de memoria óptica
la información se almacena bit a bit, de modo que al acceder a una
posición de memoria físicamente determinada solo se obtiene un bit
de datos simple. Aunque existen sistemas de acceso a memoria por
palabras, en general solo almacenan un simple bit de información en
una posición determinada y por tanto necesitan básicamente el mismo
espacio de memoria física, tanto si el acceso es por bits o
por
palabras.
palabras.
Mientras que los sistemas han ganado generalmente
en velocidad y en densidad de almacenamiento, y han disminuido su
coste por bit, en la actualidad es patente la laguna entre la
velocidad del procesador y las exigencias del sistema. Ver en
general "Nuevas arquitecturas de memoria para aumentar el
rendimiento", Tom R. Halfhill, Byte, Julio 1993, p. 86 y 87. A
pesar del deseo general de tener memorias más rápidas, más densas y
más baratas por bit, y, en concreto, de la necesidad crítica de
memorias que puedan cumplir las demandas actuales de velocidad de
los modernos sistemas procesadores, hasta la fecha no se ha
propuesto ninguna solución totalmente satisfactoria. Las
limitaciones fundamentales de los paradigmas actuales no pueden ser
superadas mediante mejoras evolutivas de estos sistemas.
La patente EP-A-0
617 303 revela un proceso que incluye la integración de un
transmisor tubular de microondas con un dispositivo obtenido por
separación epitaxial. Otro documento del estado técnico previo, la
patente WO-A-96/01 836, revela la
fabricación de fluoroesferas funcionalizadas con ADN, su transporte
bajo un campo eléctrico y su hibridación sobre puntos específicos de
un soporte.
A pesar de la necesidad de nuevos y mejores
aparatos y métodos en este campo, hasta ahora no se ha propuesto
ninguna solución óptima.
De modo creciente, las tecnologías de la
comunicación, el procesamiento de la información y el almacenamiento
de los datos empiezan a depender de matrices altamente integradas de
pequeños y rápidos dispositivos electrónicos y fotónicos. A medida
que disminuye la escala de los dispositivos y aumenta el tamaño de
las matrices, las técnicas corrientes de integración resultan cada
vez más costosas. Las dimensiones de los dispositivos electrónicos y
fotónicos permiten el empleo de la ingeniería biológica molecular
para integrar y fabricar matrices de componentes electrónicos y
fotónicos. La presente invención se refiere a metodologías y
técnicas de elaboración mediante ácidos nucleicos autoensamblantes
con funcionalidad programable, estructuras de ácidos nucleicos
modificadas y otros fragmentos con afinidad selectiva o de fijación
como bloques constructivos para: (1) organizar, acoplar e
interconectar nanoestructuras, componentes de tamaño submicrométrico
y micrométrico sobre silicio u otros materiales; (2) organizar,
acoplar e interconectar nanoestructuras, componentes de tamaño
submicrométrico y micrométrico dentro de perímetros de componentes y
dispositivos microelectrónicos u optoelectrónicos. La presente
invención también se refiere a dispositivos y a sistemas
microelectrónicos y optoelectrónicos asociados, y a plataformas de
fabricación que proporcionan campos eléctricos de transporte y el
direccionamiento selectivo de las nanoestructuras autoensamblantes y
los componentes de tamaño submicrométrico y micrométrico hacia
posiciones escogidas del propio dispositivo o sobre otros substratos
materiales.
Los polímeros basados en ácidos nucleicos
funcionalizados (p.ej. ADN, ARN, ácidos nucleicos peptídicos,
metilfosfonatos) constituyen un vehículo para ensamblar gran
cantidad de dispositivos y sistemas fotónicos y eletrónicos,
empleando la propiedad codificante del ADN por apareamiento de
bases, que permite la formación de estructuras dobles trenzadas de
ADN específicas y complementarias. Esta propiedad única del ADN
proporciona un código de reconocimiento programable (por medio de la
secuencia de ADN) que puede utilizarse para fijar y alinear
nanoestructuras de manera específica.
En la forma preferida de la presente invención,
el proceso según el cual se alinearían los dispositivos fotónicos
implica en primer lugar su recubrimiento con una secuencia
específica de ADN. La superficie del substrato receptor donde se
desea fijar los dispositivos se recubre con la secuencia de ADN
complementaria. El substrato y los dispositivos recubiertos con ADN
se introducen en una solución y se produce la hibridación entre los
fragmentos complementarios de ADN. La hibridación injerta de manera
efectiva los dispositivos sobre el substrato receptor en sus
posiciones adecuadas.
Con mayor detalle, la presente invención
proporciona un método para fabricar dispositivos electrónicos,
fotónicos u optoelectrónicos a escala micrométrica o nanométrica,
que comprende las siguientes etapas:
a) fabricación de unos primeros dispositivos a
escala micrométrica o nanométrica sobre un primer soporte
sólido,
b) cesión de al menos un primer dispositivo del
primer soporte sólido en una solución,
c) unión de al menos una primera secuencia
polimérica de ADN específico sobre al menos un primer
dispositivo,
d) transporte por electroforesis del primer
dispositivo liberado y unido a la secuencia de ADN específico hacia
un soporte receptor sólido, y
e) fijación del primer dispositivo, con la
secuencia de ADN específico, a una posición escogida sobre el
soporte receptor sólido, que lleva secuencias poliméricas del ADN
complementario de la primera secuencia polimérica de ADN específico
del primer dispositivo, de modo que la fijación incluye la
hibridación de la primera secuencia polimérica de ADN específico del
primer dispositivo con la secuencia polimérica del ADN
complementario sobre el soporte receptor sólido.
Por otra parte, la presente invención ofrece un
método para la fabricación de dispositivos a escala micrométrica o
nanométrica, que además comprende las etapas de: fabricar unos
segundos dispositivos sobre un segundo soporte sólido, repetir los
pasos b), c), d) y e) de la reivindicación 1 con dichos segundos
dispositivos para unirlos sobre dicho soporte receptor sólido o al
primer dispositivo.
Algunas aplicaciones potenciales de estas
técnicas son: (1) fabricar matrices emisoras de luz sobre grandes
superficies y (2) elaborar varios componentes integrados mediante
hibridación, incluyendo pantallas planas, equipo de diagnóstico
médico y sistemas de almacenamiento de datos.
Como que la fotónica juega un papel cada vez más
importante en el procesamiento de información y en los sistemas de
almacenamiento de datos, proporcionará sistemas integrados a menor
coste, funcionalmente versátiles, más rápidos, de menor tamaño y de
mayor potencia. Se utilizan nuevas tecnologías de fabricación,
incluyendo la elaboración de nanoestructuras y las técnicas de
integración y de autoensamblaje. A medida que las dimensiones de los
dispositivos se reducen, van cobrando importancia las ideas
innovadoras que emplean los conceptos y principios de la ingeniería
biológica molecular como técnicas para la fabricación de
dispositivos fotónicos y electrónicos integrados.
Unidos covalentemente a estructuras nanométricas
orgánicas y metálicas o a dispositivos de componentes
semiconductores micrométricos, los polímeros de ADN pueden ofrecer
un mecanismo de fabricación por autoensamblaje. Dicho mecanismo
puede emplearse tanto para injertar selectivamente los dispositivos
en posiciones específicas preprogramadas sobre una superficie
deseada, como para agruparlos en redes 2-D o
3-D preprogramadas. Para injertar los dispositivos
de componentes fotónicos o electrónicos en substratos receptores,
primero se sintetizan polímeros de ADN con secuencias
complementarias. Los dispositivos de los componentes fotónicos y las
áreas del substrato receptor deseadas (áreas receptoras) se recubren
con las secuencias del ADN complementario. Luego los substratos
receptores se introducen en una disolución.
Un objeto de la presente invención es el de
facilitar nanotecnología y tecnología de autoensamblaje,
desarrollando unidades moleculares constructivas y programables de
autoensamblaje.
Las figs. 1A y 1B muestran la estructura del ADN
y sus correspondientes dimensiones físicas.
La fig. 2 es un diagrama de flujo de procesos de
autoensamblaje.
La fig. 3A es un dibujo en perspectiva del
aparato y del método para redistribuir sobre el substrato receptor
los dispositivos fotónicos fabricados en matrices densas, sin las
restricciones de distribución del substrato original.
La fig. 3B es una vista en perspectiva de una
agrupación de nanoesferas mediante autoensamblaje asistido por ADN,
para formar cristales fotónicos sintéticos.
La fig. 4 muestra un corte transversal de un
mecanismo de unión para fijar ADN a silicio.
La fig. 5 muestra los pasos de preparación de los
dispositivos fotónicos para el autoensamblaje.
La fig. 6 presenta una vista plana de una
estructura para la unión selectiva de secuencias fluorescentes de
ADN a pastillas de aluminio sobre chips VLSI de silicio.
La fig. 7 es una vista plana de escritura/imagen
UV en monocapas de ADN sobre silicio/dióxido de
silicio/aluminio.
La fig. 8A es una vista plana de una escritura
con máscara de imagen UV, con posterior hibridación en material de
almacenamiento óptico de ADN.
La fig. 8B es una vista plana de una escritura
con máscara de imagen UV en material de almacenamiento óptico de ADN
(resolución de 10 micras).
La fig. 9 es un corte transversal de un aparato y
de un método para preparar materiales de escritura múltiple.
La fig. 10 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
que una secuencia de ADN B se hibrida con la secuencia A unida al
substrato, dejando sin hibridar una parte de la secuencia para una
posterior hibridación.
La fig. 11 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
que la posición número 1 está enmascarada frente a la exposición
ultravioleta, mientras que las posiciones no enmascaradas quedan
expuestas, permitiendo la reticulación entre las secuencias A y
B.
La fig. 12 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
la cual se lleva a cabo una deshibridación para eliminar la
secuencia B no reticulada de la posición previamente
enmascarada.
La fig. 13 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
que una secuencia C funcionalizada con ADN se hibrida con la
secuencia B y se repite el proceso.
La fig. 14 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
que las posiciones 1 y 2 están enmascaradas, mientras que las
posiciones 3 y 4 están expuestas, produciendo como resultado la
reticulación de las secuencias B y C.
La fig. 15 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
la cual se lleva a cabo una deshibridación para eliminar la
secuencia C de la posición 2, que queda con una secuencia de ADN B
permanente.
La fig. 16 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
que una secuencia D funcionalizada con ADN se hibrida con la
secuencia C.
La fig. 17 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
que las posiciones 1, 2 y 3 están enmascaradas, mientras que la
posición 4 está expuesta a la luz, provocando la reticulación de la
secuencia de ADN D con la secuencia de ADN C.
La fig. 18 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
la cual se lleva a cabo una deshibridación para eliminar la
secuencia de ADN D de la posición 3, dejando una secuencia C
permanente en la posición 3 y una secuencia D permanente en la
posición 4.
La fig. 19 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
que las secuencias de ADN complementarias de las identidades A, B, C
y D, marcadas respectivamente con cuatro colorantes fluorescentes,
se hibridan para demostrar cada identidad.
La fig. 20 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
el que se muestra la superficie del chip con las identidades A, B, C
y D.
La fig. 21 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, en
el cual se representa la exposición selectiva a la luz UV, que deja
las posiciones 1 y 3 no hibridables y las posiciones 2 y 4
hibridables.
La fig. 22 es un corte transversal de una etapa
en el proceso de preparación de materiales de escritura de ADN, que
muestra los ADN complementarios marcados con sus respectivos
fluoróforos y aplicados a la superficie, de modo que solo las
posiciones B y D se hibridan con sus respectivos complementos
fluorescentes.
La fig. 23A es una imagen proyectada del fondo
fluorescente de la superficie del substrato de silicio reaccionado
con APS, antes de la fijación de ADN.
La fig. 23B es una imagen proyectada del nivel de
fondo fluorescente, una vez que el ADN captado está fijado al
substrato reaccionado con APS.
La fig. 24A es una imagen proyectada de un chip
tratado con APS y ADN captado, y después hibridado con una secuencia
de sondeo complementaria, marcada con rojo Bodipy Texas, por toda la
superficie del chip.
La fig. 24B es una imagen proyectada de la
superficie del chip después de la hibridación de una sonda
complementaria, marcada con rojo fluorescente Bodipy Texas, con la
identidad no reticulada con psoralen, en el lado derecho de la
superficie del chip.
La fig. 25A es una imagen proyectada de la
superficie del chip tras la hibridación de una sonda complementaria
(b), marcada con naranja fluorescente Bodipy, con la secuencia de
identidad (b) en el lado izquierdo de la superficie del chip.
La fig. 25B es una imagen proyectada del chip,
después de que los lados reticulado (B) y no reticulado (A) se han
hibridado con sus respectivas sondas de ADN complementario (A) y (B)
marcadas con colorante fluores-
cente.
cente.
La fig. 26A es una imagen proyectada de perlas de
160 nanómetros (de forma esférica blanca) unidas electrostáticamente
a una capa polimérica de ADN unida por enlace covalente a una
superficie modificada con dióxido de silicio, parcialmente
específica, que tiene formas cuadradas y oscuras de 10 micras, donde
el área de ADN ha sido inactivada a la luz UV, de manera que las
nanoesferas no se fijan en estas áreas.
La fig. 26B es una imagen proyectada de un patrón
construido con perlas de 160 nanómetros (de forma esférica blanca),
de modo que las nanoesferas están unidas electrostáticamente a una
capa polimérica de ADN unida por enlace covalente a una superficie
modificada con dióxido de silicio, parcialmente específica, cuyas
superficies oscuras representan zonas en que el área de ADN ha sido
inactivada a la luz UV, con lo cual las nanoesferas no se fijan en
estas áreas.
Las figs. 27A, B y C son cortes transversales del
aparato y etapas del método para formar secuencias marcadas con
colorante fluorescente, de modo que la fig. 27A muestra
concretamente un substrato con una superficie funcionalizada, la
fig. 27B una superficie funcionalizada y además una secuencia de ADN
captada y unida a la superficie funcionalizada, y la fig. 27C
presenta el substrato con la superficie funcionalizada, la secuencia
A y la secuencia complementaria hibridada.
Las figs. 28A, 28B y 28C muestran cortes
transversales del aparato y etapas del método para proporcionar
imágenes multicolores, de modo que la fig. 28A muestra una parte de
la superficie marcada con rojo BODIPY Texas, la fig. 28B muestra una
parte de la superficie marcada con naranja BODIPY, y la fig. 28C una
parte de la superficie marcada con rojo BODIPY Texas y la otra
marcada con naranja BODIPY.
La fig. 29 es una vista en perspectiva de una
formación por pegado híbrido de chips invertidos, conservando las
dimensiones geométricas conducentes al acoplamiento de matrices
pequeñas y densas de dispositivos especializados sobre zonas locales
de las placas matriz.
La fig. 30 muestra una vista en perspectiva de la
distribución global de pequeñas estructuras densas, procedentes de
pequeños chips densos, sobre placas matriz menos densas.
La fig. 31 presenta un corte transversal de un
sistema para autoensamblaje de estructuras micrométricas o
nanométricas que utiliza un adhesivo selectivo y en el cual los
dispositivos especializados de un determinado tipo van provistos de
un adhesivo polimérico de ADN específico, mientras que las áreas
donde deben unirse estos dispositivos van recubiertas con el
adhesivo de ADN complementario.
La fig. 32 presenta un corte transversal de la
deposición selectiva de ADN, mediante un campo eléctrico, sobre las
superficies de los microelectrodos especialmente modificadas.
La fig. 33 muestra un corte transversal de una
estructura micrométrica o nanométrica acoplada al substrato receptor
de su placa base, mediante la hibridación selectiva de ADN entre
fragmentos complementarios.
La fig. 34 muestra un corte transversal de
nanoestructuras mantenidas en su sitio mediante una unión de ADN
(lado izquierdo) y de nanoestructuras mantenidas por contacto
metalúrgico tras un ciclo de alta temperatura (lado derecho).
La fig. 35 muestra un corte transversal de un
aparato para orientar dispositivos especializados por
enmascaramiento físico y dirección de la carga, antes de la
hibridación.
La fig. 36 muestra estructuras para formar
dispositivos nanométricos mediante técnicas de nanoconstrucción de
ADN en 3D (arriba) y nanoesferas dispuestas en estructuras
reticulares unidas a la superficie para crear un dispositivo en 3D
(abajo).
La fig. 37 muestra las etapas de un proceso de
orientación de los dispositivos mediante un campo eléctrico.
La fig. 38 muestra las etapas adicionales del
proceso de orientación en un campo eléctrico.
La fig. 39 muestra una vista en perspectiva del
transporte y ensamblaje de nanoestructuras sobre un dispositivo
microelectrónico matricial.
Las figs. 40A-40H muestran de
modo más amplio el equipamiento de la fig. 39. La fig. 40A muestra
unas nanoestructuras de tipo 1, con carga negativa, que se mueven
hacia una microposición de polaridad positiva; la fig. 40B muestra
las nanoestructuras acumuladas sobre la microposición de polaridad
positiva; la fig. 40C muestra nanoestructuras del tipo 2
incorporadas sobre la matriz y acumuladas sobre las microposiciones
de polaridad positiva; la fig. 40D representa las nanoestructuras de
ambos tipos 1 y 2 agrupadas sobre sus respectivas posiciones; la
fig. 40E representa el comienzo del autoensamblaje electrónicamente
asistido, cuando la microposición número 1 es de polaridad negativa
y una microposición central es de polaridad positiva, provocando que
las nanoestructuras del tipo 1, con carga negativa, se muevan hacia
la posición central; la fig. 40F muestra las nanoestructuras del
tipo 1 acumuladas e hibridadas sobre la microposición específica; la
fig. 40G representa las nanoestructuras del tipo 2 movidas hacia la
posición central, cuando la microposición número 8 es de polaridad
negativa y la posición central positiva; y la fig. 40H muestra
nanoestructuras del tipo 2, que contienen secuencias de ADN
complementarias, hibridadas con las nanoestructuras del tipo 1.
La fig. 41 muestra una imagen de una matriz 8
\times 8.
La fig. 42 representa un aparato para fijar y
orientar dispositivos de mayor tamaño sobre un substrato o una placa
matriz.
La fig. 43 representa un aparato para la
fabricación de nanoestructuras.
La fig. 44 muestra un aparato para la
nanofabricación de un dispositivo nanométrico.
La fig. 45 muestra una vista en perspectiva de un
sistema de almacenamiento óptico de ADN.
Las figs. 46A-46F muestran las
etapas de un proceso de direccionamiento espacial por la luz.
El ADN sintético posee varias propiedades
importantes que lo hacen útil como material para las aplicaciones de
las presentes invenciones. Las más importantes son el reconocimiento
molecular (por los pares de bases) y el autoensamblaje (por
hibridación), propiedades inherentes a todas las moléculas de ADN.
Otras ventajas importantes son la capacidad de sintetizar fácilmente
ADN y modificar rápidamente su estructura con un gran número de
grupos funcionales. Hemos investigado extensamente los mecanismos de
transferencia de energía fotónica y electrónica en las combinaciones
autoensambladas de ADN sintético funcionalizado con una amplia
variedad de grupos cromóforos donantes y aceptores. Hemos prestado
especial atención a los problemas básicos asociados con la
comunicación o con la obtención de información dentro o fuera de
estas estructuras moleculares. Este trabajo básico se está dedicando
actualmente a potenciales aplicaciones, como materiales de
almacenamiento óptico de gran densidad, diseñados para absorber
energía lumínica a una longitud de onda simple y reemitirla a
longitudes de onda múltiples predeterminadas. También estamos usando
polímeros de ADN para la organización bidimensional y tridimensional
de estructuras micrométricas y submicrométricas sobre superficies de
silicio. Este trabajo va dirigido al desarrollo de nuevos
dispositivos optoelectrónicos.
La molécula de ADN se considera importante para
la presente invención y para las aplicaciones propuestas, porque es
inherentemente programable y se puede autoensamblar. El diseño, la
síntesis y la organización de estos sistemas requiere un control a
escala nanométrica que pocos más sistemas poliméricos pueden
proporcionar. Además, las moléculas de ADN son relativamente
estables y tienen muchos otros atributos, por los cuales son un
material preferido para la nanofabricación.
La tecnología fundamental del ADN y otros tipos
poliméricos de ácidos nucleicos proviene del enorme esfuerzo
invertido durante los últimos quince años en la química de la
síntesis de los ácidos nucleicos. Los biólogos moleculares han
refinado las técnicas y los materiales de ADN en su búsqueda de
diagnósticos, secuencias genéticas y exploración de medicamentos. La
química básica para la síntesis eficiente del ADN, su modificación,
su marcado con ligandos y cromóforos, y su enlace covalente a
soportes sólidos son actualmente tecnologías bien desarrolladas. El
ADN sintético es el material preferido, en el cual se pueden
combinar muchas propiedades importantes de tipo estructural,
funcional y mecánico.
Los polímeros de ADN tienen tres ventajas
importantes sobre cualquiera de los materiales poliméricos empleados
hoy en día para aplicaciones electrónicas y fotónicas. En primer
lugar los polímeros de ADN proporcionan una vía para codificar
identidades de sitios de unión altamente específicas, en superficies
semiconductoras o fotónicas. Estos sitios, creados en posiciones
definidas, podrían ser de dimensión microscópica (micras),
submicrométrica, o incluso molecular (nanométrica). En segundo
lugar, los polímeros de ADN proporcionan una vía para conectar
específicamente todas estas posiciones. Los polímeros preprogramados
de ADN se autoorganizan automáticamente. Por último, los polímeros
de ADN proporcionan los bloques constructivos para la
nanotecnología; son materiales que se autoorganizan para crear
dispositivos electrónicos y fotónicos a nivel realmente
molecular.
La especificidad del ADN es inherente a las
propiedades de enlace de hidrógeno de las bases componentes (la
adenina solo se une a la timina y la guanina solo a la citosina).
Las propiedades específicas de apareamiento de bases del ADN
permiten que las secuencias de ADN complementarias se
"hibriden" formado la estructura de doble hélice. Es esta
propiedad inherente la que permite el uso de polímeros de ADN para
formar estructuras programables autoensamblantes. Así pues, cuando
una secuencia polimérica específica de ADN está fijada a un
dispositivo fotónico, éste solo se une (hibrida) a un dispositivo o
superficie recubierto con la secuencia polimérica de ADN
complementaria. Como puede emplearse una gran variedad de secuencias
de ADN, en principio pueden autoensamblarse simultáneamente
múltiples dispositivos, cada uno de ellos fijado a una secuencia de
ADN distinta. A continuación se enumeran las importantes ventajas de
usar polímeros de ADN para la nanofabricación mediante
autoensamblaje:
1. Los polímeros de ADN se pueden sintetizar
rápida y eficientemente con instrumentos automáticos. Los
procedimientos químicos convencionales del campo de los polímeros
pueden resultar mucho más complejos y costosos de desarrollar.
2. Los polímeros de ADN se pueden sintetizar en
longitudes de 2 hasta 150 nucleótidos, que es el intervalo apropiado
de tamaño (de 1 nm a 60 nm) para las células unitarias de
autoensamblaje.
3. Los polímeros de ADN se pueden sintetizar con
cualquier secuencia deseada de bases, ofreciendo así el
reconocimiento programable de un número prácticamente ilimitado de
conexiones específicas.
4. Los polímeros de ADN con secuencias únicas de
tan solo diez nucleótidos son muy específicos y solamente se unen a
su secuencia complementaria. Por tanto, el material permite realizar
conexiones específicas entre unidades moleculares, tan pequeñas como
de 3,4 nm.
5. Los polímeros de ADN se pueden marcar
covalentemente con fluoróforos, cromóforos, marcas de afinidad,
quelatos de metales, grupos funcionales químicamente reactivos y
enzimas, lo cual permite dotar directamente a los polímeros de ADN
de importantes propiedades fotónicas y electrónicas.
6. Los polímeros de ADN pueden modificarse en
cualquier posición de su secuencia y en varios sitios dentro de cada
unidad de nucleótido, lo cual constituye un medio de colocación de
grupos funcionales para tener un máximo rendimiento.
7. Los polímeros de ADN se pueden unir por enlace
covalente o no covalente a superficies sólidas: vidrio, metales,
silicio, polímeros orgánicos y biopolímeros. Estos procedimientos de
fijación química ya existen y se han desarrollado fácilmente.
8. La estructura básica de la propia molécula de
ADN se puede modificar en grado sumo para obtener diferentes
propiedades. De esta manera se puede compatibilizar con materiales
existentes, semiconductores y fotónicos, que constituyen el
substrato.
9. Los polímeros de ADN modificados se pueden
usar para formar estructuras tridimensionales, produciendo así
esquemas de almacenamiento secundario de densidad ultraelevada.
10. Los polímeros de ADN se pueden ensamblar y
desensamblar reversiblemente, enfriando y calentando, o modificar
para permanecer ensamblados. Esta es una propiedad crítica de los
materiales que se autoorganizan, ya que ofrece más opciones para la
fabricación de los sistemas resultantes.
11. Las propiedades estructurales y organizativas
de los polímeros de ADN (los ácidos nucleicos en general) están bien
entendidas y se pueden modelar fácilmente mediante programas de
ordenador sencillos, lo que permite diseñar complejos dispositivos
moleculares de tipo fotónico y electrónico.
La presente invención se refiere a metodologías,
técnicas y dispositivos que emplean polímeros autoensamblantes de
ADN, polímeros de ADN modificados y estructuras de ADN derivadas,
para la nanofabricación y microfabricación de mecanismos,
dispositivos y sistemas de tipo electrónico y fotónico. La presente
invención también se refiere a procesos que permiten la fabricación
múltiple y multietapa, y la organización o ensamblaje de polímeros
de ADN modificados, de estructuras de ADN derivadas y de otros tipos
estructuras afines o cargadas en estructuras más complejas sobre o
dentro de silicio u otras superficies. Para los fines de la presente
invención, los "polímeros de ADN" se definen de modo amplio
como formas poliméricas u oligoméricas (lineales o tridimensionales)
de los ácidos nucleicos, incluyendo: ácido desoxirribonucleico,
ácidos ribonucleicos (sintéticos o naturales); ácidos nucleicos
peptídicos (ANP); metilfosfonatos; y otras formas de ADN cuya
estructura básica se ha modificado para producir tipos negativos,
positivos o neutros, o enlaces distintos del éster fosfato natural.
También comprenden formas de ADN en que los fragmentos de azúcar o
base están modificados o sustituidos, y formas poliméricas de ADN en
que las unidades de nucleótido o de polinucleótido están
entremezcladas con otras unidades, incluyendo, sin limitación,
fragmentos intermedios de éster fosfato, aminoácidos, péptidos,
polisacáridos, polímeros sintéticos orgánicos, silicio o polímeros
inorgánicos, polímeros conductores, polímeros cromóforos y
partículas o estructuras nanométricas.
Para los fines de la presente invención, los
"polímeros de ADN modificados o derivados" se definen en
sentido amplio como ácidos nucleicos que se han funcionalizado con
fragmentos químicos o biológicos (p.ej., aminas, tioles, aldehídos,
grupos carboxilo, ésteres activos, biotina y haptenos), los cuales
permiten que el ADN se una mediante enlace covalente o no covalente
a otras moléculas, estructuras o materiales. También comprenden
formas de ADN modificadas o derivadas con cromóforos, fluoróforos,
quelatos, iones metálicos, aminoácidos, péptidos, proteínas,
enzimas, anticuerpos, o fragmentos alifáticos o aromáticos que
varían la solubilidad, y fragmentos que cambian la carga neta de la
molécula de ADN.
Para los fines de la presente invención, las
"estructuras de ADN derivadas" se definen de manera amplia como
nanoestructuras (orgánicas, inorgánicas, biológicas); nanopartículas
(oro, sílice y otros materiales inorgánicos); nanoperlas orgánicas o
poliméricas; dispositivos, componentes y partículas submicrométricos
(dispositivos a base de silicio producidos mediante fotolitografía o
litografía por haz de electrones); y dispositivos o partículas a
escala micrométrica, funcionalizados con una secuencia específica de
ADN que permite unir o interconectar específicamente la estructura
con otra estructura, dispositivo u otra posición concreta sobre la
superficie.
Así como el término "nanoestructura" se
refiere a las estructuras de tamaño submicrométrico, términos como
"nano" o "micro" no están pensados para limitarse a un
dispositivo de escala micrométrica que pueda funcionalizarse con
polímeros de ADN cuya longitud técnica sea de 10-180
nanómetros.
Las propiedades únicas del ADN proporcionan un
código de reconocimiento programable (mediante la secuencia de bases
del ADN) que puede emplearse para colocar y alinear específicamente
estructuras de tamaño submicrométrico y nanométrico. La química y
tecnología básicas requeridas para fijar específicamente secuencias
de ADN a compuestos orgánicos, semiconductores y metálicos son
conocidas del estado técnico y se han descrito procedimientos
químicos concretos para llevar a cabo tales aplicaciones.
En la forma de ejecución preferida de la presente
invención, el proceso por el cual los dispositivos fotónicos se
alinean y se fijan a las superficies del substrato consiste primero
en recubrirlos con secuencias poliméricas de un ADN específico. La
zona del substrato receptor a la cual se desea fijar el dispositivo
concreto se recubre luego con la secuencia específica de ADN
complementario. El substrato se expone a una solución que contiene
los dispositivos recubiertos de ADN y se deja que se produzca la
hibridación entre las hebras de ADN complementarias. Este proceso de
hibridación injerta efectivamente los dispositivos en sus posiciones
receptoras adecuadas, sobre la superficie del substrato. Este
proceso de fabricación por autoensamblaje se puede emplear, por
ejemplo, para elaborar matrices emisoras de luz sobre grandes áreas
superficiales.
Esta técnica de fabricación tiene aplicaciones
principales en el campo de la optoelectrónica y en la producción de
diversos componentes integrados por hibridación, incluyendo las
pantallas planas, los equipos de diagnóstico médico y los sistemas
de almacenamiento de datos. Los nuevos dispositivos de dimensiones
físicas muy pequeñas sacan partido de varias técnicas de
confinamiento cuántico. En la mayor parte de los casos estos
dispositivos están distribuidos preferentemente sobre grandes áreas
(p.ej. pixels y pantallas inteligentes). Otros dispositivos pueden
reunirse en redes cristalinas regulares y densas (p.ej. en cristales
con banda prohibida para fotones). Actualmente la física de los
dispositivos es conocida para ambos casos y hay demanda de técnicas
de fabricación viables para estas invenciones. En cuanto a las
nuevas técnicas de procesamiento, la tecnología de autoensamblaje
mediante ADN permite construir estos dispositivos.
Los sistemas fotónicos y electrónicos integrados
utilizan las tecnologías de fabricación de la presente invención,
incluyendo las técnicas de elaboración, integración, interconexión y
autoensamblaje. Para dichas aplicaciones, la tecnología de
fabricación por autoensamblaje mediante ADN incluye las siguientes
etapas. Se diseñan polímeros de ADN con afinidades de unión muy
específicas. Cuando están unidos covalentemente a dispositivos
nanométricos orgánicos, metálicos o semiconductores, los polímeros
de ADN proporcionan un mecanismo de fabricación por autoensamblaje.
Este mecanismo puede emplearse tanto para injertar selectivamente
dispositivos en posiciones específicas preprogramadas sobre una
superficie deseada, como para agrupar dispositivos en retículas
preprogramadas de 2 y 3 dimensiones.
Para injertar una matriz de dispositivos de
componentes fotónicos sobre un substrato receptor, primero se
sintetizan polímeros de ADN con secuencias complementarias, tal como
se indica en la figura 2. Los dispositivos de los componentes
fotónicos y las zonas deseadas del substrato receptor (áreas
receptoras) se recubren con las secuencias de ADN complementarias.
El substrato receptor se introduce luego en una disolución de
hibridación. Los dispositivos recubiertos con los polímeros de ADN
específico también se desprenden de su substrato original en la
disolución. Los dispositivos liberados se pueden transportar
activamente a sus áreas receptoras bajo la influencia de campos
locales eléctrica u ópticamente inducidos (electroforesis). La
hibridación se lleva a cabo controlando cuidadosamente la
temperatura de la disolución, la fuerza iónica o la fuerza del campo
eléctrico. Una vez que los dispositivos están injertados mediante
hibridación en sus áreas receptoras específicas, se retira la
solución y se seca el substrato. Entonces se puede efectuar la unión
metalúrgica (o eutéctica) a mayor temperatura para adherir
totalmente los dispositivos al material del substrato receptor. La
acumulación de elementos submicrométricos y nanométricos en
estructuras 2-D o 3-D (p.ej. en
cristales con banda prohibida para fotones) puede llevarse a cabo de
manera similar. En tal caso el substrato receptor se reemplaza por
otros elementos nanométricos. Sin embargo, una diferencia
fundamental es la técnica de unión empleada para posicionar
diferentes fragmentos de ADN en los elementos nanométricos.
La técnica de fabricación por autoensamblaje
basada en polímeros de ADN ofrece dos características únicas. En
primer lugar, al eliminar la condición de conservar las distancias
relativas entre los dispositivos (definidas por el substrato
original) durante el proceso de injerto de los mismos (hibridación),
la técnica permite fabricar densamente los dispositivos
micrométricos, submicrométricos o nanométricos sobre sus substratos
originales y luego redistribuirlos de manera preprogramada sobre el
substrato receptor (figura 3a).
Esta característica tiene un profundo impacto
sobre la viabilidad de las interconexiones ópticas
intra-chip, dentro de chips de mayor tamaño. Reduce
el coste de los pixels inteligentes a base de silicio, cuando hay
que fabricar dispositivos fotónicos sobre substratos más pequeños y
más caros. La segunda característica es la capacidad de dirigir y
orientar recíprocamente un gran número de dispositivos nanométricos
(p.ej., nanoesferas orgánicas o metálicas). Esta característica
permite el "crecimiento" de cristales fotónicos sintéticos con
gran constancia de red, que poseen las simetrías de orientación
deseadas para manifestar propiedades de "bandgap" fotónico
(banda prohibida para fotones) (figura 3b).
Así pues, las afinidades de unión muy específicas
y el autoensamblaje de los polímeros de ADN pueden conducir a:
(1) pixels inteligentes y dispositivos de
pantalla de bajo coste, debido a la capacidad de autoensamblar e
integrar dispositivos fotónicos o electrónicos de tamaño
micrométrico o nanométrico sobre grandes superficies de silicio o de
otros substratos, es decir, el autoensamblaje de una matriz de
emisores de luz sobre un substrato de silicio,
(2) dispositivos con longitudes de onda y
sintonías de gran selectividad, gracias a la posibilidad de
autoensamblar nanoestructuras dieléctricas para formar cristales
fotónicos tipo "bandgap" (con banda prohibida para fotones), es
decir, la encapsulación de dispositivos emisores dentro de una capa
de cristal fotónico "bandgap" creada por el autoensamblaje de
nanoesferas de ADN,
(3) dispositivos de almacenamiento óptico
ultradensos, gracias a la capacidad de autoposicionar selectivamente
moléculas cromóforas y unidades nanométricas, y
(4) el posicionamiento selectivo de estructuras
adherentes - por ejemplo de oro, de estaño o de soldadura – como
puntos de unión, p.ej. para lograr un procesamiento troquel a
troquel, no asistido o a bajo coste, p.ej., para aplicaciones con
chips invertidos.
En su forma de ejecución preferida, estas
aplicaciones requieren un proceso en cuatro etapas. La primera
comprende el diseño y la síntesis de las secuencias poliméricas de
ADN y su fijación selectiva a los dispositivos submicrométricos y
nanométricos de interés. En segundo lugar, la fijación de los
polímeros específicos de ADN complementario a posiciones
preseleccionadas sobre la superficie de un substrato receptor. En
tercer lugar, el autoensamblaje de los dispositivos por el proceso
de hibridación de ADN. El cuarto proceso consiste en establecer los
contactos eléctricos.
La presente invención reúne sinérgicamente
principios de biología molecular (estructura y función del ADN) y
dispositivos fotónicos y electrónicos. En cuanto a la fotónica, los
nuevos dispositivos sacan provecho de varias técnicas de
confinamiento cuántico. En la mayoría de los casos, dichos
dispositivos deben distribuirse sobre amplias áreas (p.ej., pixels y
pantallas inteligentes). En otros casos, estos dispositivos deben
agruparse densamente para formar redes cristalinas regulares (p.ej.,
cristales fotónicos "bandgap"). En cuanto a las técnicas de
proceso, el autoensamblaje mediante ADN - con su bien desarrollada
base de síntesis, modificación e hibridación de ADN - es una
tecnología idónea para estas aplicaciones. La fijación de ADN a
soportes sólidos y a otros materiales diversos es factible mediante
una variedad de procesos para unir selectivamente ADN a silicio,
oro, aluminio y otros materiales inorgánicos y orgánicos. Hay varias
técnicas de elaboración de film delgado que son un gran complemento
de estos procesos de ADN. Por ejemplo, tal como se describe más
adelante, el proceso de despegado puede adaptarse fácilmente para
producir dispositivos micrométricos y submicrométricos con
secuencias de ADN fijadas.
En el proceso de autoensamblaje de dispositivos
de componentes a base de ADN hay cuatro técnicas importantes, que
son la síntesis de polímeros de ADN, la química de fijación del ADN,
la hibridación selectiva de ADN y la separación epitaxial de filmes
delgados y dispositivos semiconductores. En los párrafos siguientes
ofrecemos breves resúmenes de estas técnicas.
La síntesis de las secuencias poliméricas u
oligoméricas de ADN, su purificación y su modificación con los
grupos de fijación apropiados y con los grupos cromóforos se puede
llevar a cabo del siguiente modo preferencial: se sintetizan
secuencias de ADN mediante sintetizadores automáticos de ADN y
métodos químicos con fosforamidita y reactivos, utilizando
procedimientos bien conocidos. Los polímeros de ADN
(polinucleótidos, oligonucleótidos, oligómeros) pueden tener grupos
amino primarios incorporados en posiciones de enlace químico para la
fijación posterior o para las reacciones de funcionalización. Estos
grupos amino primarios pueden incorporarse en sitios precisos de la
estructura de ADN, según la necesidad de la secuencia concreta. Las
secuencias de fijación también pueden llevar un grupo ribonucleótido
terminal para las subsiguientes reacciones de acoplamiento a las
superficies. Las secuencias, incluyendo los oligómeros modificados
con grupos amino, se pueden purificar por electroforesis preparativa
en gel (PAGE) o mediante cromatografía líquida de alta presión
(HPLC). Las secuencias de fijación con grupos amino terminales
pueden diseñarse para el enlace covalente con oro, plata, acabados
metalizados de aluminio o pequeñas superficies con presencia de
dióxido de silicio. Dichas secuencias pueden ir modificadas
adicionalmente con un reactivo de tiolación denominado
succinimidil-3-(2-piridilditio)propionato
(SPDP). Este reactivo especial produce una secuencia con un grupo
sulfhidrilo terminal, que puede usarse para la posterior fijación a
superficies metálicas. Otras secuencias de fijación que llevan un
grupo ribonucleótido terminal pueden convertirse en un derivado
aldehídico por la reacción de base de Schiff. Luego estas secuencias
de fijación se pueden acoplar a superficies de dióxido de silicio
aminopropoxiladas. Las secuencias específicas diseñadas para las
respuestas de transferencia electrónica o fotónica pueden
funcionalizarse con sus grupos adecuados, cromóforos, fluoróforos o
de transferencia de carga. Muchos de dichos grupos son asequibles
como reactivos preparados y activados que se acoplan inmediatamente
con las posiciones de enlace químico arriba descritas, formando
derivados estables.
Esta etapa comprende el acoplamiento covalente de
las secuencias de fijación sobre materiales soporte sólidos. En el
ámbito general de la fijación del ADN a materias sólidas, las
secuencias se han unido covalentemente con una serie de materiales
que incluye: (i) vidrio (SiO_{2}), (ii) silicio (Si), (iii) metal
(oro, plata, aluminio) y (iv) filmes de
Langmuir-Blodgett (LB). Las estructuras de vidrio,
silicio y aluminio se han preparado del modo siguiente. El vidrio
(SiO_{2}) y el silicio se tratan primero con disolución diluida de
hidróxido sódico y el aluminio con disolución diluida de ácido
fluorhídrico. Después, los materiales se modifican para su enlace
covalente con las secuencias de fijación, tratándolos con
3-aminopropiltrietoxisilano (APS), lo cual se lleva
a cabo con los materiales a reflujo durante 2-5
minutos en una solución de APS/tolueno al 10%. Después del
tratamiento con APS, los materiales se lavan una vez con tolueno,
luego con metanol, y al final se secan durante 1 hora a 100ºC. La
fijación a los materiales modificados con APS se lleva a cabo por
reacción con los derivados dialdehídicos de los oligómeros
específicos (véase figura 4), durante 1-2 horas en
una solución tampón de fosfato sódico 0,1 M (pH 7,5). También se
puede realizar la fijación a metal (oro, plata, aluminio) y acabados
orgánicos.
Para delinear las zonas donde van a injertarse
los dispositivos especializados se puede usar un método de fijación
selectiva del polímero de ADN complementario. La fijación selectiva
puede obtenerse con la selectividad inherente de las secuencias, con
procedimientos químicos de fijación selectiva o por transporte
electroforético dirigido. De modo opcional, tras la fijación, los
fragmentos de ADN en posiciones inesperadas pueden destruirse
mediante radiación UV. Este planteamiento solo es útil cuando hay
que ensamblar un grupo de dispositivos; en una operación normal
impediría los posteriores procesos de fijación de ADN y no
permitiría el autoensamblaje de varios grupos de dispositivos
especializados. La química de fijación depende mucho de los
materiales a los que deben unirse los polímeros de ADN.
Por ejemplo, para fijar ADN a puntos de aluminio
sobre un chip de silicio recubierto con una capa de vidrio
protector, las partes de aluminio se activan sumergiendo la muestra
en una solución diluida y tamponada de HF durante un periodo corto
de tiempo. El resultado final de este proceso es que solo hay unas
pocas hebras de ADN unidas a la capa protectora de vidrio, mientras
que las puntos de aluminio descubiertos son muy reactivas con el
ADN. Esta selectividad del material es una vía conveniente y general
para fijar ADN a las zonas deseadas. La combinación de la
selectividad del material con la inactivación dirigida por UV y el
transporte electroforético permite realizar secuencialmente procesos
de fijación repetibles.
Consideremos el autoensamblaje simultáneo de
diversos tipos de dispositivos especializados. Los contactos
receptores deben agruparse según el dispositivo al que se acoplarán.
En este caso, cada grupo de contactos debe recubrirse con una
secuencia específica de ADN, complementaria de la secuencia fijada
al dispositivo especializado con el debe unirse. Para
"preprogramar" las contactos receptores cada secuencia de ADN
se fija secuencialmente a las contactos apropiados, lo cual puede
lograrse fácilmente utilizando el proceso de transporte
electroforético y aplicando un potencial negativo a los contactos a
los que no se desea fijar ADN. Al mismo tiempo puede aplicarse un
voltaje positivo para intensificar la fijación a las posiciones
deseadas. Como alternativa se puede emplear un campo eléctrico
ópticamente inducido para la migración de las hebras de ADN a las
posiciones deseadas. El procedimiento se repite para la fijación de
una segunda serie de secuencias de ADN. Hay que señalar que cuando
debe autoensamblarse un solo tipo de dispositivo al substrato
receptor, basta con aprovechar la selectividad material de la
fijación química del ADN. Las zonas donde no se desea hibridar el
ADN se someterían a la radiación UV.
Otra etapa fundamental en el proceso de
autoensamblaje es la preparación de los dispositivos de los
componentes submicrométricos y micrométricos para fijar el ADN, su
tratamiento durante el proceso de fijación y su liberación final en
disolución antes de la hibridación. El proceso de separación
("lift-off") epitaxial (ELO) puede mejorar
sustancialmente estos aspectos de la técnica. Filmes epitaxiales con
un espesor comprendido en el intervalo de 20 nm a 10 mm se han
separado de sus substratos de crecimiento, se han tratado y
manipulado. Por ejemplo, con esta técnica se han unido filmes
delgados de semiconductores III-V directamente a
substratos externos, tales como obleas de silicio procesadas. Antes
de la separación se pueden fabricar varios dispositivos sobre los
filmes, cuando éstos aún se hallan sobre sus substratos originales.
La primera etapa de nuestra técnica de autoensamblaje es la
preparación de los dispositivos fotónicos que se deben injertar. La
figura 5 describe un flujo de proceso preferido para esta etapa de
preparación. Los dispositivos fotónicos se fabrican de modo estándar
sobre sus substratos originales, encima de una capa de sacrificio,
tal como requiere el proceso ELO. Luego se deposita una capa de
recubrimiento apropiada sobre estos dispositivos. Regulando las
características del material depositado respecto a los materiales
del dispositivo puede ajustarse el comportamiento de los
dispositivos, una vez liberados en la solución salina. Por ejemplo,
regulando las propiedades del material del recubrimiento se puede
controlar la dirección de los dispositivos en la solución. Se forma
un film grueso de poliimida para proporcionar un soporte físico a
los dispositivos tras el proceso ELO. Se realiza el proceso ELO y
los dispositivos del film delgado se separan de sus substratos
originales. Atacando con plasma, la membrana soporte de poliimida se
retira de las zonas sin dispositivos. Si es preciso puede
depositarse una capa metálica para garantizar que los dispositivos
fotónicos tengan buenos contactos. Entonces se efectúa el proceso de
fijación de ADN, uniendo covalentemente una secuencia específica de
ADN sobre todas las superficies metálicas. Al irradiar la superficie
frontal con luz UV, los dispositivos fotónicos son utilizados como
una máscara de autoalineación, permitiendo la exposición de las
zonas de poliimida recubiertas con polímero de ADN. En estas zonas,
los polímeros de ADN reaccionan de tal modo, que ya no son adecuados
para una posterior hibridación. Después, la poliimida se puede
eliminar utilizando un disolvente y los dispositivos pueden
liberarse en la solución salina para los procesos de hibridación
posteriores.
Una vez preprogramado el substrato receptor y
liberados los dispositivos de los componentes en la solución ya
puede tener lugar el proceso de autoensamblaje. Se pueden aplicar
dos métodos distintos de hibridación: (1) hibridación convencional y
(2) hibridación activa mediante un campo eléctrico.
Para el proceso de hibridación convencional todos
los dispositivos pueden liberarse simultáneamente en la solución.
Agitando suavemente los dispositivos en la disolución, a la
temperatura y fuerza iónica estrictamente adecuadas para la
hibridación, las hebras complementarias de ADN se hibridan al entrar
en contacto los pares correctos
dispositivo-receptor. La probabilidad de que ocurra
la hibridación puede relacionarse directamente con la probabilidad
de que los respectivos pares dispositivo-contacto
receptor entren en contacto. Como la distribución de la probabilidad
es más bien aleatoria este proceso puede tardar bastante en alcanzar
unos rendimientos razonables sobre grandes superficies, a no ser que
la disolución esté saturada con los dispositivos. A fin de mejorar
la selectividad y la exactitud de la alineación se pueden llevar a
cabo varios ciclos controlados de calentamiento y enfriamiento
durante el proceso de hibridación. Durante el ciclo de calor, los
componentes débilmente hibridados se disocian para incrementar las
oportunidades de formar enlaces más fuertes.
Para la hibridación activa o electrónica se
utiliza la propia matriz original u otro dispositivo productor de
una matriz de electrodos, para crear campos eléctricos localizados
que atraen y concentran los dispositivos de componentes
seleccionados en posiciones escogidas. Para este proceso, la matriz
original o el dispositivo productor tiene posiciones que se pueden
emplear como electrodos. Se aplica un potencial a través de la
solución, entre las posiciones escogidas del receptor y los
electrodos auxiliares. Ahora, las posiciones del receptor con
polaridades opuestas (+) a la carga neta (-) afectan al transporte
electroforético y a la concentración de estos dispositivos,
incrementando así la tasa de hibridación y fijación. Estas
posiciones se pueden conectar o desconectar selectivamente mediante
direccionamiento electrónico o fotónico. Se puede aplicar un campo
eléctrico de corriente continua o de corriente alterna polarizada a
una frecuencia apropiada, para eliminar el efecto apantallante de
los tipos de dispositivo no deseados.
El efecto del campo eléctrico también se puede
utilizar como protección. En este caso, los contactos receptores
están ahora polarizados igual (-) que la carga neta (-) sobre los
dispositivos. Por lo tanto, los dispositivos son repelidos de estas
zonas y solo interactúan o se unen con aquellas posiciones que
tienen la carga de signo contrario (+) o que son neutros. El
transporte mediante campo eléctrico activo puede emplearse para
realizar el direccionamiento múltiple y multi-etapa
de los dispositivos de componentes y estructuras, hacia cualquier
posición sobre la matriz de la placa base.
Otra consideración importante durante la
hibridación es la exactitud de la alineación de los dispositivos
fotónicos sobre la placa base o substrato receptor. Se supone que
para los dispositivos fotónicos cilíndricos la rotación es
invariable. En este caso, si el diámetro del dispositivo y del
contacto receptor es d, primero puede lograrse una exactitud de
alineación de d/2 con el proceso de hibridación natural, antes del
proceso de secado. Los dispositivos mal alineados, con desviación
superior a d/2, no formarán un enlace fuerte durante el proceso de
hibridación y no se mantendrán en sus sitios durante los ciclos de
calentamiento y enfriamiento del proceso de hibridación. La
exactitud de la alineación y de la orientación puede mejorarse
mediante la hibridación por campo eléctrico activo. Una vez
extraídos los substratos de la disolución, el incremento de la
tensión superficial durante el proceso de secado podría mejorar
todavía más la exactitud de la alineación.
Tras el proceso de hibridación, los dispositivos
especializados se mantienen en sus sitios correspondientes gracias a
la formación de la estructura de doble hélice del ADN, que posee una
gran fuerza de enlace. Luego se limpia todo el conjunto por lavado y
después se seca. La fuerza de enlace del ADN permanece en el estado
sólido y sirve para mantener los dispositivos en su sitio. Sin
embargo, en este punto del proceso no hay ningún contacto eléctrico
entre el substrato receptor y los dispositivos fotónicos. Un método
para conseguir una unión metalúrgica que tenga contacto óhmico entre
el substrato receptor y los dispositivos fotónicos consiste en usar
materiales conductores para los contactos y dispositivos que puedan
adherirse eutécticamente a bajas temperaturas. Un segundo método es
el empleo de materiales de baja temperatura de fusión, como
soldadura o indio, bajo una capa metálica que sea activa para la
fijación del ADN. Mientras que los dispositivos fotónicos se
mantienen en su sitio mediante los enlaces de ADN, la aplicación de
calor dará lugar a la formación de una unión metalúrgica. El
polímero de ADN se desintegrará dentro de la unión, pero solo
incrementará la resistencia del contacto, en función del factor
inicial de carga de ADN que se haya empleado.
Como ejemplo de la utilidad de las presentes
invenciones se pueden formar ventajosamente matrices emisoras. Las
secuencias poliméricas de ADN específico se pueden fijar por enlace
covalente a diodos fotoemisores (LED) semiconductores y las
secuencias de ADN complementario se pueden fijar a los contactos
receptores sobre el substrato receptor de silicio. Se pueden emplear
las técnicas de preparación de patrones de UV/ADN para
activar/inactivar selectivamente el ADN sobre las áreas recubiertas.
De todas las estructuras y materiales de ensayo derivados del ADN se
comprueba luego su capacidad de hibridación selectiva, empleando
sondas de ADN complementario fluorescente. Los dispositivos LED de
ensayo modificados con secuencias de ADN específico pueden
hibridarse con substratos de ensayo modificados con secuencias de
ADN complementario.
(Este fragmento de la descripción no forma parte
de la invención reivindicada. Solo es para fines ilustrativos).
Con la técnica de autoensamblaje mediante ADN se
pueden formar cristales fotónicos. Las estructuras fotónicas de tipo
"bandgap" son redes periódicas artificiales ordenadas en dos o
tres dimensiones y compuestas por elementos de dimensiones,
densidades y separaciones apropiadas. Estas estructuras producen la
modificación de la densidad fotónica de los estados y un hueco en la
dispersión de las ondas electromagnéticas. En efecto, se ha
demostrado que existen estructuras fotónicas tipo "bandgap"
funcionando a longitudes de onda óptica específicas. Entre las
aplicaciones potenciales de los materiales fotónicos tipo
"bandgap" cabe mencionar el ajuste de la emisión espontánea de
un láser para reducir al máximo la intensidad umbral, mejores
estructuras para la transmisión tubular de microondas sin pérdida de
radiación, nuevos moduladores ópticos, etc.
En una de las variantes, se posicionan varillas o
esferas nanométricas de elevada constante dieléctrica en un medio de
baja constante dieléctrica. Una retícula tridimensional de diamante
formada por esferas dieléctricas (de 200 nm de diámetro y 3,6 de
índice de refracción) ordenadas en tetrahedros compactos, incluida
en un medio de baja constante dieléctrica como el aire, muestra
huecos de banda fotónicos. Esta técnica se refiere a métodos de
construcción de cristales fotónicos mediante el autoensamblaje de
elementos de elevada constante dieléctrica y geometría deseada en
materiales de menor constante dieléctrica. Para construir tal
estructura y obtener la geometría reticular deseada - con los
nanoelementos colocados en los puntos de la red - se utiliza la
fijación selectiva de secuencias de ADN y la hibridación de
secuencias finitas de fragmentos de ADN. Las esferas metálicas con
propiedades magnéticas pueden llevar hebras de ADN fijadas. Las
propiedades magnéticas pueden usarse para controlar la orientación
de las esferas (o de las varillas, para los cristales de
2-D). Las esferas metálicas pueden sumergirse en una
solución de ADN, alinearse mediante un campo magnético y exponerse a
la radiación UV. Esta técnica permite "cultivar" estructuras 2D
y 3D con huecos de banda fotónicos alrededor de dispositivos
opto-electrónicos activos, con la mínima complejidad
en la fabricación. Además, como los enlaces de ADN que unen las
nanoesferas son algo flexibles, esta técnica también puede ofrecer
un medio de realizar estructuras de huecos de banda fotónicos
sintonizables. El proceso de orientación electrónica se trata más
adelante en "Proceso de síntesis de nanoesferas y dispositivos
submicrométricos mediante orientación por campo eléctrico".
Las distintas secuencias poliméricas de ADN
(oligonucleótidos) descritas anteriormente, cuyo tamaño es de 20 a
50 unidades monoméricas, se pueden preparar en sintetizadores
automáticos de ADN, empleando la química de la fosforamidita.
Generalmente se requieren secuencias de ADN más largas para fijar
objetos más grandes a las superficies, porque la fuerza de enlace
debe ser suficiente para vencer las fuerzas (p.ej. de cizallamiento)
que tienden a arrancar el objeto. Se pueden construir secuencias de
ADN más largas (> 50 unidades monoméricas) empleando la técnica
de reacción de polimerización en cadena (PCR). Las secuencias de ADN
se pueden modificar adicionalmente con grupos funcionales adecuados
(aminas, tioles, aldehídos, fluoróforos, etc.). Todas las secuencias
se pueden purificar por electroferesis en gel PAGE o por HPLC. Tras
la purificación debe controlarse la pureza de todas las secuencias
en geles analíticos PAGE y después debe comprobarse su especificidad
analizándolas mediante hibridación.
Pueden usarse varias secuencias de ADN para
desarrollar y ensayar otras químicas de fijación covalente a
diferentes nanoesferas basadas en polímeros orgánicos,
semiconductores y otros materiales de substrato (vidrio, oro, indio,
óxido de estaño, etc.). Otras químicas de fijación ofrecen más
opciones y mayor flexibilidad en cuanto a la selectividad de
fijación a distintos materiales semiconductores.
Puede haber secuencias poliméricas de un ADN
específico fijadas por enlace covalente a estructuras de ensayo
semiconductoras, mientras que las secuencias del ADN complementario
lo están sobre substratos (placas base) formados por materiales de
ensayo. Se pueden emplear técnicas de preparación de patrones de
UV/ADN para activar/inactivar selectivamente el ADN sobre las áreas
recubiertas. De todas las estructuras y materiales de ensayo
derivados del ADN se comprueba luego su capacidad de hibridación
selectiva, usando sondas de ADN complementario fluorescente.
Las nanoesferas, nanopartículas y estructuras
semiconductoras de ensayo modificadas con secuencias de ADN
específico se hibridan ahora, usando técnicas tanto convencionales
(temperatura, sal y agentes caotrópicos), como electrónicas
(electroforéticas), a los substratos de ensayo (placas base)
modificados con secuencias de ADN complementario. Las técnicas de
hibridación se pueden optimizar para lograr la máxima selectividad y
el mínimo porcentaje de fijación inespecífica.
Se pueden fijar covalentemente secuencias
poliméricas de ADN específico a dispositivos componentes de diodos
foto-emisores (LED) semiconductores y las secuencias
del ADN complementario a los materiales de la placa base. Se pueden
usar técnicas de preparación de patrones UV/ADN para
activar/inactivar selectivamente el ADN sobre las superficies
recubiertas. Luego, los dispositivos componentes del LED modificados
con secuencias de ADN específico se hibridan con los substratos de
ensayo (placas base) modificados con las secuencias de ADN
complementarias.
Se pueden incorporar identidades múltiples de
polímeros de ADN en nanopartículas o nanoesferas para el
autoensamblaje alrededor de los dispositivos de ensayo emisores,
localizados sobre los materiales de las placas base. Se pueden
utilizar técnicas de preparación de patrones de UV/ADN para
activar/inactivar selectivamente el ADN sobre las superficies
recubiertas. Luego, las nanopartículas modificadas con secuencias de
ADN específico se hibridan con los dispositivos de ensayo emisores,
situados sobre los substratos (placas base) modificados con
polímeros de ADN complementarios.
La presente invención ofrece el montaje de
dispositivos especializados, en paralelo y sobre grandes superficies
(uno de cuyos lados puede tener hasta varios metros), mediante el
uso de una técnica de "autoensamblaje". Por este método, cada
uno de los dispositivos que deben injertarse "sabe" qué lugar
tiene destinado en la placa base. La presente invención se refiere a
una nueva técnica de integración basada en los principios del
autoensamblaje programable encontrados en los sistemas biológicos.
Esta nueva técnica elimina la necesidad de conservar las dimensiones
durante el proceso de injertado. Nuestro objetivo consiste en
demostrar el autoensamblaje de micro/nanoestructuras sobre silicio
mediante polímeros de ADN (ácido desoxirribonucleico) como
"adhesivos selectivos", desarrollando técnicas para integrar
estas estructuras de manera más espaciada sobre placas base de gran
superficie. De este modo se reúnen con gran precisión y a bajo coste
dispositivos hechos de distintos materiales y densidades realmente
diferentes, tal como se ilustra en la figura 30. Este método se basa
en los principios del autoensamblaje programable encontrados en
todos los sistemas biológicos y utiliza la química existente y bien
conocida del ADN sintético como el proceso que lo hace posible.
Estas técnicas incluyen: 1) la retirada de los dispositivos
especializados de sus substratos originales mediante el proceso de
separación epitaxial, 2) la unión de secuencias poliméricas
selectivas de ADN sobre los dispositivos especializados, usando la
química de fijación del ADN especialmente desarrollada en nuestra
compañía, 3) la unión selectiva de secuencias poliméricas del ADN
complementario en las posiciones adecuadas sobre el substrato de la
placa base, y 4) el autoensamblaje mediante hibridación de los
fragmentos de ADN complementarios, lo cual tiene lugar con el empleo
de secuencias poliméricas de ADN como adhesivo inteligente y muy
selectivo, para fijar dispositivos especializados de tamaño
micro/nanométrico sobre determinadas zonas de una placa base (véase
figura 31).
Las técnicas para hibridar secuencias de ADN con
sus secuencias complementarias fijadas a soportes de materiales
sólidos son bien conocidas y se usan en muchas aplicaciones de
biotecnología, biología molecular y diagnóstico clínico. En general,
la reacción de hibridación se realiza en disoluciones acuosas que
llevan sales apropiadas como electrolitos tampón (p.ej. cloruro
sódico, fosfato sódico). La temperatura es un parámetro importante
para controlar la especificidad y la velocidad de las reacciones de
hibridación. Hay técnicas para hibridar secuencias de ADN a
materiales semiconductores. La primera es un método litográfico UV
que permite grabar o modelar la hibridación de ADN sobre materiales
soporte sólidos como dióxido de silicio y diversos metales. La
segunda es un método para transportar electroforéticamente
nanoestructuras de ADN (nanoestructuras que llevan fijadas
secuencias de ADN específicas) a posiciones escogidas sobre los
substratos materiales. La técnica de litografía UV con ADN implica
primeramente el recubrimiento de un substrato material con una capa
molecular de secuencias poliméricas de ADN de fijación específica.
Se puede preparar una máscara apropiada para grabar un patrón en la
capa de fijación de ADN, exponiéndola a irradiación UV (300 nm)
durante unos segundos. En la zona del substrato expuesta a la luz
UV, el ADN queda inactivado para hibridarse con su secuencia de ADN
complementaria, es decir, es incapaz de formar la estructura de
doble hélice. La figura 7 representa ADN fluorescente sobre una
estructura de silicio modelada con líneas de 10 micras mediante un
patrón reticular de microscopio electrónico. Después de modelarlo
mediante UV, el material se hibrida con una sonda del ADN
complementario, marcada con sustancia fluorescente, y se examina al
microscopio epifluorescente. Analizando la imagen fluorescente se ve
donde se ha hibridado la sonda complementaria (fluorescencia) y
donde no (ninguna fluorescencia). Además de los procesos de tipo
fotolitográfico UV basados en ADN existen otros procesos mediante
campos eléctricos, que permiten transportar electroforéticamente ADN
modificado y nanoesferas fluorescentes cargadas y depositarlos sobre
posiciones microscópicas escogidas de soportes sólidos. En la figura
32 se muestra el método y el aparato básicos para esta tecnología.
El ADN y las estructuras submicrométricas o micrométricas cargadas
negativamente pueden suspenderse en soluciones acuosas y
transportarse por medio de un campo eléctrico (electroforesis en
disolución), hacia posiciones microscópicas de polaridad positiva
respecto a otras de polaridad negativa. Esta técnica tiene especial
importancia, porque proporciona un mecanismo para dirigir el
transporte de dispositivos marcados específicamente hacia las
posiciones concretas sobre un substrato material.
La primera etapa en nuestra técnica de
autoensamblaje es la preparación de dispositivos para el injertado.
En este caso, los dispositivos especializados se fabrican de manera
estándar sobre sus substratos originales, como capa de sacrificio,
tal como lo requiere el proceso ELO. Luego se deposita una capa
adecuada de recubrimiento sobre estos dispositivos, para asegurar
que tengan un movimiento de tipo browniano en la disolución salina.
Regulando las características del material depositado respecto a los
materiales de los dispositivos se puede controlar el comportamiento
de estos, una vez liberados en la disolución salina. Por ejemplo,
controlando las propiedades del material de recubrimiento pudimos
regular la dirección de los dispositivos en la solución. Una vez
recubiertos los dispositivos, se puede extender un film grueso de
poliimida para proporcionar un soporte físico a los dispositivos
tras el proceso ELO. El proceso ELO se puede realizar y los
dispositivos del film delgado se pueden separar de sus substratos
originales. Atacando con plasma se puede eliminar el film de
poliimida, proporcionando suficientes gradaciones para evitar que la
capa metálica sea continua. Después se efectúa el proceso de
fijación del ADN, mediante el cual una secuencia de ADN específica
puede unirse covalentemente sobre todas las superficies metálicas.
Irradiando con una luz UV desde la cara frontal de los dispositivos,
las zonas con ADN que están expuestas sin protección puede
destruirse o tomar una forma inadecuada para la posterior
hibridación. Luego se elimina la poliimida empleando un disolvente
apropiado y los dispositivos ya pueden liberarse en la solución
salina utilizada para los siguientes procesos de hibridación.
Para delinear las zonas donde se injertarán los
dispositivos especializados debe realizarse un procedimiento de
fijación selectiva para el polímero de ADN complementario. La
fijación selectiva puede realizarse empleando la selectividad
inherente de las secuencias de ADN, los métodos químicos de fijación
selectiva o el transporte electroforético dirigido. Opcionalmente,
después de la fijación, los fragmentos de ADN en las zonas no
deseadas se pueden destruir por radiación UV. Este método es útil
cuando solamente hay que autoensamblar un grupo de dispositivos.
Como se ha descrito en párrafos anteriores, la
química de fijación del ADN depende en gran medida de los materiales
empleados, a los que puedan unirse los polímeros de ADN. Por
ejemplo, para fijar ADN a contactos de aluminio sobre un chip de
silicio recubierto con una capa de vidrio protectora, primero
activamos las zonas de aluminio sumergiendo la muestra por breve
tiempo en una solución diluida y tamponada de HF. El resultado final
de este proceso es que solamente algunos fragmentos de ADN están
fijados sobre la capa protectora de vidrio, mientras que los
contactos de aluminio expuestos son muy reactivos al ADN. Esta
selectividad material es un método conveniente y general para fijar
ADN a las zonas deseadas. La selectividad material, combinada con la
inactivación dirigida mediante UV y con el proceso de transporte
electroforético, permite efectuar secuencialmente procesos de
fijación repetibles. Consideremos el autoensamblaje simultáneo de
distintos tipos de dispositivos especializados. Entonces deben
agruparse los contactos según el dispositivo al que deben acoplarse.
En tal caso cada grupo de contactos tiene que recubrirse con una
secuencia específica de ADN complementaria de la secuencia de ADN
fijada al dispositivo especializado con el cual debería unirse. Para
"preprogramar" los contactos de la placa base, cada secuencia
de ADN se puede fijar secuencialmente a los contactos adecuados.
Esto se puede conseguir fácilmente empleando el proceso
electroforético y aplicando un potencial negativo a los contactos
donde no se desea fijar ADN. Simultáneamente se puede aplicar un
voltaje positivo para intensificar la fijación a las posiciones
deseadas. Para fijar una segunda serie de secuencias de ADN puede
repetirse el proceso con una serie distinta de voltajes de
programación. Así pues, si deben autoensamblarse simultáneamente
varios tipos de dispositivos, los contactos receptores de la placa
base pueden programarse aplicándoles una serie apropiada de
potenciales positivos y negativos. Si hay que autoensamblar un solo
tipo de dispositivos sobre la placa base, basta con el uso exclusivo
de la selectividad material de la química de fijación del ADN.
El proceso de autoensamblaje puede tener lugar
una vez que la placa base está programada y los dispositivos
especializados se han desprendido y se mueven libremente en el baño
de solución salina. A la temperatura de hibridación apropiada puede
permitirse que se produzca la hibridación de los fragmentos de ADN
complementarios al entrar en contacto los pares adecuados
dispositivo-contacto (véase figura 33). Para lograr
este proceso se pueden investigar varios métodos diferentes.
En estos métodos hay que liberar simultáneamente
todos los dispositivos en la solución, y la probabilidad de que el
proceso de hibridación tenga lugar puede relacionarse directamente
con la probabilidad de que se conecten los pares adecuados
dispositivo-contacto. En condiciones muy simplistas,
la probabilidad de hibridación P_{h} se puede relacionar groso
modo con el cociente entre el área total disponible del contacto
A_{p} y el área de la placa base A_{mb}
P_{h} \propto
NA_{p}/A_{mb}
en que N es la densidad real de uno
de los grupos de dispositivos especializados en la solución. Como
cabe esperar que la distribución de la probabilidad sea aleatoria,
este proceso puede tardar mucho tiempo en alcanzar rendimientos de
hibridación razonables. Como alternativa puede ser preciso saturar
la disolución con los dispositivos especializados, lo cual puede
incrementar el coste del proceso y limitar el número de tipos de
dispositivos especializados capaces de autoensamblarse. A fin de
mejorar la selectividad y la exactitud de la alineación se pueden
efectuar varios ciclos de calentamiento y de enfriamiento durante el
proceso de hibridación. Durante el ciclo de calor, los componentes
débilmente hibridados pueden disociarse para aumentar la oportunidad
de formar enlaces más
fuertes.
Una parte fundamental del proceso de
autoensamblaje es la preparación de los dispositivos
micro/nanométricos para la fijación de ADN, su tratamiento durante
la fijación y finalmente su liberación en la solución salina, antes
de la hibridación. El proceso ELO más popular consiste en aprovechar
la selectividad del ácido HF diluido para la serie de aleaciones de
Al Ga As. Las aleaciones ricas en aluminio se atacan a una velocidad
aproximada de 1 mm/h, mientras que la velocidad de ataque a las
aleaciones ricas en galio es casi indetectable, menor que 0,1 nm/h.
Una capa intermedia de Al As se disuelve, permitiendo que las capas
epitaxiales superiores se desprendan del substrato por simple
flotación. También se han usado otros métodos de separación,
incluyendo la exfoliación mecánica (CLEFT) y la corrosión total del
substrato por debajo de una capa atacada. Filmes epitaxiales de
espesor comprendido entre 20 nm y 10 mm se han separado de sus
substratos de crecimiento y luego se han tratado y manipulado.
Por ejemplo, empleando esta técnica se ha fijado
filmes delgados de semiconductores III-V
directamente a substratos externos, como obleas de silicio
procesadas. La flexibilidad mecánica de los filmes ELO permite una
adaptación perfecta de los mismos a la tipografía del substrato,
creándose así una unión fuerte y completa. Por tanto, la técnica ELO
produce un film epitaxial delgado y consistente sobre un substrato
manipulado. Antes de dicha separación se pueden fabricar varios
dispositivos sobre los filmes, cuando estos aún están en sus
substratos originales. La técnica ELO se halla de algún modo entre
un método híbrido, tal como el montaje de chips invertidos con bolas
de soldadura, y un método totalmente monolítico, como la
hetero-epitaxia directa; no obstante, combina las
ventajas de ambos. La ELO es una verdadera tecnología de film
delgado que permite la conducción eléctrica entre film y metal en
ambos sentidos, sobre los bordes de un film delgado
III-V y sobre un substrato de
micro-chip de silicio. Al mismo tiempo, el film
delgado se forma adaptándose a la retícula y de modo básicamente
homo-epitaxial. La calidad del material, de suma
importancia para los dispositivos soporte de carga minoritaria como
los fotoemisores, nunca se ve comprometida. Entre las ventajas de la
tecnología ELO sobre la tecnología híbrida de los chips invertidos
cabe citar la baja capacitancia del encapsulado y la gran densidad
de empaquetamiento. Para los microcircuitos de alta velocidad, la
capacitancia del cableado debe ser muy baja. La contrapartida no es
simplemente la mayor disipación de potencia. Dado que la resistencia
en serie de las interconexiones metálicas no es despreciable, la
constante de tiempo RC acaba limitando la velocidad de los
microcircuitos optoelectrónicos, independientemente de los problemas
de disipación de potencia, por muy graves que sean. La densidad de
empaquetamiento alcanzable al final está un poco aumentada respecto
a la dimensión de las tecnologías actuales. Por tanto, en este
aspecto, la técnica ELO puede ofrecer más que la técnica de bolas de
soldadura.
Para injertar filmes ELO sobre microcircuitos de
silicio procesados hay que tener en cuenta la rugosidad
ultra-fina de las superficies de óxido depositadas
sobre el microchip. La rugosidad superficial interfiere con la
calidad de los enlaces de tipo Van der Waals o metalúrgico.
Un segundo método para incrementar la
probabilidad de hibridación consiste en introducir cada grupo de
dispositivos por separado y confinar los dispositivos especializados
en las zonas cercanas a los contactos polarizados positivamente.
Este confinamiento se puede realizar bajo la influencia de un campo
eléctrico de corriente continua, aplicando un voltaje positivo
adecuado a los contactos. El efecto del campo eléctrico puede
considerarse como si aumentara el cociente de las áreas o, de manera
equivalente, la densidad N del dispositivo en la ecuación anterior.
Sin embargo en este caso, cada grupo de dispositivos debe
introducirse secuencialmente, para que los grupos no deseados no
apantallen a los correctos evitando que aquellos alcancen el
contacto.
La desventaja de la hibridación secuencial es que
sube el coste de fabricación, a medida que aumentan los tipos de
dispositivos especializados. Un método alternativo consiste en
introducir simultáneamente todos los tipos de dispositivos en la
solución, aplicar un voltaje inicial de corriente continua para
crear una distribución de los dispositivos alrededor de cada
contacto y luego un voltaje de corriente alterna a una frecuencia
adecuada para suprimir el efecto apantallante de los tipos de
dispositivos no deseados. El efecto del campo de corriente alterna
puede considerarse como un mecanismo de agitación fuerte.
Tras el proceso de hibridación, los dispositivos
especializados se mantienen en sus sitios correspondientes gracias a
la formación de la estructura de doble hélice del ADN, que tiene
gran fuerza de enlace. Luego el conjunto se limpia por lavado y se
seca. En este momento no hay ningún contacto eléctrico entre la
placa base y los dispositivos especializados. La fuerza de enlace
del ADN perdura en el estado sólido y sirve para mantener los
dispositivos en su sitio. Un método para lograr una unión
metalúrgica que tenga contacto óhmico consiste en usar materiales
conductores para los contactos y dispositivos que puedan adherirse
eutécticamente a bajas temperaturas. Un segundo método es el empleo
de metales de baja temperatura de fusión, como soldadura o indio,
bajo una capa metálica que sea activa para la fijación del ADN. En
tal caso las bolas de soldadura deben tener dimensiones
nanométricas. Mientras los dispositivos se mantienen en su sitio
mediante los enlaces de ADN, la aplicación de calor producirá en
ambos casos la formación de una unión metalúrgica y de un contacto
óhmico. El polímero de ADN permanecerá dentro de la unión, pero solo
contribuirá a incrementar la resistencia del contacto, en función
del factor inicial de carga de ADN que se haya empleado. La figura
34 representa el proceso anteriormente descrito.
Uno de los puntos críticos para tratar en el
método de autoensamblaje es la exactitud con que los dispositivos
especializados se pueden alinear con los contactos sobre la placa
base. Primero supondremos que los dispositivos especializados tienen
una base circular, de modo que el proceso no varíe con la rotación.
En tal caso cabe esperar que si el diámetro del contacto es d, se
podrá conseguir una exactitud de alineación de d/2 mediante el
proceso de unión por ADN. Los dispositivos mal alineados, con
desviación superior a d/2, no formarán un enlace fuerte durante el
proceso de hibridación y no se mantendrán en sus sitios durante los
ciclos de calentamiento y enfriamiento del proceso de hibridación.
Además, si se emplea la tecnología de bolas nanométricas de
soldadura esbozada en el párrafo anterior, tras el ciclo de alta
temperatura para formar enlaces metalúrgicos los dispositivos pueden
autoalinearse con los contactos, de modo similar a la tecnología C4
utilizada para pegar los chips invertidos.
El asunto es más difícil cuando el dispositivo
especializado no tiene una base simétrica circular y debe colocarse
sobre los contactos con una cierta orientación. Para unirlos con la
orientación adecuada se pueden usar dos métodos diferentes. En el
primer método se utilizan unas capas de dióxido de silicio
debidamente patroneadas para enmascarar los dispositivos
especializados mal orientados, tal como se muestra en la figura 35.
Los dispositivos solo encajarán sobre los contactos si están bien
orientados. Otro método para orientar el dispositivo es el empleo de
fuerzas coulómbicas antes de la hibridación del ADN. Por
implantación de iones o exposición a la litografía de haz de
electrones puede acumularse una carga de signo contrario sobre
ciertas partes de los contactos y de los dispositivos. Estos
patrones de carga guían los dispositivos hacia sus orientaciones
apropiadas. Como se puede apreciar en la figura 35 ambos métodos
pueden emplearse conjuntamente para facilitar la fijación del ADN
mediante la orientación adecuada de los dispositivos
especializados.
La síntesis por campo eléctrico se usa
preferentemente para producir nanoestructuras o microestructuras
(p.ej. dispositivos a escala submicrométrica y micrométrica) con
múltiples identidades superficiales de ADN. Estas múltiples
identidades superficiales pueden tener la forma de secuencias de ADN
específicas, que están situadas en diferentes coordenadas sobre la
superficie de las partículas. Estas coordenadas pueden ser, por
ejemplo, de tipo polar o tetrahédrico e imparten unas propiedades
potenciales de autoensamblaje que permiten la agrupación de las
nanoestructuras para formar estructuras fotónicas y electrónicas de
2 y 3 dimensiones (tales como las estructuras fotónicas de banda
prohibida). La figura 36 (en la parte superior) muestra un diagrama
general de una nanoesfera (de 20 nm de diámetro) con múltiples
identidades secuenciales de ADN en posiciones polares y
ecuatoriales. Para la siguiente explicación se toma una nanoesfera
como ejemplo de un micro o nanodispositivo que debe hibridarse, pero
solo con fines ilustrativos. La figura 36 (en la parte inferior)
también muestra algunas estructuras simples que podrían formarse
hibridando conjuntamente las nanoesferas.
La figura 37 muestra las etapas iniciales de
producción de tales estructuras. En la etapa (1) se hace reaccionar
una nanoesfera debidamente funcionalizada (mediante grupos amino)
con oligonucleótidos modificados con aldehído, que tienen la
identidad secuencial (A). La identidad (A) se refiere a una
secuencia única de bases en el ADN; por ejemplo, un oligonucleótido
de 20 unidades con una secuencia 5'-GCACCGATTCGAT
ACCGTAG-3' (secuencia ID#1). En la etapa (2), las
nanoesferas modificadas con oligo(A) se hibridan luego a la
superficie de una microposición (con un electrodo subyacente) que
tiene una secuencia complementaria A'
(5'-CTACGGTATCGAATCGGTGC-3') (la
secuencia ID#2). La secuencia A' contiene un agente reticulante
(psoralen) y se prolonga en una secuencia secundaria de identidad
(B) (5'-TTCAGGCAATTGATCGTACA-3')
(secuencia ID#3), que a su vez estaba hibridada con una secuencia de
ADN (B')
(5'-TGTACGATCAATTGCCTGAA-3')
(secuencia ID#4) unida mediante enlace covalente a la superficie.
Luego, en la etapa (3), las nanoesferas hibridadas se exponen
brevemente a radiación UV, lo cual produce la reticulación covalente
del fragmento de psoralen contenido en la secuencia hibridada
(A/A'). Ahora las nanoesferas están deshibridadas (de manera pasiva
o electrónica) de la superficie, y tienen una identidad secuencial
de ADN (B) impartida en una posición polar sobre las estructuras. La
figura 38 muestra la continuación del esquema del proceso. En las
etapas 4 y 5, las nanoesferas modificadas con la identidad
secuencial de ADN (B) se hallan ahora "parcialmente hibridadas"
a una nueva microposición, que a su vez se ha hibridado con una
secuencia (C-A') a una secuencia complementaria C'
unida mediante enlace covalente a la superficie. La secuencia (C)
difiere de las secuencias de ADN (A) y (B). Las nanoesferas con la
secuencia de ADN (B) se hibridan parcialmente a la superficie con
las secuencias de ADN (A/A'), aunque no están orientadas de ningún
modo particular sobre la superficie. Como las nanoesferas con ADN
(B) tienen una distribución no uniforme de carga negativa en su
superficie (a causa de la carga extra del ADN (B)), pueden
orientarse en un campo eléctrico. En la etapa 6 se coloca un
electrodo secundario por encima del electrodo inferior y se aplica
un campo eléctrico de fuerza suficiente para orientar las
nanoesferas, sin deshibridarlas de la superficie. Aunque la figura
38 representa las nanoesferas con orientación polar de las
secuencias (B) y (C), la situación relativa de los electrodos puede
producir campos eléctricos que hagan variar los ángulos para la
posición relativa de las secuencias de ADN (B) y (C). Si las
nanoesferas están correctamente alineadas pueden hibridarse
completamente (A'-C/C') bajando la temperatura y
luego pueden exponerse a la radiación UV para reticular las
secuencias (A/A'). La deshibridación da lugar a una nanoesfera con
secuencias de ADN (B) y (C) en posición polar relativa (norte y
sur). Creemos que la repetición del proceso otras dos veces puede
dar lugar a unas nanoesferas con las identidades de ADN (B), (C),
(D) y (E) según coordenadas polares/ecuatoriales o
tetrahédricas.
Para llevar a cabo la síntesis y la fabricación
multietapa y múltiple se pueden emplear varias técnicas y
dispositivos. La figura 39 muestra un dispositivo microelectrónico
matricial con 64 microelectrodos formando una matriz 8 \times 8, y
cuatro electrodos de control más grandes, justamente fuera de la
matriz. Las estructuras de los electrodos sobre el dispositivo
pueden tener un tamaño entre \sim 1 micra y varios centímetros, o
más, en versiones a mayor escala o macroscópicas de estos
dispositivos. Sobre estos dispositivos se pueden poner capas de
permeación y/o de materiales con forma de plantilla, que permitirían
el uso de los dispositivos para llevar a cabo reacciones de síntesis
y producciones multietapa y múltiples sobre substratos materiales.
Por tanto pueden usarse dispositivos para reacciones y producciones
multietapa y múltiples sobre "ellos mismos"; así como
dispositivos de fabricación, que producen los sistemas ensamblados
sobre varios substratos materiales. Definimos los procesos
"multietapa" como aquellos que tienen más de una fase de
síntesis o fabricación en una o más posiciones sobre el dispositivo,
y los procesos "múltiples" como aquellos que implican la
síntesis o fabricación de diferentes componentes sobre distintas
posiciones del
dispositivo.
dispositivo.
La figura 40 muestra el proceso por el cual puede
realizarse el transporte y posicionamiento multietapa de nanoesferas
o nanopartículas mediante el uso de tales dispositivos. En esta
serie de figuras, las nanoestructuras de carga negativa (tipo 1) se
transportan y concentran desde la solución general hacia unas
microposiciones específicas sobre el lado izquierdo de la matriz, lo
cual se logra polarizándolas positivamente respecto a los electrodos
de control, que se hallan polarizados negativamente. Las
nanoestructuras del tipo 1 con carga negativa se transportan y
concentran (electroforéticamente) en el campo eléctrico hacia las
microposiciones específicas. Las nanoestructuras del tipo 1 pueden
ser diversos dispositivos o estructuras con secuencias específicas
de ADN que permiten su hibridación con otras posiciones específicas
sobre el mismo dispositivo, o con otras nanoestructuras que
contienen las secuencias complementarias de ADN.
En la etapa siguiente las nanoestructuras del
tipo 2 se transportan y concentran hacia microposiciones específicas
en el lado derecho del dispositivo. En las siguientes etapas las
nanoestructuras del tipo 1 se transportan hacia unas microposiciones
específicas del centro de la matriz, en las cuales hay fijado ADN
complementario. Las nanoestructuras del tipo 1 se hibridan y
permanecen específicamente unidas a estas posiciones. Luego las
nanoestructuras del tipo 2 se transportan a la misma posición
central, al igual que las nanoestructuras del tipo 1. Las
nanoestructuras del tipo 2 llevan secuencias de ADN complementarias
de las nanoestructuras del tipo 1. Las nanoestructuras del tipo 2 se
hibridan y forman una capa de unión sobre las nanoestructuras del
tipo 1.
Esta serie de etapas en la figura 40 solo está
pensada para representar una de las muchas variantes de fabricación,
multietapa o múltiple, que pueden realizarse con estos dispositivos
y estructuras autoensamblantes de tamaño nanométrico,
submicrométrico y micrométrico que llevan fijadas secuencias
específicas de ADN. Aludimos en estos procesos a estructuras de ADN
modificadas por autoensamblaje asistido mediante campo eléctrico.
Como ejemplo, en la figura 41 se muestra una serie de fotos que
demuestran el transporte de nanoesferas fluorescentes de 200
nanómetros de tamaño a microposiciones escogidas sobre un
dispositivo matricial 8 \times 8 de microelectrodos. Las
microposiciones tienen un tamaño de 50 \mum \times 50 \mum.
Las nanoesferas fluorescentes de 200 nm, con carga negativa, son
transportadas y concentradas con rapidez hacia las microposiciones
de carga positiva. En otros trabajos experimentales se han movido
las nanoesferas desde una posición a otras posiciones del
dispositivo, pudiendo formar diferentes patrones u ordenamientos de
nanoestructuras sobre estos dispositivos.
Una de las aplicaciones útiles de esta técnica
implica la fijación y orientación de dispositivos de gran tamaño
(10-100 micras) sobre los materiales del substrato o
de la placa base. Este proceso está representado en la figura 42. En
este ejemplo, un dispositivo se modifica selectivamente con cuatro
secuencias de ADN diferentes y la placa base se modifica con las
cuatro secuencias complementarias. Luego se deja que los
dispositivos se hibriden y se fijen al substrato de la placa base
mediante los procesos descritos en los párrafos anteriores sobre
métodos de hibridación pasivos y activados por un campo
eléctrico.
En el ámbito de la presente invención hay
aplicaciones que implican la nanofabricación de formaciones de
nanoestructuras y dispositivos submicrométricos dentro de parámetros
de componentes microelectrónicos, optoelectrónicos y ópticos. En
estos casos los dispositivos microelectrónicos se han proyectado y
construido mediante procedimientos clásicos, pero contienen áreas
diseñadas para autoensamblar nanoestructuras y componentes
submicrométricos. Como ejemplo, en la figura 43 se representa uno de
estos dispositivos. En este ejemplo hay un dispositivo integrado en
silicio, mediante técnicas foto-litográficas
clásicas, que tiene una estructura hueca con un microelectrodo
subyacente. Este microelectrodo se usa después para efectuar el
autoensamblaje asistido por campo eléctrico de varias
nanoestructuras y componentes submicrométricos liberados de un
soporte sólido, dentro de los parámetros de los componentes
microelectrónicos. Esta técnica permite interconectar los
componentes microelectrónicos y los componentes nanométricos, así
como la creación de dispositivos integrados mucho más densos,
incluyendo las formaciones de capas múltiples (fabricación 3D) de
componentes. Así pues, la presente invención se considera un método
sinérgico de ambas técnicas clásicas de fabricación microelectrónica
(u optoelectrónica) con las técnicas de nanofabricación por
autoensamblaje.
En el ámbito de la presente invención hay
técnicas que permiten ensamblar la nanofabricación de la matriz de
secuencias de ADN de fijación selectiva con un grupo de posiciones
nanométricas o submicrométricas, que han sido depositadas por
microscopía de fuerza atómica, haz de electrones u otras técnicas de
fabricación submicrométricas. La figura 44 muestra un ejemplo de
esta tecnología. En este ejemplo, se depositan cuatro estructuras
submicrométricas de unión sobre un substrato material adecuado. Dos
de dichas estructuras son de un material que puede activarse
selectivamente para la posterior fijación de secuencias de ADN
(p.ej., oro para la química de fijación con tioles). Las otras dos
son de un material que se puede activar selectivamente para otra
química específica de fijación (p.ej., dióxido de silicio para la
química de fijación de silano con aldehído/amina). Desde estas
posiciones se pueden fijar dos secuencias distintas de ADN. En
etapas posteriores se hibridan secuencias de ADN complementarias,
que expanden las dos posiciones diferentes formando un parámetro
cuadrado. Desde posiciones apropiadas se pueden fijar al ADN
paramétrico otras secuencias de ADN, formando finalmente una
estructura matricial que posee puntos selectivos de hibridación
dentro de la matriz. Partiendo de estos tipos de nanoestructuras
matriciales (con identidades selectivas de ADN) se puede llevar a
cabo una gran variedad de nanofabricaciones de dos y tres
dimensiones.
La parte restante de la descripción no pertenece
a la invención reivindicada; solo es para fines ilustrativos.
El almacenamiento óptico de ADN incluye el diseño
y la síntesis de polímeros de ADN cromofórico que absorban energía
lumínica a una longitud de onda simple y vuelvan a emitirla a
longitudes de onda múltiples predeterminadas. Nuestro trabajo
demuestra que los polímeros de ADN se pueden fijar de manera
autoorganizada a superficies sólidas, formando células unitarias que
tengan la funcionalidad diseñada. Hemos demostrado que los polímeros
de ADN fijados a superficies sólidas podían presentar respuestas
cromofóricas múltiples y propiedades de transferencia y absorción de
energía fotónica. Las figuras 6 y 7 muestran resultados relacionados
con la fijación de polímeros de ADN fluorescente a superficies de
dióxido de silicio y aluminio, y con la grabación (imagen) por UV en
monocapas de ADN sobre la superficie de estos substratos.
Hay cuatro mecanismos diferentes que permiten
grabar la información en substratos materiales de ADN: i)
inactivación espacial por UV de timidinas, dentro de la secuencia de
ADN; ii) inactivación espacial por UV de fluoróforos y cromóforos;
iii) inactivación o activación espacial por UV de cromóforos
absorbentes; y iv) activación o inactivación espacial por UV de la
subsiguiente hibridación mediante reticulantes (p.ej. psoralen).
Las figuras 8a y b presentan resultados de
escritura/hibridación, empleando una máscara de logo y una máscara
de escritura a cuatro colores. Son imágenes producidas en monocapas
de ADN, sobre substratos de silicio a los que se han hibridado
secuencias complementarias de ADN fluorescente.
Etapa
1
En cuanto al proceso de grabación por
UV/psoralen, las figuras 9 a 19 muestran esquemáticamente el proceso
completo de separación para preparar un "substrato material con
cuatro identidades de ADN".
Este proceso imparte múltiples identidades de ADN
sobre substratos materiales, utilizando reticulantes de psoralen.
Los compuestos de ADN con psoralen intercalado son capaces de unir
covalentemente los fragmentos de ADN, cuando se exponen a luz UV de
baja energía (365 nm). La unión de los fragmentos de ADN con
psoralen permite crear múltiples identidades sobre las superficies
del substrato.
La figura 9 muestra secuencias de ADN con
identidad (A) fijadas covalentemente a la superficie del substrato
silicio/aluminio/dióxido de silicio. La superficie del chip se hace
reaccionar primero con el reactivo aminopropiltrietoxisilano (APS),
que aporta grupos amino sobre la superficie del substrato para fijar
las secuencias de ADN. Las secuencias de ADN capturadas se
funcionalizan en posición terminal con un grupo ribonucleósido, que
luego se oxida para formar un grupo aldehído reactivo con amina. Las
secuencias de ADN (A) se pueden unir ahora covalentemente a los
grupos amino sobre la superficie del substrato funcionalizado con
APS. Con fines ilustrativos, las figuras muestran cuatro fragmentos
individuales de ADN, como manera de representar los cuatro
cuadrantes de identidad potencial de escritura (señalados como
posiciones en las figuras). En el material real hay de \sim
2,5\cdot10^{4} hasta 2,5\cdot10^{5} de hebras de ADN por
cuadrante (el cuadrante tiene un tamaño preferente de unos 250 nm
cuadrados).
La figura 10 pone de manifiesto que el proceso de
identidad de escritura se inicia hibridando una secuencia de ADN, de
identidad (B), que está modificada con psoralen y también es
parcialmente complementaria de la secuencia capturada de identidad
(A) existente en todos los cuatro cuadrantes (posiciones). Las
moléculas de psoralen se intercalan dentro de la doble hélice de ADN
hibridada.
La figura 11 indica que luego se utiliza una
máscara de UV para bloquear el cuadrante 1, mientras que los
cuadrantes 2, 3 y 4 quedan expuestos. Los cuadrantes no enmascarados
(2, 3 y 4) se irradian con luz UV de baja energía (365 nm). Esta
exposición al UV hace que las moléculas de psoralen, intercaladas
dentro de la doble hélice de ADN, reticulen covalentemente las
hebras.
La figura 12 muestra que ahora toda la superficie
está sujeta a un proceso de deshibridación. La secuencia de ADN de
identidad (B) que no ha reticulado en el cuadrante 1 se elimina,
dejando en esta posición la secuencia de ADN de identidad (A).
Entonces los cuadrantes 2, 3 y 4 tienen la secuencia de ADN de
identidad (B) en sus posiciones.
La figura 13 muestra cómo después se repite el
proceso con una secuencia de ADN de identidad (C) - que lleva el ADN
de identidad (B) parcialmente complementario – hibridándose a la
secuencia (B) en los cuadrantes 2, 3 y 4.
Las figuras 14 a 18 ilustran básicamente la
repetición de los procesos mostrados en las figuras 9 a 13. Una vez
completados, el material final contiene cuatro secuencias separadas
de identidad de ADN (A, B, C y D), cada una de ellas situada en un
cuadrante separado.
La figura 19 indica, en tal punto, que la
especificidad de las cuatro secuencias de ADN (A, B, C y D) se puede
comprobar hibridando a la superficie las cuatro secuencias
complementarias marcadas con colorante fluorescente. Ahora cada
cuadrante debería producir su color fluorescente específico.
Etapa
2
El proceso real para grabar información mediante
UV (en el substrato de las cuatro identidades de ADN) se realiza por
otro procedimiento de enmascaramiento y exposición al UV (ver
figuras 20, 21 y 22). En este caso se irradia con UV de mayor
energía (254 nm) para que el ADN de las zonas expuestas al UV no
pueda hibridarse. Al exponer el ADN a esta luz UV de mayor energía
se dimerizan las bases de timidina en la secuencia de ADN, evitando
cualquier hibridación posterior. Por tanto este procedimiento se
puede emplear para inactivar individualmente los cuadrantes o
"desconectarlos". Al hibridar las secuencias de ADN
complementario marcadas con sustancia fluorescente al material, solo
los cuadrantes con secuencias complementarias de ADN hibridable
mostrarán el color fluorescente adecuado. Este es el mecanismo por
el cual se pueden grabar selectivamente los datos en ADN.
Las figuras 20 y 21 muestran la "conexión"
de las identidades B y D, y la "desconexión" de las identidades
A y C. Antes de empezar el proceso de grabación por UV, las
secuencias específicas A, B, C y D de los cuadrantes 1, 2, 3 y 4 son
hibridables. El proceso de grabación se inicia enmascarando los
cuadrantes 2 y 4, y exponiendo la superficie a la radiación UV de
alta energía (254 nm). Entonces los cuadrantes 1 y 3 quedan
efectivamente inactivados, o inhabilitados para hibridarse, debido a
la exposición al UV, mientras que las secuencias 2 y 4 permanecen
hibri-
dables.
dables.
La figura 22 muestra cómo el material se puede
hibridar ahora con los complementos de ADN fluorescentes a las
cuatro identidades de ADN; sin embargo, solo los complementos de ADN
fluorescentes se hibridarán realmente a las identidades B y D dando
al final los colores fluorescentes. Una vez completado el proceso de
grabación por UV, el material tiene dos colores fluorescentes
distintos en los cuadrantes B y D, pero ningún color fluorescente en
los cuadrantes A y C.
Hemos demostrado la grabación con dos colores
mediante el proceso basado en psoralen/UV. La serie de etapas de
proceso y grabación se describe a continuación en el texto. Las
figuras 23 A y B, 24 A y B, y 25 A y B muestran fotografías reales
del substrato y de los materiales de grabación fluorescentes. Las
figuras 27 A, B y C, y 28 A, B y C aportan más descripciones
esquemáticas del proceso.
Etapa
1
Se trató la superficie de un chip de control (de
dióxido de silicio/aluminio/silicio) con
aminopropiltri-etoxisilano (APS). La figura
23-A muestra que el aspecto de la superficie del
chip es básicamente negro, debido al nivel bastante bajo de
fluorescencia del fondo. La figura 27-A es una
representación esquemática del material en esta fase del proceso.
Todas las fotografías se tomaron mediante el sistema formado por
microscopio epifluorescente Jenalumar/cámara CCD reforzada de
Hammamatsu/Ten Imaging de Argus.
Etapa
2
Se hizo reaccionar la superficie de un segundo
chip de control (tratado con APS) con la secuencia capturada de ADN
de identidad (A) que contiene la composición de bases adecuada para
la reticulación posterior mediante psoralen. La secuencia de ADN (A)
tiene un grupo ribo en el extremo 3' que se oxida a aldehído, y éste
reacciona con los grupos amino de la superficie para unir
covalentemente el ADN. La figura 23-B muestra una
fotografía de la superficie del substrato, con la presencia del ADN
(A), pero sin ningún ADN fluorescente complementario. La superficie
del chip aún aparece negra, debido al nivel relativamente bajo de
fluorescencia. La figura 27-B es una representación
esquemática del material en este punto del proceso.
Etapa
3
La superficie de un tercer chip de control, que
ha sido tratada con APS y lleva fijada la secuencia (A) del ADN
capturado, se hibrida a una secuencia complementaria marcada con
rojo fluorescente BODIPY Texas. La figura 24-A
muestra ahora la superficie entera del chip produciendo una intensa
fluorescencia roja. La figura 27-C es una
representación esquemática del material en este punto del
proceso.
Etapa
4
Se trata un cuarto chip con APS y luego, como en
la etapa 2, se fija a la superficie una secuencia captada de ADN de
identidad (A).
Etapa
5
La secuencia complementaria de identidad (B), con
una molécula de psoralen incorporada, se hibrida luego a la
secuencia de identidad (A) por toda la superficie.
Etapa
6
Se enmascara solo una mitad de la superficie del
chip, mientras que la otra mitad se expone a una luz UV de baja
energía (365 nm), con lo cual tiene lugar la reticulación covalente
de la secuencia de ADN de identidad (A) con la secuencia de ADN de
identidad (B).
Etapa
7
La superficie se trata luego con una solución 0,1
normal de hidróxido sódico para eliminar (deshibridar) el ADN no
reticulado del lado enmascarado del chip. Entonces una mitad del
chip queda recubierta con la secuencia de ADN de identidad (B)
fijada covalentemente, y la otra mitad contiene la secuencia
original de ADN de identidad (A).
Etapa
8
Ahora se hibrida al chip una secuencia
complementaria del ADN de identidad (A), marcada con colorante rojo
fluorescente BODIPY Texas (excitación máxima a 595 nm y emisión
máxima a 626 nm). La secuencia fluorescente complementaria del ADN
de identidad (A) se hibrida solo a la mitad de la superficie del
chip que lleva la secuencia de identidad (A) capturada (figura
24-B). La figura 28-A es una
representación esquemática del material en este punto del proceso.
Las etapas 4 a 7 se repiten sobre la superficie de un quinto
chip.
Etapa
9
Luego se hibrida por todo el chip una secuencia
marcada con colorante naranja fluorescente BODIPY (excitación máxima
a 558 nm y emisión máxima a 568 nm), complementaria solo de la
secuencia de identidad (B). Esta secuencia de ADN se hibrida solo a
la mitad del chip que lleva la identidad (B) (figura
25-A). La figura 28-B es una
representación esquemática del material en este punto del
proceso.
Etapa
10
Se hibrida al quinto chip una secuencia,
complementaria solo de la secuencia capturada de identidad (A),
marcada con colorante rojo fluorescente BODIPY Texas. Dicha
secuencia fluorescente de ADN se fija de nuevo solamente a la mitad
del chip que lleva la identidad (A). Ahora el chip contiene las dos
identidades con sus respectivos colores (figura
25-B). La figura 28-C es una
representación esquemática del material en este punto del proceso.
Con estos resultados, que demuestran la hibridación exclusiva de dos
secuencias distintas a dos partes separadas de la superficie de un
chip (figuras 24-B, 25-A y
25-B), estamos razonablemente convencidos de que el
protocolo anterior tiene la capacidad real de producir identidades
múltiples sobre substratos de silicio.
Las figuras 26A y 26B muestran los resultados
obtenidos al fijar nanoesferas fluorescentes de 160 nm, modificadas
con ADN, a una superficie de dióxido de silicio modificada con ADN.
Las nanoesferas están fijadas a las secciones de la imagen con el
ADN activo, contrariamente a las secciones de ADN inactivadas. Se
piensa que la unión es debida tanto a interacciones electrostáticas
como de hibridación.
Puede haber gran número de aplicaciones para el
almacenamiento y memorización óptica de datos a base de ADN en
sectores relacionados con su incorporación a documentos, moneda,
etiquetas y otros artículos. El uso del mecanismo basado en la
transferencia de energía fluorescente y en el ADN cromofórico para
estas aplicaciones de "baja densidad" podría tener ventajas
sobre los códigos de barras y otros métodos en uso, debido a la
extrema dificultad de falsificar tal información o codificación.
Los polímeros de ADN pueden servir para muchas
aplicaciones fotónicas y electrónicas. Una de las principales
aplicaciones para el uso de los polímeros de ADN son los medios de
gran densidad para almacenamiento óptico de datos. En esta
aplicación los polímeros cromofóricos de ADN absorben energía
lumínica a una sola longitud de onda y la vuelven a emitir a
longitudes de onda múltiples predeterminadas (véase fig. 45). En
cierto aspecto, estas invenciones se refieren a un método denominado
proceso de grabación fotoelectrónica. Este proceso implica el uso
del direccionamiento espacial de la luz hacia un substrato material
fotoactivo creador de campos eléctricos microscópicos, que después
afectan al transporte y a la fijación selectiva de ADN cromofóricos
(color) cargados a estas posiciones escogidas.
En las figuras 46A y 46B se muestra el principio
básico incluido en el proceso de grabación fotoelectrónica. El
substrato de grabación propuesto sería un material matricial con
activación fotoelectrónica (p.ej. un film fotoconductivo), al cual
se fijarían las secuencias poliméricas de ADN. Cada una de estas
secuencias tendría múltiples identidades. Con finalidad ilustrativa,
la figura 46A muestra tres sitios fotoactivados, que contienen
secuencias de ADN con tres identidades (A, B y C). Una solución que
contiene ADN cromofórico con la identidad complementaria (A') se
expondría al substrato material y se colocaría un contraelectrodo
por encima de la solución y del substrato material subyacente. Las
microposiciones específicas sobre el material del substrato se
pueden activar ahora por direccionamiento espacial de la luz, lo que
provoca la formación de una carga en esta posición del material (ver
figura 46B). El desarrollo de dicha carga produce en la solución un
campo eléctrico, que atrae a la posición moléculas cargadas de signo
contrario o repele moléculas con carga del igual signo. El ADN
natural tendría una carga neta negativa y migraría a una posición
cargada positivamente. El ADN sintético se puede preparar con carga
neta negativa, positiva o neutra. La figura 46B representa la
activación lumínica de la microposición central 2, con el ADN
cromofórico (A') migrando a esta posición y uniéndose (hibridándose)
con la posición de identidad de ADN (A). Cuando la fuerza del campo
eléctrico es suficientemente elevada, el transporte y la
concentración de las unidades cromóforas de ADN sucede con gran
rapidez; tiene lugar en cuestión de 1 a 2 segundos.
El proceso para producir múltiples colores en
microposiciones específicas se representa en las figuras 46C a 46F.
La figura 46C muestra un grupo de seis microposiciones, cada una de
las cuales contiene un polímero de ADN con identidades secuenciales
A, B y C (en estas figuras solo se representa un fragmento
capturado). Se efectúa el direccionamiento espacial de la luz a las
posiciones 1, 3 y 5. Las secuencias cromofóricas del ADN A' (rojo)
se transportan, concentran e hibridan selectivamente a estas
posiciones. La figura 46D muestra el proceso repetido para las
siguientes secuencias cromofóricas del ADN B' (verde). Entonces se
efectúa el direccionamiento espacial de la luz a las posiciones 1, 3
y 4. Las secuencias cromofóricas del ADN B' se transportan,
concentran e hibridan selectivamente a estas posiciones. La figura
46E muestra el proceso repetido para las siguientes secuencias
cromofóricas del ADN C' (azul). Ahora se efectúa el direccionamiento
espacial de la luz a las posiciones 1, 3, 5 y 6. Las secuencias
cromofóricas del ADN C' se transportan, concentran e hibridan
selectivamente a estas posiciones. Una vez completado el proceso de
grabación, la figura 46F muestra el material óptico final, que ahora
tiene ADN cromofórico A'/B'/C' (rojo/verde/ azul) en las
microposiciones 1 y 3, ADN cromofórico A'/C' (rojo/azul) en la
microposición 5, ADN cromofórico B' (verde) en la microposición 4,
ADN cromofórico C' (azul) en la microposición 6 y ningún ADN
cromofórico (sin color) en la microposición 2.
Además de la activación espacial de materiales
fotoconductores por la luz, existen otras alternativas. Por ejemplo,
los dispositivos matriciales de electrodos pueden conectarse por
direccionamiento espacial de la luz. En otro ejemplo, las matrices
de electrodos se pueden conectar mediante procedimientos
electrónicos.
Claims (20)
1. Método para fabricar dispositivos
electrónicos, fotónicos u optoelectrónicos a escala micrométrica o
nanométrica, que comprende las etapas de:
a) fabricar primero dispositivos a escala
micrométrica o nanométrica sobre un primer soporte sólido,
b) liberar como mínimo un primer dispositivo del
primer soporte sólido en una solución,
c) fijar al menos una primera secuencia
polimérica de ADN específico sobre al menos un primer
dispositivo,
d) transportar por electroforesis el primer
dispositivo liberado, unido con la secuencia de ADN específico,
hacia un soporte receptor sólido, y
e) fijar el primer dispositivo, unido con la
secuencia de ADN específico, a una posición escogida sobre el
soporte receptor sólido, el cual contiene secuencias poliméricas de
ADN complementarias de la primera secuencia polimérica de ADN
específico sobre el primer dispositivo, de modo que la fijación
incluye la hibridación de la primera secuencia polimérica de ADN
específico sobre el primer dispositivo y la hibridación de la
secuencia polimérica de ADN complementaria sobre el soporte receptor
sólido.
2. El método de la reivindicación 1 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el primer
dispositivo liberado es un láser o un elemento de pantalla.
3. El método de la reivindicación 2 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el elemento
de pantalla es un elemento de pantalla activo.
4. El método de la reivindicación 1 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que la etapa de
liberación del dispositivo se lleva a cabo por separación
epitaxial.
5. El método de la reivindicación 4 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, que además incluye
la etapa de secar al menos el soporte receptor sólido y el
dispositivo fijado al mismo.
6. El método de la reivindicación 1 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que la
hibridación es un injertado.
7. El método de la reivindicación 1 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, que además incluye
las etapas de:
fabricar unos segundos dispositivos sobre un
segundo soporte sólido, repitiendo los pasos b), c), d) y e) de la
reivindicación 1, para fijar dichos segundos dispositivos a dicho
soporte receptor sólido o al primer disposi-
tivo.
tivo.
8. El método de la reivindicación 1 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el primer
soporte sólido y el soporte sólido receptor son estructuras
físicamente distintas o regiones separadas de una estructura
común.
9. El método de la reivindicación 1 para fabricar
dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en el que los
primeros dispositivos liberados incluyen emisores y el dispositivo
receptor es una matriz emisora.
10. El método de la reivindicación 1 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el
dispositivo es una memoria óptica.
11. El método de la reivindicación 1 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, el cual
incluye la etapa adicional de formar una estructura sobre el primer
dispositivo, una vez que éste ha sido fijado al soporte sólido
receptor, de manera que la combinación del primer dispositivo con la
estructura fijada forma un dispositivo fotónico de banda
prohibida.
12. El método de la reivindicación 1 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, el cual
incluye la etapa adicional de formar contactos sobre el soporte
sólido receptor.
13. El método de la reivindicación 12 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que
los contactos se forman por transporte y fijación de materiales
conductores sobre el soporte sólido receptor.
14. El método de la reivindicación 1 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el
soporte sólido receptor comprende una placa base.
15. El método de la reivindicación 1 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el
primer dispositivo liberado es un dispositivo semiconductor, un
dispositivo optoelectrónico, un dispositivo electrónico, una
estructura óptica, una estructura eléctrica, una nanoperla o una
nanopartícula.
16. El método de la reivindicación 1 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el
transporte se consigue mediante el uso de un campo eléctrico.
17. El método de la reivindicación 16 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que el
campo eléctrico es un campo de corriente alterna o es un campo de
corriente continua.
18. El método de la reivindicación 17 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que la
fijación del primer dispositivo liberado al soporte receptor sólido
se consigue, al menos parcialmente, mediante el uso de un campo
eléctrico.
19. El método de la reivindicación 1 o 7 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en el
cual el soporte sólido receptor es una matriz microelectrónica.
20. El método de la reivindicación 14 para
fabricar dispositivos a escala micrométrica o nanométrica, en que la
placa base incluye una matriz microelectrónica.
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