ES2264932T3 - Metodo para obtener una planta con una resistencia perdurable a un patogeno. - Google Patents

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Abstract

Un método para obtener una planta Lactuca sativa con dos o más genes de resistencia a Dm a Bremia lactucae, que comprende: a. proporcionar uno o más marcadores de DNA, ligados a uno o más genes de resistencia a Dm en una planta de lechuga silvestre; b. determinar la presencia de uno o más genes de resistencia a Dm en la planta de lechuga silvestre utilizando estos marcadores de DNA; c. cruzar la planta de lechuga silvestre que contiene uno o más genes de resistencia a Dm, con una planta de L. sativa; d. seleccionar de su progenie una planta con uno o más genes de resistencia a Dm, utilizando marcadores de DNA; e. cruzar la planta seleccionada que contiene uno o más genes de resistencia a Dm, con la planta de lechuga silvestre que contiene uno o más genes de resistencia a Dm; y f. seleccionar de su progenie una planta de L. sativa que contiene dos o más genes de resistencia a Dm; y g. opcionalmente, repetir las etapas (e) y (f) al menos una vez; donde la planta de lechuga silvestre es L. virosa, y donde el marcador de DNA se selecciona del grupo que consiste en los marcadores de DNA que contienen una secuencia de DNA como las mostradas en las figuras 1-6, o una secuencia de DNA que tiene al menos un 70%, preferiblemente al menos un 80%, más preferiblemente al menos un 90%, y más preferiblemente al menos un 95% de homología con la secuencias de DNA mostradas en las figuras 1-6

Description

Método para obtener una planta con una resistencia perdurable a un patógeno.
La presente invención se refiere a un método para obtener una planta con una resistencia perdurable a un patógeno. La invención también se refiere a una planta en la que están presentes dos o más genes de resistencia al patógeno, además de en las semillas y la progenie de esta planta, y su progenie.
La invención se refiere particularmente a un método para obtener una planta de lechuga (L. sativa) de cultivo, que tiene dos o más genes de resistencia a Bremia lactucae. La invención también se refiere a marcadores de DNA que están ligados específicamente a un gen de resistencia a Bremia lactucae. La invención además se refiere a una planta de lechuga (L. sativa) de cultivo, en la que están presentes dos o más genes de resistencia a Dm, y en las semillas de esta planta.
La enfermedad causada por el hongo Bremia lactucae Regel es conocida como Mildiu. El mildiu aparece en todo el mundo y representa un gran problema tanto para el rendimiento como para la calidad de la lechuga de cultivo. El hongo puede infectar a la planta de lechuga en cualquier estado de crecimiento, después de lo cual, los primeros síntomas del mildiu consisten en la aparición de manchas amarillas cloróticas sobre la superficie de la hoja. En las siguientes 24 a 48 horas se hace visible el crecimiento de un hongo blanquecino algodonoso en la parte inferior de la superficie de la hoja, como indicación de la formación de esporas. Durante la infección las lesiones se hacen cada vez mayores y más cloróticas, hasta que las hojas se vuelven completamente marrones.
La Bremia lactucae es uno de los llamados Oomicetos, una clase de hongos relativamente primitivos. Otros hongos conocidos de este grupo son, por ejemplo, el Phytium o la Phytophtora. El hongo B. lactucae contiene diferentes especies fisiológicas ("fisios") y es específico de huésped. La Bremia lactucae es conocida por ser un patógeno muy variable. Nuevos fisios ocurren con relativa frecuencia, a través de mutaciones de los genes de virulencia, durante la formación de esporas que precede a la propagación de la B. lactucae.
Dentro del género lactucae, a la que pertenece la lechuga de cultivo (Lactuca sativa), hay diferentes especies que son resistentes a la Bremia lactucae Regel. La resistencia está basada en la mayoría de los casos en genes cualitativos, conocidos como genes de resistencia a Dm (Dm = Downy mildew -mildiu-). El mecanismo de resistencia se conoce como un principio de trabajo gen-por-gen, basado en la interacción específica entre productos del gen de resistencia a Dm y el gen de virulencia específico de patógeno, que da como resultado la resistencia de la planta de lechuga (Michelmore et al., Plant Pathology 33, 301-315, 1984). Este mecanismo de resistencia también ha sido demostrado para otros diversos genes de resistencia en otras especies de plantas diferentes (Michelmore et al., Genome Research, 8, 1113-1130, 1998).
Un gran número de genes de resistencia a Dm han sido ya identificado como capaces de conferir resistencia a fisios específicos de la Bremia lactucae Regel. La investigación genética ha mostrado que estos genes de resistencia a Dm aparecen frecuentemente agrupados en grupos sobre el mismo cromosoma. Se han demostrado cuatro de dichos grupos de ligamiento localizados en diferentes cromosomas en el genoma de la lechuga, que contienen diferentes genes de resistencia a Dm (Farrara et al., Plant Pathology 36, 499-514, 1987). Los genes de resistencia a Dm nuevamente identificados pueden clasificarse dentro de uno de los grupos de ligamiento de genes de resistencia conocidos.
Un problema fundamental, sin embargo, es que los fisios de Bremia lactucae continúan apareciendo, y rompen la resistencia resultante de los genes de resistencia a Dm en las presentes variedades de lechuga de cultivo. Esto implica que aparecen fisios de Bremia lactucae a los que no hay resistencia en las presentes variedades de lechuga de cultivo. Los genes de resistencia pueden, sin embargo, encontrarse algunas veces todavía en variedades de lechuga antiguas, pero particularmente en especies de Lactucae silvestres relacionadas con la lechuga de cultivo, tales como por ejemplo la L. virosa y la L. serviola. Se han identificado un número de genes de resistencia a Dm de amplio espectro, con resistencia a todos los fisios de Bremia analizados.
Se han descrito métodos para mapear los genes R17 y R18 de resistencia a Dm de la L. serriola, utilizando marcadores de DNA (Maisonneuve et al., TAG 89, 96-104, 1994).
Los genes de resistencia a Dm procedentes de especies de lechuga de cultivo antiguas o procedentes de especies de lechuga silvestres, pueden cruzarse en la lechuga de cultivo, para obtener otra vez la resistencia. El cruce de genes de resistencia a Dm se ha demostrado de una forma convencional, mediante un ensayo de enfermedad por Bremia lactucae artificial. Para este propósito, se inoculan un número de círculos cortados de hoja (diámetro 18-20 mm) o plántulas de la planta de lechuga, con diferentes fisios de B. lactucae. Después de 10 a 14 días, se examina el grado de desarrollo y esporulación en los círculos cortados/plántulas. Sobre esta base es posible juzgar si la planta de lechuga analizada o una línea mejorada, es resistente o susceptible a los fisios de B. lactucae ensayados.
Cuando se conoce que dos o más nuevos genes de resistencia a Dm ocurren en dos diferentes grupos de ligamiento, estos genes de resistencia pueden agruparse juntos ("amontonarse") en una planta de lechuga de cultivo mediante entrecruzamiento, reduciendo así el peligro de que la resistencia se rompa. El agrupamiento de una pluralidad de genes de resistencia a Dm cualitativos de amplio espectro a partir de diferentes grupos de ligamiento, puede sin embargo no ser detectado con el ensayo convencional de enfermedad por Bremia lactucae porque, cuando está presente un gen de resistencia a Dm cualitativo, la resistencia total se detecta ya en el ensayo de la enfermedad, y la posible presencia de un segundo gen de resistencia a Dm de amplio espectro, no será por lo tanto detectado. No es por lo tanto posible seleccionar precisamente aquellas plantas en las que están presentes genes de resistencia a Dm de amplio espectro cualitativos, y de esta forma obtener plantas con una resistencia perdurable a la B. lactucae.
Es por lo tanto deseable un método a desarrollar con el cual, después de cruzar los genes de resistencia cualitativos en una planta, puedan ser identificadas y seleccionadas aquellas plantas en las que están presentes dos o más genes de resistencia.
El objetivo general de la presente invención es por lo tanto proporcionar un método para obtener una planta con resistencia perdurable a un patógeno. Un objetivo particular de la presente invención es proporcionar un método para obtener una planta de lechuga (L. sativa) de cultivo, con una resistencia perdurable a B. lactucae.
La invención proporciona para este propósito un método para obtener una planta con una resistencia perdurable a un patógeno, que comprende la provisión de uno o más marcadores de DNA ligados a uno o más genes de resistencia, que determinan la presencia de uno o más genes de resistencia en una planta, utilizando estos marcadores de DNA, cruzando posteriormente una primera planta, que contiene uno o más genes de resistencia, con una segunda planta que contiene uno o más genes de resistencia, y seleccionar de la progenie una planta en la que están presentes dos o más genes de resistencia, utilizando los marcadores de DNA.
La presente invención particularmente proporciona un método para obtener una planta de lechuga (L. sativa) de cultivo, con una resistencia perdurable a la Bremia lactucae, que comprende proporcionar uno o más marcadores de DNA específicos, ligados a uno o más genes de resistencia a Dm, que determinan la presencia de uno o más genes de resistencia a Dm en una planta de lechuga de cultivo y/o en una planta de lechuga silvestre utilizando estos marcadores de DNA, cruzando posteriormente una planta de lechuga de cultivo que contiene al menos uno o más genes de resistencia a Dm, con otra planta de lechuga de cultivo o una planta de lechuga silvestre que contiene al menos uno o más genes de resistencia a Dm, y seleccionando de su progenie una planta de lechuga de cultivo con dos o más genes de resistencia a Dm, utilizando los marcadores de DNA.
Con el método según la invención, pueden obtenerse de forma fácil plantas, particularmente plantas de lechuga de cultivo, que contienen dos o más genes de resistencia, particularmente dos o más genes de resistencia a Dm, con una resistencia perdurable a un patógeno, particularmente la Bremia lactucae. La selección de plantas en las que están presentes dos o más genes de resistencia cualitativos, pueden conseguirse únicamente utilizando marcadores de DNA, que pueden demostrar los genes específicos en el genoma de la planta de lechuga. Con los ensayos de enfermedad convencionales no es posible demostrar la presencia de dos o más genes de resistencia cualitativos en una planta de lechuga de cultivo. El método según la invención también puede utilizarse para genes de resistencia cualitativos.
Según la invención los genes de resistencia son preferiblemente genes de resistencia cualitativos, y los genes de resistencia están localizados preferiblemente en diferentes grupos de ligamiento.
Para permitir la identificación y la selección de una planta con dos o más genes de resistencia, se utilizan marcadores moleculares específicos de DNA ligados a los genes de resistencia. Pueden utilizarse aquí para ello diferentes marcadores de DNA, tales como por ejemplo RAPD (DNA polimórfico amplificado al azar), AFLP (fragmento amplificado de longitud polimórfica), SCAR (región amplificada caracterizada por secuencia), etc. Los marcadores de DNA específicos ligados a los genes de resistencia se desarrollan de acuerdo con técnicas conocidas por sí mismas (Paran et al., Genome 34, 1021-1027, 1991; Paran et al., TAG 85, 985-993, 1993). La aplicación de dichos marcadores de DNA para agrupar diferentes genes de resistencia en una misma planta, en particular para combinar diferentes genes de resistencia a Dm de amplio espectro en una planta de lechuga (L. sativa), para obtener una planta, particularmente una planta de lechuga de cultivo (L. sativa), con una resistencia perdurable a un patógeno, particularmente a la Bremia lactucae, no ha sido sin embargo previamente descrita.
Según la presente invención, se han encontrado marcadores de DNA para cuatro genes de resistencia a Dm, particularmente genes de resistencia a Dm de amplio espectro cualitativos de la familia Lactuca. Utilizando estos marcadores de DNA, se ha establecido que los cuatro genes de resistencia a Dm se localizan en grupos de ligamiento separados, por lo que es posible el agrupamiento de los genes de resistencia a Dm en la lechuga de cultivo (L. sativa).
Hay diferentes métodos de demostrar si diferentes genes de resistencia están presentes en el mismo o en diferentes grupos de ligamiento. La posición de los marcadores de DNA puede determinarse generando un así llamado mapa genético, o estudiando la segregación dependiente o independiente de los diferentes marcadores de DNA en relación los unos con los otros. En la presente invención se ha determinado, estudiando la segregación de los marcadores de DNA, que los marcadores de DNA específicos ligados a los genes de resistencia a Dm se segregan independientemente unos de otros y están por lo tanto localizados en cuatro grupos de ligamiento diferentes.
En la investigación que ha dado lugar a la presente invención, los individuos susceptibles y resistentes al mismo fenotipo de B. lactucae de una población de plantas que se segregan según la resistencia a B. lactucae, se ensayaron con cebadores RAPD obtenibles comercialmente (OPA-01 a OPAN-20, Operon Technologies, Alameda, USA; UBC 1 a 800, University of British Columbia, Vancouver, Canada). El análisis RAPD es una técnica conocida por si misma (Williams et al., Nucleic Acid Research, 18, 6531-6535, 1990), basada en la utilización de cebadores con una secuencia al azar, que tiene el propósito de amplificar fragmentos al azar del DNA genómico. Entre los productos de amplificación pueden demostrarse polimorfismos en un gel de agarosa y pueden utilizarse como marcadores genéticos.
Para el estudio se utilizaron 1600 cebadores (de Operon Technologies, y la Univeristy of British Columbia, UBC 1 a 800). El DNA de las plantas se mezcló con los cebadores en una mezcla de amplificación adecuada y posteriormente se amplificó. Los productos de amplificación se analizaron en gel de agarosa para la presencia de marcadores de DNA adecuados.
Los marcadores moleculares de DNA "candidatos", encontrados en el análisis RAPD, se ensayaron en individuos de la población segregada, en la que después fue posible establecer cual de estos marcadores de DNA estaba ligado físicamente de una forma adecuada a los diferentes genes de resistencia a Dm cualitativos estudiados. De esta forma se han identificado los siguientes marcadores de DNA: marcador de DNA A (cebador OPAF06, 451 pares de bases); marcador de DNA B (cebador OPAM10, 555 pares de bases); marcador de DNA C1 (cebador OPW16, 750 pares de bases); marcador de DNA C2 (cebador OPL03, 276 pares de bases); marcador de DNA C3 (cebador OPAE19, 675 pares de bases); marcador de DNA C4 (cebador UBC711, 1083 pares de bases); y marcador de DNA D1 (cebador OPW04, 520 pares de bases) y marcador de DNA D2 (cebador OPW19, 963 pares de bases). La secuencia de los marcadores A, B, C2, C3, C4 y D2 se determinó, y se muestra en las figuras 1-6.
Los marcadores de DNA encontrados se utilizaron posteriormente para seleccionar plantas de lechuga de cultivo con dos o más genes de resistencia a Dm, después de la introgresión de los genes de resistencia de especies de lechuga silvestre, tales como por ejemplo Lactuca virosa y L. serriola. El cruce en variedades de lechuga de cultivo de dos o más genes de resistencia, particularmente genes de resistencia a Dm de amplio espectro cualitativos, procedentes de especies de lechuga silvestres, tales como por ejemplo la L. virosa, no se ha descrito previamente.
Si el cruce de dos plantas de lechuga no tiene éxito con los métodos normales, pueden utilizarse para el cruce de los genes de resistencia a Dm en una planta de lechuga de cultivo técnicas conocidas de biología celular, tales como el rescate de embriones (Maisonneuve, Agronomie 7, 313-319, 1987) o la fusión de protoplastos (Maisonneuve et al., Euphytica 85, 281-285, 1995). En la presente invención, los diferentes genes de resistencia a Dm se cruzaron como se describe en el Ejemplo 2.
La introducción de un nuevo gen de resistencia a Dm de amplio espectro en uno de los cuatro grupos de ligamiento conocidos puede dar como resultado, como consecuencia de procesos de recombinación, la salida de genes de resistencia a Dm ya presentes en el grupo de ligamiento, y de otros genes de resistencia o rasgos de horticultura con elevado valor. Para prevenir esto, los nuevos genes de resistencia cualitativos con una resistencia a Dm de amplio espectro, se introducen preferiblemente en cada uno de los grupos de ligamiento separados.
La planta de lechuga silvestre utilizada por el método según la invención puede elegirse por ejemplo entre L. saligna, L. altaica, L. aculeata, L. homblei, L. indica, L. tenerrima, L. squarrosa, L. viminea, L. augustana, L. quercina, y L. cacadensis. Sin embargo, otras plantas de lechuga silvestre adecuadas pueden utilizarse también según la invención. La planta de lechuga silvestre es preferiblemente L. virosa o L. serviola, más preferiblemente L. virosa.
El método según la invención es utilizado preferiblemente para proporcionar genes de resistencia cualitativos, tal como los genes de resistencia a Dm, en lechugas de cultivo (L. sativa). Éstas además incluyen, por ejemplo, las variedades de lechuga con cabeza (L. sativa Lineaus capitata), tales como la lechuga iceberg, la lechuga batavia y la lechuga de cabeza de mantequilla, variedades de lechuga de hoja para picar (L. sativa Lineaus acephala), tales como la lechuga de hoja rizada y la lechuga de tallo, la lechuga cos (L. sativa Lineaus romana), la lechuga de hoja para cortar (L. sativa Lineaus secalina) y la lechuga espárrago (L. sativa Lineaus angustana).
El método según la invención para obtener una planta con una resistencia perdurable a un patógeno, tal como se ha descrito para la lechuga de cultivo, puede utilizarse de forma similar para otras plantas de cultivo, y para otros patógenos. Como ejemplos no limitantes se mencionan por ejemplo, la obtención de una resistencia perdurable a determinados nematodos, tales como Meloidogyne javanica, M. arenaria, y M. incognita, o al Oidium lycopersici en tomate, y obtener una resistencia perdurable a potyvirus en el pimiento, mediante la introducción mediante cruce de dos o más genes de resistencia a pvr (pvr = resistencia a potyvirus).
La presente invención además proporciona marcadores de DNA que están ligados específicamente a un gen de resistencia a Dm, y que comprenden un fragmento de DNA con una secuencia que es al menos un 70%, preferiblemente al menos un 80%, más preferiblemente al menos un 90%, y todavía más preferible al menos un 95% homóloga a una secuencia como las que se muestran en las figuras 1-6.
La invención además se refiere a una planta en la que están presentes dos o más genes de resistencia a un patógeno, generalmente, y particularmente a una planta de lechuga de cultivo (L. sativa) en la que están presentes dos o más genes de resistencia a Dm, y a las semillas y la progenie de la planta, particularmente la planta de lechuga de cultivo, o su progenie.
Una resistencia perdurable se entiende por lo tanto que significa en la presente invención, que están presentes en una planta al menos dos o más genes de resistencia, por ejemplo dos o más genes de resistencia a Dm, a un patógeno. El patógeno es por ejemplo B. lactucae, pero puede también ser cualquier otro organismo capaz de producir enfermedad en plantas, tal como por ejemplo hongos, virus, nematodos, bacterias, insectos (parásitos), etc.
En una realización particularmente adecuada del método según la invención, un gen de resistencia a Dm es un gen de resistencia a Dm de amplio espectro, cualitativo al hongo Bremia lactucae.
La invención se describe con mayor detalle con referencia a los siguientes ejemplos y figuras no limitantes, en las cuales:
Las figuras 1-6 muestran respectivamente la secuencia de los marcadores de DNA A, B, C2, C3, C4, D2; y
Las figuras 7-14 muestran ocho marcadores de DNA según la invención, en 24 individuos F2 analizados. El marcador A fue identificado con el cebador OPAF6 (451 pares de bases); el marcador B fue identificado utilizando el cebador OPAM10 (555 pares de bases); el marcador C1 utilizando el cebador OPW16 (750 pares de bases);
el marcador C2 utilizando el cebador OPL03 (276 pares de bases); el marcador C3 utilizando el cebador OPAE19 (675 pares de bases) y el marcador C4 utilizando el cebador UBC711 (1083 pares de bases); el marcador D1 fue identificado con el cebador OPW04 (520 pares de bases), y el marcador D2 con el cebador OPW19 (963 pares de bases).
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Ejemplos Ejemplo 1 Análisis de marcador en poblaciones F2 de lechuga que se segregan para un gen de resistencia a Bremia lactucae Regel
Las técnicas utilizadas para proporcionar marcadores de DNA moleculares rápidos y dirigidos, cercanamente asociados con los genes de resistencia a B. lactucae son conocidas por sí mismas (Paran et al., Genome 34, 1021-1027, 1991; Paran et al., TAG 85, 985-993, 1993; Williams et al., Nucleic Acid Research, 18, 6531-6535, 1990), y pueden utilizarse de una forma similar para la identificación de marcadores de DNA en otros cultivos.
De una población (véase esquema de cruce, ejemplo 2) de más de 300 plantas que se segregan para resistencia a B. lactucae, se agruparon separadamente los individuos susceptibles y resistentes al mismo fenotipo de B. lactucae (5 plantas por grupo). Estos grupos se examinaron utilizando 1600 cebadores RAPD disponibles comercialmente (Operon Technologies, Alameda USA, OPA-01 a OPAN-20; y University of British Columbia UBC 1 a 800). La mezcla de PCR para los marcadores A, B, C1, C2, C3, C4, D1 y D2 se amplificó bajo condiciones de RAPD estándar.
Después de determinar los marcadores de DNA moleculares candidatos utilizando el análisis RAPD en los grupos de DNA, estos marcadores de DNA se analizaron en individuos de la población segregada, en la que después era posible determinar cuales de estos marcadores de DNA estaban mejor ligados físicamente al gen de resistencia a Dm cualitativo, con una resistencia de amplio espectro a B. lactucae.
Para cada uno de los 4 genes examinados con una resistencia de amplio espectro a Dm, los marcadores de DNA moleculares mejor ligados se muestran en las Figuras 1-6. El marcador A fue identificado con el cebador OPAF6 (451 pares de bases); el marcador B fue identificado utilizando el cebador OPAM10 (555 pares de bases); el marcador C1 utilizando el cebador OPW16 (750 pares de bases); el marcador C2 utilizando el cebador OPL03 (276 pares de bases); el marcador C3 utilizando el cebador OPAE19 (675 pares de bases) y el marcador C4 utilizando el cebador UBC711 (1083 pares de bases); el marcador D1 fue identificado con el cebador OPW04 (520 pares de bases), y el marcador D2 con el cebador OPW19 (963 pares de bases).
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Ejemplo 2 Esquemas de cruce
En este ejemplo se muestran los esquemas de cruce para cuatro poblaciones diferentes. Aquí se utilizan los siguientes símbolos/caracteres:
* = planta resistente, que significa: resistencia a todos los fisios de B. lactucae ensayados.
BC = "Cruce retrógrado"
Z = Auto-polinización, el número de figuras después de Z indica cuantas veces ha tenido lugar la auto-polinización.
\newpage
Población A, L. virosa CGN9365, (IVT1398) (marcador A)
L. sativa X L. virosa
(lechuga de tipo iceberg) CGN9365 (IVT1398)
\downarrow
rescate de embriones
\downarrow
F1 X L. sativa (lechuga de tipo iceberg)
\downarrow
rescate de embriones
\downarrow
planta BC1 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo iceberg)
\downarrow
rescate de embriones
\downarrow
planta BC2 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo iceberg) (fértil)
\downarrow
auto-polinización de la planta BC3 resistente*
La población BC3Z se analizó después, y se identificó el marcador A. Plantas BC3Z individuales se auto-polinizaron y se seleccionaron plantas BC3Z2 individuales, homozigotas para el gen A de las poblaciones BC3Z2. Las plantas seleccionadas se utilizaron para análisis de ligamiento de los diversos marcadores de DNA identificados
(Ejemplo 3).
Población B, L. virosa CGN4683, (IVT280) (marcador B)
L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla) X L. virosa CGN4683 (IVT280)
\downarrow
rescate de embriones
\downarrow
F1 X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla)
\downarrow
rescate de embriones
\downarrow
planta BC1 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla) (fértil)
\downarrow
planta BC2 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla)
\downarrow
auto-polinización de planta BC3 resistente*
\vskip1.000000\baselineskip
La población BC3Z se analizó, y se identificó el marcador B. Plantas BC3Z individuales fueron auto-polinizadas, y se seleccionaron las plantas BC3Z2 individuales, homozigotas para el gen B de las poblaciones BC3Z obtenidas, y se utilizaron para análisis de ligamiento de los diversos marcadores de DNA identificados (Ejemplo 3).
Población C, L. virosa CGN5148 (IVT1538) (marcadores C1, C2, C3 y C4)
L. sativa X L. virosa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla) CGN5148 (IVT1583)
\downarrow
rescate de embriones
\downarrow
F1 X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla)
\downarrow
rescate de embriones
\downarrow
planta BC1 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla) (fértil)
\downarrow
planta BC2 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla)
\downarrow
auto-polinización de planta BC3 resistente*
La población BC3Z se analizó, y se identificaron los marcadores C1, C2, C3 y C4. Las plantas BC3Z individuales se auto-polinizaron, y se seleccionaron las plantas BC3Z2 individuales homozigotas para el gen C, de las poblaciones BC3Z2, y se utilizaron para análisis de ligamiento de los diversos marcadores de DNA identificados (Ejemplo 3).
Población D, L. serriola CGN5913 (IVT 1308) (marcadores D1 y D2)
L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla) X L. serriola CGN5913 (IVT 1308)
\downarrow
F1 X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla)
\downarrow
planta BC1 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla)
\downarrow
planta BC2 resistente* X L. sativa (lechuga de tipo cabeza de mantequilla)
\downarrow
auto-polinización de la planta BC3 resistente*
La población BC3Z se analizó y se identificaron los marcadores D1 y D2. Las plantas BC3Z individuales se auto-polinizaron, y se seleccionaron las plantas BC3Z2 individuales homozigotas para el gen D, de las poblaciones BC3Z2, y se utilizaron para análisis de ligamiento de los diversos marcadores de DNA identificados (Ejemplo 3).
Ejemplo 3 Análisis de ligamiento de los marcadores de DNA identificados
Hay diferentes métodos de demostrar si los diversos genes de resistencia cualitativos pueden estar situados en el mismo o en diferentes grupos de ligamiento (cromosomas).
A. Mapa genético
La determinación de la posición de los marcadores de DNA puede llevarse a cabo generando un mapa genético de los 9 cromosomas de la lechuga. Para generar un mapa genético en el que se indique la posición de los diversos marcadores de DNA moleculares, se realizan cruces entre plantas de lechuga que son altamente polimórficas en relación la una con la otra, desde un punto de vista genético. Para este tipo de cruces con un elevado grado de polimorfismo, debe hacerse una distinción entre:
- cruce intraespecífico:
Este es un cruce entre, por ejemplo, la lechuga cabeza de mantequilla y la lechuga iceberg, un cruce se hace dentro de una especie (L. sativa).
- cruce interespecífico:
Este es un cruce entre dos especies Lactuca, por ejemplo la lechuga cabeza de mantequilla (L. sativa) con
L. virosa.
Se genera una población F2 ó BC1 de ambos tipos de cruce. Mediante el análisis de esta población F2 ó BC1 con, por ejemplo, marcadores RAPD, todas las plantas pueden analizarse individualmente para la presencia o ausencia de los marcadores de DNA moleculares polimórficos. Mediante el análisis de los datos obtenidos, utilizando un programa de ordenador tal como, por ejemplo, JoinMap (Stam, Plant Journal 3, 739-744, 1993), pueden construirse grupos de ligamiento que colocan los diversos marcadores de DNA analizados linealmente entre ellos, separados por distancias de recombinación expresados en centiMorgans. Si un gen de resistencia a Dm de amplio espectro se segrega en la población F2 ó BC1 utilizada, el gen de resistencia a Dm de amplio espectro puede, después de ensayarse con B. lactucae, ser colocado dentro de uno de los grupos de ligamiento mostrados en un mapa genético detallado de la lechuga. Un mapa genético de lechuga con 9 grupos de ligamiento ha sido descrito por Michelmore (Genetics 116, 331-337, 1987).
Cuando los marcadores de DNA moleculares identificados según la presente invención son polimórficos en los parentales utilizados para fabricar una población F2 ó BC1, estos marcadores de DNA pueden situarse en el mapa genético, donde es posible establecer si los marcadores de DNA se originan del mismo o de diferentes grupos de ligamiento.
B. Análisis de cruce
Otro método para determinar la posición de los marcadores de DNA como los aplicados en la presente invención ligados a los genes de resistencia, consiste en estudiar la segregación dependiente o independiente de los diferentes marcadores de DNA. Para este propósito, se seleccionaron de cuatro poblaciones plantas individuales que son homozigotas para los genes de resistencia a Dm de amplio espectro específicos, de las poblaciones A, B, C o D respectivamente. Después se realizaron cruces específicos para la generación de una población segregada F2, en la que están presentes todos los genes de resistencia a Dm y sus correspondientes marcadores de DNA.
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Selección de plantas con genes A y B
Una planta homozigota para el gen A de resistencia a Dm (como se demuestra con el marcador A), se cruzó con una planta homozigota para el gen B de resistencia a Dm (marcador B). La planta individual F1 con ambos genes A y B de resistencia a Dm (después del análisis con los marcadores de DNA A y B), así como las plantas individuales de la población F2, fueron posteriormente auto-polinizadas. Se realizó una selección de las poblaciones de plantas F3 que eran homozigotas para ambos, el gen A de resistencia a Dm y el gen B de resistencia a Dm, utilizando los marcadores de DNA específicos para los genes A y B de resistencia a Dm.
Ser capaces de seleccionar una planta con los genes A y B de resistencia a Dm cualitativos, teniendo cada uno un amplio espectro de resistencia a Dm, significa que ambos genes de resistencia están localizados en diferentes grupos de ligamiento.
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Selección de una planta con ambos genes C y D
Una planta homozigota para el gen C de resistencia a Dm (como se ha demostrado con los marcadores C1, C2, C3 ó C4), se cruzó con una planta homozigota para el gen D de resistencia a Dm (marcadores D1 ó D2). La planta individual F1 con ambos genes C y D de resistencia a Dm (después de análisis con los marcadores de DNA C1, C2, C3 ó C4 y D1 ó D2), así como las plantas individuales de la población F2, se auto-polinizaron posteriormente. Se hizo una selección de la población F3, de plantas que eran homozigotas para el gen C de resistencia a Dm y para el gen D de resistencia a Dm, utilizando los marcadores de DNA específicos para los genes C y D de resistencia a
Dm.
Ser capaces de seleccionar una planta con los genes C y D de resistencia a Dm cualitativos, teniendo cada uno una resistencia a Dm de amplio espectro, significa que ambos genes de resistencia están localizados en diferentes grupos de ligamiento.
Ejemplo 4 Análisis de ligamiento para los 4 genes de las 4 diferentes poblaciones
La planta seleccionada homozigota para los genes A y B de resistencia a Dm se cruzó después con la planta seleccionada homozigota para los genes C y D de resistencia a Dm. Las plantas F1 heterozigotas para los genes A, B, C y D de resistencia a Dm (como se determinó con los marcadores de DNA específicos para estos genes), se auto-polinizaron.
La población F2 se ensayó con el ensayo de enfermedad por B. lactucae y se analizó con marcadores de DNA para los 4 genes de resistencia a Dm de amplio espectro.
Para el ensayo de enfermedad, se cortaron con un perforador de corcho, tres a seis círculos de hoja con una sección de corte de 18 a 20 mm, de plantas de lechuga, para ensayar, o se pusieron 50 semillas sobre un papel de filtro. Los círculos cortados o los papeles de filtro con la semilla de lechuga se colocaron en una bandeja sobre un papel de filtro grueso húmedo, y se cubrieron con una placa de cristal hasta el momento de la inoculación. Los círculos cortados se inocularon el mismo día o unos pocos días después de cortarlos. Las semillas se dejaron germinar y después se cultivaron en una celda climatizada a 12-16º C, con 16 horas de luz y 8 horas de oscuridad, hasta que se extendieron las hojas de las semillas, y después tuvo lugar la inoculación.
El inóculo de B. lactucae se preparó mezclando un determinado fisio de B. lactucae (fresco o congelado), que esporula en el material de las hojas, en una pequeña cantidad medida de agua, y esparciendo después esta solución. La concentración de esporas vivas se determinó después por medio de un microscopio de fluorescencia, ajustándolo cuando era necesario. La concentración óptima de esporas es de 10.000-50.000 esporas virulentas/ml de
agua.
El inóculo se aplicó a los círculos cortados o a las plántulas con un pulverizador para plantas, hasta que los círculos cortados estaban ligeramente humedecidos. La bandeja se cubrió después de nuevo con una placa de cristal y se dejó estar a 12-16º C y con 16 horas de luz y 8 de oscuridad. Después de 10 a 14 días era posible analizar los círculos cortados, para el grado de desarrollo y esporulación, y era posible establecer si una planta ensayada o un número de lechuga era resistente o susceptible al fisio de B. lactucae ensayado.
El análisis de marcadores de DNA se realizó como se describió en el Ejemplo 1.
De la población F2 fabricada, 24 plantas que fueron ensayadas con el ensayo de enfermedad por B. lactucae, y se analizaron con los marcadores RAPD, se muestran en la tabla 1 y en las figuras 7-14. De este ensayo, se encontró que los ocho marcadores RAPD pueden segregarse independientemente uno del otro y que por lo tanto pueden colocarse en cuatro grupos de ligamiento diferentes.
Conclusión
Las figuras 7-14 muestran que los marcadores de DNA ligados a los 4 genes de resistencia a Dm de amplio espectro, se segregan independientemente el uno de los otros, y por lo tanto pueden colocarse en los cuatro grupos de ligamiento separados. De esta forma pueden seleccionarse las plantas que tienen al menos 2, preferiblemente 3, y más preferiblemente 4 genes de resistencia cualitativos (indicados con: * en la tabla 1, más adelante), que tienen una resistencia a Dm de amplio espectro, y que son por lo tanto valiosos para procesarlos en una variedad de lechuga comercial.
Solamente la aplicación de los marcadores de DNA según la invención, hace posible dicha selección, porque en el ensayo de enfermedad por B. lactucae, no se puede hacer distinción entre la presencia de uno o más genes de resistencia a Dm de amplio espectro cualitativos.
Los resultados correspondientes se obtuvieron con las otras especies de lechuga silvestres.
TABLA 1 Marcadores RAPD originados de los 4 grupos de ligamiento diferentes (cromosomas)
F2 Ensayo Marca- Marca- Marca- Marca- Marca- Marca- Marca- Marca- Plantas con
Nº de de dor dor dor dor dor dor dor dor todos los
planta enfermedad A B C1 C2 C3 C4 D1 D2 marcadores
(*)
1 R + + - - - - + +
2 R - + - - - - - -
3 R - - + + + + + +
4 R + + + + + + + + *
5 R + - + + + + + +
6 R + + + + + + - -
7 R + + - - - - - -
8 R + + + + + + + + *
9 R + - + + + + + +
10 R + + + + + + + +
11 R + + - - - - + +
12 R + + + + + + - -
13 R + + - - - - + +
14 R + + - - - - + +
15 R + - + + + + - -
16 R + + + + + + + + *
17 R + - + + + + - -
18 R + + + + + + + + *
19 R - - - - - - + +
20 R + - + + + + + +
21 R - - + + + + + +
22 R + - + + + + - -
23 R + + + + + + + + *
24 R + + + + + + + + *
R = resistente
Marcador A = OPAF06/451 pares de bases
Marcador B = OPAM10/555 pares de bases
Marcador C1 = OPW16/750 pares de bases
Marcador C2 = OPL03/276 pares de bases
Marcador C3 = OPAE19/675 pares de bases
Marcador C4 = UBC711/1083 pares de bases
Marcador D1 = OPW04/520 pares de bases
Marcador D2 = OPW19/963 pares de bases
<110> Enza Zaden, De Enkhuizer Zaadhandel B.V.
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<120> Método para obtener una planta con una resistencia perdurable a un patógeno.
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<130> enza5PCTseqlist
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<140> pct/n100/00241
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<141> 2000-04-13
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<150> NL 1011819
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<151> 1999-04-16
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<160> 6
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<170> PatentIn Ver. 2.1
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<210> 1
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<211> 451
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<212> DNA
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<213> Lactuca sativa
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<400> 1
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1
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<210> 2
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<211> 555
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<212> DNA
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<213> Lactuca sativa
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<400> 2
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2
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<210> 3
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<211> 276
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<212> DNA
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<213> Lactuca sativa
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<400> 3
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3
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<210> 4
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<211> 675
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<212> DNA
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<213> Lactuca sativa
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<400> 4
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4
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<210> 5
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<211> 1083
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<212> DNA
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<213> Lactuca sativa
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<400> 5
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5
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<210> 6
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<211> 963
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<212> DNA
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<213> Lactuca sativa
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<400> 6
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6

Claims (7)

1. Un método para obtener una planta Lactuca sativa con dos o más genes de resistencia a Dm a Bremia lactucae, que comprende:
a.
proporcionar uno o más marcadores de DNA, ligados a uno o más genes de resistencia a Dm en una planta de lechuga silvestre;
b.
determinar la presencia de uno o más genes de resistencia a Dm en la planta de lechuga silvestre utilizando estos marcadores de DNA;
c.
cruzar la planta de lechuga silvestre que contiene uno o más genes de resistencia a Dm, con una planta de L. sativa;
d.
seleccionar de su progenie una planta con uno o más genes de resistencia a Dm, utilizando marcadores de DNA;
e.
cruzar la planta seleccionada que contiene uno o más genes de resistencia a Dm, con la planta de lechuga silvestre que contiene uno o más genes de resistencia a Dm; y
f.
seleccionar de su progenie una planta de L. sativa que contiene dos o más genes de resistencia a Dm; y
g.
opcionalmente, repetir las etapas (e) y (f) al menos una vez;
donde la planta de lechuga silvestre es L. virosa, y donde el marcador de DNA se selecciona del grupo que consiste en los marcadores de DNA que contienen una secuencia de DNA como las mostradas en las figuras 1-6, o una secuencia de DNA que tiene al menos un 70%, preferiblemente al menos un 80%, más preferiblemente al menos un 90%, y más preferiblemente al menos un 95% de homología con la secuencias de DNA mostradas en las figuras 1-6.
2. Un método como el reivindicado en la reivindicación 1, en el que la planta Lactuca sativa se selecciona del grupo que consiste en L. sativa Lineaus capitata, L. sativa Lineaus acephala, L. sativa Lineaus romana, L. sativa Lineaus secalina, y L. sativa Lineaus angustana.
3. Una planta de Lactuca sativa que contiene dos o más genes de resistencia a Dm derivados de L. virosa, donde la presencia de dichos genes de resistencia a Dm está ligada a los marcadores de DNA seleccionados del grupo que consiste en los marcadores de DNA que contienen una secuencia de DNA como las mostradas en las figuras 1-6.
4. Una planta de L. sativa como la reivindicada en la reivindicación 3, donde la planta se selecciona del grupo que consiste en L. sativa Lineaus capitata, L. sativa Lineaus acephala, L. sativa Lineaus romana, L. sativa Lineaus secalina, y L. sativa Lineaus angustana.
5. Las semillas de una planta de lechuga de cultivo como la reivindicada en las reivindicaciones 3 ó 4.
6. Un marcador de DNA que contiene una secuencia de DNA que es al menos un 70%, preferiblemente al menos un 80%, más preferiblemente al menos un 90%, más preferiblemente al menos un 95% homóloga con cualquiera de las secuencias mostradas en las figuras 1-6, en la que el marcador de DNA está específicamente ligado a uno o más genes de resistencia a Dm.
7. Un marcador de DNA, como el reivindicado en la reivindicación 6, que contiene una secuencia de DNA como la mostrada en las Figuras 1-6.
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