ES2281070T3 - Modulacion de la accion del receptor de tnf. - Google Patents
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Abstract
SE PRESENTA UN METODO PARA MODULAR LA TRANSDUCCION DE LA SEÑAL Y/O LA DIVISION EN EL RECEPTORES DEL FACTOR DE NECROSIS TUMORAL (TNF-RS). LOS PEPTIDOS U OTRAS MOLECULAS PUEDEN INTERACTUAR TANTO CON EL RECEPTOR MISMO, COMO CON LAS PROTEINAS QUE INTERACTUAN CON EL RECEPTOR, MODULANDO DE ESTA MANERA EL FUNCIONAMIENTO NORMAL DEL TNF-RS. TALES PEPTIDOS U OTRAS MOLECULAS PUEDEN EMPLEARSE PARA APLICACIONES PROFILACTICAS Y TERAPEUTICAS EN ENFERMEDADES ASOCIADAS CON EL TNF.
Description
Modulación de la acción del receptor de TNF.
La presente invención se refiere a la modulación
de la transducción de señal mediante los receptores del factor de
necrosis tumoral (TNF-Rs). Más concretamente, la
invención proporciona métodos in vitro que utilizan péptidos
y otras sustancias que interaccionan con el
p55-TNF-R y que por lo tanto pueden
emplearse en aplicaciones profilácticas y terapéuticas en las
enfermedades asociadas con la función del TNF.
El TNF, una citoquina proinflamatoria producida
principalmente por los macrófagos, contribuye a la defensa del
huésped contra patógenos así como contra varias manifestaciones
perniciosas de la inflamación mediante varios efectos diferentes en
la función celular (Old, 1990; Beutler y Cerami, 1989). Estos
efectos se inician cuando el TNF se une a receptores celulares
específicos de la superficie de alta afinidad
(TNF-Rs), que se expresan en la mayoría de los
tipos de células (Baglioni et al., 1985; Beutler et
al., 1985; Kull et al., 1985; Tsujimoto et al.,
1985; Aggarwal et al., 1985; Israel et al., 1986). Los
receptores proporcionan las señales intracelulares para la
respuesta celular al TNF (Engelmann et al., 1990a). Se han
identificado dos especies moleculares de los
TNF-Rs, el p55-TNF-R
y el p75-TNF-R, que se expresan de
forma diferenciada en los diferentes tipos de células (Engelmann
et al., 1990b; Brockhaus et al.,
1990).
1990).
Una de las características más distintivas del
TNF comparado con otros mediadores del sistema inmunológico es su
capacidad para inducir la muerte celular. En muchas enfermedades
graves, tales como los trastornos autoinmunológicos, la artritis
reumatoide, el rechazo de injertos y la enfermedad
injerto-contra-huésped, el TNF
parece ser una causa principal de la destrucción patológica de
tejidos. Por tanto, el bloqueo de la actividad del TNF en estas
condiciones tiene mucha importancia a la hora de desarrollar nuevas
terapias para dichas enfermedades.
Por otro lado, en algunas otras situaciones,
puede resultar beneficioso potenciar la función del TNF, por
ejemplo, en situaciones en los que sus actividades antitumorales o
antibióticas son beneficiosas.
El mediador principal del efecto citotóxico del
TNF en las células fibroblastoides y epiteliales es el
p55-TNF-R, que también es el tipo
del TNF-R prevalente en estas líneas de células. El
bloqueo de este receptor suprime el efecto citotóxico del TNF,
mientras que la inducción de la agregación de las moléculas
receptores puede mimetizar el efecto citotóxico del TNF.
Se ha demostrado que la forma soluble de este
receptor, así como la forma soluble del otro (p75)
TNF-R, tienen efectos inhibidores sobre la función
del TNF. Se presentaron indicios de que estas formas solubles se
derivan proteolíticamente de formas presentes en la superficie
celular (Nophar et al., 1990; Porteu y Nathan, 1990; Porteu
et al., 1991).
Shalaby et al. (J. Exp. Med. 172
(1990), 1517-1520) y EP-A1 0 444 560
describen anticuerpos dirigidos contra los receptores del TNF y se
ha podido demostrar que la unión del anticuerpo al
TNF-R puede interferir con la transducción de
señal. Sin embargo, estos documentos no indican qué regiones del
TNF-R son las responsables de la transducción de
señal y, por lo tanto, no describen métodos para la identificación
eficaz de las sustancias que pueden modular o inhibir la
transducción de señal por parte del TNF-R.
Tanto la señalización de los receptores como la
escisión de los receptores parecen reflejar interacciones entre el
receptor y algunas proteínas efectoras de la célula; la escisión
mediante la interacción con proteasas susceptibles a la regulación,
y la señalización mediante la interacción con proteínas con algo de
actividad de señalización.
Por tanto, la presente invención proporciona un
método para la identificación de moléculas que interaccionan con un
TNF-R para modular la transducción de señal por el
TNF-R, que comprende las etapas que se describen en
la reivindicación 1.
La presente invención también proporciona un
método para identificar moléculas que interaccionan con un
TNF-R para modular la transducción de señal
mediante el TNF-R que comprende las etapas tales
como se describen en la reivindicación 2.
En una realización preferida, dicho método se
utiliza para identificar una molécula que interacciona con el
TNF-R para inhibir la transducción de señal mediante
el TNF-R, en el cual dicha etapa (c) comprende la
identificación de dicha molécula como capaz de inhibir la
transducción de señal del TNF-R.
Esta interferencia de la molécula y del
TNF-R influye en el funcionamiento normal de los
TNF-R o influye en una proteína efectora que
interacciona con el mismo, y así modula la transducción de señal
mediante la inhibición parcial o total de la misma.
Los péptidos y otras sustancias útiles en los
métodos in vitro de la invención pueden producirse mediante
métodos convencionales o recombinantes.
\newpage
La figura 1 muestra las secuencias del
nucleótido y del aminoácido del receptor p55 TNF, en las cuales las
porciones indicadas en un contorno son las secuencias de los
dominios líder y transmembrana y las fechas indican las mutaciones
y deleciones realizadas.
La figura 2 ilustra los diferentes mutantes de
deleción examinados
La figura 3 demuestra que el mutante del
p55-TNF-R del cual se eliminaron los
aminoácidos 415-426 sigue siendo capaz de
transmitir señales de un efecto citotóxico mientras que el mutante
\Delta405-426, del cual se eliminaron 10
aminoácidos adicionales no lo es.
Se identificó una pequeña secuencia de
aminoácidos en la parte intracelular del receptor del
p55-TNF que demostró ser esencial para que el TNF
desencadenara la muerte celular. Los mutantes del
p55-TNF-R con deleciones de la
terminal C en la parte intracelular no pueden actuar como señal para
el efecto citotóxico si dicha secuencia de aminoácidos se suprimió.
En cambio, receptores truncados que contienen esta secuencia de
aminoácidos son plenamente capaces de inducir la muerte celular.
Las moléculas que pueden unirse específicamente a esta secuencia
así como las moléculas que mimetizan la estructura de esta secuencia
pero que carecen de su capacidad para estimular la muerte celular
pueden emplearse como inhibidores intracelulares del TNF. Inhibirán
la interacción de los TNF-R con las moléculas que
actúan aguas abajo en la cadena de transducción de señal.
Se identificaron los clones de las células A9
que expresan la cepa natural y la forma mutante del
p55-TNF-R humano mediante la unión
del TNF humano radiomarcado. Para las investigaciones posteriores,
se emplearon los clones que potenciaron por un factor de
aproximadamente diez la unión comparada con las células A9 no
transfectadas o transfectadas con control, es decir, las células
transfectadas sólo con el plásmido responsable de la resistencia a
neomicina.
Se observaron diferentes efectos en las células
transfectadas con la cepa natural o la forma mutante en cuanto a la
sensibilidad de dichas células transfectadas al efecto citotóxico
del TNF con anticuerpos monoclonales contra el
p55-TNF-R humano que pueden
mimetizar la acción del TNF. Las células transfectadas con la cepa
natural humana del p55-TNF-R se
hicieron muy sensibles a la acción citotóxica de estos anticuerpos,
que no mostraron ningún efecto en las células A9 no transfectadas o
transfectadas con control. En cambio, las células transfectadas que
expresaban los receptores mutantes con deleción de los aminoácidos
405 a 426 no eran sensibles en absoluto a los anticuerpos contra el
p55-TNF-R humano, a pesar de niveles
similares de expresión del receptor. No obstante, estas células no
pudieron responder al TNF humano que actuaba a través de los
receptores murinos endógenos, lo que demostró que la falta de
sensibilidad no se debía a un bloqueo después del receptor en la vía
de transducción de señal.
Sin embargo, los mutantes del receptor
(del:415-426), con una deleción de 10 aminoácidos
menos que en el mutante anterior, indujeron en las células
transfectadas una alta sensibilidad a la acción citotóxica de los
anticuerpos contra el p55-TNF-R
humano.
Lo señalado arriba indica que los aminoácidos
405 a 414, o parte de los mismos, son esenciales para la
señalización del p55-TNF-R humano
para el efecto citotóxico del TNF, mientras que los aminoácidos 415
a 426 no son esenciales.
Tal como se indica arriba, la presente invención
proporciona métodos para la identificación de péptidos y substratos
que pueden interaccionar con el receptor mismo o una cierta región
del mismo.
Con este fin, las proteínas que interaccionan
con las regiones relevantes del receptor se aíslan de los extractos
celulares, por ejemplo, mediante la purificación de afinidad de
ligandos con estas regiones como ligandos. Posteriormente, se hace
un cribado para encontrar sustancias que pueden unirse al receptor,
lo que interfiere en su interacción entre sí. Dicho cribado se
lleva a cabo de acuerdo con uno de los siguientes métodos:
1) Los péptidos diana que corresponden a las
regiones de aminoácidos del TNF-R caracterizadas
como tal y que resultan ser cruciales para la transducción de señal
se sintetizan y las bibliotecas de péptidos se criban para ligandos
que se unen a las mismas. Los péptidos que se unen a estas regiones
se someten a un cribado adicional para encontrar aquellos que
también se unen al TNF-R. Finalmente, los péptidos
capaces de unión de alta afinidad con los péptidos diana y el
TNF-R se criban para la capacidad del péptido para
ejercer la actividad biológica deseada, es decir, para influir en
el funcionamiento normal del TNF-R.
2) De una manera parecida, una variedad de
moléculas orgánicas, incluidos los fármacos conocidos por otras
indicaciones, se criban para su capacidad de interferir en el
funcionamiento normal del TNF-R. Esta capacidad se
determina examinando si estas moléculas pueden unirse o
interaccionar de forma diferente con los aminoácidos o regiones de
aminoácidos caracterizadas anteriormente que han resultado ser
cruciales para la transducción de señal.
3) Además de las moléculas orgánicas, se criban
también los caldos de material biológico tal como productos de
fermentación de bacterias, de hongos, y de células eucarióticas, y
preparaciones no procesadas de citoquinas con los péptidos de las
secuencias de aminoácidos diana descritos anteriormente. A
continuación, las moléculas obtenidas de este cribado se someten a
un cribado adicional para determinar su capacidad de realizar la
función biológica
deseada.
deseada.
De la misma manera, las proteínas efectoras
obtenidas, por ejemplo, después de someter todos los extractos a
una cromatografía en una resina a la cual están unidos los péptidos
diana, se emplean para el cribado de las bibliotecas de péptidos
descritas anteriormente, moléculas orgánicas y caldos biológicos. A
continuación, las moléculas que se unen a las proteínas efectoras
se examinan para ver si son capaces de inhibir la interacción entre
las proteínas efectoras y el TNF-R y por ende si son
capaces de interferir en el funcionamiento normal del
TNF-R.
Como alternativa, se diseñan moléculas que
encajan espacialmente con la estructura cuaternaria de las regiones
de aminoácidos en el receptor o la proteína efectora, y por lo
tanto, interfieren en la interacción entre ambos.
Las moléculas activas obtenidas con los
procedimientos anteriores, en tanto que son sustancias biológicas,
pueden prepararse también mediante abordajes biotecnológicos. De
esta forma, se hará posible la producción masiva de estas
moléculas. Los péptidos pueden producirse bien con métodos conocidos
de síntesis de péptidos o con la expresión de vectores que
contienen las secuencias de ADN que los codifican. Otras moléculas,
si se preparan con métodos enzimáticos, pueden sintetizarse con las
enzimas indicadas en las células apropiadas en cultivo.
Los siguientes ejemplos ilustran la invención
sin limitar el alcance de la misma.
Se digirió el ADNc del p55-TNF
humano (Nophar et al., 1990) con las enzimas de restricción
BanII y NheI para eliminar grandes tramos de las regiones 5' y 3'
no codificadoras. Se generaron los mutantes
\Delta:405-426 y \Delta:415-426
(figura 3) mediante la mutación dirigida por oligonucleótidos de
esta forma acortada de ADNc, con el kit de mutagénesis "Altered
Status" de Promega. Se insertaron los codones de terminación
después de la cisteína 404 (mutante
\Delta:405-426; aminoácidos en el receptor se
numeran según Loetscher et al., 1990) con el oligonucleótido
5'CTG CTG GGC TGC TAG CCT GGA GGA CAT 3', y después de la glicina
414 (mutante \Delta:416-426), con el
oligonucleótido 5' AAG CCC TTT GCG GCT AGC CCC GCC GCC CT 3'. Se
prepararon otros mutantes del ADNc de forma similar con los
oligonucleótidos apropiados para dirigir las mutaciones deseadas
para los demás mutantes investigados. Se introdujeron el ADN natural
y el ADNc mutado en el vector de expresión eucariótica pMPSVEH
(Artelt et al., 1988), que contiene el promotor del virus del
sarcoma mieloproliferativo, un intrón SV40 y la señal SV40 de
poliadenilación.
Las células del linaje A9 murino se cultivaron
en el medio Eagle modificado de Dulbecco (DMEM), que contenía suero
fetal bovino, al 10% 100 unidades/mL de penicilina y 100 \mug/mL
de estreptomicina (el medio de crecimiento). Se transfectaron las
células con las construcciones de expresión que codificaban el
receptor natural y los receptores mutantes, junto con el plásmido
responsable de la resistencia a neomicina pSV2neo, con el método de
precipitación con fosfato de calcio (Graham y van der Eb, 1973).
Después de 10 a 14 días de selección en el medio de crecimiento que
contenía 500 \mug/mL de G418 (Sigma), se aislaron las colonias
resistentes y se examinaron para indicios de expresión del
p55-TNF-R humano
(hu-p55-TNF-R)
mediante la medición de la unión del TNF a las células. De todas
las células transfectadas, se analizaron al menos tres clones
diferentes en los ensayos de funcionalidad para comprobar las
variaciones en sus propiedades en función del clon.
El Dr. G. Adolf del Instituto Boehringer, Viena,
Austria, fue tan amable de proporcionar el
TNF-\alpha human recombinante (TNF, 5 x 10^{7}
unidades/mg de proteína), producido por Genentech Co., San
Francisco, Ca. El TNF se radiomarcó con cloramina T hasta una
radioactividad específica de 2000 mCi/mmol (Israel et al.,
1986). Para determinar la unión del TNF, se sembraron las células
en placas de cultivo de tejido de 15 mm a una densidad de 2,5 x
10^{5} células/placa. Después de 24 horas de incubación a 37ºC,
las placas se transfirieron a hielo, se eliminó el medio de cultivo
y el TNF radiomarcado se aplicó a una concentración de 0,1 mM, bien
solo o con un exceso de 1000 veces del TNF no marcado, en 200
\muL de PBS (0,154 de cloruro de sodio más 10 mM de fosfato de
sodio, pH 7,4) que contenían 1 mM de CaCl_{2}, 1 mM de MgCL_{2},
BSA al 0,5% y NaN al 0,02% (tampón de unión). Después de 3 horas de
incubación sobre hielo, las células se aclararon y se desprendieron
mediante incubación en PBS que contenía 5 mM de EDTA. Se midió la
actividad ligada a las células con un contador de radiación
gama.
Se sembraron las células en placas de 96
pocillos 24 horas antes del ensayo a una densidad de 30.000 células
por pocillo. A continuación, se intercambió el medio de crecimiento
por el medio de crecimiento que contenía cicloheximida (CHI, 25
\mug/mL para las células HeLa y 50 \mug/mL para todos los demás
tipos de células) y el TNF-\alpha humano o
anticuerpos monoclonales contra el p55 TNF-\alpha
(Engelmann et al., 1990b). Después de unas 11 horas
adicionales de incubación a 37ºC, se evaluó la viabilidad de las
células en ensayo con una red neutral de captación tal como se ha
descrito anteriormente (Wallach, 1984).
Se entrelazan los péptidos sintéticos cuyas
secuencias corresponden a aquellas regiones en los receptores que
resultan ser cruciales para la señalización a una resina sólida, por
ejemplo, un gel de sefarosa, agarosa, o agarosa de acrilamido
hidrazido o parecido, mediante un enlazador covalente tal como el
glutaraldehído. Se aplican los extractos de las células o las
membranas celulares a una columna de este tipo y las proteínas que
se unen a ella se eluyen, por ejemplo, mediante una reducción del
pH. Se recogen las fracciones que contienen las proteínas y se
someten a una purificación adicional. En esta purificación
adicional, se pueden monitorizar las proteínas mediante la
determinación de su actividad específica de señalización.
El TNF-R o las regiones del
mismo que resultan cruciales para su función, o proteínas efectoras
purificadas que se interaccionan con éstos, se inyectan en ratones,
conejos, u otros animales apropiados habitualmente utilizados para
la producción de anticuerpos, según los protocolos apropiados. Se
producen los anticuerpos monoclonales contra las proteínas
indicadas anteriormente con los bazos de los animales inmunizados de
la forma habitual. El ADN extraído de las células esplénicas o de
los hibridomas producidos de las mismas se utiliza para producir
los anticuerpos mediante tecnología recombinante de ADN. De esta
forma, se obtienen los anticuerpos que modulan la función del TNF
al interferir con la transducción de señal.
Mediante el uso del ADN que codifica los
anticuerpos, se construyen moléculas más pequeñas con la misma
actividad de unión cuya estructura corresponde a las regiones
hipervariables en los anticuerpos y derivados de los mismos. Se
diseñan estas moléculas de tal forma que puedan penetrar en las
membranas celulares donde interaccionan con el dominio citoplásmico
de los receptores o con las proteínas efectoras citoplásmicas.
Se marcan las proteínas efectoras aisladas y
purificadas según lo descrito en el ejemplo 5 con, por ejemplo,
^{125}I u otro marcador radioactivo, o con un marcador
fluorescente, y se mide la eficacia de su interacción con las
moléculas receptoras ancladas en la fase sólida o fragmentos de las
mismas en presencia de varios caldos biológicos o moléculas
sintéticas orgánicas con tal de identificar una molécula o unas
moléculas que son capaces de interferir en esta interacción.
Mediante el mismo método, dichas moléculas pueden monitorizarse
mientras se purifican de sus preparaciones sin tratar.
El péptido diana tiene la siguiente
secuencia:
- Péptido D: Leu Glu Asp Ile Glu Glu Ala Leu Cys Gly
El péptido D corresponde a los aminoácidos
405-414 de la secuencia de aminoácidos del
TNF-R tal como se indica en la figura 1.
El péptido diana se sintetiza con derivados de
aminoácidos protegidos con Fmoc, según los procedimientos
habituales, por ejemplo, según Chang, C.D., y Meienhoffer, J.,
(1978): Grandas A., et al. (1989); Fournier A., et al.
(1989): Stewart M.J. e Young J.D. (1984); o métodos similares.
La biblioteca combinatorial de péptidos se
sintetiza sobre microesferas portadoras apropiadas, por ejemplo,
microesferas hechas de poliestireno enlazado con divenilo de benceno
(DVB al 1%), con un diámetro de aproximadamente 200 micras, y con
aproximadamente un mili-equivalente de sitios de
unión, por ejemplo, aminas primarias, o un grupo clorometilo lábil
en condiciones ácidas. Enlazadores tales como la cistamina pueden
acoplarse a las microesferas con un entre-enlazador
apropiado, por ejemplo, glutardialdehido. Se realiza la síntesis de
péptidos sobre la amina libre de la cistamina. En la terminación de
la secuencia, se escinde el puente de cistamina con una reducción
suave, por ejemplo, con ditiotreitol, lo que resulta en un péptido
con un grupo C terminal libre de SH. Este grupo, que es único en
muchos péptidos, sirve como un sitio de modificación específico para
la unión de una molécula de reconocimiento, por ejemplo, mediante
reacción con iminobiotina-maleimida.
Se diseña la estrategia de síntesis de la
biblioteca para permitir el cribado de los péptidos de tamaño de 9
residuos o más, y comprende hasta aproximadamente 100 derivados de
aminoácidos diferentes. Los primeros 6 aminoácidos se sintetizan
aleatoriamente mediante la incorporación de todos los diferentes
derivados de aminoácidos en cada ciclo de síntesis. En los últimos
3 ciclos de síntesis, una secuencia única de aminoácidos se
sintetiza para cada microesfera, de acuerdo con lo siguiente:
Después de la incorporación del aminoácido
número 6, se alicuotan las microesferas. El número de alícuotas es
el mismo que el número de diferentes derivados de aminoácidos. A
continuación, un único derivado de aminoácido se incorpora en la
posición 7 de la cadena creciente de polipéptido de todas las
microesferas en una alícuota. A continuación, las microesferas se
mezclan juntas y se redistribuyen como se ha indicado anteriormente.
Este procedimiento se repite 3 veces para que se incorpore un total
de 3 residuos únicos de aminoácidos por cada microesfera. Este
formato de síntesis se llama "síntesis estructurada" para
diferenciarlo del formato de síntesis aleatoria utilizado para
sintetizar el péptido en las posiciones 1 a 6.
A continuación, la biblioteca primaria se somete
a un cribado tal como se describe más abajo. Los resultados del
cribado permiten la selección de secuencias específicas de
tripéptidos capaces de unirse a las secuencias diana.
La síntesis de la biblioteca secundaria se
realiza después de haber identificado la(s)
secuencia(s) indicada(s) de tripéptidos mediante el
cribado de la biblioteca primaria. Se realiza la síntesis de la
biblioteca secundaria de manera parecida en concepto a la empleada
para la biblioteca primaria. Los primeros 3 residuos aminoácidos se
sintetizan mediante una síntesis estructurada, y los últimos 3
aminoácidos se sintetizan según la(s) secuencia(s)
derivada(s) del cribado de la biblioteca primaria.
La biblioteca terciaria se sintetiza de forma
parecida en concepto a la empleada para la biblioteca primaria y la
secundaria. Los primeros 3 residuos aminoácidos se sintetizan
mediante una síntesis estructurada, y a continuación, los últimos 6
residuos aminoácidos se incorporan según la(s)
secuencia(s) derivada(s) del cribado de las
bibliotecas primarias y secundarias.
El procedimiento descrito anteriormente permite
la identificación de péptidos con 9 residuos aminoácidos que son
capaces de unirse específicamente a los ligandos diana. Es posible
continuar el procedimiento de síntesis/cribado con tal de preparar
péptidos más largos, que posiblemente darían mejor rendimiento.
También podría ser ventajoso someter al péptido a modificaciones
adicionales, como por ejemplo una estabilización de la conformación
del péptido mediante el entre-enlazamiento de las
cadenas secundarias, una protección contra escisión proteolítica
mediante una modificación del enlace peptídico, un aumento en la
potencial de transporte a través de la membrana mediante
conjugación de residuos hidrófobos a las cadenas secundarias, etc.,
con tal de mejorar su actividad. Después, es posible llevar a cabo
la modificación según la estrategia descrita más arriba. Este
planteamiento permite un cribado rápido de muchos péptidos
modificados y reduce drásticamente el tiempo necesario para
identificar el péptido
deseado.
deseado.
El cribado de la biblioteca (péptidos) se divide
en 3 fases:
- Fase A: Cribado para la unión de ligandos, es decir, la unión al péptido diana y a la proteína nativa.
- Fase B: Cribado para la capacidad de los péptidos de bloquear la transducción de señal del TNF-R.
\newpage
Fase
A
Las bibliotecas se exponen al ligando, por
ejemplo, cualquiera de los péptidos diana indicados más arriba o el
TNF-R purificado. La detección del ligando unido es
posible mediante la monitorización de un marcaje directo del
ligando, por ejemplo, con un colorante fluorescente, tal como
rodamina tetrametilo, o con anticuerpos específicos policlonales y
un segundo anticuerpo apropiado acoplado a un marcado indicado, por
ejemplo, la enzima alcalino fosfatasa o peroxidasa de rábano
picante. La enzima unida se detecta con un sustrato apropiado, por
ejemplo, para alcalino fosfatasa, ECIP acoplado a una sal tetrazolio
tal como nitroazul tetrazolio, o para peroxidasa de rábano picante,
cloronaftol o benzidino tetrametilo.
La detección de las microesferas que unen el
ligando se realiza siguiendo la fluorescencia de las microesferas,
por ejemplo mediante un equipo de FACS, o siguiendo el color de las
microesferas mediante una inspección visual. Las microesferas
marcadas se recuperan de la mezcla y los péptidos de las
microesferas individuales se secuencian con un secuenciador
automático de péptidos. Los datos de la secuencia obtenidos permiten
el diseño de bibliotecas adicionales.
Después de detección de las microesferas que se
unen al péptido diana, se confirma su unión a la proteína que lleva
el péptido diana. Esto se lleva a cabo de acuerdo con un
procedimiento parecido al que se utiliza para la determinación de
la unión del péptido diana, pero con el empleo de un
TNF-R altamente purificado como ligando.
Fase
B
Después de la identificación de los péptidos
capaces de unirse con alta afinidad a los péptidos diana y al
TNF-R mediante ciclos de cribado de la biblioteca
según lo descrito anteriormente, se lleva a cabo un cribado para
detectar la capacidad del péptido para efectuar la actividad
biológica deseada. Los péptidos que están pensados para llevar a
cabo su acción dentro del citoplasma son aquellos pensados para
bloquear la transducción de señal del TNF-R.
El cribado para péptidos capaces de inhibir la
transducción de señal por el TNR-R es más
complicado. El principal obstáculo para la capacidad de los
péptidos de interferir en la capacidad del TNF-R de
transducir una señal es su necesidad de atravesar la membrana
celular y acumularse a una concentración lo suficientemente alta en
el citoplasma de la célula diana.
Por lo tanto, el cribado tiene que dividirse en
diferentes procesos. En el cribado inicial, que se lleva a cabo tal
como se ha descrito anteriormente, los péptidos se ensayan para
detectar su capacidad (cuando estén en las microesferas) de unirse
a los péptidos diana y al dominio purificado intracelular de la
molécula del TNF-R. Aquellos péptidos capaces de
unirse se sometan a un cribado para detectar su capacidad para
bloquear la transducción de señal mediante el
TNF-R. Con tal de facilitar el transporte del
péptido a través de la membrana y en el citoplasma, los péptidos se
modifican químicamente en las microesferas por ejemplo (1) mediante
la oxidación de metionina a sulfoxido, (2) mediante la sustitución
del enlace del péptido con su isoéster quetometileno (COCH_{2})
(Zacharia S., et al. (1991)), (3) mediante la introducción de
derivados de lauroil (Muranishi et al. (1991)).
Se lleva a cabo la modificación de los péptidos
cuando los péptidos están en las microesferas. Los péptidos
modificados se sometan a un cribado para detectar su capacidad de
unirse al dominio intracelular del TNF-R. Aquellos
péptidos que retienen la capacidad de unirse al
TNF-R se escinden de las esferas y se sometan a
ensayos adicionales en células vivas que expresan el
TNF-R para detectar su capacidad de atravesar la
membrana y bloquear la transducción de la señal del
TNF-R.
Se determina la estructura en 3 dimensiones del
TNF-R mediante cristalografía de rayos X de los
cristales producidos del mismo. Se debe prestar especial atención a
la estructura de las regiones que resultan ser críticas para la
señalización o la escisión del receptor mediante el análisis de
mutaciones (fig. 3). Las estructuras en 3 dimensiones de las
moléculas conocidas se comparan con las estructuras concebidas
mediante el análisis descrito anteriormente con tal de complementar
la estructura de esas regiones críticas. Las moléculas que se
determinan de esta forma que se asemejan a la estructura derivada
complementaria se examinan para su capacidad para interferir en la
señalización o la escisión de los receptores. Si se encuentra un
indicio de un efecto, estas moléculas se modifican creando
derivados de las mismas con tal de acercarse más a las estructuras
complementarias deseadas. Con una modificación secuencial de este
tipo de la estructura y la determinación de la bioactividad, se
obtienen inhibidores efectivos de la señalización y de la
proteolisis.
Los péptidos y otras moléculas pueden también
prepararse mediante técnicas de ingeniería genética y su preparación
implica todas las herramientas utilizadas en estas técnicas. De
esta forma, se proporcionan moléculas de ADN que comprenden la
secuencia nucleótido que codifica dichos péptidos y otras moléculas
biológicas. Estas moléculas de ADN pueden ser ADN genómico, ADNc,
ADN sintético y una combinación de los mismos.
La creación de moléculas de ADN que codifican
dichos péptidos y otras moléculas se realiza de acuerdo con métodos
convencionales, una vez que se haya determinado la secuencia de
aminoácidos de estos péptidos y otras moléculas.
La expresión de las proteínas recombinantes
puede efectuarse en células eucarióticas, bacterias o levaduras con
los vectores de expresión apropiados. Puede emplearse cualquier
método conocido en el estado de la técnica.
Por ejemplo, las moléculas de ADN que codifican
los péptidos u otras moléculas obtenidos mediante los métodos
descritos anteriormente se insertan en los vectores de expresión con
una estructura apropiada mediante métodos bien conocidos en la
técnica (véase Maniatis et al., (1982)). El ADNc bicatenario
se enlaza con los vectores del plásmido mediante prolongación con
homopolímeros o enlaces de restricción con el uso de enlazadores
sintéticos de ADN o técnicas de ligación despuntada. Se utilizan
las ligasas de ADN para ligar las moléculas de ADN y se evita la
unión no deseada mediante un tratamiento con alcalino fosfatasa.
Con tal de ser capaz de expresar una sustancia
biológica deseada, por ejemplo, un péptido o una proteína (de ahora
en adelante "proteína" con tal de simplificar el texto), un
vector de expresión debería también comprender secuencias
específicas de nucleótidos que contienen información que regula la
trascripción y traducción, enlazadas con el ADN que codifica la
proteína deseada de tal forma que permita la expresión génica y la
producción de la proteína. Primero, para poder transcribir el gen,
tiene que precederse con un promotor reconocible para la polimerasa
de ARN a la que se une la polimerasa y de esta forma se inicia el
proceso de trascripción. Existen una variedad de dichos promotores
que se emplean y que funcionan con eficacias diferentes (promotores
fuertes y débiles). Son diferentes para células procarióticas y
eucarióticas.
Los promotores que pueden emplearse en la
presente invención pueden ser constitutivos, por ejemplo, el
promotor int del bacteriofago \Delta, el promotor
bla del gen \beta-lactamasa de pBR322, y el
promotor CAT del gen de cloramfenicol acetilo transferasa de
pPR325, etc., o inducibles, tal como los promotores procarióticos
que incluyen los promotores principales derecho e izquierdo del
bacteriofago \Delta (P_{L} y P_{R}), los promotores trp,
recA, lacZ, lacI, ompF y gal de E. coli, o el
promotor híbrido tryp-lac, etc. (Glick, B.R.
(1987)).
Aparte del uso de promotores fuertes para
generar grandes cantidades de ARNm, con tal de conseguir altos
niveles de expresión génica en las células procarióticas, también
es necesario emplear los sitios de unión ribosómicos para asegurar
que el ARNm se traduzca de forma eficaz. Un ejemplo es la secuencia
Shine-Dalgarno (secuencia SD) posicionada a una
distancia apropiada del codón de iniciación y complementaria a la
secuencia 3'-terminal de 16S ARN.
Para los huéspedes eucarióticos, pueden
emplearse secuencias diferentes que regulan la trascripción y
traducción de acuerdo con la naturaleza del huésped. Pueden
derivarse de las fuentes víricas, tales como los adenovirus, virus
del papiloma bovino, virus simio, o parecidas, donde las señales de
regulación se asocian con un gen en concreto que tiene un alto
nivel de expresión. Ejemplos son el promotor TK del virus Herpes, el
promotor temprano SV40, el promotor de levadura del gen ga14, etc.
Las señales de regulación que inicien la trascripción pueden
seleccionarse teniendo en cuenta la represión y activación, con tal
de que la expresión de los genes pueda modularse.
Se inserta la molécula de ADN que comprende la
secuencia de nucleótidos que codifica los péptidos u otras
moléculas de la invención y las señales de regulación de
trascripción y traducción enlazadas de forma operacional en un
vector que es capaz de integrar las secuencias génicas deseadas en
el cromosoma de las células huésped. Las células que se han
integrado el ADN insertado de forma estable en sus cromosomas pueden
seleccionarse también mediante la introducción de uno o más
marcadores que permiten la selección de células huésped que
contienen el vector de expresión. El marcador puede proporcionar
prototrofia a un huésped auxotrófico, resistencia a las sustancias
biocidas tales como los antibióticos, o metales pesados tales como
el cobre o parecido. El gen marcador seleccionado puede enlazarse
directamente con la secuencia génica de ADN para expresarse o
introducirse en la misma célula mediante cotransfección. Pueden
precisarse también elementos adicionales para la síntesis óptima de
ARNm monocatenario que se une a las proteínas. Estos elementos
pueden incluir señales de corte y empalme, así como promotores de
trascripción, potenciadores, y señales de terminación. Los vectores
de expresión de ADNc que incorporan dichos elementos incluyen
aquellos descritos por Okayama H., (1983).
En una realización preferida, la molécula de ADN
insertada se incorpora en un plásmido o un vector vírico capaz de
replicarse de forma autónoma en el huésped receptor. Los factores de
importancia al seleccionar un plásmido o vector vírico en concreto
incluyen la facilidad con que las células receptoras que contienen
el vector pueden reconocerse y seleccionarse de entre aquellas
células receptoras que no contienen el vector; el número de copias
del vector que se desean en un huésped específico; y si es deseable
poder cambiar el vector entre células huésped de diferentes
especias.
Los vectores procarióticos preferidos incluyen
plásmidos tales como aquellos capaces de replicarse en E.
coli, por ejemplo, pBR322, ColE1, pSC101, pACYC 184, etc. (véase
Maniatis et al., (1982)); plásmidos de bacilos tales como
pC194, pC221, pT127, etc. (Gryczan T., (1982)); plásmidos de
estreptomices tales como pIJ101 (Kendall, K.J. et al.,
(1987)); bacteriófagos de estreptomices tales como 0C31 (Chater,
K.F. et al., en Sixth International Symposium on
Actinomycetales Biology, (1986)), y plásmidos de pseudomonas
(John, J.F., et al. (1986), y Izaki, K. (1978)).
Los vectores eucarióticos preferidos incluyen
BPV, vaccínea, SV40, círculo de 2 micra, etc., o derivados de los
mismos. Dichos plásmidos están bien conocidos en el estado de la
técnica (Botstein D., et al. (1982); Broach, J.R., en:
The Molecular Biology of the Yeast Saccharomyces: Life Cycle and
Inheritance (1981); Broach, J.R., (1982); Bolton, D.P., et
al. (1980); Maniatis, T., en: Cell Biology: A Comprehensive
Treatise. Vol. 3: Gene Expression, (1980)).
Una vez que el vector o la secuencia de ADN que
contiene el/los constructo/s se ha preparado para expresión, el/los
constructo/s de ADN pueden introducirse en una célula huésped
indicada mediante cualquiera de los métodos apropiados, tales como
transformación, transfección, conjugación, fusión de protoplastos,
electroporación, precipitación de fosfato de calcio, microinyección
directa, etc.
Las células huésped a emplear en esta invención
pueden ser o procarióticas o eucarióticas. Huéspedes procarióticos
preferidos incluyen bacterias tales como E. coli, bacilos,
estreptomices, pseudomonas, salmonela, serratia, etc. El huésped
procariótico más preferido es E. coli. Varios huéspedes
bacterianos de especial interés incluyen E. coli K12 cepa
294 (ATCC 31446), E. coli X1776 (ATCC 31537), E. coli
W3110 (F^{-}, lamba^{-}, prototrópico (ATCC 27325)), y otras
enterobacterias tales como Salmonella tryphimurium o
Serratia marcescens y varias especies de pseudomonas. En
estas condiciones, la proteína no estará glicosilada. El huésped
procariótico tiene que ser compatible con el replicón y la secuencia
de control en el plásmido de expresión.
Los huéspedes preferidos son células mamíferas,
por ejemplo, células humanas, de mono, murinas, y del ovario del
hámster chino (CHO), porque proporcionan modificaciones
pos-traducción a las moléculas tales como un
plegamiento correcto o una glicosilación en los sitios correctos.
También, las células de levadura pueden efectuar modificaciones
pos-traducción a los péptidos tales como la
glicosilación. Existe un número de estrategias con ADN recombinante
que utilizan secuencias de promotor fuerte y un alto número de
copias de plásmidos que pueden emplearse para la producción de las
proteínas deseadas en la levadura. La levadura reconoce las
secuencias de encabezamiento en los productos génicos clonados de
mamíferos y secreta los péptidos que llevan las secuencias de
encabezamiento (es decir, pre-péptidos).
Después de la introducción del vector, las
células huésped se cultivan en un medio selectivo, que selecciona
las células que contienen el vector. La expresión de la/s
secuencia/s del gen clonado resulta en la producción de las
proteínas deseadas.
Se realiza la purificación de las proteínas
recombinantes de acuerdo con cualquiera de los métodos conocidos
para este fin.
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353-357.
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- SOLICITANTE
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE: Yeda Research and Development Co., Ltd.
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CALLE: P.O.Box 95
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- CIUDAD: Rehoboth
\vskip0.500000\baselineskip
- (E)
- PAIS: Israel
\vskip0.500000\baselineskip
- (F)
- CODIGO POSTAL (ZIP): 76100
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TÍTULO DE LA INVENCIÓN: Modulación de la Acción de los Receptores TNF.
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- NÚMERO DE SECUENCIAS: 8
\vskip0.800000\baselineskip
- (iv)
- FORMA LEGIBLE POR EL ORDENADOR
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- TIPO DE MEDIO: disquete
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- ORDENADOR: compatible con PC IBM
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- SISTEMA OPERATIVO: PC-DOS/MS-DOS
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- PROGRAMA: PatentIn Release nº1.0, Versión nº 1.25 (EPO)
\vskip0.800000\baselineskip
- (v)
- DATOS DE LA SOLICITUD ACTUAL:
\vskip0.800000\baselineskip
-
\hskip1.4cm
NÚMERO DE SOLICITUD: EP 93 10 6981.9
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA SEQ ID NO: 1:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 27 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENA: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 1:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipCTGCTGGGCT GCTAGCCTGG AGGACAT
\hfill
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID NO: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 27 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENA: simple
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipAAGCCCTTTG CGGCTAGCCC CGCCGCCCT
\hfill
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID NO: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 5 amino ácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: amino ácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (v)
- TIPO DE FRAGMENTO: interno
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 3:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Ile Glu Asn Val Lys}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID NO: 4:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 5 amino ácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: amino ácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (v)
- TIPO DE FRAGMENTO: interno
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 4:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Gly Thr Gln Asp Ser}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID NO: 5:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 10 amino ácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: amino ácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (v)
- TIPO DE FRAGMENTO: interno
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 5:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Ile Glu Asn Val Lys Gly Thr Gln Asp
Ser}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID NO: 6:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 10 amino ácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: amino ácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (v)
- TIPO DE FRAGMENTO: interno
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 6:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Leu Glu Asp Ile Glu Glu Ala Leu Cys
Gly}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID NO: 7:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2715 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENA: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 7:
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEQ ID NO: 8:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 455 amino ácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: amino ácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENA: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNA (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- HIPOTÉTICA: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- ANTI-SENTIDO: NO
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 8:
Claims (3)
1. Un método para identificar las moléculas que
interaccionan con el TNF-R para modular la
transducción de señal mediante el TNF-R, que
comprende:
(a) preparar un péptido diana con los
aminoácidos 405 a 414 del
p-55-TNF-R humano
indicado en la figura 1;
(b) cribar las bibliotecas de péptidos, una
variedad de moléculas orgánicas y/o un caldo biológico con dicho
péptido diana; e
(c) identificar cualquier molécula que se une a
aminoácidos 405 a 414 del
p-55-TNF-R humano
indicado en la figura 1.
2. Un método para identificar moléculas que se
unen a aminoácidos 405 a 414 del
p-55-TNF-R humano
indicado en la figura 1 y que interaccionan con el
TNF-R para modular la transducción de señal mediante
el TNF-R, que comprende:
(a) preparar un péptido diana con los
aminoácidos 405 a 414 del
p-55-TNF-R humano
indicado en la figura 1;
(b) cribar las bibliotecas de péptidos, una
variedad de moléculas orgánicas y/o un caldo biológico con dicho
péptido diana e identificar cualquier molécula que se una a dicho
péptido diana; y
(c) cribar cualquier molécula identificada en la
etapa (b) por su capacidad de modular la transducción de señal
mediante el TNF-R.
3. Un método según la reivindicación 2 para
identificar una molécula que interacciona con el
TNF-R para inhibir la transducción de señal
mediante el TNF-R, en donde dicha etapa (c)
comprende la identificación de cualquier molécula como capaz de
inhibir la transducción de señal mediante el
TNF-R.
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