ES2309224T3 - Polipeptidos recombinantes. - Google Patents
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Abstract
Un polipéptido de fusión que comprende un primer polipéptido formado por aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10, donde X está seleccionado entre las posiciones 110 y 173 de SEQ. ID. N.º: 10, e Y está seleccionado entre las posiciones 179 y 270 de SEQ. ID. N.º: 10, fusionado con un segundo polipéptido heterólogo y cuyo polipéptido de fusión es capaz de formar un trímero.
Description
Polipéptidos recombinantes.
La presente solicitud reclama el beneficio de la
Solicitud Provisional estadounidense n.º 60/343.315, presentada el
21 de diciembre de 2001.
La presente invención está dirigida, en parte, a
las composiciones relacionadas con dominios de polipéptidos con
inmunogenicidad reducida que son capaces de inducir trímeros en
polipéptidos heterólogos, polipéptidos de fusión que comprenden
dichos dominios de inducción de trímeros, ácidos nucleicos que
codifican los polipéptidos de la invención, y métodos que los
elaboren y utilicen.
La estructura de un polipéptido es un factor muy
importante para su actividad. A menudo, un polipéptido adecuadamente
plegado necesita asociarse consigo mismo o con distintos
polipéptidos para poder ser activo. Más a menudo aún, estas
interacciones se dan como homodímeros y cuentan con un complejo
activo, aunque en ocasiones también se dan los heterodímeros. Los
motivos de trimerización definidos suelen ser dominios coiled
coil (Burkhar et al., 2001, Trends in Cell Biol.,
11:82), e incluyen dominios de trimerización SPD (Patentes
estadounidenses N.º 5.716.805 y 6.190.886).
Aunque falta un motivo coiled coil
distintivo, las moléculas adicionales que se sabe que necesitan una
trimerización para su actividad óptima incluyen a la superfamilia
del factor de la necrosis tumoral, como TNF-alfa,
linfotoxina-alfa y CD40L (TNFSF5), entre otras. Sin
la trimerización, muchos polipéptidos de la superfamilia de los TNF
tendrán una actividad baja o ausente (Fanslow et al., (1994)
Seminars Immunology, 6:267-278). CD40 es un
polipéptido de transmembrana miembro de una superfamilia de
receptores del factor de la necrosis tumoral, y participa en la
estimulación de proliferación y diferenciación de las células
humorales y de inmunidad celular. En especial, CD40 participa en el
cambio de isotipo y es importante para la activación de las células
T y para la producción de las citoquinas tipo 1 como respuesta ante
antígenos proteicos (Noelle, R, (1996) Immunity, 4:415; y Borrow
et al., (1996) J. Exp. Med., 183:2129).
Se ha demostrado que CD40L (TNFSF5) suele estar
activo en una forma unida a membrana, sin embargo, esta forma es
difícil de administrar como fármaco. Se ha descubierto que la
versión soluble de CD40L (TNFSF5) tiene una actividad de
estimulación bastante baja, pero, al trimerizar CD40L (TNFSF5)
soluble mediante un dominio mutado de cremallera de leucina GCN4,
se consigue una activación significativa de las células diana
(Fanslow et al., (1994) Seminars Immunology,
6:267-278; Morris et al., (1999) J. Biol.
Chem., 274:418-423; Patente estadounidense n.º
5.716.805).
Una limitación significativa del uso del dominio
de trimerización de cremallera de leucina mutante en un polipéptido
de fusión terapéutico es que las cremalleras de leucina suelen ser
proteínas nucleares, es decir, intracelulares. Por ello, aunque el
polipéptido pueda ser de la misma especie que el de un sujeto
tratado con el polipéptido, si no lo ha visto el sistema
inmunitario, esto puede provocar que el polipéptido sea reconocido
como un agente extraño cuando se exprese de forma extracelular, y
que esto ocasione una respuesta inmune en el sujeto. Esta respuesta
es especialmente perjudicial para la administración continuada o a
largo plazo de un polipéptido de fusión a un paciente. La presente
invención tiene como objeto este tema, al facilitar dominios de
polipéptidos que tendrán una inmunogenicidad reducida, además de
propiedades de trimerización.
La presente invención hace referencia, en parte,
a un polipéptido capaz de inducir la trimerización cuando se
fusiona con un polipéptido heterólogo, con polipéptidos de fusión
que comprenden el dominio de trimerización, ácidos nucleicos que
codifican los polipéptidos de la invención y métodos que los
elaboren y utilicen. Más especialmente, la presente invención está
dirigida a un polipéptido de fusión que comprende un primer
polipéptido capaz de formar un trímero fusionado con un segundo
polipéptido heterólogo que tenga una actividad biológica deseada.
También se contempla que la fusión de un primer polipéptido capaz de
formar un trímero y un segundo polipéptido heterólogo con el primer
polipéptido tiene como resultado un aumento de la actividad
biológica del segundo polipéptido cuando se compara con la
actividad de un monómero del segundo polipéptido.
En un aspecto, la invención abarca un
polipéptido de fusión que consta de un primer polipéptido formado
por aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10 donde X es 110 a 154, e Y es 201 a 270, fusionado con un segundo
polipéptido heterólogo, y donde el polipéptido de fusión es capaz de
formar un trímero.
En otro aspecto, la invención abarca un
polipéptido de fusión que comprende un primer polipéptido formado
por aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10, donde X es 110 a 173, e Y es 179 a 270, fusionado con un
segundo polipéptido heterólogo, y donde el polipéptido de fusión es
capaz de formar un trímero.
Por otro lado, la invención abarca un
polipéptido de fusión que comprende un primer polipéptido formado
por aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10, donde X es 110 a 154, e Y es 201 a 270, con al menos una
sustitución de un aminoácido, donde el primer polipéptido es al
menos en un 80% idéntico al polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10, y donde dicho primer polipéptido está fusionado con un segundo
polipéptido heterólogo cuya capacidad para trimerizarse está
retenida.
En otro aspecto, la invención abarca un dominio
de polipéptido que comprende un primer polipéptido formado por
aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10,
donde X es 110 a 173, e Y es 179 a 270, con al menos una
sustitución de un aminoácido, donde el primer polipéptido es al
menos en un 80% idéntico al polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10, cuya capacidad para trimerizarse está retenida y donde dicho
primer polipéptido está fusionado con un segundo polipéptido
heterólogo.
En todavía otro aspecto, la invención hace
referencia a un polipéptido de fusión que comprende aminoácidos 154
a 203 del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10, o, de modo
alternativo, la invención hace referencia a un polipéptido de
fusión que comprende aminoácidos 120 a 180 del polipéptido descrito
en SEQ. ID. N.º: 10.
La invención también contempla que el
polipéptido capaz de formar trímeros, como se ha descrito
anteriormente y mediante la especificación actual, tiene al menos
tres repeticiones heptavalentes. No obstante, se entiende que el
polipéptido de trimerización puede tener cuatro repeticiones
heptavalentes, cinco repeticiones heptavalentes, seis repeticiones
heptavalentes, siete repeticiones heptavalentes o más, según sea la
voluntad del experto en la materia.
Todavía en otro aspecto, la invención abarca
ácidos nucleicos que codifican los polipéptidos de la invención.
Los métodos de creación de vectores recombinantes que comprenden los
ácidos nucleicos de la invención también entran dentro del alcance
de la invención. Por otro lado, los polipéptidos codificados por las
moléculas de ácido nucleico de la invención son no inmunogénicos en
los sujetos a los que se les administra.
Además, se observa que los ácidos nucleicos de
la invención pueden ser transfectados a células hospedadoras para
producir polipéptidos recombinantes. En otro aspecto, la invención
abarca un método para producir un polipéptido codificado por el
ácido nucleico de la invención, que comprende las fases de
crecimiento de una célula hospedadora transfectada con ácidos
nucleicos de la invención en condiciones favorables para la
expresión del polipéptido, y que, opcionalmente, aísla dicho
polipéptido.
Todavía en otro aspecto, la invención abarca un
método de construcción de un vector de expresión recombinante que
consta de las fases de unión de un primer ácido nucleico que
comprende nucleótidos de X a Y del ácido nucleico descrito en SEQ.
ID. N.º: 9, donde X es nucleótidos de 331 a 460, e Y es nucleótidos
de 601 a 808, y un segundo ácido nucleico que codifica un
polipéptido heterólogo con el primer ácido nucleico en un sitio de
clonación compatible de un vector de expresión, seguido por la
amplificación y aislamiento de dicho vector de expresión
recombinante.
Todavía en otro aspecto, la invención abarca un
método de construcción de un vector de expresión recombinante que
comprende las fases de unión de un primer ácido nucleico que
comprende nucleótidos de X a Y del ácido nucleico descrito en SEQ.
ID. N.º: 9, donde X es nucleótidos de 331 a 508, e Y es nucleótidos
de 546 a 808, y un segundo ácido nucleico que codifica un
polipéptido heterólogo con el primer ácido nucleico en un sitio de
clonación compatible de un vector de expresión, seguido por la
amplificación y aislamiento de dicho vector de expresión
recombinante.
Figura 1. Ácidos nucleicos de los
oligonucleótidos utilizados para la construcción de un
polinucleótido que codifica un polipéptido de fusión (la secuencia
34 es SEQ. ID. N.º: 1, la secuencia 33 es SEQ. ID. N.º: 2, la
secuencia 32 es SEQ. ID. N.º: 3, y la secuencia 35 es SEQ. ID. N.º:
4) de un receptor scavenger macrófago CD40L (TNFSF5). La
secuencia inferior (SEQ. ID. N.º: II)
\hbox{describe las
secuencias de una construcción formada uniendo las secuencias
32-35.}
Figuras 2A-B. La Figura 2A
describe la secuencia del ácido nucleico (SEQ. ID. N.º: 5) que
codifica el péptido de secreción IL2 fusionado con el dominio de
trimerización del receptor scavenger, que está fusionado con
un dominio de unión al receptor de CD40L (TNFSF5). El polipéptido de
fusión codificado por el ácido nucleico se describe en SEQ. ID.
N.º: 6. La Figura 2B describe la secuencia del ácido nucleico (SEQ.
ID. N.º: 7) que codifica el péptido de secreción de la hormona del
crecimiento humano fusionado con el dominio de trimerización del
receptor scavenger, que está fusionado con un dominio de
unión al receptor de CD40L (TNFSF5). El polipéptido de fusión
codificado por el ácido nucleico se describe en (SEQ 10 N.º: 8).
La Figura 3 describe una técnica Western Blot
que demuestra la expresión del polipéptido de fusión CD40L (TNFSF5).
Las flechas indican la situación del polipéptido de fusión en el
gel.
Los pocillos 1 y 2 son de control por el uso del
polipéptido de trimerización CD40L (TNFSF5) de la isoleucina, y los
pocillos 3-6 son dominios de trimerización del
receptor scavenger fusionados con el dominio de unión al
receptor de CD40L (TNFSF5).
Figura 4. La región codificante del ácido
nucleico (SEQ. ID. N.º: 9) que codifica el receptor
scavenger macrófago humano A se describe incluyendo el
polipéptido codificado (SEQ. ID. N.º: 10).
La presente invención hace referencia, en parte,
a un dominio de polipéptido capaz de inducir trímeros en
polipéptidos heterólogos, polipéptidos de fusión que comprenden el
dominio de inducción de trímeros, ácidos nucleicos que codifican
los polipéptidos, y métodos de elaboración y uso de los
polipéptidos.
En una realización, la invención se refiere a
una porción del dominio extracelular del polipéptido del receptor
scavenger macrófago (SR-A) correspondiente a
una región coiled coil, es decir, el dominio de
trimerización. La región coiled coil del
SR-A tiene propiedades de trimerización (Frank et
al., 2000, J. Biol. Chem., 275:11672-11677).
Así, este dominio es útil en la presente invención para facilitar un
dominio de trimerización con inmunogenicidad reducida o
inexistente, fusionada con un polipéptido heterólogo.
Por ello, en una realización, la invención se
refiere a un polipéptido de fusión que comprende un primer
polipéptido formado por aminoácidos de X a Y del polipéptido
descrito en SEQ. ID. N.º: 10, donde X es 110 a 154, e Y es 201 a
270 fusionado con un segundo polipéptido heterólogo. En otra
realización, la invención se refiere a un polipéptido de fusión que
comprende un fragmento del polipéptido SR-A que
comprende aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ. ID.
N.º: 10, donde X es 110 a 173, e Y es 179 a 270 fusionado con un
segundo polipéptido
heterólogo.
heterólogo.
En una realización particular, la invención se
refiere a un polipéptido de fusión que comprende aminoácidos 154 a
203 del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10 fusionado con un
segundo polipéptido heterólogo. En otra realización particular, la
invención se refiere a un polipéptido de fusión que comprende
aminoácidos 120 a 180 del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10
fusionado con un segundo polipéptido heterólogo.
En otra realización, la invención se refiere a
un polipéptido de fusión que comprende un primer polipéptido
formado por aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ.
ID. N.º: 10, donde X es 110 a 154, e Y es 201 a 270, con al menos
una sustitución de un aminoácido, donde el primer polipéptido es al
menos en un 80% idéntico al polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10, cuya capacidad para trimerizarse está retenida, y donde dicho
primer polipéptido está fusionado con un segundo polipéptido
heterólogo. Y todavía en otra realización, la invención se refiere
a un polipéptido de fusión que comprende un primer polipéptido
formado por aminoácidos de X a Y del polipéptido descrito en SEQ.
ID. N.º: 10, donde X es 110 a 173, e Y es 179 a 270, con al menos
una sustitución de un aminoácido, donde el primer polipéptido es al
menos en un 80% idéntico al polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10, cuya capacidad para trimerizarse está retenida, y donde dicho
primer polipéptido está fusionado con un segundo polipéptido
heterólogo.
heterólogo.
En otra realización, la invención se refiere a
un polipéptido de fusión que comprende un primer polipéptido
formado por aminoácidos 154 a 203 del polipéptido descrito en SEQ.
ID. N.º: 10, con al menos una sustitución de un aminoácido, donde
el primer polipéptido es al menos en un 80% idéntico al polipéptido
descrito en SEQ. ID. N.º: 10, cuya capacidad para trimerizarse
está retenida, y donde dicho primer polipéptido está fusionado con
un segundo polipéptido heterólogo. Todavía en otra realización, la
invención se refiere a un polipéptido de fusión que comprende un
primer polipéptido formado por aminoácidos 154 a 203 del polipéptido
descrito en SEQ. ID. N.º: 10, donde dicho primer polipéptido está
fusionado con un segundo polipéptido heterólogo.
En las realizaciones anteriores, el segundo
polipéptido heterólogo tiene preferiblemente una actividad biológica
deseada. Dicha actividad biológica, como lo entenderá cualquier
experto en la materia, puede definirse como la unión de un ligando
a un receptor, unión de un receptor a un ligando, afinidad de unión
de un polipéptido de tipo inmunoglobulina a su antígeno cognado, o
similar. Además, la actividad biológica puede ser una actividad
enzimática.
En una realización, el polipéptido de fusión de
la invención tiene inmunogenicidad reducida, y, en el modelo
preferente, el polipéptido de fusión es no inmunogénico.
En un aspecto, varias especies de receptores
scavenger macrófagos pueden servir como motivos de
trimerización para un polipéptido de fusión, en particular, se
contempla que los polipéptidos de receptores scavenger
bovinos, (número de acceso de Genbank X54183), de múridos (número de
acceso de Genbank L04275), humanos (número de acceso de Genbank
XM_005021) y/o de simios pueden utilizarse según los estudios de la
presente invención. Debe entenderse que esta no es una lista
exhaustiva, y que hay receptores scavenger macrófagos de
otras especies que entran dentro del alcance de la invención.
Una secuencia consenso de un polipéptido
coiled coil, en lo que se refiere a la invención, sigue el
patrón básico establecido en Burkhard et al., (2001, Trends
Cell Biol., 11:82). Las posiciones de los aminoácidos en las
repeticiones heptavalentes se suelen designar alfabéticamente como
"a.b.c.d.e.f.g." Las posiciones "a" y "d" son restos
apolares y hay una preferencia muy marcada por los aminoácidos que
se encuentran en dichas posiciones. Un experto en la materia
entenderá que un resto apolar puede ser alanina, isoleucina,
glicina, prolina, leucina, metionina, fenilalanina, triptófano,
valina y tirosina. Los restos particulares en cada una de esas
posiciones pueden determinar la naturaleza de la estructura
secundaria y terciaria del coiled coil, es decir, diméricos
frente a triméricos. De hecho, se ha llevado a cabo la mutación
específica para rediseñar las cremalleras de leucina diméricas
dentro de cremalleras de isoleucina triméricas por mutación de los
restos en las posiciones a y d (patente estadounidense n.º
5.716.805).
Se puede hacer una lista de programas
informáticos que pueden ayudar a la identificación de los
polipéptidos coiled coil útiles para la presente invención.
Por ejemplo, FOLDER se ha utilizado para identificar dominios
especiales basados en identidad de secuencias (Srinivasan et
al., (1993) Prot. Sci., 2:277-289), y puede
usarse para identificar o modificar un dominio coiled como
el utilizado en este documento. Los aminoácidos de CD40L (TNFSF5)
se analizaron utilizando el programa Folder para estudiar y predecir
la propensión a la trimerización de varias repeticiones
heptavalentes diferentes dentro de los dominios coiled coil
de CD40L (TNFSF5). Además, el programa multicoil (Harbury et
al., (1993) Science, 262:1401) puede utilizarse para confirmar
que una secuencia, por ejemplo una secuencia de receptor
scavenger como los polipéptidos humanos, múridos y bovinos,
son coiled coils. Este programa es de una utilidad especial
cuando una secuencia nativa muta para alterar las propiedades de un
polipéptido, como, por ejemplo, para aumentar la trimerización y/o
disminuir la inmunogenicidad. Por ello, un programa informático
puede analizar un polipéptido de trimerización mutante para
determinar si mantiene las características necesarias.
En una realización, un polipéptido de
trimerización de la invención tiene una identidad de secuencia de al
menos un 80% (de al menos 85%, de al menos 90%, de al menos 95%, de
al menos 97,5%, o de al menos 99% y/o de al menos 99,5%) con un
polipéptido de trimerización creado de forma natural, por ejemplo,
el polipéptido descrito en SEQ ID NO: 10; dicha identidad de
secuencia se determina mediante la comparación de los aminoácidos
de los polipéptidos cuando se alinean de manera que maximizan la
superposición y la identidad mientras que se minimizan los huecos o
gaps de las secuencias. La identidad porcentual de dos
aminoácidos o dos ácidos nucleicos puede determinarse por
inspección visual y cálculos matemáticos o, mas preferiblemente, la
comparación se efectúa comparando la información de secuencia a
través de un programa informático. Un programa informático a modo
de ejemplo y preferente es GAP, paquete Wisconsin de Genetics
Computer Group (GCG, Madison, Wisconsin), versión 10.0 (Deveraux
et al., (1984), Nucl. Acids Res. 12: 387). Los parámetros
preferentes por defecto del programa GAP incluyen: (1) La
implementación de GCG de una matriz de comparación unaria (que
contiene un valor de 1 para las identidades y de 0 para las no
identidades) para nucleótidos, y la matriz ponderada de comparación
de aminoácidos de Gribskov and Burguess, Nucl. Acids Res. 14:6745,
(1986), tal y como lo describe Schwartz and Dayhoff, eds., (1979)
Atlas of Polypeptide Sequence and Structure, National Biomedical
Research Foundation, pp. 353-358, u otras matrices
de comparación; (2) una penalización de 30 por cada hueco, y una
penalización adicional de 1 para cada símbolo de cada hueco para
secuencias de aminoácidos, o una penalización de 50 para cada hueco
y una penalización adicional de 3 por cada símbolo de cada hueco
para secuencias de nucleótidos; (3) ninguna penalización para
huecos finales; y (4) ninguna penalización máxima para huecos
largos.
En una realización, un polipéptido de
trimerización de la invención comprende una secuencia que tiene una
identidad de al menos el 80% con aminoácidos de X a Y del
polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10, donde X es 110 a 154, e
Y es 201 a 270. En otra realización, el polipéptido de trimerización
de la invención comprende una secuencia que tiene una identidad de
al menos el 80% con los aminoácidos de X a Y del polipéptido
descrito en SEQ. ID. N.º: 10, donde X es 110 a 173, e Y es 179 a
270.
También pueden utilizarse otros programas de
comparación de secuencias utilizados por los expertos en la materia,
como, por ejemplo, el programa BLASTN, versión 2.0.9 que se puede
utilizar a través del sitio web de The National Library of Medicine
(biblioteca nacional de medicina)
www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/wblast2.cgi, o el algoritmo del
UW-BLAST 2.0. Los ajustes de los parámetros estándar
por defecto del UW-BLAST 2.0 se describen en la
siguiente dirección de Internet:
sapiens.wustl.edu/blast/blast/#Features. Además, el algoritmo de
BLAST utiliza la matriz de sustitución para aminoácidos BLOSUM62, y
pueden utilizarse parámetros adicionales, como: (A) inclusión de un
filtro para segmentos de máscara de la secuencia de consulta que
tiene una complejidad de composición baja (tal y como determina el
programa SEG de Wootton and Federen (Computers and Chemistry, 1993);
ver también Wootton and Federhen, 1996, Analysis of compositionally
biased regions in sequence databases, Methods Enzymol. 266:
554-71) o segmentos que consisten en repeticiones
internas de corta periodicidad (tal y como determina el programa
XNU de Claverie and States (Computers and Chemistry, 1993)), y (B)
un umbral de significación estadística para el informe de
coincidencias con las secuencias de la base de datos, o
E-score (la probabilidad esperada de coincidencias
encontrada sobre todo por azar, de conformidad al modelo estadístico
de Karlin and Altschul (1990); si la significancia estadística
adscrita a una coincidencia es mayor que su umbral
E-score, no se informará de la coincidencia); los
valores preferidos del umbral E-score son 0,5 o,
para aumentar la preferencia, 0,25, 0,1, 0,05, 0,01, 0,001, 0,0001,
1e-5, 1e-10, 1e-15,
1e-20, 1e-25, 1e-30,
1e-40, 1e-50,
1e-75, o 1e-100.
Un dominio de trimerización puede fusionarse con
un polipéptido heterólogo en el amino-terminal,
carboxi-terminal y/o ambos. Asimismo, el dominio de
trimerización puede ser interno al polipéptido heterólogo.
Independientemente de la situación de la fusión del dominio de
trimerización y el polipéptido heterólogo, hay que entender que el
dominio de trimerización mantiene su capacidad de inducir trímeros
(homotrímeros y/o heterotrímeros), y que el polipéptido heterólogo
también mantiene su actividad biológica.
Tal y como se utiliza en este documento, el
término "polipéptido de fusión" se refiere a un polipéptido
contiguo expresado a partir de una molécula única de ácido nucleico,
donde el ácido nucleico codifica en el mismo marco de lectura dos o
más polipéptidos heterólogos, o dominios de un polipéptido colocados
de forma diferente a como se habrían colocado de forma natural.
Además de los polipéptidos de la invención, otros ejemplos de
polipéptidos de fusión incluyen un dominio Fc de un anticuerpo o un
dominio de cremallera de leucina fusionado con un dominio
extracelular soluble de un polipéptido de transmembrana, es decir,
DC40L (TNFSF5). WO 93/08207 y WO 96/40918 describen la preparación
de formas solubles oligoméricas de CD40L (TNFSF5), donde se incluye
un polipéptido de fusión de inmunoglobulina y un polipéptido de
fusión de cremallera de leucina mutada, respectivamente; los
métodos de producción y ensayo de los productos allí tratados
también son aplicables a las composiciones de la presente
invención. La fusión de un dominio de trimerización con un
polipéptido heterólogo puede darse a través de un agente de unión,
como una etiqueta de epítopo, o de un agente de enlace que ayude en
la formación estructural.
Hay que entender que todo fragmento de
polipéptido que tenga una actividad biológica deseada puede
expresarse como una fusión de polipéptidos de multimerización de la
invención. Los ejemplos incluyen, sin que sirva de limitación, los
polipéptidos de transmembrana y los polipéptidos no de
transmembrana, como enzimas, hormonas y citoquinas. En especial, se
contempla a los polipéptidos de fusión de GM-CSF,
IL3, GM-CSF e IL3, M-CSF, y a los
miembros de la familia del receptor de la hematopoyetina (Cosman,
et al., (1990) Trends Biochem. Sci., 15:265). También se
contemplan los homo y hetero oligómeros.
En una lista que figura más abajo se incluyen
ejemplos adicionales de polipéptidos heterólogos que pueden
trimerizarse, pero no se limitan a la superfamilia del factor de la
necrosis tumoral. Cada par aparece en la lista primero por el
ligando, seguido del receptor correspondiente cuando un ligando
tiene más de un receptor. La nomenclatura para los símbolos de los
miembros de la familia de TNF está descrita en Locksley et
al. (2001, Cell, 104:487:501), donde el ligando está indicado
por la superfamilia del factor de la necrosis tumoral (TNFSF), y
los receptores están indicados por la superfamilia del receptor del
factor de la necrosis tumoral (TNFRSF) en orden numérico.
El símbolo del ligando o receptor del miembro de
la familia del TNF aparece primero, seguido de un número de Acceso
a Genbank en doble paréntesis, que es seguido a su vez de varios
nombres comunes para el miembro de la familia del que se trate:
TNFSF1 ((n.º de Acceso a Genbank X01393), TNFB, Linfotoxina
(LT)-alfa) y su receptor del factor de la necrosis
tumoral TNFRSF1A ((N.º de Acceso a Genbank M75866),
TNF-R); TNFSF2 ((N.º de Acceso a Genbank X02910)
factor de necrosis tumoral (TNF)) y su receptor TNFRSF1B ((N.º de
Acceso a Genbank M32315) TNF-R); TNFSF3 ((N.º de
Acceso a Genbank L11016) LT-beta) y su receptor
TNFRSF3 ((N.º de Acceso a Genbank L04270) LTBR,
TNFR2-RP, CD18, TNR-RP, TNFCR,
TNF-R-III); TNFSF4 ((N.º de Acceso a
Genbank D90224) OX-40L) y su receptor TNFRSF4 ((N.º
de Acceso a Genbank X75962) OX40); TNFSF5 ((N.º de Acceso a Genbank
X67878) CD40L) y su receptor TNFRSF5 ((N.º de Acceso a Genbank
X60592) CD40); TNFSF6 ((N.º de Acceso a Genbank U11821) FasL) y sus
receptores TNFRSF6 (N.º de Acceso a Genbank M67454) FAS, CD95) y
TNFRSF6B ((N.º de Acceso a Genbank AF104419) DcR3); TNFSF7 ((N.º de
Acceso a Genbank L08096) CD70, CD27L) y su receptor TNFRSF7 ((N.º de
Acceso a Genbank M63928) CD27); TNFSF8 ((N.º de Acceso a Genbank
L09753) CD30LG) y su receptor TNFRSF8 ((N.º de Acceso a Genbank
M83554) CD30); TNFSF9 ((N.º de Acceso a Genbank U03398)
4-1BB-L) y su receptor TNFRSF9 ((N.º
de Acceso a Genbank L12964) 4-1BB); TNFSF10 ((N.º
de Acceso a Genbank U37518) TRAIL) y sus receptores TNFRSF10A ((N.º
de Acceso a Genbank U90875) DR4), TNFRSF10B ((N.º de Acceso a
Genbank AF012628) DR5, KILLER, TRAIL-R2), TNFRSF10C
((N.º de Acceso a Genbank AF012536) Dcr1, TRAILR3), y TNFRSF10D
((N.º de Acceso a Genbank AF029761) Dcr2, TRAILR4); TNFSF11 ((N.º
de Acceso a Genbank AF013171) RANKL, OPGL) y sus receptores
TNFRSF11A ((N.º de Acceso a Genbank AF018253 RANK) y TNFRSF11B (N.º
de Acceso a Genbank U94332) OPG); TNFSF12 ((N.º de Acceso a Genbank
AF030099) TWEAK) y sus receptores TNFRSF12 ((N.º de Acceso a Genbank
U72763) DR3, TRAMP) y TNFRSF12L (DR3L); TNFSF13 ((N.º de Acceso a
Genbank NM_003808) APRIL) y sus receptores TNFRSF13 y TNFSF13B ((N.º
de Acceso a Genbank AF136293) THANK, BLYS); TNFSF14 ((N.º de Acceso
a Genbank AF036581) LIGHT, LT-gamma,
HVEM-L) y su receptor TNFRSF14 ((N.º de Acceso a
Genbank U70321) HVEM, ATAR, TR2, LIGHTR, HVEA); TNFSF15 ((N.º de
Acceso a Genbank AF039390) TL1, VEGI) y su receptor TNFRSF15;
TNFSF16 y su receptor TNFRSF16 ((N.º de Acceso a Genbank M14764)
receptor del factor del crecimiento nervioso (NGFR), p75NTR);
TNFSF17 y su receptor TNFRSF17 ((N.º de Acceso a Genbank Z29574)
BeMA); TNFSF18 ((N.º de Acceso a Genbank AF125303) AITRL TL6 hGITRL)
y su receptor TNFRSF18 ((N.º de Acceso a Genbank AF125304) AITR,
GITR); TNFSF19 y su receptor TNFRSF19 (N.º de Acceso a Genbank
AF173166); TNFSF20 y su receptor TNFRSF20 (Locksley et al.,
2001, Cell, 104:487:501). En un modelo específico, un polipéptido
que puede utilizarse como un polipéptido heterólogo por los métodos
y composiciones de la invención es CD40L (TNFSF5).
Con el polipéptido de fusión pueden fusionarse
polipéptidos adicionales para facilitar la pureza, como, por
ejemplo, las etiquetas de epítopo pueden situarse en el
amino-término, en el carboxi-término
o en la zona interna. Las etiquetas de epítopo más conocidas
incluyen, por ejemplo, las etiquetas de histidina, las etiquetas
FLAG y los GST, entre otros. Se observa además que una etiqueta de
epítopo puede modificarse genéticamente para que cuente con un
lugar de escisión proteolítica entre la etiqueta y el resto del
polipéptido, de manera que la etiqueta puede escindirse y
eliminarse del polipéptido de fusión. Los ejemplos de enzimas
proteolíticas conocidas que reconocen aminoácidos únicos en los
polipéptidos incluyen el Factor Xa y la trombina, y están
disponibles en el mercado.
La invención contempla unos multímeros de orden
superior de un polipéptido de fusión de la invención, de manera que
cuenta con una actividad aumentada respecto de un polipéptido no
multimerizado. Tal y como se utiliza en este documento, un
"multímero" o un "polipéptido multimerizado" puede incluir
un dímero, un trímero, un tetrámero, un dímero de un trímero, un
trímero de un trímero, un dímero de un tetrámero, un trímero de un
tetrámero, etc. Los ejemplos de dominios de multimerización
adicional pueden incluir las cremalleras de leucina o dominios Fc.
De conformidad con lo anterior, un polipéptido que conste de un
dominio de dimerización (es decir, un dominio Fc) y de un dominio
de trimerización (es decir, un dominio alfa de trimerización de un
receptor scavenger) pueden inducir a un dímero de un trímero
de forma que se asocien seis polipéptidos. Asimismo se observa que
estos multímeros pueden tener una bioactividad mayor que los
monómeros o los multímeros de orden inferior. Por ejemplo, se
observa que un trímero tendrá una actividad mayor que un dímero.
Los términos "inmunogenicidad reducida" o
"ausencia de inmunogenicidad" se entienden como que una
terapia, como el polipéptido de la invención, fracasa a la hora de
inducir una respuesta inmune considerable en el sujeto,
preferiblemente un humano, al que se ha administrado. Una respuesta
inmune considerable es una respuesta que se puede evaluar; los
expertos en la materia lo reconocerán como una respuesta inducida
por el polipéptido de la invención. Esta definición no incluye las
variaciones normales debidas a las diferencias en los reagentes
utilizados en las pruebas, la variabilidad de las muestras o donde
haya otro tipo de imperfecciones en los procesos de prueba. Una
respuesta inmune puede evaluarse a través de una variedad de
técnicas habituales, como el uso de una prueba de inmunoabsorción
enzimática (ELISA o enzyme linked immunosorbent assay) para
detectar anticuerpos elaborados como respuesta a una terapia
mediante la medición de la producción de citoquina por el sujeto en
plazos de tiempo adecuados posteriores a la administración del
polipéptido, y/o por la medición de la proliferación de unos tipos
especiales de células inmunes, entre otros métodos conocidos.
Un método ilustrativo para la reducción o
eliminación de la inmunogenicidad en un polipéptido terapéutico es
el uso de polipéptidos derivados de las mismas especies a las que se
trate. Por ejemplo, cuando un polipéptido va a administrarse a un
humano, el polipéptido deberá ser un derivado humano. Si en este
ejemplo no hay polipéptidos humanos disponibles, los polipéptidos
pueden humanizarse para reducir la inmunogenicidad. La humanización
de un polipéptido puede llevarse a cabo, por ejemplo, de forma
análoga a los anticuerpos humanizantes, donde una secuencia de
anticuerpos de un ratón se humaniza mediante la mutación de unos
aminoácidos individuales para que estos correspondan a secuencias
de polipéptidos humanos, de forma que el anticuerpo no induzca una
respuesta fuerte humana contra los anticuerpos del ratón cuando se
administre.
Los ácidos nucleicos que codifican los
polipéptidos precedentes también están dentro del alcance de la
invención. Estos ácidos nucleicos pueden clonarse y mutarse
mediante técnicas reconocidas, y se propagan normalmente en
plásmidos u otros vectores (Sambrook et al. eds., (1989)
Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor
Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor,
NY). Los vectores también pueden incluir composiciones adicionales
para facilitar la replicación en células procariotas y/o
eucariotas, la integración del constructo dentro de un cromosoma
eucariota, y marcadores para ayudar en la selección de y/o cribado
de células que contengan el constructo. Los vectores de la invención
son vectores de ADN recombinantes que incluyen, sin que sirva de
limitación, plásmidos, fagos, fagómidos, cósmidos, virus,
retrovirus y similares que se utilizan para insertar polinucleótidos
heterólogos dentro de una célula.
Tal y como se utiliza en este documento, el
término "unión" se entiende como dos moléculas que se
aproximan la una a la otra por interacción de afinidad o/y por
enlace covalente como, por ejemplo, la unión de nucleótidos entre
sí en la clonación, mediante vínculo cruzado químico, o mediante
algún otro método similar de unión. Los nucleótidos pueden
obtenerse a partir de fuentes genómicas, de cADN o de vectores
conectados a ácidos nucleicos heterólogos mediante digestión
tradicional y ligación en la clonación, o mediante amplificación de
fragmentos deseados de secuencias durante la PCR, entre otros
métodos.
En una realización, una molécula de ácido
nucleico que codifica un polipéptido de fusión de la invención está
unida de forma operativa a un elemento de control heterólogo. Un
ácido nucleico está "unido operativamente" cuando está
colocado dentro de una relación funcional con otro ácido nucleico.
"Unido operativamente" también puede hacer referencia a que
dos moléculas diferentes de ácido nucleico que codifican distintos
polipéptidos tienen una transcripción inducida de forma simultánea.
En caso de los ácidos nucleicos unidos operativamente, también
pueden ser contiguos en una única unidad transcripcional, mientras
que su traducción está dirigida desde uno o más puntos de inicio
ribosomales. Además, unido operativamente puede hacer referencia a
dos regiones de codificación de polipéptidos que se unen en fase,
de forma que codifican un único polipéptido contiguo, es decir, un
polipéptido de fusión.
Un potenciador o silenciador está unido
operativamente a un ácido nucleico cuando está situado respecto del
ácido nucleico de tal forma que aumenta o disminuye la transcripción
del ácido nucleico. Los potenciadores o silenciadores pueden estar
situados encima, debajo o alojados dentro de las regiones
codificadoras del ácido nucleico.
Los vectores de expresión pueden ser de
expresión de un polipéptido de fusión de la invención en células
procariotas (como la E. Coli) o eucariotas (como células de
insectos (que usen vectores de expresión de baculovirus), células
de levadura, células vegetales o células de mamífero). Las células
hospedadoras adecuadas son, entre otras, las células procariotas,
eucariotas y vegetales, y esto se trata con mayor profundidad en
Goeddel, (1990) Gene Expression Technology: Methods in Enzymology
185, Academic Press, San Diego, CA. La expresión de proteínas en
procariotas se da con mayor frecuencia en E. Coli, con
vectores que contienen promotores inducibles o constitutivos que
dirigen la expresión de la proteína. Los ejemplos de los vectores de
expresión de E. Coli inducibles adecuados son, entre otros,
pTrc (Amann et al., (1988) Gene 69:301-315) y
pET 11d (Studier et al., (1990) Gene Expression Technology:
Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, California 60
- 89).
En otra realización, el vector de expresión es
un vector de expresión de levadura. Los ejemplos de vectores para
la expresión en la levadura S. cerevisiae son, entre otros,
pYepSec1 (Baldari et al., (1987) EMBO J.
6:229-234), pMFa (Kurjan and Herskowitz, (1982) Cell
30:933-943), pJRY88 (Schultz et al. (1987)
Gene 54:113-123), pYES2 (Invitrogen Corporation,
San Diego, CA), y pPicZ (Invitrogen Corp, San Diego, CA). De forma
alternativa, el vector de expresión es un vector de expresión de
baculovirus del tipo, por ejemplo, las series pAc (Smith et
al. (1983) Mol. Cell Biol. 3:2156-2165). En otra
realización, un ácido nucleico de la invención está expresado en
células de mamífero mediante un vector de expresión de mamífero. Los
ejemplos de vectores de expresión de mamífero son numerosos, e
incluyen, sin que sirva de limitación, pCDM8 (Seed (1987) Nature
329:840) y pMT2PC (Kaufman et al., (1987) EMBO J.
6:187-195).
Un vector de expresión recombinante de mamífero
puede también diseñarse de modo que sea capaz de dirigir la
expresión del ácido nucleico preferiblemente en un tipo de célula
especial (como los elementos reguladores específicos de tejido, que
se utilizan para expresar el ácido nucleico). Los elementos
reguladores específicos de tejido se conocen entre los expertos en
la materia. Algunos ejemplos de promotores específicos de tejido
adecuados, sin que sirva de limitación, incluyen el promotor de
albúmina (específico del hígado; Pinkert et al., (1987)
Genes Dev. 1:268-277), promotores específicos
linfoides (Calame and Eaton (1988) Adv. Immunol.
43:235-275), en especial, promotores de receptores
de células T (Winoto and Baltimore (1989) EMBO J.
8:729-733), inmunoglobulinas (Banerji et al.
(1983) Cell 33:729-740; Queen and Baltimore (1983)
Cell 33:741-748), y promotores específicos de las
glándulas mamarias (por ejemplo, el promotor del suero de la leche;
Patente estadounidense N.º 4.873.316 y Publicación de Solicitud
Europea N.º 264.166).
Otro aspecto de la invención pertenece a las
células hospedadoras en las que se ha introducido un vector de
expresión recombinante de la invención. Los términos "célula
hospedadora" y "célula hospedadora recombinante" se
utilizan de forma intercambiable en este documento. Se entiende que
dichos términos se refieren no sólo a la célula objeto en
particular, sino a la progenie o progenie potencial de dicha célula.
Dado que pueden darse ciertas modificaciones en generaciones
sucesivas debido bien a mutaciones, bien a influencias ambientales,
dicha progenie, de hecho, puede no ser idéntica a la célula
precursora, pero seguirán incluidas dentro del alcance del término
tal y como se utiliza en este documento. Una célula hospedadora
puede ser procariota (como E. Coli), eucariota (como las
células de los insectos, células de la levadura o células de
mamífero) o células vegetales.
Las células utilizadas en la invención pueden
ser modificadas genéticamente para expresar un polipéptido de
fusión de la invención. Por modificado genéticamente se entiende que
la célula ha sido transfectada, transformada o transducida con una
molécula de polinucleótido recombinante y/o alterada de alguna otra
manera (como por recombinación homóloga y activación genética), de
forma que provoque que dicha célula exprese el polipéptido de
fusión. Los métodos y vectores para células modificadas
genéticamente y/o las líneas celulares son bien conocidos entre los
expertos en la materia; por ejemplo, se ilustran varias técnicas en
Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al., eds.
(Wiley & Sons, New York, (1988) and quarterly updates) y en
Sambrook et al., (1989) Molecular Cloning: A Laboratory
Manual (Cold Spring Laboratory Press).
Se observa asimismo que los polipéptidos de
fusión de la invención pueden expresarse en animales transgénicos,
como, por ejemplo, ratones, cabras o vacas. Como último ejemplo, la
expresión del polipéptido de fusión puede ser designada de forma
que se segregue en la leche del animal. Un animal transgénico puede
producirse al introducir el ácido nucleico que codifica un
polipéptido de fusión de la invención dentro de un ovocito
fertilizado o una célula madre embrionaria. Dichas células
hospedadoras pueden así utilizarse para crear animales transgénicos
no humanos.
El vector ADN puede introducirse en las células
mediante las técnicas convencionales de transformación o de
transfección. Tal y como se utilizan en este documento, los términos
"transformación" y "transfección" se refieren a una serie
de técnicas reconocidas para la introducción de ácido nucleico
extraño en una célula hospedadora, incluida la coprecipitación de
fosfato de calcio o cloruro de calcio, transfección mediante
DEAE-dextrano, lipofección o electroporación. En
Sambrook, et al. y otros manuales de laboratorio pueden
encontrarse métodos adecuados de transformación o transfección de
células hospedadoras. Para la transfección estable de células de
mamíferos, se sabe que, en función del vector de expresión y la
técnica de transfección utilizada, únicamente una fracción pequeña
de las células puede integrar en su genoma el ADN transfectado. Para
identificar y seleccionar estos integrantes, un gen que codifica un
marcador seleccionable (por ejemplo para la resistencia a los
antibióticos) suele introducirse en la célula hospedadora junto con
el gen de interés. Los marcadores seleccionables preferidos
incluyen aquellos que ofrecen una resistencia a fármacos como el
G418, la higromicina y el metotrexato. Las células transfectadas de
forma estable con el ácido nucleico introducido pueden identificarse
por selección de fármacos.
En otra realización, la fusión de un polipéptido
de trimerización de la invención con un segundo polipéptido
heterólogo que es un ligando puede provocar una señalización
aumentada a través del receptor del ligando. Entre otras causas, el
mecanismo de este aumento puede darse por una unión y activación
aumentadas del receptor, de forma que el receptor haya aumentado su
actividad biológica. Por ejemplo, CD40L (TNFSF5) multimerizado ha
demostrado que, cuando se administra a una población celular,
aumenta la proliferación celular inmune respecto a las células no
tratadas (ver ejemplo a continuación) y respecto a las células
tratadas con CD40L (TNFSF5) no multimerizado, por lo que, de
conformidad con la invención, cuando CD40L (TNFSF5) soluble se
fusiona con un polipéptido de trimerización del dominio de la
invención, éste cuenta con un aumento de actividad respecto de
CD40L (TNFSF5) soluble que no se ha trimerizado.
Los términos "aumentado" o "ampliado"
se entienden como que incluyen toda elevación ponderable de la
actividad biológica respecto de su medición en un control no
tratado. Un aumento puede ser del 10%, 20%, 30% 40% o más, y los
aumentos pueden exceder el 100% de la actividad de los controles.
Los ejemplos de los ensayos para medir aumentos incluyen, sin que
sirva de limitación, la evaluación de la liberación de citoquina,
inducción de la expresión de la superficie molecular, aumento o
descenso de la proliferación celular, aumento o descenso de la
muerte celular apoptótica y activación bioquímica, como patrones de
fosforilación. En un ejemplo en especial, la adición de CD40L
(TNFSF5) trimerizado a las células puede tener como resultado la
inhibición de la secreción de IgE inducido por IL-4,
o la expresión ampliada de CD23 en cultivos mixtos de linfocitos.
En un modelo especial de la invención, los multímeros de trímeros de
la invención tiene una actividad mayor que la actividad de los
trímeros no multimerizados.
Todavía en otra realización, la fusión de un
polipéptido de multimerización, como un dominio de trimerización,
con un segundo polipéptido heterólogo que sea un receptor puede
tener como resultado el descenso de la señalización a través del
receptor nativo correspondiente. Entre otras causas, el mecanismo de
esta reducción puede darse por la unión competitiva del polipéptido
soluble con el ligando del receptor, donde esta unión evita que el
ligando active el receptor. Por ejemplo, la administración de
TNFR:Fc (es decir, Etanercept), un dímero, tiene como resultado la
reducción de la señalización a través del receptor del
TNF-alfa de las células no tratadas medidas, en
parte, por los síntomas reducidos de la enfermedad
(Spencer-Green, 2000, Ann. Rheum. Dis., 59 Suppl 1,
pp. 46-9). Por tanto, un multímero de un TNFR
conforme a la invención puede inhibir la inflamación mediada por el
TNF-alfa.
El término "reducido" se entiende como que
incluye toda disminución ponderable de la actividad biológica
respecto de su medición en un control no tratado. Más especialmente,
un descenso puede ser del 10%, del 20% o más, hasta de un 100%. Los
ejemplos de los ensayos para medir estas reducciones incluyen, sin
que sirva de limitación, el aumento o descenso de la liberación de
citoquina, inducción de la expresión de la superficie molecular,
aumento o descenso de la proliferación celular, aumento o descenso
de la muerte celular apoptótica y activación bioquímica, como
patrones de fosforilación.
La actividad del polipéptido de fusión está
parcialmente determinada por su afinidad a un patrón de unión (como
un receptor o un ligando). La afinidad de las moléculas trimerizadas
para sus patrones de unión respectivos puede medirse mediante un
análisis de interacción bioespecífico (BIA), que es un biosensor, es
decir, un instrumento que combina un mecanismo de reconocimiento
biológico con un mecanismo de detección o transductor. Un ejemplo
de biosensor es BIOcore TM (Pharmacia). Éste hace uso del fenómeno
óptico de la resonancia del plasmón superficial para controlar la
interacción entre dos moléculas biológicas. Los pares de moléculas
con constantes de afinidad entre 10^{5} y 10^{10} M^{-1}, y
las constantes de índice de asociación entre 10^{3} y 10^{6}
M^{-1}s^{-1} son adecuados para este método.
También se observa que, como los trímeros (o
multímeros de mayor orden) cuentan con más lugares de unión para su
patrón de unión que los dímeros o monómeros, los polipéptidos
multimerizados de la invención también tendrán una avidez mayor
para los patrones de unión que los monómeros o dímeros (o multímeros
de menor orden). Este mayor grado de avidez aumenta la unión
específica de los multímeros a sus patrones de unión. Así, en un
modelo se observa que los polipéptidos de la invención pueden
unirse a moléculas terapéuticas heterólogas para ofrecer una mayor
eficacia a las células diana que expresan un patrón de unión. Los
ejemplos de moléculas heterólogas que pueden unirse incluyen, sin
que sirva de limitación, fracciones radiactivas, por ejemplo
I^{125} e Y^{90}, y/o polipéptidos toxinas, como ricina o la
toxina botulínica. El vínculo puede establecerse mediante técnicas
de unión cruzada conocidas entre los expertos en la materia.
Los polipéptidos de la invención pueden
formularse como compuestos aptos para su administración en pacientes
que necesitan tratamiento. Dichos compuestos son útiles para el
tratamiento de desórdenes relacionados con la inmunidad y/o para el
aumento de la estimulación de una respuesta inmune que de otra forma
sería normal. Una dosis terapéutica eficaz se refiere a una
cantidad del compuesto suficiente para obtener una mejora de los
síntomas de, por ejemplo, inmunodeficiencia o condiciones o
enfermedades inflamatorias. Asimismo, cuando un polipéptido de la
invención se administra conjuntamente con otro elemento terapéutico,
las dosis se modifican para evitar posibles interacciones entre los
agentes terapéuticos.
La toxicidad y la eficacia terapéutica de los
compuestos pueden determinarlas los procesos farmacéuticos
habituales sobre cultivos celulares o animales de experimentación,
como para determinar el LD50 (la dosis letal para el 50% de la
población) y el ED50 (la dosis terapéutica eficaz para el 50% de la
población). La proporción de la dosis entre los efectos tóxicos y
terapéuticos es el índice terapéutico, y puede expresarse como la
proporción LD50/ED50. Se prefieren los compuestos que muestran
índices terapéuticos amplios.
Mientras que los compuestos que muestran efectos
secundarios tóxicos pueden utilizarse, hay que tener sumo cuidado a
la hora de elaborar un sistema de administración que dirija dichos
compuestos al lugar del tejido afectado para minimizar el daño
potencial a las células no infectadas y así reducir los efectos
secundarios.
Los datos obtenidos de los ensayos con cultivos
de células y los estudios con animales pueden utilizarse para
formular un abanico de dosis para su uso en humanos. La dosis de
dichos compuestos recae preferiblemente dentro de un ámbito de
concentraciones circulantes que incluyen el ED50 con poca o ninguna
toxicidad. La dosis puede variar dentro de este ámbito en función
de la presentación empleada y la vía de administración utilizada.
Para todo compuesto utilizado en el método de la invención, la dosis
eficaz terapéutica puede estimarse inicialmente a partir de los
ensayos con cultivos de células. Puede formularse una dosis en
modelos animales para lograr un ámbito de concentración de plasma
circulante que incluya el IC50 (es decir, la concentración del
compuesto de la prueba que alcanza una inhibición medio máxima de
los síntomas) tal y como se determina en un cultivo de células
previo a su administración a un paciente.
Cuando se administra otro producto terapéutico
en combinación con los polipéptidos de la invención
(co-administración), los polipéptidos de la
invención pueden administrarse bien antes, a la vez o después de la
administración del segundo producto terapéutico. La administración
simultánea abarca la mezcla de polipéptidos de la invención con el
segundo producto terapéutico antes de su administración al paciente,
o la administración al paciente en infusiones separadas, aunque al
mismo tiempo. También se observa que la dosis del segundo producto
terapéutico debería ser coherente con los márgenes terapéuticos
establecidos, aunque debería poder darse un aumento de la eficacia
del producto terapéutico cuando se use combinado con un polipéptido
de la invención que sea mayor que la suma de ambos por separado,
por lo que se daría una sinergia. Así, en caso de sinergia, se
entenderá que las dosis pueden disminuirse respecto de los márgenes
recomendados a raíz del aumento de la eficacia.
En una realización de la invención, un
polipéptido de la invención se administra una vez a la semana para
tratar los diversos desórdenes médicos que hemos tratado en este
documento; en otro modelo, se administra al menos dos veces a la
semana, y en otro modelo se administra al menos una vez al día. Un
paciente adulto es una persona con al menos 18 años de edad. En
caso de ser inoculada, la cantidad eficaz, por dosis para adulto,
de un polipéptido de la invención oscila desde aproximadamente
1-500 mg/m^{2}, o aproximadamente
1-200 mg/m^{2}, o aproximadamente
1-40 mg/m^{2} o aproximadamente
5-25 mg/m^{2}. Como alternativa, puede
administrarse una dosis fija cuya cantidad puede oscilar desde
2-500 mg/m^{2}, 2-100 mg/m^{2} o
desde aproximadamente 10-80 mg/dosis. Si la dosis
se va a administrar más de una vez a la semana, los ejemplos de
intervalos de las dosis serán los mismos que los descritos
anteriormente o menores. Preferiblemente, los polipéptidos de la
invención se administrarán dos o más veces a la semana y con un
intervalo de 25-100 mg/dosis.
En un modelo de la invención, las distintas
indicaciones descritas más abajo se considerarán por administración
de un preparado aceptable para su inoculación que contenga un
polipéptido de la invención a 80-100 mg/dosis, o,
como alternativa, que contenga 80 mg por dosis. La dosis puede
administrarse en dosis bisemanales, semanales o separadas por
varias semanas (por ejemplo de 2 a 8).
Si se utiliza una vía de administración de los
polipéptidos de la invención distinta de la inyección, la dosis se
ajustará adecuadamente de conformidad con las prácticas médicas
habituales. Por ejemplo, si la vía de administración es la
inhalación, la dosis podrá ser de una a siete veces a la semana en
intervalos desde 10 mg/dosis hasta 50 mg/dosis.
En muchos casos, se obtendrá la mejora de un
paciente mediante inyección de una dosis de hasta aproximadamente
100 mg de los polipéptidos de la invención de una a tres veces por
semana durante un periodo de al menos tres semanas, aunque puede
ser necesario un tratamiento para periodos más largos para inducir
el grado deseado de mejora. Para situaciones crónicas incurables,
por ejemplo, pacientes con fallos en la médula ósea causada por un
desorden genético, la administración podrá continuarse
indefinidamente.
Para pacientes pediátricos (edades entre 4 y 17
años) el plan adecuado abarca la inyección subcutánea de 0,4 mg/kg
hasta 5 mg/kg de los polipéptidos de la invención, administrados
mediante inyección subcutánea una o más veces por semana.
Las composiciones farmacéuticas para el uso de
las composiciones de la presente invención pueden formularse de la
forma convencional mediante uno o más portadores o excipientes
fisiológicamente aceptables. Así, los compuestos y sus sales y
solutos fisiológicamente aceptables pueden formularse para la
administración por inhalación o insuflación (ya sea oral o nasal) o
para administración oral, parenteral o rectal.
Para la administración oral, las composiciones
pueden tener forma de tabletas o pastillas formuladas de la forma
convencional.
Los compuestos pueden formularse para
administración parenteral por inyección, como por inyecciones en
bolo o infusión continua. Las formulaciones para las inyecciones
pueden presentarse en forma de una única dosis, como en ampollas o
en contenedores multidosis, con un conservante añadido. Las
composiciones pueden tener diversas formas, como suspensiones,
soluciones o emulsiones en vehículos oleosos o acuosos, y pueden
contener agentes de formulación como agentes de suspensión,
estabilizantes y/o de dispersión. De forma alternativa, el
principio activo puede aparecer en forma de polvo para su
constitución con un vehículo adecuado, como, por ejemplo, agua
esterilizada sin pirógenos, antes de su uso.
Los compuestos también pueden formularse como
composiciones rectales como supositorios o enemas de retención, del
tipo a supositorios convencionales como de manteca de cacao y otros
glicéridos.
Además de las formulaciones descritas
anteriormente, los compuestos también pueden ser formulados para su
inyección. Dichas formulaciones suelen almacenarse como soluciones
acuosas que pueden congelarse y descongelarse, pero que también
pueden prepararse como muestras liofilizadas para un almacenamiento
más largo. Estas formulaciones suelen presentarse en una solución
isotónica con la sangre humana, a saber, sobre 150 mM y tamponada.
Los tamponadores habituales incluyen el fosfato de sodio y el
acetato de sodio, y su pH oscila entre 1 y 14, pero suelen estar
entre 4,5 y 6. Estas formulaciones también pueden tener poliol (como
sorbitol, trehalosa, sucrosa, etc.), y un surfactante (como el
polisorbato, polisorbato 80, etc.) y no requieren cloruro sódico
para hacer la solución isotónica.
Los polipéptidos de la invención también pueden
formularse como una preparación depot. Dichas formulaciones
de acción prolongada pueden administrarse por implantación (por
ejemplo, subcutánea o intramuscular) o por inoculación
intramuscular. Así, por ejemplo, los componentes pueden presentarse
con materiales hidrófobos o poliméricos adecuados (como, por
ejemplo, una emulsión en un aceite apto) o resinas de intercambio
iónico, o como derivados solubles con moderación, por ejemplo, una
sal soluble en poca cantidad.
Las composiciones pueden, si se quiere,
presentarse en un paquete o dispositivo dispensador que puede
contener una o más dosis que tengan el principio activo. El paquete
puede tener, por ejemplo, un envoltorio de metal o plástico, como
una caja de plástico. El paquete o dispositivo dispensador puede ir
acompañado de las instrucciones para su administración.
Los constructos se han conseguido mediante la
unión de tres ácidos nucleicos diferentes: 1) el dominio de unión
al receptor (RBD) de CD40L (TNFSF5) humano, como el 0,4 kb
XbaI-NotI, previamente fusiona con una deleción de
CD40L (TNFSF5) 194W tal y como se describe en Morris et al.,
(1999, J. Biol. Chem., 274:418-423); 2) el
fragmento AvrII-XbaI de la secuencia de
trimerización del receptor scavenger generado tal y como se
describe más adelante; 3) y el fragmento 5,6 kb
Spe1-Not1 consistente en el vector de expresión
pSMAG que contiene las secuencias de señal y el promotor
transcripcional. Los ácidos nucleicos resultantes se describen en
SEQ. ID. N.º: 5 y 7.
El fragmento AvrII-XbaI que
consta de las 7 repeticiones heptavalentes a partir de la secuencia
de codificación del receptor scavenger se generó mediante
hibridación y unión de dos conjuntos de oligonucleótidos sintéticos
que se muestran en la Figura 1 (oligosecuencias SR). La secuencia de
oligonucleótidos se ha diseñado de tal forma que contenga un
solapamiento del sitio de restricción AvrII en el extremo 5' y un
solapamiento del sitio de restricción XbaI (secuencia compatible)
en el extremo 3' del fragmento del receptor scavenger
sintético. El sitio XbaI es TCTAGA, el sitio de restricción AvrII
es C/CTAGG, y el sitio de restricción SpeI es A/CTAGT. La unión de
SpeI con AvrII genera la secuencia ACTAGG que codifica los
aminoácidos treonina y arginina, respectivamente (código de letras
de aminoácidos únicos T y R).
Los oligos 33 (SEQ. ID. N.º: 2) y 35 (SEQ. ID.
N.º: 4) se han fosforilado mediante la
polinucleótido-quinasa de T4 y ATP a 37ºC durante
una hora. Las preparaciones de oligonucleótidos adecuadas se
mezclaron entre sí en dos recipientes de reacción separados (tubos
eppendorf) en una concentración de 2 \mug/ml, y se templó por
calentamiento cada par de oligonucleótidos a 95ºC durante 2 minutos;
se mantuvo a 65ºC durante 3 minutos, y se dejó enfriar de forma
gradual a temperatura ambiente (25ºC) durante 45 minutos. El oligo
32 (SEQ. ID. N.º: 3) se apareó con el oligo complementario 35, y el
oligo 33 se apareó con el oligo complementario 34 (SEQ. ID. N.º:
1). Los dos conjuntos de reacciones se mezclaron entre sí y se
unieron durante una hora mediante ADN Ligasa (ver SEQ. ID. N.º:
11). La reacción de unión se analizó mediante electroforesis en un
gel al 3% de agarosa Nusieve® al 3%, y los aproximadamente 150
fragmentos de pares de bases correspondientes al fragmento del
receptor scavenger AvrII se visualizaron y se aislaron del
gel.
Estos ácidos nucleicos se clonaron en la parte
superior (es decir, extremo N-terminal) del dominio
de unión al receptor (RBD) de CD40L (TNFSF5) mediante unión a un
fragmento Not1-SpeI que contiene el (RBD) de CD40L
(TNFSF5) y un fragmento Not1-SpeI que contiene el
vector pSMAG y la secuencia de la señal. Estos ácidos nucleicos de
receptores scavenger sustituyen a los ácidos nucleicos que
codifican la cremallera de luceina muteina que se utilizó
previamente para trimerizar/estabilizar los trímeros de CD40L
(TNFSF5) soluble. El vector de expresión pSMAG utilizado para estos
constructos contenía el promotor de transcripción y, bien la
secuencia de señal IL2, bien la secuencia de señal de la hormona de
crecimiento humano (GH) para permitir la secreción de CD40L
(TNFSF5).
El ácido nucleico de los constructos finales se
analizó en un secuenciador automático. Se obtuvo la secuencia de la
secuencia de señal mediante el cruce del RBD de CD40L (TNFSF5), que
confirmó la unión correcta. La Figura 2A describe un polipéptido de
fusión de la invención en donde los aminoácidos 1 a 24 son el
péptido de señal IL2, los aminoácidos 25 a 39 son secuencias de
agentes de unión, los aminoácidos 40 a 88 son el dominio de
trimerización, los aminoácidos 89 a 95 son secuencias de agentes de
unión, y los aminoácidos 96 a 244 son las secuencias de deleción
194W de CD40L (TNFSF5) y la Figura 2B describe un polipéptido de
fusión de la invención en donde los aminoácidos 1 a 25 son el
péptido de señal IL2, los aminoácidos 26 a 29 son secuencias de
agentes de unión, los aminoácidos 30 a 78 son el dominio de
trimerización, los aminoácidos 79 a 85 son secuencias de agentes de
unión, y los aminoácidos 86 a 234 son las secuencias de deleción
194W de CD40L (TNFSF5).
Las células COS se transfectaron con ADN
plásmido con 2 \mug en cada pocillo de un recipiente de
transfección de 6 pocillos, y el medio de crecimiento /
condicionado se recogió transcurridos 3 días y se analizó mediante
la técnica Western Blot en SDS PAGE utilizando un anticuerpo
policlonal anti CD40L (TNFSF5). El resultado de la técnica Western
Blot, que se muestra en la Figura 3, demuestra que tanto la
cremallera de isoleucina CD40L (TNFSF5) (Morris et al.,
(1999) J. Biol. Chem., 274:418-423), como las dos
formas del receptor scavenger (SR)-CD40L
(TNFSF5), descritas anteriormente, se han expresado y secretado. Los
pocillos 1, 3 y 5 contienen la recolección de un sobrenadante en
una dilución 1:10, y los pocillos 2, 4 y 6 contienen un sobrenadante
en una dilución 1:30. Los pocillos que contienen una recolección de
un sobrenadante de las células transfectadas son: los pocillos 1 y
2, que contienen una cremallera de isoleucina CD40L (TNFSF5) cADN;
los pocillos 4 y 6, que contienen una secuencia de la señal de la
hormona del crecimiento unida a un dominio de trimerización del
receptor scavenger CD40L (TNFSF5)
(GH-SR-CD40L); los pocillos 5 y 6,
que contienen una secuencia de señal IL2 unida al dominio de
trimerización del receptor scavenger CD40L (TNFSF5)
(IL2-SR-CD40L).
Se analizó el medio de recolección de la
transfección para comprobar la bioactividad en un ensayo de
proliferación de células B, tal y como lo describe Morris et
al., (1999, J. Biol. Chem., 274:418-423). La
coestimulación de la proliferación de las células B de la sangre
humana se evaluó mediante un cultivo de PBMC (E) deplecionado de
células T en placas de microtitulación de 96 pocillos de fondo
redondo (1 x 10^{5} células en 200 \mul) durante 4 días en
presencia de una titulación de huCD40L (TNFSF5). Las células fueron
pulsadas con timidina tritiada (91 \muci/pocillo) para el periodo
final de 18 horas del cultivo. Las células cultivadas con 1
\mug/ml de cremallera de isoleucina CD40L (TNFSF5) se incluyó como
un control positivo. Las células de control se incluyeron como
control negativo. Las células B son las únicas células del E prep.
que proliferarán en respuesta al CD40L (TNFSF5). Los resultados
demuestran que los supernadantes de la transfección que contienen
el dominio de trimerización del receptor scavenger fusionados
con RBD de CD40L (TNFSF5), con la secuencia de señal de la hormona
del crecimiento, son aproximadamente tan activos como la forma de
cremallera de leucina de CD40L (TNFSF5).
El alcance de la presente invención no debe
verse limitado por los modelos específicos descritos en este
documento, cuya intención es ofrecer ilustraciones únicas de
aspectos individuales de la invención, y los métodos y componentes
funcionalmente equivalentes se encuentran dentro del ámbito de
aplicación de la invención. De hecho, varias modificaciones de la
invención, además de aquellas mostradas y descritas en este
documento, serán fáciles de comprender para los expertos en la
materia a partir de las descripciones aportadas y de sus dibujos
correspondientes.
<110> Reddy, Pranhitha
\vskip1.000000\baselineskip
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<221> CDS
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<220>
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<221> CDS
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\hskip0.8cm
Claims (21)
1. Un polipéptido de fusión que comprende un
primer polipéptido formado por aminoácidos de X a Y del polipéptido
descrito en SEQ. ID. N.º: 10, donde X está seleccionado entre las
posiciones 110 y 173 de SEQ. ID. N.º: 10, e Y está seleccionado
entre las posiciones 179 y 270 de SEQ. ID. N.º: 10, fusionado con
un segundo polipéptido heterólogo y cuyo polipéptido de fusión es
capaz de formar un trímero.
2. Un polipéptido de fusión que comprende un
primer polipéptido fusionado con un segundo polipéptido heterólogo,
donde
el primer polipéptido consiste en aminoácidos de
X a Y del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10, donde X está
seleccionado entre las posiciones 110 y 173 de SEQ. ID. N.º: 10, e
Y está seleccionado entre las posiciones 179 y 270 de SEQ. ID.
N.º: 10, con al menos una sustitución de un aminoácido,
la secuencia de aminoácidos del primer
polipéptido es al menos idéntica en un 80% de su longitud a la
secuencia de aminoácidos del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º:
10 entre las posiciones X e Y de SEQ. ID. N.º: 10, y
el polipéptido de fusión es capaz de formar un
trímero.
3. El polipéptido de fusión de la reivindicación
1, donde el primer polipéptido consta de los aminoácidos de 154 a
203 del polipéptido descrito en SEQ. ID. N.º: 10.
4. El polipéptido de fusión de las
reivindicaciones 1, 2 o 3, donde el segundo polipéptido es un
fragmento soluble de un polipéptido de la superfamilia de
receptores del factor de necrosis tumoral (TNFRSF).
5. El polipéptido de fusión de las
reivindicaciones 1, 2 o 3, donde el segundo polipéptido es un
fragmento soluble de un ligando de la superfamilia del factor de
necrosis tumoral (TNFSF).
6. El polipéptido de fusión de la reivindicación
4, donde el segundo polipéptido es un fragmento soluble de un
polipéptido seleccionado entre el grupo de los polipéptidos de la
superfamilia de los receptores del factor de necrosis tumoral que
consta de TNFRSF1A, TNFRSF1B, TNFRSF3, TNFRSF4, TNFRSF5, TNFRSF6,
TNFRSF6B, TNFRSF7, TNFRSF8, TNFRSF9, TNFRSF10A, TNFRSF10B,
TNFRSF10C, TNFRSF10D, TNFRSF11A, TNFRSF11B, TNFRSF12, TNFRSF13B,
TNFRSF14, TNFRSF16, TNFRSF17, TNFRSF18 y TNFRSF19.
7. El polipéptido de fusión de la reivindicación
6, donde el polipéptido de fusión es capaz de inhibir la
señalización de un receptor de la superfamilia de receptores de la
familia de necrosis tumoral.
8. El polipéptido de fusión de la reivindicación
7, donde dichos primer y segundo polipéptidos de dicho polipéptido
de fusión están codificados por ácidos nucleicos derivados de un
humano.
9. El polipéptido de fusión de cualesquiera
reivindicaciones de la 1 a la 8, donde dicho polipéptido de fusión
es no inmunogénico.
10. El polipéptido de fusión de la
reivindicación 5, donde el segundo polipéptido es un fragmento
soluble de un polipéptido seleccionado entre el grupo formado por
TNFSF1 TNFSF2, TNFSF3, TNFSF4, TNFSF5, TNFSF6, TNFSF7, TNFSF8,
TNFSF9, TNFSF10, TNFSF11, TNFSF12, TNFSF13, TNFSF14, TNFSFI5 y
TNFSF18.
11. El polipéptido de fusión de la
reivindicación 10, donde el polipéptido de fusión es capaz de
aumentar la señalización de un receptor de la superfamilia de
receptores de la familia de necrosis tumoral.
12. El polipéptido de fusión de cualesquiera
reivindicaciones de la 1 a la 11, donde dichos primer y segundo
polipéptidos de dicho polipéptido de fusión están codificados por
ácidos nucleicos derivados de un humano.
13. El polipéptido de fusión de la
reivindicación 12, donde dicho polipéptido de fusión es capaz de
formar un multímero de un trímero.
14. El polipéptido de fusión de la
reivindicación 13, donde el segundo polipéptido heterólogo consta de
los aminoácidos descritos como aminoácidos del 96 al 244 de SEQ.
ID. N.º: 6.
15. Un ácido nucleico que codifica el
polipéptido de fusión de cualesquiera reivindicaciones de la 1 a la
14.
16. Una célula hospedadora que consta de un
ácido nucleico de la reivindicación 15, donde dicho ácido nucleico
está operativamente unido a un elemento de control heterólogo.
17. Una célula hospedadora transfectada con un
ácido nucleico conforme a la reivindicación 15.
\newpage
18. Un método de producción de un polipéptido de
fusión codificado por el ácido nucleico de la reivindicación 15,
que comprende las fases de crecimiento de una célula hospedadora
transfectada con dicho ácido nucleico en condiciones favorables
para la expresión del polipéptido de fusión, y que aísla dicho
polipéptido de fusión.
19. Un vector recombinante que comprende el
ácido nucleico de la reivindicación 15.
20. Un método de construcción de un vector de
expresión recombinante que comprende las fases de unión de un
primer ácido nucleico que consta de los nucleótidos de X a Y del
ácido nucleico descrito en SEQ. ID. N.º: 9, donde X está
seleccionado entre las posiciones 331 a 508 de SEQ. ID. N.º: 9, e Y
está seleccionado entre las posiciones 546 y 808 de SEQ. ID. N.º:
9, y un segundo ácido nucleico que codifica un polipéptido
heterólogo con el primer ácido nucleico en un lugar de clonación
compatible de un vector de expresión, seguido de la ampliación y
aislamiento de dicho vector de expresión recombinante.
21. El método de la reivindicación 20, donde el
segundo ácido nucleico codifica un fragmento soluble de un
polipéptido seleccionado entre el grupo que consta de TNFSF1,
TNFSF2, TNFSF3, TNFSF4, TNFSF5, TNFSF6, TNFSF7, TNFSF8, TNFSF9,
TNFSF10, TNFSF11, TNFSF12, TNFSF13, TNFSF14, TNFSF15, TNFSF18,
TNFRSF1A, TNFRSF1B, TNFRSF3, TNFRSF4, TNFRSF5, TNFRSF6, TNFRSF6B,
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