ES2341796T3 - Metodo para determinar la capacidad de respuesta a los inhibidores de chk1. - Google Patents

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Abstract

Un método para determinar si un inhibidor de CHK-1 está inhibiendo su diana molecular CHK-1, comprendiendo el método: (a) determinar la presencia de una molécula de CHK-1 fosforilada en una primera muestra a partir de un paciente de ensayo con cáncer que ha recibido un agente dañino del ADN, y (b) determinar la presencia de una CHK-1 fosforilada en una segunda muestra a partir del paciente de ensayo con cáncer que ha recibido un agente dañino del ADN y un inhibidor de CHK-1, en el que un incremento en la cantidad de CHK-1 fosforilada en la segunda muestra comparado con la primera muestra es indicativo de que el inhibidor de CHK-1 está inhibiendo su diana molecular CHK-1.

Description

Método para determinar la capacidad de respuesta a los inhibidores de CHK1.
Campo de la invención
La presente invención se refiere al uso de un biomarcador como indicador de la actividad de un agente terapéutico dentro de un paciente de ensayo con cáncer. El biomarcador de la presente invención puede usarse, por ejemplo, para determinar cuándo administrar un agente terapéutico o seleccionar una dosis terapéuticamente eficaz de un agente terapéutico para un paciente.
Antecedentes de la invención
La quimioterapia y la exposición a la radiación son actualmente las principales opciones para el tratamiento del cáncer, pero la utilidad de estos dos enfoques está seriamente limitada por los drásticos efectos adversos que tienen sobre los tejidos normales y por el frecuente desarrollo de la resistencia de las células tumorales. Por lo tanto, es bastante deseable mejorar la eficacia de dichos tratamientos de un modo que no incremente la toxicidad asociada a estos. Un modo para lograr esto es mediante el uso de agentes potenciadores específicos. Típicamente, estos agentes se diseñan para usarse en combinación con los agentes que ya existen o nuevos.
Una célula individual se replica haciendo una copia exacta de sus cromosomas y segregando a estos después en células separadas. Este ciclo de replicación del ADN, separación y división de cromosomas está regulado por mecanismos presentes en la célula que mantienen el orden de las etapas y garantizan que cada etapa se lleve a cabo de manera precisa. La clave de estos procesos son los puntos de control del ciclo celular (Hartwell et al., Science, (1989) 246(4930):629-34) donde las células pueden parar para asegurarse de que los mecanismos de reparación del ADN tienen tiempo para funcionar antes de continuar a través del ciclo en la mitosis. Hay tres de dichos puntos de control en el ciclo celular - el punto de control G1/S que está regulado por p53, la fase S y el punto de control G2/M que se controla mediante el punto de control cinasa 1 (CHK1) de Ser/Thr cinasa.
El CHK1 se activa a través de la fosforilación de Ser 317 y/o Ser 345 por ataxia-xelangiectasia (ATR) y/o ataxia-xelangiectasia mutada (ATM) después de daño al ADN inducido tanto por quimioterapia o radioterapia (Zhao, H. et al., (2001) Molecular Cell Biology 21, 7239-7249). El CHK1, a su vez, fosforila numerosos sustratos incluyendo cdc25A, cdc25C, y TLK (desordenados como la cinasa). La fosforilación de cdc25A y cdc25C por CHK1 conduce a su inactivación a través de la degradación y relocalización, respectivamente. La inactivación de cdc25A y cdc25C conduce entonces a la parada del ciclo celular en las fases S y G2 del ciclo celular, respectivamente. Además de la parada del ciclo celular que media CHK1 después del daño al ADN, han surgido nuevos resultados en la bibliografía de que CHK1 está implicado en los procesos de reparación del ADN también (Sengupta et al., Journal de Cell Biology, 166, 6:801-813, 2004). Además, los resultados también han sugerido una supuesta función de CHK1 en la división celular. Específicamente, CHK1 parece tener una función en la regulación de la entrada en mitosis previniendo la activación prematura de ciclina B-Cdk1 a través de la regulación de cdc25B (Kramer et al., Nature Cell Biology, 6; 9; 884-891, 2004) y en la regulación de la iniciación de la replicación.
Como la parada del ciclo celular inducida por estos puntos de control es un mecanismo crucial por el cual las células pueden superar el daño procedente de la radio- o quimio-terapia, su anulación por nuevos agentes debería incrementar la sensibilidad de las células tumorales respecto a las terapias que dañan el ADN. Además, la anulación específica en tumores del punto de control G1/S por mutaciones en p53 en la mayoría de los tumores puede explotarse para proporcionar agentes selectivos de tumores. Un método para diseñar los quimiosensibilizantes que anulen el punto de control G2/M es desarrollar inhibidores de la quinasa reguladora clave de G2/M CHK1 y se ha mostrado que este método funciona en varios estudios de prueba de concepto. (Koniaras et al., Oncogene, 2001, 20:7453; Luo et al., Neoplasia, 2001, 3:411; Busby et al., Cancer Res., 2000, 60:2108; Jackson et al., Cancer Res., 2000, 60:566).
Un biomarcador es una característica que es medida objetivamente y evaluada como un indicador de los procesos biológicos normales, procesos patógenos o respuestas farmacológicas frente a una intervención terapéutica (Atkinson et al, Clin. Pharmacol. Ther., 69: 89-95 (2001)). Se piensa que el desarrollo de nuevos biomarcadores contrastados conducirá tanto a reducciones significativas en el cuidado de la salud como en los gastos de desarrollo de fármacos e implicará mejoras en el tratamiento para una amplia variedad de enfermedades y afecciones.
Para diseñar óptimamente ensayos clínicos y obtener el máximo de información de estos ensayos, se requiere un biomarcador. El marcador tiene que medirse en tejidos experimentales y tumorales y debe correlacionarse con la inhibición de la ruta. Además, el biomarcador debe mostrar activación de la ruta corriente arriba y la inactivación de la ruta corriente abajo. Idealmente, estos marcadores también se correlacionarán con eficacia y por eso podrán usarse en última instancia para la selección de pacientes.
Resumen de la invención
La presente invención está basada, en parte, en métodos que pueden usarse para determinar la respuesta de un paciente frente a un inhibidor de CHK1, que incluyen determinar si se administra un inhibidor de CHK1, cuándo se administraría un inhibidor de CHK1 y determinar una dosis terapéuticamente eficaz de un inhibidor de CHK1. Específicamente, los métodos de la presente invención incluyen la determinación de una o más moléculas de transducción de señal de CHK1 activadas tales como CHK1 fosforilada. La presencia de una molécula de transducción de señal de CHK1 activada indica que debería administrarse un inhibidor de CHK1. En otro método de la invención, el método incluye la determinación de la presencia de H2AX fosforilado como un indicador de si se ha administrado a un paciente una dosis apropiada de un inhibidor de CHK1.
Los biomarcadores de la presente invención pueden usarse en el tratamiento o la profiláxis de enfermedades neoplásicas tales como cáncer cervical, cáncer de cabeza y cuello, carcinoma de mama, ovario, pulmón (células no pequeñas), páncreas, esofágico, gástrico, intestino delgado, hepático, colon, próstata u otros tejidos, así como leucemias y linfomas, incluyendo leucemia linfocítica crónica, tumores del sistema nervioso central y periférico y otros tipos de tumores tales como melanoma y sarcomas incluyendo fibrosarcoma, mesotelioma y osteosarcoma y tumores endocrinos tales como tumores de células de islote y tumores tiroides.
De acuerdo con esto, la invención proporciona un método de acuerdo con las reivindicaciones.
La muestra de la invención puede ser cualquier muestra apropiada tal como una muestra del tumor, sangre periférica, un raspado celular, un folículo piloso, una punción cutánea o bucal.
La molécula de la ruta de transducción de señal de CHK1 activada puede estar CHK1 fosforilada o H2AX fosforilada. La CHK1 fosforilada puede administrarse mediante un anticuerpo de CHK1, por ejemplo, un anticuerpo fosfoespecífico.
Breve descripción de los dibujos
La Fig. 1 representa un diagrama de bloques que muestra que la gemcitabina (Gem) aparece en la fosforilación de CHK1.
Las Figs. 2A-B representan un diagrama de bloques que muestra la fosforilación de CHK1 después del tratamiento de combinación de gemcitabina (Gem) y el inhibidor de CHK y la gemcitabina sola.
La Fig. 3 representa un diagrama de bloques que muestra la fosforilación de CHK1 de secciones tumorales de ratón con Xenoinjerto H460 después del tratamiento con gemcitabina (Gem), inhibidor de Chk (Chki) y una combinación de ambos.
La Fig. 4 representa un diagrama de bloques que muestra la cuantificación de la fosforilación de CHK1 en folículos pilosos de biopsias de piel de ratón - después del tratamiento con gemcitabina (Gem), inhibidor de Chk (Chki) y una combinación de ambos.
La Fig. 5 representa un diagrama de bloques que muestra la cuantificación de 53BP1 en células Hela con diferentes cantidades de hidrocloruro de doxorubicina (Dox) y un inhibidor de CHK1 (Chki).
La Fig. 6 representa un diagrama de bloques que muestra la cuantificación de fosfo-H2AX de células SW620 tratadas con gemcitabina (Gem) y un inhibidor de CHK (Chki).
La Fig. 7 representa un diagrama de bloques que muestra el % de células positivas de fosfo-H2AX cuando las células se tratan con cantidades variables de gemcitabina (Gem) y un inhibidor de CHK (Chki).
La Fig. 8 representa un diagrama de bloques que muestra el % de células positivas de fosfo-H2AX cuando las células se tratan con la combinación de hidrocloruro de doxorubicina (dox) y un inhibidor de CHK.
Descripción detallada
La presente invención proporciona biomarcadores para predecir la respuesta de un paciente frente a un inhibidor de CHK1. Pueden usarse los biomarcadores predictivos para indicar, por ejemplo, cuándo administrar un inhibidor de CHK1 o determinar la cantidad de un inhibidor de CHK1 que puede usarse para tratar con eficacia a un paciente con cáncer.
Biomarcadores
La presente aplicación describe un número de diferentes biomarcadores que pueden usarse para predecir la respuesta de pacientes frente a un inhibidor de CHK1. Los biomarcadores de la invención incluyen moléculas de transducción de señal de CHK1 activadas. Una molécula de transducción de señal de CHK1 activada es cualquier molécula que esté directamente o indirectamente modificada, por ejemplo activada o desactivada, como resultado de la activación de CHK1. Por ejemplo, una molécula de transducción de señal de CHK1 activada puede ser CHK1 fosforilada. Otras moléculas que sirven como molécula de transducción de señal de CHK1 activada incluyen TLK1/2 fosforilada, CDC25, ciclina B, Aurora B o fosfohistona H3. Además, una molécula de la ruta de transducción de señal de CHK1 incluye una molécula que se active por ATR o ATM tal como H2AX.
En un ejemplo, el biomarcador es H2AX. La presencia de H2AX fosforilado (también conocido como H2AX gamma) después de la administración de tanto un agente dañino del ADN y un inhibidor de CHK comparado con un control (una muestra tomada del paciente antes de la administración de CHK1 y un agente dañino del ADN o antes de la administración de un agente dañino del ADN) es indicativa de que se ha administrado una dosis apropiada de un inhibidor de CHK1.
Ensayos
La presente invención proporciona un número de biomarcadores que pueden usarse para predecir la respuesta de un paciente frente a un inhibidor de CHK1. Un método ilustrativo para detectar la presencia de un biomarcador incluye obtener una muestra de tejido tumoral o experimental de un sujeto de ensayo en ausencia de tratamiento con un agente dañino del ADN o agente inductor del estrés celular y determinar la presencia del biomarcador. En otro método ilustrativo, el método para detectar la presencia de un biomarcador incluye obtener una muestra de tejido tumoral o experimental de un sujeto de ensayo que ha recibido un agente dañino del ADN y determinar la presencia del biomarcador.
Agente dañino del ADN
Típicamente, se administra un agente dañino del ADN a un paciente de ensayo con cáncer. Un agente dañino del ADN es un agente extremadamente tóxico inductor, por ejemplo, de la ruptura del ADN de doble cadena. Sin ajustarse a ninguna teoría particular, se piensa que una vez ha sido administrada una cantidad suficiente de un agente dañino del ADN a un paciente con cáncer, las células reaccionan activando las rutas de respuesta de daño del ADN incluyendo la activación de los puntos de control del ciclo celular. Se piensa que la cinasa del punto de control del ciclo celular, CHK1, para las células permitiendo así reparar el ADN y su inhibición conduce a que las células tumorales se sensibilicen frente a los agentes cancerígenos.
Los agentes dañinos del ADN que pueden usarse en la presente invención incluyen cualquier agente dañino del ADN apropiado. Los ejemplos de agentes dañinos del ADN incluyen agentes alquilantes tales como ciclofosfamida; otros agentes que producen roturas del ADN mono o bicatenario tales como agentes platinizantes, incluyendo cisplatino, carboplatino y oxaliplatino; anti-metabolitos tales 5-fluorouracilo, fludarabina y gemcitabina; inhibidores de topoisomerasa I o III tales como doxorubicina, etoposido y topotecano; y agentes inductores del estrés tales como anticuerpos frente a proteínas de la superficie celular tales como rituximab, cetuximab o trastuzumab, agentes radiomiméticos tales como bleomicina y radiación gamma.
Muestras
Puede usarse cualquier muestra apropiada para determinar la presencia de un biomarcador de la invención. En un ejemplo, la muestra es una muestra de tejido experimental, por ejemplo, la muestra puede ser una muestra de sangre periférica, saliva, un raspado celular, bucal, folículo piloso, punción cutánea o esputo.
De forma alternativa, pueden tomarse muestras tumorales de cualquier paciente que reciba a un agente dañino del ADN. Por ejemplo, el tumor puede ser un tumor no sólido tal como leucemia, mieloma múltiple o linfoma, o puede ser un tumor sólido, por ejemplo tumores del conducto bilial, óseo, de vejiga, cerebro/SNC, mama, ovario, intestino delgado, colorectal, cervical, endométrico, gástrico, de cabeza y cuello, hepático, de pulmón, músculo, neuronal, esofágico, de ovario, pancreático, membranas pleural/peritoneal, próstata, renal, de piel, testicular, de tiroides, uterino, tumores vulvales y otros tipos de tumores tales como melanoma y sarcomas incluyendo fibrosarcoma, mesotelioma y osteosarcoma, y tumores endocrinos tales como tumores de células de islote y tumores de tiroides.
Detección de una molécula de la ruta de transducción de señal de CHK1 activada
En un ejemplo, el método incluye determinar a partir de una muestra de un paciente de ensayo la presencia de una molécula de la ruta de transducción de señal CHK1 activada. En otro ejemplo, el método incluye determinar a partir de una muestra de un paciente de ensayo que se está tratando con un agente dañino del ADN la presencia de una molécula de la ruta de transducción de señal CHK1 activada. Se determina la presencia de una molécula de la ruta de transducción de señal CHK1 activada tal como CHK1 fosforilada o H2AX fosforilada.
Los solicitantes han determinado que después de la administración de un inhibidor de CHK1 es posible predecir si un inhibidor de CHK1 está inhibiendo su diana molecular. El método incluye tomar una segunda muestra del paciente de ensayo que ha recibido un inhibidor de CHK1 y determinar la CHK1 fosforilada. Típicamente, la muestra se toma de 4 a 24 horas después de la administración del inhibidor de CHK1. Los pacientes que han recibido una dosis terapéuticamente eficaz de un inhibidor de CHK1 tendrán una cantidad mayor (por ejemplo, al menos de dos veces) de CHK1 fosforilado durante un periodo de tiempo más largo, por ejemplo, en un periodo de 24 horas, comparado con la cantidad de CHK1 fosforilada determinada a partir de la primera muestra. Sin vincularse a ninguna teoría, los solicitantes piensan que la mayor cantidad de CHK1 fosforilada después de la administración de un inhibidor de CHK1 es porque después de la inhibición de moléculas corriente abajo de CHK, las células tienden a compensar aumentando la activación de moléculas corriente arriba de CHK1.
\newpage
La determinación de la presencia de una molécula de la ruta de transducción de señal CHK1 activada de la invención puede realizarse usando cualquier método conocido en la técnica. Por ejemplo, puede visualizarse CHK1 fosforilado o H2AX fosforilado haciendo reaccionar las proteínas con anticuerpos tales como anticuerpos monoclonales dirigidos contra los aminoácidos serina fosforilada, treonina o tirosina que están presentes en las proteínas. Por ejemplo, se describen anticuerpos monoclonales útiles para aislar e identificar proteínas que contienen fosfotirosina en la patente de EE.UU. Nº. 4.543.439.
Los procedimientos y reactivos requeridos para determinar una proteína CHK1 activada pueden realizarse fácilmente por cualquier experto en la técnica. Un agente de interés que puede usarse para detectar una molécula de transducción de señal de CHK1 activada incluye cualquier molécula tal como un peptidomimético, proteína, péptido, ácido nucleico, molécula pequeña, un anticuerpo u otro fármaco candidato, que pueda unirse a la proteína. En un ejemplo, pueden usarse anticuerpos que estén comercialmente disponibles para detectar una molécula de transducción de señal de CHK1 activada. Por ejemplo, anticuerpos contra CHK1 fosforilado y CDC2 están disponibles en Cell Signaling (Beverly, MA), anticuerpos contra CDC25A Ab-3 fosforilado están disponibles en Lab-vision (Fremont, CA); anticuerpos contra Aurora B están disponibles en Abeam (Cambridge, MA); anticuerpos contra H2AX fosforilado están disponibles en Upstate Biotechnology (Upstate, NY).
Típicamente, pueden marcarse anticuerpos usados para visualizar la molécula de transducción de señal de CHK1 activada mediante cualquier procedimiento conocido en la técnica, por ejemplo, usando una molécula indicadora. Una molécula indicadora, según se usa en este documento, es una molécula que proporciona una señal analíticamente identificable permitiendo que cualquier experto en la técnica identifique cuándo se ha unido un anticuerpo a una proteína que se dirige contra éste. La detección puede ser tanto cualitativa como cuantitativa. Las moléculas indicadoras comúnmente usadas incluyen fluoróforos, enzimas, biotina, moléculas quimioluminiscentes, moléculas bioluminiscentes, digoxigenina, avidina, estreptavidina o radioisótopos. Las enzimas comúnmente usadas incluyen peroxidasa de rábano picante, fosfatasa alcalina, glucosa oxidasa y beta-galactosidasa, entre otras. Los sustratos que se usan con estas enzimas se eligen generalmente para la producción, bajo hidrólisis por la enzima correspondiente, de un cambio de color detectable. Por ejemplo, el fosfato de p-nitrofenilo es adecuado para el uso con moléculas indicadoras de fosfatasa alcalina; se usan comúnmente para peroxidasa de rábano picante, 1,2-fenilendiamina, ácido 5-aminosalicílico o toluidina. La incorporación de una molécula indicadora sobre un anticuerpo puede ser por cualquier método conocido por el experto en la técnica.
Después de la separación y visualización de las proteínas, la cantidad de cada tipo de proteína puede evaluarse mediante procedimientos fácilmente disponibles. Por ejemplo, mediante el uso del análisis por transferencia Western que incluye separar electroforéticamente proteínas sobre un gel de poliacrilamida y después detectar las proteínas separadas, puede cuantificarse la cantidad relativa de cada proteína evaluando su densidad óptica. De forma alternativa, pueden usarse otros métodos tales como FACS, inmunohistoquímica, ELISA, etc...
En los métodos de la invención, pueden detectarse una o más de las moléculas de la ruta de transducción de señal de CHK1 activada. Por ejemplo, puede montarse un sistema de ensayo que pueda detectar la presencia de múltiples moléculas de la ruta de transducción de señal de CHK1 activada.
Detección de H2AX fosforilado
El método de la presente invención también incluye identificar la presencia de H2AX fosforilado (también conocido como H2AX gamma) después de la administración de tanto un agente dañino del ADN como un inhibidor de CHK1 a un paciente de ensayo con cáncer. En la elección del agente dañino del ADN, debe haberse determinado previamente la capacidad de que el agente dañino del ADN fosforile H2AX en presencia o ausencia de un inhibidor de CHK1. En un ejemplo, el método de la invención usa un agente dañino del ADN que, si se administra solo sin CHK1, da como resultado un modesto incremento o ningún incremento en la fosforilación de H2AX. Los ejemplos de dichos agentes dañinos del ADN incluyen Gemcitabina y dox. En este ejemplo, la combinación del inhibidor de Chk 1 y del agente dañino del ADN produce un gran incremento, por ejemplo, una respuesta sinérgica, en la fosforilación de H2AX. De acuerdo con el método de la invención, un incremento en presencia de H2AX fosforilado comparado con un control (el control puede ser una muestra tomada del paciente antes de la administración de un agente dañino del ADN y del inhibidor de CHK1) indica que el inhibidor de CHK1 se ha administrado a una dosis terapéuticamente eficaz.
Puede detectarse H2AX fosforilado usando cualquier agente tal como un peptidomimético, una proteína, un péptido, un ácido nucleico, una molécula pequeña, un anticuerpo u otro fármaco candidato, que pueda unirse a la proteína. Los anticuerpos que se unen al H2AX fosforilado son conocidos en la técnica, por ejemplo, anticuerpos contra H2AX fosforilado están disponibles en Upstate Biotechnology (Upstate, NY).
Inhibidores de CHK1
Se conocen inhibidores de CHK1 en la técnica, por ejemplo, el inhibidor de CHK1 puede incluir, por ejemplo, un péptido, un anticuerpo, una molécula antisentido o una molécula pequeña. Los inhibidores de CHK1 útiles en la presente invención incluyen, sin limitación, los descritos o reivindicados en las siguientes publicaciones, cuyas descripciones totales se incorporan como referencia en este documento. Ejemplos de inhibidores de molécula pequeña de CHK1 incluyen compuestos de 2-ureidotiofeno, que se describen en el documento WO03029241, compuestos de 3-ureidotiofeno, que se describen en el documento WO03028731 y el inhibidor de Chkl XL844 (Exilixis, CA). Otros inhibidores de CHK1 se describen en los documentos PCT/GB2004/005400, US 20050256157, US 20050245563, US 20050245525, WO 2002070494, US 20040014765 y US 2003199511. Se describen oligonucleótidos de CHK1 antisentido en el documento WO 200157206 y la patente de EE.UU. 6.211.164. Se describen ácido nucleico de CHK1 interferente (siNA) y ARN interferente corto (siRNA) en el documento de EE.UU. 20050196765.
Ejemplos Ejemplo 1 Demostración de la activación de CHK1 después de daño al ADN en líneas celulares tumorales y muestras de xenoinjerto A. Estudios in vitro
Brevemente, se pusieron en placas 3 X 10^{6} células SW620 y/o HT29 en platos de cultivo de tejidos de 10 cm y se dejaron adherirse durante 24 horas a 37ºC. Las células se trataron entonces con una titulación de agentes dañinos del ADN (SN-38 (CQ International, China), doxorubicina (Sigma-Aldrich, MO) o gemcitabina (CQ International, China)). La células se recogieron luego después de una incubación de 8 horas con agentes dañinos del ADN en tampón de lisis Onyx con proteasa e inhibidores de fosfatasa (Tris 20 mM, NaCl 137 mM, EGTA 1 mM, Triton X al 1%, glicerol al 10%, MgCl2 1,5 mM, dilución 1:100 del grupo II de cóctel de inhibidor de Calbiochem Fofatasa, \beta-glicerofosfato 10 mM, DTT 1 mM, PMSF a 7 \mug/ml, 20 KUI/ml de aprotinina, Pefabloc 1 mM, leupeptina a 0,1 mg/ml). Fueron generados entonces lisados proteicos, se determinó la concentración de proteína y se cargó igual proteína y se analizó mediante análisis de transferencia Western usando una dilución 1:100 de anticuerpo monoclonal de conejo fosfo-CHK (Ser 345) (133D3) adquirido en Cell Signaling (Beverly, MA). El análisis de transferencia Western mostró una sobre-regulación dependiente de la dosis de fosfo-CHK después del daño al ADN. Para caracterizar a continuación la activación de CHK1, se trataron células SW620 y HT29 con gemcitabina (100 nM) o SN38 (100 nM) y las células se recogieron a diferentes tiempos (de 30 minutos a 24 horas). El análisis de transferencia Western mostró una activación dependiente del tiempo de fosfo-CHK con una activación máxima entre las 4 y 8 horas. Se examinó entonces un panel de líneas celulares tumorales para determinar cómo de ancho se activaba en CHK de células tumorales y si el estado de p53 impactaba en la activación de CHK. El panel de líneas celulares se colocó en placas y se trató durante 8 horas con 100 nM de gemcitabina. Se recogieron lisados celulares y se evaluó la sobre-regulación de fosfo-CHK. El análisis de transferencia Western mostró que fosfo-CHK se sobre-regula en un panel de líneas celulares tumorales, aunque a diferentes niveles.
También se examinó la regulación de fosfo-CHK mediante inmunohistoquímica (IHC). Brevemente, se pusieron en placas células HeLa o A549 sobre portaobjetos y se dejó que se adhirieran durante 24 horas a 37ºC. Las células entonces se trataron durante 5 horas con 100 nM de gemcitabina. Las células se fijaron con PFA al 4% en PBS (8 minutos a temperatura ambiente), se permeabilizaron con Triton-X al 0,5% en PBS, se lavaron con PBS y se lavaron con Tween 20 al 0,05% en PBS. Las células se bloquearon entonces con suero de cabra al 10% durante 1 hora a temperatura ambiente, se incubaron con una dilución 1:50 de anticuerpo monoclonal de conejo fosfo-CHK (Ser 345) (133D3) adquirido en Cell Signaling (Beverly, MA) en suero de cabra al 10% durante 90 minutos, se lavaron dos veces con PBS y una vez con Tween 20 al 0,5% en PBS. Las células se incubaron entonces durante 60 minutos con dilución 1:300 de IgG anti-conejo de Alexa Fluor 488 (Molecular Probes, OR) en suero de cabra al 10%, se lavaron dos veces con PBS, se tiñeron los núcleos con solución de Hoescht (2/\mug/ml) durante 5 minutos y las células se aclararon con PBS. La tinción de fosfo-CHK se cuantificó entonces usando el análisis Metamorph (Universal Imaging Corp, Dowington, PA). Se midió el área de la señal de fosfo-CHK respecto al área nuclear como se muestra en la Fig. 1. Se obtuvieron resultados similares usando medidas de intensidad. Los resultados muestran un gran incremento en fosfo-CHK después del tratamiento con gemcitabina.
B. Estudios in vivo
Se inyectaron 1 X 10^{7} células H460 que expresaban p53 negativo dominante en el flanco derecho de ratas desnudas macho que habían sido irradiadas con radiación 5 Gy 6 días antes de la implantación. El día 20, cuando los tumores alcanzaban un tamaño de 8 gramos, a los animales se les administró IV 20 mg/kg de gemcitabina en solución salina al 0,9%. Los tumores se recogieron entonces en puntos de tiempo variables incluyendo 1,5, 2, 2,5, 4, 6, 8 y 24 horas después de la administración de gemcitabina. Una sección del tumor se homogenizó entonces en tampón de lisis Swedish (Tris 20 mM pH 8,0, NaCl 150 mM, sustitución de NP-40 al 1%, y vanadato de sodio 1 mM con inhibidores de proteasa como se recomienda (Roche Applied Science, IN) e inhibidores de fosfatasa I y II como se recomienda (Sigma-Aldrich, MO). Se generaron entonces lisados proteicos, se determinó la concentración de proteína y se cargó igual proteína y se analizó por análisis de transferencia Western usando un anticuerpo monoclonal de conejo fosfo-CHK (Ser 345) (133D3) adquirido en Cell Signaling (Beverly, MA). El análisis de transferencia Western mostró la activación de CHK a las 2 horas con una activación máxima a las 8 horas. A las 24 horas, se des- regula fosfo-CHK significativamente.
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Ejemplo 2 Demostración del incremento de fosfo-CHK después del tratamiento de combinación de gemcitabina y del inhibidor de CHK1 en lineas celulares tumorales, muestras de xenoinjerto y tejidos experimentales A. Estudios in vitro
Brevemente, se pusieron en placas 3 X 10^{6} de SW620 en platos de cultivo de tejidos de 10 cm y se dejaron adherirse durante 24 horas a 37ºC. Las células se trataron entonces con gemcitabina 100 nM o 30 nM, inhibidor de CHK 100 nM o 500 nM o una combinación de gemcitabina 100 nM y 30 nM, 100 nM o 500 nM durante 8 horas. Se recogió entonces un grupo de células para el análisis de transferencia Western. Los compuestos que contenían medio se eliminaron de las células restantes y se añadió de nuevo medio de cultivo de tejidos. Las células se recogieron entonces 22 horas más tarde, se generaron lisados proteicos como se describe antes y se analizaron por análisis de transferencia Western usando el anticuerpo fosfo-CHK. El análisis de transferencia Western mostró un incremento en fosfo-CHK después del tratamiento con gemcitabina sola y un incremento dependiente de la dosis respecto a la gemcitabina sola en fosfo-CHK después del tratamiento de combinación. No se observó ningún incremento en fosfo-CHK después del tratamiento de células con el inhibidor de CHK solo.
También se examinó la regulación de fosfo-CHK por IHC como se describe antes en el Ejemplo 1 usando células HeLa y A549. Las Fig. 2A y 2B muestran un incremento mayor en fosfo-CHK después del tratamiento de combinación de gemcitabina e inhibidor de CHK según se compara con la gemcitabina sola.
B. Estudios in vivo
Se inyectaron 3 X 10^{6} células H460 que expresaban p53 negativo dominante en el flanco derecho de ratones desnudos macho. El día 25, cuando los tumores alcanzaron un tamaño de 0,6-0,8 gramos, a los animales se les administró IV con gemcitabina (30 ó 60 mg/kg), inhibidor de Chk (5, 20 ó 40 mg/kg) o la combinación. Siete horas más tarde, los tumores se retiraron después, se fijaron y se tiñeron para CHK1 fosforilado (Cell Signalling 2345)-DAB con contratinción de verde de metilo. Las secciones se cuantificaron entonces mediante análisis del valor H. El valor H se calcula puntuando la intensidad de las células (0, 1, 2 ó 3) y multiplicando por el valor que representa el número de células positivas (0, 1 (1-25%), 2 (26-50%), 3 (51-75%) y 4 (76-100%). El análisis mostrado en la Figura 3 mostró un incremento en la tinción de fosfo-Chk como se compara con cualquier agente solo. Los estudios de combinación similares se completaron con irinotecano e inhibidor de Chk. De nuevo, los datos mostraron un incremento en la tinción de fosfo-Chk como se compara con cualquier agente solo (datos no mostrados).
C. Tejidos experimentales
Se administró IV gemcitabina (30 ó 60 mg/kg) a ratones desnudos, inhibidor de Chk (5, 20 ó 40 mg/kg) o la combinación según la sección anterior. Siete horas más tarde, se recogieron después biopsias de la piel que contenían folículos pilosos, se fijaron y tiñeron para CHK1 fosforilado (Cell Signalling 2345)-DAB con contratinción de verde de metilo. Los resultados mostraron tinción positiva (marrón) en células basales de folículo piloso en ratones tratados. La tinción era específica a los núcleos celulares. Ocurrió una tinción rara u ocasional en los grupos tratados con inhibidor de Chk. No se observó ninguna tinción en los grupos tratados con gemcitabina. Las secciones se cuantificaron entonces por análisis del valor H. El valor H se calcula puntuando la intensidad de las células (0, 1, 2 ó 3) y multiplicando por el valor que representa el número de células positivas (0, 1 (1-25%), 2 (26-50%), 3 (51-75%) y 4 (76-100%). Los análisis mostrados en la Figura 4 muestran que la tinción de los folículos pilosos se incrementa ampliamente en los grupos de combinación comparado con los otros grupos de tratamiento. Además se observó una respuesta frente a la dosis del inhibidor de Chk con los incrementos mayores alcanzados a dosis eficaces.
Se completaron estudios de combinación similares con irinotecano e inhibidor de Chk. De nuevo, los datos mostraron un incremento en la tinción de fosfo-Chk según se compara con cualquier otro agente solo (datos no mostrados).
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Ejemplo 3 Demostración de la disminución de focos del daño de ADN después de la inhibición de CHK1 cinasa A. Estudios in vitro
Se pusieron en placas células HeLa sobre portaobjetos y se dejó que se adhirieran durante 24 horas a 37ºC. Las células se trataron entonces durante 5 horas con Adriamycin^{TM} 100 nM e inhibidor de CHK 500 nM. Las células se trataron entonces como se describe en el Ejemplo 1. El anticuerpo primario usado para los estudios fue una dilución 1:120 de anti-53BP1 policlonal de conejo (Novus, CO) y el anticuerpo secundario fue una dilución 1:300 de IgG anti-conejo de Alexa Fluor 488 (Molecular Probes, OR). Los focos se cuantificaron midiendo la intensidad fluorescente por número de núcleos (determinado mediante tinción de Hoescht) usando análisis Metaphorph. La Figura 5 muestra una disminución en la intensidad fluorescente cuando el inhibidor de CHK se combina con hidrocloruro de Doxorubicina (Adriamycim^{TM}).
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Ejemplo 4 Demostración del incremento de fosfo-H2AX después del tratamiento de combinación de gemciabina e inhibición de CHK1 A. Estudios in vitro
Brevemente, se pusieron en placas 3 X 10^{6} células SW620 y/o A549 en platos de cultivo de tejidos de 10 cm y se dejó que se adherieran durante 24 horas a 37ºC. Las células entonces se trataron con vehículo, gemcitabina 100 nM, o gemcitabina 100 nM e inhibidor de CHK 500 nM. Las células entonces se recogieron después de una incubación de 5 horas directamente en tampón de muestra SDS (NuPAGE Nº. NP007). Las muestras entonces se sonicaron, se pasaron a través de una aguja del calibre 21, se calentaron a 100ºC durante 5 minutos, se microcentrifugaron y analizaron mediante análisis de transferencia Western. Se generaron entonces lisados proteicos, se determinó la concentración de proteína y se cargo igual proteína y se analizó mediante análisis de transferencia Western usando una dilución 1:5000 de un H2AX Serina 139 anti-fosfo monoclonal de ratón (Upstate, NY). Los datos mostraron un gran incremento en fosfo-H2AX cuando las células se trataron en combinación con gemcitabina e inhibidor de CHK y no hubo ningún cambio o hubo un cambio muy modesto cuando cualquier compuesto se usó solo.
También se examinó fosfo-H2AX mediante un ensayo ELISA cuantitativo. Brevemente, se pusieron en placas 3 X 10^{6} SW620 en platos de cultivo de tejidos de 10 cm y se dejó que se adhirieran durante 24 horas a 37ºC. Las células entonces se trataron con vehículo, gemcitabina 100 nM, inhibidor de Chk 30, 50, 100 y 500 nM o la combinación de gemcitabina y todas las concentraciones del inhibidor de Chk durante 7 horas y entonces se recuperaron en tampón de lisis (Tris HCl 20 mM, base Tris 28 mM, LDS al 0,4%, Glicerol al 2%, EDTA 0,10 mM) que contenía inhibidores de fosfatasa (Calbiochem Nº. Cat. 534625, CA).
Se determinaron las concentraciones de proteína y los niveles de p-H2AX se cuantificaron mediante ensayo ELISA usando anticuerpo de H2AX total (Novus Biologicals, Nº. Cat. NB100-383, CO) para capturar el H2AX total y el anticuerpo anti-fosfo-histona H2AX Eu-marcado de LANCE (Ser 139) (Upstate, Nº. Cat. 05-636, NY) para detectar al H2AX fosforilado. Como se muestra en la Figura 6, se observó un gran incremento en fosfo-H2AX en el tratamiento de combinación.
También se examinó fosfo-H2AX mediante IHC como se describe antes en el Ejemplo 1 excepto con los siguientes cambios. Se pusieron en placas células HeLa o A549 en placas de 96 pocillos y se trataron con gemcitabina 100 nM o sin ésta y concentraciones crecientes de inhibidor de CHK (de 0 a 1 \muM) durante 5 horas antes de la fijación y tinción. Se incubó sobre células fijadas una dilución 1:400 de una H2AX Serina 139 anti-fosfo monoclonal de ratón (Upstate, NY) seguido de una dilución 1:300 de IgG anti-ratón de Alexa Fluor 594 (Molecular Probes, OR). Se realizó la cuantificación usando algoritmos de Cellomics Cell Health y se presentó como % de células positivas de fosfo-H2AX. La Fig. 7 muestra la cuantificación que demuestra un incremento dependiente de la dosis fuerte en el % de células positivas de fosfo-H2AX cuando las células se tratan con la combinación de gemcitabina e inhibidor de CHK. Se observó usando inmunotinción que el H2AX fosforilado estaba presente en todo el núcleo, no limitado a los focos.
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Ejemplo 5 Demostración del incremento de fosfo-H2AX después del tratamiento de combinación de doxorubicina e inhibición de CHK1 Estudios in vitro
También se examinó fosfo-H2AX mediante IHC como se describe antes en el Ejemplo 1 excepto con los siguientes cambios. Se trataron las células HeLa o A549 con o sin doxorubicina 100 nM (Adriamycin^{TM}) y concentraciones crecientes de inhibidor de CHK (de 0 a 1 \muM) durante 5 horas antes de la fijación y tinción. Se incubó sobre células fijadas un dilución 1:400 de una H2AX Serina 139 anti-fosfo monoclonal de ratón (Upstate, NY) seguido de una dilución 1:300 de IgG anti-ratón de Alexa Fluor 594 (Molecular Probes, OR). Se realizó la cuantificación usando algoritmos de Cellomics Cell Health y se presentó como el % de células positivas de fosfor-H2AX. La Fig. 8 es la cuantificación que demuestra un fuerte incremento dependiente de la dosis en el % de células A549 positivas de fosfo-H2AX cuando las células se tratan con la combinación de Adriamycin^{TM} y el inhibidor de CHK.

Claims (10)

1. Un método para determinar si un inhibidor de CHK-1 está inhibiendo su diana molecular CHK-1, comprendiendo el método:
(a)
determinar la presencia de una molécula de CHK-1 fosforilada en una primera muestra a partir de un paciente de ensayo con cáncer que ha recibido un agente dañino del ADN, y
(b)
determinar la presencia de una CHK-1 fosforilada en una segunda muestra a partir del paciente de ensayo con cáncer que ha recibido un agente dañino del ADN y un inhibidor de CHK-1, en el que un incremento en la cantidad de CHK-1 fosforilada en la segunda muestra comparado con la primera muestra es indicativo de que el inhibidor de CHK-1 está inhibiendo su diana molecular CHK-1.
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2. El método de la reivindicación 1, en el que la muestra es una muestra de tumor, sangre periférica, un raspado celular, un folículo piloso, una punción cutánea o bucal.
3. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-2, en el que la CHK1 fosforilada se determina mediante un anticuerpo de CHK1.
4. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que la CHK1 fosforilada se fosforila en Ser 345.
5. Un método para determinar si un inhibidor de CHK-1 está inhibiendo su diana molecular CHK-1, comprendiendo el método:
(a)
determinar la presencia de H2AX fosforilado en una primera muestra a partir de un paciente de ensayo con cáncer que ha recibido un agente dañino del ADN; y
(b)
determinar la presencia de H2AX fosforilado en una segunda muestra a partir del paciente de ensayo con cáncer que ha recibido un agente dañino del ADN y un inhibidor de CHK-1, en el que un incremento en la presencia de H2AX fosforilado en la segunda muestra comparado con la primera muestra es indicativo de que un inhibidor de CHK1 está inhibiendo su diana molecular CHK-1.
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6. El método de la reivindicación 5, en el que la muestra es una muestra de sangre con células tumorales en circulación.
7. El método de cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el cáncer es un tumor no sólido o un tumor sólido.
8. El método de la reivindicación 7, en el que el tumor es leucemia, mieloma múltiple o linfoma.
9. El método de cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el agente dañino del ADN es un agente alquilante, un anti-metabolito, un inhibidor de topoisomerasa, un agente radiomimético o radiación gamma.
10. El método de la reivindicación 9, en el que el anti-metabolito es 5-fluorouracilo, fludarabina o gemcitabina.
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