ES2355430T3 - Método molecular para el diagnóstico de cáncer de próstata. - Google Patents

Método molecular para el diagnóstico de cáncer de próstata. Download PDF

Info

Publication number
ES2355430T3
ES2355430T3 ES06790654T ES06790654T ES2355430T3 ES 2355430 T3 ES2355430 T3 ES 2355430T3 ES 06790654 T ES06790654 T ES 06790654T ES 06790654 T ES06790654 T ES 06790654T ES 2355430 T3 ES2355430 T3 ES 2355430T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
prostate
panel
genes
prostate cancer
expression
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES06790654T
Other languages
English (en)
Inventor
Nabil Belacel
Miroslava Cuperlovic-Culf
Rodney Ouellette
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
National Research Council of Canada
Original Assignee
National Research Council of Canada
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by National Research Council of Canada filed Critical National Research Council of Canada
Application granted granted Critical
Publication of ES2355430T3 publication Critical patent/ES2355430T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57555—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer of the prostate
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)

Abstract

Un método para determinar si las células prostáticas son cancerosas, comprendiendo el método: a) determinar, en una muestra de células prostáticas, si todos los genes de un primer panel se sobreexpresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, b) determinar si todos los genes de un segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales, c) determinar que dichas células prostáticas son cancerosas cuando i) todos los genes de dicho primer panel se sobre-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, y ii) todos los genes de dicho segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales, caracterizado porque: dicho primer panel consta de: Hepsina (serín proteasa transmembrana 1); - proteína de unión 1 a la caja X; - folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de próstata) 1; y dicho segundo panel consta de: Glutatión S-transferasa M4; - Intersectina 1 (proteína de dominio SH3); - Nel-tipo 2; - componente D del complemento (adipsina); y - proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente.

Description

Campo de la invención
La presente invención se refiere a un método para determinar sin las células prostáticas son cancerosas.
Antecedentes de la invención 5
El cáncer de próstata es un cáncer principal en los hombres con 20.100 nuevos casos esperados en Canadá en 2004 (Canadian Cancer Statistics, 2004). Una cantidad incluso mayor de pacientes, después de una lectura PSA (antígeno específico de próstata) positiva experimentan una biopsia invasiva pero se diagnostican con cáncer. Desafortunadamente, los procedimientos de biopsia invasiva requieren una larga hospitalización con muchos posibles efectos secundarios. La razón de usar el procedimiento de biopsia más invasivo, en oposición a la 10 biopsia con aguja gruesa menos invasiva es que el procedimiento de convencional sobre muestras de biopsia con aguja gruesa no ha demostrado ser tan precisa como una biopsia más invasiva y por lo tanto se descartó como modalidad de diagnóstico en varios países. Aunque las biopsias más invasivas pueden proporcionar un diagnóstico más preciso, son extremadamente traumáticas para el paciente. Además, dichos procedimientos puede provocar potencialmente discapacidades a largo plazo y constituyen un coste significativo al sistema sanitario. 15
Las técnicas de diagnóstico actuales para detectar el cáncer de próstata se basan en el nivel de PSA en el suero. El diagnóstico final diagnosis se determina por una comprobación patológica de células cancerosas en las muestras biopsia.
Sin embargo, estas técnicas actuales no son perfectas. El nivel de PSA en el suero puede estar afectado por factores diferentes al cáncer, incluyendo otras patologías y la edad. Además, propiedades específicas de la 20 proteína PSA en suero hacen que las mediciones precisas de concentración sean muy difíciles. Como resultado, el ensayo de PSA tiene un gran porcentaje de lecturas de falsos positivos así como de falsos negativos. Por lo tanto, las muestras de biopsia son esenciales para un diagnóstico más preciso. Desafortunadamente, como se ha indicado anteriormente, el método de biopsia preferido, la biopsia con aguja gruesa, a menudo es imprecisa debido al tamaño de muestra muy pequeño. Sin embargo, el ensayo genético sobre muestras de biopsia con aguja gruesa permitirá 25 un diagnóstico preciso sin la necesidad de métodos más invasivos.
Por lo tanto, existe una necesidad de un método de diagnóstico más preciso que no requiera una biopsia invasiva para detectar o diagnosticar el cáncer de próstata. De forma ideal, dicho método debe ser usable incluso con un tamaño de muestra muy pequeño y puede combinarse con otros métodos de diagnóstico basados en patología. 30
El documento US2004/0029151 describe un método para diagnosticar el cáncer de próstata en un paciente, que comprende analizar en una muestra de ensayo tejido prostático el nivel de expresión de al menos dos genes sobre-expresados en cáncer de próstata y al menos dos genes sub-expresados en cáncer de próstata.
Sumario de la invención
La presente invención proporciona un método para determinar si las células prostáticas son cancerosas. Se 35 proporciona un panel de 8 genes marcadores específicos. La sobre-expresión de algunos de estos genes marcadores en comparación con su expresión en tejido prostático normal y la sub-expresión del resto de estos genes marcadores son indicativas de tejido prostático canceroso. Usando estos 8 genes marcadores como herramienta de diagnóstico, pueden usarse muestras tisulares más pequeñas, tales como las obtenidas por biopsias con aguja gruesa. 40
En un primer aspecto, la presente invención proporciona un método para determinar sin las células prostáticas son cancerosas, comprendiendo el método:
a) determinar, en una muestra de células prostáticas, si todos lo genes de un primer panel se sobre-expresan y si todos los genes de un segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes en células prostáticas normales; 45
b) determinar que dichas células prostáticas son cancerosas en base a si dichos genes se sobre-expresan o sub-expresan en dichas células prostáticas.
En otro aspecto, la presente invención proporciona un uso de un primer panel de genes marcadores y un segundo panel de genes marcadores para identificar tejido prostático canceroso, siendo una sobre-expresión o sub-expresión de dichos paneles de genes marcadores en tejido prostático en comparación con la expresión en tejido 50 prostático normal indicativa de tejido prostático canceroso.
Breve descripción de los dibujos
Se obtendrá una mejor comprensión de la invención por consideración de la siguiente descripción detallada, con referencia a los siguientes dibujos en los que:
la Figura 1 es un diagrama de expresión para los 8 genes que es el objeto de la presente invención; 55
la Figura 2 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen GSTM obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 3 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen LTPB4 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 4 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen DF (adipsina) obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 5 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen NELL2 obtenidos en varios 5 experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 6 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen XBP1 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 7 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen ITSN1 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático; 10
la Figura 8 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen FOLH1 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático; y
la Figura 9 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen de la Hepsina obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático.
Descripción Detallada 15
La presente invención se refiere al uso de un panel de 8 genes marcadores específicos para diagnosticar o detectar tejido prostático canceroso. El panel de 8 genes marcadores se enumera en la siguiente Tabla 1. Los experimentos han demostrado que este panel de genes marcadores da una elevada precisión en el diagnóstico de cáncer de próstata debido a los niveles de expresión de los genes marcadores en tejido canceroso en relación a sus niveles de expresión en tejido normal. 20
El panel de 8 genes marcadores se da en la Tabla 1. Los genes marcadores se determinaron usando un método desarrollado por los inventores a partir del conjunto de datos de expresión de genes de tejidos prostáticos (normal y canceroso) obtenidos y descritos por Singh, D. et al. (Singh, D. et al. Gene expression correlates of clinical prostate cancer behaviour. Cancer Cell 1:203 (2002)).
Tabla 1 - Panel de ocho genes que se ha descubierto que dan elevada precisión en el diagnóstico de cáncer de 25 próstata y su nivel de expresión en tejido canceroso en relación a tejido normal.
Número de Acceso a GenBank
Nombre del Gen Símbolo ID UniGene Sobre- o Sub-expresado en tejido canceroso con relación a tejido normal
M96233
Glutatión S-transferasa M4 GSTM4 Hs.348387 Sub-expresado
Y13622
Proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente LTBP4 Hs.85087 Sub-expresado
M84526
Componente D del complemento (adipsina) DF Hs.155597 Sub-expresado
D83018
Nel-tipo 2 NELL2 Hs.79389 Sub-expresado
Z93930
Proteína 1 de unión a la caja X XBP1 Hs.149923 Sobre-expresado
AF064243
Intersectina 1 (proteína de dominio SH3) ITSN1 Hs.66392 Sub-expresado
M99487
Folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de próstata) 1 FOLH1 Hs.1915 Sobre-expresado
X07732
Hepsina (serín proteasa transmembrana 1) HPN Hs.823 Sobre-expresado
Los genes enumerados anteriormente se obtuvieron usando un experimento génico de microserie, proporcionándose el diagrama de expresión génica como la Figura 1 para los 8 genes. Para este diagrama de expresión, las muestras son tejidos normales y tumorales. 30
Las Figuras 2-9 son diagramas de recuadros de la expresión comparativa de los genes marcadores específicos en tejido prostático normal, tejido canceroso, y otros tipos de tejido prostático. El ensayo se hizo usando los datos de microserie de próstata disponibles en la base de datos Oncomine (véase Rhodes DR, Yu J, Shanker K, Deshpande N, Varambally R, Ghosh D, Barrette T, Pandey A, y Chinnaiyan AM. ONCOMINE: A Cancer Microarray Database and Data-Mining Platform. Neoplasia (2004); y Rhodes DR, Yu J, Shanker K, Deshpande N., Varambally 35 R, Ghosh D, Barrette T, Pandey A, y Chinnaiyan AM, Large-Scale Meta-Analysis of Cancer Microarray Data identifies Common Transcriptional Profiles of Neoplastic Transformation and Progression, PNAS (2004)).
El conjunto de datos usado para los experimentos que produjo los niveles de expresión mostrados en los diagramas de recuadros de las Fig. 2-9 incluía expresiones génicas medidas usando tecnología Affymetrix sobre 52 muestras de tumor de próstata y 50 muestras de próstata no tumorales. El pre-procesamiento incluía el reajuste del umbral (suelo 50, techo 16.000), el filtrado (máx./mín. menos de 5; máx.-mín. menos de 50); transformación logarítmica y normalización (a una media de cero y una varianza de 1). El pre-procesamiento produjo la serie que 5 comprende 6034 genes y 102 experimentos. Los experimentos de microserie se realizaron sobre muestras de tumor de próstata y tejido prostático adyacentes que no contiene células tumorales (seleccionadas por un patólogo en base a la morfología celular, mencionadas como "normales") recogido de pacientes que experimentaron prostatectomía radical en el Brigham and Women's Hospital, Boston, Massachusetts. Cada una de estas muestras la revisó un patólogo para determinar su Valor Gleason (GS) así como el nivel sérico de PSA. Como se ha indicado 10 anteriormente, los experimentos de microserie se realizaron usando series GeneChip (Affymetrix Inc.). El ARN total extraído de cada muestra se marcó con el colorante de fluorescencia y se hibridó al portaobjetos en un formato de una muestra por portaobjetos. Los niveles de expresión génica se obtuvieron midiendo las intensidades de fluorescencia para cada diana (mancha). El pre-procesamiento de datos se realizó usando el protocolo convencional para series GeneChip (véase Welsh JB., Analysis of gene expression identifies candidate markers and 15 pharmacological targets in prostate cancer. Cancer Res. 61: 5974 (2001)). Los datos para cada experimento después se graduaron (normalizaron) para que tuvieran una media global de cero y una desviación típica de un haciendo que los datos de diferentes experimentos fueran comparables.
Con referencia a la Figura 2, se presenta un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen GSTM4 obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para 20 experimentos replicados. Los experimentos incluidos y los tejidos usados se resumen en la Tabla 2.
Tabla 2:
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 6,366
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,067
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,0823
A4[4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,8647
A5 [5]
Hiperplasia Prostática Benigna Cáncer de Próstata 0,1103
Como puede observarse a partir de la Fig. 2 junto con la Tabla 2 anterior, el gen GSTM4 se sub-expresa en tejido prostático canceroso cuando se compara con su expresión en tejido prostático normal (véase el experimento 25 A1 en la Fig. 2). También puede observarse que, en comparación con la expresión de este gen en tejido prostático normal, el tejido prostático canceroso tiene una expresión inferior (véase C1 en los experimentos A2-A4). Por tanto, para tejido prostático canceroso, el gen GSTM4 se sub-expresa cuando se compara con su expresión en tejido prostático normal.
Con referencia a la Fig. 3, se ilustra un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen LTPB4 30 obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para experimentos replicados. Los experimentos incluidos y los tejidos usados se resumen en la siguiente Tabla 3.
Tabla 3:
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0872
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0069
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,1896
A4 [4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,7115
A5 [6]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,1142
A6 [6]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 1,2e-5
A7[7]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,158
A8 [5]
Hiperplasia Prostática Benigna Cáncer de Próstata 0,0404
A9 [8]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 1,459
A10 [8]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,7855
A11 [9]
No PSA recurrencia a los 3 años PSA Recurrencia a los 3 años 0,6524
A12 [9]
Próstata no Tumoral Cáncer de Próstata 3,7e-5
A13 [9]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,3183
A14 [10]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 6,4e-6
A15 [10]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,6032
Los resultados ilustrados en la Fig. 3 muestran que el gen LTPB4 se sub-expresa en tejido prostático canceroso cuando se compara con su expresión en tejido prostático normal. Los resultados de los experimentos A1, A5, A7, A9, A12, y A14 muestran que, en comparación con su expresión en tejido prostático normal, el gen LTPB4 se sub-expresa en tejido prostático canceroso. Para tejido canceroso de próstata, el gen LTPB4, por lo tanto, se sub-5 expresa cuando se compara con su expresión en tejido prostático normal.
Con referencia a la Fig. 4, es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen DF (adipsina) obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para experimentos replicados. Los experimentos y el tejido prostático incluido en los experimentos se resumen en la siguiente Tabla 4. 10
Tabla 4:
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,4053
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,7189
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,044
A4 [4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,7859
A5 [6]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0006
A6 [6]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,013
A7 [7]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0642
A8 [11]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,6993
A9 [8]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0893
A10 [8]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0031
A11 [9]
No PSA recurrencia a los 3 años PSA Recurrencia a los 3 años 0,0518
A12 [9]
Próstata no Tumoral Cáncer de Próstata 6,4e-10
A13 [9]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,2172
A14 [10]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,118
A15 [10]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,9273
Los resultados de la Fig. 4 muestran que el gen DF (adipsina) se sub-expresa en tejido prostático canceroso en comparación con su expresión en tejido prostático normal. Como puede observarse a partir de los resultados de los experimentos A1, A5, A7-A9, A12, y A14, el gen DF (adipsina) tiene niveles de expresión muy 15 inferiores en tejido prostático canceroso que en tejido prostático normal.
Con referencia a la Figura 5, se ilustra un diagrama de recuadros de los niveles de expresión para el gen NELL2 obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para experimentos replicados. Los experimentos y los tipos de tejido prostático usados en los experimentos se resumen en la siguiente Tabla 5. 20
Tabla 5:
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0039
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0339
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,3201
A4 [4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,3781
A5 [6]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0041
A6 [6]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0018
A7 [7]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,9941
A8 [5]
Hiperplasia Prostática Benigna Cáncer de Próstata 4,10E-06
A9 [11]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,3558
A10 [8]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0008
A11 [8]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,832
A12 [9]
No PSA recurrencia a los 3 años PSA Recurrencia a los 3 años 0,0291
A13 [9]
Próstata no Tumoral Cáncer de Próstata 1,20E-12
A14 [91
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,8026
A15 [10]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,1714
A16 [10]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,6622
Los resultados de la Fig. 5 ilustran que el gen NELL2 se sub-expresa en tejido prostático canceroso cuando se compara con su expresión en tejido prostático no canceroso. Los resultados de los experimentos A1, A5, A7, A9, A10, A13, y A14 muestran que el gen NELL2 tiene un nivel de expresión inferior en tejido prostático canceroso que en tejido prostático normal. 5
Con referencia a la Figura 6, se ilustra un diagrama de recuadros de los niveles de expresión para el gen XBP1 obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para experimentos replicados. Los experimentos y los tipos de tejido prostático usados se resumen en la siguiente Tabla 6.
Tabla 6: 10
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0042
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 1,00E-04
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,0456
A4 [4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,0581
A5 [7]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,5674
A6 [5]
Hiperplasia Prostática Benigna Cáncer de Próstata 0,8723
A7 [11]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,8965
A8 [8]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,428
A9 [8]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0697
La Figura 6 muestra que el gen XBP1 se sobre-expresa en tejido prostático canceroso en oposición a tejido prostático normal. Los experimentos A1, A4, A5, A7 y A8 ilustran que el gen XBP1 tiene un nivel de expresión inferior en tejido prostático normal que en tejido prostático canceroso.
Con referencia a la Figura 7, se ilustra un diagrama de recuadros de los niveles de expresión para el gen 15
ITSN1 obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para experimentos replicados. Los experimentos y los diversos tejidos usados se resumen en la siguiente Tabla 7.
Tabla 7:
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0024
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0106
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,2204
A4 [4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,6537
A5 [6]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,304S
A6 [6]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0051
A7 [7]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,2124
A8 [5]
Hiperplasia Prostática Benigna Cáncer de Próstata 0,0021
A9 [9]
No PSA recurrencia a los 3 años PSA Recurrencia a los 3 años 0,6691
A10 [9]
Próstata no Tumoral Cáncer de Próstata 3,50E-10
A11 [9]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,2232
A12 [10]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0003
A13 [10l
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,586
La Figura 7 ilustra que el gen ITSN1 tiene un nivel de expresión inferior en tejido prostático canceroso 5 cuando se compara con su expresión en tejido prostático normal. Como puede observarse a partir de los resultados de los experimentos A1, A5, A7, A10, y A12, el tejido prostático canceroso tiene niveles de expresión inferiores de ITSN1 cuando se compara con tejido prostático no canceroso.
Con referencia a la Figura 8, se ilustra un diagrama de recuadros de los niveles de expresión para el gen FOLH1 obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para 10 experimentos replicados. Los experimentos y los tejidos usados se resumen en la siguiente Tabla 8.
Tabla 8:
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0011
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,07
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,3748
A4 [4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,0801
A5 [6]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0047
A6 [6]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,2598
A7 [7]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0059
A8 [5]
Hiperplasia Prostática Benigna Cáncer de Próstata 0,0152
A9 [11]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,3939
A10 [8]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,8983
A11 [8]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0123
A12 [10]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0039
A13 [10]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,2576
La Figura 8 ilustra que el gen FOLH1 se sobre-expresa en tejido prostático canceroso en comparación con tejido prostático normal. Los resultados de los experimentos A1, A5, A7, A9, A10, y A12 muestran que el gen FOLH1 tiene un mayor nivel de expresión en tejido prostático canceroso que en tejido prostático normal.
Con referencia a la Figura 9, se ilustra un diagrama de recuadros de los niveles de expresión para el gen 5 Hepsina obtenidos de varios experimentos diferentes sobre tejidos prostáticos. Cada recuadro incluye valores para experimentos replicados. Los experimentos y los diferentes tipos de tejido prostático usados se resumen en la siguiente Tabla 9.
Tabla 9:
Experimento
C1 C2 Valor P
A1 [4]
BPH y Próstata Normal Cáncer de Próstata 1,60E-08
A2 [4]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,3311
A3 [4]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8 0,8772
A4 [4]
Cáncer de Próstata: No PSA recurr. a los 2 años Cáncer de Próstata: PSA recurr. 0,5244
A5 [6]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0205
A6 [6]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0351
A7 [7]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0017
A8 [5]
Hiperplasia Prostática Benigna Cáncer de Próstata 1,80E-07
A9 [8]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 0,0484
A10 [8]
Cáncer de Próstata Cáncer Metastásico de Próstata 0,0662
A11 [9]
No PSA recurrencia a los 3 años PSA Recurrencia a los 3 años 0,866
A12 [9]
Próstata no Tumoral Cáncer de Próstata 6,10E-25
A13 [9]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,2081
A14 [10]
Próstata Normal Cáncer de Próstata 2,10E-08
A15 [10]
Cáncer de Próstata: Gleason 6 Cáncer de Próstata: Gleason 8,9 0,7475
10
A partir de la Fig. 9, puede observarse que el gen Hepsina se sobre-expresa en tejido prostático canceroso en oposición a tejido prostático normal. Los resultados de los experimentos A1, A5, A7, A8, A9, A12, y A14 muestran que la Hepsina tiene un mayor nivel de expresión en tejido prostático canceroso que en tejido prostático normal.
La concordancia cualitativa entre las diferencias en la expresión en tejidos prostáticos cancerosos y normales para los ocho genes investigados aquí es buena en conjunto con la mayoría de las genes que muestran diferencia significativa entre tejido canceroso y normal así como entre tumores benignos y malignos en la mayoría de los experimentos. Los resultados mostrados aquí demuestran que un subconjunto de 8 genes es un panel de diagnóstico apropiado independientemente de las condiciones experimentales. Al mismo tiempo, en algunos casos, 5 especialmente para el gen LTPB4, hay cambios en la expresión relativa en tejido prostático canceroso frente a tejido normal dependiendo del experimento. Dichas variaciones muestran que es preferible considerar el resultado global para el panel completo y que los diagnósticos basados solamente en un gen pueden ser poco fiables.
Debe apreciarse que el análisis de expresión puede realizarse usando cualquier método para medir la expresión génica. Pueden usarse métodos tales como microseries, mini-chips de paneles de diagnóstico, PCR, PCR 10 a tiempo real, y otros métodos similares. Asimismo, también pueden usarse métodos para medir la expresión proteica.
Como se ha indicado anteriormente, las células prostáticas cancerosas pueden obtenerse de un paciente usando biopsia con aguja o incluso de células prostáticas cancerosas presentes en el torrente sanguíneo. También pueden obtenerse células prostáticas normales o no cancerosas frente a las cuales pueden compararse las células 15 cancerosas del paciente o de otros pacientes. Los experimentos han demostrado que el diagnóstico puede ser posible a partir de solamente una pequeña cantidad de células cancerosas.
Una persona que comprenda esta invención puede ahora concebir estructuras y realizaciones alternativas o variaciones de lo anterior, todo lo cual se pretende que esté dentro del alcance de la invención definida en las siguientes reivindicaciones. 20

Claims (3)

  1. REIVINDICACIONES
    1. Un método para determinar si las células prostáticas son cancerosas, comprendiendo el método:
    a) determinar, en una muestra de células prostáticas, si todos los genes de un primer panel se sobre-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, 5
    b) determinar si todos los genes de un segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales,
    c) determinar que dichas células prostáticas son cancerosas cuando
    i) todos los genes de dicho primer panel se sobre-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, y 10
    ii) todos los genes de dicho segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales,
    caracterizado porque:
    dicho primer panel consta de:
    Hepsina (serín proteasa transmembrana 1); 15
    - proteína de unión 1 a la caja X;
    - folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de próstata) 1;
    y dicho segundo panel consta de:
    Glutatión S-transferasa M4;
    - Intersectina 1 (proteína de dominio SH3); 20
    - Nel-tipo 2;
    - componente D del complemento (adipsina); y
    - proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente.
  2. 2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la muestra de dichas células prostáticas proviene de una biopsia con aguja gruesa. 25
  3. 3. Uso de un primer panel de genes marcadores y un segundo panel de genes marcadores para identificar tejido prostático canceroso, una combinación tanto de:
    i) la sobre-expresión de todos los genes de dicho primer panel de genes marcadores en tejido prostático en comparación con la expresión de todos los genes de dicho primer panel de genes marcadores en tejido prostático normal, como de 30
    ii) la sub-expresión de todos los genes de dicho segundo panel de genes marcadores en tejido prostático en comparación con la expresión de todos los genes de dicho segundo panel de genes marcadores en tejido prostático normal que es indicativo de tejido prostático canceroso,
    caracterizado porque:
    dicho primer panel de genes marcadores consta de: 35
    Hepsina (serín proteasa transmembrana 1);
    - proteína de unión 1 a la caja X;
    - folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de próstata) 1;
    y dicho segundo panel de genes marcadores consta de:
    Glutatión S-transferasa M4; 40
    - Intersectina 1 (proteína de dominio SH3);
    - Nel-tipo 2;
    - componente D del complemento (adipsina); y
    - proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente.
ES06790654T 2005-09-14 2006-09-08 Método molecular para el diagnóstico de cáncer de próstata. Active ES2355430T3 (es)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US71650705P 2005-09-14 2005-09-14
US716507P 2005-09-14

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2355430T3 true ES2355430T3 (es) 2011-03-25

Family

ID=37864588

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES06790654T Active ES2355430T3 (es) 2005-09-14 2006-09-08 Método molecular para el diagnóstico de cáncer de próstata.

Country Status (7)

Country Link
US (1) US7759060B2 (es)
EP (1) EP1934367B1 (es)
AT (1) ATE486964T1 (es)
CA (1) CA2622440A1 (es)
DE (1) DE602006018038D1 (es)
ES (1) ES2355430T3 (es)
WO (1) WO2007030919A1 (es)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8008012B2 (en) * 2002-01-24 2011-08-30 Health Discovery Corporation Biomarkers downregulated in prostate cancer
CA2829776A1 (en) 2011-03-14 2012-09-20 National Research Council Of Canada Prognostic marker sets for prostate cancer
GB201322034D0 (en) 2013-12-12 2014-01-29 Almac Diagnostics Ltd Prostate cancer classification
DE102014107380A1 (de) 2014-05-26 2015-11-26 Eberhard Karls Universität Tübingen Medizinische Fakultät Verfahren zur Diagnose einer durch den alternativen Weg des Komplementsystems vermittelten Krankheit oder eines Risikos hierfür

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7229774B2 (en) * 2001-08-02 2007-06-12 Regents Of The University Of Michigan Expression profile of prostate cancer
AU2002335640A1 (en) * 2001-08-17 2003-03-03 Affymetrix, Inc. Gleason grade 4/5 prostate cancer genes
US6949342B2 (en) 2001-12-21 2005-09-27 Whitehead Institute For Biomedical Research Prostate cancer diagnosis and outcome prediction by expression analysis
US20040029151A1 (en) * 2002-04-09 2004-02-12 Affymetrix, Inc. Molecular genetic profiling of gleason grades 3 and 4/5 prostate cancer
ITBZ20020040A1 (it) 2002-10-11 2004-04-12 Saverio Bettuzzi Metodo per la identificazione attraverso la progettazione e l'uso di appositi microchip -dna microarray della trasformazione tumorale del tessuto prostatico, valutazione della sua malignita' e prognosi del cancro prostatico umano mediante un nuovo me
US20050004059A1 (en) * 2003-04-15 2005-01-06 Tularik Inc. Gene amplification and overexpression in cancer
ES2801379T3 (es) * 2003-12-01 2021-01-11 Epigenomics Ag Métodos y ácidos nucleicos para el análisis de la expresión génica asociada con el desarrollo de trastornos proliferativos de células de próstata

Also Published As

Publication number Publication date
CA2622440A1 (en) 2007-03-22
EP1934367A4 (en) 2008-10-15
US20070065856A1 (en) 2007-03-22
EP1934367A1 (en) 2008-06-25
EP1934367B1 (en) 2010-11-03
WO2007030919A1 (en) 2007-03-22
DE602006018038D1 (de) 2010-12-16
US7759060B2 (en) 2010-07-20
ATE486964T1 (de) 2010-11-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Knudsen et al. Application of a clinical whole-transcriptome assay for staging and prognosis of prostate cancer diagnosed in needle core biopsy specimens
Tomlins et al. Characterization of 1577 primary prostate cancers reveals novel biological and clinicopathologic insights into molecular subtypes
ES2991436T3 (es) Biomarcadores de cáncer
ES2544500T3 (es) Métodos de detección del cáncer
CN105087568B (zh) 一组用于肿瘤分子分型的基因及其应用
BR112020023587A2 (pt) método para determinar um perfil de fragmentação de dna livre de células (cfdna), método para identificar um mamífero como tendo câncer, método de identificação do tecido de origem de um câncer e método para tratar um mamífero com câncer
PT1781814E (pt) Métodos e kit para o prognóstico do cancro da mama
JP7141029B2 (ja) データベースを構築する方法
Gordon et al. A prognostic test for adenocarcinoma of the lung from gene expression profiling data
Lee et al. Sebaceous neoplasms with mismatch repair protein expressions and the frequency of co-existing visceral tumors
Yang et al. K-ras Mutational Status in Cytohistological Tissue as a Molecular Marker for the Diagnosis of Pancreatic Cancer: A Systematic Review and Meta‐Analysis
ES2355430T3 (es) Método molecular para el diagnóstico de cáncer de próstata.
Pakkanen et al. Clinical and histopathological characteristics of familial prostate cancer in Finland.
ES2981481T3 (es) Genes marcadores para la clasificación del cáncer colorrectal, método para juzgar la metástasis en los ganglios linfáticos para el pronóstico del cáncer colorrectal y kit para ello
JP7463357B2 (ja) Ｐｄｅ４ｄ７及びｄｈｘ９発現に基づく術前のリスク層別化
JP2016510986A (ja) 前立腺がん及び他の障害用の診断及び予後予測バイオマーカー
Sottile et al. A pilot study evaluating serum pro-prostate-specific antigen in patients with rising PSA following radical prostatectomy
ES2962962T3 (es) Modelo jerárquico para detectar grados benignos y malignos de tumores colorrectales y aplicación del mismo
Haider et al. Emerging tools for the early detection of prostate cancer
He et al. The combination of TP53INP1, TP53INP2 and AXIN2: potential biomarkers in papillary thyroid carcinoma
WO2024089314A1 (es) Panel de secuenciación para biopsia líquida de pacientes con cáncer de mama
US20130260384A1 (en) Method for determining cancer prognosis and prediction with cancer stem cell associated genes
Tahir et al. Deciphering the role of PTPN6 in aberrant signaling and BLCA prognosis
CN107460238A (zh) 一种无创高通量甲基化前列腺癌诊断、研究和治疗方法
Griffith et al. Familial non-medullary thyroid cancer: an update on the genetic and pathologic features