ES2529593T3 - Marcadores de enfermedades y usos de los mismos - Google Patents

Abstract

Método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico, que comprende: (i) obtener un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa en una primera muestra del paciente, (ii) obtener un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa en una segunda muestra del paciente tras haberse administrado un agente terapéutico, y (iii) comparar los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNa; en el que el perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNa se basa en la regulación por incremento de la expresión de los siguientes genes IFI27, IFI44, IFI44L y RSA02; y en el que una varianza en los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNa indica un nivel de eficacia del agente terapéutico, en el que la varianza es una disminución en la expresión regulada por incremento del gen.

Description

E09709316

04-02-2015

DESCRIPCIÓN

Marcadores de enfermedades y usos de los mismos

5 Campo de la invención

La presente invención se refiere a marcadores de miARN y marcadores farmacodinámicos (PD) inducibles por interferón (IFN) alfa/IFN de tipo I y a métodos que emplean los mismos.

Antecedentes de la invención

El uso de la obtención del perfil de expresión para monitorizar enfermedad residual se ha dado a conocer anteriormente en la técnica, véanse por ejemplo el documento WO 2007/019219, Walsh et al. (2007) Arthritis & Rheumatism 56(11) 3748-3792, y el documento WO 2008/070137.

15

Sumario de la invención

Una realización de la invención abarca un método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico. Se obtiene un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα en una primera muestra del paciente. Se administra un agente terapéutico al paciente. Se obtiene un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα a partir de una segunda muestra del paciente. Se comparan los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNα.

Breve descripción de las figuras

25 Figura 1a y 1b: La mayoría de los genes más regulados por incremento en muestras de músculo de pacientes con DM y PM son inducibles por IFN-α/β. (a) Tabla que muestra genes regulados por incremento en muestras de músculo de pacientes con DM; (b) puntuación de firma genética inducible por IFN-α/β en músculo de pacientes con DMy PM.

Figura 2a y 2b: Las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-α/β en pacientes con DM y PM disminuyen a medida que el estado patológico de los pacientes mejora. (a) Proporciona puntuaciones de firma genética inducible por IFNα/β de pacientes con DM activa (DMA), pacientes con DM mejorada (DMI), pacientes con PM activa (PMA) y pacientes con PM mejorada (PMI). (b) Muestra que las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-α/β

35 disminuyen en pacientes con DM a medida que pasan de enfermedad activa a mejoría.

Figura 3a -3c: Las puntuaciones de firma genética inducible por IFNα/β en muestras de sangre completa de pacientes con DM se correlacionan con la mejoría clínica, pero no las puntuaciones de firma genética de otras citocinas (TNFα, IL1β, IL4, IL10 e IL13) tal como se muestra para tres pacientes, (a) -(c).

Figura 4: Puntuaciones de firma genética inducible por IFN-α/β de un paciente con DM con mejoría clínica así como recaída pronosticadas.

Figura 5a -5d: El cambio en la puntuación de firma genética inducible por IFN-α/β en un paciente con PM se

45 correlaciona con el nivel de CK en suero. (a) Muestra las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-α/β, TNFα, IL1β, IL4, IL10 e IL13 del paciente con PM, (b) proporciona la actividad de CK en suero del paciente, que sigue la curva de la firma genética inducible por IFN-α/β; (c) proporciona la correlación entre las diversas puntuaciones de firma genética de citocinas y el nivel de CK en suero; (d) es un gráfico de PCA de la puntuación de firma genética inducible por IFN-α/β del paciente con PM en relación con la de donantes sanos (círculos negros).

Figura 6: El cambio en la puntuación de firma genética inducible por IFN-α/β en un paciente con DM se correlaciona con el nivel de CK en suero. (a) Muestra la actividad de CK en suero del paciente a lo largo de cuatro visitas con un médico; (b) muestra las puntuaciones de firma genética inducible por IFN-α/β, TNFα, IL1β, IL4, IL10, IL13 del paciente a lo largo de las mismas cuatro visitas; (c) proporciona la correlación entre las diversas puntuaciones de

55 firma genética de citocinas y el nivel de CK en suero. La firma genética de IFN de tipo I (mostrada en (b)), tal como se monitoriza mediante la neutralización de 25 genes inducibles principales en la sangre completa del paciente, rastreaba la actividad clínica. Visita 1, pretratamiento; visita 2, tratamiento seguido con Rituximab y esteroides (mejoría marginal); visita 3, el paciente permaneció estable; visita 4, el paciente experimentó un colapso (aumento brusco del nivel de CK en suero).

Figura 7a y 7b: La firma genética inducible por IFN-α/β del paciente con DM comentado en la figura 6 rastrea la progresión/regresión de la enfermedad. (a) Mapa térmico que muestra la neutralización y desneutralización de genes en la firma inducible por IFN-α/β a medida que el paciente progresa/empeora; (b) gráfico de PCA que rastrea la puntuación de la firma genética inducible por IFN-α/β del paciente con DM en relación con la de donantes sanos

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(círculos negros).

Figura 8: Gráfico de dispersión que muestra que las muestras de músculo de pacientes con IBM presentan sobreexpresión de firma genética inducible por IFN-α/β. El gráfico de dispersión es de puntuaciones de firmas 5 genéticas de IFN-α/β para muestras de músculo de 14 pacientes con IBM usando dos métodos: una lista dinámica de 25 genes y una lista estática de 21 genes. Cada punto representa un paciente.

Figura 9a y 9b: Las muestras de suero de pacientes con IBM muestran una sobreexpresión de firma genética de IFN-α/β distinta. (a) Puntuaciones de firma genética de IFN-α/β para sangre completa de 9 pacientes con IBM

10 usando dos métodos: una lista dinámica de 25 genes y una lista estática de 21 genes; (b) gráfico de dispersión de puntuaciones de firma genética de IFN-α/β para sangre completa de 9 pacientes con IBM usando una lista dinámica de 25 genes. Cada punto representa un paciente.

Figura 10a y 10b: Pacientes con DM negativos para Jo1 tienen mayores puntuaciones de firma genética de IFN-α/β

15 que pacientes con DM positivos para Jo1. (a) Sobreexpresión de 19 genes inducibles por IFN-α/β en pacientes con DM positivos para Jo1 y pacientes con DM negativos para Jo1; (b) gráfico de dispersión de puntuaciones de firma genética de IFN-α/β para músculo de 3 pacientes con DM positivos para Jo1 y 7 pacientes con DM negativos para Jo1 usando los 19 genes. Cada punto representa un paciente.

20 Figuras 11-104: Lista de sondas con anotación de genes en firma de IL4.

Figuras 105-158: Lista de sondas con anotación de genes en firma de IL10.

Figuras 159-234: Lista de sondas con anotación de genes en firma de IL13.

25 Figuras 235-381: Lista de sondas con anotación de 807 genes inducibles por IFNα.

Figuras 382-383: Lista con id de detector únicos, id de miARN y secuencias.

30 Figura 384a y 384b: La prevalencia de genes inducibles por IFN de tipo 1 entre los más sobreexpresados en pacientes con DM y PM puede usarse para identificar pacientes positivos para puntuación de firma genética inducible por IFN de tipo 1. (a) Mapa térmico que representa 24 donantes sanos normales, 20 pacientes con PM y 22 pacientes con DM, y 136 conjuntos de sondas identificados como tanto inducibles por IFN de tipo 1 como significativamente sobreexpresados (valor de q < 0,05 y cambio en veces > 2), en comparación con los 42 pacientes

35 con DM y con PM y 24 donantes sanos normales. La primera barra negra horizontal representa los donantes sanos normales; la segunda barra horizontal, marcada como baja, representa pacientes con una puntuación débil de firma genética inducible por IFN de tipo 1 (cambio en veces < 4); la tercera barra horizontal, marcada como moderada, representa pacientes con una puntuación moderada de firma genética inducible por IFN de tipo 1 (4 ≤ cambio en veces < 10) y la cuarta barra horizontal, marcada como alta, representa pacientes con una puntuación alta de firma

40 genética inducible por IFN de tipo 1 (es decir, positivos para puntuación de firma). (b) Gráfico de dispersión de las puntuaciones de firma genética inducible por IFN de tipo 1 para los mismos sujetos en (a) estratificados por donantes sanos normales, puntuación débil de firma, puntuación moderada de firma y puntuación alta de firma. IFN=interferón; DM=dermatomiositis; PM=polimiositis.

45 Figura 385a -385c: Las mediciones de transcritos inducibles por IFN de tipo 1 longitudinales específicos de paciente tienen utilidad como biomarcadores para medir la actividad de las enfermedades de DM y PM. (a) Puntuaciones compuestas de genes individuales y valores de cambio en veces usando una puntuación compuesta de 13 genes y mediciones de transcritos individuales para IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 para 21 pacientes en la visita 1 y para 36 donantes sanos normales. Los pacientes se agrupan por actividad de enfermedad clínicamente medida

50 relativamente baja o moderada (MITAX ≤ 6) y actividad de enfermedad alta (MITAX > 6). Tras el ajuste de múltiples pruebas, no hay ninguna diferencia significativa entre donantes sanos normales y pacientes con MITAX ≤ 6 para ninguno de los 4 genes o las puntuaciones compuestas de 13 genes. Hay diferencias significativas en la comparación de donantes sanos normales frente a pacientes con MITAX > 6, y la comparación de pacientes con MITAX ≤ 6 frente a MITA X > 6, para todos los genes y puntuaciones compuestas de genes (véase tabla 8). (b)

55 Análisis específico de paciente para 18 pacientes con alguna variación en la actividad de enfermedad medida con MITAX y (c) 3 pacientes sin ningún cambio en MITAX a lo largo del estudio. Se proporcionan puntuaciones compuestas de genes, valores de cambio en veces y valores de p sin procesar para cada de uno de los 18 pacientes en sus visitas, con los valores de MITAX del más bajo al más alto a lo largo del transcurso del estudio. Los pacientes con variación de MITAX mostraron cambios en la expresión génica concordantes altamente significativos para todas

60 las puntuaciones compuestas de gen/genes excepto IFI44 tras el ajuste; los pacientes sin variación de MITAX no mostraron esencialmente ningún cambio en la expresión génica, aunque el tamaño de la muestra era demasiado pequeño como para portar significación estadística. Todas las puntuaciones compuestas de genes y los valores de cambio en veces se calcularon en relación con la mediana de los 36 donantes sanos normales.

65 Figura 386a y 386b. Los pacientes con DM y PM demuestran una correlación entre la puntuación de MITAX y la

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puntuación compuesta de 13 genes de IFN de tipo 1 a partir de sangre periférica. (a) Comparaciones entre la puntuación de MITAX y la puntuación compuesta de 13 genes para 6 pacientes (BGE15, BGE99, BGE10, BGE106, BGE119 y BGE147) con al menos 4 visitas en total. La línea negra continua y el eje y más a la derecha representan las puntuaciones de MITAX, mientras que la línea negra discontinua y el eje y más a la izquierda representan las

5 puntuaciones compuestas de 13 genes. La designación ‘H’ en los gráficos para BGE15 y BGE147 representan las visitas premonitorias. (b) Se observa una correlación adicional para BGE92 de pacientes entre las puntuaciones compuestas de 13 genes y los niveles de CK. La línea negra discontinua y el eje y más a la derecha en el gráfico más a la izquierda representan los niveles de CK para este paciente. DM=dermatomiositis; PM=polimiositis; CK=creatina cinasa.

Figura 387a y 387b: Fuerte elevación de la expresión génica inducible por IFN de tipo 1 en WB que presagia la recaída de la enfermedad en varios pacientes con DM o PM. Se produjeron tres visitas en las que se creyó que la enfermedad era estable clínicamente o que estaba mejorando, aunque el paciente desarrolló una recaída clínica 635 días más tarde. Los aumentos en la expresión génica significativa inducible por IFN en cada una de estas 3 15 visitas “presagiaban” que pronto se producirían recaídas. (a) Lista en forma de tabla de los cambios de expresión para las puntuaciones compuestas de 13 genes. Las columnas muestran: muestras de pacientes; días entre visitas premonitorias (V-premonitoria) y visitas por recaída (V-recaída); la puntuación de MITAX cambia entre Vpremonitoria y V-recaída; aumento en veces de la expresión génica desde la visita anterior hasta la V-premonitoria.

(b) Representación gráfica de las puntuaciones compuestas de 13 genes. Cada una de las visitas del medio (n.º 3) es la visita premonitoria; la puntuación de MITAX era estable o mejoró en comparación con la visita anterior (n.º 2), pero las puntuaciones compuestas de 13 genes habían aumentado significativamente, presagiando posiblemente las recaídas confirmadas por las puntuaciones de MITAX aumentadas en la siguiente visita (n.º 4). IFN=interferón; DM=dermatomiositis; PM=polimiositis.

25 Figura 388a -388c: Otras puntuaciones de firma inducible por citocinas no difieren entre pacientes con DM o PM moderada y grave y no están correlacionadas con la actividad de la enfermedad. (a) Firmas genéticas inducibles por citocinas para TNF-α, IL-1β, IL-10, IL-13 y GM-CSF para 21 pacientes en la visita 1 y para 36 donantes sanos normales. Los pacientes se agrupan por actividad de la enfermedad clínicamente medida relativamente baja o moderada (MITAX ≤ 6) y actividad de la enfermedad alta (MITAX > 6). Tras el ajuste de múltiples pruebas, hay una diferencia significativa entre donantes sanos normales y pacientes con un MITAX ≤ 6 para las 5 firmas genéticas inducibles por citocinas. También hay una diferencia significativa entre donantes sanos normales y pacientes con un MITAX > 6 para las 5 firmas genéticas inducibles por citocinas. Sin embargo, no hay ninguna diferencia significativa entre pacientes con un MITAX ≤ 6 frente a MITAX> 6 para ninguna de las 5 firmas genéticas inducibles por citocinas (véase la tabla 8). (b) Análisis específico de paciente para 18 pacientes con alguna variación en la actividad de la

35 enfermedad medida por MITAX y (c) 3 pacientes sin ningún cambio en la actividad de MITAX a lo largo del estudio. Se proporcionan firmas genéticas inducibles por citocinas y valores de p sin procesar para cada uno de los 18 pacientes en sus visitas con los valores de MITAX del más bajo al más alto a lo largo del trascurso del estudio. Los pacientes con variación de MITAX no mostraron cambios de expresión génica concordantes significativos para ninguna firma genética inducible por citocinas; los pacientes sin variación de MITAX tampoco mostraron esencialmente ningún cambio de la expresión génica, aunque el tamaño de la muestra era demasiado pequeño como para calcular la significación estadística. Todas las firmas genéticas inducibles por citocinas se calculan en relación con la mediana de los 36 donantes sanos normales. DM=dermatomiositis; PM=polimiositis.

Figura 389: Comparación de diferentes firmas genéticas inducibles por citocinas para 24 pacientes con DM o PM en

45 las visitas con las puntuaciones de MITAX más altas (panel superior) y más bajas (panel inferior). Cada fila indica la sobreexpresión de una firma genética diferente inducible por citocinas. Los 3 pacientes resumidos en el recuadro son negativos para puntuación de firma genética inducible por IFN de tipo 1. Los niveles elevados de firma genética inducible por citocinas para cada paciente se representan mediante colores que se aproximan al rojo, mientras que los colores que se aproximan al azul representan valores bajos de firma genética inducida por citocinas. IFN=interferón; DM=dermatomiositis; PM=polimiositis.

[Nota del traductor: En las páginas 41 a 424, la palabra “figure” incluida a pie de página y seguida de un número significa “figura”]

Descripción detallada

55 La invención abarca un método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico que comprende, (i) obtener un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFN-α en una primera muestra del paciente, (ii) obtener un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFN-α en una segunda muestra del paciente tras haberse administrado un agente terapéutico y (iii) comparar los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFN-α, en el que el perfil de expresión de marcador inducible por IFNα se basa en la regulación por incremento de la expresión o actividad de los siguientes genes IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2, y en el que una varianza en los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFN-α indica un nivel de eficacia del agente terapéutico.

65 El agente terapéutico puede ser un anticuerpo que se une a y modula la actividad de IFNa.

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El primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα puede obtenerse antes de la administración del agente terapéutico o en el momento de la administración del agente terapéutico.

5 La primera y segunda muestra pueden ser sangre completa, músculo o suero.

El primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFN-α comprende una puntuación moderada de firma genética inducible por IFN-a o IFN de tipo I. Una puntuación moderada sería una puntuación mayor de o igual a 4 pero menor de 10.

La miositis puede ser miositis inflamatoria idiopática tal como miositis por cuerpos de inclusión o dermatomiositis o polimiositis o miositis no específica, o miopatía necrotizante. Si el paciente es un paciente con miositis, el paciente puede tener miositis por cuerpos de inclusión o dermatomiositis o polimiositis. El paciente con miositis puede tener una alta o baja puntuación de escala de miositis por intención de tratamiento (MITAX). Un experto en la técnica 15 podría determinar fácilmente la puntuación de MITAX de un paciente con miositis. Véase, por ejemplo, Walsh RJ, Pinkus JL, et al. Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis. Arthritis Rheum. 2007; 56(11):3784-92, incorporado como referencia. Una alta puntuación de MITAX puede ser aproximadamente mayor de 6. Una baja puntuación de MITAX puede ser aproximadamente menor de o igual a 6. El paciente con miositis puede tener alternativa o adicionalmente una puntuación de firma genética inducible por IFN-α de tipo I moderada o fuerte. Una puntuación de firma genética inducible por IFN-α o IFN de tipo 1 puede ser débil si se le asigna una puntuación de aproximadamente menos de 4, moderada si se le asigna una puntuación de alrededor de o aproximadamente mayor de 4 pero menor de 10 y alta si se le asigna una puntuación de aproximadamente 10 o mayor de 10. Los expertos en la técnica entenderán y podrán determinar fácilmente la puntuación de firma genética inducible por IFN-α o IFN de tipo I. Véase, por ejemplo, Yao,

25 Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312, incorporado como referencia.

El paciente puede comprende un perfil de miARN regulado de manera diferencial. Un perfil de miARN regulado de manera diferencial puede ser uno en el que una muestra de tejido del paciente presenta expresión aumentada de uno o más miARN en relación con una muestra de tejido control del paciente o en relación con un individuo control sano. Un perfil de miARN regulado de manera diferencial puede ser uno en el que una muestra de tejido del paciente presenta expresión disminuida de uno o más miARN en relación con una muestra control del paciente o en relación con un individuo control sano. Un perfil de miARN regulado de manera diferencial puede ser uno en el que 35 una muestra de tejido del paciente presenta tanto expresión aumentada de uno o más miARN en relación con una muestra control como expresión disminuida de uno o más miARN en relación con una muestra control. El aumento o la disminución diferencial en la expresión puede ser de aproximadamente el 10% -500% de la muestra control, aproximadamente el 10% -400% de la muestra control, aproximadamente el 10% -300% de la muestra control, aproximadamente el 10% -250% de la muestra control, aproximadamente el 10% -200% de la muestra control, aproximadamente el 10% -150% de la muestra control, aproximadamente el 10% -100% de la muestra control, aproximadamente el 10% -50% de la muestra control, aproximadamente el 100% -500% de la muestra control, aproximadamente el 200% -500% de la muestra control, aproximadamente el 300% -500% de la muestra control, aproximadamente el 400% -500% de la muestra control, aproximadamente el 50% -100% de la muestra control, aproximadamente el 100% -200% de la muestra control, aproximadamente el 100% -400% de la muestra control,

45 aproximadamente el 200% -400% de la muestra control, aproximadamente el 10% -50% de la muestra control, aproximadamente el 20% -100% de la muestra control, aproximadamente el 25% -75% de la muestra control o aproximadamente el 50% -100% de la muestra control. Puede ser el 10, el 20, el 25, el 30, el 40, el 50, el 75, el 100, el 125, el 150, el 175, el 200, el 250, el 300, el 400 o el 500 por ciento de la muestra control.

Los miARN expresados de manera diferencial pueden incluir los miARN de IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 comentados en las tablas 2-5 o las figuras 382-383. El miARN puede detectarse por el detector hsa-miR-34b4373037 o hsa-miR-1-4373161.

La administración de un agente que se une y modula la actividad de IFN-α o IFN de tipo I puede ser administración

55 de una molécula pequeña o un agente biológico. Si el agente terapéutico es una molécula pequeña puede sintetizarse o identificarse y aislarse de una fuente natural.

Si el agente terapéutico es un agente biológico, puede ser un anticuerpo específico para cualquier subtipo de IFN-α

o IFN

de tipo I. Por ejemplo, el anticuerpo puede ser específico para uno cualquiera de IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ o IFNω. Alternativamente, el anticuerpo puede ser específico para dos cualesquiera, tres cualesquiera, cuatro cualesquiera, cinco cualesquiera, seis cualesquiera, siete cualesquiera, ocho cualesquiera, nueve cualesquiera, diez cualesquiera, once cualesquiera, doce cualesquiera subtipos de IFNα o IFN de tipo I. Si el anticuerpo es específico para más de un subtipo de IFN de tipo I, el anticuerpo puede ser específico para IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα8, IFNα10 e IFNα21; o puede ser específico para

65 IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα8 e IFNα10; o puede ser específico para IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα8e

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IFNα21; o puede ser específico para IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα10 e IFNα21. Los anticuerpos específicos para IFNα o IFN de tipo I incluyen MEDI-545, cualquier producto biológico o anticuerpo distinto de MEDI-545, anticuerpos descritos en las solicitudes de patentes estadounidenses 11/009.410 presentada el 10 de diciembre de 2004 y 11/157.494 presentada el 20 de Junio de 2005, 9F3 y otros anticuerpos descritos en la patente 5 estadounidense n.º 7.087.726 (ejemplo 1 y ejemplo 2, aquéllos dados a conocer en la tabla 3 y la tabla 4 y/o aquéllos dados a conocer en la tabla titulada “Depósito de material” en las líneas 25-54, columna 56), NK-2 y YOK5/19 (documento WO 84/03105), LO-22 (patente estadounidense 4.902.618), 144 BS (patente estadounidense 4.885.166), y EBI-1, EBI-2 y EBI-3 (documento EP 119476). Un agente terapéutico que modula la actividad de IFNα puede neutralizar la actividad de IFNα. Un experto en la técnica es bien consciente de la preparación y formulación

10 de tales agentes biológicos y métodos de su administración.

El anticuerpo puede ser un anticuerpo sintético, un anticuerpo monoclonal, anticuerpos policlonales, un anticuerpo producido de manera recombinante, un intracuerpo, un anticuerpo multiespecífico (incluyendo anticuerpos biespecíficos), un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado, un anticuerpo quimérico, un Fv de cadena sencilla 15 (scFv) (incluyendo scFv biespecífico), una molécula BiTE, un anticuerpo de cadena sencilla, fragmentos Fab, un fragmento F(ab‘), un Fv unido por puentes disulfuro (sdFv) o un fragmento de unión a epítopo de cualquiera de los anteriores. El anticuerpo puede ser cualquiera de una molécula de inmunoglobulina o una parte inmunológicamente activa de una molécula de inmunoglobulina. Además, el anticuerpo puede ser de cualquier isotipo. Por ejemplo, puede ser cualquiera de los isotipos lgG1, lgG2, lgG3 o lgG4. El anticuerpo puede ser un anticuerpo de longitud

20 completa que comprende regiones variables y constantes, o un fragmento de unión a antígeno del mismo, tal como un anticuerpo de cadena sencilla o un fragmento Fab o Fab’2. El anticuerpo también puede estar conjugado con o unido a un agente terapéutico, tal como una citotoxina o un isótopo radioactivo.

Puede administrarse al paciente un segundo agente distinto del agente que se une a y modula la actividad de IFNα.

25 Los segundos agentes incluyen, pero no se limitan a fármacos antiinflamatorios no esteroideos tales como ibuprofeno, naproxeno, sulindaco, diclofenaco, piroxicam, ketoprofeno, diflunisal, nabumetona, etodolaco y oxaprozina, indometacina; fármacos antipalúdicos tales como hidroxicloroquina; hormonas corticosteroides, tales como prednisona, hidrocortisona, metilprednisolona y dexametasona; metotrexato; agentes inmunosupresores, tales como azatioprina y ciclofosfamida; y agentes biológicos que, por ejemplo, seleccionan como diana células T tales

30 como Alefacept y Efalizumab, o seleccionan como diana TNFα, tales como, Enbrel, Remicade y Humira.

El tratamiento con el agente puede dar como resultado la neutralización del perfil de miARN regulado de manera diferencial. El tratamiento con el agente puede dar como resultado una disminución de uno o más síntomas del trastorno o la enfermedad mediada por IFNα o IFN de tipo I. El tratamiento con el agente puede dar como resultado 35 menos exacerbaciones relacionadas con el trastorno o la enfermedad mediada por IFNα o IFN de tipo I. El tratamiento con el agente puede dar como resultado un pronóstico mejorado para el paciente que tiene el trastorno o la enfermedad mediada por IFNα o IFN de tipo I. El tratamiento con el agente puede dar como resultado una calidad de vida superior para el paciente. El tratamiento con el agente puede aliviar la necesidad de coadministrar segundos agentes o puede reducir la dosificación de la administración del segundo agente al paciente. El tratamiento con el

40 agente puede reducir el número de hospitalizaciones del paciente que están relacionadas con el trastorno o la enfermedad mediada por IFNα o IFN de tipo I.

El agente que se une a y modula la actividad de IFNα o IFN tipo I puede neutralizar un perfil de miARN regulado de manera diferencial. La neutralización del perfil de miARN regulado de manera diferencial puede ser una reducción 45 de al menos uno, al menos dos, al menos tres miARN regulados por incremento. Los miARN regulados por incremento pueden incluir IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 tales como se detectan por o se incluyen en las tablas 2 ó 4

o tal como se muestran en las hojas de las figuras 382-383. La neutralización del perfil de miARN regulado de manera diferencial puede ser una reducción de al menos el 2%, al menos el 3%, al menos el 4%, al menos el 5%, al menos el 7%, al menos el 8%, al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 50 35%, al menos el 40%, al menos el 45%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80% o al menos el 90% de cualquiera de los genes IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 regulados por incremento en cualquier perfil de miARN regulado de manera diferencial. Alternativamente, la neutralización del perfil de miARN regulado de manera diferencial se refiere a una reducción de la expresión de miARN regulados por incremento que está dentro de como máximo el 50%, como máximo el 45%, como máximo el 40%, como máximo el 35%, como 55 máximo el 30%, como máximo el 25%, como máximo el 20%, como máximo el 15%, como máximo el 10%, como máximo el 5%, como máximo el 4%, como máximo el 3%, como máximo el 2% o como máximo el 1% de los niveles de expresión de aquellos miARN en una muestra control. Si el agente que se une a y modula la actividad de IFNα o IFN de tipo I es un agente biológico, tal como un anticuerpo, el agente puede neutralizar el perfil de IFNα o IFN de tipo I a dosis de 0,3 a 30 mg/kg, de 0,3 a 10 mg/kg, de 0,3 a 3 mg/kg, de 0,3 a 1 mg/kg, de 1 a 30 mg/kg, de 3 a

60 30mg/kg,de5a30mg/kg,de10a30mg/kg,de1a10mg/kg,de3a10mg/kgode1a5mg/kg.

La neutralización del perfil de miARN regulado de manera diferencial puede ser un aumento en la expresión regulada por disminución de al menos uno, al menos dos, al menos tres miARN. Los miARN regulados por disminución pueden incluir IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 tal como se detectan por o se incluyen en las tablas 3 ó 5 o 65 tal como se muestran en las hojas de las figuras 382-383. La neutralización de genes regulados por disminución en

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un perfil de miARN regulado de manera diferencial es un aumento de al menos el 2%, al menos el 3%, al menos el 4%, al menos el 5%, al menos el 7%, al menos el 8%, al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 45%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80%, o al menos el 90%, o al menos el 100%, o al menos el 125%, o al menos el 5 130%, o al menos el 140%, o al menos el 150%, o al menos el 175%, o al menos el 200%, o al menos el 250%, o al menos el 300% o al menos el 500% de cualquiera de los miARN de IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 cuya expresión está regulada por disminución en cualquier perfil de miARN. Alternativamente, la neutralización del perfil de miARN regulado de manera diferencial se refiere a un aumento en la expresión de miARN hasta dentro de como máximo el 50%, como máximo el 45%, como máximo el 40%, como máximo el 35%, como máximo el 30%, como máximo el 25%, como máximo el 20%, como máximo el 15%, como máximo el 10%, como máximo el 5%, como máximo el 4%, como máximo el 3%, como máximo el 2% o como máximo el 1% de los niveles de expresión de aquellos miARN en una muestra control. Si el agente que se une y modula la actividad de IFNα o IFN de tipo I es un agente biológico, tal como un anticuerpo, el agente puede neutralizar el perfil de miARN regulado de manera diferencial a dosis de 0,3 a 30 mg/kg, de 0,3 a 10 mg/kg, de 0,3 a 3 mg/kg, de 0,3 a 1 mg/kg, de 1 a 30 mg/kg, de 3 a 30 mg/kg, de 5 a

15 30mg/kg,de10a30mg/kg,de1a10mg/kg,de3a10mg/kgode1a5mg/kg.

El paciente puede comprender además un perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I. El perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I puede ser un perfil fuerte, un perfil moderado o un perfil débil. El perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I puede designarse fácilmente como fuerte, moderado o débil determinando las desregulación en veces del perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I del paciente, (por ejemplo, el aumento en veces en la expresión de marcadores PD inducibles por IFNα

o IFN de tipo I regulados por incremento en el paciente), en relación con muestra(s) control o paciente(s) control y comparando la desregulación en veces del paciente con la de otros pacientes que tienen un perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I. El perfil de expresión de marcador PD

25 inducible por IFNα o IFN de tipo I puede ser cualquiera dado a conocer en el documento PCT/US2007/024947 presentado el 6 de diciembre de 2007, incorporado en el presente documento como referencia.

El grupo de genes que pueden incluirse en el perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I del paciente pueden ser IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2. El gen o genes detectados por las sondas pueden incluir IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2.

El paciente que comprende el perfil de miARN regulado de manera diferencial puede comprender además la regulación por incremento de la expresión de cualquiera de varios subtipos de IFN de tipo I o IFNα. Los subtipos de IFN de tipo I o IFNα pueden incluir cualquiera de más de uno, más de dos, más de tres, más de cuatro, más de 35 cinco, más de seis, más de siete, más de ocho, más de nueve o más de diez subtipos de IFN de tipo I o IFNα. Estos subtipos pueden incluir IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ

o IFNω. El paciente puede comprender la regulación por incremento de la expresión de los subtipos de IFN IFNα1, IFNα2, IFNα8 e IFNα14.

El paciente que comprende el perfil de miARN regulado de manera diferencial puede comprender además la regulación por incremento de la expresión de receptores de IFNα, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o receptores de TNFα, o IFNγ, o IFNγ (ya sea IFNGR1, o IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2). El paciente puede identificarse simplemente como uno que comprende regulación por incremento de la expresión de receptores de IFNα, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o receptores de TNFα, o IFNγ, o IFNγ (ya sea IFNGR1, o IFNGR2, o

45 tanto IFNGR1 como IFNGR2).

La regulación por incremento o por disminución de los marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I en el perfil de expresión del paciente puede ser en cualquier grado en relación con la de una muestra de un control (que puede ser de una muestra que no es tejido enfermo del paciente (por ejemplo, piel no lesionada de un paciente con psoriasis) o de una persona sana no aquejada por la enfermedad o el trastorno). El grado de regulación por incremento o regulación por disminución puede ser de al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80%, al menos el 90%, al menos el 100%, al menos el 125%, al menos el 150%, o al menos el 200%, o al menos el 300%, o al menos el 400% o al menos el 500% de el del control o la muestra control.

55 Además, el paciente puede sobreexpresar o tener un tejido que sobreexpresa un subtipo de IFN de tipo I al menos al 10%, al menos al 15%, al menos al 20%, al menos al 25%, al menos al 30%, al menos al 40%, al menos al 50%, al menos al 60%, al menos al 70%, al menos al 75%, al menos al 80%, al menos al 90%, al menos al 100%, al menos al 125%, al menos al 150%, o al menos al 200%, o al menos al 300%, o al menos al 400%, o al menos al 500% con respecto al control. El subtipo de IFN de tipo I puede ser uno cualquiera de IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ o IFNω. Los subtipos de IFN de tipo I pueden incluir todos de IFNα1, IFNα2, IFNα8 e IFNα14.

El paciente puede comprender además o comprender alternativamente alteraciones en los niveles de proteínas en

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suero. El paciente puede tener niveles en suero aumentados de proteínas tales como adiponectina, alfafetoproteína, apolipoproteína Clll, beta-2 microglobulina, antígeno de cáncer 125, antígeno de cáncer 19-9, eotaxina, FABP, factor VII, ferritina, IL-10, IL-12p70, IL-16, IL-18, IL-1ra, IL-3, MCP-1, MMP-3, mioglobina, SGOT, factor tisular, TIMP-1, TNF Rll, TNF-alfa, VCAM-1 o vWF. El paciente puede tener niveles en suero aumentados de 5 cualquiera de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 ó 26 de estas proteínas en suero. El nivel aumentado puede ser de al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80%, al menos el 90%, al menos el 100%, al menos el 125%, al menos el 150%, o al menos el 200%, o al menos el 300%, o al menos el 400% o al menos 500% de el del control, por ejemplo, un sujeto sano. La alteración puede ser una disminución en los niveles en suero de proteínas tales como BDNK, complemento 3, ligando de CD40, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, mieloperoxidasa, RANTES o trombopoyetina. El paciente puede tener niveles en suero disminuidos de cualquiera de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 u 11 de estas proteínas. El nivel disminuido puede ser de al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80%, al menos el 90% o al

15 menos el 100% del de un control, por ejemplo, un sujeto sano. El perfil de marcador PD puede comprender uno o más de estos niveles en suero aumentados o disminuidos de proteínas.

El paciente puede comprender además autoanticuerpos que se unen a uno cualquiera de los siguientes autoantígenos: (a) resistencia 1 a mixovirus (virus influenza), proteína p78 inducible por interferón; (b) antígeno surfeit 5, variante c del transcrito; (c) transcrito de subunidad 3 de activador de proteasoma (posoma, macropaína) (PA28 gamma; Ki); (d) receptor de ácido retinoico, alfa; (e) proteína 1 de choque térmico de 10 kDa (chaperonina 10); (f) tropomiosina 3; (g) dominio de tipo de homología a pleckstrina, familia A, miembro 1; (h) proteína 1 asociada al citoesqueleto; (i) antígeno A2 del síndrome de Sjogren (60 kDa, autoantígeno de ribonucleoproteína SS-A/Ro); (j) NADH deshidrogenasa (ubiquinona) 1, subcomplejo 1 alfa/beta, 8 kDa; (k) homólogo 1 del gen E de distribución 25 nuclear NudE (A. nidulans); (1) homólogo 1 de MutL, cáncer de colon, no poliposis tipo 2 (E. coli); (m) proteína 2 de interacción con repetición rica en leucina (en FLII); (n) tropomiosina 1 (alfa); (o) paraplejia espástica 20, espartina (síndrome de Troyer); (p) proteína de preimplantación, variante 1 del transcrito; (r) proteína ribosómica mitocondrial L45; (s) homólogo de Lin-28 (C. elegans); (t) proteína 1 de choque térmico de 90 kDa, alfa; (u) homólogo Z de dom-3

(C. elegans); (v) dineína, citoplasmática, polipéptido 2 intermedio ligero; (w) sustrato 1 de toxina botulínica C3 relacionada con Ras (familia rho, proteína de unión a GTP pequeña); (x) sarcoma sinovial, punto de rotura 2 en el cromosoma X, variante 2 del transcrito; (y) moesina; (z) homólogo de Homer (Drosophila), variante 1 del transcrito; (aa) proteína 2 de tipo control general de la síntesis de aminoácidos GCN5 (levadura); (bb) factor 1 gamma de elongación de la traducción en eucariotas; (cc) factor 1, delta, de elongación de la traducción en eucariotas; (dd) transcrito 3 inducible por daño al ADN; (ee) proteína de unión a potenciador/CCAAT (C/EBP) gamma; y cualquier

35 otro autoantígeno descrito en la solicitud provisional titulada “Auto-antibody markers of autoinmune disease” presentada el 3 de mayo de 2007 o en la solicitud provisional titulada “Auto-antibody markers of autoinmune” presentada el 6 de noviembre de 2007 (por ejemplo, pero sin limitarse a, los descritos en las tablas 2, 4, 5 y 9). El paciente puede comprender autoanticuerpos que se unen a cualquiera de varios de estos autoantígenos, por ejemplo, cualquiera de al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 al menos 10, al menos 11, al menos 12, al menos 13, al menos 14, al menos 15, al menos 20, al menos 25.

La administración del agente que se une a y modula la actividad de IFNα o IFN de tipo I puede neutralizar además un perfil inducible por IFNα o IFN de tipo I hasta dentro de al menos el 2%, al menos el 3%, al menos el 4%, al menos el 5%, al menos el 7%, al menos el 8%, al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 25%, al menos el

45 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 45%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80% o al menos el 90% del de una muestra control.

En métodos de monitorización o diagnóstico de la progresión de la enfermedad de un paciente, pueden obtenerse muestras del paciente antes y después de la administración de un agente.

Las muestran incluyen cualquier líquido o tejido biológico, tal como sangre completa, suero, músculo, saliva, orina, líquido sinovial, médula ósea, líquido cefalorraquídeo, secreciones nasales, esputo, líquido amniótico, líquido de lavado broncoalveolar, células mononucleares de sangre periférica, leucocitos totales, células de ganglio linfático, células de bazo, células de amígdala o piel. Las muestras pueden obtenerse mediante cualquier medio conocido en

55 la técnica.

Los perfiles miARN se obtienen en las muestras (antes y después de la administración del agente). Los perfiles miARN en las muestras se comparan. La comparación puede ser del número de miARN presentes en las muestras o puede ser de la cantidad de miARN presente en las muestras, o cualquier combinación de los mismos. Puede indicarse varianza que indica la eficacia del agente terapéutico si el número o nivel (o cualquier combinación de los mismos) de miARN regulados por incremento disminuye en la muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico en relación con la muestra obtenida antes de la administración del agente terapéutico. El número de miARN regulados por incremento puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. El nivel de cualquier miARN dado regulado por 65 incremento puede disminuir en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al

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menos el 95%. El número de miARN regulados por incremento con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. Cualquier combinación de número disminuido y nivel disminuido de miARN regulados por incremento puede indicar eficacia. Puede indicarse varianza que indica

5 eficacia del agente terapéutico si el número o nivel (o cualquier combinación de los mismos) de miARN regulados por disminución disminuye en la muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico en relación con la muestra obtenida antes de la administración del agente terapéutico. El número de miARN regulados por disminución puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. El nivel de cualquier miARN dado regulado por disminución puede aumentar en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. El número de miARN regulados por disminución con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4. Cualquier combinación del número disminuido y nivel aumentado de miARN regulados por disminución puede indicar eficacia.

15 La muestra obtenida del paciente puede obtenerse antes de una primera administración del agente, es decir, el paciente no ha recibido tratamiento previo con el agente. Alternativamente, la muestra obtenida del paciente puede obtenerse después de la administración del agente en el transcurso del tratamiento. Por ejemplo, el agente puede haberse administrado antes del inicio del protocolo de monitorización. Tras la administración del agente pueden obtenerse muestras adicionales del paciente y se comparan los marcadores PD inducibles por IFNα

o IFN de tipo I en las muestras. Las muestras pueden ser del mismo tipo o diferente, por ejemplo, cada muestra obtenida puede ser una muestra de sangre, o cada muestra obtenida puede ser una muestra de suero. Los marcadores PD inducibles por IFNα

o IFN de tipo I detectados en cada muestra pueden ser los mismos, pueden coincidir sustancialmente o pueden ser similares.

25 Las muestras pueden obtenerse en cualquier momento antes y después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico puede obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 12 o al menos 14 días después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico puede obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7 o al menos 8 semanas después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico puede obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5 o al menos 6 meses tras la administración del agente terapéutico.

35 Pueden obtenerse muestras adicionales del paciente tras la administración del agente terapéutico. Pueden obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 12, al menos 15, al menos 20, al menos 25 muestras del paciente para monitorizar la progresión o regresión de la enfermedad o el trastorno a lo largo del tiempo. La progresión de la enfermedad puede monitorizarse a lo largo de un periodo de tiempo de al menos 1 semana, al menos 2 semanas, al menos 3 semanas, al menos 4 semanas, al menos 5 semanas, al menos 6 semanas, al menos 7 semanas, al menos 2 meses, al menos 3 meses, al menos 4 meses, al menos 5 meses, al menos 6 meses, al menos 1 año, al menos 2 años, al menos 3 años, al menos 4 años, al menos 5 años, al menos 10 años o a lo largo de toda la vida del paciente. Pueden obtenerse muestras adicionales del paciente a intervalos regulares tales como a intervalos mensuales, bimensuales, de una vez al trimestre, de dos veces al año o anuales. Las muestras pueden obtenerse del paciente tras la

45 administración del agente a intervalos regulares. Por ejemplo, las muestras pueden obtenerse del paciente a la semana tras cada administración del agente, o a las dos semanas tras cada administración del agente, o a las tres semanas tras cada administración del agente, o al mes tras cada administración del agente, o a los dos meses tras cada administración del agente. Alternativamente, pueden obtenerse múltiples muestras del paciente tras cada administración del agente.

La progresión de la enfermedad en un paciente puede monitorizarse de manera similar en ausencia de administración de un agente. Pueden obtenerse periódicamente muestras del paciente que tiene la enfermedad o el trastorno. Puede identificarse progresión de la enfermedad si el número de miARN aumenta en una muestra obtenida más tarde en relación con una muestra obtenida más pronto. El número de miARN puede aumentar en al

55 menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. Puede identificarse progresión de la enfermedad si el nivel de cualquier miARN dado regulado por incremento aumenta en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. Puede identificarse progresión de la enfermedad si el nivel de cualquier miARN dado regulado por disminución disminuye en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. El número de miARN regulados por incremento con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3 y al menos 4. El número de miARN regulados por disminución con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3 y al menos 4. Cualquier combinación de número aumentado y nivel

65 aumentado de miARN regulados por incremento puede indicar progresión de la enfermedad. Alternativamente, o en combinación, cualquier combinación de número disminuido y nivel disminuido de miARN de tipo regulado por

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disminución puede indicar progresión de la enfermedad. También puede identificarse regresión de la enfermedad en un paciente que tiene una enfermedad o un trastorno, no tratado por un agente. En este caso, puede identificarse regresión si el número de miARN disminuye en una muestra obtenida más tarde en relación con una muestra obtenida más pronto. El número de miARN puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al 5 menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. Puede identificarse regresión de la enfermedad si el nivel de cualquier miARN dado regulado por incremento disminuye en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. Puede identificarse regresión de la enfermedad si el nivel de cualquier miARN dado regulado por disminución aumenta en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. El número de miARN regulados por incremento con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3 o al menos 4. El número de miARN regulados por disminución con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3 o al menos 4. La progresión de la enfermedad o regresión de la enfermedad puede monitorizarse obteniendo muestras a

15 lo largo de cualquier periodo de tiempo y a cualquier intervalo. La progresión de la enfermedad o regresión de la enfermedad puede monitorizarse obteniendo muestras a lo largo del transcurso de al menos 1 semana, al menos 2 semanas, al menos 3 semanas, al menos 4 semanas, al menos 5 semanas, al menos 6 semanas, al menos 7 semanas, al menos 2 meses, al menos 3 meses, al menos 4 meses, al menos 5 meses, al menos 6 meses, al menos 1 año, al menos 2 años, al menos 3 años, al menos 4 años, al menos 5 años, al menos 10 años o a lo largo de toda la vida del paciente. La progresión de la enfermedad o regresión de la enfermedad puede monitorizarse obteniendo muestras al menos mensualmente, bimensualmente, una vez al trimestre, dos veces al año o anualmente. No es necesario obtener las muestras a intervalos estrictos.

La varianza en las muestras puede guiar la estrategia del tratamiento de una enfermedad o un trastorno. La

25 estrategia de tratamiento puede ser dosificación de un agente terapéutico particular, o puede ser la eliminación o adición de agentes terapéuticos particulares administrados a un paciente.

La invención también abarca métodos que emplean marcadores PD inducibles por IFNα para tratar, diagnosticar, pronosticar y monitorizar la miositis. Estos marcadores PD inducibles por IFNα también pueden usarse para guiar la dosificación y el tratamiento de pacientes con miositis o modelos de miositis.

El perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I puede comprender regulación por incremento o regulación por disminución de cualquier gen o grupo de genes de perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I en relación con un control, por ejemplo, paciente sano o muestra de un tejido no

35 enfermo de un paciente. Los marcadores PD inducibles por IFNα en un perfil de expresión pueden incluir IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2.

Los marcadores PD pueden estar regulados por incremento o pueden estar regulados por disminución en relación con los de sujetos sanos o tejidos de pacientes no aquejados. La regulación por incremento o regulación por disminución de los marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I en el perfil de expresión del paciente puede ser en cualquier grado en relación con el de una muestra de un control (que puede ser de una muestra que no es tejido enfermo del paciente (por ejemplo, piel no lesionada de un paciente con psoriasis) o de una persona sana no aquejada por la enfermedad o el trastorno). El grado de regulación por incremento o regulación por disminución puede ser de al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 45 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80%, al menos el 90%, al menos el 100%, al menos el 125%, al menos el 150%, o al menos el 200%, o al menos el 300%, o al menos el 400%

o al menos el 500% de el del control o la muestra control.

Un paciente que comprende el perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I puede comprender además la regulación por incremento de la expresión de cualquiera de varios subtipos de IFNα o IFN de tipo I. Los subtipos de IFNα o IFN de tipo I

pueden incluir cualquiera de más de uno, más de dos, más de tres, más de cuatro, más de cinco, más de seis, más de siete, más de ocho, más de nueve o más de diez subtipos de IFNα o IFN de tipo I

. Estos subtipos pueden incluir IFNα1, IFNα2, IFNα4, IFNα5, IFNα6, IFNα7, IFNα8, IFNα10, IFNα14, IFNα17, IFNα21, IFNβ o IFNω. El paciente puede comprender la regulación por incremento de la expresión de los

55 subtipos de IFN IFNα1, IFNα2, IFNα8 e IFNα14. La regulación por incremento de la expresión puede ser de al menos el 10%, al menos el 15%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 75%, al menos el 80%, al menos el 90%, al menos el 100%, al menos el 125%, al menos el 150%, o al menos el 200%, o al menos el 300%, o al menos el 400%, o al menos el 500% de la del control.

Un paciente que comprende un perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I puede comprender además regulación por incremento de la expresión de receptores de IFNα, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o receptores de TNFα, o IFNγ, o IFNγ (ya sea IFNGR1, o IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2). El paciente puede identificarse simplemente como uno que comprende regulación por incremento de la expresión de

65 receptores de IFNα, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o receptores de TNFα, o IFN, o IFNγ (ya sea IFNGR1, o

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IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2).

La monitorización de la progresión de la enfermedad puede realizarse obteniendo muestras de pacientes antes y después de la administración de un agente, por ejemplo, un agente que se une a y modula la actividad de IFNα o

5 IFN de tipo I, o un agente que se une a y no modula la actividad de IFNα o IFN de tipo I, o una combinación de agentes que pueden incluir o no un agente que se une a y modula la actividad de IFNα o IFN de tipo I. Las muestras incluyen cualquier líquido o tejido biológico, tal como sangre completa, saliva, orina, líquido sinovial, médula ósea, líquido cefalorraquídeo, secreciones nasales, esputo, líquido amniótico, líquido de lavado broncoalveolar, células mononucleares de sangre periférica, leucocitos totales, células de ganglio linfático, células de bazo, células de amígdala o piel. Las muestras pueden obtenerse mediante cualquier medio conocido en la técnica.

Los perfiles de expresión de los marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I se obtienen en las muestras (antes y después de la administración del agente). Los perfiles de expresión de los marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I en las muestras se comparan. La comparación puede ser del número de marcadores PD

15 inducibles por IFNα o IFN de tipo I presentes en las muestras o puede ser de la cantidad de marcadores PD inducibles por IFNα

o IFN de tipo I presentes en las muestras, o cualquier combinación de los mismos. Puede indicarse varianza que indica eficacia del agente terapéutico si el número o nivel (o cualquier combinación de los mismos) de los marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I disminuye en la muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico en relación con la muestra obtenida antes de la administración del agente terapéutico. El número de marcadores PD inducibles por IFNα

o IFN de tipo I regulados por incremento puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. El nivel de cualquier marcador PD dado inducible por IFNα o IFN de tipo I regulado por incremento puede disminuir en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al

25 menos el 95%. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por incremento con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. Cualquier combinación de número disminuido y nivel disminuido de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por incremento puede indicar eficacia. Puede indicarse varianza que indica eficacia del agente terapéutico si el número o nivel (o cualquier combinación de los mismos) de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por disminución disminuye en la muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico en relación con la muestra obtenida antes de la administración del agente terapéutico. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por disminución puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. El

35 nivel de cualquier marcador PD dado inducible por IFNα o IFN de tipo I regulado por disminución puede aumentar en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por disminución con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. Cualquier combinación de número disminuido y nivel aumentado de los marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por disminución puede indicar eficacia.

La muestra obtenida del paciente puede obtenerse antes de la primera administración del agente, es decir, el

45 paciente no ha recibido tratamiento previo con el agente. Alternativamente, la muestra obtenida del paciente puede obtenerse después de la administración del agente en el transcurso del tratamiento. Por ejemplo, el agente puede haberse administrado antes del inicio del protocolo de monitorización. Tras la administración del agente pueden obtenerse muestras adicionales del paciente y se comparan los marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I en las muestras. Las muestras pueden ser del mismo tipo o diferente, por ejemplo, cada muestra obtenida puede ser una muestra de sangre, o cada muestra obtenida puede ser una muestra de suero. Los marcadores PD inducibles por IFNα

o IFN de tipo I detectados en cada muestra pueden ser los mismos, pueden coincidir sustancialmente o pueden ser similares.

Las muestras pueden obtenerse en cualquier momento antes y después de la administración del agente terapéutico.

55 La muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico puede obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 12 o al menos 14 días después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico puede obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7 o al menos 8 semanas después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida tras la administración del agente terapéutico puede obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5 o al menos 6 meses tras la administración del agente terapéutico.

Pueden obtenerse muestras adicionales del paciente tras la administración del agente terapéutico. Pueden obtenerse al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al 65 menos 10, al menos 12, al menos 15, al menos 20, al menos 25 muestras del paciente para monitorizar la

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progresión o regresión de la enfermedad o el trastorno a lo largo del tiempo. La progresión de la enfermedad puede monitorizarse a lo largo de un periodo de tiempo de al menos 1 semana, al menos 2 semanas, al menos 3 semanas, al menos 4 semanas, al menos 5 semanas, al menos 6 semanas, al menos 7 semanas, al menos 2 meses, al menos 3 meses, al menos 4 meses, al menos 5 meses, al menos 6 meses, al menos 1 año, al menos 2 años, al menos 3

5 años, al menos 4 años, al menos 5 años, al menos 10 años o a lo largo de toda la vida del paciente. Pueden obtenerse muestras adicionales del paciente a intervalos regulares tales como a intervalos mensuales, bimensuales, de una vez al trimestre, de dos veces al año o anuales. Las muestras pueden obtenerse del paciente tras la administración del agente a intervalos regulares. Por ejemplo, las muestras pueden obtenerse del paciente a la semana tras cada administración del agente, o a las dos semanas tras cada administración del agente, o a las tres semanas tras cada administración del agente, o al mes tras cada administración del agente o a los dos meses tras cada administración del agente. Alternativamente, pueden obtenerse múltiples muestras del paciente tras una o cada administración del agente.

La progresión de la enfermedad en un paciente puede monitorizarse de manera similar en ausencia de

15 administración de un agente. Pueden obtenerse periódicamente muestras del paciente que tiene la enfermedad o el trastorno. Puede identificarse progresión de la enfermedad si el número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I aumenta en una muestra obtenida más tarde en relación con una muestra obtenida más pronto. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I puede aumentar en al menos 1, al menos 2, al menos 3 o al menos 4. Puede identificarse progresión de la enfermedad si el nivel de cualquier marcador PD dado inducible por IFNα o IFN de tipo I regulado por incremento aumenta en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. Puede identificarse progresión de la enfermedad si el nivel de cualquier marcador PD dado inducible por IFNα o IFN de tipo I regulado por disminución disminuye en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el

25 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. El número de marcadores PD inducibles por IFNα

o IFN de tipo I regulados por incremento con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3 o al menos 4. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por disminución con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3 o al menos 4. Cualquier combinación de número aumentado y nivel aumentado de marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I regulado por incremento puede indicar progresión de la enfermedad. Alternativamente, o en combinación, cualquier combinación de número disminuido y nivel disminuido de marcador PD inducible por IFNa o IFN de tipo I regulado por disminución puede indicar progresión de la enfermedad. También puede identificarse regresión de la enfermedad en un paciente que tiene una enfermedad o un trastorno, no tratado por un agente. En este caso, puede identificarse regresión si el número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I disminuye en una muestra

35 obtenida más tarde en relación con una muestra obtenida más pronto. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3 o al menos 4. Puede identificarse regresión de la enfermedad si el nivel de cualquier marcador PD inducible por IFNα o IFN de tipo I regulado por incremento disminuye en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. Puede identificarse regresión de la enfermedad si el nivel de cualquier marcador PD dado inducible por IFNα

o IFN de tipo I regulado por disminución aumenta en al menos el 10%, al menos el 20%, al menos el 25%, al menos el 30%, al menos el 35%, al menos el 40%, al menos el 50%, al menos el 60%, al menos el 70%, al menos el 80%, al menos el 90% o al menos el 95%. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por incremento con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al 45 menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. El número de marcadores PD inducibles por IFNα o IFN de tipo I regulados por disminución con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3 o al menos 4. La progresión de la enfermedad o regresión de la enfermedad puede monitorizarse obteniendo muestras a lo largo de cualquier periodo de tiempo y a cualquier intervalo. La progresión de la enfermedad o regresión de la enfermedad puede monitorizarse obteniendo muestras a lo largo del transcurso de al menos 1 semana, al menos 2 semanas, al menos 3 semanas, al menos 4 semanas, al menos 5 semanas, al menos 6 semanas, al menos 7 semanas, al menos 2 meses, al menos 3 meses, al menos 4 meses, al menos 5 meses, al menos 6 meses, al menos 1 año, al menos 2 años, al menos 3 años, al menos 4 años, al menos 5 años, al menos 10 años o a lo largo de toda la vida del paciente. La progresión de la enfermedad o regresión de la enfermedad puede monitorizarse obteniendo muestras al menos mensualmente,

55 bimensualmente, una vez al trimestre, dos veces al año o anualmente. No es necesario obtener las muestras a intervalos estrictos.

Los solicitantes proporcionan una serie de realizaciones no limitativas para describir algunos de los aspectos de la invención.

REALIZACIONES

1. Un método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente

terapéutico que comprende: 65

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(i)

obtener un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα en una primera muestra del paciente;

(ii)

obtener un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα en una segunda muestra del paciente

tras haberse administrado un agente terapéutico; y 5

(iii) comparar los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNα,

en el que el perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα se basa en la regulación por incremento de la expresión o actividad de los siguientes genes IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2;

10 en el que una varianza en los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por el IFNα indica un nivel de eficacia del agente terapéutico.

2. El método de la primera realización, en el que el agente terapéutico es un anticuerpo que se une a y modula la 15 actividad de IFNa.

3. El método de la primera realización, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα se obtiene antes de la administración del agente terapéutico.

20 4. El método de la primera realización, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα se obtiene en el momento de la administración del agente terapéutico.

5. El método de la primera realización, en el que la primera y segunda muestra son sangre completa, músculo o

suero. 25

6. El método de la primera realización, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα comprende una puntuación moderada de firma genética inducible por IFNα o IFN de tipo I.

7. El método de la primera realización, en el que la puntuación moderada es una puntuación mayor de o igual a 4 30 pero menor de 10.

La serie de ejemplos que siguen se proporcionan para el fin de ilustración sólo y no debe interpretarse de ninguna manera que la invención está limitada a estos ejemplos.

35 Ejemplos

Ejemplo 1a: La mayoría de los genes más regulados por incremento en muestras de músculo de pacientes con DM son inducibles por IFNα/β

40 Se examinaron muestras de músculo con DM para determinar qué genes eran los más regulados por incremento en pacientes con DM.

Extracción de ARN total y procesamiento de micromatrices: Se extrajo el ARN total de biopsias musculares de PAXgene usando RNeasy Fibrous Tissue Mini de Qiagen (Hilden, Alemania). Se determinaron la concentración y

45 pureza del ARN espectrofotométricamente (260/280 > 1,9). Se evaluó la calidad del ARN en un bioanalizador Agilent 2100 usando el RNA 6000 Nano LabChip®.

Se logró la generación de ARNc amplificado marcado con biotina, a partir de 2 µg de ARN total, con el kit de síntesis de ADNc GeneChip® One-Cycle de Affymetrix y el kit de marcaje GeneChip® IVT de Affymetrix. Se determinaron 50 espectrofotométricamente la concentración y pureza del producto de ARNc. Se fragmentaron veinte microgramos de cada ARNc marcado con biotina para la hibridación en matrices Human Genome U 133 Plus 2.0 GeneChip® de Affymetrix. Se preparó ARNc fragmentado para la hibridación tal como se explica resumidamente en el manual de GeneChip® de Affymetrix. Se realizó la hibridación durante la noche en un horno de hibridación rotatorio modelo 320 fijado a 45ºC. Se realizaron todos los procedimientos de tinción y lavado de GeneChip® en una estación Fluidics

55 modelo 450 de Affymetrix. Se exploraron las matrices en un equipo GeneChip® Scanner 3000 de Affymetrix. Se realizaron la captura de datos y la evaluación de la calidad de las matrices iniciales con la herramienta GeneChip Operating Software (GCOS).

Resultados: La mayoría de los genes más regulados por incremento en muestras de músculo de pacientes con DM

60 son inducibles por IFNα/β. Véase la figura 1a, que proporciona una lista de los genes más regulados por incremento en las muestras de músculo de pacientes con DM, y la regulación por incremento en veces de esos genes en las muestras de músculo de pacientes con DM en relación con muestras de músculo control sano. Véase también la figura 1b que proporciona un gráfico de dispersión de la puntuación de firma genética inducible por IFNα/β en músculo de pacientes con DM y PM.

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Ejemplo 1b: Sobreexpresión de genes inducibles por IFN de tipo I en la mayoría de muestras de sangre de pacientes con DMo PM

Se evaluaron la prevalencia y magnitud de la sobreexpresión de genes inducibles por IFN de tipo I en la sangre de 5 pacientes con DM y PM.

Pacientes y muestras de pacientes: Se usaron dos grupos de pacientes en este estudio. El primer grupo incluía 24 pacientes con miositis (15 con DM y 9 con PM) de un único centro hospitalario incluidos de manera prospectiva en un estudio exploratorio longitudinal de la asociación entre expresión génica de genoma completo en muestras de

10 WB periférica y características clínicas incluyendo actividad de la enfermedad. Se recogieron datos clínicos de un total de 150 visitas de pacientes y datos de expresión génica de 80 visitas de pacientes a lo largo de un periodo de hasta 6 años (el periodo medio de participación en este estudio fue de 1,9 años). En la tabla 6, a continuación, se resumen las características clínicas de los pacientes.

15 Tabla 6. Características clínicas para 24 pacientes con DM o PM.

Enfermedad, paciente/ edad/género

n.º de visita en serie para la obtención del perfil en sangre / duración del estudio (meses) Duración de la enfermedad en la visita inicial (meses) Tratamiento en la visita inicial Duración del tratamiento en la visita inicial (meses) Nivel CK, intervalo, (unidades/litro) PUNTUA-CIÓN Otros

DE MITAX

diagnósticos

Inicial (mín., máx.)

Dermatomiositis (N=15)

BGE79/46/F

3 (32) 72 Ninguno 0 260-816 12 (6,12) Calcinosis

BGE99/21/M

7 (21) 3 Ninguno 0 90-352 12 (1,12) -

BGE143/43/F

3 (6) 290 Ninguno 0 46-290 12 (1,12) -

BGE147/57/F

7 (13) 18 Ninguno 0 36-252 9 (4,9) -

BGE10/38/F

6 (42) 108 Pred/IGIV 4 127-4590 12 (6,12) -

BGE15/62/F

4 (78) 36 Pred/Mico 12 25-80 2 (0,6) -

BGE17/70/F

2 (63) 24 Pred/IGIV/ Mico 6 19-52 2 (2,2) -

BGE19/61/F

2 (27) 12 Pred/Mico 24 34-6554 2 (2,6) Cáncer de mama

BGE46/25/F

2 (4) 8 Pred 0,1 126-393 12 (6,12) -

BGE80/44/F

2 (23) 1 Pred 1 71-87 2 (2,6) -

BGE92/27/F

4 (6) 17 Pred 11 1140-32877 13 (13,13) ILD, Jo-1

BGE95/53/M

2 (13) 25 MTX 23 260-6416 2 (2,13) Diabetes

BGE126/58/F

2 (2) 2 Prednisona 0,2 46-350 12 (1,12) -

BGE140/46/F

3 (11) 42 Pred/MTX 36 1831-1925 12 (6,12) -

BGE155/46/F

2 (5) 15 Pred 14 860-4107 3 (3,12) ILD, Jo-1

Polimiositis (N=9)

BGE106/59/F

4 (13) 2 Ninguno 0 53-4720 9 (1,9) -

BGE119/47/F

6 (12) 5 Ninguno 0 62-1256 9 (1,9) ILD/MCTD

BGE3/55/F

4 (47) 26 Pred/Mico 20 498-2094 6 (6,6) -

BGE11/65/F

2 (49) 81 Aza/IGIV 48 66-1156 3 (1,3) ILD; Jo-1

BGE47/72/F

3 (45) 11 Pred/Mico 9 209-3027 9 (3,9) -

IBGE50/40/F

2 (26) 2 Pred/IGIV 2 74-663 3 (1,3) -

BGE91/55/F

2 (4) 6 MTX 5 123 3 (3,3) -

BGE100/57/M

3 (15) 12 Pred/MTX 4 329-820 3 (3,3) -

BGE128/84/F

3 (7) 80 Pred 76 150-1437 1 (1,9) -

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Se notificaron anteriormente estudios transversales tempranos de algunos de estos pacientes después de una o dos visitas (Walsh RJ, Pinkus JL, et al. Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis. Arthritis Rheum. 2007; 56(11):3784-92); el estudio actual 5 aumentó el número de pacientes incluidos y realizó un análisis longitudinal de hasta 7 visitas por paciente. Los criterios de diagnóstico para DM y PM son tal como se notificó anteriormente (Walsh RJ, Pinkus JL, et al. Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis. Arthritis Rheum. 2007; 56(11):3784-92). Se recogieron muestras de WB en visitas de seguimiento clínico de rutina. Se evaluó la actividad de la enfermedad en cada visita usando la escala de miositis por intención de tratamiento (MITAX) tal como se describió anteriormente (Walsh RJ, Pinkus JL, et al. Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis. Arthritis Rheum. 2007; 56(11):3784-92). Se evaluaron parámetros clínicos, incluyendo la puntuación de MITAX (Rider LG, Miller FW. Idiopathic inflammatory muscle disease: clinical aspects. Baillieres Best Pract Res Clin Rheumatol. 2000; 14(1):3754), de manera ciega con respecto a los datos de expresión génica. Las muestras de WB no se recogieron según

15 ningún programa predefinido. Los pacientes dieron su consentimiento informado con el fin de participar. Estos estudios se aprobaron por la junta de revisión institucional (IRB) en el Brigham and Women’s Hospital.

Se estudió el segundo grupo de pacientes con miositis (18) para muestras de sangre únicas obtenidas en visitas de selección para un ensayo clínico en pacientes con DM o PM. Se usaron estas muestras de sangre para la evaluación inicial de la prevalencia de firmas genéticas inducibles por citocinas en los pacientes observados por múltiples investigadores en múltiples centros, y se recogieron con consentimiento informado según protocolos aprobados por la IRB. Estos sujetos tenían al menos 18 años de edad y tenían DM o PM probable o definida según los criterios de Bohan y Peter (Bohan A, Peter JB. Polymyositis and dermatomyositis. N Engl J Med. 13 de febrero de 1975; 292(7):344-7; Bohan A, Peter JB. Polymyositis and dermatomyositis. N Engl J Med. 20 de febrero de 1975;

25 292(8):403-7) y enfermedad activa. Se recogieron muestras de WB en tubos para ARN PAXgene en visitas clínicas anteriores al tratamiento. Todos los sujetos tenían que tener al menos 2 de las siguientes: fuerza en prueba muscular manual (MMT) ≥ 80/150 pero ≤ 125/150 usando las pruebas de grupo muscular MMT-8; evaluación de la actividad global del paciente mediante escala análoga visual ≥ 2,0 cm en una escala de 10 cm; evaluación de la actividad médica global mediante escala análoga visual ≥ 2,0 cm en una escala de 10 cm, índice de discapacidad CLINHQA ≥ 0,25 y evaluación de la actividad extramuscular global ≥ 1,0 en una escala análoga visual de 10 cm. Se requería que los sujetos con PM tuviesen documentación de un resultado de biopsia muscular que concordase con el diagnóstico de PM. En la selección, los sujetos no podían estar recibiendo > 35 mg de prednisona o el equivalente al día, hidroxicloroquina > 600 mg/día, micofenolato mofetilo > 3 g/día, metotrexato > 25 mg/semana, azatioprina > 3 mg/kg/día, leflunomida > 20 mg/día o cualquier dosis de ciclofosfamida, ciclosporina o talidomida.

35 Las muestras normales de sangre fueron de 36 donantes sanos tal como se describe (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312; Walsh RJ, Pinkus JL, et al. Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis. Arthritis Rheum. 2007; 56(11):3784-92), y se recogieron con consentimiento informado según protocolos aprobados por la IRB.

Extracción de ARN total, ensayos con micromatrices y ensayos de QRT-PCR Taqman: El aislamiento de ARN a partir de WB usó tubos PAXgene o muestras de capas leucocíticas, y se llevaron a cabo ensayos con micromatrices

45 U133 Plus 2.0 de Affymetrix tal como se describió anteriormente (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312; Walsh RJ, Pinkus JL, et al. Type I interferon-inducible gene expression in blood is present and reflects disease activity in dermatomyositis and polymyositis. Arthritis Rheum. 2007; 56(11):3784-92). Se aisló el ARN usando el método de recogida en tubos PAXgene para 24 muestras de donantes sanos normales, mientras que se procesaron 12 muestras de donantes sanos normales con el método de capa leucocítica. Se usaron estas muestras de donantes sanos normales como referencias para las muestras de pacientes procesadas mediante uno de los dos enfoques con el fin de eliminar cualquier variabilidad debido a diferencias de procesamiento de las muestras.

55 Se usó la plataforma de matrices dinámicas del sistema Biomark de Fluidigm (Fluidigm Corp, South San Francisco, CA, EE.UU.) para medir los niveles de expresión de los genes inducibles por IFN de tipo 1, un panel de genes inducibles por citocinas y genes de respuesta inmunitaria seleccionados en la WB de 15 pacientes con DM o PM. Los procedimientos generales para el procesamiento de las muestras y el análisis de datos fueron tal como se describió anteriormente (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312).

Análisis de datos de micromatrices: Se realizó el análisis de datos de micromatrices tal como se describió 65 anteriormente (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti

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IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312; Yao Y, Jallal J, et al. Type I IFN as a potential therapeutic target for psoriasis. PLoS ONE 2008; 3(7): e2737. doi: 10.1371/journal.pone.0002737), usando el GC-Content Robust Multichip Analysis (GCRMA), que se implementó en el paquete GCRMA de Bioconductor 5 (http://www.bioconductor.org/). Se calcularon todas las comparaciones de dos grupos que implicaban las puntuaciones de firma genética usando una prueba de Wilcoxon-Mann-Whitney para dos muestras, mientras que se calcularon comparaciones por parejas usando una prueba de Wilcoxon de rangos con signo. Todos los valores de p indicados no están ajustados para múltiples pruebas, aunque se establece la significación para valores de p ajustados, usando una corrección de Bonferroni. Para la identificación de pacientes con una puntuación positiva de

10 firma genética inducible por IFN de tipo 1, se calculó el análisis de significación de micromatrices (SAM) con ajuste de la tasa de falsos positivos (FDR) en R (R Development Core Team, Universidad de Auckland, Nueva Zelanda).

Resultados: se empleó el Human Genome U133 plus 2.0 GeneChip® de Affymetrix para obtener el perfil de la WB periférica de 42 pacientes con DM o PM (22 pacientes con DM y 20 con PM; de los grupos de pacientes primero y 15 segundo). Se observó que 1.072 y 703 transcriptos estaban regulados por incremento y regulados por disminución (cambio en veces >2, q<0,05), respectivamente, en la sangre de pacientes con DM o PM en comparación con controles sanos. De los 1.072 transcriptos regulados por incremento, 136 eran inducibles por IFN de tipo 1 tal como se definió mediante estimulación ex vivo de WB con miembros de la familia de IFN de tipo 1 tal como se describe (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α 20 Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312). En la figura 384a se muestra un mapa térmico que visualiza la expresión de los 136 transcriptos en WB de 42 pacientes con DM o PM, en comparación con 24 controles sanos. Las puntuaciones de firmas genéticas inducibles por IFN de tipo 1 calculadas usando los 25 genes dinámicos inducibles por IFN de tipo 1 más sobreexpresados (lista dinámica posiblemente diferente entre pacientes) en la 25 sangre de controles normales individuales y pacientes con DM o PM se muestran en la figura 384b. Los pacientes evaluados en el estudio presentaban diferentes grados de sobreexpresión de genes inducibles por IFN de tipo 1 en la sangre, y esto incluyó una población distinta de pacientes con DM o PM que tenía firmas genéticas inducibles por IFN de tipo 1 débiles (puntuación < 4). Los donantes normales y estos pacientes con puntuaciones débiles de firma genética están representados por las barras horizontales primera y segunda, respectivamente, en la figura 384b. 30 Basándose en criterios de clasificación (en los que una firma genética inducible por IFN de tipo 1 era débil si se le asignaba una puntuación de menos de 4, moderada si se le asignaba una puntuación que era mayor de o igual a 4 pero menor de 10 y alta si se le asignaba una puntuación mayor de o igual a 10) el 17% de los pacientes con DM o PM no tuvo o tuvo una sobreexpresión débil de firma genética inducible por IFN de tipo 1 en la sangre. Un total del 45% y del 38% de los pacientes tuvieron firmas genéticas inducibles por IFN de tipo 1 moderadas o altas,

35 respectivamente. Por tanto, la mayoría abrumadora de pacientes con DM o PM mostró sobreexpresión de moderada a alta de la firma genética inducible por IFN de tipo 1 en la sangre.

Ejemplo 1c: Selección de un panel de 13 genes para evaluar la actividad de la ruta de señalización de IFN de tipo 1 en pacientes con DM o PM

40 Basándose en los resultados del ejemplo 1b, se seleccionó un pequeño panel de genes inducibles por IFN de tipo 1 que podrían usarse para evaluar la activación de la ruta de señalización de IFN de tipo 1 en la sangre de pacientes con DMy PM.

45 Clasificación de los genes más sobreexpresados en la WB periférica de pacientes con DM y PM: Para identificar los conjuntos de sondas más sobreexpresadas en los 42 pacientes con DM y PM usados en el estudio descrito en el ejemplo 1b, se calcularon los valores de cambios en veces entre cada paciente de manera individual y la mediana de 24 donantes sanos para cada conjunto de sondas en la matriz U 133 Plus 2.0 de Affymetrix. Para cada paciente, se clasificaron entonces los valores de cambio en veces en orden descendente. Se calculó la mediana de la

50 clasificación para cada conjunto de sondas y se seleccionaron los primeros 200 conjuntos de sondas globales. Se cruzaron los 807 conjuntos de sondas que se ha identificado anteriormente que son inducibles por IFN de tipo 1 (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312) con estos 200 conjuntos de sondas, y se sumaron los

55 conjuntos de sondas en común para identificar genes inducibles por IFN de tipo 1 que se sobreexpresaban en WB periférica de pacientes con DM o PM.

Resultados: Las puntuaciones compuestas de expresión relativa de múltiples genes pueden proporcionar una medición robusta de la actividad de la ruta, tal como describió anteriormente (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of 60 Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312, Yao, Y, Jallal J, et al. Neutralization of IFN-α/β-lnducible Genes and Downstream Effect in a Phase I Trial of an Anti-IFN-α Monoclonal Antibody in SLE. Aceptado por Arthritis Rheum.). Las clasificaciones de veces promedio de los 100 genes más sobreexpresados en WB periférica de los 42 pacientes con DM o PM se

65 enumeran en la tabla 7, mostrada a continuación.

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Tabla 7. Clasificación de veces promedio de las 100 sondas más sobreexpresadas en WB de 42 pacientes con DM o PM.

imagen1

Los 13 genes inducibles por IFN de tipo 1 usados para calcular la puntuación compuesta de firmas genéticas se marcaron en rojo (RSDA2, IFI27, IFI44L, IFIT1, OAS1, OAS3, HERC5, MX1, EPSTI1, IFIT3, IFI6 e ISG15).

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Se seleccionaron los trece genes inducibles por IFN de tipo 1 sobreexpresados a partir de este grupo con el fin de construir una puntuación de firma genética inducible por IFN de tipo 1 que refleje la activación de la ruta de señalización de IFN de tipo 1 en la sangre de pacientes con DM y PM. Los 13 genes seleccionados fueron: los 6 5 genes inducibles por IFN de tipo 1 más sobreexpresados en la sangre de pacientes con DM y PM (IFI27, RSAD2, IFI44L, IFI44, OAS 1, IFIT1), más ISG15, uno de los genes inducibles por IFN de tipo 1 más sobreexpresados en muestras de músculo con DM (Greenberg SA, Tawil R, et al. Interferon-alfa/beta-mediated innate immune mechanisms in dermatomyositis. Ann Neurol 2005; 57(5):664-78) y 6 genes inducibles por IFN de tipo 1 bien caracterizados (OAS3, HERC5, MX1, ESPTI1, IFIT3 e IFI6). Las puntuaciones de firma genética con este panel de 13 genes (un subconjunto del panel de 21 genes para LES) se correlacionaban muy bien (r=0,98) con las puntuaciones para el panel de 21 genes de genes inducibles por IFN de tipo 1 usados para caracterizar la activación de la ruta de señalización de IFN de tipo 1 en LES (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312,

15 doi:10.4061/2009/374312) y también con el enfoque alternativo de puntuación de firma genética usando los primeros 25 genes dinámicos inducibles por IFN de tipo 1 más sobreexpresados (r=0,82) en pacientes individuales (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312, Yao, Y, Jallal J, et al. Neutralization of IFN-α/β-lnducible Genes and Downstream Effect in a Phase I Trial of an Anti-IFN-α Monoclonal Antibody in SLE. Aceptado por Arthritis Rheum.)

Además, entre los genes inducibles por IFN de tipo 1 más sobreexpresados en la sangre de pacientes con DM o PM, se observó en general mayor sobreexpresión de ARNm de IFI27, RSAD2, IFI44LL e IFI44 en pacientes con DM y PM con alta actividad de la enfermedad. Para los 12 pacientes con alta actividad de la enfermedad (MITAX> 6;

25 véase la tabla 6, anterior), a sus puntuaciones MITAX pico durante el estudio, los cambios en veces promedio de ARNm de IFI27, RSAD2, IFI44LL e IFI44, en comparación con el promedio de 36 controles normales, fue de 89, 53, 90 y 19 veces, respectivamente. También se usó QRT-PCR para validar los resultados de las micromatrices para estos 4 genes. Se seleccionaron muestras de WB de 15 pacientes (9 DM, 6 PM) para este fin. Las mediciones de QRT-PCR para estos 4 genes individuales se correlacionaban altamente con las mediciones de las micromatrices (IFI27 r=0,96; IFI44 r=0,95; IFI44L r=0,98 y RSAD2 r=0,98).

Ejemplo 1d: Correlación de la puntuación de firma genética inducible por IFNα/β de 13 genes con la actividad de la miositis

35 Estudios longitudinales realizados con 24 pacientes con DM y PM identificaron una asociación de la firma genética inducible por IFN de tipo 1 de 13 genes y la actividad de la enfermedad (MITAX).

Modelo lineal mixto para análisis longitudinal: Se realizó un análisis de medidas repetidas sólo para aquellos pacientes con al menos 3 visitas de seguimiento (total N=53 visitas de seguimiento para 12 pacientes). Se ajustaron diez modelos de regresión diferentes en los que se hizo regresar la puntuación de MITAX a la siguiente (baja y alta actividad de la enfermedad tal como se definió anteriormente), todos modelados como efectos aleatorios: puntuación compuesta de 13 genes, RSAD2, IFI27, IFI44 e IFI44L. Se usó el estado del tratamiento en la visita inicial como covariable binaria (es decir, cualquier tratamiento/sin tratamiento) y se modeló como un efecto fijo en cada modelo con el fin de controlar la influencia de la medicación sobre los cambios de expresión génica.

45 Resultados: De los 24 pacientes con DM y PM evaluados, 3 de los pacientes (específicamente BGE128, BGE140 y BGE3) tenían puntuaciones bajas de firma genética inducible por IFN siempre < 1 y nunca diferían de las puntuaciones de los controles normales a lo largo de todo su transcurso. Éste fue el caso incluso cuando las actividades de su enfermedad tal como se midieron mediante las puntuaciones de MITAX cambiaron significativamente.

Se estratificaron los 21 pacientes restantes del estudio longitudinal en una comparación de dos grupos con baja (puntuación de MITAX ≤ 6; 9 pacientes) y alta (puntuación de MITAX > 6; 12 pacientes) actividad de la enfermedad. Ambas de estas categorías demostraron una asociación con expresión génica inducible por IFN de tipo 1

55 (puntuación de 13 genes p=0,002, IFI27 p=0,002 y RSAD2 p=0,003 – todas significativas tras el ajuste; véase la tabla 8 y la figura 385a). En una comparación entre un panel de 36 donantes sanos normales y pacientes con alta actividad de la enfermedad, se encontró que la diferencia usando tanto las puntuaciones compuestas de 13 genes como 4 genes individuales era altamente significativa (tabla 8; figura 385a). Estos resultados sugirieron que tanto la puntuación de firma genética inducible por IFN de tipo 1 de 13 genes como la expresión de los 4 genes individuales inducibles por IFN de tipo 1 se correlacionaban fuertemente con la actividad de la enfermedad de pacientes con DM y PM.

Tabla 8. Valores de P para pacientes con DM y PM en la visita uno para 4 genes inducibles por IFN de tipo 1, la puntuación compuesta de 13 genes y 5 puntuaciones de firma genética inducible por citocinas.

Normal frente a MITAX imagen2 56

Normal frente a MITAX>6 MITAX≤6 frente a MITAX>6

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13 genes

0,032 <0,0001 0,002

RSAD2

0,10 <0,0001 0,003

IFI44L

0,024 <0,0001 0,006

IFI44

0,021 <0,0001 0,01

IFI27

0,005 <0,0001 0,002

GM-CSF

<0,0001 <0,0001 0,46

TNF-a

<0,0001 <0,0001 0,86

IL-18

0,001 0,0001 0,97

IL-1 O

0,0002 <0,0001 0,70

IL-13

<0,0001 <0,0001 0,97

Las comparaciones de dos grupos son entre donantes normales, pacientes con alta actividad de la enfermedad (puntuación de MITAX > 6 en la vista 1) y pacientes con baja actividad de la enfermedad ((MITAX≤6 en la vista 1). Todos los valores de p están sin ajustar.

5 Estos biomarcadores también mostraron una alta correlación con la actividad clínica de la enfermedad en pacientes individuales durante el seguimiento longitudinal. Pacientes (N=18) sin ninguna variación en la actividad de la enfermedad entre sus visitas mostraron una fuerte correlación entre cambios de la puntuación de MITAX y cambios tanto en la puntuación compuesta de 13 genes (p=0,0002) como en los niveles de expresión génica individuales (IFI27 p=0,0002, RSAD2 p=0,0002 e IFI44L p=0,0002 – todos significativos tras el ajuste; figura 385b). IF144 no fue

10 significativo tras el ajuste. Además, tanto la puntuación de 13 genes como la expresión de ARNm de RSAD2 e IFI44L aumentaron en los 18 pacientes desde puntuaciones de MITAX bajas hasta altas. La expresión de ARNm de IFI44 disminuyó en 2 pacientes desde puntuaciones de MITAX altas hasta bajas. Estos resultados sugieren que la puntuación compuesta está correlacionada probablemente de manera más robusta con la actividad de la enfermedad que los genes individuales. Pacientes (N=3) sin ninguna variación en la actividad de la enfermedad no

15 mostraron cambios reales en los niveles de expresión de estos genes (figura 385c).

Además, estaban asociados cambios importantes en la actividad clínica de la enfermedad con cambios importantes en la puntuación compuesta de firma de 13 genes. Entre las 80 visitas de pacientes hubo 50 pares de visitas consecutivas. Entre estas 50 hubo 14 cambios importantes en la actividad de la enfermedad (cambio en la

20 puntuación de MITAX > 3; 10 mejorías, 4 acontecimientos de empeoramiento). Los 14 cambios estaban asociados con cambios importantes en tanto la puntuación compuesta de 13 genes como la expresión de 4 genes individuales inducibles por IFN de tipo 1 en la dirección concordante (puntuación compuesta de 13 genes, IFI44L e IFI27 proporcionan la mejor correlación; tabla 9).

25 Tabla 9. Los cambios importantes en la actividad de la enfermedad están asociados con cambios importantes en la expresión de genes inducibles por IFN de tipo 1 en la sangre de pacientes con DM o PM.

Muestra

Categoría Cambio de MITAX Intervalo (días) RSAD2 IFI44L IFI44 IFI27 Puntuación de 13 genes

10v2

Mejoría 12→6 103 -94% -99% -83% -96% -89%

46v2

Mejoría 12→6 124 -83% -50% -72% -21% -63%

47v4

Mejoría 9→3 432 -66% -95% 6128% -61% -69%

79v2

Mejoría 12→6 35 -98% -99% -65% -95% -91%

99v2

Mejoría 12→3 66 -98% -99% -86% -99% -92%

106v2

Mejoría 9→1 214 -86% -98% -84% -80% -72%

119v2

Mejoría 9→3 45 -97% -98% -96% -83% -92%

126v2

Mejoría 12→1 64 -77% -84% -85% -44% -76%

140v2

Mejoría 12→6 80 -74% -69% -66% -95% -46%

143v2

Mejoría 12→1 61 -98% -97% -94% -99% -94%

155v2

Mejoría 12→3 140 -30% -45% 63% -57% -12%

15v3/4*

Recaída 0→6* 854 1740% 1612% 2213% 1420% 715%

19v3

Recaída 2→6 182 387% 847% 8259% 1675% 636%

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95v2

Recaída 2→13 380 11338% 9256% 1748% 4962% 3022%

128v2

Recaída 1→9 133 -24% 145% -27% 1394% 119%

147v4

Recaída 4→9 6 17% 32% 149% 64% 112%

Se muestran los cambios de expresión génica como el % de razón de cambio en veces desde la visita anterior hasta la actual para cada uno de los 4 transcriptos (RSAD2, IFI44L, IFI44 e IFI27) y la puntuación compuesta de 13 genes. La mejoría (reducción en la puntuación de MITAX) estaba asociada con una reducción marcada en estos niveles de trascritos inducibles por IFN de tipo 1 y la recaída estaba asociada con aumentos marcados (está presente 1

5 resultado atípico entre 56 mediciones). Una visita (marcada*; 15v4) estuvo precedida por una visita “premonitoria” que indica recaída inminente; el cambio de MITAX desde 15v3 hasta 15v4 representa un intervalo de 35 días, pero la expresión génica inducible por 1 IFN de tipo 1 ya había aumentado en 15v3 (cambio mostrado desde 15v2 hasta 15v3).

10 Siete pacientes tenían muestras de WB recogidas en al menos 4 visitas. Todos los pacientes mostraron fuerte correlación entre los cambios en la actividad de la enfermedad y las puntuaciones compuestas de 13 genes (figura 386a). Para 6 de estos pacientes, esto fue evidente usando la puntuación de MITAX como medida de la actividad de la enfermedad; con un paciente que no respondió al tratamiento (BGE92), una limitación de la puntuación de MITAX (alcanza un máximo en 13 y no puede aumentar con aumentos adicionales en la actividad de la enfermedad) limitó

15 su uso, pero la CK en suero (que aumentó desde 3.369 hasta 32.877 UI/l) reflejó los cambios en la actividad de la enfermedad y se correlacionaba fuertemente con los cambios en la puntuación compuesta de 13 genes (figura 386b).

Se realizó un resumen general de la asociación entre la actividad clínica de la enfermedad y los cambios en la

20 expresión génica inducible por IFN de tipo 1 en todos los pacientes usando a modelo lineal mixto. Una ventaja del análisis de modelo lineal mixto es la capacidad para mejorar las estimaciones combinando información de los pacientes. Se encontró que la puntuación compuesta de 13 genes era la más correlacionada significativamente con la actividad clínica de la enfermedad (p=0,0007), siendo IFI44L (p=0,001) y RSAD2 (p=0,002) las siguientes bien correlacionadas (todavía significativas tras el ajuste) para los 12 pacientes con al menos 3 mediciones de

25 seguimiento, tras controlar el estado del tratamiento.

Además, parecía que tres pacientes tenían visitas “premonitorias”, o visitas en las que la puntuación de MITAX de la actividad de la enfermedad era baja pero la puntuación compuesta de 13 genes aumentó de manera significativa en relación con la visita anterior (figura 387). Poco después de estas visitas “premonitorias” (7-35 días), cada uno de los

30 tres pacientes experimentó recaída en la enfermedad.

Ejemplo 2a: Las puntuaciones de firma genética inducible por IFNα/β predicen la actividad de la miositis

Pacientes con DM y PM, de un estudio separado de los pacientes del ejemplo 1b-d, se monitorizaron de la misma

35 forma para determinar si podría predecirse la progresión y/o regresión de la enfermedad por los cambios en la firma genética inducible por IFNα/β.

Extracción de ARN total y procesamiento de micromatrices: Se extrajo ARN total de sangre PAXgene usando el kit de ARN de sangre PAXgene. Se determinaron la pureza y concentración del ARN espectrofotométricamente 40 (260/280 > 1,9). Se evaluó la calidad de ARN en un bioanalizador Agilent 2100 usando el RNA 6000 Nano LabChip®.

Se efectuó la generación de ARNc amplificado marcado con biotina a partir de 2 µg de ARN total, con el kit de síntesis de ADNc GeneChip® One-Cycle de Affymetrix y el kit de marcaje GeneChip® IVT de Affymetrix. Se determinaron espectrofotométricamente la concentración y pureza del producto de ARNc. Se fragmentaron veinte 45 microgramos de cada ARNc marcado con biotina para la hibridación con matrices Human Genome U 133 Plus 2.0 GeneChip® de Affymetrix. Se preparó ARNc fragmentado para la hibridación tal como se explica resumidamente en el manual de GeneChip® de Affymetrix. Se realizó la hibridación durante la noche en un horno de hibridación rotatorio modelo 320 fijado a 45ºC. Se realizaron todos los procedimientos de tinción y lavado de GeneChip® en una estación Fluidics modelo 450 de Affymetrix. Se exploraron las matrices en un equipo GeneChip® Scanner 3000 de

50 Affymetrix. Se realizaron la captura de datos y la evaluación de la calidad de las matrices iniciales con la herramienta GeneChip Operating Software (GCOS).

Niveles de CK en suero: Se obtuvieron los niveles de CK en suero de Steven Greenberg (Brigham and Women’s Hospital, Inc.).

55 Cálculo de la firma genética de IFN usando una lista estática de 21 genes: Se identificaron 21 genes por su prevalencia y magnitud de sobreexpresión en pacientes con miositis en comparación con las de controles normales. Incluye una lista convencional de los mismos 21 genes (es decir, 21 sondas que se mapean en 21 genes únicos) para cada paciente con miositis. Estos genes incluyen proteína 6 transactivada por ADN polimerasa -DNAPTP6;

60 proteína 1 de interacción con el epitelio y el estroma (mama) -EPSTI1; dominio hect y RLD 5 -HERC5; proteína 27 inducible por interferón alfa -IFI27; proteína 44 inducida por interferón -IFI44; proteína 44 similar a proteína inducida

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por interferón -IFI44L; proteína 6 inducible por interferón alfa -IFI6; proteína inducida por interferón con repeticiones 1 de tetratricopéptidos -IFIT1; proteína inducida por interferón con repeticiones 3 de tetratricopéptidos -IFIT3; modificador similar a ubiquitina ISG15; proteína de membrana 3 asociada a lisosoma -LAMP3; complejo de antígeno linfocítico 6, locus E -LY6E; proteína p78 de resistencia a mixovirus (virus influenza) 1, inducible por

5 interferón -MX1; 2’,5’-oligoadenilato sintetasa 1, 40/46 kDa -OAS1; 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 2, 69/71 kDa -OAS2; 2’-5’-oligoadenilato sintetasa 3, 100 kDa -OAS3; escramblasa de fosfolípidos 1 -PLSCR1; proteína que contiene dominio de radical S-adenosil metionina -RSAD2; proteína 4 transportadora receptora (quimiosensorial) -RTP4; lectina 1 de tipo Ig de unión a ácido siálico, sialoadhesina -SIGLEC1; peptidasa específica de ubiquitina 18 -USP18. Se calcula el cambio en veces entre pacientes con miositis en el día 0 (predosis) y el promedio de 24 controles sanos normales. Entonces se calcula la mediana de estos 21 valores de cambios en veces para cada paciente con miositis y se usa este valor como puntuación de firma genética inducible por IFN-α/β.

Firmas genéticas de TNFα, IL1β, IL4, IL10 e IL13: Se calcularon los cálculos de firmas genéticas de TNFα, IL1β, IL4, IL10 e IL13 de la misma manera que la de la firma genética inducible por IFN-α/β. Sin embargo, debido a que el 15 número inicial de genes inducibles por citocinas que se identificaron difiere para cada citocina, se usó el porcentaje en vez del número absoluto de genes. Por ejemplo, usando la genética inducible por IFN-α/β como patrón, se seleccionaron los primeros 25 genes de los 807 para cada paciente (lista de genes dinámicos). Esto representa aproximadamente el 3,5% de los genes inducibles por IFN-α/β determinados. Se mantuvo este porcentaje de genes para cada una de las otras citocinas para calcular la firma genética para cada paciente. Los genes de IL1β de los cuales se derivó la firma de IL1β incluían: 12A -ZC3H12A que contiene dedo de zinc de tipo CCCH; ureidopropionasa beta -UPB1; dominio SAM, dominio SH3 y señales de localización nuclear 1 -SAMSN1; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en inhibidor de células B, zeta -NFKBIZ; gen relacionado con pentraxina, inducido rápidamente por IL-1 beta -PTX3; inhibidor de peptidasa 3, derivado de la piel (SKALP) -Pl3; proteína 2 que contiene dominio IBR -IBRDC2; homólogo 7 relacionado con autofagia de ATG7 (S. cerevisiae)25 ATG7; receptor de adenosina A2a -ADORA2A; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en inhibidor de células B, zeta -NFKBIZ; factor modificador de Bcl2 -BMF; inhibidor de peptidasa 3, derivado de la piel (SKALP); proteína 2 similar al gen de adenoma pleiomórfico -PLAGL2; proteína cinasa cinasa cinasa 8 activada por mitógeno -MAP3K8; proteína hipotética LOC285286 -LOC285286; proteína 2 que contiene dominio IBR -IBRDC2; ligando de quimiocina (motivo C-C) 4 -CCL4; proteína 1 que contiene dominio EH -EHD1; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en células B 2 (p491p100) -NFKB2; familia 39 transportadora de solutos (transportador de zinc), miembro 8 -SLC39 A8; reticulón 2 -RTN2; nibrina -NBN; orosomucoide 1 /// orosomucoide 2 -ORM1 /// ORM2; familia 11 transportadora de solutos (transportadores de iones de metales divalentes acoplados a protones), miembro 2 -SLC11A2; motivo de unión a ARN, proteína 1 de interacción monocatenaria -RBMS1; trombospondina 1 -THBS1; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero

35 kappa en células B 2 (p491p100) -NFKB2; proteína hipotética LOC253842-LOC253842; cinasa 3 asociada a receptor de interleucina 1 -IRAK3; proteína 5 de respuesta temprana inmediata -IER5; proteína 1 que contiene dominio EH -EHD1; clon de ADNc IMAGE:30408657; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en inhibidor de células B, alfa -NFKBIA; proteína 1 que contiene dominio EH -EHD1; proteína 2 inducible por hipoxia -HIG2; prostaglandina E sintetasa -PTGES; proteína 2 similar al gen de adenoma pleiomórfico -PLAGL2; proteína 2 que contiene dominio IBR -IBRDC2; ADNc FLJ13601 fis, clon PLACE1010069; trombospondina 1 -THBS1; inhibidor de antizima 1 -AZIN1; ATPasa, transportadora de H+, lisosómica de 42 kDa, V1 subunidad C1 -ATP6V1C1; estanina -SNN; proteína 3 de respuesta temprana inmediata -IER3; homólogo 7 de relacionado con autofagia de ATG7 (S. cerevisiae) -ATG7; homólogo B del oncógeno viral de reticuloendoteliosis v-rel, factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en células B 3 (aviar) -RELB; receptor acoplado a proteína G 157

45 -GPR157; factor de transcripción de oligodendrocitos 1 /// similar al factor de transcripción de oligodendrocitos 1 /// similar al factor de transcripción de oligodendrocitos 1 -OLIG1; /// LOC728598 ///; LOC732056 -6355; trombospondina 1 -THBS1.

Los genes de TNFα de los que se derivó la firma de TNFα incluyeron: familia 4 de domino de lectina de tipo C, miembro D -CLEC4D; proteína 4A que contiene dominio DENNIMADD -DENND4A; proteína adaptadora 1 de fosfoinosítido-3-cinasa -PIK3AP1; interferón inducido con el dominio 1 de helicasa C -IFIH1; dominio SAM, dominio SH3 y señales de localización nuclear 1 -SAMSN1; proteína de unión a nucleótido de guanina (proteína G), gamma 2 -GNG2; proteína hipotética LOC149478 -LOC149478; ADNc FLJ32866 fis, clon TESTI2003718; proteína hipotética LOC389072 -LOC389072; dominio LIM cinasa 2 -LIMK2; motivo de unión a ARN, proteína 1 de 55 interacción monocatenaria -RBMS1; proteína hipotética LOC731424 -LOC731424; proteína 4 asociada al citoesqueleto -CKAP4; familia 32 de fosfoproteínas nucleares ácidas (ricas en leucina), miembro A -ANP32A; familia 7 transportadora de solutos (transportador de aminoácidos catiónicos, sistema y+), miembro 5 -SLC7A5; proteína de unión a NS1A de virus influenza -IVNS1ABP; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en inhibidor de células B, alfa -NFKBIA; canal intracelular de cloruro 4 -CLIC4; homólogo 1 de fascina, proteína de haces de actina (Strongylocentrotus purpuratus) -FSCN1; receptor 2 de interferón gamma (transductor de interferón gamma 1) -IFNGR2; sustrato de proteína cinasa C rica en alanina miristoilada -MARCKS; proteína 1 de respuesta temprana al crecimiento -EGR1; inhibidor de antizima 1 -AZIN1; dominio LIM cinasa 2 -LIMK2; proteína 1 de unión a guanilato, inducible por interferón, 67 kDa /// proteína 1 de unión a guanilato, inducible por interferón, 67 kDa -GBP1; proteína 2 inducida por factor de necrosis tumoral alfa -TNFAIP2; molécula de adhesión 65 intercelular 1 (CD54), receptor de rhinovirus humano -ICAM1; proteína 3 inducida por factor de necrosis tumoral alfa

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-TNFAIP3; proteína alfa reguladora de señal -SIRPA; nibrina -NBN; proteína 1 de interacción con EPM2A (laforina) -EPM2AIP1; proteína 2 similar al gen de adenoma pleiomórfico 2 -PLAGL2; flavoproteína 2 de NADH deshidrogenasa (ubiquinona), 24 kDa -NDUFV2; ninjurina 1 -NINJ1; familia 11 transportadora de solutos (transportadores de iones de metales divalentes acoplados a protones), miembro 2 -SLC11A2; presenilina 1 5 (enfermedad de Alzheimer 3) -PSEN1; pleckstrina -PLEK; proteína zeta 1 de fasciculación y elongación (zigina I) -FEZ1; inhibidor de peptidasa 3, derivado de la piel (SKALP); factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en inhibidor de células B, épsilon -NFKBIE; receptor purinérgico P2X, canal iónico activado por ligando, 4 -P2RX4; ligando 4 de quimiocina (motivo C-C) -CCL4; GTP ciclohidrolasa 1 (distonía sensible a dopa) -GCH1; molécula CD83 -CD83; proteína 1 de unión a potenciador del virus de inmunodeficiencia humana tipo I -HIVEP1; proteína 1 de unión a Nedd4 -N4BP1; proteína 3 similar a factor nuclear (derivado de eritroide 2) -NFE2L3; proteína 5 similar a factor de transcripción (hélice-bucle-hélice básica) -TCFL5; receptor 4 de prostaglandina E (subtipo EP4) -PTGER4; cinasa 3 similar a polo (Drosophila) -PLK3; receptor de adenosina A2a -ADORA2A; proteína cinasa cinasa cinasa activada por mitógeno 8 -MAP3K8; orosomucoide 1 -ORM1; orosomucoide 1 /// orosomucoide 2 -ORM1///ORM2; ligando 3 de quimiocina (motivo C-C) /// proteína 1 similar a ligando 3 de quimiocina (motivo C-C) /// 15 quimiocina; CCL3///CCL3L1///CCL3L31///LOC728830///LOC730422; molécula CD40, miembro 5 de la superfamilia de receptores de TNF -CD40; homólogo B del oncógeno viral de reticuloendoteliosis v-rel, factor nuclear de potenciador del gen del polipéptido ligero kappa en células B 3 (aviar) -RELB; butirofilina, subfamilia 2, miembro A2 -BTN2A2; factor de transcripción regulador de metales 1 -MTF1; receptor de actina A, tipo IlA -ACVR2A; activador del plasminógeno, urocinasa -PLAU; factor 1 asociado a receptor de TNF -TRAF1; proteína 6 inducida por factor de necrosis tumoral alfa -TNFAIP6; proteína de unión a NS1A de virus influenza -IVNS1ABP; receptor del factor de activación plaquetaria -PTAFR; superfamilia de inmunoglobulinas, miembro 6 -IGSF6; proteína hipotética FLJ23556 -FLJ23556; factor de transcripción EC -TFEC; canal rectificador de entrada de potasio, subfamilia J, miembro 2 -KCNJ2; receptor purinérgico P2X, canal iónico activado por ligando, 7 P2RX7 -6811; proteína 1 que contiene módulo similar a egf, similar a mucina, similar a receptor de hormonas -EMR1; factor de necrosis tumoral 25 (superfamilia TNF, miembro 2) -TNF; proteína 1 de interacción con TNFAIP3 -TNIP1; LIM y dominios 1 similares a antígeno celular senescente -LIMS1; miembro 1 de la familia de acil-CoA sintetasa de cadena larga -ACSL1; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en células B 2 (p49/p100) -NFKB2; presenilina 1 (enfermedad de Alzheimer 3) -PSEN1; regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD -CFLAR; proteína 1 que contiene dominio EH -EHD1; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en células B 1 (p105) -NFKB1; familia 39 transportadora de solutos (transportador de zinc), miembro 8 -SLC39A8; regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD /// regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD -CFLAR; serina-treonina cinasa de interacción con receptor -RIPK2; factor nuclear de potenciador del gen de polipéptido ligero kappa en células B 2 (p49/p100) -NFKB2; inhibidor de serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 9 -SERPINB9; receptor 1 del componente del complemento 3a -C3AR1; regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD 35 CFLAR; proteína similar a vilina -VILL; receptor 35 acoplado a proteína G -GPR35; prostaglandina E sintetasa -PTGES; proteína 3 que contiene repeticiones de IAP de baculovirus -BIRC3; regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD -CFLAR; dominio LIM cinasa 2 -LIMK2; receptor 1 similar a inmunoglobulina asociada a leucocitos LAIR1; homólogo 1 de fascina, proteína de haces de actina (Strongylocentrotus purpuratus) -FSCN1; cinurenina 3monooxigenasa (cinurenina 3-hidroxilasa) -KMO; fosfodiesterasa 4B, específica de AMPc (homólogo de Dunce de fosfodiesterasa E4, Drosophila) -PDE4B; receptor de fragmento Fc de IgA -FCAR; regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD -CFLAR; proteína 2 similar a receptor de quimiocina (motivo C-C) /// similar a proteína 2 similar a receptor de quimiocina (motivo C-C) -CCRL2 /// LOC727811; receptor de factor de activación plaquetaria /// receptor del factor de activación plaquetaria -PTAFR; activador de plasminógeno, urocinasa /// activador de plasminógeno, urocinasa -PLAU; regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD -CFLAR; inhibidor de antizima 1 -AZIN1; 45 proteína 1 de interacción con RAB6 -RAB61P1; antagonista de receptor de interleucina 1 -IL1RN; proteína 2 similar a factor de transcripción 7 (específico de células T, caja HMG) -TCF7L2; familia de genes relacionados con SEC24, miembro A (S. cerevisiae) -SEC24A; sustrato C de proteína cinasa rica en alanina miristoilada -MARCKS; proteína 3 que contiene dominio IBR -IBRDC3; dedo de zinc asociado con la membrana (C3HC4); interruptor 2 de G0/G1 -G0S2; ADNc FLJ13601 fis, clon PLACE1010069; proteína efectora 2 CDC24 (de unión a GTPasa Rho) -CDC42EP2; regulador de la apoptosis similar a CASP8 y FADD -CFLAR; molécula de adhesión intercelular 1 (CD54), receptor de rhinovirus humano -ICAM1; proteína 2 similar a Dmx -DMXL2; glicerol cinasa -GK; familia NLR, proteína 3 que contiene dominio de pirina -NLRP3; proteína 2 similar a factor de transcripción 7 (específico de células T, caja HMG) -TCF7L2; molécula CD44 (grupo sanguíneo indio) -CD44; antagonista de receptor de interleucina 1 -IL1RN; superóxido dismutasa 2, mitocondrial -SOD2; molécula CD58 -CD58; nibrina -NBN; 55 cinureninasa (L-cinurenina hidrolasa) -KYNU; dominio LIM cinasa 2 -LIMK2; bromodominio adyacente a dominio de dedo de zinc, 1A -BAZ1A; estanina -SNN; modulador de autofagia regulado por daño -DRAM; proteína que contiene dominio de homología a pleckstrina, miembro 2 de la familia F (con dominio FYVE) -PLEKHF2; miembro 7 de la familia SLAM -SLAMF7; familia 15 transportadora de solutos, miembro 3 -SLC15A3; familia 4 de dominio de lectina de tipo C, miembro E -CLEC4E; familia 39 transportadora de solutos (transportador de zinc), miembro 8 -SLC39A8; proteína 2 de interacción con prolina-serina-treonina fosfatasa -PSTPIP2; cinasa 3 asociada al receptor de interleucina 1 -IRAK3; familia 2 transportadora de solutos (transportador de glucosa facilitado), miembro 6 -SLC2A6; dominio SAM, dominio SH3 y señales de localización nuclear 1 -SAMSN1; proteína de dimerización Jun p21SNFT -SNFT; ureidopropionasa, beta -UPB1; apolipoproteína L 3 -APOL3; FLJ12886; receptor 2 de ácidos grasos libres -FFAR2; receptor 3 de ácidos grasos libres /// receptor 42 acoplado a proteína G /// similar al receptor 65 3 de ácidos grasos libres (receptor 41 acoplado a proteína G) -FFAR3; UDP-Gal:betaGicNAc beta 1,4galactosiltransferasa, polipéptido 5 -B4GALT5; aducina 3 (gamma) /// cloruro; proteína 1 que contiene dominio EH

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EHD1; proteína que contiene dominio de homología a pleckstrina, miembro 2 de la familia F (con dominio FYVE) -PLEKHF2; miembro 7 de la familia SLAM -SLAMF7; familia 4 de dominio de lectina de tipo C, miembro E -CLEC4E; marco de lectura abierto 48 del cromosoma 15 -C15orf48; receptor 84 acoplado a proteína G -GPR84; molécula CD274 -CD274; ureidopropionasa, beta -UPB1; familia 35 transportadora de solutos, miembro B -SLC35B2; 5 proteína 1A que contiene dominio GRAM -GRAMD1A; proteína nuclear 2 inducible por proteína tumoral p53 -TP531NP2; tubulina tirosina ligasa -TTL; proteína de unión a nucleótido de guanina (proteína G), gamma 2 -GNG2; proteína 2 que contiene dominio de superfamilia de facilitador principal -MFSD2; Homo sapiens, clon IMAGE:5547644; proteína activadora de GTPasa Cdc42 -CDGAP; proteína que interacciona con TRAF con un dominio asociado Forkhead -TIFA; miembro 13 de deshidrogenasa/reductasa (familia SDR) -DHRS13; factor de corte y empalme 3a, subunidad 2, 66 kDa -SF3A2; ATPasa, transportadora de H+, lisosómica 42 kDa, V1 subunidad C1 -ATP6V1C1; factor de modificación de Bcl2 -BMF; factor de transcripción regulador de metales 1 -MTF1; respuesta al crecimiento temprano 1 -EGR1; proteína 1 de interacción con EPM2A (laforina) -EPM2AIP1; proteína hipotética MGC7036 -MGC7036; proteína 2 que contiene dominio IBR -IBRDC2; factor de transcripción de oligodendrocitos 1 /// similar al factor de transcripción de oligodendrocitos 1 /// similar al factor de transcripción de 15 oligodendrocitos 1 -OLIG1; ureidopropionasa, beta -UPB1; proteína cinasa activada por mitógeno 10 -MAPK10; proteína 3 que contiene repeticiones IAP de baculovirus -BIRC3; clon de ADNc de inserto de longitud completa YX74D05; proteína 3 similar a formina -FMNL3; proteína 1 inducida por interleucina 4 -IL411; proteína 1 de unión a guanilato, inducible por interferón, 67 kDa -GBP1; cinasa 2 asociada a receptor de interleucina 1 -IRAK2; 12C -ZC3H12C que contiene dedo de zinc de tipo CCCH; Homo sapiens, clon IMAGE; proteína 2 similar a factor de transcripción 7 (específico de células T, caja HMG) -TCF7L2; miembro 7 de la familia SLAM -SLAMF7; factor 1 asociado a receptor de TNF -TRAF1; clon de ADNc IMAGE: 6254031; proteína cinasa cinasa cinasa activada por mitógeno 8 -MAP3K8; marco de lectura abierto 38 del cromosoma 8 -C8orf38; proteína 2 que contiene dominio IBR -IBRDC2; clon de ADNc IMAGE:5270500; gen hipotético respaldado por BC008048 -LOC440934; proteína 2 que contiene dominio IBR -IBRDC2; iniciador de citocinecis 4 -DOCK4; proteína 1 de unión a Nedd4 -N4BP1; inhibidor

25 de peptidasa 3, derivada de la piel (SKALP) -Pl3.

Los genes de IL4 de los que se derivó la firma de IL4 incluyeron: los genes enumerados y anotados en las figuras 11-104.

Los genes de IL10 de los que se derivó la firma de IL10 incluyeron: los genes enumerados y anotados en las figuras 105-158.

Los genes de IL13 de los que se derivó la firma de IL13 incluyeron: los genes enumerados y anotados en las figuras 159-234.

35 Resultados: De acuerdo con los resultados descritos en el ejemplo 1d, la puntuación de firma genética inducible por IFNα/β de pacientes con DM y PM en este conjunto de pacientes pudo predecir la estabilidad, mejoría y recaída de la enfermedad. La figura 2a muestra que la firma genética inducible por IFNα/β de pacientes con DM y PM es más alta en aquéllos con enfermedad activa en relación con aquéllos que están mejorando. La figura 2b proporciona la firma genética inducible por IFNα/β de pacientes con DM individuales en muestras apareadas, una obtenida durante la enfermedad activa y una obtenida durante la mejoría de la enfermedad. La firma genética inducible por IFNα/β de pacientes con DM disminuyó a medida que los pacientes con DM presentaron mejoría de la enfermedad. La figura 3 proporciona la firma genética inducible por IFNα/β en sangre completa de otros tres pacientes con DM que mostraron mejoría clínica a lo largo del transcurso de dos visitas con un médico. Para cada uno de los tres pacientes

45 ((a), (b) y (c)) la firma genética inducible por IFNα/β disminuyó a medida que el paciente mejoró clínicamente. No se observó esta correlación de la puntuación de firma genética de citocinas con la mejoría clínica para otras firmas genéticas de citocinas (TNFα, IL1β, IL4, IL10 o IL13). La figura 4 proporciona cambios en la firma genética inducible por IFNα/β de un paciente con DM. La firma genética inducible por IFNα/β

aumenta a medida que el estado del paciente empeora clínicamente y disminuye a medida que el estado del paciente mejora clínicamente. La figura 5 muestra además la correlación de la firma genética inducible por IFNα/β

y el nivel de CK en suero en un paciente con PM. Las figuras 6 y 7 muestran la correlación de la enfermedad clínica, la actividad de CK en suero y la firma genética inducible por IFNα/β

en un paciente con DM. La figura 6 proporciona la correlación estrecha entre la firma genética inducible por IFNα/β

y la actividad de CK en suero. La figura 7 correlaciona además la firma genética inducible por IFNα/β

y el transcurso de la enfermedad clínica del paciente.

55 Ejemplo 2b: Las rutas de señalización de TNF-α, IL-1B, GM-CSF, IL-10 e IL-13 están activadas en pacientes con DM y PM, pero no están correlacionadas con la actividad de la enfermedad

Similar a lo descrito en el ejemplo 1d, se usó de nuevo el enfoque de matriz de genoma completo para evaluar los posibles efectos de citocinas, TNF-α, IL-1, IL-10, IL-13 y GM-CSF, que podrían desempañar un papel en la patogénesis de DM y PM. La figura 388a muestra las puntuaciones compuestas de firmas genéticas inducibles por citocinas para TNF-α, IL-1β, IL-10, IL-13 y GM-CSF, respectivamente, en WB de 36 controles normales sanos y en pacientes con DM y PM con baja y alta actividad de la enfermedad (pacientes comentados en los ejemplos 1b -1d). Se calcularon las puntuaciones de firmas genéticas inducibles por citocinas de IFN de tipo 1, GM-CSF, IL-10, IL-13,

65 IL-1 y TNF-α tal como se describe (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and

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Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials in Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312; Yao, Y, Jallal J, et al. Neutralization of IFN-α/β-lnducible Genes and Downstream Effect in a Phase I Trial of an Anti-IFN-α Monoclonal Antibody in SLE. Aceptado por Arthritis Rheum.). Se clasificaron los pacientes con DM y PM en puntuaciones altas, 5 moderadas y débiles de firmas genéticas inducibles por IFN de tipo 1 tal como se describe (Yao, Y, Jallal J, et al. Development of Potential Pharmacodynamic and Diagnostic Markers for Anti-IFN-α Monoclonal Antibody Trials In Systemic Lupus Erythematosus. Human Genomics and Proteomics. 2008; volumen 2009, ID de artículo 374312, doi:10.4061/2009/374312). Entre los controles y los pacientes con o bien baja o bien alta actividad de la enfermedad, todas las diferencias entre las puntuaciones de firmas genéticas inducibles por TNF-α, IL-1β, IL-10, IL-13 y GM-CSF 10 en WB fueron estadísticamente significativas, tras el ajuste para comparaciones múltiples (tabla 8). Esto sugirió que todas estas rutas de señalización de citocinas estaban activadas en la sangre de estos pacientes. La QRT-PCR TaqMan también confirmó la sobreexpresión de los ARNm de estas citocinas en las biopsias musculares de pacientes con PM, y en un menor grado, de pacientes con DM (no mostrado). Sin embargo, ninguna de estas puntuaciones de firmas genéticas inducibles por citocinas mostró ninguna diferencia estadísticamente significativa

15 entre pacientes con baja y alta actividad de la enfermedad (tabla 8). Además, para 18 pacientes con cambios en la actividad de la enfermedad durante el estudio, ninguna de estas puntuaciones de firmas genéticas inducibles por citocinas cambió en la dirección concordante (figura 388b). Para los 3 pacientes para los que el nivel de actividad de la enfermedad nunca cambió a lo largo de todo su tratamiento, no se observaron cambios significativos en estas puntuaciones de firmas genéticas inducibles por citocinas (figura 388c).

20 La figura 389 muestra las puntuaciones de firmas genéticas inducibles por citocinas de los 24 pacientes estratificados por alta y baja actividad de la enfermedad. La supresión de genes inducibles por IFN de tipo 1 fue universal para pacientes que mostraron mejoría en la actividad de la enfermedad mientras que no fue el caso para las firmas genéticas inducibles por TNF-α, IL-1, IL-10, IL-13 y GM-CSF.

25 Ejemplo 3: La firma genética inducible por IFNα/β está sobreexpresada en muestras de sangre completa y músculo de pacientes con IBM

También se determinó que la firma genética inducible por IFNα/β está sobreexpresada en muestras de sangre 30 completa y músculo de pacientes con IBM.

Extracción de ARN total y procesamiento de micromatrices: Se extrajo el ARN total de sangre PAXgene y biopsias de músculo usando el kit de ARN de sangre PAXgene y Qiagen RNeasy Fibrous Tissue Mini (Hilden, Alemania), respectivamente. Se determinaron la pureza y concentración del ARN espectrofotométricamente (260/280 > 1,9). Se

35 evaluó la calidad del ARN en un bioanalizador Agilent 2100 usando el RNA 6000 Nano LabChip®.

Se efectuó la generación de ARNc amplificado marcado con biotina a partir de 2 µg de ARN total, con el kit de síntesis de ADNc GeneChip® One-Cycle de Affymetrix y el kit de marcaje GeneChip® IVT de Affymetrix. Se determinaron espectrofotométricamente la concentración y pureza del producto de ARNc. Se fragmentaron veinte 40 microgramos de cada ARNc marcado con biotina para la hibridación con matrices Human Genome U 133 Plus 2.0 GeneChip® de Affymetrix. Se preparó ARNc fragmentado para la hibridación tal como se explica resumidamente en el manual de GeneChip® de Affymetrix. Se realizó la hibridación durante la noche en un horno de hibridación rotatorio modelo 320 fijado a 45ºC. Se realizaron todos los procedimientos de tinción y lavado de GeneChip® en una estación Fluidics modelo 450 de Affymetrix. Se exploraron las matrices en un equipo GeneChip® Scanner 3000 de

45 Affymetrix. Se realizaron la captura de datos y la evaluación de la calidad de las matrices iniciales con la herramienta GeneChip Operating Software (GCOS).

Cálculo de la firma genética usando una lista estática de 21 genes: Se identificaron los 21 genes dentro de esta lista por su prevalencia y magnitud de sobreexpresión en pacientes con miositis en comparación con las de controles 50 normales. Incluye una lista convencional de los mismos 21 genes (es decir, 21 sondas que se mapean en 21 genes únicos) para cada paciente con miositis. Estos 21 genes fueron DNAPTP6; EPSTI1; HERC5; IFI27; IFI44; IFI44L; IFI6; IFIT1; IFIT3; ISG15; LAMP3; LY6E; MX1; OAS1; OAS2; OAS3; PLSCR1; RSAD2; RTP4; SIGLEC1; y USP18 Se calcula el cambio en veces entre pacientes con miositis en el día 0 (predosis) y el promedio de 24 controles sanos normales. Se calcula entonces la mediana de estos 21 valores de cambio en veces para cada paciente con

55 miositis y se usa este valor como puntuación de firma genética inducible por IFN-α/β.

Cálculo de la firma genética usando una lista dinámica de 25 genes: Para cada paciente, se selecciona una lista dinámica de los primeros 25 genes (determinada por el valor de cambio en veces) a partir de un conjunto de 807 sondas que se encontró anteriormente que son inducibles por IFN-α/β y se neutralizan por MEDI-545. Véanse las

60 figuras 235-381. Se eligen estos 25 genes por su magnitud de cambio en veces y todos representan un único gen conocido (para los genes que están representados por múltiples sondas, se usó el que mostró el cambio en veces más alto para el fin). Se calcula el cambio en veces entre pacientes con miositis en el día 0 (predosis) y el promedio de 24 controles sanos normales. Se calcula entonces la mediana de estos 25 valores de cambios en veces para cada paciente con miositis y se usa este valor como puntuación de firma genética inducible por IFN-α/β.

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Resultados: La tabla 1 muestra que la firma genética inducible por IFNα/β está sobreexpresada en músculo de pacientes con IBM ya se calcule usando una lista estática de 21 genes o una lista dinámica de 25 genes. La figura 8 proporciona un gráfico de dispersión que ilustra la sobreexpresión de la firma genética inducible por IFNα/β en tejido muscular de los pacientes con IBM individuales mostrados en la tabla 1.

Tabla 1: Sobreexpresión de firma genética inducible por IFN-α/β en muestras de músculo de pacientes con IBM

Muestra

ID IFNab.med.fc (25 genes) IFNab.med.fc (21 genes)

lBM

MA45_GEIM18 29,49 4,48

lBM

MA45_GEIM127 16,56 3,37

IBM frente a PM

MA45_GEIM323 26,09 7,07

lBM

MA45_GEIM335 15,24 3,57

lBM

MA45_GEIM354 27,11 5,49

IBM-VIH

MA45_GEIM358 6,74 3,13

lBM

MA45_GEIM363 58,73 7,14

lBM

MA45_GEIM366 8,14 2,86

lBM

MA45_GEIM372 53,50 11,16

lBM

MA45_GEIM373 21,65 4,85

lBM

MA45_GEIM374 33,71 5,47

lBM

MA45_GEIM377 48,42 6,20

lBM

MA45_GEIM380 25,23 4,24

lBM

MA45_GEIM397 10,00 3,01

También se examinó sangre completa de pacientes con IBM para determinar si podía detectarse la sobreexpresión de la firma genética inducible por IFNα/β. Usando una lista dinámica de 25 genes para detectar la firma genética 10 inducible por IFNα/β en las muestras, pudo detectarse la sobreexpresión de la firma genética inducible por IFNα/β

en sangre completa de IBM. Véase la figura 9a para las puntuaciones de firmas genéticas inducibles por IFNα/β de 9 muestras de sangre completa de pacientes con IBM y la figura 9b para un gráfico de dispersión que ilustra la puntuación de firma genética inducible por IFNα/β de los pacientes con IBM individuales.

15 Ejemplo 4: La firma genética inducible por IFNα/β es más elevada en músculo de pacientes con DM Jo1-que en Jo1+

La sobreexpresión de la firma genética inducible por IFNα/β es mayor en músculo de pacientes con DM Jo1-que en Jo1+.

20 Extracción de ARN total y procesamiento de micromatrices: Se extrajo el ARN total de biopsias de músculo PAXgene usando el Qiagen RNeasy Fibrous Tissue Mini (Hilden, Alemania). Se determinaron la pureza y concentración del ARN espectrofotométricamente (260/280 > 1,9). Se evaluó la calidad del ARN en un bioanalizador Agilent 2100 usando el RNA 6000 Nano LabChip®.

25 Se efectuó la generación de ARNc amplificado marcado con biotina a partir de 2 µg de ARN total, con el kit de síntesis de ADNc GeneChip® One-Cycle de Affymetrix y el kit de marcaje GeneChip® IVT de Affymetrix. Se determinaron espectrofotométricamente la concentración y pureza del producto de ARNc. Se fragmentaron veinte microgramos de cada ARNc marcado con biotina para la hibridación con matrices Human Genome U 133 Plus 2.0

30 GeneChip® de Affymetrix. Se preparó ARNc fragmentado para la hibridación tal como se explica resumidamente en el manual de GeneChip® de Affymetrix. Se realizó la hibridación durante la noche en un horno de hibridación rotatorio modelo 320 fijado a 45ºC. Se realizaron todos los procedimientos de tinción y lavado de GeneChip® en una estación Fluidics modelo 450 de Affymetrix. Se exploraron las matrices en un equipo GeneChip® Scanner 3000 de Affymetrix. Se realizaron la captura de datos y la evaluación de la calidad de las matrices iniciales con la herramienta

35 GeneChip Operating Software (GCOS).

Cálculo de la firma genética usando una lista estática de 19 genes: Se identificaron los 19 genes dentro de la lista por su prevalencia y magnitud de sobreexpresión en pacientes con miositis en comparación con las de controles normales. Los mismos 19 genes (es decir, 19 sondas que se mapean en 19 genes únicos) se usaron para cada 40 paciente con miositis. Los 19 genes incluían EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, MX1, OAS1, OAS2, OAS3, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 y USP18. Se calcula el cambio en veces entre pacientes

E09709316

04-02-2015

con miositis en el día 0 (predosis) y el promedio de 24 controles sanos normales. Entonces se calcula la mediana de estos 19 valores de cambios en veces para cada uno.

Resultados: La figura 10a proporciona la mediana de la sobreexpresión en veces de cada uno de los 19 genes

5 incluidos en la firma genética inducible por IFNα/β y la mediana global de cambio en veces en la firma genética inducible por IFNα/β para cada una de 10 muestras de músculo de pacientes con IBM. La figura 1b proporciona un gráfico de dispersión que ilustra la sobreexpresión de la firma genética inducible por IFNα/β en tejido muscular de cada paciente con IBM individual mostrado en la figura 10a. Aunque la firma genética inducible por IFNα/β se sobreexpresaba en muestras de músculo de pacientes tanto Jo1-como Jo1+, la sobreexpresión fue mayor en

10 muestras de músculo de pacientes Jo1-.

Ejemplo 5: miARN se regulan de manera diferencial en tejido muscular de pacientes con miositis en relación con tejido muscular de donantes sanos

15 Se midieron los niveles de miARN en tejido muscular en muestras obtenidas de 8 donantes sanos, 11 pacientes con DM y 10 pacientes con IBM.

Procesamiento de las muestras: Se procesaron muestras de tejido muscular con el kit de aislamiento de miARN mirVana (Ambion, Inc., Austin, TX) siguiendo el protocolo sugerido por los fabricantes. Se determinaron la pureza y

20 concentración de cada muestra espectrofotométricamente (260/280 nm). Se evaluó la calidad de la muestra mediante análisis en bioanalizador Agilent 2100 (Agilent Technologies, Inc. Santa Clara, CA).

RT múltiplex para panel de microARN humano de matriz TaqMan (Applied Biosystems, Foster City, CA): Se normalizaron muestras de ARN procesadas hasta una concentración de 25 ng/µl. Se transfirieron 4 µl de cada 25 muestra de ARN normalizada a pocillos individuales de una tira de microtubos de ocho tubos (4 µl x 8) que se habían puesto en hielo. Se añadieron 5 µl de mezcla maestra de RT enfriada con hielo a un pocillo que contenía los 4 µl de ARN normalizado. Cada 5 µl de mezcla maestra de RT contenían 0,2 µl de dNTP 100 mM, 2,0 µl de transcriptasa inversa MultiScribe (50 U/ml), 1,0 µl de tampón de transcripción inversa 10X, 0,125 µl de inhibidor de RNasa (20 U/µl) y 1,675 µl de agua libre de nucleasa que se había preparado en hielo. Se añadió un volumen de

30 1 µl de un conjunto de cebadores humanos de RT múltiplex (uno de cada uno de los conjuntos de cebadores n.º 1-8) a un microtubo correspondiente (microtubos 1-8)), dando como resultado un total de ocho reacciones de RT independientes por muestra de ARN. Los microtubos se taparon, se mezclaron suavemente y se centrifugaron brevemente. Entonces se incubaron todas las muestras de reacción en hielo durante al menos 5 minutos antes de realizarse el protocolo de síntesis de ADNc.

35 Se realizó el procedimiento de síntesis de ADNc en un termociclador Bio-Rad (Hercules, CA) Tetrad usando el siguiente perfil: 16ºC durante 30 minutos, 42ºC durante 30 minutos, 85ºC durante 5 minutos, se mantuvo a 4ºC. Tras la finalización de la reacción de síntesis de ADNc, se transfirieron todos los volúmenes de muestras (10 µl) a tubos individuales de microcentrífuga de 1,5 ml y se diluyeron 62,5 veces añadiendo 615 µl de agua libre de nucleasa. Se

40 mantuvieron todas las muestras en hielo hasta el procesamiento adicional.

Matriz de baja densidad TaqMan: En la preparación para el análisis en la matriz de baja densidad TaqMan de panel de microARN humano (TLDA) (Applied Biosystems, Foster City, CA), se combinaron 50 µl de reacción de RT diluida y 50 µl de mezcla maestra universal para PCR TaqMan (2X) (Applied Biosystems, Foster City, CA) en tubos de

45 microcentrífuga individuales de 1,5 ml. Los tubos de las muestras se taparon, se mezclaron suavemente y se centrifugaron brevemente. Se siguieron procedimientos convencionales para cargar la matriz y se ejecutó la matriz en un sistema de PCR en tiempo real rápido 7900HT (Applied Biosystems, Foster City, CA). Se realizó el análisis de datos de los valores de Ct resultantes con el software SDSv2.2.2 (Applied Biosystems, Foster City, CA).

50 Resultados: Los miARN estaban regulados de manera diferencial en músculo de pacientes tanto con DM como con IBM. Véanse las tablas 2-5. En las hojas de figuras se dan id de detector únicos, id de miARN y secuencias.

Tabla 2: miARN regulados por incremento de manera diferencial en muestras de músculo de pacientes con DM

Detector

Valor de p Cambio en veces

hsa-miR-21-4373090

0,042 2,141

hsa-miR-34b-4373037

0,046 34,091

hsa-miR-382-4373019

0,024 2,07

55 Tabla 3: miARN regulados por disminución de manera diferencial en muestras de músculo de pacientes con DM

Detector

Valor de p Cambio en veces

hsa-miR-1-4373161

0,022 0,413

E09709316

04-02-2015

hsa-miR-100-4373160

0,023 0,47

hsa-miR-101-4373159

0 0,381

hsa-miR-128b-4373170

0,012 0,287

hsa-miR-133a-4373142

0 0,225

hsa-miR-133b-4373172

0,006 0,471

hsa-miR-181c-4373115

0,019 0,407

hsa-miR-186-4373112

0,012 0,468

hsa-miR-193b-4373185

0,004 0,294

hsa-miR-22-4373079

0,007 0,445

hsa-miR-23a-4373074

0,008 0,494

hsa-miR-23b-4373073

0,016 0,374

hsa-miR-26b-4373069

0,038 0,491

hsa-miR-27a-4373287

0,008 0,384

hsa-miR-27b-4373068

0,013 0,253

hsa-miR-296-4373066

0,002 0,327

hsa-miR-29a-4373065

0,002 0,435

hsa-miR-29c-4373289

0 0,399

hsa-miR-30a-3p-4373062

0,029 0,402

hsa-miR-30a-5p-4373061

0,01 0,398

hsa-miR-30b-4373290

0,005 0,407

hsa-miR-30c-4373060

0,006 0,344

hsa-miR-30d-4373059

0,004 0,395

hsa-miR-30e-3p-4373057

0,011 0,331

hsa-miR-30e-5p-4373058

0,032 0,36

hsa-miR-324-5p-4373052

0,002 0,446

hsa-miR-328-4373049

0,032 0,436

hsa-miR-331-4373046

0,025 0,471

hsa-miR-340-4373041

0 0,445

hsa-miR-361-4373035

0,001 0,371

hsa-miR-365-4373194

0 0,304

hsa-miR-378-4373024

0,004 0,227

hsa-miR-422a-4373200

0,004 0,306

hsa-miR-423-4373015

0,031 0,416

hsa-miR-489-4373214

0,015 0,307

hsa-miR-491-4373216

0 0,384

hsa-miR-504-4373229

0,031 0,293

hsa-miR-518e-4373265

0,033 0,236

hsa-miR-594-4380958

0,047 0,442

hsa-miR-99a-4373008

0,016 0,445

Tabla 4: miARN regulados por incremento de manera diferencial en muestras de músculo de pacientes con IBM

imagen3

E09709316

04-02-2015

hsa-miR-127-4373147

0,001343696 2,383908732

hsa-miR-132-4373143

0,016749924 2,309908878

hsa-miR-146a-4373 132

4,77E-05 6,948265587

hsa-miR-155-4373124

0,018655052 12,97376751

hsa-miR-21-4373090

0,000174951 2,970268559

hsa-miR-214-4373085

0,012834402 2,089563254

hsa-miR-221-4373077

0,000213444 4,590059735

hsa-miR-222-4373076

5,61E-05 2,156256092

hsa-miR-299-5p-4373188

0,002824631 3,814890525

hsa-miR-31-4373190

0,011811928 4,216344588

hsa-miR-323-4373054

0,005094215 4,026315243

hsa-miR-34a-4373278

0,026043587 3,074758212

hsa-miR-34b-4373037

0,006396276 47,2379796

hsa-miR-376a-4378104

0,027686874 2,592096707

hsa-miR-382-4373019

6,05E-05 3,002877696

Tabla 5: miARN regulados por disminución de manera diferencial en muestras de músculo de pacientes con IBM

Detector

Valor de p Cambio en veces

hsa-let-7a-4373169

0,000261495 0,461940063

hsa-let-7d-4373166

0,000519994 0,449301892

hsa-let-7f-4373164

0,004942999 0,275220876

hsa-let-7g-4373163

0,003108841 0,479827561

hsa-miR-1-4373161

0,0089026 0,151102573

hsa-miR-101-4373159

4,99E-06 0,242569835

hsa-miR-126-4373269

0,042276687 0,45132497

hsa-miR-128b-4373170

0,014270087 0,160708669

hsa-miR-133a-4373142

5,99E-05 0,200538744

hsa-miR-133b-4373172

2,25E-08 0,238646208

hsa-miR-181c-4373115

0,019419918 0,420494392

hsa-miR-186-4373112

0,016570765 0,488720432

hsa-miR-190-4373110

0,011508084 0,366253183

hsa-miR-193b-4373185

0,005790023 0,19249679

hsa-miR-196b-4373103

0,024105127 0,375328485

hsa-miR-197-4373102

0,022613224 0,479233993

hsa-miR-19a-4373099

0,042678905 0,45412976

hsa-miR-20a-4373286

0,009776077 0,4466972

hsa-miR-22-4373079

0,004224752 0,263087054

hsa-miR-23b-4373073

0,0146826 0,359600816

hsa-miR-26a-4373070

0,005930571 0,39550998

hsa-miR-26b-4373069

0,033096249 0,443882937

hsa-miR-27b-4373068

0,015743098 0,297783418

hsa-miR-296-4373066

0,001194699 0,298589928

E09709316

04-02-2015

hsa-miR-29a-4373065

0,001349097 0,336664818

hsa-miR-29c-4373289

2,52E-09 0,238818173

hsa-miR-30a-3p-4373062

0,017730482 0,229143827

hsa-miR-30a-5p-4373061

0,006268296 0,257975023

hsa-miR-30b-4373290

0,004246722 0,274619234

hsa-miR-30c-4373060

0,005198547 0,281971024

hsa-miR-30d-4373059

0,002285223 0,241803139

hsa-miR-30e-3p-4373057

0,010367212 0,2350075

hsa-miR-30e-5p-4373058

0,020271038 0,244720048

hsa-miR-32-4373056

0,019282796 0,385941654

hsa-miR-328-4373049

0,022423378 0,370315868

hsa-miR-331-4373046

0,016552922 0,372139854

hsa-miR-340-4373041

5,05E-05 0,441742765

hsa-miR-345-4373039

0,04317298 0,422795116

hsa-miR-361-4373035

0,002496089 0,377110989

hsa-miR-365-4373194

0,000215304 0,21743854

hsa-miR-374-4373028

0,042460027 0,4973205

hsa-miR-378-4373024

0,003719421 0,233224009

hsa-miR-422a-4373200

0,003828686 0,171239493

hsa-miR-423-4373015

0,022144073 0,35633136

hsa-miR-486-4378096

0,01445536 0,345595073

hsa-miR-491-4373216

6,63E-06 0,34787378

hsa-miR-504-4373229

0,027141237 0,237911164

hsa-miR-518e-4373265

0,030022387 0,147803021

hsa-miR-594-4380958

0,022205513 0,250995551

hsa-miR-616-4380992

0,043443863 0,235726158

hsa-miR-92-4373013

0,041324118 0,347364092

hsa-miR-95-4373011

0,00098202 0,187541196

hsa-miR-98-4373009

0,004874227 0,322319097

hsa-miR-99a-4373008

0,026616112 0,499299362

Debido a esta regulación diferencial, pueden ser útiles miARN en el diagnóstico, pronóstico, tratamiento y/o estratificación de pacientes con miositis.

Claims (5)

1. E09709316

   04-02-2015

   REIVINDICACIONES

   1. Método de monitorización de la progresión de la miositis de un paciente que recibe tratamiento con un agente

   terapéutico, que comprende: 5

   (i)

   obtener un primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα en una primera muestra del paciente,

   (ii)

   obtener un segundo perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα en una segunda muestra del paciente

   tras haberse administrado un agente terapéutico, y 10

   (iii) comparar los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNα;

   en el que el perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα se basa en la regulación por incremento de la expresión de los siguientes genes IFI27, IFI44, IFI44L y RSA02; y

   15 en el que una varianza en los perfiles de expresión primero y segundo de marcador PD inducible por IFNα indica un nivel de eficacia del agente terapéutico,

   en el que la varianza es una disminución en la expresión regulada por incremento del gen. 20
2. 2. Método según la reivindicación 1, en el que el agente terapéutico es un anticuerpo que se une a y modula la actividad de IFNα.
3. 3. Método según la reivindicación 1, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα se 25 obtiene antes de la administración del agente terapéutico.
4. 4. Método según la reivindicación 1, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα se obtiene en el momento de la administración del agente terapéutico.

   30 5. Método según la reivindicación 1, en el que la primera y segunda muestra son sangre completa, músculo o suero.
5. 6. Método según la reivindicación 1, en el que el primer perfil de expresión de marcador PD inducible por IFNα

   comprende una puntuación moderada de firma genética inducible por IFNαo IFN de tipo 1.

   35 7. Método según la reivindicación 1, en el que la puntuación moderada es una puntuación mayor de o igual a 4 pero menor de 10.

   30