ES2552535T3 - Sistemas de CRISPR-Cas y métodos para alterar la expresión de productos génicos - Google Patents

Sistemas de CRISPR-Cas y métodos para alterar la expresión de productos génicos Download PDF

Info

Publication number
ES2552535T3
ES2552535T3 ES13824232.6T ES13824232T ES2552535T3 ES 2552535 T3 ES2552535 T3 ES 2552535T3 ES 13824232 T ES13824232 T ES 13824232T ES 2552535 T3 ES2552535 T3 ES 2552535T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
sequence
crispr
target
tracr
cell
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES13824232.6T
Other languages
English (en)
Inventor
Feng Zhang
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Massachusetts Institute of Technology
Broad Institute
Original Assignee
Massachusetts Institute of Technology
Broad Institute
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=50441380&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=ES2552535(T3) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Massachusetts Institute of Technology, Broad Institute filed Critical Massachusetts Institute of Technology
Application granted granted Critical
Publication of ES2552535T3 publication Critical patent/ES2552535T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
    • C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
    • C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
    • C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
    • C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
    • C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases [RNase]; Deoxyribonucleases [DNase]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases [RNase]; Deoxyribonucleases [DNase]
    • C12N9/222—Clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPR]-associated [CAS] enzymes
    • C12N9/226—Class 2 CAS enzyme complex, e.g. single CAS protein
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/96—Stabilising an enzyme by forming an adduct or a composition; Forming enzyme conjugates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
    • A61K38/46—Hydrolases (3)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
    • A61K38/46—Hydrolases (3)
    • A61K38/47—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2), e.g. cellulases, lactases
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1082—Preparation or screening gene libraries by chromosomal integration of polynucleotide sequences, HR-, site-specific-recombination, transposons, viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/30—Vector systems comprising sequences for excision in presence of a recombinase, e.g. loxP or FRT
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/80—Vectors containing sites for inducing double-stranded breaks, e.g. meganuclease restriction sites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/90—Vectors containing a transposable element
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • C12N9/50—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
    • C12N9/52—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from bacteria or Archaea

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)

Abstract

Un sistema vector asociado a CRISPR - Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas (CRISPR) (Cas) (CRISPR-Cas) que no se encuentran en la naturaleza, de ingeniería, que comprende uno o más vectores que comprenden: a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una o más secuencias de nucleótidos que codifican uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota, donde el ARN guía comprende una secuencia guía, una secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr, b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de nucleótidos que codifica una proteína Cas9 de Tipo II, comprendiendo dicha proteína una secuencia de localización nuclear (NLS); en el que los componentes (a) y (b) están situados en los mismos vectores o diferentes vectores del sistema, en el que la secuencia tracr tiene una longitud de 30 o más nucleótidos, y según lo cual uno o más ARN guía fijan como objetivo los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota y la proteína Cas9 escinde los sitios de los polinucleótidos, según lo cual se modifica la secuencia de los sitios de los polinucleótidos; y en el que la proteína Cas9 y uno o más ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza.

Description

imagen1
DESCRIPCIÓN
Sistemas de CRISPR-Cas y métodos para alterar la expresión de productos génicos
Campo de la invención
La presente invención se refiere en general a sistemas, métodos y composiciones usados para el control de la
5 expresión de genes que implica fijar como objetivo una secuencia, tal como perturbación del genoma o edición de genes, que pueden usar sistemas vector relacionados con Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas (CRISPR, por sus siglas en inglés) y componentes de los mismos.
Informe en cuanto a investigación patrocinada federalmente
Esta invención se realizó con soporte del gobierno otorgado por el Pioneer Award del NIH, Institutos Nacionales de 10 Salud, DP1MH100706. El gobierno tiene ciertos derechos en la invención.
Antecedentes de la invención
Los recientes avances en las técnicas de secuenciación del genoma y métodos de análisis han acelerado significativamente la capacidad para catalogar y cartografiar factores genéticos asociados a un diverso intervalo de funciones biológicas y enfermedades. Se requieren tecnologías precisas para fijar como objetivo genoma para 15 permitir la ingeniería inversa sistemática de variaciones genéticas causales permitiendo la perturbación selectiva de elementos genéticos individuales, así como avanzar las aplicaciones de la biología sintética, biotecnológicas y médicas. Aunque están disponibles técnicas de edición de genoma tales como dedos de cinc diseñadores, efectores del tipo activador de la transcripción (los TALE, por sus siglas en inglés) o meganucleasas de migración para producir perturbaciones del genoma fijado como objetivo, sigue existiendo la necesidad de nuevas tecnologías de
20 ingeniería del genoma que tengan un precio asequible, fáciles de montar, escalables y susceptibles de fijar como objetivo múltiples posiciones dentro del genoma eucariota.
Sumario de la invención
Existe una necesidad apremiante de sistemas y técnicas alternativos y robustos para fijar como objetivo secuencias con una amplia serie de aplicaciones. Esta invención estudia esta necesidad y proporciona ventajas relacionadas. El 25 CRISPR/Cas o el sistema CRISPR-Cas (ambos términos se usan de manera intercambiable por toda esta solicitud) no requiere la generación de proteínas personalizadas para secuencias específicas fijadas como objetivo sino más bien se puede programar una enzima Cas única mediante una molécula de ARN corta para reconocer un objetivo de ADN específico, en otras palabras la enzima Cas se puede reclutar para un objetivo de ADN específico usando dicha molécula de ARN corta. Añadir el sistema CRISPR-Cas al repertorio de técnicas de secuenciación del genoma
30 y métodos de análisis puede simplificar de manera significativa la metodología y acelerar la capacidad para catalogar y cartografiar factores genéticos asociados a un diverso intervalo de funciones biológicas y enfermedades. Para utilizar el sistema CRISPR-Cas de manera eficaz para editar genoma sin efectos perjudiciales, es crítico comprender aspectos de ingeniería y optimización de estas herramientas de ingeniería del genoma, que son aspectos de la presente descripción.
35 De acuerdo con la presente invención, se proporciona un sistema vector de CRISPR-Cas de ingeniería que no se encuentra en la naturaleza de acuerdo con la reivindicación 1. En la invención se describen aspectos adicionales en las reivindicaciones dependientes. La invención también proporciona los usos del sistema de acuerdo con las reivindicaciones 13 a 15.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para alterar o modificar la expresión de uno o más productos
40 génicos que puede comprender introducir en una célula que contiene y expresa moléculas de ADN que codifican uno o más de los productos génicos, un sistema CRISPR-Cas de ingeniería que no se encuentra en la naturaleza, que puede comprender una proteína Cas y uno o más ARN guía que tienen como objetivo moléculas de ADN, donde uno o más ARN guía tienen como objetivo los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más
45 productos génicos, de esta manera la expresión de uno o más productos génicos se altera o modifica; y donde la proteína Cas y el ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La descripción abarca que la expresión de dos
o más productos génicos se puede alterar o modificar. La descripción además abarca que el ARN guía comprende una secuencia guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la 50 célula de mamífero es una célula humana. La descripción también abarca que la proteína Cas puede comprender una o más señales de localización nuclear (NLS, por sus siglas en inglés). En algunas realizaciones, la proteína Cas es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. El algunas realizaciones, la proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de estos organismos. La proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En
55 algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para su expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La descripción abarca que la introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
imagen2
En otro aspecto, la descripción proporciona un método para alterar o modificar la expresión de uno o más productos génicos que comprende introducir en una célula que contiene y expresa moléculas de ADN que codifican uno o más 5 productos génicos un sistema vector de ingeniería que no está presente en la naturaleza que puede comprender uno
o más vectores que comprenden: a) un primer elemento regulador unido de manera operable a uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una proteína Cas, donde los componentes (a) y (b) se localizan en los mismos vectores del sistema o diferentes, en el 10 que los ARN guía tienen como objetivo los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, y de esta manera se altera o modifica la expresión de uno o más productos génicos; y, donde la proteína Cas y los ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La descripción abarca que la expresión de dos o más productos génicos se puede alterar o modificar. La descripción además abarca que el ARN guía 15 comprende una secuencia guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la célula de mamífero es una célula humana. La descripción también abarca que los vectores del sistema pueden comprender además una o más NLS. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones la 20 proteína Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de esos organismos. La proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia diana. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La descripción abarca que la
25 introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
La invención proporciona un sistema vector de ingeniería que no está presente la naturaleza de acuerdo con la reivindicación 1 que puede comprender uno o más vectores que comprenden: a) un primer elemento regulador unido de manera operable a uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los 30 sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una proteína Cas, donde los componentes (a) y (b) se localizan en los mismos vectores del sistema o diferentes, en el que los ARN guía tienen como objetivo los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos en una célula y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, y de esta manera se altera o 35 modifica la expresión de uno o más productos génicos; y, donde la proteína Cas y los ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La invención abarca que la expresión de dos o más productos génicos se puede alterar o modificar. La invención además abarca que el ARN guía comprende una secuencia guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la célula de mamífero es una célula humana. La 40 invención también abarca que los vectores del sistema pueden comprender además una o más NLS. La proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de esos organismos. La proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la
45 secuencia diana. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La invención abarca que la introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
En otro aspecto más, la descripción proporciona un sistema de CRISPR-Cas de ingeniería, programable que no está presente en la naturaleza que puede comprender una proteína Cas y uno o más ARN guía que tienen como objetivo 50 los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos en una célula y la proteína Cas escinde los sitios genómicos de las moléculas de ADN que codifican uno o más productos génicos, de manera que se altera o modifica la expresión de uno o más productos génicos; y donde la proteína Cas y los ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza. La descripción abarca que la expresión de dos o más productos génicos se puede alterar o modificar. La descripción además abarca que el ARN guía comprende una secuencia 55 guía fusionada a una secuencia tracr. En una realización preferida, la célula es una célula eucariota, en una realización más preferida, la célula es una célula de mamífero y en una realización aún más preferida, la célula de
imagen3
mamífero es una célula humana. La invención también abarca que el sistema CRISPR-Cas puede comprender además una o más NLS. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la proteína Cas es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas9 es Cas9 de
S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutadas derivadas de esos organismos. La
5 proteína puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la proteína Cas dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia diana. En un aspecto adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye y el producto génico es una proteína. La invención abarca que la introducción en la célula se realiza mediante un sistema de suministro que puede comprender partículas víricas, liposomas, electroporación, microinyección o conjugación.
En un aspecto, la descripción proporciona un sistema vector que comprende uno o más vectores. En algunas realizaciones, el sistema comprende: (a) un primer elemento regulador ligado de manera operable a una secuencia de emparejado tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una o más secuencias guía aguas arriba de la secuencia de emparejado tracr, en la que cuando se expresa, la secuencia guía se dirige a unión específica de 15 secuencias de un complejo CRISPR a una secuencia fijada como objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia fijada como objetivo y (2) la secuencia de emparejado tracr que se hibrida a la secuencia tracr y (b) un segundo elemento regulador ligado de manera operable a una secuencia codificadora de enzimas que codifica dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear; en el que los componentes (a) y (b) están situados en los mismos vectores o diferentes del sistema. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además la secuencia tracr aguas abajo de la secuencia de emparejamiento tracr bajo el control del primer elemento regulador. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además dos o más secuencias guía ligadas de manera operable al primer elemento regulador, en el que cuando se expresan, cada una de las dos o más secuencias guía dirige unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo diferente 25 en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el sistema comprende la secuencia tracr bajo el control de un tercer elemento regulador, tal como un activador de polimerasa III. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejado tracr cuando se alinean de manera óptima. La determinación de la alineación óptima está comprendida en las competencias del experto en la técnica. Por ejemplo, existen algoritmos de alineación y programas comercializados y públicos tales como, sin carácter limitante, Clustal W, Smith-Waterman en matlab, Bowtie, Geneious, Biopython y SeqMan. En algunas realizaciones, el complejo CRISPR comprende una
o más secuencias de localización nuclear de suficiente fortaleza para conducir la acumulación de dicho complejo CRISPR en una cantidad detectable en el núcleo de una célula eucariota. Sin desear estar ligados por la teoría, se cree que una secuencia de localización nuclear no es necesariamente para actividad del complejo CRISPR en 35 eucariotas, sino que incluyendo tales secuencias se mejora la actividad del sistema, especialmente en cuanto a moléculas de ácido nucleico fijadas como objetivo en el núcleo. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima Cas9. En algunas realizaciones, la enzima Cas9 es Cas9 S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutada derivada de estos organismos. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es codón-optimizada para expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, el primer elemento regulador es un activador de la polimerasa III. En algunas realizaciones, el segundo elemento regulador es un activador de la polimerasa II. En algunas realizaciones, la secuencia guía tiene al menos 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25 nucleótidos o entre 10-30 o entre 15-25 o entre 15-20 nucleótidos de longitud. En 45 general y por toda esta memoria descriptiva, el término "vector" se refiere a una molécula de ácido nucleico capaz de transportar otro ácido nucleico al que se ha unido. Los vectores incluyen, pero no se limitan a, moléculas de ácido nucleico que son monocatenarias, bicatenarias o parcialmente bicatenarias; moléculas de ácido nucleico que comprenden uno o más extremos libres, ningún extremo libre (por ejemplo, circular); moléculas de ácido nucleico que comprenden ADN, ARN o ambos y otras variedades de polinucleótidos conocidos en la técnica. Un tipo de vector es un "plásmido", que se refiere a un bucle de ADN de doble cadena circular en que se pueden insertar segmentos de ADN adicionales, tal como por técnicas de clonación molecular clásicas. Otro tipo de vector es un vector vírico, en el que están presentes secuencias de ADN o ARN derivadas víricamente en el vector para empaquetamiento en un virus (por ejemplo, retrovirus, retrovirus de replicación defectuosa, adenovirus, adenovirus de replicación defectuosa y virus adenoasociados). Los vectores víricos también incluyen polinucleótidos soportados
55 por un virus para transinfección a una célula huésped. Algunos vectores son capaces de replicación autónoma en una célula huésped en que se introducen (por ejemplo, vectores bacterianos con un origen bacteriano de replicación y vectores de mamífero episomales). Otros vectores (por ejemplo, vectores de mamíferos no episomales) se integran en el genoma de una célula huésped en la introducción en la célula huésped y se replican de ese modo junto con el genoma huésped. Por otra parte, algunos vectores son capaces de dirigir la expresión de los genes a los que están unidos de manera operativa. Dichos vectores se refieren en la presente memoria como "vectores de expresión". Los vectores de expresión comunes de utilidad en técnicas de ADN recombinante están con frecuencia en la forma de plásmidos.
Los vectores de expresión recombinantes pueden comprender un ácido nucleico de la descripción en una forma adecuada para expresión del ácido nucleico en una célula huésped, que significa que los vectores de expresión recombinantes incluyen uno o más elementos reguladores, que se pueden seleccionar sobre la base de las células huésped que se tienen que usar para expresión, que están unidos de manera operativa a la secuencia de ácidos nucleicos que se tiene que expresar. En un vector de expresión recombinante, "unido de manera operable" significa que la secuencia de nucleótidos de interés está unida al elemento o a los elementos reguladores de una manera que
imagen4
5 permite la expresión de la secuencia de nucleótidos (por ejemplo, en un sistema de transcripción/traducción in vitro o en una célula huésped cuando el vector se introduce en la célula huésped).
Se pretende que el término "elemento regulador" incluya activadores, potenciadores, sitios de entrada de ribosomas internos (IRES, por sus siglas en inglés) y otros elementos de control de la expresión (por ejemplo, señales de terminación de la transcripción, tales como señales de poliadenilación y secuencias poli-U). Tales elementos 10 reguladores se describen, por ejemplo, en Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1.990). Los elementos reguladores incluyen aquellos que dirigen la expresión constitutiva de una secuencia de nucleótidos en muchos tipos de célula huésped y aquellos que dirigen la expresión de la secuencia de nucleótidos sólo en ciertas células huésped (por ejemplo, secuencias reguladoras específicas del tejido). Un activador específico del tejido puede dirigir la expresión principalmente en un 15 tejido deseado de interés, tal como músculo, neurona, hueso, piel, sangre, órganos específicos (por ejemplo, hígado, páncreas) o tipos de células particulares (por ej., linfocitos). Los elementos reguladores también pueden dirigir la expresión de una manera dependiente temporal, tal como de una manera dependiente del ciclo celular o dependiente de la fase de desarrollo, que puede ser o no también específica del tejido o del tipo de célula. En algunas realizaciones, un vector comprende uno o más activadores de pol III (por ej., 1, 2, 3, 4, 5 o más activadores 20 de pol III), uno o más activadores de pol II (por ej., 1, 2, 3, 4, 5 o más activadores de pol II), uno o más activadores de pol I (por ej., 1, 2, 3, 4, 5 o más activadores de pol I) o combinaciones de los mismos. Ejemplos de activadores de pol III incluyen, pero no se limitan a, activadores U6 y H1. Ejemplos de activadores de pol II incluyen, pero no se limitan a, el activador LTR del virus del sarcoma de Rous (RSV, por sus siglas en inglés) retrovírico (opcionalmente con el potenciador de RSV), el activador de citomegalovirus (CMV) (opcionalmente con el estimulador de CMV) 25 [véase, por ej., Boshart et al, Cell, 41: 521-530 (1.985)], el activador de SV40, el activador de dihidrofolato reductasa, el activador de β-actina, el activador de fosfoglicerol kinasa (PGK, por sus siglas en inglés) y el activador de EF1α. También están incluidos en el término "elemento regulador" los elementos estimuladores, tales como WPRE; estimuladores de CMV; el segmento R-U5' en LTR de HTLV-1 (Mol. Cell. Biol., Vol. 8 (1), pág. 466-472, 1.988); estimulador de SV40 y la secuencia del intrón entre los exones 2 y 3 de β-globina de conejo (Proc. Natl. Acad. Sci. 30 USA., Vol. 78 (3), pág. 1.527-31, 1.981). Se apreciará por los expertos en la materia que el diseño del vector de expresión puede depender de factores tales como la elección de la célula huésped que se tiene que transformar, el nivel de expresión deseado, etc. Se puede introducir un vector en células huésped para producir de ese modo transcritos, proteínas o péptidos, incluyendo proteínas o péptidos de fusión, codificados por ácidos nucleicos como se describe en la presente memoria (por ejemplo, transcritos de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y
35 regularmente interespaciadas (CRISPR), proteínas, enzimas, formas mutantes de los mismos, proteínas de fusión de los mismos, etc.).
Vectores ventajosos incluyen lentivirus y virus adenoasociados y también se pueden seleccionar tipos de tales vectores para fijar como objetivo tipos particulares de células.
En un aspecto, la descripción proporciona una célula eucariota huésped que comprende: (a) un primer elemento
40 regulador unido de manera operable a una secuencia de emparejamiento tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una o más secuencias guía aguas arriba de la secuencia de emparejamiento tracr, en la que cuando se expresa, la secuencia guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a
45 la secuencia tracr y/o (b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica a dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear. En algunas realizaciones, la célula huésped comprende los componentes (a) y (b). En algunas realizaciones, el componente (a), el componente (b) o los componentes (a) y (b) están integrados de manera estable en un genoma de la célula eucariota huésped. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además la secuencia tracr aguas abajo
50 de la secuencia de emparejamiento tracr bajo el control del primer elemento regulador. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además dos o más secuencias guía unidas de manera operable al primer elemento regulador, en el que cuando se expresan, cada una de las dos o más secuencias guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo diferente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la célula huésped eucariota comprende además un tercer elemento regulador, tal como un activador
55 de la polimerasa III, unido de manera operable a una dicha secuencia tracr. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejamiento tracr cuando se alinean de manera óptima. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es codón-optimizada para expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o dos hebras en la
60 posición de la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR carece de actividad de escisión de la hebra de ADN. En algunas realizaciones, el primer elemento regulador es un activador de la polimerasa III. En algunas realizaciones, el segundo elemento regulador es un activador de la polimerasa II. En algunas realizaciones, la secuencia guía es al menos 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25 nucleótidos o entre 10-30 o entre 15-25 o entre 15-20 nucleótidos de longitud. En un aspecto, la descripción proporciona un organismo eucariota no humano; preferiblemente un organismo eucariota multicelular, que comprende una célula eucariota huésped según cualquiera de las realizaciones descritas. En otros aspectos, la descripción proporciona un organismo eucariota; preferiblemente un organismo eucariota multicelular, que comprende una célula eucariota huésped según cualquiera
imagen5
5 de las realizaciones descritas. El organismo en algunas realizaciones de estos aspectos puede ser un animal; por ejemplo un mamífero. También, el organismo puede ser un artrópodo tal como un insecto. El organismo puede también ser una planta. Además, el organismo puede ser un hongo.
En un aspecto, la descripción proporciona un estuche que comprende uno o más de los componentes descritos en la presente memoria. En algunas realizaciones, el estuche comprende un sistema vector e instrucciones para usar el 10 estuche. En algunas realizaciones, el sistema vector comprende: (a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de emparejamiento tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una o más secuencias guía aguas arriba de la secuencia de emparejamiento tracr, en el que cuando se expresan, la secuencia guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia fijada como objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia 15 guía que se hibrida a la secuencia objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr y/o (b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear. En algunas realizaciones, el estuche comprende los componentes (a) y (b) situados en los mismos vectores del sistema o diferentes. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además la secuencia tracr aguas abajo de la secuencia de 20 emparejamiento tracr bajo el control del primer elemento regulador. En algunas realizaciones, el componente (a) comprende además dos o más secuencias guía unidas de manera operable al primer elemento regulador, en el que cuando se expresan, cada una de las dos o más secuencias guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo diferente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el sistema comprende además un tercer elemento regulador, tal como un activador de la polimerasa III, unido de manera 25 operable a dicha secuencia tracr. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejamiento tracr cuando se alinea de manera óptima. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR comprende una o más secuencias de localización nuclear de suficiente fortaleza para conducir la acumulación de dicha enzima CRISPR en una cantidad detectable en el núcleo de una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima 30 CRISPR es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima Cas9. En algunas realizaciones, la enzima Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 mutada procedente de estos organismos. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es codón-optimizada para expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo. En
35 algunas realizaciones, la enzima CRISPR carece de actividad de escisión de la hebra de ADN. En algunas realizaciones, el primer elemento regulador es un activador de la polimerasa III. En algunas realizaciones, el segundo elemento regulador es un activador de la polimerasa II. En algunas realizaciones, la secuencia guía es al menos 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25 nucleótidos o entre 10-30 o entre 15-25 o entre 15-20 nucleótidos de longitud.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para modificar un polinucleótido objetivo en una célula
40 eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que se una un complejo CRISPR al polinucleótido objetivo para efectuar la escisión de dicho polinucleótido objetivo modificando de ese modo el polinucleótido objetivo, en el que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía se transcribe a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido objetivo, en el que dicha secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez se transcribe a una
45 secuencia tracr. En algunas realizaciones, dicha escisión comprende escindir una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo mediante dicha enzima CRISPR. En algunas realizaciones, dicha escisión da como resultado la transcripción disminuida de un gen objetivo. En algunas realizaciones, el método comprende además reparar dicho polinucleótido objetivo escindido por recombinación homóloga con un polinucleótido exógeno de plantilla, en el que dicha reparación da como resultado una mutación que comprende una inserción, supresión o sustitución de uno o
50 más nucleótidos de dicho polinucleótido objetivo. En algunas realizaciones, dicha mutación da como resultado uno o más cambios de aminoácido en una proteína expresada de un gen que comprende la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, el método comprende además suministrar uno o más vectores a dicha célula eucariota, en el que uno o más vectores conducen la expresión de uno o más de: la enzima CRISPR, la secuencia guía ligada a la secuencia de emparejamiento tracr y la secuencia tracr. En algunas realizaciones, dichos vectores se suministran a
55 la célula eucariota en un individuo. En algunas realizaciones, dicha modificación tiene lugar en dicha célula eucariota en un cultivo celular. En algunas realizaciones, el método comprende además aislar dicha célula eucariota de un individuo antes de dicha modificación. En algunas realizaciones, el método comprende además devolver dicha célula y/o células eucariotas procedentes de ahí a dicho individuo.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para modificar la expresión de un polinucleótido en una célula
60 eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que un complejo CRISPR se una al polinucleótido de manera que dicha unión dé como resultado la expresión aumentada o disminuida de dicho polinucleótido; en el que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía se transcribe a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido, en el que dicha secuencia guía
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez se transcribe a una secuencia tracr. En algunas realizaciones, el método comprende además suministrar uno o más vectores a dichas células eucariotas, en el que uno o más vectores conducen la expresión de una o más de: la enzima CRISPR, la secuencia guía ligada a la secuencia de emparejamiento tracr y la secuencia tracr.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para generar una célula eucariota modelo que comprende un gen mutado de la enfermedad. En algunas realizaciones, un gen de la enfermedad es cualquier gen asociado a un aumento del riesgo de tener o desarrollar una enfermedad. En algunas realizaciones, el método comprende (a) introducir uno o más vectores en una célula eucariota, en la que uno o más vectores conducen la expresión de uno o más de: una enzima CRISPR, una secuencia guía ligada a una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr y (b) permitir que un complejo CRISPR se una a un polinucleótido objetivo para efectuar la escisión del polinucleótido objetivo dentro de dicho gen de la enfermedad, en el que el complejo CRISPR comprende la enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo dentro del polinucleótido objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr, generando de ese modo una célula eucariota modelo que comprende un gen mutado de la enfermedad. En algunas realizaciones, dicha escisión comprende escindir una o dos hebras en la posición de la secuencia objetivo mediante dicha enzima CRISPR. En algunas realizaciones, dicha escisión da como resultado la transcripción disminuida de un gen objetivo. En algunas realizaciones, el método comprende además reparar dicho polinucleótido objetivo escindido por recombinación homóloga con un polinucleótido exógeno de plantilla, en el que dicha reparación da como resultado una mutación que comprende una inserción, supresión o sustitución de uno o más nucleótidos de dicho polinucleótido objetivo. En algunas realizaciones, dicha mutación da como resultado uno o más cambios de aminoácido en una expresión de proteína de un gen que comprende la secuencia objetivo.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para desarrollar un agente biológicamente activo que module un caso de señalización celular asociado a un gen de la enfermedad. En algunas realizaciones, un gen de la enfermedad es cualquier gen asociado a un aumento del riesgo de tener o desarrollar una enfermedad. En algunas realizaciones, el método comprende (a) poner en contacto un compuesto de ensayo con una célula modelo de una cualquiera de las realizaciones descritas y (b) detectar un cambio en una lectura que sea indicativo de una reducción
o un aumento del caso de señalización celular asociado a dicha mutación en dicho gen de la enfermedad, desarrollando de ese modo dicho agente biológicamente activo que module dicho caso de señalización celular asociado a dicho gen de la enfermedad.
En un aspecto, la descripción proporciona un polinucleótido recombinante que comprende una secuencia guía aguas arriba de una secuencia de emparejamiento tracr, en el que la secuencia guía cuando se expresa dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una correspondiente secuencia objetivo presente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo es una secuencia vírica presente en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo es un proto-oncogén o un oncogén.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para seleccionar una o más células por introducción de una o más mutaciones en un gen en una o más células, comprendiendo el método: introducir uno o más vectores en la célula o las células, en las que uno o más vectores conducen la expresión de uno o más de: una enzima CRISPR, una secuencia guía ligada a una secuencia de emparejamiento tracr, una secuencia tracr y una plantilla de edición; en la que la plantilla de edición comprende una o más mutaciones que anula la escisión de la enzima CRISPR; permitir la recombinación homóloga de la plantilla de edición con el polinucleótido objetivo en la célula o las células que se tienen que seleccionar; permitir que un complejo CRISPR se una a un polinucleótido objetivo para efectuar la escisión del polinucleótido objetivo dentro de dicho gen, en el que el complejo CRISPR comprende la enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo dentro del polinucleótido objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr, en la que la unión del complejo CRISPR al polinucleótido objetivo induce la muerte celular, permitiendo de ese modo que se seleccione una o más células en que se han introducido una o más mutaciones. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una enzima del sistema CRISPR de tipo II. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es una proteína Cas9. En algunas realizaciones, la proteína Cas9 es Cas9 de S. pneumoniae, S. pyogenes o S. thermophilus y puede incluir Cas9 derivadas de esos organismos. La enzima puede ser un homólogo u ortólogo de Cas9. En algunas realizaciones, la enzima es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota. En algunas realizaciones, la enzima dirige la escisión de una o dos hebras en la posición de la secuencia diana. En una realización preferida, la enzima CRISPR es Cas9. En otra realización preferida de la descripción, la célula que se tiene que seleccionar puede ser una célula eucariota. Los aspectos de la descripción permiten la selección de células específicas sin que se requiera un marcador de selección o un procedimiento de dos etapas que pueda incluir un sistema de contraselección.
Los aspectos de la invención abarcan la inactivación génica específica del sitio en el genoma endógeno: la presente invención presenta ventajas respecto a la utilización de las tecnologías de nucleasas específicas del sitio basadas en dedos de zinc y los efectores TAL ya que no requiere un diseño elaborado y se puede utilizar para inactivar simultáneamente múltiples genes dentro del mismo genoma. En un aspecto adicional, la invención abarca la edición genómica específica del sitio. La presente invención presenta ventajas respecto a la utilización de nucleasas o recombinasas específicas del sitio naturales o artificiales ya que puede ser capaz de introducir dobles roturas de cadena específicas del sitio para facilitar la recombinación homóloga en los sitios genómicos objetivo. En otro 7 5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
aspecto, la invención abarca la interferencia de ADN específica de la secuencia. La invención se puede utilizar para inactivar el genoma de organismos dañinos basados en ADN, tales como microbios, virus o incluso células cancerosas, introduciendo directamente roturas en sitios específicos en el genoma de estos organismos. La invención proporciona métodos y composiciones para la ingeniería genómica multiplexada ya que el sistema CRISPR-Cas de la invención se puede dirigir fácilmente a múltiples sitios en el genoma mediante la utilización de múltiples secuencias guía o elementos espaciadores CRISPR específicos de la secuencia.
Breve descripción de los dibujos
Se tendrá un mejor entendimiento de las características y ventajas de la presente invención por referencia a la siguiente descripción detallada que explica realizaciones ilustrativas, en que se utilizan los principios de la invención, y los dibujos adjuntos de los que:
La Figura 1 muestra un modelo esquemático del sistema CRISPR. La nucleasa Cas9 de Streptococcus pyogenes (amarillo) se fija como objetivo para ADN genómico por un ARN guía sintético (ARNsg) que consiste en una secuencia guía de 20-nt (azul) y un andamio (rojo). Los pares de bases de la secuencia guía con el ADN objetivo (azul), directamente aguas arriba de una unidad adyacente protoespaciadora (PAM, por sus siglas en inglés; magenta) 5'-NGG requisito y Cas9 media una doble rotura de cadena (DSB, por sus siglas en inglés) ~3 pb aguas arriba de la PAM (triángulo rojo).
La Figura 2A-F muestra un sistema CRISPR ejemplar, un posible mecanismo de acción, una adaptación de ejemplo para la expresión en células eucariotas y los resultados de los ensayos que evalúan la localización nuclear y la actividad de CRISPR. La Figura 2C describe las SEQ ID NOS 23-24, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 2E describe las SEQ ID NOS 25-27, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 2F describe las SEQ ID NOS 28-32, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 3A-D muestra los resultados de una evaluación de la especificidad de SpCas9 por un objetivo de ejemplo. La Figura 3A describe las SEQ ID NOS 33, 26 y 34-44, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 3C describe la SEQ ID NO: 33.
La Figura 4A-G muestra un sistema vector ejemplar y los resultados de su uso para dirigir la recombinación homóloga en células eucariotas. La Figura 4E describe la SEQ ID NO: 45. La Figura 4F describe las SEQ ID NOS 46-47, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 4G describe las SEQ ID NOS 48-52, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 5 proporciona una tabla de secuencias protoespaciadoras (SEQ ID NOS 16, 15, 14, 53-58,18, 17 y 59-63, respectivamente, en orden de aparición) y resume los resultados de la eficacia de la modificación para protoespaciadores objetivo diseñados basándose en sistemas CRISPR ejemplares de S. pyogenes y S. thermophilus con las PAM correspondientes frente a sitios en genomas humanos y de ratón. Se transfectaron unas células con Cas9 y pre-ARNcr/ARNtracr o ARN quimérico y se analizaron 72 horas después de la transfección. Se calcularon los porcentajes de inserciones o supresiones basándose en los resultados de un ensayo Surveyor a partir de las líneas celulares indicadas (n=3 para todos los protoespaciadores objetivos, los errores son E.E.M., N.D. indica no detectable utilizando el ensayo Surveyor y N.T. indica no estudiado en este estudio).
La Figura 6A-C muestra una comparación de diferentes transcritos de ARNtracr para fijar como objetivo genes mediados por Cas9. La Figura 6A describe las SEQ ID NOS 64-65, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 7 muestra un ensayo de nucleasa surveyor de manera esquemática para la detección de microinserciones y supresiones inducidas por dobles roturas de cadena.
La Figura 8A-B muestra vectores de expresión bicistrónicos ejemplares para la expresión de elementos del sistema CRISPR en células eucariotas. La Figura 8A describe las SEQ ID NOS 66-68, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 8B describe las SEQ ID NOS 69-71, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 9A-C muestra histogramas de distancias entre la PAM del sitio 1 de S. pyogenes SF370 (NGG) (Figura 9A) y la PAM del sitio 2 de LMD9 de S. thermophilus (NNAGAAW) (Figura 9B) adyacentes en el genoma humano; y las distancias para cada PAM según el cromosoma (Chr) (Figura 9C).
La Figura 10A-D muestra un sistema CRISPR ejemplar, una adaptación ejemplar para la expresión de células eucariotas y los resultados de las pruebas que evalúan la actividad CRISPR. La Figura 10B describe las SEQ ID NOS 72-73, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 10C describe la SEQ ID NO:74.
La Figura 11A-C muestra manipulaciones ejemplares de un sistema CRISPR para fijar como objetivo los sitios 8
5
10
15
20
25
30
35
40
45
genómicos en células de mamífero. La Figura 11A describe la SEQ ID NO:75. La Figura 11B describe las SEQ ID NOS 76-78, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 12A-B muestra los resultados de un análisis por el método de Northern del tratamiento de ARNcr en células de mamífero. La Figura 12A describe la SEQ ID NO:79.
La Figura 13A-B muestra una selección ejemplar de protoespaciadores en los sitios de PVALB humano y Th de ratón. La Figura 13A describe la SEQ ID NO:80. La Figura 13B describe la SEQ ID NO: 81.
La Figura 14 muestra un protoespaciador ejemplar y las secuencias objetivo PAM correspondientes del sistema CRISPR de S. thermophilus en el sitio de EMX1 humano. La Figura 14 describe la SEQ ID NO:74.
La Figura 15 proporciona una tabla de secuencias (SEQ ID NOS 82-93, respectivamente, en orden de aparición, para cebadores y sondas utilizados para los ensayos Surveyor, RFLP, de secuenciación genómica y de análisis de Northern.
La Figura 16A-C muestra la manipulación ejemplar de un sistema CRISPR con ARN quiméricos y los resultados de los ensayos SURVEYOR para determinar la actividad del sistema en células eucariotas. La Figura 16A describe la SEQ ID NO:94.
La Figura 17A-B muestra una representación gráfica de los resultados de los ensayos SURVEYOR para determinar la actividad del sistema CRISPR en células eucariotas.
La Figura 18 muestra una visualización ejemplar de algunos sitios objetivo de Cas9 de S. pyogenes en el genoma humano utilizando el explorador genómico de UCSC. La Figura 18 describe las SEQ ID NOS 95-173, respectivamente, en orden de aparición.
La Figura 19A-D muestra una representación circular del análisis filogenético que revela cinco familias de Cas9, incluidos tres grupos de Cas9 grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9 pequeños (~1100 aminoácidos).
La Figura 20A-F muestra la representación lineal del análisis filogenético que revela cinco familias de Cas9, incluidos tres grupos de Cas9 grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9 pequeños (~1100 aminoácidos).
La Figura 21A-D muestra la edición genómica mediante la recombinación homóloga. (a) Esquema de la nickasa de SpCas9, con la mutación D10A en el dominio catalítico RuvC I. (b) Esquema que representa la recombinación homóloga (RH) en el sitio de EMX1 humano utilizando oligonucleótidos monocatenarios sentido o antisentido como plantillas de reparación. La flecha roja superior indica el sitio de escisión del ARNsg; los cebadores de la PCR para el genotipado (Tablas J y K) se indican como flechas en el panel de la derecha. La Figura 21C describe las SEQ ID NOS 174-176, 174,177 y 176, respectivamente, en orden de aparición. (c) Secuencia de la región modificada por RH. d, ensayo SURVEYOR para determinar las inserciones o supresiones mediadas por SpCas9 natural (wt, por sus siglas en inglés) y nickasa (D10A) en el sitio 1 del objetivo EMX1 (n=3). Las flechas indican las posiciones de los tamaños de los fragmentos esperados.
La Figura 22A-B muestra diseños de vectores únicos para SpCas9. La Figura 22A describe las SEQ ID NOS 178180, respectivamente, en orden de aparición. La Figura 22B describe la SEQ ID NO: 181.
Las figuras en la presente memoria son solo para fines ilustrativos y no están necesariamente dibujadas a escala.
Descripción detallada de la invención
Los términos "polinucleótido", "nucleótido", "secuencia de nucleótidos", "ácido nucleico" y "oligonucleótido" se usan de forma intercambiable. Se refieren a una forma polimérica de nucleótidos de cualquier longitud, desoxirribonucleótidos o ribonucleótidos o análogos de los mismos. Los polinucleótidos pueden tener cualquier estructura tridimensional y pueden realizar cualquier función, conocida o desconocida. Los siguientes no son ejemplos limitantes de los polinucleótidos: regiones codificadoras o no codificadoras de un gen o fragmento de gen, sitios (sitio) definidos a partir de análisis de unión, exones, intrones, ARN mensajero (ARNm), ARN de transferencia, ARN ribosómico, ARN de interferencia corta (ARNsi), ARN de horquilla corta (ARNsh), micro-ARN (ARNmi), ribozimas, y ADNc, polinucleótidos recombinantes, polinucleótidos ramificados, plásmidos, vectores, ADN aislado de cualquier secuencia, ARN aislado de cualquier secuencia, sondas de ácidos nucleicos y cebadores. Un polinucleótido puede comprender uno o más nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y análogos de nucleótidos. Si hay, se pueden impartir modificaciones a la estructura del nucleótido antes o después del ensamblado del polímero. La secuencia de nucleótidos puede ser interrumpida por componentes no nucleótidos. Un polinucleótido puede ser modificado además después de polimerización, tal como por conjugación con un componente etiquetado.
imagen6
En aspectos de la invención, los términos "ARN quimérico", "ARN guía quimérico", "ARN guía", "ARN guía único" y "ARN guía sintético" se usan de forma intercambiable y se refieren a la secuencia de polinucleótidos que comprende
5 la secuencia guía, la secuencia tracr y la secuencia de emparejamiento tracr. El término "secuencia guía" se refiere a la secuencia de aproximadamente 20 pb dentro del ARN guía que especifica el sitio objetivo y se puede usar de manera intercambiable con los términos "guía" o "espaciador". El término "secuencia de emparejamiento tracr" también se puede usar de forma intercambiable con el término "repetición o repeticiones directas". Un sistema ejemplar CRISPR-Cas se muestra en la Figura 1.
10 Como se usa en la presente memoria el término "de tipo natural" es un término de la técnica entendido por los expertos y significa la forma típica de un organismo, cepa, gen o característica como se encuentra en la naturaleza como se distingue de formas mutantes o variantes.
Como se usa en la presente memoria el término "variante" se debería considerar que significa la exhibición de cualidades que presentan un patrón que se desvía de lo que ocurre en la naturaleza.
15 Los términos "que no se encuentra en la naturaleza " o "de ingeniería " se usan de forma intercambiable e indican la implicación de la mano del hombre. Los términos, cuando se refieren a moléculas de ácido nucleico o polipéptidos significan que la molécula de ácido nucleico o el polipéptido está al menos sustancialmente exento de al menos otro componente con el que se asocian de manera natural en la naturaleza y como se encuentran en la naturaleza.
"Complementariedad" se refiere a la capacidad de un ácido nucleico para formar el enlace o enlaces de hidrógeno
20 con otra secuencia de ácidos nucleicos por emparejamiento de Watson-Crick tradicional u otros tipos no tradicionales. Un porcentaje de complementariedad indica el porcentaje de restos en una molécula de ácido nucleico que puede formar enlaces de hidrógeno (por ej., emparejamiento de bases de Watson-Crick) con una segunda secuencia de ácidos nucleicos (por ej., 5, 6, 7, 8, 9, 10 de un total de 10 siendo la complementariedad del 50%, 60%, 70%, 80%, 90% y 100%). "Perfectamente complementario" significa que todos los restos contiguos de una
25 secuencia de ácidos nucleicos formarán un enlace de hidrógeno con el mismo número de restos contiguos en una segunda secuencia de ácidos nucleicos. " Sustancialmente complementario" como se usa en la presente memoria se refiere a un grado de complementariedad que es al menos 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99% o 100% por una región de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50 o más nucleótidos o se refiere a dos ácidos nucleicos que se hibridan en condiciones rigurosas.
30 Como se usa en la presente memoria, "condiciones rigurosas" para hibridación se refiere a las condiciones en las cuales un ácido nucleico que tiene complementariedad a una secuencia objetivo se hibrida predominantemente con la secuencia objetivo y sustancialmente no se hibrida a las secuencias no objetivo. Las condiciones rigurosas son en general dependientes de la secuencia, y varían dependiendo de una serie de factores. En general, cuanto más larga la secuencia, mayor la temperatura a la que se hibrida de manera específica la secuencia a su secuencia objetivo.
35 Se describen con detalle ejemplos no limitantes de condiciones rigurosas en Tijssen (1.993), Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization With Nucleic Acid Probes Part I, Segundo Capítulo "Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assay", Elsevier, N.Y.
"Hibridación" se refiere a una reacción en que uno o más polinucleótidos reaccionan para formar un complejo que se estabiliza vía enlace de hidrógeno entre las bases de los restos de nucleótido. El enlace de hidrógeno puede tener 40 lugar por apareamiento de bases de Watson Crick, unión de Hoogstein o de cualquier otra manera específica de la secuencia. El complejo puede comprender dos hebras que forman una estructura dúplex, tres o más hebras que forman un complejo multicatenario, una sola hebra que se autohibrida o cualquier combinación de éstas. Una reacción de hibridación puede constituir una etapa en un procedimiento más extenso, tal como la iniciación de PCR
o la escisión de un polinucleótido mediante una enzima. Una secuencia capaz de hibridación con una secuencia 45 determinada se refiere como el “complemento” de la secuencia determinada.
Como se usa en la presente memoria, "expresión" se refiere al procedimiento por el que un polinucleótido se transcribe de una plantilla de ADN (tal como en ARNm u otro transcrito de ARN) y/o el procedimiento por el que se traduce con posterioridad un ARNm transcrito en péptidos, polipéptidos o proteínas. Los transcritos y polipéptidos codificados se pueden referir de manera colectiva como “producto génico”. Si el polinucleótido procede de ADN
50 genómico, la expresión puede incluir proceso de corte y empalme del ARNm en una célula eucariota.
Los términos "polipéptido", "péptido" y "proteína" se usan de forma intercambiable en la presente memoria para referirse a polímeros de aminoácidos de cualquier longitud. El polímero puede ser lineal o ramificado y puede comprender aminoácidos modificados y puede ser interrumpido por no aminoácidos. Los términos también incluyen un polímero de aminoácidos que ha sido modificado; por ejemplo, formación de enlace disulfuro, glucosilación,
55 lipidación, acetilación, fosforilación o cualquier otra manipulación, tal como conjugación con un componente etiquetado. Como se usa en la presente memoria el término “aminoácido” incluye aminoácidos naturales y/o no naturales o sintéticos, incluyendo glicina y los dos isómeros ópticos D o L y análogos de aminoácido y peptidomiméticos.
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
Los términos " individuo," "individual" y "paciente" se usan de forma intercambiable en la presente memoria para referirse a un vertebrado, preferiblemente un mamífero, más preferiblemente un ser humano. Los mamíferos incluyen, pero no están limitados a, murinos, simios, seres humanos, animales de granja, animales deportivos y mascotas. Los tejidos, las células y su progenie de una entidad biológica obtenida in vivo o cultivada in vitro también se incluyen.
Los términos "agente terapéutico", "agente terapéutico capaz" o "agente de tratamiento" se usan de forma intercambiable y se refieren a una molécula o compuesto que confiere algún efecto beneficioso en la administración a un individuo. El efecto beneficioso incluye permitir determinaciones de diagnóstico; alivio de una enfermedad, síntoma, trastorno o afección patológica; reducir o prevenir el comienzo de una enfermedad, síntoma, trastorno o afección y en general contrarrestar una enfermedad, síntoma, trastorno o afección patológica.
Como se usa en la presente memoria, "tratamiento" o " tratar," o "paliar" o "aliviar" se usan de forma intercambiable. Estos términos se refieren a una propuesta para obtener resultados beneficiosos o deseados incluyendo pero no limitándose a un beneficio terapéutico y/o un beneficio profiláctico. Por beneficio terapéutico se quiere decir cualquier mejora terapéuticamente relevante en, o efecto sobre, una o más enfermedades, afecciones o síntomas bajo tratamiento. Para beneficio profiláctico, las composiciones se pueden administrar a un individuo con riesgo de desarrollar una enfermedad particular, afección o síntoma o a un individuo que indica uno o más de los síntomas fisiológicos de una enfermedad, incluso aunque la enfermedad, afección o síntoma pueda no haberse manifestado aún.
El término "cantidad eficaz" o "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a la cantidad de un agente que es suficiente para efectuar resultados beneficiosos o deseados. La cantidad terapéuticamente eficaz puede variar dependiendo de uno o más de: el individuo y la enfermedad que se está tratando, el peso y la edad del individuo, la gravedad de la enfermedad, la manera de administración y similares, que se puede determinar fácilmente por un experto en la materia. El término también se aplica a una dosis que proporcionará una imagen para detección por uno cualquiera de los métodos de formación de imagen descritos en la presente memoria. La dosis específica puede variar dependiendo de uno o más de: el agente particular elegido, el régimen de dosificación que se tenga que seguir, si se administra en asociación con otros compuestos, la sincronización de la administración, el tejido que se tiene que someter a formación de imagen y el sistema de suministro físico en el cual esté soportado.
La práctica de la presente invención emplea, a menos que se indique de otro modo, técnicas convencionales de inmunología, bioquímica, química, biología molecular, microbiología, biología celular, ADN genómico y recombinante, que están dentro de la destreza de la técnica. Véase Sambrook, Fritsch y Maniatis, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 2ª edición (1.989); CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (F.
M. Ausubel, et al. eds., (1.987)); las series METHODS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.): PCR 2: A PRACTICAL APPROACH (M. J. MacPherson, B. D. Hames y G. R. Taylor eds. (1.995)), Harlow and Lane, eds.
(1.988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL AND ANIMAL CELL CULTURE (R. I. Freshney, ed. (1.987)).
Varios aspectos de la descripción se refieren a sistemas vector que comprenden uno o más vectores o vectores como tales. Se pueden diseñar vectores para expresión de transcritos CRISPR (por ejemplo, transcritos de ácidos nucleicos, proteínas o enzimas) en células procariotas o eucariotas. Por ejemplo, se pueden expresar transcritos de CRISPR en células bacterianas tales como Escherichia coli, células de insecto (usando vectores de expresión de baculovirus), células de levaduras o células de mamíferos. Las células huésped adecuadas se discuten además en Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego; Calif. (1.990). Como alternativa, el vector de expresión recombinante se puede transcribir y traducir in vitro, por ejemplo usando secuencias reguladoras de activador T7 y polimerasa T7.
Se pueden introducir vectores y propagar en una procariota. En algunas realizaciones, se usó una procariota para multiplicar copias de un vector que se tiene que introducir en una célula eucariota o como un vector intermedio en la producción de un vector que se tiene que introducir en una célula eucariota (por ej., multiplicando un plásmido como parte de un sistema de empaquetamiento de vector vírico). En algunas realizaciones, se usa una procariota para multiplicar copias de un vector y expresar uno o más ácidos nucleicos, tal como para proporcionar una fuente de una
o más proteínas para suministro a una célula huésped u organismo huésped. La expresión de proteínas en procariotas se lleva a cabo lo más frecuentemente en Escherichia coli con vectores que contienen activadores constitutivos o inducibles que dirigen la expresión de proteínas de fusión o de no fusión. Los vectores de fusión añaden una serie de aminoácidos a una proteína codificada allí, tal como al término amino de la proteína recombinante. Dichos vectores de fusión pueden servir para uno o más fines, tales como: (i) para aumentar la expresión de proteína recombinante; (ii) para aumentar la solubilidad de la proteína recombinante y (iii) para ayudar en la purificación de la proteína recombinante actuando como un ligando de purificación de afinidad. Con frecuencia, en vectores de expresión de fusión, se introduce un sitio de escisión proteolítico en la unión del resto de fusión y la proteína recombinante para permitir la separación de la proteína recombinante del resto de fusión posterior a la purificación de la proteína de fusión. Tales enzimas, y sus secuencias de reconocimiento o de origen similar, incluyen Factor Xa, trombina y enterocinasa. Vectores de expresión de fusión de ejemplo incluyen pGEX (Pharmacia Biotech Inc; Smith and Johnson, 1.988. Gene 67: 31-40), pMAL (New England Biolabs, Beverly, Mass.) y pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, N. J.) que condensan glutatión S-transferasa (GST), proteína de unión maltosa E o proteína A, respectivamente, a la proteína recombinante objetivo.
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
Ejemplos de vectores de expresión E. coli no de fusión, inducibles, adecuados, incluyen pTrc (Amrann et al., (1.988) Gene 69: 301-315) y pET 11d (Studier et al., GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1.990) 60-89).
En algunas realizaciones, un vector es un vector de expresión de levadura. Ejemplos de vectores para expresión en levadura Saccharomyces cerivisae incluyen pYepSec1 (Baldari, et al., 1.987. EMBO J. 6: 229-234), pMFa (Kuijan and Herskowitz, 1.982. Cell 30: 933-943), pJRY88 (Schultz et al., 1.987. Gene 54: 113-123), pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, Calif.) y picZ (InVitrogen Corp, San Diego, Calif.).
En algunas realizaciones, un vector conduce la expresión de proteínas en células de insecto usando vectores de expresión de baculovirus. Los vectores baculovirus disponibles para expresión de proteínas en células de insecto cultivadas (por ej., células SF9) incluyen la serie pAc (Smith, et al., 1.983. Mol. Cell. Biol. 3: 2.156-2.165) y la serie pVL (Lucklow and Summers, 1.989. Virology 170: 31-39).
En algunas realizaciones, un vector es capaz de conducir la expresión de una o más secuencias en células de mamífero usando un vector de expresión de mamífero. Ejemplos de vectores de expresión de mamífero incluyen pCDM8 (Seed, 1.987. Nature 329: 840) y pMT2PC (Kaufman, et al., 1.987. EMBO J. 6: 187-195). Cuando se usa en células de mamífero, las funciones de control del vector de expresión se proporcionan típicamente por uno o más elementos reguladores. Por ejemplo, los activadores usados comúnmente proceden de polioma, adenovirus 2, citomegalovirus, virus 40 de simio y otros descritos en la presente memoria y conocidos en la técnica. Para otros sistemas de expresión adecuados para ambas células procariotas y eucariotas véanse, por ejemplo, los Capítulos 16 y 17 de Sambrook, et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL. 2ª ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y., 1.989.
En algunas realizaciones, el vector de expresión de mamíferos recombinante es capaz de dirigir la expresión del ácido nucleico preferentemente en un tipo de célula particular (por ejemplo, se usan elementos reguladores específicos del tejido para expresar el ácido nucleico). Los elementos reguladores específicos del tejido son conocidos en la técnica. Ejemplos no limitantes de activadores específicos del tejido adecuados incluyen el activador de albúmina (específico del hígado; Pinkert, et al., 1.987. Genes Dev. 1: 268-277), activadores específicos linfoides (Calame and Eaton, 1.988. Adv. Immunol. 43: 235-275), en particular activadores de receptores de las células T (Winoto and Baltimore, 1.989. EMBO J. 8: 729-733) e inmunoglobulinas (Baneiji, et al., 1.983. Cell 33: 729-740; Queen and Baltimore, 1.983. Cell 33: 741-748), activadores específicos de las neuronas (por ej., el activador de neurofilamentos; Byrne and Ruddle, 1.989. Proc. Natl. Acad Sci. USA 86: 5.473-5.477), activadores específicos del páncreas (Edlund, et al., 1.985. Science 230: 912-916) y activadores específicos de las glándulas mamarias (por ej., activador de suero de leche; Patente de EE.UU. Nº 4. 873. 316 y Publicación de la Solicitud de Patente Europea Nº 264.166). También se incluyen activadores regulados por el desarrollo, por ej., los activadores de hox de murina (Kessel and Gruss, 1.990. Science 249: 374-379) y el activador de α-fetoproteína (Campes and Tilghman, 1.989. Genes Dev. 3: 537-546).
En algunas realizaciones, un elemento regulador se une de manera operable a uno o más elementos de un sistema CRISPR a fin de conducir la expresión de uno o más elementos del sistema CRISPR. En general, las CRISPR (Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas), también conocidas como las SPIDR (Repeticiones Directas Intercaladas Separadas, por sus siglas en inglés), constituyen una familia de sitios de ADN que son normalmente específicos para una especie bacteriana particular. El sitio de CRISPR comprende una clase distinta de repeticiones de secuencias cortas intercaladas (las SSR) que se reconocieron en E. coli (Ishino et al., J. Bacteriol., 169: 5.429-5.433 [1.987] y Nakata et al., J. Bacteriol., 171: 3.553-3.556 [1.989]) y genes asociados. Las SSR intercaladas similares han sido identificadas en Haloferax mediterranei, Streptococcus pyogenes, Anabaena y Mycobacterium tuberculosis (Véase, Groenen et al., Mol. Microbiol., 10: 1.057-1.065 [1.993]; Hoe et al., Emerg. Infect. Dis., 5: 254-263 [1.999]; Masepohl et al., Biochim. Biophys. Acta 1.307: 26-30 [1.996] y Mojica et al., Mol. Microbiol., 17: 85-93 [1.995]). El sitio de CRISPR difiere típicamente de las otras SSR por la estructura de las repeticiones, que se han denominado repeticiones espaciadas regularmente cortas (las SRSR) (Janssen et al. OMICS J. Integ. Biol., 6: 23-33 [2.002] y Mojica et al., Mol. Microbiol., 36: 244-246 [2.000]). En general, las repeticiones son elementos cortos que tienen lugar en agrupaciones que están regularmente espaciadas por secuencias de intervención únicas con una longitud sustancialmente constante (Mojica et al., [2.000], supra). Aunque las secuencias de repeticiones se conservan mucho entre cepas, el número de repeticiones intercaladas y las secuencias de las regiones espaciadoras difiere típicamente de cepa a cepa (van Embden et al., J. Bacteriol., 182: 2.393-2.401 [2.000]). Se ha identificado el sitio de CRISPR en más de 40 procariotas (Véase por ej., Jansen et al., Mol. Microbiol., 43: 1.565-1.575 [2.002] y Mojica et al., [2.005]) incluyendo, pero no limitado a Aeropyrum, Pyrobaculum, Sulfolobus, Archaeoglobus. Halocarcula, Methanobacterium, Methanococcus, Methanosarcina, Methanopyrus, Pyrococcus, Picrophilus, Thermoplasma, Corynebacterium, Mycobacterium, Streptomyces, Aquifex, Porphyromonas, Chlorobium, Thermus, Bacillus, Listeria, Staphylococcus, Clostridium, Thermoanaerobacter, Mycoplasma, Fusobacterium, Azarcus, Chromobacterium, Neisseria, Nitrosomonas, Desulfovibrio, Geobacter, Myxococcus, Campylobacter, Wolinella. Acinetobacter, Erwinia, Escherichia, Legionella, Methylococcus, Pastaurella, Photobacterium, Salmonella, Xanthomonas, Yersinia, Treponema y Thermotoga.
En general, "sistema CRISPR" se refiere colectivamente a transcritos y otros elementos implicados en la expresión de o dirigidos a la actividad de genes asociados a CRISPR ("Cas"), incluyendo secuencias que codifican un gen
imagen7
Cas, una secuencia tracr (CRISPR trans-activante) (por ej., ARNtracr o un ARNtracr parcial activo), una secuencia de emparejamiento tracr (incluyendo una "repetición dirigida" y una repetición directa parcial tratada por ARNtracr en el contexto de un sistema CRISPR endógeno), una secuencia guía (también referida como un "espaciador" en el contexto de un sistema CRISPR endógeno) u otras secuencias y transcritos de un sitio CRISPR. En algunas 5 realizaciones, uno o más elementos de un sistema CRISPR procede de un sistema CRISPR tipo I, tipo II o tipo III. En algunas realizaciones, uno o más elementos de un sistema CRISPR procede de un organismo particular que comprende un sistema CRISPR endógeno, tal como Streptococcus pyogenes. En general, un sistema CRISPR se caracteriza por elementos que activan la formación de un complejo CRISPR en el sitio de una secuencia objetivo (también referido como un protoespaciador en el contexto de un sistema CRISPR endógeno). En el contexto de formación de un complejo CRISPR, "secuencia objetivo" se refiere a una secuencia para la que se diseña que una secuencia guía presente complementariedad, donde la hibridación entre una secuencia objetivo y una secuencia guía active la formación de un complejo CRISPR. No se requiere necesariamente complementariedad completa, siempre que haya suficiente complementariedad para producir hibridación y activar la formación de un complejo CRISPR. Una secuencia objetivo puede comprender cualquier polinucleótido, tal como polinucleótido de ADN o
15 ARN. En algunas realizaciones, se sitúa una secuencia objetivo en el núcleo o citoplasma de una célula. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo puede estar dentro de un organelo de una célula eucariota, por ejemplo, mitocondria o cloroplasto. Una secuencia o plantilla que se puede usar para recombinación en el sitio fijado como objetivo que comprende las secuencias objetivo se refiere como “ plantilla de edición” o “polinucleótido de edición” o “secuencia de edición”. En aspectos de la invención, un polinucleótido de plantilla exógeno se puede referir como una plantilla de edición. En un aspecto de la invención la recombinación es recombinación homóloga.
Típicamente, en el contexto de un sistema CRISPR endógeno, la formación de un complejo CRISPR (que comprende una secuencia guía hibridada a una secuencia objetivo y complejada con una o más proteínas Cas) da como resultado la escisión de una o más hebras en o cerca de (por ej., dentro de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 50 o más pares de bases de) la secuencia objetivo. Sin desear estar limitados por la teoría, la secuencia tracr, que puede 25 comprender o constar de toda o una porción de una secuencia tracr de tipo natural (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 20, 26, 32, 45, 48, 54, 63, 67, 85 o más nucleótidos de una secuencia tracr de tipo natural), también puede formar parte de un complejo CRISPR, tal como por hibridación a lo largo de al menos una porción de la secuencia tracr a toda o una porción de una secuencia de emparejamiento tracr que esté ligada de manera operable a la secuencia guía. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta suficiente complementariedad a una secuencia de emparejamiento tracr para hibridar y participar en la formación de un complejo CRISPR. Como con la secuencia objetivo, se cree que no es necesaria la complementariedad completa, siempre que haya suficiente para que sea funcional. En algunas realizaciones, la secuencia tracr presenta al menos 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% o 99% de complementariedad de secuencias a lo largo de la longitud de la secuencia de emparejamiento tracr cuando se alinea de manera óptima. En algunas realizaciones, uno o más vectores que conducen la expresión de 35 uno o más elementos de un sistema CRISPR se introducen en una célula huésped de manera que la expresión de los elementos del sistema CRISPR dirija la formación de un complejo CRISPR en uno o más sitios objetivo. Por ejemplo, una enzima Cas, una secuencia guía ligada a una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr podían estar unidas cada una de manera operable a elementos reguladores separados en vectores separados. Como alternativa, dos o más de los elementos expresados de los mismos o diferentes elementos reguladores, se pueden combinar en un vector único, proporcionando uno o más vectores adicionales cualquier componente del sistema CRISPR no incluido en el primer vector. Los elementos del sistema CRISPR que se combinan en un único vector se pueden disponer en cualquier orientación adecuada, tal como un elemento situado en 5' con respecto a ("aguas arriba" de) o 3' con respecto a ("aguas abajo" de) un segundo elemento. La secuencia codificadora de un elemento puede estar situada en la misma hebra u opuesta de la secuencia codificadora de un segundo elemento y
45 orientada en la misma dirección u opuesta. En algunas realizaciones, un activador único conduce la expresión de una transcripción que codifica una enzima CRISPR y una o más de la secuencia guía, la secuencia de emparejamiento tracr (opcionalmente unida de manera operable a la secuencia guía) y una secuencia tracr embebida dentro de una o más secuencias intrón (por ej., cada una en un intrón diferente, dos o más en al menos un intrón o todas en un solo intrón). En algunas realizaciones, la enzima CRISPR, secuencia guía, secuencia de emparejamiento tracr y secuencia tracr se unen de manera operable a y se expresan a partir del mismo activador. En la Figura 22 se ilustran constructos de vectores únicos para SpCas9.
En algunas realizaciones, un vector comprende uno o más sitios de inserción, tal como una secuencia de reconocimiento de endonucleasa de restricción (también referido como un “sitio de clonación”). En algunas realizaciones, uno o más sitios de inserción (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 55 8, 9, 10 o más sitios de inserción) están situados aguas arriba y/o aguas abajo de uno o más elementos de secuencia de uno o más vectores. En algunas realizaciones, un vector comprende un sitio de inserción aguas arriba de una secuencia de emparejamiento tracr y opcionalmente aguas abajo de un elemento regulador unido de manera operable a la secuencia de emparejamiento tracr, de manera que después de la inserción de una secuencia guía en el sitio de inserción y en la expresión de la secuencia guía dirija la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo en una célula eucariota. En algunas realizaciones, un vector comprende dos o más sitios de inserción, estando situado cada sitio de inserción entre dos secuencias de emparejamiento tracr de manera que se permita la inserción de una secuencia guía en cada sitio. En dicha disposición, dos o más secuencias guía pueden comprender dos o más copias de una secuencia guía única, dos o más secuencias guía diferentes o combinaciones de éstas. Cuando se usan múltiples secuencias guía diferentes, se puede usar una
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
construcción de expresión única para fijar como objetivo la actividad de CRISPR a múltiples secuencias objetivo correspondientes, diferentes, dentro de una célula. Por ejemplo, un solo vector puede comprender aproximadamente
o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20 o más secuencias guía. En algunas realizaciones, se pueden proporcionar aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más de tales vectores que contienen secuencia guía y se suministran opcionalmente a una célula.
En algunas realizaciones, un vector comprende un elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica una enzima CRISPR, tal como una proteína Cas. Ejemplos no limitantes de proteínas Cas incluyen Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9 (también conocidas como Csn1 y Csx12), Cas10, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1, Cse2, Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, homólogos de las mismas o versiones modificadas de las mismas. Estas enzimas son conocidas; por ejemplo, la secuencia de aminoácidos de proteína Cas9 de S. pyogenes se puede encontrar en la base de datos SwissProt con el número de acceso Q99ZW2. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR no modificada presenta actividad de escisión de ADN, tal como Cas9. En algunas realizaciones la enzima CRISPR es Cas9 y puede ser Cas9 de S. pyogenes o S. pneumoniae. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o ambas hebras en la posición de una secuencia objetivo, tal como dentro de la secuencia objetivo y/o dentro del complemento de la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, la enzima CRISPR dirige la escisión de una o ambas hebras dentro de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 50, 100, 200, 500 o más pares de bases del primer o el último nucleótido de una secuencia objetivo. En algunas realizaciones, un vector codifica una enzima CRISPR que muta con respecto a una enzima de tipo natural correspondiente de manera que la enzima CRISPR mutada carece de la capacidad para escindir una o ambas hebras de un polinucleótido objetivo que contiene una secuencia objetivo. Por ejemplo, una sustitución de aspartato a alanina (D10A) en el dominio catalítico RuvC I de Cas9 de S. pyogenes convierte Cas9 de una nucleasa que escinde ambas hebras a una nickasa (escinde una única hebra). Otros ejemplos de mutaciones que hacen Cas9 una nickasa incluyen, sin limitación, H840A, N854A y N863A. En los aspectos de la invención, se puede utilizar nickasas para la edición genómica mediante la recombinación homóloga. Por ejemplo, la Figura 21 muestra la edición genómica mediante la recombinación homóloga. La figura 21 (a) muestra un esquema de la nickasa de SpCas9 con una mutación D10A en el dominio catalítico RuvC I. (b) Esquema que representa la recombinación homóloga (RH) en el sitio de EMX1 humano utilizando oligonucleótidos monocatenarios sentido o antisentido como plantillas de reparación. (c) Secuencia de la región modificada por RH. d, Ensayo SURVEYOR para determinar las inserciones o supresiones mediadas por SpCas9 natural (wt) y nickasa (D10A) en el sitio 1 del objetivo EMX1 (n=3). Las flechas indican las posiciones de los tamaños de los fragmentos esperados.
En algunas realizaciones, se puede usar una nickasa de Cas9 junto con secuencia o secuencias guía, por ejemplo, dos secuencias guía, que fijan como objetivo hebras transcrita y complementaria respectivamente del objetivo de ADN. Esta combinación permite que ambas hebras sean nickeadas y usadas para inducir NHEJ. Los solicitantes han demostrado (datos no mostrados) la eficacia de dos objetivos de nickasa (es decir, los ARNsg fijados como objetivo en la misma posición pero para diferentes hebras de ADN) en la inducción de NHEJ mutagénico. Una única nickasa (Cas9-D10A con un único ARNsg) es incapaz de inducir NHEJ y crear inserciones o supresiones pero los Solicitantes han demostrado en la nickasa doble (Cas9-D10A y dos ARNsg fijados como objetivo a diferentes hebras en la misma posición) lo puede hacer en células madre embrionarias humanas (las hESC). La eficacia es aproximadamente 50% de nucleasa (es decir, Cas9 regular sin mutación D10) en las hESC.
Como un ejemplo más, dos o más dominios catalíticos de Cas9 (RuvC I, RuvC II y RuvC III) pueden mutar para producir un Cas9 mutado que carece sustancialmente de toda actividad de escisión de ADN. En algunas realizaciones, una mutación de D10A se combina con una o más de las mutaciones H840A, N854A o N863A para producir una enzima Cas9 que carece sustancialmente de toda actividad de escisión de ADN. En algunas realizaciones, se considera que una enzima CRISPR carece sustancialmente de toda actividad de escisión de ADN cuando la actividad de escisión de ADN de la enzima mutada es menor que aproximadamente 25%, 10%, 5%, 1%, 0,1%, 0,01% o menor con respecto a su forma no mutada. Pueden ser útiles otras mutaciones; en el caso de que la Cas9 u otra enzima CRISPR sea de una especie distinta de S. pyogenes, se pueden realizar mutaciones en los correspondientes aminoácidos para conseguir efectos similares.
En algunas realizaciones, una secuencia codificadora de enzimas que codifica una enzima CRISPR es codón optimizada para expresión en células particulares, tales como células eucariotas. Las células eucariotas pueden ser aquéllas de, o procedentes de, un organismo particular, tal como un mamífero, incluyendo pero no limitado a, ser humano, ratón, rata, conejo, perro o primate no ser humano. En general, optimización de codón se refiere a un procedimiento para modificar una secuencia de ácidos nucleicos para mejorar la expresión en las células huésped de interés reemplazando al menos un codón (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50 o más codones) de la secuencia natural con codones que se usan más frecuentemente o lo más frecuentemente en los genes de esa célula huésped al tiempo que se mantiene la secuencia de aminoácidos natural. Diversas especies presentan sesgo particular para ciertos codones de un aminoácido particular. El sesgo de codones (diferencias en el uso de codones entre organismos) con frecuencia se correlaciona con la eficacia de traducción de ARN mensajero (ARNm), que se cree a su vez que depende de, entre otras cosas, las propiedades de los codones que se están traduciendo y la disponibilidad de moléculas de ARN de transferencia (ARNt) particulares.
imagen8
La predominancia de los ARNt seleccionados en una célula es en general una reflexión de los codones usados lo más frecuentemente en síntesis de péptidos. De acuerdo con esto, se pueden adaptar los genes para expresión óptima de los genes en un organismo determinado basándose en optimización de codones. Las tablas de utilización de codones están fácilmente disponibles, por ejemplo, en la “Base de Datos de Uso de Codones”, y estas tablas se
5 pueden adaptar de una serie de maneras. Véase Nakamura Y., et al. "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases: status for the year 2000" Nucl. Acids Res. 28: 292 (2.000). También están disponibles algoritmos de ordenador para codones optimizando una secuencia particular para expresión en una célula huésped particular, tales como Gene Forge (Aptagen; Jacobus, PA). En algunas realizaciones, uno o más codones (por ej., 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50 o más o todos los codones) en una secuencia codificando una enzima CRISPR corresponden al codón usado lo más frecuentemente para un aminoácido particular.
En general, una secuencia guía es cualquier secuencia de polinucleótidos que tiene suficiente complementariedad con una secuencia de polinucleótidos objetivo para hibridación con la secuencia objetivo y dirigir la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a la secuencia objetivo. En algunas realizaciones, el grado de complementariedad entre una secuencia guía y su correspondiente secuencia objetivo, cuando se alinean de 15 manera óptima usando un algoritmo de alineación adecuado, es aproximadamente o más de aproximadamente 50%, 60%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97,5%, 99% o más. La alineación óptima se puede determinar con el uso de cualquier algoritmo adecuado para alinear secuencias, ejemplo no limitante de lo cual incluye el algoritmo Smith-Waterman, el algoritmo Needleman-Wunsch, los algoritmos basados en la transformación de Burrows-Wheeler (por ej., el Alineador de Burrows Wheeler), ClustalW, Clustal X, BLAT, Novoalign (Novocraft Technologies, ELAND (Illumina, San Diego, CA), SOAP (disponible en soap.genomics.org.cn) y Maq (disponible en maq.sourceforge.net). En algunas realizaciones, una secuencia guía es aproximadamente o más de aproximadamente 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 75 o más nucleótidos de longitud. En algunas realizaciones, una secuencia guía es menor que aproximadamente 75, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12 o menos nucleótidos de longitud. La capacidad de una secuencia guía para dirigir la unión específica de la secuencia 25 de un complejo CRISPR a una secuencia objetivo se puede evaluar por cualquier ensayo adecuado. Por ejemplo, los componentes de un sistema CRISPR suficientes para formar un complejo CRISPR, incluyendo la secuencia guía que se tiene que ensayar, se puede proporcionar a una célula huésped que tenga la correspondiente secuencia objetivo, tal como por transinfección con vectores que codifiquen los componentes de la secuencia CRISPR, seguido por una evaluación de la escisión preferente dentro de la secuencia objetivo, tal como mediante ensayo Surveyor como se describe en la presente memoria. De manera similar, la escisión de una secuencia de polinucleótido objetivo se puede evaluar en un tubo de ensayo proporcionando la secuencia objetivo, los componentes de un complejo CRISPR, incluyendo la secuencia guía que se tiene que ensayar y una secuencia guía de control diferente de la secuencia guía de ensayo y comparando la unión o velocidad de escisión en la secuencia objetivo entre las reacciones de la secuencia guía de ensayo y de control. Son posibles otros ensayos, y tendrán lugar para los
35 expertos en la materia.
Se puede seleccionar una secuencia guía para fijar como objetivo cualquier secuencia objetivo. En algunas realizaciones, la secuencia objetivo es una secuencia dentro de un genoma de una célula. Las secuencias objetivo ejemplares incluyen aquéllas que son únicas en el genoma objetivo. Por ejemplo, para la Cas9 de S. pyogenes, una secuencia objetivo única en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de la forma MMMMMMMMNNNNNNNNNNNNXGG donde NNNNNNNNNNNNXGG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un solo caso en el genoma. Una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de S. pyogenes de la forma MMMMMMMMMNNNNNNNNNNNXGG donde NNNNNNNNNNNXGG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un solo caso en el genoma. Para la Cas9 de CRISPR1 de S. thermophilus, una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de la forma 45 MMMMMMMMNNNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 1) donde NNNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 2) (N es A, G, T o C; X puede ser cualquiera y W es A o T) presenta un solo caso en el genoma. Una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de CRISPR1 de S. thermophilus de la forma MMMMMMMMMNNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 3) donde NNNNNNNNNNNXXAGAAW (SEQ ID NO: 4) (N es A, G, T o C; X puede ser cualquiera y W es A o T) presenta un solo caso en el genoma. Para la Cas9 de S. pyogenes, una sola secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de la forma MMMMMMMMNNNNNNNNNNNNXGGXG donde NNNNNNNNNNNNXGGXG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un solo caso en el genoma. Una única secuencia objetivo en un genoma puede incluir un sitio objetivo de Cas9 de S. pyogenes de la forma MMMMMMMMNMNNNNNNNNNNXGGXG donde NNNNNNNNNNNXGGXG (N es A, G, T o C y X puede ser cualquiera) presenta un único caso en el genoma. En
55 cada una de estas secuencias "M" puede ser A, G, T o C y requiere que no se considere en la identificación de una secuencia como única.
En algunas realizaciones, una secuencia guía se selecciona para reducir el grado de estructura secundaria dentro de la secuencia guía. La estructura secundaria se puede determinar por cualquier algoritmo de plegamiento de polinucleótidos adecuado. Algunos programas se basan en calcular la energía libre mínima de Gibbs. Un ejemplo de uno de tales algoritmos es mFold, como se describe por Zuker y Stiegler (Nucleic Acid Res. 9 (1.981), 133-148). Otro algoritmo de plegamiento de ejemplo es el RNAfold webserver online, desarrollado en el Instituto para Química Teórica de la Universidad de Viena, usando el algoritmo de predicción de estructura centroide (véase por ej., A. R. Gruber et al., 2.008, Cell 106 (1): 23-24 y PA Carr y GM Church, 2.009, Nature Biotechnology 27 (12): 1.151-62).
imagen9
En general, una secuencia de emparejamiento tracr incluye cualquier secuencia que presente suficiente complementariedad con una secuencia tracr para activar uno o más de: (1) escisión de una secuencia guía flanqueada por secuencias de emparejamiento tracr en una célula que contiene la correspondiente secuencia tracr y
(2) formación de un complejo CRISPR en una secuencia objetivo, en la que el complejo CRISPR comprende la
5 secuencia de emparejamiento tracr hibridada a la secuencia tracr. En general, el grado de complementariedad es con referencia al alineamiento óptimo de la secuencia de emparejamiento tracr y la secuencia tracr, junto con la longitud del acortador de las dos secuencias. El alineamiento óptimo se puede determinar por cualquier algoritmo de alineamiento adecuado y puede justificar además estructuras secundarias, tal como autocomplementareidad dentro de cualquiera la secuencia tracr o la secuencia de emparejamiento tracr. En algunas realizaciones, el grado de complementariedad entre la secuencia tracr y la secuencia de emparejamiento tracr junto con la longitud del acortador de las dos cuando se alinean de manera óptima es aproximadamente o más de aproximadamente 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 97,5%, 99% o mayor. Las ilustraciones de ejemplo de alineación óptima entre una secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr se proporcionan en las Figuras 10B y 11B. En algunas realizaciones, la secuencia tracr es aproximadamente o más de aproximadamente 5, 6, 7, 8, 9, 10,
15 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 40, 50 o más nucleótidos de longitud. En algunas realizaciones, la secuencia tracr y secuencia de emparejamiento tracr están contenidas dentro de una transcripción única, de manera que la hibridación entre las dos produce un transcripto con una estructura secundaria, tal como una horquilla. Las secuencias formadoras de lazo preferidas para uso en estructuras de horquilla tienen cuatro nucleótidos de longitud y lo más preferiblemente tienen la secuencia GAAA. Sin embargo, se pueden usar secuencias de lazo más largas o más cortas, como se pueden usar secuencias alternativas. Las secuencias incluyen preferiblemente un triplete nucleótido (por ejemplo, AAA) y un nucleótido adicional (por ejemplo C o G). Ejemplos de secuencias formadoras de lazo incluyen CAAA y AAAG. En una realización de la descripción, el transcripto o secuencia de polinucleótidos transcrita presenta al menos dos o más horquillas. En realizaciones preferidas, el transcripto presenta dos, tres, cuatro o cinco horquillas. En una realización más de la descripción, el transcripto presenta a lo sumo cinco
25 horquillas. En algunas realizaciones, el transcripto único incluye además una secuencia de terminación de la transcripción; preferiblemente esta es una secuencia poliT, por ejemplo seis nucleótidos T. Una ilustración de ejemplo de dicha estructura de horquilla se proporciona en la porción inferior de la Figura 11B, donde la porción de la secuencia 5' del "N" final y aguas arriba del lazo corresponde a la secuencia de emparejamiento tracr y la porción de la secuencia 3' del lazo corresponde a la secuencia tracr. Ejemplos no limitantes adicionales de polinucleótidos únicos que comprenden una secuencia guía, una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr son como sigue (enumerados 5' a 3'), donde "N" representa una base de una secuencia guía, el primer bloque de letras minúsculas representan la secuencia de emparejamiento tracr y el segundo bloque de letras minúsculas secuencia representa la secuencia tracr y la secuencia poli-T final representa el terminador de la transcripción: (1) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgtttttgtactctcaagatttaGAAAtaaatcttgcagaagctacaaagataaggctt
35 catgccgaaatcaacaccctgtcattttatggcagggtgttttcgttatttaaTTTTTT (SEQ ID NO: 5); (2) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgtttttgtactctcaGAAAtgcagaagctacaaagataaggcttcatgccgaaatca acaccctgtcattttatggcagggtgttttcgttatttaaTTTTTT (SEQ ID NO: 6); (3) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgtttttgtactctcaGAAAtgcagaagctacaaagataaggcttcatgccgaaatca acaccctgtcattttatggcagggtgtTTTTTT (SEQ ID NO: 7); (4) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgttttagagctaGAAAtagcaagttaaaataaggctagtccgttatcaacttgaaaa agtggcaccgagtcggtgcTTTTTT (SEQ ID NO: 8); (5) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgttttagagctaGAAATAGcaagttaaaataaggctagtccgttatcaacttgaa aaagtgTTTTTTT (SEQ ID NO: 9); y (6) NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNgttttagagctagAAATAGcaagttaaaataaggctagtccgttatcaTTTTT TTT (SEQ ID NO: 10). En algunas realizaciones, las secuencias (1) a (3) se usan junto con Cas9 de CRISPR1 S.
45 thermophilus. En algunas realizaciones, las secuencias (4) a (6) se usan junto con Cas9 de S. pyogenes. En algunas realizaciones, la secuencia tracr es un transcrito separado de una transcripción que comprende la secuencia de emparejamiento tracr (tal como se ilustra en la porción superior de la Figura 11B).
En algunas realizaciones, la enzima CRISPR es parte de una proteína de fusión que comprende uno o más dominios de proteína heteróloga (por ej., aproximadamente o más de aproximadamente 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más dominios además de la enzima CRISPR). Una proteína de fusión de enzima CRISPR puede comprender cualquier secuencia de proteínas adicional y opcionalmente una secuencia ligadora entre dos dominios cualesquiera. Ejemplos de dominios de proteínas que se pueden condensar a una enzima CRISPR incluyen, sin limitación, etiquetas de epítopos, secuencias de genes informadores y dominios de proteínas con una o más de las siguientes actividades: actividad de metilasa, actividad de desmetilasa, actividad de activación de la transcripción, 55 actividad de represión de la transcripción, actividad del factor de liberación de la transcripción, actividad de modificación de histona, actividad de escisión de ARN y actividad de unión de ácidos nucleicos. Ejemplos no limitantes de etiquetas de epítopos incluyen etiquetas de histidina (His), etiquetas V5, etiquetas FLAG, etiquetas de hemaglutinina de la influenza (HA), etiquetas Myc, etiquetas VSV-G y etiquetas de tioredoxina (Trx). Los ejemplos de genes informadores incluyen, pero no se limitan a, glutatión-S-transferasa (GST), peroxidasa de rábano (HRP, por sus siglas en inglés), cloramfenicol acetiltransferasa (CAT, por sus siglas en inglés) beta-galactosidasa, betaglucuronidasa, luciferasa, proteína fluorescente verde (PFV), HcRed, DsRed, proteína fluorescente cian (PFC) proteína fluorescente amarilla (PFAm) y proteínas autofluorescentes incluyendo proteína fluorescente azul (PFA). Una enzima CRISPR se puede condensar a una secuencia de genes que codifique una proteína o un fragmento de una proteína que una moléculas de ADN u otras moléculas celulares, incluyendo pero no limitándose a (por sus 65 siglas en inglés), proteína de unión de maltosa (MBP), etiqueta S, fusiones de dominios de unión de ADN Lex A
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
(DBD), fusiones de dominios de unión de ADN GAL4 y fusiones de proteínas BP16 de virus del herpes simple (HSV). Los dominios adicionales que pueden formar parte de una proteína de fusión que comprende una enzima CRISPR se describen en la patente de EE.UU. 20110059502. En algunas realizaciones, se usa una enzima CRISPR etiquetada para identificar la posición de una secuencia objetivo.
En un aspecto de la descripción, un gen informador que incluye, sin limitación, glutatión-S-transferasa (GST), peroxidasa de rábano (HRP), cloramfenicol acetiltransferasa (CAT) beta-galactosidasa, beta-glucuronidasa, luciferasa, proteína fluorescente verde (PFV), HcRed, DsRed, proteína fluorescente cian (PFC), proteína fluorescente amarilla (PFAm) y proteínas autofluorescentes que incluyen la proteína fluorescente azul (PFA), se puede introducir en una célula para codificar un producto génico que actúe como un marcador mediante el cual medir la alteración o modificación de la expresión del producto génico. En una realización adicional de la descripción, la molécula de ADN que codifica el producto génico se puede introducir en la célula mediante un vector. En una realización preferida de la descripción, el producto génico es luciferasa. En una realización adicional de la descripción, la expresión del producto génico disminuye.
En algunos aspectos, la descripción proporciona métodos que comprenden suministrar uno o más polinucleótidos, tales como o uno o más vectores como se describe en la presente memoria, uno o más transcritos de los mismos y/o una o proteínas transcritas de allí, a una célula huésped. La descripción sirve como una plataforma básica que hace posible modificaciones objetivo de genomas basados en ADN. Puede actuar de interfaz con muchos sistemas de suministro que incluyen, sin limitación, el vírico, con liposomas, electroporación, microinyección y conjugación. En algunos aspectos, la descripción proporciona además células producidas por tales métodos y organismos (tales como animales, plantas u hongos) que comprenden o son producidos de tales células. En algunas realizaciones, se suministra una enzima CRISPR junto con (y opcionalmente complejada con) una secuencia guía a una célula. Se pueden usar métodos de transferencia de genes con base vírica y no vírica convencionales para introducir ácidos nucleicos en células de mamífero o tejidos objetivo. Se pueden usar dichos métodos para administrar componentes que codifican ácidos nucleicos de un sistema CRISPR a células en cultivo o en un organismo huésped. Los sistemas de suministro de vectores no víricos incluyen plásmidos de ADN, ARN (por ej., un transcrito de un vector descrito en la presente memoria), ácido nucleico desnudo y ácido nucleico complejado con un vehículo de suministro, tal como un liposoma. Los sistemas de suministro de vectores víricos incluyen virus de ADN y ARN, que tienen genomas episomales o integrados después de suministro a la célula. Para una revisión de procedimientos de tratamiento de genes, véase Anderson, Science 256: 808-813 (1.992); Nabel & Felgner, TIBTECH 11: 211-217 (1.993); Mitani & Caskey, TIBTECH 11: 162-166 (1.993); Dillon, TIBTECH 11: 167-175 (1.993); Miller, Nature 357: 455-460 (1.992); Van Brunt, Biotechnology 6 (10): 1.149-1.154 (1.988); Vigne, Restorative Neurology and Neuroscience 8: 35-36 (1.995); Kremer & Perricaudet, British Medical Bulletin 51 (1): 31-44 (1.995); Haddada et al., en Current Topics in Microbiology and Immunology Doerfler and Böhm (eds) (1.995) y Yu et al., Gene Therapy 1: 13-26 (1.994).
Los métodos de suministro no vírico de ácidos nucleicos incluyen lipofección, nucleofección, microinyección, biolística, virosomas, liposomas, inmunoliposomas, conjugados de policatión o lípido:ácido nucleico, ADN desnudo, viriones artificiales y absorción de ADN aumentada por agente. La lipofeción se describe en por ej., Las Patentes de EE.UU. Nº 5.049.386, 4.946.787 y 4.897.355) y se venden comercialmente los reactivos de lipofeción (por ej., Transfectam™ y Lipofectin™). Los lípidos catiónicos y neutros que son adecuados para lipofeción de reconocimiento de receptores eficaz de polinucleótidos incluyen aquéllos de Felgner, Patente Internacional WO 91/17424; Patente Internacional WO 91/16024. El suministro puede ser a células (por ej., administración in vitro o ex vivo) o tejidos objetivo (por ej., administración in vivo).
La preparación de complejos de lípido:ácido nucleico, incluyendo liposomas fijados como objetivo tales como complejos de inmunolípidos, es conocida para un experto en la materia (véase, por ej., Crystal, Science 270: 404410 (1.995); Blaese et al., Cancer Gene Ther. 2: 291-297 (1.995); Behr et al., Bioconjugate Chem. 5: 382-389 (1.994); Remy et al., Bioconjugate Chem. 5: 647-654 (1.994); Gao et al., Gene Therapy 2: 710-722 (1.995); Ahmad et al., Cancer Res. 52: 4.817-4.820 (1.992); Patentes de EE.UU. Nº 4.186.183; 4.217.344; 4.235.871; 4.261.975; 4.485.054; 4.501.728; 4.774.085; 4.837.028 y 4.946.787).
El uso de sistemas de base vírica de ARN o ADN para el suministro de ácidos nucleicos toma ventaja de los procedimientos altamente desarrollados para fijar como objetivo un virus a células específicas en el cuerpo y traficar la carga útil vírica al núcleo. Se pueden administrar vectores víricos directamente a pacientes (in vivo) o se pueden usar para tratar células in vitro y las células modificadas se pueden administrar opcionalmente a los pacientes (ex vivo). Los sistemas con base vírica convencionales podían incluir vectores retrovirales, de lentivirus, adenovirales, adenoasociados y del virus del herpes simple para transferencia de genes. La integración en el genoma huésped es posible con los métodos de transferencia de genes de retrovirus, lentivirus y virus adenoasociados, dando como resultado con frecuencia expresión a largo plazo del transgen insertado. Adicionalmente, se han observado altas eficacias de transducción en muchos tipos celulares diferentes y tejidos fijados como objetivo.
El tropismo de un retrovirus se puede modificar por incorporación de proteínas de sobre extrañas, expandiendo la población objetivo potencial de células objetivo. Los vectores lentivirales son vectores retrovirales que son capaces de transducir o infectar células no de división y típicamente producen títulos víricos altos. La selección de un sistema de transferencia de genes retrovirales dependería por lo tanto del tejido objetivo. Los vectores retrovirales están constituidos por repeticiones terminales largas que actúan en cis con capacidad de empaquetamiento para hasta 6
imagen10
10 kb de secuencia extraña. Las mínimas LTR que actúan en cis son suficientes para la replicación y empaquetamiento de los vectores, que se usan después para integrar el gen terapéutico en la célula objetivo para proporcionar expresión de transgenes permanente. Los vectores retrovirales ampliamente usados incluyen los basados en virus de la leucemia murina (MuLV), virus de la leucemia del mono gibón (GaLV), virus de la 5 inmunodeficiencia simia (VIS), virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y combinaciones de los mismos (véase, por ej., Buchscher et al., J. Virol. 66: 2.731-2.739 (1.992); Johann et al., J. Virol. 66: 1.635-1.640 (1.992); Sommnerfelt et al., Virol. 176: 58-59 (1.990); Wilson et al., J. Virol. 63: 2.374-2.378 (1.989); Miller et al., J. Virol. 65: 2.220-2.224 (1991); Patente de EE.UU. PCT/US94/05700). En aplicaciones donde se prefiere la expresión transitoria, se pueden usar sistemas a base de adenovirus. Los vectores a base de adenovirus son capaces de una eficacia de transducción muy alta en muchos tipos de células y no requieren división celular. Con tales vectores, se han obtenido altos títulos y niveles de expresión. Este vector se puede producir en grandes cantidades en un sistema relativamente simple. También se pueden usar vectores de virus adenoasociados (“AAV”, por sus siglas en inglés) para transducir células con ácidos nucleicos objetivo, por ejemplo, en la producción in vitro de ácidos nucleicos y péptidos y para procedimientos de tratamiento con genes in vivo y ex vivo (véase, por ej., West et al.,
15 Virology 160: 38-47 (1.987); la Patente de EE.UU. Nº 4.797.368; la patente internacional WO 93/24641; Kotin, Human Gene Therapy 5: 793-801 (1.994); Muzyczka, J. Clin. Invest. 94: 1.351 (1.994). Se describe la construcción de vectores AAV recombinantes en una serie de publicaciones, incluyendo la Patente de EE.UU. Nº 5.173.414; Tratschin et al., Mol. Cell. Biol. 5: 3.251-3.260 (1.985); Tratschin, et al., Mol. Cell Biol. 4: 2.072-2.081 (1.984); Hermonat & Muzyczka, PNAS 81: 6.466-6.470 (1.984) y Samulski et al., J. Virol. 63: 03822-3828 (1.989).
Típicamente se usan células de empaquetamiento para formar partículas de virus que sean capaces de infectar una célula huésped. Tales células incluyen células 293, que empaquetan adenovirus, y células ψ2 o células PA317, que empaquetan retrovirus. Los vectores víricos usados en terapia génica se generan habitualmente produciendo una estirpe celular que empaqueta un vector de ácidos nucleicos en una partícula vírica. Los vectores contienen típicamente las mínimas secuencias víricas requeridas para empaquetamiento y posterior integración en un 25 huésped, siendo reemplazadas otras secuencias víricas por una casete de expresión para el polinucleótido o los polinucleótidos que se tienen que expresar. Las funciones víricas que faltan se suministran típicamente en trans por la estirpe celular de empaquetamiento. Por ejemplo, los vectores AAV usados en terapia génica típicamente poseen sólo secuencias ITR del genoma AAV que se requieren para empaquetamiento e integración en el genoma huésped. El ADN vírico se empaqueta en una estirpe celular, que contiene un plásmido auxiliar que codifica los otros genes AAV, es decir rep y cap, pero carecen de secuencias ITR. La estirpe celular también puede infectarse con adenovirus como auxiliar. El virus auxiliar activa la replicación del vector AAV y la expresión de genes AAV del plásmido auxiliar. El plásmido auxiliar no se empaqueta en cantidades significativas debido a ausencia de secuencias ITR. La contaminación con adenovirus se puede reducir por, por ejemplo, tratamiento térmico al cual es más sensible el adenovirus que AAV. Los métodos adicionales para el suministro de ácidos nucleicos a células son
35 conocidos para los expertos en la materia. Véase, por ejemplo, la Patente de EE.UU. 20030087817.
En algunas realizaciones, una célula huésped se transfecta de manera transitoria o de manera no transitoria con uno
o más vectores descritos en la presente memoria. En algunas realizaciones, una célula se transfecta como tiene lugar de manera natural en un individuo. En algunas realizaciones, una célula que se transfecta es tomada de un individuo. En algunas realizaciones, la célula procede de células tomadas de un individuo, tales como una estirpe celular. Una amplia variedad de estirpes celulares de cultivos de tejido se conocen en la técnica. Ejemplos de estirpes celulares incluyen, pero no se limitan a, C8161, CCRF-CEM, MOLT, mIMCD-3, NHDF, HeLa-S3, Huh1, Huh4, Huh7, HUVEC, HASMC, HEKn, HEKa, MiaPaCell, Panc1, PC-3, TF1, CTLL-2, C1R, Rat6, CV1, RPTE, A10, T24, J82, A375, ARH-77, Calu1, SW480, SW620, SKOV3, SK-UT, CaCo2, P388D1, SEM-K2, WEHI-231, HB56, TIB55, Jurkat, J45.01, LRMB, Bcl-1, BC-3, IC21, DLD2, Raw264.7, NRK, NRK-52E, MRC5, MEF, Hep G2, HeLa B, 45 HeLa T4, COS, COS-1, COS-6, COS-M6A, epitelial de riñón de mono BS-C-1, fibroblasto de embrión de ratón BALB/ 3T3, 3T3 Swiss, 3T3-L1, fibroblastos fetales humanos 132-d5; fibroblastos de ratón 10.1, 293-T, 3T3, 721, 9L, A2780, A2780ADR, A2780cis, A172, A20, A253, A431, A-549, ALC, B16, B35, células BCP-1, BEAS-2B, bEnd.3, BHK-21, BR 293, BxPC3, C3H-10T1/2, C6/36, Cal-27, CHO, CHO-7, CHO-IR, CHO-K1, CHO-K2, CHO-T, CHO Dhfr -/-, COR-L23, COR-L23/CPR, COR-L23/5010, COR-L23/R23, COS-7, COV-434, CML T1, CMT, CT26, D17, DH82, DU145, DuCaP, EL4, EM2, EM3, EMT6/AR1, EMT6/AR10.0, FM3, H1299, H69, HB54, HB55, HCA2, HEK-293, HeLa, Hepa1c1c7, HL-60, HMEC, HT-29, Jurkat, células JY, células K562, Ku812, KCL22, KG1, KYO1, LNCap, Ma-Mel 1-48, MC-38, MCF-7, MCF-10A, MDA-MB-231, MDA-MB-468, MDA-MB-435, MDCK II, MDCK II, MOR/0.2R, MONO-MAC 6, MTD-1A, MyEnd, NCI-H69/CPR, NCI-H69/LX10, NCI-H69/LX20, NCI-H69/LX4, NIH-3T3, NALM-1, NW-145 estirpes celulares OPCN / OPCT, Peer, PNT-1A / PNT 2, RenCa, RIN-5F, RMA/RMAS, células Saos-2, Sf
55 9, SkBr3, T2, T-47D, T84, estirpe celular THP1, U373, U87, U937, VCaP, células Vero, WM39, WT-49, X63 YAC-1, YAR y variedades transgénicas de los mismos. Las estirpes celulares están disponibles de una variedad de fuentes conocidas por los expertos en la materia (véase, por ej., La Colección de Cultivos de Tipo Americano (ATCC, por sus siglas en inglés) (Manassus, Va.)). En algunas realizaciones, una célula transfectada con uno o más vectores descritos en la presente memoria se usa para establecer una nueva estirpe celular que comprende una o más secuencias procedentes de vector. En algunas realizaciones, una célula transfectada de manera transitoria con los componentes de un sistema CRISPR como se describe en la presente memoria (tal como por transinfección transitoria de uno o más vectores o transinfección con ARN) y modificada por la actividad de un complejo CRISPR, se usa para establecer una nueva estirpe celular que comprende células que contienen la modificación pero carecen de otra secuencia exógena. En algunas realizaciones, las células transfectadas de manera transitoria o de manera
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
no transitoria con uno o más vectores descritos en la presente memoria o estirpes celulares procedentes de dichas células se usan en la valoración de uno o más compuestos de ensayo.
Algunos aspectos de la descripción se refieren a la generación de líneas isogénicas de células de mamífero para el estudio de variaciones genéticas en una enfermedad. Un aspecto adicional de la descripción se refiere a la generación de modelos de animales modificados genéticamente, ya sea con un suministro mediado por virus o transgénico. La descripción también abarca modificaciones del genoma de microbios, células, plantas, animales u organismos sintéticos para la generación de productos útiles desde un punto de vista biomédico, agrícola e industrial. En otro aspecto más, la descripción abarca la terapia génica. La descripción se puede utilizar como una herramienta de investigación biológica, para entender el genoma, por ejemplo, estudios de inactivación génica. La descripción se refiere a muchos otros métodos y composiciones que dependen de la habilidad básica de editar y reescribir el contenido de ADN de los genomas, así como también a una inactivación objetivo de organismos basados en ADN. La descripción también puede utilizarse como herramienta terapeútica para fijar como objetivo cepas específicas de infecciones bacterianas, infecciones víricas, etc.
En algunas realizaciones, uno o más vectores descritos en la presente memoria se usan para producir un animal transgénico no humano o planta transgénica. En algunas realizaciones, el animal transgénico es un mamífero, tal como un ratón, rata o conejo. En algunas realizaciones, el organismo o individuo es una planta. En algunas realizaciones, el organismo o individuo o planta es un alga. Los métodos para producir plantas y animales transgénicos son conocidos en la técnica y generalmente empiezan con un método de transinfección de células, tal como se describe en la presente memoria. También se proporcionan animales transgénicos como son plantas transgénicas, especialmente cultivos y algas. El animal o la planta transgénicos pueden ser útiles en aplicaciones fuera de proporcionar un modelo de enfermedad. Éstas pueden incluir producción de alimentos o de alimentación por expresión de, por ejemplo, mayores niveles de proteína, carbohidrato, nutriente o vitaminas que lo que se observaría normalmente en el tipo natural. Con respecto a esto, se prefieren las plantas transgénicas, especialmente legumbres y tubérculos y animales, especialmente los mamíferos tales como ganado (vacas, ovejas, cabras y cerdos), pero también aves de corral e insectos comestibles.
Las algas transgénicas u otras plantas tales como colza pueden ser útiles en particular en la producción de aceites vegetales o biocombustibles tales como alcoholes (especialmente metanol y etanol), por ejemplo. Estos se pueden conseguir por ingeniería para expresar o sobreexpresar altos niveles de aceite o alcoholes para uso en las industrias de aceites o biocombustibles.
En un aspecto, la descripción proporciona métodos para modificar un polinucleótido objetivo en una célula eucariota, que podrá ser in vivo, ex vivo o in vitro. En algunas realizaciones, el método comprende obtener muestras de una célula o población de células procedentes de un animal humano o no humano o una planta (incluidas las microalgas) y modificar la célula o las células. El cultivo puede tener lugar en cualquier etapa ex vivo. La célula o las células podrán incluso reintroducirse en el animal no humano o planta (incluidas las micro algas).
En un aspecto, la descripción proporciona métodos para modificar un polinucleótido objetivo en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que un complejo CRISPR se una al polinucleótido objetivo para efectuar la escisión de dicho polinucleótido objetivo modificando de ese modo el polinucleótido objetivo, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía hibridada a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido objetivo, en el que dicha secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez híbrida a una secuencia tracr.
En un aspecto, la descripción proporciona un método para modificar la expresión de un polinucleótido en una célula eucariota. En algunas realizaciones, el método comprende permitir que un complejo CRISPR se una al polinucleótido de manera que dicha unión dé como resultado expresión aumentada o disminuida de dicho polinucleótido; en el que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía hibridada a una secuencia fijada como objetivo dentro de dicho polinucleótido, en el que dicha secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr que a su vez hibrida a una secuencia tracr.
Con los recientes avances en la genómica de cultivos, la capacidad para usar sistemas CRISPR-Cas para realizar edición de genes y manipulación eficaz y de coste eficaz permitirá la rápida selección y la comparación de manipulaciones genéticas únicas y multiplexadas para transformar dichos genomas para producción mejorada y cebos mejorados. Con respecto a esto se hace referencia a las Patentes y publicaciones de EE.UU.: Patente de EE.UU. Nº 6.603.061 -Agrobacterium-Mediated Plant Transformation Method; la Patente de EE.UU. Nº 7.868.149 -Plant Genome Sequences and Uses Thereof y la Patente de EE.UU. 2009/0100536 -Transgenic Plants with Enhanced Agronomic Traits. En la práctica de la descripción, también se hace referencia a los contenidos y descripción de Morrell et al "Crop genomics: advances and applications" Nat Rev Genet. 29 de diciembre de 2.011; 13 (2): 85-96.
En las plantas, los patógenos son con frecuencia específicos del huésped. Por ejemplo, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici produce marchitamiento del tomate pero ataca sólo al tomate y F. oxysporum f. dianthii Puccinia graminis f sp. tritici ataca sólo al trigo. Las plantas tienen defensas existentes e inducidas para resistir a la mayoría de los patógenos. Las mutaciones y casos de recombinación a lo largo de las generaciones de plantas conducen a
5
15
25
35
45
55
variabilidad genética que da lugar a susceptibilidad, especialmente cuando se reproducen los patógenos con más frecuencia que las plantas. En las plantas puede haber resistencia al no huésped, por ejemplo, el huésped y el patógeno son incompatibles. También puede ser Resistencia Horizontal, por ejemplo, resistencia parcial contra todas las razas de un patógeno, controlado típicamente por muchos genes y Resistencia Vertical, por ejemplo, resistencia completa a algunas razas de un patógeno pero no a las demás razas, típicamente controlado por algunos genes. En un nivel gen por gen, las plantas y los patógenos evolucionan juntos y los cambios genéticos en uno equilibran los cambios en otro. De acuerdo con esto, usando Variabilidad Natural, los criadores combinan la mayoría de los genes útiles para Rendimiento, Calidad, Uniformidad, Dureza, Resistencia. Las fuentes de genes de la resistencia incluyen Variedades naturales o extrañas, Variedades Heirloom, Mutaciones Relativas a las Plantas Silvestres e Inducidas, por ej., tratando material vegetal con agentes mutagénicos. Usando la presente descripción, se proporciona a los criadores de plantas una nueva herramienta para inducir mutaciones. De acuerdo con esto, un experto en la materia puede analizar el genoma de fuentes de genes de resistencia y en Variedades con características o rasgos deseados emplea la presente invención para inducir el aumento de genes de resistencia, con más precisión que los agentes mutagénicos previos y por lo tanto acelera y mejora los programas de cultivo.
En un aspecto, la descripción proporciona estuches que contienen uno o más cualesquiera de los elementos descritos en los métodos y composiciones anteriores. En algunas realizaciones, el estuche comprende un sistema vector e instrucciones para usar el estuche. En algunas realizaciones, el sistema vector comprende (a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de emparejamiento tracr y uno o más sitios de inserción para insertar una secuencia guía aguas arriba de la secuencia de emparejamiento tracr, en el que cuando se expresa, la secuencia guía dirige la unión específica de la secuencia de un complejo CRISPR a una secuencia fijada como objetivo en una célula eucariota, en la que el complejo CRISPR comprende una enzima CRISPR complejada con (1) la secuencia guía que se hibrida a la secuencia objetivo y (2) la secuencia de emparejamiento tracr que se hibrida a la secuencia tracr y/o (b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia codificadora de enzima que codifica dicha enzima CRISPR que comprende una secuencia de localización nuclear. Los elementos se pueden proporcionar de manera individual o en combinaciones y se pueden proporcionar en cualquier envase adecuado, tal como un vial, un frasco o un tubo. En algunas realizaciones, el estuche incluye instrucciones en uno o más idiomas, por ejemplo en más de un idioma.
En algunas realizaciones, un estuche comprende uno o más reactivos para uso en un procedimiento utilizando uno o más de los elementos descritos en la presente memoria. Los reactivos se pueden proporcionar en cualquier envase adecuado. Por ejemplo, un estuche puede proporcionar uno o más tampones de reacción o de almacenamiento. Los reactivos se pueden proporcionar en una forma que sea utilizable en un ensayo particular o en una forma que requiera la adición de otro u otros componentes más antes de uso (por ejemplo, en forma concentrada o liofilizada). Un tampón puede ser cualquier tampón, incluyendo pero no limitándose a tampón de carbonato de sodio, un tampón de bicarbonato de sodio, un tampón de borato, un tampón de Tris, un tampón de MOPS, un tampón de HEPES y combinaciones de los mismos. En algunas realizaciones, el tampón es alcalino. En algunas realizaciones, el tampón presenta un pH de aproximadamente 7 a aproximadamente 10. En algunas realizaciones, el estuche comprende uno
o más oligonucleótidos correspondientes a una secuencia guía para inserción en un vector de manera que se una de manera operable a la secuencia guía y un elemento regulador. En algunas realizaciones, el estuche comprende un polinucleótido de plantilla de recombinación homólogo.
En un aspecto, la descripción proporciona métodos para usar uno o más elementos de un sistema CRISPR. El complejo CRISPR de la descripción proporciona un medio eficaz para modificar un polinucleótido objetivo. El complejo CRISPR de la descripción presenta una amplia variedad de utilidad incluyendo modificación (por ej., supresión, inserción, traslocación, inactivación, activación) de un polinucleótido objetivo en una multiplicidad de tipos de células. Como tal el complejo CRISPR de la descripción presenta un amplio espectro de aplicaciones en, por ej., tratamiento génico, investigación de fármacos, diagnóstico de enfermedades y prognosis. Un complejo CRISPR ejemplar comprende una enzima CRISPR complejada con una secuencia guía hibridada a una secuencia fijada como objetivo dentro del polinucleótido objetivo. La secuencia guía está ligada a una secuencia de emparejamiento tracr, que a su vez híbrida a una secuencia tracr.
El polinucleótido objetivo de un complejo CRISPR puede ser cualquier polinucleótido endógeno o exógeno a la célula eucariota. Por ejemplo, el polinucleótido objetivo puede ser un polinucleótido que resida en el núcleo de la célula eucariota. El polinucleótido objetivo puede ser una secuencia que codifique un producto génico (por ej., una proteína) o una secuencia no codificadora (por ej., un polinucleótido regulador o un ADN basura). Sin desear estar limitados por la teoría, se cree que la secuencia objetivo debería estar asociada a un PAM (unidad adyacente protoespaciadora); esto es, una secuencia corta reconocida por el complejo CRISPR. Los requerimientos de secuencia y longitud precisos para el PAM difieren dependiendo de la enzima CRISPR usada, pero los PAM son típicamente secuencias de 2-5 pares de bases adyacentes al protoespaciador (esto es, la secuencia objetivo) Ejemplos de secuencias PAM se proporcionan en la sección de ejemplos a continuación y el experto podrá identificar secuencias PAM adicionales para uso con una enzima CRISPR determinada.
El polinucleótido objetivo de un complejo CRISPR puede incluir una serie de genes y polinucleótidos asociados a enfermedades así como genes y polinucleótidos asociados a ruta bioquímica de señalización.
Ejemplos de polinucleótidos objetivo incluyen una secuencia asociada a una ruta bioquímica de señalización, por ej.,
imagen11
un gen o polinucleótido asociado a una ruta bioquímica de señalización. Ejemplos de polinucleótidos objetivo incluyen un gen o polinucleótido asociado a una enfermedad. Un gen o polinucleótido "asociado a una enfermedad" se refiere a cualquier gen o polinucleótido que esté proporcionando productos de transcripción o traducción en un nivel anormal o en una forma anormal en las células procedentes de tejidos afectados por una enfermedad 5 comparado con tejidos o células de un control no de enfermedad. Puede ser un gen que llegue a expresarse a un nivel anormalmente alto; puede ser un gen que llegue a expresarse a un nivel anormalmente bajo, donde la expresión modificada se correlaciona con la aparición y/o progresión de la enfermedad. Un gen asociado a la enfermedad también se refiere a un gen que posee mutación o mutaciones o variación genética que es directamente responsable o está ligada a desequilibrio con un gen, o genes, que es responsable de la etiología de una
10 enfermedad. Los productos transcritos o traducidos pueden ser conocidos o desconocidos y puede ser a un nivel normal o anormal.
Ejemplos de genes y polinucleótidos asociados a una enfermedad están disponibles en Instituto McKusick-Nathans de Medicina Genética, Universidad de Johns Hopkins (Baltimore, Md.) y Centro Nacional para Información de Biotecnología, Biblioteca Nacional de Medicina (Betesda, Md.), disponible en la Red Informática Mundial.
15 Ejemplos de genes y polinucleótidos asociados a una enfermedad se enumeran en las Tablas A y B. La información específica de la enfermedad está disponible en el Instituto McKusick-Nathans de Medicina Genética, Universidad de Johns Hopkins (Baltimore, Md.) y Centro Nacional para Información de Biotecnología, Biblioteca Nacional de Medicina (Betesda, Md.), disponible en la Red Informática Mundial. Ejemplos de genes y polinucleótidos asociados a una ruta bioquímica de señalización se enumeran en la Tabla C.
20 Las mutaciones en estos genes y rutas pueden dar como resultado la producción de proteínas inapropiadas o proteínas en cantidades inapropiadas que afecten a la función. Tales genes, proteínas y rutas pueden ser el polinucleótido objetivo de un complejo CRISPR.
Tabla A
ENFERMEDAD/TRASTORNOS
GEN (ES)
Neoplasia
PTEN; ATM; ATR; EGFR; ERBB2; ERBB3; ERBB4;
imagen12
Notch1; Notch2; Notch3; Notch4; AKT; AKT2; AKT3; HIF;
imagen13
HIF1a; HIF3a; Met; HRG; Bcl2; PPAR alfa; PPAR
imagen14
gamma; WT1 (Tumor Wilms ); Familia Receptor FGF
imagen15
miembros (5 miembros: 1, 2, 3, 4, 5); CDKN2a; APC; RB
imagen16
(retinoblastoma); MEN1; VHL; BRCA1; BRCA2; AR
imagen17
(Receptor Andrógenos ); TSG101; IGF; Receptor IGF; Igf1 (4
imagen18
variantes); Igf2 (3 variantes); Receptor Igf 1; Receptor Igf 2;
imagen19
Bax; Bcl2; familia caspases (9 miembros:
imagen20
1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 12); Kras; Apc
Degeneración
Abcr; Cc12; Cc2; cp (ceruloplasmina); Timp3; catepsina D;
Macular relacionada con la edad
Vldlr; Ccr2
Esquizofrenia
Neuregulina1 (Nrg1); Erb4 (receptor para Neuregulina);
imagen21
Complexina1 (Cplx1); Tph1 Triptófano hidroxilasa; Tph2
imagen22
Triptófano hidroxilasa 2; Neurexina 1; GSK3; GSK3a;
imagen23
GSK3b
Trastornos
5-HTT (Slc6a4); COMT; DRD (Drd1a); SLC6A3; DAOA;
imagen24
DTNBP1; Dao (Dao1)
Repetición del trinucleótido
HTT (Huntington's Dx); SBMA/SMAX1/AR (Kennedy's
Trastornos
Dx); FXN/X25 (Friedrich's Ataxia); ATX3 (Machado
imagen25
Joseph's Dx); ATXN1 y ATXN2 (ataxia
imagen26
espinocerebelar); DMPK (distrofia miotónica); Atrophin-1 y Atn1
imagen27
(DRPLA Dx); CBP (Creb-BP -inestabilidad global); VLDLR
imagen28
Tabla B
imagen29
imagen30
y trastornos
linfoproliferativo autoinmunitario (TNFRSF6, APT1, FAS, CD95, ALPS1A);
inmunorelacionados
immunodeficiencia combinada, (IL2RG, SCIDX1, SCIDX, IMD4); HIV-1 (CCL5, SCYA5, D17S136E, TCP228), susceptibilidad o infección por VIH (IL10, CSIF, CMKBR2, CCR2, CMKBR5, CCCKR5 (CCR5)); Inmunodeficiencias (CD3E, CD3G, AICDA, AID, HIGM2, TNFRSF5, CD40, UNG, DGU, HIGM4, TNFSF5, CD40LG, HIGM1, IGM, FOXP3, IPEX, AIID, XPID, PIDX, TNFRSF14B, TACI); Inflamación (IL10, IL-1 (IL-1a, IL-1b), IL-13, IL-17 (IL-17a (CTLA8), IL-17b, IL-17c, IL-17d, IL-17f), II23, Cx3cr1, ptpn22, TNFa, NOD2/CARD15 for IBD, IL-6, IL-12 (IL-12a, IL-12b), CTLA4, Cx3cl1); inmunodeficiencias combinadas severas (SCIDs)(JAK3, JAKL, DCLRE1C, ARTEMIS, SCIDA, RAG1, RAG2, ADA, PTPRC, CD45, LCA, IL7R, CD3D, T3D, IL2RG, SCIDX1, SCIDX, IMD4).
imagen31
imagen32
Enfermedades y trastornos
Neuropatía amiloide (TTR, PALB); Amiloidosis (APOA1, APP, AAA, CVAP, AD1,
metabólicos, hepáticos,
GSN, FGA, LYZ, TTR, PALB); Cirrosis (KRT18, KRT8, C1RH1A, NAIC, TEX292,
renales y proteínicos
K1AA1988); fibrosis quística (CFTR, ABCC7, CF, MRP7); enfermedades de almacenamiento de glucógeno (SLC2A2, GLUT2, G6PC, G6PT, G6PT1, GAA, LAMP2, LAMPB, AGL, GDE, GBE1, GYS2, PYGL, PFKM); adenoma hepático, 142330 (TCF1, HNF1A, MODY3), fallo hepático, comienzo temprano y trastorno neurológico (SCOD1, SCO1), deficiencia de lipasa hepática(LIPC), Hepatoblastoma, cáncer y carcinomas (CTNNB1, PDGFRL, PDGRL, PRLTS, AXIN1, AXIN, CTNNB1, TP53, P53, LFS1, IGF2R, MPRI, MET, CASP8, MCH5; enfermedad del riñón quístico medular (UMOD, HNFJ, FJHN, MCKD2, ADMCKD2); Fenilcetonuria (PAH, PKU1, QDPR, DHPR, PTS); enfermedad renal y hepática poliquística (FCYT, PKHD1, ARPKD, PKD 1, PKD2, PKD4, PKDTS, PRKCSH, G19P1, PCLD, SEC63).
imagen33
imagen34
enfermedades y trastornos
Distrofia muscular de Becker (DMD, BMD, MYF6), Distrofia muscular de Duchenne
musculares / del esqueleto
(DMD, BMD); Distrofia muscular de Emery-Dreifuss (LMNA, LMN1, EMD2, FPLD, CMD1A, HGPS, LGMD1B, LMNA, LMN1, EMD2, FPLD, CMD1A); Distrofia muscular de Facioscapulohumeral (FSHMD1A, FSHD1A); Distrofia muscular (FKRP, MDC1C, LGMD2I, LAMA2, LAMM, LARGE, KIAA0609, MDC1D, FCMD, TTID, MYOT, CAPN3, CANP3, DYSF, LGMD2B, SGCG, LGMD2C, DMDA1, SCG3, SGCA, ADL, DAG2, LGMD2D, DMDA2, SGCB, LGMD2E, SGCD, SGD, LGMD2F, CMD1L, TCAP, LGMD2G, CMD1N, TRIM32, HT2A, LGMD2H, FKRP, MDC1C, LGMD21, TTN, CMD1G, TMD, LGMD2J, POMT1, CAV3, LGMD1C, SEPN1, SELN, RSMD1, PLEC1, PLTN, EBS1); Osteopetrosis (LRP5, BMND1, LRP7, LR3, OPPG, VBCH2, CLCN7, CLC7, OPTA2, OSTM1, GL, TCIRG1, TIRC7, OC116, OPTB1); Atrofia muscular (VAPB, VAPC, ALS8, SMN1, SMA1, SMA2, SMA3, SMA4, BSCL2, SPG17, GARS, SMAD1, CMT2D, HEXB, IGHMBP2, SMUBP2, CATF1, SMARD1).
imagen35
imagen36
enfermedades y trastornos
ALS (SOD1, ALS2, STEX, FUS, TARDBP, VEGF (VEGF-a, VEGF-b, VEGF-c);
neurológicos y neuronales
enfermedad de Alzheimer (APP, AAA, CVAP, AD1, APOE, AD2, PSEN2, AD4, STM2, APBB2, FE65L1, NOS3, PLAU, URK, ACE, DCP1, ACE1, MPO, PACIP1, PAXIP1L, PTIP, A2M, BLMH, BMH, PSEN1, AD3); Autismo (Mecp2, BZRAP1, MDGA2, Sema5A, Neurexina 1, GLO1, MECP2, RTT, PPMX, MRX16, MRX79, NLGN3, NLGN4, KIAA1260, AUTSX2); Síndrome frágil X (FMR2, FXR1, FXR2, mGLUR5); enfermedad de Huntington y trastornos tipo enfermedad (HD, IT15, PRNP, PRIP, JPH3, JP3, HDL2, TBP, SCA17); enfermedad de Parkinson (NR4A2, NURR1, NOT, TINUR, SNCAIP, TBP, SCA17, SNCA, NACP, PARK1, PARK4, DJ1, PARK7, LRRK2, PARK8, PINK1, PARK6, UCHL1, PARK5, SNCA, NACP, PARK1, PARK4, PRKN, PARK2, PDJ, DBH, NDUFV2); síndrome de Rett (MECP2, RTT, PPMX, MRX16, MRX79, CDKL5, STK9, MECP2, RTT, PPMX, MRX16, MRX79, x-Synuclein, DJ-1); Esquizofrenia (Neuregulin1 (Nrg1), Erb4 (receptor de Neuregulin), Complexin1 (Cplx1), Tph1 Triptófano hidroxilasa, Tph2, Triptófano hidroxilasa 2, Neurexina 1, GSK3, GSK3a, GSK3b, 5-HTT (Slc6a4), COMT, DRD (Drd1a), SLC6A3, DAOA, DTNBP1, Dao (Dao1)); Trastornos Relacionados con la secretasa (APH-1 (alfa y beta), Presenilin (Psen1), nicastrin, (Ncstn), PEN-2, Nos1, Parp1, Nat1, Nat2); Trastornos Repetición del trinucleótido (HTT (Huntington's Dx), SBMA/SMAX1/AR (Kennedy's Dx), FXN/X25 (Ataxia de Friedrich), ATX3 (Machado-Joseph's Dx), ATXN1 y ATXN2 (ataxias espinocerebelares), DMPK (distrofia miotónica), Atrofina-1 y Atn1 (DRPLA Dx), CBP (Creb-BP -inestabilidad global), VLDLR (Alzheimer's), Atxn7, Atxn10).
imagen37
imagen38
enfermedades y trastornos oculares
degeneración macular relacionada con la edad (Abcr, Ccl2, Cc2, cp (ceruloplasmina), Timp3, catepsinaD, Vldlr, Ccr2); Catarata (CRYAA, CRYA1, CRYBB2, CRYB2,
imagen39
imagen40
PITX3, BFSP2, CP49, CP47, CRYAA, CRYA1, PAX6, AN2, MGDA, CRYBA1, CRYB1, CRYGC, CRYG3, CCL, LIM2, MP19, CRYGD, CRYG4, BFSP2, CP49, CP47, HSF4, CTM, HSF4, CTM, MIP, AQP0, CRYAB, CRYA2, CTPP2, CRYBB1, CRYGD, CRYG4, CRYBB2, CRYB2, CRYGC, CRYG3, CCL, CRYAA, CRYA1, GJA8, CX50, CAE1, GJA3, CX46, CZP3, CAE3, CCM1, CAM, KRIT1); distrofia y turbidez de la córnea (APOA1, TGFBI, CSD2, CDGG1, CSD, BIGH3, CDG2, TACSTD2, TROP2, M1S1, VSX1, RINX, PPCD, PPD, KTCN, COL8A2, FECD, PPCD2, PIP5K3, CFD); Cornea plana congénita (KERA, CNA2); Glaucoma (MYOC, TIGR, GLC1A, JOAG, GPOA, OPTN, GLC1E, FIP2, HYPL, NRP, CYP1B1, GLC3A, OPA1, NTG, NPG, CYP1B1, GLC3A); amaurosis congénita de Leber (CRB1, RP12, CRX, CORD2, CRD, RPGRIP1, LCA6, CORD9, RPE65, RP20, AIPL1, LCA4, GUCY2D, GUC2D, LCA1, CORD6, RDH12, LCA3); distrofia macular (ELOVL4, ADMD, STGD2, STGD3, RDS, RP7, PRPH2, PRPH, AVMD, AOFMD, VMD2).
Epilepsia, mioclónica, tipo Lafora, 254780
EPM2A, MELF, EPM2
Epilepsia, mioclónica, tipo Lafora, 254780
NHLRC1, EPM2A, EPM2B
imagen41
imagen42
Distrofia muscular de Duchenne, 310200 (3)
DMD, BMD
imagen43
imagen44
SIDA, progresión retrasada/rápida a (3)
KIR3DL1, NKAT3, NKB1, AMB11,
imagen45
KIR3DS1
SIDA, progresión rápida a, 609423 (3)
IFNG
SIDA, resistencia a (3)
CXCL12, SDF1
imagen46
imagen47
Deficiencia de alfa 1antitripsina
SERPINA 1 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 1]; SERPINA2 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 2]; SERPINA3 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 3]; SERPINA5 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 5]; SERPINA6 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 6]; SERPINA7 [inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa-1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 7]; y SERPINA6 (inhibidor de la serpín peptidasa, clado A (alfa1 antiproteinasa, antitripsina), miembro 6)
Tabla C
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Señalización PI3K/AKT
PRKCE; ITGAM; ITGA5; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2;
imagen48
PTEN; EIF4E; PRKCZ; GRK6; MAPK1; TSC1; PLK1;
imagen49
AKT2; IKBKB; PIK3CA; CDK8; CDKN1B; NFKB2; BCL2;
imagen50
PIK3CB; PPP2R1A; MAPK8; BCL2L1; MAPK3; TSC2;
imagen51
ITGA1; KRAS; EIF4EBP1; RELA; PRKCD; NOS3;
imagen52
PRKAA1; MAPK9; CDK2; PPP2CA; PIM1; ITGB7;
imagen53
YWHAZ; ILK; TP53; RAF1; IKBKG; RELB; DYRK1A;
imagen54
CDKN1A; ITGB1; MAP2K2; JAK1; AKT1; JAK2; PIK3R1;
imagen55
CHUK; PDPK1; PPP2R5C; CTNNB1; MAP2K1; NFKB1;
imagen56
PAK3; ITGB3; CCND1; GSK3A; FRAP1; SFN; ITGA2;
imagen57
TTK; CSNK1A1; BRAF; GSK3B; AKT3; FOXO1; SGK;
imagen58
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen59
HSP90AA1; RPS6KB1
Señalización ERK/MAPK
PRKCE; ITGAM; ITGA5; HSPB1; IRAK1; PRKAA2;
imagen60
EIF2AK2; RAC1; RAP1A; TLN1; EIF4E; ELK1; GRK6;
imagen61
MAPK1; RAC2; PLK1; AKT2; PIK3CA; CDK8; CREB1;
imagen62
PRKCI; PTK2; FOS; RPS6KA4; PIK3CB; PPP2R1A;
imagen63
PIK3C3; MAPK8; MAPK3; ITGA1; ETS1; KRAS; MYCN;
imagen64
EIF4EBP1; PPARG; PRKCD; PRKCA1; MAPK9; SRC;
imagen65
CDK2; PPP2CA; PIM1; PIK3C2A; ITGB7; YWHAZ;
imagen66
PPP1CC; KSR1; PXN; RAF1; FYN; DYRK1A; ITGB1;
imagen67
MAP2K2; PAK4; PIK3R1; STAT3; PPP2R5C; MAP2K1;
imagen68
PAK3; ITGB3; ESR1; ITGA2; MYC; TTK; CSNK1A1;
imagen69
CRKL; BRAF; ATF4; PRKCA; SRF; STAT1; SGK
Señalización
RAC1; TAF4B; EP300; SMAD2; TRAF6; PCAF; ELK1;
Receptor Glucocorticoide
MAPK1; SMAD3; AKT2; IKBKB; NCOR2; UBE2I;
imagen70
PIK3CA; CREB1; FOS; HSPA5; NFKB2; BCL2;
imagen71
MAP3K14; STAT5B; PIK3CB; PIK3C3; MAPKB; BCL2L1;
imagen72
MAPK3; TSC22D3; MAPK10; NRIP1; KRAS; MAPK13;
imagen73
RELA; STAT5A; MAPK9; NOS2A; PBX1; NR3C1;
imagen74
PIK3C2A; CDKN1C; TRAF2; SERPINE1; NCOA3;
imagen75
MAPK14; TNF; RAF1; IKBKG; MAP3K7; CREBBP;
imagen76
CDKN1A; MAP2K2; JAK1; IL8; NCOA2; AKT1; JAK2;
imagen77
PIK3R1; CHUK; STAT3; MAP2K1; NFKB1; TGFBR1;
imagen78
ESR1; SMAD4; CEBPB; JUN; AR; AKT3; CCL2; MMP1; STAT1; IL6; HSP90AA1
Señalización Guía Axonal
PRKCE; ITGAM; ROCK1; ITGA5; CXCR4; ADAM12;
imagen79
IGF1; RAC1; RAP1A; EIF4E; PRKCZ; NRP1; NTRK2;
imagen80
ARHGEF7; SMO; ROCK2; MAPK1; PGF; RAC2;
imagen81
PTPN11; GNAS; AKT2; PIK3CA; ERBB2; PRKCI; PTK2;
imagen82
CFL1; GNAQ; PIK3CB; CXCL 12; PIK3C3; WNT11;
imagen83
PRKD1; GNB2L1; ABL1; MAPK3; ITGA1; KRAS; RHOA;
imagen84
PRKCD; PIK3C2A; ITGB7; GLI2; PXN; VASP; RAF1;
imagen85
FYN; ITGB1; MAP2K2; PAK4; ADAM17; AKT1; PIK3R1;
imagen86
GLI1; WNT5A; ADAM10; MAP2K1; PAK3; ITGB3;
imagen87
CDC42; VEGFA; ITGA2; EPHA8; CRKL; RND1; GSK3B;
imagen88
AKT3; PRKCA
Señalización Receptor Ephrin
PRKCE; ITGAM; ROCK1; ITGA5; CXCR4; IRAK1;
imagen89
PRKAA2; EIF2AK2; RAC I; RAP1A; GRK6; ROCK2;
imagen90
MAPK1; PGF; RAC2; PTPN11; GNAS; PLK1; AKT2;
imagen91
DOK1; CDK8; CREB1; PTK2; CFL1; GNAQ; MAP3K14;
imagen92
CXCL12; MAPK8; GNB2L1; ABL1; MAPK3; ITGA1;
imagen93
KRAS; RHOA; PRKCD; PRKAA1; MAPK9; SRC; CDK2;
imagen94
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen95
PIM1; ITGB7; PXN; RAF1; FYN; DYRK1A; ITGB1;
imagen96
MAP2K2; PAK4; AKT1; JAK2; STAT3; ADAM10;
imagen97
MAP2K1; PAK3; ITGB3; CDC42; VEGFA; ITGA2;
imagen98
EPHA8; TTK; CSNK1A1; CRKL; BRAF; PTPN13; ATF4;
imagen99
AKT3; SGK
Señalización
ACTN4; PRKCE; ITGAM; ROCK1; ITGA5; IRAK1;
cictoesqueleto de actina
PRKAA2; EIF2AK2; RAC1; INS; ARHGEF7; GRK6;
imagen100
ROCK2; MAPK1; RAC2; PLK1; AKT2; PIK3CA; CDK8;
imagen101
PTK2; CFL1; PIK3CB; MYH9; DIAPH1; PIK3C3; MAPK8;
imagen102
F2R; MAPK3; SLC9A1; ITGA1; KRAS; RHOA; PRKCD;
imagen103
PRKAA1; MAPK9; CDK2; PIM1; PIK3C2A; ITGB7;
imagen104
PPP1CC; PXN; VIL2; RAF1; GSN; DYRK1A; ITGB1;
imagen105
MAP2K2; PAK4; PIP5K1A; PIK3R1; MAP2K1; PAK3;
imagen106
ITGB3; CDC42; APC; ITGA2; TTK; CSNK1A1; CRKL;
imagen107
BRAF; VAV3; SGK
Señalización
PRKCE; IGF1; EP300; RCOR1; PRKCZ; HDAC4; TGM2;
enfermedad de Huntington
MAPK1; CAPNS1; AKT2; EGFR; NCOR2; SP1; CAPN2;
imagen108
PIK3CA; HDAC5; CREB1; PRKCI; HSPA5; REST;
imagen109
GNAQ; PIK3CB; PIK3C3; MAPKB; IGF1R; PRKD1;
imagen110
GNB2L1; BCL2L1; CAPN1; MAPK3; CASP8; HDAC2;
imagen111
HDAC7A; PRKCD; HDAC11; MAPK9; HDAC9; PIK3C2A;
imagen112
HDAC3; TP53; CASP9; CREBBP; AKT1; PIK3R1;
imagen113
PDPK1; CASP1; APAF1; FRAP1; CASP2; JUN; BAX;
imagen114
ATF4; AKT3; PRKCA; CLTC; SGK; HDAC6; CASP3
Señalización de muerte celular programada
PRKCE; ROCK1; BID; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; BAK1;
imagen115
BIRC4; GRK6; MAPK1; CAPNS1; PLK1; AKT2; IKBKB;
imagen116
CAPN2; CDK8; FAS; NFKB2; BCL2; MAP3K14; MAPK8;
imagen117
BCL2L1; CAPN1; MAPK3; CASP8; KRAS; RELA;
imagen118
PRKCD; PRKAA1; MAPK9; CDK2; PIM1; TP53; TNF;
imagen119
RAF1; IKBKG; RELB; CASP9; DYRK1A; MAP2K2;
imagen120
CHUK; APAF1; MAP2K1; NFKB1; PAK3; LMNA; CASP2;
imagen121
BIRC2; TTK; CSNK1A1; BRAF; BAX; PRKCA; SGK;
imagen122
CASP3; BIRC3; PARP1
Señalización de Receptor de células B
RAC1; PTEN; LYN; ELK1; MAPK1; RAC2; PTPN11;
imagen123
AKT2; IKBKB; PIK3CA; CREB1; SYK; NFKB2; CAMK2A;
imagen124
MAP3K14; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; BCL2L1; ABL1;
imagen125
MAPK3; ETS1; KRAS; MAPK13; RELA; PTPN6; MAPK9;
imagen126
EGRI; PIK3C2A; BTK; MAPK14; RAF1; IKBKG; RELB;
imagen127
MAP3K7; MAP2K2; AKT1; PIK3R1; CHUK; MAP2K1;
imagen128
NFKB1; CDC42; GSK3A; FRAP1; BCL6; BCL10; JUN;
imagen129
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen130
GSK3B; ATF4; AKT3; VAV3; RPS6KB1
Señalización de diapédesis
ACTN4; CD44; PRKCE; ITGAM; ROCK1; CXCR4; CYBA;
imagen131
RAC1; RAP1A; PRKCZ; ROCK2; RAC2; PTPN11;
imagen132
MMP14; PIK3CA; PRKCI; PTK2; PIK3CB; CXCL12;
imagen133
PIK3C3; MAPK8; PRKD1; ABL1; MAPK10; CYBB;
imagen134
MAPK13; RHOA; PRKCD; MAPK9; SRC; PIK3C2A; BTK;
imagen135
MAPK14; NOX1; PXN; VIL2; VASP; TTGB1; MAP2K2;
imagen136
CTNND1; PIK3R1; CTNNB1; CLDN1; CDC42; F11R; ITK;
imagen137
CRKL; VAV3; CTTN; PRKCA; MMP1; MMP9
Señalización de Integrina
ACTN4; ITGAM; ROCK1; ITGA5; RAC1; PTEN; RAP1A;
imagen138
TLN1; ARHGEF7; MAPK1; RAC2; CAPNS1; AKT2;
imagen139
CAPN2; PIK3CA; PTK2; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen140
CAV1; CAPN1; ABL1; MAPK3; ITGA1; KRAS; RHOA;
imagen141
SRC; PIK3C2A; ITGB7; PPP1CC; ILK; PXN; VASP;
imagen142
RAF1; FYN; ITGB1; MAP2K2; PAK4; AKT1; PIK3R1;
imagen143
TNK2; MAP2K1; PAK3; ITGB3; CDC42; RND3; ITGA2;
imagen144
CRKL; BRAF; GSK3B; AKT3
Señalización
IRAK1; SOD2; MYD88; TRAF6; ELK1; MAPK1; PTPN11;
de Respuesta de fase aguda
AKT2; IKBKB; PIK3CA; FOS; NFKB2; MAP3K14;
imagen145
PIK3CB; MAPK8; RIPK1; MAPK3; IL6ST; KRAS;
imagen146
MAPK13; IL6R; RELA; SOCS1; MAPK9; FTL; NR3C1;
imagen147
TRAF2; SERPINE1; MAPK14; TNF; RAF1; PDK1;
imagen148
IKBKG; RELB; MAP3K7; MAP2K2; AKT1; JAK2; PIK3R1;
imagen149
CHUK; STAT3; MAP2K1; NFKB1; FRAP1; CEBPB; JUN;
imagen150
AKT3; IL1R1; IL6
Señalización de PTEN
ITGAM; ITGA5; RAC1; PTEN; PRKCZ; BCL2L 11;
imagen151
MAPK1; RAC2; AKT2; EGFR; IKBKB; CBL; PIK3CA;
imagen152
CDKN1B; PTK2; NFKB2; BCL2; PIK3CB; BCL2L1;
imagen153
MAPK3; ITGA1; KRAS; ITGB7; ILK; PDGFRB; INSR;
imagen154
RAF1; IKBKG; CASP9; CDKN1A; ITGB1; MAP2K2;
imagen155
AKT1; PIK3R1; CHUK; PDGFRA; PDPK1; MAP2K1;
imagen156
NFKB1; ITGB3; CDC42; CCND1; GSK3A; ITGA2;
imagen157
GSK3B; AKT3; FOXO1; CASP3; RPS6KB1
Señalización de p53
PTEN; EP300; BBC3; PCAF; FASN; BRCA1; GADD45A;
imagen158
BIRC5; AKT2; PIK3CA; CHEK1; TP53INP1; BCL2;
imagen159
PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; THBS1; ATR; BCL2L1; E2F1;
imagen160
PMAIP1; CHEK2; TNFRSF10B; TP73; RB1; HDAC9;
imagen161
CDK2; PIK3C2A; MAPK14; TP53; LRDD; CDKN1A;
imagen162
HIPK2; AKT1; PIK3R1; RRM2B; APAF1; CTNNB1;
imagen163
SIRT1; CCND1; PRKDC; ATM; SFN; CDKN2A; JUN;
imagen164
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen165
SNAI2; GSK3B; BAX; AKT3
Señalización
HSPB1; EP300; FASN; TGM2; RXRA; MAPK1; NQO1;
de Receptor Arilhidrocarbonado
NCOR2; SP1; ARNT; CDKN1B; FOS; CHEK1;
imagen166
SMARCA4; NFKB2; MAPK8; ALDH1A1; ATR; E2F1;
imagen167
MAPK3; NRIP1; CHEK2; RELA; TP73; GSTP1; RB1;
imagen168
SRC; CDK2; AHR; NFE2L2; NCOA3; TP53; TNF;
imagen169
CDKN I A; NCOA2; APAF1; NFKB1; CCND1; ATM; ESR1;
imagen170
CDKN2A; MYC; JUN; ESR2; BAX; IL6; CYP1B1;
imagen171
HSP90AA1
Señalización de
PRKCE; EP300; PRKCZ; RXRA; MAPK1; NQO1;
Metabolismo Xenobiótico
NCOR2; PIK3CA; ARNT; PRKCI; NFKB2; CAMK2A;
imagen172
PIK3CB; PPP2R1A; PIK3C3; MAPK8; PRKD1;
imagen173
ALDH1A1; MAPK3; NRIP1; KRAS; MAPK13; PRKCD;
imagen174
GSTP1; MAPK9; NOS2A; ABCB1; AHR; PPP2CA; FTL;
imagen175
NFE2L2; PIK3C2A; PPARGC1A; MAPK14; TNF; RAF1;
imagen176
CREBBP; MAP2K2; PIK3R1; PPP2R5C; MAP2K1;
imagen177
NFKB1; KEAP1; PRKCA; EIF2AK3; IL6; CYP1B1;
imagen178
HSP90AA1
Señalización de SAPK/JNK
PRKCE; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; RAC I ; ELK1;
imagen179
GRK6; MAPK1; GADD45A; RAC2; PLK1; AKT2; PIK3CA;
imagen180
FADD; CDK8; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; R1PK1;
imagen181
GNB2L1; IRS1; MAPK3; MAPK10; DAXX; KRAS;
imagen182
PRKCD; PRKAA1; MAPK9; CDK2; PIM1; PIK3C2A;
imagen183
TRAF2; TP53; LCK; MAP3K7; DYRK1A; MAP2K2;
imagen184
PIK3R1; MAP2K1; PAK3; CDC42; JUN; TTK; CSNK1A1;
imagen185
CRKL; BRAF; SGK
Señalización de PPAr/RXR
PRKAA2; EP300; INS; SMAD2; TRAF6; PPARA; FASN;
imagen186
RXRA; MAPK1; SMAD3; GNAS; IKBKB; NCOR2;
imagen187
ABCA1; GNAQ; NFKB2; MAP3K14; STAT5B; MAPK8;
imagen188
IRS1; MAPK3; KRAS; RELA; PRKAA1; PPARGC1A;
imagen189
NCOA3; MAPK14; INSR; RAF1; IKBKG; RELB; MAP3K7;
imagen190
CREBBP; MAP2K2; JAK2; CHUK; MAP2K1; NFKB 1;
imagen191
TGFBR1; SMAD4; JUN; IL1R1; PRKCA; IL6; HSP90AA1; ADIPOQ
Señalización de NF-KB
IRAK1; EIF2AK2; EP300; INS; MYD88; PRKCZ; TRAF6;
imagen192
TBK1; AKT2; EGFR; IKBKB; PIK3CA; BTRC; NFKB2;
imagen193
MAP3K14; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; RIPK1; HDAC2;
imagen194
KRAS; RELA; PIK3C2A; TRAF2; TLR4; PDGFRB; TNF;
imagen195
INSR; LCK; IKBKG; RELB; MAP3K7; CREBBP; AKT1;
imagen196
PIK3R1; CHUK; PDGFRA; NFKB1; TLR2; BCL10;
imagen197
GSK3B; AKT3; TNFAIP3; IL1R1
imagen198
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Señalización de Neuregulina
ERBB4; PRKCE; ITGAM; ITGA5; PTEN; PRKCZ; ELK1;
imagen199
MAPK1; PTPN11; AKT2; EGFR; ERBB2; PRKCI;
imagen200
CDKN1B; STAT5B; PRKD1; MAPK3; ITGA1; KRAS;
imagen201
PRKCD; STAT5A; SRC; ITGB7; RAF1; ITGB1; MAP2K2;
imagen202
ADAM17; AKT1; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1; ITGB3;
imagen203
EREG; FRAP1; PSEN1; ITGA2; MYC; NRG1; CRKL;
imagen204
AKT3; PRKCA; HSP90AA1; RPS6KB1
Señalización de
CD44; EP300; LRP6; DVL3; CSNK1E; GJA1; SMO;
catenina Wnt y Beta
AKT2; PIN1; CDH1; BTRC; GNAQ; MARK2; PPP2R1A;
imagen205
WNT11; SRC; DKK1; PPP2CA; SOX6; SFRP2; ILK;
imagen206
LEF1; SOX9; TP53; MAP3K7; CREBBP; TCF7L2; AKT1;
imagen207
PPP2R5C; WNT5A; LRP5; CTNNB1; TGFBR1; CCND1;
imagen208
GSK3A; DVL1; APC; CDKN2A; MYC; CSNK1A1; GSK3B;
imagen209
AKT3; SOX2
Señalización de Receptor de Insulina
PTEN; INS; EIF4E; PTPN1; PRKCZ; MAPK1; TSC1;
imagen210
PTPN11; AKT2; CBL; PIK3CA; PRKCI; PIK3CB; PIK3C3;
imagen211
MAPK8; IRS1; MAPK3; TSC2; KRAS; EIF4EBP1;
imagen212
SLC2A4; PIK3C2A; PPP1CC; INSR; RAF1; FYN;
imagen213
MAP2K2; JAK1; AKT1; JAK2; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1;
imagen214
GSK3A; FRAP1; CRKL; GSK3B; AKT3; FOXO1; SGK;
imagen215
RPS6KB1
Señalización de IL-6
HSPB1; TRAF6; MAPKAPK2; ELK1; MAPK1; PTPN11;
imagen216
IKBKB; FOS; NFKB2; MAP3K14; MAPK8; MAPK3;
imagen217
MAPK10; IL6ST; KRAS; MAPK13; IL6R; RELA; SOCS1;
imagen218
MAPK9; ABCB1; TRAF2; MAPK14; TNF; RAF1; IKBKG;
imagen219
RELB; MAP3K7; MAP2K2; IL8; JAK2; CHUK; STAT3;
imagen220
MAP2K1; NFKB1; CEBPB; JUN; IL1R1; SRF; IL6
Colestasis Hepática
PRKCE; IRAK1; INS; MYD88; PRKCZ; TRAF6; PPARA;
imagen221
RXRA; IKBKB; PRKCI; NFKB2; MAP3K14; MAPK8;
imagen222
PRKD1; MAPK10; RELA; PRKCD; MAPK9; ABCB1;
imagen223
TRAF2; TLR4; TNF; INSR; IKBKG; RELB; MAP3K7; IL8;
imagen224
CHUK; NR1H2; TJP2; NFKB1; ESR1; SREBF1; FGFR4;
imagen225
JUN; IL1R1; PRKCA; IL6
Señalización de IGF-1
IGF 1; PRKCZ; ELK1; MAPK1; PTPN11; NEDD4; AKT2;
imagen226
PIK3CA; PRKCI; PTK2; FOS; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen227
IGF1R; IRS1; MAPK3; IGFBP7; KRAS; PIK3C2A;
imagen228
YWHAZ; PXN; RAF1; CASP9; MAP2K2; AKT1; PIK3R1;
imagen229
PDPK1; MAP2K1; IGFBP2; SFN; JUN; CYR61; AKT3;
imagen230
FOXO1; SRF; CTGF; RPS6KB1
Respuesta de Estrés
PRKCE; EP300; SOD2; PRKCZ; MAPK1; SQSTM1;
imagen231
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Oxidativo mediado por NRF2
NQO1; PIK3CA; PRKCI; FOS; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen232
PRKD1; MAPK3; KRAS; PRKCD; GSTP1; MAPK9; FTL;
imagen233
NFE2L2; PIK3C2A; MAPK14; RAF1; MAP3K7; CREBBP;
imagen234
MAP2K2; AKT1; PIK3R1; MAP2K1; PPIB; JUN; KEAP1;
imagen235
GSK3B; ATF4; PRKCA; EIF2AK3; HSP90AA1
Fibrosis Hepática /
EDN1; 1GF1; KDR; FLT1; SMAD2; FGFR1; MET; PGF;
Activación de células estelares hepáticas
SMAD3; EGFR; FAS; CSF1; NFKB2; BCL2; MYH9;
imagen236
IGF1R; IL6R; RELA; TLR4; PDGFRB; TNF; RELB; IL8;
imagen237
PDGFRA; NFKB1; TGFBR1; SMAD4; VEGFA; BAX;
imagen238
IL1R1; CCL2; HGF; MMP1; STAT1; IL6; CTGF; MMP9
Señalización de PPAR
EP300; INS; TRAF6; PPARA; RXRA; MAPK1; IKBKB;
imagen239
NCOR2; FOS; NFKB2; MAP3K14; STAT5B; MAPK3;
imagen240
NRIP1; KRAS; PPARG; RELA; STAT5A; TRAF2;
imagen241
PPARGC1A; PDGFRB; TNF; INSR; RAF1; IKBKG;
imagen242
RELB; MAP3K7; CREBBP; MAP2K2; CHUK; PDGFRA;
imagen243
MAP2K1; NFKB1; JUN; IL1R1; HSP90AA1
Señalización de Fc Epsilon RI
PRKCE; RAC1; PRKCZ; LYN; MAPK1; RAC2; PTPN11;
imagen244
AKT2; PIK3CA; SYK; PRKCI; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen245
PRKD1; MAPK3; MAPK10; KRAS; MAPK13; PRKCD;
imagen246
MAPK9; PIK3C2A; BTK; MAPK14; TNF; RAF1; FYN;
imagen247
MAP2K2; AKT1; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1; AKT3;
imagen248
VAV3; PRKCA
Señalización de Receptor
PRKCE; RAP1A; RGS16; MAPK1; GNAS; AKT2; IKBKB;
Acoplado a proteína G
PIK3CA; CREB1; GNAQ; NFKB2; CAMK2A; PIK3CB;
imagen249
PIK3C3; MAPK3; KRAS; RELA; SRC; PIK3C2A; RAF1;
imagen250
IKBKG; RELB; FYN; MAP2K2; AKT1; PIK3R1; CHUK;
imagen251
PDPK1; STAT3; MAP2K1; NFKB1; BRAF; ATF4; AKT3;
imagen252
PRKCA
Metabolismo de
PRKCE; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; PTEN; GRK6;
Inositol fosfato
MAPK1; PLK1; AKT2; PIK3CA; CDK8; PIK3CB; PIK3C3;
imagen253
MAPK8; MAPK3; PRKCD; PRKAA1; MAPK9; CDK2;
imagen254
PIM1; PIK3C2A; DYRK1A; MAP2K2; PIP5K1A; PIK3R1;
imagen255
MAP2K1; PAK3; ATM; TTK; CSNK1A1; BRAF; SGK
Señalización de PDGF
EIF2AK2; ELK1; ABL2; MAPK1; PIK3CA; FOS; PIK3CB;
imagen256
PIK3C3; MAPK8; CAV1; ABL1; MAPK3; KRAS; SRC;
imagen257
PIK3C2A; PDGFRB; RAF1; MAP2K2; JAK1; JAK2;
imagen258
PIK3R1; PDGFRA; STAT3; SPHK1; MAP2K1; MYC;
imagen259
JUN; CRKL; PRKCA; SRF; STAT1; SPHK2
Señalización de VEGF
ACTN4; ROCK1; KDR; FLT1; ROCK2; MAPK1; PGF;
imagen260
AKT2; PIK3CA; ARNT; PTK2; BCL2; PIK3CB; PIK3C3;
imagen261
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen262
BCL2L1; MAPK3; KRAS; HIF1A; NOS3; PIK3C2A; PXN;
imagen263
RAF1; MAP2K2; ELAVL1; AKT1; PIK3R1; MAP2K1; SFN;
imagen264
VEGFA; AKT3; FOXO1; PRKCA
Señalización de células
PRKCE; RAC1; PRKCZ; MAPK1; RAC2; PTPN11;
aniquilantes naturales
KIR2DL3; AKT2; PIK3CA; SYK; PRKCI; PIK3CB;
imagen265
PIK3C3; PRKD1; MAPK3; KRAS; PRKCD; PTPN6;
imagen266
PIK3C2A; LCK; RAF1; FYN; MAP2K2; PAK4; AKT1;
imagen267
PIK3R1; MAP2K1; PAK3; AKT3; VAV3; PRKCA
Ciclo celular: G1/S
HDAC4; SMAD3; SUV39H1; HDAC5; CDKN1B; BTRC;
Regulación de control
ATR; ABL1; E2F1; HDAC2; HDAC7A; RB1; HDAC11;
imagen268
HDAC9; CDK2; E2F2; HDAC3; TP53; CDKN1A; CCND1;
imagen269
E2F4; ATM; RBL2; SMAD4; CDKN2A; MYC; NRG1;
imagen270
GSK3B; RBL1; HDAC6
Señalización de Receptor de células T
RAC1; ELK1; MAPK1; IKBKB; CBL; PIK3CA; FOS;
imagen271
NFKB2; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; MAPK3; KRAS;
imagen272
RELA; PIK3C2A; BTK; LCK; RAF1; IKBKG; RELB; FYN;
imagen273
MAP2K2; PIK3R1; CHUK; MAP2K1; NFKB1; ITK; BCL10;
imagen274
JUN; VAV3
Señalización de Receptor de la muerte
CRADD; HSPB1; BID; BIRC4; TBK1; IKBKB; FADD;
imagen275
FAS; NFKB2; BCL2; MAP3K14; MAPK8; RIPK1; CASP8;
imagen276
DAXX; TNFRSF10B; RELA; TRAF2; TNF; IKBKG; RELB;
imagen277
CASP9; CHUK; APAF1; NFKB1; CASP2; BIRC2; CASP3;
imagen278
BIRC3
Señalización de FGF
RAC1; FGFR1; MET; MAPKAPK2; MAPK1; PTPN11;
imagen279
AKT2; PIK3CA; CREB1; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8;
imagen280
MAPK3; MAPK13; PTPN6; PIK3C2A; MAPK14; RAF1;
imagen281
AKT1; PIK3R1; STAT3; MAP2K1; FGFR4; CRKL; ATF4;
imagen282
AKT3; PRKCA; HGF
Señalización de GM-CSF
LYN; ELK1; MAPK1; PTPN11; AKT2; PIK3CA; CAMK2A;
imagen283
STAT5B; PIK3CB; PIK3C3; GNB2L1; BCL2L1; MAPK3;
imagen284
ETS1; KRAS; RUNX1; PIM1; PIK3C2A; RAF1; MAP2K2;
imagen285
AKT1; JAK2; PIK3R1; STAT3; MAP2K1; CCND1; AKT3;
imagen286
STAT1
Señalización de esclerosis
BID; IGF1; RAC1; BIRC4; PGF; CAPNS1; CAPN2;
lateral amiotrófica
PIK3CA; BCL2; PIK3CB; PIK3C3; BCL2L1; CAPN1;
imagen287
PIK3C2A; TP53; CASP9; PIK3R1; RAB5A; CASP1;
imagen288
APAF1; VEGFA; BIRC2; BAX; AKT3; CASP3; BIRC3
Señalización de JAK/Stat
PTPN1; MAPK1; PTPN11; AKT2; PIK3CA; STAT5B;
imagen289
PIK3CB; PIK3C3; MAPK3; KRAS; SOCS1; STAT5A;
imagen290
PTPN6; PIK3C2A; RAF1; CDKN1A; MAP2K2; JAK1;
imagen291
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen292
AKT1; JAK2; PIK3R1; STAT3; MAP2K1; FRAP1; AKT3;
imagen293
STAT1
Metabolismo de
PRKCE; IRAK1; PRKAA2; EIF2AK2; GRK6; MAPK1;
Nicotinato y
imagen294
Nicotinamida
PLK1; AKT2; CDK8; MAPK8; MAPK3; PRKCD; PRKAA1;
imagen295
PBEF1; MAPK9; CDK2; PIM1; DYRK1A; MAP2K2;
imagen296
MAP2K1; PAK3; NT5E; TTK; CSNK1A1; BRAF; SGK
Señalización de quimiocinas
CXCR4; ROCK2; MAPK1; PTK2; FOS; CFL1; GNAQ;
imagen297
CAMK2A; CXCL12; MAPK8; MAPK3; KRAS; MAPK13;
imagen298
RHOA; CCR3; SRC; PPP1CC; MAPK14; NOX1; RAF1;
imagen299
MAP2K2; MAP2K1; FLAN; CCL2; PRKCA
Señalización de IL-2
ELK1; MAPK1; PTPN11; AKT2; PIK3CA; SYK; FOS;
imagen300
STAT5B; PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; MAPK3; KRAS;
imagen301
SOCS1; STAT5A; PIK3C2A; LCK; RAF1; MAP2K2;
imagen302
JAK1; AKT1; PIK3R1; MAP2K1; JUN; AKT3
Depresión sináptica
PRKCE; IGF1; PRKCZ; PRDX6; LYN; MAPK1; GNAS;
a largo lazo
PRKCI; GNAQ; PPP2R1A; IGF1R; PRKD1; MAPK3;
imagen303
KRAS; GRN; PRKCD; NOS3; NOS2A; PPP2CA;
imagen304
YWHAZ; RAF1; MAP2K2; PPP2R5C; MAP2K1; PRKCA
Señalización de
TAF4B; EP300; CARM1; PCAF; MAPK1; NCOR2;
Receptor de Estrógenos
SMARCA4; MAPK3; NRIP1; KRAS; SRC; NR3C1;
imagen305
HDAC3; PPARGC1A; RBM9; NCOA3; RAF1; CREBBP;
imagen306
MAP2K2; NCOA2; MAP2K1; PRKDC; ESR1; ESR2
Ruta de
TRAF6; SMURF1; BIRC4; BRCA1; UCHL1; NEDD4;
Ubiquitinación de proteínas
CBL; UBE2I; BTRC; HSPA5; USP7; USP10; FBXW7;
imagen307
USP9X; STUB1; USP22; B2M; BIRC2; PARK2; USP8;
imagen308
USP1; VHL; HSP90AA1; BIRC3
Señalización de IL-10
TRAF6; CCR1; ELK1; IKBKB; SP1; FOS; NFKB2;
imagen309
MAP3K14; MAPK8; MAPK13; RELA; MAPK14; TNF;
imagen310
IKBKG; RELB; MAP3K7; JAK1; CHUK; STAT3; NFKB1;
imagen311
JUN; IL1R1; IL6
Activación de VDR/RXR
PRKCE; EP300; PRKCZ; RXRA; GADD45A; HES1;
imagen312
NCOR2; SP1; PRKCI; CDKN1B; PRKD1; PRKCD;
imagen313
RUNX2; KLF4; YY1; NCOA3; CDKN1A; NCOA2; SPP1;
imagen314
LRP5; CEBPB; FOXO1; PRKCA
Señalización de TGF-beta
EP300; SMAD2; SMURF1; MAPK1; SMAD3; SMAD1;
imagen315
FOS; MAPK8; MAPK3; KRAS; MAPK9; RUNX2;
imagen316
SERPINE1; RAF1; MAP3K7; CREBBP; MAP2K2;
imagen317
MAP2K1; TGFBR1; SMAD4; JUN; SMAD5
Señalización de Receptor tipo Toll
IRAK1; EIF2AK2; MYD88; TRAF6; PPARA; ELK1;
imagen318
FUNCIÓN CELULAR
GENES
imagen319
IKBKB; FOS; NFKB2; MAP3K14; MAPK8; MAPK13;
imagen320
RELA; TLR4; MAPK14; IKBKG; RELB; MAP3K7; CHUK;
imagen321
NFKB1; TLR2; JUN
Señalización de p38 MAPK
HSPB1; IRAK1; TRAF6; MAPKAPK2; ELK1; FADD; FAS;
imagen322
CREB1; DDIT3; RPS6KA4; DAXX; MAPK13; TRAF2;
imagen323
MAPK14; TNF; MAP3K7; TGFBR1; MYC; ATF4; IL1R1;
imagen324
SRF; STAT1
Señalización de Neurotrofina/TRK
NTRK2; MAPK1; PTPN11; PIK3CA; CREB1; FOS;
imagen325
PIK3CB; PIK3C3; MAPK8; MAPK3; KRAS; PIK3C2A;
imagen326
RAF1; MAP2K2; AKT1; PIK3R1; PDPK1; MAP2K1;
imagen327
CDC42; JUN; ATF4
Activación de FXR/RXR
INS; PPARA; FASN; RXRA; AKT2; SDC1; MAPK8;
imagen328
APOB; MAPK10; PPARG; MTTP; MAPK9; PPARGC1A;
imagen329
TNF; CREBBP; AKT1; SREBF1; FGFR4; AKT3; FOXO1
Potenciación sináptica
PRKCE; RAP1A; EP300; PRKCZ; MAPK1; CREB1;
a largo plazo
PRKCI; GNAQ; CAMK2A; PRKD1; MAPK3; KRAS;
imagen330
PRKCD; PPP1CC; RAF1; CREBBP; MAP2K2; MAP2K1;
imagen331
ATF4; PRKCA
Señalización de calcio
RAP1A; EP300; HDAC4; MAPK1; HDAC5; CREB1;
imagen332
CAMK2A; MYH9; MAPK3; HDAC2; HDAC7A; HDAC11;
imagen333
HDAC9; HDAC3; CREBBP; CALR; CAMKK2; ATF4;
imagen334
HDAC6
Señalización de EGF
ELK1; MAPK1; EGFR; PIK3CA; FOS; PIK3CB; PIK3C3;
imagen335
MAPK8; MAPK3; PIK3C2A; RAF1; JAK1; PIK3R1;
imagen336
STAT3; MAP2K1; JUN; PRKCA; SRF; STAT1
Señalización de Hipoxia en el
EDN1; PTEN; EP300; NQO1; UBE2I; CREB1; ARNT;
Sistema Cardiovascular
HIF1A; SLC2A4; NOS3; TP53; LDHA; AKT1; ATM;
imagen337
VEGFA; JUN; ATF4; VHL; HSP90AA1
Inhibición mediada por LPS/IL-1
IRAK1; MYD88; TRAF6; PPARA; RXRA; ABCA1;
de función RXR
MAPK8; ALDH1A1; GSTP1; MAPK9; ABCB1; TRAF2;
imagen338
TLR4; TNF; MAP3K7; NR1H2; SREBF1; JUN; IL1R1
Activación de LXR/RXR
FASN; RXRA; NCOR2; ABCA1; NFKB2; IRF3; RELA;
imagen339
NOS2A; TLR4; TNF; RELB; LDLR; NR1H2; NFKB1;
imagen340
SREBF1; IL1R1; CCL2; IL6; MMP9
Proceso amiloide
PRKCE; CSNK1E; MAPK1; CAPNS 1; AKT2; CAPN2;
imagen341
CAPN1; MAPK3; MAPK13; MAPT; MAPK14; AKT1;
imagen342
PSEN1; CSNK1A1; GSK3B; AKT3; APP
Señalización de IL-4
AKT2; PIK3CA; PIK3CB; PIK3C3; IRS1; KRAS; SOCKS1;
imagen343
PTPN6; NR3C1; PIK3C2A; JAK1; AKT1; JAK2; PIK3R1;
imagen344
FRAP1; AKT3; RPS6KB1
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Regulación
EP300; PCAF; BRCA1; GADD45A; PLK1; BTRC;
Control de daño
CHEK1; ATR; CHEK2; YWHAZ; TP53; CDKN1A;
Ciclo celular: ADN G2/M
PRKDC; ATM; SFN; CDKN2A
Señalización de óxido nítrico en el
KDR; FLT1; PGF; AKT2; PIK3CA; PIK3CB; PIK3C3;
Sistema Cardiovascular
CAV1; PRKCD; NOS3; PIK3C2A; AKT1; PIK3R1;
imagen345
VEGFA; AKT3; HSP90AA1
Metabolismo de Purina
NME2; SMARCA4; MYH9; RRM2; ADAR; EIF2AK4;
imagen346
PKM2; ENTPD1; RAD51; RRM2B; TJP2; RAD51C;
imagen347
NT5E; POLD1; NME1
Señalización mediada por cAMP
RAP1A; MAPK1; GNAS; CREB1; CAMK2A; MAPK3 ;
imagen348
SRC; RAF1; MAP2K2; STAT3; MAP2K1; BRAF; ATF4
Disfunción mitocondrial
SOD2; MAPK8; CASP8; MAPK10; MAPK9; CASP9;
imagen349
PARK7; PSEN1; PARK2; APP; CASP3
Señalización de Notch
HES1; JAG1; NUMB; NOTCH4; ADAM 17; NOTCH2;
imagen350
PSEN1; NOTCH3; NOTCH1; DLL4
Ruta del estrés del
HSPA5; MAPK8; XBP1; TRAF2; ATF6; CASP9; ATF4;
Retículo endoplasmático
EIF2AK3; CASP3
Metabolismo de pirimidina
NME2; AICDA; RRM2; EIF2AK4; ENTPD1; RRM2B;
imagen351
NT5E; POLD1; NME1
Señalización de Parkinson
UCHL1; MAPK8; MAPK13; MAPK14; CASP9; PARK7;
imagen352
PARK2; CASP3
Señalización
GNAS; GNAQ; PPP2R1A; GNB2L1; PPP2CA; PPP1CC;
Cardíaca y beta adrenérgica
PPP2R5C
Glucolisis/Gluconeogénesis
HK2; GCK; GPI; ALDH1A1; PKM2; LDHA; HK1
Señalización de interferón
IRF1; SOCS1; JAK1; JAK2; IFITM1; STAT1; IFIT3
Señalización Sonic Hedgehog
ARRB2; SMO; GLI2; DYRK1A; GLI1; GSK3B; DYRK1B
Metabolismo
PLD1; GRN; GPAM; YWHAZ; SPHK1; SPHK2
Glicerofosfolípidos
imagen353
Degradación de fosfolípidos
PRDX6; PLD1; GRN; YWHAZ; SPHK1; SPHK2
Metabolismo de triptofano
SIAH2; PRMT5; NEDD4; ALDH1A1; CYP1B1; SIAH1
Degradación de lisina
SUV39H1; EHMT2; NSD1; SETD7; PPP2R5C
Ruta
ERCC5; ERCC4; XPA; XPC; ERCC1
Reparación escisión de nucleótidos
imagen354
Metabolismo de
UCHL1; HK2; GCK; GPI; HK1
Almidón y sacarosa
imagen355
Metabolismo de aminoazúcares
NQO1; HK2; GCK; HK1
Metabolismo de
PRDX6; GRN; YWHAZ; CYP1B1
Ácido araquidónico
imagen356
Señalización de ritmo circadiano
CSNK1E; CREB1; ATF4; NR1D1
Sistema de coagulación
BDKRB1; F2R; SERPINE1; F3
imagen357
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Receptor de Dopamina
PPP2R1A; PPP2CA; PPP1CC; PPP2R5C
Señalización
imagen358
Metabolismo de glutatión
IDH2; GSTP1; ANPEP; IDH1
Metabolismo de glicerolípidos
ALDH1A1; GPAM; SPHK1; SPHK2
Metabolismo de ácido linoleico
PRDX6; GRN; YWHAZ; CYP1B1
Metabolismo de Metionina
DNMT1; DNMT3B; AHCY; DNMT3A
Metabolismo de piruvato
GLO1; ALDH1A1; PKM2; LDHA
Metabolismo de
ALDH1A1; NOS3; NOS2A
Arginina y Prolina
imagen359
Señalización Eicosanoide
PRDX6; GRN; YWHAZ
metabolismo de
HK2; GCK; HK I
Fructosa y Manosa
imagen360
Metabolismo de Galactosa
HK2; GCK; HK1
Biosíntesis de estilbeno,
PRDX6; PRDX1; TYR
cumarina y lignina
imagen361
Ruta de
CALR; B2M
Presentación de antígenos
imagen362
Biosíntesis de esteroides
NQO1; DHCR7
Metabolismo de Butanoato
ALDH1A1; NLGN1
Ciclo del Citrato
IDH2; IDH1
Metabolismo de ácidos grasos
ALDH1A1; CYP1B1
Metabolismo de
PRDX6; CHKA
Glicerofosfolípidos
imagen363
Metabolismo de Histidina
PRMT5; ALDH1A1
Metabolismo de Inositol
ERO1L; APEX1
Metabolismo de xenobióticos
GSTP1; CYP1B1
por citocromo p450
imagen364
Metabolismo de metano
PRDX6; PRDX1
Metabolismo de fenilalanina
PRDX6; PRDX1
Metabolismo de Propanoato
ALDH1A1; LDHA
Metabolismo de
PRMT5; AHCY
Selenoaminoácido
imagen365
Metabolismo de esfingolípidos
SPHK1; SPHK2
Aminofosfonato
PRMT5
Metabolismo
imagen366
Andrógenos y estrógenos
PRMT5
Metabolismo de
imagen367
Ascorbato y Aldarato
ALDH1A1
Metabolismo de
imagen368
Biosínteis de ácidos biliares
ALDH1A1
imagen369
FUNCIÓN CELULAR
GENES
Metabolismo de cisteína
LDHA
Biosínteis de ácidos grasos
FASN
Receptor de Glutamato
GNB2L1
Señalización de
imagen370
Respuesta de estrés
PRDX1
Oxidativa mediada por NRF2
imagen371
Ruta de
GPI
Pentosa fosfato
imagen372
Interconversiones de
UCHL1
Pentosa y Glucuronato
imagen373
Metabolismo de Retinol
ALDH1A1
Metabolismo de Riboflavina
TYR
Metabolismo de tirosina
PRMT5, TYR
Biosíntesis de Ubiquinona
PRMT5
Degradación de Valina, Leucina e
ALDH1A1
Isoleucina
imagen374
Metabolismo de Glicina, Serina y
CHKA
Treonina
imagen375
Degradación de lisina
ALDH1A1
dolor/sabor
TRPM5; TRPA1
dolor
TRPM7; TRPC5; TRPC6; TRPC1; Cnr1; cnr2; Grk2;
imagen376
Trpa1; Pomc; Cgrp; Crf; Pka; Era; Nr2b; TRPM5; Prkaca;
imagen377
Prkacb; Prkar1a; Prkar2a
Función mitocondrial
AIF; CytC; SMAC (Diablo); Aifm-1; Aifm-2
Neurología de desarrollo
BMP-4; Chordin (Chrd); Noggin (Nog); WNT (Wnt2;
imagen378
Wnt2b; Wnt3a; Wnt4; Wnt5a; Wnt6; Wnt7b; Wnt8b;
imagen379
Wnt9a; Wnt9b; Wnt10a; Wnt10b; Wnt16); beta-catenin;
imagen380
Dkk-1; proteínas relacionadas con Frizzled; Otx-2; Gbx2; FGF-8;
imagen381
Reelin; Dab1; unc-86 (Pou4f1 or Brn3a); Numb; Reln
Las realizaciones de la descripción también se refieren a métodos y composiciones relacionadas con eliminación de genes, la multiplicación de genes y reparación de mutaciones particulares asociadas a la inestabilidad de repeticiones de ADN y trastornos neurológicos (Robert D. Wells, Tetsuo Ashizawa, Genetic Instabilities and
5 Neurological Diseases, Segunda Edición, Academic Press 13 de octubre de 2.011-Medical). Aspectos específicos de secuencias de repetición en tándem se han encontrado responsable de más de veinte enfermedades humanas (Nuevos conocimientos en la inestabilidad de la repetición: función de híbridos de ARN·ADN. McIvor EI, Polak U, Napierala M. RNA Biol. Sep-Oct 2.010; 7 (5): 551-8). El sistema CRISPR-Cas puede ser aprovechado para corregir estos defectos de inestabilidad genómica.
10 Un aspecto más de la descripción se refiere a la utilización del sistema CRISPR-Cas para corregir defectos en los genes EMP2A y EMP2B que se ha identificado que están asociados a la enfermedad Lafora. La enfermedad de Lafora es un trastorno autosómico recesivo que se caracteriza por epilepsia mioclónica progresiva que puede empezar como ataques epilépticos en la adolescencia. Algunos casos de la enfermedad pueden estar causados por mutaciones en genes que se tienen que identificar sin embargo. La enfermedad produce ataques, espasmos
15 musculares, dificultad para caminar, demencia y eventualmente la muerte. En la actualidad no hay tratamiento que se haya demostrado eficaz contra el progreso de la enfermedad. Otras anormalidades genéticas asociadas a la epilepsia también pueden ser fijadas como objetivo mediante el sistema CRISPR-Cas y la genética subyacente se describe además en Genetics of Epilepsy and Genetic Epilepsies, editado por Giuliano Avanzini, Jeffrey L. Noebels, Mariani Foundation Paediatric Neurology: 20; 2.009).
imagen382
En otro aspecto más de la descripción, el sistema CRISPR-Cas puede ser usado para corregir defectos oculares que surgen de mutaciones genéticas diversas descritas además en Genetic Diseases of the Eye, Segunda Edición, 5 editado por Elias I. Traboulsi, Oxford University Press, 2.012.
Diversos aspectos adicionales de la descripción se refieren a corregir defectos asociados a un amplio intervalo de enfermedades genéticas que se describen además en la página web del Instituto Nacional para la Salud bajo la subsección tópica Trastornos Genéticos (sitio web: health.nih.gov/topic/GeneticDisorders). Las enfermedades cerebrales genéticas pueden incluir pero no se limitan a, Adrenoleucodistrofia, Angenesia del Cuerpo Calloso, 10 Síndrome de Aicardi, Enfermedad de Alper, Enfermedad de Alzheimer, Síndrome de Barth, Enfermedad de Batten, CADASIL, Degeneración Cerebelar, Enfermedad de Fabry, Enfermedad de Gerstmann-Straussler-Scheinker, Enfermedad de Huntington y otros Trastornos de Triple Repetición, Enfermedad de Leigh, Síndrome de Lesch-Nyhan, Enfermedad de Menkes, Miopatías Mitocondriales y Colpocefalia de NINDS (por sus siglas en inglés). Estas enfermedades se describen además en la página web del Instituto Nacional de la Salud bajo la subsección
15 Trastornos Cerebrales Genéticos.
En algunas realizaciones, la afección puede ser neoplasia. En algunas realizaciones, donde la afección es neoplasia, los genes que se tienen que fijar como objetivo son cualquiera de los enumerados en la Tabla A (en este caso PTEN etc). En algunas realizaciones, la afección puede ser Degeneración Macular Relacionada con la Edad. En algunas realizaciones, la afección puede ser un Trastorno Esquizofrénico. En algunas realizaciones, la afección 20 puede ser un trastorno de Repetición del Trinucleótido. En algunas realizaciones, la afección puede ser Síndrome de Frágil X. En algunas realizaciones, la afección puede ser un Trastorno Relacionado con la Secretasa. En algunas realizaciones, la afección puede ser un trastorno relacionado con el Prión. En algunas realizaciones, la afección puede ser ALS (por sus siglas en inglés). En algunas realizaciones, la afección puede ser una drogadicción. En algunas realizaciones, la afección puede ser Autismo. En algunas realizaciones, la afección puede ser Enfermedad
25 de Alzheimer. En algunas realizaciones, la afección puede ser inflamación. En algunas realizaciones, la afección puede ser Enfermedad de Parkinson.
Ejemplos de proteínas asociadas a la enfermedad de Parkinson incluyen pero no se limitan a α-sinucleína, DJ-1, LRRK2, PINK1, Parkin, UCHL1, Synphilin-1 y NURR1.
Ejemplos de proteínas relacionadas con la adicción pueden incluir ABAT por ejemplo.
30 Ejemplos de proteínas relacionadas con la inflamación pueden incluir la proteína quimioatrayente de monocitos -1 (MCP1) codificada por el gen Ccr2, el receptor de quimiocina C-C tipo 5 (CCR5) codificada por el gen Ccr5, el receptor IIB de IgG (FCGR2b, también denominado CD32) codificada por el gen Fcgr2b o la proteína de R1g Fc épsilon (FCER1g) codificada por el gen Fcer1g, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a enfermedades cardiovasculares pueden incluir IL1B (interleucina 1, beta), XDH
35 (xantina deshidrogenasa), TP53 (proteína tumoral p53), PTGIS (prostaglandina I2 (prostaciclina) sintasa), MB (mioglobina), IL4 (interleucina 4), ANGPT1 (angiopoyetina 1), ABCG8 (casete de unión a ATP, sub-familia G (WHITE), miembro 8) o CTSK (catepsina K), por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a la enfermedad de Alzheimer pueden incluir la proteína receptora de lipoproteína de densidad muy baja (VLDLR, por sus siglas en inglés) codificada por el gen VLDLR, la enzima activadora de
40 modificador de tipo ubiquitina 1 (UBA1) codificada por el gen UBA1 o la proteína de subunidad catalítica de enzima E1 activadora de NEDD8 (UBE1C) codificada por el gen UBA3, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Trastorno por Espectro Autista pueden incluir la proteína 1 asociada a receptor de benzodiazapina (periférica) (BZRAP1) codificada por el gen BZRAP1, la proteína del miembro 2 de la familia AF4/FMR2 (AFF2) codificada por el gen AFF2 (también denominado MFR2), la proteína de homólogo 1 autosómico
45 de retraso mental frágil X (FXR1) codificada por el gen FXR1 o la proteína de homólogo 2 autosómico del retraso mental frágil X (FXR2) codificada por el gen FXR2, por ejemplo.
Los ejemplos de proteínas asociadas a Degeneración Macular pueden incluir la casete de unión de ATP, proteína del miembro 4 (ABCA4) de la sub-familia A (ABC 1) codificada por el gen ABCR, la proteína apolipoproteína E (APOE) codificada por el gen APOE o la proteína de Ligando 2 (CCL2) de quimiocina (unidad C-C) codificada por el
50 gen CCL2, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Esquizofrenia pueden incluir NRG1, ErbB4, CPLX1, TPH1, TPH2, NRXN1, GSK3A, BDNF, DISC1, GSK3B y combinaciones de las mismas.
Ejemplos de proteínas implicadas en la supresión de tumores pueden incluir ATM (ataxia telangiectasia mutada), ATR (ataxia telangiectasia y relacionada con Rad3), EGFR (receptor de factor de crecimiento epidérmico), ERBB2 55 (homólogo 2 de oncogén vírico de leucemia eritroblástica v-erb-b2), ERBB3 (homólogo 3 de oncogén vírico de leucemia eritroblástica v-erb-b2), ERBB4 (homólogo 4 de oncogén vírico de leucemia eritroblástica v-erb-b2), Notch
imagen383
1, Notch2, Notch 3 o Notch 4, por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a trastorno de la secretas pueden incluir PSENEN (homólogo de estimulador 2 de presenilina (C. elegans)), CTSB (catepsina B), PSEN1 (presenilina 1), APP (proteína precursora de amiloide beta (A4)), APH1B (homólogo B defectuoso 1 anterior de la faringe (C. elegans)), PSEN2 (presenilina 2 (enfermedad de
5 Alzheimer 4)) o BACE1 (enzima 1 de escisión de APP de sitio beta), por ejemplo.
Los ejemplos de proteínas asociadas a Esclerosis Lateral Amiotrófica pueden incluir SOD1 (superóxido dismutasa 1), ALS2 (esclerosis lateral amiotrófica 2), FUS (fusionado en sarcoma), TARDBP (proteína de unión de ADN TAR), VAGFA (factor A de crecimiento endotelial vascular), VAGFB (factor B de crecimiento endotelial vascular) y VAGFC (factor C de crecimiento endotelial vascular) y cualquier combinación de los mismos.
10 Ejemplos de proteínas asociadas a enfermedades por priones pueden incluir SOD1 (superóxido dismutasa 1), ALS2 (esclerosis lateral amiotrófica 2), FUS (fusionado en sarcoma), TARDBP (proteína de unión de ADN TAR), VAGFA (factor A de crecimiento endotelial vascular), VAGFB (factor B de crecimiento endotelial vascular) y VAGFC (factor C de crecimiento endotelial vascular) y cualquier combinación de los mismos.
Los ejemplos de proteínas relacionadas con enfermedades neurodegenerativas en trastornos por priones pueden
15 incluir A2M (Alfa-2-Macroglobulina), AATF (Factor de transcripción de antagonización de muerte celular programada), ACPP (fosfatasa ácida prostática), ACTA2 (Actina alfa 2 de músculo liso aorta), ADAM22 (dominio de la metalopeptidasa ADAM), ADORA3 (Receptor de adenosina A3) o ADRA1D (Receptor adrenérgico Alfa-1D para adrenoreceptor Alfa-1D), por ejemplo.
Los ejemplos de proteínas asociadas a Inmunodeficiencia pueden incluir A2M [alfa-2-macroglobulina]; AANAT
20 [arilalquilamina N-acetiltransferasa]; ABCA1 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 1]; ABCA2 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 2] o ABCA3 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 3]; por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Trastornos de Repetición del Trinucleótido incluyen AR (receptor de andrógeno), FMR1 (retraso mental 1 frágil X), HTT (huntingtina) o DMPK (distrofia miotónica-proteína cinasa), FXN (frataxina),
25 ATXN2 (ataxina 2), por ejemplo.
Ejemplos de proteínas asociadas a Trastornos de Neurotransmisión incluyen SST (somatostatina), NOS1 (óxido nítrico sintasa 1 (neuronal)), ADRA2A (receptor alfa-2A-adrenérgico), ADRA2C (receptor alfa-2C-adrenérgico), TACR1 (receptor de taquicinina 1) o HTR2c (receptor 2C de 5-hidroxitriptamina (serotonina)), por ejemplo.
Ejemplos de secuencias asociadas al neurodesarrollo incluyen A2BP1 [proteína 1 de unión de ataxina 2], AADAT
30 [aminoadipato aminotransferasa], AANAT [arilalquilamina N-acetiltransferasa], ABAT [4-aminobutirato aminotransferasa], ABCA1 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 1] o ABCA13 [casete de unión a ATP, sub-familia A (ABC1), miembro 13], por ejemplo.
Más ejemplos de trastornos preferidos tratables con el presente sistema se pueden seleccionar de: Síndrome de Aicardi-Goutières; Enfermedad de Alexander; Síndrome de Allan-Herndon-Dudley; Trastornos Relacionados con 35 POLG; Alfa-Manosidosis (Tipo II y III); Síndrome de Alström; Angelman; Síndrome; Ataxia-Telangiectasia; Lipofuscinosis Ceroide Neuronal; Beta-Talasemia; Atrofia Óptica Bilateral y Atrofia Óptica (Infantil) Tipo 1; Retinoblastoma (bilateral); Enfermedad de Canavan; Síndrome 1 Cerebroculofacioesquelético [COFS1]; Xantomatosis Cerebrotendinosa; Síndrome de Cornelia de Lange; Trastornos Relacionados con MAPT; Enfermedades Genéticas por Priones; Síndrome de Dravet; Enfermedad de Alzheimer Familiar de Comienzo 40 Temprano; Ataxia de Friedreich [FRDA]; Síndrome de Fryns; Fucosidosis; Distrofia Muscular Congénita de Fukuyama; Galactosialidosis; Enfermedad de Gaucher; Acidemias Orgánicas; Linfohistiocitosis Hemofagocítica; Síndrome de Progeria de Hutchinson-Gilford; Mucolipidosis II; Enfermedad de Almacenamiento de Ácido Siálico Libre Infantil; Neurodegeneración Asociada a PLA2G6; Síndrome de Jervell y Lange-Nielsen; Epidermolisis Bullosa sobre las Articulaciones; Enfermedad de Huntington; Enfermedad de Krabbe (Infantil); Síndrome de Leigh Asociado 45 al ADN Mitocondrial y NARP; Síndrome de Lesch-Nyhan; Lisencefalia Asociada a LIS1; Síndrome de Lowe; Enfermedad Urinaria de Jarabe de Maple; Síndrome de Duplicación de MECP2; Trastornos de Transporte de Cobre Relacionado con ATP7A; Distrofia Muscular Relacionada con LAMA2; Deficiencia de Arilsulfatasa A; Mucopolisacaridosis Tipos I, II o III; Trastornos de la Biogénesis del Peroxisoma, Espectro del Síndrome de Zellweger; Neurodegeneración con Trastornos de Acumulación de Hierro en el Cerebro; Deficiencia de 50 Esfingomielinasa Ácida; Enfermedad de Niemann-Pick Tipo C; Encefalopatía por Glicina; Trastornos Relacionados con ARX; Trastornos del Ciclo de la Urea; Osteogénesis Imperfecta Relacionada con COL1A1/2; Síndrome de Supresión de ADN Mitocondrial; Trastornos Relacionados con PLP1; Síndrome de Perry; Síndrome de Phelan-McDermid; Enfermedad de Almacenamiento de Glucógeno Tipo II (Enfermedad de Pompe) (Infantil); Trastornos Relacionados con MAPT; Trastornos Relacionados con MECP2; Condrodisplasia Punctata Rizomélica Tipo 1; 55 Síndrome de Roberts; Enfermedad de Sandhoff; Enfermedad de Schindler -Tipo 1; Deficiencia de Adenosina Deaminasa; Síndrome de Smith-Lemli-Opitz; Atrofia Muscular Espinal; Ataxia Espinocerebelar de Comienzo Infantil; Deficiencia de Hexosaminidasa A; Displasia Tanatofórica de Tipo 1; Trastornos Relacionados con el Colágeno Tipo VI; Síndrome de Usher Tipo I; Distrofia Muscular Congénita; Síndrome de Wolf-Hirschhorn; Deficiencia de Lipasa
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
Ácida Lisosomal y Xerodermia Pigmentosa.
Como será evidente, se prevé que el presente sistema se pueda usar para fijar como objetivo cualquier secuencia de polinucleótidos de interés. Algunos ejemplos de afecciones o enfermedades que se podían tratar positivamente usando el presente sistema se incluyen en las Tablas anteriores y también se proporcionan allí ejemplos de genes asociados en la actualidad a esas enfermedades. Sin embargo, los genes ejemplificados no son exhaustivos.
Ejemplos
Los siguientes ejemplos se proporcionan con fines ilustrativos de diversas realizaciones de la invención y no están destinados a limitar la presente invención de ningún modo. Los presentes ejemplos, junto con los métodos descritos en la presente memoria son representativos en el momento presente de realizaciones preferidas, son ejemplares, y no se destinan a limitar el alcance de la invención.
Ejemplo 1: Actividad del complejo CRISPR en el núcleo de una célula eucariota.
Un sistema CRISPR de ejemplo de tipo II es el sitio CRISPR de tipo II de Streptococcus pyogenes SF370, que contiene una agrupación de cuatro genes Cas9, Cas1, Cas2 y Csn1, así como dos elementos de ARN no codificante, ARNtracr y una serie característica de secuencias repetitivas (repeticiones directas) inter espaciadas por tramos cortos de secuencias no repetitivas (espaciadores, aproximadamente 30 pb cada uno). En este sistema, se genera rotura de doble cadena (RDC) de ADN fijado como objetivo en cuatro etapas secuenciales (Figura 2A). Primero, dos ARN no codificantes, la serie pre-ARNcr y ARNtracr, se transcriben del sitio CRISPR. Segundo, ARNtracr se hibrida a las repeticiones directas de pre-ARNcr, que se tratan después en ARNcr maduros que contienen secuencias espaciadoras individuales. Tercero, el complejo ARNcr:ARNtracr maduro dirige Cas9 al ADN objetivo que consiste en el protoespaciador y la correspondiente PAM vía la formación de heterodúplex entre la región espaciadora del ARNcr y el ADN protoespaciador. Finalmente, Cas9 media la escisión de ADN objetivo aguas arriba de PAM para crear una RDC dentro del protoespaciador (Figura 2A). Este ejemplo describe un procedimiento de ejemplo para adaptar este sistema de nucleasa programable de ARN para dirigir la actividad del complejo CRISPR en el núcleo de las células eucariotas.
Cultivo celular y transfección
Se mantuvo la estirpe celular HEK 293FT de riñón embrionario humano (HEK, por sus siglas en inglés) (Life Technologies) en Medio Eagle modificado por Dulbecco (DMEM) enriquecido con suero fetal bovino al 10% (HyClone), GlutaMAX 2 mM (Life Technologies), 100 U/ml de penicilina y 100 µg/ml de estreptomicina a 37°C con incubación en CO2 al 5%. Se mantuvo la línea celular neuro2A de ratón (N2A) (ATCC) con DMEM enriquecido con suero bovino fetal al 5% (HyClone), GlutaMAX 2 mM (Life Technologies), 100 U/ml de penicilina y 100 µg/ml de estreptomicina a 37 ºC con incubación en CO2 al 5%.
Se sembraron células HEK 293FT o N2A en placas de 24 pozos (Corning) un día antes de la transfección con una densidad de 200.000 células por pozo. Se transfectaron las células usando Lipofectamine 2000 (Life Technologies) siguiendo el protocolo recomendado por el fabricante. Para cada pozo de una placa de 24 pozos, se usó un total de 800 ng de plásmido.
Ensayo Surveyor y análisis de la secuenciación para modificación de genomas
Se transfectaron células 293FT o N2A con ADN de plásmido como se describió anteriormente. Después de la transfección, se incubaron las células a 37°C durante 72 horas antes de la extracción de ADN genómico. Se extrajo ADN genómico usando el kit de extracción de ADN QuickExtract (Epicentre) siguiendo el protocolo del fabricante. En resumen, se volvieron a suspender las células en solución QuickExtract y se incubaron a 65 °C durante 15 minutos y 98 °C durante 10 minutos. El ADN genómico extraído se proceso inmediatamente o se almacenó a -20 °C.
La región genómica que flanquea el sitio objetivo de CRISPR para cada gen se amplificó por PCR y se purificaron los productos usando una columna de QiaQuick Spin (Qiagen) siguiendo el protocolo del fabricante. Se mezclaron 400 ng totales de los productos de PCR purificados con 2 µl de tampón de PCR 10X ADN Taq Polimerasa (Enzymatics) y agua ultra pura hasta un volumen final de 20 µl y se sometieron a un procedimiento de rehibridación para permitir la formación de heteroduplex: 95°C durante 10 min, de 95°C a 85°C descendiendo a -2°C/s, de 85°C a 25°C a – 0,25°C/s y 25°C mantenidos durante 1 minuto. Después de la rehibridación, se trataron los productos con nucleasa Surveyor y estimulador S Surveyor (Transgenomics) siguiendo el protocolo recomendado por el fabricante y se analizaron sobre geles de poliacrilamida Novex TBE al 4-20% (Life Technologies). Se tiñeron los geles con tinción de ADN SYBR Gold (Life Technologies) durante 30 minutos y se formaron imágenes con un sistema de formación de imágenes de gel Gel Doc (Bio-rad). La cuantificación estuvo basada en intensidades de banda relativas, como una medida de la fracción de ADN escindido. La Figura 7 proporciona una ilustración esquemática de este ensayo Surveyor.
imagen384
Ensayo de polimorfismo de la longitud del fragmento de restricción para la detección de la recombinación homóloga.
Se transfectaron las células HEK293FT y N2A con ADN de plásmido y se incubaron a 37 °C durante 72 horas antes de la extracción de ADN genómico como se ha descrito anteriormente. La región genómica objetivo se amplificó por
5 PCR utilizando cebadores fuera de los brazos de homología de la plantilla de recombinación homóloga (HR). Se separaron los productos de la PCR sobre un gel de agarosa al 1% y se extrajeron con el kit MinElute GelExtraction (Qiagen). Los productos purificados se digirieron con HindIII (Fermentas) y se analizaron sobre un gel de poliacrilamida Novex TBE al 6% (Life Technologies).
Predicción y análisis de la estructura secundaria del ARN
10 Se realizó una predicción de la estructura secundaria del ARN utilizando el RNAfold webserver online, desarrollado en el Instituto para Química Teórica de la Universidad de Viena, usando el algoritmo de predicción de estructura centroide (véase, por ejemplo, A. R. Gruber et al., 2.008, Cell 106 (1): 23-24 y PA Carr y GM Church, 2.009, Nature Biotechnology 27 (12): 1.151-62).
Purificación de ARN
15 Se mantuvieron las células HEK 293FT y se transfectaron tal como se ha indicado anteriormente. Se recolectaron las células por tripsinización seguida por lavado en solución salina tamponada con fosfato (PBS). Se extrajo el ARN celular total con el reactivo TRI (Sigma) siguiendo el protocolo del fabricante. Se cuantificó el ARN total extraído utilizando Naonodrop (Thermo Scientific) y se normalizó respecto a la misma concentración.
Análisis de Northern de la expresión de ARNcr y ARNtracr en células de mamífero
20 Se mezclaron los ARN con volúmenes idénticos de tampón de carga 2X (Ambion), se calentaron hasta 95 °C durante 5 min, se enfriaron en hielo durante 1min y después se añadieron a un gel de poliacrilamida desnaturalizado al 8% (SequaGel, National Diagnostics) después de haber pretratado el gel durante al menos 30 minutos. Las muestras se sometieron a electroforesis durante 1.5 horas con un límite de 40 W. Posteriormente, se transfirió el ARN a la membrana Hybond N+ (GE Healthcare) a 300 mA en un aparato de transferencia semiseco (Bio-rad) a
25 temperatura ambiente durante 1.5 horas. Se retículo el ARN a la membrana utilizando el botón de autorreticulación en Stratagene UV Crosslinker Stratalinker (Stratagene). La membrana se sometió a una hibridación previa en el tampón de hibridación ULTRAhyb-Oligo (Ambion) durante 30 min con rotación a 42 °C y a continuación se añadieron las sondas y se hibridó durante toda la noche. Se encargaron las sondas a IDT y se marcaron con [gamma-32P] ATP (Perkin Elmer) con la polinucleótido cinasa T4 (New England Biolabs). Se lavó la membrana una vez con 2xSSC
30 precalentado (42 °C), SDS al 0.5% durante 1 min seguido por dos lavados de 30 minutos a 42 °C. La membrana se expuso a una pantalla de luminiscencia durante una hora o toda la noche a temperatura ambiente y a continuación se realizó un barrido con un lector de luminiscencia fotoestimulada (Typhoon).
Construcción y evaluación del sistema CRISPR bacteriano
Se amplificaron mediante PCR los elementos del sitio de CRISPR incluidos el ARNtracr, Cas9 y el líder a partir del
35 ADN genómico de Streptococcus pyogenes SF370 con brazos de homología flanqueantes para el ensamblaje de Gibson. Se introdujeron dos sitios BsaI de tipo IIS entre dos repeticiones directas para facilitar la inserción sencilla de espaciadores (Figura 8). Se clonaron los productos de la PCR en pACYC184 digerido con EcoRV aguas abajo del promotor tet utilizando la Mezcla Maestra (Master Mix) para el ensamblaje de Gibson (NEB). Se omitieron otros elementos endógenos del sistema CRISPR, con la excepción de los últimos 50 pb de Csn2. Se clonaron los oligos
40 (Integrated DNA Technology) que codificaban espaciadores con regiones protuberantes complementarias en el vector pDC000 digerido con BsaI (NEB) y se ligaron a continuación con la ligasa T7 (Enzymatics) para generar los plásmidos pCRISPR. Los plásmidos de exposición que contienen espaciadores con expresión de PAM en células de mamífero (construcciones de expresión ilustradas en la Figura 6A, con funcionalidad cuando se determina por los resultados del ensayo de Surveyor mostrado en la Figura 6B). Los sitios de comienzo de la transcripción se señalan
45 como +1 y el terminador de la transcripción y la secuencia probada por el ensayo de northern se indican también. La expresión de ARNtracr tratado también se confirmó por ensayo de Northern. La Figura 6C muestra los resultados de un ensayo de Northern de ARN total extraído de células 293FT transfectadas con construcciones de expresión U6 que soportan ARNtracr largo o corto, así como SpCas9 y DR-EMX1(1)-DR. Los paneles izquierdo y derecho son de células 293FT transfectadas sin o con SpRNasa III, respectivamente. U6 indica control de carga representado
50 gráficamente con una sonda que fija como objetivo ARNsn U6 humano. La transinfección de la construcción de expresión de ARNtracr corto conduce a niveles abundantes de la forma tratada de ARNtracr (~75 pb). Se detectan
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
cantidades muy bajas de ARNtracr largo en el análisis de Northern.
Para activar la iniciación precisa transcripcional, se seleccionó el activador de U6 basado en ARN polimerasa III para conducir la expresión de ARNtracr (Figura 2C). De manera similar, se desarrolló una construcción a base de activador U6 para expresar una serie pre-ARNcr que consiste en un único espaciador flanqueado por dos repeticiones directas (las RD, también incluida por el término "secuencias de emparejamiento tracr"; Figura 2C). Se diseñó el espaciador inicial para fijar como objetivo un sitio objetivo de 33 pares de bases (pb) (protoespaciador de 30 pb más una secuencia de unidad (PAM) CRISPR de 3 pb que satisface la unidad de reconocimiento NGG de Cas9) en el sitio EMX1 humano (Figura 2C), un gen clave en el desarrollo de la corteza cerebral.
Para ensayar si la expresión heteróloga del sistema CRISPR (SpCas9, SpRNasa III, ARNtracr y pre-ARNcr) en células de mamífero puede conseguir la escisión fijada como objetivo de cromosomas de mamífero, se transfectaron células HEK 293FT con combinaciones de componentes CRISPR. Puesto que las RDC en núcleos de mamífero se reparan parcialmente por la ruta de unión de extremos no homólogos (NHEJ, por sus siglas en inglés), que conduce a la formación de inserciones o supresiones, se usó el ensayo Surveyor para detectar potencial actividad de escisión en el sitio EMX1 objetivo (Figura 7) (véase por ej., Guschin et al., 2.010, Methods Mol Biol 649: 247). La transinfección conjunta de los cuatro componentes CRISPR pudo inducir una escisión hasta del 5,0% en el protoespaciador (véase la Figura 2D). La transinfección conjunta de todos los componentes CRISPR menos SpRNasa III también indujo hasta 4,7% de inserción o supresión en el protoespaciador, que sugiere que puede haber Rnasas de mamífero endógenas que son capaces de ayudar a la maduración de ARNcr, tal como por ejemplo las enzimas Dicer y Drosha relacionadas. Retirar cualquiera de los tres componentes restantes anula la actividad de escisión del genoma del sistema CRISPR (Figura 2D). La secuenciación Sanger de amplicones que contiene el sitio fijado como objetivo verificó la actividad de escisión: en 43 clones secuenciados, se encontraron 5 alelos mutados (11,6%). Experimentos similares usando una variedad de secuencias guía produjeron porcentajes de inserción o supresión tan altos como 29% (véanse las Figuras 3-6, 10 y 11). Estos resultados definen un sistema de tres componentes para modificación de genomas mediada por CRISPR eficaz en células de mamífero. Para optimizar la eficacia de escisión, los solicitantes también ensayaron si diferentes isoformas de ARNtracr afectaban a la eficacia de la escisión y encontraron que, en este sistema de ejemplo, sólo la forma transcrita corta (89 pb) era capaz de mediar la escisión del sitio genómico EMX1 humano (Figura 6B).
La Figura 12 proporciona un análisis de Northern adicional de tratamiento de ARNcr en células de mamífero. La Figura 12A ilustra un esquema que muestra el vector de expresión para un único espaciador flanqueado por dos repeticiones directas (RD-EMX1(1)-RD). El espaciador de 30 pb que fija como objetivo el protoespaciador 1 del sitio EMX1 humano (veáse la Figura 6) y las secuencias de repetición directa se muestran en la secuencia debajo de la Figura 12A. La línea indica la región cuya secuencia de complemento inverso se usó para generar sondas de Northern para detección de ARNcr de EMX1(1). La Figura 12B muestra un análisis Northern de ARN total extraído de células 293FT transfectadas con construcciones de expresión U6 que soportan RD-EMX1(1)-RD. Los paneles izquierdo y derecho son de células 293FT transfectadas sin o con SpRNasa III respectivamente. Se trató RDEMX1(1)-RD en ARNcr maduros sólo en presencia de SpCas9 y ARNtracr corto y no fue dependiente de la presencia de SpRNasa III. El ARNcr maduro detectado de ARN total de 293FT transfectado es ~33 pb y es más corto que el ARNcr maduro de 39-42 pb de S. pyogenes. Estos resultados demuestran que un sistema CRISPR se puede trasplantar en células eucariotas y reprogramar para facilitar la escisión de polinucleótidos objetivo de mamíferos endógenos.
La Figura 2 ilustra el sistema CRISPR bacteriano descrito en este ejemplo. La Figura 2A ilustra un esquema que muestra el sitio 1 de CRISPR de Streptococcus pyogenes SF370 y un mecanismo propuesto de escisión de ADN mediada por CRISPR por este sistema. El ARNcr maduro tratado de la serie repetición directa – espaciador dirige Cas9 a objetivos genómicos que constan de protoespaciadores complementario y una unidad adyacente al protoespaciador (PAM). En el emparejamiento de base objetivo-espaciador, Cas9 media una rotura de doble cadena en el ADN objetivo. La Figura 2B ilustra el logro de Cas9 de S. pyogenes (SpCas9) y RNasa III (SpRNasa III) con señales de localización nuclear (las NLS) para permitir la importación al núcleo del mamífero. La Figura 2C ilustra la expresión de mamífero de SpCas9 y SpRNasa III conducida por el activador EF1a constitutivo y ARNtracr y la serie pre-ARNcr (RD-Espaciador-RD) conducidos por el activador U6 de ARN Pol3 para activar iniciación y terminación de transcripción precisa. Un protoespaciador del sitio EMX1 humano con una secuencia PAM satisfactoria se usa como el espaciador en la serie pre-ARNcr. La Figura 2D ilustra ensayo de la nucleasa surveyor para inserciones y supresiones minoritarias mediadas por SpCas9. SpCas9 se expresó con y sin SpRNasa III, ARNtracr y una serie pre-ARNcr que soporta el espaciador objetivo EMX1. La Figura 2E ilustra una representación esquemática de emparejamiento de bases entre el sitio objetivo y ARNcr que fija como objetivo EMX1, así como un cromatograma de ejemplo que muestra una microsupresión adyacente al sitio de escisión de SpCas9. La Figura 2F ilustra alelos mutados identificados de análisis de secuenciación de 43 amplicones clonales que muestran una variedad de microinserciones y supresiones. Las líneas discontinuas indican bases suprimidas y bases no alineadas o emparejadas erróneamente indican inserciones o mutaciones. Barra de escala = 10 µm.
Para simplificar además el sistema de tres componentes, se adaptó un diseño híbrido de ARNcr-ARNtracr quimérico, donde un ARNcr maduro (que comprende una secuencia guía) se puede fusionar a un ARNtracr parcial vía un tallolazo para imitar el dúplex ARNcr:ARNtracr natural. Para incrementar la eficacia de cosuministro, se creó un vector de expresión bicistrónico para impulsar la coexpresión de un ARN quimérico y SpCas9 en células transfectadas. En
imagen385
paralelo, se utilizaron vectores bicistrónicos para expresar un pre-ARNcr (RD-secuencia guía-RD) con SpCas9 para inducir el procesamiento en ARNcr con un ARNtracr expresado por separado (compare la parte superior e inferior de la Figura 11B). La Figura 8 proporciona ilustraciones esquemáticas de vectores de expresión bicistrónicos para una serie de pre-ARNcr (Figura 8A) o ARNcr quimérico (representado por la línea corta aguas abajo del sitio de inserción 5 de la secuencia guía y aguas arriba del promotor EF1α en la Figura 8B) con hSpCas9, que muestra la ubicación de varios elementos y el punto de inserción de la secuencia guía. La secuencia expandida alrededor de la ubicación del sitio de inserción de la secuencia guía en la Figura 8B también muestra una secuencia RD parcial (GTTTTAGAGCTA) (SEQ ID NO: 11) y una secuencia de ARNtracr parcial (TAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTTTT) (SEQ ID NO: 12). Las secuencias guía se pueden insertar entre los sitios BbsI utilizando oligonucleótidos hibridados. El diseño de la secuencia para los oligonucleótidos se muestra debajo de las ilustraciones esquemáticas de la Figura 8, indicándose los adaptadores de ligación apropiados. WPRE representa el elemento regulador postranscripcional del virus de la hepatitis de Woodchuck. La eficacia de la escisión mediada por el ARN quimérico se estudió fijando como objetivo el mismo sitio de EMX1 descrito anteriormente. Utilizando tanto el ensayo Surveyor como la secuenciación de Sanger de los amplicones, los
15 solicitantes confirmaron que el diseño de ARN quimérico facilita la escisión del sitio de EMX1 humano con aproximadamente un 4.7% de tasa de modificación (Figura 3).
La posibilidad de generalizar la escisión mediada por CRISPR en células eucariotas se estudió fijando como objetivo sitios genómicos adicionales tanto en células de ratón como humanas diseñando ARN quimérico que tenía como objetivo múltiples sitios en  y PVALB humano, así como en los sitios Th de ratón. La Figura 13 ilustra la selección de algunos protoespaciadores fijados como objetivo en el PVLAB humano (Figura 13A) y sitios Th de ratón (Figura 13B). Se proporcionan los esquemas de los sitios génicos y la ubicación de tres protoespaciadores comprendidos en el último exón. Las secuencias subrayadas incluyen 30 pb de la secuenica protoespaciadora y 3 pb del extremo 3’ correspondientes a las secuencias PAM. Los protoespaciadores en las hebras transcrita y complementaria se indican por encima y por debajo de las secuencias de ADN, respectivamente. Se consiguió una
25 tasa de modificación de 6,3% y 0,75% para los sitios PVALB humano y Th de ratón, respectivamente, que demuestra la amplia aplicabilidad del sistema CRISPR en la modificación de diferentes sitios a través de múltiples organismos (Figura 5). Aunque la escisión sólo se detectó con uno de tres espaciadores para cada sitio usando las construcciones quiméricas, todas las secuencias objetivo se escindieron con eficacia de producción de inserción o supresión que alcanzó el 27% cuando se usó la disposición de pre-ARNcr expresada conjuntamente (Figuras 6 y 13).
La Figura 11 proporciona una ilustración más de que SpCas9 puede ser reprogramado para fijar como objetivo múltiples sitios genómicos en células de mamífero. La Figura 11A proporciona un esquema del sitio EMX1 humano que muestra la posición de cinco protoespaciadores, indicado por las secuencias subrayadas. La Figura 11B proporciona un esquema del complejo pre-ARNcr/ARNtrcr que muestra la hibridación entre la región de repetición
35 directa del pre-ARNcr y ARNtracr (parte superior) y un esquema de un diseño de ARN quimérico que comprende una secuencia guía de 20 pb y secuencias de emparejamiento tracr y tracr que consisten en secuencias de repetición directa parcial y ARNtracr hibridadas según la estructura de horquilla (fondo). Los resultados de un ensayo Surveyor comparando la eficacia de escisión mediada por Cas9 en cinco protoespaciadores en el sitio EMX1 humano se ilustra en la Figura 11C. Cada protoespaciador se fija como objetivo usando complejo preARNcr/ARNtracr tratado (ARNcr) o ARN quimérico (ARNqui).
Puesto que la estructura secundaria de ARN puede ser crucial para interacciones intermoleculares, se usó un conjunto de algoritmo de predicción de estructuras basado en energía libre mínima y estructura pesada de Boltzmann para comparar la estructura secundaria putativa de todas las secuencias guía usadas en el experimento de fijación como objetivo de genoma (véase por ej., Gruber et al., 2.008, Nucleic Acids Research, 36: W70). El
45 análisis reveló que en la mayoría de los casos, las secuencias guía eficaces en el contexto de ARNcr quimérico estaban sustancialmente exentas de unidades de estructura secundaria, mientras las secuencias guía ineficaces era más probable que formaran estructuras secundarias internas que podían evitar el emparejamiento de bases con el ADN de protoespaciador objetivo. Así es posible que la variabilidad en la estructura secundaria del espaciador puede impactar en la eficacia de la interferencia mediada por CRISPR cuando se usa un ARNcr quimérico.
Más diseños de vectores para SpCas9 se presentan en la Figura 22, que ilustra vectores únicos de expresión que incorporan un activador U6 ligado a un sitio de inserción para un oligo guía y un activador Cbh ligado a secuencia de codificación SpCas9. El vector que se muestra en la Figura 22b incluye una secuencia codificante ARNtracr unida a un promotor H1.
En el ensayo de bacterias, todos los espaciadores facilitaron interferencia de CRISPR eficaz (Figura 3C). Estos
55 resultados sugieren que puede haber factores adicionales que afecten a la eficacia de la actividad de CRISPR en células de mamífero.
Para investigar la especificidad de la escisión mediada por CRISPR, se analizó el efecto de mutaciones de único nucleótido en la secuencia guía sobre la escisión del protoespaciador en el genoma de mamífero usando una serie de ARNcr quiméricos que fijan como objetivo EMX1 con mutación de puntos únicos (Figura 3A). La Figura 3B ilustra los resultados de un ensayo de nucleasa Surveyor comparando la eficacia de la escisión de Cas9 cuando se empareja con diferentes ARN quiméricos mutantes. El emparejamiento erróneo de bases únicas hasta 12 pb 5' de la PAM sustancialmente anuló la escisión genómica por SpCas9, mientras los espaciadores con mutaciones en posiciones aguas arriba más lejos retuvieron la actividad frente al objetivo del protoespaciador original (Figura 3B). Además de la PAM, SpCas9 presenta especificidad de base única dentro de los últimos 12 pb del espaciador. Además, CRISPR es capaz de mediar la escisión genómica tan eficazmente como un par de nucleasas TALE
imagen386
5 (TALEN) fijando como objetivo el mismo protoespaciador EMX1. La Figura 3C proporciona un esquema que muestra el diseño de las TALEN que fijan como objetivo EMX1 y la Figura 3D muestra un gel Surveyor comparando la eficacia de TALEN y Cas9 (n=3).
Teniendo establecida una serie de componentes para conseguir edición de genes mediada por CRISPR en células de mamífero a través del mecanismo NHEJ con predisposición a errores, se ensayó la capacidad de CRISPR para 10 estimular la recombinación homóloga (RH), una ruta de reparación de genes de alta fidelidad para preparar mediciones precisas en el genoma. SpCas9 de tipo natural es capaz de mediar las RDC específicas del sitio, que se pueden reparar a través de tanto NHEJ como RH. Además, se logró una sustitución de aspartato a alanina (D10A) en el dominio catalítico RuvC I de SpCas9 para convertir la nucleasa en una nickasa (SpCas9n; ilustrado en la Figura 4A) (véase por ej., Sapranausaks et al., 2.011, Nucleic Acids Research, 39: 9.275; Gasiunas et al., 2.012, 15 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109: E2579), de manera que el ADN genómico nickeado experimenta la reparación dirigida por homología de alta fidelidad (HDR, por sus siglas en inglés). El ensayo Surveyor confirmó que SpCas9n no generaba inserciones o supresiones en el objetivo del protoespaciador EMX1. Como se ilustra en la Figura 4B, la expresión conjunta de ARNcr quimérico que fija como objetivo EMX1 con SpCas9 produjo inserciones o supresiones en el sitio fijado como objetivo, mientras la expresión conjunta con SpCas9n no lo hizo (n=3). Por otra parte, la 20 secuenciación de 327 amplicones no detectó ninguna inserción o supresión inducida por SpCas9n. Se seleccionó el mismo sitio para ensayar RH mediada por CRISPR por transinfección conjunta de células HEK 293FT con el ARN quimérico que fija como objetivo EMX1, hSpCas9 o hSpCas9n, así como una plantilla de RH para introducir un par de sitios de restricción (HindIII y NheI) cerca del protoespaciador. La Figura 4C proporciona una ilustración en esquema de la estrategia de la RH, con posiciones relativas de puntos de recombinación y secuencias de 25 hibridación de cebadores (flechas). SpCas9 y SpCas9n por supuesto catalizaron la integración de la plantilla de RH en el sitio EMX1. La multiplicación por PCR de la región fijada como objetivo seguida por digestión de restricción con HindIII reveló productos de escisión correspondiendo a tamaños de fragmentos esperados (flechas en análisis de gel de polimorfismo de longitud del fragmento de restricción mostrado en la Figura 4D), mediando SpCas9 y SpCas9n niveles similares de eficacias de la RH. Los solicitantes verificaron además RH usando secuenciación de Sanger de
30 amplicones genómicos (La Figura 4E). Estos resultados demuestran la utilidad de CRISPR para facilitar la inserción de genes fijados como objetivo en el genoma del mamífero. Dada la especificidad objetivo de 14 pb (12 pb del espaciador y 2 pb de la PAM) de SpCas9 de tipo natural, la disponibilidad de una nickasa puede reducir significativamente la probabilidad de modificaciones fuera de lo proyectado, puesto que las roturas de hebra única no son sustratos para la ruta NHEJ con predisposición a errores.
35 Las construcciones de expresión que imitan la arquitectura natural de sitios CRISPR con espaciadores formados (Figura 2A) se construyeron para ensayar la posibilidad de fijar como objetivo secuencias multiplexadas. Usando una única serie CRISPR codificando un par de espaciadores que fijan como objetivo EMX1 y PVALB, se detectó la escisión eficaz en ambos sitios (Figura 4F, que muestra tanto un diseño esquemático de la serie ARNcr como un análisis Surveyor mostrando la mediación eficaz de la escisión). La supresión fijada como objetivo de regiones
40 genómicas mayores a través de las RDC usando espaciadores frente a dos objetivos dentro de EMX1 espaciado por 119 pb también se ensayó y se detectó una eficacia de la supresión del 1,6% (3 de un total de 182 amplicones; Figura 4G). Esto demuestra que el sistema CRISPR puede mediar la edición multiplexada dentro de un único genoma.
Ejemplo 2: Modificaciones y alternativas del sistema CRISPR.
45 La capacidad para usar ARN para programar escisión de ADN específica de la secuencia define una nueva clase de herramientas de ingeniería del genoma para una variedad de aplicaciones de investigación e industriales. Diversos aspectos del sistema CRISPR se pueden mejorar además para aumentar la eficacia y la versatilidad de la fijación como objetivo de CRISPR. La actividad óptima de Cas9 puede depender de la disponibilidad de Mg2+ libre en niveles mayores que los presentes en el núcleo de los mamíferos (véase por ej., Jinek et al., 2.012, Science, 337: 816) y la
50 preferencia para una unidad de NGG inmediatamente aguas abajo del protoespaciador restringe la capacidad para fijar como objetivo de promedio cada 12 pb en el genoma humano (Figura 9, que evalúa tanto la hebra positiva como la negativa de las secuencias cromosómicas humanas). Algunas de estas restricciones se pueden superar explorando la diversidad de los sitios CRISPR a través del metagenoma microbiano (véase por ej., Makarova et al., 2.011, Nat Rev Microbiol, 9: 467). Otros sitios CRISPR pueden ser trasplantados en el medio celular de los
55 mamíferos mediante un procedimiento similar al descrito en el Ejemplo 1. Por ejemplo, la Figura 10 ilustra la adaptación del sistema CRISPR de tipo II de CRISPR 1 de LMD-9 de Streptococcus thermophilus para la expresión heteróloga en células de mamífero para lograr la edición genómica mediada por CRISPR. La Figura 10A proporciona una ilustración esquemática de CRISPR1 de LMD-9 de S. thermophilus. La Figura 10B ilustra el diseño de un sistema de expresión para el sistema CRISPR de S. thermophilus. La hStCas9 codón-optimizada humana se
60 expresa utilizando un promotor EF1α constitutivo. Las versiones maduras de ARNtracr y ARNcr se expresan utilizando el promotor U6 para impulsar una iniciación de la transcripción precisa. Se ilustran las secuencias procedentes de ARNcr y ARNtracr maduros. Se utiliza una única base indicada por la “a” minúscula en la secuencia
imagen387
de ARNcr para eliminar la secuencia de poliU que actúa como un terminador transcripcional de la ARN pol III. La Figura 10C proporciona un esquema que muestra secuencias guía que tienen como objetivo el sitio de EMX1 humano. La Figura 10D muestra los resultados de la escisión mediada por hStCas9 en el sitio objetivo utilizando el ensayo Surveyor. Los espaciadores 1 y 2 del ARN guía indujeron un 14% y 6.4% respectivamente. El análisis 5 estadístico de la actividad de escisión a lo largo de réplicas biológicas en estos dos sitios protoespaciadores también se proporciona en la Figura 5. La Figura 14 proporciona un esquema de un protoespaciador adicional y la secuencia PAM correspondiente que son objetivos del sistema CRISPR de S. thermophilus en el sitio de EMX1 humano. Se resaltan dos secuencias protoespaciadoras y se indican sus secuencias PAM correspondientes que satisfacen el motivo NNAGAAW mediante el subrayado en 3’ respecto a la secuencia resaltada correspondiente. Ambos
10 protoespaciadores tienen como objetivo la secuencia antisentido.
Ejemplo 3: Algoritmo de selección de secuencias objetivo de muestra.
Se diseña un programa informático para identificar secuencias objetivo de CRISPR candidato en ambas cadenas de una secuencia de ADN de entrada basada en longitud deseada de secuencias guía y una secuencia de unidad CRISPR (PAM) para una enzima CRISPR especificada. Por ejemplo, los sitios objetivo para Cas9 de S. pyogenes, 15 con secuencias NGG de PAM, se pueden identificar por investigación para 5'-Nx-NGG-3' ambas en la secuencia de entrada y en el complemento inverso de la entrada. Asimismo los sitios objetivo para Cas9 de CRISPR1 de S. thermophilus, con secuencia NNAGAAW de PAM, se pueden identificar por investigación para 5'-Nx-NNAGAAW-3' ambos en la secuencia de entrada y en el complemento inverso de la entrada. Asimismo, los sitios objetivo para Cas9 de CRISPR3 de S. thermophilus, con secuencia NGGNG de PAM, se pueden identificar por investigación para
20 5'-Nx-NGGNG-3' ambos en la secuencia de entrada y en el complemento inverso de la entrada. El valor "x" en Nx puede ser fijado por el programa o especificado por el usuario, tal como 20.
Puesto que múltiples apariciones en el genoma del sitio objetivo de ADN pueden conducir a edición de genoma no especifica, después de identificar todos los sitios potenciales, el programa filtra secuencias basadas en el número de veces que aparecen en el genoma de referencia relevante. Para esas enzimas CRISPR para las cuales se 25 determina la especificidad de secuencia mediante una secuencia "simiente", tal como la 5’ de 11-12 pb de la secuencia PAM, incluyendo la propia secuencia PAM, la etapa de filtración puede estar basada en la secuencia simiente. Así, para evitar la edición en sitios genómicos adicionales, los resultados se filtran basándose en el número de apariciones de la secuencia simiente:PAM en el genoma relevante. Se puede permitir que el usuario elija la longitud de la secuencia simiente. También se puede permitir que el usuario especifique el número de apariciones 30 de la secuencia simiente:PAM en un genoma para fines de pase del filtro. El defecto es investigar secuencias únicas. El nivel de filtración se modifica cambiando tanto la longitud de la secuencia simiente como el número de apariciones de la secuencia en el genoma. El programa puede proporcionar además o como alternativa la secuencia de una secuencia guía complementaria a la secuencia o secuencias objetivo indicadas proporcionando el complemento inverso de la secuencia o secuencias objetivo identificadas. En la Figura 18 se proporciona una
35 visualización de ejemplo de algunos sitios objetivo en el genoma humano.
Ejemplo 4: Evaluación de híbridos ARNcr-ARNtracr quiméricos múltiples.
Este ejemplo describe los resultados obtenidos para los ARN quiméricos (los ARNqui; que comprenden una secuencia guía, una secuencia de emparejamiento tracr y una secuencia tracr en un transcrito único) que tienen secuencias tracr que incorporan diferentes longitudes de secuencia ARNtracr de tipo natural. La Figura 16a ilustra 40 un esquema de un vector bicistrónico de expresión para ARN quimérico y Cas9. Cas9 es conducido por el activador CBh y el ARN quimérico es conducido por un activador U6. El ARN guía quimérico consta de una secuencia guía de 20 pb (Ns) unida a la secuencia tracr (barriendo desde la primera "U" de la hebra menor al extremo del transcrito), que se trunca en diversas posiciones como se indica. Las secuencias guía y tracr se separan mediante la secuencia de emparejamiento tracr GUUUUAGAGCUA (SEQ ID NO: 13) seguido por la secuencia lazo GAAA. Los resultados 45 de los ensayos SURVEYOR para inserciones o supresiones mediadas por Cas9 en los sitios EMX1 y PVALB humanos se ilustran en la Figura 16b y 16c, respectivamente. Las flechas indican los fragmentos SURVEYOR esperados. Los ARNqui se indican por su designación "+n" y ARNcr se refiere a un ARN híbrido donde las secuencias guía y tracr se expresan como transcritos separados. La cuantificación de estos resultados, realizados por triplicado, se ilustran por histograma en las Figuras 17a y 17b, que corresponden a las Figuras 16b y 16c,
50 respectivamente ("N. D." indica no inserciones o supresiones detectadas). Los ID del protoespaciador y su correspondiente objetivo genómico, secuencia del protoespaciador, secuencia PAM y posición de la cadena se proporcionan en la Tabla D. Las secuencias guía se diseñan para que sean complementarias a la secuencia completa del protoespaciador en el caso de transcritos separados en el sistema híbrido o sólo a la porción subrayada en el caso de ARN quiméricos.
55 Tabla D:
ID del protoespaciador
objetivo genómico secuencia del protoespaciador (5' a 3') PAM SEQ ID NO: Hebra
imagen388
Inicialmente, se fijaron como objetivo tres sitios dentro del sitio de EMX1 en células HEK 293FT humanas. Se evaluó la eficacia de la modificación del genoma de cada ARNqui usando el ensayo de la nucleasa SURVEYOR, que detecta mutaciones que resultan de las roturas de la doble cadena de ADN (las RDC) y su posterior reparación por 5 la ruta de reparación de daños de ADN de unión del extremo no homólogo (NHEJ). Las construcciones designadas ARNqui(+n) indican que hasta el nucleótido +n de ARNtracr de tipo natural se incluye en la construcción de ARN quimérico, con valores de 48, 54, 67 y 85 usados para n. Los ARN quiméricos que contienen fragmentos mayores de ARNtracr de tipo natural (ARNqui (+67) y ARNqui (+85)) mediaron la escisión de ADN en los tres sitios objetivo de EMX1, demostrando ARNqui (+85) en particular niveles significativamente mayores de escisión de ADN que los
10 correspondientes híbridos ARNcr/ARNtracr que expresaron secuencias guía y tracr en transcritos separados (Figuras 16b y 17a). También se fijaron como objetivo dos sitios en el sitio PVALB que no proporcionaron escisión detectable usando el sistema híbrido (secuencia guía y secuencia tracr expresadas como transcritos separados) usando ARNquis. ARNqui(+67) y ARNqui(+85) fueron capaces de mediar escisión significativa en los dos protoespaciadores PVALB (Figuras 16c y 17b).
15 Para los cinco objetivos en los EMX1 y PVALB, se observó un incremento consistente en la eficacia de modificación del genoma con longitud creciente de la secuencia tracr. Sin desear estar limitados por ninguna teoría, la estructura secundaria formada por el extremo 3' de la ARNtracr puede desempeñar una función en la activación de la tasa de formación de complejo CRISPR.
Ejemplo 5: Diversidad de Cas9
20 El sistema CRISPR-Cas es un mecanismo inmunitario adaptativo contra ADN exógeno invasor empleado por varias especies de bacterias y arqueas. El sistema CRISPR-Cas9 de tipo II está constituido por un conjunto de genes que codifican proteínas causantes de la "adquisición" de ADN foráneo en el sitio de CRISPR, así como también por un conjunto de genes que codifican la "ejecución" del mecanismo de escisión del ADN; estos incluyen la ADN nucleasa (Cas9), un ARNcr transactivante no codificante (ARNtracr) y una serie de espaciadores derivados del ADN foráneo
25 flanqueados por repeticiones directas (ARNcr). Tras la maduración mediante Cas9, la estructura dúplex ARNtracr y ARNcr guía a la nucleasa Cas9 a una secuencia de ADN objetivo especificada por las secuencias guía espaciadoras y media en la doble rotura de cadena en el ADN cerca de un motivo con una secuencia corta en el ADN diana que se requiere para la escisión y que es específica de cada sistema CRISPR-Cas. Los sistemas de CRISPR-Cas de tipo II se hallan repartidos por todo el reino bacteriano y son sumamente diversos en la secuencia y tamaño de la
30 proteína Cas9, secuencia de repeticiones directas de ARNcr y ARNtracr, organización genómica de estos elementos y requisitos del motivo de la escisión diana. Otras especies podrán tener múltiples sistemas CRISPR-Cas diferentes.
Los solicitantes evaluaron 207 Cas9s putativas procedentes de especies bacterianas identificadas en función de la homología secuencial con Cas9s conocidas y estructuras ortólogas a subdominios conocidos, incluidos el dominio de la endonucleasa HNH y los dominios de la endonucleasa RuvC [información procedente de Eugene Koonin y Kira
35 Makarova]. Los análisis filogenéticos en función de la conservación de la secuencia proteica de este conjunto reveló cinco familias de Cas9s, incluidos tres grupos de Cas9s grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9s pequeñas (~1100 aminoácidos) (remítase a las Figuras 19 y 20A-F).
Ejemplo 6: Ortólogos de Cas9
5
10
15
20
25
30
35
[00630] Los solicitantes analizaron ortólogos de Cas9 para identificar las secuencias PAM relevantes y el ARN guía quimérico correspondiente. Tener un conjunto expandido de PAM proporciona la posibilidad de tener más objetivos a lo largo del genoma y también incrementa significativamente el número de sitios objetivo únicos y proporciona la posibilidad de identificar Cas9s novedosas con mayores niveles de especificidad en el genoma.
La especificidad de los ortólogos de Cas9 se puede evaluar estudiando la capacidad de cada Cas9 de tolerar emparejamientos erróneos entre el ARN guía y su ADN objetivo. Por ejemplo, se ha caracterizado la especificidad de SpCas9 estudiando el efecto de mutaciones del ARN guía en la eficacia de escisión. Se obtuvieron colecciones de ARN guía con emparejamientos erróneos únicos o múltiples entre la secuencia guía y el ADN objetivo. En función de estas observaciones, se pueden seleccionar los sitios objetivo de SpCas9 en función de las siguientes directrices:
Para maximizar la especificidad de SpCas9 para editar un gen particular, se debería escoger un sitio objetivo dentro del sitio de interés de modo que las secuencias genómicas "fuera del objetivo" potenciales cumplieran los siguientes cuatro requisitos: En primer lugar, y sobre todo, no deben estar seguidas por una PAM con secuencias 5’-NGG o NAG. En segundo lugar, su similaridad secuencial global respecto a la secuencia diana deberá minimizarse. En tercer lugar, un número máximo de emparejamientos erróneos debería situarse dentro de la región próxima a PAM del sitio fuera del objetivo. Finalmente, un número máximo de emparejamientos erróneos deberán ser consecutivos
o estar separados por menos de cuatro bases.
Se pueden utilizar métodos similares para evaluar la especificidad de otros ortólogos de Cas9 y para establecer el criterio para la selección de sitios diana específicos dentro de los genomas de especies objetivo. Como se ha mencionado anteriormente, los análisis filogenéticos en función de la conservación de la secuencia proteica de este conjunto reveló cinco familias de Cas9s, incluidos tres grupos de Cas9s grandes (~1400 aminoácidos) y dos de Cas9s pequeñas (~1100 aminoácidos) (remítase a las Figs. 19 y 20A-F).
Ejemplo 7: Ingeniería de plantas (microalgas) utilizando Cas9 para tener como objetivo genes de plantas y manipularlos
Métodos de suministro de Cas9
Método 1: Los solicitantes suministran Cas9 y un ARN guía utilizando un vector que exprese Cas9 controlado por un promotor constitutivo tal como Hsp70A-Rbc S2 o Beta2-tubulina.
Método 2: Los solicitantes suministran Cas9 y una polimerasa T7 utilizando vectores que expresen Cas9 y la polimerasa T7 controlados por un promotor constitutivo tal como Hsp70A-Rbc S2 o Beta2-tubulina. Los ARN guía se suministrarán utilizando un vector que contenga el promotor T7 que impulsa el ARN guía.
Método 3: Los solicitantes suministran ARNm de Cas9 y ARN guía transcrito in vitro a células de algas. El ARN se puede transcribir in vitro. El ARNm de Cas9 estará constituido por la región codificante de Cas9 así como también la UTR 3' de Cop1 para garantizar la estabilización del ARNm de Cas9.
Para la recombinación homóloga, los solicitantes proporcionan una plantilla de reparación dirigida por homología adicional.
Secuencia para un casete que impulse la expresión de Cas9 controlada por el promotor de la beta-2 tubulina, seguido por la UTR 3' de Cop1.
imagen389
imagen390
imagen391
Secuencia para un casete que impulse la expresión de la polimerasa T7 controlada por el promotor de la beta-2 tubulina, seguido por la UTR 3' de Cop1:
imagen392
imagen393
Secuencia de ARN guía impulsada por el promotor T7 (promotor T7, Ns que representa la secuencia de direccionamiento):
imagen394
Suministro de genes:
Se utilizarán para la electroporación las cepas CC-124 y CC-125 de Chlamydomonas reinhardtii del Centro de Recursos de Chlamydomonas. El protocolo de electroporación sigue el protocolo estándar recomendado por el kit 5 de ingeniería de Chlamydomonas de GeneArt.
Asimismo, los solicitantes generan una línea de Chlamydomonas reinhardtii que expresa Cas9 constitutivamente. Esto se puede realizar utilizando pChlamy1 (linealizada utilizando PvuI) y seleccionando las colonias resistentes a higromicina. A continuación se muestra la secuencia de pChlamy1 que contiene Cas9. De esta manera, para lograr genes inactivados únicamente se necesita suministrar el ARN para el ARNguía. Para la recombinación homóloga los
10 solicitantes suministran ARNguía así como también una plantilla de recombinación homóloga linealizada.
imagen395
imagen396
imagen397
imagen398
imagen399
imagen400
Para todas las células de Chlamydomonas reinhardtii modificadas, los solicitantes utilizan PCR, el ensayo con nucleasa SURVEYOR y la secuenciación de ADN para verificar el éxito en la modificación.
Aunque se han presentado realizaciones preferidas de la presente invención y se han descrito en la presente
5 memoria, será evidente para los expertos en la materia que tales realizaciones se proporcionan como ejemplo solamente. Ahora tendrán lugar numerosas variaciones, cambios y sustituciones para los expertos en la materia sin apartarse de la invención. Se debería entender que se pueden emplear diversas alternativas a las realizaciones de la invención descritas en la presente memoria en la práctica de la invención.
10 REFERENCIAS
imagen401
1. Urnov, F.D., Rebar, E.J., Holmes, M.C., Zhang, H.S. & Gregory, P.D. Genome editing with engineered zinc finger nucleases. Nat. Rev. Genet. 11, 636-646 (2010).
2.
Bogdanove, A.J. & Voytas, D.F. TAL effectors: customizable proteins for DNA targeting. Science 333, 1843-1846 5 (2011).
3.
Stoddard, B.L. Homing endonuclease structure and function. Q. Rev. Biophys. 38, 49-95 (2005).
4.
Bae, T. & Schneewind, O. Allelic replacement in Staphylococcus aureus with inducible counter-selection. Plasmid 55, 58-63 (2006).
5.
Sung, C.K., Li, H., Claverys, J.P. & Morrison, D.A. An rpsL cassette, janus, for gene replacement through negative 10 selection in Streptococcus pneumoniae. Appl. Environ. Microbiol. 67, 5190-5196 (2001).
6.
Sharan, S.K., Thomason, L.C., Kuznetsov, S.G. & Court, D.L. Recombineering: a homologous recombinationbased method of genetic engineering. Nat. Protoc. 4, 206-223 (2009).
7.
Jinek, M. et al. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science 337, 816-821 (2012).
15 8. Deveau, H., Garneau, J.E. & Moineau, S. CRISPR/Cas system and its role in phage-bacteria interactions. Annu. Rev. Microbiol. 64, 475-493 (2010).
9.
Horvath, P. & Barrangou, R. CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea. Science 327, 167-170 (2010).
10.
Terns, M.P. & Terns, R.M. CRISPR-based adaptive immune systems. Curr. Opin. Microbiol. 14, 321-327 (2011).
20 11. van der Oost, J., Jore, M.M., Westra, E.R., Lundgren, M. & Brouns, S.J. CRISPR-based adaptive and heritable immunity in prokaryotes. Trends. Biochem. Sci. 34, 401-407 (2009).
12.
Brouns, S.J. et al. Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes. Science 321, 960-964 (2008).
13.
Carte, J., Wang, R., Li, H., Terns, R.M. & Terns, M.P. Cas6 is an endoribonuclease that generates guide RNAs for invader defense in prokaryotes. Genes Dev. 22, 3489-3496 (2008).
25 14. Deltcheva, E. et al. CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III. Nature 471, 602-607 (2011).
15. Hatoum-Aslan, A., Maniv, I. & Marraffini, L.A. Mature clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats RNA (crRNA) length is measured by a ruler mechanism anchored at the precursor processing site. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 21218-21222 (2011).
30 16. Haurwitz, R.E., Jinek, M., Wiedenheft, B., Zhou, K. & Doudna, J.A. Sequence-and structure-specific RNA processing by a CRISPR endonuclease. Science 329, 1355-1358 (2010).
17. Deveau, H. et al. Phage response to CRISPR-encoded resistance in Streptococcus thermophilus. J. Bacteriol. 190, 1390-1400 (2008).
18.
Gasiunas, G., Barrangou, R., Horvath, P. & Siksnys, V. Cas9-crRNA ribonucleoprotein complex mediates specific 35 DNA cleavage for adaptive immunity in bacteria. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2012).
19.
Makarova, K.S., Aravind, L., Wolf, Y.I. & Koonin, E.V. Unification of Cas protein families and a simple scenario for the origin and evolution of CRISPR-Cas systems. Biol. Direct. 6, 38 (2011).
20.
Barrangou, R. RNA-mediated programmable DNA cleavage. Nat. Biotechnol. 30, 836-838 (2012).
21.
Brouns, S.J. Molecular biology. A Swiss army knife of immunity. Science 337, 808-809 (2012). 40 22. Carroll, D. A CRISPR Approach to Gene Targeting. Mol. Ther. 20, 1658-1660 (2012).
23.
Bikard, D., Hatoum-Aslan, A., Mucida, D. & Marraffini, L.A. CRISPR interference can prevent natural transformation and virulence acquisition during in vivo bacterial infection. Cell Host Microbe 12, 177-186 (2012).
24.
Sapranauskas, R. et al. The Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. (2011).
45 25. Semenova, E. et al. Interference by clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) RNA is governed by a seed sequence. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2011).
imagen402
26. Wiedenheft, B. et al. RNA-guided complex from a bacterial immune system enhances target recognition through seed sequence interactions. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2011).
27. Zahner, D. & Hakenbeck, R. The Streptococcus pneumoniae beta-galactosidase is a surface protein. J. Bacteriol. 5 182, 5919-5921 (2000).
28.
Marraffini, L.A., Dedent, A.C. & Schneewind, O. Sortases and the art of anchoring proteins to the envelopes of gram-positive bacteria. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 70, 192-221 (2006).
29.
Motamedi, M.R., Szigety, S.K. & Rosenberg, S.M. Double-strand-break repair recombination in Escherichia coli: physical evidence for a DNA replication mechanism in vivo. Genes Dev. 13, 2889-2903 (1999).
10 30. Hosaka, T. et al. The novel mutation K87E in ribosomal protein S12 enhances protein synthesis activity during the late growth phase in Escherichia coli. Mol. Genet. Genomics 271, 317-324 (2004).
31. Costantino, N. & Court, D.L. Enhanced levels of lambda Red-mediated recombinants in mismatch repair mutants. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 15748-15753 (2003).
32. Edgar, R. & Qimron, U. The Escherichia coli CRISPR system protects from lambda lysogenization, lysogens, and 15 prophage induction. J. Bacteriol. 192, 6291-6294 (2010).
33.
Marraffini, L.A. & Sontheimer, E.J. Self versus non-self discrimination during CRISPR RNA-directed immunity. Nature 463, 568-571 (2010).
34.
Fischer, S. et al. An archaeal immune system can detect multiple Protospacer Adjacent Motifs (PAMs) to target invader DNA. J. Biol. Chem. 287, 33351-33363 (2012).
20 35. Gudbergsdottir, S. et al. Dynamic properties of the Sulfolobus CRISPR/Cas and CRISPR/Cmr systems when challenged with vector-borne viral and plasmid genes and protospacers. Mol. Microbiol. 79, 35-49 (2011).
36.
Wang, H.H. et al. Genome-scale promoter engineering by coselection MAGE. Nat Methods 9, 591-593 (2012).
37.
Cong, L. et al. Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems. Science In press (2013).
38.
Mali, P. et al. RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9. Science In press (2013).
25 39. Hoskins, J. et al. Genome of the bacterium Streptococcus pneumoniae strain R6. J. Bacteriol. 183, 5709-5717 (2001).
40. Havarstein, L.S., Coomaraswamy, G. & Morrison, D.A. An unmodified heptadecapeptide pheromone induces competence for genetic transformation in Streptococcus pneumoniae. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 11140-11144 (1995).
30 41. Horinouchi, S. & Weisblum, B. Nucleotide sequence and functional map of pC194, a plasmid that specifies inducible chloramphenicol resistance. J. Bacteriol. 150, 815-825 (1982).
42. Horton, R.M. In Vitro Recombination and Mutagenesis of DNA : SOEing Together Tailor-Made Genes. Methods Mol. Biol. 15, 251-261 (1993).
43. Podbielski, A., Spellerberg, B., Woischnik, M., Pohl, B. & Lutticken, R. Novel series of plasmid vectors for gene 35 inactivation and expression analysis in group A streptococci (GAS). Gene 177, 137-147 (1996).
44.
Husmann, L.K., Scott, J.R., Lindahl, G. & Stenberg, L. Expression of the Arp protein, a member of the M protein family, is not sufficient to inhibit phagocytosis of Streptococcus pyogenes. Infection and immunity 63, 345-348 (1995).
45.
Gibson, D.G. et al. Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases. Nat Methods 6, 343345 (2009).
40 46. Garneau J. E. et al. The CRISPR/Cas bacterial immune system cleaves bacteriophage and plasmid DNA. Nature 468,67-71 (04 November 2010)
47. Barrangou R. et al. CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes. Science. 2007 Mar 23;315(5819):1709-12.
48. Ishino Y. et al. Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion in 45 Escherichia coli, and identification of the gene product. J Bacteriol. 1987 Dec;169(12):5429-33.
49.
Mojica F. J. M et al. Biological significance of a family of regularly spaced repeats in the genomes of Archaea,
Bacteria and mitochondria. Molecular Microbiology (2000) 36(1), 244-246.
50.
Jansen R. et al. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes. Molecular Microbiology (2002) 43(6), 1565-1575.
imagen403

Claims (11)

  1. imagen1
    REIVINDICACIONES
    1. Un sistema vector asociado a CRISPR -Repeticiones Palindrómicas Cortas Agrupadas y Regularmente Interespaciadas (CRISPR) (Cas) (CRISPR-Cas) que no se encuentran en la naturaleza, de ingeniería, que comprende uno o más vectores que comprenden:
    5 a) un primer elemento regulador unido de manera operable a una o más secuencias de nucleótidos que codifican uno o más ARN guía del sistema CRISPR-Cas que se hibridan con secuencias objetivo en los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota, donde el ARN guía comprende una secuencia guía, una secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr,
    b) un segundo elemento regulador unido de manera operable a una secuencia de nucleótidos que codifica una 10 proteína Cas9 de Tipo II, comprendiendo dicha proteína una secuencia de localización nuclear (NLS);
    en el que los componentes (a) y (b) están situados en los mismos vectores o diferentes vectores del sistema,
    en el que la secuencia tracr tiene una longitud de 30 o más nucleótidos, y
    según lo cual uno o más ARN guía fijan como objetivo los sitios de los polinucleótidos en una célula eucariota y la proteína Cas9 escinde los sitios de los polinucleótidos, según lo cual se modifica la secuencia de los sitios de los 15 polinucleótidos; y en el que la proteína Cas9 y uno o más ARN guía no se encuentran juntos en la naturaleza.
  2. 2. Un sistema vector CRISPR-Cas de Tipo II, que no se encuentra en la naturaleza, de ingeniería, según la reivindicación 1,
    en el que la proteína Cas9 comprende una o más mutaciones en un dominio catalítico, de modo que la proteína Cas9 mutada carece de la capacidad para escindir una hebra de los sitios del polinucleótido y es una nickasa.
    20 3. El sistema de la reivindicación 1 o 2, en el que los vectores son vectores víricos.
  3. 4.
    El sistema de la reivindicación 3, en el que los vectores víricos son vectores víricos retrovíricos, lentivíricos, adenovíricos, adenoasociados o de herpes simple.
  4. 5.
    El sistema de cualquiera de las reivindicaciones 2-4, en el que la proteína Cas9 comprende una o más mutaciones en los dominios catalíticos RuvC I, RuvC II o RuvC III.
    25 6. El sistema de cualquiera de las reivindicaciones 2-4, en el que la proteína Cas9 comprende una mutación seleccionada del grupo que consiste en D10A, H840A, N854A y N863A con referencia a la numeración de la posición de una proteína Cas9 de Streptococcus pyogenes (SpCas9).
  5. 7. El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que el ARN guía es un ARN quimérico que comprende la secuencia guía, la secuencia tracr y una secuencia de emparejamiento tracr.
    30 8. El sistema de la reivindicación 7, en el que la hibridación entre la secuencia tracr y la secuencia de emparejamiento tracr produce un transcrito que tiene una estructura secundaria.
  6. 9.
    El sistema de la reivindicación 8, en el que la estructura secundaria es una horquilla.
  7. 10.
    El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que la célula eucariota es una célula de mamífero o una célula humana.
    35 11. El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que la proteína Cas9 es codón-optimizada para la expresión en una célula eucariota.
  8. 12. El sistema de cualquier reivindicación precedente, en el que se inserta una plantilla de reparación en los sitios del polinucleótido escindidos.
  9. 13. El uso del sistema de cualquiera de las reivindicaciones 1-12: 40 a) para una inactivación génica específica del sitio;
    60
    imagen2
    b) para una edición genómica específica del sitio;
    c) para una interferencia específica de la secuencia de ADN; o
    d) para una ingeniería del genoma multiplexada;
    siempre que el uso no comprenda un proceso para modificar la identidad genética de la línea germinal de seres 5 humanos; y
    en el que el uso i) es in vitro o ex vivo; o ii) no es un método para el tratamiento del cuerpo humano o animal mediante terapia.
  10. 14. El uso de la reivindicación 13 en el que el uso comprende además reparar dicho polinucleótido fijado como objetivo escindido mediante recombinación homóloga con un polinucleótido de plantilla exógeno, en el que dicha
    10 reparación da como resultado una mutación que comprende una inserción, supresión o sustitución de uno o más nucleótidos de dicho polinucleótido objetivo.
  11. 15. El uso del sistema de cualquiera de las reivindicaciones 1-12 en la producción de un animal no humano transgénico o una planta transgénica, siempre que el uso no sea un método para el tratamiento del cuerpo animal mediante terapia.
    15
    61
ES13824232.6T 2012-12-12 2013-12-12 Sistemas de CRISPR-Cas y métodos para alterar la expresión de productos génicos Active ES2552535T3 (es)

Applications Claiming Priority (13)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261736527P 2012-12-12 2012-12-12
US201261736527P 2012-12-12
US201361748427P 2013-01-02 2013-01-02
US201361748427P 2013-01-02
US201361791409P 2013-03-15 2013-03-15
US201361791409P 2013-03-15
US201361835931P 2013-06-17 2013-06-17
US201361835931P 2013-06-17
US201361842322P 2013-07-02 2013-07-02
US201361842322P 2013-07-02
US14/054,414 US8697359B1 (en) 2012-12-12 2013-10-15 CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
US201314054414 2013-10-15
PCT/US2013/074743 WO2014093661A2 (en) 2012-12-12 2013-12-12 Crispr-cas systems and methods for altering expression of gene products

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2552535T3 true ES2552535T3 (es) 2015-11-30

Family

ID=50441380

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES13824232.6T Active ES2552535T3 (es) 2012-12-12 2013-12-12 Sistemas de CRISPR-Cas y métodos para alterar la expresión de productos génicos

Country Status (15)

Country Link
US (8) US8697359B1 (es)
EP (2) EP2764103B1 (es)
JP (6) JP6545621B2 (es)
KR (1) KR20150107739A (es)
CN (4) CN111187772B (es)
AU (5) AU2013359238B2 (es)
BR (1) BR112015013785A2 (es)
CA (1) CA2894688A1 (es)
DK (1) DK2764103T3 (es)
ES (1) ES2552535T3 (es)
HK (1) HK1216259A1 (es)
PL (1) PL2764103T3 (es)
PT (1) PT2764103E (es)
RU (1) RU2687451C1 (es)
WO (1) WO2014093661A2 (es)

Families Citing this family (1570)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11859168B2 (en) * 2007-05-29 2024-01-02 Christopher B. REID Electroporation, developmentally-activated cells, pluripotent-like cells, cell reprogramming and regenerative medicine
EP2449112A1 (en) 2009-07-01 2012-05-09 Transposagen Biopharmaceuticals, Inc. Genetically modified rat models for severe combined immunodeficiency (scid)
WO2011140441A2 (en) 2010-05-06 2011-11-10 Children's Hospital Medical Center Methods and systems for converting precursor cells into intestinal tissues through directed differentiation
JP2013528062A (ja) 2010-06-11 2013-07-08 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド Ｘｙｅｓ細胞からの繁殖可能なｘｙ雌動物の生成
US12257272B2 (en) 2015-12-24 2025-03-25 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of developing depression in an individual
US11273187B2 (en) 2015-11-30 2022-03-15 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing depression in an individual
US10842834B2 (en) 2016-01-06 2020-11-24 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing liver cancer in an individual diagnosed with non-alcoholic fatty liver disease
US9730967B2 (en) 2011-02-04 2017-08-15 Katherine Rose Kovarik Method and system for treating cancer cachexia
US12279989B2 (en) 2011-02-04 2025-04-22 Seed Health, Inc. Method and system for increasing beneficial bacteria and decreasing pathogenic bacteria in the oral cavity
US11998479B2 (en) 2011-02-04 2024-06-04 Seed Health, Inc. Method and system for addressing adverse effects on the oral microbiome and restoring gingival health caused by sodium lauryl sulphate exposure
US10583033B2 (en) 2011-02-04 2020-03-10 Katherine Rose Kovarik Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
US11191665B2 (en) 2011-02-04 2021-12-07 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
US11844720B2 (en) 2011-02-04 2023-12-19 Seed Health, Inc. Method and system to reduce the likelihood of dental caries and halitosis
US11951140B2 (en) 2011-02-04 2024-04-09 Seed Health, Inc. Modulation of an individual's gut microbiome to address osteoporosis and bone disease
US10512661B2 (en) 2011-02-04 2019-12-24 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing liver cancer in an individual diagnosed with non-alcoholic fatty liver disease
US12533312B2 (en) 2011-02-04 2026-01-27 Seed Health, Inc. Method and system for preventing sore throat in humans
US11951139B2 (en) 2015-11-30 2024-04-09 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of osteoporosis
US11419903B2 (en) 2015-11-30 2022-08-23 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of osteoporosis
US10314865B2 (en) 2011-02-04 2019-06-11 Katherine Rose Kovarik Method and system for treating cancer and other age-related diseases by extending the healthspan of a human
US9528124B2 (en) 2013-08-27 2016-12-27 Recombinetics, Inc. Efficient non-meiotic allele introgression
US10920242B2 (en) 2011-02-25 2021-02-16 Recombinetics, Inc. Non-meiotic allele introgression
AR085533A1 (es) 2011-03-23 2013-10-09 Pioneer Hi Bred Int Metodos de produccion de un locus de rasgos transgenicos complejo
WO2013066438A2 (en) 2011-07-22 2013-05-10 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
EP2766498B1 (en) 2011-10-14 2019-06-19 President and Fellows of Harvard College Sequencing by structure assembly
WO2013059343A1 (en) 2011-10-17 2013-04-25 Massachusetts Institute Of Technology Intracellular delivery
CN104080462B (zh) 2011-12-16 2019-08-09 塔尔盖特基因生物技术有限公司 用于修饰预定的靶核酸序列的组合物和方法
ES2991004T3 (es) 2011-12-22 2024-12-02 Harvard College Métodos para la detección de analitos
GB201122458D0 (en) 2011-12-30 2012-02-08 Univ Wageningen Modified cascade ribonucleoproteins and uses thereof
CA2872713A1 (en) 2012-03-13 2013-09-19 Ellen M. Brune Separatome-based protein expression and purification platform
US9637739B2 (en) 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
ES2683071T3 (es) 2012-04-25 2018-09-24 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Direccionamiento mediado por nucleasas con grandes vectores de direccionamiento
EP2841572B1 (en) 2012-04-27 2019-06-19 Duke University Genetic correction of mutated genes
ES2728782T3 (es) 2012-05-25 2019-10-28 Univ California Métodos y composiciones para la modificación de ADN objetivo dirigida por ARN y para la modulación de la transcripción dirigida por ARN
US20150225734A1 (en) 2012-06-19 2015-08-13 Regents Of The University Of Minnesota Gene targeting in plants using dna viruses
HUE051612T2 (hu) 2012-07-11 2021-03-01 Sangamo Therapeutics Inc Eljárások és készítmények lizoszomális tárolási betegségek kezelésére
US10648001B2 (en) 2012-07-11 2020-05-12 Sangamo Therapeutics, Inc. Method of treating mucopolysaccharidosis type I or II
CN116622704A (zh) * 2012-07-25 2023-08-22 布罗德研究所有限公司 可诱导的dna结合蛋白和基因组干扰工具及其应用
EP4397759A3 (en) * 2012-10-23 2024-10-09 Toolgen Incorporated Composition for cleaving a target dna comprising a guide rna specific for the target dna and cas protein-encoding nucleic acid or cas protein, and use thereof
US10107795B2 (en) * 2012-10-25 2018-10-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Veterans Affairs Composition and methods for the prevention and treatment of diet-induced obesity
DK3363902T3 (da) 2012-12-06 2020-01-02 Sigma Aldrich Co Llc Crispr-baseret genommodifikation og -regulering
CN105209621B (zh) 2012-12-12 2021-05-25 布罗德研究所有限公司 对用于序列操纵的改进的系统、方法和酶组合物进行的工程化和优化
US8697359B1 (en) 2012-12-12 2014-04-15 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
PT2931898E (pt) 2012-12-12 2016-06-16 Harvard College Manipulação e otimização de sistemas, métodos e composições para manipulação de sequências com domínios funcionais
KR102955556B1 (ko) 2012-12-12 2026-04-22 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 서열 조작을 위한 crispr-cas 성분 시스템, 방법 및 조성물
SG10201707569YA (en) 2012-12-12 2017-10-30 Broad Inst Inc Delivery, Engineering and Optimization of Systems, Methods and Compositions for Sequence Manipulation and Therapeutic Applications
EP3064585B1 (en) 2012-12-12 2020-02-05 The Broad Institute, Inc. Engineering and optimization of improved systems, methods and enzyme compositions for sequence manipulation
WO2014093709A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for cas enzymes or crispr-cas systems for target sequences and conveying results thereof
MX380562B (es) * 2012-12-12 2025-03-12 Broad Inst Inc Modificaciones de sistemas, métodos y composiciones guía optimizadas para la manipulación de secuencias.
EP2931899A1 (en) 2012-12-12 2015-10-21 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, knock out libraries and applications thereof
IL308158A (en) * 2012-12-17 2023-12-01 Harvard College Rna-guided human genome engineering
WO2014113493A1 (en) 2013-01-16 2014-07-24 Emory University Cas9-nucleic acid complexes and uses related thereto
JP5954808B2 (ja) * 2013-02-14 2016-07-20 国立大学法人大阪大学 内在性ｄｎａ配列特異的結合分子を用いる特定ゲノム領域の単離方法
MX2015010841A (es) 2013-02-20 2016-05-09 Regeneron Pharma Modificacion genetica de ratas.
US10138509B2 (en) 2013-03-12 2018-11-27 President And Fellows Of Harvard College Method for generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
WO2014153118A1 (en) * 2013-03-14 2014-09-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Treatment of diseases and conditions associated with dysregulation of mammalian target of rapamycin complex 1 (mtorc1)
ES2749624T3 (es) * 2013-03-14 2020-03-23 Caribou Biosciences Inc Composiciones y métodos de ácidos nucleicos dirigidos a ácido nucleico
US20140273230A1 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 Sigma-Aldrich Co., Llc Crispr-based genome modification and regulation
JP2016512048A (ja) * 2013-03-15 2016-04-25 リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミネソタ ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用した植物ゲノム操作
US9957515B2 (en) 2013-03-15 2018-05-01 Cibus Us Llc Methods and compositions for targeted gene modification
US9234213B2 (en) 2013-03-15 2016-01-12 System Biosciences, Llc Compositions and methods directed to CRISPR/Cas genomic engineering systems
US10760064B2 (en) 2013-03-15 2020-09-01 The General Hospital Corporation RNA-guided targeting of genetic and epigenomic regulatory proteins to specific genomic loci
CN105408483A (zh) 2013-03-15 2016-03-16 通用医疗公司 遗传和表观遗传调节蛋白至特定基因组基因座的rna引导的靶向
US9828582B2 (en) 2013-03-19 2017-11-28 Duke University Compositions and methods for the induction and tuning of gene expression
EP4286517A3 (en) 2013-04-04 2024-03-13 President and Fellows of Harvard College Therapeutic uses of genome editing with crispr/cas systems
WO2014172470A2 (en) * 2013-04-16 2014-10-23 Whitehead Institute For Biomedical Research Methods of mutating, modifying or modulating nucleic acid in a cell or nonhuman mammal
DK3456831T3 (da) 2013-04-16 2021-09-06 Regeneron Pharma Målrettet modifikation af rottegenom
EP2997146A4 (en) 2013-05-15 2017-04-26 Sangamo BioSciences, Inc. Methods and compositions for treatment of a genetic condition
WO2014186686A2 (en) * 2013-05-17 2014-11-20 Two Blades Foundation Targeted mutagenesis and genome engineering in plants using rna-guided cas nucleases
US20140349405A1 (en) 2013-05-22 2014-11-27 Wisconsin Alumni Research Foundation Rna-directed dna cleavage and gene editing by cas9 enzyme from neisseria meningitidis
US20150067922A1 (en) * 2013-05-30 2015-03-05 The Penn State Research Foundation Gene targeting and genetic modification of plants via rna-guided genome editing
EP3603679B1 (en) 2013-06-04 2022-08-10 President and Fellows of Harvard College Rna-guided transcriptional regulation
WO2014197748A2 (en) * 2013-06-05 2014-12-11 Duke University Rna-guided gene editing and gene regulation
EP3008181B1 (en) 2013-06-11 2019-11-06 The Regents of The University of California Methods and compositions for target dna modification
ES2777217T3 (es) 2013-06-17 2020-08-04 Broad Inst Inc Suministro, modificación y optimización de sistemas de guía en tándem, métodos y composiciones para la manipulación de secuencias
JP6738728B2 (ja) 2013-06-17 2020-08-19 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 肝臓ターゲティングおよび治療のためのＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系、ベクターおよび組成物の送達および使用
KR20250012194A (ko) * 2013-06-17 2025-01-23 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 바이러스 구성성분을 사용하여 장애 및 질환을 표적화하기 위한 crispr-cas 시스템 및 조성물의 전달, 용도 및 치료 적용
WO2014204725A1 (en) 2013-06-17 2014-12-24 The Broad Institute Inc. Optimized crispr-cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
EP3011033B1 (en) 2013-06-17 2020-02-19 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions methods, screens and applications thereof
US10011850B2 (en) 2013-06-21 2018-07-03 The General Hospital Corporation Using RNA-guided FokI Nucleases (RFNs) to increase specificity for RNA-Guided Genome Editing
JP2016528890A (ja) 2013-07-09 2016-09-23 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を用いるゲノム編集の治療用の使用
CN105517579B (zh) 2013-07-10 2019-11-15 哈佛大学校长及研究员协会 用于RNA向导的基因调节和编辑的正交Cas9蛋白
US11060083B2 (en) 2013-07-19 2021-07-13 Larix Bioscience Llc Methods and compositions for producing double allele knock outs
EP3022304B1 (en) 2013-07-19 2018-12-26 Larix Biosciences LLC Methods and compositions for producing double allele knock outs
US11306328B2 (en) 2013-07-26 2022-04-19 President And Fellows Of Harvard College Genome engineering
US9163284B2 (en) * 2013-08-09 2015-10-20 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a Cas9 nuclease
US10124336B2 (en) 2013-08-16 2018-11-13 Massachusetts Institute Of Technology Selective delivery of material to cells
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
CN106133138A (zh) 2013-08-22 2016-11-16 先锋国际良种公司 使用引导多核苷酸/cas内切核酸酶系统的基因组修饰及其使用方法
CA2920899C (en) 2013-08-28 2023-02-28 Sangamo Biosciences, Inc. Compositions for linking dna-binding domains and cleavage domains
US20160251410A1 (en) 2013-09-03 2016-09-01 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Compositions and methods for expressing recombinant polypeptides
US9526784B2 (en) 2013-09-06 2016-12-27 President And Fellows Of Harvard College Delivery system for functional nucleases
US9340799B2 (en) 2013-09-06 2016-05-17 President And Fellows Of Harvard College MRNA-sensing switchable gRNAs
US9322037B2 (en) 2013-09-06 2016-04-26 President And Fellows Of Harvard College Cas9-FokI fusion proteins and uses thereof
EP3049512A4 (en) 2013-09-17 2017-04-05 Board of Trustees of the University of Arkansas E. coli separatome-based protein expression and purification platform
ES2681622T3 (es) * 2013-09-18 2018-09-14 Kymab Limited Métodos, células y organismos
WO2015048690A1 (en) * 2013-09-27 2015-04-02 The Regents Of The University Of California Optimized small guide rnas and methods of use
US10117899B2 (en) 2013-10-17 2018-11-06 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering in hematopoietic stem cells
EP3058072B1 (en) 2013-10-17 2021-05-19 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering
US10767156B2 (en) 2013-10-24 2020-09-08 Yeda Research And Development Co., Ltd. Polynucleotides encoding BREX system polypeptides and methods of using same
WO2015065964A1 (en) 2013-10-28 2015-05-07 The Broad Institute Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, screens and applications thereof
US10584358B2 (en) * 2013-10-30 2020-03-10 North Carolina State University Compositions and methods related to a type-II CRISPR-Cas system in Lactobacillus buchneri
US11326209B2 (en) * 2013-11-07 2022-05-10 Massachusetts Institute Of Technology Cell-based genomic recorded accumulative memory
CN111218447B (zh) 2013-11-07 2024-10-11 爱迪塔斯医药有限公司 使用统治型gRNA的CRISPR相关方法和组合物
US9074199B1 (en) 2013-11-19 2015-07-07 President And Fellows Of Harvard College Mutant Cas9 proteins
US10787684B2 (en) 2013-11-19 2020-09-29 President And Fellows Of Harvard College Large gene excision and insertion
MX388127B (es) 2013-12-11 2025-03-19 Regeneron Pharma Metodos y composiciones para la modificacion dirigida de un genoma.
KR20160097338A (ko) 2013-12-12 2016-08-17 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 뉴클레오티드 반복 장애에서의 ｃｒｉｓｐｒ-ｃａｓ 시스템의 조성물 및 방법 및 용도
US20150166984A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 President And Fellows Of Harvard College Methods for correcting alpha-antitrypsin point mutations
WO2015089364A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Crystal structure of a crispr-cas system, and uses thereof
CN105899658B (zh) 2013-12-12 2020-02-18 布罗德研究所有限公司 针对hbv和病毒性疾病以及障碍的crispr-cas系统和组合物的递送、用途和治疗应用
WO2015089419A2 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for targeting disorders and diseases using particle delivery components
CA2932439A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute, Inc. Crispr-cas systems and methods for altering expression of gene products, structural information and inducible modular cas enzymes
WO2015089473A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 The Broad Institute Inc. Engineering of systems, methods and optimized guide compositions with new architectures for sequence manipulation
CN111206032B (zh) 2013-12-12 2024-07-19 布罗德研究所有限公司 用于基因组编辑的crispr-cas系统和组合物的递送、用途和治疗应用
JP6793547B2 (ja) 2013-12-12 2020-12-02 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 最適化機能ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系による配列操作のための系、方法および組成物
EP3835419A1 (en) 2013-12-12 2021-06-16 The Regents of The University of California Methods and compositions for modifying a single stranded target nucleic acid
JP2017505756A (ja) 2013-12-13 2017-02-23 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション 可溶性高分子量（ｈｍｗ）タウ種およびその用途
ES2918501T3 (es) 2013-12-19 2022-07-18 Novartis Ag Receptores de antígenos quiméricos de mesotelina humana y usos de los mismos
US11998574B2 (en) 2013-12-20 2024-06-04 Seed Health, Inc. Method and system for modulating an individual's skin microbiome
US12318377B2 (en) 2013-12-20 2025-06-03 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
NZ759969A (en) 2013-12-20 2022-12-23 Fred Hutchinson Cancer Center Tagged chimeric effector molecules and receptors thereof
US11833177B2 (en) 2013-12-20 2023-12-05 Seed Health, Inc. Probiotic to enhance an individual's skin microbiome
US11980643B2 (en) 2013-12-20 2024-05-14 Seed Health, Inc. Method and system to modify an individual's gut-brain axis to provide neurocognitive protection
US11826388B2 (en) 2013-12-20 2023-11-28 Seed Health, Inc. Topical application of Lactobacillus crispatus to ameliorate barrier damage and inflammation
US12005085B2 (en) 2013-12-20 2024-06-11 Seed Health, Inc. Probiotic method and composition for maintaining a healthy vaginal microbiome
US11839632B2 (en) 2013-12-20 2023-12-12 Seed Health, Inc. Topical application of CRISPR-modified bacteria to treat acne vulgaris
US12246043B2 (en) 2013-12-20 2025-03-11 Seed Health, Inc. Topical application to treat acne vulgaris
US11969445B2 (en) 2013-12-20 2024-04-30 Seed Health, Inc. Probiotic composition and method for controlling excess weight, obesity, NAFLD and NASH
US12329783B2 (en) 2013-12-20 2025-06-17 Seed Health, Inc. Method and system to improve the health of a person's skin microbiome
US10188650B2 (en) 2014-01-03 2019-01-29 The Regents Of The University Of Michigan Treatment of neurological disorders
US10787654B2 (en) 2014-01-24 2020-09-29 North Carolina State University Methods and compositions for sequence guiding Cas9 targeting
US9850525B2 (en) * 2014-01-29 2017-12-26 Agilent Technologies, Inc. CAS9-based isothermal method of detection of specific DNA sequence
GB201401707D0 (en) * 2014-01-31 2014-03-19 Sec Dep For Health The Adeno-associated viral vectors
LT3105328T (lt) 2014-02-11 2020-07-10 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Daugiakomponentis genomo konstravimas, sudarantis sąlygas crispr
US20180142307A1 (en) * 2014-02-11 2018-05-24 California Institute Of Technology Recording and mapping lineage information and molecular events in individual cells
US10287590B2 (en) * 2014-02-12 2019-05-14 Dna2.0, Inc. Methods for generating libraries with co-varying regions of polynuleotides for genome modification
WO2015126927A2 (en) 2014-02-18 2015-08-27 Duke University Compositions for the inactivation of virus replication and methods of making and using the same
ES2898460T3 (es) 2014-02-27 2022-03-07 Monsanto Technology Llc Composiciones y procedimientos para la modificación genómica dirigida al sitio
EP3110971B1 (en) 2014-02-27 2019-05-08 The Broad Institute Inc. T cell balance gene expression and methods of use thereof
US11028388B2 (en) 2014-03-05 2021-06-08 Editas Medicine, Inc. CRISPR/Cas-related methods and compositions for treating Usher syndrome and retinitis pigmentosa
EP3613854A1 (en) * 2014-03-05 2020-02-26 National University Corporation Kobe University Genomic sequence modification method for specifically converting nucleic acid bases of targeted dna sequence, and molecular complex for use in same
US11141493B2 (en) 2014-03-10 2021-10-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
US11339437B2 (en) 2014-03-10 2022-05-24 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
US9938521B2 (en) 2014-03-10 2018-04-10 Editas Medicine, Inc. CRISPR/CAS-related methods and compositions for treating leber's congenital amaurosis 10 (LCA10)
AU2015229299A1 (en) * 2014-03-12 2016-09-22 Precision Biosciences, Inc. Dystrophin gene exon deletion using engineered nucleases
CA3208184A1 (en) 2014-03-14 2015-09-17 Cibus Us Llc Methods and compositions for increasing efficiency of targeted gene modification using oligonucleotide-mediated gene repair
CN122399016A (zh) 2014-03-15 2026-07-17 诺华股份有限公司 使用嵌合抗原受体治疗癌症
EP3126498A4 (en) * 2014-03-20 2017-08-23 Université Laval Crispr-based methods and products for increasing frataxin levels and uses thereof
EP3981876A1 (en) * 2014-03-26 2022-04-13 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating sickle cell disease
EP3540061A1 (en) 2014-04-02 2019-09-18 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating primary open angle glaucoma
SG10202109752XA (en) 2014-04-07 2021-10-28 Novartis Ag Treatment of cancer using anti-cd19 chimeric antigen receptor
EP3129490A4 (en) 2014-04-08 2017-10-04 North Carolina State University Methods and compositions for rna-directed repression of transcription using crispr-associated genes
SG11201608701QA (en) * 2014-04-18 2016-11-29 Editas Medicine Inc Crispr-cas-related methods, compositions and components for cancer immunotherapy
CA2946378A1 (en) * 2014-04-22 2015-10-29 Q-State Biosciences, Inc. Analysis of compounds for pain and sensory disorders
BR122023023211A2 (pt) 2014-04-28 2024-01-23 Recombinetics, Inc. Método de fazer edições de genes multiplex em uma célula de vertebrado ou de embrião primário não-humano
WO2015168404A1 (en) * 2014-04-30 2015-11-05 Massachusetts Institute Of Technology Toehold-gated guide rna for programmable cas9 circuitry with rna input
GB201407852D0 (en) 2014-05-02 2014-06-18 Iontas Ltd Preparation of libraries od protein variants expressed in eukaryotic cells and use for selecting binding molecules
WO2015175642A2 (en) 2014-05-13 2015-11-19 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for prevention or treatment of a disease
ES2860423T3 (es) 2014-05-28 2021-10-05 Childrens Hospital Med Ct Métodos y sistemas para convertir células precursoras en tejidos gástricos mediante diferenciación dirigida
WO2015184262A1 (en) 2014-05-30 2015-12-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Compositions and methods of delivering treatments for latent viral infections
US9970001B2 (en) 2014-06-05 2018-05-15 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for nuclease design
DK3152312T3 (da) 2014-06-06 2020-04-06 Regeneron Pharma Fremgangsmåder og sammensætninger til modifikation af et mållocus
WO2015191693A2 (en) 2014-06-10 2015-12-17 Massachusetts Institute Of Technology Method for gene editing
CA2952121A1 (en) 2014-06-13 2015-12-17 Childrens' Medical Center Corporation Products and methods to isolate mitochondria
AU2015277369B2 (en) 2014-06-16 2021-08-19 The Johns Hopkins University Compositions and methods for the expression of CRISPR guide RNAs using the H1 promoter
AU2015280069B2 (en) 2014-06-23 2021-08-12 The General Hospital Corporation Genomewide unbiased identification of dsbs evaluated by sequencing (guide-seq)
US9738897B2 (en) 2014-06-23 2017-08-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Nuclease-mediated DNA assembly
DK3161128T3 (en) 2014-06-26 2018-11-05 Regeneron Pharma METHODS AND COMPOSITIONS FOR TARGETED GENTICAL MODIFICATIONS AND PROCEDURES FOR USE THEREOF
US20180187172A1 (en) * 2014-07-01 2018-07-05 Board Of Regents, The University Of Texas System Regulated gene expression from viral vectors
WO2016005985A2 (en) 2014-07-09 2016-01-14 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Method for reprogramming cells
EP3166391A1 (en) 2014-07-11 2017-05-17 E. I. du Pont de Nemours and Company Compositions and methods for producing plants resistant to glyphosate herbicide
WO2016007839A1 (en) 2014-07-11 2016-01-14 President And Fellows Of Harvard College Methods for high-throughput labelling and detection of biological features in situ using microscopy
EP3169776B1 (en) * 2014-07-14 2025-09-03 The Regents of The University of California Crispr/cas transcriptional modulation
US10195280B2 (en) 2014-07-15 2019-02-05 Life Technologies Corporation Compositions and methods for efficient delivery of molecules to cells
JP2017528433A (ja) 2014-07-21 2017-09-28 ノバルティス アーゲー 低い免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤とＣＡＲの組み合わせ
JP6831777B2 (ja) 2014-07-21 2021-02-17 ノバルティス アーゲー Ｃｄ３３キメラ抗原受容体を使用する癌の処置
AU2015292744C1 (en) 2014-07-21 2021-01-21 Novartis Ag Treatment of cancer using humanized anti-BCMA chimeric antigen receptor
WO2016014553A1 (en) 2014-07-21 2016-01-28 Novartis Ag Sortase synthesized chimeric antigen receptors
WO2016014794A1 (en) 2014-07-25 2016-01-28 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for modulating nuclease-mediated genome engineering in hematopoietic stem cells
WO2016014837A1 (en) 2014-07-25 2016-01-28 Sangamo Biosciences, Inc. Gene editing for hiv gene therapy
US9616090B2 (en) 2014-07-30 2017-04-11 Sangamo Biosciences, Inc. Gene correction of SCID-related genes in hematopoietic stem and progenitor cells
AU2015298571B2 (en) 2014-07-30 2020-09-03 President And Fellows Of Harvard College Cas9 proteins including ligand-dependent inteins
WO2016019300A1 (en) 2014-07-31 2016-02-04 Novartis Ag Subset-optimized chimeric antigen receptor-containing t-cells
WO2016022866A1 (en) * 2014-08-07 2016-02-11 Agilent Technologies, Inc. Cis-blocked guide rna
US11299732B2 (en) * 2014-08-07 2022-04-12 The Rockefeller University Compositions and methods for transcription-based CRISPR-Cas DNA editing
US10513711B2 (en) 2014-08-13 2019-12-24 Dupont Us Holding, Llc Genetic targeting in non-conventional yeast using an RNA-guided endonuclease
CN107429241B (zh) 2014-08-14 2025-10-24 百奥赛图(北京)医药科技股份有限公司 Dna敲入系统
EP3180359A1 (en) 2014-08-14 2017-06-21 Novartis AG Treatment of cancer using gfr alpha-4 chimeric antigen receptor
EP3180426B1 (en) 2014-08-17 2019-12-25 The Broad Institute, Inc. Genome editing using cas9 nickases
US10435685B2 (en) 2014-08-19 2019-10-08 Pacific Biosciences Of California, Inc. Compositions and methods for enrichment of nucleic acids
WO2016028843A2 (en) 2014-08-19 2016-02-25 President And Fellows Of Harvard College Rna-guided systems for probing and mapping of nucleic acids
EP3712171A1 (en) 2014-08-19 2020-09-23 Novartis AG Treatment of cancer using a cd123 chimeric antigen receptor
ES2730378T3 (es) 2014-08-27 2019-11-11 Caribou Biosciences Inc Procedimientos para incrementar la eficiencia de la modificación mediada por Cas9
US10450584B2 (en) 2014-08-28 2019-10-22 North Carolina State University Cas9 proteins and guiding features for DNA targeting and genome editing
WO2016036754A1 (en) 2014-09-02 2016-03-10 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for rna-directed target dna modification
EP3191578B1 (en) 2014-09-12 2020-11-04 Whitehead Institute for Biomedical Research Cells expressing apolipoprotein e and uses thereof
BR112017003757A2 (pt) 2014-09-12 2017-12-26 Du Pont ?plantas de milho, partes de planta de milho ou sementes de milho?
IL234638A0 (en) 2014-09-14 2014-12-02 Yeda Res & Dev NMDA receptor antagonists for the treatment of Gaucher disease
CN113699113A (zh) 2014-09-16 2021-11-26 桑格摩治疗股份有限公司 用于造血干细胞中核酸酶介导的基因组工程化和校正的方法和组合物
US10577417B2 (en) 2014-09-17 2020-03-03 Novartis Ag Targeting cytotoxic cells with chimeric receptors for adoptive immunotherapy
WO2016049251A1 (en) 2014-09-24 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for modeling mutations in leukocytes
WO2016049024A2 (en) 2014-09-24 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the crispr-cas systems and compositions for modeling competition of multiple cancer mutations in vivo
WO2016049163A2 (en) 2014-09-24 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Use and production of chd8+/- transgenic animals with behavioral phenotypes characteristic of autism spectrum disorder
US10040048B1 (en) 2014-09-25 2018-08-07 Synthego Corporation Automated modular system and method for production of biopolymers
WO2016049258A2 (en) 2014-09-25 2016-03-31 The Broad Institute Inc. Functional screening with optimized functional crispr-cas systems
US10370673B2 (en) 2014-09-26 2019-08-06 Purecircle Sdn Bhd Single nucleotide polymorphism (SNP) markers for stevia
CN107002098A (zh) 2014-09-29 2017-08-01 杰克逊实验室 通过电穿孔高效率、高通量产生遗传修饰哺乳动物
EP3845655B1 (en) 2014-10-01 2025-01-01 The General Hospital Corporation Methods for increasing efficiency of nuclease-induced homology-directed repair
EP3204496A1 (en) 2014-10-10 2017-08-16 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for promoting homology directed repair
BR112017007770A2 (pt) 2014-10-15 2018-01-16 Regeneron Pharma cultura in vitro, população de hipscs, método para modificar um locus-alvo genômico, e, hipsc.
US11174506B2 (en) 2014-10-17 2021-11-16 Howard Hughes Medical Institute Genomic probes
CN107206015A (zh) 2014-10-24 2017-09-26 阿维塔斯有限公司 透细胞质膜的传递
GB201418965D0 (es) 2014-10-24 2014-12-10 Ospedale San Raffaele And Fond Telethon
US20170247762A1 (en) 2014-10-27 2017-08-31 The Board Institute Inc. Compositions, methods and use of synthetic lethal screening
KR102546296B1 (ko) * 2014-10-31 2023-06-21 더 트러스티스 오브 더 유니버시티 오브 펜실베니아 변형된 t 세포에서 유전자 발현의 변경 및 그의 용도
TWI716367B (zh) 2014-10-31 2021-01-21 麻省理工學院 用於常間回文重複序列叢集（ｃｒｉｓｐｒ）之大量平行組合性基因學
CN122564053A (zh) 2014-10-31 2026-08-14 麻省理工学院 递送生物分子至免疫细胞
DK3597740T3 (da) 2014-11-06 2022-06-20 Dupont Us Holding Llc Peptidmedieret indføring af rna-styret endonuklease i celler
WO2016073955A2 (en) 2014-11-06 2016-05-12 President And Fellows Of Harvard College Cells lacking b2m surface expression and methods for allogeneic administration of such cells
WO2016073990A2 (en) 2014-11-07 2016-05-12 Editas Medicine, Inc. Methods for improving crispr/cas-mediated genome-editing
AU2015346281B2 (en) 2014-11-12 2021-12-02 Nmc, Inc. Transgenic plants with engineered redox sensitive modulation of photosynthetic antenna complex pigments and methods for making the same
JP6190995B2 (ja) * 2014-11-17 2017-09-06 国立大学法人 東京医科歯科大学 簡便で高効率の遺伝子改変非ヒト哺乳動物の作製方法
EP3221457B1 (en) 2014-11-21 2019-03-20 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for targeted genetic modification using paired guide rnas
EP3626832B1 (en) 2014-11-25 2024-06-12 The Brigham and Women's Hospital, Inc. Method of identifying a person having a predisposition to or afflicted with a cardiometabolic disease
KR101833433B1 (ko) 2014-11-25 2018-02-28 한국생명공학연구원 돼지 t 세포 및 b 세포 면역결핍 세포주 생산 및 그의 제조 방법
US20180057839A1 (en) 2014-11-26 2018-03-01 The Regents Of The University Of California Therapeutic compositions comprising transcription factors and methods of making and using the same
GB201421096D0 (en) 2014-11-27 2015-01-14 Imp Innovations Ltd Genome editing methods
CA2969619A1 (en) 2014-12-03 2016-06-09 Agilent Technologies, Inc. Guide rna with chemical modifications
WO2016094679A1 (en) 2014-12-10 2016-06-16 Regents Of The University Of Minnesota Genetically modified cells, tissues, and organs for treating disease
WO2016094874A1 (en) 2014-12-12 2016-06-16 The Broad Institute Inc. Escorted and functionalized guides for crispr-cas systems
EP3230452B1 (en) 2014-12-12 2025-06-11 The Broad Institute, Inc. Dead guides for crispr transcription factors
EP3985115A1 (en) 2014-12-12 2022-04-20 The Broad Institute, Inc. Protected guide rnas (pgrnas)
WO2016094880A1 (en) 2014-12-12 2016-06-16 The Broad Institute Inc. Delivery, use and therapeutic applications of crispr systems and compositions for genome editing as to hematopoietic stem cells (hscs)
US10889834B2 (en) 2014-12-15 2021-01-12 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for enhancing targeted transgene integration
WO2016100333A1 (en) 2014-12-15 2016-06-23 Syngenta Participations Ag Pesticidal microrna carriers and use thereof
CN107667171A (zh) 2014-12-16 2018-02-06 丹尼斯科美国公司 真菌基因组修饰系统及使用方法
EP3234160B1 (en) 2014-12-16 2019-08-28 Danisco US Inc. Compositions and methods for helper strain-mediated fungal genome modification
AU2015362618B2 (en) 2014-12-16 2022-01-27 C3J Therapeutics, Inc. Compositions of and methods for in vitro viral genome engineering
JP2017538427A (ja) * 2014-12-18 2017-12-28 インテグレイテッド ディーエヌエイ テクノロジーズ インコーポレイテッド Ｃｒｉｓｐｒ系組成物及び使用方法
WO2016100857A1 (en) 2014-12-19 2016-06-23 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Stem cells for modeling type 2 diabetes
MX388784B (es) 2014-12-19 2025-03-20 Regeneron Pharma Métodos y composiciones para la modificación genética dirigida a través de direccionamiento múltiple de una sola etapa.
EP3234192B1 (en) 2014-12-19 2021-07-14 The Broad Institute, Inc. Unbiased identification of double-strand breaks and genomic rearrangement by genome-wide insert capture sequencing
WO2016098078A2 (en) 2014-12-19 2016-06-23 Novartis Ag Dimerization switches and uses thereof
WO2016106236A1 (en) 2014-12-23 2016-06-30 The Broad Institute Inc. Rna-targeting system
CN113337533A (zh) 2014-12-23 2021-09-03 先正达参股股份有限公司 用于鉴定和富集包含位点特异性基因组修饰的细胞的方法和组合物
WO2016106244A1 (en) 2014-12-24 2016-06-30 The Broad Institute Inc. Crispr having or associated with destabilization domains
WO2016108926A1 (en) 2014-12-30 2016-07-07 The Broad Institute Inc. Crispr mediated in vivo modeling and genetic screening of tumor growth and metastasis
JP2018500037A (ja) 2014-12-31 2018-01-11 シンセティック ジェノミクス インコーポレーテッド 高効率なインビボゲノム編集のための組成物及び方法
AU2016206870B2 (en) * 2015-01-12 2022-02-17 Massachusetts Institute Of Technology Gene editing through microfluidic delivery
US11208638B2 (en) * 2015-01-12 2021-12-28 The Regents Of The University Of California Heterodimeric Cas9 and methods of use thereof
WO2016112963A1 (en) 2015-01-13 2016-07-21 Riboxx Gmbh Delivery of biomolecules into cells
KR102085189B1 (ko) * 2015-01-19 2020-04-28 인스티튜트 오브 제네틱스 앤드 디벨롭멘털 바이오롤지, 차이니즈 아카데미 오브 사이언시스 일시적인 유전자 발현을 통한 정교한 식물 변형 방법
US20180002379A1 (en) 2015-01-21 2018-01-04 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for identification of highly specific nucleases
DK3252162T5 (da) 2015-01-27 2024-10-07 Inst Genetics & Developmental Biology Cas Fremgangsmåde til foretagelse af stedsspecifik modifikation på hel plante via transient genekspression
EP3250689B1 (en) 2015-01-28 2020-11-04 The Regents of The University of California Methods and compositions for labeling a single-stranded target nucleic acid
AU2016211517B2 (en) 2015-01-28 2021-05-13 Caribou Biosciences, Inc. CRISPR hybrid DNA/RNA polynucleotides and methods of use
EP3798302A1 (fr) 2015-01-29 2021-03-31 Meiogenix Procede pour induire des recombinaisons meiotiques ciblees
CN108012523A (zh) 2015-02-03 2018-05-08 中国科学院遗传与发育生物学研究所 具有增加的种子大小的植物
WO2016124920A1 (en) 2015-02-03 2016-08-11 The Institute Of Genetics And Developmental Biology Rice plants with altered seed phenotype and quality
HRP20220890T1 (hr) 2015-02-06 2022-10-14 National University Of Singapore Postupci za povećanje učinkovitosti terapijskih imunosnih stanica
US10676726B2 (en) 2015-02-09 2020-06-09 Duke University Compositions and methods for epigenome editing
EP3262193A2 (en) 2015-02-26 2018-01-03 The Broad Institute Inc. T cell balance gene expression, compositions of matters and methods of use thereof
TW201702380A (zh) * 2015-02-27 2017-01-16 再生元醫藥公司 宿主細胞蛋白質修飾
EP3265560B1 (en) 2015-03-02 2021-12-08 Sinai Health System Homologous recombination factors
EP3265567B1 (en) * 2015-03-02 2020-07-29 Conagen Inc. Regulatory elements from labyrinthulomycetes microorganisms
AU2016226077B2 (en) 2015-03-03 2021-12-23 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificity
WO2016142427A1 (en) 2015-03-10 2016-09-15 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Method ank kit for reprogramming somatic cells
WO2016145516A1 (en) 2015-03-13 2016-09-22 Deep Genomics Incorporated System and method for training neural networks
AR103926A1 (es) 2015-03-16 2017-06-14 Inst Genetics & Dev Biolog Cas Método para realizar modificaciones sitio dirigidas en el genoma de una planta usando materiales no heredables
EP3271849B1 (en) 2015-03-17 2021-09-08 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection of genome editing
BR112017017260A2 (pt) 2015-03-27 2018-04-17 Du Pont construções de dna, vetor, célula, plantas, semente, método de expressão de rna e método de modificação de local alvo
EP4218771A1 (en) 2015-03-27 2023-08-02 Yeda Research and Development Co. Ltd Methods of treating motor neuron diseases
EP4600366A3 (en) 2015-03-31 2025-10-22 SOHM, Inc. Cas 9 retroviral integrase systems for targeted incorporation of a dna sequence into a genome of a cell
CN107787367B (zh) 2015-04-06 2021-10-26 里兰斯坦福初级大学理事会 用于crispr/cas介导的基因调控的化学修饰的引导rna
WO2016164797A1 (en) 2015-04-08 2016-10-13 University Of Pittsburgh - Of The Commonwealth System Of Higher Education Activatable crispr/cas9 for spatial and temporal control of genome editing
GB201506509D0 (en) 2015-04-16 2015-06-03 Univ Wageningen Nuclease-mediated genome editing
WO2016172583A1 (en) 2015-04-23 2016-10-27 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric antigen receptor and protein kinase a blocker
EP4019975A1 (en) 2015-04-24 2022-06-29 Editas Medicine, Inc. Evaluation of cas9 molecule/guide rna molecule complexes
EP3288570A4 (en) 2015-04-29 2018-11-21 Fred Hutchinson Cancer Research Center Modified stem cells and uses thereof
US20160346359A1 (en) * 2015-05-01 2016-12-01 Spark Therapeutics, Inc. Adeno-associated Virus-Mediated CRISPR-Cas9 Treatment of Ocular Disease
WO2016177682A1 (en) 2015-05-06 2016-11-10 Snipr Technologies Limited Altering microbial populations & modifying microbiota
US10179918B2 (en) 2015-05-07 2019-01-15 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for increasing transgene activity
EP3294342A4 (en) 2015-05-08 2018-11-07 President and Fellows of Harvard College Universal donor stem cells and related methods
WO2016182893A1 (en) 2015-05-08 2016-11-17 Teh Broad Institute Inc. Functional genomics using crispr-cas systems for saturating mutagenesis of non-coding elements, compositions, methods, libraries and applications thereof
CA2986310A1 (en) 2015-05-11 2016-11-17 Editas Medicine, Inc. Optimized crispr/cas9 systems and methods for gene editing in stem cells
DK3447075T3 (da) 2015-05-15 2023-11-13 Massachusetts Gen Hospital Antagonistiske antistoffer af antitumornekrosefaktorreceptor-superfamilien
PL3298134T3 (pl) 2015-05-16 2023-09-18 Genzyme Corporation Edycja genów mutacji głęboko intronowych
EP3770168A1 (en) 2015-05-18 2021-01-27 TCR2 Therapeutics Inc. Compositions and methods for tcr reprogramming using fusion proteins
DE102015014252A1 (de) 2015-11-05 2017-05-11 Kws Saat Se Verfahren und Konstrukte zur gezielten Nukleinsäure Editierung in Pflanzen
DE102015006335A1 (de) 2015-05-19 2016-11-24 Kws Saat Se Verfahren und Konstrukte zur gezielten Nukleinsäure Editierung in Pflanzen
EP3095870A1 (en) 2015-05-19 2016-11-23 Kws Saat Se Methods for the in planta transformation of plants and manufacturing processes and products based and obtainable therefrom
CN108025025B (zh) 2015-05-22 2023-07-21 斯特库伯株式会社 癌症治疗靶点的筛选方法
AU2016270587B2 (en) 2015-05-29 2020-12-24 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals having a disruption in a C9ORF72 locus
US10117911B2 (en) 2015-05-29 2018-11-06 Agenovir Corporation Compositions and methods to treat herpes simplex virus infections
SG10201914137YA (en) 2015-06-01 2020-02-27 Univ Temple Methods and compositions for rna-guided treatment of hiv infection
CN108368502B (zh) 2015-06-03 2022-03-18 内布拉斯加大学董事委员会 使用单链dna的dna编辑
US10392607B2 (en) 2015-06-03 2019-08-27 The Regents Of The University Of California Cas9 variants and methods of use thereof
EP3302525A2 (en) 2015-06-05 2018-04-11 Novartis AG Methods and compositions for diagnosing, treating, and monitoring treatment of shank3 deficiency associated disorders
US11911415B2 (en) 2015-06-09 2024-02-27 Editas Medicine, Inc. CRISPR/Cas-related methods and compositions for improving transplantation
US10185803B2 (en) 2015-06-15 2019-01-22 Deep Genomics Incorporated Systems and methods for classifying, prioritizing and interpreting genetic variants and therapies using a deep neural network
AU2016280002B2 (en) 2015-06-15 2022-04-14 North Carolina State University Methods and compositions for efficient delivery of nucleic acids and RNA-based antimicrobials
IL316159A (en) 2015-06-15 2024-12-01 Mpeg La Llc Defined Oligonucleotide Multimers and Methods for Manufacture Thereof
WO2016205728A1 (en) 2015-06-17 2016-12-22 Massachusetts Institute Of Technology Crispr mediated recording of cellular events
US11555207B2 (en) 2015-06-17 2023-01-17 The Uab Research Foundation CRISPR/Cas9 complex for introducing a functional polypeptide into cells of blood cell lineage
EP3310932B1 (en) 2015-06-17 2023-08-30 The UAB Research Foundation Crispr/cas9 complex for genomic editing
AU2016279062A1 (en) 2015-06-18 2019-03-28 Omar O. Abudayyeh Novel CRISPR enzymes and systems
US9790490B2 (en) * 2015-06-18 2017-10-17 The Broad Institute Inc. CRISPR enzymes and systems
CA3012631A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Novel crispr enzymes and systems
EP3929287A3 (en) 2015-06-18 2022-04-13 The Broad Institute, Inc. Crispr enzyme mutations reducing off-target effects
US10648020B2 (en) 2015-06-18 2020-05-12 The Broad Institute, Inc. CRISPR enzymes and systems
US9957501B2 (en) 2015-06-18 2018-05-01 Sangamo Therapeutics, Inc. Nuclease-mediated regulation of gene expression
WO2016205745A2 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Cell sorting
WO2016205759A1 (en) 2015-06-18 2016-12-22 The Broad Institute Inc. Engineering and optimization of systems, methods, enzymes and guide scaffolds of cas9 orthologs and variants for sequence manipulation
JP6980534B2 (ja) 2015-06-25 2021-12-15 ザ チルドレンズ メディカル センター コーポレーション 造血幹細胞の増大、富化、および維持に関する方法および組成物
JP2018519811A (ja) 2015-06-29 2018-07-26 アイオーニス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッドＩｏｎｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ． 修飾ｃｒｉｓｐｒ ｒｎａ及び修飾単一ｃｒｉｓｐｒ ｒｎａならびにその使用
JP6925984B2 (ja) 2015-07-09 2021-08-25 マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー 無核細胞への物質の送達
CA2991301A1 (en) 2015-07-13 2017-01-19 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering
EP3957731A1 (en) 2015-07-15 2022-02-23 Rutgers, The State University of New Jersey Nuclease-independent targeted gene editing platform and uses thereof
MX2017016844A (es) 2015-07-16 2018-08-15 Biokine Therapeutics Ltd Composiciones y procedimientos para tratar cancer.
CN108026540A (zh) 2015-07-17 2018-05-11 中国科学院遗传与发育生物学研究所 抗白粉病的小麦植物
WO2017015101A1 (en) * 2015-07-17 2017-01-26 University Of Washington Methods for maximizing the efficiency of targeted gene correction
US20180208945A1 (en) 2015-07-28 2018-07-26 Danisco Us Inc. Genome editing systems and methods of use
EP4339287A3 (en) 2015-07-31 2024-05-22 Regents Of The University Of Minnesota Modified cells and methods of therapy
CA2994969A1 (en) 2015-08-06 2017-02-09 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Targeted protein degradation to attenuate adoptive t-cell therapy associated adverse inflammatory responses
WO2017024317A2 (en) 2015-08-06 2017-02-09 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods to induce targeted protein degradation through bifunctional molecules
US11667691B2 (en) 2015-08-07 2023-06-06 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric CD3 receptor proteins
US9580727B1 (en) 2015-08-07 2017-02-28 Caribou Biosciences, Inc. Compositions and methods of engineered CRISPR-Cas9 systems using split-nexus Cas9-associated polynucleotides
WO2017024407A1 (en) 2015-08-11 2017-02-16 The Royal Institution For The Advancement Of Learning/Mcgill University Peptidic tgf-beta antagonists
US10842812B2 (en) 2015-08-12 2020-11-24 The General Hospital Corporation Compositions and methods that promote hypoxia or the hypoxia response for treatment and prevention of mitochondrial dysfunction and oxidative stress disorders
AU2016309392A1 (en) 2015-08-14 2018-02-22 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences Method for obtaining glyphosate-resistant rice by site-directed nucleotide substitution
EP3334746B1 (en) 2015-08-14 2021-11-24 The University Of Sydney Connexin 45 inhibition for therapy
AU2016308339A1 (en) 2015-08-18 2018-04-12 Baylor College Of Medicine Methods and compositions for altering function and structure of chromatin loops and/or domains
CN108135941B (zh) 2015-08-19 2021-07-27 儿研所儿童医学中心 用于治疗移植物抗宿主病的组合物和方法
KR20240132120A (ko) 2015-08-25 2024-09-02 듀크 유니버시티 Rna-가이드된 엔도뉴클레아제를 이용하는 게놈 조작에서 특이성을 개선하는 조성물 및 방법
US9512446B1 (en) 2015-08-28 2016-12-06 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
WO2017040348A1 (en) 2015-08-28 2017-03-09 The General Hospital Corporation Engineered crispr-cas9 nucleases
US9926546B2 (en) 2015-08-28 2018-03-27 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
US11613759B2 (en) 2015-09-04 2023-03-28 Sqz Biotechnologies Company Intracellular delivery of biomolecules to cells comprising a cell wall
JP6664693B2 (ja) 2015-09-09 2020-03-13 国立大学法人神戸大学 標的化したｄｎａ配列の核酸塩基を特異的に変換する、グラム陽性菌のゲノム配列の変換方法、及びそれに用いる分子複合体
IL241462A0 (en) 2015-09-10 2015-11-30 Yeda Res & Dev Heterologous engineering of betalain pigments in plants
CA3000816A1 (en) 2015-09-11 2017-03-16 The General Hospital Corporation Full interrogation of nuclease dsbs and sequencing (find-seq)
CN105132427B (zh) * 2015-09-21 2019-01-08 新疆畜牧科学院生物技术研究所 一种以RNA介导的特异性敲除双基因获得基因编辑绵羊的方法及其专用sgRNA
CA2999500A1 (en) 2015-09-24 2017-03-30 Editas Medicine, Inc. Use of exonucleases to improve crispr/cas-mediated genome editing
CA3000762A1 (en) 2015-09-30 2017-04-06 The General Hospital Corporation Comprehensive in vitro reporting of cleavage events by sequencing (circle-seq)
WO2017059241A1 (en) 2015-10-02 2017-04-06 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Lentiviral protein delivery system for rna-guided genome editing
ES2768984T3 (es) 2015-10-05 2020-06-24 Prec Biosciences Inc Meganucleasas diseñadas con secuencias de reconocimiento encontradas en el gen de la región constante alfa del receptor de células T humanas
ES2803728T3 (es) 2015-10-05 2021-01-29 Prec Biosciences Inc Células genéticamente modificadas que comprenden un gen de región constante alfa del receptor de linfocitos T humano modificado
US12241053B2 (en) 2015-10-09 2025-03-04 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Modulation of novel immune checkpoint targets
JP7011590B2 (ja) 2015-10-12 2022-02-10 イー・アイ・デュポン・ドウ・ヌムール・アンド・カンパニー 細胞内での遺伝子組換えおよび相同組換えの増加のための保護ｄｎａ鋳型および使用方法
WO2017066497A2 (en) 2015-10-13 2017-04-20 Duke University Genome engineering with type i crispr systems in eukaryotic cells
US10829787B2 (en) * 2015-10-14 2020-11-10 Life Technologies Corporation Ribonucleoprotein transfection agents
WO2017066561A2 (en) 2015-10-16 2017-04-20 President And Fellows Of Harvard College Regulatory t cell pd-1 modulation for regulating t cell effector immune responses
IL258491B2 (en) 2015-10-16 2023-09-01 Univ Columbia Preparations and methods for inhibiting antigens of a particular lineage
US20180312873A1 (en) * 2015-10-20 2018-11-01 10X Genomics, Inc. Method and systems for high throughput single cell genetic manipulation
CN116814590A (zh) 2015-10-22 2023-09-29 布罗德研究所有限公司 Vi-b型crispr酶和系统
US11371040B2 (en) * 2015-10-22 2022-06-28 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medical (Inserm) Endonuclease-barcoding
EP3159407A1 (en) 2015-10-23 2017-04-26 Silence Therapeutics (London) Ltd Guide rnas, methods and uses
EP3350327B1 (en) 2015-10-23 2018-09-26 Caribou Biosciences, Inc. Engineered crispr class 2 cross-type nucleic-acid targeting nucleic acids
WO2017070632A2 (en) 2015-10-23 2017-04-27 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors and uses thereof
US11492670B2 (en) * 2015-10-27 2022-11-08 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for targeting cancer-specific sequence variations
WO2017075465A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses by detecting and targeting gata3
US11092607B2 (en) 2015-10-28 2021-08-17 The Board Institute, Inc. Multiplex analysis of single cell constituents
WO2017075451A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses by detecting and targeting pou2af1
WO2017075294A1 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Board Institute Inc. Assays for massively combinatorial perturbation profiling and cellular circuit reconstruction
WO2017075478A2 (en) 2015-10-28 2017-05-04 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses by use of immune cell gene signatures
EP3368157B1 (en) 2015-10-29 2022-06-29 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods for identification, assessment, prevention, and treatment of metabolic disorders using pm20d1 and n-lipidated amino acids
CN108474022A (zh) 2015-11-03 2018-08-31 哈佛学院董事及会员团体 用于包含三维核酸的基质容积成像的设备和方法
EP4036228A1 (en) 2015-11-13 2022-08-03 Avellino Lab USA, Inc. Methods for the treatment of corneal dystrophies
US10669320B2 (en) 2015-11-18 2020-06-02 The Regents Of The University Of Michigan Mps1 and KNL1 phosphorylation system
EP3845061A1 (en) 2015-11-18 2021-07-07 Syngenta Participations AG Haploid induction compositions and methods for use therefor
CA3005878A1 (en) 2015-11-19 2017-05-26 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Lymphocyte antigen cd5-like (cd5l)-interleukin 12b (p40) heterodimers in immunity
US12282014B2 (en) 2015-11-19 2025-04-22 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods of identifying compounds that interfere with ERG-driven misguidance of BAF complexes in TMPRSS2-ERG driven prostate cancers
AU2016359629B2 (en) * 2015-11-23 2023-03-09 Ranjan BATRA Tracking and manipulating cellular RNA via nuclear delivery of CRISPR/Cas9
EP3380622A4 (en) 2015-11-23 2019-08-07 Sangamo Therapeutics, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODIFYING IMMUNITY
CN108495932B (zh) 2015-11-27 2022-08-09 国立大学法人神户大学 用于特异性转换靶向dna序列的核酸碱基的单子叶植物的基因组序列的转换方法、及其使用的分子复合体
US20170151287A1 (en) 2015-11-30 2017-06-01 Flagship Ventures Management, Inc. Methods and compositions of chondrisomes
CN105296518A (zh) * 2015-12-01 2016-02-03 中国农业大学 一种用于CRISPR/Cas9技术的同源臂载体构建方法
EP3564371B1 (en) 2015-12-04 2020-05-27 Caribou Biosciences, Inc. Engineered nucleic-acid targeting nucleic acids
JP6821598B2 (ja) 2015-12-07 2021-01-27 ザイマージェン インコーポレイテッド Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ由来のプロモーター
US9988624B2 (en) 2015-12-07 2018-06-05 Zymergen Inc. Microbial strain improvement by a HTP genomic engineering platform
US11345931B2 (en) 2015-12-14 2022-05-31 President And Fellows Of Harvard College Cas discrimination using tuned guide RNA
WO2017106657A1 (en) 2015-12-18 2017-06-22 The Broad Institute Inc. Novel crispr enzymes and systems
AU2016374253B2 (en) 2015-12-18 2021-10-21 Sangamo Therapeutics, Inc. Targeted disruption of the MHC cell receptor
EP3390624A4 (en) * 2015-12-18 2019-07-10 The Regents of The University of California Modified site-directed modifying polypeptides and methods of use thereof
US11352631B2 (en) 2015-12-18 2022-06-07 Sangamo Therapeutics, Inc. Targeted disruption of the T cell receptor
WO2017112620A1 (en) 2015-12-22 2017-06-29 North Carolina State University Methods and compositions for delivery of crispr based antimicrobials
WO2017112944A1 (en) 2015-12-23 2017-06-29 Fred Hutchinson Cancer Research Center High affinity t cell receptors and uses thereof
MX2018007987A (es) * 2015-12-28 2019-01-10 Novartis Ag Composiciones y metodos para el tratamiento de hemoglobinopatias.
KR20180099768A (ko) 2015-12-30 2018-09-05 노파르티스 아게 증진된 효능을 갖는 면역 이펙터 세포 요법
EP3397760A2 (en) * 2015-12-30 2018-11-07 Avectas Limited Vector-free delivery of gene editing proteins and compositions to cells and tissues
ES2861453T3 (es) 2016-01-04 2021-10-06 Univ Leland Stanford Junior Terapia génica para la epidermólisis ampollosa distrófica recesiva utilizando queratinocitos autólogos corregidos genéticamente
AU2017204950A1 (en) 2016-01-06 2018-08-16 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions and methods for treating malignant, autoimmune and inflammatory diseases
WO2017123559A2 (en) 2016-01-11 2017-07-20 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Chimeric proteins and methods of regulating gene expression
JP7012645B2 (ja) 2016-01-11 2022-01-28 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー キメラタンパク質および免疫治療の方法
CA3011481A1 (en) 2016-01-15 2017-07-20 The Jackson Laboratory Genetically modified non-human mammals by multi-cycle electroporation of cas9 protein
ES3057779T3 (en) 2016-01-15 2026-03-04 Childrens Medical Ct Corp Therapeutic use of mitochondria and combined mitochondrial agents
WO2017125931A1 (en) 2016-01-21 2017-07-27 The State Of Israel, Ministry Of Agriculture & Rural Development, Agricultural Research Organization (Aro) (Volcani Center) Parthenocarpic plants and methods of producing same
WO2017130205A1 (en) 2016-01-31 2017-08-03 Hadasit Medical Research Services And Development Ltd. Autosomal-identical pluripotent stem cell populations having non-identical sex chromosomal composition and uses thereof
JP7012650B2 (ja) 2016-02-02 2022-01-28 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド Ｄｎａ結合ドメインと切断ドメインとを連結するための組成物
CN109072248A (zh) 2016-02-09 2018-12-21 希博斯美国有限公司 采用寡核苷酸介导的基因修复提高靶向基因修饰的效率的方法和组合物
WO2017139309A1 (en) 2016-02-12 2017-08-17 Ceres, Inc. Methods and materials for high throughput testing of mutagenized allele combinations
WO2017138008A2 (en) 2016-02-14 2017-08-17 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of modulating protein exocytosis and uses of same in therapy
EP3416663B1 (en) 2016-02-18 2021-04-14 The Penn State Research Foundation Generating gabaergic neurons in brains
WO2017143071A1 (en) 2016-02-18 2017-08-24 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for gene editing in stem cells
WO2017147196A1 (en) 2016-02-22 2017-08-31 Massachusetts Institute Of Technology Methods for identifying and modulating immune phenotypes
US11530253B2 (en) 2016-02-25 2022-12-20 The Children's Medical Center Corporation Customized class switch of immunoglobulin genes in lymphoma and hybridoma by CRISPR/CAS9 technology
SG11201807025SA (en) 2016-02-26 2018-09-27 Lanzatech New Zealand Ltd Crispr/cas systems for c-1 fixing bacteria
US12037601B2 (en) 2016-03-04 2024-07-16 Indoor Biotechnologies Inc. Method of inactivating a FEL D1 gene using crispr
WO2017153982A1 (en) 2016-03-06 2017-09-14 Yeda Research And Development Co. Ltd. Method for modulating myelination
WO2017161001A1 (en) 2016-03-15 2017-09-21 Children's Medical Center Corporation Methods and compositions relating to hematopoietic stem cell expansion
AU2017235543B2 (en) 2016-03-16 2020-05-14 Conagen, Inc. Production of proteins in labyrinthulomycetes
JP2019515654A (ja) 2016-03-16 2019-06-13 ザ ジェイ． デヴィッド グラッドストーン インスティテューツ 肥満及び／又は糖尿病を処置するための方法及び組成物、並びに候補処置薬剤を識別するための方法及び組成物
US11427861B2 (en) 2016-03-17 2022-08-30 Massachusetts Institute Of Technology Methods for identifying and modulating co-occurant cellular phenotypes
EP3219799A1 (en) 2016-03-17 2017-09-20 IMBA-Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH Conditional crispr sgrna expression
JP2019512271A (ja) 2016-03-21 2019-05-16 デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッド Ｔ細胞疲弊状態特異的遺伝子発現調節因子およびその使用
EP3433364A1 (en) 2016-03-25 2019-01-30 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for treating alpha 1-antitrypsin (a1at) deficiency
WO2017165826A1 (en) 2016-03-25 2017-09-28 Editas Medicine, Inc. Genome editing systems comprising repair-modulating enzyme molecules and methods of their use
EP3443081A4 (en) 2016-04-13 2019-10-30 Duke University CRISPR / CAS9-BASED REPRESSORS FOR IN VIVO SHUT-OFF OF GEN-TARGETS AND METHOD OF USE
US11236313B2 (en) 2016-04-13 2022-02-01 Editas Medicine, Inc. Cas9 fusion molecules, gene editing systems, and methods of use thereof
US20230071283A1 (en) 2016-04-15 2023-03-09 Aimee S. Payne Compositions and methods for selective protein expression
KR102614675B1 (ko) 2016-04-15 2023-12-19 메모리얼 슬로안 케터링 캔서 센터 유전자이식 t 세포 및 키메라 항원 수용체 t 세포 조성물 및 관련 방법
KR20260004568A (ko) 2016-04-19 2026-01-08 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 신규한 crispr 효소 및 시스템
EP3445853A1 (en) 2016-04-19 2019-02-27 The Broad Institute, Inc. Cpf1 complexes with reduced indel activity
KR101896243B1 (ko) * 2016-04-22 2018-09-11 한양대학교 산학협력단 Ｒｇｅｎ ｒｎｐ를 이용하여 개발된 클라미도모나스 변이주 및 이를 이용한 색소 생산방법
AU2017257624B2 (en) 2016-04-25 2023-05-25 President And Fellows Of Harvard College Hybridization chain reaction methods for in situ molecular detection
EP3448996A1 (en) 2016-04-26 2019-03-06 Massachusetts Institute of Technology Extensible recombinase cascades
WO2017192544A1 (en) 2016-05-02 2017-11-09 Massachusetts Institute Of Technology AMPHIPHILIC NANOPARTICLES FOR CODELIVERY OF WATER-INSOLUBLE SMALL MOLECULES AND RNAi
CN109152342A (zh) * 2016-05-12 2019-01-04 布赖恩.P.汉利 Crispr和其他基因疗法安全递送到人类和动物中的大部分体细胞
SG10202102885UA (en) 2016-05-20 2021-05-28 Regeneron Pharma Methods for breaking immunological tolerance using multiple guide rnas
WO2017205503A1 (en) 2016-05-24 2017-11-30 Indiana University Research And Technology Corporation Ku inhibitors and their use
RU2741786C2 (ru) 2016-05-25 2021-01-28 Энсэрм (Энститю Насьональ Де Ла Санте Э Де Ла Решерш Медикаль) Способы и композиции для лечения опухолей
DK3604527T3 (da) 2016-06-02 2021-05-31 Sigma Aldrich Co Llc Anvendelse af programmerbare dna-bindingsproteiner til at forbedre målrettet genommodifikation
GB201609811D0 (en) 2016-06-05 2016-07-20 Snipr Technologies Ltd Methods, cells, systems, arrays, RNA and kits
US10767175B2 (en) 2016-06-08 2020-09-08 Agilent Technologies, Inc. High specificity genome editing using chemically modified guide RNAs
US12626782B2 (en) 2016-06-15 2026-05-12 Deep Genomics Incorporated Architectures for training neural networks using biological sequences, conservation, and molecular phenotypes
CN109790551A (zh) 2016-06-16 2019-05-21 奥斯陆大学医院Hf 改进的基因编辑
AU2017283713B2 (en) 2016-06-17 2021-04-08 Massachusetts Institute Of Technology Type VI CRISPR orthologs and systems
US11293021B1 (en) 2016-06-23 2022-04-05 Inscripta, Inc. Automated cell processing methods, modules, instruments, and systems
CN109688820B (zh) 2016-06-24 2023-01-10 科罗拉多州立大学董事会（法人团体） 用于生成条形码化组合文库的方法
US11471462B2 (en) 2016-06-27 2022-10-18 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for detecting and treating diabetes
WO2018005873A1 (en) 2016-06-29 2018-01-04 The Broad Institute Inc. Crispr-cas systems having destabilization domain
EP3478833A4 (en) 2016-06-30 2019-10-02 Zymergen, Inc. METHOD FOR PRODUCING A BACTERIAL HEMOGLOBIN LIBRARY AND ITS USE
US10544411B2 (en) 2016-06-30 2020-01-28 Zymergen Inc. Methods for generating a glucose permease library and uses thereof
US11603533B2 (en) * 2016-07-12 2023-03-14 Washington University Incorporation of internal polya-encoded poly-lysine sequence tags and their variations for the tunable control of protein synthesis in bacterial and eukaryotic cells
WO2018013840A1 (en) 2016-07-13 2018-01-18 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Methods, compositions and kits for increasing genome editing efficiency
EP3484455A2 (en) 2016-07-15 2019-05-22 Novartis AG Treatment and prevention of cytokine release syndrome using a chimeric antigen receptor in combination with a kinase inhibitor
CN106191061B (zh) * 2016-07-18 2019-06-18 暨南大学 一种特异靶向人ABCG2基因的sgRNA导向序列及其应用
JP7004651B2 (ja) * 2016-07-19 2022-02-04 株式会社バイオダイナミクス研究所 長鎖一本鎖ｄｎａを調製する方法
JP7490211B2 (ja) 2016-07-19 2024-05-27 デューク ユニバーシティ Ｃｐｆ１に基づくゲノム編集の治療適用
CN109803530A (zh) 2016-07-29 2019-05-24 瑞泽恩制药公司 包含引起c-截短的原纤维蛋白-1表达的突变的小鼠
US11566263B2 (en) 2016-08-02 2023-01-31 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290 associated disease
WO2018026953A1 (en) 2016-08-02 2018-02-08 TCR2 Therapeutics Inc. Compositions and methods for tcr reprogramming using fusion proteins
WO2018027078A1 (en) 2016-08-03 2018-02-08 President And Fellows Of Harard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
US11078481B1 (en) 2016-08-03 2021-08-03 KSQ Therapeutics, Inc. Methods for screening for cancer targets
AU2017308889B2 (en) 2016-08-09 2023-11-09 President And Fellows Of Harvard College Programmable Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
TWI791459B (zh) 2016-08-10 2023-02-11 日商領先基因生技股份有限公司 改變真核細胞基因體的標的部位之方法
KR101710026B1 (ko) 2016-08-10 2017-02-27 주식회사 무진메디 Cas9 단백질 및 가이드 RNA의 혼성체를 함유하는 나노 리포좀 전달체 조성물
US20190284581A1 (en) 2016-08-12 2019-09-19 Nexuspiral Inc. Genome editing method
US11352647B2 (en) 2016-08-17 2022-06-07 The Broad Institute, Inc. Crispr enzymes and systems
US11630103B2 (en) 2016-08-17 2023-04-18 The Broad Institute, Inc. Product and methods useful for modulating and evaluating immune responses
WO2018035250A1 (en) 2016-08-17 2018-02-22 The Broad Institute, Inc. Methods for identifying class 2 crispr-cas systems
WO2018035387A1 (en) 2016-08-17 2018-02-22 The Broad Institute, Inc. Novel crispr enzymes and systems
IL247368A0 (en) 2016-08-18 2016-11-30 Yeda Res & Dev Diagnostic and therapeutic uses of exosomes
JP7050215B2 (ja) * 2016-08-19 2022-04-08 ツールゲン インコーポレイテッド 人工的に操作された血管新生調節系
WO2020225754A1 (en) 2019-05-06 2020-11-12 Mcmullen Tara Crispr gene editing for autosomal dominant diseases
EP3500677A4 (en) * 2016-08-20 2020-04-01 Avellino Lab USA, Inc. SINGLE GUIDE RNA, CRISPR / CAS9 SYSTEMS AND METHOD FOR USE THEREOF
IL264792B2 (en) 2016-08-24 2023-10-01 Sangamo Therapeutics Inc Engineered target-specific zinc-finger nucleases
WO2018039438A1 (en) 2016-08-24 2018-03-01 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
GB2569252A (en) 2016-08-31 2019-06-12 Harvard College Methods of combining the detection of biomolecules into a single assay using fluorescent in situ sequencing
US11078483B1 (en) 2016-09-02 2021-08-03 KSQ Therapeutics, Inc. Methods for measuring and improving CRISPR reagent function
JP7215994B2 (ja) 2016-09-06 2023-01-31 ザ チルドレンズ メディカル センター コーポレーション 人工多能性幹細胞由来の免疫細胞
US20190262399A1 (en) 2016-09-07 2019-08-29 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for evaluating and modulating immune responses
JP7256739B2 (ja) 2016-09-07 2023-04-12 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド 肝臓遺伝子のモジュレーション
EP3510407A1 (en) 2016-09-08 2019-07-17 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for diagnosing and treating nephrotic syndrome
IL247752A0 (en) 2016-09-11 2016-11-30 Yeda Res & Dev Compositions and methods for modulating gene expression for site-directed mutagenesis
US10787670B2 (en) 2016-09-15 2020-09-29 Labcyte Inc. High-efficiency transfection of biological cells using sonoporation
CA3034643A1 (en) 2016-09-20 2018-03-29 Ellen Weisberg Compositions and methods for identification, assessment, prevention, and treatment of aml using usp10 biomarkers and modulators
US20190225974A1 (en) 2016-09-23 2019-07-25 BASF Agricultural Solutions Seed US LLC Targeted genome optimization in plants
KR102397771B1 (ko) 2016-09-23 2022-05-13 프레드 헛친슨 켄서 리서치 센터 부 조직적합성(h) 항원 ha-1에 대해서 특이적인 tcr 및 이의 용도
WO2018064387A1 (en) 2016-09-28 2018-04-05 Novartis Ag Porous membrane-based macromolecule delivery system
US12499971B2 (en) 2016-09-28 2025-12-16 The Broad Institute, Inc. Systematic screening and mapping of regulatory elements in non-coding genomic regions, methods, compositions, and applications thereof
KR20190049887A (ko) 2016-09-29 2019-05-09 난트케이웨스트, 인크. 감소된 면역원성을 갖는 hla 클래스 i-결핍 nk-92 세포
MX381216B (es) * 2016-09-30 2025-03-12 Regeneron Pharma Animales no humanos que tienen una expansion de repeticiones de hexanucleotidos en un locus c9orf72.
JP2019532644A (ja) 2016-09-30 2019-11-14 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア Ｒｎａ誘導型核酸修飾酵素及びその使用方法
DK3757120T3 (da) 2016-10-04 2022-07-25 Prec Biosciences Inc Co-stimulerende domæner til anvendelse i genetisk modificerede celler
US10669539B2 (en) 2016-10-06 2020-06-02 Pioneer Biolabs, Llc Methods and compositions for generating CRISPR guide RNA libraries
WO2018068053A2 (en) 2016-10-07 2018-04-12 Integrated Dna Technologies, Inc. S. pyogenes cas9 mutant genes and polypeptides encoded by same
US11242542B2 (en) 2016-10-07 2022-02-08 Integrated Dna Technologies, Inc. S. pyogenes Cas9 mutant genes and polypeptides encoded by same
BR112019007100A2 (pt) 2016-10-07 2019-06-25 Tcr2 Therapeutics Inc composições e métodos para reprogramação de receptores de célula t com o uso de proteínas de fusão
US12447213B2 (en) 2016-10-07 2025-10-21 The Broad Institute, Inc. Modulation of novel immune checkpoint targets
WO2018069232A1 (en) 2016-10-10 2018-04-19 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for predicting the risk of having cardiac hypertrophy
KR20240007715A (ko) 2016-10-14 2024-01-16 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 핵염기 에디터의 aav 전달
KR102662249B1 (ko) 2016-10-14 2024-05-03 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 후성적으로 조절되는 부위-특이적 뉴클레아제
GB201617559D0 (en) 2016-10-17 2016-11-30 University Court Of The University Of Edinburgh The Swine comprising modified cd163 and associated methods
EP4338799A3 (en) 2016-10-18 2024-06-05 Regents of the University of Minnesota Tumor infiltrating lymphocytes and methods of therapy
KR102712926B1 (ko) 2016-10-20 2024-10-07 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 파브리병의 치료를 위한 방법 및 조성물
WO2018081531A2 (en) 2016-10-28 2018-05-03 Ariad Pharmaceuticals, Inc. Methods for human t-cell activation
CN106637421B (zh) * 2016-10-28 2019-12-27 博雅缉因（北京）生物科技有限公司 双sgRNA文库的构建及其应用于高通量功能性筛选研究的方法
WO2018076335A1 (en) 2016-10-31 2018-05-03 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences Compositions and methods for enhancing abiotic stress tolerance
WO2018081775A1 (en) 2016-10-31 2018-05-03 Sangamo Therapeutics, Inc. Gene correction of scid-related genes in hematopoietic stem and progenitor cells
WO2018083606A1 (en) 2016-11-01 2018-05-11 Novartis Ag Methods and compositions for enhancing gene editing
US10633454B2 (en) 2016-11-01 2020-04-28 Conagen Inc. Expression of modified glycoproteins and glycopeptides
SG10202104575WA (en) 2016-11-04 2021-06-29 Childrens Hospital Med Ct Liver organoid compositions and methods of making and using same
CN109906030B (zh) 2016-11-04 2022-03-18 安健基因公司 用于产生仅重链抗体的经基因修饰的非人动物和方法
CA3042259A1 (en) 2016-11-04 2018-05-11 Flagship Pioneering Innovations V. Inc. Novel plant cells, plants, and seeds
WO2018089386A1 (en) 2016-11-11 2018-05-17 The Broad Institute, Inc. Modulation of intestinal epithelial cell differentiation, maintenance and/or function through t cell action
EP3538140A1 (en) 2016-11-14 2019-09-18 Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM) Methods and pharmaceutical compositions for modulating stem cells proliferation or differentiation
WO2018093797A1 (en) 2016-11-15 2018-05-24 The Schepens Eye Research Institute, Inc. Compositions and methods for the treatment of aberrant angiogenesis
CA3042880A1 (en) 2016-11-16 2018-05-24 The Regents Of The University Of California Inhibitors of crispr-cas9
CN110177803A (zh) 2016-11-22 2019-08-27 T细胞受体治疗公司 用于使用融合蛋白进行tcr重新编程的组合物和方法
CA3044101A1 (en) 2016-11-22 2018-05-31 Integrated Dna Technologies, Inc. Crispr/cpf1 systems and methods
CN118581046A (zh) 2016-11-22 2024-09-03 新加坡国立大学 用于t细胞恶性肿瘤免疫疗法的cd7表达阻滞剂和嵌合抗原受体
CN110234765A (zh) 2016-11-28 2019-09-13 耶达研究及发展有限公司 分离的多核苷酸和多肽及使用它们来表达感兴趣的表达产物的方法
WO2018100190A1 (en) 2016-12-02 2018-06-07 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for diagnosing renal cell carcinoma
US9816093B1 (en) 2016-12-06 2017-11-14 Caribou Biosciences, Inc. Engineered nucleic acid-targeting nucleic acids
EP4276187A3 (en) 2016-12-08 2024-01-17 Case Western Reserve University Methods and compositions for enhancing functional myelin production
US12404514B2 (en) 2016-12-09 2025-09-02 The Broad Institute, Inc. CRISPR-systems for modifying a trait of interest in a plant
WO2018111947A1 (en) 2016-12-12 2018-06-21 Integrated Dna Technologies, Inc. Genome editing enhancement
RU2019121801A (ru) 2016-12-14 2021-01-15 Лигандал, Инк. Композиции и способы для доставки полезной нагрузки в виде нуклеиновой кислоты и/или белка
EP3555297A1 (en) 2016-12-19 2019-10-23 Editas Medicine, Inc. Assessing nuclease cleavage
CA3047999A1 (en) 2016-12-21 2018-06-28 TCR2 Therapeutics Inc. Engineered t cells for the treatment of cancer
ES2924063T3 (es) 2016-12-22 2022-10-04 Avectas Ltd Liberación intracelular sin vector mediante permeabilización reversible
CN110213961A (zh) 2016-12-22 2019-09-06 孟山都技术公司 基于基因组编辑的作物工程化和生产矮秆植物
WO2018119359A1 (en) 2016-12-23 2018-06-28 President And Fellows Of Harvard College Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection
US11597947B2 (en) 2016-12-29 2023-03-07 Asc Therapeutics Inc. Gene editing method using virus
EP3563159A1 (en) 2016-12-29 2019-11-06 Ukko Inc. Methods for identifying and de-epitoping allergenic polypeptides
WO2018126201A1 (en) 2016-12-30 2018-07-05 Synthetic Genomics, Inc. High productivity algal mutants having reduced photosynthetic antenna
US11859219B1 (en) 2016-12-30 2024-01-02 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. Methods of altering a target nucleotide sequence with an RNA-guided nuclease and a single guide RNA
EP3565608A4 (en) 2017-01-05 2020-12-16 Rutgers, The State University of New Jersey TARGETED GENE EDITING PLATFORM INDEPENDENT OF BICATENARY DNA BREAKAGE AND ITS USES
WO2018127585A1 (en) 2017-01-06 2018-07-12 Txcell Monospecific regulatory t cell population with cytotoxicity for b cells
EP3346001A1 (en) 2017-01-06 2018-07-11 TXCell Monospecific regulatory t cell population with cytotoxicity for b cells
CN110168078B (zh) 2017-01-06 2024-05-14 免疫生物公司 具有降低的cd96/tigit表达的遗传修饰的nk-92细胞
WO2018129368A2 (en) 2017-01-06 2018-07-12 Editas Medicine, Inc. Methods of assessing nuclease cleavage
CN106636204B (zh) * 2017-01-09 2019-08-23 华中农业大学 一种能够稳定遗传的白化大鳞副泥鳅育种方法
WO2018129440A1 (en) 2017-01-09 2018-07-12 University Of Massachusetts Complexes for gene deletion and editing
US11873496B2 (en) 2017-01-09 2024-01-16 Whitehead Institute For Biomedical Research Methods of altering gene expression by perturbing transcription factor multimers that structure regulatory loops
GB201700380D0 (en) 2017-01-10 2017-02-22 Plant Bioscience Ltd Methods of increasing seed yield
JP7215716B2 (ja) 2017-01-13 2023-01-31 学校法人自治医科大学 肝臓ゲノム上の凝固関連因子遺伝子を破壊するためのａａｖベクター
CA3049980A1 (en) 2017-01-23 2018-07-26 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13 (hsd17b13) variants and uses thereof
US11535662B2 (en) 2017-01-26 2022-12-27 Novartis Ag CD28 compositions and methods for chimeric antigen receptor therapy
WO2018140899A1 (en) 2017-01-28 2018-08-02 Inari Agriculture, Inc. Novel plant cells, plants, and seeds
US20190375815A1 (en) 2017-01-31 2019-12-12 Novartis Ag Treatment of cancer using chimeric t cell receptor proteins having multiple specificities
IL250479A0 (en) 2017-02-06 2017-03-30 Sorek Rotem Genetically engineered cells expressing a disarm system that confers resistance to phages and methods for their production
TW201839136A (zh) 2017-02-06 2018-11-01 瑞士商諾華公司 治療血色素異常症之組合物及方法
WO2018148246A1 (en) 2017-02-07 2018-08-16 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for rna-guided genetic circuits
EP4119552A1 (en) 2017-02-08 2023-01-18 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Regulating chimeric antigen receptors
WO2018146481A1 (en) 2017-02-09 2018-08-16 Fujian Agriculture And Forestry University Expression of a phosphate transporter for improving plant yield
EP3579872A1 (en) 2017-02-10 2019-12-18 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for the treatment of cancers associated with activation of the mapk pathway
CN110312797A (zh) 2017-02-10 2019-10-08 齐默尔根公司 组装和编辑用于多个宿主的多个dna构建体的模块化通用质粒设计策略
EP4628586A3 (en) 2017-02-17 2026-01-14 Denali Therapeutics Inc. Transferrin receptor transgenic models
WO2018154418A1 (en) * 2017-02-22 2018-08-30 Crispr Therapeutics Ag Materials and methods for treatment of early onset parkinson's disease (park1) and other synuclein, alpha (snca) gene related conditions or disorders
WO2018160731A1 (en) 2017-02-28 2018-09-07 Novartis Ag Shp inhibitor compositions and uses for chimeric antigen receptor therapy
WO2018165504A1 (en) 2017-03-09 2018-09-13 President And Fellows Of Harvard College Suppression of pain by gene editing
KR20190123328A (ko) 2017-03-09 2019-10-31 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 암 백신
CN110914310A (zh) 2017-03-10 2020-03-24 哈佛大学的校长及成员们 胞嘧啶至鸟嘌呤碱基编辑器
EP3596217A1 (en) 2017-03-14 2020-01-22 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for the treatment of hemoglobinopathies
AU2018234830B2 (en) 2017-03-15 2023-03-02 Fred Hutchinson Cancer Center High affinity MAGE-A1-specific TCRs and uses thereof
US20200087403A1 (en) 2017-03-15 2020-03-19 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Pharmaceutical compositions for the treatment of thrombosis in patients suffering from a myeloproliferative neoplasm
CN110959039B (zh) 2017-03-15 2025-03-14 博德研究所 新型cas13b直向同源物crispr酶和系统
WO2018170515A1 (en) 2017-03-17 2018-09-20 The Broad Institute, Inc. Methods for identifying and modulating co-occurant cellular phenotypes
EP3596117A4 (en) 2017-03-17 2021-01-13 The Johns Hopkins University TARGETED EPIGENETIC THERAPY AGAINST THE DISTAL EXPRESSION REGULATORY ELEMENT OF TGFB2
IL306092A (en) 2017-03-23 2023-11-01 Harvard College Nucleic base editors that include nucleic acid programmable DNA binding proteins
US12161694B2 (en) 2017-03-24 2024-12-10 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for regulating innate lymphoid cell inflammatory responses
US20200255846A1 (en) 2017-03-24 2020-08-13 Institute of Genetics and Developmental Biology Chinese Acedemy of Sciences Methods for increasing grain yield
US10980779B2 (en) 2017-03-24 2021-04-20 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) GFI1 inhibitors for the treatment of hyperglycemia
WO2018172508A1 (en) 2017-03-24 2018-09-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma
US11896678B2 (en) 2017-03-29 2024-02-13 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for treatment of peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARG) activated cancer
BR112019017705A2 (pt) 2017-03-30 2020-03-31 Monsanto Technology Llc Sistemas e métodos para uso em identificação de múltiplas edições de genoma e prevenção dos efeitos agregados das edições do genoma identificado
WO2018178237A1 (en) 2017-03-30 2018-10-04 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of mitochondrial genetic diseases
US11963966B2 (en) 2017-03-31 2024-04-23 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for treating ovarian tumors
EP3606518A4 (en) 2017-04-01 2021-04-07 The Broad Institute, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTION AND MODULATION OF IMMUNOTHERAPY RESISTANCE GENE SIGNATURE IN CANCER
US20200032252A1 (en) * 2017-04-06 2020-01-30 Dsm Ip Assets B.V. Self-guiding integration construct (sgic)
AU2018251801B2 (en) 2017-04-12 2024-11-07 Massachusetts Institute Of Technology Novel type VI CRISPR orthologs and systems
WO2018191520A1 (en) 2017-04-12 2018-10-18 The Broad Institute, Inc. Respiratory and sweat gland ionocytes
US20200071773A1 (en) 2017-04-12 2020-03-05 Massachusetts Eye And Ear Infirmary Tumor signature for metastasis, compositions of matter methods of use thereof
US12590288B2 (en) 2017-04-12 2026-03-31 The Broad Institute, Inc. Method of treating an inflammatory disease by administering an agent which binds a surface receptor on a tuft cell that induces an ILC class 2 inflammatory response
US10457683B2 (en) 2017-04-12 2019-10-29 Magenta Therapeutics Inc. Aryl hydrocarbon receptor antagonists and uses thereof
US12281334B2 (en) 2017-04-14 2025-04-22 Children's Hospital Medical Center Multi donor stem cell compositions and methods of making same
WO2018191750A2 (en) 2017-04-14 2018-10-18 The Broad Institute Inc. Novel delivery of large payloads
US11913015B2 (en) 2017-04-17 2024-02-27 University Of Maryland, College Park Embryonic cell cultures and methods of using the same
US20210293783A1 (en) 2017-04-18 2021-09-23 The General Hospital Corporation Compositions for detecting secretion and methods of use
US11834670B2 (en) * 2017-04-19 2023-12-05 Global Life Sciences Solutions Usa Llc Site-specific DNA modification using a donor DNA repair template having tandem repeat sequences
CN116732106A (zh) 2017-04-20 2023-09-12 E开创生物技术股份有限公司 产生基因修改的动物的方法
US11458118B2 (en) 2017-04-21 2022-10-04 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for the treatment of diseases associated with reduced CFTR function
WO2018195545A2 (en) 2017-04-21 2018-10-25 The General Hospital Corporation Variants of cpf1 (cas12a) with altered pam specificity
WO2018195486A1 (en) 2017-04-21 2018-10-25 The Broad Institute, Inc. Targeted delivery to beta cells
US11499151B2 (en) 2017-04-28 2022-11-15 Editas Medicine, Inc. Methods and systems for analyzing guide RNA molecules
EP3615055A1 (en) 2017-04-28 2020-03-04 Novartis AG Cells expressing a bcma-targeting chimeric antigen receptor, and combination therapy with a gamma secretase inhibitor
EP3615068A1 (en) 2017-04-28 2020-03-04 Novartis AG Bcma-targeting agent, and combination therapy with a gamma secretase inhibitor
US11820728B2 (en) 2017-04-28 2023-11-21 Acuitas Therapeutics, Inc. Carbonyl lipids and lipid nanoparticle formulations for delivery of nucleic acids
JP2020518245A (ja) 2017-05-03 2020-06-25 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド 嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス制御因子（ｃｆｔｒ）遺伝子の改変のための方法および組成物
US11591601B2 (en) 2017-05-05 2023-02-28 The Broad Institute, Inc. Methods for identification and modification of lncRNA associated with target genotypes and phenotypes
IL252151A0 (en) 2017-05-07 2017-07-31 Fainzilber Michael Treatment of stress disorders
JP7170666B2 (ja) 2017-05-08 2022-11-14 プレシジョン バイオサイエンシズ，インク． 操作された抗原受容体をコードする核酸分子及び阻害性核酸分子、並びにそれらの使用方法
EP3622070A2 (en) 2017-05-10 2020-03-18 Editas Medicine, Inc. Crispr/rna-guided nuclease systems and methods
WO2018208998A1 (en) 2017-05-10 2018-11-15 The Regents Of The University Of California Directed editing of cellular rna via nuclear delivery of crispr/cas9
US12226479B2 (en) 2017-05-11 2025-02-18 The General Hospital Corporation Methods and compositions of use of CD8+ tumor infiltrating lymphocyte subtypes and gene signatures thereof
US11560566B2 (en) 2017-05-12 2023-01-24 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation
WO2018211018A1 (en) 2017-05-17 2018-11-22 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Flt3 inhibitors for improving pain treatments by opioids
EP3625342B1 (en) 2017-05-18 2022-08-24 The Broad Institute, Inc. Systems, methods, and compositions for targeted nucleic acid editing
KR102678809B1 (ko) 2017-05-18 2024-06-26 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 표적화된 핵산 편집을 위한 시스템, 방법 및 조성물
CA3064000A1 (en) 2017-05-24 2018-11-29 Effector Therapeutics, Inc. Methods and compositions for cellular immunotherapy
CA3063733A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 The General Hospital Corporation Base editors with improved precision and specificity
WO2018215779A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Methods for increasing grain productivity
EP3409104A1 (en) 2017-05-31 2018-12-05 Vilmorin et Cie Tomato plant resistant to tomato yellow leaf curl virus, powdery mildew, and nematodes
US11371030B2 (en) 2017-05-31 2022-06-28 The University Of Tokyo Modified Cas9 protein and use thereof
EP3409106A1 (en) 2017-06-01 2018-12-05 Vilmorin et Cie Tolerance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus (tbrfv)
WO2020249996A1 (en) 2019-06-14 2020-12-17 Vilmorin & Cie Resistance in plants of solanum lycopersicum to the tobamovirus tomato brown rugose fruit virus
US11879128B2 (en) 2017-06-05 2024-01-23 Consejo Superior De Investigaciones Científicas (Csic)—Delegación Andalucía Targeting of gluten by genome editing
CA3102054A1 (en) 2017-06-05 2018-12-13 Fred Hutchinson Cancer Research Center Genomic safe harbors for genetic therapies in human stem cells and engineered nanoparticles to provide targeted genetic therapies
WO2018226685A2 (en) 2017-06-06 2018-12-13 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods for sensitizing cancer cells to t cell-mediated killing by modulating molecular pathways
ES2875579T3 (es) 2017-06-06 2021-11-10 Zymergen Inc Plataforma de ingeniería genómica de HTP para mejorar Escherichia coli
JP7227162B2 (ja) 2017-06-06 2023-02-21 ザイマージェン インコーポレイテッド 真菌株を改良するためのｈｔｐゲノム操作プラットフォーム
US20210079100A1 (en) 2017-06-08 2021-03-18 Inserm (Institute National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Methods and compositions for treating hyperpigmentation disorders
CN110997908A (zh) 2017-06-09 2020-04-10 爱迪塔斯医药公司 工程化的cas9核酸酶
MA52134A (fr) 2017-06-09 2020-04-15 Vilmorin & Cie Compositions et procédés pour l'édition génomique
CA3066750A1 (en) 2017-06-13 2018-12-20 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. Compositions comprising curons and uses thereof
PL3638776T3 (pl) 2017-06-14 2026-02-23 Technische Universität Dresden Sposoby i środki do zmiany genetycznej genomów z wykorzystaniem projektowanych enzymów rekombinujących dna
EP3638218A4 (en) 2017-06-14 2021-06-09 The Broad Institute, Inc. COMPOSITIONS AND METHOD OF TARGETING COMPLEMENTING COMPONENT 3 FOR INHIBITION OF TUMOR GROWTH
MY200418A (en) 2017-06-15 2023-12-25 Univ California Targeted non-viral dna insertions
US11512287B2 (en) 2017-06-16 2022-11-29 Sangamo Therapeutics, Inc. Targeted disruption of T cell and/or HLA receptors
CN110997902B (zh) 2017-06-20 2021-11-30 居里研究所 Suv39h1缺陷的免疫细胞
JP2020525003A (ja) 2017-06-21 2020-08-27 バートナム，ティモシー，エー． 腎臓病治療のための免疫特権を有する生物活性腎細胞
US10011849B1 (en) 2017-06-23 2018-07-03 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided nucleases
US9982279B1 (en) 2017-06-23 2018-05-29 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided nucleases
CN111511906A (zh) 2017-06-23 2020-08-07 因思科瑞普特公司 核酸引导性核酸酶
CN111328290A (zh) 2017-06-26 2020-06-23 博德研究所 用于靶向核酸编辑的基于crispr/cas-腺嘌呤脱氨酶的组合物、系统和方法
MX2019015505A (es) 2017-06-30 2020-07-28 Inscripta Inc Metodos, modulos, instrumentos y sistemas de procesamiento de celulas automatizados.
EP4775669A2 (en) 2017-06-30 2026-07-15 Precision Biosciences, Inc. Genetically-modified t cells comprising a modified intron in the t cell receptor alpha gene
CN111511375A (zh) 2017-06-30 2020-08-07 因提玛生物科学公司 用于基因治疗的腺相关病毒载体
US20200140896A1 (en) 2017-06-30 2020-05-07 Novartis Ag Methods for the treatment of disease with gene editing systems
SG10201913147WA (en) 2017-07-11 2020-02-27 Compass Therapeutics Llc Agonist antibodies that bind human cd137 and uses thereof
EP3652312A1 (en) 2017-07-14 2020-05-20 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for targeted integration and genome editing and detection thereof using integrated priming sites
WO2019014664A1 (en) * 2017-07-14 2019-01-17 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. MODULATION OF BIOMARKERS TO INCREASE ANTITUMOR IMMUNITY AND IMPROVE THE EFFECTIVENESS OF ANTICANCER IMMUNOTHERAPY
EP3640333A4 (en) 2017-07-14 2020-12-30 Cure Genetics Co., Ltd GENE EDITING SYSTEM AND GENE EDITING METHOD
WO2019014581A1 (en) 2017-07-14 2019-01-17 The Broad Institute, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODULATING THE ACTIVITY OF A CYTOTOXIC LYMPHOCYTE
EP3654993A4 (en) 2017-07-17 2021-08-25 The Broad Institute, Inc. CELL ATLAS OF HEALTHY HUMAN COLUMN AND HUMAN COLUMN WITH COLITIS ULCEROSA
WO2019018551A2 (en) 2017-07-18 2019-01-24 Lee Tzumin METHODS AND COMPOSITIONS FOR GENETICALLY GENETIC HANDLING OF GENES AND CELLS
US12239646B2 (en) 2017-07-19 2025-03-04 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Cancer diagnostic and treatment
WO2019016310A1 (en) 2017-07-20 2019-01-24 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATING CANCERS
IL253642A0 (en) 2017-07-24 2017-09-28 Seger Rony Combined treatment for cancer
US11926664B2 (en) 2017-07-25 2024-03-12 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for modulating monocytopoiesis
WO2019023291A2 (en) 2017-07-25 2019-01-31 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR PRODUCTION AND DECODING OF GUIDE RNA LIBRARIES AND USES THEREOF
EP3658573A1 (en) 2017-07-28 2020-06-03 President and Fellows of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (pace)
CN111182790A (zh) 2017-07-31 2020-05-19 瑞泽恩制药公司 Crispr报告体非人类动物及其用途
KR102712142B1 (ko) 2017-07-31 2024-10-07 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 Cas-형질전환 마우스 배아 줄기 세포 및 마우스 및 이것의 용도
CA3065579A1 (en) 2017-07-31 2019-02-07 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Assessment of crispr/cas-induced recombination with an exogenous donor nucleic acid in vivo
CA3071769A1 (en) 2017-07-31 2019-02-07 Reflection Biotechnologies Limited Cellular models of and therapies for ocular diseases
CN111278848B (zh) 2017-08-04 2023-06-27 北京大学 特异性识别甲基化修饰dna碱基的tale rvd及其应用
JP2020530997A (ja) 2017-08-08 2020-11-05 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド キメラ抗原受容体媒介性細胞標的化
US11624077B2 (en) 2017-08-08 2023-04-11 Peking University Gene knockout method
AU2018314242A1 (en) 2017-08-11 2020-02-13 Fred Hutchinson Cancer Center BRAF-specific TCRs and uses thereof
AU2018320864B2 (en) 2017-08-22 2024-02-22 Napigen, Inc. Organelle genome modification using polynucleotide guided endonuclease
US11692166B2 (en) 2017-08-23 2023-07-04 Technion Research & Development Foundation Limited Compositions and methods for improving alcohol tolerance in yeast
WO2019040650A1 (en) 2017-08-23 2019-02-28 The General Hospital Corporation GENETICALLY MODIFIED CRISPR-CAS9 NUCLEASES HAVING MODIFIED PAM SPECIFICITY
JP2020534024A (ja) 2017-08-24 2020-11-26 ボード オブ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ネブラスカ インサイチュ生殖細胞系列ゲノムエンジニアリングのための方法および組成物
WO2019038417A1 (en) 2017-08-25 2019-02-28 Institute Of Genetics And Developmental Biology, Chinese Academy Of Sciences METHODS FOR INCREASING GRAIN YIELD
US10738327B2 (en) 2017-08-28 2020-08-11 Inscripta, Inc. Electroporation cuvettes for automation
EP3676376B1 (en) 2017-08-30 2025-01-15 President and Fellows of Harvard College High efficiency base editors comprising gam
US11273148B2 (en) 2017-09-01 2022-03-15 The Johns Hopkins University Targeted epigenetic therapy for inherited aortic aneurysm condition
CN107446859B (zh) * 2017-09-02 2020-12-18 河南省农业科学院畜牧兽医研究所 一株鸡毒支原体及其应用
JP6628387B2 (ja) 2017-09-05 2020-01-08 国立大学法人 東京大学 改変されたＣａｓ９タンパク質及びその用途
WO2019050948A1 (en) 2017-09-05 2019-03-14 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. ADMINISTRATION OF A GENE EDITION SYSTEM HAVING ONLY ONE RETROVIRAL PARTICLE AND METHODS OF GENERATING AND USING
CN111051349A (zh) 2017-09-06 2020-04-21 弗雷德哈钦森癌症研究中心 Strep-tag特异性嵌合受体及其用途
US12350312B2 (en) 2017-09-06 2025-07-08 Fred Hutchinson Cancer Center Methods for improving adoptive cell therapy
EP3681637A4 (en) 2017-09-11 2021-06-02 Synthego Corporation SYSTEM AND PROCEDURE FOR BIOPOLYMER SYNTHESIS
JP2020533414A (ja) 2017-09-11 2020-11-19 インサイドアウトバイオ インコーポレイテッド 腫瘍の免疫原性を増強する方法および組成物
WO2019055862A1 (en) 2017-09-14 2019-03-21 Fred Hutchinson Cancer Research Center HIGH AFFINITY T CELL RECEPTORS AND USES THEREOF
IL272713B2 (en) 2017-09-18 2024-10-01 Futuragene Israel Ltd Tissue-specific expression control of della polypeptides
EP3686275A4 (en) 2017-09-18 2021-09-29 Edigene Inc. GENE EDITING LYMPHOCYTE T AND RELATED USE
AU2018336161A1 (en) 2017-09-19 2020-03-26 The State Of Israel, Ministry Of Agriculture & Rural Development, Agricultural Research Organization (Aro) (Volcani Center) Genome-edited birds
WO2019057649A1 (en) 2017-09-19 2019-03-28 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) METHODS AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT OF ACUTE MYELOID LEUKEMIA
KR102742220B1 (ko) 2017-09-19 2024-12-17 더 유니버시티 오브 브리티쉬 콜롬비아 항-hla-a2 항체 및 그 사용 방법
US11814432B2 (en) 2017-09-20 2023-11-14 The University Of British Columbia Anti-HLA-A2 antibodies, related chimeric antigen receptors, and uses thereof
WO2019057742A1 (en) 2017-09-20 2019-03-28 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) METHODS AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS FOR MODULATION OF AUTOPHAGIA
KR102338449B1 (ko) 2017-09-21 2021-12-10 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 표적화된 핵산 편집을 위한 시스템, 방법, 및 조성물
EP3684389A4 (en) 2017-09-21 2021-06-16 Dana Farber Cancer Institute, Inc. INSULATION, PRESERVATION, COMPOSITIONS AND USES OF EXTRACTS FROM JUSTICIA PLANTS
KR101896847B1 (ko) 2017-09-22 2018-09-07 한국생명공학연구원 DNA 절단 활성이 불활성화된 Cpf1을 포함하는 유전자 발현 억제용 조성물 및 그 용도
BR112020005803A2 (pt) 2017-09-25 2020-12-01 Agrospheres, Inc. composições e métodos para produção e administração moduláveis de produtos biológicos
US11603536B2 (en) * 2017-09-29 2023-03-14 Inari Agriculture Technology, Inc. Methods for efficient maize genome editing
WO2019067875A1 (en) 2017-09-29 2019-04-04 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. NON-HUMAN ANIMALS COMPRISING A HUMANIZED TTR LOCUS AND METHODS OF USE
US10435713B2 (en) 2017-09-30 2019-10-08 Inscripta, Inc. Flow through electroporation instrumentation
WO2019070755A1 (en) 2017-10-02 2019-04-11 The Broad Institute, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTING AND MODULATING A GENETIC SIGNATURE OF IMMUNOTHERAPY RESISTANCE IN CANCER
EP3691453A4 (en) 2017-10-02 2021-07-07 Syngenta Participations AG MANIPULATED PESTICIDE PROTEINS AND METHODS OF CONTROLLING PLANT PESTURES
EP3692057B9 (en) 2017-10-03 2023-10-04 Precision BioSciences, Inc. Modified epidermal growth factor receptor peptides for use in genetically-modified cells
WO2019071054A1 (en) 2017-10-04 2019-04-11 The Broad Institute, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODIFYING THE FUNCTION AND STRUCTURE OF BUCKLES AND / OR CHROMATIN DOMAINS
IL316453A (en) * 2017-10-06 2024-12-01 Univ Oregon Health & Science RNA editing agents and methods
WO2019074793A1 (en) 2017-10-10 2019-04-18 Children's Hospital Medical Center OESOPHAGIAN TISSUE COMPOSITIONS AND / OR ORGANOIDS AND METHODS OF MAKING SAME
WO2019075197A1 (en) 2017-10-11 2019-04-18 The General Hospital Corporation METHODS OF DETECTION OF INDIVIDUAL SITE-SPECIFIC PARASITE GENOMIC DEAMINATION BY BASE EDITING TECHNOLOGIES
US10709085B2 (en) 2017-10-13 2020-07-14 Bejo Zaden Bv Lettuce variety ‘80020-0911-007’
WO2019079362A1 (en) 2017-10-16 2019-04-25 Massachusetts Institute Of Technology HOST-PATHOGENIC INTERACTION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
CA3082251A1 (en) 2017-10-16 2019-04-25 The Broad Institute, Inc. Uses of adenosine base editors
CN119265240A (zh) 2017-10-20 2025-01-07 弗莱德哈钦森癌症中心 用以产生被遗传修饰来表达所选抗体的b细胞的系统和方法
US20210069241A1 (en) 2017-10-20 2021-03-11 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods of immunotherapy targeting tigit and/or cd112r or comprising cd226 overexpression
US12227742B2 (en) 2017-10-23 2025-02-18 The Broad Institute, Inc. Nucleic acid modifiers
EP3700535A1 (en) 2017-10-23 2020-09-02 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Compounds for treating cmv related diseases
CN111565731B (zh) 2017-10-24 2024-03-08 达莉亚·伊兰妮 治疗缺血性疾病的方法
SG11202003798TA (en) 2017-10-27 2020-05-28 Univ California Targeted replacement of endogenous t cell receptors
CN109722414A (zh) 2017-10-27 2019-05-07 博雅辑因（北京）生物科技有限公司 一种高效制备成熟红细胞的方法以及用于制备成熟红细胞的培养基
US11547614B2 (en) 2017-10-31 2023-01-10 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for studying cell evolution
AU2018358054A1 (en) 2017-10-31 2020-05-07 Magenta Therapeutics Inc. Compositions and methods for hematopoietic stem and progenitor cell transplant therapy
US20190314407A1 (en) 2017-10-31 2019-10-17 Magenta Therapeutics Inc. Compositions and methods for the expansion of hematopoietic stem and progenitor cells
US20210179709A1 (en) 2017-10-31 2021-06-17 Novartis Ag Anti-car compositions and methods
US11718679B2 (en) 2017-10-31 2023-08-08 Compass Therapeutics Llc CD137 antibodies and PD-1 antagonists and uses thereof
EP3704238B1 (en) 2017-11-01 2024-01-03 Precision Biosciences, Inc. Engineered nucleases that target human and canine factor viii genes as a treatment for hemophilia a
EP3704245A1 (en) 2017-11-01 2020-09-09 Novartis AG Synthetic rnas and methods of use
EP3707263A4 (en) 2017-11-06 2021-06-16 Shenzhen Cell Inspire Biotechnology Co., Ltd. NOVEL, HUMAN INDUCED PLURIPOTENT STEM CELL LINES FOR MODELING AND USING ALZHEIMER'S MORBUS
WO2019094725A2 (en) 2017-11-09 2019-05-16 Sangamo Therapeutics, Inc. Genetic modification of cytokine inducible sh2-containing protein (cish) gene
US12171783B2 (en) 2017-11-13 2024-12-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for targeting developmental and oncogenic programs in H3K27M gliomas
WO2019094984A1 (en) 2017-11-13 2019-05-16 The Broad Institute, Inc. Methods for determining spatial and temporal gene expression dynamics during adult neurogenesis in single cells
WO2019094983A1 (en) 2017-11-13 2019-05-16 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for treating cancer by targeting the clec2d-klrb1 pathway
IL255664A0 (en) 2017-11-14 2017-12-31 Shachar Idit Hematopoietic stem cells with enhanced properties
CA3082643A1 (en) 2017-11-14 2019-05-23 The Schepens Eye Research Institute, Inc. Runx1 inhibition for treatment of proliferative vitreoretinopathy and conditions associated with epithelial to mesenchymal transition
JP7557367B2 (ja) 2017-11-17 2024-09-27 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド 細針吸引及び小生検からのｔｉｌ拡大培養
WO2019099823A1 (en) * 2017-11-17 2019-05-23 Stc.Unm Therapy for myotonic dystrophy type 1 via genome editing of the dmpk gene
EP3713961A2 (en) 2017-11-20 2020-09-30 Compass Therapeutics LLC Cd137 antibodies and tumor antigen-targeting antibodies and uses thereof
JP2021503885A (ja) 2017-11-22 2021-02-15 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド 末梢血からの末梢血リンパ球（ｐｂｌ）の拡大培養
IL314506A (en) 2017-11-24 2024-09-01 Inst Nat Sante Rech Med Methods and preparations for the treatment of cancer
WO2019101995A1 (en) 2017-11-27 2019-05-31 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for cardiac regeneration
SG11202004980RA (en) 2017-11-28 2020-06-29 Mirimus Inc METHODS OF GENETIC MEDIATED ENGINEERING OF RNAi MODELS
US20220267403A1 (en) 2017-12-01 2022-08-25 Fred Hutchinson Cancer Research Center Binding proteins specific for 5t4 and uses thereof
GB201720351D0 (en) 2017-12-06 2018-01-17 Iontas Ltd Selecting for developability in drug discovery
IL275077B2 (en) 2017-12-06 2025-02-01 Magenta Therapeutics Inc Dosing regimens for mobilization of hematopoietic stem and progenitor cells.
US11332736B2 (en) 2017-12-07 2022-05-17 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for multiplexing single cell and single nuclei sequencing
US11124798B2 (en) 2017-12-08 2021-09-21 Synthetic Genomics, Inc. Algal lipid productivity via genetic modification of a TPR domain containing protein
CN111344402A (zh) 2017-12-14 2020-06-26 Ezy生物科技有限公司 受试者特异性肿瘤抑制细胞及其用途
CA3084191A1 (en) 2017-12-15 2019-06-20 Danisco Us Inc. Cas9 variants and methods of use
US12406749B2 (en) 2017-12-15 2025-09-02 The Broad Institute, Inc. Systems and methods for predicting repair outcomes in genetic engineering
US12379372B2 (en) 2017-12-21 2025-08-05 Children's Hospital Medical Center Digitalized human organoids and methods of using same
US20230193242A1 (en) 2017-12-22 2023-06-22 The Broad Institute, Inc. Cas12b systems, methods, and compositions for targeted dna base editing
CN107868123B (zh) 2017-12-25 2020-05-12 中国农业科学院作物科学研究所 一种同时提高植物产量和抗性的基因及其应用
US20190201548A1 (en) 2017-12-29 2019-07-04 Rubius Therapeutics, Inc. Gene editing and targeted transcriptional modulation for engineering erythroid cells
EP3735412B1 (en) 2018-01-03 2024-02-21 EdiGene Biotechnology, Inc. Compositions and methods for the expansion of hematopoietic stem and progenitor cells and treatment of inherited metabolic disorders
US11994512B2 (en) 2018-01-04 2024-05-28 Massachusetts Institute Of Technology Single-cell genomic methods to generate ex vivo cell systems that recapitulate in vivo biology with improved fidelity
WO2019134946A1 (en) 2018-01-04 2019-07-11 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma resistant
UA128937C2 (uk) 2018-01-09 2024-12-04 Сайбас Юес Ллс Рослина brassica napus, що має знижену сприйнятливість до розстріскування плодів до збирання урожаю, та спосіб її одержання
WO2019140278A1 (en) 2018-01-11 2019-07-18 Fred Hutchinson Cancer Research Center Immunotherapy targeting core binding factor antigens
CN111566121A (zh) 2018-01-12 2020-08-21 巴斯夫欧洲公司 小麦7a染色体上决定每穗小穗数QTL的基因
US12269804B2 (en) 2018-01-17 2025-04-08 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Quinoxalinone compounds, compositions, methods, and kits for increasing genome editing efficiency
BR112020014140A2 (pt) 2018-01-17 2020-12-01 Vertex Pharmaceuticals Incorporated inibidores de dna-pk
WO2019143678A1 (en) 2018-01-17 2019-07-25 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Dna-pk inhibitors
US12145984B2 (en) 2018-01-24 2024-11-19 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Methods for preventing ischemia reperfusion injury in an organ with antibody antagonists of IL-33
US20190233816A1 (en) * 2018-01-26 2019-08-01 Massachusetts Institute Of Technology Structure-guided chemical modification of guide rna and its applications
US11220694B1 (en) 2018-01-29 2022-01-11 Inari Agriculture, Inc. Rice cells and rice plants
IL257225A (en) 2018-01-29 2018-04-09 Yeda Res & Dev Treatment of sarcoma
US11802288B1 (en) * 2018-01-29 2023-10-31 Inari Agriculture Technology, Inc. Methods for efficient soybean genome editing
US11926835B1 (en) * 2018-01-29 2024-03-12 Inari Agriculture Technology, Inc. Methods for efficient tomato genome editing
EP3746124A4 (en) 2018-01-30 2021-10-27 Foghorn Therapeutics Inc. COMPOUNDS AND THEIR USES
WO2019153067A1 (en) * 2018-02-06 2019-08-15 Valorbec, Société en commandite Microfluidic devices, systems, infrastructures, uses thereof and methods for genetic engineering using same
CN111699254A (zh) 2018-02-08 2020-09-22 齐默尔根公司 使用crispr在棒状杆菌属中进行基因组编辑
CA3091081A1 (en) 2018-02-14 2019-08-22 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Methods of increasing nutrient use efficiency
CA3091311A1 (en) 2018-02-16 2019-08-22 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Use of antagonists of cxcr3b for treating vitiligo
KR20200124702A (ko) 2018-02-23 2020-11-03 파이어니어 하이 부렛드 인터내쇼날 인코포레이팃드 신규한 cas9 오르소로그
US20210079061A1 (en) 2018-02-26 2021-03-18 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
IL277234B2 (en) 2018-03-14 2026-03-01 Editas Medicine Inc Systems and methods for treating hemoglobin diseases
EP3765094A4 (en) 2018-03-15 2021-12-22 KSQ Therapeutics, Inc. GENE REGULATORY COMPOSITIONS AND PROCEDURES FOR IMPROVED IMMUNOTHERAPY
EP3592140A1 (en) 2018-03-19 2020-01-15 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Transcription modulation in animals using crispr/cas systems
US10760075B2 (en) 2018-04-30 2020-09-01 Snipr Biome Aps Treating and preventing microbial infections
US10443031B1 (en) 2018-03-29 2019-10-15 Inscripta, Inc. Methods for controlling the growth of prokaryotic and eukaryotic cells
EA202092382A1 (ru) 2018-04-04 2021-02-02 САЙБАС ЮЭс ЛЛС Гены fad2 и мутации
WO2019193375A1 (en) 2018-04-04 2019-10-10 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of fzd7 inhibitors for the treatment of retinal neovascularization
IT201800004253A1 (it) 2018-04-05 2019-10-05 Composizioni e metodi per il trattamento della tachicardia ventricolare polimorfa catecolaminergica dominante ereditaria.
EP3772928B1 (en) 2018-04-06 2025-02-26 Children's Medical Center Corporation Compositions and methods for somatic cell reprogramming and modulating imprinting
MX2020010094A (es) 2018-04-06 2021-01-15 Dana Farber Cancer Inst Inc Kir3dl3 como receptor de hhla2, anticuerpos anti-hhla2 y usos de estos.
KR102617818B1 (ko) 2018-04-12 2023-12-27 프리시젼 바이오사이언시스 인코포레이티드 인간 t 세포 수용체 알파 불변 영역 유전자에 대한 특이성을 갖는 최적화된 조작된 뉴클레아제
MX2020010808A (es) 2018-04-13 2021-03-02 Sangamo Therapeutics France Receptor de antigeno quimerico especifico para el receptor de interleucina-23.
WO2019200004A1 (en) 2018-04-13 2019-10-17 Inscripta, Inc. Automated cell processing instruments comprising reagent cartridges
AU2019256287B2 (en) 2018-04-17 2026-02-05 The General Hospital Corporation Sensitive in vitro assays for substrate preferences and sites of nucleic acid binding, modifying, and cleaving agents
US12338486B2 (en) 2018-04-19 2025-06-24 Massachusetts Institute Of Technology Single-stranded break detection in double-stranded DNA
AU2019255789B2 (en) 2018-04-19 2025-11-20 The Regents Of The University Of California Compositions and methods for gene editing
SI3560330T1 (sl) 2018-04-24 2022-08-31 KWS SAAT SE & Co. KGaA Rastline z izboljšano prebavljivostjo in markerskimi haplotipi
US10557216B2 (en) 2018-04-24 2020-02-11 Inscripta, Inc. Automated instrumentation for production of T-cell receptor peptide libraries
US10508273B2 (en) 2018-04-24 2019-12-17 Inscripta, Inc. Methods for identifying selective binding pairs
US10858761B2 (en) 2018-04-24 2020-12-08 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided editing of exogenous polynucleotides in heterologous cells
US20190330643A1 (en) * 2018-04-25 2019-10-31 The Catholic University Of America Engineering of bacteriophages by genome editing using the crispr-cas9 system
US11957695B2 (en) 2018-04-26 2024-04-16 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions targeting glucocorticoid signaling for modulating immune responses
CN108707621B (zh) 2018-04-26 2021-02-12 中国农业科学院作物科学研究所 一种CRISPR/Cpf1系统介导的以RNA转录本为修复模板的同源重组方法
WO2019210131A1 (en) 2018-04-27 2019-10-31 Iovance Biotherapeutics, Inc. Closed process for expansion and gene editing of tumor infiltrating lymphocytes and uses of same in immunotherapy
US20210047405A1 (en) 2018-04-27 2021-02-18 Novartis Ag Car t cell therapies with enhanced efficacy
WO2019210216A2 (en) * 2018-04-27 2019-10-31 Seattle Children's Hospital D/B/A Seattle Children's Research Institute Talen-based and crispr/cas-based gene editing for bruton's tyrosine kinase
US12281301B2 (en) 2018-04-27 2025-04-22 The Broad Institute, Inc. Sequencing-based proteomics
CN121136065A (zh) 2018-04-27 2025-12-16 基因编辑有限公司 阳离子聚合物和用于生物分子递送的用途
CN110184301B (zh) * 2018-04-28 2023-02-24 辉大(上海)生物科技有限公司 通过Tild-CRISPR实现高效精确的靶向整合
US20210386829A1 (en) 2018-05-04 2021-12-16 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modulating cgrp signaling to regulate innate lymphoid cell inflammatory responses
WO2019216338A1 (ja) 2018-05-08 2019-11-14 国立大学法人大阪大学 ホモ接合型細胞の作製方法
WO2019217837A1 (en) 2018-05-11 2019-11-14 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center T cell receptors targeting pik3ca mutations and uses thereof
CN112654710A (zh) 2018-05-16 2021-04-13 辛瑟高公司 用于指导rna设计和使用的方法和系统
US11690921B2 (en) 2018-05-18 2023-07-04 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery of target specific nucleases
GB201808424D0 (en) 2018-05-23 2018-07-11 Lucite Int Uk Ltd Methods for producing BMA and MMA using genetically modified microorganisms
JP7584299B2 (ja) 2018-05-23 2024-11-15 ナショナル ユニバーシティ オブ シンガポール Ｔ細胞悪性腫瘍の免疫療法のためのｃｄ２表面発現の遮断およびキメラ抗原受容体の発現
WO2019226953A1 (en) 2018-05-23 2019-11-28 The Broad Institute, Inc. Base editors and uses thereof
WO2019232542A2 (en) 2018-06-01 2019-12-05 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for detecting and modulating microenvironment gene signatures from the csf of metastasis patients
US12398360B2 (en) 2018-06-01 2025-08-26 Avectas Limited Cell engineering platform
US11866719B1 (en) 2018-06-04 2024-01-09 Inari Agriculture Technology, Inc. Heterologous integration of regulatory elements to alter gene expression in wheat cells and wheat plants
AU2019282761B2 (en) 2018-06-07 2024-01-04 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Methods for generating hematopoietic stem cells
EP3807419A4 (en) 2018-06-12 2022-09-07 Promega Corporation MULTIPLE LUCIFERASE
US20220403001A1 (en) 2018-06-12 2022-12-22 Obsidian Therapeutics, Inc. Pde5 derived regulatory constructs and methods of use in immunotherapy
IL279367B2 (en) 2018-06-13 2026-05-01 Novartis Ag BCMA chimeric antigen receptors and their uses
US12036240B2 (en) 2018-06-14 2024-07-16 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods targeting complement component 3 for inhibiting tumor growth
WO2019237386A1 (zh) * 2018-06-16 2019-12-19 深圳市博奥康生物科技有限公司 一种敲除人ct1.1基因的方法
CA3102163A1 (en) 2018-06-26 2020-01-02 Massachusetts Institute Of Technology Crispr effector system based amplification methods, systems, and diagnostics
SG11202011240YA (en) 2018-06-26 2020-12-30 Broad Inst Inc Crispr/cas and transposase based amplification compositions, systems and methods
US11629179B2 (en) 2018-06-29 2023-04-18 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut—Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis TWEAK-receptor agonists for use in combination with immunotherapy of a cancer
AU2019291918B2 (en) 2018-06-29 2025-06-12 Editas Medicine, Inc. Synthetic guide molecules, compositions and methods relating thereto
US12618059B2 (en) 2018-06-29 2026-05-05 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Anc80 encoding sphingolipid-metabolizing proteins
AU2019297677B2 (en) 2018-07-04 2024-11-07 Ukko Inc. Methods of de-epitoping wheat proteins and use of same for the treatment of celiac disease
US12473533B2 (en) 2018-07-09 2025-11-18 The Regents Of The University Of California Gene targets for T-cell-based immunotherapy
EP3820495A4 (en) 2018-07-09 2022-07-20 The Broad Institute Inc. RNA-PROGRAMMABLE EPIGENETIC RNA MODIFIERS AND THEIR USES
US20210261957A1 (en) * 2018-07-10 2021-08-26 Alia Therapeutics S.R.L. Vesicles for traceless delivery of guide rna molecules and/or guide rna molecule/rna-guided nuclease complex(es) and a production method thereof
JP2021530212A (ja) 2018-07-13 2021-11-11 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニアThe Regents Of The University Of California レトロトランスポゾンベースの送達媒体及びその使用方法
WO2020018142A1 (en) * 2018-07-16 2020-01-23 Arbor Biotechnologies, Inc. Novel crispr dna targeting enzymes and systems
WO2020018918A1 (en) 2018-07-19 2020-01-23 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Methods for exon skipping and gene knockout using base editors
WO2020018964A1 (en) 2018-07-20 2020-01-23 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods for controlled expression of antigen-specific receptors
CA3106634A1 (en) 2018-07-26 2020-01-30 Children's Hospital Medical Center Hepato-biliary-pancreatic tissues and methods of making same
EP3830256A2 (en) 2018-07-31 2021-06-09 The Broad Institute, Inc. Novel crispr enzymes and systems
WO2020028686A1 (en) * 2018-08-01 2020-02-06 New York University Targeting piezo1 for treatment of cancer and infectious diseases
US12599662B2 (en) 2018-08-06 2026-04-14 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating cancers
CA3106035A1 (en) 2018-08-07 2020-02-13 The Broad Institute, Inc. Cas12b enzymes and systems
SG11202101415UA (en) 2018-08-10 2021-03-30 Sangamo Therapeutics France New car constructs comprising tnfr2 domains
EP3607819A1 (en) 2018-08-10 2020-02-12 Vilmorin et Cie Resistance to xanthomonas campestris pv. campestris (xcc) in cauliflower
IL292273B2 (en) 2018-08-14 2023-10-01 Inscripta Inc Devices, modules and methods for improved detection of edited sequences in living cells
US10532324B1 (en) 2018-08-14 2020-01-14 Inscripta, Inc. Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells
US11142740B2 (en) 2018-08-14 2021-10-12 Inscripta, Inc. Detection of nuclease edited sequences in automated modules and instruments
US10752874B2 (en) 2018-08-14 2020-08-25 Inscripta, Inc. Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells
KR20210044795A (ko) 2018-08-15 2021-04-23 지머젠 인코포레이티드 고 처리량 대사 공학에서 CRISPRi의 응용
WO2020041384A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 The Broad Institute, Inc. 3-phenyl-2-cyano-azetidine derivatives, inhibitors of rna-guided nuclease activity
WO2020041387A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Degradation domain modifications for spatio-temporal control of rna-guided nucleases
WO2020041380A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for optochemical control of crispr-cas9
US20210340201A1 (en) 2018-08-22 2021-11-04 Fred Hutchinson Cancer Research Center Immunotherapy targeting kras or her2 antigens
EP3841205A4 (en) 2018-08-22 2022-08-17 The Regents of The University of California VARIANT TYPE V CRISPR/CAS EFFECTOR POLYPEPTIDES AND METHODS OF USE THEREOF
JP7541508B2 (ja) 2018-08-23 2024-08-28 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド 操作された標的特異的な塩基エディター
CA3110837A1 (en) 2018-08-28 2020-03-05 Vor Biopharma Inc. Genetically engineered hematopoietic stem cells and uses thereof
CA3110089A1 (en) 2018-08-28 2020-03-05 Fred Hutchinson Cancer Research Center Methods and compositions for adoptive t cell therapy incorporating induced notch signaling
CA3108892A1 (en) 2018-08-30 2020-04-23 Inscripta, Inc. Improved detection of nuclease edited sequences in automated modules and instruments
US12545910B2 (en) 2018-08-31 2026-02-10 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
US11479762B1 (en) 2018-08-31 2022-10-25 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
US12534743B2 (en) 2018-08-31 2026-01-27 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
WO2020048942A1 (en) 2018-09-04 2020-03-12 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for enhancing cytotoxic t lymphocyte-dependent immune responses
JP2021536458A (ja) 2018-09-04 2021-12-27 マジェンタ セラピューティクス インコーポレイテッドMagenta Therapeutics, Inc. アリール炭化水素レセプター・アンタゴニスト及び使用方法
WO2020051283A1 (en) * 2018-09-05 2020-03-12 The Regents Of The University Of California Generation of heritably gene-edited plants without tissue culture
CN112654397B (zh) 2018-09-05 2025-01-03 国家医疗保健研究所 用于治疗哮喘和过敏性疾病的方法和组合物
US20210317479A1 (en) 2018-09-06 2021-10-14 The Broad Institute, Inc. Nucleic acid assemblies for use in targeted delivery
WO2020051452A2 (en) * 2018-09-07 2020-03-12 The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established Under The Will Of J. David Gladstone Hiv or hcv detection with crispr-cas13a
EP3849545A1 (en) 2018-09-10 2021-07-21 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Methods for the treatment of neurofibromatosis
CN112823012A (zh) 2018-09-12 2021-05-18 儿童医院医学中心 用于产生造血干细胞及其衍生物的类器官组合物
EP3849565A4 (en) 2018-09-12 2022-12-28 Fred Hutchinson Cancer Research Center REDUCTION OF CD33 EXPRESSION TO SELECTIVELY PROTECT THERAPEUTIC CELLS
US20210403907A1 (en) 2018-09-18 2021-12-30 Vnv Newco Inc. Arc-based capsids and uses thereof
EP3852813A4 (en) 2018-09-18 2022-06-22 VNV Newco Inc. ARC-BASED CAPSIDS AND THEIR USES
EP4234570A3 (en) 2018-09-18 2023-12-13 Sangamo Therapeutics, Inc. Programmed cell death 1 (pd1) specific nucleases
WO2020061391A1 (en) * 2018-09-20 2020-03-26 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Methods for inhibiting tumor cells using inhibitors of foxo3a antagonists
EP3852911B1 (en) 2018-09-21 2025-01-22 Acuitas Therapeutics, Inc. Systems and methods for manufacturing lipid nanoparticles and liposomes
WO2020061591A1 (en) 2018-09-21 2020-03-26 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for treating diabetes, and methods for enriching mrna coding for secreted proteins
WO2020068702A1 (en) 2018-09-24 2020-04-02 Fred Hutchinson Cancer Research Center Chimeric receptor proteins and uses thereof
EP3856772A1 (en) 2018-09-25 2021-08-04 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Use of antagonists of th17 cytokines for the treatment of bronchial remodeling in patients suffering from allergic asthma
GB201815672D0 (en) 2018-09-26 2018-11-07 Innes John Centre Methods for altering starch granule size profile
US12668794B2 (en) * 2018-09-28 2026-06-30 Board Of Trustees Of Southern Illinois University Anti-CRISPR nucleic acid inhibitors of CRISPR-Cas effector enzymes
US12203123B2 (en) 2018-10-01 2025-01-21 North Carolina State University Recombinant type I CRISPR-Cas system and uses thereof for screening for variant cells
WO2020072250A1 (en) 2018-10-01 2020-04-09 North Carolina State University Recombinant type i crispr-cas system and uses thereof for genome modification and alteration of expression
WO2020070062A1 (en) 2018-10-01 2020-04-09 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of tim-3 inhibitors for the treatment of exacerbations in patients suffering from severe asthma
US12264330B2 (en) 2018-10-01 2025-04-01 North Carolina State University Recombinant type I CRISPR-Cas system and uses thereof for killing target cells
US10711267B2 (en) 2018-10-01 2020-07-14 North Carolina State University Recombinant type I CRISPR-Cas system
EP3862430A4 (en) 2018-10-04 2022-06-15 Kaneka Corporation DNA CONSTRUCT FOR USE IN PLANT GENO EDITING
JP2022512648A (ja) 2018-10-09 2022-02-07 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 心筋線維化の処置のためのαＶ－インテグリン（ＣＤ５１）阻害剤の使用
WO2020076976A1 (en) 2018-10-10 2020-04-16 Readcoor, Inc. Three-dimensional spatial molecular indexing
US20220411783A1 (en) 2018-10-12 2022-12-29 The Broad Institute, Inc. Method for extracting nuclei or whole cells from formalin-fixed paraffin-embedded tissues
US11851663B2 (en) 2018-10-14 2023-12-26 Snipr Biome Aps Single-vector type I vectors
WO2020081730A2 (en) 2018-10-16 2020-04-23 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for modulating microenvironment
US12473334B2 (en) 2018-10-17 2025-11-18 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. SWI/SNF family chromatin remodeling complexes and uses thereof
BR112021007343A2 (pt) * 2018-10-18 2021-08-03 Intellia Therapeutics, Inc. composições e métodos para expressão de transgene a partir de um lócus de albumina
JP7578590B2 (ja) 2018-10-18 2024-11-06 インテリア セラピューティクス，インコーポレーテッド 第ｉｘ因子を発現するための組成物及び方法
CA3116576A1 (en) 2018-10-18 2020-04-23 Acuitas Therapeutics, Inc. Lipids for lipid nanoparticle delivery of active agents
WO2020079162A1 (en) 2018-10-18 2020-04-23 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for inducing full ablation of hematopoiesis
US11214781B2 (en) 2018-10-22 2022-01-04 Inscripta, Inc. Engineered enzyme
WO2020086475A1 (en) 2018-10-22 2020-04-30 Inscripta, Inc. Engineered enzymes
WO2020086910A1 (en) 2018-10-24 2020-04-30 Genedit Inc. Cationic polymer with alkyl side chains and use for biomolecule delivery
US20210386788A1 (en) 2018-10-24 2021-12-16 Obsidian Therapeutics, Inc. Er tunable protein regulation
US11407995B1 (en) 2018-10-26 2022-08-09 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
IL262658A (en) 2018-10-28 2020-04-30 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Prevention of age related clonal hematopoiesis and diseases associated therewith
WO2020092453A1 (en) 2018-10-29 2020-05-07 The Broad Institute, Inc. Nucleobase editors comprising geocas9 and uses thereof
EP3874037A4 (en) 2018-10-31 2021-12-15 Zymergen, Inc. DETERMINIST MULTIPLEXED SET OF DNA LIBRARIES
US11970733B2 (en) * 2018-11-01 2024-04-30 Synthego Corporation Methods for analyzing nucleic acid sequences
WO2020092140A2 (en) 2018-11-02 2020-05-07 Insideoutbio, Inc. Methods and compositions to induce or suppress immune responses through the use of membrane bound complement split products
US11434477B1 (en) 2018-11-02 2022-09-06 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
MX2021004819A (es) 2018-11-02 2021-06-08 Annexon Inc Composiciones y metodos para tratar lesiones cerebrales.
BR112021008549A2 (pt) 2018-11-05 2022-01-04 Iovance Biotherapeutics Inc Método de tratamento de carcinoma pulmonar de células não pequenas com uma população de linfócitos infiltrantes de tumor
US12453697B2 (en) 2018-11-05 2025-10-28 Iovance Biotherapeutics, Inc. Processes for production of tumor infiltrating lymphocytes and uses of the same in immunotherapy
CA3118493A1 (en) 2018-11-05 2020-05-14 Iovance Biotherapeutics, Inc. Expansion of tils utilizing akt pathway inhibitors
IL282775B1 (en) 2018-11-05 2026-05-01 Iovance Biotherapeutics Inc Selection of enhanced carrier-reactive T cells
IL282875B2 (en) 2018-11-08 2026-05-01 Sutro Biopharma Inc E. coli strains with oxygenated cytoplasm
US12402610B2 (en) 2018-11-09 2025-09-02 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for modulating innate lymphoid cell pathogenic effectors
JP7558935B2 (ja) 2018-11-09 2024-10-01 フレッド ハッチンソン キャンサー センター メソテリンを標的とする免疫療法
WO2020097445A1 (en) 2018-11-09 2020-05-14 Inari Agriculture, Inc. Rna-guided nucleases and dna binding proteins
US12165743B2 (en) 2018-11-09 2024-12-10 The Broad Institute, Inc. Compressed sensing for screening and tissue imaging
JP7497351B2 (ja) 2018-11-13 2024-06-10 コンパス セラピューティクス リミテッド ライアビリティ カンパニー チェックポイント分子に対する多重特異性結合性構築物およびその使用
EP3653708A1 (en) 2018-11-14 2020-05-20 Evonik Operations GmbH Isomaltulose production
WO2020102659A1 (en) 2018-11-15 2020-05-22 The Broad Institute, Inc. G-to-t base editors and uses thereof
US12227548B2 (en) 2018-11-19 2025-02-18 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Use of IRE1α-XBP1 signaling pathway biomarkers for modulating immune responses
US12285439B2 (en) 2018-11-26 2025-04-29 Asociación Centro De Investigación Cooperativa En Biociencias-Cic Biogune Methods for diagnosing and/or treating acute or chronic liver, kidney or lung disease
RU2712492C1 (ru) * 2018-11-26 2020-01-29 Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования Сколковский институт науки и технологий Средство разрезания днк на основе cas9 белка из defluviimonas sp.
RU2712497C1 (ru) * 2018-11-26 2020-01-29 Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования Сколковский институт науки и технологий Средство разрезания ДНК на основе Cas9 белка из биотехнологически значимой бактерии Clostridium cellulolyticum
US11166996B2 (en) 2018-12-12 2021-11-09 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. Anellovirus compositions and methods of use
JP7553100B2 (ja) 2018-12-12 2024-09-18 国立大学法人九州大学 ゲノム編集された細胞の製造方法
CA3121528A1 (en) 2018-12-12 2020-06-18 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. Anellosomes and methods of use
WO2020123502A1 (en) 2018-12-13 2020-06-18 Versiti Blood Research Institute Foundation, Inc. Method of treating autoimmune and inflammatory diseases using b cells
CN113166744B (zh) 2018-12-14 2025-02-07 先锋国际良种公司 用于基因组编辑的新颖crispr-cas系统
WO2020131586A2 (en) 2018-12-17 2020-06-25 The Broad Institute, Inc. Methods for identifying neoantigens
WO2020131862A1 (en) 2018-12-17 2020-06-25 The Broad Institute, Inc. Crispr-associated transposase systems and methods of use thereof
US12264323B2 (en) 2018-12-17 2025-04-01 The Broad Institute, Inc. CRISPR CPF1 direct repeat variants
WO2020131547A1 (en) 2018-12-19 2020-06-25 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods of expanding tumor infiltrating lymphocytes using engineered cytokine receptor pairs and uses thereof
CN113227375A (zh) 2018-12-20 2021-08-06 原住民股份有限公司 合成的微小rna模拟物
WO2020131632A1 (en) 2018-12-20 2020-06-25 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Nuclease-mediated repeat expansion
EP3898661A1 (en) 2018-12-21 2021-10-27 Precision BioSciences, Inc. Genetic modification of the hydroxyacid oxidase 1 gene for treatment of primary hyperoxaluria
WO2020136216A1 (en) 2018-12-27 2020-07-02 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods of identifying subjects having or at risk of having a coagulation related disorder
MX2021008121A (es) 2019-01-03 2021-12-10 Inst Nat Sante Rech Med Metodos y composiciones farmaceuticas para mejorar las respuestas inmunitarias dependientes de celulas t cd8+ en sujetos que sufren de cancer.
CN113423419A (zh) 2019-01-04 2021-09-21 桑格摩生物治疗股份有限公司 用于治疗法布里病的方法和组合物
US11739156B2 (en) 2019-01-06 2023-08-29 The Broad Institute, Inc. Massachusetts Institute of Technology Methods and compositions for overcoming immunosuppression
PL3908568T3 (pl) 2019-01-11 2024-12-02 Acuitas Therapeutics, Inc. Lipidy do dostarczania środków czynnych w nanocząstkach lipidowych
CA3126761C (en) 2019-01-15 2023-01-10 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Green bean plants with improved disease resistance
EP3911669A1 (en) 2019-01-16 2021-11-24 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Variants of erythroferrone and their use
WO2020150633A1 (en) * 2019-01-18 2020-07-23 Orthobio Therapeutics, Inc. Gene editing to improve joint function
US12351837B2 (en) 2019-01-23 2025-07-08 The Broad Institute, Inc. Supernegatively charged proteins and uses thereof
US12188081B2 (en) 2019-01-24 2025-01-07 The Translational Genomics Research Institute Bioinformatics methods of in silico validation and selection of circRNAs
US12384776B2 (en) 2019-01-29 2025-08-12 Foghorn Therapeutics Inc. Compounds and uses thereof
US12509453B2 (en) 2019-01-29 2025-12-30 Foghorn Therapeutics Inc. BRM/BRG1 inhibitors and uses thereof
WO2020160371A1 (en) 2019-02-01 2020-08-06 The University Of Hong Kong Innervated organoid compositions and methods of making same
US20220117911A1 (en) 2019-02-04 2022-04-21 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for modulating blood-brain barrier
WO2020163396A1 (en) 2019-02-04 2020-08-13 The General Hospital Corporation Adenine dna base editor variants with reduced off-target rna editing
US12698513B2 (en) * 2019-02-05 2026-08-04 Emendobio Inc. CRISPR compositions and methods for promoting gene editing of ribosomal protein S19 (RPS19) gene
CA3106693A1 (en) 2019-02-06 2020-08-13 Sangamo Therapeutics, Inc. Method for the treatment of mucopolysaccharidosis type i
US12460230B2 (en) 2019-02-10 2025-11-04 The J. David Gladstone Institutes Modified mitochondrion and methods of use thereof
JP2022520793A (ja) 2019-02-15 2022-04-01 ジャスト－エヴォテック バイオロジックス、インコーポレイテッド 自動バイオ製造システム、施設、及びプロセス
WO2020169472A2 (en) 2019-02-18 2020-08-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods of inducing phenotypic changes in macrophages
GB2613715B (en) 2019-02-20 2023-12-06 Fred Hutchinson Cancer Center Binding proteins specific for RAS neoantigens and uses thereof
SG11202109331QA (en) 2019-03-01 2021-09-29 Iovance Biotherapeutics Inc Expansion of tumor infiltrating lymphocytes from liquid tumors and therapeutic uses thereof
US12215382B2 (en) 2019-03-01 2025-02-04 The General Hospital Corporation Liver protective MARC variants and uses thereof
MX2021010611A (es) 2019-03-05 2021-11-12 The State Of Israel Ministry Of Agriculture & Rural Development Agricultural Res Organization Aro Vo Aves con genoma editado.
EP4219700A1 (en) 2019-03-07 2023-08-02 The Regents of the University of California Crispr-cas effector polypeptides and methods of use thereof
WO2020181264A1 (en) 2019-03-07 2020-09-10 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Rna-guided dna integration using tn7-like transposons
WO2020185584A1 (en) 2019-03-08 2020-09-17 Zymergen Inc. Pooled genome editing in microbes
WO2020185590A1 (en) 2019-03-08 2020-09-17 Zymergen Inc. Iterative genome editing in microbes
BR112021017744A2 (pt) 2019-03-08 2021-11-16 Obsidian Therapeutics Inc Composições e métodos de cd40l para regulação ajustável
EP3938510A1 (en) 2019-03-11 2022-01-19 Sorrento Therapeutics, Inc. Improved process for integration of dna constructs using rna-guided endonucleases
BR112021017703A8 (pt) 2019-03-11 2023-04-18 Hutchinson Fred Cancer Res Receptores de células t wt1 de alta avidez e usos dos mesmos
US12534714B2 (en) 2019-03-18 2026-01-27 The Broad Institute, Inc. Type VII CRISPR proteins and systems
EP4317950B1 (en) 2019-03-18 2026-01-28 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr/cas screening platform to identify genetic modifiers of tau seeding or aggregation
JP7389135B2 (ja) 2019-03-18 2023-11-29 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド タウ凝集に関連する遺伝的脆弱性を明らかにするためのｃｒｉｓｐｒ／ｃａｓドロップアウトスクリーニングプラットフォーム
WO2020191241A1 (en) 2019-03-19 2020-09-24 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for editing nucleotide sequences
US11001831B2 (en) 2019-03-25 2021-05-11 Inscripta, Inc. Simultaneous multiplex genome editing in yeast
AU2020247900A1 (en) 2019-03-25 2021-11-04 Inscripta, Inc. Simultaneous multiplex genome editing in yeast
WO2020193740A1 (en) 2019-03-28 2020-10-01 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) New strategy for treating pancreatic cancer
WO2020201073A1 (en) 2019-03-29 2020-10-08 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of keloid, hypertrophic scars and/or hyperpigmentation disorders
US20220162649A1 (en) 2019-04-01 2022-05-26 The Broad Institute, Inc. Novel nucleic acid modifiers
US20220175848A1 (en) 2019-04-01 2022-06-09 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for cell therapy
WO2020201362A2 (en) 2019-04-02 2020-10-08 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods of predicting and preventing cancer in patients having premalignant lesions
WO2020205838A1 (en) 2019-04-02 2020-10-08 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods for the treatment of beta-thalassemia
EP4332115A3 (en) 2019-04-03 2024-05-29 Precision Biosciences, Inc. Genetically-modified immune cells comprising a microrna-adapted shrna (shrnamir)
EP3945800A1 (en) 2019-04-03 2022-02-09 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for insertion of antibody coding sequences into a safe harbor locus
JP7506686B2 (ja) 2019-04-04 2024-06-26 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド ヒト化凝固因子１２遺伝子座を含む非ヒト動物
AU2020253531C1 (en) 2019-04-04 2022-06-16 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods for scarless introduction of targeted modifications into targeting vectors
CA3136114A1 (en) 2019-04-05 2020-10-08 Danisco Us Inc. Methods for integrating a donor dna sequence into the genome of bacillus using linear recombinant dna constructs and compositions thereof
MX2021012207A (es) 2019-04-05 2021-12-10 Rootpath Genomics Inc Composiciones y métodos para ensamblaje de genes del receptor de linfocitos t.
EP3947646A1 (en) 2019-04-05 2022-02-09 Precision BioSciences, Inc. Methods of preparing populations of genetically-modified immune cells
CA3136113A1 (en) 2019-04-05 2020-10-08 Danisco Us Inc. Methods for polynucleotide integration into the genome of bacillus using dual circular recombinant dna constructs and compositions thereof
WO2020208082A1 (en) 2019-04-09 2020-10-15 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Method for treating cmv related diseases
TWI887234B (zh) 2019-04-14 2025-06-21 美國公爵大學 治療杜興氏（ｄｕｃｈｅｎｎｅ）肌肉失養症之大型突變熱點之ａａｖ載體介導之刪除
US12637682B2 (en) 2019-04-16 2026-05-26 The Regents Of The University Of California Protein translational control
WO2020214842A1 (en) 2019-04-17 2020-10-22 The Broad Institute, Inc. Adenine base editors with reduced off-target effects
AU2020263474B2 (en) 2019-04-23 2025-12-11 Genedit Inc. Cationic polymer with alkyl side chains
WO2020219742A1 (en) 2019-04-24 2020-10-29 Novartis Ag Compositions and methods for selective protein degradation
CA3138029A1 (en) 2019-04-30 2020-11-05 Edigene Inc. Method for predicting effectiveness of treatment of hemoglobinopathy
US20220220565A1 (en) 2019-04-30 2022-07-14 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma
US11162079B2 (en) 2019-05-10 2021-11-02 The Regents Of The University Of California Blood type O Rh-hypo-immunogenic pluripotent cells
WO2020229533A1 (en) 2019-05-13 2020-11-19 KWS SAAT SE & Co. KGaA Drought tolerance in corn
WO2020232029A1 (en) 2019-05-13 2020-11-19 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods and compositions for selecting tumor infiltrating lymphocytes and uses of the same in immunotherapy
EP3969466A4 (en) 2019-05-14 2023-01-18 Yield10 Bioscience, Inc. MODIFIED PLANTS WITH A POLYNUCLEOTIDE WITH AN UNRELATED PROMOTER OPERATIONALLY LINKED TO AN CODING SEQUENCE THAT ENCODES A TRANSCRIPTION FACTOR
US20220220169A1 (en) 2019-05-15 2022-07-14 Insideoutbio, Inc. Modular Therapeutics for the Treatment of Inflammatory Diseases and Cancer
WO2020236645A1 (en) * 2019-05-17 2020-11-26 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Compositions and methods for homology directed repair
US20220235340A1 (en) 2019-05-20 2022-07-28 The Broad Institute, Inc. Novel crispr-cas systems and uses thereof
US20220220469A1 (en) 2019-05-20 2022-07-14 The Broad Institute, Inc. Non-class i multi-component nucleic acid targeting systems
JP2022533713A (ja) 2019-05-21 2022-07-25 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド 調節性ｔ細胞における制御された導入遺伝子発現
WO2020234426A1 (en) 2019-05-23 2020-11-26 Nanjing Agricultural University Methods for improving rice grain yield
WO2020239623A1 (en) 2019-05-24 2020-12-03 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of ngal inhibitors for the treating chronic wound
AR118995A1 (es) 2019-05-25 2021-11-17 Kws Saat Se & Co Kgaa Mejorador de la inducción de haploides
US20220340712A1 (en) 2019-05-28 2022-10-27 GenEdit, Inc. Polymer comprising multiple functionalized sidechains for biomolecule delivery
EP4768574A2 (en) 2019-05-29 2026-07-01 Monsanto Technology LLC METHODS AND COMPOSITIONS FOR GENERATING DOMINANT ALLELES USING GENOME EDITING
US12534709B2 (en) 2019-05-31 2026-01-27 Children's Hospital Medical Center Shaped organoid compositions and methods of making same
CA3141807A1 (en) 2019-05-31 2020-12-03 Children's Hospital Medical Center Methods of generating and expanding hematopoietic stem cells
WO2020243661A1 (en) 2019-05-31 2020-12-03 The Broad Institute, Inc. Methods for treating metabolic disorders by targeting adcy5
US12523663B2 (en) 2019-06-04 2026-01-13 Inserm (Institut National De La Santé Et De La Rescherche Médicale) Use of CD9 as a biomarker and as a biotarget in glomerulonephritis or glomerulosclerosis
EP3980012A1 (en) 2019-06-04 2022-04-13 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) A neuropilin antagonist in combination with a p38alpha-kinase inhibitor for the treatment of cancer
WO2020247452A1 (en) 2019-06-04 2020-12-10 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals comprising a humanized ttr locus with a beta-slip mutation and methods of use
WO2020244759A1 (en) 2019-06-05 2020-12-10 Klemm & Sohn Gmbh & Co. Kg New plants having a white foliage phenotype
EP3953477A4 (en) 2019-06-06 2022-06-22 Inscripta, Inc. HARDENING FOR RECURSIVE NUCLEIC ACID-DRIVEN CELL EDITING
CN113939595A (zh) 2019-06-07 2022-01-14 瑞泽恩制药公司 包括人源化白蛋白基因座的非人动物
RU2722933C1 (ru) * 2019-06-11 2020-06-05 Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования Сколковский институт науки и технологий Средство разрезания днк на основе cas9 белка из бактерии demequina sediminicola
US20220259617A1 (en) 2019-06-13 2022-08-18 The General Hospital Corporation Engineered human-endogenous virus-like particles and methods of use thereof for delivery to cells
WO2020249769A1 (en) 2019-06-14 2020-12-17 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating ocular diseases related to mitochondrial dna maintenance
KR20220024053A (ko) 2019-06-14 2022-03-03 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 타우병증의 모델
US10907125B2 (en) 2019-06-20 2021-02-02 Inscripta, Inc. Flow through electroporation modules and instrumentation
CN114245745A (zh) 2019-06-20 2022-03-25 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 靶向pik3ca突变的t细胞受体及其用途
WO2020254850A1 (en) 2019-06-21 2020-12-24 Vilmorin & Cie Improvement of quality and permanence of green color of peppers at maturity and over-maturity
CN114008070A (zh) 2019-06-21 2022-02-01 因思科瑞普特公司 导致大肠杆菌赖氨酸产量增加的全基因组合理设计的突变
CN114450326B (zh) 2019-06-24 2025-02-11 普罗美加公司 用于将生物分子递送到细胞中的改性聚胺聚合物
US10927385B2 (en) 2019-06-25 2021-02-23 Inscripta, Inc. Increased nucleic-acid guided cell editing in yeast
AU2020301236A1 (en) 2019-06-25 2021-11-25 Inari Agriculture Technology, Inc. Improved homology dependent repair genome editing
WO2021001431A1 (en) 2019-07-02 2021-01-07 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of pi3ka-selective inhibitors for treating metastatic disease in patients suffering from pancreatic cancer
BR112021026832A2 (pt) 2019-07-02 2022-05-10 Hutchinson Fred Cancer Res Vetores ad35 recombinantes e aprimoramentos da terapia gênica relacionada
US20220354863A1 (en) 2019-07-02 2022-11-10 Inserm (Institut National De La Santè Et De La Recherch Médicale) Methods for the prophylactic treatment of cancer in patients suffering from pancreatitis
EP3994268A1 (en) 2019-07-04 2022-05-11 Ukko Inc. De-epitoped alpha gliadin and use of same for the management of celiac disease and gluten sensitivity
US10557149B1 (en) 2019-07-15 2020-02-11 Vigene Biosciences, Inc. Recombinantly-modified adeno-associated virus helper vectors and their use to improve the packaging efficiency of recombinantly-modified adeno-associated virus
US10653731B1 (en) 2019-07-15 2020-05-19 Vigene Biosciences Inc. Recombinantly-modified adeno-associated virus (rAAV) having improved packaging efficiency
US10801042B1 (en) 2019-07-15 2020-10-13 Vigene Biosciences, Inc. Use of ion concentrations to increase the packaging efficiency of recombinant adeno-associated virus
IL268111A (en) 2019-07-16 2021-01-31 Fainzilber Michael Methods of treating pain
WO2021009299A1 (en) 2019-07-17 2021-01-21 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Bcl-xl:fkbp12 fusion proteins suitable for screening agents capable of slowing down the aging process
US11746354B2 (en) 2019-07-19 2023-09-05 Inari Agriculture Technology, Inc. Homology dependent repair genome editing
EP4003407A1 (en) 2019-07-23 2022-06-01 Mnemo Therapeutics Immune cells defective for suv39h1
EP4003325A1 (en) 2019-07-24 2022-06-01 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Inhibitors of the sting pathway for the treatment of hidradenitis suppurativa
US20220273715A1 (en) 2019-07-25 2022-09-01 Precision Biosciences, Inc. Compositions and methods for sequential stacking of nucleic acid sequences into a genomic locus
WO2021019272A1 (en) 2019-07-31 2021-02-04 Vilmorin & Cie Tolerance to tolcndv in cucumber
WO2021023644A1 (en) 2019-08-02 2021-02-11 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Neutralizing granzyme b for providing cardioprotection in a subject who experienced a myocardial infarction
EP4010361A4 (en) 2019-08-06 2023-08-09 Children's Medical Center Corporation METHODS AND COMPOSITIONS FOR RESTORING MICROGLIA
EP3772542A1 (en) 2019-08-07 2021-02-10 KWS SAAT SE & Co. KGaA Modifying genetic variation in crops by modulating the pachytene checkpoint protein 2
WO2021028359A1 (en) 2019-08-09 2021-02-18 Sangamo Therapeutics France Controlled expression of chimeric antigen receptors in t cells
KR20220050176A (ko) 2019-08-20 2022-04-22 프레드 헛친슨 켄서 리서치 센터 Wt-1에 특이적인 t-세포 면역요법
WO2021035054A1 (en) 2019-08-20 2021-02-25 Precision Biosciences, Inc. Lymphodepletion dosing regimens for cellular immunotherapies
WO2021035170A1 (en) 2019-08-21 2021-02-25 Precision Biosciences, Inc. Compositions and methods for tcr reprogramming using fusion proteins
US20220298501A1 (en) 2019-08-30 2022-09-22 The Broad Institute, Inc. Crispr-associated mu transposase systems
AU2020342207A1 (en) 2019-09-04 2022-04-21 Edigene (Guangzhou) Inc. Method for evaluating gene editing therapy based on off-target assessment
US20220340975A1 (en) 2019-09-05 2022-10-27 INSERM (Institute National de la Santé et de la Recherche Médicale) Method of treatment and pronostic of acute myeloid leukemia
US20220396804A1 (en) 2019-09-05 2022-12-15 lnstitute of Genetics and Developmental Biology Chinese Academy of Sciences Methods of improving seed size and quality
WO2021046451A1 (en) 2019-09-06 2021-03-11 Obsidian Therapeutics, Inc. Compositions and methods for dhfr tunable protein regulation
GB201913060D0 (en) 2019-09-10 2019-10-23 Innes John Centre Methods of increasing biotic stress resistance in plants
WO2021047775A1 (en) 2019-09-12 2021-03-18 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of inhibitors of tgfb/activinb signaling pathway for the treatment of patients suffering from medulloblastoma group 3
CN114616002A (zh) 2019-09-13 2022-06-10 瑞泽恩制药公司 使用由脂质纳米颗粒递送的crispr/cas系统在动物中进行的转录调控
US20230025039A1 (en) 2019-09-20 2023-01-26 The Broad Institute, Inc. Novel type vi crispr enzymes and systems
AU2020355000A1 (en) 2019-09-23 2022-03-17 Sepia Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating apolipoprotein B (APOB) gene expression
CN114729376A (zh) 2019-09-23 2022-07-08 欧米茄治疗公司 用于调节肝细胞核因子4α(HNF4α)基因表达的组合物和方法
US11542513B2 (en) 2019-09-26 2023-01-03 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Lettuce plants having resistance to Nasonovia ribisnigri biotype Nr:1
WO2021063968A1 (en) 2019-09-30 2021-04-08 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Method and composition for diagnosing chronic obstructive pulmonary disease
GB201914137D0 (en) 2019-10-01 2019-11-13 Univ Leeds Innovations Ltd Modified Plants
US11981922B2 (en) 2019-10-03 2024-05-14 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods and compositions for the modulation of cell interactions and signaling in the tumor microenvironment
JP7689949B2 (ja) 2019-10-03 2025-06-09 アーティサン ディベロップメント ラブズ インコーポレイテッド 操作されたデュアルガイド核酸を有するｃｒｉｓｐｒシステム
EP4037714A1 (en) 2019-10-03 2022-08-10 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for modulating macrophages polarization
US12435330B2 (en) 2019-10-10 2025-10-07 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for prime editing RNA
WO2021072031A1 (en) 2019-10-11 2021-04-15 Insideoutbio, Inc. Methods and compositions for the manufacture and use of circular dna encoded therapeutics for genetic disorders and other diseases
EP4041773A1 (en) 2019-10-11 2022-08-17 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Anti-tn antibodies and uses thereof
EP3808766A1 (en) 2019-10-15 2021-04-21 Sangamo Therapeutics France Chimeric antigen receptor specific for interleukin-23 receptor
JP2022551986A (ja) 2019-10-16 2022-12-14 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 修飾筋肉標的化組成物
WO2021074367A1 (en) 2019-10-17 2021-04-22 KWS SAAT SE & Co. KGaA Enhanced disease resistance of crops by downregulation of repressor genes
WO2021078359A1 (en) 2019-10-21 2021-04-29 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of inhibitors of cubilin for the treatment of chronic kidney diseases
US20220411790A1 (en) * 2019-10-25 2022-12-29 The Johns Hopkins University A crispr-cas9 platform with an intrinsic off-switch and enhanced specificity
EP4048295A1 (en) 2019-10-25 2022-08-31 Iovance Biotherapeutics, Inc. Gene editing of tumor infiltrating lymphocytes and uses of same in immunotherapy
EP4051286A1 (en) 2019-10-29 2022-09-07 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Methods and compositions for treating uveal melanoma
IL270306A (en) 2019-10-30 2021-05-31 Yeda Res & Dev Prevention and treatment of pre-myeloid and myeloid malignancies
US20220411479A1 (en) 2019-10-30 2022-12-29 Precision Biosciences, Inc. Cd20 chimeric antigen receptors and methods of use for immunotherapy
WO2021087406A1 (en) 2019-11-01 2021-05-06 Magenta Therapeutics, Inc. Dosing regimens for the mobilization of hematopoietic stem and progentor cells
GB201916020D0 (en) 2019-11-04 2019-12-18 Univ Of Essex Enterprise Limited Crispr-mediated identification of biotinylated proteins and chromatin regions
US12521451B2 (en) 2019-11-08 2026-01-13 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. CRISPR and AAV strategies for x-linked juvenile retinoschisis therapy
WO2021095012A1 (en) * 2019-11-13 2021-05-20 Crispr Therapeutics Ag Methods of manufacturing car-t cells
AU2020382219A1 (en) * 2019-11-13 2022-05-12 Crispr Therapeutics Ag Manufacturing process for making T cells expressing chimeric antigen receptors
EP4057802A1 (en) 2019-11-14 2022-09-21 Vilmorin & Cie Resistance to acidovorax valerianellae in corn salad
US11203762B2 (en) 2019-11-19 2021-12-21 Inscripta, Inc. Methods for increasing observed editing in bacteria
US20230037414A1 (en) 2019-11-22 2023-02-09 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Inhibitors of adrenomedullin for the treatment of acute myeloid leukemia by eradicating leukemic stem cells
CN114980864A (zh) 2019-11-22 2022-08-30 哈佛大学校长及研究员协会 用于药物递送的离子液体
WO2021108363A1 (en) 2019-11-25 2021-06-03 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr/cas-mediated upregulation of humanized ttr allele
IL293204B1 (en) 2019-11-27 2026-08-01 Promega Corp Multipartite luciferase peptides and polypeptides
WO2021105368A1 (en) 2019-11-27 2021-06-03 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of neuropilin antagonists for the treatment of endometriosis
CA3159501A1 (en) 2019-11-27 2021-06-03 Brian Joseph CAFFERTY Methods of synthesizing rna molecules
EP4065701A4 (en) 2019-11-27 2023-11-29 Danmarks Tekniske Universitet CONSTRUCTS, COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF WITH IMPROVED GENOMEDITING EFFICIENCY AND SPECIFICITY
EP4069285A1 (en) 2019-12-06 2022-10-12 Precision BioSciences, Inc. Methods for cancer immunotherapy, using lymphodepletion regimens and cd19, cd20 or bcma allogeneic car t cells
AU2020402526B2 (en) 2019-12-10 2025-01-23 Inscripta, Inc. Novel MAD nucleases
WO2021119242A1 (en) 2019-12-10 2021-06-17 The Trustees Of Indiana University Replication protein a (rpa)-dna interaction inhibitors
US12516291B2 (en) 2019-12-11 2026-01-06 Iovance Biotherapeutics, Inc. Processes for the production of tumor infiltrating lymphocytes (TILs) and methods of using the same
US10704033B1 (en) 2019-12-13 2020-07-07 Inscripta, Inc. Nucleic acid-guided nucleases
WO2021117874A1 (ja) 2019-12-13 2021-06-17 中外製薬株式会社 細胞外プリン受容体リガンドを検出するシステムおよび当該システムを導入した非ヒト動物
WO2021118927A1 (en) 2019-12-13 2021-06-17 Insideoutbio, Inc. Methods and compositions for targeted delivery of nucleic acid therapeutics
WO2021126886A1 (en) 2019-12-18 2021-06-24 Inscripta, Inc. Cascade/dcas3 complementation assays for in vivo detection of nucleic acid-guided nuclease edited cells
GB201918902D0 (en) 2019-12-19 2020-02-05 Genome Res Ltd Cell differentiation
EP4058032A4 (en) 2019-12-19 2024-01-10 Entrada Therapeutics, Inc. Compositions for delivery of antisense compounds
IL271656A (en) 2019-12-22 2021-06-30 Yeda Res & Dev System and methods for identifying cells that have undergone genome editing
US11060141B1 (en) 2019-12-23 2021-07-13 Stilla Technologies Multiplex drop-off digital polymerase chain reaction methods
US20230026352A1 (en) 2019-12-26 2023-01-26 Figene, Llc Suppression of interleukin-17 production and inhibition of th17 cell generation by fibroblasts and products thereof
EP4085133A1 (en) * 2019-12-30 2022-11-09 Lifeedit Therapeutics, Inc. Rna-guided nucleases and active fragments and variants thereof and methods of use
US20230054266A1 (en) 2019-12-30 2023-02-23 Edigene Biotechnology Inc. Method for purifying ucart cell and use thereof
EP4086340A1 (en) 2019-12-30 2022-11-09 Edigene Biotechnology Inc. Universal car-t targeting t-cell lymphoma cell and preparation method therefor and use thereof
WO2021138560A2 (en) 2020-01-02 2021-07-08 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Programmable and portable crispr-cas transcriptional activation in bacteria
US10689669B1 (en) 2020-01-11 2020-06-23 Inscripta, Inc. Automated multi-module cell processing methods, instruments, and systems
JP7853210B2 (ja) 2020-01-13 2026-04-28 サナ バイオテクノロジー，インコーポレイテッド 血液型抗原の修飾
EP4090770A1 (en) 2020-01-17 2022-11-23 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma
CA3168604A1 (en) 2020-01-21 2021-07-29 Limagrain Europe Wheat haploid inducer plant and uses
KR20220130158A (ko) 2020-01-23 2022-09-26 더 칠드런스 메디칼 센터 코포레이션 인간 만능 줄기 세포로부터의 무-간질 t 세포 분화
WO2021151085A2 (en) 2020-01-24 2021-07-29 The General Hospital Corporation Crispr-cas enzymes with enhanced on-target activity
EP4093864A4 (en) 2020-01-24 2024-04-10 The General Hospital Corporation Unconstrained genome targeting with near-pamless engineered crispr-cas9 variants
CN115135370A (zh) 2020-01-27 2022-09-30 因思科瑞普特公司 电穿孔模块和仪器
WO2021155264A1 (en) 2020-01-29 2021-08-05 Foghorn Therapeutics Inc. Compounds and uses thereof
WO2021155262A1 (en) 2020-01-29 2021-08-05 Foghorn Therapeutics Inc. Compounds and uses thereof
WO2021155063A1 (en) 2020-01-29 2021-08-05 Readcoor, Llc Compositions and methods for analyte detection
EP4096647A1 (en) 2020-01-30 2022-12-07 Yeda Research and Development Co. Ltd Treating acute liver disease with tlr-mik inhibitors
CN115135142A (zh) 2020-02-07 2022-09-30 中国科学院遗传与发育生物学研究所 控制籽粒大小和粒重的方法
EP4107273A1 (en) 2020-02-21 2022-12-28 Limagrain Europe Prime editing technology for plant genome engineering
WO2021173612A1 (en) 2020-02-26 2021-09-02 Sorrento Therapeutics, Inc. Activatable antigen binding proteins with universal masking moieties
EP3872190A1 (en) 2020-02-26 2021-09-01 Antibodies-Online GmbH A method of using cut&run or cut&tag to validate crispr-cas targeting
JP7837276B2 (ja) 2020-03-04 2026-03-30 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド 免疫療法に対する腫瘍細胞の感作のための方法及び組成物
WO2021183720A1 (en) 2020-03-11 2021-09-16 Omega Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating forkhead box p3 (foxp3) gene expression
US20230147657A1 (en) 2020-03-20 2023-05-11 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Chimeric antigen receptor specific for human cd45rc and uses thereof
US20210290757A1 (en) 2020-03-23 2021-09-23 Avectas Limited Engineering of dendritic cells for generation of vaccines against sars-cov-2
US20230102342A1 (en) 2020-03-23 2023-03-30 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Non-human animals comprising a humanized ttr locus comprising a v30m mutation and methods of use
JP7701739B2 (ja) 2020-03-26 2025-07-02 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 温度感受性雄性不稔植物の製造方法
US20230263121A1 (en) 2020-03-31 2023-08-24 Elo Life Systems Modulation of endogenous mogroside pathway genes in watermelon and other cucurbits
EP4126918A4 (en) * 2020-03-31 2024-05-29 The Regents of the University of California Compositions and methods for identifying host cell target proteins for treating rna virus infections
CA3173213A1 (en) 2020-03-31 2021-10-07 Roland B. WALTER Anti-cd33 antibodies and uses thereof
WO2021202938A1 (en) 2020-04-03 2021-10-07 Creyon Bio, Inc. Oligonucleotide-based machine learning
IL297078A (en) 2020-04-06 2022-12-01 Logomix Inc Genome engineering method and genome engineering kit
EP4132954A1 (en) 2020-04-08 2023-02-15 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Use of cdon inhibitors for the treatment of endothelial dysfunction
CN115427566A (zh) 2020-04-08 2022-12-02 阿斯利康(瑞典)有限公司 用于改善的位点特异性修饰的组合物和方法
BR112022020859A2 (pt) 2020-04-14 2023-04-11 Academisch Ziekenhuis Leiden Métodos para indução de eventos de duplicação em tandem endógenos
NL2025344B1 (en) 2020-04-14 2021-10-26 Academisch Ziekenhuis Leiden Methods for induction of endogenous tandem duplication events
US20230165909A1 (en) 2020-04-21 2023-06-01 Aspen Neuroscience, Inc. Gene editing of lrrk2 in stem cells and method of use of cells differentiated therefrom
WO2021216622A1 (en) 2020-04-21 2021-10-28 Aspen Neuroscience, Inc. Gene editing of gba1 in stem cells and method of use of cells differentiated therefrom
WO2021217082A1 (en) 2020-04-23 2021-10-28 Genedit Inc. Polymer with cationic and hydrophobic side chains
WO2021216378A1 (en) 2020-04-23 2021-10-28 The Schepens Eye Research Institute, Inc. Methods and materials for treatment of fibrosis
US20210332388A1 (en) 2020-04-24 2021-10-28 Inscripta, Inc. Compositions, methods, modules and instruments for automated nucleic acid-guided nuclease editing in mammalian cells
EP4139345A1 (en) 2020-04-24 2023-03-01 Sorrento Therapeutics, Inc. Memory dimeric antigen receptors
AU2021263754A1 (en) 2020-04-27 2022-12-01 Ensoma, Inc. Methods and compositions for transducing hematopoietic stem and progenitor cells in vivo
US12351850B2 (en) 2020-04-30 2025-07-08 Sutro Biopharma, Inc. Methods of producing full-length antibodies using E. coli
GB202006463D0 (en) 2020-05-01 2020-06-17 Innes John Centre Metabolic engineering of plants enriched in L-DOPA
WO2021226061A1 (en) 2020-05-04 2021-11-11 Iovance Biotherapeutics, Inc. Processes for production of tumor infiltrating lymphocytes and uses of the same in immunotherapy
EP4146797A1 (en) 2020-05-06 2023-03-15 Orchard Therapeutics (Europe) Limited Treatment for neurodegenerative diseases
WO2021224401A1 (en) 2020-05-07 2021-11-11 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for determining a reference range of β-galactose exposure platelet
CA3177481A1 (en) 2020-05-08 2021-11-11 David R. Liu Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence
WO2021231259A1 (en) 2020-05-11 2021-11-18 Precision Biosciences, Inc. Self-limiting viral vectors encoding nucleases
US11787841B2 (en) 2020-05-19 2023-10-17 Inscripta, Inc. Rationally-designed mutations to the thrA gene for enhanced lysine production in E. coli
WO2021236080A1 (en) 2020-05-20 2021-11-25 Foghorn Therapeutics Inc. Methods of treating cancers
US12383555B2 (en) 2020-05-20 2025-08-12 Foghorn Therapeutics Inc. Methods of treating cancers
AU2021275995B2 (en) 2020-05-22 2026-02-12 Insitro, Inc. Predicting disease outcomes using machine learned models
GB202007943D0 (en) 2020-05-27 2020-07-08 Snipr Biome Aps Products & methods
AR122206A1 (es) 2020-05-29 2022-08-24 Kws Saat Se & Co Kgaa Inducción de haploides en plantas
WO2021245435A1 (en) 2020-06-03 2021-12-09 Vilmorin & Cie Melon plants resistant to scab disease, aphids and powdery mildew
US11946077B2 (en) * 2020-06-04 2024-04-02 Emendobio Inc. OMNI-59, 61, 67, 76, 79, 80, 81, and 82 CRISPR nucleases
JP2023530234A (ja) 2020-06-05 2023-07-14 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 新生物を治療するための組成物および方法
US20230235326A1 (en) 2020-06-05 2023-07-27 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for treating ocular diseases
BR112022024738A2 (pt) 2020-06-05 2023-03-07 Vilmorin & Cie Planta, célula de planta, cultura de tecidos de células, parte de planta, semente, uso de uma planta, métodos para detectar e/ou selecionar plantas, conferir resistência ao tobrfv, melhorar o rendimento de tomateiros e reduzir a perda na produção de tomate e usos de um marcador
US12630846B2 (en) 2020-06-05 2026-05-19 The Regents Of The University Of Michigan Type I-C CRISPR system from Neisseria lactamica and methods of use
WO2021252375A1 (en) 2020-06-08 2021-12-16 The Broad Institute, Inc. Single cell combinatorial indexing from amplified nucleic acids
US20230332104A1 (en) 2020-06-11 2023-10-19 Novartis Ag Zbtb32 inhibitors and uses thereof
WO2021255204A1 (en) 2020-06-18 2021-12-23 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) New strategy for treating pancreatic cancer
WO2022008597A1 (en) 2020-07-08 2022-01-13 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical composition for the treatment of infectious diseases
AU2021204717B2 (en) 2020-07-15 2026-05-28 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Green Bean Plants with Improved Disease Resistance
KR20230051172A (ko) 2020-07-16 2023-04-17 아퀴타스 테라퓨틱스 인크. 지질 나노 입자에 사용하기 위한 양이온성 지질
US12668814B2 (en) 2020-07-22 2026-06-30 The Broad Institute, Inc. Engineered muscle targeting compositions
BR112023001272A2 (pt) 2020-07-24 2023-04-04 Massachusetts Gen Hospital Partículas semelhantes a vírus aprimoradas e métodos de uso das mesmas para entrega às células
JP7886313B2 (ja) 2020-07-30 2026-07-07 アンスティテュ・クリー Ｓｏｃｓ１に欠陥のある免疫細胞
EP4189071A1 (en) 2020-08-03 2023-06-07 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Population of treg cells functionally committed to exert a regulatory activity and their use for adoptive therapy
EP4192875A1 (en) 2020-08-10 2023-06-14 Precision BioSciences, Inc. Antibodies and fragments specific for b-cell maturation antigen and uses thereof
EP4192952A1 (en) 2020-08-10 2023-06-14 Novartis AG Treatments for retinal degenerative diseases
WO2022034374A2 (en) 2020-08-11 2022-02-17 University Of Oslo Improved gene editing
US20220049303A1 (en) 2020-08-17 2022-02-17 Readcoor, Llc Methods and systems for spatial mapping of genetic variants
US11433100B2 (en) 2020-08-20 2022-09-06 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating ceacam positive cancers
EP4097486A4 (en) 2020-08-20 2023-09-06 A2 Biotherapeutics, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING CEACAM POSITIVE CANCER
WO2022040454A1 (en) 2020-08-20 2022-02-24 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating mesothelin positive cancers
EP4058474B1 (en) 2020-08-20 2024-05-08 A2 Biotherapeutics, Inc. Compositions and methods for treating egfr positive cancers
EP4501951A3 (en) 2020-08-25 2025-04-30 Kite Pharma, Inc. T cells with improved functionality
EP4211235A2 (en) 2020-09-11 2023-07-19 Lifeedit Therapeutics, Inc. Dna modifying enzymes and active fragments and variants thereof and methods of use
EP4214314A4 (en) 2020-09-15 2024-10-16 Inscripta, Inc. Crispr editing to embed nucleic acid landing pads into genomes of live cells
CA3193089A1 (en) 2020-09-18 2022-03-24 Jamie KERSHNER Constructs and uses thereof for efficient and specific genome editing
WO2022066973A1 (en) 2020-09-24 2022-03-31 Fred Hutchinson Cancer Research Center Immunotherapy targeting pbk or oip5 antigens
EP4217387A2 (en) 2020-09-24 2023-08-02 Fred Hutchinson Cancer Center Immunotherapy targeting sox2 antigens
MX2023003655A (es) 2020-09-29 2023-06-22 Neuexcell Therapeutics Inc Vector neurod1.
EP4221492A1 (en) 2020-10-02 2023-08-09 Vilmorin & Cie Melon with extended shelf life
WO2022069756A1 (en) 2020-10-02 2022-04-07 Limagrain Europe Crispr-mediated directed codon re-write
JP2023545999A (ja) 2020-10-05 2023-11-01 プロタリクス リミテッド ダイサー（ｄｉｃｅｒ）様ノックアウト植物細胞
WO2022073915A1 (en) 2020-10-05 2022-04-14 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Gdf3 as biomarker and biotarget in post-ischemic cardiac remodeling
WO2022076606A1 (en) 2020-10-06 2022-04-14 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of nsclc patients with tumor infiltrating lymphocyte therapies
WO2022076353A1 (en) 2020-10-06 2022-04-14 Fred Hutchinson Cancer Research Center Compositions and methods for treating mage-a1-expressing disease
CA3195019A1 (en) 2020-10-06 2022-04-14 Maria Fardis Treatment of nsclc patients with tumor infiltrating lymphocyte therapies
US20230365995A1 (en) 2020-10-07 2023-11-16 Precision Biosciences, Inc. Lipid nanoparticle compositions
WO2022079719A1 (en) 2020-10-15 2022-04-21 Yeda Research And Development Co. Ltd. Method of treating myeloid malignancies
WO2022084531A1 (en) 2020-10-23 2022-04-28 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating glioma
KR20230088833A (ko) 2020-10-23 2023-06-20 루트패스 제노믹스, 인크. T-세포 수용체 식별을 위한 조성물 및 방법
MX2023004761A (es) 2020-10-23 2023-07-17 Elo Life Systems Inc Metodos para producir plantas de vainilla con mejor sabor y produccion agronomica.
RU2762831C1 (ru) * 2020-10-26 2021-12-23 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии" (ФГБНУ ВНИИСБ) Молекула рнк-проводника для геномного редактирования протомоторной области гена vrn-a1 однодольных зерновых с применением системы crispr/cas9
US11332744B1 (en) 2020-10-26 2022-05-17 Arsenal Biosciences, Inc. Safe harbor loci
RU2749307C1 (ru) * 2020-10-30 2021-06-08 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии" (ФГБНУ ВНИИСБ) Новая компактная нуклеаза CAS9 II типа из Anoxybacillus flavithermus
US11512297B2 (en) 2020-11-09 2022-11-29 Inscripta, Inc. Affinity tag for recombination protein recruitment
IL302830A (en) 2020-11-13 2023-07-01 Egenesis Inc Cells, tissues, organs and animals with one or more genes that have been modified for improved survival and tolerance of a different-sex transplant
KR20230107617A (ko) 2020-11-13 2023-07-17 노파르티스 아게 키메라 항원 수용체(car)-발현 세포를 사용한 병용 요법
EP4244391A1 (en) 2020-11-16 2023-09-20 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for predicting and treating uveal melanoma
EP4001429A1 (en) 2020-11-16 2022-05-25 Antibodies-Online GmbH Analysis of crispr-cas binding and cleavage sites followed by high-throughput sequencing (abc-seq)
US20220162601A1 (en) * 2020-11-23 2022-05-26 Recursion Pharmaceuticals, Inc. High throughput gene editing system and method
JP2023550979A (ja) 2020-11-26 2023-12-06 ウッコ インコーポレイテッド 改変された高分子量グルテニンサブユニット及びその使用
WO2022119881A1 (en) * 2020-12-01 2022-06-09 Emendobio Inc. Differential knockout of a heterozygous allele of lrrk2
US20240002839A1 (en) 2020-12-02 2024-01-04 Decibel Therapeutics, Inc. Crispr sam biosensor cell lines and methods of use thereof
US12642203B2 (en) 2020-12-03 2026-06-02 Vilmorin & Cie Tomato plants resistant to ToBRFV, TMV, ToMV and ToMMV and corresponding resistance genes
US20250032540A1 (en) 2020-12-14 2025-01-30 Fred Hutchinson Cancer Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
JP2023554395A (ja) 2020-12-17 2023-12-27 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド Ｃｔｌａ－４及びｐｄ－１阻害剤と併用した腫瘍浸潤リンパ球療法による治療
US20240123067A1 (en) 2020-12-17 2024-04-18 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of cancers with tumor infiltrating lymphocyte therapies
IL279559A (en) 2020-12-17 2022-07-01 Yeda Res & Dev Controlling ubiquitination of mlkl for treatment of disease
JP7880877B2 (ja) 2020-12-18 2026-06-26 イェダ リサーチ アンド ディベロップメント カンパニー リミテッド Ｃｈｄ２ハプロ不全の処置における使用のための組成物及びその同定方法
US20240254500A1 (en) 2020-12-18 2024-08-01 Rothamsted Research Limited Increasing the accumulation of epa and dha in recombinant camelina
US20250304988A1 (en) 2020-12-23 2025-10-02 Institute Of Genetics And Developmental Biology Chinese Academy Of Sciences Methods of controlling grain size
CA3206361A1 (en) 2020-12-23 2022-06-30 Flagship Pioneering Innovations V, Inc. In vitro assembly of anellovirus capsids enclosing rna
AU2021405456A1 (en) 2020-12-25 2023-07-13 LogoMix, Inc. Method for causing large-scale deletions in genomic dna and method for analyzing genomic dna
CA3204158A1 (en) 2021-01-04 2022-07-07 Juhan Kim Mad nucleases
WO2022150269A1 (en) 2021-01-07 2022-07-14 Inscripta, Inc. Mad nucleases
WO2022165111A1 (en) 2021-01-28 2022-08-04 Precision Biosciences, Inc. Modulation of tgf beta signaling in genetically-modified eukaryotic cells
CA3206549A1 (en) 2021-01-29 2022-08-04 Frederick G. Vogt Methods of making modified tumor infiltrating lymphocytes and their use in adoptive cell therapy
AU2022212007A1 (en) 2021-01-29 2023-09-07 Merck Sharp & Dohme Llc Compositions of programmed death receptor 1 (pd-1) antibodies and methods of obtaining the compositions thereof
JP2024505084A (ja) 2021-02-01 2024-02-02 アヴェクタス リミテッド 送達プラットフォーム
IL304857A (en) 2021-02-16 2023-10-01 A2 Biotherapeutics Inc Preparations and methods for treating HER2 POSITIVE cancer
US11884924B2 (en) 2021-02-16 2024-01-30 Inscripta, Inc. Dual strand nucleic acid-guided nickase editing
EP4047095A1 (en) * 2021-02-22 2022-08-24 Eberhard Karls Universität Tübingen Medizinische Fakultät Method and composition for a targeted gene knockout
AU2022227650A1 (en) 2021-02-25 2023-10-12 Celyntra Therapeutics Sa Compositions and methods for targeting, editing, or modifying genes
US20250277256A1 (en) * 2021-03-01 2025-09-04 The Johns Hopkins University Nucleic acid detection and analysis systems
JP6944226B1 (ja) 2021-03-03 2021-10-06 株式会社Ｌｏｇｏｍｉｘ ゲノムｄｎａを改変する方法および改変を検出する方法
CA3212642A1 (en) 2021-03-05 2022-09-09 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University In vivo dna assembly and analysis
US12606553B2 (en) 2021-03-09 2026-04-21 Foghorn Therapeutics Inc. Crystalline forms, compositions containing same, and methods of their use
JP2024510604A (ja) * 2021-03-11 2024-03-08 エメンドバイオ・インコーポレイテッド Ｃ３セーフハーバー部位へのノックイン戦略
WO2022197776A1 (en) 2021-03-16 2022-09-22 Magenta Therapeutics, Inc. Dosing regimens for hematopoietic stem cell mobilization for stem cell transplants in multiple myeloma patients
US20240165094A1 (en) 2021-03-17 2024-05-23 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and compositions for treating melanoma
TW202304480A (zh) 2021-03-19 2023-02-01 美商艾歐凡斯生物治療公司 腫瘤浸潤淋巴球（ｔｉｌ）中之與ｃｄ３９／ｃｄ６９選擇及基因剔除相關之ｔｉｌ擴增之方法
CA3173950A1 (en) 2021-03-22 2022-09-22 Tyson D. BOWEN Dna modifyng enzymes and active fragments and variants thereof and methods of use
EP4314253A2 (en) 2021-03-25 2024-02-07 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods and compositions for t-cell coculture potency assays and use with cell therapy products
KR20240009393A (ko) 2021-03-31 2024-01-22 엔트라다 테라퓨틱스, 인크. 사이클릭 세포 침투 펩티드
WO2022208489A1 (en) 2021-04-02 2022-10-06 Vilmorin & Cie Semi-determinate or determinate growth habit trait in cucurbita
US20240182890A1 (en) 2021-04-07 2024-06-06 Astrazeneca Ab Compositions and methods for site-specific modification
EP4320153A1 (en) 2021-04-09 2024-02-14 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for the treatment of anaplastic large cell lymphoma
EP4323501A1 (en) 2021-04-16 2024-02-21 Beam Therapeutics Inc. Genetic modification of hepatocytes
AU2022263418A1 (en) 2021-04-19 2023-10-26 Iovance Biotherapeutics, Inc. Chimeric costimulatory receptors, chemokine receptors, and the use of same in cellular immunotherapies
WO2022225978A1 (en) 2021-04-21 2022-10-27 The Regents Of The University Of California Use of a split dcas fusion protein system for epigenetic editing
WO2022226316A1 (en) 2021-04-22 2022-10-27 Precision Biosciences, Inc. Compositions and methods for generating male sterile plants
EP4326852A4 (en) 2021-04-22 2025-04-23 Artec Biotech, Inc. Method for producing hematopoietic cells from stem cells using vascular organoids
EP4326903A1 (en) 2021-04-23 2024-02-28 Inserm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) Methods and compositions for treating cell senescence accumulation related disease
US20240374761A1 (en) 2021-05-05 2024-11-14 Radius Pharmaceuticals, Inc. Animal model having homologous recombination of mouse pth1 receptor
US20220356264A1 (en) * 2021-05-06 2022-11-10 New York University Inhibition of atf7ip and setdb1 for cancer treatment
AU2022272489A1 (en) 2021-05-10 2023-11-30 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Pharmaceutical compositions for treating neurological conditions
JP2024518476A (ja) 2021-05-10 2024-05-01 エントラーダ セラピューティクス，インコーポレイティド ｍＲＮＡスプライシングを調節するための組成物及び方法
US20250051393A1 (en) 2021-05-10 2025-02-13 Entrada Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating interferon regulatory factor-5 (irf-5) activity
IL308353A (en) 2021-05-10 2024-01-01 Entrada Therapeutics Inc Compositions and methods for modulating tissue distribution of intracellular therapies
US20220372486A1 (en) * 2021-05-11 2022-11-24 Yekaterina Galat Methods of cancer treatment by inhibition of vasculogenesis and gli1
IL308337A (en) 2021-05-13 2024-01-01 Us Health Preparations and methods for the treatment of sickle cell disease
US20240269180A1 (en) 2021-05-17 2024-08-15 Iovance Biotherapeutics, Inc. Pd-1 gene-edited tumor infiltrating lymphocytes and uses of same in immunotherapy
WO2022256448A2 (en) 2021-06-01 2022-12-08 Artisan Development Labs, Inc. Compositions and methods for targeting, editing, or modifying genes
EP4352131A1 (en) 2021-06-11 2024-04-17 Genedit Inc. Biodegradable polymer comprising side chains with polyamine and polyalkylene oxide groups
WO2022264132A1 (en) 2021-06-13 2022-12-22 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Method for reprogramming human cells
WO2022266287A1 (en) * 2021-06-16 2022-12-22 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods to transfect, test, and treat skin cells
CA3223311A1 (en) 2021-06-18 2022-12-22 Andrea BARGHETTI Compositions and methods for targeting, editing or modifying human genes
AU2022298774A1 (en) 2021-06-23 2023-12-14 Entrada Therapeutics, Inc. Antisense compounds and methods for targeting cug repeats
FR3124522B1 (fr) 2021-06-25 2025-02-28 Cherbonneau Francois Composition et méthode permettant l’édition génomique
WO2023283359A2 (en) 2021-07-07 2023-01-12 Omega Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating secreted frizzled receptor protein 1 (sfrp1) gene expression
EP4370647A1 (en) 2021-07-15 2024-05-22 Just-Evotec Biologics, Inc. Bidirectional tangential flow filtration (tff) perfusion system
TW202317602A (zh) 2021-07-15 2023-05-01 福瑞德哈金森腫瘤中心 嵌合多肽
CA3226111A1 (en) 2021-07-22 2023-01-26 Iovance Biotherapeutics, Inc. Method for cryopreservation of solid tumor fragments
CA3226942A1 (en) 2021-07-28 2023-02-02 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of cancer patients with tumor infiltrating lymphocyte therapies in combination with kras inhibitors
CN118368974A (zh) 2021-07-30 2024-07-19 科沃施种子欧洲股份两合公司 具有提高的消化率和标记单倍型的植物
US20240254483A1 (en) 2021-07-30 2024-08-01 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating expression of frataxin (fxn)
AU2022318664A1 (en) 2021-07-30 2024-02-29 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating expression of methyl-cpg binding protein 2 (mecp2)
CA3226947A1 (en) 2021-08-03 2023-02-09 Muhammad YASSIN Engineered tcr complex and methods of using same
EP4130028A1 (en) 2021-08-03 2023-02-08 Rhazes Therapeutics Ltd Engineered tcr complex and methods of using same
EP4380352A1 (en) 2021-08-06 2024-06-12 KWS Vegetables B.V. Durable downy mildew resistance in spinach
US20250280784A1 (en) 2021-08-06 2025-09-11 Vilmorin & Cie Resistance to leveillula taurica in pepper
WO2023031885A1 (en) 2021-09-02 2023-03-09 SESVanderHave NV Methods and compositions for ppo herbicide tolerance
JP7125727B1 (ja) 2021-09-07 2022-08-25 国立大学法人千葉大学 核酸配列改変用組成物および核酸配列の標的部位を改変する方法
WO2023039586A1 (en) 2021-09-10 2023-03-16 Agilent Technologies, Inc. Guide rnas with chemical modification for prime editing
GB202113075D0 (en) 2021-09-14 2021-10-27 Innes John Centre Methods of improving vitamin d levels in plants
AU2022349096A1 (en) 2021-09-27 2024-04-04 Monsanto Technology Llc Compositions and methods for transformation of monocot seed excised embryo explants
EP4596696A3 (en) 2021-09-28 2025-08-27 Acrigen Biosciences Compositions and methods for nucleic acid modifications
GB202113933D0 (en) 2021-09-29 2021-11-10 Genome Res Ltd Methods for gene editing
JP2024536135A (ja) 2021-09-30 2024-10-04 アストラゼネカ・アクチエボラーグ ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ挿入の効率を増大させるための阻害剤の使用
US20250102522A1 (en) 2021-10-07 2025-03-27 Hepatx Corporation Methods of tracking donor cells in a recipient
JP2024538700A (ja) 2021-10-08 2024-10-23 プレジデント・アンド・フェロウズ・オブ・ハーバード・カレッジ 薬物送達のためのイオン液体
WO2023062636A1 (en) 2021-10-14 2023-04-20 Weedout Ltd. Methods of weed control
WO2023064872A1 (en) 2021-10-14 2023-04-20 Precision Biosciences, Inc. Combinations of anti-bcma car t cells and gamma secretase inhibitors
MX2024003887A (es) 2021-10-14 2024-07-09 Arsenal Biosciences Inc Células inmunitarias que tienen arnch coespresados y sistemas de compuerta lógica.
MX2024004812A (es) 2021-10-19 2024-07-15 Prec Biosciences Inc Métodos de edición génica para el tratamiento de la deficiencia de alfa-1 antitripsina (aat).
US20230187042A1 (en) 2021-10-27 2023-06-15 Iovance Biotherapeutics, Inc. Systems and methods for coordinating manufacturing of cells for patient-specific immunotherapy
EP4423271A2 (en) 2021-10-28 2024-09-04 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for knocking out c5
EP4426828A1 (en) 2021-11-01 2024-09-11 Tome Biosciences, Inc. Single construct platform for simultaneous delivery of gene editing machinery and nucleic acid cargo
EP4427044A1 (en) 2021-11-03 2024-09-11 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Methods and compositions for treating triple negative breast cancer (tnbc)
US20250043269A1 (en) 2021-11-03 2025-02-06 The J. David Gladstone Institutes, a testamentary trust established under the Will of J. David Glad Precise Genome Editing Using Retrons
AU2022388729A1 (en) 2021-11-10 2024-05-16 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods of expansion treatment utilizing cd8 tumor infiltrating lymphocytes
WO2023086847A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 Encodia, Inc. Methods for barcoding macromolecules in individual cells
US20250009800A1 (en) 2021-11-16 2025-01-09 Precision Biosciences, Inc. Methods for cancer immunotherapy
EP4437092A1 (en) 2021-11-26 2024-10-02 Epigenic Therapeutics Inc. Method of modulating pcsk9 and uses thereof
AU2022408167A1 (en) 2021-12-08 2024-06-06 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Mutant myocilin disease model and uses thereof
US12402582B2 (en) 2021-12-09 2025-09-02 Bejo Zaden B.V. Shallot plant named ‘Innovator’
US20230193310A1 (en) 2021-12-10 2023-06-22 Seminis Vegetabe Seeds, Inc. Lettuce plants having resistance to downy mildew
GB202118058D0 (en) 2021-12-14 2022-01-26 Univ Warwick Methods to increase yields in crops
US20230279442A1 (en) 2021-12-15 2023-09-07 Versitech Limited Engineered cas9-nucleases and method of use thereof
WO2023114943A2 (en) 2021-12-16 2023-06-22 Acuitas Therapeutics, Inc. Lipids for use in lipid nanoparticle formulations
WO2023111173A1 (en) 2021-12-16 2023-06-22 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) An ezh2 degrader or inhibitor for use in the treatment of resistant acute myeloid leukemia
CN114107253B (zh) * 2021-12-17 2024-03-15 复旦大学附属华山医院 一种利用工程细胞进行基因编辑的系统及方法
EP4448775A1 (en) 2021-12-17 2024-10-23 Sana Biotechnology, Inc. Modified paramyxoviridae attachment glycoproteins
BE1030047B1 (nl) 2021-12-17 2023-07-17 Anheuser Busch Inbev Sa Werkwijzen voor het voorkomen van remming van de smaakproductie in gist
US20250059239A1 (en) 2021-12-17 2025-02-20 Sana Biotechnology, Inc. Modified paramyxoviridae fusion glycoproteins
WO2023122805A1 (en) 2021-12-20 2023-06-29 Vestaron Corporation Sorbitol driven selection pressure method
WO2023118165A1 (en) 2021-12-21 2023-06-29 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and compositions for treating melanoma
US20250057980A1 (en) 2021-12-22 2025-02-20 Tome Biosciences, Inc. Co-Delivery of a Gene Editor Construct and a Donor Template
CN118679257A (zh) 2021-12-23 2024-09-20 马萨诸塞大学 用于脆性x相关病症的治疗性治疗
JP2025501272A (ja) 2021-12-28 2025-01-17 ムネモ・セラピューティクス 不活性化されたｓｕｖ３９ｈ１及び改変ｔｃｒを有する免疫細胞
US20250082777A1 (en) 2022-01-10 2025-03-13 Sana Biotechnology, Inc. Methods of ex vivo dosing and administration of lipid particles or viral vectors and related systems and uses
US20250134999A1 (en) 2022-01-14 2025-05-01 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for programming t cell phenotypes through targeted gene activation
EP4463549A2 (en) 2022-01-14 2024-11-20 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for programming t cell phenotypes through targeted gene repression
WO2023141602A2 (en) 2022-01-21 2023-07-27 Renagade Therapeutics Management Inc. Engineered retrons and methods of use
WO2023144235A1 (en) 2022-01-27 2023-08-03 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for monitoring and treating warburg effect in patients with pi3k-related disorders
EP4469065A1 (en) 2022-01-28 2024-12-04 Iovance Biotherapeutics, Inc. Cytokine associated tumor infiltrating lymphocytes compositions and methods
WO2023150518A1 (en) 2022-02-01 2023-08-10 Sana Biotechnology, Inc. Cd3-targeted lentiviral vectors and uses thereof
WO2023150647A1 (en) 2022-02-02 2023-08-10 Sana Biotechnology, Inc. Methods of repeat dosing and administration of lipid particles or viral vectors and related systems and uses
IL314482A (en) 2022-02-02 2024-09-01 Regeneron Pharma Anti-tfr:gaa and anti-cd63:gaa insertions for treatment of pompe disease
AR128474A1 (es) 2022-02-08 2024-05-15 Univ Glasgow Canales ionicos modificados
WO2023156906A1 (en) 2022-02-15 2023-08-24 Futuragene Israel Ltd A bacillus thuringiensis pesticidal protein (bt pp) combination useful for plant protection
CA3249166A1 (en) 2022-02-16 2023-08-24 The Johns Hopkins University METHODS FOR REDUCING PATHOLOGICAL ALPHA-SYNUCLEIN USING AGENTS THAT MODULATE FNDC5 OR BIOLOGICALLY ACTIVE FRAGMENTS THEREIN
WO2023156587A1 (en) 2022-02-18 2023-08-24 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Use of tcr-deficient car-tregs in combination with anti-tcr complex monoclonal antibodies for inducing durable tolerance
EP4486881A1 (en) 2022-03-01 2025-01-08 Celyntra Therapeutics SA Composition and methods for transgene insertion
CN119677842A (zh) 2022-03-17 2025-03-21 科士华(南京)生物技术有限公司 人工合成肿瘤浸润淋巴细胞
JPWO2023191063A1 (es) 2022-04-01 2023-10-05
EP4256950A1 (en) 2022-04-06 2023-10-11 Vilmorin et Cie Tolerance to cgmmv in cucumber
JP2025512313A (ja) 2022-04-06 2025-04-17 アイオバンス バイオセラピューティクス，インコーポレイテッド 腫瘍浸潤リンパ球療法によるｎｓｃｌｃ患者の治療
EP4507704A1 (en) 2022-04-15 2025-02-19 Iovance Biotherapeutics, Inc. Til expansion processes using specific cytokine combinations and/or akti treatment
WO2023205744A1 (en) 2022-04-20 2023-10-26 Tome Biosciences, Inc. Programmable gene insertion compositions
WO2023212677A2 (en) 2022-04-29 2023-11-02 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Identification of tissue-specific extragenic safe harbors for gene therapy approaches
WO2023215725A1 (en) 2022-05-02 2023-11-09 Fred Hutchinson Cancer Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
WO2023215831A1 (en) 2022-05-04 2023-11-09 Tome Biosciences, Inc. Guide rna compositions for programmable gene insertion
WO2023215498A2 (en) 2022-05-05 2023-11-09 Modernatx, Inc. Compositions and methods for cd28 antagonism
US20250302994A1 (en) 2022-05-09 2025-10-02 Synteny Therapeutics, Inc. Erythroparvovirus with a modified genome for gene therapy
US20250320521A1 (en) 2022-05-09 2025-10-16 Synteny Therapeutics, Inc. Erythroparvovirus compositions and methods for gene therapy
WO2023220040A1 (en) 2022-05-09 2023-11-16 Synteny Therapeutics, Inc. Erythroparvovirus with a modified capsid for gene therapy
WO2023219933A1 (en) 2022-05-09 2023-11-16 Entrada Therapeutics, Inc. Compositions and methods for delivery of nucleic acid therapeutics
AU2023269134A1 (en) 2022-05-09 2024-12-12 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Vectors and methods for in vivo antibody production
EP4522202A1 (en) 2022-05-10 2025-03-19 Iovance Biotherapeutics, Inc. Treatment of cancer patients with tumor infiltrating lymphocyte therapies in combination with an il-15r agonist
WO2023225670A2 (en) 2022-05-20 2023-11-23 Tome Biosciences, Inc. Ex vivo programmable gene insertion
EP4279085A1 (en) 2022-05-20 2023-11-22 Mnemo Therapeutics Compositions and methods for treating a refractory or relapsed cancer or a chronic infectious disease
EP4526884A2 (en) 2022-05-20 2025-03-26 Artisan Development Labs, Inc. Systems and methods for assessing risk of genome editing events
KR20250019772A (ko) 2022-05-25 2025-02-11 플래그쉽 파이어니어링 이노베이션스 Vii, 엘엘씨 종양 억제인자 및 발암유전자를 조절하기 위한 조성물 및 방법
EP4650780A3 (en) 2022-05-25 2026-01-21 Flagship Pioneering Innovations VII, LLC Compositions and methods for modulating circulating factors
CN119563038A (zh) 2022-05-25 2025-03-04 旗舰创业创新七公司 用于调节免疫应答的组合物和方法
AU2023275550A1 (en) 2022-05-25 2024-11-21 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Compositions and methods for modulating cytokines
AU2023277636A1 (en) 2022-05-25 2024-11-21 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Compositions and methods for modulating genetic drivers
WO2023235725A2 (en) 2022-05-31 2023-12-07 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr-based therapeutics for c9orf72 repeat expansion disease
WO2023235726A2 (en) 2022-05-31 2023-12-07 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr interference therapeutics for c9orf72 repeat expansion disease
KR20250022800A (ko) 2022-06-10 2025-02-17 우모자 바이오파마 인코포레이티드 조작된 줄기 세포 및 그의 용도
US20230404003A1 (en) 2022-06-21 2023-12-21 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Novel qtls conferring resistance to cucumber mosaic virus
CA3260237A1 (en) 2022-06-24 2023-12-28 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems and methods for reducing low-density lipoprotein by targeted gene repression
GB202209518D0 (en) 2022-06-29 2022-08-10 Snipr Biome Aps Treating & preventing E coli infections
JP7152094B1 (ja) 2022-06-30 2022-10-12 リージョナルフィッシュ株式会社 ｔｒａｃｒＲＮＡユニット、及びゲノム編集方法
WO2024005864A1 (en) 2022-06-30 2024-01-04 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
EP4299733A1 (en) 2022-06-30 2024-01-03 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
GB2621813A (en) 2022-06-30 2024-02-28 Univ Newcastle Preventing disease recurrence in Mitochondrial replacement therapy
EP4299739A1 (en) 2022-06-30 2024-01-03 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
WO2024005863A1 (en) 2022-06-30 2024-01-04 Inari Agriculture Technology, Inc. Compositions, systems, and methods for genome editing
WO2024008752A1 (en) 2022-07-05 2024-01-11 John Innes Centre Methods to increase iron content in plants
WO2024008799A1 (en) 2022-07-06 2024-01-11 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of proliferative glomerulonephritis
EP4554967A2 (en) 2022-07-12 2025-05-21 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for targeted transcriptional activation
JP2025525569A (ja) 2022-07-18 2025-08-05 レナゲード セラピューティクス マネージメント インコーポレイテッド 遺伝子編集成分、システム、及び使用方法
WO2024020587A2 (en) 2022-07-22 2024-01-25 Tome Biosciences, Inc. Pleiopluripotent stem cell programmable gene insertion
CN120659627A (zh) 2022-07-29 2025-09-16 瑞泽恩制药公司 用于转铁蛋白受体（tfr）介导的脑和肌肉递送的组合物和方法
WO2024026406A2 (en) 2022-07-29 2024-02-01 Vestaron Corporation Next Generation ACTX Peptides
LU502613B1 (en) 2022-08-01 2024-02-01 Plant Bioscience Ltd Methods of altering the starch granule profile in plants
US20260060969A1 (en) 2022-08-04 2026-03-05 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of lymphoproliferative disorders
WO2024040222A1 (en) 2022-08-19 2024-02-22 Generation Bio Co. Cleavable closed-ended dna (cedna) and methods of use thereof
WO2024040254A2 (en) 2022-08-19 2024-02-22 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for regulation of hepatitis b virus through targeted gene repression
EP4573114A4 (en) 2022-08-19 2026-07-29 Memorial Sloan Kettering Cancer Center T-LYMPHOCYTE RECEPTORS TARGETTING RAS MUTATIONS AND ASSOCIATED USES
WO2024044655A1 (en) 2022-08-24 2024-02-29 Sana Biotechnology, Inc. Delivery of heterologous proteins
AU2023329392A1 (en) 2022-08-25 2025-02-27 Renagade Therapeutics Management Inc. Engineered retrons and methods of use
WO2024042489A1 (en) 2022-08-25 2024-02-29 LifeEDIT Therapeutics, Inc. Chemical modification of guide rnas with locked nucleic acid for rna guided nuclease-mediated gene editing
WO2024042199A1 (en) 2022-08-26 2024-02-29 KWS SAAT SE & Co. KGaA Use of paired genes in hybrid breeding
WO2024047110A1 (en) 2022-08-31 2024-03-07 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Method to generate more efficient car-t cells
CA3265262A1 (en) 2022-09-01 2024-03-07 SESVanderHave NV PROCESSES AND COMPOSITIONS FOR HERBICIDE TOLERANCE PPO
WO2024050544A2 (en) 2022-09-01 2024-03-07 J.R. Simplot Company Enhanced targeted knock-in frequency in host genomes through crispr exonuclease processing
WO2024052318A1 (en) 2022-09-06 2024-03-14 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Novel dual split car-t cells for the treatment of cd38-positive hematological malignancies
CA3266599A1 (en) 2022-09-07 2024-11-07 Quantitative Biosciences, Inc. UNIQUE VARIABLE DOMAIN ANTIBODIES SPECIFIC TO FENTANYL AND USE IN A CONTINUOUS AGGLUTINATION TEST
WO2024056659A1 (en) 2022-09-13 2024-03-21 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Method for treating prostate cancer and other epithelial cancers
CR20250095A (es) 2022-09-13 2025-09-01 Arsenal Biosciences Inc Células inmunitarias que coexpresan arnhc de tgfbr
JP2025532585A (ja) 2022-09-16 2025-10-01 アーセナル バイオサイエンシズ インコーポレイテッド 組み合わせ遺伝子摂動を有する免疫細胞
WO2024056902A2 (en) 2022-09-16 2024-03-21 Christopher Shaw Compositions and methods for treating neurological diseases
JP2025531268A (ja) 2022-09-19 2025-09-19 チューン セラピューティクス インコーポレイテッド Ｔ細胞機能を調節するための組成物、システム、および方法
EP4590688A1 (en) 2022-09-21 2025-07-30 Sana Biotechnology, Inc. Lipid particles comprising variant paramyxovirus attachment glycoproteins and uses thereof
WO2024062138A1 (en) 2022-09-23 2024-03-28 Mnemo Therapeutics Immune cells comprising a modified suv39h1 gene
KR20250075694A (ko) 2022-09-28 2025-05-28 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 세포 기반 요법을 강화하기 위한 항체 저항성 변형 수용체
GB202214410D0 (en) 2022-09-30 2022-11-16 Ivy Farm Tech Limited genetically modified cells
EP4602174A1 (en) 2022-10-13 2025-08-20 Sana Biotechnology, Inc. Viral particles targeting hematopoietic stem cells
JP7353602B1 (ja) 2022-10-14 2023-10-02 株式会社インプランタイノベーションズ ゲノム編集方法およびゲノム編集用組成物
EP4605000A1 (en) 2022-10-21 2025-08-27 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical compositions for the treatment of osteoarthritis
WO2024097639A1 (en) 2022-10-31 2024-05-10 Modernatx, Inc. Hsa-binding antibodies and binding proteins and uses thereof
AU2023371614A1 (en) 2022-11-04 2025-05-15 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 1 (cacng1) binding proteins and cacng1-mediated delivery to skeletal muscle
EP4612277A1 (en) 2022-11-04 2025-09-10 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods for tumor infiltrating lymphocyte (til) expansion related to cd39/cd103 selection
IL320573A (en) 2022-11-04 2025-07-01 Life Edit Therapeutics Inc Developed adenine deaminases and RNA-guided nuclease fusion proteins with internal insertion sites and methods of use
US20260124242A1 (en) 2022-11-04 2026-05-07 Iovance Biotherapeutics, Inc. Expansion of tumor infiltrating lymphocytes from liquid tumors and therapeutic uses thereof
EP4615424A1 (en) 2022-11-10 2025-09-17 Sail Biomedicines, Inc. Rna compositions comprising lipid nanoparticles or lipid reconstructed natural messenger packs
AU2023379457A1 (en) 2022-11-14 2025-05-15 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for fibroblast growth factor receptor 3-mediated delivery to astrocytes
JP2025538387A (ja) 2022-11-16 2025-11-28 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド プロテアーゼ切断可能なリンカーを有する膜結合ｉｌ－１２を含むキメラタンパク質
WO2024105633A1 (en) 2022-11-18 2024-05-23 Kyoto Prefectural Public University Corporation Compositions for mitophagy induction and uses thereof
WO2024112571A2 (en) 2022-11-21 2024-05-30 Iovance Biotherapeutics, Inc. Two-dimensional processes for the expansion of tumor infiltrating lymphocytes and therapies therefrom
WO2024118836A1 (en) 2022-11-30 2024-06-06 Iovance Biotherapeutics, Inc. Processes for production of tumor infiltrating lymphocytes with shortened rep step
US12152238B2 (en) * 2022-11-30 2024-11-26 Eberhard-Karls-Universität Tübingen Universitätsklinikum Gene editing system for editing the arylsulfatase A (ARSA) gene
WO2024118882A1 (en) 2022-12-01 2024-06-06 Genencor International Bv Iterative multiplex genome engineering in microbial cells using a selection marker swapping system
US20260191905A1 (en) 2022-12-01 2026-07-09 Modernatx, Inc. Gpc3-specific antibodies, binding domains, and related proteins and uses thereof
EP4627076A1 (en) 2022-12-01 2025-10-08 Danisco Us Inc Iterative multiplex genome engineering in microbial cells using a recombinant self-excisable selection marker system
EP4627078A1 (en) 2022-12-01 2025-10-08 Danisco US Inc. Iterative muliplex genome engineering in microbial cells using a bidirectional selection marker system
WO2024119157A1 (en) 2022-12-02 2024-06-06 Sana Biotechnology, Inc. Lipid particles with cofusogens and methods of producing and using the same
AU2023392154A1 (en) 2022-12-14 2025-06-26 King's College London Compositions and methods for treating neurological diseases
WO2024127370A1 (en) 2022-12-16 2024-06-20 LifeEDIT Therapeutics, Inc. Guide rnas that target trac gene and methods of use
WO2024127369A1 (en) 2022-12-16 2024-06-20 LifeEDIT Therapeutics, Inc. Guide rnas that target foxp3 gene and methods of use
WO2024133723A1 (en) 2022-12-22 2024-06-27 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for decreasing therapeutic acquired resistance to chemotherapy and/or radiotherapy
WO2024138194A1 (en) 2022-12-22 2024-06-27 Tome Biosciences, Inc. Platforms, compositions, and methods for in vivo programmable gene insertion
GB202219829D0 (en) 2022-12-29 2023-02-15 Ivy Farm Tech Limited Genetically manipulated cells
CN120417757A (zh) 2022-12-29 2025-08-01 维尔莫林公司 对抗性突破型tswv毒株具有抗性的番茄植物和相应的抗性基因
EP4646484A1 (en) 2023-01-06 2025-11-12 Bristol-Myers Squibb Company Methods and systems for engineering cells and for target validation
WO2024151633A2 (en) * 2023-01-10 2024-07-18 Robigo, Inc. Plant microbes and uses thereof
JP2026502532A (ja) 2023-01-12 2026-01-23 ナショナル ユニバーシティ オブ シンガポール Ｔ細胞及びｎｋ細胞悪性腫瘍の免疫療法のためのｃｄ８発現及びキメラ抗原受容体の遮断
WO2024163683A2 (en) 2023-02-01 2024-08-08 Tune Therapeutics, Inc. Systems, compositions, and methods for modulating expression of methyl-cpg binding protein 2 (mecp2) and x-inactive specific transcript (xist)
EP4658061A1 (en) 2023-02-01 2025-12-10 United Beet Seeds Beet yellows virus resistance
WO2024163678A2 (en) 2023-02-01 2024-08-08 Tune Therapeutics, Inc. Fusion proteins and systems for targeted activation of frataxin (fxn) and related methods
WO2024161022A2 (en) 2023-02-03 2024-08-08 King's College London Compositions and methods for treating neurological diseases
WO2024168265A1 (en) 2023-02-10 2024-08-15 Possible Medicines Llc Aav delivery of rna guided recombination system
WO2024168253A1 (en) 2023-02-10 2024-08-15 Possible Medicines Llc Delivery of an rna guided recombination system
EP4673458A1 (en) 2023-02-27 2026-01-07 John Innes Centre Methods of enhancing production of metabolites in bacteria
TW202442689A (zh) 2023-03-03 2024-11-01 美商亞森諾生物科學公司 靶向ｐｓｍａ及ｃａ９之系統
WO2024189098A1 (en) 2023-03-13 2024-09-19 Iomx Therapeutics Ag Platform technology for the identification of modulators of immune effector cell function
EP4680748A1 (en) 2023-03-13 2026-01-21 Arsenal Biosciences, Inc. Synthetic pathway activators
US12383615B2 (en) 2023-03-23 2025-08-12 Carbon Biosciences, Inc. Protoparvovirus compositions comprising a protoparvovirus variant VP1 capsid polypeptide and related methods
US12225874B2 (en) 2023-03-27 2025-02-18 Redsea Science And Technology Inc. Tomato plant designated ‘X22-31’
CN121127605A (zh) 2023-03-29 2025-12-12 阿斯利康(瑞典)有限公司 使用抑制剂来提高CRISPR/Cas插入的效率
CN121013904A (zh) 2023-03-30 2025-11-25 儿童医院医学中心 临床级类器官
WO2024211306A1 (en) 2023-04-03 2024-10-10 Sutro Biopharma, Inc. Rf1 ko e. coli strains
WO2024211287A1 (en) 2023-04-03 2024-10-10 Seagen Inc. Production cell lines with targeted integration sites
AU2024252658A1 (en) 2023-04-03 2025-10-16 Plant Bioscience Limited Methods for altering starch granule size profile
TW202444388A (zh) * 2023-04-07 2024-11-16 美商建南德克公司 經修飾的引導ｒｎａ
MX2024004405A (es) 2023-04-14 2024-11-08 Seminis Vegetable Seeds Inc Métodos y composiciones de resistencia a peronospora en la espinaca
CN121311497A (zh) 2023-04-14 2026-01-09 精密生物科学公司 肌肉特异性表达盒
WO2024216116A1 (en) 2023-04-14 2024-10-17 Precision Biosciences, Inc. Muscle-specific expression cassettes
EP4698666A1 (en) 2023-04-18 2026-02-25 Sana Biotechnology, Inc. Universal protein g fusogens and adapter systems thereof and related lipid particles and uses
WO2024220560A1 (en) 2023-04-18 2024-10-24 Sana Biotechnology, Inc. Engineered protein g fusogens and related lipid particles and methods thereof
WO2024220598A2 (en) 2023-04-18 2024-10-24 Sana Biotechnology, Inc. Lentiviral vectors with two or more genomes
WO2024220741A1 (en) 2023-04-19 2024-10-24 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Compositions and methods for the production of libraries
CN121443140A (zh) 2023-04-21 2026-01-30 非营利性组织佛兰芒综合大学生物技术研究所 用于作物产量提升的等位基因组合
WO2024226499A1 (en) 2023-04-24 2024-10-31 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for modifying fertility
EP4701654A2 (en) 2023-04-25 2026-03-04 Arsenal Biosciences, Inc. Novel receptors for transcription regulation
WO2024226822A2 (en) * 2023-04-26 2024-10-31 Spotlight Therapeutics Cd11a tage compositions and uses thereof
AU2024261681A1 (en) 2023-04-28 2025-11-13 Vilmorin & Cie Genetic determinants conferring improved tobrfv resistance
WO2024234006A1 (en) 2023-05-11 2024-11-14 Tome Biosciences, Inc. Systems, compositions, and methods for targeting liver sinusodial endothelial cells (lsecs)
EP4713003A1 (en) 2023-05-17 2026-03-25 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Lipc variant in the treatment of hypercholesterolemia and atherosclerotic cardiovascular disease
WO2024236547A1 (en) 2023-05-18 2024-11-21 Inceptor Bio, Llc Modified phagocytic cells expressing chimeric antigen receptors comprising a herpes virus entry mediator (hvem) co-stimulatory domain and uses thereof
EP4713433A2 (en) 2023-05-18 2026-03-25 Children's Hospital Medical Center Liver organoids with intrahepatic sympathetic nerves, and methods of use thereof
EP4716741A2 (en) 2023-05-23 2026-04-01 Flagship Labs 114, Inc. Compositions and methods for reducing cxcl9, cxcl10, and cxcl11 gene expression
AU2024274792A1 (en) 2023-05-23 2025-10-23 Sana Biotechnology, Inc. Tandem fusogens and related lipid particles
WO2024245951A1 (en) 2023-05-26 2024-12-05 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Combination of slc8a1 inhibitor and mitochondria-targeted antioxidant for treating melanoma
EP4719423A1 (en) 2023-05-30 2026-04-08 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Method and pharmaceutical composition for use in the treatment of focal cortical dysplasia
CN121773211A (zh) 2023-05-30 2026-03-31 哈皮西兹研发有限公司 通过抑制aip10/abap1调控网络基因改善农艺性状的植物
US12484501B2 (en) 2023-06-05 2025-12-02 Bejo Zaden B.V. Garlic variety ‘BGS 352’
MX2025014893A (es) 2023-06-14 2026-02-03 Arsenal Biosciences Inc Ingenieria de celulas no virales
WO2024256635A1 (en) 2023-06-15 2024-12-19 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Dpm1 inhibitor for treating cancer
WO2024261302A1 (en) 2023-06-22 2024-12-26 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Nlrp3 inhibitors, pak1/2 inhibitors and/or caspase 1 inhibitors for use in the treatment of rac2 monogenic disorders
EP4731750A2 (en) 2023-06-23 2026-04-29 Children's Hospital Medical Center Methods of matrix-free suspension culture
WO2025006419A1 (en) 2023-06-26 2025-01-02 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Engineered plasmodia and related methods
WO2025003305A1 (en) 2023-06-28 2025-01-02 Vilmorin & Cie Pepper resistance to meloidogyne enterolobii
US20250002946A1 (en) 2023-06-30 2025-01-02 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods And Compositions For Increasing Homology-Directed Repair
CN117044681B (zh) * 2023-07-11 2026-01-09 吉林大学 一种cop1基因不表达的异种移植供体猪及其制备方法
WO2025017156A1 (en) 2023-07-18 2025-01-23 University Of Glasgow Ion channels with improved properties
WO2025021702A1 (en) 2023-07-21 2025-01-30 Alia Therapeutics S.R.L. Cas9 orthologue nuclease and uses thereof
IL325779A (en) 2023-07-24 2026-03-01 Vilmorin & Cie Resistance to cysdv in melons
WO2025021839A1 (en) 2023-07-25 2025-01-30 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Method to treat metabolic disorders
KR20260044217A (ko) 2023-07-25 2026-04-01 플래그쉽 파이어니어링 이노베이션스 Vii, 엘엘씨 Cas 엔도뉴클레아제 및 관련 방법
AU2024315073A1 (en) 2023-07-28 2026-01-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Use of bgh-sv40l tandem polya to enhance transgene expression during unidirectional gene insertion
AR133384A1 (es) 2023-07-28 2025-09-24 Regeneron Pharma Anti-tfr:esfingomielinasa ácida para el tratamiento de la deficiencia de esfingomielinasa ácida
IL326018A (en) 2023-07-28 2026-03-01 Regeneron Pharma Introduction of anti-TFR:GAA and anti-CD63:GAA for the treatment of Pompe disease
CN121909284A (zh) 2023-07-31 2026-04-21 图恩疗法股份有限公司 用于调节il-2基因表达的组合物和方法
EP4754248A1 (en) 2023-07-31 2026-06-10 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for multiplexed activation and repression of t cell gene expression
EP4754113A2 (en) 2023-08-03 2026-06-10 J.R. Simplot Company Fusarium wilt resistance genes
EP4757808A1 (en) 2023-08-08 2026-06-17 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of type 2-mediated diseases
WO2025038494A1 (en) 2023-08-11 2025-02-20 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for lymphoid cell differentiation using targeted gene activation
EP4771049A1 (en) 2023-08-28 2026-07-08 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Cxcr4 antibody-resistant modified receptors
WO2025046513A1 (en) 2023-08-29 2025-03-06 Inceptor Bio, Llc Methods of manufacturing myeloid-derived cells from hematopoietic stem cells and compositions and uses thereof
WO2025050069A1 (en) 2023-09-01 2025-03-06 Tome Biosciences, Inc. Programmable gene insertion using engineered integration enzymes
EP4771154A2 (en) 2023-09-01 2026-07-08 Renagade Therapeutics Management Inc. Gene editing systems, compositions, and methods for treatment of vexas syndrome
WO2025054202A1 (en) 2023-09-05 2025-03-13 Sana Biotechnology, Inc. Method of screening a sample comprising a transgene with a unique barcode
WO2025052001A1 (en) 2023-09-07 2025-03-13 Mnemo Therapeutics Methods and compositions for improving immune response
EP4520334A1 (en) 2023-09-07 2025-03-12 Mnemo Therapeutics Methods and compositions for improving immune response
WO2025054540A1 (en) 2023-09-08 2025-03-13 Iovance Biotherapeutics, Inc. Methods of gene-editing using programmable nucleases
WO2025059073A1 (en) 2023-09-11 2025-03-20 Tune Therapeutics, Inc. Epigenetic editing methods and systems for differentiating stem cells
WO2025059533A1 (en) 2023-09-13 2025-03-20 The Broad Institute, Inc. Crispr enzymes and systems
CN119614679B (zh) * 2023-09-14 2026-07-28 厦门大学 一款通用型核酸检测平台
WO2025064408A1 (en) 2023-09-18 2025-03-27 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for treating cardiovascular disease
GB202314578D0 (en) 2023-09-22 2023-11-08 Univ Manchester Methods of producing homoplasmic modified plants or parts thereof
WO2025072331A1 (en) 2023-09-26 2025-04-03 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Cas nucleases and related methods
WO2025072803A1 (en) 2023-09-29 2025-04-03 Children's Hospital Medical Center Ntrk2 signaling-mediated alveolar capillary injury and repair
WO2025076141A1 (en) 2023-10-03 2025-04-10 Inari Agriculture Technology, Inc. Viral delivery of grna to the scion
WO2025078978A1 (en) 2023-10-09 2025-04-17 Avectas Limited Transfection of cells via reversible permeabilization
WO2025078851A1 (en) 2023-10-11 2025-04-17 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Methods of treating cognitive deficit
WO2025081042A1 (en) 2023-10-12 2025-04-17 Renagade Therapeutics Management Inc. Nickase-retron template-based precision editing system and methods of use
WO2025078632A1 (en) 2023-10-12 2025-04-17 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods of prognosis and treatment of patients suffering from cancer
WO2025081123A1 (en) 2023-10-12 2025-04-17 Fred Hutchinson Cancer Center Methods and compositions for improving t cell immunotherapy
KR20260094824A (ko) 2023-10-25 2026-06-23 씨에스피씨 종콰이 팔마씨우티컬 테크놀로지 (스자좡) 컴퍼니 리미티드 고효율, 저오프타겟 유전자 편집 도구
WO2025091009A2 (en) 2023-10-27 2025-05-01 Sutro Biopharma, Inc. Overexpression of lysozyme in t7 rna polymerase-expressing host cells
WO2025096638A2 (en) 2023-10-30 2025-05-08 Turnstone Biologics Corp. Genetically modified tumor infilitrating lymphocytes and methods of producing and using the same
IL328125A (en) 2023-11-06 2026-06-01 Iovance Biotherapeutics Inc Treatment of endometrial cancers with tumor infiltrating lymphocyte therapies
WO2025101820A1 (en) 2023-11-08 2025-05-15 Fred Hutchinson Cancer Center Compositions and methods for cellular immunotherapy
US20250161347A1 (en) 2023-11-22 2025-05-22 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Methods and compositions for treating non-alcoholic fatty liver disease
WO2025117877A2 (en) 2023-12-01 2025-06-05 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Cas nucleases and related methods
CN122349567A (zh) 2023-12-11 2026-07-07 济世易为生物有限公司 利用反式剪接和拆分型选择标记的蛋白质表达
IL328711A (en) 2023-12-13 2026-07-01 Umoja Biopharma Inc Myeloid cells derived from engineered induced stem cells and methods for differentiating and using them
WO2025126153A2 (en) 2023-12-14 2025-06-19 Aviadobio Ltd. Compositions and methods for treating sod1-mediated neurological diseases
WO2025128981A1 (en) 2023-12-14 2025-06-19 Sohm, Inc. Compositions and methods for genome editing
WO2025132479A1 (en) 2023-12-18 2025-06-26 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Flt3 inhibitor for modulating macrophages polarization
WO2025149984A2 (en) 2024-01-12 2025-07-17 Avectas Limited Delivery platform with flow-through system (fts)
WO2025149983A2 (en) 2024-01-12 2025-07-17 Avectas Limited Delivery platform with integrated non-viral transfection and cell processing
AU2025208175A1 (en) 2024-01-12 2026-06-25 Sana Biotechnology, Inc. Safety switches to control in vitro and in vivo proliferation of cell therapy products
WO2025155753A2 (en) 2024-01-17 2025-07-24 Renagade Therapeutics Management Inc. Improved gene editing system, guides, and methods
WO2025153608A1 (en) 2024-01-18 2025-07-24 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Wip1 inhibitor for the treatment of glomerular disease
WO2025162980A1 (en) 2024-01-30 2025-08-07 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods for the treatment of breast cancer using a jnk-1 inhibitor
WO2025163107A1 (en) 2024-02-01 2025-08-07 Institut Gustave Roussy Immune cells defective for znf217 and uses thereof
WO2025168705A1 (en) 2024-02-08 2025-08-14 Vib Vzw Means and methods for the production of saponins with endosomal escape-enhancing properties
WO2025174765A1 (en) 2024-02-12 2025-08-21 Renagade Therapeutics Management Inc. Lipid nanoparticles comprising coding rna molecules for use in gene editing and as vaccines and therapeutic agents
WO2025184529A1 (en) 2024-03-01 2025-09-04 Sana Biotechnology, Inc. Viral particles with fusogen display and related compositions and methods
WO2025184567A1 (en) 2024-03-01 2025-09-04 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for re-dosing aav using anti-cd40 antagonistic antibody to suppress host anti-aav antibody response
WO2025186284A1 (en) 2024-03-05 2025-09-12 Vilmorin & Cie Increased yield in cucumber
WO2025191018A1 (en) 2024-03-13 2025-09-18 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Mrgpre binding agent for use in the treatment of inflammatory and pain disorders
WO2025194019A1 (en) 2024-03-14 2025-09-18 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Methods for treating liver fibrosis and non-alcoholic fatty liver disease
WO2025199346A1 (en) 2024-03-20 2025-09-25 Arsenal Biosciences, Inc. Antigen binding proteins that bind tmprss4 and methods of use thereof
TW202544044A (zh) 2024-03-20 2025-11-16 美商亞森諾生物科學公司 靶向ｓｌｃ３４ａ２及ｔｍｐｒｓｓ４之系統及其使用方法
WO2025210123A1 (en) 2024-04-03 2025-10-09 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for treating cancers
WO2025212920A1 (en) 2024-04-03 2025-10-09 Children's Hospital Medical Center Multi-zonal liver organoids
WO2025215354A1 (en) 2024-04-08 2025-10-16 Ivy Farm Technologies Limited Method of culturing an animal cell
WO2025217202A1 (en) 2024-04-08 2025-10-16 Children's Hospital Medical Center Bile duct organoid
US20250332260A1 (en) 2024-04-10 2025-10-30 Garuda Therapeutics, Inc. Immune compatible cells for allogeneic cell therapies to cover global, ethnic, or disease-specific populations
WO2025224107A1 (en) 2024-04-22 2025-10-30 Basecamp Research Ltd Method and compositions for detecting off-target editing
WO2025224182A2 (en) 2024-04-23 2025-10-30 Basecamp Research Ltd Single construct platform for simultaneous delivery of gene editing machinery and nucleic acid cargo
WO2025224297A1 (en) 2024-04-26 2025-10-30 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Antibodies having specificity to tgfbi and uses thereof
EP4643858A1 (en) 2024-04-29 2025-11-05 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for the treatment of uterine disease
WO2025228998A1 (en) 2024-04-30 2025-11-06 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Use of hdac4 inhibitors for the treatment of melanoma
WO2025235388A1 (en) 2024-05-06 2025-11-13 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Transgene genomic identification by nuclease-mediated long read sequencing
WO2025240947A1 (en) 2024-05-17 2025-11-20 University Of Massachusetts Therapeutic treatment for fragile x-associated disorder
WO2025245169A1 (en) 2024-05-21 2025-11-27 Fred Hutchinson Cancer Center Immunotherapy cells equipped with a collagen-targeting payload
WO2025245188A2 (en) 2024-05-21 2025-11-27 Flagship Pioneering Innovations Vii, Llc Methods of treating liver steatosis and non-alcoholic fatty liver disease
WO2025247829A1 (en) 2024-05-27 2025-12-04 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for treating prostate cancer
WO2025247951A1 (en) 2024-05-28 2025-12-04 Institut Gustave Roussy Fyn kinase inhibitors, combinations and uses thereof
WO2025248102A1 (en) 2024-05-31 2025-12-04 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Tbk1 inhibitor for use in the treatment of vitiligo
WO2025257151A1 (en) 2024-06-10 2025-12-18 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Methods and pharmaceutical composition for treating ciliopathies
US20250382627A1 (en) 2024-06-13 2025-12-18 J.R. Simplot Company Engineering remontant flowering in rosaceae
WO2025260068A1 (en) 2024-06-14 2025-12-18 Tune Therapeutics, Inc. Lipid nanoparticle formulation for delivery of nucleic acids to cells
WO2025265017A1 (en) 2024-06-20 2025-12-26 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Ass1 gene insertion for the treatment of citrullinemia type i
TW202617985A (zh) 2024-06-25 2026-05-01 美商生命編輯治療學公司 新穎反轉錄酶及其用途
WO2026002934A1 (en) 2024-06-25 2026-01-02 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Combination of a slc16a1 inhibitor and a smad3 inhibitor for treating cancer
WO2026006542A2 (en) 2024-06-26 2026-01-02 Yale University Compositions and methods for crispr/cas9 based reactivation of human angelman syndrome
WO2026009227A1 (en) 2024-07-04 2026-01-08 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions for downregulating zeb2 in macrophages and uses thereof
WO2026012976A1 (en) 2024-07-08 2026-01-15 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Use of inhibitor of gasdermind for treatment of rac2 monogenic disorders
WO2026013071A1 (en) 2024-07-09 2026-01-15 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Setdb1 inhibitor for use in the treatment of uveal melanoma
WO2026015647A1 (en) 2024-07-09 2026-01-15 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for cell differentiation using targeted gene activation of dll4 and/or vcam1
WO2026017833A1 (en) 2024-07-17 2026-01-22 Vilmorin & Cie Tswv-resistant pepper
WO2026020120A1 (en) 2024-07-19 2026-01-22 University Of Massachusetts Increasing cas9 genome editing fidelity through attenuation of guide rna watson-crick base pairing potential
GB202411278D0 (en) 2024-07-31 2024-09-11 Uea Enterprises Ltd Methods of altering plant stress response
WO2026036000A1 (en) 2024-08-08 2026-02-12 Invaio Sciences, Inc. Nature-derived lipid particles for use in agriculture
WO2026038057A1 (en) 2024-08-16 2026-02-19 Genome Research Limited Improved methods for gene editing
WO2026047626A1 (en) 2024-08-30 2026-03-05 Inceptor Bio, Llc Compositions and methods involving immune cells engineered for binding bispecific antibodies for use in cell therapy
WO2026057679A1 (en) 2024-09-11 2026-03-19 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Inhibitor of rab30 for use in a method of treatment of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (masld)
WO2026059956A1 (en) 2024-09-11 2026-03-19 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Qtls conferring resistance to cucurbit aphid-borne yellow virus
EP4711442A1 (en) 2024-09-15 2026-03-18 Quantitative Biosciences, Inc. Microfluidic chip for the parallel culture of microbial biosensor strains
WO2026064753A1 (en) 2024-09-23 2026-03-26 Tune Therapeutics, Inc. Dna methyltransferase-like protein (dnmt3l) or dna methyltransferase 3a (dnmt3a) repressor systems for epigenetic editing
WO2026072529A1 (en) 2024-09-24 2026-04-02 University Of Florida Research Foundation, Incorporated Mettl7a for improved embryo competence
WO2026076425A1 (en) 2024-10-04 2026-04-09 Biodrive, Inc. Oral biodelivery platform
WO2026080515A2 (en) 2024-10-08 2026-04-16 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Crispr sam biosensor cells and cell lines and methods of use thereof
WO2026083309A1 (en) 2024-10-17 2026-04-23 Astrazeneca Ab Use of inhibitors or modulators of artemis in gene editing
WO2026083329A1 (en) 2024-10-18 2026-04-23 Precision Biosciences, Inc. Methods of nuclease-initiated homology directed repair and replacement and compositions and uses thereof
WO2026085495A1 (en) 2024-10-18 2026-04-23 Generation Bio Co. Synthetic partially single-stranded nucleic acid compositions and uses and methods therefor
WO2026083328A1 (en) 2024-10-18 2026-04-23 Precision Biosciences, Inc. Base editing nucleotide sequences using homology directed repair
WO2026096383A1 (en) 2024-10-28 2026-05-07 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for inducing phagocytosis
WO2026102058A1 (en) 2024-11-06 2026-05-15 Tune Therapeutics, Inc. Methods for treating chronic hepatitis b infection and related formulations
WO2026154123A1 (en) 2025-01-17 2026-07-23 Aviadobio Limited Compositions and methods for treating neurological diseases
WO2026161895A1 (en) 2025-01-27 2026-07-30 Tune Therapeutics, Inc. Compositions, systems, and methods for epigenetic regulation of lipoprotein a (lpa) gene expression
US20260223797A1 (en) 2025-01-31 2026-08-06 Harmoniz LTD Cucumber plants with small fruit and increased number of fruit
CN121483365B (zh) * 2026-01-09 2026-04-10 之江实验室 基于局部几何结构与机器学习的Cas蛋白酶PAM分析方法

Family Cites Families (57)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4217344A (en) 1976-06-23 1980-08-12 L'oreal Compositions containing aqueous dispersions of lipid spheres
US4235871A (en) 1978-02-24 1980-11-25 Papahadjopoulos Demetrios P Method of encapsulating biologically active materials in lipid vesicles
US4186183A (en) 1978-03-29 1980-01-29 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Army Liposome carriers in chemotherapy of leishmaniasis
US4261975A (en) 1979-09-19 1981-04-14 Merck & Co., Inc. Viral liposome particle
US4485054A (en) 1982-10-04 1984-11-27 Lipoderm Pharmaceuticals Limited Method of encapsulating biologically active materials in multilamellar lipid vesicles (MLV)
US4501728A (en) 1983-01-06 1985-02-26 Technology Unlimited, Inc. Masking of liposomes from RES recognition
US4897355A (en) 1985-01-07 1990-01-30 Syntex (U.S.A.) Inc. N[ω,(ω-1)-dialkyloxy]- and N-[ω,(ω-1)-dialkenyloxy]-alk-1-yl-N,N,N-tetrasubstituted ammonium lipids and uses therefor
US4946787A (en) 1985-01-07 1990-08-07 Syntex (U.S.A.) Inc. N-(ω,(ω-1)-dialkyloxy)- and N-(ω,(ω-1)-dialkenyloxy)-alk-1-yl-N,N,N-tetrasubstituted ammonium lipids and uses therefor
US5049386A (en) 1985-01-07 1991-09-17 Syntex (U.S.A.) Inc. N-ω,(ω-1)-dialkyloxy)- and N-(ω,(ω-1)-dialkenyloxy)Alk-1-YL-N,N,N-tetrasubstituted ammonium lipids and uses therefor
US4797368A (en) 1985-03-15 1989-01-10 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Adeno-associated virus as eukaryotic expression vector
US4774085A (en) 1985-07-09 1988-09-27 501 Board of Regents, Univ. of Texas Pharmaceutical administration systems containing a mixture of immunomodulators
DE3751873T2 (de) 1986-04-09 1997-02-13 Genzyme Corp Genetisch transformierte Tiere, die ein gewünschtes Protein in Milch absondern
US4837028A (en) 1986-12-24 1989-06-06 Liposome Technology, Inc. Liposomes with enhanced circulation time
US4873316A (en) 1987-06-23 1989-10-10 Biogen, Inc. Isolation of exogenous recombinant proteins from the milk of transgenic mammals
US5264618A (en) 1990-04-19 1993-11-23 Vical, Inc. Cationic lipids for intracellular delivery of biologically active molecules
AU7979491A (en) 1990-05-03 1991-11-27 Vical, Inc. Intracellular delivery of biologically active substances by means of self-assembling lipid complexes
US5173414A (en) 1990-10-30 1992-12-22 Applied Immune Sciences, Inc. Production of recombinant adeno-associated virus vectors
US5587308A (en) 1992-06-02 1996-12-24 The United States Of America As Represented By The Department Of Health & Human Services Modified adeno-associated virus vector capable of expression from a novel promoter
US6534261B1 (en) 1999-01-12 2003-03-18 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins
US7868149B2 (en) 1999-07-20 2011-01-11 Monsanto Technology Llc Plant genome sequence and uses thereof
US6479808B1 (en) 1999-07-07 2002-11-12 The United States Of America As Represented By The Administrator Of The National Aeronautics And Space Administration Method and systems for collecting data from multiple fields of view
US6603061B1 (en) 1999-07-29 2003-08-05 Monsanto Company Agrobacterium-mediated plant transformation method
US7033744B2 (en) * 2001-03-16 2006-04-25 Naoya Kobayashi Method for proliferating a liver cell, a liver cell obtained thereby, and use thereof
US20090100536A1 (en) 2001-12-04 2009-04-16 Monsanto Company Transgenic plants with enhanced agronomic traits
US20050220796A1 (en) 2004-03-31 2005-10-06 Dynan William S Compositions and methods for modulating DNA repair
EP1913149A4 (en) * 2005-07-26 2009-08-05 Sangamo Biosciences Inc TARGETED INTEGRATION AND EXPRESSION OF EXOGENOUS NUCLEIC ACID SEQUENCES
MX2009009071A (es) * 2007-03-02 2009-09-24 Danisco Cultivos con resistencia mejorada a fagos.
US8546553B2 (en) 2008-07-25 2013-10-01 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Prokaryotic RNAi-like system and methods of use
US20100076057A1 (en) 2008-09-23 2010-03-25 Northwestern University TARGET DNA INTERFERENCE WITH crRNA
WO2010054108A2 (en) 2008-11-06 2010-05-14 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Cas6 polypeptides and methods of use
EP3156494B8 (en) * 2008-12-04 2018-09-19 Sangamo Therapeutics, Inc. Genome editing in rats using zinc-finger nucleases
US8889394B2 (en) 2009-09-07 2014-11-18 Empire Technology Development Llc Multiple domain proteins
US10087431B2 (en) 2010-03-10 2018-10-02 The Regents Of The University Of California Methods of generating nucleic acid fragments
CA2798703A1 (en) 2010-05-10 2011-11-17 The Regents Of The University Of California Endoribonuclease compositions and methods of use thereof
AU2011256838B2 (en) 2010-05-17 2014-10-09 Sangamo Therapeutics, Inc. Novel DNA-binding proteins and uses thereof
US9405700B2 (en) 2010-11-04 2016-08-02 Sonics, Inc. Methods and apparatus for virtualization in an integrated circuit
JP5607827B2 (ja) 2011-05-30 2014-10-15 トヨタ自動車株式会社 高強度ポリプロピレン繊維及びその製造方法
US20140113376A1 (en) 2011-06-01 2014-04-24 Rotem Sorek Compositions and methods for downregulating prokaryotic genes
GB201122458D0 (en) 2011-12-30 2012-02-08 Univ Wageningen Modified cascade ribonucleoproteins and uses thereof
US9637739B2 (en) * 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
WO2013141680A1 (en) 2012-03-20 2013-09-26 Vilnius University RNA-DIRECTED DNA CLEAVAGE BY THE Cas9-crRNA COMPLEX
ES2728782T3 (es) * 2012-05-25 2019-10-28 Univ California Métodos y composiciones para la modificación de ADN objetivo dirigida por ARN y para la modulación de la transcripción dirigida por ARN
EP4397759A3 (en) * 2012-10-23 2024-10-09 Toolgen Incorporated Composition for cleaving a target dna comprising a guide rna specific for the target dna and cas protein-encoding nucleic acid or cas protein, and use thereof
DK3363902T3 (da) * 2012-12-06 2020-01-02 Sigma Aldrich Co Llc Crispr-baseret genommodifikation og -regulering
WO2014093479A1 (en) 2012-12-11 2014-06-19 Montana State University Crispr (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) rna-guided control of gene regulation
KR102955556B1 (ko) 2012-12-12 2026-04-22 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 서열 조작을 위한 crispr-cas 성분 시스템, 방법 및 조성물
MX380562B (es) * 2012-12-12 2025-03-12 Broad Inst Inc Modificaciones de sistemas, métodos y composiciones guía optimizadas para la manipulación de secuencias.
US8697359B1 (en) 2012-12-12 2014-04-15 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
SG10201707569YA (en) 2012-12-12 2017-10-30 Broad Inst Inc Delivery, Engineering and Optimization of Systems, Methods and Compositions for Sequence Manipulation and Therapeutic Applications
EP2931899A1 (en) 2012-12-12 2015-10-21 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, knock out libraries and applications thereof
PT2931898E (pt) 2012-12-12 2016-06-16 Harvard College Manipulação e otimização de sistemas, métodos e composições para manipulação de sequências com domínios funcionais
WO2014093694A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Crispr-cas nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation in eukaryotes
EP3064585B1 (en) 2012-12-12 2020-02-05 The Broad Institute, Inc. Engineering and optimization of improved systems, methods and enzyme compositions for sequence manipulation
WO2014093709A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for cas enzymes or crispr-cas systems for target sequences and conveying results thereof
CN105209621B (zh) 2012-12-12 2021-05-25 布罗德研究所有限公司 对用于序列操纵的改进的系统、方法和酶组合物进行的工程化和优化
IL308158A (en) 2012-12-17 2023-12-01 Harvard College Rna-guided human genome engineering
JP6244391B2 (ja) * 2016-03-17 2017-12-06 本田技研工業株式会社 車両

Also Published As

Publication number Publication date
CN106170549B (zh) 2020-02-21
US8945839B2 (en) 2015-02-03
US20140227787A1 (en) 2014-08-14
WO2014093661A3 (en) 2014-08-07
US20140170753A1 (en) 2014-06-19
PL2764103T3 (pl) 2016-05-31
AU2019201608A1 (en) 2019-04-04
CN106480080B (zh) 2020-02-28
JP2021104055A (ja) 2021-07-26
JP2019115348A (ja) 2019-07-18
AU2016244244B2 (en) 2018-12-13
JP6870015B2 (ja) 2021-05-12
JP2016171817A (ja) 2016-09-29
US20190153476A1 (en) 2019-05-23
EP2764103A2 (en) 2014-08-13
RU2687451C1 (ru) 2019-05-13
EP2764103B1 (en) 2015-08-19
JP2022113799A (ja) 2022-08-04
WO2014093661A9 (en) 2014-10-16
JP6545621B2 (ja) 2019-07-17
AU2016244244A1 (en) 2016-11-03
JP7090775B2 (ja) 2022-06-24
JP6723094B2 (ja) 2020-07-15
US20170175142A1 (en) 2017-06-22
CN118879746A (zh) 2024-11-01
JP2016500262A (ja) 2016-01-12
US20150203872A1 (en) 2015-07-23
AU2025202729A1 (en) 2025-05-08
DK2764103T3 (en) 2015-11-16
KR20150107739A (ko) 2015-09-23
US20150184139A1 (en) 2015-07-02
PT2764103E (pt) 2015-11-18
EP2998400A1 (en) 2016-03-23
JP7463436B2 (ja) 2024-04-08
US8771945B1 (en) 2014-07-08
JP2024088668A (ja) 2024-07-02
AU2022201052B2 (en) 2025-01-23
AU2025202729A9 (en) 2026-03-05
US8697359B1 (en) 2014-04-15
CA2894688A1 (en) 2014-06-19
AU2013359238A1 (en) 2015-07-30
CN106480080A (zh) 2017-03-08
AU2019201608B2 (en) 2021-12-09
US20160281072A1 (en) 2016-09-29
CN111187772A (zh) 2020-05-22
HK1201290A1 (en) 2015-08-28
AU2022201052A1 (en) 2022-03-10
CN106170549A (zh) 2016-11-30
BR112015013785A2 (pt) 2017-07-11
WO2014093661A2 (en) 2014-06-19
CN111187772B (zh) 2024-07-19
AU2013359238B2 (en) 2016-07-14
HK1216259A1 (en) 2016-10-28
RU2019112514A (ru) 2019-06-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20250250553A1 (en) Engineering of systems, methods and optimized guide compositions for sequence manipulation
US8945839B2 (en) CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products
EP3702463B1 (en) Engineering of systems, methods and optimized guide compositions for sequence manipulation
ES2635244T3 (es) Sistemas, métodos y composiciones de componentes de CRISPR-Cas para manipulación de secuencias
HK1209154B (en) Engineering of systems, methods and optimized guide compositions for sequence manipulation
HK1209153B (en) Engineering of systems, methods and optimized guide compositions for sequence manipulation
HK1201290B (en) Crispr-cas systems and methods for altering expression of gene products
HK1202586B (en) Engineering of systems, methods and optimized guide compositions for sequence manipulation