ES2953595T3 - Procedimientos diagnósticos y terapéuticos para el cáncer - Google Patents

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Abstract

La presente invención proporciona métodos de diagnóstico, métodos terapéuticos y composiciones para el tratamiento de cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR)), cáncer de pulmón (por ejemplo, cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC)), vejiga cáncer (por ejemplo, cáncer de vejiga urotelial (UBC)), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (HCC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, cáncer de mama triple negativo (TNBC))). La invención se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de que los niveles de expresión de uno o más biomarcadores descritos en el presente documento en una muestra de un individuo que tiene cáncer se pueden usar en métodos para predecir la eficacia terapéutica del tratamiento con un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (p. ej., bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (p. ej., un inhibidor de la tirosina quinasa de múltiples objetivos (p. ej., sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje PD-L1 (p. ej., un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, anticuerpo anti-PD-1)), o con un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (p. ej., un inhibidor de VEGFR (p. ej., un inhibidor de tirosina quinasa de múltiples objetivos (p. ej., sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))). (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN
Procedimientos diagnósticos y terapéuticos para el cáncer
Campo de la invención
La presente invención está dirigida a procedimientos diagnósticos y terapéuticos para el tratamiento del cáncer. También se proporcionan kits y ensayos relacionados.
Antecedentes de la invención
El cáncer sigue siendo una de las amenazas más mortales para la salud humana. En EE. UU., el cáncer afecta a casi 1,3 millones de pacientes nuevos cada año, y es la segunda causa principal de muerte después de cardiopatía, lo que representa aproximadamente 1 de cada 4 muertes. También se predice que el cáncer puede superar a las cardiovasculopatías como la principal causa de muerte en 5 años. Los tumores sólidos son responsables de la mayoría de esas muertes. Aunque han existido avances significativos en el tratamiento médico de determinados cánceres, la tasa de supervivencia global a 5 años para todos los cánceres ha mejorado solo aproximadamente en un 10 % en los últimos 20 años. Los tumores sólidos malignos, en particular, metastatizan y crecen rápidamente de manera incontrolada, lo que hace que su detección y tratamiento a tiempo sean extremadamente difíciles.
Los estudios en humanos con inhibidores de puntos de control inmunitarios han demostrado la expectativa de aprovechar el sistema inmunitario para controlar y erradicar el crecimiento tumoral. El receptor de muerte programada 1 (PD-1) y su ligando, el ligando de muerte programada 1 (PD-L1), son proteínas de puntos de control inmunitarios que se han implicado en la supresión de las respuestas del sistema inmunitario durante infecciones crónicas, embarazo, aloinjertos de tejido, enfermedades autoinmunitarias y cáncer. El PD-L1 regula la respuesta inmunitaria uniéndose al receptor inhibidor PD-1, que se expresa en la superficie de linfocitos T, linfocitos B y monocitos. El PD-L1 regula negativamente la función de los linfocitos T también a través de la interacción con otro receptor, B7-1. La formación de los complejos PD-L1/PD-1 y PD-L1/B7-1 regula negativamente la señalización del receptor de linfocitos T, lo que da como resultado la posterior regulación por disminución de la activación de linfocitos T y la supresión de la actividad inmunitaria antitumoral.
El documento WO 2016/200835 A1 divulga procedimientos para tratar o retrasar la progresión del cáncer en un individuo que comprenden administrar al individuo un anticuerpo agonista anti-OX40 humano y un anticuerpo anti-PDL1.
A pesar del avance significativo en el tratamiento del cáncer, todavía se están buscando procedimientos diagnósticos y tratamientos antineoplásicos mejorados.
Sumario de la invención
La presente invención, que se define en las reivindicaciones adjuntas, proporciona composiciones y procedimientos diagnósticos y terapéuticos para tratar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR)).
En un aspecto, la invención presenta un procedimiento para identificar a un individuo que tiene un carcinoma de células renales, que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab; en el que el individuo no ha sido tratado previamente para carcinoma de células renales y el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 en una muestra del individuo, en el que el nivel de expresión de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 en la muestra que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 identifica al individuo como alguien que se puede beneficiar del tratamiento con bevacizumab y atezolizumab.
El nivel de referencia de los genes se puede determinar a partir de una población de individuos que tienen un carcinoma de células renales. Opcionalmente, el nivel de referencia de los genes es una mediana de un nivel de expresión determinado en una población de pacientes que tienen cáncer de riñón. Además, opcionalmente, el nivel de referencia es una mediana de una puntuación Z del nivel de expresión normalizado de los genes.
El nivel de expresión puede ser un nivel de expresión de ácido nucleico. Opcionalmente, el nivel de expresión de ácido nucleico es un nivel de expresión de ARNm. Además, opcionalmente, el nivel de expresión de ARNm se determina mediante RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, RT-qPCR o qPCR múltiple, análisis de micromatrices, SAGE, técnica MassARRAY, ISH o una combinación de los mismos.
El nivel de expresión puede ser un nivel de expresión de proteína. Opcionalmente, el nivel de expresión de proteína se determina mediante inmunohistoquímica (IHQ), inmunoelectrotransferencia, ensayo de inmunoadsorción enzimática (ELISA), inmunoprecipitación, inmunofluorescencia, radioinmunoanálisis o espectrometría de masas. La muestra puede ser una muestra de tejido, una muestra de células, una muestra de sangre completa, una muestra de plasma, una muestra sérica o una combinación de las mismas. Opcionalmente, la muestra de tejido tumoral comprende células tumorales, células inmunitarias infiltrantes de tumor, células estromales o una combinación de las mismas. Además, opcionalmente, la muestra de tejido tumoral es una muestra fijada con formol e incluida en parafina (FFIP), una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada. El CCR puede ser un CCR metastásico (CCRm).
Se puede administrar atezolizumab y bevacizumab en combinación con un agente terapéutico adicional. Opcionalmente, el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos. El individuo puede ser un ser humano.
En otro aspecto, la invención presenta un tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para su uso en el tratamiento de un individuo que padece un carcinoma de células renales, que no ha sido tratado previamente para el carcinoma de células renales, en el que antes del tratamiento se ha determinado que el nivel de expresión de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 en una muestra del individuo está por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1.
En el tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para su uso de acuerdo con la invención, el nivel de referencia de los genes se puede determinar a partir de una población de individuos que tienen un carcinoma de células renales. Opcionalmente, el nivel de referencia de los genes es una mediana de un nivel de expresión determinado en una población de pacientes que tienen cáncer de riñón. Además, opcionalmente, el nivel de referencia es una mediana de una puntuación Z del nivel de expresión normalizado de los genes.
En el tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para su uso de acuerdo con la invención, el nivel de expresión puede ser un nivel de expresión de ácido nucleico. Opcionalmente, el nivel de expresión de ácido nucleico es un nivel de expresión de ARNm. Además, opcionalmente, el nivel de expresión de ARNm se determina mediante RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, RT-qPCR o qPCR múltiple, análisis de micromatrices, SAGE, técnica MassARRAY, ISH o una combinación de los mismos. El nivel de expresión puede ser un nivel de expresión de proteína. Opcionalmente, el nivel de expresión de proteína se determina mediante inmunohistoquímica (IHQ), inmunoelectrotransferencia, ensayo de inmunoadsorción enzimática (ELISA), inmunoprecipitación, inmunofluorescencia, radioinmunoanálisis o espectrometría de masas. La muestra puede ser una muestra de tejido, una muestra de células, una muestra de sangre completa, una muestra de plasma, una muestra sérica o una combinación de las mismas. Opcionalmente, la muestra de tejido tumoral comprende células tumorales, células inmunitarias infiltrantes de tumor, células estromales o una combinación de las mismas. Además, opcionalmente, la muestra de tejido tumoral es una muestra FFIP, una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada. El CCR puede ser un CCRm.
En el tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para su uso de acuerdo con la invención, atezolizumab y bevacizumab se pueden administrar en combinación con un agente terapéutico adicional. Opcionalmente, el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos. El individuo puede ser un ser humano.
Breve descripción de los dibujos
La FIG. 1 es un gráfico que muestra la carga tumoral a lo largo del tiempo entre pacientes con carcinoma de células renales (CCR) que reciben tratamiento combinado con atezolizumab y bevacizumab. Los puntos del gráfico muestran la reducción máxima a partir del valor de referencia en la suma del diámetro más largo (SDML) para las lesiones diana. RP, respuesta parcial; EP, enfermedad progresiva; EE, enfermedad estable.
La FIG. 2 es un gráfico que muestra la duración del tratamiento del estudio para cada paciente con CCR. El tiempo de la primera RP o RC se indica con un círculo; el tiempo de la primera EP se indica con un triángulo; la interrupción del tratamiento se indica con una barra negra; y los pacientes todavía en tratamiento en el momento del análisis se identifican con una flecha.
La FIG. 3 es un gráfico que muestra los niveles de expresión génica de biomarcadores tumorales después del tratamiento con bevacizumab ("Bev"). Los niveles de expresión de las muestras tumorales durante el tratamiento se muestran en relación con los niveles de expresión de referencia (pretratamiento). Los genes característicos vasculares (ANGPT2, CD34, DLL4, EGFL7 y ESM1) se muestran en negro, los genes de linfocitos T efectores CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, IFNG y Pr F1) se muestran en gris texturizado, las quimiocinas Th1 (CXCL10, CXCL11, CXCL13 y CXCL9) se muestran en blanco, y los genes de linfocitos citolíticos naturales (NK) (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) se muestran en gris liso.
La FIG. 4 es un gráfico que muestra los niveles de expresión génica de biomarcadores tumorales después del tratamiento combinado con atezolizumab y bevacizumab (“Bev+Atezo”). Los niveles de expresión de las muestras tumorales durante el tratamiento se muestran en relación con los niveles de expresión de referencia (pretratamiento). Los genes de firmas vasculares (ANGPT2, CD34, DLL4, EGFL7 y ESM1) se muestran en negro, los genes de linfocitos T efectores CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, IFNG y PRf 1) se muestran en gris texturizado, las quimiocinas Th1 (CXCL10, CXCL11, CXCL13 y CXCL9) se muestran en blanco, y los genes de células NK (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) se muestran en gris liso.
La FIG. 5 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de marcadores inmunitarios y vasculares en muestras tumorales del paciente 3, según lo evaluado mediante inmunohistoquímica (IHQ). CD31 se tiñe de gris oscuro (primera fila), CD8 se tiñe de gris oscuro (segunda fila), MHC-I se tiñe de gris oscuro (tercera fila) y PD-L1 se tiñe de gris oscuro (cuarta fila). Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al bevacizumab se muestran en la columna del medio y las muestras posteriores al bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha.
La FIG. 6 es una serie de gráficos que muestran la cuantificación de marcadores inmunitarios y vasculares en los puntos temporales indicados, según lo evaluado mediante IHQ. La expresión de CD31 se muestra en el panel superior, la expresión de CD8 se muestra en el panel central y la expresión de MHC-I se muestra en el panel inferior. Los valores de P se determinaron mediante la prueba de la t para datos emparejados. “VPOSVE” es una medida de la densidad vascular.
La FIG. 7 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de marcadores inmunitarios y vasculares de secciones en serie de muestras tumorales del paciente 3, según lo evaluado mediante IHQ. La primera fila muestra la expresión de CD34, alfa actina de músculo liso (aSMA) y podoplanina. La segunda fila muestra la expresión de CD8 y Ki67. La tercera fila muestra la expresión de CD68 y CD163. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al bevacizumab se muestran en la columna del medio y las muestras posteriores al bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha.
La FIG. 8 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de CD34 y aSMA en muestras tumorales, según lo evaluado mediante IHQ. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al bevacizumab se muestran en la columna del medio y las muestras posteriores al bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Se disponen las secciones de los pacientes 1-6 individuales en cada fila. También se indica la respuesta de cada paciente.
La FIG. 9 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de marcadores inmunitarios y vasculares de secciones en serie de tumores, según lo evaluado mediante IHQ. La primera fila muestra la expresión de CD34, aSMA y podoplanina. La segunda fila muestra la expresión de CD8 y Ki67. La tercera fila muestra la expresión de CD68 y CD163. Las muestras posteriores al bevacizumab se muestran en la columna de la izquierda y las muestras posteriores al bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha.
La FIG. 10 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de marcadores inmunitarios y vasculares de secciones en serie de tumores posteriores al bevacizumab+atezolizumab, según lo evaluado mediante IHQ. La imagen superior muestra la expresión de CD34, aSMA y podoplanina. La imagen central muestra la expresión de CD8 y Ki67. La imagen inferior muestra la expresión de CD68 y CD163.
La FIG. 11 es un gráfico que muestra la regulación por incremento de la expresión del transcrito de VEGF en tumores en respuesta al tratamiento con bevacizumab y bevacizumab+atezolizumab. La expresión se normaliza con respecto a la expresión de genes constitutivos (HK). Cada línea representa un paciente individual.
La FIG. 12 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de CD8 (teñido de gris oscuro) de secciones tumorales, según lo evaluado mediante IHQ. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al bevacizumab se muestran en la columna del medio y las muestras posteriores al bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Se disponen las secciones de los pacientes 1-6 individuales en cada fila. También se indica la respuesta de cada paciente.
La FIG. 13 es una serie de imágenes representativas que muestran la expresión de proteínas de CD8 y Ki67 de secciones tumorales, según lo evaluado mediante IHQ. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al bevacizumab se muestran en la columna del medio y las muestras posteriores al bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Se disponen las secciones de los pacientes 1-6 individuales en cada fila.
Las FIGS. 14A-14C son una serie de gráficos que muestran el número de células que expresan CD8 o tanto Ki67 como CD8 por milímetro cuadrado (mm2) de área tumoral para cada paciente en el punto temporal previo al tratamiento. La fig. 14A muestra los datos de los pacientes 1 y 2. La fig. 14B muestra los datos de los pacientes 3 y 4. La fig. 14C muestra los datos del paciente 5. También se indica la respuesta de cada paciente.
Las FIGS. 15A-15C son una serie de gráficos que muestran el número de células que expresan CD8 o tanto Ki67 como CD8 por mm2 de área tumoral para cada paciente en el punto temporal posterior al bevacizumab. La fig. 15A muestra los datos de los pacientes 1 y 2. La fig. 15B muestra los datos de los pacientes 3 y 5. La fig. 15C muestra los datos del paciente 6. También se indica la respuesta de cada paciente.
Las FIGS. 16A-16C son una serie de gráficos que muestran el número de células que expresan CD8 o tanto Ki67 como CD8 por mm2 de área tumoral para cada paciente en el punto temporal posterior al bevacizumab+atezolizumab. La fig. 16A muestra los datos de los pacientes 1 y 2. La fig. 16B muestra los datos de los pacientes 3 y 4. La fig. 16C muestra los datos de los pacientes 5 y 6. También se indica la respuesta de cada paciente.
Las FIGS. 17A y 17B son una serie de gráficas de citometría de flujo que muestran el porcentaje de células CD8+ en muestras tumorales que expresan CX3CR1. Las muestras previas al tratamiento se muestran en la columna de la izquierda, las muestras posteriores al bevacizumab se muestran en la columna del medio y las muestras posteriores al bevacizumab+atezolizumab se muestran en la columna de la derecha. Cada fila muestra los resultados de un paciente individual. La fig. 17A muestra los datos de los pacientes 2 y 3. La fig. 17B muestra los datos de los pacientes 5 y 6.
La FIG. 18 es un gráfico que muestra la expresión de CX3CR1 como porcentaje del total de células CD8+ (izquierda) y como porcentaje de linfocitos T específicos de antígeno tumoral (Dex-APC+) (derecha), basado en análisis de citometría de flujo.
La FIG. 19 es una serie de gráficas de citometría de flujo que muestran frecuencias representativas de linfocitos T específicos de antígeno en la sangre. Se muestran datos representativos de dos pacientes positivos para HLA-A2 con extracciones de sangre coincidentes con los puntos temporales de la biopsia del tumor.
La FIG. 20 es una serie de gráficos que muestran el cambio en la expresión de quimiocinas (CCL2, CCL5, CCR5, CX3CL1, CCR7 y CXCL10) en tumores en los puntos temporales indicados del tratamiento. La expresión se normalizó con respecto a la expresión de genes constitutivos (HK).
Las FIGS. 21A-21C son una serie de gráficos que muestran los resultados de la secuenciación de TCRp de linfocitos infiltrantes (LIT) antes y después del tratamiento en muestras tumorales del paciente 6. Se muestran los clones superiores (hasta 25) de cada grupo. La prevalencia de poblaciones de clones de TCRp con tendencia se muestra en las líneas más oscuras en las figs. 21A (panel inferior), 21B y 21C.
La FIG. 22 es un gráfico que muestra los resultados de la secuenciación de TCRp de los LIT del paciente 3 antes y después del tratamiento con bevacizumab+atezolizumab.
Las FIGS. 23A y 23B son una serie de gráficos que muestran los resultados de la secuenciación de TCRp de PBMC antes del tratamiento, leucocitos monomorfonucleares en sangre periférica (PBMC) posteriores al bevacizumab+atezolizumab y LIT posteriores al bevacizumab+atezolizumab de los pacientes 2, 3 y 6. La fig. 23A muestra los datos de los pacientes 2 y 3 y la fig. 23B muestra los datos del paciente 6. Se muestran los clones superiores (hasta 25) de cada grupo.
La FIG. 24 es una matriz cromática que muestra el número de clones específicos de antígenos víricos en la reserva de PBMC frente a la reserva de LIT en cada punto temporal del tratamiento de los pacientes 3 y 6.
La FIG. 25 es un gráfico que muestra la tasa de respuesta global (TRG) en relación con la supervivencia sin progresión (SSP) en los subgrupos de expresión génica indicados. Atezo, atezolizumab; atezo+bev; atezolizumab y bevacizumab. Ang indica VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34; Tef indica CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1.
La FIG. 26 es una matriz cromática que muestra un mapa transcriptómico de angiogénesis, genes inmunitarios y genes mieloides en tumores tipo CCR.
Las FIGS. 27A y 27B son una serie de gráficos que muestran que la adición de bevacizumab a atezolizumab se asoció con un beneficio mejorado de la SSP en el subgrupo de alta expresión de genes de linfocitos T efectores (Tef) y alta expresión de genes de inflamación mieloide (Mieloide) (fig. 27B), pero no en el subgrupo de alta expresión de genes Tef y baja expresión de genes mieloides (fig. 27A). Tef indica CD8A, EOMES, PRFl, IFNG y PD-L1. Mieloide indica IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2. Alta: > mediana de expresión, Baja: ≤ mediana de expresión.
La FIG. 28 es un gráfico que muestra que los genes mieloides (IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2), independientemente de los genes Tef, se asociaron con un resultado de SSP relativamente peor al comparar pacientes Mieloide alto con respecto a pacientes Mieloide bajo dentro del grupo de Atezo+Bev del estudio descrito en el ejemplo 5. Cuando se comparó con sunitinib (Sun), Atezo+Bev no fue diferente de Sun en la población Mieloide alto, pero Atezo+Bev demostró un beneficio mejorado en la SSP en la población Mieloide bajo. Alta: > mediana de expresión, Baja: ≤ mediana de expresión.
Las FIGS. 29A y 29B son una serie de gráficos que muestran que atezolizumab+bevacizumab demostró una SSP mejorada en comparación con sunitinib en el subgrupo Angiogénesis baja (fig. 29A), mientras que el tratamiento con sunitinib demostró una SSP mejorada en el subgrupo Angiogénesis alta (fig. 29B). Se muestra la SSP de pacientes con expresión alta (> mediana de expresión) o baja (≤ mediana de expresión) de genes de angiogénesis (VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34) para los grupos de tratamiento indicados.
Las FIGS. 30A-30C son una serie de gráficos que muestran que el tratamiento con sunitinib demostró una SSP mejorada en el subconjunto Angiogénesis alta en comparación con el subconjunto Angiogénesis baja. La SSP de los pacientes de los grupos de tratamiento con sunitinib (fig. 30A), atezolizumab+bevacizumab (fig. 30B) y atezolizumab (fig. 30C) se evaluó para los subgrupos de pacientes con expresión alta (> mediana de expresión) o baja (≤ mediana de expresión) de genes de angiogénesis (VEGFA, KDR, ESM1, Pe Ca MI, ANGPTL4 y CD34). Las tablas debajo del gráfico muestran el cociente de riesgos instantáneos (CRI) y el intervalo de confianza del 95 % (IC del 95 %).
Las FIGS. 31A y 31B son una serie de gráficos que muestran que atezolizumab+bevacizumab demostró una SSP mejorada en comparación con sunitinib en el subconjunto Tef alta. Se muestra la SSP de pacientes con expresión alta (> mediana de expresión) (fig. 31A) o baja (≤ mediana de expresión) (fig. 31B) de los genes Tef (CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1) para los grupos de tratamiento indicados.
Las FIGS. 32A-32C son una serie de gráficos que muestran que atezolizumab+bevacizumab demostró una SSP mejorada en el subgrupo Tef alta en comparación con el subgrupo Tef baja. La SSP de los pacientes de los grupos de tratamiento con sunitinib (fig. 32A), atezolizumab+bevacizumab (fig. 32B) y atezolizumab (fig. 32C) se evaluó para los subgrupos de pacientes con expresión alta (> mediana de expresión) o baja (≤ mediana de expresión) de genes Tef (CD8A, Eo Me S, ESM1, PRFl, IFNG y PD-L1). Las tablas debajo del gráfico muestran el cociente de riesgos instantáneos (CRI) y el intervalo de confianza del 95 % (IC del 95 %).
La FIG. 33 es un diagrama esquemático que muestra un diagrama de flujo de pacientes aleatorizados a uno de los tres grupos de tratamiento en el ensayo IMmotion150: sunitinib, monoterapia con atezolizumab o atezolizumab+bevacizumab en combinación. Un paciente en el grupo de sunitinib no recibió el fármaco del estudio debido a la retirada del consentimiento y se excluyó del análisis de seguridad.
Las FIGS. 34A-34C son una serie de gráficos que muestran la eficacia positiva evaluada por un comité de revisión independiente (IRF) asociada con atezolizumab+bevacizumab en pacientes con CCRm con CI PD-L1+. Las curvas de Kaplan-Meier representan la mediana de SSP evaluada por el IRF en los grupos de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab, monoterapia con atezolizumab y sunitinib en la población ITT (fig. 34A) y la población de PD-L1+ (>1 % de expresión de PD-L1 en CI mediante IHQ) (fig. 34B) a lo largo de 33 meses. Los datos censurados se indican mediante marcas de verificación verticales en las curvas de Kaplan-Meier. Tasa de respuesta objetiva (TRG) según lo representado por la respuesta parcial (RP) y la respuesta completa (RC) de las poblaciones ITT y PD-L1+ para cada grupo de tratamiento (fig. 34C).
Las FIGS. 35A y 35B son una serie de gráficos que muestran la SSP evaluada por el investigador (INV) asociada con atezolizumab+bevacizumab en pacientes con CCRm con CI PD-L1+. Las curvas de Kaplan-Meier representan la mediana de SSP evaluada por el INV en los grupos de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab, monoterapia con atezolizumab y sunitinib en la población ITT (fig. 35A) y la población de PD-L1+ (>1 % de expresión de PD-L1 en CI mediante iHq ) (fig. 35B) a lo largo de 33 meses. Los datos censurados se indican mediante marcas de verificación verticales en las curvas de Kaplan-Meier.
Las FIGS. 36A y 36B son una serie de diagramas de bosque que muestran los cocientes de riesgos instantáneos (CRI) de SSP evaluados por el IRF en subgrupos clave. Se muestran diagramas de bosque que representan la mediana de SSP con respecto a los CRI del sunitinib en subgrupos de pacientes específicos para atezolizumab+bevacizumab (fig. 36A) y monoterapia con atezolizumab (fig. 36B). Los análisis no se estratificaron.
Las FIGS. 37A y 37B son una serie de gráficos que muestran acontecimientos adversos (AA) con una diferencia de frecuencia de > 5 % entre los grupos tratados con atezolizumab+bevacizumab con respecto a los tratados con sunitinib (fig. 37A) y una frecuencia de > 20 % dentro de las poblaciones tratadas con atezolizumab con respecto a las tratadas con sunitinib (fig. 37B).
La FIG. 38A es una matriz cromática que muestra la expresión de genes de interés (filas) en 263 tumores pretratamiento (columnas). Los recuentos normalizados de genes relacionados con la angiogénesis, la presentación inmunitaria y antigénica y la inflamación mieloide se transformaron en puntuación Z antes de la visualización. Las anotaciones de muestra incluyen el estado IHQ de PD-L1 para las células inmunitarias (CI) infiltrantes de tumores, la presencia de rasgos característicos sarcomatoides, la puntuación MSKCC y el estadio del tumor.
La FIG. 38B es un gráfico que muestra que la intensidad media de tinción IHQ de CD31 es mayor en la población Angioalto que en la población Angiobajo (prueba de la t bilateral, P = 4,19 x 10-21). El número de muestras por grupo se indica encima del gráfico.
Las FIGS. 38C y 38D son una serie de gráficos que muestran que las puntuaciones de firmas de Tef se asocian con los niveles de expresión de la proteína PD-L1 en CI mediante IHQ (fig. 38C; prueba de Wald, P = 3,26 x 10-20) y la expresión de la proteína CD8A intratumoral mediante IHQ (fig. 38D; prueba de la t bilateral, P = 1,26 x 10-28). El número de muestras por grupo se indica encima de cada gráfico.
La FIG. 38E es un gráfico que muestra la TRG (RP RC) en las poblaciones Angioalto y Angiobajo para cada grupo de tratamiento. Las barras de error representan los IC del 95 % para la TRG.
La FIG. 38F es un gráfico que muestra diagramas de bosque de los CRI e IC de SSP para poblaciones Angioalto con respecto a Angiobajo dentro de cada grupo de tratamiento.
Las FIGS. 38G y 38H son una serie de gráficos que muestran curvas de Kaplan-Meier que muestran la probabilidad de SSP en los grupos de tratamiento en los subgrupos Angiobajo (fig. 38G) y Angioalto (fig. 38H); el c Ri se calcula con respecto al sunitinib.
La FIG. 38I es un gráfico que muestra la TRG (RP RC) en las poblaciones Tefalto y Tefbajo para cada grupo de tratamiento. Las barras de error representan los IC del 95 % para la TRG.
La FIG. 38J es un gráfico que muestra diagramas de bosque de los CRI e IC de SSP para poblaciones Tefalto con respecto a Tefbajo dentro de cada grupo de tratamiento.
Las FIGS.38K y 38L son una serie de gráficos que muestran curvas de Kaplan-Meier que muestran la probabilidad de SSP en los grupos de tratamiento en los subgrupos Tefbajo (fig. 38K) y Tefalto (fig. 38L); el CRI se calcula con respecto al sunitinib.
Las FIGS.38M y 38N son una serie de gráficos que muestran curvas de Kaplan-Meier que muestran la probabilidad de SSP en los subgrupos Tef alto Mieloidebajo (fig. 38N) y Tef alto Mieloidealto (fig. 38N); el CRI se calcula con respecto a la monoterapia con atezolizumab. Los datos censurados se indican mediante marcas de verificación verticales en las curvas de Kaplan-Meier. Todos los valores de CRI e IC para la SSP se extrajeron de los modelos de regresión de riesgos proporcionales de Cox; se indica la mediana del tiempo de supervivencia por grupo.
Descripción detallada
La presente invención proporciona procedimientos y ensayos diagnósticos, procedimientos y usos terapéuticos y composiciones para el tratamiento del cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR))). La invención se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de que el nivel de expresión de uno o más genes (por ejemplo, CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1) en una muestra obtenida de un individuo que tiene cáncer, un carcinoma de células renales (CCR), se puede usar como biomarcador (por ejemplo, un biomarcador predictivo) en procedimientos para identificar si es probable que el individuo responda al tratamiento que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A); seleccionar un tratamiento para tratar al individuo; optimizar la eficacia terapéutica de un tratamiento que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1; y/o monitorizar la respuesta del individuo a un tratamiento que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1. La invención también proporciona procedimientos para tratar a un individuo que tiene un carcinoma de células renales (CCR) mediante la administración de un tratamiento antineoplásico que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A).
I. Definiciones
Se debe entender que los aspectos y los aspectos de la divulgación de la invención descrita en el presente documento incluyen "que comprende", "que consiste" y "que consiste esencialmente en" aspectos y aspectos de la divulgación. Como se usa en el presente documento, la forma singular "un", "un/a" y "el/la" incluye las referencias en plural a menos que se indique de otro modo.
El término "aproximadamente" como se usa en el presente documento se refiere al intervalo de error normal para el valor respectivo fácilmente conocido para el experto en la técnica en este campo técnico. La referencia a "aproximadamente" un valor o parámetro en el presente documento incluye (y describe) aspectos de la divulgación que se refieren a ese valor o parámetro per se.
Como se usa en el presente documento, los términos "individuo", "paciente" o "sujeto" se usan de manera intercambiable y se refieren a cualquier animal individual, más preferentemente un mamífero (incluyendo animales no humanos como, por ejemplo, gatos, perros, caballos, conejos, animales de zoológico, vacas, cerdos, ovejas y primates no humanos) para los que se desea el tratamiento. En aspectos particulares de la divulgación, el paciente en el presente documento es un ser humano. El paciente puede ser un "paciente con cáncer", es decir, uno que padece cáncer o está en riesgo de padecer cáncer, o que padece de uno o más síntomas de cáncer.
Los términos "cáncer" y "canceroso" se refieren a o describen la afección fisiológica en los mamíferos que se caracteriza típicamente por un crecimiento celular no regulado. Los ejemplos de cáncer incluyen pero no se limitan a carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma y leucemia o neoplasias malignas linfáticas. Ejemplos más particulares de dichos cánceres incluyen, pero no se limitan a, cáncer de riñón o renal (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR)), cáncer de pulmón, incluyendo carcinoma de pulmón microcítico, carcinoma de pulmón no microcítico, adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón; cáncer de vejiga (por ejemplo, cáncer de vejiga urotelial (CVU), cáncer de vejiga músculo-invasivo (CVMI) y cáncer de vejiga no músculo-invasivo (CVNMI) insensible a BCG); cáncer de las vías urinarias; cáncer de mama (por ejemplo, cáncer de mama HER2+ y cáncer de mama triple negativo (CMTN), que son negativos para receptores estrogénicos (ER-), receptores progesterónicos (PR-) y HER2 (HER2-)); cáncer de próstata, tal como cáncer de próstata resistente a la castración (CPRC); cáncer del peritoneo; cáncer hepatocelular; cáncer gástrico o de estómago, incluyendo cáncer gastrointestinal y cáncer del estroma gastrointestinal; cáncer de páncreas; glioblastoma; cáncer cervical; cáncer de ovario; cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)); hepatoma; cáncer de colon; cáncer rectal; cáncer colorrectal; carcinoma endometrial o uterino; carcinoma de glándulas salivales; cáncer de próstata; cáncer de vulva; cáncer tiroideo; carcinoma hepático; carcinoma anal; carcinoma peneano; melanoma, incluyendo melanoma de diseminación superficial; melanoma sobre lentigo maligno; melanomas lentiginosos acrales y melanomas nodulares; mieloma múltiple y linfoma de linfocitos B (incluyendo linfoma no hodgkiniano (LNH) de bajo grado/folicular; LNH linfocítico pequeño (LP); LNH de grado intermedio/folicular; LNH difuso de grado intermedio; LNH inmunoblástico de grado alto; LNH linfoblástico de grado alto; LNH de células pequeñas no escindidas de grado alto; LNH con gran masa tumoral; linfoma de células del manto; linfoma relacionado con el SIDA; y macroglobulinemia de Waldenstrom); leucemia linfocítica crónica (LLC); leucemia linfoblástica aguda (LLA); leucemia mielógena aguda (LMA); leucemia de células pilosas; leucemia mieloblástica crónica (LMC); trastorno linfoproliferativo postrasplante (TLPT); y síndromes mielodisplásicos (SMD), así como proliferación vascular anómala asociada con facomatosis, edema (tal como el asociado con tumores cerebrales), síndrome de Meigs, cáncer cerebral, cáncer de cabeza y cuello y metástasis asociadas. En algunos aspectos de la divulgación, el cáncer es cáncer de riñón. En modos de realización particulares, el cáncer de riñón es CCR (por ejemplo, CCR avanzado o CCR metastásico (CCRm), incluyendo c Cr no tratado previamente).
Por "cáncer en fase precoz" o "tumor en fase precoz" se quiere decir un cáncer que no es invasivo ni metastásico o se clasifica como un cáncer en estadio 0, I o II.
Un cáncer "avanzado" es aquel que se ha diseminado fuera del sitio u órgano de origen, ya sea por invasión local o metástasis.
Un cáncer "resistente al tratamiento" es aquel que progresa a pesar de que se esté administrando un agente antitumoral, tal como un agente quimioterápico, al paciente con cáncer. Un ejemplo de un cáncer resistente al tratamiento es uno que es resistente al tratamiento con platino.
Un cáncer "recidivante" es aquel que ha vuelto a crecer, en el sitio inicial o bien en un sitio distante, después de una respuesta al tratamiento inicial.
Los términos "trastorno proliferativo celular" y "trastorno proliferativo" se refieren a trastornos que se asocian con algún grado de proliferación celular anómala. En un aspecto de la divulgación, el trastorno proliferativo celular es cáncer.
El término "tumor", como se usa en el presente documento, se refiere a todo crecimiento y proliferación de células neoplásicas, ya sea maligno o benigno, y a todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos.
Los términos "cáncer", "canceroso", "trastorno proliferativo celular", "trastorno proliferativo" y "tumor" no son mutuamente excluyentes como se hace referencia en el presente documento.
Un "trastorno" es cualquier afección que se beneficiaría del tratamiento, incluyendo, pero sin limitarse a, trastornos o enfermedades crónicas y agudas, incluyendo aquellas afecciones patológicas que predisponen al mamífero al trastorno en cuestión.
El término "detección" incluye cualquier medio de detección, incluyendo detección directa e indirecta.
El término "muestra", como se usa en el presente documento, se refiere a una composición que se obtiene o deriva de un paciente y/o individuo de interés que contiene una entidad celular y/u otra entidad molecular que se debe caracterizar y/o identificar, por ejemplo, en base a características físicas, bioquímicas, químicas y/o fisiológicas. Las muestras incluyen, pero no se limitan a, muestras tisulares, líneas celulares o células primarias o cultivadas, sobrenadantes celulares, lisados celulares, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido sinovial, líquido folicular, semen, líquido amniótico, leche, sangre completa, células derivadas de sangre, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudor, moco, lisados tumorales y medio de cultivo tisular, extractos tisulares tales como tejido homogeneizado, tejido tumoral, extractos celulares y combinaciones de los mismos.
Como se usa en el presente documento, las expresiones "célula", "línea celular" y "cultivo celular" se usan de manera intercambiable y dichas designaciones incluyen la descendencia. Por tanto, las palabras "transformantes" y "células transformadas" incluyen la célula objeto primaria y los cultivos derivados de la misma, sin tener en cuenta el número de transferencias. También se entiende que toda la descendencia puede que no sea precisamente idéntica en contenido de ADN, debido a mutaciones deliberadas o accidentales. Se incluye la descendencia mutante que tiene la misma función o actividad biológica que la cribada en la célula transformada originalmente. Si se pretenden designaciones distintas, esto quedará claro a partir del contexto.
Los términos "biomarcador" y "marcador" se usan de manera intercambiable en el presente documento para referirse a un marcador molecular basado en ADN, ARN, proteína, carbohidrato, glicolípido o células, cuya expresión o presencia en la muestra de un paciente se puede detectar mediante procedimientos estándar (o procedimientos divulgados en el presente documento). Dichos biomarcadores incluyen, pero no se limitan a, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9. Se puede determinar que la expresión de dicho biomarcador es mayor o menor en una muestra obtenida de un paciente sensible o que responde a un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1, o un tratamiento con un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana) que un nivel de referencia (incluyendo, por ejemplo, la mediana del nivel de expresión del biomarcador en una muestra de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer, y cuya reactividad a un tratamiento se está evaluando; la mediana del nivel de expresión del biomarcador en una muestra de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer e identificados como que no responden a un tratamiento; el nivel en una muestra obtenida previamente del individuo en un punto temporal anterior; o el nivel en una muestra de un paciente que recibió tratamiento previo (por ejemplo, con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de v Eg F y un antagonista de unión al eje PD-L1, o un tratamiento con un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana) en un entorno del tumor primario, y que ahora puede estar experimentando metástasis).
El término "CD8A", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CD8A natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CD8A sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CD8A que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CD8A, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CD8A humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 1. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CD8A humano se muestra en la SEQ ID NO: 2.
El término "EOMES", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier EOMES natural (Eomesodermina) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba EOMES sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de EOMES que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de EOMES, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una EOMES humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 3. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por EOMES humana se muestra en la SEQ ID NO: 4.
El término "GZMA", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier GZMA (Granzima A) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba GZMA sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de GZMA que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de GZMA, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una GZMA humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 51. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por GZMa humana se muestra en la SEQ ID NO: 52.
El término "GZMB", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier GZMB (Granzima B) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba GZMB sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de GZMB que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de GZMB, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una GZMB humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 53. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por GZMb humana se muestra en la SEQ ID NO: 54.
El término "PRF1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier PRF1 (Perforina 1; también conocida como proteína formadora de poros) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba PRF1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de PRF1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de PRF1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una PRF1 humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 5. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por p RF1 humana se muestra en la SEQ ID NO: 6.
El término "IFNG", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier IFNG (Interferón, Gamma) natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba IFNG sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de IFNg que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de IFNG, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un IFNG humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 7. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por IFNG humano se muestra en la SEQ ID NO: 8.
Los términos "ligando de muerte programada 1" y "PD-L1" se refieren en el presente documento a un polipéptido PD-L1 de secuencia natural, variantes del polipéptido y fragmentos de un polipéptido de secuencia natural y variantes del polipéptido (que se definen además en el presente documento). El polipéptido PD-L1 descrito en el presente documento puede ser el que se aísla de una variedad de fuentes, tales como de tipos de tejido humano o de otra fuente, o se prepara por procedimientos recombinantes o sintéticos.
Un "polipéptido PD-L1 de secuencia natural" comprende un polipéptido que tiene la misma secuencia de aminoácidos que el polipéptido PD-L1 correspondiente derivado de la naturaleza. El término engloba PD-L1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de IFNG que resulta del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de IFNG, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas.
Una "variante del polipéptido PD-L1", o variaciones del mismo, quiere decir un polipéptido PD-L1, en general un polipéptido PD-L1 activo, como se define en el presente documento, que tiene al menos aproximadamente un 80 % de identidad de secuencia de aminoácidos con cualquiera de las secuencias del polipéptido PD-L1 de secuencia natural como se divulga en el presente documento. Dichas variantes del polipéptido PD-L1 incluyen, por ejemplo, polipéptidos PD-L1 en los que uno o más residuos aminoacídicos se añaden o se delecionan en el extremo N o C de una secuencia de aminoácidos natural. Habitualmente, una variante del polipéptido PD-L1 tendrá al menos aproximadamente un 80 % de identidad de secuencia de aminoácidos, de forma alternativa, al menos aproximadamente un 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia de aminoácidos, con una secuencia del polipéptido PD-L1 de secuencia natural como se divulga en el presente documento. Habitualmente, las variantes del polipéptido PD-L1 tienen al menos aproximadamente 10 aminoácidos de longitud, de forma alternativa, al menos aproximadamente 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288 o 289 aminoácidos de longitud, o más. Opcionalmente, las variantes del polipéptido PD-L1 no tendrán más de una sustitución aminoacídica conservadora en comparación con una secuencia del polipéptido PD-L1 natural, de forma alternativa, no más de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 sustituciones aminoacídicas conservadoras en comparación con la secuencia del polipéptido PD-L1 natural.
El término "factor de crecimiento endotelial vascular" o "VEGF" se refiere a la proteína A del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGFA), según lo ejemplifica el número de acceso de Swiss Prot P15692, identidad génica (NCBI): 7422. El término "VEGF" engloba la proteína que tiene la secuencia de aminoácidos con número de acceso de Swiss Prot P15692, identidad génica (NCBI): 7422, así como los homólogos e isoformas de la misma. El término "VEGF" también engloba las isoformas conocidas, por ejemplo, isoformas de empalme, de VEGF, por ejemplo, VEGF111, VEGF121, VEGF145, VEGF165, VEGF189 y VEGF206, conjuntamente con las formas alélicas y procesadas naturales del mismo, incluyendo el factor de crecimiento de células endoteliales vasculares humanas de 110 aminoácidos generado por escisión con plasmina de VEGF165 como se describe en Ferrara Mol. Biol. Cell. 21:687, 2010; Leung et al., Science, 246:1306. 1989; y Houck et al., Mol. Endocrin., 5:1806, 1991. El término "VEGF" también se refiere a VEGF de especies no humanas, tales como ratón, rata o primate. A veces, el VEGF de una especie específica se indica con términos tales como hVEGF para VEGF humano o mVEGF para VEGF murino, y similares. El término "VEGF" también se usa para referirse a formas truncadas del polipéptido que comprenden los aminoácidos 8 a 109 o 1 a 109 del factor de crecimiento de células endoteliales vasculares humano de 165 aminoácidos. La referencia a cualquiera de dichas formas de VEGF se puede identificar en la presente solicitud, por ejemplo, por "VEGF109", "VEGF (8-109)", "VEGF (1-109)" o "VEGF165". Las posiciones de aminoácidos para un VEGF natural "truncado" se numeran como se indica en la secuencia de VEGF natural. Por ejemplo, la posición aminoacídica 17 (metionina) en VEGF natural truncado también es la posición 17 (metionina) en VEGF natural. El VEGF natural truncado tiene afinidad de unión por los receptores KDR y Flt-1 comparable al VEGF natural. El término "variante de VEGF", como se usa en el presente documento, se refiere a un polipéptido de VEGF que incluye una o más mutaciones aminoacídicas en la secuencia de VEGF natural. Opcionalmente, la una o más mutaciones aminoacídicas incluyen sustitución/sustituciones aminoacídica(s). Con el propósito de designación abreviada de variantes de VEGF descritas en el presente documento, cabe señalar que los números se refieren a la posición del residuo aminoacídico a lo largo de la secuencia de aminoácidos del supuesto VEGF natural (proporcionada en Leung et al., supra y Houck et al., supra). A menos que se especifique de otro modo, el término "VEGF" como se usa en el presente documento indica VEGF-A.
El término "receptor de dominio de inserción de cinasa" o "KDR", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier KDR natural (también conocido en la técnica como cinasa de hígado fetal 1 (FLK1) o receptor del factor de crecimiento endotelial vascular 2 (VEGFR2)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba KDR sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de KDR que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de KDR, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un KDR humano ejemplar se presenta en la s Eq ID NO: 9. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por KDR humano se muestra en la SEQ ID NO: 10.
El término "molécula específica de célula endotelial 1" o "ESM1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier ESM1 natural (también conocida en la técnica como endocán) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba ESM1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de ESM1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de ESM1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una ESM1 humana ejemplar se presenta en la s Eq ID NO: 11. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por ESM1 humana se muestra en la SEQ ID NO: 12.
El término "molécula de adhesión de plaquetas y células endoteliales 1" o "PECAM1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier PECa M1 natural (también conocida en la técnica como CD31, endoCAM, GPIIA o PECA1) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba PECAM1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de PECAM1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de PECAM1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una PECAM1 humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 13. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por PECAM1 humana se muestra en la SEQ ID NO: 14.
El término "FLT1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier FLT1 natural (también conocido en la técnica como receptor del factor de crecimiento endotelial vascular 1 (VEGFR1) o tirosina cinasa 1 relacionada con fms) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba FLT1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de FLT1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de FLT1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un FLT1 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 55. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por FLT1 humano se muestra en la SEQ ID NO: 56.
El término "proteína similar a angiopoyetina 4" o "ANGPTL4", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier ANGPTL4 natural (también conocida en la técnica como fibrinógeno hepático/proteína relacionada con la angiopoyetina (HFARP), receptor activado por el proliferador de peroxisomas (PPAR) gamma, proteína relacionada con la angiopoyetina hepática (HARP), proteína relacionada con la angiopoyetina 4 (Arp4) o factor adiposo inducido por ayuno (FIAF)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba ANGPTL4 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de ANGPTL4 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de ANGPTL4, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una ANGPTL4 humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 15. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por ANGPTL4 humana se muestra en la SEQ ID NO: 16.
El término "CD34", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CD34 natural (también conocido en la técnica como molécula CD34 o antígeno CD34) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CD34 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CD34 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CD34, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CD34 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 17. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por c D34 humano se muestra en la SEQ ID NO: 18.
El término "interleucina 6" o "IL6", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier IL6 natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba IL6 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de IL6 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de IL6, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una IL6 humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 19. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por IL6 humana se muestra en la SEQ ID NO: 20.
El término "CXCL1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL1 natural (ligando 1 de quimiocina (motivo C-X-C); también conocido como GRO1 o proteína activadora de neutrófilos 3 (NAP-3)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCL1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL1 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 21. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL1 humano se muestra en la SEQ ID NO: 22.
El término "CXCL2", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL2 natural (ligando 2 de quimiocina (motivo C-X-C); también conocido como proteína inflamatoria de macrófagos 2-alfa (MlP2-alfa)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCL2 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL2 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL2, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL2 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 23. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL2 humano se muestra en la SEQ ID NO: 24.
El término "CXCL3", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL3 natural (ligando 3 de quimiocina (motivo C-X-C); también conocido como proteína inflamatoria de macrófagos 2-beta (MlP2-beta)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCL3 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL3 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL3, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL3 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 25. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL3 humano se muestra en la SEQ ID NO: 26.
El término "CXCL8", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL8 natural (ligando 8 de quimiocina (motivo C-X-C); también conocido como interleucina 8 (IL8)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCL8 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL8 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL8, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL8 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 27. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL8 humano se muestra en la SEQ ID NO: 28.
El término "PTGS2", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier PTGS2 natural (prostaglandinaendoperóxido sintasa 2; también conocida como ciclooxigenasa-2 (COX-2)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba PTGS2 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de PTGS2 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de PTGS2, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una PTGS2 humana ejemplar se presenta en la s Eq ID NO: 29. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por PTGS2 humana se muestra en la SEQ ID NO: 30.
El término "CXCR1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCR1 natural (receptor 1 de quimiocina de motivo C-X-C; también conocido como receptor de interleucina 8, alfa, IL8RA y CD181) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCR1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCR1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCR1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCR1 humano ejemplar se presenta en la s Eq ID NO: 75. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCR1 humano se muestra en la SEQ ID NO: 76.
El término "CXCR2", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCR2 natural (receptor 2 de quimiocina de motivo C-X-C; también conocido como receptor de interleucina 8, beta, IL8RB y CD182) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCR2 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCR2 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCR2, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCR2 humano ejemplar se presenta en la s Eq ID NO: 77. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCR2 humano se muestra en la SEQ ID NO: 78.
El término "S100A8", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier S100A8 natural (proteína A8 fijadora de calcio S100; también conocida como calgranulina A) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. S100A8 puede formar un heterodímero con S100A9 llamado calprotectina. El término engloba S100A8 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de S100A8 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de S100A8, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una S100A8 humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 79. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por S100A8 humana se muestra en la SEQ ID NO: 80.
El término "S100A9", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier S100A9 natural (proteína A9 fijadora de calcio S100; también conocida como calgranulina B y proteína 14 relacionada con el factor inhibidor de la migración (MRP14)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba S100A9 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de S100A9 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de S100A9, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de una S100A9 humana ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 81. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por S100A9 humana se muestra en la SEQ ID NO: 82.
El término "CXCL9", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL9 natural (ligando 9 de quimiocina (motivo C-X-C)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCL9 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL9 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL9, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL9 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 57. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL9 humano se muestra en la SEQ ID NO: 58.
El término "CXCL10", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL10 natural (ligando 10 de quimiocina (motivo C-X-C)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCL10 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL10 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL10, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL10 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 59. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL10 humano se muestra en la SEQ ID NO: 60.
El término "CXCL11", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CXCL11 natural (ligando 11 de quimiocina (motivo C-X-C)) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CXCL11 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL11 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CXCL11, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL11 humano ejemplar se presenta en la SEQ ID NO: 61. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CXCL11 humano se muestra en la SEQ ID NO: 62.
El término "CD27", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CD27 natural (también conocido en la técnica como receptor de CD27L o TNFRSF7) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CD27 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CD27 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CD27, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de un CD27 humano ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 31. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CD27 humano se muestra en la SEQ ID NO: 32.
El término "FOXP3", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier FOXP3 natural (Forkhead Box P3, también conocido en la técnica como escurfina) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba FOXP3 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de FOXP3 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de FOXP3, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de una FOXP3 humana ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 33. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por FOXP3 humana se muestra en la SEQ ID NO: 34.
El término "PD-1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier PD-1 natural (también conocido como PDCD1, proteína 1 de muerte celular programada o CD279) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba PD-1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de PD-1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de PD-1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de una PD-1 humana ejemplar se enumera en la SEQ Id NO: 35. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por PD-1 humana se muestra en la SEQ ID NO: 36.
El término "CTLA4", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier CTLA4 natural (proteína 4 asociada a linfocitos T citotóxicos, también conocido en la técnica como CD152) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba CTLA4 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CTLA4 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de CTLA4, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de una CTLA4 humana ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 37. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por CTLA4 humana se muestra en la SEQ ID NO: 38.
El término "TIGIT", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier TIGIT natural (inmunorreceptor de linfocitos T con dominios Ig e ITIM) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba TIGIT sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de TIGIT que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de TIGIT, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de un TIGIT humano ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 39. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por TIGIT humano se muestra en la SEQ ID NO: 40.
El término "IDO1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier IDO1 natural (indolamina 2,3-dioxigenasa 1) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba IDO1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de IDO1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de IDO1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de una IDO1 humana ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 41. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por IDO1 humana se muestra en la SEQ ID NO: 42.
El término "PSMB8", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier PSMB8 natural (subunidad beta tipo 8 de proteasoma) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba PSMB8 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de PSMB8 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de PSMB8, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de una PSMB8 humana ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 43. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por p Sm B8 humana se muestra en la SEQ ID NO: 44.
El término "PSMB9", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier PSMB9 natural (subunidad beta tipo 9 de proteasoma) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba PSMB9 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de PSMB9 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de PSMB9, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de una PSMB9 humana ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 45. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por p Sm B9 humana se muestra en la SEQ ID NO: 46.
El término "TAP1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier TAP1 natural (transportador asociado con el procesamiento de antígenos 1; también conocido en la técnica como transportador de péptidos antigénicos 1) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba TAP1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de TAP1 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de TAP1, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de un TAP1 humano ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 47. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por TAP1 humano se muestra en la SEQ ID NO: 48.
El término "TAP2", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier TAP2 natural (transportador de péptidos antigénicos 2) de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique de otro modo. El término engloba TAP2 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de TAP2 que resulte del procesamiento en la célula. El término también engloba variantes naturales de TAP2, por ejemplo, variantes de empalme o variantes alélicas. La secuencia de aminoácidos de un TAP2 humano ejemplar se enumera en la SEQ ID NO: 49. La secuencia de aminoácidos de una proteína ejemplar codificada por TAP2 humano se muestra en la SEQ ID NO: 50.
En general, el término "nivel de expresión" se usa de manera intercambiable y se refiere en general a la cantidad de un biomarcador en una muestra biológica. "Expresión" en general se refiere al procedimiento por el que la información (por ejemplo, información codificada por genes y/o epigenética) se convierte en las estructuras presentes y en funcionamiento en la célula. Por lo tanto, como se usa en el presente documento, "expresión" se puede referir a transcripción en un polinucleótido, traducción en un polipéptido, o incluso modificaciones de polinucleótidos y/o polipéptidos (por ejemplo, modificación postraduccional de un polipéptido). Los fragmentos del polinucleótido transcrito, el polipéptido traducido, o las modificaciones de polinucleótidos y/o polipéptidos (por ejemplo, la modificación postraduccional de un polipéptido) también se considerarán expresados si se originan a partir de un transcrito generado por empalme alternativo o un transcrito degradado, o de un procesamiento postraduccional del polipéptido, por ejemplo, por proteólisis. Los "genes expresados" incluyen los que se transcriben en un polinucleótido como ARNm y a continuación se traducen en un polipéptido, y también los que se transcriben en ARN pero no se traducen en un polipéptido (por ejemplo, ARN de transferencia y ribosómicos). Un nivel de expresión para más de un gen de interés se puede determinar mediante procedimientos de agregación conocidos por los expertos en la técnica y también divulgados en el presente documento, incluyendo, por ejemplo, mediante el cálculo de la mediana o la media de todos los niveles de expresión de los genes de interés. Antes de la agregación, el nivel de expresión de cada gen de interés se puede normalizar usando procedimientos estadísticos conocidos por los expertos en la técnica y también divulgados en el presente documento, incluyendo, por ejemplo, normalizados según el nivel de expresión de uno o más genes constitutivos, o normalizados según un tamaño de colección total, o normalizado según la mediana o la media del valor de nivel de expresión en todos los genes medidos. En algunos casos, antes de la agregación a través de múltiples genes de interés, el nivel de expresión normalizado de cada gen de interés se puede estandarizar usando procedimientos estadísticos conocidos por los expertos en la técnica y también divulgados en el presente documento, incluyendo, por ejemplo, mediante el cálculo de la puntuación Z del nivel de expresión normalizado de cada gen de interés.
Una muestra o célula que "expresa" una proteína de interés es una en la que se determina que el ARNm que codifica la proteína, o la proteína, incluyendo fragmentos de la misma, está presente en la muestra o célula.
Como se usa en el presente documento, el término "nivel de expresión de referencia" se refiere a un nivel de expresión con respecto al cual se compara otro nivel de expresión, por ejemplo, el nivel de expresión de uno o más genes descritos en el presente documento (por ejemplo, cualquier gen presentado en la tabla 1) o cualquier combinación de los mismos (por ejemplo, cualquier combinación presentada en una cualquiera de las tablas 2-12) en una muestra de un individuo, por ejemplo, para realizar una determinación predictiva, diagnóstica, pronóstica y/o terapéutica. Por ejemplo, el nivel de expresión de referencia se puede derivar de los niveles de expresión en una población de referencia (por ejemplo, la mediana del nivel de expresión en una población de referencia, por ejemplo, una población de pacientes que tienen un cáncer), una muestra de referencia y/o un valor preasignado (por ejemplo, un valor de corte que se determinó previamente para separar de forma significativa (por ejemplo, de forma estadísticamente significativa) un primer subconjunto de individuos que han sido tratados con un tratamiento antineoplásico (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, anticuerpo anti-PD-1)), o un tratamiento antineoplásico que incluye un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana) en una población de referencia y un segundo subconjunto de individuos que han sido tratados con un tratamiento antineoplásico diferente (o que no han sido tratados con el tratamiento antineoplásico) en la misma población de referencia basado en una diferencia significativa entre la reactividad de un individuo al tratamiento con el tratamiento antineoplásico y la reactividad de un individuo al tratamiento con el tratamiento antineoplásico diferente por encima del valor de corte y/o por debajo del valor de corte). En algunos aspectos de la divulgación, el valor de corte puede ser la mediana o la media del nivel de expresión en la población de referencia. En otros aspectos de la divulgación, el nivel de referencia puede ser el 40 % superior, el 30 % superior, el 20 % superior, el 10 % superior, el 5 % superior o el 1 % superior del nivel de expresión en la población de referencia. En aspectos particulares de la divulgación, el valor de corte puede ser la mediana del nivel de expresión en la población de referencia. Un experto en la técnica apreciará que el valor numérico para el nivel de expresión de referencia pueda variar dependiendo de la indicación (por ejemplo, cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón, cáncer de mama, cáncer de pulmón o cáncer de vejiga), la metodología usada para detectar los niveles de expresión (por ejemplo, RNA-seq o RT-qPCR) y/o las combinaciones específicas de genes analizados (por ejemplo, cualquier combinación de los genes presentados en la tabla 1; o una cualquiera de las combinaciones de genes enumerados en las tablas 2-12).
La expresión "por encima de" un nivel (por ejemplo, por encima de un nivel de referencia), "expresión incrementada", "nivel de expresión incrementado", "niveles incrementados", "expresión elevada", "niveles de expresión elevados" o "niveles elevados" se refiere a una expresión incrementada o a niveles incrementados de un biomarcador en un individuo en relación con el nivel de expresión del biomarcador en un control (por ejemplo, un individuo o individuos que no padecen la enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer), un control interno (por ejemplo, un biomarcador constitutivo), o el nivel de un biomarcador en una muestra obtenida antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de PD-L1)), o en relación con un nivel de referencia (por ejemplo, la mediana del nivel de expresión del biomarcador en muestras de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer que se están sometiendo a prueba de reactividad a un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1; la mediana del nivel de expresión del biomarcador en muestras de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer en los que se ha identificado que no responden a un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1; o el nivel en una muestra obtenida previamente del individuo en un punto temporal anterior).
La expresión "por debajo de" un nivel (por ejemplo, por debajo de un nivel de referencia), "expresión disminuida", "nivel de expresión disminuido", "niveles disminuidos", "expresión reducida", "niveles de expresión reducidos" o "niveles reducidos" se refiere a una expresión disminuida o a niveles disminuidos de un biomarcador en un individuo en relación con el nivel de expresión del biomarcador en un control (por ejemplo, un individuo o individuos que no padecen la enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer), un control interno (por ejemplo, un biomarcador constitutivo), o el nivel de un biomarcador en una muestra obtenida antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de PD-L1)), o en relación con un nivel de referencia (por ejemplo, la mediana del nivel de expresión del biomarcador en muestras de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer que se están sometiendo a prueba de reactividad a un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1; la mediana del nivel de expresión del biomarcador en muestras de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen cáncer en los que se ha identificado que no responden a un antagonista de VEGf y un antagonista de unión al eje PD-L1; o el nivel en una muestra obtenida previamente del individuo en un punto temporal anterior). En algunos aspectos de la divulgación, la expresión reducida es poca o ninguna expresión.
Una "muestra de referencia", "célula de referencia", "tejido de referencia", "muestra de control", "célula de control" o "tejido de control", como se usa en el presente documento, se refiere a una muestra, célula, tejido o estándar que se usa con propósitos de comparación. En un aspecto de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de una parte sana y/o no enferma del cuerpo (por ejemplo, tejido o células) del mismo paciente o individuo. Por ejemplo, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control puede ser células sanas y/o no enfermas o tejido contiguo a las células o tejido enfermo (por ejemplo, células o tejido contiguo a un tumor). En otro aspecto de la divulgación, se obtiene una muestra de referencia de un tejido y/o célula no tratados del cuerpo del mismo paciente o individuo. Aún en otro aspecto de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de una parte sana y/o no enferma del cuerpo (por ejemplo, tejidos o células) de un individuo que no es el paciente o individuo. Incluso en otro aspecto de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de un tejido y/o célula no tratados del cuerpo de un individuo que no es el paciente o individuo. En otro aspecto de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de un paciente antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje PD-L1).
La expresión "en base a" o "basado en", cuando se usa en el presente documento, quiere decir que la información sobre uno o más biomarcadores se usa para informar de una decisión de tratamiento, información proporcionada en un prospecto del envase, u orientación de comercialización/promoción, etc.
El término "biomarcador constitutivo" se refiere a un biomarcador o grupo de biomarcadores (por ejemplo, polinucleótidos y/o polipéptidos) que típicamente están presentes de forma similar en todos los tipos de células. En algunos aspectos de la divulgación, el biomarcador constitutivo es un "gen constitutivo". Un "gen constitutivo" se refiere en el presente documento a un gen o grupo de genes que codifican proteínas con actividades que son esenciales para el mantenimiento de la función celular y que típicamente están presentes de forma similar en todos los tipos de células.
Por "correlacionar" o "correlación" se quiere decir comparar, de cualquier forma, el rendimiento y/o los resultados de un primer análisis o protocolo con el rendimiento y/o los resultados de un segundo análisis o protocolo. Por ejemplo, se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo en la realización de un segundo protocolo y/o se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo para determinar si se debe realizar un segundo análisis o protocolo. Con respecto al aspecto de la divulgación del protocolo o análisis polipeptídico, se pueden usar los resultados del protocolo o análisis de expresión polipeptídica para determinar si se debe realizar una pauta terapéutica específica. Con respecto al aspecto de la divulgación del protocolo o análisis polinucleotídico, se pueden usar los resultados del protocolo o análisis de expresión polinucleotídica para determinar si se debe realizar una pauta terapéutica específica.
Como se usa en el presente documento, "tratamiento" (y variaciones gramaticales del mismo, tales como "tratar" o "que trata") se refiere a la intervención clínica en un intento de alterar la evolución natural del individuo al que se está tratando, y que se puede realizar para la profilaxis o bien durante la evolución de una patología clínica. Los efectos deseables del tratamiento incluyen, pero no se limitan a, prevención de la aparición o recidiva de la enfermedad, alivio de los síntomas, disminución de cualquier consecuencia patológica directa o indirecta de la enfermedad, prevención de metástasis, disminución de la tasa de progresión de la enfermedad, mejora o atenuación de la enfermedad y remisión o pronóstico mejorado. En algunos aspectos de la divulgación, se usan anticuerpos (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF y anticuerpos anti-PD-L1 o anticuerpos anti-PD-1) para retrasar el desarrollo de una enfermedad o para ralentizar la progresión de una enfermedad o trastorno.
"Amplificación", como se usa en el presente documento, en general se refiere al procedimiento de producir múltiples copias de una secuencia deseada. "Múltiples copias" quiere decir al menos dos copias. Una "copia" no quiere decir necesariamente una complementariedad o identidad de secuencia perfecta respecto a la secuencia molde. Por ejemplo, las copias pueden incluir análogos nucleotídicos tales como desoxiinosina, alteraciones de secuencia intencionadas (tales como alteraciones de secuencia introducidas a través de un cebador que comprende una secuencia que es hibridable, pero no complementaria, al molde) y/o errores de secuencia que se producen durante la amplificación.
El término "PCR múltiple" se refiere a una única reacción de PCR llevada a cabo en ácido nucleico obtenido de una única fuente (por ejemplo, un individuo) usando más de un conjunto de cebadores con el propósito de amplificar dos o más secuencias de ADN en una única reacción.
La técnica de "reacción en cadena de la polimerasa" o "PCR", como se usa en el presente documento, en general se refiere a un procedimiento en el que se amplifican pequeñas cantidades de una porción específica de ácido nucleico, ARN y/o ADN, como se describe, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.683.195. En general, es necesario que la información de secuencia de los extremos de la región de interés o más allá esté disponible, de modo que se puedan diseñar cebadores oligonucleotídicos; estos cebadores serán idénticos o similares en secuencia a hebras opuestas del molde que se va a amplificar. Los nucleótidos 5' terminales de los dos cebadores pueden coincidir con los extremos del material amplificado. La PCR se puede usar para amplificar secuencias de ARN específicas, secuencias de ADN específicas de ADN genómico total y ADNc transcritas a partir de secuencias de ARN, bacteriófagos o plásmidos celulares totales, etc. Véase en general Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263 (1987) y Erlich, ed., PCR Technology (Stockton Press, NY, 1989). Como se usa en el presente documento, se considera que la PCR es uno, pero no el único, ejemplo de un procedimiento de reacción de la ácido nucleico polimerasa para amplificar una muestra de prueba de ácido nucleico, que comprende el uso de un ácido nucleico conocido (ADN o ARN) como cebador y utiliza una ácido nucleico polimerasa para amplificar o generar una porción específica de ácido nucleico o para amplificar o generar una porción específica de ácido nucleico que es complementaria a un ácido nucleico particular.
"Reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real cuantitativa" o "qRT-PCR" se refiere a una forma de PCR en la que la cantidad de producto de PCR se mide en cada etapa en una reacción de PCR. Esta técnica se ha descrito en varias publicaciones, incluyendo, por ejemplo, Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004) y Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004).
El término "micromatriz" se refiere a una disposición ordenada de elementos de matriz hibridables, preferentemente sondas de polinucleótidos, en un sustrato.
El término "RNA-seq", también llamado "secuenciación indiscriminada del transcriptoma completo (WTSS)", se refiere al uso de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento para secuenciar y/o cuantificar el ADNc para obtener información sobre el contenido de ARN de una muestra. Las publicaciones que describen RNA-seq incluyen: Wang et al. Nature Reviews Genetics 10(1):57-63, 2009; Ryan et al. BioTechniques 45(1):81-94, 2008; y Maher et al. Nature 458(7234):97-101, 2009.
El término "diagnóstico" se usa en el presente documento para referirse a la identificación o clasificación de un estado, enfermedad o afección molecular o patológico (por ejemplo, cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón)). Por ejemplo, "diagnóstico" se puede referir a la identificación de un tipo particular de cáncer. "Diagnóstico" también se puede referir a la clasificación de un subtipo particular de cáncer, por ejemplo, por criterios histopatológicos o por rasgos moleculares (por ejemplo, un subtipo caracterizado por la expresión de un biomarcador o de una combinación de biomarcadores (por ejemplo, genes o proteínas particulares codificadas por dichos genes)).
Una "célula inmunitaria infiltrante de tumor", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier célula inmunitaria presente en un tumor o una muestra del mismo. Las células inmunitarias infiltrantes de tumor incluyen, pero no se limitan a, células inmunitarias intratumorales, células inmunitarias peritumorales u otras células estromales tumorales (por ejemplo, fibroblastos) o cualquier combinación de las mismas. Dichas células inmunitarias infiltrantes de tumor pueden ser, por ejemplo, linfocitos T (tales como linfocitos T CD8+ y/o linfocitos T CD4+), linfocitos B u otras células de linaje de médula ósea, incluyendo granulocitos (por ejemplo, neutrófilos, eosinófilos y basófilos), monocitos, macrófagos (por ejemplo, macrófagos CD68+/CD163+), células dendríticas (por ejemplo, células dendríticas interdigitantes), histiocitos y linfocitos citolíticos naturales (NK).
Una "célula tumoral", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier célula tumoral presente en un tumor o una muestra del mismo. Las células tumorales se pueden distinguir de otras células que pueden estar presentes en una muestra tumoral, por ejemplo, células estromales y células inmunitarias infiltrantes de tumor, usando procedimientos conocidos en la técnica y/o descritos en el presente documento.
Como se usa en el presente documento, "administrar" quiere decir un procedimiento para proporcionar una dosis de un compuesto (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))), un antagonista de unión al eje PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) y/o un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGf (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))))) o una composición (por ejemplo, una composición farmacéutica, por ejemplo, una composición farmacéutica que incluye un antagonista de VEGF, un antagonista de unión al eje PD-L1 y/o un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))))) a un paciente. Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento se pueden administrar, por ejemplo, por vía intramuscular, intravenosa, intradérmica, percutánea, intraarterial, intraperitoneal, intralesional, intracraneal, intraarticular, intraprostática, intrapleural, intratraqueal, intratecal, intranasal, intravaginal, intrarrectal, tópica, intratumoral, peritoneal, subcutánea, subconjuntival, intravesicular, mucosal, intrapericárdica, intraumbilical, intraocular, intraorbital, intravítrea (por ejemplo, por inyección intravítrea), por gotas oculares, por vía oral, tópica, transdérmica, parenteral, por inhalación, por inyección, por implantación, por infusión, por infusión continua, por perfusión localizada con baño de células diana directo, por catéter, por lavado, en cremas o en composiciones lipídicas. Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento también se pueden administrar por vía sistémica o local. El procedimiento de administración puede variar dependiendo de diversos factores (por ejemplo, el compuesto o composición que se administra y la gravedad de la afección, enfermedad o trastorno que se trata).
Una "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a una cantidad de un agente terapéutico para tratar o prevenir una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer, por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) en un mamífero. En el caso de los cánceres, la cantidad terapéuticamente eficaz del agente terapéutico puede reducir el número de células cancerosas; reducir el tamaño del tumor primario; inhibir (es decir, ralentizar en cierto grado y preferentemente detener) la infiltración de células cancerosas en órganos periféricos; inhibir (es decir, ralentizar en cierto grado y preferentemente detener) la metástasis tumoral; inhibir, en cierto grado, el crecimiento tumoral; y/o aliviar en cierto grado uno o más de los síntomas asociados con el trastorno. En el grado en el que el fármaco pueda evitar el crecimiento y/o destruir las células cancerosas existentes, puede ser citostático y/o citotóxico. Para el tratamiento del cáncer, la eficacia in vivo se puede medir, por ejemplo, evaluando la duración de la supervivencia (por ejemplo, supervivencia global o supervivencia sin progresión), tiempo transcurrido hasta la progresión de la enfermedad (TTP), tasas de respuesta (por ejemplo, respuesta completa (RC) o respuesta parcial (RP)), duración de la respuesta y/o calidad de vida.
La expresión "de forma concurrente" se usa en el presente documento para referirse a la administración de dos o más agentes terapéuticos, donde al menos parte de la administración se solapa en el tiempo. En consecuencia, la administración concurrente incluye una pauta posológica cuando la administración de uno o más agentes continúa después de suspender la administración de uno o más de otros agentes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1 se pueden administrar de forma concurrente.
Por "reducir o inhibir" se quiere decir la capacidad de provocar una disminución global de un 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % o mayor. Reducir o inhibir se puede referir, por ejemplo, a los síntomas del trastorno que se está tratando, la presencia o tamaño de las metástasis o el tamaño del tumor primario.
Una dosis de "carga" en el presente documento comprende en general una dosis inicial de un agente terapéutico administrado a un paciente, y va seguida de una o más dosis de mantenimiento del mismo. En general, se administra una única dosis de carga, pero en el presente documento se contemplan múltiples dosis de carga. Normalmente, la cantidad de la(s) dosis de carga administrada(s) supera la cantidad de la(s) dosis de mantenimiento administrada(s) y/o la(s) dosis de carga se administra(n) con más frecuencia que la(s) dosis de mantenimiento, para lograr la concentración en equilibrio deseada del agente terapéutico antes de lo que se puede lograr con la(s) dosis de mantenimiento.
Una dosis de "mantenimiento" o dosis "extendida" en el presente documento se refiere a una o más dosis de un agente terapéutico administrado al paciente durante un período de tratamiento. Normalmente, las dosis de mantenimiento se administran a intervalos de tratamiento espaciados, tal como aproximadamente cada semana, aproximadamente cada 2 semanas, aproximadamente cada 3 semanas, o aproximadamente cada 4 semanas.
La "respuesta a un tratamiento", "reactividad al tratamiento" o "beneficio de un tratamiento" se puede evaluar usando cualquier criterio de valoración que indique un beneficio para el individuo, incluyendo, sin limitación, (1) la inhibición, hasta cierto grado, de la progresión de la enfermedad (por ejemplo, progresión del cáncer), incluyendo la ralentización y la detención completa; (2) una reducción en el tamaño del tumor; (3) inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de la infiltración de células cancerosas en órganos y/o tejidos periféricos adyacentes; (4) inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de la metástasis; (5) alivio, hasta cierto grado, de uno o más síntomas asociados con la enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer); (6) incremento o prolongación de la duración de la supervivencia, incluyendo la supervivencia general (CRI de SG ≤ 1) y la supervivencia sin progresión (CRI de SSP ≤ 1); y/o (9) disminución de la mortalidad en un punto temporal determinado después del tratamiento (por ejemplo, tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab)) o un inhibidor de v Eg FR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)) y un antagonista de unión al eje PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)) o tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))))).
Una “respuesta objetiva” se refiere a una respuesta medible, incluyendo la respuesta completa (RC) o la respuesta parcial (RP). En algunos aspectos de la divulgación, la "tasa de respuesta objetiva" (TRO) se refiere a la suma de la tasa de respuesta completa (RC) y la tasa de respuesta parcial (RP).
Por "respuesta completa" o "RC" se entiende la desaparición de todos los signos de cáncer (por ejemplo, desaparición de todas las lesiones diana) en respuesta al tratamiento. Esto no siempre quiere decir que el cáncer se haya curado.
Como se usa en el presente documento, "respuesta parcial" o "RP" se refiere a una disminución del tamaño de uno o más tumores o lesiones, o de la extensión del cáncer en el cuerpo, en respuesta al tratamiento. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, RP se refiere a al menos una disminución de un 30 % en la suma de los diámetros más largos (SDML) de las lesiones diana, tomando como referencia la SDML al inicio del estudio.
"Respuesta mantenida" se refiere al efecto mantenido en la reducción del crecimiento tumoral después de la interrupción de un tratamiento. Por ejemplo, el tamaño del tumor puede permanecer igual o más pequeño en comparación con el tamaño al comienzo de la fase de administración. En algunos aspectos de la divulgación, la respuesta mantenida tiene una duración al menos igual que la duración del tratamiento, al menos 1,5, 2,0, 2,5 o 3,0 veces la duración del tratamiento o mayor.
Como se usa en el presente documento, "enfermedad estable" o "EE" se refiere tanto a una reducción insuficiente de las lesiones diana para considerar que hay RP como a un incremento insuficiente para considerar que hay EP, tomando como referencia la SDML más pequeña desde que comenzó el tratamiento.
Como se usa en el presente documento, "enfermedad progresiva" o "EP" se refiere a al menos un incremento de un 20 % en la SDML de las lesiones diana, tomando como referencia la SDML más pequeña registrada desde que comenzó el tratamiento o la presencia de una o más lesiones nuevas.
El término "supervivencia" se refiere a que el paciente permanezca con vida e incluye la supervivencia global, así como la supervivencia sin progresión.
Como se usa en el presente documento, "supervivencia sin progresión" o "SSP" se refiere al período de tiempo durante y después del tratamiento durante el cual la enfermedad que se está tratando (por ejemplo, cáncer, por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU) o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) no progresa o empeora. La supervivencia sin progresión puede incluir la cantidad de tiempo en el que los individuos han experimentado una respuesta completa o una respuesta parcial, así como la cantidad de tiempo en el que los individuos han experimentado una enfermedad estable.
Como se usa en el presente documento, "supervivencia global" o "SG" se refiere al porcentaje de sujetos de un grupo que es probable que sigan vivos después de un período de tiempo particular (por ejemplo, 6 meses, 1 año, 2 años, 3 años, 4 años, 5 años, 10 años, 15 años, 20 años o más de 20 años desde el momento del diagnóstico o tratamiento).
Por "prolongación de la supervivencia" se quiere decir el incremento de la supervivencia global o sin progresión en un paciente tratado en relación con un paciente no tratado (es decir, en relación con un paciente no tratado con el medicamento), o en relación con un paciente que no expresa un biomarcador en el nivel designado y/o en relación con un paciente tratado con un agente antitumoral aprobado (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab), un antagonista de unión al eje PD-L1 (por ejemplo, atezolizumab) y/o un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib)).
Como se usa en el presente documento, el "cociente de riesgos instantáneos" o "CRI" es una definición estadística de las tasas de acontecimientos. Para el propósito de la invención, el cociente de riesgos instantáneos se define como la representación de la probabilidad de un acontecimiento (por ejemplo, SSP o SG) en el colectivo/grupo (por ejemplo, de tratamiento) experimental dividida entre la probabilidad de un acontecimiento en el colectivo/grupo de control en cualquier punto específico en el tiempo. Un CRI con un valor de 1 indica que el riesgo relativo de un criterio de valoración (por ejemplo, muerte) es igual en ambos grupos de "tratamiento" y "control"; un valor mayor que 1 indica que el riesgo es mayor en el grupo de tratamiento en relación con el grupo de control; y un valor menor que 1 indica que el riesgo es mayor en el grupo de control en relación con el grupo de tratamiento. El "cociente de riesgos instantáneos" en el análisis de supervivencia sin progresión (es decir, CRI de SSP) es un resumen de la diferencia entre dos curvas de supervivencia sin progresión, que representa la reducción del riesgo de muerte con el tratamiento en comparación con el control, durante un período de seguimiento. El "cociente de riesgos instantáneos" en el análisis de supervivencia global (es decir, CRI de SSP) es un resumen de la diferencia entre dos curvas de supervivencia global, que representa la reducción del riesgo de muerte en el tratamiento en comparación con el control, durante un período de seguimiento.
El término "tratamiento antineoplásico" se refiere a un tratamiento útil en el tratamiento del cáncer. Los ejemplos de agentes terapéuticos antineoplásicos incluyen, pero se limitan a, por ejemplo, agentes citotóxicos, agentes quimioterápicos, agentes inhibidores del crecimiento, agentes usados en radioterapia, agentes antiangiogénicos, agentes apoptóticos, agentes antitubulínicos y otros agentes para tratar el cáncer, por ejemplo, anticuerpos anti-CD20, inhibidores del factor de crecimiento derivado de plaquetas (por ejemplo, GLEEVEC™ (mesilato de imatinib)), un inhibidor de la COX-2 (por ejemplo, celecoxib), interferones, citocinas, antagonistas (por ejemplo, anticuerpos neutralizantes) que se unen a una o más de las siguientes dianas: PDGFR-p, BIyS, APRIL, receptor(es) BCMA, TRAIL/Apo2 y otros agentes químicos bioactivos y orgánicos y similares. Las combinaciones de los mismos también se incluyen en la invención.
Un "antagonista de VEGF" o "antagonista específico de VEGF" se refiere a una molécula que se puede unir a VEGF, reducir los niveles de expresión de VEGF o neutralizar, bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir en las actividades biológicas de VEGF, incluyendo, pero sin limitarse a, la unión del VEGF a uno o más receptores de VEGF, la señalización por VEGF y la angiogénesis, la supervivencia o la proliferación de células endoteliales mediadas por el VEGF. Por ejemplo, una molécula que puede neutralizar, bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir en las actividades biológicas de VEGF puede ejercer sus efectos uniéndose a uno o más receptores de VEGF (VEGFR) (por ejemplo, VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3, receptor de VEGF unido a membrana (mbVEGFR) o receptor de VEGF soluble (sVEGFR)). Dichos antagonistas también se denominan en el presente documento "inhibidores de VEGFR". Como antagonistas específicos del VEGF útiles en los procedimientos de la invención se incluyen polipéptidos que se unen específicamente al VEGF, anticuerpos anti-VEGF y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, moléculas receptoras y derivados que se unen específicamente al VEGF secuestrando de este modo su unión a uno o más receptores, proteínas de fusión (por ejemplo, VEGF-Trap (Regeneron)) y VEGFi2i-gelonina (Peregrine). Los antagonistas específicos de VEGF también incluyen variantes antagonistas de polipéptidos de VEGF, oligómeros de nucleobases antisentido complementarios a al menos un fragmento de una molécula de ácido nucleico que codifica un polipéptido de VEGF; pequeños ARN complementarios a al menos un fragmento de una molécula de ácido nucleico que codifica un polipéptido de VEGF; ribocimas que seleccionan como diana VEGF; pepticuerpos para VEGF; y aptámeros de VEGF. Los antagonistas de VEGF también incluyen polipéptidos que se unen a VEGFr , anticuerpos anti-VEGFR y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, y derivados que se unen a VEGFR, de este modo bloqueando, inhibiendo, anulando, reduciendo o interfiriendo en las actividades biológicas de VEGF (por ejemplo, señalización por VEGF), o proteínas de fusión. Los antagonistas específicos de VEGF también incluyen moléculas pequeñas no peptídicas que se unen a VEGF o VEGFR y pueden bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir en las actividades biológicas de VEGF. Por tanto, el término "actividades del VEGF" incluye específicamente actividades biológicas del VEGF mediadas por el VEGF. En determinados aspectos de la divulgación, el antagonista de VEGF reduce o inhibe, en al menos un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 % o más, el nivel de expresión o la actividad biológica de VEGF. En algunos aspectos de la divulgación, el VEGF inhibido por el antagonista específico de VEGF es VEGF (8-109), VEGF (1-109) o VEGF165.
Como se usa en el presente documento, los antagonistas de VEGF pueden incluir, pero no se limitan a, anticuerpos anti-VEGFR2 y moléculas relacionadas (por ejemplo, ramucirumab, tanibirumab, aflibercept), anticuerpos anti-VEGFR1 y moléculas relacionadas (por ejemplo, icrucumab, aflibercept (VEGF Trap-Eye; EYLEA®) y zivaflibercept (VEGF Trap; ZALTRAP®)), anticuerpos biespecíficos frente a VEGF (por ejemplo, MP-0250, vanucizumab (VEGF-ANG2) y los anticuerpos biespecíficos divulgados en el documento Us 2001/0236388), anticuerpos biespecíficos que incluyen combinaciones de dos de los grupos anti-VEGF, anti-VEGFR1 y anti VEGFR2, anticuerpos anti-VEGFA (por ejemplo, bevacizumab, sevacizumab), anticuerpos anti-VEGFB, anticuerpos anti-VEGFC (por ejemplo, VGX-100), anticuerpos anti-VEGFD y antagonistas de VEGF de molécula pequeña no peptídica (por ejemplo, pazopanib, axitinib, vandetanib, stivarga, cabozantinib, lenvatinib, nintedanib, orantinib, telatinib, dovitinig, cediranib, motesanib, sulfatinib, apatinib, foretinib, famitinib y tivozanib).
Un "anticuerpo anti-VEGF" es un anticuerpo que se une a VEGF con suficiente afinidad y especificidad. En determinados aspectos de la divulgación, el anticuerpo tendrá una afinidad de unión suficientemente alta por el VEGF, por ejemplo, el anticuerpo se puede unir a hVEGF con un valor de Kd de entre 100 nM y 1 μM. Las afinidades de los anticuerpos se pueden determinar, por ejemplo, mediante un ensayo basado en resonancia de plasmones superficiales (tal como el ensayo BIAcore® como se describe en la publicación de la solicitud PCT n.° WO2005/012359); ensayo de inmunoadsorción enzimática (ELISA); y ensayos de competencia (por ejemplo, radioinmunoanálisis (RlA)).
En determinados aspectos de la divulgación, el anticuerpo anti-VEGF se puede usar como un agente terapéutico para dirigirse a e interferir en enfermedades o afecciones en las que está implicada la actividad de VEGF. Además, se puede someter el anticuerpo a otros ensayos de actividad biológica, por ejemplo, para evaluar su eficacia como agente terapéutico. Dichos ensayos son conocidos en la técnica y dependen del antígeno diana y del uso pretendido para el anticuerpo. Los ejemplos incluyen el ensayo de inhibición con HUVEC; ensayos de inhibición del crecimiento de células tumorales (como se describe en el documento WO 89/06692, por ejemplo); ensayos de citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC) y citotoxicidad mediada por el complemento (CDC) (pat. de EE. UU. n.° 5.500.362); y ensayos de actividad agonista o hematopoyesis (véase el documento WO 95/27062). Un anticuerpo anti-VEGF normalmente no se unirá a otros homólogos de VEGF, tales como VEGF-B o VEGF-C, ni a otros factores de crecimiento, tales como PIGF, PDGF o bFGF. En un aspecto de la divulgación, el anticuerpo anti-VEGF es un anticuerpo monoclonal que se une al mismo epítopo que el anticuerpo anti-VEGF monoclonal A4.6.1 producido por el hibridoma ATCC HB 10709. En otro aspecto de la divulgación, el anticuerpo anti-VEGF es un anticuerpo monoclonal anti-VEGF humanizado recombinante generado de acuerdo con Presta et al. (Cáncer Res. 57:4593-4599, 1997), incluyendo, pero sin limitarse a, el anticuerpo conocido como bevacizumab (BV; AVASTIN®).
El anticuerpo anti-VEGF "bevacizumab (BV)", también conocido como "rhuMAb VEGF" o "AVASTIN®", es un anticuerpo monoclonal anti-VEGF humanizado recombinante generado de acuerdo con Presta et al. (Cáncer Res.
57:4593-4599, 1997). Comprende regiones estructurales de IgG1 humana mutadas y regiones determinantes de complementariedad de unión a antígeno del anticuerpo monoclonal anti-hVEGF murino A.4.6.1 que bloquea la unión del VEGF humano a sus receptores. Aproximadamente un 93 % de la secuencia de aminoácidos de bevacizumab, incluyendo la mayoría de las regiones estructurales, se deriva de IgG1 humana, y aproximadamente un 7 % de la secuencia se deriva del anticuerpo murino A4.6.1. Bevacizumab tiene una masa molecular de aproximadamente 149000 dalton y está glucosilado. Bevacizumab y otros anticuerpos anti-VEGF humanizados se describen además en la patente de EE. UU. n.° 6.884.879 expedida el 26 de febrero de 2005. Los anticuerpos preferentes adicionales incluyen los anticuerpos de la serie G6 o B20 (por ejemplo, G6-31, B20-4.1), como se describe en la publicación de solicitud PCT n.° WO 2005/012359. Para anticuerpos preferentes adicionales, véanse las patentes de EE. UU. n.os 7.060.269, 6.582.959, 6.703.020; 6.054.297; los documentos WO98/45332; WO 96/30046; WO94/10202; EP 0666868B1; las publicaciones de solicitud de patente de EE. UU. n.os 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409 y 20050112126; y Popkov et al. (Journal of Immunological Methods 288:149-164, 2004). Otros anticuerpos preferentes incluyen los que se unen a un epítopo funcional en el VEGF humano que comprende los residuos F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, 191, K101, E103 y C104 o, de forma alternativa, que comprende los residuos F17, Y21, Q22, Y25, D63, 183 y Q89.
La expresión "antagonista de unión al eje de PD-L1" se refiere a una molécula que inhibe la interacción de un compañero de unión al eje de PD-L1 con uno o más de sus compañeros de unión, para eliminar la disfunción de linfocitos T resultante de la señalización en el eje de señalización de PD-1, con la restauración o potenciación de la función de linfocitos T como resultado. Como se usa en el presente documento, un antagonista de unión al eje de PD-L1 incluye un antagonista de unión a PD-L1 y un antagonista de unión PD-1, así como moléculas que interfieren en la interacción entre PD-L1 y PD-1 (por ejemplo, fusión PD-L2-Fc).
Las expresiones "anticuerpo anti-PD-L1" y "un anticuerpo que se une a PD-L1" se refieren a un anticuerpo que se puede unir a PD-L1 con una afinidad suficiente, de modo que el anticuerpo sea útil como agente diagnóstico y/o terapéutico al dirigirse a PD-L1. En un aspecto de la divulgación, el grado de unión de un anticuerpo anti-PD-L1 a una proteína distinta de PD-L1 no relacionada es inferior a aproximadamente un 10 % de la unión del anticuerpo a PD-L1 como se mide, por ejemplo, mediante un RIA. En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo anti-PD-L1 se une a un epítopo de PD-L1 que se conserva entre PD-L1 de diferentes especies.
Las expresiones "anticuerpo anti-PD-1" y "un anticuerpo que se une a PD-1" se refieren a un anticuerpo que se puede unir a PD-1 con una afinidad suficiente, de modo que el anticuerpo sea útil como agente diagnóstico y/o terapéutico al dirigirse a PD-1. En un aspecto de la divulgación, el grado de unión de un anticuerpo anti-PD-1 a una proteína distinta de PD-1 no relacionada es inferior a aproximadamente un 10 % de la unión del anticuerpo a PD-1 como se mide, por ejemplo, mediante un RIA. En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo anti-PD-1 se une a un epítopo de PD-1 que se conserva entre PD-1 de diferentes especies.
El término "antagonista de la unión a PD-L1" se refiere a una molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-L1 con uno o bien más de uno de sus compañeros de unión, tales como PD-1 o B7-1. En algunos aspectos de la divulgación, un antagonista de unión a PD-L1 es una molécula que inhibe la unión de PD-L1 a sus compañeros de unión. En un aspecto específico, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a PD-1 y/o B7-1. En algunos aspectos de la divulgación, los antagonistas de unión a PD-L1 incluyen anticuerpos anti-PD-L1, fragmentos de unión a antígeno de los mismos, inmunoadhesinas, proteínas de fusión, oligopéptidos y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-L1 con uno o más de sus compañeros de unión, tales como PD-1 o B7-1. En un aspecto de la divulgación, un antagonista de unión a PD-L1 reduce la señal coestimuladora negativa mediada por o a través de proteínas en la superficie celular expresadas en la señalización mediada por linfocitos T a través de PD-L1 para hacer que un linfocito T disfuncional sea menos disfuncional (por ejemplo, potenciar las respuestas efectoras al reconocimiento antigénico). En algunos aspectos de la divulgación, un antagonista de unión a PD-L1 es un anticuerpo anti-PD-L1. En un modo de realización específico, el anticuerpo anti-PD-L1 es atezolizumab (número de registro CAS: 1422185-06-5), también conocido como MPDL3280A, y descrito en el presente documento. En otro aspecto específico de la divulgación, el anticuerpo anti-PD-L1 es YW243.55.S70, descrito en el presente documento. En otro aspecto específico de la divulgación, el anticuerpo anti-PD-L1 es MDX-1105, descrito en el presente documento. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo anti-PD-L1 es MEDI4736 (druvalumab), descrito en el presente documento. Todavía en otro aspecto específico, el anticuerpo anti-PD-L1 es MSB0010718C (avelumab), descrito en el presente documento.
Como se usa en el presente documento, un "antagonista de unión a PD-1" es una molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-1 con uno o más de sus compañeros de unión, tales como PD-L1 y/o PD-L2. En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista de unión a PD-1 es una molécula que inhibe la unión de PD-1 a sus compañeros de unión. En un aspecto específico, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L1 y/o PD-L2. Por ejemplo, los antagonistas de unión a PD-1 incluyen anticuerpos anti-PD-1 y fragmentos de unión a antígeno de los mismos, inmunoadhesinas, proteínas de fusión, oligopéptidos, antagonistas de moléculas pequeñas, antagonistas de polinucleótidos y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren en la transducción de señales resultante de la interacción de PD-1 con PD-L1 y/o PD-L2. En un aspecto de la divulgación, un antagonista de unión a PD-1 reduce la señal negativa mediada por o a través de proteínas de superficie celular expresadas en linfocitos T y otras células, la señalización mediada a través de PD-1 o PD-L1 para hacer que un linfocito T disfuncional sea menos disfuncional. En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo anti-PD-1. En un aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es MDX-1106 (nivolumab). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es MK-3475 (pembrolizumab). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es CT-011 (pidilizumab). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es MEDI-0680 (AMP-514). En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es PDR001. En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es REGN2810. En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es BGB-108. En otro aspecto específico, un antagonista de unión a PD-1 es AMP-224.
Un "inhibidor de la angiogénesis" o "agente antiangiogénico" se refiere a una sustancia de bajo peso molecular, un polinucleótido, un polipéptido, una proteína aislada, una proteína recombinante, un anticuerpo, o conjugados o proteínas de fusión de los mismos, que inhibe la angiogénesis, vasculogénesis o permeabilidad vascular indeseable, ya sea directa o indirectamente. Se debe entender que el agente antiangiogénico incluye los agentes que se unen y bloquean la actividad angiogénica del factor angiogénico o su receptor. Por ejemplo, un agente antiangiogénico es un anticuerpo u otro antagonista de un agente angiogénico como se define anteriormente, por ejemplo, anticuerpos para VEGF-A o el receptor de VEGF-A (por ejemplo, receptor KDR o receptor Flt-1), inhibidores anti-PDGFR tales como GLEEVEC™ (mesilato de imatinib). Los agentes antiangiogénicos también incluyen inhibidores naturales de la angiogénesis, por ejemplo, angiostatina, endostatina, etc. Véase, por ejemplo, Klagsbrun y D'Amore, Annu. Rev. Physiol., 53:217-39 (1991); Streit y Detmar, Oncogene, 22:3172- 3179 (2003) (por ejemplo, la tabla 3 que enumera el tratamiento antiangiogénico en el melanoma maligno); Ferrara & Alitalo, Nature Medicine 5(12):1359-1364 (1999); Tonini et al., Oncogene, 22:6549- 6556 (2003) y Sato Int. J. Clin. Oncol., 8:200-206 (2003).
El término "agente citotóxico" como se usa en el presente documento se refiere a una sustancia que inhibe o previene la función de las células y/o provoca la destrucción de las células. El término pretende incluir isótopos radiactivos (por ejemplo, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32 y los isótopos radiactivos de Lu); agentes quimioterápicos (por ejemplo, metotrexato, adriamicina, alcaloides de la vinca (vincristina, vinblastina, etopósido), doxorubicina, melfalán, mitomicina C, clorambucilo, daunorubicina u otros agentes intercalantes, enzimas y fragmentos de las mismas tales como enzimas nucleolíticas; antibióticos y toxinas tales como toxinas de moléculas pequeñas o toxinas enzimáticamente activas de origen bacteriano, fúngico, vegetal o animal, incluyendo fragmentos y/o variantes de las mismas, y los diversos agentes antitumorales o antineoplásicos divulgados a continuación. Un agente tumoricida causa la destrucción de células tumorales.
Un "agente quimioterápico" incluye compuestos químicos útiles en el tratamiento del cáncer. Ejemplos de agentes quimioterápicos incluyen erlotinib (TARCEVA®, Genentech/OSI Pharm.), bortezomib (VELCADE®, Millennium Pharm.), disulfiram, galato de epigalocatequina, salinosporamida A, carfilzomib, 17-AAG (geldanamicina), radicicol, lactato deshidrogenasa A (LDH-A), fulvestrant (FASlOd EX®, AstraZeneca), sunitib (Su TENT®, Pfizer/Sugen), letrozol (FEMARA®, Novartis), mesilato de imatinib (GLEEVEC®, Novartis), finasunato (VATALANIB®, Novartis), oxaliplatino (ELOXATIN®, Sanofi), 5-FU (5-fluorouracilo), leucovorina, rapamicina (Sirolimus, RAPAMUNE®, Pfizer), lapatinib (TYKERB®, GSK572016, Glaxo Smith Kline), lonafamib (SCH 66336), sorafenib (NEXAVAR®, Bayer Labs), gefitinib (IRESSA®, AstraZeneca), AG1478, agentes alquilantes tales como tiotepa y ciclofosfamida CYTOXAN®; alquisulfonatos tales como busulfán, improsulfán y piposulfán; aziridinas tales como benzodopa, carbocuona, meturedopa y uredopa; etileniminas y metilamelaminas incluyendo altretamina, trietilenomelamina, trietilenofosforamida, trietilenotiofosforamida y trimetilolomelamina; acetogeninas (especialmente bulatacina y bulatacinona); una camptotecina (incluyendo topotecán e irinotecán); briostatina; calistatina; CC-1065 (incluyendo sus análogos sintéticos adozelesina, carzelesina y bizelesina); criptoficinas (en particular criptoficina 1 y criptoficina 8); adrenocorticosteroides (incluyendo prednisona y prednisolona); acetato de ciproterona; 5a-reductasas que incluyen finasteride y dutasteride; vorinostat, romidepsina, panobinostat, ácido valproico, mocetinostat dolastatina; aldesleucina, talco duocarmicina (incluyendo los análogos sintéticos, KW-2189 y CB1-TM1); eleuterobina; pancratistatina; una sarcodictina; espongistatina; mostazas nitrogenadas tales como clorambucilo, cloramafazina, clorofosfamida, estramustina, ifosfamida, mecloretamina, clorhidrato de óxido de mecloretamina, melfalán, novembicina, fenesterina, prednimustina, trofosfamida, uramustina; nitrosureas tales como carmustina, clorozotocina, fotemustina, lomustina, nimustina y ranimnustina; antibióticos tales como los antibióticos de enediina (por ejemplo, calicheamicina, especialmente calicheamicina y1I y calicheamicina w1l (Angew. Chem. Int. Ed. Engl.
33:183-186, 1994); dinemicina, incluyendo dinemicina A; bisfosfonatos, tales como clodronato; una esperamicina; así como el cromóforo neocarzinostatina y los cromóforos antibióticos de enediina de cromoproteína relacionados), aclacinomisinas, actinomicina, autramicina, azaserina, bleomicinas, cactinomicina, carabicina, caminomicina, carzinofilina, cromomicinas, dactinomicina, daunorubicina, detorubicina, 6-diazo-5-oxo-L-norleucina, doxorubicina ADRIAMYCIN® (doxorubicina), morfolino-doxorubicina, canomorfolino-doxorubicina, 2-pirrolino-doxorubicina y desoxidoxorubicina), epirubicina, esorubicina, idarubicina, marcelomicina, mitomicinas tales como mitomicina C, ácido micofenólico, nogalamicina, olivomicinas, peplomicina, porfiromicina, puromicina, quelamicina, rodorubicina, estreptonigrina, estreptozocina, tubercidina, ubenimex, zinostatina, zorubicina; antimetabolitos tales como metotrexato y 5-fluorouracilo (5-FU); análogos de ácido fólico tales como denopterina, metotrexato, pteropterina, trimetrexato; análogos purínicos tales como fludarabina, 6-mercaptopurina, tiamiprina, tioguanina; análogos pirimidínicos tales como ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, carmofur, citarabina, didesoxiuridina, doxifluridina, enocitabina, floxuridina; andrógenos tales como calusterona, propionato de dromostanolona, epitiostanol, mepitiostano, testolactona; antiadrenérgicos tales como aminoglutetimida, mitotano, trilostano; reponedores de ácido fólico tales como ácido frolínico; aceglatona; glucósido de aldofosfamida; ácido aminolevulínico; eniluracilo; amsacrina; bestrabucilo; bisantreno; edatraxato; defofamina; demecolcina; diazicuona; elfomitina; acetato de eliptinio; una epotilona; etoglúcido; nitrato de galio; hidroxiurea; lentinano; lonidainina; maitansinoides tales como maitansina y ansamitocinas; mitoguazona; mitoxantrona; mopidamnol; nitraerina; pentostatina; fenamet; pirarubicina; losoxantrona; ácido podofilínico; 2-etilhidrazida; procarbazina; complejo polisacarídico PSK® (JHS Natural Products, Eugene, Oreg.); razoxano; rizoxina; sizofurán; espirogermanio; ácido tenuazónico; triazicuona; 2,2',2"-triclorotrietilamina; tricotecenos (especialmente toxina T-2, verracurina A, roridina A y anguidina); uretano; vindesina; dacarbazina; mannomustina; mitobronitol; mitolactol; pipobromán; gacitosina; arabinósido ("Ara-C"); ciclofosfamida; tiotepa; taxoides, por ejemplo, TAXOL (paclitaxel; Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.), ABRAXANE® (sin cremofor), formulaciones de nanopartículas de paclitaxel genomanipuladas con albúmina (American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.), y TAXOTERE® (docetaxel, doxetaxel; Sanofi-Aventis); cloranmbucilo; GEMZAR® (gemcitabina); 6-tioguanina; mercaptopurina; metotrexato; análogos de platino tales como cisplatino y carboplatino; vinblastina; etopósido (VP-16); ifosfamida; mitoxantrona; vincristina; NAVELBINE® (vinorelbina); novantrona; tenipósido; edatrexato; daunomicina; aminopterina; capecitabina (XELODA®); ibandronato; CPT-11; inhibidor de topoisomerasa RFS 2000; difluorometilornitina (DMFO); retinoides tales como ácido retinoico; y sales, ácidos y derivados farmacéuticamente aceptables de cualquiera de los anteriores.
Los agentes quimioterápicos también incluyen agentes antihormonales que actúan para regular o inhibir la acción de las hormonas sobre tumores, tales como antiestrógenos y moduladores selectivos del receptor estrogénico (MSRE), incluyendo, por ejemplo, tamoxifeno (incluyendo NOLVADEX®; citrato de tamoxifeno), raloxifeno, droloxifeno, yodoxifeno, 4-hidroxitamoxifeno, trioxifeno, ceoxifeno, LY117018, onapristona y FARESTON® (citrato de toremifina); inhibidores de aromatasa que inhiben la enzima aromatasa, que regula la producción de estrógenos en las glándulas suprarrenales, tales como, por ejemplo, 4(5)-imidazoles, aminoglutetimida, MEGASE® (acetato de megestrol), AROMASIN® (exemestano; Pfizer), formestano, fadrozol, RIVISOR® (vorozol), FEMARA® (letrozol; Novartis) y ARIMIDEX® (anastrozol; AstraZeneca); antiandrógenos, tales como flutamida, nilutamida, bicalutamida, leuprorrelina y goserelina; buserelina, tripterelina, acetato de medroxiprogesterona, dietilestilbestrol, premarina, fluoximesterona, ácido retinoico, fenretinida, así como troxacitabina (un análogo de 1,3-dioxolano nucleósido citosina); inhibidores de proteína cinasa; inhibidores de lípido cinasa; oligonucleótidos antisentido, en particular, aquellos que inhiben la expresión de genes en vías de señalización implicadas en la proliferación de células anómalas, tales como, por ejemplo, PKC-alfa, Ralf y H-Ras; ribocimas, tales como inhibidores de la expresión de VEGF (por ejemplo, ANGIOZYME®) e inhibidores de la expresión de HER2; vacunas, tales como vacunas para el tratamiento génico, por ejemplo, ALLOVECTIN®, LEUVe Ct IN® y VAXID®; PROLEUKIN®, rIL-2; un inhibidor de topoisomerasa 1, tal como LURTOTECAN®; ABARELIX® rmRH; y sales, ácidos y derivados farmacéuticamente aceptables de cualquiera de los anteriores.
Los agentes quimioterápicos también incluyen anticuerpos tales como alemtuzumab (Campath), bevacizumab (AVASTIN®, Genentech); cetuximab (Er BiTUX®, Imclone); panitumumab (VECTIBIX®, Amgen), rituximab (RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec), pertuzumab (Om NITARG®, 2C4, Genentech), trastuzumab (HERCEPTIN®, Genentech), tositumomab (Bexxar, Corixia) y el conjugado anticuerpo-fármaco, gemtuzumab ozogamicina (MYLOTARG®, Wyeth). Los anticuerpos monoclonales humanizados adicionales con potencial terapéutico como agentes en combinación con los compuestos de la invención incluyen: apolizumab, aselizumab, atlizumab, bapineuzumab, bivatuzumab mertansina, cantuzumab mertansina, cedelizumab, certolizumab pegol, cidfusituzumab, cidtuzumab, daclizumab, eculizumab, efalizumab, epratuzumab, erlizumab, felvizumab, fontolizumab, gemtuzumab ozogamicina, inotuzumab ozogamicina, ipilimumab, labetuzumab, lintuzumab, matuzumab, mepolizumab, motavizumab, motovizumab, natalizumab, nimotuzumab, nolovizumab, numavizumab, ocrelizumab, omalizumab, palivizumab, pascolizumab, pecfusituzumab, pectuzumab, pexelizumab, ralivizumab, ranibizumab, reslivizumab, reslizumab, resyvizumab, rovelizumab, ruplizumab, sibrotuzumab, siplizumab, sontuzumab, tacatuzumab tetraxetano, tadocizumab, talizumab, tefibazumab, tocilizumab, toralizumab, tucotuzumab celmoleucina, tucusituzumab, umavizumab, urtoxazumab, ustekinumab, visilizumab, y antiinterleucina 12 (ABT-874/J695, Wyeth Research and Abbott Laboratories), que es un anticuerpo IgG1 A de longitud completa de secuencia exclusivamente humana recombinante genéticamente modificado para reconocer la proteína p40 de interleucina 12.
Los agentes quimioterápicos también incluyen "inhibidores de EGFR", que se refiere a compuestos que se unen a o interactúan directamente de otro modo con EGFR y evitan o reducen su actividad de señalización, y de forma alternativa se denominan "antagonistas de EGFR". Los ejemplos de dichos agentes incluyen anticuerpos y moléculas pequeñas que se unen a EGFR. Los ejemplos de anticuerpos que se unen a EGFR incluyen MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (véase la patente de EE. UU. n.° 4.943.533, Mendelsohn et al.) y variantes de los mismos, tales como 225 quimerizado (C225 o Cetuximab; ERBUTIX®) y 225 humano (H225) remodelado (véase el documento WO 96/40210, Imclone Systems Inc.); IMC-11 f 8, un anticuerpo dirigido a EGFR completamente humano (Imclone); anticuerpos que se unen a EGFR mutante de tipo II (patente de EE. UU. n.° 5.212.290); anticuerpos humanizados y quiméricos que se unen a EGFR como se describe en la patente de EE. UU. n.° 5.891.996; y anticuerpos humanos que se unen a EGFR, tales como ABX-EGF o Panitumumab (véase el documento WO98/50433, Abgenix/Amgen); EMD 55900 (Stragliotto et al. Eur. J. Cáncer 32A:636-640 (1996)); EMD7200 (matuzumab), un anticuerpo frente a EGFR humanizado dirigido contra EGFR que compite tanto con EGF como con TGF-alfa por la unión a EGFR (EMD/Merck); anticuerpo frente a EGFR humano, HuMax-EGFR (GenMab); anticuerpos completamente humanos conocidos como E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 y E7.6.3 y descritos en el documento US 6.235.883; MDX-447 (Medarex Inc.); y mAb 806 o mAb humanizado 806 (Johns et al, J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)). El anticuerpo anti-EGFR se puede conjugar con un agente citotóxico, generando, por tanto, un inmunoconjugado (véase, por ejemplo, el documento EP659.439A2, Merck Patent GmbH). Los antagonistas de EGFR incluyen moléculas pequeñas tales como los compuestos descritos en las patentes de EE. UU. n.os 5.616.582, 5.457.105, 5.475.001, 5.654.307, 5.679.683, 6.084.095, 6.265.410, 6.455.534, 6.521.620, 6.596.726, 6.713.484, 5.770.599, 6.140.332, 5.866.572, 6.399.602, 6.344.459, 6.602.863, 6.391.874, 6.344.455, 5.760.041, 6.002.008 y 5.747.498, así como las siguientes publicaciones PCT: WO98/14451, WO98/50038, WO99/09016 y WO99/24037. Los antagonistas particulares del EGFR de molécula pequeña incluyen OSI-774 (CP-358774, erlotinib, TARCEVA® Genentech/OSI Pharmaceuticals); PD 183805 (Cl 1033, 2-propenamida, N-[4-[(3-cloro-4-fluorofenil)amino]-7-[3-(4-morfolinil)propoxi]-6-quinazolinil]-diclorhidrato, Pfizer Inc.); ZD1839, gefitinib (IRESSA®) (4-(3'-cloro-4'-fluoroanilino)-7-metoxi-6-(3-morfolinopropoxi)quinazolina, AstraZeneca); ZM 105180 ((6-amino-4-(3-metilfenil-amino)-quinazolina, Zeneca); BiBX-1382 (N8-(3-cloro-4-fluorofenil)-N2-(1-metil-piperidin-4-il)-pirimido[5,4-d]pirimidin-2,8-diamina, Boehringer Ingelheim); Pk I-166 ((R)-4-[4-[(1-feniletil)amino]-1H-pirrolo[2,3-d]pirimidin-6-il]-fenol); (R)-6-(4-hidroxifenil)-4-[(1-feniletil)amino]-7H-pirrolo[2,3-d]pirimidina); CL-387785 (N-[4-[(3-bromofenil)amino]-6-quinazolinil]-2-butinamida); EKB-569 (N-[4-[(3-cloro-4-fluorofenil)amino]-3-ciano-7-etoxi-6-quinolinil]-4-(dimetilamino)-2-butenamida) (Wyeth); AG1478 (Pfizer); AG1571 (SU 5271; Pfizer); inhibidores dobles de tirosina cinasas EGFR/HER2 tales como lapatinib (TYKERB®, GSK572016 o N-[3-cloro-4-[(3-fluorofenil)metoxi]fenil]-6[5[[[(2-metilsulfonil)etil]amino]metil]-2-furanil]-4-quinazolinamina).
Los agentes quimioterápicos también incluyen "inhibidores de tirosina cinasa", incluyendo los fármacos dirigidos a EGFR indicados en el párrafo precedente; inhibidor de tirosina cinasa para HER2 de moléculas pequeñas, tal como TAK165, disponible de Takeda; CP-724.714, un inhibidor selectivo oral del receptor tirosina cinasa ErbB2 (Pfizer y OSI); inhibidores de HER dobles, tales como EKB-569 (disponible de Wyeth), que se une preferentemente a EGFR, pero inhibe las células que sobreexpresan tanto HER2 como EGFR; lapatinib (GSK572016; disponible de Glaxo-SmithKline), un inhibidor de tirosina cinasa oral para HER2 y EGFR; PKI-166 (disponible de Novartis); inhibidores de pan-HER, tales como canertinib (CI-1033; Pharmacia); inhibidores de Raf-1, tales como el agente antisentido ISIS-5132, disponible de ISIS Pharmaceuticals, que inhiben la señalización de Raf-1; inhibidores de TK no dirigidos a HER, tales como mesilato de imatinib (GLEEVEC®, disponible de Glaxo SmithKline); inhibidores de tirosina cinasa con múltiples dianas, tales como sunitinib (SUTENT®, disponible de Pfizer); inhibidores de tirosina cinasa para los receptores de VEGF, tales como vatalanib (PTK787/ZK222584, disponible de Novartis/Schering AG); inhibidor de cinasas I reguladas extracelularmente para MAPK CI-1040 (disponible de Pharmacia); quinazolinas, tales como PD 153035, 4-(3-doroanilino)quinazolina; piridopirimidinas; pirimidopirimidinas; pirrolopirimidinas, tales como CGP 59326, CGP 60261 y CGP 62706; pirazolopirimidinas, 4-(fenilamino)-7H-pirrolo[2,3-d]pirimidinas; curcumina (diferuloilmetano, 4,5-bis(4-fluoroanilino)ftalimida); tirfostinas que contienen restos nitrotiofeno; PD-0183805 (Warner-Lamber); moléculas antisentido (por ejemplo, las que se unen a ácido nucleico que codifica HER); quinoxalinas (patente de EE. UU. n.° 5.804.396); trifostinas (patente de EE. UU. n.° 5.804.396); ZD6474 (Astra Zeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); inhibidores de pan-HER, tales como CI-1033 (Pfizer); Affinitac (ISIS 3521; Isis/Lilly); mesilato de imatinib (GLEEVEC®); PKI 166 (Novartis); GW2016 (Glaxo SmithKline); CI-1033 (Pfizer); EKB-569 (Wyeth); semaxinib (Pfizer); ZD6474 (AstraZeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); INC-1C11 (Imclone), rapamicina (sirólimus, RAPAMUNE®); o como se describe en cualquiera de las siguientes publicaciones de patente: patente de EE. UU. n.° 5.804.396, documentos WO 1999/09016, WO 1998/43960, WO 1997/38983, WO 1999/06378, WO 1999/06396, WO 1996/30347, WO 1996/33978, WO 1996/3397 y WO 1996/33980.
El término "inhibidor de tirosina cinasa multidiana", como se usa en el presente documento, se refiere a un inhibidor de tirosina cinasa que inhibe múltiples (es decir, más de una) proteínas tirosina cinasa. Las proteínas tirosina cinasa pueden ser tirosina cinasas receptoras y/o tirosina cinasas celulares. Por ejemplo, el inhibidor de tirosina cinasa multidiana puede inhibir receptores del factor de crecimiento derivado de plaquetas (por ejemplo, PDGFR-aa, PDGFR-pp y/o PDGFR-ap), receptores de VEGF (por ejemplo, VEGFR1 y/o VEGFR2), CD117 (c-Kit), RET, CD114 y/o CD135. Inhibidores ejemplares de tirosina cinasa multidiana incluyen sunitinib (también conocido como N-[2-(dietilamino)etil]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-di hidro-3H-indol-3-iliden)metil]-2,4-dimetil-1 H-pirrol-3-carboxamida, s Ut ENT® o SU11248), SU6656, motesanib, sorafenib (por ejemplo, NEXEv Ar® o BAY439006), axitinib, afatinib, bosutinib, crizotinib, cabozantinib, dasatinib, entrectinib, pazopanib, lapatinib y vandetanib (también conocido como ZACTIMA® o ZD6474). Se debe entender que un inhibidor de tirosina cinasa multidiana que inhibe un receptor de VEGF también se puede considerar un inhibidor de VEGFR.
Los agentes quimioterápicos también incluyen dexametasona, interferones, colquicina, metoprina, ciclosporina, anfotericina, metronidazol, alemtuzumab, alitretinαna, alopurinol, amifostina, trióxido de arsénico, asparaginasa, BCG viva, bevacuzimab, bexaroteno, cladribina, clofarabina, darbepoetina alfa, denileucina, dexrazoxano, epoetina alfa, elotinib, filgrastim, acetato de histrelina, ibritumomab, interferón alfa-2a, interferón alfa-2b, lenalidomida, levamisol, mesna, metoxaleno, nandrolona, nelarabina, nofetumomab, oprelvecina, palifermina, pamidronato, pegademasa, pegaspargasa, pegfilgrastim, pemetrexed disódico, plicamicina, porfímero sódico, mepacrina, rasburicasa, sargramostim, temozolomida, VM-26, 6-TG, toremifeno, tretinona, ácido retinoico (ATRA), valrubicina, zoledronato y ácido zoledrónico y sales farmacéuticamente aceptables de los mismos.
El término "profármaco", como se usa en el presente documento, se refiere a un precursor o forma derivada de una sustancia farmacéuticamente activa que es menos citotóxica para células tumorales en comparación con el fármaco original y se puede activar o convertir enzimáticamente en la forma original más activa. Véanse, por ejemplo, Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) y Stella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery" Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985). Los profármacos de la presente invención incluyen, pero no se limitan a, profármacos que contienen fosfato, profármacos que contienen tiofosfato, profármacos que contienen sulfato, profármacos que contienen péptidos, profármacos modificados con aminoácidos D, profármacos glucosilados, profármacos que contienen p-lactama, profármacos que contienen fenoxiacetamida opcionalmente sustituida o profármacos que contienen fenilacetamida opcionalmente sustituida, 5-fluorocitosina y otros profármacos de 5-fluorouridina que se pueden convertir en el fármaco libre citotóxico más activo. Los ejemplos de fármacos citotóxicos que se pueden derivatizar en una forma de profármaco para su uso en la presente invención incluyen, pero no se limitan a, los agentes quimioterápicos descritos anteriormente.
Un "agente inhibidor del crecimiento", cuando se usa en el presente documento, se refiere a un compuesto o composición que inhibe el crecimiento y/o proliferación de una célula (por ejemplo, una célula cuyo crecimiento depende de la expresión de PD-L1) tanto in vitro como in vivo. Por tanto, el agente inhibidor del crecimiento puede ser uno que reduce significativamente el porcentaje de células en fase S. Los ejemplos de agentes inhibidores del crecimiento incluyen agentes que bloquean la progresión del ciclo celular (en un lugar distinto de la fase S), tales como agentes que inducen la interrupción de G1 y la interrupción de la fase M. Los bloqueantes clásicos de la fase M incluyen las vincas (vincristina y vinblastina), taxanos e inhibidores de la topoisomerasa II, tales como el antibiótico de antraciclina doxorubicina ((8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-tridesoxi-a-L-lixo-hexapiranosil)oxi]-7,8,9,10-tetrahidro-6,8,11-trihidroxi-8-(hidroxiacetil)-1-metoxi-5,12-naftacenodiona), epirubicina, daunorubicina, etopósido y bleomicina. Los agentes que interrumpen la G1 también actúan sobre la interrupción de la fase S, por ejemplo, agentes alquilantes de ADN tales como tamoxifeno, prednisona, dacarbacina, mecloretamina, cisplatino, metotrexato, 5-fluoruracilo y Ara-C. Se puede encontrar información adicional en The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn and Israel, eds., capítulo 1, titulado "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" por Murakami et al. (WB Saunders: Filadelfia, 1995), en especial p. 13. Los taxanos (paclitaxel y docetaxel) son fármacos antineoplásicos derivados ambos del árbol del tejo. Docetaxel (TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer), derivado del tejo europeo, es un análogo semisintético de paclitaxel (TAXOL®, Bristol-Myers Squibb). Paclitaxel y docetaxel promueven el ensamblaje de microtúbulos a partir de dímeros de tubulina y estabilizan los microtúbulos previniendo la despolimerización, lo que da como resultado la inhibición de mitosis en células.
Por "radioterapia" se quiere decir el uso de rayos gamma o rayos beta dirigidos para inducir suficiente daño en una célula para limitar su capacidad de funcionar normalmente o para destruir la célula por completo. Se apreciará que existen muchas formas conocidas en la técnica para determinar la dosificación y duración del tratamiento. Los tratamientos típicos se dan como una administración en una sola dosis y las dosificaciones típicas varían de 10 a 200 unidades (Gy) por día.
El término "formulación farmacéutica" se refiere a una preparación que está en una forma tal que permite que la actividad biológica de un ingrediente activo contenido en la misma sea eficaz, y que no contiene ningún componente adicional que sea inaceptablemente tóxico para un paciente al que se le administraría la formulación.
Un "vehículo farmacéuticamente aceptable" se refiere a un ingrediente en una formulación farmacéutica, distinto de un ingrediente activo, que no es tóxico para un paciente. Un vehículo farmacéuticamente aceptable incluye, pero no se limita a, un tampón, excipiente, estabilizante o conservante.
El término "prospecto del envase" se usa para referirse a las instrucciones incluidas habitualmente en envases comerciales de productos terapéuticos que contienen información sobre las indicaciones, uso, dosificación, administración, politerapia, contraindicaciones y/o advertencias en relación con el uso de dichos productos terapéuticos.
Una formulación "estéril" es aséptica o exenta de cualquier microorganismo vivo y de sus esporas.
Un "artículo de fabricación" es cualquier elemento de fabricación (por ejemplo, un envase o recipiente) o kit que comprende al menos un reactivo, por ejemplo, un medicamento para el tratamiento de una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer), o una sonda para detectar específicamente un biomarcador descrito en el presente documento. En determinados aspectos de la divulgación, el elemento de fabricación o kit se promociona, distribuye o vende como una unidad para realizar los procedimientos descritos en el presente documento.
El término "molécula pequeña" se refiere a cualquier molécula con un peso molecular de aproximadamente 2000 daltons o menos, preferentemente, de aproximadamente 500 daltons o menos.
La palabra "marcador", cuando se usa en el presente documento, se refiere a un compuesto o composición que se conjuga o fusiona directa o indirectamente con un reactivo tal como una sonda de polinucleótidos o un anticuerpo y facilita la detección del reactivo con el que se conjuga o fusiona. El marcador en sí mismo puede ser detectable (por ejemplo, marcadores de radioisótopos o marcadores fluorescentes) o, en el caso de un marcador enzimático, puede catalizar la alteración química de un compuesto o composición de sustrato que es detectable. El término pretende englobar el marcado directo de una sonda o anticuerpo mediante el acoplamiento (es decir, la unión física) de una sustancia detectable a la sonda o anticuerpo, así como el marcado indirecto de la sonda o anticuerpo por reactividad con otro reactivo que se marca directamente. Los ejemplos de marcado indirecto incluyen la detección de un anticuerpo primario usando un anticuerpo secundario marcado con fluorescencia y el marcado de extremos de una sonda de ADN con biotina de modo que se pueda detectar con estreptavidina marcada con fluorescencia.
El término "anticuerpo" se usa en el sentido más amplio y cubre específicamente anticuerpos monoclonales (incluyendo anticuerpos monoclonales de longitud completa), anticuerpos policlonales, anticuerpos multiespecíficos (por ejemplo, anticuerpos biespecíficos) y fragmentos de anticuerpo, siempre que presenten la actividad biológica deseada.
Los "anticuerpos naturales" son normalmente glucoproteínas heterotetraméricas de aproximadamente 150.000 dalton, compuestas por dos cadenas ligeras (L) idénticas y dos cadenas pesadas (H) idénticas. Cada cadena ligera se enlaza a una cadena pesada mediante un enlace disulfuro covalente, aunque el número de enlaces disulfuro varía entre las cadenas pesadas de isotipos de inmunoglobulina diferentes. Cada cadena pesada y ligera también tiene puentes disulfuro intracatenarios espaciados regularmente. Cada cadena pesada tiene en un extremo un dominio variable (VH) seguido de una serie de dominios constantes. Cada cadena ligera tiene un dominio variable (VL) en un extremo y un dominio constante en su otro extremo; el dominio constante de la cadena ligera se alinea con el primer dominio constante de la cadena pesada y el dominio variable de la cadena ligera se alinea con el dominio variable de la cadena pesada. Se cree que residuos aminoacídicos particulares forman una interfase entre los dominios variables de la cadena ligera y de la cadena pesada.
Un anticuerpo "aislado" es uno que se ha identificado y separado y/o recuperado de un componente de su entorno natural. Los componentes contaminantes de su entorno natural son materiales que interferirían en usos de investigación, diagnóstico y/o terapéuticos del anticuerpo, y pueden incluir enzimas, hormonas y otros solutos proteínicos o no proteínicos. En algunos aspectos de la divulgación, un anticuerpo se purifica (1) hasta más de un 95 % en peso de anticuerpo como se determina, por ejemplo, por el procedimiento de Lowry, y en algunos aspectos de la divulgación, hasta más de un 99 % en peso; (2) hasta un grado suficiente para obtener al menos 15 residuos de la secuencia de aminoácidos N terminal o interna por el uso, por ejemplo, de un secuenciador de vaso giratorio o (3) hasta homogeneidad por SDS-PAGE en condiciones reductoras o no reductoras usando, por ejemplo, tinción con azul de Coomassie o plata. El anticuerpo aislado incluye el anticuerpo in situ dentro de células recombinantes, puesto que al menos un componente del entorno natural del anticuerpo no estará presente. Habitualmente, sin embargo, un anticuerpo aislado se preparará por al menos una etapa de purificación.
Un anticuerpo "de bloqueo" o un anticuerpo "antagonista" es uno que inhibe o reduce la actividad biológica del antígeno al que se une. Por ejemplo, un anticuerpo antagonista específico de VEGF se une a VEGF e inhibe la capacidad de VEGF para inducir la proliferación de células endoteliales vasculares. Los anticuerpos bloqueantes o anticuerpos antagonistas preferentes inhiben completamente la actividad biológica del antígeno.
A menos que se indique de otro modo, la expresión "anticuerpo multivalente" se usa por toda esta memoria descriptiva para indicar un anticuerpo que comprende tres o más sitios de unión a antígeno. El anticuerpo multivalente preferentemente se genomanipula para que tenga los tres o más sitios de unión a antígeno y, en general, no es un anticuerpo IgM o IgA de secuencia natural.
Las "cadenas ligeras" de los anticuerpos (inmunoglobulinas) de cualquier especie de mamífero se pueden asignar a uno de dos tipos claramente distintos, denominados kappa ("k") y lambda ("A"), basados en las secuencias de aminoácidos de sus dominios constantes.
El término "dominio constante" se refiere a la parte de una molécula de inmunoglobulina que tiene una secuencia de aminoácidos más conservada con respecto a la otra parte de la inmunoglobulina, el dominio variable, que contiene el sitio de unión al antígeno. El dominio constante contiene los dominios CH1, CH2 y CH3 (conjuntamente, CH) de la cadena pesada y el dominio CHL (o CL) de la cadena ligera.
La "región variable" o el "dominio variable" de un anticuerpo se refiere a los dominios aminoterminales de la cadena pesada o ligera del anticuerpo. El dominio variable de la cadena pesada se puede denominar "VH". El dominio variable de la cadena ligera se puede denominar "VL". Estos dominios son, en general, las partes más variables de un anticuerpo y contienen los sitios de unión a antígeno.
El término "variable" se refiere al hecho de que determinados segmentos de los dominios variables difieren extensamente en secuencia entre los anticuerpos. El dominio variable o "V" media en la unión a antígeno y define la especificidad de un anticuerpo particular por su antígeno particular. Sin embargo, la variabilidad no se distribuye uniformemente entre todos los dominios variables. En cambio, las regiones V consisten en tramos relativamente invariables llamados regiones estructurales (FR) de 15-30 aminoácidos separados por regiones más cortas de variabilidad en extremo llamadas "regiones hipervariables" que tienen cada una 9-12 aminoácidos de longitud. El término "región hipervariable" o "HVR" cuando se usa en el presente documento se refiere a los residuos de aminoácido de un anticuerpo que son responsables de la unión a antígeno. La región hipervariable comprende, en general, los residuos de aminoácido, por ejemplo, de alrededor de aproximadamente los residuos 24-34 (L1), 50­ 56 (L2) y 89-97 (L3) en la VL, y alrededor de aproximadamente los residuos 26-35 (H1), 49-65 (H2) y 95-102 (H3) en la VH (en un aspecto de la divulgación, H1 es de alrededor de aproximadamente los residuos 31-35); Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991) y/o los residuos de un "bucle hipervariable" (por ejemplo, los residuos 26-32 (L1), 50-52 (L2) y 91-96 (L3) en la VL y 26-32 (H1), 53-55 (H2) y 96-101 (H3) en la VH); Chothia y Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987). Los dominios variables de las cadenas pesada y ligera naturales comprenden cada uno cuatro FR, adoptando en gran medida una configuración de lámina beta, conectadas por tres regiones hipervariables, que forman bucles que conectan y, en algunos casos, forman parte de la estructura de lámina beta. Las regiones hipervariables en cada cadena se mantienen unidas en estrecha proximidad mediante las FR y, con las regiones hipervariables de la otra cadena, contribuyen a la formación del sitio de unión a antígeno de los anticuerpos (véase Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)). En consecuencia, las secuencias de HVR y FR aparecen, en general, en la siguiente secuencia en VH (o VL): FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4. Los dominios constantes no están implicados directamente en la unión de un anticuerpo a un antígeno, pero presentan diversas funciones efectoras, tales como la participación del anticuerpo en la citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC).
Una "región estructural humana aceptora" para los propósitos en el presente documento es una región estructural que comprende la secuencia de aminoácidos de una región estructural del dominio variable de la cadena ligera (VL) o una región estructural del dominio variable de la cadena pesada (VH) derivada de una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana, como se define a continuación. Una región estructural humana aceptora "derivada de" una región estructural de inmunoglobulina humana o una región estructural consenso humana puede comprender la misma secuencia de aminoácidos de la misma, o puede contener cambios en la secuencia de aminoácidos. En algunos aspectos de la divulgación, el número de cambios de aminoácidos es de 10 o menos, 9 o menos, 8 o menos, 7 o menos, 6 o menos, 5 o menos, 4 o menos, 3 o menos o 2 o menos. En algunos aspectos de la divulgación, la región estructural humana aceptora de VL es idéntica en secuencia a la secuencia de la región estructural de inmunoglobulina humana de VL o la secuencia de la región estructural consenso humana.
El término "región hipervariable", "HVR" o "HV", como se usa en el presente documento, se refiere a las regiones de un dominio variable de anticuerpo que son de secuencia hipervariable y/o forman bucles estructuralmente definidos. En general, los anticuerpos comprenden seis HVR; tres en el VH (H1, H2, H3) y tres en el VL (L1, L2, L3). En anticuerpos naturales, H3 y L3 presentan la mayor diversidad de las seis HVR, y se cree que H3 en particular desempeña un papel exclusivo al conferir una especificidad precisa a los anticuerpos. Véanse, por ejemplo, Xu et al., Immunity 13:37-45 (2000); Johnson y Wu, en Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003). De hecho, los anticuerpos de camélido naturales que consisten solo en una cadena pesada son funcionales y estables en ausencia de cadena ligera. Véanse, por ejemplo, Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448 (1993); Sheriff et al., Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996).
Varias delimitaciones de HVR están en uso y se engloban en el presente documento. Las regiones determinantes de la complementariedad (CDR) de Kabat se basan en la variabilidad de secuencia y son las usadas más comúnmente (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). Chothia se refiere, en cambio, a la localización de los bucles estructurales (Chothia y Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)). Las HVR de AbM representan un término medio entre las HVR de Kabat y los bucles estructurales de Chothia, y se usan por el programa informático de modelado de anticuerpos AbM de Oxford Molecular. Las HVR de "contacto" se basan en un análisis de las estructuras cristalinas complejas disponibles. Los residuos de cada una de estas HVR se indican a continuación.
Bucle Kabat AbM Chothia Contacto
L1 L24-L34 L24-L34 L26-L32 L30-L36
L2 L50-L56 L50-L56 L50-L52 L46-L55
L3 L89-L97 L89-L97 L91-L96 L89-L96
H1 H31-H35b H26-H35b H26-H32 H30-H35b (numeración de Kabat)
H1 H31-H35 H26-H35 H26-H32 H30-H35 (numeración de Chothia)
H2 H50-H65 H50-H58 H53-H55 H47-H58
H3 H95-H102 H95-H102 H96-H101 H93-H101
Las HVR pueden comprender "HVR extendidas" como sigue: 24-36 o 24-34 (L1), 46-56 o 50-56 (L2) y 89-97 o 89­ 96 (L3) en el VL y 26-35 (H1), 50-65 o 49-65 (H2) y 93-102, 94-102, o 95-102 (H3) en el VH. Los residuos del dominio variable se enumeran de acuerdo con Kabat et al., supra, para cada una de estas definiciones.
Los residuos "estructurales" o "FR" son aquellos residuos del dominio variable diferentes de los residuos de HVR, como se definen en el presente documento.
Una "región estructural consenso humana" es una región estructural que representa los residuos aminoacídicos que se producen lo más comúnmente en una selección de secuencias de la región estructural de VL o VH de inmunoglobulina humana. En general, la selección de secuencias de VL o VH de inmunoglobulina humana es de un subgrupo de secuencias del dominio variable. En general, el subgrupo de secuencias es un subgrupo como en Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, quinta edición, publicación del NIH 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3.
En un aspecto de la divulgación, para el VL, el subgrupo es el subgrupo kappa I como en Kabat et al., supra. En un aspecto de la divulgación, para el VH, el subgrupo es el subgrupo III como en Kabat et al., supra.
El término "numeración de residuos de dominio variable según Kabat" o "numeración de posiciones aminoacídicas según Kabat", y variaciones del mismo, se refiere al sistema de numeración usado para dominios variables de la cadena pesada o dominios variables de la cadena ligera de la compilación de anticuerpos en Kabat et al., supra. Usando este sistema de numeración, la secuencia de aminoácidos lineal real puede contener menos aminoácidos o adicionales correspondientes a un acortamiento de o inserción en una FR o HVR del dominio variable. Por ejemplo, un dominio variable de cadena pesada puede incluir un único inserto de aminoácido (residuo 52a de acuerdo con Kabat) después del residuo 52 de h 2 y residuos insertados (por ejemplo, residuos 82a, 82b y 82c, etc. de acuerdo con Kabat) después del residuo 82 de FR de cadena pesada. La numeración de Kabat de los residuos se puede determinar para un anticuerpo dado por alineación en regiones de homología de la secuencia del anticuerpo con una secuencia numerada por Kabat "estándar".
El sistema de numeración de Kabat se usa en general cuando se hace referencia a un residuo en el dominio variable (aproximadamente los residuos 1-107 de la cadena ligera y los residuos 1-113 de la cadena pesada) (por ejemplo, Kabat et al., Sequences of Immunological Interest. 5.a ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). El "sistema de numeración EU" o "índice EU" se usa, en general, cuando se hace referencia a un residuo en una región constante de la cadena pesada de inmunoglobulina (por ejemplo, el índice EU que se informa en Kabat et al., supra). El "índice EU como en Kabat" se refiere a la numeración de residuos del anticuerpo EU IgG1 humano. A menos que se establezca de otro modo en el presente documento, las referencias a números de residuo en el dominio variable de los anticuerpos quieren decir la numeración de residuos por el sistema de numeración de Kabat. A menos que se establezca de otro modo en el presente documento, las referencias a números de residuo en el dominio constante de los anticuerpos significan la numeración de residuos por el sistema de numeración EU (por ejemplo, véase la solicitud provisional de Estados Unidos n.° 60/640.323, figuras para la numeración EU).
A menos que se indique de otro modo, los residuos de HVR y otros residuos en el dominio variable (por ejemplo, los residuos de FR) se numeran en el presente documento de acuerdo con Kabat et al., supra.
La expresiones "anticuerpo de longitud completa", "anticuerpo inalterado" y "anticuerpo completo" se usan de manera intercambiable en el presente documento para referirse a un anticuerpo en su forma sustancialmente inalterada, no a fragmentos de anticuerpo como se define a continuación. Las expresiones se refieren en particular a un anticuerpo con cadenas pesadas que contienen una región Fc.
Los "fragmentos de anticuerpo" comprenden una parte de un anticuerpo inalterado, que comprende preferentemente la región de unión a antígeno del mismo. En algunos aspectos de la divulgación, el fragmento de anticuerpo descrito en el presente documento es un fragmento de unión a antígeno. Los ejemplos de fragmentos de anticuerpo incluyen fragmentos Fab, Fab', F(ab')2 y Fv; diacuerpos; anticuerpos lineales; moléculas de anticuerpo de cadena simple; y anticuerpos multiespecíficos formados a partir de fragmentos de anticuerpo.
La digestión con papaína de los anticuerpos produce dos fragmentos de unión a antígeno idénticos, llamados fragmentos "Fab", cada uno con un sitio de unión a antígeno único, y un fragmento "Fc" residual, cuyo nombre refleja su capacidad de cristalizar fácilmente. El tratamiento con pepsina produce un fragmento F(ab')2 que tiene dos sitios de combinación con antígeno y todavía se puede reticular con el antígeno.
El término "región Fc" en el presente documento se usa para definir una región C terminal de una cadena pesada de inmunoglobulina que contiene al menos una porción de la región constante. El término incluye regiones Fc de secuencia natural y regiones Fc variantes. En un aspecto de la divulgación, una región Fc de la cadena pesada de IgG humana se extiende de Cys226, o de Pro230, al extremo carboxílico de la cadena pesada. Sin embargo, la lisina C terminal (Lys447) de la región Fc puede o no estar presente. A menos que se especifique de otro modo en el presente documento, la numeración de los residuos de aminoácido en la región Fc o región constante es de acuerdo con el sistema de numeración EU, también llamado índice EU, como se describe en Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5.a ed., Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991).
Las "funciones efectoras" se refieren a las actividades biológicas atribuibles a la región Fc de un anticuerpo, que varían con el isotipo del anticuerpo. Los ejemplos de funciones efectoras de anticuerpo incluyen: unión a C1q y citotoxicidad dependiente del complemento (CDC); unión al receptor de Fc; citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos (ADCC); fagocitosis; regulación por disminución de receptores de superficie celular (por ejemplo, receptor de linfocitos B); y activación de linfocitos B.
"Fv" es el fragmento de anticuerpo mínimo que contiene un sitio de unión a antígeno completo. En un aspecto de la divulgación, una especie de Fv bicatenario consiste en un dímero de un dominio variable de la cadena pesada y uno de la ligera en asociación estrecha no covalente. En una especie de Fv monocatenario (scFv) se pueden enlazar covalentemente un dominio variable de la cadena pesada y uno de la ligera mediante un conector peptídico flexible, de modo que las cadenas ligera y pesada se puedan asociar en una estructura "dimérica" análoga a la de una especie de Fv bicatenario. Es en esta configuración en la que las tres HVR de cada dominio variable interactúan para definir un sitio de unión a antígeno en la superficie del dímero VH-VL. Conjuntamente, las seis HVR confieren especificidad de unión a antígeno al anticuerpo. Sin embargo, incluso un único dominio variable (o la mitad de un Fv que comprende solo tres HVR específicas para un antígeno) tiene la capacidad de reconocer y unirse al antígeno, aunque con una afinidad menor que el sitio de unión completo.
El fragmento Fab contiene los dominios variables de la cadena pesada y ligera y también contiene el dominio constante de la cadena ligera y el primer dominio constante (CH1) de la cadena pesada. Los fragmentos Fab' difieren de los fragmentos Fab por la adición de unos pocos residuos en el extremo carboxílico del dominio CH1 de la cadena pesada, incluyendo una o más cisteínas de la región bisagra del anticuerpo. Fab'-SH es la designación en el presente documento para un Fab' en el que el/los residuo(s) de cisteína de los dominios constantes portan un grupo tiol libre. Los fragmentos de anticuerpo F(ab')2 se produjeron originalmente como pares de fragmentos Fab' que tienen cisteínas bisagra entre ellos. También son conocidos otros acoplamientos químicos de fragmentos de anticuerpo.
Los fragmentos de anticuerpo "Fv monocatenarios" o "scFv" comprenden los dominios VH y VL del anticuerpo, en los que estos dominios están presentes en una única cadena polipeptídica. En general, el polipéptido scFv comprende además un conector polipeptídico entre los dominios VH y VL lo que permite que el scFv forme la estructura deseada para la unión a antígeno. Para una revisión de los scFv, véase, por ejemplo, Pluckthün, en The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds. (Springer-Verlag, Nueva York, 1994), pp. 269-315.
El término "anticuerpo multiespecífico" se usa en el sentido más amplio y cubre específicamente un anticuerpo que comprende un dominio variable de la cadena pesada (VH) y un dominio variable de la cadena ligera (VL), donde la unidad VH-VL tiene especificidad poliepitópica (es decir, se puede unir a dos epítopos diferentes en una molécula biológica o a cada epítopo en una molécula biológica diferente). Dichos anticuerpos multiespecíficos incluyen, pero no se limitan a, anticuerpos de longitud completa, anticuerpos que tienen dos o más dominios VL y VH, fragmentos de anticuerpo tales como Fab, Fv, dsFv, scFv, diacuerpos, diacuerpos y triacuerpos biespecíficos, fragmentos de anticuerpo que se han enlazado covalentemente o no covalentemente. "Especificidad poliepitópica" se refiere a la capacidad de unirse específicamente a dos o más epítopos diferentes en la(s) misma(s) diana(s) o diferente(s). "Doble especificidad" o "biespecificidad" se refiere a la capacidad de unirse específicamente a dos epítopos diferentes en la(s) misma(s) diana(s) o diferente(s). Sin embargo, al contrario que los anticuerpos biespecíficos, los anticuerpos de doble especificidad tienen dos brazos de unión a antígeno que son idénticos en su secuencia de aminoácidos y cada brazo Fab puede reconocer a dos antígenos. La doble especificidad permite a los anticuerpos interactuar con alta afinidad con dos antígenos diferentes como una única molécula de Fab o IgG. De acuerdo con un aspecto de la divulgación, el anticuerpo multiespecífico en una forma IgG1 se une a cada epítopo con una afinidad de 5 μjM a 0,001 pM, de 3 μ M a 0,001 pM, de 1 μ M a 0,001 pM, de 0,5 μ M a 0,001 pM o de 0,1 μ M a 0,001 pM. "Monoespecífico" se refiere a la capacidad de unirse solo a un epítopo.
El término "diacuerpos" se refiere a fragmentos de anticuerpo con dos sitios de unión a antígeno, comprendiendo los fragmentos un dominio variable de la cadena pesada (VH) conectado a un dominio variable de la cadena ligera (VL) en la misma cadena polipeptídica (VH-VL). Usar un conector que es demasiado corto para permitir el emparejamiento entre los dos dominios en la misma cadena fuerza el emparejamiento de los dominios con los dominios complementarios de otra cadena y crea dos sitios de unión a antígeno. Los diacuerpos pueden ser bivalentes o biespecíficos. Los diacuerpos se describen más completamente, por ejemplo, en los documentos EP 404.097; WO 1993/01161; Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); y Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993). También se describen triacuerpos y tetracuerpos en Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003).
La "clase" de un anticuerpo se refiere al tipo de dominio constante o región constante poseído por su cadena pesada. Existen cinco clases principales de anticuerpos: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, y varias de estas se pueden dividir además en subclases (isotipos), por ejemplo, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2. Los dominios constantes de cadena pesada que se corresponden con las diferentes clases de anticuerpos se llaman a, 5, £, y y J, respectivamente.
El término "anticuerpo monoclonal", como se usa en el presente documento, se refiere a un anticuerpo obtenido a partir de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, por ejemplo, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos excepto por posibles mutaciones, por ejemplo, mutaciones naturales, que pueden estar presentes en cantidades menores. Por tanto, el modificador "monoclonal" indica que el carácter del anticuerpo no es una mezcla de distintos anticuerpos. En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo monoclonal de este tipo incluye típicamente un anticuerpo que comprende una secuencia polipeptídica que se une a una diana, en el que la secuencia polipeptídica de unión a diana se obtuvo por un procedimiento que incluye la selección de una secuencia polipeptídica de unión a diana única de una pluralidad de secuencias polipeptídicas. Por ejemplo, el procedimiento de selección puede ser la selección de un clon único de una pluralidad de clones, tal como un grupo de clones de hibridoma, clones de fago o clones de ADN recombinante. Se debe entender que se puede alterar además una secuencia de unión a diana seleccionada, por ejemplo, para mejorar la afinidad por la diana, para humanizar la secuencia de unión a diana, para mejorar su producción en cultivo celular, para reducir su inmunogenicidad in vivo, para crear un anticuerpo multiespecífico, etc., y que un anticuerpo que comprende la secuencia de unión a diana alterada también es un anticuerpo monoclonal de la presente invención. En contraste con las preparaciones de anticuerpos policlonales, que típicamente incluyen diferentes anticuerpos dirigidos contra diferentes determinantes (epítopos), cada anticuerpo monoclonal de una preparación de anticuerpos monoclonales se dirige contra un determinante individual en un antígeno. Además de su especificidad, las preparaciones de anticuerpos monoclonales son ventajosas ya que típicamente no están contaminadas por otras inmunoglobulinas.
El modificador "monoclonal" indica el carácter del anticuerpo que se obtiene de una población sustancialmente homogénea de anticuerpos, y no se debe interpretar que requiera la producción del anticuerpo por algún procedimiento particular. Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales que se van a usar de acuerdo con la invención se pueden producir mediante una variedad de técnicas, que incluyen, por ejemplo, el procedimiento del hibridoma (por ejemplo, Kohler y Milstein, Nature, 256:495-97 (1975); Hongo et al., Hybridoma, 14 (3): 253-260 (1995), Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2.a ed. 1988); Hammerling et al., en: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)), procedimientos de ADN recombinante (véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.816.567), tecnologías de presentación en fagos (véase, por ejemplo, Clackson et al., Nature, 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004; Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004; Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004; y Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004, y tecnologías para producir anticuerpos humanos o humanizados en animales que tienen parte o la totalidad de los locus de inmunoglobulina humana o genes que codifican secuencias de inmunoglobulina humana (véanse, por ejemplo, los documentos WO 1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551, 1993; Jakobovits et al., Nature 362: 255- 258, 1993; Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993); las patentes de EE. UU. n.° 5.545.807; 5.545.806; 5.569.825; 5.625.126; 5.633.425; y 5.661.016; Marks et al., Bio/Technology 10: 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368: 856-859, 1994; Morrison, Nature 368: 812-813, 1994; Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851, 1996; Neuberger, Nature Biotechnol.
14: 826, 1996; y Lonberg et al., Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93, 1995.
Los anticuerpos monoclonales en el presente documento incluyen específicamente anticuerpos "quiméricos" en los que una porción de la cadena pesada y/o ligera es idéntica u homóloga a las secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de una especie particular o que pertenecen a una clase o subclase de anticuerpo particular, mientras que el resto de la(s) cadena(s) es idéntico u homólogo a las secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de otra especie o que pertenecen a otra clase o subclase de anticuerpo, así como fragmentos de dichos anticuerpos, siempre que presenten la actividad biológica deseada (véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.816.567; y Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)). Los anticuerpos quiméricos incluyen anticuerpos PRIMATIZED® en los que la región de unión a antígeno del anticuerpo se deriva de un anticuerpo producido, por ejemplo, por la inmunización de macacos con el antígeno de interés.
Un "anticuerpo humano" es uno que posee una secuencia de aminoácidos que corresponde a la de un anticuerpo producido por un ser humano o una célula humana o derivado de una fuente no humana que utiliza repertorios de anticuerpos humanos u otras secuencias que codifican anticuerpos humanos. Esta definición de un anticuerpo humano excluye específicamente un anticuerpo humanizado que comprende residuos de unión a antígeno no humanos.
Las formas "humanizadas" de anticuerpos no humanos (por ejemplo, de roedor) son anticuerpos quiméricos que contienen una secuencia mínima derivada del anticuerpo no humano. En su mayor parte, los anticuerpos humanizados son inmunoglobulinas humanas (anticuerpo receptor) en las que los residuos de una región hipervariable del receptor se reemplazan por residuos de una región hipervariable de una especie no humana (anticuerpo donante), tal como ratón, rata, conejo o primate no humano, que tiene la especificidad, afinidad y capacidad de anticuerpo deseadas. En algunos casos, se reemplazan residuos de FR de la inmunoglobulina humana por residuos no humanos correspondientes. Además, los anticuerpos humanizados pueden comprender residuos que no se encuentran en el anticuerpo receptor ni en el anticuerpo donante. Estas modificaciones se realizan para refinar adicionalmente el comportamiento del anticuerpo. En general, el anticuerpo humanizado comprenderá sustancialmente todos de al menos uno, y típicamente dos, dominios variables en los que todos o sustancialmente todos los bucles hipervariables corresponden a los de una inmunoglobulina no humana y todas o sustancialmente todas las FR son las de una secuencia de inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado opcionalmente también comprenderá al menos una porción de una región constante (Fc) de inmunoglobulina, típicamente la de una inmunoglobulina humana. Para otros detalles, véase Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); y Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596, 1992.
Una secuencia "natural (WT)" o "de referencia" o la secuencia de una proteína/polipéptido "natural" o "de referencia", tal como una HVR o un dominio variable de un anticuerpo de referencia, puede ser la secuencia de referencia de la que se derivan polipéptidos variantes a través de la introducción de mutaciones. En general, la secuencia "natural" para una proteína dada es la secuencia que es más común en la naturaleza. De forma similar, una secuencia génica "natural" es la secuencia para ese gen que se encuentra más comúnmente en la naturaleza. Se pueden introducir mutaciones en un gen "natural" (y, por tanto, en la proteína que lo codifica) a través de procesos naturales o bien a través de medios inducidos por el hombre. Los productos de dichos procesos son formas "variantes" o "mutantes" de la proteína o gen "natural" original.
Una "variante" o "mutante" de un polipéptido de partida o de referencia (por ejemplo, un anticuerpo de referencia o su(s) dominio(s) variable(s)/HVR) es un polipéptido que (1) tiene una secuencia de aminoácidos diferente de la del polipéptido de partida o de referencia y (2) se derivó del polipéptido de partida o de referencia a través de mutagénesis natural o bien artificial (realizada por el hombre). Dichas variantes incluyen, por ejemplo, deleciones de y/o inserciones en y/o sustituciones de residuos dentro de la secuencia de aminoácidos del polipéptido de interés, denominadas en el presente documento "alteraciones de residuos aminoacídicos". Por tanto, una HVR variante se refiere a una HVR que comprende una secuencia variante con respecto a una secuencia de polipéptido de partida o de referencia (tal como la de un anticuerpo fuente o fragmento de unión a antígeno). Una alteración de residuo aminoacídico, en este contexto, se refiere a un aminoácido diferente del aminoácido en la posición correspondiente en una secuencia polipeptídica de partida o de referencia (tal como la de un anticuerpo de referencia o fragmento del mismo). Se puede realizar cualquier combinación de deleción, inserción y sustitución para llegar a la variante o construcción mutante final, siempre que la construcción final posea las características funcionales deseadas. Los cambios de aminoácidos también pueden alterar los procedimientos postraduccionales del polipéptido, tales como cambiar el número o la posición de sitios de glucosilación.
"Afinidad" se refiere a la intensidad de la suma total de las interacciones no covalentes entre un único sitio de unión de una molécula (por ejemplo, un anticuerpo) y su compañero de unión (por ejemplo, un antígeno). A menos que se indique de otro modo, como se usa en el presente documento, "afinidad de unión" se refiere a la afinidad de unión intrínseca que refleja una interacción 1:1 entre miembros de un par de unión (por ejemplo, anticuerpo y antígeno). La afinidad de una molécula X por su compañero Y se puede representar en general por la constante de disociación (Kd). Se puede medir la afinidad por procedimientos comunes conocidos en la técnica, incluyendo los descritos en el presente documento. Los aspectos ilustrativos y ejemplares específicos de la divulgación para medir la afinidad de unión se describen en el presente documento.
Con respecto a la unión de un anticuerpo con una molécula diana, el término "unión específica" o "se une específicamente a" o es "específico para" un polipéptido particular o un epítopo en una diana polipeptídica particular significa que la unión es diferente de forma mensurable de una interacción no específica. La unión específica se puede medir, por ejemplo, determinando la unión de una molécula en comparación con la unión de una molécula de control. Por ejemplo, se puede determinar la unión específica por competencia con una molécula de control que sea similar a la diana, por ejemplo, un exceso de diana no marcada. En este caso, se indica la unión específica si la unión de la diana marcada a una sonda se inhibe de forma competitiva por un exceso de diana no marcada. El término "unión específica" o "se une específicamente a" o es "específico para" un polipéptido particular o un epítopo en una diana polipeptídica particular como se usa en el presente documento se puede presentar, por ejemplo, por una molécula que tenga una Kd para la diana de 10-4 M o menor, de forma alternativa de 10-5 M o menor, de forma alternativa de 10-6 M o menor, de forma alternativa de 10-7 M o menor, de forma alternativa de 10-8 M o menor, de forma alternativa de 10-9 M o menor, de forma alternativa de 10-10 M o menor, de forma alternativa de 10-11 M o menor, de forma alternativa de 10-12 M o menor o una Kd en el intervalo de 10-4 M a 10-6 M o de 10-6 M a 10-10 M o de 10-7 M a 10-9 M. Como se apreciará por el experto en la técnica, los valores de afinidad y de Kd están inversamente relacionados. Una alta afinidad por un antígeno se mide por un bajo valor de Kd. En un aspecto de la divulgación, el término "unión específica" se refiere a la unión donde una molécula se une a un polipéptido particular o epítopo en un polipéptido particular sin unirse sustancialmente a ningún otro polipéptido o epítopo de polipéptido.
Un anticuerpo "madurado en afinidad" se refiere a un anticuerpo con una o más alteraciones en una o más regiones hipervariables (HVR), en comparación con un anticuerpo original que no posee dichas alteraciones, dando como resultado dichas alteraciones una mejora en la afinidad del anticuerpo por el antígeno.
Un "anticuerpo que se une al mismo epítopo" que un anticuerpo de referencia se refiere a un anticuerpo que bloquea la unión del anticuerpo de referencia a su antígeno en un ensayo de competencia en un 50 % o más y, a la inversa, el anticuerpo de referencia bloquea la unión del anticuerpo a su antígeno en un ensayo de competencia en un 50 % o más.
Un "inmunoconjugado" es un anticuerpo conjugado con una o más moléculas heterólogas, incluyendo pero sin limitarse a un agente citotóxico.
Como se usa en el presente documento, el término "inmunoadhesina" designa moléculas similares a anticuerpo que combinan la especificidad de unión de una proteína heteróloga (una "adhesina") con las funciones efectoras de los dominios constantes de inmunoglobulina. Estructuralmente, las inmunoadhesinas comprenden una fusión de una secuencia de aminoácidos con la especificidad de unión deseada que es distinta del sitio de reconocimiento y unión a antígeno de un anticuerpo (es decir, es "heteróloga"), y una secuencia de dominio constante de inmunoglobulina. La parte de adhesina de una molécula de inmunoadhesina es típicamente una secuencia de aminoácidos contiguos que comprende al menos el sitio de unión de un receptor o un ligando. La secuencia del dominio constante de inmunoglobulina en la inmunoadhesina se puede obtener a partir de cualquier inmunoglobulina, tal como los subtipos IgG1, IgG2 (incluyendo IgG2A e IgG2B), IgG3 o IgG4, IgA (incluyendo IgA1 e IgA2), IgE, IgD o IgM. Las fusiones de Ig incluyen preferentemente la sustitución de un dominio de un polipéptido o anticuerpo descrito en el presente documento en lugar de al menos una región variable dentro de una molécula de Ig. En un aspecto en particular preferente de la divulgación, la fusión de inmunoglobulina incluye las regiones bisagra, CH2 y CH3 o las regiones bisagra, CH1, CH2 y CH3 de una molécula de IgG1. Para la producción de fusiones de inmunoglobulina, véase también la patente de EE. UU. n.° 5.428.130. Por ejemplo, en el presente documento, las inmunoadhesinas útiles como medicamentos útiles para tratamiento incluyen polipéptidos que comprenden el dominio extracelular (ECD) o las partes de unión a PD-1 de PD-L1 o PD-L2 o las partes extracelulares o de unión a PD-L1 o PD-L2 de PD-1, fusionados a un dominio constante de una secuencia de inmunoglobulina, tal como un ECD-Fc de PD-L1, un ECD-Fc de PD-L2 y un ECD-Fc de PD-1, respectivamente. Las combinaciones de inmunoadhesinas de Fc y ECD de Ig de receptores de superficie celular a veces se denominan receptores solubles.
Una "proteína de fusión" y un "polipéptido de fusión" se refieren a un polipéptido que tiene dos partes unidas covalentemente, en el que cada una de las partes es un polipéptido que tiene una propiedad diferente. La propiedad puede ser una propiedad biológica, tal como actividad in vitro o in vivo. La propiedad también puede ser una simple propiedad química o física, tal como unión a una molécula diana, catálisis de una reacción y similares. Las dos partes pueden estar unidas directamente por un único enlace peptídico o a través de un conector peptídico, pero están en un marco de lectura entre sí.
El "porcentaje (%) de identidad de secuencia de aminoácidos" con respecto a las secuencias de polipéptidos identificadas en el presente documento se define como el porcentaje de residuos de aminoácidos de una secuencia candidata que son idénticos a los residuos de aminoácidos del polipéptido con el que se comparan, después de alinear las secuencias e introducir huecos, según sea necesario, para lograr el máximo porcentaje de identidad de secuencia, y sin considerar ninguna sustitución conservadora como parte de la identidad de secuencia. Se puede lograr la alineación para los propósitos de determinar el porcentaje de identidad de secuencia de aminoácidos de diversas formas que están dentro de la habilidad en la técnica, por ejemplo, usando un programa informático disponible públicamente, tal como el programa informático BLAST, BLAST-2, ALIGN o Megalign (DNASTAR). Los expertos en la técnica pueden determinar parámetros apropiados para medir la alineación, incluyendo cualquier algoritmo necesario para lograr la alineación máxima sobre la longitud completa de las secuencias que se comparan. Sin embargo, para los propósitos en el presente documento, se generan valores de % de identidad de secuencia de aminoácidos usando el programa informático de comparación de secuencias ALIGN-2. El programa informático de comparación de secuencias ALIGN-2 se creó por Genentech, Inc., y el código fuente se ha presentado con la documentación de usuario en la Oficina de Derechos de Autor de EE. UU., Washington D.C., 20559, donde está registrado con el n.° de registro de derecho de autor de EE. UU. TXU510087. El programa ALIGN-2 está disponible públicamente a través de Genentech, Inc., South San Francisco, California. El programa ALIGN-2 se debe compilar para su uso en un sistema operativo UNIX, preferentemente UNIX V4.0D digital. Todos los parámetros de comparación de secuencias se establecen por el programa ALIGN-2 y no varían.
En situaciones donde se emplea ALIGN-2 para las comparaciones de secuencias de aminoácidos, el % de identidad de secuencia de aminoácidos de una secuencia de aminoácidos dada A con respecto a, con o frente a una secuencia de aminoácidos dada B (que se puede parafrasear de forma alternativa como una secuencia de aminoácidos dada A que tiene o comprende un determinado % de identidad de secuencia de aminoácidos con respecto a, con o frente a una secuencia de aminoácidos dada B) se calcula como sigue:
100 veces la fracción X/Y
donde X es el número de residuos aminoacídicos puntuados como emparejamientos idénticos por el programa de alineación de secuencias ALIGN-2 en esa alineación del programa de A y B, y donde Y es el número total de residuos aminoacídicos en B. Se apreciará que si la longitud de la secuencia de aminoácidos A no es igual a la longitud de la secuencia de aminoácidos B, el % de identidad de secuencia de aminoácidos de A con respecto a B no igualará el % de identidad de secuencia de aminoácidos de B con respecto a A. A menos que se establezca específicamente de otro modo, todos los valores de % de identidad de secuencia de aminoácidos usados en el presente documento se obtienen como se describe en el párrafo inmediatamente precedente usando el programa informático ALIGN-2.
"Polinucleótido" o "ácido nucleico", como se usa de manera intercambiable en el presente documento, se refiere a polímeros de nucleótidos de cualquier longitud e incluyen ADN y ARN. Los nucleótidos pueden ser desoxirribonucleótidos, ribonucleótidos, nucleótidos modificados o bases y/o sus análogos, o cualquier sustrato que se pueda incorporar en un polímero por ADN o ARN polimerasa, o por una reacción sintética. Por tanto, por ejemplo, los polinucleótidos como se define en el presente documento incluyen, sin limitación, ADN mono y bicatenario, ADN que incluye regiones mono y bicatenarias, ARN mono y bicatenario, y ARN que incluye regiones mono y bicatenarias, moléculas híbridas que comprenden ADN y ARN que pueden ser monocatenarias o, más típicamente, bicatenarias o que incluyen regiones mono y bicatenarias. Además, el término "polinucleótido", como se usa en el presente documento, se refiere a regiones tricatenarias que comprenden ARN o ADN o tanto ARN como ADN. Las hebras en dichas regiones pueden ser de la misma molécula o de moléculas diferentes. Las regiones pueden incluir todas de una o más de las moléculas, pero más típicamente implican solo una región de algunas de las moléculas. Una de las moléculas de una región triple helicoidal a menudo es un oligonucleótido. El término "polinucleótido" incluye específicamente ADNc.
Un polinucleótido puede comprender nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y sus análogos. Si están presentes, se puede conferir una modificación en la estructura de nucleótido antes o después del ensamblaje del polímero. La secuencia de nucleótidos se puede interrumpir por componentes no nucleotídicos. Un polinucleótido se puede modificar además después de la síntesis, tal como por conjugación con un marcador. Otros tipos de modificaciones incluyen, por ejemplo, "caperuzas", sustitución de uno o más de los nucleótidos naturales por un análogo, modificaciones internucleotídicas, tales como, por ejemplo, aquellas con enlaces no cargados (por ejemplo, metilfosfonatos, fosfotriésteres, fosfoamidatos, carbamatos y similares) y con enlaces cargados (por ejemplo, fosforotioatos, fosforoditioatos y similares), aquellas que contienen restos laterales, tales como, por ejemplo, proteínas (por ejemplo, nucleasas, toxinas, anticuerpos, péptidos señal, poli-L-lisina y similares), aquellas con intercalantes (por ejemplo, acridina, psoraleno y similares), aquellas que contienen quelantes (por ejemplo, metales, metales radiactivos, boro, metales oxidativos y similares), aquellas que contienen alquilantes, aquellas con enlaces modificados (por ejemplo, ácidos nucleicos alfa anoméricos), así como formas no modificadas del/de los polinudeótido(s). Además, cualquiera de los grupos hidroxilo presentes habitualmente en los glúcidos se puede reemplazar, por ejemplo, por grupos fosfonato, grupos fosfato, proteger por grupos protectores estándar o activar para preparar enlaces adicionales a nucleótidos adicionales, o se puede conjugar a soportes sólidos o semisólidos. El OH terminal en 5' y 3' se puede fosforilar o sustituir con aminas o restos del grupo caperuza orgánicos de desde 1 a 20 átomos de carbono. Otros hidroxilos también se pueden derivatizar a grupos protectores estándar. Los polinucleótidos también pueden contener formas análogas de los glúcidos ribosa o desoxirribosa que en general son conocidos en la técnica, que incluyen, por ejemplo, 2'-O-metil-, 2'-O-alil-, 2'-fluoro- o 2'-azido-ribosa, análogos de glúcidos carbocíclicos, glúcidos a-anoméricos, glúcidos epiméricos tales como arabinosa, xilosas o lixosas, glúcidos de piranosa, glúcidos de furanosa, sedoheptulosas, análogos acíclicos y análogos nucleosídicos abásicos, tales como metil-ribósido. Se pueden reemplazar uno o más enlaces fosfodiéster por grupos de enlace alternativos. Estos grupos de enlace alternativos incluyen, pero no se limitan a, aspectos de la divulgación en los que el fosfato se reemplaza por P(O)S ("tioato"), P(S)S ("ditioato"), (O)NR2 ("amidato"), P(O)R, P(O)OR', CO o CH2 ("formacetal"), en los que cada R o R' es independientemente H o alquilo (1-20 C) sustituido o no sustituido que contiene opcionalmente un enlace éter (-O-), arilo, alquenilo, cicloalquilo, cicloalquenilo o araldilo. No se necesita que todos los enlaces en un polinucleótido sean idénticos. La descripción precedente se aplica a todos los polinucleótidos a los que se hace referencia en el presente documento, incluyendo ARN y ADN.
"Oligonucleótido", como se usa en el presente documento, en general se refiere a polinucleótidos monocatenarios cortos que tienen, pero no necesariamente, menos de aproximadamente 250 nucleótidos de longitud. Los oligonucleótidos pueden ser sintéticos. Los términos "oligonucleótido" y "polinucleótido" no son mutuamente excluyentes. La descripción anterior para polinucleótidos es igual y completamente aplicable a oligonucleótidos.
El término "cebador" se refiere a un polinucleótido monocatenario que se puede hibridar a un ácido nucleico y permitir la polimerización de un ácido nucleico complementario, en general proporcionando un grupo 3'-OH libre.
Los términos "célula huésped", "línea de células huésped" y "cultivo de células huésped" se usan de manera intercambiable y se refieren a células en las que se ha introducido ácido nucleico exógeno, incluyendo la descendencia de dichas células. Las células huésped incluyen "transformantes" y "células transformadas" que incluyen la célula transformada primaria y la descendencia derivada de la misma independientemente del número de pases. La descendencia puede no ser completamente idéntica en contenido de ácido nucleico a una célula original, sino que puede contener mutaciones. La descendencia mutante que tiene la misma función o actividad biológica que la cribada o seleccionada en la célula transformada originalmente se incluye en el presente documento.
El término "vector", como se usa en el presente documento, se refiere a una molécula de ácido nucleico que puede propagar otro ácido nucleico al que se une. El término incluye el vector como una estructura de ácido nucleico autorreplicante así como el vector incorporado en el genoma de una célula huésped en la que se ha introducido. Determinados vectores pueden dirigir la expresión de los ácidos nucleicos a los que se unen de forma funcional. Dichos vectores se denominan en el presente documento "vectores de expresión".
Una molécula de ácido nucleico "aislado" es una molécula de ácido nucleico que se identifica y separa de al menos una molécula de ácido nucleico contaminante con la que se asocia habitualmente en la fuente natural del ácido nucleico. Una molécula de ácido nucleico aislado es distinta en la forma o configuración en la que se encuentra en la naturaleza. Por lo tanto, las moléculas de ácido nucleico aislado se distinguen de la molécula de ácido nucleico como existe en las células naturales. Sin embargo, una molécula de ácido nucleico aislado incluye una molécula de ácido nucleico contenida en células que normalmente expresan el anticuerpo donde, por ejemplo, la molécula de ácido nucleico está en una localización cromosómica diferente de la de las células naturales.
II. Procedimientos y ensayos diagnósticos
En el presente documento se proporcionan procedimientos y ensayos para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR)), cáncer de pulmón (por ejemplo, cáncer de pulmón no microcítico (CPNM)), cáncer de vejiga (por ejemplo, cáncer de vejiga urotelial (CVU)), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, cáncer de mama triple negativo (CMTN))) que se puede beneficiar de un tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A).
Los procedimientos y ensayos descritos en el presente documento se basan en el hallazgo de que el nivel de expresión de los genes CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1 en una muestra del individuo se puede usar para predecir la eficacia terapéutica de un tratamiento antineoplásico que incluye, por ejemplo, bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A).
Además, en el presente documento se proporcionan procedimientos y ensayos para seleccionar un tratamiento para un individuo que tiene cáncer de riñón (por ejemplo, CCR); procedimientos para determinar si es probable que un individuo que tiene cáncer responda al tratamiento que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A); procedimientos para monitorizar la respuesta de un individuo que tiene cáncer al tratamiento que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A). Cualquiera de los procedimientos proporcionados en el presente documento puede incluir además la administración al individuo de un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1 (por ejemplo, como se describe a continuación en la sección III) al individuo.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) que implica determinar el nivel de expresión de uno o más de los genes presentados en la tabla 1 en una muestra del individuo, en el que un cambio en el nivel de expresión de uno o más de los genes presentados en la tabla 1 identifica al individuo como alguien que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1 o un inhibidor de angiogénesis). En algunos casos, el cambio es un incremento. En otros casos, el cambio es una disminución.
Tabla 1. Biomarcadores ejemplares
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La divulgación también proporciona un procedimiento para seleccionar un tratamiento para un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye determinar el nivel de expresión de uno o más de los genes presentados en la tabla 1 en una muestra del individuo, en el que un cambio en el nivel de expresión de uno o más de los genes presentados en la tabla 1 identifica al individuo como alguien que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico (por ejemplo, bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A)). En algunos casos, el cambio es un incremento. En otros casos, el cambio es una disminución.
En otro aspecto de la divulgación, la invención proporciona un procedimiento para diagnosticar o pronosticar un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores en una muestra de un individuo y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, diagnosticando o pronosticando de este modo el cáncer. En algunos aspectos de la divulgación, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más biomarcadores en la muestra en relación con el nivel de referencia diagnostica o pronostica al individuo. En algún aspecto de la divulgación, el biomarcador se presenta en la tabla 1.
Aún en otro aspecto de la divulgación, la invención proporciona un procedimiento para determinar si un paciente que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) es probable que responda al tratamiento con un tratamiento antineoplásico (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico con bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) que incluye determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores en una muestra del individuo y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, identificando de este modo al individuo como alguien que probablemente responda al tratamiento antineoplásico. En algún aspecto de la divulgación, un cambio en el nivel de expresión (por ejemplo, un incremento o una disminución) del uno o más biomarcadores en la muestra biológica en relación con el nivel de referencia identifica al paciente como alguien que probablemente responda al tratamiento con el tratamiento antineoplásico. En algún aspecto de la divulgación, el biomarcador se presenta en la tabla 1.
En otros aspectos de la divulgación, la invención proporciona un procedimiento para optimizar la eficacia terapéutica de un tratamiento antineoplásico, por ejemplo, bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) que incluye determinar el nivel de expresión de uno o más biomarcadores en una muestra biológica obtenida del paciente y comparar el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra con un nivel de referencia, en el que un cambio (por ejemplo, un incremento o disminución) en el nivel de expresión del uno o más biomarcadores en la muestra biológica en relación con el nivel de referencia identifica a un paciente que es probable que responda al tratamiento antineoplásico. En algún aspecto de la divulgación, el biomarcador se presenta en la tabla 1.
En otro aspecto de la divulgación, se proporciona en el presente documento un procedimiento para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) que incluye determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 o 37) de los siguientes genes en una muestra del individuo: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, en el que (i) un nivel de expresión de uno o más de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes; o (ii) un nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes identifica al individuo como alguien que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje PD-L1.
Aún en otro aspecto de la divulgación, se proporciona en el presente documento un procedimiento para seleccionar un tratamiento para un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 o 37) de los siguientes genes en una muestra del individuo: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, en el que (i) un nivel de expresión de uno o más de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes; o (ii) un nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes identifica al individuo como alguien que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A).
En cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMEs , PRF1, IFNG y PD-L1. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4. En algunos modos de realización, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1.
Tabla 2: Combinaciones de dos genes de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1
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Tabla 3: Combinaciones de tres genes de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1
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Tabla 4: Combinaciones de cuatro genes de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1
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En algunos aspectos de la divulgación, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más genes adicionales, en los que el uno o más genes adicionales son distintos de PD-L1. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más genes adicionales (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 o 36) seleccionados del grupo que consiste en: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 o 19) genes adicionales seleccionados del grupo que consiste en CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2. En otros aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. En otros aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9.
Cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, Kd R, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, k Dr , ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, Es M1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, Es M1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
Tabla 5: Combinaciones de dos genes de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34
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Tabla 6: Combinaciones de tres genes de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34
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Tabla 7: Combinaciones de cuatro genes de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34
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Tabla 8: Combinaciones de cinco genes de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34
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Cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, Pt Gs 2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, Pt Gs 2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
Tabla 9: Combinaciones de dos genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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Tabla 10: Combinaciones de tres genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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Tabla 11: Combinaciones de cuatro genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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Tabla 12: Combinaciones de cinco genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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Tabla 13: Combinaciones de seis genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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Tabla 14: Combinaciones de siete genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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Tabla 15: Combinaciones de ocho genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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Tabla 16: Combinaciones de nueve genes de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9
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En cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2, y uno o más (p. ej., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 y una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, y dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, y tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, y cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14. En aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En otros aspectos de la divulgación, en cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESm 1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 y una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 5-8. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, y dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, y tres de VEg Fa , KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, y cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y cinco de Ve GFA, KDR, e Sm 1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En otro aspecto de la divulgación, en cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, Kd R, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16 y una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 5-8. Por ejemplo, en algún aspecto de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de Il6, c Xc L1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, y dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, y tres de VEGFA, k Dr , ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, y cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, y cinco de VEGFA, KDR, Es M1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, y VEGFA, KDR, ESM1, p Ec AM1, ANGPTL4 y CD34. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, y VEGFA, KDR, ESM1, p Ec AM1, ANGPTL4 y CD34. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, y VEGFA, KDR, ESM1, p Ec AM1, ANGPTL4 y CD34. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, y VEGFA, KDR, ESM1, p Ec AM1, ANGPTL4 y CD34. En algún aspecto de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, S100A9, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En algún aspecto de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el procedimiento incluye además administrar al individuo una cantidad eficaz del tratamiento antineoplásico. Por ejemplo, en algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos casos, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 2-4 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos modos de realización, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1.
En algún aspecto de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 9-16 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algún aspecto de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el procedimiento incluye además administrar al individuo una cantidad eficaz del tratamiento antineoplásico. Por ejemplo, en algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, un nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes identifica la presencia de inflamación mieloide en un tumor.
Por ejemplo, en algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de c D8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, Cx Cl8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, c Xc L8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, c Xc L8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de Cd 8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algún aspecto de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, un nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes identifica la presencia de inflamación mieloide en un tumor. En algunos aspectos de la divulgación, un nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y un nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, indica que es menos probable que el individuo se beneficie de (por ejemplo, que sea resistente a) la monoterapia con un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab).
En otros aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el procedimiento incluye además administrar al individuo en monoterapia una cantidad eficaz de un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1 (por ejemplo, atezolizumab) o un anticuerpo anti-PD-1). Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16 está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, c Xc L8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de c D8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de c D8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 está por debajo de un nivel de expresión de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de PD-L1 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de PD-L1, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 o 19) genes adicionales seleccionados del grupo que consiste en CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes, y el procedimiento comprende además administrar al individuo una cantidad eficaz del tratamiento antineoplásico. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 5-8 en la muestra está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 en la muestra está por debajo del nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En otros aspectos de la divulgación, en cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes, y el procedimiento comprende además administrar al individuo una cantidad eficaz del tratamiento antineoplásico. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8a , EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 5-8 está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7, está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8, está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 está por debajo de un nivel de referencia de VEGfA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes, y el procedimiento comprende además administrar al individuo una cantidad eficaz del tratamiento antineoplásico. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 9-16 en la muestra está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 en la muestra está por debajo de un nivel de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En otros aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el procedimiento incluye además administrar al individuo una cantidad eficaz de un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))). En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, o CD34 está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 5-8 en la muestra está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 en la muestra está en o por encima de un nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En determinados aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 o 37) genes (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9) en una población de referencia, por ejemplo, una población de individuos que tienen cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)). En aspectos particulares de la divulgación, el cáncer es un cáncer de riñón (por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCRm). En determinados aspectos de la divulgación, un nivel de referencia es la mediana del nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia, por ejemplo, una población de individuos que tienen cáncer. En otros aspectos de la divulgación, el nivel de referencia puede ser el 40 % superior, el 30 % superior, el 20 % superior, el 10 % superior, el 5 % superior o el 1 % superior del nivel de expresión en la población de referencia. En determinados aspectos de la divulgación, el nivel de referencia es un nivel de expresión asignado previamente para el uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9) en una muestra biológica del paciente obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En otros aspectos de la divulgación, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años después de la administración de un tratamiento antineoplásico).
La presencia y/o el nivel de expresión de cualquiera de los biomarcadores descritos anteriormente se puede evaluar cualitativa y/o cuantitativamente en base a cualquier criterio adecuado conocido en la técnica, incluyendo, pero sin limitarse a, ADN, ARNm, ADNc, proteínas, fragmentos de proteínas y/o o número de copias del gen. Las metodologías para medir dichos biomarcadores son conocidas en la técnica y se entienden por el experto en la técnica, incluyendo, pero sin limitarse a, inmunohistoquímica ("IHQ"), análisis de inmunoelectrotransferencia, inmunoprecipitación, ensayos de unión molecular, ELISA, ELIFA, separación celular activadas por fluorescencia (“FACS”), MassARRAY, proteómica, ensayos cuantitativos a base de sangre (por ejemplo, ELISA en suero), ensayos bioquímicos de actividad enzimática, hibridación in situ (ISH), hibridación in situ con fluorescencia (HISF), análisis Southern, análisis Northern, secuenciación del genoma completo, reacción en cadena de la polimerasa (PCR) incluyendo PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) y otros procedimientos de detección de tipo de amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y similares, RNA-Seq, análisis de micromatrices, identificación de perfiles de expresión génica, secuenciación del genoma completo (SGC) y/o análisis en serie de expresión génica ("SAGE"), así como uno cualquiera de la amplia variedad de ensayos que se pueden realizar por análisis de matrices de proteínas, genes y/o tejidos. Los protocolos típicos para evaluar el estado de genes y productos génicos se encuentran, por ejemplo, en Ausubel et al., eds. (Current Protocols In Molecular Biology, 1995), unidades 2 (transferencia de Northern), 4 (transferencia de Southern), 15 (inmunotransferencia) y 18 (análisis de PCR). También se pueden usar inmunoensayos multiplexados tales como los disponibles de Rules Based Medicine o Meso Scale Discovery ("MSD").
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser un nivel de expresión de ácido nucleico (por ejemplo, un nivel de expresión de ADN o un nivel de expresión de ARN (por ejemplo, un nivel de expresión de ARNm)). Se puede usar cualquier procedimiento adecuado para determinar un nivel de expresión de ácido nucleico. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de ácido nucleico se determina usando RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, RT-qPCR o qPCR múltiple, análisis de micromatriz, SAGE, técnica MassARRAY, ISH o una combinación de los mismos.
Los procedimientos para la evaluación de ARNm en células son bien conocidos e incluyen, por ejemplo, análisis en serie de expresión génica (SAGE), secuenciación del genoma completo (SGC), ensayos de hibridación usando sondas de ADN complementario (tales como hibridación in situ usando ribosondas marcadas específicas para el uno o más genes, transferencia Northern y técnicas relacionadas) y diversos ensayos de amplificación de ácidos nucleicos (tales como RT-PCR (por ejemplo, qRT-PCR) usando cebadores complementarios específicos para uno o más de los genes y otros procedimientos de detección de tipo de amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y similares). Además, dichos procedimientos pueden incluir una o más etapas que permiten determinar los niveles de ARNm diana en una muestra biológica (por ejemplo, examinando simultáneamente los niveles de una secuencia de ARNm de control comparativo de un gen "constitutivo" tal como un miembro de la familia de la actina). Opcionalmente, se puede determinar la secuencia del ADNc diana amplificado. Los procedimientos opcionales incluyen protocolos que examinan o detectan ARNm, tales como ARNm diana, en una muestra tisular o celular por tecnologías de micromatrices. Usando micromatrices de ácido nucleico, las muestras de ARNm de prueba y control de las muestras tisulares de prueba y control se transcriben inversamente y se marcan para generar sondas de ADNc. A continuación, las sondas se hibridan a una matriz de ácidos nucleicos inmovilizados en un soporte sólido. La matriz se configura de modo que la secuencia y la posición de cada miembro de la matriz son conocidas. Por ejemplo, una selección de genes cuya expresión se correlaciona con un incremento o reducción en el beneficio clínico del tratamiento que comprende un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 se puede disponer en un soporte sólido. La hibridación de una sonda marcada con un miembro de matriz particular indica que la muestra de la que se derivó la sonda expresa ese gen.
En otros aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser un nivel de expresión de proteína. En determinados aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende poner en contacto la muestra con anticuerpos que se unen específicamente a un biomarcador descrito en el presente documento en condiciones propicias para la unión del biomarcador, y detectar si se forma un complejo entre los anticuerpos y el biomarcador. Dicho procedimiento puede ser un procedimiento in vitro o in vivo. En algunos casos, se usa un anticuerpo para seleccionar pacientes idóneos para el tratamiento con un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A) o un antagonista de unión a p D-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1))), por ejemplo, un biomarcador para la selección de individuos. En otros casos, se usa un anticuerpo para seleccionar pacientes idóneos para el tratamiento con un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana; por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))), por ejemplo, un biomarcador para la selección de individuos. Se puede usar cualquier procedimiento para medir los niveles de expresión de proteínas conocidos en la técnica o proporcionados en el presente documento. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación se determina un nivel de expresión de proteínas de un biomarcador usando un procedimiento seleccionado del grupo que consiste en citometría de flujo (por ejemplo, separación celular activada por fluorescencia (FACS™)), inmunoelectrotransferencia, ensayo de inmunoadsorción enzimática (ELISA), inmunoprecipitación, inmunohistoquímica (IHQ), inmunofluorescencia, radioinmunoanálisis, inmunotransferencia por puntos, procedimientos de inmunodetección, HPLC, resonancia de plasmones superficiales, espectroscopía óptica, espectrometría de masas y HPLC. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en células inmunitarias infiltrantes de tumor. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en células tumorales. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en células inmunitarias infiltrantes de tumor y/o en células tumorales. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de proteínas del biomarcador se determina en leucocitos monomorfonucleares en sangre periférica (PBMC).
En determinados aspectos de la divulgación, la presencia y/o la cantidad/nivel de expresión de una proteína biomarcadora en una muestra se examina usando IHQ y protocolos de tinción. Se ha demostrado que la tinción IHQ de secciones tisulares es un procedimiento fiable de determinación o detección de la presencia de proteínas en una muestra. En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos, ensayos y/o kits, el biomarcador es uno o más de los productos de expresión de proteínas de los siguientes genes: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9. En un aspecto de la divulgación, un nivel de expresión del biomarcador se determina usando un procedimiento que comprende: (a) realizar un análisis IHQ de una muestra (tal como una muestra tumoral obtenida de un paciente) con un anticuerpo; y (b) determinar el nivel de expresión de un biomarcador en la muestra. En algunos aspectos de la divulgación, la intensidad de tinción IHQ se determina en relación con una referencia. En algunos aspectos de la divulgación, la referencia es un valor de referencia. En algunos aspectos de la divulgación, la referencia es una muestra de referencia (por ejemplo, una muestra de tinción de línea celular de control, una muestra de tejido de un paciente sin cáncer o una muestra tumoral que se determina que es negativa para el biomarcador de interés).
La IHQ se puede realizar en combinación con técnicas adicionales tales como tinción morfológica y/o hibridación in situ (por ejemplo, ISH). Están disponibles dos procedimientos generales de IHQ; ensayos directos e indirectos. De acuerdo con el primer ensayo, la unión del anticuerpo al antígeno diana se determina directamente. Este ensayo directo usa un reactivo marcado, tal como una marca fluorescente o un anticuerpo primario marcado con enzima, que se puede visualizar sin interacción de anticuerpo adicional. En un ensayo indirecto típico, el anticuerpo primario no conjugado se une al antígeno y, a continuación, un anticuerpo secundario marcado se une al anticuerpo primario. Cuando el anticuerpo secundario se conjuga con un marcador enzimático, se añade un sustrato cromogénico o fluorogénico para proporcionar la visualización del antígeno. La amplificación de señal se produce porque varios anticuerpos secundarios pueden reaccionar con diferentes epítopos en el anticuerpo primario.
El anticuerpo primario y/o secundario usado para IHQ típicamente se marcará con un resto detectable. Están disponibles numerosos marcadores que se pueden agrupar en general en las siguientes categorías: (a) radioisótopos, tales como 35S, 14C, 125I, 3H e 131I; (b) partículas de oro coloidales; (c) marcadores fluorescentes incluyendo, pero sin limitarse a, quelatos de tierras raras (quelatos de europio), Texas Red, rodamina, fluoresceína, dansilo, lisamina, umbeliferona, ficoeritrina, ficocianina o fluoróforos disponibles comercialmente tales como SPECTRUM ORANGE7 y SPECTRUM GREEN7 y/o derivados de uno cualquiera o más de los anteriores; (d) están disponibles diversos marcadores enzima-sustrato y la patente de EE. Uu . n.° 4.275.149 proporciona una revisión de algunos de ellos. Los ejemplos de marcadores enzimáticos incluyen luciferasas (por ejemplo, luciferasa de luciérnaga y luciferasa bacteriana; véase, por ejemplo, la patente de Ee . UU. n.° 4.737.456), luciferina, 2,3-dihidroftalacindionas, malato deshidrogenasa, ureasa, peroxidasa tal como peroxidasa de rábano picante (HRPO), fosfatasa alcalina, p-galactosidasa, glucoamilasa, lisozima, sacárido oxidasas (por ejemplo, glucosa oxidasa, galactosa oxidasa y glucosa-6-fosfato deshidrogenasa), oxidasas heterocíclicas (tales como uricasa y xantina oxidasa), lactoperoxidasa, microperoxidasa y similares.
Los ejemplos de combinaciones enzima-sustrato incluyen, por ejemplo, peroxidasa de rábano picante (HRPO) con peroxidasa de hidrógeno como sustrato; fosfatasa alcalina (AP) con para-nitrofenilfosfato como sustrato cromogénico; y p-D-galactosidasa (p-D-Gal) con un sustrato cromogénico (por ejemplo, p-nitrofenil-p-D-galactosidasa) o sustrato fluorogénico (por ejemplo, 4-metilumbeliferil-p-D-galactosidasa). Para una revisión general de estos, véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.° 4.275.149 y 4.318.980.
Las muestras se pueden preparar, por ejemplo, manualmente, o usando un instrumento de tinción automatizado (por ejemplo, un instrumento BenchMark XT o Benchmark ULTRA de Ventana). Las muestras así preparadas se pueden montar y cubrir con cubreobjetos. A continuación, se determina la evaluación del portaobjetos, por ejemplo, usando un microscopio, y se pueden emplear criterios de intensidad de tinción, usados de forma rutinaria en la técnica. En un modo de realización, se entenderá que, cuando se examinan células y/o tejidos de un tumor usando IHQ, la tinción en general se determina o evalúa en la(s) célula(s) y/o tejidos tumorales (a diferencia del tejido estromal o circundante que puede estar presente en la muestra). En algunos aspectos de la divulgación, se entiende que, cuando se examinan células y/o tejido de un tumor usando IHQ, la tinción incluye la determinación o evaluación en células inmunitarias infiltrantes de tumor, incluyendo células inmunitarias intratumorales o peritumorales. En algunos aspectos de la divulgación, la IHQ detecta la presencia de un biomarcador en >0 % de la muestra, en al menos un 1 % de la muestra, en al menos un 5 % de la muestra, en al menos un 10 % de la muestra, en al menos un 15 % de la muestra, en al menos un 20 % de la muestra, en al menos un 25 % de la muestra, en al menos un 30 % de la muestra, en al menos un 35 % de la muestra, en al menos un 40 % de la muestra, en al menos un 45 % de la muestra, en al menos un 50 % de la muestra, en al menos un 55 % de la muestra, en al menos un 60 % de la muestra, en al menos un 65 % de la muestra, en al menos un 70 % de la muestra, en al menos un 75 % de la muestra, en al menos un 80 % de la muestra, en al menos un 85 % de la muestra, en al menos un 90 % de la muestra, en al menos un 95 % de la muestra o más. Las muestras se pueden puntuar usando cualquier procedimiento conocido en la técnica, por ejemplo, por un anatomopatólogo o un análisis de imágenes automatizado.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos, el biomarcador se detecta por inmunohistoquímica usando un anticuerpo de diagnóstico (es decir, anticuerpo primario). En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo de diagnóstico se une específicamente al antígeno humano. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo no humano. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo de rata, ratón o conejo. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo de conejo. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo monoclonal. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo de diagnóstico se marca directamente. En otros aspectos de la divulgación, el anticuerpo de diagnóstico se marca indirectamente.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los aspectos anteriores de la divulgación, la muestra se obtiene del individuo antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, la muestra del individuo se obtiene entre aproximadamente 2 y aproximadamente 10 semanas (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 semanas) después de la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra del individuo se obtiene entre aproximadamente 4 y aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión o número de un biomarcador se detecta en una muestra tisular, una línea celular o células primarias o cultivadas, un sobrenadante celular, un lisado celular, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido sinovial, líquido folicular, semen, líquido amniótico, leche, sangre completa, células derivadas de sangre, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudor, moco, lisados tumorales y medio de cultivo tisular, extractos tisulares tales como tejido homogeneizado, tejido tumoral, extractos celulares y combinaciones de los mismos. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra es una muestra de tejido (por ejemplo, una muestra de tejido tumoral), una muestra de células, una muestra de sangre completa, una muestra de plasma, una muestra de suero o una combinación de las mismas. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra de tejido tumoral en la que la muestra de tejido tumoral incluye células tumorales, células inmunitarias infiltrantes de tumor, células estromales o una combinación de las mismas. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra de tejido tumoral es una muestra fijada con formol e incluida en parafina (FFIP), una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador se detecta en células inmunitarias infiltrantes de tumor, células tumorales, PBMC o combinaciones de las mismas usando técnicas conocidas (por ejemplo, citometría de flujo o IHQ). Las células inmunitarias infiltrantes de tumor incluyen, pero no se limitan a, células inmunitarias intratumorales, células inmunitarias peritumorales o cualquier combinación de las mismas y otras células estromales tumorales (por ejemplo, fibroblastos). Dichas células inmunitarias infiltrantes de tumor pueden ser linfocitos T (tales como linfocitos T CD8+ (por ejemplo, linfocitos T efectores CD8+ (Tef)) y/o linfocitos T CD4+ (por ejemplo, linfocitos Tef CD4+), linfocitos B u otras células de linaje de médula ósea, incluyendo granulocitos (neutrófilos, eosinófilos, basófilos), monocitos, macrófagos, células dendríticas (por ejemplo, células dendríticas interdigitantes), histiocitos y linfocitos citolíticos naturales (NK). En algunos aspectos de la divulgación, la tinción para un biomarcador se detecta como tinción de membrana, tinción citoplásmica o combinaciones de las mismas. En otros aspectos de la divulgación, la ausencia de un biomarcador se detecta como ausente o sin tinción en la muestra, en relación con una muestra de referencia.
En aspectos particulares de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador se evalúa en una muestra que contiene o se sospecha que contiene células cancerosas. La muestra puede ser, por ejemplo, una biopsia de tejido o una lesión metastásica obtenida de un paciente que padece, se sospecha que padece o se le ha diagnosticado cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón, en particular carcinoma de células renales (CCR), tales como CCR avanzado o CCR metastásico (CCRm)). En algunos aspectos de la divulgación, la muestra es una muestra de tejido renal, una biopsia de un tumor renal, una lesión o sección de cáncer renal metastásico conocido o sospechoso, o una muestra de sangre, por ejemplo, una muestra de sangre periférica, que se sabe o se sospecha que comprende células cancerosas circulantes, por ejemplo, células cancerosas de riñón. La muestra puede comprender tanto células cancerosas, es decir, células tumorales, como células no cancerosas (por ejemplo, linfocitos, tales como linfocitos T o linfocitos NK) y, en determinados aspectos de la divulgación, comprende tanto células cancerosas como no cancerosas. Los procedimientos para obtener muestras biológicas que incluyen resecciones de tejidos, biopsias y fluidos corporales, por ejemplo, muestras de sangre que comprenden células cancerosas/tumorales, son bien conocidas en la técnica.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el paciente tiene carcinoma, linfoma, blastoma (incluyendo meduloblastoma y retinoblastoma), sarcoma (incluyendo liposarcoma y sarcoma de células sinoviales), tumores neuroendocrinos (incluyendo tumores carcinoides, gastrinoma e insulinoma), mesotelioma, schwannoma (incluyendo neurinoma del acústico), meningioma, adenocarcinoma, melanoma y leucemia o neoplasias malignas linfáticas. En algunos aspectos de la divulgación, el cáncer es cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR avanzado o CCR metastásico (CCRm)), cáncer de células escamosas (por ejemplo, cáncer epitelial de células escamosas), cáncer de pulmón (incluyendo carcinoma de pulmón microcítico (CPM), carcinoma de pulmón no microcítico (CPNM), adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón), cáncer de peritoneo, cáncer hepatocelular, cáncer gástrico o de estómago, incluyendo cáncer gastrointestinal, cáncer de páncreas, glioblastoma, cáncer cervical, cáncer de ovario, cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), hepatoma, cáncer de mama (incluyendo el cáncer de mama metastásico), cáncer de vejiga, cáncer de colon, cáncer rectal, cáncer colorrectal, carcinoma endometrial o uterino, carcinoma de glándulas salivales, cáncer de próstata, cáncer de vulva, cáncer tiroideo, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma peneano, cáncer de células de Merkel, micosis fungoides, cáncer testicular, cáncer esofágico, tumores de vías biliares, cáncer de cabeza y cuello, linfoma de linfocitos B (incluyendo el linfoma no hodgkiniano (LNH) de grado bajo/folicular; LNH linfocítico pequeño (LP); LNH de grado intermedio/folicular; LNH difuso de grado intermedio; LNH inmunoblástico de grado alto; LNH linfoblástico de grado alto; LNH de células pequeñas no escindidas de grado alto; LNH con gran masa tumoral; linfoma de células del manto; linfoma relacionado con el SIDA; y macroglobulinemia de Waldenstrom); leucemia linfocítica crónica (LLC); leucemia linfoblástica aguda (LLA); leucemia de células pilosas; leucemia mieloblástica crónica; y trastorno linfoproliferativo postrasplante (TLPT), proliferación vascular anómala asociada con facomatosis, edema (tal como el asociado con tumores cerebrales) o síndrome de Meigs. En algunos aspectos de la divulgación, el cáncer es cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN). En aspectos preferentes de la divulgación, el paciente tiene un cáncer de riñón (por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCR avanzado o CCRm, por ejemplo, CCR avanzado o CCRm no tratado previamente). Opcionalmente, el paciente puede tener una forma de cáncer avanzada, resistente al tratamiento, recurrente, resistente a la quimioterapia y/o resistente al platino.
En determinados aspectos de la divulgación, la presencia y/o la cantidad/niveles de expresión de un biomarcador en una primera muestra se incrementan o se elevan en comparación con la presencia/ausencia y/o cantidad/niveles de expresión en una segunda muestra. En determinados aspectos de la divulgación, la presencia/ausencia y/o la cantidad/niveles de expresión de un biomarcador en una primera muestra disminuyen o se reducen en comparación con la presencia y/o cantidad/niveles de expresión en una segunda muestra. En determinados aspectos de la divulgación, la segunda muestra es una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control.
En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una única muestra o múltiples muestras combinadas del mismo paciente o individuo que se obtienen en uno o más puntos temporales diferentes a cuando se obtiene una muestra de prueba. Por ejemplo, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene en un punto temporal anterior del mismo paciente o individuo a cuando se obtiene la muestra de prueba. Dicha muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control puede ser útil si la muestra de referencia se obtiene durante el diagnóstico inicial de cáncer y la muestra de prueba se obtiene más tarde cuando el cáncer se vuelve metastásico.
En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una combinación de múltiples muestras de uno o más individuos sanos que no son el paciente. En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una combinación de múltiples muestras de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer) que no son el paciente o individuo. En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control son muestras de ARN agrupadas de tejidos normales o muestras de plasma o suero agrupadas de uno o más individuos que no son el paciente. En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control son muestras de ARN agrupadas de tejidos tumorales o muestras de plasma o suero agrupadas de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer) que no son el paciente.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de expresión por encima de un nivel de referencia, o una expresión o número elevado o incrementado se refiere a un incremento global de aproximadamente cualquiera de un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o mayor del nivel o número de un biomarcador (por ejemplo, proteína o ácido nucleico (por ejemplo, gen o ARNm)), detectado por procedimientos tales como los descritos en el presente documento y/o conocidos en la técnica, en comparación con una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En determinados aspectos de la divulgación, la expresión o número elevado se refiere al incremento en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2 CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) en la muestra en la que el incremento es al menos aproximadamente cualquiera de 1,1 veces, 1,2 veces, 1,3 veces, 1,4 veces, 1,5 veces, 1,6 veces, 1.7 veces, 1,8 veces, 1,9 veces, 2 veces, 2,1 veces, 2,2 veces, 2,3 veces, 2,4 veces, 2,5 veces, 2,6 veces, 2.7 veces, 2,8 veces, 2,9 veces, 3 veces, 3,5 veces, 4 veces, 4,5 veces, 5 veces, 6 veces, 7 veces, 8 veces, 9 veces, 10 veces, 15 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces, 500 veces o 1000 veces el nivel de expresión/la cantidad del biomarcador respectivo en un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En algunos aspectos de la divulgación, la expresión o número elevado se refiere a un incremento global en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2 CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) de más de aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2.8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más en comparación con un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control, tejido de control o control interno (por ejemplo, gen constitutivo).
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de expresión por debajo de un nivel de referencia o una expresión o número reducido (disminuido) se refiere a una reducción global de aproximadamente cualquiera de un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o mayor del nivel de biomarcador (por ejemplo, proteína o ácido nucleico (por ejemplo, gen o ARNm) o célula), detectado por procedimientos conocidos de la técnica estándar tal como los descritos en el presente documento, en comparación con un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En determinados aspectos de la divulgación, expresión o número reducido se refiere a la disminución en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) en la muestra en la que la disminución es al menos aproximadamente cualquiera de 0,9 veces, 0,8 veces, 0,7 veces, 0,6 veces, 0,5 veces, 0,4 veces, 0,3 veces, 0,2 veces, 0,1 veces, 0,05 veces o 0,01 veces el nivel de expresión/la cantidad del biomarcador respectivo en un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En algunos aspectos de la divulgación, la expresión o número reducido (disminuido) se refiere a una disminución global en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) de más de aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más en comparación con un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control, tejido de control o control interno (por ejemplo, gen constitutivo).
111. Procedimientos y usos terapéuticos
En el presente documento se proporcionan procedimientos para tratar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)). En modos de realización particulares, el cáncer es un cáncer de riñón, tal como CCR, por ejemplo, CCR avanzado o CCRm, por ejemplo, CCR avanzado o CCRm no tratado previamente. En algunos casos, los procedimientos de la invención incluyen administrar al individuo bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) en base al nivel de expresión de un biomarcador de la invención. La invención se refiere además a procedimientos para mejorar la supervivencia sin progresión (SSP) y/o la supervivencia global (SG) de un paciente que padece cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) mediante la administración de un tratamiento antineoplásico que incluye, por ejemplo, bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A). El nivel de expresión o número de cualquiera de los biomarcadores descritos en el presente documento se puede determinar usando cualquier procedimiento conocido en la técnica y/o descrito en el presente documento, por ejemplo, en la sección II anterior y/o en los ejemplos de explotación.
En el presente documento se proporciona un procedimiento para tratar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye (a) determinar el nivel de expresión de uno o más de los genes presentados en la tabla 1 en una muestra del individuo, en la que el nivel de expresión de uno o más de los genes presentados en la tabla 1 se determina que cambia en relación con un nivel de referencia; y (b) administrar una cantidad eficaz de un tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) al individuo en base al nivel de expresión del uno o más genes determinados en la etapa (a). En algunos casos, el cambio es un incremento. En otros casos, el cambio es una disminución.
En otro aspecto, en el presente documento se proporciona un procedimiento para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, carcinoma hepatocelular (CHC)), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye (a) determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 o 37) de los siguientes genes en una muestra del individuo: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, en el que (i) el nivel de expresión de uno o más de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes; o (ii) el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes; y (b) administrar una cantidad eficaz de un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGf (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)) al individuo en base al nivel de expresión del uno o más genes determinados en la etapa (a).
Cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMEs , PRF1, IFNG y PD-L1. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1.
En algunos aspectos de la divulgación, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más genes adicionales, en los que el uno o más genes adicionales son distintos de PD-L1. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más genes adicionales (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 o 36) seleccionados del grupo que consiste en: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 o 19) genes adicionales seleccionados del grupo que consiste en CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2. En otros aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. En otros aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9.
Cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, Kd R, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, k Dr , ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de Ve GFA, KDR, ESM1, PEc Am 1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
Cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, Pt Gs 2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, Pt Gs 2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2, y uno o más (p. ej., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1, y uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 y una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, y dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, p RF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, y tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, s 100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, y cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En otros aspectos de la divulgación, en cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESm 1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 y una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 5-8. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, y dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, y tres de VEg Fa , KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, y cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y cinco de Ve GFA, KDR, e Sm 1, PECAM1, ANGPTL4 y c D34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En otro aspecto de la divulgación, en cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, Kd R, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16 y una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 5-8. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, y dos de VEg Fa , KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, y tres de VEGFA, k Dr , ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, y cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, y cinco de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, Pt Gs 2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEg Fa , KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, y al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8, S100A9, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos casos, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 2-4 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 9-16 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, c Xc R1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de c D8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, iFn G y PD-L1, y el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de PD-L1 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de PD-L1, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, l2 , 13, 14, 15, 16, 17, 18 o 19) genes adicionales seleccionados del grupo que consiste en CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 5-8 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se determina que está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 en la muestra se determina que está por debajo del nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En otros aspectos de la divulgación, en cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, Eo MES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, k Dr , ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 se determina que está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, k Dr , ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 5-8 se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7, se determina que está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de VEg Fa , KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 se determina que está por debajo de un nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 9-16 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 en la muestra se determina que está por debajo de un nivel de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En otro aspecto, en el presente documento se proporciona un procedimiento para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye (a) determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 o 37) de los siguientes genes en una muestra del individuo: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9, en los que (i) el nivel de expresión de uno o más de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes; y (ii) el nivel de expresión de uno o más de IL6, CXCL1, CXCL2, c Xc L3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se determina que está por debajo del nivel de expresión de referencia del uno o más genes; y (b) administrar una cantidad eficaz de un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)) en monoterapia al individuo en base al nivel de expresión del uno o más genes determinados en la etapa (a).
En cualquiera de los procedimientos anteriores, el procedimiento puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2, y uno o más (p. ej., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
Por ejemplo, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1, y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 y una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, y dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, p RF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, y tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, s 100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, y cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento implica determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8a , EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16 se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, c Xc L8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, se determina que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se determina que está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se determina que está por debajo de un nivel de expresión de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos casos, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 2-4 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 9-16 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-16 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, p RF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG, PD-L1, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de PD-L1 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de PD-L1, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 o 19) genes adicionales seleccionados del grupo que consiste en CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 5-8 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se ha determinado que está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 en la muestra se ha determinado que está por debajo del nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En otros aspectos de la divulgación, en cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o c D34 se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, k Dr , ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 se ha determinado que está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o 6) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 5-8 se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, e Sm 1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia de uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, e Sm 1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, Es M1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7, se ha determinado que está por debajo del nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 9-16 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En otro aspecto, en el presente documento se proporciona un procedimiento para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye (a) determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes genes en una muestra del individuo: Ve GfA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34, en el que el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes; y (b) administrar una cantidad eficaz de un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))) al individuo en base al nivel de expresión del uno o más genes determinados en la etapa (a).
En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PEc Am 1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el procedimiento incluye determinar el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 5-8 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANg Pt l 4 y CD34 en la muestra se determina que está en o por encima de un nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4, y CD34.
En otro aspecto, en el presente documento se proporciona un procedimiento para tratar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, c Vu ), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que incluye administrar al individuo una cantidad eficaz de un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))), en el que el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o Cd 34 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una o más de las combinaciones ejemplares presentadas en las tablas 5-8 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En otro aspecto, en el presente documento se proporciona un procedimiento para tratar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, c Vu ), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)), incluyendo el procedimiento administrar al individuo una cantidad eficaz de un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)) en monoterapia, en el que (i) el nivel de expresión de uno o más de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes; o (ii) el nivel de expresión de uno o más de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 en la muestra se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más de los genes se ha determinado antes del tratamiento con la monoterapia con el antagonista de unión al eje de PD-L1. En otros aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más de los genes se ha determinado después del tratamiento con la monoterapia con el antagonista de unión al eje de PD-L1.
En algunos de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2 en la muestra se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia de uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4 o 5) de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG o PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9 se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8a , EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve o los diez de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 2-4 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes y el nivel de expresión de una cualquiera de las combinaciones presentadas en las tablas 9-12 se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9, se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10, se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4, se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes, y el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11, se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16, se ha determinado que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1 se ha determinado que está en o por encima de un nivel de referencia de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, y el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9 se ha determinado que está por debajo de un nivel de expresión de referencia de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, C XcR l, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el tratamiento con bevacizumab en combinación con atezolizumab (MPDL3280A) prolonga y/o mejora preferentemente la supervivencia, incluyendo la supervivencia sin progresión (SSP) y/o la supervivencia global (SG). En un aspecto de la divulgación, el tratamiento con bevacizumab en combinación con atezolizumab (MPDL3280A) prolonga la supervivencia en al menos un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 200 % o más, en relación con la supervivencia lograda mediante la administración de un agente antitumoral aprobado o tratamiento de referencia para el cáncer que se está tratando.
En otros aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el tratamiento con el inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, una tirosina cinasa multidiana
En determinados aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36 o 37) genes (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9) en una población de referencia, por ejemplo, una población de individuos que tienen cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, c Vu ), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)). En aspectos particulares de la divulgación, el cáncer es un cáncer de riñón (por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCRm). En determinados aspectos de la divulgación, un nivel de referencia es la mediana del nivel de expresión del uno o más genes en una población de referencia, por ejemplo, una población de individuos que tienen cáncer. En otros aspectos de la divulgación, el nivel de referencia puede ser el 40 % superior, el 30 % superior, el 20 % superior, el 10 % superior, el 5 % superior o el 1 % superior del nivel de expresión en la población de referencia. En determinados aspectos de la divulgación, el nivel de referencia es un nivel de expresión asignado previamente para el uno o más genes. En algunos aspectos de la divulgación, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal previo, en el que el punto temporal previo es posterior a la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9) en una muestra biológica del paciente obtenida antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En otros aspectos de la divulgación, el nivel de referencia es el nivel de expresión del uno o más genes en una muestra biológica obtenida del paciente en un punto temporal posterior (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas, meses o años después de la administración de un tratamiento antineoplásico).
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los aspectos anteriores de la divulgación, la muestra se obtiene del individuo antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, la muestra del individuo se obtiene entre aproximadamente 2 y aproximadamente 10 semanas (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 semanas) después de la administración del tratamiento antineoplásico. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra del individuo se obtiene entre aproximadamente 4 y aproximadamente 6 semanas después de la administración del tratamiento antineoplásico.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión o número de un biomarcador se detecta en una muestra tisular, una línea celular o células primarias o cultivadas, un sobrenadante celular, un lisado celular, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido sinovial, líquido folicular, semen, líquido amniótico, leche, sangre completa, células derivadas de sangre, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudor, moco, lisados tumorales y medio de cultivo tisular, extractos tisulares tales como tejido homogeneizado, tejido tumoral, extractos celulares y combinaciones de los mismos. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra es una muestra de tejido (por ejemplo, una muestra de tejido tumoral), una muestra de células, una muestra de sangre completa, una muestra de plasma, una muestra de suero o una combinación de las mismas. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra de tejido tumoral en la que la muestra de tejido tumoral incluye células tumorales, células inmunitarias infiltrantes de tumor, células estromales o una combinación de las mismas. En algunos aspectos de la divulgación, la muestra de tejido tumoral es una muestra fijada con formol e incluida en parafina (FFIP), una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada.
Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador se detecta en células inmunitarias infiltrantes de tumor, células tumorales, PBMC o combinaciones de las mismas usando técnicas conocidas (por ejemplo, citometría de flujo o IHQ). Las células inmunitarias infiltrantes de tumor incluyen, pero no se limitan a, células inmunitarias intratumorales, células inmunitarias peritumorales o cualquier combinación de las mismas y otras células estromales tumorales (por ejemplo, fibroblastos). Dichas células inmunitarias infiltrantes de tumor pueden ser linfocitos T (tales como linfocitos T CD8+ (por ejemplo, linfocitos T efectores CD8+ (Tef)) y/o linfocitos T CD4+ (por ejemplo, linfocitos Tef CD4+), linfocitos B u otras células de linaje de médula ósea, incluyendo granulocitos (neutrófilos, eosinófilos, basófilos), monocitos, macrófagos, células dendríticas (por ejemplo, células dendríticas interdigitantes), histiocitos y linfocitos citolíticos naturales (NK). En algunos aspectos de la divulgación, la tinción para un biomarcador se detecta como tinción de membrana, tinción citoplásmica o combinaciones de las mismas. En otros aspectos de la divulgación, la ausencia de un biomarcador se detecta como ausente o sin tinción en la muestra, en relación con una muestra de referencia.
En aspectos particulares de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador se evalúa en una muestra que contiene o se sospecha que contiene células cancerosas. La muestra puede ser, por ejemplo, una biopsia de tejido o una lesión metastásica obtenida de un paciente que padece, se sospecha que padece o se le ha diagnosticado cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón, en particular carcinoma de células renales (CCR), tales como CCR avanzado o CCR metastásico (CCRm)). En algunos aspectos de la divulgación, la muestra es una muestra de tejido renal, una biopsia de un tumor renal, una lesión o sección de cáncer renal metastásico conocido o sospechoso, o una muestra de sangre, por ejemplo, una muestra de sangre periférica, conocida o que se sospecha que comprende células cancerosas circulantes, por ejemplo, células cancerosas de riñón. La muestra puede comprender tanto células cancerosas, es decir, células tumorales, como células no cancerosas (por ejemplo, linfocitos, tales como linfocitos T o linfocitos NK) y, en determinados aspectos de la divulgación, comprende tanto células cancerosas como no cancerosas. Los procedimientos para obtener muestras biológicas que incluyen resecciones de tejidos, biopsias y fluidos corporales, por ejemplo, muestras de sangre que comprenden células cancerosas/tumorales, son bien conocidas en la técnica.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, el individuo tiene carcinoma, linfoma, blastoma (incluyendo meduloblastoma y retinoblastoma), sarcoma (incluyendo liposarcoma y sarcoma de células sinoviales), tumores neuroendocrinos (incluyendo tumores carcinoides, gastrinoma e insulinoma), mesotelioma, schwannoma (incluyendo neurinoma acústico), meningioma, adenocarcinoma, melanoma y leucemia o neoplasias malignas linfáticas. En algunos aspectos de la divulgación, el cáncer es cáncer de riñón (por ejemplo, carcinoma de células renales (CCR), por ejemplo, CCR avanzado o CCR metastásico (CCRm)), cáncer de células escamosas (por ejemplo, cáncer epitelial de células escamosas), cáncer de pulmón (incluyendo cáncer de pulmón microcítico (CPM), cáncer de pulmón no microcítico (CPNM), adenocarcinoma de pulmón y carcinoma escamoso de pulmón), cáncer de peritoneo, cáncer hepatocelular, cáncer gástrico o de estómago, incluyendo cáncer gastrointestinal, cáncer de páncreas, glioblastoma, cáncer cervical, cáncer de ovario, cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), hepatoma, cáncer de mama (incluyendo CMTN y cáncer de mama metastásico), cáncer de vejiga, cáncer de colon, cáncer rectal, cáncer colorrectal, carcinoma endometrial o uterino, carcinoma de glándulas salivales, cáncer de próstata, cáncer de vulva, cáncer tiroideo, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma peneano, cáncer de células de Merkel, micosis fungoides, cáncer testicular, cáncer esofágico, tumores de vías biliares, cáncer de cabeza y cuello, linfoma de linfocitos B (incluyendo el linfoma no hodgkiniano (LNH) de grado bajo/folicular; LNH linfocítico pequeño (LP); LNH de grado intermedio/folicular; LNH difuso de grado intermedio; LNH inmunoblástico de grado alto; LNH linfoblástico de grado alto; LNH de células pequeñas no escindidas de grado alto; LNH con gran masa tumoral; linfoma de células del manto; linfoma relacionado con el SIDA; y macroglobulinemia de Waldenstrom); leucemia linfocítica crónica (LLC); leucemia linfoblástica aguda (LLA); leucemia de células pilosas; leucemia mieloblástica crónica; y trastorno linfoproliferativo postrasplante (TLPT), proliferación vascular anómala asociada con facomatosis, edema (tal como el asociado con tumores cerebrales) o síndrome de Meigs. En algunos aspectos de la divulgación, el cáncer es cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN). En aspectos preferentes de la divulgación, el paciente tiene un cáncer de riñón (por ejemplo, CCR, por ejemplo, CCR avanzado o CCRm, por ejemplo, CCR avanzado o CCRm no tratado previamente). Opcionalmente, el paciente puede tener una forma de cáncer avanzada, resistente al tratamiento, recurrente, resistente a la quimioterapia y/o resistente al platino.
En determinados aspectos de la divulgación, la presencia y/o la cantidad/niveles de expresión de un biomarcador en una primera muestra se incrementan o se elevan en comparación con la presencia/ausencia y/o cantidad/niveles de expresión en una segunda muestra. En determinados aspectos de la divulgación, la presencia/ausencia y/o la cantidad/niveles de expresión de un biomarcador en una primera muestra disminuyen o se reducen en comparación con la presencia y/o cantidad/niveles de expresión en una segunda muestra. En determinados aspectos de la divulgación, la segunda muestra es una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control.
En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una única muestra o múltiples muestras combinadas del mismo paciente o individuo que se obtienen en uno o más puntos temporales diferentes a cuando se obtiene una muestra de prueba. Por ejemplo, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene en un punto temporal anterior del mismo paciente o individuo a cuando se obtiene la muestra de prueba. Dicha muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control puede ser útil si la muestra de referencia se obtiene durante el diagnóstico inicial de cáncer y la muestra de prueba se obtiene más tarde cuando el cáncer se vuelve metastásico.
En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una combinación de múltiples muestras de uno o más individuos sanos que no son el paciente. En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una combinación de múltiples muestras de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer) que no son el paciente o individuo. En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control son muestras de ARN agrupadas de tejidos normales o muestras de plasma o suero agrupadas de uno o más individuos que no son el paciente. En determinados aspectos de la divulgación, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control son muestras de ARN agrupadas de tejidos tumorales o muestras de plasma o suero agrupadas de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, cáncer) que no son el paciente.
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de expresión por encima de un nivel de referencia, o una expresión o número elevado o incrementado se refiere a un incremento global de aproximadamente cualquiera de un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o mayor del nivel o número de un biomarcador (por ejemplo, proteína o ácido nucleico (por ejemplo, gen o ARNm)), detectado por procedimientos tales como los descritos en el presente documento y/o conocidos en la técnica, en comparación con una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En determinados aspectos de la divulgación, la expresión o número elevado se refiere al incremento en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) en la muestra en la que el incremento es al menos aproximadamente cualquiera de 1,1 veces, 1,2 veces, 1,3 veces, 1,4 veces, 1,5 veces, 1,6 veces, 1.7 veces, 1,8 veces, 1,9 veces, 2 veces, 2,1 veces, 2,2 veces, 2,3 veces, 2,4 veces, 2,5 veces, 2,6 veces, 2.7 veces, 2,8 veces, 2,9 veces, 3 veces, 3,5 veces, 4 veces, 4,5 veces, 5 veces, 6 veces, 7 veces, 8 veces, 9 veces, 10 veces, 15 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces, 500 veces o 1000 veces el nivel de expresión/la cantidad del biomarcador respectivo en un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En algunos aspectos de la divulgación, la expresión o número elevado se refiere a un incremento global en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2 CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) de más de aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2.8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más en comparación con un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control, tejido de control o control interno (por ejemplo, gen constitutivo).
En algunos aspectos de la divulgación de cualquiera de los procedimientos anteriores, un nivel de expresión por debajo de un nivel de referencia o una expresión o número reducido (disminuido) se refiere a una reducción general de aproximadamente cualquiera de un 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % o mayor del nivel de biomarcador (por ejemplo, proteína o ácido nucleico (por ejemplo, gen o ARNm), o célula), detectado por procedimientos conocidos de la técnica estándar tal como los descritos en el presente documento, en comparación con un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En determinados aspectos de la divulgación, expresión o número reducido se refiere a la disminución en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) en la muestra en la que la disminución es al menos aproximadamente cualquiera de 0,9 veces, 0,8 veces, 0,7 veces, 0,6 veces, 0,5 veces, 0,4 veces, 0,3 veces, 0,2 veces, 0,1 veces, 0,05 veces o 0,01 veces el nivel de expresión/la cantidad del biomarcador respectivo en un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control. En algunos aspectos de la divulgación, la expresión o número reducido (disminuido) se refiere a una disminución global en el nivel de expresión/la cantidad de un biomarcador (por ejemplo, CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) de más de aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces, aproximadamente 1000 veces o más en comparación con un nivel de referencia, muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control, tejido de control o control interno (por ejemplo, gen constitutivo).
Para la prevención o tratamiento del cáncer, la dosis de un tratamiento antineoplásico (bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A)) dependerá del tipo de cáncer que se va a tratar, como se define anteriormente, de la gravedad y evolución del cáncer, de si el tratamiento antineoplásico se administra para propósitos preventivos o terapéuticos, del tratamiento previo, de la anamnesis y respuesta al fármaco del paciente y del criterio del médico especialista.
En algunos aspectos de la divulgación, el tratamiento antineoplásico (bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A)) se puede administrar adecuadamente al paciente de una vez o durante una serie de tratamientos. Una dosificación diaria típica puede variar de aproximadamente 1 |jg/kg a 100 mg/kg o más, dependiendo de los factores mencionados anteriormente. Para administraciones repetidas durante varios días o más, dependiendo de la afección, el tratamiento en general se mantendría hasta que se produzca una supresión deseada de los síntomas de enfermedad. Dichas dosis se pueden administrar intermitentemente, por ejemplo, cada semana o cada tres semanas (por ejemplo, de modo que el paciente reciba, por ejemplo, de aproximadamente dos a aproximadamente veinte o, por ejemplo, aproximadamente seis dosis del tratamiento antineoplásico). Se puede administrar una dosis de carga mayor inicial, seguido de una o más dosis menores. Sin embargo, pueden ser útiles otras pautas posológicas. La progresión de este tratamiento se sigue fácilmente por técnicas y ensayos convencionales.
Por ejemplo, como propuesta general, la cantidad terapéuticamente eficaz de bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) administrada al ser humano estará en el intervalo de aproximadamente 0,01 a aproximadamente 50 mg/kg de peso corporal del paciente, ya sea mediante una o más administraciones. En algunos aspectos de la divulgación, el agente terapéutico (por ejemplo, anticuerpo) usado se administra de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 45 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 40 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 35 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 30 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 25 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 20 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 15 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 10 mg/kg, de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 5 mg/kg o de aproximadamente 0,01 mg/kg a aproximadamente 1 mg/kg diariamente, semanalmente, cada dos semanas, cada tres semanas o mensualmente, por ejemplo. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo se administra a 15 mg/kg. Sin embargo, pueden ser útiles otras pautas posológicas. En un aspecto de la divulgación, se administra bevacizumab y/o atezolizumab a un ser humano a una dosis de aproximadamente 50 mg, aproximadamente 100 mg, aproximadamente 200 mg, aproximadamente 300 mg, aproximadamente 400 mg, aproximadamente 420 mg, aproximadamente 500 mg, aproximadamente 525 mg, aproximadamente 600 mg, aproximadamente 700 mg, aproximadamente 800 mg, aproximadamente 840 mg, aproximadamente 900 mg, aproximadamente 1000 mg, aproximadamente 1050 mg, aproximadamente 1100 mg, aproximadamente 1200 mg, aproximadamente 1300 mg, aproximadamente 1400 mg, aproximadamente 1500 mg, aproximadamente 1600 mg, aproximadamente 1700 mg o aproximadamente 1800 mg, en el día 1 con ciclos de 21 días (cada tres semanas, c3s).
En algunos aspectos de la divulgación, atezolizumab se administra a 1200 mg por vía intravenosa cada tres semanas (c3s). En algunos aspectos de la divulgación, bevacizumab se administra a una dosis fija de una vez o durante una serie de tratamientos. Cuando se administra una dosis fija, preferentemente está en el intervalo de aproximadamente 5 mg a aproximadamente 2000 mg. Por ejemplo, la dosis fija puede ser de aproximadamente 420 mg, aproximadamente 525 mg, aproximadamente 840 mg o aproximadamente 1050 mg. En algunos aspectos de la divulgación, bevacizumab se administra a 10 mg/kg por vía intravenosa cada dos semanas. En algunos aspectos de la divulgación, bevacizumab se administra a 15 mg/kg por vía intravenosa cada tres semanas. La dosis de antagonista de VEGF y/o antagonista de unión al eje de PD-L1 se puede administrar como una dosis única o como dosis múltiples (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 o más dosis). Cuando se administran una serie de dosis, estas se pueden administrar, por ejemplo, aproximadamente cada semana, aproximadamente cada 2 semanas, aproximadamente cada 3 semanas o aproximadamente cada 4 semanas. La dosis del anticuerpo administrado en un tratamiento de combinación se puede reducir en comparación con un tratamiento único. La evolución de este tratamiento se monitoriza fácilmente por técnicas convencionales.
Bevacizumab y atezolizumab se pueden formular, dosificar y administrar de forma consecuente con la buena práctica médica. Los factores para su consideración en este contexto incluyen el trastorno particular que se está tratando, el mamífero particular que se está tratando, el estado clínico del paciente individual, la causa del trastorno, el sitio de administración del agente, el procedimiento de administración, la pauta de administración y otros factores conocidos por los médicos. El antagonista de VEGF y el antagonista de PD-L1 no lo necesita, pero opcionalmente se formula con y/o se administra simultáneamente con uno o más agentes usados actualmente para prevenir o tratar el trastorno en cuestión. La cantidad eficaz de dichos otros agentes depende de la cantidad de antagonista de VEGF, antagonista de PD-L1, presente en la formulación, el tipo de trastorno o tratamiento y otros factores analizados anteriormente. Estos se usan en general en las mismas dosificaciones y con las vías de administración como se describe en el presente documento, o aproximadamente de un 1 a un 99 % de las dosificaciones descritas en el presente documento, o en cualquier dosificación y por cualquier vía que se determine empíricamente/clínicamente que sea apropiada.
En algunos aspectos de la divulgación, bevacizumab se administra simultáneamente con atezolizumab (MPDL3280A). En algunos aspectos de la divulgación, bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) se administran como parte de la misma formulación. En otros aspectos de la divulgación, bevacizumab se administra por separado de atezolizumab (MPDL3280A).
En algunos aspectos de la divulgación, cualquiera de los procedimientos anteriores puede incluir además la administración de un agente terapéutico adicional. En algunos aspectos de la divulgación, el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos.
En algunos aspectos de la divulgación, bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) se administran simultáneamente con un agonista dirigido contra una molécula coestimuladora activadora. En algunos aspectos de la divulgación, una molécula coestimuladora activadora puede incluir CD40, CD226, CD28, 0X40, GITR, CD137, CD27, HVEM o CD127. En algunos aspectos de la divulgación, el agonista dirigido contra una molécula coestimuladora activadora es un anticuerpo agonista que se une a CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM o CD127. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un antagonista dirigido contra una molécula coestimuladora inhibidora. En algunos aspectos de la divulgación, una molécula coestimuladora inhibidora puede incluir CTLA-4 (también conocido como CD152), TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B o arginasa. En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista dirigido contra una molécula coestimuladora inhibidora es un anticuerpo antagonista que se une a CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B o arginasa.
En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un antagonista dirigido contra CTLA-4 (también conocido como CD152), por ejemplo, un anticuerpo bloqueante. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con ipilimumab (también conocido como MDX-010, MDX-101 o YERVOY®). En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con tremelimumab (también conocido como ticilimumab o CP-675.206). En algunos aspectos de la divulgación, bevacizumab o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1))) se pueden administrar junto con un antagonista dirigido contra B7-H3 (también conocido como CD276), por ejemplo, un anticuerpo bloqueante. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A) o un antagonista de unión a p D-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1))), junto con MGA271. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)) junto con un antagonista dirigido contra TGF-beta, por ejemplo, metelimumab (también conocido como CAT-192), fresolimumab (también conocido como GC1008) o LY2157299.
En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)) junto con un agonista dirigido contra CD137 (también conocido como TNFRSF9, 4-1BB o ILA), por ejemplo, un anticuerpo de activación. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con urelumab (también conocido como BMS-663513). En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con un agonista dirigido contra CD40, por ejemplo, un anticuerpo de activación. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con CP-870893. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)) junto con un agonista dirigido contra OX40 (también conocido como CD134), por ejemplo, un anticuerpo de activación. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con un anticuerpo anti-OX40 (por ejemplo, AgonOX). En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con un agonista dirigido contra CD27, por ejemplo, un anticuerpo de activación. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con CDX-1127. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con un antagonista dirigido contra TIGIT, por ejemplo, un anticuerpo anti-TIGIT. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1)), junto con un antagonista dirigido contra indoleamina-2,3-dioxigenasa (IDO). En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista de IDO es 1-metil-D-triptófano (también conocido como 1-D-MT).
En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con una vacuna contra el cáncer. En algunos aspectos de la divulgación, la vacuna contra el cáncer es una vacuna contra el cáncer peptídica que, en algunos aspectos de la divulgación, es una vacuna peptídica personalizada. En algunos aspectos de la divulgación, la vacuna contra el cáncer peptídica es un péptido largo multivalente, un péptido múltiple, una mezcla de péptidos, un péptido híbrido o una vacuna de células dendríticas pulsadas con péptidos (véase, por ejemplo, Yamada et al., CáncerSci, 104:14-21,2013). En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un adyuvante. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un tratamiento que comprende un agonista de TLR, por ejemplo, poli-ICLC (también conocido como HILTONOLl®), LPS, MPL u o Dn con CpG. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con el factor de necrosis tumoral (TNF) alfa. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con IL-1. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con HMGB1. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un antagonista de I L-10. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un antagonista de IL-4. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un PD-L1 bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un antagonista de I L-13. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un antagonista de HVEM. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un agonista de ICOS, por ejemplo, por administración de ICOS-L, o un anticuerpo agonista dirigido contra ICOS. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un tratamiento dirigido a CX3CL1. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un tratamiento dirigido a CXCL9. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un tratamiento dirigido a CXCL10. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un tratamiento dirigido a CCL5. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un agonista de LFA-1 o ICAM1. En algunos aspectos de la divulgación, se puede administrar bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A) junto con un antagonista de selectina.
Si se administra un agente quimioterápico, normalmente se administra en dosis ya conocidas para el mismo u opcionalmente reducidas debido a la acción combinada de los fármacos o a los efectos secundarios negativos que puedan atribuirse a la administración del agente quimioterápico. La preparación y las pautas posológicas de dichos agentes quimioterápicos se pueden usar de acuerdo con las instrucciones del fabricante o como determine empíricamente el médico especialista. Cuando el agente quimioterápico es paclitaxel, preferentemente se administra a una dosis de entre aproximadamente 130 mg/m2 y 200 mg/m2 (por ejemplo, aproximadamente 175 mg/m2), por ejemplo, durante 3 horas, una vez cada 3 semanas. Cuando el agente quimioterápico es carboplatino, preferentemente se administra calculando la dosis de carboplatino usando la fórmula de Calvert que se basa en la función renal preexistente del paciente o la función renal y la cifra mínima de plaquetas deseada. La excreción renal es la principal vía de eliminación del carboplatino. El uso de esta fórmula de dosificación, en comparación con el cálculo empírico de la dosis basado en el área de superficie corporal, permite compensar las variaciones del paciente en la función renal previa al tratamiento que, de otro modo, podrían resultar en una infradosificación (en pacientes con una función renal superior al promedio) o una sobredosis (en pacientes con insuficiencia renal). El ABC diana de 4-6 mg/ml/min usando carboplatino como agente único parece proporcionar el intervalo de dosis más apropiado en pacientes previamente tratados.
Además de los regímenes terapéuticos anteriores, el paciente se puede someter a extirpación quirúrgica de tumores y/o células cancerosas.
Dichas politerapias indicadas anteriormente engloban la administración combinada (donde se incluyen dos o más agentes terapéuticos en la misma formulación o en formulaciones separadas) y la administración separada, en cuyo caso, la administración de un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 se puede producir antes, simultáneamente y/o después de la administración del agente o agentes terapéuticos adicionales. En un aspecto de la divulgación, la administración de un antagonista de VEGF y/o un antagonista de unión al eje de PD-L1 y la administración de un agente terapéutico adicional se produce dentro de aproximadamente un mes, o dentro de aproximadamente una, dos o tres semanas, o dentro de aproximadamente uno, dos, tres, cuatro, cinco o seis días, entre sí.
En aspectos de la divulgación en los que el antagonista de VEGF o el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un anticuerpo (por ejemplo, bevacizumab o atezolizumab), el anticuerpo administrado puede ser un anticuerpo no marcado. El antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, tal como bevacizumab) y/o el antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, tal como atezolizumab) administrados se pueden conjugar con un agente citotóxico. Preferentemente, el conjugado y/o el antígeno al que está unido está/están internalizados en la célula, dando como resultado una eficacia terapéutica incrementada del conjugado en la destrucción de las células cancerosas a las que se une. En un aspecto preferente de la divulgación, el agente citotóxico se dirige contra o interfiere en el ácido nucleico de la célula cancerosa. Los ejemplos de dichos agentes citotóxicos incluyen los maitanosinoides, las calicheamicinas, las ribonucleasas y las endonucleasas de ADN.
Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento se pueden administrar por cualquier procedimiento adecuado, que incluye, por ejemplo, por vía intravenosa, intramuscular, subcutánea, intradérmica, percutánea, intraarterial, intraperitoneal, intralesional, intracraneal, intraarticular, intraprostática, intrapleural, intratraqueal, intratecal, intranasal, intravaginal, intrarrectal, tópica, intratumoral, peritoneal, subconjuntival, intravesicular, mucosa, intrapericárdica, intraumbilical, intraocular, intraorbital, oral, tópica, transdérmica, intravítrea (por ejemplo, por inyección intravítrea), parenteral, mediante colirio, inhalación, inyección, implantación, infusión, infusión continua, perfusión localizada que baña directamente las células diana, catéter, lavado, en cremas o en composiciones lipídicas. Las composiciones utilizadas en los procedimientos descritos en el presente documento también se pueden administrar por vía sistémica o local. El procedimiento de administración puede variar dependiendo de diversos factores (por ejemplo, el compuesto o composición que se administra y la gravedad de la afección, enfermedad o trastorno que se trata). En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista de unión al eje de PD-L1 se administra por vía intravenosa, intramuscular, subcutánea, tópica, oral, transdérmica, intraperitoneal, intraorbital, por implantación, por inhalación, por vía intratecal, intraventricular o intranasal. En algunos aspectos de la divulgación, el inhibidor de tirosina cinasa multidiana se administra por vía oral. La dosificación puede ser por cualquier vía adecuada, por ejemplo, por inyecciones, tales como inyecciones intravenosas o subcutáneas, dependiendo, en parte, de si la administración es breve o crónica. En el presente documento se contemplan diversas pautas posológicas incluyendo, pero sin limitarse a, administraciones individuales o múltiples durante diversos puntos temporales, administración en bolo e infusión pulsada.
IV. Composiciones y formulaciones farmacéuticas
En un aspecto, la invención se basa, en parte, en el descubrimiento de que los biomarcadores de la invención se pueden usar para identificar individuos que tienen cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se pueden beneficiar de tratamientos antineoplásicos que incluyen antagonistas de VEGF y antagonistas de unión al eje de PD-L1. En otro aspecto, la invención se basa, en parte, en el descubrimiento de que los biomarcadores de la invención se pueden usar para identificar individuos que tienen cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se pueden beneficiar de tratamientos antineoplásicos que incluyen un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))). Estos agentes y combinaciones de los mismos son útiles para el tratamiento del cáncer, por ejemplo, como parte de cualquiera de los procedimientos descritos en el presente documento, por ejemplo, en las secciones II y III anteriores. Se puede usar cualquier antagonista de VEGF, antagonista de unión al eje de PD-L1 y/o inhibidor de la angiogénesis adecuado en los procedimientos y ensayos descritos en el presente documento. Los ejemplos no limitativos adecuados para su uso en los procedimientos y ensayos de la invención se describen a continuación adicionalmente.
A. Antagonistas de VEGF ejemplares
Los antagonistas de VEGF incluyen cualquier molécula que se puede unir a VEGF, reducir los niveles de expresión de VEGF o neutralizar, bloquear, inhibir, anular, reducir o interferir con las actividades biológicas de VEGF. Un VEGF humano ejemplar se muestra con el número de acceso de UniProtKΒ/Swiss-Prot P15692, identidad génica (NCBI): 7422.
En algunos casos, el antagonista de VEGF es un anticuerpo anti-VEGF. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo anti-VEGF es bevacizumab, también conocido como "rhuMAb VEGF" o "AVASTIN®". Bevacizumab es un anticuerpo monoclonal anti-VEGF humanizado recombinante generado de acuerdo con Presta et al. (Cáncer Res. 57:4593-4599, 1997). Comprende regiones estructurales de IgG1 humana mutadas y regiones determinantes de complementariedad de unión a antígeno del anticuerpo monoclonal anti-hVEGF murino A.4.6.1 que bloquea la unión del VEGF humano a sus receptores. Aproximadamente un 93 % de la secuencia de aminoácidos de bevacizumab, incluyendo la mayoría de las regiones estructurales, se deriva de IgG1 humana, y aproximadamente un 7 % de la secuencia se deriva del anticuerpo murino A.4.6.1. Bevacizumab tiene una masa molecular de aproximadamente 149000 dalton y está glucosilado. Bevacizumab y otros anticuerpos anti-VEGF humanizados se describen además en la patente de EE. UU. n.° 6.884.879 expedida el 26 de febrero de 2005. Los anticuerpos preferentes adicionales incluyen los anticuerpos de la serie G6 o B20 (por ejemplo, G6-31, B20-4.1), como se describe en la publicación de solicitud PCT n.° WO 2005/012359. Para anticuerpos preferentes adicionales, véanse las pat. de EE. UU. n.os 7.060.269, 6.582.959, 6.703.020; 6.054.297; los documentos WO98/45332; WO 96/30046; WO94/10202; EP 0666868B1; las publicaciones de solicitudes de patente de EE. UU. n.os 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409 y 20050112126; y Popkov et al. (Journal of Immunological Methods 288:149-164, 2004). Otros anticuerpos preferentes incluyen los que se unen a un epítopo funcional en el VEGF humano que comprende los residuos F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, 191, K101, E103 y C104 o, de forma alternativa, que comprende los residuos F17, Y21, Q22, Y25, D63, 183 y Q89.
En otros casos, el antagonista de VEGF es un anticuerpo anti-VEGFR2 o molécula relacionada (por ejemplo, ramucirumab, tanibirumab, aflibercept), un anticuerpo anti-VEGFR1 o moléculas relacionadas (por ejemplo, icrucumab, aflibercept (VEGF Trap-Eye; EYLEA®) y ziv-aflibercept (VEGF Trap; ZALTRAP®)); un anticuerpo biespecífico frente a VEGF (por ejemplo, MP-0250, vanucizumab (VEGF-ANG2) o los anticuerpos biespecíficos divulgados en el documento US 2001/0236388); un anticuerpo biespecífico que incluyen una combinación de dos de los grupos anti-VEGF, anti-VEGFR1 y anti-VEGFR2; un anticuerpo anti-VEGFA (por ejemplo, bevacizumab, sevacizumab); un anticuerpo anti-VEGFB; un anticuerpo anti-VEGFC (por ejemplo, VGX-100), un anticuerpo anti-VEGFD; o un antagonistas de VEGF de molécula pequeña no peptídica (por ejemplo, pazopanib, axitinib, vandetanib, stivarga, cabozantinib, lenvatinib, nintedanib, orantinib, telatinib, dovitinig, cediranib, motesanib, sulfatinib, apatinib, foretinib, famitinib o tivozanib).
Se contempla expresamente que dichos anticuerpos antagonistas de VEGF u otros anticuerpos descritos en el presente documento (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF para la detección de los niveles de expresión de VEGF) para su uso en cualquiera de los aspectos de la divulgación enumerados anteriormente pueden tener cualquiera de los rasgos característicos, solos o en combinación, descritos en las secciones i-vii de la subsección C a continuación.
B. Antagonistas de unión al eje de PD-L1 ejemplares
Los antagonistas de unión al eje de PD-L1 incluyen antagonistas de unión a PD-1, antagonista de unión a PD-L1 y antagonistas de unión a PD-L2. PD-1 (muerte programada 1) también se conoce en la técnica como "muerte celular programada 1", "PDCD1", "CD279" y "SLEB2". Un PD-1 humano ejemplar se muestra en UniProtKΒ/Swiss-Prot con n.° de acceso Q15116. PD-L1 (ligando de muerte programada 1) también se denomina en la técnica "ligando 1 de muerte celular programada 1", "PDCD1LG1", "c D274", "B7-H" y "PDL1". Un PD-L1 humano ejemplar se muestra en UniProtKΒ/Swiss-Prot con n.° de acceso Q9NZQ7.1. PD-L2 (ligando de muerte programada 2) también se denomina en la técnica "ligando 2 de muerte celular programada 1", "PDCD1LG2", "CD273", "B7-DC", "Btdc" y "PDL2". Un PD-L2 humano ejemplar se muestra en UniProtKΒ/Swiss-Prot con n.° de acceso Q9BQ51. En algunos aspectos de la divulgación, PD-1, PD-L1 y PD-L2 son PD-1, PD-L1 y PD-L2 humanos. El antagonista de unión al eje de PD-1 puede ser, en algunos casos, un antagonista de unión a PD-1, un antagonista de unión a PD-L1 o un antagonista de unión a PD-L2.
(i) Antagonistas de unión a PD-L1
En algunos casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a uno o más de sus compañeros de unión a ligando. En otros casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a PD-1. Aún en otros casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 a B7-1. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-L1 inhibe la unión de PD-L1 tanto a PD-1 como a B7-1. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-L1 es un anticuerpo. En algunos casos, el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: MPDL3280A (atezolizumab), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (durvalumab) y MSB0010718C (avelumab).
En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 es un anticuerpo monoclonal. En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 es un fragmento de anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en fragmentos Fab, Fab'-SH, Fv, scFv y (Fab')2. En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 es un anticuerpo humanizado. En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 es un anticuerpo humano. En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 descrito en el presente documento se une a PD-L1 humano. En algunos casos particulares, el anticuerpo anti-PD-L1 es atezolizumab (número de registro de CAS: 1422185-06-5). Atezolizumab (Genentech) también se conoce como MPDL3280A.
En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 comprende una región variable de cadena pesada (HVR-H) que comprende una secuencia de HVR-H1, HVR-H2 y HVR-H3, en la que:
(a) la secuencia de HVR-H1 es GFTFSDSW H (SEQ ID NO: 62);
(b) la secuencia de HVR-H2 es AWISPYGGSTYyadSVKG (SEQ ID NO: 63); y
(c) la secuencia de HVR-H3 es RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 64).
En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 comprende además una región variable de cadena ligera (HVR-L) que comprende una secuencia de HVR-L1, HVR-L2 y HVR-L3, en la que:
(a) la secuencia de HVR-L1 es RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 65);
(b) la secuencia de HVR-L2 es SASFLYS (SEQ ID NO: 66); y
(c) la secuencia de HVR-L3 es Q2YLYHPAT (SEQ ID NO: 67).
En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 comprende una secuencia de cadena pesada y una de cadena ligera,
en el que:
(a) la secuencia de la región variable de la cadena pesada (VH) comprende la secuencia de aminoácidos: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRF TISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (SEQ |D NQ.6g).
(b) la secuencia de la región variable de la cadena ligera (VL) comprende la secuencia de aminoácidos: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTD FTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEQ ID NO: 70).
En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-LI comprende una secuencia de cadena pesada y una de cadena ligera, en el que:
(a) la cadena pesada comprende la secuencia de aminoácidos: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRF
TISADTSKNJTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTS
GGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKP
SNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCWVDVSHEDPEVKFN
WYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRWSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPRE
PQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKS RWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ |D NQ.71). y
(b) la cadena ligera comprende la secuencia de aminoácidos: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTD
FTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYP
REAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFN RGEC (SEQ ID NO: 72).
En algunos casos, el anticuerpo anti-PD-L1 comprende (a) un dominio VH que comprende una secuencia de aminoácidos que comprende que tiene al menos aproximadamente un 95 % de identidad de secuencia (por ejemplo, al menos un 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia) con, o la secuencia de (SEQ ID NO: 69); (b) un dominio VL que comprende una secuencia de aminoácidos que comprende que tiene al menos un 95 % de identidad de secuencia (por ejemplo, al menos un 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia) con, o la secuencia de (SEQ ID NO: 70); o (c) un dominio VH como en (a) y un dominio VL como en (b). En otros casos, el anticuerpo anti-PD-L1 se selecciona del grupo que consiste en YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (durvalumab) y MSB0010718C (avelumab). El anticuerpo YW243.55.S70 es un anti-PD-L1 descrito en la publicación PCT n.° W 2010/077634. m Dx -1105, también conocido como BMS-936559, es un anticuerpo anti-PD-LI descrito en la publicación PCT n.° WO 2007/005874. MEDI4736 (durvalumab) es un anticuerpo monoclonal anti-PD-LI descrito en la publicación PCT n.° WO 2011/066389 y la publicación de Ee . UU. n.° 2013/034559. Los ejemplos de anticuerpos anti-PD-L1 útiles para los procedimientos de la presente invención y los procedimientos para preparar los mismos se describen en las publicaciones PCT n.os WO 2010/077634, w O 2007/005874, WO 2011/066389, y también en la patente de EE. UU. n.° 8.217.149 y en la publicación de EE. UU. n.° 2013/034559.
(ii) Antagonistas de unión a PD-1
En algunos casos, el antagonista de unión al eje de PD-L1 es un antagonista de unión a PD-1. Por ejemplo, en algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a uno o más de sus compañeros de unión a ligando. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L1. En otros casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 a PD-L2. Aún en otros casos, el antagonista de unión a PD-1 inhibe la unión de PD-1 tanto a PD-L1 como a PD-L2. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo. En algunos casos, el anticuerpo se selecciona del grupo que consiste en: MDX 1106 (nivolumab), MK-3475 (pembrolizumab), CT-011 (pidilizumab), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810 y BGB-108. En algunos casos, el antagonista de unión a PD-1 es una proteína de fusión Fc. Por ejemplo, en algunos casos, la proteína de fusión Fc es AMP-224.
En otro aspecto, la invención proporciona el uso de un antagonista de unión al eje de PD-L1 en la fabricación o preparación de un medicamento. En un aspecto de la divulgación, el medicamento es para el tratamiento de un cáncer. En otro aspecto de la divulgación, el medicamento es para su uso en un procedimiento de tratamiento de un cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que comprende administrar a un paciente que padece cáncer una cantidad eficaz del medicamento. En un aspecto de este tipo de la divulgación, el procedimiento comprende además administrar al individuo una cantidad eficaz de al menos un agente terapéutico adicional, por ejemplo, como se describe a continuación.
En algunos aspectos de la divulgación, un antagonista de unión a PD-1 es una molécula que inhibe la unión de PD-1 a sus compañeros de unión a ligando. En un aspecto específico, los compañeros de unión al ligando de PD-1 son PD-L1 y/o PD-L2. En otro aspecto de la divulgación, un antagonista de unión a PD-L1 es una molécula que inhibe la unión de PD-L1 a sus ligandos de unión. En un aspecto específico, los compañeros de unión a PD-L1 son PD-1 y/o B7-1. En otro aspecto de la divulgación, un antagonista de unión a PD-L2 es una molécula que inhibe la unión de PD-L2 a sus compañeros de unión al ligando. En un aspecto específico, el compañero de unión al ligando de PD-L2 es PD-1. El antagonista puede ser un anticuerpo, un fragmento de unión a antígeno del mismo, una inmunoadhesina, una proteína de fusión u oligopéptido.
En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista de unión a PD-1 es un anticuerpo anti-PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado o un anticuerpo quimérico), por ejemplo, como se describe a continuación. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo anti-PD-1 se selecciona del grupo que consiste en MDX-1106 (nivolumab), MK-3475 (pembrolizumab), CT-011 (pidilizumab), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810 y BGB-108. MDX-1106, también conocido como MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558, o nivolumab, es un anticuerpo anti-PD-1 descrito en el documento WO2006/121168. MK-3475, también conocido como pembrolizumab o lambrolizumab, es un anticuerpo anti-PD-1 descrito en el documento WO 2009/114335. CT-011, también conocido como hBAT, hBAT-1 o pidilizumab, es un anticuerpo anti-PD-1 descrito en el documento WO 2009/101611. En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista de unión a PD-1 es una inmunoadhesina (por ejemplo, una inmunoadhesina que comprende una porción extracelular o de unión a PD-1 de PD-L1 o PD-L2 fusionada a una región constante (por ejemplo, una región Fc de una secuencia de inmunoglobulina). En algunos aspectos de la divulgación, el antagonista de unión a PD-1 es AMP-224. AMP-224, también conocido como B7-DCIg, es un receptor soluble de fusión PD-L2-Fc descrito en los documentos WO 2010/027827 y WO 2011/066342.
En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo anti-PD-1 es MDX-1106. Los nombres alternativos para "MDX-1106" incluyen MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558 y nivolumab. En algunos aspectos de la divulgación, el anticuerpo anti-PD-1 es nivolumab (número de registro de CAS: 946414-94-4). Todavía en otro aspecto de la divulgación, se proporciona un anticuerpo anti-PD-1 aislado que comprende una región variable de la cadena pesada que comprende la secuencia de aminoácidos de la región variable de la cadena pesada de SEQ ID NO: 73 y/o una región variable de la cadena ligera que comprende la secuencia de aminoácidos de la región variable de la cadena ligera de SEQ ID NO: 74.
Todavía en otro aspecto de la divulgación, se proporciona un anticuerpo anti-PD-1 aislado que comprende una secuencia de la cadena pesada y/o cadena ligera, en el que:
(a) la secuencia de la cadena pesada tiene al menos un 85 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98 %, al menos un 99 % o un 100 % de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena pesada: QVQLVESGGGWQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGR FTISRDNSKNITLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAA
LGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKV
DKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCWVDVSQEDPEVQFNWYVDGVE
VHNAKTKPREEQFNJSTYRWSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPP
SQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGN VFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (SEQ !D NO: 73), y
(b) la secuencia de la cadena ligera tiene al menos un 85 %, al menos un 90 %, al menos un 91 %, al menos un 92 %, al menos un 93 %, al menos un 94 %, al menos un 95 %, al menos un 96 %, al menos un 97 %, al menos un 98%, al menos un 99% o un 100% de identidad de secuencia con la secuencia de la cadena ligera: EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLUYDASNRATGIPARFSGSGSGTD
FTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASWCLLNNFYP
REAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSISSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFN RGEC (SEQ ID NO: 74).
Se contempla expresamente que dichos anticuerpos antagonistas de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, anticuerpos anti-PD-L1, anticuerpos anti-PD-1 y anticuerpos anti-PD-L2) u otros anticuerpos descritos en el presente documento (por ejemplo, anticuerpos anti-PD-LI para la detección de los niveles de expresión de PD-L1) para su uso en cualquiera de los aspectos de la divulgación enumerados anteriormente puedan tener cualquiera de los rasgos característicos, individualmente o en combinación, descritos en las secciones i-vii de la subsección C a continuación.
C. Anticuerpos
i. Afinidad de anticuerpos
En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo proporcionado en el presente documento (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) tiene una constante de disociación (Kd) de ≤1 |j M, ≤100 nM, ≤10 nM, ≤1 nM, ≤0,1 nM, ≤0,01 nM o ≤0,001 nM (por ejemplo, 10-8 M o menos, por ejemplo, de 10-8 M a 10-13 M, por ejemplo, de 10-9 M a 10-13 M).
En un aspecto de la divulgación, se mide la Kd mediante un ensayo de unión a antígeno radiomarcado (RIA). En un aspecto de la divulgación, se realiza un RIA con la versión de Fab de un anticuerpo de interés y su antígeno. Por ejemplo, se mide la afinidad de unión en solución de los Fab por el antígeno equilibrando los Fab con una concentración mínima de antígeno marcado con (125I) en presencia de una serie de valoraciones de antígeno no marcado, capturando, a continuación, el antígeno unido con una placa recubierta con anticuerpo anti-Fab (véase, por ejemplo, Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999). Para establecer las condiciones para el ensayo, se recubren placas de múltiples pocillos MICROTITER® (Thermo Scientific) durante la noche con 5 |jg/ml de un anticuerpo anti-Fab de captura (Cappel Labs) en carbonato de sodio 50 mM (pH 9,6) y posteriormente se bloquea con seroalbúmina bovina al 2 % (p/v) en PBS durante de dos a cinco horas a temperatura ambiente (aproximadamente 23 °C). En una placa no adsorbente (Nunc, n.° 269620), se mezcla [125I]-antígeno 100 pM o 26 pM con diluciones en serie de un Fab de interés (por ejemplo, consecuente con la evaluación del anticuerpo anti-VEGF, Fab-12, en Presta et al., Cáncer Res. 57:4593-4599, 1997). A continuación, el Fab de interés se incuba durante la noche; sin embargo, la incubación puede continuar durante un periodo más largo (por ejemplo, de aproximadamente 65 horas) para garantizar que se alcanza el equilibrio. Después de esto, se transfieren las mezclas a la placa de captura para su incubación a temperatura ambiente (por ejemplo, durante una hora). A continuación, se retira la solución y se lava la placa ocho veces con polisorbato 20 (TWEEN-20®) al 0,1 % en PBS. Cuando las placas se hayan secado, se añaden 150 jl/pocillo de centelleador (MICROSCINT-20™; Packard) y las placas se cuentan en un contador gamma TOPCOUNT™ (Packard) durante diez minutos. Se eligen concentraciones de cada Fab que den menos de o igual a un 20% de unión máxima para su uso en ensayos de unión competitiva.
De acuerdo con otro aspecto de la divulgación, se mide la Kd usando un ensayo de resonancia de plasmones superficiales BIACORE®. Por ejemplo, se realiza un ensayo usando un BIACORE®-2000 o un BIACORE®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, NJ) a 25 °C con chips CM5 con antígeno inmovilizado a ~10 unidades de respuesta (UR). En un aspecto de la divulgación, se activan chips de biosensor con dextrano carboximetilado (CM5, BIACORE, Inc.) con clorhidrato de N-etil-N'-(3-dimetilaminopropil)-carbodiimida (EDC) y N-hidroxisuccinimida (NHS) de acuerdo con las instrucciones del proveedor. El antígeno se diluye con acetato de sodio 10 mM, pH 4,8, a 5 jg/m l (~0,2 jM ) antes de su inyección a un caudal de 5 jl/minuto para lograr aproximadamente 10 unidades de respuesta (UR) de proteína acoplada. Después de la inyección de antígeno, se inyecta etanolamina 1 M para bloquear los grupos sin reaccionar. Para las mediciones cinéticas, se inyectan diluciones en serie de factor dos de Fab (de 0,78 nM a 500 nM) en PBS con tensioactivo polisorbato 20 (TWEEN-20™) (PBST) al 0,05 % a 25 °C a un caudal de aproximadamente 25 jl/min. Se calculan las velocidades de asociación (kas) y velocidades de disociación (kdis) usando un modelo de Langmuir de unión uno a uno sencillo (programa informático de evaluación de BIACORE® versión 3.2) ajustando simultáneamente los sensogramas de asociación y disociación. La constante de disociación en equilibrio (Kd) se calcula como la proporción kdis/kas. Véase, por ejemplo, Chen et al. (J. Mol. Biol.
293:865-881, 1999). Si la velocidad de asociación supera 106 M 'V mediante el ensayo de resonancia de plasmones superficiales anterior, entonces la velocidad de asociación se puede determinar usando una técnica de extinción fluorescente que mide el incremento o disminución en la intensidad de emisión de fluorescencia (excitación = 295 nm; emisión = 340 nm, paso de banda de 16 nm) a 25 °C de un anticuerpo (forma Fab) antiantígeno 20 nM en PBS, pH 7,2, en presencia de concentraciones crecientes de antígeno como se mide en un espectrómetro, tal como un espectrofotómetro equipado con interrupción de flujo (Aviv Instruments) o un espectrofotómetro SLM-AMINCO™ serie 8000 (ThermoSpectronic) con una cubeta agitada.
ii. Fragmentos de anticuerpo
En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento es un fragmento de anticuerpo. Los fragmentos de anticuerpo incluyen, pero no se limitan a, los fragmentos Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv y scFv, y otros fragmentos descritos a continuación. Para una revisión de determinados fragmentos de anticuerpo, véase Hudson et al. (Nat. Med.
9:129-134, 2003). Para una revisión de los fragmentos scFv, véase, por ejemplo, Pluckthün, en The Pharmacology of MonoclonalAntibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds. (Springer-Verlag, Nueva York), pp. 269-315 (1994). Véase también el documento WO 93/16185 y las patentes de EE. UU. n.os 5.571.894 y 5.587.458. Para un análisis de los fragmentos Fab y F(ab')2 que comprenden residuos de epítopos de unión al receptor de rescate y que tienen una semivida in vivo incrementada, véase la patente de EE. u U. n.° 5.869.046.
Los diacuerpos son fragmentos de anticuerpo con dos sitios de unión a antígeno que pueden ser bivalentes o biespecíficos. Véanse, por ejemplo, los documentos EP 404.097; WO 1993/01161; Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134, 2003; y Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448, 1993. También se describen triacuerpos y tetracuerpos en Hudson et al. (Nat. Med. 9:129-134, 2003).
Los anticuerpos de dominio único son fragmentos de anticuerpo que comprenden todo o una porción del dominio variable de la cadena pesada o todo o una porción del dominio variable de la cadena ligera de un anticuerpo. En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo de dominio único es un anticuerpo de dominio único humano (Domantis, Inc., Waltham, MA; véase por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 6.248.516 B1).
Se pueden preparar fragmentos de anticuerpo por diversas técnicas, incluyendo pero sin limitarse a digestión proteolítica de un anticuerpo inalterado, así como la producción por células huésped recombinantes (por ejemplo, E. coli o fago), de acuerdo con procedimientos conocidos.
Mi. Anticuerpos quiméricos y humanizados
En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento es un anticuerpo quimérico. Se describen determinados anticuerpos quiméricos, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.816.567; y Morrison et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855, 1984). En un ejemplo, un anticuerpo quimérico comprende una región variable no humana (por ejemplo, una región variable derivada de un ratón, rata, hámster, conejo o primate no humano, tal como un mono) y una región constante humana. En otro ejemplo, un anticuerpo quimérico es un anticuerpo de "clase cambiada" en el que se ha cambiado la clase o subclase con respecto a la del anticuerpo original. Los anticuerpos quiméricos incluyen fragmentos de unión a antígeno de los mismos.
En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo quimérico es un anticuerpo humanizado. Típicamente, se humaniza un anticuerpo no humano para reducir la inmunogenicidad con respecto a los seres humanos, mientras que se conservan la especificidad y afinidad del anticuerpo no humano original. En general, un anticuerpo humanizado comprende uno o más dominios variables en los que las HVR, por ejemplo, las CDR (o porciones de las mismas), se derivan de un anticuerpo no humano y las FR (o porciones de las mismas) se derivan de secuencias de anticuerpos humanos. Un anticuerpo humanizado también comprenderá opcionalmente al menos una porción de una región constante humana. En algunos aspectos de la divulgación, algunos residuos de FR en un anticuerpo humanizado se sustituyen con los residuos correspondientes de un anticuerpo no humano (por ejemplo, el anticuerpo del que se derivan los residuos de HVR), por ejemplo, para restablecer o mejorar la especificidad o afinidad del anticuerpo.
Los anticuerpos humanizados y los procedimientos para prepararlos se revisan, por ejemplo, en Almagro y Fransson (Front. Biosci. 13:1619-1633, 2008), y se describen además, por ejemplo, en Riechmann et al. (Nature 332:323-329, 1988); Queen et al. (Proc. Natl Acad. Sci. USA 86:10029-10033, 1989); patentes de EE. UU. n.os 5.821.337, 7.527.791, 6.982.321 y 7.087.409; Kashmiri et al. (Methods 36:25-34, 2005) (que describe el injerto de región determinante de la especificidad (SDR)); Padlan (Mol. Immunol. 28:489-498, 1991) (que describe el "rebarnizado"); Dall'Acqua et al. (Methods 36:43-60, 2005) (que describe el "reordenamiento de FR"); Osbourn et al. (Methods 36:61-68, 2005) y Klimka et al. (Br. J. Cancer, 83:252-260, 2000) (que describen el enfoque de "selección guiada" para el reordenamiento de FR).
Las regiones estructurales humanas que se pueden usar para la humanización incluyen pero no se limitan a: regiones estructurales seleccionadas usando el procedimiento de "mejor ajuste" (véase, por ejemplo, Sims et al., J. Immunol., 151:2296, 1993); regiones estructurales derivadas de la secuencia consenso de anticuerpos humanos de un subgrupo particular de regiones variables de la cadena ligera o pesada (véanse, por ejemplo, Carter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285, 1992; y Presta et al., J. Immunol., 151:2623, 1993); regiones estructurales maduras (mutadas somáticamente) humanas o regiones estructurales de la línea germinal humana (véase, por ejemplo, Almagro y Fransson, Front. Biosci., 13:1619-1633, 2008); y regiones estructurales derivadas del cribado de colecciones de FR (véanse, por ejemplo, Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684, 1997; y Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618, 1996).
iv. Anticuerpos humanos
En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento es un anticuerpo humano. Se pueden producir anticuerpos humanos usando diversas técnicas conocidas en la técnica. Se describen anticuerpos humanos en general en van Dijk y van de Winkel (Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74, 2001) y Lonberg (Curr. Opin. Immunol. 20:450-459, 2008).
Se pueden preparar anticuerpos humanos administrando un inmunógeno a un animal transgénico que se ha modificado para producir anticuerpos humanos intactos o anticuerpos intactos con regiones variables humanas en respuesta a una exposición antigénica. Dichos animales típicamente contienen todos o una porción de los locus de inmunoglobulina humana, que remplazan los locus de inmunoglobulina endógena, o que están presentes de forma extracromosómica o integrados aleatoriamente en los cromosomas del animal. En dichos ratones transgénicos, los locus de inmunoglobulina endógena, en general, se han inactivado. Para una revisión de los procedimientos para obtener anticuerpos humanos de animales transgénicos, véase Lonberg (Nat. Biotech.
23:1117-1125, 2005). Véanse también, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.os 6.075.181 y 6.150.584, que describen la tecnología XENOMOUSE™; la patente de EE. UU. n.° 5.770.429, que describe la tecnología HUMAB®; la patente de EE. UU. n.° 7.041.870, que describe la tecnología K-M m Ou SE® y la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° US 2007/0061900, que describe la tecnología VELOCIMOUSE®). Las regiones variables humanas de anticuerpos intactos generados por dichos animales se pueden modificar además, por ejemplo, por combinación con una región constante humana diferente.
También se pueden preparar anticuerpos humanos por procedimientos basados en hibridoma. Se han descrito líneas celulares de mieloma humano y de heteromieloma ratón-humano para la producción de anticuerpos monoclonales humanos. Véase, por ejemplo, Kozbor (J. Immunol., 133:3001, 1984); Brodeur et al. (Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63, Marcel Dekker, Inc., Nueva York, 1987); y Boerner et al. (J. Immunol., 147:86, 1991). Los anticuerpos humanos generados por medio de la tecnología de hibridoma de linfocitos B humanos también se describen en Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562, 2006. Los procedimientos adicionales incluyen los descritos, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 7.189.826 (que describe la producción de anticuerpos IgM humanos monoclonales a partir de líneas celulares de hibridoma) y Ni (Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268, 2006) (que describe hibridomas humano-humano). La tecnología de hibridoma humano (tecnología de trioma) también se describe en Vollmers y Brandlein (Histology and Histopathology, 20(3):927-937, 2005) y Vollmers y Brandlein (Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3): 185-91, 2005).
También se pueden generar anticuerpos humanos aislando secuencias de dominio variable del clon Fv seleccionadas de colecciones de presentación en fagos derivadas de humano. A continuación, se pueden combinar dichas secuencias de dominio variable con un dominio constante humano deseado. Las técnicas para seleccionar anticuerpos humanos de colecciones de anticuerpos se describen a continuación.
v. Anticuerpos derivados de colecciones
Los anticuerpos de la invención (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, anticuerpos anti-PD-L1 o anticuerpos anti-PD-1) se pueden aislar cribando colecciones combinatorias para anticuerpos con la actividad o actividades deseadas. Por ejemplo, una variedad de procedimientos son conocidos en la técnica para generar colecciones de presentación en fagos y cribar dichas colecciones para determinar los anticuerpos que poseen las características de unión deseadas. Dichos procedimientos se revisan, por ejemplo, en Hoogenboom et al. (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001) y se describen además, por ejemplo, en McCafferty et al. (Nature 348:552-554, 1990); Clackson et al. (Nature 352: 624-628, 1991); Marks et al. (J. Mol. Biol. 222: 581-597, 1992); Marks y Bradbury (Methods in Molecular Biology 248:161-175, Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al. (J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004); Lee et al. (J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004); Fellouse (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004); y Lee et al. (J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004).
En determinados procedimientos de presentación en fagos, los repertorios de genes de VH y VL se clonan por separado por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y se recombinan aleatoriamente en colecciones de fagos, que, a continuación, se pueden cribar para determinar el fago de unión a antígeno como se describe en Winter et al. (Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455, 1994). Los fagos típicamente presentan fragmentos de anticuerpo, como fragmentos Fv monocatenarios (scFv) o bien como fragmentos Fab. Las colecciones de fuentes inmunizadas proporcionan anticuerpos de alta afinidad con respecto al inmunógeno sin el requisito de construir hibridomas. De forma alternativa, se puede clonar el repertorio sin exposición previa (por ejemplo, de un ser humano) para proporcionar una única fuente de anticuerpos para una amplia gama de antígenos no propios y propios sin ninguna inmunización como se describe por Griffiths et al. (EMBO J, 12: 725-734, 1993). Finalmente, también se pueden preparar sintéticamente colecciones sin exposición previa clonando segmentos génicos V no reordenados a partir de células madre y usando cebadores de PCR que contienen secuencias aleatorias para codificar las regiones CDR3 altamente variables y conseguir el reordenamiento in vitro, como se describe por Hoogenboom y Winter (J. Mol. Biol., 227: 381-388, 1992). Las publicaciones de patente que describen colecciones de fagos con anticuerpos humanos incluyen, por ejemplo: la patente de EE. UU. n.° 5.750.373 y las publicaciones de patente de EE. UU. n.os 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936 y 2009/0002360.
Los anticuerpos o fragmentos de anticuerpo aislados de colecciones de anticuerpos humanos se consideran anticuerpos humanos o fragmentos de anticuerpo humano en el presente documento.
vi. Anticuerpos multiespecíficos
En uno cualquiera de los aspectos anteriores, un anticuerpo (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-LI o un anticuerpo anti-PD-1) proporcionado en el presente documento puede ser un anticuerpo multiespecífico, por ejemplo, un anticuerpo biespecífico. Los anticuerpos multiespecíficos son anticuerpos monoclonales que tienen especificidades de unión por al menos dos sitios diferentes. En determinados aspectos de la divulgación, un anticuerpo proporcionado en el presente documento es un anticuerpo multiespecífico, por ejemplo, un anticuerpo biespecífico. En determinados aspectos de la divulgación, una de las especificidades de unión es para PD-L1 y la otra es para cualquier otro antígeno. En determinados aspectos de la divulgación, una de las especificidades de unión es para VEGF y la otra es para cualquier otro antígeno. En determinados aspectos de la divulgación, los anticuerpos biespecíficos se pueden unir a dos epítopos diferentes de PD-L1. En determinados aspectos de la divulgación, los anticuerpos biespecíficos se pueden unir a dos epítopos diferentes de VEGF. También se pueden usar anticuerpos biespecíficos para localizar agentes citotóxicos con respecto a las células que expresan PD-L1 o VEGF. Se pueden preparar anticuerpos biespecíficos como anticuerpos de longitud completa o fragmentos de anticuerpo.
Las técnicas para preparar anticuerpos multiespecíficos incluyen, pero no se limitan a, coexpresión recombinante de dos pares de cadena pesada-cadena ligera de inmunoglobulina que tienen especificidades diferentes (véanse Milstein y Cuello, Nature 305: 537, 1983, el documento WO 93/08829, y Traunecker et al., EMBO J. 10: 3655, 1991), y genomanipulación por "botón en ojal" (véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 5.731.168). También se pueden preparar anticuerpos multiespecíficos genomanipulando los efectos de conducción electrostática para preparar moléculas heterodiméricas con Fc de anticuerpo (véase, por ejemplo, el documento WO 2009/089004A1); reticulando dos o más anticuerpos o fragmentos (véanse, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.676.980 y Brennan et al., Science, 229: 81, 1985); usando cremalleras de leucinas para producir anticuerpos biespecíficos (véase, por ejemplo, Kostelny et al., J. Immunol., 148(5): 1547-1553, 1992); usando la tecnología de "diacuerpos" para preparar fragmentos de anticuerpo biespecífico (véase, por ejemplo, Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448, 1993); y usando dímeros de Fv monocatenarios (sFv) (véase, por ejemplo, Gruber et al., J. Immunol., 152:5368, 1994); y preparando anticuerpos triespecíficos como se describe, por ejemplo, en Tutt et al. J. Immunol. 147: 60, 1991.
En el presente documento también se incluyen anticuerpos genomanipulados con tres o más sitios de unión a antígeno funcionales, incluyendo los "anticuerpos pulpo" (véase, por ejemplo, el documento US 2006/0025576A1).
El anticuerpo o fragmento en el presente documento incluye un "FAb de doble acción" o "DAF" que comprende un sitio de unión a antígeno que se une a PD-L1 y a otro antígeno diferente. El anticuerpo o fragmento en el presente documento incluye un DAF que comprende un sitio de unión a antígeno que se une a VEGF y a otro antígeno diferente.
vii. Variantes de anticuerpos
En determinados aspectos de la divulgación se contemplan variantes de secuencia de aminoácidos de los anticuerpos de la invención (por ejemplo, anticuerpos anti-VEGF, anticuerpos anti-PD-L1 y anticuerpos anti-PD-1). Por ejemplo, puede ser deseable mejorar la afinidad de unión y/u otras propiedades biológicas del anticuerpo. Se pueden preparar variantes de secuencia de aminoácidos de un anticuerpo introduciendo modificaciones apropiadas en la secuencia de nucleótidos que codifica el anticuerpo o por síntesis peptídica. Dichas modificaciones incluyen, por ejemplo, deleciones de y/o inserciones en y/o sustituciones de residuos dentro de las secuencias de aminoácidos del anticuerpo. Se puede preparar cualquier combinación de deleción, inserción y sustitución para llegar a la construcción final, siempre que la construcción final posea las características deseadas, por ejemplo, unión a antígeno.
a. Variantes de sustitución, inserción y deleción
En determinados aspectos de la divulgación, se proporcionan variantes de anticuerpo que tienen una o más sustituciones aminoacídicas. Los sitios de interés para la mutagénesis de sustitución incluyen las HVR y las FR. Se muestran sustituciones conservadoras en la tabla 17 bajo el encabezado "sustituciones preferentes". Se proporcionan cambios más sustanciales en la tabla 17 bajo el encabezado de "sustituciones ejemplares" y como se describe además a continuación en referencia a las clases de cadena lateral aminoacídica. Se pueden introducir sustituciones aminoacídicas en un anticuerpo de interés y cribar los productos para determinar una actividad deseada, por ejemplo, unión a antígeno retenida/mejorada, inmunogenicidad disminuida, o ADCC o CDC mejorada.
Tabla 17. Sustituciones aminoacídicas ejemplares y preferentes
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Los aminoácidos se pueden agrupar de acuerdo con propiedades de cadena lateral comunes:
(1) hidrófobos: norleucina, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) hidrófilos neutros: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) ácidos: Asp, Glu;
(4) básicos: His, Lys, Arg;
(5) residuos que influyen en la orientación de la cadena: Gly, Pro:
(6) aromáticos: Trp, Tyr, Phe.
Las sustituciones no conservadoras supondrán intercambiar un miembro de una de estas clases por otra clase.
Un tipo de variante de sustitución implica sustituir uno o más residuos de la región hipervariable de un anticuerpo original (por ejemplo, un anticuerpo humanizado o humano). En general, la(s) variante(s) resultante(s) seleccionada(s) para su estudio adicional tendrá(n) modificaciones (por ejemplo, mejoras) en determinadas propiedades biológicas (por ejemplo, afinidad incrementada y/o inmunogenicidad reducida) con respecto al anticuerpo original y/o habrá(n) retenido sustancialmente determinadas propiedades biológicas del anticuerpo original. Una variante de sustitución ejemplar es un anticuerpo con afinidad madurada, que se puede generar convenientemente, por ejemplo, usando técnicas de maduración de la afinidad basadasen presentación en fagos tales como las descritas en el presente documento. En resumen, se mutan uno o más residuos de HVR y los anticuerpos variantes se presentan en fagos y se criban para determinar una actividad biológica particular (por ejemplo, afinidad de unión).
Se pueden realizar alteraciones (por ejemplo, sustituciones) en las HVR, por ejemplo, para mejorar la afinidad del anticuerpo. Dichas alteraciones se pueden realizar en "puntos calientes" de HVR, es decir, residuos codificados por codones que experimentan una mutación con alta frecuencia durante el proceso de maduración somática (véase, por ejemplo, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196, 2008), y/o residuos que entran en contacto con el antígeno, sometiéndose a prueba el VH o VL variante resultante para determinar la afinidad de unión. La maduración de la afinidad por construcción y reselección de colecciones secundarias se ha descrito, por ejemplo, en Hoogenboom et al. (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001). En algunos aspectos de la divulgación de la maduración de la afinidad, se introduce diversidad en los genes variables elegidos para la maduración mediante cualquiera de una variedad de procedimientos (por ejemplo, PCR propensa a error, reordenamiento de cadenas o mutagénesis dirigida por oligonucleótidos). A continuación, se crea una colección secundaria. A continuación, se criba la colección para identificar cualquier variante de anticuerpo con la afinidad deseada. Otro procedimiento para introducir diversidad implica enfoques dirigidos a HVR, en los que se aleatorizan varios residuos de HVR (por ejemplo, 4-6 residuos a la vez). Se pueden identificar específicamente los residuos de HVR implicados en la unión a antígeno, por ejemplo, usando mutagénesis o modelado por barrido de alanina. A menudo se seleccionan, en particular, CDR-H3 y CDR-L3.
En determinados aspectos de la divulgación, se pueden producir sustituciones, inserciones o deleciones en una o más HVR, siempre que dichas alteraciones no reduzcan sustancialmente la capacidad del anticuerpo para unirse al antígeno. Por ejemplo, se pueden realizar alteraciones conservadoras (por ejemplo, sustituciones conservadoras como se proporciona en el presente documento) que no reduzcan sustancialmente la afinidad de unión en las HVR. Dichas alteraciones pueden estar, por ejemplo, fuera de los residuos en contacto con el antígeno en las HVR. En determinados aspectos de la divulgación de las secuencias de VH y VL variantes proporcionadas anteriormente, cada HVR está inalterada o bien no contiene más de una, dos o tres sustituciones aminoacídicas.
Un procedimiento útil para la identificación de residuos o regiones de un anticuerpo que se pueden seleccionar para la mutagénesis se llama "mutagénesis por barrido de alanina" como se describe por Cunningham y Wells (Science, 244:1081-1085, 1989). En este procedimiento, un residuo o grupo de residuos diana (por ejemplo, residuos cargados tales como Arg, Asp, His, Lys, y Glu) se identifican y se reemplazan por un aminoácido neutro o cargado negativamente (por ejemplo, alanina o polialanina) para determinar si la interacción del anticuerpo con antígeno se ve afectada. Se pueden introducir otras sustituciones en las localizaciones de aminoácidos que demuestren sensibilidad funcional a las sustituciones iniciales. De forma alternativa, o adicionalmente, una estructura cristalina de un complejo antígeno-anticuerpo para identificar los puntos de contacto entre el anticuerpo y el antígeno. Dichos residuos de contacto y residuos adyacentes se pueden seleccionar o eliminar como candidatos para sustitución. Se pueden cribar variantes para determinar si contienen las propiedades deseadas.
Las inserciones en la secuencia de aminoácidos incluyen fusiones amino y/o carboxiterminales que varían en longitud de un residuo a polipéptidos que contienen cien o más residuos, así como inserciones intrasecuenciales de residuos aminoacídicos individuales o múltiples. Los ejemplos de inserciones terminales incluyen un anticuerpo con un residuo de metionilo N terminal. Otras variantes de inserción de la molécula de anticuerpo incluyen la fusión al extremo N o C del anticuerpo a una enzima (por ejemplo, para ADEPT) o un polipéptido que incrementa la semivida en suero del anticuerpo.
b. Variantes de glucosilación
En determinados aspectos de la divulgación, los anticuerpos de la invención se pueden alterar para incrementar o disminuir el grado en el que el anticuerpo se glucosila. La adición o deleción de sitios de glucosilación a un anticuerpo de la invención se puede conseguir convenientemente alterando la secuencia de aminoácidos de modo que se cree o elimine uno o más sitios de glucosilación.
Cuando el anticuerpo comprende una región Fc, se puede alterar el carbohidrato unido a la misma. Los anticuerpos naturales producidos por células de mamífero típicamente comprenden un oligosacárido biantenario ramificado que se fija en general por un enlace N a Asn297 del dominio CH2 de la región Fc. Véase, por ejemplo, Wright et al. TIBTECH 15:26-32, 1997. El oligosacárido puede incluir diversos carbohidratos, por ejemplo, manosa, N-acetilglucosamina (GlcNAc), galactosa y ácido siálico, así como una fucosa fijada a una GlcNAc en el "tallo" de la estructura oligosacárida biantenaria. En algunos aspectos de la divulgación, se pueden realizar modificaciones del oligosacárido en un anticuerpo de la invención para crear variantes de anticuerpo con determinadas propiedades mejoradas.
En un aspecto de la divulgación, se proporcionan variantes de anticuerpo que tienen una estructura de carbohidrato que carece de fucosa fijada (directa o indirectamente) a una región Fc. Por ejemplo, la cantidad de fucosa en dicho anticuerpo puede ser de un 1 % a un 80 %, de un 1 % a un 65 %, de un 5 % a un 65 % o de un 20 % a un 40 %. La cantidad de fucosa se determina calculando la cantidad promedio de fucosa dentro de la cadena glucídica en Asn297, con respecto a la suma de todas las glucoestructuras unidas a Asn297 (por ejemplo, estructuras complejas, híbridas y de alto contenido en manosa) como se mide por espectrometría de masas MALDI-TOF, como se describe en el documento WO 2008/077546, por ejemplo. Asn297 se refiere al residuo de asparagina localizado en aproximadamente la posición 297 en la región Fc (numeración EU de los residuos de la región Fc); sin embargo, Asn297 también se puede localizar aproximadamente ± 3 aminoácidos hacia 5' o hacia 3' de la posición 297, es decir, entre las posiciones 294 y 300, debido a variaciones de secuencia pequeñas en los anticuerpos. Dichas variantes de fucosilación pueden tener una función ADCC mejorada. Véanse, por ejemplo, las publicaciones de patente de EE. UU. n.os Us 2003/0157108; US 2004/0093621. Los ejemplos de publicaciones relacionadas con variantes de anticuerpo "desfucosilado" o "carente de fucosa" incluyen: los documentos US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki et al. (J. Mol. Biol. 336: 1239­ 1249, 2004); y Yamane-Ohnuki et al. (Biotech. Bioeng. 87: 614, 2004). Los ejemplos de líneas celulares que pueden producir anticuerpos desfucosilados incluyen células CHO Lec13 carentes de fucosilación de proteínas (Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545, 1986); solicitud de patente de EE. UU. n.° US 2003/0157108 A1; y documento WO 2004/056312 A1, especialmente el ejemplo 11) y líneas celulares inactivadas, tales como células CHO con el gen FUT8, de la alfa-1,6-fucosiltransferasa, inactivado (véanse, por ejemplo, Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614, 2004; Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688, 2006; y documento WO 2003/085107).
Se proporcionan además variantes de anticuerpo con oligosacáridos bisegmentados, por ejemplo, en las que un oligosacárido biantenario unido a la región Fc del anticuerpo está bisegmentado por GlcNAc. Dichas variantes de anticuerpo pueden tener una fucosilación reducida y/o una función ADCC mejorada. Los ejemplos de dichas variantes de anticuerpo se describen, por ejemplo, en el documento WO 2003/011878; la patente de EE. UU. n.° 6.602.684; y el documento US 2005/0123546. También se proporcionan variantes de anticuerpo con al menos un residuo de galactosa en el oligosacárido fijado a la región Fc. Dichas variantes de anticuerpo pueden tener una función CDC mejorada. Dichas variantes de anticuerpo se describen, por ejemplo, en los documentos WO 1997/30087; WO 1998/58964; y WO 1999/22764.
c. Variantes de la región Fc
En determinados aspectos de la divulgación, se pueden introducir una o más modificaciones aminoacídicas en la región Fc de un anticuerpo de la invención, generando, de este modo, una variante de la región Fc. La variante de la región Fc puede comprender una secuencia de la región Fc humana (por ejemplo, una región Fc de IgG1, IgG2, IgG3 o IgG4 humana) que comprenda una modificación aminoacídica (por ejemplo, una sustitución) en una o más posiciones de aminoácido.
En determinados aspectos de la divulgación, la invención contempla una variante de anticuerpo que posee algunas, pero no todas, las funciones efectoras, que le convierten en un candidato deseable para aplicaciones en las que la semivida del anticuerpo in vivo sea importante, aunque determinadas funciones efectoras (tales como el complemento y ADCC) sean innecesarias o perjudiciales. Se pueden realizar ensayos de citotoxicidad in vitro y/o in vivo para confirmar la reducción/disminución de las actividades CDC y/o ADCC. Por ejemplo, se pueden realizar ensayos de unión al receptor de Fc (FcR) para garantizar que el anticuerpo carezca de unión a FcyR (de ahí que probablemente carezca de actividad ADCC), pero retenga su capacidad de unión a FcRn. Las células primarias para mediar en la ADCC, los linfocitos NK, expresan solo FcyRIII, mientras que los monocitos expresan FcyRI, FcyRII y FcyRIII. La expresión de FcR en células hematopoyéticas se resume en la tabla 3 en la página 464 de Ravetch y Kinet (Annu. Rev. Immunol. 9:457-492, 1991). Se describen ejemplos no limitantes de ensayos in vitro para evaluar la actividad ADCC de una molécula de interés en la patente de EE. UU. n.° 5.500.362 (véanse, por ejemplo, Hellstrom et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063, 1986) y Hellstrom et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502, 1985); patente de EE. UU. n.° 5.821.337; y Bruggemann et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361, 1987). De forma alternativa, se pueden emplear procedimientos de ensayo no radioactivos (véase, por ejemplo, el ensayo de citotoxicidad no radioactivo ACTi™ para citometría de flujo (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA); y el ensayo de citotoxicidad no radioactivo CYTOTOX 96® (Promega, Madison, WI)). Las células efectoras útiles para dichos ensayos incluyen leucocitos monomorfonucleares en la sangre periférica (PBMC) y linfocitos citolíticos naturales (NK). De forma alternativa, o adicionalmente, se puede evaluar in vivo la actividad de ADCC de la molécula de interés, por ejemplo, en un modelo animal tal como el divulgado en Clynes et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656, 1998). También se pueden llevar a cabo ensayos de unión a C1q para confirmar que el anticuerpo no se puede unir a C1q y de ahí que carezca de actividad CDC. Véase, por ejemplo, ELISA de unión a C1q y C3c en los documentos WO 2006/029879 y WO 2005/100402. Para evaluar la activación del complemento se puede realizar un ensayo de CDC (véase, por ejemplo, Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163, 1996; Cragg et al., Blood. 101:1045-1052, 2003; y Cragg et al. Blood. 103:2738-2743, 2004). También se pueden realizar determinaciones de unión a FcRn y aclaramiento/semivida in vivo usando procedimientos conocidos en la técnica (véase, por ejemplo, Petkova et al., Int'l. Immunol. 18(12): 1759-1769, 2006).
Los anticuerpos con función efectora reducida incluyen aquellos con sustitución de uno o más de los residuos de la región Fc 238, 265, 269, 270, 297, 327 y 329 (patentes de EE. UU. n.° 6.737.056 y 8.219.149). Dichos mutantes de Fc incluyen mutantes de Fc con sustituciones en dos o más de las posiciones de aminoácido 265, 269, 270, 297 y 327, incluyendo el mutante de Fc llamado "DANA" con sustitución de los residuos 265 y 297 con alanina (patente de EE. UU. n.° 7.332.581 y 8.219.149).
Se describen determinadas variantes de anticuerpo con una mejora o disminución en la unión a FcR (véase, por ejemplo, patente de EE. UU. n.° 6.737.056; documento WO 2004/056312 y Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2) 6591­ 6604, 2001).
En determinados aspectos de la divulgación, una variante de anticuerpo comprende una región Fc con una o más sustituciones aminoacídicas que mejoran la ADCC, por ejemplo, sustituciones en las posiciones 298, 333 y/o 334 de la región Fc (numeración EU de los residuos).
En algunos aspectos de la divulgación, se realizan alteraciones en la región Fc, que dan como resultado una unión a C1q y/o citotoxicidad dependiente del complemento (CDC) alteradas (es decir, mejoradas o bien disminuidas), por ejemplo, como se describe en la patente de EE. UU. n.° 6.194.551, el documento WO 99/51642 e Idusogie et al. (J. Immunol. 164: 4178-4184, 2000).
Los anticuerpos con semividas incrementadas y unión mejorada al receptor de Fc neonatal (FcRn), que es responsable de la transferencia de IgG maternas al feto (Guyer et al., J. Immunol. 117:587, 1976; y Kim et al., J. Immunol. 24:249, 1994), se describen en la publicación de EE. UU. n.° 2005/0014934A1. Estos anticuerpos comprenden una región Fc con una o más sustituciones en la misma que mejoran la unión de la región Fc a FcRn. Dichas variantes de Fc incluyen aquellas con sustituciones en uno o más de los residuos de la región Fc: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 o 434, por ejemplo, la sustitución del residuo 434 de la región Fc (patente de EE. UU. n.° 7.371.826).
Véanse también Duncan y Winter (Nature 322:738-40, 1988); patente de EE. UU. n.° 5.648.260; patente de EE. UU. n.° 5.624.821; y documento WO 94/29351 en relación con otros ejemplos de variantes de la región Fc.
d. Variantes de anticuerpo genomanipulado con cisteína
En determinados aspectos de la divulgación, puede ser deseable crear anticuerpos genomanipulados con cisteína, por ejemplo, "thioMAb", en los que uno o más residuos de un anticuerpo se sustituyen con residuos de cisteína. En aspectos particulares de la divulgación, los residuos sustituidos se producen en sitios accesibles del anticuerpo. Al sustituir esos residuos con cisteína, los grupos tiol reactivos se sitúan, de este modo, en sitios accesibles del anticuerpo y se pueden usar para conjugar el anticuerpo a otros restos, tales como restos de fármaco o restos de conector-fármaco, para crear un inmunoconjugado, como se describe además en el presente documento. En determinados aspectos de la divulgación, se puede sustituir uno cualquiera o más de los siguientes residuos con cisteína: V205 (numeración de Kabat) de la cadena ligera; A118 (numeración EU) de la cadena pesada; y S400 (numeración EU) de la región Fc con las cadenas pesadas. Se pueden generar anticuerpos genomanipulados con cisteína como se describe, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 7.521.541.
e. Derivados de anticuerpo
En determinados aspectos de la divulgación, se puede modificar además un anticuerpo proporcionado en el presente documento para que contenga restos no proteínicos adicionales que son conocidos en la técnica y están fácilmente disponibles. Los restos adecuados para la derivatización del anticuerpo incluyen, pero no se limitan a, polímeros hidrosolubles. Los ejemplos no limitantes de polímeros hidrosolubles incluyen, pero no se limitan a, polietilenglicol (PEG), copolímeros de etilenglicol/propilenglicol, carboximetilcelulosa, dextrano, poli(alcohol vinílico), polivinilpirrolidona, poli-1,3-dioxolano, poli-1,3,6-trioxano, copolímero de etileno/anhídrido maleico, poliaminoácidos (homopolímeros o bien copolímeros aleatorios) y dextrano o poli(n-vinilpirrolidona)/polietilenglicol, homopolímeros de propropilenglicol, copolímeros de poli(óxido de propileno)/óxido de etileno, polioles polioxietilados (por ejemplo, glicerol), poli(alcohol vinílico) y mezclas de los mismos. El polietilenglicolpropionaldehído puede tener ventajas en la fabricación debido a su estabilidad en agua. El polímero puede ser de cualquier peso molecular y puede estar ramificado o no ramificado. El número de polímeros fijados al anticuerpo puede variar y, si se fija más de un polímero, pueden ser las mismas moléculas o diferentes. En general, se puede determinar el número y/o tipo de polímeros usados para la derivatización en base a consideraciones que incluyen, pero sin limitarse a, las propiedades o funciones particulares del anticuerpo que se van a mejorar, independientemente de si el derivado de anticuerpo se usará en un tratamiento en condiciones definidas, etc.
En otro aspecto de la divulgación, se proporcionan conjugados de un anticuerpo y un resto no proteínico que se pueden calentar selectivamente por exposición a la radiación. En un aspecto de la divulgación, el resto no proteínico es un nanotubo de carbono (Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605, 2005). La radiación puede ser de cualquier longitud de onda, e incluye, pero no se limita a, longitudes de onda que no dañan células normales, pero que calientan el resto no proteínico hasta una temperatura a la que las células próximas al anticuerpo-resto no proteínico se destruyen.
f. Inmunoconjugados
La invención también proporciona inmunoconjugados que comprenden un anticuerpo en el presente documento (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF, un anticuerpo anti-PD-L1 o un anticuerpo anti-PD-1) conjugado a uno o más agentes citotóxicos, tales como agentes o fármacos quimioterápicos, agentes inhibidores del crecimiento, toxinas (por ejemplo, toxinas proteínicas, toxinas enzimáticamente activas de origen bacteriano, fúngico, vegetal o animal o fragmentos de las mismas) o isótopos radioactivos.
En un aspecto de la divulgación, un inmunoconjugado es un conjugado anticuerpo-fármaco (ADC) en el que un anticuerpo se conjuga a uno o más fármacos, incluyendo pero sin limitarse a un maitansinoide (véanse las patentes de EE. Uu . n.os 5.208.020 y 5.416.064, y la patente europea EP 0425235 B1); una auristatina tal como restos de fármaco monometilauristatina DE and DF (MMAE y MMAF) (véanse las patentes de EE. UU. n.os 5.635.483, 5.780.588 y 7.498.298); una dolastatina; una caliqueamicina o derivado de la misma (véanse las patentes de EE. UU. n.os 5.712.374, 5.714.586, 5.739.116, 5.767.285, 5.770.701, 5.770.710, 5.773.001 y 5.877.296; Hinman et al., Cancer Res. 53:3336-3342, 1993; y Lode et al., Cancer Res. 58:2925-2928, 1998); una antraciclina tal como daunomicina o doxorubicina (véanse Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523, 2006; Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362, 2006; Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532, 2002; King et al., J. Med. Chem. 45:4336-4343, 2002; y la patente de EE. UU. n.° 6.630.579); metotrexato; vindesina; un taxano tal como docetaxel, paclitaxel, larotaxel, tesetaxel y ortataxel; un tricoteceno; y CC1065.
En otro aspecto de la divulgación, un inmunoconjugado comprende un anticuerpo como se describe en el presente documento conjugado a una toxina enzimáticamente activa o fragmento de la misma, incluyendo, pero sin limitarse a, cadena A de difteria, fragmentos activos que no se unen de la toxina diftérica, cadena A de exotoxina (de Pseudomonas aeruginosa), cadena A de ricina, cadena A de abrina, cadena A de modeccina, alfa-sarcina, proteínas de Aleurites fordii, proteínas de diantina, proteínas de Phytolaca americana (PAPI, PAPII y PAP-S), inhibidor de Momordica charantia, curcina, crotina, inhibidor de Saponaria officinalis, gelonina, mitogelina, restrictocina, fenomicina, enomicina y los tricotecenos.
En otro aspecto de la divulgación, un inmunoconjugado comprende un anticuerpo como se describe en el presente documento conjugado a un átomo radioactivo para formar un radioconjugado. Una variedad de isótopos radiactivos están disponibles para la producción de radioconjugados. Los ejemplos incluyen At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 e isótopos radioactivos de Lu. Cuando se usa el radioconjugado para la detección, puede comprender un átomo radioactivo para estudios gammagráficos, por ejemplo, tc99m o I123, o un marcador de espín para resonancia magnética nuclear (RMN) (también conocida como resonancia magnética, RM), tal como yodo-123 de nuevo, yodo-131, indio-111, flúor-19, carbono-13, nitrógeno-15, oxígeno-17, gadolinio, manganeso o hierro.
Los conjugados de un anticuerpo y un agente citotóxico se pueden preparar usando una variedad de agentes de acoplamiento de proteínas bifuncionales tales como N-succi nimidil-3-(2-piridilditio)propionato (SPDP), ciclohexano-1-carboxilato de succinimidil-4-(N-maleimidometilo) (SMCC), iminotiolano (IT), derivados bifuncionales de imidoésteres (tales como adipimidato de dimetilo HCl), ésteres activos (tales como suberato de disuccinimidilo), aldehídos (tales como glutaraldehído), compuestos bis-azido (tales como bis-(p-azidobenzoil)hexanodiamina), derivados de bis-diazonio (tales como bis-(p-diazoniobenzoil)etilendiamina), diisocianatos (tales como tolueno-2,6-diisocianato) y compuestos de flúor bis-activos (tales como 1,5-difluoro-2,4-dinitrobenceno). Por ejemplo, se puede preparar una inmunotoxina de ricina como se describe en Vitetta et al. (Science 238:1098, 1987). El ácido 1-isotiocianatobencil-3-metildietilentriaminopentaacético (MX-DTPA) marcado con carbono-14 es un agente quelante ejemplar para la conjugación del radionúclido al anticuerpo. Véase el documento WO94/11026. El conector puede ser un "conector escindible" que facilita la liberación de un fármaco citotóxico en la célula. Por ejemplo, se puede usar un conector lábil en ácido, conector sensible a peptidasa, conector fotolábil, conector de dimetilo o conector que contenga disulfuro (Chari et al., Cancer Res. 52:127-131, 1992; patente de EE. UU. n.° 5.208.020).
Los inmunoconjugados en el presente documento contemplan expresamente, pero no se limitan a, dichos conjugados preparados con reactivos de reticulación, incluyendo, pero sin limitarse a, BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, sulfo-EMCS, sulfo-GMBS, sulfo-KMUS, sulfo-MBS, sulfo-SIAB, sulfo-SMCC y sulfo-SMPB, y SVSB ((4-vinilsulfona)benzoato de succinimidilo), que están disponibles comercialmente (por ejemplo, de Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., EE. UU.).
D. Inhibidores de la tirosina cinasa multidiana
Se puede usar cualquier inhibidor de tirosina cinasa multidiana adecuado en los procedimientos descritos en el presente documento. Por ejemplo, el inhibidor de tirosina cinasa multidiana puede inhibir receptores del factor de crecimiento derivado de plaquetas (por ejemplo, PDGFR-aa, PDGFR-pp y PDGFR-ap), receptores de VEGF (por ejemplo, VEGFR1 y Ve Gf R2), Cd 117 (c-Kit), RET, CD114 y/o CD135. Inhibidores ejemplares de tirosina cinasa multidiana incluyen sunitinib (también conocido como N-[2-(dietilamino)etil]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihidro-3H-indol-3-iliden)metil]-2,4-dimetil-1H-pirrol-3-carboxamida, SuTe NT® o SU11248), SU6656, motesanib, sorafenib (por ejemplo, NEXEVAR® o BAY439006), axitinib, afatinib, bosutinib, crizotinib, cabozantinib, dasatinib, entrectinib, pazopanib, lapatinib y vandetanib (también conocido como ZACTIMA® o ZD6474). En algunos aspectos de la divulgación, el inhibidor de la tirosina cinasa multidiana es un inhibidor de VEGFR.
E. Formulaciones farmacéuticas
Las formulaciones terapéuticas de los antagonistas de VEGF y los antagonistas de unión al eje de PD-L1 usadas de acuerdo con la presente invención (por ejemplo, un anticuerpo de VEGF, tal como bevacizumab y un anticuerpo anti-PD-L1, tal como atezolizumab) se preparan para almacenamiento mezclando el antagonista que tiene el grado deseado de pureza con vehículos, excipientes o estabilizantes farmacéuticamente aceptables opcionales en forma de formulaciones liofilizadas o soluciones acuosas. Las formulaciones terapéuticas de los inhibidores de la tirosina cinasa multidiana usadas de acuerdo con la presente invención (por ejemplo, sunitinib) se preparan también para almacenamiento mezclando el antagonista que tiene el grado deseado de pureza con vehículos, excipientes o estabilizantes farmacéuticamente aceptables opcionales en forma de formulaciones liofilizadas o soluciones acuosas. Para información general sobre las formulaciones, véanse, por ejemplo, Gilman et al. (eds.), The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8.a ed., Pergamon Press, 1990; A. Gennaro (ed.), Remington's Pharmaceutical Sciences, 18.a edición, Mack Publishing Co., Pensilvania, 1990; Avis et al. (eds.), Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications Dekker, Nueva York, 1993; Lieberman et al. (eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, Nueva York, 1990; Lieberman et al. (eds.), Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, Nueva York, 1990; y Walters (ed.) Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), Vol 119, Marcel Dekker, 2002.
Los vehículos, excipientes o estabilizantes aceptables no son tóxicos para los receptores a las dosificaciones y concentraciones empleadas, e incluyen tampones tales como fosfato, citrato y otros ácidos orgánicos; antioxidantes incluyendo ácido ascórbico y metionina; conservantes (tales como cloruro de octadecildimetilbencilamonio; cloruro de hexametonio; cloruro de benzalconio; cloruro de bencetonio; fenol, alcohol butílico o bencílico; alquilparabenos tales como metil o propilparabeno; catecol; resorcinol; ciclohexanol; 3-pentanol; y m-cresol); polipéptidos de bajo peso molecular (menos de aproximadamente 10 residuos); proteínas, tales como seroalbúmina, gelatina o inmunoglobulinas; polímeros hidrófilos tales como polivinilpirrolidona; aminoácidos tales como glicina, glutamina, asparagina, histidina, arginina o lisina; monosacáridos, disacáridos y otros carbohidratos incluyendo glucosa, manosa o dextrinas; agentes quelantes tales como EDTA; glúcidos tales como sacarosa, manitol, trehalosa o sorbitol; contraiones formadores de sales tales como sodio; complejos metálicos (por ejemplo, complejos Zn-proteína) y/o tensioactivos no iónicos tales como TWEEN™, PLURONICS™ o polietilenglicol (PEG).
La formulación en el presente documento también puede contener más de un compuesto activo, preferentemente aquellos que tienen actividades complementarias que no resultan afectadas de manera adversa entre sí. El tipo y las cantidades eficaces de dichos medicamentos dependen, por ejemplo, de la cantidad y tipo de antagonista presente en la formulación y de los parámetros clínicos de los pacientes.
Los ingredientes activos también se pueden atrapar en microcápsulas preparadas, por ejemplo, por técnicas de coacervación o por polimerización interfacial, por ejemplo, hidroximetilcelulosa o microcápsulas de gelatina y microcápsulas de poli(metacrilato de metilo), respectivamente, en sistemas de administración de fármacos coloidales (por ejemplo, liposomas, microesferas de albúmina, microemulsiones, nanopartículas y nanocápsulas) o en macroemulsiones. Dichas técnicas se divulgan en Remington's Pharmaceutical Sciences 16.a edición, Osol, A. Ed., 1980.
Se pueden preparar preparaciones de liberación prolongada. Los ejemplos adecuados de preparaciones de liberación prolongada incluyen matrices semipermeables de polímeros hidrófobos sólidos que contienen el antagonista, estando dichas matrices en forma de artículos conformados, por ejemplo, películas o microcápsulas. Los ejemplos de matrices de liberación prolongada incluyen poliésteres, hidrogeles (por ejemplo, poli(metacrilato de 2-hidroxietilo) o poli(alcohol vinílico)), polilactidas (patente de EE. UU. n.° 3.773.919), copolímeros de ácido L-glutámico y L-glutamato de Y-etilo, copolímeros de etileno-acetato de vinilo no degradables, de ácido láctico-ácido glicólico degradables, tales como LUPRON DEPOT™ (microesferas inyectables compuestas de copolímero de ácido láctico-ácido glicólico y acetato de leuprolida) y poli-ácido D-(-)-3-hidroxibutírico.
Las formulaciones que se van a usar para la administración in vivo deben ser estériles. Esto se logra fácilmente por filtración a través de membranas de filtración estériles.
V. Artículos de fabricación y kits
En otro aspecto de la invención, se proporciona un kit o un artículo de fabricación que contiene materiales útiles para el tratamiento, prevención y/o diagnóstico de individuos.
En algunos casos, dichos kits o artículos de fabricación se pueden usar para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se puede beneficiar de un tratamiento antineoplásico que incluye bevacizumab y atezolizumab (MPDL3280A). En otros casos, dichos artículos de fabricación o kits se pueden usar para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU) o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se puede beneficiar de un tratamiento antineoplásico que incluye un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))). Dichos artículos de fabricación o kits pueden incluir (a) reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más genes presentados en la tabla 1 o cualquier combinación de los mismos (por ejemplo, cualquier combinación presentada en una cualquiera de las tablas 2-12) en un muestra del individuo y (b) instrucciones para usar los reactivos para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de riñón (por ejemplo, c Cr ), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se puede beneficiar de un tratamiento que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, anticuerpo anti-PD-1)), o con un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))).
En un aspecto, se proporciona en el presente documento un kit para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se puede beneficiar de un tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, anticuerpo anti-PD-1) que incluye (a) reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35, 36 o 37) de los siguientes genes en una muestra del individuo: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-I, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2; VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34; o IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9; y, opcionalmente, (b) instrucciones para usar los reactivos para identificar a un individuo que tiene cáncer que se puede beneficiar de un tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un antagonista de VEGf y un antagonista de unión al eje de PD-L1.
Cualquiera de los kits anteriores puede incluir reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 o 20) de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 o TAP2. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, al menos ocho, al menos nueve, al menos diez, al menos once, al menos doce, al menos trece, al menos catorce, al menos quince, al menos dieciséis, al menos diecisiete, al menos dieciocho, al menos diecinueve o los veinte de CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, PD-L1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2.
Por ejemplo, cualquiera de los kits anteriores puede incluir reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4 o 5) de CD8A, e Om ES, PRF1, IFNG o PD-L1. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro o los cinco de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de dos de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 2. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de tres de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 3. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de cuatro de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 4. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y PD-L1.
En algunos aspectos de la divulgación, cualquiera de los kits anteriores puede incluir reactivos para determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más genes adicionales, en los que el uno o más genes adicionales son distintos de PD-L1. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el kit puede incluir reactivos para determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más genes adicionales (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, I I , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 o 36) seleccionados del grupo que consiste en: CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1, TAP2, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4, CD34, IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 o 19) genes adicionales seleccionados del grupo que consiste en CD8A, EOMES, GZMA, GZMB, PRF1, IFNG, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CD27, FOXP3, PD-1, CTLA4, TIGIT, IDO1, PSMB8, PSMB9, TAP1 y TAP2. En otros aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. En otros aspectos de la divulgación, el kit incluye determinar el nivel de expresión de PD-L1 y uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, Cx Cl 1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9.
Cualquiera de los kits anteriores puede incluir reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1,2, 3, 4, 5, 6 o 7) de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PEc Am 1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y c D34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, Es M1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
Cualquiera de los kits anteriores puede incluir reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 o S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de dos de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 9. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de tres de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 10. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de cuatro de IL6, CXCL1, Cx Cl2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 11. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de cinco de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 12. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de seis de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 13. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de siete de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 14. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de ocho de IL6, CXCL1, Cx Cl2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 15. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de nueve de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 16. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y S100A9.
En un aspecto, se proporciona en el presente documento, un kit para identificar a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) que se puede beneficiar de un tratamiento con un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))) que incluye (a) reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes genes en una muestra del individuo: VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o Cd 34; y, opcionalmente, (b) instrucciones para usar los reactivos para identificar a un individuo que tiene cáncer que se puede beneficiar de un tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende un inhibidor de la angiogénesis.
En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis o los siete de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGPTL4 o CD34. Por ejemplo, en algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 o Cd 34. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de al menos dos, al menos tres, al menos cuatro, al menos cinco o los seis de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de dos de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 5. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de tres de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 6. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de cuatro de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y c D34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 7. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de cinco de VEGFA, KDR, Es M1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34, por ejemplo, cualquiera de las combinaciones ejemplares que se muestran en la tabla 8. En algunos aspectos de la divulgación, el kit incluye reactivos para determinar el nivel de expresión de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34.
En algunos casos, dichos kits o artículos de fabricación incluyen un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)). En algunos casos, dichos artículos de fabricación o kits incluyen además un prospecto que incluye instrucciones para la administración de un tratamiento antineoplásico que comprende el antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y el antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A)) a un individuo que tiene cáncer (por ejemplo, cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)), en el que el paciente se identifica como alguien que se puede beneficiar del tratamiento antineoplásico mediante cualquiera de los procedimientos y/o kits descritos en el presente documento.
En otros casos, dichos kits o artículos de fabricación incluyen un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))) para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)). En algunos casos, dichos artículos de fabricación o kits incluyen además un prospecto que incluye instrucciones para la administración de un tratamiento antineoplásico que comprende un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))), en el que el paciente se identifica como alguien que se puede beneficiar del tratamiento antineoplásico mediante cualquiera de los procedimientos y/o kits descritos en el presente documento.
En otros casos, dichos kits o artículos de fabricación incluyen un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1, por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab (MPDL3280A) o un antagonista de unión a PD-1, por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1) en monoterapia para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de riñón (por ejemplo, c Cr ), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)) para tratar a un individuo con cáncer (por ejemplo, cáncer de pulmón (por ejemplo, CPNM), cáncer de vejiga (por ejemplo, CVU), cáncer de riñón (por ejemplo, CCR), cáncer de hígado (por ejemplo, CHC), cáncer de ovario o cáncer de mama (por ejemplo, CMTN)). En algunos casos, dichos artículos de fabricación o kits incluyen además un prospecto que incluye instrucciones para la administración de la monoterapia con antagonista de unión al eje de PD-L1, en el que se identifica al paciente como alguien que se puede beneficiar del tratamiento antineoplásico mediante cualquiera de los procedimientos y/o kits descritos en el presente documento.
Cualquiera de los kits o artículos de fabricación descritos pueden incluir un medio de soporte que está compartimentado para recibir en estrecho confinamiento uno o más medios de recipiente tales como viales, tubos y similares, comprendiendo cada uno de los medios de recipiente uno de los elementos separados para su uso en el procedimiento. Cuando el artículo de fabricación o kit utiliza la hibridación de ácidos nucleicos para detectar el ácido nucleico diana, el kit también puede tener recipientes que contienen uno o más nucleótidos para la amplificación de la secuencia de ácido nucleico diana y/o un recipiente que comprende un medio indicador, tal como un marcador enzimático, fluorescente o radioisotópico.
En algunos casos, el artículo de fabricación o kit incluye el recipiente descrito anteriormente y uno o más recipientes que incluyen materiales deseables desde el punto de vista comercial y del usuario, incluyendo tampones, diluyentes, filtros, agujas, jeringuillas y prospectos con instrucciones de uso. Puede estar presente una etiqueta en el recipiente para indicar que la composición se usa para una aplicación específica, y también puede indicar las directrices para su uso in vivo o in vitro, tales como las descritas anteriormente. Por ejemplo, el artículo de fabricación o kit puede incluir además un recipiente que incluye un tampón farmacéuticamente aceptable, tal como agua bacteriostática para inyectables (BWFI), solución salina tamponada con fosfato, solución de Ringer y solución de dextrosa.
Los kits o artículos de fabricación descritos en el presente documento pueden tener una serie de aspectos de la divulgación. En un caso, los kits o artículos de fabricación incluyen un recipiente, una etiqueta en dicho recipiente y una composición contenida dentro de dicho recipiente, en el que la composición incluye uno o más polinucleótidos que hibridan con un complemento de un gen enumerado en el presente documento (por ejemplo, un gen presentado en la tabla 1 o cualquier combinación de genes presentados en las tablas 2-12) en condiciones rigurosas, y la etiqueta en dicho recipiente indica que la composición se puede usar para evaluar la presencia de un gen enumerado en el presente documento (por ejemplo, un gen presentado en la tabla 1, o cualquier combinación de genes presentados en las tablas 2-12) en una muestra, y en el que el kit incluye instrucciones para usar el o los polinucleótidos para evaluar la presencia del gen ARN o ADN en un determinado tipo de muestra.
Para artículos de fabricación o kits basados en oligonucleótidos, el artículo de fabricación o kit puede incluir, por ejemplo: (1) un oligonucleótido, por ejemplo, un oligonucleótido marcado de forma detectable, que hibrida con una secuencia de ácido nucleico que codifica una proteína o (2) un par de cebadores útiles para amplificar una molécula de ácido nucleico. El artículo de fabricación o kit también puede incluir, por ejemplo, un agente tampón, un conservante o un agente estabilizador de proteínas. El artículo de fabricación o kit puede incluir además componentes necesarios para detectar el marcador detectable (por ejemplo, una enzima o un sustrato). El artículo de fabricación o kit también puede contener una muestra de control o una serie de muestras de control, que se pueden analizar y comparar con la muestra de prueba. Cada componente del artículo de fabricación o kit se puede incluir dentro de un recipiente individual y todos los diversos recipientes pueden estar dentro de un solo envase, junto con instrucciones para interpretar los resultados de los ensayos realizados con el kit.
VI. Ejemplos
Lo siguiente es un ejemplo de los procedimientos de la invención. Se entiende que se pueden poner en práctica otros modos de realización diversos, dada la descripción general proporcionada anteriormente.
Ejemplo 1: materiales y procedimientos experimentales
A. Diseño de estudio
El objetivo del estudio en fase Ib descrito en los ejemplos 1-4 fue evaluar la seguridad y la tolerabilidad del anticuerpo anti-PD-L1 atezolizumab, en combinación con bevacizumab, un anticuerpo anti-VEGF genomanipulado, humano, monoclonal, administrados simultáneamente por infusión intravenosa cada 3 semanas (c3s) a pacientes con carcinoma de células renales metastásico (CCRm) avanzado no tratado previamente. El tratamiento se continuó mientras los pacientes experimentaran un beneficio clínico en opinión del investigador (es decir, en ausencia de toxicidad inaceptable o deterioro sintomático atribuido a la progresión de la enfermedad). A los pacientes se les permitió continuar recibiendo el tratamiento del estudio a discreción del investigador si se sospechaba una pseudoprogresión o si había evidencia de una respuesta mixta. Los objetivos del estudio incluyeron una evaluación de los marcadores farmacodinámicos circulantes y tumorales asociados con la administración de bevacizumab y atezolizumab y una evaluación preliminar de la actividad antitumoral de la combinación de tratamiento.
Se realizaron evaluaciones de seguridad (clínicas y de laboratorio) en el cribado y durante todo el ensayo. Se realizó una evaluación final 30 días después de la última dosis. La incidencia, la naturaleza y la gravedad de los acontecimientos adversos (AA) se calificaron de acuerdo con los criterios de terminología común para acontecimientos adversos (CTCAE) del National Cancer Institute, versión 4.0.
Cualquier enfermedad evaluable o medible se documentó en el cribado y se reevaluó en cada evaluación del tumor. Las evaluaciones de los tumores se realizaron al final de los ciclos 2, 4, 6, 8, 12 y 16 o según indicación clínica. Las evaluaciones se realizaron durante la última semana del ciclo de administración del fármaco y antes del inicio del tratamiento en el siguiente ciclo. Los pacientes que interrumpieron el tratamiento del estudio por razones distintas a la progresión de la enfermedad continuaron sometiéndose a evaluaciones del tumor cada 12 semanas hasta que el paciente experimentó progresión de la enfermedad, inició otro tratamiento contra el cáncer sistémico o murió.
Los criterios de toxicidad limitante de la dosis (TLD) definidos por el protocolo incluyeron toxicidades hematológicas y no hematológicas de grado estándar >3 o 4. La dosificación comenzó con la dosis de atezolizumab recomendada en la fase 2 administrada en combinación con la dosis c3s marcada de bevacizumab, y no se registró TLD.
B. Pacientes
Los pacientes eran elegibles para participar en esta cohorte del estudio en fase Ib si tenían CCR avanzado o metastásico para el cual no habían recibido tratamiento sistémico anteriormente. Los pacientes debían tener al menos 18 años; tener una función hematológica y de órganos diana adecuada; y tener un estado funcional según el Grupo Oncológico Cooperativo de la Costa Este de los EE. UU. de 0 o 1. La enfermedad tenía que ser medible según los criterios de evaluación de respuesta en tumores sólidos (RECIST). Se excluyeron los pacientes con neoplasia maligna primaria conocida del sistema nervioso central (SNC) o metástasis sintomáticas del SNC, antecedentes o riesgo de enfermedad autoinmunitaria, o antecedentes de infección por el virus de la inmunodeficiencia humana, hepatitis B o hepatitis C. También se excluyeron los pacientes que recibieron tratamiento previo con anticuerpos terapéuticos anti-CTLA-4, anti-PD-1 o anti-PD-L1 o agentes dirigidos a la vía, así como los pacientes que fueron tratados con agentes inmunoestimuladores sistémicos o medicamentos inmunosupresores sistémicos dentro de un período específico antes del inicio del estudio.
De los diez pacientes en estudio, seis proporcionaron biopsias con suficientes células tumorales viables en ambos puntos temporales posteriores al tratamiento. De los seis pares (es decir, biopsias del mismo paciente en ambos puntos temporales del tratamiento), siete se derivaron de lesiones renales, cuatro de la pared abdominal/torácica, una de una lesión pulmonar, una de un ganglio linfático y cinco fueron de lesiones no divulgadas.
C. Análisis inmunohistoquímico para PD-L1, CD8 y MHC-I
Secciones de tejido fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFIP) de 4 |jm de espesor se tiñeron para PD-L1 con un anticuerpo monoclonal de conejo anti-PD-LI humano (clon SP142; Ventana, Tucson, AZ) en una plataforma de tinción automatizada (BenchMark; Ventana) usando una concentración de 4,3 mg/ml, con visualización de señal por diaminobencidina; las secciones se contratiñeron con hematoxilina. La expresión de PD-L1 se evaluó en células tumorales y células inmunitarias infiltrantes de tumores. Para las células tumorales, la proporción de células tumorales positivas para PD-L1 se estimó como un porcentaje del número total de células tumorales; las células tumorales típicamente mostraban una tinción membranosa con un componente variablemente fuerte de tinción citoplásmica. La distribución de células tumorales positivas para PD-L1 dentro de una muestra tumoral determinada era típicamente muy focal; en los tumores que crecen como agregados sólidos, las células tumorales positivas para PD-L1 se observaron más frecuentemente en la interfase entre las células malignas y el estroma que contiene las células inmunitarias infiltrantes de tumor. Para las células inmunitarias infiltrantes de tumor, se determinó el porcentaje de células inmunitarias infiltrantes de tumor positivas para PD-L1 que ocupaban el tumor. Las células inmunitarias infiltrantes de tumor con citoplasma claramente discernible, tal como los macrófagos y las células dendríticas, mostraron un patrón de tinción membranosa para PD-L1. Esto fue más difícil de determinar para células de morfología linfoide pequeña con escasa cantidad de citoplasma. Las células inmunitarias infiltrantes de tumor positivas para PD-L1 se observaron típicamente como agregados de tamaño variable hacia la periferia de la masa tumoral, en bandas estromales que diseccionan la masa tumoral, como células individuales dispersas en el estroma o dentro de agregados de células inmunitarias infiltrantes de tumor. Las muestras se puntuaron según la IHQ como 0, 1,2 o 3 si ≤1 %, >1 % pero ≤5 %, >5 % pero ≤10 % o >10 % de células por área fueron positivas para PD-L1, respectivamente. Las puntuaciones IHQ de PD-L1 en pacientes con múltiples muestras se basaron en la puntuación más alta. La IHQ de CD8 (clon SP16 (Epitomics)) se realizó en un sistema de tinción automática Discovery XT (Ventana) usando la recuperación de antígeno CC1 y la tecnología de detección OMNIMAP™ (Ventana).
Todas las etapas de IHQ de MHC-I se llevaron a cabo en la plataforma automatizada Discovery XT de Ventana (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se trataron con acondicionador celular 1, tiempo estándar y, a continuación, se incubaron en anticuerpo primario, MHC clase I (EP1395Y, Novus, cat. n.° NB110-57201) a una dilución 1:5000 durante 60 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección de anti-HRP de conejo OMNIMAP™, seguido por DAB (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se contratiñeron con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 min, solución de azulado durante 4 min, a continuación, se deshidrataron y se cubrieron con un cubreobjetos. Se usaron sedimentos de células humanas que expresaban endógenamente MHC-I a niveles bajo, medio y alto en paralelo como controles positivos. Los controles negativos se realizaron usando un anticuerpo de isotipo monoclonal de conejo (clon DA1E, tecnología de señalización celular, cat. n.° 3900S). La tinción de MHC-I en células tumorales se puntuó usando un sistema de puntuación H. En resumen, a la intensidad de tinción de las membranas de células tumorales se asignó un valor numérico de 0, 1, 2 o 3 correspondiente a ninguna, baja, media o alta intensidad de señal de 3,3'-diaminobencidina (DAB), respectivamente. En relación con el área total del tumor, el porcentaje de células a diferentes intensidades de tinción se determinó mediante evaluación visual. Se calculó una puntuación final multiplicando la puntuación de la intensidad de la membrana por el porcentaje de área para cada población presente en una muestra tumoral dada como sigue: 1 x (% de células 1+) 2 x (% de células 2+) 3 x (% de células 3+) = puntuación H. Los casos se puntuaron por dos patólogos independientes. Los tramos de puntuación se definieron como puntuaciones de ≤100, 101-200 y 201-300, y la concordancia se definió como puntuaciones independientes que estaban dentro del mismo grupo. Cualquier discordancia se resolvió tras la revisión mutua de los casos.
D. Inmunohistoquímica de dos y tres colores y análisis digital de portaobjetos completo
Secciones consecutivas de 4 jm de espesor de tejidos tumorales FFIP se tiñeron con los siguientes ensayos de IHQ desarrollados internamente usando las plataformas automatizadas Ventana Benchmark XT o Benchmark Ultra (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ): KÍ67/CD8, PDPN/CD34/ASMA y CD163/CD68.
Para el ensayo de KÍ67/CD8, se trataron las secciones con acondicionador celular 1 durante 64 min. A continuación, se incubaron las secciones en anticuerpo primario, Ki67 (30-9, RTU, Ventana) durante 4 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección de IHQ de DAB OptNiew (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Posteriormente, se incubaron los portaobjetos en anticuerpo primario anti-CD8 (SP239, Spring Biosciences) a una dilución 1:100 durante 60 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección UltraView Universal AP Red (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se contratiñeron con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 min, solución de azulado durante 4 min, a continuación, se deshidrataron y se cubrieron con un cubreobjetos.
Para el ensayo de PDPN/CD34/ASMA, se trataron las secciones con acondicionador celular 1 durante 32 min. A continuación, se incubaron las secciones en el anticuerpo primario antipodoplanina (D2-40, RTU, Ventana) durante 16 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección de IHQ de DAB OptNiew (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Posteriormente, se incubaron los portaobjetos en anticuerpo primario anti-CD34 (QBEnd/10; RTU, Ventana) durante 16 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección Niew Blue Plus (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Finalmente, se incubaron los portaobjetos en anticuerpo primario anti-actina de músculo liso ("SMActin") (1A4; RTU, Ventana) durante 16 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección UltraView Universal AP Red (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se contratiñeron con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 min, solución de azulado durante 4 min, a continuación, se deshidrataron y se cubrieron con un cubreobjetos.
Para el ensayo de CD163/CD68, se trataron las secciones con acondicionador celular 1 durante 32 min y se incubaron en anticuerpo primario anti-CD163 (MRQ-26, RTU, Ventana), durante 8 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección de IHQ de DAB OptNiew (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Posteriormente, se incubaron los portaobjetos en anticuerpo primario anti-CD68 (KP-1, RTU, Ventana) durante 8 min a 37 °C. El anticuerpo primario unido se detectó mediante el kit de detección UltraView Universal AP Red (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ). Las secciones se contratiñeron con hematoxilina II (Ventana Medical Systems; Tucson, AZ) durante 4 min, solución de azulado durante 4 min, a continuación, se deshidrataron y se cubrieron con un cubreobjetos. Se realizaron controles negativos y positivos apropiados de acuerdo con procedimientos conocidos.
Se escribieron en Matlab algoritmos para la detección y clasificación de objetos teñidos con IHQ sobre la base de un portaobjetos completo. Después de la separación de la tinción de campo claro, los objetos teñidos con IHQ se detectaron como células candidatas. Para todas las células candidatas, se extrajeron rasgos característicos cuantitativos. A continuación, se clasificaron los candidatos en varias clases de células (por ejemplo, células CD8+/KÍ67) usando aprendizaje automático supervisado. El procedimiento de clasificación se entrenó usando una galería empírica de objetos teñidos verdaderos y falsos (proporcionada por un anatomopatólogo). Finalmente, se informaron las células clasificadas y las áreas tumorales (proporcionadas por un anatomopatólogo a través de anotaciones en portaobjetos digitales) y se generaron imágenes de control de calidad (CC) para la revisión patológica. Los resultados del análisis automatizado de portaobjetos digitales se informaron para las áreas tumorales como sigue: densidades celulares de K¡67'/CD8+ y KÍ67+/CD8+ (número de recuentos celulares por mm2), porcentaje de área de cobertura de CD68+/CD163+ y CD68+/CD163-(cobertura del área en relación con el área total del tumor), densidades vasculares de CD34+/aSMA- y CD34+/aSMA+ (recuento de vasos por mm2).
E. Aislamiento de ARN de tejido tumoral FFIP
El aislamiento de ARN se realizó como se describe por Schleifman et al. (PLoS One 8:e74231,2014). En resumen, las secciones de FFIP tumoral se macrodiseccionaron para enriquecerlas en tejido neoplásico, y el tejido se lisó usando tampón de lisis tumoral y proteinasa K para permitir la digestión completa y la liberación de ácidos nucleicos. El ARN se aisló usando el microkit High Pure FFPE RNA (Roche Applied Sciences, Indianápolis, IN) de acuerdo con el protocolo del fabricante. El ADN se aisló usando el kit QIAAMP® DNA FFPE Tissue (Qiagen, Hilden, Alemania) de acuerdo con el protocolo del fabricante. El ARN y el ADN se almacenaron a 280 uC hasta que se realizaron los análisis.
F. Análisis de expresión de Fluidigm y Nanostring
El análisis de la expresión génica se realizó con la plataforma de PCR en tiempo real BioMark HD™ (Fluidigm) como se describe por Schleifman et al. (PLoS One 8:e74231,2014). Todos los ensayos TAQMAN® en el panel de expresión usaron sondas de ligando del surco menor (MGB) TAQMAN® marcadas con tinte FAM™ y se ordenaron a través de Life Technologies, ya sea por pedido o diseño personalizado, incluyendo cuatro genes de referencia: SP2, GUSB, TMEM55B y VPS33B. Se calculó una mediana geométrica de los valores de Ct para los cuatro genes de referencia (SP2, GUSB, TMEM55B y VPS33B) para cada muestra, y los niveles de expresión se determinaron usando el procedimiento delta Ct (ACt) como sigue: Ct (gen diana) 2GeoMedian Ct (genes de referencia). La mediana de los niveles de expresión de ARNm (medidos por inmunochip (¡Chip)) en los pacientes del estudio se usaron como puntos de corte para derivar la categorización de expresión alta frente a la expresión baja. Los valores de P se determinaron mediante la prueba de la t.
Los datos de expresión génica de NanoString se procesaron usando el paquete R/Bioconductor "NanoStringQCPro". Los recuentos sin procesar se ajustaron mediante recuentos de control positivo antes de calcular el fondo específico de la sonda y del carril en base tanto a los controles negativos como a las mediciones en blanco. Después de la corrección de fondo, los recuentos se transformaron con Iog2 y se normalizaron mediante la expresión de genes constitutivos (TMEM55B, VPS33B, TBP y TUBB).
G. Secuenciación de TCR
La amplificación y secuenciación del repertorio de TCRp se realizó en Adaptive Biotechnologies como se describe por Klinger et al. (PLoS One 8:e74231, 2013).
H. Citometría de flujo
La citometría de flujo de sangre completa para la expresión de CD3, CD8, HLA-DR y Ki-67 se realizó en el laboratorio central de LabCorp de acuerdo con los protocolos establecidos. Se aislaron leucocitos monomorfonucleares en sangre periférica (PBMC) en Precision Bioservices y las muestras crioconservadas se enviaron a Genentech para el análisis de la expresión del receptor de fractalquina y la detección de linfocitos T específicos de tumores. Los PBMC se descongelaron y reposaron durante la noche, y se tiñó una pequeña alícuota de células con anti-HLA-A2-FITC (BB7.2, BD) y anti-CD45-APC-H7 (2D1, BD) para determinar el estado de HLA-A2. Las células restantes se tiñeron con una mezcla de dextrámeros y pentámeros peptídicos/HLA-A*0201 (Immudex y Proimmune, véase la tabla 18) durante 10 min a temperatura ambiente, seguido de tinción con anti-CD3-BV510 (UCHTI, Biolegend), anti-CD8-A700 (RPA-T8, BD), anti-CD4-PE-Cy7 (RPA-T4, eBioscience), anti-CD45RA-eVolve605 (HI100, eBioscience), anti-CCR7-BV421 (G043H7, Biolegend), anti-CX3CR1-PerCP-eFluor710 (2A9-1, eBioscience) y tinte de viabilidad fijable eFluor780 (eBioscience) durante 30 minutos en hielo. Se lavaron las muestras dos veces antes de la adquisición de datos y la clasificación en un BD FACSARIA™ con el programa informático FACSDIVA™ v8. Un mínimo de 10 acontecimientos positivos para dextrámeros de 50.000 linfocitos T CD8+ se considera una respuesta específica del tumor. La tabla 18 muestra una lista de dextrámeros usados para citometría de flujo.
Tabla 18. Dextrámeros para citometría de flujo
Figure imgf000118_0001
I. Análisis estadístico
Se usaron los datos de los diez pacientes con CCR que recibieron más de una dosis de atezolizumab y bevacizumab por vía intravenosa cada 21 días para determinar las características iniciales y las tasas de acontecimientos adversos. La eficacia se evaluó de acuerdo con RECIST v1.1. La mejor tasa de respuesta objetiva global confirmada se derivó de las evaluaciones informadas por el investigador. La tasa de respuesta objetiva (TRO) se definió como el número de pacientes con la mejor respuesta objetiva global de respuesta completa o parcial dividido por el número total de pacientes con una evaluación inicial del tumor.
Los pacientes que estaban vivos y no experimentaron progresión de la enfermedad en la fecha de corte se censuraron en el momento de la última evaluación del tumor. La duración de la respuesta se obtuvo por el procedimiento de Kaplan Meier. Se proporcionan resúmenes de todos los AA, AA relacionados con el tratamiento y AA de grado 3-4 de los diez pacientes.
Ejemplo 2: el análisis de expresión génica identifica biomarcadores asociados con la monoterapia con bevacizumab y la politerapia con bevacizumab y atezolizumab
Se realizó un estudio clínico en fase 1b en el que 10 pacientes con CCRm sin tratamiento previo recibieron una dosis única de bevacizumab en D1C1, seguida de la administración combinada de atezolizumab y bevacizumab cada tres semanas comenzando el D1C2. Los datos demográficos de referencia de la cohorte de pacientes se muestran en la tabla 19. Se observaron respuestas parciales (RP) en cuatro de los diez pacientes usando RECIST v1.1, mientras que otros cinco pacientes tenían enfermedad estable (EE) prolongada (figs. 1 y 2). La actividad clínica observada en esta pequeña cohorte fue mayor que la obtenida previamente con cualquiera de las monoterapias. No se ha alcanzado la duración de la respuesta y la mediana del tiempo de respuesta fue de 4,2 meses.
Tabla 19. Datos demográficos de referencia
Figure imgf000119_0001
Además de la seguridad, la tolerabilidad y la actividad clínica, un objetivo clave del estudio en fase Ib descrito anteriormente fue evaluar el mecanismo de la actividad de combinación. El diseño del ensayo incluyó un período de preinclusión con bevacizumab para interrogar específicamente los efectos de bevacizumab en el microambiente inmunitario del tumor local, seguido de una politerapia con bloqueo del punto de control inmunitario usando atezolizumab. Se recogieron muestras de sangre y biopsias del tumor antes del tratamiento, 15 a 18 días después del tratamiento con bevacizumab y 4 a 6 semanas después del tratamiento combinado con atezolizumab y bevacizumab.
Para identificar los marcadores tumorales asociados con la monoterapia con bevacizumab o la politerapia, se realizó un análisis de la expresión génica usando un panel Fluidigm basado en PCR de 90 genes y un panel NanoString personalizado de 800 genes. Los genes asociados con la neovasculatura, que reflejan la actividad de señalización posterior de VEGF, disminuyeron significativamente en ambos puntos temporales del tratamiento en todos los pacientes (fig. 3), lo que confirma la actividad antiangiogénica de bevacizumab. Sorprendentemente, la comparación del punto temporal previo al tratamiento y el punto temporal del tratamiento con bevacizumab solo reveló que hubo un incremento de la expresión génica de quimiocinas Th1 (CXCL9, CXLC10, CXCL11 y CXCL13) (que varía de aproximadamente 0,7 veces a 6,9 veces en relación con los niveles previos al tratamiento), marcadores de linfocitos T efectores CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1) (que varía de aproximadamente 0,4 veces a 6,2 veces en relación con los niveles previos al tratamiento), así como marcadores de células NK (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) (que varía de aproximadamente 0,7 veces a 8,2 veces en relación con los niveles previos al tratamiento) (fig. 3). El tratamiento con bevacizumab dio como resultado que cuatro de los seis pacientes mostraran un incremento significativo en las firmas génicas relacionadas con la señalización de Th1. Es importante destacar que, a nivel de paciente individual, estas firmas se desvincularon del grado de reducción de la firma dependiente de VEGF. La expresión de FasL por IHQ se ha descrito como una barrera potencial para las células inmunitarias en varios tipos de cáncer, incluyendo el CCR (Motz et al. Nat. Med. 20:607-615, 2014). En este estudio no se observaron cambios consecuentes en la expresión génica de FasL con bevacizumab o el tratamiento combinado. En general, estas diferencias indican que el tratamiento con bevacizumab solo da como resultado la modulación del microambiente inmunitario tumoral con firmas relacionadas con Th1 que reflejan las alteraciones más significativas inducidas por el tratamiento en el microambiente tumoral.
El incremento de la expresión de quimiocinas Th1 (CXCL9, CXLC10, CXCL11 y CXCL13), marcadores de linfocitos T efectores CD8 (CD8A, CD8B, EOMES, GZMA, GZMB, IFNG y PRF1) y marcadores de células NK (GZMB, KLRK1 y SLAMF7) se potenció con la administración de atezolizumab en combinación con bevacizumab (fig. 4). El nivel de expresión de la firma de quimiocinas Th1 se incrementó de 2,9 a 250,4 veces en el punto temporal del tratamiento con bevacizumab+atezolizumab en relación con el pretratamiento, y se incrementó de 0,9 a 81,8 veces en comparación con el punto temporal del tratamiento con bevacizumab solo. El nivel de expresión de la firma de Tef de CD8 se incrementó de 0,8 a 51,8 veces en el punto temporal del tratamiento con bevacizumab+atezolizumab en relación con el pretratamiento, y se incrementó de 0,3 a 17,6 veces en comparación con el punto temporal del tratamiento con bevacizumab solo. El nivel de expresión de la firma de células NK se incrementó de 0,7 a 7,8 veces en el punto temporal del tratamiento con bevacizumab+atezolizumab en relación con el pretratamiento, y se incrementó de 0,4 a 13,1 veces en comparación con el punto temporal del tratamiento con bevacizumab solo.
Ejemplo 3: caracterización de biomarcadores de respuestas vasculares e inmunitarias después de la monoterapia con bevacizumab o la politerapia en ambos puntos temporales del tratamiento
Para confirmar los cambios en la expresión génica vascular e inmunitaria observados en el tumor, se evaluaron mediante inmunohistoquímica los cambios en la expresión de proteínas vasculares e inmunitarias en el tejido antes del tratamiento y durante el tratamiento. Se observó una disminución de CD31, un marcador de células endoteliales que recubren los vasos (figs. 5 y 6). La tinción dual de CD34, otro marcador de células endoteliales, con actina de músculo liso alfa (aSMA) mostró que los vasos inmaduros o inestables (CD34+/aSMA-) se vieron afectados principalmente por el tratamiento con bevacizumab (figs. 7 y 8), de manera consecuente con otros informes publicados (véase, por ejemplo, Gasparini et al. Nat. Clin. Pract. Oncol. 2:562-577, 2005). Los cambios morfológicos en las células endoteliales también fueron evidentes para el tratamiento combinado, de manera consecuente con los hallazgos en el melanoma metastásico después del tratamiento con ipilumimab y bevacizumab (véase, por ejemplo, Hodi et al. Cáncer Immunol. Res. 2:632-642, 2014). Además, se observó localización contextual de macrófagos CD68+/CD163+ pero no CD68+/CD163- en cuatro pacientes en tratamiento contiguos a los vasos inmaduros pero no a los vasos maduros, que no se vieron afectados en gran medida por el tratamiento con bevacizumab (figs. 7, 9 y 10). Sin quedar vinculado a ninguna teoría, una posible explicación es que los macrófagos localizados en los vasos inestables podrían estar respondiendo a la inflamación y a los cambios vasculares inducidos por bevacizumab. Se ha demostrado que los macrófagos promueven la vascularización al secretar VEGF (Lamagna et al. J. Leukoc. Biol. 80:705-713, 2006), y la expresión del transcrito de VEGF se reguló por incremento en los tumores durante el tratamiento (fig. 11).
Los incrementos intratumorales de linfocitos T CD8+ fueron pronunciados después del tratamiento combinado en todos menos uno de los pacientes (figs. 5, 6 y 12). Sin embargo, la regulación por incremento de PD-L1, que es un gen de respuesta de IFN-y, solo se detectó mediante inmunohistoquímica en un paciente, que demostró una RP (fig. 5). Por el contrario e inesperadamente, se observó un incremento concomitante en la tinción de MHC-I después del tratamiento con bevacizumab y el tratamiento combinado (figs. 5 y 6). La modulación de MHC-I mediante el tratamiento con anticuerpos anti-VEGF no se ha descrito previamente y no se asoció consecuentemente con un incremento en los linfocitos T CD8+. Estudios previos han encontrado que la hipoxia está vinculada con una expresión incrementada de MHC-I a través de HIF-1a (Ghosh et al. Mol. Cell. Biol. 33: 2718-2731,2013).
Para abordar si el incremento en las densidades de linfocitos T CD8+ tras la politerapia se atribuyó a una proliferación intratumoral potenciada o un transporte incrementado, se empleó la tinción inmunohistoquímica dual de CD8 con el marcador de proliferación Ki67. La proporción de células Ki67+/CD8+ con respecto a células K¡67‘ /CD8+ permaneció sin cambios durante el tratamiento (figs. 7, 13, 14A-14C, 15A-15C y 16A-16C), lo que sugiere que el incremento de linfocitos T CD8+ no se debió a una proliferación intratumoral potenciada sino más bien a un incremento del transporte e infiltración de linfocitos T CD8+ en proliferación.
Ejemplo 4: caracterización de la respuesta de linfocitos T específicos de antígeno después de la politerapia
Para confirmar si el aumento de los linfocitos T CD8+ intratumorales se debía a un incremento del transporte, se fenotiparon las poblaciones celulares en la periferia mediante citometría de flujo. Se usaron dextrámeros HLA-A2 que contenían péptidos de antígeno tumoral de CCR descritos previamente (tabla 18) para determinar si los linfocitos T específicos de antígeno estaban presentes en la sangre del paciente y si estas poblaciones celulares cambiaron con el tratamiento. De los 10 pacientes, solo dos pacientes positivos para HLA-A2 fueron positivos para células en el canal Dex-APC en el punto temporal previo al tratamiento (fig. 19). De estos dos pacientes, solo el paciente 6 demostró un incremento de linfocitos T CD8+ intratumorales. De forma interesante, la tinción positiva para Dex-APC disminuyó al menos 3 veces en el punto temporal posterior al tratamiento combinado para el paciente 6, pero no para el paciente 2, que no mostró un incremento de los linfocitos T CD8+ intratumorales. Estos cambios pueden sugerir que los linfocitos T específicos del antígeno de CCR transitan desde la periferia hacia los tumores.
Los datos de expresión génica también indicaron que varias otras quimiocinas y receptores de quimiocinas se incrementaron en los tumores de los pacientes durante el tratamiento (fig. 20). El cambio más significativo se produjo en la fractalquina (CX3CL1), que se conoce que se expresa en la membrana de las células endoteliales activadas en ambientes inflamatorios o hipóxicos (Szukiewicz et al. Mediators Inflamm. 2013:437576, 2013; Umehara et al. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 24:34-40, 2004).
Se ha demostrado que el receptor de fractalquina, CX3CR1, se expresa en linfocitos T CD8+ activados (perforina+/granzima B+) (Nishimura et al. J. Immunol. 168:6173-6180, 2002). En el presente estudio, CX3CR1 se reguló por incremento en los linfocitos T CD8+ periféricos después del tratamiento combinado (fig. 13). Además, la mayoría de las células positivas para dextrámeros (fig. 19) también expresaron CX3CR1 (84 % y 100 % para los pacientes 2 y 6, respectivamente; fig. 16). La regulación por incremento concordante de fractalquina y otras quimiocinas en el tumor y CX3CR1 en los linfocitos T CD8+ durante el tratamiento sugiere un mecanismo para el incremento de la infiltración tumoral de linfocitos T CD8+.
La secuenciación del receptor de linfocitos T (TCR) se realizó en tumores y los linfocitos T CD8+ se clasificaron de PBMC coincidentes para investigar los cambios inducidos por el tratamiento en el repertorio de linfocitos T y el transporte de linfocitos T en el tumor. La comparación de los clones superiores de los LIT antes del tratamiento y durante el tratamiento para los pacientes 3 y 6 mostró que algunos clones se mantuvieron durante el tratamiento (figs. 21A-23C y 22). Hubo clones que aparecieron después del tratamiento solo con bevacizumab, mientras que otros clones surgieron solo después de la politerapia. También se detectaron clones en tumores previos al tratamiento pero no durante el tratamiento. En conjunto, estos cambios dinámicos en la composición de los linfocitos T intratumorales sugieren que la respuesta de los linfocitos T antitumorales está evolucionando durante el tratamiento.
La evaluación de las secuencias de TCR de los linfocitos T CD8+ periféricos clasificados mostró que muchos de los clones superiores se mantuvieron entre las muestras antes y durante el tratamiento, pero también hubo cierta superposición entre los clones encontrados en PBMC frente a los LIT durante el tratamiento (figs. 23A y 23B). En particular, no hubo clones compartidos entre PBMC y LIT del paciente 2, el paciente en el que los linfocitos T CD8+ intratumorales no aumentaron durante el tratamiento. Para los pacientes 3 y 6, hubo algunos clones presentes a frecuencias similares entre PBMC y LIT. Un algoritmo de la Adaptive Public Clone Database reveló que algunos de los clones superiores de PBMC probablemente reconozcan antígenos víricos, pero solo algunos de estos clones se detectaron en LIT, lo que sugiere además que los linfocitos T específicos del antígeno tumoral pueden estar migrando hacia el tumor (fig. 24). La mayoría de los clones superiores en los LIT durante el tratamiento estaban presentes en niveles mucho más bajos en la sangre, mientras que los clones más dominantes en la sangre no se detectan en el tumor. Debido a que las proporciones relativas de los clones superiores no se mantienen en los PBMC en comparación con los LIT, esto puede sugerir que el incremento de los linfocitos T CD8+ en el tumor inducido por el tratamiento combinado se produce a través de un mecanismo de transporte selectivo. También es posible que la infiltración no sea sesgada y que haya retención de linfocitos T específicos de antígeno en el tumor.
Ejemplo 5: correlaciones moleculares de la respuesta diferencial a la monoterapia con atezolizumab y a la politerapia con bevacizumab y atezolizumab en comparación con la monoterapia con sunitinib
Se realizó un estudio clínico en fase II, IMmotion150 (NCT01984242), para evaluar la seguridad y tolerabilidad de atezolizumab, solo o en combinación con bevacizumab, en comparación con sunitinib en pacientes con carcinoma de células renales metastásico (CCRm) no tratado previamente. También se realizaron análisis genómicos tumorales integrados para correlacionar los biomarcadores moleculares con los resultados clínicos observados en el estudio en fase II.
El estado de PD-L1 en las células inmunitarias (CI) infiltrantes de tumores se evaluó en el estudio en fase II IMmotion150 mediante inmunohistoquímica (IHQ) usando el anticuerpo monoclonal de conejo anti-PD-L1 humano, SP142, y se calificó usando un criterio de puntuación de IHQ idéntico (CI1/2/3 = >1 % de linfocitos infiltrantes de tumores son positivos para PD-L1; Cl2/3 = >5 % de linfocitos infiltrantes de tumores son positivos para PD-L1) (n = 297). El estado de PD-L1 se puede evaluar como se describe en las publicaciones de solicitud de patente internacional n.os WO 2016/183326 y WO 2016/196298. También se realizaron evaluaciones de mutación por secuenciación del exoma completo (WES) y análisis de expresión génica por RNA-Seq (n = 263). Para los análisis de expresión génica, se evaluaron los niveles de expresión génica para los genes de linfocitos T efectores y de respuesta de IFNy (Tef) (CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1), así como para los genes relacionados con la angiogénesis (Ang) (Ve GfA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34) y los genes relacionados con la inflamación mieloide (Mieloide) (IL6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2). Los genes Tef en niveles de expresión bajos (es decir, por debajo de la mediana de los niveles de expresión de los genes Tef evaluados; "Tef bajo") y niveles de expresión altos (es decir, en o por encima de la mediana de los niveles de expresión de los genes Tef evaluados; "Tef alto") se evaluaron en relación con la supervivencia sin progresión (SSP) según RECIST v.1.1 a través de la evaluación del comité de revisión independiente (IRF). Los genes Ang en niveles de expresión bajos (es decir, por debajo de la mediana de los niveles de expresión de los genes Ang evaluados; "Ang bajo") y niveles de expresión altos (es decir, en o por encima de la mediana de los niveles de expresión de los genes Ang evaluados; "Ang alto") también se evaluaron en relación con la SSP según RECIST v.1.1 a través de la evaluación del IRF. Los genes Mieloides en niveles de expresión bajos (es decir, por debajo de la mediana de los niveles de expresión de los genes Mieloides evaluados; "Mieloide bajo") y niveles de expresión altos (es decir, en o por encima de la mediana de los niveles de expresión de los genes Mieloides evaluados; "Mieloide alto") también se evaluaron en relación con la SSP según RECIST v.1.1 a través de la evaluación del IRF. Para determinar la mediana de los niveles de expresión, primero se calculó una puntuación Z para la expresión normalizada de todos los genes en un grupo. La mediana del nivel de todas las puntuaciones Z del conjunto de datos se usó como nivel de referencia para identificar los subgrupos de biomarcadores altos frente a los de biomarcadores bajos.
Se determinó que la SSP era más larga para los pacientes con Cl2/3 para PD-L1 y CI1/2/3 para PD-L1 en el grupo de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab en relación con la SSP para los pacientes en el grupo de monoterapia con sunitinib. También se determinó que la SSP era más larga para los pacientes con Cl2/3 para PD-L1 en el grupo de monoterapia con atezolizumab en relación con la SSP para los pacientes en el grupo de monoterapia con sunitinib. Al considerar los niveles de expresión génica evaluados, se descubrió que los niveles de expresión altos de Tef estaban asociados con la IHQ de PD-L1 y una SSP más larga para los pacientes del grupo de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab en comparación con la SSP para los pacientes del grupo de monoterapia con sunitinib (figs. 31A, 31B y 32A-32C). También se descubrió que los niveles de expresión bajos de Ang se asociaron con una s Sp mejorada para pacientes del grupo de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab en comparación con la SSP para pacientes del grupo de monoterapia con sunitinib (fig. 29A). Los altos niveles de expresión de Ang, por otra parte, se asociaron con una actividad clínica mejorada en el grupo de monoterapia con sunitinib, pero no en el grupo de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab (figs.
29B y 30A-30C). El cociente de riesgos instantáneos (CRI) de SSP con intervalos de confianza del 95 % (IC del 95 %) para los grupos de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab y atezolizumab en relación con el grupo de tratamiento con sunitinib se proporcionan en la tabla 20 para pacientes agrupados de acuerdo con el estado de PD-L1, los niveles de expresión génica de Tef y los niveles de expresión génica de Ang. Los datos de la tabla 20 con respecto a la IHQ de PD-L1 son CRI no estratificados. La tasa de respuesta global (TRG) se correlacionó con la SSP en los subgrupos de expresión génica (fig. 25). La tabla 21 muestra los CRI de SSP estratificados con IC del 95 % para los grupos de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab y atezolizumab en relación con el grupo de tratamiento con sunitinib para pacientes agrupados de acuerdo con el estado de PD-L1 y en la población de análisis por intención de tratar (ITT).
Tabla 20. Correlaciones moleculares de respuestas de SSP con politerapia con atezolizumab+bevacizumab o con monoterapia con atezolizumab en comparación con monoterapia con sunitinib
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Tabla 21: Correlaciones moleculares de respuestas de SSP con politerapia con atezolizumab+bevacizumab o con monoterapia con atezolizumab en comparación con monoterapia con sunitinib
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La fig. 26 muestra un mapa transcriptómico de angiogénesis y genes asociados al sistema inmunitario en tumores de CCR. Los niveles de expresión de los genes que se muestran en la fig. 26 se pueden usar como biomarcadores predictivos para la respuesta a un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1) o un tratamiento antineoplásico que incluye un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))). En particular, los genes asociados con la angiogénesis (por ejemplo, VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, a NGlT4 y/o CD34), presentación inmunitaria/antígena (por ejemplo, CD8A, CD27, INFG, PD-L1 (CD274), FOXP3, EOMES, GZMA, PFR1, PD-1 (PDCD1), CLTA4, TIGIT, GZMB, IDO1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, PSMB8, PSMB9, TAP1 y/o TAP2) e inflamación mieloide (por ejemplo, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, IL6, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9) se pueden usar para predecir la respuesta a un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF (por ejemplo, un anticuerpo anti-VEGF (por ejemplo, bevacizumab) o un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib))) y un antagonista de unión al eje de PD-L1 (por ejemplo, un antagonista de unión a PD-L1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-L1, por ejemplo, atezolizumab) o un antagonista de unión a PD-1 (por ejemplo, un anticuerpo anti-PD-1) o un tratamiento antineoplásico que incluye un inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, sunitinib, axitinib, pazopanib o cabozantinib)))). Por ejemplo, un nivel de expresión de uno o más de CD8A, CD27, INFG, PD-L1 (CD274), FOXP3, EOMES, GZMA, PFR1, PD-1 (PDCD1), CLTA4, TIGIT, GZMB, IDO1, CXCL9, CXCL10, CXCL11, PSMB8, PSMB9, TAP1 y/o TAP2 en o por encima de un nivel de referencia del uno o más genes puede indicar que el paciente se puede beneficiar del tratamiento con atezolizumab y bevacizumab (u otros antagonistas de VEGF y antagonistas de unión al eje de PD-L1). En algunos casos, dichos pacientes pueden tener un nivel de expresión de uno o más de CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, IL6, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100a 9 que está en o por encima del nivel de referencia del uno o más más genes. En otro ejemplo, un nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGLT4 y/o CD34 por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes puede indicar que el paciente se puede beneficiar del tratamiento con atezolizumab y bevacizumab (u otros antagonistas de VEGF y antagonistas de unión al eje de PD-L1). En otro ejemplo, un nivel de expresión de uno o más de VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, FLT1, ANGLT4 y/o CD34 por encima de un nivel de referencia puede indicar que el paciente se puede beneficiar del tratamiento con sunitinib (u otro inhibidor de la angiogénesis (por ejemplo, un antagonista de VEGF (por ejemplo, un inhibidor de VEGFR (por ejemplo, un inhibidor de la tirosina cinasa multidiana (por ejemplo, axitinib, pazopanib o cabozantinib))))). En otro ejemplo, un nivel de expresión de uno o más de CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8, IL6, PTGS2, CXCR1, CXCR2, S100A8 y/o S100A9 que está por debajo de un nivel de referencia del uno o más genes puede indicar que el paciente se puede beneficiar del tratamiento con atezolizumab y bevacizumab (u otros antagonistas de VEGF y antagonistas de unión al eje de PD-L1).
La adición de bevacizumab a atezolizumab (Atezo+Bev) se asoció con una SSP mejorada en el subgrupo Tef alto/Mieloide alto (fig. 27). La actividad reducida de la monoterapia 1L con atezolizumab en pacientes Tef alto/Mieloide alto sugiere un mecanismo potencial de escape inmunitario, que puede ser rescatado por la adición de bevacizumab. Los genes Mieloides, independientemente de los genes relacionados con Tef, se asociaron con un resultado de SSP relativamente peor cuando se compararon los niveles de expresión de Mieloide alto con los niveles de expresión de Mieloide bajo en el grupo de tratamiento con atezolizumab+bevacizumab (fig. 28). El beneficio del tratamiento en términos de SSP de atezolizumab+bevacizumab no fue diferente de la monoterapia con sunitinib en la población Mieloide alto, pero mejoró en la población con mieloide bajo en comparación con la monoterapia con sunitinib (fig. 28).
Después de la progresión con atezolizumab o sunitinib, se permitió el cambio de grupo a atezolizumab+bevacizumab en el diseño del ensayo IMmotion150 (excepto por el cambio después de la monoterapia con atezolizumab, que no se permitió en Europa). El 77 % y el 75 % de los pacientes cambiaron de grupo después del tratamiento 1L con sunitinib o atezolizumab, respectivamente, entre los pacientes que progresaron y eran idóneos en base a la ubicación geográfica. Los pacientes que cambiaron de grupo también se analizaron según el estado de expresión génica del microambiente tumoral (TME) inicial. Se observó una tendencia de un resultado similar con respecto a la mejora de la SSP en el subgrupo Tef alto/Mieloide alto para la adición de bevacizumab a atezolizumab (Atezo+Bev) (n = 8).
En resumen, estos estudios demuestran que los biomarcadores descritos en el presente documento se pueden usar para predecir la respuesta del paciente al tratamiento antineoplásico (por ejemplo, un tratamiento antineoplásico que incluye un antagonista de VEGF y un antagonista de unión al eje de PD-L1 o una tirosina cinasa multidiana) y para seleccionar pacientes para un tratamiento antineoplásico que esté optimizado para su cáncer.
Ejemplo 6: atezolizumab solo o en combinación con bevacizumab versus sunitinib: eficacia, seguridad y correlaciones moleculares de la respuesta diferencial en un ensayo aleatorizado en fase 2 en carcinoma de células renales
En este ejemplo se describen resultados clínicos primarios adicionales del estudio en fase 2 IMmotion150 junto con los resultados de los análisis moleculares realizados para evaluar el valor predictivo de los biomarcadores descritos en el presente documento.
A. Resultados
Diseño y eficacia del estudio
El objetivo principal de este ensayo en fase 2 fue evaluar la eficacia de atezolizumab+bevacizumab y atezolizumab en monoterapia en comparación con sunitinib. El tamaño de la muestra es de 100 pacientes por grupo y la tasa de acontecimientos del 70 % se consideró adecuada para la estimación del tamaño del efecto (incluyendo la mediana de SSP y el cociente de riesgos instantáneos [CRI]) en el subgrupo de análisis por intención de tratar (ITT), así como en el PD-L1+.
Se requirieron muestras de tumores de pacientes adquiridas ≤12 meses antes del tratamiento del estudio para la inscripción en el estudio. Un laboratorio central analizó prospectivamente el tejido para determinar la expresión de PD-L1 en CI mediante el ensayo IHQ SP142 (VENTANA, Tucson, AZ). La tinción de CI se definió como sigue: cualquier tinción discernible de PD-L1 de cualquier intensidad en CI que cubra ≤1 % o ausente, entre >1 % y ≤5 %, entre >5 % y ≤10 %, o >10 % del área del tumor.
Los pacientes se inscribieron en el estudio desde el 8 de enero de 2014 hasta el 16 de marzo de 2015. Este informe refleja los resultados de los datos con una fecha límite clínica del 17 de octubre de 2016 y una mediana de seguimiento de supervivencia de 20,7 meses. Todos los pacientes aleatorizados se incluyeron en la población ITT (N = 305) para todos los análisis de eficacia. Los pacientes de la población del análisis de seguridad (n = 304) recibieron más de una dosis del fármaco del estudio. Se excluyó del análisis de seguridad a un paciente del grupo de sunitinib debido a la retirada del consentimiento antes de recibir el fármaco del estudio (fig. 33). La interrupción del tratamiento fue mayor con atezolizumab (77,7 %) y sunitinib (82,2 %) que con atezolizumab+bevacizumab (68,3 %), y la progresión de la enfermedad fue el motivo más frecuente de interrupción en todos los grupos de tratamiento.
Los datos demográficos de los pacientes fueron comparables entre los grupos de tratamiento para las poblaciones de seguridad e ITT. (Tabla 22).
Tabla 22: Datos demográficos/características de los pacientes de referencia
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Los criterios de valoración de eficacia evaluados por el comité de revisión independiente (IRF) se resumen a continuación.
El análisis estratificado en la población ITT mostró una mediana de supervivencia sin progresión (SSP) de 11.7 meses (IC del 95 %, 8,4-17,3) con atezolizumab+bevacizumab frente a 8,4 meses (IC del 95 %, 7,0-14,0) con sunitinib (CRI 1,00; IC del 95 %, 0,69-1,45) y 6,1 meses (IC del 95 %, 5,4-13,6) con monoterapia con atezolizumab (CRI 1,19; IC del 95 %, 0,82-1,71 frente a sunitinib; fig. 34A). En la población PD-L1+, la mediana de SSP fue de 14.7 meses (IC del 95 %, 8,2-25,1) con atezolizumab+bevacizumab frente a 7,8 meses (IC del 95 %, 3,8-10,8) con sunitinib (CRI 0,64; IC del 95 %, 0,38-1,08) y 5,5 meses (IC del 95 %, 3,0-13,9) con monoterapia con atezolizumab (CRI 1,03; IC del 95 %, 0,63-1,67 frente a sunitinib; fig. 34B). Las tasas de respuesta objetiva (TRO) fueron de un 32 % (7 % respuesta completa [RC], 25 % respuesta parcial [RP]), 25 % (11 % RC, 14 % RP) y 29 % (5 % RC, 24 % RP) con atezolizumab+bevacizumab, monoterapia con atezolizumab y sunitinib, respectivamente (fig. 34C). En pacientes PD-L1+, las TRO fueron del 46 % (12 % RC, 34 % RP), 28 % (15 % RC, 13 % RP) y 27 % (7 % RC, 20 % RP) con atezolizumab+bevacizumab, monoterapia con atezolizumab y sunitinib, respectivamente (fig. 34C). La concordancia entre la SSP evaluada por el investigador (figs. 35A y 35B) y la SSP evaluada por el IRF fue del 77 % para todos los pacientes y fue similar entre los grupos del estudio. La SSP en subgrupos clave con atezolizumab+bevacizumab y atezolizumab en monoterapia frente a sunitinib se muestra en las figs. 36A y 36B. Cabe destacar que observamos una tendencia a una eficacia mejorada (SSP) con una mayor expresión de PD-L1 con atezolizumab+bevacizumab y para la monoterapia con atezolizumab frente a sunitinib a un valor de corte de PD-L1 de >5 % (análisis no estratificado; figs. 36A y 36B).
Seguridad
Los acontecimientos adversos (AA) relacionados con el tratamiento que dieron lugar a la interrupción del tratamiento se produjeron en el 9 % de los pacientes el grupo de atezolizumab+bevacizumab, en el 3 % del grupo de monoterapia con atezolizumab y en el 9 % del grupo de sunitinib (tabla 23).
Tabla 23: Perfil de toxicidad/resumen de seguridad
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En el grupo de atezolizumab+bevacizumab, la proteinuria fue el AA relacionado más frecuente que condujo a la interrupción del tratamiento (5 %). Con sunitinib, los acontecimientos adversos relacionados más frecuentes que dieron lugar a la interrupción del tratamiento fueron el incremento de la creatinina en sangre y el síndrome de eritrodisestesia palmar-plantar (2 % cada uno). Con la monoterapia con atezolizumab, la nefritis, la pancreatitis y la desmielinización (1 % cada uno) fueron los acontecimientos adversos relacionados con el tratamiento que dieron lugar a la interrupción del tratamiento. Las figs. 38A y 38B muestran AA por todas las causas que se producen con una frecuencia de >20 % en los grupos de atezolizumab+bevacizumab y sunitinib, o en los grupos de monoterapia con atezolizumab y sunitinib, con una diferencia en la incidencia entre los dos grupos de >5 %. Los AA seleccionados de especial interés se muestran a continuación en la tabla 24, y todos los AA que se producen en >20 % de los pacientes en cualquiera de los tres grupos se muestran en la tabla 25.
Tabla 24: AA de especial interés seleccionados
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Tabla 25: Todos los AA que ocurren en >20 % de los pacientes en cualquier grupo
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Correlaciones moleculares del resultado clínico
Realizamos estudios para evaluar los biomarcadores moleculares relevantes para la biología inmunitaria de la enfermedad y el tumor en el CCR y su asociación con los resultados clínicos dentro de cada grupo de tratamiento y entre los grupos de tratamiento. Las características demográficas y de referencia en los subgrupos de biomarcadores fueron en general consecuentes con las de la población ITT (Tabla 26).
Tabla 26: Características demográficas y de referencia en poblaciones evaluables por ITT y biomarcadores
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Una matriz cromática de genes relevantes para el CCR y la biología inmunitaria en 263 tumores previos al tratamiento evaluables (fig. 38A) muestra distintos subgrupos biológicos en base a los niveles de expresión relativos de genes de angiogénesis (Angio), genes inmunitarios (incluyendo la presencia y función de linfocitos T efectores, respuesta IFN-y, inhibidores de puntos de control y presentación de antígenos) y genes asociados con la inflamación mieloide. El subgrupo con alta expresión de la firma génica Angio (Angioalto) se caracterizó por una densidad vascular relativamente más alta según lo evaluado por IHQ CD31 (fig. 38B), mientras que el subgrupo con alta expresión de la firma génica Tefector (Tef) (Tefalto) se asoció positivamente con la expresión de proteína de PD-L1 en CI por IHQ (fig. 38C) y la infiltración de linfocitos T CD8 (fig. 38D), indicativo de inmunidad antitumoral adaptativa preexistente. Adicionalmente, se observó expresión diferencial de genes asociados con la inflamación mieloide dentro de los subgrupos Tefalto y Tefbajo, lo que sugiere otras subcategorías funcionales de estos tumores (fig. 38A). La asociación del resultado clínico en estos subgrupos biológicos dentro de cada grupo de tratamiento y entre los grupos de tratamiento se muestra en la tabla 27. Las siguientes comparaciones representan un subconjunto de un análisis mayor. Las asociaciones de biomarcadores con el resultado clínico se analizan si el IC del 95 % para CRI no superó 1 para la evaluación de SSP y si el IC del 95 % no se superpuso para las comparaciones de TRG.
Tabla 27: CRI de SSP en subpoblaciones de biomarcadores
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Para determinar si los tumores altamente angiogénicos respondían mejor al tratamiento antiangiogénico, investigamos la asociación de la firma génica Angio con el resultado clínico en cada grupo de tratamiento. La alta expresión de la firma génica Angio, en base a la mediana de la puntuación de la firma, se asoció con una mejorada TRG (45 % en Angioalto frente a 10 % en Angiobajo, fig. 38E) y SSP (CRI 0,31; IC del 95 %, 0,18-0,55; fig. 38E) dentro del grupo de tratamiento con sunitinib. Cuando se evaluó entre grupos de tratamiento, no se observó ninguna diferencia aparente en la SSP en el subgrupo Angioalto entre los grupos de atezolizumab+bevacizumab y sunitinib o entre los grupos de monoterapia con atezolizumab y sunitinib (fig. 38H). En el subgrupo de Angiobajo, atezolizumab+bevacizumab demostró una SSP mejorada frente a sunitinib (CRI 0,59; IC del 95 %, 0,35-0,98; fig.
38G).
A continuación nos preguntamos si la presencia de una respuesta inmunitaria preexistente, identificada por la expresión de la firma génica Tef, se asociaba con el beneficio clínico de los regímenes que contenían inmunoterapia. La alta expresión de la firma génica Tef, en base a la mediana de la puntuación de la firma, se asoció con una mejorada TRG (50 % en Tefalto frente a 16 % en Tefbajo; fig. 38I) y SSP (CRI 0,50; IC del 95 %, 0,30-0,86; fig. 38J) frente a una baja expresión de la firma génica Tef en el grupo de atezolizumab+bevacizumab (fig. 38J). Cuando se comparó entre los grupos de tratamiento, la alta expresión de la firma génica Tef se asoció con una SSP mejorada con atezolizumab+bevacizumab frente a sunitinib (CRI 0,55; IC del 95 %: 0,32-0,95, fig.
38L).
Debido a que la inflamación mieloide se ha asociado con la supresión de la respuesta antitumoral adaptable de linfocitos T, investigamos a continuación la contribución de la firma de la inflamación mieloide al resultado clínico. La alta expresión de la firma génica de la inflamación mieloide (Mieloidealto), en base a la mediana de la puntuación de la firma, se asoció con una SSP reducida en el grupo de monoterapia con atezolizumab (CRI 2,98; IC del 95 %, 1,68-5,29) y, en menor medida, en el grupo de atezolizumab+bevacizumab (CRI 1,71; IC del 95 %, 1,01-2,88), pero no en el grupo de sunitinib (tabla 27). Cuando se comparó entre los grupos de tratamiento, Mieloidealto se asoció a una peor SSP con monoterapia con atezolizumab frente a sunitinib (CRI 2,03; IC del 95 %, 1,21-3,40); sin embargo, esto no se observó entre atezolizumab+bevacizumab frente a sunitinib (tabla 27).
Además de la evaluación de las firmas de expresión génica que distinguen entre la actividad clínica de atezolizumab+bevacizumab frente a sunitinib, investigamos perfiles de expresión génica que puedan diferenciar la actividad de atezolizumab+bevacizumab frente a la monoterapia con atezolizumab. Las firmas de expresión génica Tef, Angio o inflamación mieloide (Mieloide) no diferenciaron la actividad de atezolizumab+bevacizumab frente a la monoterapia con atezolizumab cuando se evaluaron en los respectivos subgrupos de expresión dicotomizados (tabla 27). La matriz cromática de las tres firmas génicas (fig. 38A) mostró una población distinta de tumores Mieloidealto dentro de la categoría inflamada (Tefalto) de tumores CCRm. Preguntamos si la presencia de inflamación mieloide dentro de este subgrupo de tumores Tefalto afectaba el resultado clínico con los tres tratamientos. La monoterapia con atezolizumab tuvo peor actividad en los tumores TefaltoMieloidealto en comparación con los tumores TefaltoMieloidebajo (CRI 3,82; IC del 95 %, 1,70-8,60; tabla 27). Cuando se comparó entre los grupos de tratamiento, atezolizumab+bevacizumab mostró una SSP mejorada en comparación con la monoterapia con atezolizumab (CRI 0,25; IC del 95 %, 0,10-0,60; fig. 38N). No se observaron diferencias aparentes en la SSP entre atezolizumab+bevacizumab y la monoterapia con atezolizumab en el subgrupo TefaltoMieloidebajo (fig. 38M).
B. Análisis
Hasta donde alcanza nuestro conocimiento, IMmotion150 es el primer estudio aleatorizado que evalúa la actividad clínica de la combinación de un agente antiangiogénico y un inhibidor del punto de control inmunitario en pacientes con CCRm sin tratamiento previo. Se distingue de otros ensayos aleatorizados en curso que investigan la inhibición de puntos de control en CCRm no tratados por la inclusión de un grupo de monoterapia con un inhibidor de PD-L1/PD-1. La combinación de atezolizumab+bevacizumab produjo una eficacia alentadora en comparación con el tratamiento contra el cáncer de riñón más utilizado, sunitinib, en el subgrupo de pacientes con tumores que expresan PD-L1 en >1 % de CI (54 % de los pacientes incluidos). Este hallazgo se evaluará más a fondo en un estudio aleatorizado en fase 3 (IMmotion151, NCT02420821). Atezolizumab también demostró actividad antitumoral cuando se administró como agente único y fue bien tolerado. Cabe destacar que la alta tasa de respuesta observada en la monoterapia con atezolizumab, incluyendo las respuestas completas, respalda su eficacia clínica, incluso en el entorno adyuvante para pacientes con CCR de alto riesgo resecado (IMmotion010, NCT03024996). La seguridad en el grupo de atezolizumab+bevacizumab y el grupo de monoterapia con atezolizumab fue consecuente con los datos previos para cada fármaco solo, y fueron pocos los AA que dieron lugar a la interrupción del tratamiento.
Una tendencia consecuente de eficacia creciente con niveles crecientes de expresión de PD-L1 en CI en ambos grupos que contienen atezolizumab subraya la relevancia de la inmunidad preexistente para diferenciar la actividad de atezolizumab y atezolizumab+bevacizumab de sunitinib en CCRm. Esto es en particular cierto en el grupo de atezolizumab+bevacizumab, en el que bevacizumab parece potenciar la actividad antitumoral en tumores inmunogénicos (fig. 38N). La relevancia predictiva de la expresión de PD-L1 en CI está respaldada además por la fuerte correlación de CI para PD-L1 determinada por IHQ con la firma génica inmunitaria Tef (fig. 38C). Estos datos respaldan una IHQ de PD-L1 y/o una estrategia de enriquecimiento o diagnóstico basada en firmas de expresión génica inmunitaria en pacientes con CCRm sin tratamiento previo.
Para identificar aún más los determinantes de la actividad diferencial entre los tres grupos de tratamiento, cuestionamos tres ejes biológicos que, según nuestra hipótesis, desempeñan un papel en la respuesta a los regímenes de tratamiento estudiados: angiogénesis tumoral, inmunidad preexistente e inflamación mieloide inmunosupresora. La eficacia de sunitinib se enriqueció en tumores altamente angiogénicos (Angioalto) (fig. 38F). La combinación de atezolizumab+bevacizumab mejoró el beneficio clínico en comparación con sunitinib en tumores Tefalto (fig. 38L). La monoterapia con atezolizumab fue eficaz en tumores con inmunidad preexistente y una expresión relativamente menor de genes asociados con la inflamación mieloide (TefaltoMieloidebajo), aunque en menor medida en tumores inmunogénicos con inflamación mieloide simultáneamente alta (TefaltoMieloidealto). La inflamación mieloide asociada con la alta expresión de IL-6, prostaglandinas y la familia de quimiocinas CXCL8 se ha implicado en la acumulación de células supresoras de origen mieloide (MDSC) en tumores y la supresión de la inmunidad antitumoral, y se ha demostrado que el bloqueo del receptor VEGFNEGF reduce las MDSC en tumores y sangre en modelos de tumores preclínicos y cánceres humanos. El resultado clínico mejorado asociado con atezolizumab+bevacizumab en comparación con la monoterapia con atezolizumab en el subgrupo TefaltoMieloidealto con inmunosupresión (fig. 38N, tabla 27) sugiere que la adición de bevacizumab a atezolizumab puede superar la resistencia innata mediada por inflamación en estos tumores. Se espera que los subgrupos moleculares identificados en este estudio tengan características discriminatorias con una relevancia potencial amplia para la aplicación de tratamientos basados en inhibidores de puntos de control y antiangiogénesis en un espectro de cánceres, para los cuales la expresión de VEGF puede contribuir a la inmunosupresión tumoral. En particular, un estudio reciente que investigó la quimioterapia en combinación con atezolizumab+bevacizumab en CPNM informó de una eficacia mejorada frente a la quimioterapia y el bevacizumab solos. La combinación de atezolizumab+bevacizumab también está en evaluación en carcinoma hepatocelular, cáncer gástrico y de ovario (NCT02715531, NCT02715531 y NCT03038100, respectivamente).
En general, los datos de IMmotion150 indican que atezolizumab+bevacizumab puede potenciar en particular el beneficio de SSP en pacientes con inmunidad antitumoral preexistente (como se determina en una puntuación alta de Tef y expresión de PD-L1 en CI) en comparación con sunitinib. Además, los análisis exhaustivos de biomarcadores que amplían nuestra comprensión de la biología del cáncer de riñón e identifican poblaciones de pacientes que se benefician de sunitinib, atezolizumab o la combinación atezolizumab+bevacizumab pueden permitir un tratamiento personalizado en pacientes con CCRm. Además, nuestros hallazgos identifican la inflamación mieloide como un mecanismo potencial de resistencia innata a la monoterapia con atezolizumab en el CCRm que se puede superar con la adición de bevacizumab.
C. Procedimientos
Diseño y resultados del estudio
IMmotion150 es un estudio en fase 2, multicéntrico, aleatorizado, abierto, realizado en 96 instituciones y diseñado para evaluar la seguridad y proporcionar pruebas preliminares de la actividad de atezolizumab+bevacizumab frente a sunitinib, y atezolizumab en monoterapia frente a sunitinib, así como para informar del diseño del estudio del ensayo en fase 3 (IMmotion151; NCT02420821). El tamaño de la muestra fue de aproximadamente 100 pacientes por grupo y la tasa de acontecimientos del 70 % se consideró adecuada para la estimación del tamaño del efecto (incluyendo la mediana de SSP y CRI) en los subgrupos ITT y PDL1+. Sin embargo, este ensayo no tendrá la potencia suficiente para detectar diferencias clínicamente significativas entre los grupos de tratamiento con un nivel de error a (tipo I) estadísticamente significativo del 5 %. Por ejemplo, con 140 acontecimientos en dos grupos de comparación, solo hay un 56 % de potencia para detectar CRI = 0,7 con un nivel de significación del 5 %.
El principal criterio de valoración original fue la SSP según los criterios de evaluación de respuesta en tumores sólidos versión 1.1 (RECIST v1.1) por medio del IRF en la población ITT. Aunque los pacientes se estratificaron por >5 % de expresión de PD-L1 en CI, la definición de positividad de PD-L1 se revisó de >5 % a >1 % de expresión de PD-L1 en CI, en base a datos de la fase 1a, y se modificó el protocolo del estudio para crear la expresión de PD-L1 en CI como criterio de valoración coprincipal de la SSP evaluada por el IRF. Esta enmienda probablemente contribuyó al ligero desequilibrio en el número de pacientes PD-L1+ entre los grupos de tratamiento (sunitinib, 59 %; atezolizumab, 52 %; atezolizumab+bevacizumab, 50 %; tabla 22). Los criterios de valoración secundarios incluyeron la SSP evaluada por el investigador (INV), la TRG y la duración de la respuesta (DR) según RECIST v1.1, la supervivencia global (SG), los resultados informados por el paciente y la seguridad. Los objetivos exploratorios clave incluyeron la evaluación de la relación entre la expresión de biomarcadores exploratorios predictivos y pronósticos y su asociación con el estado de la enfermedad y la eficacia según se define por la TRG y la SSP. Todos los datos se informan según la evaluación del IRF, a menos que se establezca de otro modo.
Participantes
Los pacientes idóneos tenían >18 años de edad, tenían una puntuación de rendimiento de Karnofsky >70 y tenían CCR avanzado o CCRm no resecable con un componente de histología de células claras y/o histología sarcomatoide que no habían sido tratados previamente con ningún agente sistémico para el CCR. A los pacientes se les requería tener una función hematológica y de órganos diana adecuada. Los pacientes se excluyeron si tenían metástasis activas conocidas en el cerebro o la médula espinal, derrame pleural/pericárdico no controlado o ascitis, o hipercalcemia no controlada.
Aleatorización y enmascaramiento
Después de obtener el consentimiento informado por escrito y determinar la idoneidad, el centro de estudio obtuvo el número de identificación y la asignación de tratamiento de cada paciente del sistema interactivo de respuesta de voz/web (IxRS). Los factores de estratificación en el momento de la aleatorización incluyeron la categoría de riesgo (riesgo bajo, intermedio o alto) del Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSKCC) (Motzer et al. J. Clin. Oncol. 17:2530-2540, 1999), nefrectomía previa (sí o no) y estado de PD-L1 (> o ≤5 % de expresión de PD-L1 en CI) como se determina por tinción IHQ usando el ensayo SP142. Se usó la aleatorización de bloques permutados estratificados para asignar a los pacientes en una proporción 1:1:1 a uno de los tres grupos de tratamiento: atezolizumab+bevacizumab, atezolizumab o sunitinib. El estudio fue abierto y la asignación no se enmascaró.
Procedimientos
El tratamiento del estudio consistió en atezolizumab 1200 mg en dosis intravenosa fija bevacizumab 15 mg/kg cada tres semanas, atezolizumab 1200 mg en dosis intravenosa fija cada tres semanas o sunitinib 50 mg/día por vía oral durante cuatro semanas seguido de dos semanas de descanso. En la progresión de la enfermedad (evaluada por el investigador según RECIST v1.1), los pacientes aleatorizados a atezolizumab en monoterapia o sunitinib tenían la opción de cambiar de grupo y recibir la combinación atezolizumab+bevacizumab en algunas regiones (la opción no estaba disponible en Europa). En ausencia de toxicidad inaceptable, el tratamiento con la combinación continuó hasta que hubo pruebas de progresión de la enfermedad. En los casos permitidos, los pacientes de los grupos que contenían atezolizumab podían continuar el tratamiento más allá de la progresión de la enfermedad según REClST v1.1 hasta la ausencia de beneficio clínico; aquellos en países no europeos podían cambiar al tratamiento con atezolizumab+bevacizumab en cualquier momento después de la progresión de la enfermedad según RECIST v1.1, siempre que se cumplieran todos los criterios de idoneidad.
Durante el estudio, cada ciclo tuvo una duración de seis semanas (42 días), y se recopilaron datos sobre la medición del tumor y el estado de supervivencia para la evaluación de la SSP, la SSP objetivo (a las 24, 52 y 76 semanas), la SG y la TRG según RECIST v1.1. Las evaluaciones del tumor se realizaron al inicio del estudio y cada 12 semanas ± cinco días hábiles después del ciclo 1, día 1, o con mayor frecuencia si estaba clínicamente indicado. Se realizó un seguimiento de supervivencia de los pacientes que interrumpieron el tratamiento de primera línea o el tratamiento cruzado aproximadamente cada tres meses hasta la muerte, la retirada del consentimiento, la pérdida del seguimiento o la finalización del estudio. Los pacientes que interrumpieron el tratamiento del estudio por razones distintas a la progresión de la enfermedad (por ejemplo, toxicidad) continuaron sometiéndose a evaluaciones tumorales programadas (cada 12 semanas) hasta la muerte, la progresión de la enfermedad según RECIST v1.1, la retirada del consentimiento o la finalización del estudio, lo que ocurriera primero.
Análisis estadístico
Se usó la metodología de Kaplan-Meier para estimar la mediana de la SSP de cada grupo de tratamiento y se generaron las curvas de Kaplan-Meier. El análisis principal se activó cuando ocurrieron 140 acontecimientos SSP-INV entre pacientes tratados con atezolizumab+bevacizumab y con sunitinib o entre pacientes tratados solo con atezolizumab y con sunitinib, lo que ocurriera más tarde. Las estimaciones de CRI y su IC del 95 % se determinaron usando el modelo estratificado de riesgos proporcionales de Cox. Los factores de estratificación incluyeron nefrectomía previa, estado de PD-L1 del tumor y puntuación de MSKCC y se determinaron en base a los datos del formulario de informe de caso electrónico; si no se disponía de dichos datos, se usaron los datos recopilados por el IxRS en el momento de la aleatorización. Un laboratorio central analizó prospectivamente las muestras tumorales para determinar la expresión de PD-L1 en CI mediante el ensayo IHQ Sp142 (VENTANA, Tucson, AZ). La tinción de CI se definió como sigue: cualquier tinción discernible de PD-L1 de cualquier intensidad en CI que cubriera ≤1 % o ausente (CI0), entre >1 % y ≤5 % (CI1), entre >5 % y ≤10 % (Cl2) o >10 % (Cl3) del área tumoral ocupada por células tumorales, estroma desmoplásico intratumoral asociado y peritumoral contiguo.
Análisis de expresión génica
Se generaron perfiles de transcriptomas completos para 263 pacientes usando la tecnología TRUSEQ® RNA Access (ILLUMINA®). Las lecturas de RNAseq se alinearon en primer lugar con las secuencias de ARN ribosómico para eliminar las lecturas ribosómicas. Las lecturas restantes se alinearon con el genoma de referencia humano (NCBI Build 38) usando GSNAP versión 2013-10-10 (Wu et al. Bioinformatics 26:873-881,2010; Wu et al. Methods Mol. Biol. 1418:283- 334, 2016), lo que permite un máximo de dos emparejamientos erróneos por secuencia de 75 bases (parámetros: '-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1 --pairmax-ma=200000 --clip-overlap). Para cuantificar los niveles de expresión génica, se calculó el número de lecturas asignadas a los exones de cada gen RefSeq usando la funcionalidad proporcionada por el paquete R/Bioconductor de GenomicAlignments (Lawrence et al. PLoS Comput. Biol. 9:e1003118, 2013).
Las firmas génicas se definieron como sigue: Angio: VEGFA, KDR, ESM1, PECAM1, ANGPTL4 y CD34; Tef: CD8A, EOMES, PRF1, IFNG y CD274; Inflamación mieloide (Mieloide): IL-6, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL8 y PTGS2.
Para calcular las puntuaciones de cada una de estas firmas, primero se normalizaron los recuentos usando los factores de normalización de edgeR, seguido de la filtración de genes con baja cobertura (es decir, que no alcanzaban los 0,25 GPM (recuentos por millón) en al menos una décima parte de las muestras disponibles) y la transformación Iog2 usando voom de limma (Ritchie et al. Nucleic Acids Res. 43:e47, 2015). Para cada muestra se calculó a continuación la expresión promedio de todos los genes en una firma determinada, que se informa como la puntuación de la firma de la muestra. Para cada firma génica, los pacientes se dividieron en dos grupos en base a la mediana de la puntuación de la firma génica de todos los tumores: la expresión alta de la firma génica se definió como la expresión en o superior a la mediana de los niveles, y la expresión baja de la firma génica se definió como la expresión por debajo de la mediana.
Para la matriz cromática (fig. 38A), cada paciente se colocó en grupos altos o bajos para las tres firmas de expresión génica: Angio, Tef y Mieloide (en base a la mediana de expresión, como se describe anteriormente). Posteriormente, los pacientes se clasificaron por la combinación de estos tres grupos: primero se muestran los pacientes con Tefalto, Angiobajo, clasificados por Mieloide bajo/alto; a continuación, se muestran los pacientes con Tefalto, Angioalto, clasificados por Mieloide alto/bajo; a continuación, se muestran los pacientes con Tefbajo, Angioalto, clasificados por Mieloide bajo/alto; finalmente, se muestran los pacientes con Tefbajo, Angiobajo, clasificados por Mieloide alto/bajo. Además, el orden de los genes se predeterminó en base a la función biológica. Se muestran los recuentos normalizados transformados en la puntuación Z.
Análisis de asociación de biomarcadores
Para someter a prueba asociaciones entre una variable continua y un rasgo binario (por ejemplo, figs. 38B y 38D), se usaron pruebas de la t bilaterales. De otro modo, para someter a prueba las asociaciones entre una variable continua y una variable categórica con más de dos niveles (por ejemplo, fig. 38C), se calcularon los valores de P de la prueba de cociente de verosimilitud usando ANOVA. Para someter a prueba las asociaciones entre dos variables continuas, se calculó el coeficiente de correlación de Pearson.
Todos los valores de P informados fueron solo para fines descriptivos y no se ajustaron para pruebas múltiples. Las asociaciones de biomarcadores con el resultado clínico se continuaban analizando si los IC del 95 % para CRI no superaban 1 para la evaluación de SSP y si los IC del 95 % no se superponían para las comparaciones de TRG.
VII. Otros modos de realización
Aunque la invención anterior se ha descrito con cierto detalle a modo de ilustración y ejemplo para los propósitos de claridad de comprensión, no se deben interpretar las descripciones y ejemplos como limitantes del alcance de la invención.

Claims (8)

REIVINDICACIONES
1. Un procedimiento para identificar a un individuo que tiene un carcinoma de células renales, que se puede beneficiar del tratamiento con un tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab; en el que el individuo no ha sido tratado previamente para carcinoma de células renales y el procedimiento comprende determinar el nivel de expresión de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 en una muestra del individuo, en el que el nivel de expresión de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 en la muestra que está en o por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 identifica al individuo como alguien que se puede beneficiar del tratamiento con bevacizumab y atezolizumab.
2. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el nivel de referencia de los genes se determina a partir de una población de individuos que tiene un carcinoma de células renales, opcionalmente en el que el nivel de referencia de los genes es una mediana del nivel de expresión determinado en una población de pacientes que tiene un cáncer de riñón, más opcionalmente en el que el nivel de referencia es una mediana de una puntuación Z del nivel de expresión normalizado de los genes.
3. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-2, en el que:
(i) el nivel de expresión es un nivel de expresión de ácido nucleico, opcionalmente en el que el nivel de expresión de ácido nucleico es un nivel de expresión de ARNm, más opcionalmente en el que el nivel de expresión de ARNm se determina por ARN-seq, RT-qPCR, qPCR, RT-qPCR o qPCR múltiple, análisis de micromatrices, SAGE, técnica MassARRAY, ISH o una combinación de los mismos;
(ii) el nivel de expresión es un nivel de expresión de proteínas, opcionalmente en el que el nivel de expresión de proteínas se determina mediante inmunohistoquímica (IHQ), inmunoelectrotransferencia, ensayo de inmunoadsorción enzimática (ELISA), inmunoprecipitación, inmunofluorescencia, radioinmunoanálisis o espectrometría de masas;
(iii) la muestra es una muestra de tejido, una muestra de células, una muestra de sangre completa, una muestra de plasma, una muestra de suero o una combinación de las mismas, opcionalmente en el que la muestra de tejido tumoral comprende células tumorales, células inmunitarias infiltrantes de tumores, células del estroma o una combinación de las mismas, más opcionalmente en el que la muestra de tejido tumoral es una muestra fijada en formol e incluida en parafina (FFIP), una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada; o
(iv) el CCR es CCR metastásico (CCRm).
4. El procedimiento de la reivindicación 3, en el que:
(i) atezolizumab y bevacizumab se administran en combinación con un agente terapéutico adicional, opcionalmente en el que el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos; y/o
(ii) el individuo es un ser humano.
5. Un tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para su uso en el tratamiento de un individuo que padece un carcinoma de células renales, que no ha sido tratado previamente para el carcinoma de células renales, en el que antes del tratamiento se ha determinado que el nivel de expresión de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1 en una muestra del individuo está por encima de un nivel de expresión de referencia de CD8A, IFNG, PRF1, EOMES y PD-L1.
6. El tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para el uso de la reivindicación 5, en el que el nivel de referencia de los genes se determina a partir de una población de individuos que tiene un carcinoma de células renales, opcionalmente en el que el nivel de referencia de los genes es una mediana del nivel de expresión determinado en una población de pacientes que tiene un cáncer de riñón, más opcionalmente en el que el nivel de referencia es una mediana de una puntuación Z del nivel de expresión normalizado de los genes.
7. El tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para su uso de una cualquiera de las reivindicaciones 5-7, en el que:
(i) el nivel de expresión es un nivel de expresión de ácido nucleico, opcionalmente en el que el nivel de expresión de ácido nucleico es un nivel de expresión de ARNm, más opcionalmente en el que el nivel de expresión de ARNm se determina por ARN-seq, RT-qPCR, qPCR, RT-qPCR o qPCR múltiple, análisis de micromatrices, SAGE, técnica MassARRAY, ISH o una combinación de los mismos;
(ii) el nivel de expresión es un nivel de expresión de proteínas, opcionalmente en el que el nivel de expresión de proteínas se determina mediante inmunohistoquímica (IHQ), inmunoelectrotransferencia, ensayo de inmunoadsorción enzimática (ELISA), inmunoprecipitación, inmunofluorescencia, radioinmunoanálisis o espectrometría de masas;
(iii) la muestra es una muestra de tejido, una muestra de células, una muestra de sangre completa, una muestra de plasma, una muestra de suero o una combinación de las mismas, opcionalmente en el que la muestra de tejido tumoral comprende células tumorales, células inmunitarias infiltrantes de tumores, células del estroma o una combinación de las mismas, más opcionalmente en el que la muestra de tejido tumoral es una muestra FFIP, una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada; o
(iv) el CCR es CCRm.
8. El tratamiento antineoplásico que comprende bevacizumab y atezolizumab para su uso de cualquiera de las reivindicaciones 5-7, en el que:
(i) atezolizumab y bevacizumab se administran en combinación con un agente terapéutico adicional, opcionalmente en el que el agente terapéutico adicional se selecciona del grupo que consiste en un agente inmunoterápico, un agente citotóxico, un agente inhibidor del crecimiento, un agente de radioterapia, un agente antiangiogénico y combinaciones de los mismos; y/o
(ii) el individuo es un ser humano.
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